Luciane Prioli Ciapina

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  • Última atualização do currículo em 24/05/2018


Possui graduação em Ciências Biológicas pela Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho (1993), mestrado (1997) e doutorado (2001) em Agronomia - área de concentração: Genética e Melhoramento de Plantas, pela Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho e Pós-doutorado na Université des Sciences et Technologies de Lille (USTL). Atualmente é tecnologista no Laboratório Nacional de Computação Científica. Tem experiência na área de Biologia molecular, Genômica e Bioinformática. (Texto informado pelo autor)


Identificação


Nome
Luciane Prioli Ciapina
Nome em citações bibliográficas
CIAPINA, L. P.;Ciapina, Luciane Prioli;CIAPINA, L.;CIAPINA, LUCIANE P.;Luciane Prioli Ciapina Guedes;Guedes, LPC;GUEDES, LUCIANE PRIOLI CIAPINA

Endereço


Endereço Profissional
Laboratório Nacional de Computação Científica.
Av. Getúlio Vargas, 333 sala 1A03
Quitandinha
25651-075 - Petropolis, RJ - Brasil
Telefone: (24) 22336104


Formação acadêmica/titulação


1997 - 2001
Doutorado em Agronomia Genética e Melhoramento de Plantas.
Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, UNESP, Brasil.
Título: Seqüências repetitivas e seqüenciamento do espaço intergênico dos genes 16S-23S rDNA acessando a diversidade genética em Xylella fastidiosa, Ano de obtenção: 2001.
Orientador: Eliana Gertrudes de Macedo Lemos.
Palavras-chave: Clorose Variegada dos Citros; rep-PCR; sequenciamento; espaço intergênico 16S-23S rDNA; Xylella fastidiosa.
Grande área: Ciências Biológicas
Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Microbiologia.
Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Genética Molecular e de Microorganismos / Especialidade: Biologia Molecular.
Setores de atividade: Produção Vegetal; Produtos e Processos Biotecnológicos Vinculados À Agricultura.
1994 - 1997
Mestrado em Agronomia (Genética e Melhoramento de Plantas).
Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, UNESP, Brasil.
Título: Diferenciação genômica de bactérias gram-negativas e gram-positivas pela análise do gene rDNA 16S e rep-PCR,Ano de Obtenção: 1997.
Orientador: Eliana Gertrudes de Macedo Lemos.
Bolsista do(a): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, CNPq, Brasil.
Palavras-chave: rep-PCR; Bradyrhizobium; bactérias.
Grande área: Ciências Biológicas
Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Genética Molecular e de Microorganismos / Especialidade: Microbiologia.
Setores de atividade: Produção Vegetal; Produtos e Processos Biotecnológicos Vinculados À Agricultura.
1990 - 1993
Graduação em Ciências Biológicas.
Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, UNESP, Brasil.
Título: Análises isoenzimáticas em leveduras do gênero Trichosporon.
Orientador: Cláudio Costa.


Pós-doutorado


2004 - 2004
Pós-Doutorado.
Université des Sciences et Technologies de Lille, USTL, França.
Bolsista do(a): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior, CAPES, Brasil.
Grande área: Ciências Biológicas
Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Genética Molecular e de Microorganismos.


Formação Complementar


2006 - 2006
1. Curso de Linux, Modulo I ? Básico. (Carga horária: 10h).
Laboratório Nacional de Computação Científica, LNCC, Brasil.


Atuação Profissional



Laboratório Nacional de Computação Científica, LNCC, Brasil.
Vínculo institucional

2009 - Atual
Vínculo: Servidor Público, Enquadramento Funcional: Tecnologista Pleno nível III, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

Vínculo institucional

2006 - 2009
Vínculo: Celetista formal, Enquadramento Funcional: Pesquisador - anotador Swiss-Prot, Carga horária: 44, Regime: Dedicação exclusiva.

Atividades

03/2018 - Atual
Ensino, Modelagem Computacional, Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
GA-043 Introdução ao DNA e Proteínas
01/2018 - 01/2018
Ensino, Modelagem Computacional, Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
GA-016 Introdução a Biologia Molecular
03/2017 - 06/2017
Ensino, Modelagem Computacional, Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
GA-043 - Introdução ao DNA e Proteínas
01/2017 - 01/2017
Ensino, Modelagem Computacional, Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
GA-016 - Introdução a Biologia Molecular
01/2017 - 01/2017
Ensino, Modelagem Computacional, Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
GA-047 - Bioinformática I: Banco de dados do ponto de vista biológico
03/2015 - 06/2015
Ensino, Modelagem Computacional, Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
Introdução ao DNA e Proteínas
01/2015 - 01/2015
Ensino, Modelagem Computacional, Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
Bioinformática I: Banco de dados do ponto de vista biológico
01/2015 - 01/2015
Ensino, Modelagem Computacional, Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
GA-016 - Introdução a Biologia Molecular
03/2014 - 06/2014
Ensino, Modelagem Computacional, Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
Introdução ao DNA e Proteínas
01/2014 - 01/2014
Ensino, Modelagem Computacional, Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
Introdução a Biologia Molecular
01/2013 - 01/2013
Ensino, Modelagem Computacional, Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
Introdução a Biologia Molecular
09/2012 - 12/2012
Ensino, Modelagem Computacional, Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
Bioinformática I: Banco de dados do ponto de vista biológico
06/2012 - 09/2012
Ensino, Modelagem Computacional, Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
Introdução ao DNA e Proteínas
09/2011 - 12/2011
Ensino, Modelagem Computacional, Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
Bioinformática I: Banco de dados do ponto de vista biológico
06/2011 - 09/2011
Ensino, Modelagem Computacional, Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
Introdução ao DNA e Proteinas
02/2006 - 07/2011
Pesquisa e desenvolvimento , LNCC, .

Linhas de pesquisa
Anotação de proteínas
09/2010 - 12/2010
Ensino, Modelagem Computacional, Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
Bioinformática I: Banco de dados do ponto de vista biológico
09/2009 - 12/2009
Ensino, Modelagem Computacional, Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
Bioinformática I: Banco de dados do ponto de vista biológico
06/2008 - 09/2008
Ensino, Modelagem Computacional, Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
Bioinformática I: Banco de dados do ponto de vista biológico

UNIVERSIDADE ESTADUAL PAULISTA/FACULDADE DE CIÊNCIAS AGRÁRIAS E VETERINÁRIA, UNESP/FCAV, Brasil.
Vínculo institucional

2004 - 2004
Vínculo: Pos-Doutorado, Enquadramento Funcional: bolsista, Regime: Dedicação exclusiva.

Atividades

01/2004 - 12/2004
Pesquisa e desenvolvimento , Université des Sciences et Technologies de Lille, .


Instituto Agronômico de Campinas, IAC, Brasil.
Vínculo institucional

2003 - 2003
Vínculo: Bolsista recém-doutor, Enquadramento Funcional: Pesquisador Científico, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.
Outras informações
Projeto de Pesquisa desenvolvido junto ao Laboratório de Bioquímica de Microrganismos e Plantas (LBMP)- UNESP/FACAVJ

Atividades

04/2003 - 11/2003
Pesquisa e desenvolvimento , Centro Av. de Pesquisa Tecnológica do Agronegócio de Citros Sylvio Moreira, .


Fundação de apoio à pesquisa agrícola, FUNDAG, Brasil.
Vínculo institucional

2002 - 2003
Vínculo: Celetista, Enquadramento Funcional: Pesquisador Científico III, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.
Outras informações
Contratada pela FUNDAG para atuar no projeto: Integração de melhoramento genético, genoma funcional e comparativo de citros. Sub-projeto: avaliação de genes expressos em Xylella fastidiosa e citros por microarray, coordenado pelo Dr. Marcos A. Machado, Centro APTA Citros Sylvio Moreira, IAC, SP

Atividades

04/2002 - 03/2003
Pesquisa e desenvolvimento .


Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, UNESP, Brasil.
Vínculo institucional

1994 - 2001
Vínculo: Aluna de pós-graduação, Enquadramento Funcional: Aluna de Pós-graduação, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.
Outras informações
Período correspondente à conclusão do curso de mestrado e doutorado

Atividades

3/1994 - 12/2001
Pesquisa e desenvolvimento , Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias de Jaboticabal, .

