Alberto Martín Rivera Dávila

Bolsista de Produtividade em Pesquisa do CNPq - Nível 2

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  • Última atualização do currículo em 08/04/2018


possui graduação em Licenciatura em Ciências Biológicas pela Universidade Federal de Mato Grosso do Sul (1997) e doutorado em Biologia Celular e Molecular pela Fundação Oswaldo Cruz (2002). Foi um dos primeiros a usar e promover congressos sobre tripanosomatídeos pela Internet, e em aderir à iniciativa "Open Acces" por meio da criação de uma revista eletrônica indexada. Atualmente é pesquisador titular do Instituto Oswaldo Cruz, FIOCRUZ. Tem experiência em Bioinformática, Biologia Computacional e Biologia Molecular, atuando principalmente nos seguintes temas: (i) bioinformática e biologia computacional de protozoários, (ii) caracterização molecular de protozoários, (iii) aspectos computacionais da biologia de sistemas, e (v) bioprospecção e metagenômica. Congregou diferentes grupos de pesquisa em Bioinformática no Rio de Janeiro formando o consórcio BiowebDB (http://www.biowebdb.org). Idealizou e liderou a implantação do programa stricto sensu em Biologia Computacional e Sistemas, do qual foi o coordenador no período de 2008-2010. Foi membro da Diretoria da Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional (AB3C) no período de 2009-2010 e lideroui a etapa inicial da Rede "Omicas e Compução Científica" (ROCC) atrelada a Vice-Presidência de Pesquisa e Laboratórios de Referência (VPPLR) da FIOCRUZ.Atualmente fomenta a formação de grupos de trabalho e pesquisas em Ciência de Dados. (Texto informado pelo autor)


Identificação


Nome
Alberto Martín Rivera Dávila
Nome em citações bibliográficas
DÁVILA, A. M. R.;DAVILA, A. M.R.;Dávila, A;Dávila, Alberto MR;Davila, Alberto MR;Dávila, Alberto M. R.;Dávila, A.M.R.;Dávila, Alberto M.R.;Davila, Alberto M. R.;Dávila, A.M.R;DAVILA, ALBERTO;DÁVILA, ALBERTO

Endereço


Endereço Profissional
Fundação Oswaldo Cruz, Instituto Oswaldo Cruz.
Av. Brasil 4365, Sala 301, Pav Leonidas Deane, Lab. de Biologia Computacional e Sistemas
Manguinhos
21040360 - Rio de Janeiro, RJ - Brasil
Telefone: (21) 38658132
Fax: (21) 25903495
URL da Homepage: http://www.biowebdb.org


Formação acadêmica/titulação


1998 - 2002
Doutorado em Biologia Celular e Molecular.
Fundação Oswaldo Cruz, FIOCRUZ, Brasil.
Título: Tripanosomose animal na Ámerica do Sul: Epizootiologia, Evolução e Tecnologias da Informação, Ano de obtenção: 2002.
Orientador: Yara Maria Traub Cseko.
Bolsista do(a): Fundação Carlos Chagas Filho de Amparo à Pesquisa do Estado do RJ, FAPERJ, Brasil.
Palavras-chave: Trypanosoma vivax; Tipagem molecular; Diagnóstico molecular; Filogenia molecular; PCR; Trypanosoma evansi.
Grande área: Ciências Biológicas
Setores de atividade: Produtos e Processos Biotecnológicos.
1994 - 1997
Graduação em Licenciatura em Ciências Biológicas.
Universidade Federal de Mato Grosso do Sul, UFMS, Brasil.
Bolsista do(a): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, CNPq, Brasil.




Formação Complementar


2005
Genômica Comparativa. (Carga horária: 320h).
National Center For Biotechnology Information, N.C.B.I., Estados Unidos.
2002 - 2002
Bioinformática. (Carga horária: 480h).
Seattle Biomedical Research Institute, S.B.R.I., Estados Unidos.
1999 - 2002
Extensão universitária em Doutorado.
Instituto Oswaldo Cruz, IOC - FIOCRUZ, Brasil.
2000 - 2000
Extensão universitária.
Universidade Federal do Rio de Janeiro, UFRJ, Brasil.
2000 - 2000
Trypanosoma cruzi et Bioinformatique.
Institut Paster, IP, França.
1996 - 1996
Extensão universitária.
Instituto Oswaldo Cruz, IOC - FIOCRUZ, Brasil.
1995 - 1995
Extensão universitária.
Universidade Estadual de Campinas, UNICAMP, Brasil.
1994 - 1994
Extensão universitária.
UFMS/Cento Universitário de Corumbá - MS, UFMS/CEUC, Brasil.
1994 - 1994
Extensão universitária em Parasitologia.
Universidade de São Paulo, USP, Brasil.


Atuação Profissional



Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional, AB3C, Brasil.
Vínculo institucional

2009 - 2010
Vínculo: Membro da Diretoria, Enquadramento Funcional: Membro da Diretoria


Fundação Oswaldo Cruz, FIOCRUZ, Brasil.
Vínculo institucional

2008 - Atual
Vínculo: Servidor Público, Enquadramento Funcional: Pesquisador Titular, Carga horária: 40

Vínculo institucional

2005 - 2008
Vínculo: Servidor Público, Enquadramento Funcional: Pesquisador Associado, Carga horária: 40

Vínculo institucional

2002 - 2005
Vínculo: Servidor Público, Enquadramento Funcional: Pesquisador Adjunto, Carga horária: 40

Vínculo institucional

1998 - 2002
Vínculo: Estudante de pós-graduação, Enquadramento Funcional: Estudante de pós-graduação, Carga horária: 40
Outras informações
Estudante de pós-graduação de 1998-2002.

Atividades

10/2005 - Atual
Outras atividades técnico-científicas , Fundação Oswaldo Cruz, Fundação Oswaldo Cruz.

Atividade realizada
IAEA Collaborating Center for Animal Genomics and Bioinformatics. O pesquisador é membro deste centro colaborador. Mais informações em: http://www.biowebdb.org/wiki/index.php/Iaea-agb.
10/2005 - Atual
Conselhos, Comissões e Consultoria, Fundação Oswaldo Cruz, Instituto Oswaldo Cruz.

Cargo ou função
Coordenador da Sub-Camara de Informática do Instituto Oswaldo Cruz.
10/2005 - Atual
Conselhos, Comissões e Consultoria, Fundação Oswaldo Cruz, Instituto Oswaldo Cruz.

Cargo ou função
Membro do Camara Técnica de Informação, Comunicação e Informática.
7/2004 - Atual
Conselhos, Comissões e Consultoria, Instituto Oswaldo Cruz, Departamento de Ensino.

Cargo ou função
Comissão da Pós-graduação em Biologia Celular e Molecular.
05/2004 - Atual
Ensino, Biologia Celular e Molecular, Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
Bioinformática
02/2003 - Atual
Outras atividades técnico-científicas , Fundação Oswaldo Cruz, Fundação Oswaldo Cruz.

Atividade realizada
Coordenador da Plataforma Multi-Usuário para Bioinformática e Genômica Comparativa.
7/2002 - Atual
Pesquisa e desenvolvimento , Instituto Oswaldo Cruz, Departamento de Bioquímica e Biologia Molecular.

11/2007 - 05/2010
Direção e administração, Fundação Oswaldo Cruz, Instituto Oswaldo Cruz.

Cargo ou função
Coordenador de Programa.
03/2002 - 03/2002
Conselhos, Comissões e Consultoria, The Wellcome Trust, .

Cargo ou função
Consultor ad-hoc para avaliação de projetos de pesquisa.
10/2001 - 10/2001
Conselhos, Comissões e Consultoria, DfID, .

Cargo ou função
Consultor para a revisão das oportunidades de pesquisa em Saúde Animal, área de Tripanosomose.
05/2000 - 05/2000
Conselhos, Comissões e Consultoria, Instituto Oswaldo Cruz, Departamento de Bioquímica e Biologia Molecular.

Cargo ou função
Consultor "ad hoc" para a revisão das prioridades do programa de pesquisa em saúde animal.


