Mauro Antônio Alves Castro

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  • Última atualização do currículo em 19/09/2018


Bacharelado em Biotecnologia (1995), Graduação em Medicina (2006), Mestrado (1999) e Doutorado (2009) em Bioquímica pela Universidade Federal do Rio Grande do Sul (UFRGS). Pos-doutorado pelo Cancer Research UK, Universidade de Cambridge (2012). Atualmente é Professor Adjunto da UFPR. Tem experiência nas áreas de Biologia Molecular e Bioinformática, com ênfase em Oncogenômica. (Texto informado pelo autor)


Identificação


Nome
Mauro Antônio Alves Castro
Nome em citações bibliográficas
Castro, MAA;Castro, MA;Castro, Mauro Antonio Alves;CASTRO, MAURO A. A.;Castro, Mauro A A;Castro, M. A. A.;Castro, M.A.A.;Castro, Mauro A.;ALVES CASTRO, MAURO ANTÔNIO;Antônio Alves Castro;CASTRO, MAURO ANTÔNIO ALVES;CASTRO, M A A;ALVES DE CASTRO, MAURO ANTÔNIO;CASTRO, MAURO AA

Endereço


Endereço Profissional
Universidade Federal do Paraná, Laboratorio de Bioinformática e Biologia de Sistemas.
Rua Doutor Alcides Vieira Arcoverde 1225
Jardim das Américas
81520260 - Curitiba, PR - Brasil
Telefone: (41) 33614906
URL da Homepage: http://orcid.org/0000-0003-4942-8131


Formação acadêmica/titulação


2006 - 2009
Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica).
Universidade Federal do Rio Grande do Sul, UFRGS, Brasil.
Título: Estudo da diversidade tumoral e desenvolvimento de ferramentas de bioinformática para análise citogenética e molecular de neoplasias sólidas, Ano de obtenção: 2009.
Orientador: Jose Claudio Fonseca Moreira.
Coorientador: Rita Maria Cunha de Almeida.
Grande área: Ciências Biológicas
1997 - 1999
Mestrado em Ciências Biológicas (Bioquímica).
Universidade Federal do Rio Grande do Sul, UFRGS, Brasil.
Título: Efeito do fenótipo celular sobre o crescimento e sobrevivência de linhagens tumorais de carcinoma de pulmão,Ano de Obtenção: 2000.
Orientador: Gilberto Schwartsmann.
Grande área: Ciências Biológicas
1997 - 2006
Graduação em Medicina.
Universidade Federal do Rio Grande do Sul, UFRGS, Brasil.
1991 - 1995
Graduação em Bacharelado em Biotecnologia.
Universidade Federal do Rio Grande do Sul, UFRGS, Brasil.


Pós-doutorado


2010 - 2012
Pós-Doutorado.
Cancer Research UK Cambridge Institute, University of Cambridge, CRUK CI, Grã-Bretanha.
Grande área: Ciências Biológicas
Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Biologia Molecular / Especialidade: Genômica Funcional.
2009 - 2010
Pós-Doutorado.
Instituto Nacional de Ciência e Tecnologia de Sistemas Complexos, INCT-SC, Brasil.
Grande área: Ciências Biológicas
Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Biologia Molecular / Especialidade: Genômica Funcional.


Formação Complementar


1991 - 1992
Técnico em algoritmos e linguagem de programação.
Serviço Nacional de Aprendizagem Comercial - RS, SENAC/RS, Brasil.


Atuação Profissional



Universidade Federal do Paraná, UFPR, Brasil.
Vínculo institucional

2014 - Atual
Vínculo: Servidor Público, Enquadramento Funcional: Professor Adjunto, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

Atividades

07/2014 - Atual
Pesquisa e desenvolvimento , Bioinformática, Laboratório de Biologia de Sistemas.


Cambridge Research Institute, Cancer Research UK, CRI, Inglaterra.
Vínculo institucional

2012 - 2013
Vínculo: Pesquisador, Enquadramento Funcional: Pesquisador


Hospital de Clínicas de Porto Alegre, HCPA, Brasil.
Vínculo institucional

2005 - 2006
Vínculo: Estágio, Enquadramento Funcional: Interno, Carga horária: 40

Vínculo institucional

1996 - 1997
Vínculo: Bolsista Especialização, Enquadramento Funcional: Pesquisador, Carga horária: 40

Atividades

03/2006 - 04/2006
Estágios , Departamento de Medicina Interna, Serviço de Oncologia.

Estágio realizado
Ambulatório / Internação.
08/2005 - 10/2005
Estágios , Departamento de Medicina Interna, Serviço de Hematologia.

Estágio realizado
Ambulatório / Internação.
05/2005 - 06/2005
Estágios , Banco de Sangue, Serviço de Hemoterapia.

Estágio realizado
Hemoterapia.

Universidade Federal do Rio Grande do Sul, UFRGS, Brasil.
Vínculo institucional

2010 - 2013
Vínculo: Pesquisador Associado, Enquadramento Funcional: Pesquisador Associado

Vínculo institucional

1993 - 1995
Vínculo: Bolsista iniciação científica, Enquadramento Funcional: Bolsista/pesquisador, Carga horária: 20

Atividades

1/1995 - 12/1995
Serviços técnicos especializados , Instituto de Biociências, Departamento de Genética.

Serviço realizado
Preparação de aulas práticas de genética.
7/1993 - 1/1995
Estágios , Centro de Biotecnologia, Departamento de Biologia Molecular e Biotecnologia.

Estágio realizado
Biologia Molecular, Genética Molecular e de Microorganismos, Helmintologia Humana.

Fundação de Ciência e Tecnologia, CIENTEC, Brasil.
Vínculo institucional

1992 - 1993
Vínculo: Bolsista FDRH, Enquadramento Funcional: Estagiário, Carga horária: 30

Atividades

8/1992 - 8/1993
Estágios , Departamento de Biotecnologia, Laboratório de Microbiologia e Microscopia.

Estágio realizado
Análise microbiológica e pesquisa de sujidades.

Universidade Luterana do Brasil, ULBRA, Brasil.
Vínculo institucional

1999 - 2009
Vínculo: Professor, Enquadramento Funcional: Adjunto, Carga horária: 32

Atividades

3/1999 - 04/2009
Ensino, Odontologia, Biologia, Psicologia e Enfermagem, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Biologia Celular e Molecular
Biologia Geral
Bioquímica
Microbiologia, Imunologia e Parasitologia
Patologia Humana

Hospital Independência, HI, Brasil.
Vínculo institucional

2009 - 2009
Vínculo: Estágio, Enquadramento Funcional: Interno, Carga horária: 20

Atividades

05/2005 - 06/2005
Estágios , Serviço de Oncologia, Banco de Sangue.

Estágio realizado
Hemoterapia.

Hospital Geral de Novo Hamburgo, HGNH, Brasil.
Vínculo institucional

1998 - 1998
Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Interno, Carga horária: 24

Atividades

1/1998 - 10/1998
Estágios , Serviço de Traumatologia, Unidade de Pronto Atendimento.

Estágio realizado
Pronto-atendimento ambulatorial e cirúrgico.


Linhas de pesquisa


1.
Genômica funcional e redes de expressão gênica
2.
Biologia quantitativa e de sistemas
3.
Métodos computacionais, estatísticos e matemáticos
4.
Análise e integração de dados biológicos