3/1998 - 12/2000
Pesquisa e desenvolvimento , Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias de Jaboticabal, .



Linhas de pesquisa


1.
Biologia molecular de microrganismos e plantas

Objetivo: Estudo de diversidade microbiana no solo e de fitopatógenos.
Grande área: Ciências Biológicas
Setores de atividade: Produção Vegetal; Produtos e Processos Biotecnológicos Vinculados À Agricultura.
Palavras-chave: Bradyrhizobium; PCR; bactérias; fungos; Rhizobium.
2.
diversidade genética de microrganismos e plantas

Objetivo: Gerar conhecimento sobre a estrutura populacional e estudos de filogenia.
Grande área: Ciências Biológicas
Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Genética Molecular e de Microorganismos.
Setores de atividade: Produção Vegetal; Produtos e Processos Biotecnológicos Vinculados À Agricultura.
Palavras-chave: PCR; bactérias; sequenciamento.
3.
Sequenciamento do genoma da bactéria Xylella fastidiosa, Xanthomonas axonopodis e X. campestris

Objetivo: capacitação de serviço técnico especializado estabelecimento da técnica de sequenciamento conhecimento do genoma das bactérias X. fastidiosa e X. axonopodis visando controle das doenças causadas em citros.
Grande área: Ciências Biológicas
Setores de atividade: Produção Vegetal; Produtos e Processos Biotecnológicos Vinculados À Agricultura.
Palavras-chave: Xanthomonas axonopodis; Xylella fastidiosa; sequenciamento; Clorose Variegada dos Citros.
4.
Expressão gênica

Objetivo: Estudar os genes diferencialmente expressos em situações bióticas e abióticas diversas.
Grande área: Ciências Biológicas
Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Bioquímica dos Microorganismos.
Setores de atividade: Produção Vegetal; Produtos e Processos Biotecnológicos Vinculados À Agricultura.
Palavras-chave: microarray; RT-PCR.
5.
Biologia Molecular

Objetivo: Utilizar as técnicas de biologia molecular para gerar conhecimento sobre o material a ser estudado.
Grande área: Ciências Biológicas
Setores de atividade: Produtos e Processos Biotecnológicos Vinculados À Agricultura; Produção Vegetal.
Palavras-chave: Clorose Variegada dos Citros; Xylella fastidiosa; cigarrinha; expressão gênica; microarray.
6.
Análise da expressão gênica

Objetivo: Estudo de genes diferencialmente expressos em condições bióticas e abióticas diversas.
Grande área: Ciências Biológicas
Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Bioquímica dos Microorganismos.
Setores de atividade: Produção Vegetal; Produtos e Processos Biotecnológicos Vinculados À Agricultura.
Palavras-chave: microarray; RT-PCR.
7.
Biologia Molecular

Objetivo: Utilizar as ferramentas da biologia molecular para gerar conhecimentos sobre o material a ser estudado.
Grande área: Ciências Biológicas
Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Genética Vegetal.
Setores de atividade: Produção Vegetal; Produtos e Processos Biotecnológicos Vinculados À Agricultura.
Palavras-chave: PCR; Nested-PCR; microarray; sequenciamento.
8.
Biologia molecular de bactéria
9.
Anotação de proteínas


