Omar Julio Sosa

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  • Última atualização do currículo em 28/11/2018


Possui graduação em Licenciatura en Genética - Universidad Nacional de Misiones (2010). Desenvolveu seu trabalho de conclusão de curso na área de Biología Molecular procurando optimizar técnicas para um melhor diagnóstico de estrongiloidiosis. Atualmente é aluno de Doutorado em Bioinformática da Universidade de São Paulo (USP), trabalha no Laboratório de Genômica e Expressão Gênica em Câncer do Instituto de Química (USP). Atua principalmente nos seguintes temas: Bioinformática, Transcriptômica, Genómica, Oncología e Biología Molecular. (Texto informado pelo autor)


Identificação


Nome
Omar Julio Sosa
Nome em citações bibliográficas
SOSA, O. J.;SOSA, J.;Sosa, Julio

Endereço


Endereço Profissional
Universidade de São Paulo, Instituto de Química.
Avenida Professor Lineu Prestes
Butantã
05508000 - São Paulo, SP - Brasil
Telefone: (11) 30912173


Formação acadêmica/titulação


2013
Doutorado em andamento em Bioinformática.
Universidade de São Paulo, USP, Brasil.
Título: Identificação e anotação funcional de novos transcritos com expressão alterada no câncer pancreático,
Orientador: Eduardo Moraes Rego Reis.
Coorientador: João Carlos Setubal.
Palavras-chave: Bioinformática; Transcriptômica; Cancer; RNAs não codificadores.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra
Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Genômica.
Setores de atividade: Pesquisa e desenvolvimento científico.
2004 - 2010
Graduação em Licenciatura en Genética.
Universidad Nacional de Misiones, UNaM, Argentina.
Título: Estrongiloidiosis: optimización de un método molecular para el diagnóstico sensible y específico de esta parasitosis endémica en Misiones.
Orientador: Carina Francisca Arguelles.
Bolsista do(a): Comité Ejecutivo de Desarrollo e Innovación Tecnológica, CEDIT, Argentina.




Formação Complementar


2017 - 2017
Workshop: Online teaching and learning and how to develop MOOCs. (Carga horária: 7h).
Universidade de São Paulo, USP, Brasil.
2017 - 2017
Software and Data Carpentry instructor training course. (Carga horária: 40h).
University of California Davis, UCD, Estados Unidos.
2017 - 2017
Treinamento em Mendeley - Scopus - ScienceDirect. (Carga horária: 3h).
Instituto de Matemática e Estatística USP, IME-USP, Brasil.
2016 - 2016
UCLA Computational Genomics Summer Institute. (Carga horária: 40h).
University of California Los Angeles, UCLA, Estados Unidos.
2015 - 2015
Ferramentas de bioinformática aplicadas a RNA-Seq. (Carga horária: 80h).
Laboratório Nacional de Computação Científica, LNCC, Brasil.
2014 - 2014
Working with the Human Genome Sequence. (Carga horária: 30h).
Wellcome Trust Sanger Institute, SANGER, Inglaterra.
2014 - 2014
Workshop Software Carpentry. (Carga horária: 14h).
Instituto de Matemática e Estatística USP, IME-USP, Brasil.
2013 - 2013
Decodificando o DNA não codificador. (Carga horária: 40h).
Universidade de São Paulo, USP, Brasil.
2013 - 2013
Summer School in Computational Bio-Medicine. (Carga horária: 176h).
Universidad de Chile, UC, Chile.
2013 - 2013
Simpósio microRNA e câncer. (Carga horária: 8h).
Instituto de Ciencias Biomédicas, ICB, Brasil.
2013 - 2013
Modern topics in magnetic resonance. (Carga horária: 16h).
Instituto de Química, USP, IQ, Brasil.
2013 - 2013
Synthetic Biology for Biomass and Biofuels. (Carga horária: 24h).
Universidade de São Paulo, USP, Brasil.
2011 - 2011
International Bioinformatics Workshop. (Carga horária: 30h).
Fundación Instituto Leloir, FIL, Argentina.
2011 - 2011
Enfermedades Tropicales. (Carga horária: 60h).
Universidad Nacional de Salta, UNSA, Argentina.
2010 - 2010
Bioestadística aplicada al diseño experimental. (Carga horária: 40h).
Universidad Nacional de Misiones, UNaM, Argentina.
2010 - 2010
Introduction to Bioinformatics: Sequence analysis. (Carga horária: 24h).
Fundación Instituto Leloir, FIL, Argentina.
2010 - 2010
Procesos de infección viral. (Carga horária: 45h).
Universidad Nacional de Córdoba - Argentina, UNC, Argentina.
2009 - 2009
Genética de la conservación. (Carga horária: 30h).
Universidad Nacional de Misiones, UNaM, Argentina.
2009 - 2009
Curso de Inglés TOEFL. (Carga horária: 100h).
Universidad Nacional de Misiones, UNaM, Argentina.
2009 - 2009
El derecho a la vida y a la salud. (Carga horária: 24h).
Universidad Nacional de Misiones, UNaM, Argentina.
2008 - 2008
Marcadores Moleculares: Análisis e Interpretación. (Carga horária: 30h).
Universidad Nacional de Misiones, UNaM, Argentina.
2007 - 2007
Los nuevos métodos de análisis de ADN en Justicia. (Carga horária: 10h).
Universidad Nacional de Misiones, UNaM, Argentina.
2007 - 2007
Introducción a las Enfermedades Infecciosas. (Carga horária: 12h).
Universidad Nacional de Misiones, UNaM, Argentina.


