Laurent Emmanuel Dardenne

Bolsista de Produtividade em Pesquisa do CNPq - Nível 2

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  • Última atualização do currículo em 08/01/2019


Possui graduação em Física pela Universidade de Brasília (1992), mestrado em Física pela Universidade de Brasília (1995) e doutorado em Ciências Biológicas (Biofísica) pelo Instituto de Biofísica Carlos Chagas Filho da Universidade Federal do Rio de Janeiro (2000). Atualmente é pesquisador do Laboratório Nacional de Computação Científica. Tem experiência na área de Biofísica, com ênfase em Modelagem Molecular, atuando principalmente nos seguintes temas: desenvolvimento de metodologias de docking e predição ab initio/de novo de estruturas de proteínas, drug design, dinâmica molecular, algorítmos genéticos e cálculos quânticos de estrutura eletrônica. (Texto informado pelo autor)


Identificação


Nome
Laurent Emmanuel Dardenne
Nome em citações bibliográficas
DARDENNE, L. E.;Dardenne, Laurent E;Dardenne, Laurent Emmanuel;Dardenne, L.E.;Soares, Rosemberg O.;DARDENNE, LAURENT E.;DARDENNE, LAURENT;EMMANUEL DARDENNE, LAURENT

Endereço


Endereço Profissional
Laboratório Nacional de Computação Científica, Pós Graduação, Departamento de Mecânica Computacional.
Avenida Getúlio Vargas 333
Quitandinha
25651070 - Petrópolis, RJ - Brasil
Telefone: (24) 22336009
Ramal: 6009
Fax: (24) 22336167
URL da Homepage: http://www.gmmsb.lncc.br


Formação acadêmica/titulação


1995 - 2000
Doutorado em Ciências Biológicas (Biofísica).
Universidade Federal do Rio de Janeiro, UFRJ, Brasil.
Título: Propriedades Eletrostáticas do Sítio Ativo de Cisteíno Proteinases da Família da Papaína, Ano de obtenção: 2000.
Orientador: Paulo Mascarello Bisch.
Bolsista do(a): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, CNPq, Brasil.
Palavras-chave: Propriedades Eletrostáticas; Cisteíno Proteinases; Calculos ab initio; Expansões Multipolares Multicentradas; Catálise Enzimática; Papaína.
Grande área: Ciências Biológicas
Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Biofísica / Subárea: Biofísica Molecular.
Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Biofísica / Subárea: Biofísica Molecular / Especialidade: Reações Enzimáticas.
Setores de atividade: Produtos e Processos Biotecnológicos.
1992 - 1995
Mestrado em Física.
Universidade de Brasília, UnB, Brasil.
Título: Estudo de Instabilidades e Problemas de Convergência de Soluções Hartree-Fock,Ano de Obtenção: 1995.
Orientador: Nilo Makiuchi.
Bolsista do(a): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, CNPq, Brasil.
Palavras-chave: Instabildades; Multiplicidade; Soluções Hartree-Fock; Método Algébrico.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra
Setores de atividade: Produtos e Processos Biotecnológicos.
1986 - 1992
Graduação em Física.
Universidade de Brasília, UnB, Brasil.
Bolsista do(a): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, CNPq, Brasil.


Pós-doutorado


2000 - 2001
Pós-Doutorado.
Laboratório de Avaliação e Síntese de Substâncias Bioativas Faculdade de Fa, LASSBIO/UFRJ, Brasil.
Grande área: Ciências Biológicas
Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Farmacologia / Subárea: Farmacologia Bioquímica e Molecular / Especialidade: Modelagem Molecular.
Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Farmacologia / Subárea: Farmacologia Bioquímica e Molecular / Especialidade: Desenvovlviemnto Metodológico.


Formação Complementar


1997 - 1997
Exploitation de Sequences de Proteines. (Carga horária: 80h).
Centre National de la Recherche Scientifique, CNRS, França.


Atuação Profissional



Laboratório Nacional de Computação Científica, LNCC, Brasil.
Vínculo institucional

2002 - Atual
Vínculo: Servidor Público, Enquadramento Funcional: Tecnologista, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

Vínculo institucional

2000 - 2002
Vínculo: Professor Visitante, Enquadramento Funcional: , Carga horária: 0, Regime: Dedicação exclusiva.
Outras informações
Bolsista DTI (Desenvolvimento tecnológico e Industrial) - nível 7B - CNPq/MCT

Atividades

05/2009 - Atual
Direção e administração, LNCC, .

Cargo ou função
Coordenador do Programa de Capacitação Institucional do LNCC.
04/2009 - Atual
Direção e administração, Coordenação de Mecânica Computacional, .

Cargo ou função
Chefe de Departamento.
10/2000 - Atual
Pesquisa e desenvolvimento , Pós Graduação, Departamento de Mecânica Computacional.

07/2008 - 03/2009
Direção e administração, Coordenação de Mecânica Computacional, .

Cargo ou função
Vice-chefe.
6/2006 - 9/2006
Ensino, Modelagem Computacional, Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
Estruturas de Proteínas e Simulação Computacional de Macromoléculas Biológicas
1/2006 - 2/2006
Ensino, Nivelamento em Modelagem Computacional, Nível: Aperfeiçoamento

Disciplinas ministradas
Introdução a Biologia Molecular e Buioquímica
6/2005 - 9/2005
Ensino, Modelagem Computacional, Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
Estrutura de Proteínas e Modelagem Computacional de Macromoléculas Biológicas
6/2004 - 9/2004
Ensino, Modelagem Computacional, Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
Estrutura de Proteínas e Modelagem Computacional de Macromoléculas Biológicas
9/2002 - 12/2002
Ensino, Modelagem Computacional, Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
Estrutura de Proteínas e Simulação Computacional de Macromoléculas Biológicas - GB185
9/2001 - 12/2001
Ensino, Modelagem Computacional, Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
Estrutura de Proteínas e Simulação Computacional de Macromoléculas Biológicas - GB185


Linhas de pesquisa


1.
Desenvolvimento de Metodologias de DOCKING visando o Desenho Racional de Compostos Bioativos
2.
Desenvolvimento de Metodológias para o Cálculo de Propriedades Eletrostáticas de Proteínas
3.
Modelagem Computacional de Macromoléculas Biológicas


Projetos de pesquisa


2009 - Atual
Predição de Estruturas de Proteínas e de Complexos Receptor-Ligante: Desenvolvimento de Métodos, Algorítmos e Programas
Descrição: Os objetivos científicos deste projeto estão associados com o desenvolvimento de metodologias computacionais em áreas atualmente consideradas estratégicas da biologia molecular computacional. Mais especificamente, visa o desenvolvimento e o aprimoramento das seguintes metodologias e programas baseados em um algoritmo genético específico para encontrar múltiplas conformações de baixa energia: (i) programa para predição de estruturas de proteínas por primeiros princípios utilizando um campo de força molecular clássico, bibliotecas de fragmentos e distintas funções empíricas para incluir o termo de solvatação; (ii) predição de estruturas de proteínas utilizando dados experimentais advindos de experimentos de ressonância magnética nuclear; (iii) programa de ?docking? receptor-ligante incluindo a flexibilidade do receptor, utilizando um campo de força molecular específico para pequenas moléculas ligantes e com uma função empírica de energia livre de ligação baseado em uma metodologia de reconhecimento de padrões. O objetivo é contribuir, tanto através da ampliação da capacidade preditiva destes programas através da incorporação e testes de novas abordagens metodológicas, quanto do ponto de vista computacional ao otimizá-las e adaptá-las para uma plataforma computacional de alto desempenho (máquinas multi-cores e clusters). É também objetivo deste projeto procurar contribuir para a comunidade acadêmica nacional através da disponibilização dos programas desenvolvidos e através da formação de recursos humanos de alto nível na área de desenvolvimento metodológico em modelagem molecular..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
2005 - 2008
Inovação e Desenvolvimento de Fármacos e Medicamentos (Instituto do Milênio)
Descrição: Lider do Projeto: Prof. Eliezer J. Barreiro (Fac. de Farmacia - UFRJ) Este projeto pretende agregar competências acadêmico-científicas do País (cerca de 25 Instituições), através a participação dos pesquisadores seniores, produtivos, e colaboradores, nas diversas áreas e sub-áreas da cadeia do fármaco/medicamento, desde a identificação/valiadação de novos alvos-terapêuticos empregando técnicas clássicas e inovadoras, experimentais e teóricas, passando por aquelas necessárias a obtenção/síntese de quantidades adequadas à formulação dos novos medicamentos, atingindo a etapa de ensaios pré-clínicos e clínicos de fase 1, de novas moléculas candidatas a protótipos de fármacos. Incluir nesta trajetória novas moléculas patenteadas que sejam promissoras face a resultados já disponíveis, bem como proteger aquelas por ventura descobertas com nível de originalidade inventiva que motive sua proteção. Ademais, pretende-se ainda dentre os objetivos suplementares do Instituto, estudar, identificar e desenvolver rotinas de síntese total, partindo de intermediários de menor custo possível, de fármacos de comprovado interesse terapêutico com patentes vencidas, que representem candidatos a futuros fármacos genéricos. Complementarmente, pretende-se associar a expertise acadêmico-científica dos grupos de pesquisa envolvidos, compondo as diversas etapas da cadeia do fármaco, com participantes do setor farmoquímico e farmacêutico nacional visando o desenvolvimento de novo produto farmacêutico com diferentes níveis de inovação, contribuindo para sanar eventuais lacunas históricas na cadeia produtiva do medicamento no Brasil..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (3) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (3) .
Integrantes: Laurent Emmanuel Dardenne - Coordenador.Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.
2004 - 2009
Desenvolvimento de Métodos Computacionais Aplicados ao Desenho Racional de Fármacos e Predição de Estrutura de Proteínas
Descrição: Lider do Projeto: Prof. Laurent Emmanuel Dardenne Este projeto tem como objetivo o desenvolvimento de metodologias computacionais e algoritmos na área de modelagem molecular nas seguintes linhas de pesquisa: (I) Descrever e quantificar o modo de interação entre uma proteína e uma molécula ligante; (II) Predição de estruturas tridimensionais de proteínas; (III) Cálculo de propriedades eletrostáticas de roteínas; Dentre os objetivos específicos deste projeto estão: (1) Desenvolvimento de metodologias de "docking" utilizando o algoritmo "Generalized simulated annealing" e variantes de algoritmos genéticos, orientados para encontrar múltiplas soluções, que possam ser robustos e precisos e que incorporem diferentes níveis de sofisticação com relação aos seguintes tópicos:flexibilidade do receptor e do ligante; inclusão ou não de moléculas de água dentro do sítio ativo; forma de avaliação da energia de interação receptor/ligante; (2) Desenvolvimento e testes de diversas variantes de algoritmos genéticos para a predição de estruturas de proteínas, dentro do modelo HP (Hidrofóbico-Polar), visando a posterior aplicação dos mesmos em modelos de proteínas mais sofisticados; (3) Cálculo de propriedades eletrostáticas de proteínas utilizando a metodologia de expansões multipolares multicentradas derivadas de cálculos quânticos de estrutura eletrônica..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (3) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (3) .
Integrantes: Laurent Emmanuel Dardenne - Coordenador.Financiador(es): Fundação Carlos Chagas Filho de Amparo à Pesquisa do Estado do RJ - Auxílio financeiro.
2002 - 2005
Desenvolvimento de Metodologias de Docking Acopladas à Computação de Alto Desempenho Visando o desenho racional de Compostos Bioativos
Descrição: Este projeto tem os seguintes objetivos: (1) Desenvolvimento de metodologias de docking (tendo como base os algoritmos de otimização estocástica ?Generalized Simulated Annealing? e Algoritmo Genético e também algoritmos modificados de Dinâmica Molecular) que possam ser robustos, rápidos e precisos e que incorporem diferentes níveis de sofisticação com relação à flexibilidade do receptor e do ligante, à inclusão ou não de moléculas de água dentro do sítio ativo e também à forma de avaliação da energia de interação receptor/ligante; (2) Construção de uma biblioteca in silicon de compostos candidatos a fármacos e de um banco in silicon de alvos moleculares orientado para estudos de docking;. (3) Implementação das metodologias desenvolvidas em um ambiente de computação paralela baseado em cluster de PC's; (4) Validação experimental dos resultados computacionais e em caso positivo a realização da síntese de novos compostos e respectivos testes farmacológicos tendo como referência os resultados in silicon. Atualmente o Brasil está bastante avançado na área genômica, investindo consideravelmente em projetos de seqüenciamento de genomas completos. Muitos destes projetos visam o descobrimento de alvos moleculares que possam ser utilizados no desenvolvimento de terapias contra doenças tropicais que afetam milhões de pessoas no Brasil e no mundo. A implementação de um projeto na área de desenho racional de fármacos, que integre desenvolvimento metodológico próprio, computação de alto desempenho em conjunto com a parte experimental da química medicinal possui uma importância estratégica bastante relevante em uma área de grande impacto científico e tecnológico no decorrer dos próximos anos..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (2) .
Integrantes: Laurent Emmanuel Dardenne - Integrante / Araken dos santos Werneck - Integrante / Paulo Mascarelo Bisch - Integrante / Pedro geraldo Pascutti - Integrante / Shaila Cíntia Sykora Rossle - Integrante / Ernesto Raul Caffarena - Integrante / Luiz Bevilacqua - Coordenador / Camila Silva de Magalhães - Integrante / Alcino Dall'Igna Júnior - Integrante / Renato Simões Silva - Integrante / Hélio José Correa Barbosa - Integrante / Fernanda Maria Pereira Raupp - Integrante / Carlos Cristiano - Integrante / Ricardo Amorim Abreu - Integrante / Alan Wilter da Silva - Integrante / Mônica da Luz Carvalho - Integrante / Diego Henry Barreto Gomes - Integrante / Eliezer de Jesus Barreiro - Integrante / Carlos Alberto Manssour Fraga - Integrante / Ana Luisa P. de Miranda - Integrante / Carlos Maurício R. de Sant?anna - Integrante / Hugo Verli - Integrante / Cláudio Struchiner - Integrante / Kléber Carlos Mundim - Integrante / Lídia Moreira Lima - Integrante.Financiador(es): Instituto Virtual de Bioinformática e Modelagem de Biosistemas - Outra / Fundação Carlos Chagas Filho de Amparo à Pesquisa do Estado do RJ - Auxílio financeiro.
2002 - 2005
Desenvolvimento de Modelos QSAR-3D Acoplados a Métodos de Docking Visando o Desenho Racional de Protótipos de Fármacos
Descrição: O objetivo principal deste projeto é a aplicação de metodologias de simulação computacional visando a obtenção de modelos de QSAR-3D que auxiliem no planejamento racional de compostos bioativos, visando a obtenção de novos protótipos de fármacos. Este projeto se coloca dentro de uma perspectiva interdisciplinar onde métodos de modelagem molecular, como a utilização de programas docking e de técnicas de QSAR (2D/3D), serão aplicados no planejamento de novos candidatos a compostos protótipos, os quais serão posteriormente sintetizados e avaliados nos alvos terapêuticos específicos. Esta abordagem caracteriza-se por uma integração de diferentes áreas do conhecimento como química computacional, química orgânica medicinal e farmacologia. Este projeto envolve a colaboração entre pesquisadores com experiência comprovada em áreas chaves do conhecimento e ligados a importantes instituições de pesquisa do estado do Rio de Janeiro (Laboratório Nacional de Computação Científica - LNCC/Petrópolis; Laboratório de Física Biológica - Instituto de Biofísica Carlos Chagas Filho/IBCCF/UFRJ; Departamento de Química, UFRRJ; Laboratório de Avaliação e Síntese de Substâncias Bioativas - LASSBio/Faculdade Farmácia/UFRJ, Departamento de Farmacologia Básica e Clínica do Instituto de Ciências Biomédicas/UFRJ e o Departamento de Química/UFRJ)..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (1) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) .
Integrantes: Laurent Emmanuel Dardenne - Integrante / Paulo Mascarelo Bisch - Integrante / Pedro geraldo Pascutti - Integrante / Luiz Bevilacqua - Integrante / Eliezer de Jesus Barreiro - Coordenador / Carlos Alberto Manssour Fraga - Integrante / Ana Luisa P. de Miranda - Integrante / Carlos Maurício Rabello de Sant?anna - Integrante / Lídia Moreira Lima - Integrante.Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.


Projetos de desenvolvimento


2004 - 2005
Projeto BIOPAUA
Descrição: O objetivo do Portal BioPAUÁ consiste na disponibilização de um ambiente Web para facilitar o desenvolvimento de pesquisas na área de Dinâmica Molecular, em particular, aplicações para investigar complexos proteína/ligantes por meio de uma plataforma de grade computacional. Foi nosso desejo introduzir as técnicas de DM, por meio do programa GROMACS, de uma forma mais amigável e eficiente, utilizando a infra-estrutura de grade computacional do Projeto PAUÁ, baseado no middleware de Grade Computacional OURGRID, numa rede espalhada pelo Brasil, do Nordeste ao Sul, a partir do LNCC/MCT, numa colaboração do IBCCF/UFRJ (Laboratório de Modelagem e Dinâmica Molecular) e apoio da HP do Brasil P&D. O Portal oferece o serviço de submissão de jobs, cujas simulações poderão ser feitas utilizando-se apenas um arquivo do tipo PDB como entrada, ou a partir de um arquivo tipo TPR, para usuários já experientes no GROMACS..
Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento.
Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) .
Integrantes: Laurent Emmanuel Dardenne - Coordenador.Financiador(es): Hewlett-Packard Brasil - Matriz - Auxílio financeiro.


Revisor de periódico


2008 - Atual
Periódico: Anais da Academia Brasileira de Ciências
2011 - Atual
Periódico: Química Nova (Impresso)
2012 - Atual
Periódico: Journal of the Brazilian Chemical Society (Impresso)
2014 - Atual
Periódico: BMC Bioinformatics
2014 - Atual
Periódico: Journal of Molecular Modeling (Print)
2015 - Atual
Periódico: Memórias do Instituto Oswaldo Cruz (Impresso)
2015 - Atual
Periódico: Archives of Biochemistry and Biophysics (Print)
2016 - Atual
Periódico: Brazilian Journal of Physics (Impresso)
2017 - Atual
Periódico: Spectrochimica Acta. Part A, Molecular and Biomolecular Spectroscopy (Print
2017 - Atual
Periódico: IEEE-ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics
2017 - Atual
Periódico: BIOINFORMATICS
2017 - Atual
Periódico: Brazilian Journal of Pharmaceutical Sciences
2018 - Atual
Periódico: Swarm and Evolutionary Computation
2018 - Atual
Periódico: JOURNAL OF MOLECULAR GRAPHICS & MODELLING
2018 - Atual
Periódico: Scientific Reports


Revisor de projeto de fomento


2016 - Atual
Agência de fomento: AGENCIA NACIONAL DE PROMOCIÓN CIENTÍFICA Y TECNOLÓGICA-ARGENTINA


Áreas de atuação


1.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Biofísica / Subárea: Biofísica Molecular/Especialidade: Modelagem Molecular.
2.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Farmacologia / Subárea: Farmacologia Bioquímica e Molecular/Especialidade: Desenho Racional de Compostos Protótipos Fármacos.
3.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Química de Macromoléculas/Especialidade: Propriedades Eletrostáticas de Proteínas.
4.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Física / Subárea: Física Atômica e Molecular/Especialidade: Estrutura Eletrônica de Átomos e Moléculas; Teoria.
5.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Biofísica / Subárea: Biologia Computacional/Especialidade: Biofisica Molecular.
6.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Biofísica / Subárea: Biologia Computacional/Especialidade: Predição ab initio de estruturas de proteínas.