Projetos de pesquisa


2016 - Atual
Medicina de precisão aplicada à imunodeficiência primária (PIDD): Uma abordagem progressiva e custo-efetiva utilizando o sequenciamento de nova geração.
Descrição: As imunodeficiências primárias são doenças genéticas raras que têm como principal característica alterações das funções do sistema imune, levando à maior suscetibilidade às infecções de repetição, autoimunidade e neoplasias. A criança com imunodeficiência primária, embora relativamente rara, é um paciente de alto custo para o SUS, devido a dificuldades diagnósticas, requer o uso de antibióticoterapia e internações prolongadas que em muitos casos evoluem a óbito. Alternativas terapêuticas para alguns casos são de alto custo como transplantes de Células Tronco Hematopoiéticas ou infusão de imunoglobulina intravenosa. No entanto, a indicação terapêutica adequada está diretamente relacionada ao diagnóstico diferencial, precoce e preciso, possibilitando alcançar a eficiência da intervenção clínica, com redução significativa do número de infecções e internações. Até o momento existem mais de 300 mutações causadoras de PIDD. Os testes de diagnóstico molecular existentes podem ser inconclusivos devido a sobreposição com fenótipos clínicos. Dentre os testes genéticos para variantes genéticas associados à PIDD, o sequenciamento de genes individuais usando a metodologia de Sanger é demorado e caro. Embora existam painéis de genes PIDD conhecidos, este método possui limitações, tais como a incapacidade de detectar novos genes relacionados à PIDD. Nesse trabalho propomos o estudo de diferentes grupos de imunodeficiências através de estratégias de sequenciamento de exomas, com o objetivo de alcançar o diagnóstico no maior nível de complexidade e definir de forma precisa a deficiência no sistema imune. O conhecimento dessas alterações moleculares permitirá o tratamento mais efetivo do paciente e possibilitarão benefícios a curto e longo prazo, com adoção de protocolos de cuidados adequados e minimizando internações graves e morte associada a essas patologias. Adicionalmente, o conhecimento dos genes envolvidos nessas patologias no contexto de doenças do nosso meio, permitirão dissecar as vias moleculares essenciais para o combate às doenças negligenciadas.
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
2016 - Atual
Apoio à manutenção da infraestrutura do centro multiusuário Unidade de Genômica Computacional Darcy Fontoura de Almeida (UGCDFA)
Descrição: A Unidade de Genômica Computacional ?Darcy Fontoura de Almeida? (UGCDFA), inaugurada no final de 2008, é uma Unidade Multiusuário destinada a atender aos projetos genomas do Estado do Rio de Janeiro bem como do país e do exterior e está associada ao Laboratório Nacional de Bioinformática (LABINFO) do LNCC. A UGCDFA atua em sincronia com o LABINFO sendo este um centro de excelência em Bioinformática no Brasil e no exterior. Esta associação tem como finalidade integrar as atividades de sequenciamento em larga-escala de DNA e de bioinformática, utilizando a infraestrutura de Computação de Alto Desempenho do LNCC, permitindo maior agilidade no processamento e análise dos dados gerados pelos sequenciadores de DNA de nova geração instalados na UGCDFA. Recentemente, com a instalação do supercomputador Santos Dumont, com um total de 18.144 núcleos de CPU, as sequências geradas na UGCDFA poderão ser processadas com maior velocidade atendendo de forma mais eficiente as várias redes genômicas, grupos parceiros e colaboradores. Até o momento, foram sequenciados cerca de 450 genomas, metagenomas, transcritomas totalizando, aproximadamente, 60Tb de dados gerados pela UGCDFA e processados pelo LABINFO. É importante destacar que para todos os projetos desenvolvidos em colaboração, fazemos parte do alicerce central, visto que somos responsáveis pela geração e processamento das informações genômicas. Esta proposta tem por objetivo a manutenção da infraestrutura da UGCDFA visando continuar gerando grandes quantidades de dados para diversos modelos biológicos e disponibilizando serviços para instituições de pesquisa e acadêmicas, nacionais e internacionais. Ressaltamos que devido ao número de sequenciamentos realizados, processados e analisados na UGCDFA/LABINFO, atualmente, o Estado do Rio de Janeiro tem um papel de destaque nacional na área de genômica computacional/bioinformática, pois foi o que mais gerou, depositou e analisou dados de genomas, transcritomas e metagenomas..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
2016 - Atual
Genômica Computacional do Vírus da Zika (ZIKV)
Descrição: Este projeto pretende investigar a interação do microorganismo-hospedeiro (SAIZIKA) através do sequenciamento de cultivos (primários ou linhagens estabelecidas) de células humanas de diferentes tecidos considerados como alvos potenciais de infecção, incluindo neurônios/neuroblastos, células de Schwann, trofoblasto, queratinócitos, fibroblastos, epiteliais tímicas e células- tronco de sangue de cordão, seguidas por análises de bioinformática. Para isso, realizaremos uma análise comparativa do transcritoma humano em cultivos celulares de amostras sadias e infectadas pelo ZIKV. Nessa etapa, pretende-se identificar e caracterizar as funções biológicas e vias metabólicas dos genes humanos diferencialmente expressos e que estejam envolvidos na padronização do neuro-eixo e malformações encefálicas..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
2016 - Atual
A Global Alliance For Zika Virus Control And Prevention - ZIKAlliance
Descrição: The overall objectives of ZIKAlliance are to assess the impact of Zika virus infection on pregnant women and fetuses as well as to decipher the natural history of Zika virus infection in humans and their environment in the context of other circulating arboviruses. The multidisciplinary ZIKAlliance project will link large observational multicentre cohort studies with basic scientific research to address the above questions, (i) with longstanding shared work experience on arboviral diseases in basic, clinical and applied sciences; (ii) with an established network of clinical cohorts currently studying Dengue Fever in Latin America & the Caribbean; (iii) guided by the principles of One Health approach to respond to the challenges of vector‐borne epidemics..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
2015 - Atual
Estudo Molecular das Doenças Genéticas Crônicas: Defeitos Congênitos, Doença do Desenvolvimento e Câncer Infantil, a partir da Via das RASopatias - Apoio as Instituições de Ensino Sediadas no RJ
Descrição: Com o advento das técnicas moleculares de Sequenciamento de Nova Geração do genoma, diferentes níveis de conhecimento das doenças genéticas estão sendo ampliados, abrindo portas para a otimização de técnicas de diagnóstico, melhorando a compreensão das doenças em nível celular e fisiopatologia molecular, além de auxiliar na condução clínica dos pacientes. As RASopatias são entendidas como um conjunto de síndromes caracterizadas por uma heterogeneidade de sinais e sintomas clínicos que limita o prognóstico, ainda na vida infantil, de predisposições a determinados tumores ou atrasos neurocognitivos. Tal heterogeneidade genética se deve a diversos tipos de mutações nos genes da via de sinalização RAS/MAPK, tornando a investigação molecular pelo sequenciamento tradicional sequencial laborioso e de difícil consolidação/otimização. Desta forma, a partir de tecnologias de sequenciamento de nova geração, a investigação e o conhecimento atual dos aspectos genéticos podem agregar novos processos de gestão entre a Clínica ? SUS ? Pesquisa ? Ensino, oferecendo um amplo entendimento das doenças e de sua aplicação aos pacientes e famílias, além de abrir novos horizontes e estudos em nível da genômica, biologia celular e oncogênese. O presente projeto propõe a construção de um Consórcio Molecular a partir de uma estreita colaboração entre o Laboratório de Bioinformática do Laboratório Nacional de Computação Científica (LNCC), referência em análises genômicas, e o Centro de Genética Médica do IFF/Fiocruz, unidade materno-infantil do Estado do Rio de Janeiro, que recebe grande número de pacientes com doenças do desenvolvimento, destacando-se as síndromes associadas à via das RASopatias, visando desenvolver soluções inovadoras em saúde pública e ampliação de conhecimento utilizando técnicas genômicas de última geração aplicadas as doenças genéticas..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
2014 - 2017
Ampliação e Modernização dos Laboratórios de Bioinformática e Medicina Assistida
Descrição: Atualização da plataforma de sequenciamento e computacional de alto desempenho para sequenciamento genomas e transcriptomas humanos aplicados a pesquisas biomédicas com aplicações diretas em genomas humanos. Expansão da capacidade computacional de larga escala existente no Laboratório Nacional de Computação Científica visando a, de forma geral, solução de problemas de grande porte na área de hemodinâmica computacional orientada à modelagem do sistema cardiovascular humano.
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
2014 - Atual
Genômica Aplicada a Recursos Pesqueiros e de Aquicultura do Estado do Rio de Janeiro GARPA-RIO
Descrição: O Brasil possui uma extensa costa cuja pesca artesanal serve de sustento para as populações costeiras, e cuja exploração comercial é atividade altamente lucrativa. No entanto, a exploração desregulada dos recursos pesqueiros pode levar ao seu esgotamento em poucos anos. O projeto GARPA-RIO é constituído por uma rede de laboratórios e instituições de pesquisa dos Estados do RJ, SC e RN que visa abordar duas questões de importância fundamental para a preservação desses recursos, através de abordagens de genômica molecular e análises de bioinformática. A primeira questão busca estratégias de melhoramento para cultivo de ostras na costa fluminense. Para isso, utilizaremos os métodos mais recentes de sequenciamento no NextSeq 500 Illumina, através de experimentos de genômica, transcritômica e metagenômica, onde buscaremos caracterizar o perfil genético das ostras nativas do gênero Crassostrea sob determinadas condições ambientais e seus possíveis patógenos, bem como detectar os limites dos estoques genéticos na costa. Os experimentos serão realizados comparando as populações de SC, onde o cultivo de C. gasar está bem estabelecido, com aquelas do RJ, a fim de detectarmos as diferenças no perfil de expressão e estabelecermos as condições adequadas para o futuro estabelecimento de um cultivo ostreícola no RJ. A aplicação deste cultivo será conduzida pela FIPERJ, parceira neste projeto. A segunda questão visa o monitoramento da qualidade e comercialização do pescado através da identificação molecular e criação de um banco de dados com sequências de marcadores moleculares das espécies, nativas ou não, pescadas ou comercializadas no RJ. Ambas as estratégias implicarão na geração de empregos e desenvolvimento social local, ao mesmo tempo em que proporciona benefícios tangíveis ao ambiente marinho e ganho econômico ao Estado..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
2014 - Atual
Rede Avançada em Biologia Computacional (RABICÓ)
