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Junior Barrera
Bolsista de Produtividade em Pesquisa do CNPq - Nível 1B

possui graduação em Engenharia Elétrica pela Escola Politécnica da Universidade de São Paulo (1983), mestrado em Computação Aplicada pelo Instituto Nacional de Pesquisas Espaciais (1987), doutorado em Engenharia Elétrica pela Escola Politécnica da Universidade de São Paulo (1992), livre doscência (1998), titularidade em Ciência da Computação pelo Instituto de Matemática e Estatística da USP (2005) e pela Faculdade de Filosofia Ciências e Letras de Ribeirão Preto (2008). Atualmente, é professor titular do Departamento de Ciência da Computação do IME-USP. Tem experiência na área de Ciência da Computação, com ênfase em Matemática da Computação, atuando nos seguintes temas: morfologia matematica, estimação de operadores morfológicos, identificação e modelagem de sistemas dinâmicos de reticulado. Realiza aplicações de técnicas desses temas em processamento e análise de imagens, vídeo digital, análise de expressão gênica e modelagem de sistemas biológicos.
(Texto informado pelo autor)

Última atualização do currículo em 13/10/2011
Endereço para acessar este CV:
http://lattes.cnpq.br/0362417828475021
Dados pessoais
NomeJunior Barrera
Nome em citações bibliográficasBARRERA, Junior
SexoMasculino
Endereço profissionalUniversidade de São Paulo, Instituto de Matemática e Estatística, Departamento de Ciência da Computação.
Rua do Matão, 1010
Cidade Universitária
05508-090 - Sao Paulo, SP - Brasil
Telefone: (11) 30916256 Fax: (11) 30916134
URL da Homepage: www.ime.usp.br/~jb/

Formação acadêmica/Titulação
1998Livre-docência.
Instituto de Matemática e Estatística Usp.
Título: Morfologia matemática: teoria, sistemas e aplicações, Ano de obtenção: 1998.
Palavras-chave: Morfologia matemática.
1988 - 1992Doutorado em Engenharia Elétrica Sistemas .
Escola Politécnica da Universidade de São Paulo, POLI/USP, Brasil.
com período sanduíche em Ecole Nationale Supérieure des Mines de Paris(Orientador:Jean Serra ).
Título: Uma abordagem unificada para os problemas de visão computacional: a morfologia matemática, Ano de Obtenção: 1992.
Orientador: Gerald Jean Francis Banon.
Bolsista do(a): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior ,CAPES ,Brasil .
Palavras-chave: Decomposição de operadores de reticulado; Morfologia matemática.
1984 - 1987Mestrado em Computação Aplicada .
Instituto Nacional de Pesquisas Espaciais, INPE, Brasil.
Título: Uma abordagem unificada para os problemas de Processamento Digital de Imagens: a Morfologia Matemática, Ano de Obtenção: 1987.
Orientador: Nelson D'àvila Mascarenhas Dr. Gerald Jean Francis Banon.
Bolsista do(a): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico ,CNPq ,Brasil .
Palavras-chave: Processamento digital de imagens; Morfologia matemática.
1978 - 1983Graduação em Engenharia Elétrica .
Escola Politécnica da Universidade de São Paulo, POLI/USP, Brasil.
Título: Controle Automático - Projeto e simulação de um controlador para um reator nuclear.
Orientador: Roberto de Moura Sales.

Formação complementar
1992 - 2005Professor Titular em Ciência da Computação.
Instituto de Matemática e Estatística da USP.

Atuação profissional
Universidade de São Paulo, USP, Brasil.
Vínculo institucional
2008 - Atual Vínculo: Servidor Público, Enquadramento Funcional: Professor Titular do DFM/FFCLRP, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.
Vínculo institucional
2005 - 2008 Vínculo: Servidor Público, Enquadramento Funcional: Professor Titular do DCC/IME-USP, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.
Vínculo institucional
1998 - 2005 Vínculo: Servidor Público, Enquadramento Funcional: Professor Associado do DCC/IME-USP, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.
Vínculo institucional
1992 - 1998 Vínculo: Servidor Público, Enquadramento Funcional: professor doutor do DCC/IME-USP, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.
Atividades
07/2005 - AtualConselhos, Comissões e Consultoria, Instituto de Matemática e Estatística, .
Cargo ou função
Presidente da Comissão de Pesquisa do IME-USP.
10/2004 - AtualAtividades de Participação em Projeto, Instituto de Matemática e Estatística, Departamento de Ciência da Computação.
Projetos de pesquisa
Biomedical Research Informatics for Global Health Training Program - BRIGHT
3/2003 - AtualConselhos, Comissões e Consultoria, Instituto de Matemática e Estatística, Departamento de Ciência da Computação.
Cargo ou função
Membro da Congregação do IME-USP.
2/2002 - AtualConselhos, Comissões e Consultoria, Instituto de Matemática e Estatística, .
Cargo ou função
Membro da Comissão de Pós-Graduação do Programa de Doutorado em Bioinformática da USP.
06/1992 - AtualPesquisa e desenvolvimento , Instituto de Matemática e Estatística, .
Linhas de pesquisa
Identificação de redes de regulação gênica
Aplicação de projeto de operadores morfológicos a problemas reais de análise de imagens
Modelagem de sistemas multiagentes
Pesquisa teórica sobre o projeto de operadores morfológicos por aprendizado computacional
1/1992 - AtualEnsino, Ciência da Computação, Nível: Graduação.
Disciplinas ministradas
Álgebra Booleana
Aprendizado Computacional
Computação Gráfica
Estrutura de Dados
Introdução à Computação
Morfologia Matemática
Processamento de Imagens
1/1992 - AtualEnsino, Ciências da Computação, Nível: Pós-Graduação.
Disciplinas ministradas
Processamento Digital de Imagens: Teoria e Aplicações
Bases da Morfologia Matemática para Análise de Imagens
Aprendizado Computacional: Teoria, Algoritmos e Aplicações
2009 - 2010Atividades de Participação em Projeto, Instituto de Matemática e Estatística, .
Projetos de pesquisa
Modelagem do ciclo celular
2005 - 2010Atividades de Participação em Projeto, Instituto de Matemática e Estatística, .
Projetos de pesquisa
Modelagem por redes (grafos) e técnicas de reconhecimento de padrões: estrutura, dinâmica e aplicações
6/2003 - 6/2005Conselhos, Comissões e Consultoria, Instituto de Matemática e Estatística, Departamento de Ciência da Computação.
Cargo ou função
Membro da Comissão de Pesquisa do IME-USP.
5/2000 - 3/2005Atividades de Participação em Projeto, Instituto de Matemática e Estatística, Departamento de Ciência da Computação.
Projetos de pesquisa
Cooperation for Gene Analysis Expression
11/2000 - 11/2004Direção e administração, Instituto de Matemática e Estatística, .
Cargo ou função
Coordenador Científico do Núcleo de Pesquisa em Bioinformática da USP.
7/2003 - 7/2004Extensão universitária , Instituto de Matemática e Estatística, Departamento de Ciência da Computação.
Atividade de extensão realizada
Mini-curso: Microarrays. II Latin-American Course on Bioinformatics for Tropical Disease Research..
6/2002 - 6/2004Atividades de Participação em Projeto, Instituto de Matemática e Estatística, Departamento de Ciência da Computação.
Projetos de pesquisa
Identificação de Genes que Regulam Fenótipos de Interesse em Agropecuária através da Análise Computacional de Seqüências de Expressão
Aproximação Genômica e Pós-Genômica ao Estudo da Malária Humana na Amazônia Brasileira
Cursos / Organização Mundial da Saúde
5/2002 - 5/2004Conselhos, Comissões e Consultoria, Instituto de Matemática e Estatística, Departamento de Ciência da Computação.
Cargo ou função
Vice-presidente da Comissão de Pós-Graduação do Programa de Doutorado em Bioinformática da USP.
6/2000 - 6/2003Conselhos, Comissões e Consultoria, Instituto de Matemática e Estatística, Departamento de Ciência da Computação.
Cargo ou função
Membro da Comissão de Pesquisa do IME-USP.
4/2001 - 4/2003Conselhos, Comissões e Consultoria, Instituto de Matemática e Estatística, Departamento de Ciência da Computação.
Cargo ou função
Membro do Conselho do Depto. de Ciência da Computação.
2/2000 - 8/2002Conselhos, Comissões e Consultoria, Instituto de Matemática e Estatística, Departamento de Ciência da Computação.
Cargo ou função
Presidente da Comissão de Pesquisa do IME-USP.
8/1998 - 8/2001Conselhos, Comissões e Consultoria, Instituto de Matemática e Estatística, Departamento de Ciência da Computação.
Cargo ou função
Representante do DCC na Comissão de Cultura e Extensão (suplente).
4/1994 - 4/1999Conselhos, Comissões e Consultoria, Instituto de Matemática e Estatística, Departamento de Ciência da Computação.
Cargo ou função
Representante do DCC na Comissão de Iniciação Científica (suplente).
9/1995 - 9/1997Conselhos, Comissões e Consultoria, Instituto de Matemática e Estatística, Departamento de Ciência da Computação.
Cargo ou função
Vice-coordenador da Comissão de Informática do IME-USP.
1/1996 - 1/1996Extensão universitária , Instituto de Matemática e Estatística, Departamento de Ciência da Computação.
Atividade de extensão realizada
Mini-curso: Automatic Programming of Morphological Machines. Brazilian Workshop on Mathematical Morphology.
3/1993 - 3/1995Direção e administração, Instituto de Matemática e Estatística, .
Cargo ou função
Vice Diretor do Centro de Ensino de Computação do IME-USP.
1/1995 - 1/1995Extensão universitária , Instituto de Matemática e Estatística, Departamento de Ciência da Computação.
Atividade de extensão realizada
Mini-curso: Morfologia Matemática. Parte prática. Workshop de Morfologia Matemática..
1/1994 - 1/1994Extensão universitária , Instituto de Matemática e Estatística, Departamento de Ciência da Computação.
Atividade de extensão realizada
Mini-curso: Bases da Morfologia Matemática para Análise de Imagens Binárias. IX Escola de Computação - UFPE..
1/1993 - 1/1993Extensão universitária , Instituto de Matemática e Estatística, Departamento de Ciência da Computação.
Atividade de extensão realizada
Mini-curso: Processamento Digital de Imagens. Parte prática. EBAI..
1/1992 - 1/1992Extensão universitária , Instituto de Matemática e Estatística, Departamento de Ciência da Computação.
Atividade de extensão realizada
Mini-curso: Overview of Mathematical Morphology. SIBGRAPI..
Instituto Nacional de Pesquisas Espaciais, INPE, Brasil.
Vínculo institucional
1985 - 1992 Vínculo: Servidor público ou celetista, Enquadramento Funcional: pesquisador assistente, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.
Atividades
01/1985 - 06/1992Pesquisa e desenvolvimento , Divisão de Processamento de Imagens, .
Linhas de pesquisa
Aplicações da Morfologia Matemática em Análise de Imagens
Desenvolvmento de sistemas computacionais para análise de imagens
Pesquisa teórica em Morfologia Matemática
1/1991 - 1/1992Extensão universitária , Divisão de Processamento de Imagens, .
Atividade de extensão realizada
Mini-curso: Introduction to Digital Image Processing. Curso Internacional de Sensoriamento Remoto..
1/1991 - 1/1992Extensão universitária , Divisão de Processamento de Imagens, .
Atividade de extensão realizada
Mini-curso: Introduction to Digital Image Processing. Curso Internacional de Sensoriamento Remoto..
12/1988 - 12/1989Estágios , Ëcole des Mines de Paris, .
Estágio realizado
Doutorado Sanduíche na Ëcole des Mines de Paris, orientado pelo Dr. Jean Serra, na área de Morfologia Matemática..

