Marcelo Ribeiro da Silva Briones

Bolsista de Produtividade em Pesquisa do CNPq - Nível 1C

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  • Última atualização do currículo em 27/11/2018


Possui Graduação em Biologia e Mestrado pela Universidade de São Paulo, Doutorado pela Universidade Federal de São Paulo (1994) e Pós-doutorado pela New York University (EUA) (1994-1996). É professor da Universidade Federal de São Paulo e foi pesquisador internacional do Howard Hughes Medical Institute (EUA) (2000-2005). Tem experiência na área de Genômica e Biologia Molecular, com ênfase em processos evolutivos e bioinformática. Atua também na análise estatística em informática em saúde pela ligação entre a informação genômica e dados clínicos de pacientes. Participou como investigador principal do projeto genoma da Xylella fastidiosa da FAPESP, foi coordenador de centro de sequenciamento no projeto genoma humano do câncer (FAPESP e Instituto Ludwig) e do transcriptoma do cérebro epilético. É membro titular da Academia de Ciências do Estado de São Paulo, Life Fellow do Galton Institute (Reino Unido), membro do comitê gestor da iniciativa brasileira de medicina de precisão (BIPMED) e membro do editorial board do Frontiers in Genetics. (Texto informado pelo autor)


Identificação


Nome
Marcelo Ribeiro da Silva Briones
Nome em citações bibliográficas
BRIONES, M. R. S.;Briones, M.R.S.;Briones, Marcelo R.S.;BRIONES, MARCELO R. S.;BRIONES, MRS;DA SILVA BRIONES, MARCELO RIBEIRO;BRIONES, MARCELO RS;Marcelo Ribeiro Briones;Briones, Marcelo Ribeiro;DA SILVA BRIONES, M. R.;SILVA, NULL

Endereço


Endereço Profissional
Universidade Federal de São Paulo, Departamento de Microbiologia Imunobiologia e Parasitologia.
Rua Botucatu, 862 ECB 3 andar
Vila Clementino
04023062 - São Paulo, SP - Brasil
Telefone: (011) 55764537


Formação acadêmica/titulação


1992 - 1994
Doutorado em Microbiologia e Imunologia.
Universidade Federal de São Paulo, UNIFESP, Brasil.
Título: Caracterizacao, expressao genica e evolucao da trans-sialidase de formas epimastigotas de Trypanosoma cruzi, Ano de obtenção: 1994.
Orientador: Sergio Schenkman.
Bolsista do(a): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior, CAPES, Brasil.
Palavras-chave: Invasao Celular; Expressao Genica; Evolucao; Evolucao Genetica; Trypanosoma Cruzi.
Grande área: Ciências Biológicas
Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Genética.
Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica.
Setores de atividade: Produtos e Processos Biotecnológicos.
1989 - 1991
Mestrado em Ciências (Biologia da Relação Patógeno-Hospedeiro)pgbmp@icb.usp.br.
Universidade de São Paulo, USP, Brasil.
Título: A posicao taxonomica de Leishmania tarentolae inferida pela analise filogenetica do gene ribossomico 18S,Ano de Obtenção: 1991.
Orientador: Lucile M. Floeter.
Bolsista do(a): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo, FAPESP, Brasil.
Palavras-chave: Leishmania Tarentolae; Evolucao; Ribosomal Genes.
Grande área: Ciências Biológicas
Setores de atividade: Produtos e Processos Biotecnológicos.
1984 - 1988
Graduação.
Universidade de São Paulo, USP, Brasil.


Pós-doutorado


1994 - 1996
Pós-Doutorado.
New York University, NYU, Estados Unidos.
Bolsista do(a): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo, FAPESP, Brasil.
Grande área: Ciências Biológicas


Atuação Profissional



Universidade Federal de São Paulo, UNIFESP, Brasil.
Vínculo institucional

1996 - Atual
Vínculo: Servidor Público, Enquadramento Funcional: Professor Associado, Regime: Dedicação exclusiva.

Atividades

09/1996 - Atual
Pesquisa e desenvolvimento , Departamento de Microbiologia Imunobiologia e Parasitologia, .

09/1996 - Atual
Ensino, Microbiologia e Imunologia, Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
Bases Moleculares da Evolução
Biologia Molecular do Gene
09/1996 - Atual
Ensino,

Disciplinas ministradas
Engenharia Genética
Microbiologia


Linhas de pesquisa


1.
Biologia Molecular de Microorganismos
2.
Evolução Molecular
3.
Projetos Genoma


Projetos de pesquisa


2002 - Atual
Identificação de integrinas no Trypanosoma cruzi
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Doutorado: (1) .
Integrantes: Marcelo Ribeiro da Silva Briones - Coordenador.Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa / World Health Organization - Auxílio financeiro.
1999 - 2004
Projeto genoma humano do câncer
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Doutorado: (2) .
Integrantes: Marcelo Ribeiro da Silva Briones - Coordenador.Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro / Instituto Ludwig de Pesquisa sobre o Câncer - Auxílio financeiro.
1998 - 2000
Projeto genoma da Xylella fastidiosa
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
1996 - Atual
Biologia Molecular de Candida spp.
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Doutorado: (2) .
Integrantes: Marcelo Ribeiro da Silva Briones - Coordenador.Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
1996 - Atual
Evolução de Trypanosoma cruzi e Candida spp. na perspectiva da sistemática molecular
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.


Membro de corpo editorial


2011 - Atual
Periódico: Frontiers in Genetics


Revisor de periódico


2012 - Atual
Periódico: Plos One


Áreas de atuação


1.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Microbiologia.
2.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Genética.
3.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica.
4.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Parasitologia.


Idiomas


Inglês
Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.
Espanhol
Compreende Bem, Fala Pouco, Lê Razoavelmente, Escreve Pouco.
Francês
Compreende Razoavelmente, Fala Pouco, Lê Razoavelmente, Escreve Pouco.


Prêmios e títulos


2016
Life Fellow, Galton Institute, UK.
2015
Membro Titular, Academia de Ciências do Estado de São Paulo.
2013
Prêmio 80 anos de Pesquisa da Escola Paulista de Medicina, Escola Paulista de Medicina - UNIFESP.
2013
Prêmio INTEL-ISEF de Tecnologia junto com Barbara Cohen e Renata Carmona e Ferreira, INTEL - Mostratec.
2003
Prêmio SBM de Mérito Científico em Micologia, Sociedade Brasileira de Microbiologia.
2000
International Research Scholar, Howard Hughes Medical Institute, USA.
2000
Medalha do Mérito Científico e Tecnológico, Governo do Estado de São Paulo.
1999
Melhor trabalho - Tema livre, Sociedade Brasileira de Infectologia.
1995
Certificate of Merit for Young Scientists, Pharmacia Biotech and Science Magazine.
1994
Fogarty post-doctoral fellowship, Fogarty Foundation, USA.
1993
MacArthur Foundation Tuition Award, MacArthur Foundation, USA.


