José Miguel Ortega

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  • Última atualização do currículo em 18/11/2017


Miguel holds a degree in Biosciences (1981) and Ph.D. in Biochemistry (1987) by the University of Sao Paulo. He is currently an associate professor at Federal University of Minas Gerais, leading the Biodata Lab. He has experience in Biochemistry, with emphasis on bioinformatics, acting on the following topics: chromatin structure, yeast two-hybrid system (liquid screening system), biochemistry of transcription factors and bioinformatics. Participated twice in the board of the Brazilian Association of Bioinformatics and Computational Biology and was the organizer of the X-meeting 2005. Participates of the PhD program on Bioinformatics at UFMG and Minas Gerais Genome Network and is currently dedicated to the formation of a National Center for Intensive Bioinformatics (NCIB) in collaboration with other major regional centers. (Texto informado pelo autor)


Identificação


Nome
José Miguel Ortega
Nome em citações bibliográficas
Ortega, J. Miguel;Ortega, José Miguel;Ortega, J. M.;Ortega, JM;ORTEGA, JOSÉ MIGUEL;ORTEGA, MIGUEL J.;ORTEGA, JOSÉ

Endereço


Endereço Profissional
Universidade Federal de Minas Gerais, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Bioquímica e Imunologia.
Av. Antonio Carlos 6627
Pampulha
31270-010 - Belo Horizonte, MG - Brasil
Telefone: (31) 34092654
Fax: (31) 34092614
URL da Homepage: biodados.icb.ufmg.br


Formação acadêmica/titulação


1981 - 1987
Doutorado em Bioquímica.
Universidade de São Paulo, USP, Brasil.
Título: Alterações da Estrutura da Cromatina durante o Ciclo Celular e o Reparo de DNA em Células de Mamífero, Ano de obtenção: 1987.
Orientador: Rogério Meneghini.
Bolsista do(a): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo, FAPESP, Brasil.
Palavras-chave: cromatina; Ciclo Celular; reparo de DNA.
Grande área: Ciências Biológicas
Setores de atividade: Outros Setores.
1978 - 1981
Graduação em Biociências.
Universidade de São Paulo, USP, Brasil.
Bolsista do(a): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo, FAPESP, Brasil.


Pós-doutorado


1991 - 1994
Pós-Doutorado.
Roche Institute Of Molecular Biology, R.I.M.B., Estados Unidos.
Bolsista do(a): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, CNPq, Brasil.
Grande área: Ciências Biológicas


Atuação Profissional



Universidade Federal de Minas Gerais, UFMG, Brasil.
Vínculo institucional

1989 - Atual
Vínculo: Servidor Público, Enquadramento Funcional: Prof. Associado, chefe de laboratorio, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

Atividades

1/1997 - Atual
Pesquisa e desenvolvimento , Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Bioquímica e Imunologia.

Linhas de pesquisa
Bioinformática
03/1994 - Atual
Treinamentos ministrados , Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Bioquímica e Imunologia.

Treinamentos ministrados
Doutorado
Iniciação Científica
Mestrado
02/1990 - Atual
Ensino, Bioquímica e Imunologia, Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
Ferramentas de Mineração Genômica
PRODAP - Processamento de Dados de Pesquisa e Pós-Graduação
Bases Molecules da Estrutura e Função da Célula
Seminários em Bioinformática
02/1990 - Atual
Ensino, Ciência Biológicas, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Tópicos em Biologia Molecular - Controle do Ciclo Celular
PRODABI - Processamento de Dados em Bioquímica e Imunologia
Tópicos em Biologia Molecular - Fatores de Transcrição
Bioinformática
Biologia Molecular
Bioquímica
Tópicos em Biologia Molecular - DNA & cromossomos
12/1989 - Atual
Pesquisa e desenvolvimento , Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Bioquímica e Imunologia.


Universidade de São Paulo, USP, Brasil.
Vínculo institucional

1988 - 1989
Vínculo: Bolsista recém-doutor, Enquadramento Funcional: Pós-doutorando, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

Atividades

08/1988 - 07/1989
Pesquisa e desenvolvimento , Instituto de Química, Departamento de Bioquímica.


Instituto Butantan, IBU, Brasil.
Vínculo institucional

1987 - 1988
Vínculo: Bolsista recém-doutor, Enquadramento Funcional: Pós-Doutorando, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

Atividades

08/1987 - 07/1988
Pesquisa e desenvolvimento , Seção de Genética, Setor de Genética Animal.

Linhas de pesquisa
Estrutura da Cromatina


Linhas de pesquisa


1.
Controle de Proliferação Celular

Objetivo: Verificar o efeito da expressão de oncogenes e fatores de crescimento sobre a estrutura da cromatina e entender a saída do ciclo celular com a avaliação de mudanças estruturais na cromatina..
Grande área: Ciências Biológicas
Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica.
Setores de atividade: Educação.
Palavras-chave: Nuclear Matrix; Nucleoskeleton; nucleus.
2.
Estrutura da Cromatina

Objetivo: Identificar atuação de genes envolvidos em controle da proliferação celular sobre a organização de domínios da cromatina.
Grande área: Ciências Biológicas
Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Biologia Molecular / Especialidade: Bioquímica de Fatores de Transcrição.
Setores de atividade: Educação.
Palavras-chave: Nuclear Matrix; Nucleoskeleton.
3.
Bioinformática

Objetivo: Desenvolver abordagens para análise de seqüências novas baseadas em organização de bases de dados e métodos "a priori", o que denominamos de "anotação reversa". Somos criadores da base de dados UECOG (UniRef enriched COG), do software ?Seed Linkage? e atualmente estamos desenvolvendo o uso de matrizes de substituição específicas pra cada agrupamento gênico. Além da análise de seqüências, o laboratório conduz pesquisas em bioinformática pura, buscando entender a informática que existe no sistema vivo. Por exemplo, estamos atualmente estudando a espontaneidade da origem de estruturas secundárias, o uso de aminoácidos em domínios e extra-domínios protéicos e fabricando genes constituídos de códons mais resistentes a mutações. O grupo participa também de projetos da Rede Genoma de Minas Gerais..
Grande área: Ciências Biológicas
Palavras-chave: Bioinformática; EST; KOG; BLAST; PHRED.
4.
Bioquímica de Fatores de Transcrição

Objetivo: Mapear domínios presentes em fatores de transcrição: domínios de ligação em DNA, ativadores e repressores de transcrição e envolvidos em associação com co-ativadores, bem como estudar a modulação desses domínios em "cis"ou em "trans". A família TEAD de fatores de transcrição é a preponderantemente estudada. Desenvolvemos e utilizamos ensaios de seleção genética em leveduras para a atividade desses domínios.
Grande área: Ciências Biológicas
Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Genética Molecular e de Microorganismos / Especialidade: Sistemas de seleção de duplo-híbrido em levedura.
Setores de atividade: Produtos e Serviços Voltados Para A Defesa e Proteção do Meio Ambiente, Incluindo O Desenvolvimento Sustentado; Educação.
Palavras-chave: Fator de Transcrição; Gene Reporter; levedura; Tead-1; Tead-4.


Projetos de pesquisa


2014 - Atual
Orígem das regiões regulatórias
Descrição: Por meio de redes de co-regulação, estudo de promotores, de localização subnuclear em eucariotos e de estruturas de operons em procariotos, estudamos os clados de origem de genes e seus reguladores..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
2010 - Atual
Origem de genes e de sistemas
Descrição: Por meio de buscas de ortólogos detalha-se a distribuição taxonômica de genes e infere-se o clado de origem. Neste projeto são retratadas a origem de genes e de sistemas como o desenvolvimento embrionário, a resposta imune, o desenvolvimento de glândulas mamárias, a origem de vias heterotróficas, do mecanismo da floração, da rede intracelular que vírus conectam, dentre outros..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Doutorado: (5) .
Integrantes: José Miguel Ortega - Coordenador / Donnard, Elisa R - Integrante / Verônica Costa - Integrante / Tetsu Sakamoto - Integrante / ORSINE, LISSUR A. - Integrante.


Áreas de atuação


1.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Bioinformática.
2.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Genética Molecular e de Microorganismos/Especialidade: Sistemas de seleção de duplo-híbrido em levedura.
3.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Biologia Molecular.
4.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Genética Molecular e de Microorganismos.
5.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Mutagenese.


Idiomas


Inglês
Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.
Espanhol
Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Pouco.
Francês
Compreende Pouco, Fala Pouco, Lê Razoavelmente, Escreve Pouco.
Português
Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.


Produções



Produção bibliográfica
Citações

SCOPUS

Artigos completos publicados em periódicos

1.
GUIMARÃES, ERIKA2017GUIMARÃES, ERIKA ; MACHADO, RODRIGO ; FONSECA, MATHEUS DE CASTRO ; FRANÇA, ANDRESSA ; CARVALHO, CLARISSA ; ARAÚJO E SILVA, ANA CÂNDIDA ; ALMEIDA, BRÍGIDA ; CASSINI, PUEBLA ; HISSA, BÁRBARA ; DRUMOND, LUCIANA ; GONÇALVES, CARLOS ; FERNANDES, GABRIEL ; DE BROT, MARINA ; MORAES, MÁRCIO ; BARCELOS, LUCÍOLA ; Ortega, José Miguel ; OLIVEIRA, ANDRÉ ; LEITE, M. FÁTIMA . Inositol 1, 4, 5-trisphosphate-dependent nuclear calcium signals regulate angiogenesis and cell motility in triple negative breast cancer. PLoS One, v. 12, p. e0175041-e0175041, 2017.

2.
COSATE, MARIA RAQUEL V.2017COSATE, MARIA RAQUEL V. ; SAKAMOTO, TETSU ; DE OLIVEIRA MENDES, TIAGO ANTÔNIO ; MOREIRA, ÉLVIO C. ; REGIS DA SILVA, CARLOS G. ; BRASIL, BRUNO S. A. F. ; OLIVEIRA, CAMILA S. F. ; DE AZEVEDO, VASCO ARISTON ; Ortega, José Miguel ; LEITE, RÔMULO C. ; HADDAD, JOÃO PAULO . Molecular typing of Leptospira interrogans serovar Hardjo isolates from leptospirosis outbreaks in Brazilian livestock. BMC Veterinary Research, v. 13, p. 177, 2017.

