Jeronimo Conceição Ruiz

Bolsista de Produtividade em Pesquisa do CNPq - Nível 2

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  • Última atualização do currículo em 21/09/2018


Possui graduação em Química pela Universidade Federal de São Carlos (1995) e doutorado em Bioquímica pela Universidade de São Paulo (2001) com ênfase em Bioinformática. Pós-doutoramento realizado no The Wellcome Trust Sanger Institute (PSSU) na Inglaterra na montagem e anotação do genoma de Leishmania braziliensis. Atualmente é pesquisador titular da Fundação Oswaldo Cruz (Instituto René Rachou -I RR). Tem experiência na área de Bioinformática (Biologia de Sistemas, Bioinformática Integrativa, Bioinformática Translacional, Imunoinformática e Redes de Interação). Em 2015-2016 realizou estágio sabático na Harvard T.H. Chan School of Public Health na área de integração de dados genômicos. Bolsista de Produtividade CNPq Nível 2. (Texto informado pelo autor)


Identificação


Nome
Jeronimo Conceição Ruiz
Nome em citações bibliográficas
RUIZ, J. C.;Ruiz, Jerônimo C.;Ruiz, Jerônimo Conceição;Ruiz, Jeronimo C;Ruiz, Jeronimo C.;Ruiz, Jeronimo;RUIZ, J;Ruiz, Jerônimo C;Ruiz, J.C.;RUIZ, JERONIMO CONCEIÇÃO;RUIZ, JERÓNIMO C.;RUIZ, JERÔNIMO;CONCEIÇÃO RUIZ, JERONIMO

Endereço


Endereço Profissional
Fundação Oswaldo Cruz, Instituto Rene Rachaou - IRR.
Av. Augusto de Lima, 1715
Barro Preto
30190-002 - Belo Horizonte, MG - Brasil
Telefone: (31) 33497798
Fax: (31) 32953115
URL da Homepage: http://www.cpqrr.fiocruz.br


Formação acadêmica/titulação


1996 - 2001
Doutorado em Bioquímica.
Universidade de São Paulo, USP, Brasil.
Título: Abordagens para Construção de Mapas Físico, Transcricional e Seqüenciamento em Leishmania, Ano de obtenção: 2001.
Orientador: Angela Kaysel Cruz.
Bolsista do(a): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo, FAPESP, Brasil.
Palavras-chave: mapa físico; seqüênciamento genômico; EST; transposição; bioinformática.
Grande área: Ciências Biológicas
Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Biologia Molecular.
Setores de atividade: Outros Setores.
1989 - 1995
Graduação em Química.
Universidade Federal de São Carlos, UFSCAR, Brasil.


Pós-doutorado


2002 - 2006
Pós-Doutorado.
Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto, FMRP, Brasil.
Bolsista do(a): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo, FAPESP, Brasil.
Grande área: Ciências Biológicas
Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Biologia Molecular.


Formação Complementar


2015 - 2016
Estágio Sabático. (Carga horária: 800h).
Harvard School of Public Health, HSPH, Estados Unidos.
2013 - 2013
Administração de Conflitos. (Carga horária: 20h).
Serviço Nacional de Aprendizagem Comercial - SENAC Minas, SENAC/MG, Brasil.
2013 - 2013
Brigadista de Segurança. (Carga horária: 16h).
Treminas - Centro de Treinamento, TREMINAS, Brasil.
2012 - 2012
Motivação de Equipes. (Carga horária: 8h).
Fundação Oswaldo Cruz, FIOCRUZ, Brasil.
2012 - 2012
Gourmet Gerencial - O Delicioso Prazer de Aprender. (Carga horária: 16h).
Fundação Oswaldo Cruz, FIOCRUZ, Brasil.
2012 - 2012
Habilidades Gerenciais. (Carga horária: 30h).
Fundação Oswaldo Cruz, FIOCRUZ, Brasil.
2012 - 2012
Administração de Conflitos nas Organizações. (Carga horária: 20h).
Fundação Oswaldo Cruz, FIOCRUZ, Brasil.
2011 - 2011
EMBO Bioinformatics and Comparative Genome Analyse. (Carga horária: 96h).
Institut Pasteur, PASTEUR, França.
2009 - 2009
Workshop de Bioinformática. (Carga horária: 4h).
Applied Biosystems do Brasil, APPLIED BIOSYSTE, Brasil.
2009 - 2009
Workshop sobre sequenciamento de nova geração. (Carga horária: 16h).
Fundação Oswaldo Cruz, FIOCRUZ, Brasil.
2009 - 2009
Treinamento Oficial MySQL for beginners. (Carga horária: 40h).
HTI consultoria e tecnologia, HTI, Brasil.
2009 - 2009
Workshop sobre a Biologia Computacional e Sistemas. (Carga horária: 16h).
Fundação Oswaldo Cruz, FIOCRUZ, Brasil.
2008 - 2008
Comparative Genomics and Phylogenomics. (Carga horária: 40h).
Fundação Oswaldo Cruz, FIOCRUZ, Brasil.
2008 - 2008
Python for Bioinformatic. (Carga horária: 3h).
Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional, AB3C, Brasil.
2008 - 2008
CLCBio software package for bioinformatics analysi. (Carga horária: 3h).
Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional, AB3C, Brasil.
2007 - 2007
Immunological Bioinformatics. (Carga horária: 3h).
Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional, AB3C, Brasil.
2007 - 2007
Genomic Signal Processing Course. (Carga horária: 3h).
Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional, AB3C, Brasil.
2005 - 2005
Montagem Anotação do Gen. de Leishmania braziliens. (Carga horária: 640h).
Sanger Centre Hinxton Cambridgeshire, SANGER CENTRE, Inglaterra.
2004 - 2004
III Latin American Course On Bioinformatics For Tr. (Carga horária: 80h).
Universidade de São Paulo, USP, Brasil.
2003 - 2003
Introdução à Biologia Computacional. (Carga horária: 56h).
Universidade de São Paulo, USP, Brasil.
2003 - 2003
II Latin American Course On Bioinformatics For Tro. (Carga horária: 120h).
Instituto de Ciências Biológicas Usp Sp, ICB*, Brasil.
2002 - 2002
Introdução Ao Sistema Operacional Unix.
Centro de Informática de Ribeirão Preto, CIRP, Brasil.
2002 - 2002
Administração de Sistemas Unix.
Centro de Informática de Ribeirão Preto, CIRP, Brasil.
2001 - 2001
International Training Course On Bioimformatics Co.
Fundação Oswaldo Cruz, FIOCRUZ, Brasil.
2001 - 2001
Treinamento Básico de Seqüenciamento de DNA na Pla.
Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto, FMRP, Brasil.
2000 - 2000
Radioproteção.
Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto, FMRP, Brasil.
1999 - 1999
Computacional Genomics In Brazil.
Universidade Federal de São Paulo, UNIFESP, Brasil.
1999 - 1999
Who Bioinformatics Course.
Sanger Centre Hinxton Cambridgeshire, SANGER CENTRE, Inglaterra.
1998 - 1998
Update On The Genome Project And How To Use It In.
Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto, FMRP, Brasil.
1994 - 1994
Curso e Workshop Tópicos Avançados Em Biologia Mol.
Universidade Federal de São Carlos, UFSCAR, Brasil.


Atuação Profissional



centro universitário UNA, UNA, Brasil.
Vínculo institucional

2011 - Atual
Vínculo: Professor, Enquadramento Funcional: Professor do Programa de Pós-Graduação, Carga horária: 4


Fundação Oswaldo Cruz, FIOCRUZ, Brasil.
Vínculo institucional

2006 - Atual
Vínculo: Servidor Público Federal, Enquadramento Funcional: outro (RJU), Carga horária: 40



Projetos de pesquisa


2016 - Atual
Prospecção integrativa de dados ômicos para identificação de moléculas indutoras de resposta imune
Descrição: Talvez um dos principais desafios da biologia moderna, senão o maior, esteja associado à conversão da avalanche de dados gerada pelas tecnologias de alta processividade de dados em conhecimento biológico. Nesse contexto, em contraponto à biologia molecular reducionista, a biologia de sistemas emprega uma abordagem altamente interdisciplinar que visa o estudo das redes de interação associadas a processos biológicos complexos. Integração de dados, de abordagens de estudo e a geração de modelos de predição matemáticos que direcionam a experimentação são aspectos chave desse processo. Com relação ao desenvolvimento de drogas e vacinas pouco progresso tem sido alcançado com relação às patologias causadas pelos tripanosomatídeos. A estratégia ?target-based approach? que dominou a indústria farmacêutica nas décadas de 1990 e 2000 também gerou no mesmo período uma queda dramática na taxa de descoberta de novas drogas. Uma possível hipótese para essa constatação seria de que o paradigma: uma nova droga deve atingir um único alvo com o objetivo de exercer uma atividade terapêutica ?pura? possa ter sido um engano. Dentro dessa perspectiva, o projeto apoiado (301652/2012-0 PQ) teve como objetivo central a utilização do conceito de biologia de sistemas visando a integração de metodologias de análises de redes de interação de proteínas, desordem estrutural proteica e vacinologia reversa para predição computacional de modelos que possam levar à identificação de potenciais novos alvos para o desenvolvimento de drogas e vacinas. Complementarmente, como esses são tópicos pouquíssimos explorados nos genomas de tripanosomatídeos, esse projeto vem contribuindo para o entendimento de aspectos ainda inexplorados da biologia complexa desses parasitos. A abordagem metodológica e conceitual da presente proposta tem como raiz publicações geradas no período de vigência do projeto 301652/2012-0 PQ (por gentileza veja anexos 1, 2 e 3) e sumarizam os resultados gerados na abrangência do projeto. Adicionalmente aos resultados computacionais, apresentamos aqui desdobramentos experimentais preliminares das predições computacionais validando a metodologia desenvolvida..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
2015 - Atual
GENÔMICA COMPUTACIONAL DE TRIPANOSOMATÍDEOS: INTEGRAÇÃO DE DADOS GENÔMICOS, DE TRANSCRIPTOMA E PROTEOMA VISANDO O ESTUDO DOS MECANISMOS DE RESISTÊNCIA À DROGAS
Descrição: O projeto tem como objetivo integrar dados genômicos, proteômicos e de transcriptoma de tripanosomatídeos através do estabelecimento de um banco de dados modelado segundo o modelo knowledge base (KB) visando o entendimento do fenômeno de resistência à drogas em Leishmania..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
2013 - Atual
Genômica Computacional de tripanosomatídeos: Integração de dados genômicos, de transcriptoma e proteoma visando o estudo dos mecanismos de resistência à drogas
Descrição: Talvez um dos principais desafios da biologia moderna, senão o maior, esteja associado à conversão da avalanche de dados gerada pelas tecnologias de alta vazão de dados em conhecimento biológico. Nesse contexto, em contraponto à biologia molecular reducionista, a biologia de sistemas emprega uma abordagem altamente interdisciplinar que visa o estudo das redes de interação associadas a processos biológicos complexos. Integração de dados de diferentes origens, abordagens de estudo e a geração de modelos de predição matemáticos que direcionam a experimentação assertiva, são aspectos chave desse processo. Com relação as leishmanioses (grupo de doenças zoonóticas causadas por protozoários parasitas do gênero Leishmania) insucessos terapêuticos têm sido reportados no Brasil em volume que chega a abranger 25% dos casos tratados.Tal constatação evidencia de forma preocupante a emergência do fenômeno de resistência a antimoniais já constatado na Índia e onde aproximadamente 60% dos casos documentados apresentam resistência ao tratamento (Mishra, Madhubala et al. 2013). Dentro da perspectiva de biologia de sistemas e tendo como objetivo central a elucidação das interações moleculares (DNA, RNA e proteina) associadas aos mecanismos biológicos de resistência à antimoniais, o presente projeto visa a integração computacional de dados de sequenciamento de nova geração de RNA (RNASeq) de cepas de sensíveis e resistêntes à antimoniais, genômica comparativa entre diferentes espécies de Leishmania e redes de interação de proteínas em um banco de dados relacional modelado de forma a albergar e explorar a diversidade de informações genômicas analisadas. A abordagem metodológica e conceitual proposta nesse encaminhamento tem como raiz duas publicações recentes (de 2012) (Resende, Rezende et al. 2012; Rezende, Folador et al. 2012) do nosso grupo de pesquisa que tem como temas o estudo de redes de interação de proteínas e de imunoinformática nos genomas de tripanosomatídeos e compõem a originalidade do projeto. Complementarmente, como a abordagem de genômica computacional integrativa visando a elucidação dos mecanismos de resistência a drogras ainda é pouco explorada nos genomas de tripanosomatídeos, esse projeto deverá contribuir para o entendimento de aspectos ainda desconhecido biologia complexa desses parasitos. Finalizando, vale ressaltar que as amostras de RNA já foram sequenciadas (RNASeq) através de um projeto em colaboração com Dr. Silvane Murta, Fiocruz Minas e Dr. Gerald Spaeth, Institudo Pasteur, França e que a presente proposta visa o emprego de abordagens de genômica computacional para auxiliar a elucidação dos complexos mecanismos de resistência à drogas em tripanosomatídeos..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
2010 - Atual
Predição computacional de redes de interação de proteinas em genomas de tripanosomatídeos
Descrição: Dentro da perspectiva de Biologia de Sistemas, o presente projeto tem como objetivo central a utilização do conceito de biologia de sistemas visando a integração de metodologias de análises de redes de interação de proteínas, desordem estrutural protéica e vacinologia reversa para predição computacional de modelos que possam levar à identificação de potenciais novos alvos para o desenvolvimento de drogas e vacinas. Complementarmente, como esses são tópicos pouquíssimos explorados nos genomas de tripanosomatídeos, esse projeto deverá contribuir para o entendimento de aspectos ainda inexplorados biologia complexa desses parasitos..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Doutorado: (3) .
Integrantes: Jeronimo Conceição Ruiz - Coordenador / nesley - Integrante / Daniela de Melo Resende - Integrante / Rezende, A. M. - Integrante.
2009 - Atual
Identificação e Caracterização Computacional de elementos associados a ordem e desordem estruturais no proteoma predito de diferentes espécies de Leishmania
Descrição: A visão tradicional da relação estrutura/função tem como essência a concepção de que a função biológica de uma dada proteína é criticamente dependente de uma estrutura conformacional bem definida. Apesar disso, estudos que datam de mais de uma década vem demonstrando a existência de proteínas e domínios protéicos sem estrutura definida. A generalidade do fenômeno bem como o envolvimento dessa classe de proteínas em uma ampla gama de papéis biológicos importantes que incluem regulação da divisão celular, transcrição e tradução, transdução de sinais só recentemente foi notada. Em linhas gerais, proteínas inteiras ou trechos de seqüências protéicas que não possuem estrutura terciária termodinâmicamente definida em condições fisiológicas podem ser classificadas como desordenadas. Análises in silico feitas para genomas completos de eucariotos pela utilização de algorítmos do tipo ?disorder predictors? indicam que 30 a 40% dos genes codificadores de proteínas têm estruturas desordenadas na extensão total ou em segmentos (maior que 50 resíduos) de suas seqüências. Apesar de sua importância, a identificação de regiões de ordem e desordem estrutural permanece uma tarefa difícil na genômica estrutural e funcional, principalmente pela ausência de metodologias computacionais adequadas. A presente proposta tem como objetivo a identificação e caracterização computacional de regiões de ordem/desordem estruturais nas proteínas preditas nos genomas de L.major, L.infantum e L.braziliensis que será utilizada como modelo experimental de validação. Os alvos potenciais identificados em L.braziliensis serão validados em colaboração com o Dr. Richard John Ward (FFCLRP-USP) e com a Dra. Angela Kaysel Cruz (FMRP-USP) que possuem metodologias estabelecidas para clonagem e expressão de proteínas nesse parasito. Como as metodologias experimentais proteômicas para a caracterização dessa família de proteínas ainda são poucas, utilizaremos a técnica de eletroforese 2D recém publicada por Csizmók e.
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (1) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) .
Integrantes: Jeronimo Conceição Ruiz - Coordenador / Patrícia de Cássia Ruy - Integrante.Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa.Número de orientações: 1


Revisor de periódico


2011 - Atual
Periódico: Memórias do Instituto Oswaldo Cruz (Impresso)
2015 - Atual
Periódico: PLoS One
2016 - Atual
Periódico: BMC BIOINFORMATICS
2015 - Atual
Periódico: BMC GENOMICS


Revisor de projeto de fomento


2017 - Atual
Agência de fomento: Fundação de Amparo à Ciência e Tecnologia do Estado do Pernambuco
2015 - Atual
Agência de fomento: Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior
2013 - Atual
Agência de fomento: Agencia Nacional de Promoción Científica y Técnica
2012 - Atual
Agência de fomento: Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo
2011 - Atual
Agência de fomento: Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico


Áreas de atuação


1.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Biologia Molecular/Especialidade: Bioinformática.
2.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Biologia Molecular.
3.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Parasitologia.


Idiomas


Inglês
Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.


Prêmios e títulos


2007
Menção Honrosa no projeto de pesquisa "Identificação de rearranjos associados as extremidades dos cromossomos de Leishmania major", Fundação Oswaldo Cruz.


Produções



Produção bibliográfica
Citações

Web of Science

SCOPUS

Artigos completos publicados em periódicos

1.
DE BRITO, RORY C. F.2018DE BRITO, RORY C. F. ; CARDOSO, JAMILLE M. DE O. ; REIS, LEVI E. S. ; VIEIRA, JOAO F. ; MATHIAS, FERNANDO A. S. ; ROATT, BRUNO M. ; AGUIAR-SOARES, RODRIGO DIAN D. O. ; Ruiz, Jeronimo C. ; RESENDE, DANIELA DE M. ; REIS, ALEXANDRE B. . Peptide Vaccines for Leishmaniasis. Frontiers in Immunology, v. 9, p. 1-11, 2018
Palavras-chave: biologia de sistemas; imunoinformática.. Homepage: http://https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fimmu.2018.01043/full; ISSN/ISBN: 16643224.

2.
DE SOUZA RIBEIRO, RICARDO2018DE SOUZA RIBEIRO, RICARDO ; DE MELO RESENDE, DANIELA ; Ruiz, Jerônimo Conceição ; FERREIRA ALVES DE BRITO, CRISTIANA . In silico analysis of putative dormancy genes in Plasmodium vivax. ACTA TROPICA, v. 186, p. 24-34, 2018; Meio de divulgação: Digital. Homepage: http://https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0001706X18300858?via%3Dihub; ISSN/ISBN: 0001706X.

3.
SANTOS, ALEXANDRE BUENO2018SANTOS, ALEXANDRE BUENO ; COSTA, PATRÍCIA SILVA ; DO CARMO, ANDERSON OLIVEIRA ; DA ROCHA FERNANDES, GABRIEL ; SCHOLTE, LARISSA LOPES SILVA ; Ruiz, Jeronimo ; KALAPOTHAKIS, EVANGUEDES ; CHARTONE-SOUZA, EDMAR ; NASCIMENTO, ANDRÉA MARIA AMARAL . Insights into the Genome Sequence of Chromobacterium amazonense Isolated from a Tropical Freshwater Lake. International Journal of Genomics, v. 2018, p. 1-10, 2018; Meio de divulgação: Digital. Homepage: ; ISSN/ISBN: 2314436X.

4.
LATORRE-ESTIVALIS, JOSE MANUEL2017LATORRE-ESTIVALIS, JOSE MANUEL ; ROBERTSON, HUGH M. ; WALDEN, KIMBERLY K. O. ; RUIZ, JERÔNIMO ; GONÇALVES, LEILANE OLIVEIRA ; GUARNERI, ALESSANDRA A. ; LORENZO, MARCELO GUSTAVO . The molecular sensory machinery of a Chagas disease vector: expression changes through imaginal moult and sexually dimorphic features. Scientific Reports, v. 7, p. 40049, 2017; Meio de divulgação: Digital. Homepage: ; ISSN/ISBN: 20452322.

5.
BRITO, RORY2017BRITO, RORY ; GUIMARÃES, FREDERICO ; VELLOSO, JOÃO ; CORRÊA-OLIVEIRA, RODRIGO ; Ruiz, Jeronimo ; REIS, ALEXANDRE ; RESENDE, DANIELA . Immunoinformatics Features Linked to Leishmania Vaccine Development: Data Integration of Experimental and In Silico Studies. International Journal of Molecular Sciences (Online), v. 18, p. 371, 2017; Meio de divulgação: Digital. Homepage: ; Série: 2; ISSN/ISBN: 14220067.

6.
MÁRCIA DE OLIVEIRA, LUCIANA2017MÁRCIA DE OLIVEIRA, LUCIANA ; NOGUEIRA DE BRITO, RAISSA ; ANDERSON SOUZA GUIMARÃES, PAUL ; VITOR MASTRÂNGELO AMARO DOS SANTOS, RÔMULO ; GONÇALVES DIOTAIUTI, LILÉIA ; DE CÁSSIA MOREIRA DE SOUZA, RITA ; CONCEIÇÃO RUIZ, JERONIMO . TriatoKey: a web and mobile tool for biodiversity identification of Brazilian triatomine species. Database-The Journal of Biological Databases and Curation, v. 2017, p. 1-6, 2017; Meio de divulgação: Digital. Homepage: http://triatokey.cpqrr.fiocruz.br; Série: 1; ISSN/ISBN: 17580463.

7.
CARVALHO, GARDENIA B. F.2017CARVALHO, GARDENIA B. F. ; Resende, Daniela M. ; SIQUEIRA, LILIANE M. V. ; LOPES, MARCELO D. ; Lopes, Débora O. ; COELHO, PAULO MARCOS Z. ; TEIXEIRA-CARVALHO, ANDRÉA ; Ruiz, Jeronimo C. ; FONSECA, CRISTINA T. . Selecting targets for the diagnosis of Schistosoma mansoni infection: An integrative approach using multi-omic and immunoinformatics data. PLoS One, v. 12, p. e0182299, 2017; Meio de divulgação: Digital. Homepage: http://https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/28817585; Série: 8; ISSN/ISBN: 19326203.

8.
LOPES, RALF2017LOPES, RALF ; CERDEIRA, LOUISE ; TAVARES, GRACE S. ; Ruiz, Jeronimo C. ; BLOM, JOCHEN ; HORÁCIO, ELVIRA C. A. ; MANTOVANI, HILÁRIO C. ; QUEIROZ, MARISA VIEIRA DE . Genome analysis reveals insights of the endophytic Bacillus toyonensis BAC3151 as a potentially novel agent for biocontrol of plant pathogens. WORLD JOURNAL OF MICROBIOLOGY & BIOTECHNOLOGY, v. 33, p. 1-15, 2017; Meio de divulgação: Digital. Homepage: ; Série: 10; ISSN/ISBN: 09593993.

9.
GONÇALVES, LEILANE O2017GONÇALVES, LEILANE O ; LUCIANA, M DE OLIVEIRA ; GRASIELLE, C D?ÁVILA PESSOA ; ROSA, ALINE CL ; BUSTAMANTE, MARINELY G ; BELISÁRIO, CARLOTA J ; RESENDE, DANIELA M ; DIOTAIUTI, LILEIA G ; Ruiz, Jeronimo C . Insights from tissue-specific transcriptome sequencing analysis of Triatoma infestans. MEMORIAS DO INSTITUTO OSWALDO CRUZ, v. 112, p. 456-457, 2017; Meio de divulgação: Digital. Homepage: ; Série: 6; ISSN/ISBN: 00740276.

10.
GONCALVES, L. O.2017GONCALVES, L. O. ; Oliveira, Luciana M. ; PESSOA, G. C. D. ; ROSA, A. C. L. ; BUSTAMANTE, M. G. ; BELISARIO, C. J. ; RESENDE, D. M. ; DIOTAIUTI, L. G. ; RUIZ, J. C. . Insights from tissue-specific transcriptome sequencing analysis of Triatoma infestans. MEMORIAS DO INSTITUTO OSWALDO CRUZ, v. 112, p. 456-457, 2017; Meio de divulgação: Digital; Série: 6; ISSN/ISBN: 00740276.

11.
DOS SANTOS, PAULA F.2016DOS SANTOS, PAULA F. ; MOREIRA, DOUGLAS S. ; BABA, ELIO H. ; VOLPE, CAROLINE M.O. ; Ruiz, Jerônimo C. ; Romanha, Alvaro J. ; MURTA, SILVANE M.F. . Molecular characterization of lipoamide dehydrogenase gene in Trypanosoma cruzi populations susceptible and resistant to benznidazole. Experimental Parasitology, v. 170, p. 1-9, 2016; Meio de divulgação: Digital. Homepage: http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0014489416301643; ISSN/ISBN: 00144894.

12.
OLIVEIRA, LM2016OLIVEIRA, LM ; RESENDE, D. M. ; DORNELES, E. M. S. ; HORACIO, E. C. A. ; ALVES, F. ; GONCALVES, L. O. ; TAVARES, G. S. ; Stynen, A. P. R. ; Lage, A. P. ; RUIZ, J. C. . Complete Genome Sequence of Type Strain Campylobacter fetus subsp. fetus ATCC 27374. Genome Announcements, v. 4, p. e01344-16, 2016; ISSN/ISBN: 21698287.