Produções



Produção bibliográfica
Citações

Outras
Total de trabalhos:85
Total de citações:4430
Google Scholar: MRS Briones, Fator H:29  Data: 20/07/2018

Artigos completos publicados em periódicos

1.
ANTONELI, FERNANDO2018ANTONELI, FERNANDO ; PASSOS, FERNANDO M. ; LOPES, LUCIANO R. ; BRIONES, MARCELO R. S. . A Kolmogorov-Smirnov test for the molecular clock based on Bayesian ensembles of phylogenies. PLoS One, v. 13, p. e0190826, 2018.

2.
Briones, M.R.S.2018 Briones, M.R.S.; SNYDER, A. M. ; FERREIRA, R. C. E. ; NEELY, E. B. ; CONNOR, J. R. ; BROACH, J. R. . A Possible Role for Platelet-Activating Factor Receptor in Amyotrophic Lateral Sclerosis Treatment. Frontiers in Neurology, v. 9, p. 39, 2018.

3.
BARTELLI, T. F.2018BARTELLI, T. F. ; BRUNO, D. C. ; BRIONES, MRS . Whole-Genome Sequences and Annotation of the Opportunistic Pathogen Strain SC5314 Grown under Two Different Environmental Conditions. GENOME ANNOUNCEMENTS, v. 6, p. e01475-17, 2018.

4.
BARTELLI, T. F.2018BARTELLI, T. F. ; BRUNO, D. C. ; BRIONES, M. R. S. . Evidence for Mitochondrial Genome Methylation in the Yeast Candida albicans: A Potential Novel Epigenetic Mechanism Affecting Adaptation and Pathogenicity?. Frontiers in Genetics, v. 9, p. 166, 2018.

5.
BRUNO, D. C.2018BRUNO, D. C. ; BARTELLI, T. F. ; BRIONES, M. R. S. . Genome Sequence of a Staphylococcus epidermidis Strain (GTH12) Associated with Candida albicans SC5314 Cultured under Hypoxia at 37°C in Glycerol for 12 Weeks. GENOME ANNOUNCEMENTS, v. 6, p. e00533-18, 2018.

6.
BRUNO, DANIELLE DO CARMO FERREIRA2018BRUNO, DANIELLE DO CARMO FERREIRA ; BARTELLI, THAIS FERNANDA ; RODRIGUES, CAMILA RONQUI ; Briones, Marcelo R.S. . Prolonged growth of Candida albicans reveals co-isolated bacteria from single yeast colonies. INFECTION GENETICS AND EVOLUTION, v. 65, p. 117-126, 2018.

7.
ANTONELI, FERNANDO2016ANTONELI, FERNANDO ; Ferreira, Renata C. ; Briones, Marcelo R.S. . A model of gene expression based on random dynamical systems reveals modularity properties of gene regulatory networks. Mathematical Biosciences, v. 276, p. 82-100, 2016.

8.
FERREIRA, RENATA C2016FERREIRA, RENATA C ; POPOVA, EVGENYA Y ; JAMES, JESSICA ; BRIONES, MARCELO RS ; ZHANG, SAMUEL S ; BARNSTABLE, COLIN J . Histone deacetylase 1 is essential for rod photoreceptor differentiation by regulating acetylation at histone H3 lysine 9 and histone H4 lysine 12 in the mouse retina. The Journal of Biological Chemistry (Print), v. 291, p. jbc.M116.756643, 2016.

9.
MERSEGUEL, KARINA BELLINGHAUSEN2015MERSEGUEL, KARINA BELLINGHAUSEN ; NISHIKAKU, ANGELA SATIE ; RODRIGUES, ANDERSON MESSIAS ; Padovan, Ana Carolina ; E FERREIRA, RENATA CARMONA ; SALLES DE AZEVEDO MELO, ANALY ; DA SILVA BRIONES, MARCELO RIBEIRO ; COLOMBO, ARNALDO LOPES . Genetic diversity of medically important and emerging Candida species causing invasive infection. BMC Infectious Diseases (Online), v. 15, p. 57, 2015.

10.
IRINYI, L.2015IRINYI, L. SERENA, C. GARCIA-HERMOSO, D. ARABATZIS, M. DESNOS-OLLIVIER, M. VU, D. CARDINALI, G. ARTHUR, I. NORMAND, A.-C. GIRALDO, A. DA CUNHA, K. C. SANDOVAL-DENIS, M. HENDRICKX, M. NISHIKAKU, A. S. DE AZEVEDO MELO, A. S. MERSEGUEL, K. B. KHAN, A. ROCHA, J. A. P. SAMPAIO, P. DA SILVA BRIONES, M. R. CARMONA E FERREIRA, R. MUNIZ, M. D. M. CASTANON-OLIVARES, L. R. ESTRADA-BARCENAS, D. CASSAGNE, C. , et al.MARY, C. DUAN, S. Y. KONG, F. SUN, A. Y. ZENG, X. ZHAO, Z. GANTOIS, N. BOTTEREL, F. ROBBERTSE, B. SCHOCH, C. GAMS, W. ELLIS, D. HALLIDAY, C. CHEN, S. SORRELL, T. C. PIARROUX, R. COLOMBO, A. L. PAIS, C. DE HOOG, S. ZANCOPE-OLIVEIRA, R. M. TAYLOR, M. L. TORIELLO, C. DE ALMEIDA SOARES, C. M. DELHAES, L. STUBBE, D. DROMER, F. RANQUE, S. GUARRO, J. CANO-LIRA, J. F. ROBERT, V. VELEGRAKI, A. MEYER, W. ; International Society of Human and Animal Mycology (ISHAM)-ITS reference DNA barcoding database--the quality controlled standard tool for routine identification of human and animal pathogenic fungi. Medical Mycology (Oxford. Online), v. mmy, p. myv008, 2015.

11.
LICHTENSTEIN, F.2015LICHTENSTEIN, F. ; ANTONELI JR, F. ; BRIONES, M. R. S. . MIA: Mutual Information Analyzer, a graphic user interface program that calculates entropy, vertical and horizontal mutual information of molecular sequence sets. BMC Bioinformatics, v. 16, p. 409, 2015.

12.
SILVA, RICHARD C.2014SILVA, RICHARD C. ; Padovan, Ana Carolina B. ; PIMENTA, D. C. ; Ferreira, Renata C. ; SILVA, C. V. ; BRIONES, MRS . Extracellular enolase of Candida albicans is involved in colonization of mammalian intestinal epithelium. Frontiers in Cellular and Infection Microbiology, v. 4, p. 66, 2014.

