Nalvo Franco de Almeida Junior

Bolsista de Produtividade em Pesquisa do CNPq - Nível 2

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  • Última atualização do currículo em 11/12/2018


Nalvo possui Licenciatura Plena em Matemática pela Universidade Federal de Mato Grosso do Sul (1985), mestrado em Engenharia de Sistemas e Computação pela Universidade Federal do Rio de Janeiro - COPPE (1992), doutorado em Ciência da Computação pela Universidade Estadual de Campinas (2002). Atuou como visiting scholar no Virginia Bioinformatics Institute (VBI-Virginia Tech), USA (2007-2009). Professor titular da Faculdade de Computação da Universidade Federal de Mato Grosso do Sul (UFMS); Diretor da Faculdade de Computação da UFMS de 2009 a 2016; Atualmente Pró-Reitor de Pesquisa e Pós-graduação da UFMS. Tem experiência na área de Ciência da Computação, com ênfase em Teoria da Computação e Biologia Computacional, atuando principalmente em comparação e análise de genomas. (Texto informado pelo autor)


Identificação


Nome
Nalvo Franco de Almeida Junior
Nome em citações bibliográficas
ALMEIDA, N. F.;Almeida, Nalvo F.;Almeida, Nalvo F;Almeida Junior, Nalvo F;Almeida, N.;Almeida, N.F.;Almeida Jr, Nalvo;Nalvo F Almeida;Nalvo Almeida;Almeida, Nalvo;Almeida, N. F.;Almeida, N F;Nalvo F. Almeida;Almeida, Nalvo Franco

Endereço


Endereço Profissional
Universidade Federal de Mato Grosso do Sul, Faculdade de Computação.
CP 549
Cidade Universitária
79070900 - Campo Grande, MS - Brasil - Caixa-postal: 549
Telefone: (67) 33457457
Fax: (67) 33457455
URL da Homepage: http://www.facom.ufms.br/~nalvo


Formação acadêmica/titulação


1995 - 2002
Doutorado em Ciência da Computação.
Universidade Estadual de Campinas, UNICAMP, Brasil.
Título: Ferramentas para comparação genômica, Ano de obtenção: 2002.
Orientador: João Carlos Setubal.
Bolsista do(a): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior, CAPES, Brasil.
Palavras-chave: genômica; comparação de seqüências; genoma; biologia computacional; bioinformática; teoria da computação.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra
Grande Área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Teoria da Computação / Especialidade: Bioinformática.
Setores de atividade: Produtos e Processos Biotecnológicos; Informática.
1990 - 1992
Mestrado em Engenharia de Sistemas e Computação.
Universidade Federal do Rio de Janeiro, UFRJ, Brasil.
Título: Algoritmos Paralelos para Casamento de Cadeias,Ano de Obtenção: 1992.
Orientador: Valmir Carneiro Barbosa.
Bolsista do(a): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior, CAPES, Brasil.
Palavras-chave: string-matching; casamento de cadeias; algoritmos paralelos; teoria da computação; casamento de padrões.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra
Setores de atividade: Informática; Educação.
1982 - 1985
Graduação em Licenciatura Plena Em Matemática.
Universidade Federal de Mato Grosso do Sul, UFMS, Brasil.


Pós-doutorado


2007 - 2009
Pós-Doutorado.
Virginia Polytechnic Institute and State Universit, VITECH, Estados Unidos.
Bolsista do(a): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, CNPq, Brasil.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra


Formação Complementar


1997 - 1998
Sandwich fellowship.
University of Washington, WASHINGTON, Estados Unidos.


Atuação Profissional



Faculdade de Computação - UFMS, FACOM-UFMS, Brasil.
Vínculo institucional

2016 - Atual
Vínculo: , Enquadramento Funcional: Pró-Reitor de Pesq, Pós-Graduação e Inovação, Carga horária: 40

Vínculo institucional

2009 - 2016
Vínculo: Servidor Público, Enquadramento Funcional: DIretor, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.


Universidade Federal de Mato Grosso do Sul, UFMS, Brasil.
Vínculo institucional

2016 - Atual
Vínculo: Servidor Público, Enquadramento Funcional: Pró-Reitor de Pesq, Pós-Graduação e Inovação, Carga horária: 40

Vínculo institucional

1987 - Atual
Vínculo: Servidor Público, Enquadramento Funcional: Professor Associado, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

Vínculo institucional

2009 - 2016
Vínculo: Servidor Público, Enquadramento Funcional: DIretor, Carga horária: 40

Vínculo institucional

2003 - 2007
Vínculo: Servidor Público, Enquadramento Funcional: DIretor de TI, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

Atividades

3/2006 - Atual
Ensino, Mestrado em Ciência da Computação, Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
Estruturas de Dados
5/1999 - Atual
Pesquisa e desenvolvimento , Centro de Ciências Exatas e Tecnologia, Departamento de Computação e Estatística.

9/1987 - Atual
Ensino, Bacharelado Em Ciência da Computação, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Algoritmos e Estruturas de Dados
Análise de Algoritmos
Implementação e Experimentação Algorítmica
Introdução à Teoria dos Grafos
3/2005 - 11/2005
Ensino, Bacharelado Em Ciência da Computação, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Algoritmos e Estruturas de Dados II
03/2004 - 11/2004
Ensino, Bacharelado Em Ciência da Computação, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Introdução a Teoria dos Grafos
Análise de Algoritmos
08/2003 - 11/2003
Ensino, Bacharelado Em Ciência da Computação, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Análise dos Algoritmos
03/2003 - 11/2003
Ensino, Bacharelado Em Ciência da Computação, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Introdução a Teoria dos Grafos
08/2002 - 04/2003
Outras atividades técnico-científicas , Coordenação do Curso de Mestrado em Computação, Coordenação do Curso de Mestrado em Computação.

Atividade realizada
Coordenação de Curso de Mestrado em Ciência da Computação.
2/2001 - 11/2002
Direção e administração, Centro de Ciências Exatas e Tecnologia, Departamento de Computação e Estatística.

Cargo ou função
Chefe do Departamento de Computação e Estatística.
03/2002 - 07/2002
Ensino, Mestrado em Ciência da Computação, Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
Biologia Computacional
3/2001 - 12/2001
Extensão universitária , Centro de Ciências Exatas e Tecnologia, Departamento de Computação e Estatística.

Atividade de extensão realizada
CONSULTORIA E TREINAMENTO NA ÁREA DE COMPUTAÇÃO.
3/2001 - 12/2001
Extensão universitária , Centro de Ciências Exatas e Tecnologia, Departamento de Computação e Estatística.

Atividade de extensão realizada
DESENVOLVIMENTO E IMPLANTAÇÃO DE WEBSITES.
10/2001 - 10/2001
Ensino, Especialização Em Engenharia de Websites, Nível: Especialização

Disciplinas ministradas
Modelagem de Dados
4/2000 - 5/2000
Ensino, Especialização Em Análise de Sistemas, Nível: Especialização

Disciplinas ministradas
Modelagem de Dados
3/1999 - 12/1999
Extensão universitária , Centro de Ciências Exatas e Tecnologia, Departamento de Computação e Estatística.

Atividade de extensão realizada
Ciclo de Palestras do DCT - 1999.
4/1999 - 5/1999
Ensino, Especialização Em Análise de Sistemas, Nível: Especialização

Disciplinas ministradas
Modelagem de Dados
11/1992 - 11/1994
Direção e administração, Centro de Ciências Exatas e Tecnologia, Departamento de Computação e Estatística.

Cargo ou função
Chefe de Departamento de Computação e Estatística.


Linhas de pesquisa


1.
Bioinformática

Objetivo: Desenvolver técnicas e algoritmos computacionais na solução de problemas de Biologia Molecular..
Grande área: Ciências Exatas e da Terra
Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Genética Molecular e de Microorganismos.
Setores de atividade: Produtos e Processos Biotecnológicos; Desenvolvimento de Programas (Software) e Prestação de Serviços em Informática; Pesquisa e desenvolvimento científico.
Palavras-chave: Dynamic Programming; Computational Biology; Projeto genoma; Sequence Comparison; Phylogeny; alinhamento.
2.
Teoria da Computação

Objetivo: Estudo de técnicas computacionais de modelos teóricos para solução de problemas de otimização combinatória..
Grande área: Ciências Exatas e da Terra
Setores de atividade: Desenvolvimento de Programas (Software) e Prestação de Serviços em Informática; Pesquisa e desenvolvimento científico.
Palavras-chave: Dynamic Programming; string-matching; comparação de seqüências; casamento de padrões.


