Pedro Geraldo Pascutti

Bolsista de Produtividade em Pesquisa do CNPq - Nível 1D (***)

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  • Última atualização do currículo em 08/10/2018


Possui graduação em Física pela Universidade Estadual de Londrina (1986), mestrado (1990) e doutorado (1996) em Física pela Universidade de São Paulo e pós-doutorado em Biofísica Molecular na Universidade Federal do Rio de Janeiro - UFRJ (1998). Atualmente é professor do Instituto de Biofísica Carlos Chagas Filho da UFRJ. Tem experiência em Biofísica Molecular teórica e experimental. Atua em modelagem computacional e dinâmica molecular em enovelamento de proteínas, biomembranas, interações proteína-proteína e proteína-ligantes e planejamento de fármacos inibidores enzimáticos. Chefia o Laboratório de Modelagem e Dinâmica Molecular do IBCCF/UFRJ, foi Cientista do Nosso Estado FAPERJ, coordenou a Área Interdisciplinar da CAPES e foi membro titular do Conselho Técnico e Científico do Ensino Superior de 2011 a 2014. (Texto informado pelo autor)


Identificação


Nome
Pedro Geraldo Pascutti
Nome em citações bibliográficas
PASCUTTI, P. G.;Geraldo Pascutti, Pedro;Pascutti, Pedro Geraldo;Valiente, Pedro A.;Pascutti, Pedro G.;PASCUTTI, P.G.

Endereço


Endereço Profissional
Universidade Federal do Rio de Janeiro, Instituto de Biofísica Carlos Chagas Filho.
Avenida Carlos Chagas Filho, 373 - Edificio do CCS - Bloco D - Sala D1-030
Ilha do Fundão
21941902 - Rio de Janeiro, RJ - Brasil
Telefone: (21) 39386507
Fax: (21) 22808193
URL da Homepage: http://www.biof.ufrj.br


Formação acadêmica/titulação


1991 - 1996
Doutorado em Física.
Universidade de São Paulo, USP, Brasil.
Título: Dinâmica Molecular de Peptídeos na Interface Membrana-água, Ano de obtenção: 1996.
Orientador: Amando Siuiti Ito.
Bolsista do(a): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior, CAPES, Brasil.
Palavras-chave: Dinâmica Molecular; interfaces; imagens eletrostáticas; hidrofobicidade; biomembranas; peptídeos melanotrópicos.
Grande área: Ciências Biológicas
Grande Área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Física / Subárea: Física da Matéria Condensada / Especialidade: Superfícies e Interfaces; Películas e Filamentos.
Grande Área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Física / Subárea: Física da Matéria Condensada / Especialidade: Estrutura de Líquidos e Sólidos; Cristalografia.
Setores de atividade: Produtos e Processos Biotecnológicos; Fabricação de Produtos Farmacêuticos; Saúde Humana.
1987 - 1990
Mestrado em Física.
Universidade de São Paulo, USP, Brasil.
Título: Radicais Livres Intrínsecos e Foto-Induzidos em Melano-Proteínas,Ano de Obtenção: 1990.
Orientador: Amando Siuiti Ito.
Bolsista do(a): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, CNPq, Brasil.
Palavras-chave: Ressonância Paramagnética Eletrônica; radicais livres; melanina; semicondutor orgânico; complexo melanina-proteína; sinal EPR fotoinduzido.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra
Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Biofísica / Subárea: Biofísica Molecular / Especialidade: Espectroscopia de Biomoléculas.
Grande Área: Ciências da Saúde / Área: Medicina / Subárea: Clínica Médica / Especialidade: Cancerologia.
Setores de atividade: Produtos e Processos Biotecnológicos; Saúde Humana; Industria Eletro-Eletrônica.
1982 - 1986
Graduação em Física.
Universidade Estadual de Londrina, UEL, Brasil.


Pós-doutorado


1997 - 1998
Pós-Doutorado.
Universidade Federal do Rio de Janeiro, UFRJ, Brasil.
Bolsista do(a): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, CNPq, Brasil.
Grande área: Ciências Biológicas


Atuação Profissional



Universidade Federal do Rio de Janeiro, UFRJ, Brasil.
Vínculo institucional

1998 - Atual
Vínculo: Servidor Público, Enquadramento Funcional: Professor, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

Vínculo institucional

1997 - 1998
Vínculo: Bolsista recém-doutor, Enquadramento Funcional: Bolsista Recém-Doutor, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.
Outras informações
Atividades desenvolvidas no períodio: desenvolvimento de softwere, co-orientações de teses e pesquisa em Simulação Computacional

Vínculo institucional

1995 - 1996
Vínculo: Colaborador, Enquadramento Funcional: Pesquisador, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.
Outras informações
Atividades desenvolvidas no períodio: desenvolvimento de softwere, treinamento de pessoal, implementação de laboratório e pesquisa em Modelagem Computacional e Dinâmica Molecular.