13.
DE OLIVEIRA, PRISCILA2014DE OLIVEIRA, PRISCILA ; LIMA, FABIO MITSUO ; CRUZ, MARIO COSTA ; E FERREIRA, RENATA CARMONA ; SANCHEZ-FLORES, ALEJANDRO ; CORDERO, ESTEBAN M. ; CORTEZ, DANIELLE RODRIGUES ; FERREIRA, ÉDEN RAMALHO ; Briones, Marcelo Ribeiro ; MORTARA, RENATO ARRUDA ; DA SILVEIRA, JOSÉ FRANCO ; BAHIA, DIANA . Trypanosoma cruzi: Genome characterization of phosphatidylinositol kinase gene family (PIK and PIK-related) and identification of a novel PIK gene. Infection, Genetics and Evolution (Print), v. 12/04, p. 1-9, 2014.

14.
BARTELLI, T. F.2013BARTELLI, T. F. ; Ferreira, Renata C. ; Colombo, Arnaldo L. ; BRIONES, M. R. S. . Intraspecific comparative genomics of Candida albicans mitochondria reveals non-coding regions under neutral evolution. Infection, Genetics and Evolution (Print), v. 14, p. 302-312, 2013.

15.
SILVA, D. C.2013SILVA, D. C. ; SILVA, R. C. ; FERREIRA, R. C. E. ; BRIONES, M. R. S. . Examining marginal sequence similarities between bacterial type III secretion system components and Trypanosoma cruzi surface proteins: Horizontal gene transfer or convergent evolution?. Frontiers in Genetics, v. 4, p. 143, 2013.

16.
REAL, F.2013REAL, F. ; VIDAL, R. O. ; CARAZZOLLE, M. F. ; MONDEGO, J. M. C. ; COSTA, G. G. L. ; HERAI, R. H. ; WURTELE, M. ; CARVALHO, L. M. ; FERREIRA, R. C. E. ; MORTARA, R. A. ; BARBIERI, C. L. ; MIECZKOWSKI, P. ; SILVEIRA, J. F. ; BRIONES, M. R. S. ; PEREIRA, G. A. G. ; BAHIA, D. . The Genome Sequence of Leishmania (Leishmania) amazonensis: Functional Annotation and Extended Analysis of Gene Models. DNA Research, v. Adv, p. 1-15, 2013.

17.
XAFRANSKI, HEMÍLIO2013XAFRANSKI, HEMÍLIO ; MELO, ANALY SA ; MACHADO, ANTONIA M ; BRIONES, MARCELO RS ; COLOMBO, ARNALDO L . A quick and low-cost PCR-based assay for Candida spp. identification in positive blood culture bottles. BMC Infectious Diseases (Online), v. 13, p. 467, 2013.

18.
Ferreira, Renata C.2013Ferreira, Renata C. ; ANTONELI, FERNANDO ; BRIONES, MARCELO R. S. . The hidden factors in impact factors: a perspective from Brazilian science. Frontiers in Genetics, v. 4, p. 130, 2013.

19.
SOUZA, A. C. R.2012SOUZA, A. C. R. ; FERREIRA, R. C. ; GONCALVES, S. S. ; QUINDOS, G. ; ERASO, E. ; BIZERRA, F. C. ; BRIONES, M. R. S. ; COLOMBO, A. L. . Accurate Identification of Candida parapsilosis (Sensu Lato) by Use of Mitochondrial DNA and Real-Time PCR. Journal of Clinical Microbiology (Print), v. 50, p. 2310-2314, 2012.

20.
CORTEZ, CRISTIAN2012CORTEZ, CRISTIAN ; MARTINS, RAFAEL M. ; ALVES, RENAN M. ; SILVA, RICHARD C. ; BILCHES, LUCIANA C. ; MACEDO, SILENE ; ATAYDE, VANESSA D. ; Kawashita, Silvia Y. ; BRIONES, MARCELO R. S. ; YOSHIDA, NOBUKO ; TRAUB-CSEKÖ, YARA M. . Differential Infectivity by the Oral Route of Trypanosoma cruzi Lineages Derived from Y Strain. PLoS Neglected Tropical Diseases (Online), v. 6, p. e1804, 2012.

21.
Bosco, Francisco2012Bosco, Francisco ; CASTRO, D. ; BRIONES, M. R. S. . Neutral and Stable Equilibria of Genetic Systems and the Hardy Weinberg Principle: Limitations of the Chi-Square Test and Advantages of Auto-Correlation Functions of Allele Frequencies. Frontiers in Genetics, v. 3, p. 276, 2012.

22.
MERSEGUEL, K.2012MERSEGUEL, K. ; NISHIKAKU, A. S. ; PIRES, D. C. ; Padovan, A.C.B. ; FERREIRA, R. C. ; Melo, Analy S. A. ; BRIONES, M. R. S. ; COLOMBO, A. L. . Molecular identification of Candida strains from a large brazilian collection. MYCOSES, v. 55, p. 273, 2012.

23.
Ferreira, Renata C.2012Ferreira, Renata C. ; Briones, Marcelo R.S. . Phylogenetic evidence based on Trypanosoma cruzi nuclear gene sequences and information entropy suggest that inter-strain intragenic recombination is a basic mechanism underlying the allele diversity of hybrid strains. Infection, Genetics and Evolution (Print), v. 12, p. 1064-1071, 2012.

24.
Ienne, Susan2010Ienne, Susan ; Pedroso, Aurélio ; Carmona e Ferreira, Renata ; Briones, Marcelo R.S. ; Zingales, Bianca . Network genealogy of 195-bp satellite DNA supports the superimposed hybridization hypothesis of Trypanosoma cruzi evolutionary pattern?. Infection, Genetics and Evolution (Print), v. 10, p. 601-606, 2010.

25.
BRIONES, M. R. S.;Briones, M.R.S.;Briones, Marcelo R.S.;BRIONES, MARCELO R. S.;BRIONES, MRS;DA SILVA BRIONES, MARCELO RIBEIRO;BRIONES, MARCELO RS;Marcelo Ribeiro Briones;Briones, Marcelo Ribeiro;DA SILVA BRIONES, M. R.;SILVA, NULL2009BRIONES, M. R. S.; BOSCO, F. A. R. . Decoherence in yeast cell populations and its implications for genome-wide expression noise. Genetics and Molecular Research, v. 8, p. 47-51, 2009.

26.
Ferreira, Renata C.2009Ferreira, Renata C. ; Bosco, Francisco ; Briones, Marcelo R.S. . Scaling properties of transcription profiles in gene networks. International Journal of Bioinformatics Research and Applications (Print), v. 5, p. 178-186, 2009.

27.
Padovan, Ana Carolina2009Padovan, Ana Carolina ; Chaves, Guilherme ; Colombo, Arnaldo ; BRIONES, M. R. S. . A novel allele of HWP1, isolated from a clinical strain of Candida albicans with defective hyphal growth and biofilm formation, has deletions of Gln/Pro and Ser/Thr repeats involved in cellular adhesion. Medical Mycology (Oxford), v. 47, p. 1-13, 2009.

