Zanoni Dias

Bolsista de Produtividade em Pesquisa do CNPq - Nível 2

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  • Última atualização do currículo em 02/10/2018


Possui bacharelado em Ciência da Computação (1997) pela Universidade Estadual de Campinas, doutorado em Ciência da Computação (2002) pela Universidade Estadual de Campinas e pós-doutorado em Bioinformática (2011) pelo Virginia Bioinformatics Institute (Virginia Tech). Atualmente é Professor Associado (Livre Docente, nível MS-5.2) do Instituto de Computação (IC) da Unicamp e coordenador do Curso de Aperfeiçoamento em Mineração de Dados Complexos, da mesma instituição. Tem experiência na área de Ciência da Computação, com ênfase em Biologia Computacional e Bioinformática. (Texto informado pelo autor)


Identificação


Nome
Zanoni Dias
Nome em citações bibliográficas
DIAS, Z.;Dias, Z.;Dias, Zanoni

Endereço


Endereço Profissional
Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Computação.
Avenida Albert Einstein
Cidade Universitária
13083852 - Campinas, SP - Brasil - Caixa-postal: 6176
Telefone: (19) 35215861
Fax: (19) 35215847
URL da Homepage: www.ic.unicamp.br/~zanoni


Formação acadêmica/titulação


1998 - 2002
Doutorado em Ciência da Computação.
Universidade Estadual de Campinas, UNICAMP, Brasil.
Título: Rearranjo de Genomas: Uma Coletânea de Artigos, Ano de obtenção: 2002.
Orientador: João Meidanis.
Bolsista do(a): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo, FAPESP, Brasil.
Palavras-chave: Biologia Molecular Computacional; Rearranjo de Genomas; Coletânea de Artigos.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra
Setores de atividade: Informática.
1994 - 1997
Graduação em Bacharelado em Ciência da Computação.
Universidade Estadual de Campinas, UNICAMP, Brasil.
Bolsista do(a): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo, FAPESP, Brasil.


Pós-doutorado e Livre-docência


2013
Livre-docência.
Universidade Estadual de Campinas, UNICAMP, Brasil.
Título: Complexidade de Algoritmos, Ano de obtenção: 2013.
Palavras-chave: Ciência da Computação.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra
2010 - 2011
Pós-Doutorado.
Virginia Bioinformatics Institute, VBI, Estados Unidos.
Bolsista do(a): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, CNPq, Brasil.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra
Grande Área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Teoria da Computação / Especialidade: Biologia Molecular Computacional.


Atuação Profissional



Universidade Estadual de Campinas, UNICAMP, Brasil.
Vínculo institucional

2013 - Atual
Vínculo: Servidor Público, Enquadramento Funcional: Professor Livre Docente, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

Vínculo institucional

2007 - 2013
Vínculo: Servidor Público, Enquadramento Funcional: Professor Doutor, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

Vínculo institucional

2006 - 2007
Vínculo: Servidor Público, Enquadramento Funcional: Professor Doutor, Carga horária: 24

Vínculo institucional

2003 - 2006
Vínculo: Servidor Público, Enquadramento Funcional: Professor Doutor, Carga horária: 12

Atividades

07/2017 - Atual
Direção e administração, Instituto de Computação, .

Cargo ou função
Coordenador do Curso de Aperfeiçoamento em Mineração de Dados Complexos.
09/2014 - Atual
Direção e administração, Instituto de Computação, .

Cargo ou função
Vice-Chefe do Departamento de Teoria da Computação.
02/2010 - Atual
Conselhos, Comissões e Consultoria, Reitoria, Pro-Reitoria de Pesquisa.

Cargo ou função
Membro do Conselho Administrativo do Laboratório Central de Tecnologias de Alto Desempenho (LaCTAD).
08/2005 - Atual
Ensino, Ciência da Computação, Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
MO417 - Complexidade de Algoritmos I
MO637 - Complexidade de Algoritmos II
MO640 - Biologia Computacional
09/2003 - Atual
Ensino, Bacharelado em Ciência da Computação, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
MC102 - Algoritmos e Programação de Computadores
MC336 - Paradigmas de Programação
MC448 - Projeto e Análise de Algoritmos I
MC548 - Projeto e Análise de Algoritmos II
MC600 - Estudo Comparativo de Linguagens de Programação
MC668 - Bioinformática
07/2015 - 06/2017
Direção e administração, Instituto de Computação, .

Cargo ou função
Coordenador do Curso de Ciência da Computação.
09/2012 - 06/2015
Direção e administração, Instituto de Computação, .

Cargo ou função
Coordenador Substituto do Curso de Engenharia de Computação.
09/2012 - 08/2014
Direção e administração, Instituto de Computação, .

Cargo ou função
Chefe do Departamento de Teoria da Computação.
09/2011 - 08/2012
Direção e administração, Instituto de Computação, .

Cargo ou função
Chefe do Departamento de Teoria da Computação.
09/2009 - 08/2010
Direção e administração, Instituto de Computação, .

Cargo ou função
Chefe do Departamento de Teoria da Computação.
07/2009 - 07/2010
Direção e administração, Instituto de Computação, .

Cargo ou função
Coordenador Substituto do Curso de Engenharia de Computação.
09/2008 - 08/2009
Direção e administração, Instituto de Computação, .

Cargo ou função
Vice-Chefe do Departamento de Teoria da Computação.

Scylla Informática S A, SCYLLA, Brasil.
Vínculo institucional

2002 - 2007
Vínculo: Outro, Enquadramento Funcional: Diretor, Carga horária: 40

Atividades

5/2002 - 6/2007
Direção e administração, Scylla Informática S A, .

Cargo ou função
Diretor Técnico.


Projetos de pesquisa


2018 - Atual
Sensitive Media Analysis through Deep Learning Architectures
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
2017 - Atual
DejaVu: Feature-Space-Time Coherence from Heterogeneous Data for Media Integrity Analytics and Interpretation of Events
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
2017 - Atual
Estudo de Distâncias de Rearranjos de Genomas em Problemas que Consideram Reversões e Transposições
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) Doutorado: (1) .
Integrantes: Zanoni Dias - Integrante / Ulisses Dias - Coordenador.Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.
2017 - Atual
Investigação de Problemas Difíceis do Ponto de Vista Algorítmico e Estrutural
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
2017 - Atual
Algoritmos e Estruturas Combinatórias
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
2015 - 2017
Algoritmos para Rearranjos de Genomas
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (2) Doutorado: (3) .
Integrantes: Zanoni Dias - Coordenador / Ulisses Dias - Integrante.Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
2015 - Atual
Problemas de Rearranjos de Genomas: Algoritmos e Complexidades
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Doutorado: (6) .
Integrantes: Zanoni Dias - Coordenador / João Meidanis - Integrante / Cleber Mira - Integrante / Ulisses Martins Dias - Integrante / Guillaume Fertin - Integrante / Anthony Labarre - Integrante / Géraldine Jean - Integrante / Stéphane Vialette - Integrante.Financiador(es): COFECUB - Cooperação / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Cooperação.
2013 - 2016
Problemas de Distância de Rearranjo de Genomas
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (2) Doutorado: (2) .
Integrantes: Zanoni Dias - Coordenador / Ulisses Martins Dias - Integrante.Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.
2013 - Atual
CEPID - Center for Computational Engineering and Sciences
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
2012 - 2016
Algoritmos, Grafos e Otimização Combinatória
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
2012 - 2014
Reverse Engineering of Audio-Visual Content Data InCo Extension (REWIND)