13.
AZEVEDO, ANALICE C.2015AZEVEDO, ANALICE C. ; BENTO, CLÁUDIA B. P. ; Ruiz, Jeronimo C. ; QUEIROZ, MARISA V. ; MANTOVANI, HILÁRIO C. . Draft Genome Sequence of Streptococcus equinus (Streptococcus bovis) HC5, a Lantibiotic Producer from the Bovine Rumen. Genome Announcements, v. 3, p. e00085-15, 2015; Meio de divulgação: Digital. Homepage: ; Série: 2; ISSN/ISBN: 21698287.

14.
SOARES, MARCO AURÉLIO2015SOARES, MARCO AURÉLIO ; ARAÚJO, ROBERTA AMÁLIA DE CARVALHO ; MARINI, MARJORIE MENDES ; OLIVEIRA, LUCIANA MÁRCIA DE ; LIMA, LEONARDO GOMES DE ; ALVES, VIVIANE DE SOUZA ; FELIPE, MARIA SUELI SOARES ; BRIGIDO, MARCELO MACEDO ; SOARES, CELIA MARIA DE ALMEIDA ; SILVEIRA, JOSE FRANCO DA ; RUIZ, JERONIMO CONCEIÇÃO ; CISALPINO, PATRÍCIA SILVA . Identification and characterization of expressed retrotransposons in the genome of the Paracoccidioides species complex. BMC Genomics, v. 16, p. 376, 2015; Meio de divulgação: Digital. Homepage: http://link.springer.com/article/10.1186/s12864-015-1564-7; Série: 1; ISSN/ISBN: 14712164.

15.
AZEVEDO, ANALICE C.2015AZEVEDO, ANALICE C. ; BENTO, CLÁUDIA B. P. ; Ruiz, Jeronimo C. ; QUEIROZ, MARISA V. ; MANTOVANI, HILÁRIO C. . Distribution and Genetic Diversity of Bacteriocin Gene Clusters in Rumen Microbial Genomes. Applied and Environmental Microbiology (Print), v. 81, p. 7290-7304, 2015; Meio de divulgação: Digital. Homepage: ; Série: 20; ISSN/ISBN: 00992240.

16.
BAYER-SANTOS, ETHEL2014BAYER-SANTOS, ETHEL ; LIMA, FÁBIO MITSUO ; RUIZ, JERONIMO CONCEIÇÃO ; ALMEIDA, IGOR C. ; Silveira, José Franco da . Characterization of the small RNA content of Trypanosoma cruzi extracellular vesicles. Molecular and Biochemical Parasitology (Print), v. 193, p. 71-74, 2014; Meio de divulgação: Digital. Homepage: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24583081; ISSN/ISBN: 01666851.

17.
TEIXEIRA, MARCUS M2014TEIXEIRA, MARCUS M DE ALMEIDA, LUIZ GP KUBITSCHEK-BARREIRA, PAULA ALVES, FERNANDA L KIOSHIMA, ÉRIKA S ABADIO, ANA KR FERNANDES, LARISSA DERENGOWSKI, LORENA S FERREIRA, KAREN S SOUZA, RANGEL C Ruiz, Jeronimo C DE ANDRADE, NATHALIA C PAES, HUGO C NICOLA, ANDRÉ M ALBUQUERQUE, PATRÍCIA GERBER, ALEXANDRA L MARTINS, VICENTE P PECONICK, LUISA DF NETO, ALAN VIGGIANO CHAUCANEZ, CLAUDIA B SILVA, PATRÍCIA A CUNHA, OBERDAN L DE OLIVEIRA, FABIANA FM DOS SANTOS, TAYNÁ C BARROS, AMANDA LN , et al.SOARES, MARCO A DE OLIVEIRA, LUCIANA M Marini, Marjorie M VILLALOBOS-DUNO, HÉCTOR CUNHA, MARCEL ML DE HOOG, SYBREN DA SILVEIRA, JOSÉ F HENRISSAT, BERNARD NIÑO-VEGA, GUSTAVO A CISALPINO, PATRÍCIA S MORA-MONTES, HÉCTOR M ALMEIDA, SANDRO R STAJICH, JASON E LOPES-BEZERRA, LEILA M VASCONCELOS, ANA TR Felipe, Maria SS ; Comparative genomics of the major fungal agents of human and animal Sporotrichosis: Sporothrix schenckii and Sporothrix brasiliensis. BMC Genomics, v. 15, p. 943, 2014; Meio de divulgação: Digital. Homepage: ; Série: 1; ISSN/ISBN: 14712164.

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GUILLEN, Y.2014GUILLEN, Y. RIUS, N. DELPRAT, A. WILLIFORD, A. MUYAS, F. PUIG, M. CASILLAS, S. RAMIA, M. EGEA, R. NEGRE, B. MIR, G. CAMPS, J. MONCUNILL, V. RUIZ-RUANO, F. J. CABRERO, J. DE LIMA, L. G. DIAS, G. B. RUIZ, J. C. KAPUSTA, A. GARCIA-MAS, J. GUT, M. GUT, I. G. TORRENTS, D. CAMACHO, J. P. M. KUHN, G. C. S. , et al.FESCHOTTE, C. CLARK, A. G. BETRAN, E. BARBADILLA, A. RUIZ, A. ; Genomics of ecological adaptation in cactophilic Drosophila. Genome Biology and Evolution, v. 1, p. gbe.evu291, 2014; Meio de divulgação: Digital. Homepage: http://gbe.oxfordjournals.org/content/early/2015/01/07/gbe.evu291; ISSN/ISBN: 17596653.

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RESENDE, D. M.2014RESENDE, D. M. ; MORAIS-SILVA, F. O. ; Rezende, A.M. ; Pimentel, C. ; SANTOS, C. I. ; Clemente, C. ; Varela-Raposo, A. ; SILVA, S. M. ; Oliveira, Luciana M. ; Matos, M. ; Costa, D.A. ; Flores, O. ; RUIZ, J. C. ; Rodrigues-Pousada, C. . Genome sequence of the model sulfate reducer Desulfovibrio gigas : a comparative analysis within the Desulfovibrio genus. MicrobiologyOpen, p. n/a-n/a, 2014; Meio de divulgação: Digital; ISSN/ISBN: 20458827.

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VARELA-RAPOSO, ANA2013VARELA-RAPOSO, ANA ; PIMENTEL, CATARINA ; MORAIS-SILVA, FABIO ; REZENDE, ANTONIO ; Ruiz, Jerônimo C. ; RODRIGUES-POUSADA, CLAUDINA . Role of NorR-like transcriptional regulators under nitrosative stress of the δ-proteobacterium, Desulfovibrio gigas. Biochemical and Biophysical Research Communications (Print), v. 432, p. 132-137, 2013; Meio de divulgação: Digital. Homepage: http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0006291X13000247; ISSN/ISBN: 0006291X.

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Nogueira, Fernanda Barbosa2012Nogueira, Fernanda Barbosa ; Rodrigues, Joyce Fernanda A ; Correa, Marcos Messias S ; Ruiz, Jerônimo Conceição ; Romanha, Alvaro José ; Murta, Silvane Maria Fonseca . The level of ascorbate peroxidase is enhanced in benznidazole-resistant populations of Trypanosoma cruzi and its expression is modulated by stress generated by hydrogen peroxide. Memórias do Instituto Oswaldo Cruz (Impresso), v. 107, p. 494-502, 2012; Meio de divulgação: Digital. Homepage: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0074-02762012000400009&lng=pt&nrm=iso&tlng=pt; ISSN/ISBN: 00740276.

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Santos, Paula F2012Santos, Paula F ; Ruiz, Jerônimo C ; Soares, Rodrigo PP ; Moreira, Douglas S ; Rezende, Antônio M ; Folador, Edson L ; Oliveira, Guilherme C ; Romanha, Alvaro J ; Murta, Silvane MF . Molecular characterization of the hexose transporter gene in benznidazole resistant and susceptible populations of Trypanosoma cruzi. Parasites & Vectors, v. 5, p. 161, 2012; Meio de divulgação: Digital. Homepage: ; Série: 1; ISSN/ISBN: 17563305.

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RESENDE, DANIELA M2012 RESENDE, DANIELA M ; Rezende, Antônio M ; OLIVEIRA, NESLEY JD ; BATISTA, IZABELLA CA ; CORRÊA-OLIVEIRA, RODRIGO ; REIS, ALEXANDRE B ; Ruiz, Jeronimo C . An assessment on epitope prediction methods for protozoa genomes. BMC Bioinformatics, v. 13, p. 309, 2012; Meio de divulgação: Digital. Homepage: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23170965; Série: 1; ISSN/ISBN: 14712105.

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Oliveira, Sabrina B2011Oliveira, Sabrina B ; Ibraim, Izabela C ; Tadei, Wanderli P ; Ruiz, Jeronimo C ; Nahum, Laila A ; Brito, Cristiana FA ; Moreira, Luciano A . Identification of a fibrinogen-related protein (FBN9) gene in neotropical anopheline mosquitoes. Malaria Journal (Online), v. 10, p. 21, 2011; Meio de divulgação: Digital. Homepage: ; ISSN/ISBN: 14752875.

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Ruiz, Jerônimo C.2011 Ruiz, Jerônimo C.; Ruiz, Jerônimo C. D& Silva, Artur Ali, Amjad Pinto, Anne C. Santos, Anderson R. Rocha, Aryanne A. M. C. Lopes, Débora O. Dorella, Fernanda A. Pacheco, Luis G. C. Costa, Marcília P. Turk, Meritxell Z. Seyffert, Núbia Moraes, Pablo M. R. O. Soares, Siomar C. Almeida, Sintia S. Castro, Thiago L. P. Abreu, Vinicius A. C. Trost, Eva Baumbach, Jan Tauch, Andreas Schneider, Maria Paula C. McCulloch, John Cerdeira, Louise T. Ramos, Rommel T. J. , et al.Zerlotini, Adhemar Dominitini, Anderson Resende, Daniela M. Coser, Elisângela M. Oliveira, Luciana M. Pedrosa, André L. Vieira, Carlos U. Guimarães, Cláudia T. Bartholomeu, Daniela C. Oliveira, Diana M. Santos, Fabrício R. Rabelo, Élida Mara Lobo, Francisco P. Franco, Glória R. Costa, Ana Flávia ; Evidence for Reductive Genome Evolution and Lateral Acquisition of Virulence Functions in Two Corynebacterium pseudotuberculosis Strains. Plos One, v. 6, p. e18551, 2011; Meio de divulgação: Digital; ISSN/ISBN: 19326203.

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Andrade, Luiza F2011Andrade, Luiza F ; Nahum, Laila A ; Avelar, Livia G.A. ; Silva, Larissa L ; Zerlotini, Adhemar ; Ruiz, Jeronimo C ; Oliveira, Guilherme . Eukaryotic Protein Kinases (ePKs) of the Helminth Parasite Schistosoma mansoni. BMC Genomics, v. 12, p. 215, 2011; Meio de divulgação: Digital. Homepage: ; ISSN/ISBN: 14712164.

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Stynen, A. P. R.2011Stynen, A. P. R. Lage, A. P. Moore, R. J. Rezende, A. M. de Resende, V. D. d. S. Ruy, P. d. C. Daher, N. Resende, D. d. M. de Almeida, S. S. Soares, S. d. C. de Abreu, V. A. C. Rocha, A. A. C. M. dos Santos, A. R. Barbosa, E. G. V. Costa, D. F. Dorella, F. A. Miyoshi, A. de Lima, A. R. J. Campos, F. D. d. S. de Sa, P. G. Lopes, T. S. Rodrigues, R. M. A. Carneiro, A. R. Leao, T. Cerdeira, L. T. , et al.Ramos, R. T. J. Silva, A. Azevedo, V. RUIZ, J. C. ; Complete Genome Sequence of Type Strain Campylobacter fetus subsp. venerealis NCTC 10354T. Journal of Bacteriology (Print), v. 193, p. 5871-5872, 2011; ISSN/ISBN: 00219193.

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Galetovi , Alexandra2011Galetovi , Alexandra ; Souza, Renata T. ; Santos, Marcia R. M. ; Cordero, Esteban M. ; Bastos, Izabela M. D. ; Santana, Jaime M. ; Ruiz, Jeronimo C. ; Lima, Fabio M. ; Marini, Marjorie M. ; Mortara, Renato A. ; da Silveira, José Franco . The Repetitive Cytoskeletal Protein H49 of Trypanosoma cruzi Is a Calpain-Like Protein Located at the Flagellum Attachment Zone. Plos One, v. 6, p. e27634, 2011; Meio de divulgação: Digital. Homepage: http://www.plosone.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pone.0027634; ISSN/ISBN: 19326203.

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Stynen, A. P. R.2011Stynen, A. P. R. Lage, A. P. Moore, R. J. Rezende, A. M. de Resende, V. D. d. S. Ruy, P. d. C. Daher, N. RESENDE, D. M. de Almeida, S. S. Soares, S. d. C. de Abreu, V. A. C. Rocha, A. A. C. M. dos Santos, A. R. Barbosa, E. G. V. Costa, D. F. Dorella, F. A. Miyoshi, A. de Lima, A. R. J. Campos, F. D. d. S. de Sa, P. G. Lopes, T. S. Rodrigues, R. M. A. Carneiro, A. R. Leao, T. Cerdeira, L. T. , et al.Ramos, R. T. J. Silva, A. Azevedo, V. RUIZ, J. C. ; Complete Genome Sequence of Type Strain Campylobacter fetus subsp. venerealis NCTC 10354T. Journal of Bacteriology (Print), v. 193, p. 5871-5872, 2011; Meio de divulgação: Digital. Homepage: ; ISSN/ISBN: 00219193.

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Marini, Marjorie M2010Marini, Marjorie M ; Zanforlin, Tamiris ; Santos, Patricia C ; Barros, Roberto RM ; Guerra, Anne CP ; Puccia, Rosana ; Felipe, Maria SS ; Brigido, Marcelo ; Soares, Celia MA ; Ruiz, Jeronimo C ; Silveira, Jose F ; Cisalpino, Patricia S . Identification and characterization of Tc1/mariner-like DNA transposons in genomes of the pathogenic fungi of the Paracoccidioides species complex. BMC Genomics, v. 11, p. 130, 2010; Meio de divulgação: Digital. Homepage: ; ISSN/ISBN: 14712164.

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Ferreira, Keila A.M.2010Ferreira, Keila A.M. ; Ruiz, Jeronimo C. ; Dias, Fabrício C. ; Lages-Silva, Eliane ; Tosi, Luiz R.O. ; Ramírez, Luis E. ; Pedrosa, André L. . Genome Survey Sequence Analysis and Identification of Homologs of Major Surface Protease ( gp63 ) Genes in Trypanosoma rangeli. Vector Borne and Zoonotic Diseases, p. 100426175446053, 2010
Palavras-chave: Major surface protease; gp63; Trypanosomarangeli rangeli.; Meio de divulgação: Digital. Homepage: ; ISSN/ISBN: 15303667.

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Jannotti-Passos, Liana K2010Jannotti-Passos, Liana K ; Ruiz, Jeronimo C ; Caldeira, Roberta L ; Murta, Silvane MF ; Coelho, Paulo Marcos Z ; Carvalho, Omar S . Phylogenetic analysis of Biomphalaria tenagophila (Orbigny, 1835) (Mollusca: Gastropoda). Memórias do Instituto Oswaldo Cruz (Impresso), v. 105, p. 504-511, 2010
Palavras-chave: Biomphalaria tenagophila; phylogenetic; mitochondrial genome.; Série: 4; ISSN/ISBN: 00740276.

39.
Trost, Eva2010Trost, Eva ; Ott, Lisa ; Schneider, Jessica ; Schröder, Jasmin ; Jaenicke, Sebastian ; Goesmann, Alexander ; Husemann, Peter ; Stoye, Jens ; Dorella, Fernanda ; Rocha, Flavia ; de Castro Soares, Siomar ; D& ; Miyoshi, Anderson ; Ruiz, Jeronimo ; Silva, Artur ; Azevedo, Vasco ; Burkovski, Andreas ; Guiso, Nicole ; Join-Lambert, Olivier F ; Kayal, Samer ; Tauch, Andreas . The complete genome sequence of Corynebacterium pseudotuberculosis FRC41 isolated from a 12-year-old girl with necrotizing lymphadenitis reveals insights into gene-regulatory networks contributing to virulence. BMC Genomics, v. 11, p. 728, 2010; Meio de divulgação: Digital. Homepage: ; ISSN/ISBN: 14712164.

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Bahia, Diana2010Bahia, Diana ; Rodrigues, Nilton B ; Araújo, Flávio Marcos G ; Romanha, Álvaro José ; Ruiz, Jerônimo C ; Johnston, David A ; Oliveira, Guilherme . CA88, a nuclear repetitive DNA sequence identified in Schistosoma mansoni, aids in the genotyping of nine Schistosoma species of medical and veterinary importance. Memórias do Instituto Oswaldo Cruz (Impresso), v. 105, p. 391-397, 2010; Meio de divulgação: Digital. Homepage: ; ISSN/ISBN: 00740276.

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Zerlotini, A.2009Zerlotini, A. ; Heiges, M. ; Wang, H. ; Moraes, R. L. V. ; Dominitini, A. J. ; RUIZ, J. C. ; Kissinger, J. C. ; Oliveira, G. . SchistoDB: a Schistosoma mansoni genome resource. Nucleic Acids Research, v. 37, p. D579-D582, 2009; Meio de divulgação: Digital. Homepage: http://nar.oxfordjournals.org/cgi/screenpdf/gkn681v1?maxtoshow=&HITS=10&hits=10&RESULTFORMAT=&fulltext=zerlotini&searchid=1&FIRSTINDEX=0&resourcetype=HWCIT; ISSN/ISBN: 03051048.

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Bahia, Diana2009Bahia, Diana ; Oliveira, Luciana Márcia ; Lima, Fabio Mitsuo ; Oliveira, Priscila ; Silveira, José Franco da ; Mortara, Renato Arruda ; Ruiz, Jerônimo Conceição . The TryPIKinome of five human pathogenic trypanosomatids: Trypanosoma brucei, Trypanosoma cruzi, Leishmania major, Leishmania braziliensis and Leishmania infantum New tools for designing specific inhibitors. Biochemical and Biophysical Research Communications (Print), v. 390, p. 963-970, 2009; Meio de divulgação: Digital. Homepage: http://www.sciencedirect.com/science?_ob=ArticleURL&_udi=B6WBK-4XH5MFV-6&_user=685730&_coverDate=12%2F18%2F2009&_rdoc=1&_fmt=&_orig=search&_sort=d&_docanchor=&view=c&_acct=C000036919&_version=1&_urlVersion=0&_userid=685730&md5=0bea406fd3633eeda4f52c6; ISSN/ISBN: 0006291X.

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RUIZ, J. C.;Ruiz, Jerônimo C.;Ruiz, Jerônimo Conceição;Ruiz, Jeronimo C;Ruiz, Jeronimo C.;Ruiz, Jeronimo;RUIZ, J;Ruiz, Jerônimo C;Ruiz, J.C.;RUIZ, JERONIMO CONCEIÇÃO;RUIZ, JERÓNIMO C.;RUIZ, JERÔNIMO;CONCEIÇÃO RUIZ, JERONIMO2009RUIZ, J. C.; Santos, AR ; Pinto, AC ; RESENDE, D. M. ; RESENDE, D. M. ; Cerdeira, LT ; Ramos, RTJ ; Cuadros-Orellana, S. ; Almeida, SS ; Soares, SC ; D'afonseca, V ; Azevedo, V ; Silva, A . Segunda Revolução Genômica: Uso de sequenciadores de nova geração. Microbiologia in Foco, v. 2, p. 15-18, 2009; Meio de divulgação: Impresso. Homepage: http://sbmicrobiologia.org.br; Série: 9; ISSN/ISBN: 19821301.

44.
Bahia, Diana2009Bahia, Diana ; Oliveira, Luciana Márcia ; Mortara, Renato Arruda ; Ruiz, Jerônimo Conceição . Phosphatidylinositol and related-kinases: A genome-wide survey of classes and subtypes in the Schistosoma mansoni genome for designing subtype-specific inhibitors. Biochemical and Biophysical Research Communications (Print), v. 380, p. 525-530, 2009
Palavras-chave: fosfatidil-inositol kinases; Schistosoma mansoni; quinoma; Genoma.
Grande área: Ciências Biológicas
Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Parasitologia / Subárea: Helmintologia de Parasitos / Especialidade: Helmintologia Humana. ; Meio de divulgação: Digital. Homepage: http://www.ecb.epm.br/~ramortara/pdf/Bahia-2009.pdf; Série: 3; ISSN/ISBN: 0006291X.

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LECCI, M. S.2008LECCI, M. S. ; MALTA, T. M. ; FLAUSINO, V. T. ; GITAI, D. L. G. ; RUIZ, J. C. ; MONESI, Nádia . Functional and bioinformatics analyses reveal conservation of cis-regulatory elements between sciaridae and drosophilidae. Genesis (New York), v. 46, p. 43-51, 2008; Meio de divulgação: Vários. Homepage: http://www3.interscience.wiley.com/cgi-bin/abstract/117885257/abstract?cretry=1&sretry=0; Série: 1; ISSN/ISBN: 1526954X.

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Eduardo R. C. Xavier2008RUIZ, J. C.; Eduardo R. C. Xavier ; Beatriz P. X. Capanema ; OLIVEIRA, G. C. ; Roberto Meyer ; Vivian D?Afonseca ; Anderson Miyoshi . Brazilian Genome Sequencing Projects: State of the Art. Recent Patents in DNA and Gene Sequences, v. 2, p. 111-132, 2008
Palavras-chave: brazilian genome.; Meio de divulgação: Digital. Homepage: http://www.bentham.org/dnag/CurrentIssue.htm#5; Série: 2; ISSN/ISBN: 18722156.

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Nogueira, Fernanda B.2008Nogueira, Fernanda B. ; RUIZ, J. C. ; Robello, Carlos ; Romanha, Alvaro J. ; Murta, Silvane M. F. . Molecular characterization of cytosolic and mitochondrial tryparedoxin peroxidase in Trypanosoma cruzi populations susceptible and resistant to benznidazole. Parasitology Research, p. 1, 2008; Meio de divulgação: Digital. Homepage: http://www.springerlink.com/content/x18206k571878642/; Série: 1; ISSN/ISBN: 09320113.

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LAURENTINO, E2007LAURENTINO, E ; RUIZ, J ; BRITO, L ; FIANDT, M ; NICOLETTI, L ; JAMUR, M ; OLIVER, C ; TOSI, L ; CRUZ, A . The use of Tn5 transposable elements in a gene trapping strategy for the protozoan Leishmania. International Journal for Parasitology, Austrália, v. 37, n.7, p. 735-742, 2007
Palavras-chave: Leishmania braziliensis; Tn5; Transposon; In vitro transposition; Gene trapping.
Grande área: Ciências Biológicas
Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Parasitologia / Subárea: Protozoologia de Parasitos. ; Meio de divulgação: Digital. Homepage: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?db=pubmed&cmd=showdetailview&termtosearch=17362967&ordinalpos=3&itool=entrezsystem2.pentrez.pubmed.pubmed_resultspanel.pubmed_rvdocsum; Série: 7; ISSN/ISBN: 00207519.

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Dias, Fabricio C.2007Dias, Fabricio C. ; Ruiz, Jeronimo C. ; Lopes, Wilton C. Z. ; Squina, Fabio M. ; RENZI, Adriana ; Cruz, Angela K. ; Tosi, Luiz R. O. . Organization of H locus conserved repeats in Leishmania (Viannia) braziliensis correlates with lack of gene amplification and drug resistance. Parasitology Research (1987. Print), Berlin / Heidelberg, v. 101, n.in press, p. 667-676, 2007
Palavras-chave: H locus; Leishmania braziliensis; drug resistence; gene amplification.
Grande área: Ciências Biológicas
Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Parasitologia / Subárea: Protozoologia de Parasitos. ; Meio de divulgação: Digital. Homepage: http://www.springerlink.com/content/mx436k3518l84gul/fulltext.pdf; Série: 3; ISSN/ISBN: 09320113.