Projetos de pesquisa


2014 - Atual
RTN: plataforma computacional para reconstrução de redes regulatórias transcricionais e análise integrativa de dados de genômica clínica do câncer
Descrição: Em um estudo recente publicado no periódico Nature Communications (http://dx.doi.org/10.1038/ncomms3464) nós iniciamos o desenvolvimento de um novo pacote de algoritmos e ferramentas computacionais para reconstrução de interações regulatórias em redes transcricionais (RTN), subsequentemente expandido e validado em um novo estudo publicado no periódico Nature Genetics (http://dx.doi.org/10.1038/ng.3458) para seguimento funcional de estudos de associação genômica. O presente projeto visa dar continuidade à construção destas ferramentas, juntamente com os projetos colaborativos que demandam o seu uso. Em especial, este projeto propõem uma combinação entre abordagem computacional e trabalhos experimentais, os quais serão executados em parceria com grupos de pesquisa consolidados em suas respectivas áreas de investigação. Este projeto está contemplado pelo Edital Universal MCTI/CNPq No 01/2016 (Processo No. 407090/2016-9) e possui colaboração formalizada com o "Breast Cancer Campaign UK" e "Breast Cancer Research Foundation (BCRF)"..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (3) / Doutorado: (1) .
Integrantes: Mauro Antônio Alves Castro - Coordenador / Kerstin B Meyer - Integrante / Florian Markowetz - Integrante / Ines de Santiago - Integrante / Bruce A J Ponder - Integrante / Bastiani, Marco A. - Integrante / Fabio Klamt - Integrante / Rodrigo Juliani Siqueira Dalmolin - Integrante / Vinicius Saraiva Chagas - Integrante / Marthin Silveira Borba - Integrante / Gordon Robertson - Integrante.Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.
Número de produções C, T & A: 17 / Número de orientações: 3
2009 - Atual
Desenvolvimento de ferramentas de bioinformática para análise de interatomas e identificação de redes de biomarcadores tumorais.
Descrição: A progressão das neoplasias sólidas é um processo complexo, não segue uma seqüência universal e é caracterizada pela marcada heterogeneidade tumoral na ocasião do diagnóstico. Anormalidades cromossômicas, mutações somáticas e alterações epigenéticas estão entre as principais alterações celulares decorrentes da instabilidade do genoma destas neoplasias. Essa instabilidade tem importantes implicações clínicas, pois impõe dificuldades ao desenvolvimento de novos biomarcadores tumorais, tais como a baixa recorrência de mutações somáticas causalmente relacionadas ao desenvolvimento do câncer e a grande diversidade amostral. Segundo o atual sistema de estadiamento de tumores, apenas neoplasias de testículo são estadiadas com auxílio de marcadores moleculares (i.e. sistema TNM+S). Nas demais neoplasias sólidas o estadiamento é feito exclusivamente por critérios anatômicos, apesar das inúmeras ferramentas disponíveis para a análise molecular do genoma, do proteoma e do transcriptoma de biópsias de tecidos malignos. Visto que biomarcadores isoladamente não parecem ser efetivos para traduzir heterogeneidade tumoral em informação clínica relevante, neste projeto nos propomos a aumentar a robustez da classificação molecular de neoplasias sólidas através da identificação redes de biomarcadores tumorais (Edital Universal MCT/CNPq 14/2009 - 472658/2009-3; seguimento em colaboração UFPR/UFRN).
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (1) / Doutorado: (2) .
Integrantes: Mauro Antônio Alves Castro - Coordenador / José Carlos Merino Mombach - Integrante / Jose Luiz Rybarczyk Filho - Integrante / Fabio Klamt - Integrante / Rita Maria Cunha de Almeida - Integrante / Rodrigo Juliani Siqueira Dalmolin - Integrante / José Claudio Fonseca Moreira - Integrante.Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.
Número de produções C, T & A: 12


Membro de corpo editorial


2009 - 2012
Periódico: Frontiers in Bioscience


Revisor de periódico


2006 - Atual
Periódico: Frontiers in Bioscience
2005 - Atual
Periódico: Journal of Theoretical Biology
2008 - Atual
Periódico: Gene Regulation and Systems Biology
2010 - Atual
Periódico: Bioinformatics (Oxford. Print)
2010 - Atual
Periódico: Molecular Biology and Evolution
2011 - Atual
Periódico: Nucleic Acids Research
2018 - Atual
Periódico: BMC BIOINFORMATICS


Áreas de atuação


1.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica.
2.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Biologia Molecular/Especialidade: Bioinformática.
3.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Biologia Molecular/Especialidade: Genômica Funcional.
4.
Grande área: Ciências da Saúde / Área: Medicina / Subárea: Oncologia.


Idiomas


Inglês
Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.
Espanhol
Compreende Razoavelmente, Fala Pouco, Lê Razoavelmente, Escreve Pouco.
Francês
Compreende Pouco, Fala Pouco, Lê Pouco, Escreve Pouco.


Prêmios e títulos


2010
Menção Honrosa - Prêmio Capes de Tese, CAPES.


Produções



Produção bibliográfica
Citações

Web of Science
Total de trabalhos:42
Total de citações:527
Fator H:13
Castro, Mauro AA  Data: 15/09/2018

SCOPUS
Total de trabalhos:49
Total de citações:593
Castro, Mauro Antônio Alves  Data: 15/09/2018

Artigos completos publicados em periódicos

1.
DE ALMEIDA, RODRIGO C.2018DE ALMEIDA, RODRIGO C. ; CHAGAS, VINÍCIUS S. ; CASTRO, MAURO A. A. ; PETZL-ERLER, MARIA L. . Integrative Analysis Identifies Genetic Variants Associated With Autoimmune Diseases Affecting Putative MicroRNA Binding Sites. Frontiers in Genetics, v. 9, p. 139, 2018.

2.
BORTOLUZZI, ANDRESSA2018BORTOLUZZI, ANDRESSA ; SALUM, GIOVANNI ABRAHÃO ; DA ROSA, EDUARDA DIAS ; CHAGAS, VINICIUS DE SARAIVA ; CASTRO, MAURO ANTÔNIO ALVES ; MANFRO, GISELE GUS . DNA methylation in adolescents with anxiety disorder: a longitudinal study. Scientific Reports, v. 8, p. 13800, 2018.

3.
44LOPES, FERNANDA M.2017LOPES, FERNANDA M. ; DA MOTTA, LEONARDO LISBÔA ; DE BASTIANI, MARCO A. ; PFAFFENSELLER, BIANCA ; AGUIAR, BIANCA W. ; DE SOUZA, LUIZ F. ; ZANATTA, GEANCARLO ; VARGAS, DAIANI M. ; SCHÖNHOFEN, PATRÍCIA ; LONDERO, GIOVANA F. ; DE MEDEIROS, LIANA M. ; FREIRE, VALDER N. ; DAFRE, ALCIR L. ; CASTRO, MAURO A. A. ; PARSONS, RICHARD B. ; KLAMT, FABIO . RA Differentiation Enhances Dopaminergic Features, Changes Redox Parameters, and Increases Dopamine Transporter Dependency in 6-Hydroxydopamine-Induced Neurotoxicity in SH-SY5Y Cells. NEUROTOXICITY RESEARCH, v. 31, p. 545-559, 2017.

