Fernando Luis Barroso da Silva

Bolsista de Produtividade em Pesquisa do CNPq - Nível 2

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  • Última atualização do currículo em 29/11/2018


Fernando Luís Barroso da Silva concluiu seu Ph.D. em Theoretical Chemistry/Physical Chemistry, pela Lunds Universitet (Suécia) em 2000. Atualmente, é Professor Associado da Universidade de São Paulo (USP), Professor Visitante na University College Dublin (UCD) e orientador do programa de Pós-graduação interunidades em Bioinformática da USP. Foi professor visitante da Lunds Universitet (2013/2014), Universidade Sorbonne Paris Cité (2015/16 e 2017/18) e outras. Publicou 30 artigos em periódicos especializados, centenas de trabalhos em anais de eventos e ministrou várias palestras no Brasil e no exterior. Possui 1 livro publicado e 2 capítulos de livro. Organizou eventos científicos no Brasil, na Irlanda e na Suécia. Foi relator de várias dezenas de publicações/projetos de pesquisa. Orientou 5 dissertações de mestrado, 1 tese de doutoramento, 1 pós-doc, 11 trabalhos de iniciação científica e 1 de pré-iniciação científica, dentre outras co-orientações, nas áreas de Físico-química, Biofísica Molecular e Bioinformática. Orienta hoje 2 alunos de doutorado. Desde 2000, participou de 15 projetos de pesquisa, sendo coordenador de 8 destes. Atualmente coordena de 3 projetos de pesquisa. Atua nas áreas de Biofísica Molecular, Biofísico-química e Bioinformática, com ênfase no entendimento de mecanismos moleculares através de técnicas de simulação computacional. Em suas atividades profissionais interagiu com centenas de colaboradores em co-autorias de trabalhos científicos. Em seu currículo Lattes, os termos mais freqüentes na contextualização de sua produção são: interações eletrostáticas em e entre proteínas, Monte Carlo, Energia Livre, simulação computacional, Poisson-Boltzmann, forças fundamentais Biofísica, Calbindina, Tanford-Kirkwood. Gerado pelo Sistema Interlattes CV-Resumé (Texto informado pelo autor)


Identificação


Nome
Fernando Luis Barroso da Silva
Nome em citações bibliográficas
Da SILVA, F. L. B.;daSilva, F.L.B.;da Silva, F.L.B.;Barroso da Silva, Fernando Luís;da Silva, Fernando Luis Barroso;da Silva, Fernando Lui?s Barroso;da Silva, Fernando Luís Barroso;barroso da silva, f l;SILVA, FLB;SILVA, FERNANDO L. B. DA;Barroso da Silva, Fernando L.

Endereço


Endereço Profissional
Universidade de São Paulo, Faculdade de Ciências Farmacêuticas de Ribeirão Preto, Departamento de Física e Química.
Av. do café, s/no - DFQ/FCFRP - Bloco A - sala 64D-A
Monte Alegre
14040903 - Ribeirão Preto, SP - Brasil
Telefone: (16) 33154219
Fax: (16) 33154880
URL da Homepage: HTTP://glu.fcfrp.usp.br


Formação acadêmica/titulação


1996 - 2000
Doutorado em Ph D In Theoretical Chemistry Physical Chemistry.
Lund University, LUND, Suécia.
Título: Statistical Mechanical Studies of Aqueous Solutions and Biomolecular Systems, Ano de obtenção: 2000.
Orientador: Bo Jönsson.
Bolsista do(a): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, CNPq, Brasil.
Palavras-chave: interacoes eletrostaticas; Mecanica Estatistica; simulacao computacional; solucao aquosa; Monte Carlo; biomoleculas.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra
Grande Área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Física / Subárea: Física da Matéria Condensada / Especialidade: Estrutura de Solidos Liquidos e Solucoes.
Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Biofísica / Subárea: Biofísica Molecular / Especialidade: Mecanica Estatistica de Biomoleculas e Sistemas Coloidais.
Setores de atividade: Produtos e Processos Biotecnológicos; Fabricação de Produtos Farmacêuticos; Fabricação de Produtos Químicos.
1991 - 1994
Graduação em Física.
Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, UNESP, Brasil.
Título: Simulação computacional de sistemas moleculares.
Orientador: Aguinaldo R. de Souza.
Bolsista do(a): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, CNPq, Brasil.
1990 interrompida
Graduação interrompida em 1994 em Engenharia Elétrica.
Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, UNESP, Brasil.
Ano de interrupção: 1994


Pós-doutorado e Livre-docência


2008
Livre-docência.
Universidade de São Paulo, USP, Brasil.
Título: Interações fundamentais responsáveis pela formação de complexos moleculares de interesse em ciências farmacêuticas e em Biotecnologia, Ano de obtenção: 2008.
Palavras-chave: Monte Carlo; interacoes eletrostaticas; proteínas; polieletrólitos; Complexação; Poisson-Boltzmann.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra
Grande Área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Química / Subárea: Físico-Química.
Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Biofísica / Subárea: Biofísica Molecular.
Setores de atividade: Fabricação de Produtos Químicos; Produtos e Processos Biotecnológicos; Desenvolvimento de Programas (Software).
2013 - 2014
Pós-Doutorado.
Lund University, LUND, Suécia.
Bolsista do(a): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior, CAPES, Brasil.
Grande área: Ciências Biológicas
Grande Área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Química / Subárea: Físico-Química.
Grande Área: Ciências da Saúde / Área: Farmácia / Subárea: Biotecnologia.
2000 - 2001
Pós-Doutorado.
Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, UNESP, Brasil.
Bolsista do(a): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, CNPq, Brasil.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra
Grande Área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Química / Subárea: Físico-Química.
Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Biofísica / Subárea: Biofísica Molecular.


Formação Complementar


2018 - 2018
Uso da Plataforma e-Aulas para Aula Invertida ? Experiência e Produção de M. (Carga horária: 3h).
Universidade de São Paulo, USP, Brasil.
2010 - 2010
Captação de recursos internacionais para projetos. (Carga horária: 24h).
Universidade de São Paulo, USP, Brasil.
2007 - 2007
Ensinar e Aprender no Ensino Superior.
Universidade de São Paulo, USP, Brasil.
2003 - 2003
CONCEITOS DE VISCOSIMETRIA, REOLOGIA E PRATICAS. (Carga horária: 8h).
Universidade de São Paulo, USP, Brasil.
1998 - 1998
High Performance Computing.
Lund University, LUND, Suécia.
1998 - 1998
Polymers Science.
University of Copenhagen, UK, Dinamarca.
1997 - 1997
Biophysical Chemistry of Proteins.
Lund University, LUND, Suécia.
1996 - 1996
MPI Techniques for Molecular Dynamics and Monte Ca.
Center For Parallel Computers Kth, PDC, Suécia.
1996 - 1996
Parallel Programming and High Performance Computin.
European Molecular Biology Laboratory, EMBL, Alemanha.
1990 - 1994
Engenharia Eletrica Graduacao 1o Ao 7o Semestre.
Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, UNESP, Brasil.
1993 - 1993
Estrutura e Estabilidade de Coloides.
Universidade de São Paulo, USP, Brasil.
1993 - 1993
Tecnicas de Simulacao Computacional de Fluidos.
Universidade de São Paulo, USP, Brasil.
1992 - 1992
O Microcomputador no Ensino de Ciencias.
Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, UNESP, Brasil.
1992 - 1992
SunOS e IBM3090 (CCEUC-Unicamp).
Universidade Estadual de Campinas, UNICAMP, Brasil.
1992 - 1992
Componentes macromoleculares das celulas.
Sociedade Brasileira de Quimica Regional Ribeirao Preto, SBQ, Brasil.


Atuação Profissional



Universidade de São Paulo, USP, Brasil.
Vínculo institucional

2008 - Atual
Vínculo: , Enquadramento Funcional: Professor Associado (MS5), Regime: Dedicação exclusiva.

Vínculo institucional

2001 - 2008
Vínculo: Servidor Público, Enquadramento Funcional: Professor Doutor (MS3), Regime: Dedicação exclusiva.

Vínculo institucional

1992 - 1994
Vínculo: Outro, Enquadramento Funcional: Iniciação Científica, Carga horária: 20

Atividades

08/2014 - Atual
Conselhos, Comissões e Consultoria, Escola de Educação Física e Esporte de Ribeirão Preto, .

Cargo ou função
Membro suplente da CEP/EEFRP-USP.
02/2012 - Atual
Conselhos, Comissões e Consultoria, Centro de Informática de Ribeirão Preto Cirp, .

Cargo ou função
Representante suplente da FCFRP junto ao Conselho Deliberativo do CIRP/USP-RP..
01/2012 - Atual
Conselhos, Comissões e Consultoria, Instituto de Matemática e Estatística, .

Cargo ou função
Membro da CPG do Programa Interunidades em Bioinformática.
03/2011 - Atual
Conselhos, Comissões e Consultoria, Faculdade de Ciências Farmacêuticas de Ribeirão Preto, Departamento de Física e Química.

Cargo ou função
? Representante suplente dos professores associados junto ao Conselho do Departamento de Física e Química, da FCFRP-USP.
12/2006 - Atual
Conselhos, Comissões e Consultoria, Faculdade de Ciências Farmacêuticas de Ribeirão Preto, Departamento de Física e Química.

Cargo ou função
Consultor ad hoc da Revista Quimica Nova.
12/2006 - Atual
Conselhos, Comissões e Consultoria, Faculdade de Ciências Farmacêuticas de Ribeirão Preto, Departamento de Física e Química.

Cargo ou função
Consultor ad hoc da Quimica Nova.
8/2004 - Atual
Ensino, Farmácia Bioquímica, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Físico-Química (Cod. USP 6012006) [Creditos: 6 sendo 4 teoricos + 3 lab. (1 turma)] (2o. sem.) - NOTURNO
Físico-Química (Cod. USP 6012006) [Creditos: 6 sendo 4 teoricos + 3 lab. (2 turmas)] (2o. sem.) - INTEGRAL
3/2004 - Atual
Ensino, Farmácia Bioquímica, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Física (Cod. USP 6012002) [Creditos 4] (1o. sem.) - INTEGRAL
Física (Cod. USP 6012002) [Creditos 4] (1o. sem.) - NOTURNO
Físico-Química de Polímeros e Sistemas Dispersos (Cod. USP 6010134) [Creditos: 3] (1o. sem.) - INTEGRAL/NOTURNO
1/2002 - Atual
Conselhos, Comissões e Consultoria, Faculdade de Ciências Farmacêuticas de Ribeirão Preto, Departamento de Física e Química.

Cargo ou função
Consultor ad hoc da Fapesp.
8/2001 - Atual
Pesquisa e desenvolvimento , Faculdade de Ciências Farmacêuticas de Ribeirão Preto, Departamento de Física e Química.

8/2001 - Atual
Conselhos, Comissões e Consultoria, Faculdade de Ciências Farmacêuticas de Ribeirão Preto, Departamento de Física e Química.

Cargo ou função
Consultor ad hoc do CNPq.
8/2001 - Atual
Conselhos, Comissões e Consultoria, Faculdade de Ciências Farmacêuticas de Ribeirão Preto, Departamento de Física e Química.

Cargo ou função
Consultor ad hoc do NSF-USA.
8/2001 - Atual
Conselhos, Comissões e Consultoria, Faculdade de Ciências Farmacêuticas de Ribeirão Preto, Departamento de Física e Química.

Cargo ou função
Consulto ad hoc do Braz. J. of Chemistry.
8/2001 - Atual
Conselhos, Comissões e Consultoria, Faculdade de Ciências Farmacêuticas de Ribeirão Preto, Departamento de Física e Química.

Cargo ou função
Consultor ad hoc do J. Phys. Chem..
8/2001 - Atual
Conselhos, Comissões e Consultoria, Faculdade de Ciências Farmacêuticas de Ribeirão Preto, Departamento de Física e Química.

Cargo ou função
Consultor ad hoc do J. Chem. Phys..
09/2016 - 11/2016
Ensino, Bioinformática, Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
Bioinformática Estrutural e Modelagem Molecular (código USP IBI5074-1)
03/2009 - 02/2011
Conselhos, Comissões e Consultoria, Faculdade de Ciências Farmacêuticas de Ribeirão Preto, Departamento de Física e Química.

Cargo ou função
? Representante suplente dos professores associados junto ao Conselho do Departamento de Física e Química, da FCFRP-USP.
04/2008 - 12/2010
Ensino, Ciências Farmacêuticas, Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
Disciplina: Seminários em Física Biológica [USP 6015005] (3 créd)
Disciplina: Biofísico-química Molecular [USP 6015002] (6 cred.)
1/2006 - 12/2010
Ensino, Ciências Farmacêuticas, Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
Disciplina: Seminários em Física Biológica (Cod. USP 6015005) [Creditos: 3] (2o. sem.)
Orientador credenciado : Área: FÍSICA BIOLÓGICA
06/2010 - 06/2010
Conselhos, Comissões e Consultoria, Faculdade de Ciências Farmacêuticas de Ribeirão Preto, .

Cargo ou função
Comissão de Seleção para ingresso no mestrado da área de Física Biológica, do programa de Pós-graduação em Ciências Farmacêuticas, da FCFRP/USP.
11/2009 - 05/2010
Extensão universitária , Reitoria, .

Atividade de extensão realizada
Membro titular, nomeado pelo Pró-reitor de Cultura e Extensão, no "Programa de Ação Social em Extensão Universitária da Universidade de São Paulo". (Portaria PRCEU 22/2009)..
01/2010 - 02/2010
Conselhos, Comissões e Consultoria, Faculdade de Ciências Farmacêuticas de Ribeirão Preto, .

Cargo ou função
Membro titular, da Comissão Sindicante, nomeado pelo Diretor da FCFRP. (Portaria Diretor da FCFRP no. 02 de 07/01/2010)..
2/2007 - 2/2007
Extensão universitária , Faculdade de Ciências Farmacêuticas de Ribeirão Preto, Departamento de Física e Química.

Atividade de extensão realizada
Mini-curso: Modelagem Molecular em Quimica e Bioquimica (realizado no XXVII Encontro Nacional de Quimica, UFAL/Maceio-Alagoas, 2007]..
4/2006 - 4/2006
Extensão universitária , Faculdade de Ciências Farmacêuticas de Ribeirão Preto, Departamento de Física e Química.

Atividade de extensão realizada
Mini-curso: Modelagem Molecular das propriedades eletrostáticas de proteínas e complexos moleculares (realizado na III EMMSB, LNCC/Petropolis, 2006]..
9/2004 - 12/2005
Conselhos, Comissões e Consultoria, Centro de Informática de Ribeirão Preto Cirp, .

Cargo ou função
Representante titular da FCFRP no Conselho Deliberativo do CIRP (Of. ATAc/FCFRP no. 108/2004 - Ago/2004).
5/2003 - 9/2005
Conselhos, Comissões e Consultoria, Faculdade de Ciências Farmacêuticas de Ribeirão Preto, Departamento de Física e Química.

Cargo ou função
Membro Titular da Comissão para o Desenvolvimento da Pesquisa do Departamento de Física e Química, da FCFRP [Portaria interna 02/2003].
11/2002 - 9/2005
Conselhos, Comissões e Consultoria, Faculdade de Ciências Farmacêuticas de Ribeirão Preto, .

Cargo ou função
Membro Suplente da Comissão de Pesquisa da FCFRP [Portaria da Direção 62/2002 - FCFRP (18/10/2002).
2/2003 - 3/2005
Conselhos, Comissões e Consultoria, Faculdade de Ciências Farmacêuticas de Ribeirão Preto, Departamento de Física e Química.

Cargo ou função
Membro de comissão permanente (Conselho de Departamento - Membro suplente).
9/2002 - 8/2004
Conselhos, Comissões e Consultoria, Faculdade de Ciências Farmacêuticas de Ribeirão Preto, .

Cargo ou função
Representante da Unidade no CIRP (Centro de Informática de Rib. Preto) - membro suplente.
11/2002 - 7/2004
Conselhos, Comissões e Consultoria, Faculdade de Ciências Farmacêuticas de Ribeirão Preto, Departamento de Física e Química.

Cargo ou função
Membro da Comissao Organizadora do CIFARP 2003 (Portaria da Direção 73/02 - FCFRP (29/11/2002).
5/2003 - 12/2003
Conselhos, Comissões e Consultoria, Faculdade de Ciências Farmacêuticas de Ribeirão Preto, Departamento de Física e Química.

Cargo ou função
Vice-presidente da Comissão de Informática da FCFRP (Portaria da Diretora No. 36/03 - FCFRP/USP).
8/2001 - 12/2003
Ensino, Farmácia Bioquímica, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Físico-Química (Cod. USP 6010104) [Creditos: 7 sendo 4 teoricos + 3 experimentais (2 turmas)] (2o. semestre)
3/2002 - 7/2003
Ensino, Farmácia Bioquímica, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Físico-Química de Polímeros e Sistemas Dispersos (Cod. USP 6010134) [Creditos: 3] (1o. sem.) - INTEGRAL
Física (Cod. USP 6012002) [Creditos 4] (1o. sem.) - INTEGRAL
Física (Cod. USP 6012002) [Creditos 4] (1o. sem.) - NOTURNO
1/2003 - 1/2003
Extensão universitária , Faculdade de Ciências Farmacêuticas de Ribeirão Preto, Departamento de Física e Química.

Atividade de extensão realizada
Curso "Introdução à Modelagem Molecular" (35 horas).
11/1992 - 12/1994
Estágios , Faculdade de Filosofia Ciências e Letras de Ribeirão Preto, Departamento de Química.

Estágio realizado
Iniciação Científica.

Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, UNESP, Brasil.
Vínculo institucional

2002 - 2008
Vínculo: Colaborador - Orientador Pós-G, Enquadramento Funcional: Orientador externo credenciado ao Programa de, Carga horária: 0
Outras informações
Orientador do Programa de Pós-Graduação em Biofísica Molecular, do Departamento de Física, do IBILCE, Unesp-SJRP.

Vínculo institucional

2000 - 2001
Vínculo: Bolsista recém-doutor, Enquadramento Funcional: Pesquisador associado, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

Vínculo institucional

1993 - 1994
Vínculo: Bolsista de IC, Enquadramento Funcional: Bolsista de Iniciacao Cientifica, Carga horária: 20, Regime: Dedicação exclusiva.

Vínculo institucional

1992 - 1993
Vínculo: Monitoria, Enquadramento Funcional: Monitor de Quimica, Carga horária: 20
Outras informações
Monitor de Quimica Geral e Laboratorio de Quimica - Bolsa do ProEx/Unesp

Atividades

3/2004 - Atual
Ensino, Biofísica Molecular, Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
Orientação do estudante Sidney Jurado de Carvalho [Doutorado/Biofísica Molecular]
2/2002 - 2/2004
Ensino, Biofísica Molecular, Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
Orientação do estudante Sidney Jurado de Carvalho [Mestrado/Biofísica Molecular]
7/2001 - 7/2001
Outras atividades técnico-científicas , Faculdade de Ciências de Bauru, Faculdade de Ciências de Bauru.

Atividade realizada
Parecerista do programa CNPq/PIBIC (Área de Físico-Química).
4/2000 - 7/2001
Direção e administração, Faculdade de Ciências de Bauru, Departamento de Física.

Cargo ou função
Auxiliar na coordenacao de Laboratorio (Laboratorio de Fisica Computacional e Teorica).
3/2000 - 7/2001
Pesquisa e desenvolvimento , Faculdade de Ciências de Bauru, Departamento de Física.

6/2001 - 6/2001
Outras atividades técnico-científicas , Faculdade de Ciências de Bauru, Faculdade de Ciências de Bauru.

Atividade realizada
Parecerista do programa CNPq/Pibic (Area de Fisico-Quimica).
10/2000 - 1/2001
Ensino, Ciências Biológicas, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
RE Física Geral para Ciências Biológicas
10/2000 - 1/2001
Ensino, Ciência da Computação, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Laboratorio de Fisica IIA
Laboratorio de Fisica IIB
9/2000 - 9/2000
Outras atividades técnico-científicas , Faculdade de Ciências de Bauru, Faculdade de Ciências de Bauru.

Atividade realizada
Servico de referee para a NSF/USA (Area de Fisico-Quimica).
3/2000 - 8/2000
Ensino, Ciências Biológicas, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Física Geral para Ciências Biológicas
3/2000 - 6/2000
Treinamentos ministrados , Faculdade de Ciências de Bauru, Departamento de Física.