Idiomas


Português
Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.
Francês
Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Razoavelmente.
Inglês
Compreende Bem, Fala Razoavelmente, Lê Bem, Escreve Razoavelmente.


Prêmios e títulos


2017
14 Prêmio Destaque na Iniciação Científica e Tecnológica do CNPq, na área de Ciências da Vida, CNPq.
2015
Best Paper Award, CIBCB 2015 IEEE Computational Inteligence Society.
2009
Pesquisador Cientista Jovem do Nosso Estado, FAPERJ.
2008
Melhor poster BRAZMEDCHEM2008 - sessão Drug Design: Tools in Cheminformatics and Bioinformatics, Divisão de Química Medicinal da SBQ.


Produções



Produção bibliográfica
Citações

Web of Science
Total de trabalhos:37
Total de citações:280
Fator H:11
DARDENNE LE  Data: 08/01/2019

SCOPUS
Total de trabalhos:40
Total de citações:420
dardenne, l. e. e werneck, a. s.  Data: 08/01/2019

Outras
Total de trabalhos:55
Total de citações:615
Laurent Dardenne H15  Data: 26/12/2018

Artigos completos publicados em periódicos

1.
DIAS VIEGAS, FLÁVIA PEREIRA2018DIAS VIEGAS, FLÁVIA PEREIRA DE FREITAS SILVA, MATHEUS DIVINO DA ROCHA, MIGUEL CASTELLI, MAÍSA ROSA RIQUIEL, MARIANA MÁXIMO MACHADO, RAFAEL PEREIRA VAZ, SARAH MACEDO SIMÕES DE LIMA, LAÍS MEDEIROS MANCINI, KARLA CRISTINE MARQUES DE OLIVEIRA, PATRÍCIA CRUZ MORAIS, ÉLIDA PARREIRA GONTIJO, VANESSA SILVA DA SILVA, FERNANDA MOTTA R. D'ALINCOURT DA FONSECA PEÇANHA, DORA CASTRO, NEWTON GONÇALVES NEVES, GILDA A. GIUSTI-PAIVA, ALEXANDRE VILELA, FABIANA CARDOSO ORLANDI, LIDIANE CAMPS, IHOSVANY VELOSO, MÁRCIA PARANHO LEOMIL COELHO, LUIS FELIPE IONTA, MARISA FERREIRA-SILVA, GUILHERME ÁLVARO PEREIRA, RODRIGO MACHADO , et al.DARDENNE, LAURENT E. GUEDES, ISABELLA ALVIM DE OLIVEIRA CARNEIRO JUNIOR, WELLERSON QUAGLIO BELLOZI, PAULA MARIA PINHEIRO DE OLIVEIRA, ANTÔNIO CARLOS FERREIRA, FÁBIO FURLAN PRUCCOLI, LETIZIA TAROZZI, ANDREA VIEGAS, CLAUDIO ; Design, synthesis and pharmacological evaluation of N -benzyl-piperidinyl-aryl-acylhydrazone derivatives as donepezil hybrids: Discovery of novel multi-target anti-alzheimer prototype drug candidates. EUROPEAN JOURNAL OF MEDICINAL CHEMISTRY, v. 147, p. 48-65, 2018.

2.
FREITAS, ROSANA H. C. N.2018FREITAS, ROSANA H. C. N. ; CORDEIRO, NATÁLIA M. ; CARVALHO, PATRÍCIA R. ; ALVES, MARINA A. ; GUEDES, ISABELLA A. ; VALERIO, TAYNA S. ; DARDENNE, LAURENT E. ; LIMA, LÍDIA M. ; BARREIRO, ELIEZER J. ; FERNANDES, PATRÍCIA D. ; FRAGA, CARLOS A. M. . Discovery of naphthyl- N -acylhydrazone p38α MAPK inhibitors with in vivo anti-inflammatory and anti-TNF-α activity. Chemical Biology & Drug Design, v. 91, p. 391-397, 2018.

3.
GUEDES, ISABELLA A.2018GUEDES, ISABELLA A. ; PEREIRA, FELIPE S. S. ; DARDENNE, LAURENT E. . Empirical Scoring Functions for Structure-Based Virtual Screening: Applications, Critical Aspects, and Challenges. Frontiers in Pharmacology, v. 9, p. 1-18, 2018.

4.
THOMPSON, HELEN NATHALIA2018THOMPSON, HELEN NATHALIA ; THOMPSON, CLAUDIA ELIZABETH ; ANDRADE CACERES, RAFAEL ; Dardenne, Laurent Emmanuel ; NETZ, PAULO AUGUSTO ; STASSEN, HUBERT . Prion protein conversion triggered by acidic condition: a molecular dynamics study through different force fields. JOURNAL OF COMPUTATIONAL CHEMISTRY, v. 39, p. 2000-2011, 2018.

5.
LOPES, JOÃO PAULO BIZARRO2018LOPES, JOÃO PAULO BIZARRO ; SILVA, LUANA ; DA COSTA FRANARIN, GABRIELA ; ANTONIO CESCHI, MARCO ; SEIBERT LÜDTKE, DIOGO ; FERREIRA DANTAS, RAFAEL ; DE SALLES, CRISTIANE MARTINS CARDOSO ; PAES SILVA-JR, FLORIANO ; ROBERTO SENGER, MARIO ; ALVIM GUEDES, ISABELLA ; EMMANUEL DARDENNE, LAURENT . Design, synthesis, cholinesterase inhibition and molecular modelling study of novel tacrine hybrids with carbohydrate derivatives. BIOORGANIC & MEDICINAL CHEMISTRY, v. 1, p. 1-10, 2018.

6.
Trevizani R2017Trevizani R ; CUSTÓDIO, Fábio Lima ; DOSSANTOS, K. B. ; Dardenne, Laurent E . Critical Features of Fragment Libraries for Protein Structure Prediction. Plos One, v. 1, p. 1-22, 2017.

7.
VIEGAS JR, C.2017VIEGAS JR, C. ; DIAS, K. S. T. ; PAULA, C. T. ; SANTOS, T. ; SOUZA, I. O. ; BONI, M. S. ; GUIMARAES, M. R. ; SILVA, F. R. ; CASTRO, N. G. ; NEVES, G. A. ; VELOSO, C. C. ; COELHO, M. M. ; MELO, I. F. ; GIUSTI, F. V. ; GIUSTI-PAIVA, A. ; SILVA, M. L. ; Dardenne, L.E. ; Guedes, I.A. ; PRUCCOLI, L. ; MORRONI, F. ; TAROZZI, A. . Design, synthesis and evaluation of novel curcumin-donepezil hybrids as potential multitarget drugs for the treatment of Alzheimer's disease. European Journal of Medicinal Chemistry, v. 130, p. 440-457, 2017.

8.
DE V.C. SINATTI, VANESSA2017DE V.C. SINATTI, VANESSA ; BAPTISTA, LUIZ PHILLIPPE R. ; Alves-Ferreira, Marcelo ; DARDENNE, LAURENT ; DA SILVA, JOÃO HERMÍNIO MARTINS ; GUIMARÃES, ANA CAROLINA . In silico identification of inhibitors of ribose 5-phosphate isomerase from Trypanosoma cruzi using ligand and structure based approaches. JOURNAL OF MOLECULAR GRAPHICS & MODELLING, v. 77, p. 168-180, 2017.

9.
LOPES, JOÃO2017LOPES, JOÃO ; DA COSTA, JESSIE ; CESCHI, MARCO ; GONÇALVES, CARLOS ; KONRATH, EDUARDO ; KARL, ANA ; GUEDES, ISABELLA ; DARDENNE, LAURENT . Chiral Bistacrine Analogues: Synthesis, Cholinesterase Inhibitory Activity and a Molecular Modeling Approach. JOURNAL OF THE BRAZILIAN CHEMICAL SOCIETY, v. 28, p. 2218-2228, 2017.

10.
GUEDES, ISABELLA A.2016GUEDES, ISABELLA A. ; FREITAS, ROSANA H. C. N. ; CORDEIRO, NATÁLIA M. ; NASCIMENTO, THAÍS S. DO ; VALERIO, TAYNA S. ; FERNANDES, PATRÍCIA D. ; DARDENNE, LAURENT E. ; FRAGA, CARLOS A. M. . LASSBio-1829 Hydrochloride: Development of a New Orally Active N -Acylhydrazone IKK2 Inhibitor with Anti-inflammatory Properties. Chemmedchem (Print), v. 11, p. 234-244, 2016.

11.
RAMUNDO, MARIANA SEVERO2016RAMUNDO, MARIANA SEVERO ; BELTRAME, CRISTIANA OSSAILLE ; BOTELHO, ANA MARIA NUNES ; COELHO, LEONARDO ROCCHETTO ; SILVA-CARVALHO, MARIA CICERA ; FERREIRA-CARVALHO, BERNADETE TEIXEIRA ; NICOLÁS, MARISA FABIANA ; GUEDES, ISABELLA ALVIM ; Dardenne, Laurent Emmanuel ; O?GARA, JAMES ; FIGUEIREDO, AGNES MARIE SÁ . A unique SaeS allele overrides cell-density dependent expression of saeR and lukSF-PV in the ST30-SCCmecIV lineage of CA-MRSA. International Journal of Medical Microbiology (Print), v. 306, p. 367-380, 2016.

12.
CESCHI, MARCO ANTONIO2016CESCHI, MARCO ANTONIO ; DA COSTA, JESSIE SOBIESKI ; LOPES, JOÃO PAULO BIZARRO ; CÂMARA, VIKTOR SARAIVA ; CAMPO, LEANDRA FRANCISCATO ; BORGES, ANTONIO CÉSAR DE AMORIM ; GONÇALVES, CARLOS ALBERTO SARAIVA ; DE SOUZA, DANIELA FRAGA ; KONRATH, EDUARDO LUIS ; KARL, ANA LUIZA MARTINS ; GUEDES, ISABELLA ALVIM ; Dardenne, Laurent Emmanuel . Novel series of tacrine-tianeptine hybrids: Synthesis, cholinesterase inhibitory activity, S100B secretion and a molecular modeling approach. European Journal of Medicinal Chemistry, v. 121, p. 758-772, 2016.

13.
CAPRILES, Priscila Vanessa da Silva Zabala2015CAPRILES, Priscila Vanessa da Silva Zabala ; BAPTISTA, L. P. ; Guedes, I.A. ; GUIMARAES, A. C. ; CUSTÓDIO, Fábio Lima ; Marcelo Alves-Ferreira ; Dardenne, L.E. . Structural Modeling and Docking Studies of Ribose 5-Phosphate Isomerase from Leishmania major and Homo sapiens: A Comparative Analysis for Leishmaniasis Treatment. Journal of Molecular Graphics & Modelling, v. 55, p. 134-147, 2015.

14.
DE MAGALHÃES, CAMILA SILVA2014 DE MAGALHÃES, CAMILA SILVA ; ALMEIDA, DIOGO MARINHO ; BARBOSA, HELIO JOSÉ CORREA ; Dardenne, Laurent Emmanuel . A dynamic niching genetic algorithm strategy for docking highly flexible ligands. Information Sciences, v. 289, p. 206-224, 2014.

15.
CUSTÓDIO, Fábio Lima2014 CUSTÓDIO, Fábio Lima ; BARBOSA, HELIO J.C. ; Dardenne, Laurent Emmanuel . A multiple minima genetic algorithm for protein structure prediction. Applied Soft Computing (Print), v. 15, p. 88-99, 2014.

16.
GUEDES, ISABELLA A.2014GUEDES, ISABELLA A. ; MAGALHÃES, CAMILA S. ; DARDENNE, LAURENT E. . Receptor-ligand molecular docking. Biophysical Reviews, v. 6, p. 75-87, 2014.

17.
Belarmino, L.C.2010Belarmino, L.C. ; Capriles, P.V.S.Z. ; Crovella, S. ; Dardenne, L.E. ; Benko-Iseppon, A.M. . EST-Database Search of Plant Defensins - An Example Using Sugarcane, a Large and Complex Genome. Current Protein and Peptide Science, v. 11, p. 248-254, 2010.

18.
SILVA, João Hermínio Martins da2010SILVA, João Hermínio Martins da ; Dardenne, Laurent Emmanuel ; SAVINO, Wilson ; CAFFARENA, Ernesto Raul . Analysis of α4 β1integrin specific antagonists binding modes: structural insights by molecular docking, molecular dynamics and linear interaction energy method for free energy calculations. Journal of the Brazilian Chemical Society (Impresso), v. 21, p. 546-555, 2010.

19.
Soares, Rosemberg O.2010Soares, Rosemberg O.; Batista, Paulo R. ; Costa, Mauricio G.S. ; Dardenne, Laurent E. ; Pascutti, Pedro G. ; Soares, Marcelo A. . Understanding the HIV-1 protease nelfinavir resistance mutation D30N in subtypes B and C through molecular dynamics simulations. Journal of Molecular Graphics & Modelling, p. 137-147, 2010.

20.
Capriles, Priscila VSZ2010 Capriles, Priscila VSZ ; Guimaraes, Ana CR ; Otto, Thomas D ; Miranda, Antonio B ; Dardenne, Laurent E ; Degrave, Wim M . Structural Modelling and Comparative Analysis of Homologous, Analogous and Specific Proteins from Trypanosoma cruzi versus Homo sapiens: Putative Drug Targets for Chagas' Disease Treatment. BMC Genomics, v. 11, p. 610, 2010.

21.
Alves-Ferreira, Marcelo2009Alves-Ferreira, Marcelo ; Guimarães, Ana Carolina Ramos ; CAPRILES, Priscila Vanessa da Silva Zabala ; DARDENNE, L. E. ; Degrave, Wim M . A new approach for potential drug target discovery through in silico metabolic pathway analysis using Trypanosoma cruzi genome information. Memórias do Instituto Oswaldo Cruz (Impresso), v. 104, p. 1100-1110, 2009.

22.
WERNECK, A. S.2008WERNECK, A. S. ; R FILHO, Tarcísio M ; DARDENNE, L. E. . General Methodology to Optimize Damping Functions to Account for Charge Penetration Effects in Electrostatic Calculations Using Multicentered Multipolar Expansions. Journal of Physical Chemistry. A, Molecules, Spectroscopy, Kinetics, Environment, & General Theory, v. 112, p. 268-280, 2008.

23.
CAPRILES, Priscila Vanessa da Silva Zabala2007CAPRILES, Priscila Vanessa da Silva Zabala ; DARDENNE, L. E. . Molecular Dynamics Simulations of Cruzipains 1 and 2 at Different Temperatures. Lecture Notes in Computer Science, v. 4643, p. 158-162, 2007.

24.
CUSTÓDIO, Fábio Lima2007CUSTÓDIO, Fábio Lima ; BARBOSA, Hélio José Correa ; DARDENNE, L. E. . Genetic Algorithm for Finding Multiple Low Energy Conformations of Poly Alanine Sequences Under an Atomistic Protein Model. Lecture Notes in Computer Science, v. 4643, p. 163-166, 2007.

25.
OLIVEIRA, Fernanda Guedes2006OLIVEIRA, Fernanda Guedes ; SANT?ANNA, Carlos Maurício Rabello de ; CAFFARENA, Ernesto Raul ; DARDENNE, L. E. ; BARREIRO, Eliezerj . Molecular docking study and development of an empirical binding free energy model for phosphodiesterase 4 inhibitors. Bioorganic & Medicinal Chemistry (Print), v. 14, p. 6001-6011, 2006.

26.
SILVA, Alan Wilter da2005SILVA, Alan Wilter da ; BARROS, Carla Osthoff Ferreira de ; OLIVEIRA, Cristiane ; GOMES, Diego Henry Barreto ; HILL, Eduardo ; DARDENNE, L. E. ; BARROS, Patricia ; LOUREIRO, Pedro A A G ; PASCUTTI, Pedro Geraldo . The BioPAUÁ Project: A Portal for Molecular Dynamics Using Grid Environment. Lecture Notes in Computer Science (LNCS), v. 3594, p. 214-217, 2005.

27.
MAGALHÃES, Camila Silva de2004MAGALHÃES, Camila Silva de ; BARBOSA, Hélio José Correa ; DARDENNE, L. E. . Selection-Insertion Schemes in Genetic Algorithms for the Flexible Ligand Docking Problem. Lecture Notes in Computer Science, v. 3102, n.1, p. 368-379, 2004.

28.
MAGALHÃES, Camila Silva de2004MAGALHÃES, Camila Silva de ; BARBOSA, Hélio José Correa ; DARDENNE, L. E. . A genetic algorithm for the ligand-protein docking problem. Genetics and Molecular Biology, v. 27, n.4, p. 605-610, 2004.

29.
DALL'IGNA JÚNIOR, Alcino2004DALL'IGNA JÚNIOR, Alcino ; SILVA, Renato Simões ; MUNDIM, Kléber Carlos ; DARDENNE, L. E. . Performance and parametrization of the algorithm Simplified Generalized Simulated Annealing. Genetics and Molecular Biology, v. 27, n.4, p. 616-622, 2004.

30.
CUSTÓDIO, Fábio Lima2004CUSTÓDIO, Fábio Lima ; BARBOSA, Hélio José Correa ; DARDENNE, L. E. . Investigation of the three-dimensional HP protein folding model using a genetic algorithm. Genetics and Molecular Biology, v. 27, n.4, p. 611-615, 2004.

31.
DARDENNE, L. E.;Dardenne, Laurent E;Dardenne, Laurent Emmanuel;Dardenne, L.E.;Soares, Rosemberg O.;DARDENNE, LAURENT E.;DARDENNE, LAURENT;EMMANUEL DARDENNE, LAURENT2003 DARDENNE, L. E.; WERNECK, A. S. ; OLIVEIRA NETO, M. ; BISCH, Paulo Mascarelo . Electrostatic Properties in the Catalytic Site of Papain: A Possible Regulatory Mechanism for the Reactivity of the Ion pair. Proteins, v. 52, n.2, p. 236-253, 2003.

32.
DARDENNE, L. E.;Dardenne, Laurent E;Dardenne, Laurent Emmanuel;Dardenne, L.E.;Soares, Rosemberg O.;DARDENNE, LAURENT E.;DARDENNE, LAURENT;EMMANUEL DARDENNE, LAURENT2001DARDENNE, L. E.; WERNECK, A. S. ; OLIVEIRA NETO, M. ; BISCH, Paulo Mascarelo . Reassociation of Fragments Using Multicentered Multipolar Expansions: Peptide Junction Treatments to Investigate Electrostatic Properties of Proteins. Journal of Computational Chemistry, v. 22, n.7, p. 689-701, 2001.