4.
5ROBERTSON, A. GORDON2017ROBERTSON, A. GORDON KIM, JAEGIL AL-AHMADIE, HIKMAT BELLMUNT, JOAQUIM GUO, GUANGWU CHERNIACK, ANDREW D. HINOUE, TOSHINORI LAIRD, PETER W. HOADLEY, KATHERINE A. AKBANI, REHAN Castro, Mauro A.A. GIBB, EWAN A. KANCHI, RUPA S. GORDENIN, DMITRY A. SHUKLA, SACHET A. SANCHEZ-VEGA, FRANCISCO HANSEL, DONNA E. CZERNIAK, BOGDAN A. REUTER, VICTOR E. SU, XIAOPING DE SA CARVALHO, BENILTON CHAGAS, VINICIUS S. MUNGALL, KAREN L. SADEGHI, SARA PEDAMALLU, CHANDRA SEKHAR , et al.LU, YILING KLIMCZAK, LESZEK J. ZHANG, JIEXIN CHOO, CALEB OJESINA, AKINYEMI I. BULLMAN, SUSAN LERAAS, KRISTEN M. LICHTENBERG, TARA M. WU, CATHERINE J. SCHULTZ, NICHOLAUS GETZ, GAD MEYERSON, MATTHEW MILLS, GORDON B. MCCONKEY, DAVID J. WEINSTEIN, JOHN N. KWIATKOWSKI, DAVID J. LERNER, SETH P. AKBANI, REHAN AL-AHMADIE, HIKMAT ALBERT, MONIQUE ALEXOPOULOU, IAKOVINA ALLY, ADRIAN ANTIC, TATJANA ARON, MANJU BALASUNDARAM, MIRUNA BARTLETT, JOHN BAYLIN, STEPHEN B. BEAVER, ALLISON BELLMUNT, JOAQUIM BIROL, INANC BOICE, LORI BOOTWALLA, MOIZ S. BOWEN, JAY BOWLBY, REANNE BROOKS, DENISE BSHARA, WIAM BULLMAN, SUSAN BURKS, ERIC CÁRCANO, FLAVIO M. CARLSEN, REBECCA CARVALHO, BENILTON S. CARVALHO, ANDRE L. CASTLE, ERIC P. Castro, Mauro A.A. CASTRO, PATRICIA CATTO, JAMES W. CHAGAS, VINICIUS S. CHERNIACK, ANDREW D. CHESLA, DAVID W. CHOO, CALEB CHUAH, ERIC CHUDAMANI, SUDHA CORTESSIS, VICTORIA K. COTTINGHAM, SANDRA L. CRAIN, DANIEL CURLEY, ERIN CZERNIAK, BOGDAN A. DANESHMAND, SIAMAK DEMCHOK, JOHN A. DHALLA, NOREEN DJALADAT, HOOMAN ECKMAN, JOHN EGEA, SOPHIE C. ENGEL, JAY FELAU, INA FERGUSON, MARTIN L. GARDNER, JOHANNA GASTIER-FOSTER, JULIE M. GERKEN, MARK GETZ, GAD GIBB, EWAN A. GOMEZ-FERNANDEZ, CARMEN R. GORDENIN, DMITRY A. GUO, GUANGWU HANSEL, DONNA E. HARR, JODI HARTMANN, ARNDT HERBERT, LYNN M. HINOUE, TOSHINORI HO, THAI H. HOADLEY, KATHERINE A. HOLT, ROBERT A. HUTTER, CAROLYN M. JONES, STEVEN J.M. JORDA, MERCE KAHNOSKI, RICHARD J. KANCHI, RUPA S. KASAIAN, KATAYOON KIM, JAEGIL KLIMCZAK, LESZEK J. KWIATKOWSKI, DAVID J. LAI, PHILLIP H. LAIRD, PETER W. LANE, BRIAN R. LERAAS, KRISTEN M. LERNER, SETH P. LICHTENBERG, TARA M. LIU, JIA LOLLA, LAXMI LOTAN, YAIR LU, YILING LUCCHESI, FABIANO R. MA, YUSSANNE MACHADO, ROBERTO D. MAGLINTE, DENNIS T. MALLERY, DAVID MARRA, MARCO A. MARTIN, SUE E. MAYO, MICHAEL MCCONKEY, DAVID J. MERANEY, ANOOP MEYERSON, MATTHEW MILLS, GORDON B. MOINZADEH, ALIREZA MOORE, RICHARD A. MORA PINERO, EDNA M. MORRIS, SCOTT MORRISON, CARL MUNGALL, KAREN L. MUNGALL, ANDREW J. MYERS, JEROME B. NARESH, RASHI O'DONNELL, PETER H. OJESINA, AKINYEMI I. PAREKH, DIPEN J. PARFITT, JEREMY PAULAUSKIS, JOSEPH D. SEKHAR PEDAMALLU, CHANDRA PENNY, ROBERT J. PIHL, TODD PORTEN, SIMA QUINTERO-AGUILO, MARIO E. RAMIREZ, NILSA C. RATHMELL, W. KIMRYN REUTER, VICTOR E. RIEGER-CHRIST, KIMBERLY ROBERTSON, A. GORDON SADEGHI, SARA SALLER, CHARLES SALNER, ANDREW SANCHEZ-VEGA, FRANCISCO SANDUSKY, GEORGE SCAPULATEMPO-NETO, CRISTOVAM SCHEIN, JACQUELINE E. SCHUCKMAN, ANNE K. SCHULTZ, NIKOLAUS SHELTON, CANDACE SHELTON, TROY SHUKLA, SACHET A. SIMKO, JEFF SINGH, PARMINDER SIPAHIMALANI, PAYAL SMITH, NORM D. SOFIA, HEIDI J. SORCINI, ANDREA STANTON, MELISSA L. STEINBERG, GARY D. STOEHR, ROBERT SU, XIAOPING SULLIVAN, TRAVIS SUN, QIANG TAM, ANGELA TARNUZZER, ROY TARVIN, KATHERINE TAUBERT, HELGE THIESSEN, NINA THORNE, LEIGH TSE, KANE TUCKER, KELINDA VAN DEN BERG, DAVID J. VAN KESSEL, KIM E. WACH, SVEN WAN, YUNHU WANG, ZHINING WEINSTEIN, JOHN N. WEISENBERGER, DANIEL J. WISE, LISA WONG, TINA WU, YE WU, CATHERINE J. YANG, LIMING ZACH, LEIGH ANNE ZENKLUSEN, JEAN C. ZHANG, JIASHAN (JULIA) ZHANG, JIEXIN ZMUDA, ERIK ZWARTHOFF, ELLEN C. ; Comprehensive Molecular Characterization of Muscle-Invasive Bladder Cancer. CELL, p. 540-556, 2017.

5.
CAMPBELL, THOMAS M2017CAMPBELL, THOMAS M ; CASTRO, MAURO AA ; DEOLIVEIRA, KELIN GONÇALVES ; PONDER, BRUCE AJ ; MEYER, KERSTIN B . ER alpha binding by transcription factors NFIB and YBX1 enables FGFR2 signalling to modulate estrogen responsiveness in breast cancer. CANCER RESEARCH, v. 78, p. canres.1153.20-12, 2017.

6.
16PFAFFENSELLER, B2016PFAFFENSELLER, B ; DA SILVA MAGALHÃES, P V ; DE BASTIANI, M A ; CASTRO, M A A ; GALLITANO, A L ; Kapczinski, F ; Klamt, F . Differential expression of transcriptional regulatory units in the prefrontal cortex of patients with bipolar disorder: potential role of early growth response gene 3. Translational Psychiatry, v. 6, p. e805, 2016.

7.
11CAMPBELL, THOMAS M.2016CAMPBELL, THOMAS M. ; CASTRO, MAURO A. A. ; PONDER, BRUCE A. J. ; MEYER, KERSTIN B. . Identification of Post-Transcriptional Modulators of Breast Cancer Transcription Factor Activity Using MINDy. Plos One, v. 11, p. e0168770, 2016.

8.
42COSTA, FLÁVIA F.2016COSTA, FLÁVIA F. ; DE HOOG, SYBREN ; RAITTZ, ROBERTO T. ; WEISS, VINICIUS A. ; LEÃO, ANIELE C. R. ; BOMBASSARO, AMANDA ; SUN, JIUFENG ; MORENO, LEANDRO F. ; SOUZA, EMANUEL M. ; PEDROSA, FABIO O. ; STEFFENS, MARIA BERENICE R. ; BAURA, VALTER ; TADRA-SFEIR, MICHELE Z. ; BALSANELLI, EDUARDO ; NAJAFZADEH, M. JAVAD ; GOMES, RENATA R. ; FELIPE, MARIA S. ; TEIXEIRA, MARCUS ; SANTOS, GERMANA D. ; XI, LIYAN ; ALVES DE CASTRO, MAURO ANTÔNIO ; VICENTE, VÂNIA A. . Draft Genome Sequence of Fonsecaea nubica Strain CBS 269.64, Causative Agent of Human Chromoblastomycosis. Genome Announcements, v. 4, p. e00735-16, 2016.

9.
10CAMPBELL, THOMAS M.2016CAMPBELL, THOMAS M. ; Castro, Mauro A.A. ; DE SANTIAGO, INES ; FLETCHER, MICHAEL N.C. ; HALIM, SILVIA ; PRATHALINGAM, RADHIKA ; PONDER, BRUCE A.J. ; MEYER, KERSTIN B. . FGFR2 risk SNPs confer breast cancer risk by augmenting oestrogen responsiveness. CARCINOGENESIS (NEW YORK. ONLINE), v. 37, p. 741-750, 2016.

10.
45DE OLIVEIRA, VALESKA AGUIAR2016DE OLIVEIRA, VALESKA AGUIAR ; DA MOTTA, LEONARDO LISBÔA ; DE BASTIANI, MARCO ANTÔNIO ; LOPES, FERNANDA MARTINS ; MÜLLER, CAROLINA BEATRIZ ; GABIATTI, BERNARDO PAPINI ; FRANÇA, FERNANDA STAPENHORST ; CASTRO, MAURO ANTÔNIO ALVES ; KLAMT, FABIO . In vitro evaluation of antitumoral efficacy of catalase in combination with traditional chemotherapeutic drugs against human lung adenocarcinoma cells. TUMOR BIOLOGY, v. 37, p. 10775-10784, 2016.

11.
31WOLLENHAUPT-AGUIAR, BIANCA2016WOLLENHAUPT-AGUIAR, BIANCA ; PFAFFENSELLER, BIANCA ; CHAGAS, VINICIUS DE SARAIVA ; Castro, Mauro A A ; PASSOS, IVES CAVALCANTE ; KAUER-SANT?ANNA, MÁRCIA ; KAPCZINSKI, FLAVIO ; KLAMT, FÁBIO . Reduced Neurite Density in Neuronal Cell Cultures Exposed to Serum of Patients with Bipolar Disorder. International Journal of Neuropsychopharmacology (Print), v. 19, p. pyw051, 2016.

12.
30Schonhoffen, P2015Schonhoffen, P ; Medeiros, LM ; Bristot, IJ ; Lopes, FM ; de Bastiani, M ; Kapczinski, F ; Crippa, JAS ; Castro, MAA ; Parsons, RB ; Klamt, F . Cannabidiol Exposure During Neuronal Differentiation Sensitizes Cells Against Redox-Active Neurotoxins. Molecular Neurobiology, v. 52, p. 26-37, 2015.

13.
35Müller, CB2015Müller, CB ; de Bastiani, M ; Becker, M ; França, FS ; Branco, MA ; Castro, M. A. A. ; Klamt, F . Potential crosstalk between cofilin-1 and EGFR pathways in cisplatin resistance of non-small-cell lung cancer. OncoTarget, v. 6, p. 3531-3539, 2015.

