Currículo do Sistema de Currículos Lattes (Jose Carlos Merino Mombach)

Dados pessoais

Nome	Jose Carlos Merino Mombach
Nome em citações bibliográficas	MOMBACH, J. C. M.;Mombach, J. C. M.;Mombach, José CM;MOMBACH, J;Mombach, J. C. M;Mombach, José C.M.;Lemke, N.;Mombach, J.C.M.;Mombach, José C. M.
Sexo	Masculino

Endereço profissional

Universidade Federal de Santa Maria.
Centro de Ciências Naturais e Exatas
Camobi
97105-900 - Santa Maria, RS - Brasil
Telefone: (55) 32209521 Fax: (55) 32208032
URL da Homepage: http://br.linkedin.com/pub/jos%C3%A9-carlos-merino-mombach/6/827/7b

Formação acadêmica/Titulação

2008 - 2009

Pós-Doutorado .
Universite Claude Bernarde Lyon I.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Física / Subárea: Física Geral / Especialidade: Física Estatística e Termodinâmica.

1993 - 1997

Doutorado em Física .
Universidade Federal do Rio Grande do Sul, UFRGS, Brasil.
com período sanduíche em Notre Dame University(Orientador:James A. Glazier ).
Título: Um estudo da formacao de padroes celulares biologicos, Ano de Obtenção: 1997.
Orientador: Rita M. C. de Almeida e J. R. Iglesias.
Bolsista do(a): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico ,CNPq ,Brasil .
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Física / Subárea: Física Geral / Especialidade: Física Estatística e Termodinâmica.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Biofísica / Subárea: Biofísica Celular.

1990 - 1993

Mestrado em Física .
Instituto de Física.
Título: Arranjo de celulas em tecidos biologicos, Ano de Obtenção: 1993.
Orientador: R. M. C. de Almeida.
Bolsista do(a): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico ,CNPq ,Brasil .
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Física / Subárea: Física Geral / Especialidade: Física Estatística e Termodinâmica.

1983 - 1989

Graduação em Licenciatura Em Fisica .
Instituto de Física.

Formação complementar

2002 - 2002

Extensão universitária em Biologia Molecular para Bioinformatica. (Carga horária: 20h).
Universidade do Vale do Rio dos Sinos, UNISINOS, Brasil.

2002 - 2002

I Latin American Course On Bioinformatics For TDR. (Carga horária: 120h).
Universidade de São Paulo.

Atuação profissional

Universidade Federal de Santa Maria, UFSM, Brasil.

Vínculo institucional

2006 - Atual

Vínculo: Professor Orientador, Enquadramento Funcional: Prof. Adjunto III, Regime: Dedicação exclusiva.

Atividades

05/2010 - Atual	Direção e administração, Pós-graduação em física, .
	Cargo ou função Representante da sub-área de física computacional e sistemas complexos.

2010 - Atual	Atividades de Participação em Projeto, Departamento de física, .
	Projetos de pesquisa Ferramentas Computacionais para Análise Funcional de Vias Genéticas em Interatomas Sistemas Auto-Organizados: Aplicações multidisciplinares (Fapergs: 10/0008-0)

2008 - Atual	Atividades de Participação em Projeto, Departamento de física, .
	Projetos de pesquisa Uma arquitetura para a integração de dados de interatoma e transcriptoma de câncer representada na ontologia ONTOCANCRO

09/2006 - Atual	Ensino, Programa de Pós-graduação em física, Nível: Pós-Graduação.
	Disciplinas ministradas Tópicos Especiais de física III

2006 - Atual	Atividades de Participação em Projeto, Departamento de física, .
	Projetos de pesquisa Modelagem de agregados celulares, espumas e redes metabólicas

2011 - 2015	Atividades de Participação em Projeto, Departamento de física, .
	Projetos de pesquisa Superfícies super-repelentes com vocação multifuncional... (Capes: 742/12)

2010 - 2012	Atividades de Participação em Projeto, Departamento de física, .
	Projetos de pesquisa Laboratório de Modelagem de Sistemas Complexos (Fapergs: 10/1663-0)

2004 - 2008	Atividades de Participação em Projeto, Departamento de física, .
	Projetos de pesquisa Simulação computacional de metabolismo e modelagem de proteínas

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, CNPq, Brasil.

Vínculo institucional

1998 - 2009

Vínculo: Bolsista PQ, Enquadramento Funcional: Bolsista PQ, Regime: Dedicação exclusiva.

Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional, AB3C, Brasil.

Vínculo institucional

2009 - Atual

Vínculo: Outro, Enquadramento Funcional: Secretário, Carga horária: 0

Vínculo institucional

2004 - 2008

Vínculo: Outro, Enquadramento Funcional: Membro do Conselho Consultivo, Carga horária: 0

Atividades

7/2004 - Atual	Conselhos, Comissões e Consultoria, Conselho Consultivo, .
	Cargo ou função Membro de comissão temporária.

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Rio Grande do Sul, FAPERGS, Brasil.

Vínculo institucional

2008 - 2010

Vínculo: Membro de comitê assessor, Enquadramento Funcional: Membro de comitê assessor

Vínculo institucional

2004 - 2005

Vínculo: Outro, Enquadramento Funcional: Coordenador do comitê assessor de física, Carga horária: 4

Vínculo institucional

2003 - 2005

Vínculo: Outro, Enquadramento Funcional: Membro de comitê assessor, Carga horária: 4

Atividades

8/2005 - Atual	Conselhos, Comissões e Consultoria, .
	Cargo ou função Membro de comitê assessor.

8/2004 - 8/2005	Conselhos, Comissões e Consultoria, Comitê Assessor de Física e Astronomia, .
	Cargo ou função Coordenador do comitê assessor.

8/2003 - 8/2004	Conselhos, Comissões e Consultoria, Comitê Assessor de Física e Astronomia, .
	Cargo ou função Membro de comitê assessor.

Universidade Claude Bernard Lyon 1, UCBL, França.

Vínculo institucional

2008 - 2009

Vínculo: Professor vistante, Enquadramento Funcional: Professor visitante, Carga horária: 40

Sociedade Brasileira de Computação - Porto Alegre, SBC, Brasil.

Vínculo institucional

2005 - 2008

Vínculo: Membro da CEBiocomp, Enquadramento Funcional: Não, Carga horária: 0

Atividades

10/2005 - Atual	Conselhos, Comissões e Consultoria, Comissão Especial de Biologia Computacional, .
	Cargo ou função Membro de comissão.

Universidade Federal do Rio Grande do Sul, UFRGS, Brasil.

Vínculo institucional

2006 - 2006

Vínculo: Professor Visitante, Enquadramento Funcional: Não, Regime: Dedicação exclusiva.

Universidade Federal do Pampa, UNIPAMPA, Brasil.

Vínculo institucional

2006 - 2008

Vínculo: Servidor Público, Enquadramento Funcional: Professor Adjunto I, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

Universidade do Vale do Rio dos Sinos, UNISINOS, Brasil.

Vínculo institucional

1997 - 2006

Vínculo: Celetista, Enquadramento Funcional: Professor Adjunto II, Carga horária: 40

Atividades

08/1997 - 02/2006	Atividades de Participação em Projeto, Centro de Ciências Exatas e Tecnológicas, .
	Projetos de pesquisa Simulação do crescimento celular desordenado e da formação de cavidades em agregados de células biológicas Identificação de proteínas alvo do M. hyopneumoniae através da topologia da rede metabólica Laboratório associado de caracterização de estruturas celulares Simulação computacional da reorganização de tecidos embrionários

University of Notre Dame, UND, Estados Unidos.

Vínculo institucional

1994 - 1995

Vínculo: Visiting Scholar, Enquadramento Funcional: Visiting Scholar, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

Outras informações

Estágio de Doutorado Sanduíche.

Atividades

4/1994 - 3/1995	Pesquisa e desenvolvimento , School Of Sciences, Departamento de Física.
	Linhas de pesquisa Biofísica Física computacional

Junta de Educação Batista, COLÉGIO BATISTA, Brasil.

Vínculo institucional

1989 - 1990

Vínculo: Celetista, Enquadramento Funcional: Professor, Carga horária: 12

Outras informações

Ensino médio.

Atividades

8/1989 - 7/1990	Ensino, Nível: Ensino Médio.
	Disciplinas ministradas Física

Linhas de Pesquisa

1.	Biofísica

2.	Física computacional

Projetos de Pesquisa

2011 - Atual	Superfícies super-repelentes com vocação multifuncional... (Capes: 742/12)
	Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação ( 1) . Integrantes: Stella Ramos - Integrante / Flávio Horowitz - Coordenador / Jose Carlos Merino Mombach - Integrante. Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Cooperação..

2010 - Atual	Ferramentas Computacionais para Análise Funcional de Vias Genéticas em Interatomas
	Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação ( 1) / Mestrado acadêmico ( 1) / Doutorado ( 2) . Integrantes: Jose Carlos Merino Mombach - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa..

2010 - Atual	Sistemas Auto-Organizados: Aplicações multidisciplinares (Fapergs: 10/0008-0)
	Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Rita M C de Almeida - Coordenador / Otávio Costa Acevedo - Integrante / Jose Carlos Merino Mombach - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Rio Grande do Sul - Auxílio financeiro..

2010 - Atual	Laboratório de Modelagem de Sistemas Complexos (Fapergs: 10/1663-0)
	Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Jose Carlos Merino Mombach - Coordenador. .

2008 - 2010	Uma arquitetura para a integração de dados de interatoma e transcriptoma de câncer representada na ontologia ONTOCANCRO
	Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Marialva Sinigaglia - Integrante / Rita M C de Almeida - Integrante / Mauro A. A. Castro - Integrante / Giovani Librelotto - Coordenador / Jose Carlos Merino Mombach - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro..

