Leandro Takeshi Hattori

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  • Última atualização do currículo em 16/12/2018


Formação em Tecnologia em Análise e Desenvolvimento de Sistemas pela Universidade Tecnológica Federal do Paraná (2013) , onde recebeu o prêmio de aluno destaque da SBC - Sociedade Brasileira de Computação. Trabalhou em Métodos e Técnicas de Computação de Alto Desempenho (2012) na UTFPR-CP. Atuou como aluno de Iniciação Científica na área de Bioinformática (2013) na UTFPR-CP. Mestrado em Engenharia da Computação (2016) pelo Programa de Engenharia Elétrica e Informática Industrial (CPGEI) na UTFPR-CT, Laboratório de Bioinformática e Inteligência Computacional (LABIC). Atualmente é aluno de doutorado do programa CPGEI-UTFPR no LABIC. (Texto informado pelo autor)


Identificação


Nome
Leandro Takeshi Hattori
Nome em citações bibliográficas
HATTORI, L. T.

Endereço


Endereço Profissional
Universidade Tecnológica Federal do Paraná, Campus Curitiba.
UTFPR - Universidade Tecnológica Federal do Paraná
Centro
80230901 - Curitiba, PR - Brasil
Telefone: (41) 33104694
URL da Homepage: http://www.utfpr.edu.br/


Formação acadêmica/titulação


2016
Doutorado em andamento em Engenharia Elétrica e Informática Industrial.
Universidade Tecnológica Federal do Paraná, UTFPR, Brasil.
Orientador: Heitor Silvério Lopes.
Coorientador: César Manuel Vargas Benítez.
Bolsista do(a): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior, CAPES, Brasil.
Palavras-chave: Deep Learning; Proteín Folding.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra
Setores de atividade: Pesquisa e desenvolvimento científico.
2014 - 2016
Mestrado em Engenharia Elétrica e Informática Industrial.
Universidade Tecnológica Federal do Paraná, UTFPR, Brasil.
Título: Inferência de Rede de Regulação Gênica,Ano de Obtenção: 2016.
Orientador: Heitor Silvério Lopes.
Coorientador: Fabrício Martins Lopes.
Bolsista do(a): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, CNPq, Brasil.
Palavras-chave: Inference; Gene Regulatory Network; Selection Feature; Evolutionary Computing.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra
Grande Área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação.
Setores de atividade: Pesquisa e desenvolvimento científico.
2011 - 2013
Graduação em Análise e Desenvolvimento de Sistemas.
Universidade Tecnológica Federal do Paraná, UTFPR, Brasil.
Título: Inferência de Redes Gênicas com Algoritmo Genético e Modelo de Ilhas.
Orientador: Fabrício Martins Lopes.
2007 - 2010
Ensino Médio (2º grau).
Colégio Latino Americano, CLA, Brasil.




Formação Complementar


2015 - 2015
Extensão universitária em Bioinformática aplicada à genômica. (Carga horária: 80h).
Universidade Tecnológica Federal do Paraná, UTFPR, Brasil.
2015 - 2015
Extensão universitária em Semana Technológica. (Carga horária: 16h).
Universidade Tecnológica Federal do Paraná, UTFPR, Brasil.
2015 - 2015
Extensão universitária em WORKSHOP EM BIOINFORMÁTICA. (Carga horária: 16h).
Universidade Tecnológica Federal do Paraná, UTFPR, Brasil.
2015 - 2015
Tópicos em Biologia Computacional. (Carga horária: 96h).
Universidade Tecnológica Federal do Paraná, UTFPR, Brasil.
2013 - 2013
Introdução a Bioinformática. (Carga horária: 4h).
Universidade Tecnológica Federal do Paraná, UTFPR, Brasil.
2012 - 2012
Introdução ao Latex. (Carga horária: 4h).
Universidade Tecnológica Federal do Paraná, UTFPR, Brasil.
2012 - 2012
How to set up a high performance computer cluster. (Carga horária: 3h).
Universidade Estadual de Campinas, UNICAMP, Brasil.
2012 - 2012
3o Curso de Tópicos em Biologia Computacional. (Carga horária: 30h).
Universidade Tecnológica Federal do Paraná, UTFPR, Brasil.
2011 - 2011
ASTAH PROFESSIONAL-UML. (Carga horária: 8h).
Universidade Tecnológica Federal do Paraná, UTFPR, Brasil.
2010 - 2010
Microsoft Excel - básico. (Carga horária: 8h).
Universidade Tecnológica Federal do Paraná, UTFPR, Brasil.