3.
LOPES, KATIA DE PAIVA2016LOPES, KATIA DE PAIVA ; CAMPOS-LABORIE, FRANCISCO JOSÉ ; VIALLE, RICARDO ASSUNÇÃO ; Ortega, José Miguel ; DE LAS RIVAS, JAVIER . Evolutionary hallmarks of the human proteome: chasing the age and coregulation of protein-coding genes. BMC Genomics, v. 17, p. 10101000-10101000, 2016.

4.
COSTA, IGOR2015COSTA, IGOR ; THOMPSON, JULIE ; ORTEGA, JOSÉ ; PROSDOCIMI, FRANCISCO . Metazoan Remaining Genes for Essential Amino Acid Biosynthesis: Sequence Conservation and Evolutionary Analyses. Nutrients (Basel), v. 7, p. 1-16, 2015.

5.
Velloso, Henrique2015Velloso, Henrique ; VIALLE, RICARDO A ; Ortega, J Miguel . BOWS (bioinformatics open web services) to centralize bioinformatics tools in web services. BMC Research Notes, v. 8, p. 206-206, 2015.

6.
Cosate, M. R. V.2015Cosate, M. R. V. ; SOARES, S. C. ; MENDES, T. A. ; RAITTZ, R. T. ; MOREIRA, E. C. ; LEITE, R. ; FERNANDES, G. R. ; HADDAD, J. P. A. ; Ortega, J. Miguel . Whole-Genome Sequence of Leptospira interrogans Serovar Hardjo Subtype Hardjoprajitno Strain Norma, Isolated from Cattle in a Leptospirosis Outbreak in Brazil. GENOME ANNOUNCEMENTS, v. 3, p. e01302-15, 2015.

7.
PYLRO, VICTOR SATLER2014PYLRO, VICTOR SATLER ; ROESCH, LUIZ FERNANDO WURDIG ; Ortega, J. Miguel ; AMARAL, ALEXANDRE MORAIS ; TÓTOLA, MARCOS ROGÉRIO ; HIRSCH, PENNY RUTH ; ROSADO, ALEXANDRE SOARES ; GÓES-NETO, ARISTÓTELES ; DA COSTA DA SILVA, ARTUR LUIZ ; ROSA, CARLOS AUGUSTO ; MORAIS, DANIEL KUMAZAWA ; ANDREOTE, FERNANDO DINI ; DUARTE, GABRIELA FROIS ; MELO, ITAMAR SOARES ; SELDIN, Lucy ; LAMBAIS, MÁRCIO RODRIGUES ; HUNGRIA, Mariangela ; PEIXOTO, RAQUEL SILVA ; KRUGER, RICARDO HENRIQUE ; TSAI, SIU MUI ; AZEVEDO, V. ; Azevedo, Vasco . Brazilian Microbiome Project: Revealing the Unexplored Microbial Diversity-Challenges and Prospects. Microbial Ecology, v. 67, p. 237-241, 2014.

8.
TRINDADE, DANIEL2014TRINDADE, DANIEL ; ORSINE, LISSUR A. ; Barbosa-Silva, Adriano ; DONNARD, ELISA R. ; Ortega, J. Miguel . A guide for building biological pathways along with two case studies: hair and breast development. Methods (San Diego, Calif., Print), v. 1, p. 1046-2023, 2014.

9.
OLIVEIRA, ANDRÉ G.2014OLIVEIRA, ANDRÉ G. ; ANDRADE, VIVIANE A. ; GUIMARÃES, ERIKA S. ; FLORENTINO, RODRIGO M. ; SOUSA, PEDRO A. ; MARQUES, PEDRO E. ; MELO, FLÁVIA M. ; Ortega, J. Miguel ; MENEZES, GUSTAVO B. . Calcium signalling from the type I inositol 1,4,5-trisphosphate receptor is required at early phase of liver regeneration. Liver International (Print), v. 35, p. n/a-n/a, 2014.

10.
DIAS-LOPES, CAMILA2013DIAS-LOPES, CAMILA ; NESHICH, IZABELLA A. P. ; NESHICH, GORAN ; ORTEGA, JOSÉ MIGUEL ; GRANIER, CLAUDE ; CHÁVEZ-OLORTEGUI, CARLOS ; MOLINA, FRANCK ; FELICORI, LIZA . Identification of New Sphingomyelinases D in Pathogenic Fungi and Other Pathogenic Organisms. Plos One, v. 8, p. e79240, 2013.

11.
Andrade, V.A.2011Andrade, V.A. ; Guerra, M.T. ; Jardim, C.A. ; Melo, F.M. ; Silva, W.A. ; ORTEGA, J. Miguel ; Robert, M.E. ; Nathanson, M.H. ; Leite, M.F. . Nucleoplasmic calcium regulates cell proliferation through legumain. Journal of Hepatology, p. 1, 2011.

12.
Ruiz, J.C.2011Ruiz, J.C. D'Afonseca, V. Silva, A. Ali, A. Pinto, Anne C. Santos, A.R. Rocha, A.A.M.C. Lopes, D.O. Dorella, F.A. Pacheco, L.G.C. Costa, M.P. Turk, M.Z. Seyffert, N. Moraes, P.M.R.O. Soares, S.C. Almeida, S.S. Castro, T.L.P. Abreu, V.A.C. Trost, E. Baumbach, J. Tauch, A. Schneider, M.P.C. McCulloch, J. Cerdeira, L.T. Ramos, Rommel T. J. , et al.Zerlotini, A. Dominitini, A. Resende, D.M. Coser, E.M. Oliveira, L.M. Pedrosa, A.L. Vieira, C.U. Guimarães, C.T. Bartholomeu, D.C. Oliveira, D.M. Santos, F.R. Rabelo, E.M. Lobo, F.P. Franco, G.R. Costa, A.F. Ortega, JM ; Evidence for Reductive Genome Evolution and Lateral Acquisition of Virulence Functions in Two Corynebacterium pseudotuberculosis Strains. Plos One, v. 6, p. e18551, 2011.

13.
Silva, Lívia2011Silva, Lívia ; de Souza Teixeira, Felipe ; Ortega, JM ; Zárate, Luis ; Nobre, Cristiane . Improvement in the prediction of the translation initiation site through balancing methods, inclusion of acquired knowledge and addition of features to sequences of mRNA. BMC Genomics, v. 12, p. S9, 2011.

14.
Guedes, RLM2011Guedes, RLM ; Prosdocimi, F ; Fernandes, GR ; Moura, LK ; Ribeiro, HAL ; Ortega, JM . Amino acids biosynthesis and nitrogen assimilation pathways: a great genomic deletion during eukaryotes evolution. BMC Genomics, v. 12, p. S2, 2011.

15.
Barbosa-Silva, Adriano2011Barbosa-Silva, Adriano ; Fontaine, Jean-Fred ; Donnard, Elisa R ; Stussi, Fernanda ; Ortega, JM ; Andrade-Navarro, Miguel A . PESCADOR, a web-based tool to assist text-mining of biointeractions extracted from PubMed queries. BMC Bioinformatics, v. 12, p. 435, 2011.

16.
Donnard, Elisa2011Donnard, Elisa ; Barbosa-Silva, Adriano ; Guedes, Rafael LM ; Fernandes, Gabriel R ; Velloso, Henrique ; Kohn, Matthew J ; Andrade-Navarro, Miguel A ; Ortega, JM . Preimplantation development regulatory pathway construction through a text-mining approach. BMC Genomics, v. 12, p. S3, 2011.

17.
Barbosa-Silva, A.2010Barbosa-Silva, A. ; Soldatos, T.G. ; Fiorini-Magalhães, I.L. ; Pavlopoulos, G.A. ; Fontaine, J.-F. ; Andrade-Navarro, M. ; Schneider, R. ; Ortega, J. M. . LAITOR - Literature Assistant for Identification of Terms co-Occurrences and Relationships. BMC Bioinformatics, v. 11, p. 1-10, 2010.

18.
D'Afonseca, V.2009D'Afonseca, V. ; Prosdocimi, F. ; Dorella, F.A. ; Pacheco, L.G.C. ; Moraes, P.M. ; Pena, I.A. ; Ortega, J. Miguel ; Teixeira, S. ; Oliveira, S.C. ; Coser, E.M. . Survey of genome organization and gene content of Corynebacterium pseudotuberculosis. Microbiological Research, p. 1-10, 2009.

19.
Barbosa-Silva, A.2008 Barbosa-Silva, A. ; Satagopam, V.P. ; Schneider, R. ; Ortega, J Miguel . Clustering of cognate proteins among distinct proteomes derived from multiple links to a single seed sequence. BMC Bioinformatics, v. 9, p. 141, 2008.

20.
Santana-Santos, L.2008Santana-Santos, L. ; Prosdocimi, F. ; Ortega, J.M. . Essential amino acid usage and evolutionary nutrigenomics of eukaryotes - insights into the differential usage of amino acids in protein domains and extra-domains. Genetics and Molecular Research, v. 7, p. 839-852, 2008.

21.
Fernandes, G.R.2008 Fernandes, G.R. ; Barbosa, D.V.C. ; Prosdocimi, F. ; Pena, I.A. ; Santana-Santos, L. ; Coelho-Jr, O. ; Barbosa-Silva, A. ; Velloso, H.M. ; Mudado, M.A. ; Natale, D.A. ; Faria-Campos, A.C. ; Campos, S.V.A. ; Ortega, J.M. . A procedure to recruit members to enlarge protein family databases - the building of UECOG (UniRef-Enriched COG Database) as a model. Genetics and Molecular Research, v. 7, p. 910-924, 2008.

22.
Pinto, S.A.P.2008Pinto, S.A.P. ; Ortega, J.M. . An algorithm to infer similarity among cell types and organisms by examining the most expressed sequences. Genetics and Molecular Research, v. 7, p. 933-947, 2008.