Treinamentos ministrados
Introdução a Física de Biomoléculas
4/2000 - 4/2000
Outras atividades técnico-científicas , Faculdade de Ciências de Bauru, Faculdade de Ciências de Bauru.

Atividade realizada
Parecerista do programa CNPq/Pibic - Area Fisico-Quimica.
3/1992 - 12/1994
Estágios , Departamento de Quimica, Departamento de Quimica.

Estágio realizado
Iniciação Científica [Bolsa PIBIC - CNPq].
3/1993 - 10/1993
Direção e administração, Faculdade de Ciências de Bauru, Departamento de Física.

Cargo ou função
Representante titular dos discentes na Comissão de Assessoramento do Depto. de Física.
2/1992 - 11/1992
Direção e administração, Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, .

Cargo ou função
Representante titular dos discentes na Comissão de Assessoramento do Depto. de Física, FC.

Lund University, LUND, Suécia.
Vínculo institucional

2013 - 2014
Vínculo: Professor Visitante, Enquadramento Funcional: Professor Visitante, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.
Outras informações
Apoio financeiro: Capes 2405-13-0.

Vínculo institucional

2011 - 2011
Vínculo: Professor vistante, Enquadramento Funcional: Pesquisador Visitante, Carga horária: 40

Vínculo institucional

2008 - 2009
Vínculo: Pesquisador Visitante, Enquadramento Funcional: Pesquisador Visitante, Carga horária: 40

Vínculo institucional

2006 - 2006
Vínculo: Pesquisador visitante, Enquadramento Funcional: Pesquisador Visitante, Carga horária: 40

Vínculo institucional

2005 - 2005
Vínculo: Pesquisador Visitante, Enquadramento Funcional: Pesquisador Visitante, Carga horária: 40

Vínculo institucional

2004 - 2004
Vínculo: Pesquisador visitante, Enquadramento Funcional: Pesquisador Visitante, Carga horária: 40

Vínculo institucional

2000 - 2000
Vínculo: Pesquisador Visitante, Enquadramento Funcional: Bolsista Fapesp, Regime: Dedicação exclusiva.

Vínculo institucional

1996 - 2000
Vínculo: Bolsista de doutoramento, Enquadramento Funcional: Bolsista CNPq, Regime: Dedicação exclusiva.

Atividades

10/2006 - 12/2006
Estágios , Chemical Center, Department Of Theoretical Chemistry.

Estágio realizado
Visita técnica e Projeto em colaboração "Interacao proteína-proteína".
1/2005 - 3/2005
Estágios , Chemical Center, Department Of Theoretical Chemistry.

Estágio realizado
Visita técnica e Projeto em colaboração "Interacao proteína-polieletrólitos" [Prof. FAPESP 01/03363-0].
1/2004 - 3/2004
Estágios , Chemical Center, Departments Of Theoretical Chemistry And Biochemistry.

Estágio realizado
Visita tecnica e Projeto em colaboracao "Interacao proteina-proteina" [Prof. FAPESP 01/03363-0].
8/2000 - 10/2000
Estágios , Chemical Center, Department Of Theoretical Chemistry.

Estágio realizado
Visita técnica e Projeto em colaboração "Processos de ionização e ligação de prótons em sistemas polipróticos" [Proj. FAPESP (00/06902-6)].
8/2000 - 9/2000
Pesquisa e desenvolvimento , Chemical Center, Department Of Theoretical Chemistry.

6/1999 - 2/2000
Pesquisa e desenvolvimento , Chemical Center, Department Of Theoretical Chemistry.

1/1996 - 5/1999
Pesquisa e desenvolvimento , Chemical Center, Department Of Physical Chemistry 2.


Université Paris Diderot, PARIS 7, França.
Vínculo institucional

2015 - 2016
Vínculo: Professor Visitante, Enquadramento Funcional: Professor Visitante, Carga horária: 40
Outras informações
http://www.sorbonne-paris-cite.fr/index.php/fr/international/appels-a-projets/654-les-resultats-de-lappel-a-projets-de-mobilite-bresil-2015


Technical University of Denmark, DTU, Dinamarca.
Vínculo institucional

2009 - 2009
Vínculo: Professor vistante, Enquadramento Funcional: Pesquisador Visitante, Carga horária: 20

Vínculo institucional

2006 - 2006
Vínculo: Pesquisador Visitante, Enquadramento Funcional: Pesquisador Visitante, Carga horária: 20

Vínculo institucional

2005 - 2005
Vínculo: Pesquisador visitante, Enquadramento Funcional: Pesquisador Visitante, Carga horária: 0

Vínculo institucional

2004 - 2004
Vínculo: Pesquisador visitante, Enquadramento Funcional: Pesquisador Visitante, Carga horária: 0

Atividades

11/2006 - 11/2006
Estágios , Department Of Physics, Quantum Protein Center.

Estágio realizado
Discussao de resultados, e projetos de pesquisas envolvendo neuropeptideos.
3/2005 - 3/2005
Estágios , Department Of Physics, Quantum Protein Center.

Estágio realizado
Discussao de resultados, projetos de pesquisas, intercâmbio bi-lateral de estudantes e futuras colaborações [Proj. FAPESP 01/03363/0].
3/2004 - 3/2004
Estágios , Biophysics, Quantum Protein Center.

Estágio realizado
Visita técnica e discussão de projeto "Equilíbrio ácido-base de encefalinas" [Proj. FAPESP (01/03363-0)].

Universidade Nova de Lisboa, UNL, Portugal.
Vínculo institucional

2004 - 2004
Vínculo: Pesquisador Visitante, Enquadramento Funcional: , Carga horária: 40
Outras informações
Visita tecnica e discussao de resultados/projetos em colaboracao com o Grupo de Simulacao Molecular do Instituto de Quimica Tecnologica e Biologica

Atividades

1/2004 - 1/2004
Estágios , Instituto de Tecnologia Quimica e Biologica, Grupos de Modelacao Molecular e Simulacao Computacional.

Estágio realizado
Visita tecnica [Proj. FAPESP (01/03363-0]).

Fundação Hemocentro de Ribeirão Preto, FUNDHERP, Brasil.
Vínculo institucional

2010 - 2013
Vínculo: Colaborador, Enquadramento Funcional: Orientador externo junto a Casa da Ciência, Carga horária: 4


Royal Institute of Technology, KTH, Suécia.
Vínculo institucional

2013 - 2013
Vínculo: Professor Visitante, Enquadramento Funcional: Pesquisador, Carga horária: 40


North Caroline State University, NCSU, Estados Unidos.
Vínculo institucional

2013 - 2013
Vínculo: Professor Visitante, Enquadramento Funcional: Professor Visitante, Carga horária: 40


Universidade Sorbonne Paris Cité, Paris V, França.
Vínculo institucional

2015 - 2016
Vínculo: Professor Visitante, Enquadramento Funcional: Professor Visitante, Carga horária: 40
Outras informações
http://www.sorbonne-paris-cite.fr/index.php/fr/international/appels-a-projets/654-les-resultats-de-lappel-a-projets-de-mobilite-bresil-2015


University College Dublin, UCD, Irlanda.
Vínculo institucional

2016 - 2016
Vínculo: Professor Visitante, Enquadramento Funcional: Visiting Professor, Carga horária: 40
Outras informações
Convidado por Dr. Donal MacKernan e Vladmir Lobaskin Financiado pela UCD Seed Funding.



Linhas de pesquisa


1.
Interações Eletrostáticas de Biomoléculas
2.
Fudamentos Físicos da interação ligante-proteína
3.
Modelagem Molecular: Propriedades físico-químicas de moléculas e sistemas biológicos e desenvolvimentos de ferramentas computacionais em Biofisico-quimica e Biofisica Molecular
4.
Mecanica Estatistica de sistemas com Biomoleculas
5.
Estrutura de Liquidos e solidos
6.
Desenvolvimento de tecnicas de simulacao computacional
7.
Interacoes eletrostaticas em biomoleculas
8.
Estrutura e Dinamica de solvatacao de ions e biomoleculas
9.
Interacoes eletrostaticas em solucao aquosa
10.
Mecanica Estatistica de Liquidos moleculares e Solucoes
11.
Desenvolvimento de tecnicas de simulacao computacional
12.
Modelagem molecular
13.
Interacoes eletrostaticas em biomoleculas
14.
Mecanica Estatistica de Liquidos e solucoes
15.
Estrutura e Dinamica de Solvatacao
16.
Desenvolvimento de tecnicas de simulacao
17.
Interacoes eletrostaticas em solucao aquosa


