Currículo do Sistema de Currículos Lattes (Ney Lemke)

Ney Lemke
Bolsista de Produtividade em Pesquisa do CNPq - Nível 2

Ney Lemke was born in Porto Alegre, Brazil, in 1969. He received the Physics degree and the Ph.D. degree from the Universidade Federal do Rio Grande do Sul in 1990 and 1997, respectively. He made his Sandwich-Phd under the supervision of Ian A. Campbell at Université Paris Sud at Orsay -France in 1995. Since 2005, Lemke serves as full Professor at Instituto de Biociências-Unesp. Since 2007, Lemke is Member of Núcleo de Computação Científica at Unesp where he is in charge of defining and implementing policies for helping users to access GridUnesp facilities. He participates on General Biology and Genetics graduate programs at Unesp. He is president of the Information Technology Committee at Instituto de Biociências Unesp. He is Member of the Brazilian Physical Society and Brazilian Bioinformatics and Computational Biology Society and a Former Junior Associate at ICTP. He is editor of ISRN Bioinformatics. His research interests include Bioinformatics, Complex Networks, High Performance Computing and Complex Systems.
(Texto informado pelo autor)

Última atualização do currículo em 13/12/2011
Endereço para acessar este CV:
http://lattes.cnpq.br/7977035910952141

Dados pessoais

Nome	Ney Lemke
Nome em citações bibliográficas	LEMKE, N.;Lemke, Ney
Sexo	Masculino

Endereço profissional

Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, Instituto de Biociências, Departamento de Física e Biofísica.
Dist. Rubião Jr.
Rubião Jr.
18618-000 - Botucatu, SP - Brasil - Caixa-Postal: 510
Telefone: (14) 38116346 Ramal: 213 Fax: (14) 38116346
URL da Homepage: www.unesp.br

Formação acadêmica/Titulação

2011

Livre-docência.
Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, UNESP, Brasil.
Título: Construção, caracterização local e global de redes biológicas, Ano de obtenção: 2011.
Palavras-chave: Biologia Sistemica; Redes Complexas; Sistemas Complexos; inteligência artificial.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Bioquímica dos Microorganismos.

1993 - 1997

Doutorado em Física .
Universidade Federal do Rio Grande do Sul, UFRGS, Brasil.
Título: Simulação numérica de sistemas complexos, Ano de Obtenção: 1997.
Orientador:

Rita Maria Cunha de Almeida.
Palavras-chave: Vidros de Spin; Simulação de Monte Carlo; Redes Neurais; Sistemas Desordenados.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Física / Subárea: Física da Matéria Condensada / Especialidade: Equação de Estado, Equilíbrio de Fases e Transições de Fase.
Setores de atividade: Outros Setores.

1991 - 1993

Mestrado em Física .
Universidade Federal do Rio Grande do Sul, UFRGS, Brasil.
Título: Crescimento e Forma de Agregados em Rotação, Ano de Obtenção: 1993.
Orientador:

Rita Maria Cunha de Almeida.
Bolsista do(a): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico ,CNPq ,Brasil .
Palavras-chave: Fractais; Agregados de partículas; Simulação.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Física / Subárea: Física da Matéria Condensada.
Setores de atividade: Outros Setores.

1987 - 1991

Graduação em Física .
Universidade Federal do Rio Grande do Sul, UFRGS, Brasil.

Formação complementar

2007 - 2007

Programa de Capacitação do banco de Avaliadores d. (Carga horária: 32h).
Sistema Nacional de Avaliadores.

2002 - 2002

Extensão universitária em Fundamentos de Biologia Molecular Para a Bioinform. (Carga horária: 40h).
Universidade do Vale do Rio dos Sinos, UNISINOS, Brasil.

1980 - 1984

Básico de Inglês.
Instituto Cultural Brasileiro Norte Americano.

Atuação profissional

Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, UNESP, Brasil.

Vínculo institucional

2006 - Atual

Vínculo: Celetista, Enquadramento Funcional: Professor Adjunto, Carga horária: 40

Atividades

08/2011 - Atual	Conselhos, Comissões e Consultoria, Instituto de Biociências, .
	Cargo ou função Comissão de Estudos para Reestruturação do Curso de Física Médica.

02/2011 - Atual	Conselhos, Comissões e Consultoria, Instituto de Biociências, .
	Cargo ou função Presidente Comissão de Informática.

10/2009 - Atual	Conselhos, Comissões e Consultoria, Instituto de Biociências, .
	Cargo ou função Representante Docente junto á comissão permanente de Pesquisa na área de Exatas.

03/2009 - Atual	Ensino, Ciencias Biologicas (Genetica), Nível: Pós-Graduação.
	Disciplinas ministradas Bioinformática

03/2009 - Atual	Ensino, Biologia Geral e Aplicada, Nível: Pós-Graduação.
	Disciplinas ministradas Bioinformática

03/2009 - Atual	Ensino, Física Médica, Nível: Graduação.
	Disciplinas ministradas Eletromagnetismo Mecânica Clássica

11/2008 - Atual	Direção e administração, Núcleo de Conputação Científica-GridUnesp, .
	Cargo ou função Membro do Conselho de Gestão Científica.

08/2007 - Atual	Atividades de Participação em Projeto, Instituto de Biociências, Departamento de Física e Biofísica.
	Projetos de pesquisa Caracterização e Simulação de Redes Biológicas

10/2006 - Atual	Atividades de Participação em Projeto, Instituto de Biociências, Departamento de Física e Biofísica.
	Projetos de pesquisa Caracterização e Simulação de Redes Biológicas Integradas

4/2006 - Atual	Pesquisa e desenvolvimento , Instituto de Biociências, Departamento de Física e Biofísica.
	Linhas de pesquisa Física das Proteínas Redes Biológicas

2010 - 2012	Atividades de Participação em Projeto, Instituto de Biociências, .
	Projetos de pesquisa Aprendizado de Máquina em Biologia Molecular de Sistemas

07/2011 - 12/2011	Ensino, Física Médica, Nível: Graduação.
	Disciplinas ministradas Mecânica Clássica Eletromagnetismo

03/2011 - 07/2011	Ensino, Física Médica, Nível: Graduação.
	Disciplinas ministradas Termodinâmica e Mecânica Estatística Mecânica Quântica

07/2010 - 12/2010	Ensino, Física Médica, Nível: Graduação.
	Disciplinas ministradas Eletromagnetismo Mecânica Clássica

07/2009 - 12/2010	Ensino, Física Médica, Nível: Graduação.
	Disciplinas ministradas Mecânica Quântica Termodinâmica e Mecânica Estatísitca

02/2008 - 12/2010	Conselhos, Comissões e Consultoria, Instituto de Biociências, .
	Cargo ou função Membro da Comissão de Informática.

03/2010 - 07/2010	Ensino, Física Médica, Nível: Graduação.
	Disciplinas ministradas Radiobiologia Termodinâmica e Mecânica Estatística Eletromagnetismo

03/2010 - 07/2010	Ensino, Biologia Geral e Aplicada, Nível: Pós-Graduação.
	Disciplinas ministradas Bioinformática

03/2010 - 07/2010	Ensino, Genética, Nível: Pós-Graduação.
	Disciplinas ministradas Bioinformática

08/2008 - 12/2008	Ensino, Física Médica, Nível: Graduação.
	Disciplinas ministradas Física Computacional Mecânica Quântica Termodinâmica e Mecânica Estatística

01/2008 - 12/2008	Extensão universitária , Instituto de Biociências, Departamento de Física e Biofísica.
	Atividade de extensão realizada Relator Projeto de Extensão.

03/2008 - 07/2008	Ensino, Física Médica, Nível: Graduação.
	Disciplinas ministradas Eletromagnetismo Mecânica Clássica

09/2006 - 12/2006	Ensino, Nível: Outro.
	Disciplinas ministradas Curso de Extensão Universitária "Linux para Cientistas"

Universidade do Vale do Rio dos Sinos, UNISINOS, Brasil.

Vínculo institucional

1997 - 2006

Vínculo: Celetista, Enquadramento Funcional: Professor Adjunto, Carga horária: 40

Atividades

3/2005 - 3/2006	Atividades de Participação em Projeto, Programa Interdisciplar de Computação Aplicada, .
	Projetos de pesquisa Propriedades Topológicas de Redes Biológicas Bioinformática: simulação computacional de metabolismo e modelagem de proteínas

8/2004 - 3/2006	Atividades de Participação em Projeto, Programa Interdisciplar de Computação Aplicada, .
	Projetos de pesquisa Modelagem e simulação em biologia computacional e bioinformática

3/2003 - 3/2006	Atividades de Participação em Projeto, Programa Interdisciplar de Computação Aplicada, .
	Projetos de pesquisa Red de Coopererácion Euro-Americana para el uso de las Tecnologias de la Information y las Comunicacionoes en la Ensananza de las Ciencias

06/2000 - 1/2006	Ensino, Pip/CA, Nível: Pós-Graduação.
	Disciplinas ministradas Sistemas Complexos Sistemas Dinâmicos Fundamentos Matemáticos

2/2000 - 1/2006	Ensino, Ciência da Computação, Nível: Graduação.
	Disciplinas ministradas Matemática para Computação Teoria da Informação

2/1999 - 1/2006	Pesquisa e desenvolvimento , Centro de Ciências Exatas e Tecnológicas, .
	Linhas de pesquisa Computação Científica

8/1997 - 1/2006	Ensino, Licenciatura Em Física, Nível: Graduação.
	Disciplinas ministradas Teoria Eletromagnética Física Geral para Matemática Mecânica e Ondas A Estado Sólido Simulação I Simulação II Evolução Conceitual da Física

8/1997 - 1/2006	Ensino, Licenciatura Em Matemática, Nível: Graduação.
	Disciplinas ministradas Cálculo A Matemática Fundamental Cálculo B

8/2003 - 7/2005	Conselhos, Comissões e Consultoria, Conselho Universitário, .
	Cargo ou função Membro de colegiado superior.

8/2003 - 7/2005	Conselhos, Comissões e Consultoria, Conselho Universitário, Câmara de Pós-Graduação, Pesquisa e Extensão.
	Cargo ou função Membro de colegiado superior.

3/2003 - 3/2005	Atividades de Participação em Projeto, Programa Interdisciplar de Computação Aplicada, .
	Projetos de pesquisa Dinâmica lenta e topologia do espaço de fase de sistemas complexos

5/2002 - 5/2004	Conselhos, Comissões e Consultoria, Pró-Reitoria de Ensino e Pesquisa, Diretoria de Pesquisa.
	Cargo ou função Comitê Local de seleção de projetos e bolsistas PIBIC.

1/2002 - 1/2004	Atividades de Participação em Projeto, Programa Interdisciplar de Computação Aplicada, .
	Projetos de pesquisa Identificação de proteínas alvo do Mycoplasma hyopneumoniae através da estrutura topológica da rede metabólica Anahí: desenvolvimento de um ambiente de programação de alto desempenho

8/2000 - 8/2002	Atividades de Participação em Projeto, Programa Interdisciplar de Computação Aplicada, .
	Projetos de pesquisa Dinâmica não linear e suas aplicações no reconhecimento de padrões em séries temporais Laboratório de Informática para Matemática e Física *

8/2000 - 7/2002	Conselhos, Comissões e Consultoria, Centro de Ciências Exatas e Tecnológicas, Conselho do Centro de Ciências Exatas e Tecnológicas.
	Cargo ou função Membro de colegiado superior.

1/2000 - 3/2002	Atividades de Participação em Projeto, Programa Interdisciplar de Computação Aplicada, .
	Projetos de pesquisa Simulação da dinâmica de sistemas complexos utilizando computadores de arquitetura paralela

3/2000 - 12/2001	Atividades de Participação em Projeto, .
	Projetos de pesquisa Dinâmica e ordem em sistemas fortemente acoplados

1/1998 - 2001	Atividades de Participação em Projeto, Centro de Ciências Exatas e Tecnológicas, Área de Conhecimento e Aplicação de Física.
	Projetos de pesquisa Aplicação de sistemas complexos auto-adaptativos em reconhecimento, controle e otimização

8/1998 - 12/2000	Pesquisa e desenvolvimento , Centro de Ciências Exatas e Tecnológicas, Sub-Comitê da Área de Conhec. e Aplic. de Física.
	Linhas de pesquisa Computação Científica

1/2000 - 1/2000	Extensão universitária , Centro de Ciências Exatas e Tecnológicas, Instituto de Informática.
	Atividade de extensão realizada Introdução ao Linux.

12/1999 - 12/1999	Extensão universitária , Centro de Ciências Exatas e Tecnológicas, Instituto de Informática.
	Atividade de extensão realizada Introdução ao Linux.

10/1999 - 11/1999	Extensão universitária , Centro de Ciências Exatas e Tecnológicas, Instituto de Informática.
	Atividade de extensão realizada Introdução ao l Linux.

6/1999 - 6/1999	Extensão universitária , Centro de Ciências Exatas e Tecnológicas, Área de Conhecimento e Aplicação de Matemática.
	Atividade de extensão realizada Introdução ao mathematica 3.0.

5/1999 - 5/1999	Extensão universitária , Centro de Ciências Exatas e Tecnológicas, Área de Conhecimento e Aplicação de Matemática.
	Atividade de extensão realizada Introdução ao Mathematica 3.0.

Linhas de Pesquisa

Computação Científica

Objetivos: Visa à geração de conhecimento científico, básico ou aplicado, mediante o desenvolvimento de metodologias de modelagem e simulação, fundamentadas em princípios físicos e matemáticos, para a análise de problemas em ciências naturais..
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Física / Subárea: Física da Matéria Condensada.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Física / Subárea: Física dos Fluídos, Física de Plasmas e Descargas Elétricas.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Física / Subárea: Física das Partículas Elementares e Campos.
Palavras-chave: Simulação Monte Carlo; Sistemas Desordenados; Transição de Fase; Vidros de Spin.

2.	Computação Científica

3.	Física das Proteínas

4.	Redes Biológicas

Projetos de Pesquisa

2010 - 2012

Aprendizado de Máquina em Biologia Molecular de Sistemas

Descrição: O desenvolvimento de técnicas de alta produção de dados está transformando a biologia em uma disciplina rica em dados. Neste projeto nós consideramos redes biológicas integradas que incluem interações gênicas envolvendo metabolismo regulação e interação proteína-proteína. Nós iremos desenvolver ferramentas de aprendizado de máquina que utilizarão informações topológicas integradas com dados de expressão, localização celular e organização dos genomas para extrair informações biológicas relevantes tais como alvos para drogas e genes morbidos em humanos ou ainda genes essenciais para bacterias. Nós também iremos investigar a estrutura de comunidades e procurar por motivos topológicos visando compreender a organização topológica de larga escala das células biológicas..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação ( 2) / Especialização ( 0) / Mestrado acadêmico ( 2) / Mestrado profissionalizante ( 0) / Doutorado ( 1) .
Integrantes: Marcio Luis Acencio - Integrante / Luiz Augusto Bovolenta - Integrante / Pedro Rafael Costa - Integrante / Ney Lemke - Coordenador.

Número de produções C, T & A: 4.

2007 - 2009

Caracterização e Simulação de Redes Biológicas

Descrição: O desenvolvimento de técnicas biomoleculares capazes de realizar experimentos de larga escala envolvendo diferentes aspectos do comportamento celular vem gerando uma impressionante massa de dados que demandam novas técnicas de análise. Este projeto tem por objetivo construir, caracterizar e simular redes biológicas integradas que incluem informação sobre metabolismo, interação proteína-proteína e regulação. As análises utilizarão diferentes ferramentas de inteligência artificial e de simulação, entre elas: árvores de decisão, dinâmica molecular e redes bayseana visando predizer essencialidade de genes, atribuir funções para genes sem função conhecida ou ainda bons alvos para drogas..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação ( 5) / Doutorado ( 1) .
Integrantes: Marcio Luis Acencio - Integrante / Guilherme Germek - Integrante / Tiago Felipe Andrade - Integrante / Luiz Augusto Bovolenta - Integrante / Pedro Rafael Costa - Integrante / Ney Lemke - Coordenador.
Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
Número de produções C, T & A: 2 / Número de orientações: 4.

