Rede de Colaboração
Diretório de grupos de pesquisa|
Marco Dimas Gubitoso Possui graduação em Bacharelado em Física pela Universidade de São Paulo (1980), mestrado em Física pela Universidade de São Paulo (1986) e doutorado em Ciências da Comunicação pela Universidade de São Paulo (1996). Atualmente é professor assistente doutor da Universidade de São Paulo. Tem experiência na área de Ciência da Computação, com ênfase em Metodologia e Técnicas da Computação, atuando principalmente nos seguintes temas: sistemas operacionais, paralelismo, simulação, bioinformática e paralelização.
Última
atualização do currículo em 27/08/2011
Endereço para acessar este CV: http://lattes.cnpq.br/5510586949900283 |
Dados pessoais
| Nome | Marco Dimas Gubitoso |
| Nome em citações bibliográficas | GUBITOSO, M. D. |
| Sexo | Masculino |
| Endereço profissional | Universidade de São Paulo, Instituto de Matemática e Estatística. Rua do Matão,1010 Cidade Universitária 05508-900 - Sao Paulo, SP - Brasil Telefone: (011) 30915766 Fax: (011) 30916134 URL da Homepage: http://www.ime.usp.br/~gubi |
Formação acadêmica/Titulação
| 1992 - 1996 | Doutorado em Ciências da Computação
.
Universidade de São Paulo, USP, Brasil. Título: Modelos de Desempenho para Sistemas de Memória Compartilhada Virtual, Ano de Obtenção: 1996. Orientador:  Siang Wun Song.
Palavras-chave: Analise de Desempenho; Memoria Compartilhada; Memoria Compartilhada Virtual; Modelagem de Desempenho; Paralelismo; Processamento Paralelo. Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação. Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Metodologia e Técnicas da Computação. Setores de atividade: Informática. |
| 1981 - 1986 | Mestrado em Física
.
Universidade de São Paulo, USP, Brasil. Título: Grupos de Lie e Teorias de Grã-Unificação, Ano de Obtenção: 1987. Orientador: Gil da Costa Marques.
Bolsista do(a): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico ,CNPq ,Brasil . Palavras-chave: Algebras de Lie; Grã-Unificação. Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Física / Subárea: Física das Partículas Elementares e Campos / Especialidade: Teoria Geral de Partículas e Campos. |
| 1977 - 1980 | Graduação em Bacharelado em Fisica
.
Universidade de São Paulo, USP, Brasil. |
Formação complementar
| 2007 - 2007 | Multi-Core Programming.
(Carga horária: 24h). Intel Corporation. |
| 1977 - 1977 | Introdução á Mineralogia Descritiva.
(Carga horária: 30h). Prefeitura Municipal de São Paulo. |
| 1976 - 1976 | Fundametos de Astrofisica.
(Carga horária: 60h). Prefeitura Municipal de São Paulo. |
Atuação profissional
| Universidade de São Paulo, USP, Brasil. |
| Vínculo institucional |
| 1996 - Atual | Vínculo: Servidor Público, Enquadramento Funcional: Professor Assistente Doutor, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva. |
| Outras informações | Coordenador de Curso: 2003 a 2011 Vice-presidente da CG-2008 a 2009 Presidente da CG - 2009 a 2011 Vice-presidente da CG - 2011 |
| Vínculo institucional |
| 1987 - 1996 | Vínculo: Servidor Público, Enquadramento Funcional: Professor Assistente, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva. |
| Atividades |
| 09/2008 - Atual | Direção e administração, Instituto de Matemática e Estatística, . |
| Cargo ou função Presidente da Comissão de Graduação. |
| 09/2008 - Atual | Conselhos, Comissões e Consultoria, Reitoria, Pró-Reitoria de Graduação. |
|
Cargo ou função
Membro do Conselho de Graduação. |
| 09/2008 - Atual | Conselhos, Comissões e Consultoria, Instituto de Matemática e Estatística, . |
|
Cargo ou função
Membro da Congregação. |
| 2005 - Atual | Outras atividades técnico-científicas , Instituto de Matemática e Estatística, Departamento de Ciência da Computação. |
|
Atividade realizada Participante do Grupo de Bioinformática, do Diretório de Grupo de Pesquisa no Brasil do CNPq. |
| 07/2003 - Atual | Conselhos, Comissões e Consultoria, Instituto de Matemática e Estatística, Departamento de Ciência da Computação. |
|
Cargo ou função
Coordenador do Curso de Bacharelado em Ciência da Computação. |
| 06/2003 - Atual | Conselhos, Comissões e Consultoria, Instituto de Matemática e Estatística, . |
|
Cargo ou função
Membro da Comissão de Graduação. |
| 05/2000 - Atual | Atividades de Participação em Projeto, Instituto de Matemática e Estatística, . |
|
Projetos de pesquisa CAGE - Cooperation for Analysis of Gene Expression |
| 1999 - Atual | Outras atividades técnico-científicas , Instituto de Matemática e Estatística, Departamento de Ciência da Computação. |
|
Atividade realizada Integrante do BIOINFO-USP. |
| 01/1997 - Atual | Ensino, Ciencia da Computacao, Nível: Pós-Graduação. |
| Disciplinas ministradas Conceitos de Linguagens de Programação Desenvolvimento de Sistemas para Bioinformática Introdução ao Processamento de Alto Desempenho Introdução ao Processamento Paralelo e Distribuído |
| 1996 - Atual | Atividades de Participação em Projeto, Instituto de Matemática e Estatística, . |
|
Projetos de pesquisa Modelos de Sinalização Celular |
| 06/1992 - Atual | Conselhos, Comissões e Consultoria, Instituto de Matemática e Estatística, Departamento de Ciência da Computação. |
|
Cargo ou função
Membro do Conselho do Departamento. |
| 1992 - Atual | Outras atividades técnico-científicas , Instituto de Matemática e Estatística, Departamento de Ciência da Computação. |
|
Atividade realizada Participante do Grupo Computação Paralela e Distribuída, do Diretório de Grupo de Pesquisa no Brasil do CNPq.. |
| 05/1987 - Atual | Pesquisa e desenvolvimento . |
|
Linhas de pesquisa Processamento distribuido Bioinformatica Paralelismo |
| 03/1987 - Atual | Ensino, Bacharelado em Ciência da Computação, Nível: Graduação. |
| Disciplinas ministradas Principios de Desenvolvimento de Algoritmos Introdução a Computação Conceitos de Linguagens de Programação Introdução ao Processamento Paralelo e Distribuído Laboratório de Programação I e II Organização e Estrutura de Computadores Sistemas Operacionais |
| 03/2008 - 10/2008 | Direção e administração, Instituto de Matemática e Estatística, . |
| Cargo ou função Vice Presidente da Comissão de Graduação. |
| 2000 - 12/2005 | Outras atividades técnico-científicas , Instituto de Matemática e Estatística, Departamento de Ciência da Computação. |
|
Atividade realizada Membro do Grupo Coordenador do Projeto Genoma Vírus/FAPESP. |
| 03/2000 - 03/2004 | Atividades de Participação em Projeto, Instituto de Matemática e Estatística, Departamento de Ciência da Computação. |
|
Projetos de pesquisa VGDN Viral Genetic Diversity Network |
| 1999 - 2004 | Atividades de Participação em Projeto, Instituto de Matemática e Estatística, Departamento de Ciência da Computação. |
|
Projetos de pesquisa Otimização de Simuladores Atmosféricos em Computação Paralela |
| 2001 - 2003 | Atividades de Participação em Projeto, Instituto de Matemática e Estatística, Departamento de Ciência da Computação. |
|
Projetos de pesquisa Identificação dos Genes que regulam fenótipos de interesse em agropecuária através da análise computacional de dados de seqüências de expressão |
| 1998 - 2001 | Atividades de Participação em Projeto, Instituto de Matemática e Estatística, Departamento de Ciência da Computação. |
|
Projetos de pesquisa SIDAM - Sistema de Informações Distribuídas para Agentes Móveis |
| 03/1994 - 03/1999 | Atividades de Participação em Projeto, Instituto de Matemática e Estatística, Departamento de Ciência da Computação. |
|
Projetos de pesquisa PLENA: Parallel and Flexible Environmental Analysis |
| Instituto de Pesquisas Tecnológicas do Estado de São Paulo, IPT, Brasil. |
| Vínculo institucional |
| 1993 - 1993 | Vínculo: Colaborador, Enquadramento Funcional: Consultor |
| Atividades |
| 01/1993 - 09/1993 | Atividades de Participação em Projeto, Divisão de Economia e Engenharia de Sistemas, . |
|
Projetos de pesquisa Estudo de pré-viabilidade para implantação de um programa de industrialização de software no Estado de São Paulo |
| Carnegie Mellon University, CMU, Estados Unidos. |
| Vínculo institucional |
| 1989 - 1991 | Vínculo: Professor Visitante, Enquadramento Funcional: Visitante, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva. |
| Atividades |
| 07/1989 - 02/1991 | Pesquisa e desenvolvimento . |
|
Linhas de pesquisa Desenvolvimento de ambientes de programacao e paralelização |
Linhas de Pesquisa
| 1. | Desenvolvimento de ambientes de programacao e paralelização |
| Objetivos: Construçao de uma biblioteca de funcoes para a execuçao paralela de programas usando o rede Nectar, da Carnegie Mellon University.. Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação. Setores de atividade: Informática. Palavras-chave: Alto Desempenho; Paralelismo; Paralelização; Processamento Paralelo. |
