Arthur Gruber

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  • Última atualização do currículo em 26/09/2018


Possui graduação em Medicina Veterinária pela Universidade de São Paulo (1987), doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica) pela USP (1994) e Livre Docência (2003) pela USP. Atualmente é Professor Associado da Universidade de São Paulo. Tem experiência nas áreas de Biologia Molecular de Protozoários Parasitos, Genômica de Micro-organismos e Bioinformática. Na área de Bioinformática, tem trabalhado no desenvolvimento de algoritmos, sua implementação na forma de aplicativos, e a utilização em dados genômicos e metagenômicos. Entre os aplicativos já desenvolvidos, podem ser citados programas para anotação funcional automática de genomas (EGene), caracterização e quantificação de sequências repetitivas seriadas (TRAP) e a reconstrução de sequências e descoberta de vírus (GenSeed e GenSeed-HMM). Atualmente, a principal linha de pesquisa do grupo objetiva desenvolver abordagens metodológicas para a descoberta de novos vírus. Entre essas abordagens está o programa GenSeed-HMM, aplicativo para a montagem progressiva de sequências a partir de dados metagenômicos que utiliza sementes de HMMs de perfil. Os HMMs de perfil, modelos probabilísticos construídos a partir de alinhamentos de múltiplas sequências, conseguem representar a diversidade das sequências e podem ser utilizados para a detecção de sequências ortólogas evolutivamente remotas. Com isso, é possível se identificar e reconstruir, a partir de dados metagenômicos, sequências genômicas de vírus ainda não identificados previamente, um processo que denominamos diagnóstico de novo. (Texto informado pelo autor)


Identificação


Nome
Arthur Gruber
Nome em citações bibliográficas
GRUBER, A.;Gruber, Arthur

Endereço


Endereço Profissional
Universidade de São Paulo, Instituto de Ciências Biomédicas, Departamento de Parasitologia.
Av. Prof. Lineu Prestes 1374
Cidade Universitária
05508-000 - Sao Paulo, SP - Brasil
Telefone: (11) 30917274
Fax: (11) 30917417
URL da Homepage: www.coccidia.icb.usp.br


Formação acadêmica/titulação


1988 - 1994
Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica).
Universidade de São Paulo, USP, Brasil.
Título: Caracterização de dois genes contíguos de Trypanosoma cruzi que codificam antígenos com repetições de epitopos imunodominantes, Ano de obtenção: 1994.
Orientador: Bianca Silvana Zingales Oller do Nascimento.
Bolsista do(a): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, CNPq, Brasil.
Palavras-chave: Antígeno B13; Clonagem de Antígenos; Doença de Chagas; Proteínas Recombinantes; Trypanosoma cruzi; Sorologia.
Grande área: Ciências Biológicas
Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Biologia Molecular.
Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Parasitologia / Subárea: Protozoologia de Parasitos / Especialidade: Protozoologia Parasitária Humana.
Setores de atividade: Produtos e Processos Biotecnológicos; Saúde Humana.
1983 - 1987
Graduação em Medicina Veterinária.
Universidade de São Paulo, USP, Brasil.


Livre-docência


2003
Livre-docência.
Universidade de São Paulo, USP, Brasil.
Título: Aspectos moleculares de Eimeria spp. de galinha doméstica:desenvolvimento de marcadores para diagnóstico molecular e caracterização de partículas virais, Ano de obtenção: 2003.
Palavras-chave: Eimeria; Coccidiose aviária; Marcadores moleculares; Vírus de RNA; diagnóstico molecular; PCR.
Grande área: Ciências Biológicas
Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Biologia Molecular.
Grande Área: Ciências Agrárias / Área: Medicina Veterinária / Subárea: Patologia Animal / Especialidade: Patologia Aviária.
Setores de atividade: Produtos e Processos Biotecnológicos Vinculados À Saúde Humana Ou dos Animais.


Atuação Profissional



Universidade de São Paulo, USP, Brasil.
Vínculo institucional

1996 - Atual
Vínculo: Servidor Público, Enquadramento Funcional: Professor Associado, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

Atividades

2/2006 - Atual
Conselhos, Comissões e Consultoria, Instituto de Ciências Biomédicas, Departamento de Parasitologia.

Cargo ou função
Membro titular da Comissão de Informática.
2/2006 - Atual
Conselhos, Comissões e Consultoria, Instituto de Ciências Biomédicas, Departamento de Parasitologia.

Cargo ou função
Membro titular do Conselho de Departamento.
2/2006 - Atual
Conselhos, Comissões e Consultoria, Instituto de Ciências Biomédicas, Departamento de Parasitologia.

Cargo ou função
Membro suplente da Comissão de Biossegurança.
10/2005 - Atual
Pesquisa e desenvolvimento , Instituto de Ciências Biomédicas, Departamento de Parasitologia.

7/2002 - Atual
Ensino, Bioinformática, Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
IBI5032 - Bioinformática Instrumental
3/2000 - Atual
Ensino, Medicina Veterinária, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
VPT-333 - Biologia Molecular Aplicada à Medicina Veterinária
3/2000 - Atual
Ensino, Ciências (Biologia da Relação Patógeno-Hospedeiro)pgbmp@icb.usp.br, Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
BMP5762 - Bioinformática Aplicada ao Estudo de Doenças Parasitárias
6/1998 - 9/2005
Conselhos, Comissões e Consultoria, Faculdade de Medicina Veterinária e Zootecnia, Departamento de Patologia.

Cargo ou função
Presidente da Comissão Interna de Biossegurança - CIBio.
3/1998 - 9/2005
Ensino, Medicina Veterinária, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
VPT-345 - Doenças de Aves Ornamentais e Silvestres
2/1998 - 9/2005
Direção e administração, Faculdade de Medicina Veterinária e Zootecnia, .

Cargo ou função
Presidente da Comissão Interna de Biossegurança (CIBio).
2/1996 - 9/2005
Pesquisa e desenvolvimento , Faculdade de Medicina Veterinária e Zootecnia, Departamento de Patologia.

8/1996 - 12/2003
Ensino, Patologia Experimental e Comparada, Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
VPT-5747 - O DNA Recombinante e suas Aplicações Farmacológicas e Fisiopatológicas
10/2000 - 4/2002
Direção e administração, Faculdade de Medicina Veterinária e Zootecnia, Departamento de Patologia.

Cargo ou função
Membro da Comissão de Ética e Experimentação Animal.
8/1997 - 7/2001
Direção e administração, Faculdade de Medicina Veterinária e Zootecnia, .

Cargo ou função
Presidente da Comissão de Informática.
4/1999 - 3/2001
Direção e administração, Faculdade de Medicina Veterinária e Zootecnia, .

