Jorge Hernandez Fernandez

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  • Última atualização do currículo em 21/11/2018


Desenvolve atividades de pesquisa interdisciplinar visando a caracterização e aplicações de peptídeos de baixo peso molecular de venenos. Os objetivos do seu trabalho incluem a caracterização de novos compostos e o desenvolvimento de novos agentes terapêuticos, partindo da estrutura molecular e ação específica destes compostos. Estas atividades tem sido acompanhadas pela orientação (e co-orientação) de mestrandos e doutorandos, a coordenação de cursos de verão abordando Biologia Computacional, a colaboração com renomados institutos de pesquisa (Inst. Butantan e LNLS) e publicação de artigos em jornais internacionais especializados. Acreditamos que o uso de metodologias alternativas na exploração da rica biodiversidade brasileira, a caracterização de novos compostos e o desenvolvimento de novos princípios ativos são prioridades científicas e tecnológicas no Brasil do ponto de vista científico, social e econômico. (Texto informado pelo autor)


Identificação


Nome
Jorge Hernandez Fernandez
Nome em citações bibliográficas
FERNANDEZ, J. H.;Fernandez, Jorge H;FERNANDEZ, J;Fernandez, Jorge H.;Fernandez, Jorge Hernandez;FERNANDEZ, JORGE;FERNANDEZ, J.H.

Endereço


Endereço Profissional
Universidade Estadual do Norte Fluminense Darcy Ribeiro, Centro de Biociências e Biotecnologia.
Av. Alberto Lamego, 2000, LQFPP, P5 sala 230
Parque California
28013602 - Campos dos Goytacazes, RJ - Brasil
Telefone: (22) 27261462
Fax: (22) 27261520


Formação acadêmica/titulação


1997 - 2002
Doutorado em Biologia Celular e Estrutural.
Universidade Estadual de Campinas, UNICAMP, Brasil.
Título: IDENTIFICAÇÃO E CARACTERIZAÇÃO DE PROTEÍNAS E GENES EXPRESSOS DIFERENCIALMENTE DURANTE O DESENVOLVIMENTO DO EMBRIÃO ZIGÓTICO DE ARAUCARIA ANGUSTIFOLIA, Ano de obtenção: 2002.
Orientador: Laura Maria Mariscal Ottoboni.
Bolsista do(a): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo, FAPESP, Brasil.
Palavras-chave: Araucaria; RACE; coniferas; mRNA display.
Grande área: Ciências Biológicas
Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Química de Macromoléculas / Especialidade: Proteínas.
Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Genética Vegetal.
1992 - 1993
Mestrado em Biologia Molecular.
Moscou University Lomonosov, MGU, Rússia.
Título: THE PECULIARITIES OF PRIMARY STRUCTURE OF HAMSTER SINAPTONEMAL COMPLEX DNA,Ano de Obtenção: 1993.
Orientador: Olga Igorevna Karpova.
1988 - 1992
Graduação em Biologia Molecular.
Moscou University Lomonosov, MGU, Rússia.


Pós-doutorado


2006 - 2007
Pós-Doutorado.
Laboratório Nacional de Computação Científica, LNCC, Brasil.
Bolsista do(a): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, CNPq, Brasil.
2003 - 2006
Pós-Doutorado.
Instituto Butantan, IBU, Brasil.
Bolsista do(a): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo, FAPESP, Brasil.
Grande área: Ciências Biológicas
Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Fisiologia.
Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica.
2002 - 2003
Pós-Doutorado.
Structural Bioinformatic Lab, SBI, Brasil.
Grande área: Ciências Biológicas
Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica.


Atuação Profissional



Universidade Estadual do Norte Fluminense Darcy Ribeiro, UENF, Brasil.
Vínculo institucional

2008 - Atual
Vínculo: Servidor Público, Enquadramento Funcional: Professor associado, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

Atividades

02/2008 - Atual
Pesquisa e desenvolvimento , Centro de Biociências e Biotecnologia, .


Laboratório Nacional de Computação Científica, LNCC, Brasil.
Vínculo institucional

2006 - 2008
Vínculo: Professor Visitante, Enquadramento Funcional: Professor Visitante, Carga horária: 40

Atividades

01/2006 - 12/2007
Pesquisa e desenvolvimento , LabInfo, .


Centro de Toxinologia Aplicada, CAT, Brasil.
Vínculo institucional

2006 - Atual
Vínculo: Colaborador, Enquadramento Funcional: Colaborador Científico, Carga horária: 10

Vínculo institucional

2003 - 2005
Vínculo: Bolsista recém-doutor, Enquadramento Funcional: Bolsista Pos-Doc., Carga horária: 40

Atividades

2/2003 - Atual
Pesquisa e desenvolvimento , Butantan, Lab de Toxinas.


Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária, EMBRAPA, Brasil.
Vínculo institucional

2002 - Atual
Vínculo: Colaborador, Enquadramento Funcional: Colaborador, Carga horária: 10

Vínculo institucional

2003 - 2003
Vínculo: Colaborador, Enquadramento Funcional: Bolsista DTI, Carga horária: 40

Atividades

02/2002 - Atual
Pesquisa e desenvolvimento , Centro Nacional de Pesquisa Tecnológica em Informática para a Agricultura, Centro de Bioinformática Estrutural.


Centro Nacional de Pesquisa em Energia e Materiais, CNPEM, Brasil.
Vínculo institucional

2003 - Atual
Vínculo: Colaborador, Enquadramento Funcional: Colaborador, Carga horária: 0

Atividades

02/2007 - Atual
Pesquisa e desenvolvimento , Laboratorio de NMR, .

04/2003 - 8/2003
Pesquisa e desenvolvimento , Laboratorio de NMR, .

Linhas de pesquisa
Estrutura 3D de BPPs

Universidade Estadual de Campinas, UNICAMP, Brasil.
Vínculo institucional

1997 - 2002
Vínculo: Bolsista Doutorado, Enquadramento Funcional: Bolsista Doutorado, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

Atividades

07/1997 - 11/2001
Pesquisa e desenvolvimento , Instituto de Biologia, Departamento de Biologia Celular.


Universidade Federal de Santa Catarina, UFSC, Brasil.
Vínculo institucional

1995 - 1997
Vínculo: Professor Visitante, Enquadramento Funcional: Especialista RHAE, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

Atividades

06/1995 - 05/1997
Pesquisa e desenvolvimento , Centro de Ciências Agrárias, .



Linhas de pesquisa


1.
Embriogenese Somática em Araucaria angustifolia
2.
Estrutura 3D de BPPs
3.
Estrutura tridimensional de inibidores de Integrinas por NMR
4.
Mutações in silico de inibidor BBI
5.
Modelagem molecular de Oligoendopeptidases
6.
Especificidade enzinática em SER-PRO
7.
Expreção genica em sementes de A. angustifolia
8.
Inibição de sACE por BPPs
9.
Estrutura molecular de EOPA
10.
Dinámica de interação de ACE-substrato/inibidor
11.
Biologia Computacional de Inibidores de Integrinas
12.
Modelagem e dinamica molecular de inibidores protéicos


Projetos de pesquisa


2011 - Atual
DESENHO DE INIBIDORES ALTAMENTE ESPECÍFICOS DE INTEGRINAS E APLICAÇÃO ANTI-INFLAMATÓRIA EM MODELO DE ISQUEMIA CEREBRAL
Descrição: A estratégia geral pretendida nesta proposta é: 1) síntese de inibidores desenhados no nosso grupo com ação comprovada sobre a movimentação de linfócitos murinos; 2) desenho ?in silico? de novos inibidores protéicos antagonistas de integrinas relacionadas com migração de leucócitos; 3) testes ?in vitro? da ação capacidade de bloqueio destes inibidores da movimentação de leucócitos (linfócitos, macrófagos e neutrófilos) no modelo do transwell; 4) tentativa de inibição da migração de neutrófilos com os inibidores propostos em modelo de lesão isquêmica do Sistema Nervoso Central (SNC) e verificação do possível efeito neuroprotetor, como a redução da neurodegeneração e da extensão da lesão..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.