2006 - 2009	Modelagem de agregados celulares, espumas e redes metabólicas
	Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Jose Carlos Merino Mombach - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro..

2004 - 2008	Simulação computacional de metabolismo e modelagem de proteínas
	Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Jose Carlos Merino Mombach - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro..

2002 - 2005	Identificação de proteínas alvo do M. hyopneumoniae através da topologia da rede metabólica
	Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Jose Carlos Merino Mombach - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro..

2000 - 2004	Simulação do crescimento celular desordenado e da formação de cavidades em agregados de células biológicas
	Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Jose Carlos Merino Mombach - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa..

1999 - 2003	Laboratório associado de caracterização de estruturas celulares
	Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Jose Carlos Merino Mombach - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Rio Grande do Sul - Auxílio financeiro..

1997 - 2003	Simulação computacional da reorganização de tecidos embrionários
	Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Jose Carlos Merino Mombach - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa..

Revisor de periódico

2006 - Atual	Periódico: Journal of the Brazilian Computer Society (0104-6500)
1998 - Atual	Periódico: Annals of Botany (0305-7364)
2003 - Atual	Periódico: Genetics and molecular research
2004 - Atual	Periódico: Physical Review Letters (0031-9007)
2003 - Atual	Periódico: Journal of Physics A. Mathematical and General (0305-4470)
2003 - Atual	Periódico: Multiscale Modeling and Simulation (1540-3459)
2004 - Atual	Periódico: Genetics and Molecular Biology (1415-4757)
2003 - Atual	Periódico: Bioinformatics (Oxford) (1367-4803)
2004 - Atual	Periódico: Physical Review E (1539-3755)
2002 - Atual	Periódico: Europhysics Letters (0295-5075)
2002 - Atual	Periódico: PCCP. Physical Chemistry Chemical Physics (1463-9076)
2002 - Atual	Periódico: International Journal of Solids and Structures (0020-7683)
2004 - Atual	Periódico: Physica. A (0378-4371)
2005 - Atual	Periódico: Molecular Biosystems
2006 - Atual	Periódico: IEE Systems Biology
2008 - Atual	Periódico: Brazilian Journal of Microbiology
2008 - Atual	Periódico: Frontiers in Bioscience
2011 - Atual	Periódico: Biorheology (Oxford)

Áreas de atuação

1.	Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Física / Subárea: Física Geral / Especialidade: Física Estatística e Termodinâmica.
2.	Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: bioinformática.

Idiomas

Inglês	Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.
Espanhol	Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Razoavelmente.

Produção em C,T & A

Produção bibliográfica

Citações

Web of Science
Total de trabalhos34	Total de citações415	Fator H10
mombach jcm Data: 15/09/2011

Artigos completos publicados em periódicos

1.	Costa, Felipe D. ; Acevedo, Otávio C. ; Mombach, José C. M. ; Degrazia, Gervásio A. . A Simplified Model for Intermittent Turbulence in the Nocturnal Boundary Layer. Journal of the Atmospheric Sciences, v. 68, p. 110303115041083, 2011.

2.	de Oliveira, Luciana R. ; Lopes, Daisiane M. ; Ramos, Stella M. M. ; Mombach, José C. M. . Two-dimensional modeling of the superhydrophobic behavior of a liquid droplet sliding down a ramp of pillars. Soft Matter (Print), p. 3763-3765, 2011.

3.	Bugs, Cristhian A ; Librelotto, Giovani R ; Mombach, José CM . A method to identify important dynamical states in boolean models of regulatory networks: application to regulation of stomata closure by ABA in A. thaliana. BMC Genomics, v. 12, p. S10, 2011.

4.	Simão, Éder M. ; Cabral, Heleno B. ; Castro, Mauro A.A. ; SINIGAGLIA, Marialva ; Mombach, José C.M. ; Librelotto, Giovani R. . Modeling the Human Genome Maintenance network. Physica. A (Print), p. 4188-4194, 2010.

5.	SINIGAGLIA, Marialva ; CASTRO, M. A. A. ; PEREIRA, Gonçalo Amarante Guimarães ; Echeverrigaray, S. ; MOMBACH, J. C. M. . Analysis of expression pathways alterations of Arabidopsis thaliana induced by a Necrosis- and Ethylene-inducing protein. Physica. A, v. 12127, p. 4515-4522, 2009.

6.	CASTRO, M. A. A. ; Rybarczyk Filho, J. L. ; Dalmolin, R. J. S. ; Sinigaglia, M. ; MOREIRA, J. C. F. ; Mombach, J. C. M. ; de Almeida, R. M. C. . ViaComplex: software for landscape analysis of gene expression networks in genomic context. Bioinformatics (Oxford), v. 25, p. 1-2, 2009.

7.	SILVA, João Paulo Müller da ; LEMKE, Ney ; MOMBACH, J. C. M. ; SINIGAGLIA, Marialva ; VIEIRA, Renata . In silico network topology-based prediction of gene essentiality. Physica. A, v. 387, p. 1049-1055, 2008.

8.	Mombach, J.C.M. ; Castro, M.A.A. ; Moreira, J.C.F. ; Almeida, R.M.C. DE . On the absence of mutations in nucleotide excision repair genes in sporadic solid tumors. Genetics and Molecular Research, v. 7, p. 152-160, 2008.

9.	CECHIN, Adelmo ; SINIGAGLIA, Marialva ; LEMKE, Ney ; Echeverrigaray, S. ; Cabrera, O. ; PEREIRA, Gonçalo Amarante Guimarães ; MOMBACH, J. C. M. . Cupin: A Candidate Molecular Structure for the NEP1-like Protein Family. BMC Plant Biology (Online), v. 8, p. 50, 2008.

10.	CECHIN, Adelmo ; SINIGAGLIA, Marialva ; MOMBACH, J. C. M. ; LEMKE, Ney ; PEREIRA, Gonçalo Amarante Guimarães ; Echeverrigaray, S. . Can NEP1-like proteins form oligomers?. Plant signaling and behavior, v. 3, p. 906-907, 2008.

11.	CASTRO, M. A. A. ; Dalmolin, R. J. S. ; MOREIRA, J. C. F. ; Mombach, J. C. M. ; de Almeida, R. M. C. . Evolutionary origins of human apoptosis and genome-stability gene networks. Nucleic Acids Research, v. 36, p. 6269-6283, 2008.

12.	CASTRO, M. A. A. ; MOMBACH, J. C. M. ; ALMEIDA, Rita M C de ; MOREIRA, J. C. F. . Impaired expression of NER gene network in sporadic solid tumors. Nucleic Acids Research, v. 35, p. 1859-1867, 2007.

13.	PINTO, M ; FOSS, L ; MOMBACH, J ; RIBEIRO, L . Modelling, property verification and behavioural equivalence of lactose operon regulation?. Computers in Biology and Medicine, v. 37, p. 134-148, 2007.

14.	Mombach, J. C. M. ; KNEWITZ, M. A. . Computer simulation of the influence of cellular adhesion on the morphology of the interface between tissues of proliferating and quiescent cells. Computers in Biology and Medicine, v. 36, p. 59-69, 2006.

15.	MOMBACH, J ; LEMKE, N ; DASILVA, N ; FERREIRA, R ; ISAIA, E ; BARCELLOS, C . Bioinformatics analysis of mycoplasma metabolism: Important enzymes, metabolic similarities, and redundancy. Computers in Biology and Medicine, v. 36, p. 542-552, 2006.

16.	SILVA, João Paulo Müller da ; LEMKE, Ney ; MOMBACH, J. C. M. ; SOUZA, José Guilherme C de ; SINIGAGLIA, Marialva ; VIEIRA, Renata . Exploring molecular networks using Monet ontology. Genetics and Molecular Research, v. 5, p. 182-192, 2006.

17.	SCHMITH, J ; LEMKE, N ; MOMBACH, J ; BENELLI, P ; BARCELLOS, C ; BEDIN, G . Damage, connectivity and essentiality in protein protein interaction networks. Physica. A, v. 349, p. 675-684, 2005.

18.	THOMAS, G ; MOMBACH, J ; IDIART, M ; QUILLIET, C ; GRANER, F . Simulations of viscous shape relaxation in shuffled foam clusters. Colloids and Surfaces. A, Physicochemical and Engineering Aspects, v. 263, p. 90-94, 2005.

19.	MOMBACH, J ; ROBERT, D ; GRANER, F ; GILLET, G ; THOMAS, G ; IDIART, M ; RIEU, J . Rounding of aggregates of biological cells: Experiments and simulations. Physica. A, Holanda, v. 352, p. 525-534, 2005.

20.	GUSATTO, Éder ; MOMBACH, J. C. M. ; CERCATO, Fernando ; CAVALHEIRO, Gerson Homrich . An efficient parallel algorithm to evolve the cellular Potts model. Parallel Processing Letters, França, v. 15, p. 199, 2005.

21.	Mombach, José C.M. ; LEMKE, Ney ; Silva, Norma M. da ; Ferreira, Rejane A. ; Isaia Filho, Eduardo ; Barcellos, Cláudia K. ; Ormazabal, Rodrigo J. . Using the FORESTS and KEGG databases to investigate the metabolic network of Eucalyptus. Genetics and Molecular Biology, v. 28, p. 630-633, 2005.

22.	BATTISTELA, Eduardo ; BARCELLOS, Cláudia ; SOUZA, José Guilherme C de ; LEMKE, Ney ; MOMBACH, J. C. M. . An integrated model for cellular analysis. Genetics and Molecular Research, v. 4, p. 506-513, 2005.

23.	Lemke, N. . Essentiality and damage in metabolic networks. Bioinformatics, Inglaterra, v. 20, p. 115-119, 2004.

24.	DOSREIS, A ; MOMBACH, J ; WALTER, M ; DEAVILA, L . The interplay between cell adhesion and environment rigidity in the morphology of tumors. Physica. A (Print), Holanda, v. 322, p. 546-554, 2003.