Projetos de pesquisa


2017 - Atual
Projeto em colaboração internacional: Pedagogical activities to promote top-end science in Structural Bioinformatics: Toward a joint international master program in structural bioinformatics
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (1) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (1) .
Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Coordenador / Samuela Pasquali - Integrante / Catherine Etchenest - Integrante.
2017 - Atual
Projeto em colaboração internacional: Building up an international laboratory in Structural Bioinformatics: Developing and applying constant-pH methods in biomolecular systems
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) .
Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Coordenador / Samuela Pasquali - Integrante / Catherine Etchebest - Integrante.Financiador(es): Universidade de São Paulo - Cooperação.
2016 - 2017
Projeto em colaboração internacional: Cátedra franco-brasileira Levi-Strauss "Building-up an international laboratory in Structural Bioinformatics"
Descrição: Processo USP 16.1.481.1.4.
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (2) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (1) .
Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Coordenador / Catherine Etchebest - Integrante.Financiador(es): Universidade de São Paulo - Cooperação.
2016 - Atual
Projeto individual - Mecanismos moleculares de origem eletrostática responsáveis pela complexação de proteínas
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (2) Doutorado: (1) .
Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Coordenador.Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
2015 - Atual
Projeto em colaboração internacional: Toward a faithful description of biomolecules: Integrating electrostatics and ions in RNA and protein coarse-grained models and applications to RNA/protein regulatory complexes
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (1) .
Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Coordenador / Samuela Pasquali - Integrante / Philippe Derreumaux - Integrante.Financiador(es): Universidade Sorbonne Paris Cité - Cooperação.
2013 - 2014
Projeto em colaboração internacional: Interações fundamentais em sistemas biomoleculares: Físico-química e biofísica teórica básica conduzindo aplicações em nanobiotecnologia
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
2013 - 2014
Projeto em colaboração internacional: Exploring protein-nanoparticle Interactions by combining methods from theoretical physics, materials science, and protein chemistry
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Doutorado: (1) .
Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Coordenador / Clas Persson - Integrante / Mathias Bostrom - Integrante.Financiador(es): Stiftelsen for internationalisering av hogre utbildning och forskning - Auxílio financeiro.
2013 - 2014
Projeto em colaboração internacional: Developing predictive mesoscale models for peptoids and their interactions
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (2) .
Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Coordenador / Erik E. Santiso - Integrante / Keith E. Gubbins - Integrante.Financiador(es): The University Global Partnership Network - Auxílio financeiro.
2010 - 2014
Projeto Individural - Mecanismos moleculares responsáveis pela complexação de proteínas. De interações fundamentais em Biofísica Estrutural às aplicações de interesse farmacêutico e biotecnológico - Produtividade em Pesquisa CNPq [Proc. 302716/2009-2
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Doutorado: (1) .
Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Coordenador.Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
2009 - 2009
Auxílio vinda de Professor Visitante: Molecularly realistic modeling of pectin-milk protein complexes [CCInt/USP:2009.1.428.60.4]
Descrição: Atividades didáticas e de pesquisa com o Prof. Dr. Renko de Vries, da Universidade de Wageningen, Holanda..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (1) / Doutorado: (2) .
Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Coordenador / Renko de Vries - Integrante.Financiador(es): Universidade de São Paulo - Auxílio financeiro.
2008 - 2013
Projeto Individual - Mecanismos moleculares fundamentais responsáveis pela complexação de proteínas. De parâmetros físico-químicos às aplicações em tecnologia de alimentos e farmacêutica [Proc. Fapesp 2010/50425-0]
Descrição: As interações eletrostáticas em e entre biomoléculas desempenham um importante papel no entendimento e no controle do comportamento de proteínas e de misturas de biopolímeros, incluindo vários sistemas de considerável relevância, tanto nas ciências da vida, como em (bio)tecnologia. Nesta proposta, pretendemos estudar (a) o efeito do mecanismo da regulação de cargas no aumento das demais interações eletrostáticas responsáveis pela complexação de proteínas, (b) aspectos eletrostáticos da interação proteína?polieletrólitos (e.g. interação caseína-pectina) e proteína-proteína (e.g. β-LG-β-LG). Nossa ferramenta básica de trabalho será a Mecânica Estatística (simulações moleculares), complementada com investigações em colaboração com grupos experimentais. O principal resultado final será a energia livre das interações (e suas derivadas). A modelagem dos sistemas será baseada em modelos contínuos anteriormente desenvolvidos por nós, cujas Hamiltonianas efetivas serão solucionadas por simulações com o método Monte Carlo em conjunto com técnicas de perturbação termodinâmicas e algoritmos que serão desenvolvidos para facilitar a amostragem do espaço de fases. Pretende-se também revisar aspectos metodológicos, aprimorar e desenvolver novas ferramentas computacionais..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) Doutorado: (2) .
Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Coordenador / Lariani Aparecida Delboni - Integrante / Mikael Lund - Integrante.Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.Número de orientações: 4
2008 - 2010
Projeto Individual - Mecanismos moleculares fundamentais responsáveis pela complexação de proteínas. De parâmetros físico-químicos às aplicações em tecnologia de alimentos e farmacêutica [Proc. Fapesp 2010/50425-0]
Descrição: As interações eletrostáticas em e entre biomoléculas desempenham um importante papel no entendimento e no controle do comportamento de proteínas e de misturas de biopolímeros, incluindo vários sistemas de considerável relevância, tanto nas ciências da vida, como em (bio)tecnologia. Nesta proposta, pretendemos estudar (a) o efeito do mecanismo da regulação de cargas no aumento das demais interações eletrostáticas responsáveis pela complexação de proteínas, (b) aspectos eletrostáticos da interação proteína?polieletrólitos (e.g. interação caseína-pectina) e proteína-proteína (e.g. β-LG-β-LG). Nossa ferramenta básica de trabalho será a Mecânica Estatística (simulações moleculares), complementada com investigações em colaboração com grupos experimentais. O principal resultado final será a energia livre das interações (e suas derivadas). A modelagem dos sistemas será baseada em modelos contínuos anteriormente desenvolvidos por nós, cujas Hamiltonianas efetivas serão solucionadas por simulações com o método Monte Carlo em conjunto com técnicas de perturbação termodinâmicas e algoritmos que serão desenvolvidos para facilitar a amostragem do espaço de fases. Pretende-se também revisar aspectos metodológicos, aprimorar e desenvolver novas ferramentas computacionais..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) Doutorado: (2) .
Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Coordenador / Lariani Aparecida Delboni - Integrante / Mikael Lund - Integrante.Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.Número de orientações: 4
2008 - Atual
Projeto em colaboracao - ANÁLISE DO EMPREGO DO MÉTODO DA ABP EM DISCIPLINAS DE FÍSICO-QUÍMICA DO CURSO DE FARMÁCIA-BIOQUÍMICA
Descrição: Aplicar e avaliar o uso do método Aprendizagem Baseada em Problemas na disciplina de Físico Química de Polímeros e Sistemas Dispersos no curso de graduação em Farmácia-Bioquímica.
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
2007 - 2010
Projeto Individural - Interacoes fundamentais em Biofisica Estrutural - Produtividade em Pesquisa CNPq [Proc. 301297/2006-1]
Descrição: A motivação central deste projeto é o entendimento físico das interações fundamentais para a formação dos complexos moleculares..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) .
Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Coordenador.
2006 - 2007
Orientação - Estudo por Mecânica Estatística de Interações Fundamentais na Formação de Complexos Moleculares. Contribuições das Forças de Longo Alcance e Flexibilidade nos Complexos Tripsina-BPTI, Trombina-Hirudina e AChE-Fármacos(Proj. Fapesp 06/55573-1)
Descrição: Estudos teóricos dos mecanismos moleculares responsáveis pela formação e estabilidade de complexos moleculares vêm ganhando relevância pelas possibilidades práticas que oferecem ao desenho racional de fármacos e tecnologia farmacêutica. Para muitos sistemas, acredita-se que as interações eletrostáticas sejam as principais responsáveis pela formação destes complexos. Porém, em outros, as interações de curto alcance ganham igual ou maior destaque. Neste projeto, nossa ênfase é no entendimento físico das interações fundamentais para a formação dos complexos moleculares. Propomos a obtenção de derivadas da energia livre, através de simulações Monte Carlo, para complexos moleculares. Complexos anteriormente estudados (trombina-hirudina e tripsina-bpti) serão revistos, incorporando-se agora efeitos de flexibilidade molecular, visando uma melhor caracterização dos mecanismos moleculares. Testes com diferentes estruturas cristalográficas disponíveis e uma análise completa dos pKa farão parte de nosso trabalho. Nossa abordagem seguirá a do dielétrico contínuo (nível de modelagem de McMillan-Mayer), em conjunto com o "modelo da célula". Cálculos auxiliares baseados em soluções numéricas da Equação de Poisson-Boltzmann serão efetuados, permitindo-se assim também verificar questões metodológicas e oferecer à estudante maiores ferramentas de trabalho nesta área, completando as atividades desenvolvidas pela mesma em projeto anterior..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) .
Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Coordenador / Lariani Aparecida Delboni - Integrante.Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa.
2006 - 2006
Projeto 1 (2006) - Pro-Reitoria de Pesquisas (Auxilio financeiro) [Proc. USP 2006.1.13025.1.2]
Descrição: Visita técnica a Universidade de Lund e Universidade Técnica de Copenhague.
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) .
Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Coordenador.
2005 - 2006
Orientacao - Estudo por Mecânica Estatística de Interações Fundamentais na Formação de Complexos Moleculares. Aplicação de métodos computacionais aos complexos Tripsina-BPTI, Trombina-Hirudina e Acetilcolinesterase-Fármaco [Pibic 109980/2005-0]
Descrição: Estudos teóricos dos mecanismos moleculares responsáveis pela formação e estabilidade de complexos moleculares vêm ganhando relevância pelas possibilidades práticas que oferecem ao desenho racional de fármacos. Para muitos sistemas, acredita-se que as interações eletrostáticas sejam as principais responsáveis pela formação destes complexos, porém, em outros, as interações de curto alcance ganham maior destaque. Neste projeto, nossa ênfase é no entendimento físico das interações fundamentais para a formação dos complexos moleculares. Propomos a obtenção de derivadas da energia livre, através de simulações Monte Carlo, para complexos moleculares: (a) puramente eletrostáticas, e (b) combinando interações eletrostáticas com van der Waals. Por suas características físico-químicas diferentes, esta metodologia será aplicada a três tipos de complexos moleculares: (a) Proteína e ligante com cargas semelhantes (Tripsina-BPTI); (b) Proteína e ligante com cargas de sinais opostos (Trombina-Hirudina); e (c) Enzima ligada a fármaco [Acetilcolinesterase (AChE) ligada à Tacrina, Galantamina e Donezepil]..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) .
Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Coordenador / Eliamar Francelino do Prado - Integrante / Lariani Aparecida Delboni - Integrante.Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa.
2004 - 2010
Projeto Individual - STATISTICAL MECHANICAL STUDIES OF PROTEIN-POLYMER COMPLEXES [Auxilio Lunarc/Suecia]
Descrição: The complexation between polyelectrolytes and proteins are extensively used in pharmaceutics, foods and cosmetics. The strength of the interaction is to a large extent regulated by electrostatic interactions. Solution ionic strength and pH are key parameters in these electrostatically driven processes. A theoretical model within the continuum dielectric framework has been devised and solved by Monte Carlo simulations. The protein is modeled in either atomic details or by a mesoscopical model. In both cases it is assumed to be a rigid body and allowed to titrate as a function of solution pH in the presence of the polymer. A flexible charged polymer (polyelectrolye or polyampholyte) is modeled as a chain of charged hard spheres connected by harmonic springs. The calculations provide a number of free energy derivatives. These approaches are applied to different protein complexes such as the ones formed with lysozyme, alpha-lactalbumin and beta-lactoglobulin. Theoretical analyzes based on the charge regulation theory are also used in order to complete the computational outcomes..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (1) .
Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Coordenador / Torbjörn Åkesson - Integrante / Bo Jönsson - Integrante / Sidney Jurado de Carvalho - Integrante / Mikael Lund - Integrante.Financiador(es): Lunarc - Outra.
Número de produções C, T & A: 2
2004 - 2007
Orientacao - Estudo dos aspectos eletrostáticos da interação polieletrólito-macroion. Propriedades gerais e aplicação à formação de complexos moleculares: Calmodulina-Ca+2-polilisina e heparina-polilisina [Doutorado - Orientando: Sidney Jurado de Carvalho
Descrição: Projeto de Doutoramento do estudante Sidney Jurado de Carvalho. Dentro desta proposta, pretendemos estender o estudo da interação ligante-biomolécula inicialmente focado em pequenos ligantes (p.ex. interação cálcio-proteínas da família da calmodulina), para sistemas mais complexos e de maior interesse biológico e prático, sempre mantendo ênfase no entendimento dos fundamentos físicos envolvidos..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (1) .
Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Coordenador / Sidney Jurado de Carvalho - Integrante.Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa.
2004 - 2005
Projeto 1 (2004) - Pro-Reitoria de Pesquisas (Auxilio financeiro) [Proc. USP 2004.1.32015.1.7]
Descrição: Auxilio complementar da Pró-Reitoria de Pesquisa - Edição 2004.
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) .
Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Coordenador.Financiador(es): Universidade de São Paulo - Auxílio financeiro.
2004 - 2005
Orientacao - Estudo da estrutura e atividade de complexos moleculares: Taxol-Tubulina [IC - Orientando: Pedro A. da Silva Autreto (Proj. Fapesp 03/11984-0)]
Descrição: O presente projeto tem por objetivo estudar os aspectos termodinâmicos e eletrostáticos da interação entre a enzima tubulina e vários inibidores análogos ao taxol, calculando diferenças na energia livre eletrostática entre os correspondentes complexos. Será verificado qual destes análogos pode ter maior atividade antimitotica em termos termodinâmicos. As energias livres eletrostáticas serão obtidas através de soluções numéricas da equação de Poisson-Boltzmann. A modelagem do sistema será feita se utilizando além dos campos de forças tradicionais, um campo de forças criado pelo método de equalização de carga e outro por meio de modelos quânticos semi-empíricos (apenas para os inibidores). Com isto, pretendemos investigar aspectos metodológicos, desenvolver um protocolo mais confiável para a obtenção destas energias livres, verificar sua capacidade preditiva para aplicações no planejamento racional de fármacos e identificar os resíduos na tubulina de maior importância para a formação dos complexos..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) .
Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Coordenador / Pedro Alves da Silva Autreto - Integrante / Luis Gustavo Dias - Integrante.Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa.
2003 - 2006
Projeto Individural - Interacoes Eletrostaticas de Biomoleculas - Produtividade em Pesquisa CNPq [Proc. 3502264/2003-1]
Descrição: Nossa meta central neste projeto é a compreensão dos fundamentos físico-químicos da estrutura e função de moléculas biológicas..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (2) / Doutorado: (2) .
Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Coordenador.Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa.
2003 - 2005
PROCONTES - Projeto para obtenção de uma vaga de técnico de nível superior para o laboratório de pesquisa [Aprovado através do Of. CIRC. PRP-A-095/2003]
Descrição: Solicitacao conjunta de um técnico de nivel superior dentro do ambito do programa PROCONTES da PRPq/USP para atender ao nosso laboratorio de pesquisa, ao Lab. de Cristalografia de proteinas (Dra. Cristina Nonato) e do Lab. de Toxinas de Animais (Profa. Dra. Eliane Candiani Braga). Foi contratado o Dr. Artur T. Cordeiro..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) .
Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Integrante / Maria Cristina Nonato - Integrante / Eliane Candiani Arantes - Coordenador.Financiador(es): Universidade de São Paulo - Outra.
2003 - 2004
Orientacao - Efeito da influência do potencial eletrostático na aglutinação de eritrócitos falciformes e na diminuição da sua afinidade pelo oxigênio [IC - Orientando: Fabio V. Figueiredo (Proj. Fapesp 03/01545-9)]
Descrição: O presente projeto tem por objetivo o estudo das alterações nos mapas de potencial eletrostático, tanto na superfície como ao redor da molécula de hemoglobina (Hb), resultantes da substituição do ácido glutâmico pela valina, e suas possíveis consequências na anemia falciforme. Será verificado se as mudanças nas propriedades eletrostáticas da Hb influenciam a formação do polímero ?hemácia falciforme-hemácia falciforme? (aglutinação de hemácias ocorrida na patologia) através da comparação de mapas eletrostáticos obtidos para diferentes estruturas mutantes da Hb disponíveis nos bancos de dados de proteínas. Também verificaremos o efeito destas mutações na afinidade do oxigênio pela Hb. Caso seja confirmado o caráter dominante das interações eletrostáticas nestes mecanismos moleculares, investigaremos possíveis ligantes carregados que poderiam ser adicionados à molécula de Hb para anular/reduzir o efeito aglutinador resultante da mutação genética. Os mapas eletrostáticos e as energias livres serão obtidos através de soluções numéricas da equação de Poisson-Bolzmann..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) .
Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Coordenador / Fábio Vasconcelos Figueiredo - Integrante / Pedro Alves da Silva Autreto - Integrante.Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa.
Número de produções C, T & A: 2 / Número de orientações: 2
2003 - 2004
Projeto 1 (2003) - Pro-Reitoria de Pesquisas (Auxilio financeiro) [Proc. USP 2003.1.4689.1.6]
Descrição: Auxilio complementar a projeto de pesquisa - Edicao 2003.
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) .
Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Coordenador.Financiador(es): Universidade de São Paulo - Auxílio financeiro.
2003 - 2004
Projeto 5 (2003) - "Biologia Computacional" (Proj. 5 da PRPq da USP - Edicao 2003/2004)
Descrição: A demanda por novas ferramentas e abordagens para descrever, compreender e racionalmente manipular os eventos naturais é um fato intrínseco no progresso da Ciência e da Tecnologia. O desenvolvimento da computação e sua inserção na solução de problemas biológicos exemplificam esta tendência nos dias de hoje, com profundos impactos, positivos, em diversas áreas acadêmicas estabelecidas do saber [Biologia Molecular, (Bio)Química, Informática, (Bio)Física, etc.], e aplicadas, como na Saúde, e nas indústrias químicas, de alimentos e farmacêuticas. Na verdade, esta área emergente conhecida como ?Biologia Computacional? (ou Biocomputação) - uma espécie de fusão da Biologia (Molecular) com as Ciências da Computação - vêm exatamente de encontro às necessidades pós-Genoma, ajudando, dentre outras coisas, a resolver e armazenar as estruturas obtidas, e, principalmente, ajudando a ?decifrar? a função biológica das estruturas resultantes, quer para um maior entendimento dos mecanismos moleculares, quer auxiliando no planejamento de possíveis aplicações industriais, ou ainda, procurando compreender e controlar a fronteira entre a saúde e a doença. Embora de características fortemente multi-disciplinares, envolvendo um conjunto de áreas afins com as Ciências Farmacêuticas, a consolidação da Biologia Computacional como uma disciplina própria, e mesmo como uma independente área de pesquisa, representa um marco histórico recente (a primeira sociedade científica organizada para tratar do tema foi fundada em 1997 - http://www.iscb.org/history.shtml). Tradicionalmente, o espectro de atuação do pesquisador desta área, varia desde uma descrição matemática/estatística (intrinsecamente relacionando com o uso de banco de dados) a uma abordagem mais física, onde se procura a compreensão a nível atomístico dos sistemas biológicos. Assim, em termos práticos, obedecendo-se a este espectro de atuação, a Biocomputação pode ser sub-dividida em três áreas: Bioinformática, Modelagem de Proteinas.
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) .
Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Integrante / Maria Cristina Nonato - Integrante / Gustavo Henrique Goldmann - Coordenador.Financiador(es): Universidade de São Paulo - Auxílio financeiro.
2002 - 2004
Orientacao - Estudo por Mecânica Estatística de aspectos eletrostáticos da interação ligante-biomolécula [Mestrado - Orientando: Sidney Jurado de Carvalho (Proj. Fapesp - 01/12566-1)]
Descrição: A interação entre ligantes e macromoléculas tem uma importância fundamental em uma variedade de processos bioquímicos. Modelos baseados em interações eletrostáticas vêm se mostrando bastante eficiêntes na descrição desses processos, bem como na concordância com resultados obtidos experimentalmente. Esses modelos são basicamente resolvidos de duas formas: Utilizando aproximações de campo médio, como a teoria de \textit{Poisson-Boltzmann} e sua forma linear, equivalente à teoria de \textit{Debye-Hückel}, ou através de simulações computacionais (p. ex. o método de \textit{Monte Carlo}), onde o efeito de correlação iônica pode ser explicitamente considerado. Entretanto, alguns aspectos metodológicos carecem de análises mais sistemáticas, como a arbitrariedade na escolha dos campos de força para modelagem das cargas atômicas situadas nas macromoléculas. Portanto, propomos nesse trabalho, investigar aspectos metodológicos para as abordagens teóricas do estudo dos aspectos eletrostáticos da interação ligante-biomolécula, e a aplicação destas ferramentas para sistemas de interesse biofísico, como as proteínas da família da \textit{Calmodulina} que tem o cálcio como ligante..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (1) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) .
Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Coordenador / Sidney Jurado de Carvalho - Integrante.Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa.
Número de produções C, T & A: 3 / Número de orientações: 3
2002 - 2003
Projeto 1 (2002) - Pro-Reitoria de Pesquisas (Auxilio Financeiro) [Proc. USP 2002.1.3043.1.4]
Descrição: Auxilio complementar a projetos de pesquisa.
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) .
Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Coordenador.Financiador(es): Universidade de São Paulo - Auxílio financeiro.
2001 - 2008
Projeto Jovem Pesquisador Fapesp - Interacoes Eletrostaticas em biomoleculas [Proc. Fapesp 01/03363-0]
Descrição: Interações eletrostáticas em biomoléculas é o tema comum deste projeto. Mais especificamente, nós pretendemos estudar: o efeito de força iônica e do equilíbrio ácido-base na estabilidade, estrutura e função da calbindina D9K e da hemoglobina. aspectos eletrostáticos da interação proteína-peptídeo (e.g. interação calmodulina-peptídeo). Nossa ferramenta básica de trabalho será a Mecânica Estatística (simulações moleculares), complementada com investigações em colaboração com grupos experimentais. Programas de simulação numérica para este propósito vêm sendo desenvolvidos por nós durante os últimos dez anos, permitindo que os refinamentos necessários para esta proposta sejam possíveis. Simulações de proteínas considerando explicitamente todos os átomos do sistema tornaram-se bastante populares na década de 80, ajudando a decifrar mecanismos moleculares. Vários pacotes de dinâmica molecular foram construídos (ex. GROMOS, AMBER, CHARMm). Porém, embora exista um grande potencial para esta abordagem (nível de Born-Oppenheimer), ela sofre da falta de campos de força confiáveis e alguns problemas técnicos, como a truncagem das interações de longo-alcance. Uma estratégia mais promissora é tratar o sistema em um nível mais grosseiro, conhecido como ?modelo primitivo?. Porém, ao invés de adotar a aproximação de campo médio, como feito nas abordagens por Poisson-Boltzmann, esta Hamiltoniana efetiva do sistema deve ser solucionada através do emprego de simulações Monte Carlo Metropolis. Isto é o que propomos aqui. O uso da aproximação do dielétrico contínuo para descrever a solução aquosa, como proposto no modelo primitivo, provou ser extremamente eficaz em ciência coloidal e também em contexto biológico, p. ex. a abordagem de Tanford-Kirkwood para descrever interações eletrostáticas em proteínas. Estratégias semelhantes podem ser hoje aplicadas de maneira ainda muito mais refinada e precisa, graças a performance dos computadores modernos, como demonstrado em n.
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (1) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (2) .
Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Coordenador / Sidney Jurado de Carvalho - Integrante / Marcio Francisco Colombo - Integrante.Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
Número de produções C, T & A: 45 / Número de orientações: 1
2000 - 2001
Projeto individual - Estrutura e Dinâmica de Sistemas com Biomoléculas [Recem-Doutor - Proj. CNPq 301090/99-8 (NV)]
Descrição: Recém-Doutor - Nucleação do Grupo de Física de Biomoléculas, Faculdade de Ciências, Unesp/Bauru.
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) .
Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Coordenador / Renato Carlos Tonin Ghiotto - Integrante / Sidney Jurado de Carvalho - Integrante.Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa.
Número de produções C, T & A: 15 / Número de orientações: 1
1996 - 2000
Projeto individual - Estudo das Intercações Eletrostáticas em Biomoléculas por Simulação Computacional [Doutorado Pleno no Exterior - Proj. CNPq 200836/95-1 (NV)]
Descrição: Doutorado Pleno no Exterior - Grupo de Mecânica Estatística, do Chemical Center da Universidade de Lund, Suécia. Orientador: Prof. Dr. Bo Jonsson (Departamento de Química Teórica)..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) .
Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Integrante / Bo Jönsson - Coordenador.Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa.
Número de produções C, T & A: 12


Projetos de extensão


2012 - 2012
Simulação Computacional de Biomoléculas
Descrição: Nesse curso forão apresentados os conceitos fundamentais para o estudo, via simulação computacional, de moléculas de interesse biológico ? Biomoléculas - como, por exemplo, proteínas, enzimas e aminoácidos. Também foram apresentados as principais técnicas computacionais para a determinação de propriedades químicas e físicas de biomoléculas, como Monte Carlo e Teoria do Funcional de Densidade. Os participantes do curso tiveram acesso ao GridUNESP para a realização das atividades computacionais..
Situação: Concluído; Natureza: Extensão.
Alunos envolvidos: Graduação: (25) .
Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Integrante / Aguinaldo Robinso de Souza - Coordenador.
2012 - 2012
Simulação Computacional de Biomoléculas
Descrição: Nesse curso forão apresentados os conceitos fundamentais para o estudo, via simulação computacional, de moléculas de interesse biológico ? Biomoléculas - como, por exemplo, proteínas, enzimas e aminoácidos. Também foram apresentados as principais técnicas computacionais para a determinação de propriedades químicas e físicas de biomoléculas, como Monte Carlo e Teoria do Funcional de Densidade. Os participantes do curso tiveram acesso ao GridUNESP para a realização das atividades computacionais..
Situação: Concluído; Natureza: Extensão.
Alunos envolvidos: Graduação: (25) .
Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Integrante / Aguinaldo Robinso de Souza - Coordenador.
2012 - Atual
Introdução a simulação computacional de complexos proteína-proteína
Descrição: Programa do Adote/Pequeno Cientista da Casa da Ciência, do Hemocentro de Ribeirão Preto..
Situação: Em andamento; Natureza: Extensão.
2010 - 2011
Descobrindo a área de Modelagem Molecular e como se formam os complexos proteína-proteína
Descrição: Um aspecto essencial no entendimento, engenharia e desenho de proteínas é a correta predição de suas propriedades físico-químicas. A modelagem molecular envolve visualizações dos átomos e moléculas em computador e simulações computacionais, o que permite descrever, controlar e quantificar mecanismos moleculares em termos de uma visão microscópica dos sistemas. Neste projeto, propomos apresentar ao estudante do ensino médio algumas ferramentas computacionais para sistemas moleculares existentes com o intuito que o mesmo possa, em um primeiro momento, participar do ambiente acadêmico, vivenciar as várias etapas das atividades de pesquisa e conhecer as abordagens computacionais em complementação ao tradicional binômio teoria-experimento. Mais especificamente, pretendemos que ele possa descobrir e ?ver? o mundo microscópico em si, aprender a manipulá-lo, e iniciar alguns ensaios com sistemas reais. Especial ênfase será dada ao tema complexação de proteínas por sua importância na Biologia e Tecnologia. Tanto programas desenvolvidos por outros grupos, como ?caseiros? serão utilizados (p.ex. Pymol, SPDBV, rasmol, Bio, Titrapro, MEAD, etc). Para os cálculos das interações proteína-proteína, utilizaremos o portal web ?Prometheus? (Protein-Protein Complexes by Macroscopic Electrostatic Theories and User-Friendly Simulations) [http://glu.fcfrp.usp.br] desenvolvido em nosso laboratório. Trabalharemos os conceitos de átomos, moléculas, interações intermoleculares, carga elétrica, pH, proteínas..
Situação: Concluído; Natureza: Extensão.
2006 - 2006
Auxílio Organização de evento - 14th Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology - ISMB/2006 (Proj. Fapesp 06/54815-1)
Descrição: Recursos financeiros para suporte a pesquisadores doutores do Estado de São Paulo..
Situação: Em andamento; Natureza: Extensão.
Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) .
Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Integrante / Goran Neshich - Coordenador / Junior Barrera - Integrante.Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.


Membro de corpo editorial


2011 - Atual
Periódico: International Scholarly Research Notices


Revisor de periódico


2001 - Atual
Periódico: Journal of Physical Chemistry
2002 - Atual
Periódico: Journal of Chemical Physics
2005 - Atual
Periódico: Journal of Physical Chemistry B
2002 - Atual
Periódico: Journal of the Brazilian Chemical Society (0103-5053)
2006 - Atual
Periódico: Química Nova
2007 - Atual
Periódico: Chemical Physics Letters
2008 - Atual
Periódico: Anais da Academia Brasileira de Ciências
2009 - Atual
Periódico: Langmuir
2009 - Atual
Periódico: Physics Letters A
2011 - Atual
Periódico: Biomacromolecules
2010 - Atual
Periódico: Journal of Chemical Theory and Computation
2014 - Atual
Periódico: Biochimica et Biophysica Acta. Proteins and Proteomics
2015 - Atual
Periódico: Colloids and Surfaces. B, Biointerfaces (Print)
2015 - Atual
Periódico: Colloids and Surfaces. B, Biointerfaces (Print)
2015 - Atual
Periódico: PLoS One
2017 - Atual
Periódico: BIOPHYSICAL JOURNAL
2016 - Atual
Periódico: Scientific Reports
2017 - Atual
Periódico: BIOPHYSICAL REVIEWS
2018 - Atual
Periódico: ARCHIVES OF VIROLOGY


Revisor de projeto de fomento


2018 - Atual
Agência de fomento: Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior
2017 - Atual
Agência de fomento: European Research Council
2015 - Atual
Agência de fomento: American Chemical Society Petroleum Research Fund
2014 - Atual
Agência de fomento: Centro Europeu de cálculo atômico e molecular
2009 - Atual
Agência de fomento: Fundação Amazônia Paraense de Amparo à Pesquisa
2003 - Atual
Agência de fomento: Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo
2000 - Atual
Agência de fomento: Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico
2000 - Atual
Agência de fomento: The National Science Foundation


Áreas de atuação


1.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Biofísica / Subárea: Biofísica Molecular/Especialidade: Mecanica Estatistica de Biomoleculas e Sistemas Coloidais.
2.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Química / Subárea: Físico-Química/Especialidade: Mecanica Estatistica de Solucoes Aquosas.
3.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Física / Subárea: Fisica Biologica.
4.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Química / Subárea: Físico-Química/Especialidade: Química Teórica.
5.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Física / Subárea: Física da Matéria Condensada/Especialidade: Estrutura de Solidos Liquidos e Solucoes.
6.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Biologia Molecular/Especialidade: Conformacao de Macromoleculas.


Idiomas


Inglês
Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.
Espanhol
Compreende Razoavelmente, Fala Pouco, Lê Razoavelmente, Escreve Pouco.
Sueco
Compreende Pouco, Fala Pouco, Lê Pouco, Escreve Pouco.


Produções



Produção bibliográfica
Citações

Web of Science
Total de trabalhos:16
Total de citações:199
Fator H:8
DA SILVA, FLB  Data: 06/08/2009

SCOPUS
Total de trabalhos:13
Total de citações:136
Da Silva, F. L B; Silva, F.L.B.D.,  Data: 02/06/2009

Outras
Total de trabalhos:30
Total de citações:612
Fernando Luis Barroso da Silva  Data: 05/03/2018

Artigos completos publicados em periódicos

1.
SILVA, FLB2018SILVA, FLB; Derreumaux, P. ; PASQUALI, SAMUELA . Protein-RNA complexation driven by the charge regulation mechanism. BIOCHEMICAL AND BIOPHYSICAL RESEARCH COMMUNICATIONS, v. 498, p. 264-273, 2018.

2.
DURAN, N. M.2018DURAN, N. M. ; SPELZINI, D. ; BOERIS, V. ; Barroso da Silva, Fernando Luís . A Combined Experimental and Molecular Simulation Study of Factors Influencing interaction of Quinoa Proteins-Carrageenan. INTERNATIONAL JOURNAL OF BIOLOGICAL MACROMOLECULES, v. 107, p. 949-956, 2018.