Integrantes: Jorge Hernandez Fernandez - Coordenador.
2008 - Atual
Dinamica da interação entre proteinas e ligantes
Descrição: O acesso à estrutura tridimensional de macromoléculas contribui para o desenvolvimento do conhecimento da Bilogia, Fisiologia e Evolução dos seres vivos, e ainda nos auxilia no desenvolvimento de novos fármacos e agroquímicos. Através do estudo de diversas estruturas dentro de uma família de proteínas é possível identificar sítios evolutivamente conservados (prováveis candidatos para a ligação de inibidores). Compostos utilizados em quimioterapia e farmacologia; são importantes para o controle biológico de sinalização celular e também podem atuar como inseticidas. Pretende-se utilizar ferramentas de modelagem computacional para identificar estruturas candidatas que sejam inibidoras potenciais de proteína importantes na fisiologia e desenvolvimento de espécies de importância ecologia e econômica para o Brasil..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.

Integrantes: Jorge Hernandez Fernandez - Coordenador.
2003 - 2006
Desenvolvimento de Farmacos
Descrição: O CAT proporciona condições para uma abordagem multidisciplinar na investigação de toxinas animais e de microorganismos, utilizando os recursos de laboratórios contendo pessoal qualificado e equipamentos de última geração, buscando a auto-suficiência tecnológica. São utilizados tanto os recursos já existentes no Instituto Butantan, como também aqueles das instituições parceiras, como da USP (Instituto de Ciências Biomédicas, Museu de Zoologia e Centro de Biologia Marinha-IB) e UNESP (Laboratório de Química Estrutural e Zooquímica, Rio Claro; Laboratório de Cristalografia, São José do Rio Preto). As principais atividades de pesquisa que estão sendo desenvolvidas envolvem toxinas que atuam: (1) no sistema cardio-vascular, em particular anti-hipertensivas (2) no sistema de coagulação do sangue (3) sobre tecidos excitáveis (bloqueadores de canais iônicos, entre outras) (4) no sistema imune e em processos inflamatórios (ação sobre o sistema de complemento) (5) na percepção dolorosa (analgésicos) (6) no sistema digestivo (toxinas bacterianas causadoras de diarréria) (7) no crescimento tumoral e processos metastásticos.
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (1) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (1) .

Integrantes: Jorge Hernandez Fernandez - Coordenador / Antonio C M Camargo - Integrante.
2002 - 2004
Modelagem e Dinámica Molecular de proteínas
Descrição: O acesso à estrutura tridimensional de macromoléculas contribui para o desenvolvimento de novos fármacos e agroquímicos. Através do alinhamento de diversas estruturas dentro de uma família de proteínas é possível identificar sítios (prováveis candidatos para a ligação de inibidores). Visando o desenvolvimento de descritores estruturais que determinem a especificidade enzimática de famílias protéicas em interação com inibidores, e o estudo de características específicas da evolução molecular destas proteínas, serão estruturalmente alinhadas 50 estruturas não redundantes de proteína quinases e serino-proteases depositadas no PDB. Compostos utilizados em quimioterapia e farmacologia; são importantes para o controle biológico de sinalização celular e também podem atuar como inseticidas. Pretendemos utilizar ferramentas de modelagem computacional para identificar candidatos nestas classes de produtos que sejam inibidores potenciais de proteína quinases e de serino proteases. Objetivos e metas: 1-Criar bases atualizadas de dados com estruturas tridimensionais de proteína quinases e de serino proteases 2-Identificar alvos comuns para a ligação de inibidores 3-Fazer cálculos de Interface Forming Residues (IFR) e finger print match para a ligação destes compostos nos alvos identificados nas proteínas das famílias escolhidas. 4-Prever, através de cálculos, mutações estruturais nestes inibidores para obter um melhor encaixe: inibidor-alvo protéico com conseqüente maior constante de inibição. Para cumprir os objetivos listados será necessário atingir as seguintes metas: 1-Aperfeicuar a utilização do sistema operacional UNIX-Irix para uso das ferramentas: Modeller, Prism, AutoDock e SMS. 2-Automatizar a utilização do software Prism no alinhamento estrutural de proteínas pertencentes a uma mesma famílias protéica, com conseqüente identificação dos alvos para as drogas que são comuns para toda família protéica sobre a investigação. 3-Utilizar o programa Modeller par.
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) .

Integrantes: Jorge Hernandez Fernandez - Coordenador.


Membro de corpo editorial


2013 - Atual
Periódico: Journal of Molecular Graphics and Modelling
2008 - Atual
Periódico: Journal of Molecular Modeling


Áreas de atuação


1.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Biologia Molecular.
2.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Biofísica / Subárea: Biofísica Molecular.
3.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Química de Macromoléculas/Especialidade: Proteínas.
4.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Genética Molecular e de Microorganismos.
5.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Genética Vegetal.
6.
Grande área: Ciências da Saúde / Área: Farmácia / Subárea: Farmacognosia.


Idiomas


Espanhol
Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.
Inglês
Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.
Português
Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.
Russo
Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Pouco.
Italiano
Compreende Razoavelmente, Fala Pouco, Lê Razoavelmente, Escreve Pouco.


Produções



Produção bibliográfica
Citações

SCOPUS
Total de trabalhos:19
Total de citações:244
Fernandez J.H., Hernandez J  Data: 05/11/2018

Artigos completos publicados em periódicos

1.
DA ROCHA, DAVID GITIRANA2017DA ROCHA, DAVID GITIRANA ; Fernandez, Jorge Hernandez ; DE ALMEIDA, CLÁUDIA MARIA COSTA ; DA SILVA, CLÁUDIA LETÍCIA ; MAGNOLI, FÁBIO CARLOS ; DA SILVA, OSMAIR ÉLDER ; DA SILVA, WILMAR DIAS . Development of IgY antibodies against anti-snake toxins endowed with highly lethal neutralizing activity. EUROPEAN JOURNAL OF PHARMACEUTICAL SCIENCES, v. 106, p. 404-412, 2017.

2.
DA ROCHA, DAVID GITIRANA2017DA ROCHA, DAVID GITIRANA ; Fernandez, Jorge Hernandez ; DE ALMEIDA, CLAUDIA MARIA COSTA ; DA SILVA, CLAUDIA LETÍCIA ; MAGNOLI, FABIO CARLOS ; DA SILVA, OSMAIR ÉLDER ; DA SILVA, WILMAR DIAS . The complementarity-determining region sequences in IgY antivenom hypervariable regions. DATA IN BRIEF, v. 13, p. 717-722, 2017.

3.
FERRAZ, F.B.2016FERRAZ, F.B. ; FERNANDEZ, J.H. . Selection and validation of reference house­keeping genes in the J774A1 macrophage cell line for quantitative real-time PCR. Genetics and Molecular Research, v. 15, p. 7720, 2016.

4.
DUARTE, SHAYTNER2014DUARTE, SHAYTNER ; ANDRADE, DALCIO ; SHIMODA, EDUARDO ; FERNANDEZ, JORGE ; JR, MANUEL . Scientific Areas of Fish Nutrition and Enzymatic Activity: Bibliometric Analysis of World's and Brazilian's Publications in PubMed and SCOPUS Database.. Journal of Veterinary Advances, v. 4, p. 1, 2014.