Linhas de Pesquisa
1. Aplicações da Morfologia Matemática em Análise de Imagens
Objetivos: Aplicar os sistemas computacionais desenvolvidos e as técnicas de Morfologia Matemática estudadas na solução de problemas reais de análise de imagens..
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação.
Setores de atividade: Aeronáutica e Espaço; Agricultura, Pecuária, Silvicultura, Exploração Florestal.
Palavras-chave: Análise de imagens; Morfologia Matematica.
2. Desenvolvmento de sistemas computacionais para análise de imagens
Objetivos: Desenhar e implementar sistemas computacionais para análise de imagens por Morfologia Matemática..
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação.
Setores de atividade: Aeronáutica e Espaço; Agricultura, Pecuária, Silvicultura, Exploração Florestal.
Palavras-chave: Análise de imagens; Segmentacao de Imagens; Sistemas de Processamento de Imagens.
3. Pesquisa teórica em Morfologia Matemática
Objetivos: Estudar famílias de operadores morfológicos e suas decomposições em termos de operadores elementares da Morfologia Matemática (erosão, dilatação, anti-erosão, anti-dilatação)..
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação.
Setores de atividade: Aeronáutica e Espaço; Agricultura, Pecuária, Silvicultura, Exploração Florestal.
Palavras-chave: complete lattice; Decomposição de operador; Morfologia Matematica.
4. Identificação de redes de regulação gênica
Objetivos: Aplicação de técnicas de identificação de sistemas dinâmicos de reticulado às redes de expressão gênica. Os dados dinâmicos observados são medidas de expressão gênica, em geral, obtidas por experimentos que usam a tecnologia de microarrays..
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação.
Setores de atividade: Aeronáutica e Espaço; Agricultura, Pecuária, Silvicultura, Exploração Florestal.
Palavras-chave: redes de expressão gênica; identificação de sistema dinâmico; microarray.
5. Aplicação de projeto de operadores morfológicos a problemas reais de análise de imagens
Objetivos: Aplicação das técnicas de projeto de operadores morfológicos para a solução de problemas reais de análise de imagens. Alguns problemas abordados são reconhecimento de caracteres, reconhecimento de dígitos manuscritos, reconhecimento de assinaturas, perseguição de alvos em imagens de movimento, etc..
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação.
Setores de atividade: Aeronáutica e Espaço; Agricultura, Pecuária, Silvicultura, Exploração Florestal.
Palavras-chave: projeto de operadores de reticulado; Reconhecimento de dígitos manuscritos; Reconhecimento de caracteres.
6. Modelagem de sistemas multiagentes
Objetivos: Desenvolvimento de modelos e simuladores de sistemas multi-agentes. Aplicações em sistemas biológicos e jogos entre equipes. No contexto biológico, estamos desenvolvendo modelos para o controle do ciclo celular, para células e para tecidos. No contexto de jogos estamos desenvolvendo modelos para jogos de futebol, aplicando o paradigma observação, previsão e decisão..
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação.
Setores de atividade: Aeronáutica e Espaço; Agricultura, Pecuária, Silvicultura, Exploração Florestal.
Palavras-chave: Sistemas multi-agentes; Observação, previsão e decisão; jogos entre equipes.
7. Pesquisa teórica sobre o projeto de operadores morfológicos por aprendizado computacional
Objetivos: Desenvolver uma teoria matemática e algoritmos computacionais que permitam o projeto de operadores morfológicos a partir de amostras de treinamento..
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação.
Setores de atividade: Aeronáutica e Espaço; Agricultura, Pecuária, Silvicultura, Exploração Florestal.
Palavras-chave: automatic programming; Decomposição de operador; Design of morphological operators; Morfologia Matematica.

Projetos de Pesquisa
2009 - 2010Modelagem do ciclo celular
Descrição: Este projeto visa construir modelos quantitativos que permitam prever fenõmenos relacionados com o ciclo celular..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Integrantes: Hugo Aguirre Armelin - Coordenador / Junior Barrera - Integrante.
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2005 - 2010Modelagem por redes (grafos) e técnicas de reconhecimento de padrões: estrutura, dinâmica e aplicações
Descrição: Dentre os desafios enfrentados atualmente pela pesquisa em reconhecimento de padrões, cabe ressaltar três linhas fundamentais: (a) problemas em que elementos devem ser descritos estruturalmente através de uma rede indicando conexões entre tais elementos; (b) problemas envolvendo a evolução da informação ao longo de alguma variável independente (e.g. tempo, no caso de sequências de vídeo); (c) problemas envolvendo ambos aspectos, i.e. uma rede de elementos cuja dinâmica evolui ao longo de alguma variável independente. O presente projeto temático, unindo os grupos de visão do IME-USP e IFSC-USP, além de pesquisadores colaboradores de outras instituições, prevê o estudo, desenvolvimento e aplicação de técnicas de reconhecimento de padrões com esses três ítens formando o tema de integração da pesquisa. Além da área de reconhecimento de padrões, o projeto inclui técnicas e problemas de visão computacional, processamento de imagens e de sinais e bioinformática, todas sendo áreas de trabalho dos pesquisadores proponentes..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Integrantes: COSTA - Integrante / R M Cesar Jr - Coordenador / Junior Barrera - Integrante.
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2004 - AtualBiomedical Research Informatics for Global Health Training Program - BRIGHT
Descrição: Projeto conjunto com o IME-USP, MIT e Harvard Medical School, no qual aplicaremos técnicas de análise de imagens por nós desenvolvidas para resolução de problemas em expressão gênica e bioinformática. .
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação ( 0) / Especialização ( 0) / Mestrado acadêmico ( 0) / Mestrado profissionalizante ( 0) / Doutorado ( 0) .
Integrantes: Lucila Ohno Machado - Integrante / Richard Maas - Integrante / Eduardo Massad - Integrante / Junior Barrera - Coordenador.
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2002 - 2007Aproximação Genômica e Pós-Genômica ao Estudo da Malária Humana na Amazônia Brasileira
Descrição: Análise de dados de biologia molecular, particularmente de expressão gênica, para entender mecanismos biológicos presentes no parasita da malária..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação ( 0) / Especialização ( 0) / Mestrado acadêmico ( 0) / Mestrado profissionalizante ( 0) / Doutorado ( 0) .
Integrantes: Hernando A del Portillo Obando - Integrante / Junior Barrera - Coordenador.
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2002 - 2004Identificação de Genes que Regulam Fenótipos de Interesse em Agropecuária através da Análise Computacional de Seqüências de Expressão
Descrição: Análise de dados de biologia molecular, particularmente de expressão gênica, para pesquisar melhorias vegetais e animais..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação ( 0) / Especialização ( 0) / Mestrado acadêmico ( 0) / Mestrado profissionalizante ( 0) / Doutorado ( 0) .
Integrantes: Junior Barrera - Coordenador.
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2002 - 2004Cursos / Organização Mundial da Saúde
Descrição: Organização de cursos de Bioinformática de curta duração para alunos latino-americanos..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação ( 0) / Especialização ( 0) / Mestrado acadêmico ( 0) / Mestrado profissionalizante ( 0) / Doutorado ( 0) .
Integrantes: Hernando A del Portillo Obando - Integrante / Junior Barrera - Coordenador.
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2000 - 2005Cooperation for Gene Analysis Expression
Descrição: Desenvolver técnicas de análise de expressão gênica e aplica-las ao entendimento de Problemas biológicos, como o controle do ciclo celular. .
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação ( 0) / Especialização ( 0) / Mestrado acadêmico ( 0) / Mestrado profissionalizante ( 0) / Doutorado ( 0) .
Integrantes: Hugo Aguirre Armelin - Integrante / Junior Barrera - Coordenador.
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Membro de corpo editorial
1999 - 2004 Periódico: Journal of Electronic Imaging - SPIE
2000 - 2002 Periódico: Image Analysis and Stereology
2001 - Atual Periódico: Pattern Recognition
2007 - Atual Periódico: EURASIP Journal on System Biology and Bioinformatics