14.
25Alemar, B2015Alemar, B ; Ribeiro, I ; Silva, P ; Macedo, G ; Castro, MAA ; Osvaldt, AB ; Matte, U ; Asthon-Prolla, P . miRNA-21 and miRNA-34a Are Potential Minimally Invasive Biomarkers for the Diagnosis of Pancreatic Ductal Adenocarcinoma. Pancreas (New York), v. -, p. 1, 2015.

15.
34Becker M2015Becker M ; Bastiani, MA ; Parisi, MM ; Gumma, FTCR ; Markoski, MM ; Castro, MAA ; Kaplan, MH ; Barbé-Tuana, FM ; Klamt, F . Integrated Transcriptomics Establish Macrophage Polarization Signatures and have Potential Applications for Clinical Health and Disease. Scientific Reports, v. 5, p. 13351, 2015.

16.
1Castro, Mauro A A2015 Castro, Mauro A A; DE SANTIAGO, INES ; CAMPBELL, THOMAS M ; VAUGHN, COURTNEY ; HICKEY, THERESA E ; ROSS, EDITH ; TILLEY, WAYNE D ; MARKOWETZ, FLORIAN ; PONDER, BRUCE A J ; MEYER, KERSTIN B . Regulators of genetic risk of breast cancer identified by integrative network analysis. Nature Genetics (Print), v. 48, p. 12-21, 2015.

17.
41Lisbôa da Motta, L2014Lisbôa da Motta, L ; Müller, CB ; Bastiani, MA ; Behr, GA ; França, FS ; Rocha, RF ; Minotto, JB ; Meurer, RT ; Fernandes, MC ; Roehe, A ; Markoski, MM ; Andrade, CF ; CASTRO, MAURO A. A. ; Klamt, F . Imbalance in redox status is associated with tumor aggressiveness and poor outcome in lung adenocarcinoma patients. Journal of Cancer Research and Clinical Oncology, v. 140, p. 461-470, 2014.

18.
12Martinelli, NC2014Martinelli, NC ; Cohen, CR ; Santos, KG ; Castro, Mauro A. ; Biolo, A ; Frick, L ; Silvello, D ; Lopes, A ; Schneider, S ; Andrades, ME ; Clausell, N ; Matte, U ; Rohde, LE . An Analysis of the Global Expression of MicroRNAs in an Experimental Model of Physiological Left Ventricular Hypertrophy. Plos One, v. 9, p. e93271, 2014.

19.
21Ferreira, RM2013Ferreira, RM ; Rybarczyk Filho, JL ; Dalmolin, RJS ; CASTRO, MAURO A. A. ; Moreira, JCF ; Brunnet, LG ; de Almeida, RMC . Preferential Duplication of Intermodular Hub Genes: An Evolutionary Signature in Eukaryotes Genome Networks. Plos One, v. 8, p. e56579, 2013.

20.
3Fletcher, MNC2013 Fletcher, MNC ; Castro, MAA ; Wang, X ; Santiago, I ; O?Reilly, M ; Chin, S ; Rueda, OM ; Caldas, C ; Ponder, BAJ ; Markowetz, F ; Meyer, KB . Master regulators of FGFR2 signalling and breast cancer risk. Nature Communications, v. 4, p. 1-12, 2013.

21.
19Becker, M2013Becker, M ; de Bastiani, M ; Muller, CB ; Markoski, M ; Castro, MAA ; Klamt, F . High cofilin-1 levels correlate with cisplatin resistance in lung adenocarcinomas. Tumor Biology, v. 34, p. 1-6, 2013.

22.
22Camilo, E2013Camilo, E ; Bovolenta, LA ; Acencio, ML ; Rybarczyk Filho, JL ; Castro, M. A. A. ; Moreira, JCF ; Lemke, N . GALANT: a Cytoscape plugin for visualizing data as functional landscapes projected onto biological networks. Bioinformatics (Oxford. Print), v. 29, p. 2505-2506, 2013.

23.
9Albanus, RD2013Albanus, RD ; Dalmolin, RJS ; Castro, MAA ; Pasquali, MAB ; Ramos, VM ; Gelain, DP ; Moreira, JCF . Reverse Engineering the Neuroblastoma Regulatory Network Uncovers MAX as One of the Master Regulators of Tumor Progression. Plos One, v. 8, p. e82457, 2013.

24.
39Gelain, DP2012Gelain, DP ; Pasquali, MAB ; Caregnato, FF ; Castro, MAA ; Moreira, JCF . Retinol induces morphological alterations and proliferative focus formation through free radical-mediated activation of multiple signaling pathways. Acta Pharmacologica Sinica, v. 33, p. 558-567, 2012.

25.
8Wang, X2012Wang, X ; Castro, MAA ; Mulder, KW ; Markowetz, F . Posterior Association Networks and Functional Modules Inferred from Rich Phenotypes of Gene Perturbations. PLoS Computational Biology, v. 8, p. e1002566, 2012.

26.
37Dalmolin, RJS2012Dalmolin, RJS ; Gelain, DP ; Klamt, F ; Castro, MAA ; Moreira, JCF . Transcriptomic analysis reveals pH-responsive antioxidant gene networks. Frontiers in Bioscience (Print), v. S4, p. 1556, 2012.

27.
2Castro, MAA2012 Castro, MAA; Wang, X ; Fletcher, MNC ; Meyer, KB ; Markowetz, F . RedeR: R/Bioconductor package for representing modular structures, nested networks and multiple levels of hierarchical associations.. Genome Biology (Print): Biology for the Post-Genomic Era, v. 13, p. R29, 2012.

28.
23Simão, EM2012Simão, EM ; Sinigaglia, M ; Bugs, CA ; Castro, Mauro Antonio Alves ; Librelotto, GR ; Alves, R ; Mombach, JCM . Induced genome maintenance pathways in pre-cancer tissues describe an anti-cancer barrier in tumor development. Molecular Biosystems (Print), v. 8, p. 10-20, 2012.

29.
20Rybarczyk Filho, JL2011Rybarczyk Filho, JL ; Castro, MAA ; Dalmolin, RJS ; Moreira, JCF ; Brunnet, LG ; de Almeida, RMC . Towards a genome-wide transcriptogram: the Saccharomyces cerevisiae case. Nucleic Acids Research, v. 39, p. 3005-3016, 2011.

30.
24Muller, CB2011Muller, CB ; Barros, RLS ; Castro, MAA ; Lopes, FM ; Meurer, RT ; Roehe, A ; Mazzini, G ; Ulbrich-kulczynski, JM ; Dal Pizzol, F ; Fernandes, MC ; Moreira, JCF ; Xavier, L ; Klamt, F . Validation of cofilin-1 as a biomarker in non-small cell lung cancer: application of quantitative method in a retrospective cohort. Journal of Cancer Research and Clinical Oncology, v. 137, p. 1309-1316, 2011.

31.
15Dalmolin, RJS2011Dalmolin, RJS ; Castro, MAA ; Souza, LHT ; Rybarczyk Filho, JL ; de Almeida, RMC ; Moreira, JCF . Evolutionary plasticity determination by orthologous groups distribution. BIOL DIRECT, v. 6, p. 22, 2011.

32.
33Cabral, HCB2011Cabral, HCB ; Librelotto, GR ; Simão, EM ; Sinigaglia, M ; CASTRO, MAURO A. A. ; Mombach, JCM . O Processamento de uma Ontologia sobre a Integração de Dados de Vias de Interação Molecular Envolvidas em Câncer. Revista Brasileira de Computação Aplicada, v. 3, p. 82-91, 2011.

33.
26Simão, EM2010Simão, EM ; Cabral, HCB ; Castro, MAA ; Sinigaglia, M ; Mombach, JCM ; Librelotto, GR . Modeling the Human Genome Maintenance network. Physica. A (Print), v. 389, p. 4188-4194, 2010.

34.
14Castro, MAA2010 Castro, MAA; Dal Pizzol, F ; Zdanov, S ; Soares, M ; Muller, CB ; Lopes, FM ; Zanotto-Filho, A ; Fernandes, MC ; Moreira, JCF ; Shacter, E ; Klamt, F . CFL1 expression levels as a prognostic and drug resistance marker in nonsmall cell lung cancer. Cancer (Print), v. 116, p. 3645-3655, 2010.

35.
38Gelain, DP2009Gelain, DP ; Dalmolin, RJS ; Belau, VL ; Moreira, JCF ; Klamt, F ; Castro, MAA . A systematic review of human antioxidant genes. Frontiers in Bioscience, v. Volume, p. 4457, 2009.