2006 - 2008

Caracterização e Simulação de Redes Biológicas Integradas

Descrição: Neste projeto nos propomos a investigar as redes biológicas que envolvem o funcionamento orquestrado de complexas redes de interação de proteínas com outras proteínas, com o DNA e o com o RNA e finalmente com outros compostos químicos de menor massa molecular. Uma vez construídas as redes integradas nos valemos de ferramentas computacionais oriundas da inteligência artificial e da estatística para obter informações de interesse biológico com base em dados disponíveis em bancos de dados públicos. Os objetivos que visamos são: propor metodologias que permitam determinar a essencialidade dos genes e a função de genes com função desconhecida..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação ( 4) / Doutorado ( 1) .
Integrantes: Marcio Luis Acencio - Integrante / Guilherme Germek - Integrante / Tiago Felipe Andrade - Integrante / Luiz Augusto Bovolenta - Integrante / Pedro Rafael Costa - Integrante / Ney Lemke - Coordenador.
Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.
Número de produções C, T & A: 3 / Número de orientações: 4.

2005 - 2006

Propriedades Topológicas de Redes Biológicas

Descrição: Neste projeto nos propomos a investigar redes biológicas que envolvem o funcionamento orquestrado de complexas redes de interação de proteínas com outras proteínas, com o DNA e o com o RNA e finalmente com outros compostos químicos de menor massa molecular. Projeto vinculado a Bolsa de Produtividade em Persquisa CNPq nível II..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação ( 0) / Especialização ( 0) / Mestrado acadêmico ( 0) / Mestrado profissionalizante ( 0) / Doutorado ( 0) .
Integrantes: Ney Lemke - Coordenador.
.

2005 - 2006

Bioinformática: simulação computacional de metabolismo e modelagem de proteínas

Descrição: Objetivos: 1. Reconstruir a rede de reações bioquímicas do fungo Crinipellis perniciosa; 2. Determinar alvos enzimáticos para drogas ou vacinas deste organismo; 3. Melhorar a exatidão na previsão da estrutura tridimensional de proteínas através de modelos de Aprendizado de Máquina, principalmente para proteínas transmembrana; 4. Determinação da estrutura tridimensional de proteínas transmembrana, da classe de transportadoras ABC do C. perniciosa; 5. Validar o conhecimento e previsões dos modelos de Aprendizado de Máquina através da dinâmica molecular; 6. Determinação da superfície da proteína e de possibilidades de interação com metabólitos; 7. Caracterizar funções de correlação entre seqüência de nucleotídeos, visando determinar regiões codificantes, periodicidades e outras propriedades do código genético..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação ( 6) / Especialização ( 0) / Mestrado acadêmico ( 3) / Mestrado profissionalizante ( 0) / Doutorado ( 0) .
Integrantes: José Carlos Merino Mombach - Integrante / Adelmo Luis Cechin - Integrante / Günther Johannes Lewczuk Gerhardt - Integrante / Sergio Echeverrigaray - Integrante / Ana Paula Longaray Delamare - Integrante / Gonçalo Amarante Guimarães Pereira - Integrante / Ney Lemke - Coordenador.
Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro / Universidade de Caxias do Sul - Cooperação / Universidade Estadual de Campinas - Cooperação..

2004 - 2006

Modelagem e simulação em biologia computacional e bioinformática

Descrição: Neste projeto nos propomos a investigar sistemas biológicos em três escalas diferentes, mas mesmo assim relacionadas. Inicialmente iremos investigar as proteínas visando determinar sua estrutura tridimensional e caracterizar seu comportamento dinâmico. O segundo nível é o das redes biológicas que envolvem o funcionamento orquestrado de complexas redes de interação de proteínas com outras proteínas, com o DNA e o com o RNA e finalmente com outros compostos químicos de menor massa molecular. O último nível que vamos estudar é o de interação entre células, onde esperamos investigar a morfologia de agregados celulares e em especial a relação entre sua forma e modelos metabólicos das células. ..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação ( 2) / Especialização ( 0) / Mestrado acadêmico ( 5) / Mestrado profissionalizante ( 0) / Doutorado ( 0) .
Integrantes: José Carlos Merino Mombach - Integrante / Adelmo Luis Cechin - Integrante / Fernando Haas - Integrante / Ney Lemke - Coordenador.
Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro / Hewlett Packard - Cooperação / Universidade de Caxias do Sul - Cooperação.
Número de produções C, T & A: 14 / Número de orientações: 7.

2003 - 2006

Red de Coopererácion Euro-Americana para el uso de las Tecnologias de la Information y las Comunicacionoes en la Ensananza de las Ciencias

Descrição: O objetivo principal deste projeto de pesquisa é a proposição de novas metodologias para o ensino de Física e Matemática. Estas metodologias em geral se utilizam de computadores para facilitar a visualização dos fenômenos físicos. .
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação ( 0) / Especialização ( 0) / Mestrado acadêmico ( 0) / Mestrado profissionalizante ( 0) / Doutorado ( 0) .
Integrantes: Ney Lemke - Coordenador.
.

2003 - 2005

Dinâmica lenta e topologia do espaço de fase de sistemas complexos

Descrição: Sistemas complexos são formados por muitas unidades interagentes e possuem comportamento emergente, ou seja suas propriedades não podem ser diretamente auferidas do comportamento de suas partes. Ainda que não exista uma teoria unificada para tratar destes sistemas, existe uma crescente evidência de que o comportamento dos sistemas complexos seja universal - não depende dos detalhes específicos que descrevem um modelo mas apenas de propriedades gerais. Esta teoria está em seus primórdios e mesmo questões fundamentais como a definição precisa de termos como complexidade ou emergência ainda não foram estabelecidos. Para podermos compreender o comportamento destes sistemas em geral se faz uso de simulações numéricas, que devido a natureza do problema podem ser implementadas de forma eficiente em computadores de arquitetura paralela. O objetivo deste projeto é simular diversos sistemas de interesse em pesquisa básica como sistemas desordenados (vidros de spin e grafos aleatórios), sistemas complexos auto-adaptativos (algoritmos genéticos) e a simulação do comportamento de moléculas de DNA em solução usando computadores de arquitetura paralela. Para este fim dispomos de uma máquina paralela formada por dois computadores Pentium bi-processados interligados por uma placa de rede formando um agregado. Do ponto de vista tecnológico o conhecimento adquirido com este projeto poderá ser repassado para as empresas participantes do pólo de informática da Unisinos que necessitem de computadores de alto desempenho e baixo custo. Além disto a máquina será utilizado como ferramenta de ensino no programa de Computação Aplicada da Unisinos e nos cursos de graduação de Física e Informática. Projeto vinculado a bolsa em Produtividade em Pesquisa CNPq. .
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação ( 2) / Especialização ( 0) / Mestrado acadêmico ( 1) / Mestrado profissionalizante ( 0) / Doutorado ( 0) .
Integrantes: Ney Lemke - Coordenador.
Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa / Universidade Federal do Rio Grande do Sul - Cooperação.
Número de produções C, T & A: 5 / Número de orientações: 2.

2002 - 2004

Identificação de proteínas alvo do Mycoplasma hyopneumoniae através da estrutura topológica da rede metabólica

Descrição: O principal objetivo desse projeto é integrar os esforços de diferentes grupos de pesquisa do estado do Rio Grande do Sul para estabelecimento de infraestrutura, treinamento de recursos humanos e desenvolvimento de pesquisa em bioinformática. As seguintes instituições participam desse projeto: Centro de Biotecnologia do Estado do Rio Grande do Sul (CBiot), UFRGS Centro de Ciências Exatas e Tecnológicas, Programa Interdisciplinar de Pós-Graduação em Computação Aplicada - PIPCA, Universidade do Vale do Rio dos Sinos (UNISINOS) Faculdade de Informática - Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul (PUCRS) Instituto de Biociências, UFRGS Instituto de Informática, Universidade Federal do Rio Grande do Sul (UFRGS) Um dos objetivos do projeto é a implementação do Laboratório de Bioinformática previsto no Projeto Rede Sul de Análise de Genomas e Biologia Estrutural - Rede PIGS. O projeto Rede Sul de Análise de Genomas e Biologia Estrutural tem como objetivo implementar a infra-estrutura e capacitar recursos humanos na área de Genômica nos Estados do Rio Grande do Sul, Santa Catarina e Paraná. No escopo deste projeto, será estabelecido um Laboratório de Bioinformática responsável pela implementação da Rede virtual, formação de recursos humanos e que desenvolverá pesquisas na área. O Laboratório de Bioinformática terá como objetivo coordenar as ações relacionadas ao processamento e análise das informações derivadas do seqüenciamento de genomas pela Rede PIGS. As informações geradas pelos projetos de seqüenciamento de genomas podem ser utilizadas das mais diversas formas. Um delas analisa a topologia dos mapas metabólicos dos organismos. As rotas (mapas) metabólicas têm um papel central na sustentação de funções celulares. Estes redes são formadas por nós, os substratos, que estão ligados uns aos outros através de conexões que são as reações metabólicas propriamente ditas. Através da análise dessas informações é possível indicar proteínas alvo (e rotas metaból.
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação ( 1) / Especialização ( 0) / Mestrado acadêmico ( 1) / Mestrado profissionalizante ( 0) / Doutorado ( 0) .
Integrantes: José Carlos Merino Mombach - Integrante / Ney Lemke - Coordenador.
Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro / Universidade Federal do Rio Grande do Sul - Cooperação.
Número de produções C, T & A: 3.

2002 - 2004

Anahí: desenvolvimento de um ambiente de programação de alto desempenho

Descrição: O Processamento de Alto Desempenho (PAD) é utilizado como uma ferramenta de exploração de arquiteturas multiprocessadoras de computadores por diversas áreas do conhecimento (engenharias, matemática, química, física, etc.). Esta forma de processamento faz uso da programação concorrente nas suas diversas formas- paralela ou distribuída e threads- com o objetivo de obter ganhos de desempenho na execução de programas. Neste contexto, obter bons índices de desempenho sem que o conforto de programação seja afetado é um problema real: o programador, habituado às linguagens seqüenciais, costuma abstrair as características do hardware. Um tal nível de abstração não é possível ao serem utilizadas ferramentas convencionais de PAD. Neste projeto, busca-se uma solução a este problema: implementar um suporte de execução dotado de mecanismos capazes de abstrair ao programador as características da arquitetura utilizada. O enfoque é dado ao uso do balanceamento de carga, empregado para gerenciar os recursos do hardware (processadores, memórias, etc.), em função das tarefas definidas pela aplicação. Especial interesse é dado ao balanceamento de carga de aplicações irregulares. Este tema de pesquisa é atual e encontram-se diferentes ambientes sendo modelados em abordagens próximas, como Cilk, Jade e Athapascan, além dos inúmeros trabalhos em balanceamento de carga. Com base nos resultados já obtidos por outros estudos, definir-se-á um protótipo de um ambiente de PAD que conte com uma interface de programação confortável e um suporte executivo no qual sejam implementandas políticas de balanceamento de carga aplicativo. Abordar-se-ão, assim, dois aspectos: um prático, com problemas ligados à implementação do ambiente, e um de pequisa de base, ligado ao balanceamento de carga aplicativo. Salienta-se o interesse em pesquisa nesta área, devido à complementação que o conhecimento adquirido pode representar aos cursos tanto da Graduação como do Mestrado em Informática..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação ( 3) / Especialização ( 0) / Mestrado acadêmico ( 0) / Mestrado profissionalizante ( 0) / Doutorado ( 0) .
Integrantes: Gerson Geraldo Homrich Cavalheiro - Integrante / Ney Lemke - Coordenador.
Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro..

2000 - 2002

Dinâmica não linear e suas aplicações no reconhecimento de padrões em séries temporais

Descrição: Este projeto trata da aplicabilidade das teorias da Dinâmica Não-Linear e dos Sistemas Dinâmicos em geral, notadamente os caóticos, no reconhecimento de padrões em séries temporais experimentais e/ou observacionais. As séries temporais provenientes desses regimes guardam informações concernentes às suas leis subjacentes, que podem ser inferidas a partir dessas séries. Mais especificamente, pretende-se usar invariantes topológicos (como expoentes de Lyapunov, dimensões de imersão e dos atratores associados e variedades (instáveis e estáveis), etc.) associados às órbitas no reconhecimento de padrões dinâmicos em séries temporais. Igualmente, pretende-se estudar a viabilidade da aplicação de dinâmicas caóticas determinísticas e sua complexidade intrínseca na geração de algoritmos geradores de chaves em processos de criptografia. O estudo apoiar-se-á no uso da teoria dos sistemas dinâmicos, bem como em experimentos computacionais baseados em sistemas dinâmicos clássicos (logístico, triangular, de Henon, de Lorenz, etc.), seguido do seu uso em séries temporais experimentais. No que concerne à aplicação na criptografia, basear-se-á principalmente nas ferramentas da teoria dos sistemas dinâmicos discretos (dinâmica simbólica, transitividade topológica, entropias, etc). O projeto se insere no Programa Interdisciplinar de Pós-Graduação em Computação Aplicada - PIP/CA (Mestrado), do Centro de Ciências Exatas e Tecnológicas, na área de Processamento Gráfico e de Sinais. Poderá, também, contribuir nas áreas de Redes de Computadores e Sistemas Distribuídos, dada a sua aplicabilidade na área da Criptologia, amplamente utilizada em comércio eletrônico (Schneier 1996, Stallings 1998) e Computação Científica..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação ( 2) / Especialização ( 0) / Mestrado acadêmico ( 0) / Mestrado profissionalizante ( 0) / Doutorado ( 0) .
Integrantes: José Carlos Merino Mombach - Integrante / Bardo Bodman - Integrante / Luis Paulo Luna de Oliveira - Coordenador / Marcelo Sobottka - Integrante / Rafael Rigao Souza - Integrante / Rogerio Ricardo Steffenon - Integrante / Ney Lemke - Integrante.
.

2000 - 2002

Laboratório de Informática para Matemática e Física *

Descrição: O projeto de pesquisa se concentrou no desenvolvimento de material didático para auxiliar no aprendizado de conceitos básicos das disciplinas de física e matemática. Concentramo-nos em duas áreas distintas: ensino de cálculo e de conceitos básicos de mecânica clássica e eletromagnetismo. O programa para o ensino de cálculo "WebCalculus" é uma ferramenta que permite aos alunos aprender através de exercícios gerados de forma aleatória a calcular derivadas. O sistema mantém um registro e realiza um leventamento estatísco sobre o desempenho dos usuários. Na área de ensino de Física - mecância e eletricidade - foram criados dois hipertextos integrando experimentos virtuais com simulações do movimento de partículas carregadas no interior de condutores e do rolamento sobre rampas. Estamos finalizando um terceiro hipertexto que apresenta os conceitos fundamentais sobre colisões de partículas..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação ( 4) / Especialização ( 0) / Mestrado acadêmico ( 0) / Mestrado profissionalizante ( 0) / Doutorado ( 0) .
Integrantes: João Goedert - Integrante / Ileana Greca - Integrante / Gabriel Simon - Integrante / Ney Lemke - Coordenador.
Financiador(es): Universidade Federal do Rio Grande do Sul - Cooperação.Número de orientações: 1.

2000 - 2002

Simulação da dinâmica de sistemas complexos utilizando computadores de arquitetura paralela

Descrição: Sistemas complexos são formados por muitas unidades interagentes e possuem comportamento emergente, ou seja suas propriedades não podem ser diretamente auferidas do comportamento de suas partes. Ainda que não exista uma teoria unificada para tratar destes sistemas, existe uma crescente evidência de que o comportamento dos sistemas complexos seja universal - não depende dos detalhes específicos que descrevem um modelo mas apenas de propriedades gerais. Esta teoria está em seus primórdios e mesmo questões fundamentais como a definição precisa de termos como complexidade ou emergência ainda não foram estabelecidos. Para podermos compreender o comportamento destes sistemas em geral se faz uso de simulações numéricas, que devido a natureza do problema podem ser implementadas de forma eficiente em computadores de arquitetura paralela. O objetivo deste projeto é simular diversos sistemas de interesse em pesquisa básica como sistemas desordenados (vidros de spin e grafos aleatórios), sistemas complexos auto-adaptativos (algoritmos genéticos) e a simulação do comportamento de moléculas de DNA em solução usando computadores de arquitetura paralela. Para este fim dispomos de uma máquina paralela formada por dois computadores Pentium bi-processados interligados por uma placa de rede formando um agregado. Do ponto de vista tecnológico o conhecimento adquirido com este projeto poderá ser repassado para as empresas participantes do pólo de informática da Unisinos que necessitem de computadores de alto desempenho e baixo custo. Além disto a máquina será utilizado como ferramenta de ensino no programa de Computação Aplicada da Unisinos e nos cursos de graduação de Física e Informática..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação ( 4) / Especialização ( 0) / Mestrado acadêmico ( 1) / Mestrado profissionalizante ( 0) / Doutorado ( 0) .
Integrantes: José Carlos Merino Mombach - Integrante / Jefferson Jacob Arenzon - Integrante / Rita Maria Cunha de Almeida - Integrante / Yan Levin - Integrante / I A Campbell - Integrante / Antônio Marinho Pilla Barcellos - Integrante / Gerson Geraldo Homrich Cavalheiro - Integrante / Ney Lemke - Coordenador.
Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa.
Número de produções C, T & A: 6 / Número de orientações: 2.

