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SciELO - artigos em texto completo|
Nalvo Franco de Almeida Junior Nalvo possui Licenciatura Plena em Matemática pela Universidade Federal de Mato Grosso do Sul (1985), mestrado em Engenharia de Sistemas e Computação pela Universidade Federal do Rio de Janeiro - COPPE (1992), doutorado em Ciência da Computação pela Universidade Estadual de Campinas (2002) e pós-doutorado em Bioinformática pelo Virginia Bioinformatics Institute (VBI-Virginia Tech), USA (2009). Professor adjunto do Departamento de Teoria da Computação da Faculdade de Computaçao da Universidade Federal de Mato Grosso do Sul; tem experiência na área de Ciência da Computação, com ênfase em Teoria da Computação e Biologia Computacional, atuando principalmente em comparação e análise de genomas.
Última
atualização do currículo em 31/01/2012
Endereço para acessar este CV: http://lattes.cnpq.br/3181695167717042 |
Dados pessoais
| Nome | Nalvo Franco de Almeida Junior |
| Nome em citações bibliográficas | ALMEIDA, N. F.;Almeida, Nalvo F.;Almeida, Nalvo F;Almeida Junior, Nalvo F |
| Sexo | Masculino |
| Endereço profissional | Universidade Federal de Mato Grosso do Sul. CP 549 Cidade Universitária 79070-900 - Campo Grande, MS - Brasil - Caixa-Postal: 549 Telefone: (67) 33457457 Fax: (67) 33457455 URL da Homepage: http://www.facom.ufms.br/~nalvo |
Formação acadêmica/Titulação
| 2007 - 2009 | Pós-Doutorado
. Virginia Polytechnic Institute and State Universit. Bolsista do(a): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico ,CNPq ,Brasil . Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Bioinformática. |
| 1995 - 2002 | Doutorado em Ciência da Computação
.
Universidade Estadual de Campinas, UNICAMP, Brasil. Título: Ferramentas para comparação genômica, Ano de Obtenção: 2002. Orientador: João Carlos Setubal. Bolsista do(a): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior ,CAPES ,Brasil . Palavras-chave: genômica; comparação de seqüências; genoma; biologia computacional; bioinformática; teoria da computação. Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Teoria da Computação / Especialidade: Biologia Computacional. Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Teoria da Computação / Especialidade: Bioinformática. Setores de atividade: Produtos e Processos Biotecnológicos; Informática. |
| 1990 - 1992 | Mestrado em Engenharia de Sistemas e Computação
.
Universidade Federal do Rio de Janeiro, UFRJ, Brasil. Título: Algoritmos Paralelos para Casamento de Cadeias, Ano de Obtenção: 1992. Orientador:  Valmir Carneiro Barbosa.
Bolsista do(a): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior ,CAPES ,Brasil . Palavras-chave: string-matching; casamento de cadeias; algoritmos paralelos; teoria da computação; casamento de padrões. Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Teoria da Computação / Especialidade: Análise de Algoritmos e Complexidade de Computação. Setores de atividade: Informática; Educação. |
| 1982 - 1985 | Graduação em Licenciatura Plena Em Matemática
.
Universidade Federal de Mato Grosso do Sul, UFMS, Brasil. |
Formação complementar
| 1997 - 1998 | Sandwich fellowship. University of Washington. |
Atuação profissional
| Universidade Federal de Mato Grosso do Sul, UFMS, Brasil. |
| Vínculo institucional |
| 1987 - Atual | Vínculo: Servidor Público, Enquadramento Funcional: Professor Adjunto, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva. |
| Atividades |
| 2010 - Atual | Atividades de Participação em Projeto, Faculdade de Computação, . |
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Projetos de pesquisa Mapeamento de transcritos e modelagem gênica |
| 2009 - Atual | Atividades de Participação em Projeto, Faculdade de Computação, . |
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Projetos de pesquisa Bioinformática de transcritoma |
| 08/2006 - Atual | Atividades de Participação em Projeto, Departamento de Computação e Estatística, . |
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Projetos de pesquisa Desenvolvimento e avaliação de novas cepas vacinais geneticamente modificadas de Brucella abortus obtidas pela deleção dos genes VirB 4 e VirB 10 |
| 08/2006 - Atual | Atividades de Participação em Projeto, Departamento de Computação e Estatística, . |
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Projetos de pesquisa Projeto e Implementação de Algoritmos BSP/CGM |
| 07/2006 - Atual | Atividades de Participação em Projeto, Departamento de Computação e Estatística, . |
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Projetos de pesquisa Identificação de regiões funcionais por comparação de genomas |
| 3/2006 - Atual | Ensino, Mestrado em Ciência da Computação, Nível: Pós-Graduação. |
| Disciplinas ministradas Estruturas de Dados |
| 12/2005 - Atual | Atividades de Participação em Projeto, Departamento de Computação e Estatística, . |
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Projetos de pesquisa Uma linguagem de padrões no domínio de gerência de projetos para o framework Fênix |
| 12/2005 - Atual | Atividades de Participação em Projeto, Departamento de Computação e Estatística, . |
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Projetos de pesquisa Sistema de suporte à decisão em atividades de produção, aplicado à cultura da soja, baseado em mapas de potencialidades agrícolas |
| 9/2005 - Atual | Atividades de Participação em Projeto, Centro de Ciências Exatas e Tecnologia, Departamento de Computação e Estatística. |
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Projetos de pesquisa Plataforma Integrada de Comparação Genômica |
| 03/2005 - Atual | Atividades de Participação em Projeto, Departamento de Computação e Estatística, . |
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Projetos de pesquisa Ancoragem de genomas incompletos em genomas completos |
| 9/2004 - Atual | Atividades de Participação em Projeto, Centro de Ciências Exatas e Tecnologia, Departamento de Computação e Estatística. |
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Projetos de pesquisa Bioinformática e computação de alto desempenho |
| 09/2004 - Atual | Atividades de Participação em Projeto, Departamento de Computação e Estatística, . |
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Projetos de pesquisa Genoma estrutural de Anaplasma marginale e identificação de antígenos para imunização e diagnóstico - Rede Genoma MS |
| 08/2004 - Atual | Atividades de Participação em Projeto, Departamento de Computação e Estatística, . |
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Projetos de pesquisa Fênix: Uma Ferramenta de Gerência de Projetos para e-Gov Baseada na Tecnologia de Componentes |
| 5/1999 - Atual | Pesquisa e desenvolvimento , Centro de Ciências Exatas e Tecnologia, Departamento de Computação e Estatística. |
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Linhas de pesquisa Bioinformática Teoria da Computação |
| 9/1987 - Atual | Ensino, Bacharelado Em Ciência da Computação, Nível: Graduação. |
| Disciplinas ministradas Algoritmos e Estruturas de Dados Análise de Algoritmos Implementação e Experimentação Algorítmica Introdução à Teoria dos Grafos |
| 9/1987 - Atual | Atividades de Participação em Projeto, Centro de Ciências Exatas e Tecnologia, Departamento de Computação e Estatística. |
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Projetos de pesquisa Comparação e análise de genomas completos |
| 03/2006 - 03/2007 | Atividades de Participação em Projeto, Departamento de Computação e Estatística, . |
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Projetos de pesquisa Ensaio de fluorescência polarizada para o diagnóstico de infecções por Anaplasma |
| 09/2004 - 09/2006 | Atividades de Participação em Projeto, Departamento de Computação e Estatística, . |
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Projetos de pesquisa Análise antigênica e genética de proteínas potenciais para controle de Anaplasma marginale, selecionadas por genômica estrutural |
| 08/2004 - 08/2006 | Atividades de Participação em Projeto, Departamento de Computação e Estatística, . |
|
Projetos de pesquisa Ensaio de fluorescência polarizada para o diagnóstico de infecções por Anaplasma marginale em bovinos |
| 03/2004 - 03/2006 | Atividades de Participação em Projeto, Departamento de Computação e Estatística, . |
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Projetos de pesquisa Projeto Genoma funcional e diferencial do Paracoccidioides brasilienses |
| 3/2005 - 11/2005 | Ensino, Bacharelado Em Ciência da Computação, Nível: Graduação. |
| Disciplinas ministradas Algoritmos e Estruturas de Dados II |
| 9/2002 - 2005 | Atividades de Participação em Projeto, Centro de Ciências Exatas e Tecnologia, Departamento de Computação e Estatística. |
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Projetos de pesquisa Filogenia e Alinhamento Múltiplo de Genomas |
| 03/2004 - 11/2004 | Ensino, Bacharelado Em Ciência da Computação, Nível: Graduação. |
| Disciplinas ministradas Introdução a Teoria dos Grafos Análise de Algoritmos |
| 9/2002 - 2004 | Atividades de Participação em Projeto, Centro de Ciências Exatas e Tecnologia, Departamento de Computação e Estatística. |
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Projetos de pesquisa Alinhamento múltiplo de genomas |
| 08/2003 - 11/2003 | Ensino, Bacharelado Em Ciência da Computação, Nível: Graduação. |
| Disciplinas ministradas Análise dos Algoritmos |
| 03/2003 - 11/2003 | Ensino, Bacharelado Em Ciência da Computação, Nível: Graduação. |
| Disciplinas ministradas Introdução a Teoria dos Grafos |
| 08/2002 - 04/2003 | Outras atividades técnico-científicas , Coordenação do Curso de Mestrado em Computação, . |
