Sandro José de Souza

Bolsista de Produtividade em Pesquisa do CNPq - Nível 1A

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  • Última atualização do currículo em 03/12/2018


Possui graduação em Biologia pela Universidade Federal do Paraná (1989) e doutorado em Bioquímica pela Universidade de São Paulo (1993). De 1995 a 1998, foi Pew Latin American Fellow na Universidade de Harvard. Foi um dos pioneiros da genômica e da Bioinformática no Brasil. Foi membro associado do Instituto Ludwig de Pesquisa sobre o Câncer de 1999 a 2012. Atualmente é Professor Titular do Instituto do Cérebro da UFRN. Eleito pelo Fórum Econômico Mundial como um ?Young Global Leader? em 2009. Foi Tinker Visiting Professor na Universidade de Chicago em 2011. (Texto informado pelo autor)


Identificação


Nome
Sandro José de Souza
Nome em citações bibliográficas
de Souza SJ;deSouza SJ;Souza SJ;de Souza, S;de Souza, Sandro J.;Souza, Sandro J.;DE SOUZA, S.J.;DE SOUZA, SANDRO JOSÉ;JOSÉ DE SOUZA, SANDRO;de souza, Sandro

Endereço


Endereço Profissional
Universidade Federal do Rio Grande do Norte, Instituto do Cérebro.
Av. Nascimento de Castro, 2155 - 59056-450 - Natal / RN - Brazi
Morro Branco
59056450 - Natal, RN - Brasil
Telefone: (84) 32152709
URL da Homepage: www.neuro.ufrn.br


Formação acadêmica/titulação


1990 - 1993
Doutorado em Bioquímica.
Universidade de São Paulo, USP, Brasil.
Título: Interaçoes macromoleculares na matriz extracelular: uma abordagem bioquímica e filogenética, Ano de obtenção: 1993.
Orientador: Ricardo Renzo Brentani.
Bolsista do(a): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo, FAPESP, Brasil.
Palavras-chave: colagenase; colágeno; fibronectina; matriz extracelular; peptídeo.
Grande área: Ciências Biológicas
Setores de atividade: Outro.
1986 - 1989
Graduação em Ciências Biológicas.
Universidade Federal do Paraná, UFPR, Brasil.


Pós-doutorado


1995 - 1998
Pós-Doutorado.
Harvard University, HARVARD, Estados Unidos.
Bolsista do(a): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo, FAPESP, Brasil.
Grande área: Ciências Biológicas


Atuação Profissional



Universidade Federal do Rio Grande do Norte, UFRN, Brasil.
Vínculo institucional

2012 - Atual
Vínculo: Servidor Público, Enquadramento Funcional: Professor titular, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.


Instituto Ludwig de Pesquisa sobre o Câncer, ILPC, Brasil.
Vínculo institucional

2002 - 2012
Vínculo: Celetista, Enquadramento Funcional: Membro Associado, Carga horária: 40

Vínculo institucional

1998 - 2001
Vínculo: Celetista, Enquadramento Funcional: Membro Assistente, Carga horária: 40

Atividades

2/2002 - Atual
Pesquisa e desenvolvimento , Instituto Ludwig de Pesquisa sobre o Câncer, .

9/1998 - Atual
Pesquisa e desenvolvimento , São Paulo, Laboratório de Biologia Computacional.

Linhas de pesquisa
Bioinformática


Linhas de pesquisa


1.
Genômica
2.
Transcriptoma
3.
Evolução Molecular
4.
Bioinformática


Projetos de pesquisa


2014 - Atual
Biologia Sistêmica do Câncer
Descrição: Rede de pesquisa, extensão e ensino financiada pela Capes. Para maiores detalhes, ver http://neuro.ufrn.br/bsc.
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
2010 - 2012
Aquisição de uma Plataforma de Alta Performance para Análises Computacionais aplicada à Medicina
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
2009 - 2013
O splicing alternativo em câncer
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
2008 - 2011
Montagem e anotação do genoma de linhagens celulares de um mesmo indivíduo
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
2007 - 2009
Splicing Alternativo: Integração de Estratégias Computacionais para a Caracterização Funcional de Variantes Identificados por Mutações em Sítios Reguladores de Splicing em Tumores de Colon, Mama e Glioblastoma
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
2006 - 2009
Uso de estratégias computacionais e experimentais para o melhor entendimento de splicing alternativo
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
2000 - 2003
Laboratório Associado de Bioinformática no Programa Humano do Câncer
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
1999 - 2002
Programa Genoma Humano do Câncer ? Coordenador de Bioinformática
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.


Outros Projetos


2008 - 2008
4ª Conf Inter Assoc Bras de Bioinformatica e Biologia Computacional - Salvador BA
Situação: Concluído; Natureza: Outra.
2007 - 2007
3ª Conf. Inter. Assoc. Brasileira Bioinf. Biologia Computacional São Paulo/SP
Situação: Concluído; Natureza: Outra.
2006 - 2006
Gil Ast Tel Aviv University Medical School Israel
Situação: Concluído; Natureza: Outra.
2005 - 2005
1st International Conference of the AB3C Caxambu/MG
Situação: Concluído; Natureza: Outra.
2004 - 2004
International Conference on Bioinformatics and Computational Biology - ICOBICOBI
Situação: Concluído; Natureza: Outra.
2004 - 2004
2nd International Conference on Bioinformatics and Computational Biology Angra dos Reis/RJ
Situação: Concluído; Natureza: Outra.


Membro de corpo editorial


2010 - Atual
Periódico: BMC Genomics
2004 - Atual
Periódico: Genetics and Molecular Biology


Revisor de periódico


2007 - Atual
Periódico: PNAS. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States
2005 - Atual
Periódico: Genetics and Molecular Research
2006 - Atual
Periódico: Nucleic Acids Research
2007 - Atual
Periódico: BMC Genomics
2002 - Atual
Periódico: Journal of Molecular Evolution
2004 - Atual
Periódico: Genome Research
2005 - Atual
Periódico: Physiological Genomics
2004 - Atual
Periódico: Bioinformatics (Oxford)
2007 - Atual
Periódico: Genome Biology
2001 - Atual
Periódico: Brazilian Journal of Medical and Biological Research
2007 - Atual
Periódico: Nature Methods
2006 - Atual
Periódico: BMC Bioinformatics
2003 - Atual
Periódico: Genomics (San Diego)
2008 - Atual
Periódico: Science


Áreas de atuação


1.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Genética Molecular e de Microorganismos.
2.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Biologia Molecular.


Idiomas


Inglês
Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.
Espanhol
Compreende Razoavelmente, Fala Razoavelmente, Lê Razoavelmente, Escreve Razoavelmente.


Prêmios e títulos


2011
Tinker Visiting Professor at University of Chicago, Tinker Foundation, Inc.
2009
Young Global Leader, World Economic Forum.
2007
50 Campeões da Inovação, Info Exame.
2005
A Elite da Tecnologia, Info Exame.
1999
Innovator of the Year, Massachusetts Institute of Technology's Technology Review magazine.
1995
Pew latin American fellow, Pew Charitable Trust.


Produções



Produção bibliográfica
Citações

Web of Science
Total de trabalhos:126
Total de citações:3173
Fator H:32
De Souza SJ, Desouza SJ, Souza SJ, De souza S  Data: 03/12/2018

SCOPUS

Artigos completos publicados em periódicos

1.
TORREZAN, GIOVANA T.2018TORREZAN, GIOVANA T. ; DE ALMEIDA, FERNANDA G. DOS SANTOS R. ; FIGUEIREDO, MÁRCIA C. P. ; BARROS, BRUNA D. DE FIGUEIREDO ; DE PAULA, CLÁUDIA A. A. ; VALIERIS, RENAN ; DE SOUZA, JORGE E. S. ; RAMALHO, RODRIGO F. ; DA SILVA, FELIPE C. C. ; FERREIRA, ELISA N. ; DE NÓBREGA, AMANDA F. ; FELICIO, PAULA S. ; ACHATZ, MARIA I. ; de Souza, Sandro J. ; PALMERO, EDENIR I. ; CARRARO, DIRCE M. . Complex Landscape of Germline Variants in Brazilian Patients With Hereditary and Early Onset Breast Cancer. Frontiers in Genetics, v. 9, p. 161, 2018.

2.
DE FIGUEIREDO BARROS, BRUNA D.2018DE FIGUEIREDO BARROS, BRUNA D. ; KUPPER, BRUNA E. C. ; AGUIAR JUNIOR, SAMUEL ; DE MELLO, CELSO A. L. ; BEGNAMI, MARIA D. ; CHOJNIAK, RUBENS ; de Souza, Sandro J. ; TORREZAN, GIOVANA T. ; CARRARO, DIRCE M. . Mutation Detection in Tumor-Derived Cell Free DNA Anticipates Progression in a Patient With Metastatic Colorectal Cancer. FRONTIERS IN ONCOLOGY, v. 8, p. 306, 2018.

3.
VIALLE, RICARDO ASSUNÇÃO2018VIALLE, RICARDO ASSUNÇÃO ; DE SOUZA, JORGE ESTEFANO SANTANA ; LOPES, KATIA DE PAIVA ; TEIXEIRA, DIEGO GOMES ; ALVES SOBRINHO, PITÁGORAS DE AZEVEDO ; RIBEIRO-DOS-SANTOS, ANDRÉ M ; FURTADO, CAROLINA ; SAKAMOTO, TETSU ; OLIVEIRA SILVA, FÁBIO AUGUSTO ; HERCULANO CORRÊA DE OLIVEIRA, EDIVALDO ; HAMOY, IGOR GUERREIRO ; ASSUMPÇÃO, PAULO PIMENTEL ; RIBEIRO-DOS-SANTOS, ÂNDREA ; SANTOS LIMA, JOÃO PAULO MATOS ; SEUÁNEZ, HÉCTOR N ; DE SOUZA, SANDRO JOSÉ ; SANTOS, SIDNEY . Whole Genome Sequencing of the Pirarucu (Arapaima gigas) Supports Independent Emergence of Major Teleost Clades. Genome Biology and Evolution, v. 10, p. 2366-2379, 2018.

4.
NOGUEIRA, VIVIANE BRITO2018NOGUEIRA, VIVIANE BRITO ; IMPARATO, DANILO OLIVEIRA ; DE SOUZA, SANDRO JOSÉ ; DE SOUSA, MARIA BERNARDETE CORDEIRO . Sex-biased gene expression in the frontal cortex of common marmosets ( Callithrix jacchus ) and potential behavioral correlates. Brain and Behavior, v. e01148, p. e01148, 2018.

5.
PINHEIRO, DANIELE MARIA LOPES2018PINHEIRO, DANIELE MARIA LOPES ; DE OLIVEIRA, ANA HELENA SALES ; COUTINHO, LEONAM GOMES ; FONTES, FABRÍCIA LIMA ; DE MEDEIROS OLIVEIRA, RAYSSA KARLA ; OLIVEIRA, THAIS TEIXEIRA ; FAUSTINO, ANDRÉ LUÍS FONSECA ; LIRA, VANDECLÉCIO ; DE MELO CAMPOS, JULLIANE TAMARA ARAÚJO ; LAJUS, TIRZAH BRAZ PETTA ; DE SOUZA, SANDRO JOSÉ ; AGNEZ-LIMA, LUCYMARA FASSARELLA . Resveratrol decreases the expression of genes involved in inflammation through transcriptional regulation. FREE RADICAL BIOLOGY AND MEDICINE, v. 130, p. 8-22, 2018.

6.
BRANCO, PAULO R.2018BRANCO, PAULO R. ; DE ARAÚJO, GILDERLANIO S. ; BARRERA, JÚNIOR ; SUAREZ-KURTZ, GUILHERME ; DE SOUZA, SANDRO JOSÉ . Uncovering association networks through an eQTL analysis involving human miRNAs and lincRNAs. Scientific Reports, v. 8, p. 15050, 2018.

7.
KROLL, JOSÉ EDUARDO2017KROLL, JOSÉ EDUARDO ; DA SILVA, VANDECLÉCIO LIRA ; DE SOUZA, SANDRO JOSÉ ; DE SOUZA, GUSTAVO ANTONIO . A tool for integrating genetic and mass spectrometry-based peptide data: Proteogenomics Viewer. BIOESSAYS, v. 39, p. e201700015, 2017.

8.
COELHO, DIEGO2017COELHO, DIEGO ; DE SOUZA, SANDRO JOSÉ ; COSTA, MARCOS . Transcriptional profile of induced and primary neurons reveals new candidate genes for lineage reprogramming. Matters, v. 3, p. 1-2, 2017.

9.
DA SILVA, VANDECLECIO2017DA SILVA, VANDECLECIO ; FONSECA, ANDRÉ ; FONSECA, MARBELLA ; DA SILVA, THAYNA ; COELHO, ANA ; KROLL, JOSÉ ; DE SOUZA, JORGE ; Stransky, Beatriz ; DE SOUZA, GUSTAVO ; de souza, Sandro . Genome-wide identification of cancer/testis genes and their association with prognosis in a pan-cancer analysis. Oncotarget, v. 8, p. 92966-92977, 2017.