Vínculo institucional

1994 - 1995
Vínculo: Professor Visitante, Enquadramento Funcional: Professor Visitante, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.
Outras informações
Atividades desenvolvidas no período: desenvolvimento de softwere e implementação de laboratório para Modelagem Computacional e Simulação por Dinâmica Molecular.

Atividades

08/2006 - Atual
Ensino, Ciências Biológicas - Modalidade Biofísica, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Bioquímica
08/2003 - Atual
Direção e administração, Instituto de Biofísica Carlos Chagas Filho, .

Cargo ou função
Chefe do Laboratório de Modelagem e Dinâmica Molecular.
08/1998 - Atual
Ensino, Ciências Biológicas Modalidade Médica, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Introdução à Modelagem Molecular
08/1998 - Atual
Ensino, Fonoaudiologia, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Acústica
6/1998 - Atual
Ensino, Ciências Biológicas (Biofísica), Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
Elementos Básicos de Programação Aplicados à Modelagem Molecular
Métodos em Física Molecular e Espectroscopia
Modelagem e Dinâmica de Biomoléculas
8/1994 - Atual
Pesquisa e desenvolvimento , Instituto de Biofísica Carlos Chagas Filho, .

07/2005 - 06/2007
Direção e administração, Instituto de Biofísica Carlos Chagas Filho, .

Cargo ou função
coordenador do programa de pós-graduação Ciências Biológicas - Biofísica.
12/2002 - 06/2005
Direção e administração, Instituto de Biofísica Carlos Chagas Filho, .

Cargo ou função
coordenador adjunto do programa de pós-graduação Ciências Biológicas - Biofísica.

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior, CAPES, Brasil.
Vínculo institucional

2010 - 2014
Vínculo: Colaborador, Enquadramento Funcional: Coordenador da Área Interdisciplinar da CAPES, Carga horária: 10
Outras informações
Acompanhamento e avaliação de Programas de Pós-graduação multi e interdisciplinares

Vínculo institucional

2007 - 2010
Vínculo: Colaborador, Enquadramento Funcional: Coordenador Adjunto da Área Interdisciplinar

Atividades

03/2001 - Atual
Conselhos, Comissões e Consultoria, Diretoria de Avaliação/Área Multidisciplinar, .

Cargo ou função
Avaliação de Programas de Pós-graduação da Área Multidisciplinar (ver os itens "bancas de comissões julgadoras" e "trabalhos técnicos" e links associados).
04/2006 - 02/2007
Direção e administração, Diretoria de Avaliação/Área Multidisciplinar, .

Cargo ou função
Coordenador da Câmara de Saúde e Biológicas da Área Multidisciplinar (nomeação - portaria 75/2006 - http://www.capes.gov.br/capes/portal/conteudo/Portaria_075_2006.pdf).


Linhas de pesquisa


1.
MODELAGEM E DINÂMICA DE ESTRUTURAS MOLECULARES DE INTERESSE BIOLÓGICO

Objetivo: Uma aplicação importante da Biologia Computacional é a identificação de novos alvos terapêuticos a partir de genomas e o planejamento de fármacos baseado na estrutura cristalográfica ou modelos tridimensionais desses alvos moleculares. O desenho computacional de inibidores enzimáticos baseado em estrutura é uma das principais linhas de pesquisa do grupo, abordando o planejamento de fármacos contra vírus, bactérias e parasitas. Macromoléculas em biomembranas têm sido outro tema de estudo do grupo, como complexos da integrina α(v)β(3) visando terapia anticancer e a dinâmica molecular associada à função de ATPases tipo P. O avanço na capacidade de processamento computacional e o surgimento de arquiteturas de hardware de alta performance, têm possibilitado o uso de métodos da Mecânica Quântica no estudo de macromoléculas, o que tem levado ao entendimento dos processos biológicos, interações moleculares, catálise e mesmo a evolução biológica à escala eletrônica. O desenvolvimento e aplicações de métodos de simulação de macromoléculas empregando Mecânica Quântica tem sido outra linha de atuação do grupo. Novos métodos estatísticos têm viabilizado outros cálculos massivos, como os envolvidos na predição de estrutura de proteínas e seus complexos. Um exemplo promissor tem sido o Generalized Simulated Annealing (GSA), proposto em fins do Século XX por Tsallis e Stariolo, que é aplicada em nosso grupo acoplado à técnica Dinâmica Molecular na predição do enovelamento protéico..
Grande área: Ciências Biológicas
Grande Área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Física / Subárea: Física Atômica e Molecular.
Grande Área: Ciências da Saúde / Área: Farmácia / Subárea: Química Farmacêutica Medicinal.
Setores de atividade: Educação; Fabricação de produtos farmoquímicos e farmacêuticos.
Palavras-chave: complexo enzima-inibidor; enovelamento de proteinas; Dinâmica Molecular; docking molecular; Malária; Doença de Chagas.