5.
FERRAZ, F. B.2014FERRAZ, F. B. ; Fernandez, Jorge H. . Integrinas na adesão, migração e sinalização celular: associação com patologias e estudos clínicos.. Revista Científica da Faculdade de Medicina de Campos, v. 9, p. 25-34, 2014.

6.
Costa, Evenilton P.2012Costa, Evenilton P. ; Campos, Eldo ; de Andrade, Caroline P. ; Façanha, Arnoldo R. ; Saramago, Luiz ; Masuda, Aoi ; da Silva Vaz, Itabajara ; Fernandez, Jorge H. ; Moraes, Jorge ; Logullo, Carlos . Partial characterization of an atypical family I inorganic pyrophosphatase from cattle tick Rhipicephalus (Boophilus) microplus. Veterinary Parasitology (Print), v. 184, p. 238-247, 2012.

7.
Lopes-Ferreira, Mônica2011 Lopes-Ferreira, Mônica ; Magalhães, Geraldo Santana ; Fernandez, Jorge Hernandez ; Junqueira-de-Azevedo, Inácio de Loiola M. ; Le Ho, Paulo ; Lima, Carla ; Valente, Richard H. ; Moura-da-Silva, Ana Maria . Structural and biological characterization of Nattectin, a new C-type lectin from the venomous fish Thalassophryne nattereri. Biochimie (Paris. Print), v. 93, p. 971-980, 2011.

8.
Conceição, Katia2011Conceição, Katia ; Bruni, Fernanda Miriane ; Santos, Juliane M. ; Lopes, Robson Melo ; Marques, Elineide E. ; Fernandez, Jorge H. ; Lopes-Ferreira, Mônica . The action of fish peptide Orpotrin analogs on microcirculation. Journal of Peptide Science (Print), v. 17, p. 192-199, 2011.

9.
Nascimento, Viviane Veiga Do2011Nascimento, Viviane Veiga Do ; Castro, Helena Carla ; Abreu, Paula Alvarez ; Oliveira, Anto?nia Elenir Ama?ncio ; Fernandez, Jorge Hernandez ; Arau?jo, Juce?lia Da Silva ; Machado, Olga Lima Tavares . In Silico Structural Characteristics and α-Amylase Inhibitory Properties of Ric c 1 and Ric c 3, Allergenic 2S Albumins from Ricinus communis Seeds. Journal of Agricultural and Food Chemistry, v. 59, p. 4814-4821, 2011.

10.
GENTILE, A.2011GENTILE, A. ; DITT, R. F. ; TAVARES, R. G. ; CAMARGO, S. R. ; FERNANDEZ, J. H. ; SILVA, M. J. ; Menossi, Marcelo . Analysis of the stress-inducible transcription factor SsNAC23 in sugarcane plants. Scientia Agrícola (USP. Impresso), v. 68, p. 395-509, 2011.

11.
SOUZA, T. B.2011SOUZA, T. B. ; DUARTE, L. P. ; FERNANDEZ, J. H. ; Medina-Acosta E. . Farmacogenética do desenvolvimento de anticorpos inibidores do fator VIII na hemofilia A. Revista Científica da Faculdade de Medicina de Campos, v. 6, p. 7-13, 2011.

12.
Conceição, Katia2009Conceição, Katia ; Santos, Juliane M. ; Bruni, Fernanda M. ; Klitzke, Clécio F. ; Marques, Elineide E. ; Borges, Márcia H. ; Melo, Robson L. ; Fernandez, Jorge H. ; Lopes-Ferreira, Mônica . Characterization of a new bioactive peptide from Potamotrygon gr. orbignyi freshwater stingray venom. Peptides (New York, N.Y. 1980), v. 30, p. 2191-2199, 2009.

13.
Bernardes, Juliana S2008 Bernardes, Juliana S ; FERNANDEZ, J. H. ; Vasconcelos, Ana Tereza R . Structural descriptor database: a new tool for sequence based functional site prediction. BMC Bioinformatics, v. 9, p. 492, 2008.

14.
FERNANDEZ, J. H.;Fernandez, Jorge H;FERNANDEZ, J;Fernandez, Jorge H.;Fernandez, Jorge Hernandez;FERNANDEZ, JORGE;FERNANDEZ, J.H.2007FERNANDEZ, J. H.; Mello M. O. ; Tanaka A.S ; Silva-Filho M. ; NESHICH, G. . PROTEINASE INHIBITION USING SMALL BOWMAN-BIRK TYPE STRUCTURES. Genetics and Molecular Research, v. 6, p. 1-20, 2007.

15.
FERNANDEZ, J2005 FERNANDEZ, J; SILVA, C ; ASSAKURA, M ; CAMARGO, A ; SERRANO, S . Molecular cloning, functional expression, and molecular modeling of bothrostatin, a new highly active disintegrin from venom. Biochemical and Biophysical Research Communications, v. 329, n.2, p. 457-464, 2005.

16.
Nogueira T.S.F.2005Nogueira T.S.F. ; Schlögl P.S. ; Camargo S.R. ; FERNANDEZ, J. H. ; De Rosa Jr. V. E. ; Pompemayer P. ; Arruda P. . SsNAC23, a member of the NAC domain protein family, is associated with cold, herbivory and water stress in sugarcane. Plant Science (Limerick), v. 169, p. 93-106, 2005.

17.
Cançado, Geraldo M. A.2005Cançado, Geraldo M. A. ; De Rosa, Vicente E. ; Fernandez, Jorge H. ; Maron, Lyza G. ; Jorge, Renato A. ; Menossi, Marcelo . Glutathione S-transferase and aluminum toxicity in maize. Functional Plant Biology (Print), v. 32, n.11, p. 1045, 2005.

18.
FERNANDEZ, J. H.;Fernandez, Jorge H;FERNANDEZ, J;Fernandez, Jorge H.;Fernandez, Jorge Hernandez;FERNANDEZ, JORGE;FERNANDEZ, J.H.2004 FERNANDEZ, J. H.; NESHICH, G. ; CAMARGO, A C M . Using Bradykinin potentiating peptide (BPPs) structures to develop new antihypertensive drugs. Genetics and Molecular Research, v. 3, n.4, p. 554-563, 2004.

19.
FERNANDEZ, J2003FERNANDEZ, J; FERNANDEZ, J . Structural basis of the lisinopril-binding specificity in N- and C-domains of human somatic ACE. BIOCHEMICAL AND BIOPHYSICAL RESEARCH COMMUNICATIONS, v. 308, p. 219-226, 2003.

20.
FERNANDEZ, J. H.;Fernandez, Jorge H;FERNANDEZ, J;Fernandez, Jorge H.;Fernandez, Jorge Hernandez;FERNANDEZ, JORGE;FERNANDEZ, J.H.1995FERNANDEZ, J. H.; DADASHEV SIA ; BOGDANOV, I. F. ; KARPOVA H.I. ; MIL'SHINA NV ; PENKINA M.V. ; RADCHENKO IV, . Features of the primary structure of synaptonemal complex DNA of the golden hamster .. Mol Biol (Mosk). 3:512-21., Moscou, v. 3, p. 512-521, 1995.

Capítulos de livros publicados
1.
de A. Filho, João Luiz ; del Real Tamariz, Annabell ; Fernandez, Jorge H. . AutoModel: A Client-Server Tool for Intuitive and Interactive Homology Modeling of Protein-Ligand Complexes. Lecture Notes in Computer Science. 1ed.: Springer International Publishing, 2018, v. 11228, p. 78-89.