Projeto certificado pelo(a) coordenador(a) Anderson de Rezende Rocha em 08/04/2013.
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
2010 - 2012
Algoritmos, Grafos e Otimização Combinatória
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (2) Doutorado: (3) .
Integrantes: Zanoni Dias - Integrante / Guilherme P. Telles - Integrante / Cid Carvalho de Souza - Integrante / Orlando Lee - Integrante / Arnaldo Vieira Moura - Integrante / Celia Picinin de Mello - Coordenador / Flávio Keidi Miyazawa - Integrante / Pedro Jussieu de Rezende - Integrante / Eduardo Candido Xavier - Integrante / Christiane Neme Campos - Integrante.Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.
Número de produções C, T & A: 32 / Número de orientações: 9
2009 - 2011
Algoritmos Combinatórios
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
2007 - 2010
Algoritmos em Otimização Combinatória
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Doutorado: (3) .
Integrantes: Zanoni Dias - Integrante / Orlando Lee - Coordenador.Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.
2007 - 2010
Algoritmos, Otimização Combinatória, Grafos e Modelos Computacionais
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Doutorado: (3) .
Integrantes: Zanoni Dias - Integrante / Cid Carvalho de Souza - Coordenador / Orlando Lee - Integrante / Arnaldo Vieira Moura - Integrante / Celia Picinin de Mello - Integrante / Flávio Keidi Miyazawa - Integrante / Pedro Jussieu de Rezende - Integrante.Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.
2007 - 2009
Sistema Integrador de Dados de Expressão Gênica
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
2004 - 2006
Sistema de Identificação de Polimorfismos
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
2004 - 2005
Algorithms and Combinatorics for Computational Molecular Biology
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
2003 - 2004
Técnicas Avançadas de Engenharia de Software em Bioinformática
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.


Projetos de desenvolvimento


2007 - 2010
Convênio AsGa / Unicamp
Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento.


Áreas de atuação


1.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Teoria da Computação/Especialidade: Bioinformática.
2.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Teoria da Computação/Especialidade: Biologia Molecular Computacional.
3.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Teoria da Computação/Especialidade: Análise de Algoritmos e Complexidade de Computação.


Idiomas


Inglês
Compreende Bem, Fala Razoavelmente, Lê Bem, Escreve Razoavelmente.


Prêmios e títulos


2016
Prêmio de Reconhecimento Docente pela Dedicação ao Ensino de Graduação, Unicamp.
2016
Prêmio de Excelência Didática, Instituto de Computação - Unicamp.
2010
Professor Homenageado, Formandos do Bacharelado em Ciência da Computação da Unicamp.
2007
Professor Homenageado, Formandos do Bacharelado em Ciência da Computação da Unicamp.
2006
Prêmio de Excelência Didática, Instituto de Computação - Unicamp.
2003
Primeiro Lugar no Concurso de Teses e Dissertações (CDT'2003), Sociedade Brasileira de Computação.
2000
Mérito Científico e Tecnológico, Governo do Estado de São Paulo.
1997
Primeiro Lugar no Curso de Bacharelado em Ciência da Computação, Instituto de Computação - Unicamp.


Produções



Produção bibliográfica
Artigos completos publicados em periódicos

1.
LINTZMAYER, CARLA NEGRI2018LINTZMAYER, CARLA NEGRI ; FERTIN, GUILLAUME ; Dias, Zanoni . Sorting permutations and binary strings by length-weighted rearrangements. THEORETICAL COMPUTER SCIENCE, v. 715, p. 35-59, 2018.

2.
ARRUDA, THIAGO DA SILVA2018ARRUDA, THIAGO DA SILVA ; DIAS, ULISSES ; Dias, Zanoni . A GRASP-Based Heuristic for the Sorting by Length-Weighted Inversions Problem. IEEE-ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, v. 15, p. 352-363, 2018.

3.
OLIVEIRA, A. R.2018OLIVEIRA, A. R. ; FERTIN, G. ; DIAS, U. ; DIAS, Z. . Sorting Signed Circular Permutations by Super Short Operations. Algorithms for Molecular Biology, v. 13, p. 13, 2018.

4.
LINTZMAYER, CARLA NEGRI2017LINTZMAYER, CARLA NEGRI ; FERTIN, GUILLAUME ; Dias, Zanoni . Sorting permutations by prefix and suffix rearrangements. Journal of Bioinformatics and Computational Biology (Print), v. 15, p. 1750002, 2017.

5.
GALVAO, GUSTAVO RODRIGUES2017GALVAO, GUSTAVO RODRIGUES ; BAUDET, CHRISTIAN ; Dias, Zanoni . Sorting Circular Permutations by Super Short Reversals. IEEE-ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, v. 14, p. 620-633, 2017.

6.
COSTA, FILIPE2017COSTA, FILIPE ; OLIVEIRA, ALBERTO ; FERRARA, PASQUALE ; Dias, Zanoni ; GOLDENSTEIN, SIOME ; ROCHA, ANDERSON . New dissimilarity measures for image phylogeny reconstruction. PATTERN ANALYSIS AND APPLICATIONS, v. 20, p. 1289-1305, 2017.

7.
OLIVEIRA, A. R.2017OLIVEIRA, A. R. ; DIAS, U. ; DIAS, Z. . On the Sorting by Reversals and Transpositions Problem. JOURNAL OF UNIVERSAL COMPUTER SCIENCE, v. 23, p. 868-906, 2017.

8.
OIKAWA, MARINA A.2016OIKAWA, MARINA A. ; Dias, Zanoni ; DE REZENDE ROCHA, ANDERSON ; GOLDENSTEIN, SIOME . Manifold Learning and Spectral Clustering for Image Phylogeny Forests. IEEE Transactions on Information Forensics and Security, v. 11, p. 5-18, 2016.

9.
DE OLIVEIRA, ALBERTO A.2016DE OLIVEIRA, ALBERTO A. ; FERRARA, PASQUALE ; DE ROSA, ALESSIA ; PIVA, ALESSANDRO ; BARNI, MAURO ; GOLDENSTEIN, SIOME ; Dias, Zanoni ; ROCHA, ANDERSON . Multiple Parenting Phylogeny Relationships in Digital Images. IEEE Transactions on Information Forensics and Security, v. 11, p. 328-343, 2016.

10.
OIKAWA, MARINA A.2016OIKAWA, MARINA A. ; Dias, Zanoni ; ROCHA, ANDERSON ; GOLDENSTEIN, SIOME . Distances in multimedia phylogeny. International Transactions in Operational Research, v. 23, p. 921-946, 2016.

11.
MARMEROLA, G.2016MARMEROLA, G. ; OIKAWA, M. A. ; DIAS, Z. ; GOLDENSTEIN, SIOME ; ROCHA, A. . On the Reconstruction of Text Phylogeny Trees: Evaluation and Analysis of Textual Relationships. Plos One, v. 11, p. e0167822, 2016.

12.
Dias, Zanoni2015Dias, Zanoni; DIAS, ULISSES . Sorting by Prefix Reversals and Prefix Transpositions. Discrete Applied Mathematics, v. 181, p. 78-89, 2015.