23.
Fernandes, G.R.2008Fernandes, G.R. ; Mudado, M.A. ; Ortega, J.M. . Testing the performance of automated annotation of ESTs with the Kegg Orthology (KO) database demonstrates lack of completeness of clusters. Genetics and Molecular Research, v. 7, p. 948-957, 2008.

24.
Prosdocimi, F.2007 Prosdocimi, F. ; Mudado, M.A. ; Ortega, J. M. . A set of amino acids found to occur more frequently in human and fly than in plant and yeast proteomes consists of non-essential amino acids. Computers in Biology and Medicine, v. 37, p. 159-165, 2007.

25.
Gonçalves, V.F.2007Gonçalves, V.F. ; Prosdocimi, F. ; Santana-Santos, L. ; Ortega, J. Miguel ; Pena, S.D.J. . Sex-biased gene flow in African Americans but not in American Caucasians. Genetics and Molecular Research, v. 6, p. 156-161, 2007.

26.
Nobre, C.N.2007Nobre, C.N. ; Ortega, J. Miguel ; Braga, A.P. . High efficiency on prediction of Translation Initiation Site (TIS) of RefSeq sequences. Lecture Notes in Computer Science, v. 4643, p. 138-148, 2007.

27.
Prosdocimi, F.2007Prosdocimi, F. ; Lopes, D. ; Peixoto, F.C. ; Mourão, M.M. ; Pacífico, L.G.G. ; Ortega, J. Miguel . Effects of sample re-sequencing and trimming on the quality and size of assembled consensus sequences. Genetics and Molecular Research, v. 6, p. 756-765, 2007.

28.
Barbosa-Silva, A.2007Barbosa-Silva, A. ; Pafilis, E. ; Ortega, J. Miguel ; Schneider, R. . Development of SRS.php, a Simple Object Access Protocol-based library for data acquisition from integrated biological databases. Genetics and Molecular Research, v. 6, p. 1142-1150, 2007.

29.
Mudado, M.A.2006Mudado, M.A. ; Ortega, J. Miguel . A picture of gene sampling/expression in model organisms using ESTs and KOG proteins. Genetics and Molecular Research, v. 5, n.1, p. 242-253, 2006.

30.
Faria-Campos, A.C.2006Faria-Campos, A.C. ; Campos, S.V.A. ; Prosdocimi, F. ; Franco, G.C. ; Franco, G.R. ; Ortega, J. Miguel . Efficient secondary database driven annotation using model organism sequences. In Silico Biology (Online), Amsterdam, The Netherlands, v. 6, n.0034, 2006.

31.
Faria-Campos, A.C.2006Faria-Campos, A.C. ; Moratelli, F.S. ; Mendes, I.K. ; Ortolani, P.L. ; Oliveira, G.C. ; Campos, S.V.A. ; Ortega, J. Miguel ; Franco, G.R. . Production of full-length cDNA sequences by sequencing and analysis of expressed sequence tags from Schistosoma mansoni. Memórias do Instituto Oswaldo Cruz, v. 101, p. 161-165, 2006.

32.
Prosdocimi, F.2005Prosdocimi, F. ; Ortega, J. Miguel . Diet as a pressure on the aminoacid content of proteomes. Lecture Notes in Computer Science, Germany, v. 3594, p. 153-159, 2005.

33.
Mudado, M.A.2005Mudado, M.A. ; Bravo-Neto, E. ; Ortega, J. Miguel . Tests of automatic annotation using KOG proteins and ESTs from 4 Eukariotic organisms. Lecture Notes in Computer Science, v. 3594, p. 141-152, 2005.

34.
Prosdocimi, F.2005Prosdocimi, F. ; Ortega, J. Miguel . Accessing optimal primer distance from insert. In Silico Biology (Online), v. 5, n.0043, p. 469-477, 2005.

35.
Faria-Campos, A.C.2004Faria-Campos, A.C. ; Mudado, M.A. ; Peixoto, F.C. ; Bravo-Neto, E. ; Prosdocimi, F. ; Ortega, J. Miguel . Ferramentas Bioinformáticas Aplicadas a Caracterização da Expressão Gênica. Bioscience Journal (UFU), Uberlândia, v. Espec, p. 109-117, 2004.

36.
Franco, G.R.2004Franco, G.R. ; Prosdocimi, F. ; Faria-Campos, A.C. ; Ortega, J. Miguel . Minas Gerais Sequencing Network: the study of the parasite Schistosoma mansoni transcriptome. Bioscience Journal (UFU), Uberlândia, v. Espec, p. 93-100, 2004.

37.
Prosdocimi, F.2004Prosdocimi, F. ; Peixoto, F.C. ; Ortega, J. Miguel . Evaluation of window cohabitation of DNA sequencing errors and lowest PHRED quality values. Genetics and Molecular Research, Ribeirão Preto SP, v. 3, n.4, p. 483-492, 2004.

38.
Thompson, M.2003Thompson, M. ; Andrade, V.A. ; Andrade, S.J. ; Pusl, T. ; Ortega, J. Miguel ; Goes, A.M. ; Leite, M.F. . Inhibition of the TEF/TEAD transcription factor activity by nuclear calcium and distinct kinase pathways. Biochemical and Biophysical Research Communications, v. 301, n.2, p. 267-274, 2003.

39.
Starling, A.L.2003Starling, A.L. ; Ortega, J. Miguel ; Gollob, K.J. ; Vicente, E.J. ; Andrade-Nóbrega, G.M. ; Rodriguez, M.B. . Evaluation of Alternative Reporter Genes for Yeast Two-Hybrid System. Genetics And Molecular Research, Ribeirão Preto, SP, v. 2, n.1, 2003.

40.
Prosdocimi, F.2003Prosdocimi, F. ; Peixoto, F.C. ; Ortega, J. Miguel . DNA Sequences Base Calling by PHRED: Error Pattern Analysis.. Revista Tecnologia da Informação, Brasília, v. 3, n.2, p. 107-110, 2003.

41.
Faria-Campos, A.C.2003Faria-Campos, A.C. ; Cerqueira, G.C. ; Anacleto, C. ; Carvalho, C.B. ; Ortega, J. Miguel . Mining microorganisms databases in the quest for new proteins. Genetics and Molecular Research, Ribeirão Preto, v. 2, n.1, p. 169-177, 2003.

42.
Leite, M.F.2002Leite, M.F. ; Hirata, K. ; Pusl, T. ; Burgstahler, A.D. ; Okazaki, K. ; Ortega, J. Miguel ; Goes, A.M. ; Prado, M.A. ; Spray, D.C. ; Nathanson, M.H. . Molecular basis for pacemaker cells in epithelia. J Biol Chem, Bethesda, MD, 2002.

43.
Prosdocimi, F.2002Prosdocimi, F. ; Faria-Campos, A.C. ; Peixoto, F.C. ; Ortega, J. Miguel ; Franco, G.R. . Clustering of Schistosoma mansoni mRNA sequences and analysis of the most transcribed genes: implications in metabolism and biology of different developmental stages. Memórias do Instituto Oswaldo Cruz, v. 17, p. 61-69, 2002.

44.
Santos, T.M.1999Santos, T.M. ; Azevedo, V. ; Ortega, J. Miguel ; Rabelo, E. ; Saber, M. ; Franco, G.R. ; Pena, S.D.J. . Analysis of the gene expression profile of Schistosoma mansoni cercariae using the Expressed Sequence Tag approach. Molecular and Biochemical Parasitology, Holanda, v. 103, n.1, p. 79-97, 1999.

45.
Ortega, J. Miguel;Ortega, José Miguel;Ortega, J. M.;Ortega, JM;ORTEGA, JOSÉ MIGUEL;ORTEGA, MIGUEL J.;ORTEGA, JOSÉ1998 Ortega, J. Miguel; DePamphilis, M.L. . Nucleoskeleton And Initiation Of Dna Replication In Metazoan Cells. Journal of Cell Science, Inglaterra, v. 111, n.24, p. 3663-3673, 1998.

46.
Rabelo, E.1997Ortega, J. Miguel; Rabelo, E. ; Franco, G.R. ; Azevedo, V. ; Pena, H.B. ; Santos, T.M. ; Meira, W.S.F. ; Rodrigues, N.A. . Update Of The Gene Discovery Program In Schistosoma Mansoni With The Expressed Sequence Tag (Est) Approach. Memórias do Instituto Oswaldo Cruz, Rio de Janeiro, v. 95, p. 625-629, 1997.

47.
Ortega, J. Miguel;Ortega, José Miguel;Ortega, J. M.;Ortega, JM;ORTEGA, JOSÉ MIGUEL;ORTEGA, MIGUEL J.;ORTEGA, JOSÉ1997Ortega, J. Miguel; Franco, G.R. ; Rabelo, E. ; Azevedo, V. ; Pena, H.B. ; Santos, T.M. ; Meira, W.S.F. ; Rodrigues, N.A. ; Dias, C.M.M. ; Harrop, R. ; Wilson, A. ; Saber, M. ; Faria, M.S.S. ; Margutti, M.E.B. ; Parra, J.C. . Analysis Of cDNA Libraries From Different Developmental Stages Of Schistosoma Mansoni With The Aim Of Producing Expressed Sequence Tags. DNA Research, v. 4, p. 231-240, 1997.

48.
Ortega, J. Miguel;Ortega, José Miguel;Ortega, J. M.;Ortega, JM;ORTEGA, JOSÉ MIGUEL;ORTEGA, MIGUEL J.;ORTEGA, JOSÉ1994Ortega, J. Miguel; Gilbert, D.M. ; Miyazawa, H. ; Nallaseth, F.S. ; Blow, J.J. ; DePamphilis, M.L. . Site-Specific Initiation Of Dna Replication In Metazoan Chromosomes And The Role Of Nuclear Organization. , Cold Spring Harbor Symposia on Quantitative Biology, Cold Spring Harbor Laboratory, v. LVII, p. 475-485, 1994.