Linhas de pesquisa


1.
Caracterização molecular de tripanosomatídeos
2.
Genômica comparativa
3.
Bioinformática


Projetos de pesquisa


2007 - 2009
Identificação e análise de alvos para desenvolvimento de fármacos e diagnósticos usando uma abordagem integrada de biologia de sistemas
Descrição: A maioria dos sistemas/softwares para análises de genomas desenvolvidos até o momento tem se limitado ao uso de poucas informações dos genomas. A presente proposta congrega diferentes grupos de pesquisa, os quais tem desenvolvido sistemas mais completos e de uso abrangente. Um dos sistemas desenvolvidos é denominado GARSA (Genomic Analysis Resources for Sequence Annotation) (Dávila et al 2005) que na sua versão 2.0 inclui no pipeline de análises o uso de 21 programas distintos (base callers, alinhadores múltiplos, buscas de similaridades, buscas de homologias distantes, filogenia, polimorfismos, etc). O sistema GARSA vem sendo desenvolvido no âmbito do consórcio BiowebDB (http://www.biowebdb.org), através do qual este sistema é disponibilizado. Outro sistema desenvolvido pelos integrantes do grupo proponente deste projeto, é o denominado CruziGeneDB (http://200.183.132.14/CruziGeneDB/), o qual apresenta uma proposta diferente do GARSA no âmbito da análise de seqüências. Neste sistema, os dados referentes ao genoma de T. cruzi estão disponíveis, da forma que usualmente existe em outros programas, mas foi incorporada toda uma plataforma de gerenciamento de dados laboratoriais que estão sendo produzidos dentro da perspectiva em larga escala, a qual permeia toda a filosofia da abordagem de biologia de sistemas (Systems biology). Esses dados estão sendo gerados pelo Instituto de Biologia Molecular do Paraná (IBMP), dentro de diversas linhas de pesquisa e projetos, internos ou em parceria com grupos de pesquisa externos nacionais e internacionais, e se constitui em uma fonte de dados importante para a inclusão em uma plataforma cujo foco principal seja a biologia de sistemas. Embora o GARSA seja um sistema muito completo para análises e anotação comparativa de seqüências, e o CruziGeneDB constitui-se em uma iniciativa pioneira no armazenamento, gerenciamento e disponibilização de dados oriundos de metodologias inerentes às "ômicas", ambos.
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Especialização: (1) / Doutorado: (2) .
Integrantes: Alberto Martín Rivera Dávila - Coordenador.Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.
2007 - 2009
Metagenômica na Avaliação da Biodiversidade Microbiana Associada ao Fenômeno da Ressurgência no Litoral Fluminense
Descrição: Sequenciamento e análise dos genes ribossomais de Eukarya, Archeae e Bacteria das águas litoraneas fluminenses, associadas ao fenômeno da ressurgência..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Doutorado: (1) .
Integrantes: Alberto Martín Rivera Dávila - Integrante / Alexandre Soares Rosado - Coordenador / Juliano Carvalho Cury - Integrante / Fabio Vieira de Araujo - Integrante / Raquel Silva Peixoto - Integrante.Financiador(es): Fundação Carlos Chagas Filho de Amparo à Pesquisa do Estado do RJ - Auxílio financeiro.
2007 - 2009
Usando a Biologia de Sistemas e "Grid" Para a Identificação e Análise de Alvos Para Desenvolvimento de Fármacos e Diagnósticos
Descrição: Usando a Biologia de Sistemas e "Grid" Para a Identificação e Análise de Alvos Para Desenvolvimento de Fármacos e Diagnósticos. Auxílio concedido: R$ 130,000.
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
2007 - 2009
Identificação e caracterização de marcadores biológicos e diagnósticos em tripanosomatídeos patogênicos através de genômica e proteômica comparativas
Descrição: Estudar comparativamente aspectos de genômica, genômica funcional e proteômica de tripanosomatídeos patogênicos utilizando como modelo biológico o Trypanosoma rangeli, buscando a compreensão de aspectos da biologia, do rol de expressão gênica e da constituição protéica do parasito e sua comparação com espécies filogeneticamente relacionadas. Aliado à pesquisa biológica, o uso de ferramentas de bioinformática visa a identificação de marcadores de diagnóstico diferencial específico, a compreensão de aspectos biológicos e moleculares das diferentes espécies e o desenvolvimento de marcadores biológicos de processos celulares de interesse para o desenvolvimento de novos produtos (medicamentos) e/ou processos..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
2007 - Atual
Identificação e análise de alvos para desenvolvimento de fármacos e diagnósticos usando uma abordagem integrada de biologia de sistemas
Descrição: Identificação e análise de alvos para desenvolvimento de fármacos e diagnósticos usando uma abordagem integrada de biologia de sistemas.
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
2006 - 2008
Genômica comparativa de genes metabólicos em tripanosomatídeos
Descrição: Tres dos mais importantes protozoários patogenicos do homem tiveram seu genoma recentemente sequenciado: Trypanosoma cruzi, T. brucei e Leishmania major (Tri-Tryps). Eles pertencem à ordem Kinetoplastida, Família Trypanosomatidae e causam a doença de chagas, enfermidade do sono e leishmaniasis, respectivamente. A pesar do enorme importância e impacto causado, não existem vacinas contra os mencionados patógenos, e apenas algumas poucas drogas tem sido desenvolvidas e são inadequadas seja pela toxicidade ou resistência desenvolvida pelos patógenos. A disponibilidade das seqüências dos genomas abre enormes possibilidades tanto para o melhor entendimento da biologia destas espécies bem como a identificação e exploração de possíveis alvos para o desenho racional de novas drogas de espectro abrangente. As análises dos Tri-Tryps mostraram que menos de 35% dos seus genomas são genes espécie-específicos e que 6158 genes ortólogos formam o proteoma essencial às 3 espécies. Desses ortólogos, 633 têm sido anotados como transportadores ou canais e 8133 como enzimas, mostrando que proteínas metabólicas representam as regiões mais conservadas dos 3 genomas. Visando obter novas informações sobre a biologia e o metabolismo de tripanosomatídeos patogênicos, o presente projeto tem como objetivo principal identificar, analisar e comparar ~200 genes metabólicos que sejam ortólogos em T. brucei, T. cruzi, L. major, L. braziliensis, T. vivax, Phytomonas serpens e T. rangeli. Análises de genômica comparativa envolvendo filogenia e evolução molecular serão feitos considerando as seguintes questões: que tipo de forças seletivas são responsáveis pelas taxas aceleradas e conservadas de evolução entre as espécies ? É possível listar genes metabolicos que possam ser usados no futuro como alvos para o desenvolvimento de drogas de espectro abrangente ? Qual e que tão variável é a taxa de evolução entre esses genes metabólicos ? Finalmente, os resultados das análises sistematicas serão disponibiliz.
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Doutorado: (3) .
Integrantes: Alberto Martín Rivera Dávila - Coordenador.
2004 - 2006
Comparative genomics and transcriptomics: a Bioinformatics consortia for the development of an integrated web-based platform and databases for analyses
Descrição: Comparative approaches involving the integrative use of heterogeneous databases, analyses tools, distributed computing and (re)annotation system as well as sensitive similarity detection algorithms have been catalyzed by a variety of sequenced genomes. The BiowebDB consortium funded by CNPq has initially established collaborations with GeneDB and TcruziDB. Aiming to build an integrated, user-friendly and flexible platform, capable to deal with different datasets and genome projects, BiowebDB is being designed to provide interoperability among different analyses tools and more sensitive algorithms for distant homology detection. It centers on the use of ontology based metadata, XML, Web services, as well as a combination of Hidden Markov Models with AI technologies for algorithm improvement. The BiowebDB platform is being progressively implemented and is publicly available at http://www.biowebdb.org..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (3) / Mestrado acadêmico: (5) .
Integrantes: Alberto Martín Rivera Dávila - Coordenador / Maria Luiza Machado Campos - Integrante / Paulo F. Pires - Integrante / Lígia Barros - Integrante / Fernanda Baião - Integrante / Maria Claudia Reis Cavalcanti - Integrante / Marta L Q Mattoso - Integrante / Edmundo C Grisard - Integrante.Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.
2003 - 2005
Gene discovery in T. vivax through EST and comparative genomics
Descrição: Construção de uma biblioteca genômica e geração de 1000 ESTs de Trypansoma vivax.
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
2003 - Atual
Comparative genomics sequencing of the nulear genomes of Trypanosoma vivax and T. congolense
Descrição: Sequenciamento do genoma nuclear dos Trypanosoma vivax e T. congolense sendo realizados no The Wellcome Trust Sanger Institute.
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
2002 - 2005
Circulation des trypanosomatidae
Descrição: Pesquisa básica sobre a diversidade genética e caraterização molecular de tripanosomatídeos de plantas, animais e humanos. O objetivo principal do grupo brasileiro foi caracterizar cepas de Trypanosoma vivax usando oITS (Internal Transcribed Spacer) rDNA..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (2) .
Integrantes: Alberto Martín Rivera Dávila - Coordenador.
2001 - 2005
Molecular characterization of Trypanosoma vivax
Descrição: Geração de marcadores para Trypanosoma vivax usando uma abordagem de descoberta de genes GSS. Adicionalmente, caracterização molecular do Trypanosoma vivax usando diferentes marcadores moleculares, e o desenvolvimento de um ensaio de PCR de diagnostico diferencial baseado no ITS1 rDNA..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (1) .
Integrantes: Alberto Martín Rivera Dávila - Coordenador.


Projetos de desenvolvimento


2008 - 2009
Desenvolvimento e validação de um sistema integrado para Genotipagem de Protozoários Patogênicos Utilizando-se Genes Ortólogos
Descrição: O presente projeto visa o desenvolvimento e validação de um sistema integrado de genotipagem de protozoários patogênicos, usando uma abordagem multidisciplinar envolvendo metodologias de biologia molecular (PCR multiplex, Rolling Circle Amplification [RCA] e sequenciamento), bioinformática (análises de evolução e filogenia molecular) e ciências da informação e computação (tecnologias de bancos de dados, ontologias, metadados, workflows científicos e serviços web). Noventa e seis genes ortólogos comuns aos protozoários serão identificados e usados como marcadores para genotipagem, visando obter uma caracterização intra-específica mais acurada de T. cruzi, L. braziliensis, L. amazonensis, L. guyanensis, Plasmodium falciparum e P. vivax. Todos os dados das genotipagens serão disponibilizados publicamente, bem como o sistema on-line de submissão e análise de seqüências, proporcionando à comunidade científica um sistema completo, flexível e amigável para análise e genotipagem de protozoários patogênicos. O objetivo principal é ter num prazo de 12 meses um sistema completo de genotipagem que possa ser aprimorado/adequado para ter aplicabilidade clinica a curto prazo..
Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento.


Outros Projetos


2002 - 2007
Open Publishing initiatives: Kinetoplastid Biology and Disease journal
Descrição: Criação, administração e editoração da revista eletrônica e indexada denominada "Kinetoplastid Biology and Disease" financiada pela Open Publishing Initiatives da Soros Foundation e Fiocruz..
Situação: Em andamento; Natureza: Outra.


Membro de corpo editorial


2002 - 2007
Periódico: Kinetoplastid Biology and Disease (1475-9292)


Revisor de periódico


2002 - Atual
Periódico: Veterinary Parasitology
2003 - Atual
Periódico: Memórias do Instituto Oswaldo Cruz
2006 - Atual
Periódico: Bioinformatics (Oxford) (1367-4803)
2005 - Atual
Periódico: Experimental Parasitology (0014-4894)
2004 - Atual
Periódico: Trends in parasitology (1471-4922)
2004 - Atual
Periódico: Trends in Microbiology (0966-842X)


Áreas de atuação


1.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Sistemas de Computação/Especialidade: Bioinformática.
2.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Parasitologia / Subárea: Caracterização Molecular de Protozoarios.
3.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Parasitologia / Subárea: Biologia Computacional.
4.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Genética Molecular e de Microorganismos/Especialidade: Bioprospecção e metagenômica.


Idiomas


Espanhol
Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.
Inglês
Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.
Português
Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.


Prêmios e títulos


2007
Jovem Cientista do Estado do Rio de Janeiro, FAPERJ.
2001
Aluno Nota 10, FAPERJ - Fundação Oswaldo Cruz.


Produções



Produção bibliográfica
Citações

Web of Science
Total de trabalhos:42
Total de citações:508
Fator H:12
Davila, A*  Data: 17/03/2013

SCOPUS
Total de trabalhos:41
Total de citações:553
Davila A.M. OR Davila A. OR Rivera Dávila A. (H-index=11)  Data: 17/03/2013

Artigos completos publicados em periódicos

1.
DE CASTRO, MARCELO RODRIGO2017DE CASTRO, MARCELO RODRIGO ; TOSTES, CATHERINE DOS SANTOS ; Dávila, Alberto M. R. ; SENGER, HERMES ; DA SILVA, FABRICIO A. B. . SparkBLAST: scalable BLAST processing using in-memory operations. BMC BIOINFORMATICS, v. 18, p. 1-13, 2017.

2.
CUADRAT, RAFAEL R. C.2016CUADRAT, RAFAEL R. C. ; FERRERA, ISABEL ; GROSSART, HANS-PETER ; Dávila, Alberto M. R. . Picoplankton Bloom in Global South? A High Fraction of Aerobic Anoxygenic Phototrophic Bacteria in Metagenomes from a Coastal Bay (Arraial do Cabo-Brazil). OMICS: Journal of Integrative Biology, v. 20, p. 76-87, 2016.

3.
FRÓES, ADRIANA M.2016FRÓES, ADRIANA M. ; DA MOTA, FÁBIO F. ; CUADRAT, RAFAEL R. C. ; Dávila, Alberto M. R. . Distribution and Classification of Serine β-Lactamases in Brazilian Hospital Sewage and Other Environmental Metagenomes Deposited in Public Databases. Frontiers in Microbiology (Online), v. 7, p. 1-15, 2016.

4.
Coelho-Souza, Sergio A.2015Coelho-Souza, Sergio A. ; ARAÚJO, FÁBIO V. ; Cury, Juliano C. ; JESUS, HUGO E. ; PEREIRA, GILBERTO C. ; GUIMARÃES, JEAN R.D. ; Peixoto, Raquel S. ; Dávila, Alberto M.R. ; Rosado, Alexandre S. . Bacterial and Archaeal Communities Variability Associated with Upwelling and Anthropogenic Pressures in the Protection Area of Arraial do Cabo (Cabo Frio region - RJ). Anais da Academia Brasileira de Ciências (Online), v. 87, p. 1737-1750, 2015.

5.
Cuadrat, Rafael2015Cuadrat, Rafael ; CURY, JULIANO ; DÁVILA, ALBERTO . Metagenomic Analysis of Upwelling-Affected Brazilian Coastal Seawater Reveals Sequence Domains of Type I PKS and Modular NRPS. International Journal of Molecular Sciences (Online), v. 16, p. 28285-28295, 2015.