Cargo ou função
Membro de colegiado superior.
6/1998 - 5/2000
Direção e administração, Faculdade de Medicina Veterinária e Zootecnia, Departamento de Patologia.

Cargo ou função
Membro de conselho de unidade.
2/1996 - 12/1999
Ensino, Medicina Veterinária, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
VPT-514 - Ornitopatologia
4/1997 - 3/1999
Direção e administração, Faculdade de Medicina Veterinária e Zootecnia, .

Cargo ou função
Membro de colegiado superior.
6/1996 - 5/1998
Direção e administração, Faculdade de Medicina Veterinária e Zootecnia, Departamento de Patologia.

Cargo ou função
Membro de conselho de unidade.

Universidade Ibirapuera, UNIB, Brasil.
Vínculo institucional

1990 - 1995
Vínculo: Celetista, Enquadramento Funcional: Professor assistente, Carga horária: 20

Atividades

8/1990 - 12/1995
Ensino, Ciências Biológicas, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Química Biológica

Fundação ABC, FUABC*, Brasil.
Vínculo institucional

1989 - 1995
Vínculo: Celetista, Enquadramento Funcional: Professor assistente, Carga horária: 8

Atividades

8/1989 - 12/1995
Ensino, Medicina, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Bioquímica


Linhas de pesquisa


1.
Biologia Molecular e Genômica de Micro-organismos

Objetivo: Estudar aspectos genômicos e de biologia molecular de micro-organismos, incluindo vírus, bactérias, fungos e protozoários..
Grande área: Ciências Biológicas
Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Parasitologia / Subárea: Protozoologia de Parasitos.
Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Biologia Molecular.
Setores de atividade: Pesquisa e desenvolvimento científico.
Palavras-chave: Genômica de micro-organismos; Anotação de genomas; Genômica comparada.
2.
Abordagens de Bioinformática para a descoberta de novos vírus

Objetivo: Essa linha de pesquisa objetiva desenvolver abordagens metodológicas para a descoberta de novos vírus. Entre as atividades desenvolvidas estão o desenvolvimento de algoritmos, sua implementação na forma de aplicativos e a aplicação em dados genômicos e metagenômicos. Entre as abordagens desenvolvidas e atualmente utilizadas, está o programa GenSeed-HMM, aplicativo para a montagem progressiva de sequências que utiliza sementes de HMMs de perfil..
Grande área: Ciências Biológicas
Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Biologia Molecular.
Grande Área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Bioinformática.
Setores de atividade: Pesquisa e desenvolvimento científico.
Palavras-chave: Virus; Ferramenta de Bioinformática; Descoberta de vírus; Diagnóstico de novo; Metagenômica.
3.
Desenvolvimento de aplicativos de Bioinformática para análises genômicas

Objetivo: Essa linha tem como objetivo o desenvolvimento de ferramentas de software de Bioinformática para a análise de diferentes dados genômicos. Entre os aplicativos, incluem-se programas para anotação automática de sequências genéticas (EGene), caracterização de repetições seriadas (TRAP) e a reconstrução de sequências e descoberta de vírus (GenSeed e GenSeed-HMM)..
Grande área: Ciências Exatas e da Terra
Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Biologia Molecular.
Grande Área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Metodologia e Técnicas da Computação / Especialidade: Engenharia de Software.
Setores de atividade: Pesquisa e desenvolvimento científico.
Palavras-chave: Ferramenta de Bioinformática; Desenvolvimento de software; Análises genômicas.


Projetos de pesquisa


2008 - Atual
GenSeed-HMM: desenvolvimento de uma plataforma para a reconstrução de sequências e aplicação em estudos metagenômicos e descoberta de novos virus
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (1) .
Integrantes: Arthur Gruber - Coordenador / Alan Mitchell Durham - Integrante / Tiago José Paschoal Sobreira - Integrante / André Luiz de Oliveira - Integrante / Rodrigo Hashimoto - Integrante.Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa.
Número de produções C, T & A: 1
2006 - Atual
EGene 2: uma plataformaa genérica para a construção de pipelines para processamento e anotação funcional de sequências biológicas
Descrição: A plataforma EGene (Durham et al., 2005) foi desenvolvida pelo nosso grupo e se caracteriza por ser um sistema integrado e customizável para a construção de pipelines. O sistema EGene permite encadear uma série de componentes diferentes de processamento, em uma ordem e composição totalmente definidas pelo usuário. Pretendemos oferecer na versão 2 do sistema EGene uma ampla gama de componentes de anotação que inclui um programa para a determinação de ORFs com tradutor das sequências protéicas, módulos para sete preditores de genes (Genscan, GlimmerM, GlimmerHMM, Twinscan, Phat, ESTscan e SNAP) , três programas de busca de repetições seriadas (TRF, String e MREPs), tRNAscan-SE, mapeamento de cDNAs (Sim4 e Exonerate), busca de similaridade (Blast), busca de motivos protéicos (HMMER/Pfam, RPS-Blast, InterProScan), busca de domínios transmembranares (TMHMM) e de peptídeo sinal (SignalP) ou ambos (Phobius), busca de sítios de ancoragem GPI (DGPI), mapeamento de termos GO, e geradores de anotação no padrão feature table (FT) e GFF3. Além disso, serão desenvolvidos componentes para a análise global de ortologia com as bases COG/KOG e eggNOG, mapeamento de vias metabólicas com a base KEGG e integração com o visualizador Genome Browser..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Mestrado acadêmico: (2) .
Integrantes: Arthur Gruber - Coordenador / A M Durham - Integrante / Milene Ferro - Integrante / Luiz Thibério Lira Diniz Rangel - Integrante / Deyvid Emanuel Amgarten - Integrante / Rafael Moreira Neves - Integrante.Número de orientações: 3