13.
GALVÃO, GUSTAVO RODRIGUES2015GALVÃO, GUSTAVO RODRIGUES ; LEE, ORLANDO ; Dias, Zanoni . Sorting signed permutations by short operations. Algorithms for Molecular Biology, v. 10, p. 12, 2015.

14.
LINTZMAYER, CARLA NEGRI2015LINTZMAYER, CARLA NEGRI ; FERTIN, GUILLAUME ; Dias, Zanoni . Approximation algorithms for sorting by length-weighted prefix and suffix operations. Theoretical Computer Science, v. 593, p. 26-41, 2015.

15.
BAUDET, C.2015BAUDET, C. ; U. Dias ; DIAS, Z. . Sorting by weighted inversions considering length and symmetry. BMC Bioinformatics, v. 16, p. S3, 2015.

16.
GALVAO, G. R.2014GALVAO, G. R. ; DIAS, Z. . On Alternative Approaches for Approximating the Transposition Distance. Journal of Universal Computer Science (Print), v. 20, p. 1259-1283, 2014.

17.
GALVAO, G. R.2014GALVAO, G. R. ; DIAS, Z. . An Audit Tool for Genome Rearrangement Algorithms. ACM Journal of Experimental Algorithmics, v. 19, p. 1.1-1.34, 2014.

18.
COSTA, FILIPE DE O.2014COSTA, FILIPE DE O. ; OIKAWA, MARINA A. ; Dias, Zanoni ; GOLDENSTEIN, SIOME ; REZENDE DE ROCHA, ANDERSON . Image Phylogeny Forests Reconstruction. IEEE Transactions on Information Forensics and Security, v. 9, p. 1533-1546, 2014.

19.
DIAS, U.2014DIAS, U. ; GALVAO, G. R. ; LINTZMAYER, C. N. ; Dias, Z. . A general heuristic for genome rearrangement problems. Journal of Bioinformatics and Computational Biology (Print), v. 12, p. 1450012, 2014.

20.
MARTINS, L. F.2013MARTINS, L. F. ; ANTUNES, L. P. ; PASCON, R. C. ; OLIVEIRA, J. C. F. ; DIGIAMPIETRI, L. A. ; BARBOSA, D. ; PEIXOTO, B. M. ; VALLIM, M. A. ; VIANA-NIERO, C. ; OSTROSKI, E. H. ; TELLES, G. P. ; Dias, Z. ; CRUZ, J. B. ; JULIANO, L. ; VERJOVSKI-ALMEIDA, S. ; SILVA, A. M. ; SETUBAL, J. C. . Metagenomic Analysis of a Tropical Composting Operation at the São Paulo Zoo Park Reveals Diversity of Biomass Degradation Functions and Organisms. Plos One, v. 8, p. e61928, 2013.

21.
Dias, Z.2013Dias, Z.; Goldenstein, S. ; ROCHA, A. . Toward image phylogeny forests: Automatically recovering semantically similar image relationships. Forensic Science International, v. 231, p. 178-189, 2013.

22.
DIAS, U.2013DIAS, U. ; Dias, Z. . Heuristics for the Transposition Distance Problem. Journal of Bioinformatics and Computational Biology (Print), v. 11, p. 1350013, 2013.

23.
Dias, Zanoni2013Dias, Zanoni; GOLDENSTEIN, SIOME ; ROCHA, ANDERSON . Exploring heuristic and optimum branching algorithms for image phylogeny. Journal of Visual Communication and Image Representation (Print), v. 24, p. 1124-1134, 2013.

24.
Dias, Zanoni2013Dias, Zanoni; GOLDENSTEIN, SIOME ; ROCHA, ANDERSON . Large-Scale Image Phylogeny: Tracing Image Ancestral Relationships. IEEE MULTIMEDIA, v. 20, p. 58-70, 2013.

25.
Dias, Z.2012Dias, Z.; ROCHA, A. ; Goldenstein, S. . Image Phylogeny by Minimal Spanning Trees. IEEE Transactions on Information Forensics and Security, v. 7, p. 774-788, 2012.

26.
DIAS, Z.2012DIAS, Z.; DIAS, U. ; SETUBAL, J. C. . SIS: a program to generate draft genome sequence scaffolds for prokaryotes. BMC Bioinformatics, v. 13, p. 96, 2012.

27.
BAUDET, C.2012BAUDET, C. ; Dias, Z. ; Sagot, M.-F. . Sampling solution traces for the problem of sorting permutations by signed reversals. Algorithms for Molecular Biology, v. 7, p. 18, 2012.

28.
BAUDET, C.2010DIAS, Z.; BAUDET, C. ; Lemaitre, C. ; Gautier, C. ; Tannier, E. ; Sagot, M.-F. . Cassis: detection of genomic rearrangement breakpoints. Bioinformatics (Oxford. Print), v. 26, p. 1897-1898, 2010.

29.
BAUDET, C.2006BAUDET, C. ; DIAS, Z. . Analysis of slipped sequences in ESTs Projects. Genetics and Molecular Research, v. 5, n.1, p. 169-181, 2006.

30.
GALVES, M.2006GALVES, M. ; QUITZAU, J. A. A. ; DIAS, Z. . New strategy to detect SNPs. Genetics and Molecular Research, v. 5, n.1, p. 143-153, 2006.

31.
DIAS, Z.;Dias, Z.;Dias, Zanoni2003DIAS, Z.; MEIDANIS, J. . The Syntenic Distance Problem Using Only Fusions and Fissions. Revista Tecnologia da Informação, Brasília, v. 3, p. 55-59, 2003.

32.
MEIDANIS, J.2002MEIDANIS, J. ; WALTER, M. E. M. T. ; Dias, Z. . A Lower Bound on the Reversal and Transposition Diameter. Journal of Computational Biology, v. 9, p. 743-745, 2002.

33.
TELLES, G. P.2001TELLES, G. P. ; BRAGA, M. D. V. ; DIAS, Z. ; Tzy-Li, Lin ; QUITZAU, J. A. A. ; SILVA, F. R. ; MEIDANIS, J. . Bioinformatics of the sugarcane EST project. Genetics and Molecular Biology (Impresso), v. 24, n.1-4, p. 9-15, 2001.

Capítulos de livros publicados
1.
MEIDANIS, J. ; DIAS, Z. . An Alternative Algebraic Formalism for Genome Rearrangements. In: D. Sankoff; J. H. Nadeau. (Org.). Comparative Genomics: Empirical and Analytical Approaches to Gene Order Dynamics, Map Alignment and Evolution of Gene Families. 1ed.: Kluwer Academic Publishers, 2000, v. , p. 213-223.

Trabalhos completos publicados em anais de congressos
1.
PEIXOTO, B. M. ; AVILA, S. ; DIAS, Z. ; ROCHA, A. . Breaking down violence: A deep-learning strategy to model and classify violence in videos. In: 11th International Workshop on Digital Forensics (WSDF'2018), 2018, Hamburgo - Alemanha. Proceedings of the 11th International Workshop on Digital Forensics (WSDF'2018), 2018. p. 1-7.

