Rede de Colaboração
Diretório de grupos de pesquisa

Roberto Hirata Junior
Bolsista de Produtividade em Pesquisa do CNPq - Nível 2

Roberto Hirata Jr. was born in November, 25th, 1964. He is married to Nina S. Tomita Hirata and they have two sons (Jun and Kazuo) and a daughter (Tiemi). His education was entirely in public schools. He has a degree in Physics (IF-USP) and a degree in Mathematics (IME-USP). During his undergrad's studies, he has participated of three scientific trainings: Diferential Topology (one year, under Prof. Dr. Paulo F. Leite), Computational Mathematics (one year, under Prof. Dr. Ciro Patarra) and Computing Day (two years, under Prof. Dr. Valdemar W. Setzer). Besides helping to shape the Computing Day, he has lead the software team to produce all the software for the activity, and is the coauthor of two publications related to the activity. He got a MSc degree in Computer Science (1997) under Prof. Dr. Junior Barrera for his work on morphological segmentation and fast algorithms for basic morphological algorithms. During his master's, he has participated in three Journal papers, some conference papers, he has installed and maintains the lab's computing environment since then, participated in the Olivetti's project to build a hand written signature identifier and in the MMorph project, a software for Mathematical Morphology for khoros and matlab. He has got a PhD degree in Computer Science (2001) also under Dr. Barrera for his work on Aperture operators, a theme that has generated several other international works. As part of his PhD's training, he has worked under Prof. Dr. Edward Russel Dougherty in the Texas A&M University during one year and 4 months. His last works during the PhD were related to bioinformatics. He has build a software to automatic segment microarray images and also a software to analyse microarray data; both works resulted in papers in Journals. After his PhD, he has been hired as a researcher and professor for the SENAC College of Computer Science and Technology where he co-lead the Computer Vision group (2 PhDs, 2 MSc and 3 MSc candidates). This group had a strong link to industry and gave consulting and short courses to parties like EMBRAER. His research is focused in bioinformatics and automatic design of image operators. Besides his collaboration with Dr. Barrera's group, he is also working in collaboration with Prof. Dr. Eduardo Jordao Neves in a group called Mathematical Analysis of Interacting Gene Expression Systems (MAIGES). This group cooperates mainly wiith Dr. Luis Fernando Lima Reis and their work had been cover of two editions of one of the most prestigious journal in Cancer research, besides several other journal and conference papers. His teaching experience started in 1986 for the Computing Day, he has teached for SENAC College of Computer Science and Technology and currentely is professor for IME-USP.
(Texto informado pelo autor)

Última atualização do currículo em 16/01/2012
Endereço para acessar este CV:
http://lattes.cnpq.br/1647118503085126
Dados pessoais
NomeRoberto Hirata Junior
Nome em citações bibliográficasHIRATA JR., R.;Hirata, Roberto;Hirata Jr., Roberto;Hirata, R;Hirata, R.;Hirata Jr, Roberto
SexoMasculino
Endereço profissionalUniversidade de São Paulo, Instituto de Matemática e Estatística.
Rua do Matão, 1010
Cidade Universitária
05508-090 - Sao Paulo, SP - Brasil
Telefone: (11) 30915376 Fax: (11) 30916134
URL da Homepage: www.ime.usp.br/~hirata

Formação acadêmica/Titulação
1997 - 2001Doutorado em Ciências da Computação .
Universidade de São Paulo, USP, Brasil.
Título: Projeto de Operadores Morfológicos para Imagens e Sinais - Abordagem de reticulados finitos discretos, Ano de Obtenção: 2001.
Orientador: Junior Barrera.
Bolsista do(a): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico ,CNPq ,Brasil .
Palavras-chave: Morfologia Matemática; Projeto Automático de Operadores; Aprendizado PAC; Reticulados finitos; Reticulados discretos; Processamento de Imagens.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Metodologia e Técnicas da Computação / Especialidade: Processamento Gráfico (Graphics).
Grande área: Engenharias / Área: Engenharia Biomédica / Subárea: Bioengenharia / Especialidade: Processamento de Sinais Biológicos.
Setores de atividade: Desenvolvimento de Programas (Software).
1993 - 1997Mestrado em Ciências da Computação .
Universidade de São Paulo, USP, Brasil.
Título: Segmentação de Imagens por Morfologia Matemática, Ano de Obtenção: 1997.
Orientador: Junior Barrera.
Bolsista do(a): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico ,CNPq ,Brasil .
Palavras-chave: Processamento de Imagens; Morfologia Matemática; Segmentação de Imagens; Algoritmos eficientes; Paradigma de segmentação morfológica.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Sistemas de Computação / Especialidade: Software Básico.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Metodologia e Técnicas da Computação / Especialidade: Processamento Gráfico (Graphics).
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Metodologia e Técnicas da Computação / Especialidade: Engenharia de Software.
Setores de atividade: Desenvolvimento de Programas (Software); Educação Superior; Qualidade e Produtividade.
1985 - 1990Graduação em Bacharelado Em Física .
Universidade de São Paulo, USP, Brasil.
1983 - 1990Graduação em Licenciatura Em Matemática .
Universidade de São Paulo, USP, Brasil.

Atuação profissional
Universidade de São Paulo, USP, Brasil.
Vínculo institucional
2004 - Atual Vínculo: Servidor Público, Enquadramento Funcional: Professor Doutor, Regime: Dedicação exclusiva.
Vínculo institucional
2001 - 2004 Vínculo: Colaborador, Enquadramento Funcional: Pós-doutorando, Carga horária: 20
Atividades
4/2009 - AtualConselhos, Comissões e Consultoria, Instituto de Matemática e Estatística, .
Cargo ou função
Membro do conselho do departamento de ciência da computação.
3/2009 - AtualConselhos, Comissões e Consultoria, Instituto de Matemática e Estatística, .
Cargo ou função
Coordenador da Comissão de Informática.
11/2008 - AtualConselhos, Comissões e Consultoria, Instituto de Matemática e Estatística, .
Cargo ou função
Membro da Comissão de Coordenação do Programa de Pós-graduação da Ciência da Computação.
2004 - AtualAtividades de Participação em Projeto, Instituto de Matemática e Estatística, .
Projetos de pesquisa
Modelagem por redes (grafos) e técnicas de reconhecimento de padrões: estrutura, dinâmica e aplicações
Expressão genica em tumores do estomago e do esofago: da biologia ao diagnóstico
Redes de interação gênica ``semeadas'' por cliques
Aprendizado computacional na descoberta de marcadores moleculares para câncer
8/2001 - AtualPesquisa e desenvolvimento , Núcleo de Bioinformática, .
Linhas de pesquisa
Bioinformática
2011 - 2014Atividades de Participação em Projeto, Instituto de Matemática e Estatística, Departamento de Ciência da Computação.
Projetos de pesquisa
Métodos e Técnicas para Exploração e Análise de Bioimagens
2011 - 2013Atividades de Participação em Projeto, Instituto de Matemática e Estatística, Departamento de Ciência da Computação.
Projetos de pesquisa
Desafios em Projeto Multinível de Operadores Morfológicos
1/2008 - 2/2009Conselhos, Comissões e Consultoria, Instituto de Matemática e Estatística, .
Cargo ou função
Vice-coordenador da Comissão de Informática.
06/2007 - 2/2009Conselhos, Comissões e Consultoria, Instituto de Matemática e Estatística, .
Cargo ou função
Representante do departamento na Comissão de Informática.
2000 - 2005Atividades de Participação em Projeto, Instituto de Química, .
Projetos de pesquisa
Cooperation for Analysis of Gene Expression - FAPESP No.99/07390-0
2002 - 2004Atividades de Participação em Projeto, Instituto de Matemática e Estatística, .
Projetos de pesquisa
Identificação de Genes que Regulam Fenótipos de Interesse em Agropecuária através da Análise Computacional de Seqüências de Expressão
Faculdade SENAC de Ciências Exatas e Tecnologia, CEI-SENAC, Brasil.
Vínculo institucional
2003 - 2004 Vínculo: Celetista, Enquadramento Funcional: Professor V, Carga horária: 40
Vínculo institucional
2002 - 2003 Vínculo: Celetista, Enquadramento Funcional: Professor Adjunto I, Carga horária: 40
Vínculo institucional
2001 - 2001 Vínculo: Celetista, Enquadramento Funcional: Professor Assistente II, Carga horária: 40
Atividades
3/2004 - 08/2004Atividades de Participação em Projeto, .