| 2. | Processamento distribuido |
| Objetivos: Definicao de protocolos e algoritmos para agentes moveis. Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação. Palavras-chave: Agentes Moveis. |
| 3. | Bioinformatica |
| Objetivos: Utilizaçao de tecnicas de ciencia de computaçao e matematica aplicada para encontrar soluçoes de problemas e avanço do conhecimento na area de genomica.. Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Metodologia e Técnicas da Computação. Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Sistemas de Computação. Grande área: Ciências Biológicas / Área: Genética. Setores de atividade: Agricultura, Pecuária, Silvicultura, Exploração Florestal; Desenvolvimento de Programas (Software); Saúde Humana. Palavras-chave: Data mining; Genoma; Identificação de Sistemas; Simulação; Sistemas Dinâmicos. |
| 4. | Paralelismo |
| Objetivos: Desenvolvimento de programas, algoritmos e tecnicas de alto desempenho utilizando multiprocessamento. Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação. Setores de atividade: Informática. Palavras-chave: Memoria Compartilhada; Modelagem de Desempenho; Paralelismo. |
Projetos de Pesquisa
| 2001 - 2004 | VGDN Viral Genetic Diversity Network |
| Descrição: Este programa propõe a organização de uma rede de laboratórios em várias instituições de pesquisas no estado, com o intuito de estudar a diversidade genética dos vírus dentro de um contexto de ciência aplicada, a qual irá proporcionar tanto a capacidade do estudo genético dos vírus quanto o uso imediato dos dados primários relevantes (exemplo: monitoramento de vacinas, resistência a drogas antivirais e tipos de vírus para informação e doenças associadas). Muitos exemplos da importância desta iniciativa será apresentada neste projeto. O estabelecimento do VGDN será pertinente quanto a melhora da ciência
e tecnologia do estado de São Paulo, o que proporcionará o suporte necessário para a vigilância epidemiológica e controle das doenças virais.
Os quatro trabalhos coordenados incluirão os seguintes agentes: (i) vírus da imunodeficiência humana(HIV-1), (ii) vírus da hepatite C (HCV), (iii) vírus syncytial e hantavírus. Podemos dizer que levará 6 meses para montar os labs e 2,5 anos para gerar os primeiros dados. Será necessário um adicional de 6 meses para terminar qualquer experimento que não estivesse nos planos para completar as análises dos
dados. Espera-se que cada um dos 20 labs produzam 112,500 bp de HCV e 108,750 bp para HIV, 20,400 bp de RSV e 16,900 bp de hantavírus em dois anos. Cada posição do nucleotídeo será sequenciada em média 5 vezes de um número pré-definido de amplicons (1250 amostras de 3 amplicosn para HCV, 1450 amostras de 3 amplicons para HIV, 100 amostras com 3 amplicons para hantavírus, e 600 amostras com 4 amplicons para RSV). Desta maneira, aproximadamente 252,000 bp serão gerados em cada nódulo durante os 3 anos da operação.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação ( 2) / Mestrado acadêmico ( 1) . Integrantes: Marco Dimas Gubitoso - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.. |
| 2001 - 2003 | CAGE - Cooperation for Analysis of Gene Expression |
| Descrição: Atualmente, genomas inteiros e todo conjunto de ESTs de microorganismos importantes
economicamente de modelos biológicos relevantes e de humanos - estão se disponibilizando de forma
cada vez mais rápida. A fim de aproveitar desse enorme conjunto de genes e ESTs seqüenciados muitas
universidades e laboratórios industriais estão desenvolvendo tecnologia para analisar a expressão do
gene no nível do RNA, em uma base ampla do genoma, usando microarrays de DNA, também chamado
de DNA chips. Estas técnicas têm potencial para gerar centenas de pontos de dados de expressão de
dezenas de milhares de genes , cujo impacto na pesquisa biológica pode ser revolucionário. Análises de
tão ampla quantidade de dados cria problemas complexos e ainda não solucionados de armazenagem de
dados, mineração de dados, e projeto de preditores não lineares. Juntas, tais tarefas requerem uma
colaboração coordenada de, por um lado, estudiosos da computação e matemática, e por outro lado,
biólogos moleculares e químicos.
No estado de São Paulo, a FAPESP oportunamente lançou um programa sobre genoma, a
princípio iniciado pelo seqüenciamento do genoma da Xylella fastidiosa, e agora ampliado para outros
microorganismos e ESTs das células do câncer humano, células de plantas e cana-de-açúcar. A
iniciativa da FAPESP tem estabelecido condições suficientes para iniciar um competitivo projeto local
relativo à função dos genomas em relação a tecnologia microarrays de DNA.
Este projeto visa criar uma Cooperação para Análise de Expressão dos Genes - CAGE, uma
organização informal que coordenará os esforços colaborativos dos biólogos moleculares do Instituto de
Química (IQ-USP), cientistas da computação e matemáticos do Instituto de Matemática e Estatística (IMEUSP),
a fim de estudar a expressão do gene pela tecnologia microarray de DNA.
O objetivo inicial é instalar um laboratório equipado por: a)gravação robótica com precisão alta de
milhares de sinais de sequências de cDNA por cm2 sob. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico ( 8) Doutorado ( 2) . Integrantes: Junior Barrera - Integrante / Hugo Armelin - Coordenador / Marco Dimas Gubitoso - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.. |
| 2001 - 2003 | Identificação dos Genes que regulam fenótipos de interesse em agropecuária através da análise computacional de dados de seqüências de expressão |
| Descrição: O desenvolvimento de ferramentas para extração de informação de dados de genética depende de dois fatores essenciais: pesquisa básica em matemática-computação e aplicação a problemas relevantes de Biologia. A estrutura deste projeto é consistente com esta tese.
A nossa motivação é a produção de conhecimento em agropecuária. Em particular, pretendemos identificar genes ou conjuntos de genes que regulam fenótipos, como propriedades do eucalipto que têm impacto na manufatura de papel, musculatura de aves que têm impacto na qualidade da carne, ou cana de- açúcar que têm impacto na produção de açúcar e álcool.
Para atingir esses objetivos é fundamental a extração de dados quantitativos das espécies estudadas, o que inclui o sequenciamento e medida de expressão em estados biológicos de interesse.
Após a extração de dados pretende-se encontrar correlações que definam associação de genes, ou conjuntos de genes associados a fenótipos específicos. Para identificar esses genes é necessário um ambiente computacional que permita correlacionar dados de naturezas diversas. Um ambiente que execute tais tarefas deve ser composto por uma estrutrura de banco de dados modular que permita armazenar sequências de aminoácidos ou proteínas, cadeias metabólicas e dados de expressão; bibliotecas para reconhecimento de padrões (supervisionado e não supervisionado) e identificação de sistemas; hardware de alto desempenho, onde são implementadas funções críticas. Ambientes com tais
características são conhecidos na literatura como sistemas de mineração de dados.
O Núcleo de Pesquisa em Bioinformática da USP (BIOINFO-USP), sediado no IME-USP, vem
desenvolvendo um ambiente de mineração de dados para genética. O presente projeto irá contribuir para o desenvolvimento desse ambiente através da criação de novos módulos de análise de dados e da paralelização de funções críticas.
O desenvolvimento de ferramentas computacionais apropriadas depende de modelos matemáticacomputacionais, que, em muit. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Siang Wun Song - Integrante / Kunio Okuda - Integrante / Eduardo Jordão Neves - Integrante / Junior Barrera - Coordenador / Nina S. Tomita Hirata - Integrante / João Eduardo Ferreira - Integrante / Roberto Marcondes Cesar Júnior - Integrante / Routo Terada - Integrante / Roberto Hirada Junior - Integrante / Paulo José da Silva e Silva - Integrante / Alan Mitchell Durham - Integrante / Paulo Agozini Martin - Integrante / Marco Dimas Gubitoso - Integrante. . |
| 1999 - 2004 | Otimização de Simuladores Atmosféricos em Computação Paralela |
| Descrição: Esta atividade teve como objetivo final o aumento da eficiência numérica da versão paralela do modelo denominado Regional Atmospheric Modelling System RAMS , amplamento usado no Brasil em centros de pesquisa atmosférica no Brasil. Foram identificadas algumas partes do código que requerem significativo esforço de otimização algorítmica e de código. Em particular, os esquemas de interpolação associados ao aninhamento de grades teve que ser modificado.