Revisor de periódico
1998 - Atual Periódico: SIAM Review
1998 - Atual Periódico: Nature Genetics
1991 - Atual Periódico: SIAM Journal on Applied Mathematics
1998 - Atual Periódico: PAMI-IEEE
1998 - Atual Periódico: Journal of Mathematical Image and Vision
1998 - Atual Periódico: Signal Processing
1998 - Atual Periódico: Pattern Recognition Letters
1998 - Atual Periódico: Computer Vision and Image Understanding
1998 - Atual Periódico: Real-Time Imaging
1998 - Atual Periódico: Optical Engineering
1998 - Atual Periódico: Journal of Computational Biology
1998 - Atual Periódico: Bioinformatics (Oxford)
1998 - Atual Periódico: Journal of Electronic Imaging (Online)
1998 - Atual Periódico: Image Analysis and Stereology
1998 - Atual Periódico: BMC Bioinformatics

Áreas de atuação
1. Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Matemática da Computação.
2. Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Metodologia e Técnicas da Computação / Especialidade: Processamento Gráfico (Graphics).
3. Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Metodologia e Técnicas da Computação / Especialidade: Sistemas de Informação.
4. Grande área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Genética Molecular e de Microorganismos.
5. Grande área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Genética Quantitativa.

Idiomas
Português Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.
Espanhol Compreende Bem, Fala Pouco, Lê Bem, Escreve Pouco.
Francês Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.
Inglês Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.

Prêmios e títulos
2007Presidente da Assoicação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional, .
2005Aprovado no concurso de Professor Titular do Departamento de Ciência da Computação do IME/USP, com as méidas: 10; 10; 10; 10; 9.9., Depto de Ciência da Computação do IME-USP.
2004Melhor apresentação no CAMDA 2004, com o trabalho A New Annotation Tool for Malaria Based on Inference of Probabilistic Genetic Networks, Critical Assessment of Microarray Data Analysis / Duke University.
2004Aprovado no concurso de Professor Titular em Ciência da Computação, com as médias 9.65, 9.65, 9.8, 9.96 e 9.98., Depto. de Ciência da Computação / IME-USP.
2004Membro do Comitê Assessor Externo da EMBRAPA Informática Agropecuária, CNPTIA - EMBRAPA.
2004Vice-presidente da AB3C, Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional.
2002Participação na comissão julgadora de teses na área de Morfologia Matemática na Universidade de Amsterdam, Universidade de Amsterdam, Holanda.
1996Orientador da dissertação de mestrado que tirou o primeiro lugar no concurso de teses e dissertações da SBC, Sociedade Brasileira de Computação.
1992Uma das tres melhores teses de doutorado produzidas na USP em Ciências Exatas em 1992, Universidade de São Paulo.
1983Segundo colocado do concurso de trabalhos de iniciação científica da SBC, Sociedade Brasileira de Computação.