50.
Peacock, Christopher S2007 Peacock, Christopher S SEEGER, Kathy HARRIS, David MURPHY, Lee Ruiz, Jeronimo C Quail, Michael A PETERS, Nick ADLEM, Ellen TIVEY, Adrian ASLETT, Martin KERHORNOU, Arnaud Ivens, Alasdair FRASER, Audrey RAJANDREAM, Marie-adele CARVER, Tim NORBERTCZAK, Halina CHILLINGWORTH, Tracey HANCE, Zahra JAGELS, Kay MOULE, Sharon ORMOND, Doug RUTTER, Simon SQUARES, Rob WHITEHEAD, Sally RABBINOWITSCH, Ester , et al.ARROWSMITH, Claire WHITE, Brian THURSTON, Scott Bringaud, Frédéric Baldauf, Sandra L Faulconbridge, Adam JEFFARES, Daniel Depledge, Daniel P Oyola, Samuel O Hilley, James D BRITO, Loislene O TOSI, Luiz R O Barrell, Barclay CRUZ, Angela K Mottram, Jeremy C ; Comparative genomic analysis of three Leishmania species that cause diverse human disease. Nature Genetics (Print), New York, USA, v. 39, n.accepted, p. 839-847, 2007
Palavras-chave: Genômica Comparativa; Leishmania braziliensis; arquitetura genômica; anotação genômica; Leishmania infantum; Leishmania major.
Grande área: Ciências Biológicas
Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Parasitologia / Subárea: Protozoologia de Parasitos. ; Meio de divulgação: Digital. Homepage: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?db=pubmed&cmd=showdetailview&termtosearch=17572675&ordinalpos=1&itool=entrezsystem2.pentrez.pubmed.pubmed_resultspanel.pubmed_rvdocsum; Série: 7; ISSN/ISBN: 10614036
The genome sequences of three pathogenic species of Leishmania have revealed a greater conservation in synteny, than expected given their assumed period of divergent evolution. The small number of species-specific genes are distributed throughout the genome rather than segregated into sub-telomeric regions, a common feature of parasitic protozoa. Most of the differences in gene content are due to apparent deterioration of redundant genes, possibly due to differing selective pressures from the host. The presence of retrotransposons and the predicted kinetoplastid pathway of RNAi in L. braziliensis is a surprising finding given their complete absence in L. major and L. infantum. The SLACS retrotransposons and the Argonaut/ Dicer homologs are found in African trypanosomes. Since the RNAi pathway is considered a means of regulating the insertion of transposons (Tabara et al 1999) their presence in L. braziliensis may be associated with the function of the large family of novel transposable elements (TATEs). Quite why two such mechanisms should be maintained in the Leishmania Viannia spp. and absent from other species is open to speculation. However, given the difficulty in generating effective gene knockouts in Leishmania, one positive practical effect may be the ability to use RNAi knockdowns in leishmania. The small number of genes that are absent/present in one of the species is exceptionally low, providing hope that importance on disease devlopement of the entire repetoire of species specific genes can be experimentally demonstrated in a short period of time, accelerating the potential for the translation of practical benefits from the genome projects.. .

51.
SOUZA, R. T.2007SOUZA, R. T. ; Santos, M. R. M. ; Lima, F. M. ; El-Sayed, N. M. ; Myler, P. J. ; RUIZ, J. C. ; da Silveira, J. F. . New Trypanosoma cruzi Repeated Element That Shows Site Specificity for Insertion. Eukaryotic Cell, v. 6, p. 1228-1238, 2007; Meio de divulgação: Digital. Homepage: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?db=pubmed&cmd=showdetailview&termtosearch=17526721&ordinalpos=1&itool=entrezsystem2.pentrez.pubmed.pubmed_resultspanel.pubmed_rvdocsum; Série: 7; ISSN/ISBN: 15359778.

52.
PEDROSA, A2006PEDROSA, A ; Silva, A ; RUIZ, J ; CRUZ, A . Characterization of LST-R533: Uncovering a novel repetitive element in Leishmania?. International Journal for Parasitology, in press, v. 36, p. 211-217, 2006
Palavras-chave: Leishmania; Genome Analysis; Repetitive Sequences; LST-R533; Retrotransposons.
Grande área: Ciências Biológicas
Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Biologia Molecular / Especialidade: Bioinformática. ; Meio de divulgação: Digital. Homepage: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?db=pubmed&cmd=showdetailview&termtosearch=16368097&ordinalpos=5&itool=entrezsystem2.pentrez.pubmed.pubmed_resultspanel.pubmed_rvdocsum; Série: 2; ISSN/ISBN: 00207519.

53.
DEOLIVEIRA, A2006DEOLIVEIRA, A ; RUIZ, J ; CRUZ, A ; GREENE, L ; ROSA, J ; WARD, R . Expression in E. coli and purification of the nucleoside diphosphate kinase b from Leishmania major. Protein Expression and Purification (Print), www.sciencedirect.com, v. 49, p. 244-250, 2006
Palavras-chave: Leishmaniasis; Nucleotide Metabolism; Recombinatn protein expression.
Grande área: Ciências Biológicas; Meio de divulgação: Digital. Homepage: http://www.sciencedirect.com/science?_ob=MImg&_imagekey=B6WPJ-4K2252W-2-C&_cdi=6992&_user=685730&_orig=search&_coverDate=10%2F31%2F2006&_sk=999509997&view=c&wchp=dGLzVlz-zSkWz&md5=5868a9969d313ced90b84f83c58225ed&ie=/sdarticle.pdf; ISSN/ISBN: 10465928.

54.
DEOLIVEIRA, A2006DEOLIVEIRA, A ; RUIZ, J ; CRUZ, A ; GREENE, L ; ROSA, J ; WARD, R . Subproteomic analysis of soluble proteins of the microsomal fraction from two Leishmania species. Comparative Biochemistry and Physiology. Part D, Genomics & Proteomics, www.sciencedirect.com, v. 1, n.1, p. 300-308, 2006
Palavras-chave: 2D-Page; Leishmania; microsome; MALDI-TOF; sub-proteome; trypanosomatidae.
Grande área: Ciências Biológicas; Meio de divulgação: Digital. Homepage: http://www.sciencedirect.com/science?_ob=articlelisturl&_method=list&_articlelistid=623759442&_sort=d&view=c&_acct=c000036919&_version=1&_urlversion=0&_userid=685730&md5=36ddf1f240440c51da3475fb7d8c744e; Série: 3; ISSN/ISBN: 1744117X.

55.
CASAGRANDE, L2005CASAGRANDE, L ; RUIZ, J ; BEVERLEY, S ; CRUZ, A . Identification of a DNA fragment that increases mitotic stability of episomal linear DNAs in Leishmania major. International Journal for Parasitology, v. 35, n.9, p. 973-980, 2005
Grande área: Ciências Biológicas
Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Biologia Molecular / Especialidade: Bioinformática. ; Meio de divulgação: Digital. Homepage: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?cmd=retrieve&db=pubmed&dopt=abstract&list_uids=15996670&query_hl=1; Série: 9; ISSN/ISBN: 00207519
Os dois primeiros autores contribuíram igualmente para o trabalho. .

56.
Ivens, A. C.2005 Ivens, A. C. ; RUIZ, J. C. . The Genome of the Kinetoplastid Parasite, Leishmania major. Science (New York, N.Y.), v. 309, n.5733, p. 436-442, 2005
Grande área: Ciências Biológicas
Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Biologia Molecular / Especialidade: Bioinformática. ; Meio de divulgação: Digital. Homepage: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?cmd=retrieve&db=pubmed&dopt=abstract&list_uids=16020728&query_hl=1; Série: 5733; ISSN/ISBN: 00368075.

57.
Laurentino, Eliane C.2004Laurentino, Eliane C. ; Ruiz, Jeronimo C. ; Fazelinia, Gholam ; Myler, Peter J. ; Degrave, Wim ; Alves-Ferreira, Marcelo ; Ribeiro, José Marcos C. ; Cruz, Angela K. . A survey of Leishmania braziliensis genome by shotgun sequencing. Molecular and Biochemical Parasitology (Print), v. 137, n.1, p. 81-86, 2004
Grande área: Ciências Biológicas
Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Biologia Molecular / Especialidade: Bioinformática. ; Meio de divulgação: Digital. Homepage: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?cmd=retrieve&db=pubmed&dopt=abstract&list_uids=15279954&query_hl=1; Série: 1; ISSN/ISBN: 01666851
Os dois primeiros autores contribuíram igualmente para o trabalho. .

58.
MYLER, P J2001MYLER, P J ; BEVERLEY, S M ; CRUZ, A K ; DOBSON, D e ; IVENS, A C ; MCDONGH, P D ; MADHUBALA, R ; MARTINEZCALVILLO, S ; RUIZ, J. C. ; SEXENA, A ; SISK, e ; SUNKIN, S M ; WORTHEY, e ; YAN, S ; STUART, K D . The Leishmania genome project: new insights into gene organization and function. Medical Microbiology and Immunology, v. 190, p. 9-12, 2001
Grande área: Ciências Biológicas
Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Biologia Molecular / Especialidade: Bioinformática. ; Meio de divulgação: Impresso. Homepage: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?cmd=retrieve&db=pubmed&dopt=abstract&list_uids=11770120&query_hl=1; Série: 1; ISSN/ISBN: 03008584.

59.
PEDROSA, A L2001RUIZ, J. C.; PEDROSA, A L ; TOSI, L R ; CRUZ, A K . Characterisation of three chromosomal ends of Leishmania major reveals transcriptional activity across arrays of reiterated and unique sequences. Molecular and Biochemical Parasitology (Print), v. 114, n.1, p. 71-80, 2001
Grande área: Ciências Biológicas
Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Biologia Molecular / Especialidade: Bioinformática. ; Meio de divulgação: Digital. Homepage: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?cmd=retrieve&db=pubmed&dopt=abstract&list_uids=11356515&query_hl=1; Série: 1; ISSN/ISBN: 01666851.

60.
Ravel, C1998Ravel, C ; RUIZ, J. C. . The Complete Chromosomal Organization of the Reference Strain of the Leishmania Genome Project, L. major 'Friedlin'. Parasitology Today (Regular ed. Print) (Cessou em 2000. Cont. ISSN 1471-4922 Trends in Parasitology), v. 14, p. 301-303, 1998
Grande área: Ciências Biológicas; Meio de divulgação: Digital. Homepage: http://www.sciencedirect.com/science?_ob=articlelisturl&_method=list&_articlelistid=623764173&_sort=d&view=c&_acct=c000036919&_version=1&_urlversion=0&_userid=685730&md5=7331907c199b09c09cb2000d0ea557ba; Série: 8; ISSN/ISBN: 01694758.

Capítulos de livros publicados
1.
DIGIAMPIETRI, L. ; RUIZ, J. C. . Construindo bancos de dados biológicos. In: Leandro Marcio Moreira. (Org.). Ciências genômicas : fundamentos e aplicações. 1ed.Ribeirão Preto, SP: Sociedade Brasileira de Genética, 2015, v. , p. 65-80.
Palavras-chave: bioinformática; Genômica Comparativa; biologia de sistemas.
Grande área: Ciências Biológicas
Setores de atividade: Educação.
Referências adicionais: Brasil/Português; Meio de divulgação: Digital; Homepage: http://moreiralab.net/Livro/; Número da revisão: 1; ISBN: 9788589265225.

2.
Laila Alves Nahum ; RUIZ, J. C. . Filogenômica. In: Leandro Marcio Moreira. (Org.). Ciências genômicas : fundamentos e aplicações. 1ed.Ribeirão Preto: Sociedade Brasileira de Genética, 2015, v. , p. 117-138.
Palavras-chave: bioinformática; Genômica Comparativa; biologia de sistemas.
Grande área: Ciências Biológicas
Setores de atividade: Educação.
Referências adicionais: Brasil/Português; Meio de divulgação: Digital; Homepage: http://moreiralab.net/Livro/; Número da revisão: 1; ISBN: 9788589265225.

3.
ULIANA, S. R. ; RUIZ, J. C. ; CRUZ, A K . Leishmania Genomics: Where Do We Stand?. In: Arthur Gruber, Alan M. Durham, Chuong Huynh, and Hernando A. del Portillo. (Org.). Bioinformatics in Tropical Disease Research: A Practical and Case-Study Approach. : , 2007, v. , p. -.
Referências adicionais: Estados Unidos/Inglês; Meio de divulgação: Digital; Homepage: http://web.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv.fcgi?rid=bioinfo.chapter.B02.
NCBI Book http://web.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv.fcgi?rid=bioinfo.chapter.B02.

Trabalhos completos publicados em anais de congressos
1.
TM, Malta ; RUIZ, J. C. ; MONESI, Nádia . Functional Characterization and bioinformatics analysis of the BhC4-1 ring gland enhancer in transgenic Drosophila. In: 16th International Ecdysone Workshop, 2006, Ghent, Belgium. The Journal of Insect Science, 2006.
Palavras-chave: Drosophila; DNA puffs.
Grande área: Ciências Biológicas
Referências adicionais: Classificação do evento: Internacional; Brasil/ Português; Meio de divulgação: Impresso; Homepage: http://www.ecdysone2006.ugent.be/homepage%20ecdysone.htm; ISSN/ISBN: 15362442.

Resumos publicados em anais de congressos
1.
RUIZ, J. C.; VELLOSO, JOÃO ; ANDERSON SOUZA GUIMARÃES, PAUL ; TOLEDO, H.C.S. ; RESENDE, D. M. . Association between protein disorder and immunogenicity in trypanosomatids. In: Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB), 2017, Praga. Intelligent Systems for Molecular Biology, 2017.
Referências adicionais: Classificação do evento: Internacional; Brasil/ Inglês.

2.
GONÇALVES, LEILANE O. ; GUIMARÃES, FREDERICO ; ANDERSON SOUZA GUIMARÃES, PAUL ; TOLEDO, H.C.S. ; RESENDE, D. M. ; MURTA, S. M. F. ; RUIZ, J. C. . SNP discovery in Leishmania infantum transcriptome using RNA sequencing approach. In: Intelligent Systems for Molecular Biology, 2017, Praga. Intelligent Systems for Molecular Biology, 2017.
Referências adicionais: Classificação do evento: Brasil/ Inglês.

3.
GUIMARÃES, FREDERICO ; GONCALVES, L. O. ; TOLEDO, H.C.S. ; RESENDE, D. M. ; Ruiz, J.C. . Integrating gene expression and proteomics data into protein-protein interactions networks using a modular methodology based on open source software. In: Intelligent Systems for Molecular Biology, 2017, Praga. Intelligent Systems for Molecular Biology, 2017.
Referências adicionais: Classificação do evento: Internacional; Brasil/ Português.

4.
ROCHA, L.G.N. ; SANTOS,D. A. ; TAVARES, G. ; Ruiz, J.C. ; RESENDE, D. M. . Immunoinformatics for identification of vaccine targets in Cryptococcus gattii genomes. In: IV Simpósio de Microbiologia da UFMG, 2017. IV Simpósio de Microbiologia da UFMG, 2017.
Referências adicionais: Classificação do evento: Nacional; Brasil/ Português.

5.
BRITO, R. C. ; GUIMARÃES, FREDERICO ; VELLOSO, JOÃO ; CORRÊA-OLIVEIRA, RODRIGO ; Ruiz, J.C. ; REIS, A. B. ; RESENDE, D. M. . Immunoinformatics and data integration: in silico study of features associated to experimentally tested targets for Leishmania vaccine development.. In: XXXIII Annual Meeting of the Brazilian Society of Protozoology, 2017, Belo Horizonte. XXXIII Annual Meeting of the Brazilian Society of Protozoology, 2017.
Referências adicionais: Classificação do evento: Brasil/ Inglês.

6.
GUIMARÃES, FREDERICO ; GONCALVES, L. O. ; RESENDE, D. M. ; RUIZ, J. C. . A modular methodology to integrate gene expression and proteomics data into protein-protein interaction (PPI) networks, using public databases and open source softwares. In: XXXIII Annual Meeting of the Brazilian Society of Protozoology, 2017, Caxambu. XXXIII Annual Meeting of the Brazilian Society of Protozoology, 2017.
Referências adicionais: Classificação do evento: Brasil/ Português.

7.
VELLOSO, JOÃO ; ANDERSON SOUZA GUIMARÃES, PAUL ; BRITO, R. C. F. ; GONCALVES, L. O. ; GUIMARÃES, FREDERICO ; TAVARES, GRACE S. ; RESENDE, D. M. ; Ruiz, J.C. . Immune-structural association between epitopes and predicted disordered regions.. In: XXXIII Annual Meeting of the Brazilian Society of Protozoology, 2017, Caxambu. XXXIII Annual Meeting of the Brazilian Society of Protozoology, 2017.
Referências adicionais: Classificação do evento: Brasil/ Português.

8.
BRITO, R. C. F. ; CARDOSO, JAMILLE M. DE O. ; REIS, LEVI E. S. ; MATHIAS, FERNANDO A. S. ; OSTOLIN, T. L. V. D. P. ; MARQUES, D. C. C. ; NAGAOKA, M. Y. ; AGUIAR-SOARES, RODRIGO DIAN D. O. ; RUIZ, J. C. ; RESENDE, D. M. ; REIS, A. B. . Evaluation of cellular response and mRNA cytokines profiles after inoculum with peptides selected by bioinformatics tools using Leishmania naturally infected dogs received an honorable mention for the oral presentation. In: II International Symposium on Biological Sciences, 2017, Ouro Preto. II International Symposium on Biological Sciences, 2017.
Referências adicionais: Classificação do evento: Brasil/ Português.

9.
GONCALVES, L. O. ; GUIMARAES, F. ; RESENDE, D. M. ; VELLOSO, JOÃO ; LIARTE, D. B. ; ANDRADE, J. M. ; Oliveira, Luciana M. ; DELFINO, R. ; PESCHER, P. ; SPAETH, G. ; MURTA, SILVANE M.F. ; Ruiz, J.C. . Comparative transcriptome analysis of antimony resistant and susceptible Leishmania infantum lines. In: XXXIII Annual Meeting of the Brazilian Society of Protozoology, 2017, Caxambu. XXXIII Annual Meeting of the Brazilian Society of Protozoology, 2017.
Referências adicionais: Classificação do evento: Brasil/ Português.

10.
GUIMARAES, F. ; GONCALVES, L. O. ; VELLOSO, JOÃO ; RESENDE, D. M. ; El-Sayed, N. M. ; AHMAD, R. ; MANNING-CELA, R. G. ; PIRES, D. E. V. ; RUIZ, J. C. . Bringing to light biological information: integrating massive RNA and shotgun proteomics in protein-protein interaction networks. In: XXXII Annual Meeting of the Brazilian Society of Protozoology / XLIII Annual Meeting on Basic Research in Chagas Disease, 2017, Caxambu. XXXII Annual Meeting of the Brazilian Society of Protozoology / XLIII Annual Meeting on Basic Research in Chagas Disease, 2016.
Referências adicionais: Classificação do evento: Brasil/ Português.

11.
DELFINO, R. ; GUIMARAES, F. ; TAVARES, GRACE S. ; GOUVEIA, L. F. ; TOLEDO, H.C.S. ; RESENDE, D. M. ; SANTOS,D. A. ; Ruiz, J.C. . Data integration of omics data: a network-oriented approach. In: : 24th Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology, 2016, Orlando. : 24th Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology, 2016.
Referências adicionais: Classificação do evento: Brasil/ Português.

12.
VELLOSO, JOÃO ; GONCALVES, L. O. ; GUIMARAES, F. ; ANDERSON SOUZA GUIMARÃES, PAUL ; RESENDE, D. M. ; Ruiz, J.C. . A knowledge shared database of trypanosomatids: Integrating RNAi and genomic data.. In: XXXII Annual Meeting of the Brazilian Society of Protozoology / XLIII Annual Meeting on Basic Research in Chagas Disease,, 2016. XXXII Annual Meeting of the Brazilian Society of Protozoology / XLIII Annual Meeting on Basic Research in Chagas Disease,, 2016.
Referências adicionais: Classificação do evento: Brasil/ Português.

13.
BRITO, R. C. F. ; CARDOSO, JAMILLE M. DE O. ; MATHIAS, FERNANDO A. S. ; REIS, LEVI E. S. ; VIEIRA, JOAO F. ; OSTOLIN, T. L. V. D. P. ; NUNES, V. D. C. ; RUIZ, J. C. ; AGUIAR-SOARES, RODRIGO DIAN D. O. ; RESENDE, D. M. ; REIS, A. B. . In vitro evaluation of promising epitopes selected using Bioinformatics tools in PBMC from Leishmania naturally infected dogs.. In: XXXII Annual Meeting of the Brazilian Society of Protozoology / XLIII Annual Meeting on Basic Research in Chagas Disease, 2016. XXXII Annual Meeting of the Brazilian Society of Protozoology / XLIII Annual Meeting on Basic Research in Chagas Disease, 2016.
Referências adicionais: Classificação do evento: Brasil/ Português.

14.
GONCALVES, L. O. ; GUIMARAES, F. ; VELLOSO, JOÃO ; RESENDE, D. M. ; El-Sayed, N. M. ; AHMAD, R. ; BURLEIGH, B. ; MANNING-CELA, R. G. ; Ruiz, J.C. . System biology of T. cruzi infectivity: A transcriptomics and shotgun proteomics study of infective and non infective strains. In: XXXII Annual Meeting of the Brazilian Society of Protozoology / XLIII Annual Meeting on Basic Research in Chagas Disease, 2016, Caxambu. XXXII Annual Meeting of the Brazilian Society of Protozoology / XLIII Annual Meeting on Basic Research in Chagas Disease, 2016.
Referências adicionais: Classificação do evento: Brasil/ Português.

15.
CARVALHO, GARDENIA B. F. ; RESENDE, D. M. ; SIQUEIRA, LILIANE M. V. ; LOPES, MARCELO D. ; Lopes, Débora O. ; COELHO, PAULO MARCOS Z. ; Ruiz, J.C. ; FONSECA, C. T. . Integration of data from bioinformatics prediction for selection of targets for schistosomiasis diagnosis. In: XLI Congress of the Brazilian Society of Immunology, 2016, Campos do Jordão. XLI Congress of the Brazilian Society of Immunology, 2016.
Referências adicionais: Classificação do evento: Brasil/ Português.

16.
GUIMARAES, F. ; GONCALVES, L. O. ; ANDRADE, J. ; RESENDE, D. ; PESCHER, P. ; SPATH, G. ; MURTA, S. ; PIRES, D. ; RUIZ, J . Integration of gene expression data of Leishmania infantum via biological interaction networks. In: X meeting, 2015, São Paulo. Proceedins X-Meeting 2015, 2015.
Referências adicionais: Classificação do evento: Internacional; Brasil/ Português.

17.
GONCALVES, L. ; ANDRADE, J. ; DELFINO, R. ; RESENDE, D. ; PESCHER, P. ; SPAETH, G. ; MURTA, S. ; RUIZ, J. C. . RNA-Seq analysis in Leishmania infantum reveals differentially expressed genes related to drug resistance. In: ISMB/ECCB 2015, 2015, Dublin. Proceedins of ISMB/ECCB 2015, 2015.
Referências adicionais: Classificação do evento: Internacional; Irlanda/ Inglês; Meio de divulgação: Digital.

18.
TAVARES, G. ; HORACIO, E. ; GONCALVES, L. ; RESENDE, D. ; Ruiz, J.C. . Addressing the protein disorder content in Cryptococcus spp. genomes. In: ISMB/ECCB 2015, 2015, Dublin. Proceedins of ISMB/ECCB 2015, 2015.
Referências adicionais: Classificação do evento: Internacional; Irlanda/ Inglês; Meio de divulgação: Digital.

19.
RESENDE, D. ; REIS, A. B. ; RUIZ, J. C. . Immunoinformatics and disorder prediction: an integrative approach for vaccine and diagnostic targets discovery. In: ISMB/ECCB 2015, 2015, Dublin. Proceedins of ISMB/ECCB 2015, 2015.
Referências adicionais: Classificação do evento: Internacional; Brasil/ Português.

20.
BRITO, R. C. F. ; VELLOSO, JOÃO ; RESENDE, A. M. ; CORRÊA-OLIVEIRA, RODRIGO ; Ruiz, J.C. ; REIS, A. B. ; RESENDE, D. M. . Identification and cloning of new target to vaccine development against canine visceral leishmaniasis using bioinformatics. In: ISCB-LA / X-meeting / BSB / SolBio, 2014, Belo Horizonte. ISCB-LA / X-meeting / BSB / SolBio, 2014.
Referências adicionais: Classificação do evento: Brasil/ Português.

21.
RESENDE, D. M. ; REIS, A. B. ; Ruiz, J.C. . Genomic data mining for search of new targets for vaccine development: immunoinformatics and system biology. In: ISCB-LA / X-meeting / BSB / SolBio, 2014, Belo Horizonte. ISCB-LA / X-meeting / BSB / SolBio, 2014.
Referências adicionais: Classificação do evento: Brasil/ Português.

22.
VELLOSO, JOÃO ; RESENDE, D. M. ; Ruiz, J.C. ; REIS, A. B. . Immunoinformatics workflow to select vaccine targets against canine ehrlichiosis. In: ISCB-LA / X-meeting / BSB / SolBio, 2014, Belo Horizonte. ISCB-LA / X-meeting / BSB / SolBio, 2014.
Referências adicionais: Classificação do evento: Brasil/ Português.

23.
RESENDE, D. M. ; RESENDE, A. M. ; BRITO, R. C. F. ; OLIVEIRA, M. M. ; BOUILLET, L. E. M. ; OLIVEIRA, NESLEY JD ; OLIVEIRA, L. A. M. ; RUIZ, J. C. ; REIS, A. B. . EPITOPE PREDICTION IN L. BRAZILIENSIS PREDICTED PROTEOME FOR VACCINE DESIGN AGAINST CANINE VISCERAL LEISHMANIASIS. In: Worldleish 5, 2013, Porto de Galinhas. Worldleish 5, 2013.
Referências adicionais: Classificação do evento: Brasil/ Português.

24.
BRITO, R. C. F. ; OLIVEIRA, M. M. ; RESENDE, A. M. ; OLIVEIRA, L. A. M. ; REIS, A. B. ; CORRÊA-OLIVEIRA, RODRIGO ; Ruiz, J.C. ; BOUILLET, L. E. M. ; RESENDE, D. M. . Discovery of new targets for vaccine against canine visceral leishmaniasis using reverse vaccinology. In: Worldleish 5, 2013, Porto de Galinhas. Worldleish 5, 2013.
Referências adicionais: Classificação do evento: Brasil/ Português.