Projetos de pesquisa
Design Patterns em processamento de imagens
3/2004 - 08/2004Atividades de Participação em Projeto, .
Projetos de pesquisa
Análise de tráfego usando processamento de imagens
02/2004 - 08/2004Direção e administração, .
Cargo ou função
Coordenador de grupo de pesquisas.
02/2004 - 08/2004Conselhos, Comissões e Consultoria, .
Cargo ou função
Membro representante da faculdade no Núcleo de Estudos Interamericanos do Embaixada dos Estados Unidos no Brasil.
01/2004 - 08/2004Conselhos, Comissões e Consultoria, .
Cargo ou função
Membro representante no Conselho de Ética em Saúde das Faculdades SENAC.
01/2004 - 08/2004Atividades de Participação em Projeto, .
Projetos de pesquisa
Uma grade basead em .Net
12/2003 - 08/2004Outras atividades técnico-científicas .
Atividade realizada
Árbitro para a revista Transactions on Image Processing - 1 artigo.
08/2003 - 08/2004Outras atividades técnico-científicas .
Atividade realizada
Árbitro para o CNPq.
08/2003 - 08/2004Atividades de Participação em Projeto, .
Projetos de pesquisa
Classificadores de amostras biológicas baseadas na expressão de poucos genes.
07/2003 - 08/2004Conselhos, Comissões e Consultoria, .
Cargo ou função
Membro da comissão de reformulação do bacharelado em ciência da computação.
08/2002 - 08/2004Atividades de Participação em Projeto, .
07/2002 - 08/2004Outras atividades técnico-científicas .
Atividade realizada
Árbitro para a FAPESP.
8/2001 - 08/2004Pesquisa e desenvolvimento .
Linhas de pesquisa
Processamento de Imagens
Morfologia Matemática
Bioinformática
Aprendizado computacional
8/2001 - 8/2004Ensino, Processamento de Imagens, Nível: Pós-Graduação.
Disciplinas ministradas
Introdução à Morfologia Matemática
01/1999 - 08/2004Atividades de Participação em Projeto, .
8/2001 - 7/2004Ensino, Bacharelado Em Ciência da Computação, Nível: Graduação.
Disciplinas ministradas
Algoritmos e Programação
Computador e sociedade
Engenharia de sistemas de informação
Técnicas de Construção de Programas
Tópicos especiais em engenharia de software
08/2002 - 02/2004Direção e administração, Laboratório de Imagens, Visão e Estruturas Espaciais, .
Cargo ou função
Vice-coordenador de laboratório.

Linhas de Pesquisa
1. Bioinformática
2. Processamento de Imagens
3. Morfologia Matemática
4. Bioinformática
5. Aprendizado computacional

Projetos de Pesquisa
2011 - 2014Métodos e Técnicas para Exploração e Análise de Bioimagens
Descrição: A demanda pela análise de imagens oriundas das mais variadas subáreas biomédicas e biológicas tem nitidamente crescido nos últimos anos. Além dos desafios computacionais diretamente relacionados à natureza da análise em questão, tais como a complexidade das imagens e o grande volume e tipos de problemas, verificam-se desafios relacionados à multidisciplinaridade e à necessidade de melhor integração de resultados gerados no tratamento de diferentes problemas. Este projeto de pesquisa propõe a investigação, desenvolvimento e validação de métodos e técnicas inovadoras para exploração e análise de bioimagens. Para viabilizar essa investigação, diversos subprojetos, todos relacionados a algum problema de análise de bioimagens e que envolvem colaborações com pesquisadores das áreas biológicas, são contemplados nesta proposta. Adicionalmente, está previsto o desenvolvimento de um ambiente unificado para exploração e análise de imagens, que terá papel importante para operacionalizar e viabilizar o desenvolvimento dos métodos e técnicas, melhorar as interações em colaborações multidisciplinares e permitir reaproveitamento de resultados. Com isso, esta proposta visa contribuir para formação de competência nacional em análise de bioimagens..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico ( 3) Doutorado ( 2) .
Integrantes: Nina Sumiko Tomita Hirata - Coordenador / Ronaldo Fumio Hashimoto - Integrante / Roberto Marcondes César Junior - Integrante / Marcel Parolin Jackowski - Integrante / Fabrício Martins Lopes - Integrante / Roberto Hirata Junior - Integrante.
Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro..
2011 - 2013Desafios em Projeto Multinível de Operadores Morfológicos
Descrição: Projetar operadores morfológicos que apresentam bom desempenho em problemas de processamento e análise de imagens não é, em geral, uma tarefa simples. Uma abordagem útil para auxiliar o projeto de operadores é sua formulação como um problema de aprendizagem computacional: pares de imagens entrada-saída são utilizados como amostras de treinamento para gerar, via técnicas de aprendizagem computacional, um operador que procura mapear as imagens de entrada para as respectivas imagens de saída. No contexto considerado, esses operadores são caracterizados por uma função local que depende de uma vizinhança na imagem em torno do ponto a ser processado. Vizinhanças muito pequenas restringem a classe de operadores, gerando erro de restrição, e vizinhanças muito grandes resultam em imprecisão, gerando muita variância. Uma abordagem promissora recentemente proposta para balancear esses dois tipos de erro no caso de operadores binários é o projeto multinível de operadores. Nessa abordagem, o treinamento é realizado em múltiplos níveis, de forma a combinar em cada nível os resultados dos níveis anteriores. A escolha dos parâmetros dessa abordagem multinível tem sido realizada, por enquanto, manualmente. Este projeto de pesquisa pretende investigar aspectos práticos e teóricos dessa abordagem; em particular, pretende automatizar a escolha de parâmetros e estender a abordagem multinível para operadores sobre imagens em tons e cinza..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Doutorado ( 1) .
Integrantes: Nina Sumiko Tomita Hirata - Coordenador / Roberto Hirata Junior - Integrante.
Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro..
2008 - 2010Redes de interação gênica ``semeadas'' por cliques
Descrição: No presente projeto de pesquisa pretende-se estudar subsistemas biológicos dentro de um sistema complexo usando o modelo de Redes Booleanas Probabilísticas e a abordagem de aprendizado estatístico e computacional. O número de genes a ser considerado no subsistema é pequeno de forma a viabilizar as inferências entre os genes de estudo e, simplificar os modelos matemáticos e computacionais. A importância deste trabalho é que os algoritmos desenvolvidos podem ajudar pesquisadores a encontrar genes ainda não conhecidos envolvidos em importante processos biológicos, além de fortalecer a colaboração dos grupos envolvidos (Brasil, Argentina e USA)..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação ( 1) / Mestrado acadêmico ( 1) / Doutorado ( 2) .
Integrantes: Nina Sumiko Tomita Hirata - Integrante / Ronaldo Fumio Hashimoto - Integrante / Rodrigo Assirati Dias - Integrante / Santos, Carlos S. - Integrante / Rodrigo Flores - Integrante / Carlos Higa - Integrante / Roberto Hirata Junior - Coordenador.
Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro..
2008 - AtualExpressão genica em tumores do estomago e do esofago: da biologia ao diagnóstico
Descrição: Os tumores da porção superior do trato digestivo (esôfago e estômago) representam um importante desafio na pesquisa sobre o câncer. A grande maioria dos pacientes é diagnosticada tardiamente e, por conseqüência, com prognóstico bastante limitado. Enquanto os adenocarcinomas de estômago representam a segunda maior cause de morte relacionada ao câncer, os adenocarcinomas do esôfago apresentam a maior taxa de crescimento percentual nos Estados Unidos e Europa, assim como nas populações de maior renda no hemisfério sul. Os adenocarcinomas do estômago e do esôfago estão freqüentemente associados a processos inflamatórios da mucosa normal. Esse processo inflamatório crônico leva à substituição da mucosa normal por um tecido colunar do tipo intestinal, denominado metaplasia intestinal do estômago e que, no esôfago, recebe a denominação de mucosa de Barrett. Essas duas patologias não devem ser consideradas doenças pré-malígnas, uma vez que a taxa de transformação em adenocarcinomas é reduzida, mas representam o fator de risco mais importante para os adenocarcinomas dos dois órgãos. Usando a metodologia de microarranjos de DNA, estudamos as características moleculares de amostras de tecido representando mucosa normal, metaplasia intestinal e adenocarcinomas desses dois órgãos. Com base nestes dados, aplicamos ferramentas matemáticas e estatísticas para identificar assinaturas moleculares capazes de classificar precisamente as amostras. Também, foi possível definir um conjunto de alterações em vias metabólicas relacionadas aos processos inflamatórios e de metabolismo de glicerolípedes que poderão contribuir para o entendimento da origem e dos processos moleculares envolvidos na transformação maligna. Neste projeto, pretendemos criar uma rede de instituições e pesquisadores com tradição de pesquisa em tumores de estomago e esôfago que permitirá acesso a um número maior de amostras com dados clínicos e epidemiológicos associados. Com essas amostras, pretendemos estabelecer uma.