2.
ALEXANDRINO, A. O. ; LINTZMAYER, C. N. ; DIAS, Z. . Approximation Algorithms for Sorting Permutations by Fragmentation-Weighted Operations. In: 5th International Conference on Algorithms for Computational Biology (AlCoB'2018), 2018, Hong Kong - China. Lecture Notes in Computer Science, 2018. v. 10849. p. 53-64.

3.
BRITO, K. L. ; OLIVEIRA, A. R. ; DIAS, U. ; DIAS, Z. . Heuristics for the Sorting Signed Permutations by Reversals and Transpositions Problem. In: 5th International Conference on Algorithms for Computational Biology (AlCoB'2018), 2018, Hong Kong - China. Lecture Notes in Computer Science, 2018. v. 10849. p. 65-75.

4.
MIRANDA, G. H. S. ; LINTZMAYER, C. N. ; DIAS, Z. . Sorting Permutations by Limited-Size Operations. In: 5th International Conference on Algorithms for Computational Biology (AlCoB'2018), 2018, Hong Kong - China. Lecture Notes in Computer Science, 2018. v. 10849. p. 76-87.

5.
COSTA, FILIPE DE O. ; DIAS, Z. ; ROCHA, A. . Image and Video Phylogeny Reconstruction. In: 30th Conference on Graphics, Patterns and Images (SIBGRAPI'2017) - Workshop of Thesis and Dissertations, 2017, Niterói - RJ. Proceedings of the 30th Conference on Graphics, Patterns and Images (SIBGRAPI'2017) - Workshop of Thesis and Dissertations, 2017. p. 1-6.

6.
GALVÃO, GUSTAVO RODRIGUES ; DIAS, Z. . Algorithms for Sorting by Reversals or Transpositions, with Application to Genome Rearrangement. In: XXIX Concurso de Teses e Dissertações (CTD'2016), 2016, Porto Alegre - RS. Anais do XXXVI Congresso da Sociedade Brasileira de Computação (CSBC'2016), 2016. p. 441-446.

7.
COSTA, F. O. ; LAMERI, S. ; BESTAGINI, P. ; DIAS, Z. ; TUBARO, S. ; ROCHA, A. . Hash-Based Frame Selection for Video Phylogeny. In: IEEE International Workshop on Information Forensics and Security (WIFS'2016), 2016, Abu Dhabi - Emirados Árabes. Proceedings of the IEEE International Workshop on Information Forensics and Security (WIFS'2016), 2016. p. 1-6.

8.
GALVAO, G. R. ; BAUDET, C. ; DIAS, Z. . Sorting Signed Circular Permutations by Super Short Reversals. In: 11th International Symposium on Bioinformatics Research and Applications (ISBRA'2015), 2015, Norfolk, VA - EUA. Lecture Notes in Bioinformatics. Berlin - Alemanha: Springer, 2015. v. 9096. p. 272-283.

9.
COSTA, F. O. ; LAMERI, S. ; BESTAGINI, P. ; DIAS, Z. ; ROCHA, A. ; TAGLIASACCHI, M. ; TUBARO, S. . Phylogeny reconstruction for misaligned and compressed video sequences. In: IEEE International Conference on Image Processing (ICIP'2015), 2015, Québec - Canadá. Proceeding of the IEEE International Conference on Image Processing (ICIP'2015), 2015. p. 301-305.

10.
LINTZMAYER, C. N. ; DIAS, Z. . Sorting Permutations by Prefix and Suffix Versions of Reversals and Transpositions. In: 11th Latin American Theoretical INformatics Symposium (LATIN'2014), 2014, Montevideo - Uruguay. Lecture Notes in Computer Science. Berlin - Alemanha: Springer-Verlag, 2014. v. 8392. p. 671-682.

11.
LINTZMAYER, C. N. ; DIAS, Z. . On the Diameter of Rearrangement Problems. In: 1st International Conference on Algorithms for Computational Biology (AlCoB'2014), 2014, Tarragona - Espanha. Lecture Notes on Bioinformatics, 2014. v. 8542. p. 158-179.

12.
LINTZMAYER, C. N. ; DIAS, Z. . On Sorting of Signed Permutations by Prefix and Suffix Reversals and Transpositions. In: 1st International Conference on Algorithms for Computational Biology (AlCoB'2014), 2014, Tarragona - Espanha. Lecture Notes on Bioinformatics, 2014. v. 8542. p. 146-157.

13.
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19.
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21.
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29.
GALVAO, G. R. ; DIAS, Z. . A Flexible Framework for Computing Rearrangement Distance of Every Permutation in the Symmetric Group. In: Brazilian Symposium on Bioinformatics (BSB'2011), 2011, Brasília - DF. Proceedings of the Brazilian Symposium on Bioinformatics (BSB'2011), 2011. p. 33-40.

30.
GALVAO, G. R. ; DIAS, Z. . On the Distribution of Rearrangement Distances. In: Brazilian Symposium on Bioinformatics (BSB'2011), 2011, Brasília - DF. Proceedings of the Brazilian Symposium on Bioinformatics (BSB'2011), 2011. p. 41-48.

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Dias, Z.; ROCHA, A. ; Goldenstein, S. . Video Phylogeny: Recovering Near-Duplicate Video Relationships. In: IEEE International Workshop on Information Forensics and Security (WIFS'2011), 2011, Foz do Iguaçu - PR. Proceedings of the IEEE International Workshop on Information Forensics and Security (WIFS'2011), 2011. p. 1-6.

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BAUDET, C. ; DIAS, Z. . Chronological Order of Reversal Events on Rickettsia Genus. In: International Symposium of Biocomputing (ACM ISB'2010), 2010, Calicut - Índia. Proceedings of the International Symposium of Biocomputing (ACM ISB'2010), 2010. p. 1-5.

33.
DIAS, U. ; DIAS, Z. . Extending Bafna-Pevzner Algorithm. In: International Symposium of Biocomputing (ACM ISB'2010), 2010, Calicut - Índia. Proceedings of the International Symposium of Biocomputing (ACM ISB'2010), 2010. p. 1-8.

34.
BAUDET, C. ; DIAS, Z. . An Improved Algorithm to Enumerate All Traces that Sorts a Signed Permutation by Reversals. In: 25th Symposium on Applied Computing - Conference Track on Bioinformatics and Computational Systems Biology (ACM SAC BIO'2010), 2010, Sierre - Suiça. Proceedings of the 25th Symposium on Applied Computing - Conference Track on Bioinformatics and Computational Systems Biology (ACM SAC BIO'2010), 2010. p. 1521-1525.

35.
DIAS, U. ; DIAS, Z. ; SETUBAL, J. C. . A Simulation Tool for the Study of Symmetric Inversions in Bacterial Genomes. In: 8th Annual RECOMB Satellite Workshop on Comparative Genomics (RECOMB CG'2010), 2010, Ottawa - Canadá. Lecture Notes in Computer Science. Berlin - Alemanha: Springer-Verlag, 2010. v. 6398. p. 240-251.

36.
Dias, Z.; ROCHA, A. ; Goldenstein, S. . First Steps Toward Image Phylogeny. In: IEEE Workshop on Information Forensics and Security (WIFS'2010), 2010, Seattle - EUA. Proceedings of the IEEE Workshop on Information Forensics and Security (WIFS'2010), 2010. p. 1-6.