Atuação Profissional



Universidade de São Paulo, USP, Brasil.
Vínculo institucional

2013 - Atual
Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Pesquisador, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

Vínculo institucional

2015 - 2015
Vínculo: Monitoria, Enquadramento Funcional: Monitor, Carga horária: 6
Outras informações
Monitor da Disciplina "Biologia Molecular" do Instituto de Química da USP (primeiro ano Medicina)

Vínculo institucional

2015 - 2015
Vínculo: Monitoria, Enquadramento Funcional: Monitor, Carga horária: 6
Outras informações
Monitor da disciplina "Biologia Molecular Computacional" (Instituto de Química, USP)

Vínculo institucional

2014 - 2014
Vínculo: Monitoria, Enquadramento Funcional: Monitor, Carga horária: 40
Outras informações
Monitor do "IX Curso de Inverno Temas Avançados de Bioquímica e Biologia Molecular", realizado pelo Departamento de Bioquímica do Insituto de Química da USP

Vínculo institucional

2014 - 2014
Vínculo: Monitoria, Enquadramento Funcional: Monitor, Carga horária: 6
Outras informações
Monitor da Disciplina "Expressão Gênica" do Instituto de Química da USP


Universidad Montrer, SDM, México.
Vínculo institucional

2013 - 2014
Vínculo: Professor, Enquadramento Funcional: Ensino (Genética Humana). Nivel Pos-Graduação, Carga horária: 10
Outras informações
Disciplinas ministradas no Mestrado em Genética Humana: -Introducción a la Genética -Genética de Poblaciones y Bioestadística


Universidad Nacional de Misiones, UNaM, Argentina.
Vínculo institucional

2010 - 2012
Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Pesquisador, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.
Outras informações
Bolsista do CEDIT (Comité Ejecutivo de Desarrollo e Innovación Tecnológica) com o projeto ?Estrongiloidiosis: optimización de un método molecular para el diagnóstico sensible y específico de esta parasitosis endémica en Misiones?, desenvolvido no Laboratorio de Genética Molecular da FCEQyN

Vínculo institucional

2009 - 2012
Vínculo: Monitoria, Enquadramento Funcional: Monitoria eleita por concurso, Carga horária: 8
Outras informações
Monitor Adscripto ad-honorem (Dedicação simple) da Disciplina "Microbiología e Inmunología" da Universidad Nacional de Misiones (FCEQyN) para o curso de Licenciatura em Genética

Vínculo institucional

2007 - 2008
Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Colaborador, Carga horária: 20
Outras informações
Bolsista do CIDeT (Centro de Investigación y Desarrollo Tecnológico) com o projeto ?Genotipificación Molecular de Strongyloides stercoralis en materia fecal de niños con strongyloidiosis de Posadas, Misiones?