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico ( 5) Doutorado ( 5) .
Integrantes: Luis Fernando Reis - Coordenador / Neves, E Jordão - Integrante / Roberto Hirata Junior - Integrante.
.
2006 - AtualModelagem por redes (grafos) e técnicas de reconhecimento de padrões: estrutura, dinâmica e aplicações
Descrição: Dentre os desafios enfrentados atualmente pela pesquisa em reconhecimento de padrões, cabe ressaltar três linhas fundamentais: (a) problemas em que elementos devem ser descritos estruturalmente através de uma rede indicando conexões entre tais elementos; (b) problemas envolvendo a evolução da informação ao longo de alguma variável independente (e.g. tempo, no caso de seqüências de vídeo); (c) problemas envolvendo ambos aspectos, i.e. uma rede de elementos cuja dinâmica evolui ao longo de alguma variável independente. O presente projeto temático, unindo os grupos de visão do IME-USP e IFSC-USP, além de pesquisadores colaboradores de outras instituições, prevê o estudo, desenvolvimento e aplicação de técnicas de reconhecimento de padrões com esses três itens formando o tema de integração da pesquisa. Além da área de reconhecimento de padrões, o projeto inclui técnicas e problemas de visão computacional, processamento de imagens e de sinais e bioinformática, todas sendo áreas de trabalho dos pesquisadores proponentes. As atividades de pesquisa tratarão de aspectos de reconhecimento de padrões e de redes em ambas direções: (1) utilização de técnicas de reconhecimento de padrões para auxiliar na análise de redes em aplicações específicas; (2) desenvolvimento de técnicas de reconhecimento de padrões baseadas em redes. Esta linha de pesquisa incluirá a utilização de grafos em reconhecimento estrutural de padrões e raciocínio espacial. Os métodos em tais abordagens são marcados pelo fato que a tarefa de reconhecimento não envolve apenas os objetos em uma imagem, mas igualmente as relações entre tais objetos. Parte da importância da utilização dessas relações advém do fato que tais relações são frequentemente mais estáveis nas cenas que muitas propriedades dos objetos em si. Em particular, pretende-se explorar técnicas que descrevem a estrutura dos elementos em imagens através de grafos. Nesse caso, a rede é formada por elementos de uma imagem cujos arcos representam relaçõe.
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico ( 7) Doutorado ( 5) .
Integrantes: Nina Sumiko Tomita Hirata - Integrante / Ronaldo Fumio Hashimoto - Integrante / Roberto Marcondes César Junior - Coordenador / Luciano da Fontoura Costa - Integrante / Roberto Hirata Junior - Integrante.
.
2006 - AtualAprendizado computacional na descoberta de marcadores moleculares para câncer
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Integrantes: Roberto Hirata Junior - Coordenador.
.
2004 - 2004Uma grade basead em .Net
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação ( 2) .
Integrantes: Roberto Hirata Junior - Coordenador.
.
2004 - 2004Design Patterns em processamento de imagens
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação ( 2) .
Integrantes: Roberto Hirata Junior - Coordenador.
.
2004 - 2004Análise de tráfego usando processamento de imagens
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação ( 2) .
Integrantes: Roberto Hirata Junior - Coordenador.
.
2003 - 2006Classificadores de amostras biológicas baseadas na expressão de poucos genes.
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Integrantes: Roberto Hirata Junior - Coordenador.
.
2002 - 2004Identificação de Genes que Regulam Fenótipos de Interesse em Agropecuária através da Análise Computacional de Seqüências de Expressão
Descrição: Projeto CNPq - Pesquisador.
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Integrantes: Junior Barrera - Coordenador / Neves, E Jordão - Integrante / Roberto Hirata Junior - Integrante.
.
2000 - 2005Cooperation for Analysis of Gene Expression - FAPESP No.99/07390-0
Descrição: Projeto Temático FAPESP.
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Integrantes: Hugo Aguirre Armelin - Coordenador / Roberto Hirata Junior - Integrante.
Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro..

Áreas de atuação
1. Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Metodologia e Técnicas da Computação / Especialidade: Processamento Gráfico (Graphics).
2. Grande área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Genética Quantitativa.
3. Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Sistemas de Computação / Especialidade: Software Básico.

Idiomas
Inglês Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.
Espanhol Compreende Bem, Fala Razoavelmente, Lê Bem, Escreve Razoavelmente.
Alemão Compreende Razoavelmente, Fala Pouco, Lê Pouco, Escreve Pouco.
Japonês Compreende Razoavelmente, Fala Pouco, Lê Pouco, Escreve Pouco.

Prêmios e títulos
2008Melhor poster no X-Meeting 2008, AB3C.
2007Menção honrosa no Concurso de Teses e Dissertações do Sibgrapi 2007, SBC.
2002Menção Honrosa no 10 siicusp, USP-CNPq.


Produção em C,T & A
Produção bibliográfica
Artigos completos publicados em periódicos
1. Grynberg, Priscila ; Passos-Silva, Danielle Gomes ; Mourão, Marina de Moraes ; Hirata Jr, Roberto ; Macedo, Andrea Mara ; Machado, Carlos Renato ; Bartholomeu, Daniella Castanheira ; Franco, Glória Regina ; Knight, Matty . Trypanosoma cruzi Gene Expression in Response to Gamma Radiation. Plos One, v. 7, p. e29596, 2012.
2. MEIRELES, S. I. ; Esteves, G. H. ; Hirata, R. ; Peri, S. ; Devarajan, K. ; Slifker, M. ; Mosier, S. L. ; Peng, J. ; Vadhanam, M. V. ; Hurst, H. E. ; NEVES, E. J. ; REIS, L. F. ; Gairola, C. G. ; Gupta, R. C. ; Clapper, M. L. . Early Changes in Gene Expression Induced by Tobacco Smoke: Evidence for the Importance of Estrogen within Lung Tissue. Cancer Prevention Research, v. 3, p. 707-717, 2010.
3. Carlos S. Santos ; HIRATA, N. S. T. ; HIRATA JR., R. . An Information Theory framework for two-stage binary image operator design. Pattern Recognition Letters, v. 31, p. 297-306, 2010.
4. Termini, Lara ; Boccardo, Enrique ; Esteves, Gustavo H ; Hirata, Roberto ; Martins, Waleska K ; Colo, Anna ; Neves, E Jordão ; Villa, Luisa ; Reis, Luiz FL . Characterization of global transcription profile of normal and HPV-immortalized keratinocytes and their response to TNF treatment, v. 1, p. 29, 2008.
5.   Stolf, Beatriz S. ; Santos, Mariana M. S. ; Simao, Daniel F. ; Diaz, Juan P. ; Cristo, Elier B. ; Hirata, Roberto ; Curado, Maria P. ; Neves, Eduardo J. ; Kowalski, Luiz P. ; Carvalho, Alex F. . Class distinction between follicular adenomas and follicular carcinomas of the thyroid gland on the basis of their signature expression. Cancer, Inglaterra, v. 106, p. 1891-1900, 2006.
6. STOLF, B ; ABREU, C ; MAHLERARAUJO, M ; DELLAMANO, M ; MARTINS, W ; DECARVALHO, M ; CURADO, M ; DIAZ, J ; FABRI, A ; BRENTANI, H ; CARVALHO, A. F. ; SOARES, F. A. ; KOWALSKI, L. P. ; Hirata, Roberto ; REIS, L. F. . Expression profile of malignant and non-malignant diseases of the thyroid gland reveals altered expression of a common set of genes in goiter and papillary carcinomas. Cancer Letters, v. 227, n. 1, p. 59-73, 2005.
7. GOMES, L. I. ; ESTEVES, G. P. ; CARVALHO, A. F. ; CRISTO, E. B. ; HIRATA JR., R. ; MARTINS, W. K. ; NEVES, E. J. ; REIS, L. F. . Expression Profile of Malignant and Nonmalignant Lesions of Esophagus and Stomach: Differential Activity of Functional Modules Related to Inflammation and Lipid Metabolism. Cancer Research, v. 65, n. 16, p. 7127-7136, 2005.