10.
PUTNAM, CHRISTOPHER D.2016PUTNAM, CHRISTOPHER D. ; SRIVATSAN, ANJANA ; NENE, RAHUL V. ; MARTINEZ, SANDRA L. ; CLOTFELTER, SARAH P. ; BELL, SARA N. ; SOMACH, STEVEN B. ; E.S. DE SOUZA, JORGE ; FONSECA, ANDRÉ F. ; de Souza, Sandro J. ; KOLODNER, RICHARD D. . A genetic network that suppresses genome rearrangements in Saccharomyces cerevisiae and contains defects in cancers. Nature Communications, v. 7, p. 11256, 2016.

11.
BARRERA2016BARRERA ; FONSECA, ANDRÉ ; GUBITOSO, MARCO ; REIS, MARCELO ; JOSÉ DE SOUZA, SANDRO ; BARRERA, Junior . A New Approach for Identification of Cancer-related Pathways using Protein Networks and Genomic Data. Cancer Informatics, v. 14, p. 139-149, 2016.

12.
TEIXEIRA, LEONARDO K.2016TEIXEIRA, LEONARDO K. ; CARROSSINI, NINA ; SÉCCA, CRISTIANE ; KROLL, JOSÉ E. ; DACUNHA, DÉBORAH C. ; FAGET, DOUGLAS V. ; CARVALHO, LILIAN D. S. ; de Souza, Sandro J. ; VIOLA, JOÃO P. B. . NFAT1 Transcription Factor Regulates Cell Cycle Progression and Cyclin E Expression in B Lymphocytes. Cell Cycle (Georgetown, Tex.), v. 11, p. 00-00, 2016.

13.
FERREIRA, ELISA NAPOLITANO2016FERREIRA, ELISA NAPOLITANO ; BARROS, BRUNA DURÃES FIGUEIREDO ; DE SOUZA, JORGE ESTEFANO ; ALMEIDA, RENAN VALIERIS ; TORREZAN, GIOVANA TARDIN ; GARCIA, SHEILA ; KREPISCHI, ANA CRISTINA VICTORINO ; MELLO, CELSO ABDON LOPES DE ; CUNHA, ISABELA WERNECK DA ; PINTO, CLÓVIS ANTONIO LOPES ; SOARES, FERNANDO AUGUSTO ; DIAS-NETO, EMMANUEL ; LOPES, ADEMAR ; DE SOUZA, SANDRO JOSÉ ; CARRARO, Dirce Maria . A genomic case study of desmoplastic small round cell tumor: comprehensive analysis reveals insights into potential therapeutic targets and development of a monitoring tool for a rare and aggressive disease. Human Genomics, v. 10, p. 36, 2016.

14.
FONSECA, ANDRÉ L.2016FONSECA, ANDRÉ L. ; DA SILVA, VANDECLÉCIO L. ; DA FONSÊCA, MARBELLA M. ; MEIRA, ISABELLA T. J. ; DA SILVA, THAYNÁ E. ; KROLL, JOSÉ E. ; RIBEIRO-DOS-SANTOS, ANDRÉ M. ; FREITAS, CLÉBER R. ; FURTADO, RAIMUNDO ; DE SOUZA, JORGE E. ; Stransky, Beatriz ; de Souza, Sandro J. . Bioinformatics Analysis of the Human Surfaceome Reveals New Targets for a Variety of Tumor Types. International Journal of Genomics, v. 2016, p. 1-7, 2016.

15.
RIBEIRO-DOS-SANTOS, ANDRÉ M.2015RIBEIRO-DOS-SANTOS, ANDRÉ M. ; DA SILVA, VANDECLÉCIO L. ; DE SOUZA, JORGE E.S. ; de Souza, Sandro J. . Populational landscape of INDELs affecting transcription factor-binding sites in humans. BMC Genomics, v. 16, p. 536, 2015.

16.
KROLL, JOSÉ E.2015KROLL, JOSÉ E. ; Kim, J ; Ohno-Machado, L. ; DE SOUZA, S.J. . Splicing Express:a software suite for alternative splicing analysis using next-generation sequencing data. PEERJ, v. 3, p. 1, 2015.

17.
DE SOUZA, JORGE E. S.2014DE SOUZA, JORGE E. S. ; FONSECA, ANDRÉ F. ; VALIERIS, RENAN ; CARRARO, DIRCE M. ; WANG, JEAN Y. J. ; KOLODNER, RICHARD D. ; de Souza, Sandro J. . S-Score: A Scoring System for the Identification and Prioritization of Predicted Cancer Genes. Plos One, v. 9, p. e94147, 2014.

18.
KROLL, JOSÉ E.2014KROLL, JOSÉ E. ; de Souza, Sandro J. ; DE SOUZA, GUSTAVO A. . Identification of rare alternative splicing events in MS/MS data reveals a significant fraction of alternative translation initiation sites. PeerJ, v. 2, p. e673, 2014.

19.
Stransky, Beatriz2013Stransky, Beatriz ; de Souza, Sandro J. . Modeling tumor evolutionary dynamics. Frontiers in Physiology, v. 3, p. 480, 2013.

20.
SCHRIDER, DANIEL R.2013SCHRIDER, DANIEL R. ; NAVARRO, FABIO C. P. ; Galante, Pedro A. F. ; Parmigiani, Raphael B. ; CAMARGO, ANAMARIA A. ; HAHN, MATTHEW W. ; de Souza, Sandro J. . Gene Copy-Number Polymorphism Caused by Retrotransposition in Humans. PLOS Genetics (Online), v. 9, p. e1003242, 2013.

21.
DE SOUZA, S.J.2013DE SOUZA, S.J.. Short Communication 'Extended Fitness' hypothesis: a link between individual and group selection. Genetics and Molecular Research, v. 12, p. 4625-4629, 2013.

22.
RAMALHO, RODRIGO F.2013RAMALHO, RODRIGO F. ; GELFMAN, SAHAR ; SOUZA, JORGE E. ; AST, GIL ; Souza, Sandro J. ; MEYER, DIOGO . Testing for Natural Selection in Human Exonic Splicing Regulators Associated with Evolutionary Rate Shifts. Journal of Molecular Evolution, v. 76, p. 228-239, 2013.

23.
RIBEIRO-DOS-SANTOS, ANDRÉ M.2013RIBEIRO-DOS-SANTOS, ANDRÉ M. ; DE SOUZA, JORGE ESTEFANO SANTANA ; ALMEIDA, RENAN ; ALENCAR, DAYSE O. ; BARBOSA, MARIA SILVANIRA ; GUSMÃO, LEONOR ; SILVA, WILSON A. ; de Souza, Sandro J. ; SILVA, ARTUR ; RIBEIRO-DOS-SANTOS, ÂNDREA ; DARNET, SYLVAIN ; SANTOS, SIDNEY . High-Throughput Sequencing of a South American Amerindian. Plos One, v. 8, p. e83340, 2013.

24.
DA CUNHA, JÚLIA PINHEIRO CHAGAS2013DA CUNHA, JÚLIA PINHEIRO CHAGAS ; GALANTE, Pedro Alexandre Favoretto ; DE SOUZA, JORGE ESTEFANO SANTANA ; PIEPRZYK, MARTIN ; CARRARO, Dirce Maria ; OLD, LLOYD J. ; CAMARGO, Anamaria Aranha ; DE SOUZA, SANDRO JOSÉ . The Human Cell Surfaceome of Breast Tumors. BioMed Research International, v. 2013, p. 1-11, 2013.

25.
de Souza, Sandro J.2012de Souza, Sandro J.. Domain shuffling and the increasing complexity of biological networks. BioEssays (Cambridge), v. 34, p. 655-657, 2012.

26.
KROLL, JOSÉ EDUARDO2012KROLL, JOSÉ EDUARDO ; Galante, Pedro A.F. ; OHARA, DANIEL T. ; NAVARRO, FABIO C.P. ; OHNO-MACHADO, LUCILA ; de Souza, Sandro J. . SPLOOCE: A new portal for the analysis of human splicing variants. RNA Biology, v. 9, p. 1339-1343, 2012.

27.
FRANÇA, GUSTAVO S.2012FRANÇA, GUSTAVO S. ; CANCHERINI, DOUGLAS V. ; Souza, Sandro J. . Evolutionary history of exon shuffling. Genetica (Dordrecht. Online), v. 140, p. 249-257, 2012.

28.
de Souza, J. E.2012de Souza, J. E. ; Galante, P A ; VALIERIS, R. ; da Cunha, J. P. C. ; Ohno-Machado, L. ; Old, L. J. ; de Souza, Sandro J. . SurfaceomeDB: a cancer-orientated database for genes encoding cell curface proteins. Cancer Immunity, v. 12, p. 15, 2012.

29.
ZHAO, Q.2011ZHAO, Q. ; CABALLERO, O. L. D. ; GALANTE, Pedro Alexandre Favoretto ; PARMIGIANI, Raphael Bessa ; EDSHALL, L. ; KUAN, S. ; LEVY S. ; YE, Z. ; Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos ; REN BING ; de Souza, Sandro J ; CAMARGO, Anamaria Aranha ; SIMPSON, Andrew J G ; STRAUSBERG, Robert L . Systematic detection of putative tumor suppressor genes throuh the combined use of exome and transcriptome sequencing. GenomeBiology.com (London. Print), v. 11, p. R114, 2011.

30.
Daniel O Vidal2011Daniel O Vidal ; SOUZA, Jorge Estefano Santana de ; PIRES, Lilian C ; MASOTTI, C. ; SALIM, A. C. M. ; COSTA, Maria C R ; GALANTE, Pedro Alexandre F ; de Souza SJ ; CAMARGO, Anamaria Aranha . Analysis of allelic differential expression in the human genome using allele-specific serial analysis of gene expression tags. Genome (Ottawa. Print), v. 54, p. 120-127, 2011.

31.
Galante, P. A. F.2011Galante, P. A. F. PARMIGIANI, R. B. ZHAO, Q. CABALLERO, O. L. de Souza, J. E. Navarro, F. C. P. Gerber, A. L. Nicolas, M. F. SALIM, A. C. M. Silva, A. P. M. Edsall, L. Devalle, S. Almeida, L. G. YE, Z. KUAN, S. Pinheiro, D. G. Tojal, I. Pedigoni, R. G. de Sousa, R. G. M. A. Oliveira, T. Y. K. de Paula, M. G. Ohno-Machado, L. KIRKNESS, E. F. LEVY, S. da Silva, W. A. , et al.Vasconcelos, A. T. R. Ren, B. ZAGO, M. A. Strausberg, R. L. SIMPSON, A. J. G. de Souza, S. J. Camargo, A. A. ; Distinct patterns of somatic alterations in a lymphoblastoid and a tumor genome derived from the same individual. Nucleic Acids Research, v. 39, p. 6056-6068, 2011.

32.
CERUTTI, J. M.2011CERUTTI, J. M. ; Oler, G. ; Delcelo, R. ; Gerardt, R. ; Michaluart, P. ; de Souza, S. J. ; Galante, P. A. F. ; Huang, P. ; Riggins, G. J. . PVALB, a New Hurthle Adenoma Diagnostic Marker Identified through Gene Expression. The Journal of Clinical Endocrinology and Metabolism, v. 96, p. E151-E160, 2011.

33.
de Souza, J. E. S.2011de Souza, J. E. S. ; RAMALHO, R. F. ; Galante, P. A. F. ; MEYER, D. ; de Souza, S. J. . Alternative splicing and genetic diversity: silencers are more frequently modified by SNVs associated with alternative exon/intron borders. Nucleic Acids Research, v. 39, p. 4942-4948, 2011.

34.
Maschietto, M2011Maschietto, M ; Trapé, A P ; Piccoli, F S ; Ricca, T I ; Dias, A A M ; Coudry, R A ; Galante, P A ; Torres, C ; Fahhan, L ; Lourenço, S ; Grundy, P E ; de Camargo, B ; de Souza, S ; Neves, E J ; Soares, F A ; Brentani, H ; Carraro, D M . Temporal blastemal cell gene expression analysis in the kidney reveals new Wnt and related signaling pathway genes to be essential for Wilms' tumor onset. CELL DEATH DIS, v. 2, p. e224, 2011.

35.
FERREIRA, Elisa Napolitano e2010FERREIRA, Elisa Napolitano e ; Rangel, M.C. ; Galante, P. A. F. ; MOLINA, G. C. ; de Souza, J. E. ; de Souza, S. J. ; CARRARO, Dirce M . Alternative splicing enriched cDNA libraries to identify breast cancer associated transcripts. BMC Genomics, v. 11, p. S4, 2010.

36.
Zhao, Qi2010Zhao, Qi ; Kirkness, Ewen F ; CABALLERO, Otavia L ; Galante, Pedro A ; Parmigiani, Raphael B ; Edsall, Lee ; Kuan, Samantha ; Ye, Zhen ; Levy, Samuel ; Vasconcelos, Ana Tereza R ; Ren, Bing ; de Souza, Sandro J ; CAMARGO, Anamaria A ; Simpson, Andrew JG ; STRAUSBERG, Robert L . Systematic detection of putative tumor suppressor genes through the combined use of exome and transcriptome sequencing. GenomeBiology.com (London. Print), v. 11, p. R114, 2010.

37.
Ferreira, Elisa N2010Ferreira, Elisa N ; Rangel, Maria CR ; Galante, Pedro F ; de Souza, Jorge E ; Molina, Gustavo C ; de Souza, Sandro J ; CARRARO, Dirce M . Alternative splicing enriched cDNA libraries identify breast cancer-associated transcripts. BMC Genomics, v. 11, p. S4, 2010.