Este esforço foi em grande parte financiado por um projeto financiado pela FINEP, cujo objetivo final era o de produzir um modelo eficiente para os centros regionais de meteorologia no Brasil, como parte de um programa do Ministério de
Ciência e Tecnologia no Programa de Tempo e Clima, coordenado pelo CPTEC.
http://milenio.impa.br/pt/2004/relatorioglobal-pt.pdf
. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Dilma Menezes da Silva - Integrante / Saulo Barros - Coordenador / Marco Dimas Gubitoso - Integrante. Financiador(es): Financiadora de Estudos e Projetos - Auxílio financeiro.. |
| 1998 - 2001 | SIDAM - Sistema de Informações Distribuídas para Agentes Móveis |
| Descrição: Os sistemas de agentes móveis têm-se expandido no mercado, dado o uso extensivo de dispositivos móveis, tais como: telefones celulares, PDAs e Notebooks. Os sistemas computacionais para a troca de informações entre tais dispositivos é ainda um objeto de estudo. O projeto SIDAM (Sistema de Informações Distribuídas de Agentes Móveis) está centrado no desenvolvimento de técnicas e ferramentas de suporte a sistemas de informação com agentes móveis. Uma das preocupações principais é o fornecimento de serviços aos dispositivos móveis de forma segura e que atendam às necessidades da nova tecnologia. Com o objetivo de fornecer serviços confiáveis aos agentes móveis, este projeto estuda técnicas formais para agentes móveis. Estes estudos vão desde o estudo de teorias e linguagens que dêem suporte à especificação, quanto ao desenvolvimento de novas técnicas de verificação formal de agentes móveis.. Situação: Concluído; Natureza: Extensão. Integrantes: Siang Wun Song - Coordenador / Markus Endler - Integrante / Kunio Okuda - Integrante / João Eduardo Ferreira - Integrante / Flávio Soares Corrêa da Silva - Integrante / Dilma Menezes da Silva - Integrante / Francisco Carlos da Rocha Reverbel - Integrante / Alfredo Goldman Vel Lejbman - Integrante / Fabio Kon - Integrante / Ana Cristina Vieira de Melo - Integrante / Alan Mitchell Durham - Integrante / Hernan Astudillo - Integrante / Marco Dimas Gubitoso - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.. |
| 1996 - Atual | Modelos de Sinalização Celular |
| Descrição: Sinalização celular engloba importantes mecanismos e processos de controle e regulação. Os sistemas de sinalização baseados no contato célula-célula participam ativamente de diversos mecanismos e eventos relacionados ao processo de desenvolvimento, à apoptose e à diferenciação, entre outros. O projeto tem por objetivos estudar, propor e validar modelos matemáticos e/ou computacionais para sistemas de sinalização celular baseados em interações do tipo célula-célula..
. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação ( 2) . Integrantes: Luiz Carlos Rozante - Coordenador / Marco Dimas Gubitoso - Integrante. . |
| 1994 - 1999 | PLENA: Parallel and Flexible Environmental Analysis |
| Descrição: The proposed project aims at investigating and developing methods and techniques that support the development and the parallel execution of environmental modeling, analysis, and simulation systems. Such systems are becoming more and more important for estimating and detecting environmental pollution and supporting political and management decisions concerning the use of natural resources. The main emphasis of the project is on the development of parallel programming models and execution environments that support the development of efficient and flexible environment modeling, simulation and analysis systems.
A common characteristic of analytical environmental control and simulation systems is that they consist of several interoperating modules each of which implements the model of one environmental component, e.g. meteorology, orography, chemistry etc. One of the problems in such systems is that modules have usually been adapted from existing software packages for sequential machines. Consequently, in many cases their algorithms either are not or are only insufficiently parallelized. In order to support an efficient parallel execution of these systems, one has not only to find suitable parallelization techniques for the existing software but also has to search for intrinsic parallel solutions for the analytical models underlying these systems.
On the other hand, many technical applications in the environmental domain cannot be described analytically and are characterized by numerous data and qualitative, heuristic knowledge. An example are water purification plants. Data can be gathered from control protocols of the past, and it is possible to formulate fuzzy rules which reflect the impact of internal and external parameters. On the other hand, an exact mathematical model of the processes cannot be given. Artificial neural networks have proved to be a valuable tool for data driven system modeling and handling informal domain descriptions such as those found in . Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Markus Endler - Coordenador / Joerg Cordsen - Integrante / Achim Sydow - Integrante / André de Carvalho - Integrante / Silvio de Oliveira - Integrante / Thomas Becher - Integrante / Michael Hortman - Integrante / Marco Dimas Gubitoso - Integrante. Financiador(es): Universidade de São Paulo - Cooperação. Número de produções C, T & A: 2. |
| 1993 - 1993 | Estudo de pré-viabilidade para implantação de um programa de industrialização de software no Estado de São Paulo |
| Descrição: O Objetivo do estudo foi formular um programa, no âmbito do Estado de São Paulo, que vise a produtividade no desenvolvimento de software e a qualidade dos produtos desenvolvidos.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação ( 3) . Integrantes: Fábio Luiz Mariotto - Coordenador / Abraham Sin Oih Yu - Integrante / Ana Lucia Bueno - Integrante / Roque Rabechini Júnior - Integrante / Shih Li Chung - Integrante / Ely Bernardi - Integrante / Gilberto Camasmie - Integrante / Tomio Kusano - Integrante / Fontinele Andrade da Silva - Integrante / Daniela Kram Baumohl - Integrante / Lilyana Yang - Integrante / Melissa Helena Marson - Integrante / Marco Dimas Gubitoso - Integrante. Financiador(es): Instituto de Pesquisas Tecnológicas do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Número de produções C, T & A: 2. |
Áreas de atuação
| 1. | Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Metodologia e Técnicas da Computação. |
| 2. | Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Matemática da Computação /
Especialidade: Modelos Analíticos e de Simulação. |
| 3. | Grande área: Outros. |
Idiomas
| Inglês | Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem. |
| Francês | Fala Razoavelmente, Lê Pouco, Escreve Pouco. |
| Espanhol | Compreende Bem, Fala Pouco, Lê Bem, Escreve Pouco. |
| Alemão | Compreende Pouco Lê Razoavelmente. |
Prêmios e títulos
| 2004 | Menção Honrosa - Coach, ACM International Collegiate Programming Contest. |
Produção em C,T & A
| Produção bibliográfica |
| Citações | ||||||||||||||||||||||||||||
| ||||||||||||||||||||||||||||
| Artigos completos publicados em periódicos |
| 1. |  TREPODE, N. W. ; ARMELIN, H. ; BITTNER, M. ; BARRERA, J. ; GUBITOSO, M. D. ; HASHIMOTO, R. F. . A robust structural pgn model for control of cell-cycle progression stabilized by negative feedbacks.. Journal on Bioinformatics and Systems Biology , v. 2007, p. 1-11, 2007. |
| 2. | ROZANTE, L. C. ; GUBITOSO, M. D. ; MATIOLI, S. R. . A framework for modeling of juxtacrine signaling systems.. Genetics and Molecular Research, v. 6, p. 821-845, 2007. |
| 3. | BARRERA, J. ; CESAR JUNIOR, R. M. ; FERREIRA, J. E. ; GUBITOSO, M. D. . An environment for knowledge discovery in biology.. Computers in Biology and Medicine, v. 34, p. 427-447, 2004. |
| 4. | FERRARI, P. ; GUBITOSO, M. D. ; NEVES, E. J. . Restoration of Gray-scale Images.. Methodology and Computing in Applied Probability, Estados Unidos, v. 3, p. 255-270, 2001. |
| 5. |  CORDSEN, J. ; GARNATZ, T. ; GERISHER, A. ; GUBITOSO, M. D. ; HAAK, U. ; SCHROEDER-PREIKSHAT, W. . Vote For Peace - Implementation and Performance of a Parallel Operating System.. IEEE Concurrency, v. 5, p. 16-27, 1997. |
| 6. | KUNG, H. T. ; STEENKISTE, P. ; GUBITOSO, M. D. ; KHAIRA, M. . Parallelizing a new class of large applications over high-speed networks.. ACM/SIGPLAN Notices, New York, v. 26, n. 7, p. 167-177, 1991. |
| Capítulos de livros publicados |
| 1. | DURHAM, A. M. ; GUBITOSO, M. D. . Using Linux.. In: GRUBER, A.; DURHAN, A. M.;HUYCH, C.; PORTILLO, H. A. D.. (Org.). Bioinformatics in Tropical Disease Research: A Practical and Case-Study Approach. Bethesda: NCBI, 2008, v. , p. -. |
| Textos em jornais de notícias/revistas |
| 1. | GUBITOSO, M. D. . Mais do que um correio eletrônico. (Entrevista concedida). Veja, São Paulo, v. 41, p. 174, 08 out. 2008. |
| 2. | NORTE, D. B. ; GUBITOSO, M. D. . Tecnologia da informação tem vagas promissoras (Entrevista Concedida). Folha de São Paulo Online, São Paulo, 26 maio 2008. |
| 3. | GUBITOSO, M. D. . Abertura de código da Microsoft é vista com desconfiança. (Entrevista Concedida). Folha de São Paulo, São Paulo, p. 7, 27 fev. 2008. |
| 4. | GUBITOSO, M. D. . Versão gratuita do Linux está disponível na rede. (Entrevista Concedida). A Noticia, Joinville, 25 ago. 1998. |
| 5. | GUBITOSO, M. D. . A guerra sem fim dos caça-vírus: Existem cerca de 70 000 pragas virtuais na rede, o dobro do que havia um ano atrás (Entrevista).. Veja Vida Digital, São Paulo. |
| Trabalhos completos publicados em anais de congressos |
| 1. | ROZANTE, L. C. ; GUBITOSO, M. D. . Identificação de Padrões Celulares por Cálculo de Atratores em Sistemas Dinâmicos Discretos. In: XXXV Latin-American Informatics Conference - CLEI2009, 2009, Pelotas - RS. Proceedings CLEI2009, 2009. |
| 2. | ROZANTE, L. C. ; GUBITOSO, M. D. ; MATIOLI, S. R. . A Framework for Discrete Modeling of Juxtacrine Signaling Systems. In: IEEE SYMPOSIUM ON COMPUTATIONAL INTELLIGENCE IN BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 2007, Honolulu.