6.
KOTOWSKI, NELSON2015KOTOWSKI, NELSON ; JARDIM, RODRIGO ; Dávila, Alberto M. R. . Improved orthologous databases to ease protozoan targets inference. Parasites & Vectors, v. 8, p. 494-506, 2015.

7.
WAGNER, Glauber2014WAGNER, Glauber ; JARDIM, RODRIGO ; TSCHOEKE, DIOGO A ; LOUREIRO, DANIEL R ; OCAÑA, KARY ACS ; RIBEIRO, ANTONIO CB ; EMMEL, VANESSA E ; PROBST, CHRISTIAN M ; PITALUGA, ANDRÉ N ; GRISARD, Edmundo C ; CAVALCANTI, MARIA C ; CAMPOS, MARIA LM ; Mattoso, Marta ; Dávila, Alberto MR . STINGRAY: system for integrated genomic resources and analysis. BMC Research Notes, v. 7, p. 132, 2014.

8.
ROMÃO-DUMARESQ, ALINE S.2014ROMÃO-DUMARESQ, ALINE S. ; FRÓES, ADRIANA M. ; CUADRAT, RAFAEL R. C. ; SILVA, FLORIANO P. ; Dávila, Alberto M. R. . Towards a Comprehensive Search of Putative Chitinases Sequences in Environmental Metagenomic Databases. Natural Science (Print), v. 06, p. 323-337, 2014.

9.
DAVILA, ALBERTO2014DAVILA, ALBERTO; Tschoeke, Diogo ; NUNES, GISELE ; JARDIM, RODRIGO ; LIMA, JOANA ; DUMARESQ, ALINE ; GOMES, MONETE ; DE MATTOS PEREIRA, LEANDRO ; LOUREIRO, DANIEL ; STOCO, PATRICIA ; DE MATOS GUEDES, HERBERT ; DE MIRANDA, ANTONIO ; RUIZ, JERONIMO ; PITALUGA, ANDRÉ ; SILVA, FLORIANO ; PROBST, CHRISTIAN ; DICKENS, NICHOLAS ; MOTTRAM, JEREMY ; GRISARD, EDMUNDO . The Comparative Genomics and Phylogenomics of Leishmania amazonensis Parasite. Evolutionary Bioinformatics Online, v. 10, p. 131, 2014.

10.
CUADRAT, RAFAEL R. C.2014CUADRAT, RAFAEL R. C. ; CRUZ, SÉRGIO MANUEL DA SERRA ; TSCHOEKE, DIOGO ANTÔNIO ; Silva, Edno ; Tosta, Frederico ; JUCÁ, HENRIQUE ; JARDIM, RODRIGO ; Campos, Maria Luiza M. ; Mattoso, Marta ; Dávila, Alberto M. R. . An Orthology-Based Analysis of Pathogenic Protozoa Impacting Global Health: An Improved Comparative Genomics Approach with Prokaryotes and Model Eukaryote Orthologs. OMICS: A Journal of Integrative Biology, v. 18, p. 140624130015005-538, 2014.

11.
TORRES, DAVI COE2013TORRES, DAVI COE ; RIBEIRO-ALVES, MARCELO ; ROMERO, GUSTAVO A.S. ; Dávila, Alberto M.R. ; CUPOLILLO, ELISA . Assessment of drug resistance related genes as candidate markers for treatment outcome prediction of cutaneous leishmaniasis in Brazil. Acta Tropica, v. 126, p. 132-141, 2013.

12.
CAMPOS, M.L.A.2013CAMPOS, M.L.A. ; M. L. M. Campos ; DÁVILA, A. M. R. ; GOMES, H. E. ; CAMPOS, L. M. ; OLIVEIRA, L. L . Information Sciences Methodological Aspects Applied to Ontology Reuse Tools: A Study Based on Genomic Annotations in the Domain of Trypanosomatides. Knowledge Organization, v. 40, p. 50-60, 2013.

13.
2012Azevedo, Renata V. D. M. ; Davila, Alberto M. R. ; Dias, Denise B. S. ; Albano, Rodolpho M. ; Mazzoni, Camila J. ; Peixoto, Alexandre A. ; Souza, Nataly A. ; Bretãs, Jorge A. C. ; WAGNER, Glauber . The Transcriptome of Lutzomyia longipalpis (Diptera: Psychodidae) Male Reproductive Organs. Plos One, v. 7, p. e34495, 2012.

14.
Cury, Juliano C.2011Cury, Juliano C. ; Araujo, Fabio V. ; Coelho-Souza, Sergio A. ; Peixoto, Raquel S. ; Oliveira, Joana A. L. ; Santos, Henrique F. ; Dávila, Alberto M. R. ; Rosado, Alexandre S. . Microbial Diversity of a Brazilian Coastal Region Influenced by an Upwelling System and Anthropogenic Activity. Plos One, v. 6, p. e16553, 2011.

15.
Kary A. C. S. Ocaña,2011Kary A. C. S. Ocaña, ; DÁVILA, A. M. R. . Phylogenomics-Based Reconstruction of Protozoan Species Tree. Evolutionary Bioinformatics Online, v. 7, p. 107, 2011.

16.
Coutinho, Fábio2011Coutinho, Fábio ; Ogasawara, Eduardo ; Oliveira, Daniel ; Braganholo, Vanessa ; Lima, Alexandre A.B. ; Dávila, Alberto M.R. ; Mattoso, Marta . Many task computing for orthologous genes identification in protozoan genomes using Hydra. Concurrency and Computation, v. n/a, p. n/a-n/a, 2011.

17.
Chagas, T.P.G.2011Chagas, T.P.G. ; Seki, L.M. ; Cury, J.C. ; Oliveira, J.A.L. ; Dávila, A.M.R. ; Silva, D.M. ; Asensi, M.D. . Multiresistance, beta-lactamase-encoding genes and bacterial diversity in hospital wastewater in Rio de Janeiro, Brazil. Journal of Applied Microbiology (Print), p. no-no, 2011.

18.
Cruz, Sergio Manuel Serra Da2010Cruz, Sergio Manuel Serra Da ; Batista, Vanessa ; Silva, Edno ; Tosta, Frederico ; Vilela, Clarissa ; Cuadrat, Rafael ; Tschoeke, Diogo ; Davila, Alberto M.R. ; CAMPOS, Maria Luiza Machado ; Mattoso, Marta ; DÁVILA, A. M. R. . Detecting distant homologies on protozoans metabolic pathways using scientific workflows. International Journal of Data Mining and Bioinformatics, v. 4, p. 256, 2010.

19.
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Livros publicados/organizados ou edições
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Capítulos de livros publicados
1.
Dávila, Alberto M.R.; Guerreiro, Luana T.A. ; Souza, Silvana S. . Marker Discovery In Trypanosoma vivax Through GSS and Comparative Analysis. In: Makkar, HPS; Viljoen, G. (Org.). Applications of Gene-Based Technologies for Improving Animal Production and Health in Developing Countries. 1ed.: , 2005, v. , p. 773-776.

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DÁVILA, A. M. R.; SILVA, R. A. M. S. . Trypanosoma vivax: Biologia, Diagnostico e Controle. In: Raul H. Kessler; Maria Aparecida M Schenk. (Org.). Carrapato, tristeza parasitária e tripanossomose dos bovinos. Campo Grande - MS: Embrapa-CNPGC, 1998, v. , p. 123-145.

Trabalhos completos publicados em anais de congressos
1.
CARRION, A. ; CABALLER, M. ; BLANQUER, I. ; KOTOWSKI, NELSON ; Dávila, A.M.R . A Multi-Platform Workflow Management System optimized for Cloud Computing Platforms. In: PDPTA'15 - ?21st International Conference on Parallel and Distributed Processing Techniques and Applications (PDPTA?15)?, 2015, Las Vegas. PDPTA'15 - ?21st International Conference on Parallel and Distributed Processing Techniques and Applications (PDPTA?15)?, 2015. p. 424-430.

2.
CARRION, A. ; KOTOWSKI, NELSON ; CABALLER, M. ; BLANQUER, I. ; JARDIM, R. ; DAVILA, ALBERTO . Design and implementation of a Generic and Multi-Platform Workflow System.. In: BERGRID 2014 - 8th IBERIAN GRID INFRAESTRUCTURE CONFERENCE, 2014, València. Design and implementation of a Generic and Multi-Platform Workflow System., 2014. p. 77.

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SARMIENTO, EDGAR ; BREITMAN, KARIN ; Dávila, Alberto M. R. ; VITERBO, JOSÉ . A framework for readapting and running bioinformatics applications in the cloud. In: the 2012 ACM Research in Applied Computation Symposium, 2012, San Antonio. Proceedings of the 2012 ACM Research in Applied Computation Symposium on - RACS '12. New York: ACM Press, 2012.

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SALDANHA, H. ; RIBEIRO, E. ; HOLANDA, M. ; ARAUJO, A. ; RODRIGUES, G. ; WALTER, M. E. ; SETUBAL, J. C. ; Dávila, A.M.R. . A cloud architecture for bioinformatics workflows. In: 1st International Conference on Cloud Computing and Services Science. In: CLOSER 2011, 2011, Noordwijkerhout. Proceedings of the 1st International Conference on Cloud Computing and Services Science, 2011. p. 1-7.

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OCAÑA, K.A.C.S. ; Oliveira, D. ; Ogasawara, E. ; DÁVILA, A. M. R. ; Lima, A.A.B. ; MATTOSO, M. . SciPhy: A Cloud-Based Workflow for Phylogenetic Analysis of Drug Targets in Protozoan Genomes. In: Brazilian Symposium on Bioinformatics, 2011, Brasilia. Proceedings of the Brazilian Symposium on Bioinformatics, 2011. p. 66-71.

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Belloze, K. T. ; DAVILA, A. M.R. ; ARAUJO, R. M. ; CAVALCANTI, Maria Claudia Reis . Ampliando o Uso Colaborativo de Ontologias em Processos de Anotação Genômica. In: e-Science Workshops - SBBD/SBES, 2007, João Pessoa. e-Science Workshops - SBBD/SBES, 2007. v. 1. p. 71-80.

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11.
CRUZ, Sérgio Manuel Serra da ; CAMPOS, Maria Luiza Machado ; CAMPOS, Linair M. ; PIRES, Paulo F. ; DÁVILA, A. M. R. . Monitoring Bioinformatics Web services Requests and Responses through a Log Based Architecture. In: XXXII Seminário Integrado de Software e Hardware, 2005, São Leopoldo. Anais do Simpósio Brasileiro de Computação - Seminário Integrado de Software e Hardware.

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Resumos expandidos publicados em anais de congressos
1.
OLIVEIRA, F. ; CURY, J. C. ; ARAUJO, F. V. ; Casaes R. S. ; Oliveira J.A.L. ; Peixoto, R.S. ; DÁVILA, A. M. R. ; ROSADO, A. S. . Influência da ressurgência e da poluição orgânica na diversidade microbiana das águas litorâneas de Arraial do Cabo - RJ. In: IV Simpósio Internacional de Meio Ambiente, 2009, Rio de Janeiro. IV Simpósio Internacional de Meio Ambiente, 2009.

2.
CURY, J. C. ; Paranhos R. ; Casaes R. S. ; Davila, A. M. R. . Diversidade de micoeucariotos associados a diferentes níveis de poluição na Baia de Guanabara revelada pelo sequenciamento do rDNA 18S. In: XI ENAMA - Encontro Nacional de Microbiologia Ambiental, 2008, Fortaleza. XI ENAMA - Encontro Nacional de Microbiologia Ambiental, 2008.