25.	Mombach, J. C. M ; LEMKE, N ; Bodmann, B. E. J ; Idiart, M. A. P . A mean-field theory of cellular growth. Europhysics Letters, França, v. 59, p. 923-928, 2002.

26.	MOMBACH, J . Bursts and cavity formation in Hydra cells aggregates: experiments and simulations. Physica. A, v. 297, p. 495-508, 2001.

27.	LEMKE, N ; MOMBACH, J ; BODMANN, B . A numerical investigation of adaptation in populations of random boolean networks. Physica. A, v. 301, p. 589-600, 2001.

28.	MOMBACH, J . Universality of the threshold in the dynamics of biological cell sorting. Physica. A (Print), v. 276, p. 391-400, 2000.

29.	BODMANN, Bardo e J ; MOMBACH, J. C. M. . On the role of probabilty amplitudes in cell aggregation: An approach study towards morphogenesis. Physica. A, v. 278, p. 243-259, 2000.

30.	MOMBACH, J. C. M. . Simulation of embryonic cell self-organization: a study of aggregates with different concentrations of cell types. Physical Review E, v. 59, p. R3827-R3830, 1999.

31.	REIS, Adriana Neves dos ; MOMBACH, J. C. M. . Simulação de crescimento tumoral: investigação da hipótese de adesão celular diminuída e sua implicação na invasividade maligna. Scientia (Unisinos), São Leopoldo, v. 10, n. 2, p. 135-146, 1999.

32.	ALMEIDA, R. M. C. ; MOMBACH, J. C. M. . Scaling properties of three-dimensional foams. Physica A, v. 236, p. 268-278, 1997.

33.	MOMBACH, J. C. M. ; GLAZIER, J. A. . Single cell motion in aggregates of embryonic cells. Phys. Rev. Lett., v. 76, p. 3032-3035, 1996.

34.	MOMBACH, J. C. M. ; GLAZIER, J. A. ; RAPHAEL, R. C. ; ZAJAC, M. . Quantitative comparison between differential adhesion models and cell sorting in the presence and absence of fluctuations. Phys. Rev. Lett., v. 75, p. 2244-2247, 1995.

35.	JIANG, Y. ; MOMBACH, J. C. M. ; GLAZIER, J. A. . Grain growth from homogeneous initial conditions: anomalous grain growth and special scaling states. Phys. Rev. E, v. 52, p. R3333-R3336, 1995.

36.	MOMBACH, J. C. M. ; ALMEIDA, R. M. C. ; IGLESIAS, J. R. . Mitosis and growth in biological tissues. Phys. Rev. E, v. 48, p. 598-602, 1993.

37.	MOMBACH, J. C. M. ; ALMEIDA, R. M. C. ; IGLESIAS, J. R. . Two-cell correlations in biological tissues. Phys. Rev. E, v. 47, p. 3712-3716, 1993.

38.	MOMBACH, J. C. M. ; ALMEIDA, R. M. C. ; VASCONCELLOS, M. A. Z. . Arrangement of cells in vegetable tissues. J. Phys. D, v. 23, p. 600-606, 1990.

Capítulos de livros publicados

1.

SINIGAGLIA, Marialva ; José Rycbarzyck Filho ; DALMOLIN, R. ; MOREIRA, J. C. F. ; ALMEIDA, Rita M C de ; CASTRO, M. A. A. ; MOMBACH, J. C. M. ; Giovani Librelotto . Bioinformatics analysis of gene networks involved in genomic stability and cancer. In: Helen C. Kristoff. (Org.). Cancer Biomarkers. : Nova Science Publishers, Inc., 2010, v. , p. -.

2.	MOMBACH, J. C. M. . Redes complexas e aplicações nas ciências. In: Eliana X. L. de Andrade; Rubens Sampaio; Geraldo N. Silva. (Org.). Modelagem em biomatemática. São Carlos: SBMAC, 2004, v. 13, p. 34-53.

Trabalhos completos publicados em anais de congressos

1.

Giovani Librelotto ; Mombach, J. C. M. ; SINIGAGLIA, Marialva ; Éder M. Simão ; Heleno B. Cabral ; CASTRO, M. A. A. . An Ontology to Integrate Transcriptomics and Interatomics Data Involved in Gene Pathways of Genome Stability. In: BSB, 2009, Porto Alegre. Lecture Notes in Bioinformatics. Berlin : Springer-Verlag, 2009. v. 5676. p. 164-167.

2.	CERCATO, Fernando Piccini ; MOMBACH, J. C. M. ; CAVALHEIRO, Gerson Homrich . High performance simulations of the cellular Potts model. In: High Performance Computing Symposium, 2006, Huntsville. Proceedings of the High Performance Computing Symposium, 2006. v. 1. p. 1-1.

3.	CERCATO, Fernando ; MOMBACH, J. C. M. . Um sistema para investigação e visualização do crescimento de tumores. In: Workshop de Informática Médica, 2005, Porto Alegre. Anais do WIM, 2005. v. 1. p. 1-10.

4.	PINTO, Marcelo Cézar ; FOSS, Luciana ; MOMBACH, J. C. M. ; RIBEIRO, Leila . Modeling and Properties Verification for Regulation of Lactose Operon. In: Brazilian Symposium in Bioinformatics, 2005, Sao Leopoldo. Lecture Notes on Bioinformatics. Heidelberg : Springer, 2005. v. 3594. p. 95-106.

5.

MOMBACH, J. C. M. ; BATTISTELA, Eduardo ; SOUZA, José Guilherme C de ; VIEIRA, Renata ; SILVA, João Paulo Müller da ; BARCELLOS, Cláudia K ; SILVA, Norma Machado da ; BEDIN, Guilherme ; LEMKE, Ney ; REIS, Adriana N dos . Using Protégé to build a molecular network ontology. In: 8th International Protégé Conference, 2005, Madri. Proceedings of the 8th International Protégé Conference, 2005. v. 1. p. 87-90.

6.

BATTISTELA, Eduardo ; SOUZA, José Guilherme C de ; FERREIRA, Rejane Apolo ; VIEIRA, Renata ; MOMBACH, J. C. M. ; LEMKE, Ney . Bioinformatics: A Growing Field for Ontologies. In: XVII Brazilian Symposium on Artificial Intelligence (SBIA), 2004, São Luis. Proceedings of the Workshop on Ontologies and Applications, 2004. v. 1. p. 93-103.

7.	BATTISTELA, Eduardo ; SOUZA, José Guilherme C de ; BARCELLOS, Cláudia ; MOMBACH, J. C. M. ; LEMKE, Ney . An integrated model for cellular analysis. In: III Brazilian Workshop on Bioinformatics, 2004, Brasília. Proceeding do III WOB, 2004. v. 1. p. 1-8.

8.

REIS, Adriana Neves dos ; MOMBACH, J. C. M. ; WALTER, M. . Tumor Growth Modelling: The Interplay between Cell Adhesion and Environment Rigidity on the Morphology of a Tumor. In: Proceedings of the Second Brazilian Symposium on Mathematical and Computational Biology, 2003, Rio de Janeiro. Proceedings doSimpósio Brasileiro de Biologia Matemática e Computacional. Rio de Janeiro : E-papers Serviços Editoriais Ltda., 2002. v. 1. p. 67-75.

9.	LEMKE, Ney ; HERÉDIA, Fabiana ; BARCELLOS, Cláudia ; MOMBACH, J. C. M. . A method to identify essential enzymes in the metabolism. In: Computational Methods in Systems Biology, 2003, Rovereto. Lecture Notes in Computer Science. New York : Springer, 2003. v. 2602. p. 142-148.

10.

HAMMERLE, A. ; ROQUESPECHT, V. F. ; MOMBACH, J. C. M. ; LEMKE, Ney . Predição da curva de crescimento da Escherichia coli utilizando modelos matemáticos em diferentes condições de temperatura e ph. In: XVIII Congresso Brasileiro de Ciência e Tecnologia de Alimentos, 2002, Porto Alegre. Anais do XVIII Congresso Brasileiro de Ciência e Tecnologia de Alimentos, 2002. v. 1. p. 124-128.

11.	KNEWITZ, Marcos André ; MOMBACH, J. C. M. . Investigação do papel da diminuição da adesão celular na morfologia de tumores usando um modelo de Potts Estendido. In: II Workshop de Informática Aplicada à Saúde, 2002, Itajaí. Anais do II Workshop de Informática Aplicada à Saúde, 2002. v. 1. p. 1-4.

12.

REIS, Adriana Neves dos ; BARCELLOS, Cláudia ; HERÉDIA, Fabiana ; SCHMITH, Jean ; MOMBACH, J. C. M. ; LEMKE, Ney ; FERREIRA, Rejane Apolo . Analysis of Functional Interactions of Enzymes in Mycoplasma pneumoniae. In: I Brazilian Workshop on Bioinformatics, 2002, Gramado. Anais do I Brazilian Workshop on Bioinformatics, 2002. v. 1. p. 64-71.

13.	REIS, Adriana Neves dos ; MOMBACH, J. C. M. ; WALTER, M. . The role of decreased cell adhesion in tumor morphology: A simulation study. In: Eurosim 2001 Congress, 2001, Delft. Proceedings of the 4th International Eurosim 2001 Congress, 2001. v. 1. p. 1-6.

14.	BODMANN, Bardo e J ; MOMBACH, J. C. M. . Structured aggregation in simplified cell systems using probability amplitudes. In: Eurosim 2001 Congress, 2001, Delft. Proceedings of the 4th International Eurosim 2001 Congress. Delft : Delft University of Technology, 2001. v. 1. p. 1-6.