Proceedings.... Honolulu :
IEEE, 2007. |
| 3. | TREPODE, N. W. ; ARMELIN, H. ; BITTNER, M. ; BARRERA, J. ; GUBITOSO, M. D. ; HASHIMOTO, R. F. . Modeling Cell Cycle Regulation by Discrete Dynamical Systems. In: IEEE International Workshop on Genomic Signal Processing and Statistics 2005, 2005, New Port. Rhode Island. IEEE International Workshop on Genomic Signal Processing and Statistics 2005, 2005. |
| 4. | GUBITOSO, M. D. . Baseado em autômatos celulares para o sistema de sinalização celular delta-notch. In: CONGRESSO TEMÁTICO DE DINÂMICA, CONTROLE E APLICAÇÕES, 4.,, 2005, Bauru. Anais..., 2005. |
| 5. | BARRERA, J. ; DOUGHERTY, E. R. ; GUBITOSO, M. D. ; HIRATA, N. S. T. ; MARTIN, P. A. . Identification of input-free finite lattice dynamical systems under envelope constraints.. In: INTERNATIONAL SYMPOSIUM ON MATHEMATICAL MORPHOLOGY, 6., 2002, Sidney. Proceedings.... Sidney : CSIRO Publishing, 2002. p. 337-345. |
| 6. | GUBITOSO, M. D. ; BARRERA, J. ; HIRATA, N. S. T. ; DOUGHERTY, E. R. . Modeling Temporal Morphological Systems via Lattice Dynamical Systems. In: SPIE Nonlinear Image Processing and Pattern Recognition, 2001, San Jose.
SPIE Nonlinear Image Processing and Pattern Recognition, 2001. |
| 7. | GUBITOSO, M. D. ; NEVES, E. J. ; DOUGHERTY, E. R. ; FERREIRA, J. E. ; BARRERA, J. ; HIRATA, N. S. T. . A simulator for gene expression networks. In: TECHNICAL CONFERENCE, SPIE MICROARRAYS: OPTICAL TECHNOLOGIES AND INFORMATICS, 2001, San Jose. Proceedings.... San Jose : SPIE, 2001. |
| 8. | GUBITOSO, M. D. ; DOUGHERTY, E. R. ; BARRERA, J. ; HIRATA, N. S. T. . Dynamical systems with morphological transitions. In: Non Linear Signal Processing, 2001, Baltimore. NSIP, 2001. |
| 9. | GUBITOSO, M. D. ; HUMES JUNIOR, C. . Delay Behavior in Domain Decomposition Applications. In: Europar 2000, 2000, Munique.
Lecture Notes in Computer Science, 2000. v. 1900. p. 160-167. |
| 10. | GUBITOSO, M. D. ; CORDSEN, J. . Improving Communication Support For Parallel Applications. In: Europar'99, 1999, Tolouse. Lecture Notes in Computer Science. Tolouse - France : Springer-Verlag, 1999. v. 1685. p. 188-192. |
| 11. | GUBITOSO, M. D. ; SILVA, D. M. ; ENDLER, M. . Sistemas de Informacao Distribuida Para Agentes Moveis. In: BRAZILIAN SOFTWARE AND HARDWARE SEMINARS, 25, 1998, Belo Horizonte. Proceedings.... Belo Horizonte, 1998. |
| 12. | KOCK, G. ; GUBITOSO, M. D. ; SONG, S. W. . Towards Transparent Parallelization Of Connectioneist Systems. In: 9TH CONF. PARALLEL AND DISTRIBUTED COMPUTING SYSTEMS, 1996. Ninth Int. Conf. on Parallel and Distributed Computing Systems. Europa. p. 0-0. |
| 13. | GUBITOSO, M. D. ; SONG, S. W. . Influence of overhead on processor allocation for multiple loops. In: SIMPOSIO BRASILEIRO DE ARQUITETURA DE COMPUTADORES, 7 E PROCESSAMENTO DE ALTO DESEMPENHO, 1995, Canela. Anais.... Porto Alegre : IF-UFRGS, 1995. p. 339-407. |
| 14. | KUNG, H. T. ; STEENKISTE, P. ; GUBITOSO, M. D. ; KHAIRA, M. . Parallelizing A New Class Of Large Applications Over High Speed Networks. In: THIRD ACM SIG PLAN SYMPOSIUM ON PRINCIPLES AND PRACTICE OF PARALLEL PROGRAMMING, 1991, Williamsburg. Proceedings of the THIRD ACM SIG PLAN SYMPOSIUM ON PRINCIPLES AND PRACTICE OF PARALLEL PROGRAMMING. VIRGINIA : ACM, 1991. p. 0-0. |
| Resumos expandidos publicados em anais de congressos |
| 1. | LUIZ, A. C. ; FERREIRA, V. G. ; ROZANTE, L. C. ; GUBITOSO, M. D. . Modelo baseado em autômato celular para o sistema de. In: REUNIÃO ANUAL DA SBPC, 58.,, 2006, Florianópolis. Resumos.... Florianópolis : SBPC, 2006. p. 1-3. |
| 2. | GUBITOSO, M. D. ; ROZANTE, L. C. ; MATIOLI, S. R. . A new discrete model for neurogenesis in Drosophila. In: INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFOMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY - ICOBICOBI, 2004, Angra dos Reis. Proceedings.... Angra dos Reis : FUNPEC, 2004. |
| 3. | TREPODE, N. W. ; ARMELIN, H. ; BITTNER, M. ; BARRERA, J. ; GUBITOSO, M. D. ; HASHIMOTO, R. F. . Discrete dynamical system simulation for the study of genetic networks. In: INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFOMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY - ICOBICOBI, 1., 2004, Angra dos Reis. Proceedings.... Angra dos Reis : FUNPAC, 2006. |
| Resumos publicados em anais de congressos |
| 1. | TREPODE, N. W. ; ARMELIN, H. ; BITTNER, M. ; BARRERA, J. ; GUBITOSO, M. D. . An approach for studying genetic networks: discreted dynamical system simulation. a case study: the cell cycle. In: INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 1., 2003, Ribeirão Preto. Abstracts.... Ribeirão Preto : FMRP, 2003. |
| 2. | BARRERA, J. ; CESAR JUNIOR, R. M. ; FERREIRA, J. E. ; GUBITOSO, M. D. . An environment for knowlegde discovery in bioinformatics applications.. In: INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 1, 2003, Ribeirão Preto. Abstracs.... Ribeirão Preto : FMRP, 2003. |
| 3. | GUBITOSO, M. D. ; OKUDA, K. . Semi-Systolic Algorithm Synthesis for the grid. In: Simposio Brasileiro de Arquitetura de Computadores e Processamento deAlto Desempenho, 2000, Águas de São Pedro. SBAC-2000. São Carlos : Universidade Federal de São Carlos, 2000. v. 12. p. 373-377. |
| 4. | GUBITOSO, M. D. ; HUMES JUNIOR, C. . Delays In Asynchronous Communication Domain Decomposition. In: HPCN'99, 1999, Amsterdam. Lecture Notes in Computer Science. Amsterdam : Springer Verlag, 1999. v. 1593. p. 1223-1226. |
| Apresentações de Trabalho |
| 1. | GUBITOSO, M. D. . Palestra: O papel da simulação por computador na análise de expressão.. 2009. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra). |
| 2. | GUBITOSO, M. D. . Palestra - Processadores Multicore - o que muda na programação. 2008. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra). |
| 3. | GUBITOSO, M. D. . A Expansão da Mente. 2008. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra). |
| 4. | GUBITOSO, M. D. . Palestra: Informática. 2006. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra). |
| 5. | GUBITOSO, M. D. . Novos Passos em Bio-Informática. 2001. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra). |
| 6. | GUBITOSO, M. D. . Bioinformatics at IME-USP. 2000. (Apresentação de Trabalho/Seminário). |
| 7. | GUBITOSO, M. D. ; HUMES JUNIOR, C. . Delays in Asynchronous Communication. 1999. (Apresentação de Trabalho/Seminário). |
| Demais tipos de produção bibliográfica |
| 1. | NEVES, E. J. ; BARRERA, J. ; GUBITOSO, M. D. ; HIRATA JUNIOR, R. ; HIRATA, N. S. T. ; CESAR JUNIOR, R. M. ; FERREIRA, J. E. . An Integrated Environment for Storage and Analysis of Genetic Data.. São Paulo: BIOINFO-USP, 2000 (Techical Report). |
| 2. | GUBITOSO, M. D. ; CORDSEN, J. . Performance considerations in vote for peace. (Rt-Mac-9514). São Paulo: USP-IME, 1995 (Publicação Seriada). |
| 3. | GUBITOSO, M. D. . Autocad : referência rapida (cobre versões 10 e 11). São Paulo: Pioneira, 1992. (Tradução/Livro). |
| 4. | GUBITOSO, M. D. . Parallelizing a new class of large applications over high speed net works. (Rt-Mac ; 9108). São Paulo: USP-IME, 1991 (Publicação Seriada). |