3.
CUEVAS, S. A. P.2018CUEVAS, S. A. P. ; ETCHEBEST, C. ; Barroso da Silva, Fernando Luís . Insights into the ZIKV NS1 Virology from Different Strains through a Fine Analysis of Physicochemical Properties. ACS Omega, v. 3, p. 16212-16229, 2018.

4.
Barroso da Silva, Fernando Luís2017Barroso da Silva, Fernando Luís; DERREUMAUX, PHILIPPE ; PASQUALI, SAMUELA . Fast coarse-grained model for RNA titration. JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS, v. 146, p. 035101, 2017.

5.
barroso da silva, fernando luis2017 barroso da silva, fernando luis; MACKERNAN, DONAL . Benchmarking a fast proton titration scheme in implicit solvent for biomolecular simulations. Journal of Chemical Theory and Computation, v. 13, p. 2915-2929, 2017.

6.
Barroso da Silva, Fernando Luís2017Barroso da Silva, Fernando Luís; DIAS, Luis Gustavo . Development of constant-pH simulation methods in implicit solvent and applications in biomolecular systems. BIOPHYSICAL REVIEWS, v. 9, p. 699-728, 2017.

7.
SRIVASTAVA, DEEPTI2017SRIVASTAVA, DEEPTI ; SANTISO, ERIK ; GUBBINS, KEITH E. ; barroso da silva, fernando luis . Computationally mapping pKa shifts due to the presence of a polyelectrolyte chain around whey proteins. LANGMUIR, v. 33, p. 11417-11428, 2017.

8.
DELBONI, Lariani Aparecida2016DELBONI, Lariani Aparecida ; Barroso da Silva, Fernando Luís . On the complexation of whey proteins. Food Hydrocolloids, v. 55, p. 89-99, 2016.

9.
barroso da silva, fernando luis2016barroso da silva, fernando luis; PASQUALI, SAMUELA ; DERREUMAUX, PHILIPPE ; DIAS, Luis Gustavo . Electrostatics analysis of the mutational and pH effects of the N-terminal domain self-association of the Major Ampullate Spidroin. Soft Matter (Print), v. 12, p. 5600-5612, 2016.

10.
Barroso da Silva, Fernando Luís2014Barroso da Silva, Fernando Luís; BOSTRÖM, MATHIAS ; PERSSON, CLAS . Effect of Charge Regulation and Ion-Dipole Interactions on the Selectivity of Protein-Nanoparticle Binding. Langmuir, v. 30, p. 4078-4083, 2014.

11.
BRASIL, CHRISTIANE REGINA SOARES2013BRASIL, CHRISTIANE REGINA SOARES ; DELBEM, ALEXANDRE CLAUDIO BOTAZZO ; da Silva, Fernando Luís Barroso . Multiobjective evolutionary algorithm with many tables for purely ab initio protein structure prediction. Journal of Computational Chemistry, v. 34, p. n/a-n/a, 2013.

12.
da Silva, Fernando Luis Barroso2013da Silva, Fernando Luis Barroso. Peculiaridades nos Mecanismos Moleculares de Proteínas em Solução Aquosa: exemplo da importância do equilíbrio ácido-base para aplicações em Biotecnologia .. Quimica, v. 131, p. 43-48, 2013.

13.
Teixeira, Andre Azevedo Reis2010Teixeira, Andre Azevedo Reis ; LUND, Mikael ; Da SILVA, F. L. B. . Fast Proton Titration Scheme for Multiscale Modeling of Protein Solutions. Journal of Chemical Theory and Computation, v. 6, p. 3259-3266, 2010.

14.
da Silva, Fernando Luís Barroso2009 da Silva, Fernando Luís Barroso; JÖNSSON, Bo . Polyelectrolyte protein complexation driven by charge regulation. Soft Matter, v. 5, p. 2862-2868, 2009.

15.
CARVALHO, Sidney Jurado de2008CARVALHO, Sidney Jurado de ; FENLEY, Marcia de Oliveira ; da Silva, Fernando Lui?s Barroso . Protein−Ion Binding Process on Finite Macromolecular Concentration. A Poisson−Boltzmann and Monte Carlo Study. Journal of Physical Chemistry B, v. 112, p. 16766-16776, 2008.

16.
Da SILVA, F. L. B.;daSilva, F.L.B.;da Silva, F.L.B.;Barroso da Silva, Fernando Luís;da Silva, Fernando Luis Barroso;da Silva, Fernando Lui?s Barroso;da Silva, Fernando Luís Barroso;barroso da silva, f l;SILVA, FLB;SILVA, FERNANDO L. B. DA;Barroso da Silva, Fernando L.2007Da SILVA, F. L. B.; OLIVARES, Wilmer ; COLMENARES, Pedro J . BASIC STATISTICS AND VARIATIONAL CONCEPTS BEHIND THE REVERSE MONTE CARLO TECHNIQUE. Molecular Simulation, Londres, v. 33, p. 639-647, 2007.

17.
Da SILVA, F. L. B.;daSilva, F.L.B.;da Silva, F.L.B.;Barroso da Silva, Fernando Luís;da Silva, Fernando Luis Barroso;da Silva, Fernando Lui?s Barroso;da Silva, Fernando Luís Barroso;barroso da silva, f l;SILVA, FLB;SILVA, FERNANDO L. B. DA;Barroso da Silva, Fernando L.2006Da SILVA, F. L. B.; LUND, Mikael ; JÖNSSON, Bo ; ÅKESSON, Torbjörn . On the Complexation of Proteins and Polyelectrolytes. Journal of Physical Chemistry B, ACS, v. 110, n.9, p. 4459-4464, 2006.

18.
CARVALHO, Sidney Jurado de2006CARVALHO, Sidney Jurado de ; GHIOTTO, Renato Carlos Tonin ; Da SILVA, F. L. B. . Monte Carlo and modified Tanford-Kirkwood results for macromolecular electrostatic calculations. Journal of Physical Chemistry B, ACS, v. 110, p. 8832-8839, 2006.

19.
Da SILVA, F. L. B.;daSilva, F.L.B.;da Silva, F.L.B.;Barroso da Silva, Fernando Luís;da Silva, Fernando Luis Barroso;da Silva, Fernando Lui?s Barroso;da Silva, Fernando Luís Barroso;barroso da silva, f l;SILVA, FLB;SILVA, FERNANDO L. B. DA;Barroso da Silva, Fernando L.2005Da SILVA, F. L. B.; LINSE, S. ; JÖNSSON, Bo . The binding of charged ligands to macromolecules. Anomalous salt dependence.. Journal of Physical Chemistry B, The, ACS, v. 109, n.5, p. 2007-2013, 2005.

20.
Da SILVA, F. L. B.;daSilva, F.L.B.;da Silva, F.L.B.;Barroso da Silva, Fernando Luís;da Silva, Fernando Luis Barroso;da Silva, Fernando Lui?s Barroso;da Silva, Fernando Luís Barroso;barroso da silva, f l;SILVA, FLB;SILVA, FERNANDO L. B. DA;Barroso da Silva, Fernando L.2002Da SILVA, F. L. B.; BOGREN, D. ; SÖDERMAN, O. ; ÅKESSON, Torbjörn ; JÖNSSON, Bo . Titration of fatty acids solubilized in cationic, nonionic and anionic micelles. Theory and experiment.. Journal of Physical Chemistry B, v. 106, n.13, p. 3515-3522, 2002.

21.
Da SILVA, F. L. B.;daSilva, F.L.B.;da Silva, F.L.B.;Barroso da Silva, Fernando Luís;da Silva, Fernando Luis Barroso;da Silva, Fernando Lui?s Barroso;da Silva, Fernando Luís Barroso;barroso da silva, f l;SILVA, FLB;SILVA, FERNANDO L. B. DA;Barroso da Silva, Fernando L.2001Da SILVA, F. L. B.; OLIVARES, Wilmer ; DEGREVE, L. ; ÅKESSON, Torbjörn . Application of a New Reverse Monte Carlo Algorithm to PolyatomicMolecular Systems I. Liquid water. Journal of Chemical Physics, Estados Unidos, v. 114, n.2, p. 907-914, 2001.

22.
Da SILVA, F. L. B.;daSilva, F.L.B.;da Silva, F.L.B.;Barroso da Silva, Fernando Luís;da Silva, Fernando Luis Barroso;da Silva, Fernando Lui?s Barroso;da Silva, Fernando Luís Barroso;barroso da silva, f l;SILVA, FLB;SILVA, FERNANDO L. B. DA;Barroso da Silva, Fernando L.2001 Da SILVA, F. L. B.; JÖNSSON, Bo ; PENFOLD, R. . A critical investigation of the Tanford-Kirkwood model by means of Monte Carlo simulations. Protein Science, Estados Unidos, v. 10, p. 1415-1425, 2001.

23.
DEGREVE, L.2000DEGREVE, L. ; Da SILVA, F. L. B. . Detailed study of 1M aqueous NaCl solution by computer simulations. Journal of Molecular Liquids, v. 87, n.2-3, p. 217-232, 2000.

24.
DEGREVE, L.1999DEGREVE, L. ; Da SILVA, F. L. B. . Structure of concentrated aqueous NaCl solution: a Monte Carlo study. Journal of Chemical Physics, v. 110, n.6, p. 3070-3078, 1999.

25.
DEGREVE, L.1999DEGREVE, L. ; Da SILVA, F. L. B. . Large ionic clusters in concentrated aqueous NaCl solution. Journal of Chemical Physics, v. 111, n.11, p. 5150-5156, 1999.

26.
Da SILVA, F. L. B.;daSilva, F.L.B.;da Silva, F.L.B.;Barroso da Silva, Fernando Luís;da Silva, Fernando Luis Barroso;da Silva, Fernando Lui?s Barroso;da Silva, Fernando Luís Barroso;barroso da silva, f l;SILVA, FLB;SILVA, FERNANDO L. B. DA;Barroso da Silva, Fernando L.1999Da SILVA, F. L. B.; SVENSSON, B. ; ÅKESSON, Torbjörn ; JÖNSSON, Bo . Response to comments on a new algorithm for Reverse Monte Carlo Simulations. Journal of Chemical Physics, v. 111, n.12, p. 5622, 1999.

27.
Da SILVA, F. L. B.;daSilva, F.L.B.;da Silva, F.L.B.;Barroso da Silva, Fernando Luís;da Silva, Fernando Luis Barroso;da Silva, Fernando Lui?s Barroso;da Silva, Fernando Luís Barroso;barroso da silva, f l;SILVA, FLB;SILVA, FERNANDO L. B. DA;Barroso da Silva, Fernando L.1998Da SILVA, F. L. B.; SVENSSON, B. ; ÅKESSON, Torbjörn ; JÖNSSON, Bo . A new algorithm for Reverse Monte Carlo Simulations. Journal of Chemical Physics, v. 109, n.7, p. 2624-2629, 1998.

28.
DEGREVE, L.1995DEGREVE, L. ; Da SILVA, F. L. B. ; QUINTALE JUNIOR, C. ; SOUZA, A. R. . Application of the Reverse Monte Carlo simulations to diatomic molecules. Journal of Molecular Structure, v. 335, p. 89-96, 1995.

29.
SKAF, Munir Salomão1994SKAF, Munir Salomão ; Da SILVA, F. L. B. . Explorando as propriedades estruturais e dinamicas de solventes por simulacao computacional. Química Nova, Brasil, v. 17, n.6, p. 507-512, 1994.

Livros publicados/organizados ou edições
1.
Da SILVA, F. L. B.. Statistical Mechanical Studies of Aqueos Solutions and Biomolecular Systems. 1. ed. Alnarp: SLU Reprocenter, 2000. v. 1. 258p .

Capítulos de livros publicados
1.
de Lima, Telma Woerle ; CALIRI, Antonio ; da Silva, Fernando Luis Barroso ; Tinos, Renato ; Travieso, Gonzalo ; da Silva, Ivan Nunes ; de Souza, Paulo Sergio Lopes ; Marques, Eduardo ; Botazzo Delbem, Alexandre Claudio ; Bonatto, Vanderlei ; Faccioli, Rodrigo ; Soares Brasil, Christiane Regina ; Ribeiro Gabriel, Paulo Henrique ; do O, Vinicius Tragante ; Ferraz Bonetti, Daniel Rodrigo . Some Modeling Issues for Protein Structure Prediction Using Evolutionary Algorithms. In: Aleksandar Lazinica. (Org.). Evolutionary Computation. 1ed.Viena, Austria: InTech, 2009, v. , p. 153-178.

2.
J?nsson, Bo ; LUND, Mikael ; Barroso da Silva, Fernando L. . Chapter 9. Electrostatics in Macromolecular Solutions. In: E. Dickinson; M. E. Leser. (Org.). Food Colloids. 1ed.Cambridge: Royal Society of Chemistry, 2007, v. 302, p. 129-154.

Trabalhos completos publicados em anais de congressos
1.
Ishivatari, Luis Henrique U. ; OLIVEIRA, LARIZA L. DE ; SILVA, FERNANDO L. B. DA ; TINÓS, RENATO . Algoritmos Genéticos Com Função De Avaliação Dinâmica Para O Problema De Predição De Estruturas De Proteínas. In: 10. Congresso Brasileiro de Inteligência Computacional, 2016, Fortaleza. Anais do 10. Congresso Brasileiro de Inteligência Computacional. p. 1.

2.
Ishivatari, Luis Henrique U. ; De Oliveira, Lariza Laura ; Da SILVA, F. L. B. ; Tinós, R. . ALGORITMOS GENÉTICOS COM FUNÇÃO DE AVALIAÇÃO DINÂMICA PARA O PROBLEMA DE PREDIÇÃO DE ESTRUTURAS DE PROTEÍNAS. In: 10th Brazilian Congress on Computational Intelligence (CBIC?2011), 2011, Fortaleza, CE. 10th Brazilian Congress on Computational Intelligence (CBIC?2011), 2011. p. 1-8.

Resumos expandidos publicados em anais de congressos
1.
Da SILVA, F. L. B.; CARVALHO, Sidney Jurado de ; LINSE, S. ; JÖNSSON, Bo . Peculiarities in molecular mechanisms related to the formation of complexes of interest in industries and Biosciences. In: IUTAM Symposium on Swelling and Shrinking of Porous Materials: From Colloid Science to Poromechanics, 2007, Petrópolis, RJ. Proceedings of the IUTAM (GA.04-07), 2007.

2.
AUTRETO, Pedro Alves da Silva ; Da SILVA, F. L. B. . Aspectos eletrostáticos da formação de complexos moleculares: Estudo do Complexo Tripsina-BPTI. In: XXVI CIC, 2004, Ilha Solteira, SP. CD de resumos, 2004.

Resumos publicados em anais de congressos
1.
CUEVAS, S. A. P. ; barroso da silva, fernando luis . Análise de diferentes propriedades fisico-quimicas em variantes da proteína NS1 do vírus Zika. In: Curso de Verão em Bioinformática 2018, 2018, Sao Paulo. Curso de Verão em Bioinformática 2018, 2018.

2.
Barroso da Silva, Fernando Luís; Pasquali, S. . A FAST CONSTANT-PH MOLECULAR DYNAMICS SIMULATION FOR THE COARSE-GRAINED HIRE-RNA MODEL. In: 47a Reunião Anual da SBBq, 2018, Joinville, SC. Abstracts, 2018. p. C12.

3.
CUEVAS, S. A. P. ; ETCHEBEST, C. ; Barroso da Silva, Fernando Luís . Computational Analysis of the Main Physical-chemistry Properties on NS1 Protein in Zika Virus Strains. In: 47a Reunião Anual da SBBq, 2018, Joinville, SC. Abstracts, 2018. p. C11.

4.
Barroso da Silva, Fernando Luís; Pasquali, S. ; Derreumaux, P. . Developing and applying fast constant-pH simulation methods for RNA systems - From pKa benchmarks to protein-RNA interactions. In: Regulatory & Non-Coding RNA?s Meeting, CSHL, 2018, Cold Spring Harbor, EUA. Regulatory & Non-Coding RNA?s Meeting. Cold Spring Harbor: CSHL, 2018.

5.
DURAN, N. M. ; Ibarra, Jorge ; SPELZINI, D. ; Barroso da Silva, Fernando Luís ; BOERIS, V. . INTERACCIÓN ENTRE LAS PROTEÍNAS DE LA SEMILLA DE QUINOA Y QUITOSANO. ESTUDIOS EXPERIMENTALES Y COMPUTACIONALES. In: XX CONGRESO ARGENTINO DE FISICOQUIMICA Y QUIMICA INORGÁNICA, 2017, Río Cuarto. XX CONGRESO ARGENTINO DE FISICOQUIMICA Y QUIMICA INORGÁNICA. Río Cuarto: UniRío editora. Universidad Nacional de Río Cuarto, 2017. p. 68-68.

6.
SRIVASTAVA, D. ; Barroso da Silva, Fernando Luís ; GUBBINS, K. E. ; SANTISO, E. E. . pKa shifts due to the presence of a polyelectrolyte chain around milk proteins. In: Symposium on Molecular Theory and Modeling, 2017, Raleigh, NC. Symposium on Molecular Theory and Modeling. Raleigh, NC: NCSU, 2017. p. 22-22.

7.
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OLIVEIRA, R. A. ; SOUZA, A. R. ; Da SILVA, F. L. B. . Simulacao do comportamento de gases ideais em microcomputador. In: IV Congresso de Iniciacao Cientifica da Unesp, 1992, Aracatuba, SP. Resumos, 1992. p. 237.

93.
SOUZA, A. R. ; FERNANDES, J. R. ; Da SILVA, F. L. B. . Computer Simulation of the Millikan experiment. In: X Encontro Regional de Quimica, 1992, Ribeirão Preto, SP. Livro de resumos, 1992. p. 334.

94.
Da SILVA, F. L. B.; OLIVEIRA, R. A. ; SOUZA, A. R. . Simulacao de reacoes quimicas em microcomputador. In: III Congresso de Iniciacao Cientifica da Unesp, 1991, Jaboticabal, SP. Livro de resumos, 1991. p. 252.

Apresentações de Trabalho
1.
Barroso da Silva, Fernando Luís. Palestra convidada: Developing and applying fast constant pH methods in Biological systems: from biomaterials to virus. 2018. (Apresentação de Trabalho/Outra).

2.
Barroso da Silva, Fernando Luís. Palestra convidada: Bioinformática Estrutural: Aspectos físico-químicos, computacionais e seus desafios. 2017. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

3.
Barroso da Silva, Fernando Luís. On the peculiar electrostatic effects observed in protein systems ? a computational approach? [4 horas (teórica) + 4 horas (laboratório)]. 2017. (Apresentação de Trabalho/Outra).

4.
Barroso da Silva, Fernando Luís. Aspectos práticos do uso do Método da ABP na disciplina de Físico-Química de polímeros e sistemas dispersos do Curso de Farmácia-Bioquímica. 2017. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

5.
da Silva, F.L.B.. Palestra convidada: ELECTROSTATIC INTERACTIONS IN AND BETWEEN BIOMOLECULES: DEVELOPING AND APPLYING FAST CONSTANT PH METHODS IN BIOLOGICAL SYSTEMS. 2016. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

6.
Barroso da Silva, Fernando Luís. Palestra convidada: Protein complexation driven by electrostatic interactions. 2016. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

7.
Barroso da Silva, Fernando Luís. Palestra convidada: Protein complexation driven by electrostatic interactions. 2016. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

8.
Barroso da Silva, Fernando Luís. Palestra convidada: Protein complexation driven by electrostatic interactions. 2016. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

9.
Barroso da Silva, Fernando Luís. Palestra convidada: Electrostatic interactions in and between biomolecules: Developing and applying fast constant pH methods in biological systems. 2016. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

10.
Barroso da Silva, Fernando Luís. Palestra convidada: Protein complexation driven by electrostatic interactions. 2016. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

11.
Barroso da Silva, Fernando Luís. Palestra convidada: Electrostatic Interactions in and between Biomolecules: Developing and Applying Fast Constant pH Methods in Biological Systems. 2016. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

12.
Barroso da Silva, Fernando Luís. Simplified models to rationalize complex protein interactions in food and pharma. 2016. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

13.
da Silva, Fernando Luis Barroso. Palestra convidada: Desenvolvendo e aplicando métodos de simulação a pH constante. 2016. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

14.
Barroso da Silva, Fernando Luís. Palestra convidada: Electrostatic interactions in and between biomolecules: Developing and applying fast constant pH methods in Biological systems. 2016. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

15.
Da SILVA, F. L. B.. Palestra convidada: Bioinformática e Modelagem Molecular. 2015. (Apresentação de Trabalho/Outra).