38.
Cancherini, Douglas V2010Cancherini, Douglas V ; França, Gustavo S ; de Souza, Sandro J . The role of exon shuffling in shaping protein-protein interaction networks. BMC Genomics, v. 11, p. S11, 2010.

39.
de Souza SJ;deSouza SJ;Souza SJ;de Souza, S;de Souza, Sandro J.;Souza, Sandro J.;DE SOUZA, S.J.;DE SOUZA, SANDRO JOSÉ;JOSÉ DE SOUZA, SANDRO;de souza, Sandro2009de Souza SJ. Exploiting EST in human health. Methods in Molecular Biology (Clifton), v. 533, p. 311-324, 2009.

40.
ZHAO, Q.2009ZHAO, Q. ; CABALLERO, O. L. ; LEVY, S. ; STEVENSON, Brian J ; ISELI, C. ; de Souza SJ ; GALANTE, Pedro A F ; BUSAM, D. ; LEVERSHA, M. ; CHADALAVADA, K. ; ROGERS, Y. ; VENTER, J. ; SIMPSON, A. J. G. ; STRAUSBERG, Robert L . Transcriptome-guided characterization of genomic rearrangements in a breast cancer cell line. PNAS. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, v. 106, p. 1886-1891, 2009.

41.
da Cunha, J. P. C.2009 da Cunha, J. P. C. ; Galante, P. A. F. ; de Souza, J. E. ; de Souza, R. F. ; Carvalho, P. M. ; Ohara, D. T. ; Moura, R. P. ; Oba-Shinja, S. M. ; Marie, S. K. N. ; Silva, W. A. ; Perez, R. O. ; Stransky, B. ; Pieprzyk, M. ; Moore, J. ; Caballero, O. ; Gama-Rodrigues, J. ; Habr-Gama, A. ; Kuo, W. P. ; Simpson, A. J. ; Camargo, A. A. ; Old, L. J. ; de Souza SJ . Bioinformatics construction of the human cell surfaceome. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, v. 106, p. 16752-16757, 2009.

42.
de Souza, Sandro J2009de Souza, Sandro J; Stransky, Beatriz ; CAMARGO, Anamaria A . Insights into gliomagenesis: systems biology unravels key pathways. Genome Medicine, v. 1, p. 101, 2009.

43.
BETTONI, Fabiana2009BETTONI, Fabiana ; Filho, Fernando Camargo ; Grosso, Daniela M. ; Galante, Pedro A.F. ; Parmigiani, Raphael B. ; Geraldo, Murilo V. ; Henrique-Silva, Flávio ; Oba-Shinjo, Sueli M. ; Marie, Suely K.N. ; Soares, Fernando A. ; BRENTANI, Helena Paula ; SIMPSON, A. J. G. ; de Souza SJ ; Camargo, A. A. . Identification of FAM46D as a novel cancer/testis antigen using EST data and serological analysis?. Genomics (San Diego), v. 94, p. 153-160, 2009.

44.
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de Souza SJ;deSouza SJ;Souza SJ;de Souza, S;de Souza, Sandro J.;Souza, Sandro J.;DE SOUZA, S.J.;DE SOUZA, SANDRO JOSÉ;JOSÉ DE SOUZA, SANDRO;de souza, Sandro2000de Souza SJ; de Souza SJ CAMARGO, Anamaria A BRIONES, M. R. S. COSTA, F. F. NAGAI, Maria Aparecida ALMEIDA, S. V. ZAGO, M. A. ANDRADE, L. E. C. CARRER, H. DORRY, H. F. A. E. ESPREAFICO, Enilza M GAMA, A. H. GIANELLA NETO, Daniel GOLDMAN, Gustavo H GRUBER, Arthur HACKEL, Christine KIMURA, E. T. MACIEL, R. M. B. MERIE, S. K. N. MARTINS, E. A. L. NOBREGA, M. P. LARSON, M. L. P. PARDINI, Maria Ines M C PEREIRA, G. G. PESQUERO, J. B. , et al.RODRIGUES, Vanderlei ROGATTO, S. R. SILVA, Ismael D C G da SOGAYAR, Mari C SONATI, M. F. TAJARA, Eloisa H VALENTINI, S. R. ACENCIO, M. ALBERTO, F. L. AMARAL, M. E. J. ANEAS, I. BENATSON, M. H. CARRARO, Dirce Maria CARALHO, A. F. CARVALHO, L. H. CERUTTI, J. M. CORREA, M. L. C. COSTA, M. C. R. CURCIO, C. GUSHIKEN, T. HO, P. L. KIMURA, E. LEITE, L. C. MAIA, G. MAJUMDER, P. MARTINS, M. MATSUKUMA, A. MELO, A. S. A. MESTRINER, C. A. MIRACCA, E. C. MIRANDA, D. C. NASCIMENTO, A. L. T. O. NOBREGA, F. G. OJOPI, E. P. B. PANDOLFI, J. R. C. PESSOA, L. G. RAHAL, Paula RAINHO, C. A. S, N. R. SÁ, R. G. SALES, Magaly M SILVA, N. P. SILVA, T. C. SILVA JUNIOR, W. SIMÃO, D. F. SOUSA, Josane F STECCONI, D. TSUKUMO, F. VALENTE, Valeria ZALCBERG, H. BRENATNI, R. R. REIS, Luiz Fernando Lima DIAS NETO, Emmanuel SIMPSON, A. J. G. ; Identification of human chromosome 22 trascribed sequences with ORF expressed sequence tags.. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, Estados Unidos, v. 97, p. 12690-12693, 2000.

95.
ROY, S.1999ROY, S. ; NOSAKA, Michiko ; de Souza SJ ; GILBERT, W. . Centripetal modules and ancient introns.. Gene (Amsterdam), Estados Unidos, v. 238, p. 85-91, 1999.

96.
LONG, Manyuan1998LONG, Manyuan ; de Souza SJ ; ROSENBERG, C. ; GILBERT, W. . Relationship between proto-splice sites and intron phase: Evidence from dicodon analysis.. PNAS. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, Estados Unidos, v. 95, p. 219-223, 1998.

97.
de Souza SJ;deSouza SJ;Souza SJ;de Souza, S;de Souza, Sandro J.;Souza, Sandro J.;DE SOUZA, S.J.;DE SOUZA, SANDRO JOSÉ;JOSÉ DE SOUZA, SANDRO;de souza, Sandro1998 de Souza SJ; LONG, Manyuan ; KLEIN, R. J. ; ROY, S. ; LIN, S. ; GILBERT, W. . Toward a resolution of the introns early / late debate: Only phase zero introns are correlated with the structure of ancient proteins.. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, Estados Unidos, v. 95, p. 5094-5099, 1998.

98.
LONG, Manyuan1997LONG, Manyuan ; de Souza SJ ; GILBERT, W. . Delta- Interacting Protein A and the Origin of Hepatitis Delta Antigen. Science, Estados Unidos, v. 276, p. 824-825, 1997.

99.
GILBERT, W.1997GILBERT, W. ; de Souza SJ ; LONG, Manyuan . Origin of Genes. PNAS. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, Estados Unidos, v. 94, p. 7698-7703, 1997.

100.
MARTINS, Vilma Regina1997MARTINS, Vilma Regina ; GRANER, E. ; ABREU, J. G. ; de Souza SJ ; MERCADANTE, A. F. ; VEIGA, S. S. ; ZANATA, S. M. ; MOURA NETO, V. ; BRENTANI, Ricardo Renzo . Complementary hydropathy identifies a cellular prion protein receptor.. Nature Med, Estados Unidos, v. 3, n.12, p. 1376-1382, 1997.

101.
LONG, Manyuan1997LONG, Manyuan ; de Souza SJ ; GILBERT, W. . The yeast splice site revisited: A new exon consensus from genome analysis.. Cell, Estados Unidos, v. 91, p. 739-740, 1997.

102.
de Souza SJ;deSouza SJ;Souza SJ;de Souza, S;de Souza, Sandro J.;Souza, Sandro J.;DE SOUZA, S.J.;DE SOUZA, SANDRO JOSÉ;JOSÉ DE SOUZA, SANDRO;de souza, Sandro1997de Souza SJ; LONG, Manyuan ; SCHOENBACH, L. ; ROY, S. W. ; GILBERT, W. . The correlation between introns and the three-dimensional structure of proteins.. Gene (Amsterdam), Estados Unidos, v. 205, p. 141-144, 1997.

103.
de Souza SJ;deSouza SJ;Souza SJ;de Souza, S;de Souza, Sandro J.;Souza, Sandro J.;DE SOUZA, S.J.;DE SOUZA, SANDRO JOSÉ;JOSÉ DE SOUZA, SANDRO;de souza, Sandro1997de Souza SJ. The origin and evolution of introns: a debate.. A Biomednet Publication, Estados Unidos, v. 1, 1997.

104.
de Souza SJ;deSouza SJ;Souza SJ;de Souza, S;de Souza, Sandro J.;Souza, Sandro J.;DE SOUZA, S.J.;DE SOUZA, SANDRO JOSÉ;JOSÉ DE SOUZA, SANDRO;de souza, Sandro1996de Souza SJ; PEREIRA, H. M. ; JACCHIERI, S. ; BERNTANI, R. R. . Colagen/ collagenase interaction: Does the enzyme mimic the conformation of its own substrate?. The FASEB Journal, Estados Unidos, v. 10, p. 927-930, 1996.

105.
SANTOS, M. A. V.1996SANTOS, M. A. V. ; de Souza SJ ; BRENTANI, Ricardo Renzo ; SOUZA, W. . Polymorphonuclear Leukocytes Present Laminin Peptides in Endocytic Compartments.. Biochemical and Biophysical Research Communications, Estados Unidos, v. 221, p. 837-842, 1996.

106.
LONG, Manyuan1996LONG, Manyuan ; de Souza SJ ; ROSENBERG, C. ; GILBERT, W. . Exon shuffing and the origin of the mitochondrial targenting function in plant cytochrome c1 precursor.. PNAS. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, Estados Unidos, v. 93, p. 7727-7731, 1996.

107.
de Souza SJ;deSouza SJ;Souza SJ;de Souza, S;de Souza, Sandro J.;Souza, Sandro J.;DE SOUZA, S.J.;DE SOUZA, SANDRO JOSÉ;JOSÉ DE SOUZA, SANDRO;de souza, Sandro1996de Souza SJ; LONG, Manyuan ; GILBERT, W. . Introns and gene evolution.. Genes To Cells, Estados Unidos, v. 1, p. 493-505, 1996.

108.
de Souza SJ;deSouza SJ;Souza SJ;de Souza, S;de Souza, Sandro J.;Souza, Sandro J.;DE SOUZA, S.J.;DE SOUZA, SANDRO JOSÉ;JOSÉ DE SOUZA, SANDRO;de souza, Sandro1996de Souza SJ; LONG, Manyuan ; SCHOENBACH, L. ; ROY, S. W. ; GILBERT, W. . Intron positions correlate with module bondaries in anciet proteins. PNAS. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, Estados Unidos, v. 93, p. 14632-14636, 1996.

109.
LONG, Manyuan1995LONG, Manyuan ; de Souza SJ ; GILBERT, W. . Evolution of the intron-exon structure of euKaryotic gene.. Curr Opin Genet Develop, Estados Unidos, v. 5, p. 774-778, 1995.

110.
de Souza SJ;deSouza SJ;Souza SJ;de Souza, S;de Souza, Sandro J.;Souza, Sandro J.;DE SOUZA, S.J.;DE SOUZA, SANDRO JOSÉ;JOSÉ DE SOUZA, SANDRO;de souza, Sandro1994de Souza SJ; BRENTANI, Ricardo Renzo . On the struture / function relationship of polymorphonuclear-leukocyte collagenase.. Biochemical Journal (London), Estados Unidos, v. 300, p. 605-607, 1994.

111.
de Souza SJ;deSouza SJ;Souza SJ;de Souza, S;de Souza, Sandro J.;Souza, Sandro J.;DE SOUZA, S.J.;DE SOUZA, SANDRO JOSÉ;JOSÉ DE SOUZA, SANDRO;de souza, Sandro1994de Souza SJ; MADAIO, M. P. ; JULIANO NETO, L. ; BRENTANI, Ricardo Renzo . A monoclonal Autoantibody against a Complementary Peptide Recognizes Interstitial Collagenase.. Immunomethods, Estados Unidos, v. 5, p. 172-176, 1994.

112.
de Souza SJ;deSouza SJ;Souza SJ;de Souza, S;de Souza, Sandro J.;Souza, Sandro J.;DE SOUZA, S.J.;DE SOUZA, SANDRO JOSÉ;JOSÉ DE SOUZA, SANDRO;de souza, Sandro1993de Souza SJ; BRENTANI, Ricardo Renzo . Sequence Homology Between a Bacterial Metalloproteinase and Eukaryotic Matrix Metalloproteinases. Journal of Molecular Evolution, New York, v. 36, p. 596-598, 1993.