36.
43Sinigaglia, M2009Sinigaglia, M ; Castro, MAA ; Echeverrigaray, S ; Pereira, GAG ; Mombach, JCM . Analysis of expression pathways alterations of Arabidopsis thaliana induced by a Necrosis- and Ethylene-inducing protein. Physica. A, v. 388, p. 4515-4522, 2009.

37.
7Castro, MAA2009Castro, MAA; Rybarczyk Filho, JL ; Dalmolin, RJS ; Sinigaglia, M ; Moreira, JCF ; Mombach, JCM ; de Almeida, RMC . ViaComplex: software for landscape analysis of gene expression networks in genomic context. Bioinformatics (Oxford. Print), v. 25, p. 1468-1469, 2009.

38.
36Klamt, F2008Klamt, F ; Castro, MAA ; Passos, DT ; Gelain, DP ; Grivicich, I ; Moreira, JCF . Inhibition of MDR1 expression by retinol treatment increases sensitivity to etoposide (VP16) in human neoplasic cell line Toxicology in Vitro. Toxicology in Vitro, v. 22, p. 873-878, 2008.

39.
4Castro, MAA;Castro, MA;Castro, Mauro Antonio Alves;CASTRO, MAURO A. A.;Castro, Mauro A A;Castro, M. A. A.;Castro, M.A.A.;Castro, Mauro A.;ALVES CASTRO, MAURO ANTÔNIO;Antônio Alves Castro;CASTRO, MAURO ANTÔNIO ALVES;CASTRO, M A A;ALVES DE CASTRO, MAURO ANTÔNIO;CASTRO, MAURO AA2008 Castro, MAA; Dalmolin, RJS ; Moreira, JCF ; Mombach, JCM ; de Almeida, RMC . Evolutionary origins of human apoptosis and genome-stability gene networks. Nucleic Acids Research, v. 36, p. 6269-6283, 2008.

40.
27Mombach, JCM2008Mombach, JCM ; Castro, M.A.A. ; Moreira, JCF ; de Almeida, RMC . On the absence of mutations in nucleotide excision repair genes in sporadic solid tumors. Genetics and Molecular Research, v. 7, p. 152-160, 2008.

41.
6Castro, MAA;Castro, MA;Castro, Mauro Antonio Alves;CASTRO, MAURO A. A.;Castro, Mauro A A;Castro, M. A. A.;Castro, M.A.A.;Castro, Mauro A.;ALVES CASTRO, MAURO ANTÔNIO;Antônio Alves Castro;CASTRO, MAURO ANTÔNIO ALVES;CASTRO, M A A;ALVES DE CASTRO, MAURO ANTÔNIO;CASTRO, MAURO AA2007Castro, MAA; Mombach, JCM ; de Almeida, RMC ; Moreira, JCF . Impaired expression of NER gene network in sporadic solid tumors. Nucleic Acids Research, v. 35, p. 1859-1867, 2007.

42.
13Castro, MAA2006Castro, MAA; Onsten, TGH ; Moreira, JCF ; de Almeida, RMC . Chromosome aberrations in solid tumors have a stochastic nature. Mutation Research, v. 600, p. 150-164, 2006.

43.
17Castro, MAA;Castro, MA;Castro, Mauro Antonio Alves;CASTRO, MAURO A. A.;Castro, Mauro A A;Castro, M. A. A.;Castro, M.A.A.;Castro, Mauro A.;ALVES CASTRO, MAURO ANTÔNIO;Antônio Alves Castro;CASTRO, MAURO ANTÔNIO ALVES;CASTRO, M A A;ALVES DE CASTRO, MAURO ANTÔNIO;CASTRO, MAURO AA2005Castro, MAA; Onsten, TGH ; de Almeida, RMC ; Moreira, JCF . Profiling cytogenetic diversity with entropy-based karyotypic analysis. Journal of Theoretical Biology, USA, v. 234, n.4, p. 487-495, 2005.

44.
40de Oliveira, RB2005de Oliveira, RB ; Klamt, F ; Castro, MAA ; Polydoro, M ; Zanotto-Filho, A ; Gelain, DP ; Dal Pizzol, F ; Moreira, JCF . Morphological and oxidative alterations on Sertoli cells cytoskeleton due to retinol-induced reactive oxygen species. Molecular and Cellular Biochemistry, USA, v. 271, p. 189-196, 2005.

45.
32Castro, MAA;Castro, MA;Castro, Mauro Antonio Alves;CASTRO, MAURO A. A.;Castro, Mauro A A;Castro, M. A. A.;Castro, M.A.A.;Castro, Mauro A.;ALVES CASTRO, MAURO ANTÔNIO;Antônio Alves Castro;CASTRO, MAURO ANTÔNIO ALVES;CASTRO, M A A;ALVES DE CASTRO, MAURO ANTÔNIO;CASTRO, MAURO AA2005Castro, MAA; Grieneisen, VA ; de Almeida, RMC . Disruption and de novo formation of nanotubular membrane extensions in SW620 colon carcinoma cell line during cell division. Cell Biology International, v. 29, p. 929-931, 2005.

46.
18Castro, MAA2003Castro, MAA; Klamt, F ; Grieneisen, VA ; Grivicich, I ; Moreira, JCF . Gompertzian growth pattern correlated with phenotypic organization of colon carcinoma, malignant glioma and non-small cell lung carcinoma cell lines. Cell Proliferation, Manchester, v. 36, p. 65-73, 2003.

47.
28Castro, MAA;Castro, MA;Castro, Mauro Antonio Alves;CASTRO, MAURO A. A.;Castro, Mauro A A;Castro, M. A. A.;Castro, M.A.A.;Castro, Mauro A.;ALVES CASTRO, MAURO ANTÔNIO;Antônio Alves Castro;CASTRO, MAURO ANTÔNIO ALVES;CASTRO, M A A;ALVES DE CASTRO, MAURO ANTÔNIO;CASTRO, MAURO AA2001Castro, MAA; Moreira, JCF . Intercellular contact-dependent survival of human A549, NCI-H596 and NCI-H520 non-small cell lung carcinoma cell lines. Brazilian Journal of Medical and Biological Research, v. 34, p. 1007-1013, 2001.

48.
29Castro, MAA;Castro, MA;Castro, Mauro Antonio Alves;CASTRO, MAURO A. A.;Castro, Mauro A A;Castro, M. A. A.;Castro, M.A.A.;Castro, Mauro A.;ALVES CASTRO, MAURO ANTÔNIO;Antônio Alves Castro;CASTRO, MAURO ANTÔNIO ALVES;CASTRO, M A A;ALVES DE CASTRO, MAURO ANTÔNIO;CASTRO, MAURO AA1999Castro, MAA; Schwartsmann, G ; Bernard, EA ; Moreira, JCF . Phenotype modulation of cellular UV-sensitivity. Cancer Letters, v. 145, p. 65-72, 1999.

Capítulos de livros publicados
1.
Cruz, Leonardo Magalhães ; Trefflich, Sheyla ; Weiss, Vinícius Almir ; CASTRO, MAURO ANTÔNIO ALVES . Protein Function Prediction. Methods in Molecular Biology. 3ed.: Springer New York, 2017, v. 1654, p. 55-75.

2.
Sinigaglia, M ; Rybarczyk Filho, JL ; Dalmolin, RJS ; de Almeida, RMC ; Castro, M. A. A. ; Mombach, JCM ; Librelotto, GR . Bioinformatics Analysis of Gene Networks Involved in Genomic Stability and Cancer.. In: Helen C. Kristoff. (Org.). Cancer Biomarkers. NY: Nova Science Publishers, 2010, v. 13, p. 34-53.

Trabalhos completos publicados em anais de congressos
1.
Librelotto, GR ; Mombach, JCM ; Sinigaglia, M ; Simão, EM ; Cabral, HCB ; Castro, MAA . An ontology to Integrate transcriptomics and interatomics data involved in gene pathways of genome stability. In: BSB 2009, 2009. Lecture Notes in Computer Science. Heidelberg: Springer-Verlag, 2009. v. 5676. p. 164-167.

2.
Borba, MS ; Gama, KCL ; Rybarczyk Filho, JL ; Castro, MAA . Caracterização de redes de interação protéica associadas ao desenvolvimento de melanoma. In: Salão de Iniciação Científica, 2008, Canoas. Revista de Iniciação Científica da ULBRA, 2008. v. 7. p. 47-51.

Resumos expandidos publicados em anais de congressos
1.
Librelotto, GR ; Mombach, JCM ; Sinigaglia, M ; Cabral, HCB ; Castro, MAA . A database on human pathways of genome maintenance mechanisms. In: X-meeting, 2009, Angra dos Reis. Proceedings of the X-meeting 2009, 2009.

2.
Castro, MAA; Mombach, JCM ; Moreira, JCF ; de Almeida, RMC . Impaired expression of NER gene network in sporadic solid tumors. In: Brazilian Symposium on Bioinformatics, 2007, Angra dos Reis. Brazilian Symposium on Bioinformatics 2007 - BSB 2007. São Paulo: Brazilian Computer Society, 2007. p. 10-13.