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Atividade realizada Coordenação de Curso de Mestrado em Ciência da Computação. |
| 2/2001 - 11/2002 | Direção e administração, Centro de Ciências Exatas e Tecnologia, Departamento de Computação e Estatística. |
| Cargo ou função Chefe do Departamento de Computação e Estatística. |
| 03/2002 - 07/2002 | Ensino, Mestrado em Ciência da Computação, Nível: Pós-Graduação. |
| Disciplinas ministradas Biologia Computacional |
| 3/2001 - 12/2001 | Extensão universitária , Centro de Ciências Exatas e Tecnologia, Departamento de Computação e Estatística. |
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Atividade de extensão realizada DESENVOLVIMENTO E IMPLANTAÇÃO DE WEBSITES. |
| 3/2001 - 12/2001 | Extensão universitária , Centro de Ciências Exatas e Tecnologia, Departamento de Computação e Estatística. |
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Atividade de extensão realizada CONSULTORIA E TREINAMENTO NA ÁREA DE COMPUTAÇÃO. |
| 10/2001 - 10/2001 | Ensino, Especialização Em Engenharia de Websites, Nível: Especialização. |
| Disciplinas ministradas Modelagem de Dados |
| 4/2000 - 5/2000 | Ensino, Especialização Em Análise de Sistemas, Nível: Especialização. |
| Disciplinas ministradas Modelagem de Dados |
| 3/1999 - 12/1999 | Extensão universitária , Centro de Ciências Exatas e Tecnologia, Departamento de Computação e Estatística. |
|
Atividade de extensão realizada Ciclo de Palestras do DCT - 1999. |
| 4/1999 - 5/1999 | Ensino, Especialização Em Análise de Sistemas, Nível: Especialização. |
| Disciplinas ministradas Modelagem de Dados |
| 11/1992 - 11/1994 | Direção e administração, Centro de Ciências Exatas e Tecnologia, Departamento de Computação e Estatística. |
| Cargo ou função Chefe de Departamento de Computação e Estatística. |
Linhas de Pesquisa
| 1. | Bioinformática |
| Objetivos: Desenvolver técnicas e algoritmos computacionais na solução de problemas de Biologia Molecular.. Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Bioinformática. Setores de atividade: Produtos e Processos Biotecnológicos; Desenvolvimento de Programas (Software) e Prestação de Serviços em Informática. Palavras-chave: Dynamic Programming; Computational Biology; Projeto genoma; Sequence Comparison; Phylogeny; alinhamento. |
| 2. | Teoria da Computação |
| Objetivos: Estudo de técnicas computacionais de modelos teóricos para solução de problemas de otimização combinatória.. Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Teoria da Computação / Especialidade: Análise de Algoritmos e Complexidade de Computação. Setores de atividade: Desenvolvimento de Programas (Software) e Prestação de Serviços em Informática. Palavras-chave: Dynamic Programming; string-matching; comparação de seqüências; casamento de padrões. |
Projetos de Pesquisa
| 2010 - Atual | Mapeamento de transcritos e modelagem gênica |
| Descrição: Criação de uma infra-estrutura de bioinformática, tanto de hardware, quanto de software, para apoiar projetos de geração de transcritomas e o desenvolvimento de ferramentas computacionais inovadoras para estudo de transcritomas.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado ( 1) . Integrantes: Luciana Montera - Integrante / Marcelo Brígido - Integrante / Maria Emilia M T Walter - Integrante / Guilherme Pimentel Telles - Integrante / Said Sadique Adi - Integrante / Nalvo Franco de Almeida Junior - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.. |
| 2009 - Atual | Bioinformática de transcritoma |
| Descrição: Construção de plataforma computacional e desenvolvimento de técnicas para projetos de transcritoma.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado ( 1) . Integrantes: Nalvo Franco de Almeida Junior - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Apoio e Desenvolvimento do Ensino, Ciência e Tecnologia - Auxílio financeiro.. |
| 2006 - 2008 | Identificação de regiões funcionais por comparação de genomas |
| Descrição: O projeto visa o desenvolvimento e implementação de ferramentas baseadas em comparação sintência de seqüências, na descoberta de regiões funcionais em genomas de interesse.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação ( 2) . Integrantes: Guilherme Pimentel Telles - Integrante / Carlos Eduardo Ferreira - Integrante / Said Sadique Adi - Integrante / Nalvo Franco de Almeida Junior - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa / Fundação de Apoio Ao Desenvolvimento do Ensino Ciência e Tecnologia do Esta - Auxílio financeiro.. |
| 2006 - 2008 | Projeto e Implementação de Algoritmos BSP/CGM |
| Descrição: O projeto focaliza a continuação do desenvolvimento e implementação de algoritmos paralelos para problemas (que utilizem muita comunicação) usando o modelo Bulk Synchronous Parallel Model/Coarse-Grained Multicomputer (BSP/CGM). No presente projeto pretendemos tratar de duas aplicações: Problemas de Biologia Molecular Computacional e Problemas Básicos em Grafos.
O objetivo principal é desenvolver e implementar algoritmos paralelos eficientes para os seguintes problemas: alinhamento múltiplo de strings; computar todas as subseqüências maximais de uma dada seqüência; maior subseqüência crescente em uma string; problema do emparelhamento com k erros; fecho e redução transitiva de um grafo, árvore geradora mínima de um grafo, emparelhamento maximal em grafos, coloração em grafos, numeração s-t em grafos, ordenação topológica e outros problemas básicos em grafos.
. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Edson Norberto Cáceres - Coordenador / Siang Wun Song - Integrante / Marco Aurélio Stefanes - Integrante / Nalvo Franco de Almeida Junior - Integrante. Financiador(es): Fundação de Apoio Ao Desenvolvimento do Ensino Ciência e Tecnologia do Esta - Auxílio financeiro.. |
| 2006 - 2007 | Ensaio de fluorescência polarizada para o diagnóstico de infecções por Anaplasma |
| Descrição: A anaplasmose bovina é causada pela riquétsia intra-eritrocítica Anaplasma marginale que determina enfermidade caracterizada, em sua fase aguda, por altas riquetsemias, anemia, perda de peso, aborto e morte. Os animais que sobrevivem a esta fase permanecem persistentemente infectados, servindo como reservatórios para transmissão. A anaplasmose é importante não apenas nas regiões de instabilidade, mas também em áreas de estabilidade enzoótica, devido aos riscos de surtos pela introdução de animais de regiões livres de carrapatos. A eficácia de qualquer estratégia de controle e mesmo a decisão de qual medida a ser tomada depende do acurado diagnóstico de bovinos cronicamente infectados que geralmente é feito por sorologia, sendo a imunofluorescência indireta (IFI) e a imunoadsorção enzimática (ELISA), as técnicas mais freqüentemente empregadas. No entanto, há necessidade de equipamentos específicos, só manipulados em laboratório. Por isso, o ensaio de fluorescência polarizada que detecta a interação antígeno-anticorpo mediante a análise do grau de polarização de fluorescência, sob estímulo de luz polarizada, tem sido utilizado em uma ampla variedade de aplicações, apresentando-se sensível, específico e rápido, podendo ser utilizado em condições de campo. Este projeto tem por objetivo desenvolver um teste de fluorescência polarizada (FPA) para detecção de anticorpos contra A. marginale, utilizando antígeno recombinante MSP5, que é uma proteína altamente conservada entre diferentes isolados de A. marginale, avaliar o desempenho do teste com relação a técnicas sorológicas tradicionalmente utilizadas e validar a utilização do teste em condições de campo. Para o desenvolvimento do teste de FPA, será realizada a clonagem de msp5 com o produto de PCR do isolado Pernambuco-Zona da Mata de A. marginale. Os produtos clonados serão sequenciados, seguido da expressão e purificação da MSP5 recombinante, para conjugação com isotiocianato de fluoresceína. A avaliação do teste será e. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico ( 1) . Integrantes: Flábio R. Araújo - Integrante / Elaine Silva de Pádua Melo - Coordenador / Nalvo Franco de Almeida Junior - Integrante. Financiador(es): Fundação de Apoio Ao Desenvolvimento do Ensino Ciência e Tecnologia do Esta - Bolsa.. |
| 2006 - Atual | Desenvolvimento e avaliação de novas cepas vacinais geneticamente modificadas de Brucella abortus obtidas pela deleção dos genes VirB 4 e VirB 10 |
| Descrição: Em face do recém adotado Programa Nacional de Controle e Erradicação da Tuberculose e Brucelose pelo MAPA, este projeto de pesquisa apresenta uma proposta de trabalho voltada para o desenvolvimento de uma nova vacina contra a brucelose, com uso da tecnologia de cepas geneticamente modificadas. Para tanto, esta proposta pretende investigar o papel das proteínas VirB 4 e VirB 10, do sistema de secreção do tipo IV de Brucela abortus, agente da brucelose bovina, e o papel de cepas mutantes para os genes codificadores destas proteínas, na capacidade de induzir resposta imune e proteção contra a brucelose experimental.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação ( 1) . Integrantes: Flábio R. Araújo - Integrante / Cleber Soares - Integrante / Stenio P Fragoso - Integrante / Grácia Maria Soares Rosinha - Coordenador / Nalvo Franco de Almeida Junior - Integrante. Financiador(es): Fundação de Apoio Ao Desenvolvimento do Ensino Ciência e Tecnologia do Esta - Auxílio financeiro.. |
| 2005 - 2008 | Plataforma Integrada de Comparação Genômica |
| Descrição: O projeto consiste na construção de uma plataforma computacional, incorporando várias ferramentas e análises, que tem como entrada um conjunto de genomas, completos ou incompletos, e que permita um melhor entendimento das especificidades, em termos genômicos, dos organismos envolvidos.
. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação ( 3) / Especialização ( 0) / Mestrado acadêmico ( 2) / Mestrado profissionalizante ( 0) / Doutorado ( 0) . Integrantes: J C Setubal - Integrante / Carlos Juliano Moura Viana - Integrante / André Chastel - Integrante / Nalvo Franco de Almeida Junior - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Número de produções C, T & A: 3 / Número de orientações: 1. |
| 2005 - 2007 | Ancoragem de genomas incompletos em genomas completos |
| Descrição: O projeto consiste no desenvolvimento e implementação de ferramentas computacionais para a comparação de genomas incompletos e completos, que seja capaz de extrair informações funcionais e estruturais que ajudem na montagem, seqüenciamento e anotação do genoma incompleto, sem que haja a necessidade de completá-lo. A abordagem será feita através de técnicas de ancoragem. Essa ancoragem parte do princípio de que boa parte dos genes e trechos importantes de DNA mantém o conteúdo e a ordem, entre genomas próximos filogeneticamente. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação ( 1) / Mestrado acadêmico ( 1) . Integrantes: André Chastel - Integrante / Nalvo Franco de Almeida Junior - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Apoio Ao Desenvolvimento do Ensino Ciência e Tecnologia do Esta - Bolsa. Número de produções C, T & A: 2 / Número de orientações: 3. |
| 2005 - 2006 | Uma linguagem de padrões no domínio de gerência de projetos para o framework Fênix |
| Descrição: A presente pesquisa tem como objetivo propor modelos e técnicas e especificar uma linguagem de padrões para a implementação de uma ferramenta de e-gov na Web denominada Fênix, que auxilia os cidadãos na submissão de propostas eletrônicas de projeto a serem avaliadas por agências governamentais, e no planejamento, na gerência e na administração dos projetos após sua avaliação. Visando a modelagem deste sistema pretende-se, através desta dissertação, efetuar uma análise na linguagem de padrões GRN, no framework GREN e em outros sistemas semelhantes ja implementados e, desta forma, elaborar uma linguagem de padrões própria para o Fênix com domínio em submissão de projetos de pesquisa.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação ( 1) / Mestrado acadêmico ( 3) . Integrantes: Marcelo Augusto Santos Turine - Integrante / Camilo Carromeu - Coordenador / Nalvo Franco de Almeida Junior - Integrante. Financiador(es): Fundação de Apoio Ao Desenvolvimento do Ensino Ciência e Tecnologia do Esta - Auxílio financeiro.. |
| 2005 - Atual | Sistema de suporte à decisão em atividades de produção, aplicado à cultura da soja, baseado em mapas de potencialidades agrícolas |
| Descrição: Com este trabalho, tem-se como principal objetivo o desenvolvimento de um sistema de suporte à decisão para o atividade agrícola da cultura da soja, que tem se destacado como peça importante no agronegócio brasileiro. Será considerado nesse trabalho, a variabilidade espacial da propriedade rural e os demais fatores que influenciam na otimização desta atividade. Enfim, espera-se fornecer ao produtor uma poderosa ferramenta para o gerenciamento otimizado da empresa rural produtora de soja.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado ( 1) . Integrantes: Teodorico Alves Sobrinho - Integrante / Natanael Takeo Yamamoto - Coordenador / Nalvo Franco de Almeida Junior - Integrante. Financiador(es): Fundação de Apoio Ao Desenvolvimento do Ensino Ciência e Tecnologia do Esta - Bolsa.. |
| 2004 - 2008 | Genoma estrutural de Anaplasma marginale e identificação de antígenos para imunização e diagnóstico - Rede Genoma MS |
| Descrição: A anaplasmose bovina, causada pela riquétsia intra-eritrocítica Anaplasma marginale causa importantes perdas econômicas à bovinocultura, especialmente em áreas de clima tropical e subtropical. Estas perdas são medidas por diversos parâmetros, tais como perda de peso e redução na produção de leite, abortos, custos com tratamentos e mortalidade. Recentemente, os prejuízos foram estimadas em U$875 milhões/ano na América Latina e em 500 milhões de dólares/ano, no Brasil. Tais perdas justificam esforços na busca de programas de controle da anaplasmose mais eficazes. A vacinação tem sido uma forma econômica e eficiente de controlar a anaplasmose bovina. No entanto, os métodos de imunização tradicionais, que utilizam A. marginale ou A. centrale provenientes de eritrócitos infectados, apresentam limitações em seu uso, razão pela qual estudos para o descobrimento de novos imunógenos são necessários. O sequenciamento do genoma de A. marginale, o qual está estimado em 1,2 a 1,6 Mb possibilita a descoberta acelerada de um leque de proteínas chaves envolvidas em processos biológicos vitais para a riquétsia, as quais são potenciais alvos para a ação de drogas e para o desenvolvimento de vacinas e ensaios de imunodiagnóstico. Além disso, a análise genômica pode contribuir significativamente para o conhecimento do sistema biológico de A. marginale, incluindo suas relações com seus hospedeiros vertebrados e invertebrados. Um consórcio de pesquisadores de Instituições de Ensino e Pesquisa de Mato Grosso do Sul, o qual envolve a Embrapa Gado de Corte, a Universidade Federal de Mato Grosso do Sul, a Universidade Estadual de Mato Grosso do Sul, a Universidade para o Desenvolvimento do Estado e da Região do Pantanal, e a Universidade Católica Dom Bosco, juntamente com pesquisadores da Universidade de Brasília, Universidade Federal de Goiás e o Instituto de Biologia Molecular do Paraná, com apoio do CNPq e FUNDECT, está sequenciando, montando e realizando a categorização funcional do geno. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Claudio Madruga - Integrante / Flábio R. Araújo - Integrante / Cleber Soares - Coordenador / Marcelo Brígido - Integrante / Maria Emilia M T Walter - Integrante / Stenio P Fragoso - Integrante / Nalvo Franco de Almeida Junior - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa / Fundação de Apoio Ao Desenvolvimento do Ensino Ciência e Tecnologia do Esta - Auxílio financeiro. Número de produções C, T & A: 1. |
| 2004 - 2006 | Bioinformática e computação de alto desempenho |
| Descrição: O projeto 'Bioinformática e Computação de Alto Desempenho' consiste no desenvolvimento e implementação de um ambiente computacional distribuído, capaz de prover serviços eficientes de comparação de seqüências e que ofereça ferramentas auxiliares de anotação, recursos que seriam inviáveis se oferecidos em máquinas isoladas.
. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação ( 1) / Especialização ( 0) / Mestrado acadêmico ( 0) / Mestrado profissionalizante ( 0) / Doutorado ( 0) . Integrantes: Carlos Juliano Moura Viana - Integrante / Cintia Ferreira dos Passos - Integrante / Ivan Castro - Integrante / Nalvo Franco de Almeida Junior - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Apoio e Desenvolvimento do Ensino, Ciência e Tecnologia - Auxílio financeiro. Número de produções C, T & A: 1 / Número de orientações: 2. |
| 2004 - 2006 | Ensaio de fluorescência polarizada para o diagnóstico de infecções por Anaplasma marginale em bovinos |
| Descrição: A anaplasmose bovina é causada pela riquétsia intra-eritrocítica Anaplasma marginale.. Esta espécie ocorre em áreas tropicais e subtropicais do mundo, acarretando consideráveis prejuízos. No Brasil, as perdas econômicas com a Tristeza Parasitária Bovina são consideráveis, atingindo, 500 milhões de dólares, na qual A. marginale teria uma das principais participações nesse valor. Essas perdas são também elevadas em outros países, como os Estados Unidos, onde a anaplasmose é responsável pela morte de 50.000 a 100.000 bovinos por ano e por perdas em torno de 300 milhões de dólares.
As perdas econômicas causadas por A. marginale justificam esforços na busca de programas de controle da anaplasmose. As técnicas mais freqüentemente empregadas para a detecção de anticorpos contra A. marginale são a imunofluorescência e a imunoadsorção enzimática (ELISA). Ambas as técnicas são sensíveis e com especificidade variando em função do tipo e antígeno empregado. No entanto, em ambas as provas, um dos limitantes a sua utilização em maior escala é a necessidade de treinamento por parte do técnico para execução das múltiplas etapas dos testes. Além disso, há necessidade de equipamentos específicos, os quais, em geral, só são manipulados em laboratório, restringindo a realização das provas em condições de campo.