| 5. | GUBITOSO, M. D. ; PINHANEZ, C. S. . Maquina worm : simulador de máquinas paralelas (Rt-Mac ; 8908 ). São Paulo: USP-IME, 1989 (Publicação Seriada). |
| Produção técnica |
| Softwares sem registro de patente |
| 1. | GUBITOSO, M. D. . leucocito. 1989. |
| Produtos tecnológicos |
| 1. | ROMA, A. ; BEVILACQUA, J. S. ; KIRA, E. ; GUBITOSO, M. D. . Matemática em Foco. 1998. |
| Trabalhos técnicos |
| 1. | MARIOTTO, F. L. ; GUBITOSO, M. D. ; YU, A. S. O. ; BUENO, A. L. ; RABECHINI JUNIOR, R. ; BERNARDI, E. ; CHUNG, S. L. ; CAMASMIE, G. ; KUSANO, T. ; SILVA, F. A. ; BAUMOLH, D. K. ; YANG, L. ; MARSON, M. H. . Estudo de pré-viabilidade para implantação de um programa de industrialização de software para o estado de São Paulo. (Relatório 31.207). 1993. |
| 2. | MARIOTTO, F. L. ; YU, A. S. O. ; BUENO, A. L. ; RABECHINI JUNIOR, R. ; CHUNG, S. L. ; BERNARDI, E. ; GUBITOSO, M. D. ; SILVA, F. A. ; KUSANO, T. ; CAMASMIE, G. ; YANG, L. ; BAUMOLH, D. K. ; MARSON, M. H. . Estudo de pré-viabilidade para implantação de um programa de industrialização de software no Estado de São Paulo. (Relatórios 31.728 2pt. ). 1993. |
| Demais tipos de produção técnica |
| 1. | GUBITOSO, M. D. . A internet do futuro. 2009. (Programa de rádio ou TV/Entrevista). |
| 2. | GUBITOSO, M. D. . Introducion a la modelacion em bioinformatica. 2008. (Curso de curta duração ministrado/Especialização). |
| 3. | GUBITOSO, M. D. . Curso de Computação Paralela. 2007. . |
| 4. | GUBITOSO, M. D. . Hoje em Dia: Segurança de senha. 2006. (Programa de rádio ou TV/Entrevista). |
| 5. | GUBITOSO, M. D. . Introduction to Linux (http://malariadb.ime.usp.br/tdrcourse_2003/material/unix/index.html). 2003. (Curso de curta duração ministrado/Especialização). |
| 6. | GUBITOSO, M. D. . Programa Jornal da Manhã: Virus BugsBear. 2003. (Programa de rádio ou TV/Entrevista). |
| 7. | GUBITOSO, M. D. . Programa Jornal da Manhã: Virus Sexta Feira 13. 2003. (Programa de rádio ou TV/Entrevista). |
| 8. | DURHAM, A. M. ; GUBITOSO, M. D. ; FERREIRA, J. E. . Unix, Perl and Database (http://icb.ime.usp.br/tdr/schedule/base.html). 2002. (Curso de curta duração ministrado/Especialização). |
| 9. | GUBITOSO, M. D. . Programa 4X4 : Jogos de Computador. 2002. (Programa de rádio ou TV/Mesa redonda). |
| 10. | GUBITOSO, M. D. . Ferramentas Linux. 2001. (Curso de curta duração ministrado/Outra). |
| 11. | ROMA, A. ; BEVILACQUA, J. S. ; GUBITOSO, M. D. ; KIRA, E. . Matemática em foco. 1999. (Produção de vídeos de divulgação científica). |
| 12. | GUBITOSO, M. D. . Discovery - Vida@linea: Linux no Brasil. 1999. (Programa de rádio ou TV/Entrevista). |
| 13. | GUBITOSO, M. D. . TV São Paulo: Bug do Milênio. 1999. (Programa de rádio ou TV/Entrevista). |
| 14. | GUBITOSO, M. D. . Fala Brasil: Bug do Milênio. 1999. (Programa de rádio ou TV/Entrevista). |
| Produção artística/cultural |
| 1 | GUBITOSO, M. D. . De perto ninguem é normal - Mágica e Matemática. 2008. (Apresentação em rádio ou TV/Outra). |
| 2 | GUBITOSO, M. D. . Show de Magica em Comemoração ao Dia das Crianças. 2008 (Show). |
| 3 | GUBITOSO, M. D. . A mágica da ciência. 2007 (Show). |
| 4 | GUBITOSO, M. D. . O caminho de Santiago. 2004 (Competição). |
Bancas
| Participação em bancas examinadoras |
| Dissertações |
| 1. | LEJBMAN, A. G. V.; GUBITOSO, M. D.; CAMARGO, R. Y.. Participação em banca de Alex Pires de Camargo. Análise e disposição de recursos de rede em grades computacionais. 2011. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo. |
| 2. | GUBITOSO, M. D.; FERREIRA, C. E.; TERADA, R.. Participação em banca de Jean Fabian Tavares Barreto. Classificação e Validação de um Simulador de Tecidos Biológicos baseado em Autômato Celular. 2009. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo. |
| 3. | LEJBMAN, A. G. V.; GUBITOSO, M. D.; SIMONIS, A.. Participação em banca de Rafael de Holanda Barroso. Mineração de dados em séries temporais. (Exame de Qualificação). 2009. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo. |
| 4. | PEREIRA, C. A. B.; GUBITOSO, M. D.; DINIZ, C. A. R.. Participação em banca de João Fernando Serrajordia Rocha de Mello. Modelo preditivo para perda de crésdito e sua aplicação em decisão de spread.. 2009. Dissertação (Mestrado em Estatística) - Universidade de São Paulo. |
| 5. | CAMARGO, R. Y.; GUBITOSO, M. D.; UEYAMA, J.. Participação em banca de Pablo Francisco Laura Huaman. Armazenamento distribuído de dados em grades oportunistas: Tolerância a falhas. (Exame de Qualificação). 2009. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo. |
| 6. | REVERBEL, F. C. R.; LAGO, A. P.; GUBITOSO, M. D.. Participação em banca de Felipe Ferraz Salgado. Uma implementação paralela do AIRS Scala. (Exame de Qualificação). 2009. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo. |
| 7. | LEJBMAN, A. G. V.; SONG, S. W.; GUBITOSO, M. D.. Participação em banca de Alex Pires de Camargo. Análise e disposição de recursos de redes em grades computacionais. (Exame de Qualificação). 2009. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo. |
| 8. | SANTANA, M. J.; MOREIRA, E. S.; GUBITOSO, M. D.. Participação em banca de Bruno Tardiole Kuchne. Modelos e algoritmos para composição de web services com qualidade de serviços.. 2009. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação e Matemática Computacional) - Universidade de São Paulo. |
| 9. | BIRGIN, E.; BILOTI, R. C. A.; GUBITOSO, M. D.. Participação em banca de Ricardo Luiz de Andrade Abrantes. Aplicação de computação paralela em otimização contínua. 2008. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo. |
| 10. | TERADA, R.; CAMPOS, G. L.; GUBITOSO, M. D.. Participação em banca de Renato da Silva Ramalho. Implementação de esquemas de criptografia e de assinatura sob o modelo de criptografia de chave pública se certificado.. 2008. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo. |
| 11. | GUBITOSO, M. D.; SILVA, F. S. C.; ARAKAKI, R.. Participação em banca de Suzana Mayumi Assato. Proposição de uma estratégia de inspeção de software. 2008. Dissertação (Mestrado em Informática) - Instituto de Pesquisas Tecnológicas do Estado de São Paulo. |
| 12. | ZUFFO, M. K.; KOFUJI, S. T.; GUBITOSO, M. D.. Participação em banca de Moacir Alves de Campos Junior. Arquitetura de computação em grade aplicada á saúde: um estudo de caso em bioinformática para oncologia. 2008. Dissertação (Mestrado em Engenharia Elétrica) - Universidade de São Paulo. |
| 13. | SATO, L. M.; GUBITOSO, M. D.; ALMEIDA JUNIOR, J. R.. Participação em banca de Fábio Silva Carvalho. Integração entre sistema multi-agentes e sistemas de banco de dados distribuídos.. 2008. Dissertação (Mestrado em Engenharia Elétrica) - Universidade de São Paulo. |
| 14. | TERADA, R.; HIRATA JUNIOR, R.; GUBITOSO, M. D.. Participação em banca de Renato da Silva Ramalho. Implementação de esquemas de criptografia e de assinatura sob o modelo de criptografia de chave pública se certificado. (Exame de Qualificação). 2007. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Instituto de Matemática e Estatística. |