15.	LEMKE, Ney ; MOMBACH, J. C. M. ; BODMANN, Bardo e J . Evolving populations of random boolean networks. In: Encontro Nacional de Inteligência Artificial, 2001, Fortaleza. Anais do ENIA 2001. Fortaleza : Sociedade Brasileira de Computação, 2001. v. 1. p. 239-239.

16.

REIS, Adriana Neves dos ; MOMBACH, J. C. M. ; WALTER, M. . Simulação de crescimento tumoral: investigação da hipótese de adesão celular diminuída e sua implicação na invasividade maligna. In: XX SBC, 2000, Curitiba. Anais do XX Congresso Nacional da Sociedade Brasileira de Computação, 2000. v. 1. p. 46.

Resumos expandidos publicados em anais de congressos

1.	Giovani Librelotto ; MOMBACH, J ; SINIGAGLIA, Marialva ; Heleno B. Cabral ; CASTRO, M. A. A. . ONTOCANCRO: A database on human pathways of genome maintenance mechanisms. In: X-meeting, 2009, Angra dos Reis. Proceedings of the X-meeting 2009, 2009.

2.	MOMBACH, J. C. M. ; CASTRO, M. A. A. ; ALMEIDA, R. M. C. ; MOREIRA, J. C. F. . Impaired expression of NER gene network in sporadic solid tumors. In: Brazilian Symposium on Bioinformatics, 2007, Angra dos Reis. BSB 2007 Poster Proceedings, 2007.

3.	PESSIN, Gustavo ; MOMBACH, J. C. M. . Usando caminhadas aleatórias sobre DNA para caracterizar genes e regiões intergênicas. In: Concurso de Trabalhos de Iniciação Científica - CSBC 2006, 2006, Campo Grande. Anais do CTIC 2006, 2006.

4.

LEMKE, Ney ; VIEIRA, Renata ; SILVA, João Paulo Müller da ; SOUZA, José Guilherme C de ; MOMBACH, J. C. M. ; SINIGAGLIA, Marialva . Monet Ontology as a tool to construct and explore integrated biological networks. In: Inteligent Systems in Molecular Biology, 2006, Fortaleza. Proceedings of ISMB 2006, 2006.

Resumos publicados em anais de congressos

1.	Cecília P. Ferreira ; Mombach, José C. M. . A boolean model for control of cellular senescence. In: X-meeting 2011, 2011, Florianópolis. Anais do X-meeting 2011, 2011.

2.	BUGS, C. ; Mombach, José C. M. . Modeling replicative senescence: The role of P38. In: X-meeting 2011, 2011, Florianópolis. Anais do X-meeting 2011, 2011.

3.	Mombach, José C. M. ; Éder M. Simão . Anti-cancer barrier in tumor evolution: A study of genome maintenance pathways. In: X-meeting 2011, 2011, Florianópolis. Anais do X-meeting 2011, 2011.

4.	Bruna Pedrolo ; THOMAS, Gilberto L. ; Mombach, José C. M. . SIMULATION OF THE SELF-ORGANIZATION OF EMBRYONIC CELLS In Vitro USING COMPUCELL. In: X-meeting 2011, 2011, Florianópolis. Anais do X-meeting 2011, 2011.

5.

Mombach, José C.M. ; THOMAS, Gilberto L. ; Vladimir Mironov ; RIEU, Jean-paul . Mathematical Modeling and Computer Simulation of Tissue Spheroids Fusion. In: 2010 International Conference on Biofabrication, 2010, Filadélfia, EUA. Proceedings of the 2010 International Conference on Biofabrication, 2010. v. 1. p. 1-1.

6.	de Oliveira, L. R. ; Mombach, J. C. M. . Constructing phylogenetic trees using random walks and fractal geometry. In: XXXII ENFMC, 2009, Águas de Lindóia. Resumos do XXXII ENFMC. São Paulo : SBF, 2009.

7.	DENARDIN, F. ; Otávio Costa Acevedo ; Mombach, J. C. M . A multi-layer model for the global intermittency in the nocturnal atmospheric boundary layer. In: LAWNP, 2009, Búzios. Abstracts Book, 2009.

8.	SINIGAGLIA, Marialva ; CASTRO, M. A. A. ; MOMBACH, J. C. M. . A Comprehensive Search of Human Genes Involved in Apoptosis. In: X-meeting 2008, 2008, Salvador. Proceedings do X-meeting 2008, 2008.

9.	Giovani Librelotto ; Heleno Cabral ; Juliana Vizzotto ; MOMBACH, J. C. M. ; CASTRO, M. A. A. ; SINIGAGLIA, Marialva . Ontologia para Integrar Dados de Interatoma e Transcriptoma de Câncer. In: III Workshop em Nanociências, 2008, Santa Maria. Proceedings do III Workshop em Nanociências, 2008.

10.	Degrazia GA ; Mombach, J. C. M. ; Guilherme Welter . Analysis of rainfall correlations in southern Brazil. In: Medifynol 2008, 2008, Montevideo. Medifynol 2008, 2008.

11.	DENARDIN, F. ; Otavio Acevedo ; Mombach, J. C. M. . Is the intermittent turbulence in the nocturnal stable boundary layer chaos?. In: Medifynol 2008, 2008, Montevideo. Medifynol 2008, 2008.

12.	CASTRO, M. A. A. ; DALMOLIN, R. ; MOMBACH, J. C. M. ; ALMEIDA, Rita M C de ; MOREIRA, J. C. F. . Evolutionary analysis of apoptosis and genome stability genes: a network-based model of human genome maintenance mechanisms. In: X-meeting 2007, 2007, São Paulo. Anais do X-meeting 2007, 2007.

13.

CECHIN, Adelmo ; MOMBACH, J. C. M. ; PERANCONI, D. S. ; SINIGAGLIA, Marialva ; LEMKE, Ney ; PEREIRA, Gonçalo Amarante Guimarães ; Echeverrigaray, S. ; Gerhardt, G. ; Cascardo, J. ; CABREIRA, O. . NEP1-like proteins have a structure related to Double-Stranded Helix proteins. In: X-meeting 2007, 2007, São Paulo. Anais do X-meeting 2007, 2007.

14.	CASTRO, M. A. A. ; MOMBACH, J. C. M. ; ALMEIDA, Rita M C de ; MOREIRA, J. C. F. . Impaired expression of nucleotide excision repair in solid tumors. In: X-meeting 2007, 2007, São Paulo. Anais do X-meeting 2007, 2007.

15.

CASTRO, M. A. A. ; SINIGAGLIA, Marialva ; MOMBACH, J. C. M. ; Echeverrigaray, S. ; PEREIRA, Gonçalo Amarante Guimarães . A quantitative analysis of the Arabidopsis thaliana primary immune responses to a Necrosis- and Ethylene-inducing protein. In: X-meeting 2007, 2007, São Paulo. Anais do X-meeting 2007, 2007.

16.	CASTRO, M. A. A. ; MOMBACH, J. C. M. ; ALMEIDA, R. M. C. ; MOREIRA, J. C. F. . On the absence of mutations in NER genes in sporadic solid tumors. In: X-meeting 2007, 2007, São Paulo. Anais do X-meeting 2007, 2007.

17.

IDIART, Marco A P ; THOMAS, G L ; MOMBACH, J. C. M. ; QUILLIET, C. ; GRANER, François . Simulation of viscous shape relaxation in shuffled foam clusters: experiments and simulations. In: XXIX Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada, 2006, São Lourenço. Livro de resumos do XXIX ENFMC, 2006.

18.	MOMBACH, J. C. M. . A simple method to identify important enzymes in metabolic networks. In: Annual meeting of the Society of Industrial and Applied Mathematics, 2005, New Orleans, 2005. v. 1. p. 1-10.

19.

SINIGAGLIA, Marialva ; LEMKE, Ney ; CECHIN, Adelmo ; ORMAZABAL, Ana Gabriela ; SILVA, Scheila de Avila ; PERANCONI, Daniela Saccol ; PECHMAMN, Denise Regina ; PEREIRA, Gonçalo Amarante Guimarães ; MOMBACH, J. C. M. . Análise in silico do Metabolismo do Oxalato em Crinipellis perniciosa. In: Workshop Vassoura de Bruxa, 2005, Ilhéus. Livro de resumos do Workshop Vassoura de Bruxa, 2005. v. 1. p. 1-1.

20.

CECHIN, Adelmo ; SINIGAGLIA, Marialva ; LEMKE, Ney ; ALMEIDA, Igor Lorenzato de ; PEREIRA, Gonçalo Amarante Guimarães ; MOMBACH, J. C. M. . Cupin: uma hipótese de motivo para a proteína de necrose do Crinipellis perniciosa. In: Workshop Vassoura de Bruxa, 2005, Ilhéus. Livro de resumos do Workshop Vassoura de Bruxa, 2005. v. 1. p. 1-1.

21.

MOMBACH, J. C. M. ; RIEU, Jean Paul ; IDIART, Marco Aurélio Pires ; GRANER, F. ; QUILLIET, C. ; AUBOY, M. . Simulation of relaxation driven by surface tension in aggregates of biological cells. In: WORKSHOP ON TRANSPORT AND SELF-ORGANIZATION IN COMPLEX SYSTEMS (TSOCS 2004), 2004, Porto Alegre. Livro de Resumos do TSOCS 2004, 2004. v. 1. p. 1.

22.	MOMBACH, J. C. M. ; ÁVILA, Leôni Flores de . Modelagem computacional sobre crescimento tumoral. In: VIII Congresso Brasileiro de Física Médica, 2003, Porto Alegre. Anais do VIII Congresso Brasileiro de Física Médica, 2003. v. 1. p. 357-359.