Produção em C,T & A
Produção bibliográfica
Artigos completos publicados em periódicos
1. DANTAS, D. O. ; BARRERA, Junior . Automatic generation of wrapper code for vídeo processing functions. Learning and Nonlinear Models, v. 9, p. 130-137, 2011.
2. RIS, Marcelo ; BARRERA, Junior ; MARTINS JR, D C . U-curve: A branch-and-bound optimization algorithm for U-shaped cost functions on Boolean lattices applied to the feature selection problem. Pattern Recognition, v. 43, p. 557-568, 2010.
3. DELLAMONICA, D. ; SILVA, P J S ; Humes Jr ; HIRATA, N. S. T. ; BARRERA, Junior . An Exact Algorithm for Optimal MAE Stack Filter Design. IEEE Transactions on Image Processing, v. 16, p. 453-462, 2007.
4. TREPODE, N. W. ; ARMELIN, H. A. ; BITTNER, M ; BARRERA, Junior ; GUBITOSO, M. D. ; HASHIMOTO, R.F. . A Robust Structural PGN Model for Control of Cell-Cycle Progression Stabilized by Negative Feedbacks. EURASIP Journal on Bioinformatics and System Biology, v. 2007, p. 73109-73120, 2007.
5. BARRERA, Junior ; CESAR JR, Roberto Marcondes ; Humes Jr ; MARTINS JR, David Corrêa ; PATRAO, D. F. C. ; SILVA, Paulo J S ; Bretani, H. . A feature selection approach for identification of signature genes from SAGE data. BMC Bioinformatics, v. 8, p. 1, 2007.
6. Stransky, B. ; MACHADO, Lucila Ohno ; BARRERA, Junior ; Souza, S. J. . MODELING CANCER: INTEGRATION OF OMICS INFORMATION IN DYNAMIC SYSTEMS. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, v. 5, p. 977-986, 2007.
7. MARTINS JR, D C ; CESAR JR, Roberto M ; BARRERA, Junior . W-operator window design by minimization of mean conditional entropy. Pattern Analysis and Applications, v. 9, p. 139-153, 2006.
8. SILVA, Paulo J S ; HASHIMOTO, Ronaldo F ; KIM, Seungchan ; BARRERA, Junior ; BRANDÃO, Leônidas O ; SUH, Edward ; DOUGHERTY, Edward R . Feature selection algorithms to find strong genes. Pattern Recognition Letters, v. 26, p. 1444-1453, 2005.
9. HIRATA, N. S. T. ; BARRERA, Junior . A Unifying View for Stack Filter Design Based on Graph Search Methods. Pattern Recognition, v. 38, p. 2088-2098, 2005.
10. BARRERA, Junior ; CESAR JUNIOR, R. M. ; FERREIRA, J. E. ; GUBITOSO, M. D. . An environment for knowledge discovery in Biology. Computers in Medicine and Biology, v. 34, p. 427-447, 2004.
11. BRUN, Marcel ; HIRATA JR, Roberto ; BARRERA, Junior ; DOUGHERTY, Edward R . Nonlinear filter design using envelopes. Journal Of Mathematical Image And Vision, Estados Unidos, v. 21, n. 1, p. 81-97, 2004.
12. BARRERA, Junior ; TORRES, Martha . A parallel algorithm for finding small sets of genes that are enough to distinguish two biological states. Genetics and Molecular Biology, Brasil, v. 27, n. 4, p. 686-690, 2004.
13. HASHIMOTO, R. F. ; BARRERA, Junior . A greedy algorithm for decomposing convex structuring elements. Journal of Mathematical Imaging and Vision, v. 8, p. 269-289, 2003.
14. BRUN, Marcel ; DOUGHERTY, Edward R ; HIRATA JR, R. ; BARRERA, Junior . Design of optimal binary filters under joint multiresolution-envelope constraint.. Pattern recognition letters, v. 24, p. 937-945, 2003.
15. HASHIMOTO, R. F. ; BARRERA, Junior . A note on Park and Chin algorithm. IEEE Transactions on Pattern Analysis and Machine Intelligence, v. 24, n. 1, p. 139-144, 2002.
16. DOUGHERTY, Edward R ; BARRERA, Junior ; BRUN, Marcel ; KIM, S ; CESAR JR, Roberto Marcondes ; CHEN, Y. ; BITNER, M. ; TRENT, J. . Inference from clustering with application to gene expression microarrays. Journal of Computational Biology, Estados Unidos, v. 9, n. 1, p. 105-126, 2002.
17. KIM, S ; BARRERA, Junior ; DOUGHERTY, Edward R ; CHEN, Y. ; BITNER, M. ; TRENT, J. . Strong feature sets from small samples. Journal of Computational Biology, v. 9, n. 1, p. 127-146, 2002.
18. HIRATA JR, R. ; BRUN, Marcel ; BARRERA, Junior ; DOUGHERTY, Edward R . Multiresolution design of aperture operators. Journal of Mathematical Image and Vision, v. 19, p. 199-222, 2002.
19. HIRATA JR, R. ; BARRERA, Junior ; HASHIMOTO, Ronaldo F ; DANTAS, D. O. ; ESTEVES, G. P. . Segmentation of microarray images by mathematical morphology. Real time imaging, Estados Unidos, v. 8, p. 491-505, 2002.
20. DOUGHERTY, Edward R ; BARRERA, Junior . Pattern recognition theory in nonlinear signal processing. Journal of Mathematical Imaging and Vision, v. 16, p. 181-197, 2002.
21.   BARRERA, Junior ; DOUGHERTY, Edward R ; MOZELLEL, Gerard ; KIM, Seungchan ; BRUN, Marcel . Multiresolution Analysis for Optimal Binary Filters. Journal Of Mathematical Image And Vision, v. 14, n. 1, p. 53-72, 2001.
22. BARRERA, Junior ; HASHIMOTO, R. F. . From the sup-decomposition to sequential decompositions. Journal of Mathematical Imaging And Vision, v. 15, n. 3, p. 197-216, 2001.
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Livros publicados/organizados ou edições
1. BANON, G. J. F. (Org.) ; BARRERA, Junior (Org.) ; BRAGA NETO, U. M. (Org.) . Mathematical Morphology and its applications to Signal and Image Processing. 1. ed. São José dos Campos: INPE, 2007. v. 200. 475 p.
2. COSTA, Luciano da Fontoura (Org.) ; BARRERA, Junior (Org.) ; KOSLOW, Steven (Org.) ; CESAR JR, Roberto M (Org.) . Real-Time Imaging. Special Issue on Image Processing for Molecular Biology. Elsevier, 2004.
3. COSTA, Luciano da Fontoura (Org.) ; CESAR JR, Roberto Marcondes (Org.) ; BARRERA, Junior (Org.) . Genetics and Molecular Biology. Special Section on Bioinformatics. . Brazilian Society for Genetics, 2004.
4. BARRERA, Junior (Org.) ; ASTOLA, Jaakko (Org.) . Journal of Electronic Imaging. Special Issue on Nonlinear Image Processing. SPIE, 1997.
5. BANON, G. J. F. ; BARRERA, Junior . Bases da Morfologia Matemática para Análise de Imagens. Recife: Escola de Computacao, 1994. v. 1. 250 p.
Capítulos de livros publicados
1. BARRERA, Junior ; BANON, G. J. F. ; DOUGHERTY, Edward R . Automatic design of morphological operators. In: Michel Bilodeau, Fernand Meyer, Michel Schimitt. (Org.). Space, Structure and Randomness. : Springer, 2007, v. 1, p. -.
2. BARRERA, Junior ; CESAR JUNIOR, R. M. ; MARTINS JR, David Corrêa ; VÊNCIO, R Z ; MERINO, E F ; YAMAMOTO, M M ; LEONARDI, Florência G ; PEREIRA, C A B ; Obano, H. P. . Constructing probabilistic genetic networks of Plasmodium falciparum from dynamical expression signals of the intraerythrocytic development cycle. In: In: J Shoemaker et al. (Org.).. (Org.). Methods of Microarray Data Analysis. : Springer Verlag, 2006, v. 5, p. -.
3. HIRATA JR, Roberto ; BARRERA, Junior ; BRUN, Marcel ; DOUGHERTY, E R . Aperture filtures: theory, application and multi-resolution analysis.. In: Stephen Marshall; Giovanni L. Sicuranza.. (Org.). ADVANCES ON NONLINEAR SIGNAL AND IMAGE PROCESSING.. 1 ed. : Hindawi Publishing Corporation, 2005, v. 6, p. 15-45.
4. BARRERA, Junior ; TERADA, R. ; HIRATA JR, R. ; HIRATA, N. S. T. . Automatic Programming of Morphological Machines. In: Henk Heijmans; John Goutsias. (Org.). Mathematical Morphology. : , 2000, v. , p. 229-258.
5. DOUGHERTY, Edward R ; BARRERA, Junior . Logical Image operators. In: Edward R. Dougherty; Jaakko A. Astola. (Org.). Nonlinear filters for image processing. : SPIE, 1999, v. , p. 1-58.
6. DOUGHERTY, Edward R ; BARRERA, Junior . Computational Gray-Scale Operators. In: Edward R. Dougherty; Jaakko A. Astola. (Org.). Non linear filters for image processing. : IEEE-SPIE, 1999, v. , p. 61-96.
Textos em jornais de notícias/revistas
1. BARRERA, Junior . A mathematical morphology toolbox for Matlab. Electronic Imaging, SPIE/IS & T. International Technical Working Group Newsletter, v. 8, 01 jan. 1998.
2. DIAS, L. A. V. ; C NETO, G. ; BARRERA, Junior ; SOUZA, R. C. M. . Imagens e computadores: uma nova fronteira. Ciência Hoje, v. 7 - 37, p. 35 - 44.
3. BARRERA, Junior . Equívoco na Definição das faixas etárias na base. Cidade do Futebol, Cidade do Futebol.
4. BARRERA, Junior . Um modelo de inteligência do jogador de futebol. Cidade do Futebol.
Trabalhos completos publicados em anais de congressos
1. LOPES, Fabrício M. ; MARTINS JR, David ; BARRERA, Junior ; CESAR JR, Roberto M . SFFS-MR: a floating search strategy for GRNs inference. In: 5th IAPR International Conference on Pattern Recognition in Bioinformatics (PRIB, 2010, Nijmegen, The Netherlands. 5th IAPR International Conference on Pattern Recognition in Bioinformatics (PRIB), 2010, Nijmegen. Lecture Notes in Computer Science.. Berlin / Heidelberg : Springer-Verlag, 2010. v. 6282. p. 407-418.
2. HIRATA, N. S. T. ; HIRATA JR, Roberto ; BARRERA, Junior . Basis Computation Algorithm. In: International Symposium on Mathematical Morphology, 2007, Rio de Janeiro. Basis Computation Algorithms. São José dos Campos : INPE, 2007. p. 15-26.
3. BARRERA, Junior ; HASHIMOTO, R F . Binary Decision Diagrams as a New Paradigm for Morphological Machines. In: International Symposium on Mathematical Morphology, 2005, Paris. proceedings of the 7th International Symposium on Mathematical Morphology. Paris, 2005. p. 3-12.
4. VAQUERO, Daniel André ; BARRERA, Junior ; HIRATA JR, R. . A maximum likelyhood approach for multi-resolution W-operator design. In: SIBGRAPI, 2005, Natal. SIBGRAPI, 2005.
5. MARTINS JR, David Corrêa ; CESAR JR, Roberto Marcondes ; BARRERA, Junior . Automatic window design for gray-scale image processing based on entropy minimization.. In: CIARP, 2005, Havana. CIARP, 2005, 2005.
6. RIS, Marcelo ; BARRERA, Junior ; Bretani, H. . U-curve search for biological state characterization and genetic network design.. In: GENSIPS, IEEE International Workshop on Genomic Signal Processing and Statistics,, 2005, New Port. GENSIPS, IEEE International Workshop on Genomic Signal Processing and Statistics,, 2005.
7. TREPODE, Nestor W ; ARMELIN, H. A. ; BITNER, M. ; BARRERA, Junior ; GUBITOSO, M. D. ; HASHIMOTO, R. F. . Modeling cell cycle regulation by discrete dynamical systems.. In: GENSIPS, IEEE International Workshop on Genomic Signal Processing and Statistics, 2005, New Port. GENSIPS, IEEE International Workshop on Genomic Signal Processing and Statistics, 2005.
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69. BARRERA, Junior ; BANON, G. J. F. . Expressiveness of the morphological language. In: Conference of the International Society for Optical Engineering, 1992, San Diego. Image Algebra and Morphological Image processing, 1992. v. 1769. p. 264-275.
70. BARRERA, Junior . Estudo da proliferação celular por análise de imagens. In: Simpósio Brassileiro de Computação Gráfica e Processamento de Imagens, 1991, Sãao Paulo. SIBGRAPI '91, 1991. p. 201-212.
71. BANON, G. J. F. ; BARRERA, Junior . Morphological filtering for stripping correction of SPOT images. In: Simpósio Brasileiro de Computação Gráfica e Processamento de Imagens, 1988, Itaipava. SIBGRAPI, 1988. p. 132-143.
72. II, F. A. M. ; DIAS, L. A. V. ; DÁLGE, J. C. ; BARRERA, Junior . Mudança automática no traçado de contornos por ocasião de redução de escala utilizando a Morfologia matemática . In: Simpósio Brasileiro de Sensoriamento Remto, 1988, Natal. Simpósio Brasileiro de Sensoriamento Remoto, 1988.
73. ROSIM, S. ; MARCONDES, S. P. ; MONTEIRO, A. M. ; DUTRA, L. V. ; BARRERA, Junior . ANIMA: analisador de imagens aplicado a sensoriamento remoto . In: Simpósio Brasileiro de Sensoriamento Remoto, 1988, Natal. Simpósio Brasileiro de Sensoriamento Remoto, 1988.
74. BARRERA, Junior ; MASCARENHAS, N. D. ; BANON, G. J. F. . Aplicações da Morfologia Matemática. In: SEMISH, 1987, Salvador. SEMISH, 1987. p. 72-87.
75. SANTELLANO, J. ; BARRERA, Junior . Sistemas de Processamento de Imagens. In: Simpósio Brasileiro do Microfilme, 1986, São Paulo. Simpósio Brasileiro do Microfilme, 1986.
76. BARRERA, Junior ; DUTRA, L V ; MASCARENHAS, N D A ; MONTEIRA, A M V ; ROSIM, S . Anima: sistema de análise morfológica de imagens microscópicas. In: I Congresso Brasileiro de Informática em Saúde, 1986, Campinas, 1986.
77. GUICHOU, C. ; BARRERA, Junior . Um instrumento de análise de imagens: por computadora morfologia matemática. In: SEMISH, 1985, Porto Alegre. SEMISH, 1985.
Resumos publicados em anais de congressos
1. MARTINS JR, D C ; CESAR JR, R M ; BARRERA, Junior . Genetic network architecture identification by conditional entropy analysis. In: 1o International Conference on Bioinformatics and Computational Biology, 2003, Ribeirão Preto, 2003.
2. TREPODE, N W ; ARMELIN, H A ; BITTNER, M ; BARRERA, Junior ; GUBITOSO, M D . An approach for studying genetic networks: discreted dynamical system simulation. A case study: the cell cycle. In: 1º International Conference on Bioinformatics and Computational Biology, 2003, Ribeirão Preto, 2003.
3. TORRES, M ; BARRERA, Junior . A parallel algorithm to find small sets of genes that are enough to distinguish two biological states. In: International Conference on Bioinformatics and Computational Biology, 2003, Ribeirão Preto. Icobicobi 2003, 2003.
4. TORRES, M ; BARRERA, Junior . A parallel algorithm for agglomerative hierarchical clustering using complete link. In: International Conference on Bioinformatics and Computational Biology, 2003, Ribeirão Preto, 2003.
5. SILVA, P J S ; HASHIMOTO, R F ; KIM, S ; BARRERA, Junior ; BRANDÃO, L O ; SUH, E ; DOUGHERTY, E R . Feature Selection Algorithms to Find Strong Genes. In: International Conference on Bioinformatics and Computational Biology, 2003, Ribeirão Preto, 2003.
6. CAREZZATO, C J ; BARRERA, Junior ; SOUZA, S J ; COSTA, L F . Classification of genomic regions by chaos game representation images and fractal dimension. In: International Conference on Bioinformatics and Computational Biology, 2003, Ribeirão Preto.
7. SOUZA, J e S ; SAKABE, N J ; BARRERA, Junior ; SOUZA, S J . A large-scale study of SNPs in regulatory elements of alternative splicing and their possible relation to human diseases. In: International Conference on Bioinformatics and Computational Biology, 2003, Ribeirão Preto. Icobicobi 2003, 2003.
8. COSTA, L F ; FABBRI, R ; BARRERA, Junior . Simple Microarray Gridding by a Minimization Procedure on Image Projections. In: International Conference on Bioinformatics and Computational Biology, 2003, Ribeirão Preto, 2003.
9. BARRERA, Junior ; CESAR JR, R M ; FERREIRA, J E ; GUBITOSO, M D . An environment for knowlegde discovery in bioinformatics applications. In: International Conference on Bioinformatics and Computational Biology, 2003, Ribeirão Preto, 2003.
10. PINTO, C. C. D. A. ; RBILOTTA, C. C. ; BARRERA, Junior . Implementation of a morphological machine for classificatiion of human cromossomes. In: World Congress on Medical Physics and Biomedical Engineering, 1994, Rio de Janeiro. Word Congress on Medical Physics and Biomedical Engineering, 1994.
11. MASCARENHAS, N. D. ; BARRERA, Junior . Experiência do INPE em Processamento de Imagens Médicas. In: Simpósio Brasileiro de Processamento de Imagens em Medicina, 1991, São Paulo. Simpósio Brasileiro de Processamento de Imagens em Medicina, 1991.
12. BARRERA, Junior ; VINCENT, L. ; RAPHAELA, M. ; MEYER, F. . Étude de la proliferation cellulaire par analise morphologique dímage. In: Cercle Français de Miscroscopie Quantitative, 1989, Paris. Cercle Français de Microscopie Quantitative, 1989.
13. DUTRA, L. V. ; ROSIM, S. ; MONTEIRO, A. M. ; BARRERA, Junior ; MASCARENHAS, N. D. . An image analysis system: ANIMA. In: International Electronic Imagery & Cnference, 1987, USA. International Electronic Imagery & Conference, 1987.
14. MASCARENHAS, N. D. ; BARRERA, Junior ; DUTRA, L. V. ; MONTEIRO, A. M. ; ROSIM, S. . Microscopia Computadorizada. In: SEMISH, 1986, Recife. SEMISH, 1986. p. 613-615.
15. GUICHOU, C. ; BARRERA, Junior . Morfologia em tom de cinza. In: Simpósio Brasileiro de Inteligência Artificial, 1985, São José dos Campos. Simpósio Brasileiro de Inteligência Artificial, 1985.
16. BARRERA, Junior . Simulação Digital de Redes Neurais. In: SEMISH, 1983, Campinas. SEMISH, 1983. p. 551-555.
17. BARRERA, Junior ; KOHN, A. F. . Simulação de redes neurais usando computador digital. In: Reunião Anual da SBPC, 1983, Campinas. Reunião Anual da SBPC, 1983.
Demais tipos de produção bibliográfica
1. BANON, G. J. F. ; BARRERA, Junior . Set mapping decomposition by Mathematical Morphology. Sao Jose dos Campos: INPE, 1999 (Relatorio tecnico).
2. BARRERA, Junior . Morfologia Matematica: teoria, sistemas e aplicacoes. Sao Paulo: IME-USP, 1998 (Sistematizacao de atividades para livre doscencia).
3. BARRERA, Junior . Uma abordagem unificada para os problemas de visao computacional: a Morfologia Matematica. Sao Jose dos campos: INPE, 1992 (Tese de doutorado).
4. BANON, G. J. F. ; BARRERA, Junior . Study of a pair of dual minimal representations for translation invariant set mappings by mathematical morphology. Sao Jose dos Campos: INPE, 1990 (Relatorio tecnico).
5. SERRA, J. ; BARRERA, Junior . Elements of functional analysis in mathematical morphology. Fontainebleau: CMM-ENSMP, 1989 (Relatorio tecnico).
6. BARRERA, Junior ; VINCENT, L. ; MEYER, F. ; RAPHAELA, M. . Etude de la proliferation cellulaire par analyse morphologique d images. Fontainebleau: CMM-ENSMP, 1989 (Relatorio tecnico).
7. BARRERA, Junior . Uma abordagem unificada para os problemas de processamento digital de imagens: a morfologia matematica. Sao Jose dos Campos: INPE, 1987 (Dissertacao de mestrado).
8. BARRERA, Junior . Processamento Digital de Imagens. Sao Jose dos Campos: INPE, 1985 (Relatorio tecnico).
Produção técnica
Softwares sem registro de patente
1. Otranto, G. ; Gomes, T. R. ; GUBITOSO, M. D. ; BARRERA, Junior . Strategy Soccer. 2007.
2. BARRERA, Junior ; LOTUFO, R. A. . SDC morphology toolbox. 1999.
3. BARRERA, Junior ; LOTUFO, R. A. . MMach: a mathematical morphology toolbox for the khoros system. 1997.
4. BARRERA, Junior ; DUTRA, L. V. ; MONTEIRO, A. M. ; ROSIM, S. ; MASCARENHAS, N. D. . ANIMA: analisador de imagens. 1987.
Processos ou técnicas
1. BRUN, Marcel ; BARRERA, Junior ; KIM, Seungchang ; DOUGHERTY, Edward R . Evaluating Data Clustering Procedures. Patente USP/Texas A&M. 2003.
2. SILVA, Paulo J S ; BARRERA, Junior ; DOUGHERTY, Edward R . Generating Feature Sets Using Linear Programming. Patente: USP/Texas A&M. 2002.
Demais tipos de produção técnica
1.
BARRERA, Junior ; CESAR JR, Roberto M . Análise de Expressão Gênica. 2007. (Curso de curta duração ministrado/Outra).
2.
BARRERA, Junior ; CESAR JR, R M ; SILVA, Paulo J S . Microarrays. 2003. (Curso de curta duração ministrado/Outra).
3.
BARRERA, Junior ; JEULIN, D. ; BANON, G. J. F. . Automatic Programming of Morphological Machines. 1996. (Curso de curta duração ministrado/Outra).
4.
BARRERA, Junior ; LOTUFO, R. A. . Morfologia Matemática - Parte Prática. 1995. (Curso de curta duração ministrado/Outra).
5.
BANON, G. J. F. ; BARRERA, Junior . Bases da Morfologia Matemática para Análise de Imagens Binárias. 1994. (Curso de curta duração ministrado/Outra).
6.
BARRERA, Junior ; LOTUFO, R. A. . Processamento Digital de Imagens. 1993. (Curso de curta duração ministrado/Outra).
7.
SERRA, J. ; BANON, G. J. F. ; BARRERA, Junior . Overview of Mathematical Morphology. 1992. (Curso de curta duração ministrado/Outra).
8.
BARRERA, Junior . Introduction to Digital Image Processing. 1992. (Curso de curta duração ministrado/Outra).
9.
BARRERA, Junior . Digital Image Processing. 1992. (Curso de curta duração ministrado/Outra).
10.
BARRERA, Junior . Introduction to Digital Image Processing. 1991. (Curso de curta duração ministrado/Outra).
11.
BARRERA, Junior . Digital Filters. 1991. (Curso de curta duração ministrado/Outra).
Demais trabalhos
1. BARRERA, Junior . Organizador do Primeiro Icobicobi, International Conference on Bioinformatics and Computational Biology, Ribeirão Preto. 2003 (Organização de encontros, simpósios e congressos).
2. BARRERA, Junior . Organizador de workshop em Morfologia Matemática para a conferênica da SIAM . 2002 (Organização de encontros, simpósios e congressos).
3. BARRERA, Junior . Organizador do curso internacional de Bioinformática, patrocinado pela OMS. . 2002 (Organização de encontros, simpósios e congressos).
4. BARRERA, Junior . Revisor de trabalhos para o ISMM (International Symposium on Mathematical Morphology and its Applications to Image and Signal Processing). 2002 (Revisor de trabalhos para conferências).
5. BARRERA, Junior . Revisor de trabalhos para o Nonlinear Image Processing and Pattern Analysis / IS&T/SPIE´s 13th Annual Symposium on Electronic Imaging: Science and Technology. 2001 (Revisor de trabalhos para conferências).
6. BARRERA, Junior . Revisor de trabalhos para o IEEE Workshop on Scale-Space and Morphology in Computer Vision. 2001 (Revisor de trabalhos para conferências).
7. BARRERA, Junior . Revisor de trabalhos para a conferência International Joint Conference IBERAMIA-SBIA, I Workshop on Artificial Intelligence and Computer Vision. 2000 (Revisor de trabalhos para conferências).
8. BARRERA, Junior . Revisor de trabalhos para o ISMM (International Symposium on Mathematical Morphology and its Applications to Image and Signal Processing). 2000 (Revisor de trabalhos para conferências).
9. BARRERA, Junior . Organizador do Workshop de Morfologia Matemática no SIBGRAPI. 1999 (Organização de encontros, simpósios e congressos).
10. BARRERA, Junior . Organizador do Workshop de Morfologia Matemática no SIBGRAPI . 1998 (Organização de encontros, simpósios e congressos).
11. BARRERA, Junior . Revisor de trabalhos para o simpósio Mathematical Modeling and Estimation Techniques in Computer Vision. SPIE´s International Symposium on Optical Science, Engineering and Instrumentation. 1998 (Revisor de trabalhos para conferências).
12. BARRERA, Junior . Membro da Comissão Organizadora do Brazilian Workshop on Mathematical Morphology. 1997 (Organização de encontros, simpósios e congressos).
13. BARRERA, Junior . Revisor de trabalhos para o simpósio Statistical and Scholastic Methods for Image Processing II. SPIE´s International Symposium on Optical Science, Engineering and Instrumentation. 1997 (Revisor de trabalhos para conferências).
14. BARRERA, Junior . Membro da Comissão Organizadora do Brazilian Workshop on Mathematical Morphology. 1996 (Organização de encontros, simpósios e congressos).
15. BARRERA, Junior . Revisor de trabalhos para o II Workshop on Cybernetic Vision, São Carlos Institute of Physics, University of São Paulo. 1996 (Revisor de trabalhos para conferências).
16. BARRERA, Junior . Membro da Comissão Organizadora do Brazilian Workshop on Mathematical Morphology. 1995 (Organização de encontros, simpósios e congressos).
17. BARRERA, Junior . Revisor de trabalhos para o VIII Simpósio Brasileiro de Computação Gráfica e Processamento de Imagens, SIBGRAPI 95, Universidade Federal de São Carlos. 1995 (Revisor de trabalhos para conferências).
18. BARRERA, Junior . Revisor de trabalhos para o VII Simpósio Brasileiro de Computação Gráfica e Processamento de Imagens, SIBGRAPI 94. 1994 (Revisor de trabalhos para conferências).
19. BARRERA, Junior . Membro da Comissão Organizadora do SIBGRAPI 92. 1992 (Organização de encontros, simpósios e congressos).
20. BARRERA, Junior . Revisor de trabalhos para o simpósio Statistical and Stochastic Methods for Image Processing. SPIE´s International Symposium on Optical Science, Engineering and Instrumentation. 1991 (Revisor de trabalhos para conferências).