Projetos de desenvolvimento


2005 - 2009
Desenvolvimento de marcadores microssatélites para diferenciação de cepas de E. tenella, E. maxima e E. acervulina
Descrição: O genoma de Eimeria é rico em seqüências microssatélite, tendo sido encontrada uma repetição de três pares de bases (GCA e seu complemento TGC) altamente abundante e presente até mesmo em regiões codificadoras, fazendo crer que o isolamento de marcadores microssatélite para este parasita seja perfeitamente viável. No presente projeto pretende-se desenvolver os marcadores microssatélite com duas abordagens: in silico e com o uso de bilbiotecas genômicas enriquecidas em microssatélites. No primeiro caso serão usadas seqüências do genoma de E. tenella disponibilizadas na internet, bem como seqüências ESTs obtidas em nosso laboratório para E. tenella, E. acervulina e E. maxima. Será usado o software de domínio público Tandem Repeats Finder para identificar os loci de microssatélites e regiões flanqueadoras. Em seguida serão desenhados primers e através de amplificação por PCR serão analisadas polimorfismos de tamanho através de eletroforese em géis de poliacrilamida. Na segunda alternativa, serão construídas bibliotecas enriquecidas em microssatélites. Os clones candidatos serão seqüenciados e aqueles que tiverem seqüências repetitivas, serão usados para o desenho de primers e posterior busca de polimorfismo. A identificação de marcadores moleculares do tipo microssatélite em Eimeria poderá trazer enorme contribuição para o diagnóstico diferencial de cepas, com a vantagem que amostras mistas de campo poderão ser identificadas sem a necessidade prévia de se purificar as diferentes cepas e/ou espécies presentes. Com isto, será possível a realização de estudos epidemiológicos de monitoramento de cepas vacinais, para compreender melhor a sua permanência e disseminação nos ambientes de criação avícola. Também será possível a discriminação das cepas vacinais daquelas de campo, permitindo detectar a presença de cada uma ou de ambas em uma dada amostra. Finalmente, para as empresas produtoras de vacinas, tal ferramenta permitirá ainda monitorar a pureza das cepas vacinais..
Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento.
Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (1) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (1) .
Integrantes: Arthur Gruber - Coordenador / Sandra Fernandez - Integrante / Alexandre Proietti Viotti - Integrante.Financiador(es): Laboratório Biovet S A - Auxílio financeiro / Laboratório Biovet S A - Bolsa / Laboratório Biovet S A - Remuneração.


Revisor de periódico


2006 - 2006
Periódico: Bioinformatics (Oxford)
2007 - Atual
Periódico: Parasitology (London)
2007 - Atual
Periódico: Acta Tropica
2006 - Atual
Periódico: Nucleic Acids Research
2004 - Atual
Periódico: International Journal for Parasitology
2008 - Atual
Periódico: Plos One
2011 - Atual
Periódico: Veterinary Parasitology (Print)
2008 - Atual
Periódico: IUBMB Life (London. Print)
2009 - Atual
Periódico: Experimental Parasitology
2008 - Atual
Periódico: BMC Genomics
2009 - Atual
Periódico: Gene (Amsterdam)
2008 - Atual
Periódico: Molecular and Cellular Probes
2009 - Atual
Periódico: Computers in Biology and Medicine


Áreas de atuação


1.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Bioinformática.
2.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Microbiologia / Subárea: Biologia e Fisiologia dos Microorganismos/Especialidade: Virologia.
3.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Genética Molecular e de Microorganismos.
4.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Biologia Molecular.


Idiomas


Alemão
Compreende Pouco, Fala Pouco, Lê Pouco, Escreve Pouco.
Inglês
Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.
Espanhol
Compreende Razoavelmente, Fala Pouco, Lê Bem, Escreve Pouco.
Hebraico
Compreende Bem, Fala Bem.


Prêmios e títulos


2015
Orientador de Tatiana O.M. Sandberg - Menção Honrosa no X-Meeting 2015 - 11th International Conference of the AB3C, Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional (AB3C).
2010
Orientador de Deyvid E. Amgarten - Menção Honrosa no 18o Simpósio Internacional de Iniciação Científica da USP, Pró-Reitoria de Pesquisa da Universidade de São Paulo.
2006
Prêmio Zigman Brener - Área de Epidemiologia, Sociedade Brasileira de Protozoologia SBPz.
2005
Personalidade da Área Técnica da Avicultura Brasileira 2005, Gessulli Agribusiness.
2000
Mérito Científico e Tecnológico, Governo do Estado de São Paulo.
2000
Orientador de Angela M. Katsuyama - Menção Honrosa no 8o Simpósio Internacional de Iniciação Científica da USP, Pró-Reitoria de Pesquisa da Universidade de São Paulo.


Produções



Produção bibliográfica
Citações

Web of Science
Total de trabalhos:37
Total de citações:2402
Fator H:20
Gruber, Arthur  Data: 07/12/2017

SCOPUS
Total de trabalhos:31
Total de citações:1703
Gruber, Arthur (Author ID 7102127143)  Data: 31/01/2014

Artigos completos publicados em periódicos

1.
IBRAHIM, BASHAR2018IBRAHIM, BASHAR ; ARKHIPOVA, KSENIA ; ANDEWEG, ARNO ; POSADA-CÉSPEDES, SUSANA ; ENAULT, FRANÇOIS ; Gruber, Arthur ; KOONIN, EUGENE ; KUPCZOK, ANNE ; LEMEY, PHILIPPE ; MCHARDY, ALICE ; MCMAHON, DINO ; PICKETT, BRETT ; ROBERTSON, DAVID ; SCHEUERMANN, RICHARD ; ZHERNAKOVA, ALEXANDRA ; ZWART, MARK ; SCHÖNHUTH, ALEXANDER ; DUTILH, BAS ; MARZ, MANJA . Bioinformatics Meets Virology: The European Virus Bioinformatics Center?s Second Annual Meeting. Viruses-Basel, v. 10, p. 256, 2018.

2.
REYES, ALEJANDRO2017REYES, ALEJANDRO ; P. ALVES, JOÃO MARCELO ; DURHAM, ALAN MITCHELL ; Gruber, Arthur . Use of profile hidden Markov models in viral discovery: current insights. Advances in Genomics and Genetics, v. Volume 7, p. 29-45, 2017.

3.
ALVES, JOÃO M. P.2016ALVES, JOÃO M. P. ; DE OLIVEIRA, ANDRÉ L. ; SANDBERG, TATIANA O. M. ; MORENO-GALLEGO, JAIME L. ; DE TOLEDO, MARCELO A. F. ; DE MOURA, ELISABETH M. M. ; OLIVEIRA, LILIANE S. ; Durham, Alan M. ; MEHNERT, DOLORES U. ; ZANOTTO, PAOLO M. DE A. ; REYES, ALEJANDRO ; Gruber, Arthur . GenSeed-HMM: A Tool for Progressive Assembly Using Profile HMMs as Seeds and its Application in Alpavirinae Viral Discovery from Metagenomic Data. Frontiers in Microbiology (Online), v. 7, p. 1-15, 2016.

4.
GARRIDO, LEANDRO MAZA2016GARRIDO, LEANDRO MAZA ; ALVES, JOÃO MARCELO PEREIRA ; OLIVEIRA, LILIANE SANTANA ; Gruber, Arthur ; PADILLA, GABRIEL ; ARAÚJO, WELINGTON LUIZ . Draft Genome Sequence of sp. Strain ER1/6, an Endophytic Strain Isolated from with Potential To Be Used as a Biocontrol Agent. Genome Announcements, v. 4, p. e01264-16, 2016.