Projetos de pesquisa


2016 - Atual
Transferência horizontal de genes e conciliação de árvores
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Doutorado: (1) .
Integrantes: Nalvo Franco de Almeida Junior - Coordenador / Edson Norberto Cáceres - Integrante.Número de orientações: 1
2015 - Atual
Algorithms for finding motifs in multiple sequences
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Doutorado: (1) .
Integrantes: Nalvo Franco de Almeida Junior - Coordenador.
Número de produções C, T & A: 1 / Número de orientações: 1
2014 - Atual
Computational techniques to track Bovine tuberculosis outbreaks
Descrição: Bovine tuberculosis is a infectious disease caused by the bacteria Mycobacterium bovis. It is responsible for considerable economic losses, accounting for more than 3 billions around the world. Besides the economics aspects, Bovine Tuberculosis are still a public health problem. Although most human cases are caused from M. tuberculosis, the following facts have turned researchers attention to the implication of M. bovis in human: - Several outbreaks of Multiple Drug Resistance (MDR) M. bovis among HIV co-infected patients. This fact arises the high risk of dissemination of MDR M. bovis, specially on parts of Africa where M. bovis in animals and HIV humans co-exist. - The co-infection of patients with pulmonary tuberculosis by M. bovis. - The reemergence of human tuberculosis by M. bovis that came with immigrants from regions where tuberculosis is still prevalent have been document on Europe and United States. In this project, we aim to develop a traceability platform for Bovine Tuberculosis in South America, providing up-to-date information about the disease evolution..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (2) / Doutorado: (1) .
Integrantes: Nalvo Franco de Almeida Junior - Coordenador / Christiane Nishibe - Integrante / ARAÚJO, FLABIO R. - Integrante / Augusto RIbas - Integrante.Financiador(es): Fundação de Apoio e Desenvolvimento do Ensino, Ciência e Tecnologia do MS - Auxílio financeiro.
Número de produções C, T & A: 6 / Número de orientações: 4
2013 - Atual
e-Cattle: Uma Plataforma de IoT para Pecuária de Precisão
Descrição: arquitetura baseada em SOA que permite a comunicação entre os diversos artefatos que compõem a plataforma tecnológica de automação rural, permitindo seu desenvolvimento evolutivo como um produto integrado para a implantação da pecuária de precisão no sistema produtivo de carne bovina brasileiro..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Doutorado: (1) .
Integrantes: Nalvo Franco de Almeida Junior - Coordenador / Edson Norberto Cáceres - Integrante / Cleber Soares - Integrante.Número de orientações: 1
2012 - Atual
Filogenia Viva
Descrição: Este projeto propõe uma nova caracterização para o problema de filogenia, que chamamos de Problema da filogenia viva, onde a entrada é uma coleção de objetos vivos, mas diferentemente do problema de filogenia convencional, admitindo que nós internos da árvore possam representar não somente ancestrais hipotéticos, mas também ancestrais vivos. Ou seja, um objeto não precisa ser necessariamente representado na árvore como folha, mas também como nó interno. Algumas aplicações reais para este problema incluem a análise de populações de vírus ou outros organismos que evoluem muito rapidamente, ao ponto de conviverem com seus ancestrais; e a análise de objetos não-biológicos, tais como documentos ou entradas em bancos de dados relacionais..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Doutorado: (2) .
Integrantes: Nalvo Franco de Almeida Junior - Coordenador / Maria Emilia M T Walter - Integrante / Guilherme Pimentel Telles - Integrante.
Número de produções C, T & A: 3 / Número de orientações: 2
2010 - 2015
Mapeamento de transcritos e modelagem gênica
Descrição: Criação de uma infra-estrutura de bioinformática, tanto de hardware, quanto de software, para apoiar projetos de geração de transcritomas e o desenvolvimento de ferramentas computacionais inovadoras para estudo de transcritomas..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Doutorado: (1) .
Integrantes: Nalvo Franco de Almeida Junior - Coordenador / Luciana Montera - Integrante / Marcelo Brígido - Integrante / Maria Emilia M T Walter - Integrante / Guilherme Pimentel Telles - Integrante / Said Sadique Adi - Integrante.Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.
2009 - 2013
Bioinformática de transcritoma
Descrição: Construção de plataforma computacional e desenvolvimento de técnicas para projetos de transcritoma..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Doutorado: (1) .
Integrantes: Nalvo Franco de Almeida Junior - Coordenador.Financiador(es): Fundação de Apoio e Desenvolvimento do Ensino, Ciência e Tecnologia do MS - Auxílio financeiro.
Número de produções C, T & A: 4 / Número de orientações: 3
2006 - 2009
Desenvolvimento e avaliação de novas cepas vacinais geneticamente modificadas de Brucella abortus obtidas pela deleção dos genes VirB 4 e VirB 10
Descrição: Em face do recém adotado Programa Nacional de Controle e Erradicação da Tuberculose e Brucelose pelo MAPA, este projeto de pesquisa apresenta uma proposta de trabalho voltada para o desenvolvimento de uma nova vacina contra a brucelose, com uso da tecnologia de cepas geneticamente modificadas. Para tanto, esta proposta pretende investigar o papel das proteínas VirB 4 e VirB 10, do sistema de secreção do tipo IV de Brucela abortus, agente da brucelose bovina, e o papel de cepas mutantes para os genes codificadores destas proteínas, na capacidade de induzir resposta imune e proteção contra a brucelose experimental..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (1) .
Integrantes: Nalvo Franco de Almeida Junior - Integrante / Flábio R. Araújo - Integrante / Cleber Soares - Integrante / Stenio P Fragoso - Integrante / Grácia Maria Soares Rosinha - Coordenador.Financiador(es): Fundação de Apoio Ao Desenvolvimento do Ensino Ciência e Tecnologia do Esta - Auxílio financeiro.
2006 - 2008
Identificação de regiões funcionais por comparação de genomas
Descrição: O projeto visa o desenvolvimento e implementação de ferramentas baseadas em comparação sintência de seqüências, na descoberta de regiões funcionais em genomas de interesse..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (2) .
Integrantes: Nalvo Franco de Almeida Junior - Coordenador / Guilherme Pimentel Telles - Integrante / Carlos Eduardo Ferreira - Integrante / Said Sadique Adi - Integrante.Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa / Fundação de Apoio Ao Desenvolvimento do Ensino Ciência e Tecnologia do Esta - Auxílio financeiro.
2006 - 2008
Projeto e Implementação de Algoritmos BSP/CGM
Descrição: O projeto focaliza a continuação do desenvolvimento e implementação de algoritmos paralelos para problemas (que utilizem muita comunicação) usando o modelo Bulk Synchronous Parallel Model/Coarse-Grained Multicomputer (BSP/CGM). No presente projeto pretendemos tratar de duas aplicações: Problemas de Biologia Molecular Computacional e Problemas Básicos em Grafos. O objetivo principal é desenvolver e implementar algoritmos paralelos eficientes para os seguintes problemas: alinhamento múltiplo de strings; computar todas as subseqüências maximais de uma dada seqüência; maior subseqüência crescente em uma string; problema do emparelhamento com k erros; fecho e redução transitiva de um grafo, árvore geradora mínima de um grafo, emparelhamento maximal em grafos, coloração em grafos, numeração s-t em grafos, ordenação topológica e outros problemas básicos em grafos..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
2006 - 2007
Ensaio de fluorescência polarizada para o diagnóstico de infecções por Anaplasma
Descrição: A anaplasmose bovina é causada pela riquétsia intra-eritrocítica Anaplasma marginale que determina enfermidade caracterizada, em sua fase aguda, por altas riquetsemias, anemia, perda de peso, aborto e morte. Os animais que sobrevivem a esta fase permanecem persistentemente infectados, servindo como reservatórios para transmissão. A anaplasmose é importante não apenas nas regiões de instabilidade, mas também em áreas de estabilidade enzoótica, devido aos riscos de surtos pela introdução de animais de regiões livres de carrapatos. A eficácia de qualquer estratégia de controle e mesmo a decisão de qual medida a ser tomada depende do acurado diagnóstico de bovinos cronicamente infectados que geralmente é feito por sorologia, sendo a imunofluorescência indireta (IFI) e a imunoadsorção enzimática (ELISA), as técnicas mais freqüentemente empregadas. No entanto, há necessidade de equipamentos específicos, só manipulados em laboratório. Por isso, o ensaio de fluorescência polarizada que detecta a interação antígeno-anticorpo mediante a análise do grau de polarização de fluorescência, sob estímulo de luz polarizada, tem sido utilizado em uma ampla variedade de aplicações, apresentando-se sensível, específico e rápido, podendo ser utilizado em condições de campo. Este projeto tem por objetivo desenvolver um teste de fluorescência polarizada (FPA) para detecção de anticorpos contra A. marginale, utilizando antígeno recombinante MSP5, que é uma proteína altamente conservada entre diferentes isolados de A. marginale, avaliar o desempenho do teste com relação a técnicas sorológicas tradicionalmente utilizadas e validar a utilização do teste em condições de campo. Para o desenvolvimento do teste de FPA, será realizada a clonagem de msp5 com o produto de PCR do isolado Pernambuco-Zona da Mata de A. marginale. Os produtos clonados serão sequenciados, seguido da expressão e purificação da MSP5 recombinante, para conjugação com isotiocianato de fluoresceína. A avaliação do teste será e.
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) .
Integrantes: Nalvo Franco de Almeida Junior - Integrante / Flábio R. Araújo - Integrante / Elaine Silva de Pádua Melo - Coordenador.Financiador(es): Fundação de Apoio Ao Desenvolvimento do Ensino Ciência e Tecnologia do Esta - Bolsa.
2005 - 2008
Plataforma Integrada de Comparação Genômica
Descrição: O projeto consiste na construção de uma plataforma computacional, incorporando várias ferramentas e análises, que tem como entrada um conjunto de genomas, completos ou incompletos, e que permita um melhor entendimento das especificidades, em termos genômicos, dos organismos envolvidos..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (3) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (2) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) .
Integrantes: Nalvo Franco de Almeida Junior - Coordenador / J C Setubal - Integrante / Carlos Juliano Moura Viana - Integrante / André Chastel - Integrante.Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.
Número de produções C, T & A: 3 / Número de orientações: 1
2005 - 2007
Ancoragem de genomas incompletos em genomas completos
Descrição: O projeto consiste no desenvolvimento e implementação de ferramentas computacionais para a comparação de genomas incompletos e completos, que seja capaz de extrair informações funcionais e estruturais que ajudem na montagem, seqüenciamento e anotação do genoma incompleto, sem que haja a necessidade de completá-lo. A abordagem será feita através de técnicas de ancoragem. Essa ancoragem parte do princípio de que boa parte dos genes e trechos importantes de DNA mantém o conteúdo e a ordem, entre genomas próximos filogeneticamente.
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (1) .
Integrantes: Nalvo Franco de Almeida Junior - Coordenador / André Chastel - Integrante.Financiador(es): Fundação de Apoio Ao Desenvolvimento do Ensino Ciência e Tecnologia do Esta - Bolsa.
Número de produções C, T & A: 2 / Número de orientações: 3
2005 - 2006
Uma linguagem de padrões no domínio de gerência de projetos para o framework Fênix
Descrição: A presente pesquisa tem como objetivo propor modelos e técnicas e especificar uma linguagem de padrões para a implementação de uma ferramenta de e-gov na Web denominada Fênix, que auxilia os cidadãos na submissão de propostas eletrônicas de projeto a serem avaliadas por agências governamentais, e no planejamento, na gerência e na administração dos projetos após sua avaliação. Visando a modelagem deste sistema pretende-se, através desta dissertação, efetuar uma análise na linguagem de padrões GRN, no framework GREN e em outros sistemas semelhantes ja implementados e, desta forma, elaborar uma linguagem de padrões própria para o Fênix com domínio em submissão de projetos de pesquisa..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (3) .
Integrantes: Nalvo Franco de Almeida Junior - Integrante / Marcelo Augusto Santos Turine - Integrante / Camilo Carromeu - Coordenador.Financiador(es): Fundação de Apoio Ao Desenvolvimento do Ensino Ciência e Tecnologia do Esta - Auxílio financeiro.
2004 - 2008
Genoma estrutural de Anaplasma marginale e identificação de antígenos para imunização e diagnóstico - Rede Genoma MS
Descrição: A anaplasmose bovina, causada pela riquétsia intra-eritrocítica Anaplasma marginale causa importantes perdas econômicas à bovinocultura, especialmente em áreas de clima tropical e subtropical. Estas perdas são medidas por diversos parâmetros, tais como perda de peso e redução na produção de leite, abortos, custos com tratamentos e mortalidade. Recentemente, os prejuízos foram estimadas em U$875 milhões/ano na América Latina e em 500 milhões de dólares/ano, no Brasil. Tais perdas justificam esforços na busca de programas de controle da anaplasmose mais eficazes. A vacinação tem sido uma forma econômica e eficiente de controlar a anaplasmose bovina. No entanto, os métodos de imunização tradicionais, que utilizam A. marginale ou A. centrale provenientes de eritrócitos infectados, apresentam limitações em seu uso, razão pela qual estudos para o descobrimento de novos imunógenos são necessários. O sequenciamento do genoma de A. marginale, o qual está estimado em 1,2 a 1,6 Mb possibilita a descoberta acelerada de um leque de proteínas chaves envolvidas em processos biológicos vitais para a riquétsia, as quais são potenciais alvos para a ação de drogas e para o desenvolvimento de vacinas e ensaios de imunodiagnóstico. Além disso, a análise genômica pode contribuir significativamente para o conhecimento do sistema biológico de A. marginale, incluindo suas relações com seus hospedeiros vertebrados e invertebrados. Um consórcio de pesquisadores de Instituições de Ensino e Pesquisa de Mato Grosso do Sul, o qual envolve a Embrapa Gado de Corte, a Universidade Federal de Mato Grosso do Sul, a Universidade Estadual de Mato Grosso do Sul, a Universidade para o Desenvolvimento do Estado e da Região do Pantanal, e a Universidade Católica Dom Bosco, juntamente com pesquisadores da Universidade de Brasília, Universidade Federal de Goiás e o Instituto de Biologia Molecular do Paraná, com apoio do CNPq e FUNDECT, está sequenciando, montando e realizando a categorização funcional do geno.
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
2004 - 2007
Fênix: Uma Ferramenta de Gerência de Projetos para e-Gov Baseada na Tecnologia de Componentes
Descrição: A presente pesquisa tem como objetivo especificar e implementar uma ferramenta de e-gov na Web denominada Fênix, que auxilia os cidadãos na submissão de propostas eletrônicas de projeto a serem avaliadas por agências governamentais, e no planejamento, na gerência e na administração dos projetos após sua avaliação. No desenvolvimento da arquitetura do Fênix será utilizada a tecnologia baseada em componentes e para facilitar a integração com outras ferramentas, tais como, Lattes CNpq, a Plataforma de Gestão de Talentos da Governo de Mato Grosso do Sul e o sistema Fundect online será necessário utilizar a tecnologia de banco de dados distribuídos..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (3) .
Integrantes: Nalvo Franco de Almeida Junior - Integrante / Marcelo Augusto Santos Turine - Integrante / Camilo Carromeu - Coordenador.Financiador(es): Fundação de Apoio Ao Desenvolvimento do Ensino Ciência e Tecnologia do Esta - Auxílio financeiro.
2004 - 2006
Bioinformática e computação de alto desempenho
Descrição: O projeto 'Bioinformática e Computação de Alto Desempenho' consiste no desenvolvimento e implementação de um ambiente computacional distribuído, capaz de prover serviços eficientes de comparação de seqüências e que ofereça ferramentas auxiliares de anotação, recursos que seriam inviáveis se oferecidos em máquinas isoladas..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) .
Integrantes: Nalvo Franco de Almeida Junior - Coordenador / Carlos Juliano Moura Viana - Integrante / Cintia Ferreira dos Passos - Integrante / Ivan Castro - Integrante.Financiador(es): Fundação de Apoio e Desenvolvimento do Ensino, Ciência e Tecnologia do MS - Auxílio financeiro.
Número de produções C, T & A: 1 / Número de orientações: 2
2004 - 2006
Análise antigênica e genética de proteínas potenciais para controle de Anaplasma marginale, selecionadas por genômica estrutural
Descrição: A anaplasmose bovina, causada pela riquétsia intra-eritrocítica Anaplasma marginale causa importantes perdas econômicas à bovinocultura, especialmente em áreas de clima tropical e subtropical. Estas perdas são medidas por diversos parâmetros, tais como perda de peso e redução na produção de leite, abortos, custos com tratamentos e mortalidade. Recentemente, os prejuízos foram estimadas em U$875 milhões/ano na América Latina e em 500 milhões de dólares/ano, no Brasil. Tais perdas justificam esforços na busca de programas de controle da anaplasmose mais eficazes. A vacinação tem sido uma forma econômica e eficiente de controlar a anaplasmose bovina. No entanto, os métodos de imunização tradicionais, que utilizam A. marginale ou A. centrale provenientes de eritrócitos infectados, apresentam limitações em seu uso, razão pela qual estudos para o descobrimento de novos imunógenos são necessários. O sequenciamento do genoma de A. marginale, o qual está estimado em 1,2 a 1,6 Mb possibilita a descoberta acelerada de um leque de proteínas chaves envolvidas em processos biológicos vitais para a riquétsia, as quais são potenciais alvos para a ação de drogas e para o desenvolvimento de vacinas e ensaios de imunodiagnóstico. Além disso, a análise genômica pode contribuir significativamente para o conhecimento do sistema biológico de A. marginale, incluindo suas relações com seus hospedeiros vertebrados e invertebrados. Um consórcio de pesquisadores de Instituições de Ensino e Pesquisa de Mato Grosso do Sul, o qual envolve a Embrapa Gado de Corte, a Universidade Federal de Mato Grosso do Sul, a Universidade Estadual de Mato Grosso do Sul, a Universidade para o Desenvolvimento do Estado e da Região do Pantanal, e a Universidade Católica Dom Bosco, juntamente com pesquisadores da Universidade de Brasília, Universidade Federal de Goiás e o Instituto de Biologia Molecular do Paraná, com apoio do CNPq e FUNDECT, está sequenciando, montando e realizando a categorização funcional do geno.
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
2004 - 2006
Projeto Genoma funcional e diferencial do Paracoccidioides brasilienses
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
2004 - 2006
Ensaio de fluorescência polarizada para o diagnóstico de infecções por Anaplasma marginale em bovinos
Descrição: A anaplasmose bovina é causada pela riquétsia intra-eritrocítica Anaplasma marginale.. Esta espécie ocorre em áreas tropicais e subtropicais do mundo, acarretando consideráveis prejuízos. No Brasil, as perdas econômicas com a Tristeza Parasitária Bovina são consideráveis, atingindo, 500 milhões de dólares, na qual A. marginale teria uma das principais participações nesse valor. Essas perdas são também elevadas em outros países, como os Estados Unidos, onde a anaplasmose é responsável pela morte de 50.000 a 100.000 bovinos por ano e por perdas em torno de 300 milhões de dólares. As perdas econômicas causadas por A. marginale justificam esforços na busca de programas de controle da anaplasmose. As técnicas mais freqüentemente empregadas para a detecção de anticorpos contra A. marginale são a imunofluorescência e a imunoadsorção enzimática (ELISA). Ambas as técnicas são sensíveis e com especificidade variando em função do tipo e antígeno empregado. No entanto, em ambas as provas, um dos limitantes a sua utilização em maior escala é a necessidade de treinamento por parte do técnico para execução das múltiplas etapas dos testes. Além disso, há necessidade de equipamentos específicos, os quais, em geral, só são manipulados em laboratório, restringindo a realização das provas em condições de campo. O ensaio de fluorescência polarizada detecta a interação antígeno-anticorpo mediante a análise do grau de polarização de fluorescência, sob estímulo de luz polarizada (laser). Assim, moléculas de antígeno marcadas com fluoróforo sofrem rotação rápida ao serem excitadas com luz polarizada, resultando em baixa taxa de polarização. Ao contrário, moléculas de antígeno ligadas a anticorpos específicos, sofrem rotação mais lenta, resultando em alta taxa de polarização. O ensaio de fluorescência polarizada é um teste rápido e de fácil execução, não requerendo habilidades específicas do técnico. Ademais, o leitor de fluorescência polarizada é um aparelho portátil, podendo ser utiliza.
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
2002 - 2005
Filogenia e Alinhamento Múltiplo de Genomas
Descrição: Desenvolver e implementar algoritmos para a construção de árvores filogenéticas de organismos, baseadas na distância entre organismos e características discretas destes. As distâncias são calculadas a partir de métricas também desenvolvidas no projeto, baseadas em dados resultantes da comparação pairwise de genomas, incluindo pares de genes ortólogos, BBHs, genes específicos, regiões ortólogas, etc..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (1) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) .
Integrantes: Nalvo Franco de Almeida Junior - Coordenador / Luciana Montera - Integrante / Graziela Santos de Araújo - Integrante.Financiador(es): Fundação de Apoio e Desenvolvimento do Ensino, Ciência e Tecnologia do MS - Auxílio financeiro.
Número de produções C, T & A: 4
2002 - 2004
Alinhamento múltiplo de genomas
Descrição: Desenvolvimento e implementação de algoritmos capazes de determinar regiões conservadas em múltiplos genomas, simultaneamente..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (3) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (1) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) .
Integrantes: Nalvo Franco de Almeida Junior - Coordenador / Luciana Montera - Integrante / Anderson Fraiha Machado - Integrante.Financiador(es): Fundação de Apoio e Desenvolvimento do Ensino, Ciência e Tecnologia do MS - Auxílio financeiro.
Número de produções C, T & A: 1 / Número de orientações: 1
2000 - 2007
Comparação e análise de genomas completos
Descrição: O projeto teve como objetivo inicial o desenvolvimento de ferramentas de software para comparação de genomas completos. Por genoma completo entende-se um genoma já seqüenciado e (pelo menos) parcialmente anotado. As ferramentas serviriam para se fazer a comparação de genomas em dois níveis diferentes. Num primeiro nível, compara-se as seqüências genômicas (DNA); no outro nível, as proteínas preditas (genes) dos dois genomas. 1 - Resumo e histórico O projeto teve como objetivo inicial o desenvolvimento de ferramentas de software para comparação de genomas completos. Por genoma completo entende-se um genoma já seqüenciado e (pelo menos) parcialmente anotado. As ferramentas serviriam para se fazer a comparação de genomas em dois níveis diferentes. Num primeiro nível, compara-se as seqüências genômicas (DNA); no outro nível, as proteínas preditas (genes) dos dois genomas. 2 - Situação atual do projeto Os objetivos descritos acima já foram parcialmente alcançados. Através do desenvolvimento de dois programas, chamados SBACON e BACON (BActerial COmparator), que usa as árvores de sufixos, é possível se conseguir tais repeats aproximados, assim como comparar os genomas. Além disso, os programas encontram os chamados tandem repeats, que são repeats cujas unidades de repetição são contíguas. O outro objetivo, que é o de comparar dois genomas através das proteínas codificadas por seus genes, também já se encontra parcialmente alcançado. Desta vez o programa se chama EGG (Extended Genome-Genome comparator). EGG compara cada gene de um genoma com todos os genes do outro e vice-e-versa. Para tanto, usou-se uma conhecida e eficiente ferramenta de comparação de proteínas: BLAST. A ferramenta ainda se encontra em fase de aperfeiçoamentos. Apesar da parcialidade dos resultados, as ferramentas puderam ser utilizadas em vários projetos genoma, e já nos proporcionaram, as seguintes publicações: - A. C. Rasera da Silva, J. C. Setubal, N. F. Almeida Jr. et al..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (3) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (3) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) .
Integrantes: Nalvo Franco de Almeida Junior - Coordenador / Graziela Santos Araújo - Integrante / Luciana Montera - Integrante / Carlos Juliano Moura Viana - Integrante.Financiador(es): Fundação de Apoio Ao Desenvolvimento do Ensino Ciência e Tecnologia do Esta - Auxílio financeiro.
Número de produções C, T & A: 9