Bancas
Participação em bancas examinadoras
Dissertações
1. BARRERA, Junior. Participação em banca de Lílian Nogueira de Faria. Reconstrução 3D de imagens tomográficas de Raios-X de arcos coronais em ambiente paralelo. 2003. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Federal de São Carlos.
2. BARRERA, Junior. Participação em banca de Archias Alves de Almeida Filho. Maximização de entropia em lingüística computacional para a língua portuguesa. 2003. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Instituto de Matemática e Estatística Usp.
3. BARRERA, Junior. Participação em banca de Marcio Katsumi Oikawa. Integração para dados e aplicações em biologia molecular computacional. 2003. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Instituto de Matemática e Estatística Usp.
4. BARRERA, Junior. Participação em banca de Gustavo Henrique Esteves. Validação de procedimentos para medida de expressão gênica a partir de imagens de cDNA Microarray. 2002. Dissertação (Mestrado em Biotecnologia) - Centro de Tratamento e Pesquisa do Hospital do Câncer.
5. BARRERA, Junior. Participação em banca de Teófilo Emídio de Campos. Técnicas de seleção de características com aplicações em reconhecimento de faces. 2001. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Instituto de Matemática e Estatística Usp.
6. BARRERA, Junior. Participação em banca de Vital Cruvinel Ferreira. Restauração de imagens tomográficas de ciência dos solos por métodos iterativos. 2000. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Federal de São Carlos.
7. BARRERA, Junior. Participação em banca de Luiz Eduardo da Silva. Algoritmo de fotomosaico para imagens coloridas por morfologia matemática. 1999. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Estadual de Campinas.
8. BARRERA, Junior. Participação em banca de Luciano Silva. Algoritmos geométricos discretos: complexidade e aplicações. 1998. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Instituto de Matemática e Estatística Usp.
9. BARRERA, Junior. Participação em banca de Aluir Porfírio Dal Poz. Correlação estrutural aplicada à extração automática de apoio de campo em imagens digitais. 1996. Dissertação (Mestrado em Engenharia Civil) - Escola Politécnica da Usp.
10. BARRERA, Junior. Participação em banca de Guillermo Pablo Salas. Operações sobre coleções de intervalos e suas aplicações à programação automática de máquinas morfológicas. 1996. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Instituto de Matemática e Estatística Usp.
11. BARRERA, Junior. Participação em banca de Nina Sumiko Tomita Hirata. Programação automática de máquinas morfológicas binárias baseada em Aprendizado PAC. 1996. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Instituto de Matemática e Estatística Usp.
12. BARRERA, Junior. Participação em banca de Jussara Carneiro da Cunha. Inspeção de placas de circuito impresso utilizando morfologia matemática. 1995. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Instituto Alberto Luiz Coimbra de Pós-Graduação e Pesquisa de Engenharia.
13. BARRERA, Junior. Participação em banca de Ulisses de Mendonça Braga Neto. Reconstrução Volumétrica e Análise de Imagens Tridimensionais por Morfologia Matemática. 1994. Dissertação (Mestrado em Engenharia Elétrica) - Universidade Estadual de Campinas.
14. BARRERA, Junior. Participação em banca de Tania Mezzadri Centeno. Limiarização de impressões digitais a partir da morfologia matemática. 1994. Dissertação (Mestrado em Computação) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.
15. BARRERA, Junior. Participação em banca de Marcos Cordeiro d'Ornellas. Algoritmos rápidos para o processamento morfológico de imagens binárias. 1992. Dissertação (Mestrado em Engenharia Eletrônica e Computação) - Instituto Tecnológico de Aeronáutica.
Teses de doutorado
1. BARRERA, Junior. Participação em banca de Murillo Rodrigo Petrucelli Homem. Reconstrução tridimensional de imagens com o uso de deconvolução a partir de seções bidimensionais obtidas em microscopia óptica. 2003. Tese (Doutorado em Física) - Instituto de Física São Carlos Usp.
2. BARRERA, Junior. Participação em banca de Márcio Magini. O estudo de mapas equivariantes sob a ação do grupo octaédrico: um sistema dinâmico para a evolução do código genético. 2002. Tese (Doutorado em Física) - Instituto de Física São Carlos.
3. BARRERA, Junior. Participação em banca de Marcos Cordeiro d'Ornellas. Algorithmic patterns for morphological image processing. 2001. Tese (Doutorado em Ciência da Computação) - University of Amsterdam.
4. BARRERA, Junior. Participação em banca de Hieu T. Nguyen. Segmentation of video into spatio-temporal objects. 2001. Tese (Doutorado em Ciência da Computação) - University of Amsterdam.
5. BARRERA, Junior. Participação em banca de Ronaldo Fumio Hashimoto. Mudança de estrutura de representação de operadores em morfologia matemática. 2000. Tese (Doutorado em Ciência da Computação) - Instituto de Matemática e Estatística Usp.
6. BARRERA, Junior. Participação em banca de João Ricardo de Freitas Oliveira. O uso de algoritmos genéticos na decomposição morfológica de operadores invariantes em translação aplicados em imagens digitais. 1998. Tese (Doutorado em Computação Aplicada) - Instituto Nacional de Pesquisas Espaciais.
7. BARRERA, Junior. Participação em banca de Roseli de Deus Lopes. Técnicas de processamento de imagens tridimensionais baseadas em regiões adaptativas. 1998. Tese (Doutorado em Engenharia Elétrica) - Escola Politécnica da Usp.
8. BARRERA, Junior. Participação em banca de Roberto Marcondes Cesar Junior. Análise multi-escala de formas bidimensionais. 1997. Tese (Doutorado em Física) - Instituto de Física São Carlos.
9. BARRERA, Junior. Participação em banca de Jun Okamoto Junior. Planejamento da aquisição de vistas de um objeto para fusão sensorial e obtenção de seu modelo tridimensional. 1994. Tese (Doutorado em Engenharia Mecatrônica) - Escola Politécnica da Usp.
10. BARRERA, Junior. Participação em banca de Alejandro César Frery Orgambide. Algumas ferramentas estatísticas na síntese, processamento e análise de imagens de radar de abertura sintética. 1993. Tese (Doutorado em Computação Aplicada) - Instituto Nacional de Pesquisas Espaciais.
Participação em bancas de comissões julgadoras
Professor titular
1. BARRERA, Junior. Membro de comissão julgadora de concurso para contratação de professor-doutor (Sérgio Ricardo Nozawa). 2003. Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto Usp.
Concurso público
1. BARRERA, Junior. Membro de comissão julgadora de concurso para contratação de professor assistente. 2004. Faculdade de Filosofia Ciências e Letras de Ribeirão Preto Usp.
2. BARRERA, Junior. Membro da comissão julgadora do concurso de ingresso na carreira do Prof. Ronaldo Fumio Hashimoto. 2003. Instituto de Matemática e Estatística Usp.
3. BARRERA, Junior. Membro de comissão julgadora de concurso para contratação de professor assistente (Profa. Cristina Gomes Fernandes). 2000. Instituto de Matemática e Estatística Usp.
4. BARRERA, Junior. Membro de comissão julgadora de concurso para contratação de professor assistente (José Augusto Ramos Soares). 2000. Instituto de Matemática e Estatística Usp.
5. BARRERA, Junior. Membro de comissão julgadora de concurso para contratação de professor assistente (José Coelho Pina Junior). 2000. Instituto de Matemática e Estatística Usp.
6. BARRERA, Junior. Membro de comissão julgadora de concurso para contratação de professor assitente (Kunio Okuda). 2000. Instituto de Matemática e Estatística Usp.
7. BARRERA, Junior. Membro de comissão julgadora de concurso para contratação de professor-doutor (Cláudia Monteiro Peixoto). 2000. Instituto de Matemática e Estatística Usp.
8. BARRERA, Junior. Membro de comissão julgadora de concurso para contratação de professor-doutor (Elisabeti Kira). 2000. Instituto de Matemática e Estatística Usp.
9. BARRERA, Junior. Membro de comissão julgadora de concurso para contratação de professor-doutor (Adilson Simonis). 2000. Instituto de Matemática e Estatística Usp.
10. BARRERA, Junior. Membro de comissão julgadora de concurso para contratação de professor assistente (Aurélio Ribeiro Leite de Oliveira). 2000. Instituto de Matemática e Estatística Usp.
11. BARRERA, Junior. Membro da comissão julgadora de concurso para contratação de professor assistente (Nelson Mugayar Kuhl). 2000. Instituto de Matemática e Estatística Usp.
12. BARRERA, Junior. Membro de comissão julgadora de concurso para contratação de professor assistente (Antonio Elias Fabris). 2000. Instituto de Matemática e Estatística Usp.
13. BARRERA, Junior. Membro de comissão julgadora de concurso para contratação de professor assistente (Luis Carlos de Castro Santos). 2000. Instituto de Matemática e Estatística Usp.
14. BARRERA, Junior. Membro de comissão julgadora de concurso para contratação de professor assistente (Joyce da Silva Bevilacqua). 2000. Instituto de Matemática e Estatística Usp.
15. BARRERA, Junior. Membro de comissão julgadora de concurso para contratação de professor assistente (Alexandre Megiorin Roma). 2000. Instituto de Matemática e Estatística Usp.
16. BARRERA, Junior. Membro de comissão julgadora de concurso para contratação de professor-doutor no Depto. de Engenharia de Computação e Sistemas Digitais. 1999. Escola Politécnica da Usp.
Livre docência
1. BARRERA, Junior. Membro da comissão julgadora do concurso de livre-docência do Prof. Roberto Marcondes Cesar Jr.. 2003. Instituto de Matemática e Estatística Usp.
2. BARRERA, Junior. Membro da comissão julgadora do concurso de livre-docência do Prof. Julio Michael Stern. 2002. Instituto de Matemática e Estatística Usp.
3. BARRERA, Junior. Membro da comissão julgadora do concurso de livre-docência do Prof. Antonio Elias Fabris. 2002. Instituto de Matemática e Estatística Usp.
4. BARRERA, Junior. Membro da comissão julgadora do concurso de livre-docência do Prof. Sérgio Shiguemi Furuie. 2002. Escola Politécnica da Usp.