2000 - 2001

Dinâmica e ordem em sistemas fortemente acoplados

Descrição: A presente proposta de projeto CAPES-COFECUB tem por objetivo possibilitar a cooperação entre o Instituto de Física da Universidade Federal do Rio Grande do Sul (UFRGS) em Porto Alegre e o Laboratoire de Physique des Solides da Université Paris-Sud em Orsay, tanto no plano de intercâmbio científico como no plano de formação de jovens doutores. A área escolhida para a cooperação é a de sistemas complexos e fortemente interagentes, em que os grupos atuantes nas instituições envolvidas têm uma sólida experiência. Por outro lado, as equipes francesa e brasileira contam com pesquisadores cuja história de colaborações resultaram em diversas publicações e formação de doutores (no final do projeto acrescentamos a lista de publicações em cooperação dos últimos cinco anos, e os doutores formados em co-orientação). O produto desta colaboração deve se traduzir em publicações relevantes nas linhas propostas pelo projeto, na formação de alto nível de jovens doutores, bem como na divulgação internacional da pesquisa realizada no país. .
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação ( 0) / Especialização ( 0) / Mestrado acadêmico ( 0) / Mestrado profissionalizante ( 0) / Doutorado ( 0) .
Integrantes: Rita Maria Cunha de Almeida - Integrante / Jeferson Jacob Arenzon - Integrante / José Roberto Iglesias - Integrante / Ney Lemke - Coordenador.
Financiador(es): Universidade Federal do Rio Grande do Sul - Cooperação / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Auxílio financeiro..

1998 - 2001

Aplicação de sistemas complexos auto-adaptativos em reconhecimento, controle e otimização

Descrição: Neste projeto caracterizamos a relaxação lenta que ocorre em processos difusivos em hipercubos parcialmente ocupados resolvendo numericamente a equação mestra (R. M. C. de Almeida, N. Lemke e I. A. Campbell, "Stretched Exponential Relaxation on the Hypercube and the Glass Transition", Eur. Phys. J. B, 18, 513-518, (2000)). Investigamos um modelo de vidro de spin em duas dimensões que possui interações ferromagnéticas entre segundos vizinhos e tipo vidros de spin entre primeiros vizinhos, comprovando através de simulações numéricas que este sistema possui uma transição de fase para temperaturas não nulas (N. Lemke e I. A. Campbell, "Finite temperature phase transition in the two-dimension Randomly Coupled Ferromagnet" , J. Phys.A, 32, 1-13, (1999).). Além disto desenvolvemos uma ferramenta gráfica que permite visualizar a evolução dinâmica de heurísticas genéticas, este ferramenta facilita a escolha de parâmetros que minimizem o tempo computacional para encontrar a solução de problemas de otimização complexa..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação ( 2) / Especialização ( 0) / Mestrado acadêmico ( 0) / Mestrado profissionalizante ( 0) / Doutorado ( 0) .
Integrantes: José Carlos Merino Mombach - Integrante / Bardo Bodman - Integrante / Ney Lemke - Coordenador.
Financiador(es): Universidade Federal do Rio Grande do Sul - Cooperação / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Rio Grande do Sul - Bolsa / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Rio Grande do Sul - Auxílio financeiro.
Número de produções C, T & A: 2 / Número de orientações: 1.

Membro de corpo editorial

2011 - Atual

Periódico: ISRN Bioinformatics

Revisor de periódico

2006 - Atual	Periódico: Bioinformatics (Oxford)
2003 - Atual	Periódico: Physica. A
2009 - Atual	Periódico: Revista Brasileira de Ensino de Física (São Paulo)
2009 - Atual	Periódico: European Journal of Physics (Print)
2010 - Atual	Periódico: BMC Genomics
2011 - Atual	Periódico: TEMA. Tendências em Matemática Aplicada e Computacional

Áreas de atuação

1.	Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Física / Subárea: Física da Matéria Condensada / Especialidade: Equação de Estado, Equilíbrio de Fases e Transições de Fase.
2.	Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Física / Subárea: Física da Matéria Condensada.
3.	Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Física / Subárea: Física da Matéria Condensada / Especialidade: Física Biológica.
4.	Grande área: Ciências Biológicas / Área: Biofísica / Subárea: Biofísica Celular.
5.	Grande área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Bioquímica dos Microorganismos.
6.	Grande área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Biologia Molecular.

Idiomas

Espanhol	Fala Razoavelmente, Lê Bem.
Francês	Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Razoavelmente.
Inglês	Compreende Bem, Fala Razoavelmente, Lê Bem, Escreve Razoavelmente.

Prêmios e títulos

2000	Associado Junior do ICTP, International Center for Theoretical Physics Trieste.

Produção em C,T & A

Produção bibliográfica

Citações

Web of Science
Total de trabalhos26	Total de citações159	Fator H7
Lemke, N Data: 14/12/2010

Artigos completos publicados em periódicos

1.	LEMKE, N. ; Campbell, Ian . Stretched-exponential behavior and random walks on diluted hypercubic lattices. Physical Review. E, Statistical, Nonlinear, and Soft Matter Physics (Print), v. 84, p. 041126, 2011.

2.	COSTA, P. R. ; ACENCIO, M. L. ; LEMKE, N. . A machine learning approach for genome-wide prediction of morbid and druggable human genes based on systems-level data. BMC Genomics, v. 11, p. S9, 2010.

3.	Acencio, Marcio L ; Lemke, Ney . Towards the prediction of essential genes by integration of network topology, cellular localization and biological process information. BMC Bioinformatics, v. 10, p. 290, 2009.

4.	DE ALMEIDA, O. C. P. ; BOVOLENTA, L. A. ; ACENCIO, M. L. ; LEMKE, N. . DESENVOLVIMENTO DE UM BANCO DE DADOS DE FATOR DE TRANSCRIÇÃO HUMANO. Tékhne ε Lógos, v. 1, p. 120-138, 2009.

5.	Cechin, Adelmo L ; Sinigaglia, Marialva ; LEMKE, N. ; Echeverrigaray, Sérgio ; Cabrera, Odalys G ; Pereira, Gonçalo AG ; Mombach, José CM . Cupin: A candidate molecular structure for the Nep1-like protein family. BMC Plant Biology (Online), v. 8, p. 50, 2008.

6.	CECHIN, Adelmo Luis ; SINIGAGLIA, M. ; MOMBACH, José Carlos Merino ; ECHEVERRIGARAY, Sergio ; LEMKE, N. ; Cabrera, O. G. ; CAMPBELL, I. A. ; PEREIRA, Gonçalo Amarante Guimarães ; Medrano, F. J. . Can Nep1-like proteins form oligomers?. Plant Signaling & Behavior, v. 3, p. 906-907, 2008.

7.	SILVA, J.P.M. ; ACENCIO, M. L. ; MOMBACH, J.C.M. ; VIEIRA, Renata ; SILVA, J.C. ; SINIAGLIA, M. ; LEMKE, N. . In silico network topology-based prediction of gene essentiality. Physica. A (Print), v. 387, p. 1049-1055, 2008.

MOMBACH, José Carlos Merino ; LEMKE, N. ; SILVA, Norma Machado da ; FERREIRA, Rejane Apolo ; ISAIA, Eduardo ; BARCELLOS, Cláudia K . Bioinformatics analysis of mycoplasma metabolism: Important enzymes, metabolic similarities and redundancy. Computers in Biology and Medicine, Oxford, v. 36, p. 542-552, 2006.

9.	SILVA, João Paulo Muller da ; LEMKE, N. ; MOMBACH, José Carlos Merino ; SOUZA, José Guilherme Camargo de ; SINIGAGLIA, M. ; VIEIRA, Renata . Exploring molecular networks using Monet ontology. Genetics and Molecular Research, Ribeir~ao Preto, v. 5, p. 182-192, 2006.

10.	SCHMITH, Jean ; LEMKE, N. ; MOMBACH, José Carlos Merino ; BENELLI, Patricia ; BARCELLOS, Cláudia Kuplich ; BEDIN, G. B. . Damage, Connectivity and Essentiality in Protein-Protein Interaction Networks. Physica. A, Holanda, v. 349, n. 0, p. 675-684, 2005.

11.	MOMBACH, José Carlos Merino ; LEMKE, N. ; SILVA, Norma Machado da ; ISAIA, Eduardo ; BARCELLOS, Cláudia Kuplich ; ORMAZABAL, Rodrigo Javier . Using the FORESTS and KEGG databases to investigate the metabolic network of Eucalyptus. Genetics and Molecular Research, v. 28, p. 630-635, 2005.

12.	LEMKE, N. ; BATISTELA, Eduardo ; BARCELLOS, Cláudia Kuplich ; SOUZA, José Guilherme Camargo de ; MOMBACH, José Carlos Merino . An integrated model for cellular analysis. Genetics and Molecular Research, Ribeirão Preto, v. 4, n. 3, p. 506-513, 2005.

13.	GERHARDT, Günther Johannes Lewczuk ; LEMKE, N. ; CORSO, Gilberto . Network Clustering Coefficient approach to DNA sequence analysis. Chaos, Solitons and Fractals, Holanda, v. 28, p. 1037-1045, 2005.

14.	LEMKE, N. ; HERÉDIA, Fabiana ; BARCELLOS, Cláudia Kuplich ; REIS, Adriana Neves dos ; MOMBACH, José Carlos Merino . Essentiality and damage in metabolic networks. Bioinformatics (Oxford), Inglaterra, v. 20, p. 115-119, 2004.

15.	LEMKE, N. ; ALMEIDA, Rita Maria Cunha de . Diffusion on fractal phase spaces and entropy production. Physica. A, Holanda, v. 340, p. 309-315, 2004.

16.	WERHLI, Adriano Velasquez ; LEMKE, N. . Análise do desempenho de um operador evolutivo adaptado em determinação da estrutura tridimensional de polialaninas. Scientia (Unisinos), São Leopoldo, v. 14, n. 2, p. 293-308, 2003.

17.	LEMKE, N. ; ALMEIDA, Rita Maria Cunha de . Tsallis entropy production for diffusion on the diluted hypercube. Physica. A, Holanda, v. 325, n. 3-4, p. 396-408, 2003.

18.	MOMBACH, José Carlos Merino ; LEMKE, N. ; BODMAN, Bardo ; IDIART, M. A. P. . A mean-field theory of cellular growth. Europhysics Letters (Print), v. 69, n. 6, p. 923-928, 2002.

19.	LEMKE, N. ; MOMBACH, José Carlos Merino ; BODMAN, Bardo . A numerical investigation of adaptation in populations of random boolean networks. Physica. A, Amsterdã, v. 301, p. 95-106, 2001.

20.	LEMKE, N. ; CAMPBELL, I. A. ; ALMEIDA, Rita Maria Cunha de . Stretched exponential relaxation and fractal phase space. Journal of Magnetism and Magnetic Materials, v. 227, n. 0, p. 1296-1297, 2001.

21.	LEMKE, N. ; ARENZON, J. J. ; LEVIN, Y. . Micellization in the presence of polyelectrolyte. Physica. A, Amsterdã, v. 300, p. 82-92, 2001.

22.	ALMEIDA, Rita Maria Cunha de ; LEMKE, N. ; JUND, P. ; JULLIEN, R. ; CAMPBELL, I. A. ; BERTRAND, D. . Dynamics of complex systems above the glass temperature. Journal of Non-Crystalline Solids, v. 287, p. 201-209, 2001.

23.	LEMKE, N. ; CAMPBELL, I. A. ; ALMEIDA, Rita Maria Cunha de . Stretched Exponential Relaxation on the Hypercube and the Glass Transition. European Journal of Physics, v. 18, n. 0, p. 513-518, 2000.

24.	ALMEIDA, Rita Maria Cunha de ; LEMKE, N. ; CAMPBELL, I. A. . Stretched exponential relaxation and Independent Relaxation Modes. Brazilian Journal of Physics, v. 30, p. 701-707, 2000.

25.	LEMKE, N. ; CAMPBELL, I. A. . Finite temperature phase transition in the two -dimension Randomly Coupled Ferromagnet. Journal of Physics. A, Mathematical and General, v. 32, p. 1-13, 1999.

26.	LEMKE, N. . The phenotype space approach to prey-predator coevolution. Theory in Biosciences, v. 117, p. 321-333, 1998.

27.	LEMKE, N. ; BERNARDI, L. W. ; MARI, P. O. ; CAMPBELL, I. A. ; ALEGRIA, A. ; COLMENERO, J. . The spin glass transition: exponent and dynamics. Physica. A, v. 257, p. 21-27, 1998.

28.	LEMKE, N. ; CAMPBELL, I. A. . Two dimensional Ising spin glasses with non-zero ordering temperatures. Physical Review Letters, v. 76, p. 4616-4618, 1996.

29.	LEMKE, N. ; ARENZON, J. J. ; SILVA, C. R. ; TAMARIT, F. A. ; CURADO, E. M. F. . Generalization in a diluted neural network. Journal of Physics. A, Mathematical and General, v. 28, p. 1593-1602, 1996.

30.	LEMKE, N. ; CAMPBELL, I. A. . Random walks in a closed space. Physica. A (Print), v. 230, p. 554-562, 1996.

31.	LEMKE, N. ; ARENZON, J. J. ; TAMARIT, F. A. . Chaotic Dynamics of High-Order Neural Networks. Journal of Statistical Physics, v. 79, n. 1, p. 415-427, 1995.

32.	ARENZON, J. J. ; LEMKE, N. . Simulating Highly Diluted Neural Networks. Journal of Physics. A, Mathematical and General, v. 27, p. 5161-5165, 1994.

33.	LEMKE, N. ; ARENZON, J. J. ; ALMEIDA, Rita Maria Cunha de ; ROSA JR, S. G. . Nonlinear behavior of neural networks with dynamical thresholds. Journal of Physics. A, Mathematical and General, v. 28, p. 1335-1343, 1994.

34.	LEMKE, N. ; MALCUM, M. G. ; ALMEIDA, Rita Maria Cunha de ; MORS, Paulo Machado ; IGLESIAS, José Roberto . Growth and Form of Rotating Aggregates. Physical Review. E, Statistical, Nonlinear and Soft Matter Physics, v. 47, n. 5, p. 3218-3224, 1993.

Capítulos de livros publicados

GERHARDT, Günther Johannes Lewczuk ; Santos, L. ; Panis, R. J. ; DELAMARE, Ana Paula Longaray ; CORSO, Gilberto ; LEMKE, N. ; ECHEVERRIGARAY, Sergio . Comparison of bacterial genomes based on their general structure using a new bioinformatic tool.. In: D. Thangadurai; W. Tang; A.G. Papavassiliou; M. Anupama.. (Org.). Genes, genomes and genomics. New Delhi: Regency, 2007, v. 2, p. 167-176.

GERHARDT, Günther Johannes Lewczuk ; SILVA, Scheila de Ávila ; Santos, L. ; CORSO, Gilberto ; LEMKE, N. ; ECHEVERRIGARAY, Sergio . Network approach to DNA sequence analysis. In: Mondiani. (Org.). Proceedings of the Second International Symposium on Mathematical and Computational Biology/ BIOMAT V. 1 ed. Rio de Janeiro: e-editora, 2006, v. , p. 178-189.

3.	LEMKE, N. . Introdução ao Software Livre. In: Simone André da Costa. (Org.). Desenvolvimento em Software Livre. São Leopoldo: Editora Unisinos, 2004, v. , p. 17-54.

4.	LEMKE, N. . Aplicações de Alto Desempenho Trivialmente Paralelizáveis. In: Ufrgs, Unisinos. (Org.). Anais da 2a escola regional de alto desempenho. Porto Alegre: Evangraf, 2002, v. , p. 67-104.

Textos em jornais de notícias/revistas

1.	LEMKE, N. . A vingança de Leibnitz. IHU-On-line, São Leopoldo, p. 23 - 24, 28 fev. 2005.

2.	LEMKE, N. . O hiper-espaço e a Física do século XXI. Zero Hora, Porto Alegre, p. 6 - 6, 24 jun. 2000.

Trabalhos completos publicados em anais de congressos

1.	Iope, R. ; Lemke, Ney ; Winckler, G. . GridUNESP: A multi-campus Grid infrastructure for scientific computing. In: 3rd Latin American Conference on High Performance Computing (CLCAR 2010), 2010, Gramado. Proceedings 3rd Latin American Conference on High Performance Computing, 2010. v. 1. p. 25-28.