49.
Ortega, J. Miguel;Ortega, José Miguel;Ortega, J. M.;Ortega, JM;ORTEGA, JOSÉ MIGUEL;ORTEGA, MIGUEL J.;ORTEGA, JOSÉ1989Ortega, J. Miguel; Meneghini, R. . Competence Growth Factors Can Cause Modification In Higher-Order Chromatin Structure In Mouse Embryo 3t3 Fibroblasts. J. Cell. Biochem ., v. 42, p. 229-238, 1989.

50.
Ventura, A.M.1987Ventura, A.M. ; Schumacher, R.I. ; Ortega, J. Miguel ; Meneghini, R. . Recovery of DNA synthesis from inhibition by ultraviolet light in mammalian cells. Journal of Cell Science Suppl, Inglaterra, v. 6, p. 191-206, 1987.

51.
Ortega, J. Miguel;Ortega, José Miguel;Ortega, J. M.;Ortega, JM;ORTEGA, JOSÉ MIGUEL;ORTEGA, MIGUEL J.;ORTEGA, JOSÉ1985Ortega, J. Miguel; Meneghini, R. . Rearrangement of mammalian chromatin structure following excision repair. Brazilian Journal of Medical and Biological Research, Brasil, v. 18, p. 455-464, 1985.

Capítulos de livros publicados
1.
Donnard, Elisa ; Queiroz, Erica M. ; ORTEGA, J. Miguel ; Gietz, R. Daniel . Yeast Two-Hybrid Liquid Screening. Methods in Molecular Biology. 1ed.: Springer New York, 2014, v. , p. 97-107.

2.
Ortega, J.M.; Santos, F.R. . Bioinformática. In: Aluízio Borém; Roberto Fritsche-Neto. (Org.). Ômicas 360°: aplicações e estratégias para o melhoramento de plantas. 1ed.Visconde do Rio Branco, MG: Suprema, 2013, v. 1, p. 267-289.

3.
Ortega, J. Miguel; Santos, F.R. . Bioinformática. In: Aluízio Borém; Marcos del Giúdice; Tuneo Sedyiama. (Org.). Melhoramento Genômico. Viçosa - MG: , 2003, v. 1, p. 165-185.

Trabalhos completos publicados em anais de congressos
1.
Prosdocimi, F. ; Ortega, J. Miguel . About a preference for stop-resistant codons in eukaryotic genomes. In: Brazilian Symposium on Bioinformatics 2007, 2007, Angra dos Reis. BSB2007 Poster Proceedings. Rio de Janeiro: Pontifical Catholic University, 2007. v. 1. p. 36-47.

2.
Mudado, M.A. ; Ortega, J. Miguel . On The Improvement of Transcriptome Annotation After Clustering and Assemblage of Incremental Number of ESTs. In: Brazilian Symposium on Bioinformatics 2007, 2007, Angra dos Reis. BSB2007 Poster Proceedings. Rio de Janeiro: Pontifical Catholic University, 2007. v. 1. p. 167-170.

3.
Velloso, H. ; Pena, I.A. ; Ortega, J. Miguel . PHEIO, a Java/MySQL based phylogenetic editor for NCBI Taxonomy. In: Brazilian Symposium on Bioinformatics 2007, 2007, Angra dos Reis. BSB2007 Poster Proceedings. Rio de Janeiro: Pontifical Catholic University, 2007. v. 1. p. 179-182.

4.
Pinto, S.A.P. ; Ortega, J. Miguel . Finding Normalizers Genes by Means of Homology Searches on. In: Brazilian Symposium on Bioinformatics 2007, 2007, Angra dos Reis. BSB2007 Poster Proceedings. Rio de Janeiro: Pontifical Catholic University, 2007. v. 1. p. 183-186.

5.
Prosdocimi, F. ; Ortega, J. Miguel . The codon usage of Leucine, Serine and Arginine reveals evolutionary. In: Brazilian Symposium on Bioinformatics 2007, 2007, Angra dos Reis. BSB2007 Poster Proceedings. Rio de Janeiro: Pontifical Catholic University, 2007. v. 1. p. 187-190.

6.
Ortega, J. Miguel; Faria-Campos, A.C. ; Mudado, M.A. . Bioinformática. In: VIII Simpósio de Atualização em Genética e Melhoramento de Plantas, 2004, Lavras. Anais do VIII Simpósio de Atualização em Genética e Melhoramento de Plantas. Lavras: UFLA, 2004. v. 1. p. 1-6.

7.
Prosdocimi, F. ; Peixoto, F.C. ; Ortega, J. Miguel . DNA Sequences Base Calling by PHRED: Error distrtibution. In: II Workshop on Bioinformatics, 2003, Macaé. CD de trabalhos, 2003.

8.
Peixoto, F.C. ; Ortega, J. Miguel . On the pursuit of optimal sequencec trrimming parameters for EST projects. In: I workshop brasileiro de bioinformática, 2002, gramado. Anais do I workshop brasileiro de bioinformática. Gramado: Sociedade Brasileira dee Computação, 2002. v. 1. p. 48-55.

Resumos publicados em anais de congressos
1.
BRITO, F. ; GONCALVES, C. A. X. ; Ortega, JM . Evolution of heterotrophy: Genes needed for regulation of the acidity of pancreatic juice appeared recently in man evolution. In: X-meeting 2016, 2016, Belo Horizonte. X-meeting 2016, 2016.

2.
ORSINE, LISSUR A. ; MOREIRA, E. R. D. ; Ortega, JM . Walking through old routes to reach new destinations: unraveling the origin of the mammary gland,. In: X-meeting 2016, 2016, Belo Horizonte. X-meeting 2016, 2016.

3.
LOPES, KATIA DE PAIVA ; VIALLE, RICARDO ASSUNÇÃO ; Ortega, J. M. . Global coexpression analysis of human proteincoding genes. In: X-meeting 2016, 2016, Belo Horizonte. X-meeting 2016, 2016.

4.
LOPES, KATIA DE PAIVA ; VIALLE, RICARDO A ; Ortega, JM . Transcriptome meta-analysis reveals the human organs evolution. In: X-meeting 2016, 2016, Belo Horizonte. X-meeting 2016, 2016.

5.
LAUX, M. ; VIALLE, RICARDO A ; Ortega, JM ; Giani, A. . Within and between gene variants: tracking for potential targets for populational linkage according to the metagenomic profile in a changing freshwater environment. In: X-meeting 2016, 2016, Belo Horizonte. X-meeting 2016, 2016.

6.
Sakamoto, T. ; Ortega, JM . Improving the supertree approach by analyzing protein clusters with paralogs and including distance data. In: X-meeting 2016, 2016, Belo Horizonte. X-meeting 2016, 2016.

7.
VIALLE, RICARDO A ; Ortega, JM . Secondary structure changes according to evolutionary age. In: X-meeting 2016, 2016, Belo Horizonte. X-meeting 2016, 2016.

8.
PIERRI, C. R. ; NICHIO, B. T. L. ; Sakamoto, T. ; CASTRO, M. A. A. ; Ortega, JM . mtDNA Data Mining: A Global Analysis. In: X-meeting 2016, 2016, Belo Horizonte. X-meeting 2016, 2016.

9.
Ferreira, L. ; Ortega, JM . Have you ever wanted to learn about the cladistics origin of operons? Take our TAXI (Taxonomic Innovations). In: X-meeting 2016, 2016, Belo Horizonte. X-meeting 2016, 2016.

10.
AGUIAR, E. L. ; ORSINE, LISSUR A. ; GONCALVES, C. A. X. ; Santos, M.A. ; Ortega, JM . Analysis and Mining Onco-targets Breast through Ontology. In: X-meeting 2016, 2016, Belo Horizonte. X-meeting 2016, 2016.

11.
LOPES, E. N. ; Sakamoto, T. ; Ortega, JM . Evolutionary origin of the proteins involved in the entry of and defense to the Ebola virus in the host cell. In: X-meeting 2016, 2016, Belo Horizonte. X-meeting 2016, 2016.

12.
CASTRO, B. M. K. ; GONCALVES, C. A. X. ; Ortega, JM . Study of the origin of the genes controlling flower development. In: X-meeting 2016, 2016, Belo Horizonte. X-meeting 2016, 2016.

13.
GONCALVES, C. A. X. ; Ortega, JM . GO-Genesis: finding the origin of biological processes and molecular functions from Gene Ontology. In: X-meeting 2016, 2016, Belo Horizonte. X-meeting 2016, 2016.

14.
BARBOS, R. C. ; GONCALVES, C. A. X. ; Ortega, JM . Ancestrality and evolution of genes related with apoptosis. In: X-meeting 2016, 2016, Belo Horizonte. X-meeting 2016, 2016.

15.
Stussi, F. ; GONCALVES, C. ; Ortega, José Miguel . Genes implicated in cancer encompass both ancient and very recently originated molecular functions. In: X-Meeting 2015 - 11th International Conference of th AB3C + Brazilian Symposium of Bioinformatics, 2015, São Paulo. X-meeting, 2015.

16.
Sakamoto, T. ; ORTEGA, JOSÉ MIGUEL . TaxOnTree: a web tool that adds taxonomic classification on top of a phylogenetic tree. In: X-Meeting 2015 - 11th International Conference of th AB3C + Brazilian Symposium of Bioinformatics, 2015, São Paulo. X-MEETING 2015, 2015.

17.
LOPES, KATIA DE PAIVA ; VIALLE, RICARDO ASSUNÇÃO ; ORTEGA, MIGUEL J. . Origin of genes obtained by transcriptomic data compared to KEGG Functional Hierarchies. In: X-Meeting 2015 - 11th International Conference of th AB3C + Brazilian Symposium of Bioinformatics, 2015, São Paulo. X-meeting, 2015.

18.
GONCALVES, C. A. X. ; ORTEGA, MIGUEL J. . ARCoBALeno: an application for coloring biological pathways by ancestrality or gene function. In: X-Meeting 2015 - 11th International Conference of th AB3C + Brazilian Symposium of Bioinformatics, 2015, SÃO PAUO. X-MEETING, 2015.