O ensaio de fluorescência polarizada detecta a interação antígeno-anticorpo mediante a análise do grau de polarização de fluorescência, sob estímulo de luz polarizada (laser). Assim, moléculas de antígeno marcadas com fluoróforo sofrem rotação rápida ao serem excitadas com luz polarizada, resultando em baixa taxa de polarização. Ao contrário, moléculas de antígeno ligadas a anticorpos específicos, sofrem rotação mais lenta, resultando em alta taxa de polarização. O ensaio de fluorescência polarizada é um teste rápido e de fácil execução, não requerendo habilidades específicas do técnico. Ademais, o leitor de fluorescência polarizada é um aparelho portátil, podendo ser utiliza. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Claudio Madruga - Coordenador / Flábio R. Araújo - Integrante / Cleber Soares - Integrante / Stenio P Fragoso - Integrante / Nalvo Franco de Almeida Junior - Integrante. Financiador(es): Fundação de Apoio Ao Desenvolvimento do Ensino Ciência e Tecnologia do Esta - Auxílio financeiro.. |
| 2004 - 2006 | Análise antigênica e genética de proteínas potenciais para controle de Anaplasma marginale, selecionadas por genômica estrutural |
| Descrição: A anaplasmose bovina, causada pela riquétsia intra-eritrocítica Anaplasma marginale causa importantes perdas econômicas à bovinocultura, especialmente em áreas de clima tropical e subtropical. Estas perdas são medidas por diversos parâmetros, tais como perda de peso e redução na produção de leite, abortos, custos com tratamentos e mortalidade. Recentemente, os prejuízos foram estimadas em U$875 milhões/ano na América Latina e em 500 milhões de dólares/ano, no Brasil. Tais perdas justificam esforços na busca de programas de controle da anaplasmose mais eficazes. A vacinação tem sido uma forma econômica e eficiente de controlar a anaplasmose bovina. No entanto, os métodos de imunização tradicionais, que utilizam A. marginale ou A. centrale provenientes de eritrócitos infectados, apresentam limitações em seu uso, razão pela qual estudos para o descobrimento de novos imunógenos são necessários. O sequenciamento do genoma de A. marginale, o qual está estimado em 1,2 a 1,6 Mb possibilita a descoberta acelerada de um leque de proteínas chaves envolvidas em processos biológicos vitais para a riquétsia, as quais são potenciais alvos para a ação de drogas e para o desenvolvimento de vacinas e ensaios de imunodiagnóstico. Além disso, a análise genômica pode contribuir significativamente para o conhecimento do sistema biológico de A. marginale, incluindo suas relações com seus hospedeiros vertebrados e invertebrados. Um consórcio de pesquisadores de Instituições de Ensino e Pesquisa de Mato Grosso do Sul, o qual envolve a Embrapa Gado de Corte, a Universidade Federal de Mato Grosso do Sul, a Universidade Estadual de Mato Grosso do Sul, a Universidade para o Desenvolvimento do Estado e da Região do Pantanal, e a Universidade Católica Dom Bosco, juntamente com pesquisadores da Universidade de Brasília, Universidade Federal de Goiás e o Instituto de Biologia Molecular do Paraná, com apoio do CNPq e FUNDECT, está sequenciando, montando e realizando a categorização funcional do geno. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Claudio Madruga - Coordenador / Flábio R. Araújo - Integrante / Cleber Soares - Integrante / Graziela Santos de Araújo - Integrante / Nalvo Franco de Almeida Junior - Integrante. Financiador(es): Fundação de Apoio Ao Desenvolvimento do Ensino Ciência e Tecnologia do Esta - Auxílio financeiro. Número de produções C, T & A: 3. |
| 2004 - 2006 | Projeto Genoma funcional e diferencial do Paracoccidioides brasilienses |
| Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Maria Sueli S. Felipe - Coordenador / Cleber Soares - Integrante / Graziela Santos de Araújo - Integrante / Carlos Juliano Moura Viana - Integrante / Marcelo Brígido - Integrante / Maria Emilia M T Walter - Integrante / Daniel A S dos Anjos - Integrante / Rosangela Vieira Andrade - Integrante / Maria José A Carvalho - Integrante / Stenio P Fragoso - Integrante / Nalvo Franco de Almeida Junior - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro / Fundação de Apoio Ao Desenvolvimento do Ensino Ciência e Tecnologia do Esta - Auxílio financeiro. Número de produções C, T & A: 2 / Número de orientações: 1. |
| 2004 - Atual | Fênix: Uma Ferramenta de Gerência de Projetos para e-Gov Baseada na Tecnologia de Componentes |
| Descrição: A presente pesquisa tem como objetivo especificar e implementar uma ferramenta de e-gov na Web denominada Fênix, que auxilia os cidadãos na submissão de propostas eletrônicas de projeto a serem avaliadas por agências governamentais, e no planejamento, na gerência e na administração dos projetos após sua avaliação. No desenvolvimento da arquitetura do Fênix será utilizada a tecnologia baseada em componentes e para facilitar a integração com outras ferramentas, tais como, Lattes CNpq, a Plataforma de Gestão de Talentos da Governo de Mato Grosso do Sul e o sistema Fundect online será necessário utilizar a tecnologia de banco de dados distribuídos.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação ( 1) / Mestrado acadêmico ( 3) . Integrantes: Marcelo Augusto Santos Turine - Integrante / Camilo Carromeu - Coordenador / Nalvo Franco de Almeida Junior - Integrante. Financiador(es): Fundação de Apoio Ao Desenvolvimento do Ensino Ciência e Tecnologia do Esta - Auxílio financeiro.. |
| 2002 - 2005 | Filogenia e Alinhamento Múltiplo de Genomas |
| Descrição: Desenvolver e implementar algoritmos para a construção de árvores filogenéticas de organismos, baseadas na distância entre organismos e características discretas destes. As distâncias são calculadas a partir de métricas também desenvolvidas no projeto, baseadas em dados resultantes da comparação pairwise de genomas, incluindo pares de genes ortólogos, BBHs, genes específicos, regiões ortólogas, etc.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação ( 2) / Especialização ( 0) / Mestrado acadêmico ( 1) / Mestrado profissionalizante ( 0) / Doutorado ( 0) . Integrantes: Luciana Montera - Integrante / Graziela Santos de Araújo - Integrante / Nalvo Franco de Almeida Junior - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Apoio e Desenvolvimento do Ensino, Ciência e Tecnologia - Auxílio financeiro. Número de produções C, T & A: 4. |
| 2002 - 2004 | Alinhamento múltiplo de genomas |
| Descrição: Desenvolvimento e implementação de algoritmos capazes de determinar regiões conservadas em múltiplos genomas, simultaneamente.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação ( 3) / Especialização ( 0) / Mestrado acadêmico ( 1) / Mestrado profissionalizante ( 0) / Doutorado ( 0) . Integrantes: Luciana Montera - Integrante / Anderson Fraiha Machado - Integrante / Nalvo Franco de Almeida Junior - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Apoio e Desenvolvimento do Ensino, Ciência e Tecnologia - Auxílio financeiro. Número de produções C, T & A: 1 / Número de orientações: 1. |
| 2000 - 2007 | Comparação e análise de genomas completos |
| Descrição: O projeto teve como objetivo inicial o desenvolvimento de ferramentas de software para comparação de genomas completos. Por genoma completo entende-se um genoma já seqüenciado e (pelo menos) parcialmente anotado. As ferramentas serviriam para se fazer a comparação de genomas em dois níveis diferentes. Num primeiro nível, compara-se as seqüências genômicas (DNA); no outro nível, as proteínas preditas (genes) dos dois genomas.
1 - Resumo e histórico
O projeto teve como objetivo inicial o desenvolvimento de ferramentas de software para comparação de genomas completos. Por genoma completo entende-se um genoma já seqüenciado e (pelo menos) parcialmente anotado. As ferramentas serviriam para se fazer a comparação de genomas em dois níveis diferentes. Num primeiro nível, compara-se as seqüências genômicas (DNA); no outro nível, as proteínas preditas (genes) dos dois genomas.
2 - Situação atual do projeto
Os objetivos descritos acima já foram parcialmente alcançados. Através do desenvolvimento de dois programas, chamados SBACON e BACON (BActerial COmparator), que usa as árvores de sufixos, é possível se conseguir tais repeats aproximados, assim como comparar os genomas. Além disso, os programas encontram os chamados tandem repeats, que são repeats cujas unidades de repetição são contíguas.
O outro objetivo, que é o de comparar dois genomas através das proteínas codificadas por seus genes, também já se encontra parcialmente alcançado. Desta vez o programa se chama EGG (Extended Genome-Genome comparator). EGG compara cada gene de um genoma com todos os genes do outro e vice-e-versa. Para tanto, usou-se uma conhecida e eficiente ferramenta de comparação de proteínas: BLAST. A ferramenta ainda se
encontra em fase de aperfeiçoamentos.
Apesar da parcialidade dos resultados, as ferramentas puderam ser utilizadas em vários projetos genoma, e já nos proporcionaram, as seguintes publicações:
- A. C. Rasera da Silva, J. C. Setubal, N. F. Almeida Jr. et al.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação ( 3) / Especialização ( 0) / Mestrado acadêmico ( 3) / Mestrado profissionalizante ( 0) / Doutorado ( 0) . Integrantes: Graziela Santos Araújo - Integrante / Luciana Montera - Integrante / Carlos Juliano Moura Viana - Integrante / Nalvo Franco de Almeida Junior - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Apoio Ao Desenvolvimento do Ensino Ciência e Tecnologia do Esta - Auxílio financeiro. Número de produções C, T & A: 9. |