8. Nagai, Maria Aparecida ; da R?s, Nancy ; Neto, M?rio Mour?o ; de Faria Junior, Silvio Rodrigues ; Brentani, Maria Mitzi ; Hirata, Roberto ; Neves, Eduardo Jord?o . Gene expression profiles in breast tumors regarding the presence or absence of estrogen and progesterone receptors. International Journal of Cancer, v. 111, p. 892-899, 2004.
9. Brun, Marcel ; Hirata Jr., Roberto ; Barrera, Junior ; Dougherty, Edward R. . Nonlinear Filter Design Using Envelopes. Journal of Mathematical Imaging and Vision, v. 21, p. 81-97, 2004.
10. STOLF, B. S. ; CARVALHO, A. F. ; MARTINS, W. K. ; RUNZA, F. B. ; BRUN, M. ; HIRATA JR., R. ; NEVES, E. J. ; SOARES, F. A. ; KOWALSK, P. L. ; POSTIGO, J. ; REIS, L. F. . IGFBP-5 and two human ESTs are differentially expressed in thyroid diseases. Cancer Letters, Estados Unidos, v. 191, n. 2, p. 193-202, 2003.
11. Brun, M ; DOUGHERTY, E. R. ; Hirata Jr., Roberto ; Barrera, Junior . Design of optimal binary filters under joint multiresolution envelope constraint. Pattern Recognition Letters, v. 24, p. 937-945, 2003.
12. MEIRELES, S. I. ; CARVALHO, A. F. ; HIRATA JR., R. ; MONTAGNINI, A. L. ; MARTINS, W. K. ; RUNZA, F. B. ; STOLF, B. S. ; SOARES, F. A. ; NEVES, E. J. ; REIS, L. F. . Differentially expressed genes in gastric tumors identified by cDNA array. Cancer Letters, v. 190, n. 2, p. 199-211, 2003.
13. GOMES, L. I. ; SILVA, R. L. A. ; STOLF, B. S. ; CRISTO, E. B. ; HIRATA JR., R. ; SOARES, F. A. ; REIS, L. F. ; NEVES, E. J. ; CARVALHO, A. F. . Comparative analysis of amplified and nonamplified RNA for hybridization in cDNA microarray. Analytical Biochemistry, v. 321, p. 244-251, 2003.
14. CARVALHO, A. F. ; NEVES, E. J. ; HIRATA JR., R. ; REIS, L. F. . A glass slide-based agarose gel electrophoresis for determining the efficiency of RNA amplification and Cy-dye incorporation during RNA labeling.. BioTechniques, Estados Unidos, v. 35, n. 4, p. 688-692, 2003.
15.   Hirata, R ; Barrera, Junior ; HASHIMOTO, R. F. ; DANTAS, D. O. ; ESTEVES, G. P. . Segmentation of Microarray Images by Mathematical Morphology. Real-Time Imaging, v. 8, n. 8, p. 491-505, 2002.
16. Hirata Jr., Roberto ; Brun, Marcel ; Barrera, Junior ; Dougherty, Edward R. . Multiresolution Design of Aperture Operators. Journal of Mathematical Imaging and Vision, v. 16, p. 199-222, 2002.
17. BARRERA, J. ; TERADA, R. ; HIRATA JR., R. ; HIRATA, N. S. T. . Automatic Programming of Morphological Machines by PAC Learning. Fundamenta Informaticae, v. 41, n. 1-2, p. 229-258, 2000.
18.   Hirata, R ; Dougherty, Edward R. ; BARRERA, J. . Aperture filters. Signal Processing, v. 80, p. 697-721, 2000.
19. Barrera, Junior ; BANON, G. J. F. ; LOTUFO, R. A. ; Hirata Jr., Roberto . MMach: a mathematical morphology toolbox for the KHOROS system. Journal of Electronic Imaging (Springfield), v. 7, n. 7, p. 174, 1998.
20. SETZER, V. W. ; HIRATA JR., R. . O Dia da Computação: uma Introdução Rápida ao Computador e à Computação. Ciência e Cultura (SBPC), v. 42, n. 5/6, p. 333-340, 1990.
Capítulos de livros publicados
1. HIRATA JR., R. ; BRUN, M. ; BARRERA, J. ; DOUGHERTY, E. R. . Aperture Filters: Theory, Application, and Multiresolution Analysis. In: Stephen Marshall;Giovanni L. Sicuranza. (Org.). Advances on Nonlinear Signal and Image Processing. : EURASIP Book Series on Signal Processing and Communications, 2007, v. , p. -.
Trabalhos completos publicados em anais de congressos
1. Talita Perciano Costa Leite ; Tupin, Florence ; Hirata Jr., Roberto ; CESAR JUNIOR, R. M. . A hierarchical Markov random field For road network extraction and its application with optical and SAR data. In: IEEE International Geoscience and Remote Sensing Symposium, 2011, Vancouver. 2011 IEEE International Geoscience and Remote Sensing Symposium, 2011.
2. Morimitsu, Henrique ; Hashimoto, Marcelo ; Pimentel, Rodrigo Bernardo ; CESAR JUNIOR, R. M. ; Hirata Jr., Roberto . Keygraphs for Sign Detection in Indoor Environments by Mobile Phones. In: Workshop on Graph-based Representations in Pattern Recognition, 2011, Münster. 8th IAPR - TC-15 Workshop on Graph-based Representations in Pattern Recognition, 2011.
3. Luis Roberto Pereira de Paula ; Carlos S. Santos ; Marco Antônio Gutierrez ; Hirata Jr., Roberto . An Open-source Medical Image Processing and Visualization Tool to Analyze Cardiac SPECT Images. In: 7th International Symposium on Visual Computing, 2011, Las Vegas, Nevada, USA. Lecture Notes in Computer Science, 2011.
4. Lara, Arnaldo C. ; Hirata Jr., Roberto . Combining features to a class-specific model in an instance detection framework. In: XXIV Sibgrapi Conference on Graphics, Patterns and Images, 2011, Maceió. XXIV Sibgrapi Conference on Graphics, Patterns and Images, 2011.
5. Morimitsu, Henrique ; Pimentel, Rodrigo Bernardo ; Hashimoto, Marcelo ; CESAR JUNIOR, R. M. ; Hirata Jr, Roberto . Wi-Fi and Keygraphs for Localization with Cell Phones. In: IEEE International Workshop on Mobile Vision, 2011, Barcelona. IEEE 13th International Conference on Computer Vision, 2011.
6. Perciano, Talita ; HIRATA JR., R. ; Lúcio André de Castro Jorge . Ridge Linking Using an Adptive Oriented Mask Applied to Plant Root Images with Thin Structure. In: 15th Iberoamerican Congress on Pattern Recognition, CIARP 2010, 2010, São Paulo. Progress in Pattern Recognition, Image Analysis, Computer Vision, and Applications. Berlin Heidelberg : Springer-Verlag, 2010. v. LNCS. p. 378-385.
7. Perciano, Talita ; HIRATA JR., R. ; Lúcio André de Castro Jorge . Parameter Estimation for Ridge Detection in Images with Thin Structures. In: 15th Iberoamerican Congress on Pattern Recognition, CIARP 2010, 2010, São Paulo. Progress in Pattern Recognition, Image Analysis, Computer Vision, and Applications. Berlin Heidelberg : Springer-Verlag, 2010. v. LNCS. p. 386-393.
8. DIAS, R. A. ; Goldman, Alfredo ; Hirata Jr., Roberto . Middle-R - A User Level Middleware for Statistical Computing. In: VII Workshop on Grid Computing and Applications, 2009, Pernambuco. VII Workshop on Grid Computing and Applications, 2009.
9. Thiago Paixão ; Ana Beatriz Graciano ; CESAR JUNIOR, R. M. ; HIRATA JR., R. . A Backmapping Approach for Graph-based Object Tracking. In: SIBGRAPI, 2008, Campo Grande. XXI Brazilian Symposium on Computer Graphics and Image Processing, 2008.
10. Carlos S. Santos ; HIRATA, N. S. T. ; HIRATA JR., R. . "Two-stage Binary Image Operator Design: an Approach Based on Interaction Information". In: Sibgrapi 2007, 2007, Belo Horizonte. 20th Sibgrapi, 2007.
11. HIRATA, N. S. T. ; HIRATA JR., R. ; BARRERA, J. . Basis Computation Algorithm. In: International Symposium on Mathematical Morphology, 2007, Rio de Janeiro. 8th ISMM, 2007.