Eventos
Participação em eventos
1. Workshop do projeto de Modelagem do Ciclo Celular.Modeling and inference of genes network. 2009. (Seminário).
2. Workshop on Gene Regulation and Noise.Design of PGNs for malaria parasite and cell cycle control. 2008. (Seminário).
3. Seminários de Bioinformática na Université Claude Bernard, Lyon I.Cell cycle control modeling. 2007. (Seminário).
4. Seminários do Barcelona Centre for International Health.Anotating malare genes by genetic network estimation. 2007. (Seminário).
5. Seminários do Olé Brasil F. C..Futebol: inteligência do jogo. 2007. (Seminário).
6. Seminários da EMBRAPA Informática.Design of PGNs for malaria parasite and cell cycle control. 2007. (Seminário).
7. 51 Congresso Brasileiro de Genética.Design of PGNs for malaria parasite and cell cycle control system. 2005. (Congresso).
8. Seminários de Computação Gráfica do IMPA.Futebol: inteligência do jogo. 2005. (Seminário).
9. Critical Assesment of Microarray Data Analysis - CAMDA 2004.A New Annotation Tool For Malaria Based On Inference Of Probabilistic Genetic Networks. 2004. (Congresso).
10. Seminários do Tgen Institute.A new anotation tool for malaria based on inference of PGN. 2004. (Seminário).
11. II Latin American Course on Bioinformatics for Tropical Disease Research.Data mining and dynamical modeling in Biology: a semiotic view. 2003. (Congresso).
12. Programa de Seminários em Biologia Computacional - USP/ Ínformática Médica.Dos sinais de Microarrays à descoberta de conhecimento biológico. 2003. (Encontro).
13. II Simpósio Brasileiro de Biologia Matemática e computacional.From Microarray images to biological knowledge. 2002. (Congresso).
14. IMPA 50 anos - Seção Especial de Computação Gráfica.Automatic programming of morphological machines by PAC learning. 2002. (Congresso).
15. Seminários de Parasitologia do ICB-USP.Análise de dados de microarray. 2002. (Seminário).
16. Seminários do curso de pós-graduação do Programa de Fisiopatologia Experimental da MED-USP.Bioinformática. 2002. (Seminário).
17. Meeting of the American Mathematical Society.Modeling of genetic networks form microarray data. 2002. (Seminário).
18. Encontro França-Brasil de Bioinformática.An integrated environment for analysis of genetic data. 2002. (Encontro).
19. VI Brazilian School of Probability - Session Probability in Genetics.Microarray data analysis. 2002. (Outra).
20. Pesquisa científica e internet" - 14o Reunião Anual do Instituto Biológico.Descoberta de conhecimento em biologia molecular através da bioinformática. 2001. (Seminário).
21. Série de Seminários do Instituto de Computação da UNICAMP.Um ambiente integrado para a análise de dados de genética. 2001. (Seminário).
22. VI Encontro Regional de Matemática Aplicada e Computacional.Design of morphological operators by computational learning. 2001. (Encontro).
23. SIAM Annual Conference.Model-Based Design of Optimal Morphological Filters. 2000. (Congresso).
24. SBMAC.Automatic Programing of morphological machines. 2000. (Congresso).
25. Seminários do Departamento de Informática da Universidade de Amsterdam.Genomic Signal Processing. 2000. (Seminário).
26. Seminários do departamento de informática da universidade de Groningen.Genomic Signal Processing. 2000. (Seminário).
27. Seminários do Grupo de Morfologia Matemática do CWI.Automatic programming of morphological machines. 2000. (Seminário).
28. Signal Processing Laboratory.Non linear filters in genomic control. 1999. (Seminário).
29. Ciclo de Seminários do Serviço de Informática do Instituto do Coração.Nonlinear filters in genomic control. 1999. (Seminário).
30. Seminários do Departamento de Bioquímica da USP.Non linear filters in genomic control. 1999. (Seminário).
31. Centre de Morphologie mathématique.Design of aperture filters. 1999. (Seminário).
32. Departamento de Informática da Universitée d'Orsé.Non linear filters for genomic control. 1999. (Seminário).
33. Centre de Morphologie Mathematique em Fontainebleau.The switching algorithm for designing increasing operators. 1999. (Seminário).
34. Centre de Morphologie Mathématique.Non linear filters in genomic control. 1999. (Encontro).
35. IEEE-EURASIP Workshop on Nonlinear Signal and Image Processing (NSIP'99).Non linear filters in genomic control. 1999. (Encontro).
36. 22o Colóquio Brasileiro de Matemática - IMPA.Design of aperture filters for motion tracking and segmentation. 1999. (Encontro).
37. Centre de Morphologie Mathématique.Hybrid human-machine design of morphological operators. 1999. (Encontro).
38. Departamento de Informática da Universitée d'Orsé.Design of morphological operators by generalized PAC learning. 1999. (Outra).
39. Encontro da Academia Brasileira de Ciências.Programação Automática de Máquinas Morfológicas por PAC Learning. 1998. (Encontro).
40. Nonlineaar Filters at Electronic Imaging - SPIE.Automatic algorithm design in the context of Morphological Machines. 1997. (Congresso).
41. Centre de Morphologie Mathematuque em Fontainebleau.Parallelisation des operateurs morphologiques. 1995. (Seminário).
42. Palestra conidada do Centre de Morphologie Mathematique em Fontainebleau.Programmation automatique des systems morphologiques par apprentissage. 1995. (Seminário).
43. Curso de Palestras do DCC-UNICAMP.Programação Automática de Máquinas Morfológicas. 1995. (Outra).
44. Palestra convidada no INRIA de Sophia-Antipolis.Palestra convidada: Morphological Representation of Translation Invariant Set Operators. 1994. (Seminário).
45. Congresso da EletroPaulo.Uma caixa de ferramentas de Morfologia Matemática para o Sistema KHOROS. 1993. (Congresso).
46. I Simpósio de Processamento de Imagens em Medicina.Palestra convidada: Experiência do INPE em processamento de imagens médicas. 1991. (Simpósio).
Organização de eventos
1. BARRERA, Junior ; HIRATA JR, Roberto . International Symposium on Mathematical Morphology. 2007. (Congresso).
2. Falcão, P. K. ; BARRERA, Junior . X-meeting. 2007. (Congresso).
3. BARRERA, Junior ; CP/IME-USP . III SImpósio de Iniciação Científica e Pós-Graduação do IME-USP. 2007. (Congresso).
4. BARRERA, Junior ; CP/IME-USP . II Simpósio de Iniciação Científica e Pós-Graduação do IME-USP. 2006. (Congresso).
5. BARRERA, Junior ; CP/IME-USP . I simpósio de Iniciação Científica e Pós-Graduação do IME-USP. 2005. (Congresso).
6. BARRERA, Junior ; Goldman, G. ; COSTA, Luciano Fontoura ; CESAR JR, Roberto M . Icobicobi - International Conference on Bioinformatics and Computational Biology. 2003. (Congresso).
7. BARRERA, Junior ; OBANDO, Hernando A Del Portillo . I Latin American Course on Bioinformatics for Tropical Disease Research. 2002. (Congresso).
8. BARRERA, Junior . Mathematical Morphology. 2001. (Congresso).