Áreas de atuação
| 1. | Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Teoria da Computação /
Especialidade: Biologia Computacional. |
| 2. | Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Teoria da Computação /
Especialidade: Bioinformática. |
| 3. | Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Teoria da Computação /
Especialidade: Análise de Algoritmos e Complexidade de Computação. |
Idiomas
| Inglês | Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem. |
Prêmios e títulos
| 2003 | Concurso de teses e dissertações, Sociedade Brasileira da Computação. |
| 2000 | Mérito Científico e Tecnológico, Governo do Estado de São Paulo. |
Produção em C,T & A
| Produção bibliográfica |
| Citações | ||||||||||
| ||||||||||
| Artigos completos publicados em periódicos |
| 1. |  Potnis, Neha ; Krasileva, Ksenia ; Chow, Virginia ; Almeida, Nalvo F ; Patil, Prabhu B ; Ryan, Robert P ; Sharlach, Molly ; Behlau, Franklin ; Dow, J MAX ; Momol, M T ; White, Frank F ; Preston, James F ; Vinatzer, Boris A ; Koebnik, Ralf ; Setubal, Joao C ; Norman, David J ; Staskawicz, Brian J ; Jones, Jeffrey B . Comparative genomics reveals diversity among xanthomonads infecting tomato and pepper. BMC Genomics , v. 12, p. 146, 2011. |
| 2. | Cai, Rongman ; Lewis, James ; Yan, Shuangchun ; Liu, Haijie ; Clarke, Christopher R. ; Campanile, Francesco ; Almeida, Nalvo F. ; Studholme, David J. ; Lindeberg, Magdalen ; Schneider, David ; Zaccardelli, Massimo ; Setubal, Joao C. ; Morales-Lizcano, Nadia P. ; Bernal, Adriana ; Coaker, Gitta ; Baker, Christy ; Bender, Carol L. ; Leman, Scotland ; Vinatzer, Boris A. ; Guttman, David S. . The Plant Pathogen Pseudomonas syringae pv. tomato Is Genetically Monomorphic and under Strong Selection to Evade Tomato Immunity. PLoS Pathogens, v. 7, p. e1002130, 2011. |
| 3. | Staquicini, F. I. ; Cardo-Vila, M. ; Kolonin, M. G. ; Trepel, M. ; Edwards, J. K. ; Nunes, D. N. ; Sergeeva, A. ; Efstathiou, E. ; Sun, J. ; ALMEIDA, N. F. ; Tu, S.-M. ; Botz, G. H. ; Wallace, M. J. ; O'Connell, D. J. ; Krajewski, S. ; Gershenwald, J. E. ; Molldrem, J. J. ; Flamm, A. L. ; Koivunen, E. ; Pentz, R. D. ; Dias-Neto, E. ; SETUBAL, J. C. ; Cahill, D. J. ; Troncoso, P. ; Do, K.-A. ; Logothetis, C. J. ; Sidman, R. L. ; Pasqualini, R. ; Arap, W. . Vascular ligand-receptor mapping by direct combinatorial selection in cancer patients. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, v. 108, p. 18637-18642, 2011. |
| 4. |  Almeida, Nalvo F. ; Yan, Shuangchun ; Cai, Rongman ; Clarke, Christopher R. ; Morris, Cindy E. ; Schaad, Norman W. ; Schuenzel, Erin L. ; Lacy, George H. ; Sun, Xiaoan ; Jones, Jeffrey B. ; Castillo, Jose A. ; Bull, Carolee T. ; Leman, Scotland ; Guttman, David S. ; Setubal, João C. ; Vinatzer, Boris A. . PAMDB, A Multilocus Sequence Typing and Analysis Database and Website for Plant-Associated Microbes. Phytopathology, v. 100, p. 208-215, 2010. |
| 5. | Moreira, Leandro M ; Almeida, Nalvo F ; Potnis, Neha ; Digiampietri, Luciano A ; Adi, Said S ; Bortolossi, Julio C ; da Silva, Ana C ; da Silva, Aline M ; de Moraes, Fabricio E ; de Oliveira, Julio C ; de Souza, Robson F ; Fancincani, Agda P ; Ferraz, Andre L ; Ferro, Maria I ; Furlan, Luiz R ; Gimenez, Daniele F ; Jones, Jeffrey B ; Kitajima, Elliot W ; Laia, Marcelo L ; Leite, Rui P ; Nishiyama, Milton Y ; Rodrigues Neto, Julio ; Nociti, Leticia A ; Norman, David J ; Ostroski, Eric H ; Pereira, Haroldo A ; Staskawicz, Brian J ; Tezza, Renata I ; Ferro, Jesus A ; Vinatzer, Boris A ; Setubal, Joao C . Novel insights into the genomic basis of citrus canker based on the genome sequences of two strains of Xanthomonas fuscans subsp. aurantifolii. BMC Genomics, v. 11, p. 238, 2010. |
| 6. | SG Junior, Daniel ; Araújo, Flábio R ; Almeida Junior, Nalvo F ; Adi, Said S ; Cheung, Luciana M ; FRAGOSO, Stenio P ; Ramos, Carlos AN ; Oliveira, Renato Henrique M de ; Santos, Caroline S ; Bacanelli, Gisele ; Soares, Cleber O ; Rosinha, Grácia MS ; Fonseca, Adivaldo H . Analysis of membrane protein genes in a Brazilian isolate of Anaplasma marginale. Memórias do Instituto Oswaldo Cruz (Impresso), v. 105, p. 843-849, 2010. |
| 7. | Almeida, Nalvo F. ; Yan, Shuangchun ; Lindeberg, Magdalen ; Studholme, David J. ; Schneider, David J. ; Condon, Bradford ; Liu, Haijie ; Viana, Carlos J. ; Warren, Andrew ; Evans, Clive ; Kemen, Eric ; MacLean, Dan ; Angot, Aurelie ; Martin, Gregory B. ; Jones, Jonathan D. ; Collmer, Alan ; Setubal, Joao C. ; Vinatzer, Boris A. . A Draft Genome Sequence of pv. T1 Reveals a Type III Effector Repertoire Significantly Divergent from That of pv. DC3000. Molecular Plant-Microbe Interactions, v. 22, p. 52-62, 2009. |
| 8. | Slater, S. C. ; Goldman, B. S. ; Goodner, B. ; SETUBAL, J. C. ; Farrand, S. K. ; NESTER, E. W. ; Burr, T. J. ; Banta, L. ; Dickerman, A. W. ; Paulsen, I. ; Otten, L. ; Suen, G. ; Welch, R. ; ALMEIDA, N. F. ; Arnold, F. ; Burton, O. T. ; Du, Z. ; Ewing, A. ; Godsy, E. ; Heisel, S. ; Houmiel, K. L. ; Jhaveri, J. ; Lu, J. ; Miller, N. M. ; Norton, S. ; Chen, Q. ; Phoolcharoen, W. ; Ohlin, V. ; Ondrusek, D. ; Pride, N. ; Stricklin, S. L. ; Sun, J. ; Wheeler, C. ; Wilson, L. ; Zhu, H. ; WOOD, D. W. . Genome Sequences of Three Agrobacterium Biovars Help Elucidate the Evolution of Multi-Chromosome Genomes in Bacteria. Journal of Bacteriology, v. 191, p. 2501-2511, 2009. |
| 9. | Wattam, A. R. ; Williams, K. P. ; Snyder, E. E. ; ALMEIDA, N. F. ; Shukla, M. ; Dickerman, A. W. ; Crasta, O. R. ; Kenyon, R. ; Lu, J. ; Shallom, J. M. ; Yoo, H. ; Ficht, T. A. ; Tsolis, R. M. ; Munk, C. ; Tapia, R. ; Han, C. S. ; Detter, J. C. ; Bruce, D. ; Brettin, T. S. ; Sobral, B. W. ; Boyle, S. M. ; SETUBAL, J. C. . Analysis of ten Brucella genomes reveals evidence for horizontal gene transfer despite a preferred intracellular lifestyle. Journal of Bacteriology, v. 191, p. 3569-3579, 2009. |
| 10. | SETUBAL, J. C. ; dos Santos, P. ; Goldman, B. S. ; Ertesvag, H. ; Espin, G. ; Rubio, L. M. ; Valla, S. ; ALMEIDA, N. F. ; Balasubramanian, D. ; Cromes, L. ; Curatti, L. ; Du, Z. ; Godsy, E. ; Goodner, B. ; Hellner-Burris, K. ; Hernandez, J. A. ; Houmiel, K. ; Imperial, J. ; Kennedy, C. ; Larson, T. J. ; Latreille, P. ; Ligon, L. S. ; Lu, J. ; Mark, M. ; Miller, N. M. ; Norton, S. ; O'Carroll, I. P. ; Paulsen, I. ; Raulfs, E. C. ; Roemer, R. ; Rosser, J. ; Segura, D. ; Slater, S. ; Stricklin, S. L. ; STUDHOLME, D. J. ; Sun, J. ; VIANA, C. J. ; Wallin, E. ; Wang, B. ; Wheeler, C. . The genome sequence of Azotobacter vinelandii, an obligate aerobe specialized to support diverse anaerobic metabolic processes. Journal of Bacteriology, v. 191, p. 4534-4545, 2009. |
| 11. | Xavier, Paula Cristhina Niz ; Chang, Marilene Rodrigues ; Nunes, Maína O. ; Palhares, Durval B. ; Silva, Renato Andreotti e ; Bonfim, Gisele Facholi ; Almeida Júnior, Nalvo F. ; Almeida, Nalvo F. . Candidemia neonatal, em hospital público do Mato Grosso do Sul. Revista da Sociedade Brasileira de Medicina Tropical (Impresso), v. 41, p. 459-463, 2008. |
| 12. | BRÍGIDO, Marcelo ; WALTER, Maria Emilia M T ; OLIVEIRA, A. G. ; INOUE, M. K. ; ANJOS, Daniel A S dos ; SANDES, E. F. ; GONDIM, J. J. ; CARVALHO, Maria José A ; ALMEIDA, N. F. ; FELIPE, Maria Sueli S. . Bioinformatics of the Paracoccidioides brasiliensis EST Project. Genetics and Molecular Research, Ribeirão Preto, v. 4, n. 2, p. 203-215, 2005. |
| 13. | FELIPE, Maria Sueli S. ; ANDRADE, Rosangela Vieira ; 18 other authors ; OLIVEIRA, G. S. ; M.S.BARBOSA, ; MARTINS, N. F. ; FACHIN, A. L. ; CARDOSO, R. F. ; PASSOS, G. A. ; ALMEIDA, N. F. ; WALTER, Maria Emilia M T ; SOARES, C. M. A. ; CARVALHO, Maria José A ; BRÍGIDO, Marcelo . Transcriptional profiles of the human pathogenic fungus Paracoccidioides brasiliensis in mycelium and yeast cells. Journal of Biological Chemistry (Online), v. 280, n. 1074, p. 24706-24714, 2005. |
| 14. | ANDRADE, Rosangela Vieira ; SILVA, S. P. ; TORRES, F. A. ; POCAS-FONSECA, M. J. ; PEREIRA, I. S. ; MARANHAO, A. Q. ; Campos, E.G., Moraes, L.P., JESUINO, E. L. R. ; PEREIRA, M. ; SOARES, C. M. A. ; WALTER, Maria Emilia M T ; CARVALHO, Maria José A ; ALMEIDA, N. F. ; BRÍGIDO, Marcelo ; FELIPE, Maria Sueli S. . Overview and perspectives on the transcriptome of Paracoccidioides brasiliensis. Revista Iberoamericana de Micología, Espanha, v. 22, p. 203-212, 2005. |
| 15. | Araújo, Flábio R ; Melo, Valeska SP ; Ramos, Carlos AN ; Madruga, Claudio R ; Soares, Cleber O ; Kessler, Raul H ; Almeida, Nalvo F ; Araújo, Graziela S ; Alves, Leucio C ; Torres Júnior, Roberto AA ; Fragoso, Stênio P ; Arauco, Paulo RC ; Bacanelli, Gisele ; Oliveira, Maristeli B ; Santos, Lenita R . Development of enzyme-linked immunosorbent assays based on recombinant MSP1a and MSP2 of Anaplasma marginale. Memórias do Instituto Oswaldo Cruz (Impresso), Rio de Janeiro, v. 100, n. 7, p. 765-769, 2005. |