Projetos de pesquisa


2014 - Atual
Edital CAPES 51/2013 - Biologia Computacional ? cooperação UFRJ-INMETRO-UFMG
Descrição: capital, custeio e bolsas; em equipe; vigência 2013-2017; projeto: Estudos de biologia computacional aplicados a genômica, metagenômica, transcriptômica, proteômica de microorganismos de interesse em biocombustíveis e no desenvolvimento de fármacos para doenças negligenciadas.
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (6) Doutorado: (15) .
Integrantes: Pedro Geraldo Pascutti - Integrante / Diego Henry Barreto Gomes - Integrante / Wanderley de Sousa - Coordenador / Manuela Leal da silva - Integrante / Ronaldo Alves Pinto Nagen - Integrante.Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Bolsa.
2013 - 2015
Edital CAPES/Ministério do Ensino Superior de Cuba 37/2013 ? cooperação UFRJ-CENSA - Centro Nacional de Sanidade Agropecuária de Cuba
Descrição: custeio e bolsas; em equipe; vigência 2013-2015; projeto: Desenho Racional de Inibidores de Catepsina-B de Fasciola Hepatica.
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) Doutorado: (2) .
Integrantes: Pedro Geraldo Pascutti - Coordenador.Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Bolsa.
2013 - Atual
Edital CAPES-Ministério da Defesa 31/2013 - Pró-Defesa III ? cooperação UFRJ-IME
Descrição: custeio e bolsas; em equipe; vigência 2013-2017; projeto: Desenvolvimento e Avaliação de Compostos para Defesa Contra Agentes Utilizados em Armas Químicas e Biológicas.
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (6) / Mestrado acadêmico: (9) / Doutorado: (13) .
Integrantes: Pedro Geraldo Pascutti - Coordenador / Jose D. Figueroa-Villar - Integrante.Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Bolsa / Ministério da Defesa - Auxílio financeiro.
2013 - Atual
CNPq ? Produtividade em Pesquisa
Descrição: custeio; individual; vigência 2013-2017; projeto: Modelagem e Dinâmica Molecular de Sistemas de Interesse Biológico; bolsa pesquisa e taxa de bancada.
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (3) / Mestrado acadêmico: (2) / Doutorado: (8) .
Integrantes: Pedro Geraldo Pascutti - Coordenador.
2013 - Atual
PENSA-RIO 2012 - FAPERJ - Ação integrada de estratégias estruturais e moleculares na investigação de agentes e alvos terapêuticos importantes no controle e prevenção de doenças virais relevantes ao Estado do Rio de Janeiro
Descrição: Recursos R$ 400.000,00 Esta proposta visa a busca e o estudo detalhado de estratégias terapêuticas virais contra doenças importantes para a saúde humana e animal no Estado do Rio de Janeiro, como as infecções causadas pelos vírus da Dengue (DENV), hepatite C (HCV), imunodeficiência humana (HIV) e Cantagalo (CTGV). Esta ação será concretizada por meio de ações multidisciplinares e integradas sobre vários aspectos das áreas de Biologia Estrutural, Molecular e Celular, a partir do fortalecimento da rede de colobarações já existente e bastante profícua entre os proponentes deste projeto. A infecção pelo DENV é uma preocupação em todo mundo, porém, é particularmente alarmante o grande número de casos no Brasil, especialmente no RJ. Não há vacinas nem terapia antiviral específica e a busca por fármacos capazes de inibir a replicação viral é premente. Similarmente, as infecções por HCV e HIV afetam milhões de indivíduos no mundo; não há vacina e poucas drogas são utilizadas na terapia antiviral, mesmo assim sem alta eficiência para alguns genótipos virais no caso de HCV. O CTGV foi isolado no Estado do RJ, mas a infecção já se espalhou por vários estados Brasileiros. Causa lesões pustulares em gado bovino leiteiro e ordenhadores e não há terapia antiviral. Portanto, temos como objetivos: i) otimizar novos potenciais inibidores da replicação do DENV e HCV por modelagem e docking moleculares e avaliar o seu mecanismo de ação in vitro e em cultura de célula; ii) caracterizar a interação da proteína PUR-alfa de Aedes aegypti com regiões do RNA e proteínas virais; iii) avaliar mais precisamente as interações entre a protease do HIV e inibidores a partir de novas metologias de ancoramento molecular; iv) otimizar a estrutura do peptídeo truncado natural da proteína Nef do vírus da imunodeficiência de chimpanzés, que inibe a replicação do HIV, por modelagem e docking moleculares e caracterizar o seu mecanismo de ação in vitro e em cultura de célula; v) caracterizar o efeito ant.
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (18) / Mestrado acadêmico: (15) / Doutorado: (16) .