Resumos publicados em anais de congressos
1.
Dalmolin, RJS ; Castro, MAA ; Rybarczyk Filho, JL ; Souza, LHT ; Brunnet, LG ; de Almeida, RMC ; Moreira, JCF . Transcriptional patterns as tumor biomarkers. In: XLI Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular - SBBq, 2012, Foz do Iguaçu. XLI Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular - SBBq, 2012. v. unico. p. 1-1.

2.
Dalmolin, RJS ; Castro, MAA ; Rybarczyk Filho, JL ; Souza, LHT ; Brunnet, LG ; de Almeida, RMC ; Moreira, JCF . Busca de Padrões Transcricionais como biomarcadores tumorais. In: III Mostra da Bioquímica - UFRGS, 2011, Porto Alegre. Livro de Resumos da III Mostra da Bioquímica, 2011. v. unico. p. 25-25.

3.
Souza, LHT ; Dalmolin, RJS ; Rybarczyk Filho, JL ; Castro, MAA ; de Almeida, RMC ; Moreira, JCF . Estudo da Plasticidade evolutiva através da distribuição de grupos ortólogos. In: III Mostra da Bioquímica - UFRGS, 2011, Porto Alegre. Livro de Resumos da III Mostra da Bioquímica,, 2011. v. unico. p. 62-62.

4.
Castro, MAA; Wang, X ; Fletcher, MNC ; Meyer, KB ; Markowetz, F . RedeR: bridging functional analyses and network visualization. In: 10th European Conference on Computational Biology, 2011, Vienna. ISMB/ECCB 2011, 2011. v. 1. p. Z25.

5.
Rybarczyk Filho, JL ; Castro, MAA ; Dalmolin, RJS ; Moreira, JCF ; Brunnet, LG ; de Almeida, RMC . Towards a genome-wide transcriptogram: from yeast to human. In: XXXIII Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada, 2010, Águas de Lindóia. XXXIII Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada, 2010.

6.
Dalmolin, RJS ; Castro, MAA ; Rybarczyk Filho, JL ; Souza, LHT ; de Almeida, RMC ; Moreira, JCF . Evolutionary plasticity index: A straightforward method to evaluate evolutionary plasticity based on orthologs distribution. In: 6th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology,, 2010, Ouro Preto. X-meeting abstracts book, 2010. v. 1. p. 25-25.

7.
Muller, CB ; Lopes, FM ; Zanotto-Filho, A ; Fernandes, MC ; Dal Pizzol, F ; Moreira, JCF ; Castro, MAA ; Klamt, F . CFL1 Expression Levels as a Prognostic and Drug Resistance Marker in Non-small Cell Lung Cancer. In: XXXVIII Annual Meeting of The Brazilian Society of Biochemistry and Molecular Biology (SBBq), 2009, Águas de Lindóia. Anais do XXXVIII Annual Meeting of SBBq, 2009.

8.
Rybarczyk Filho, JL ; Castro, MAA ; Dalmolin, RJS ; Moreira, JCF ; Brunnet, LG ; de Almeida, RMC . Expression Analysis on Interactome for Saccharomyces cerevisiae. In: 5th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology (X-meeting), 2009, Angra dos Reis. Livro de Resumos do X-meeting, 2009. v. 1. p. 83-83.

9.
Sinigaglia, M ; Castro, MAA ; Mombach, JCM . A Comprehensive Search of Human Genes Involved in Apoptosis. In: X-meeting 2008, 2008, Salvador. 4rd International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology, 2008.

10.
Rybarczyk Filho, JL ; Castro, MAA ; de Almeida, RMC . GNATT: ferramentas de análise de redes gênicas/protéicas e ordenamento de interatomas. In: I Escola Brasileira de Bioinformática, 2008, Santo André. I Escola Brasileira de Bioinformática (CD), 2008. Santo André, 2008.

11.
Borba, MS ; Castro, MAA . Caracterização de redes de interação protéica associada ao desenvolvimento do melanoma. In: Fórum de Pesquisa e Salão de Iniciação Científica e Tecnológica, 2008, Canoas. Fórum de Pesquisa e Salão de Iniciação Científica e Tecnológica. Canoas: Ed.ULBRA, 2008.

12.
Borba, MS ; Gama, KCL ; Castro, MAA . Redes de interação de oncogenes e genes supressores tumorais: propriedades sistêmicas dos genes MYC, HRAS, RB1 e TP53. In: Fórum de Pesquisa e Salão de Iniciação Científica e Tecnológica, 2008, Canoas. Fórum de Pesquisa e Salão de Iniciação Científica e Tecnológica. Canoas: Ed.ULBRA, 2008.

13.
Librelotto, GR ; Cabral, HCB ; Vizzotto, J ; Mombach, JCM ; Castro, MAA ; Sinigaglia, M . Ontologia para Integrar Dados de Interatoma e Transcriptoma de Câncer. In: III Workshop em Nanociências, 2008, Santa Maria. Proceedings do III Workshop em Nanociências, 2008.

14.
Rybarczyk Filho, JL ; Castro, MAA ; de Almeida, RMC . Metropolis algorithm modified for protein networks. In: CCP 2008, 2008, Ouro Preto. Conference on Computational Physics, 2008.

15.
Castro, MAA; Dalmolin, RJS ; Mombach, JCM ; Moreira, JCF ; de Almeida, RMC . Evolutionary analysis of apoptosis and genome stability genes: a network-based model of human genome maintenance mechanisms. In: X-meeting 2007, 2007, São Paulo. 3rd International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology. São Paulo: Embrapa Informática, 2007. p. 69.

16.
Castro, MAA; Mombach, JCM ; Moreira, JCF ; de Almeida, RMC . Impaired expression of nucleotide excision repair in solid tumors. In: X-meeting 2007, 2007, São Paulo. 3rd International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology. Campinas: Embrapa Informática, 2007. v. 3. p. 179.

17.
Sinigaglia, M ; Castro, MAA ; Echeverrigaray, S ; Pereira, GAG ; Mombach, JCM . A quantitative analysis of the Arabidopsis thaliana primary immune responses to a necrosis- and ethylene-inducing protein. In: X-meeting 2007, 2007, São Paulo. 3rd International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology. Campinas: Embrapa Informática, 2007. v. 3. p. 184.

18.
Mombach, JCM ; Castro, MAA ; Moreira, JCF ; de Almeida, RMC . On the absence of mutations in NER genes in sporadic solid tumors. In: X-meeting 2007, 2007, São Paulo. 3rd International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology, X-meeting 2007. Campinas: Embrapa Informática, 2007. v. 3. p. 222.

19.
Trindade, N ; Castro, MAA ; Moreira, JCF ; Klamt, F . Caracterização do papel da proteína cofilina como mediadora da apoptose em células tumorais. In: 1ª Mostra da Bioquímica, 2007, Porto Alegre. 1ª Mostra da Bioquímica. Porto Alegre: UFRGS, 2007. v. 1.

20.
Castro, MAA; Mombach, JCM ; de Almeida, RMC ; Moreira, JCF . Avaliação do padrão de expressão gênica em redes de estabilidade genômica em tumores sólidos esporádicos. In: 1ª Mostra da Bioquímica, 2007, Porto Alegre. 1ª Mostra da Bioquímica. Porto Alegre: UFRGS, 2007. v. 1.

21.
Rybarczyk Filho, JL ; Castro, MAA ; de Almeida, RMC . Uma nova ferramenta para análise de Interatomas. In: VI Mostra PPG-IF UFRGS, 2007, Porto Alegre. VI Mostra PPG-IF UFRGS. Porto Alegre, 2007.

22.
Rybarczyk Filho, JL ; Castro, MAA ; Brunnet, LG ; de Almeida, RMC . A new tool for analysis of interactome. In: BIOMAT 2007, 2007, Armação dos Búzios. International Symposium on Mathematical and Computational Biology. Armação dos Búzios, 2007.

23.
Grieneisen, VA ; Castro, MAA ; Marée, AFM . Modelling tumour growth dynamics. In: ECMTB 2005, 2005, Dresden. European Conference on Mathematical and Theoretical Biology. Dresden: ESMTB, 2005. v. 1. p. 345-345.

24.
Castro, MAA; Onsten, TGH ; de Almeida, RMC ; Moreira, JCF . Analysis of pooled solid tumor karyotypes reveals correlation between cytogenetic diversity and survival. In: XXIV Semana Científica HCPA, 2004, Porto Alegre. Revista HCPA, 2004.