28.
KAWASHITA, S2009KAWASHITA, S ; DASILVA, C ; MORTARA, R ; BURLEIGH, B ; BRIONES, M. R. S. . Homology, paralogy and function of DGF-1, a highly dispersed Trypanosoma cruzi specific gene family and its implications for information entropy of its encoded proteins. Molecular and Biochemical Parasitology, v. 165, p. 19-31, 2009.

29.
Tomazi, L.2009Tomazi, L. ; KAWASHITA, S. Y. ; PEREIRA, P. M. ; ZINGALES, B. ; BRIONES, M. R. S. . Haplotype distribution of five nuclear genes based on network genealogies and Bayesian inference indicates that Trypanosoma cruzi hybrid strains are polyphyletic. Genetics and Molecular Research (Online), v. 8, p. 458-476, 2009.

30.
da Silva, Claudio V.2009da Silva, Claudio V. ; Kawashita, Silvia Y. ; Probst, Christian M. ; Dallagiovanna, Bruno ; Cruz, Mário C. ; da Silva, Erika A. ; Souto-Padrón, Thaís C.B.S. ; Krieger, Marco A. ; Goldenberg, Samuel ; Briones, Marcelo R.S. . Characterization of a 21kDa protein from Trypanosoma cruzi associated with mammalian cell invasion. Microbes and Infection, p. 1, 2009.

31.
ZINGALES, B.2009ZINGALES, B. ; ANDRADE, S. G. ; BRIONES, M. R. S. ; CAMPBELL, D. A. ; CHIARI, E. ; FERNANDES, O. ; GUHL, F. ; LAGES-SILVA, E. ; MACEDO, A. M. ; MACHADO, C. R. ; MILES, M. A. ; ROMANHA, A. J. ; STURM, N. R. ; TIBAYRENC, M. ; SCHIJMAN, A. G. . A new consensus for Trypanosoma cruzi intraspecific nomenclature: second revision meeting recommends TcI to TcVI. Memórias do Instituto Oswaldo Cruz (Impresso), v. 104, p. 1051-1054, 2009.

32.
Gon??alves, S. S.2009Gon??alves, S. S. ; Amorim, C. S. ; Nucci, M. ; Padovan, A. C. B. ; BRIONES, M. R. S. ; MELO, A. S. A. ; COLOMBO, A. L. . Prevalence rates and antifungal susceptibility profiles of the species complex: results from a nationwide surveillance of candidaemia in Brazil. Clinical Microbiology and Infection (Print), p. 885-887, 2009.

33.
Pinheiro, R.F.2008Pinheiro, R.F. ; Serio, F.M. ; Silva, M.R.R. ; BRIONES, M. R. S. ; Chauffaille, M.L.L.F. . Association of loss of heterozygosity with cytogenetic abnormalities in acute myeloid leukemia and myelodysplastic syndrome. Brazilian Journal of Medical and Biological Research, v. 41, p. 610-614, 2008.

34.
AVEDISSIAN, M.2007AVEDISSIAN, M. ; LONGO, B. M. ; JAQUETA, C. B. ; SCHNABEL, B. ; PAIVA, P. B. ; MELLO, L. E. A. M. ; BRIONES, M. R. S. . Hippocampal gene expression analysis using the ORESTES methodology shows that homer 1a mRNA is upregulated in the acute period of the pilocarpine epilepsy model. Hippocampus (New York), v. 17, p. 130-136, 2007.

35.
FERREIRA, R. C. E.2007FERREIRA, R. C. E. ; BOSCO, F. A. R. ; PAIVA, P. B. ; BRIONES, M. R. S. . Minimization of transcriptional temporal noise and scale invariance in the yeast genome. Genetics and Molecular Research, v. 6, p. 297-314, 2007.

36.
FERREIRA, A. H. P.2007FERREIRA, A. H. P. ; CRISTOFOLETTI, P. T. ; LORENZINI, D. M. ; GUERRA, L. O. ; PAIVA, P. B. ; BRIONES, M. R. S. ; TERRA, W. R. ; FERREIRA, C. . Identification of midgut microvillar proteins from Tenebrio molitor and Spodoptera frugiperda by cDNA library screenings with antibodies. Journal of Insect Physiology, v. 17 Jun, p. Epub-Ahead of print, 2007.

37.
HERNANDES, R. T.2007BRIONES, M. R. S.; HERNANDES, R. T. ; SILVA, R. M. ; CARNEIRO, S. M. ; SALVADOR, F. A. ; FERNANDES, M. C. C. ; Padovan, A.C.B. ; YAMAMOTO, D. ; MORTARA, R. A. ; ELIAS, W. P. ; GOMES, T. A. T. . The localized adherence pattern of an atypical enteropathogenic Escherichia coli is mediated by intimin omicron and unexpectedly promotes HeLa cell invasion. Cellular Microbiology (Online), v. 0, p. 071003010119002-???, 2007.

38.
ELIAS, R. C.2006ELIAS, R. C. ; GALERA, M. F. ; SCHNABEL, B. ; BRIONES, M. R. S. ; BORRI, M. L. ; LIPAY, M. ; CARVALHEIRA, G. ; BRUNONI, D. ; MELARAGNO, M. I. . Deletion of 17p13 and LIS1 gene mutation in isolated Lissencephaly sequence. Pediatric Neurology, v. 35, n.1, p. 42-46, 2006.

39.
MELO, A. S. A.2006MELO, A. S. A. ; Padovan, A.C.B. ; SERAFIM, R. C. ; PUZER, L. ; CARMONA, A. K. ; JULIANO NETO, L. ; BRUNSTEIN, A. ; BRIONES, M. R. S. . The Candida albicans AAA ATPase homologue of Saccharomyces cerevisiae Rix7p (YLL034c) is essential for proper morphology, biofilm formation and activity of secreted aspartyl proteinases. Genetics and Molecular Research, v. 5, p. 664-687, 2006.

40.
Elias, M.C.Q.B.2005Elias, M.C.Q.B. ; Vargas, N. ; Tomazi, L. ; Pedroso, A. ; ZINGALES, B. ; SCHENKMAN, S. ; BRIONES, M. R. S. . Comparative analysis of genomic sequences suggests that Trypanosoma cruzi CL Brener contains two sets of non-intercalated repeats of satellite DNA that correspond to T. cruzi I and T. cruzi II types. Molecular and Biochemical Parasitology, v. 140, p. 221-227, 2005.

41.
Padovan, A.C.B.2005Padovan, A.C.B. ; SANSON, G.F.O. ; BRUNSTEIN, A. ; BRIONES, M. R. S. . Fungi evolution revisited: application of the penalized likelihood method to a bayesian fungal phylogeny provides a new perspective on phylogenetic relationships and divergence dates of Ascomycota groups. Journal of Molecular Evolution, Estados Unidos, v. 60, p. 726-735, 2005.

42.
BRUNSTEIN, A.2004BRUNSTEIN, A. ; VARUZZA, L. ; SANSON, G.F.O. ; BRIONES, M. R. S. . Changes in G+C content of a neutrally evolving gene under a non-reversible dynamics measured by computer simulations based on experimental evolution data. Genetics and Molecular Biology, Brazil, v. 27, n.4, p. 632-636, 2004.