37.
DIAS, U. ; DIAS, Z. . Constraint Programming Models for Transposition Distance Problem. In: Brazilian Syposium on Bioinformatics (BSB´2009), 2009, Porto Alegre - RS. Lecture Notes on Bioinformatics. Berlin - Alemanha: Springer-Verlag, 2009. v. 5676. p. 13-23.

38.
MIRA, C. ; DIAS, Z. ; SANTOS, H. ; PINTO, G. A. ; WALTER, M. E. M. T. . Transposition Distance Based on the Algebraic Formalism. In: Brazilian Syposium on Bioinformatics (BSB´2008), 2008, Santo André. Lecture Notes on Bioinformatics. Berlin - Alemanha: Springer-Verlag, 2008. v. 5167. p. 115-126.

39.
BAUDET, C. ; DIAS, Z. . New EST trimming procedure applied to SUCEST sequences. In: Brazilian Symposium on Bioinformatics (BSB'2007), 2007, Angra dos Reis - RJ. Lecture Notes in Bioinformatics. Berlin - Alemanha: Springer-Verlag, 2007. v. 4643. p. 57-68.

40.
DIAS, Z.; SOUZA, C. C. . Polynomial-sized ILP Models for Rearrangement Distance Problems. In: Brazilian Symposium on Bioinformatics (BSB'2007), 2007, Angra dos Reis - RJ. Proceedings of the Brazilian Symposium on Bioinformatics (BSB'2007), 2007. p. 74-85.

41.
GALVES, M. ; DIAS, Z. . Comparison of Genomic DNA to cDNA Alignment Methods. In: Brazilian Symposium on Bioinformatics (BSB'2005), 2005, São Leopoldo - RS. Lecture Notes in Bioinformatics. Berlin - Alemanha: Springer-Verlag, 2005. v. 3594. p. 170-180.

42.
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43.
DIAS, Z.; MEIDANIS, J. . The Syntenic Distance Problem Using Only Fusions and Fissions. In: 2nd Brazilian Workshop on Bioinformatics (WOB'2003), 2003, Macaé - RJ. Proceedings of 2nd Brazilian Workshop on Bioinformatics (WOB'2003), 2003.

44.
DIAS, Z.; MEIDANIS, J. . Sorting by Prefix Transposition. In: String Processing and Information Retrieval (SPIRE'2002), 2002, Lisboa - Portugal. Lecture Notes In Computer Science. Berlin - Alemanha: Springer-Verlag, 2002. v. 2476. p. 463-468.

45.
DIAS, Z.; MEIDANIS, J. . Genome Rearrangements Distance by Fusion, Fission, and Transposition is Easy. In: String Processing and Information Retrieval (SPIRE'2001), 2001, Laguna de San Rafael - Chile. Proceedings of the String Processing and Information Retrieval (SPIRE'2001), 2001. p. 250-253.

46.
WALTER, M. E. M. T. ; DIAS, Z. ; MEIDANIS, J. . A New Approach for Approximating The Transposition Distance. In: String Processing and Information Retrieval (SPIRE'2000), 2000, A Coruña - Espanha. Proceedings of the String Processing and Information Retrieval (SPIRE'2000), 2000.

47.
WALTER, M. E. M. T. ; DIAS, Z. ; MEIDANIS, J. . Reversal and Transposition Distance of Linear Chromosomes. In: String Processing and Information Retrieval (SPIRE'98), 1998, Santa Cruz - Bolívia. Proceedings of the String Processing and Information Retrieval (SPIRE'98), 1998.

48.
MEIDANIS, J. ; WALTER, M. E. M. T. ; DIAS, Z. . Distância de Reversão de Cromossomos Circulares. In: XXIV Seminário Integrado de Software e Hardware (SEMISH'97), 1997, Brasília - DF. Proceedings of XXIV Seminário Integrado de Software e Hardware (SEMISH'97), 1997. p. 119-131.

49.
MEIDANIS, J. ; WALTER, M. E. M. T. ; DIAS, Z. . Transposition Distance Between a Permutation and its Reverse. In: 4th South American Workshop on String Processing (WSP'97), 1997, Valparaiso - Chile. Proceedings of the 4th South American Workshop on String Processing (WSP'97), 1997. p. 70-79.

Resumos expandidos publicados em anais de congressos
1.
GALVAO, G. R. ; Dias, Z. . On the Approximation Ratio for Sorting by Short Swaps. In: Brazilian Symposium on Bioinformatics (BSB'2012), 2012, Campo Grande - MS. Proceedings of the Brazilian Symposium on Bioinformatics (BSB'2012), 2012. p. 120-125.

2.
ORDINE, S. J. R. ; ALMEIDA, A. A. M. ; Dias, Z. . An Empirical Study for Gap Penalty Score Using a Multiple Sequence Alignment Genetic Algorithm. In: Brazilian Symposium on Bioinformatics (BSB'2012), 2012, Campo Grande - MS. Proceedings of the Brazilian Symposium on Bioinformatics (BSB'2012), 2012. p. 108-113.

3.
GALVAO, G. R. ; DIAS, Z. . Computing Rearrangement Distance of Every Permutation in the Symmetric Group. In: 26th Symposium on Applied Computing - Conference Track on Bioinformatics and Computational Systems Biology (ACM SAC BIO'2011), 2011, Taichung, Taiwan. Proceedings of the 26th Symposium on Applied Computing - Conference Track on Bioinformatics and Computational Systems Biology (ACM SAC BIO'2011), 2011. p. 106-107.

4.
BAUDET, C. ; Dias, Z. . Partial Enumeration of Solutions Traces for the Problem of Sorting by Signed Reversals. In: ACM International Conference on Bioinformatics and Computational Biology (ACM BCB'2011), 2011, Chicago - EUA. Proceeding of the ACM International Conference on Bioinformatics and Computational Biology, 2011. p. 505-507.

5.
ORDINE, S. J. R. ; GRILO, A. B. ; ALMEIDA, A. A. M. ; DIAS, Z. . ALGAe: A Test-bench Environment for a Genetic Algorithm-based Multiple Sequence Aligner. In: Brazilian Symposium on Bioinformatics (BSB'2011), 2011, Brasília - DF. Proceedings of the Brazilian Symposium on Bioinformatics (BSB'2011), 2011. p. 57-60.

6.
DIAS, U. ; DIAS, Z. ; SETUBAL, J. C. . Two new whole-genome distance measures. In: Brazilian Symposium on Bioinformatics (BSB'2011), 2011, Brasília - DF. Proceedings of the Brazilian Symposium on Bioinformatics (BSB'2011), 2011. p. 61-64.

7.
GALVAO, G. R. ; DIAS, Z. . On the Performance of Sorting by Transpositions Without Using Cycle Graph. In: Brazilian Symposium on Bioinformatics (BSB'2011), 2011, Brasília - DF. Proceedings of the Brazilian Symposium on Bioinformatics (BSB'2011), 2011. p. 69-72.

8.
DIAS, U. ; DIAS, Z. ; SETUBAL, J. C. . Evaluation of genome distance measures using tree-derived distances. In: Brazilian Symposium on Bioinformatics (BSB'2011), 2011, Brasília - DF. Proceedings of the Brazilian Symposium on Bioinformatics (BSB'2011), 2011. p. 73-76.