33.
DARDENNE, L. E.;Dardenne, Laurent E;Dardenne, Laurent Emmanuel;Dardenne, L.E.;Soares, Rosemberg O.;DARDENNE, LAURENT E.;DARDENNE, LAURENT;EMMANUEL DARDENNE, LAURENT2000DARDENNE, L. E.; MAKIUCHI, N. ; MALBOOUISSON, L. A. ; VIANNA, J. D. M. . Multiplicity, Instability and SCF Convergence Problems in Hartree-Fock Solutions. International Journal of Quantum Chemistry, v. 76, n.5, p. 600-610, 2000.

Capítulos de livros publicados
1.
CAPRILES, Priscila Vanessa da Silva Zabala ; Trevizani R ; ROCHA, G. K. ; DARDENNE, L. E. ; CUSTÓDIO, Fábio Lima . Modelos Tridimensionais. In: Hugo Verli. (Org.). Bioinformática da Biologia à Flexibilidade Molecular. 1ed.: Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular - SBBq, 2014, v. 1, p. 148-181.

2.
Guedes, I.A. ; DE MAGALHAES, C S ; DARDENNE, L. E. . Atracamento Molecular. In: Hugo Verli. (Org.). Bioinformática da Biologia à Flexibilidade Molecular. 1ed.: Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular - SBBq, 2014, v. 1, p. 189-218.

3.
Ana Carolina Ramos Guimarães ; CAPRILES, Priscila Vanessa da Silva Zabala ; Miranda, Antonio B ; Degrave WM ; Dardenne, L.E. . High-Throughput Genome Analysis for Structure-Based Rational Drug Design: Comparative Genome Analysis and Protein Modeling.. Introduction to Sequence and Genome Analysis II. 1ed.: iConcept Press, 2012, v. 2, p. 1-17.

4.
MAGALHÃES, Camila Silva de ; BARBOSA, Hélio José Correa ; DARDENNE, L. E. . Métodos de Docking Receptro-Ligantepara o Desenho Racional de Compostos Bioativos. In: Nelson H. Morgon; Kaline Coutinho. (Org.). Métodos de Química Teórica e Modelagem Molecular. 1ed.São Paulo: Editora Livraria da Física, SP., 2007, v. , p. 489-531.

Trabalhos completos publicados em anais de congressos
1.
ROCHA, GREGORIO K. ; DOS SANTOS, KARINA B. ; ANGELO, JAQUELINE S. ; CUSTODIO, FABIO L. ; BARBOSA, HELIO J.C. ; DARDENNE, LAURENT E. . Inserting Co-Evolution Information from Contact Maps into a Multiobjective Genetic Algorithm for Protein Structure Prediction. In: 2018 IEEE Congress on Evolutionary Computation (CEC), 2018, Rio de Janeiro. 2018 IEEE Congress on Evolutionary Computation (CEC), 2018. v. 1. p. 1-8.

2.
LIMA, EMERSON CORREIA ; CUSTODIO, FABIO LIMA ; ROCHA, GREGORIO KAPPAUN ; DARDENNE, LAURENT E. . Estimating Protein Structure Prediction Models Quality Using Convolutional Neural Networks. In: 2018 International Joint Conference on Neural Networks (IJCNN), 2018, Rio de Janeiro. 2018 International Joint Conference on Neural Networks (IJCNN), 2018. v. 1. p. 1-6.

3.
SANTOS, KARINA B. ; ROCHA, GREGORIO K. ; CUSTODIO, FABIO L. ; BARBOSA, HELIO J. C. ; DARDENNE, LAURENT E. . Improving de novo protein structure prediction using contact maps information. In: 2017 IEEE Conference on Computational Intelligence in Bioinformatics and Computational Biology (CIBCB), 2017, Manchester. 2017 IEEE Conference on Computational Intelligence in Bioinformatics and Computational Biology (CIBCB), 2017. p. 1.

4.
ROCHA, GREGORIO K. ; ANGELO, JAQUELINE S. ; SANTOS, KARINA B. ; CUSTODIO, FABIO L. ; DARDENNE, LAURENT E. ; BARBOSA, HELIO J.C. . Using an aggregation tree to arrange energy function terms for protein structure prediction. In: 2017 IEEE Conference on Computational Intelligence in Bioinformatics and Computational Biology (CIBCB), 2017, Manchester. 2017 IEEE Conference on Computational Intelligence in Bioinformatics and Computational Biology (CIBCB), 2017. p. 1.

5.
ROCHA, GREGÓRIO KAPPAUN ; CUSTÓDIO, Fábio Lima ; BARBOSA, HELIO J.C. ; Dardenne, Laurent Emmanuel . Using Crowding-Distance in a Multiobjective Genetic Algorithm for Protein Structure Prediction. In: the 2016, 2016, Denver. Proceedings of the 2016 on Genetic and Evolutionary Computation Conference Companion - GECCO '16 Companion, 2016. p. 1285.

6.
ROCHA, GREGORIO KAPPAUN ; CUSTODIO, FABIO LIMA ; BARBOSA, HELIO JOSE CORREA ; Dardenne, Laurent Emmanuel . A multiobjective approach for protein structure prediction using a steady-state genetic algorithm with phenotypic crowding. In: 2015 IEEE Conference on Computational Intelligence in Bioinformatics and Computational Biology (CIBCB), 2015, Niagara Falls. 2015 IEEE Conference on Computational Intelligence in Bioinformatics and Computational Biology (CIBCB), 2015. p. 1.

7.
SANTOS, KARINA B. ; CUSTODIO, FABIO L. ; BARBOSA, HELIO J. C. ; DARDENNE, LAURENT E. . Genetic operators based on backbone constraint angles for protein structure prediction. In: 2015 IEEE Conference on Computational Intelligence in Bioinformatics and Computational Biology (CIBCB), 2015, Niagara Falls. 2015 IEEE Conference on Computational Intelligence in Bioinformatics and Computational Biology (CIBCB), 2015. p. 1.

8.
DOSSANTOS, K. B. ; Trevizani R ; CUSTÓDIO, Fábio Lima ; DARDENNE, L. E. . Profrager Web Server: Fragment Libraries Generation for Protein Structure Prediction. In: The 16th International Conference on Bioinformatics & Computational Biology - BIOCOMP'15, 2015, Las Vegas. Anais do 16th International Conference on Bioinformatics & Computational Biology - BIOCOMP'15, 2015. p. 1.

9.
DE MAGALHAES, CAMILA SILVA ; DIAS, VANESSA ; Dardenne, Laurent Emmanuel . Comparison of differential evolution variants for the molecular ligand-receptor docking problem. In: 2015 Latin America Congress on Computational Intelligence (LACCI), 2015, Curitiba. 2015 Latin America Congress on Computational Intelligence (LA-CCI). p. 1.

10.
MAGALHÃES, Camila Silva de ; BARBOSA, C. H. S. ; ALMEIDA, D. M. ; Dardenne, L.E. . Improving Differential Evolution Accuracy for Flexible Ligand Docking Using a Multi-solution Strategy. In: 13th International Conference on Intelligent Data Engineering and Automated Learning, 2012, Natal. Lecture Notes in Computer Science, 2012. v. 7435. p. 688-698.

11.
CUSTÓDIO, Fábio Lima ; BARBOSA, Hélio José Correa ; DARDENNE, L. E. . Full-Atom Ab Initio Protein Structure Prediction with a Genetic Algorithm using a Similarity-based Surrogate Model. In: IEEE Congress on Evolutionary Computation (CEC), 2010, 2010, Barcelona - Espanha. IEEE Congress on Evolutionary Computation (CEC), 2010, 2010. p. 1-8.

12.
ROSSLE, Shaila Cíntia Sykora ; CARVALHO, Paulo C ; DARDENNE, L. E. ; BISCH, Paulo Mascarelo . Development of A Computational Environment for Protein Structure Prediction and Functional Analysis. In: II Workshop Brasileiro de Bioinformática, 2003, Macaé - RJ. Anais do II Workshop Brasileiro de Bioinformática, 2003. p. 57-63.

Resumos expandidos publicados em anais de congressos
1.
CAPRILES, Priscila Vanessa da Silva Zabala ; CUSTÓDIO, Fábio Lima ; DARDENNE, L. E. . Ab initio Protein Structure Prediction via Genetic Algorithms using a Coarse-grained Model for Side Chains. In: Brazilian Symposium on Bioinformatics (BSB2010), 2010, Búzios - RJ. Anais do Brazilian Symposium on Bioinformatics (BSB2010), 2010.

2.
Gomes L.S.A ; Lifschitz, S. ; CAPRILES, Priscila Vanessa da Silva Zabala ; DARDENNE, L. E. . A Provenance Model for Bioinformatics Workflows. In: Brazilian Symposium on Bioinformatics (BSB2010), 2010, Búzios - RJ. Anais do Brazilian Symposium on Bioinformatics (BSB2010), 2010.

3.
Belarmino LC ; CAPRILES, Priscila Vanessa da Silva Zabala ; Barbosa-Silva, A. ; DARDENNE, L. E. . In Silico Screening and Comparative Modeling of Sugarcane Defensins. In: Sixth International Meeting on Computational Intelligence Methods for Bioinformatics and Biostatistics, 2010, Genova - Itália. Proceedings of CIBB 2009, 2009.

4.
Belarmino, L. C. ; CAPRILES, Priscila Vanessa da Silva Zabala ; Barbosa-Silva, A. ; DARDENNE, L. E. ; Cabral, D. G. A. ; Crovella, S. ; Benko-Iseppon, A. M. . In Silico Screening and Comparative Modeling of Sugarcane Defensins. In: Sixth International Meeting on Computational Intelligence Methods for Bioinformatics and Biostatistics, 2009, Genova - Italia. Proceedings of CIBB 2009, 2009.

5.
GAUDENCIO, Thais ; GONÇALVES, Reinaldo Bellini ; MAGALHÃES, Camila Silva de ; BARBOSA, Hélio José Correa ; DARDENNE, L. E. . Development of a Docking Methodology Using a Multi_Solution Genetic Algorithm and a Neural Network. In: 4th Brazilian Symposium on Medicinal Chemistry, 2008, Porto de Galinhas - PE. Anais do 4th Brazilian Symposium on Medicinal Chemistry - Drug Design, 2008.

6.
CAPRILES, Priscila Vanessa da Silva Zabala ; ROSSLE, Shaila Cíntia Sykora ; GUIMARÃES, Ana Carolina R ; CATANHO, Marcos ; BISCH, Paulo M ; DARDENNE, L. E. . A Trypanosoma cruzi Genome Study by Sequence-Structure HighThroughput Comparative Modelling: A First Step Towards the Identification of Potential Molecular Targets for Chagas Disease. In: 14th Internationl Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology, 2006, Fortaleza, 2006.

7.
DARDENNE, L. E.; GAUDENCIO, Thais ; BARBOSA, Hélio José Correa . Construction of Scoring Functions Using a Neural Network for determination of Affinities Constants. In: 14th Internationl Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology, 2006, Fortaleza, 2006.

8.
WERNECK, A. S. ; R FILHO, Tarcísio M ; DARDENNE, L. E. . A General Methodology to Optimize Damping Functions to Account for Charge Penetration Effects in Electrostatic Calculations using Multicentered Multipolar Expansions. In: XII Simpósio Brasileiro de Química Teórica, 2003, Caxambú - MG. Anais do XII SBQT, 2003. p. 069-069.

Resumos publicados em anais de congressos
1.
CUSTÓDIO, Fábio Lima ; DARDENNE, LAURENT . GAPF_LNCC: an automated method for protein structure prediction with a multiple minima genetic algorithm. In: CASP 13, 2018, Cancun - México. Anais CASP13, 2018.

2.
PEREIRA, F. S. ; Guedes, I.A. ; DARDENNE, LAURENT E. . Evaluation of Empirical Scoring Functions for Virtual Screening Docking Experiments. In: 45a. Reunião Anual a Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular - SBBq, 2016, Natal - RN. Anais do 45a. Reunião Anual a Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular - SBBq, 2016.

3.
VIZANI, L. A. ; Guedes, I.A. ; ALMEIDA, D. M. ; DE MAGALHAES, C S ; Dardenne, L.E. . Comparative Analysis of Docking Programs Using Distinct Protein-Ligand Test Sets. In: XVIII Simpósio Brasileiro de Química Teórica, 2015, Pirenópolis - GO. Anais do XVIII SBQT, 2015.

4.
VIZANI, L. A. ; Guedes, I.A. ; ALMEIDA, D. M. ; DE MAGALHAES, C S ; Dardenne, L.E. . DockThor: Analysis of Protein-ligand docking performance using curated test sets. In: 40 Congresso da SBBF, 2015, Rio de Janeiro - RJ. Anais do 40 Congresso da SBBF, 2015.

5.
Dardenne, Laurent E; Guedes, I.A. ; KREMPSER, E. ; ALMEIDA, D. M. ; DE MAGALHAES, C S . DockThor: A Free Protein-Ligand Docking Web Server. In: XXIII International Symposium on Medicinal Chemistry (EFMC-ISMC 2014), 2014, Lisboa. Anais do XXIII International Symposium on Medicinal Chemistry (EFMC-ISMC 2014), 2014.

6.
Guedes, I.A. ; KREMPSER, E. ; ALMEIDA, D. M. ; DE MAGALHAES, C S ; Dardenne, L.E. . The DockThor Portal: a Free Protein-Ligand Docking Server. In: XLII Annual Meeting of SBBq, 2013, Foz do Iguaçu - PR. Anais da XLii SBBq, 2013.

7.
Trevizani R ; CUSTÓDIO, Fábio Lima ; Dardenne, L.E. . Genetic Algorithm for Fragment-Based Protein Structure Prediction. In: XLII Annual Meeting of SBBq, 2013, Foz do Iguaçu - PR. Anais da XLii SBBq, 2013.

8.
ROCHA, G. K. ; CUSTÓDIO, Fábio Lima ; Dardenne, L.E. . How do Implicit Solvation Models are Affected by Different SASA Calculation Models. In: XLII Annual Meeting of SBBq, 2013, Foz do Iguaçu - PR. Anais da XLii SBBq, 2013.

9.
SANTOS, K. B. ; CUSTÓDIO, Fábio Lima ; Dardenne, L.E. . Template Free Protein Structure Prediction Using Backbone Constraint Angles. In: XLII Annual Meeting of SBBq, 2013, Foz do Iguaçu - PR. Anais da XLii SBBq, 2013.

10.
Guedes, I.A. ; FRAGA, Carlos Alberto Manssour ; Dardenne, L.E. . MOLECULAR MODELING OF IKK2 TARGET: STRUCTURAL AND LIGAND BINDING PROPERTIES STUDIES. In: XXII International Symposium on Medicinal Chemsitry, 2012, Berlim - Alemanha. Anais do XXII International Symposium on Medicinal Chemsitry, 2012.

11.
Guedes, I.A. ; FRAGA, Carlos Alberto Manssour ; Dardenne, L.E. . Structural and Ligand Binding Properties Studies of the Target IKK2 by Molecular Modeling Techniques. In: XLI Annual Meeting of the Brazilian Society for Biochemistry and Molecular Biology (SBBq), 2012, Foz do Iguaçu. Anais da XLI Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular - SBBq, 2012.

12.
FREITAS, R. H. C. N. ; Guedes, I.A. ; Dardenne, L.E. ; FRAGA, Carlos Alberto Manssour . Síntese de novos derivados N-acilidrazônicos planejados como inibidores de IkappaB quinase-β (IKKβ). In: 35 Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Química, 2012, Águas de Lindóia. Anais da 35 Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Química, 2012.

13.
Trevizani R ; CUSTÓDIO, Fábio Lima ; Dardenne, L.E. . Fundamental Features of Protein Prediction Using Fragment Libraries. In: 11th European Conference on Computational Biology, 2012, Base - Suiça. Anals of the 11th European Conference on Computational Biology, 2012.

14.
ROCHA, G. K. ; CUSTÓDIO, Fábio Lima ; Dardenne, L.E. . Protein Structure Predcition and Solvation Models Evaluation. In: 11th European Conference on Computational Biology, 2012, Basel - Suiça. Anals of the 11th European Conference on Computational Biology, 2012.

15.
Guedes, I.A. ; FRAGA, Carlos Alberto Manssour ; Dardenne, L.E. . Improving Molecular Docking of the Target p38alpha MAP Kinase Through an Ensemble Docking Strategy. In: 11th European Conference on Computational Biology, 2012, Basel - Suiça. Anals of the 11th European Conference on Computational Biology, 2012.

16.
VIZANI, L. A. ; Guedes, I.A. ; ALMEIDA, D. M. ; DE MAGALHAES, C S ; Dardenne, L.E. . Comparative Analysis of Receptor-Ligand Docking Programs. In: II Latin American Federation of Biophysical Societies Congress, 2012, Búzios - Brasil. Abnstract Book of the II Latin American Federation of Biophysical Societies Congress, 2012.

17.
DE MAGALHAES, C S ; BARBOSA, C. H. S. ; ALMEIDA, D. M. ; Dardenne, L.E. . Comparison of Multi-Solution Evolutionary Algorithms for the Molecular Docking Problem. In: II Latin American Federation of Biophysical Societies Congress, 2012, Búzios - Brasil. Book of Abstracts of the II Latin American Federation of Biophysical Societies Congress, 2012.

18.
ROCHA, G. K. ; CUSTÓDIO, Fábio Lima ; Dardenne, L.E. . Analysis of Implicit Solvation Models in the Context of Ab Initio Protein Structure Prediction. In: II Latin American Federation of Biophysical Societies Congress/XXXVII Brazilian Biophysical Society Congress, 2012, Búzios - Brasil. Abstract Book of the II Latin American Federation of Biophysical Societies Congress, 2012.

19.
VIZANI, L. A. ; Guedes, I.A. ; Dardenne, L.E. . Dockthor: Analysis of Docking Performance Through Comparative Study Using a Diverse and High Quality Test Set. In: XLI Annual Meeting of the Brazilian Society for Biochemistry and Molecular Biology (SBBq), 2012, Foz do Iguaçu. Anais do XLI Annual Meeting of the Brazilian Society for Biochemistry and Molecular Biology (SBBq), 2012.

20.
ROCHA, G. K. ; CUSTÓDIO, Fábio Lima ; Dardenne, L.E. . Evaluate Solvation Models Concerning their Capacity to Distinguish Correctly Folded Structures from Incorrectly Folded and Unfolded. ectly Folded and Unfolded. In: XLI Annual Meeting of the Brazilian Society for Biochemistry and Molecular Biology (SBBq), 2012, Foz do Iguaçu. Anais da XLI Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular - SBBq, 2012.

21.
ROCHA, G. K. ; CUSTODIO, Fausto Lima ; Dardenne, L.E. . Analysis of Solvation Models During the Thermal Unfolding of Proteins. In: 5th LNCC Meeting on Computational Modeling, 2012, Petrópolis. Abstarct Bokk of the 5th LNCC Meeting on Computational Modeling, 2012.