Integrantes: Pedro Geraldo Pascutti - Coordenador / Ronaldo S. Mohana Borges - Integrante / Marcelo Rosado Fantappie - Integrante / Clarissa Rosa de Almeida Damaso - Integrante / Jose Daniel Figueroa Villar - Integrante / Luciana Jesus da Costa - Integrante / Luciana de Barros Arruda - Integrante / Fabiana Avila Carneiro - Integrante / Francisco Jose Rocha de Sousa - Integrante.Financiador(es): Fundação Carlos Chagas Filho de Amparo à Pesquisa do Estado do RJ - Auxílio financeiro.
2013 - Atual
MODELAGEM E DINÂMICA MOLECULAR EM SISTEMAS BIOMOLECULARES: DESENHO DE FÁRMACOS, ESTRUTURA E DINÂMICA DE COMPLEXOS PROTÉICOS, NANOMATERIAIS, POLISSACARÍDEOS E BIOMEMBRANAS
Descrição: Edital FAPERJ ? Cientista do Nosso Estado 2012 Estudo de fármacos com ação em membranas biológicas e no bloqueio de enzimas, anestésicos e proteínas na presença de membranas biológicas, adsorção de proteínas em superfícies funcionalizadas, dinâmica de fibras de celulose e de complexos de trombina-heparina-antitrombina..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (3) / Mestrado acadêmico: (2) / Doutorado: (8) .
Integrantes: Pedro Geraldo Pascutti - Coordenador.Financiador(es): Fundação Carlos Chagas Filho de Amparo à Pesquisa do Estado do RJ - Auxílio financeiro.
2010 - 2014
Bolsa Produtividade em Pesquisa CNPq
Descrição: taxa de bancada R$ 1200,00/mes.
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
2010 - 2014
Edital CAPES-COFECUB 2010 ? cooperação UFRJ - Université de Paris-Sud e Ecole Normale Superieure de Cachan
Descrição: bolsas e custeio; em equipe; vigência 2010-2014; projeto no 678: Desenvolvimento e aplicações de novas metodologias para o estudo de interações proteína-ligantes e investigação dos mecanismos moleculares de resistência e fármacos.
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Doutorado: (8) .
Integrantes: Pedro Geraldo Pascutti - Integrante / Paulo M. Bisch - Coordenador / David Perahia - Integrante / Luba TCHERTANOV - Integrante.Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Bolsa.
2010 - 2013
Pensa-Rio FAPERJ
Descrição: R$120.000,00 - montagem de um cluster para Simulação Molecular.
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
2009 - 2012
INSTITUTO NACIONAL DE BIOLOGIA ESTRUTURAL E BIOIMAGEM
Descrição: O INBEB é um INC&T CNPq/FINEP/FAPERJ e conta com uma Unidade Central localizada no Centro de Ciências da Saúde da Universidade Federal do Rio de Janeiro (UFRJ) e com 20 Laboratórios Associados, localizados em várias instituições distribuídas em diferentes estados da federação..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
2009 - 2011
Cintista do Nosso Estado - FAPERJ
Descrição: MODELAGEM COMPUTACIONAL DE SISTEMAS BIOMOLECULARES: DESENVOLVIMENTO DE SOFTWARES E APLICAÇÕES NO DESENHO DE FÁRMACOS Um das atividades de grande importância na Biologia Molecular Estrutural é a determinação e caracterização da estrutura de macromoléculas biológicas como alvos moleculares visando o desenvolvimento racional de fármacos. O uso integrado de técnicas experimentais e computacionais, nesse sentido, possibilita a identificação e maior compreensão das interações entre macromoléculas e seus ligantes, a exploração da complementariedade entre as estruturas tridimensionais e da dinâmica da interação. Através do conhecimento da estrutura detalhada de enzimas, por exemplo, uma série de estratégias vem sendo empregada na tentativa da identificação de substâncias que se ajustem o mais especificamente possível às suas estruturas tridimensionais para que atuem como inibidores enzimáticos, no tratamento de doenças. No entanto, existe um hiato muito grande entre o número conhecido de seqüências de aminoácidos de proteínas e o das respectivas estruturas. Essa grande lacuna tem ainda crescido, alimentada pela determinação de diversos genomas, que incluem, por exemplo, o humano e o de agentes infecciosos como o P. falciparum. Assim, técnicas computacionais vêm contribuindo enormemente para cobrir essa diferença e ainda, acessar informações que são limitadas ou inviáveis por técnicas experimentais. Esse quadro tem sido reforçado pela crescente capacidade de processamento e pela diminuição dos custos computacionais, além do surgimento de métodos e programas cada vez mais bem elaborados e amigáveis. Este projeto visa dar suporte às atividades do Laboratório de Modelagem e Dinâmica Molecular (LMDM) do Instituto de Biofísica Carlos Chagas Filho da UFRJ. Essas atividades estão incluídas nas três grandes metas aqui expostas: 1) DESENVOLVIMENTO DE SOFTWARE PARA PREDIÇÃO DO ENOVELAMENTO DE PROTEÍNAS E DA ESTRUTURA DE COMPLEXOS MOLECURAES; 2) DESENHO COMPUTACIONAL DE FÁRMACOS.
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
2007 - 2009
MODELAGEM E DINÂMICA DE ESTRUTURAS MOLECULARES DE INTERESSE BIOLÓGICO