43.
Sogayar, M. C.2004Sogayar, M. C. ; CAMARGO, A.A. ; BRIONES, M. R. S. ; et al . A transcript finishing initiative for closing gaps in the human transcritome. Genome Research, v. 14, p. 1413-1423, 2004.

44.
Eiras, M.2004Eiras, M. ; Boari, A.J. ; Colariccio, A. ; Chaves, A. L. R. ; BRIONES, M. R. S. ; Figueira, A. R. ; Harakawa, R. . Characterization of isolates of the cucumovirus Cucumber Mosaic Virus present in Brazil. Journal of Plant Pathology, Edizioni ETS, Pisa., v. 86, n.1, p. 61-69, 2004.

45.
BRENTANI, R. R.2003BRENTANI, R. R. ; et al ; BRIONES, M. R. S. . The generation and utilization of a cancer oriented representation of the human transcriptome, using expressed sequence tags. PNAS. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, v. 100, p. 13418-13423, 2003.

46.
COLOMBO, A. L.2003COLOMBO, A. L. ; MELO, A. S. A. ; ROSAS, R. F. C. ; SALOMAO, R. ; BRIONES, M. R. S. ; HOLLIS, R. J. ; MESSER, S. A. ; PFALLER, M. A. . Oubreak of Candida rugosa candidemia: An emerging pathogen that may be refractory to amphotericin B therapy. Diagnostic Microbiology and Infectious Disease, v. 46, p. 253-257, 2003.

47.
MELO, A. S. A.2003MELO, A. S. A. ; SERAFIM, R. C. ; BRIONES, M. R. S. . Identification of genes differentially expressed in hyphae of Candida albicans. Brazilian Journal of Microbiology, v. 34, p. 135-137, 2003.

48.
SANSON, G.F.O.2002 SANSON, G.F.O. ; KAWASHITA, S. Y. ; BRUNSTEIN, A. ; BRIONES, M. R. S. . Experimental phylogeny of neutrally evolving DNA sequences generated by a bifurcate series of nested polymerase chain reactions. Molecular Biology and Evolution, v. 19, n.2, p. 170-178, 2002.

49.
CAMARGO, A.A.2001CAMARGO, A.A. ; SEMALA, P. B. ; DIAS-NETO, E. ; SIMAO, D. F. ; MIGOTTO, I. A. ; BRIONES, M. R. S. ; et al . The contribution of 700,000 ORF sequence tags to the definition of the human transcriptome. PNAS. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, v. 98, n.21, p. 12103-12108, 2001.

50.
KAWASHITA, S. Y.2001KAWASHITA, S. Y. ; SANSON, G.F.O. ; FERNANDES, O. ; ZINGALES, B. ; BRIONES, M. R. S. . Maximum-Likelihood divergence date estimates based on rRNA gene sequences suggest two scenarios of Trypanosoma cruzi intraspecific evolution. Molecular Biology and Evolution, v. 18, n.12, p. 2250-2259, 2001.

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SANSON, G.F.O.2000SANSON, G.F.O. ; BRIONES, M. R. S. . Typing of Candida glabrata in clinical isolates by comparative sequence analysis of the cytochrome c oxidase subunit 2 gene distinguishes two clusters of strains associated with geographical sequence polymorphisms. Journal of Clinical Microbiology, v. 38, n.1, p. 227-235, 2000.

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53.
SIMPSON, A. J. G.2000SIMPSON, A. J. G. ; REINACH, F. C. ; ARRUDA, P. ; ABREU, F. A. ; ACENCIO, M. ; ALMEIDA, S. V. ; ALVARENGA, R. ; ALVES, L. M. C. ; ARAYA, J. E. ; BAIA, G. S. ; BAPTISTA, C. S. ; BARROS, M. H. ; BORDIN, S. ; BRIONES, M. R. S. . The genome sequence of the plant pathogen Xylella fastidiosa. Nature (London), v. 406, p. 151-157, 2000.

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Leao, S.L.1999Leao, S.L. ; BRIONES, M. R. S. ; Sircili, M.P. ; BALIAN, S.C. ; MORES, N. ; FERREIRA-NETO, J.S . Identification of two novel Mycobacterium avium allelic variants by PCR-Restriction enzyme analysis in pig and human isolates from Brazil. Journal of Clinical Microbiology, v. 37, n.8, p. 2592-2597, 1999.

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GANTT, S. M.1998GANTT, S. M. ; MYUNG, J. M. ; BRIONES, M. R. S. ; COREY, E. J. ; OMURA, S. ; NUSSENZWEIG, V. ; SINNIS, P. . Proteasome Inhibitors Block Development Of Plasmodium Spp.. Antimicrobial Agents and Chemotherapy, USA, v. 42, p. 2731-2738, 1998.

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SULTAN, A. A.1997SULTAN, A. A. ; BRIONES, M. R. S. ; GERWIN, N. ; CARROLL, M. C. ; NUSSENZWEIG, V. . Sporozoites Of Plasmodium Yoelii Infect Mice With Targeted Deletions In Icam-1 And Icam-2 Or Complement Components C3 And C4. Molecular and Biochemical Parasitology, USA, v. 88, p. 263-266, 1997.

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BRIONES, M. R. S.;Briones, M.R.S.;Briones, Marcelo R.S.;BRIONES, MARCELO R. S.;BRIONES, MRS;DA SILVA BRIONES, MARCELO RIBEIRO;BRIONES, MARCELO RS;Marcelo Ribeiro Briones;Briones, Marcelo Ribeiro;DA SILVA BRIONES, M. R.;SILVA, NULL1996BRIONES, M. R. S.; TSUJI, M. ; NUSSENZWEIG, V. . The Large Difference In Infectivity For Plasmodium Berghei And Plasmodium Yoelii Cannot Be Correlated With Their Ability To Enter Into Hepatocytes. Molecular and Biochemical Parasitology, USA, v. 77, p. 7-17, 1996.

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EGIMA, C. M.1996EGIMA, C. M. ; BRIONES, M. R. S. ; FREITAS JR, L. H. G. ; SCHENKMAN, R. P. F. ; UEMURA, H. . Organization Of Trans-Sialidase Genes In Trypanosoma Cruzi. Molecular and Biochemical Parasitology, USA, v. 77, p. 115-125, 1996.

66.
BRIONES, M. R. S.;Briones, M.R.S.;Briones, Marcelo R.S.;BRIONES, MARCELO R. S.;BRIONES, MRS;DA SILVA BRIONES, MARCELO RIBEIRO;BRIONES, MARCELO RS;Marcelo Ribeiro Briones;Briones, Marcelo Ribeiro;DA SILVA BRIONES, M. R.;SILVA, NULL1995BRIONES, M. R. S.; EGIMA, C. M. ; EICHINGER, D. J. ; SCHENKMAN, S. . Trans-Sialidase Genes Expressed In Mammalian Forms Of Trypanosoma Cruzi Evolved From Ancestor Genes Expressed In Insect Forms Of The Parasite. JOURNAL OF MOLECULAR EVOLUTION, USA, v. 41, p. 120-131, 1995.