University of California Davis, UCD, Estados Unidos.
Vínculo institucional

2017 - 2017
Vínculo: Monitoria, Enquadramento Funcional: Monitor, Carga horária: 40
Outras informações
Teacher assistant: "Data Intensive Biology Summer Institute". Two week workshop that covered foundational bioinformatics tools and topics, including command-line workflow, Bash, R, markdown, Github, automation, and cloud computing, as well as tutorials for RNA-seq, de novo transcriptome, genome and metagenome assembly, annotation, variant calling, genome-wide association, and ChIP-seq.



Projetos de pesquisa


2013 - Atual
Busca de alvos moleculares para o diagnóstico do adenocarcinoma de pâncreas através do sequenciamento com alta-resolução do exoma e transcriptoma de amostras clínicas
Descrição: Descrição: O advento das tecnologias de nova geração para sequenciamento de DNA/RNA (NGS) abriu a possibilidade de análise de alterações no genoma e transcriptoma com um grau de resolução sem precedentes. Nos próximos anos pretendemos aplicar essas abordagens para identificar alterações somáticas e transcricionais associadas com a transformação maligna e progressão do adenocarcinoma do pâncreas, com potencial uso diagnóstico e/ou terapêutico.Iremos desenvolver e otimizar métodos para a análise molecular em escala genômica de amostras biológicas de pâncreas obtidas através de ecoendoscopia por aspiração com agulha fina guiada por ultrasom (EUS-FNA). A técnica de EUS-FNA permite a obtenção de amostras clínicas de tumores de pâncreas e lesões pré-malignas de pequeno tamanho e de difícil diagnóstico através dos métodos atuais..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) Doutorado: (1) .
Integrantes: Omar Julio Sosa - Coordenador / Eduardo Moraes Rego Reis - Integrante / Ester Risério Matos Bertoldi - Integrante / José Celso Ardengh - Integrante.
2010 - 2012
Estrongiloidiosis: optimización de un método molecular para el diagnóstico sensible y específico de esta parasitosis endémica en Misiones
Descrição: Strongyloides stercoralis é um parasita que infeta a aprosimadamente 100 milhões de pessoas no mundo, embora este número pode estar sendo subestimado debido a su dificil diagnóstico. O objetivo deste trabalho foi identificar S. stercoralis usando os atributos de sensibilidade e especificidade das técnicas de biología molecular. O estudo foi feito no estado de Misiones (Argentina), os vermes foram isolados e vários métodos de extração de DNA foram otimizados. Foi amplificada uma região do gene COI e sequenciada posteriormente, confirmando a presença de S. stercoralis nas amostras analizadas..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (1) .
Integrantes: Omar Julio Sosa - Integrante / Fabián Galarza - Integrante / Carina Francisca Arguelles - Coordenador.
2007 - 2008
Genotipificación Molecular de Strongyloides stercoralis en materia fecal de niños con strongyloidiosis de Posadas ? Misiones
Descrição: O objetivo deste trabalho foi a caracterização genética de S. stercoralis, a população analizada correspondeu a crianças de bairros periféricos da cidade de Posadas (Argentina), que apresentaram necessidades básicas insatisfeitas. Vermes foram isolados e distintos protocolos de extração de DNA foram usados para posteriores análises moleculares. Os resultados parasitológicos mostraram que de 70 amostras de fezes analisadas todas elas foram infectadas com helminhos, protozoários ou ambos, enquanto apenas 5 com Strongyloides..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (2) .
Integrantes: Omar Julio Sosa - Integrante / Laura Natalia Sosa - Integrante / Carina Francisca Arguelles - Coordenador / Jorge Deschuster - Integrante.


Áreas de atuação


1.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Bioinformática.
2.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Genética.


Idiomas


Espanhol
Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.
Inglês
Compreende Bem, Fala Razoavelmente, Lê Bem, Escreve Razoavelmente.
Português
Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.


Produções



Produção bibliográfica
Resumos publicados em anais de congressos
1.
SOSA, O. J.; PAIXAO, V. F. ; Pellegrina D. ; BERTOLDI, E. R. M. ; J. C. Setubal ; REIS, E. M. R. . The transcriptional landscape of protein-coding and long noncoding RNAs in pancreatic adenocarcinoma revealed by total RNAseq analysis of matched tumor and nontumor patient samples. In: AACR Pancreatic Cancer: Advances in Science and Clinical Care special conference, 2018, Boston. AACR Pancreatic Cancer: Advances in Science and Clinical Care special conference, 2018, 2018. p. 035.