Atuação Profissional



Universidade Tecnológica Federal do Paraná, UTFPR, Brasil.
Vínculo institucional

2012 - 2012
Vínculo: Voluntário, Enquadramento Funcional: Professor, Carga horária: 28
Outras informações
Lar São Vicente de Paula: aulas de informática.

Atividades

06/2016 - Atual
Pesquisa e desenvolvimento , Campus Curitiba, .

Linhas de pesquisa
Deep Learning
8/2013 - 10/2013
Extensão universitária , Campus Cornélio Procópio, .

Atividade de extensão realizada
Manutenção de computadores e ministrando aulas de informática.
10/2012 - 10/2013
Pesquisa e desenvolvimento , Campus Cornélio Procópio, .

09/2011 - 09/2012
Pesquisa e desenvolvimento , Campus Cornélio Procópio, .



Linhas de pesquisa


1.
Computação de Alto Desempenho
2.
Deep Learning
3.
Bioinformática
4.
Computação Evolucionária


Projetos de pesquisa


2012 - 2015
Integração de dados na biologia sistêmica: um estudo de caso em Arabidopsis Thaliana
Descrição: Um dos problemas mais desafiadores na pesquisa em bioinformática é a inferência de redes de regulação gênica (GRNs) a partir de seus perfis de expressão. Em geral, as principais limitações encontradas estão relacionadas ao pequeno número de amostras disponíveis com alta dimensionalidade e ao ruído intrínseco das medidas de expressão. Em face a essas limitações, se torna evidente a necessidade do desenvolvimento de métodos alternativos para recuperar as redes gênicas de forma mais adequada e com mais precisão. Nesse contexto, este projeto de pesquisa aborda essa questão propondo a integração de dados biológicos públicos, provenientes de diversas naturezas para a inferência de GRNs, considerando como escopo deste projeto o estudo de caso na Arabidopsis Thaliana. A primeira etapa concentra-se na integração de informações de anotação gênica, proteoma, metaboloma, transcriptoma e estrutura topológica das redes, dentre outras informações biológicas conhecidas. Em seguida, com base nas informações biológicas, desenvolver um modelo matemático para a geração de vetores de características que representem a sumarização desses dados. Outra fonte de informação a ser considerada é a estrutura topológica das redes biológicas conhecidas, as quais a princípio serão caracterizadas utilizando-se as medidas vindas da teoria de redes complexas. O escopo deste projeto está diretamente relacionado com um dos cinco grandes desafios identificados pela Sociedade Brasileira de Computação: modelagem computacional de sistemas complexos...
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Especialização: (2) / Mestrado acadêmico: (1) / Mestrado profissional: (1) / Doutorado: (2) .
Integrantes: Leandro Takeshi Hattori - Integrante / Fabrício Martins Lopes - Coordenador / Gabriel Rubino - Integrante / Fábio Fernandes da Rocha Vicente - Integrante / Douglas Silva Domingues - Integrante / Alexandre Rossi Paschoal - Integrante / Andre Yoshiaki Kashiwabara - Integrante / Euler Angelo de Menezes Junior - Integrante / Juliana de Oliveira - Integrante / André Rocha Barbosa - Integrante / uiz Filipe Protasio Pereira - Integrante.
2011 - 2013
Integração de dados na biologia sistêmica: caracterização de fenômenos biológicos a partir de informações estruturais e funcionais