| 15. | MELO, A. C. V.; REVERBEL, F. C. R.; GUBITOSO, M. D.. Participação em banca de Luciana Setsuko Gakiya. Classificação e Busca de Componentes com Tratamento de Exceções. (Exame de Qualificação). 2007. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo. |
| 16. | GUBITOSO, M. D.; MELO, A. C. V.; ARAKAKI, R.. Participação em banca de Suzane Massato. Proposição de uma estratégia de teste de software (Exame de Qualificação). 2007. Dissertação (Mestrado em Informática) - Instituto de Pesquisas Tecnológicas do Estado de São Paulo. |
| 17. | LEJBMAN, A. G. V.; GUBITOSO, M. D.; CERQUEIRA, R. F. G.. Participação em banca de Daniel de Angelis Cordeiro. Estudo de escalabilidade de servidores baseados em eventos em sistemas multiprocessados. 2006. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação e Matemática Computacional) - Universidade de São Paulo. |
| 18. | GUBITOSO, M. D.. Participação em banca de Wilson César Machado da Rocha. Ferramenta de rede para processamento distribuído/paralelo. 2006. Dissertação (Mestrado em Informática) - Instituto de Pesquisas Tecnológicas do Estado de São Paulo. |
| 19. | GUBITOSO, M. D.; SILVA, P. J. S.; CARVALHO, A. C. P. L. F.. Participação em banca de Alfredo Roberto Júnior. Criação de núcleos específicos para determinados problemas de classificação usando maquinas de suporte vetorial. 2005. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo. |
| 20. | GUBITOSO, M. D.; GRUBER, A.. Participação em banca de Luiz Gustavo Martins. Uma ferramenta interativa para análise de padrões baseada em entropia.. 2005. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo. |
| 21. | GUBITOSO, M. D.; MIYAKE, M. Y.. Participação em banca de Carlos Alberto Valente Andrade. Framework de um modelo de desenvolvimento de portal colaborativo. 2004. Dissertação (Mestrado em Engenharia de Computação) - Instituto de Pesquisas Tecnológicas do Estado de São Paulo. |
| 22. | GUBITOSO, M. D.; CACERES, E. N.; SONG, S. W.. Participação em banca de Guilherme Pereira Vanni. List Ranking: Um estudo experimental. 2004. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo. |
| 23. | GUBITOSO, M. D.; TERADA, R.; REINHARD, N.. Participação em banca de Fábio Correa Xavier. Um sistema de autorização baseado em um infra-estrutura de gerenciamento de privilégios. 2004. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo. |
| 24. | GUBITOSO, M. D.; SILVA, D. M.; MIDORIKAWA, E. T.. Participação em banca de Lívio Baldini Soares. Flexibilidade em um sistema de arquivos componentizado. 2004. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo. |
| 25. | GUBITOSO, M. D.; MANDEL, A.. Participação em banca de Nlio Alves Pereira Filho. Seviços de pertinência para clusters de alta disponibilidade. 2004. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo. |
| 26. | GUBITOSO, M. D.; DURHAM, A. M.; LEJBMAN, A. G. V.. Participação em banca de Cristiano Garcia Costa. FatorLex - Compilador para a Linguagem FatorRW/H. 2004. Dissertação (Mestrado em Informática) - Instituto de Pesquisas Tecnológicas do Estado de São Paulo. |
| 27. | GUBITOSO, M. D.; ENDLER, M.. Participação em banca de Marcelo Brito dos Santos. OGS/R um serviço de grupos de objetos com consitência relaxada. 2003. Dissertação (Mestrado em Ciências dos Alimentos) - Universidade de São Paulo. |
| 28. | GUBITOSO, M. D.; ENDLER, M.. Participação em banca de Alessandro Santiago dos Santos. Estrategias de Hand-off com balanceamento de carga para computação móvel. 2003. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo. |
| 29. | MIDORIKAWA, E. T.; GUBITOSO, M. D.; SATO, L. M.. Participação em banca de Hélio Marci de Oliveira. Modelagem e Predição de Desempenho de Primitivas de Comunicação MPI. 2003.. 2003. Dissertação (Mestrado em Engenharia Elétrica) - Universidade de São Paulo. |
| 30. | MIDORIKAWA, E. T.; GUBITOSO, M. D.; SATO, L. M.. Participação em banca de Jean Marcos Laine. Desenvolvimento de Modelos para Predção de Desempenho de Programas Paralelos MPII.. 2003. Dissertação (Mestrado em Engenharia Elétrica) - Universidade de São Paulo. |
| 31. | BARRERA, J.; GUBITOSO, M. D.; HIRATA, N. S. T.. Participação em banca de Nestor Walter Trepode. Identificação de Sistemas Dinâmicos Finitos: Aplicações para a Modelagem de Redes Genéticas. 2002. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo. |
| 32. | GUBITOSO, M. D.; TERADA, R.. Participação em banca de Isvi Correa Junior. Uma implementação do protocolo TLS com um algoritmo de criptografia forte. 2002. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo. |
| 33. | GUBITOSO, M. D.; MANACERO JUNIOR, A.. Participação em banca de Ettore Marcari Junior. Classificação e Comparação de Ferramentas para Análise de Desempenho de Sistemas Paralelos. 2002. Dissertação (Mestrado em Engenharia Elétrica) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho. |
| 34. | GUBITOSO, M. D.; SANTANA, R. H. C.. Participação em banca de Célia Leiko Ogawa Kawabata. Projeto e Implementação do mecanismo de troca de protocolos de sincronização em tempo de execução. 2002. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação e Matemática Computacional) - Universidade de São Paulo. |
| 35. | ENDLER, M.; GUBITOSO, M. D.; LOUREIRO, A.. Participação em banca de Ricardo Couto Antunes da Rocha. Uma Arquitetura para Simulação Flexível de Protocolos para Computação Móvel. 2001. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo. |
| 36. | GUBITOSO, M. D.; SATO, L. M.; MIDORIKAWA, E. T.. Participação em banca de José Eugênio de Assis Gonçalves. Comparação de Desempenho Linux x Windows NT. 2001. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo. |
| 37. | ENDLER, M.; GUBITOSO, M. D.. Participação em banca de Marcos Aurélio Mendes de Moura. Um Serviço para Gerenciamento de Grupos de Objetos CORBA. 2001. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo. |
| 38. | GUBITOSO, M. D.; REVERBEL, F. C. R.. Participação em banca de Gustavo Scaldo Isquierdo. Integração do Serviço de diretório LDAP com o serviço de nomes CORBA. 2001. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo. |
| 39. | GUBITOSO, M. D.; SILVA, D. M.. Participação em banca de Maria do Carmo Garcia Noronha. Escalonamento de reservas de domínio. 2001. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo. |
| 40. | GUBITOSO, M. D.; FERREIRA, J. E.. Participação em banca de Marcos Aurélio Mendes de Moura. Uma infra-estrutura para o gerenciamento de aplicações CORBA tolerantes a falhas. 2001. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo. |
| 41. | ENDLER, M.; GUBITOSO, M. D.; KILNER, T.. Participação em banca de Marcos Alves. Particionamento Transparente de Ambientes Virtuais Distribuídos. 2000. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo. |
| 42. | SILVA, D. M.; GUBITOSO, M. D.; VIEIRA, R.. Participação em banca de Jorge Euler Vieira. LINUX-SMART: Melhoria de Desempenho para Aplicações Real Time Soft em Ambiente Linux. 1999. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo. |
| 43. | GUBITOSO, M. D.; SOARES, J. A. R.; CACERES, E. N.. Participação em banca de Marco Aurlio Stefanes. Algoritmos e implementações paralelas para florestas geradoras mínimas. 1998. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo. |