25.
Oliveira, Luciana M. ; RESENDE, D. M. ; GONCALVES, L. O. ; CRUZ, R. C. ; Ribeiro, José Marcos C. ; Ruiz, J.C. ; CISALPINO, P. S. . A strain of Paracoccidioides brasiliensis defective in the thermodimorphic shift: A genomic comparative approach. In: International Conference of the AB3C & Brazilian Symposium on Bioinformatics, 2013, Recife. International Conference of the AB3C & Brazilian Symposium on Bioinformatics, 2013.
Referências adicionais: Classificação do evento: Brasil/ Português.

26.
RESENDE, D. M. ; BRITO, R. C. F. ; BOUILLET, L. E. M. ; OLIVEIRA, N. J. ; REIS, A. B. ; Ruiz, J.C. . Epitope Prediction Pipeline for Vaccine Development against Canine Visceral Leishmaniasis using L. braziliensis Genome. In: Advancing Vaccines in the Genomics Era, 2013, Rio de Janeiro. Issues of the Advancing Vaccines in the Genomics Era, 2013.
Referências adicionais: Classificação do evento: Brasil/ Português.

27.
ANDRADE, M. M. S. ; RESENDE, D. M. ; OLIVEIRA, L. ; BRITO, R. C. F. ; Ruiz, J.C. ; CARNEIRO, C. M. ; REIS, A. B. ; OLIVEIRA, M. M. . Desenvolvimento de vacina contra o Tripanosoma cruzi utilizando a bioinformática como ferramenta: predição de epítopos de células T CD4+ e de células B. In: XXI Seminário de Iniciação Científica da UFOP - Encontro de Saberes, 2013, 2013, Ouro Preto. Anais do XXI Seminário de Iniciação Científica da UFOP - Encontro de Saberes, 2013, 2013.
Referências adicionais: Classificação do evento: Brasil/ Português.

28.
RESENDE, D. M. ; OLIVEIRA, NESLEY JD ; Rezende, A. M. ; REIS, A. B. ; Ruiz, J.C. . Computational Workflow for Epitope Prediction in L. braziliensis for Vaccine Development against Canine Visceral Leishmaniasis. In: 20th Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology, 2012, Long Beach. 20th Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology, 2012.
Referências adicionais: Classificação do evento: Brasil/ Português.

29.
RESENDE, D. M. ; Rezende, A. M. ; OLIVEIRA, N. J. ; REIS, A. B. ; Ruiz, J.C. . Epitope prediction in l. Braziliensis: a computational workflow for vaccine development against canine visceral leishmaniasis. In: II International Symposium on Leishmaniasis Vaccines, 2012, Ouro Preto. II International Symposium on Leishmaniasis Vaccines, 2012.
Referências adicionais: Classificação do evento: Brasil/ Português.

30.
OLIVEIRA, M. M. ; BRITO, R. C. F. ; OLIVEIRA, L. ; REIS, A. B. ; CORRÊA-OLIVEIRA, RODRIGO ; Ruiz, J.C. ; RESENDE, D. M. . . New approach to the development of vaccines against canine visceral leishmaniasis (cvl): bioinformatics tools. In: II International Symposium on Leishmaniasis Vaccines, 2012, Ouro Preto. II International Symposium on Leishmaniasis Vaccines, 2012.
Referências adicionais: Classificação do evento: Brasil/ Português.

31.
ANDRADE, M. M. S. ; RESENDE, D. M. ; Rezende, A. M. ; OLIVEIRA, N. J. ; REIS, A. B. ; Ruiz, J.C. . Vacinologia reversa para o desenvolvimento de vacina contra a leishmaniose visceral canina: predição de epítopos de células t cd4+ e de linfócitos b no genoma de l. Braziliensis. In: XX Seminário de Iniciação Científica da UFOP, 2012, 2012, Ouro Preto. Anais do XX Seminário de Iniciação Científica da UFOP, 2012, 2012.
Referências adicionais: Classificação do evento: Brasil/ Português.

32.
BRITO, R. C. F. ; OLIVEIRA, M. M. ; REIS, A. B. ; CORRÊA-OLIVEIRA, RODRIGO ; Ruiz, J.C. ; RESENDE, D. M. . Desenvolvimento de uma nova vacina contra a leishmaniose visceral canina (LVC) na era pós-genômica: utilização de algoritmos para a descoberta de novos epítopos no genoma de L. infantum. In: III Congresso de Ciências Farmacêuticas de Ouro Preto, 2011, Ouro Preto. Anais do III Congresso de Ciências Farmacêuticas de Ouro Preto, 2011.
Referências adicionais: Classificação do evento: Brasil/ Português.

33.
BRITO, R. C. F. ; OLIVEIRA, M. M. ; REIS, A. B. ; Ruiz, J.C. ; CORRÊA-OLIVEIRA, RODRIGO ; RESENDE, D. M. . Development of a new vaccine against canine visceral leishmaniosis using immunoinformatics tools: prediction of epitopes and subcellular localization in Leishmania infantum genome. In: 7th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology (AB3C), 2011, Florianópolis. 7th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology (AB3C), 2011.
Referências adicionais: Classificação do evento: Brasil/ Português.

34.
RESENDE, D. M. ; OLIVEIRA, N. J. ; Rezende, A. M. ; REIS, A. B. ; Ruiz, J.C. . Concept and application of a computational workflow for epitope prediction in bacteria. In: 19th Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology, 2011, Viena. 19th Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology, 2011.
Referências adicionais: Classificação do evento: Brasil/ Português.

35.
RESENDE, D. M. ; REIS, A. B. ; OLIVEIRA, NESLEY JD ; Ramos, R. T. J. ; Cerdeira, L. T. ; TORRIERI, RAUL ; Ruy, P. d. C. ; BATISTA, IZABELLA CA ; CORRÊA-OLIVEIRA, RODRIGO ; Ruiz, J.C. . A survey on epitope prediction methods for parasites genomes. In: 18th Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology, 2010, bOSTON. 18th Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology, 2010.
Referências adicionais: Classificação do evento: Brasil/ Português.

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Referências adicionais: Classificação do evento: Brasil/ Português.

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Referências adicionais: Classificação do evento: Brasil/ Português.

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Referências adicionais: Classificação do evento: Brasil/ Português.

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Ramos, R. T. J. ; Cerdeira, L. T. ; DAFONESCA, V. ; Santos, AR ; RESENDE, D. M. ; SOARES, S. C. ; Pinto, AC ; SILVA, R. R. ; Cuadros-Orellana, S. ; LAMEIRA, J. ; OLIVEIRA, G. C. ; Silva, A ; Azevedo, V ; Ruiz, J.C. . Short reads and bacterial genome assembly: A Corynebacterium perspective. In: 5th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology, 2009, Angra dos Reis. 5th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology, 2009.
Referências adicionais: Classificação do evento: Brasil/ Português.

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Ramos, R. T. J. ; DAFONSECA, V. ; de Almeida, S. S. ; Cerdeira, L. T. ; PINTO, A. C. ; RESENDE, D. M. ; Cuadros-Orellana, S. ; LAMEIRA, J. ; SILVA, R. R. ; Azevedo, V ; Silva, A ; Ruiz, J.C. . Sequenciamento dos genomas de linhagens de Corynebacterium pseudotuberculosis utilizando a plataforma SOLiD. In: 25o Congresso Brasileiro de Microbiologia, 2009, Porto de Galinhas. 25o Congresso Brasileiro de Microbiologia, 2009.
Referências adicionais: Classificação do evento: Brasil/ Português.

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Referências adicionais: Classificação do evento: Brasil/ Português.

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RESENDE, D. M. ; RUIZ, J. C. ; OLIVEIRA, NESLEY JD ; Ramos, R. T. J. ; CERDEIRA, LOUISE ; BATISTA, IZABELLA CA ; REIS, A. B. ; CORRÊA-OLIVEIRA, RODRIGO . Reverse vaccinology: a new approach for designing a vaccine against canine visceral leishmaniasis. In: Simpósio Interdisciplinar Física + Bioinformática 2009, 2009, Ouro Preto. Revista da Física de Ouro Preto (RFOP) e OP Physics (OPP),, 2009.
Referências adicionais: Classificação do evento: Brasil/ Português.

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Soares, SC ; DAFONSECA, V. ; Almeida, SS ; Pinto, AC ; Santos, AR ; Ramos, R. T. J. ; RESENDE, D. M. ; Cuadros-Orellana, S. ; Silva, A ; Anderson Miyoshi ; Vasco Azevedo ; Ruiz, J.C. . Pathogenicity islands in bacteria: A next generation sequence approach overview of Corynebacterium genomes. In: Simpósio Interdisciplinar Física + Bioinformática 2009, 2009, Ouro Preto. Revista da Física de Ouro Preto (RFOP) e OP Physics (OPP), 2009.
Referências adicionais: Classificação do evento: Brasil/ Português.

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DAFONSECA, V. ; Almeida, SS ; Soares, SC ; Pinto, AC ; Santos, AR ; RESENDE, D. M. ; Oliveira, Guilherme C ; Ramos, R. T. J. ; Cerdeira, L. T. ; Cuadros-Orellana, S. ; Silva, A ; Anderson Miyoshi ; Ruiz, J.C. . Comparative genomics between Corynebacterium pseudotuberculosis strains. In: Simpósio Interdisciplinar Física + Bioinformática 2009,, 2009, Ouro Preto. Revista da Física de Ouro Preto (RFOP) e OP Physics (OPP), 2009.
Referências adicionais: Classificação do evento: Brasil/ Português.

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Ramos, R. T. J. ; Cerdeira, L. T. ; Vivian D?Afonseca ; Almeida, SS ; RESENDE, D. M. ; Pinto, AC ; Soares, SC ; Santos, AR ; SILVA, R. R. ; Cuadros-Orellana, S. ; Schneider, Maria Paula C. ; LAMEIRA, J. ; Oliveira, Guilherme C ; Silva, A ; Vasco Azevedo ; Ruiz, J.C. . A pipeline for bacterial genome sequencing assembly using short reads: Corynebacterium pseudotuberculosis as a model. In: Simpósio Interdisciplinar Física + Bioinformática 2009, 2009, 2009, Ouro Preto. Simpósio Interdisciplinar Física + Bioinformática 2009, 2009, 2009.
Referências adicionais: Classificação do evento: Brasil/ Português.

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Palavras-chave: Bioinformatics; Bir genes multifamily; Plasmodium berghei.
Referências adicionais: Classificação do evento: Internacional; Brasil/ Inglês; Meio de divulgação: Digital; Homepage: http://xmeeting.cpqrr.fiocruz.br/.

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Nogueira, FB ; RUIZ, J. C. ; Romanha, AJ ; Murta, SMF . Caracterização dos genes que codificam as proteínas triparedoxina peroxidase citosólica e mitocondrial em populações do Trypanosoma cruzi sensíveis e resistentes ao benzonidazol. In: II Jornada de Pós-Graduação, V Jornada do Programa de Vocação Científica e XVI Jornada de Iniciação Científica, 2008, Belo Horizonte. XVI Jornada de Iniciação Científica. Belo Horizonte, 2008. v. único. p. 76-76.
Referências adicionais: Classificação do evento: Brasil/ Português; Meio de divulgação: Impresso.

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Bahia, D ; Oliveira, L. M. ; Mortara, R. A. ; RUIZ, J. C. . A genome-wide survey of P13 and related-kinases classes and subtypes in Schistosoma mansoni. In: 11º Simpósio Internacional sobre Esquistossomose, 2008, Salvador. 11º Simpósio Internacional sobre Esquistossomose. Salvador, 2008. v. único. p. 73-73.
Referências adicionais: Classificação do evento: Brasil/ Inglês; Meio de divulgação: Impresso.

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Bahia, D ; Araújo, F.M.G. ; Johnston, D. ; OLIVEIRA, G. C. ; Rodrigues, N.B. ; RUIZ, J. C. . CA88, the first non-mitonchondrial minisatellite identified in Schistosoma mansoni allows the genotypinig of 9 Schistosoma species of medical and veterinary importance. In: 11º Simpósio Internacional sobre Esquistossomose, 2008, Salvador. 11º Simpósio Internacional sobre Esquistossomose. Salvador, 2008. v. único. p. 65-65.
Referências adicionais: Classificação do evento: Brasil/ Inglês; Meio de divulgação: Impresso.

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Andrade, L.F. ; RUIZ, J. C. ; Adhemar Zerlotini ; Moraes, R.L.V. ; Dissous, C. ; Pierce, R. ; OLIVEIRA, G. C. . Characterization of MAPKS and MKPS in Schistosoma mansoni genome: an in silico and experimental approach. In: 11º Simpósio Internacional sobre Esquistossomose, 2008, Salvador. 11º Simpósio Internacional sobre Esquistossomose. Salvador, 2008. v. único. p. 133-133.
Referências adicionais: Classificação do evento: Internacional; Brasil/ Inglês; Meio de divulgação: Impresso.

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Oliveira, L. M. ; RUY, Patrícia de Cássia ; RUIZ, J. C. ; OLIVEIRA, G. C. . Expressed sequence Tags of Schistosoma mansoni: establishing bridges between AB initio gene prediction and functional annotation. In: 11º Simpósio Internacional sobre Esquistossomose, 2008, Salvador. 11º Simpósio Internacional sobre Esquistossomose. Salvador, 2008. v. único. p. 136-136.
Referências adicionais: Classificação do evento: Internacional; Brasil/ Inglês; Meio de divulgação: Impresso.

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RUY, Patrícia de Cássia ; Oliveira, L. M. ; RUIZ, J. C. ; OLIVEIRA, G. C. . Preliminary profile of the Biomphalaria glabrata transcriptome: an expressed sequence Tag analysis. In: 11º Simpósio Internacional sobre Esquistossomose, 2008, Salvador. 11º Simpósio Internacional sobre Esquistossomose. Salvador, 2008. v. único. p. 139-139.
Referências adicionais: Classificação do evento: Internacional; Brasil/ Inglês; Meio de divulgação: Impresso.

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Moraes, R.L.V. ; RUIZ, J. C. ; Adhemar Zerlotini ; OLIVEIRA, G. C. . Computational analysis of the Schistosoma mansoni genome for the identification of vaccine candidates. In: 11º Simpósio Internacional sobre Esquistossomose, 2008, Salvador. 11º Simpósio Internacional sobre Esquistossomose. Salvador, 2008. v. único. p. 145-145.
Referências adicionais: Classificação do evento: Internacional; Brasil/ Inglês; Meio de divulgação: Impresso.

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Moraes, R.L.V. ; RUIZ, J. C. ; Adhemar Zerlotini ; OLIVEIRA, G. C. . Computational analysis of the Schistosoma mansoni genome for the identification of vaccine candidates. In: 4th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology, 2008, Salvador. 4th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology. Belo Horizonte, 2008. v. único.
Referências adicionais: Classificação do evento: Internacional; Brasil/ Inglês; Meio de divulgação: Vários.

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Oliveira, L. M. ; OLIVEIRA, G. C. ; FONAGER, J. ; Franke-Fayard, B. M. D. ; Janse, C. ; RUIZ, J. C. . Computational prediction and characterization of the bir multigene family of Plasmodium berghei. In: 4th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology, 2008, Salvador. 4th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology. Belo Horizonte, 2008. v. único.
Referências adicionais: Classificação do evento: Internacional; Brasil/ Inglês; Meio de divulgação: Digital.

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RUY, Patrícia de Cássia ; Torrieri, R. ; OLIVEIRA, G. C. ; RUIZ, J. C. . Computational identification and characterization of elements associated with structural order and disorder in Leishmania braziliensis predicted proteome. In: 4th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology, 2008, Salvador. 4th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology. Belo Horizonte, 2008. v. único.
Referências adicionais: Classificação do evento: Internacional; Brasil/ Inglês; Meio de divulgação: Digital.

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Torrieri, R. ; RUY, Patrícia de Cássia ; OLIVEIRA, G. C. ; RUIZ, J. C. . Identification and characterization of disordered proteins Schistosoma mansoni. In: 4th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology, 2008, Salvador. 4th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology. Belo Horizonte, 2008. v. único.
Referências adicionais: Classificação do evento: Internacional; Brasil/ Inglês; Meio de divulgação: Digital.

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Referências adicionais: Classificação do evento: Nacional; Brasil/ Inglês; Meio de divulgação: Impresso.

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Nogueira, FB ; CORREA, M. M. S. ; RUIZ, J. C. ; Romanha, AJ ; Murta, SMF . Trypanosoma cruzi: characterization of the gene encoding Ascorbate peroxidase (TcAPX) in benznidazole-resistant and susceptible populations.. In: XXXV Annual Meeting on Basic Research in Chagas? Disease and XXIV Annual Meeting of the Brazilian Society of Protozoology, 2008, Águas de Lindóia. XXXV Annual Meeting on Basic Research in Chagas? Disease and XXIV Annual Meeting of the Brazilian Society of Protozoology. São Paulo, 2008. v. único. p. 62-63.
Referências adicionais: Classificação do evento: Nacional; Brasil/ Inglês; Meio de divulgação: Impresso.

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Referências adicionais: Classificação do evento: Local; Brasil/ Português; Meio de divulgação: Impresso.

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Andrade, L.F. ; RUIZ, J. C. ; Adhemar Zerlotini ; Moraes, R.L.V. ; Dissous, C. ; Pierce, R. ; OLIVEIRA, G. C. . Characterization of MAPKs and MKPs in Schistosoma mansoni genome: an in silico and experimental approach. In: X-Meeting e 3ª Conferência Internacional da Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional, 2007, São Paulo. X-Meeting e 3ª Conferência Internacional da Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional. São Paulo, 2007. v. único. p. 54-54.
Referências adicionais: Classificação do evento: Nacional; Brasil/ Inglês; Meio de divulgação: Impresso.

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Referências adicionais: Classificação do evento: Nacional; Brasil/ Inglês; Meio de divulgação: Impresso.

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Bahia, D ; Mortara, R. A. ; Oliveira, L. M. ; RUIZ, J. C. . Phosphatidylinositol 3- and related-kinases: a survey of classes and subtypes in the Trypanosoma cruzi and Schistosoma mansoni genomes. In: X-Meeting e 3ª Conferência Internacional da Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional, 2007, São Paulo. X-Meeting e 3ª Conferência Internacional da Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional. São Paulo, 2007. v. único.
Referências adicionais: Classificação do evento: Nacional; Brasil/ Inglês; Meio de divulgação: Impresso.

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RUY, Patrícia de Cássia ; CRUZ, A K ; RUIZ, J. C. . A pipeline for mapping intra- and interspecies putative rearragements at chromosomal ends in L. major, L. infantum and L. braziliensis genomes. In: X-Meeting e 3ª Conferência Internacional da Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computaciona, 2007, São Paulo. X-Meeting e 3ª Conferência Internacional da Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computaciona. São Paulo, 2007. v. único.
Referências adicionais: Classificação do evento: Nacional; Brasil/ Inglês; Meio de divulgação: Impresso.

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ARAUJO, A. S. ; CALDAS, A. J. M. ; Cavalcante, M. N. ; Mesquita, E.R.R.B.P.L. ; Grupo LVH-HUPD ; Hadad, S. ; Castro, J. A. F. ; ANDRADE, H. M. ; Campos, M. A. S. ; RUIZ, J. C. ; Moraes, R.L.V. ; Coser, E. M. ; Oliveira, L. M. ; Castro, A. E. ; OLIVEIRA, G. C. . Single nucleotide polymorphism detection in toll like receptor 2 (TlR2) gene of human visceral leishmaniasis and yours ancestors. In: X-Meeting e 3ª Conferência Internacional da Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional, 2007, São Paulo. X-Meeting e 3ª Conferência Internacional da Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional. São Paulo, 2007. v. único. p. 94-94.
Referências adicionais: Classificação do evento: Nacional; Brasil/ Inglês; Meio de divulgação: Impresso.

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Referências adicionais: Classificação do evento: Nacional; Brasil/ Inglês; Meio de divulgação: Impresso.

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Nogueira, FB ; RUIZ, J. C. ; Romanha, AJ ; Murta, SMF . Characterization of TcTXNPm gene tryparedoxin peroxidase mitochondrial in Trypanosoma cruzi populations susceptible and resistant to benznidazole. In: XXXIV Annual Meeting on Basic Research in Chagas´Disease e XXIII Annual Meeting of the Brazilian Society of Protozoology, 2007, Caxambu. XXXIV Annual Meeting on Basic Research in Chagas´Disease e XXIII Annual Meeting of the Brazilian Society of Protozoology. São Paulo, 2007. v. único. p. 82-82.
Referências adicionais: Classificação do evento: Nacional; Brasil/ Inglês; Meio de divulgação: Impresso.

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Adhemar Zerlotini ; Moraes, R.L.V. ; Mark Heiges ; Haiming Wang ; Stahl, A. O. ; RUIZ, J. C. ; Jessica C. Kissinger ; OLIVEIRA, G. C. . Identification of new antigens for vaccine development for Schistosoma mansoni. Integration of genomic and post-genomic data and proteomic analysis. In: Keystone Symposium. Challenges of Global Health Vaccine Development, 2007, Cidade do Cabo. Keystone Symposium. Challenges of Global Health Vaccine Development. Cidade do Cabo, 2007. v. único.
Referências adicionais: Classificação do evento: Internacional; Estados Unidos/ Inglês; Meio de divulgação: Impresso.

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RUIZ, J. C.; CS, Peacock ; SANTOS, Romulo Vma ; CRUZ, Angela Kaysel ; BARRIMAN, Matthew . Leishmania (Viannia) braziliensis sequence project update and comparative genomic analysis with other Leishmania species. In: XXI Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Protozoologia / XXXII Reunião Anual sobre Pesquisa Básica em Doenças de Chagas / International Syposium on Vesicle Trafficking in Parasitic Protozoa, 2005, Caxambú. XXXII Reunião Anual sobre Pesquisa Básica em Doenças de Chagas, 2005.
Grande área: Ciências Biológicas
Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Biologia Molecular / Especialidade: Bioinformática.
Referências adicionais: Classificação do evento: Internacional; Brasil/ Inglês; Meio de divulgação: Impresso; Homepage: http://www.sbpz.org.br.

70.
RUY, Patrícia de Cássia ; SANTOS, Romulo Vma ; BRITO, Loislene O ; CRUZ, Angela Kaysel ; RUIZ, J. C. . In silico identification of putative chromosomal rearrangements in Leishmania species. In: XXI Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Protozoologia / XXXII Reunião Anual sobre Pesquisa Básica em Doenças de Chagas / International Syposium on Vesicle Trafficking in Parasitic Protozoa, 2005, Caxambu. XXI Annual Meeting of the Brazilian Society of Protozoology, 2005.
Grande área: Ciências Biológicas
Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Biologia Molecular / Especialidade: Bioinformática.
Referências adicionais: Classificação do evento: Brasil/ Inglês; Meio de divulgação: Impresso; Homepage: http://www.sbpz.org.br.

71.
RUIZ, J. C.; LAURENTINO, Eliane Cristina ; HYDE, F ; JENDIRSAK, J ; DECKER, J ; TOSI, L ; CRUZ, A K . The systematic production of reagents for genome integration by shuttle mutagenesis: Disruption of genes at Leishmania telomeric ends. In: TryTrip Genomes 2004, 2004, Seattle, WA, 2004. p. 7.3-7.3.
Palavras-chave: GSS; Comparative Genomics; Bioinformatics; Leishmania brazilensis.
Grande área: Ciências Biológicas
Referências adicionais: Classificação do evento: Internacional; Estados Unidos/ Inglês; Meio de divulgação: Impresso; Homepage: http://www.sbri.org.

72.
BRITO, L O ; RUIZ, J. C. ; CRUZ, A K . In silico and functional analysis of recombination between non-homologous chromosomes of Leishmania. In: XXXI Annual Meeting on Basic Research in Chagas Disease, 2004, Caxambú. Procedings XX Meeting of the Brazilian Society of Protozoology, 2004. p. 93-93.
Palavras-chave: recombination; non-homologous chromosomes.
Grande área: Ciências Biológicas
Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Biologia Molecular / Especialidade: Bioinformática.
Referências adicionais: Classificação do evento: Internacional; Brasil/ Inglês; Meio de divulgação: Impresso; Homepage: http://www.sbpz.org.br.

73.
SILVA, A M ; PEDROSA, A L ; RUIZ, J. C. ; CRUZ, A K . Characterization of LSTR378, a repetitive element from chromosomal extremities of Leishmania spp.. In: XXXI Annual Meeting on Basic Research in Chagas Disease, 2004, Caxambú. Procedings XX Meeting of the Brazilian Society of Protozoology, 2004. p. 93-93.
Palavras-chave: repetitive element; Leishmania spp.
Grande área: Ciências Biológicas
Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Biologia Molecular / Especialidade: Bioinformática.
Referências adicionais: Classificação do evento: Internacional; Brasil/ Inglês; Meio de divulgação: Impresso; Homepage: http://www.sbpz.org.br.

74.
RUIZ, J. C.; LAURENTINO, e C ; HYDE, F ; JENDRISAK, J ; DECKER, J ; TOSI, L R O ; CRUZ, A K . A Survey of Leishmania braziliensis genome. In: TryTrip Genomes 2004, 2004, Seattle, 2004. p. 3.1-3.1.
Palavras-chave: Leishmania braziliensis; GSS.
Grande área: Ciências Biológicas
Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Biologia Molecular / Especialidade: Bioinformática.
Referências adicionais: Classificação do evento: Internacional; Estados Unidos/ Inglês; Meio de divulgação: Impresso; Homepage: http://www.sbri.org.