Membro de corpo editorial


2013 - Atual
Periódico: ISRN Bioinformatics
2013 - Atual
Periódico: The Scientific World Journal
2008 - Atual
Periódico: Revista de Sistemas de Informação da FSMA


Membro de comitê de assessoramento


2018 - Atual
Agência de fomento: Conselho Municipal de Ciência, Tecnologia e Inovação de Campo Grande, MS
2011 - 2011
Agência de fomento: (INEP) INSTITUTO NACIONAL DE ESTUDOS E PESQUISAS EDUCACIONAIS ANÍSIO TEIXEI


Revisor de periódico


2012 - Atual
Periódico: Plos One
2013 - Atual
Periódico: The Scientific World Journal


Revisor de projeto de fomento


2008 - 2008
Agência de fomento: Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado da Bahia
2005 - Atual
Agência de fomento: Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo
2003 - Atual
Agência de fomento: Fundação de Apoio ao Desenvolvimento do Ensino, Ciência e Tecnologia de MS


Áreas de atuação


1.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Teoria da Computação/Especialidade: Biologia Computacional.
2.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Teoria da Computação/Especialidade: Bioinformática.
3.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Teoria da Computação/Especialidade: Análise de Algoritmos e Complexidade de Computação.


Idiomas


Inglês
Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.


Prêmios e títulos


2016
Prêmio Fundect de Pesquisador Destaque na Categoria Ciências Exatas, da Terra e Engenharias, Fundação de Apoio ao Desenvolvimento do Ensino, Ciência e Tecnologia do Estado de Mato Grosso do Sul.
2003
Concurso de teses e dissertações, Sociedade Brasileira da Computação.
2000
Mérito Científico e Tecnológico, Governo do Estado de São Paulo.


Produções



Produção bibliográfica
Citações

Web of Science
Total de trabalhos:28
Total de citações:2357
Fator H:17
Almeida, Nalvo F  Data: 17/05/2017

SCOPUS
Total de trabalhos:33
Total de citações:1354
Almeida, Nalvo F.  Data: 28/05/2013

Outras
Total de trabalhos:44
Total de citações:2309
Nalvo F. Almeida  Data: 28/05/2013

Artigos completos publicados em periódicos

1.
LICCIARDELLO, GRAZIA2018LICCIARDELLO, GRAZIA ; CARUSO, ANDREA ; BELLA, PATRIZIA ; GHELERI, RODOLPHO ; STRANO, CINZIA P. ; ANZALONE, ALICE ; TRANTAS, EMMANOUIL A. ; SARRIS, PANAGIOTIS F. ; Almeida, Nalvo F. ; CATARA, VITTORIA . The LuxR Regulators PcoR and RfiA Co-regulate Antimicrobial Peptide and Alginate Production in Pseudomonas corrugata. Frontiers in Microbiology, v. 9, p. 10.3389/fmicb.2, 2018.

2.
TELLES, GUILHERME P.2018TELLES, GUILHERME P. ; ARAÚJO, GRAZIELA S. ; WALTER, MARIA E. M. T. ; BRIGIDO, MARCELO M. ; Almeida, Nalvo F. . Live neighbor-joining. BMC BIOINFORMATICS, v. 19, p. 172, 2018.

3.
PATANÉ, JOSÉ S. L.2017PATANÉ, JOSÉ S. L. ; MARTINS, JOAQUIM ; BEATRIZ CASTELÃO, ANA ; NISHIBE, CHRISTIANE ; MONTERA, LUCIANA ; BIGI, FABIANA ; ZUMÁRRAGA, MARTIN J. ; CATALDI, ANGEL A. ; FONSECA JUNIOR, ANTÔNIO ; ROXO, ELIANA ; LUIZA, ANA ; OSÓRIO, A. R. ; JORGE (UFMS), KLÁUDIA S. ; THACKER, TYLER C. ; Almeida, Nalvo F. ; ARAÚJO, FLABIO R. ; Setubal, João C. . Patterns and processes of Mycobacterium bovis evolution revealed by phylogenomic analyses. Genome Biology and Evolution, v. evx022, p. evx022, 2017.

4.
SIQUEIRA, ISAQUE MEDEIROS2017SIQUEIRA, ISAQUE MEDEIROS ; DE CASTRO, RAFFAEL JÚNIO ARAÚJO ; LEONHARDT, LUIZA CHAVES DE MIRANDA ; JERÔNIMO, MÁRCIO SOUSA ; SOARES, ALUÍZIO CARLOS ; RAIOL, TAINÁ ; NISHIBE, CHRISTIANE ; Almeida, Nalvo ; TAVARES, ALDO HENRIQUE ; HOFFMANN, CHRISTIAN ; BOCCA, ANAMELIA LORENZETTI . Modulation of the immune response by Fonsecaea pedrosoi morphotypes in the course of experimental chromoblastomycosis and their role on inflammatory response chronicity. PLoS Neglected Tropical Diseases (Online), v. 11, p. e0005461, 2017.

5.
SALGADO, LEONARDO RIPPEL2017SALGADO, LEONARDO RIPPEL ; LIMA, RODOLPHO ; SANTOS, BRUNO FERREIRA DOS ; SHIRAKAWA, KARINA TAMIE ; VILELA, MARIANE DE ALMEIDA ; Almeida, Nalvo Franco ; PEREIRA, RODRIGO MATHEUS ; NEPOMUCENO, ALEXANDRE LIMA ; CHIARI, LUCIMARA . De novo RNA sequencing and analysis of the transcriptome of signalgrass (Urochloa decumbens) roots exposed to aluminum. PLANT GROWTH REGULATION, v. 82, p. s10725-017-029, 2017.

6.
SANABRIA, LIDIA2017SANABRIA, LIDIA ; LAGRAVE, LORENA ; NISHIBE, CHRISTIANE ; RIBAS, AUGUSTO C. A. ; ZUMÁRRAGA, MARTÍN J. ; Almeida, Nalvo F. ; ARAÚJO, Flábio R. . Draft Genome Sequences of Two Mycobacterium bovis Strains Isolated from Beef Cattle in Paraguay. GENOME ANNOUNCEMENTS, v. 5, p. e00616-17, 2017.

7.
MORAES, LAURO ÂNGELO GONÇALVES DE2017MORAES, LAURO ÂNGELO GONÇALVES DE ; FELESTRINO, ÉRICA BARBOSA ; ASSIS, RENATA DE ALMEIDA BARBOSA ; MATOS, DIOGO ; LIMA, JOUBERT DE CASTRO ; LIMA, LEANDRO DE ARAÚJO ; Almeida, Nalvo Franco ; SETUBAL, JOÃO CARLOS ; GARCIA, CAMILA CARRIÃO MACHADO ; MOREIRA, LEANDRO MARCIO . TabPath: interactive Tables for Metabolic Pathway analysis. Bioinformatics, v. btx714, p. btx714, 2017.

8.
ASSIS, RENATA DE A. B.2017ASSIS, RENATA DE A. B. ; POLLONI, LORRAINE CRISTINA ; PATANÉ, JOSÉ S. L. ; THAKUR, SHALABH ; FELESTRINO, ÉRICA B. ; DIAZ-CABALLERO, JULIO ; DIGIAMPIETRI, LUCIANO ANTONIO ; GOULART, LUIZ RICARDO ; Almeida, Nalvo F. ; NASCIMENTO, RAFAEL ; DANDEKAR, ABHAYA M. ; ZAINI, PAULO A. ; Setubal, João C. ; Guttman, David S. ; MOREIRA, LEANDRO MARCIO . Identification and analysis of seven effector protein families with different adaptive and evolutionary histories in plant-associated members of the Xanthomonadaceae. Scientific Reports, v. 7, p. 16133, 2017.

9.
SCHWARTZ, ALLISON R.2015SCHWARTZ, ALLISON R. ; Potnis, Neha ; TIMILSINA, SUJAN ; WILSON, MARK ; PATANÉ, JOSÉ ; MARTINS, JOAQUIM ; MINSAVAGE, GERALD V. ; DAHLBECK, DOUGLAS ; AKHUNOVA, ALINA ; Almeida, Nalvo ; VALLAD, GARY E. ; BARAK, JERI D. ; WHITE, FRANK F. ; MILLER, SALLY A. ; RITCHIE, DAVID ; GOSS, ERICA ; BART, REBECCA S. ; Setubal, João C. ; Jones, Jeffrey B. ; STASKAWICZ, BRIAN J. . Phylogenomics of Xanthomonas field strains infecting pepper and tomato reveals diversity in effector repertoires and identifies determinants of host specificity. Frontiers in Microbiology (Online), v. 6, p. 535, 2015.

10.
Setubal, Joao C.2015Setubal, Joao C. ; Almeida, Nalvo . TCBB Special Section on the Brazilian Symposium on Bioinformatics 2013. IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics (Print), v. 12, p. 499-499, 2015.

11.
TRANTAS, EMMANOUIL A.2015TRANTAS, EMMANOUIL A. ; LICCIARDELLO, GRAZIA ; Almeida, Nalvo F. ; WITEK, KAMIL ; STRANO, CINZIA P. ; DUXBURY, ZANE ; VERVERIDIS, FILIPPOS ; GOUMAS, DIMITRIOS E. ; JONES, JONATHAN D. G. ; Guttman, David S. ; CATARA, VITTORIA ; SARRIS, PANAGIOTIS F. . Comparative genomic analysis of multiple strains of two unusual plant pathogens: Pseudomonas corrugata and Pseudomonas mediterranea. Frontiers in Microbiology (Online), v. 6, p. 811, 2015.

12.
ARAÚJO, CRISTINA P.2014ARAÚJO, CRISTINA P. ; OSÓRIO, ANA LUIZA A. R. ; JORGE, KLÁUDIA S. G. ; RAMOS, CARLOS ALBERTO N. ; FILHO, ANTONIO FRANCISCO S. ; VIDAL, CARLOS EUGÊNIO S. ; ROXO, ELIANA ; NISHIBE, CHRISTIANE ; Almeida, Nalvo F. ; JÚNIOR, ANTÔNIO A. F. ; SILVA, MARCIO R. ; NETO, JOSÉ DIOMEDES B. ; CERQUEIRA, VALÍRIA D. ; ZUMÁRRAGA, MARTÍN J. ; ARAÚJO, Flábio R. . Detection of Mycobacterium bovis in Bovine and Bubaline Tissues Using Nested-PCR for TbD1. Plos One, v. 9, p. e91023, 2014.

13.
RAIOL, T.2014RAIOL, T. ; DE-SOUZA, M. T. ; OLIVEIRA, J. V. A. ; SILVA, H. S. D. I. L. ; OREM, J. C. ; CAVALCANTE, D. A. ; Almeida, N. F. ; TELLES, G. P. ; SETUBAL, J. C. ; BRIGIDO, M. M. ; TORRES, F. A. G. ; STADLER, P. S. ; WALTER, M. E. M. T. ; MORAES, L. M. P. . Draft Genome Sequence of FT9, a Novel Bacillus cereus Strain Isolated from a Brazilian Thermal Spring. Genome Announcements, v. 2, p. e01027-14-e01027-14, 2014.

14.
CANEVARI CASTELAO, A. B.2014CANEVARI CASTELAO, A. B. ; NISHIBE, C. ; MOURA, A. ; DE ALENCAR, A. P. ; DE AZEVEDO ISSA, M. ; HODON, M. A. ; MOTA, P. M. P. C. ; SALES, E. B. ; FONSECA JUNIOR, A. A. ; Almeida, N. F. ; ARAUJO, F. R. . Draft Genome Sequence of Mycobacterium bovis Strain AN5, Used for Production of Purified Protein Derivative. Genome Announcements, v. 2, p. e00277-14-e00277-14, 2014.

15.
TELLES, GUILHERME P.2013 TELLES, GUILHERME P. ; Almeida, Nalvo F. ; MINGHIM, ROSANE ; WALTER, MARIA EMILIA M.T. . Live Phylogeny. Journal of Computational Biology, v. 20, p. 30-37, 2013.

16.
SARRIS, PANAGIOTIS F.2013SARRIS, PANAGIOTIS F. ; TRANTAS, EMMANOUIL A. ; BALTRUS, DAVID A. ; Bull, Carolee T. ; WECHTER, WILLIAM PATRICK ; Yan, Shuangchun ; VERVERIDIS, FILIPPOS ; Almeida, Nalvo F. ; JONES, CORBIN D. ; DANGL, JEFFERY L. ; PANOPOULOS, NICKOLAS J. ; Vinatzer, Boris A. ; GOUMAS, DIMITRIOS E. . Comparative Genomics of Multiple Strains of Pseudomonas cannabina pv. alisalensis, a Potential Model Pathogen of Both Monocots and Dicots. Plos One, v. 8, p. e59366, 2013.