9.
ALMEIDA, A. A. M. ; Souza, M. A. ; DIAS, Z. . Progressive Multiple Protein Sequence Alignment. In: 6th International Symposium on Bioinformatics Research and Applications (ISBRA'2010), 2010, Storrs - EUA. ISBRA'2010 Short Abstracts Proceedings, 2010. p. 102-105.

10.
DIAS, U. ; DIAS, Z. . An Improved 1.375-Approximation Algorithm for the Transposition Distance Problem. In: ACM International Conference on Bioinformatics and Computational Biology (ACM BCB'2010), 2010, Niagara Falls - EUA. Proceeding of the ACM International Conference on Bioinformatics and Computational Biology (ACM BCB'2010), 2010. p. 334-337.

11.
BAUDET, C. ; DIAS, Z. . New EST Trimming Strategy. In: Brazilian Symposium on Bioinformatics (BSB'2005), 2005, São Leopoldo - RS. Lecture Notes in Bioinformatics. Berlin - Alemanha: Springer-Verlag, 2005. v. 3594. p. 206-209.

Resumos publicados em anais de congressos
1.
BAUDET, C. ; DIAS, Z. . Partial enumeration of traces of solutions for the problem of sorting by signed reversals. In: 14th International Conference on Research in Computational Biology (RECOMB'2010), 2010, Lisboa - Portugal. Proceedings of the 14th International Conference on Research in Computational Biology (RECOMB'2010), 2010. p. A11.

2.
BAUDET, C. ; Lemaitre, C. ; DIAS, Z. ; Gautier, C. ; Tannier, E. ; Sagot, M.-F. . Cassis: detection of genomic rearrangement breakpoints. In: 9th European Conference on Computational Biology (ECCB'2010), 2010, Ghent - Bélgica. Proceedings of the 9th European Conference on Computational Biology (ECCB'2010), 2010. p. B25.

3.
DIAS, U. ; DIAS, Z. . Extending Bafna-Pevzner Algorithm. In: 5th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology (X-Meeting'2009), 2009, Angra dos Reis - RJ. Proceedings of 5th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology (X-Meeting'2009), 2009. p. 5-5.

4.
BAUDET, C. ; DIAS, Z. . Chronological Order of Reversal Events on Rickettsia Genus. In: 5th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology (X-Meeting'2009), 2009, Angra dos Reis - RJ. Proceedings of 5th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology (X-Meeting'2009), 2009. p. 21-21.

5.
SILVA, F. R. ; Souza, M. A. ; ALMEIDA, A. A. M. ; DIAS, Z. . A Method to Evaluate Assemblers that Make Use of Short and Long Transcript Reads Simultaneously. In: 5th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology (X-Meeting'2009), 2009, Angra dos Reis - RJ. Proceedings of 5th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology (X-Meeting'2009), 2009. p. 188-188.

6.
BAUDET, C. ; DIAS, Z. . An Improved Algorith to Enumerate All Traces that Sorts a Signed Permutation By Reversals. In: 5th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology (X-Meeting'2009), 2009, Angra dos Reis - RJ. Proceedings of 5th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology (X-Meeting'2009), 2009. p. 9-9.

7.
BAUDET, C. ; DIAS, Z. . Database Management System for Molecular Biology Applications. In: 3rd International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology (X-Meeting'2007), 2007, São Paulo - SP. Proceedings of 3rd International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology (X-Meeting'2007), 2007.

8.
ALMEIDA, A. A. M. ; GALVES, M. ; DIAS, Z. . An Algorithm for Identifying Multiple Polymorphisms Correlations. In: 3rd International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology (X-Meeting'2007), 2007, São Paulo - SP. Proceedings of 3rd International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology (X-Meeting'2007), 2007.

9.
BAUDET, C. ; DIAS, Z. . New EST trimming procedure applied to SUCEST sequences. In: 14th Annual International Conference On Intelligent Systems For Molecular Biology (ISMB'2006), 2006, Fortaleza - CE. Proceedings of 14th Annual International Conference On Intelligent Systems For Molecular Biology (ISMB'2006), 2006.

10.
BAUDET, C. ; DIAS, Z. . Low quality trimming on SUCEST ESTs. In: 2nd International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology (X-Meeting'2006), 2006, Fortaleza - CE. Proceedings of 2nd International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology (X-Meeting'2006), 2006.

11.
BAUDET, C. ; DIAS, Z. . Analysis of slipped sequences in ESTs Projects. In: 1st International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology (X-Meeting'2005), 2005, Caxambu - MG. Proceedings of 1st International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology (X-Meeting'2005), 2005. p. 20-20.

Outras produções bibliográficas
1.
ANDRADE, G. B. ; OLIVEIRA, A. R. ; DIAS, Z. . Sorting Permutations by Reversals with Reinforcement Learning 2018 (Relatório Técnico).

2.
SILVA, F. A. M. ; OLIVEIRA, A. R. ; DIAS, Z. . Machine Learning Applied to Sorting Permutations by Reversals and Transpositions 2017 (Relatório Técnico).

3.
DONOSO, E. R. ; OLIVEIRA, A. R. ; U. Dias ; DIAS, Z. . Problema da Ordenação Ponderada por Reversões e Transposições 2016 (Relatório Técnico).

4.
COSTA, F. O. ; OLIVEIRA, A. A. ; FERRARA, P. ; DIAS, Z. ; Goldenstein, S. ; Rocha, A. de R. . New Dissimilarity Measures for Image Phylogeny Reconstruction 2015 (Relatório Técnico).

5.
MELLONI, A. ; TAGLIASACCHI, M. ; TUBARO, S. ; COSTA, F. O. ; OIKAWA, M. A. ; DIAS, Z. ; Goldenstein, S. ; ROCHA, A. . Signal processing analysis applied to image phylogeny 2014 (Relatório Técnico).

6.
BAUDET, C. ; DIAS, Z. . Partial Enumeration of Traces of Solutions for the Problem of Sorting by Signed Reversals 2011 (Relatório Técnico).

7.
BAUDET, C. ; GALVES, M. ; DIAS, Z. . Comparação de métodos para determinação de SNPs com medidas de confiabilidade 2006 (Relatório Técnico).

8.
ALMEIDA, A. A. M. ; GALVES, M. ; DIAS, Z. . Um algoritmo para identificação de correlações múltiplas de polimorfismos 2006 (Relatório Técnico).

9.
BAUDET, C. ; DIAS, Z. . Analysis of slipped sequences in ESTs Projects 2005 (Relatório Técnico).

10.
BAUDET, C. ; DIAS, Z. . New EST trimming strategy 2005 (Relatório Técnico).

11.
DIAS, Z.; MEIDANIS, J. . The Genome Rearrangement Distance Problems with Arbitrary Weights 2002 (Relatório Técnico).

12.
MEIDANIS, J. ; DIAS, Z. . Genome rearrangements distance by fusion, fission, and transposition is easy 2001 (Relatório Técnico).

13.
MEIDANIS, J. ; WALTER, M. E. M. T. ; DIAS, Z. . Reversal distance of signed circular chromosomes 2000 (Relatório Técnico).

14.
MEIDANIS, J. ; WALTER, M. E. M. T. ; DIAS, Z. . A lower bound on the reversal and transposition diameter 2000 (Relatório Técnico).