75.
LAURENTINO, e C ; RUIZ, J. C. ; OLIVIER, C ; JAMUR, M C ; TOSI, L R O ; CRUZ, A K . Gene Trapping strategy for functional genomics of Leishmania braziliensis. In: XXXI Annual Meeting on Basic Research in Chagas Disease, 2004, Caxambú. Procedings XX Meeting of the Brazilian Society of Protozoology, 2004. p. 92-92.
Palavras-chave: Gene trapping; Leishmania braziliensis; functional genomics.
Grande área: Ciências Biológicas
Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Biologia Molecular / Especialidade: Bioinformática.
Referências adicionais: Classificação do evento: Internacional; Brasil/ Inglês; Meio de divulgação: Impresso; Homepage: http://www.sbpz.org.br.

76.
OLIVEIRA, H H C de ; ROSA, J C ; GREENE, L J ; RUIZ, J. C. ; CRUZ, A K ; WARD, R J . Preliminary Analysys of Vesicle Proteins form Leishmania species. In: XXX Annual Meeting on Basic Research in Chagas Disease, 2003, Caxambú. Revista do Instituto de Medicina Tropical de São Paulo, 2003. v. 45. p. 84-84.
Grande área: Ciências Biológicas
Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Biologia Molecular / Especialidade: Bioinformática.
Referências adicionais: Classificação do evento: Internacional; Brasil/ Inglês; Meio de divulgação: Impresso.

77.
LAURENTINO, e C ; RUIZ, J. C. ; TOSI, L R O ; CRUZ, A K . A survey of the Leishmania (V.) braziliensis. In: XXX Annual Meeting on Basic Research in Chagas Disease, 2003, Caxambú. Revista do Instituto de Medicina Tropical de São Paulo, 2003. v. 45. p. 158-158.
Palavras-chave: Leishmania braziliensis genome; Genome Analysis; GSS.
Grande área: Ciências Biológicas
Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Biologia Molecular / Especialidade: Bioinformática.
Referências adicionais: Classificação do evento: Internacional; Brasil/ Inglês; Meio de divulgação: Impresso.

78.
RAMA, e M ; RUIZ, J. C. ; TOSI, L R O ; CRUZ, A K . Preliminary Characterization of Transcripts abundant in amastigote forms of Leishmania (L.) major. In: XXX Annual Meeting on Basic Research in Chagas Disease, 2003, Caxambú. Revista do Instituto de Medicina Tropical de São Paulo, 2003. v. 45. p. 176-176.
Grande área: Ciências Biológicas
Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Biologia Molecular / Especialidade: Bioinformática.
Referências adicionais: Classificação do evento: Internacional; Brasil/ Inglês; Meio de divulgação: Impresso.

79.
SILVA, A M ; PEDROSA, A L ; RUIZ, J. C. ; CRUZ, A K . Characterization of a novel subtelomeric repetitive element from Leishmania. In: XXX Annual Meeting on Basic Research in Chagas Disease, 2003, Caxambú. Revista do Instituto de Medicina Tropical de São Paulo, 2003. v. 45. p. 177-177.
Palavras-chave: telomeric region; Leishmania; repetitive element.
Grande área: Ciências Biológicas
Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Biologia Molecular / Especialidade: Bioinformática.
Referências adicionais: Classificação do evento: Internacional; Brasil/ Inglês; Meio de divulgação: Impresso.

80.
RAMA, e M ; TOLEDO, J S ; RUIZ, J. C. ; PEDROSA, A L ; TOSI, L R O ; CRUZ, A K . Preliminary Characterization of a Transcript Abundant in Amastigote Forms of Leishmania major. In: XXIX Reunião Anual de Pesquisa Básica em Doenças de Chagas., 2002, Caxambu. Revista do Instituto de Medicina Tropical de São Paulo (Impresso), 2002. v. 44. p. 73-73.
Grande área: Ciências Biológicas
Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Biologia Molecular / Especialidade: Bioinformática.
Referências adicionais: Classificação do evento: Internacional; Brasil/ Inglês; Meio de divulgação: Impresso; ISSN/ISBN: 00364665.

81.
LAURENTINO, e C ; RUIZ, J. C. ; CRUZ, A K . Comparative and Functional Analysis of Leishmania braziliensis Using Genome Survey Sequences approach. In: XXIX Reunião Anual de Pesquisa Básica em Doenças de Chagas., 2002, Caxambu. Revista do Instituto de Medicina Tropical de São Paulo (Impresso), 2002. v. 44. p. 76-76.
Grande área: Ciências Biológicas
Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Biologia Molecular / Especialidade: Bioinformática.
Referências adicionais: Classificação do evento: Internacional; Brasil/ Inglês; Meio de divulgação: Impresso; ISSN/ISBN: 00364665.

82.
RAMA, e M ; TOLEDO, J S ; RUIZ, J. C. ; PEDROSA, A L ; TOSI, L R O ; CRUZ, A K . Preliminary Characterization of a Transcript Abundant in Amastigote Forms of Lesihmania major. In: I Sessão de Posters da Área de Biologia Celular e Molecular, 2002, Ribeirão Preto, 2002.
Grande área: Ciências Biológicas
Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Biologia Molecular / Especialidade: Bioinformática.
Referências adicionais: Classificação do evento: Nacional; Brasil/ Inglês; Meio de divulgação: Impresso.

83.
LAURENTINO, e C ; RUIZ, J. C. ; CRUZ, A K . Comparative Analysis of Leishmania braziliensis using the genome survey sequence approach. In: I Sessão de Posters da Área de Biologia Celular e Molecular, 2002, Ribeirão Preto, 2002.
Grande área: Ciências Biológicas
Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Biologia Molecular / Especialidade: Bioinformática.
Referências adicionais: Classificação do evento: Nacional; Brasil/ Inglês; Meio de divulgação: Impresso.

84.
RUIZ, J. C.; MYLER, P J ; TOSI, L R O ; CRUZ, A K . Leishmania major chromosome 2 sequencing obtained by a combination of shotgun and transposon-based strategies. In: XXVII Reunião Anual de Pesquisa Básica em Doenças de Chagas., 2000, Caxambu. Memórias do Instituto Oswaldo Cruz (Impresso), 2000. v. 95. p. 291-291.
Grande área: Ciências Biológicas
Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Biologia Molecular / Especialidade: Bioinformática.
Referências adicionais: Classificação do evento: Internacional; Brasil/ Inglês; Meio de divulgação: Impresso; ISSN/ISBN: 00740276.

85.
RUIZ, J. C.; CRUZ, Angela Kaysel . Physical Mapping across Leishmania major genome. In: XXV Reunião Anual de Pesquisa Básica em Doenças de Chagas., 1998, Caxambu. Memórias do Instituto Oswaldo Cruz, 1998.
Palavras-chave: Leishmania major; mapa físico.
Grande área: Ciências Biológicas
Setores de atividade: Outros Setores.
Referências adicionais: Classificação do evento: Internacional; Brasil/ Inglês; Meio de divulgação: Impresso.

86.
RUIZ, J. C.; CALVO, M. P. I. ; CRUZ, Angela Kaysel . Physical mapping across Leishmania major genome: EST as a marker and as a tool for gene discovery. In: XXIV Reunião Anual de Pesquisa Básica em Doenças de Chagas., 1997, Caxambu. Memórias do Instituto Oswaldo Cruz, 1997.
Palavras-chave: physical mapping; EST.
Grande área: Ciências Biológicas
Referências adicionais: Classificação do evento: Internacional; Brasil/ Inglês; Meio de divulgação: Impresso.

87.
RUIZ, J. C.; ANTONIAZI, S. A. ; CASAGRANDE, Liane ; SCHEIDL, S. ; MARCHINI, J. ; AMBRÓSIO, V. ; CRUZ, Angela Kaysel . Progress on physical mapping of Leishmania major genome: comparison of two different strategies. In: XXIII Reunião Anual de Pesquisa Básica em Doenças de Chagas., 1996, Caxambu. Memórias do Instituto Oswaldo Cruz, 1996. v. 91. p. 190-190.
Palavras-chave: physical mapping; EST; bioinformática.
Grande área: Ciências Biológicas
Referências adicionais: Classificação do evento: Internacional; Brasil/ Inglês; Meio de divulgação: Impresso.

88.
RUIZ, J. C.; CONNOR, V. ; TOSI, L. R. O. ; AMBRÓSIO, V. ; AJIOKA, J. W. ; CRUZ, Angela Kaysel . The use of ESTs in the genome maping of Leishmania major. In: XXII Reunião Anual de Pesquisa Básica em Doenças de Chagas., 1995, Caxambu. Memórias do Instituto Oswaldo Cruz, 1995. v. 90. p. 146-146.
Palavras-chave: Genome mapping; Bioinformatics; Leishmania; ESTs.
Grande área: Ciências Biológicas
Setores de atividade: Outros Setores.
Referências adicionais: Classificação do evento: Internacional; Brasil/ Inglês; Meio de divulgação: Impresso.

Apresentações de Trabalho
1.
RUIZ, J. C.. Protein disoder, protein interaction networks and epitope prediction: Shedding liht onto targets for vaccine development. 2014. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
Referências adicionais: Brasil/Português; Cidade: Natal; Evento: SB Meeting - Europe-Brazil Meeting on Systems and Synthetic.

2.
RUIZ, J. C.. Shedding light onto targets for vaccine development: a knowledge base approach. 2014. (Apresentação de Trabalho/Seminário).
Referências adicionais: Brasil/Português; Cidade: Belo Horizonte; Evento: Seminário de pesquisa do Centro de estudos do Centro de Pesquisa René Rachou; Inst. promotora/financiadora: Centro de Pesquisa René Rachou - FIOCRUZ Minas.

3.
RUIZ, J. C.. Mineração de dados genômicos para identificação de moléculas indutoras de resposta imune: Imunoinformática, Flexibilidade proteica e Redes de Interação de proteínas. 2014. (Apresentação de Trabalho/Outra).
Referências adicionais: Brasil/Português; Local: São Paulo; Cidade: São Paulo; Evento: Transcriptoma de artrópodes vetores por RNAseq: da análise bioinformática de dados brutos a submissão de sequências a bancos de dados píblicos; Inst. promotora/financiadora: USP.

4.
Ruiz, J.C.. Bioinformática. 2014. (Apresentação de Trabalho/Outra).
Referências adicionais: Brasil/Português; Local: Belo Horizonte; Cidade: Belo Horizonte; Evento: XXVIII Jornada de Biologia; Inst. promotora/financiadora: PUC Minas.

5.
RUIZ, J. C.. Biologia de Sistemas: desordem estrutural, redes de interação de proteínas e vacinologia reversa na predição assertiva de alvos para o desenvolvimento de drogas e vacinas. 2013. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
Referências adicionais: Brasil/Português; Cidade: Belo Horizonte; Evento: I Congresso Científico da Fiocruz Minas; Inst. promotora/financiadora: Centro de Pesquisas René Rachou - Fiocruz Minas.

6.
RUIZ, J. C.. Informática de Biossistemas: integrando dados de tecnologias ômicas para a identificação de potenciais alvos para o desenvolvimento de vacidas em tripanosomatídeos. 2013. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
Referências adicionais: Brasil/Português; Cidade: Recife; Evento: III Jornada de Pós Graduação em Genética; Inst. promotora/financiadora: Universidade Federal de Pernambuco.

7.
Oliveira, L. M. ; RESENDE, D. M. ; GONCALVES, L. O. ; CRUZ, R. C. ; RIBEIRO, J. M. ; RUIZ, J. C. ; CISALPINO, P. S. . A strain of Paracoccidioides brasiliensis defective in the thermodimorphic shift: a comparative genomic approach. 2013. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
Referências adicionais: Brasil/Português; Local: Pernambuco; Cidade: Recife; Evento: X-meeting; Inst. promotora/financiadora: AB3C.

8.
COSTA, D. A. ; DINIZ, R. S. ; GONCALVES, L. O. ; HORACIO, E. C. A. ; SILVEIRA, W. B. ; GONZALEZ-SISO, M. I. ; CERDAN, M. E. ; FIETTO, L. G. ; PASSOS, F. M. L. ; RUIZ, J. C. . Comparative genomic between yeasts of biotechnological interest. 2013. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
Referências adicionais: Brasil/Português; Local: Pernambuco; Cidade: Recife; Evento: X-meeting; Inst. promotora/financiadora: AB3C.

9.
RESENDE, D. M. ; REZENDE, A. M. ; OLIVEIRA, N. J. ; Alexandre Barbosa Reis ; RUIZ, J. C. . Epitope prediction in L.brasiliensis; A computational workflow for vaccine development against canine visceral leishmaniasis. 2012. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).
Referências adicionais: Brasil/Português; Cidade: Ouro Preto; Evento: II International Symposium on Leishmaniasis Vaccines; Inst. promotora/financiadora: Universidade Federal de Ouro Preto.

10.
OLIVEIRA, M. M. ; BRITO, R. C. ; OLIVEIRA, L. A. ; Alexandre Barbosa Reis ; Rodrigo Corrêa-Oliveira ; RUIZ, J. C. ; RESENDE, D. M. . New approach to the development of vaccines against canine visceral leishmaniasis (CLV): Bioinformatics tools. 2012. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).
Referências adicionais: Brasil/Português; Cidade: Ouro Preto; Evento: II International Symposium on Leishmaniasis Vaccines; Inst. promotora/financiadora: Universidade Federal de Ouro Preto.

11.
OLIVEIRA, M. M. ; RESENDE, D. M. ; BRITO, R. C. F. ; Alexandre Barbosa Reis ; Rodrigo Corrêa-Oliveira ; RUIZ, J. C. . Predição de epitopos de células T CD8+ e da localização subcelular de proteínas no genoma de Leishmania braziliensis para o desenvolvimento de vacina contra a leishmaniose visceral canina. 2012. (Apresentação de Trabalho/Seminário).
Referências adicionais: Brasil/Português; Cidade: Ouro Preto; Evento: XX Seminário de Iniciação Científica da UFOP; Inst. promotora/financiadora: Universidade Federal de Ouro Preto.

12.
RUIZ, J. C.. Next Generation Sequencing e a montagem de genomas bacterianos: Pangenoma de Corynebacterium. 2010. (Apresentação de Trabalho/Seminário).
Referências adicionais: Brasil/Português; Local: Centro de Educação em Saúde Abram Szajman; Cidade: São Paulo; Evento: II Seminários Avançados em Tecnologia de Microarrays e Next Generation Sequencing; Inst. promotora/financiadora: Instituto Israelita de Ensino e Pesquisa Albert Einstein.

13.
RUY, Patrícia de Cássia ; Torrieri, R. ; TOLEDO, Juliano S ; CRUZ, Angela Kaysel ; Ruiz, Jerônimo Conceição . The role of protein disorder in Leishmania ssp. genome: An overview from a database perspective.. 2009. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).
Palavras-chave: bioinformatica; Intrinsically Unstructured Proteins; Leishmania.
Referências adicionais: Brasil/Inglês; Local: Escola de Minas da Universidade Federal de Ouro Preto; Cidade: Ouro Preto; Evento: Simpósio Interdisciplinar Física+Bioinformática; Inst. promotora/financiadora: Universidade Federal de Ouro Preto.

14.
RUY, Patrícia de Cássia ; Torrieri, R. ; TOLEDO, Juliano S ; CRUZ, Angela Kaysel ; OLIVEIRA, G. C. ; Ruiz, Jerônimo Conceição . Computational identification and characterization of elements associated with structural order and disorder in Leishmania ssp. predicted proteome. 2009. (Apresentação de Trabalho/Congresso).
Palavras-chave: Bioinformatics; Intrinsically Unstructured Proteins; Leishmania.
Referências adicionais: Suécia/Inglês; Local: Stockholmsmässan/Stockholm International Fairs; Cidade: Estocolmo; Evento: 17th Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology & 8th European Conference on Computational Biology; Inst. promotora/financiadora: International Society for Computational Biology.

15.
Torrieri, R. ; RUY, Patrícia de Cássia ; OLIVEIRA, G. C. ; Ruiz, Jerônimo Conceição . Computational Identification and Characterization of Disordered Proteins in Schistosoma mansoni. 2009. (Apresentação de Trabalho/Congresso).
Palavras-chave: Bioinformatics; Intrinsically Unstructured Proteins; Schistosoma mansoni.
Referências adicionais: Brasil/Inglês; Local: Hotel do Frade; Cidade: Angra dos Reis; Evento: X-meeting - 5th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computacional Biology; Inst. promotora/financiadora: AB3C - Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional.

16.
Torrieri, R. ; RUY, Patrícia de Cássia ; OLIVEIRA, G. C. ; Ruiz, Jerônimo Conceição . Identification and characterization of disordered proteins in Schistosoma mansoni. 2008. (Apresentação de Trabalho/Congresso).
Palavras-chave: Bioinformatics; Intrinsically Unstructured Proteins; Schistosoma mansoni.
Referências adicionais: Brasil/Inglês; Cidade: Salvador; Evento: X-meeting - 4th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computacional Biology; Inst. promotora/financiadora: AB3C.

17.
RUY, Patrícia de Cássia ; Torrieri, R. ; OLIVEIRA, G. C. ; Ruiz, Jerônimo Conceição . Computational identification and characterization of elements associated with structural order and disorder in Leishmania braziliensis predicted proteome. 2008. (Apresentação de Trabalho/Congresso).
Palavras-chave: Bioinformatics; Intrinsically Unstructured Proteins; Leishmania.
Referências adicionais: Brasil/Inglês; Cidade: Salvador; Evento: X-meeting - 4th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computacional Biology; Inst. promotora/financiadora: AB3C - Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional.

18.
RUY, Patrícia de Cássia ; BRITO, Loislene Oliveira ; CRUZ, Angela Kaysel ; Ruiz, Jerônimo Conceição . Identificação de rearranjos associados as extremidades dos cromossomos de L. major. 2007. (Apresentação de Trabalho/Outra).
Palavras-chave: bioinformatica; rearranjo cromossomal; Leishmania.
Referências adicionais: Brasil/Português; Local: Centro de Pesquisa René Rachou; Cidade: Belo Horizonte; Evento: XV Jornada de Iniciação Científica do Centro de Pesquisas René Rachou/Fiocruz; Inst. promotora/financiadora: Fundação Oswaldo Cruz - CPqRR.

19.
RUY, Patrícia de Cássia ; CRUZ, Angela Kaysel ; Ruiz, Jerônimo Conceição . A pipeline for mapping intra and interspecies putative rearrangements at chromosomal ends in L. major, L. infantum and L. braziliensis genomes. 2007. (Apresentação de Trabalho/Congresso).
Palavras-chave: Bioinformatics; recombination; Leishmania.
Referências adicionais: Brasil/Inglês; Local: Rebouças Conference Center; Cidade: São Paulo; Evento: X-meeting - 3rd International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computacional Biology; Inst. promotora/financiadora: AB3C - Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional.

20.
RUY, Patrícia de Cássia ; BRITO, Loislene Oliveira ; VASCONCELOS, Elton José Rosas de ; CRUZ, Angela Kaysel ; Ruiz, Jerônimo Conceição . Identificação de rearranjos associados as extremidades dos cromossomos de L. major. 2006. (Apresentação de Trabalho/Outra).
Palavras-chave: bioinformatica; rearranjo cromossomal; Leishmania spp.
Referências adicionais: Brasil/Português; Local: Hemocentro de Ribeirão Preto; Cidade: Ribeirão Preto; Evento: IV Semana da Informática Biomédica; Inst. promotora/financiadora: Universidade de São Paulo.

21.
VASCONCELOS, Elton José Rosas de ; RUY, Patrícia de Cássia ; BRITO, Loislene Oliveira ; CARDENAS, Raony G. C. C. L. ; CRUZ, Angela Kaysel ; Ruiz, Jerônimo Conceição . In silico characterization of sequence conservation in the 5' and 3' untranslated regions btween Leishmania species. 2006. (Apresentação de Trabalho/Congresso).
Palavras-chave: Bioinformatics; Leishmania.
Referências adicionais: Brasil/Inglês; Local: Centro de Convenções; Cidade: Fortaleza; Evento: 14th Annual Inyternational Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology; Inst. promotora/financiadora: Embrapa (Brazilian Agricultural Research Corporation) and LNCC/MCT (National Laboratory for Scientific Computation of the Science and Technology Ministry of Brazil).

22.
RUY, Patrícia de Cássia ; BRITO, Loislene Oliveira ; VASCONCELOS, Elton José Rosas de ; CARDENAS, Raony G. C. C. L. ; CRUZ, Angela Kaysel ; Ruiz, Jerônimo Conceição . Characterization of putative chromosomal rearrengements related to chromosomes ends between Leishmania species.An in silico approach. 2006. (Apresentação de Trabalho/Congresso).
Palavras-chave: Bioinformatics; recombination; Leishmania.
Referências adicionais: Brasil/Inglês; Local: Centro de Convenções; Cidade: Fortaleza; Evento: ISMB 2006 - 14th Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology; Inst. promotora/financiadora: Embrapa (Brazilian Agricultural Research Corporation) and LNCC/MCT (National Laboratory for Scientific Computation of the Science and Technology Ministry of Brazil).

23.
RUY, Patrícia de Cássia ; SANTOS, Romulo Vma ; BRITO, Loislene Oliveira ; CRUZ, Angela Kaysel ; Ruiz, Jerônimo Conceição . In silico identification of putative chromosomal rearrangements in Leishmania species. 2005. (Apresentação de Trabalho/Congresso).
Palavras-chave: bioinformatica; recombination; Leishmania.
Referências adicionais: Brasil/Inglês; Cidade: Caxambu; Evento: XXII Annual Meeting of the Brazilian Society of Protozoology and XXXIII Annual Meeting on basic research in Chagas Disease; Inst. promotora/financiadora: Sociedade Brasileira de Protozologia.


Produção técnica
Entrevistas, mesas redondas, programas e comentários na mídia
1.
REZENDE, A. M. ; QUITES, A. L. L. ; Folador, Edson L ; Oliveira, L. M. ; DIOTAIUTI, L. ; BRITO, R. N. ; SOUZA, R. C. M. ; SANTOS, R. V. M. A. ; RUIZ, J. C. . GUIA ELETRÔNICO PARA IDENTIFICAÇÃO DE TRIATOMÍNEOS. 2016.
Palavras-chave: Doença de Chagas; Triatokey.
Referências adicionais: Brasil/Português; Tema: Programa com fins didáticos e para treinamento de agentes de saúde na identificação de potenciais insetos transmissores da doença de Chagas.; Data de apresentação: 05/04/2016; Emissora: http://triatokey.cpqrr.fiocruz.br.


Demais tipos de produção técnica
1.
Ruiz, J.C.. Tópicos Avançados em Bioinformática. 2014. (Curso de curta duração ministrado/Outra).
Referências adicionais: Brasil/Português; Unidade: horas;
Tipo de participação: Organizador; Duração do evento: 45; Local: Belo Horizonte; Cidade: Belo Horizonte; Inst. promotora: Centro de Pesquisa René Rachou - FIOCRUZ Minas.

2.
Ruiz, J.C.. Bioinformática. 2014. (Curso de curta duração ministrado/Outra).
Referências adicionais: Brasil/Português; Unidade: horas;
Tipo de participação: Docente; Duração do evento: 45; Local: Rio de Janeiro; Cidade: Rio de Janeiro; Inst. promotora: Instituto Oswaldo Cruz.

3.
RUIZ, J. C.. Tópicos Avançados em Bioinformática. 2014. (Curso de curta duração ministrado/Outra).
Referências adicionais: Brasil/Português; Unidade: horas;
Tipo de participação: Docente; Duração do evento: 45; Local: Belo Horizonte; Cidade: Belo Horizonte; Inst. promotora: Instituto Oswaldo Cruz.

4.
RUIZ, J. C.. Bioinformática Aplicada: Uma abordagem Forense. 2012. (Curso de curta duração ministrado/Outra).
Referências adicionais: Brasil/Português; Unidade: horas;
Tipo de participação: Docente; Duração do evento: 10; Cidade: Belo Horizonte; Inst. promotora: Centro Universitário UNA.

5.
RUIZ, J. C.. Biologia de Sistemas. 2011. (Curso de curta duração ministrado/Outra).
Referências adicionais: Brasil/Português; Unidade: horas;
Tipo de participação: Docente; Duração do evento: 7; Local: Rio de Janeiro; Cidade: Rio de Janeiro; Inst. promotora: InstitutoOswaldo Cruz.

6.
RUIZ, J. C.; Resende, DM . Montagem de Genomas. 2010. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).
Referências adicionais: Brasil/Português; Unidade: horas;
Tipo de participação: Docente; Duração do evento: 4; Local: Departamento de Genética; Cidade: Belo Horizonte; Inst. promotora: Universidade Federal de Minas Gerais.

7.
RUIZ, J. C.. Estrutura e Função do Genoma - Estratégias Computacionais de Montagens de Genomas. 2010. (Curso de curta duração ministrado/Especialização).
Referências adicionais: Brasil/Português; Unidade: horas;
Tipo de participação: Docente; Duração do evento: 4; Local: Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Biologia Geral; Cidade: Belo Horizonte; Inst. promotora: Universidade Federal de Minas Gerais - UFMG.

8.
Ruiz, J.C.. Redes de interação de proteínas em análises genômicas comparativas. 2010. (Curso de curta duração ministrado/Outra).
Referências adicionais: Brasil/Português; Unidade: horas;
Tipo de participação: Docente; Duração do evento: 8; Local: Pará; Cidade: Belém; Inst. promotora: Universidade Federal do Pará.