12. Lara, Arnaldo C. ; HIRATA JR., R. . Motion Segmentation Using Mathematical Morphology. In: SIBGRAPI, 2006, Manaus. Proceedings of SIBGRAPI 2006.
13. VAQUERO, D. A. ; BARRERA, J. ; HIRATA JR., R. . A Maximum-likelihood Approach for Multiresolution W-operator Design. In: SIBGRAPI, 2005, Natal. XVIII Symposium on Computer Graphics and Image Processing, 2005. p. 71-78.
14. HIRATA, N. S. T. ; HIRATA JR., R. . Design of Order Statistic Filters from Examples. In: XVI Brazilian Symposium on Computer Graphics and Image Processing - SIBGRAPI 2003, 2003, São Carlos. XVI Brazilian Symposium on Computer Graphics and Image Processing - SIBGRAPI 2003. Los Alamitos, California : IEEE, 2003. p. 222-229.
15. HIRATA JR., R. ; BARRERA, J. ; HASHIMOTO, R. F. ; DANTAS, D. O. . Microarray Gridding by Mathematical Morphology. In: SIBGRAPI'2001, 2001, Florianópolis. Proceedings of the SIBGRAPI'2001. Florianópolis : IEEE, 2001. v. 1. p. 112-119.
16. HIRATA JR., R. ; BRUN, M. ; BARRERA, J. ; DOUGHERTY, E. R. . Image restoration by multiresolution aperture filters. In: Nonlinear Image Processing and Pattern Analysis XII, 2001, San Jose. Proceedings of SPIE. San Jose : SPIE, 2001. v. 4304. p. 256-264.
17. BRUN, M. ; HIRATA JR., R. ; BARRERA, J. ; DOUGHERTY, E. R. . Hybrid Human-machine Non-linear Filter Design Using Envelopes. In: SIBGRAPI'2001, 2001, Florianópolis. Proceedings of the SIBGRAPI'2001. Florianópolis : IEEE, 2001. v. 1. p. 106-111.
18. FLORES, F. C. ; HIRATA JR., R. ; BARRERA, J. ; LOTUFO, R. A. ; MEYER, F. . Morphological Operators for Segmentation of Color Sequences. In: SIBGRAPI'2000, 2000, Gramado. SIBGRAPI'2000, 2000. v. 1. p. 300-307.
19. HIRATA JR., R. ; DOUGHERTY, E. R. ; BARRERA, J. . Design of gray-scale nonlinear filters via multiresolution apertures. In: EUSIPCO 2000, 2000, Tampere. Proceedings of EUSIPCO 2000, 2000. v. IV. p. 1905-1908.
20. HIRATA JR., R. ; FLORES, F. C. ; BARRERA, J. ; LOTUFO, R. A. ; MEYER, F. . Color Image Gradients for Morphological Segmentation. In: SIBGRAPI'2000, 2000, Gramado. Proceedings of SIBGRAPI'2000. Gramado : IEEE, 2000. v. 1. p. 316-322.
21. HIRATA JR., R. ; DOUGHERTY, E. R. ; BARRERA, J. . Some applications of aperture filters. In: ISMM'2000, 2000, San Jose. Mathematical Morphology and its Applications to Image Processing. Dordrecht : Kluwer Academic, 2000.
22. HIRATA JR., R. ; DOUGHERTY, E. R. ; BARRERA, J. . Optimal Range-Domain Window Filters. In: Nonlinear Image Processing X, 1999, San Jose, CA. Nonlinear Image Processing X. San Jose : SPIE, 1999. v. 3646. p. 38-45.
23. HIRATA JR., R. ; BARRERA, J. ; FLORES, F. C. ; LOTUFO, R. A. . Automatic Design of Morphological Operators for Motion Segmentation. In: SIBGRAPI'99, 1999, Campinas. Proceedings of the SIBGRAPI'99. Campinas : IEEE, 1999. v. 1. p. 283-292.
24. MADEIRA, H. M. F. ; BARRERA, J. ; HIRATA JR., R. ; HIRATA, N. S. T. . A New Paradigm for the Architecture of Morphological Machines . In: SIBGRAPI'99, 1999, Campinas. Proceedings of the SIBGRAPI'99. Campinas : IEEE, 1999. v. 1. p. 283-292.
25. BARRERA, J. ; TERADA, R. ; LOTUFO, R. A. ; HIRATA, N. S. T. ; HIRATA JR., R. ; ZAMPIROLLI, F. A. . An OCR based on Mathematical Morphology. In: Nonlinear Image Processing IX, 1998, San Jose. Proceedings of SPIE. San Jose - CA : SPIE, 1998. v. 3304. p. 197-208.
26.   BARRERA, J. ; HIRATA JR., R. . Fast Algorithms to Compute Elementary Operators of Mathematical Morphology. In: SIBGRAPI'97, 1997, Campos do Jordão. SIBGRAPI'97, 1997. v. 1. p. 163-170.
27. HIRATA JR., R. ; BARRERA, J. ; LOTUFO, R. A. . A Tutorial on Image Segmentation via Mathematical Morphology with Khoros. In: Khoros 97 proceedings, 1997, Albuquerque. Khoros 97 proceedings. Albuquerque : Khoral Research, 1997. v. 1.
Resumos expandidos publicados em anais de congressos
1. HIRATA JR., R. . Sistema de Acessibilidade a Cores - Visocor. In: Brazilian Symposium on Computer Graphics and Image Processing, 2010, Gramado. Workshop of Undergraduate Works, 2010.
2. Higa, Carlos ; HASHIMOTO, R. F. ; Hirata Jr., Roberto ; HIRATA, N. S. T. ; Carlos S. Santos . Inference of gene regulatory network using temporal coefficient of determination obtained from ergodic Markov chains. In: Genomic Signal Processing and Statistics - GENSIPS, 2009, Minneapolis. IEEE International Workshop on Genomic Signal Processing and Statistics, 2009. p. 1-4.
3. Luis Roberto Pereira de Paula ; Carlos S. Santos ; Marco Antônio Gutierrez ; Marina Rebelo ; Hirata Jr., Roberto . MIV: A Cardiac Image Visualizer. In: Brazilian Symposium on Computer Graphics and Image Processing - Sibgrapi, 2009, Rio de Janeiro. 22nd Brazilian Symposium on Computer Graphics and Image Processing. SIBGRAPI, 2009, 2009.
4. Higa, Carlos ; HASHIMOTO, R. F. ; Hirata Jr., Roberto ; HIRATA, N. S. T. . Considerations on Using CoD for Inference of Gene Regulation Networks. In: 4th X-Meeting, 2008, Salvador. 4th X-Meeting, 2008. p. 1-4.
Resumos publicados em anais de congressos
1. Grynberg, Priscila ; Passos-Silva, Danielle Gomes ; Hirata Jr, Roberto ; Macedo, Andrea Mara ; NEVES, E. J. ; Machado, Carlos Renato ; Franco, Glória Regina . Analysis of Trypanosoma cruzi gene expression in response to ionizing radiation using the DNA microarray technique. In: ISCB Latin America Conference, 2010, Montevideo. ISCB Latin America Conference, 2010.
2. Talita Perciano Costa Leite ; Hirata Jr., Roberto ; CESAR JUNIOR, R. M. . An Image Simulator of Soil Profiles with Plant Roots for Image Segmentation. In: Brazilian Symposium on Computer Graphics and Image Processing, 2009, Rio de Janeiro. Anais do XXII Brazilian Symposium on Computer Graphics and Image Processing, 2009, 2009.
3. Grynberg, Priscila ; Passos-Silva, Danielle Gomes ; Hirata Jr, Roberto ; Macedo, Andrea Mara ; Machado, Carlos Renato ; Bartholomeu, Daniella Castanheira ; Franco, Glória Regina . ANALYSIS OF Trypanosoma cruzi GENE EXPRESSION IN RESPONSE TO IONIZING RADIATION USING THE DNA MICROARRAY TECHNIQUE. In: X-meeting 2009 - 5th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology, 2009, Angra dos Reis. X-meeting Eletronic Abstracts Book 2009, 2009.
4. Grynberg, Priscila ; Passos-Silva, Danielle Gomes ; Hirata Jr, Roberto ; Macedo, Andrea Mara ; NEVES, E. J. ; Machado, Carlos Renato ; Bartholomeu, Daniella Castanheira ; Franco, Glória Regina . Analysis of Trypanosoma cruzi gene expression in response to ionizing radiation using the microarray technique. In: IV Meeting in Fundamental Aspects of DNA Repair and Mutagenesis, 2009, Belo Horizonte. IV Meeting in Fundamental Aspects of DNA Repair and Mutagenesis, 2009.