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SCHMITH, Jean ; LEMKE, Ney ; BARCELLOS, Cláudia ; MOMBACH, J. C. M. . Computational Investigation of the Robustness of the Protein Network of Helicobacter pylori. In: International Conference in Computational Biology and Bioinformatics, 2003, Ribeirão Preto. Proceedings of International Conference in Computational Biology and Bioinformatics, 2003. v. 1. p. 1-150.

24.

FERREIRA, Rejane Apolo ; SCHMITH, Jean ; HERÉDIA, Fabiana ; BARCELLOS, Cláudia ; LEMKE, Ney ; REIS, Adriana Neves dos ; MOMBACH, J. C. M. . A System for Filtering Data from The KEGG Database. In: International Conference in Computational Biology and Bioinformatics, 2003, Ribeirão Preto. Proceedings of the International Conference in Computational Biology and Bioinformatics, 2003. v. 1. p. 1-1.

25.	GOULART, Rodrigo ; LEMKE, Ney ; MOMBACH, J. C. M. . MonetML - Metabolic Network Markup Language. In: International Conference in Computational Biology and Bioinformatics, 2003, Ribeirão Preto. Proceedings of International Conference in Computational Biology and Bioinformatics, 2003. v. 1. p. 1-1.

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REIS, Adriana Neves dos ; FERREIRA, Rejane Apolo ; LEMKE, Ney ; BARCELLOS, Cláudia ; MOMBACH, J. C. M. . In silico prediction of essential enzymes: Application to E. coli and Mycoplasmas. In: International Conference in Computational Biology and Bioinformatics, 2003, Ribeirão Preto. Proceedings of International Conference in Computational Biology and Bioinformatics, 2003. v. 1. p. 1-1.

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LEMKE, Ney ; HERÉDIA, Fabiana ; BARCELLOS, Cláudia ; MOMBACH, J. C. M. . Essentiality and damage in E. coli metabolism. In: XXVI Encontro nacional de física da matéria condensada, 2003, Caxambu. Resumos do XXVI Encontro nacional de física da matéria condensada. São Paulo : SBF, 2003. v. 1. p. 37-37.

28.	LEMKE, Ney ; BARCELLOS, Cláudia ; HERÉDIA, Fabiana ; MOMBACH, J. C. M. . Essentiality and damage in metabolic networks. In: European Conference on Computational Biology, 2003, Paris. Proceedings of ECCB 2003. Paris, 2003. v. 1. p. 587-588.

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FERREIRA, Rejane Apolo ; SCHMITH, Jean ; BARCELLOS, Cláudia ; LEMKE, Ney ; REIS, Adriana Neves dos ; MOMBACH, J. C. M. . EasyKEGG: A data filtering and standardization system for the KEGG database. In: European Conference on Computational Biology, 2003, Paris. Proceedings do ECCB2003. Paris, 2003. v. 1. p. 150-150.

30.	SCHMITH, Jean ; MOMBACH, J. C. M. ; LEMKE, Ney ; BARCELLOS, Cláudia . Computational Investigation of the robustness of the protein network of Helicobacter pylori. In: European Conference on Computational Biology, 2003, Paris. Proceedings of ECCB2003. Paris, 2003. v. 1. p. 275-275.

31.

REIS, Adriana Neves dos ; MOMBACH, J. C. M. ; WALTER, M. . Estudo da competição entre a adesão celular e a rigidez do ambiente de desenvolvimento na morfologia tumoral. In: XXV Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada, 2002, Caxambu. Resumos do XXV Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada. São Paulo : Sociedade Brasileira de Física, 2002. v. 1. p. 60-60.

32.

REIS, Adriana Neves dos ; BARCELLOS, Cláudia ; HERÉDIA, Fabiana ; MOMBACH, J. C. M. ; LEMKE, Ney . Análise das proteínas altamente interativas em micoplasmas. In: XI Congresso Brasileiro de Biologia Celular, 2002, Porto Alegre. Resumos do XI Congresso Brasileiro de Biologia Celular, 2002. v. 1. p. 234-234.

33.

HAMMERLE, A. ; ROQUESPECHT, V. F. ; MOMBACH, J. C. M. ; LEMKE, Ney . Utilização de modelos matemáticos para predição da população de microrganismos em alimentos: um estudo de caso com a Escherichia coli. In: Congresso Nacional de Matemática Aplicada e Computacional, 2002, Nova Friburgo. Resumos do XXV Congresso Nacional de Matemática Aplicada e Computacional, 2002. v. 1. p. 13-13.

34.	KNEWITZ, Marcos André ; MOMBACH, J. C. M. . Um Modelo para Investigação do Crescimento e da Morfologia de tumores. In: Congresso Nacional de Matemática Aplicada e Computacional, 2002, Nova Friburgo. Resumos do XXV Congresso Nacional de Matemática Aplicada e Computacional, 2002. v. 1. p. 12-12.

35.

MOMBACH, J. C. M. ; LEMKE, Ney ; BODMANN, Bardo e J ; IDIART, Marco Aurélio Pires . Power Decay of the interaction Among Biological Cells Unifies the Sigmoidal Gompertz, Logistic, and Richards Laws of Growth. In: Congresso Nacional de Matemática Aplicada e Computacional, 2001, Belo Horizonte. XXIV CNMAC. São Paulo : Sociedade Brasileira de Matemática Aplicada e Computacional, 2001. v. 1. p. 350-350.

36.	ROQUESPECHT, V. F. ; MOMBACH, J. C. M. ; HAMMERLE, A. . Avaliação dos principais modelos matemáticos para estudo do crescimento de microrganismos. In: Simpósio Latino Americano de Ciências de Alimentos, 2001, Campinas. Livro de Resumos, 2001. v. nc. p. 318-319.

37.	MOMBACH, J. C. M. ; ALMEIDA, R. M. C. ; THOMAS, G L ; UPADHYAYA, A. ; GLAZIER, J. A. . Simulating bursts in aggregates of cells. In: Meeting of the American Physical Society, 2000, Mineápolis. The Bulletin of the American Physical Society, 2000. v. 45.

38.	LEMKE, Ney ; MOMBACH, J. C. M. ; BODMANN, Bardo e J . Adaptação de populações de redes booleanas aleatórias. In: XXIII Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada, 2000, São Lourenço, 2000.

39.	MOMBACH, J. C. M. . Computer model for biological cell sorting. In: Conference on computational physics, 1998, Granada. Modelling collective phenomena in complex systems, 1998. v. 22F. p. 270-271.

40.	MOMBACH, J. C. M. ; IGLESIAS, J. R. ; RAPHAEL, R. C. ; ZAJAC, M. . Propriedades de líquido de células embrionárias. In: XIX Encontro nacional de física da matéria condensada, 1996, Lindóia, 1996.

41.	MOMBACH, J. C. M. ; GLAZIER, J. A. . Single cell motion in aggregates of embryonic cells. In: Annual meeting of the american physical society, 1996, St. Louis. Bulletin of the american physical society, 1996.

42.	MOMBACH, J. C. M. ; JIANG, Y. ; GLAZIER, J. A. . Grain growth from initial conditions: anomalous grain growth and special scaling states. In: Workshop on complex systems, 1996, Brasília, 1996.

43.	ALMEIDA, R. M. C. ; MOMBACH, J. C. M. . Scaling properties of three dimensional foams. In: Euroconference on foams, 1996, Arcachon. Proceedings of the Euroconference on Foams, 1996.

44.	MOMBACH, J. C. M. ; GLAZIER, J. A. ; RAPHAEL, R. C. ; ZAJAC, M. . A quantitative study of biological cell sorting in the presence and absence of fluctuations. In: Annual meeting of the american physical society, 1995, San Jose. Bulletin of the american physical society, 1995.

45.

MOMBACH, J. C. M. ; GLAZIER, J. A. ; RAPHAEL, R. C. ; ZAJAC, M. . Liquid properties of embryonic cells: experiment and computer simulation of cell sorting. In: XIII Latin-American Symposium on Condensed Matter Physics, 1995, Gramado. Proceedings of XIII Latin-American Symposium on Condensed Matter Physics, 1995.

46.	MOMBACH, J. C. M. ; ALMEIDA, R. M. C. ; IGLESIAS, J. R. . Dynamics of biological tissues. In: Euroconference on Foams, 1994, Renvyle. Proceedings of the Euroconference on Foams, 1994.

47.	MOMBACH, J. C. M. ; ALMEIDA, R. M. C. ; IGLESIAS, J. R. . Simulação da dinâmica de um tecido celular biológico. In: XVI Encontro nacional de física da matéria condensada, 1993, Caxambu, 1993.

48.	MOMBACH, J. C. M. ; ALMEIDA, R. M. C. ; IGLESIAS, J. R. . Simulação numérica do crescimento de tecidos celulares. In: XIII Encontro nacional de física da matéria condensada, 1990, Caxambu, 1990.

49.	MOMBACH, J. C. M. ; ALMEIDA, R. M. C. ; VASCONCELLOS, M. A. Z. . Disposição de células em tecidos vegetais. In: XII Encontro nacional de física da matéria condensada, 1989, Caxambu, 1989.

Apresentações de Trabalho

1.	MOMBACH, J . Modelagem da fusão de agregados de células. 2010. (Apresentação de Trabalho/Outra).

2.	Mombach, José C.M. . Modeling tumor growth using the cellular Potts model (palestra convidada). 2010. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

3.	Mombach, José C.M. . A ciência das redes complexas I. 2010. (Apresentação de Trabalho/Outra).

4.	Mombach, José C.M. . A ciência das redes complexas II. 2010. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

5.	MOMBACH, J . Modelagem de sistemas físicos e biológicos usando o modelo de Potts (palestra convidada). 2009. (Apresentação de Trabalho/Outra).