2.
Rocha, Gustavo Lemos ; Fernandez, Jorge Hernandez ; Oliveira, Antonia Elenir Amancio ; Fernandes, Kátia Valevski Sales . Programmed Cell Death-Related Proteases in Plants. In: Murat Senturk. (Org.). Enzyme Inhibitors and Activators. 978ed.: InTech, 2017, v. , p. 25-.

3.
Coronado M. A. ; EBERLE, R. J. ; MORAES, F. R. ; Fernandez, Jorge H. ; PEREIRA, E. G. ; LIRA, A. ; RAGHUVIR, A. K. . Evolution, Structural Features, and Biochemical Diversity of Snake Venom Serine Proteinases. In: Uri N. Utkin; Arcadius V. Krivoshein. (Org.). Snake Venoms and Envenomation: Modern Trends and Future Prospects. 1ed.New York: Nova Science Publishers INC, 2016, v. , p. 1-.

Trabalhos completos publicados em anais de congressos
1.
PASCHOAL, A. R. ; NETTO, D. S. ; NICOLAS, M. F. ; FERNANDEZ, J. H. . Homodimeric Structure of B. japonicum D-NCAase. In: XXXVI Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular, 2007, Salvador. XXXVI Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular, 2007.

2.
da Silveira A. R. ; FERNANDEZ, J. H. ; Caffarena E. ; Savino W. ; Vasconcelos A. T. R. . Structural model for alpha6beta1 integrin and dynamics of interaction with small ECD based ligands... In: Swiss Prot 20 years, 2006, Fortaleza. Swiss Prot 20 years.

3.
Coronado M. A. ; da Silveira A. R. ; Savino W. ; Vasconcelos A. T. R. ; FERNANDEZ, J. H. . Model of ADAMs disintegrin-like domain and Dynamics of Interaction with a6b1.. In: Swiss Prot 20 years, 2006, Fortaleza. Swiss Prot 20 years.

4.
FERNANDEZ, J. H.; Rioli V. ; NESHICH, G. ; Ferro E. S. ; Portaro F.C. ; CAMARGO, A C M . Dynamics of catalysis and inhibition in oligopeptidases: Natural peptide structures as promising antihypertensive agents.. In: ISMB 2006, 2006, Fortaleza. ISMB 2006.

5.
FERNANDEZ, J. H.; Serrano S.M. ; Savino W. ; Vasconcelos A. T. R. . Bothrostatin, a new RGD-type disintegrin from Bothrops jararaca venom: binding specificity in bothrostatin-αIIbβ3/αvβ3 integrin complexes.. In: 3D SIG, 2006, Fortaleza. 3D SIG.

Resumos expandidos publicados em anais de congressos
1.
Fernandez, Jorge H.. Desintegrin-like domains in computer aided drug design of integrin-specific inhibitors. In: ISCB Latin America 2012, 2012, Santiago de Chile. ISCB Latin America 2012, 2012.

2.
GITIRANA DA ROCHA, D ; Almeida, C.M.C ; FERNANDEZ, J. H. ; SILVA, W. D. . IgY Antisnake Venom Antibodies With High Avidity Appear Latter Along the Immunization Procedure. In: 10th Meeting of the Pan American Section of the International Society on Toxinology, 2010, San José. 10th Meeting of the Pan American Section of the International Society on Toxinology, 2010.

3.
FERNANDEZ, J. H.; HAYASHI, Mirian A F ; NESHICH, G. ; CAMARGO, A C M . DYNAMICS OF THE HUMAN ACE INHIBITION BY BPPs: N- AND C- DOMAIN RESIDUES DEFINING INHIBITION SPECIFICITY. In: International Symposium of Vasoactive Peptides, 2004, Ouro Preto. International Symposium of Vasoactive Peptides, 2004.

Resumos publicados em anais de congressos
1.
ALMEIDA FILHO, J. L. ; Fernandez, Jorge H. . Using MDR SurFlexDock for enhanced protein surface structural sampling in docking experiments. In: IX Escola de Modelagem Molecular em Sistemas Biológicos, 2018, Petropolis. IX EMMSB Scientific Program, 2018.

2.
Fernandez, Jorge H.; EVARISTO, J. A. M. ; ALMEIDA FILHO, J. L. ; PERALES, J. H. ; OLIVARES, F. L. . Metadynamics studies of arginine gate in the major porin-like outher-membrane protein of G diazotrophicus. In: XLII Brazilian Biophysical Society Congress, 2017, Santos, SP. Scientific Program, 2017.

3.
Fernandez, Jorge H.. New insights in oligopeptidases inhibition. In: ISCB Latin America 2016, 2016, Buenos Aires. ISCB LA 2016 Scientific Program, 2016.

4.
CUNHA, P. M. ; FERRAZ, F. B. ; Fernandez, Jorge H. . In vitro inhibition of B16F10 lineage adhesion to fibronectin by integrin antagonist peptide. In: VIII International Symposium on Extracelular Matrix, 2015, Buzios. Annals of VIII International Symposium on Extracelular Matrix, 2015.

5.
FERRAZ, F. B. ; CUNHA, P. M. ; Fernandez, Jorge H. . Using alpha6beta1-antagonist to dowregulate macrophages adhesion, migration and proliferation on Laminin. In: VIII International Symposium on Extracelular Matrix, 2015, Buzios. Annals of VIII International Symposium on Extracelular Matrix, 2015.

6.
Fernandez, Jorge H. Computer aided drug design of integrin-specific inhibitors. In: IX Congress of Chemical Sciences, Technology and Innovation, 2015, Havana. QuimCuba 2015 Scientific Program, 2015.

7.
ALMEIDA FILHO, J. L. ; Fernandez, Jorge H. . AutoModel, a graphical interface for protein homology modeling: Refining loops and remote access.. In: VII Escola de Modelagem Molecular em Sistemas Biológicos, 2014, Petropolis. 7 EMMSB 2014, 2014.

8.
FRAGA, H. M. ; Fernandez, Jorge H. . Comparative analysis of free docking programs in experimental conditions: cations in the surface. In: VII Escola de Modelagem Molecular em Sistemas Biológicos, 2014, Petropolis. 7 EMMSB 2014, 2014.

9.
FERRAZ, F. B. ; CUNHA, P. M. ; Fernandez, Jorge H. . Modulation of cell migration associated with integrin specific peptides. In: XVII meeting of the Brazilian society for Cell Biology, 2014, Foz do Iguazu. Annals of XVII meeting of the Brazilian society for Cell Biology, 2014.

10.
FERRAZ, F. B. ; CUNHA, P. M. ; Fernandez, Jorge H. . In vitro evaluation of cyclic peptides action in B16-F10 cell adhesion to fibronectin. In: XVII meeting of the Brazilian society for cell Biology, 2014, Foz do Iguazu. Annals of XVII meeting of the Brazilian society for Cell Biology, 2014.

11.
CUNHA, P. M. ; FERRAZ, F. B. ; Fernandez, Jorge H. . Influencia de peptídeos cíclicos A9(x) na adesão in vitro da linhagem metastática B16-F10 à Fibronectina. In: VIII Simpócio de Oncologia, 2014, Rio de Janeiro. Anais do VIII Simpócio de Oncologia, 2014.

12.
ALMEIDA FILHO, J. L. ; Fernandez, Jorge H. . AUTOMODEL: Interactive service for protein modeling.. In: X-Meeting BSB 2013, 2013, Recife. X-Meeting 2013, 2013.