2.
SOSA, O. J.; PAIXAO, V. F. ; J. C. Setubal ; REIS, E. M. R. . Bioinformatic analysis of RNASeq data to search for novel diagnostic/prognostic biomarkers of pancreatic ductal adenocarcinoma. In: AACR Annual Metting, 2016, New Orleans. AACR Annual Meeting 2016 abstract book, 2016.

3.
Oliveira, Karina G ; SOSA, O. J. ; SUZUKI, A M ; Morales, A ; Brito, L ; Yamamoto, G ; REIS, E. M. R. ; MARIA, P. . Global gene expression analysis by RNAseq on neural progenitor cells from autistic individuals. In: 13rd annual meeting International Society for Stem Cell Research, 2015, Stockholm. iPS cells: Disease modeling, 2015.

4.
SOSA, O. J.; SOSA, L. N. ; GALARZA, F. ; ARGUELLES, C. F. . Genetic characterization of Strongyloides stercoralis, ethiologic agent of a disease underestimated in latinamerica. In: 14 Congreso Latinoamericano de Genética (ALAG) y 39 Congreso Argentino de Genética, 2010, Viña del Mar. XIV Congreso Latinoamericano de Genética, 2010. p. 410.


Produção técnica
Assessoria e consultoria
1.
SOSA, O. J.. Mestrado em Genética Humana. Universidad Montrer. 2013.

Trabalhos técnicos

Demais tipos de produção técnica
1.
SOSA, O. J.. Diferenciación sexual y sus alteraciones. 2013. (Desenvolvimento de material didático ou instrucional - Desenvolvimento de conteúdo).

2.
SOSA, O. J.. Genética de poblaciones y bioestadística. 2013. (Desenvolvimento de material didático ou instrucional - Desenvolvimento de conteúdo).

3.
SOSA, O. J.. Introducción a la genética. 2013. (Desenvolvimento de material didático ou instrucional - Desenvolvimento de conteúdo).



Eventos



Participação em eventos, congressos, exposições e feiras
1.
El CEDIT va a la escuela.Estrongiloidiosis: optimización de un método molecular para el diagnóstico sensible y específico de esta parasitosis endémica en Misiones. 2011. (Seminário).

2.
Jornada de Iniciación en la Investigación - CEDIT.Estrongiloidiosis: optimización de un método molecular para el diagnóstico sensible y específico de esta parasitosis endémica en Misiones. 2011. (Outra).

3.
Primeras Jornadas de Divulgación y Educación Científica. 2010. (Outra).

4.
Jornadas Darwinianas ?A 200 años del nacimiento de Darwin evocamos la teoría de la evolución?. 2009. (Outra).

5.
XXXVIII Congreso Argentino de Genética. 2009. (Congresso).

6.
XXXVII Congreso Argentino de Genética. 2008. (Congresso).

7.
II Jornadas Nacionales de Estudiantes de Biología. 2007. (Outra).

8.
Jornada de Iniciación en la Investigación - CEDIT.Genotipificación de Strongyloides stercoralis en materia fecal de población pediátrica de Posadas - Misiones. 2007. (Outra).


Organização de eventos, congressos, exposições e feiras
1.
SILVA, D. ; ORPINELLI, F. ; SOSA, O. J. ; AMGARTEN, D. ; MOURA, L. . Curso de verão em Bioinformática. 2015. (Outro).

2.
VOGLER, R. ; SOSA, O. J. . I Taller para la Prevención, Monitoreo y Control del Caracol Gigante Africano (Achatina fulica) en Argentina. 2010. (Outro).



Orientações



Orientações e supervisões concluídas
Trabalho de conclusão de curso de graduação
1.
M. Natalia Coutouné. Variabilidade genética em populações de Heliconius hermathena (Nymphalidae, Heliconiinae) estimada com DNA mitocondrial e genotipificação por sequenciamento. 2016. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Licenciatura en Genética) - Universidad Nacional de Misiones. Orientador: Omar Julio Sosa.




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