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BRIONES, M. R. S.;Briones, M.R.S.;Briones, Marcelo R.S.;BRIONES, MARCELO R. S.;BRIONES, MRS;DA SILVA BRIONES, MARCELO RIBEIRO;BRIONES, MARCELO RS;Marcelo Ribeiro Briones;Briones, Marcelo Ribeiro;DA SILVA BRIONES, M. R.;SILVA, NULL1995BRIONES, M. R. S.; EGIMA, C. M. ; EICHINGER, D. J. ; SCHENKMAN, S. . Trypanosoma Cruzi Trans-Sialidase Lacking C-Terminal Repeats And Expressed In Epimastigote Forms. MOLECULAR AND BIOCHEMICAL PARASITOLOGY, USA, v. 70, p. 9-17, 1995.

68.
BRIONES, M. R. S.;Briones, M.R.S.;Briones, Marcelo R.S.;BRIONES, MARCELO R. S.;BRIONES, MRS;DA SILVA BRIONES, MARCELO RIBEIRO;BRIONES, MARCELO RS;Marcelo Ribeiro Briones;Briones, Marcelo Ribeiro;DA SILVA BRIONES, M. R.;SILVA, NULL1994BRIONES, M. R. S.; EGIMA, C. M. ; ACOSTA, A. ; SCHENKMAN, S. . Trans-Sialidase and sialic acid acceptors from insect to mammalian stages of Trypanosoma cruzi. Experimental Parasitology, USA, v. 79, p. 211-214, 1994.

69.
CHAVES, L.B.1993CHAVES, L.B. ; BRIONES, M. R. S. ; SCHENKMAN, S. . Trans-sialidase from Trypanosoma cruzi epimastigotes is expressed at stationary phase and is different from the enzyme expressed in trypomastigotes. Molecular and Biochemical Parasitology, v. 61, p. 97-106, 1993.

70.
BRIONES, M. R. S.;Briones, M.R.S.;Briones, Marcelo R.S.;BRIONES, MARCELO R. S.;BRIONES, MRS;DA SILVA BRIONES, MARCELO RIBEIRO;BRIONES, MARCELO RS;Marcelo Ribeiro Briones;Briones, Marcelo Ribeiro;DA SILVA BRIONES, M. R.;SILVA, NULL1992 BRIONES, M. R. S.; NELSON, K. ; BEVERLEY, S. M. ; AFFONSO, M. H. T. ; CAMARGO, E. P. ; FLOETER-WINTER, L. M. . Leishmania Tarentolae Taxonomic Relatedness Inferred From Phylogenetic Analysis Of The Small Subunit Ribosomal Rna Gene. Molecular and Biochemical Parasitology, USA, v. 53, p. 121-128, 1992.

Capítulos de livros publicados
1.
BRIONES, M. R. S.; PAIVA, P. B. ; MAUAD, R. F. ; VARUZZA, L. ; BRUNSTEIN, A. . Computer Programs for Genome Annotation by Comparative Analysis of Maximum Likelihood Phylogenies and Molecular Clock Estimates. In: Rubem Mondaini. (Org.). Proceedings of the Third Brazilian Symposium on Mathematical and Computational Biology. Rio de Janeiro: E-papers, 2004, v. Vol. 2, p. 132-144.

2.
BRIONES, M. R. S.; SANSON, G.F.O. ; KAWASHITA, S. Y. ; Amino, R. ; BRUNSTEIN, A. ; ZINGALES, B. . Application of Mathematical Models of DNA Sequence Evolution in Experimental Phylogenetics and Studies of Trypanosoma cruzi Genetic Diversity. In: RUBEM MONDAINI. (Org.). Proceedings of the First Brazilian Symposium on Mathematical and Computational Biology. Rio de Janeiro: E-papers, 2002, v. , p. 37-68.

3.
BRIONES, M. R. S.; McKenna, K. . Liver Stage Quantitation by Competitive RT-PCR. In: Doolan, D.L.. (Org.). Methods in Molecular Medicine: Malaria Methods and Protocols. Totowa, NJ: Humana Press, 2002, v. , p. 141-148.

Textos em jornais de notícias/revistas
1.
BRIONES, M. R. S.. A Falácia Ateísta de Richard Dawkins. Mensageiro Luterano, Editora Concórdia Porto Alegre, p. 10 - 16, 01 set. 2011.

Apresentações de Trabalho
1.
BRIONES, MRS. Estrutura, expressão e evolução da informação genética em micoorganismos patogênicos. 2012. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

2.
BRIONES, M. R. S.. Evolução da informação genética e dinâmica da expressão gênica de microorganismos. 2011. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

3.
BRIONES, MRS. Evolução e dinâmica da expressão gênica de microorganismos na perspectiva da sistemática molecular e teoria da informação. 2010. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

Outras produções bibliográficas
1.
BARTELLI, T. F. ; BRUNO, D. C. ; LICHTENSTEIN, F. ; BRIONES, M. R. S. . Experimental evolution of Candida albicans under hypoxia and heat shock reveals nuclear genome variants and mitochondrial methylome alterations. Cold Spring Harbor Laboratory doi: https://doi.org/10.1101/167338, 2017 (Pre-Print).

2.
BRUNO, D. C. ; BARTELLI, T. F. ; RODRIGUES, C. R. ; BRIONES, M. R. S. . Experimental evolution and genome data analysis of Candida albicans reveals cryptic bacteria in single yeast colonies. Cold Spring Harbor Laboratory doi: https://doi.org/10.1101/168500, 2017 (Pre-Print).

3.
FERREIRA, R. C. E. ; BRIONES, M. R. S. ; ANTONELI, F. . A Model of Gene Expression Based on Random Dynamical Systems Reveals Modularity Properties of Gene Regulatory Networks. Ithaca, NY, USA: Cornell University Library, 2013 (Pre-Print).

4.
SILVA, D. C. ; SILVA, R. C. ; FERREIRA, R. C. E. ; BRIONES, M. R. S. . Examining marginal sequence similarities between bacterial type III secretion system and Trypanosoma cruzi surface proteins: Horizontal gene transfer or convergent evolution?. Ithaca, NY: Cornell University, 2012 (Pre-Print).


Produção técnica
Programas de computador sem registro
1.
PASSOS, FERNANDO M. ; ANTONELI, F. ; LOPES, L. R. ; BRIONES, MRS . PKS: Programa para teste de relógio molecular por Kolmogorov-Smirnov em conjuntos de filogenias Bayesianas. 2017.

2.
LICHTENSTEIN, F. ; ANTONELI, F. ; BRIONES, MRS . MIA: Um programa com interface gráfica para cálculo de entropia informacional e informação mútua em sequências genômicas. 2015.