5.
BRITO, ANDERSON FERNANDES DE2015BRITO, ANDERSON FERNANDES DE ; BRACONI, CARLA TORRES ; WEIDMANN, MANFRED ; DILCHER, MEIK ; ALVES, JOÃO MARCELO PEREIRA ; Gruber, Arthur ; ZANOTTO, PAOLO MARINHO DE ANDRADE . The pangenome of the Anticarsia gemmatalis multiple nucleopolyhedrovirus (AgMNPV). Genome Biology and Evolution, p. evv231, 2015.

6.
REID, A. J.2014REID, A. J. BLAKE, D. P. ANSARI, H. R. BILLINGTON, K. BROWNE, H. P. BRYANT, J. M. DUNN, M. HUNG, S. S. KAWAHARA, F. MIRANDA-SAAVEDRA, D. MALAS, T. MOURIER, T. NAGHRA, H. NAIR, M. OTTO, T. D. RAWLINGS, N. D. RIVAILLER, P. SANCHEZ-FLORES, A. SANDERS, M. SUBRAMANIAM, C. TAY, Y.-L. WOO, Y. WU, X. BARRELL, B. DEAR, P. H. , et al.DOERIG, C. GRUBER, A. IVENS, A. C. PARKINSON, J. RAJANDREAM, M.-A. SHIRLEY, M. W. WAN, K.-L. BERRIMAN, M. TOMLEY, F. M. PAIN, A. ; Genomic analysis of the causative agents of coccidiosis in domestic chickens. Genome Research, p. 1676-1685, 2014.

7.
RANGEL, L. T.2013RANGEL, L. T. ; NOVAES, J. ; DURHAM, A. M. ; MADEIRA, A. M. B. N. ; GRUBER, A. . The Eimeria Transcript DB: an integrated resource for annotated transcripts of protozoan parasites of the genus Eimeria. DATABASE-OXFORD, v. 2013, p. bat006-bat006, 2013.

8.
Novaes, Jeniffer2011 Novaes, Jeniffer ; Rangel, Luiz Thibério L.D. ; FERRO, Milene ; Abe, Ricardo Y. ; Manha, Alessandra P.S. ; de Mello, Joana C.M. ; VARUZZA, Leonardo ; Durham, Alan M. ; Madeira, Alda Maria B.N. ; Gruber, Arthur . A comparative transcriptome analysis reveals expression profiles conserved across three Eimeria spp. of domestic fowl and associated with multiple developmental stages. International Journal for Parasitology, v. 42, p. 39-48, 2011.

9.
Oliveira, Ursula C.2010Oliveira, Ursula C. ; Fraga, Jane S. ; Licois, Dominique ; Pakandl, Michal ; Gruber, Arthur . Development of molecular assays for the identification of the eleven Eimeria species of the domestic rabbit (Oryctolagus cuniculus). Veterinary Parasitology (Print), v. 2/3, p. 275-280, 2010.

10.
SOBREIRA, T.J.P.2008SOBREIRA, T.J.P. ; GRUBER, A. . Sequence-specific reconstruction from fragmentary databases using seed sequences: implementation and validation on SAGE, proteome and generic sequencing data. Bioinformatics (Oxford), v. 24, p. 1676-1680, 2008.

11.
CASTAÑÓN, C.A.B.2007 CASTAÑÓN, C.A.B. ; FRAGA, J. S. ; FERNANDEZ, S. ; COSTA, L.F. ; GRUBER, A. . Biological shape characterization for automatic image recognition and diagnosis of protozoan parasites of the genus Eimeria. Pattern Recognition, v. 40, p. 1899-1910, 2007.

12.
Ling, K.-H.2007Ling, K.-H. ; RAJANDREAM, M A ; RIVAILLER, P ; MADEIRA, A.M.B.N. ; DURHAM, A.M. ; NOVAES, J. ; SOBREIRA, T.J.P. ; SHIRLEY, M.W. ; GRUBER, A. ; BERRIMAN, M ; TOMLEY, F M ; Dear, P.H. . Sequencing and analysis of chromosome 1 of Eimeria tenella reveals a unique segmental organisation. Genome Research, v. 17, p. 311-319, 2007.

13.
SOBREIRA, T.J.P.2006SOBREIRA, T.J.P. ; DURHAM, A.M. ; GRUBER, A. . TRAP: automated classification, quantification, and annotation of tandemly repeated sequences. Bioinformatics (Oxford), Inglaterra, v. 22, n.3, p. 361-362, 2006.

14.
DURHAM, A M2005 DURHAM, A M ; KASHIWABARA, A Y ; MATSUNAGA, F T G ; AHAGON, P H ; RAINONE, F ; VARUZZA, L ; GRUBER, A. . EGene: a configurable pipeline generation system for automated sequence analysis. Bioinformatics (Oxford), Oxford, Inglaterra, v. 21, n.12, p. 2812-2813, 2005.

15.
LCJ, Abel2005LCJ, Abel ; IWAI, L K ; VIVIANI, W ; BILATE, A M ; FAÉ, K C ; FERREIRA, R C ; GOLDBERG, A C ; JULIANO, L ; JULIANO, M A ; IANNI, B ; MADY, C ; GRUBER, A. ; HAMMER, J ; SINIGAGLIA, F ; KALIL, J ; CUNHANETO, e . T cell epitope characterization in tandemly repetitive Trypanosoma cruzi B13 protein. Microbes and Infection, França, v. 7, n.11-12, p. 1184-1195, 2005.

16.
SHIRLEY, M W2004SHIRLEY, M W ; IVENS, A ; GRUBER, A. ; MADEIRA, A M B N ; WAN, K L ; DEAR, P H ; TOMLEY, F M . The Eimeria genome projects: a sequence of events. Trends in Parasitology, Holanda, v. 20, n.5, p. 199-201, 2004.

17.
SOGAYAR, M C2004SOGAYAR, M C CAMARGO, A A BETTONI, F CARRARO, D M PIRES, L C PARMIGIANI, R B FERREIRA, E.N. SÁMOREIRA, e ROSARIO, D LATORRE, M SIMPSON, A J CRUZ, L O DEGAKI, T L FESTA, F MASSIRER, K B C FILHO, F CAMARGO, L P CUNHA, M A SOUZA, S J FARIA JR, M GIULIATTI, S KOPP, L OLIVEIRA, P S PAIVA, P B PEREIRA, A A , et al.PINHEIRO, D G PUGA, R D SOUZA, J e ALBUQUERQUE, D M ANDRADE, L e BAIA, G S BRIONES, M R CAVALEIROLUNA, A M CERUTTI, J M COSTA, F F COSTANZISTRAUSS, e ESPREAFICO, e M FERRASI, A C FERRO, e S FORTES, M A FURCHI, J R GIANNELLANETO, D GOLDMAN, G H GOLDMAN, M H GRUBER, A. GUIMARÃES, G S HACKEL, C HENRIQUESSILVA, F KIMURA, e T LEONI, S G MACEDO, C MALNIC, B MANCINI, B C V MARIE, S K MARTINEZROSSI, N M MENOSSI, M MIRACCA, e C NAGAI, M A NOBREGA, F G NOBREGA, M P OBASHINJO, S M OLIVEIRA, M K ORABONA, G M OTSUKA, A Y PAÇOLARSON, M L PAIXÃO, B M PANDOLFI, J R PARDINI, M I BUENO, M R Passos PASSOS, G A PESQUERO, J B PESSOA, J G RAHAL, P RAINHO, C A REIS, C P RICCA, T I RODRIGUES, V ROGATTO, S R ROMANO, C M ROMEIRO, J G ROSSI, A SÁ, R G SALES, M M SANT'ANNA, S C SANTAROSA, P L SEGATO, F SILVA JR, W A SILVA, I D SOARESCOSTA, A SONATI, M F STRAUSS, B e TAJARA, e H VALENTINI, S R VILLANOVA, F e WARD, L S ZANETTE, D L ; A Transcript Finishing Initiative for Closing Gaps in the Human Transcriptome. Genome Research, Estados Unidos, v. 14, n.7, p. 1413-1423, 2004.