19.
ORSINE, LISSUR A. ; Franco, G.C. ; Ribeiro, H.A.L. ; Ortega, JM . OVERACTIVE GENES: A NEW CONCEPT FOR TISSUE-SPECIFIC GENES. In: X-meeting 2015, 2015, São Paulo. X-meeting 2015, 2015.

20.
Velloso, H.M. ; Guedes, R.L.M. ; Ortega, J.M. . TaxSimple, LCAWS and GetAllChildren to make access to NCBI Taxonomy data easier and faster. In: X_meeting 2012, 2012, Campinas. www.x-meeting.com. São Paulo: AB3C, 2012.

21.
Costa, V. ; Guedes, R.L.M. ; Ortega, J. M. . THE RISE OF CELL-TO-CELL CONTACTS IN THE PRESENTATION OF ANTIGENS TO T-CELLS IN HUMAN EVOLUTION. In: X-meeting 2012, 2012, Campinas. www.x-meeting.com. São Paulo: AB3C, 2012.

22.
Stussi, F. ; Guedes, R.L.M. ; Barbosa-Silva, A. ; Ortega, J.M. . Depicting the origin of sumoylation network in Arabdopsis thaliana with text-mining and orthologue clustering tools. In: X-meeting 2012, 2012, Campinas. www.x-meeting.com. São Paulo: AB3C, 2012.

23.
Ferreira, L. ; Guedes, R.L.M. ; Ortega, J.M. . How old are the genes in E. coli operons?. In: X-meeting 2012, 2012, Campinas. www.x-meeting.com. São Paulo: AB3C, 2012.

24.
Guedes, R.L.M. ; Natale, D. ; Suzek, B. ; Wu, C. ; Ortega, J.M. . UniRef50 Matrices for Annotating Gene Ontology Entries (U-MAGE) among species in PANTHER database.. In: X-meeting 2012, 2012, Campinas. www.x-meeting.com. São Paulo: AB3C, 2012.

25.
Sakamoto, T. ; Costa, V. ; Kolman, M. ; Guedes, R.L.M. ; Giani, A. ; Ortega, J. M. . Occurrence and phylogenetic studies of the microcystin biosynthesis genes. In: X-meeting 2012, 2012, Campinas. www.x-meeting.com. São Paulo: AB3C, 2012.

26.
Cosate, M. R. V. ; Mendonça-Neto, R. P. ; Brasil, B. ; Sakamoto, T. ; Oliveira, C. ; Ortega, J.M. . Novel evidence of IS1500 and IS1533 by genomics and quantitative RT-PCR in Leptospira spp.. In: X-meeting 2012, 2012, Campinas. www.x-meeting.com. São Paulo: AB3C, 2012.

27.
Coelho-Jr, O. ; Souza, D. T. ; Ribeiro, H.A.L. ; Ortega, J. M. . The human proteome resembles a MATRYOSHKA but some protein architectures are more popular in each member of the set. In: %8 Congresso Nacional de Genética, 2012, Foz de Iguaçu. CD de resumos. Ribeirão Preto: SBG, 2012.

28.
Costa, I. R. ; Thompson, J. D. ; Ortega, J. M. ; Prosdocimi, F. . Molecular divorce in metazoan amino acids pathways: loss of partners drives genes to improve or perish. In: COngresso Nacional de Genética, 2012, Foz de Iguaçu. 58 Congresso Nacional de Genética. Ribeirão Preto: SBG, 2012.

29.
Costa, V. ; Guedes, R.L.M. ; Ribeiro, H.A.L. ; Ortega, J. M. . Depicting the origin of Interferon its receptors and regulatory transcription factors.. In: Congresso Nacional de Genética, 2012, Foz de Iguaçu. CD de resumos. Ribeirão Preto: SBG, 2012.

30.
Fernandes, G.R. ; Almeida, R. ; Ortega, J.M. . COMPLEMENTARITY OF HUMAN AND INTESTINAL MICROBIOTA GENOMES. In: 7th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology (X-meeting 2011), 2011, Florianópolis. 2011 ABSTRACT BOOK. São Paulo: AB3C, 2011. v. 1. p. 147.

31.
Costa, I.R. ; Ortega, J.M. ; Prosdocimi, F. . Evidences of positive selection in metazoan genes for essential amino acid pathways. In: 7th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology (X-meeting 2011), 2011, Florianópolis. 2011 ABSTRACT BOOK. São Paulo: AB3C, 2011. v. 1. p. 158.

32.
Guedes, R.L.M. ; Coelho-Jr, O. ; Velloso, H. ; Ribeiro, H.A.L. ; Fernandes, G.R. ; Donnard, E.R. ; Stussi, F. ; Ortega, J.M. . The secondary structure of orthogues is nearly 90% versus 70% similar if they respectively belong to the same species or phyla. In: 7th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology (X-meeting 2011), 2011, Florianópolis. 2011 ABSTRACT BOOK. São Paulo: AB3C, 2011. v. 1. p. 149.

33.
Alvarenga, E.R. ; Magalhães, B.F. ; Dantas, A.E. ; Siqueira, F.F. ; Mendes, T.M. ; Guedes, R.L.M. ; Ortega, J.M. ; Kalapothakis, E. . Comparative transcriptomic of Chelicerates: searching for gene expression pattern in venom glands. In: 7th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology (X-meeting 2011), 2011, Florianópolis. 2011 ABSTRACT BOOK. São Paulo: AB3C, 2011. v. 1. p. 192.

34.
Velloso, H. ; Urbina, H. ; Ribeiro, H.A.L. ; Honorato, R. ; Guedes, R.L.M. ; Perez-Acle, T. ; Ortega, J.M. . BOWS: a platform to make bioinformatics tools available by Web Service. In: 7th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology (X-meeting 2011), 2011, Florianópolis. 2011 ABSTRACT BOOK. São Paulo: AB3C, 2011. v. 1. p. 133.

35.
Stussi, F. ; Guedes, R.L.M. ; Velloso, H. ; Donnard, E.R. ; Ribeiro, H.A.L. ; Fernandes, G.R. ; Barbosa-Silva, A. ; Andrade-Navarro, M. ; Ortega, J.M. . Depicting the origin of drought response in Arabdopsis thaliana with text-mining and orthologue clustering tools. In: 7th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology (X-meeting 2011), 2011, Florianópolis. 2011 ABSTRACT BOOK. São Paulo: AB3C, 2011. v. 1. p. 226.

36.
Barbosa-Silva, A. ; Fontaine, J.-F. ; Donnard, E.R. ; Stussi, F. ; Ortega, J.M. ; Andrade-Navarro, M.A. . EFFICIENT NETWORK CURATION USING THE TEXT-MINING WEB TOOL PESCADOR. In: 7th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology (X-meeting 2011), 2011, Florianópolis. 2011 ABSTRACT BOOK. São Paulo: AB3C, 2011. v. 1. p. 237.

37.
Stussi, F. ; Barbosa-Silva, A. ; Guedes, R.L.M. ; Velloso, H. ; Ortega, J.M. . The history of drought stress response in Arabdopsis thaliana told with text-mining and homologous grouping softwares. In: XL Annual Meeting of Brazilian Biochemistry and Mol. Biology Society, 2011, Foz de Iguaçu. Abstract Book. São Paulo: SBBq, 2011. v. 1. p. N-18.

38.
Quadros, L.C. ; Velloso, H. ; Ortega, J. M. . ORIGIN OF HUMAN CHROMOSOMAL DOMAINS. In: 6th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology (X-meeting 2010), 2010, Ouro Preto. CD de resumos. São Paulo: AB3C, 2010. v. 1. p. 28.

39.
Velloso, H. ; Ortega, J. M. . ORIGIN OF HUMAN PATHWAYS. In: 6th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology (X-meeting 2010), 2010, Ouro Preto. CD de resumos. São Paulo: AB3C, 2010. v. 1. p. 30.

40.
Coelho-Jr, O. ; Ortega, J. M. . SECONDARY-STRUCTURE OVERLAPPING GROUP (SOG) COMBINES HOMOLOGOUS GROUPS WITH SAME ONTOLOGY. In: 6th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology (X-meeting 2010), 2010, Ouro Preto. CD de resumos. São Paulo: AB3C, 2010. v. 1. p. 58.

41.
Maciel, T.E.F. ; Souza, R.F.D. ; Fernandes, G.R. ; Ortega, J. M. ; Fietto, J.L.R. . MINING THE LEISHMANIA GENOME FOR NEW TARGETS TO BIOTECHNOLOGICAL APPLICATIONS. In: 6th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology (X-meeting 2010), 2010, Ouro Preto. CD de resumos. São Paulo: AB3C, 2010. v. 1.

42.
Fernandes, G.R. ; Ortega, J. M. . UEKO UPDATE: 2.4 MILLION SEQUENCES FROM 25 THOUSAND ORGANISMS. In: 6th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology (X-meeting 2010), 2010, Ouro Preto. CD de resumos. São Paulo: AB3C, 2010. v. 1. p. 128.

43.
Stussi, F. ; Barbosa-Silva, A. ; Donnard, E.R. ; Fernandes, G.R. ; Guedes, R.L.M. ; Ortega, J. M. . ENRICHING KEGG PATHWAY WITH PESCADOR TEXT MINING TOOL - COLORECTAL CANCER PATHWAY AS A MODEL. In: 6th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology (X-meeting 2010), 2010, Ouro Preto. CD de resumos. São Paulo: AB3C, 2010. v. 1. p. 142.

44.
Ribeiro, C. ; Guedes, R.L.M. ; Ribeiro, H.A.L. ; Coelho-Jr, O. ; Ortega, J. M. . DESIGN OF A QUINTILLION OF GENES THAT CODIFY FOR SYNTHETIC MINI-ANTIBODIES (SCFV). In: 6th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology (X-meeting 2010), 2010, Ouro Preto. CD de resumos. São Paulo: AB3C, 2010. v. 1. p. 188.