Bancas



Participação em bancas de trabalhos de conclusão
Mestrado
1.
TELLES, G. P.; WALTER, M. E. M. T.; DIAS, Z.. Participação em banca de Lise Rommel Romero Navarrete. Alinhamento de sequências restrito por expressão regular usando padrões PROSITE. 2016. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Estadual de Campinas.

2.
SOUZA, C. C.; LAVOR, C. C.; DIAS, Z.. Participação em banca de Bruno Espinosa Crepaldi. Um Algoritmo Eficiente para o Problema do Posicionamento Natural de Antenas. 2014. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Estadual de Campinas.

3.
WALTER, M. E. M. T.; Dias, Z.; ROCCO, N. R.. Participação em banca de Luiz Augusto Garcia da Silva. Um Algoritmo Algébrico para o Problema da Distância de Transposição em Rearranjo de Genomas. 2013. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade de Brasília.

4.
MEIDANIS, J.; BRAGA, M. D. V.; Dias, Z.. Participação em banca de Priscila do Nascimento Biller. Experimentos em Reconstrução de Árvores Filogenéticas com a Operação de Rearranjo de Genomas Single-Cut-or-Join. 2012. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Estadual de Campinas.

5.
MEIDANIS, J.; Thompson, F. L.; DIAS, Z.. Participação em banca de Karina Zupo de Oliveira. Construção de Filogenias Baseadas em Genomas Completos. 2010. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Estadual de Campinas.

6.
MOURA, A. V.; DIAS, Z.; Camponogara, E.. Participação em banca de André Augusto Ciré. Modelos Computacionais para o Escalonamento de Tarefas em Redes de Dutos. 2008. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Estadual de Campinas.

7.
MEIDANIS, J.; DIAS, Z.; WALTER, M. E. M. T.. Participação em banca de André Atanasio Maranhão Almeida. Comparação Algébrica de Genomas: o Caso da Distância de Reversão. 2007. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Estadual de Campinas.

8.
MEIDANIS, J.; DIAS, Z.; WALTER, M. E. M. T.. Participação em banca de Vinicius José Fortuna. Distâncias de Transposição entre Genomas. 2005. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Estadual de Campinas.

9.
MEIDANIS, J.; DIAS, Z.; RODRIGUES, E. M.. Participação em banca de José Augusto Amgarten Quitzau. Um Consenso Completamente Resolvido entre Árvores Filogenéticas Completamente Resolvidas. 2005. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Estadual de Campinas.

10.
WALTER, M. E. M. T.; DIAS, Z.; MARTINS, N. F., N. F.. Participação em banca de Lorena Schiavon Nunes Soares. Um Algoritmo para o Problema da Ordenação por Transposições. 2004. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade de Brasília.

Teses de doutorado
1.
Meidanis, João; WALTER, M. E. M. T.; MIRA, C.; DIAS, Z.; U. Dias. Participação em banca de João Paulo Zanetti. Methods for Phylogenetic Reconstruction. 2016. Tese (Doutorado em Ciência da Computação) - Universidade Estadual de Campinas.

2.
SOUZA, C. C.; SETUBAL, J. C.; MATIOLI, S. R.; DIAS, Z.; USBERTI, F. L.. Participação em banca de Priscila do Nascimento Biller. Statistical analysis of evolution by genome rearrangements. 2016. Tese (Doutorado em Ciência da Computação) - Universidade Estadual de Campinas.

3.
Soares, J. A. R.; Ferreira, C. E.; Martinez, F. H. V.; Rozante, L. C. S.; Dias, Z.. Participação em banca de Francisco Elói Soares de Araujo. Alinhamentos e Comparação de Sequências. 2012. Tese (Doutorado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo.

4.
Meidanis, João; SANKOFF, D.; Figueiredo, C. M. H.; DIAS, Z.; MEYER, J. F. C. A.. Participação em banca de Pedro Cipriano Feijão. On Genome Rearrangement Models. 2012. Tese (Doutorado em Doutorado em Ciência da Computação - UNICAMP) - Universidade Estadual de Campinas.

5.
Pereira, C. A. B.; Bolfarine, H.; Oliveira, P. S. L.; Silva, E. H. T.; DIAS, Z.. Participação em banca de Leonardo Varuzza. Métodos Estatísticos para Análise de Bibliotecas Digitais de Expressão Gênica. 2008. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

6.
MEIDANIS, J.; WALTER, M. E. M. T.; Figueiredo, C. M. H.; SOUZA, C. C.; DIAS, Z.. Participação em banca de Cleber Valgas Gomes Mira. Análise Algébrica de Problemas de Rearranjo em Genomas: Algoritmos e Complexidade. 2007. Tese (Doutorado em Ciência da Computação) - Universidade Estadual de Campinas.

Qualificações de Doutorado
1.
WALTER, M. E. M. T.; DIAS, Z.; ROCCO, N. R.; LUCERO, J. C.. Participação em banca de Luiz Augusto Garcia da Silva. Um Enfoque Algébrico para o Problema da Distância de Tranposição. 2015. Exame de qualificação (Doutorando em Informática) - Universidade de Brasília.

2.
GOMES, F.; LEE, O.; Dias, Z.. Participação em banca de Lucas Moutinho Bueno. Estrutura de Dados Gema para Triangulação de Mapas Topológicos n-Dimensionais. 2013. Exame de qualificação (Doutorando em Ciência da Computação) - Universidade Estadual de Campinas.

3.
Rocha, A. de R.; Stolfi, J.; Valle, E.; Dias, Z.. Participação em banca de Priscila Correa Saboia. Reconstrução de Documentos Fragmentados. 2012. Exame de qualificação (Doutorando em Ciência da Computação) - Universidade Estadual de Campinas.

4.
MEIDANIS, J.; WALTER, M. E. M. T.; DIAS, Z.. Participação em banca de Pedro Cipriano Feijão. Novo Formalismo Algébrico para o Problema de Rearranjo de Genomas. 2009. Exame de qualificação (Doutorando em Ciência da Computação) - Universidade Estadual de Campinas.

5.
MEIDANIS, J.; WALTER, M. E. M. T.; DIAS, Z.. Participação em banca de Cleber Valgas Gomes Mira. Análise Algébrica de Problemas de Rearranjo em Genomas. 2005. Exame de qualificação (Doutorando em Ciência da Computação) - Universidade Estadual de Campinas.




Orientações



Orientações e supervisões em andamento
Dissertação de mestrado
1.
Caroline Mazini Rodrigues. Análise de Dados Heterogêneos para Detecção de Eventos. Início: 2018. Dissertação (Mestrado profissional em Ciência da Computação) - Universidade Estadual de Campinas, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. (Orientador).

2.
Alexsandro Oliveira Alexandrino. Problemas de Ordenação de Permutações por Operações Ponderadas pelo Número de Fragmentações. Início: 2017. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Estadual de Campinas, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. (Orientador).

3.
Guilherme Henrique Santos Miranda. O Problema da Ordenação de Permutações por Operações de Tamanho Limitado. Início: 2017. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Estadual de Campinas, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. (Orientador).

4.
Ana Paula dos Santos Dantas. Recoloração Convexa de Grafos. Início: 2017. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Estadual de Campinas, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. (Orientador).

5.
João Paulo Pereira Martin. Localização de Pornografia em Vídeos. Início: 2016. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Estadual de Campinas. (Orientador).