9.
Ruiz, J.C.. Estrutura e função do genoma. 2010. (Curso de curta duração ministrado/Outra).
Referências adicionais: Brasil/Português; Unidade: horas;
Tipo de participação: Docente; Duração do evento: 4; Local: Belo Horizonte; Cidade: Belo Horizonte; Inst. promotora: Universidade Federal de Minas Gerais.

10.
Ruiz, Jerônimo Conceição. Bioinformática. 2009. .
Palavras-chave: bioinformatica.
Referências adicionais: Brasil/Português; Meio de divulgação: Digital; Unidade: horas;
Tipo de participação: Docente; Duração do evento: 12; Local: FMRP; Cidade: Ribeirão Preto; Inst. promotora: Universidade de São Paulo - FMRP.

11.
Ruiz, Jerônimo Conceição. Genômica Comparativa entre Espécies de Leishmania. 2009. .
Palavras-chave: Genômica Comparativa; Leishmania.
Referências adicionais: Brasil/Português; Meio de divulgação: Digital; Unidade: horas;
Tipo de participação: Docente; Duração do evento: 2; Cidade: Belo Horizonte; Inst. promotora: Centro de Pesquisa René Rachou - FIOCRUZ.

12.
AZEVEDO, Vasco A. ; SILVA, Artur L. ; Ruiz, Jerônimo Conceição . Bioinformática 'Next-Gen: montagem e anotação de genomas bacterianos completos'. 2009. .
Palavras-chave: bioinformatica; Next-Generation-Sequencing; NextGen.
Referências adicionais: Brasil/Português; Meio de divulgação: Digital; Unidade: horas;
Tipo de participação: Organizador; Duração do evento: 40; Local: Universidade Federal do Oeste do Pará; Cidade: Santarem; Inst. promotora: Universidade Federal do Pará.

13.
Ruiz, Jerônimo Conceição. Utilização de Estratégias de NSG (Next Generation Sequencing) no sequenciamento de genomas bacterianos. 2009. .
Palavras-chave: bioinformatica; Next-Generation-Sequencing; NextGen.
Referências adicionais: Brasil/Português; Meio de divulgação: Digital; Unidade: horas;
Tipo de participação: Docente; Duração do evento: 2; Local: FIOCRUZ; Cidade: Rio de Janeiro; Inst. promotora: Rede de Plataformas Tecnológicas / Vice-Presidência de Pesquisa e Laboratórios de Referência da FIOCRUZ.

14.
RUIZ, J. C.. Aplicabilidade da Bioinformática em Biotecnlogoia. 2009. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).
Referências adicionais: Brasil/Português; Unidade: horas;
Tipo de participação: Docente; Duração do evento: 8; Local: Faculdade de Ciências Biológicas e Saúde Centro Universitário UNA; Cidade: Belo Horizonte; Inst. promotora: Faculdade de Ciências Biológicas e Saúde Centro Universitário UNA.

15.
Ruiz, Jerônimo Conceição. Bioinformática. 2009. .
Palavras-chave: bioinformatica.
Referências adicionais: Brasil/Português; Meio de divulgação: Digital; Unidade: horas;
Tipo de participação: Docente; Duração do evento: 14; Local: Universidade de Uberaba; Cidade: Uberaba; Inst. promotora: Universidade de Uberaba.

16.
Ruiz, Jerônimo Conceição. O uso da Bioinformática na anotação genômica. 2008. .
Palavras-chave: bioinformatica; anotação genômica.
Referências adicionais: Brasil/Português; Meio de divulgação: Digital; Unidade: horas;
Tipo de participação: Docente; Duração do evento: 4; Local: UFMG; Cidade: Belo Horizonte; Inst. promotora: Universidade Federal de Minas Gerais.

17.
Ruiz, Jerônimo C.. A Bioinformática na Anotação e Estudo Comparativo de Genomas de Parasitos. 2007. .
Referências adicionais: Brasil/Português; Unidade: horas;
Tipo de participação: Docente; Duração do evento: 2; Local: Santa Casa de Misericórdia - BH; Cidade: Belo Horizonte; Inst. promotora: Santa Casa de Misericórdia - BH.



Patentes e registros



Patente

A Confirmação do status de um pedido de patentes poderá ser solicitada à Diretoria de Patentes (DIRPA) por meio de uma Certidão de atos relativos aos processos
1.
 BRITO, R. C. F. ; REIS, ALEXANDRE B ; RESENDE, D. M. ; RUIZ, J. C. . Identificação de antígenos candidatos a uma vacina contra a leishmaniose visceral canina no genoma de Leishmania infantum utilizando a bioinformática como ferramenta.. 2014, Brasil.
Patente: Privilégio de Inovação. Número do registro: BR1020140038191, título: "Identificação de antígenos candidatos a uma vacina contra a leishmaniose visceral canina no genoma de Leishmania infantum utilizando a bioinformática como ferramenta." , Instituição de registro: INPI - Instituto Nacional da Propriedade Industrial. Depósito: 19/02/2014Categoria: Produto
Palavras-chave: vacina; imunoinformática; leishmaniose.
Referências adicionais: Brasil.

2.
 FONSECA, C. T. ; CARVALHO, G. B. F. ; Ruiz, Jeronimo C ; Resende, DM . Método para detectar anticorpos contra schistosoma, kit para detecção de infecção por schistosoma em uma amostra biológica, e, uso de um antígeno de schistosoma. 2018, Brasil.
Patente: Privilégio de Inovação. Número do registro: BR1020180132385, título: "Método para detectar anticorpos contra schistosoma, kit para detecção de infecção por schistosoma em uma amostra biológica, e, uso de um antígeno de schistosoma" , Instituição de registro: INPI - Instituto Nacional da Propriedade Industrial. Depósito: 27/06/2018Instituição(ões) financiadora(s): CNPq, CAPES, Fapemig, Fiocruz. Categoria: Produto
Palavras-chave: imunoinformática; diagnóstico sorológico; Schistosoma mansoni.
Referências adicionais: Brasil; Inst. promotora/financiadora: CNPq, CAPES, Fapemig, Fiocruz.

3.
 BRITO, R. C. F. ; Resende, DM ; REIS, A. B. ; RUIZ, J. C. . VACINAS COMPOSTAS DE PROTEÍNAS QUIMÉRICAS POLIEPÍTOPOS CONTRA A LEISHMANIOSE VISCERAL HUMANA E/OU CANINA. 2018, Brasil.
Patente: Privilégio de Inovação. Número do registro: BR10201800819, título: "VACINAS COMPOSTAS DE PROTEÍNAS QUIMÉRICAS POLIEPÍTOPOS CONTRA A LEISHMANIOSE VISCERAL HUMANA E/OU CANINA" , Instituição de registro: INPI - Instituto Nacional da Propriedade Industrial. Depósito PCT: 24/04/2018Instituição(ões) financiadora(s): CNPq; CAPES; FAPEMIG. Categoria: Produto
Palavras-chave: vacina; vacinologia reversa; leishmaniose.
Referências adicionais: Brasil; Finalidade: Vacina contra leishmaniose visceral canina; Inst. promotora/financiadora: CNPq; CAPES; FAPEMIG.
No contexto de desenvolvimento de vacinas, a vacinologia reversa, ou imunoinformática, é uma abordagem que integra diferentes metodologias computacionais para a busca de alvos e o desenho de vacinas. Assim, a imunoinformática vem se destacando ao permitir o uso de programas para a predição de epítopos imunogênicos in silico. Essa estratégia tem o potencial de buscar alvos para o desenvolvimento de vacinas em todo o proteoma predito de organismos patogênicos. Até a presente data, não existe uma vacina eficaz contra a leishmaniose visceral empregada em campanhas de vacinação. Diante desse cenário, este estudo propõe a utilização da imunoinformática para selecionar epítopos e construir vacinas quiméricas poliepítopos a serem testadas contra leishmaniose visceral. Na primeira etapa foi construído um sistema de predição de epítopos de células T e B. Este sistema foi validado utilizando dados experimentais de proteínas imunogênicas já descritas na literatura, comprovando a existência de uma correlação e associação entre o número de epítopos preditos para células T/B e os resultados experimentais relatados. Em seguida, duas proteínas poliepítopos quiméricas foram desenhadas a partir da abordagem proposta em proteínas imunogênicas já escritas na literatura. Tais quimeras formuladas deram origem a duas vacinas, VAC-1 (quimera A) e VAC-2 (quimera B) ambas associadas ao adjuvante saponina. Assim, foi avaliada a imunogenicidade, a geração de memória imunológica e eficácia das vacinas em camundongos BALB/c submetidos ao protocolo de imunização e desafio com promastigotas de Leishmania infantum. Essas vacinas apresentaram imunogenicidade e capacidade para induzir linfócitos T de memória além de promoverem redução da carga parasitária no baço. Este estudo permitiu certificar e ratificar o potencial da imunoinformática como ferramenta a ser empregada no desenvolvimento de vacinas contra a leishmaniose visceral..


Programa de computador
1.
Rezende, A. M. ; QUITES, A. L. L. ; Folador, Edson L ; RUIZ, J. C. ; DIOTAIUTI, L. ; OLIVEIRA, L. M. ; BRITO, R. N. ; SOUZA, R. C. M. ; SANTOS, R. V. M. A. . GUIA ELETRÔNICO PARA IDENTIFICAÇÃO DE TRIATOMÍNEOS. 2012.
Patente: Programa de Computador. Número do registro: BR512015000350-0, data de registro: 10/10/2012, título: "GUIA ELETRÔNICO PARA IDENTIFICAÇÃO DE TRIATOMÍNEOS" , Instituição de registro: INPI - Instituto Nacional da Propriedade Industrial. ; Data de concessão: 12/11/2012.
Palavras-chave: triatominae; app; dichotomous key; Doença de Chagas; Chagas Disease.
Referências adicionais: Brasil/; Finalidade: Aplicativo web e para dispositivos móveis que tem como propósito auxiliar na identificação de espécies de triatomíneos brasileiros.; Plataforma: Java, PHP, JavaScript, HTML5, CSS3, Android; Ambiente: Aplicações técnico-científicas; Inst. promotora/financiadora: Fapemig.
Site: http://triatokey.cpqrr.fiocruz.br.



Bancas



Participação em bancas de trabalhos de conclusão
Mestrado
1.
RUIZ, J. C.. Participação em banca de Dhian Renato Almeida. Método, software e banco de dados para sorotipagem molecular de Streptococus pneumoniae visando o monitoramento da eficácia do programa de vacinação no Brasil. 2014 - Fundação Oswaldo Cruz.
Referências adicionais: Brasil/Português.

2.
RUIZ, J. C.. Participação em banca de Daniela Peralva Lima. Estabelecimento e validação de uma biblioteca de código de barras de DNA de fungos filamentosos potencialmente micotoxigênicos isolados de alimentos derivados de milho. 2014 - Fundação Oswaldo Cruz.
Referências adicionais: Brasil/Português.

3.
RUIZ, J. C.; RESENDE, D. M.; MALDONADO, J. M. S. V.. Participação em banca de Renato Guimarães Delfino. Melhoria e inovação na prestação de serviços associados às análises de genômica computacional na Fiocruz Minas. 2014 - Fundação Oswaldo Cruz.
Referências adicionais: Brasil/Português.

4.
RUIZ, J. C.; COIMBRA, R. S.; CARVALHO, A. T.; PINTO, L. A.. Participação em banca de Ana Paula Cordeiro. Pesquisa de biomarcadores e alvos terapêuticos para as meningites por meio da proteômica comparativa do líquor de pacientes. 2013. Dissertação (Mestrado em Ciências da Saúde) - Fundação Oswaldo Cruz.
Referências adicionais: Brasil/Português.

5.
CAMPOS, G.; KUHN, S.; SVARTMAN, M.; RUIZ, J. C.; DANTAS, G. P. M.. Participação em banca de Leonardo Gomes de Lima. Evolução Molecular do DNA satélite 1.688 em espécies de Drosophila com genomas sequenciados. 2013. Dissertação (Mestrado em Pós-graduação em Genética) - Universidade Federal de Minas Gerais.
Referências adicionais: Brasil/Português.

6.
BRITO, C. F. A.; LOBO, F. P.; Ruiz, J.C.; MORAES, R. L. V.. Participação em banca de Ricardo de Souza Ribeiro. Desenvolvimento de uma estratégia automática para a busca de potenciais antígenos em proteomas preditos de Plasmodium spp. 2013. Dissertação (Mestrado em Ciências da Saúde) - Fundação Oswaldo Cruz.
Referências adicionais: Brasil/Português.

7.
Ruiz, J.C.; FONSECA, C. T.; PACIFICO, L. G. G.; OLIVEIRA, S. C.. Participação em banca de Gardenia Braz Fiqueiredo de Carvalho. Identificação e seleção de antígenos do Schistosoma mansoni potenciais candidatos a comporem um teste de diagnóstico para esquistossomose. 2012. Dissertação (Mestrado em Ciências da Saúde) - Fundação Oswaldo Cruz.
Referências adicionais: Brasil/Português.

8.
Ruiz, Jerônimo Conceição. Participação em banca de Tatiana Maria Teodoro. Investigação de Biomphalaria Cousini no Brasil. 2009. Dissertação (Mestrado em Ciências da Saúde) - Fundação Oswaldo Cruz.
Referências adicionais: Brasil/Português.

9.
Ruiz, Jerônimo Conceição. Participação em banca de Roenick Proveti Olmo. Identificação, Classificação de Enzimas Desubiquitinadoras e Ubiquitina Símile em Trypanosoma cruzi. 2009. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas) - Universidade Federal de Ouro Preto.
Referências adicionais: Brasil/Português.

10.
Ruiz, Jerônimo Conceição. Participação em banca de Siomar de Castro Soares. Validação de um método computacional para Identificação, Caracterização e Comparação in silico de Ilhas de Patogenicidade no Gênero Corynebacterium e aplicação no genoma de duas linhagens de Corynebacterium pseudotuberculosis. 2009. Dissertação (Mestrado em Genética) - Universidade Federal de Minas Gerais.
Referências adicionais: Brasil/Português.

Teses de doutorado
1.
KUHN, G. C. E. S.; MANFRIN, M. H.; RUIZ, J. C.; SOUZA, R. P.; MACHADO, C. R.. Participação em banca de Leonardo Gomes de Lima. Dissecando o satelitoma de espécies de Drosophila com genomas sequenciados. 2017. Tese (Doutorado em Programa de Pós-graduação em Genética) - Universidade Federal de Minas Gerais.
Referências adicionais: Brasil/Português.

2.
RUIZ, J. C.; JUNQUEIRA, M. R.; MARCHINI, F. K.; VICENTE, A. C. P.; NOGUEIRA, E. M.. Participação em banca de Raphael Tavares da Silva. Análise de variantes de splicing em homem e camundongo por uma abordagem de proteogenômica. 2016. Tese (Doutorado em Biologia Computacional e Sistemas) - Fundação Oswaldo Cruz.
Referências adicionais: Brasil/Português.

3.
RUIZ, J. C.; BORGES, W. C.; PEREIRA, F. E. L.; SPANO, L. C.. Participação em banca de Juliana Brambilla Carnielli Trindade. Estudo do mecanismo de resistência natural a miltefosina em isolados de Leishmania (Leishmania) chagasi obtidos de pacientes com leishmaniose visceral que apresentaram diferentes resposteas ao tratamento. 2015. Tese (Doutorado em Programa de Pós-Graduação em Doenças Infecciosas) - Universidade Federal do Espírito Santo.
Referências adicionais: Brasil/Português.

4.
FIETTO, J. L. R.; FIETTO, L. G.; CERQUEIRA, F. R.; NASCIMENTO, M.; RUIZ, J. C.. Participação em banca de Talles Eduardo Ferreira Maciel. Transcriptoma de Leishmania (V.) braziliensis por RNA-Seq: montagem de transcriptomas, enriquecimento de orfeoma, análise de expressão e anotação dos genes diferencialmente expressos. 2014. Tese (Doutorado em Pós Graduação em Bioquímica Agrícola) - Universidade Federal de Viçosa.
Referências adicionais: Brasil/Português.

5.
RUIZ, J. C.; NUNES, A. C.; SANTOS, V. L.. Participação em banca de Mariana de Paula Reis. Distribuição de bactérias oxidadoras de ferro em córregos poluídos com metais e metagenoma de sedimento impactado por mineração. 2014 - Universidade Federal de Minas Gerais.
Referências adicionais: Brasil/Português.

6.
LOBO, F. P.; BRITO, C. F. A.; VIEIRA, G. F.; PAIS, F. S. M.; Ruiz, J.C.. Participação em banca de Armando de Menezes Neto. Identificação de erros de anotação N-terminal em proteínas do Plasmodium através da predição de peptídeo sinal em ortólogos e desenvolvimento de uma ferramenta computacional automatizada. 2012. Tese (Doutorado em Ciências da Saúde) - Fundação Oswaldo Cruz.
Palavras-chave: bioinformatica.
Referências adicionais: Brasil/Português.

7.
RUIZ, J. C.; SILVEIRA FILHO, J. F.; MIRANDA, A. B.; WARD, R. J.; WEBER, G.; BLEICHER, L.. Participação em banca de Antônio Mauro Rezende. Predição Computacional de Interações Proteína-Proteína em Proteomas preditos de Leishmania. 2012. Tese (Doutorado em Programa de Pós-Graduação em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais.
Referências adicionais: Brasil/Português.

8.
OLIVEIRA, Diana Magalhães de; Tomé; GUEDES, M. I. F.; RUIZ, J. C.. Participação em banca de Michely Correia Diniz. Mecanismos Intraflagelares de transporte e trânsito de proteínas: uma abordagem pós-genômica e computacional de caracterização da virulência flagelar em Leishmania spp. 2011. Tese (Doutorado em Biotecnologia - RENORBIO) - Universidade Estadual do Ceará.
Palavras-chave: flagelo eucariótico; Leishmania.
Grande área: Ciências Biológicas
Setores de atividade: Saúde humana e serviços sociais.
Referências adicionais: Brasil/Português.

9.
Bartholomeu, D. C.; Christian Macagnan Probst; Laila Alves Nahum; Lucas Bleicher; RUIZ, J. C.. Participação em banca de Leandro Martins de Freitas. Análise da diversidade, clusterização e estudo de mecanismos evolutivos geradores de diversidade nas grandes famílias gênicas de Trypanosoma cruzi. 2011. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais.
Referências adicionais: Brasil/Português.

10.
SILVA JUNIOR, Wilson A.; FELIPE, Joaquim C.; GIULIATTI, Silvana; ROSSI, Nilce M. M.; BARANAUSKAS, José A.; VASCONCELOS, Ana Tereza R.; RAMOS, Ester S.; PANEPUCCI, Rodrigo A.; PASSOS JUNIOR, Geraldo A. S.; Ruiz, Jerônimo Conceição. Participação em banca de Daniel Guariz Pinheiro. Desenvolvimento de uma Plataforma Integrativa para Depuração e Análise de Dados de Expressão Gênica. 2009 - Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto.
Referências adicionais: Brasil/Português.

11.
PUCCIA, R.; MACEDO, A. M.; RUIZ, J. C.; STANCIOLI, E. F. B.; CISALPINO, P. S.. Participação em banca de Roberta Amália de Carvalho Araújo. Elementos genéticos móveis no transcriptoma do fungo patogênico Paracoccidioides brasiliensis: caracterização de dois retrotransposons majoritários. 2008. Tese (Doutorado em Ciências Biologicas (Microbiologia)) - Universidade Federal de Minas Gerais.
Referências adicionais: Brasil/Português.

12.
BRAGA, A. P.; RUIZ, J. C.; MACEDO, A. M.; SILVA, J. D. S.; CAMINHAS, W. M.. Participação em banca de Cristiane Neri Nobre. Desenvolvimento de uma Metodologia para previsão de sítios de início de tradução. 2007. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais.
Referências adicionais: Brasil/Português.

13.
TEIXEIRA, S. M. R.; RUIZ, J. C.; OLIVEIRA, G. C.; SHENKMAN, S.; PENA, S. D. J.. Participação em banca de Gustavo Coutinho Cerqueira. Análises do genoma, transcriptoma e variabilidade genética no Trypanosoma cruzi. 2007. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais.
Referências adicionais: Brasil/Português.

Qualificações de Doutorado
1.
Gória Regina Franco; Raquel Cardoso de Melo Minardi; RUIZ, J. C.. Participação em banca de Rondon Pessoa de Mendonça Neto. Análises de Genoma e Transcriptoma do Trypanosoma cruzi: Identificação de elementos regulatórios e sequências relacionadas a diferenças na virulência entre cepas. 2011. Exame de qualificação (Doutorando em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais.
Palavras-chave: T.cruzi; Genoma; transcriptoma; virulência.
Referências adicionais: Brasil/Português.

2.
Bartholomeu, D. C.; RUIZ, J. C.; Wagner Carlos Santos Magalhães. Participação em banca de Rafael Lucas Muniz Guedes. Criação e uso de ferramentas para agrupamento de sequências homólogas. 2011. Exame de qualificação (Doutorando em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais.
Referências adicionais: Brasil/Português.

3.
RUIZ, J. C.; Bartholomeu, D. C.; Franco, G. C.. Participação em banca de Anderson Rodrigues dos Santos. Utilização da vacinologia reversa para a escolha de alvos vacinais contra linfadenite caseosa". 2010. Exame de qualificação (Doutorando em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais.
Referências adicionais: Brasil/Português.

4.
MYOSHI, A.; CAMPOS, S. V. A.; RUIZ, J. C.. Participação em banca de Francisco Pereira Lobo. Genômica Comparativa de actinobactérias do grupo CNM (Corynebacterium, Nocardia, Mycobacterium e Rhodococcus). 2008. Exame de qualificação (Doutorando em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais.
Referências adicionais: Brasil/Português; Homepage: http://mandela.icb.ufmg.br/bioinfo.

5.
Gruber, A; Santoro, MM; RUIZ, J. C.. Participação em banca de Daniela Vale Campos Barbosa. Comparação de Proteomas Bacterianos para Detecção de Genes Divergentes - Helicobacter pylori como Modelo. 2008. Exame de qualificação (Doutorando em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais.
Referências adicionais: Brasil/Português.

6.
RUIZ, J. C.; SOUZA, J. F.; HARTFELDER, K. H.. Participação em banca de Fabrício César Dias. Análise Comparativa do Genoma de Tripanosomatídeos. 2007 - Departamento de Biologia Celular e Molecular e Bioagentes Patogêncos.
Referências adicionais: Brasil/Português.

7.
RUIZ, J. C.; CISALPINO, P. S.; MACEDO, A. M.. Participação em banca de Roberta Amália de Carvalho Araújo. Seqüências repetitivas do genoma nuclear do fungo patogênico Paracoccidioides brasiliensis: caracterização de dois retrotransposons majoritários no transcriptoma parcial do fungo. 2007. Exame de qualificação (Doutorando em Ciências Biológicas (Microbiologia)) - Universidade Federal de Minas Gerais.
Referências adicionais: Brasil/Português.

8.
RUIZ, J. C.; MACHADO, C. R.; CAMPOS, A. F.. Participação em banca de Mariana Crivellari Machado Simões. Identificação de microRNAs no genoma do parasito Schistosoma mansoni. 2007. Exame de qualificação (Doutorando em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais.
Referências adicionais: Brasil/Português.

Qualificações de Mestrado
1.
RUIZ, J. C.; CAFFARENA, E.. Participação em banca de Thiago Giannini Ramos. Ferramentas Computacionais para a Reconstrução da Rede Metabólica da P. aeruginosa CCBH4851. 2017. Exame de qualificação (Mestrando em Biologia Computacional e Sistemas) - Fundação Oswaldo Cruz.
Referências adicionais: Brasil/Português.

2.
RUIZ, J. C.; CAFFARENA, E.. Participação em banca de Esdras Matheus Gomes da Silva. ANÁLISE COMPARATIVA DA DIVERSIDADE DE SPLICING ALTERNATIVO NO PROTEOMA DO CÉREBRO HUMANO E MURINO. 2017.
Referências adicionais: Brasil/Português.

Trabalhos de conclusão de curso de graduação
1.
RUIZ, J. C.; Oliveira, L. M.; COSTA, D. A.; RESENDE, D. M.. Participação em banca de Leilane Oliveira Gonçalves.Estudo de abordagens computacionais de identificação de grupos ortólogos associados a virulência de fungos patogênicos. 2014. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Ciências Biológicas) - Centro Universitário UNA.
Referências adicionais: Brasil/Português.

2.
FONSECA, C. T.; RUIZ, J. C.; CARVALHO, G. B. F.; SANTOS, V. C. F.; SANTIAGO, E. R.. Participação em banca de Deborah Larangeira Ferreira Pimenta.Identificação de moléculas do Schistosoma mansoni para uso no diagnóstico sorológico da esquistossomose. 2014. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Ciências Biológicas) - Centro Universitário UNA.
Referências adicionais: Brasil/Português.

3.
RUIZ, J. C.; OLIVEIRA, Diana Magalhães de; VIANA, Gerardo Valdisio Rodrigues. Participação em banca de Elton José Rosas de Vasconcelos.Análises das Taxas de Substituições Sinônimas e Não- Sinônimas de nucleotídeos entre espécies de Leishmania spp. 2005. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Medicina Veterinária) - Universidade Estadual do Ceará.
Grande área: Ciências Biológicas
Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Biologia Molecular.
Referências adicionais: Brasil/Português.