45.
Ribeiro, H.A.L. ; Ortega, J. M. . A SIMPLE PROCEDURE FOR ANNOTATION OF UNCHARACTERIZED PROTEINS. In: 6th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology (X-meeting 2010), 2010, Ouro Preto. CD de resumos. São Paulo: AB3C, 2010. v. 1. p. 195.

46.
Donnard, E.R. ; Guedes, R.L.M. ; Velloso, H. ; Fernandes, G.R. ; Coelho-Jr, O. ; Ribeiro, H.A.L. ; Barbosa-Silva, A. ; Ortega, J. M. . PREIMPLANTATION DEVELOPMENT CONSISTS OF AN ANCIENT CHORDATA TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PATHWAY WITH ADDITION OF MODERN ELEMENTS BY THE ORIGIN OF EUTHERIA. In: XXXIX Annual meeting of SBBq, 2010, Foz do Iguaçu. CD de resumos. São Paulo: SBBq, 2010. v. 1. p. V-004.

47.
Guedes, R.L.M. ; Moura, L.K. ; Queiroz, L.S. ; Velloso, H. ; Ortega, J. M. ; Prosdocimi, F. . THE GREAT DELETION HYPOTHESIS FOR ESSENTIAL AMINO ACID BIOSYNTHESIS ENZYMES. In: XXXIX Annual meeting of SBBq, 2010, Foz do Iguaçu. CD de resumos. São Paulo: SBBq, 2010. v. 1. p. V-010.

48.
Quadros, L.C. ; Velloso, H. ; Prosdocimi, F. ; Ortega, J. M. . IN MAN, CODON USAGE PRESENTS A SLIGHT BIAS TO AVOID MUTATIONS TO STOP CODON IN BOTH ANCIENT AND RECENT GENES. In: XXXIX Annual meeting of SBBq, 2010, Foz do Iguaçu. CD de resumos. São Paulo: SBBq, 2010. v. 1. p. V-015.

49.
Velloso, H. ; Ortega, J. M. . MAN HAS BEEN ORIGINATED BY WAVES OF GENE ORIGIN AND GENE FUNCTION. In: XXXIX Annual meeting of SBBq, 2010, Foz do Iguaçu. CD de resumos. São Paulo: SBBq, 2010. v. 1. p. V-020.

50.
Quadros, L.C. ; Fernandes, G.R. ; Prosdocimi, F. ; Ortega, J. M. . AN ESTIMATION OF THE PROBABILITY OF EVOLUTION OF THE CODONS BASED ON SNP OCCURRENCE IN HUMAN DNA. In: Brasil Deutschland Systems Biology Meeting (SB-meeting 2010), 2010, Ouro Preto. Livro de resumos SB-meeting. São Paulo: AB3C, 2010. v. 1. p. 3.

51.
Velloso, H. ; Guedes, R.L.M. ; Ortega, J. M. . GENES SEEMS TO HAVE APPEARED INWAVES ALONG THE EVOLUTION. In: Brasil Deutschland Systems Biology Meeting (SB-meeting 2010), 2010, Ouro Preto. Livro de resumos SB-meeting. São Paulo: AB3C, 2010. v. 1. p. 32.

52.
Guedes, R.L.M. ; Velloso, H. ; Ortega, J. M. . METAGENOMIC CLUSTERING FOR ENVIRONMENTAL ANALYSES. In: Brasil Deutschland Systems Biology Meeting (SB-meeting 2010), 2010, Ouro Preto. Livro de resumos SB-meeting. São Paulo: AB3C, 2010. v. 1. p. 40.

53.
Donnard, E.R. ; Guedes, R.L.M. ; Velloso, H. ; Fernandes, G.R. ; Coelho-Jr, O. ; Ribeiro, H.A.L. ; Barbosa-Silva, A. ; Ortega, J. M. . PREIMPLANTATION DEVELOPMENT REGULATORY PATHWAY: SEARCHING FOR HOMOLOGUES AND THEIR LAST COMMON ANCESTOR. In: Brasil Deutschland Systems Biology Meeting (SB-meeting 2010), 2010, Ouro Preto. Livro de resumos SB-meeting. São Paulo: AB3C, 2010. v. 1. p. 50.

54.
Coelho-Jr, O. ; Ortega, J. M. . STUDY OF PROTEIN SECONDARY STRUCTURE CONFORMATION MAY BE SUITABLE TO PRESUME A RANDOM OR EVOLVED DNA REGION. In: Brasil Deutschland Systems Biology Meeting (SB-meeting 2010), 2010, Ouro Preto. Livro de resumos SB-meeting. São Paulo: AB3C, 2010. v. 1. p. 57.

55.
Guedes, R.L.M. ; Fernandes, G.R. ; Coelho-Jr, O. ; Ribeiro, H.A.L. ; Barbosa-Silva, A. ; Ortega, J. M. . SURVEY OF PHOSPHATE KINASES IN 17.65 MILLION METAGENOMICS SEQUENCES USING CLUSTERS OF HOMOLOGUES BUILT WITH SEEDSERVER. In: 5th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology (X-meeting 2009), 2009, Angra dos Reis. CD de resumos. São Paulo: AB3C, 2009. v. 1. p. 87.

56.
Donnard, E.R. ; Barbosa-Silva, A. ; Ortega, J. M. . IN PURSUIT OF A KEGG-LIKE PATHWAY FOR THE PREIMPLANTATION DEVELOPMENT USING THE TEXT-MINING TOOL LAITOR TO REVEAL BIOINTERACIONS. In: 5th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology (X-meeting 2009), 2009, Angra dos Reis. CD de resumos. São Paulo: AB3C, 2009. v. 1. p. 166.

57.
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Pessoa, P.I. ; Franco-Vianna, R. ; Queiroz, E.M. ; Marino, J.M. ; Santos, R. ; Santólia, J. ; Ortega, J. Miguel . Geração de uma biblioteca de mutantes do fator de transcrição TEAD-1 para estudo de domínios funcionais. In: 45º Congresso Nacional de Genética, 1999, Gramado. Genetics and Molecular Biology. Ribeirão Preto: Editora da Sociedade Brasileira de Genética, 1999. v. 22. p. 314-314.

132.
Rodrigues, L.B. ; Ortega, J. Miguel . Repressão e antirepressão entre domínios do fator de transcrição de camundongo TEAD-1. In: 45º Congresso Nacional de Genética, 1999, Gramado. Genetics and Molecular Biology. Ribeirão Preto: Editora da Sociedade brasileira de Genética, 1999. v. 22. p. 327-327.

133.
Starling, A.L. ; Ortega, J. Miguel ; Rodriguez, M.B. . EGFP and CAN1+ as reporter genes to the direct and the reverse two-hybrid systems. In: 45º Congresso Nacional de Genética, 1999, Gramado. Genetics and Molecular Biology. Ribeirão Preto: Editora da Sociedade Brasileira de Genética, 1999. v. 22. p. 272-272.

134.
Nery, F.C. ; Silva, B.M. ; Ortega, J. Miguel ; Rodriguez, M.B. . Selection of antigen-antibody interaction by yeast two-hybrid system. In: 45º Congresso Nacional de Genética, 1999, Gramado. Genetics and Molecular Biology. Ribeirão Preto: Editora da Sociedade Brasileira de Genética, 1999. v. 22. p. 273.

135.
Silva, B.M. ; Ortega, J. Miguel ; Nery, F.C. ; Dillon, P. ; Rodriguez, M.B. . Clonagem e expressão de anticorpos sintéticos de cadeia única (SScFvs) em bactérias. In: 45º Congresso Nacional de Genética, 1999, Gramado. Genetics and Molecular Biology. Ribeirão Preto: Editora da Sociedade Brasileira de Genética, 1999. v. 22. p. 273-273.

136.
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139.
Starling, A.L. ; Ortega, J. Miguel ; Rodriguez, M.B. . Modificação de Vetores Para Utilização de Genes Repórter Alternativos No Sistema de Duplo-Híbrido Em Levedura. In: 44º Congresso Nacional de Genética, 1998. Genetics and Molecular Biology. Águas de Lindóia, SP. v. 21. p. 108-108.

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142.
Nery, F.C. ; Silva, B.M. ; Ortega, J. Miguel ; Dillon, P. ; Rodriguez, M.B. . Construindo e Expressando Biblioteca de Anticorpos de Cadeia Única Em Leveduras e Bactérias. In: 44º Congresso Nacional de Genética, 1998. Genetics and Molecular Biology. Aguas de Lindóia, SP. v. 21. p. 381-381.

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Malta, F.S.V. ; Silva, J.H. ; Rodrigues, L.B. ; Barbosa-Júnior, J. ; Gil, F. ; Köenen, J. ; Prado, V.F. ; Ortega, J. Miguel . Seleção de Peptídeos Que Se Ligam Ao C Terminal do Transportador Vesicular de Acetil Colina de Camundongo Utilizando O Sistema do Duplo-Híbrido Em Leveduras. In: 44º Congresso Nacional de Genética, 1998. Genetics and Molecular Biology. Aguas de Lindóia, SP. v. 21. p. 383-383.

144.
Rodrigues, L.B. ; Pessoa, Y.M.P. ; Santos, C.R. ; Rodriguez, M.B. ; Ortega, J. Miguel . Identificação de Um Domínio Ativador de Transcrição Conservado Em Fatores e Transcrição da Família Tead Possivelmente Regulado Por Dobramnto da Proteína. In: 44º Congresso Nacional de Genética, 1998. Genetics and Molecular Biology. Aguas de Lindóia, SP. v. 21. p. 384-384.

145.
Pessoa, Y.M.P. ; Ortega, J. Miguel . Cloning of mouse Transcription Factors mTEAD-4a And mTEAD-4b from a 7 day mouse embryo cDNA library and initial tests of function in yeast cells. In: XXVII reunião anual da SBBq, 1998. Programa e Resumos da XXVII reunião anual da SBBq. Caxambu, MG. p. 9-9.