Descrição: A Rede Avançada em Biologia Computacional (RABICÓ) terá sua sede no LNCC e pretende oferecer um conjunto de softwares com tecnologia moderna e atualizada para o desenvolvimento de aplicações que requerem alto poder computacional e recursos avançados de visualização científica, possibilitar a geração e estimular o desenvolvimento da pesquisa de forma integrada com equipes multidisciplinares, para o estudo de problemas relacionados à saúde humana, animal, vegetal e ambiental, e principalmente, formar recursos humanos qualificados na Graduação e na Pós-Graduação..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (4) / Mestrado acadêmico: (6) / Doutorado: (6) .
Integrantes: Luciane Prioli Ciapina - Integrante / Marisa Fabiana Nicolas - Integrante / Fabiano Thompson - Integrante / Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos - Coordenador / Arnaldo Zaha - Integrante / Guilherme Loss de Moraes - Integrante.Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Auxílio financeiro.
2012 - 2014
Bases genômicas, imunológicas e ultraestruturais das diferenças patogênicas de distintas linhagens evolutivas do parasito Trypanosoma cruzi - Edital Faperj 03/2012 Doenças Negligenciadas
Descrição: A doença de Chagas, causada pelo protozoário Trypanosoma cruzi, continua sendo um grave problema de saúde pública. Atualmente, não há vacinas nem drogas efetivas para o tratamento da doença de Chagas crônica. Além disso, a ausência de métodos de diagnóstico eficientes dificulta a identificação de indivíduos infectados e, portanto, o tratamento. Mesmo na possibilidade de tratamento, sua eficácia raramente pode ser devidamente avaliada. A identificação de novos alvos de tratamento, diagnóstico, profilaxia e marcadores de cura pós-tratamento ainda são necessários para o controle da doença de Chagas. Um dos fatores que dificulta a identificação destes alvos é a grande variabilidade genética do parasito. Atualmente, seis linhagens evolutivas são reconhecidas, as quais apresentam características moleculares, imunológicas, epidemiológicas bastante distintas. Até o momento, entretanto, poucos são os estudos multidisciplinares e em larga escala visando a caracterização sistemática de distintas linhagens do parasito. Apenas os genomas das cepas CL Brener e Sylvio foram publicados e, além disto, os dados de expressão gênica são limitados e não há relatos na literatura sobre estudos ultraestruturas comparativos entre cepas do parasito. Pouco se sabe, portanto, sobre as importantes diferenças que devem existir no genoma, transcriptoma e na organização ultraestrutural das diferentes cepas de T. cruzi e que poderiam contribuir para as diferenças no comportamento biológico e nos dados de epidemiologia da doença de Chagas. Neste projeto propomos o uso de abordagens multidisciplinares envolvendo componentes de genômica, biologia molecular e celular e imunologia, visando contribuir para um melhor entendimento da patogênese diferencial causada por distintas linhagens evolutivas e cepas do T. cruzi. Este projeto objetiva ainda a identificação de novos alvos de diagnóstico que considerem a grande diversidade genética do parasito..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
2012 - 2014
Bioinformática aplicada ao sequenciamento usando tecnologia de pirosequenciamento e de semicondutores: desenvolvimento de novas ferramentas utilizando computação paralela e distribuída (Edital CNPq Universal 14/2011)
Descrição: O Laboratório Nacional de Bioinformática - LABINFO, em função de seu extraordinário desenvolvimento técnico-científico, vem sendo responsável pelo recebimento, processamento, armazenamento e pela análise das seqüências de muitos dos genomas gerados no Brasil. Os softwares e banco de dados desenvolvidos pela equipe, utilizando métodos computacionais e matemáticos avançados, têm sido utilizados por vários grupos no exterior e no Brasil. Um exemplo é a ferramenta SABIA, totalmente desenvolvida no LABINFO. Desde 2008, foi criada a Unidade de Genômica Computacional Darcy Fontoura de Almeida (UGCDFA), sendo esta uma Unidade Multiusuário destinada a atender aos projetos genomas de todo o país. Assim, um ambiente de desenvolvimento de pesquisa em Genômica Computacional, associado ao LABINFO, utilizando a infra-estrutura de Computação de Alto desempenho do LNCC/MCT, foi instalado. Em um primeiro momento com financiamento do Ministério da Ciência e Tecnologia e do Ministério da Saúde foi possível adquirir um seqüenciador de segunda geração, o 454 da Roche Applied Science. No presente momento estamos adquirindo outro equipamento, o Ion Torrent Personal Genoma Machine (PGMTM), adquirido com verba do MCT, e que é um seqüenciador de última geração de alta acurácia, com a vantagem desta nova tecnologia de sequenciamento usar técnica de semicondutores e estar em pleno desenvolvimento, com um campo de aplicações mais amplo. Por se tratar de uma tecnologia diferente e complementar à já existente na UGCDFA, este equipamento poderá atender projetos de pesquisa antes inviabilizados, seja pelo alto custo e/ou limitação da tecnologia, dando um salto tecnológico importante. A presente proposta tem por objetivo desenvolver novas ferramentas de Bioinformática (montagem, anotação e comparação de genomas) usando computação de alto desempenho, assim como realizar sequenciamentos utilizando as duas plataformas disponíveis na UGCDFA..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
2012 - Atual
LIA - Laboratório Internacional Assocido; Título do projeto : Laboratório InteRnacional de pesquisa em bIOinformática - LIRIO
Descrição: The current project for a LIA builds upon a strong collaboration between the team of a French-Brazilian researcher with a background in discrete mathematics and algorithmics for the life sciences who has made her scientific career in France, since 2001 in the Laboratoire de Biométrie et Biologie Évolutive UMR 5558, and the team of a Brazilian researcher with a background in genetics and bioinformatics, and extensive national and international links in the area of bioinformatics. The research that will be conducted in the LIA will concern putting together all the activities currently conducted by each team separately or that each team has already planned to do, but also new research that the synergy between the two teams will enable to address in future. This synergy represented by the LIA should also allow us to apply for other sources of funding to support the research we wish to develop. Initially, this research will be concentrated on two main axes, one strongly concerned with the host-parasite relationship and the second with micro-environmental genomics and systems biology. Both address complex systems by a broad variety of experimental, bioinformatic and algorithmic approaches that reflect the complementarity of the two teams involved (biology including experimental part for the Brazilian team, algorithmics for the French one) while bioinformatics is a common language between the two. Besides fundamental issues, the two axes may have also important health-related implications. The topics in these two axes belong to one of the five thématiques au c ur de l INEE , namely Biodiversité et écologie fonctionnelle , and cover three thèmes d interface , namely Biodiversité, structure, dynamique et fonctionnalité , Mécanismes d adaptation et d évolution and Environment et santé . Training will represent another key aspect of the LIA, and will aim at extending the already intensive exchanges of researchers, Master and PhD students between French and Brazil..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (2) Doutorado: (2) .
Integrantes: Luciane Prioli Ciapina - Integrante / Ana Tereza Ribeiro Vasconcelos - Coordenador.
2011 - 2013
Bioinformática aplicada a reconstruções e análises metabólicas de parasitas - Edital Faperj 24/2010 - Cooperação Bilateral FAPERJ/INRIA
Descrição: O estilo de vida pode ser considerado como a soma dos efeitos do ambiente em um dado organismo, assim como as associações que este estabelece com outras espécies (Cases et al., 2003). No caso das bactérias intracelulares obrigatórias, o ambiente é restrito à célula hospedeira. A vida intracelular apresenta pressões seletivas específicas, como a redução do genoma, com a consequente perda de vias metabólicas. Alguns desses traços evolutivos são comuns a todas as bactérias intracelulares e outros são específicos ao tipo de associação estabelecida com o hospedeiro. A inativação de vias cujos produtos finais estão disponíveis no meio pode ser favorecida pela seleção natural (Moran, 2007). Em parasitas obrigatórios, parece ser favorecida a perda de genes de modo a utilizar substratos não encontrados no seu ambiente restrito, havendo assim a síntese de produtos metabólicos fornecidos pelo hospedeiro (Moran, 2007). No mutualismo há intensas trocas nutricionais entre os seres associados, ocorrendo a conservação de vias metabólicas essenciais para a manutenção desta relação (Baumann et al., 1995; Shigenobu et al., 2000; Pérez-Brocal et al., 2006; McCutcheon e Moran, 2007; López-Sánchez et al., 2009). O número crescente de genomas sequenciados possibilita a realização de análises comparativas em organismos que apresentam estilos de vida diferentes. A partir desses dados, as reconstruções metabólicas obtidas fornecem informações sobre as vias biossintéticas preditas. A maneira clássica de identificar e comparar a capacidade metabólica de um grupo de organismos é verificar sucessivamente a presença de vias de síntese que são referências para cada uma das redes metabólicas reconstruídas. Além de ser um processo demorado e restrito quanto ao número de organismos analisados, ele é igualmente limitante em relação à exploração da rede metabólica, pois considera apenas as vias de síntese selecionadas a priori..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (2) Doutorado: (2) .
Integrantes: Luciane Prioli Ciapina - Integrante / Ana Tereza Ribeiro Vasconcelos - Coordenador.
2006 - 2011
HAMAP Swiss-Prot Brasil. Anotação de proteínas de bactérias patogênicas
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
2001 - 2003
Clorose Variegada dos Citros: controle de vetores, manejo e melhoramento. Sub-projeto: Melhoramento de citros assistido com marcadores moleculares e diagnóstico da Xylella fastidiosa
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
2000 - 2004
Função das glicanas perisplasmáticas osmorreguladoras na patogenicidade de Xylella fastidiosa e Xanthomonas citri - Expressão heteróloga do gene opgD de Xylella fastidiosa e estudo da sequência sinal e sistema de transporte Tat
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
1999 - 2000
Otimização dos métodos de detecção de Xylella fastidiosa em cigarrinha
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
1999 - 2000
Sequenciamento do genoma das bactérias Xanthomonas axonopodis e X. campestris
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
1998 - 2000
Sequenciamento do genoma da bactéria Xylella fastidiosa
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
1998 - 1998
Avaliação da eficiência dos diferentes primers específicos no diagnóstico da CVC em pomares de citros
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.