3.
CURY, J. C. ; LOUREIRO, D. R. ; Ruiz-Olazar, M ; DÁVILA, A. M. R. . Desenvolvimento de um pipeline para análise de sequências de rDNA metagenômico. In: XI ENAMA - Encontro Nacional de Microbiologia Ambiental, 2008, Fortaleza. XI ENAMA - Encontro Nacional de Microbiologia Ambiental, 2008.

4.
CRUZ, Sérgio Manuel Serra da ; COUTINHO, F. ; CAMPOS, Maria Luiza Machado ; DAVILA, A. M.R. ; MATTOSO, M. . Experiencing GARSA as a scientific workflow on grids. In: Brazilian Symposium on Bioinformatics, 2007, 2007, Angra dos Reis. Brazilian Symposium on Bioinformatics, 2007, 2007. p. 155-158.

5.
PITALUGA, A. N. ; BETEILLE, V. A. ; LOBO, A. R. ; ARAUJO, A. P. O. ; DAVILA, A. M.R. ; MASON, P. W. ; TRAUB-CSEKO, Y. M. . Immunity in Lutzomyia longipalpis: putative genes and identification of a nonspecific antiviral response. In: XXXIV Annual Meeting on Basic Research in Chagas Disease and XXIII Annual Meeting of the Brazilian Society of Protozoology, 2007, Caxambu. Anais do XXXIV Annual Meeting on Basic Research in Chagas Disease and XXIII Annual Meeting of the Brazilian Society of Protozoology, 2007. p. 32-33.

6.
Albrecht, F.F. ; Hubner, J.F. ; DÁVILA, A. M. R. . A Distributed Algorithm for Phylogenetics Inference. In: Brazilian Symposium on Bioinformatics, 2007, Angra dos Reis. BSB 2007 Poster Proceedings, 2007. p. 66-69.

Resumos publicados em anais de congressos
1.
TSCHOEKE, D. A. ; JARDIM, R. ; Oliveira J.A.L. ; Cruz, Sergio Manuel Serra Da ; Cuadrat, R. R. C. ; MATTOSO, M. ; Campos, M. L. M. ; DÁVILA, A. M. R. . On the particularities of Protozoa: a comparative genomics approach. In: The second International Society for Computational Biology Latin American regional meeting, 2012, Santiago. Proceedings ISCB-Latin America 2012, 2012.

2.
Oliveira, J.A.L. ; TSCHOEKE, D. A. ; PITTIS, A. ; MARCET-HOUBEN, M. ; GABALDON, T. ; DÁVILA, A. M. R. . The phylogenomics of carbohydrate metabolism in Protozoa. In: The second International Society for Computational Biology Latin American regional meeting, 2012, Santiago. Proceedings ISCB-Latin America 2012, 2012.

3.
TSCHOEKE, D. A. ; JARDIM, R. ; Oliveira, J.A.L. ; Cruz, S. M. S. ; Cuadrat, R. R. C. ; Mattoso, Marta ; Campos, Maria Luiza M. ; DÁVILA, A. M. R. . A comparative genomics approach for the study of Protozoa: looking for group-specific proteins. In: RECOMB Comparative Genomics 2012, 2012, Niteroi. Proceedings RECOMB COmparative Genomics 2012, 2012.

4.
JARDIM, R. ; TSCHOEKE, D. A. ; Dávila, Alberto M.R. . ProtozoaDB 2.0: a new version for the comparative genomics of 22 pathogenic Protozoa species. In: RECOMB Comparative Genomics 2012, 2012, Niteroi. Proceedings RECOMB Comparative Genomics 2012, 2012.

5.
Oliveira, J.A.L. ; TSCHOEKE, D. A. ; GUTIERREZ, S. ; PITTIS, A. ; MARCET-HOUBEN, M. ; GABALDON, T. ; Davila, Alberto M. R. . The phylogenomics of carbohydrate metabolism in Protozoa. In: XI JORNADAS DE BIOINFORMÁTICA, 2012, Barcelona. Proceedings XI JORNADAS DE BIOINFORMÁTICA, 2012.

6.
JARDIM, R. ; TSCHOEKE, D. A. ; Cuadrat, R. R. C. ; Campos, Maria Luiza M. ; SILVA-JR, F. P. ; PROBST, C. M. ; Cavalcanti, M. C. R. ; Grisard E. C. ; Mattoso, Marta ; Davila, Alberto M. R. . PROTOZOADB 2.0: a dedicated database for storage and analysis of protozoan genomes. In: XXVII Annual Meeting of the Brazilian Society of Protozoology, 2011, Foz do Iguaçu. Proceedings XXVII Annual Meeting of the Brazilian Society of Protozoology, 2011.

7.
Oliveira, J.A.L. ; TSCHOEKE, D. A. ; RONA, L. D. ; MILETTI, C. ; WAGNER, Glauber ; LEVY, C. D. ; Campos, Maria Luiza M. ; Grisard E. C. ; Davila, Alberto M. R. . Exploring protozoan orthologous genes as markers for genotyping. In: XXVII Annual Meeting of the Brazilian Society of Protozoology, 2011. Proceedings XXVII Annual Meeting of the Brazilian Society of Protozoology, 2011.

8.
TSCHOEKE, D. A. ; JARDIM, R. ; Cuadrat R.R.C ; Coutinho, Fábio ; MATTOSO, Marta L Q ; Davila, Alberto M. R. . Comparative Genomics of Twenty-two Pathogenic Protozoa. In: XXVII Annual Meeting of the Brazilian Society of Protozoology, 2011, Foz do Iguaçu. Proceedings XXVII Annual Meeting of the Brazilian Society of Protozoology, 2011.

9.
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PINA, J. ; TSCHOEKE, D. A. ; BRASILEIRO, F. ; Davila, Alberto M. R. ; SILVA-JR, F. P. . 3D Interactome of five protozoa. In: XX Congreso Latinoamericano de Parasitología y XV Congreso Colombiano de Parasitología y Medicina Tropical, 2011, Bogotá. Proceedings XX Congreso Latinoamericano de Parasitología y XV Congreso Colombiano de Parasitología y Medicina Tropical, 2011.

11.
TSCHOEKE, D. A. ; GUEDES, H. ; JARDIM, R. ; BOITE, M. ; NUNES, G. ; RIBEIRO, A. ; CUPOLILLO, ELISA ; MIRANDA, A. B. ; RUIZ, J. ; Pitaluga, André N. ; SILVA-JR, F. P. ; MOTTRAM, J. ; Davila, Alberto M. R. . Initial Analysis of the Leishmania amazonensis Genome. In: XX Congreso Latinoamericano de Parasitología y XV Congreso Colombiano de Parasitología y Medicina Tropical, 2011, Bogotá. Proceedings XX Congreso Latinoamericano de Parasitología y XV Congreso Colombiano de Parasitología y Medicina Tropical, 2011.

12.
Santos H.F. ; CURY, J. C. ; Davila, A. M. R. ; Carmo F.L. ; ROSADO, A. S. ; Peixoto, R.S. . Avaliação do impacto do petróleo em Manguezal com a utilização de microeucariotos e técnicas moleculares. In: 25 Congresso Brasileiro de MIcrobiologia, 2009, Porto de Galinhas. 25 Congresso Brasileiro de MIcrobiologia, 2009.

13.
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14.
Oliveira J.A.L. ; CURY, J. C. ; Pavoni T.C. ; Asensi M.D. ; Silva D.M. ; Davila, A. M. R. . VARIAÇÃO DA DIVERSIDADE GENÉTICA DE MICROEUCARIOTOS EM EFLUENTE DE ESGOTO HOSPITALAR TRATADO E NÃO TRATADO. In: 25 Congresso Brasileiro de MIcrobiologia, 2009, Porto de Galinhas. 25 Congresso Brasileiro de MIcrobiologia, 2009.

15.
CURY, J. C. ; ARAUJO, F. V. ; Oliveira J.A.L. ; Peixoto, R.S. ; Davila, A. M. R. ; PEIXOTO, A. A. . VARIAÇÃO ESPACIAL DA DIVERSIDADE GENÉTICA DE MICROEUCARIOTOS EM ÁREA DE RESSURGÊNCIA INFLUENCIADA POR POLUIÇÃO URBANA EM ARRAIAL DO CABO - RJ. In: 25 Congresso Brasileiro de MIcrobiologia, 2009, Porto de Galinhas. 25 Congresso Brasileiro de Microbiologia, 2009.

16.
Pavoni T.C. ; SEKI, L. M. ; Oliveira J.A.L. ; CURY, J. C. ; Silva D.M. ; Davila, A. M. R. ; Asensi M.D. . Ocorrência de Enterobactérias produtoras de beta-lactamases de espectro estendido (ESBL) em um sistema de tratamento de esgoto hospitalar, Rio de Janeiro. In: 25 Congresso Brasileiro de Microbiologia, 2009, Porto de Galinhas. 25 Congresso Brasileiro de Microbiologia, 2009.

17.
CURY, J. C. ; ARAUJO, F. V. ; Oliveira J.A.L. ; Santos H.F. ; Peixoto, R.S. ; Davila, A. M. R. ; ROSADO, A. S. . VARIAÇÃO ESPACIAL DA DIVERSIDADE GENÉTICA DE BACTERIA EM ÁREA DE RESSURGÊNCIA INFLUENCIADA POR POLUIÇÃO URBANA EM ARRAIAL DO CABO - RJ. In: 25 Congresso Brasileiro de MIcrobiologia, 2009, Porto de Galinhas. 25 Congresso Brasileiro de MIcrobiologia, 2009.

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36.
DÁVILA, A. M. R.; LORENZINI, D. M. ; MENDES, Pablo Nascimento ; SOUZA, G.R. ; CAMPOS, Linair M. ; MAZZONI, C.J. ; WAGNER, Glauber ; PIRES, Paulo F. ; BARROS, Lígia ; GRISARD, E. C. ; CAMPOS, Maria Luiza Machado . GARSA: Genomic Annotation Resources for Sequence Analyses. In: International Conference on Bioinformatics and Computational Biology, 2004, Angra dos Reis, RJ. International Conference on Bioinformatics and Computational Biology Abstracts, 2004.

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Guerreiro, L.T.A. ; Souza, S. S. ; TRAUB-CSEKO, Y. M. ; DÁVILA, A. M. R. . The identification of minicircles in Trypanosoma Vivax.. In: XXX Annual Meeting on Basic Research in Chagas Disease - XIX Meeting of the Brazilian Society of Protozoology, 2003, Caxambú, MG, Brasil. Revista do Instituto de Medicina Tropical de São Paulo. São Paulo, SP, Brasil: Revista do Instituto de Medicina Tropical de São Paulo, 2003. v. 45. p. 01-228.

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DÁVILA, A. M. R.; SILVA, R. A. M. S. . Seroprevalence of Trypanosoma evansi in equines from the Nhecolândia sub-region of the Pantanal. In: XIII Meeting of the Brazilian Society of Protozoology, 1997, Caxambú. Mem. Inst. Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro: Fiocruz, 1997. v. 92. p. 127-127.

56.
DÁVILA, A. M. R.; Ramirez,L. ; SILVA, R. A. M. S. . Trypanosoma vivax in south america:biometrical data. In: XIII Meeting of the Brazilian Society of Protozoology., 1997, Caxambú. Mem. Inst. Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro: Fiocruz, 1997. v. 92. p. 105-105.