Descrição: Um problema importante na pesquisa em bioinformática é a inferência de redes de regulação gênica (GRNs) a partir de seus perfis de expressão. Em geral, as principais limitações encontradas estão relacionadas ao pequeno número de amostras disponíveis com alta dimensionalidade e ao ruído intrínseco das medidas de expressão. Em face a essas limitações, se torna evidente a necessidade do desenvolvimento de métodos alternativos para recuperar as redes gênicas de forma mais adequada e com mais precisão. Nesse contexto, este projeto de pesquisa aborda essa questão propondo a integração de dados biológicos provenientes de diversas naturezas. Mais especificamente, é proposto neste projeto a formalização e desenvolvimento de metodologias para integração dessa variedade de dados biológicos disponíveis e a utilização desses dados integrados para a inferência de GRNs. A primeira etapa concentra-se na integração de informações de anotação gênica, proteoma, metaboloma, transcriptoma, estrutura e dinâmica das redes, dentre outras informações biológicas conhecidas. Em seguida, com base nas informações biológicas, desenvolver um modelo matemático para geração de um vetor de características que represente a sumarização desses dados. Outra fonte de informação a ser considerada é a estrurura topológica das redes biológicas conhecidas, as quais a princípio serão caracterizadas utilizando-se as medidas vindas da teoria de redes complexas...
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Doutorado: (1) .
Integrantes: Leandro Takeshi Hattori - Integrante / Fabrício Martins Lopes - Coordenador / Gabriel Rubino - Integrante / David Corrêa Martins Jr - Integrante.
Número de produções C, T & A: 1
2003 - Atual
Desenvolvimento de técnicas computacionais avançadas para a predição da estrutura de proteínas
Descrição: O objetivo do projeto é desenvolver algoritmos heurísticos, baseados em computação evolucionária, para a determinação da estrutura de proteínas, através de modelos de treliça bi e tridimensionais. Mais especificamente, pretende-se estudar os modelos de treliça 2D e 3D e aplicar algoritmos genéticos (AG), otimização por colônias de formigas (ACO) e otimização por enxame de partículas (PSO), dinâmica molecular, linguagens formais e autômatos celulares ao problema de folding de proteínas propondo soluções melhoradas através da hibridização com métodos de busca local. Posteriormente, serão estabelecidas métricas para a comparação do desempenho dos modelos propostos com estruturas proteicas conhecidas...
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (4) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (7) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (2) .
Integrantes: Leandro Takeshi Hattori - Coordenador / Fabrício Martins Lopes - Integrante / Heitor Silvério Lopes - Integrante / Wagner Rodrigo Weinert - Integrante / Marcos Paulo Scapin - Integrante / Mauricio Perretto - Integrante / Ernesto Luis Malta Rodrigues - Integrante / Nórton Jody Murata - Integrante / Lauro César Galvão - Integrante / Luiz Fernando Nunes - Integrante / Carlos Raimundo Erig Lima - Integrante / Cristiano Jory - Integrante / Cesar Vargas Benitez - Integrante / Ohara Kerusauskas Rayel - Integrante / Guilherme Munhoz Ferreira Pereira - Integrante / Nilton Barbosa Armstrong Júnior - Integrante / Reginaldo Bitello - Integrante / Rafael Betito - Integrante / Leonardo Gomes Tavares - Integrante / Rafael Parpinelli - Integrante / Lia Ayumi Takiguchi - Integrante.


Áreas de atuação


1.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Metodologia e Técnicas da Computação.


Idiomas


Português
Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.
Inglês
Compreende Razoavelmente, Fala Pouco, Lê Razoavelmente, Escreve Pouco.


Prêmios e títulos


2013
Aluno Destaque, SBC - Sociedade Brasileira de Computação.


Produções



Produção bibliográfica
Textos em jornais de notícias/revistas
1.
HATTORI, L. T.; LOPES, F. M. ; Lopes, Heitor S . Evolutionary computation and swarm intelligence for the inference of gene regulatory networks. Int. J. Innovative Computing and Applications,, p. 225 - 235, 03 dez. 2016.