22.
Guedes, I.A. ; FRAGA, Carlos Alberto Manssour ; Dardenne, L.E. . Structural and Ligand Binding Properties Studies of the IKK2 Molecular Target. In: 5th LNCC Meeting on Computational Modeling, 2012, Petrópolis. Book of Abstracts of the 5th LNCC Meeting on Computational Modeling, 2012.

23.
Trevizani R ; CUSTÓDIO, Fábio Lima ; Soares, Rosemberg O. . Evaluation of the best Features of a Fragment Library for Fragment-based Method for Protein Structure Prediction. In: XLI Annual Meeting of the Brazilian Society for Biochemistry and Molecular Biology (SBBq), 2012, Foz do Iguaçu. Anais da XLI Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular - SBBq, 2012.

24.
ALMEIDA, D. M. ; MAGALHÃES, Camila Silva de ; BARBOSA, Hélio José Correa ; DARDENNE, L. E. . Dockthor: Development and Validation of a New Docking Program using a Diverse Set of Ligands. In: XVI Simpósio Brasileiro de Química Teórica, 2011, Ouro Preto - MG. Anais do XVI Simpósio Brasileiro de Química Teórica, 2011.

25.
Rocha, G.K. ; CUSTÓDIO, Fábio Lima ; DARDENNE, L. E. . Implementation of a SASA calculation method and a comparative analysis of its impact on different implicit solvation models. In: 7th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology (AB3C) and 3rd International Conference of the IberoAmerican Society for Bioinformatics (SoIBio) - X-Meeting 2011, 2011, Florianópolis - SC. Anais do X - Meeting 2011, 2011.

26.
Guedes, I.A. ; FRAGA, Carlos Alberto Manssour ; DARDENNE, L. E. . Molecular Modeling of IKKalpha; and IKKbeta: model generation and docking study. In: 5th Brazilian Symposium on Medicinal Chemistry, 2010, Ouro Preto - MG. Anais do 5th Brazilian Symposium on Medicinal Chemistry, 2010.

27.
Guedes, I.A. ; CAPRILES, Priscila Vanessa da Silva Zabala ; DARDENNE, L. E. . Comparative modeling of 2,4dienoyl CoA reductase from Trypanosoma cruzi and Homo sapiens: Insights for ligand docking studies. In: : 5th Brazilian Symposium on Medicinal Chemistry, 2010, Ouro Preto - MG. Anais do : 5th Brazilian Symposium on Medicinal Chemistry, 2010.

28.
BAPTISTA, L. P. R. ; CAPRILES, Priscila Vanessa da Silva Zabala ; CUSTÓDIO, Fábio Lima ; DARDENNE, L. E. . Structure prediction and substrate docking of Leishmania major and Homo sapiens Ribose5phosphate isomerase. In: 5th Brazilian Symposium on Medicinal Chemistry, 2010, Ouro Preto - 2010. Anais do 5th Brazilian Symposium on Medicinal Chemistry, 2010.

29.
Rocha, G.K. ; CUSTÓDIO, Fábio Lima ; DARDENNE, L. E. . ANALYSIS OF SOLVATION MODELS DURING THE THERMAL UNFOLDING OF PROTEINS. In: X-MEETING 2010, 2010, Ouro Preto - MG. Anais do X-Meeting 2010, 2010.

30.
ALMEIDA, D. M. ; MAGALHÃES, Camila Silva de ; DARDENNE, L. E. . DOCKTHOR: SOFTWARE FOR LIGAND FLEXIBLE DOCKING USING A GENETIC ALGORITHM AND MMFF94 FORCE FIELD. In: 5th Brazilian Symposium on Medicinal Chemistry, 2010, Ouro Preto - MG. Anais do 5th Brazilian Symposium on Medicinal Chemistry, 2010.

31.
DOSSANTOS, K. B. ; CUSTÓDIO, Fábio Lima ; DARDENNE, L. E. . PROFRAGER: AN INTERACTIVE WEB PORTAL FOR CREATING FRAGMENTS LIBRARIES OF PROTEIN STRUCTURES. In: X-Meeting 2010, 2010, Ouro Preto - MG. Anais do X-Meeting 2010, 2010.

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REGO, T. G. ; VTS, S. ; LIMA, Lídia Moreira ; BARBOSA, Hélio José Correa ; CAFFARENA, Ernesto Raul ; SANT?ANNA, Carlos Maurício Rabello de ; DARDENNE, L. E. . Development of Empirical Free Energy Scoring Functions using a Neural Network for the Determination of Binding Affinities Constants for Phosphodiesterase-4. In: 3rd Brazilian Symposium on Medicinal Chemistry, 2006, Sãso Pedro - SP. 3rd Brazilian Symposium on Medicinal Chemistry - Abstract Book, 2006. p. S3-194.

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MAGALHÃES, Camila Silva de ; BARBOSA, Hélio José Correa ; DARDENNE, L. E. . Croos-Docking of Highly Flexible Ligands Using a Multi-Solution Genetic Algorithm Strategy. In: 3rd Brazilian Symposium on Medicinal Chemistry, 2006, São Pedro - SP. 3rd Brazilian Symposium on Medicinal Chemistry - Abstract Book, 2006. p. S3 - 2007.

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MAGALHÃES, Camila Silva de ; BARBOSA, Hélio José Correa ; DARDENNE, L. E. . Rigid and Flexible Ligand Docking using a Steady-State Genetic Algorithm and a Grid-Based Methodology. In: V IberoAmerican Congress of Biophysics, 2003, Rio de Janeiro - Brasil. Anais do V Congresso Ibero-Americano de Biofísica, 2003.

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ROSSLE, Shaila Cíntia Sykora ; CAFFARENA, Ernesto Raul ; DARDENNE, L. E. ; BISCH, Paulo Mascarelo . Study of T-Cell Receptor/Superantigen Interaction by Computational Analysis. In: V IberoAmerican Congress of Biophysics, 2003, Rio de Janeiro, 2003.

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DARDENNE, L. E.; MUNDIM, Kléber Carlos ; SILVA, Alan Wilter da ; PASCUTTI, Pedro Geraldo . A Grid-Based Docking Methodology Using the Generalized Simulated Annealing Optimization Method to Predict Ligand-Protein Conformations. In: XI Simpósio Brasileiro de Química Teórica, 2001, Caxambú/MG, 2001.

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DARDENNE, L. E.; WERNECK, A. S. ; OLIVEIRA NETO, M. ; BISCH, Paulo Mascarelo . Cálculo de Propriedades Eletrostáticas de Proteínas através do Método de Reassociação de Fragmentos Utilizando Expansões Multipolares Multicentradas: Um Estudo do Tratamento da Junção Peptídica. In: X Simpósio Brasileiro de Química Teórica, 1999, Caxambú/MG. Anais do X Simpósio Brasileiro de Química Teórica, 1999.

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DARDENNE, L. E.; WERNECK, A. S. ; OLIVEIRA NETO, M. ; BISCH, Paulo Mascarelo . Electrostatic Properties in the Active Site of Homologous Proteins: A Comparative Study Involving Cisteine Proteinases of the Papain Superfamily. In: X Simpósio Brasileiro de Química Teórica, 1999, Caxambú/MG. Anais do X Simpósio Brasileiro de Química Teórica, 1999.

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DARDENNE, L. E.; WERNECK, A. S. ; OLIVEIRA NETO, M. ; BISCH, Paulo Mascarelo . A Theoretical Study on the Electrostatic Properties in the Active Site of Papain. In: XIII International Biophysics Congress, 1999, New Delhi. Journal of Biosciences, 1999. v. 24. p. 171-171.

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DARDENNE, L. E.; WERNECK, A. S. ; OLIVEIRA NETO, M. ; BISCH, Paulo Mascarelo . Investigação das Propriedades Eletrostáticas na região do Sítio Ativo do Complexo Papaína-Leupeptina. In: XXI Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada, 1998, Caxambú/MG. Anais do XXI Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada, 1998.

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DARDENNE, L. E.; MORET, M. G. ; BISCH, Paulo Mascarelo . Study of the Papain-Leupeptin Complex by Classical Molecular Dynamics, Quantum Mechanical and Stochastic Methods. In: International Symposium on Protein Condensation - In Honor of Gregorio Weber, 1997, Rio de Janeiro/RJ. Anais do International Symposium on Protein Condensation, 1997.

87.
MORET, M. G. ; DARDENNE, L. E. ; PASCUTTI, Pedro Geraldo ; BISCH, Paulo Mascarelo . Análise Conformacional Estocástica de Inibidores usando Generalized Simulated Annealing - GSA. In: XX Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada, 1997, Caxambú/MG. Anais do XX Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada, 1997.

88.
DARDENNE, L. E.; MAKIUCHI, N. ; MALBOOUISSON, L. A. ; VIANNA, J. D. M. . Instabilidades e Problemas de Convergência de Soluções Hartree-Fock. In: XIX Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada, 1996, Águas de Lindóia/MG. Anais do XIX Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada, 1996.

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DARDENNE, L. E.; MAKIUCHI, N. ; MALBOOUISSON, L. A. ; VIANNA, J. D. M. . Multiplicidade e Instabilidades de Soluções Hartree-Fock. In: VIII Simpósio Brasileiro de Química Teórica, 1995, Caxambú/MG. Anais do VIII Simpósio Brasileiro de Química Teórica, 1995.

90.
DARDENNE, L. E.; WERNECK, A. S. ; MAKIUCHI, N. ; VIANNA, J. D. M. ; MOREIRA, S. ; MALBOOUISSON, L. A. . Curvas de dissociação utilizando o Método Algébrico. In: XVII Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada, 1994, Caxambú/MG. Anais do XVII Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada, 1994.

91.
MAKIUCHI, N. ; WERNECK, A. S. ; DARDENNE, L. E. ; VIANNA, J. D. M. ; MOREIRA, S. ; MALBOOUISSON, L. A. . Um Método CI não ortogonal usando múltiplas soluções Hartree-Fock. In: XVII Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada, 1994, Caxambú/MG. Anais do XVII Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada, 1994.

92.
DARDENNE, L. E.; MAKIUCHI, N. . Estrutura Eletrônica de Moléculas Biológicas. In: XVI Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada, 1993, Caxambú/MG - Brasil. Anais do XVI Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada, 1993.

93.
DARDENNE, L. E.; MAKIUCHI, N. . Estudo de Transferência de carga no Modelo Transdução Visual. In: XV Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada., 1992, Caxambú/MG - Brasil. Anais do XV Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada., 1992.

Apresentações de Trabalho
1.
Dardenne, L.E.. Receptor-Ligand Molecular Docking. 2018. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

2.
DARDENNE, L. E.. A Modelagem Molecular no LNCC: uma história multidisciplinar de sucesso. 2018. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

3.
DARDENNE, L. E.. Desenvolvimento de Métodos e Programas para a Predição de Complexos Moleculares. 2017. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

4.
Dardenne, Laurent E. Protein-Ligand Docking: Posing and Binding Affinity Prediction. 2017. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

5.
Dardenne, L.E.. Strategies for Template-Free Protein Structure Prediction. 2017. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

6.
Dardenne, L.E.. Protein-Ligand Docking: Pose and Binding Affinity Prediction. 2017. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

7.
Dardenne, L.E.. Portal DockThor Uma Ferramenta para o Desenho Racional de Fármacos Acoplada ao Supercomputador Santos Dumont. 2017. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

8.
Dardenne, L.E.. Projeto DockThor Desenvolvimentos Recentes e Perspectivas para Triagem Virtual de Compostos em Larga Escala. 2017. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

9.
Dardenne, L.E.. Modelagem Computacional de Macromoléculas Biológicas. 2017. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

10.
Dardenne, L.E.. Portal DockThor uma ferramenta para o desenho racional de Fármacos acoplada ao supercomputador Santos Dumont. 2017. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

11.
Dardenne, L.E.. Projeto DockThor: Um Programa Brasileiro para o Planejamento Racional de Novos Fármacos. 2017. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

12.
DARDENNE, LAURENT E.. Projeto DockThor: Um programa Brasileiro para o Planejamento Racional de Novos Fármacos. 2016. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

13.
DARDENNE, LAURENT E.. Projeto DockThor: Um Programa Brasileiro de Atracamento Molecular para Prospecção de Novos Fármacos. 2016. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

14.
Dardenne, Laurent E. Atracamento Molecular Receptor-Ligante: Predição de Modos e Afinidades de Ligação. 2016. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

15.
Dardenne, L.E.. Docking Receptor-Ligante. 2016. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

16.
DARDENNE, L. E.. Projeto DockThor: Um Programa Brasileiro de Atracamento Molecular Receptor-Ligante. 2015. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

17.
DARDENNE, L. E.. Template Free Protein Structure Prediction using the GAPF Program. 2015. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

18.
DARDENNE, L. E.. Projeto DockThor: Um Programa Brasileiro de Atracamento Molecular para Prospecção de Novos Fármacos. 2015. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

19.
Dardenne, L.E.. DockThor: A Brazilian Receptor-Ligand Docking Program. 2015. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

20.
Dardenne, L.E.. Metodologias de Docking Receptor-Ligante. 2014. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

21.
Dardenne, L.E.. Aplicação de Algoritmos Evolutivos em Problemas de Atracamento Molecular e Predição de Estruturas de Proteínas. 2014. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

22.
Dardenne, L.E.. DockThor: A Brazilian Receptor-lIgand Docking Program. 2014. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

23.
Dardenne, L.E.. Strategies for Ab Initio Protein Structure Prediction. 2013. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

24.
Dardenne, L.E.. Projeto Dockthor: Um Programa Brasileiro para o Desenho Racional de Fármacos. 2013. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

25.
Dardenne, Laurent E. O Portal Dockthor para Docking Receptor-Ligante. 2013. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

26.
Dardenne, L.E.. Dockthor: Development and Validation of a New Docking Program. 2012. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

27.
Dardenne, L.E.. Predição de Estruturas de Proteínas: Desenvolvimento de Métodos, Algoritmos e Programas. 2012. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

28.
Dardenne, L.E.. Programa Dockthor: Docking Receptor-Ligante. 2012. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

29.
Dardenne, L.E.. Development and Validation of a New Multi-Solution Receptor-Ligand Docking Program. 2012. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

30.
Dardenne, L.E.. Moléculas da Vida (DNA e Proteínas). 2012. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

31.
DARDENNE, L. E.. Ab Iniito Protein Structure Prediction using All-Atom and Coarse Grained Models. 2011. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

32.
DARDENNE, L. E.. Metodologias de Docking Receptor-Ligante. 2011. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

33.
DARDENNE, L. E.. Metodologias De Docking Receptor-Ligante: Desenvolvimento e Aplicações. 2011. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

34.
DARDENNE, L. E.. Dockthor: Development and Validation of a Ligand-Receptor Docking Program. 2011. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

35.
DARDENNE, L. E.. Predição de Estruturas de Proteínas por Primeiros Princípios. 2010. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

36.
DARDENNE, L. E.. First Principles protein structure prediction using genetic algorithms. 2010. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

37.
DARDENNE, L. E.. Desenvolvimento de Aplicações em Ciências Biológicas Utilizando Computação de Alto Desempenho. 2010. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

38.
DARDENNE, L. E.. Recozimento Simulado. 2009. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

39.
DARDENNE, L. E.. Algoritmos Genéticos Aplicados ao Problema de Docking Receptor-Ligante e à Predição de Estruturas de Proteínas. 2009. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

40.
DARDENNE, L. E.. Predição de Estruturas de Proteínas e de Complexos Receptor-Ligante: Desenvolvimento de Métodos, Algorítmos e Programas. 2009. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

41.
DARDENNE, L. E.. Ab Iniito Structure Prediction With Genetic Algorithms. 2009. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

42.
DARDENNE, L. E.. Metodologias de Docking Receptor-Ligante. 2009. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

43.
DARDENNE, L. E.. Métodos e Algorítmos para a Determinação e Avaliação de Estruturas Biomoleculares. 2009. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

44.
CAPRILES, Priscila Vanessa da Silva Zabala ; DARDENNE, L. E. . Temperature Effects on Structural Properties of Active Sites: Molecular Dynamics Simulations of Cruzipain Isoforms. 2008. (Apresentação de Trabalho/Comunicação).

45.
DARDENNE, L. E.. Cross-docking of highly flexible ligands using a multi-solution algorithm strategy. 2007. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

46.
DARDENNE, L. E.; BARBOSA, Hélio José Correa ; CUSTÓDIO, Fábio Lima . Genetic Algorithms for Ab Initio Protein Structure Prediction. 2007. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

47.
DARDENNE, L. E.. Molecular Moeling Methodologies for the Identification and Investigation of Molecular Targets and Bioactive Compounds. 2006. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

48.
DARDENNE, L. E.. Metodologias de Docking Receptor-Ligante. 2006. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

49.
DARDENNE, L. E.. Metodologias de Modelagem Molecular Aplicada a Identificação e Estudo de Alvos Moleculares e Compostos Bioativos. 2006. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

50.
DARDENNE, L. E.. Modelagem Molecular: Teoria e Aplicações em Sistemas de Interesse Biológico. 2006. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

51.
DARDENNE, L. E.. Cross-docking of highly flexible ligands using a multisolution-GSA. 2005. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

52.
DARDENNE, L. E.. Simulação de Macromoléculas Biológicas: Aplicações na Área de Desenho Racional de Fármacos. 2005. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

53.
DARDENNE, L. E.. Metodologias de Docking para o Desenho Racional de Fármacos. 2004. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

54.
DARDENNE, L. E.. Metodologias de Docking Receptor-Ligante. 2004. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

55.
DARDENNE, L. E.. Modelagem Molecular de Macromoléculas Biológicas. 2004. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

56.
DARDENNE, L. E.. Simulação de Macromoléculas Biológicas: Aplicações na Área de Desenho Racional de Fármacos. 2004. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

57.
DARDENNE, L. E.. Física Molecular, Ciências de Materiais e Biofísica: Estado da Arte e Perspectivas. 2004. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

58.
DARDENNE, L. E.. Metodologias de Docking Recepto-Ligante visando o Desenho Racional de Fármacos. 2003. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

59.
DARDENNE, L. E.. Cálculo de Propriedades Eletrostáticas em Sítios Catalíticos de Enzimas utilizando a Equação Linearizada de Poisson-Boltzmann acoplada ao uso de Expansões Multipolares Multicentradas derivadas de Cálculos Quânticos ab initio. 2003. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

60.
DARDENNE, L. E.. Campos de Força Clássicos. 2002. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

61.
DARDENNE, L. E.. Docking Molecular Receptor-Ligante. 2002. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

62.
DARDENNE, L. E.. Propriedades Eletrostáticas do Sítio Ativo de Cisteíno Proteinases da Família da Papaína. 2001. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

63.
DARDENNE, L. E.. Propriedades Eletrostáticas do Sítio Ativo de Cisteíno Proteinases da Família da Papaína. 2001. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

64.
DARDENNE, L. E.. Propriedades Eletrostáticas da Papaína: Um Estudo Quantum-Mecânico Ab Initio do Sítio de Interação. 2001. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

65.
DARDENNE, L. E.; WERNECK, A. S. ; OLIVEIRA NETO, M. ; BISCH, Paulo Mascarelo . Propriedades Eletrostáticas do Sítio Ativo de Cisteíno Proteases Pertencentes à Superfamília da Papaína. 2000. (Apresentação de Trabalho/Comunicação).