146.
Malta, F.S.V. ; Ortega, J. Miguel . Modelos Didáticos Em Genética: Uma Abordagem Concreta da Iniciação de Transcrição e de Experimentos Utilizando Esse Conhecimento. In: 44º Congresso Nacional de Genética, 1998. Genetics and Molecular Biology. Aguas de Lindóia, SP. v. 21. p. 394-394.

147.
Ortega, J. Miguel; et al. ; Analysis Of Cdna Libraries From Different Developmental Stages Os Schistosoma Mansoni With The Aim O Producing Expressed Sequence Tags. In: XXVIª reunião anual da SBBq, 1997. Programa e Resumos da XXVIª reunião anual da SBBq. Caxambu, MG. p. 10-10.

148.
Ortega, J. Miguel; Almeida, F.M. ; Transcriptional Enhancer Factor - 1 Mediates Repression Of Activated Transcription In Yeast Cells. In: XXVIª reunião anual da SBBq, 1997. Programa e Resumos da XXVIª reunião anual da SBBq. Caxambu, MG. p. 12-12.

149.
Ortega, J. Miguel; DILLON, P. N. F. M. A. O. J. ; Construção e Expressão de Biblioteca de Anticorpos de Cadeia Única. In: 43º congresso nacional de genética, 1997. Revista Brasileira de Genética. Goiânia, GO. v. 20. p. 224-224.

150.
Ortega, J. Miguel; MB, S. A. O. J. R. ; Glucoamilase Como Repórter No Sistema de Duplo Híbrido de Levedura. In: 43º Congresso Nacional de Genética, 1997. Revista Brasileira de Genética. Goiânia, GO. v. 20. p. 246-246.

151.
Ortega, J. Miguel; AZEVEDO, V. M. G. G. C. F. S. S. R. C. M. F. G. R. E. O. J. ; Projeto Genoma de Schistosoma Mansoni, Descoberta de Novos Genes Usando Uma Biblioteca de Cdna de Cercária. In: 43º Congresso Nacional de Genética, 1997. Revista Brasileira de Genética. Goiânia, GO. v. 20. p. 249-249.

152.
Kobayashi, T. ; Ortega, J. Miguel ; Rein, T. ; Zorbas, H. ; Kaneko, K. ; Majumder, S. ; Natale, D. ; DePamphilis, M.L. . Site Specific Initiation In Metazoan Chromosomes. In: CNRS Jacques Monod Conference, 1997, Aussois. Regulation of DNA replication in prokaryotes and eukaryotes: molecular aspects. Aussois, FR, 1997. p. 54-54.

153.
Ortega, J. Miguel; DILLON, P. N. F. M. A. ; MB, O. J. R. . Construção de Biblioteca de Anticorpos de Cadeia Única Com Expressão Em Levedura. In: 42º Congresso Nacional de Genética, 1996. Revista Brasileira de Genética. Caxambu, MG. v. 19. p. 313-313.

154.
Ortega, J. Miguel; JM, P. H. R. M. O. ; Analysis In 3-D Of A Single-Chain Antibody Containing A Modeled Linker. In: XXVª reunião anual da SBBq, 1996. Programa e Resumos da XXVª reunião anual da SBBq. Caxambu, MG. p. 131-131.

155.
Ortega, J. Miguel; MTP, R. H. R. D. O. A. S. C. O. J. L. ; Production Of Reactive Oxygen Species As Mechanism For Antitumoral Activity Presented By Bignoniaceae Naphtoquinone. In: XXVª reunião anual da SBBq, 1996. Programa e Resumos da XXVª reunião anual da SBBq. Caxambu, MG. p. 179-179.

156.
Ortega, J. Miguel; DILLON, P. R. M. N. F. O. J. A. F. R. C. ; Produção de Anticorpos Sintéticos Potencialmente Capazes de Reconhecer Proteínas Conservadas. In: 41º Congresso Nacional de Genética, 1995. Revista Brasileira de Genética. Caxambu, MG. v. 18. p. 149-149.

157.
Ortega, J. Miguel; JM, R. M. A. F. M. P. R. L. O. ; Expression And Transactivation Ability Of Mouse Transcription Enhancer Factor 1 In Yeast Cells. In: XXIVª reunião anual da SBBq, 1995. Programa e Resumos da XXIVª reunião anual da SBBq. Caxambu, MG. p. 36-36.

Apresentações de Trabalho
1.
Ortega, J. M.. More info to pathways: the enrichment of COG and Kegg Orthology databases and the grouping of cognate proteins with Seed Linkage. 2009. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

2.
Ortega, J. Miguel. Bringing Sequences to Life. 2007. (Apresentação de Trabalho/Congresso).


Produção técnica
Programas de computador sem registro
1.
Ortega, J. Miguel; Santos, F.R. . Site Web sobre projetos de pesquisa em pós-graduação. 1999.

2.
Ortega, J. Miguel; Prado, V.F. . Site Web sobre tópicos em bioquimica e imunologia. 1998.


Produção artística/cultural
Outras produções artísticas/culturais
1.
Ortega, J. Miguel. DNA, RNA e Síntese Protéica. 1995 (Filme VHS).

Demais trabalhos
1.
Ortega, J. Miguel. Montagem Teatral do Complexo de Transcrição Basal (para 7 pessoas e 1 espaguete). 2000 (kit de ensino) .

2.
Ortega, J. Miguel. Kit de Ensino de Mecanismo de Ativação Gênica. 1998 (kit de ensino) .



Eventos



Participação em eventos, congressos, exposições e feiras
1.
X-meeting 2016. 2016. (Congresso).

2.
X-Meeting 2015 - 11th International Conference of th AB3C + Brazilian Symposium of Bioinformatics. 2015. (Congresso).

3.
XXVIIIª reunião anual da SBBq. Making Use of the Information Provided by Complete Genomes. 2009. (Congresso).

4.
XXVIIIª reunião anual da SBBq. Making Use of the Information Provided by Complete Genomes. 2009. (Congresso).

5.
X-meeting 2007 (3rd International Conference of AB3C). Sequence Analysis Simposium. 2007. (Congresso).

6.
2nd Internacional Conference on Bioinformatics and Computational Biology (ICoBiCoBi 2001). Databases and Tools. 2004. (Congresso).


Organização de eventos, congressos, exposições e feiras
1.
Ortega, J. Miguel; Rodrigues, M.R. ; Donnard, E.R. . Brasil Deutschland Systems Biology Meeting (SB-meeting 2010). 2010. (Congresso).

2.
Nesic, G. ; Vasconcelos, A.T.R. ; Ortega, J. Miguel ; Kuser-Falcão, P. . X-meeting 2006 (2nd International Conference of AB3C). 2006. (Congresso).

3.
Ortega, J. Miguel; Kuser-Falcão, P. ; Vasconcelos, A.T.R. . X-meeting 2005 (1st International Conference of AB3C). 2005. (Congresso).

4.
Souza, S.J. ; Vasconcelos, A.T.R. ; Ortega, J. Miguel . 2nd Internacional Conference on Bioinformatics and Computational Biology (ICoBiCoBi 2004). 2004. (Congresso).



Orientações



Orientações e supervisões em andamento
Dissertação de mestrado
1.
Beatriz Moura Kfoury de Castro. .. Início: 2016. Dissertação (Mestrado profissional em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. (Orientador).

2.
Thaís de Almeida Ratis Ramos. ANálises de promotores de genes originados ao longo d evolução. Início: 2016. Dissertação (Mestrado profissional em Bioinformatica) - Universidade Federal do Rio Grande do Norte, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. (Orientador).

3.
Elisson Nogueira Lopes. .. Início: 2016. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais. (Orientador).

Tese de doutorado
1.
Vasco Ariston de Carvalho Azevedo. Ômicas: Corynebacterium pseudotuberculosis o nosso cavalo de batalha. Início: 2017. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais. (Orientador).

2.
Sheyla Trefflich. .. Início: 2016. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais. (Coorientador).

3.
Lissur Azevedo Orsine. .. Início: 2016. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais. (Orientador).

4.
Carlos Alberto Xavier Gonçalves. .. Início: 2016. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. (Orientador).

5.
Luís Henrique Trentin de Souza. .. Início: 2015. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. (Orientador).

Supervisão de pós-doutorado
1.
Tetsu Sakamoto. Início: 2016. Universidade Federal de Minas Gerais, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior.

Iniciação científica
1.
Fernanda Stussi. Produção de vias regulatórias com ferramenta de mineração de texto PESCADOR. Início: 2011. Iniciação científica (Graduando em Ciência Biológicas) - Universidade Federal de Minas Gerais. (Orientador).


Orientações e supervisões concluídas
Dissertação de mestrado
1.
Fenícia Brito Santos. .. 2017. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais, . Orientador: José Miguel Ortega.

2.
Lissur Azevedo Orsine. Elaboração de via de desenvolvimento da glândula mamária e estimativa da origem dos seus genes e do sistema. 2016. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais, . Orientador: José Miguel Ortega.

3.
Carlos Alberto Xavier Gonçalves. Ferramentas e métodos para estudo da evolução de processos biológicos e funções moleculares do Homo sapiens. 2016. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais, . Orientador: José Miguel Ortega.

4.
Verônica Rodrigues de Melo Costa. Estudo da ancestralidade de genes componentes do sistema imune. 2015. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais, . Orientador: José Miguel Ortega.

5.
Elisa Rennó Donnard Moreira. Desenvolvimento e Aplicação de Métodos Bioquímicos e Bioinformáticos para buscar Interações Regulatórias -Tead4 como Modelo. 2010. Dissertação (Mestrado em Bioquímica e Imunologia) - Universidade Federal de Minas Gerais, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: José Miguel Ortega.

6.
João de Abreu e Tôrres. PCT - Uma Ferramenta para Anotação de Proteínas Utilizando Bases Secundárias. 2006. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade Federal de Minas Gerais, . Coorientador: José Miguel Ortega.

7.
Erica Maria de Queiroz. Sistema de duplo-híbrido: dois novos métodos de triagem baseados em seleção em meio líquido. 2005. 0 f. Dissertação (Mestrado em Genética) - Universidade Federal de Minas Gerais, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: José Miguel Ortega.