Projetos de desenvolvimento


2011 - 2013
Apoio à Rede de Bioinformática e de Genômica: geração, processamento e interpretação de dados genômicos e proteômicos - Edital DCTR 2010
Descrição: Adequar a Unidade de Genômica Computacional Darcy Fontoura de Almeida (UGCDFA) e o Laboratório de Bioinformática (LABINFO) do LNCC ao sequenciamento de alto desempenho, bem como melhorar os softwares desenvolvidos pelo LABINFO, para poder tratar a enorme quantidade de dados que estão sendo gerados..
Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento.
2002 - 2004
Integração de melhoramento genético, genoma funcional e comparativo de citros - sub-projeto: Avaliação de genes expressos em Xylella fastidiosa e citros por microarray
Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento.
2002 - 2004
Integração de melhoramento genético, genoma funcional e comparativo de citros. Sub-projeto: Avaliação de genes expressos em Xylella fastidiosa e citros por microarray
Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento.


Revisor de periódico


2014 - Atual
Periódico: Plos One


Áreas de atuação


1.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Biologia Molecular.
2.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Genética Molecular e de Microorganismos.
3.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Bioinformática.
4.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Microbiologia / Subárea: Bioinformática/Especialidade: Anotação de Proteínas.
5.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Genômica.


Idiomas


Inglês
Compreende Bem, Fala Razoavelmente, Lê Bem, Escreve Razoavelmente.
Espanhol
Compreende Razoavelmente, Fala Pouco, Lê Bem, Escreve Pouco.
Francês
Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.
Português
Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.


Prêmios e títulos


2000
Mérito científico e tecnológico, Governador do Estado de São Paulo.
2000
Diploma de Honra ao Mérito, Reitoria da UNESP.
2000
Diploma de Honra ao Mérito, Congregação da FCAV/UNESP.
2000
Menção Honrosa, Câmara Municipal de Jaboticabal.


Produções



Produção bibliográfica
Artigos completos publicados em periódicos

1.
NICOLÁS, MARISA F.2018NICOLÁS, MARISA F. ; RAMOS, PABLO IVAN PEREIRA ; MARQUES DE CARVALHO, FABÍOLA ; CAMARGO, DHIAN R. A. ; DE FÁTIMA MORAIS ALVES, CARLENE ; LOSS DE MORAIS, GUILHERME ; ALMEIDA, LUIZ G. P. ; SOUZA, RANGEL C. ; CIAPINA, LUCIANE P. ; VICENTE, ANA C. P. ; COIMBRA, RONEY S. ; RIBEIRO DE VASCONCELOS, ANA T. . Comparative Genomic Analysis of a Clinical Isolate of Klebsiella quasipneumoniae subsp. similipneumoniae, a KPC-2 and OKP-B-6 Beta-Lactamases Producer Harboring Two Drug-Resistance Plasmids from Southeast Brazil. Frontiers in Microbiology, v. 9, p. 1/220-16, 2018.

2.
Marina Farrel Côrtes2017Marina Farrel Côrtes ; Maiana O. C. Costa ; Nicholas C. B. Lima ; Rangel C. Souza ; Luiz G. P. Almeida ; Luciane Prioli Ciapina Guedes ; Ana T. R. Vasconcelos ; Marisa F. Nicolás ; Agnes M. S. Figueiredo . Complete genome sequence of community-associated methicillin-resistant Staphylococcus aureus (strain USA400-0051), a prototype of the USA400 clone. MEMORIAS DO INSTITUTO OSWALDO CRUZ, v. 112, p. 790-792, 2017.

3.
NASCIMENTO, ANA P. B.2016NASCIMENTO, ANA P. B. ; ORTIZ, MAURO F. ; MARTINS, WILLAMES M. B. S. ; MORAIS, GUILHERME L. ; FEHLBERG, LORENA C. C. ; ALMEIDA, LUIZ G. P. ; CIAPINA, LUCIANE P. ; GALES, ANA C. ; VASCONCELOS, ANA T. R. . Intraclonal Genome Stability of the Metallo-β-lactamase SPM-1-producing Pseudomonas aeruginosa ST277, an Endemic Clone Disseminated in Brazilian Hospitals. Frontiers in Microbiology (Online), v. 7, p. 1946, 2016.

4.
ZULETA, LUIZ FERNANDO2014ZULETA, LUIZ FERNANDO ; CUNHA, CLAÚDIO DE ; DE CARVALHO, FABÍOLA MARQUES ; Ciapina, Luciane Prioli ; SOUZA, RANGEL CELSO ; MERCANTE, FÁBIO MARTINS ; DE FARIA, SERGIO MIANA ; BALDANI, JOSÉ IVO ; STRALIOTTO, ROSANGELA ; HUNGRIA, MARIANGELA ; DE VASCONCELOS, ANA TEREZA . The complete genome of Burkholderia phenoliruptrix strain BR3459a, a symbiont of Mimosa flocculosa: highlighting the coexistence of symbiotic and pathogenic genes. BMC Genomics, v. 15, p. 535, 2014.

5.
AZEVEDO-MARTINS, A. C.2014AZEVEDO-MARTINS, A. C. ; MACHADO, A. C. L. ; KLEIN, C. C. ; CIAPINA, L. ; GONZAGA, L. ; VASCONCELOS, A. T. R. ; SAGOT, M. F. ; DE SOUZA, W. ; EINICKER-LAMAS, M. ; GALINA, A. ; MOTTA, M. C. M. . Mitochondrial respiration and genomic analysis provide insight into the influence of the symbiotic bacterium on host trypanosomatid oxygen consumption. Parasitology (London. Print), v. 1, p. 1-11, 2014.

6.
MOTTA, M. C. M.2013MOTTA, M. C. M. MARTINS, A. C. A. SOUZA, S. S. CATTA-PRETA, C. M. C. SILVA, R. KLEIN, C. C. ALMEIDA, L. G. P. CUNHA, O. L. CIAPINA, L. P. BROCCHI, M. COLABARDINI, A. C. LIMA, B. A. SOARES, C. M. A. MACHADO, C. R. PROBST, C. M. GRADIA, D. F. MENEZES, C. B. A. BARTHOLOMEU, D. C. PAVONI, D. P. GRISARD, E. C. FANTINATTI-GARBOGGINI, F. MARCHINI, F. K. RODRIGUES-LUIZ, G. F. WAGNER, G. GOLDMAN, G. H. , et al.FIETTO, J. L. R. ELIAS, M. C. GOLDMAN, M. H. S. STOCO, P. H. SAGOT, M. PEREIRA, M. MENDONCA-NETO, R. P. TEIXEIRA, S. M. R. MACIEL, T. E. F. MENDES, T. A. O. URMENYI, T. P. SOUZA, W. SCHENKMAN, S. VASCONCELOS, A. T. R. ; Predicting the Proteins of Angomonas deanei, Strigomonas culicis and Their Respective Endosymbionts Reveals New Aspects of the Trypanosomatidae Family. Plos One, v. 8, p. e60209, 2013.

7.
ABREU, FERNANDA2013ABREU, FERNANDA ; MORILLO, VIVIANA ; NASCIMENTO, FABRÍCIA F ; WERNECK, CLARISSA ; CANTÃO, MAURICIO EGIDIO ; Ciapina, Luciane Prioli ; DE ALMEIDA, LUIZ GONZAGA PAULA ; LEFÈVRE, CHRISTOPHER T ; BAZYLINSKI, DENNIS A ; DE VASCONCELOS, ANA TEREZA RIBEIRO ; LINS, ULYSSES . Deciphering unusual uncultured magnetotactic multicellular prokaryotes through genomics. The ISME Journal (Print), v. 8, p. 1055-1068, 2013.

8.
CUNHA, C. O.2012CUNHA, C. O. ; ZULETA, L. F. G. ; ALMEIDA, L. G. P. ; CIAPINA, L. P. ; BORGES, W. L. ; PITARD, R. M. ; BALDANI, J. I. ; STRALIOTTO, R. ; FARIA, S. M. ; HUNGRIA, M. ; CAVADA, B. S. ; MERCANTE, F. M. ; VASCONCELOS, A. T. R. . Complete genome sequence of Burkholderia phenoliruptrix BR3459a (= CLA1), a heat-tolerant nitrogen-fixing symbiont of Mimosa flocculosa. Journal of Bacteriology (Print), v. 194, p. 6675-6676, 2012.