| 16. | MOREIRA, L. M. ; SOUZA, R. F. ; ALMEIDA, N. F. ; SETUBAL, J. C. ; OLIVEIRA, J. C. F. ; FURLAN, L. R. ; FERRO, J. A. ; da SILVA, A. C. Rasera . Comparative genomics analyses of citrus-associated bacteria. Annual Review of Phytopathology, USA, v. 42, p. 163-184, 2004. |
| 17. | Monteiro-Vitorello, Claudia B. ; Camargo, Luis E. A. ; Van Sluys, Marie A. ; Kitajima, João P. ; Truffi, Daniela ; do Amaral, Alexandre M. ; Harakava, Ricardo ; de Oliveira, Julio C. F. ; Wood, Derek ; de Oliveira, Mariana C. ; Miyaki, Cristina ; Takita, Marco A. ; da Silva, Ana C. R. ; Furlan, Luis R. ; Carraro, Dirce M. ; Camarotte, Giovana ; ALMEIDA, N. F. ; Carrer, Helaine ; Coutinho, Luiz L. ; El-Dorry, Hamza A. ; Ferro, Maria I. T. ; Gagliardi, Paulo R. ; Giglioti, Eder ; Goldman, Maria H. S. ; Goldman, Gustavo H. ; Kimura, Edna T. ; Ferro, Emer S. ; Kuramae, Eiko E. ; Lemos, Eliana G. M. ; Lemos, Manoel V. F. ; Mauro, Sonia M. Z. ; Machado, Marcos A. ; Marino, Celso L. ; Menck, Carlos F. ; Nunes, Luiz R. ; Oliveira, Regina C. ; Pereira, Gonçalo G. ; Siqueira, Walter ; de Souza, Alessandra A. ; Tsai, Siu M. . The Genome Sequence of the Gram-Positive Sugarcane Pathogen subsp.. Molecular Plant-Microbe Interactions, USA, v. 17, n. 8, p. 827-836, 2004. |
| 18. | SLUYS, M. A. V. ; OLIVEIRA, M. C. ; MONTEIRO-VITORELLO, C. B. ; MIYAKI, C. Y. ; FURLAN, L. R. ; CAMARGO, L. E. A. ; da SILVA, A. C. Rasera ; MOON, D. H. ; TAKITA, M. A. ; 45 other authors ; SIMPSON, A. J. G. ; ALMEIDA, N. F. ; SETUBAL, J. C. ; KITAJIMA, J. P. . Comparative analyses of the complete genome sequences of Pierce's Disease and Citrus Variegated Chlorosis strains of Xylella fastidiosa. Journal of Bacteriology, Washington-DC USA, v. 185, n. 3, p. 1018-1026, 2003. |
| 19. | FELIPE, Maria Sueli S. ; ANDRADE, Rosangela Vieira ; PETROFEZA, S. S. ; MARANHAO, A. Q. ; TORRES, F. A. ; ALBUQUERQUE, P. ; Arraes, F. B. M. ; ARRUDA, M. ; AZEVEDO, M. O. ; 38 other authors ; ALMEIDA, N. F. ; WALTER, Maria Emilia M T ; SOARES, C. M. A. ; BRÍGIDO, Marcelo . Transcriptome characterization of the dimorphic and pathogenic fungus Paracoccidioides brasiliensis by EST analysis. Yeast (Chichester), Hoboken, NJ USA, v. 20, n. 3, p. 263-271, 2003. |
| 20. | da SILVA, A. C. Rasera ; FERRO, J. A. ; REINACH, F. C. ; FARAH, C. S. ; FURLAN, L. R. ; QUAGGIO, R. B. ; MONTEIRO-VITORELLO, C. B. ; SLUYS, M. A. V. ; ALMEIDA, N. F. ; 54 other authors ; SETUBAL, J. C. ; KITAJIMA, J. P. . Comparison of the genomes of two Xanthomonas pathogens with differing host specifities. Nature (London), UK, v. 417, n. 6887, p. 459-463, 2002. |
| 21. | WOOD, D. W. ; SETUBAL, J. C. ; KAUL, R. ; MONKS, D. E. ; KITAJIMA, J. P. ; K.OKURA, V. ; ZHOU, Y. ; CHEN, L. ; WOOD, G. E. ; ALMEIDA, N. F. ; 38 other authors ; NESTER, E. W. ; OLSON, M. V. ; WOO, L. . The Genome of the Natural Genetic Engineer Agrobacterium tumefaciens C58. Science, USA, v. 294, n. 5550, p. 2317-2323, 2001. |
| 22. | ALMEIDA, N. F. ; BARBOSA, Valmir Carneiro . A String-matching Algorithm for the CREW-PRAM. Information Processing Letters, North-Holland, v. 47, n. 5, p. 257-259, 1993. |
| Livros publicados/organizados ou edições |
| 1. | ALMEIDA, N. F. (Org.) ; LIFSCHITZ, S. (Org.) ; LINDEN, R. (Org.) ; PAPPAS, Georgios (Org.) . Annals of Second Brazilian Workshop on Bioinformatics. 1. ed. Porto Alegre, RS: Sociedade Brasileira de Computação, 2003. v. 1. 176 p. |
| Capítulos de livros publicados |
| 1. | ALMEIDA, N. F. ; TELLES, Guilherme Pimentel ; MARTINEZ, Fábio Henrique Viduani . Algoritmos e heurísticas para comparações exata e aproximada de seqüências. In: Antonio A.F. Loureiro; Marinho P. Barcellos. (Org.). XXIV Jornadas de Atualização em Informática. São Leopoldo, RS: Sociedade Brasileira de Computação, 2005, v. 1, p. 1545-1587. |
| Textos em jornais de notícias/revistas |
| 1. | ALMEIDA, N. F. . Bioinformática e Ciência da Computação. Folha do Povo, Campo Grande - MS, p. 10 - 10, 16 abr. 2000. |
| Trabalhos completos publicados em anais de congressos |
| 1. | POLASTRO, M.C. ; ALMEIDA, N. F. . OCR errors and their effects on computer forensics. In: The Sixth International Conference on Forensic Computer Science, 2011, Florianópolis.
Proceeding of the Sixth International Conference on Forensic Computer Science ICoFCS 2011. Brasília-DF :
Associação Brasileira De Especialistas Em Alta Tecnologia (ABEAT), 2011. p. 115-121. |
| 2. | ANJOS, Daniel A S dos ; Zerlotini, Gustavo ; PINTO, G. ; BRÍGIDO, Marcelo ; WALTER, Maria Emilia M T ; TELLES, Guilherme Pimentel ; VIANA, Carlos Juliano Moura ; ALMEIDA, N. F. . A method for inferring biological functions using homologous genes among three genomes. In: Braziliam Symposium on Bioinformatics, 2007, Angra dos Reis.
Advances in Bioinformatics and Computational Biology. Berlin / Heidelberg :
Springer Verlag, 2007. v. 4643. p. 69-80. |
| 3. | ALMEIDA, N. F. ; CHASTEL, André ; ADI, S. S. ; VIANA, C. J. ; NAKAZAKI, M. Y. ; Tamura A. ; HIRATSUKA, L. Y. ; BRAZIL, L. . Mapping Contigs onto Reference Genomes. In: Second Brazilian Symposium on Bioinformatics, BSB 2007, 2007, Angra dos Reis, RJ, Brazil.
Proceedings of Second Brazilian Symposium on Bioinformatics, BSB 2007. Berlin / Heidelberg :
Springer, 2007. v. 4643. p. 153-157. |
| 4. | TELLES, Guilherme Pimentel ; BRÍGIDO, Marcelo ; ALMEIDA, N. F. ; VIANA, C. J. M. ; ANJOS, Daniel A S dos ; WALTER, Maria Emilia M T . A method for comparing three genomes. In: Braziliam Symposium on Bioinformatics, 2005, São Leopoldo, RS, Brasil.
Advances in Bioinformatics and Computational Biology. Berlin / Heidelberg :
Springer Verlag, 2005. v. 3594. p. 160-169. |
| 5. | ALMEIDA, N. F. ; MARTINEZ, Fábio Henrique Viduani ; TELLES, Guilherme Pimentel . Algoritmos e heurísticas para comparações exatas e aproximadas de seqüências. In: [ JAI ] - Jornadas de Atualização em Informática, 2005, São Leopoldo, RS, Brasil. Livro das Jornadas de Atualização em Informática. Porto Alegre, RS : SBC, 2005. p. 1545-1587. |
| 6. | ALMEIDA, N. F. ; SETUBAL, J. C. . Ferramentas para comparação genômica. In: XXIII Congresso da Sociedade Brasileira de Computação, 2003, Campinas. Anais do XXIII Congresso da Sociedade Brasileira de Computação. Campinas, SP : SBC, 2003. v. I. p. 13-20. |
| 7. | ALMEIDA, N. F. ; CACERES, E. N. ; ALVES, C. E. R. ; SONG, S. W. . Comparison of Genomes using High-Performance Parallel Computing. In: The 15th Symposium on Computer Architecture and High Performance Computing, 2003, São Paulo, SP. Proceedings of 15th Symposium on Computer Architecture and High Performance Computing - SBAC 2003, 2003. |
| 8. | ALMEIDA, N. F. ; ARAÚJO, Graziela Santos . Phylogeny from whole genome comparison. In: Simpósio Brasileiro de Banco de Dados, 2002, Gramado - RS. I Workshop Brasileiro de Bioinformática, 2002. v. 1. p. 9-15. |
| 9. | ALMEIDA, N. F. ; BARBOSA, Valmir Carneiro . Um Algoritmo de String-Matching Para o Modelo CREW-PRAM. In: XIX Conferencia Latinoamericana de Informática, 1993, Buenos Aires. 22 JAIO - PANEL'93, 1993. p. 437-446. |
| Resumos expandidos publicados em anais de congressos |
| 1. | TELLES, Guilherme Pimentel ; ALMEIDA, N. F. ; BRÍGIDO, Marcelo ; Alvarez, Paulo Antonio ; WALTER, Maria Emilia M T . kGC: Finding Groups of Homologous Genes across Multiple Genomes. In: 6th Brazilian Symposium on Bioinformatics, BSB 2011, 2011, Brasília. Advances in Bioinformatics and Computational Biology. Berlin : Springer, 2011. v. 6832. p. 79-82. |
| 2. | ALMEIDA, N. F. ; Asseiss, Habib ; SETUBAL, J. C. . Using assembly and phylogeny to classify metagenomic sequences. In: 6th Brazilian Symposium on Bioinformatics, BSB 2011, 2011, Brasília. Brazilian Symposium on Bioinformatics - Digital Proceedings. Brasília : Brazilian Computer Society, 2011. p. 65-68. |
| 3. | ALMEIDA, N. F. ; NAKAZAKI, M. Y. ; ADI, S. S. ; CHASTEL, André ; VIANA, C. J. M. ; Tamura A. ; HIRATSUKA, L. Y. ; BRAZIL, L. . EGGview: Visualization of EGG Comparative Data Using GBrowse. In: Second Brazilian Symposium on Bioinformatics, BSB 2007, 2007, Angra dos Reis. BSB2007 Poster Proceedings (ISBN: 978-85-7669-123-5). Porto Alegre, RS : Sociedade Brasileira de Computação, 2007. |
| 4. | ALMEIDA, N. F. ; VIANA, Carlos Juliano Moura ; SETUBAL, J. C. ; CARVALHO, M. H. . A method to determine homologous protein families based on graph cliques and profiles. In: Terceiro Workshop Brasileiro de Bioinformática, 2004, Brasília. Terceiro Workshop Brasileiro de Bioinformática. Brasília : Natália Martins, 2004. v. 3. p. 97-100. |
| 5. | ALMEIDA, N. F. ; MONTERA, L. . Determinação de regiões ortólogas múltiplas. In: Second Brazilian Workshop on Bioinformatics, 2003, Macaé-RJ. Second Brazilian Workshop on Bioinformatics. Porto Alegre - RS : Sociedade Brasileira de Computação, 2003. v. 01. p. 129-132. |