4.
RUIZ, J. C.; MONESI, Nadia. Participação em banca de Matheus Silveira Lecci.Seqüenciamento e Análise de Fragmentos Amplificados nos Pufes de DNA C4 e C5 de Bradysia hygida. 2001. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Ciências Biológicas) - Universidade de Franca.
Grande área: Ciências Biológicas
Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Biologia Molecular / Especialidade: Bioinformática.
Referências adicionais: Brasil/Português.



Participação em bancas de comissões julgadoras
Professor titular
1.
RUIZ, J. C.. Banca examinadora do concurso público de provas e títulos para o cargo de Pesquisador em Saúde Pública da Fundação Oswaldo Cruz na área/subárea de Biologia Computacional. 2014. Fundação Oswaldo Cruz.
Referências adicionais: Brasil/Português.

Concurso público
1.
RUIZ, J. C.; Carlos Maurício Rabello de Sant'anna; Luiz Fernando Barroso. Pesquisador em Saúde Pública. Área Biocomputação. Perfil: Modelagem Molecular. 2011. Fundação Oswaldo Cruz.
Palavras-chave: biocomputação; modelagem molecular.
Referências adicionais: Brasil/Português.

2.
RUIZ, J. C.; Carlos G. Schrago; Marcelo de Macedo Brigido. Pesquisador em Saúde Pública. Área Biocomputação. Perfil: Bioinformática, Biologia Estrutural e Imagens Moleculares. 2011. Fundação Oswaldo Cruz.
Palavras-chave: bioinformatica; biocomputação; biologia estrutural; imagens moleculares.
Referências adicionais: Brasil/Português.

3.
RUIZ, J. C.; Laurent Dardenne; Carlos Maurício Rabello de Sant'anna. Especialista em Ciência e Tecnologia, Produção e Inovação em Saúde. Perfil: Bioinformática com Ênfase em Proteomica. 2011.
Referências adicionais: Brasil/Português.

Outras participações
1.
RUIZ, J. C.. Banca examinadora do Processo Seletivo /1 semestre do curso de Mestrado, no Programa de Pós-Graduação em Ciências da Saúde. 2014. Centro de Pesquisas René Rachou.
Referências adicionais: Brasil/Português.

2.
RUIZ, J. C.. Organização do Processo Seletivo /1 semestre do curso de Mestrado, no Programa de Pós-Graduação em Ciências da Saúde. 2014. Centro de Pesquisas René Rachou.
Referências adicionais: Brasil/Português.

3.
RUIZ, J. C.. Organização do Processo Seletivo /1 semestre do curso de Doutorado, no Programa de Pós-Graduação em Ciências da Saúde. 2014. Centro de Pesquisas René Rachou.
Referências adicionais: Brasil/Português.

4.
RUIZ, J. C.. Comissão Avaliadora do processo seletivo do Programa de Iniciação Científica PROBICdo CPqRR/Fapemig. 2014. Fundação Oswaldo Cruz.
Referências adicionais: Brasil/Português.

5.
OLIVEIRA, J. G.; MURTA, S. M. F.; CALDERA, R. L.; CONTIJO, C. M. F.; RUIZ, J. C.. Comissão Avaliadora para seleção PROBIC/Fapemig ? Edital 2013. 2013. Fundação Oswaldo Cruz.
Referências adicionais: Brasil/Português.

6.
RUIZ, J. C.. XXI Reunião Anual de Iniciação Científica. 2013. Fundação Oswaldo Cruz.
Referências adicionais: Brasil/Português.

7.
RUIZ, J. C.. Comissão Avaliadora do processo seletivo do Programa de Iniciação Científica PROBICdo CPqRR/Fapemig. 2013. Fundação Oswaldo Cruz.
Referências adicionais: Brasil/Português.

8.
Ruiz, J.C.. Membro da banca de seleção de Doutorado. 2013. Centro de Pesquisas René Rachou.
Referências adicionais: Brasil/Português.

9.
Ruiz, J.C.; OLIVEIRA, E. J.; PARREIRAS, P. M.; CERAVOLO, I. P.; GUIMARAES NETO, A.; RODARTE, M.. Subcomissão de Avaliação de Desempenho CPqRR - FIOCRUZ. 2012. Fundação Oswaldo Cruz.
Referências adicionais: Brasil/Português.

10.
RUIZ, J. C.; SOARES, R. P. P.; RABELO, E. M. L.; SANTANNA, M. R. V.. Banca de Seleção de Doutorado - FIOCRUZ/CPqRR. 2012. Fundação Oswaldo Cruz.
Referências adicionais: Brasil/Português.

11.
RUIZ, J. C.. Membro da banca de seleção de Doutorado. 2012. Centro de Pesquisas René Rachou.
Referências adicionais: Brasil/Português.

12.
Ruiz, Jerônimo Conceição. Convocatoria 519 de 2010 ?Convocatoria Nacional para la Conformación del Banco de Proyectos de Investigación, Orientado a la Solución de Problemas Prioritarios de Salud. 2010. Fondo Colombiano de Investigaciones Científicas y Proyectos Especiales.
Referências adicionais: Colômbia/Espanhol.
International referee of (Convocatoria 519 de 2010 ?Convocatoria Nacional para la Conformación del Banco de Proyectos de Investigación, Orientado a la Solución de Problemas Prioritarios de Salud) - Programa Nacional de Ciencia y Tecnología de Salud Departamento Administrativo de Ciencia, Tecnología e Innovación - COLCIENCIAS - Bogotá, Colombia.

13.
RUIZ, J. C.; TALVANI, A.; NEGRAO-CORREA, D. A.. Jornada de Iniciação Científica - Centro de Pesquisa René Rachou CPqRR/FIOCRUZ. 2007. Fundação Oswaldo Cruz.
Referências adicionais: Brasil/Português.

14.
RUIZ, J. C.. SIICUSP - Simpósio Internacional de Iniciação Científica da Universidade de São Paulo. 2005. Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto.
Grande área: Ciências Biológicas
Referências adicionais: Brasil/.



Eventos



Participação em eventos, congressos, exposições e feiras
1.
23th Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB). Association between protein disorder and immunogenicity in trypanosomatids. 2017. (Congresso).
Referências adicionais: Brasil
Tipo de participação: Poster / Painel
Forma de participação: Participante.

2.
II International Symposium on Biological Sciences.Evaluation of cellular response and mRNA cytokines profiles after inoculum with peptides selected by bioinformatics tools using Leishmania naturally infected dogs received an honorable mention for the oral presentation. 2017. (Simpósio).
Referências adicionais: Brasil
Tipo de participação: Poster / Painel
Forma de participação: Participante.

3.
Intelligent Systems for Molecular Biology. Intelligent Systems for Molecular Biology. 2017. (Congresso).
Referências adicionais: Brasil
Tipo de participação: Poster / Painel
Forma de participação: Participante.

4.
Intelligent Systems for Molecular Biology. SNP discovery in Leishmania infantum transcriptome using RNA sequencing approach. 2017. (Congresso).
Referências adicionais: Brasil
Tipo de participação: Poster / Painel
Forma de participação: Participante.

5.
IV Simpósio de Microbiologia da UFMG.Immunoinformatics for identification of vaccine targets in Cryptococcus gattii genomes. 2017. (Simpósio).
Referências adicionais: Brasil
Tipo de participação: Poster / Painel
Forma de participação: Participante.

6.
XXXIII Annual Meeting of the Brazilian Society of Protozoology.Immune-structural association between epitopes and predicted disordered regions. 2017. (Encontro).
Referências adicionais: Brasil
Tipo de participação: Poster / Painel
Forma de participação: Participante.

7.
XXXIII Annual Meeting of the Brazilian Society of Protozoology.A modular methodology to integrate gene expression and proteomics data into protein-protein interaction (PPI) networks, using public databases and open source softwares. 2017. (Encontro).
Referências adicionais: Brasil
Tipo de participação: Poster / Painel
Forma de participação: Participante.

8.
XXXIII Annual Meeting of the Brazilian Society of Protozoology.Immunoinformatics and data integration: in silico study of features associated to experimentally tested targets for Leishmania vaccine development. 2017. (Encontro).
Referências adicionais: Brasil
Tipo de participação: Poster / Painel
Forma de participação: Participante.

9.
XXXIII Annual Meeting of the Brazilian Society of Protozoology,.Comparative transcriptome analysis of antimony resistant and susceptible Leishmania infantum lines. 2017. (Encontro).
Referências adicionais: Brasil
Tipo de participação: Poster / Painel
Forma de participação: Participante.

10.
24th Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (IS.Data integration of omics data: a network-oriented approach. 2016. (Outra).
Referências adicionais: Brasil
Tipo de participação: Poster / Painel
Forma de participação: Participante.

11.
In vitro evaluation of promising epitopes selected using Bioinformatics tools in PBMC from Leishmania naturally infected dogs. In: XXXII Annual Meeting of the Brazilian Society of Protozoology.XXXII Annual Meeting of the Brazilian Society of Protozoology / XLIII Annual Meeting on Basic Research in Chagas Disease. 2016. (Encontro).
Referências adicionais: Brasil
Tipo de participação: Poster / Painel
Forma de participação: Participante.

12.
XLI Congress of the Brazilian Society of Immunology. Integration of data from bioinformatics prediction for selection of targets for schistosomiasis diagnosis. 2016. (Congresso).
Referências adicionais: Brasil
Tipo de participação: Poster / Painel
Forma de participação: Participante.

13.
XXXII Annual Meeting of the Brazilian Society of Protozoology.In vitro evaluation of promising epitopes selected using Bioinformatics tools in PBMC from Leishmania naturally infected dogs. 2016. (Encontro).
Referências adicionais: Brasil
Tipo de participação: Poster / Painel
Forma de participação: Participante.

14.
XXXII Annual Meeting of the Brazilian Society of Protozoology / XLIII Annual Meeting on Basic Research in Chagas Disease.Bringing to light biological information: integrating massive RNA and shotgun proteomics in protein-protein interaction networks.. 2016. (Encontro).
Referências adicionais: Brasil
Tipo de participação: Poster / Painel
Forma de participação: Participante.

15.
XXXII Annual Meeting of the Brazilian Society of Protozoology / XLIII Annual Meeting on Basic Research in Chagas Disease.A knowledge shared database of trypanosomatids: Integrating RNAi and genomic data. 2016. (Encontro).
Referências adicionais: Brasil
Tipo de participação: Poster / Painel
Forma de participação: Participante.

16.
XXXII Annual Meeting of the Brazilian Society of Protozoology / XLIII Annual Meeting on Basic Research in Chagas Disease.System biology of T. cruzi infectivity: A transcriptomics and shotgun proteomics study of infective and non infective strains. 2016. (Encontro).
Referências adicionais: Brasil
Tipo de participação: Poster / Painel
Forma de participação: Participante.

17.
21th Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB). 2015. (Outra).
Referências adicionais: Brasil
Forma de participação: Ouvinte.

18.
X-meeting.Integration of gene expression data of Leishmania infantum via biological interaction networks. 2015. (Encontro).
Referências adicionais: Brasil
Tipo de participação: Poster / Painel
Forma de participação: Participante.

19.
ISCB - Latin American X-Meeting on Bioinformatics with BSB & SO iBio. Genomic data mining for search of new targets for vaccine development: immunoinformatics and system biology. 2014. (Congresso).
Referências adicionais: Brasil
Tipo de participação: Poster / Painel
Forma de participação: Participante.

20.
SB Meeting - Europe-Brazil Meeting on Systems and Synthetic.Protein disoder, protein interaction networks and epitope prediction: Shedding liht onto targets for vaccine development. 2014. (Simpósio).
Referências adicionais: Brasil
Tipo de participação: Conferencista
Forma de participação: Convidado.

21.
Transcriptoma de artrópodes vetores por RNAseq: da análise bioinformática de dados brutos a submissão de sequências a bancos de dados píblicos.Mineração de dados genômicos para identificação de moléculas indutoras de resposta imune: Imunoinformática, Flexibilidade proteica e Redes de Interação de proteínas. 2014. (Seminário).
Referências adicionais: Brasil
Tipo de participação: Simposista
Forma de participação: Convidado.

22.
XXVIII Jornada de Biologia.Bioinformática. 2014. (Outra).
Referências adicionais: Brasil
Tipo de participação: Conferencista
Forma de participação: Convidado.

23.
I Congresso Científico da Fiocruz Minas. Biologia de Sistemas: desordem estrutural, redes de interação de proteínas e vacinologia reversa na predição assertiva de alvos para o desenvolvimento de drogas e vacinas. 2013. (Congresso).
Referências adicionais: Brasil
Tipo de participação: Conferencista
Forma de participação: Convidado.

24.
III Jornada de Pós Graduação em Genética.Informática de Biossistemas: integrando dados de tecnologias ômicas para a identificação de potenciais alvos para o desenvolvimento de vacidas em tripanosomatídeos. 2013. (Outra).
Referências adicionais: Brasil
Tipo de participação: Conferencista
Forma de participação: Convidado.

25.
X-meeting. 2013. (Simpósio).
Referências adicionais: Brasil
Forma de participação: Ouvinte.

26.
II International Symposium on Leishmaniases Vaccines.Epitope prediction in L. braziliensis: a computational workflow for vaccine development against canine visceral Leishmaniasis. 2012. (Simpósio).
Referências adicionais: Brasil
Tipo de participação: Outras formas
Forma de participação: Participante.

27.
II International Symposium on Leishmaniases Vaccines.New approach to the development of vaccines against canine visceral Leishmaniasis (CVL): bioinformatcs tools. 2012. (Simpósio).
Referências adicionais: Brasil
Tipo de participação: Outras formas
Forma de participação: Participante.

28.
XV Semana da Graduação.Caracterização estrutural e e filogenia de um elemento retrotransponível da superfamilia Copia presente no genoma do fungo patogênico Paracoccidioides brasiliensis. 2011. (Outra).
Referências adicionais: Brasil
Tipo de participação: Outras formas
Forma de participação: Participante.

29.
III Simpósio de Simulação Computacional e Avaliação Biológica de Biomoléculas na Amazônia.Redes de Interação de proteínas em análises genômicas comparativas. 2010. (Simpósio).
Referências adicionais: Brasil
Tipo de participação: Conferencista
Forma de participação: Convidado.

30.
II Seminários Avançados em Tecnologia de Microarrays e Next Generation Sequencing.Next Generation Sequencing e a montagem de genomas bacterianos: Pangenoma de Corynebacterium. 2010. (Seminário).
Referências adicionais: Brasil
Tipo de participação: Outras formas
Forma de participação: Participante.

31.
Applied Biosystems SOLID User's Summit 2009. 2009. (Encontro).
Referências adicionais: Estados Unidos
Forma de participação: Ouvinte.

32.
11 º Simpósio Internacional sobre Esquistossomose.A genome-wide survey of P13 and related-kinases classes and subtypes in Schistosoma mansoni. 2008. (Simpósio).
Referências adicionais: Brasil
Tipo de participação: Apresentação Oral
Forma de participação: Participante.

33.
4th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology.Computational analysis of the Schistosoma mansoni genome for the identification of vaccine candidates. 2008. (Outra).
Referências adicionais: Brasil
Tipo de participação: Poster / Painel
Forma de participação: Participante.

34.
Biologia do Schistosoma mansoni: do laboratório à pesquisa. 2008. (Outra).
Referências adicionais: Brasil
Forma de participação: Ouvinte.

35.
Biologia do Schistosoma mansoni: do laboratório à pesquisa clínica. 2008. (Encontro).
Referências adicionais: Brasil
Forma de participação: Ouvinte.

36.
II Jornada de Pós-Graduação, V Jornada do Programa de Vocação Científica e XVI Jornada de Iniciação Científica.Caracterização dos genes que codificam as proteínas triparedoxina peroxidase citosólica e mitocondrial em populações do Trypanosoma cruzi sensíveis e resistentes ao benzonidazol. 2008. (Outra).
Referências adicionais: Brasil
Tipo de participação: Poster / Painel
Forma de participação: Participante.

37.
X-meeting - 3rd International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computacional Biology. 2007. (Congresso).
Referências adicionais: Brasil
Forma de participação: Ouvinte.

38.
VIII Simpósio de Genética - Genética, Evolução e Biotecnologia.Curso de Bioinformática -VIII Simpósio de Genética - Genética, Evolução e Biotecnologia. 2005. (Simpósio).
Palavras-chave: bioinformática.
Grande área: Ciências Biológicas
Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Biologia Molecular.
Referências adicionais: Brasil.

39.
TriTryp Genomes Meeting. TriTryp Genomes Meeting 2004. 2004. (Congresso).
Grande área: Ciências Biológicas
Referências adicionais: Estados Unidos.

40.
I Semana de Informática Biomédica e II Semana de Física Médica.Palestra: Projeto Genoma e Análise Comparativa de Genomas. 2003. (Outra).
Grande área: Ciências Biológicas
Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Biologia Molecular.
Referências adicionais: Brasil.

41.
XIX Annual Meeting in Basic Research in Chagas Disease. Workshop Genoma e Bioinformática - Palestra: Introdução à Análise de Seqüências. 2002. (Congresso).
Grande área: Ciências Biológicas
Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Biologia Molecular.
Referências adicionais: Brasil.


Organização de eventos, congressos, exposições e feiras
1.
ALCANTARA, L. C. J. ; RUIZ, J. C. ; RESENDE, D. M. ; ZANETTE, D. ; AMARANTE, M. F. C. ; SANTOS, L. A. ; GUIMARAES, F. ; GIOVANETTI, M. ; ARAUJO, T. H. A. ; BARRETO, F. K. ; JESUS, J. G. ; RESTOVIC, M. I. V. ; ARAUJO, M. F. O. ; FONSECA, V. S. ; MAFFILI, V. . III Workshop Internacional de Bioinformática em Biologia/Epidemiologia Molecular e Evolução Viral. 2015. (Outro).
Referências adicionais: Brasil/Português; Evento itinerante: Não; Duração do evento: 1; Local: Escola de Saúde Pública do estado de Minas Gerais; Cidade: Belo Horizonte; Inst. promotora/financiadora: Centro de Pesquisas Gonçalo Moniz.

2.
RUIZ, J. C.; SILVA, L. K. . Bioinformática Integrada. 2015. (Outro).
Referências adicionais: Brasil/Português; Evento itinerante: Não; Duração do evento: 3; Local: Escola de Saúde Pública do estado de Minas Gerais; Cidade: Belo Horizonte; Inst. promotora/financiadora: Centro de Pesquisas Gonçalo Moniz.

3.
RUIZ, J. C.; Braz, G.R. ; Ribeiro, J.M.C. . Montagem, Anotação e Meta-Anotação amigável de dados de transcriptoma. 2012. (Outro).
Palavras-chave: bioinformatica.
Referências adicionais: Brasil/Português; Evento itinerante: Não; Duração do evento: 1; Local: Centro de Pesquisas René Rachou; Cidade: Belo Horizonte; Inst. promotora/financiadora: Fundação Oswaldo Cruz - CPqRR.

4.
Weber G ; Silva, AC ; SA, R. G. ; WANNER, E. F. ; RUIZ, J. C. . Simpósio Interdisciplinar Física + Bioinformática 2009. 2009. (Outro).
Palavras-chave: bioinformática.
Grande área: Ciências Biológicas
Referências adicionais: Brasil/Português; Meio de divulgação: Vários; Evento itinerante: Não; Local: Escola de Minas, antigo Palácio do Governador, Praça Tiradentes, Ouro Preto; Cidade: Ouro Preto - MG; Inst. promotora/financiadora: Universidade Federal de Ouro Preto - UFOP.
Membro do Comitê Científico.

5.
AZEVEDO, Vasco A. ; SILVA, Artur L. ; RUIZ, J. C. . I Workshop Bioinformática "Next-Gen": Montagem e Anotação de Genomas Bacterianos Completos. 2009. (Outro).
Referências adicionais: Brasil/Português; Meio de divulgação: Impresso; Evento itinerante: Não; Duração do evento: 1; Local: Universidade Federal do Oeste do Pará (UFOPA); Cidade: Santarem; Inst. promotora/financiadora: Universidade Federal do Pará - UFPA.



Orientações



Orientações e supervisões em andamento
Dissertação de mestrado
1.
Amabrilha Virgínia Souza Guimarães. Integração de dados biológicos em H. pylori visando a identificação de potenciais candidatos à vacina. Início: 2018. Dissertação (Mestrado profissional em Ciências da Saúde) - Centro de Pesquisas René Rachou. (Orientador).
Palavras-chave: H. pylori; imunoinformática; vacina.
Referências adicionais: Brasil/Português.

2.
Ana Luisa Dian. Análise de RNASeq de células epiteliais do colo do útero de pacientes apresentando lesões pré-neoplásicas para a seleção de biomarcadores visando o diagnóstico. Início: 2018. Dissertação (Mestrado profissional em Ciências da Saúde) - Centro de Pesquisas René Rachou, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. (Orientador).
Palavras-chave: câncer de colo de útero; RNASeq; diagnóstico molecular.
Referências adicionais: Brasil/Português.

3.
Paul Anderson Souza Guimarães. Bioinformática Integrativa de Sistemas para extração de conhecimento na pesquisa biológica: integração de dados ômicos e uso de chaves dicotômicas para o estudo de patologias de agravo à saúde. Início: 2018. Dissertação (Mestrado profissional em Biologia Computacional e Sistemas) - Fundação Oswaldo Cruz, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. (Orientador).
Palavras-chave: biologia de sistemas; Integração de dados genômicos; bancos de dados biológicos.
Referências adicionais: Brasil/Português.

4.
Henrique Cardoso da Silva Toledo. Predição computacional de interação proteína-proteina utilizando aprendizado de máquina. Início: 2016. Dissertação (Mestrado profissional em Ciências da Saúde) - Centro de Pesquisas René Rachou, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. (Orientador).
Palavras-chave: redes de interação de proteina; aprendizado de máquina.
Referências adicionais: Brasil/Português.

Tese de doutorado
1.
Frederico Gonçalves Guimarães. Predição de redes de interação proteína-proteína (IPP) entre patógeno e hospedeiro visando a descoberta de novos alvos para fármacos em tripanosomatídeos. Início: 2017. Tese (Doutorado em ciencias da sáude) - Centro de Pesquisas René Rachou. (Orientador).
Palavras-chave: redes de interação de proteínas.
Referências adicionais: Brasil/Português.

2.
Ludmila Gouveia Eufrásio. Biologia de Sistemas da Resistência de Cryptococcus gattii ao fluconazol. Início: 2017. Tese (Doutorado em Programa de Pós-Graduação em Microbiologia) - Universidade Federal de Minas Gerais, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. (Coorientador).
Palavras-chave: biologia de sistemas; Cryptococcus; resistencia; fluconazol.
Referências adicionais: Brasil/Português.

3.
Leilane Oliveira Gonçalves. Integração e análise de dados multi ômicos de tripanosomatídeos visando a identificação computacional de potenciais candidatos vacinais. Início: 2017. Tese (Doutorado em Biologia Computacional e Sistemas) - Fundação Oswaldo Cruz. (Orientador).
Palavras-chave: integração de dados; bioinformática translacional; Tripanosomatídeos; snips.
Referências adicionais: Brasil/Português.

4.
Grace Santos Tavares. Integração de dados micos visando a identificação de alvos para diagnóstico sorológico de Cryptococcus gattii. Início: 2016. Tese (Doutorado em Biologia Computacional e Sistemas) - Fundação Oswaldo Cruz, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. (Orientador).
Referências adicionais: Brasil/Português.

Supervisão de pós-doutorado
1.
Carolina Pereira de Souza Melo. Início: 2017. Centro de Pesquisas René Rachou, Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento.
Palavras-chave: integração de dados; LLA; leucemia linfóide aguda; imunoinformática.
Referências adicionais: Brasil/Português.

2.
Daniela de Melo Resende. Prospecção integrativa de dados genômicos para a identificação de moléculas indutoras de resposta imune: Imunoinformática e Biologia de Sistemas. Início: 2014. Fundação Oswaldo Cruz, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior.
Palavras-chave: imunoinformática; proteínas desordenadas (IDPs); banco de dados relacional; Tripanosomatídeos.
Grande área: Ciências Biológicas
Referências adicionais: Brasil/Português.

Iniciação científica
1.
Arthur Rocha de Abreu. Identificação computacional de polimorfismos que possam estar associados à resistência ao antimônio trivalente em cepas de Leishmania infantum. Início: 2018. Iniciação científica (Graduando em Ciências da Saúde) - Centro de Pesquisas René Rachou, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Minas Gerais. (Orientador).
Referências adicionais: Brasil/Português.

2.
Jéssica Alves de Freitas Avelar. Comparação estrutural de contigs entre linhagens de Cryptococcus gattii sensível e resistente ao fluconazol.. Início: 2018. Iniciação científica (Graduando em Ciências da Saúde) - Centro de Pesquisas René Rachou, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Minas Gerais. (Orientador).
Palavras-chave: genômica estrutural; Cryptococcus; resistencia; anotação genômica; fluconazol; Genômica Comparativa.
Referências adicionais: Brasil/Português.