16.
Barroso da Silva, Fernando Luís. Palestra convidada: Protein complexation driven by electrostatic interactions. 2015. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

17.
Barroso da Silva, Fernando Luís. Palestra convidada: The Laboratory of Computational Biophysical Chemistry: Molecular interactions and nanobiological applications for functionalized (bio)material developments. 2015. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

18.
SILVA, FLB; SANTISO, E. E. . Molecular interactions and nanobiological applications for novel drug and functionalized material developments. 2015. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

19.
Barroso da Silva, Fernando Luís. Palestra convidada: Complexação de proteínas: de interações eletrostáticas a aplicações. 2015. (Apresentação de Trabalho/Outra).

20.
Barroso da Silva, Fernando Luís. Palestra convidada: Modelagem Molecular de Complexos Proteicos: Buscando o Entendimento Fundamental de Processos Biotecnológicos, de Doenças e Novos Materiais Funcionalizados. 2015. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

21.
Barroso da Silva, Fernando Luís. Palestra convidada: Molecular modeling of protein complexes driven by electrostatics interactions with interest for industries, medicine and biosciences. 2014. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

22.
Barroso da Silva, Fernando Luís. Palestra convidada: Molecular modeling of protein complexes driven by electrostatics interactions with interest for industries and Biosciences. 2014. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

23.
Barroso da Silva, Fernando Luís. Palestra convidada: Beyond Facebook and Twitter: the computer helping to understand the world of molecules for applications in the pharmaceutical industry. 2014. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

24.
Barroso da Silva, Fernando Luís. Palestra convidada: Electrostatic correlations in proteins: a large-scale analysis on the Protein Data Bank. 2014. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

25.
da Silva, Fernando Luís Barroso. Palestra convidada: Molecular modeling of protein complexes driven by electrostatics interactions with interest for industries and Biosciences. 2014. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

26.
Barroso da Silva, Fernando Luís. Molecular modeling of protein complexes driven by electrostatics interactions with interest for industries, Medicine and Biosciences. 2014. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

27.
Barroso da Silva, Fernando Luís. Palestra convidada: Peculiarities of electrostatic interactions between proteins. Coarse-grained approach and applications. 2014. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

28.
Barroso da Silva, Fernando Luís. Palestra convidada: Complexation of milk proteins. Computer simulation studies. 2014. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

29.
Barroso da Silva, Fernando Luís. Palestra convidada: Multiscale Modeling of protein solutions. 2013. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

30.
Barroso da Silva, Fernando Luís. Palestra convidada: Getting started on molecular simulations. 2013. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

31.
Barroso da Silva, Fernando Luís. Palestra convidada: Multiscale Modeling of protein solutions. 2013. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

32.
Barroso da Silva, Fernando Luís. Palestra convidada: Some peculiarities of the electrostatic interactions and multiscale modeling of protein complexation for biotechnology, food and pharmaceutical science applications. 2013. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

33.
Barroso da Silva, Fernando Luís. Palestra convidada: Protein complexation in Biotechnology driven by electrostatic interactions. 2013. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

34.
Barroso da Silva, Fernando Luís. Palestra Convidada: Modelagem molecular multiescala e aspectos eletrostáticos da complexação de proteínas envolvidas em aplicações na Biotecnologia, CiênciasFarmacêuticas e dos alimentos. 2012. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

35.
Barroso da Silva, Fernando Luís. On the complexation of protein-peptides and protein-nanoparticles. 2012. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

36.
Barroso da Silva, Fernando Luís. Palestra convidada: On going studies on protein electrostatics and some of its applications in Structural Bioinformatics. 2011. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

37.
Barroso da Silva, Fernando Luís. Modelagem computacional multiescala de complexos moleculares. De Bioinformática estrutural a nanopartículas. 2011. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

38.
Barroso da Silva, Fernando Luís. Palestra Convidada: Multiscale modeling and physical chemistry aspects of the milk proteins and polyelectrolytes complexation for biotechnology, food and pharmaceutical science applications. 2011. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

39.
Barroso da Silva, Fernando Luís. Palestra Convidada: Monte Carlo Reverso ? algoritmos e aplicações. De líquidos moleculares a biomoléculas. 2010. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

40.
Barroso da Silva, Fernando Luís. Palestra Convidada: De interações fundamentais em sistemas moleculares à Bioinformática Estrutural. 2010. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

41.
Barroso da Silva, Fernando Luís. Palestra convidada: Peculiaridades das interações eletrostáticas em e entre Proteínas. De interações fundamentais à Bioinformática Estrutural. 2010. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

42.
Barroso da Silva, Fernando Luís; MARCIA CANTANO RUIZ CANTANO . UM EXPERIMENTO NA APLICAÇÃO DO MÉTODO ABP EM DISCIPLINAS DE FÍSICO-QUÍMICA DO CURSO DE FARMÁCIA-BIOQUÍMICA. 2010. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

43.
Da SILVA, F. L. B.. Palestra Convidada: On the complexation of milk proteins. A Monte Carlo study. 2009. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

44.
Da SILVA, F. L. B.. Palestra Convidada: Milk proteins: here and there. 2009. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

45.
Da SILVA, F. L. B.. Palestra convidada: Explorando interações fundamentais em sistemas moleculares (FAMB, FFCLRP/USP). 2009. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

46.
Da SILVA, F. L. B.. Palestra Convidada: Ferramentas de biocomputação para estudo de complexos moleculares. 2009. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

47.
Da SILVA, F. L. B.. Palestra convidada: Mecanismos fundamentais para a complexação de proteínas do leite. 2009. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

48.
barroso da silva, fernando luis. Palestra Convidada: Fundamental Mechanisms on the Complexation of Milk Proteins. 2009. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

49.
Barroso da Silva, Fernando Luís. Palestra convidada: Mecanismos moleculares responsáveis pela formação de complexos de interesse farmacêutico e biotecnológico. 2009. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

50.
Da SILVA, F. L. B.. Palestra Convidada: Simulação Computacional em sistemas moleculares: o uso de modelos simplificados para entendimento de sistemas de interesse nas industrias farmacêuticas e de alimentos. 2008. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

51.
Da SILVA, F. L. B.. Palestra Convidada: Microencapsulação do avesso: Aspectos físico-químicos da complexação de proteínas para aplicações em Ciências Farmacêuticas e de Alimentos. 2008. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

52.
Da SILVA, F. L. B.. Palestra Convidada: Simulação computacional de sistemas biológicos. 2008. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

53.
Da SILVA, F. L. B.. Palestra Convidada: Peculiaridades nos mecanismos moleculares relacionados à formação de complexos de interesse nas indústrias e em Biociências: Combinando Química Computacional, Física, Alimentos, Biologia, proteínas e fármacos. 2007. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

54.
Da SILVA, F. L. B.. Palestra Convidada: Perguntas que o biólogo faz e o físico pode responder...aprendendo física. 2007. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

55.
Da SILVA, F. L. B.. Palestra Convidada: Desvendando os mecanismos responsáveis pela formação de complexos moleculares de interesse nas indústrias química, farmacêutica e de alimentos. 2007. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

56.
Da SILVA, F. L. B.. Palestra convidada: On going studies on the fundamental physical interactions in molecular complexes. 2006. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

57.
Da SILVA, F. L. B.. Palestra Convidada: Decifrando informações disponíveis no PDB: Como explicar a formação de complexos moleculares (quando não há complementariedade de cargas)?. 2006. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

58.
Da SILVA, F. L. B.. Palestra Convidada: Biologia Estrutural: Do PDB a formação de complexos moleculares. Aspectos eletrostáticos.. 2005. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

59.
Da SILVA, F. L. B.; JÖNSSON, Bo . Palestra Convidada: On the interaction of proteins and polyelectrolytes. 2005. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

60.
Da SILVA, F. L. B.. Palestra Convidada: Protein-Polyelectrolyte Complexation: Effects of Protein Titration (A Monte Carlo Simulation Study. 2005. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

61.
Da SILVA, F. L. B.. Palestra Convidada: Da Lei de Coulomb a Biologia Estrutural. Como a Física pode ajudar no entendimento de mecanismos moleculares?. 2005. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

62.
Da SILVA, F. L. B.. Palestra Convidada: Da Lei de Coulomb a Biologia Estrutural. Como a Física pode ajudar no entendimento de mecanismos moleculares?. 2005. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

63.
Da SILVA, F. L. B.. Palestra Convidada: Formação de complexos proteína-polieletrólito. Como explicá-los quando não há complementariedade de cargas?. 2005. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

64.
Da SILVA, F. L. B.. Palestra Convidada: Protein Electrostatics: Methodology and Applications to Structural Biology. 2004. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

65.
Da SILVA, F. L. B.. Palestra Convidada: Protein electrostatics: Methodological issues and some applications on Structural Genomics. 2004. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

66.
Da SILVA, F. L. B.. Palestra Convidada: O mundo eletrostático nas proteínas. 2004. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

67.
Da SILVA, F. L. B.. Palestra Convidada: Eletrostática de proteínas: Ligantes simples, complexos moleculares e função biológica. Aspectos metodológicos e algumas aplicações. 2004. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

68.
Da SILVA, F. L. B.. Palestra Convidada: O mundo eletrostático das moléculas biológicas e suas aplicações em Biologia Estrutural. 2003. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

69.
Da SILVA, F. L. B.. Palestra Convidada: Interações eletrostáticas em biomoléculas. 2002. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

70.
Da SILVA, F. L. B.. Palestra Convidada: Uso do Programa DELPHY para cálculo de eletrostática de proteínas. 2002. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

71.
Da SILVA, F. L. B.. Palestra Convidada: Aplicações da equção de Poisson-Boltzmann para cálculos de energia livre. 2002. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

72.
Da SILVA, F. L. B.. Palestra Convidada: Uso do Programa MEAD para cálculo de eletrostática de proteínas. 2002. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

73.
Da SILVA, F. L. B.. Palestra Convidada: Método Monte Carlo. 2002. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

74.
Da SILVA, F. L. B.. Palestra Convidada: A Equação de Poisson-Boltzmann em Biologia Estrutural. 2002. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

75.
Da SILVA, F. L. B.. Palestra Convidada: Interações eletrostáticas em biomoléculas. II. 2002. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

76.
Da SILVA, F. L. B.. Palestra Convidada: Interações eletrostáticas em biomoléculas. III. 2002. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

77.
Da SILVA, F. L. B.. Palestra Convidada: O mundo eletrostático das moléculas biológicas e suas implicações no Genoma Estrutural. 2002. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

78.
Da SILVA, F. L. B.. Palestra Convidada: Estudos por Mecânica Estatística de Soluções Aquosas e Sistemas com Biomoléculas. 2000. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

79.
Da SILVA, F. L. B.. Palestra Convidada: Interações Eletrostáticas em Colóides. 2000. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

80.
Da SILVA, F. L. B.. Palestra Convidada: Interações Eletrostáticas em Biomoléculas. Uma abordagem por Mecânica Estatística. 2000. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

Outras produções bibliográficas
1.
Barroso da Silva, Fernando Luís. ESTUDO INVESTIGA INTERAÇÕES ELETROSTÁTICAS DE BIOMOLÉCULAS. BAURU: FAAC/UNESP, 2009 (Texto de divulgação científica).

2.
Da SILVA, F. L. B.. Interações fundamentais responsáveis pela formação de complexos moleculares de interesse em Ciências Farmacêuticas e em Biotecnologia 2008 (Tese de Livre-Docência).


Produção técnica
Assessoria e consultoria
1.
Barroso da Silva, Fernando Luís. ?Comissão Técnica-Científica? da 58º Congresso Brasileiro de Química. 2018.

2.
Barroso da Silva, Fernando Luís. Comite de programa do BRAZILIAN SYMPOSIUM ON BIOINFORMATICS 2018. 2018.

3.
Barroso da Silva, Fernando Luís. Avaliador de trabalhos da 47a. R.A. da SBBq 2018. 2018.

4.
Barroso da Silva, Fernando Luís. Avaliador de trabalhos da 46ª Reunião Anual da SBBq. 2017.

5.
Barroso da Silva, Fernando Luís. Avaliador de trabalhos da 45ª Reunião Anual da SBBq. 2016.

6.
Barroso da Silva, Fernando Luís. ?Comissão Técnica-Científica? da 56º Congresso Brasileiro de Química. 2016.

7.
Barroso da Silva, Fernando Luís. Avaliação de trabalhos do 18o. SIICUSP. 2010.

Programas de computador sem registro
1.
Barroso da Silva, Fernando Luís; Calixto, Tulio Marcus Ribeiro ; Faccioli, Rodrigo . Molesa - Molecular Structure Analysis. 2010.

2.
Calixto, Tulio Marcus Ribeiro ; Faccioli, Rodrigo ; Da SILVA, F. L. B. . Prometheus - Protein-Protein Complexes by Macroscopic Electrostatic Theories and User-Friendly Simulations. 2009.

3.
Da SILVA, F. L. B.. Eletromol - Conjunto de programas (BIO, TITRAPRO, PROTPOL e PROPRO) e ferramentas. 2007.

4.
Da SILVA, F. L. B.. SRMC - Conjunto de programas para simulações de líquidos moleculares por Monte Carlo Metropolis e Reverso. 1998.

Trabalhos técnicos
1.
Barroso da Silva, Fernando Luís. Parecer de artigo científico - Journal Braz. Chem. Soc.. 2011.

2.
Barroso da Silva, Fernando Luís. Parecer de artigo científico - Biomacromolecules. 2011.

3.
Barroso da Silva, Fernando Luís. Parecerista da XXXIX Reunião Anual da SBBq. 2010.

4.
Barroso da Silva, Fernando Luís. Parecer de 02 artigos científicos - J. Phys. Chem. B. 2010.

5.
Barroso da Silva, Fernando Luís. Parecer de artigo científico - Journal of Chemical Theory and Computation. 2010.

6.
Barroso da Silva, Fernando Luís. Parecer de vários processos da Fapesp. 2010.

7.
Barroso da Silva, Fernando Luís. Parecer de vários processos do CNPq. 2010.

8.
Da SILVA, F. L. B.. Parecer de 03 artigos científicos - Langmuir. 2009.

9.
Da SILVA, F. L. B.. Parecer de artigo científico - Phys. Letts. A. 2009.

10.
Da SILVA, F. L. B.. Parecer de vários processos Fapesp. 2009.

11.
Barroso da Silva, Fernando Luís. Parecer de projeto da Fapespa - Pará. 2009.

12.
Da SILVA, F. L. B.. Parecer de artigo científico - J. Phys. Chem. B. 2009.

13.
Barroso da Silva, Fernando Luís. Avaliação de trabalhos do 17o. SIICUSP. 2009.

14.
Barroso da Silva, Fernando Luís. Parecer de vários projetos do CNPq. 2009.

15.
Da SILVA, F. L. B.. Parecer para a XXXVII Reunião Anual da SBBq - Bioinformática. 2008.

16.
Da SILVA, F. L. B.. Parecer para o VI Encontro Farmacêutico de Rib. Preto. 2008.

17.
Da SILVA, F. L. B.. Parecer de 02 artigos científicos - Journal Braz. Chem. Soc.. 2008.

18.
Da SILVA, F. L. B.. Parecer de 02 artigos científicos - Anais da Academia Brasileira de Ciências. 2008.

19.
Da SILVA, F. L. B.. Parecer de artigo científico - J. Chem. Phys.. 2008.

20.
Da SILVA, F. L. B.. Parecer de artigo científico - J. Phys. Chem. B. 2008.

21.
Da SILVA, F. L. B.. Parecer de 03 artigos científicos - Chem. Phys. Letts.. 2008.

22.
Da SILVA, F. L. B.. Parecer de 04 processos do CNPq (Bolsa de Produtividade, Edital Universal e Jovem Pesquisador). 2008.

23.
Da SILVA, F. L. B.. Parecer de 06 processos da Fapesp (Auxílio individual e bolsas). 2008.

24.
Da SILVA, F. L. B.. Parecer de 03 processos Fapesp (Auxílio individual e Jovem Pesquisador). 2007.

25.
Da SILVA, F. L. B.. Parecer do X-Meeting 2007. 2007.

26.
Da SILVA, F. L. B.. Parecer de artigo científico - Química Nova. 2007.

27.
Da SILVA, F. L. B.. Parecer de 03 artigos científicos - J. Phys. Chem. B.. 2007.

28.
Da SILVA, F. L. B.. Parecer de 02 processos do CNPq (Bolsa de Produtividade e Edital Universal). 2007.

29.
Da SILVA, F. L. B.. Parecer de Artigo Cientifico - Journal of Physical Chemistry B. 2006.

30.
Da SILVA, F. L. B.. Parecer de abstracts do ISMB2006 - Structural Bioinformatics. 2006.

31.
Da SILVA, F. L. B.. Parecer de abstracts da XXXV Reuniao Anual da SBBq - Bioinformatica. 2006.

32.
Da SILVA, F. L. B.. Paracer de Bolsa de Pos-Doutoramento, CNPq. 2006.

33.
Da SILVA, F. L. B.. Parecer artigo cientifico - Quimica Nova. 2006.

34.
Da SILVA, F. L. B.. Parecer de trabalhos do Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB 2005). 2005.

35.
Da SILVA, F. L. B.. Parecer de Artigo Cientifico - Journal of Physical Chemistry. 2005.

36.
Da SILVA, F. L. B.. Parecer de Bolsa de Protutividade em Pesquisa - CNPq. 2005.

37.
Da SILVA, F. L. B.. Paracer de Bolsa de Pos-Doutoramento, CNPq. 2004.

38.
Da SILVA, F. L. B.. Parecer de Bolsa de Produtividade em Pesquisa - CNPq - Demanda 10/2004. 2004.

39.
Da SILVA, F. L. B.. Parecer de abstracts do 2o. Braz. Medicinal Chemistry. 2004.

40.
Da SILVA, F. L. B.. Parecer artigo cientifico - J. Braz. Chem. Soc.. 2004.

41.
Da SILVA, F. L. B.. Parecer de artigo Cientifico - Journal of Physical Chemistry B. 2003.

42.
Da SILVA, F. L. B.. Parecer de Auxilio Individual a Pesquisador - Fapesp. 2003.

43.
Da SILVA, F. L. B.. Parecer de Artigo Científico - J. Braz. Chem. Soc.. 2002.

44.
Da SILVA, F. L. B.. Parecer de Artigo Científico 3 - Journal of Physical Chemistry. 2002.

45.
Da SILVA, F. L. B.. Parecer de Bolsa PIBIC/CNPq. 2001.

46.
Da SILVA, F. L. B.. Parecer de relatorio final do PIBIC/CNPq. 2001.

47.
Da SILVA, F. L. B.. Parecer de artigo cientifico - Journal of Physical Chemistry. 2001.

48.
Da SILVA, F. L. B.. Programa PROSPECTAR/MCT. 2001.

49.
Da SILVA, F. L. B.. Parecer de artigo científico 2 - Journal of Physical Chemistry. 2001.

50.
Da SILVA, F. L. B.. Parecer de um Research Proposal NSA/USA. 2000.

51.
Da SILVA, F. L. B.. Parecer de Bolsa PIBIC/Unesp-CNPQ. 2000.

Entrevistas, mesas redondas, programas e comentários na mídia
1.
Barroso da Silva, Fernando Luís. Electrostatic interactions in and between biomolecules: developing and applying fast constant pH methods in biological systems. 2016.

2.
Da SILVA, F. L. B.. Físico: cientista maluco ou apenas um curioso a serviço da sociedade?. 2015. (Programa de rádio ou TV/Comentário).

3.
Barroso da Silva, Fernando Luís. [Sempre Unesp] Universidade ofertou base qualificada e motivação para carreira profissional, diz professor da USP. 2014. (Programa de rádio ou TV/Entrevista).

4.
Barroso da Silva, Fernando Luís. Interações eletrostáticas em proteínas. 2009. (Programa de rádio ou TV/Comentário).

Redes sociais, websites e blogs
1.
da Silva, Fernando Luis Barroso. Físico: cientista maluco ou apenas um curioso a serviço da sociedade?. 2012; Tema: Divulgação da profissão de físico e sua multidisciplinaridade. (Fórum).

2.
Barroso da Silva, Fernando Luís. Blog dos alunos estagiários do grupo de Bioinformática da Casa da Ciência. 2011; Tema: Divulgação das atividades e aprendizados dos estudantes do ensino fundamental e médio. (Blog).

3.
Barroso da Silva, Fernando Luís. Facebook. 2009; Tema: Divulgação científica, diário pessoal, reflexões cotidiano. (Rede social).