9.
CIAPINA, L. P.;Ciapina, Luciane Prioli;CIAPINA, L.;CIAPINA, LUCIANE P.;Luciane Prioli Ciapina Guedes;Guedes, LPC;GUEDES, LUCIANE PRIOLI CIAPINA2011 CIAPINA, L. P.; Picchi, Simone Cristina ; Lacroix, Jean-Marie ; de Macedo Lemos, Eliana Gertrudes ; Ödberg-Ferragut, Carmen . A putative twin-arginine translocation system in the phytopathogenic bacterium Xylella fastidiosa. Canadian Journal of Microbiology (Online), v. 57, p. 149-154, 2011.

10.
The UniProt Consortium2009 The UniProt Consortium ; CIAPINA, L. P. . The Universal Protein Resource (UniProt) 2009. Nucleic Acids Research, v. 37, p. D169-D174, 2009.

11.
The UniProt Consortium2009 The UniProt Consortium ; CIAPINA, L. P. . The Universal Protein Resource (UniProt) in 2010. Nucleic Acids Research, v. 38, p. D142-D148, 2009.

12.
The UniProt Consortium2007 The UniProt Consortium ; CIAPINA, L. P. . The Universal Protein Resource (UniProt). Nucleic Acids Research, v. 36, p. D190-D195, 2007.

13.
TRAVENSOLO, R. F.2005TRAVENSOLO, R. F. ; CIAPINA, L. P. ; LEMOS, E. G. M. . Development of a SCAR marker for Pierce's disease strains of Xylella fastidiosa. Fitopatologia Brasileira (Impresso) (Cessou em 2007. Cont. ISSN 1982-5676 Tropical Plant Pathology (Impresso)), v. 30, p. 115-120, 2005.

14.
PASHALIDIS, S.2005PASHALIDIS, S. ; SILVA, A. M. ; CIAPINA, L. P. ; LEMOS, E. G. M. ; CAMPANHARO, J. C. ; ALVES, L. M. C. ; ZAINI, P. A. ; VENCIO, R. Z. N. ; MOREIRA, L. M. ; SILVA, A. C. R. . Whole-genome expression profiling of Xylella fastidiosa in response to growth on glucose. OMICS: Journal of Integrative Biology, v. 9, p. 77-90, 2005.

15.
CIAPINA, L. P.;Ciapina, Luciane Prioli;CIAPINA, L.;CIAPINA, LUCIANE P.;Luciane Prioli Ciapina Guedes;Guedes, LPC;GUEDES, LUCIANE PRIOLI CIAPINA2004 CIAPINA, L. P.; ALVES, L. M. C. ; LEMOS, E. G. M. . Fast procedure to detect Xylella fastidiosa in citrus plants and sharpshooters by PCR and nested-PCR assays. Journal of Applied Microbiology, v. 96, p. 596-551, 2004.

16.
SILVA, A. C. R.2002SILVA, A. C. R. ; LEMOS, E. G. M. ; ALVES, L. M. C. ; KISHI, L. T. ; CIAPINA, L. P. ; LEMOS, M. V. F. . Comparison of the genomes of two Xanthomonas pathogens with differing host specificities. Nature (London), Inglaterra, v. 417, p. 459-463, 2002.

17.
CIAPINA, L. P.;Ciapina, Luciane Prioli;CIAPINA, L.;CIAPINA, LUCIANE P.;Luciane Prioli Ciapina Guedes;Guedes, LPC;GUEDES, LUCIANE PRIOLI CIAPINA2000CIAPINA, L. P.; LEMOS, E. G. M. . Caracterização Molecular do isolado 9a5c de Xylella fastidiosa por rep-PCR. Summa Phytopathologica, Jaboticabal, v. 26, n.2, p. 262-264, 2000.

Trabalhos completos publicados em anais de congressos
1.
CIAPINA, L. P.; LEMOS, E. G. M. ; DONADIO, L. C. ; Li, W.B. ; HE, C.X . ERIC-PCR for early detection of the bacterium (Xylella fastidiosa) of Citrus Variegated Chlorosis. In: XXXXII Annual meeting of interamerican society for tropical horticulture, 1996, Curitiba. Proceedings of the interamerican societ for tropical horticulture, 1996. v. 40. p. 161-166.

Resumos expandidos publicados em anais de congressos
1.
VICARI, M. C. ; CIAPINA, L. P. ; LEMOS, E. G. M. . Caracterización de cepas de Rhizobium meliloti por secuencias repetitivas REP, ERC y BOXA-PCR. In: XVIII Reunião Latinoamericana de Rhizobiologia,, 1996, Santa Cruz de la Sierra. Memorias XVIII Reunion Latinoamericana de Rhizobiologia, 1996.

Resumos publicados em anais de congressos
1.
DIAS, M. F. R. ; KRITZ, M. V. ; CIAPINA, L. P. ; COIMBRA, R. S. . Predicting ubiquitination-prone proteins of metarhizium anisopleae using machine learning methods. In: X-meeting/Brazilian Simposium on Bioinformatics, 2013, Recife. X-Meeting & BSB 2013, 2013.

2.
DIAS, G. M. ; SOUSA, R. ; THOMPSON, F. ; CIAPINA, L. P. ; VASCONCELOS, A. T. R. . Annotation and Genome Comparative Analysis of Two vibrio species. In: 5th International conference of the brazilian association for bioinformatics and computational biology - X-meeting 2009, 2009, Angra dos Reis. X-Meeting Eletronic Abstracts Book 2009, 2009.

3.
DIAS, G. M. ; CIAPINA, L. P. ; THOMPSON, C. C. ; VASCONCELOS, A. T. R. ; THOMPSON, F. . Evaluation of three automated genome annotation systems for Vibrios. In: VibRio2009, 2009, Rio de Janeiro. VibRio2009.Evaluation of three automated genome annotation systems for Vibrios, 2009.

4.
CIAPINA, L. P.; UNEDA-TREVISOLI, S. H. ; LEMOS, E. G. M. ; DI MAURO, A. O. ; COSTA, M. M. ; CAPELOTO, A. ; GAVIOLI, E. A. ; ARRIEL, N. H. C. ; OLIVEIRA, R. C. ; DI MAURO, S. M. Z. . A SCAR marker for assisted selection to soybean cyst nematode. In: VII World Soybean Research Conference, IV International Soybean Processing an Utilization Conference, III Brazilian Soybean Congress,, 2004, Foz do Iguaçu. Documentos 228, 2004. p. 319.

5.
CIAPINA, L. P.; LEMOS, E. G. M. ; MUNIZ, F. R. ; SILVEIRA, G. D. ; BARBARO, I. M. ; DI MAURO, A. O. ; COSTA, M. M. ; GAVIOLI, E. A. ; DI MAURO, S. M. Z. ; UNEDA-TREVISOLI, S. H. . Molecular markers for powdery mildew (Microsphaera diffusa) resistance in soybean. In: VII World Soybean Research Conference, IV International Soybean Processing an Utilization Conference, III Brazilian Soybean Congress, 2004, Foz do Iguaçu. Documentos, 228, 2004. p. 320.

6.
CIAPINA, L. P.; LEMOS, E. G. M. ; ALVES, L. M. C. ; TRAVENSOLO, R. F. ; CAMPANHARO, J. C. ; LOPES, T. J. S. . Análise da expressão gênica da bactéria Xylella fastidiosa utilizando DMA microarrays. In: XXII Congresso Brasileiro De Microbiologia, 2003, Florianópolis. XXII Congresso Brasileiro De Microbiologia 2003, 2003.

7.
CIAPINA, L. P.; ALVES, L. M. C. ; LEMOS, E. G. M. ; PRADO, A. L. ; MARCONDES, J. . Microarray de DNA na avaliação do comportamento metabólico de Bradyrhizobium elkanii em meio de cultivo complexo e definido. In: XXII Congresso Brasileiro De Microbiologia, 2003, Florianópolis. XXII Congresso Brasileiro De Microbiologia 2003, 2003.