57.
SILVA, R. A. M. S. ; Victório, A.M. ; Ramirez,L. ; DÁVILA, A. M. R. ; Trajano, V. ; Jansen, A. M. . Effects of trypanosoma evansi on the blood chemistry and hematology of coatis (nasua nasua) naturally infected in the Pantanal, Brazil.. In: XIII Meeting of the Brazilian Society of Protozoology., 1997, Caxmbú. Mem. Inst. Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro: Fiocruz, 1997. v. 92. p. 122-122.

58.
SILVA, R. A. M. S. ; DÁVILA, A. M. R. ; Ramirez,L. ; Pellegrin, A. O. . Abortionns caused by Tryoanosoma vivax bovines from the Pantanal of Poconé, MT, Brazil.. In: XIII Meeting of the Brazilian Society of Protozoology., 1997, Caxambú. Mem. Inst. Osswaldo Cruz. Rio de Janeiro: Fiocruz, 1997. v. 92. p. 123-123.

59.
SILVA, R. A. M. S. ; DÁVILA, A. M. R. ; Pereira, M. E. B. ; Ramirez,L. ; Sanches, W. ; Gutiérrez, J. L. . Bovine Trypanosomiasis due to Trypanosoma vivax in the German Bush Province, Bolivia.. In: XIII Meeting of the Brazilian Society of Protozoology., 1997, Rio de Janeiro. Mem. Inst. Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro: Fiocruz, 1997. v. 92. p. 113-113.

60.
SILVA, R. A. M. S. ; Ramirez,L. ; DÁVILA, A. M. R. ; Ferreira, M. J. da S. ; SAHIB, C. A. . Outbreaks of bovine Trypanosomiasis by trypanosoma vivax in the Mato Grosso do Sul State, Brazil.. In: XIII Meeting of the Brazilian Society of Protozoology., 1997, caxambú. Mem. Inst. Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro: Fiocruz, 1997. v. 92. p. 124-124.

61.
Ramirez,L. ; Souza, S. S. ; Brandão, M. C. ; SILVA, R. A. M. S. ; DÁVILA, A. M. R. . Occurrence of canine Trypanossomiasis due to Trypanosoma evans. In: XIII Meeting of the Brazilian Society of Protozoology., 1997, Caxambú. Mem. Inst. oswaldo Cruz. Rio de janeiro: Fiocruz, 1997. v. 92. p. 125-125.

62.
SILVA, R. A. M. S. ; Jansen, A. M. ; Trajano, V. ; DÁVILA, A. M. R. . Coati (Nasua nasua) as wild reservoir of trypanosoma evansi during the low season of vectores in the Pantanal, Brazil.. In: XII Annual Meeting of Protozoology., 1996, Caxambú - MG. Mem. Inst. Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro: Fiocruz, 1996. v. 91. p. 105-105.

63.
SILVA, R. A. M. S. ; Ramirez,L. ; DÁVILA, A. M. R. ; Victório, A.M. ; Pereira, M. E. B. . An investigation of in vitro phagocytosis of Trypanosoma evansi By rat peritoneal macrophages: increase mediated by parasite-specific antibodies.. In: XII Annual Meeting of Protozoology., 1996, Caxambú - MG. Mem. Inst. Oswaldo Cruz. Caxambú - MG: XII Annual Meeting of Protozoology., 1996. v. 91. p. 105-105.

64.
SILVA, R. A. M. S. ; Ramirez,L. ; DÁVILA, A. M. R. ; Victório, A.M. ; Pereira, M. E. B. . The mediation of adoptive transference for protection against Trypanosoma evansi by macrophages and spleen cells.. In: XII Annual Meeting of Protozoology., 1996, Caxambú - MG. Mem. Inst. Oswaldo Cruz. rio de janeiro: Fiocruz, 1996. v. 91. p. 106-106.

65.
Ramirez,L. ; DÁVILA, A. M. R. ; Victório, A.M. ; SILVA, R. A. M. S. ; TRAJANO, V. ; Jansen, A. M. ; Leon, L. . Biometrical and morphological diferences in Trypanosoma evansi: primary isolates from wild and domestic animals of the Pantanal.. In: XII Annual Meeting of Protozoology., 1996, Caxambú - MG. Mem. Inst. Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro: Fiocruz, 1996. v. 91. p. 106-106.

66.
DÁVILA, A. M. R.; Ramirez,L. ; SILVA, R. A. M. S. . Variations in biometrical data of a Trypanosoma evansi iisolate in laboratory rodents.. In: XII Annual Meeting of Protozoology., 1996, caxambú - MG. Mem. Inst. Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro: Fiocruz, 1996. v. 91. p. 107-107.

67.
Leon, L. L. ; Canto-Cavalheiro, M. M. ; Trajano-Menezes, V. ; SILVA, R. A. M. S. ; DÁVILA, A. M. R. ; Echevarria, A. ; Santos, L. H. S. ; Gomes- Cardoso, L. ; Jansen, A. M. . Synthetic amidines: a possible new therapeutic choice for the treatment of "Mal de Cadeiras".. In: XII Annual Meeting of Protozoology., 1996, Caxambú - MG. Mem. Inst. Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro: Fiocruz, 1996. v. 91. p. 107-107.

68.
SILVA, R. A. M. S. ; DÁVILA, A. M. R. ; Arosemena, N. A. E. . Outbreak of equine trypanosomosis due to Trypanosoma evansi in the Pantanal, Brazil.. In: XI Annual Meeting of the Brazilian Society of Protozoology., 1995, Caxambú - MG. Mem. Inst. Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro: Fiocruz, 1995. v. 90. p. 297-297.

69.
SILVA, R. A. M. S. ; Ramirez,L. ; DÁVILA, A. M. R. ; Pereira, M. E. B. ; HERRERA, H. M. . Infection in wistar rats after oral inoculation of Trypanosoma evansi.. In: XI Annual Meeting of the Brazilian Society of Protozoology., 1995, Caxambú - MG. Mem. Inst. Oswaldo Cruz. Rio de janeiro: Fiocruz, 1995. v. 90. p. 298-298.

70.
SILVA, R. A. M. S. ; Ramirez,L. ; DÁVILA, A. M. R. ; Pereira, M. E. B. ; HERRERA, H. M. . Infection in wistar rats after oral inoculation of Trypanosoma evansi.. In: XI Annual Meeting of the Brazilian Society of Protozoology., 1995, Caxambú - MG. Mem. Inst. Oswaldo Cruz. Rio de janeiro: Fiocruz, 1995. v. 90. p. 298-298.

71.
DÁVILA, A. M. R.; SILVA, R. A. M. S. . Evidence of diferences in the virulence of two Trypanosoma evansi stocks isolated of sick equines from the Pantanal - Brazil.. In: XI Annual Meeting of the Brazilian Society of Protozoology., 1995, Caxambú - MG. Mem. Inst. Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro: Fiocruz, 1995. v. 90. p. 298-298.

72.
SILVA, R. A. M. S. ; HERRERA, H. M. ; DÁVILA, A. M. R. ; Ramirez,L. ; Pereira, M. E. B. . Pathogenesis of Trypanosoma evansi infestion in dogs and horses: light microscopic studies on erythrocyte pathologic changes.. In: XI Annual Meeting of the Brazilian Society of Protozoology., 1995, Caxambú - MG. Mem. Inst. Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro: Fiocruz, 1995. v. 90. p. 299-299.

Apresentações de Trabalho
1.
DÁVILA, A. M. R.. Introdução à anotação genômica. 2007. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

2.
DÁVILA, A. M. R.. Computação e biologia molecular - Bioinformática. 2007. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

3.
DÁVILA, A. M. R.. Introdução à genômica comparativa. 2007. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

4.
DÁVILA, A. M. R.. In silico identification and characterization of mobile genetic elements in trypanosomatids. 2007. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

5.
DÁVILA, A. M. R.. The BiowebDB Consortium: A Bridge for Bioinformatics Development. 2006. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

6.
DÁVILA, A. M. R.. Anotación genómica e introducción a la genómica comparativa. 2005. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

7.
DÁVILA, A. M. R.; STEINDEL, Mário ; GRISARD, E. C. . Tropical Diseases and Biodiversity in developing countries: The Develoment of Genomics and Bioinformatics Approaches.. 2003. (Apresentação de Trabalho/Comunicação).

8.
DÁVILA, A. M. R.. Virus, Bacteria and Protozoa.. 2003. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

9.
DÁVILA, A. M. R.; Guerreiro, L.T.A. ; Souza, S. S. ; Hall, N. . Exploring the genome of Trypanosoma Vivax: towards a comparative genomics approach.. 2003. (Apresentação de Trabalho/Comunicação).

10.
Beltrame-Botelho I. T. ; Gaspar-Silva D. ; Steindel M. ; DÁVILA, A. M. R. ; Grisard E. C. . Trypanosoma Rangeli strains revealed limited sequence variability in both internal transcribed spacers (ITS) flanking the 5.8S RRNA gene.. 2003. (Apresentação de Trabalho/Comunicação).

11.
Souza, S. S. ; Njiru, Z.K. ; TRAUB-CSEKO, Y. M. ; DÁVILA, A. M. R. . Molecular differential diagnosis based on ITS1 RDNA: optimization ofthe PCR assay for field studies.. 2003. (Apresentação de Trabalho/Comunicação).

12.
Guerreiro, L.T.A. ; Souza, S. S. ; TRAUB-CSEKO, Y. M. ; DÁVILA, A. M. R. . The identification of minicircles in Trypanosoma Vivax. 2003. (Apresentação de Trabalho/Comunicação).

13.
DÁVILA, A. M. R.. Encuentro Científico Internacional - ECI 2002. 2002. (Apresentação de Trabalho/Comunicação).

14.
DÁVILA, A. M. R.. Diagnóstico Molecular Diferencial de Trypanossomatídeos a partir do ITS2 do rDNA.. 2001. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

15.
Schlebinger, T ; SILVA, R. A. M. S. ; DESQUESNES, M. ; CSEKO, Y. M. T. ; DÁVILA, A. M. R. . rDNA ITS2: towards the development of a single - tube PCR diferencial diagnosis of Trypanosomatids.. 2001. (Apresentação de Trabalho/Comunicação).

16.
DÁVILA, A. M. R.; TYLER, K. M. . Trypanosome.org: a centralized resource for Trypanosomatid diseases.. 2001. (Apresentação de Trabalho/Comunicação).

17.
DÁVILA, A. M. R.; Schlebinger, T ; SILVA, R. A. M. S. ; DESQUESNES, M. ; TRAUB-CSEKO, Y. M. . Using the rDNA ITS to explore intra -specific relationships in Trypanosoma vivax.. 2001. (Apresentação de Trabalho/Comunicação).

18.
DÁVILA, A. M. R.; NOREK, A. ; DESQUESNES, M. ; TRAUB-CSEKO, Y. M. . Its as tool for cattle Trypanosome diagnosis.. 2000. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

19.
HERRERA, H. M. ; DÁVILA, A. M. R. ; D'andrea O. S. ; Jansen, A. M. . Ecology of T evansi in the Pantanal. 2000. (Apresentação de Trabalho/Comunicação).

20.
DÁVILA, A. M. R.. Diagnóstico e tripagem molecular de Trypanossoma vivax. 2000. (Apresentação de Trabalho/Outra).

21.
DÁVILA, A. M. R.. Caracterização molecular de isolados de Trypanosoma Vivax.. 1999. (Apresentação de Trabalho/Outra).