4.
Barroso da Silva, Fernando Luís. Páginas pessoais e do Laboratório de Biofísico-química Computacional. 2001; Tema: Bioinformática Estrutural; Físico-química; Física Biológica; Serviços web. (Site).


Demais tipos de produção técnica
1.
Barroso da Silva, Fernando Luís. Biofisico-quimica Computacional: De aspectos fisicos e metodologicos ao estudo de complexos moleculares de interesse biotecnologico. 2014. (Curso de curta duração ministrado/Outra).

2.
SOUZA, A. R. ; Da SILVA, F. L. B. . Simulação computacional de biomoléculas. 2012. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

3.
Da SILVA, F. L. B.. Modelagem molecular das propriedades eletrostáticas de proteínas e complexos moleculares ? De conceitos básicos a aplicações práticas. 2008. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

4.
Da SILVA, F. L. B.. Propriedades Eletrostáticas de proteínas (Cód. USP: 060.04.00011). 2007. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

5.
Da SILVA, F. L. B.. Modelagem Molecular em Química e Bioquímica. 2007. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

6.
Da SILVA, F. L. B.. Modelagem Molecular das propriedades eletrostáticas de proteínas e complexos moleculares ? De conceitos básicos a aplicações práticas. 2006. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

7.
Da SILVA, F. L. B.; Carvalho, I. ; Montanari, C. A. ; CALIRI, Antonio ; SILVA, Marco Antonio Alves da ; Loss, M. ; NONATO, Maria Cristina . Introdução à Modelagem Molecular. 2003. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).


Produção artística/cultural
Outras produções artísticas/culturais
1.
barroso da silva, fernando luis. Projeto Toque de Ciência - UNESP/Bauru. 2009.

Demais trabalhos
1.
Teixeira, A. A. R. ; LUND, Mikael ; Da SILVA, F. L. B. . A new Monte Carlo titration scheme using implicit salt. 2009 (Manuscrito) .

2.
VECHI, Sergio Modesto ; Da SILVA, F. L. B. . Revisiting mutational effects on Calbindin D9k. A Molecular Dynamics simulation study. 2009 (Manuscrito) .



Bancas



Participação em bancas de trabalhos de conclusão
Mestrado
1.
Barroso da Silva, Fernando Luís; De Freitas, O.; QUAGLIO, L. M.. Participação em banca de Lariani Aparecida Delboni. Estudo por simulação computacional em larga escala da complexação de proteínas do leite. 2017. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

2.
CALIRI, Antonio; Barroso da Silva, Fernando Luís; Araujo, A. S.. Participação em banca de Pablo Andrei Silva. Simulação computacional distribuída: aplicação a problemas de folding de heteropolímeros. 2017. Dissertação (Mestrado em Ciências Farmacêuticas) - Universidade de São Paulo.

3.
PASCUTTI, Pedro Geraldo; da Silva, Fernando Luís Barroso; Caruso, Ícaro Putinhon. Participação em banca de Lilian Hernández Alvarez. Identification and Characterization of Cruzain Allosteric Inhibitors: A Computer-Aided Approach. 2017. Dissertação (Mestrado em Biofísica Molecular) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

4.
RUGGIERO NETO, Joao; Da SILVA, F. L. B.; Araujo, A. S.. Participação em banca de TAISA GIORDANO VIEGAS. Interação de peptídeo antimicrobiano L1A com membranas modelo. 2014. Dissertação (Mestrado em Biofísica Molecular) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

5.
Caracelli, Ignez; Barroso da Silva, Fernando Luís; LOPES, Lúcia Maria Xavier. Participação em banca de Denis da Silva Correa. Docking de compostos da família da ariloxazinas em enzimas relacionadas com a malária. 2010. Dissertação (Mestrado em Biotecnologia) - Universidade Federal de São Carlos.

6.
Barroso da Silva, Fernando Luís; Delbem, A. C. B.; Vêncio, Ricardo Z.N.. Participação em banca de Tulio Marcos Ribeiro Calixto. Análises de propriedades eletrostáticas e estruturais de complexos de proteínas para o desenvolvimento de preditores de complexação em larga escala. 2010. Dissertação (Mestrado em Ciências Farmacêuticas) - Universidade de São Paulo.

7.
Da SILVA, F. L. B.; Tinós, R.; Delbem, A. C. B.. Participação em banca de Vinicius Tragante do Ó. Técnicas de controle da diversidade de populações em algoritmos genéticos para determinação de estruturas de proteínas. 2009. Dissertação (Mestrado em Física Aplicada à Medicina e Biologia) - Universidade de São Paulo.

8.
Da SILVA, F. L. B.; SILVA, Roosevelt Alves da; da Silveira, Nelson José de Freitas. Participação em banca de Heberton Campos Neves Vieria de Souza. Efeitos de forças mecânicas na manutenção e adaptação óssea demonstradas através de simulação computacional. 2009. Dissertação (Mestrado em Engenharia Biomédica) - Universidade do Vale do Paraíba.

9.
SOUZA, A. R.; Da SILVA, F. L. B.; Sambrano, J. R.. Participação em banca de Paula Martins da Silva. Estudo do enovelamento de proteínas na rede quadrada. 2009. Dissertação (Mestrado em Ciência e Tecnologia de Materiais) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

10.
Barroso da Silva, Fernando Luís; CALIRI, Antonio; Tinós, R.. Participação em banca de Túlio Marcus Ribeiro Calixto. Análise computacional de banco de dados de proteínas e preditores de complexos protéicos. 2009. Dissertação (Mestrado em Ciências Farmacêuticas) - Universidade de São Paulo.

11.
Da SILVA, F. L. B.; RUGGIERO NETO, João; ITO, Amando Siuiti. Participação em banca de José Ésio Bessa Ramos Júnior. José Ésio Bessa Ramos Júnior. 2004. Dissertação (Mestrado em Biofísica Molecular) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

12.
Da SILVA, F. L. B.; SKAF, Munir Salomão; PESSINE, Francisco Benedito Teixeira. Participação em banca de Ney Henrique Moreira. Estudos Computacionais de interfaces líquidas. 2003. Dissertação (Mestrado em Química) - Universidade Estadual de Campinas.

13.
Da SILVA, F. L. B.; RUGGIERO, José Roberto; FREITAS, Luis Carlos Gomide. Participação em banca de Ricardo Alexandre dos Santos Silva. O efeito da solvatação na conformação de cadeias ácidas poligalacturônicas (PGA). 2003. Dissertação (Mestrado em Biofísica Molecular) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

14.
SOUZA, A. R.; Da SILVA, F. L. B.; LAVARDA, F. C.. Participação em banca de Charles Roderic Volpe Barufi. Modelagem Mecânico-quântica de tautômeros da 5-fluorcitosina e 5-fluoruracila. 2002. Dissertação (Mestrado em Biofísica Molecular) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

15.
Da SILVA, F. L. B.; DEGREVE, L.; WARD, R. J.. Participação em banca de Davi Serradella Vieira. Simulação molecular de encefalinas e gramicidinas: relação estrutura/estrutura de solvatação e atividade. 2002. Dissertação (Mestrado em Química) - Universidade de São Paulo.

Teses de doutorado
1.
OLIVEIRA, P. S. L.; AMBROSIO, A. L. B.; CARVALHO, A. P. L.; Barroso da Silva, Fernando Luís. Participação em banca de José Geraldo de Carvalho Pereira. Redes Neuraus Residuais Profundas e Automatos Celulares Com o Modelo S Para Predição Q U E F O R N E C E M I N F O R M A Ç Ã O S O B R E A F O R M A Ç Ã O D E E S T R U T U R A S S E C U N D Á R I A S P R O T E I C A S. 2018. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

2.
LAAKSONEN, A.; Da SILVA, F. L. B.. Participação em banca de Delin Sun. Molecular Simulations Explore Disruptive Actions of Membrane-Active Peptides in Lipid Membranes. 2016 - University of New South Wales.

3.
Tamashiro, M. N.; Riul Jr, A.; Da SILVA, F. L. B.; Brito, A. N.; Westfahl Jr., H.. Participação em banca de Filipe Leoncio Braga. Sistemas aquosos bifásicos de polietilenoglicol e sais inorgânicos: modelo estatístico. 2015. Tese (Doutorado em Doutorado em Física) - Universidade Estadual de Campinas.

4.
Barroso da Silva, Fernando Luís; Caracelli, Ignez; LOPES, L. M. X.; GAMBARDELLA, M. T. P.; SILVA, S. I. R. M.. Participação em banca de Denis Da Silva Corrêa. Modelagem por homologia da tubulina do Plasmodium falciparum e o estudo de lignanas ariltetralônicas antimaláricas por docking molecular. 2015. Tese (Doutorado em Biotecnologia) - Universidade Federal de São Carlos.

5.
SCOTT, L. P. B.; Barroso da Silva, Fernando Luís; CORDEIRO, R. M.; RUGGIERO, José Roberto; MELLO, P. H.. Participação em banca de Eric Allison Philot. Caracterização das interações moleculares entre Tioredoxinas/Tioredoxinas Redutase e inibidores/moduladores alostéricos e caracterização das interações moleculares presentes no sistema Trx. 2014. Tese (Doutorado em Biossistemas) - Universidade Federal do ABC.

6.
SOUZA, A. R.; Da Silva, Albérico Borges Ferreira; MORGON, N. H.; Da SILVA, F. L. B.; ALFONSO, A. B.. Participação em banca de ANDRÉ LUIZ FASSONE CANOVA. Estudo mecãnico quantico relativístico das propriedades eletrõnicas e estruturais dos compostos Aun(n=1-5), AuOn- e AuSn-(n=1-2) e AuH. 2014. Tese (Doutorado em Ciência e Tecnologia de Materiais) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

7.
Barroso da Silva, Fernando Luís; CHAHINE, Jorge; RUGGIERO, José Roberto; Alves, N.; OLIVEIRA, M. J. Participação em banca de Rafael Bertolini Frigori. Simulações microcanônicas no estudo do enovelamento de proteína. 2010. Tese (Doutorado em Física Aplicada à Medicina e Biologia) - Universidade de São Paulo.

8.
Da SILVA, F. L. B.; de Vries, Renko; RUGGIERO NETO, João; CALIRI, Antonio; CHAHINE, Jorge. Participação em banca de José Ésio Bessa Ramos Júnior. Condensação-psi do DNA: Um estudo teórico e experimental. 2009. Tese (Doutorado em Biofísica Molecular) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

9.
Da SILVA, F. L. B.; De Freitas, O.; Baracat, M. M.; Bentley, M. V. L. B.; Evangelista, R. C.. Participação em banca de Camila Fracalossi Rediguieri. Misturas aquosas de pectina/caseína: estudo físicoquímico e potencial de uso no tratamento da doença periodontal. 2008. Tese (Doutorado em Ciências Farmacêuticas) - Universidade de São Paulo.

10.
Da SILVA, F. L. B.; Tiera, M. J.; Dardenne, L. E.; SILVA, Marco Antonio Alves da; RUGGIERO, José Roberto. Participação em banca de Sidney Jurado de Carvalho. Estudo dos aspectos eletrostáticos da interação entre polieletrólitos e Macroíons. 2008. Tese (Doutorado em Biofísica Molecular) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

11.
Da SILVA, F. L. B.; LEITE, Vitor Barbanti Pereira; FREITAS, Luis Carlos Gomide; DRIGO FILHO, Elso; ANDRADE, Paulo Cesar de. Participação em banca de Luciana Claudia de Paula Alonso. Dinâmica de modelos minimalistas de solvente em reações de transferencia de elétrons: aplicação à experimentos de uma única molécula. 2006. Tese (Doutorado em Biofísica Molecular) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

12.
Da SILVA, F. L. B.; SKAF, Munir Salomão; PESSOA FILHO, Pedro de Alcântara; BERTRAN, Celso Aparecido; ROSA, Paulo de Tarso Vieira e. Participação em banca de Frank Wilson Fávero. Solvatação de alcalóides em fluídos supercríticos por simulação de dinâmica molecular. 2006. Tese (Doutorado em Química) - Universidade Estadual de Campinas.

13.
Da SILVA, F. L. B.; CHAHINE, Jorge; PASCUTTI, Pedro Geraldo; GARRATT, Richard Charles; LEITE, Vitor Barbanti Pereira. Participação em banca de Luis Paulo Barbour Scott. Investigação da Utilização de Algoritmos Genéricos e Redes Neurais Artificiais na Predição de Estruturas Protéicas. 2003. Tese (Doutorado em Biofísica Molecular) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

14.
GALVÃO, Douglas Soares; PASCUTTI, Pedro Geraldo; Da SILVA, F. L. B.; LAKS, Bernardo; TESCHKE, Omar. Participação em banca de Scheila Furtado Braga Llanes. Investigação da Atividade Biológica de Taxóides eBenzo[c]quinolizin-3-onas através de Descritores Teóricos. 2003. Tese (Doutorado em Física) - Universidade Estadual de Campinas.

15.
RUGGIERO NETO, João; LIMA, Luís Maurício Trambaioli da Rocha e; Da SILVA, F. L. B.; TABAK, Marcel; AGOSTINHO NETO, Augusto. Participação em banca de Fátima Pereira de Souza. Estudos das variações ba rigidez torcional do DNA induzidas por alterações no potencial químico da água e seus efeitos na ligação de actinomicina D. 2002. Tese (Doutorado em Biofísica Molecular) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

Qualificações de Doutorado
1.
Da SILVA, F. L. B.; DIAS, Luis Gustavo; Alves, N.. Participação em banca de Paulo Siani. An overview of molecular dynamics simulations of oxidized lipid systems with a comparison of ELBA and MATINI force fields for coarse-grained lipid simulations. 2016. Exame de qualificação (Doutorando em Quimica - Universidade de São Paulo/FFCLRP) - Universidade de São Paulo.

2.
Dardenne, L. E.; Barroso da Silva, Fernando Luís; BARBOSA, Hélio José Correa. Participação em banca de Priscila Vanessa Z. C. Goliatt. Predição ab initio de Estruturas de Proteínas via Algoritmos Genéticos usando Modelos Simplificados de Cadeias Laterais. 2010. Exame de qualificação (Doutorando em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica.

3.
Da SILVA, F. L. B.; LIANG, Z.; Da Silva, I. N.. Participação em banca de Christiane Regina Soares Brasil. Algoritmos evolutivos multi-objetivo e modelos água/solvente para predição de estrutura de proteínas. 2008. Exame de qualificação (Doutorando em Ciências de Computação e Matemática Computacional) - Universidade de São Paulo.

4.
Da SILVA, F. L. B.; CHAHINE, Jorge; RUGGIERO NETO, João. Participação em banca de Sidney Jurado de Carvalho. Artigo: Polyelectrolyte Adsorption on Charged Particles in the Debye-Huckel Approximation. A Monte Carlo Approach. 2007. Exame de qualificação (Doutorando em Biofísica Molecular) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

5.
Da SILVA, F. L. B.; NEVES, Ubiraci Pereira da Costa; BORISSEVITCH, Iouri. Participação em banca de Ines Regina Silva. Vínculos estéricos como co-adjuvante do folding de proteínas. 2004. Exame de qualificação (Doutorando em Física Aplicada à Medicina e Biologia) - Universidade de São Paulo.

6.
Da SILVA, F. L. B.; DEGREVE, L.; WARD, R. J.. Participação em banca de Marcos Roberto Lourenzoni. Estudo via simulação molecular, da interação de dois peptídeos da região 115-129 da miotoxina II do veneno da serpente Bothrops asper com membranas celulares. 2003. Exame de qualificação (Doutorando em Química) - Universidade de São Paulo.

Qualificações de Mestrado
1.
SILVA, FERNANDO L. B. DA; DIAS, Luis Gustavo; RAMOS, A. P.. Participação em banca de Rafael Maglia de Souza. Simulações de monocamadas fosfolipídicas de DOPC, DOPC-OOH e CLP na presença de azul de metileno. 2015. Exame de qualificação (Mestrando em Quimica - Universidade de São Paulo/FFCLRP) - Universidade de São Paulo.

Trabalhos de conclusão de curso de graduação
1.
MARTINEZ, Alexandre Souto; Barroso da Silva, Fernando Luís; Tinós, R.. Participação em banca de Luis Henrique U. Ishivatari.Comparação de diferentes contribuições em campos de força minimalistas para o problema de determinação de estruturas de proteínas através de algoritmos genéticos. 2009. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Informática Biomédica) - Universidade de São Paulo.

2.
Da SILVA, F. L. B.; Tinós, R.; GIULIATTI, S.. Participação em banca de Lariza Laura de Oliveira.Sistema de Apoio ao Estudo de Proteínas através de Técnicas de Inteligência Artificial. 2008. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Informática Biomédica) - Universidade de São Paulo.

Outros tipos
1.
Da SILVA, F. L. B.; RUGGIERO, José Roberto; AGOSTINHO NETO, Augusto. Participação em banca de Sidney Jurado de Carvalho. Estudo Metodológico dos Aspectos Eletrostáticos da Interação Ligante-Biomolécula. 2003. Outra participação, Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.



Participação em bancas de comissões julgadoras
Concurso público
1.
Ruiz, Jeronimo; Barroso da Silva, Fernando Luís; de Sant?Anna, Carlos Mauricio Rabello. Concurso Público para o carga de "Pesquisador em Saúde Pública", área de Biocomputação, perfil de Modelagem Molecular. 2011. Fundação Oswaldo Cruz.

2.
Barroso da Silva, Fernando Luís; Moreira, Fernando Manuel Araújo. Concurso Reuni, Edital 068/2010 - Área: Física, Sub-área: Biofísica/Biotecnologia. 2010. Universidade Federal de São Carlos.

3.
Da SILVA, F. L. B.; MARTINEZ, Alexandre Souto; CALIRI, Antonio. Selecao de docente para o Departamento de Fisica e Matematica da FFCLRP, USP/RP [Of. DFM/54304/FFCLRP/20.12.2004 e Edital FFCLRP/64/2004]. 2005. Universidade de São Paulo.

4.
Da SILVA, F. L. B.; CALIRI, Antonio; ZUCCHI, O. L. A. D.. Contratação de técnico de Laboratório para o Departamento de Física e Química, da FCFRP, USP/RP [Portaria da Direção 55/2001 e Edital FCFRP/SP/032/2001]. 2001. Universidade de São Paulo.

Livre docência
1.
Da SILVA, F. L. B.; SKAF, Munir Salomão; LISBOA FILHO, P. N.; BORGES, A. B.; RINO, J. P.. Física quântica de materiais. 2016. Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

2.
Da SILVA, F. L. B.; Vicentini, C. A.; Santos, Carlos de Oliveira Paiva; Da Silva, Albérico Borges Ferreira; Moraes, G.. Bioinformática Estrutural. 2010. Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

Outras participações
1.
Da SILVA, F. L. B.; SILVA, Marco Antonio Alves da; BRAGA, Eliane Candiani Arantes; SEGATTO, Maria Aparecida Consuli. Selecao de Tecnico Procontes - FCFRP. 2005. Universidade de São Paulo.

2.
GRAEFF, Carlos Frederico de Oliveira; Da SILVA, F. L. B.; ZANIQUELLI, Maria Elisabete Darbello. Selecao de docente para o Departamento de Fisica e Matematica da FFCLRP, USP/RP [Of. DFM/31304/FFCLRP/26.07.2004 e Edital FFCLRP/49/2004]. 2004. Universidade de São Paulo.

3.
CADORE, S.; AIROLDI, C.; LOH, W.; Da SILVA, F. L. B.; RIBEIRO, A. V. F. N.. Avaliação de candidatos a doutorado no exterior do PDEE/Capes (Instituto de Química, UNICAMP). 2002. Universidade Estadual de Campinas.



Eventos



Participação em eventos, congressos, exposições e feiras
1.
47a Reunião Anual da SBBq [autor/participante]. A FAST CONSTANT-PH MOLECULAR DYNAMICS SIMULATION FOR THE COARSE-GRAINED HIRE-RNA MODEL. 2018. (Congresso).

2.
4o. Congresso de graduação da Universidade de São Paulo [participante. 2018. (Encontro).

3.
Molecular simulation serie, NCSU.Developing and applying fast constant pH methods in Biological systems: from biomaterials to virus. 2018. (Seminário).

4.
Regulatory & Non-Coding RNA?s Meeting [autor/participante]. Developing and applying fast constant-pH simulation methods for RNA systems?From pKa benchmarks to protein-RNA interactions. 2018. (Congresso).

5.
RIO ISSB 2018 - Rio International School of Structural Biology [autor convidado].Simulations at constant pH: theory meets experiments. 2018. (Outra).