17.
WULFF, NELSON ARNO2013WULFF, NELSON ARNO ; ZHANG, SHUJIAN ; SETUBAL, JOÃO C ; Almeida, Nalvo F ; MARTINS, ELAINE C ; Harakava, Ricardo ; KUMAR, DIBYENDU ; RANGEL, LUIZ T ; FOISSAC, XAVIER ; BOVE, JOSEPH ; GABRIEL, DEAN W . The complete genome sequence of Candidatus Liberibacter americanus, associated with citrus Huanglongbing.. Molecular Plant-Microbe Interactions, v. 7, p. 163-176, 2013.

18.
TELLES, GUILHERME P.2013TELLES, GUILHERME P. ; Almeida, N.F. ; Alvarez, Paulo Antonio ; BRIGIDO, M. M. ; WALTER, MARIA EMILIA M.T. . A method to find groups of orthologous genes across multiple genomes. SISTEMAS DE INFORMAÇÃO (MACAÉ), v. 12, p. 2-7, 2013.

19.
NISHIBE, C.2013NISHIBE, C. ; CANEVARI CASTELAO, A. B. ; DALLA COSTA, R. ; PINTO, B. J. ; VARUZZA, L. ; CATALDI, A. A. ; BERNARDELLI, A. ; BIGI, F. ; BLANCO, F. C. ; ZUMARRAGA, M. J. ; ALMEIDA, N. F. ; ARAÚJO, F. R. . Draft Genome Sequence of Mycobacterium bovis 04-303, a Highly Virulent Strain from Argentina. Genome Announcements, v. 1, p. e00931-13-e00931-13, 2013.

20.
Mazzaglia, Angelo2012Mazzaglia, Angelo ; Studholme, David J. ; Taratufolo, Maria C. ; Cai, Rongman ; Almeida, Nalvo F. ; Goodman, Tokia ; Guttman, David S. ; Vinatzer, Boris A. ; Balestra, Giorgio M. . Pseudomonas syringae pv. actinidiae (PSA) Isolates from Recent Bacterial Canker of Kiwifruit Outbreaks Belong to the Same Genetic Lineage. Plos One, v. 7, p. e36518, 2012.

21.
Slater, S.2012Slater, S. ; SETUBAL, J. C. ; Goodner, B. ; Houmiel, K. ; Sun, J. ; KAUL, R. ; Goldman, B. S. ; Farrand, S. K. ; Almeida, N. ; BURR, T. ; NESTER, E. ; RHOADS, D. M. ; KADOI, R. ; OSTHEIMER, T. ; Pride, N. ; SABO, A. ; HENRY, E. ; TELEPAK, E. ; Cromes, L. ; HARKLEROAD, A. ; OLIPHANT, L. ; PRATT-SZEGILA, P. ; Welch, R. ; WOOD, D. . The Genome of Agrobacterium tumefaciens C58: Reconciliation of sequence data, updated annotation, and distribution of linear chromosome in genus Agrobacterium.. Applied and Environmental Microbiology (Print), v. 79, p. 1414-1417, 2012.

22.
Wattam, A. R.2012Wattam, A. R. ; INZANA, T. J. ; Williams, K. P. ; Mane, S. P. ; Shukla, M. ; ALMEIDA, N. F. ; Dickerman, A. W. ; MASON, S. ; MORIYON, I. ; O'CALLAGHAN, D. ; WHATMORE, A. M. ; Sobral, B. W. ; Tiller, R. V. ; Hoffmaster, A. R. ; Frace, M. A. ; DE CASTRO, C. ; MOLINARO, A. ; Boyle, S. M. ; De, B. K. ; SETUBAL, J. C. . Comparative Genomics of Early-Diverging Brucella Strains Reveals a Novel Lipopolysaccharide Biosynthesis Pathway. MBIO, v. 3, p. e00246-12-e00246-12, 2012.

23.
Potnis, Neha2011Potnis, Neha ; Krasileva, Ksenia ; Chow, Virginia ; Almeida, Nalvo F ; Patil, Prabhu B ; Ryan, Robert P ; Sharlach, Molly ; Behlau, Franklin ; Dow, J MAX ; Momol, M T ; White, Frank F ; Preston, James F ; Vinatzer, Boris A ; Koebnik, Ralf ; Setubal, Joao C ; Norman, David J ; Staskawicz, Brian J ; Jones, Jeffrey B . Comparative genomics reveals diversity among xanthomonads infecting tomato and pepper. BMC Genomics, v. 12, p. 146, 2011.

24.
Cai, Rongman2011Cai, Rongman ; Lewis, James ; Yan, Shuangchun ; Liu, Haijie ; Clarke, Christopher R. ; Campanile, Francesco ; Almeida, Nalvo F. ; Studholme, David J. ; Lindeberg, Magdalen ; Schneider, David ; Zaccardelli, Massimo ; Setubal, Joao C. ; Morales-Lizcano, Nadia P. ; Bernal, Adriana ; Coaker, Gitta ; Baker, Christy ; Bender, Carol L. ; Leman, Scotland ; Vinatzer, Boris A. . The Plant Pathogen Pseudomonas syringae pv. tomato Is Genetically Monomorphic and under Strong Selection to Evade Tomato Immunity. PLoS Pathogens (Online), v. 7, p. e1002130, 2011.

25.
Staquicini, F. I.2011Staquicini, F. I. Cardo-Vila, M. Kolonin, M. G. Trepel, M. Edwards, J. K. Nunes, D. N. Sergeeva, A. Efstathiou, E. Sun, J. ALMEIDA, N. F. Tu, S.-M. Botz, G. H. Wallace, M. J. O'Connell, D. J. Krajewski, S. Gershenwald, J. E. Molldrem, J. J. Flamm, A. L. Koivunen, E. Pentz, R. D. Dias-Neto, E. SETUBAL, J. C. Cahill, D. J. Troncoso, P. Do, K.-A. , et al.Logothetis, C. J. Sidman, R. L. Pasqualini, R. Arap, W. ; Vascular ligand-receptor mapping by direct combinatorial selection in cancer patients. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, v. 108, p. 1-6, 2011.

26.
Almeida, Nalvo F.2010 Almeida, Nalvo F.; Yan, Shuangchun ; Cai, Rongman ; Clarke, Christopher R. ; Morris, Cindy E. ; Schaad, Norman W. ; Schuenzel, Erin L. ; Lacy, George H. ; Sun, Xiaoan ; Jones, Jeffrey B. ; Castillo, Jose A. ; Bull, Carolee T. ; Leman, Scotland ; Guttman, David S. ; Setubal, João C. ; Vinatzer, Boris A. . PAMDB, A Multilocus Sequence Typing and Analysis Database and Website for Plant-Associated Microbes. Phytopathology, v. 100, p. 208-215, 2010.

27.
Moreira, Leandro M2010Moreira, Leandro M Almeida, Nalvo F Potnis, Neha Digiampietri, Luciano A Adi, Said S Bortolossi, Julio C da Silva, Ana C da Silva, Aline M de Moraes, Fabricio E de Oliveira, Julio C de Souza, Robson F Fancincani, Agda P Ferraz, Andre L Ferro, Maria I Furlan, Luiz R Gimenez, Daniele F Jones, Jeffrey B Kitajima, Elliot W Laia, Marcelo L Leite, Rui P Nishiyama, Milton Y Rodrigues Neto, Julio Nociti, Leticia A Norman, David J Ostroski, Eric H , et al.Pereira, Haroldo A Staskawicz, Brian J Tezza, Renata I Ferro, Jesus A Vinatzer, Boris A Setubal, Joao C ; Novel insights into the genomic basis of citrus canker based on the genome sequences of two strains of Xanthomonas fuscans subsp. aurantifolii. BMC Genomics, v. 11, p. 238, 2010.

28.
SG Junior, Daniel2010SG Junior, Daniel ; Araújo, Flábio R ; Almeida Junior, Nalvo F ; Adi, Said S ; Cheung, Luciana M ; FRAGOSO, Stenio P ; Ramos, Carlos AN ; Oliveira, Renato Henrique M de ; Santos, Caroline S ; Bacanelli, Gisele ; Soares, Cleber O ; Rosinha, Grácia MS ; Fonseca, Adivaldo H . Analysis of membrane protein genes in a Brazilian isolate of Anaplasma marginale. Memórias do Instituto Oswaldo Cruz (Impresso), v. 105, p. 843-849, 2010.

29.
Almeida, Nalvo F.2009 Almeida, Nalvo F.; Yan, Shuangchun ; Lindeberg, Magdalen ; Studholme, David J. ; Schneider, David J. ; Condon, Bradford ; Liu, Haijie ; Viana, Carlos J. ; Warren, Andrew ; Evans, Clive ; Kemen, Eric ; MacLean, Dan ; Angot, Aurelie ; Martin, Gregory B. ; Jones, Jonathan D. ; Collmer, Alan ; Setubal, Joao C. ; Vinatzer, Boris A. . A Draft Genome Sequence of Pseudomonas syringae pv. tomato T1 Reveals a Type III Effector Repertoire Significantly Divergent from That of Pseudomonas syringae pv. tomato DC3000. Molecular Plant-Microbe Interactions, v. 22, p. 52-62, 2009.

30.
Slater, S. C.2009Slater, S. C. Goldman, B. S. Goodner, B. SETUBAL, J. C. Farrand, S. K. NESTER, E. W. Burr, T. J. Banta, L. Dickerman, A. W. Paulsen, I. Otten, L. Suen, G. Welch, R. ALMEIDA, N. F. Arnold, F. Burton, O. T. Du, Z. Ewing, A. Godsy, E. Heisel, S. Houmiel, K. L. Jhaveri, J. Lu, J. Miller, N. M. Norton, S. , et al.Chen, Q. Phoolcharoen, W. Ohlin, V. Ondrusek, D. Pride, N. Stricklin, S. L. Sun, J. Wheeler, C. Wilson, L. Zhu, H. WOOD, D. W. ; Genome Sequences of Three Agrobacterium Biovars Help Elucidate the Evolution of Multi-Chromosome Genomes in Bacteria. Journal of Bacteriology, v. 191, p. 2501-2511, 2009.

31.
Wattam, A. R.2009Wattam, A. R. ; Williams, K. P. ; Snyder, E. E. ; ALMEIDA, N. F. ; Shukla, M. ; Dickerman, A. W. ; Crasta, O. R. ; Kenyon, R. ; Lu, J. ; Shallom, J. M. ; Yoo, H. ; Ficht, T. A. ; Tsolis, R. M. ; Munk, C. ; Tapia, R. ; Han, C. S. ; Detter, J. C. ; Bruce, D. ; Brettin, T. S. ; Sobral, B. W. ; Boyle, S. M. ; SETUBAL, J. C. . Analysis of ten Brucella genomes reveals evidence for horizontal gene transfer despite a preferred intracellular lifestyle. Journal of Bacteriology, v. 191, p. 3569-3579, 2009.

32.
SETUBAL, J. C.2009SETUBAL, J. C. dos Santos, P. Goldman, B. S. Ertesvag, H. Espin, G. Rubio, L. M. Valla, S. ALMEIDA, N. F. Balasubramanian, D. Cromes, L. Curatti, L. Du, Z. Godsy, E. Goodner, B. Hellner-Burris, K. Hernandez, J. A. Houmiel, K. Imperial, J. Kennedy, C. Larson, T. J. Latreille, P. Ligon, L. S. Lu, J. Mark, M. Miller, N. M. , et al.Norton, S. O'Carroll, I. P. Paulsen, I. Raulfs, E. C. Roemer, R. Rosser, J. Segura, D. Slater, S. Stricklin, S. L. STUDHOLME, D. J. Sun, J. VIANA, C. J. Wallin, E. Wang, B. Wheeler, C. ; The genome sequence of Azotobacter vinelandii, an obligate aerobe specialized to support diverse anaerobic metabolic processes. Journal of Bacteriology, v. 191, p. 4534-4545, 2009.

33.
Xavier, Paula Cristhina Niz2008Xavier, Paula Cristhina Niz ; Chang, Marilene Rodrigues ; Nunes, Maína O. ; Palhares, Durval B. ; Silva, Renato Andreotti e ; Bonfim, Gisele Facholi ; Almeida Júnior, Nalvo F. ; Almeida, Nalvo F. . Candidemia neonatal, em hospital público do Mato Grosso do Sul. Revista da Sociedade Brasileira de Medicina Tropical (Impresso), v. 41, p. 459-463, 2008.

34.
BRÍGIDO, Marcelo2005BRÍGIDO, Marcelo ; WALTER, Maria Emilia M T ; OLIVEIRA, A. G. ; INOUE, M. K. ; ANJOS, Daniel A S dos ; SANDES, E. F. ; GONDIM, J. J. ; CARVALHO, Maria José A ; ALMEIDA, N. F. ; FELIPE, Maria Sueli S. . Bioinformatics of the Paracoccidioides brasiliensis EST Project. GENETICS AND MOLECULAR RESEARCH, Ribeirão Preto, v. 4, n.2, p. 203-215, 2005.

35.
FELIPE, Maria Sueli S.2005FELIPE, Maria Sueli S. ; ANDRADE, Rosangela Vieira ; 18 other authors ; OLIVEIRA, G. S. ; M.S.BARBOSA, ; MARTINS, N. F. ; FACHIN, A. L. ; CARDOSO, R. F. ; PASSOS, G. A. ; ALMEIDA, N. F. ; WALTER, Maria Emilia M T ; SOARES, C. M. A. ; CARVALHO, Maria José A ; BRÍGIDO, Marcelo . Transcriptional profiles of the human pathogenic fungus Paracoccidioides brasiliensis in mycelium and yeast cells. Journal of Biological Chemistry (Online), v. 280, n.1074, p. 24706-24714, 2005.

36.
ANDRADE, Rosangela Vieira2005ANDRADE, Rosangela Vieira ; SILVA, S. P. ; TORRES, F. A. ; POCAS-FONSECA, M. J. ; PEREIRA, I. S. ; MARANHAO, A. Q. ; Campos, E.G., Moraes, L.P., JESUINO, E. L. R. ; PEREIRA, M. ; SOARES, C. M. A. ; WALTER, Maria Emilia M T ; CARVALHO, Maria José A ; ALMEIDA, N. F. ; BRÍGIDO, Marcelo ; FELIPE, Maria Sueli S. . Overview and perspectives on the transcriptome of Paracoccidioides brasiliensis. Revista Iberoamericana de Micología, Espanha, v. 22, p. 203-212, 2005.

37.
Araújo, Flábio R2005Araújo, Flábio R ; Melo, Valeska SP ; Ramos, Carlos AN ; Madruga, Claudio R ; Soares, Cleber O ; Kessler, Raul H ; Almeida, Nalvo F ; Araújo, Graziela S ; Alves, Leucio C ; Torres Júnior, Roberto AA ; Fragoso, Stênio P ; Arauco, Paulo RC ; Bacanelli, Gisele ; Oliveira, Maristeli B ; Santos, Lenita R . Development of enzyme-linked immunosorbent assays based on recombinant MSP1a and MSP2 of Anaplasma marginale. Memórias do Instituto Oswaldo Cruz (Impresso), Rio de Janeiro, v. 100, n.7, p. 765-769, 2005.

38.
MOREIRA, L. M.2004MOREIRA, L. M. ; SOUZA, R. F. ; ALMEIDA, N. F. ; SETUBAL, J. C. ; OLIVEIRA, J. C. F. ; FURLAN, L. R. ; FERRO, J. A. ; da SILVA, A. C. Rasera . Comparative genomics analyses of citrus-associated bacteria. Annual Review of Phytopathology (Print), USA, v. 42, p. 163-184, 2004.