6.	Mombach, J. C. M . Propriedades tipo líquido viscoso de tecidos embrionários (palestra convidada). 2009. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

7.	CASTRO, M. A. A. ; MOMBACH, J ; José Rycbarzyck Filho ; Dalmolin R.J.S. ; ALMEIDA, Rita M C de ; SINIGAGLIA, Marialva ; MOREIRA, J. C. F. . ViaComplex: software for analysis of gene expression networks. 2009. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

8.	Mombach, José C.M. . Física Computacional e Sistemas Complexos. 2009. (Apresentação de Trabalho/Outra).

9.	MOMBACH, J. C. M. . Bioinformática: modelando o funcionamento celular (palestra convidada). 2007. (Apresentação de Trabalho/Outra).

10.	MOMBACH, J. C. M. . Modelagem de agregação celular e redes moleculares. 2007. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

11.	MOMBACH, J. C. M. . Bioinformática (palestra convidada). 2007. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

12.	MOMBACH, J. C. M. . Dos projetos genômicos à bioinformática (palestra convidada). 2007. (Apresentação de Trabalho/Outra).

13.	MOMBACH, J. C. M. . Relaxação da forma de agregados de células biológicas: experimentos e simulações. 2006. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

14.	MOMBACH, J. C. M. . Modeling cellular aggregation and molecular networks: Experiments and simulations (palestra convidada). 2006. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

15.	MOMBACH, J. C. M. . Expressão defeituosa da rede NER em tumores sólidos esporádicos (palestra convidada). 2006. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

16.	MOMBACH, J. C. M. . A simple method to identify important enzymes in metabolic networks (Palestra convidada). 2005. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

17.	MOMBACH, J. C. M. . Modeling metabolic networks (palestra convidada). 2005. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

18.	MOMBACH, J. C. M. . Essentiality and damage in metabolic networks (Palestra no Departamento de Física da Universidade de Indiana, EUA). 2003. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

19.	MOMBACH, J. C. M. . Essencialidade e dano em redes metabólicas (Palestra convidada no Departamento de Bioquímica da USP). 2003. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

20.	MOMBACH, J. C. M. . Investigações da morfologia de tumores (Palestra no Departamento de Física da USP). 2003. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

21.	MOMBACH, J. C. M. . Simulação de redes metabólicas (Palestra convidada no Departamento de Física da USP). 2003. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

22.	MOMBACH, J. C. M. . Networks of chemical reactions in cells and the structure of complex systems (Palestra no Laboratoire de physique de la matiere condensee et nanostructres em Lyon). 2003. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

23.	MOMBACH, J. C. M. . Networks of chemical reactions in cells and the structure of complex systems (Palestra no Laboratoire de Spectrometrie Physique em Grenoble). 2003. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

24.	MOMBACH, J. C. M. . Modelagem de redes celulares e aplicações (palestra convidada no CBIOT - UFRGS). 2003. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

25.	MOMBACH, J. C. M. . Bioinformática (Palestra convidada no Departamento de Informática da UCS). 2002. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

26.	MOMBACH, J. C. M. . Mecanismos físicos na organização de células biológicas (Palestra convidada no Colóquio de Biofísica da Unisinos). 2002. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

27.	MOMBACH, J. C. M. . A quantitative study of cell sorting (Palestra convidada no Departamento de Física da Universidade de Missouri, EUA). 1999. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

28.	MOMBACH, J. C. M. . Metastable states in cell sorting (Palestra na Universidade de Notre Dame, EUA). 1999. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

29.	MOMBACH, J. C. M. . Propriedades de líquido de tecidos embrionários (Palestra convidada no Departamento de Física da UFPEL). 1998. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

30.	MOMBACH, J. C. M. . Estados metaestáveis na segregação celular biológica (Palestra convidada no Departamento de Física da UFF). 1998. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

31.	MOMBACH, J. C. M. . Propriedades de líquido de tecidos embrionários (Palestra convidada no Departamento de Física da UFSC). 1997. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

Produção técnica

Softwares com registro de patente

1.	Mombach, J. C. M. ; GUSATTO, Éder . Method and Apparatus for Modeling Systems - 20080262803. 2008.

Softwares sem registro de patente

1.	MOMBACH, J. C. M. . DIAST. 1986.

Trabalhos técnicos

1.	Mombach, José C.M. . VI Congresso de física aplicada à medicina. 2010.

2.	Mombach, J. C. M . Membro de comitê de programa do Encontro da AB3C 2009. 2009.

3.	Mombach, J. C. M . Jornada Acadêmica Integrada da UFSM. 2009.

4.	MOMBACH, J. C. M. . Membro de comitê de programa do Brazilian Symposium on Bioinformatics. 2007.

5.	MOMBACH, J. C. M. . Membro de comitê de programa do Encontro Internacional da AB3C. 2007.

6.	MOMBACH, J. C. M. . Avaliação de projetos submetidos à Fundação Araucária. 2006.

7.	MOMBACH, J. C. M. . Revisor do concurso de teses e dissertações do congresso da SBC. 2005.

8.	MOMBACH, J. C. M. . Membro de comitê de programa da I Conferência Internacional da Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional. 2005.

9.	MOMBACH, J. C. M. . Avaliação de projetos submetidos à Fundação Araucária. 2004.

10.	MOMBACH, J. C. M. . Membro de comitê de programa do III Workshop Brasileiro de Bioinformática.. 2004.

11.	MOMBACH, J. C. M. . Participação no comitê assessor especial de bioinformática do CNPq. 2003.

12.	MOMBACH, J. C. M. . Membro de comitê de programa do II Workshop Brasileiro de Bioinformática.. 2003.

13.	MOMBACH, J. C. M. . Membro de comitê de programa do XVIII Congresso Brasileiro de Física Médica.. 2003.

14.	MOMBACH, J. C. M. . Membro de comitê de programa do I Workshop Brasileiro de Bioinformática.. 2002.

15.	MOMBACH, J. C. M. . Parecer sobre patente depositada no escritório de patentes da UFRGS.. 1998.

Demais tipos de produção técnica

1.	Mombach, J. C. M . Genetics and Molecular Biology - Proceedings do Encontro da AB3C 2008. 2008. (Editoração/Anais).

2.	MOMBACH, J. C. M. . Conceitos de física e sua simulação em computadores. 1997. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

Bancas

Participação em bancas examinadoras

Dissertações

1.	IDIART, Marco Aurélio Pires; Mombach, José C.M.; THOMAS, Gilberto L.. Participação em banca de Ismael Fortuna. Dinâmica de crescimento de espumas molhadas. 2010. Dissertação (Mestrado em Pós Graduação Em Física) - Instituto de Física.

2.	Mombach, José C.M.; IGLESIAS, J. R.; BAIERLE, R. J.. Participação em banca de Luciana Renata de Oliveira. Modelagem bidimensional de superfícies hidrofóbicas e superhidrofóbicas em superfícies de pilares. 2010. Dissertação (Mestrado em Física) - Universidade Federal de Santa Maria.

3.	BRUNET, L.; ALMEIDA, Rita M C de; Mombach, José C.M.; MOREIRA, J. C. F.. Participação em banca de Carine Beatrice. Segregação celular induzida por diferença de motilidade. 2010. Dissertação (Mestrado em Programa de Pós Graduação em Física) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul.

4.	Otavio Acevedo; MOMBACH, J. C. M.; Leonardo Deane de Abreu S. Participação em banca de Felipe Denardin Costa. Caos na camada limite atmosférica noturna. 2009. Dissertação (Mestrado em Pós-graduação em Física) - Universidade Federal de Santa Maria.

5.	Giovani Librelotto; Mombach, J. C. M.; Iara Augustin. Participação em banca de Henrique Tamiosso Machado. Representação do conhecimento contido no PUBMED. 2009. Dissertação (Mestrado em Nanociências) - Centro Universitário Franciscano.

6.	MOMBACH, J. C. M.; BAIERLE, R. J.; Orellana, W. M.. Participação em banca de Marcio Luiz Colussi. Estudo Teórico da Estabilidade e Propriedades Eletrônicas de Defeitos em Nanotubos de Nitreto de Gálio. 2008. Dissertação (Mestrado em Pós-graduação em Física) - Universidade Federal de Santa Maria.

7.	MOMBACH, J. C. M.; TEIXEIRA, S. R.; BRUNET, L.. Participação em banca de Ítalo Neide Gabriel. Estudo do atrito de um dímero deslizando sobre um potencial periódico bidimensional. 2007. Dissertação (Mestrado em Pós Graduação Em Física) - Instituto de Física.

8.	MOMBACH, J. C. M.; LEMKE, Ney; WALTER, Maria Emília. Participação em banca de Fernando Piccini Cercato. Um algoritmo de alto desempenho para evoluir o modelo de Potts celular. 2006. Dissertação (Mestrado em Computação Aplicada) - Universidade do Vale do Rio dos Sinos.

9.	MOMBACH, J. C. M.; IDIART, Marco Aurélio Pires; TUFAILE, Alberto. Participação em banca de Ana Cláudia Soares Pereira. Medidas reológicas em agregados celulares. 2006. Dissertação (Mestrado em Pós Graduação Em Física) - Instituto de Física.

10.	CAVALHEIRO, Gerson Homrich; MOMBACH, J. C. M.; KITAJIMA, João P. Participação em banca de Daniela S. Peranconi. Alinhamento de seqüências biológicas em arquiteturas com memória distribuída. 2005. Dissertação (Mestrado em Computação Aplicada) - Universidade do Vale do Rio dos Sinos.

11.

OLIVEIRA, Luiz Paulo Luna de; MOMBACH, J. C. M.; BODMANN, Bardo e J. Participação em banca de Katia Hardt. Simulação de escoamentos de fumaça ou gás em grandes ambientes com obstáculos sob a ação de campos de ventos. 2004. Dissertação (Mestrado em Computação Aplicada) - Universidade do Vale do Rio dos Sinos.