6.
Workshop of South American PIs in Molecular Simulations [autor convidado].Developing and applying fast constant pH methods in biological systems. 2018. (Encontro).

7.
Workshop Precisamos de mais bioinformática, FCFRP.?Bioinformática estrutural: de físico-química a biomateriais e vírus?. 2018. (Encontro).

8.
3o. Congresso de graduação da Universidade de São Paulo [autor/participante]. Aspectos práticos do uso do Método da ABP na disciplina de Físico-Química de polímeros e sistemas dispersos do Curso de Farmácia-Bioquímica. 2017. (Congresso).

9.
46a Reunião Anual da SBBq [autor/participante]. Fast Coarse-grained Model for RNA Titration. 2017. (Congresso).

10.
Festival des idées Paris à São Paulo - L?AMOUR DU RISQUE ET LA RECHERCHE ? [autor convidado/participante].La biologie-informatique à l?épreuve du risque ?. 2017. (Outra).

11.
Palestra convidada "Electrostatic interactions in and between biomolecules: Developing and applying fast constant pH Methods in Biological systems"."Electrostatic interactions in and between biomolecules: Developing and applying fast constant pH Methods in Biological systems". 2017. (Seminário).

12.
Palestra convidada no Curso de Verão em Bioinformática.Bioinformática Estrutural: Aspectos físico-químicos, computacionais e seus desafios. 2017. (Outra).

13.
III CCES WORKSHOP & SAIMS OF THE CENTER FOR COMPUTATIONAL ENGINEERING & SCIENCES [autor convidado].ELECTROSTATIC INTERACTIONS IN AND BETWEEN BIOMOLECULES: DEVELOPING AND APPLYING FAST CONSTANT PH METHODS IN BIOLOGICAL SYSTEMS. 2016. (Oficina).

14.
III Workshop "On the application of Statistical Mechanics in Nanobiotechnology" [organizador/ouvinte]. 2016. (Oficina).

15.
2nd. Workshop of Biophysics in Chile [autor convidado/ouvinte].Protein complexation driven by electrostatic interactions. 2015. (Simpósio).

16.
Curso de Verão em Bioinformática [autor convidado/ouvinte].Bioinformática Estrutural: Aspectos físico-químicos, computacionais e seus desafios. 2015. (Outra).

17.
Escola de Modelagem Molecular - UFABC [autor convidado/ouvinte].Protein complexation: Electrostatic interactions and applications. 2015. (Outra).

18.
Inaugural Symposium USP & USPC 2015. 2015. (Encontro).

19.
I Simpósio Cências Biomédicas da FMRP/USP [autor convidado].Modelagem molecular de complexos protéicos: Buscando o entendimento fundamental de processos biotecnológicos, de doenças e novos materiais funcionalizados. 2015. (Seminário).

20.
Palestra convidada na Casa da Ciencia/CEPID Hemocentro.Além do Facebook e do twitter: Bioinformática e Modelagem molecular. 2015. (Seminário).

21.
UGPN meeting [autor convidado/ouvinte].Molecular interactions and nanobiological applications for novel drug and functionalized material developments. 2015. (Encontro).

22.
Workshop of South American PIs in Molecular Simulations [autor convidado].The Laboratory of Computational Biophysical Chemistry: Molecular interactions and nanobiological applications for functionalized (bio)material developments. 2015. (Simpósio).

23.
43rd Annual Meeting of SBBq [autor convidado/ouvinte]. Molecular modeling of protein complexes driven by electrostatics interactions with interest for industries, medicine and biosciences. 2014. (Congresso).

24.
CECAM workshop on Molecular and coarse-grained modelling of interactions at bio-nano interface.Peculiarities of electrostatic interactions between proteins. Coarse-grained model and applications. 2014. (Oficina).

25.
CECAM workshop on Protein assemblies at the interface of functionalised materials [autor/ouvinte].Molecular modeling of protein complexes driven by electrostatics interactions with interest for industries, medicine and biosciences. 2014. (Oficina).

26.
ESS and MAX IV ? new opportunities in formulation research [ouvinte]. 2014. (Simpósio).

27.
III Simpósio Interdisciplinar Física + Bioinformática 2014 [autor convidado/ouvinte].Complexacão de proteínas: simplificando os detalhes para uma abordagem em large escala. 2014. (Simpósio).

28.
Palestra convidada no Assembly - Kattedralskola [palestrante].Beyond Facebook and Twitter: the computer helping understand the world of molecules for applications in the pharmaceutical industry. 2014. (Seminário).

29.
Palestra convidada no Chemical Center, Universidade de Lund.Electrostatic correlations in proteins: a large-scale analysis on the Protein Data Bank. 2014. (Seminário).

30.
Palestra convidada no IFPAN (Institute of Physics Polish Academy of Science).Molecular modeling of protein complexes driven by electrostatics interactions with interest for industries and Biosciences. 2014. (Seminário).

31.
Second Workshop on molecular interactions and nanobiological applications.Molecular modeling of protein complexes driven by electrostatics interactions with interest for industries and Biosciences. 2014. (Simpósio).

32.
VII EMMSB 2014.Interações Proteína-Proteína. 2014. (Outra).

33.
42ª. Reunião Anual da SBBq [autor/ouvinte]. On the pH effects on pectin-casein complexes. 2013. (Congresso).

34.
APME 2013 - 10th IUPAC International Conference on Advanced Polymers via Macromolecular Engineering [autor/ouvinte]. Complexation of a polyelectrolyte with milk proteins. Charge regulation, chain stiffness and local charge distribution of the polymer effects investigated by Monte Carlo simulations.. 2013. (Congresso).

35.
eSSENCE ACADEMY 2013 [ouvinte]. 2013. (Simpósio).

36.
Palestra convidada - ?Molecular Theory and Simulation Series? at North Carolina State University.Some peculiarities of the electrostatic interactions and multiscale modeling of protein complexation for biotechnology, food and pharmaceutical science applications. 2013. (Simpósio).

37.
Palestra convidada na Universidade de Linkoping.Getting started on molecular simulations. 2013. (Seminário).

38.
Palestra convidada na Universidade de Linkoping.Multiscale Modeling of protein solutions. 2013. (Seminário).

39.
Palestra convidada no KTH Royal Institute of Technology.Multiscale Modeling of protein solutions. 2013. (Seminário).

40.
Palestra convidada no KTH Royal Institute of Technology.Getting started on molecular simulations. 2013. (Seminário).

41.
Palestra convidada no Programa de Pós-graduação em Biotecnologia da UFScar [cr.Protein complexation in Biotechnology driven by electrostatic interactions. 2013. (Seminário).

42.
Palestra convidada - The School of Chemical Engineering & Analytical Science, The University of Manchester.Protein complexation in nanobiotechnology driven by electrostatic interactions. 2013. (Seminário).

43.
Workshop de Ensino da FCFRP [palestrante convidado].Um experimento na aplicação do método da ABP/PBL na disciplina de Físico-Química de Polímeros do curso de Farmácia-Bioquímica. 2013. (Oficina).

44.
Workshop on molecular interactions and nanobiological applications [autor/ouvinte/organizador].Protein complexation in Biotechnology driven by electrostatic interactions. 2013. (Simpósio).

45.
Workshop on Physical Virology [autor/ouvinte].On the complexation of protein-peptides and protein-nanoparticles. 2012. (Oficina).

46.
XLI Annual Meeting of the Brazilian Biochemistry and Molecular Biology Society (SBBq) [autor/ouvinte]. On the complexation of protein-peptides and protein-nanoparticle. 2012. (Congresso).

47.
Mini-symposium Molecular Simulation [organizador/ouvinte]. 2011. (Simpósio).

48.
X Brazilian MRS Meeting, SBPMat, Symposium Molecular Modeling Materials Science [autor convidado].Multiscale modeling and physical chemistry aspects of the milk proteins and polyelectrolytes complexation for biotechnology, food and pharmaceutical science applications. 2011. (Simpósio).

49.
XL Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquíımica e Biologia Molecularar [organizador]. Electrostatic Correlations in Proteins. 2011. (Congresso).

50.
V Escola de Modelagem Molecular em Sistemas Biológicos [autor convidado/palestrante].8. ?Peculiaridades das interações eletrostáticas em e entre Proteínas. De interações fundamentais à Bioinformática Estrutural?. 2010. (Encontro).

51.
I Escola e Conferência em Modelagem Computacional [autor convidado/palestra].Ferramentas de biocomputação para estudo de complexos moleculares. 2009. (Simpósio).

52.
II Simpósio de Biotecnologia da UFSCar [autor convidado].Mecanismos moleculares responsáveis pela formação de complexos de interesse farmacêutico e biotecnológico. 2009. (Simpósio).

53.
Never on Sunday, or...? An international Linne Grant meeting [autor convidado/palestra].On the complexation of whey proteins. 2009. (Simpósio).

54.
XXXVIII Annual Meeting of SBBq [autor convidado/palestra]. Fundamental Mechanisms on the Complexation of Milk Proteins. 2009. (Congresso).

55.
IV Escola de Modelagem Molecular ? IVEMMSB [poster].Physico-chemical properties of the complex Calcium-Calbindin D9K: The mutation E60Q puzzle. 2008. (Outra).

56.
IV Escola de Modelagem Molecular de Sistemas Biologicos [autor convidado/palestra].IV Escola de Modelagem Molecular de Sistemas Biologicos [autor convidado]. 2008. (Outra).

57.
IUTAM Symposium On Swelling And Shrinking of Porous Materials: From Colloid Science to Poromechanics [autor convidado/palestra]. Peculiarities in molecular mechanisms related to the formation of complexes of interest in industries and Biosciences. 2007. (Congresso).

58.
VI International Congress of Pharmaceutical Sciences ? VI CIFARP. Statistical mechanical studies of electrostatics and protein flexibility aspects involved in molecular complexation. the thrombin-hirudin system. 2007. (Congresso).

59.
XXVI Encontro Nacional dos Estudantes de Química [autor convidado/palestra].XXVI Encontro Nacional dos Estudantes de Química [AUTOR/OUVINTE]. 2007. (Encontro).

60.
XXVI ENEQUI [autor convidado].Palestra convidada: Desvendando os mecanismos responsáveis pela formação de complexos moleculares de interesse nas indústrias química, farmacêutica e de alimentos [Autor convidado]. 2007. (Outra).

61.
XXXII Reuniao da Sociedade Brasileira de Biofisica - FESBE [autor convidado/palestra]. Using Molecular Modelling to Explore Fundamental Interactions in Structural Biophysics. 2007. (Congresso).

62.
14th International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB). Mutational effects on calbindin D9K investigated by molecular dynamical simulations. 2006. (Congresso).

63.
III Escola de Modelagem Molecular de Sistemas Biologicos [autor convidado/palestra].III Escola de Modelagem Molecular de Sistemas Biologicos [autor convidado]. 2006. (Outra).

64.
SNIC Meeting 2006. Statistical Mechanical studies of protein-polymer complexes. 2006. (Congresso).

65.
Workshop on Organizing Molecular Matter. 2006. (Simpósio).

66.
XXXVII Latin-American School of Physics - ELAF 2006.Sensitive Electrostatic Forces in Biological Systems. 2006. (Outra).

67.
Ciclo de Seminarios em Biologia Molecular.Palestra Convidada: Biologia Estrutural: Do PDB a formação de complexos moleculares. Aspectos eletrostáticos. [Autor convidado]. 2005. (Seminário).

68.
Ciclo de seminarios - Palestra convidada: On the interaction of protein and polyelectrolytes - Chemical Center - Lund University- Lund/Suécia [Autor convidado].Palestra Convidada: On the interaction of protein and polyelectrolytes - Chemical Center - Lund University- Lund/Suécia [Autor convidado]. 2005. (Seminário).

69.
Ciclo de Seminarios - Palestra convidada: PROTEIN-POLYELECTROLYTE COMPLEXATION: EFFECTS OF PROTEIN TITRATION - Quantum Protein Center - DTU - Copenhague/Dinamarca [Autor convidado].Palestra Convidada: PROTEIN-POLYELECTROLYTE COMPLEXATION: EFFECTS OF PROTEIN TITRATION - Quantum Protein Center - DTU - Copenhague/Dinamarca [Autor convidado]. 2005. (Seminário).

70.
COMMERCIALISING BIONANOTECHNOLOGY SEMINAR. 2005. (Seminário).

71.
IV Semana da Fisica Medica.Palestra Convidada: Da Lei de Coulomb a Biologia Estrutural. Como a Fisica pode ajudar no entendimento de mecanismos moleculares? [IV Semana da Fisica Medica, FFCLRP/USP, Ribeirao Preto, 25/10/2005]. 2005. (Seminário).

72.
Macroion Complexation: fundamentals and applications.Macroion-polyelectrolyte complexes: An initial study of methodological issues. 2005. (Simpósio).

73.
Reunião para estabelecimento de colaboração acadêmica.Visita técnica: Department of Physics and Measurement Technology, Linkoping University, Linkoping, Suécia. 2005. (Outra).

74.
Seminario para o Programa de Pos-Graduacao em Biofisica Molecular.Palestra Convidada: Formação de complexos proteína-polieletrólito. Como explicá-los quando não há complementariedade de cargas?. 2005. (Seminário).

75.
Seminarios em Fisica - Ano Internacional da Fisica.Palestra Convidada: Da Lei de Coulomb a Biologia Estrutural. Como a Fisica pode ajudar no entendimento de mecanismos moleculares? [Seminarios em Fisica, Ano Mundial da Fisica, FEB, Barretos, 29/10/2005]. 2005. (Seminário).

76.
XXXVI Reuniao Anual da SBBq. Electrostatic World of Biological Molecules ? Important Interactions and some Applications in Structural Biophysics. 2005. (Congresso).

77.
15th SURFACTANTS IN SOLUTION (SIS 2004) [Autor/Ouvinte]. Electrostatic Interactions in Biocoloidal Systems:Some Theoretical Studies (palestra) e (Bio)coloidal Electrostatics: Possible Drawbacks of the Poisson-Boltzmann Approch (poster). 2004. (Congresso).

78.
Disciplinas de Seminarios em Fisica Medica e Biologica I e II - FAMB/FFCLRP/USPRP.Palestra Convidada: Eletrostática de proteínas:Ligantes simples, complexos moleculares e função biológica. Aspectos metodológicos e algumas aplicações - FAMB/FFCLRP/USPRP [Autor convidado]. 2004. (Seminário).

79.
II Escola de Modelagem Molecular em Sistemas Biológicos - LNCC/Petropolis [Autor convidado].O mundo eletrostatico nas proteiınas. 2004. (Encontro).

80.
Palestra Convidada - ITQB/UNL - Portugal.Palestra Convidada: Protein Electrostatics: Methodology and Applications to Structural Biology - Instituto de Tecnologia Química e Biológica - ITQB, da Universidade Nova de Lisboa (UNL) - Portugal [Autor convidado]. 2004. (Seminário).

81.
Palestra convidada - Quantum Protein Center - DTU - Copenhague/Dinamarca.Palestra Convidada: Protein electrostatics: methodological issues and some applications on Structural Genomics - Quantum Protein Center - DTU - Copenhague/Dinamarca [Autor convidado]. 2004. (Seminário).

82.
4th Congress of Pharmaceutical Sciences. 4th Congress of Pharmaceutical Sciences - Ribeirao Preto/SP [Autor/ouvinte]. 2003. (Congresso).

83.
Palestra convidada - Programa de Pós-Graduação em Química - DQ/FFCLRP/USPRP.Palestra Convidada: O mundo eletrostático das moléculas biológicas e suas aplicações em Biologia Estrutural - Programa de Pós-Graduação em Química - DQ/FFCLRP/USPRP. 2003. (Seminário).

84.
XXXII Reunião anual da SBBq [Autor/Ouvinte]. Statistical Analysis of Mutational Effects on Calbindin D9K by Computer Simulations. 2003. (Congresso).

85.
1o. Workshop de Modelagem Molecular de Ribeirão Preto.Workshop de Modelagem Molecular de Ribeirão Preto [Autor/Ouvinte]. 2002. (Encontro).

86.
IV Semana da Física - Unesp/Bauru [Autor convidado].Palestra Convidada: O mundo eletrostático das moléculas biológicas e suas implicações no Genoma Estrutural - Semana da Física - Unesp/Bauru [Autor convidado]. 2002. (Seminário).

87.
Palestra Convidada: Aplicações da equação de Poisson-Boltzmann para cálculos de energia livre - Programa de Pos-graduação em Biofísica Molecular - Departamento de Física, IBILCE, Unesp/SJRP [Autor ouvinte].Palestra Convidada: Aplicações da equação de Poisson-Boltzmann para cálculos de energia livre - Programa de Pos-graduação em Biofísica Molecular - Departamento de Física, IBILCE, Unesp/SJRP [Autor ouvinte]. 2002. (Seminário).

88.
Palestra Convidada: Equação de Poisson-Boltzmann em Biologia Estrutural - Programa de Pos-graduação em Biofísica Molecular - Departamento de Física, IBILCE, Unesp/SJRP [Autor convidado].Palestra Convidada: Equação de Poisson-Boltzmann em Biologia Estrutural - Programa de Pos-graduação em Biofísica Molecular - Departamento de Física, IBILCE, Unesp/SJRP [Autor convidado]. 2002. (Seminário).

89.
Palestra Convidada: Interações eletrostáticas em biomoléculas. I e II - Programa de Pos-graduação em Biofísica Molecular - Departamento de Física, IBILCE, Unesp/SJRP [Autor convidado].Palestra Convidada: Interações eletrostáticas em biomoléculas. I e II - Programa de Pos-graduação em Biofísica Molecular - Departamento de Física, IBILCE, Unesp/SJRP [Autor convidado]. 2002. (Seminário).

90.
Palestra Convidada: Interações eletrostáticas em biomoléculas. III - Programa de Pos-graduação em Biofísica Molecular - Departamento de Física, IBILCE, Unesp/SJRP [Autor convidado].Palestra Convidada: Interações eletrostáticas em biomoléculas. III - Programa de Pos-graduação em Biofísica Molecular - Departamento de Física, IBILCE, Unesp/SJRP [Autor convidado]. 2002. (Seminário).

91.
Palestra Convidada: Interações eletrostáticas em biomoléculas. II - Programa de Pos-graduação em Biofísica Molecular - Departamento de Física, IBILCE, Unesp/SJRP [Autor convidado].Palestra Convidada: Interações eletrostáticas em biomoléculas. II - Programa de Pos-graduação em Biofísica Molecular - Departamento de Física, IBILCE, Unesp/SJRP [Autor convidado]. 2002. (Seminário).

92.
Palestra Convidada: O Método Monte Carlo - Programa de Pos-graduação em Biofísica Molecular - Departamento de Física, IBILCE, Unesp/SJRP [Autor convidado].Palestra Convidada: O Método Monte Carlo - Programa de Pos-graduação em Biofísica Molecular - Departamento de Física, IBILCE, Unesp/SJRP [Autor convidado]. 2002. (Seminário).

93.
Palestra Convidada: Uso do Programa DELPHY para cálculo de eletrostática de proteínas - Programa de Pos-graduação em Biofísica Molecular - Departamento de Física, IBILCE, Unesp/SJRP [Autor convidado].Palestra Convidada: Uso do Programa DELPHY para cálculo de eletrostática de proteínas - Programa de Pos-graduação em Biofísica Molecular - Departamento de Física, IBILCE, Unesp/SJRP [Autor convidado]. 2002. (Seminário).

94.
Palestra Convidada: Uso do Programa MEAD para cálculo de eletrostática de proteínas - Programa de Pos-graduação em Biofísica Molecular - Departamento de Física, IBILCE, Unesp/SJRP [Autor convidado].Palestra Convidada: Uso do Programa MEAD para cálculo de eletrostática de proteínas - Programa de Pos-graduação em Biofísica Molecular - Departamento de Física, IBILCE, Unesp/SJRP [Autor convidado]. 2002. (Seminário).

95.
Workshop of Molecular Modeling on Biophysics - Methods and Applications (evento satélite do 2002 IUPAB International Biophysics Congress). Workshop of Molecular Modeling on Biophysics - Methods and Applications (evento satélite do 2002 IUPAB International Biophysics Congress) [Autor/Ouvinte]. 2002. (Congresso).

96.
IV Biophysics Congress of the Southern Cone. IV Biophysics Congress of the Southern Cone - SBBf/LNLS/Campinas [Autor Convidado]. 2000. (Congresso).