39.
Monteiro-Vitorello, Claudia B.2004Monteiro-Vitorello, Claudia B. Camargo, Luis E. A. Van Sluys, Marie A. Kitajima, João P. Truffi, Daniela do Amaral, Alexandre M. Harakava, Ricardo de Oliveira, Julio C. F. Wood, Derek de Oliveira, Mariana C. Miyaki, Cristina Takita, Marco A. da Silva, Ana C. R. Furlan, Luis R. Carraro, Dirce M. Camarotte, Giovana ALMEIDA, N. F. Carrer, Helaine Coutinho, Luiz L. El-Dorry, Hamza A. Ferro, Maria I. T. Gagliardi, Paulo R. Giglioti, Eder Goldman, Maria H. S. Goldman, Gustavo H. , et al.Kimura, Edna T. Ferro, Emer S. Kuramae, Eiko E. Lemos, Eliana G. M. Lemos, Manoel V. F. Mauro, Sonia M. Z. Machado, Marcos A. Marino, Celso L. Menck, Carlos F. Nunes, Luiz R. Oliveira, Regina C. Pereira, Gonçalo G. Siqueira, Walter de Souza, Alessandra A. Tsai, Siu M. ; The Genome Sequence of the Gram-Positive Sugarcane Pathogen Leifsonia xyli subsp. xyli. Molecular Plant-Microbe Interactions, USA, v. 17, n.8, p. 827-836, 2004.

40.
SLUYS, M. A. V.2003SLUYS, M. A. V. ; OLIVEIRA, M. C. ; MONTEIRO-VITORELLO, C. B. ; MIYAKI, C. Y. ; FURLAN, L. R. ; CAMARGO, L. E. A. ; da SILVA, A. C. Rasera ; MOON, D. H. ; TAKITA, M. A. ; 45 other authors ; SIMPSON, A. J. G. ; ALMEIDA, N. F. ; SETUBAL, J. C. ; KITAJIMA, J. P. . Comparative analyses of the complete genome sequences of Pierce's Disease and Citrus Variegated Chlorosis strains of Xylella fastidiosa. Journal of Bacteriology, Washington-DC USA, v. 185, n.3, p. 1018-1026, 2003.

41.
FELIPE, Maria Sueli S.2003FELIPE, Maria Sueli S. ; ANDRADE, Rosangela Vieira ; PETROFEZA, S. S. ; MARANHAO, A. Q. ; TORRES, F. A. ; ALBUQUERQUE, P. ; Arraes, F. B. M. ; ARRUDA, M. ; AZEVEDO, M. O. ; 38 other authors ; ALMEIDA, N. F. ; WALTER, Maria Emilia M T ; SOARES, C. M. A. ; BRÍGIDO, Marcelo . Transcriptome characterization of the dimorphic and pathogenic fungus Paracoccidioides brasiliensis by EST analysis. Yeast (Chichester), Hoboken, NJ USA, v. 20, n.3, p. 263-271, 2003.

42.
da SILVA, A. C. Rasera2002 da SILVA, A. C. Rasera ; FERRO, J. A. ; REINACH, F. C. ; FARAH, C. S. ; FURLAN, L. R. ; QUAGGIO, R. B. ; MONTEIRO-VITORELLO, C. B. ; SLUYS, M. A. V. ; ALMEIDA, N. F. ; 54 other authors ; SETUBAL, J. C. ; KITAJIMA, J. P. . Comparison of the genomes of two Xanthomonas pathogens with differing host specifities. Nature (London), UK, v. 417, n.6887, p. 459-463, 2002.

43.
WOOD, D. W.2001 WOOD, D. W. ; SETUBAL, J. C. ; KAUL, R. ; MONKS, D. E. ; KITAJIMA, J. P. ; K.OKURA, V. ; ZHOU, Y. ; CHEN, L. ; WOOD, G. E. ; ALMEIDA, N. F. ; 38 other authors ; NESTER, E. W. ; OLSON, M. V. ; WOO, L. . The Genome of the Natural Genetic Engineer Agrobacterium tumefaciens C58. Science, USA, v. 294, n.5550, p. 2317-2323, 2001.

44.
ALMEIDA, N. F.;Almeida, Nalvo F.;Almeida, Nalvo F;Almeida Junior, Nalvo F;Almeida, N.;Almeida, N.F.;Almeida Jr, Nalvo;Nalvo F Almeida;Nalvo Almeida;Almeida, Nalvo;Almeida, N. F.;Almeida, N F;Nalvo F. Almeida;Almeida, Nalvo Franco1993ALMEIDA, N. F.; BARBOSA, Valmir Carneiro . A String-matching Algorithm for the CREW-PRAM. Information Processing Letters, North-Holland, v. 47, n.5, p. 257-259, 1993.

Livros publicados/organizados ou edições
1.
Setubal, Joao C (Org.) ; Almeida, Nalvo F (Org.) . Advances in Bioinformatics and Computational Biology. 1. ed. Heidelberg: Springer, 2013. v. 01. 216p .

2.
ALMEIDA, N. F.; LIFSCHITZ, S. (Org.) ; LINDEN, R. (Org.) ; PAPPAS, Georgios (Org.) . Annals of Second Brazilian Workshop on Bioinformatics. 1. ed. Porto Alegre, RS: Sociedade Brasileira de Computação, 2003. v. 1. 176p .

Capítulos de livros publicados
1.
Setubal, João C. ; Almeida, Nalvo F. ; Wattam, Alice R. . Comparative Genomics for Prokaryotes. In: J.C. Setubal; J. Stoye; P. Stadler. (Org.). Methods in Molecular Biology. 1ed.: Springer New York, 2018, v. , p. 55-78.

2.
ARAÚJO, Flábio R. ; Almeida, Nalvo F . Mycobacterium. In: Dongyou Liu. (Org.). Laboratory Models for Foodborne Infections. 1ed.Boca Raton, Florida: CRC Press, 2016, v. 1, p. 110-125.

3.
SETUBAL, J. C. ; Almeida, N.F. . The Azotobacter vinelandii Genome: An Update. In: Frans J. de Brujin. (Org.). Biological Nitrogen Fixation. 1ed.Hoboken NJ, USA: Wiley-Blackwell, 2015, v. 1, p. 225-235.

4.
ALMEIDA, N. F.; TELLES, Guilherme Pimentel ; MARTINEZ, Fábio Henrique Viduani . Algoritmos e heurísticas para comparações exata e aproximada de seqüências. In: Antonio A.F. Loureiro; Marinho P. Barcellos. (Org.). XXIV Jornadas de Atualização em Informática. São Leopoldo, RS: Sociedade Brasileira de Computação, 2005, v. 1, p. 1545-1587.

Textos em jornais de notícias/revistas
1.
ALMEIDA, N. F.. Bioinformática e Ciência da Computação. Folha do Povo, Campo Grande - MS, p. 10 - 10, 16 abr. 2000.

Trabalhos completos publicados em anais de congressos
1.
GÜTHS, ROGÉRIO ; TELLES, GUILHERME P. ; WALTER, MARIA EMILIA M. T. ; Almeida, Nalvo . A Branch and Bound for the Large Live Parsimony Problem. In: 8th International Conference on Bioinformatics Models, Methods and Algorithms, 2017, Porto. Proceedings of the 10th International Joint Conference on Biomedical Engineering Systems and Technologies. p. 184.

2.
ARAÚJO, GRAZIELA S. ; TELLES, GUILHERME P. ; M. T. WALTER, MARIA EMÍLIA ; Almeida, Nalvo F. . Distance-based Live Phylogeny. In: 8th International Conference on Bioinformatics Models, Methods and Algorithms, 2017, Porto. Proceedings of the 10th International Joint Conference on Biomedical Engineering Systems and Technologies, 2017. p. 196.

3.
VASCONCELLOS, J. F. A. ; NISHIBE, C. ; Almeida, N.F. ; CACERES, E. N. . Efficient Parallel Implementations of Multiple Sequence Alignment using BSP/CGM Model. In: 19th ACM SIGPLAN Symposium on Principles and Practice of Parallel Programming, 2014, Orlando, USA. Proceedings of the 2014 International Workshop on Programming Models and Applications for Multicores and Manycores. Danvers, MA, USA: The Association for Computing Machinery, 2014. v. 1. p. 103-110.

4.
TELLES, Guilherme Pimentel ; ALMEIDA, N. F. ; BRÍGIDO, Marcelo ; Alvarez, Paulo Antonio ; WALTER, Maria Emilia M T . kGC: Finding Groups of Homologous Genes across Multiple Genomes. In: 6th Brazilian Symposium on Bioinformatics, BSB 2011, 2011, Brasília. Advances in Bioinformatics and Computational Biology. Berlin: Springer, 2011. v. 6832. p. 79-82.

5.
POLASTRO, MATEUS ; Almeida Jr, Nalvo . OCR errors and their effects on computer forensics. In: The Sixth International Conference on Forensic Computer Science, 2011. Proceedings of The Sixth International Conference on Forensic Computer Science. p. 115-121.

6.
ANJOS, Daniel A S dos ; Zerlotini, Gustavo ; PINTO, G. ; BRÍGIDO, Marcelo ; WALTER, Maria Emilia M T ; TELLES, Guilherme Pimentel ; VIANA, Carlos Juliano Moura ; ALMEIDA, N. F. . A method for inferring biological functions using homologous genes among three genomes. In: Braziliam Symposium on Bioinformatics, 2007, Angra dos Reis. Advances in Bioinformatics and Computational Biology. Berlin / Heidelberg: Springer Verlag, 2007. v. 4643. p. 69-80.

7.
ALMEIDA, N. F.; CHASTEL, André ; ADI, S. S. ; VIANA, C. J. ; NAKAZAKI, M. Y. ; Tamura A. ; HIRATSUKA, L. Y. ; BRAZIL, L. . Mapping Contigs onto Reference Genomes. In: Second Brazilian Symposium on Bioinformatics, BSB 2007, 2007, Angra dos Reis, RJ, Brazil. Proceedings of Second Brazilian Symposium on Bioinformatics, BSB 2007. Berlin / Heidelberg: Springer, 2007. v. 4643. p. 153-157.

8.
TELLES, Guilherme Pimentel ; BRÍGIDO, Marcelo ; ALMEIDA, N. F. ; VIANA, C. J. M. ; ANJOS, Daniel A S dos ; WALTER, Maria Emilia M T . A method for comparing three genomes. In: Braziliam Symposium on Bioinformatics, 2005, São Leopoldo, RS, Brasil. Advances in Bioinformatics and Computational Biology. Berlin / Heidelberg: Springer Verlag, 2005. v. 3594. p. 160-169.

9.
ALMEIDA, N. F.; MARTINEZ, Fábio Henrique Viduani ; TELLES, Guilherme Pimentel . Algoritmos e heurísticas para comparações exatas e aproximadas de seqüências. In: [ JAI ] - Jornadas de Atualização em Informática, 2005, São Leopoldo, RS, Brasil. Livro das Jornadas de Atualização em Informática. Porto Alegre, RS: SBC, 2005. p. 1545-1587.

10.
ALMEIDA, N. F.; SETUBAL, J. C. . Ferramentas para comparação genômica. In: XXIII Congresso da Sociedade Brasileira de Computação, 2003, Campinas. Anais do XXIII Congresso da Sociedade Brasileira de Computação. Campinas, SP: SBC, 2003. v. I. p. 13-20.

11.
ALMEIDA, N. F.; CACERES, E. N. ; ALVES, C. E. R. ; SONG, S. W. . Comparison of Genomes using High-Performance Parallel Computing. In: The 15th Symposium on Computer Architecture and High Performance Computing, 2003, São Paulo, SP. Proceedings of 15th Symposium on Computer Architecture and High Performance Computing - SBAC 2003, 2003.

12.
ALMEIDA, N. F.; ARAÚJO, Graziela Santos . Phylogeny from whole genome comparison. In: Simpósio Brasileiro de Banco de Dados, 2002, Gramado - RS. I Workshop Brasileiro de Bioinformática, 2002. v. 1. p. 9-15.

13.
ALMEIDA, N. F.; BARBOSA, Valmir Carneiro . Um Algoritmo de String-Matching Para o Modelo CREW-PRAM. In: XIX Conferencia Latinoamericana de Informática, 1993, Buenos Aires. 22 JAIO - PANEL'93, 1993. p. 437-446.

Resumos expandidos publicados em anais de congressos
1.
ARAÚJO, Flábio R. ; Almeida, N.F. ; ZUMARRAGA, M. J. . Diagnostic tools to detect pathogens causing tuberculosis in cattle and prevent their transmission through dairy products to humans. In: FAO International Symposium on ?The Role of Agricultural Biotechnologies in Sustainable Food Systems and Nutrition?, 2016, Rome. Proc of The International Symposium on The Role of Agricultural Biotechnologies in Sustainable Food Systems and Nutrition, 2016.

2.
OLIVEIRA, J. V. ; RAIOL, T. ; FARIAS, N. C. ; ALMEIDA, N. F. ; TELLES, Guilherme Pimentel ; SETUBAL, J. C. ; ARAUJO, M. L. ; LIMA, F. P. ; BENOIT-PILVEN, C. ; BRÍGIDO, Marcelo ; DE-SOUZA, M. T. ; MORAES, L. M. P. ; WALTER, Maria Emilia M T . Genome sequence of a Brazilian Bacillus cereus isolate. In: VII Brazilian Symposium on Bioinformatics, 2012, Campo Grande. BSB2012 Digital Proceedings, 2012. p. 9-14.

3.
ARAÚJO, Flábio R. ; CASTELAO, A. B. C. ; FONSECA-JR, A. A. ; HODON, M. A. ; ISSA, M. A. ; RAMALHO, A. K. ; MENDES, G. M. T. ; RAMOS, C. A. N. ; SALES, E. B. ; SOARES-FILHO, P. M. ; FARIAS, N. C. ; NISHIBE, C. ; ALMEIDA, N. F. . Typing of a Brazilian Mycobacterium isolate by whole-genome sequencing. In: VII Brazilian Symposium on Bioinformatics, 2012, Campo Grande. BSB2012 Digital Proceedings, 2012. p. 15-20.

4.
MUNIZ, H. ; FARIAS, N. C. ; RAIOL, T. ; CUNHA-LAURA, A. L. ; TELLES, Guilherme Pimentel ; ALMEIDA, N. F. . A comparison of two approaches for species identification. In: VII Brazilian Symposium on Bioinformatics, 2012, Campo Grande. BSB2012 Digital Proceedings, 2012. p. 50-56.

5.
ALMEIDA, N. F.; Asseiss, Habib ; SETUBAL, J. C. . Using assembly and phylogeny to classify metagenomic sequences. In: 6th Brazilian Symposium on Bioinformatics, BSB 2011, 2011, Brasília. Brazilian Symposium on Bioinformatics - Digital Proceedings. Brasília: Brazilian Computer Society, 2011. p. 65-68.