12.	VIEIRA, Renata; MOMBACH, J. C. M.; LIMA, Vera L Strube de. Participação em banca de Cláudia Camerini Corrêa Pérez. Aquisição de conhecimento a partir de textos para construção de mapas conceituais. 2004. Dissertação (Mestrado em Computação Aplicada) - Universidade do Vale do Rio dos Sinos.

13.	TOSCANI, Laira Vieira; MOMBACH, J. C. M.; VELOSO, Paulo Augusto Silva; RIBEIRO, Leila. Participação em banca de Eduardo Isaia. Uma metodologia para computação com DNA. 2004. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul.

14.	ALMEIDA, Rita M C de; MOMBACH, J. C. M.; NUSSENZWEIG, Moisés; STARIOLO, Daniel. Participação em banca de Veronica Albers Grieneisen. Estudo do estabelecimento de configurações em estruturas celulares. 2004. Dissertação (Mestrado em Física) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul.

15.	LEMKE, Ney; MOMBACH, J. C. M.; BAZZAN, A. L. C.. Participação em banca de Adriano Velasque Werhli. Análise do desempenho de um algoritmo genético na determinação da estrutura tridimensional de polialaninas. 2003. Dissertação (Mestrado em Computação Aplicada) - Universidade do Vale do Rio dos Sinos.

16.

HILLEBRAND, S.; KIST, T. B. L.; MOMBACH, J. C. M.; HORN, F.; PASQUALI, G.. Participação em banca de Sandro Hillebrand. Implementação de métodos de instrumentação em eletroforese capilar de ácidos nucléicos e peptídeos. 2002. Dissertação (Mestrado em Biologia Celular e Molecular) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul.

17.	MOMBACH, J. C. M.; ALMEIDA, R. M. C.; WALTER, M.. Participação em banca de Marcos André Knewitz. Um modelo para investigação do crescimento e morfologia de tumores. 2002. Dissertação (Mestrado em Computação Aplicada) - Universidade do Vale do Rio dos Sinos.

Teses de doutorado

1.

LEMKE, Ney; Mombach, José C.M.; Deilson Elgui de Oliveira; Marcos Roberto Fontes; Tie Koide. Participação em banca de Marcio Luis Acencio. Construção e análise da rede integrada de interações entre genes humanos envolvida com a regulação da transição G1/S do ciclo celular pela adesão à matriz extracelular. 2011. Tese (Doutorado em Pós-graduação em Ciências Biológicas- Área de Concentração - Genética) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

2.	BRUNET, L.; Mombach, José C. M.; STARIOLO, Daniel; Jeferson J. Arenzon. Participação em banca de Daniel Calovi. Simulação do ciclo de vida social da ameba Dyctiostelium discoideum. 2011. Tese (Doutorado em Programa de pós-graduação em física) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul.

3.

Sebastian Gonçalves; Mombach, José C.M.; STARIOLO, Daniel; Miguel Kiwi; Sérgio De Azevedo Souza. Participação em banca de Ítalo Neide Gabriel. Efeitos rotacionais no atrito não linear de um dímero deslizando sobre um substrato periódico unidimensional. 2011. Tese (Doutorado em PROGRAMA DE PÓS-GRADUAÇÃO EM FÍSICA, UFRGS) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul.

4.	Mombach, José C.M.; de Oliveira, M. J.; Sebastian Gonçalves; Idiart, M. A. P. Participação em banca de Marcos Paulo de Oliveira Loureiro. Evolução de domínios no modelo de Potts bidimensional. 2010. Tese (Doutorado em Programa de pós-graduação em física) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul.

5.

Degrazia GA; Bodmann, B. E. J; MOMBACH, J. C. M.; Otavio Acevedo. Participação em banca de Guilherme Sausen Welter. Leis de escala e análise do fenômeno de intermitência em turbulência bem desenvolvida. 2010. Tese (Doutorado em Programa de Pós-graduação em física) - Universidade Federal de Santa Maria.

6.

Degrazia GA; Mombach, José C.M.; Otavio Acevedo; Matheus Laszo; Antonio Goulart. Participação em banca de Charles R. P. Szinvelski. Uma solução para a equação da energia cinética turbulenta empregando o método das características. 2009. Tese (Doutorado em Programa de Pós-graduação em física) - Universidade Federal de Santa Maria.

7.	L. Porto; E. Simão; C. Soares; BEAN, S.; MOMBACH, J. C. M.. Participação em banca de Itamar Leite de Oliveira. Ambiente computacional de redes metabólicas com regulação. 2008. Tese (Doutorado em Programa de Pós-Graduação em Engenharia Química) - Universidade Federal de Santa Catarina.

8.

Rubem Luis Sommer; MOMBACH, J. C. M.; COSTA, A. A.; PUREUR NETO, P.; Lúcio Strazzabosco Dorneles. Participação em banca de Marcio Assolin Correa. Magnetoimpedância e dinâmica da magnetização em nanoestruturasferromagneto/Cu(Ag)/ferromagneto. 2007. Tese (Doutorado em Programa de Pós-graduação em física) - Universidade Federal de Santa Maria.

Qualificações de doutorado

1.

Mombach, José C.M.; Juliana Vizzotto; Acevedo, Otávio C.; Guilherme Correa de Oliveira; Fábio Zimmer. Participação em banca de Cristhian Bugs. Descrição booleana para eventos celulares: construção de redes, topologia, e análise dinâmica. 2012. Exame de qualificação (Doutorando em Pós Graduação em Física) - Universidade Federal de Santa Maria.

2.

Mombach, José C. M.; Fábio Zimmer; Guilherme Correa de Oliveira. Participação em banca de Éder Maiquel Simão. Dinâmica da transição pré-câncer para câncer: estudo da expressão de vias de manutenção do genoma. 2012. Exame de qualificação (Doutorando em Pós Graduação em Física) - Universidade Federal de Santa Maria.

3.

Paulo César Piquini; Mombach, José C. M.; Adalberto Fazzio; Ana Augusta Mendonça de Oliveira; Tomé Mauro Schmidt. Participação em banca de Maurício Jeomar Piotrowski. Estudo de Nanopartículas de Metais de Transição. 2011. Exame de qualificação (Doutorando em Programa de Pós-graduação em física) - Universidade Federal de Santa Maria.

4.	Antonio Endler; Degrazia GA; Mombach, J. C. M.; Otávio Costa Acevedo. Participação em banca de Guilherme Welter. Análise multifractal de sinais turbulentos. 2010. Exame de qualificação (Doutorando em Pós Graduação em Física) - Universidade Federal de Santa Maria.

5.

Rubem Luis Sommer; MOMBACH, J. C. M.; Lúcio Strazzabosco Dorneles. Participação em banca de Marcio Assolin Corrêa. Magnetoimpedância e dinâmica da magnetização em nanoestruturasferromagneto/Cu(Ag)/ferromagneto. 2007. Exame de qualificação (Doutorando em Programa de Pós-graduação em física) - Universidade Federal de Santa Maria.

Trabalhos de Conclusão de Curso de graduação

1.

MOMBACH, J. C. M.; CAVALHEIRO, Gerson Homrich; LEMKE, Ney. Participação em banca de Gustavo Pessin. Usando caminhadas aleatórias sobre DNA para caracterizar regiões codificantes e não codificantes. 2005. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Análise de Sistemas) - Universidade do Vale do Rio dos Sinos.

2.

SILVA, Luiz Augusto Leitao da; MOMBACH, J. C. M.; DIONISIO, Paulo Henrique. Participação em banca de Camila Araújo de Figueiredo. Uma avaliação preliminar quantitativa da ilusão da Lua. 2004. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Licenciatura Em Física) - Universidade do Vale do Rio dos Sinos.

3.

CAVALHEIRO, Gerson Homrich; MOMBACH, J. C. M.; COSTA, Cristiano André da. Participação em banca de Gustavo Lermen. Alinhamento de seqüências de DNA em ambientes com memória compartilhada. 2004. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Ciência da Computação) - Universidade do Vale do Rio dos Sinos.

4.	CAVALHEIRO, Gerson Homrich; MOMBACH, J. C. M.; BARBOZA, Jorge. Participação em banca de Eduardo Rollof. Processamento de massas de dados no alinhamento de seqüências. 2004. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Ciência da Computação) - Universidade do Vale do Rio dos Sinos.

5.

MOMBACH, J. C. M.; CAVALHEIRO, Gerson Homrich; LEMKE, Ney. Participação em banca de Éder Gusatto. Uma nova abordagem na implementação do modelo de Potts celular buscando eficiência e explorando paralelismo. 2004. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Ciência da Computação) - Universidade do Vale do Rio dos Sinos.

6.	MAGNO, Wictor Carlos; MOMBACH, J. C. M.. Participação em banca de André Bender. Experimentos didáticos assistidos por computador. 2004. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Licenciatura Em Física) - Universidade do Vale do Rio dos Sinos.

7.	MOMBACH, J. C. M.; LEMKE, Ney; HAAS, Fernando. Participação em banca de Moisés Rodrigo Schons. Simetrias e leis de conservação em teoria de campos. 2003. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Licenciatura Em Física) - Universidade do Vale do Rio dos Sinos.

8.	MOMBACH, J. C. M.; RICHARDS, N.; FATTURI, E.. Participação em banca de Andréa Hammerle. Predição do crescimento de microrganismos: um estudo de caso com a Escherichia coli. 2002. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Engenharia de Alimentos) - Universidade do Vale do Rio dos Sinos.