113.
VIEIRA, J. L.1993VIEIRA, J. L. ; CHAMMAS, Roger ; VERDE, D. M. S. V. ; SANTOS, M. A. V. ; COELHO, V. M. ; de Souza SJ ; BRENTANI, Ricardo Renzo ; SAVINO, W. . Extracellular matrix components of the mouse thymic microenviroment, III Thymic epithelial cells express the VLA6 complex that is involved in laminin-mediated interactions with thymocytes.. International Immunology, Estados Unidos, v. 5, n.11, p. 1421-1430, 1993.

114.
de Souza SJ;deSouza SJ;Souza SJ;de Souza, S;de Souza, Sandro J.;Souza, Sandro J.;DE SOUZA, S.J.;DE SOUZA, SANDRO JOSÉ;JOSÉ DE SOUZA, SANDRO;de souza, Sandro1993de Souza SJ; M, Pacheco M ; S, Sonohara ; BRENTANI, M. M. ; BRENTANI, Ricardo Renzo . Regulation of extracellular matrix-degrading proteases.. Ciência e Cultura (SBPC), Brasil, v. 45, n.5, p. 313-318, 1993.

115.
de Souza SJ;deSouza SJ;Souza SJ;de Souza, S;de Souza, Sandro J.;Souza, Sandro J.;DE SOUZA, S.J.;DE SOUZA, SANDRO JOSÉ;JOSÉ DE SOUZA, SANDRO;de souza, Sandro1992de Souza SJ; SABAGA, J. ; AMICO, e D ; PASQUALINI, R. ; BRENTANI, Ricardo Renzo . Anti-platelets auto-antibodies from ITP patients recognize an epitope in GP IIb/IIIa deduced by complementary hydropathy.. Immunology (Oxford. Print), v. 7, p. 17-22, 1992.

116.
de Souza SJ;deSouza SJ;Souza SJ;de Souza, S;de Souza, Sandro J.;Souza, Sandro J.;DE SOUZA, S.J.;DE SOUZA, SANDRO JOSÉ;JOSÉ DE SOUZA, SANDRO;de souza, Sandro1992de Souza SJ; BRENTANI, Ricardo Renzo . Collagen-binding site in collagenase can be determined using the concept of sense-antisense peptide interactions.. The Journal of Biological Chemistry (Print), v. 267, n.19, p. 13763-13767, 1992.

117.
PASQUALINI, R.1992PASQUALINI, R. ; LEVI, J. E. ; AZUL, M. I. S. ; FARIA, M. ; de Souza SJ ; BRENTANI, Ricardo Renzo . IID510g52, a monoclonal antibody against platelet membrane glycoprotein IIIa is a suitable tool for the determination of functional domains within integrin cell surface receptors.. Hybridoma (New York) (Cessou em 2001. Cont. 1554-0014 Hybridoma [Larchmont]), v. 11, n.6, p. 741-755, 1992.

Livros publicados/organizados ou edições
1.
de Souza, S. J.. A Goleada de Darwin. 1. ed. Rio de Janeiro: Editora Record, 2009. v. 1. 221p .

Capítulos de livros publicados
1.
KROLL, JOSÉ E. ; FONSECA, ANDRÉ F. ; DE SOUZA, S.J. . Alternative Splicing and Cancer. In: Kishore R. Sakharkar; Meena K. Sakharkar; Ramesh Chandra. (Org.). Post-Genomic Approaches in Cancer and Nano Medicine. 1ed.Delft, Holanda: , 2015, v. 4, p. 1-10.

2.
da Cunha, J. P. C. ; Galante, Pedro A. F. ; de Souza, S. J. . Evolution of Caspase-1 inhibitors. Encyclopedia of Life Sciences. : John Wiley & Sons, Ltd, 2009, v. , p. -.

3.
MARTINS, Vilma Regina ; de Souza, S. J. ; BRENTANI, Ricardo Renzo . Chasing Elusive Cellular Prion Protein Receptor. In: Renata Pasqualini; Wadih Arap. (Org.). Protein Discovery Technologies. 1ed.: CRC Press, 2009, v. , p. 113-126.

4.
de Souza, S. J.; CAMARGO, Anamaria Aranha . Alternative Splicing: Lessons from Cancer. In: Arthur Gruber; Alan M Durham, Chuong Huynh; Hernando A del Portillo. (Org.). Bioinformatics in Tropical Disease Research: A Practical and Case-Study Approach. Bethesda: National Center for Biotechnology Information - NCBI, 2008, v. , p. -.

5.
de Souza, S. J.; SIU, I-Mei ; CERUTTI, J. M. ; RIGGINS, Gregory J . SAGE Analysis in Identifying Phenotype Single Nucleotide Polymorphisms. In: Feng Wang. (Org.). Biomarker Methods In Drug Discovery And Development. 1ed.New York: Springer Verlag NY, 2008, v. , p. 87-118.

6.
BRENTANI, Ricardo Renzo ; CAMARGO, Anamaria Aranha ; BRENTANI, Helena Paula ; de Souza, S. J. . The FAPESP/LICR Human Cancer Genome Project: Perspectives on Integration. In: Sylvia Nagl. (Org.). Cancer Bioinformatics: From Therapy Design to Treatment. 1ed.Chichester: John Wiley & Sons Ltd., 2006, v. , p. -.

7.
de Souza, S. J.; Galante, P. A. F. ; SOARES, Rodrigo . Using ORESTES ESTs to mine gene cancer expression data. In: Peter F. R. Little; Michael J. Dunn; Lynn B. Jorde. (Org.). Encyclopedia of Genetics, Genomics, Proteomics and Bioinformatics. 1ed.: John Wiley & Sons Ltd., 2005, v. , p. -.

8.
SAKARKHAR, M. K. ; KANGUEANE, Pandjassarame ; LONG, Manyuan ; de Souza, S. J. . ExInt: An Exon Intron Database. In: Jürgen A. Fuchs; Maurizio Podda. (Org.). Encyclopedia of Medical Genomics & Proteomics. 1ed.New York: Marcel Dekker, 2005, v. , p. -.

9.
GILBERT, W. ; de Souza, S. J. . Introns and the RNA World. In: Raymond F. Gesteland; Thomas R. Cech; John F. Atkins. (Org.). The RNA World (Second Edition). : Cold Spring Harbor Laboratory Press, 1999, v. , p. 221-231.

10.
LONG, Manyuan ; de Souza, S. J. . Intron-exon structures: From molecular to population biology. In: Ram S. Verma. (Org.). Advances in Genome Biology. 1ed.: Elsevier Inc, 1998, v. 5A, p. 143-178.

Textos em jornais de notícias/revistas
1.
Souza, Sandro J.. Meu genoma. Folha de São Paulo, Sao Paulo, 24 mar. 2013.

2.
de Souza, S. J.. Fé não pode se sobrepor à ciência. Folha de São Paulo, 01 abr. 2010.

3.
de Souza SJ. Mas....é ciência?. Folha de São Paulo, 27 jan. 2008.

4.
de Souza SJ. O ponto X do Sexo. Revista Ciência Hoje, São Paulo, , v. 36-215, p. 11 - 13, 01 maio 2005.

5.
de Souza SJ. Perdemos o medo de competir. Mapeamento genético de bactéria melhorou a imagem do País.. ISTO É, São Paulo, , v. 1595, p. 50, 26 abr. 2000.

6.
de Souza SJ. What is know about the function of introns. Scientific American On Line, 21 out. 1999.

Resumos expandidos publicados em anais de congressos
1.
SAKABE, Noboru Jô ; de Souza, S. J. . A Large-Scale Evaluation of Alternative Exon Usage in Extracellular Matrix Proteins. In: II International Symposium on Extracellular Matrix - VII Simpósio Brasileiro Sobre Matriz Extracelular, 2002, Angra dos Reis - RJ. VII Brazilian Symposium on Extracellular Matrix - II International Symposium on extracellular Matrix - SIMEC 2002. São Paulo - SP: Universidade Federal de São Paulo, 2002.

2.
BETTONI, Fabiana ; PARMIGIANI, R. B. ; REYMOND, A. ; DEUTSCH, S. ; STEVENSON, Brian J ; ISELI, C. ; JONGENELL, C. V. ; BUCHER, P. ; ANTONARAKIS, S. E. ; de Souza, S. J. ; SIMPSON, A. J. G. ; Camargo, A. A. . The Dynamic Process of Gene Discovery: Characterization of 19 Novel Transcripts from Human Chromosome 21. In: XXXI Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular - SBBq, 2002, Caxambu - MG. SBBq / Programa e Resumos da XXXI Reunião Anual / 2002. São Paulo - SP: SBBq Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular, 2002. p. 12-12.

3.
PARMIGIANI, R. B. ; SIMPSON, A. J. G. ; de Souza, S. J. ; Camargo, A. A. . Identification and Characterization of a New Putative Tumor Antigen. In: XXXI Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular - SBBq, 2002, Caxambu - MG. SBBq / Programa e Resumos da XXXI Reunião Anual / 2002. São Paulo - SP: SBBq Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular, 2002. p. 18-18.

4.
SILVA JUNIOR, W. A. ; ALBERTO, F. L. ; SILVA, I. T. ; de Souza, S. J. ; SIMPSON, A. J. G. ; COSTA, F. F. ; ZAGO, M. A. . The Transcriptome of Bone Marrow Cells in Chronic Leukemias. In: XXXI Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular - SBBq, 2002, Caxambu - MG. SBBq / Programa e Resumos da XXXI Reunião Anual / 2002. São Paulo - SP: SBBq Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular, 2002. p. 22-22.

5.
Galante, P. A. F. ; OSORIO, E. C. ; de Souza, S. J. . Evaluation of Unigene: A Bioinformatics Aproach. In: XXXI Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular - SBBq, 2002, Caxambu - MG. SBBq / Programa e Resumos da XXXI Reunião Anual / 2002. São Paulo - SP: SBBq Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular, 2002. p. 235-235.

6.
DIAS NETO, E. ; REIS, L. F. L. ; de Souza, S. J. ; SIMPSON, A. J. G. ; Ludwig/FAPESP Human Cancer Genome Project consortium . The Large Scale Generation of EST Sequences from Central Portions of Genes Expressed in Human Cancers. In: International Symposium on Extracellular Matrix - SIMEC 2000, 2000, Angra dos Reis - RJ. SIMEC 2000 - Program and Abstract Book. São Paulo - SP: Faculdade de Medicina - USP, 2000.

7.
MARTINS, Vilma Regina ; GRANER, E. ; MERCADANTE, A. F. ; de Souza, S. J. ; VEIGA, S. S. ; ZANATA, S. M. ; ABREU, J. G. ; MOURA NETO, V. ; BRENTANI, Ricardo Renzo . Isolation and Characterization of a Cellular Receptor for Prions. In: XXV Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular - SBBq, 1996, Caxambu - MG. SBBq - Programa e Resumos da XXV Reunião Anutal - 1996. São Paulo - SP: Escritório Editorial, 1996. p. 122-122.

Resumos publicados em anais de congressos
1.
RAMALHO, R. F. ; de Souza, S. J. ; SOUZA, J. E. S. ; MEYER, D. . Padrão Distinto de Seleção Natural entre os ESES sugere Diferença Funcional. In: 56º Congresso Brasileiro de Genética, 2010, Guarujá - SP. Programa 56º Congresso Brasileiro de Genética. Ribeirão Preto - SP: SBG Sociedade Brasileira de Genética, 2010. p. 48-48.

2.
SALIM, A. C. M. ; HABR-GAMA, A. ; PARMIGIANI, R. B. ; Galante, P. A. F. ; SOUZA, J. E. S. ; QUEVEDO, B. S. ; FELICIO, N. M. ; PEREZ, R. O. ; GAMA-RODRIGUES, J. J. ; de Souza, S. J. ; Camargo, A. A. . Predição da Resposta ao Tratamento Neoadjuvante com Radioterapia Associada à Quimioterapia em Pacientes com Adenocarcinoma de Reto Utilizando a Metodologia de Sequenciamento em Larga Escala. In: 56º Congresso Brasileiro de Genética, 2010, Guarujá - SP. Programa 56º Congresso Brasileiro de Genética. Ribeirão Preto - SP: SBG Sociedade Brasileira de Genética, 2010. p. 49-49.

3.
QUEVEDO, B. S. ; HABR-GAMA, A. ; FELICIO, N. M. ; PARMIGIANI, R. B. ; Camargo, A. A. ; SALIM, A. C. M. ; PEREZ, R. O. ; GAMA-RODRIGUES, J. J. ; da Cunha, J. P. C. ; Galante, P. A. F. ; de Souza, S. J. . Surfaceoma: Detecção de Mutações em Genes Humanos Codificantes para Proteínas Transmembrana na Superfície Celular. In: 56º Congresso Brasileiro de Genética, 2010, Guarujá - SP. Programa 56º Congresso Brasileiro de Genética. Ribeirão Preto - SP: SBG Sociedade Brasileira de Genética, 2010. p. 50-50.

4.
Galante, P. A. F. ; de Souza, S. J. ; MALNIC, Bettina . A Large Scale Gene Expression Analysis of the Human Brain. In: XXXIV Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular - SBBq, 2005, Águas de Lindóia - SP. SBBq / Programa e Índices da XXXIV Reunião Anual / 2005. São Paulo - SP: SBBq Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular, 2005. p. 90-90.