2.	C. T. Santos ; BAZZAN, Ana Lucia Cetertich ; Lemke, Ney . Automatic Classification of Enzyme Family in Protein Annotation. In: 4th Brazilian Symposium on Bioinformatics, 2009, Porto Alegre. Advances in Bioinformatics and Computational Biology (LNBI). Berlim : Springer, 2009. v. 5676. p. 86-96.

3.	Sandos, C. ; BAZZAN, Ana Lucia Cetertich ; LEMKE, N. . Automatic Classification of Enzyme Family in Protein Annotation. In: IV Brazillian Symposium on Bioinformatics, 2009. Proc. of the Brazilian Symposium on Bioinformatics 2009. Berlim : Springer, 2009. v. 5676. p. 86-96.

4.	REIS, Adriana Neves dos ; LEMKE, N. . An Improved Hidden Markov Model Methodology to Discover Prokaryotic Promoters. In: III Brazilian Workshop on bioinformatics, 2005, Sâo Leopoldo. Brazillian Symposium on Bioinformatics, BSB2005. Berlin : Springer-Verlag, 2005. v. 1. p. 85.

5.	LEMKE, N. ; BEDIN, G. B. . YAMONES: A Computational Architetre for Molecular Network Simulation. In: III Brazilian Workshop on bioinformatics, 2005, Sâo Leopoldo. Brazillian Symposium on Bioinformatics, BSB2005. Berlin : Springer-verlag, 2005. v. 1. p. 107.

MOMBACH, José Carlos Merino ; BATISTELA, Eduardo ; SOUZA, José Guilherme Camargo de ; VIEIRA, Renata ; SILVA, João Paulo Muller da ; BARCELLOS, Cláudia Kuplich ; SILVA, Norma Machado da ; BEDIN, G. B. ; LEMKE, N. ; REIS, Adriana Neves dos . Using Protégé to build a molecular network ontology. In: 8th International Protégé Conference, 2005, Madrid. Proceedings of the 8th International Protégé Conference, 2005. v. 1. p. 1.

BATISTELA, Eduardo ; SOUZA, José Guilherme Camargo de ; FERREIRA, Rejane Apolo ; VIEIRA, Renata ; LEMKE, N. . Bioinformatics: A Growing Field for Ontologies In: Workshop on Ontologies and their Applications. In: XVII Brazilian Symposium on Artificial Intelligence (SBIA), 2004, São Luis. São Luis, 2004. v. 1. p. 93-103.

8.	REIS, Adriana Neves dos ; LEMKE, N. . Aplicando HMMs no reconhecimento de regiões promotoras em genomas procarióticos. In: I Workshop de Computação. In: I Workshop de Computação - WORKCOMP-SUL, 2004, Florianópilos. I Workshop de Computação - WORKCOMP-SUL, 2004. v. 1. p. 1-10.

9.	BATISTELA, Eduardo ; SOUZA, José Guilherme Camargo de ; BARCELLOS, Cláudia Kuplich ; LEMKE, N. ; MOMBACH, José Carlos Merino . An integrated model for cellular analysis. In: III Brazilian Workshop on Bioinformatics, 2004, Brasília. Proceeding do III WOB, 2004. v. 1. p. 1-9.

10.

BEDIN, G. B. ; LEMKE, N. . Arquitetura Computacional para Simulação de Redes Metabólicas em Larga Escala.. In: I Workshop de Ciências da Computação e Sistemas da Informação da Região Sul, 2004, Florianópolis. Anais do I Workshop de Ciências da Computação e Sistemas da Informação da Região Sul, 2004. v. 1. p. 32-32.

11.	LEMKE, N. ; HERÉDIA, Fabiana ; BARCELLOS, Cláudia K ; MOMBACH, José Carlos Merino . A method to identify essential enzymes in the metabolism. In: Methods in System Biology, 2003, Rovereto. Lecture Notes in Computational Science. Berlim : Springer, 2003. v. 2602. p. 142-148.

12.

LEMKE, N. ; WERHLI, Adriano Velasquez . Um novo operador evolutivo para determinação de estrutura tridimensional de proteínas. In: XXIII Congresso da Sociedade Brasileira de Computação, 2003, Campinas. Anais do XXIII Congresso da Sociedade Brasileira de Computação. Porto Alegre : Editora da SBC, 2003. v. 7. p. 287-296.

13.

HAMMERLE, A. ; ROQUESPECHT, V. F. ; MOMBACH, José Carlos Merino ; LEMKE, N. . Predição da curva de crescimento da Escherichia coli utilizando modelos matemáticos em diferentes condições de temperatura e ph.. In: XVIII Congresso Brasileiro de Ciência e Tecnologia de Alimentos, 2002, Porto Alegre. Anais do XVIII Congresso Brasileiro de Tecnologia dos alimentos, 2002. v. 1. p. 124-128.

14.	LEMKE, N. ; POLTOSI, L. A. C. ; CECHIN, Adelmo Luis . Aplicação de Algoritmos Genéticos no Projeto de Transformadores. In: I Workshop de Teses e Dissertações em Inteligência Artificial, 2002, Porto de Galinhas. I Workshop de Teses e Dissertações, 2002. v. 1. p. 322-332.

15.

REIS, Adriana Neves dos ; BARCELLOS, Cláudia K ; HERÉDIA, Fabiana ; SCHMITH, Jean ; MOMBACH, José Carlos Merino ; LEMKE, N. . Analysis of Functional Interactions of Enzymes in Mycoplasma pneumoniae. In: I Brazilian Workshop on bioinformatics, 2002, Gramado. Anais do I Brazilian Workshop on Bioinformatics, 2002. v. 1. p. 64-71.

16.

LEMKE, N. ; CECHIN, Adelmo Luis ; OSORIO, Fernando Santos ; WAGNER, A. ; WERHLI, Adriano Velasquez ; HEINEN, F. . Comparação entre algoritmos genéticos e redes neurais aplicados ao problema da cinemática inversa. In: InfoUYclei2002, 2002, Montevideo. Programas y Resumenes de InfoUYclei2002, 2002. v. 1. p. 1-11.

17.	LEMKE, N. ; MOMBACH, José Carlos Merino ; BODMAN, Bardo . Evolving populations of Random Boolean networks. In: III Encontro Nacional de Inteligência Artificial, 2001, Fortaleza. Encontro Nacional de Inteligência Artificial, 2001. v. 1. p. 235-242.

18.	LEMKE, N. ; R. Azambuja ; GOEDERT, João . WebCalculus an Iteractive Environment to Learn Calculus. In: ICECE2000, 2000, São Paulo. II International Conference on Engineering and Computer Education (2000: São Paulo), 2000. v. 0. p. 0-0.

Resumos expandidos publicados em anais de congressos

1.	ACENCIO, M. L. ; COSTA, P. R. ; Lemke, Ney . Network topology-based prediction of morbid and druggable genes. In: International Workshop and Conference on Network Science 2009 (NetSci'09), 2009, Veneza. International Workshop and Conference on Network Science 2009 (NetSci'09), 2009.

2.	CARBI, E. D. O. ; Lemke, Ney ; Hormaza, J. M. ; PINA, D. R. ; SOUZA, R. T. F. . Classificação e quantificação de tecidos biológicos em exames pediátricos a partir de histogramas. In: V Congresso de Física Aplicada a Medicina, 2009, Botucatu. Anais do V Congresso de Física Aplicada à Medicina, 2009.

3.	MAGALHAES, A. H. M. ; Lemke, Ney . Comparação Entre As Ferramentas Geant4 E Mcnpx No Cálculo Da Dose Profunda Em Feixes De Elétrons De Energia De 6 e 9 MeV. In: V Congresso de Física Aplicada a Medicina, 2009, Botucatu. Anais do V Congresso de Física Aplicada à Medicina, 2009.

ACENCIO, M. L. ; COSTA, P. R. ; Nolli, D. ; LEMKE, N. . Network topology information-based prediction of human disease genes. In: International Workshop and Conference on Network Science 2008 (NetSci'08) Abstracts Book, 2008, Norwich. International Workshop and Conference on Network Science 2008, 2008.

Nolli, D. ; ACENCIO, M. L. ; LEMKE, N. . UTILIZAÇÃO DE APRENDIZADO DE MÁQUINA PARA A PREDIÇÃO DE GENES ESSENCIAIS EM Saccharomyces cerevisiae COM BASE NA TOPOLOGIA DA REDE INTEGRADA DE INTERAÇÕES GÊNICAS. In: IV Congresso de Física Aplicada à Medicina, 2008, 2008, Botucatu. Botucatu. Livro de Resumos do IV Congresso de Física Aplicada à Medicina, 2008.

6.	COSTA, P. R. ; ACENCIO, M. L. ; LEMKE, N. . PREDIÇÃO DE GENES ALVO PARA DROGAS A PARTIR DA TOPOLOGIA DA REDE INTEGRADA DO H. SAPIENS. In: IV Congresso de Física Aplicada à Medicina, 2008, Botucatu. Livro de Resumos do IV Congresso de Física Aplicada à Medicina, 2008.

ANDRADE, T.F. ; GERMEK, G. ; ACENCIO, M. L. ; LEMKE, N. . RELAÇÃO ENTRE A PROXIMIDADE, INSERÇÃO E CONECTIVIDADE DE UM NODO PARA AS REDES BIOLÓGICAS INTEGRADAS DA E. coli E DA S. cerevisiae. In: IV Congresso de Física Aplicada à Medicina, 2008, Botucatu. Livro de Resumos do IV Congresso de Física Aplicada à Medicina, 2008.

8.	SOUZA, R. T. F. ; PINA, D. R. ; LEMKE, N. ; CARBI, E. D. O. . Algoritmo para Quantificação de Espessura de Tecidos Biológicos e Conversão para Materiais Simuladores. In: IV Congresso de Física Aplicada à Medicina, 2008, Botucatu. Anais do IV Congresso de Física Aplicada à Medicina, 2008.

9.	Giglioli, M. ; Lemke, Ney . Determinação de Comunidades em Redes Biológicas Integradas. In: IV Congresso de Física Aplicada à Medicina, 2008, Botucatu. Anais do IV Congresso de Física Aplicada à Medicina, 2008.

10.

ACENCIO, M. L. ; Lemke, Ney . Construção e Análise da Rede Integrada de Interações Gências Potencialmente Envolvida com a Regulação do Ciclo Celular pela Adesão a Matriz Extracelular. In: VIII Workshop de Pós-Graduação de Ciências Biológicas do IBB - UNESP, 2008, Botucatu. Anais do VIII Workshop de Pós-Graduação de Ciências Biológicas do IBB - UNESP, 2008.

11.	BOVOLENTA, L. A. ; ACENCIO, M. L. ; Lemke, Ney . Construção de um banco de dados de fatores de transcrição humanos. In: IV Congresso de Física Aplicada à Medicina, 2008, Botucatu. Anais do IV Congresso de Física Aplicada à Medicina, 2008.

12.

ACENCIO, M. L. ; GERMEK, G. ; ANDRADE, T.F. ; LEMKE, N. . Towards the In Silico Construction of the Anchorage-Independent Cell Cycle Start Network. In: Third International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology, 2007, São Paulo. Proceedings of the Third International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology, 2007.

13.	BEDIN, G. B. ; LEMKE, N. . Simulação de Redes Metabólicas em Larga Escala Utilizando Grades de Computadores. In: III Brazilian Workshop on Bioinformatics, 2004, Brasília. Proceeding do III WOB, 2004. v. 1. p. 105-109.

Resumos publicados em anais de congressos

Matioli, F. F. ; Magro, A. ; Santos, J. I. ; MENDES, M. M. ; Paula, V. F. ; Lemke, Ney ; Fontes, M. R. M. . Molecular dynamics simulations o docking complexes between a P-I metaloprotease from Bothrops neuwiedii venom and inhibitor ester p -courmate using a computaional grid infrastructure. In: Encontro de Física 2011, 2011, Foz do Iguaçu. Anais do Encontro de Física 2011, 2011.

2.	ACENCIO, M. L. ; Lemke, Ney . Construction and analysis of an integrated network of human genes involved in G1/S cell cycle transition regulation by anchorage to extracellular matrix. In: Encontro de Física -2011, 2011, Foz do Iguaçu. Anais do Encontro de Física 2011, 2011.

3.	Lemke, Ney . GridUNESP: high-performance computational infrastructure. In: X Brazilian MRS Meeting, 2011, Gramado. Anais do X Brazilian MRS Meeting, 2011.

4.	G. T. Valente ; ACENCIO, M. L. ; C. Martins ; Lemke, Ney . UNISPPI: a universal in-silico predictor of protein-protein inetraction based only on protein sequence information. In: X-Meeting 2011, 2011, Florianópolis. Anais do X-Meeting 2011, 2011.

BOVOLENTA, L. A. ; ACENCIO, M. L. ; Lemke, Ney . Human Transcriptional Regulation Interaction Databse (HTRIdb):. In: 6th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology - X-meeting, 2010, Ouro Preto. 6th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology - X-meeting, 2010. v. 1. p. 81.

COSTA, P. R. ; Castriota, M. ; Lemke, Ney . Stochastic Kinetic Model for Eukaryotic Transcription considering collisions among RNA Polymerases II. 2010. In: 6th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology - X-meeting, 2010, Ouro Preto. 6th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology - X-meeting, 2010. p. 38-38.

ACENCIO, M. L. ; Lemke, Ney . Deciphering the regulation of cell cycle progression by cell adhesion using an integrated network of gene interactions. In: 17th Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology, 2009, Estocolmo. Proceedings of the 17th International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology, 2009.

8.	Giglioli, M. ; ACENCIO, M. L. ; LEMKE, N. . Detection of Communities and Entropy in Integrated Biological networks. In: XXXIV Encontro nacional da Física da Matéria Condensada, 2009, Águas de Lindoia. XXXIV Encontro nacional da Física da Matéria Condensada, 2009.

CARBI, E. D. O. ; PINA, D. R. ; MORCELLI, J. ; Lemke, Ney ; Hormaza, J. M. ; SOUZA, R. T. F. . Avaliação da resposta sensitométrica do sistema tela-filme em função da espessura de pacientes pediátricos. In: VIII Workshop de Pós-Graduação de Ciências Biológicas do IBB - UNESP, 2009, Botucatu. Anais do VIII Workshop da Pós-Graduação, 2009.

10.

CARBI, E. D. O. ; PINA, D. R. ; MORCELLI, J. ; Lemke, Ney ; Hormaza, J. M. ; SOUZA, R. T. F. . Influência de distintas incubadoras na qualidade da imagem radiográfica. In: VIII Workshop de Pós-Graduação de Ciências Biológicas do IBB - UNESP, 2009, Botucatu. Anais do VIII Workshop de Pós-Graduação de Ciências Biológicas do IBB - UNESP, 2009.

11.

SOUZA, R. T. F. ; CARBI, E. D. O. ; PINA, D. R. ; MORCELLI, J. ; Lemke, Ney ; Hormaza, J. M. . Estudo sobre a quantificação e classificação dos tecidos biológicos em imagens tomográficas. In: VIII Workshop de Pós-Graduação de Ciências Biológicas do IBB - UNESP, 2009, Botucatu. Anais do VIII Workshop de Pós-Graduação de Ciências Biológicas do IBB - UNESP, 2009.

12.

ACENCIO, M. L. ; Lemke, Ney . Construção e análise da rede integrada de interações gênicas potencialmente envolvida com a regulação do cicle celular pela adesão à matriz extra-celular. In: VIII Workshop de Pós-Graduação de Ciências Biológicas do IBB - UNESP, 2009, Botucatu. Anais do VIII Workshop de Pós-Graduação de Ciências Biológicas do IBB - UNESP, 2009.

13.

ACENCIO, M. L. ; Lemke, Ney . Prediction of gene essentiality using information of cellular localization, biological process and network topology in Saccharomices cerevisae. In: XXXII Encontro nacional da Física da Matéria Condensada, 2009, Águas de Lindóia. Anais do XXXII Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada, 2009.

14.

Cunha, J. P. C. ; CARBI, E. D. O. ; MORCELLI, J. ; Lemke, Ney ; Hormaza, J. M. . Study about quantification and classification of biological tissue in tomographic images. In: XXXII Encontro nacional da Física da Matéria Condensada, 2009, Águas de Lindoia. Anais do XXXII Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada, 2009.

15.