| 44. | SILVA, F. S. C.; GUBITOSO, M. D.; CARVALHO, A. C. P. L. F.. Participação em banca de Rodrigo de Salvo Braz. Alto Nível em Redes Neurais. 1997. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo. |
| 45. | SATO, L. M.; NETO, J.; GUBITOSO, M. D.. Participação em banca de Denise Iguma. Aspectos de Implementaçao de um Ambiente de Programaçao Paralela com Variaveis Compartilhadas em Sistemas Distribuidos. 1997. Dissertação (Mestrado em Engenharia Elétrica) - Universidade de São Paulo. |
| Teses de doutorado |
| 1. | GUBITOSO, M. D.; ARMELIN, H.; ZORZENON, R.; BARRERA, J.; BRUNO, O. M.. Participação em banca de Luiz Carlos Rozante. Modelos para Especialização Celular. 2008. Tese (Doutorado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo. |
| 2. | MIDORIKAWA, E. T.; SATO, L. M.; GUBITOSO, M. D.; TRAVIESO, G.; HUZITA, E. H. M.. Participação em banca de Jean Marcos Laine. Uma metodologia para desenvolvimento de programas paralelos eficientes em ambientes homogêneos e heterogêneos.. 2008. Tese (Doutorado em Engenharia Elétrica) - Universidade de São Paulo. |
| 3. | KON, F.; BUZATO, L. E.; GUBITOSO, M. D.; ENDLER, M.; BRASILEIRO, F. V.. Participação em banca de Raphael Yokoingawa de Camargo. Armazenamento distribuído de dados e chekpointing de aplicações paralelas em grades oportunistas.. 2007. Tese (Doutorado em Ciencia da Computacao) - Universidade de São Paulo. |
| Qualificações de doutorado |
| 1. | GUBITOSO, M. D.. Participação em banca de Suzana Andreoli Marques Ezquina. Estudo da poliadenilação alternativa: Efeito dos polimorfismos nos elementos em cis no RNA e de transcritos em antisense. 2009. Exame de qualificação (Doutorando em Programa Interunidades em Bioinformática) - Universidade de São Paulo. |
| 2. | HASHIMOTO, R. F.; HIRATA JUNIOR, R.; GUBITOSO, M. D.. Participação em banca de João Henrique Burckas Ribeiro. Aprendizado computacional baseado em distância a seguimentos de reta.. 2008. Exame de qualificação (Doutorando em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo. |
| 3. | GUBITOSO, M. D.; HASHIMOTO, R. F.; NEVES, E. J.. Participação em banca de Luiz Carlos Rozante. Modelos para Especialização Celular. 2006. Exame de qualificação (Doutorando em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo. |
| Participação em bancas de comissões julgadoras |
| Concurso público |
| 1. | VERDI, F. L.; UEYAMA, J.; GUBITOSO, M. D.. Membro da Comissão Julgadora do Concurso para Provimento Efetivo de Cargo de Professor Assistente.. 2009. Universidade Federal de São Carlos. |
| 2. | VERGUEIRO, W. C. S.; FERREIRA, S. M. S. P.; GUBITOSO, M. D.; SAYÃO, L. F.; VIDOTTI, S. A. B. G.. Membro da Comissão Julgadora do Concurso para Provimento Efetivo de Cargo de Professor Doutor junto ao Deparmento de Biblioteconomia e Documentação da USP. 2008. Universidade de São Paulo. |
| Avaliação de cursos |
| 1. | ANGELIS, A. F.; GUBITOSO, M. D.. Curso de Bacharelado em Sistemas de Informação da Faculdade de Filosofia Ciências e Letras de Penápolis. 2007. Faculdade de Filosofia Ciências e Letras de Penápolis. |
| 2. | GUBITOSO, M. D.; ANGELIS, A. F.. Curso de Licenciatura em Computação Fundação Dracenense de Educação e Cultura - FUNDEC. 2006. Fundação Dracenense de Educação e Cultura. |
| 3. | CARVALHO, M. A. G.; GUBITOSO, M. D.. Curso de Ciência da Computação - FATEC - Presidente Prudente, 2006.. 2006. Faculdade de Tecnologia de Presidente Prudente. |
| Outras participações |
| 1. | GUBITOSO, M. D.. XIII Concurso de Teses e Dissertações (Avaliador). 2000. Universidade Federal do Rio Grande do Sul. |
Eventos
| Participação em eventos |
| 1. | II Seminários Avançados em Tecnologia de Microarrays.Simulação de tecidos in silico. 2010. (Seminário). |
| 2. | Google Developer Day 2010. 2010. (Encontro). |
| 3. | Seminários Avançados em Tecnologia de Microarrays Hospital Israelita Albert Einstein.O papel da simulação por computador na análise de expressão.. 2009. (Seminário). |
| 4. | VI Encontro GeSec: Profissional de Secretariado: Multifuncional e Polivalente..Paralelos entre predição e evolução. 2009. (Encontro). |
| 5. | Conferência dada por Miguel Ángel GEA. 2009. (Outra). |
| 6. | A universidade e as profissiões.Apoio no esclarecimentos de dúvidas especificas. 2009. (Outra). |
| 7. | Intel Developer Forum. 2008. (Encontro). |
| 8. | IX Workshop em Sistemas Computacionais de Alto Desempenho (WSCAD-SSC 2008).Comitê de Programa. 2008. (Outra). |
| 9. | Semana Nacional de Ciência e Tecnologia.Show: Expansão da mente. 2008. (Outra). |
| 10. | IEEE Symposium on Computational Intelligence in Bioinformatics and Computational Biology.A Framework for Discrete Modeling of Juxtacrine Signaling Systems.. 2007. (Simpósio). |
| 11. | XVIII Simpósio de Profissões.Informática. 2007. (Simpósio). |
| 12. | I Workshop de Computação de Alto Desempenho: Panorama da Computação de Alto Desempenho e a Pesquisa Avançada.Mesa Redonda: Aplicações de Computação de Alto Desempenho na USP: Quais são os novos desafios?. 2007. (Outra). |
| 13. | Convênio Fapesp - Padtec, para Apoio á Pesquisa em Telecomunicações de Última Geração. 2007. (Outra). |
| 14. | A USP na Semana Nacional de Ciência e Tecnologia.A mágica na ciência. 2007. (Outra). |
| 15. | XVII Simpósio de Profissões.Cursos de Ensino Superior em Informatica. 2006. (Simpósio). |
| 16. | VII Workshop em Sistemas Computacionais de Alto Desempenho.Integrante do Comitê do Programas. 2006. (Outra). |
| 17. | III Workshop de Sistemas Operacionais (WSO'2006).Integrante do Comitê de Programa. 2006. (Outra). |
| 18. | XIV Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology..A Framework for Modeling of Juxtacrine Signaling Systems.. 2006. (Outra). |
| 19. | II Workshop de Sistemas Operacionais 2005. (WSO'2005).Integrante do Comitê do Programas. 2005. (Outra). |
| 20. | VI Workshop em Sistemas Computacionais de Alto Desempenho.Integrante do Comitê do Programas. 2005. (Outra). |
| 21. | I International Conference on Bioinformatics and Computational Biology.A new discrete model for neurogenesis in Drosophila.. 2004. (Congresso). |
| 22. | ACM-ICPC South American Contest w/ Brazil.Participou como Técnico. 2004. (Outra). |
| 23. | I Workshop de Sistemas Operacionais (WSO'2004).Integrante do Comitê de Programa. 2004. (Outra). |
| 24. | International Conference on Bioinformatics and Computational Biology.A simulator for gene expression networks. 2003. (Outra). |
| 25. | International Conference on Bioinformatics and Computational Biology.An Enviroment for Knowledge Discovery in Bioinformatics Applications.. 2003. (Outra). |
| 26. | International Conference on Bioinformatics and Computational Biology.Fast Identification of Similarly Expressed Genes.. 2003. (Outra). |
| 27. | International Conference on Bioinformatics and Computational Biology.ALT- Another Likelihood Tool. 2003. (Outra). |
| 28. | I International Conference on Bioinformatics and Computational Biology.Integrante do Comitê Organizador. 2003. (Outra). |