18.
FERNANDEZ, S2004FERNANDEZ, S ; KATSUYAMA, A M ; KASHIWABARA, A Y ; MADEIRA, A M B N ; DURHAM, A M ; GRUBER, A. . Characterization of SCAR markers of Eimeria spp. of domestic fowl and construction of a public relational database (The Eimeria SCARdb). FEMS Microbiology Letters, Holanda, v. 238, n.1, p. 183-188, 2004.

19.
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Livros publicados/organizados ou edições
1.
GRUBER, A.; DURHAM, A.M. (Org.) ; Huynh, C. (Org.) ; del Portillo, H.A. (Org.) . Bioinformatics for Tropical Disease Research: A Practical and Case-Study Approach. 1. ed. Bethesda, Estados Unidos: National Center for Biotechnology Information, 2007. v. 1. 340p .

Capítulos de livros publicados
1.
Chapman, H. David ; Barta, John R. ; Blake, Damer ; Gruber, Arthur ; Jenkins, Mark ; Smith, Nicholas C. ; Suo, Xun ; Tomley, Fiona M. . A Selective Review of Advances in Coccidiosis Research. Advances in Parasitology. 1ed.: Elsevier, 2013, v. 83, p. 93-171.

2.
GRUBER, A.. Expressed sequence tags. In: Paul Dear. (Org.). Bioinformatics: Methods Express. Bloxham Mill, Oxfordshire, UK: Scion Publishing Ltd, 2007, v. , p. -.

Trabalhos completos publicados em anais de congressos
1.
GRUBER, A.; FERNANDEZ, S. . Recentes avanços na biologia molecular de protozoários do gênero Eimeria. In: II Simpósio Internacional sobre Coccidiose Aviária, 1999, Foz do Iguaçu - PR. Anais do II Simpósio Internacional sobre Coccidiose Aviária. Campinas SP: FACTA, 1999. p. 9-21.

2.
GRUBER, A.. Mecanismos moleculares de resistência a doenças em aves. In: Simpósio Internacional sobre Biotecnologia, 1999, Campinas. Anais da Conferência APINCO'99 de Ciência e Tecnologia Avícolas - Simpósio Internacional sobre Biotecnologia. Campinas SP: FACTA, 1999. p. 119-132.

Resumos expandidos publicados em anais de congressos
1.
ROMANO, C M ; ZANOTTO, P M A ; FRAGA, J S ; FERNANDEZ, S ; MADEIRA, A M B N ; PAKANDL, M ; SHIRLEY, M W ; GRUBER, A. . Mitochondrial genomes of Eimeria spp. and other apicomplexan parasites: molecular and phylogenetic features. In: XXI Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Protozoologia, 2005, Caxambu MG. Proceedings of the XXI Annual Meeting of the Brazilian Society of Protozoology. São Paulo SP: Sociedade Brasileira de Protozoologia, 2005. p. 32-33.

Resumos publicados em anais de congressos
1.
NOVAES, J. ; VARUZZA, L. ; FERRO, Milene ; Soares, L.T.N. ; PEREIRA, C A B ; DURHAM, A.M. ; GRUBER, A. ; MADEIRA, Alda Maria Backx Noronha . Long SAGE (Serial Analysis of Gene Expression) in Eimeria tenella. In: XXII Reunião da Sociedade Brasileira de Protozoologia SBPz, 2006, Caxambu MG. Proceedings of the XXII Meeting of the SBPZ. São Paulo: Sociedade Brasileira de Protozoologia, 2006. p. 127-127.

2.
Oliveira, U.C. ; GRUBER, A. . The massive nuclear transfer of mitochondrial sequences to Toxoplasma gondii has not precluded the maintenance of an organellar gneome. In: XXII Reunião da Sociedade Brasileira de Protozoologia SBPz, 2006, Caxambu MG. Proceedings of the XXII Meeting of the SBPZ. São Paulo: Sociedade Brasileira de Protozoologia, 2006. p. 140-140.

3.
CASTAÑÓN, C.A.B. ; FERNANDEZ, S. ; FRAGA, J.S. ; COSTA, L.F. ; GRUBER, A. . Coccimorph: a real-time diagnostic tool based on automatic image recognition of protozoan parasites of the genus Eimeria. In: XXII Reunião da Sociedade Brasileira de Protozoologia SBPz, 2006, Caxambu MG. Proceedings of the XXII Meeting of the SBPZ. São Paulo: Sociedade Brasileira de Protozoologia, 2006. p. 146-146.

4.
BARRELL, B ; BERRIMAN, M ; GRUBER, A. ; IVENS, A ; RAJANDREAM, M A ; RIVAILLER, P ; SHIRLEY, M ; TOMLEY, F . Genome sequence of the avian coccidiosis-causing agent, Eimeria tenella. In: IX International Coccidiosis Conference, 2005, Foz do Iguaçu. Proceedings of The IXth International Coccidiosis Conference. Campinas SP: FACTA - APINCO Foundation of Poultry Science and Technology, 2005. p. 36-36.

5.
NOVAES, J. ; KASHIWABARA, A.Y. ; VARUZZA, L. ; NAGAO, L.T. ; MANHA, A.P.S. ; FERNANDEZ, S. ; GRUBER, A. ; MADEIRA, A.M.B.N. . Survey of Eimeria spp. transcripts using Open Reading Frame ESTs (ORESTES). In: IX International Coccidiosis Conference, 2005, Foz do Iguaçu PR. Proceedings of The IX International Coccidiosis Conference. Campinas SP: FACTA - APINCO Foundation of Poultry Science and Technology, 2005. p. 150-150.