CARBI, E. D. O. ; PINA, D. R. ; MORCELLI, J. ; Lemke, Ney ; Hormaza, J. M. ; SOUZA, R. T. F. . Influenece of distinct incubadoras in the quality of radiographic images. In: XXXII Encontro nacional da Física da Matéria Condensada, 2009, Águas de Lindoia. Anais do XXXII Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada, 2009.

16.	Castriota, M. ; Lemke, Ney . Rnapolimerase como um motor molecular. In: V Congresso de Física Aplicada a Medicina, 2009, Botucatu. Anais do V Congresso de Física Aplicada à Medicina, 2009.

17.	Giglioli, M. ; Lemke, Ney . Analise das comunidades identificadas nas redes integradas da E.coli e da S. cerevisae. In: V Congresso de Física Aplicada a Medicina, 2009, Botucatu. Anais do V Congresso de Física Aplicada à Medicina, 2009.

18.	PINOTTI, R. ; Lemke, Ney . Modelagem do comportamento diario de relação entre PERT4 e IBOVESPA usando o algoritmo J48. In: V Congresso de Física Aplicada a Medicina, 2009, Botucatu. Anais do V Congresso de Física Aplicada à Medicina, 2009.

19.	Nolli, D. ; Lemke, Ney . Utilização De Aprendizado De Máquina Para Predição Dos Genes Essenciais Em Saccharomyces cerevisiae Com Base Na Rede Integrada De Interações Gênicas. In: V Congresso de Física Aplicada a Medicina, 2009, Botucatu. Anais do V Congresso de Física Aplicada à Medicina, 2009.

20.

LEMKE, N. . Characterization of yeast Integrated Network: Topology and Motifs. In: 5th International Conference of the brazillian association for bioinformatics a nd computational biology, 2009, Angra dos Reis. Anais do 5th International Conference of the brazillian association for bioinformatics and computational biology, 2009.

21.	LEMKE, N. ; Acencio, Marcio L . Predicition of gene essentiality using information of cellular locallization. biological process and network topology. In: XXII Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada, 2009. Anais do XXXII Encontro Nacional da Física da Materia Condensada, 2009.

22.

GERMEK, G. ; ANDRADE, T.F. ; ACENCIO, M. L. ; LEMKE, N. . Motivos Topológicos na Rede Integrada da bactéria E. coli e da levedura S. cerevisae. In: XXXI Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada, 2008, Águas de Lindóia. Livro de Resumos do XXXI Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada. São Paulo : SBF, 2008.

23.	SOUZA, R. T. F. ; LEMKE, N. ; Hormaza, J. M. ; TEIXEIRA, A. S. ; PINA, D. R. . Desenvolvimento de Fantomas Homogêneos Pediátricos. In: XXXI, 2008, Águas de Lindóia. Anais XXXI Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada. São Paulo : SBF, 2008.

24.	PINOTTI, R. ; LEMKE, N. . Modeling IBOVESPA index time evolution using J48. In: Physical Applied to Economics and Social SciencesPAESS 08, 2008, Porto Alegre. Physical Applied to Economics and Social SciencesPAESS 08, 2008. v. 1. p. 12-12.

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Andrade, T. F. ; GERMEK, G. ; ACENCIO, M. L. ; LEMKE, N. . Análise Topológica das redes biológicas integradas da E. coli e da S. cerevisiae. In: VII Workshop de Pós-Graduação de Ciências Biológicas do IBB - UNESP, 2008, Botucatu. VII Workshop de Pós-Graduação de Ciências Biológicas do IBB - UNESP, 2008.

27.	GERMEK, G. ; Andrade, T. F. ; ACENCIO, M. L. ; LEMKE, N. . Motivos topológicos na rede integrada da bactéria E. coli e da levedura S. cerevisiae. In: XXXI Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada, 2008, Águas de Lindoia. XXXI Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada, 2008. v. 1.

28.

ACENCIO, M. L. ; BOVOLENTA, L. A. ; LEMKE, N. . HTRIdb: an open-access database for experimentally verified human transcriptional regulation interactions. In: 4th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology, 2008, Salvador. Proceedings of the 4th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology, 2008.

29.

COSTA, P. R. ; ACENCIO, M. L. ; LEMKE, N. . Discovering gene druggability by Topological features in Human integrated network of gene interactions. In: 8th International Symposium on Mathematical and Computational Biology, 2008, Campos do Jordão. Proceedings of the 8th International Symposium on Mathematical and Computational Biology, 2008.

30.

SOUZA, R. T. F. ; LEMKE, N. ; Hormaza, J. M. ; TEIXEIRA, A. S. ; PINA, D. R. . Estimativa de Doses em Exames Tomográficos. In: XXXI Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada. In: XXXI Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada, 2008, Águas de Lindoia. Livro de Resumos do XXXI Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada, 2008.

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SOUZA, R. T. F. ; PINA, D. R. ; LEMKE, N. ; TEIXEIRA, A. S. ; Hormaza, J. M. ; CARBI, E. D. O. . Estimativa da espessura de tecidos biológicos e materiais simuladores. In: N. ; Teixeira, A. S. ; MESA, J ; CARBI, E. D. O. . Estimativa da espessura de tecidos biológicos e materiais simuladores. In: XIII Congresso Brasileiro de Física Médica, 2008, Belo Horizonte. XIII Congresso Brasileiro de Física Médica, 2008.

32.

CARBI, E. D. O. ; PINA, D. R. ; MORCELLI, J. ; LEMKE, N. ; Hormaza, J. M. ; SOUZA, R. T. F. . Avaliação da resposta sensitométrica do sistema tela-filme em função da espessura de pacientes pediátricos. In: XIII Congresso Brasileiro de Física Médica, 2008, Belo Horizonte. XIII Congresso Brasileiro de Física Médica, 2008.

33.

COSTA, P. R. ; ACENCIO, M. L. ; Lemke, Ney . Discovering gene druggability by Topological features in Human integrated network of gene interactions. In: XXXII Encontro nacional da Física da Matéria Condensada, 2008, Águas de Lindoia. Anais do XXXII Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada, 2008.

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CARBI, E. D. O. ; PINA, D. R. ; Lemke, Ney ; Hormaza, J. M. ; SOUZA, R. T. F. ; Bentlin,M. R. Bentlin ; RUGOLO, L. M. S. S> . Variação do espectro de raois-x para distintos valores de tensões e espessuras de fantomas. In: IV Congresso de Física Aplicada à Medicina, 2008, Botucatu. Anais do IV Congresso de Física Aplicada à Medicina, 2008.

35.	GERMEK, G. ; ANDRADE, T.F. ; Acencio, Marcio L ; Lemke, Ney . Motivos Topológicos na rede integrada da bacteria E. coli e da levedura S. cerevisiae. In: XXXi Encontro Nacional de Física da Matéria Condesada, 2008. Anais do XXXI Encontro Nacional da Física da Materia Condensada, 2008.

36.	LEMKE, N. . Motivos Topológicos e evolutivos na rede integrada da E. coli. In: XXX Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada, 2007, São Lourenço. Anais do XXX Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada. São Paulo : SBF, 2007. p. 190-190.

37.

ACENCIO, M. L. ; GERMEK, G. ; ANDRADE, T.F. ; LEMKE, N. . Network topology-based in silico discovery of gene essentiality in Saccharomyces cerevisiae. In: 7th International Symposium on Mathematical and Computational Biology,, 2007, Búzios. Proceedings of the 7th International Symposium on Mathematical and Computational Biology, 2007.

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REIS, Adriana Neves dos ; SILVA, Scheila de Ávila ; LEMKE, N. ; GERHARDT, Günther Johannes Lewczuk . Distribution of 3-bp periodicities in DNA Using Multiscaling Frequency Analysis. In: XXVII Congresso Nacional de Matemática Aplicada e Computacional, 2004, Porto Alegre. Anais XXVII Congresso Nacional de Matemática Aplicada e Computacional, 2004. v. 1. p. 25-25.

41.

REIS, Adriana Neves dos ; LEMKE, N. . Análise de um modelo HMM para predição de regiões promotoras procarióticas com base em dados de Escherichia coli. In: XXVII Congresso Nacional de Matemática Aplicada e Computacional, 2004, Porto Alegre. Anais do XXVII Congresso Nacional de Matemática Aplicada e Computacional, 2004. v. 1. p. 10-10.

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LEMKE, N. ; HERÉDIA, Fabiana ; BARCELLOS, Cláudia Kuplich ; MOMBACH, José Carlos Merino . Essentiality and Damage in E. Coli Metabolism. In: XXVI Encontro de Física da Matéria Condensada, 2003, Caxambu. Livro de Programa do XXVI Encontro de Física da Matéria Condensada. São Paulo : Sociedade Brasileira de Física, 2003. v. 1. p. 37-37.

43.	LEMKE, N. . Self-organized Behavior of Crowds. In: Workshop on Traffic and Glanular Flow 2003, 2003, Delft. Workshop on Traffic and Glanular Flow 2003, 2003. v. 1. p. 1-1.

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BRAUN, Adriana ; BODMAN, Bardo ; LEMKE, N. ; MUSSE, S. R. . Comportamento Crítico Auto-organizado em simulação de multidões. In: XXVI Encontro de Física da Matéria Condensada, 2003, Caxambu. Livro de Programa do XXVI Encontro de Física da Matéria Condensada. São Paulo : Sociedade Brasileira de Física, 2003. v. 1. p. 108-108.

45.	SCHMITH, Jean ; MOMBACH, José Carlos Merino ; LEMKE, N. ; BARCELLOS, Cláudia Kuplich . Computational Investigation of the robustness of the protein network of Helicobacter pylori. In: European Conference on Computational Biology, 2003, Paris. Proceedings of ECCB2003, 2003. v. 1. p. 275-275.

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FERREIRA, Rejane Apolo ; SCHMITH, Jean ; LEMKE, N. ; BARCELLOS, Cláudia Kuplich ; REIS, Adriana Neves dos ; MOMBACH, José Carlos Merino . EasyKEGG: A data filtering and standardization system for the KEGG database. In: European Conference on Computational Biology, 2003, Paris. Proceedings do ECCB2003, 2003. v. 1. p. 150-150.

47.	LEMKE, N. ; ALMEIDA, Rita Maria Cunha de . Evolução da Entropia Generalizada de Tsallis na difusão do hipercubo. In: XXV Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada, 2002, Caxambu. Livro de Resumos do XXV Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada, 2002. v. 1. p. 101-101.

48.

LEMKE, N. ; REIS, Adriana Neves dos ; BARCELLOS, Cláudia K ; HERÉDIA, Fabiana ; MOMBACH, José Carlos Merino . Análise da conservação das proteínas altamente interativas em Mycoplasmas. In: XI Congresso Brasileiro de Biologia Celular, 2002, Porto Alegre. Anais do XI Congresso Brasileiro de Biologia Celular, 2002. v. 1. p. 234-234.

49.

HAMMERLE, A. ; ROQUESPECHT, V. F. ; MOMBACH, José Carlos Merino ; LEMKE, N. . Utilização de modelos matemáticos para predição da população de microrganismos em alimentos; um estudo de caso com a Escherichia Coli. In: Congresso Nacional de Matemática Computacional, 2002, Nova Friburgo. Resumos do XXV Congresso de Mateática Computacional, 2002. v. 1. p. 1-1.

50.

CRUZ, F. T. ; LEMKE, N. . Uma nova implementação paralela para algoritmos genéticos utilizando MPI e Threads. In: Terceiro Workshop em Sistemas Computacionais de Alto Desempenho (WSCAD 2002), 2002, Vitória. Anais do Terceiro Workshop em Sistemas Computacionais de Alto Desempenho (WSCAD 2002), 2002. v. 1. p. 1-1.

51.

LEMKE, N. ; MOMBACH, José Carlos Merino ; BODMAN, Bardo . Teoria de Campo Médio para o Crescimento Celular. In: XXIV Congresso Nacional de Matemática Aplicada e Computacional, 2001, Belo Horizonte. Resumo das Comunicações do XXIV CNMAC. Belo Horizonte : Editora Gráfica Novo Milênio, 2001. v. 1. p. 350-350.

52.	LEMKE, N. ; MOMBACH, José Carlos Merino ; BODMAN, Bardo . Adaptação de populações de redes booleanas aleatórias. In: XXIII Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada, 2000, São Lourenço. XXIII Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada, 2000. p. 21-21.

53.	LEMKE, N. . Modelo de desagregação multi-partícula do tipo DLA. In: XVI Encontro Nacional de Física da Materia Condensada, 1993, Caxambu. Livro de Resumos do XVI Encontro Nacional de Física da Materia Condensada. São paulo : Sociedade Brasileira de Física, 1993. v. 1. p. 154-154.

54.

LEMKE, N. ; MALCUM, Marinês G ; ALMEIDA, Rita Maria Cunha de ; MORS, Paulo Machado ; IGLESIAS, José Roberto . Crescimento e Forma de Agregados em Rotação . In: XV Encontro Nacional de Física da Materia Condensada, 1992, Caxambu. Livro de Resumo do XVI Encontro Nacional de Física da Materia Condensada. São Paulo : Sociedade Brasileira de Física, 1992. v. 1. p. 122.

Artigos aceitos para publicação

1.	L. Bleicher ; Lemke, Ney ; R. C. Garrat . Using amino acid correlation and community detection algorithms to identify functional determinants in protein families. Plos One, 2012.

Apresentações de Trabalho

1.	ACENCIO, M. L. ; LEMKE, N. . Construction and analysis of an integrated network of human genes involved in G1/S cell cycle transition regulation by anchorage to extracellular matrix. 2011. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

2.	Lemke, Ney . Descoberta de Genes Drogáveis e Mórbidos em Humanos usando Ferramentas de Inteligência Artificial. 2011. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

3.	ACENCIO, M. L. ; LEMKE, N. . A machine learning approach for genome-wide prediction of morbid and druggable human genes based on systems-level data. 2010. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

4.	LEMKE, N. . Redes Biológicas. 2009. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

5.	Lemke, Ney . Caracterizacao topologica de redes biologicas integradas, morbidade e essencialidade. 2009. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

6.	LEMKE, N. . Characterization of Yeast Integrated Network: Topology and Motifs. 2009. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

7.	COSTA, P. R. ; ACENCIO, M. L. ; LEMKE, N. . Network Topology Information - based prediction of Human Disease Genes. 2008. (Apresentação de Trabalho/Comunicação).

8.	PINOTTI, R. ; LEMKE, N. . Modeling IBOVESPA index time evolution using J48. 2008. (Apresentação de Trabalho/Comunicação).

9.	LEMKE, N. . Gene essentiality discovery using topological information. 2007. (Apresentação de Trabalho/Comunicação).

10.	SILVA, João Paulo Muller da ; Lemke, Ney . Motivos topológicos e evolutivos na rede integrada da bacteria E. coli. 2007. (Apresentação de Trabalho/Comunicação).

11.	LEMKE, N. . Bioinformática: Caracterização Tológica de Redes Biológicas. 2006. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

12.	SILVA, João Paulo Muller da ; Lemke, Ney . Topologia e essencialidade em redes biológicas integradas. 2006. (Apresentação de Trabalho/Comunicação).

13.	Lemke, Ney . Topologia e essencialidade em redes biológicas integradas. 2006. (Apresentação de Trabalho/Comunicação).

14.	Lemke, Ney . Lo lado Negro da Força: agravitação de Newton. 2004. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

15.	BEDIN, G. B. ; Lemke, Ney . Simulation of the Infection of E. colii by the lambda-phage. 2004. (Apresentação de Trabalho/Comunicação).

16.	REIS, Adriana Neves dos ; Lemke, Ney . Análise de sítios de interação entre RNA-polimerase e DNA utilizando modelos de markov escondidos. 2004. (Apresentação de Trabalho/Comunicação).

17.	BRAUN, Adriana ; BODMAN, Bardo ; Lemke, Ney ; MUSSE, S. R. . Comportamento crítico auto-organizado em simulações de multidões. 2003. (Apresentação de Trabalho/Comunicação).

18.	Lemke, Ney ; HERÉDIA, Fabiana ; BARCELLOS, Cláudia Kuplich ; MOMBACH, José Carlos Merino . Essentiality and Damage in E. coli Metabolism. 2003. (Apresentação de Trabalho/Comunicação).

19.	Lemke, Ney . Essentiality and Damage in E. coli Metabolism. 2003. (Apresentação de Trabalho/Comunicação).

20.	Lemke, Ney . evolução da entropia generalizada de Tsalllis na difusão do hipercubo diluído. 2001. (Apresentação de Trabalho/Comunicação).

21.	BODMAN, Bardo ; MOMBACH, José Carlos Merino ; Lemke, Ney . WebCalculus an Iterative Environment to learn Calculus. 2001. (Apresentação de Trabalho/Comunicação).