6.
ALMEIDA, N. F.; NAKAZAKI, M. Y. ; ADI, S. S. ; CHASTEL, André ; VIANA, C. J. M. ; Tamura A. ; HIRATSUKA, L. Y. ; BRAZIL, L. . EGGview: Visualization of EGG Comparative Data Using GBrowse. In: Second Brazilian Symposium on Bioinformatics, BSB 2007, 2007, Angra dos Reis. BSB2007 Poster Proceedings (ISBN: 978-85-7669-123-5). Porto Alegre, RS: Sociedade Brasileira de Computação, 2007.

7.
ALMEIDA, N. F.; VIANA, Carlos Juliano Moura ; SETUBAL, J. C. ; CARVALHO, M. H. . A method to determine homologous protein families based on graph cliques and profiles. In: Terceiro Workshop Brasileiro de Bioinformática, 2004, Brasília. Terceiro Workshop Brasileiro de Bioinformática. Brasília: Natália Martins, 2004. v. 3. p. 97-100.

8.
ALMEIDA, N. F.; MONTERA, L. . Determinação de regiões ortólogas múltiplas. In: Second Brazilian Workshop on Bioinformatics, 2003, Macaé-RJ. Second Brazilian Workshop on Bioinformatics. Porto Alegre - RS: Sociedade Brasileira de Computação, 2003. v. 01. p. 129-132.

9.
ALMEIDA, N. F.; MADRUGA, Claudio ; ARAÚJO, Flábio R. ; SOARES, Cleber . Análise de 18S rRNA em isolados brasileiros de Trypanosoma vivax. In: XI Congresso Latinoamericano de Buiatria, 2003, Salvador, BA. Anais do XI Congresso Latinoamericano de Buiatria, 2003.

10.
ALMEIDA, N. F.; MADRUGA, Claudio ; SOARES, Cleber ; ARAÚJO, Flábio R. . Diagnóstico de infecções por isolados brasileiros de Trypanosoma vivax e Trypanosoma evansi por PCR-RFLP. In: XI Congresso LAtinoamericano de Buiatria, 2003, Salvador, BA. Anais do XI Congresso LAtinoamericano de Buiatria, 2003.

Resumos publicados em anais de congressos
1.
CASTELAO, A. B. C. ; NISHIBE, CHRISTIANE ; FONSECA-JR, A. A. ; MARTINS, JOAQUIM ; OSÓRIO, ANA LUIZA A. R. ; PATANÉ, JOSÉ ; ROXO, ELIANA ; THACKER, T. ; ZUMARRAGA, M. J. ; Almeida, N.F. ; Setubal, Joao C ; ARAÚJO, Flábio R. . Comparative genomics of Mycobacterium bovis strains of Brazil, Argentina and USA. In: 28° Congresso Brasileiro de Microbiologia, 2015, Florianópolis, SC. Anais do 28° Congresso Brasileiro de Microbiologia. Florianópolis: Sociedade Brasileira de Microbiologia, 2015. v. 28.

2.
CASTELAO, A. B. C. ; NISHIBE, CHRISTIANE ; ZUMARRAGA, M. J. ; CATALDI, A. A. ; BLANCO, F. C. ; FONSECA-JR, A. A. ; Almeida, N.F. ; ARAUJO, F. R. . Comparison of virulence genes of two Mycobacterium bovis strains by next-generation whole genome sequencing. In: VII MEETING SLAMTB - Sociedade Latinoamericana de Tuberculose e outras Micobacterioses, 2014, Canela, RS. Revista de Epidemiologia e Controle de Infecção. Santa Cruz do Sul, RS, Brasi: Universidade de Santa Cruz do Sul, 2014. v. 4. p. 86-87.

3.
CEZAR, B. ; MONTERA, L. ; NISHIBE, C. ; ARAÚJO, Flábio R. ; Almeida, N.F. . Mapping short reads may be harder in anomalous regions. In: The third International Society for Computational Biology Latin America X-Meeting on Bioinformatics with BSB and SoiBio (ISCB-Latin America), 2014, Belo Horizonte. Proc. of The third International Society for Computational Biology Latin America X-Meeting on Bioinformatics with BSB and SoiBio (ISCB-Latin America), 2014.

4.
Araújo, Graziela S ; TELLES, Guilherme Pimentel ; WALTER, MARIA EMILIA M.T. ; Almeida, N.F. . Distance-Based Live Phylogeny. In: The third International Society for Computational Biology Latin America X-Meeting on Bioinformatics with BSB and SoiBio (ISCB-Latin America), 2014, Belo Horizonte. Proc. of The third International Society for Computational Biology Latin America X-Meeting on Bioinformatics with BSB and SoiBio (ISCB-Latin America), 2014.

5.
Güths R ; TELLES, Guilherme Pimentel ; WALTER, Maria Emilia M T ; Almeida, N.F. . The Weight Small Live Parsimony Problem. In: The third International Society for Computational Biology Latin America X-Meeting on Bioinformatics with BSB and SoiBio (ISCB-Latin America), 2014, Belo Horizonte. Proc. of The third International Society for Computational Biology Latin America X-Meeting on Bioinformatics with BSB and SoiBio (ISCB-Latin America), 2014.

6.
CARDOSO, R. A. ; ARAÚJO, Flábio R. ; Almeida, N.F. . Finding specific primers from syntenic blocks and characteristic strings. In: The third International Society for Computational Biology Latin America X-Meeting on Bioinformatics with BSB and SoiBio (ISCB-Latin America), 2014, Belo Horizonte. Proc. of The third International Society for Computational Biology Latin America X-Meeting on Bioinformatics with BSB and SoiBio (ISCB-Latin America), 2014.

7.
POLASTRO, M.C. ; ALMEIDA, N. F. . The Usage of OCR to Support Computer Forensics Exams. In: European Academy of Forensic Science (EAFS) Conference., 2012, The Hague. Towards Forensic Science 2.0 - Abstract Book, 2012. p. 348-348.

8.
S.YAN, ; ALMEIDA, N. F. ; LINDEBERG, M. ; SCHNEIDER, D. J. ; LIU, H. ; COLLMER, A. ; SETUBAL, J. C. ; VINATZER, B.A. . A Comparative Genomics Investigation into Host Specificity in the Plant Pathogen Pseudomonas Syringae. In: American Society of Microbiology 108th General Meeting, 2008, Boston, MA, USA. Proc. of American Society of Microbiology 108th General Meeting, 2008.

9.
PIRES, P. P. ; ALMEIDA, N. F. ; HANASHIRO, E. J. ; DIAS, W. M. ; GOIOZO, P. F. I. . Interface de hardware e software para conexão de balança, identificador eletrônico e teclado do peão com PC. In: VII Congresso Internacional de Zootecnia, 2005, Campo Grande. Anais do ZOOTEC'2005, 2005.

10.
SETUBAL, J. C. ; ALMEIDA, N. F. . Detection of related genes in procaryotes using syntenic regions. In: DIMACS Workshop on Whole Genome Comparison, 2001, Piscataway, NJ. DIMACS Workshop on Whole Genome Comparison, 2001. v. 1. p. 17-19.

11.
D. W. Wood ; SETUBAL, J. C. ; ALMEIDA, N. F. ; et. al. . Sequencing and Analysis of the Agrobacterium Tumefaciens Genome. In: 10th International Congress on Molecular Plant-Microbe Interactions, 2001, Madison. 10th International Congress on Molecular Plant-Microbe Interactions, 2001. v. 0. p. 0-0.

Apresentações de Trabalho
1.
Fonseca, N. P. ; Felestrino, E. B. ; Caneschi, W. L. ; Belasque-Jr, J. ; Almeida, Nalvo Franco ; Moreira, Leandro M . Genômica Comparativa de Xanthomonas como Ferramenta para o Desenvolvimento de Diagnóstico Molecular a partir de Genes Espécie-Específicos. 2017. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

2.
Caneschi, W. L. ; FELESTRINO, E. B. ; ASSIS, R. A. B. ; LEMES, C. G. C. ; CORDEIRO, I. F. ; Fonseca, N. P. ; VILLA, M. M. ; VIEIRA, I. T. ; KAMINO, L. H. Y. ; CARMO, F. F. ; SANCHEZ, A. ; GARCIA, C. C. M. ; Almeida, N.F. ; FERRO, J. A. ; FERRO, M. I. T. ; VARANI, A. M. ; MARINI, R. ; SANTOS, V. L. ; CÁ ; SETUBAL, J. C. ; Moreira, Leandro M . O primeiro genoma completo de Serratia liquefaciens, associada a planta de campos ferruginosos, revelou distintos mecanismos adaptativos para sobrevivência em ambiente inóspito. 2017. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

3.
Caneschi, W. L. ; FELESTRINO, E. B. ; ASSIS, R. A. B. ; LEMES, C. G. C. ; CORDEIRO, I. F. ; Fonseca, N. P. ; VILLA, M. M. ; VIEIRA, I. T. ; KAMINO, L. H. Y. ; CARMO, F. F. ; SANCHEZ, A. ; GARCIA, C. C. M. ; Almeida, N.F. ; FERRO, J. A. ; Ferro, Maria I. T. ; VARANI, A. M. ; MARINI, R. ; SANTOS, V. L. ; CÁ ; SETUBAL, JOÃO C ; MOREIRA, L. M. . Prospecção de bactérias cultiváveis de campos ferruginosos: novas possibilidades biotecnológicas a partir de um estudo piloto. 2017. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

4.
FELESTRINO, E. B. ; ASSIS, R. A. B. ; LEMES, C. G. C. ; CORDEIRO, I. F. ; Fonseca, N. P. ; VILLA, M. M. ; VIEIRA, I. T. ; KAMINO, L. H. Y. ; CARMO, F. F. ; CARRIÃ ; SETUBAL, JOÃO C ; Almeida, N.F. ; MOREIRA, L. M. . Análise genômica de Alcaligenes faecalis MC250: uma rizobactéria adaptada a campos rupestres ferruginosos. 2017. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

5.
SILVA, U.C. ; SILVA, D.R.C. ; LEITE, L.R. ; Felestrino, E. B. ; Moreira, Leandro M ; Almeida, N.F. ; OLIVEIRA, C.A. ; SANTOS, V. L. . Predições guiadas por genômica do potencial de promoção de crescimento vegetal de isolados de Serratia marcescens endofíticos de milho (Zea mays). 2017. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

6.
LIMA, R. ; NISHIBE, CHRISTIANE ; RAIOL, T. ; Almeida, Nalvo F . DEPICTViz - Differential Expression and Protein InteraCTions Visualization Tool. 2016. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

7.
AGUENA, D. S. ; ASSIS, R. A. B. ; VARANI, A. M. ; Moreira, Leandro M ; Almeida, N.F. . COVERT - COnserVEd Regulon Tool. 2016. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

8.
ASSIS, R. A. B. ; PATANÉ, JOSÉ ; FELESTRINO, E. B. ; SETUBAL, JOÃO C ; Almeida, Nalvo F ; Guttman, David S. ; MOREIRA, L. M. . Comparative analysis of 69 Xanthomonadaceae genomes reveals seven effector protein families with diverse adaptive and evolutionary histories. 2016. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

9.
LICCIARDELLO, GRAZIA ; CARUSO, A. ; LIMA, R. ; STRANO, C. ; TRANTAS, E. A. ; SARRIS, PANAGIOTIS F. ; BELLA, P. ; PIERO, R. L. ; Almeida, N F ; CATARA, VITTORIA . Transciptome-based analysis of two luxr regulators involved in Pseudomonas corrugata interaction with host and non-host plants. 2016. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

10.
CLARK, C. ; STUDHOLME, D. J. ; ALMEIDA, N. F. ; JONES, J. D. ; SETUBAL, J. C. ; GUTTMAN, D.S. ; VINATZER, B.A. . Characterization of a subgroup of Pseudomonas syringae strains that lack a typical type three secretion system and effector gene orthologues. 2009. (Apresentação de Trabalho/Comunicação).

11.
YAN, S. ; ALMEIDA, N. F. ; LINDEBERG, M. ; LIU, H. ; WARREN, A. ; SCHNEIDER, D. J. ; Moore, M. ; COLLMER, A. ; SETUBAL, J. C. ; VINATZER, B.A. . Dissecting Arabidopsis host and nonhost interactions with Pseudomonas syringae, taking advantage of comparative evolutionary genomics. 2008. (Apresentação de Trabalho/Comunicação).

12.
YAN, S. ; ALMEIDA, N. F. ; LINDEBERG, M. ; LIU, H. ; WARREN, A. ; SCHNEIDER, D. J. ; Moore, M. ; COLLMER, A. ; SETUBAL, J. C. ; VINATZER, B.A. . Using a plant?bacterial pathogen interaction model to study host range and virulence evolution of infectious bacteria. 2008. (Apresentação de Trabalho/Comunicação).

Outras produções bibliográficas
1.
ALMEIDA, N. F.; SETUBAL, J. C. ; TOMPA, M. . On the Use of Don't Care Regions for Protein Sequence Alignment. Campinas SP 1999 (Technical Report).

2.
ALMEIDA, N. F.; SETUBAL, J. C. . Um Modelo Oculto de Markov para encontrar promotores em seqüências de DNA. Campinas 1998 (Technical Report).


Produção técnica
Programas de computador sem registro
1.
ALMEIDA, N. F.. EGG - Extended Genome Genome Comparison. 2002.

2.
ALMEIDA, N. F.. Bacon - Bacterial Comparator. 2002.

Trabalhos técnicos
1.
ALMEIDA, N. F.; SETUBAL, J. C. ; TOMPA, M. . On the Use of Don't Care Regions for Protein Sequence Alignment. 1999.

2.
ALMEIDA, N. F.; SETUBAL, J. C. . Um Modelo Oculto de Markov para encontrar promotores em seqüências de DNA. 1998.


Demais tipos de produção técnica
1.
ALMEIDA, N. F.. A matematica e o genoma. 2009. (Curso de curta duração ministrado/Outra).

Demais trabalhos
1.
ALMEIDA, N. F.. Coordenação de Programa do Second Brazilian Workshop on Bioinformatics. 2003 (Coordenação de Programa de Evento Científico) .



Patentes e registros



Patente

A Confirmação do status de um pedido de patentes poderá ser solicitada à Diretoria de Patentes (DIRPA) por meio de uma Certidão de atos relativos aos processos
1.
 SANTOS, Q. I. ; PIRES, P. P. ; CARROMEU, C. ; SILVA FILHO, J. A. ; Nalvo F Almeida ; SANDIM, H. C. ; SILVA, M. R. ; SILVA, M. A. I. ; TURINE, M. A. S. ; CACERES, E. N. ; LANDRE, G. B. ; RODRIGUES FILHO, J. R. . Sistema automático de pesagem em campo com envio remoto de dados. 2014, Brasil.
Patente: Privilégio de Inovação. Número do registro: BR1020140200916, título: "Sistema automático de pesagem em campo com envio remoto de dados" , Instituição de registro: INPI - Instituto Nacional da Propriedade Industrial. Depósito: 13/08/2014; Depósito PCT: 13/08/2014; Concessão: 13/08/2014.