8.
Frederico S V Malta. Caracterização inicial de dois anticorpos sintéticos de cadeia única selecionados por interação com p53(72-390) murina. 2004. 75 f. Dissertação (Mestrado em Genética) - Universidade Federal de Minas Gerais, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Coorientador: José Miguel Ortega.

9.
Vanessa Faria Gonçalves. Metodologia para caracterização de mutantes de um domínio repressor de transcrição. 2003. 134 f. Dissertação (Mestrado em Bioquímica e Imunologia) - Universidade Federal de Minas Gerais, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: José Miguel Ortega.

10.
Luciana Bastos Rodrigues. Mapeamento de Domínios Funcionais Conservados do Fator de Transcrição mTead1. 2001. 0 f. Dissertação (Mestrado em Genética) - Universidade Federal de Minas Gerais, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: José Miguel Ortega.

11.
Flávia Cristina Nery. Construção e Triagem ded Bibliotecas de Anticorpos Sintéticos de Cadeia Única. 2001. 133 f. Dissertação (Mestrado em Genética) - Universidade Federal de Minas Gerais, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Coorientador: José Miguel Ortega.

12.
Alessandra Lopes Starling. Construção de genes repórteres alternativos para sistemas de duplo-híbrido em leveduras. 2000. Dissertação (Mestrado em Genética) - Universidade Federal de Minas Gerais, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Coorientador: José Miguel Ortega.

Tese de doutorado
1.
Katia de Paiva Lopes. Ancestralidade e co-regulação de genes codificadores de. 2017. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais, . Orientador: José Miguel Ortega.

2.
Ricardo Assunção Vialle. Evidências de mudanças estruturais proteicas em transições macroevolutivas. 2017. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: José Miguel Ortega.

3.
Tetsu Sakamoto. Ferramentas para análise filogenética e de distribuição taxonômica de genes ortólogos. 2016. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: José Miguel Ortega.

4.
Marcele Laux. Análise Metagenômica da Diversidade de Cianobactérias de um Reservatório Oligotrófico Tropical: uma busca por potenciais riscos para o futuro. 2016. Tese (Doutorado em Biologia Vegetal) - Universidade Federal de Minas Gerais, . Coorientador: José Miguel Ortega.

5.
Lucas Martins Ferreira. TAXI and CoryneRegNet 7.0, A creation and update of data wa rehouses for study speciation and regulation of transcrip tion of prokaryotic organisms. 2016. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais, . Orientador: José Miguel Ortega.

6.
Henrique Velloso Ferreira Melo. FERRAMENTAS E SERVIÇOS ONLINE PARA A ANÁLISE DA ORIGEM CLADÍSTICA DE GENES E VIAS METABÓLICAS. 2014. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais, . Orientador: José Miguel Ortega.

7.
Henrique de Assis Lopes Ribeiro. "Desenvolvimento de um serviço de análise de sequências uti lizando um modelo baseado em atributos de resultados de PSI- BLAST". 2013. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais, . Orientador: José Miguel Ortega.

8.
Rafael Lucas Muniz Guedes. Desenvolvimento das ferramentas SeedServer, para agrupamento de sequências protéicas homólogas e U-MAGE, para propagação de ontologia funcional. 2013. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais, . Orientador: José Miguel Ortega.

9.
Gabriel da Rocha Fernandes. Integração de bases de dados de genes homólogos e aplicações em análises de sequências. 2011. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: José Miguel Ortega.

10.
Viviane Aguiar Andrade. Cálcio intracelular na proliferação de células hepáticas. 2010. Tese (Doutorado em Bioquímica e Imunologia) - Universidade Federal de Minas Gerais, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Coorientador: José Miguel Ortega.

11.
Saulo Augusto de Paula Pinto. Clustering de Amostras de Dados de Expressão Gênica Utilizando Duas Métricas de Similaridade Biologicamente Inspiradas. 2008. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais, . Orientador: José Miguel Ortega.

12.
Adriano Barbosa da Silva. Mineração de texto, agrupamento de sequencias e integração de dados para o desenvolvimento da Plant Defense Mechanisms Database. 2008. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: José Miguel Ortega.

13.
Mauricio de Alvarenga Mudado. Uso da Base de Dados Secundária KOG como Ferramenta para Caracterização de Expressão Gênica e Mineração de Dados em Projetos Transcriptoma. 2007. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: José Miguel Ortega.

14.
Cristiane Neri Nobre. Desenvolvimento de uma metodologia para previsão de Sítios de Início de Tradução. 2007. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais, . Coorientador: José Miguel Ortega.

15.
Francisco Prosdocimi. Racionalização de uso do algoritmo PHRED para análises de seqüências de DNA. 2006. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: José Miguel Ortega.

16.
Alessandra Conceicao Faria Aguiar Campos. Bioinformática Aplicada a Caracterização de Genes: O Schistosoma mansoni Como Modelo. 2005. 0 f. Tese (Doutorado em Bioquímica e Imunologia) - Universidade Federal de Minas Gerais, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: José Miguel Ortega.

Supervisão de pós-doutorado
1.
Cristina Ribeiro. Planejamento Bioinformático de Anticorpos de Cadeia Única Sintéticos. 2009. Universidade Federal de Minas Gerais, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Minas Gerais. José Miguel Ortega.

2.
Francisco Prosdocimi. Pesquisa de Novas Matrizes de Substituição baseadas em mutação. 2006. Universidade Federal de Minas Gerais, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Minas Gerais. José Miguel Ortega.

Trabalho de conclusão de curso de graduação
1.
Luíza Cardoso de Quadros. Utilização de dados extraídos de banco de dados de SNPs para calcular probabilidade de mutações dos nucleotídeos dos 64 códons. 2011. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Ciência Biológicas) - Universidade Federal de Minas Gerais, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Minas Gerais. Orientador: José Miguel Ortega.

2.
Rafael Lucas Muniz Guedes. Análises preliminares de agrupamentos de seqüências públicas de metagenômica com genomas microbianos completos conhecidos. 2009. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Ciência Biológicas) - Universidade Federal de Minas Gerais. Orientador: José Miguel Ortega.

3.
Elisa Rennó Donnard Moreira. Triagem Líquida para o Sistema de Duplo Híbrido em Leveduras. 2008. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Ciência Biológicas) - Universidade Federal de Minas Gerais, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Minas Gerais. Orientador: José Miguel Ortega.

4.
Lucas Santana dos Santos. Uso de Amninoácidos Essenciais e Nutrigenômica de Eucariotos: Evidências do Uso Diferencial de Aminoácidos em Domínios e Extra-domínios Protéicos. 2007. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Ciência Biológicas) - Universidade Federal de Minas Gerais. Orientador: José Miguel Ortega.

5.
Gabriel da Rocha Fernandes. KEGG Orthology: avaliação como fonte para anotação automatizada de ESTs. 2006. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Ciência Biológicas) - Universidade Federal de Minas Gerais, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Minas Gerais. Orientador: José Miguel Ortega.

6.
Carla Renata dos Santos. Estratégia para isolamento de melhores clones ativadores em sistema de duplo-híbrido - mutantes de mTead191-134) como modelo. 2004. 52 f. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Ciência Biológicas) - Universidade Federal de Minas Gerais. Orientador: José Miguel Ortega.

7.
Estevam Bravo Neto. Atualização e Teste de uma Ferramenta de Classificação de Proteínas Utilizando Bases de Dados Secundárias. 2004. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Ciência Biológicas) - Universidade Federal de Minas Gerais, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: José Miguel Ortega.

8.
Erica Maria de Queiroz. Estudo do domínio repressor C-terminal de mTead1 (resíduos 343-426) com o sistema de duplo-híbrido. 2003. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Ciência Biológicas) - Universidade Federal de Minas Gerais, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: José Miguel Ortega.

9.
Ygor Maximiliano de Pompein Pessoa. Clonagem e caracterização estrutural de mTEAD-4: identificação de um domínio ativador de transcrição modulado por cis-repressão. 1999. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Ciência Biológicas) - Universidade Federal de Minas Gerais, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: José Miguel Ortega.

10.
Flávia De Marco Almeida. Implementação de um sistema em leveduras para estudo de proteínas regulatórias de transcrição. 1997. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Ciência Biológicas) - Universidade Federal de Minas Gerais, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: José Miguel Ortega.

11.
Helton José Reis. Produção de espécies ativas de oxigênio como mecanismo de ação de naftoquinonas do ipê. 1995. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Ciência Biológicas) - Universidade Federal de Minas Gerais, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: José Miguel Ortega.

Iniciação científica
1.
Verônica Rodrigues. Estudo da evolução da resposta a Interferon. 2012. Iniciação Científica. (Graduando em Ciências Biológicas) - Universidade Federal de Minas Gerais. Orientador: José Miguel Ortega.

2.
Izabella Agostinho Pena Neshich. Estudo da SMAse D de Corynebacterium. 2008. Iniciação Científica. (Graduando em Ciência Biológicas) - Universidade Federal de Minas Gerais, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Minas Gerais. Orientador: José Miguel Ortega.

Orientações de outra natureza
1.
Diego Trindade de Souza. Estudo da origem de genes. 2012. Orientação de outra natureza. (Ciências Biológicas) - Universidade Federal de Minas Gerais. Orientador: José Miguel Ortega.

2.
Lucas Ferreira da Silva. Produção de base local de transcriptomas. 2012. Orientação de outra natureza. (Ciências Biológicas) - Universidade Federal de Minas Gerais. Orientador: José Miguel Ortega.



Educação e Popularização de C & T



Livros e capítulos
1.
Ortega, J.M.; Santos, F.R. . Bioinformática. In: Aluízio Borém; Roberto Fritsche-Neto. (Org.). Ômicas 360°: aplicações e estratégias para o melhoramento de plantas. 1ed.Visconde do Rio Branco, MG: Suprema, 2013, v. 1, p. 267-289.




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