22.	AZAMBUJA, R. ; Lemke, Ney . WebCalculus an Iterative Environment to learn Calculus. 2000. (Apresentação de Trabalho/Comunicação).

23.	Lemke, Ney ; MOMBACH, José Carlos Merino ; BODMAN, Bardo . Adaptação de população de redes booleanas aleatórias. 2000. (Apresentação de Trabalho/Comunicação).

Produção técnica

Softwares sem registro de patente

1.	LEMKE, N. ; POLTOSI, L. A. C. . Algoritmo Genético para otimização de Transformadores e Alto-Falantes. 2002.

2.	LEMKE, N. ; R. Azambuja . Derivadas Online. 1999.

Trabalhos técnicos

1.	LEMKE, N. ; BRITO, Adriano Naves de ; SIMÕES, Luciene J ; HARRES, Marluza Marques ; BAQUERO, Rute ; BRAUNER, Vera ; VALIATI, Vitor Hugo . Plano Político Pedagógico das Licenciaturas Unisinos. 2004.

LEMKE, N. ; GASPARY, Luciano Paschoal ; OLIVEIRA, Ana Paula Ludke de ; JUNG, Claudio Rosito ; CECHIN, Adelmo Luis ; SCHNEIDER, Felipe Carlos ; OSORIO, Fernando Santos ; KELBERLE, Christian Roberto ; LOPES, Maura Corcini . Projeto do Bacharelado em Engenharia da Computação - habilitação em Computação Aplicada às Engenharias. 2002.

Demais tipos de produção técnica

1.	Lemke, Ney . Mecânica Quântica. 2011. (Desenvolvimento de material didático ou instrucional - Material Didático).

2.	Lemke, Ney . Mecânica Clássica. 2011. (Desenvolvimento de material didático ou instrucional - Material Didático).

3.	Lemke, Ney . Bioinformática. 2011. (Desenvolvimento de material didático ou instrucional - Material Didático).

4.	Lemke, Ney . X Workshop da Pós-graduação. 2011. (Avaliação de Trabalhos).

5.	Lemke, Ney . 7o.ISMB Student Council Symposium. 2011. (Avaliação de Trabalhos).

6.	Lemke, Ney . Projetos de Extensão do IB. 2011. (Avaliação).

7.	Miranda, J. R, A. ; Lemke, Ney . Anais do VI Congresso de Física Aplicada à Medicina. 2010. (Editoração/Anais).

8.	LEMKE, N. . XXI Congresso de Iniciação Científica. 2010. (Árbitro).

9.	Lemke, Ney . th International Conference of the Brazillian Association for Bioinformatics and Computational Biology. 2010. (Árbitro).

10.	Lemke, Ney . IV Brazillian Symposium on Bioinformatics. 2009. (Árbitro).

11.	LEMKE, N. . Linux para Cientistas. 2006. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

12.	LEMKE, N. . Linux para Cientistas. 2006. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

Bancas

Participação em bancas examinadoras

Dissertações

Ferreira, C.. P.; Hormaza, J. M.; Lemke, Ney. Participação em banca de Paulo Roberto da Fonseca Filho. Exame de qualificação: Técnicas Computacionais para processamento de imagens biomagnéticas e suas aplicaçõesà tecnologia farmacêutica. 2009. Dissertação (Mestrado em Biologia Geral e Aplicada) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

2.	Ribolla, P. E. M.; LEMKE, N.; Maia, I. G.. Participação em banca de Bianca Cechetto Carlos. Exame de Qualificação: Gene silencing in mosquito salivary glands by RNAi. 2008. Dissertação (Mestrado em Genética) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

3.	LEMKE, N.; MOMBACH, José Carlos Merino; WALTER, Maria Emília Machado Telles. Participação em banca de Fernando Piccini Cercato. Um algoritmo de alto desempenho para evoluir o modelo de potts celular. 2006. Dissertação (Mestrado em Computação Aplicada) - Universidade do Vale do Rio dos Sinos.

4.	LEMKE, N.; OSORIO, Fernando Santos; LIFSCHITZ, Sergio. Participação em banca de João Paulo Müller da Silva. Construção e análise de modelos topológicos de redes biológicas usando a ontologia MONET. 2006. Dissertação (Mestrado em Computação Aplicada) - Universidade do Vale do Rio dos Sinos.

LEMKE, N.; CAVALHEIRO, Gerson Geraldo Homrich; MELO, Alba Cristina Magalhaes Alves de. Participação em banca de Guilherme Balestieri Bedin. Arquitetura Computacional para Simulação em Larga Escala de Redes Metabolicas. 2005. Dissertação (Mestrado em Computação Aplicada) - Universidade do Vale do Rio dos Sinos.

LEMKE, N.; CECHIN, Adelmo Luis; PAPPAS, Georgius. Participação em banca de Adriana Neves dos Reis. Reconhecimento e Predição de Promotores Procarióticos: investigação de uma metodologia in silico baseada em HMMs. 2005. Dissertação (Mestrado em Computação Aplicada) - Universidade do Vale do Rio dos Sinos.

7.	LEMKE, N.; CECHIN, Adelmo Luis. Participação em banca de Eduardo Battistella. Extração de regras de Redes Neurais Artificiais Aplicadas ao Problema de Previsão de Estrutura Secundária de Proteína. 2004. Dissertação (Mestrado em Computação Aplicada) - Universidade do Vale do Rio dos Sinos.

8.	LEMKE, N.; DIONÍSIO, Paulo Henrique. Participação em banca de Cleber Adelar Boff. Breve Relato da História da Ciência no Período Medieval com Ênfase nas Ciências Exatas. 2004. Dissertação (Mestrado em Licenciatura Em Física) - Universidade do Vale do Rio dos Sinos.

9.	LEMKE, N.; BODMAN, Bardo; VASCONCELLOS, Cezar Augusto Zen. Participação em banca de Sérgio Mittman dos Santos. Um método computacional na rede para simular a teoria de campos com interação quártica. 2003 - Universidade do Vale do Rio dos Sinos.

10.	LEMKE, N.; MUSSE, S. R.; FEIJÓ, Bruno. Participação em banca de Marta Becker Villamil. Simulação de Grupos de Humanos Virtuais utilizando abordagens Micro e Macroscópicas. 2003 - Universidade do Vale do Rio dos Sinos.

11.	LEMKE, N.; MOMBACH, José Carlos Merino; BAZZAN, Ana Lucia Cetertich. Participação em banca de Adriano Velasque Werhli. Análise do Desempenho de um Algoritmo Genético na determinação da estrutura tridimensional de polialaninas. 2003 - Universidade do Vale do Rio dos Sinos.

12.	LEMKE, N.; CECHIN, Adelmo Luis; ENGEL, Paulo Martins. Participação em banca de Leonel Augusto Calliari Poltosi. Aplicação de Algoritmos Genéticos no Projeto de Transformadores e Alto-Falantes. 2002 - Universidade do Vale do Rio dos Sinos.

13.	LEMKE, N.; TAMARIT, F. A.; ERICHSEN JR, R.. Participação em banca de Miguel Schumacher Mainieri. Memória Associativa e Caos. 2001. Dissertação (Mestrado em Física) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul.

Teses de doutorado

LEMKE, N.; MOMBACH, José Carlos Merino; Oliveira, D. E.; Koide, T.; Fontes, M. R. M.. Participação em banca de Marcio Luis Acencio. Construção e Análise da rede integrada de interações entre genes humanos envolvida com a regulação da transição G1/S do ciclo celular pela adesão à matriz extracelular. 2011. Tese (Doutorado em Genética) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

2.	Martins, M. L.; Lemke, Ney. Participação em banca de Letícia Ribeiro de Paiva. Modelagem multiescala para tratamento de tumores. 2011. Tese (Doutorado em Física Aplicada) - Universidade Federal de Viçosa.

3.	ALMEIDA, Rita Maria Cunha de; Menezes, M. A. F.; ARENZON, J. J.; Lemke, Ney. Participação em banca de José Rybarczyk Filho. Medidas de Performance metabólica usando a expresão gênica do genoma completo. 2011. Tese (Doutorado em Física) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul.

4.	Lemke, Ney. Participação em banca de Scheila de Avila e Silva. Redes neurais aplicadas no reconhecimento de regiões promotoras em bacterias gram-negativas. 2011. Tese (Doutorado em Biotecnologia) - Universidade de Caxias do Sul.

5.	Fontes, M.; M. S. Palma; M. C. Bertolini; Maia, I. G.; LEMKE, N.. Participação em banca de Agnes Sekijima Takeda. Estudos Estruturais com a Importina. 2009. Tese (Doutorado em Genética) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

Wanmacher, C. M.; Quillfeldt, J. A.; Lemke, Ney. Participação em banca de Mauro Antônio Alves Castro. Estudo da diversidade tumoral e desenvolvimentoo de ferramentas de informática para análise citogenética e molecular de neoplasias sólidas. 2009. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul.

Qualificações de doutorado

Lemke, Ney; Rainho, C. A.; Ferreira, C.. P.. Participação em banca de Marcio Luis Acencio. Construção e Análise da rede integrada de interações entre genes humanos envolvida com a regulação da transição G1/S do ciclo celular pela adesão a matriz extracelular. 2011. Exame de qualificação (Doutorando em Genética) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

Hormaza, J. M.; Fernandez, R. M.; Lemke, Ney. Participação em banca de Murilo Stelzer. Desenvolvimento de um sistema tomográfico utilizando Biosusceptometria de corrente alternada. 2009. Exame de qualificação (Doutorando em Biologia Geral e Aplicada) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

Monografias de cursos de aperfeiçoamento/especialização

1.	LEMKE, N.; HEINEN, Farlei José. Participação em banca de Rudinei Freitas Torma. LTSP Projeto Servidor de Terminais Linux. 2004. Monografia (Aperfeiçoamento/Especialização em Especialização Em Desenvolvimento de Software Livr) - Universidade do Vale do Rio dos Sinos.

Trabalhos de Conclusão de Curso de graduação

1.	LEMKE, N.; Hormaza, J. M.; Fernandez, R. M.. Participação em banca de Thiago Cardoso Tardelli. Relatório Final de Estágio. 2010. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Física Médica) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

ACENCIO, M. L.; MAIA, I. G.; LEMKE, N.. Participação em banca de Pedro Rafael Costa. Determinação de genes mórbidos e drogáveis a partir da construção e análise da rede integrada de interações moleculares entre genes humanos. 2010. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Física Médica) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

3.	Gallacci, M.; Nishida, S. M.; LEMKE, N.. Participação em banca de Arnaldo Fim Neto. Relatório Final do Estágio Curricular Obrigatório. 2010. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Física Médica) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

LEMKE, N.; Hormaza, J. M.; Fernandez, R. M.. Participação em banca de Ana Carolina Saad. Avaliação dos aspectos dosimétricos no tratamento de câncer de tireóide com Iodo - 131. 2009. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Física Médica) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

LEMKE, N.; Fernandez, R. M.; Costa, V. E.. Participação em banca de Antonio Henrique Magalhães. Uso do Método de Monte carlo para simulação e detecção do espectro de raios-X gerado eem alvo de molibdênio utilizando o Geant4. 2009. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Física Médica) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

Hormaza, J. M.; Fernandez, R. M.; LEMKE, N.. Participação em banca de Danilo Anacleto Arruda da Silva. Estudo teorico da contribuicao do espalhamento nuclear nao elastico na trajetoria de protons entree 50 e 250 MeV em materiais de intersse em radiologia: aplicacao em tomografia com protons. 2009. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Física Médica) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

Hormaza, J. M.; Costa, V. E.; LEMKE, N.. Participação em banca de Marcos Felipe de Freitas Calabresi. Anáise da Viabilidade de Simulações com Feixes de Prótons de 150 Mev em alvos Heterogeneos. 2009. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Física Médica) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

Fernandez, R. M.; Hormaza, J. M.; LEMKE, N.. Participação em banca de Scharles Tressman. Estudo da deposicao de energia das radiofrequencias atraves do metodo das diferencas finitas dependentes do tempo. 2009. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Física Médica) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

9.	Hormaza, J. M.; Deffune, H.; LEMKE, N.. Participação em banca de Woner mion. Influência da luz LED na cultura celular de Mieloma múltiplo murino - NS1 in vitro. 2009. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Física Médica) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

10.

Souza, S. J.; Cunha, J. P. C.; LEMKE, N.. Participação em banca de Tatiane Cristina Rodrigues. Impacto das mutações somáticas pontuais em regiões reguladoras de Splicing em linhagens tumorias de mama. 2009. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Ciências Biológicas) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

11.	LEMKE, N.; Castilho, F.; Costa, V. E.. Participação em banca de Karina Ramos Lima. Verificação da variação das temperaturas interna e externa em edificações com telhado branco. 2009. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em LICENCIATURA EM FISICA) - FACULDADES INTEGRADAS REGIONAIS DE AVARE.

12.	Costa, V. E.; Castilho, F.; Lemke, Ney. Participação em banca de Isabela Madoglio Favara. A influência das telhas brancas no aquecimento global. 2009. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em LICENCIATURA EM FISICA) - FACULDADES INTEGRADAS REGIONAIS DE AVARE.

13.	Lemke, Ney; Castilho, F.; Costa, V. E.. Participação em banca de Franciele Leite Plens. Confecção e estudo da escala do instrumento musical marimba de vidro. 2009. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em LICENCIATURA EM FISICA) - FACULDADES INTEGRADAS REGIONAIS DE AVARE.

14.	Costa, V. E.; Castilho, F.; Lemke, Ney. Participação em banca de Carin Daiane de Oliveira. Determinação da densidade básica da madeira do gênero pinus. 2009. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em LICENCIATURA EM FISICA) - FACULDADES INTEGRADAS REGIONAIS DE AVARE.

15.	Lemke, Ney; Costa, V. E.; Castilho, F.. Participação em banca de Leandro Rodrigues de Oliveira. Análise da Água de abastecimento público em Óleo, SP, Brasil. 2009. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Licenciatura em Química) - FACULDADES INTEGRADAS REGIONAIS DE AVARE.

16.	Costa, V. E.; Lemke, Ney. Participação em banca de Amanda de Oliveira Gabriel. Experimentação de baixo custo no ensino de química para alunos do ensimno médio. 2009. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Licenciatura em Química) - FACULDADES INTEGRADAS REGIONAIS DE AVARE.

17.	ACENCIO, M. L.; Fernandez, R. M.; Lemke, Ney. Participação em banca de Milena Gigliolo. Determinação de comunidades em redes biológicas integradas. 2009. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Física Médica) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

18.

LEMKE, N.; ACENCIO, M. L.; Fernandez, R. M.. Participação em banca de Tiago Felipe Andrade. Análise de propriedades topológicas das redes biológicas integradas da bactéria Escherichia coli e da levedura Saccharomyces cerevisiae. 2008. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Física Médica) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

19.

LEMKE, N.; Hormaza, J. M.; ACENCIO, M. L.. Participação em banca de Guilherme Ribeiro Germek. Caracterização topológica dos motivos das Redes Biológicas Integradas da Escherichia coli e Saccharomyces cerevisiae. 2008. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Física Médica) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

20.	Fernandez, R. M.; Fontes, M. R. M.; LEMKE, N.. Participação em banca de Rafael Gregório Mendes. Relatório Final de Estágio Curricular de Rafael Gregório Mendes. 2007. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Física Médica) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

21.	Miranda, J. R, A.; Fernandez, M.; LEMKE, N.. Participação em banca de Daniel Guilherme Christiano. Relatório Final de Estágio de Daniel Guilherme Christiano. 2007. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Física Médica) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

22.	Miranda, J. R, A.; Pinheiro, P. F. F.; LEMKE, N.. Participação em banca de Julio Cezar Martin Ribeiro. Relatório Final de Estágio Curricular de Julio Cezar Martin Ribeiro. 2007. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Física Médica) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

23.	Fernandez, R. M.; LEMKE, N.; Fontes, M. R. M.. Participação em banca de Rafael Gregório Mendes. Relatório Final de Estágio Curricular de Rafael Gregório Mendes. 2007. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Física Médica) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

24.	Fernandez, R. M.; LEMKE, N.; Fontes, M. R. M.. Participação em banca de Daiane Lima César. Relatório Final de Estágio Curricular de Dayane Lima César. 2007. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Física Médica) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

25.	Mancera, P.; Pereira, A.; LEMKE, N.. Participação em banca de Roberson Saraiva Polli. Mecânica Quântica aplicada a Neurociências. 2006. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Física Médica) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

26.