66.
DARDENNE, L. E.; CAFFARENA, Ernesto Raul ; PASCUTTI, Pedro Geraldo ; BISCH, Paulo Mascarelo . Interpolation Methods Adapted to Stochastic Molecular Dynamics for Simulating Complex Biological Systems. 2000. (Apresentação de Trabalho/Comunicação).

67.
DARDENNE, L. E.; WERNECK, A. S. ; OLIVEIRA NETO, M. ; BISCH, Paulo Mascarelo . A Theoretical Study on the Electrostatic Properties in the Active Site of Papain. 1999. (Apresentação de Trabalho/Comunicação).

68.
DARDENNE, L. E.; WERNECK, A. S. ; MAKIUCHI, N. ; VIANNA, J. D. M. ; MALBOOUISSON, L. A. ; MOREIRA, S. . Um Método CI não ortogonal usando múltiplas soluções Hartree-Fock. 1994. (Apresentação de Trabalho/Comunicação).

69.
DARDENNE, L. E.; MAKIUCHI, N. . Estudo de Transferência de Carga no Modelo Transdução Visual. 1992. (Apresentação de Trabalho/Comunicação).

Outras produções bibliográficas
1.
CAPRILES, Priscila Vanessa da Silva Zabala ; ROCHA, G. K. ; Trevizani R ; Dardenne, Laurent Emmanuel ; CUSTÓDIO, Fábio Lima . Modelos Tridimensionais 2014 (Cap[itulo de Livro).

2.
Guedes, I.A. ; DE MAGALHAES, C S ; Dardenne, L.E. . Atracamento 2014 (Cap[itulo de Livro).


Produção técnica
Programas de computador sem registro
1.
Dardenne, L.E.; DE MAGALHAES, C S ; ALMEIDA, D. M. ; BARBOSA, Hélio José Correa ; Guedes, I.A. ; KREMPSER, E. . Portal Dockthor. 2013.

2.
DARDENNE, L. E.; CUSTÓDIO, Fábio Lima ; DOSSANTOS, K. B. . Portal ProFrager. 2012.

3.
SANTOS, K. B. ; CUSTODIO, Fausto Lima ; Dardenne, L.E. . Portal Profrager. 2012.

4.

5.

6.
DARDENNE, L. E.; CAPRILES, Priscila Vanessa da Silva Zabala ; FRAGA, Carlos Alberto Manssour ; BARREIRO, Eliezer de Jesus . LLDB - LASSBio Ligand Data Bank. 2009.

7.
DARDENNE, L. E.; PASCUTTI, Pedro Geraldo ; SILVA, Alan Wilter da ; BARROS, Carla Osthoff Ferreira de ; GOMES, Diego Henry Barreto ; OLIVEIRA, Cristiane ; HILL, Eduardo ; LOUREIRO, Pedro A A G ; BARROS, Patricia . Portal BIOPAUA. 2005.

8.
DARDENNE, L. E.; WERNECK, A. S. . OME-LPB. 2000.

9.
DARDENNE, L. E.; CAFFARENA, Ernesto Raul ; ORTMANS, I. ; LOOS, M. . PDBTHORBOX. 1999.

Trabalhos técnicos
1.
DARDENNE, L. E.. Desenvolvimento de metodologias de docking acopladas à utilização de computação de alto desempenho visando o desenho racional de compostos bioativos. 2001.


Demais tipos de produção técnica
1.
Dardenne, Laurent E; SANT?ANNA, Carlos Maurício Rabello de . Modelagem Molecular. 2017. (Curso de curta duração ministrado/Especialização).

2.
DARDENNE, L. E.; MARTINS, N. F. . Biologia Estrutural. 2017. (Curso de curta duração ministrado/Especialização).

3.
DARDENNE, L. E.. Receptor-Ligand Molecular Docking. 2015. (Curso de curta duração ministrado/Especialização).

4.
DARDENNE, L. E.. Métodos Computacionais Aplicados ao Planejamento de Compostos Bioativos. 2009. (Curso de curta duração ministrado/Especialização).

5.
DARDENNE, L. E.; BISCH, Paulo Mascarelo ; SILVA, Alan Wilter da ; CAFFARENA, Ernesto Raul ; PASCUTTI, Pedro Geraldo ; ROSSLE, Shaila Cíntia Sykora ; SOUZA, Elias Ramos de . Modelagem Computacional de Sistemas Biológicos. 2004. (Curso de curta duração ministrado/Especialização).

6.
DARDENNE, L. E.. Modelagem Molecular de Macromoléculas Biológicas. 2004. (Curso de curta duração ministrado/Especialização).

7.
DARDENNE, L. E.; CAFFARENA, Ernesto Raul ; PASCUTTI, Pedro Geraldo . Modelagem Molecular de Sistemas Biológicos. 2003. (Curso de curta duração ministrado/Especialização).

8.
DARDENNE, L. E.. Modelagem Molecular de Macromoléculas Biológicas. 2003. (Curso de curta duração ministrado/Especialização).

9.
DARDENNE, L. E.. Cálculos de Estrutura Eletrônica em Moléculas. 1996. (Curso de curta duração ministrado/Especialização).



Patentes e registros



Patente

A Confirmação do status de um pedido de patentes poderá ser solicitada à Diretoria de Patentes (DIRPA) por meio de uma Certidão de atos relativos aos processos
1.
 CESCHI, M. A. ; CAMPO, L. F. ; GONCALVES, C. A. S. ; KONRATH, E. L. ; COSTA, J. S. ; SOUZA, D. F. ; LOPES, J. P. B. ; CAMARA, V. S. ; DARDENNE, L. E. ; Guedes, I.A. ; KARL, A. L. M. . MOLÉCULAS COM NÚCLEO HÍBRIDO, COMPOSIÇÃO FARMACÊUTICA, PROCESSO DE SÍNTESE E SEUS USOS. 2015, Brasil.
Patente: Privilégio de Inovação. Número do registro: BR1020150326858, título: "MOLÉCULAS COM NÚCLEO HÍBRIDO, COMPOSIÇÃO FARMACÊUTICA, PROCESSO DE SÍNTESE E SEUS USOS" , Instituição de registro: INPI - Instituto Nacional da Propriedade Industrial. Depósito: 28/12/2015

2.
 CESCHI, M. A. ; Dardenne, Laurent E ; Guedes, I.A. ; KARL, A. L. M. . PCT - MOLÉCULAS COM NÚCLEO HÍBRIDO, COMPOSIÇÃO FARMACÊUTICA, PROCESSO DE SÍNTESE E SEUS USOS. 2016, Brasil.
Patente: Privilégio de Inovação. Número do registro: BR1020150326, título: "PCT - MOLÉCULAS COM NÚCLEO HÍBRIDO, COMPOSIÇÃO FARMACÊUTICA, PROCESSO DE SÍNTESE E SEUS USOS" , Instituição de registro: INPI - Instituto Nacional da Propriedade Industrial. Depósito PCT: 21/12/2016

3.
 CESCHI, M. A. ; CAMARA, V. S. ; SOARES, A. J. ; SALLES, C. M. C. ; DARDENNE, LAURENT E. ; Guedes, I.A. . M OLÉCULA H ÍBRIDA C ONTENDO N ÚCLEOS I MIDAZÓLICOS , A RÍLICOS E B ENZÍLICOS , C OMPOSIÇÃO F ARMACÊUTICA , P ROCESSO DE S ÍNTESE E SEUS U SOS. 2017, Brasil.
Patente: Privilégio de Inovação. Número do registro: BR1020170276074, título: "M OLÉCULA H ÍBRIDA C ONTENDO N ÚCLEOS I MIDAZÓLICOS , A RÍLICOS E B ENZÍLICOS , C OMPOSIÇÃO F ARMACÊUTICA , P ROCESSO DE S ÍNTESE E SEUS U SOS" , Instituição de registro: INPI - Instituto Nacional da Propriedade Industrial. Depósito: 20/12/2017

4.
 CESCHI, M. A. ; LUDTKE, D. ; LOPES, J. P. B. ; SILVA, L. ; FRANARIN, G. C. ; SALLES, C. M. C. ; DARDENNE, LAURENT E. ; Guedes, I.A. . M OLÉCULA H ÍBRIDA C ONTENDO N ÚCLEOS L OFINA E D ERIVADOS DE C ARBOIDRATOS , C OMPOSIÇÃO F ARMACÊUTICA , P ROCESSO DE S ÍNTESE E SEUS U SOS. 2017, Brasil.
Patente: Privilégio de Inovação. Número do registro: BR1020170276082, título: "M OLÉCULA H ÍBRIDA C ONTENDO N ÚCLEOS L OFINA E D ERIVADOS DE C ARBOIDRATOS , C OMPOSIÇÃO F ARMACÊUTICA , P ROCESSO DE S ÍNTESE E SEUS U SOS" , Instituição de registro: INPI - Instituto Nacional da Propriedade Industrial. Depósito: 20/12/2017

5.
 CESCHI, M. A. ; LUDTKE, D. ; LOPES, J. P. B. ; SILVA, L. ; FRANARIN, G. C. ; SALLES, C. M. C. ; DARDENNE, LAURENT E. ; Guedes, I.A. . M OLÉCULA H ÍBRIDA C ONTENDO N ÚCLEOS T ACRINA E D ERIVADOS DE C ARBOIDRATOS , C OMPOSIÇÃO F ARMACÊUTICA , P ROCESSO DE S ÍNTESE E SEUS U SOS. 2017, Brasil.
Patente: Privilégio de Inovação. Número do registro: BR1020170276090, título: "M OLÉCULA H ÍBRIDA C ONTENDO N ÚCLEOS T ACRINA E D ERIVADOS DE C ARBOIDRATOS , C OMPOSIÇÃO F ARMACÊUTICA , P ROCESSO DE S ÍNTESE E SEUS U SOS" , Instituição de registro: INPI - Instituto Nacional da Propriedade Industrial. Depósito: 20/12/2017


Programa de computador
1.
MAGALHÃES, Camila Silva de ; ALMEIDA, D. M. ; BARBOSA, Hélio José Correa ; Dardenne, Laurent E . Dockthor. 2012.
Patente: Programa de Computador. Número do registro: 13318-3, data de registro: 01/03/2012, título: "Dockthor" , Instituição de registro: INPI - Instituto Nacional da Propriedade Industrial.

2.
CUSTÓDIO, Fábio Lima ; BARBOSA, Hélio José Correa ; DARDENNE, L. E. . GAHP - Genetic Algorithm for HP Model. 2012.
Patente: Programa de Computador. Número do registro: 13316-6, data de registro: 01/03/2012, título: "GAHP - Genetic Algorithm for HP Model" , Instituição de registro: INPI - Instituto Nacional da Propriedade Industrial.

3.
CUSTÓDIO, Fábio Lima ; DARDENNE, L. E. ; DOSSANTOS, K. B. . Profrager. 2012.
Patente: Programa de Computador. Número do registro: 13315-4, data de registro: 01/03/2012, título: "Profrager" , Instituição de registro: INPI - Instituto Nacional da Propriedade Industrial.

4.
CUSTÓDIO, Fábio Lima ; BARBOSA, Hélio José Correa ; Dardenne, L.E. . Hypofold. 2012.
Patente: Programa de Computador. Número do registro: 14015-4, data de registro: 01/03/2012, título: "Hypofold" , Instituição de registro: INPI - Instituto Nacional da Propriedade Industrial.

5.
Dardenne, Laurent E; CUSTÓDIO, Fábio Lima ; BARBOSA, Hélio José Correa . GAPF - Genetic Algorithm for Protein Folding. 2012.
Patente: Programa de Computador. Número do registro: 13317-1, data de registro: 01/03/2012, título: "GAPF - Genetic Algorithm for Protein Folding" , Instituição de registro: INPI - Instituto Nacional da Propriedade Industrial.



Bancas



Participação em bancas de trabalhos de conclusão
Mestrado
1.
DARDENNE, LAURENT E.; CAFFARENA, Ernesto Raul; NOEL, F. G.. Participação em banca de Lauro Ribeiro de Souza Neto. DESCOBERTA DE NOVOS LIGANTES DE TIOREDOXINA GLUTATIONA REDUTASE DE Schistosoma mansoni (SmTGR) ATRAVÉS DE TRIAGEM DE FRAGMENTOS POR CRISTALOGRAFIA DE RAIOS X. 2018. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas (Farmacologia e Química Medicinal)) - Universidade Federal do Rio de Janeiro.

2.
DARDENNE, L. E.; CAPRILES, Priscila Vanessa da Silva Zabala; BARBOSA, C. B.. Participação em banca de Artur Duque Rossi. Refinamento Manual e Automático de Modelos Tridimensionais de Proteía ınas para o Workflow Cient ́ ıfico MHOLline. 2017. Dissertação (Mestrado em Modelagem Computacional) - Universidade Federal de Juiz de Fora.

3.
DARDENNE, L. E.; FRAGA, Carlos Alberto Manssour; ROMEIRO, N. C.; MORCILLO, L. S. L.. Participação em banca de Thayssa Tavares da Silva Cunha Ferreira. Identificação de Novos Inibidores Seletivos da Enzima Aldeído Desidrogenase 2 (ALDH-2) para o Tratamento da Dependência à Cocaína. 2016. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas (Farmacologia e Química Medicinal)) - Universidade Federal do Rio de Janeiro.

4.
DARDENNE, L. E.; BARBOSA, Hélio José Correa; FONSECA, L. G.; BERNARDINO, H. S.. Participação em banca de Thiago Tavares Magalhães. Estudo de configurações de modelos híbridos de ilhas para obtenção de uma ou mais soluções em otimização via meta-heurísticas. 2016. Dissertação (Mestrado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica.

5.
DARDENNE, L. E.; NETZ, P. A.; FETT NETO, A. G.. Participação em banca de Marcelo Depólo Polêto. Parametrização de anéis aromáticos comumente usados no desenvolvimento de fármacos e química medicinal. 2016. Dissertação (Mestrado em Programa de Pós-Graduação em Biologia Celular e Molecular - UFRGS) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul.

6.
DARDENNE, L. E.; FETT NETO, A. G.; NETZ, P. A.; BRAUN, R. L.. Participação em banca de Marcelo Depólo Polêto. Parametrização de anéis aromáticos comumente usados no desenvolvimento de fármacos e química medicinal. 2016. Dissertação (Mestrado em Programa de Pós-Graduação em Biologia Celular e Molecular - UFRGS) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul.

7.
SAMMETH, M. A. M. T.; STOYE, J.; DARDENNE, L. E.. Participação em banca de Vitor Lima Coelho. Análise Funcional de Eventos de Splicing Alternativo. 2015. Dissertação (Mestrado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica.

8.
DARDENNE, L. E.; ALVES, C. R.; SILVA, R. C.. Participação em banca de Rafael Ferreira Soares. Caracterização Estrutural e Funcional do Modelo In Silico da Proteína de membrana P2X7 Humana. 2015. Dissertação (Mestrado em Biologia Computacional e Sistemas) - Fundação Oswaldo Cruz.

9.
DARDENNE, L. E.; REBOREDO, E. H.; MONTALVAO, R. W.. Participação em banca de Amanda Souza Câmara. Uma transição assimétrica entre estados simétrico: o alosterismo da Glucosamina 6-fosfato Desaminase. 2013. Dissertação (Mestrado em Fisica (Sc)) - Universidade de São Paulo.

10.
DARDENNE, L. E.; NASCIMENTO, M. A. C.; ALENCASTRO, R. B.; TAVARES, F. W.. Participação em banca de Laura Joana Silva Lopes. SpeciFFic: Desenvolvimento e Aplicação de um Programa para a Construção de Campos de Força Específicos. 2013. Dissertação (Mestrado em Química) - Universidade Federal do Rio de Janeiro.

11.
DARDENNE, L. E.; LEITE, V. B. P.; CARVALHO, S. J.. Participação em banca de Antônio Bento de Oliveira. Visualização do Funil de Enovelamento de Proteínas. 2013. Dissertação (Mestrado em Biofísica Molecular) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

12.
DARDENNE, L. E.; SEGALA, M.; LIVOTTO, P. R.. Participação em banca de Helen Nathalia Thompson. Mudanças Estruturais na Proteína Príon Celular Induzidas por Alteração de pH. 2012. Dissertação (Mestrado em Química) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul.

13.
DARDENNE, L. E.; Matoso, M.L.Q.; Lifschitz, S.. Participação em banca de Luciana da Silva Almendra Gomes. Proveniência de dados para Workflows de Bioinformática. 2011. Dissertação (Mestrado em Informática) - Pontifícia Universidade Católica do Rio de Janeiro.

14.
NETZ, P. A.; Termignoni C.; DARDENNE, L. E.. Participação em banca de Edson Fauth Vargas Filho. Caracterização Estrutural e Conformacional de Toxinas da Família das Actinoporinas. 2010. Dissertação (Mestrado em Programa de Pós-Graduação em Biologia Celular e Molecular) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul.

15.
BARBOSA, Hélio José Correa; EBECKEN, N. F. F.; DARDENNE, L. E.. Participação em banca de Eduardo Krempser da Silva. Evolução Diferencial para Problemas de Otimização Restrita. 2009. Dissertação (Mestrado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica.

16.
DARDENNE, L. E.; COSTA, J. B. N.; SANT?ANNA, Carlos Maurício R. de. Participação em banca de José Geraldo Rocha Júnior. Desenvolvimento de um Modelo Empírico de Predição da Atividade de Inibidores da Esterol 14-alfa Desmetilase (CYP51) Utilizando o Método Semi-Empírico PM6. 2009. Dissertação (Mestrado em Química) - Universidade Federal Rural do Rio de Janeiro.

17.
DARDENNE, L. E.; BISCH, Paulo Mascarelo; Abdelhay ESFW. Participação em banca de Elen Gomes Pereira. Estudo Estrutural e Termodinâmico de Mutantes da Proteína c-ABL resistentes ao Imatinib. 2009. Dissertação (Mestrado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica.

18.
DARDENNE, L. E.; LIMA, A. P. C. A.; LEAL, K. Z.. Participação em banca de Mauricio Garcia de Souza Costa. Estudo Computacional de Interações entre a Heparina e Proteínas envolvidas na angiogênese tumoral. 2009. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas (Biofísica)) - Universidade Federal do Rio de Janeiro.

19.
DARDENNE, L. E.; BARBOSA, Hélio José Correa; RAUPP, Fernanda; TAKAHASHI, R. H. C.; EBECKEN, N. F. F.. Participação em banca de Luciana Rocha Pedro. Uma Nova Representação para o Problema de Predição de Estrutura de Proteínas em Grades. 2008. Dissertação (Mestrado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica.

20.
FRAGA, Carlos Alberto Manssour; SANT?ANNA, Carlos Maurício R. de; DARDENNE, L. E.; Alencastro , R.B.. Participação em banca de Guilherme Barroso Langoni de Freitas. Desenvolvimento de Modelos COMFA e COMSIA de Afinidade e Seletividade para Ligantes Indólicos dos Receptores Canabinóides CB1 e CB2. 2008. Dissertação (Mestrado em Química) - Universidade Federal do Rio de Janeiro.