Orientações
Orientações em andamento
Dissertação de mestrado
1. Ubiratan Augusto Lima. Análise de uma Rede Genética Probabilística que representa o controle do ciclo celular. Início: 2008. Dissertação (Mestrado em Mestrado em Bioinformática) - Departamento de Ciência da Computação Bioinfo Usp. (Orientador).
Tese de doutorado
1. Rogério de Rizzio. Modelagem e simulação de tecidos por modelos multi-resolução. Início: 2008. Tese (Doutorado em Doutorado em Bioinformática) - Departamento de Ciência da Computação Bioinfo Usp. (Orientador).
2. Marcelo Reis. Análise de redes de expressão gênica modeladas por redes genéticas probabilísticas (PGN). Início: 2008. Tese (Doutorado em Ciencia da Computacao) - Universidade de São Paulo. (Orientador).
Supervisão de pós-doutorado
1. Nestor Walter Trepode. Início: 2008. Departamento de Ciência da Computação Bioinfo Usp.
Supervisões e orientações concluídas
Dissertação de mestrado
1. Leandro Lima. Identificação de redes de expressão gênica no contexto de malária. 2009. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Instituto de Matemática e Estatística da USP, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Junior Barrera.
2. Daniel André Vaqueri. Projeto multi-resolução de operadores morfológicos a partir de exemplos. 2006. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Instituto de Matemática e Estatística, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Orientador: Junior Barrera.
3. Gustavo P. Esteves. Validação de medidas de expressão gênica em imagens de microarray. 2004. Dissertação - Instituto Ludwig de Pesquisa sobre o Câncer, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Co-Orientador: Junior Barrera.
4. Daniel O. Dantas. Uma técnica automática para medida de sinal de imagens de cDNA. 2004. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, . Orientador: Junior Barrera.
5. Caetano Giminez Carezato. Análise de classificadores de seqüências projetados por aprendizado computacional supervisionado e não supervisionado. 2004. 0 f. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Orientador: Junior Barrera.
6. Nestor Walter Trepode. Identificação de sistemas dinâmicos finitos: aplicações para a modelagem de redes genéticas. 2002. 0 f. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, . Orientador: Junior Barrera.
7. David Martins Jr. Redução de dimensionalidade baseada na entropia condicional média. 2002. 0 f. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, . Co-Orientador: Junior Barrera.
8. Franklin Cesar Flores. Segmentação de vídeo digital por morfologia matemática. 2000. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Orientador: Junior Barrera.
9. Francisco A Zampirolli. Desenvolvimento de um sistema de analise morfologica de imagens baseado em grafos de vizinhanca. 1997. 0 f. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Junior Barrera.
10. Roberto Hirata Jr. Segmentacao de imagens por tecnicas da morfologia matematica. 1997. 0 f. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Junior Barrera.
11. Nina S T Tomita. Programacao automatica de maquinas morfologicas binarias baseada em aprendizado PAC. 1996. 0 f. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Junior Barrera.
12. Guillermo P Salas. Operacoes sobre colecoes de intervalos e suas aplicacoes a programacao automatica de maquinas morfologicas. 1996. 0 f. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Junior Barrera.
Tese de doutorado
1. Daniel de Oliveira Dantas. Segmentação e reconhecimento de gestos em tempo real com câmeras e aceleração gráfica. 2010. Tese (Doutorado em Ciência da Computação) - Instituto de Matemática e Estatística Usp, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Junior Barrera.
2. David Corrêa Martins Jr. Identificação de redes de expressão gênica em malária. 2008. 0 f. Tese (Doutorado em Ciência da Computação) - Instituto de Matemática e Estatística Usp, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Co-Orientador: Junior Barrera.
3. Marcelo Ris. Representação de sistemas biológicos a partir de sistemas dinâmicos: controle da transcrição a partir do estrógeno. 2008. Tese (Doutorado em Doutorado em Bioinformática) - Departamento de Ciência da Computação Bioinfo Usp, . Orientador: Junior Barrera.
4. Nestor Walter Trepode. Modelagem do Controle Gênico do Ciclo Celular por Redes Genéticas Probabilísticas. 2007. Tese (Doutorado em Doutorado em Bioinformática) - Departamento de Ciência da Computação Bioinfo Usp, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Orientador: Junior Barrera.
5. Marcel Brun. Projetos de operadores morfológicos multi-escala por otimização estatística. 2002. 0 f. Tese (Doutorado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Orientador: Junior Barrera.
6. Roberto Hirata Jr. Projeto de operadores morfológicos para imagens e sinais: abordagem de reticulados finitos. 2001. Tese - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Junior Barrera.
7. Ronaldo Fumio Hashimoto. Mudança de estrutura de representação de operadores em morfologia matemática. 2000. Tese - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Junior Barrera.
8. Nina S. T. Hirata. Projeto automático de operadores explorando conhecimento a priori. 2000. Tese (Doutorado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Orientador: Junior Barrera.
Supervisão de pós-doutorado
1. Beatriz Stransky. Modelagem multi-resolução de tecidos. 2009. Instituto de Matemática e Estatística da USP, Fundação de Apoio à Pesquisa do Estado da Paraíba. Junior Barrera.
Trabalho de conclusão de curso de graduação
1. Guilherme Otranto e Thomaz Rodrigues Gomes. Projeto e desenvolvimento de um simulador para jogos de futebol. 2008. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em CIência da Computação) - Instituto de Matemática e Estatística Usp, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Junior Barrera.