13.
FERRAZ, F. B. ; Fernandez, Jorge H. . Molecular basis of cell adhesion associated with laminin and fibronectin.. In: VII International Symposium on extracellular matrix, 2013, Buzios. SIMEC 2013, 2013.

14.
FRAGA, H. M. ; Fernandez, Jorge H. . Molecular aspects of docking integrin inhibitors. In: X-Meeting BSB 2013, 2013, Recife. X-Meeting 2013, 2013.

15.
Coronado M. A. ; Vasconcelos A. T. R. ; Savino W. ; Lopes-Ferreira, Mônica ; Fernandez, Jorge H. . Blocking integrins: looking for desintegrin based specific inhibitors. In: Simpósio Interdisciplinar Física+Bioinformática 2011, 2011, São Jose do Rio Preto. Simpósio Interdisciplinar Física+Bioinformática 2011, 2011.

16.
FERNANDEZ, J. H.. Molecular insights in blocking integrins. In: XI Congresso da Sociedade Brasileira de Toxinologia, 2010, Araxa. XI Congresso da Sociedade Brasileira de Toxinologia, 2010.

17.
Costa E. P. ; L., S. ; CAMPOS, E. ; Andrade C.P. ; FACANHA, A. R. ; MASUDA, A. ; VAZ, I. S. J. ; FERNANDEZ, J. H. ; LOGULLO, C. J. . Structural and Biochemical Characterization of a New Inorganic Pyrophosphatase from the Cattle Tick Rhipicephalus (Boophilus) microplus. In: XXXVIII Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular, 2009, Águas de Lindóia. Program and Index, 2009.

18.
FERNANDEZ, J. H.; Coronado M. A. ; Savino W. ; CAMARGO, A ; Vasconcelos, Ana Tereza R . Modeling the dynamics of integrin recognition. In: X meeting 2007, 2007, São Paulo. Abstract Boklet and Program, 2007. p. 31-33.

19.
FERNANDEZ, J. H.; NESHICH, G. ; CAMARGO, A C M . BRADYKININ POTENTIATING PEPTIDE (BPP) STRUCTURES AS SPECIFIC ANTIHIPERTENSIVE DRUGS. In: Reunião Cientifica do Instituto Butantan, 2005, São paulo. Reunião Cientifica do Instituto Butantan, 2005.

20.
Rioli V. ; FERNANDEZ, J. H. ; Prezoto B.C. ; Melo R. L. ; Konno K. ; Ferro E. S. ; CAMARGO, A C M ; Portaro F.C. . SEARCH FOR NEW METALLO-OLIGOPEPTIDASES EP24.15 AND EP24.16 INHIBITORS IN BOTHROPS JARARACUÇU VENOM. In: XX FESBE, 2005, Aguas de lindoya. XX FESBE, 2005.

21.
FERNANDEZ, J. H.; NESHICH, G. ; CAMARGO, A C M . USING BRADYKININ POTENTIATING PEPTIDE (BPPs) STRUCTURES TO DEVELOP NEW ANTIHIPERTENSIVE DRUGS. In: ICoBiCoBi 2004, 2004, Angra dos Reis. ICoBiCoBi 2004, 2004.

22.
FERNANDEZ, J. H.; HAYASHI, M. ; NESHICH, G. ; CAMARGO, A C M . IN SILICO MODEL FOR HUMAN sACE SUBSTRATE BINDING: STRUCTURAL PARAMETERS DEFINING N- AND C- DOMAIN SUBSTRATE SPECIFICITY.. In: I São Paulo Research Conference in Molecular Medicine, 2003, São Paulo. I São Paulo Research Conference in Molecular Medicine, 2003.

23.
FERNANDEZ, J. H.; Ottoboni L.M.M. . Differential gene expression in the zygotic embryo of Araucaria angustifolia.. In: Congresso Nacional de Genetica, 2000, Aguas de Lindoia. Genetics and Molecular Biology, 2000. v. V. 23. p. 440-440.

24.
FERNANDEZ, J. H.; Ottoboni L.M.M. . Caracterização das principais proteínas de reserva de A. angustifolia. In: 44 Congresso Nacional de Genética, 1998, Aguas de Lindoya. 44 Congresso Nacional de Genética.

25.
FERNANDEZ, J. H.; GUERRA, M. P. ; SILVEIRA, V. . Introduction and long-term stabilization of polyembryogenic cell lines of the Brazilian pine (A. angustifolia Bert O. Ktze.). In: II Cuban Congress of Biotecnology, 1997, Habana. II Cuban Congress of Biotecnology, 1997.

26.
FERNANDEZ, J. H.; GUERRA, M. P. ; SILVEIRA, V. . Zygotic and somatic polyembryogenesis in A. angustifolia: Morfogenesis and cytogenetics.. In: Congresso Nacional de Genetica, 1996, Caixambu. Genetics and Molecular Biology, 1996.

Resumos publicados em anais de congressos (artigos)
1.
FERNANDEZ, J. H.;Fernandez, Jorge H;FERNANDEZ, J;Fernandez, Jorge H.;Fernandez, Jorge Hernandez;FERNANDEZ, JORGE;FERNANDEZ, J.H.2000FERNANDEZ, J. H.; Ottoboni L.M.M. . Diferential expression in A. angustifolia zygotic embryo. Genetics and Molecular Biology, v. 23, n.3, p. 440, 2000.

Apresentações de Trabalho
1.
Fernandez, Jorge H.. Computer aided drug design of integrin-specific inhibitors. 2016. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

2.
Fernandez, Jorge H.. Computer aided drug design of integrin-specific inhibitors. 2016. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

3.
ALMEIDA FILHO, J. L. ; Fernandez, Jorge H . AutoModel: new tool for interactive protein homology modeling. 2015. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

4.
Fernandez, Jorge H.. Desintegrin-like domains in computer aided drug desing of integrin-specific inihibitors. 2012. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

5.
FERNANDEZ, J. H.. Storage protein as secondary line of defense in plants. 2011. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

6.
Coronado M. A. ; Vasconcelos, Ana Tereza R ; Lopes-Ferreira, Mônica ; Savino W. ; Fernandez, Jorge H. . Blocking integrins: looking for desintegrin based specific inhibitors. 2011. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

7.
GITIRANA DA ROCHA, D ; Almeida, C.M.C ; Silva, C.L. ; FERNANDEZ, J. H. ; SILVA, W. D. . IgY antisnake venom antibodies with high avidity appear latter along the immunization procedure. 2010. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

8.
FERNANDEZ, J. H.. Structural model for integrin-ligand interaction. Dynamics of alphaIIbbeta3 AND alpha6beta1 inhibition.. 2007. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

9.
FERNANDEZ, J. H.. Modeling protein-ligand complexes.. 2007. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

10.
Fernandez, Jorge H.. Integrin inhibition and applications in cancer research. 2007. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

11.
FERNANDEZ, J. H.. Toxinology in drug Discovery: ?in silco? approach.. 2006. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

12.
Fernandez, Jorge H.. ECM, Integrins and Cell Signalling. 2006. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

13.
FERNANDEZ, J. H.. Integrin structure-function relationships.. 2006. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

Outras produções bibliográficas
1.
FALCAO, P. K. ; SIRQUEIRA NETO, J. L. ; FERNANDEZ, J.H. ; HIGA, R. H. ; BAUDET, C. ; NESHICH, G. . Primeiro Curso STING Millennium Suite Chemogenomics: Ferramentas para Analisar Macromoleculares e Aplica c~oes em Chemogenomics. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2002 (Documento tecnico).