21.
BARBOSA, Hélio José Correa; BORGES, C. C. H.; DARDENNE, L. E.. Participação em banca de Samuel Belini Defilippo. Ferramenta Computacional para Apoio à Análise de Regressão de Dados. 2008. Dissertação (Mestrado em Modelagem Computacional) - Universidade Federal de Juiz de Fora.

22.
BARBOSA, Hélio José Correa; DARDENNE, L. E.; RAUPP, Fernanda Maria Pereira; TAKAHASHI, R. H. C.. Participação em banca de Jaqueline da Silva Angelo. Algoritmos Baseados em Colônia de Formigas para Otimização Multiobjetivo. 2008. Dissertação (Mestrado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica.

23.
DARDENNE, L. E.; Termignoni C.; Schroeder E.. Participação em banca de Camila Franco Becker. Caracterização do Reconhecimento Molecular de Polissacarídeos de Ouriço-do-Mar pela Antitrombina Utilizando Técnicas de Modelagem Molecular. 2007. Dissertação (Mestrado em Biologia Celular e Molecular) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul.

24.
DARDENNE, L. E.; Quilfedt J.A.; Idiart M.A.P.; Monteiro A.V.. Participação em banca de Cristiano de Lima Hackmann. Modelos Matemáticos para o Transporte de Íons por Canais em membranas de Axônios. 2007. Dissertação (Mestrado em Matemática Aplicada) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul.

25.
DARDENNE, L. E.; LIVOTTO, Paolo Roberto; SILVEIRA, Nadya Pesce da. Participação em banca de Raquel da Silva Leviski. Estudo Computacional da Interação Entre Bicamada Lipídica Aniônica e Moricina. 2006. Dissertação (Mestrado em Química) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul.

26.
DARDENNE, L. E.; RUSSO, Claúdia A M; MARGIS, Márcia. Participação em banca de Claúdia Elizabeth Thompson. Divergência Funcional da Família gênica da álcooldesidrogenase em plantas. 2006. Dissertação (Mestrado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul.

27.
DARDENNE, L. E.; VILLAR, José Daniel Figueroa; WEISSMULLER, G.. Participação em banca de Diego Enry Barreto Gomes. Estudo da falcipaína-2 em complexo com ligantes por modelagem e dinâmica molecular como suporte ao desenvolvimento racional de novos fármacos. 2006 - Instituto de biofísica Carlos Chagas Filho.

28.
DARDENNE, L. E.; FERNADEZ, J. H.; SILVA, R. C.. Participação em banca de João Hermínio Martins da Silva. Análise Estrutural da integrina alfa4beta1 e ligantes específicos: estudo por modelagem molecular. 2006 - Instituto de biofísica Carlos Chagas Filho.

29.
DARDENNE, L. E.; PASCUTTI, Pedro Geraldo; BISCH, Paulo Mascarelo; ALMEIDA, Fabio Ceneviva Lacerda. Participação em banca de Paulo Ricardo Batista. Estudos Computacionais da Protease do HIV-1: Abertura das alças e diferenças entre subtipos. 2005. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas (Biofísica)) - Universidade Federal do Rio de Janeiro.

30.
DARDENNE, L. E.; BARREIRO, Eliezer de Jesus; VILLAR, José Daniel Figueroa; SANT?ANNA, Carlos Maurício R. de; CAFFARENA, Ernesto Raul; ESTEVES, Pierre Motte. Participação em banca de Fernanda Guedes Oliveira. Estudo do Perfil de Interação de Fosfodiesterase 4 com seus Inibidores. 2005. Dissertação (Mestrado em Química) - Universidade Federal do Rio de Janeiro.

31.
DARDENNE, L. E.; PORTUGAL, Renato; ROSA, Luiz Pinguelli; OLIVEIRA JÚNIOR, Ivan dos Santos; GALEÃO, Augusto César Nogueira Rodrigues. Participação em banca de Jean Faber Ferreira de Abreu. Computação Quântica em Sistemas Abertos e uma Aplicação ao Modelo Biológico de FRÖHLICH. 2004. Dissertação (Mestrado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica.

32.
DARDENNE, L. E.; BARREIRO, Eliezerj; SANTANNA, Carlos Maurício R; VILLAR, José Daniel Figueroa; LIMA, Lídia Moreira; MACHADO, Sérgio de Paula. Participação em banca de Monique Araújo de Brito. Modelos de COMFA e COMSIA de Antagonistas Alfa-1 Adrenérgicos N-Fenilpiperazínicos. 2004. Dissertação (Mestrado em Química) - Universidade Federal do Rio de Janeiro.

Teses de doutorado
1.
COUTINHO, K. R.; OLIVEIRA, M. J.; ROCHA, W. R.; BRAGA, A. A. C.; DARDENNE, LAURENT. Participação em banca de Henrique Musseli Cezar. Implementação e desenvolvimento de algoritmo eficiente para deformação intramolecular com o Método de Monte Carlo. 2018. Tese (Doutorado em Fisica (Sc)) - Universidade de São Paulo.

2.
Dardenne, Laurent E; Souza, O.N.; Ruiz, D.D.A.; WERHLI, A. V.; CACERES, R. A.. Participação em banca de Thiago Lipinski Paes. Cut-remd: Um Novo Método para Predição de Estruturas Terciárias de Proteínas Baseado em Raio de Corte Incremental. 2017. Tese (Doutorado em Ciência da Computação) - Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul.

3.
Dardenne, Laurent E; COELHO, F. C.; BASTOS, L. S.. Participação em banca de JANAINA CRUZ PEREIRA. MELHORAMENTO DE DOCKING-BASED VIRTUAL SCREENING USANDO ABORDAGEM DE DEEP LEARNING.. 2017. Tese (Doutorado em Biologia Computacional e Sistemas) - Fundação Oswaldo Cruz.

4.
DARDENNE, L. E.; ARAUJO, A. F. P.; PASCUTTI, Pedro Geraldo; CHAHINE, J.; LEITE, V. B. P.. Participação em banca de Antônio Bento de Oliveira Júnior. Métodos para visualização de superfície de enrgia do enovelamento de proteínas. 2017. Tese (Doutorado em Biofísica Molecular) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

5.
DARDENNE, L. E.; Ruiz, D.D.A.; Souza, O.N.; MENEGUZZI, F. R.; BASGALUPP, M. P.. Participação em banca de Christian Vahl Quevedo. Triagem Virtual em Bancos de Dados de Ligantes Considerando Propriedades Físico-Químicas de um Modelo de Receptor Totalmente Flexível. 2016. Tese (Doutorado em Ciência da Computação) - Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul.

6.
DARDENNE, L. E.; BISCH, Paulo Mascarelo; VASCONCELOS, A. T. R.; GOES NETO, A.; NICOLAS, M. F.. Participação em banca de Pablo Ivan Pereira Ramos. Transcritoma da resposta de Klebisiella pneumoniae à polimixina B e abordagem computacional para priorização de alvos moleculares. 2016. Tese (Doutorado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica.

7.
DARDENNE, L. E.; NETZ, P. A.; CARLINI, C. R. R. S.; CANTO, L. F.; STASSEN, H.. Participação em banca de William Kelbert Nitschke. Dinâmica Molecular de Jaburetox e Peptídeos Derivados em Bicamada Fosfolipídica. 2016. Tese (Doutorado em Química) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul.

8.
DARDENNE, L. E.; Ruiz, D.D.A.; Souza, O.N.; FERRETO, T. C.; CARVALHO, A. C. P. L. F.. Participação em banca de Renata De Paris. An Effective Method to Optimize Docking- Based Virtual Screening in a Clustered Fully-Flexible Receptor Model Deployed on Cloud Platforms. 2016. Tese (Doutorado em Ciência da Computação) - Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul.

9.
DARDENNE, L. E.; PAPPA, G. L.; SILVEIRA, C. H.; BLEICHER, L.; FERREIRA, R. S.. Participação em banca de Sandro Carvalho Isidoro. Algoritmos Genéticos para Identificação de Sítios Ativos em Enzimas. 2015. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais.

10.
DARDENNE, L. E.; MADUREIRA, A. L.; SILVA FILHO, A. C. R.; MADUREIRA, D. Q. M.; WEDEMANN, R. S.. Participação em banca de Karine Damásio Guimarães. Influência da Nicotina no Foco de Atenção: Um Modelo Neurocomputacional para os Circuitos da Recompensa e Tálamo-Cortical. 2015. Tese (Doutorado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica.

11.
TCHERTANOV, L.; DARDENNE, L. E.; SILVA, C. O.; VILLAR, J. D. F.; TODESCHINE, A.. Participação em banca de Priscila da Silva Figueiredo Celestino Gomes. Oncogenic Mechanisms of Activation and Resistance of the type III Receptor Tyrosine Kinase family. 2015. Tese (Doutorado em Doutorado em Ciências Biológicas (Biofísica)) - Universidade Federal do Rio de Janeiro.

12.
DARDENNE, L. E.; BISCH, Paulo Mascarelo; LIMA, A. P. C. A.; ALMEIDA, Fabio Ceneviva Lacerda; FOLLMER, C.. Participação em banca de Pedro Victor Renault de Barros. Estudos Computacionais sobre a Dinâmica Conformacional e a Modulação Alostérica em Cisteíno-Proteases. 2015. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Biofísica)) - Universidade Federal do Rio de Janeiro.

13.
OLIVEIRA, P. S. L.; DARDENNE, L. E.; DELBEM, A. C. B.; TINOS, R.; AMBROSIO, A. L. B.. Participação em banca de Rodrigo Vargas Honorato. Implementação de uma abordagem híbrida utilizando modelagem comparativa e ab initio para predição de estrtuturas tridimensionais de proteínas contendo múltiplos domínios com conectores flexíveis. 2015. Tese (Doutorado em Interunidades em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

14.
CAPRILES, Priscila Vanessa da Silva Zabala; BORGES, C. C. H.; DARDENNE, L. E.; CAFFARENA, Ernesto Raul; FARIA-PINTO, P.; SANTOS, H. F.; FONSECA, L. G.. Participação em banca de Vinícius Schmitz Nunes. Análise comparativa das Ecto-NTPDase 1 de Homo sapiens e Schistosoma mansoni por meio de modelagem tridimensional, dinâmica molecular e docking receptor-ligante. 2015. Tese (Doutorado em Modelagem Computacional) - Universidade Federal de Juiz de Fora.

15.
DARDENNE, L. E.; ALMEIDA, Fabio Ceneviva Lacerda; CALIRI, A.; BISCH, Paulo Mascarelo; PASCUTTI, Pedro Geraldo. Participação em banca de Tácio Vinício Amorim Fernandes. Desenvolvimento e Aplicação de Métodos Computacionais para Predição de Estrutura de Proteínas. 2014. Tese (Doutorado em Doutorado em Ciências Biológicas (Biofísica)) - Universidade Federal do Rio de Janeiro.

16.
DARDENNE, L. E.; BARBOSA, Hélio José Correa; EBECKEN, N. F. F.; TAKAHASHI, R. H. C.; EVSUKOFF, A. G.. Participação em banca de Eduardo Krempser da Silva. Uso de Metamodelos na Evolução Diferencial para Problemas Envolvendo Simulações de Alto Custo Computacional. 2014. Tese (Doutorado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica.

17.
DARDENNE, L. E.; MESQUITA, J. F.; ALMEIDA, R. V.; SANTOS, A. L. S.; LOMELI, M. M.. Participação em banca de Eduardo Thomaz Vasconcelos Trevisol. Regulação da Via de Síntese de Trealose em Saccharomyces cerevisiae e sua Potencial Utilização como Alvo para Novas Drogas. 2014. Tese (Doutorado em Bioquímica) - Universidade Federal do Rio de Janeiro.

18.
BARBOSA, Hélio José Correa; DARDENNE, L. E.; EBECKEN, N. F. F.; TAKAHASHI, R. H. C.; RAUPP, Fernanda Maria Pereira; EVSUKOFF, A. G.. Participação em banca de Jaqueline da Silva Angelo. Metaheurísticas para Problemas de Otimização em Dois Níveis. 2014. Tese (Doutorado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica.

19.
DARDENNE, L. E.; MONTANARI, C. A.; COSTA, F. B.; EMERY, F. S.; SILVA, C. H. T. P.. Participação em banca de Evandro Pizeta Semighini. Planejamento Racional de Inibidores da Beta-secretase em Mal de Alzheimer. 2013. Tese (Doutorado em Ciências Farmacêuticas) - Universidade de São Paulo.

20.
DARDENNE, L. E.; ARAUJO, A. F. P.; OLIVEIRA, L. C.; BARBOSA, M. A. A.; TREPTOW, W. L.. Participação em banca de Marx Gomes van der Lnden. Simulação do Enovelamento de Proteínas com Potenciais de Enterramentos Atômicos Dependentes da Sequência. 2013. Tese (Doutorado em Programa de Pós-Graduação em Biologia Molecular) - Universidade de Brasília.

21.
DARDENNE, L. E.; ABREU, H. N. S.; PINTO, L. F. R.; SILVA, R.. Participação em banca de Amanda de Moraes Maia. Estudo da Estrutura e Função do Marcador de Agressividade Tumoral TWIST1 em Câncer de Mama. 2012. Tese (Doutorado em Oncologia) - Instituto Nacional de Câncer.

22.
DARDENNE, L. E.; DAVILA, A. M. R.; SEIBEL, L. F. B.. Participação em banca de Márcia Mártyres Bezerra. Modelagem Conceitual de Bancos de Dados Biológicos. 2012. Tese (Doutorado em Biologia Computacional e Sistemas) - Fundação Oswaldo Cruz.

23.
DARDENNE, L. E.; Souza, O.N.; Ruiz, D.D.A.; Amorim, H.L.N.A.; Werhli, A.V.. Participação em banca de Karina dos Santos Machado. Seleção Eficiente de Conformações de Receptor Flexível em Simulações de Docagem Molecular. 2011. Tese (Doutorado em Ciência da Computação) - Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul.

24.
BISCH, Paulo Mascarelo; DARDENNE, L. E.; VonKruger, W.M.A; Braz, G.R.C.; PASCUTTI, Pedro Geraldo. Participação em banca de Manuela Leal da Silva. Modelagem molecular de proteínas da bactéria endofítica Gluconacetobacter diazotrophicus: Análise em larga escala e de proteínas potencialmente envolvidas na associação planta-bactéria. 2011. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Biofísica)) - Universidade Federal do Rio de Janeiro.

25.
MUNDIM, Kléber Carlos; DARDENNE, L. E.; Mundim, M. S. P.; WERNECK, A. S.; Martins, J. B. L.. Participação em banca de Adão Lincon Bezerra Montel. Estudo do Mecanismo de Ação e Desenvolvimento de Medicamentos Tripanocidas. 2011. Tese (Doutorado em Química) - Universidade de Brasília.

26.
Anteneodo, C.; DARDENNE, L. E.; CAFFARENA, Ernesto Raul; Pimentel, A.S.; Mattos, M.O.M.. Participação em banca de Teobaldo Ricardo Cuya Guizado. Abordagem Computacional da Estrtutura da Albumina Sérica Humana: Efeitos do Heme. 2011. Tese (Doutorado em Física) - Pontifícia Universidade Católica do Rio de Janeiro.

27.
POLIKARPOV, I.; DARDENNE, L. E.; SKAF, M. S.; GARRAT, R. C.; ANTONINI, S. R. R.. Participação em banca de Alessandro Silva de Nascimento. Estudos Estruturais do Receptor de Hormônio Tireoidiano, do Receptor de Mineralocorticóide e do Receptor Ativado por Proliferadores Peroxissomais. 2009. Tese (Doutorado em Doutorado em Fisica Aplicada - Instituto de Física de São Carlos/USP/SÃO CA) - Universidade de São Paulo.

28.
DARDENNE, L. E.; BARBOSA, Hélio José Correa; EBECKEN, N. F. F.; COUTINHO, A. L. G. A.. Participação em banca de Leonardo Goliatt da Fonseca. Algoritmos Genéticos Asssitidos por Metamodelos Baseados em Similaridade. 2009. Tese (Doutorado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica.

29.
DARDENNE, L. E.; SILVA, F. L. B.; SILVA, M. A. A.; RUGGIERO, J. R.; TIERA, M. J.. Participação em banca de Sidney Jurado de Carvalho. Estudo dos Aspectos Eletrostáticos da Interação entre Polieletrólitos e Macroíons. 2008. Tese (Doutorado em Biofísica Molecular) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

30.
DARDENNE, L. E.; PASCUTTI, Pedro Geraldo; CAFFARENA, Ernesto Raul; SILVA, Renato Simões; CALIRI, A.. Participação em banca de Flávia Paiva Agostini. Mapeamento de Parâmetros do Simulated Annealing Generalizado para o problema do Enovelamento de Proteínas.. 2008. Tese (Doutorado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica.

31.
DARDENNE, L. E.; PORTUGAL, Renato; FRAGOSO, Marcelo; Lavor C.C.; Abal G.. Participação em banca de Amanda Castro Oliveira. Simulação de Caminhos Quânticos em Redes Bidimensionais. 2007. Tese (Doutorado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica.

32.
DARDENNE, L. E.; Murad M.A.; Moyne C.; Stemmelen D.; GALEÃO, Augusto César Nogueira Rodrigues; Lomba R.F.T.; GUIMARAES, L.; Azevedo R.F.. Participação em banca de Sidarta Araújo de lIma. Multiescala do Acoplamento Eletro-Químico em um Meio Poroso Argiloso com Dependência do PH. 2007. Tese (Doutorado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica.

33.
DARDENNE, L. E.; PORTUGAL, Renato; ROSA, Luiz Pingueli; BEVILACQUA, Luiz; FRAGOSO, Marcelo Dutra; DONANGELO, Raul Jose; OLIVEIRA JUNIOR, Ivan dos Santos. Participação em banca de Jean Faber Ferreira de Abreu. Jogos Quânticos a Partir de Hamiltonianos Biofísicos e um Critério de Otimozação Sub-Neural da Informação. 2005. Tese (Doutorado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica.

34.
DARDENNE, L. E.; THOMPSON, Mark; MIRANDA, Manoel Antolino Mila; ZINGANO, Pauo R Avila. Participação em banca de Luciano Bedin. Movimento de Partículas Carregadas em Fluidos Ionizados: Fundamentos Matemáticos da Teoria de Eletroforese Capilar. 2005. Tese (Doutorado em Matemática Aplicada) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul.

Qualificações de Doutorado
1.
DARDENNE, LAURENT E.; SANT?ANNA, Carlos Maurício Rabello de. Participação em banca de Rafael Ferreira Soares. 
Análise da interação intermolecular entre inibidores e a enzima Ribose-5-fostato isomerase de Trypanosoma cruzi.. 2017. Exame de qualificação (Doutorando em Biologia Computacional e Sistemas) - Fundação Oswaldo Cruz.