Descrição: Bolsa Produtividade em Pesquisa.
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (8) / Mestrado acadêmico: (3) / Doutorado: (6) .
Integrantes: Pedro Geraldo Pascutti - Coordenador.Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa.
Número de produções C, T & A: 25 / Número de orientações: 18
2007 - 2009
DESENVOLVIMENTO DE SOFTWARES E APLICAÇÕES EM MODELAGEM E DINÂMICA MOLECULAR SOBRE SISTEMAS BIOLÓGICOS
Descrição: Edital MCT/CNPq 15/2007 - Universal.
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (6) / Especialização: (2) / Mestrado acadêmico: (3) / Doutorado: (8) .
Integrantes: Pedro Geraldo Pascutti - Coordenador.
2006 - 2009
PRODEFESA - DEFESA CONTRA GUERRA QUÍMICA E BIOLÓGICA
Descrição: Edital Pró-Defesa 2005/CAPES - Cooperação entre Instituto Militar de Engenharia, Núcleo de Pesquisas em Produtos Naturais - UFRJ e Instituto de Biofísica Carlos Chagas Filho - UFRJ.
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Doutorado: (2) .
Integrantes: Pedro Geraldo Pascutti - Integrante / Jose D. Figueroa-Villar - Coordenador / Eduardo Ruback - Integrante / Tanos C. C. França - Integrante / Arlan da Silva Gonçalves - Integrante / Luzineide Wanderley Tinoco - Integrante.Financiador(es): CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Auxílio financeiro.Número de orientações: 2
2006 - 2009
INSTITUTO MILÊNIO DE BIOLOGIA ESTRUTURAL EM BIOMEDICINA E BIOTECNOLOGIA
Descrição: instituições participantes: Universidade Federal do Rio de Janeiro (UFRJ), Instituto Militar de Engenharia (IME), Centro de Biotecnologia Molecular Estrutural (CBME) / Intituto de Fisica de Sao Carlos- USP, Laboratório Nacional de Luz Sincrotron (LNLS), Universidade Federal da Bahia (UFBA), Universidade Estadual de Feira de Santana, Universidade Federal de Santa Catarina, Universidade Estadual do Rio de Janeiro, Biomanguinhos/IOC (FIOCRUZ), Universidade de Brasília (UNB), Instituto Nacional do Câncer (INCA) ? CEMO, Universidade Estadual de Santa Cruz (UESC, Bahia).
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (6) / Mestrado acadêmico: (2) / Doutorado: (9) .
Integrantes: Pedro Geraldo Pascutti - Integrante / Paulo Mascarello Bisch - Integrante / Kleber C. Mundim - Integrante / Marcelo A. Moret - Integrante / Jose D. Figueroa-Villar - Integrante / Jerson Lima Silva - Coordenador / Glaucius Oliva - Integrante / Wanderley de Sousa - Integrante / Carlos H. Inácio Ramos - Integrante / Ricardo Galler - Integrante / Eliana Abdelhay - Integrante.Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.
Número de produções C, T & A: 9 / Número de orientações: 14
2003 - 2006
DESENVOLVIMENTO DE METODOLOGIAS DE ?DOCKING? ACOPLADAS À UTILIZAÇÃO DE COMPUTAÇÃO DE ALTO DESEMPENHO VISANDO O DESENHO RACIONAL DE COMPOSTOS BIOATIVOS
Descrição: projeto Temático - FAPERJ entre o IBCCF e o Laboratório Nacional de Computação Científica.
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Mestrado acadêmico: (2) / Doutorado: (2) .
Integrantes: Pedro Geraldo Pascutti - Integrante / Paulo Mascarello Bisch - Integrante / Alan Wilter Sousa daSilva - Integrante / Laurent E Dardenne - Integrante / Luiz Bevilacqua - Coordenador.Financiador(es): Fundação Carlos Chagas Filho de Amparo à Pesquisa do Estado do RJ - Auxílio financeiro.
Número de produções C, T & A: 22 / Número de orientações: 6
2003 - 2005
DESENVOLVIMENTO DE UM AMBIENTE COMPUTACIONAL PARA PREDIÇÃO DE ESTRUTURAS DE PROTEÍNAS E DESENHO RACIONAL DE FÁRMACO
Descrição: Edital CNPq 004/2003 - projeto em cooperação IBCCF - LNCC.
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (11) / Mestrado acadêmico: (5) / Doutorado: (10) .
Integrantes: Pedro Geraldo Pascutti - Integrante / Paulo Mascarello Bisch - Coordenador / Ernesto Raul Caffarena - Integrante / Laurent E Dardenne - Integrante / Shaila C Sicora Rösle - Integrante.Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.
Número de produções C, T & A: 39 / Número de orientações: 21
2002 - 2005
PROCAD - SIMULAÇÃO COMPUTACIONAL DE SISTEMAS MOLECULARES DE INTERESSE BIOLÓGICO
Descrição: intercâmbio entre Instituto de Biofísica Carlos Chagas Filho - UFRJ, Depto de Física - UEL, Instituto de Química - UnB e Departamento de Física e Matemática - FFCLRP-USP.
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (11) / Mestrado acadêmico: (4) / Doutorado: (8) .
Integrantes: Pedro Geraldo Pascutti - Integrante / Paulo Mascarello Bisch - Coordenador / Amando Siuiti Ito - Integrante / Kleber C. Mundim - Integrante / André Tsutomu Ota - Integrante.Financiador(es): CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Auxílio financeiro.
Número de produções C, T & A: 42 / Número de orientações: 19