LEMKE, N.; CAVALHEIRO, Gerson Geraldo Homrich; GASPARY, Luciano Paschoal. Participação em banca de Evandro Clivatti Dall'Agnol. Detecção por Anomalia de Aplicações Maliciosas em Grades Computacionais. 2005. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Ciência da Computação) - Universidade do Vale do Rio dos Sinos.

27.

LEMKE, N.; CAVALHEIRO, Gerson Geraldo Homrich; MOMBACH, José Carlos Merino. Participação em banca de Gustavo Pessin. Usando caminhadas aleatórias sobre DNA para caracterizar regiões codificantes e não codificantes.. 2005. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Ciência da Computação) - Universidade do Vale do Rio dos Sinos.

28.	LEMKE, N.; CECHIN, Adelmo Luis; MAGNO, Wictor Carlos. Participação em banca de Luciano Hennemann. A Física da Dupla Hélice do DNA. 2005. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Licenciatura Em Física) - Universidade do Vale do Rio dos Sinos.

29.	LEMKE, N.; GOEDERT, João; BERLITZ, Angela Maria Jacobus. Participação em banca de Júlio César Ferronato. Cinemática no Ensino Médio com Physlets. 2005. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Licenciatura Em Física) - Universidade do Vale do Rio dos Sinos.

30.	LEMKE, N.; HAAS, Fernando; CÂNDIDO, Celso. Participação em banca de Karla. Simetria nas Ciências e nas Artes. 2005. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Licenciatura Em Física) - Universidade do Vale do Rio dos Sinos.

31.	LEMKE, N.; HAAS, Fernando; CECHIN, Adelmo Luis. Participação em banca de Anderson Colombo. Entropia e a Teoria da Informação. 2005. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Licenciatura Em Física) - Universidade do Vale do Rio dos Sinos.

32.	LEMKE, N.; SANTOS, José Vicente dos; KELBERLE, Christian Roberto. Participação em banca de Jean Schmith. Um aplicativo para análise de dano em sistemas de potência. 2005. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Engenharia Elétrica) - Universidade do Vale do Rio dos Sinos.

33.

LEMKE, N.; CAVALHEIRO, Gerson Geraldo Homrich; GASPARY, Luciano Paschoal. Participação em banca de Evandro Clivatti Dall'Agnol. Detecção por Anomalia de aplicações maliciosas em grades de computador. 2005. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Ciência da Computação) - Universidade do Vale do Rio dos Sinos.

34.	LEMKE, N.; CAVALHEIRO, Gerson Geraldo Homrich. Participação em banca de Helena de Lima Braga. Tolerância a Falhas em aplicações de alto desempenho. 2004. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Ciência da Computação) - Universidade do Vale do Rio dos Sinos.

35.

LEMKE, N.; GOMEZ, Arthur Tórgo. Participação em banca de Roberto de Silva Araújo. Uma abordagem para o Problema de Corte Guilhotinado Bi-dimensional para peças Regulares com a utilização de P-medianas e Pesquisa Tabu. 2004. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Ciência da Computação) - Universidade do Vale do Rio dos Sinos.

36.

LEMKE, N.; MOMBACH, José Carlos Merino; CAVALHEIRO, Gerson Geraldo Homrich. Participação em banca de Éder Gusatto. Uma nova abordagem na Implementação do Modelo de Potts Celular buscando eficiência e explorando paralelismo. 2004. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Ciência da Computação) - Universidade do Vale do Rio dos Sinos.

37.	LEMKE, N.; GOEDERT, João. Participação em banca de Darci Levis. Produção de material Instrucional Alternativo de Física para a Internet. 2004. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Licenciatura Em Física) - Universidade do Vale do Rio dos Sinos.

38.	LEMKE, N.; COSTA, Simone André da. Participação em banca de Marcelo da Silva Leal. Medidas para avaliação da administração de aplicativos em ambientes GNU/Linux. 2004. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Biologia) - Universidade do Vale do Rio dos Sinos.

39.	LEMKE, N.. Participação em banca de Antônio carlos Stumpf Souto. Evoluindo Redes Neurais Artificiais em um Ambiente de Nicho com N-Espécies: Algoritmo Genético com Especiação. 2003. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Ciência da Computação) - Universidade do Vale do Rio dos Sinos.

40.

LEMKE, N.; CRESPO, Sérgio. Participação em banca de Elisângela Cristina Beuter. Engenharia de Requisitos: Inserindo Mapas Conceituais como Ferramenta de Suporte para o Descobrimento de Requisitos. 2003. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Ciência da Computação) - Universidade do Vale do Rio dos Sinos.

41.	LEMKE, N.; LINDSTAEDT, Ernesto. Participação em banca de Luciano Engelke Grangeiro. Utilização de Ferramentas de Software Livre em uma Infra-estrutura de Chaves Públicas. 2003. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Ciência da Computação) - Universidade do Vale do Rio dos Sinos.

42.	LEMKE, N.; COSTA, Cristiano André da. Participação em banca de Fabrício Pretto. Ferramentas de desenvolvimento Software Livre: Uma aplicação prática em lavanderia de hospitais. 2001. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Ciência da Computação) - Universidade do Vale do Rio dos Sinos.

Participação em bancas de comissões julgadoras

Concurso público

1.	LEMKE, N.; Roberto, M.; Dalmazi, D.. Professor Assistente Doutor - Departamento de Física - Faculdade de Engenharia de Guaratinguetá. 2010. Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

2.	Fontes, M. R. M.; Hormaza, J. M.; LEMKE, N.. Professor Substituto. 2007. Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

LEMKE, N.; CECHIN, Adelmo Luis; OSORIO, Fernando Santos; OLIVEIRA, Ana Paula Ludke de; GASPARY, Luciano Paschoal; LOPES, Maura Corcini; KELBERLE, Christian Roberto; SCHNEIDER, Felipe Carlos. Comissão de Seleção para professores do Curso Engenharia da Computação: Computação Aplicada às Engenharias. 2003. Universidade do Vale do Rio dos Sinos.

4.	LEMKE, N.; GASPARY, Luciano Paschoal; LOPES, Maura Corcini. Comissão de seleção de Professores para a área de Física. 2003. Universidade do Vale do Rio dos Sinos.

5.	LEMKE, N.; COSTA, Cristiano André da; MOMBACH, José Carlos Merino; LOPES, Maura Corcini. Comissão de Seleção para professores da área de Física. 2003. Universidade do Vale do Rio dos Sinos.

6.	LEMKE, N.; KELBERLE, Christian Roberto; CECHIN, Adelmo Luis; GASPARY, Luciano Paschoal; OSORIO, Fernando Santos; LOPES, Maura Cocini. Comissão de Seleção para professor do Curso de Informática. 2002. Universidade do Vale do Rio dos Sinos.

Outras participações

1.	LEMKE, N.. Processo Seletivo para Ingresso no Programa de Pós-Graduação em Biologia Geral e Aplicada- IBB. 2010. Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

2.	LEMKE, N.. Avaliação de Bolsas de Iniciação Científica. 2008. Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

3.	LEMKE, N.; Hormaza, J. M.; Fontes, M. R. M.. Professor Substituto. 2008. Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

4.	LEMKE, N.. Consultor ad-hoc bolsas de Produtividade CNPq. 2005. Universidade do Vale do Rio dos Sinos.

5.	LEMKE, N.. Consultor ad-hoc bolsa de produtividade CNPq. 2005. Universidade do Vale do Rio dos Sinos.

6.	LEMKE, N.. Perito Judicial. 2005. Universidade do Vale do Rio dos Sinos.

7.	LEMKE, N.. Avaliação da Mostra de Iniciação Científica. 2004. Universidade do Vale do Rio dos Sinos.

8.	LEMKE, N.. Avaliação da Mostra de Iniciação Científica. 2003. Universidade do Vale do Rio dos Sinos.

9.	LEMKE, N.. Comitê Local de seleção de projetos e bolsistas PIBIC-CNpq. 2003. Universidade do Vale do Rio dos Sinos.

10.	LEMKE, N.; MOMBACH, José Carlos Merino; GOEDERT, João. Avaliação do Seminário de andamento de Sérgio Mittmann dos Santos. 2002. Universidade do Vale do Rio dos Sinos.

11.	LEMKE, N.; CECHIN, Adelmo Luis; GASPARY, Luciano Paschoal; OSORIO, Fernando Santos; LOPES, Maura Cocini; KELBERLE, Christian Roberto. Comissão de Seleção de Professores para a área de conhecimento Informática. 2002. Universidade do Vale do Rio dos Sinos.

12.	LEMKE, N.; CECHIN, Adelmo Luis; OSORIO, Fernando Santos. Avaliação do Seminário de Andamento de Adiléa Wagner. 2002. Universidade do Vale do Rio dos Sinos.

13.	LEMKE, N.; MUSSE, S. R.; WALTER, M.. Avaliação do seminário de andamento de Marta Becker. 2002. Universidade do Vale do Rio dos Sinos.

14.	LEMKE, N.; MOMBACH, José Carlos Merino; GOEDERT, João. Avaliação do Seminário de andamento de Sérgio Mittmann dos Santos. 2002. Universidade do Vale do Rio dos Sinos.

15.	LEMKE, N.. Presidente da Comissão de Seleção do Pip/CA. 2002. Universidade do Vale do Rio dos Sinos.

16.	LEMKE, N.. Melhor Trabalho de Conclusão da Unisinos. 2002. Universidade do Vale do Rio dos Sinos.

17.	LEMKE, N.. Comitê Local de Avaliação de Projetos Pibic. 2002. Universidade do Vale do Rio dos Sinos.

18.	LEMKE, N.. Avaliação da Mostra de Iniciação Científica. 2002. Universidade do Vale do Rio dos Sinos.

19.	LEMKE, N.; BARCELLOS, A. M. P.; BODMAN, Bardo; OSORIO, F. S.; MUSSE, S. R.; CRESPO, Sérgio. Presidente da Comissão de Seleção do Pip/CA. 2001. Universidade do Vale do Rio dos Sinos.

20.	LEMKE, N.. Consultor ad-hoc Fapergs para Bolsas de Iniciação Científica. 2001. Universidade do Vale do Rio dos Sinos.

21.	LEMKE, N.; BARCELLOS, A. M. P.; BODMAN, Bardo; OSORIO, F. S.; OLIVEIRA, L. P. L.. Presidente da Comissão de Seleção do Pip/CA. 2000. Universidade do Vale do Rio dos Sinos.

22.	LEMKE, N.. Melhor trabalho de Conclusão. 2000. Universidade do Vale do Rio dos Sinos.

23.	LEMKE, N.; BARCELLOS, A. M. P.; BODMAN, Bardo; OSORIO, F. S.; OLIVEIRA, L. P. L.. Presidente da Comissão de Seleção do Pip/CA. 1999. Universidade do Vale do Rio dos Sinos.

Eventos

Participação em eventos

1.	Encontro de Física -2011.Construction and analysis of an integrated network of human genes involved in G1/S cell cycle transition regulation by anchorage to extracellular matrix. 2011. (Congresso).

2.	VII Confiam.Impacto das formas de geração de energia elétrica na saúde humana. 2011. (Congresso).

3.	VII Confiam.Avaliador de Trabalhos. 2011. (Congresso).

4.	Encontro dos Usuários do GridUnesp. 2011. (Encontro).

5.	X Brazillian MRS Meeting.GridUnesp: high performance computational infra-structure in material sceince. 2011. (Encontro).

6.	BRAGFOST 2011 Meeting. 2011. (Encontro).

7.	Conferencia Latinoamericana de Computação de Alto Desempenho. 2010. (Congresso).

8.	6 International Conference of the Brazillian Association for Bioinformatics and Computational Biology. 2010. (Congresso).

9.	SB-Meeting.A machine learning approach for genome-wide prediction of morbid and druggable human genes on systems-level data. 2010. (Encontro).

10.	XXXIX Annual Meeting of the Brazillian Biochemistry and Molecular Biology Society.Using Machine Learning Tools to Extract Relevant Biological Information from Systems Level Data. 2010. (Encontro).

11.	São Paulo OSG School. 2010. (Outra).

12.	School and Conference: From Biological Networks to Cellular Function: Evolution, Dynamics and Spatial Organization. 2009. (Congresso).

13.	5th International Conference of the brazillian association for bioinformatics a nd computational biology.Characterization of yeast Integrated Network: Topology and Motifs. 2009. (Congresso).

14.	IV Brazillian Symposium on Bioinformatics.Automated classification on enzyme family in protein annotation. 2009. (Simpósio).

15.	Workshop Nanotecnologia.Motores moleculares. 2009. (Oficina).

16.	XXII Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada.Prediction of Gene Essentiality using information of cellular localization, biological process and network topology. 2009. (Encontro).

17.	International Workshop and Conference on Netwotk Science.Network Topology Information - based prediction of Human Disease Genes. 2008. (Congresso).

18.	Workshop on Molecular Motors. 2008. (Oficina).

19.	Physics Applied to Economics and Social Sciences.Modeling IBOVESPA index time evolution using J48. 2008. (Oficina).

20.	XXXi Encontro Nacional de Física da Matéria Condesada.Motivos topológicos na rede integrada da bacteria E. coli e da levedura S . cerevisiae. 2008. (Encontro).

21.	XXX Encontro Nacional de Físca da Matéria Condensada.Motivos Topológicos e Evolutivos na rede integrada da E. coli. 2007. (Encontro).

22.	Global Dialogues on Emerging Science and Technology (GDEST) Conference on Bioinformatics. 2006. (Congresso).

23.	Summer School on Soft Matter Physcs.Topologia e essencialidade em redes biológicas integradas. 2006. (Oficina).

24.	XXIX Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada.Topologia e essencialidade em redes biológicas integradas. 2006. (Encontro).

25.	XXV Congresso da Sociedade Brasileira de Computação. 2005. (Congresso).

26.	Ciclo de Estudos - Desafios da Física para o Século XXI: uma aventura de Copérnico a Einstein.Ministrante do Seminário: A cosmologia de Newton. 2005. (Seminário).

27.	Ciclo de Estudos - Desafios da Física para o Século XXI: uma aventura de Copérnico a Einstein.Coordenador do Ciclo de Estudos - Desafios da Física para o Século XXI: uma aventura de Copérnico a Einstein. 2005. (Seminário).

28.	Òficina de Astronomia.Ministrante da Oficina Albert Einstein e a Relatividade. 2005. (Oficina).

29.	School and Workshop on Structure and Function of Complex Networks. 2005. (Oficina).

30.	Third Workshop on Spatial-Dynamic Models of Economic and Ecosystems. 2005. (Oficina).

31.	Participante no Workshop on Infectious Disease: Theoretical, Ecological and Economic Approaches. 2005. (Oficina).

32.	X Reunião Acadêmica da Biologia da Unisinos.Ministrante do Minicurso Bioinformática. 2005. (Encontro).

33.	IHU - Idéias.Ministrante do Seminário Bioinformática: uma nova perspectiva para compreender a vida. 2005. (Encontro).

34.	Ciclo de Estudos sobre o Método de Edgar Morin.Ministrante da Palestra O Método I. 2005. (Outra).

35.	III Workshop Brasileiro de Bioinformática.Caracterização e simulação de redes metabólicas. 2004. (Oficina).

36.	Oficina de Astronomia.a O lado negro da força: Newton e gravitação universal. 2004. (Oficina).

37.	XXVII Encontro Nacional de Física da Matéria Condenada.Simulation of the Infection of E. coliby the lambda-phage. 2004. (Encontro).

38.	Abrindo o livro.The Computational Beaty of Nature: Computer Explorations of Fractals, Chaos, Complex Systems, and Adaptation. 2004. (Outra).

39.	Curso Regional de Bioinformática promovido pela Rede Sul de Análise de Genomas e Biologia Estrutural.Participação como docente no Curso Regional de Bioinformática promovido pela Rede Sul de Análise de Genomas e Biologia Estrutural. 2004. (Outra).

40.	International Workshop on Computational Methods in System Biology.Essentiality and Damage in E. coli Metabolism. 2003. (Oficina).

41.	XXVI Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada.Comportamento crético auto-organizado em simulações de multidões. 2003. (Encontro).

42.	Uniinfo 2003.Bioinformática: construção de uma nova ciência da vida. 2003. (Outra).

43.	ERAD 2002. 2002. (Congresso).

44.	XXV Encontro nacional de Física da Matéria Condensada.Evolução temporal da entropia generalizada de Tsallis na Difusão sobre o Hipercubo. 2002. (Congresso).

45.	Workshop on Molecular Modelling in Biophysics. 2002. (Oficina).

46.	Oficina de Astronomia.Ministrante da palestra Johanes Kepler. 2002. (Oficina).

47.	Mostra de Iniciação Científica.Zen e a arte da editoração eletrônica: Primeiros passos no Latex na Mostra de Iniciação Científica. 2002. (Outra).