8.
CIAPINA, L. P.; LEMOS, E. G. M. . Rapid DNA extraction methodology to detect Xylella fastidiosa in sharpshooter leafhoppers by Nested-PCR. In: Ninth Congress of the International Society of Citriculture, 2000, Orlando. Proceedings of the Ninth International Congress of Citriculture, 2000.

9.
TRAVENSOLO, R. F. ; CIAPINA, L. P. ; LEMOS, E. G. M. . Desenvolvimento de um marcador SCAR para Xylella fastidiosa causadora do Mal de Pierce em videira. In: X Congresso Latinoamericano de Fitopatologia e XXVI Congresso Mexicano de Fitopatologia, 1999, Guadalajara. X Congresso Latinoamericano de Fitopatologia e XXVI Congresso Mexicano de Fitopatologia, 1999.

10.
ALVES, L. M. C. ; CIAPINA, L. P. ; KISHI, L. T. ; LEMOS, E. G. M. . Avaliação da eficiência dos diferentes primers específicos no diagnóstico da Clorose Variegada dos Citros. In: XXII Congresso Paulista de Fitopalogia, 1999, Jaboticabal. XXII Congresso Paulista de Fitopalogia, 1998. p. 114.

11.
CIAPINA, L. P.; LEMOS, E. G. M. . Análises por rep-PCR e Sequênciamento do espaço intergênico dos genes 16S-23S DNA ribossomais de Bradyrhizobium.. In: XX Congresso Brasileiro de Microbiologia, 1999, Salvador. XX Congresso Brasileiro de Microbiologia, 1999.

12.
CIAPINA, L. P.; LEMOS, E. G. M. . Estudos de diversidade genética entre isolados de Xylella fastidiosa por rep-PCR e sequênciamento do espaço intergênico dos genes 16S-23S rDNA.. In: X Congresso Latinoamericano de Fitopatologia e XXVI Congresso Mexicano de Fitopatologia, 1999, Guadalajara. X Congresso Latinoamericano de Fitopatologia e XXVI Congresso Mexicano de Fitopatologia, 1999.

13.
CIAPINA, L. P.; LEMOS, E. G. M. . Estudos do genoma de bactérias Gram-negativas e Gram-negativas pela análise das sequências REP, ERIC e BOXA-PCR. In: 43º Congresso Nacional de Genética, 1997, Goiânia. Revista Brasileira de Genética, 1997.

14.
CIAPINA, L. P.; COSTA, C. . Marcadores genéticos e morfológicos de Trichosporon.. In: IV Congresso de Iniciação Científica da UNESP, 1992, Araçatuba. Anais do IV Congresso de Iniciação Científica da UNESP, 1992.

Apresentações de Trabalho
1.
CIAPINA, L. P.. Bioinformática e suas aplicações. 2014. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

2.
CIAPINA, L. P.. Anotação funcional de proteínas dentro do banco de dados Swiss-Prot. 2012. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

3.
CIAPINA, L. P.. Anotação funcional de proteínas usando o banco de dados Swiss-Prot. 2011. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

4.
CIAPINA, L. P.. Noções e aplicações em Bioinformática. 2011. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

5.
Marisa Fabiana Nicolas ; DELLAMANO, M. ; GERBER, A. ; SILVEIRA, R. ; SOUSA, R. ; CIAPINA, L. P. ; PAULA, L. G. ; VASCONCELOS, A. T. R. . Progress on the High-Throughput Sequencing Projects at the Brazilian Bioinformatics Laboratory. 2009. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

6.
ODBERG-FERRAGUT, C. ; CIAPINA, L. P. ; BOHIN, J. ; LEMOS, E. G. M. ; LEMOS, M. V. F. . Functional complementation of Tat transport defect in Escherichia coli by Xylella fastidiosa Tat components. 2006. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

7.
CIAPINA, L. P.; TRAVENSOLO, R. F. . Microarray: Uma nova técnica para o estudo da expressão gênica. 2003. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

8.
CIAPINA, L. P.; TRAVENSOLO, R. F. . Técnica de Microarray. 2003. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

9.
CIAPINA, L. P.; LEMOS, E. G. M. . Estudos do genoma de bactérias Gram-negativas e Gram-negativas pela análise das sequências REP, ERIC e BOXA-PCR. 1997. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

10.
CIAPINA, L. P.; LEMOS, E. G. M. . Distribuição das sequências repetitivas de DNA, ERIC, REP e BOX A em Bradyrhizobium japonicum e outras bactérias. 1996. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

11.
CIAPINA, L. P.; COSTA, C. . Marcadores genéticos e morfológicos de Trichosporon. 1992. (Apresentação de Trabalho/Congresso).


Produção técnica
Assessoria e consultoria
1.
CIAPINA, L. P.. Assessor científico da Revista Brasileira de Fruticultura. 2001.

2.
CIAPINA, L. P.. Assessor científico da Revista Summa Phytopathologica. 2001.

Trabalhos técnicos

Demais tipos de produção técnica
1.
CIAPINA, L. P.; VASCONCELOS, A. T. R. . RElatório Anual de acompanhamento de projeto - Rede Avançada em Biologia Computacional. 2016. (Relatório de pesquisa).

2.
CIAPINA, L. P.. Relatório Técnico Parcial - AMLBIOHEMO. 2016. (Relatório de pesquisa).

3.
CIAPINA, L. P.; VASCONCELOS, A. T. R. . RElatório Anual de acompanhamento de projeto - Rede Avançada em Biologia Computacional. 2015. (Relatório de pesquisa).

4.
CIAPINA, L.; Marisa Fabiana Nicolas ; CUSTODIO, F. L. ; THOMPSON, C. E. . Tópicos em Biologia. 2012. (Curso de curta duração ministrado/Outra).

5.
CIAPINA, L. P.; Marisa Fabiana Nicolas ; DARDENNE, L. E. ; Russo, C. . Tópicos em Biologia. 2011. (Curso de curta duração ministrado/Outra).

6.
CIAPINA, L. P.; Marisa Fabiana Nicolas ; DARDENNE, L. E. ; Russo, C. . Tópicos em Biologia. 2010. (Curso de curta duração ministrado/Outra).

7.
CIAPINA, L. P.; Marisa Fabiana Nicolas ; DARDENNE, L. E. ; Russo, C. . Tópicos em Biologia. 2009. (Curso de curta duração ministrado/Outra).

8.
CIAPINA, L. P.; ODBERG-FERRAGUT, C. ; LEMOS, M. V. F. . Tópicos Especiais em Mutagênese Sítio-Dirigida. 2006. (Curso de curta duração ministrado/Outra).

9.
CIAPINA, L. P.. Função das glicanas periplasmáticas osmorreguladas na patogenicidade de Xylella fastidiosa e Xanthomonas campestris. Sub-projeto: Estudos de complementação e expressão gênica de opgD e da funcionalidade do sistema de secreção Tat (?Twin-arginine translocation?) em Xylella fastidiosa. 2005. (Relatório de pesquisa).

10.
CIAPINA, L. P.. Integração de melhoramento genético, genoma funcional e comparativo de citros. 2003. (Relatório de pesquisa).

11.
CIAPINA, L. P.. Clorose Variegada dos Citros: controle de vetores, manejo e melhoramento. 2001. (Relatório de pesquisa).

12.
CIAPINA, L. P.; ALVES, L. M. C. ; LEMOS, E. G. M. . Otimização de métodos de detecção de Xylella fastidiosa em cigarrinhas. 1999. (Relatório de pesquisa).



Bancas



Participação em bancas de trabalhos de conclusão
Mestrado
1.
CIAPINA, L. P.; LEMOS, M. V. F.; SENA, J. A. D.. Participação em banca de Larissa Scattolin Martins.. ?Utilização de transposons na inativação de genes de patogenia da bactéria Xylella fastidiosa?. 2005. Dissertação (Mestrado em Agronomia) - Faculdade de Ciências Agrária e Veterinárias/UNESP/Jaboticabal.