Apresentações de Trabalho
1.
de Souza, Sandro J. Big data e Bioinformática: dos microRNAs à imunologia tumoral. 2018. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

2.
de Souza, Sandro J. From fish to fisherman: from fish to cancer genomics. 2018. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

3.
de Souza, Sandro J. A Bioinformática e o Desafio Tecnológico do Brasil. 2017. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

4.
de Souza, Sandro J. Genome-wide identification of putative tumor antigens. 2017. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

5.
de Souza, Sandro J. I have sequenced my genome: what now?. 2017. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

6.
de Souza, Sandro J. Cancer Bioinformatics: Issues on data integration. 2016. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

7.
de Souza, Sandro J. Integrando e entregando: os desafios da Bioinformática. 2016. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

8.
de Souza, Sandro J. Integrando e entregando: os desafios da Bioinformática. 2016. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

9.
de Souza, Sandro J. New strategies for cancer system biology. 2016. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

10.
de Souza, Sandro J. The era of big data in cancer research: issues on data integration. 2016. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

11.
de Souza, Sandro J. BioME: The Bioinformatics Multidisciplinary Environment. 2016. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

12.
de Souza, Sandro J. Evolução de TFBS em humanos. 2016. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

13.
DE SOUZA, SANDRO JOSÉ. RNA-Seq analysis for the study of vaccines. 2015. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

14.
DE SOUZA, SANDRO JOSÉ. Evolução dos sítios de ligação a fatores de transcrição em humanos. 2015. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

15.
DE SOUZA, SANDRO JOSÉ. O impacto da Bioinfomática. 2015. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

16.
de Souza, Sandro J. Tendências e perspectivas da biologia sistêmica do câncer. 2015. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

17.
DE SOUZA, SANDRO JOSÉ. Introdução à Bioinformática. 2014. (Apresentação de Trabalho/Outra).

18.
DE SOUZA, SANDRO JOSÉ. Ferramentas de Bioinformática aplicada ao genoma humano. 2014. (Apresentação de Trabalho/Outra).

19.
DE SOUZA, SANDRO JOSÉ. Integrando e ...entregando. 2014. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

20.
DE SOUZA, SANDRO JOSÉ. The extended fitness hypothesis. 2014. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

21.
DE SOUZA, SANDRO JOSÉ. Beyond reason and borders: teh rise of global creationism. 2013. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

22.
DE SOUZA, SANDRO JOSÉ. uma abordagem integrada para aidentificação de genes associados a caracteres clínicos em câncer. 2013. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

23.
DE SOUZA, SANDRO JOSÉ. Effect of Single Nucleotide Variants in Alternative Splicing. 2013. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

24.
DE SOUZA, SANDRO JOSÉ. Cancer Genomics. 2013. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

25.
DE SOUZA, SANDRO JOSÉ. Genômica: do câncer ao ambiente. 2013. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

26.
DE SOUZA, S.J.. From personalized to cancer genomics. 2013. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

27.
DE SOUZA, S.J.. The impact of genomics (NGS) and bioinformatics in life sciences. 2012. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

28.
DE SOUZA, S.J.. A (mais) nova revolução da genômica e da bioinformática. 2012. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

29.
DE SOUZA, S.J.. The impact of genomics and bioinformatics in life sciences?..and neuroscience is not an exception.. 2012. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

30.
DE SOUZA, S.J.. The impact of next generation sequencing in biomedical science. 2012. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

31.
DE SOUZA, S.J.. On the evolution of PPI networks. 2012. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

32.
DE SOUZA, S.J.. Integration of omics data in cancer genomics: alternative splicing. 2012. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

33.
DE SOUZA, S.J.. The Role of Exon Shuffling in the Evolution of PPI Networks. 2011. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

34.
DE SOUZA, S.J.. Transcriptomas e a compreensão contemporânea dos genes. 2011. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

35.
DE SOUZA, SANDRO JOSÉ. A mais nova revolução da genômica. 2010. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

36.
DE SOUZA, S.J.. Re-sequencing of tumor genomes: a system biology perspective. 2010. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

37.
DE SOUZA, S.J.. O debate criacionismo/darwinismo no Brasil. 2010. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

38.
DE SOUZA, SANDRO JOSÉ. A goleada de Darwin. 2009. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

39.
DE SOUZA, SANDRO JOSÉ. O gol impedido de Deus: a faceta moderna do criacionismo. 2009. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

40.
DE SOUZA, S.J.. Personalizing Alternative Splicing. 2009. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

41.
DE SOUZA, S.J.. Genômica e Bioinformática. 2009. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

42.
DE SOUZA, SANDRO JOSÉ. genoma: aspectos funcionais e evolutivos. 2007. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

43.
DE SOUZA, S.J.. Bioinformatics and identification of therapeutic targets. 2007. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

44.
DE SOUZA, SANDRO JOSÉ. O papel dos introns na origem e evolução dos genes. 2006. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

45.
DE SOUZA, SANDRO JOSÉ. Sobre a complexidade do transcriptoma humano. 2006. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

46.
DE SOUZA, SANDRO JOSÉ. caracterização de variantes de splicing diferencialmente expressos em câncer. 2005. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

47.
DE SOUZA, SANDRO JOSÉ. O significado biológico do splicing alternativo. 2004. (Apresentação de Trabalho/Outra).

48.
DE SOUZA, SANDRO JOSÉ. Conferência: Use of bioinformatcs to decipher the complexity of the human transcriptome. 2004. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

49.
DE SOUZA, SANDRO JOSÉ. Splicing alternativo: reflexões sobre o seu papel biológico. 2004. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

50.
DE SOUZA, SANDRO JOSÉ. Variabilidade do transcriptoma humano. 2004. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

51.
DE SOUZA, SANDRO JOSÉ. Impacto da genômica do câncer. 2003. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

52.
DE SOUZA, SANDRO JOSÉ. Análise do transcriptoma humano. 2003. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

53.
DE SOUZA, SANDRO JOSÉ. A bioinformática aplicada à genômica. 2003. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

54.
DE SOUZA, SANDRO JOSÉ. Biologia Computacional. 2000. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

55.
DE SOUZA, SANDRO JOSÉ. Determinação do sítio de ligação ao colágeno da coleganse. 1992. (Apresentação de Trabalho/Seminário).


Produção técnica
Redes sociais, websites e blogs
1.
DE SOUZA, S.J.. Biotecando. 2014; Tema: Ciências da Vida. (Blog).


Demais tipos de produção técnica
1.
DE SOUZA, SANDRO JOSÉ. Aplicações do sequenciamento de nova geração. 2013. (Curso de curta duração ministrado/Especialização).

2.
de Souza SJ. Curso: "Bioinformatics". 2003. (Curso de curta duração ministrado/Especialização).

3.
de Souza, S. J.. Curso de Bioinformática. 1999. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).



Bancas



Participação em bancas de trabalhos de conclusão
Mestrado
1.
DE SOUZA, SANDRO JOSÉ; Jerônimo SMB; Lima, JPMS; SHAW, Jeffrey Jon. Participação em banca de Diego Gomes Teixeira. Diversidade genômica de isolados com origem clínica distinta de Leishmania infantum do Estado do Rio Grande do Norte. 2015. Dissertação (Mestrado em Bioquímica) - Universidade Federal do Rio Grande do Norte.

2.
DE SOUZA, SANDRO JOSÉ; BARRERA, Junior; Reis MS. Participação em banca de Lulu Wu. Um método para modificar vias de sinalização molecular por meio de análise de banco de dados de interatomas. 2015. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo.

3.
DE SOUZA, SANDRO JOSÉ; Copelli, M; Diniz, LFM. Participação em banca de Natália Bezerra Mota. Análise de grafos aplicada a relatos de sonho: ferramenta diagnóstica objetiva e diferencial para psicose esquizofrênica e bipolar. 2013. Dissertação (Mestrado em NEUROCIÊNCIAS) - Universidade Federal do Rio Grande do Norte.

4.
DE SOUZA, SANDRO JOSÉ; camargo, b; DIAS NETO, Emmanuel; CARRARO, Dirce Maria. Participação em banca de Mayra Toledo Mendes de Castro. Validação de alterações somáticas e de novo em tumores de wilms esporádicos identificadas por sequenciamento de exomas. 2013. Dissertação (Mestrado em Oncologia) - Fundação Antônio Prudente.

5.
de Souza SJ; SHAW, Jeffrey Jon; MARTINS, Maurício Rodrigues; BRIONES, Marcelo da Silva. Participação em banca de Rogério Furquim Mauad. IDaTE: Uma ferramenta para estimar tempos de divergências com um teste de razão de máxima verossimilhança para relógio molecular.. 2003. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas (Biologia Molecular)) - Universidade Federal de São Paulo.

6.
de Souza SJ. Participação em banca de Leonardo de Oliveira Martins. Simulação da evolução molecular do HIV-1: análise de estimadores de diversidade genética.. 2002 - Universidade de São Paulo.

7.
de Souza SJ. Participação em banca de Gerdine Ferreira de Oliveira Sanson. Modelo Probabilísticos de substituição de nucleotídeos aplicados à evolução in vitro do Gene rRNA 18s e ao estudo da diversidade genética de Trypanosoma cruzi.. 2002. Dissertação (Mestrado em Microbiologia e Imunologia) - Universidade Federal de São Paulo.

8.
ZANOTTO, Paolo Marinho de Andrade; VENTURA, Armando Morais; de Souza SJ. Participação em banca de Robson Francisco de Souza. Heterogeneidade em Flaviviridae: segmentação e processos evolutivos. 2000. Dissertação (Mestrado em Biotecnologia) - Universidade de São Paulo.

9.
Hugo Aguirre Armelin; HO, P. L.; de Souza, S. J.. Participação em banca de Ivan Tadeu Rebustini. Expressão de Fatores Peptídicos de Crescimento em Linhagens Cultivadas de Células Y-1 de Tecido Adrenocortical de Mamíferos. 1999. Dissertação (Mestrado em Bioquímica) - Instituto de Química - USP.

Teses de doutorado
1.
de Souza, Sandro J; dos Santos, MA; José Miguél Ortega; Couto, BRGM; Starling, CE. Participação em banca de Rita Silvério de Magalhães Machado. Prediction of drug targets in human pathogens. 2017. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais.

2.
de Souza, Sandro J; Azevedo, VAC; Soares, SC; Arni, RK. Participação em banca de Debmalya Barh. Bioinformatics strategies for identification of cancer biomarkers and targets in pathogens associated with cancer. 2017. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais.

3.
de Souza, Sandro J; José Miguél Ortega; Franco, G; Lobo, FP; Fernandes, GR. Participação em banca de Katia de Paiva lopes. Ancestralidade e co-regulação de genes codificadores de proteínas humanas. 2017. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais.

4.
de Souza, Sandro J; Jerônimo SMB; dos Santos EA; Brodskin CI; Pasquali MA. Participação em banca de Paulo Ricardo Porfírio do Nascimento. Perfil transcricional e alterações histopatológicas na leishmaniose visceral canina. 2016. Tese (Doutorado em Bioquímica) - Universidade Federal do Rio Grande do Norte.

5.
DE SOUZA, SANDRO JOSÉ; Santos, EMT; Magalhães, WCS; Struchiner, CJ; de Souza, RP; Pena, SDJ. Participação em banca de Moara Machado. Diversidade genômica e seleção natural em populações humanas. 2015. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais.

6.
DE SOUZA, S.J.; RIBEIRO-DOS-SANTOS, ÂNDREA; Ramos, R.T.J.; SCHNEIDER, I.; ASSUMPCAO, P.; SANTOS, S.. Participação em banca de Fabiano Cordeiro Moreira. Análise in Silico da Expressão Diferencial de microRNAs no Câncer Gástrico. 2014. Tese (Doutorado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Federal do Pará.

7.
DE SOUZA, S.J.; Agnez, L; Neto, V.F.A.; Valinotto, A.C.. Participação em banca de THAYSE AZEVEDO DA SILVA. Análise do efeito de polimorfismos não-sinônimos em genes de reparo de DNA da via BER na resposta inflamatória da Meningite. 2013. Tese (Doutorado em Renorbio) - Universidade Federal do Rio Grande do Norte.

8.
DE SOUZA, SANDRO JOSÉ; Medeiros, S.R.B.; Cornelio, DA; Lenz, G; José Miguél Ortega. Participação em banca de Joana Cristina Medeiros Tavares. Transcriptoma diferencial entre células-tronco mesenquimais humanas jovens e senescentes. 2013. Tese (Doutorado em Renorbio) - Universidade Federal do Rio Grande do Norte.

9.
DE SOUZA, S.J.; José Miguél Ortega; Franco, G; Cantão, M.. Participação em banca de Gabriel da Rocha Fernandes. Integração de bases de dados de genes homólogos e aplicação em análises de sequencias.. 2011. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais.

10.
ALMEIDA, S. V.; de Souza, S. J.; Forti, F. L.; DIAS NETO, E.; CARRARO, Dirce M. Participação em banca de Yuri José de Camargo Barros Moreira. Identificação de perfis de expressão de RNAs codificadores e não codificadores de proteína como preditores de recorrência de câncer de próstata. 2010. Tese (Doutorado em Bioquímica) - Instituto de Química - USP.

11.
de Souza SJ. Participação em banca de Leonardo Barbosa Koerich. Baixa conservação do conteúdo gênico do cromossomo Y em 12 espécies de Drosophila. 2009. Tese (Doutorado em Genetica) - Universidade Federal do Rio de Janeiro.