9.	MOMBACH, J. C. M.; HERÉDIA, Fabiana; SIMON, D.. Participação em banca de Henry Lenzi. Utilização do software de bioinformática ACT para anotação e comparação de genomas. 2002. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Medicina) - Universidade Luterana do Brasil.

10.

MUSSE, Soraia Raupp; WALTER, M.; MOMBACH, J. C. M.. Participação em banca de Alexandre Lorenzon. Behants - um ambiente de simulação para a resolução do menor caminho com a utilização de formigas artificiais. 2002. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Ciência da Computação) - Universidade do Vale do Rio dos Sinos.

11.	REIS, Adriana Neves dos; MOMBACH, J. C. M.; WALTER, M.; BODMANN, Bardo e J. Participação em banca de Adriana Neves dos Reis. Simulação do crescimento de tumores. 2001. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Ciência da Computação) - Universidade do Vale do Rio dos Sinos.

Participação em bancas de comissões julgadoras

Concurso público

1.	Mombach, José C.M.. Física - Dinâmica de Fluidos. 2010. Universidade Federal de Santa Maria.

2.	MOMBACH, J. C. M.; Degrazia GA; Dal Belo CA. Concurso de Biofísica. 2008. Universidade Federal do Pampa.

Eventos

Participação em eventos

1.	HP Technical Symposium.HP Technical Symposium. 2005. (Simpósio).

2.	Brain Storm on Bioinformatics.Brain Storm on Bioinformatics (Palestra convidada). 2005. (Encontro).

3.	HP Technical Symposium.HP Technical Symposium. 2004. (Simpósio).

4.	ABRABI 2003.Congresso Brasileiro de Biotecnologia. 2003. (Congresso).

Organização de eventos

1.	Mombach, J. C. M . Encontro da Associação Brasileira de Bioinformática e Biol. Computac. (X-meeting 2010). 2010. (Outro).

2.	Mombach, J. C. M . Simpósio Brasileiro de Bioinformática (BSB 2005). 2005. (Outro).

3.	MOMBACH, J. C. M. . XXV Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada. 2002. (Congresso).

4.	MOMBACH, J. C. M. . Fundamentos de biologia molecular para a bioinformática. 2002. (Outro).

5.	MOMBACH, J. C. M. . XXI Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada. 1998. (Congresso).

Orientações

Orientações em andamento

Dissertação de mestrado

1.	Cecília Perobelli. Modelagem booleana do checkpoint no ciclo celular. Início: 2010. Dissertação (Mestrado em Pós-graduação em Física) - Universidade Federal de Santa Maria, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. (Orientador).

2.	Bruna Pedrolo. Modelagem da fusão de agregados de células biológicas. Início: 2010. Dissertação (Mestrado em Pós-graduação em Física) - Universidade Federal de Santa Maria, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. (Orientador).

Tese de doutorado

1.	Cristhian Augusto Bugs. DInâmica de redes genéticas. Início: 2008. Tese (Doutorado em Pós Graduação em Física) - Universidade Federal de Santa Maria. (Orientador).

2.	Éder Maiquel Simão. Modelagem da dinâmica de uma rede genética envolvida em câncer. Início: 2008. Tese (Doutorado em Física) - Universidade Federal de Santa Maria, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. (Orientador).

Iniciação científica

1.	Carine Brum. Aplicando geometria fractal à filogenia molecular. Início: 2010. Iniciação científica (Graduando em física) - Universidade Federal de Santa Maria, Comitê Assessor de Física e Astronomia. (Orientador).

2.	Daisiane Molinos Lopes. Modelagem de superfícies superhidrofóbicas. Início: 2009. Iniciação científica (Graduando em física) - Universidade Federal de Santa Maria, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. (Orientador).

Supervisões e orientações concluídas

Dissertação de mestrado

1.

Luciana Renata de Oliveira. Modelagem bidimensional de superfícies hidrofóbicas e superhidrofóbicas em superfícies de pilares. 2009. Dissertação (Mestrado em Física) - Universidade Federal de Santa Maria, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Jose Carlos Merino Mombach.

2.	Fernando Piccini Cercato. Um algoritmo de alto desempenho para evoluir o modelo de Potts celular. 2006. 81 f. Dissertação (Mestrado em Computação Aplicada) - Universidade do Vale do Rio dos Sinos, Hewllet Packard Computadores Ltda. Orientador: Jose Carlos Merino Mombach.

3.	Marcos André Knewitz. Um modelo para investigação do crescimento e da morfologia de tumores. 2002. 0 f. Dissertação - Universidade do Vale do Rio dos Sinos, . Orientador: Jose Carlos Merino Mombach.

Supervisão de pós-doutorado

1.	Marialva Sinigaglia. 2008. Universidade Federal de Santa Maria, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Jose Carlos Merino Mombach.

Trabalho de conclusão de curso de graduação

1.	Luciana Renata de Oliveira. Construindo árvores filogenéticas com o uso de caminhadas aleatórias e geometria fractal. 2008. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em física) - Universidade Federal de Santa Maria. Orientador: Jose Carlos Merino Mombach.

2.	Vinícius Cappellano de Franco. Modelagem de redes complexas: implementação do modelo de Barabási-Albert. 2005. 0 f. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Licenciatura Em Física) - Universidade do Vale do Rio dos Sinos. Orientador: Jose Carlos Merino Mombach.

3.	Gustavo Pessin. Usando caminhadas aleatórias sobre DNA para caracterizar regiões codificantes e não-codificantes. 2005. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Análise de Sistemas) - Universidade do Vale do Rio dos Sinos. Orientador: Jose Carlos Merino Mombach.

4.

Éder Gusatto. Uma nova abordagem na implementação modelo de Potts celular buscando eficiência e explorando paralelismo. 2004. 0 f. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Ciência da Computação) - Universidade do Vale do Rio dos Sinos, Hewllet Packard Computadores Ltda. Orientador: Jose Carlos Merino Mombach.

5.	Adriana Neves dos Reis. Simulação do crescimento de tumores. 2001. 50 f. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Análise de Sistemas) - Universidade do Vale do Rio dos Sinos. Orientador: Jose Carlos Merino Mombach.

Iniciação Científica

1.	Luciana Renata de Oliveira. Construindo árvores filogenéticas com o uso de caminhadas aleatórias e geometria fractal. 2007. Iniciação Científica. (Graduando em física) - Universidade Federal de Santa Maria, Comitê Assessor de Física e Astronomia. Orientador: Jose Carlos Merino Mombach.

2.

Rejane Apolo Ferreira. EasyKEGG - Um sistema de filtragem de dados do banco de vias metabólicas KEGG. 2004. 0 f. Iniciação Científica. (Graduando em Ciência da Computação) - Universidade do Vale do Rio dos Sinos, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Jose Carlos Merino Mombach.

3.	Leôni Flores de Ávila. Simulação do crescimento de tumores avasculares. 2004. 0 f. Iniciação Científica. (Graduando em Engenharia Elétrica) - Universidade do Vale do Rio dos Sinos, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Rio Grande do Sul. Orientador: Jose Carlos Merino Mombach.

4.

Patrícia Benelli. Simulação da regulação do Lac operon usando o modelo Yildirim e Mackey. 2003. 0 f. Iniciação Científica. (Graduando em Engenharia de Alimentos) - Universidade do Vale do Rio dos Sinos, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Jose Carlos Merino Mombach.

5.	Juliana Brum. Modelagem matemática da curva de crescimento de tumores. 2002. 0 f. Iniciação Científica. (Graduando em Engenharia de Alimentos) - Universidade do Vale do Rio dos Sinos, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Jose Carlos Merino Mombach.

6.	Andrea Hammerle. Modelagem da curva de crescimento da E. coli. 2002. 0 f. Iniciação Científica. (Graduando em Engenharia de Alimentos) - Universidade do Vale do Rio dos Sinos, Universidade do Vale do Rio dos Sinos. Orientador: Jose Carlos Merino Mombach.

7.	Adriana Neves dos Reis. Simulação do crescimento de tumores. 2001. 0 f. Iniciação Científica. (Graduando em Ciência da Computação) - Universidade do Vale do Rio dos Sinos, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Rio Grande do Sul. Orientador: Jose Carlos Merino Mombach.

8.	Lisiane Preissler. Simulação computacional da reorganização de tecidos embrionários. 1998. 0 f. Iniciação Científica. (Graduando em Engenharia da Produção) - Universidade do Vale do Rio dos Sinos, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Jose Carlos Merino Mombach.

Orientações de outra natureza

1.	Marialva Sinigaglia. Investigação do metabolismo do Crinipellis perniciosa (DESENVOLVIMENTO TÉCNICO). 2006. 0 f. Orientação de outra natureza - Instituto de Física, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Jose Carlos Merino Mombach.

2.	Daniela Saccol Peranconi. Simulação computacional de metabolismo (DESENVOLVIMENTO TÉCNICO). 2005. Orientação de outra natureza - Universidade do Vale do Rio dos Sinos, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Jose Carlos Merino Mombach.

3.	Norma Machado da Silva. Predição de enzimas essenciais no metabolismo de micoplasmas (DESENVOLVIMENTO TÉCNICO). 2004. 0 f. Orientação de outra natureza - Universidade do Vale do Rio dos Sinos, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Jose Carlos Merino Mombach.

4.	Eduardo Isaia. Predição de enzimas essenciais no metabolismo de micoplasmas (DESENVOLVIMENTO TÉCNICO). 2004. 0 f. Orientação de outra natureza - Universidade do Vale do Rio dos Sinos, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Jose Carlos Merino Mombach.

5.	Fabiana Herédia. Predição de enzimas essenciais na rede metabólica da E. coli (PÓS-DOUTORADO). 2002. 0 f. Orientação de outra natureza - Universidade do Vale do Rio dos Sinos, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Rio Grande do Sul. Orientador: Jose Carlos Merino Mombach.