5. REIS, L. F. ; CARVALHO, A. F. ; NEVES, E. J. ; HIRATA JR., R. ; MARTINS, W. K. ; MONTAGNINI, A. L. ; SOARES, F. A. . Molecular Classifieres for gastric cancer and non-malignant diseases of the gastric mucosa. In: AACR 2003, 2003, Toronto. AACR 2003, 2003.
6. ESTEVES, G. P. ; DANTAS, D. O. ; HIRATA JR., R. ; NEVES, E. J. ; BARRERA, J. ; REIS, L. F. ; CARVALHO, A. F. . A Study on some parameters that may influence cDNA microarrays analysis. In: Congresso Nacional de Genética, 2002, Águas de Lindóia. Congresso Nacional de Genética, 2002.
7. GOMES, L. I. ; STOLF, B. S. ; ESTEVES, G. P. ; MARTINS, W. K. ; HIRATA JR., R. ; NEVES, E. J. ; REIS, L. F. ; CARVALHO, A. F. . Assesment of bias introduced by RNA amplification for microarray hybridization. In: Congresso Nacional de Genética, 2002, Águas de Lindóia. Congresso Nacional de Genética, 2002.
8. STOLF, B. S. ; CARVALHO, A. F. ; MARTINS, W. K. ; RUNZA, F. B. ; HIRATA JR., R. ; NEVES, E. J. ; SOARES, F. A. ; KOWALSK, P. L. ; CARVALHO, M. B. ; REIS, L. F. . Identification of genes differentially expressed in thyroid tumors. In: Congresso Nacional de Genética, 2002, Águas de Lindóia. Congresso Nacional de Genética, 2002.
9. SILVA, R. L. A. ; MACKAY, A. ; CARVALHO, A. F. ; RUNZA, F. B. ; HIRATA JR., R. ; NEVES, E. J. ; HARE, M. O. ; REIS, L. F. . Identification of genes with altered expression in human mammary luminal cell lines as a consequence of ERBB (HER2-neu) overexpression. In: Congresso Nacional de Genética 2002, 2002, Águas de Lindóia. Congresso Nacional de Genética 2002, 2002.
10. MEIRELES, S. I. ; CARVALHO, A. F. ; HIRATA JR., R. ; MONTAGNINI, A. L. ; MARTINS, W. K. ; RUNZA, F. B. ; MENDONCA, C. E. ; SOARES, F. A. ; NEVES, E. J. ; REIS, L. F. . Identification of molecular markers in gastric cancer by cDNA arrays. In: Congresso Nacional de Genética 2002, 2002, Águas de Lindóia. Congresso Nacional de Genética 2002, 2002.
11. BAGATTINI, R. ; GORJÃO, R. ; TAMINATO, A. ; CHEN, G. ; DRIESSCHE, N. V. ; SANTOS, T. T. ; OKIDA, G. T. ; HIRATA JR., R. ; FERREIRA, J. E. ; NEVES, E. J. ; BARRERA, J. ; KUSPA, A. ; SHAULSKY, G. ; SOUZA, G. M. . A role for yaka, camp and pka in the nitrosoative/oxidative stress response of dictyostelium discoideum cells. In: International Dictyostelium Conference, 2001, La Jolla, California - USA, 2001.
Produção técnica
Softwares sem registro de patente
1. Perciano, Talita ; Hirata Jr., Roberto ; CESAR JUNIOR, R. M. . A Plant Root Simulator. 2009.
2. Flores, Rodrigo ; Hirata Jr., Roberto ; DIAS, R. A. . Geneplot. 2008.
3. Schouery, Rafael, C. S. ; HIRATA JR., R. ; SETZER, V. W. . HIPO - Computador Hipotético. 2007.
4. DIAS, R. A. ; HIRATA JR., R. . A dotNet Grid Computer. 2005.
5.   HIRATA JR., R. ; HIRATA, N. S. T. ; BARRERA, J. . PAC Library - Probably Approximate Correct library functions. 1997.
Demais tipos de produção técnica
1.
HIRATA JR., R. . Introdução à bioinformática. 2006. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

Bancas
Participação em bancas examinadoras
Dissertações
1. Marco Antônio Gutierrez; Marcel Parolin Jackowski; Hirata Jr., Roberto. Participação em banca de Luis Roberto Pereira de Paula. Segmentação de Imagens SPECT/Gated-SPECT do miocárdio e geração de um mapa polar. 2011. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo.
2. Hirata Jr., Roberto; Carlos S. Santos; Goldman, Alfredo. Participação em banca de Rodrigo Bernardo Pimentel. Localização em dispositivos móveis utilizando sinais de redes Wi-Fi. 2011. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo.
3. Hirata Jr., Roberto; Morimoto, Carlos H.; João Eduardo Kogler Jr.. Participação em banca de Thiago Meireles Paixão. Rastreamento de objetos utilizando reconhecimento estrutural de padrões. 2010. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo.
4. Hirata Jr., Roberto; Goldman, Alfredo; Bruno Richard Shultze. Participação em banca de Rodrigo Assirati Dias. Um middleware para processamento bioestatístico em grades computacionais. 2009. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo.
5. Romero Tori; Regina Melo Silveira; Hirata Jr., Roberto. Participação em banca de Lucas Padovani Trias. Janela 3D: uma ferramenta de tele-comunicação visual sensível ao ponto de vista do usuário. 2009. Dissertação (Mestrado em Engenharia Elétrica) - Universidade de São Paulo.
6. FERREIRA, J. E.; Jorge Rady de Almeida Jr.; Hirata Jr., Roberto. Participação em banca de Grace Anne Pontes Borges. Fluxo de dados em redes de Petri coloridas e em grafos orientados a atores. 2008. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo.
7. CESAR JUNIOR, R. M.; Hirata Jr., Roberto; LOTUFO, R. A.. Participação em banca de Arnaldo Câmara Lara. Segmentação de Movimento Usando Morfologia Matemática. 2007. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo.
8. Hirata Jr., Roberto; VELH, L. C. P. R.; CESAR JUNIOR, R. M.. Participação em banca de David da Silva Pires. Rastreamento de componentes conexas em vídeo 3D para obtenção de estruturas tridimensionais. 2007. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo.
9. Morimoto, Carlos H.; HIRATA JR., R.; Traina, Agma J. M.. Participação em banca de Regis de Abreu Barbosa. Detecção e rastreamento de faces e características faciais com aplicação em indexação de vídeo e estimação da orientação de faces. 2006. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo.
10. CESAR JUNIOR, R. M.; HIRATA JR., R.; CARRER, H.. Participação em banca de Jesús Pascual Mena Chalco. Identificação de Regiões Codificantes de Proteina através da Transformada Modificada de Morlet. 2005. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Instituto de Matemática e Estatística.
11. Morimoto, Carlos H.; HIRATA JR., R.; Zuffo, Marcelo K.. Participação em banca de Marcio Calixto Cabral. Interação baseada em gestos de mãos e cabeça para ambientes de realidade virtual utilizando visão computacional. 2005. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo.
Teses de doutorado
1. Hirata Jr., Roberto; Barrera, Junior; João Eduardo Kogler Jr.; CESAR JUNIOR, R. M.; MASCARENHAS, N. D. D.. Participação em banca de Carlos da Silva dos Santos. Construção de atributos binários baseada em análise de interações. 2010. Tese (Doutorado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo.
2. CESAR JUNIOR, R. M.; Morimoto, Carlos H.; Hirata Jr., Roberto. Participação em banca de David da Silva Pires. Rastreamento de componentes conexas em vídeo 4D. 2010. Tese (Doutorado em Ciencia da Computacao) - Universidade de São Paulo.
3. Alexandre Xavier Falcão; Aparecido Nilceu Marana; Hélio Pedrini; LEITE, N. J.; Hirata Jr., Roberto. Participação em banca de Leyza Elemeri Baldo Dorini. Transformações de Imagens Baseadas em Morfologia Matemática. 2009. Tese (Doutorado em Ciência da Computação) - Universidade Estadual de Campinas.
4. LOTUFO, R. A.; José Eduardo Cogo Castanho; Hirata Jr., Roberto; TOZZI, C. L.; José Mario De Martino. Participação em banca de Franklin César Flores. Um Método Interativo para a Segmentação Morfológica de Objetos em Sequências de Imagens. 2009. Tese (Doutorado em Doutorado em Engenharia Elétrica) - Universidade Estadual de Campinas.