3.
PAIVA, P. B. ; BRIONES, M. R. S. . Phylocomp: Um programa UNIX para análise filogenômica de genomas. 2003.

4.
MAUAD, R. F. ; BRIONES, M. R. S. . IDate: Uma ferramenta computacional para datação de tempos de divergência de sequências moleculares. 2002.



Eventos



Participação em eventos, congressos, exposições e feiras
1.
Seminário do Grupo de Física Estatística - IF USP.Estrutura e Evolução de Informação Genética. 2009. (Seminário).

2.
Seminarios do Centro de Biologia Estrutural do LNLS-CNPq.Estrutura e Ecvolução de Informação Genética. 2008. (Seminário).

3.
Seminários do Departamento de Matemática Aplicada - IME USP.Estrutura e Evolução da Informação Genética. 2008. (Seminário).

4.
Seminarios do Departamento de Genetica e Biologia Evolutiva - IB USP.Ruido transcricional e microevolucao de rRNAs. 2007. (Seminário).



Orientações



Orientações e supervisões em andamento
Dissertação de mestrado
1.
Ilda Manuelly Santos. Polimorfismos no genoma mitocondrial humano associados com a Esclerose Lateral Amiotrófica. Início: 2018. Dissertação (Mestrado em Microbiologia e Imunologia) - Universidade Federal de São Paulo. (Orientador).

Tese de doutorado
1.
Camila Ronqui Rodrigues. Genômica da resposta à drogas em Esclerose Lateral Amiotrófica esporádica. Início: 2018. Tese (Doutorado em Microbiologia e Imunologia) - Universidade Federal de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. (Orientador).

2.
João Henrique Coelho Campos. Desenvolvimento de métodos de detecção de mutações patogênicas no genoma mitocondrial por novos algoritmos de redução da razão sinal-ruído em dados de GWAS (Genome Wide-Association Studies). Início: 2017. Tese (Doutorado em Microbiologia e Imunologia) - Universidade Federal de São Paulo. (Orientador).

Supervisão de pós-doutorado
1.
Luciano Rodrigo Lopes. Início: 2018. Universidade Federal de São Paulo.


Orientações e supervisões concluídas
Dissertação de mestrado
1.
Camila Ronqui Rodrigues. Recombinação no DNA mitcondrial humano na perspectiva de testes de Bootscan. 2017. Dissertação (Mestrado em Microbiologia e Imunologia) - Universidade Federal de São Paulo, . Orientador: Marcelo Ribeiro da Silva Briones.

2.
Danielle do Carmo Ferreira da Silva. Similaridades entre as sequências de proteínas de invasão celular de Trypanosoma cruzi e bactérias intracelulares: transferência horizontal de genes ou convergência evolutiva?. 2013. Dissertação (Mestrado em Micro-Imuno-Parasitologia) - Universidade Federal de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Marcelo Ribeiro da Silva Briones.

3.
Thais Fernanda Bartelli. Identificação de domínios de evolução neutra no DNA mitocondrial de Candida albicans e suas possíveis aplicações em tipagem. 2012. Dissertação (Mestrado em Micro-Imuno-Parasitologia) - Universidade Federal de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Marcelo Ribeiro da Silva Briones.

4.
Richard Cardoso da Silva. Caracterização de genes hipotéticos e o papel da Enolase da superfície de C. albicans na adesão celular. 2010. Dissertação (Mestrado em Micro-Imuno-Parasitologia) - Universidade Federal de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Marcelo Ribeiro da Silva Briones.

5.
Melissa Mitne Petry. Identificação de polimorfismo no gene de Dectina-1 (CLEC7A) humana. 2009. Dissertação (Mestrado em Informática em Saúde) - Universidade Federal de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Orientador: Marcelo Ribeiro da Silva Briones.

6.
Luiz Fernando Alvarez. Análise das seqüências do gene RBR2 na perspectiva da sistemática molecular e suas implicações na epidemiologia de Candida albicans. 2007. Dissertação (Mestrado em Informática em Saúde) - Universidade Federal de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Orientador: Marcelo Ribeiro da Silva Briones.

7.
Rogério Furquim Mauad. IDATE: Um programa computacional para estimar tempos de divergência com um teste de razão de máxima verossimilhança. 2003. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas (Biologia Molecular)) - Universidade Federal de São Paulo, . Orientador: Marcelo Ribeiro da Silva Briones.

8.
Gerdine Ferreira de Oliveira Sanson. Tipagem de leveduras patogênicas do gênero Candida por análise comparativa de sequências do gene mitocondrial da subunidade 2 da citocromo c oxidase. 2000. Dissertação (Mestrado em Microbiologia e Imunologia) - Universidade Federal de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Marcelo Ribeiro da Silva Briones.

9.
Analy Salles de Azevedo Melo. Identificação de espécies de leveduras patogênicas provenientes de amostras clínicas pela técnica de "RAPD" (Rendomly Amplified Polymorphic DNA). 1999. Dissertação (Mestrado em Infectologia) - Universidade Federal de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Coorientador: Marcelo Ribeiro da Silva Briones.

10.
Raquel Maria Lima Lemes. Análise fenotípica e genotípica de leveduras de ambiente hospitalar, profissionais de saúde e pacientes: Implicações na colonização e rotas de infecção. 1998. Dissertação (Mestrado em Infectologia) - Universidade Federal de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Coorientador: Marcelo Ribeiro da Silva Briones.

Tese de doutorado
1.
Luciano Rodrigo Lopes. Investigação da transferência de genes mitocondriais para o genoma nuclear e comparação evolutiva entre ambos os genomas. 2017. Tese (Doutorado em Micro-Imuno-Parasitologia) - Universidade Federal de São Paulo, . Orientador: Marcelo Ribeiro da Silva Briones.

2.
Danielle do Carmo Ferreira da Silva. Distribuição e morfologia de mitocôndrias der Candida albicans em condições de hipóxia e choque térmico. 2017. Tese (Doutorado em Microbiologia e Imunologia) - Universidade Federal de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Marcelo Ribeiro da Silva Briones.

3.
Thais Fernanda Bartelli. Alterações no genoma mitocondrial de Candida albicans em microaerofilia, anaerobiose e variação térmica. 2016. Tese (Doutorado em Micro-Imuno-Parasitologia) - Universidade Federal de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Marcelo Ribeiro da Silva Briones.

4.
Flavio Lichtenstein. Diferenciação de espécies biológicas através de algoritmos de análise de entropia utilizando dados de sequências genéticas. 2015. Tese (Doutorado em Gestão e Informática em Saúde) - Universidade Federal de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Marcelo Ribeiro da Silva Briones.

5.
Silvia Yukie Kawashita. Homologia, paralogia e função da DGF-1, uma família gênica específica de Trypanosoma cruzi. 2009. Tese (Doutorado em Microbiologia e Imunologia) - Universidade Federal de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Orientador: Marcelo Ribeiro da Silva Briones.