12.
DE SOUZA, S.J.; BARRERA, Junior; Junior, R.M.C.; Hugo Aguirre Armelin. Participação em banca de David Corrêa Martins Junior. Seleção de características e predição intrinsecamente multivariada em identificação de redes de regulação gênica. 2009. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

13.
FOLGUEIRA, M. A. A. K; de Souza, S. J.; REIS, Eduardo M R; ABRANTES, E. F.. Participação em banca de Maria Cristina Rodrigues Rangel. Identificação de Marcadores Moleculares em Câncer de mama Através da Técnica de Microarray Utilizando uma Plataforma de Exons Tumor-Associados. 2008. Tese (Doutorado em Oncologia) - Fundação Antônio Prudente.

14.
de Souza SJ; BRENTANI, Helena Paula. Participação em banca de Renata Carmona e Ferreira. Análise da adaptação dos códons como uma ferramenta para predizer a abundância de uma proteína e sua correlação com o ruído na expressão gênica.. 2007. Tese (Doutorado em Microbiologia e Imunologia) - Universidade Federal de São Paulo.

15.
DE SOUZA, S.J.; José Miguél Ortega; Franco, G; GRUBER, Arthur. Participação em banca de Maurício de Alvarenga Mudado. Uso da Base de Dados Secundária KOG como Ferramenta para Caracterização de Expressão Gênica e Mineração de Dados em Projetos Transcriptoma. 2007. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais.

16.
SOGAYAR, Mari Cleide; Luiz Roberto Giorgetti de Britto; de Souza SJ; SHINJO, Sueli M Oba; Suely Lopes Gomes. Participação em banca de Theri Leica Degaki. Genoma funcional e análise in silico na caracterização e no isolamento de genes envolvidos em gliomas humanos. 2006. Tese (Doutorado em Bioquímica) - Instituto de Química - USP.

17.
de Souza SJ. Participação em banca de Marcos Damião da Silva. ?Polimorfismo de colon 72 do gene supressor tumoral tp53 e do codon 1367 da helicase de Werner, associados a morbidades em populações de idosos de São Paulo.. 2005. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas Genética) - Faculdade de Medicina de Botucatu.

18.
NOBREGA, F. G.; VALENTINI, S. R.; ALMEIDA, S. V.; OLIVEIRA, Carla Columbano de; de Souza, S. J.. Participação em banca de Fernando Alexis Gonzales Zubiate. Caracterização da função da proteína Nop17p de Saccharomyces cerevisiae. 2005. Tese (Doutorado em Bioquímica) - Instituto de Química - USP.

19.
de Souza SJ; FARAH, Shaker Chuck; OLIVEIRA, Carla Columbano de; GUEIROS FILHO, Frederico José; SLUYS, Marie Anne Van; BALDINI, Regina Lúcia; BERTOLINI, Maria Célia; MARQUES, Marilis Do Valle. Participação em banca de Marcos Castanheiras Alegria. Identificação de Interações Proteína-Proteína envolvendo os produtos dos Loci hrp, vir e rpf de Xanthomonas axonopodis pv. citri. 2004 - Instituto de Química da Universidade de São Paulo.

20.
de Souza SJ. Participação em banca de Paulo Bandeira Paiva. Filogenias moleculares de sequências genômicas: aplicação na análise de receptores acoplados à proteína-G.. 2004 - Universidade Federal de São Paulo.

21.
DORRY, H. F. A. E.; ALMEIDA, S. V.; de Souza, S. J.; MENCK, C. F. M.; REINACH, F. C.. Participação em banca de Tharin Maria Blumeschein de Almeida. Estudo da Ligação de Cátions Divalentes em Sítios Ef-Hand Utilizando a Cadeia Leve Regulatória de Miosina de Músculo Liso. 2000. Tese (Doutorado em Bioquímica) - Instituto de Química - USP.

22.
ALVES, M. J. M.; SILVA, Aline M da; de Souza, S. J.; PEREIRA, G. G.; OLIVEIRA, Carla Columbano de. Participação em banca de Luiz Paulo Moura Andrioli. Clonagem e Caracterização da Serina/treonina Fosfatase Tipo 1 (PP1) de Dictyostelium discoideum. 1999. Tese (Doutorado em Bioquímica) - Instituto de Química - USP.

Qualificações de Doutorado
1.
DE SOUZA, S.J.; DALMOLIN, R. S.; Lajus, T.B.P. Participação em banca de ACARIZIA EDUARDO DA SILVA. O papel da proteína de ligação ao RNA Musashi-1 na radioresistência e sobrevivência de células de glioblastoma.. 2014. Exame de qualificação (Doutorando em Bioquímica) - Universidade Federal do Rio Grande do Norte.

2.
de Souza, S. J.. Participação em banca de André Zelanis Palitot Pereira. Proteômica e transcriptômica aplicadas ao estudo da variabilidade do veneno de Bothrops jararaca. 2009. Exame de qualificação (Doutorando em Bioquímica) - Instituto de Química - USP.

3.
de Souza, S. J.. Participação em banca de Maria Fernanda Pereira de Araújo Demonte Forni. Bases Moleculares do Efeito do Estesse Oxidativo na Potencionalidade e Senescência de Células Tronco da Pele. 2009. Exame de qualificação (Doutorando em Bioquímica) - Instituto de Química - USP.

4.
de Souza, S. J.. Participação em banca de Giulliana Tessarin e Almeida. Efeitos do pareamento no perfil de expressão gênica do parasita Schistosoma mansoni. 2008. Exame de qualificação (Doutorando em Bioquímica) - Instituto de Química - USP.

5.
de Souza, S. J.. Participação em banca de Juliano Rodrigo Guerreiro. Identificação dos alvos moleculares e celulares dos peptídeos potenciadores da bradicinina. 2008. Exame de qualificação (Doutorando em Bioquímica) - Instituto de Química - USP.

6.
de Souza SJ; José Daniel Lopes. Participação em banca de Renata Carmona e Ferreira. "Análise da adaptação dos codons como ferramenta para predizer a abundância de uma proteína e sua correlação com o ruído na expressão gênica".. 2006. Exame de qualificação (Doutorando em Microbiologia e Imunologia) - Universidade Federal de São Paulo.

7.
de Souza, S. J.. Participação em banca de Theri Leica Degaki. Genoma funcional e análise in silico na caracterização e no isolamento de genes envolvidos em gliomas humanos. 2004. Exame de qualificação (Doutorando em Bioquímica) - Instituto de Química - USP.

8.
DORRY, H. F. A. E.; de Souza, S. J.. Participação em banca de Eric D'Alessandro Bonaccorsi. Regulação da expressão gênica por oxigênio em microrganismos eucariotos: análises de ESTs e microarrays de cDNA de Trichoderma reesei. 2002. Exame de qualificação (Doutorando em Bioquímica) - Instituto de Química - USP.

Qualificações de Mestrado
1.
Rego TG; Batista LV; Farias ST; Coutinho VRHM; de Souza, S. J.. Participação em banca de Daniel Miranda de Brito. Uma nov abordagem para a identificação de ilhas genômicas em bactérias com base no método de agrupamento mean shift. 2016. Exame de qualificação (Mestrando em INFORMÁTICA) - Universidade Federal da Paraíba.

2.
DE SOUZA, S.J.; Costa, M.R.; Lima, JPMS. Participação em banca de Vandeclecio Lira da Silva. Análise evolutiva dos elementos que controlam o padrão de expressão dos genes humanos. 2015. Exame de qualificação (Mestrando em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Federal do Pará.

3.
DE SOUZA, S.J.; Costa, M.R.; Medeiros, S.R.B.. Participação em banca de JÉSSICA ALVES DE MEDEIROS ARAÚJO. REPROGRAMAÇÃO DE CÉLULAS-TRONCO MESENQUIMAIS EM NEURÔNIOS UTILIZANDO GENES PRÓ-NEURAIS. 2014. Exame de qualificação (Mestrando em NEUROCIÊNCIAS) - Universidade Federal do Rio Grande do Norte.

4.
DE SOUZA, S.J.; Ribeiro, S.T.G; Tort, A.. Participação em banca de DANIEL GOMES DE ALMEIDA FILHO. Uma investigação das sequências de fase Hebbianas descritas como grafos de assembleias neuronais. 2014. Exame de qualificação (Mestrando em NEUROCIÊNCIAS) - Universidade Federal do Rio Grande do Norte.

5.
DE SOUZA, SANDRO JOSÉ; Ribeiro, S.T.G; Queiroz, CMT; Copelli, M. Participação em banca de Natália Bezerra Mota. Análise de grafos aplicada a relatos de sonho: ferramenta diagnóstica objetiva e diferencial para psicose esquizofrênica e bipolar. 2013. Exame de qualificação (Mestrando em NEUROCIÊNCIAS) - Universidade Federal do Rio Grande do Norte.



Participação em bancas de comissões julgadoras
Professor titular
1.
de Souza, Sandro J. Comissão Avaliadora da Promoção para classe E - Professor Titular. 2015. Universidade Federal de Minas Gerais.

Concurso público
1.
de Souza, S. J.. Professor Adjunto 1. 2010. Universidade Federal do Rio de Janeiro.

2.
de Souza, S. J.. Professor Adjunto 1. 2010. Universidade Federal de Minas Gerais.

3.
de Souza, S. J.. Professor Doutor, Referência MS-3, em Regime de Dedicação Integral à Docência e à Pesquisa (R.D.I.D.P.), Departamento de Genética - Área de Bioinformática. 2003. Universidade de São Paulo, campus Ribeirão Preto.

Avaliação de cursos
1.
SAKHARKAR, M.; Kocher J-P; de Souza, Sandro J. Review Comittee for Bachelor in Bioinformatics Program - University of Malaya. 2016. University of Malaya.

Outras participações
1.
de Souza, Sandro J. Comissão de avaliação de propostas do programa CAPES PRINT. 2018. Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior.

2.
Aith F; Sa MFG; de Souza, Sandro J. Comissão de Análise e Julgamento do Prêmio Capes/Interfarma de Inovação e Pesquisa na edição 2016. 2016. Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior.

3.
de Souza SJ. Vaga destinada ao cargo de Tecnologista Pleno 3 na área de Desenvolvimento e Suporte em Bioinformática. 2002. Laboratório Nacional de Computação Científica.



Eventos



Participação em eventos, congressos, exposições e feiras
1.
1 St International Workshop on Bioinformatics.Cancer Genomics in the era of US$ 0.00000001 per nucleotide. 2010. (Outra).

2.
56º Congresso Brasileiro de Genética. Transcriptomas e a Compreensão Contemporânea dos Genes. 2010. (Congresso).

3.
56º Congresso Brasileiro de Genética. 2010. (Congresso).

4.
I Workshop do Programa de Pós-Graduação em Genética.Deciphering the human surfaceome. 2010. (Outra).

5.
SB-Meeting 2010 - Brasil Deutschland Systems Biology Meeting. The Role of Exon Shuffling in the Evolutionof PPI Networks. 2010. (Congresso).

6.
XIV Congresso de Educação Saber 2010. O debate Darwinismo X Criacionismo no Brasil. 2010. (Congresso).

7.
XVIII Seminário de Iniciação Científica da PUCPR - PIBIC.Avaliador do Comitê Externo do CNPq dos trabalhos apresentados pelo alunos do Programa Institucional de Bolsas de Iniciação Científica (PIBIC). 2010. (Seminário).

8.
XXVIII Workshop Temático do CAT/cepid.Re-sequencing of tumor genomes: a systems biology perspective. 2010. (Outra).

9.
17th Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology & 8th European Conference on Computational Biology. 2009. (Congresso).

10.
IV Simpósio Temático "Fronteiras das Ciências Fisiológicas".The New(est) Genomics Revolution. 2009. (Simpósio).

11.
IV Simpósio Temático do Departamento de Fisiologia e Biofísica "Fronteiras das Ciências Fisiológicas".The new(est) genomics revolution. 2009. (Simpósio).

12.
Simpósio Interdisciplinar Física+Bioinformática.Genome Evolution and Biological Networks. 2009. (Simpósio).

13.
Simpósio Interdisciplinar Física+Bioinformática. 2009. (Simpósio).

14.
V Course of the Latin American School of Human and Medical Genetics.Bioinformatic tools in genetics and genomics. 2009. (Simpósio).

15.
V Curso de Verão em Bioinformática.Análise de Expressão Gênica. 2009. (Outra).

16.
4th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology. Ultra-high throughput sequencing of the transcriptome of a breast cancer cell line.. 2008. (Congresso).

17.
4th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology". 2008. (Congresso).

18.
54º Congresso Brasileiro de Genética. 2008. (Congresso).

19.
IX Encontro de Pesquisa do Instituto de Ciências Biológicas - IV Encontro anual de pesquisa em Bioquímica e Imunologia - Comemoração aos 40 anos do ICB e do Programa de Pós-Graduação em Bioquímica e Imunologia na UFMG.Going deeper... A nova revolução da genômica. 2008. (Encontro).

20.
IX Simpósio Nacional de Biologia Molecular Aplicada à Medicina. 2008. (Simpósio).

21.
IX Simpósio Nacional de Biologia Molecular Aplicada à Medicina."Analises Computacionais Aplicadas à Medicina: Uma Busca por Alvos Terapêuticos na Superfície de Células Tumorais". 2008. (Simpósio).