5. LOTUFO, R. A.; ZAMPIROLLI, F. A.; Hirata Jr., Roberto; TOZZI, C. L.; José Mario De Martino. Participação em banca de Alexandre Gonçalves Silva. Uso de Árvore de Componentes para Filtragem, Segmentação. 2009. Tese (Doutorado em Doutorado em Engenharia Elétrica) - Universidade Estadual de Campinas.
6. Morimoto, Carlos H.; Hirata Jr., Roberto; Traina, Agma J. M.; Anna Helena Reali Costa; Hélio Pedrini. Participação em banca de Thiago Teixeira dos Santos. Detecção e rastreamento de múltiplos objetos em condição de oclusão severa por meio de integração de suporte sob restrição homográfica. 2009. Tese (Doutorado em Ciencia da Computacao) - Universidade de São Paulo.
7. Emílio Del Moral Hernández; Fátima Nelsizeuma Sombra de Medeiros; Hirata Jr., Roberto; Sebastião Gomes dos Santos Filho; Ivette Frida Cymbaum Oppenheim. Participação em banca de Priscila Braga Calíope. Caracterização de nanofibras através de técnicas de processamento de imagens. 2009. Tese (Doutorado em Doutorado em Engenharia Elétrica) - Universidade de São Paulo.
8. HASHIMOTO, R. F.; Hirata Jr., Roberto; Hae Yong Kim; Alexandre Xavier Falcão; Fernando Mendes de Azevedo. Participação em banca de João Henrique Burckas Ribeiro. Aprendizado Computacional baseado em distância a segmentos de reta. 2009. Tese (Doutorado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo.
9. Aline Maria da Silva; Wilson Araújo da Silva Jr.; Helena Paula Brentani; Mari Cleide Sogayar; Hirata Jr., Roberto. Participação em banca de Ana Carolina Quirino Simões. Planejamento, gerenciamento e análise de dados de microarranjos de DNA para identificação de biomarcadores de diagnóstico e prognóstico de cânceres humanos. 2009. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.
10. Paulo Eduardo Santo; CESAR JUNIOR, R. M.; HIRATA JR., R.; Anna Helena Reali Costa; Olga Regina Pereira Bellon. Participação em banca de Celina Maki Takemura. Modelagem de posições relativas de formas complexas para análise de configuração espacial: entre e ao longo de. 2008. Tese (Doutorado em Ciencia da Computacao) - Universidade de São Paulo.
11. Alexandre Xavier Falcão; Hirata Jr., Roberto; Hélio Pedrini; Jacques Wainer; Leila Maria Garcia Fonseca. Participação em banca de João Paulo Papa. Classificação Supervisionada de Padrões Utilizando Floresta de Caminhos Ótimos. 2008. Tese (Doutorado em Ciência da Computação) - Universidade Estadual de Campinas.
12. CESAR JUNIOR, R. M.; RODA, V. O.; GONCALVES NETO, L.; HIRATA JR., R.; TRAVIESO, G.. Participação em banca de Sílvia Cristina Dias Pinto. Análise de formas 3D usando wavelets 1D, 2D e 3D. 2005. Tese (Doutorado em Física) - Universidade de São Paulo.
13. Hae Yong Kim; Ana Reali Costa; Roseli de Deus Lopes; Gilson Antonio Giraldi; Hirata Jr., Roberto. Participação em banca de Carlos Ramon Pantaleon Dionisio. Características de formas planas invariantes sob transformações de similaridade e afim. 2005. Tese (Doutorado em Doutorado em Engenharia Elétrica) - Universidade de São Paulo.
14. HIRATA JR., R.; LOTUFO, R. A.; DORNELLAS, M. C.; TOZZI, C. L.; LEITE, N. J.. Participação em banca de Francisco de Assis Zampirolli. Transformada de Distância por Morfologia Matemática. 2003. Tese (Doutorado em Engenharia Elétrica) - Universidade Estadual de Campinas.
Qualificações de doutorado
1. Ariane Machado-Lima; Hirata Jr., Roberto; Patrícia Severino. Participação em banca de Alexandre Rossi Paschoal. Caracterização de RNA não codificante em Apis mellifera (abelha) e Nasonia Vitripennis (vespa). 2010. Exame de qualificação (Doutorando em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.
2. Hirata Jr., Roberto; João Eduardo Kogler Jr.; SOARES, F. A.. Participação em banca de Fábio Roberto de Miranda. Tarefas visuais para comparação de sistemas de visão computacional. 2010. Exame de qualificação (Doutorando em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo.
3. Hirata Jr., Roberto; MASCARENHAS, N. D. D.; Marcel Parolin Jackowski. Participação em banca de Talita Perciano Costa Leite. Segmentação de imagens com estruturas finas. 2010. Exame de qualificação (Doutorando em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo.
4. CESAR JUNIOR, R. M.; Hirata Jr., Roberto; HASHIMOTO, R. F.. Participação em banca de Kelly Rosa Braghetto. Técnicas de mineração de dados para descoberta de modelos de processos de negócios. 2008. Exame de qualificação (Doutorando em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo.
5. BARRERA, J.; CESAR JUNIOR, R. M.; Hirata Jr., Roberto. Participação em banca de Daniel Oliveira Dantas. Segmentacao e reconhecimento de gestos em tempo real com cameras e aceleracao grafica. 2008. Exame de qualificação (Doutorando em Ciencia da Computacao) - Universidade de São Paulo.
6. FERREIRA, J. E.; Francisco Carlos da Rocha Reverbel; Hirata Jr., Roberto. Participação em banca de Alexandre Ricardo Nardi. Uma arquitetura de baixo acoplamento para execução de padrões de controle de fluxo em grades. 2008. Exame de qualificação (Doutorando em Ciencia da Computacao) - Universidade de São Paulo.
7. Hirata Jr., Roberto; CESAR JUNIOR, R. M.; Fábio Gagliardi Cozman. Participação em banca de Carlos da Silva dos Santos. Construção de atributos binários baseada em análise de interações. 2008. Exame de qualificação (Doutorando em Ciencia da Computacao) - Universidade de São Paulo.
8. HASHIMOTO, R. F.; Marco Dimas Gubitoso; Hirata Jr., Roberto. Participação em banca de João Henrique Burckas Ribeiro. Aprendizado computacional baseado em distância a segmentos de retas. 2008. Exame de qualificação (Doutorando em Ciencia da Computacao) - Universidade de São Paulo.
9. Emílio Del Moral Hernández; Hirata Jr., Roberto; Ana Neilde Rodrigues da Silva. Participação em banca de Priscila Braga Calíope. Caracterização de Imagens de Nanofibras através de Técnicas de Inteligência Artificial e Processamento de Imagens. 2007. Exame de qualificação (Doutorando em Doutorado em Engenharia Elétrica) - Universidade de São Paulo.
10. SANTOS, T. T.; Morimoto, Carlos H.; HIRATA JR., R.; CESAR JUNIOR, R. M.. Participação em banca de Thiago Teixeira dos Santos. Aplicações de aspectos perceptuais da visão humana à indexação e recuperação de informação em imagens e vídeo. 2006. Exame de qualificação (Doutorando em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo.
11. Simões, Ana C. Q.; HIRATA JR., R.; NEVES, E. J.; FERREIRA, J. E.. Participação em banca de Ana Carolina Q. Simoes. Gerenciamento e análise de dados de microarrays de DNA para identificação de biomarcadores de diagnóstico e prognóstico do câncer de próstata humano. 2006. Exame de qualificação (Doutorando em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.
12. Morimoto, Carlos H.; CESAR JUNIOR, R. M.; Hirata Jr., Roberto. Participação em banca de Thiago Teixeira dos Santos. Aplicações de aspectos perceptuais da visão humana à indexação e recuperação de informação em imagens e vídeo. 2006. Exame de qualificação (Doutorando em Ciencia da Computacao) - Universidade de São Paulo.
13. Takemura, Celina M.; CESAR JUNIOR, R. M.; HIRATA JR., R.; Morimoto, Carlos H.. Participação em banca de Celina Maki Takemura. Modelagem de posições relativas de formas complexas para análise de configuração espacial. 2005. Exame de qualificação (Doutorando em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo.
14. CARRER, H.; FERREIRA, J. E.; Hirata Jr., Roberto. Participação em banca de Ana Carolina Quirino Simões. Análise e armazenamento de dados de microarray. 2005. Exame de qualificação (Doutorando em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.