Programa de computador
1.
CARROMEU, C. ; Viana, Carlos J. ; SOARES, Cleber ; VIEIRA, C. A. ; CACERES, E. N. ; SANDIM, H. C. ; TURINE, M. A. S. ; SILVA, M. R. ; ALMEIDA, N. F. ; PIRES, P. P. ; SANTOS, Q. I. ; ALMEIDA, R. B. ; AMARAL, T. B. . e-SAPI - Portal da Carne: Uma Infra-estrutura Tecnológica para Gestão de Dados de Rastreabilidade e Vigilância Sanitária do Sistema Agropcuário de Produção. 2008.
Patente: Programa de Computador. Número do registro: 09399-4, título: "e-SAPI - Portal da Carne: Uma Infra-estrutura Tecnológica para Gestão de Dados de Rastreabilidade e Vigilância Sanitária do Sistema Agropcuário de Produção" , Instituição de registro: INPI - Instituto Nacional da Propriedade Industrial.



Bancas



Participação em bancas de trabalhos de conclusão
Mestrado
1.
WALTER, Maria Emilia M T; BRÍGIDO, Marcelo; Almeida, N.F.; RALHA, C. G.. Participação em banca de João Victor de Araújo Oliveira. Identificação de snornas usando aprendizagem de máquina. 2016. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade de Brasília.

2.
DIAS, Z.; Almeida, N.F.; TELLES, GUILHERME P.. Participação em banca de Sergio Jeferson Rafael Ordine. Alinhamento Múltiplo de Proteínas Utilizando Algoritmos Genéticos. 2015. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Estadual de Campinas.

3.
CHEUNG, Luciana M.; ARAÚJO, Flábio R.; Almeida, N.F.. Participação em banca de Bárbara Purkott Cezar. Influência de regiões anômalas em genomas de referência utilizados para montagem guiada. 2015. Dissertação (Mestrado em Mestrado em Ciência da Computação) - Faculdade de Computação - UFMS.

4.
BRÍGIDO, Marcelo; KYAW, C. M.; Almeida, N. F.. Participação em banca de Guilherme Menegói Ribeiro. Análise Genômica de Mycobacterium massiliense GO 06. 2014. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas (Biologia Molecular)) - Universidade de Brasília.

5.
MINGHIM, ROSANE; Almeida, Nalvo F.; PAULOVICH, F.; MEIRELLES, G. V.. Participação em banca de Henry Heberle. Uma abordagem visual para análise comparativa de redes biomoleculares com apoio de diagramas de Venn. 2014. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação e Matemática Computacional) - Universidade de São Paulo.

6.
Adi, Said S; TELLES, GUILHERME P.; Almeida Junior, Nalvo F. Participação em banca de Leandro Ishi Soares de Lima. O Problema do Alinhamento de Segmentos. 2013. Dissertação (Mestrado em Mestrado em Ciência da Computação) - Faculdade de Computação - UFMS.

7.
Ciferri, Cristina D.A.; Batista, G.; Almeida Junior, Nalvo F. Participação em banca de Felipe Alves de Louza. Um algoritmo para a construção de vetores de sufixo generalizados em memória externa. 2013. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação e Matemática Computacional) - Universidade de São Paulo.

8.
VALENCIO, C. R.; MACHADO, J. M.; Almeida, N.F.. Participação em banca de Toni Jardini. Ambiente Data Cleaning: Suporte Extensível, Semântico e Automático para Análise e Transformação de Dados. 2012. Dissertação (Mestrado em Computação - IBILCE) - Indústria de Produtos de Higiene e Cosméticos.

9.
WALTER, Maria Emilia M T; Almeida, Nalvo F; BRÍGIDO, Marcelo. Participação em banca de Rodrigo Carneiro Munhoz Coimbra. Ferramenta de Visualização Interativa de Comparação entre Múltiplos Genomas para a Identificação de Sintenias. 2010. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade de Brasília.

10.
DIAS, Z.; ALMEIDA, N. F.; TELLES, Guilherme Pimentel. Participação em banca de Maria Angélica Lopes de Souza. Alinhamento Progressivo de Sequências de Proteínas. 2010. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Estadual de Campinas.

11.
MINGHIM, R.; TELLES, Guilherme Pimentel; ALMEIDA, N. F.. Participação em banca de Delane Pereira de Oliveira Dias. Uma ferramenta basada em Grafos para visualização de ESTs. 2007. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação e Matemática Computacional) - Universidade de São Paulo.

12.
ALMEIDA, N. F.; PAPPAS, Georgios; WALTER, Maria Emilia M T. Participação em banca de Marcos Francisco Ribeiro Ferreira. Visualização de dados genômicos do fungo paracoccidioides brasilienses. 2006. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade de Brasília.

13.
ALMEIDA, N. F.; BIAJIZ, Mauro; SANTOS, Marilde Terezinha Prado. Participação em banca de Gustavo Borges de Oliveira. Bio-TIM - Ambiente para convergencia de informações em Bioinformática. 2005. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Federal de São Carlos.

14.
ALMEIDA, N. F.. Participação em banca de Renata Cristina Faray Melo. Comparação de seqüências biológicas utilizando DSM. 2003. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade de Brasília.

15.
CARVALHO, A. P.; ALMEIDA, N. F.; VASCONCELOS, A. T.; MARTINS, S. L.; LEITAO, H. C. G.. Participação em banca de Carlos Vitor Graça Bastos de Azevedo. Procura de Similaridade entre Operons. 2003. Dissertação (Mestrado em Computação) - Universidade Federal Fluminense.

Teses de doutorado
1.
MOREIRA, L. M.; TEIXEIRA, M. C.; SILVA, S. Q.; SILVA, C. C.; Almeida, N.F.. Participação em banca de Washington Luiz Caneschi. Bioprospecção de bactérias de regiões de canga do quadrilátero ferrífico: estratégia de busca de alvos com potencial biotecnológico. 2018. Tese (Doutorado em Biotecnologia) - Universidade Federal de Ouro Preto.

2.
WALTER, Maria Emilia M T; BRÍGIDO, Marcelo; WEIGANG, L.; Almeida, Nalvo Franco. Participação em banca de Hugo Wruck Schneider. Distinguishing long non-coding RNAs from protein coding transcripts based on machine learning techniques. 2017. Tese (Doutorado em Ciência da Computação) - Universidade de Brasília.

3.
Araújo, Flábio R; Setubal, Joao C; JORGE, KLÁUDIA S. G.; RAMOS, C. A. N.; Almeida, Nalvo F. Participação em banca de Ana Beatriz Canevari Castelão. Contribuições da análise genômica para o controle da Tuberculose Bovina. 2016. Tese (Doutorado em Ciência Animal) - Universidade Federal de Mato Grosso do Sul.

4.
WALTER, Maria Emilia M T; RALHA, C. G.; BRÍGIDO, Marcelo; Almeida, Nalvo F; TOGAWA, R. C.. Participação em banca de Wosley da Costa Arruda. ncRNA-Agents: anotação de RNAs não codificadores baseada em sistema multiagente. 2015. Tese (Doutorado em Ciência da Computação) - Universidade de Brasília.

5.
CACERES, E. N.; MARTINEZ, Fábio Henrique Viduani; PISTORI, H.; NAVAUX, P. O. A.; SONG, S. W.; ALMEIDA, N. F.. Participação em banca de Anderson Corêa de Lima. Soluções para os problemas da soma máxima e do k-ésimo menor elemento de uma sequência usando o modelo BSP/CGM. 2015. Tese (Doutorado em Doutorado em Ciência da Computação) - Faculdade de Computação - UFMS.

6.
TREVELIN, L. C.; ALMEIDA, N. F.; VALENCIO, C. R.; FELICIO, A. P.; SANTOS, M. T. P.. Participação em banca de Marcus Rogério de Oliveira. Desenvolvimento de uma Estrutura de Dados em Grafos Baseados em Memória Secundária para um Sistema de Armazenamento, Manipulação e Consulta de dados para Análise Proteômica Diferencial em Xanthomonas citri subsp. citri. 2012. Tese (Doutorado em Biotecnologia) - Universidade Federal de São Carlos.

7.
DIAS, Z.; SETUBAL, J. C.; Meidanis, J.; Almeida, N.F.; TELLES, Guilherme Pimentel. Participação em banca de Ulisses Martins Dias. Problemas de comparação de genomas. 2011. Tese (Doutorado em Ciência da Computação) - Universidade Estadual de Campinas.

8.
DIAS, Z.; Meidanis, J.; TELLES, Guilherme Pimentel; ALMEIDA, N. F.; SETUBAL, J. C.. Participação em banca de Christian Baudet. Enumeração de traces e identificação de breakpoints: um estudo de aspectos da evolução. 2010. Tese (Doutorado em Ciência da Computação) - Universidade Estadual de Campinas.

9.
Almeida, M. Cristina; MELLO, R. F.; Bruno, O.M.; Drummond, L.M.A.; ALMEIDA, N. F.. Participação em banca de Márcio Oliveira Almeida. Avaliação de desempenho de algoritmos paralelos para uma plataforma de mineração visual. 2009. Tese (Doutorado em Ciências da Comunicação) - Universidade de São Paulo.

10.
LAGO, A.; LABER, E.; ALMEIDA, N. F.; TELLES, Guilherme Pimentel; FERREIRA, Carlos Eduardo. Participação em banca de Algusto Fernandes Vellozo. Alinhamento de seqüências com rearranjos. 2007 - Instituto de Matemática e Estatística.

11.
FERREIRA, Carlos Eduardo; ALMEIDA, N. F.; LAGO, Alair Pereira Do; RIBEIRO, Leila; CARVALHO, André Carlos Ponce de Leon Ferreira de. Participação em banca de Said Sadique Adi. Algoritmos e Ferramentas para predição de genes. 2005. Tese (Doutorado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo.

12.
BARBOSA, Valmir Carneiro; ALMEIDA, N. F.; SZWARCFITER, Jayme Luiz. Participação em banca de Alexandre Henrique Lopes Porto. Alinhamento múltiplo de seqüências baseado em coberturas de conjuntos. 2005. Tese (Doutorado em Engenharia de Sistemas e Computação) - Universidade Federal do Rio de Janeiro.

13.
ALMEIDA, N. F.; RIBEIRO, C. C.; LIFSCHITZ, S.; SEIBEL, L. F. B.; PASSOS, E. P. L.; OCHI, L. S.; ABREU, N. M. M.. Participação em banca de Dalessandro Soares Viana. Heurísicas híbridas para o problema da filogenia. 2004. Tese (Doutorado em Informática) - Pontifícia Universidade Católica do Rio de Janeiro.

14.
SONG, S. W.; BARBOSA, Valmir Carneiro; CACERES, E. N.; SOARES, J. A. R.; SOMA, N. Y.; ALMEIDA, N. F.. Participação em banca de Carlos Eduardo Rodrigues Alves. Algoritmos paralelos de granularidade grossa para problemas de alinhamento de cadeias. 2002 - Universidade de São Paulo.

Qualificações de Doutorado
1.
ARAÚJO, Flábio R.; JORGE, KLÁUDIA S. G.; Almeida, N.F.. Participação em banca de Ana Beatriz Canevari Castelão. Contribuições de Análise Genômica para o Controle da Tuberculose Bovina. 2016. Exame de qualificação (Doutorando em Ciência Animal) - Universidade Federal de Mato Grosso do Sul.

2.
CACERES, E. N.; MARTINS, W. S.; Almeida, N.F.. Participação em banca de Jucele França de Alencar Vasconcellos. Desenvolvimento de Soluções paralelas para problemas de bioinformática. 2015. Exame de qualificação (Doutorando em Doutorado em Ciência da Computação) - Faculdade de Computação - UFMS.

3.
WALTER, Maria Emilia M T; MELO, A. C. M.; Almeida, N.F.; TELLES, GUILHERME P.. Participação em banca de Ricardo Régis Cavalcante Chaves. O Problema da Edição de Cografos Aplicada a Problemas de Evolução. 2015. Exame de qualificação (Doutorando em Ciência da Computação) - Universidade de Brasília.

4.
MONTERA, L.; Almeida, N.F.; Adi, Said S. Participação em banca de Bárbara Purkott Cezar. Mapeamento de reads e seus algoritmos. 2014. Exame de qualificação (Doutorando em Mestrado em Ciência da Computação) - Faculdade de Computação - UFMS.

5.
WALTER, Maria Emilia M T; BRÍGIDO, Marcelo; Almeida, N.F.; STADLER, P.. Participação em banca de Hugo Wruck Schneider. Identification of long non-coding RNAs in animals using machine learning techniques. 2013. Exame de qualificação (Doutorando em Ciência da Computação) - Universidade de Brasília.

6.
Almeida, N.F.; BRÍGIDO, Marcelo; WALTER, Maria Emilia M T. Participação em banca de Wosley Costa Arruda. ncRNA-Agents: notação de RNAs não-codificadores baseado em sistema multiagentes. 2012. Exame de qualificação (Doutorando em Ciência da Computação) - Universidade de Brasília.

7.
BARBOSA, Valmir Carneiro; ALMEIDA, N. F.; SZWARCFITER, Jayme Luiz. Participação em banca de Alexandre Henrique Lopes Porto. Uma nova abordagem para o problema do alinhamento múltiplo de seqüências. 2002. Exame de qualificação (Doutorando em Engenharia de Sistemas e Computação) - Universidade Federal do Rio de Janeiro.

Qualificações de Mestrado
1.
DIAS, Z.; Almeida Junior, Nalvo F; SILVA, F. R.. Participação em banca de Lucas Miguel de Carvalho. Anotação, reanotação e consolidação de anotações de genomas com aplicação à classe Oomycetes. 2013. Exame de qualificação (Mestrando em Ciência da Computação) - Universidade Estadual de Campinas.

2.
MONTERA, L.; Adi, Said S; Almeida, N.F.. Participação em banca de Joelmo Silva Fraga. Algoritmos genéticos e o problema da remontagem de reads. 2013. Exame de qualificação (Mestrando em Mestrado em Ciência da Computação) - Faculdade de Computação - UFMS.

3.
VALENCIO, C. R.; MACHADO, J. M.; Almeida, N.F.. Participação em banca de Toni Jardini. Framework para limpeza automatizada de dados. 2012. Exame de qualificação (Mestrando em Computação - IBILCE) - Indústria de Produtos de Higiene e Cosméticos.

4.
WALTER, Maria Emilia M T; RAIOL, T.; Almeida, N.F.. Participação em banca de Waldeyr Mendes. Criação da rede de metabolismo secundário do fungo Paracoccidioides brasilienses. 2012. Exame de qualificação (Mestrando em Ciência da Computação) - Universidade de Brasília.

5.
WALTER, Maria Emilia M T; HOLANDA, M.; Almeida, N.F.. Participação em banca de Gabriela Quirino. Identificação de RNAs não-codificadores no fungo Paracoccidioides brasiliensis. 2012. Exame de qualificação (Mestrando em Ciência da Computação) - Universidade de Brasília.

Trabalhos de conclusão de curso de graduação
1.
MARTINEZ, Fábio Henrique Viduani; Almeida, Nalvo F.. Participação em banca de Phelipe Araujo Fabres.Árvores Filogenéticas de Redes Metabólicas Baseadas em Análise de Similaridade. 2010. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Bacharelado em Ciência da Computação) - Faculdade de Computação - UFMS.