| 29. | II Latin American Course on Bioinformatics for Tropical Disease Research.Ministrou curso de Unix, Perl and Database. 2003. (Outra). |
| 30. | XXIX Seminário Integrado de Software e Hardware Evento Integrante do XXII Congresso da SBC.Integrante do Comitê do Programas. 2002. (Seminário). |
| 31. | I Workshop Projeto: Identificação dos Genes que regulam fenótipos de interesse em agropecuária através da análise computacional de dados de sequências de expressão.Integrante. 2002. (Outra). |
| 32. | I Latin American Course on Bioinformatics for Tropical Disease Research.Ministrou curso de Introduction Linux. 2002. (Outra). |
| 33. | IV Escola Regional de Informática (ERI).Curso Ferramentas Linux. 2001. (Outra). |
| 34. | Europar 2000.Delay Behavior in Domain Decomposition Applications. 2000. (Congresso). |
| 35. | Europar 1999.Improving Communication Support For Parallel Applications.. 1999. (Congresso). |
| 36. | II IME SOFTEST - Concurso de Software dos Alunos do IME/USP.Responsavel por 2 orientações. 1996. (Outra). |
| 37. | VII Simposio Brasileiro de Arquitetura de Computadores e Processamento de Alto Desempenho.Influence Of Overhead On Processor Allocation For Multiple Loops.. 1995. (Simpósio). |
| 38. | Latin American Theoretical Informatics.Integrante do Comitê de Programa. 1992. (Congresso). |
Orientações
| Orientações em andamento |
| Dissertação de mestrado |
| 1. | Gabriel A. von Winckler. A definir. Início: 2011. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo. (Orientador). |
| 2. | Adroaldo L. M. Borges. Redes ad hoc para dispositivos móveis. Início: 2010. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo. (Orientador). |
| 3. | Beraldo Costa Leal. Sistemas de arquivos inteligentes (temporário). Início: 2010. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo. (Orientador). |
| 4. | Paulo Carlos Ferreira dos Santos. Modelo de desempenho para GPGPUs. Início: 2010. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo. (Orientador). |
| 5. | Danilo Bento Ehrnarht. Simulação de tecidos biológicos em alto desempenho. Início: 2010. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo. (Orientador). |
| Tese de doutorado |
| 1. | Victor Williams Stafusa da Silva. Uma linguagem para especificação em alto nível de coreografias e orquestrações. Início: 2011. Tese (Doutorado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo. (Orientador). |
| 2. | Pablo Francisco Laura Huaman. A definir. Início: 2010. Tese (Doutorado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo. (Orientador). |
| Supervisões e orientações concluídas |
| Dissertação de mestrado |
| 1. | Pablo César Calcina Ccori. Avaliação de desempenho do sistema de memória transacional de Clojure como biblioteca de sincronização na linguagem Java.
2011.
Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, . Orientador: Marco Dimas Gubitoso. |
| 2. | Mauro Romano Trajber. Monitoração de eventos relacionados à memória transacional. 2011. Dissertação (Mestrado em Informática) - Instituto de Pesquisas Tecnológicas do Estado de São Paulo, . Orientador: Marco Dimas Gubitoso. |
| 3. | Suzane Mayumi Massato. Proposição de uma estratégia de inspeção de software. 2008. Dissertação (Mestrado em Informática) - Instituto de Pesquisas Tecnológicas do Estado de São Paulo, . Orientador: Marco Dimas Gubitoso. |
| 4. | Wilson César Machado da Rocha. Ferramenta de rede para processamento distribuído/paralelo. 2006. Dissertação (Mestrado em Engenharia de Computação) - Instituto de Pesquisas Tecnológicas do Estado de São Paulo, . Orientador: Marco Dimas Gubitoso. |
| 5. | Luiz Gustavo Martins. Uma ferramenta interativa para análise de padrões baseada em entropia.. 2005. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Instituto de Matemática e Estatística, . Orientador: Marco Dimas Gubitoso. |
| 6. | Alfredo Roberto Júnior. Criação de núcleos específicos para determinados problemas de classificação usando maquinas de suporte vetorial. 2005. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, . Orientador: Marco Dimas Gubitoso. |
| 7. | Cristiano Garcia Costa. FatorLex - Compilador para a Linguagem FatorRW/H. 2004. Dissertação (Mestrado em Engenharia de Computação) - Instituto de Pesquisas Tecnológicas do Estado de São Paulo, . Orientador: Marco Dimas Gubitoso. |
| 8. | Mauro Kendi Noda. Sistema de Monitoração de Temperatura em Laboratório. 2004. Dissertação (Mestrado em Engenharia de Computação) - Instituto de Pesquisas Tecnológicas do Estado de São Paulo, . Orientador: Marco Dimas Gubitoso. |
| 9. | José Eugênio de Assis Gonçalves. Comparação de Desempenho entre Linux e Windows NT.
2001.
Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Marco Dimas Gubitoso. |
| Tese de doutorado |
| 1. | Luiz Carlos Rozante.
Modelos para Especialização Celular.
2008. Tese
(Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, . Orientador: Marco Dimas Gubitoso. |
| Trabalho de conclusão de curso de graduação |
| 1. | Victor Yuji Maehira. Estágio na empresa Serasa S/A - MAC-499 Trabalho de Formatura Supervisionado. 2003. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Bacharelado em Ciência da Computação) - Universidade de São Paulo. Orientador: Marco Dimas Gubitoso. |
| 2. | Marina Andretta. SGEN (Simulator for Gene Expression Networks).. 2001. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Bacharelado em Ciência da Computação) - Universidade de São Paulo. Orientador: Marco Dimas Gubitoso. |
| 3. | Roberto A. G. Motta. Projeto GANNSO Um Jogo de Computador. 2000. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Bacharelado em Ciência da Computação) - Universidade de São Paulo. Orientador: Marco Dimas Gubitoso. |
| Iniciação Científica |
| 1. | Marco Antonio Oliveira da Silva. Simulação da dinâmica de um quimiostato via autômato-celular.. 2005. Iniciação Científica. (Graduando em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Marco Dimas Gubitoso. |
| 2. | Ricardo Nishikido Pereira. BlastPhen - agrupamento por similaridade com genomas completos.. 2004. Iniciação Científica. (Graduando em Bioinformática) - Universidade de São Paulo. Orientador: Marco Dimas Gubitoso. |
| 3. | Hamilton Nishimura, Mauricio Navate, Sergio Oliveira. Bibtool para WWW. 1996. Iniciação Científica. (Graduando em Bacharelado em Ciência da Computação) - Universidade de São Paulo. Orientador: Marco Dimas Gubitoso. |
| Orientações de outra natureza |
| 1. | Francisco D. Borges. Rodamol. 1996. Orientação de outra natureza. (Bacharelado em Ciência da Computação) - Universidade de São Paulo. Orientador: Marco Dimas Gubitoso. |
Outras informações relevantes
1 - Membro da Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional
2- citado no artigo da Ciencia e Cultura, São Paulo, v.55, n.2, p.54, Apr./June 2003 , disponivel em: http://cienciaecultura.bvs.br/pdf/cic/v55n2/15540.pdf
3- citado na publicação: TESES E DISSERTAÇÕES DA UNICAMP: diretrizes para normalização do documento
impresso e eletrônico.disponivel em: http://www.iar.unicamp.br/pg/forms/Manual_Normalizacao_Teses_Dissertacoes_UNICAMP.pdf
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