22.
DÁVILA, A. M. R.. Mal de Caderas no Pantanal: alguns tipos de proteção observada na infecção experimental com Trypanosoma evansi.. 1995. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

23.
DÁVILA, A. M. R.; SILVA, R. A. M. S. ; RAMIREZ, L. . Protection from Lethal Infection By Prior Immunization Wth an Homologous Trypanosoma Evansi Strain.. 1995. (Apresentação de Trabalho/Outra).

24.
Suarez, Y. R. ; DÁVILA, A. M. R. ; Souza, R. ; Balestieri, J. B. P. . Levantamento preliminar da ictiofauna de um trecho de um riacho da fazenda São João, município de Corumbá - MS.. 1994. (Apresentação de Trabalho/Comunicação).

25.
SILVA, R. A. M. S. ; HERRERA, H. M. ; DOMINGOS, L. B. S. ; XIMENES, F. A. ; DÁVILA, A. M. R. . Hematologia do Quati Nasua nasua, Pantanal.. 1994. (Apresentação de Trabalho/Outra).

26.
DÁVILA, A. M. R.; SILVA, R. A. M. S. ; HERRERA, H. M. ; DOMINGOS, L. B. S. ; Ramirez,L. . Patogênese da infecção pelo Trypanosoma evansi em ratos albinos. Alterações hematológicas.. 1994. (Apresentação de Trabalho/Comunicação).

27.
Suarez, Y. R. ; Souza, R. ; DÁVILA, A. M. R. ; Balestieri, J. B. P. . Dados preliminares sobre a ictiofauna da Bacia Hidrográfica da lagoa Negra - Corumbá - MS. 1994. (Apresentação de Trabalho/Comunicação).

Outras produções bibliográficas
1.
SILVA, R. A. M. S. ; DÁVILA, A. M. R. . Carrapato, tristeza parasitária e tripanossomose dos bovinos.. Campo Grande: EMBRAPA/CNPGC, 1997 (Livro).

2.
SILVA, R. A. M. S. ; SILVA, J. A. ; FREITAS, J. ; MORALES, G. ; EULERT, E. ; YBAÑEZ, R. ; MONTENEGRO, A. ; DÁVILA, A. M. R. ; RAMIREZ, L. . Tripanossomose bovina por Trypanosoma vivax no Brasil e na Bolívia: sintomas clínicos, diagnósticos e dados epizootiológicos. Corumbá: EMBRAPA- CPAP, 1997 (Boletim de Pesquisa).

3.
SILVA, R. A. M. S. ; Barros, A. T. M. ; DÁVILA, A. M. R. ; Ramirez,L. ; SAHIB, C. A. ; FERREIRA, M. J. ; HERRERA, H. M. . Tripanosomose por Tripanosoma evansi ("Mal de Cadeiras"): uma avaliação sobre fatores de risco no Pantanal.. Corumbá - MS: EMBRAPA - CPAP, 1996 (Boletim de Pesquisa).


Produção técnica
Assessoria e consultoria
1.
DAVILA, A. M.R.. Formação de uma agenda estratégica para a e-Ciência no projeto CLARA (Cooperación Latinoamericana de Redes Avanzadas). 2008.

2.
DÁVILA, A. M. R.. Estimated cost of a Trypanosoma vivax outbreak on brood cattle in the Pantanal (Brazil).. 1998.

Programas de computador sem registro
1.
DÁVILA, A. M. R.. ProtozoaDB: dynamic visualization and exploration of protozoan genomes. 2007.

2.
DÁVILA, A. M. R.; LORENZINI, D. M. ; MENDES, Pablo Nascimento ; SATAKE, T. S. ; CAMPOS, Linair M. ; MAZZONI, C.J. ; WAGNER, Glauber ; PIRES, Paulo F. ; GRISARD, E. C. ; CAVALCANTI, Maria Claudia Reis . GARSA: Genomics Analyses Resources for Sequence Annotation. 2005.

Trabalhos técnicos
1.
DAVILA, A. M.R.. Brazilian Symposium on Bioinformatics - BSB2008. 2008.

2.
DAVILA, A. M.R.. Brazilian Symposium on Bioinformatics - BSB2007. 2007.


Demais tipos de produção técnica
1.
DAVILA, A. M.R.. Formação de uma agenda estratégica para a e-Ciência no projeto CLARA (Cooperación Latinoamericana de Redes Avanzadas). 2008. (Assesoria).

2.
DAVILA, A. M.R.. Brazilian Symposium on Bioinformatics - BSB2008. 2008. (Comitê de Programa).

3.
DÁVILA, A. M. R.; OLIVEIRA, G. C. ; MORAES, M. O. ; MATTOSO, Marta L Q ; CAVALCANTI, Maria Claudia Reis ; CAMPOS, Maria Luiza Machado . EMBO World Practical Course on Comparative Genomics. 2007. (Curso de curta duração ministrado/Outra).

4.
DAVILA, A. M.R.. Brazilian Symposium on Bioinformatics - BSB2007. 2007. (Comitê de Programa).

5.
DÁVILA, A. M. R.. Kinetoplastid Biology and Disease. 2006. (Editoração/Periódico).

6.
DÁVILA, A. M. R.. I Curso de Bioinformática. 2005. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

7.
DÁVILA, A. M. R.. Kinetoplastid Biology and Disease. 2005. (Editoração/Periódico).

8.
DÁVILA, A. M. R.. Kinetoplastid Biology and Disease. 2004. (Editoração/Periódico).

9.
DÁVILA, A. M. R.. Kinetoplastid Biology and Disease. 2003. (Editoração/Periódico).

10.
DÁVILA, A. M. R.. Kinetoplastid Biology and Disease. 2002. (Editoração/Periódico).

11.
DÁVILA, A. M. R.; TYLER, K. M. . Third Internet Conference on Salivarian Tryoanosomes and Trypanosomatids. 2001. (Editoração/Anais).

12.
DÁVILA, A. M. R.; SILVA, R. A. M. S. . Second Internet Conference on Salivarian Trypanosomes.. 1999. (Editoração/Anais).

13.
DÁVILA, A. M. R.. Epizootiologia e diagnóstico de hemoparasitas de importânncia econômica no Pantanal. 1995. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).



Bancas



Participação em bancas de trabalhos de conclusão
Mestrado
1.
PEIXOTO, A. A.; DUTRA, P. M. L.; VALIN, F. G. A.; DÁVILA, A. M. R.; BRANDÃO, A.. Participação em banca de Ana Carolina Ramos Guimaães. Identificação, classificação e anotação de enzimas análogas em tripanosomatídeos. 2006. Dissertação (Mestrado em Biologia Celular e Molecular) - Fundação Oswaldo Cruz.

2.
BORBA, C. M.; GALHARDO, M. C. G.; DÁVILA, A. M. R.. Participação em banca de Regina Célia Lima de Macêdo. Isolamento e identificação de Coccidioides immitis de amostras de solo relacionadas a surto de coccidioidomicose. 2006. Dissertação (Mestrado em Biologia Celular e Molecular) - Fundação Oswaldo Cruz.

3.
CAVALCANTI, Maria Claudia Reis; DÁVILA, A. M. R.; MATTOSO, Marta L Q; BRAGANHOLO, V. P.. Participação em banca de Fabrício Nogueira da Silva. In Services: um sistema para gerenciamento de dados intermediários em workflows científicos na bioinformática. 2006. Dissertação (Mestrado em Sistemas e Computação) - Instituto Militar de Engenharia.

4.
DÁVILA, A. M. R.; CAVALCANTI, Maria Claudia Reis; BAIÃO, F.. Participação em banca de Ana Carolina de Almeida. BioANot: Um Sistema Multi-Agentes para Notificação de (re)Anotações de seqüências em Bancos de Dados Genômicos. 2006. Dissertação (Mestrado em Sistemas e Computação) - Instituto Militar de Engenharia.

5.
BRAZIL, R. P.; MELLO NETO, C. B.; LOBO-HAJDU, G.; DÁVILA, A. M. R.; SOUZA, N. A.. Participação em banca de Rachel Mazzei Moura de Andrade Lins. Isolamento e genética de populações de genes associados à resistência a inseticidas em Lutzomyia longipalpis (Lutz & Neiva, 1912) (Diptera: Psychodidae: Phlebotominae), vetor da Leishmaniose Visceral Americana. 2006. Dissertação (Mestrado em Biologia Celular e Molecular) - Fundação Oswaldo Cruz.

6.
OLIVEIRA, Ricardo Lourenço de; MONTEIRO, Fernando; RIBOLLA, Paulo Eduardo Martins; DÁVILA, A. M. R.; LIMA, José Bento Pereira. Participação em banca de Luísa Damazio Rona Pitaluga. Análise da diferenciação genética entre populações de Anopheles (Kerteszia) cruzii do sul e sudeste do Brasil e sua divergência de An. (Kerteszia) bellator utilizando o gene timeless como marcador molecular. 2005. Dissertação (Mestrado em Biologia Celular e Molecular) - Instituto Oswaldo Cruz.

7.
DÁVILA, A. M. R.. Participação em banca de Yura Carvalho Ferreira. Estratégias de paralelismo na busca por seqüências similares de DNA e proteína junto ao mpiBLAST. 2005. Dissertação (Mestrado em Engenharia de Sistemas e Computação) - Universidade Federal do Rio de Janeiro.

8.
DÁVILA, A. M. R.. Participação em banca de Juliana Silva Bernardes. Detecção de Homologias Distantes Utilizando HMMs e Informações Estruturais. 2005. Dissertação (Mestrado em Engenharia de Sistemas e Computação) - Universidade Federal do Rio de Janeiro.

9.
DÁVILA, A. M. R.. Participação em banca de Pablo Nascimento Mendes. Uma Abordagem para Construção e Uso de Ontologias no Suporte a Integração e Análise de Dados Genômicos. 2005. Dissertação (Mestrado em Informática) - Universidade Federal do Rio de Janeiro.

10.
DÁVILA, A. M. R.. Participação em banca de Renata Van Der Maas de Azevedo. Análise de genes expressos no aparelho reprodutor masculino de Lutzomyia longipalpis (Lutz & Neiva, 1912) (Diptera:Psychodidae:Phlebotominae). 2005. Dissertação (Mestrado em Biologia Celular e Molecular) - Fundação Oswaldo Cruz.

11.
DÁVILA, A. M. R.. Participação em banca de Ingrid Thais Beltrame Botelho. ESTUDO DA VARIABILIDADE INTRAESPECÍFICA DO GENE DO RNA RIBOSSOMAL (rRNA) EM CEPAS DE Trypanosoma rangeli (Tejera, 1920) ISOLADAS DE DIFERENTES REGIÕES GEOGRÁFICAS. 2003. Dissertação (Mestrado em Biotecnologia) - Universidade Federal de Santa Catarina.

12.
DÁVILA, A. M. R.; PINTO, C. J. C.; BRANDÃO, A.. Participação em banca de Marcelle Bottechia. Anáise do polimorfismo molecular da região IVS6 do gene cacophony em Lutzomyia longipalpis (Lutz & Neiva, 1912). 2003. Dissertação (Mestrado em Biologia Celular e Molecular) - Fundação Oswaldo Cruz.

13.
DÁVILA, A. M. R.. Participação em banca de Renata Melon Barroso. Isolamento de microssatélites em Pirapitinga do Sul (Brycon opalinus, cuvier, 1819) e sua aplicação no estudo populacional da espécie na Bacia do Paraíba do Sul.. 2003. Dissertação (Mestrado em Biologia Celular e Molecular) - Fundação Oswaldo Cruz.