Trabalhos completos publicados em anais de congressos
1.
HATTORI, L. T.; Benitez, C. V. ; Lopes, H. S. . A Deep Bidirectional Long Short-Term Memory Approach Applied to the Protein Secondary Structure Prediction Problem. In: 4th IEEE Latin American Conference on Computational Intelligence LA-CCI, 2017, Arequipa. Proceedings of the 4th IEEE LA-CCI. Piscataway, NJ: EEE Press, 2017.

2.
HATTORI, L. T.; AQUINO, N. M. R. ; GUTOSKI, M. ; Lopes, H. S. . Soft Biometrics Classification Using Denoising Convolutional Autoencoders and Support Vector Machines. In: XIII Congresso Brasileiro de Inteligência Computacional- (CBIC 2017), 2017, Niterói, Rio de Janeiro. XIII Congresso Brasileiro de Inteligência Computacional- (CBIC 2017), 2017. v. 8.

3.
HATTORI, L. T.; GUTOSKI, M. ; AQUINO, N. M. R. ; Lopes, H. S. . Patch-Based Convolutional Neural Network for the Writer Classification Problem in Music Score Images. In: XIII Congresso Brasileiro de Inteligência Computacional, 2017, Niterói, Rio de Janeiro. XIII Congresso Brasileiro de Inteligência Computacional, 2017. v. 8.

4.
TAKIGUCHI, L. A. ; BENITEZ, C. M. V. ; HATTORI, L. T. ; Lopes, H. S. . Dinâmica Molecular para Predição de Pathways de Proteínas usando Neighbor Lists e o Modelo 3D-AB. In: Seminário de Iniciação Científica e Tecnológica da UTFPR (SICITE), 2017, Londrina, Paraná. Seminário de Iniciação Científica e Tecnológica da UTFPR (SICITE), 2017. v. 22.

5.
AQUINO, N. M. R. ; GUTOSKI, M. ; HATTORI, L. T. ; Lopes, H. S. . The Effect of Data Augmentation on the Performance of Convolutional Neural Networks. In: XIII Congresso Brasileiro de Inteligência Computacional- (CBIC 2017), 2017, Niterói, Rio de Janeiro. XIII Congresso Brasileiro de Inteligência Computacional- (CBIC 2017), 2017. v. 8.

6.
HATTORI, L. T.; Lopes, Heitor S ; LOPES, F. M. . A discretized differential evolution algorithm for the inference of gene regulatory networks.. In: Latin-American Congress on Computational Intelligence, 2015, Curitiba. Proceedings of the 2nd Latin-American Congress on Computational Intelligence. Piscataway: IEEE Press, 2015. v. 2.

Resumos expandidos publicados em anais de congressos
1.
HATTORI, L. T.; Silva, D. ; JUNIOR, F. P. ; SHISHIDO, H. Y. . Análise do impacto de ambientes heterogêneos em algoritmo de processamento de imagens digitais. In: Computer on the Beach 2012, 2012, Florianópolis. Computer on the Beach 2012: Anais do Evento. Florianópolis, 2012. v. 1. p. 271-272.

Resumos publicados em anais de congressos
1.
HATTORI, L. T.; SHISHIDO, H. Y. ; LOPES, F. M. . Genetic Algorithms with Island Model for GNs Inference. In: X-meeting 2012, 2012, Campinas. X-meeting 2012: Anais do evento, 2012.

2.
HATTORI, L. T.; SHISHIDO, H. Y. . Algoritmo Paralelo de Processamento de Imagens Digitais com Hyper-Threading e Multicore com Pthread. In: Seminário de Iniciação Científica e Tecnológica da UTFPR, 2012, Curitiba. Seminário de Iniciação Científica e Tecnológica da UTFPR, 2012.

3.
Silva, D. ; HATTORI, L. T. ; SHISHIDO, H. Y. ; JUNIOR, F. P. . Análise do Custo Computacional no Uso de Sequências de Caracteres na Linguagem Java. In: Seminário de Iniciação Científica e Tecnológica, 2011, Ponta Grossa. Seminário de Iniciação Científica e Tecnológica, 2011.