Projetos de desenvolvimento


2007 - 2009
ANIMAÇÃO COMPUTACIONAL DE INTERAÇÕES MOLECULARES
Descrição: Edital FAPERJ n.º 04/2007 Programa ?DIFUSÃO E POPULARIZAÇÃO DA CIÊNCIA E TECNOLOGIA NO ESTADO DO RIO DE JANEIRO?.
Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento.
Alunos envolvidos: Graduação: (6) / Especialização: (2) / Mestrado acadêmico: (3) / Doutorado: (6) .
Integrantes: Pedro Geraldo Pascutti - Coordenador.
2005 - 2008
NOVAS FERRAMENTAS COMPUTACIONAIS PARA ANÁLISE ESTRUTURAL EM BIOMOLÉCULAS
Descrição: Desenvolvimento de software baseado em novos métodos estatísticos para o cálculo do enovelamento de peptídeos e pequenas proteínas, refinamento de modelos obtidos por Modelagem Comparativa e em Docking Molecular. processo CNPq 507391/2004-7 - Edital de fomento Tecnológico-14/2004 - R$149.163,95 bolsas ITI/DTI/EV.
Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento.
Alunos envolvidos: Graduação: (3) / Doutorado: (3) .
Integrantes: Pedro Geraldo Pascutti - Coordenador / Diego Enry Barreto Gomes - Integrante / Maurício G. S. Costa - Integrante / Arlan da Silva Gonçalves - Integrante / Tácio Vinício Amorim Fernandes - Integrante / Samuel Silva da Rocha Pita - Integrante / Ranlig Carvalho de Medeiros - Integrante.Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa.
Número de produções C, T & A: 4 / Número de orientações: 7
2004 - 2005
DESENVOLVIMENTO DE UM PORTAL PARA APLICAÇÕES DE PESQUISA EM BIOINFORMÁTICA NA REDE PAUÁ
Descrição: projeto conjunto IBCCF - Laboratório Nacional de Comuptação Científica.
Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento.
Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (3) Doutorado: (2) .
Integrantes: Pedro Geraldo Pascutti - Coordenador / Alan Wilter Sousa daSilva - Integrante / Diego Henry Barreto Gomes - Integrante / Carla Osthoff - Integrante / Eduardo Hill - Integrante / Patrícia M. Barros - Integrante.Financiador(es): Hewlett-Packard Computadores - Bolsa.
Número de produções C, T & A: 2


Membro de comitê de assessoramento


2011 - 2014
Agência de fomento: Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior
2009 - 2011
Agência de fomento: Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior


Revisor de periódico


2006 - Atual
Periódico: Journal of Brazillian Chemical Society
2006 - Atual
Periódico: Physica. A
2006 - Atual
Periódico: Proteins
2008 - Atual
Periódico: Journal of Physical Chemistry


Revisor de projeto de fomento


2010 - Atual
Agência de fomento: Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo
2000 - Atual
Agência de fomento: Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior
2000 - Atual
Agência de fomento: Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico


Áreas de atuação


1.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Biofísica / Subárea: Biofísica Molecular.
2.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Biologia Molecular.
3.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Farmacologia / Subárea: Farmacologia Bioquímica e Molecular.
4.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Química de Macromoléculas.
5.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Química de Macromoléculas/Especialidade: Lipídeos.
6.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Química de Macromoléculas/Especialidade: Proteínas.


Idiomas


Inglês
Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.
Espanhol
Compreende Bem, Fala Razoavelmente, Lê Bem, Escreve Razoavelmente.
Português
Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.
Francês
Compreende Razoavelmente, Fala Razoavelmente, Lê Razoavelmente, Escreve Razoavelmente.


Prêmios e títulos


2013
Cientista Nosso Estado, FAPERJ.
2009
Cientista Nosso Estado, FAPERJ.


Produções



Produção bibliográfica
Citações

SCOPUS

Artigos completos publicados em periódicos

1.
MARTINS, LUAN CARVALHO2018MARTINS, LUAN CARVALHO ; TORRES, P. H. M. ; DE OLIVEIRA, RENATA BARBOSA ; PASCUTTI, P. G. ; CINO, ELIO A. ; FERREIRA, RAFAELA SALGADO . Investigation of the binding mode of a novel cruzain inhibitor by docking, molecular dynamics, ab initio and MM/PBSA calculations. JOURNAL OF COMPUTER-AIDED MOLECULAR DESIGN, v. 32, p. 4-15, 2018.