25.
Castro, MAA; Grieneisen, VA ; de Almeida, RMC ; Moreira, JCF . Cinética de crescimento celular em tempo real obtida por vídeo-microscopia de contraste de fase. In: XXIII Semana Científica HCPA, 2003, Porto Alegre. Revista HCPA, 2003.

26.
Castro, MAA; Moreira, JCF . Correlação entre variabilidade celular e crescimento tumoral. In: XXIII Semana Científica HCPA, 2003, Porto Alegre. Revista HCPA, 2003.

27.
Castro, MAA. Cinética de crescimento celular em tempo real obtida por vídeo-microscopia. In: Fórum de pesquisa científica e tecnológica da ULBRA, 2003, Canoas. Fórum de pesquisa científica e tecnológica da ULBRA. Canoas: Ed. ULBRA, 2003. p. 146.

28.
Castro, MAA; Klamt, F ; Schwartsmann, G ; Grivicich, I ; Moreira, JCF . Phenotype modulation of tumor cell growth outlined by cell morphological patterns. In: The 6th International Symposium on predictive oncology and intervention strategies, 2002, Paris. Cancer Detection and Prevention Online. Oxford: Elsevier Science Ltd., 2002. v. 26. p. 146.

29.
Castro, MAA; Klamt, F ; Grieneisen, VA ; de Almeida, RMC ; Moreira, JCF . Padrão Gompertziano de crescimento celular obtido da interpretação fenotípica do crescimento de linhagens tumorais. In: III Forum de Pesquisa Científica e Tecnológica e VIII Salão de Iniciação Científica, 2002, Canoas. Resumos em CD-ROM. Canoas: Editora ULBRA, 2002.

30.
Belmonti, JM ; Grieneisen, VA ; Castro, MAA ; Mombach, JCM ; de Almeida, RMC . Simulação da morfologia celular induzida por pontos de adesão. In: Salão de Iniciação Científica, 2001, Porto Alegre. XIII Salão de Iniciação Científica. Porto Alegre: Gráfica da UFRGS, 2001. p. 77-77.

31.
Belmonti, JM ; Grieneisen, VA ; Mombach, JCM ; Castro, MAA ; de Almeida, RMC . Simulação de crescimento de tumores. In: Salão de Iniciação Científica, 2000, Porto Alegre. XII Salão de iniciação Científica da UFRGS. Porto Alegre: Gráfica da UFRGS, 2000. p. 87-87.

32.
Castro, MAA; Moreira, JCF . Cell shape- and cell-density dependent survival of UV irradiated human lung carcinoma cell lines. In: XXVII Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular, 1998, Caxambu. SBBq. São Paulo: Tec Art, 1998. p. 85-85.

33.
Viero, PF ; Castro, MAA ; Guerra, M . Epidemiologia de pacientes com trauma ortopédico na cidade de Novo Hamburgo. In: XVIII Semana Científica HCPA, 1998, Porto Alegre. Revista hcpa. Porto Alegre: Gráfica HCPA, 1998. v. 18. p. 217-218.

34.
Castro, MAA; Schwartsmann, G ; Moreira, JCF . Morfologia e densidade celular modulam a sobrevivência de linhagens de carcinoma de pulmão. In: XVIII Semana Científica HCPA, 1998, Porto Alegre. Revista hcpa. Porto Alegre: Gráfica HCPA, 1998. v. 18. p. 52-53.

35.
Lopes, RM ; Barros, M ; Lima, C ; Castro, MAA ; Diel, CL ; Ferraz, A ; Mondin, C . Descoberta e desenvolvimento de novas drogas antitumorais derivadas de plantas brasileiras. In: XVII Semana Científica HCPA, 1997, Porto Alegre. Revista hcpa. Porto Alegre: Gráfica HCPA, 1997. v. 17. p. 49-49.

36.
Rocha, AB ; Mans, DRA ; Ziegler, M ; Castro, MAA ; Schwartsmann, G . Screening de extratos vegetais com potencial antitumoral. In: Salão de Iniciação Científica, 1996, Porto Alegre. VIII Salão de Iniciação Científica da UFRGS. Porto Alegre: Gráfica UFRGS, 1996. p. 237-237.

37.
Castro, MAA; Zaha, A ; Ferreira, HB . Evidence for the existence of an actin gene cluster in Echinococcus granulosus. In: XXIV Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular, 1995, Caxambu. SBBq. São Paulo: Tec Art, 1995. p. 34-34.

38.
Castro, MAA; Zaha, A ; Ferreira, HB . Isolamento e caracterização de genes de actina em Echinococcus granulosus. In: Salão de Iniciação Científica, 1995, Porto Alegre. VII Salão de Iniciação Científica da UFRGS. Porto Alegre: Gráfica UFRGS, 1995. p. 141-142.

39.
Castro, MAA; Zaha, A ; Ferreira, HB . Isolamento e caracterização de uma seqüência genômica que codifica actina em Echinococcus granulosus. In: Salão de Iniciação Científica, 1994, Porto Alegre. VI Salão de Iniciação Científica da UFRGS. Porto Alegre: Gráfica UFRGS, 1994. p. 143-143.

Apresentações de Trabalho
1.
Castro, MAA. Network-based strategies in functional follow-up studies of breast cancer GWAS ( ICBP 2017). 2017. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

2.
Castro, MAA. Biologia e nicho de células tumorais (PPG-BCM UFPR). 2017. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

3.
Castro, MAA. Big Data: Inovação em Genética (PPG - Medicina Interna UFPR). 2016. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

4.
Castro, MAA. Estratégias computacionais em Biologia de Sistemas (ICC / FIOCRUZ - PR). 2016. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

5.
Castro, MAA. Estratégias computacionais em Biologia de Sistemas (Workshop de Bioinformática - UTFPR). 2016. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

6.
Castro, MAA. Reguladores de risco genético identificados por análise integrativa de redes transcricionais (PPG-Bioquímica UFRGS). 2015. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

7.
Castro, MAA. Representing modular organization in biological networks (Cambridge Research Institute). 2012. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

8.
Castro, MAA. A global protein kinase and phosphatase interaction network in yeast (Cambridge Research Institute). 2010. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

9.
Castro, MAA. Logic of the yeast metabolic cycle: temporal compartmentalization of cellular processes (Cambridge Research Institute). 2010. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

10.
Castro, MAA. Desenvolvimento de ferramentas de bioinformática para análise de redes de expressão gênica (PPG Bioinformática/UFMG). 2009. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

11.
Castro, MAA. Evolução dos sistemas de estabilização do genoma (BIO em Debate/Biologia/ULBRA). 2008. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

12.
Castro, MAA. Avaliação do padrão de expressão gênica em redes de estabilidade genômica em tumores sólidos esporádicos (PPG Bioquímica/UFRGS). 2007. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

13.
Castro, MAA. Modelagem matemática e cinética de crescimento celular (PPG Medicina/ULBRA). 2003. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

14.
Castro, MAA. Phenotype modulation of tumor cell growth outlined by cell morphological patterns (ISPO/Instituto Pasteur). 2002. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

15.
Castro, MAA. Crescimento, adesão e polaridade celular (PPG Física/UFRGS). 2001. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

16.
Castro, MAA. Simulação e cinética de crescimento de tumores (Instituto de Informática/UNISINOS). 2001. (Apresentação de Trabalho/Seminário).


Produção técnica
Assessoria e consultoria
1.
Castro, MAA. Consultoria e emissão de pareceres ad hoc sobre grau de inovação do produto/serviço de diversas empresas, nos setores de TI e Biotecnologia, em resposta ao Programa PRIME (FINEP - Financiadora de Estudos e Projetos). 2009.

Programas de computador sem registro
1.
Groeneveld, CS ; Chagas, VS ; Castro, MAA . RTNsurvival: An R/Bioconductor package for survival analysis using transcriptional networks and regulons. 2017.

2.
Chagas, VS ; Groeneveld, CS ; Robertson, G ; Meyer, KB ; Castro, MAA . RTNduals: An R/Bioconductor package for analysis of co-regulatory network motifs and inference of 'dual regulons'. 2017.

3.
Castro, MAA; Wang, X ; Markowetz, F ; Meyer, KB . RTN: Reconstruction of transcriptional networks and analysis of master regulators. 2013.

4.
Castro, MAA; Wang, X ; Markowetz, F . RedeR: R/Bioconductor package for representing modular structures, nested networks and multiple levels of hierarchical associations. 2012.

5.
Castro, MAA; Rybarczyk Filho, JL ; de Almeida, RMC . ViaComplex: software for landscape analysis of gene expression networks in genomic context. 2009.

Produtos tecnológicos
1.
Castro, MAA. Agitador Autônomo para Cultivo de Células em Esferóides (Protótipo). 1998.