97.
Palestra Convidada: Estudos por Mecânica Estatística de Soluções Aquosas e Sistemas com Biomoléculas - Departamento de Fisica - IBILCE/Unesp [Autor convidado].Palestra Convidada: Estudos por Mecânica Estatística de Soluções Aquosas e Sistemas com Biomoléculas - Departamento de Fisica - IBILCE/Unesp [Autor convidado]. 2000. (Seminário).

98.
Palestra Convidada: Interações Eletrostáticas em Biomoléculas. Uma abordagem por Mecânica Estatística, Pos-graduação em Física Aplicada à Medicina e Biologia, Departamento de Física e Matemática - FFCLRP/USPRP [Autor convidado].Palestra Convidada: Interações Eletrostáticas em Biomoléculas. Uma abordagem por Mecânica Estatística, Pos-graduação em Física Aplicada à Medicina e Biologia, Departamento de Física e Matemática - FFCLRP/USPRP [Autor convidado]. 2000. (Seminário).

99.
Palestra Convidada: Interações Eletrostáticas em Colóides - Departamento de Bioquímica - IQ/USP [Autor convidado].Palestra Convidada: Interações Eletrostáticas em Colóides - Departamento de Bioquímica - IQ/USP [Autor convidado]. 2000. (Seminário).

100.
Understanding Protein Electrostatics.International Meetingsponsored by the EEC Biotechnology Programme - Estocolmo/Suecia [Autor/Ouvinte]. 2000. (Simpósio).

101.
10th Surface and Colloid Science Symposium.10th Surface and Colloid Science Symposium - Lund [Autor/Ouvinte]. 1999. (Simpósio).

102.
1st Lunarc users meeting. 1999. (Simpósio).

103.
11th Nordic Symposium on Computer Simulations. 11th Nordic Symposium on Computer Simulations - Dinamarca [Autor/Ouvinte]. 1997. (Congresso).

104.
8th Surface and Colloid Science Symposium. 1997. (Congresso).

105.
7th Surface and Colloid Science Symposium. 1996. (Congresso).

106.
Symposium ``Polymers in Solution. 1996. (Simpósio).

107.
Workshop ``Parallel Programming and High Performance Computing. 1996. (Oficina).

108.
XVIII Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada (SBF) [Autor/Ouvinte]. XVIII Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada (SBF) [Autor/Ouvinte]. 1995. (Congresso).

109.
XVII Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada (SBF) [Autor/Ouvinte]. XVII Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada (SBF) [Autor/Ouvinte]. 1994. (Congresso).

110.
VII Simpósio Brasileiro de Química Teórica (SBQT) [Autor/ouvinte]. VII Simpósio Brasileiro de Química Teórica (SBQT) [Autor/ouvinte]. 1993. (Congresso).

111.
XXII Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular (SBBq) [Autor/Ouvinte]. XXII Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular (SBBq) [Autor/Ouvinte]. 1993. (Congresso).

112.
10o. Encontro Regional de Quimica (SBQ) [Autor/Ouvinte]. 10o. Encontro Regional de Quimica (SBQ) [Autor/Ouvinte]. 1992. (Congresso).

113.
15a. Reuniao Anual da Sociedade Brasileira de Quimica (SBQ) [Autor/Ouvinte]. 15a. Reuniao Anual da Sociedade Brasileira de Quimica (SBQ) [Autor/Ouvinte]. 1992. (Congresso).

114.
III Congresso de Iniciação Científica da Unesp. Simulação de reações quíımicas em microcomputador. 1991. (Congresso).

115.
Simpósio de Licenciatura: A Avaliação em Questão [ouvinte]. 1991. (Simpósio).


Organização de eventos, congressos, exposições e feiras
1.
Barroso da Silva, Fernando Luís; ETCHEBEST, C. ; Pasquali, S. ; TALY, A. . Atividades para compreensão e divulgação da área de Bioinformática Estrutural. 2018. (Outro).

2.
Barroso da Silva, Fernando Luís; Pasquali, S. ; EICHHORN, R. ; KOILLER, J. . School on Biological Soft Matter: from molecular interactions to engineered materials. 2017. (Outro).

3.
Barroso da Silva, Fernando Luís; SANTISO, E. E. ; MACKERNAN, D. . Controlling Food Protein Folding and Aggregation: Challenges and Perspectives in Industry, Experiments and Simulation. 2016. (Congresso).

4.
SANTISO, E. E. ; Barroso da Silva, Fernando Luís . III Workshop on molecular interactions and nanobiological applications. 2016. (Concurso).

5.
Barroso da Silva, Fernando Luís; PODGORNIK, R. ; NETZ, R. . Minischool on Biophysics of Protein Interactions. 2015. (Outro).

6.
Bostrom, M. ; Barroso da Silva, Fernando Luís ; Persson, C. . Second Workshop on molecular interactions and nanobiological applications. 2014. (Congresso).

7.
Da SILVA, F. L. B.; SANTISO, E. E. ; Bostrom, M. . Workshop on molecular interactions and nanobiological applications. 2013. (Congresso).

8.
da Silva, Fernando Luis Barroso. Área de Biofísica e Bioquímica Computacional da SBBq. 2012. (Congresso).

9.
Schechtman, D. ; Barroso da Silva, Fernando Luís ; Arantes, Guilherme Menegon . Mini-Symposia Molecular Simulation And Systems Biology. 2012. (Congresso).

10.
Arantes, Guilherme Menegon ; Barroso da Silva, Fernando Luís ; Verli, H. . Evento satélite da SBBq - "Mini-symposium Molecular Simulation - 2011". 2011. (Congresso).

11.
BARRERA, Junior ; Da SILVA, F. L. B. . 14th Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology - ISMB 2006 (Poster Chair). 2006. (Congresso).

12.
RECHIA, C. G. V. ; PUPO, M. T. ; LOPES, N. P. ; LOPEZ, R. F. V. ; UYEMURA, S. A. ; SANTOS, A. C. ; Da SILVA, F. L. B. ; UETA, J. M. ; CROTT, L. S. P. ; BENDHACK, L. M. ; CAMPOS, P. M. B. G. M. ; BORGES, A. B. ; GUARATINI, T. ; MARCHESI, M. S. P. ; CUNHA, T. M. . 4o. CIFARP - 4th Congress of Pharmaceutical Sciences. 2003. (Congresso).

13.
Da SILVA, F. L. B.; CALIRI, Antonio ; SILVA, Marco Antonio Alves da . 1o. Workshop de Modelagem Molecular de Ribeirão Preto. 2002. (Congresso).



Orientações



Orientações e supervisões em andamento
Tese de doutorado
1.
Vinicius Leite Pedro Bom. 5.2.Estudo das interações moleculares de proteínas da Dengue por simulação computacional. Início: 2018. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo. (Orientador).

2.
Sergio Alejandro Poveda Cuevas. Modelagem molecular de interações da proteína NS1 do vírus Zika. Início: 2017. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. (Orientador).


Orientações e supervisões concluídas
Dissertação de mestrado
1.
Lariani Aparecida Delboni. Estudo por Mecânica Estatística das propriedades físico-quimica de proteínas relevantes para a complexação protéica. 2017. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, . Orientador: Fernando Luis Barroso da Silva.

2.
Sergio Alejandro Poveda Cuevas. COARSEGRAINED MODELING AT CONSTANT-pH OF THE PROTEIN COMPLEXATION PHENOMENA. 2017. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Fernando Luis Barroso da Silva.

3.
Luis Henrique U. Ishivatari. Função de Avaliação Dinâmica em Algoritmos Genéticos Aplicados na Predição de Estruturas Terciárias de Proteínas. 2012. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Coorientador: Fernando Luis Barroso da Silva.

4.
Tulio Marcus Ribeiro Calixto. Análises de propriedades eletrostáticas e estruturais de complexos de proteínas para o desenvolvimento de preditores de complexação em larga escala. 2010. Dissertação (Mestrado em Ciências Farmacêuticas) - Universidade de São Paulo, . Orientador: Fernando Luis Barroso da Silva.

5.
Sidney Jurado de Carvalho. Estudo por Mecânica Estatística de aspectos eletrostáticos da interação ligante-biomolécula. 2004. 0 f. Dissertação (Mestrado em Biofísica Molecular) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Orientador: Fernando Luis Barroso da Silva.

Tese de doutorado
1.
Sidney Jurado de Carvalho. Estudo dos Aspectos Eletrostáticos da Interação Polieletrólito-Macroíon. Aspectos Gerais e Aplicação a Formação de Complexos Biomoleculares. 2007. 0 f. Tese (Doutorado em Biofísica Molecular) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Orientador: Fernando Luis Barroso da Silva.

Supervisão de pós-doutorado
1.
Sergio Modesto Vechi. 2003. Universidade de São Paulo, . Fernando Luis Barroso da Silva.

Trabalho de conclusão de curso de graduação
1.
Ricardo Cacheta Waldemarin. Desenvolvimento de um sistema de distribuição de de cargas para a execução de simulações moleculares. 2011. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Informática Biomédica) - Universidade de São Paulo. Orientador: Fernando Luis Barroso da Silva.

2.
Luís Henrique Uchida Ishivatari. Comparação de Diferentes Contribuições em Campos de Força Minimalistas para o Problema de Determinação de Estruturas de Proteínas Através de Algoritmos Genéticos. 2009. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Informática Biomédica) - Universidade de São Paulo. Orientador: Fernando Luis Barroso da Silva.

Iniciação científica
1.
André Azevedo Reis Teixeira. Estudo das interações e propriedades físico-químicas envolvidas na complexação protéica: uma abordagem mesoscópica por monte carlo para o complexo lisozima-lisozima. 2009. Iniciação Científica. (Graduando em Farmácia Bioquímica Diurno) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Orientador: Fernando Luis Barroso da Silva.

2.
André Azevedo Reis Teixeira. Modelagem de complexos moleculares. 2008. Iniciação Científica. (Graduando em Farmácia Bioquímica Diurno) - Universidade de São Paulo. Orientador: Fernando Luis Barroso da Silva.

3.
Lariani Aparecida Delboni. Estudo por Mecânica Estatística de Interações Fundamentais na Formação de Complexos Moleculares. Contribuições das Forças de Longo Alcance e Flexibilidade nos Complexos Tripsina-BPTI, Trombina-Hirudina e AChE-Fármacos. 2006. 0 f. Iniciação Científica. (Graduando em Farmácia Bioquímica) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Orientador: Fernando Luis Barroso da Silva.

4.
Lariani Aparecida Delboni. Estudo por Mecânica Estatística de Interações Fundamentais na Formação de Complexos Moleculares. Aplicação de métodos computacionais aos complexos Tripsina-BPTI, Trombina-Hirudina e Acetilcolinesterase-Fármaco (Tacrina, Galantamina e Donezepil). 2005. 0 f. Iniciação Científica. (Graduando em Farmácia Bioquímica Diurno) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Fernando Luis Barroso da Silva.

5.
Pedro Alves da Silva Autreto. Estudo da estrutura e atividade de complexos moleculares: Taxol-Tubulina [Proj. Fapesp]. 2004. 0 f. Iniciação Científica. (Graduando em Física) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Orientador: Fernando Luis Barroso da Silva.

6.
Lariani Aparecida Delboni. Modelagem de complexos moleculares. 2004. 0 f. Iniciação Científica. (Graduando em Farmácia Bioquímica Diurno) - Universidade de São Paulo. Orientador: Fernando Luis Barroso da Silva.

7.
Fábio Vasconcelos Figueiredo. Efeito do potencial eletrostático na aglutinação de eritrócitos falciformes e na diminuição da sua afinidade pelo oxigênio. 2003. 0 f. Iniciação Científica. (Graduando em Farmácia Bioquímica Diurno) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Orientador: Fernando Luis Barroso da Silva.

8.
Pedro Alves da Silva Autreto. Aplicações da Equação de Poisson-Boltzmann no estudo de interfaces enzima-inibidor. 2003. 0 f. Iniciação Científica. (Graduando em Física) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho. Orientador: Fernando Luis Barroso da Silva.

9.
Ana Paula Silva Oliveira. Aplicacao do esquema do esquema de Tanford-Kirwood para estudo da interacao da ligacao de ions de calcio a calmodulina. 2002. 0 f. Iniciação Científica. (Graduando em Farmácia Bioquímica Diurno) - Universidade de São Paulo. Orientador: Fernando Luis Barroso da Silva.

10.
Fábio Vasconcelos Figueiredo. Modelagem Molecular da Interação cálcio-calmodulina. 2002. 0 f. Iniciação Científica. (Graduando em Farmácia Bioquímica Diurno) - Universidade de São Paulo. Orientador: Fernando Luis Barroso da Silva.

11.
Sidney Jurado de Carvalho. Estudo por Mecanica Estatistica da Interacao ligante esferico-proteina. 2001. Iniciação Científica. (Graduando em Física) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho. Orientador: Fernando Luis Barroso da Silva.

Orientações de outra natureza
1.
Guilherme Thomaz Pereira Brancini. Supervisão de bolsista PAE da Pós-graduação (disciplina Físico-química de polímeros e sistemas dispersos). 2017. Orientação de outra natureza. (Farmácia Bioquímica) - Universidade de São Paulo. Orientador: Fernando Luis Barroso da Silva.

2.
Camilla Rizzo Nappi. Estágio - Introdução a modelagem de proteínas virais. 2017. Orientação de outra natureza. (Ciências Biológicas - Modalidade Médica) - Universidade de São Paulo. Orientador: Fernando Luis Barroso da Silva.

3.
Juliana de Andrade Bolsoni. Estágio - Introdução a modelagem de proteínas virais. 2017. Orientação de outra natureza. (Ciências Biológicas - Modalidade Médica) - Universidade de São Paulo. Orientador: Fernando Luis Barroso da Silva.

4.
Guilherme Thomaz Pereira Brancini. Supervisão de bolsista PAE da Pós-graduação (disciplina Físico-química). 2016. Orientação de outra natureza. (Farmácia Bioquímica) - Universidade de São Paulo. Orientador: Fernando Luis Barroso da Silva.

5.
Katherine Acken. Aluno visitante - Computer simulation of whey protein-pectin interaction. 2016. Orientação de outra natureza. (Biomolecular engineering) - North Carolina State University, University Global Partnership Network Research Collaboration Fund. Orientador: Fernando Luis Barroso da Silva.

6.
Jessica Mota. Estágio - Introdução a modelagem de complexos moleculares. 2016. Orientação de outra natureza. (Ciências Biomédicas (17500)) - Universidade de São Paulo. Orientador: Fernando Luis Barroso da Silva.

7.
Helena Francelin. Estágio - Introdução a modelagem de complexos moleculares. 2016. Orientação de outra natureza. (Ciências Biomédicas (17500)) - Universidade de São Paulo. Orientador: Fernando Luis Barroso da Silva.

8.
Natalia Montellano Duran. Aluno visitante - A Combined Experimental and Molecular Simulation Study of factors influencing interaction of quinoa proteins?carrageenan. 2015. Orientação de outra natureza - Universidad Nacional de Rosario. Orientador: Fernando Luis Barroso da Silva.

9.
Angela Poletto. Estágio - Introdução a modelagem de complexos moleculares. 2015. Orientação de outra natureza. (Ciências Biomédicas (17500)) - Universidade de São Paulo. Orientador: Fernando Luis Barroso da Silva.

10.
Thiago Negrão Chuba. Estágio - Introdução a modelagem de complexos moleculares. 2015. Orientação de outra natureza. (Ciências Biomédicas (17500)) - Universidade de São Paulo. Orientador: Fernando Luis Barroso da Silva.

11.
Rafael Nishimoto. Monitoria de Físico-química. 2014. Orientação de outra natureza. (Farmácia Bioquímica) - Universidade de São Paulo. Orientador: Fernando Luis Barroso da Silva.

12.
Deepti Srivastava. Aluno visitante - Computer simulation of food protein-polyelectrolytes. 2013. Orientação de outra natureza. (Biomolecular engineering) - North Carolina State University, University Global Partnership Network Research Collaboration Fund. Orientador: Fernando Luis Barroso da Silva.

13.
Norival Alves Filho. Supervisão de bolsista PAE da Pós-graduação. 2012. Orientação de outra natureza - Universidade de São Paulo. Orientador: Fernando Luis Barroso da Silva.

14.
Paulo Almir Borges de Sousa Filho. Pré-IC - Descobrindo a área de Modelagem Molecular e como se formam os complexos proteína-proteína. 2011. Orientação de outra natureza - Universidade de São Paulo. Orientador: Fernando Luis Barroso da Silva.

15.
Lucas Blundi Silveira. Supervisão de bolsista PAE da Pós-graduação. 2011. Orientação de outra natureza. (Farmácia Bioquímica) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Fernando Luis Barroso da Silva.



Inovação



Programa de computador sem registro
1.
Barroso da Silva, Fernando Luís; Calixto, Tulio Marcus Ribeiro ; Faccioli, Rodrigo . Molesa - Molecular Structure Analysis. 2010.


Projetos de pesquisa


Educação e Popularização de C & T



Artigos
Artigos completos publicados em periódicos
1.
da Silva, Fernando Luis Barroso2013da Silva, Fernando Luis Barroso. Peculiaridades nos Mecanismos Moleculares de Proteínas em Solução Aquosa: exemplo da importância do equilíbrio ácido-base para aplicações em Biotecnologia .. Quimica, v. 131, p. 43-48, 2013.


Apresentações de Trabalho
1.
Barroso da Silva, Fernando Luís. Modelagem computacional multiescala de complexos moleculares. De Bioinformática estrutural a nanopartículas. 2011. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

2.
Barroso da Silva, Fernando Luís. Palestra Convidada: Modelagem molecular multiescala e aspectos eletrostáticos da complexação de proteínas envolvidas em aplicações na Biotecnologia, CiênciasFarmacêuticas e dos alimentos. 2012. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

3.
Barroso da Silva, Fernando Luís. Palestra convidada: Beyond Facebook and Twitter: the computer helping to understand the world of molecules for applications in the pharmaceutical industry. 2014. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

4.
Da SILVA, F. L. B.. Palestra convidada: Bioinformática e Modelagem Molecular. 2015. (Apresentação de Trabalho/Outra).

5.
Barroso da Silva, Fernando Luís. Palestra convidada: Bioinformática Estrutural: Aspectos físico-químicos, computacionais e seus desafios. 2017. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).


Programa de Computador sem registro de patente
1.
Barroso da Silva, Fernando Luís; Calixto, Tulio Marcus Ribeiro ; Faccioli, Rodrigo . Molesa - Molecular Structure Analysis. 2010.


Cursos de curta duração ministrados
1.
Barroso da Silva, Fernando Luís. Biofisico-quimica Computacional: De aspectos fisicos e metodologicos ao estudo de complexos moleculares de interesse biotecnologico. 2014. (Curso de curta duração ministrado/Outra).


Entrevistas, mesas redondas, programas e comentários na mídia
1.
Barroso da Silva, Fernando Luís. [Sempre Unesp] Universidade ofertou base qualificada e motivação para carreira profissional, diz professor da USP. 2014. (Programa de rádio ou TV/Entrevista).

2.
Da SILVA, F. L. B.. Físico: cientista maluco ou apenas um curioso a serviço da sociedade?. 2015. (Programa de rádio ou TV/Comentário).


Organização de eventos, congressos, exposições e feiras
1.
Barroso da Silva, Fernando Luís; PODGORNIK, R. ; NETZ, R. . Minischool on Biophysics of Protein Interactions. 2015. (Outro).

2.
Barroso da Silva, Fernando Luís; ETCHEBEST, C. ; Pasquali, S. ; TALY, A. . Atividades para compreensão e divulgação da área de Bioinformática Estrutural. 2018. (Outro).


Redes sociais, websites e blogs
1.
Barroso da Silva, Fernando Luís. Facebook. 2009; Tema: Divulgação científica, diário pessoal, reflexões cotidiano. (Rede social).

2.
da Silva, Fernando Luis Barroso. Físico: cientista maluco ou apenas um curioso a serviço da sociedade?. 2012; Tema: Divulgação da profissão de físico e sua multidisciplinaridade. (Fórum).



Outras informações relevantes


Google scholar: https://goo.gl/5OSctJ
Researchgate: https://www.researchgate.net/profile/Fernando_Luis_Barroso_da_Silva2

RG: 27.75 (score is higher than 85% of ResearchGate members'. em 26.08.2018)
h-factor: 14 (em 01.07.2018 pelo Google scholar - https://goo.gl/9uRWXP)
i10-index: 17 (em 01.07.2018 pelo Google scholar - https://goo.gl/9uRWXP)



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