2.
HERNÁNDEZ-GONZÁLEZ, JORGE E.2018HERNÁNDEZ-GONZÁLEZ, JORGE E. ; SALAS-SARDUY, EMIR ; HERNÁNDEZ RAMÍREZ, LUISA F. ; PASCUAL, MARÍA J. ; ÁLVAREZ, DIEGO E. ; PABÓN, ADRIANA ; LEITE, VITOR B.P. ; Pascutti, Pedro G. ; VALIENTE, PEDRO A. . Identification of (4-(9H-fluoren-9-yl) piperazin-1-yl) methanone derivatives as falcipain 2 inhibitors active against Plasmodium falciparum cultures. BIOCHIMICA ET BIOPHYSICA ACTA-GENERAL SUBJECTS, v. 1862, p. 2911-2923, 2018.

3.
HERNÁNDEZ GONZÁLEZ, JORGE ENRIQUE2017HERNÁNDEZ GONZÁLEZ, JORGE ENRIQUE ; HERNÁNDEZ ALVAREZ, LILIAN ; PASCUTTI, P. G. ; Valiente Flores, P A . Predicting Binding Modes of Reversible Peptide-Based Inhibitors of Falcipain-2 Consistent with Structure-Activity Relationships. PROTEINS-STRUCTURE FUNCTION AND BIOINFORMATICS, v. x, p. x-x, 2017.

4.
SODERO, ANA CAROLINA RENNÓ2017SODERO, ANA CAROLINA RENNÓ ; ABRAHIM-VIEIRA, BÁRBARA ; TORRES, PEDRO HENRIQUE MONTEIRO ; Pascutti, Pedro Geraldo ; GARCIA, CÉLIA RS ; FERREIRA, VITOR FRANCISCO ; ROCHA, DAVID RODRIGUES DA ; FERREIRA, SABRINA BAPTISTA ; SILVA JR, FLORIANO PAES . Insights into cytochrome bc1 complex binding mode of antimalarial 2-hydroxy-1,4-naphthoquinones through molecular modelling. Memórias do Instituto Oswaldo Cruz, v. 112, p. 299-308, 2017.

5.
TORRES, P. H. M.2016TORRES, P. H. M. ; PASCUTTI, P. G. ; BISCH, PAULO MASCARELLO ; SILVA, MANUELA LEAL DA . Alternative Model for RND-Type Efflux Pump. Journal of the Brazilian Chemical Society (Impresso), v. 00, p. 1-5, 2016.

6.
SOARES, R. O.2016SOARES, R. O. ; TORRES, PEDRO H.M. ; DA SILVA, MANUELA L. ; PASCUTTI, P. G. . Unraveling HIV Protease Flaps Dynamics by Constant pH Molecular Dynamics Simulations. Journal of Structural Biology (Print), v. 195, p. 216-226, 2016.

7.
DA SILVA FIGUEIREDO CELESTINO GOMES, PRISCILA2016DA SILVA FIGUEIREDO CELESTINO GOMES, PRISCILA ; CHAUVOT DE BEAUCHÊNE, ISAURE ; PANEL, NICOLAS ; LOPEZ, SOPHIE ; DE SEPULVEDA, PAULO ; Geraldo Pascutti, Pedro ; SOLARY, ERIC ; TCHERTANOV, LUBA . Insight on Mutation-Induced Resistance from Molecular Dynamics Simulations of the Native and Mutated CSF-1R and KIT. Plos One, v. 11, p. e0160165, 2016.

8.
Soares, Rosemberg O.2016Soares, Rosemberg O. ; TORRES, PEDRO H.M. ; DA SILVA, MANUELA L. ; Pascutti, Pedro G. . Dataset showing the Impact of the Protonation States on Molecular Dynamics of HIV protease. Data in Brief, v. 8, p. 1144-1150, 2016.

9.
ALVES, MARINA AMARAL2016ALVES, MARINA AMARAL ; NIRMA, CHARLOTTE ; MOREIRA, MAYARA M. ; Soares, Rosemberg O. ; Pascutti, Pedro G. ; NOEL, F ; COSTA, PAULO ; SANT?ANNA, CARLOS ; BARREIRO, ELIEZER J. ; LIMA, LÍDIA MOREIRA ; TINOCO, LUZINEIDE . Non-competitive Inhibitor of Nucleoside Hydrolase from Leishmania donovani Identified by Fragment-based Drug Discovery. RSC Advances: an international journal to further the chemical sciences, v. x, p. x, 2016.

10.
DIAS, M. F. R.2016DIAS, M. F. R. ; PASCUTTI, P. G. ; da Silva, M. L. . Machine Learning and Applications in Bioinformatics.. SEMIOSES (RIO DE JANEIRO), v. 10, p. 23-31, 2016.