Tese de doutorado
1.
Klairton de Lima Brito. Problemas de Rearranjo de Genomas. Início: 2018. Tese (Doutorado em Ciência da Computação) - Universidade Estadual de Campinas. (Orientador).

2.
Javier Alvaro Vargas Muñoz. Clustering-Based Graphs for Large Scale Approximate Nearest Neighbor Search. Início: 2017. Tese (Doutorado em Ciência da Computação) - Universidade Estadual de Campinas, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. (Coorientador).

3.
Bruno Malveira Peixoto. Detecção de Violência em Videos. Início: 2016. Tese (Doutorado em Doutorado em Ciência da Computação - UNICAMP) - Universidade Estadual de Campinas, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. (Coorientador).

4.
Andre Rodrigues Oliveira. O Problema da Ordenação de Permutações por Reversões e Transposições. Início: 2015. Tese (Doutorado em Ciência da Computação) - Universidade Estadual de Campinas, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. (Orientador).

Trabalho de conclusão de curso de graduação
1.
Victor de Araujo Velloso. Usando Aprendizado por Reforço para Computar Distância de Rearranjo de Genomas. Início: 2018. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Engenharia de Computação) - Universidade Estadual de Campinas. (Orientador).

2.
Gabriel Henriques Siqueira. Distância de Rearranjo com Genes Repetidos. Início: 2018. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Engenharia de Computação) - Universidade Estadual de Campinas. (Orientador).


Orientações e supervisões concluídas
Dissertação de mestrado
1.
Klairton de Lima Brito. Ordenação de Permutações com Sinais por Reversões e Transposições. 2018. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Estadual de Campinas, . Orientador: Zanoni Dias.

2.
Thiago da Silva Arruda. O Problema da Ordenação por Reversões Ponderadas. 2016. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Estadual de Campinas, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Zanoni Dias.

3.
Sergio Jeferson Rafael Ordine. Alinhamento Múltiplo de Proteínas Utilizando Algoritmos Genéticos. 2015. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Estadual de Campinas, . Orientador: Zanoni Dias.

4.
Lucas Miguel de Carvalho. Avaliação de montadores de novo de RNA-Seq para análise de expressão diferencial de transcritos. 2015. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Estadual de Campinas, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Zanoni Dias.

5.
Andre Rodrigues Oliveira. O Problema da Ordenação de Permutações por Reversões e Transposições. 2015. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Estadual de Campinas, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Zanoni Dias.

6.
Bruno Malveira Peixoto. Classificação de Sequências e Análise de Diversidade em Metagenômica. 2013. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Estadual de Campinas, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Zanoni Dias.

7.
Victor de Abreu Iizuka. Programação por Restrições Aplicada a Problemas de Rearranjo de Genoma. 2012. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Estadual de Campinas, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Zanoni Dias.

8.
Gustavo Rodrigues Galvão. Uma Ferramenta de Auditoria para Algoritmos de Rearranjo de Genomas. 2012. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Estadual de Campinas, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Zanoni Dias.

9.
Maria Angélica Lopes de Souza. Alinhamento Múltiplo Progressivo de Sequências de Proteínas. 2010. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Estadual de Campinas, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Zanoni Dias.

10.
Miguel Galves. Uma abordagem computacional para determinação de polimorfismos de base única. 2006. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Estadual de Campinas, . Orientador: Zanoni Dias.

11.
Christian Baudet. Uma abordagem para detecção e remoção de artefatos em seqüências ESTs. 2006. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Estadual de Campinas, . Orientador: Zanoni Dias.

Tese de doutorado
1.
Filipe de Oliveira Costa. Image and Video Phylogeny Reconstruction. 2016. Tese (Doutorado em Ciência da Computação) - Universidade Estadual de Campinas, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Coorientador: Zanoni Dias.

2.
Carla Negri Lintzmayer. The Problem of Sorting Permutations by Prefix and Suffix Rearrangements. 2016. Tese (Doutorado em Ciência da Computação) - Universidade Estadual de Campinas, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Orientador: Zanoni Dias.

3.
Gustavo Rodrigues Galvao. Algorithms for Sorting by Reversals or Transpositions, with Application to Genome Rearrangement. 2015. Tese (Doutorado em Ciência da Computação) - Universidade Estadual de Campinas, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Orientador: Zanoni Dias.

4.
André Atanasio Maranhão Almeida. Novas Abordagens para o Problema do Alinhamento Múltiplo de Sequências. 2013. Tese (Doutorado em Doutorado em Ciência da Computação - UNICAMP) - Universidade Estadual de Campinas, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Zanoni Dias.

5.
Ulisses Martins Dias. Problemas de Comparação de Genomas. 2012. Tese (Doutorado em Ciência da Computação) - Universidade Estadual de Campinas, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Orientador: Zanoni Dias.

6.
Christian Baudet. Enumeração de Traces e Identificação de Breakpoints: Um Estudo de Aspectos da Evolução. 2010. Tese (Doutorado em Ciência da Computação) - Universidade Estadual de Campinas, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Zanoni Dias.

Supervisão de pós-doutorado
1.
Ulisses Martins Dias. 2015. Universidade Estadual de Campinas, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Zanoni Dias.

2.
Felipe Rodrigues da Silva. 2009. Universidade Estadual de Campinas, . Zanoni Dias.

Trabalho de conclusão de curso de graduação
1.
Guilherme Bueno Andrade. Sorting Permutations by Reversals with Reinforcement Learning. 2018. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Ciência da Computação) - Universidade Estadual de Campinas. Orientador: Zanoni Dias.

2.
Flavio Altinier Maximiano da Silva. Machine Learning Applied to Sorting Permutations by Reversals and Transpositions. 2017. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Ciência da Computação) - Universidade Estadual de Campinas. Orientador: Zanoni Dias.

3.
Eduardo Rossetti Donoso. Problema da Ordenação Ponderada por Reversões e Transposições. 2016. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Ciência da Computação) - Universidade Estadual de Campinas. Orientador: Zanoni Dias.

4.
Valter Akira Miasato Filho. Representações de Textos em Espaço Contínuo Aplicadas à Construção de Filogenias de Documentos. 2015. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Engenharia de Computação) - Universidade Estadual de Campinas. Orientador: Zanoni Dias.

Iniciação científica
1.
Guilherme Duarte Marmerola. Filogenia de Textos. 2015. Iniciação Científica. (Graduando em Engenharia Elétrica) - Universidade Estadual de Campinas, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Orientador: Zanoni Dias.

2.
Felipe Rodrigues Novaes. Análise de Diversidade de Projetos de Metagenômica. 2014. Iniciação Científica. (Graduando em Engenharia de Computação) - Universidade Estadual de Campinas, PRP - Unicamp. Orientador: Zanoni Dias.

3.
Carolina de Senne Garcia. O Problema de Ordenação de Permutações Usando Operações de Prefixo e Sufixo. 2014. Iniciação Científica. (Graduando em Engenharia de Computação) - Universidade Estadual de Campinas, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Orientador: Zanoni Dias.

4.
Caio Freitas Sym. Análise de Diversidade de Projetos de Metagenômica. 2013. Iniciação Científica. (Graduando em Engenharia de Computação) - Universidade Estadual de Campinas, PRP - Unicamp. Orientador: Zanoni Dias.




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