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ROMANO, C M ; ZANOTTO, P.M.A. ; FERNANDEZ, S. ; MADEIRA, A.M.B.N. ; PAKANDL, M. ; SHIRLEY, M.W. ; GRUBER, A. . Molecular characterization and comparative analysis of mitochondrial genomes of Eimeria spp.. In: IX International Coccidiosis Conference, 2005, Foz do Iguaçu. Proceedings of The IX International Coccidiosis Conference. Campinas SP: FACTA - APINCO Foundation of Poultry Science and Technology, 2005. p. 150-150.

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FRAGA, J.S. ; ZANOTTO, P.M.A. ; FERNANDEZ, S. ; KATSUYAMA, A.M. ; GRUBER, A. . Molecular and phylogenetic features of two distinct dsRNA virus families infecting Eimeria spp. of domestic fowl. In: IX International Coccidiosis Conference, 2005, Foz do Iguaçu. Proceedings of The IX International Coccidiosis Conference. Campinas SP: FACTA - APINCO Foundation of Poultry Science and Technology, 2005. p. 151-151.

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NOVAES, J. ; VARUZZA, L. ; NAGAO, L.T. ; SOBREIRA, T.J.P. ; KASHIWABARA, A.Y. ; PEREIRA, C.A.B. ; DURHAM, A.M. ; GRUBER, A. ; MADEIRA, A.M.B.N. . Long SAGE (serial analysis of gene expression) in Eimeria tenella - a preliminary study. In: IX International Coccidiosis Conference, 2005, Foz do Iguaçu. Proceedings of The IX International Coccidiosis Conference. Campinas SP: FACTA - APINCO Foundation of Poultry Science and Technology, 2005. p. 151-151.

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VIOTTI, A.P. ; FERNANDEZ, S. ; SOBREIRA, T.J.P. ; SOLIS, J. ; GRUBER, A. . Molecular genotyping of Eimeria tenella and E. acervulina through microsatellite markers. In: IX International Coccidiosis Conference, 2005, Foz do Iguaçu. Proceedings of The IX International Coccidiosis Conference. Campinas SP: FACTA - APINCO Foundation of Poultry Science and Technology, 2005. p. 161-161.

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CASTAÑÓN, C.A.B. ; FRAGA, J.S. ; FERNANDEZ, S. ; COSTA, L.F. ; GRUBER, A. . Digital image analysis in the diagnosis of chicken coccidiosis. In: IX International Coccidiosis Conference, 2005, Fozdo Iguaçu. Proceedings of The IX International Coccidiosis Conference. Campinas SP: FACTA - APINCO Foundation of Poultry Science and Technology, 2005. p. 162-162.

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DURANTI, M. ; CUNHA-NETO, E. ; GRUBER, A. ; ZINGALES, B. ; IANNI, B ; PEREIRA-BARRETO, A.C. ; MADY, C ; JATENE, A. ; PILLEGI, F. ; KALIL, J. . ELISA-based detection of cardiac myosin-T. cruzi antigen B13 crossreactive antibodies as markers of Chagas'cardiomyopathy. In: XXI Reunião Anual de Pesquisa Básica sobre Doença de Chagas, 1994, Caxambu - MG. Memórias do Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro: Fiocruz, 1994. v. 89. p. 160-160.

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GRUBER, A.; COLLI, W. ; ZINGALES, B. . Cloning Of Surface Antigens Of Trypanosoma cruzi. In: XV REUNIÃO ANUAL DE PESQUISA BÁSICA EM DOENÇA DE CHAGAS, 1988, Caxambu - MG. Memórias do Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro: Fiocruz, 1988. v. 83. p. 90-90.

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SILVA, E. N. ; GRUBER, A. ; ANDREATTI FILHO, R.L. ; FERREIRA, A. J. P. ; BALEN, L. ; SCARPELINI, J.A. . Imunizaçãoo de Pintos Com Um Dia de Idade Com Vacinas Inativadas Oleosas de Escherichia coli e Newcastle Aplicadas Isoladamente Ou Em Combinação. In: 10 CONGRESSO LATINOAMERICANO DE AVICULTURA, 1987, Buenos Aires - Argentina. Anais do 10 Congresso Latinoamericano de Avicultura. BUENOS AIRES, ARGENTINA, 1987. p. 0-0.

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GRUBER, A.; DURIGON, E. L. ; MÓS, E. N. ; NORONHA, A. M. B. . Prevalencia de Campylobacter jejuni e C. coli Em Fezes Normais e Diarréicas de Cães Em São Paulo. In: XIII CONGRESSO BRASILEIRO DE MICROBIOLOGIA, 1985, São Paulo - SP. Anais do XIII CONGRESSO BRASILEIRO DE MICROBIOLOGIA. SÃO PAULO, SP: SBM, 1985. p. 0-0.

Outras produções bibliográficas
1.
ALVES, JOÃO M. P. ; Oliveira, A.L. ; SANDBERG, TATIANA O. M. ; MORENO-GALLEGO, JAIME L. ; DE TOLEDO, MARCELO A. F. ; DE MOURA, ELISABETH M. M. ; OLIVEIRA, LILIANE SANTANA ; DURHAM, A.M. ; MEHNERT, DOLORES U. ; ZANOTTO, P. M. A. ; REYES, ALEJANDRO ; Gruber, Arthur . GenSeed-HMM: A Tool for Progressive Assembly Using Profile HMMs as Seeds and its Application in Alpavirinae Viral Discovery from Metagenomic Data. Lausanne: Frontiers Media, 2017 (Artigo de livro de artigos compilados).

2.
GRUBER, A.; SOLIS, J ; CASTAÑON, C A B ; COSTA, L F ; FRAGA, J S ; FERNANDEZ, S. ; BARREIRO, H ; GESSULLI NETO, O . Entendendo e Controlando a Coccidiose Aviária. Porto Feliz SP: Gessulli Agribusiness, 2005 (Poster de divulgação científica).


Produção técnica
Programas de computador sem registro
1.
SOBREIRA, T. J. P. ; DURHAM, A. M. ; GRUBER, A. . GenSeed - A seed-driven progressive assembly program. 2008.

2.
GRUBER, A.; DURHAM, A.M. . EGene - Automated Pipeline Generation System. 2005.

3.
SOBREIRA, T.J.P. ; DURHAM, A M ; GRUBER, A. . TRAP - Tandem Repeats Analysis Program. 2005.

Processos ou técnicas
1.
GRUBER, A.; FERNANDEZ, S. . Método para diagnóstico e discriminação de cepas de Eimeria acervulina, Eimeria tenella e Eimeria maxima baseado em comparação de haplótipos de loci de marcadores microssatélites amplificados com iniciadores específicos do dito método. 2007.