2.
CIAPINA, L. P.; LEMOS, E. G. M.; COVISSI, U. D. S.. Participação em banca de Luciano Takeshi Kishi. Avaliação da diversidade genética de Xylella fastidiosa utilizando a técnica fAFLP (fluorescent Amplified Fragment Lenght Polymorphism)". 2002. Dissertação (Mestrado em Microbiologia Agropecuária) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

3.
CIAPINA, L. P.; LEMOS, E. G. M.; ALVES, L. M. C.. Participação em banca de Kerly Cristina Pereira. Caracterização morfológica, bioquímica e molecular de rizóbios recomendados para inoculação de leguminosas arbóreas. 2002. Dissertação (Mestrado em Microbiologia Agropecuária) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

Teses de doutorado
1.
Marisa Fabiana Nicolas; CIAPINA, L. P.; DINIZ, C. G.. Participação em banca de Maiana de Oliveira Cerqueira e Costal. Genômica comparativa de isolados resistentes à meticilina de Staphylococcus aureus pertencentes à linhagem ST239-SccmecIII do clone epidêmico brasileiro. 2012.

2.
CIAPINA, L. P.; LEMOS, M. V. F.; ALVES, L. M. C.; SENA, J. A. D.; ODBERG-FERRAGUT, C.. Participação em banca de Simone Cristina Picchi. Expressão Heteróloga do gene opgD de Xylella fastidiosa e obtenção de mutantes opgH. 2006. Tese (Doutorado em Genética e Melhoramento de Plantas) - Faculdade de Ciências Agrária e Veterinárias/UNESP/Jaboticabal.

3.
CIAPINA, L. P.; LEMOS, M. V. F.; GOES, A.; LOPES, J. R. S.; FERRO, M. I. T.. Participação em banca de Paulo Sarmanho da Costa Lima. Construção de vetor de inativação e transformação de Xylella fastidiosa. 2003. Tese (Doutorado em Genética e Melhoramento de Plantas) - Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias-UNESP,Jaboticabal,SP.

4.
CIAPINA, L. P.; DAMIAO FILHO, C. F.; PERECIN, D.; RIBEIRO, I. J. A.; DONADIO, L. C.. Participação em banca de Ronaldo Posella Zaccaro. Fusarium subglutinans e malformação da mangueira (Mangifera indica L.). 2002. Tese (Doutorado em Agronomia (Produção Vegetal)) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

Trabalhos de conclusão de curso de graduação
1.
Simone Martins; CIAPINA, L. P.. Participação em banca de Matheus Bersot Siqueira Barros.Uma ferramenta para procura de similaridade entre operons e predição de operons. 2007 - Universidade Federal Fluminense.



Participação em bancas de comissões julgadoras
Outras participações
1.
CIAPINA, L. P.; Marisa Fabiana Nicolas. Processo seletivo mestrado e doutorado curso de Modelagem Computacional linha de pesquisa em Bioinformática e Biologia Computacional. 2010. Laboratório Nacional de Computação Científica.

2.
Marisa Fabiana Nicolas; CIAPINA, L. P.. Processo seletivo Mestrado em Modelagem Computacional com Ênfase em Bioinformática e Bioloiga Computacional. 2009. Laboratório Nacional de Computação Científica.



Eventos



Participação em eventos, congressos, exposições e feiras
1.
?In-silico Analysis of Proteins: Celebrating the 20th Anniversary of Swiss-Prot.?.HAMAP. 2006. (Encontro).

2.
Global Dialogues on Emerging Science and Technology (GDEST). Conference on Bioinformatics. 2006. (Simpósio).

3.
ISMB/X-Meeting. 2006. (Congresso).

4.
II Simpósio sobre Biotecnologia ?na onda da evolução?.Microarray: Uma nova técnica para o estudo da expressão gênica. 2003. (Simpósio).

5.
Palestra: PCR, RT-PCR - Novas tecnologias. 2002. (Outra).

6.
I Simpósio Genoma Funcional da Xylella fastidiosa. 2001. (Simpósio).

7.
Ninth International Society of Citriculture Congress. Ninth International Society of Citriculture Congress. 2000. (Congresso).

8.
2º Encontro científico de pós-graduandos da FCAV & 1º Encontro científico de pós-graduandos de ciências agrárias.2º Encontro científico de pós-graduandos da FCAV & 1º Encontro científico de pós-graduandos de ciências agrárias. 1999. (Encontro).

9.
X Congresso Latinoamericano de Fitopatologia e XXVI Congresso Mexicano de Fitopatologia. X Congresso Latinoamericano de Fitopatologia e XXVI Congresso Mexicano de Fitopatologia. 1999. (Congresso).

10.
XX Congresso Brasileiro de Microbiologia. Análises por rep-PCR e Sequênciamento do espaço intergênico dos genes 16S-23S DNA ribossomais de Bradyrhizobium. 1999. (Congresso).

11.
XXII Congresso Paulista de Fitopatologia. Avaliação da eficiência dos diferentes primers específicos no diagnóstico da Clorose Variegada dos Citros. 1999. (Congresso).

12.
Semana da Citricultura. 1998. (Encontro).

13.
43º Congresso Nacional de Genética. Estudos do genoma de bactérias Gram-negativas e Gram-negativas pela análise das sequências REP, ERIC e BOXA-PCR. 1997. (Congresso).

14.
I Simpósio Brasileiro de Melhoramento de Frutíferas. 1997. (Simpósio).

15.
I Fórum em Microbiologia.Distribuição das sequências repetitivas de DNA, ERIC, REP e BOX A em Bradyrhizobium japonicum e outras bactérias. 1996. (Outra).

16.
41º Congresso Nacional de Genética. 1995. (Outra).

17.
Simpósio Nacional de Recursos Genéticos Vegetais. 1995. (Simpósio).

18.
IV Congresso de Iniciação Científica da UNESP. Universidade Estadual Paulista ?Júlio de Mesquita Filho?. Marcadores genéticos e morfológicos de Trichosporon. 1992. (Congresso).


Organização de eventos, congressos, exposições e feiras
1.
Ederson Jesus ; Márcia R. R. Coelho ; Stefan Schwab ; Ciapina, Luciane Prioli . Advanced User Workshop - MiGA: Microbial Genomes Atlas. 2017. (Outro).



Orientações



Orientações e supervisões concluídas
Dissertação de mestrado
1.
Maria Fernanda Ribeiro Dias. An álise empí rica da utiliza ção de t écnicas de aprendizagem de m áquina para classi ca ção de sequências de proteí nas de Metarhizium anisopliae. 2014. Dissertação (Mestrado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Luciane Prioli Ciapina.

2.
Graciela Maria Dias. Genômica Comparativa de Vibrios. 2010. Dissertação (Mestrado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica, Fundação Carlos Chagas Filho de Amparo à Pesquisa do Estado do RJ. Coorientador: Luciane Prioli Ciapina.

Iniciação científica
1.
Mônica Carvalho Gall Gagliardi Senra. Anotação e caracterização do genoma da bactéria Burkholderia phenoliruptrix BR3459a. 2011. Iniciação Científica. (Graduando em Tecnologia em Sistema de Informação e Comunicação) - Instituto Superior de Tecnologia, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Luciane Prioli Ciapina.



Inovação



Projetos de pesquisa


Educação e Popularização de C & T



Apresentações de Trabalho
1.
CIAPINA, L. P.. Bioinformática e suas aplicações. 2014. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).


Cursos de curta duração ministrados
1.
CIAPINA, L. P.; Marisa Fabiana Nicolas ; DARDENNE, L. E. ; Russo, C. . Tópicos em Biologia. 2009. (Curso de curta duração ministrado/Outra).

2.
CIAPINA, L. P.; Marisa Fabiana Nicolas ; DARDENNE, L. E. ; Russo, C. . Tópicos em Biologia. 2010. (Curso de curta duração ministrado/Outra).

3.
CIAPINA, L. P.; Marisa Fabiana Nicolas ; DARDENNE, L. E. ; Russo, C. . Tópicos em Biologia. 2011. (Curso de curta duração ministrado/Outra).

4.
CIAPINA, L.; Marisa Fabiana Nicolas ; CUSTODIO, F. L. ; THOMPSON, C. E. . Tópicos em Biologia. 2012. (Curso de curta duração ministrado/Outra).




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