| 6. | ALMEIDA, N. F. ; MADRUGA, Claudio ; ARAÚJO, Flábio R. ; SOARES, Cleber . Análise de 18S rRNA em isolados brasileiros de Trypanosoma vivax. In: XI Congresso Latinoamericano de Buiatria, 2003, Salvador, BA. Anais do XI Congresso Latinoamericano de Buiatria, 2003. |
| 7. | ALMEIDA, N. F. ; MADRUGA, Claudio ; SOARES, Cleber ; ARAÚJO, Flábio R. . Diagnóstico de infecções por isolados brasileiros de Trypanosoma vivax e Trypanosoma evansi por PCR-RFLP. In: XI Congresso LAtinoamericano de Buiatria, 2003, Salvador, BA. Anais do XI Congresso LAtinoamericano de Buiatria, 2003. |
| Resumos publicados em anais de congressos |
| 1. | S.YAN, ; ALMEIDA, N. F. ; LINDEBERG, M. ; SCHNEIDER, D. J. ; LIU, H. ; COLLMER, A. ; SETUBAL, J. C. ; VINATZER, B.A. . A Comparative Genomics Investigation into Host Specificity in the Plant Pathogen Pseudomonas Syringae. In: American Society of Microbiology 108th General Meeting, 2008, Boston, MA, USA. Proc. of American Society of Microbiology 108th General Meeting, 2008. |
| 2. | PIRES, P. P. ; ALMEIDA, N. F. ; HANASHIRO, E. J. ; DIAS, W. M. ; GOIOZO, P. F. I. . Interface de hardware e software para conexão de balança, identificador eletrônico e teclado do peão com PC. In: VII Congresso Internacional de Zootecnia, 2005, Campo Grande. Anais do ZOOTEC'2005, 2005. |
| 3. | SETUBAL, J. C. ; ALMEIDA, N. F. . Detection of related genes in procaryotes using syntenic regions. In: DIMACS Workshop on Whole Genome Comparison, 2001, Piscataway, NJ. DIMACS Workshop on Whole Genome Comparison, 2001. v. 1. p. 17-19. |
| 4. | D. W. Wood ; SETUBAL, J. C. ; ALMEIDA, N. F. ; et. al. . Sequencing and Analysis of the Agrobacterium Tumefaciens Genome. In: 10th International Congress on Molecular Plant-Microbe Interactions, 2001, Madison. 10th International Congress on Molecular Plant-Microbe Interactions, 2001. v. 0. p. 0-0. |
| Apresentações de Trabalho |
| 1. | CLARK, C. ; STUDHOLME, D. J. ; ALMEIDA, N. F. ; JONES, J. D. ; SETUBAL, J. C. ; GUTTMAN, D.S. ; VINATZER, B.A. . Characterization of a subgroup of Pseudomonas syringae strains that lack a typical type three secretion system and effector gene orthologues. 2009. (Apresentação de Trabalho/Comunicação). |
| 2. | YAN, S. ; ALMEIDA, N. F. ; LINDEBERG, M. ; LIU, H. ; WARREN, A. ; SCHNEIDER, D. J. ; Moore, M. ; COLLMER, A. ; SETUBAL, J. C. ; VINATZER, B.A. . Dissecting Arabidopsis host and nonhost interactions with Pseudomonas syringae, taking advantage of comparative evolutionary genomics. 2008. (Apresentação de Trabalho/Comunicação). |
| 3. | YAN, S. ; ALMEIDA, N. F. ; LINDEBERG, M. ; LIU, H. ; WARREN, A. ; SCHNEIDER, D. J. ; Moore, M. ; COLLMER, A. ; SETUBAL, J. C. ; VINATZER, B.A. . Using a plant bacterial pathogen interaction model to study host range and virulence evolution of infectious bacteria. 2008. (Apresentação de Trabalho/Comunicação). |
| Demais tipos de produção bibliográfica |
| 1. | ALMEIDA, N. F. ; SETUBAL, J. C. ; TOMPA, M. . On the Use of Don't Care Regions for Protein Sequence Alignment. Campinas SP 1999 (Technical Report). |
| 2. | ALMEIDA, N. F. ; SETUBAL, J. C. . Um Modelo Oculto de Markov para encontrar promotores em seqüências de DNA. Campinas 1998 (Technical Report). |
| Produção técnica |
| Softwares com registro de patente |
| 1. | CARROMEU, C. ; Viana, Carlos J. ; SOARES, Cleber ; VIEIRA, C. A. ; CACERES, E. N. ; SANDIM, H. C. ; TURINE, M. A. S. ; SILVA, M. R. ; ALMEIDA, N. F. ; PIRES, P. P. ; SANTOS, Q. I. ; ALMEIDA, R. B. ; AMARAL, T. B. . e-SAPI - Portal da Carne: Uma Infra-estrutura Tecnológica para Gestão de Dados de Rastreabilidade e Vigilância Sanitária do Sistema Agropcuário de Produção. 2008. |
| Softwares sem registro de patente |
| 1. | ALMEIDA, N. F. . Bacon - Bacterial Comparator. 2002. |
| 2. | ALMEIDA, N. F. . EGG - Extended Genome Genome Comparison. 2002. |
| Trabalhos técnicos |
| 1. | ALMEIDA, N. F. ; SETUBAL, J. C. ; TOMPA, M. . On the Use of Don't Care Regions for Protein Sequence Alignment. 1999. |
| 2. | ALMEIDA, N. F. ; SETUBAL, J. C. . Um Modelo Oculto de Markov para encontrar promotores em seqüências de DNA. 1998. |
| Demais tipos de produção técnica |
| 1. | ALMEIDA, N. F. . A matematica e o genoma. 2009. (Curso de curta duração ministrado/Outra). |
| Demais trabalhos |
| 1. | ALMEIDA, N. F. . Coordenação de Programa do Second Brazilian Workshop on Bioinformatics. 2003 (Coordenação de Programa de Evento Científico). |
Bancas
| Participação em bancas examinadoras |
| Dissertações |
| 1. | WALTER, Maria Emilia M T; Almeida, Nalvo F; BRÍGIDO, Marcelo. Participação em banca de Rodrigo Carneiro Munhoz Coimbra. Ferramenta de Visualização Interativa de Comparação entre Múltiplos Genomas para a Identificação de Sintenias. 2010. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade de Brasília. |
| 2. | DIAS, Z.; ALMEIDA, N. F.; TELLES, Guilherme Pimentel. Participação em banca de Maria Angélica Lopes de Souza. Alinhamento Progressivo de Sequências de Proteínas. 2010. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Estadual de Campinas. |
| 3. | MINGHIM, R.; TELLES, Guilherme Pimentel; ALMEIDA, N. F.. Participação em banca de Delane Pereira de Oliveira Dias. Uma ferramenta basada em Grafos para visualização de ESTs. 2007. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação e Matemática Computacional) - Universidade de São Paulo. |
| 4. | ALMEIDA, N. F.; PAPPAS, Georgios; WALTER, Maria Emilia M T. Participação em banca de Marcos Francisco Ribeiro Ferreira. Visualização de dados genômicos do fungo paracoccidioides brasilienses. 2006. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade de Brasília. |
| 5. | ALMEIDA, N. F.; BIAJIZ, Mauro; SANTOS, Marilde Terezinha Prado. Participação em banca de Gustavo Borges de Oliveira. Bio-TIM - Ambiente para convergencia de informações em Bioinformática. 2005. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Federal de São Carlos. |
| 6. | ALMEIDA, N. F.. Participação em banca de Renata Cristina Faray Melo. Comparação de seqüências biológicas utilizando DSM. 2003. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade de Brasília. |
| 7. | CARVALHO, A. P.; ALMEIDA, N. F.; VASCONCELOS, A. T.; MARTINS, S. L.; LEITAO, H. C. G.. Participação em banca de Carlos Vitor Graça Bastos de Azevedo. Procura de Similaridade entre Operons. 2003. Dissertação (Mestrado em Computação) - Universidade Federal Fluminense. |
| Teses de doutorado |
| 1. | DIAS, Z.; Meidanis, J.; TELLES, Guilherme Pimentel; ALMEIDA, N. F.; SETUBAL, J. C.. Participação em banca de Christian Baudet. Enumeração de traces e identificação de breakpoints: um estudo de aspectos da evolução. 2010. Tese (Doutorado em Ciência da Computação) - Universidade Estadual de Campinas. |
| 2. | Almeida, M. Cristina; MELLO, R. F.; Bruno, O.M.; Drummond, L.M.A.; ALMEIDA, N. F.. Participação em banca de Márcio Oliveira Almeida. Avaliação de desempenho de algoritmos paralelos para uma plataforma de mineração visual. 2009. Tese (Doutorado em Ciências da Comunicação) - Universidade de São Paulo. |
| 3. | LAGO, A.; LABER, E.; ALMEIDA, N. F.; TELLES, Guilherme Pimentel; FERREIRA, Carlos Eduardo. Participação em banca de Algusto Fernandes Vellozo. Alinhamento de seqüências com rearranjos. 2007 - Instituto de Matemática e Estatística. |
| 4. | FERREIRA, Carlos Eduardo; ALMEIDA, N. F.; LAGO, Alair Pereira Do; RIBEIRO, Leila; CARVALHO, André Carlos Ponce de Leon Ferreira de. Participação em banca de Said Sadique Adi. Algoritmos e Ferramentas para predição de genes. 2005. Tese (Doutorado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo. |
| 5. | BARBOSA, Valmir Carneiro; ALMEIDA, N. F.; SZWARCFITER, Jayme Luiz. Participação em banca de Alexandre Henrique Lopes Porto. Alinhamento múltiplo de seqüências baseado em coberturas de conjuntos. 2005. Tese (Doutorado em Engenharia de Sistemas e Computação) - Universidade Federal do Rio de Janeiro. |
| 6. | ALMEIDA, N. F.; RIBEIRO, C. C.; LIFSCHITZ, S.; SEIBEL, L. F. B.; PASSOS, E. P. L.; OCHI, L. S.; ABREU, N. M. M.. Participação em banca de Dalessandro Soares Viana. Heurísicas híbridas para o problema da filogenia. 2004. Tese (Doutorado em Informática) - Pontifícia Universidade Católica do Rio de Janeiro. |
| 7. | SONG, S. W.; BARBOSA, Valmir Carneiro; CACERES, E. N.; SOARES, J. A. R.; SOMA, N. Y.; ALMEIDA, N. F.. Participação em banca de Carlos Eduardo Rodrigues Alves. Algoritmos paralelos de granularidade grossa para problemas de alinhamento de cadeias. 2002 - Universidade de São Paulo. |
| Qualificações de doutorado |
| 1. | BARBOSA, Valmir Carneiro; ALMEIDA, N. F.; SZWARCFITER, Jayme Luiz. Participação em banca de Alexandre Henrique Lopes Porto. Uma nova abordagem para o problema do alinhamento múltiplo de seqüências. 2002. Exame de qualificação (Doutorando em Engenharia de Sistemas e Computação) - Universidade Federal do Rio de Janeiro. |
| Trabalhos de Conclusão de Curso de graduação |