Trabalhos técnicos
1.
TOMLEY, F. M. ; GRUBER, A. ; WILLIAMS, R. ; CHAPMAN, H. D. ; SUO, X. ; ANDREWS, S. ; JENKINS, M. ; BLAKE, D. ; CROUCH, C. ; POSTON, R. . The DISCONTOOLS project - Coccidiosis section. 2012.

2.
GRUBER, A.. Human Transcript Validation Initiative. 2001.

3.
GRUBER, A.. Laboratório Associado de Bioinformática no Programa Humano do Câncer. 2000.

4.
GRUBER, A.. Projeto Genoma Humano do Câncer - Laboratório de Seqüenciamento. 1999.

5.
MADEIRA, Alda Maria Backx Noronha ; GRUBER, A. . Projeto Genoma de Xanthomonas citri - Laboratório de Seqüenciamento. 1999.

6.
GRUBER, A.; MADEIRA, Alda Maria Backx Noronha . Adequação de estrutura existente para a implantação do Laboratório de Biologia Molecular no edifício anexo da Faculdade de Medicina Veterinária e Zootecnia. 1998.

7.
CUNHA-NETO, E. ; SPISNI, A. ; GRUBER, A. ; ZINGALES, B. ; JULIANO NETO, L. ; VIVIANI, W. ; KALIL, J. E. . Imunopatogênese da cardiopatia chagásica crônica humana: estudo multidisciplinar da relevância biológica do mimetismo antigênico miosina cardíaca-B13. 1997.

8.
GRUBER, A.. Identificação e caracterização de marcadores genéticos para desenvolvimento precoce e resistência a drogas em Eimeria spp. de galinha doméstica. 1997.

9.
GRUBER, A.. Projeto Genoma da Xyllela fastidiosa - Laboratório de Seqüenciamento. 1997.

10.
GRUBER, A.; MADEIRA, Alda Maria Backx Noronha . Melhoria da infra-estrutura de pesquisa e criação de um depósito de decaimento de lixo radioativo no Setor de Ornitopatologia. 1997.


Demais tipos de produção técnica
1.
GRUBER, A.; NORONHA, A. M. B. ; ABE, R. T. ; FARIA, A. R. . Parasite Image Database. 2012. (Desenvolvimento de material didático ou instrucional - Banco de imagens de parasitas).

Demais trabalhos
1.
DURHAM, A M ; GRUBER, A. . IV Latin American Course on Bioinformatics for Tropical Disease Research. 2006 (Organização de curso internacional) .

2.
GRUBER, A.. IX International Coccidiosis Conference. 2005 (Organização de evento científico) .



Patentes e registros



Patente

A Confirmação do status de um pedido de patentes poderá ser solicitada à Diretoria de Patentes (DIRPA) por meio de uma Certidão de atos relativos aos processos
1.
 GRUBER, A.; FERNANDEZ, S. . Método para diagnóstico e discriminação de cepas de Eimeria acervulina, Eimeria tenella e Eimeria maxima baseado em comparação de haplótipos de loci de marcadores microssatélites amplificados com iniciadores específicos do dito método. 2007, Brasil.
Patente: Privilégio de Inovação. Número do registro: PI 0702051-1, título: "Método para diagnóstico e discriminação de cepas de Eimeria acervulina, Eimeria tenella e Eimeria maxima baseado em comparação de haplótipos de loci de marcadores microssatélites amplificados com iniciadores específicos do dito método" . Depósito: 12/06/2007Instituição(ões) financiadora(s): Laboratório Biovet SA.



Orientações



Orientações e supervisões em andamento
Dissertação de mestrado
1.
Irina Yuri Kawashima. Levantamento e caracterização de profagos da família Microviridae com o uso de HMMs de perfil. Início: 2018. Dissertação (Mestrado profissional em Interunidades em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. (Orientador).

2.
Miriã Nunes Guimarães. Aplicação de modelos de HMMs de perfis para a deteccão e classificação de vírus da ordem Bunyavirales. Início: 2016. Dissertação (Mestrado em Interunidades em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. (Orientador).

Tese de doutorado
1.
Liliane Santana Oliveira. AUma abordagem integrada para a construção e utilização de HMMs de perfil para análises genômicas e metagenômicas. Início: 2015. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. (Orientador).

Iniciação científica
1.
Wendel Hime de Lino Castro. Construção de uma base de modelos probabilísticos (HMMs de perfis) para a detecção e classificação de vírus a partir de dados metagenômicos. Início: 2017 - Universidade São Judas Tadeu, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. (Orientador).


Orientações e supervisões concluídas
Dissertação de mestrado
1.
André Luiz de Oliveira. GenSeed-HMM: desenvolvimento de uma plataforma para a reconstrução de sequências e aplicação na descoberta de novos vírus. 2012. Dissertação (Mestrado em Ciências (Biologia da Relação Patógeno-Hospedeiro)pgbmp@icb.usp.br) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Orientador: Arthur Gruber.

2.
Luiz Thibério Lira Diniz Rangel. Desenvolvimento da plataforma EGene para anotação funcional e integração com banco de dados: aplicação e validação em transcritos de Eimeria spp. de galinha domestica. 2012. Dissertação (Mestrado em Ciências (Biologia da Relação Patógeno-Hospedeiro)pgbmp@icb.usp.br) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Orientador: Arthur Gruber.

3.
Milene Ferro. Desenvolvimento e validação de protocolos para a anotação automática de sequências ORESTES de Eimeria spp. de galinha doméstica. 2008. 0 f. Dissertação (Mestrado em Ciências (Biologia da Relação Patógeno-Hospedeiro)pgbmp@icb.usp.br) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Orientador: Arthur Gruber.

4.
Alexandre Proietti Viotti. Desenvolvimento de marcadores microssatélite para a diferenciação de cepas de Eimeria tenella e E. acervulina. 2006. 67 f. Dissertação (Mestrado em Ciências (Biologia da Relação Patógeno-Hospedeiro)pgbmp@icb.usp.br) - Universidade de São Paulo, Fundação de Apoio à Universidade de São Paulo. Orientador: Arthur Gruber.

5.
Camila Malta Romano. Caracterização molecular e análise comparativa de genomas mitocondriais de Eimeria spp. de galinha doméstica. 2004. 138 f. Dissertação (Mestrado em Ciências (Biologia da Relação Patógeno-Hospedeiro)pgbmp@icb.usp.br) - Universidade de São Paulo, . Orientador: Arthur Gruber.

6.
Fernando Augusto de Abreu. Expressão, purificação e determinação da estrutura tridimensional de fragmentos da proteína antigênica B13 de Trypanosoma cruzi por espectroscopia de ressonância magnética nuclear. 2002. 0 f. Dissertação (Mestrado em Ciências (Biologia da Relação Patógeno-Hospedeiro)pgbmp@icb.usp.br) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Orientador: Arthur Gruber.