Outras informações relevantes 
A atuação profissional de Junior Barrera envolve atividades de pesquisa básica em matemática, desenvolvimento de software, aplicações de técnicas desenvolvidas a problemas de análise de imagens e genética, e funções administrativas.  A sua principal contribuição científica foi o desenvolvimento de técnicas formais para o projeto de operadores de reticulado a partir de exemplos,  o que inclui contribuições em decomposição algébrica, estimação estatística e otimização combinatória. Ele foi co-projetista de dois softwares de muito uso na comunidade internacional de processamento de imagens: as toolboxes de morfologia matemática mmach e mmorph, respectivamente, para asplataformas Khoros e Matlab.  Desde de 1999 tem concentrado suas atividades de pesquisa na área de Bioinformática, principalmente na análise de expressão gênica. Atualmente, ele é editor associado de duas revistas internacionais: Pattern Recognition e Journal of Electronic Imaging (SPIE). As suas principais funções administrativas são a presidência do Núcleo de Bioinformática-USP e a presidência da comissão de pesquisas do IME-USP. Recentemente, apresentou palestras plenárias convidadas em uma conferência da American Mathematical Society sobre expressão gênica, na conferência européia de processamento de sinais não lineares e na conferência da SBMAC. Organizou  um minisimpósio sobre Morfologia Matemática na conferência da SIAM de Boston.  Ainda ele é um dos coordenadores da USP do progrma de Bioinformática da Organização Mundial da Saúde, coordenador de um projeto de pesquisas do MCT em Bioinformática, um dos pesquisadores principais de dois projetos FAPESP e membro de um projeto CNPq-NSF..
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