22.
Rede Brasileira de Pesquisa sobre o Câncer.Rede Brasileira de Pesquisa sobre o Câncer. 2008. (Seminário).

23.
3rd International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Aomputational Biology.. 2007. (Congresso).

24.
53º Congresso Brasileiro de Genética. 2007. (Congresso).

25.
53º Congresso Brasileiro de Genética.O surfaceoma humano: uma busca em larga-escala por alvos terapêuticos na superfície celular de células tumorais. 2007. (Simpósio).

26.
6th International Congress of Pharmaceutical Sciences, CIFARP. Splicing Variants in Cancer: Therapeutical Opportunities. 2007. (Congresso).

27.
6th International Congress of Pharmaceutica Sciences - CIFARP 2007. 2007. (Congresso).

28.
Alellyx Applied Genomics.Sobre a complexidade do genoma humano: pares sense/antisense. 2007. (Seminário).

29.
III Course of the Latin American School of Human and Medical Genetics.A completar. 2007. (Outra).

30.
Programa de Doutorado em Bioinformática.O Surfaceoma humano: uma busca em larga-escala por alvos terapêuticos na superfície celular de células tumorais.. 2007. (Seminário).

31.
52º Congresso Brasileiro de Genética. A molécula de RNA vs Era pós-genômica - Tema: "O verdadeiro Mundo de RNA: Explorando o transcriptoma humano". 2006. (Congresso).

32.
52º Congresso Brasileiro de Genética. 2006. (Congresso).

33.
Ciclo de Palestras da Pós-Graduação em Ciências Biológicas da UNIVAP.O papel dos introns na origem e evolução de novos genes. 2006. (Seminário).

34.
Global Dialogues on Emerging Science and Technology (GDEST) Conference on Bioinformatics. A completar. 2006. (Congresso).

35.
II Latinamerican School of Human and Medical Genetics. II Latinamerican School of Human and Medical Genetics. 2006. (Congresso).

36.
ISMB / X-Meeting 2006. 2006. (Congresso).

37.
Seminários Gerais do Departamento de Bioquímica do Programa de Pós Graduação do Instituto de Química da USP.Sobre a complexidade do transcriptoma humano. 2006. (Seminário).

38.
V São Paulo Research Conference - Teoria da Evolução: Principios e Impacto. 2006. (Congresso).

39.
V São Paulo Research Conference - Teoria da Evolução: Principios e Impacto. O papel do embaralhamento antigo e moderno dos exons na montagem de proteínas antigas. 2006. (Congresso).

40.
XIII Congresso da Sociedade Brasileira de Biologia Celular - IX Simpósio Brasileiro de Matriz Extracelular - III International Symposium on Extracellular Matrix.From Bioinformatics to Functional Genomics. 2006. (Simpósio).

41.
XXXV Reunião da SBBq. XXXV Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular. 2006. (Congresso).

42.
1st International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology. Search for novel imprinted genes using SAGE and MPSS allele-specific tags. 2005. (Congresso).

43.
51º Congresso Brasileiro de Genética. 2005. (Congresso).

44.
51º Congresso Brasileiro de Genética - Simpósio "Bioinformática como ferramenta na exploração de sistemas biológicos complexos". SNPs, SAGE e ESTs: Integração de dados na exploração do transcriptoma humano. 2005. (Congresso).

45.
Conhecimento Genômico, Aplicações Clínicas e Implicações Éticas.A Genômica na Prática Clínica - "Integrando Genoma, Transcriptoma e Proteoma sob uma ótica da biologia sistêmica: relevância clínica.". 2005. (Simpósio).

46.
Evolução Molecular.Seminário sobre Evolução Molecular. 2005. (Seminário).

47.
Seminários de Biologia Funcional e Molecular do Programa de Pós-Graduação em Biologia Funcional e Molecular do Instituto de Biologia da Universidade Estadual de Campinas.Caracterização de variantes de splicing diferencialmente expressos em tumor. 2005. (Seminário).

48.
Symposium to Celebrate the Scientific Explorations of Walter Gilbert.Symposium to Celebrate the Scientific Explorations of Walter Gilbert. 2005. (Simpósio).

49.
56ª Reunião Anual da Sociedade Brasileira para o Progresso da Ciência - SBPC.Informática na Fronteira da Ciência. 2004. (Simpósio).

50.
56º Reunião Anual da Sociedade Brasileira para o Progresso da Ciência. 2004. (Outra).

51.
II ENAPEBI - Encontro Anual de Pesquisa em Bioquímica e Imunologia. II Encontro Anual de Pesquisa em Bioquímica e Imunologia.. 2004. (Congresso).

52.
III International Symposium on Extracellular Matrix - VIII Simpósio Brasileiro sobre Matriz Extracelular SIMEC.A completar. 2004. (Simpósio).

53.
III Latin American Course on Bioinformatics for Tropical Disease Research.On the biological significance of Alternative Splicing: a bioinformatics approach. 2004. (Outra).

54.
Instituto de Estudos Avançados da Universidade de São Paulo em São Carlos.Splicing alternativo: reflexões sobre o seu significado biológico. 2004. (Outra).

55.
Programa da disciplina de Bioinformática na FioCruz.Programa da disciplina de Bioinformática na FioCruz. 2004. (Seminário).

56.
SBBQ. XXXIII Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular.. 2004. (Congresso).

57.
Seminários do Departamento de Bioquímica e Imunologia da Universidade Federal de Minas Gerais.Variabilidade no transcriptoma humano causada por splicing alternativo: uma análise in silico de retenção de introns. 2004. (Seminário).

58.
Tópicos Avançados em Fisiologia e Biofísica do Programa de Pós-Graduação de Fisiologia Humana do ICB/USP.O significado biológico de splicing alternativo. 2004. (Outra).

59.
XIX Reunião Anual da Federação de Sociedades de Biologia Experimental - FeSBE. Use of bioinformatics to decipher the complexity of the human transcriptome. 2004. (Congresso).

60.
1st International Conference on Bioinformatics and Computational Biology - ICOBICOBI. A direct association between Alternative Splicing and Tumorigenesis as evaluated by SAGE. 2003. (Congresso).

61.
Curso Introdução à Biologia Computacional.Análise do Transcriptoma Humano. 2003. (Outra).

62.
II Latin American Course on Bioinformatics for Tropical Disease Research..Exploring the tumor transcriptome through computational biology tools. 2003. (Outra).

63.
SAGE Congress. 2003. (Congresso).

64.
Semana Científica sobre o Câncer e a Genômica.A Bioinformática aplicada à Genômica. 2003. (Seminário).

65.
Semana Científica sobre o Câncer e a Genômica.Impacto da Genômica no Câncer. 2003. (Seminário).

66.
48º Congresso Nacional de Genética. Origem dos introns: antiga ou recente?. 2002. (Congresso).

67.
54ª Reunião Anual da Sociedade Brasileira para o Progresso da Ciência.Aspectos Moleculares nas Doenças Autoimunes. 2002. (Outra).

68.
Curso Análise de Transcriptomas..Curso: Análise de Transcriptomas.. 2002. (Outra).

69.
Curso SAGE e Splicing.Curso: SAGE e Splicing. 2002. (Outra).

70.
Human Full-Length cDNA Annotation Invitational. 2002. (Outra).

71.
Mini Symposium on "Bioinformatics and Gene Evolution".Mini Symposium on Bioinformatics and Gene Evolution. 2002. (Simpósio).

72.
VII Brazilian Symposium on Extracellular Matrix / II International Symposium on Extracellular Matrix.A completar. 2002. (Simpósio).

73.
XXXI Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular. A completar. 2002. (Congresso).

74.
4ª Semana Temática de Biologia.Andamento do projeto Genoma Câncer no Brasil. 2001. (Seminário).

75.
53ª Reunião Anual da Sociedade Brasileira para o Progresso da Ciência SBPC.O papel da Bioinformática na Biologia atual. 2001. (Outra).

76.
Brazilian International Genomic Conference. Brazilian International Genomic Conference. 2001. (Congresso).

77.
Centers for Bioinformatcs & Computational Biology and Genome Technology Seminar Series.A completar. 2001. (Seminário).

78.
Disciplina Oncologia de Cabeça e Pescoço do Curso de Pós-Graduação em Ciências da Fundação Antonio Prudente.Bioinformática. 2001. (Outra).

79.
II Escola de Verão Métodos Computacionais em Biologia.A draft of the human transcriptome. 2001. (Outra).

80.
Atualização do Curso de Ciências Moleculares.Palestra: "Biologia Computacional". 2000. (Seminário).

81.
Programa de Pós-Graduação em Biologia Buco-Dental da Faculdade de Odontologia de Piracicaba.Projeto Genoma Humano do Câncer. 2000. (Seminário).

82.
VII Congresso Brasileiro de Informática em Saúde e II Simpósio Internacional de Sistemas de Informação Hospitalar. Bioinformática. 2000. (Congresso).

83.
10º Congresso Médico do Piauí - 1º Congresso de Enfermagem do Piauí. Biologia Molecular. 1999. (Congresso).

84.
10º Congresso Médico do Piauí - 1º Congresso de Enfermagem do Piauí. 1999. (Congresso).

85.
BioSemana 99. O Projeto Genoma do Câncer Humano: Estratégia e Desafios. 1999. (Congresso).

86.
II Semana Temática da Biologia USP.O gene Egoísta. 1999. (Outra).

87.
XIII Reunião Anual da Federação de Sociedades de Biologia Experimental - FeSBE. Towards a resolution of the introns-carly/introns-late debate. 1998. (Congresso).

88.
3º Simpósio Brasileiro Sobre Matriz Extracelular - SIMEC 94.Extracellular matrix resorption in the gingiva of the rat incisor. 1994. (Simpósio).

89.
Curso de Biologia das Metástases.Enzimas envolvidas no processo de invasão e metástases. 1994. (Outra).

90.
Curso de Biologia das Metástases.Biologia Celular da Invasão e Metástases. 1994. (Outra).

91.
I Simpósio Internacional de Pesquisa e Tratamento Multidisciplinar do Câncer de Cabeça e Pescoço.Invasão Tumoral e Metástases. 1994. (Simpósio).

92.
IX Reunião Anual da Federação de Sociedades de Biologia Experimental - FESBE. Bases Moleculares da reatividade anti auto-antígenos protéicos no curso "Auto Imunidade". 1994. (Congresso).

93.
Reencontro Internacional sobre estrutura e função de âncoras GPI. 1994. (Encontro).

94.
Simpósio de Biologia Molecular e Oncologia Gastroenterológica.Aspectos Celulares da Progressão Tumoral. 1994. (Simpósio).

95.
XXIII Reunião Anual da SBBq. 1994. (Congresso).

96.
Basic and Applied Cancer Research International Symposium on HPV - Ludwig Institute for Cancer Research 10th Anniversary. 1993. (Simpósio).

97.
Curso Receptores de Membranas em Cabeça e Pescoço promovido pelo Serviço de Cirurgia de Cabeça e Pescoço do Hospital Heliópolis.Integrinas e o mecanismo de metástases. 1993. (Outra).

98.
Curso Receptores de Membranas em Cabeça e Pescoço promovido pelo Serviço de Cirurgia de Cabeça e Pescoço do Hospital Heliópolis.Proteases e o mecanismo de invasão. 1993. (Outra).

99.
II Simpósio Antonio Prudente. 1993. (Simpósio).

100.
XVIII Congresso Brasileiro de Imunologia.Hidropaticidade complementar e determinação de interações entre receptores-ligantes, enzimas-substratos e antígenos-anticorpos. 1993. (Encontro).

101.
XXII Reunião Anual da SBBq. 1993. (Congresso).

102.
Curso de Pós-Gradução em Biologia e Patologia Buco-Dental da Faculdade de Odontologia de Piracicaba.Interação Colágeno-Colagenase. 1992. (Seminário).

103.
Simpósio Médico Internacional Roche "Citoquinas e Fatores de Crescimento". 1992. (Simpósio).

104.
1º Simpósio Brasileiro sobre Matriz Extracelular. 1990. (Simpósio).

105.
International Symposium on Human Papillomavirus. 1990. (Simpósio).


Organização de eventos, congressos, exposições e feiras
1.
DE SOUZA, S.J.; Stransky, Beatriz . Biologia Sistêmica do Câncer: Uma abordagem integrada. 2014. (Congresso).

2.
DE SOUZA, S.J.; Stransky, Beatriz ; de Souza, G.A. . Proteômica & Espectrometria de Massa Rumo a Análise de Sistemas Biológicos. 2013. (Outro).

3.
DE SOUZA, S.J.; Stransky, Beatriz ; Reboucas, N. . Biologia Molecular Aplicada à Pesquisa. 2012. (Outro).

4.
DE SOUZA, S.J.; Stransky, Beatriz ; Ohno-Machado, L . A Bioinformática no século 21. 2012. (Outro).

5.
LONG, Manyuan ; BROSIUS, J. ; de Souza SJ . Tasting the Art of Science - A symposium to honor Wally Gilbert. 2005. (Congresso).

6.
de Souza SJ; SAMAIA, H. B. ; José Miguél Ortega ; BARRERA, Junior . International Conference On Bionformatics and Molecular Biology ICOBICOBI. 2004. (Congresso).