2.
Dardenne, L.E.; SANT?ANNA, Carlos Maurício Rabello de. Participação em banca de VANESSA DOS SANTOS SILVA. 
Estudo conformacional e modulação da proteína NF-κB na via de sinalização de processos inflamatórios produzidos pelo complexo Mycobacterium tuberculosis (MTC). 2017. Exame de qualificação (Doutorando em Biologia Computacional e Sistemas) - Fundação Oswaldo Cruz.

3.
DARDENNE, L. E.; FARIA-PINTO, P.; SANTOS, R. W.. Participação em banca de Vinicius Schmitz Pereira Nunes. Modelagem Comparativa e Dinâmica Molecular da Isoforma 1 da ATP difosfohidrolase de Schistosoma mansoni. 2013. Exame de qualificação (Doutorando em Modelagem Computacional) - Universidade Federal de Juiz de Fora.

4.
DARDENNE, L. E.; Loula , A.; NISSAN, J.. Participação em banca de Jaqueline da Silva Angelo. Algoritmos de Colônia de Formigas para Problemas de Otimização em Dois Níveis. 2012. Exame de qualificação (Doutorando em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica.

5.
DARDENNE, L. E.; BLEICHER, L.. Participação em banca de Jorge Luís Soares de Pina. Desenvolvimento de novos Algoritmos bio-inspirados para docagem molecular de ligantes peptídicos. 2012. Exame de qualificação (Doutorando em Biologia Computacional e Sistemas) - Fundação Oswaldo Cruz.

6.
BARBOSA, Hélio José Correa; NISSAN, J.; Loula , A.; DARDENNE, L. E.. Participação em banca de Eduardo Krempser da Silva. Uso de Metamodelos na Evolução Diferencial para Problemas de Grande Porte. 2011. Exame de qualificação (Doutorando em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica.

7.
CAFFARENA, Ernesto Raul; DARDENNE, L. E.. Participação em banca de Aline Rossi da Silveira. Estudo computacional da interação entre inibidores derivados de naftoquinonas e a enzima topoisomerase humana. 2010. Exame de qualificação (Doutorando em Biologia Computacional e Sistemas) - Fundação Oswaldo Cruz.

8.
DARDENNE, L. E.; RAUPP, Fernanda; KRITZ, Maurício; TOLEDO, Elson Magalhães. Participação em banca de Leonardo Golliat da Fonseca. Meta-Modelos em Algorítmos Genéticos para Otimização Estrutural. 2006. Exame de qualificação (Doutorando em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica.

9.
DARDENNE, L. E.; VALENTE, Ana Paula; BISCH, Paulo Mascarelo. Participação em banca de Pedro Loureiro. RMN e Estruturas de Proteínas. 2006 - Instituto de biofísica Carlos Chagas Filho.

10.
DARDENNE, L. E.; KARAM FILHO, José; MURAD, Marcio; NISSAN, J.. Participação em banca de Eduardo Henrique da Rocha Coppoli. O Método de Elementos Finitos (MEF) Aplicados ao Eletromagnetismo e Considerações e Motivações do Uso de um Método sem malha (MESHLESS) para Problemas desta Natureza. 2006. Exame de qualificação (Doutorando em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica.

11.
DARDENNE, L. E.; MURAD, Marcio; SILVA, Renato Simões; KARAM, Jose. Participação em banca de Flávio Pietrobon Costa. Acoplamento de escoamento em rede fluvial e subsuperficial: um modelo de elementos finitos estabilizados. 2005. Exame de qualificação (Doutorando em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica.

12.
DARDENNE, L. E.; GALEÃO, Augusto César Nogueira Rodrigues; SOUZA, Carlos Emanuel de; RAUPP, Fernanda Maria Pereira. Participação em banca de Jean Felix de Oliveira. Assimilação de Dados em Oceanografia e Meterologia. 2005. Exame de qualificação (Doutorando em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica.

13.
DARDENNE, L. E.; GALEÃO, Augusto César Nogueira Rodrigues; VALENTIM, Frederic Gerard C; ALMEIDA, Regina Celia Cerqueira de. Participação em banca de Sidarta Araújo de Lima. Modelagem em duas Escalas do Transporte de Solutos Iônicos em Meios Porosos Argilosos. 2005. Exame de qualificação (Doutorando em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica.

14.
DARDENNE, L. E.; GALEÃO, Augusto César Rodrigues; OLIVEIRA, Fabiano Saldanha Gomes de; RAUPP, Fernanda. Participação em banca de Anderson Fernandes Pereira dos Santos. Modelagem Numérica de Desempenho do Método de Krilov. 2004. Exame de qualificação (Doutorando em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica.

15.
DARDENNE, L. E.; KARAM FILHO, José; FRAGOSO, Marcelo; MALTA, Sandra Mc. Participação em banca de Rosa Luz Medina Aguilar. Escoamentos Saturados em Meios Porosos Elásticos Heterogêneos. 2004. Exame de qualificação (Doutorando em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica.

16.
DARDENNE, L. E.; SILVA, Renato Simões; BARBOSA, Hélio José Correa; GIRALDI, Gilson. Participação em banca de Flávia Paiva Agosuini. Folding de Proteinas Aplicado a uma Plataforma de Computação em Grid. 2003. Exame de qualificação (Doutorando em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica.

17.
DARDENNE, L. E.; RAUPP, Fernanda Maria Pereira; SILVA, Renato Simões; GALEÃO, Augusto. Participação em banca de Cleverson A. veronez. Estudo da Interação de Mutantes da Proteasee HIV-1 com Drogas Anti-Virais através de Dinâmica Molecular Aplicada em uma Plataforma de Computação em GRID. 2003. Exame de qualificação (Doutorando em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica.

Trabalhos de conclusão de curso de graduação
1.
DE MAGALHAES, C S; DARDENNE, LAURENT E.; KREMPSER, E.; LIMA, P. M. V.. Participação em banca de Lincon Onório Vidal.Um Algoritmo de Seleção Clonal Adaptativo para Problemas de Otimização. 2018.



Participação em bancas de comissões julgadoras
Concurso público
1.
KRIEGER, M. A.; DARDENNE, L. E.; SOUTO, F.. Dinâmica Estrutural Aplicada à Proteínas Virais de Interesse para a Saúde Públic - FIOCRUZ/PE. 2014. Fundação de Assistência ao Trabalhador da Fiocruz.

2.
Degrave W; SENGER, H.; DARDENNE, L. E.. Computação Científica em Modelagem Molecular. 2014. Fundação Oswaldo Cruz.

3.
DARDENNE, L. E.; BERNARDINO, A. M. R.; GONCALVES, J. C. S.. Professor Auxiliar 40 horas/DE - Setor Estágio, Iniciação Científica, Introdução à Pesquisa Científica e Modelagem Molecular - FIOCRUZ/CE. 2013. Faculdade de Farmaçia UFRJ.

4.
DARDENNE, L. E.; STRUCHINER, Cláudio; Franco, G.R.. Concurso Público para provimento de vaga de Especialista em Ciência, Tecnologia, Produção e Inovação em Saúde Pública - Perfil Bioinformática. 2011. Fundação Oswaldo Cruz.

5.
DARDENNE, L. E.; SANT?ANNA, Carlos Maurício R. de. Concurso Público para provimento de vaga com pefril em Bioinformática com Ênfase em Proteômica. 2011. Fundação Oswaldo Cruz.

6.
DARDENNE, L. E.; SANTANNA, Carlos Maurício R; FRAGA, Carlos Alberto Manssour; Rodrigues, CR; Sa Silva, THA. Concurso Público para provimento de vaga de professor adjunto 40 horas / DE - Bioinformática Aplicada ao Planejamento de Fármacos. 2010. Faculdade de Farmaçia UFRJ.

Outras participações
1.
DARDENNE, L. E.. Participação no Comitê de Seleção de Pesquisadores Visitantes - FIOCRUZ/RJ. 2007. Fundação Oswaldo Cruz.

2.
DARDENNE, L. E.. Participação no Comitê de Seleção de Pesquisadores Visitantes - FIOCRUZ/RJ. 2006. Fundação Oswaldo Cruz.

3.
DARDENNE, L. E.. Avaliação anual dos trabalhos e linhas de pesquisa do Laboratório de Avaliação e Síntese de Substâncias Bioativas/LASSBio. 2001. Laboratório de Avaliação e Síntese de Substâncias Bioativas Faculdade de Fa.



Eventos



Participação em eventos, congressos, exposições e feiras
1.
13 CASP. GAPF_LNCC: an automated method for protein structure prediction with a multiple minima genetic algorithm. 2018. (Congresso).

2.
Workshop Physics and Biology of Proteins.Strategies for Template-Free Protein Structure Prediction. 2017. (Simpósio).

3.
12 CASP. GAPF_LNCC_SERVER: a fully automated server for template-free protein structure prediction with a multiple minima genetic algorithm. 2016. (Congresso).

4.
Brazilian Symposium in Medicinal Chemistry.Approaches to Evaluation and Improvement Empirical Affinity Prediction Functions for Virtual Screening. 2016. (Simpósio).

5.
XLVI Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular (SBBq). Development of Empirical Scoring Functions for Predicting Protein-Ligand Binding Affinity. 2016. (Congresso).

6.
XVIII Simpósio Brasileiro de Química Teórica.DockThor: A Brazilian Receptor-Ligand Docking Program. 2015. (Simpósio).

7.
43 SBBq.Ab Initio Protein Structure Prediction: Assessing Components for the Energy Function. 2014. (Simpósio).

8.
III Simpósio Interdisciplinar Física + Bioinformática.Avaliação de diversos protocolos automáticos de preparação da proteína e do ligante em experimentos de docking molecular. 2014. (Simpósio).

9.
XXIII International Symposium on Medicinal Chemistry (EFMC-ISMC 2014).DockThor: A Free Protein-Ligand Docking Web Server. 2014. (Simpósio).

10.
65 Reunião Anual da SBPC. Projeto Dockthor: Um Programa Brasileiro para o Desenho Racional de Fármacos. 2013. (Congresso).

11.
II Escola Brasileira de Modelagem Molecular.Strategies for Ab Initio Protein Structure Prediction. 2013. (Simpósio).

12.
XLI Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular ? SBBq. The DockThor Portal: a Free Protein-Ligand Docking Server. 2013. (Congresso).

13.
Critical Assessment of Protein Structure Prediction - CASP10. none. 2012. (Congresso).

14.
II Latin American Federation of Biophysical Societies Congress/XXXVII Brazilian Biophysical Society Congress. Development and Validation of a New Multi-Solution Receptor-Ligand Docking Program. 2012. (Congresso).

15.
VI Workshop de Avaliação e Acompanhamento do Instituto Nacional de Ciência e Tecnologia de Fármacos e Medicamentos.Structural and Ligand Binding Properties Studies of the IKK2 Molecular Target. 2012. (Simpósio).

16.
XLI Annual Meeting of the Brazilian Society for Biochemistry and Molecular Biology (SBBq). Dockthor: Development and Validation of a New Docking Program. 2012. (Congresso).

17.
XXII International Symposium on Medicinal Chemsitry EFMC/ISMC. MOLECULAR MODELING OF IKK2 TARGET: STRUCTURAL AND LIGAND BINDING PROPERTIES STUDIES. 2012. (Congresso).

18.
Encontro de Física - Integração da Física na América Latina - SBF. Ab Iniito Protein Structure Prediction using All-Atom and Coarse Grained Models. 2011. (Congresso).

19.
I Escola Brasileira de Modelagem Molecular.Metodologias de Docking Receptor-Ligante. 2011. (Outra).

20.
II Reunião Anual de Avaliação do Instituto Nacional de Ciência e Tecnologia de Fármacos e Medicamentos.Virtual Screening utilizando o programa Dockthor. 2011. (Outra).

21.
Simpósio Interdisciplinar Física+Bioinformática 2011. Dockthor: Development and Validation of a Ligand-Receptor Docking Program. 2011. (Congresso).

22.
XVI Simpósio Brasileiro de Química Teórica. Dockthor: Development and Validation of a Ligand-Receptor Docking Program using a Diverse Set of Ligands. 2011. (Congresso).

23.
V BrazMedChem. DockThor: Software for Ligand Flexible Docking Using a Genetic Algorithm and the MMFF94 Force Field. 2010. (Congresso).

24.
Simpósio Interdisciplinar Física+Bioinformática.Ab Iniito Structure Prediction With Genetic Algorithms. 2009. (Simpósio).

25.
VII Iberoamerican Congress of Biophysics. AB INITIO PROTEIN STRUCTURE PREDICTION WITH GENETIC ALGORITHMS. 2009. (Congresso).

26.
XII Encontro Regional da Sociedade Brasileira de Química.Métodos Computacionais Aplicados ao Planejamento de Compostos Bioativos. 2009. (Encontro).

27.
XVIII International Network of Protein Engineering Centers. GAPF, a Multiple Minima Genetic Algorithm for Ab Initio Protein Structure Prediction. 2009. (Congresso).

28.
XVI Semana Científica Farmacêutica.Metodologias de Docking Receptor-Ligante. 2009. (Outra).

29.
XV Simpósio Brasileiro de Química Teórica.Algoritmos Genéticos para predição ab initio de estrutura de proteínas. 2009. (Simpósio).

30.
4th Brazilian Symposium on Medicinal Chemistry. Development of a Docking Methodology Using a Multi_Solution Genetic Algorithm and a Neural Network. 2008. (Congresso).

31.
4th Internacional Conference of the International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology - X-Meeting. Molecular Dynamics Simulations of Calmodulin: A Comparative Study of Reaction Field and Particle-Mesh Ewald Electrostatic Treatments. 2008. (Congresso).

32.
III Workshop Instituto do Milênio em Inovação e Desenvolvimento de Fármacos e Medicamentos.LLDB - LASSBio Ligand Data Bank. 2008. (Encontro).

33.
Second Brazilian Symposium on Bioinformatics - BSB2007.Molecular Dynamics Simulations of Cruzipains 1 and 2 at Different Temperatures. 2007. (Simpósio).

34.
Structural Bioinformatics Workshop.Cross-Docking oh Highly Flexible Ligands Using a Multi-Solution Algorithm Strategy. 2007. (Simpósio).

35.
XIV Simpósio Brasileiro de Química Teórica.Resolução de Estruturas de Proteínas Utilizando-se Dados de RMN a Parteir de um Algorítmo Genético de Múltiplos Mínimos. 2007. (Simpósio).

36.
3rd Brazilian Symposium on Medicinal Chemistry.Cross-Docking of Highly Flexible Ligands Using a Multi-Solution Genetic Algorithm Strategy. 2006. (Simpósio).

37.
II Workshop Instituto do Milênio em Inovação e Desenvolvimento de Fármacos e Medicamentos.LASSBio Ligand Data Bank. 2006. (Encontro).

38.
XXXV SBBq- Reunião Anual da Sociedade Barsileira de Bioquímica e Biologia Molecular. Designing New Bioactive Compounds by using Molecular Modeles Techniques. 2006. (Congresso).

39.
15th International Biophysics Congress. 15th International Biophysics Congress. 2005. (Congresso).

40.
Biomolecular Simulations. Biomolecular Simulations. 2005. (Congresso).

41.
XIII Simpósio Brasileiro de Química Teórica.Cross-Docking of Highly Flexible Ligands using a Multisolution-GSA Docking Method. 2005. (Simpósio).

42.
1st Latin American Protein Society Meeting. 1st Latin American Protein Society Meeting. 2004. (Congresso).

43.
2nd Brazilian Symposium on Medicinal Chemistry.2nd Brazilian Symposium on Medicinal Chemistry. 2004. (Simpósio).

44.
IV Encontro Regional de Matemática Aplicada e Computacional.IV Encontro Regional De Matemática Aplicada e Computacional / Workshop sobre Simulação e Análise de Sistemas Complexos. 2004. (Encontro).

45.
IX Escola Brasileira de Estrutura Eletrônica.IX Escola Brasileira de Estrutura Eletrônica. 2004. (Encontro).

46.
1st International Conference on Bioinformatics and Computational Biology. 1st International Conference on Bioinformatics and Computational Biology. 2003. (Congresso).

47.
V Ibero-American Congress of Biophysics. V Ibero-American Congress of Biophysics. 2003. (Congresso).

48.
Workshop on Molecular Modeling in Biophysics.Workshop on Molecular Modeling in Biophysics. 2002. (Oficina).

49.
XI Simpósio Brasileiro de Química Teórica.XI Simpósio Brasileiro de Química Teórica. 2001. (Simpósio).

50.
IV Biophysics Congress of the Southern Cone. IV Biophysics Congress of the Southern Cone. 2000. (Congresso).

51.
Symposium Understanding Protein Electrostatics.Symposium Understanding Protein Electrostatics. 2000. (Simpósio).

52.
XXIII Encontro de Física da Matéria Condensada. XXIII Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada. 2000. (Congresso).

53.
XIII International Biophysics Congress. XIII International Biophysics Congress. 1999. (Congresso).

54.
X Simpósio Brasileiro de Química Teórica.X Simpósio Brasileiro de Química Teórica. 1999. (Simpósio).

55.
XXI Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada. XXI Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada. 1998. (Congresso).

56.
International Symposium on Protein Condensation.International Symposium on Protein Condensation. 1997. (Simpósio).

57.
XX Encontro nacional de Física da Matéria Condensada. XX Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada. 1997. (Congresso).

58.
XIX Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada. XIX Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada. 1996. (Congresso).

59.
VIII Simpósio Brasileiro de Química Teórica.VIII Simpósio Brasileiro de Química Teórica. 1995. (Simpósio).

60.
XVII Encontro nacional de Física da Matéria Condensada. XVII Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada. 1994. (Congresso).

61.
XVI Encontro nacional de Física da Matéria Condensada. XVI Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada. 1993. (Congresso).

62.
XV Encontro nacional de Física da Matéria Condensada. XV Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada. 1992. (Congresso).


Organização de eventos, congressos, exposições e feiras
1.
DARDENNE, LAURENT E.; CAFFARENA, Ernesto Raul ; PASCUTTI, Pedro Geraldo ; Guedes, I.A. ; DE MAGALHAES, C S ; CAPRILES, Priscila Vanessa da Silva Zabala ; GOMES, Diego Henry Barreto ; Batista, PR ; CUSTÓDIO, Fábio Lima . IX ESCOLA DE MODELAGEM MOLECULAR EM SISTEMAS BIOLÓGICOS. 2018. (Congresso).

2.
DARDENNE, L. E.; PASCUTTI, Pedro Geraldo ; CAFFARENA, Ernesto Raul . VIII ESCOLA DE MODELAGEM MOLECULAR EM SISTEMAS BIOLÓGICOS. 2016. (Congresso).

3.
DARDENNE, L. E.; CAFFARENA, Ernesto Raul ; PASCUTTI, Pedro Geraldo . VII ESCOLA DE MODELAGEM MOLECULAR EM SISTEMAS BIOLÓGICOS. 2014. (Congresso).

4.
DARDENNE, L. E.; CAFFARENA, Ernesto Raul ; PASCUTTI, Pedro Geraldo . VI ESCOLA DE MODELAGEM MOLECULAR EM SISTEMAS BIOLÓGICOS. 2012. (Congresso).