Teses de doutorado
1.
GOLDENBERG, S.; DEGRAVE, W. M.; DAVILA, A. M.R.. Participação em banca de André Nóbrega Pitaluga. Aspectos moleculares da imunidade de Lutzomyia longipalpis. 2007. Tese (Doutorado em Biologia Celular e Molecular) - Fundação Oswaldo Cruz.

2.
CUPOLILLO, E.; BRAZIL, R. P.; SOLE-CAVA, A. M.; DÁVILA, A. M. R.; SOUZA, N. A.. Participação em banca de Camila Junqueira Mazzoni. Evolução molecular e genética de populações do gene period e análise multilocus da introgressão em flebotomíneos neotropicais (Diptera: Psychodidae: Phlebotominae). 2006. Tese (Doutorado em Biologia Celular e Molecular) - Fundação Oswaldo Cruz.

3.
DÁVILA, A. M. R.; MELO NETO, O. P.; BALBINO, V. Q.; AYRES, C. F. J.; FERRAZ JUNIOR, J. C. S.. Participação em banca de Eduardo Henrique Gomes Rodrigues. Análise de seqüências de minicírculos do kDNA obtidos de amostras clínicas (lesões ativas e cicatrizadas) de pacientes com leishmaniose tegumentar americana em Pernambuco, Brasil. 2006. Tese (Doutorado em Biologia Celular e Molecular) - Fundação Oswaldo Cruz.

4.
DÁVILA, A. M. R.; ZINGALI, R.. Participação em banca de Daniela Anhel de Paula Cidade. Estudo da expressão e diversidade gênica nas glândulas de veneno de Bothrops jararaca através de análises de ESTs. 2006. Tese (Doutorado em Pos gRaduacao em Biociencias Nucleares) - Universidade do Estado do Rio de Janeiro.

5.
DÁVILA, A. M. R.; FERNANDES, O.; CSEKO, Y. M. T.; ACOSTA, H. M.. Participação em banca de Fábio Aguiar Alves. Caracterização de marcadores moleculares em Leishmania úteis para estudos taxonômicos, filogenéticos e epidemiológicos. 2003. Tese (Doutorado em Biologia Celular e Molecular) - Fundação Oswaldo Cruz.

6.
DÁVILA, A. M. R.; PEIXOTO, A. A.. Participação em banca de Alena Mayo Iñiguez. Diagnóstico molcular de Enterobius vermicularis (Linnaeus, 1758) em populações do gene ribosomal 5S RNA e do gene SL1 RNA. 2002. Tese (Doutorado em Biologia Parasitária) - Fundação Oswaldo Cruz.

Qualificações de Doutorado
1.
DUTRA, I. C.; BHAYA, A.; COSTA, V.; DÁVILA, A. M. R.. Participação em banca de Adriano de Oliveira Caminha. Análise de organização genômica, rearranjos, breakpoints escondidos e mutações em cianobacterias termofílicas. 2006. Exame de qualificação (Doutorando em Engenharia de Sistemas e Computação) - Universidade Federal do Rio de Janeiro.

Trabalhos de conclusão de curso de graduação
1.
CAMPOS, Maria Luiza Machado; DÁVILA, A. M. R.; CAVALCANTI, Maria Claudia Reis. Participação em banca de Thiago Cunha Nascimento.Estudo sobre Esquemas de Bancos de Dados Genômicos. 2004 - Universidade Federal do Rio de Janeiro.

2.
DÁVILA, A. M. R.. Participação em banca de Luanda Marcelino do Nascimento.Caracterização inicial de uma ATPse AAA de Leishmania pifanoi. 2002 - Universidade Federal do Rio de Janeiro.



Participação em bancas de comissões julgadoras
Concurso público
1.
Zaha, A.; GRISARD, Edmundo C; DÁVILA, A. M. R.. Concurso Público da Fundação Oswaldo Cruz (vaga para assistente de pesquisa no IBMP). 2006. Instituto de Biologia Molecular do Paraná.

Avaliação de cursos
1.
DÁVILA, A. M. R.. Revendo os Cursos de Graduação e de Formação de Professores (PROLICEN).. 1994. Universidade Federal de Mato Grosso do Sul.

Outras participações
1.
DÁVILA, A. M. R.. VII Jornada Científica de Pós-Graduação. 2001. Fundação Oswaldo Cruz.



Eventos



Participação em eventos, congressos, exposições e feiras
1.
Advanced Course on Bioinformatic and Comparative Genome Analysis.Stingray-ProtozoaDB. 2008. (Outra).

2.
Brazilian Symposium on Bioinformatics 2007.In silico identification and characterization of mobile genetic elements in trypanosomatids. 2007. (Simpósio).

3.
EMBO World Practical Course on Comparative Genomics.Genomics Analyses Resources for Sequence Annotation [GARSA]. 2007. (Outra).

4.
7th Biennial Conference of The Society for Tropical Veterinary Medicine.. 7th Biennial Conference of The Society for Tropical Veterinary Medicine Impact of Ecological Changes on Tropical Animal Health and Disease Control.. 2003. (Congresso).

5.
XXX Annual Meeting on Basic Research in Chagas Disease - XIX Meeting of the Brazilian Society of Protozoology. XXX Annual Meeting on Basic Research in Chagas Disease - XIX Meeting of the Brazilian Society of Protozoology. 2003. (Congresso).

6.
Encuentro Científico Internacional.Encuentro Científico Internacional - ECI 2002. 2002. (Encontro).

7.
Curso de Sensibilização e Informação em Biossegurança..Curso de Sensibilização e Informação em Biossegurança.. 2001. (Outra).

8.
III Seminário de Iniciação Científica do Curso de Biologia..III Seminário de Iniciação Científica do Curso de Biologia.. 2001. (Seminário).

9.
XXVIII Annual Meeting on Basic Research in Disease and XVII Annual Meeting of the Brazilian Society of Protozoology.. XXVIII Annual Meeting on Basic Research in Disease and XVII Annual Meeting of the Brazilian Society of Protozoology.. 2001. (Congresso).

10.
XXVII Annual Meeting on Basic Research in Chagas Disease and XVI Meeting of the Brazilian Society of Protozoology.. XXVII Annual Meeting on Basic Research in Chagas Disease and XVI Meeting of the Brazilian Society of Protozoology.. 2000. (Congresso).

11.
Segundo Simpósio sobre Trypanosomas del Nuevo Mundo y otros hemoparásitos.. Segundo Simpósio sobre Trypanosomas del Nuevo Mundo y otros hemoparásitos.. 1999. (Congresso).

12.
XXVI Annnual Meeting on Basic Research in Chagas Disease. Xv Meeting of the Brazilian Society of Protozoology.. XXVI Annnual Meeting on Basic Research in Chagas Disease. XV Meeting of the Brazilian Society of Protozoology.. 1999. (Congresso).

13.
Curso de treinamento "Molecular Systematics and Evolution of Microorganisms"..Curso de treinamento "Molecular Systematics and Evolution of Microorganisms".. 1998. (Outra).

14.
XI Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Protozoologia.XI Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Protozoologia.. 1995. (Encontro).

15.
XIV Congresso da Sociedade Brasileira de Parasitologia.. XIV Congresso da Sociedade Brasileira de Parasitologia.. 1995. (Congresso).

16.
40º Congresso Nacional de Genética. 40º Congresso Nacional de Genética. 1994. (Congresso).

17.
40º Congresso Nacional de Genética. 40º Congresso Nacional de Genética. Curso: Técnicas clássicas e moleculares em genética de microrganismos.. 1994. (Congresso).

18.
IX Seminário de Ensino, Pesquisa e Extensão - SEPE e III Encontro de Iniciação Científica - EIC..Minicurso Mecanismos imunológicos das doenças parasitárias.. 1994. (Encontro).


Organização de eventos, congressos, exposições e feiras
1.
Davila, A. M. R.; STRUCHINER, C. J. . International Systems Biology Course. 2009. (Outro).

2.
DAVILA, A. M.R.; GRISARD, Edmundo C ; NAYA, H. ; TEKAIA, F. . Advanced Course on Bioinformatic and Comparative Genome Analysis. 2008. (Outro).

3.
PUERTA, C. ; DAVILA, A. M.R. . Curso Teorico Practico: Introducción al Manejo de las Bases de Datos GARSA y ProtozoaDB. 2008. (Outro).

4.
DÁVILA, A. M. R.; CAMPOS, Maria Luiza Machado ; MATTOSO, M. ; CAVALCANTI, Maria Claudia Reis ; OLIVEIRA, G. C. . EMBO World Practical Course on Comparative Genomics. 2007. (Outro).

5.
DÁVILA, A. M. R.; MATTOSO, M. ; CAMPOS, Maria Luiza Machado ; CAVALCANTI, Maria Claudia Reis ; OLIVEIRA, G. C. ; MORAES, M. O. . International Workshop on Genomic Databases '05. 2005. (Congresso).

6.
DÁVILA, A. M. R.; TYLER, K. M. . Third Internet Conference on Salivarian Trypanosomes and other Trypanosomatids. 2000. (Congresso).

7.
TAMASAUKAS, R. ; DÁVILA, A. M. R. . Second Symposium on New World Trypanosomes and other Hemoparasites. 1999. (Congresso).

8.
DÁVILA, A. M. R.; SILVA, R. A. M. S. . Second Internet Conference on Salivarian Trypanosomes. 1998. (Congresso).

9.
DÁVILA, A. M. R.; SILVA, R. A. M. S. . First Internet Conference on Salivarian Trypanosomes. 1996. (Congresso).

10.
DÁVILA, A. M. R.. I Semana de Ciências Biológicas. 1995. (Outro).



Orientações



Orientações e supervisões em andamento
Tese de doutorado
1.
Darueck Acácio Campos. Inferência e análise de homólogos distantes em Protozoa por meio da comparação pHMM-pHMM visando a identificação de superfamílias. Início: 2013. Tese (Doutorado em Biologia Computacional e Sistemas) - Fundação Oswaldo Cruz. (Orientador).

2.
Marcelo Lucas da Silva. Bancos de dados de anotações genômica com aplicação de técnicas de web semantica. Início: 2012. Tese (Doutorado em Biologia Computacional e Sistemas) - Fundação Oswaldo Cruz. (Orientador).


Orientações e supervisões concluídas
Dissertação de mestrado
1.
Priscila Moura. Avaliação de poluição biológica no Complexo de Manguinhos usando marcadores moleculares e filogenia molecular. 2015. Dissertação (Mestrado em Biologia Computacional e Sistemas) - Fundação Oswaldo Cruz, IOC/FIOCRUZ. Orientador: Alberto Martín Rivera Dávila.

2.
Elisa Cavalcante Pereira. Desenvolvimento e padronização de um PCR multiplex para a genotipagem de protozoários patogênicos. 2015. Dissertação (Mestrado em Biologia Computacional e Sistemas) - Fundação Oswaldo Cruz, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Alberto Martín Rivera Dávila.

3.
Joana Afonso Lima de Oliveira. Filogenômica do Metabolismo de Carboidratos em Protozoa. 2013. Dissertação (Mestrado em Biologia Computacional e Sistemas) - Fundação Oswaldo Cruz, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Alberto Martín Rivera Dávila.

4.
Antonio Cláudio Bello Ribeiro. PIPELINE PARA MONTAGEM DE GENOMAS A PARTIR DE DADOS DE SEQUENCIAMENTO NGS (NEXT- GENERATION SEQUENCING). 2010. Dissertação (Mestrado em Biologia Computacional e Sistemas) - Fundação Oswaldo Cruz, . Coorientador: Alberto Martín Rivera Dávila.