Participação em bancas de comissões julgadoras
Concurso público
1.
MATOSO, M.; SADOK, D.; AZEVEDO, R. J.; BUZATO, L. E.; Almeida, N.. Comissão julgadora do concurso público de provas e títulos, professor doutor I, nível MS-3.1. 2015. Universidade Estadual de Campinas.

2.
Ferro, J.A.; ALMEIDA, N. F.; Prosdocimi F.. Banca Examinadora do Concurso Público de Provas e Títulos. 2013. Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

3.
ALMEIDA, N. F.; MONGELLI, H.; TURINE, M. A. S.. Banca Examinadora do Concurso Público de Docentes da Fundação Universidade Estadual do Mato Grosso do Sul. 2002. Universidade Estadual de Mato Grosso do Sul.



Eventos



Participação em eventos, congressos, exposições e feiras
1.
Braziliam Symposium on Bioinformatics.A method for inferring biological functions using homologous genes among three genomes. 2007. (Simpósio).

2.
Congresso da Sociedade Brasileira de Computação - SBC2006. 2006. (Congresso).

3.
Workshop de Biologia Computacional. 2006. (Oficina).

4.
[ JAI ] - Jornadas de Atualização em Informática. Algoritmos e heurísticas para comparações exata. 2005. (Congresso).

5.
Braziliam Symposium on Bioinformatics.A method for comparing three genomes. 2005. (Simpósio).

6.
Third Brazilian Workshop on Bioinformatics.Third Brazilian Workshop on Bioinformatics. 2004. (Simpósio).

7.
Congresso da Sociedade Brasileira de Computação. Congresso da Sociedade Brasileira de Computação. 2003. (Congresso).

8.
Second Brazilian Workshop on Bioinformatics.Second Brazilian Workshop on Bioinformatics. 2003. (Simpósio).

9.
First Brazilian Workshop on Bioinformatics.First Brazilian Workshop on Bioinformatics. 2002. (Simpósio).

10.
Workshop on Whole Genome Comparison.Workshop on Whole Genome Comparison. 2001. (Oficina).


Organização de eventos, congressos, exposições e feiras
1.
SETUBAL, J. C. ; Almeida, N.F. . 2013 Brazilian Symposium on Bioinformatics - BSB2013. 2013. (Congresso).

2.
ALMEIDA, N. F.. 2012 Brazilian Symposium on Bioinformatics (BSB 2012). 2012. (Congresso).

3.
ALMEIDA, N. F.; ADI, S. S. . Workshop de Biologia Computacional. 2006. (Congresso).

4.
LIFSCHITZ, S. ; ALMEIDA, N. F. ; LINDEN, R. . Brazilian Workshop on Bioinformatics (WOB). 2003. (Congresso).

5.
LINDEN, R. ; LIFSCHITZ, S. ; ALMEIDA, N. F. . 2003 Brazilian Symposium on Bioinformatics. 2003. (Congresso).



Orientações



Orientações e supervisões em andamento
Tese de doutorado
1.
Deiviston Aguena. Caracterização de regulons em bactérias e pattern-matching. Início: 2015. Tese (Doutorado em CIÊNCIA DA COMPUTAÇÃO) - Universidade Federal de Mato Grosso do Sul. (Orientador).

2.
Graziela Santos de Araújo. Distance-based Live Phylogeny. Início: 2015. Tese (Doutorado em CIÊNCIA DA COMPUTAÇÃO) - Universidade Federal de Mato Grosso do Sul. (Orientador).

3.
Rogério Güts. Character-based Live Phylogeny. Início: 2015. Tese (Doutorado em CIÊNCIA DA COMPUTAÇÃO) - Universidade Federal de Mato Grosso do Sul. (Orientador).

4.
Robson Soares Silva. Transferência Horizontal de Genes e Conciliação de Árvores. Início: 2015. Tese (Doutorado em Biotecnologia e Biodiversidade) - Universidade Federal de Mato Grosso do Sul. (Orientador).

5.
Camilo Carromeu. Sistemas de indicadores de uso da terra e eficiência produtiva para a pecuária bovina. Início: 2012. Tese (Doutorado em Doutorado em Ciência da Computação) - Faculdade de Computação - UFMS. (Orientador).


Orientações e supervisões concluídas
Dissertação de mestrado
1.
Rodolpho Gheleri. Uma ferramenta para integração de dados de expressão diferencial e interação funcional. 2016. Dissertação (Mestrado em Mestrado em Ciência da Computação) - Faculdade de Computação - UFMS, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Nalvo Franco de Almeida Junior.

2.
Nariélly Calista Farias. Orthologsorter: inferindo genotipagem e funcionalidade a partir de famílias de proteínas ortólogas. 2013. Dissertação (Mestrado em Mestrado em Ciência da Computação) - Faculdade de Computação - UFMS, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Nalvo Franco de Almeida Junior.

3.
Rodrigo Andrade Cardoso. Identificação de regiões genômicas específicas usando famílias de proteínas e sequências características. 2013. Dissertação (Mestrado em Mestrado em Ciência da Computação) - Faculdade de Computação - UFMS, . Orientador: Nalvo Franco de Almeida Junior.

4.
Habib Asseiss Neto. Classificação de sequências metagenômicas. 2009. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Federal de Mato Grosso do Sul, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Nalvo Franco de Almeida Junior.

5.
André Chastel Lima. Ancoragem de genomas incompletos em genomas completos. 2006. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Federal de Mato Grosso do Sul, Fundação de Apoio ao Desenvolvimento do Ensino, Ciência e Tecnologia de MS. Orientador: Nalvo Franco de Almeida Junior.

6.
Carlos Juliano Moura Viana. Aspectos de genômica comparativa. 2006. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Federal de Mato Grosso do Sul, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Nalvo Franco de Almeida Junior.

7.
Luciana Montera. Regiões Ortólogas Múltiplas. 2003. Dissertação (Mestrado em Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Federal de Mato Grosso do Sul, . Orientador: Nalvo Franco de Almeida Junior.

8.
Graziela Santos de Araújo. Filogenia de Proteomas. 2003. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Federal de Mato Grosso do Sul, . Orientador: Nalvo Franco de Almeida Junior.

Tese de doutorado
1.
Christiane Nishibe. Pipelines automatizados para genômica e transcritômica. 2015. Tese (Doutorado em Ciência da Computação) - Universidade Federal de Mato Grosso do Sul, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Nalvo Franco de Almeida Junior.

Supervisão de pós-doutorado
1.
Augusto Cesar de Aquino Ribas. 2016. Universidade Federal de Mato Grosso do Sul, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Nalvo Franco de Almeida Junior.

Monografia de conclusão de curso de aperfeiçoamento/especialização
1.
André Chastel e outros. Controle de estoque de grãos. 2001. 0 f. Monografia. (Aperfeiçoamento/Especialização em Especialização Em Análise de Sistemas) - Universidade Federal de Mato Grosso do Sul. Orientador: Nalvo Franco de Almeida Junior.

Trabalho de conclusão de curso de graduação
1.
André Luís Schwerz. Montagem de Fragmentos. 2003. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Bacharelado Em Ciência da Computação) - Universidade Federal de Mato Grosso do Sul. Orientador: Nalvo Franco de Almeida Junior.

2.
Leandro Kenji Arume. Montagem de Fragmentos. 2003. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Bacharelado Em Ciência da Computação) - Universidade Federal de Mato Grosso do Sul. Orientador: Nalvo Franco de Almeida Junior.

3.
Luis Roberto de Freitas Nakasone. Montagem de fragmentos. 2003. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Bacharelado Em Ciência da Computação) - Universidade Federal de Mato Grosso do Sul. Orientador: Nalvo Franco de Almeida Junior.

4.
Nilson Dotta e outros. Ferramentas básicas de Bioinformática. 2002. 0 f. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Bacharelado Em Ciência da Computação) - Universidade Federal de Mato Grosso do Sul. Orientador: Nalvo Franco de Almeida Junior.

5.
Jessica Zorzatto e outros. Programação Dinâmica com Curingas. 2002. 0 f. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Bacharelado Em Ciência da Computação) - Universidade Federal de Mato Grosso do Sul. Orientador: Nalvo Franco de Almeida Junior.

6.
Beatriz Panzetti Alonso. Árvores de Sufixos - Construção e Aplicações. 1999. 0 f. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Bacharelado Em Ciência da Computação) - Universidade Federal de Mato Grosso do Sul. Orientador: Nalvo Franco de Almeida Junior.

7.
Bruno Fonseca Albuquerque. Comparação de Bioseqüências. 1999. 0 f. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Bacharelado Em Ciência da Computação) - Universidade Federal de Mato Grosso do Sul. Orientador: Nalvo Franco de Almeida Junior.

Iniciação científica
1.
Celso Antonio Uliana Junior. Alinhamento Múltiplo de Ortólogos. 2014. Iniciação Científica. (Graduando em Análise de Sistemas) - Universidade Federal de Mato Grosso do Sul, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Nalvo Franco de Almeida Junior.

2.
Marcel Yugo Nakazaki. EGGview - Ferramenta para visualização gráfica de comapração de genomas. 2006. Iniciação Científica. (Graduando em Bacharelado Em Ciência da Computação) - Universidade Federal de Mato Grosso do Sul, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Nalvo Franco de Almeida Junior.

3.
Andrey Alexandre Tamura. EGGview - Ferramenta para visualização gráfica de comapração de genomas. 2006. Iniciação Científica - Universidade Federal de Mato Grosso do Sul, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Nalvo Franco de Almeida Junior.

4.
Leandro Paganotti Brazil. Identificação de regiões funcionais por comparação de seqüências. 2006. Iniciação Científica. (Graduando em Bacharelado Em Ciência da Computação) - Universidade Federal de Mato Grosso do Sul, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Nalvo Franco de Almeida Junior.

5.
Leandro Eidi Umezu Batista. Identificação de regiões funcionais por comparação de seqüências. 2006. Iniciação Científica. (Graduando em Bacharelado Em Ciência da Computação) - Universidade Federal de Mato Grosso do Sul, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Nalvo Franco de Almeida Junior.

6.
Rodrigo Grassi Martins. Filogenia e Alinhamento Múltiplo de genomas. 2005. Iniciação Científica. (Graduando em Bacharelado Em Ciência da Computação) - Universidade Federal de Mato Grosso do Sul, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Nalvo Franco de Almeida Junior.

7.
Ivan Castro. Programação Dinâmica na Comparação de Genomas. 2005. Iniciação Científica. (Graduando em Bacharelado Em Ciência da Computação) - Universidade Federal de Mato Grosso do Sul, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Nalvo Franco de Almeida Junior.

8.
Cintia Ferreira dos Passos. Filogenia e alinhamento múltiplo de genomas. 2004. Iniciação Científica. (Graduando em Bacharelado Em Ciência da Computação) - Universidade Federal de Mato Grosso do Sul, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Nalvo Franco de Almeida Junior.

9.
Anderson Fraiha Machado. Visualização Gráfica de Comparação de Genomas. 2004. Iniciação Científica. (Graduando em Bacharelado Em Ciência da Computação) - Universidade Federal de Mato Grosso do Sul, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Nalvo Franco de Almeida Junior.

Orientações de outra natureza
1.
Jane Dirce Alves Monteiro. Suporte para visualização gráfica de comparação de genomas. 2006. Orientação de outra natureza. (Bacharelado Em Ciência da Computação) - Universidade Federal de Mato Grosso do Sul, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Nalvo Franco de Almeida Junior.

2.
Graziela Santos de Araújo. Estruturação da Bioinformática do Projeto Genoma MS. 2004. Orientação de outra natureza - Universidade Federal de Mato Grosso do Sul, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Nalvo Franco de Almeida Junior.



Inovação



Patente
1.
 SANTOS, Q. I. ; PIRES, P. P. ; CARROMEU, C. ; SILVA FILHO, J. A. ; Nalvo F Almeida ; SANDIM, H. C. ; SILVA, M. R. ; SILVA, M. A. I. ; TURINE, M. A. S. ; CACERES, E. N. ; LANDRE, G. B. ; RODRIGUES FILHO, J. R. . Sistema automático de pesagem em campo com envio remoto de dados. 2014, Brasil.
Patente: Privilégio de Inovação. Número do registro: BR1020140200916, título: "Sistema automático de pesagem em campo com envio remoto de dados" , Instituição de registro: INPI - Instituto Nacional da Propriedade Industrial. Depósito: 13/08/2014; Depósito PCT: 13/08/2014; Concessão: 13/08/2014.


Programa de computador registrado
1.
CARROMEU, C. ; Viana, Carlos J. ; SOARES, Cleber ; VIEIRA, C. A. ; CACERES, E. N. ; SANDIM, H. C. ; TURINE, M. A. S. ; SILVA, M. R. ; ALMEIDA, N. F. ; PIRES, P. P. ; SANTOS, Q. I. ; ALMEIDA, R. B. ; AMARAL, T. B. . e-SAPI - Portal da Carne: Uma Infra-estrutura Tecnológica para Gestão de Dados de Rastreabilidade e Vigilância Sanitária do Sistema Agropcuário de Produção. 2008.
Patente: Programa de Computador. Número do registro: 09399-4, título: "e-SAPI - Portal da Carne: Uma Infra-estrutura Tecnológica para Gestão de Dados de Rastreabilidade e Vigilância Sanitária do Sistema Agropcuário de Produção" , Instituição de registro: INPI - Instituto Nacional da Propriedade Industrial.


Projetos de pesquisa


Educação e Popularização de C & T



Livros e capítulos
1.
Setubal, Joao C (Org.) ; Almeida, Nalvo F (Org.) . Advances in Bioinformatics and Computational Biology. 1. ed. Heidelberg: Springer, 2013. v. 01. 216p .

1.
Setubal, João C. ; Almeida, Nalvo F. ; Wattam, Alice R. . Comparative Genomics for Prokaryotes. In: J.C. Setubal; J. Stoye; P. Stadler. (Org.). Methods in Molecular Biology. 1ed.: Springer New York, 2018, v. , p. 55-78.


Programa de Computador registrado
1.
CARROMEU, C. ; Viana, Carlos J. ; SOARES, Cleber ; VIEIRA, C. A. ; CACERES, E. N. ; SANDIM, H. C. ; TURINE, M. A. S. ; SILVA, M. R. ; ALMEIDA, N. F. ; PIRES, P. P. ; SANTOS, Q. I. ; ALMEIDA, R. B. ; AMARAL, T. B. . e-SAPI - Portal da Carne: Uma Infra-estrutura Tecnológica para Gestão de Dados de Rastreabilidade e Vigilância Sanitária do Sistema Agropcuário de Produção. 2008.
Patente: Programa de Computador. Número do registro: 09399-4, título: "e-SAPI - Portal da Carne: Uma Infra-estrutura Tecnológica para Gestão de Dados de Rastreabilidade e Vigilância Sanitária do Sistema Agropcuário de Produção" , Instituição de registro: INPI - Instituto Nacional da Propriedade Industrial.


Organização de eventos, congressos, exposições e feiras
1.
SETUBAL, J. C. ; Almeida, N.F. . 2013 Brazilian Symposium on Bioinformatics - BSB2013. 2013. (Congresso).

2.
ALMEIDA, N. F.. 2012 Brazilian Symposium on Bioinformatics (BSB 2012). 2012. (Congresso).




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