2.
FERNANDEZ, J.H.; NESHICH, G. . Utilização de Alinhamento Estrutural de Proteínas no Estudo de Interface Forming Residues de Proteína-quinases com Inibidores Protéicos. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária Área de Comunicação e Negócios (ACN), 2002 (Comunicado Técnico).


Produção técnica
Programas de computador sem registro
1.
ALMEIDA FILHO, J. L. ; Fernandez, Jorge Hernandez . MDR SurFlexDock: a pipeline for enhanced protein surface structural sampling in docking experiments. 2018.


Demais tipos de produção técnica
1.
Fernandez, Jorge H; PASCHOAL, A. R. ; Coronado M. A. . Tópicos em Biologia Computacional. 2015. .

2.
PASCHOAL, A. R. ; FERNANDEZ, J. H. . 3o Curso de Tópicos em Biologia Computacional. 2012. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

3.
PASCHOAL, A. R. ; FERNANDEZ, J. H. . 2o Curso de Tópicos em Biologia Computacional. 2011. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

4.
FERNANDEZ, J. H.; PASCHOAL, A. R. . 1o Curso de Tópicos em Biologia Computacional. 2010. (Curso de curta duração ministrado/Especialização).

5.
FALCAO, P. K. ; SIRQUEIRA NETO, J. L. ; FERNANDEZ, J.H. ; HIGA, R. H. ; BAUDET, C. ; NESHICH, G. . Publication Preview Source Primeiro Curso STING Millennium Suite Chemogenomics: Ferramentas para Analisar Macromoleculares e Aplicações em Chemogenomics. 2002. (Desenvolvimento de material didático ou instrucional - Material Tecnico Didatico para Curso na EMBRAPA).



Patentes e registros



Patente

A Confirmação do status de um pedido de patentes poderá ser solicitada à Diretoria de Patentes (DIRPA) por meio de uma Certidão de atos relativos aos processos
1.
 FERNANDEZ, J.H.; FERRAZ, F. B. ; CUNHA, P. M. . Síntese de peptídeo MkXsA9 e sua aplicação como estimulante da adesão, migração e proliferação de macrófagos. 2016, Brasil.
Patente: Privilégio de Inovação. Número do registro: BR1020160182980, título: "Síntese de peptídeo MkXsA9 e sua aplicação como estimulante da adesão, migração e proliferação de macrófagos" , Instituição de registro: INPI - Instituto Nacional da Propriedade Industrial. Depósito: 09/08/2016


Programa de computador
1.
ALMEIDA FILHO, J. L. ; Fernandez, Jorge Hernandez . AUTOMODEL. 2014.
Patente: Programa de Computador. Número do registro: BR51201400739-1, data de registro: 21/05/2014, título: "AUTOMODEL" , Instituição de registro: INPI - Instituto Nacional da Propriedade Industrial.



Bancas



Participação em bancas de trabalhos de conclusão
Mestrado
1.
CUNHA, P. M.; Fernandez, Jorge H.. Participação em banca de Paula Macêdo Cunha. Ação inibitória de peptídeo antagonista de integrina na adesão e migração de B16F10. 2017. Dissertação (Mestrado em Biociências e Biotecnologia) - Universidade Estadual do Norte Fluminense Darcy Ribeiro.

2.
Fernandez, Jorge H.. Participação em banca de Daniel Bellieny Rabelo. Anãlise evolutiva e funcional dos genes da família F-box em leguminosas. 2013. Dissertação (Mestrado em Biociências e Biotecnologia) - Universidade Estadual do Norte Fluminense Darcy Ribeiro.

3.
Fernandez, Jorge H.. Participação em banca de Edgar Gutierrez Infante. Análise computacional de alfa-glucosidases de insetos hematófagos. 2013. Dissertação (Mestrado em Biociências e Biotecnologia) - Universidade Estadual do Norte Fluminense Darcy Ribeiro.

4.
FERNANDEZ, J. H.; KANASHIRO, M. M.; JUNQUEIRA-KIPNIS, A. P.. Participação em banca de David Gitirana da Rocha. Isolamento transcriptômico das sequencias variáveis de IgY de galinhas ppoedeiras (G. gallus) antivenenos de B. arietans e C. dirussus terrificus. 2010. Dissertação (Mestrado em Programa de Pós-Graduação em Biociências e Biotecnologia) - Universidade Estadual do Norte Fluminense Darcy Ribeiro.

5.
FERNANDEZ, J. H.; SALLES, C. M. C.; FERNANDEZ, K. V. S.. Participação em banca de Lucilene Olliver de Oliceira. Uma visão integrada dos eventos proteolíticos de semente de V. unguiculata ao longo dos processos germinativos e pos-germinativos, com ênfase em proteínas cisteínicas. 2010. Dissertação (Mestrado em Programa de Pós-Graduação em Biociências e Biotecnologia) - Universidade Estadual do Norte Fluminense Darcy Ribeiro.

6.
FERNANDEZ, J. H.; LOGULLO, C. J.; REZENDE, G. L.. Participação em banca de Evenilton Pessoa Costa. Caraterização de uma pirofosfatase inorgânica solúvel em embriões de carrapato bovino R. microplus. 2009. Dissertação (Mestrado em Programa de Pós-Graduação em Biociências e Biotecnologia) - Universidade Estadual do Norte Fluminense Darcy Ribeiro.

Teses de doutorado
1.
Fernandez, Jorge H.. Participação em banca de Daniel Bellieny Rabelo. Análise transcriptõmica de eixos embrionários de soja durante a germinação. 2016. Tese (Doutorado em Biociências e Biotecnologia) - Universidade Estadual do Norte Fluminense Darcy Ribeiro.

2.
Fernandez, Jorge H.. Participação em banca de Glauber Monteiro Dias. Anãlise de proteínas tióis em espermatozoides epididimarios de equinos. 2012. Tese (Doutorado em Biociências e Biotecnologia) - Universidade Estadual do Norte Fluminense Darcy Ribeiro.

3.
FERNANDEZ, J. H.; SOUZA, G. A.. Participação em banca de Verônica Aguiar da Silva. Determinação da estrutura organizacional das vias de MAP kinases em sorgo, A. lyrata e cana de azucar por meio de análise de bioinformática. 2010. Tese (Doutorado em Genética e Melhoramento de Plantas) - Universidade Estadual do Norte Fluminense Darcy Ribeiro.

Qualificações de Doutorado
1.
ALMEIDA FILHO, J. L.; Fernandez, Jorge H.. Participação em banca de João Luiz de Almeida Filho. MDR SurFlexDock: a pipeline for enhanced protein surface structural sampling in docking experiments. 2018. Exame de qualificação (Doutorando em Biociências e Biotecnologia) - Universidade Estadual do Norte Fluminense Darcy Ribeiro.

2.
Fernandez, Jorge H.. Participação em banca de Filipe Pereira Matteoli. Genome sequencing and assessment of plant growth promoting properties of Serratie sp. UENF-22GI. 2018. Exame de qualificação (Doutorando em Biociências e Biotecnologia) - Universidade Estadual do Norte Fluminense Darcy Ribeiro.

3.
FERNANDEZ, J. H.; MARTINEZ, C. A. R.; PETRETSKI, J. H.. Participação em banca de Glauber Monteiro Dias. Banca de Exame de Qualificação de Doutorado. 2009. Exame de qualificação (Doutorando em Programa de Pós-Graduação em Biociências e Biotecnologia) - Universidade Estadual do Norte Fluminense Darcy Ribeiro.