| 1. | MARTINEZ, Fábio Henrique Viduani; Almeida, Nalvo F.. Participação em banca de Phelipe Araujo Fabres. Árvores Filogenéticas de Redes Metabólicas Baseadas em Análise de Similaridade. 2010. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Bacharelado em Ciência da Computação) - Faculdade de Computação - UFMS. |
| Participação em bancas de comissões julgadoras |
| Concurso público |
| 1. | ALMEIDA, N. F.; MONGELLI, H.; TURINE, M. A. S.. Banca Examinadora do Concurso Público de Docentes da Fundação Universidade Estadual do Mato Grosso do Sul. 2002. Universidade Estadual de Mato Grosso do Sul. |
Eventos
| Participação em eventos |
| 1. | Braziliam Symposium on Bioinformatics.A method for inferring biological functions using homologous genes among three genomes. 2007. (Simpósio). |
| 2. | Congresso da Sociedade Brasileira de Computação - SBC2006. 2006. (Congresso). |
| 3. | Workshop de Biologia Computacional. 2006. (Oficina). |
| 4. | [ JAI ] - Jornadas de Atualização em Informática.Algoritmos e heurísticas para comparações exata. 2005. (Congresso). |
| 5. | Braziliam Symposium on Bioinformatics.A method for comparing three genomes. 2005. (Simpósio). |
| 6. | Third Brazilian Workshop on Bioinformatics.Third Brazilian Workshop on Bioinformatics. 2004. (Simpósio). |
| 7. | Congresso da Sociedade Brasileira de Computação.Congresso da Sociedade Brasileira de Computação. 2003. (Congresso). |
| 8. | Second Brazilian Workshop on Bioinformatics.Second Brazilian Workshop on Bioinformatics. 2003. (Simpósio). |
| 9. | First Brazilian Workshop on Bioinformatics.First Brazilian Workshop on Bioinformatics. 2002. (Simpósio). |
| 10. | Workshop on Whole Genome Comparison.Workshop on Whole Genome Comparison. 2001. (Oficina). |
| Organização de eventos |
| 1. | ALMEIDA, N. F. ; ADI, S. S. . Workshop de Biologia Computacional. 2006. (Congresso). |
| 2. | LIFSCHITZ, S. ; ALMEIDA, N. F. ; LINDEN, R. . Brazilian Workshop on Bioinformatics (WOB). 2003. (Congresso). |
Orientações
| Orientações em andamento |
| Dissertação de mestrado |
| 1. | Nariélly Calista Farias. Árvores de sufixos para a determinação de primers. Início: 2011. Dissertação (Mestrado em Mestrado em Ciência da Computação) - Faculdade de Computação - UFMS, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. (Orientador). |
| 2. | Habib Asseiss Neto. Clusterização de reads em metagenômica. Início: 2009. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Federal de Mato Grosso do Sul, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. (Orientador). |
| Tese de doutorado |
| 1. | Christiane Nishibe. Mapeamento de transcritos e modelagem gênica. Início: 2010. Tese (Doutorado em Ciência da Computação) - Universidade Federal de Mato Grosso do Sul, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. (Orientador). |
| Supervisões e orientações concluídas |
| Dissertação de mestrado |
| 1. | Carlos Juliano Moura Viana. Aspectos de genômica comparativa.
2006.
Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Federal de Mato Grosso do Sul, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Nalvo Franco de Almeida Junior. |
| 2. | André Chastel Lima. Ancoragem de genomas incompletos em genomas completos.
2006.
Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Federal de Mato Grosso do Sul, Fundação de Apoio ao Desenvolvimento do Ensino, Ciência e Tecnologia de MS. Orientador: Nalvo Franco de Almeida Junior. |
| 3. | Luciana Montera. Regiões Ortólogas Múltiplas. 2003. Dissertação (Mestrado em Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Federal de Mato Grosso do Sul, . Orientador: Nalvo Franco de Almeida Junior. |
| 4. | Graziela Santos de Araújo. Filogenia de Proteomas.
2003.
Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Federal de Mato Grosso do Sul, . Orientador: Nalvo Franco de Almeida Junior. |
| Monografia de conclusão de curso de aperfeiçoamento/especialização |
| 1. | André Chastel e outros. Controle de estoque de grãos. 2001. 0 f. Monografia. (Aperfeiçoamento/Especialização em Especialização Em Análise de Sistemas) - Universidade Federal de Mato Grosso do Sul. Orientador: Nalvo Franco de Almeida Junior. |
| Trabalho de conclusão de curso de graduação |
| 1. | André Luís Schwerz. Montagem de Fragmentos. 2003. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Bacharelado Em Ciência da Computação) - Universidade Federal de Mato Grosso do Sul. Orientador: Nalvo Franco de Almeida Junior. |
| 2. | Leandro Kenji Arume. Montagem de Fragmentos. 2003. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Bacharelado Em Ciência da Computação) - Universidade Federal de Mato Grosso do Sul. Orientador: Nalvo Franco de Almeida Junior. |
| 3. | Luis Roberto de Freitas Nakasone. Montagem de fragmentos. 2003. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Bacharelado Em Ciência da Computação) - Universidade Federal de Mato Grosso do Sul. Orientador: Nalvo Franco de Almeida Junior. |
| 4. | Nilson Dotta e outros. Ferramentas básicas de Bioinformática. 2002. 0 f. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Bacharelado Em Ciência da Computação) - Universidade Federal de Mato Grosso do Sul. Orientador: Nalvo Franco de Almeida Junior. |
| 5. | Jessica Zorzatto e outros. Programação Dinâmica com Curingas. 2002. 0 f. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Bacharelado Em Ciência da Computação) - Universidade Federal de Mato Grosso do Sul. Orientador: Nalvo Franco de Almeida Junior. |
| 6. | Beatriz Panzetti Alonso. Árvores de Sufixos - Construção e Aplicações. 1999. 0 f. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Bacharelado Em Ciência da Computação) - Universidade Federal de Mato Grosso do Sul. Orientador: Nalvo Franco de Almeida Junior. |
| 7. | Bruno Fonseca Albuquerque. Comparação de Bioseqüências. 1999. 0 f. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Bacharelado Em Ciência da Computação) - Universidade Federal de Mato Grosso do Sul. Orientador: Nalvo Franco de Almeida Junior. |
| Iniciação Científica |
| 1. | Marcel Yugo Nakazaki. EGGview - Ferramenta para visualização gráfica de comapração de genomas. 2006. Iniciação Científica. (Graduando em Bacharelado Em Ciência da Computação) - Universidade Federal de Mato Grosso do Sul, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Nalvo Franco de Almeida Junior. |
| 2. | Andrey Alexandre Tamura. EGGview - Ferramenta para visualização gráfica de comapração de genomas. 2006. Iniciação Científica - Universidade Federal de Mato Grosso do Sul, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Nalvo Franco de Almeida Junior. |
| 3. | Leandro Eidi Umezu Batista. Identificação de regiões funcionais por comparação de seqüências. 2006. Iniciação Científica. (Graduando em Bacharelado Em Ciência da Computação) - Universidade Federal de Mato Grosso do Sul, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Nalvo Franco de Almeida Junior. |
| 4. | Leandro Paganotti Brazil. Identificação de regiões funcionais por comparação de seqüências. 2006. Iniciação Científica. (Graduando em Bacharelado Em Ciência da Computação) - Universidade Federal de Mato Grosso do Sul, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Nalvo Franco de Almeida Junior. |
| 5. | Rodrigo Grassi Martins. Filogenia e Alinhamento Múltiplo de genomas. 2005. Iniciação Científica. (Graduando em Bacharelado Em Ciência da Computação) - Universidade Federal de Mato Grosso do Sul, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Nalvo Franco de Almeida Junior. |
| 6. | Ivan Castro. Programação Dinâmica na Comparação de Genomas. 2005. Iniciação Científica. (Graduando em Bacharelado Em Ciência da Computação) - Universidade Federal de Mato Grosso do Sul, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Nalvo Franco de Almeida Junior. |
| 7. | Cintia Ferreira dos Passos. Filogenia e alinhamento múltiplo de genomas. 2004. Iniciação Científica. (Graduando em Bacharelado Em Ciência da Computação) - Universidade Federal de Mato Grosso do Sul, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Nalvo Franco de Almeida Junior. |
| 8. | Anderson Fraiha Machado. Visualização Gráfica de Comparação de Genomas. 2004. Iniciação Científica. (Graduando em Bacharelado Em Ciência da Computação) - Universidade Federal de Mato Grosso do Sul, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Nalvo Franco de Almeida Junior. |
| Orientações de outra natureza |
| 1. | Jane Dirce Alves Monteiro. Suporte para visualização gráfica de comparação de genomas. 2006. Orientação de outra natureza. (Bacharelado Em Ciência da Computação) - Universidade Federal de Mato Grosso do Sul, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Nalvo Franco de Almeida Junior. |
| 2. | Graziela Santos de Araújo. Estruturação da Bioinformática do Projeto Genoma MS. 2004. Orientação de outra natureza - Universidade Federal de Mato Grosso do Sul, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Nalvo Franco de Almeida Junior. |
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