15. CESAR JUNIOR, R. M.; Hirata Jr., Roberto; Morimoto, Carlos H.. Participação em banca de Celina Maki Takemura. Modelagem de posições relativas de formas complexas para análise de configuração espacial: entre e ao longo de. 2005. Exame de qualificação (Doutorando em Ciencia da Computacao) - Universidade de São Paulo.

Eventos
Participação em eventos
1. Jornadas Argentinas de Informática.Gene Expression Data Analysis. 2010. (Congresso).
2. Jornadas Argentinas de Informática.Machine Learning Applied to Gene Expression Data. 2010. (Congresso).
3. 26o Colóquio Brasileiro de Matemática.Projeto de operadores de imagens: novos avanços usando multirresolução e combinação de classificadores. 2007. (Congresso).
4. Regulamentacao das Profissoes em Tecnologias da Informacao.Regulamentacao das Profissoes em Tecnologias da Informacao. 2005. (Seminário).
5. 6th International Meeting of the Microarray Gene Expression Data Society.Molecular classifiers based on gene cliques. 2003. (Congresso).
6. 6th International Meeting of the Microarray Gene Expression Data Society.Remarks on analysis of gene expression robustness. 2003. (Congresso).
7. A Biotecnologia e o Futuro da Agricultura.A Biotecnologia e o Futuro da Agricultura. 2003. (Seminário).
8. Technoimage 2002.Análise de dados e imagens de microarray. 2002. (Congresso).
9. I Latin American Course on Bioinformatics for Tropical Disease. 2002. (Simpósio).
10. VIth Brazilian School of Probability.Microarray Image Analysis. 2002. (Simpósio).
11. New leads in experimental and clinical gene targeting in cancer. 2002. (Simpósio).
Organização de eventos
1. BARRERA, J. ; BANON, G. J. F. ; BRAGA NETO, U. ; HIRATA JR., R. . Simpósio Internacional de Morfologia Matemática. 2007. (Congresso).

Orientações
Orientações em andamento
Dissertação de mestrado
1. Leissi Margarita Castañeda León. Busca de objetos em vídeos baseada em modelos obtidos a partir de um conjunto de imagens. Início: 2010. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo. (Orientador).
2. Rafael de O. L. Gonçalves. A importância dos atributos de cores em PDI e CBIR. Início: 2010. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo. (Orientador).
3. Herbert J. L. Laricano. Aperfeiçoamento de máquinas de busca para imagens. Início: 2010. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo. (Orientador).
Tese de doutorado
1. Jorge Luis Guevara Dias. Cliques de genes como marcadores moleculares para câncer. Início: 2010. Tese (Doutorado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. (Orientador).
2. Talita Perciano Costa Leite. Análise de formas em imagens naturais. Início: 2008. Tese (Doutorado em Ciencia da Computacao) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. (Orientador).
3. Arnaldo Câmara Lara. Segmentação de sequências de vídeo usando morfologia matemática. Início: 2008. Tese (Doutorado em Ciencia da Computacao) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. (Orientador).
4. Fabio Roberto de Miranda. Processos evolutivos em visão computacional. Início: 2007. Tese (Doutorado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo. (Orientador).
Supervisões e orientações concluídas
Dissertação de mestrado
1. Rodrigo Bernardo Pimentel. Estimação de pose em dispositivos móveis. 2008. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, . Orientador: Roberto Hirata Junior.
2. Thiago M. Paixão. Rastreamento de objetos baseado em atualização de modelos em imagens de fundo dinâmico. 2007. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Instituto de Matemática e Estatística, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Orientador: Roberto Hirata Junior.
3. Luis Roberto P. Paula. Bull´s Eye Morfológico. 2007. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Instituto de Matemática e Estatística, . Orientador: Roberto Hirata Junior.
4. Rodrigo Assirati Dias. Arquiteturas em grade para aprendizado estatístico e computacional. 2005. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Instituto de Matemática e Estatística, . Orientador: Roberto Hirata Junior.
5. Arnaldo Câmara Lara. Segmentação de sequências de vídeo usando morfologia matemática. 2005. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Instituto de Matemática e Estatística, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Roberto Hirata Junior.
6. Daniel André Vaquero. Projeto Multirresolução de Operadores Morfológicos a Partir de Exemplos. 2004. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Instituto de Matemática e Estatística, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Co-Orientador: Roberto Hirata Junior.
Tese de doutorado
1. Carlos da Silva dos Santos. Técnicas de classificação no diagnóstico cardíaco baseado em quantificação de movimento de imagens nucleares. 2005. Tese (Doutorado em Ciência da Computação) - Instituto de Matemática e Estatística, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Orientador: Roberto Hirata Junior.
Trabalho de conclusão de curso de graduação
1. Alexandre Ouno Atoji. Implementação de uma grade BOINC no CEC com aplicações para codificação de vídeos. 2010. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Ciência da Computação) - Universidade de São Paulo. Orientador: Roberto Hirata Junior.
2. André Shoji Asato e Rafael de O. Lopes Gonçalves. Acessibilidade para deficientes visuais para cores. 2009. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Ciência da Computação) - Universidade de São Paulo. Orientador: Roberto Hirata Junior.
3. Rodrigo Luiz Marques Flores. BOINC + R: Executando rotinas de bioinformática em grades oportunistas. 2009. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Ciência da Computação) - Universidade de São Paulo. Orientador: Roberto Hirata Junior.
4. Edson Kenji Ninomiya e José Antonio Cardoso Marum Jr.. Visualizador de Múltiplos Vídeos. 2009. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Ciência da Computação) - Universidade de São Paulo. Orientador: Roberto Hirata Junior.
5. Andre de M. Folli e Bruno H. Yoshimura e Gustavo A. Nery. Adequabilidade do Kepler para pacotes de Bioinformática do R. 2007. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Ciência da Computação) - Universidade de São Paulo. Orientador: Roberto Hirata Junior.
6. Rodrigo Assirati Dias. A dotNet Grid Computer. 2004. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Bacharelado Em Ciência da Computação) - Faculdade SENAC de Ciências Exatas e Tecnologia. Orientador: Roberto Hirata Junior.
7. Paula Akemi Nishimoto. A dotNet Grid Computer. 2004. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Bacharelado Em Ciência da Computação) - Faculdade SENAC de Ciências Exatas e Tecnologia. Orientador: Roberto Hirata Junior.
8. Eric Rodrigo Ramos. Design Patterns for DIP. 2004. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Bacharelado Em Ciência da Computação) - Faculdade SENAC de Ciências Exatas e Tecnologia. Orientador: Roberto Hirata Junior.
9. Bianca Bacci Fernandes. Design Patterns for DIP. 2004. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Bacharelado Em Ciência da Computação) - Faculdade SENAC de Ciências Exatas e Tecnologia. Orientador: Roberto Hirata Junior.
Iniciação Científica
1. Rodrigo Marques Flores. R-GeneCliques. 2007. Iniciação Científica. (Graduando em Ciência da Computação) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Roberto Hirata Junior.
2. Rafael Crivellari Saliba Schouery. Computador Hipo. 2005. Iniciação Científica. (Graduando em Ciência da Computação) - Instituto de Matemática e Estatística, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Roberto Hirata Junior.
3. Rodrigo Assirati Dias. Análise de dados de microarrays. 2003. Iniciação Científica. (Graduando em Bacharelado Em Ciência da Computação) - Faculdade SENAC de Ciências Exatas e Tecnologia, Serviço de Ensino e Aprendizagem do Comércio. Orientador: Roberto Hirata Junior.
4. Rodrigo Assirati Dias. Análise de dados de microarrays. 2002. Iniciação Científica. (Graduando em Bacharelado Em Ciência da Computação) - Faculdade SENAC de Ciências Exatas e Tecnologia, Serviço de Ensino e Aprendizagem do Comércio. Orientador: Roberto Hirata Junior.
5. Paula Akemi Nishimoto. O uso do Mathcad para o auxílio no ensino de programação. 2002. Iniciação Científica. (Graduando em Bacharelado Em Ciência da Computação) - Faculdade SENAC de Ciências Exatas e Tecnologia, Serviço de Ensino e Aprendizagem do Comércio. Orientador: Roberto Hirata Junior.
6. Michel Koji Mizusaka. Uma aplicação de aprendizado não-supervisionado para desembaralhar imagens. 2002. Iniciação Científica. (Graduando em Bacharelado Em Ciência da Computação) - Faculdade SENAC de Ciências Exatas e Tecnologia, Serviço de Ensino e Aprendizagem do Comércio. Orientador: Roberto Hirata Junior.
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