4.
Machado, Olga Lima Tavares; Oliveira, Anto?nia Elenir Ama?ncio; FERNANDEZ, J. H.. Participação em banca de Viviane Veiga do Nascimento. Banca de Exame de Qualificação de Doutorado. 2008. Exame de qualificação (Doutorando em Programa de Pós-Graduação em Biociências e Biotecnologia) - Universidade Estadual do Norte Fluminense Darcy Ribeiro.

5.
FERNANDEZ, J. H.; LOGULLO, C. J.; MORAES, J. L. C.. Participação em banca de Eldo Campos. Banca de Exame de Qualificação de Doutorado. 2008. Exame de qualificação (Doutorando em Programa de Pós-Graduação em Biociências e Biotecnologia) - Universidade Estadual do Norte Fluminense Darcy Ribeiro.

Trabalhos de conclusão de curso de graduação
1.
Fernandez, Jorge H.. Participação em banca de João Luiz de Almeida Filho.Sistema distribuido para modelagem de proteínas. 2013. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Ciência da Computação) - Universidade Estadual do Norte Fluminense Darcy Ribeiro.

2.
FERNANDEZ, J. H.; Giraldi-Guimarães A.; MIGUEL, E. C.. Participação em banca de Viviane Gomes da Silva.Efeito da terapia com células mononucleares de medula óssea em modelo de ablação focal do cortex cerebral em ratos. 2011 - Universidade Estadual do Norte Fluminense Darcy Ribeiro.

3.
FERNANDEZ, J. H.; Giraldi-Guimarães A.; DAMATTA, R. A.. Participação em banca de Helder Teixeira de Freitas.Indução de recuperação funcional pela terapia com células-tronco mesenquimais em modelo de lesão por ablação focal no córtex cerebral de ratos. 2011 - Universidade Estadual do Norte Fluminense Darcy Ribeiro.

4.
ROCHA, G.; KANASHIRO, M. M.; FERNANDEZ, J. H.. Participação em banca de Thaís Louvain de Souza.Comparação Imunológica, hemorrágica e filogenética entre as serpentes africanas do gênero Bitis e brasileiras do gênero Bothrops e Lachesis.. 2009 - Universidade Estadual do Norte Fluminense Darcy Ribeiro.



Participação em bancas de comissões julgadoras
Concurso público
1.
Fernandez, Jorge H.. Fronteiras da Bioinfornática - MS 013. 2015. Universidade Federal do Rio de Janeiro.



Eventos



Participação em eventos, congressos, exposições e feiras
1.
Aspectos práticos da triagem virtual em larga escala e desenho racional de Fármacos, IX EMMSB. 2018. (Seminário).

2.
IX Escola de Modelagem Molecular em Sistemas Biológicos. Using MDR SurFlexDock for enhanced protein surface structural sampling in docking experiments. 2018. (Congresso).

3.
XLII Brasilian Biophysical Society Congress. Metadynamics studies of arginine gate in the major porin-like outher-membrane protein of G diazotrophicus. 2017. (Congresso).

4.
Biologia Computacional Orientada al Diseño de Farmacos.Diseño de experimento padron para analisis final del curso. 2016. (Simpósio).

5.
III French-Brazilian Symposium on Biosciences.Computer aided drug design of integrin-specific inhibitors. 2016. (Simpósio).

6.
Integrated analysis of shotgun proteomics data with PatternLab for proteomics 4.0. 2016. (Simpósio).

7.
ISCB Latin America 2016. New insights in oligopeptidases inhibition. 2016. (Congresso).

8.
9th Congress of Chemical Sciences, Technology and Innovation. Computer aided drug design of integrin-specific inhibitors. 2015. (Congresso).

9.
Advanced School on Biomolecular Simulation.Computer aided drug design of integrin-specific inhibitors. 2015. (Seminário).

10.
Proteomics and Informatics Course. 2015. (Simpósio).

11.
Topicos em Biologia Computacional.Modelagem Molecular de Proteínas por Homologia. 2015. (Outra).

12.
ISCB Latin American X-Meeting. AutoModel 0.5, a graphical interface for protein homology modeling. 2014. (Congresso).

13.
X-Meeting BSB. AUTOMODEL: Interactive service for protein modeling.. 2013. (Congresso).

14.
X-Meeting BSB. Molecular aspects in docking integrin inhibitors. 2013. (Congresso).

15.
III Workshop de Proteômica. 2012. (Simpósio).

16.
ISCB Latin America 2012. Desintegrin-like domains in computer aided drug desing of integrin-specific inihibitors. 2012. (Congresso).

17.
BioVeg 2011. Storage proteins as secondary line of defense in plants. 2011. (Congresso).

18.
Arthromint 2010.Mesa Aliatoria. 2010. (Simpósio).

19.
XI Congresso da sociedade brasileira de Toxinologia. Construção de modelo de fragmento variável de cadena simples (scFV) de IgY para produção de soros antivenenos de B. arietans e C. durissus terrificus. 2010. (Congresso).

20.
NMR in Structural Biology: from cloning to NMRPipe applications. 2009. (Simpósio).

21.
Arthromint 2008.Mesa redonda. 2008. (Encontro).

22.
Escola 2008 em Biologia estrutural e planejamento de fármacos. 2008. (Simpósio).

23.
X meeting 2007. Modeling the dynamics of integrin recognition. 2007. (Congresso).

24.
III Escola de Modelagem Molecular m Sistemas Biológicos. 2006. (Simpósio).

25.
Inovação Farmacêutica e Propriedade Intelectual. 2005. (Oficina).

26.
Treinamento de Espectrometria de Massas. 2005. (Seminário).

27.
5th International Symposium on Vasoactive Peptides.Speaker in the 5th International Symposium on Vasoactive Peptides. 2004. (Simpósio).

28.
Aplicação da bioinformática no estudo de toxinas.Biologia Molecular no estudo de Toxinas. 2003. (Seminário).


Organização de eventos, congressos, exposições e feiras
1.
Fernandez, Jorge H; da Silveira A. R. ; ALMEIDA FILHO, J. L. ; Coronado M. A. . CBAB - Tópicos en Biologia Computacional. 2015. (Outro).

2.
PASCHOAL, A. R. ; FERNANDEZ, J. H. . 3o Curso de Tópicos em Biologia Computacional. 2012. (Outro).

3.
FERNANDEZ, J. H.; PASCHOAL, A. R. . 1o Curso de Verão: Tópicos em Biologia Computacional. 2010. (Outro).



Orientações



Orientações e supervisões em andamento
Tese de doutorado
1.
João Luiz de Almeida Filho. Metaservidor para experimentação em Biologia Computacional assistida. Início: 2015. Tese (Doutorado em Biociências e Biotecnologia) - Universidade Estadual do Norte Fluminense Darcy Ribeiro, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. (Orientador).


Orientações e supervisões concluídas
Dissertação de mestrado
1.
Paula Macêdo Cunha. Ação anti-metastática de peptídeo antagonista de integrina na linhagem B16F10. 2017. Dissertação (Mestrado em Biociências e Biotecnologia) - Universidade Estadual do Norte Fluminense Darcy Ribeiro, Fundação Carlos Chagas Filho de Amparo à Pesquisa do Estado do RJ. Orientador: Jorge Hernandez Fernandez.

2.
João Luiz de Almeida Filho. Automodel, uma interface gráfica para modelagem de proteínas por homologia: Novo suporte a refinamento e alinhamento. 2015. Dissertação (Mestrado em Biociências e Biotecnologia) - Universidade Estadual do Norte Fluminense Darcy Ribeiro, Fundação Carlos Chagas Filho de Amparo à Pesquisa do Estado do RJ. Orientador: Jorge Hernandez Fernandez.