Trabalhos técnicos

Demais tipos de produção técnica
1.
Castro, MAA. Analysis of Globally Coherent Data Sets: a two-day course for GlaxoSmithKline. 2010. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

2.
Castro, MAA. Análise de redes de expressão gênica (Second Brazilian School on Bioinformatics, EBB2009). 2009. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

3.
Castro, MAA. Biologia de sistemas aplicada a rotas oxidativas (Radicais Livres, UFRGS). 2007. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).



Patentes e registros



Patente

A Confirmação do status de um pedido de patentes poderá ser solicitada à Diretoria de Patentes (DIRPA) por meio de uma Certidão de atos relativos aos processos
1.
 Klamt, F ; Castro, MAA ; Moreira, JCF ; Dal Pizzol, F ; Shacter, E . MÉTODO E KIT DE DIAGNÓSTICO E/OU PROGNÓSTICO DE CÂNCER DE PULMÃO. 2008, Brasil.
Patente: Privilégio de Inovação. Número do registro: PI0802917, título: "MÉTODO E KIT DE DIAGNÓSTICO E/OU PROGNÓSTICO DE CÂNCER DE PULMÃO" , Instituição de registro: INPI - Instituto Nacional da Propriedade Industrial. Depósito: 24/06/2008; Concessão: 08/09/2010.

2.
 de Almeida, RMC ; Rybarczyk Filho, JL ; Brunnet, LG ; Castro, MAA ; Dalmolin, RJS ; Moreira, JCF ; Bonatto, D . MÉTODO, SISTEMA E APARATO DE ANÁLISE DE DADOS DE EXPRESSÃO GÊNICA (TRANSCRIPTOGRAMA).. 2011, Brasil.
Patente: Privilégio de Inovação. Número do registro: PI1106018, título: "MÉTODO, SISTEMA E APARATO DE ANÁLISE DE DADOS DE EXPRESSÃO GÊNICA (TRANSCRIPTOGRAMA)." , Instituição de registro: INPI - Instituto Nacional da Propriedade Industrial. Depósito: 14/12/2011; Concessão: 19/11/2013.


Programa de computador
1.
Camilo, E ; Acencio, ML ; Moreira, JCF ; Bovolenta, LA ; Castro, MAA ; Rybarczyk-Filho, JL ; Lemke, N . Galant - graph landscape visualisation. 2014.
Patente: Programa de Computador. Número do registro: BR5120140003-7, data de registro: 09/04/2014, título: "Galant - graph landscape visualisation" , Instituição de registro: INPI - Instituto Nacional da Propriedade Industrial.



Bancas



Participação em bancas de trabalhos de conclusão
Mestrado
1.
Castro, M.A.A.. Participação em banca de Diego Arthur de Azevedo Morais. Transcriptogramer: Pacote em R para Análise Transcricional. 2018. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade Federal do Rio Grande do Norte.

2.
Castro, M.A.A.. Participação em banca de Iara Dantas de Souza. Mapa metabóico da intoxicação por chumbo. 2017. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade Federal do Rio Grande do Norte.

3.
Castro, MAA. Participação em banca de Cleandra Gregório Silva. Avaliação da expressão dos genes HDAC1, HDAC2, HDAC3 e HDAC7 e seus possíveis mecanismos de silenciamento no adenocarcinoma ductal pancreático. 2016. Dissertação (Mestrado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul.

Teses de doutorado
1.
Castro, M.A.A.. Participação em banca de Helba Cirino de Souza. Análise transcriptômica da bactéria Azospirillum brasilense FP2 e reanotação do genoma de Herbaspirillum seropedicae SmR1. 2018. Tese (Doutorado em Ciências (Bioquímica)) - Universidade Federal do Paraná.

2.
Castro, MAA. Participação em banca de Debora Regina dos Santos. Mapas de vias bioquímicas como ferramentas de estudo da toxicologia celular. 2017. Tese (Doutorado em Biologia Celular e Molecular) - Universidade Federal do Paraná.

3.
Castro, MAA. Participação em banca de Tetsu Sakamoto. Ferramentas para análise filogenética e de distribuição taxonômica de genes ortólogos. 2016. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais.

Qualificações de Doutorado
1.
Castro, MAA. Participação em banca de Ricardo Voyceik. Exploração da representação de cadeias polipeptídicas em espaços vetoriais. 2017. Exame de qualificação (Doutorando em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais.

2.
Castro, MAA. Participação em banca de Tatiana Dobrzanski. Redes de interação de ncRNA/mRNA de procariotos. 2016. Exame de qualificação (Doutorando em Ciências (Bioquímica)) - Universidade Federal do Paraná.

3.
Castro, MAA. Participação em banca de Éder Maiquel Simão. Modelagem de Senescência de Astrócito. 2014. Exame de qualificação (Doutorando em Física) - Universidade Federal de Santa Maria.



Participação em bancas de comissões julgadoras
Concurso público
1.
Castro, MAA. Concurso para seleção de professor adjunto para a Carreira do Magistério Superior (área de conhecimento: Informática) Edital 404/15 PROGEPE. 2015. Universidade Federal do Paraná.



Orientações



Orientações e supervisões em andamento
Dissertação de mestrado
1.
Clarice dos Santos Groeneveld. Análise multivariada e integração de dados multidimensionais usando redes transcricionais e regulons.. Início: 2017. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade Federal do Paraná, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. (Orientador).

Tese de doutorado
1.
Sheyla Trefflich. Origem evolutiva de unidades regulatórias em eucariotos. O que surgiu primeiro: regulador ou regulados?. Início: 2016. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. (Orientador).

Iniciação científica
1.
Leonardo Watanabe Kume. Redes regulatórias transcricionais e análise integrativa de dados de genômica clínica do câncer. Início: 2017. Iniciação científica (Graduando em Biomedicina) - Universidade Federal do Paraná, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. (Orientador).


Orientações e supervisões concluídas
Dissertação de mestrado
1.
Mattheus Rodrigo Marzola Leite. Integração do ambiente de desenvolvimento R e a ferramenta RedeRWeb.. 2018. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade Federal do Paraná, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Mauro Antônio Alves Castro.

2.
Kelin Gonçalves de Oliveira. Análise de Interatoma da proteína fgfr2 - um potencial alvo terapêutico no câncer de mama.. 2018. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade Federal do Paraná, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Mauro Antônio Alves Castro.

3.
Nickolas Menezes da Silva. RedeRWeb: uma plataforma Web para organização e análise de redes modulares. 2017. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade Federal do Paraná, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Mauro Antônio Alves Castro.

4.
Marthin Silveira Borba. Estudo de redes de estabilização do genoma. 2016. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade Federal do Paraná, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Mauro Antônio Alves Castro.

5.
Vinícius de Saraiva Chagas. Desenvolvimento de um modelo probabilístico de rede regulatória entre fatores de transcrição e microRNAs. 2016. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade Federal do Paraná, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Mauro Antônio Alves Castro.

Iniciação científica
1.
Miriam Santos Borba. Caracterização de redes de interação protéica associadas ao desenvolvimento do melanoma. 2008. Iniciação Científica. (Graduando em Biologia) - Universidade Luterana do Brasil, ULBRA. Orientador: Mauro Antônio Alves Castro.

2.
Kelly Cristina Leite da Gama. Redes de interação de oncogenes e genes supressores tumorais. 2008. Iniciação Científica. (Graduando em Biologia) - Universidade Luterana do Brasil. Orientador: Mauro Antônio Alves Castro.



Inovação



Programa de computador registrado
1.
Camilo, E ; Acencio, ML ; Moreira, JCF ; Bovolenta, LA ; Castro, MAA ; Rybarczyk-Filho, JL ; Lemke, N . Galant - graph landscape visualisation. 2014.
Patente: Programa de Computador. Número do registro: BR5120140003-7, data de registro: 09/04/2014, título: "Galant - graph landscape visualisation" , Instituição de registro: INPI - Instituto Nacional da Propriedade Industrial.


Programa de computador sem registro
1.
Castro, MAA; Rybarczyk Filho, JL ; de Almeida, RMC . ViaComplex: software for landscape analysis of gene expression networks in genomic context. 2009.

2.
Castro, MAA; Wang, X ; Markowetz, F . RedeR: R/Bioconductor package for representing modular structures, nested networks and multiple levels of hierarchical associations. 2012.

3.
Castro, MAA; Wang, X ; Markowetz, F ; Meyer, KB . RTN: Reconstruction of transcriptional networks and analysis of master regulators. 2013.

4.
Groeneveld, CS ; Chagas, VS ; Castro, MAA . RTNsurvival: An R/Bioconductor package for survival analysis using transcriptional networks and regulons. 2017.

5.
Chagas, VS ; Groeneveld, CS ; Robertson, G ; Meyer, KB ; Castro, MAA . RTNduals: An R/Bioconductor package for analysis of co-regulatory network motifs and inference of 'dual regulons'. 2017.




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