5.
Rafael Ricardo de Castro Cuadrat. Exploração da diversidade de PKSs (polyketides synthases) em bibliotecas metagenômicas. 2008. Dissertação (Mestrado em Biologia Celular e Molecular) - Fundação Oswaldo Cruz, IOC/FIOCRUZ. Orientador: Alberto Martín Rivera Dávila.

6.
Diogo Antonio Tschoeke. Genotipagem de protozoários usando genes ortólogos. 2008. Dissertação (Mestrado em Biologia Computacional e Sistemas) - Fundação Oswaldo Cruz, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Alberto Martín Rivera Dávila.

7.
Fábio Bernardo da Silva. Desenvolvimento de um Workflow para reconstrução filogenética usando um Sistema de Gerenciamento de Workflow Científico. 2008. Dissertação (Mestrado em Biologia Computacional e Sistemas) - Fundação Oswaldo Cruz, . Coorientador: Alberto Martín Rivera Dávila.

8.
Silvana Sant'Ana de Souza. Sequenciamento, anotação funcional e análise comparativa de ESTs de Trypanosoma vivax. 2007. Dissertação (Mestrado em Biologia Celular e Molecular) - Fundação Oswaldo Cruz, Fundação Carlos Chagas Filho de Amparo à Pesquisa do Estado do RJ. Orientador: Alberto Martín Rivera Dávila.

9.
Davi Coe Torres. Avaliação da associação da resistência de cepas de Leishmania ao antimonial pentavalente com a sub-família de proteínas MDR. 2007. Dissertação (Mestrado em Biologia Celular e Molecular) - Fundação Oswaldo Cruz, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Alberto Martín Rivera Dávila.

10.
Glauber Wagner. Geração e análise comparativa de seqüências genômicas de Trypanosoma rangeli. 2006. Dissertação (Mestrado em Biologia Celular e Molecular) - Fundação Oswaldo Cruz, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Alberto Martín Rivera Dávila.

11.
Kary Ann del Carmen Soriano Ocaña. Detecção e caracterização de Elementos Móveis Genéticos usando HMMs (Hidden Markov Models). 2006. Dissertação (Mestrado em Biologia Celular e Molecular) - Fundação Oswaldo Cruz, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Alberto Martín Rivera Dávila.

12.
Priscila Monnerat de Oliveira Costa. Exploração do genoma de Phytomonas serpens (Gibbs, 1957; Jankevicius et al., 1989). 2006. Dissertação (Mestrado em Biologia Parasitária) - Fundação Oswaldo Cruz, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Alberto Martín Rivera Dávila.

13.
Edson A de Souza. Geração e análise de GSS (Genome Survey Sequences) de Trypanosoma vivax. 2005. 60 f. Dissertação (Mestrado em Biotecnologia) - Universidade Federal de Santa Catarina, . Coorientador: Alberto Martín Rivera Dávila.

14.
Luana Tatiana Albuquerque Guerreiro. Identificação e caracterização de minicírculos de Trypanosoma vivax (Zieman, 1905) através de geração e análise de GSS (Genome Sequence Survey). 2005. Dissertação (Mestrado em Biologia Celular e Molecular) - Fundação Oswaldo Cruz, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Alberto Martín Rivera Dávila.

Tese de doutorado
1.
Nelson Peixoto Kotowski Filho. Genômica comparativa em ambiente computacional distribuído: aplicabilidade e potencial no estudo de homologia entre protozoários. 2015. Tese (Doutorado em Biologia Computacional e Sistemas) - IOC/FIOCRUZ, . Orientador: Alberto Martín Rivera Dávila.

2.
Rafael Ricardo de Castro Cuadrat. Caracterização da diversidade mibrobiana da Praia dos Anjos ? Arraial do Cabo ? RJ através de metagenômica. 2014. Tese (Doutorado em Biologia Computacional e Sistemas) - Fundação Oswaldo Cruz, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Alberto Martín Rivera Dávila.

3.
Rodrigo Jardim Monteiro da Fonseca. Estudo de reposicionamento de fármacos para doenças negligenciadas causadas por protozoários através da integração de bases de dados biológicas usando Web Semântica. 2013. Tese (Doutorado em Biologia Computacional e Sistemas) - IOC/FIOCRUZ, . Coorientador: Alberto Martín Rivera Dávila.

4.
Diogo Antonio Tschoeke. Genômica comparativa de protozoários. 2013. Tese (Doutorado em Biologia Computacional e Sistemas) - Fundação Oswaldo Cruz, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Alberto Martín Rivera Dávila.

5.
Adriana Machado Fróes. Mineração de Dados Metagenômicos Visando a Análise da Diversidade de Serina β-Lactamases em Diferentes Ambientes. 2013. Tese (Doutorado em Biologia Computacional e Sistemas) - Fundação Oswaldo Cruz, IOC/FIOCRUZ. Orientador: Alberto Martín Rivera Dávila.

6.
Kary Ann del Carmen Soriano Ocaña. Genômica comparativa e evolutiva de elementos genéticos moveis em tripanosomatídeos. 2006. 0 f. Tese (Doutorado em Biologia Celular e Molecular) - Fundação Oswaldo Cruz, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Alberto Martín Rivera Dávila.

Supervisão de pós-doutorado
1.
Rachel Lins. 2012. Fundação Oswaldo Cruz, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Alberto Martín Rivera Dávila.

2.
Aline Silva Romão Dumaresq. Desenvolvimento de ensaios em alta vazão com aplicação em metagenômica funcional, quimiogenômica e de descoberta de novos fármacos. 2011. Fundação Oswaldo Cruz, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Alberto Martín Rivera Dávila.

3.
Gisele Lopes Nunes. CIG: Centro Interdisicplinad de Genotipagem. 2011. Fundação Oswaldo Cruz, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Alberto Martín Rivera Dávila.

4.
Luisa Damazio Rona Pitaluga. CIG: Centro Interdisciplinar de Genotipagem. 2009. Instituto Oswaldo Cruz, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Alberto Martín Rivera Dávila.

5.
Maria Claudia Reis Cavalcanti. 2009. Instituto Oswaldo Cruz, . Alberto Martín Rivera Dávila.

6.
Omar Triana-Chavez. 2008. Fundação Oswaldo Cruz, CNPq/TWAS. Alberto Martín Rivera Dávila.

7.
Maria Luiza de Almeida Campos. 2007. Fundação Oswaldo Cruz, . Alberto Martín Rivera Dávila.

8.
Alberto Edwin Ildefonso. Anotação genômica usando aprendizado de máquina e ontologias. 2005. Fundação Oswaldo Cruz, Fogarty. Alberto Martín Rivera Dávila.

Trabalho de conclusão de curso de graduação
1.
Rafael Ricardo de Castro Cuadrat. Análise comparativa dos genes de metabolismo em protozoários. 2007. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Biomedicina) - Universidade Federal do Estado do Rio de Janeiro. Orientador: Alberto Martín Rivera Dávila.

Iniciação científica
1.
Daniel Rodrigues Loureiro. Desenvolvimento e validação de um "pipeline" metagenômico para avaliação de biodiversidade microbiana utilizando o rDNA 16S e o rDNA 18S. 2008. Iniciação Científica - IOC/FIOCRUZ, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Alberto Martín Rivera Dávila.

2.
Raquel Soares Casaes. Isolamento, Taxonomia e Sequenciamento do rDNA 18S de Protozoários ambientais (ênfase em Bodonidae). 2008. Iniciação Científica - Fundação Oswaldo Cruz, Fundação Carlos Chagas Filho de Amparo à Pesquisa do Estado do RJ. Orientador: Alberto Martín Rivera Dávila.

3.
Rafael Ricardo de Castro Cuadrat. Análise comparativa e evolutiva de genes do metabolismo em tripanosomatídeos. 2007. Iniciação Científica - Fundação Oswaldo Cruz, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Alberto Martín Rivera Dávila.

Orientações de outra natureza
1.
Adriana Machado Fróes. Análise comparativa e prospecção de sequências de genes e proteinas. 2008. Orientação de outra natureza - Fundação de Assistência ao Trabalhador da Fiocruz. Orientador: Alberto Martín Rivera Dávila.

2.
Joana Afonso Lima de Oliveira. Implementação e Administração da revista. 2007. Orientação de outra natureza - Fundação Oswaldo Cruz, Fundação Carlos Chagas Filho de Amparo à Pesquisa do Estado do RJ. Orientador: Alberto Martín Rivera Dávila.

3.
Diogo Antonio Tschoeke. Ortho-HMM: Desenvolvimento de um novo sistema de detecção de ortólogos para anotação funcional. 2007. Orientação de outra natureza - Fundação Oswaldo Cruz, Fundação Carlos Chagas Filho de Amparo à Pesquisa do Estado do RJ. Orientador: Alberto Martín Rivera Dávila.

4.
Henrique Cesar Lemos Jucá. Ortho-HMM: Desenvolvimento de um novo sistema de detecção de ortólogos para anotação funcional. 2006. Orientação de outra natureza - Fundação Oswaldo Cruz, Fundação Carlos Chagas Filho de Amparo à Pesquisa do Estado do RJ. Orientador: Alberto Martín Rivera Dávila.

5.
Jean Gabriel Nguema Ngomo. Manutenção e desenvolvimento do sistema GUS (Genomics Unified Schema). 2006. Orientação de outra natureza - Fundação Oswaldo Cruz, Fogarty. Orientador: Alberto Martín Rivera Dávila.

6.
Cláudia Kamel Parslow. Editoração da revista Kinetoplastid Biology and Disease. 2005. Orientação de outra natureza - Fundação Oswaldo Cruz, Fundação Carlos Chagas Filho de Amparo à Pesquisa do Estado do RJ. Orientador: Alberto Martín Rivera Dávila.

7.
Claudia Kamel Parslow. Editoração da revista Kinetoplastid Biology and Disease. 2005. Orientação de outra natureza - Fundação Oswaldo Cruz, Fundação Carlos Chagas Filho de Amparo à Pesquisa do Estado do RJ. Orientador: Alberto Martín Rivera Dávila.

8.
Silvana Sant'Ana de Souza. Caracterização molecular de Trypanosoma vivax usando ITS rDNA e ESTs. 2003. Orientação de outra natureza - Instituto Oswaldo Cruz, Fundação Carlos Chagas Filho de Amparo à Pesquisa do Estado do RJ. Orientador: Alberto Martín Rivera Dávila.

9.
Livia da Silva Moura.. Editoração do revista Kinetoplastid Biology and Disease. 2003. Orientação de outra natureza - Fundação Oswaldo Cruz, Fundação Carlos Chagas Filho de Amparo à Pesquisa do Estado do RJ. Orientador: Alberto Martín Rivera Dávila.

10.
Marli Lopes da Costa. Editoração da revista Kinetoplastid Biology and Disease. 2002. Orientação de outra natureza - Fundação Oswaldo Cruz, Fundação Carlos Chagas Filho de Amparo à Pesquisa do Estado do RJ. Orientador: Alberto Martín Rivera Dávila.



Outras informações relevantes


Coordenador da forum de discussão eletrônico "Tryplink-L"
Coordenador do projeto de pesquisa "Standardization and improvement of Trypanosoma vivax
diagnosis by PCR" financiado pela FAO/IAEA
Consultor "ad hoc" da FAO/IAEA
Membro do grupo de trabalho "Non-tsetse transmitted animal trypanosomoses" da "Office International des Epizooties" com sede em Paris, França
Editor da revista internacional indexada "Kinetoplastid Biology and Disease" (2002-2007)
Coordenador do programa stricto sensu em "Biologia Computacional e Sistemas"



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