3.
Carlos Eduardo Cardoso Cordeiro. Análise de perfis proteicos de venenos de serpente do gênero Bothrops. 2015. Dissertação (Mestrado em Biociências e Biotecnologia) - Universidade Estadual do Norte Fluminense Darcy Ribeiro, Fundação Carlos Chagas Filho de Amparo à Pesquisa do Estado do RJ. Orientador: Jorge Hernandez Fernandez.

4.
David Gitirana Rocha. Isolamento transcriptômico das seqências variáveis de IgY de galinhas poedeiras (Gallus gallus) antivenenos de Bitis arietans e Crotalus durissus terrificus. 2010. Dissertação (Mestrado em Biociências e Biotecnologia) - Universidade Estadual do Norte Fluminense Darcy Ribeiro, Fundação Carlos Chagas Filho de Amparo à Pesquisa do Estado do RJ. Coorientador: Jorge Hernandez Fernandez.

5.
Evenilton Pessoa Costa. Caracterização de uma Pirofosfatase Inorgânica Solúvel do Carrapato Bovino Rhipicephalus microplus. 2009. Dissertação (Mestrado em Biociências e Biotecnologia) - Universidade Estadual do Norte Fluminense Darcy Ribeiro, Fundação Carlos Chagas Filho de Amparo à Pesquisa do Estado do RJ. Coorientador: Jorge Hernandez Fernandez.

6.
Monika Aparecida Coronado. Dinamica da Interação de ADAMs com integrinas. 2008. Dissertação (Mestrado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Jorge Hernandez Fernandez.

7.
Aline Rossi da Silveira. Análise por modelagem e dinámica molecular da interação entre a integrina alpha6beta1 e a laminina 111 humana. 2007. Dissertação (Mestrado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Coorientador: Jorge Hernandez Fernandez.

Tese de doutorado
1.
Francielle Bonet Ferraz. Ação de peptídeo cícilico antagonista de alpha6beta1 na modulação negativa da adesão, migração e proliferação de macrófagos da linhagem J774A1 em laminina. 2015. Tese (Doutorado em Biociências e Biotecnologia) - Universidade Estadual do Norte Fluminense Darcy Ribeiro, Fundação Carlos Chagas Filho de Amparo à Pesquisa do Estado do RJ. Orientador: Jorge Hernandez Fernandez.

Trabalho de conclusão de curso de graduação
1.
Heitor Modenesi Fraga. Análise estrutural de inibidores de integrinas por simulações de docking e dinâmica molecular.. 2016. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Ciências Biológicas) - Universidade Estadual do Norte Fluminense Darcy Ribeiro. Orientador: Jorge Hernandez Fernandez.

2.
Paula Macêdo Cunha. Ação de peptídeos cíclicos na adesão celular da linhagem B16F10 em fibronectina. 2015. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Ciências Biológicas) - Universidade Estadual do Norte Fluminense Darcy Ribeiro. Orientador: Jorge Hernandez Fernandez.

3.
João Luiz de Almeida Filho. Sistema distribuido para modelagem de proteínas. 2013. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Ciência da Computação) - Universidade Estadual do Norte Fluminense Darcy Ribeiro. Orientador: Jorge Hernandez Fernandez.

Iniciação científica
1.
Murilo de Souza Salardani. Ação anti-metastática de peptídeo antagonista de integrina. 2018. Iniciação Científica. (Graduando em Ciências Biológicas) - Universidade Estadual do Norte Fluminense Darcy Ribeiro, Fundação Carlos Chagas Filho de Amparo à Pesquisa do Estado do RJ. Orientador: Jorge Hernandez Fernandez.

2.
Pedro Rodrigues Lima da Silva. Desenvolvimento de plataforma em nuvem para aplicações biológicas de alto desempenho. 2017. Iniciação Científica. (Graduando em Ciência da Computação) - Universidade Estadual do Norte Fluminense Darcy Ribeiro, Fundação Carlos Chagas Filho de Amparo à Pesquisa do Estado do RJ. Orientador: Jorge Hernandez Fernandez.

3.
Heitor Modenesi. Docking de inibidores proteicos de integrinas. 2015. Iniciação Científica - Universidade Estadual do Norte Fluminense Darcy Ribeiro, Fundação Carlos Chagas Filho de Amparo à Pesquisa do Estado do RJ. Orientador: Jorge Hernandez Fernandez.

4.
Gabriel Almeida Escodino da Silva. USO DA LINGUAGEM ?R? PARA ANÁLISE ESTATÍSTICA DE PARÂMETROS BIOLÓGICOS DE SIMUALAÇÕES COMPUTACIONAIS. 2014. Iniciação Científica. (Graduando em Ciência da Computação) - Universidade Estadual do Norte Fluminense Darcy Ribeiro, Fundação Carlos Chagas Filho de Amparo à Pesquisa do Estado do RJ. Orientador: Jorge Hernandez Fernandez.

5.
Paula Macêdo Cunha. Estudo da interação integrina-ADAM e desenho de antagonistas proteicos. 2014. Iniciação Científica. (Graduando em Ciências Biológicas) - Universidade Estadual do Norte Fluminense Darcy Ribeiro, Fundação Carlos Chagas Filho de Amparo à Pesquisa do Estado do RJ. Orientador: Jorge Hernandez Fernandez.

6.
João Luiz de Almeida Filho. Desenvolvimento de servidor semi-automático de Modelagem Molecular. 2012. Iniciação Científica. (Graduando em Ciência da Computação) - Universidade Estadual do Norte Fluminense Darcy Ribeiro, Fundação Carlos Chagas Filho de Amparo à Pesquisa do Estado do RJ. Orientador: Jorge Hernandez Fernandez.



Inovação



Patente
1.
 FERNANDEZ, J.H.; FERRAZ, F. B. ; CUNHA, P. M. . Síntese de peptídeo MkXsA9 e sua aplicação como estimulante da adesão, migração e proliferação de macrófagos. 2016, Brasil.
Patente: Privilégio de Inovação. Número do registro: BR1020160182980, título: "Síntese de peptídeo MkXsA9 e sua aplicação como estimulante da adesão, migração e proliferação de macrófagos" , Instituição de registro: INPI - Instituto Nacional da Propriedade Industrial. Depósito: 09/08/2016


Programa de computador registrado
1.
ALMEIDA FILHO, J. L. ; Fernandez, Jorge Hernandez . AUTOMODEL. 2014.
Patente: Programa de Computador. Número do registro: BR51201400739-1, data de registro: 21/05/2014, título: "AUTOMODEL" , Instituição de registro: INPI - Instituto Nacional da Propriedade Industrial.


Programa de computador sem registro
1.
ALMEIDA FILHO, J. L. ; Fernandez, Jorge Hernandez . MDR SurFlexDock: a pipeline for enhanced protein surface structural sampling in docking experiments. 2018.



Educação e Popularização de C & T



Artigos
Artigos completos publicados em periódicos
1.
DUARTE, SHAYTNER2014DUARTE, SHAYTNER ; ANDRADE, DALCIO ; SHIMODA, EDUARDO ; FERNANDEZ, JORGE ; JR, MANUEL . Scientific Areas of Fish Nutrition and Enzymatic Activity: Bibliometric Analysis of World's and Brazilian's Publications in PubMed and SCOPUS Database.. Journal of Veterinary Advances, v. 4, p. 1, 2014.

2.
FERRAZ, F. B.2014FERRAZ, F. B. ; Fernandez, Jorge H. . Integrinas na adesão, migração e sinalização celular: associação com patologias e estudos clínicos.. Revista Científica da Faculdade de Medicina de Campos, v. 9, p. 25-34, 2014.




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