48.	Seminário de Segurança da Informação - Security Day.Debatedor na Mesa Redonda Acesso à Informação. 2002. (Outra).

49.	XXI Congresso da Sociedade Brasileira de Cmputação. 2001. (Congresso).

50.	XXI Congresso da Sociedade Brasileira de Computação. 2001. (Congresso).

51.	XXI Congresso da Sociedade Brasileira de Computação.Evolving populations of random boolean networks. 2001. (Congresso).

52.	XXIV Congresso nacional de Matemática Aplicada e Computacional.evolução da entropia generalizada de Tsalllis na difusão do hipercubo diluído. 2001. (Congresso).

53.	Curso sobre teoria básica eModelos de Eletroforese. 2001. (Encontro).

54.	ERAD 2001. 2001. (Outra).

55.	Programa de Verão do CBPF. 2001. (Outra).

56.	International Conference on Enginering and Computer Education.WebCalculus an Iterative Environment to learn Calculus. 2000. (Congresso).

57.	XXIII Encontro Nacional da Física da materia Condensada.Adaptação de população de redes booleanas aleatórias. 2000. (Congresso).

58.	XXIII Encontro nacional de Física da matéria Condensada.Participante no XXIII Encontro nacional de Física da matéria Condensada. 2000. (Congresso).

59.	COMciência - Oficina de Evoluções.Apresentação da palestra Algoritmos Genéticos: Aplicação do paradigma evolutivo no desenvolvimento tecnológico. 2000. (Oficina).

60.	1o. Fórum Internacional de Software Livre.Participação no 1o. Fórum Internacional de Software Livre. 2000. (Outra).

61.	História da matemática.Participação no curso História da matemática. 1999. (Outra).

62.	O Mathematica para o Ensino de Exatas.Participação no Curso O Mathematica para o Ensino de Exatas. 1998. (Outra).

63.	Summer College in Condensed Matter on `Statistical Physics of Frustrated Systems`.Participação no Summer College in Condensed Matter on `Statistical Physics of Frustrated Systems`. 1997. (Outra).

64.	VIII Medyfinol.Participação na VIII MEDYFINOL Conference. 1994. (Congresso).

65.	Participação na IV Escuela de Verano 94 en Física Estadística y Sistemas Cooperativos.Participação na IV Escuela de Verano 94 en Física Estadística y Sistemas Cooperativos. 1994. (Outra).

66.	Escola Internacional Métodos de Teorias de Campo em Mec6anica Estatística.Participação na Escola Internacional Métodos de Teorias de Campo em Mec6anica Estatística. 1993. (Outra).

67.	Escuela latinoamericana de Física.Participação na Escuela latinoamericana de Física . 1992. (Outra).

68.	Escuela Latinoamericana de Física.Apresentação do Seminário Rotating aggregates. 1992. (Outra).

69.	Programa de Verão do Instituto de Matemática UFPe.Participante do curso Álgebra Linear. 1991. (Outra).

70.	Escola de verão do IFT.Participação no Curso Tópicos em Física Nuclear. 1990. (Outra).

71.	Escola de verão do IFT.Participação no Curso Introdução a Termodinâmica de Buracos Negros . 1990. (Outra).

72.	Curso de verão do IFT.Participação no curso partículas, Idéias Básicas e perspectivas. 1990. (Outra).

73.	Dinâmica, Catástrofes e caos.Participação no Curso Dinâmica, Catástrofes e Caos. 1990. (Outra).

74.	II Olimpiada Ibero-americana de Matemática. 1987. (Outra).

Organização de eventos

1.	Lemke, Ney . Sessão Complex Networks do Encontro de Física 2011. 2011. (Congresso).

2.	Lemke, Ney . VII Congresso de Física Aplicada a Medicina. 2011. (Congresso).

3.	Lemke, Ney ; Hormaza, J. M. ; Miranda, J. R, A. ; Fernandez, R. M. . VI Congresso de Física Aplicada à Medicina. 2010. (Congresso).

4.	Lemke, Ney . V Congresso de Fisica Aplicada a Medicina. 2009. (Congresso).

Hormaza, J. M. ; Fernandez, R. M. ; LEMKE, N. ; Melo, C. S. ; Govone, A. B. ; Souza, C. D. ; D. P. Grappo ; Lima, E. A. B. F. ; Veneziani, G. R. ; Inocente, G. F. ; Giglioli, M. ; ARTIMONTI, H. ; Troll, J. ; Edwald, M. B. C. ; Tizziani, M. ; Silva, N. M. S. ; COSTA, P. R. ; SOUZA, R. T. F. ; Berti, V. J. . IV Congresso de Física Aplicada à Medicina. 2008. (Congresso).

Orientações

Orientações em andamento

Dissertação de mestrado

1.	Pedro Rafael Costa. Modelo cinético estocástico para a transcrição em eucariotos considerando colisões entre moléculas de RNA Polimerase II. Início: 2010. Dissertação (Mestrado em Genética) - Instituto de Biociências, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. (Orientador).

Luiz Augusto Bovolenta. Desenvolvimento de uma base de dados para fatores de transcrição de seres humanos e suas redes de interação: HUMAN TRANSCRIPTIONAL REGULATION INTERACTION DATABASE HTRIDB 2.0. Início: 2010. Dissertação (Mestrado em Biologia Geral e Aplicada) - Instituto de Biociências, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. (Orientador).

Tese de doutorado

1.	Guilherme Targino Valente. Detecção de interação física entre proteínas utilizando aprendizado de máquina. Início: 2011. Tese (Doutorado em Genética) - Instituto de Biociências, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. (Co-orientador).

2.	Esther Camilo. Aplicação de Aprendizado de Máquina para Determinação de Genes Condicionalmente Essenciais. Início: 2011. Tese (Doutorado em Genética) - Instituto de Biociências, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. (Orientador).

Supervisão de pós-doutorado

1.	Angelo Magro. Estudos Estruturais/Funcionais de complexos moleculares compostos por toxinas biotrópicas e inibidores vegetais sintéticos. Início: 2011. Instituto de Biociências, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior.

2.	Marcio Luis Acencio. Utilização de aprendizado de máquina em redes biológicas para previsão e determinação de regras para emergência de fenótipos de interesse. Início: 2011. Instituto de Biociências, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo.

Supervisões e orientações concluídas

Dissertação de mestrado

1.	João Paulo Muller da Silva. Construção e análise de modelos topológicos de redes biológicas usando a ontologia MONET. 2006. 0 f. Dissertação (Mestrado em Computação Aplicada) - Universidade do Vale do Rio dos Sinos, . Orientador: Ney Lemke.

Adriana Neves dos Reis. Reconhecimento e Predição de Promotores Procarióticos: investigação de uma metodologia in silico baseada em HMMs. 2005. 103 f. Dissertação (Mestrado em Computação Aplicada) - Universidade do Vale do Rio dos Sinos, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Ney Lemke.

3.	Guilherme Balestrin Bedin. Arquitetura Computacional para Simulacao em Larga Escala de Redes Metabolicas. 2005. Dissertação (Mestrado em Computação Aplicada) - Universidade do Vale do Rio dos Sinos, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Ney Lemke.

4.	Adriano Velasco Wehrli. Algoritmos genéticos para a determinação da estrutura tridimensional de polialaninas. 2003. 97 f. Dissertação (Mestrado em Pip/CA) - Universidade do Vale do Rio dos Sinos, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Ney Lemke.

5.	Leonel Augusto Calliari Poltosi. Aplicação de Algoritmos Genéticos no Projeto de Transformadores e Alto-falantes. 2002. 120 f. Dissertação (Mestrado em Ciência da Comunicação) - Universidade do Vale do Rio dos Sinos, . Co-Orientador: Ney Lemke.

Tese de doutorado

Marcio Luis Acencio. {Construção e análise da rede integrada de interações entre genes humanos envolvida com a regulação da transição G1/S do ciclo celular pela adesão à matriz extracelular. 2010. Tese (Doutorado em Biologia Geral e Aplicada) - Instituto de Biociências, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Orientador: Ney Lemke.

Trabalho de conclusão de curso de graduação

Thiago dos Santos Pinto. Implementação do algoritmo de Newman para identificação de comunidade em placas gráficas. 2011. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Física Médica) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Ney Lemke.

Ralph Pinotti Junior. Estratégia de Investimento baseada em padrões descobertos por mineração de dados em séries temporais históricas de preços diários do Índice Ibovespa e das ações da Petrobrás (PETR4 S.A.). 2010. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Física Médica) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho. Orientador: Ney Lemke.

3.	Milena Giglioli. Determinação de comunidades em redes biológicas integradas. Botucatu 20. 2009. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Física Médica) - Instituto de Biociências. Orientador: Ney Lemke.

4.	Antonio Henrique Machado Magalhães. Uso do método de Monte Carlo para simulação e detecção do espectro de raios-X gerado em alvo de Molibdênio, utilizando o Geant4 Botucatu 2009. 2009. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Física Médica) - Instituto de Biociências. Orientador: Ney Lemke.

5.	Pedro Rafael Costa. Determinação de genes mórbidos e drogáveis a partir da construção e análise da rede integrada de interações moleculares entre genes humanos.. 2009. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Física Médica) - Instituto de Biociências. Orientador: Ney Lemke.

6.	Tiago Felipe Andrade. Análise de propriedades topológicas das redes biológicas integradas da Escherichia coli e da Saccharomyces cerevisiae. 2008. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Física Médica) - Instituto de Biociências. Orientador: Ney Lemke.

7.	Guilherme Ribeiro Germek. Caracterização topológica dos motivos das Redes Biológicas Integradas da Escherichia coli e da Saccharomyces cerevisiae. 2008. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Física Médica) - Instituto de Biociências. Orientador: Ney Lemke.

8.	Luciano Hennemann. A Física da Dupla Hélice do DNA. 2006. 80 f. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Licenciatura Em Física) - Universidade do Vale do Rio dos Sinos. Orientador: Ney Lemke.

9.	Júlio Cesar Ferronato. Cinemática no Ensino Médio com Physlets. 2005. 80 f. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Licenciatura Em Física) - Universidade do Vale do Rio dos Sinos. Orientador: Ney Lemke.

10.	Jean Schmith. Dano em sistemas de Potência. 2005. 50 f. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Engenharia Elétrica) - Universidade do Vale do Rio dos Sinos. Orientador: Ney Lemke.

11.	Marcelo da Silva Leal. Medidas para Avaliação da administração de aplicativos em ambiente GNU/Linux. 2004. 63 f. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Ciência da Computação) - Universidade do Vale do Rio dos Sinos. Orientador: Ney Lemke.

12.	Vitor Jackson Xavier Filho. Criptografia RSA e teoria dos números. 2002. 100 f. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Licenciatura Em Matemática) - Universidade do Vale do Rio dos Sinos. Orientador: Ney Lemke.

Iniciação Científica

1.	Thiago Pinto. Aprendizado de Máquina em Biologia Molecular de Sistemas - AMBiS. 2011. Iniciação Científica. (Graduando em Física Médica) - Instituto de Biociências. Orientador: Ney Lemke.

2.	Thiago dos Santos Pinto. Aprendizado de Máquina em Biologia Molecular de Sistemas - AMBiS. 2011. Iniciação Científica. (Graduando em Física Médica) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Ney Lemke.

3.	Mariana Campos Castriota. RNAPolimerase como Motor Molecular. 2010. Iniciação Científica. (Graduando em Física Médica) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho. Orientador: Ney Lemke.

4.	Guilherme Ribeiro Germek. Caracterização da Redes Biológica Integrada da E.coli. 2008. Iniciação Científica. (Graduando em Física Médica) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Ney Lemke.

5.	Tiago Felipe Andrade. Caracterização da Rede Biológica envolvendo Adesão celular e Controle do Ciclo Celular. 2008. Iniciação Científica. (Graduando em Física Médica) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho. Orientador: Ney Lemke.

Luiz Augusto Bovolenta. Construção de um banco de dados de fatores de transcrição humanos. 2008. Iniciação Científica. (Graduando em Informática para Gestão de Negócios) - Centro Estadual de Educação Tecnológica Paula Souza, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Orientador: Ney Lemke.

7.	Pedro Rafael Costa. Construção e análise da rede integrada de interações moleculares entre genes humanos. 2008. Iniciação Científica. (Graduando em Física Médica) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Orientador: Ney Lemke.

8.	Milena Giglioli. Detecção de Comunidades em Redes Biológicas Integradas. 2008. Iniciação Científica. (Graduando em Física Médica) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Ney Lemke.

9.	Daniel Augusto Nolli. Aprendizado de Máquina para detecção de Genes Essenciais em S. cerevisae. 2008. Iniciação Científica. (Graduando em Física Médica) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Ney Lemke.

10.	Gabriela Ormazabal. Modelagem e Simulação em Bioinformática e Biologia Computacional. 2005. 0 f. Iniciação Científica. (Graduando em Licenciatura Em Biologia) - Universidade do Vale do Rio dos Sinos. Orientador: Ney Lemke.

11.	Júlio Cesar Ferronato. Modelagem e simulação em biologia computacional e bioinformática. 2004. 0 f. Iniciação Científica. (Graduando em Licenciatura Em Física) - Universidade do Vale do Rio dos Sinos, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Ney Lemke.

12.	Aérton Dillemburg. Modelagem e simulação em biologia computacional e bioinformática. 2004. 0 f. Iniciação Científica. (Graduando em Ciência da Computação) - Universidade do Vale do Rio dos Sinos, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Rio Grande do Sul. Orientador: Ney Lemke.

13.	Fauzi Taha da Cruz. Algoritmos Genéticos em Máquinas de Arquitetura Paralela. 2003. Iniciação Científica. (Graduando em Ciência da Computação) - Universidade do Vale do Rio dos Sinos, Universidade do Vale do Rio dos Sinos. Orientador: Ney Lemke.

14.	Jean Schmith. Investigação da rede de interações do Helicobater Pylori. 2003. Iniciação Científica - Universidade do Vale do Rio dos Sinos, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Ney Lemke.

15.	Fauzi Taha da Cruz. Simulação da Dinâmica de sistemas Complexos utilizando computadores de arquitetura. 2002. 0 f. Iniciação Científica. (Graduando em Software Básico) - Universidade do Vale do Rio dos Sinos, Universidade do Vale do Rio dos Sinos. Orientador: Ney Lemke.

16.	João Marcelo Ceron. Simulação da Dinâmica de sistemas Complexos utilizando computadores de arquitetura paralela. 2002. 0 f. Iniciação Científica. (Graduando em Software Básico) - Universidade do Vale do Rio dos Sinos, Universidade do Vale do Rio dos Sinos. Orientador: Ney Lemke.

17.	Júlio Cesar Ferronato. Simulação de proteínas utilizando Dinâmica Molecular. 2002. 0 f. Iniciação Científica - Universidade do Vale do Rio dos Sinos, Universidade do Vale do Rio dos Sinos. Orientador: Ney Lemke.

18.	Júlio César Ferronato. Laboratório de Informática para Matemática e Física. 2001. 0 f. Iniciação Científica - Universidade do Vale do Rio dos Sinos, Universidade do Vale do Rio dos Sinos. Orientador: Ney Lemke.

19.	Carlos Eduardo Souza Moreira. Laboratório de Informática para Matemática e Física. 2001. 0 f. Iniciação Científica. (Graduando em Ciência da Computação) - Universidade do Vale do Rio dos Sinos. Orientador: Ney Lemke.

20.	Fauzi Taha da Cruz. Aplicação de sistemas complexos auto-adaptativos em reconhecimento, controle e automação. 2000. 0 f. Iniciação Científica. (Graduando em Software Básico) - Universidade do Vale do Rio dos Sinos, Universidade do Vale do Rio dos Sinos. Orientador: Ney Lemke.

21.	Ricardo Azambuja. Reenge - Matemática. 1999. 0 f. Iniciação Científica - Universidade do Vale do Rio dos Sinos, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Ney Lemke.

22.	Marcírio da Silveira Chaves. Aplicação de sistemas complexos auto-adaptativos em reconhecimento, controle e automação. 1998. 0 f. Iniciação Científica - Universidade do Vale do Rio dos Sinos, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Rio Grande do Sul. Orientador: Ney Lemke.

Orientações de outra natureza

1.	Marialva Sinigaglia. Modelagem e Simulação em Bioinformática e Biologia Computacional. 2005. 0 f. Orientação de outra natureza - Universidade do Vale do Rio dos Sinos, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Rio Grande do Sul. Orientador: Ney Lemke.

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