5.
DARDENNE, L. E.; CAFFARENA, Ernesto Raul ; PASCUTTI, Pedro Geraldo . V ESCOLA DE MODELAGEM MOLECULAR EM SISTEMAS BIOLOGICOS. 2010. (Congresso).

6.
DARDENNE, L. E.; CAFFARENA, Ernesto Raul ; PASCUTTI, Pedro Geraldo . IV ESCOLA DE MODELAGEM MOLECULAR EM SISTEMAS BIOLÓGICOS. 2008. (Congresso).

7.
DARDENNE, L. E.; CAFFARENA, Ernesto Raul ; PASCUTTI, Pedro Geraldo . III ESCOLA DE MODELAGEM MOLECULAR EM SISTEMAS BIOLÓGICOS. 2006. (Congresso).

8.
DARDENNE, L. E.; CAFFARENA, Ernesto Raul ; PASCUTTI, Pedro Geraldo . II ESCOLA DE MODELAGEM MOLECULAR EM SISTEMAS BIOLÓGICOS. 2004. (Congresso).

9.
DARDENNE, L. E.; CAFFARENA, Ernesto Raul ; PASCUTTI, Pedro Geraldo . I ESCOLA DE MODELAGEM MOLECULAR EM SISTEMAS BIOLOGICOS. 2002. (Congresso).



Orientações



Orientações e supervisões em andamento
Dissertação de mestrado
1.
Matheus Muller Pereira da Silva. Desenvolvimento de funções scoring para triagem virtual em larga esca utilizando deep learning. Início: 2018. Dissertação (Mestrado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. (Orientador).

2.
Lincon Onório Vidal. Desenvolvimento de Funções Empíricas para Predição de Afinidade de Ligação Receptor-Ligante. Início: 2018. Dissertação (Mestrado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. (Orientador).

3.
Ronniery Ilario Pereira. Identificação de compostos Protótipos para Tratamento da Doença de Chagas. Início: 2017. Dissertação (Mestrado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica. (Orientador).

4.
Nicolau Gonçalves Borsato. Desenvolvimento de métodos de atracamento receptor-ligante. Início: 2016. Dissertação (Mestrado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. (Orientador).

5.
Ana Luiza Martins Karl. Atracamento Molecular Receptor-Ligante Utilizando A Metiodologia de Ensemble Docking. Início: 2016. Dissertação (Mestrado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. (Orientador).

Tese de doutorado
1.
Emerson Correia Lima. Identificação de Templates para Predição de Estrutura de Proteínas. Início: 2018. Tese (Doutorado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. (Orientador).

2.
Felipe Siconha Souza Pereira. Predição de Afinidade de Ligação Receptor-Ligante Utilizando Mapas de Solvente. Início: 2017. Tese (Doutorado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. (Orientador).

3.
Aaron Bruno Leão. Desenvolvimento de técnicas de programção de alto desempenho aplicadas modelagem molecular. Início: 2016. Tese (Doutorado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. (Orientador).

4.
Paulo Roberto Teixeira Werdt. Algoritmos Evolutivos Paralelos para Predicao de Estruturas de Proteinas. Início: 2015. Tese (Doutorado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. (Orientador).

Supervisão de pós-doutorado
1.
Karina Baptista dos Santos. Início: 2018. Laboratório Nacional de Computação Científica, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico.

2.
Isabella Alvim Guedes. Início: 2016. Laboratório Nacional de Computação Científica, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico.


Orientações e supervisões concluídas
Dissertação de mestrado
1.
Emerson Correia Lima. Estimação de Qualidade de Modelos de Proteínas por Métodos de Aprendizagem Profunda. 2018. Dissertação (Mestrado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Coorientador: Laurent Emmanuel Dardenne.

2.
Felipe Siconha. Validação de Funções empíricas para Predição da Afinidade de Ligação Proteína-Ligante em Estudos de Triagem Virtual em Larga Escala. 2017. Dissertação (Mestrado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Laurent Emmanuel Dardenne.

3.
Paulo Roberto Teixeira Werdt. Predição de Estruturas de Proteínas Utilizando Restrições de RMN e um Modelo Coarse Grained. 2014. Dissertação (Mestrado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Laurent Emmanuel Dardenne.

4.
Karina Baptista dos Santos. Predição de Estrutura de Proteínas Utilizando Restrições de Ângulos Diedrais. 2014. Dissertação (Mestrado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Laurent Emmanuel Dardenne.

5.
Diogo Marinho Almeida. Dockthor: Implementação Aprimoramento e Validação de um Programa de Docking Receptor-Ligante. 2011. Dissertação (Mestrado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Laurent Emmanuel Dardenne.

6.
Raphael Trevizani. Biblioteca de Fragmentos para a Predição de Estruturas de Proteínas. 2011. Dissertação (Mestrado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Laurent Emmanuel Dardenne.

7.
Luiz Phillippe Ribeiro Baptista. Modelagem Molecular da Ribose-5-Fosfato Isomerase de Leishmania Major e de Homo sapiens: Predição de Estruturas e Estudos de Atracamento Molecular. 2011. Dissertação (Mestrado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica, Fundação Carlos Chagas Filho de Amparo à Pesquisa do Estado do RJ. Orientador: Laurent Emmanuel Dardenne.

8.
Isabella Alvim Guedes. Estudo Estrutural e de Propriedades de Reconhecimento Receptor-Ligante dos Alvos IKK-1, IKK-2 e MAPKp38 Utilizando Técnicas de Modelagem Molecular. 2011. Dissertação (Mestrado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Laurent Emmanuel Dardenne.

9.
Gregório Kappaun Rocha. Implementação e Análise de Modelos de Solvatação para a Predição Ab Initio de Estruturas de Proteínas. 2011. Dissertação (Mestrado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica, Fundação Carlos Chagas Filho de Amparo à Pesquisa do Estado do RJ. Orientador: Laurent Emmanuel Dardenne.

10.
Marx Gomes Van der Linden. Resolução de Estruturas de Proteínas Utilizando-se Dados de RMN a partir de um Algorítmo Genético de Múltiplos Mínimos. 2009. Dissertação (Mestrado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Laurent Emmanuel Dardenne.

11.
Reinaldo Bellini Gonçalves. Desenvolvimento e Validação de novos Métodos de distribuição da População Inicial em Algoritmos Genéticos para o Problema de Docking Proteína-Ligante. 2008. Dissertação (Mestrado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Laurent Emmanuel Dardenne.

12.
Rosemberg de Oliveira Soares. Análise do Impacto do Polimorfismo Genético do Subtipo C do HIV-1 na Interação da Protease Viral com o Inibidor Nelfinavir por Modelagem e Dinâmica Molecular. 2008. Dissertação (Mestrado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica, Fundação Carlos Chagas Filho de Amparo à Pesquisa do Estado do RJ. Orientador: Laurent Emmanuel Dardenne.

13.
Thais Gaudencio do Rêgo. Construção de Funções Empíricas Utilizando Rede Neural para Determinação de Constamtes de Afinidade Receptor-Ligante. 2008. Dissertação (Mestrado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica, Fundação Carlos Chagas Filho de Amparo à Pesquisa do Estado do RJ. Orientador: Laurent Emmanuel Dardenne.

14.
Priscila Vanessa Zabala Capriles Goliatt. Técnicas de Bioinformática e Modelagem Computacional Aplicadas ao Estudo do Genoma de Trypanosoma cruzi e de Enzimas Consideradas de Interesse no Tratamento da Doença de Chagas. 2007. Dissertação (Mestrado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica, Fundação Carlos Chagas Filho de Amparo à Pesquisa do Estado do RJ. Orientador: Laurent Emmanuel Dardenne.

15.
Fernanda Guedes Oliveira. Estudo do Perfil de Interação de Fosfodiesterase 4 com seus Inibidores. 2005. 120 f. Dissertação (Mestrado em Química) - Universidade Federal do Rio de Janeiro, Fundação Carlos Chagas Filho de Amparo à Pesquisa do Estado do RJ. Coorientador: Laurent Emmanuel Dardenne.

Tese de doutorado
1.
Karina Baptista dos Santos. Desenvolvimento de Estratégias para uso de Mapas de Contato em Problemas de Predição de Estruturas de Proteínas. 2018. Tese (Doutorado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Laurent Emmanuel Dardenne.

2.
Isabella Alvim Guedes. Development of Empirical Scoring Functions For Predicting Protein-Ligand Binding Affinity. 2016. Tese (Doutorado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Laurent Emmanuel Dardenne.

3.
Gregório Kappaun Rocha. Desenvolvimento de Metodologias para Predição de Estruturas de Proteínas Independente de Moldes. 2015. Tese (Doutorado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Laurent Emmanuel Dardenne.

4.
Raphael Trevizani Roque de Oliveira. Desenvolvimento de Metodologias De Novo para Predição de Estruturas de Proteínas. 2014. Tese (Doutorado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Laurent Emmanuel Dardenne.

5.
Priscila Vanessa Zabala Capriles Goliatt. Desenvolvimento e Implementação de um Modelo Coarse-Grained para Predição de Estruturas de Proteínas. 2011. Tese (Doutorado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Laurent Emmanuel Dardenne.

6.
Fábio Lima Custódio. Algorítmos Genéticos para Predição Ab Inito de Estrutura de Proteínas. 2008. Tese (Doutorado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica, Fundação Carlos Chagas Filho de Amparo à Pesquisa do Estado do RJ. Orientador: Laurent Emmanuel Dardenne.

7.
Camila Silva de Magalhães. Agorítmos Genéticos para o Problema de Docking Proteína-Ligante. 2006. 202 f. Tese (Doutorado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Laurent Emmanuel Dardenne.

Supervisão de pós-doutorado
1.
Gregório Kappaun Rocha. 2015. Laboratório Nacional de Computação Científica, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Laurent Emmanuel Dardenne.

2.
Camila Silva de Magalhães. 2009. Laboratório Nacional de Computação Científica, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Laurent Emmanuel Dardenne.

Iniciação científica
1.
Aldo Patrick Assumpção Corrêa. Construção dos Bancos de Ligantes e Alvos Moleculares para o Portal de Triagem Virtual DockThor-VS. 2018. Iniciação Científica. (Graduando em modelagem computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Laurent Emmanuel Dardenne.

2.
Ana Luiza Martins Karl. Modelagem Molecular de Inibidores Potentes e Seletivos para a Enzima Acetilcolinesterase. 2016. Iniciação Científica. (Graduando em modelagem computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Laurent Emmanuel Dardenne.

3.
Victor Crisóstomo Cruz Reis. MHOLline 2.0. 2016. Iniciação Científica. (Graduando em modelagem computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Laurent Emmanuel Dardenne.

4.
Frederico Carlos. DESENVOLVIMENTO DE UM PORTAL PARA O PROGRAMA DE PREDIÇÃO DE ESTRUTURAS DE PROTEÍNAS GAPF. 2012. Iniciação Científica. (Graduando em modelagem computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Laurent Emmanuel Dardenne.

5.
Karina Baptista dos Santos. CONSTRUÇÃO DE BIBLIOTECAS DE FRAGMENTOS PARA A PREDIÇÃO DE ESTRUTURAS DE PROTEÍNAS. 2011. Iniciação Científica - Laboratório Nacional de Computação Científica, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Laurent Emmanuel Dardenne.

6.
Lucas de Azevedo Vizani. ANÁLISE COMPARATIVA DE PROGRAMAS DE ATRACAMENTO MOLECULAR. 2011. Iniciação Científica - Laboratório Nacional de Computação Científica, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Laurent Emmanuel Dardenne.

7.
Cezar Taniguchi Dias Tamer. Metodologias de Superposição de Estruturas de Proteínas. 2008. Iniciação Científica - Laboratório Nacional de Computação Científica, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Laurent Emmanuel Dardenne.

8.
Damásio Antônio Alves Ferreira. DESENVOLVIMENTO DO PORTAL MHOLline: SISTEMA COMPUTACIONAL PARA MODELAGEM COMPARATIVA EM GENÔMICA ESTRUTURAL. 2006. Iniciação Científica - Laboratório Nacional de Computação Científica, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Laurent Emmanuel Dardenne.

Orientações de outra natureza
1.
Lucas de Azevedo Vizani. Análise de Desempenho do Programa DockThor e Estudos de Triagem Virtual de Fármacos na Enzima MAPKp38. 2015. Orientação de outra natureza - Laboratório Nacional de Computação Científica, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Laurent Emmanuel Dardenne.

2.
Diogo Marinho Almeida. Desenvolvimento de um Ambiente |Computacional para Triagem Virtual de Ligantes em Larga Escala. 2011. Orientação de outra natureza - Laboratório Nacional de Computação Científica, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Laurent Emmanuel Dardenne.



Inovação



Patente
1.
 CESCHI, M. A. ; CAMPO, L. F. ; GONCALVES, C. A. S. ; KONRATH, E. L. ; COSTA, J. S. ; SOUZA, D. F. ; LOPES, J. P. B. ; CAMARA, V. S. ; DARDENNE, L. E. ; Guedes, I.A. ; KARL, A. L. M. . MOLÉCULAS COM NÚCLEO HÍBRIDO, COMPOSIÇÃO FARMACÊUTICA, PROCESSO DE SÍNTESE E SEUS USOS. 2015, Brasil.
Patente: Privilégio de Inovação. Número do registro: BR1020150326858, título: "MOLÉCULAS COM NÚCLEO HÍBRIDO, COMPOSIÇÃO FARMACÊUTICA, PROCESSO DE SÍNTESE E SEUS USOS" , Instituição de registro: INPI - Instituto Nacional da Propriedade Industrial. Depósito: 28/12/2015

2.
 CESCHI, M. A. ; Dardenne, Laurent E ; Guedes, I.A. ; KARL, A. L. M. . PCT - MOLÉCULAS COM NÚCLEO HÍBRIDO, COMPOSIÇÃO FARMACÊUTICA, PROCESSO DE SÍNTESE E SEUS USOS. 2016, Brasil.
Patente: Privilégio de Inovação. Número do registro: BR1020150326, título: "PCT - MOLÉCULAS COM NÚCLEO HÍBRIDO, COMPOSIÇÃO FARMACÊUTICA, PROCESSO DE SÍNTESE E SEUS USOS" , Instituição de registro: INPI - Instituto Nacional da Propriedade Industrial. Depósito PCT: 21/12/2016

3.
 CESCHI, M. A. ; CAMARA, V. S. ; SOARES, A. J. ; SALLES, C. M. C. ; DARDENNE, LAURENT E. ; Guedes, I.A. . M OLÉCULA H ÍBRIDA C ONTENDO N ÚCLEOS I MIDAZÓLICOS , A RÍLICOS E B ENZÍLICOS , C OMPOSIÇÃO F ARMACÊUTICA , P ROCESSO DE S ÍNTESE E SEUS U SOS. 2017, Brasil.
Patente: Privilégio de Inovação. Número do registro: BR1020170276074, título: "M OLÉCULA H ÍBRIDA C ONTENDO N ÚCLEOS I MIDAZÓLICOS , A RÍLICOS E B ENZÍLICOS , C OMPOSIÇÃO F ARMACÊUTICA , P ROCESSO DE S ÍNTESE E SEUS U SOS" , Instituição de registro: INPI - Instituto Nacional da Propriedade Industrial. Depósito: 20/12/2017

4.
 CESCHI, M. A. ; LUDTKE, D. ; LOPES, J. P. B. ; SILVA, L. ; FRANARIN, G. C. ; SALLES, C. M. C. ; DARDENNE, LAURENT E. ; Guedes, I.A. . M OLÉCULA H ÍBRIDA C ONTENDO N ÚCLEOS L OFINA E D ERIVADOS DE C ARBOIDRATOS , C OMPOSIÇÃO F ARMACÊUTICA , P ROCESSO DE S ÍNTESE E SEUS U SOS. 2017, Brasil.
Patente: Privilégio de Inovação. Número do registro: BR1020170276082, título: "M OLÉCULA H ÍBRIDA C ONTENDO N ÚCLEOS L OFINA E D ERIVADOS DE C ARBOIDRATOS , C OMPOSIÇÃO F ARMACÊUTICA , P ROCESSO DE S ÍNTESE E SEUS U SOS" , Instituição de registro: INPI - Instituto Nacional da Propriedade Industrial. Depósito: 20/12/2017

5.
 CESCHI, M. A. ; LUDTKE, D. ; LOPES, J. P. B. ; SILVA, L. ; FRANARIN, G. C. ; SALLES, C. M. C. ; DARDENNE, LAURENT E. ; Guedes, I.A. . M OLÉCULA H ÍBRIDA C ONTENDO N ÚCLEOS T ACRINA E D ERIVADOS DE C ARBOIDRATOS , C OMPOSIÇÃO F ARMACÊUTICA , P ROCESSO DE S ÍNTESE E SEUS U SOS. 2017, Brasil.
Patente: Privilégio de Inovação. Número do registro: BR1020170276090, título: "M OLÉCULA H ÍBRIDA C ONTENDO N ÚCLEOS T ACRINA E D ERIVADOS DE C ARBOIDRATOS , C OMPOSIÇÃO F ARMACÊUTICA , P ROCESSO DE S ÍNTESE E SEUS U SOS" , Instituição de registro: INPI - Instituto Nacional da Propriedade Industrial. Depósito: 20/12/2017


Programa de computador registrado
1.
MAGALHÃES, Camila Silva de ; ALMEIDA, D. M. ; BARBOSA, Hélio José Correa ; Dardenne, Laurent E . Dockthor. 2012.
Patente: Programa de Computador. Número do registro: 13318-3, data de registro: 01/03/2012, título: "Dockthor" , Instituição de registro: INPI - Instituto Nacional da Propriedade Industrial.

2.
CUSTÓDIO, Fábio Lima ; DARDENNE, L. E. ; DOSSANTOS, K. B. . Profrager. 2012.
Patente: Programa de Computador. Número do registro: 13315-4, data de registro: 01/03/2012, título: "Profrager" , Instituição de registro: INPI - Instituto Nacional da Propriedade Industrial.

3.
Dardenne, Laurent E; CUSTÓDIO, Fábio Lima ; BARBOSA, Hélio José Correa . GAPF - Genetic Algorithm for Protein Folding. 2012.
Patente: Programa de Computador. Número do registro: 13317-1, data de registro: 01/03/2012, título: "GAPF - Genetic Algorithm for Protein Folding" , Instituição de registro: INPI - Instituto Nacional da Propriedade Industrial.


Programa de computador sem registro
1.
Dardenne, L.E.; DE MAGALHAES, C S ; ALMEIDA, D. M. ; BARBOSA, Hélio José Correa ; Guedes, I.A. ; KREMPSER, E. . Portal Dockthor. 2013.

2.
SANTOS, K. B. ; CUSTODIO, Fausto Lima ; Dardenne, L.E. . Portal Profrager. 2012.



Educação e Popularização de C & T



Apresentações de Trabalho
1.
Dardenne, L.E.. Moléculas da Vida (DNA e Proteínas). 2012. (Apresentação de Trabalho/Seminário).




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