4.
HATTORI, L. T.; Silva, D. ; JUNIOR, F. P. ; SHISHIDO, H. Y. . Instalação de cluster coma ferramenta ROCKS. In: Seminário de Iniciação Científica e Tecnológica da UTFPR, 2011, Ponta Grossa. Anais do SICITE 2011, 2011.

Apresentações de Trabalho
1.
HATTORI, L. T.; GUTOSKI, M. . Deep Learning para tarefas de classificação de imagens utilizando Keras. 2018. (Apresentação de Trabalho/Outra).

Outras produções bibliográficas
1.
INACIO, A. S. ; HATTORI, L. T. ; GUTOSKI, M. ; LAZZARETTI, A. E. ; Lopes, H. S. . Análise de espectros político-ideológicos dos partidos políticos utilizando métodos de agrupamento. Curitiba: III Workshop de Computação Social, 2018 (Workshop).

2.
GABARDO, A.C. ; HATTORI, L. T. ; GUTOSKI, M. ; BERNO, B. C. S. ; AGOSTINHO, W. R. U. ; Lopes, H. S. . Como Mensurar a Importância, Influência e a Relevância de Usuários do Twitter? Uma análise da interação dos candidatos à presidência do Brasil nas eleições de 2018.. Curitiba: III Workshop de Computação Social, 2018 (Workshop).



Eventos



Participação em eventos, congressos, exposições e feiras
1.
III Workshop de Computação Social.Deep Learning para tarefas de classificação de imagens utilizando Keras. 2018. (Outra).

2.
Pré SICITE 2018.Interpretação semântica de vídeos com métodos de deep learning (entre outros trabalhos). 2018. (Seminário).

3.
Bioinformática aplicada à genômica.Inferência de GRN de Arabidopsis thaliana utilizando SFS e SFFS. 2015. (Oficina).

4.
Centro Brasileiro-Argentino de Biotecnologia. 2015. (Seminário).

5.
LA-CCI (Latin American) and CBIC (Brazilian) Congress on Computational Intelligence. A Discretized Differential Evolution Algorithm for the Inference of Gene Regulatory Networks. 2015. (Congresso).

6.
Masterclasses 2015 - Curso Básico sobre Física de Partículas. 2015. (Exposição).

7.
Mostra de Pesquisa na Pós-Graduação. 2015. (Exposição).

8.
Semana Technológica UTFPR. 2015. (Seminário).

9.
WORKSHOP EM BIOINFORMÁTICA. 2015. (Oficina).

10.
2º SCANP. 2013. (Simpósio).

11.
UTF Weekend.Polietileno para Impressora 3D. 2013. (Oficina).

12.
Computer on the Beach 2012.Análise do impacto de ambientes heterogêneos em algoritmo de processamento de imagens digitais. 2012. (Outra).

13.
Seminário de Iniciação Científica e Tecnológica da UTFPR.Instalação de cluster coma ferramenta ROCKS. 2012. (Outra).

14.
Simpósio de Computação Aplicada do Norte Pioneiro do Paraná. 2012. (Simpósio).

15.
Sociedade Brasileira de Computação. 2012. (Congresso).

16.
X-meeting 2012. Genetic Algorithms with Island Model for GNs Inference. 2012. (Congresso).


Organização de eventos, congressos, exposições e feiras
1.
Lopes, H. S. ; Perlin, H. ; Benitez, C. V. ; RIBEIRO, M. ; HATTORI, L. T. ; Siqueira, H. V. . 2nd Latin-American Congress on Computational Intelligence. 2015.. 2015. (Congresso).

2.
Lopes, Heitor S ; Perlin, H. ; Benitez, C. V. ; RIBEIRO, M. ; HATTORI, L. T. ; Siqueira, H. V. . Congresso Brasileiro de Inteligência Computacional. 2015.. 2015. (Congresso).




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