3.
Luiz Gustavo do Nascimento Rocha. Imunoinformatica para a identificação de alvos vacinais em genomas de Cryptococcus gateei. Início: 2016. Iniciação científica (Graduando em Ciências da Saúde) - Centro de Pesquisas René Rachou, Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento. (Orientador).
Palavras-chave: modelagem estrutural de proteinas; vacinologia reversa; docking; desordem estrutural proteica; proteínas desordenadas (IDPs).
Referências adicionais: Brasil/Português.

Orientações de outra natureza
1.
Davi Alvarenga Lima. Integração de dados em redes complexas de interação parasito-fármaco-hospedeiro. Início: 2017. Orientação de outra natureza. Universidade Federal do Piauí. (Orientador).
Palavras-chave: bancos de dados biológicos; redes de interação; interação fármaco hospedeiro; Leishmania braziliensis.
Referências adicionais: Brasil/Português.

2.
Márcio da Silva Loureiro. Malacokey: Guia Eletrônico de identificação de moluscos de interesse médico-veterinário como suporte à vigilância epidemiológica. Início: 2017. Orientação de outra natureza. Fundação Oswaldo Cruz. (Orientador).
Palavras-chave: guia eletrônico; bancos de dados biológicos.
Referências adicionais: Brasil/Português.


Orientações e supervisões concluídas
Dissertação de mestrado
1.
João Paulo Linhares Velloso. Análise estrutural de candidatos vacinais contra leishmaniose selecionados usando vacinologia reversa. 2016. Dissertação (Mestrado em Ciências da Saúde) - Centro de Pesquisas René Rachou, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Jeronimo Conceição Ruiz.
Referências adicionais: Brasil/Português; Tipo de orientação: Orientador principal.

2.
Leilane Oliveira Gonçalves. Análise de expressão diferencial via sequenciamento em larga escala de RNA (RNA-Seq) em organismos com importância na saúde pública. 2015. Dissertação (Mestrado em Ciências da Saúde) - Fundação Oswaldo Cruz, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Jeronimo Conceição Ruiz.
Referências adicionais: Brasil/Português; Tipo de orientação: Orientador principal.

3.
Frederico Gonçalves Guimarães. Integração de redes biológicas e dados de expressão gênica. 2015. Dissertação (Mestrado em Ciências da Saúde) - Fundação Oswaldo Cruz, . Orientador: Jeronimo Conceição Ruiz.
Referências adicionais: Brasil/Português; Tipo de orientação: Orientador principal.

4.
Grace Santos Tavares. Estudo computacional de desordem proteica no genoma de Cryptococcus spp. 2014. Dissertação (Mestrado em Biologia Computacional e Sistemas) - Fundação Oswaldo Cruz, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Jeronimo Conceição Ruiz.
Palavras-chave: bioinformatica; biologia de sistemas; desordem estrutural proteica; Comparative Genomics.
Grande área: Ciências Biológicas
Referências adicionais: Brasil/Português; Tipo de orientação: Orientador principal.

5.
Elvira Cynthia Alves Horácio. Predição computacional da interação proteína proteína em Cryptococcus spp. 2014. Dissertação (Mestrado em Biologia Computacional e Sistemas) - Fundação Oswaldo Cruz, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Jeronimo Conceição Ruiz.
Referências adicionais: Brasil/Português; Tipo de orientação: Orientador principal.

6.
Ludmila Ferreira Gouveia. Anotação funcional e genômica comparativa de vias metabólicas (KEGG metabolic pathways) de Cryptococcus spp. 2014. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas (Microbiologia)) - Universidade Federal de Minas Gerais, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Coorientador: Jeronimo Conceição Ruiz.
Palavras-chave: Genômica Comparativa; Cryptococcus; Predição via metabólicas.
Referências adicionais: Brasil/Português; Tipo de orientação: Coorientador.

7.
Renato Guimarães Delfino. Melhoria e inovação na prestação de serviços associados às análises de genômica computacional na Fiocruz Minas. 2013. Dissertação (Mestrado em Políticas e Gestão de Ciência Tecnologia Inovação) - Escola Nacional de Saúde Pública Sérgio Arouca, . Orientador: Jeronimo Conceição Ruiz.
Referências adicionais: Brasil/Português; Tipo de orientação: Orientador principal.

8.
Patricia de Cássia Ruy. Análise computacional baseada no desenvolvimento de um pipeline de técnicas ab initio para predição de desordem estrutural protéica em genomas de tripanosomatídeos. 2011. Dissertação (Mestrado em Ciências da Saúde) - Fundação Oswaldo Cruz, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Jeronimo Conceição Ruiz.
Palavras-chave: Intrinsically Unstructured Proteins; Leishmania braziliensis; Genômica Comparativa; desordem estrutural proteica.
Referências adicionais: Brasil/Português; Tipo de orientação: Orientador principal.

9.
Raul Torrieri. Identificação e caracterização computacional de proteínas do tipo IUP no proteoma predito de S.mansoni. 2010. Dissertação (Mestrado em Ciências da Saúde) - Fundação Oswaldo Cruz, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Jeronimo Conceição Ruiz.
Palavras-chave: bioinformática; IUP; Intrinsically Unstructured Proteins; S. mansoni.
Referências adicionais: Brasil/Português; Tipo de orientação: Orientador principal.

10.
Sabrina Barbosa de Oliveira. Estudo da resposta imune de mosquitos Anopheles. 2007. Dissertação (Mestrado em Ciências da Saúde) - Fundação Oswaldo Cruz, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Coorientador: Jeronimo Conceição Ruiz.
Palavras-chave: anopheles; bioinformática.
Referências adicionais: Brasil/Português; Tipo de orientação: Coorientador.

11.
Luiza Freire de Andrade Almeida. Caracterização de Proteínas MAPKs e MAPs no Genoma de Schistosoma mansoni. 2007. Dissertação (Mestrado em Clínica Média e Biomedicina) - Instituto de Ensino e Pesquisa da Santa Casa de Belo Horizonte, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Coorientador: Jeronimo Conceição Ruiz.
Palavras-chave: Schistosoma mansoni; proteinas quinase; MAPK; MKP.
Referências adicionais: Brasil/Português; Tipo de orientação: Coorientador.

12.
Paula Fernandes dos Santos. Caracterização dos genes que codificam a enzima lipoamida desidrogenase. 2006. Dissertação (Mestrado em Ciências da Saúde) - Fundação Oswaldo Cruz, National Institute of Health. Coorientador: Jeronimo Conceição Ruiz.
Palavras-chave: transportador de hexoses; trypanosoma cruzi; lipoamida desidrogenase; resistencia.
Referências adicionais: Brasil/Português; Tipo de orientação: Coorientador.

Tese de doutorado
1.
Ricardo de Souza Ribeiro. Estrutura de população e dinamica de transmissão de isolados de Plasmodium vivax: análise comparativa de diferentes marcadores moleculares, microstatélites e SNPs. 2015. Tese (Doutorado em Ciências da Saúde) - Fundação Oswaldo Cruz, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Minas Gerais. Coorientador: Jeronimo Conceição Ruiz.
Referências adicionais: Brasil/Português; Tipo de orientação: Coorientador.

2.
Gardênia Braz Figueiredo de Carvalho. Novos antígenos de Schistosoma mansoni para o diagnóstico sorológico da infecção ativa e controle de cura. 2013. Tese (Doutorado em Ciências da Saúde) - Fundação Oswaldo Cruz, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Coorientador: Jeronimo Conceição Ruiz.
Palavras-chave: Schistosoma; virulência; imunoinformática; bioinformática.
Referências adicionais: Brasil/Português; Tipo de orientação: Coorientador.

3.
Daniela Arruda Costa. Genômica comparativa da levedura termotolerante Kluyveromyces marxianus UFV-3. 2013. Tese (Doutorado em Microbiologia Agrícola) - Universidade Federal de Viçosa, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Coorientador: Jeronimo Conceição Ruiz.
Palavras-chave: bioinformatica; anotação genômica; Genômica Comparativa.
Referências adicionais: Brasil/Português; Tipo de orientação: Coorientador.

4.
Fernanda Lourenço Alves. Levantamento genômico amplo e caracterização de transposons de DNA nos genomas dos fungos patogênicos. 2012. Tese (Doutorado em Programa de Pós-Graduação em Microbiologia) - Universidade Federal de Minas Gerais, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Coorientador: Jeronimo Conceição Ruiz.
Palavras-chave: paracoccidioides; bioinformatica; Sporothrix schenckii; Sporothrix brasiliensis; transposons.
Referências adicionais: Brasil/Português; Tipo de orientação: Coorientador.

5.
Juvana Moreira Andrade. Análise transcriptomica e genomica funcional de populações de Leishmania braziliensis sensíveis e resistentes ao antimonial trivalente. 2012. Tese (Doutorado em Ciências da Saúde) - Fundação Oswaldo Cruz, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Coorientador: Jeronimo Conceição Ruiz.
Palavras-chave: transcriptoma; bioinformatica; biologia de sistemas; drug resistence.
Referências adicionais: Brasil/Português; Tipo de orientação: Coorientador.

6.
Antônio Mauro Rezende. Caracterização Computacional dos genes da Superfamília das Transialidases no genoma de T.cruzi. 2012. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Jeronimo Conceição Ruiz.
Palavras-chave: transialidases; trypanosoma cruzi.
Referências adicionais: Brasil/Português; Tipo de orientação: Orientador principal.

7.
Marco Aurélio Soares. Elementos transponíveis no genoma do fungo patogênico Paracoccidioides brasiliensis: identificação, distribuição e caracterização de retrotransposons. 2009. Tese (Doutorado em Programa de Pós-Graduação em Microbiologia) - Universidade Federal de Minas Gerais, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Coorientador: Jeronimo Conceição Ruiz.
Referências adicionais: Brasil/Português; Tipo de orientação: Coorientador.

8.
Michel Francisco Abanto Marin. Epidemiologia Genômica de Vibrio cholerae. 2009. Tese (Doutorado em Biologia Computacional e Sistemas) - Fundação de Assistência ao Trabalhador da Fiocruz, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Coorientador: Jeronimo Conceição Ruiz.
Referências adicionais: Brasil/Português; Tipo de orientação: Coorientador.

9.
Daniel Barbosa Liarte. Mecanismos moleculares de resistência a drogas em parasitos do gênero Leishmania. 2008. Tese (Doutorado em Ciências da Saúde) - Fundação Oswaldo Cruz, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Coorientador: Jeronimo Conceição Ruiz.
Referências adicionais: Brasil/Português; Tipo de orientação: Coorientador.

Supervisão de pós-doutorado
1.
Fabiano Sviatopolk Mirsky Pais. 2017. Centro de Pesquisas René Rachou, Fundação para o Desenvolvimento Científico e Tecnológico em Saúde. Jeronimo Conceição Ruiz.
Palavras-chave: Integração de dados genômicos; RNASeq; pipelines analíticos.
Referências adicionais: Brasil/Português.

Trabalho de conclusão de curso de graduação
1.
Henrique Cardoso da Silva Toledo. Estudo sobre técnicas computacionais preditivas de rede de interação proteína-proteína. 2015. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Ciências Biológicas) - Centro Universitário UNA. Orientador: Jeronimo Conceição Ruiz.
Referências adicionais: Brasil/Português; Tipo de orientação: Orientador principal.

2.
Leilane Oliveira Gonçalves. Estudo de abordagens computacionais de identificação de grupos ortólogos associados a virulência de fungos patogênicos. 2014. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Ciências Biológicas) - Centro Universitário UNA, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Jeronimo Conceição Ruiz.
Referências adicionais: Brasil/Bretão; Tipo de orientação: Orientador principal.

3.
Deborah Laranjeira Ferreira Pimenta. Identificação e avaliaçãode moléculas do Schistosoma mansoni no diagnóstico sorológico da Esquistossomose. 2013. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Ciências Biológicas) - Centro Universitário UNA. Orientador: Jeronimo Conceição Ruiz.
Referências adicionais: Brasil/Português; Tipo de orientação: Orientador principal.

4.
Elton José Rosas de Vasconcelos. Análise das taxas de substituição sinônima e não-sinônimas de nucleotídeos entre espécies de Leishmania spp. 2005. 0 f. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Medicina Veterinária) - Universidade Estadual do Ceará. Orientador: Jeronimo Conceição Ruiz.
Palavras-chave: bioinformática; Genômica Comparativa.
Grande área: Ciências Biológicas
Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Biologia Molecular.
Referências adicionais: Brasil/Português; Tipo de orientação: Orientador principal.

Iniciação científica
1.
Leilane Oliveira Gonçalves. Estudo de abordagens computacionais para identificação de grupos ortólogos associados ao dimorfismo em fungos patogênicos. 2014. Iniciação Científica. (Graduando em Ciências Biológicas) - Centro Universitário UNA, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Jeronimo Conceição Ruiz.
Referências adicionais: Brasil/Português; Tipo de orientação: Orientador principal.

2.
Lara Fernanda Silva Andrade. Estudo de abordagens de genômica comparativas em leveduras de interesse biotecnológico. 2014. Iniciação Científica. (Graduando em Ciências Biológicas) - Centro Universitário UNA, Centro Universitário UNA. Orientador: Jeronimo Conceição Ruiz.
Palavras-chave: anotação genômica; bioinformática; levedura.
Grande área: Ciências Biológicas
Referências adicionais: Brasil/Português; Tipo de orientação: Orientador principal.

3.
Elvira Cynthia Alves Horácio. Estabelecimento de metodologia para a predição ab initio de ilhas de patogenicidade em genomas de procariotos.. 2013. Iniciação Científica. (Graduando em Ciências Biológicas) - Pontificia Universidade Catolica de Minas Gerais, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Minas Gerais. Orientador: Jeronimo Conceição Ruiz.
Referências adicionais: Brasil/Português; Tipo de orientação: Orientador principal.

4.
Arthur Luiz Lara Quites. Modelagem de Redes de Interação em genomas bacterianos. 2012. Iniciação Científica - Fundação Oswaldo Cruz, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Minas Gerais. Orientador: Jeronimo Conceição Ruiz.
Palavras-chave: redes de interação de proteínas; bioinformatica.
Referências adicionais: Brasil/Português; Tipo de orientação: Orientador principal.

5.
Cristiano Lopes Braga. Análise de Redes de Interação nos genomas de Paracoccidioides brasiliensis. 2012. Iniciação Científica - Fundação Oswaldo Cruz, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Minas Gerais. Orientador: Jeronimo Conceição Ruiz.
Palavras-chave: bioinformatica; redes de interação de proteínas.
Referências adicionais: Brasil/Português; Tipo de orientação: Orientador principal.

6.
Cíntia Tatiana Ribeiro do Carmo. ANÁLISE DE REDES DE INTERAÇÃO PROTÉICA (PPI) NO GENOMA DE CORYNEBACTERIUM SPP. 2011. Iniciação Científica. (Graduando em Ciências Biológicas) - Universidade Federal de Minas Gerais, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Minas Gerais. Orientador: Jeronimo Conceição Ruiz.
Referências adicionais: Brasil/Português; Tipo de orientação: Orientador principal.

7.
Raquel Fernandes de Carvalho. Desenvolvimento de ambiente Web para suporte às atividades do Laboratório de Bioinformática. 2010. Iniciação Científica. (Graduando em Sistemas de Informação) - Pontifícia Universidade Católica de Minas Gerais, Pontificia Universidade Catolica de Minas Gerais. Orientador: Jeronimo Conceição Ruiz.
Referências adicionais: Brasil/Português; Tipo de orientação: Orientador principal.

8.
Patrícia de Cássia Ruy. Identificação de rearranjos associados às extremidades dos cromossomos de Leishmania major.. 2005. 0 f. Iniciação Científica. (Graduando em Informática Biomédica) - Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Orientador: Jeronimo Conceição Ruiz.
Grande área: Ciências Biológicas
Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Biologia Molecular / Especialidade: Bioinformática.
Referências adicionais: Brasil/Português; Tipo de orientação: Orientador principal.

Orientações de outra natureza
1.
Romulo VMA Santos. BLASTER. 2006. 0 f. Orientação de outra natureza - Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto, World Health Organization Tropical Diseases Research. Orientador: Jeronimo Conceição Ruiz.
Palavras-chave: bioinformática.
Grande área: Ciências Biológicas
Referências adicionais: Brasil/Inglês; Tipo de orientação: Orientador principal.



Inovação



Patente
1.
 BRITO, R. C. F. ; REIS, ALEXANDRE B ; RESENDE, D. M. ; RUIZ, J. C. . Identificação de antígenos candidatos a uma vacina contra a leishmaniose visceral canina no genoma de Leishmania infantum utilizando a bioinformática como ferramenta.. 2014, Brasil.
Patente: Privilégio de Inovação. Número do registro: BR1020140038191, título: "Identificação de antígenos candidatos a uma vacina contra a leishmaniose visceral canina no genoma de Leishmania infantum utilizando a bioinformática como ferramenta." , Instituição de registro: INPI - Instituto Nacional da Propriedade Industrial. Depósito: 19/02/2014Categoria: Produto
Palavras-chave: vacina; imunoinformática; leishmaniose.
Referências adicionais: Brasil.

2.
 FONSECA, C. T. ; CARVALHO, G. B. F. ; Ruiz, Jeronimo C ; Resende, DM . Método para detectar anticorpos contra schistosoma, kit para detecção de infecção por schistosoma em uma amostra biológica, e, uso de um antígeno de schistosoma. 2018, Brasil.
Patente: Privilégio de Inovação. Número do registro: BR1020180132385, título: "Método para detectar anticorpos contra schistosoma, kit para detecção de infecção por schistosoma em uma amostra biológica, e, uso de um antígeno de schistosoma" , Instituição de registro: INPI - Instituto Nacional da Propriedade Industrial. Depósito: 27/06/2018Instituição(ões) financiadora(s): CNPq, CAPES, Fapemig, Fiocruz. Categoria: Produto
Palavras-chave: imunoinformática; diagnóstico sorológico; Schistosoma mansoni.
Referências adicionais: Brasil; Inst. promotora/financiadora: CNPq, CAPES, Fapemig, Fiocruz.

3.
 BRITO, R. C. F. ; Resende, DM ; REIS, A. B. ; RUIZ, J. C. . VACINAS COMPOSTAS DE PROTEÍNAS QUIMÉRICAS POLIEPÍTOPOS CONTRA A LEISHMANIOSE VISCERAL HUMANA E/OU CANINA. 2018, Brasil.
Patente: Privilégio de Inovação. Número do registro: BR10201800819, título: "VACINAS COMPOSTAS DE PROTEÍNAS QUIMÉRICAS POLIEPÍTOPOS CONTRA A LEISHMANIOSE VISCERAL HUMANA E/OU CANINA" , Instituição de registro: INPI - Instituto Nacional da Propriedade Industrial. Depósito PCT: 24/04/2018Instituição(ões) financiadora(s): CNPq; CAPES; FAPEMIG. Categoria: Produto
Palavras-chave: vacina; vacinologia reversa; leishmaniose.
Referências adicionais: Brasil; Finalidade: Vacina contra leishmaniose visceral canina; Inst. promotora/financiadora: CNPq; CAPES; FAPEMIG.
No contexto de desenvolvimento de vacinas, a vacinologia reversa, ou imunoinformática, é uma abordagem que integra diferentes metodologias computacionais para a busca de alvos e o desenho de vacinas. Assim, a imunoinformática vem se destacando ao permitir o uso de programas para a predição de epítopos imunogênicos in silico. Essa estratégia tem o potencial de buscar alvos para o desenvolvimento de vacinas em todo o proteoma predito de organismos patogênicos. Até a presente data, não existe uma vacina eficaz contra a leishmaniose visceral empregada em campanhas de vacinação. Diante desse cenário, este estudo propõe a utilização da imunoinformática para selecionar epítopos e construir vacinas quiméricas poliepítopos a serem testadas contra leishmaniose visceral. Na primeira etapa foi construído um sistema de predição de epítopos de células T e B. Este sistema foi validado utilizando dados experimentais de proteínas imunogênicas já descritas na literatura, comprovando a existência de uma correlação e associação entre o número de epítopos preditos para células T/B e os resultados experimentais relatados. Em seguida, duas proteínas poliepítopos quiméricas foram desenhadas a partir da abordagem proposta em proteínas imunogênicas já escritas na literatura. Tais quimeras formuladas deram origem a duas vacinas, VAC-1 (quimera A) e VAC-2 (quimera B) ambas associadas ao adjuvante saponina. Assim, foi avaliada a imunogenicidade, a geração de memória imunológica e eficácia das vacinas em camundongos BALB/c submetidos ao protocolo de imunização e desafio com promastigotas de Leishmania infantum. Essas vacinas apresentaram imunogenicidade e capacidade para induzir linfócitos T de memória além de promoverem redução da carga parasitária no baço. Este estudo permitiu certificar e ratificar o potencial da imunoinformática como ferramenta a ser empregada no desenvolvimento de vacinas contra a leishmaniose visceral..


Programa de computador registrado
1.
Rezende, A. M. ; QUITES, A. L. L. ; Folador, Edson L ; RUIZ, J. C. ; DIOTAIUTI, L. ; OLIVEIRA, L. M. ; BRITO, R. N. ; SOUZA, R. C. M. ; SANTOS, R. V. M. A. . GUIA ELETRÔNICO PARA IDENTIFICAÇÃO DE TRIATOMÍNEOS. 2012.
Patente: Programa de Computador. Número do registro: BR512015000350-0, data de registro: 10/10/2012, título: "GUIA ELETRÔNICO PARA IDENTIFICAÇÃO DE TRIATOMÍNEOS" , Instituição de registro: INPI - Instituto Nacional da Propriedade Industrial. ; Data de concessão: 12/11/2012.
Palavras-chave: triatominae; app; dichotomous key; Doença de Chagas; Chagas Disease.
Referências adicionais: Brasil/; Finalidade: Aplicativo web e para dispositivos móveis que tem como propósito auxiliar na identificação de espécies de triatomíneos brasileiros.; Plataforma: Java, PHP, JavaScript, HTML5, CSS3, Android; Ambiente: Aplicações técnico-científicas; Inst. promotora/financiadora: Fapemig.
Site: http://triatokey.cpqrr.fiocruz.br.



Educação e Popularização de C & T



Livros e capítulos
1.
DIGIAMPIETRI, L. ; RUIZ, J. C. . Construindo bancos de dados biológicos. In: Leandro Marcio Moreira. (Org.). Ciências genômicas : fundamentos e aplicações. 1ed.Ribeirão Preto, SP: Sociedade Brasileira de Genética, 2015, v. , p. 65-80.
Palavras-chave: bioinformática; Genômica Comparativa; biologia de sistemas.
Grande área: Ciências Biológicas
Setores de atividade: Educação.
Referências adicionais: Brasil/Português; Meio de divulgação: Digital; Homepage: http://moreiralab.net/Livro/; Número da revisão: 1; ISBN: 9788589265225.

2.
Laila Alves Nahum ; RUIZ, J. C. . Filogenômica. In: Leandro Marcio Moreira. (Org.). Ciências genômicas : fundamentos e aplicações. 1ed.Ribeirão Preto: Sociedade Brasileira de Genética, 2015, v. , p. 117-138.
Palavras-chave: bioinformática; Genômica Comparativa; biologia de sistemas.
Grande área: Ciências Biológicas
Setores de atividade: Educação.
Referências adicionais: Brasil/Português; Meio de divulgação: Digital; Homepage: http://moreiralab.net/Livro/; Número da revisão: 1; ISBN: 9788589265225.


Apresentações de Trabalho
1.
RUIZ, J. C.. Biologia de Sistemas: desordem estrutural, redes de interação de proteínas e vacinologia reversa na predição assertiva de alvos para o desenvolvimento de drogas e vacinas. 2013. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
Referências adicionais: Brasil/Português; Cidade: Belo Horizonte; Evento: I Congresso Científico da Fiocruz Minas; Inst. promotora/financiadora: Centro de Pesquisas René Rachou - Fiocruz Minas.

2.
RUIZ, J. C.. Informática de Biossistemas: integrando dados de tecnologias ômicas para a identificação de potenciais alvos para o desenvolvimento de vacidas em tripanosomatídeos. 2013. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
Referências adicionais: Brasil/Português; Cidade: Recife; Evento: III Jornada de Pós Graduação em Genética; Inst. promotora/financiadora: Universidade Federal de Pernambuco.



Outras informações relevantes


Experiência profissional nos últimos 5 anos relacionada a montagem e anotação estrutural e funcional de genomas:
coordenador da proposta nos últimos 5 anos em projetos correlacionados:
2005. Participação na LGN (Leishmania Genome Network). Atribuições: Montagem e anotação do cromossomo 2 (~380Kb) do genoma de Leishmania major Science, v. 309, n. 5733, p. 436-442, 2005:
2007. Participação no projeto de seqüenciamento de Leishmania braziliensis. Atribuições: Montagem e anotação estrutural e funcional do genoma de Leishmania braziliensis. Nature Genetics, New York, USA, v. 3, p. 839-847, 2007 
2008. Participação na Rede Genoma de Minas Gerais. Atribuições: Responsável pela coordenação do processo de montagem, anotação e genomica comparativa de Corynebacterium pseudotuberculosis. Projeto desenvolvido no CPqRR.
2009. Participação na Rede Genomica e Proteômica do Pará. Atribuições: Responsável pela coordenação do processo montagem e anotação de 7 genomas bacterianos de Corynebacterium pseudotuberculosis utilizando abordagem de seqüenciamento de nova geração.



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