7.
CHAMMAS, Roger ; VILLAVERDE, D. ; de Souza SJ . SIMEC 2000- Simpósio Internacional sobre Matriz Extracelular. 2000. (Congresso).



Orientações



Orientações e supervisões em andamento
Dissertação de mestrado
1.
Thiago Dantas Soares. Aperfeiçoamento de métodos de integração de dados genômicos. Início: 2018. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade Federal do Rio Grande do Norte. (Orientador).

2.
ANA CAROLINA MIRANDA FERNANDES COÊLHO. Desenvolvimento de uma abordagem para detecção de neoantígenos a partir do sequenciamento de amostras tumorais. Início: 2017. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade Federal do Rio Grande do Norte, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. (Orientador).

Tese de doutorado
1.
Josivan Ribeiro Justino. Caracterização de genes com expressão bi-modal em dados de RNA-Seq. Início: 2017. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade Federal do Rio Grande do Norte. (Orientador).

2.
Guilherme Fernandes de Araújo. Desenvolvimento de uma plataforma para a simulação de cenários evolutivos em populações biológicas. Início: 2017. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade Federal do Rio Grande do Norte. (Orientador).

3.
Vandeclecio Lira da Silva. Aplicação da metagenômica para caracterização de micro-organismos resistentes a antibióticos e diagnóstico de câncer de cabeça e pescoço através do perfil da microbiota bucal.. Início: 2016. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade Federal do Rio Grande do Norte, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. (Orientador).

4.
Lucas Marques da Cunha. Uma nova abordagem para a análise de dados genômicos utizando a estratégia de deep learning. Início: 2016. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade Federal do Rio Grande do Norte. (Coorientador).

5.
Diego Marques Coelho. Perfil transcricional de neurônios induzidos. Início: 2016. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade Federal do Rio Grande do Norte, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. (Coorientador).


Orientações e supervisões concluídas
Dissertação de mestrado
1.
Laise Cavalcanti Florentino. Desenvolvimento de uma abordagem de integração de dados genômicos e farmacêuticos. 2018. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade Federal do Rio Grande do Norte, . Orientador: Sandro José de Souza.

2.
Paulo Roberto Branco Lins. Desenvolvimento de uma abordagem quantitativa para o estudo de recorrências de módulos topológicos em redes biológicas. 2018. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade Federal do Rio Grande do Norte, . Coorientador: Sandro José de Souza.

3.
Viviane Brito Nogueira. CajaDB: um knowledgebase para dados de sagui. 2017. Dissertação (Mestrado em Ciencias da Saúde) - Universidade Federal do Rio Grande do Norte, Fundação de Amparo a Pesquisa do Estado do Amazonas. Coorientador: Sandro José de Souza.

4.
Vandeclecio Lira da Silva. Análise evolutiva de sítios de ligação a fatores de transcrição. 2016. Dissertação (Mestrado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Federal do Pará, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Sandro José de Souza.

5.
Andre Faustino da Fonseca. Integração de dados genômicos oriundos de câncer em redes de interação proteína-proteína.. 2016. Dissertação (Mestrado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Federal do Pará, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Sandro José de Souza.

6.
André Mauricio Ribeiro-dos-Santos. Análise genômica do efeito de INDELS em sítios de ligação a fatoresa de transcrição.. 2014. Dissertação (Mestrado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Federal do Pará, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Sandro José de Souza.

7.
Julio César Nunes. Analise correlacional entre a expressao dos fatores de splicing e a ocorrencia de splicing alternativo em tecidos humanos e de camundongos.. 2008. Dissertação (Mestrado em Oncologia) - Fundação Antônio Prudente, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Orientador: Sandro José de Souza.

8.
Gustavo Starvaggi França. Mapeamento dos eventos de EXON-SHUFFLING em Eucariotos.. 2007. Dissertação (Mestrado em Bioquímica) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Orientador: Sandro José de Souza.

9.
Caetano Giminez Carezato. Análise de classificadores de seqüências projetados por aprendizado computacional supervisionado e não supervisionado.. 2004. Dissertação (Mestrado em Bioinformatica) - Ime- Universidade de Sao Paulo, . Coorientador: Sandro José de Souza.

10.
Fábio Passetti. Análise de splicing alternativo no transcriptoma humano. 2000. 0 f. Dissertação - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Orientador: Sandro José de Souza.

Tese de doutorado
1.
Andre Mauricio Ribeiro-dos-Santos. Sequenciamento genômico de ameríndios: análise populacional e evolutiva.. 2018. Tese (Doutorado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Federal do Pará, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Sandro José de Souza.

2.
André Luis Fonseca Faustino. Abordagens sistêmicas para análise da manutenção da integridade genômica: uma perspectiva evolutiva e clínica. 2018. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade Federal do Rio Grande do Norte, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Sandro José de Souza.

3.
José Eduardo Kroll. Explorando a Complexidade do Transcriptoma Humano: Eventos de Splicing Alternativo. 2013. Tese (Doutorado em Doutorado) - Ime- Universidade de Sao Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Sandro José de Souza.

4.
Suzana Andreoli Marques Ezquina. Estudo da poliadenilação alternativa:efeito dos polimorfismos nos elementos em cis de RNA e transcritos antisenso. 2012. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Sandro José de Souza.

5.
Rodrigo Fernandes Ramalho. Estudo do Efeito da Seleção Natural em Ativadores de Splicing Exônico (eses) de Populações Humanas Através de Análise de Frequência. 2012. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Biologia Genética)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Coorientador: Sandro José de Souza.

6.
Daniel Onofre Vidal. Identificação em larga escala de transcritos antisenso e genes com expressão alélica diferencial utilizando bancos de dados de SAGE e MPSS. 2009. Tese (Doutorado em Oncologia) - Fundação Antônio Prudente, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Coorientador: Sandro José de Souza.

7.
Jorge Estefano Santana de Souza. Estudo em larga escala de ocorrência de SNPs em elementos reguladores de Splicing e sua possível relação com doenças hunanas.. 2008. 0 f. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Sandro José de Souza.

8.
Pedro Alexandre Favoretto Galante. A Large scale gene expression analysis of the human and mouse brain.. 2008. 0 f. Tese (Doutorado em Bioquímica) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Coorientador: Sandro José de Souza.

9.
Noboru Jô Sakabe. Estudo computacional de elementos reguladores de splicing alternativo em larga escala e identificação de novos elementos candidatos.. 2007. 0 f. Tese (Doutorado em Bioquímica) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Orientador: Sandro José de Souza.

10.
Elza Helena Andrade Barbosa Durhan. Mapeamento do uso alternativo dos sitios de splicing 5'e 3'emproteinas - estudo de caso por métodos teórico s e experimentais. 2007. 0 f. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Sandro José de Souza.

11.
Robson Francisco de Souza. Identificação de novas proteínas componentes do septo de divisão celular usando genômica comparativa.. 2007. 0 f. Tese (Doutorado em Bioquímica) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Coorientador: Sandro José de Souza.

12.
Maria Dulcetti Vibranovski. Comparação da estrutura terciária de proteínas: Implicações na evolução dos genes e origens dos domínios proteicos.. 2005. 0 f. Tese (Doutorado em Bioquímica) - Instituto de Química da Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Orientador: Sandro José de Souza.

13.
Raphael Bessa Parmigiani. Caracterização de um novo antígeno tumoral: CTSP-1. 2005. 0 f. Tese (Doutorado em Oncologia) - Fundação Antônio Prudente, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Coorientador: Sandro José de Souza.

14.
Elisa Napolitano e Ferreira. Identificação de variantes de splicing sob influência da alta expressão do oncogene ERBB2 em câncer de mama. 2005. Tese (Doutorado em Doutorado) - Instituto de Biociências - USP, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Coorientador: Sandro José de Souza.

15.
Natanja Sara Kirschbaum Salger. Desenvolvimento de um sistema em larga escala para o estudo computacional de formas de Splicing alternativo diferencialmente expressos em tumores e sua validação experimental.. 2005. 0 f. Tese (Doutorado em Oncologia) - Fundação Antônio Prudente, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Orientador: Sandro José de Souza.

16.
Maarten Rudolph Leerkes. Desenvolvimento de uma abordagem in silico para a identificacao de genes diferencialmente expressos em tumores.. 2004. 0 f. Tese (Doutorado em Oncologia) - Fundação Antônio Prudente, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Orientador: Sandro José de Souza.

17.
Meena Kishore Sakharkar. A large-scale analysis of intron sliding in eukaryotic genomes.. 2002. 0 f. Tese - National University of Singapore, . Orientador: Sandro José de Souza.

Supervisão de pós-doutorado
1.
Gilderlanio Santana de Araújo. 2018. Universidade Federal do Rio Grande do Norte, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Sandro José de Souza.

2.
Jose Eduardo Kroll. 2014. Universidade Federal do Rio Grande do Norte, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Sandro José de Souza.

3.
Marbella Maria Bernardes da Fonseca. 2014. Universidade Federal do Rio Grande do Norte, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Sandro José de Souza.

4.
Júlia Pinheiro Chagas da Cunha. Estudo funcional de variantes de Splicing com expressão diferencial em tecidos tumorais baseados em mutações em sitios enhancers e silenciadores de Splicing encontrados em bancos de dados de tumores.. 2007. Instituto Ludwig de Pesquisa sobre o Câncer, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Sandro José de Souza.

5.
Douglas Vasconcelos Cancherini. Estrutura e evolução das redes de interação entre as proteínas.. 2007. Instituto Ludwig de Pesquisa sobre o Câncer, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Sandro José de Souza.

6.
Silvia Maria Kuva. 1999. Instituto Ludwig de Pesquisa sobre o Câncer, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Sandro José de Souza.

7.
Adriana Brunstein. 1999. Instituto Ludwig de Pesquisa sobre o Câncer, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Sandro José de Souza.

Trabalho de conclusão de curso de graduação
1.
Graziela Miê Peres Lopes. Análise de fatores de Splicing em câncer. 2004. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Ciências Biológicas) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Sandro José de Souza.

Iniciação científica
1.
Isabella Tanus Job e Meire. Análise de dados genômicos na identificação de biomarcadores para cãncer presentes no surfaceoma humano.. 2014. Iniciação Científica - Universidade Federal do Rio Grande do Norte. Orientador: Sandro José de Souza.

2.
André Luis Fonseca Faustino. Integração de dados em genômica do câncer. 2014. Iniciação Científica. (Graduando em Ciências Biológicas) - Universidade Federal do Rio Grande do Norte. Orientador: Sandro José de Souza.

3.
Vandeclecio Lira da Silva. Evolução de TFBS em humanos. 2013. Iniciação Científica. (Graduando em Ciência da Computação) - Universidade do Estado do Rio Grande do Norte. Orientador: Sandro José de Souza.

4.
Thayna Emilia da Silva. Análise de dados genômicos na identificação de biomarcadores para cãncer presentes no surfaceoma humano.. 2012. Iniciação Científica - Universidade Federal do Rio Grande do Norte, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Sandro José de Souza.

Orientações de outra natureza
1.
Cleber Rodrigues de Freitas. Desenvolvimento de estratégias computacionais para análise de dados genômicos. 2014. Orientação de outra natureza - Universidade Federal do Rio Grande do Norte. Orientador: Sandro José de Souza.



Inovação



Projetos de pesquisa


Educação e Popularização de C & T



Livros e capítulos
1.
de Souza, S. J.. A Goleada de Darwin. 1. ed. Rio de Janeiro: Editora Record, 2009. v. 1. 221p .


Textos em jornais de notícias/revistas
1.
de Souza SJ. O ponto X do Sexo. Revista Ciência Hoje, São Paulo, , v. 36-215, p. 11 - 13, 01 maio 2005.

2.
de Souza SJ. Perdemos o medo de competir. Mapeamento genético de bactéria melhorou a imagem do País.. ISTO É, São Paulo, , v. 1595, p. 50, 26 abr. 2000.

3.
de Souza SJ. Mas....é ciência?. Folha de São Paulo, 27 jan. 2008.

4.
de Souza, S. J.. Fé não pode se sobrepor à ciência. Folha de São Paulo, 01 abr. 2010.

5.
Souza, Sandro J.. Meu genoma. Folha de São Paulo, Sao Paulo, 24 mar. 2013.


Apresentações de Trabalho
1.
DE SOUZA, S.J.. Genômica e Bioinformática. 2009. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

2.
DE SOUZA, S.J.. O debate criacionismo/darwinismo no Brasil. 2010. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

3.
de Souza, Sandro J. Cancer Bioinformatics: Issues on data integration. 2016. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

4.
de Souza, Sandro J. Integrando e entregando: os desafios da Bioinformática. 2016. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

5.
de Souza, Sandro J. Integrando e entregando: os desafios da Bioinformática. 2016. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

6.
de Souza, Sandro J. BioME: The Bioinformatics Multidisciplinary Environment. 2016. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

7.
de Souza, Sandro J. A Bioinformática e o Desafio Tecnológico do Brasil. 2017. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).


Organização de eventos, congressos, exposições e feiras
1.
DE SOUZA, S.J.; Stransky, Beatriz . Biologia Sistêmica do Câncer: Uma abordagem integrada. 2014. (Congresso).


Redes sociais, websites e blogs
1.
DE SOUZA, S.J.. Biotecando. 2014; Tema: Ciências da Vida. (Blog).




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