6.
Ana Carolina Barbosa Padovan. Análise do biofilme de Candida albicans na perspectiva da genética molecular. 2008. Tese (Doutorado em Microbiologia e Imunologia) - Universidade Federal de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Marcelo Ribeiro da Silva Briones.

7.
Renata Carmona e Ferreira. Frequências do uso de codons como estimadores do nível de expressão de genes hipotéticos. 2007. Tese (Doutorado em Microbiologia e Imunologia) - Universidade Federal de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Marcelo Ribeiro da Silva Briones.

8.
Analy Sales de Azevedo Melo. Identificação e caracterização de genes diferencialmente expressos em hifas de Candida albicans. 2004. Tese (Doutorado em Microbiologia e Imunologia) - Universidade Federal de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Marcelo Ribeiro da Silva Briones.

9.
Paulo Bandiera Paiva. Filogenias moleculares de sequências genômicas: aplicação na análise de receptores acoplados à proteína-G. 2004. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Biologia Molecular)) - Universidade Federal de São Paulo, . Orientador: Marcelo Ribeiro da Silva Briones.

10.
Laize Tomazi. Filogenias moleculares e análise do polimorfismo de Trypanosoma cruzi sugerem hibridização introgressiva nos subgrupos rDNA 1/2 e Zimodema 3. 2004. Tese (Doutorado em Microbiologia e Imunologia) - Universidade Federal de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Orientador: Marcelo Ribeiro da Silva Briones.

11.
Gerdine Ferreira de Oliveira Sanson. Modelos probabilísticos de substituição de nucleotídeos aplicados à evolução in vitro do gene rRNA 18S e ao estudo da diversidade genética de Trypanosoma cruzi. 2002. Tese (Doutorado em Microbiologia e Imunologia) - Universidade Federal de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Marcelo Ribeiro da Silva Briones.

12.
Jessé Reis Alves. Uso do RT-PCR na análise de expressão dos genes CDR1, CYP51A1 e CaMDR1, relacionados a resistência a azólicos, em isolados de Candida albicans. 2001. Tese (Doutorado em Infectologia) - Universidade Federal de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Coorientador: Marcelo Ribeiro da Silva Briones.

Supervisão de pós-doutorado
1.
Renata Carmona e Ferreira. 2014. Universidade Federal de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Marcelo Ribeiro da Silva Briones.

Trabalho de conclusão de curso de graduação
1.
STELA FLORENCIO DA SILVA. EFEITO DA HIPÓXIA E CHOQUE TÉRMICO NA FORMAÇÃO DE BIOFILME E PERFIL DE RESISTÊNCIA A DROGAS ANTIFÚNGICAS EM Candida albicans. 2015. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Ciências Biomédicas) - Faculdades Metropolitanas Unidas. Orientador: Marcelo Ribeiro da Silva Briones.

2.
Camila Cardoso Di Santo. DE NOVO ASSEMBLY: ESTUDO PRÁTICO DA MONTAGEM DO GENOMA NUCLEAR DA  LINHAGEM L757 DE CANDIDA ALBICANS. 2015. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Informática e Saúde (Experimental)) - Universidade Federal de São Paulo. Orientador: Marcelo Ribeiro da Silva Briones.

3.
Fernando Marcon. An explicit Poisson-Kolmogorov-Smirnov test for the molecular clock in phylogenies. 2014. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Informática e Saúde (Experimental)) - Universidade Federal de São Paulo. Orientador: Marcelo Ribeiro da Silva Briones.

4.
Patrícia Wensch. Padronização do método de extração de DNA mitocondrial de Candida albicans e genômica comparativa entre linhagens patogênicas. 2008. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Ciências Biológicas) - Universidade Metodista de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Orientador: Marcelo Ribeiro da Silva Briones.

5.
Richard Cardoso da Silva. Caracterização da ORF CaYlr339c da Candida albicans. 2007. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Ciências Biológicas) - Fundação Santo André, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Orientador: Marcelo Ribeiro da Silva Briones.

6.
Priscila Martins Pereira. Inferência filogenética de Trypanosoma cruzi utilizando os genes de dihidrato redutase-timidilato sintetase e tripanotiona redutase. 2002. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Ciências Biológicas) - Universidade Metodista de São Paulo, Howard Hughes Medical Institute. Orientador: Marcelo Ribeiro da Silva Briones.

7.
Ana Carolina Barbosa Padovan. Estudo da evolução intraespecífica de Candida parapsilosis por análise de máxima verossimilhança. 2002. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Ciências Biológicas) - Universidade Metodista de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Orientador: Marcelo Ribeiro da Silva Briones.

8.
Silvia Yukie Kawashita. Procura por genes de integrinas de Trypanosoma cruzi por genômica comparativa. 2002. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Bacharelado em Ciências Biomédicas) - Universidade Federal de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Marcelo Ribeiro da Silva Briones.

9.
Gerdine Ferreira de Oliveira Sanson. Tipagem de Candida glabrata por análise comparativa do gene COX2. 1998. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Bacharelado em Ciências Biomédicas) - Universidade Federal de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Orientador: Marcelo Ribeiro da Silva Briones.

Iniciação científica
1.
Jeremias Ponciano da SIlva. Análise de sequências de origem mitocondrial no genoma nuclear de fungos e protistas. 2013. Iniciação Científica. (Graduando em Ciência da Computação) - Faculdade de Tecnologia Ciências e Educação. Orientador: Marcelo Ribeiro da Silva Briones.

2.
Danielle do Carmo. Dinâmica de mutações no genoma mitocondrial de Candida albicans. 2009. Iniciação Científica. (Graduando em Ciências Biomédicas) - Faculdades Metropolitanas Unidas. Orientador: Marcelo Ribeiro da Silva Briones.

3.
Bruno Giordano Neto. Genômica comparativa do DNA mitocondrial de Candida albicans. 2007. Iniciação Científica. (Graduando em Bacharelado em Ciências Biomédicas) - Universidade Federal de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Orientador: Marcelo Ribeiro da Silva Briones.

Orientações de outra natureza
1.
Paloma Siqueira Hernandez. Desenvolvimento de nova metodologia para deleção de genes em Candida albicans. 2005. Orientação de outra natureza - Universidade Federal de São Paulo. Orientador: Marcelo Ribeiro da Silva Briones.



Inovação



Programa de computador sem registro
1.
LICHTENSTEIN, F. ; ANTONELI, F. ; BRIONES, MRS . MIA: Um programa com interface gráfica para cálculo de entropia informacional e informação mútua em sequências genômicas. 2015.

2.
PASSOS, FERNANDO M. ; ANTONELI, F. ; LOPES, L. R. ; BRIONES, MRS . PKS: Programa para teste de relógio molecular por Kolmogorov-Smirnov em conjuntos de filogenias Bayesianas. 2017.




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