7.
Sandra Fernandez. Estudo das Variações Inter- e Intra-Específicas de Eimeria Spp. de Galinha Doméstica Através do Polimorfismo de Dna Amplificado Randomicamente (Rapd). 1999. Dissertação (Mestrado em Patologia Experimental e Comparada) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Orientador: Arthur Gruber.

Tese de doutorado
1.
Ursula Castro de Oliveira. Eimeria spp. de coelho e galinha domésticos: desenvolvimento de ensaios moleculares e caracterização filogenética. 2011. 0 f. Tese (Doutorado em Ciências (Biologia da Relação Patógeno-Hospedeiro)pgbmp@icb.usp.br) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Arthur Gruber.

2.
César Armando Beltrán Castañón. Análise e reconhecimento digital de formas biológicas para o diagnóstico automático de parasitas do gênero Eimeria. 2007. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Arthur Gruber.

3.
Jane Silveira Fraga. Caracterização Molecular e Estudo Comparativo de Vírus de Eimeria spp. de Galinha Doméstica. 2006. 178 f. Tese (Doutorado em Ciências (Biologia da Relação Patógeno-Hospedeiro)pgbmp@icb.usp.br) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Arthur Gruber.

4.
Sandra Fernandez. Desenvolvimento de marcadores moleculares para a diferenciação de cepas e espécies de Eimeria spp. de galinha doméstica. 2004. 123 f. Tese (Doutorado em Ciências (Biologia da Relação Patógeno-Hospedeiro)pgbmp@icb.usp.br) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Orientador: Arthur Gruber.

Supervisão de pós-doutorado
1.
Almir José Ferreira. 2016. Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Arthur Gruber.

Iniciação científica
1.
Irina Yuri Kawashima. Desenvolvimento de ferramentas de Bioinformática para análises genômicas. 2017. Iniciação Científica. (Graduando em Informática e Saúde (Experimental)) - Universidade Federal de São Paulo. Orientador: Arthur Gruber.

2.
Wendel Hime Lino Castro. Desenvolvimento de um componente de geração automática de sítios web para consulta e visualização de anotação funcional em bancos de dados na plataforma EGene2. 2016. Iniciação Científica. (Graduando em Ciência da Computação) - Universidade São Judas Tadeu, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Arthur Gruber.

3.
Tatiana Orli Milkewitz Sandberg. GenSeed: aplicações em montagem de genomas e reconstrução de sequências virais. 2015. Iniciação Científica. (Graduando em Ciências Biológicas) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Arthur Gruber.

4.
Rodrigo Hashimoto. Mapeamento global de proteínas em mapas de vias da base KEGG usando a plataforma EGene. 2013. Iniciação Científica. (Graduando em Abi - Ciências Biológicas) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Arthur Gruber.

5.
Deyvid Emanuel Amgarten. Desenvolvimento de um componente de anotação automática de vias metabólicas (KEGG) para a plataforma EGene de análise de sequências biológicas. 2011. Iniciação Científica. (Graduando em Ciências Biológicas) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Arthur Gruber.

6.
Rafael Moreira Neves. Desenvolvimento de um sistema de distribuição de tarefas em redes de computadores para a plataforma EGene de análise de sequências biológicas. 2009. Iniciação Científica. (Graduando em Matemática Aplicada e Computacional) - Instituto de Ciências Matemáticas e de Computação, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Arthur Gruber.

7.
Milene Ferro. Desenvolvimento de componentes de anotação de seqüências para o sistema EGene de geração de pipelines. 2006. 0 f. Iniciação Científica. (Graduando em Ciências Biológicas) - Universidade Presbiteriana Mackenzie, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Orientador: Arthur Gruber.

8.
Tiago José Paschoal Sobreira. Desenvolvimento de ferramentas de Bioinformática para o estudo comparativo de genomas extracromossômicos de Eimeria, Theileria, Neospora e Toxoplasma. 2003. 0 f. Iniciação Científica - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Arthur Gruber.

9.
Ângela Mika Katsuyama. Seqüenciamento e caracterização do genoma viral de Eimeria maxima e expressão de proteínas recombinantes. 2001. 0 f. Iniciação Científica. (Graduando em Medicina Veterinária) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Orientador: Arthur Gruber.

10.
Ana Helena Pagotto. Seqüenciamento de elementos de DNA extracromossômico de Eimeria spp.. 2001. 0 f. Iniciação Científica. (Graduando em Medicina Veterinária) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Arthur Gruber.

11.
Fernando Augusto de Abreu. Clonagem e expressão de fragmentos de miosina cardíaca humana para o mapeamento de epitopos de reatividade cruzada entre miosina cardíaca e proteína B13 de Trypanosoma cruzi. 2000. 0 f. Iniciação Científica. (Graduando em Medicina Veterinária) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Orientador: Arthur Gruber.

12.
Jane Silveira Fraga. Seqüenciamento e caracterização do genoma de RNA viral de Eimeria brunetti. 2000. 0 f. Iniciação Científica. (Graduando em Medicina Veterinária) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Orientador: Arthur Gruber.

13.
Ângela Mika Katsuyama. Detecção e caracterização das variações inter- e intra-específicas de Eimeria spp. de galinha doméstica por amplificação randômica de DNA polimórfico (RAPD). 2000. 0 f. Iniciação Científica. (Graduando em Medicina Veterinária) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Arthur Gruber.

14.
Jane Silveira Fraga. O Seqüenciamento do Genoma de Xyllela fastidiosa - Equipe de Laboratório de Seqüenciamento. 1999. 0 f. Iniciação Científica. (Graduando em Medicina Veterinária) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Orientador: Arthur Gruber.

15.
Matias Ramiro Diez. Expressão e purificação de fragmentos de miosina cardíaca humana destinados ao mapeamento de epitopos de reatividade cruzada entre miosina cardíaca e proteína B13 de Trypanosoma cruzi. 1998. 0 f. Iniciação Científica. (Graduando em Farmácia) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Orientador: Arthur Gruber.

16.
Alexandre Camargo Costa. Estudo das variações inter- e intra-específicas de Eimeria spp. de galinha doméstica por amplificação randômica de DNA polimórfico (RAPD). 1998. 0 f. Iniciação Científica. (Graduando em Medicina Veterinária) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Orientador: Arthur Gruber.



Inovação



Programa de computador sem registro
1.
SOBREIRA, T. J. P. ; DURHAM, A. M. ; GRUBER, A. . GenSeed - A seed-driven progressive assembly program. 2008.



Educação e Popularização de C & T



Desenvolvimento de material didático ou instrucional
1.
GRUBER, A.; NORONHA, A. M. B. ; ABE, R. T. ; FARIA, A. R. . Parasite Image Database. 2012. (Desenvolvimento de material didático ou instrucional - Banco de imagens de parasitas).




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