11.
MARQUES, A. F.2015MARQUES, A. F. ; DA SILVA FIGUEIREDO CELESTINO GOMES, PRISCILA ; OLIVEIRA, P. L. ; ROSENTHAL, P. J. ; Pascutti, Pedro Geraldo ; LIMA, L. M. T. . Allosteric regulation of the Plasmodium falciparum cysteine protease falcipain-2 by heme. Archives of Biochemistry and Biophysics (Print), v. x, p. 1-8, 2015.

12.
HERNÁNDEZ ALVAREZ, LILIAN2015HERNÁNDEZ ALVAREZ, LILIAN ; NARANJO FELICIANO, DANY ; HERNÁNDEZ GONZÁLEZ, JORGE ENRIQUE ; DE OLIVEIRA SOARES, ROSEMBERG ; BARRETO GOMES, DIEGO ENRY ; Pascutti, Pedro Geraldo . Insights into the Interactions of Fasciola hepatica Cathepsin L3 with a Substrate and Potential Novel Inhibitors through In Silico Approaches. PLoS Neglected Tropical Diseases (Online), v. 9, p. e0003759, 2015.

13.
HOELZ, LUCAS VILLAS BÔAS2015HOELZ, LUCAS VILLAS BÔAS ; LEAL, VINÍCIUS FONSECA ; RODRIGUES, CARLOS RANGEL ; Pascutti, Pedro Geraldo ; Albuquerque, Magaly Girão ; MURI, ESTELA MARIS FREITAS ; DIAS, LUIZA ROSARIA SOUSA . Molecular Dynamics Simulations of the Free and Inhibitor-Bound Cruzain Systems in Aqueous Solvent: Insights on the Inhibition Mechanism in Acidic pH. Journal of Biomolecular Structure & Dynamics, v. X, p. 1-28, 2015.

14.
FERREIRA, NATALIA C.2014FERREIRA, NATALIA C. ; MARQUES, ICARO A. ; CONCEIÇÃO, WESLEY A. ; MACEDO, BRUNO ; MACHADO, CLARICE S. ; MASCARELLO, ALESSANDRA ; CHIARADIA-DELATORRE, LOUISE DOMENEGHINI ; YUNES, ROSENDO AUGUSTO ; NUNES, RICARDO JOSÉ ; HUGHSON, ANDREW G. ; RAYMOND, LYNNE D. ; Pascutti, Pedro G. ; CAUGHEY, BYRON ; CORDEIRO, YRAIMA . Anti-Prion Activity of a Panel of Aromatic Chemical Compounds: In Vitro and In Silico Approaches. Plos One, v. 9, p. e84531, 2014.

15.
DA SILVA FIGUEIREDO CELESTINO GOMES, PRISCILA2014DA SILVA FIGUEIREDO CELESTINO GOMES, PRISCILA ; PANEL, NICOLAS ; LAINE, ELODIE ; Pascutti, Pedro Geraldo ; SOLARY, ERIC ; TCHERTANOV, LUBA . Differential Effects of CSF-1R D802V and KIT D816V Homologous Mutations on Receptor Tertiary Structure and Allosteric Communication. Plos One, v. 9, p. e97519, 2014.

16.
Gazos-Lopes, F.2014Gazos-Lopes, F. ; OLIVEIRA, M. M. ; HOELZ, L. V. B. ; VIEIRA, D. P. ; MARQUES, A. F. ; NAKAYASU, E. S. ; GOMES, M. T. ; SALLOUM, N. G. ; PASCUTTI, P. G. ; SOUTO-PADRON, T. ; MONTEIRO, R. Q. ; LOPES, A. H. ; ALMEIDA, I. C. . Structural and Functional Analysis of a Platelet-Activating Lysophosphatidylcholine of Trypanosoma cruzi. PLoS Neglected Tropical Diseases (Online), v. 8, p. e3077, 2014.

17.
Costa, Mauricio GS2014Costa, Mauricio GS ; BENETTI-BARBOSA, TÉCIO G ; DESDOUITS, NATHAN ; BLONDEL, ARNAUD ; BISCH, P. M. ; PASCUTTI, P. G. ; Batista, Paulo R . Impact of M36I polymorphism on the interaction of HIV-1 protease with its substrates: insights from molecular dynamics. BMC Genomics, v. 15, p. S5, 2014.

18.
OLIVEIRA, V. M.2014OLIVEIRA, V. M. ; MENDES, L. T. ; ALMEIDA, D. J. ; Hoelz, Lucas V.B. ; Torres, PHM ; Pascutti, Pedro G. ; FREITAS, G. B. L. . New treatments for Chagas disease and the relationship between chagasic patients and cancers. Cancer Research Journal, v. 2, p. 11-29, 2014.

19.
ARAUJO, THA''S L. S.2014ARAUJO, THA''S L. S. ; BORGES, JULIO CESAR ; RAMOS, CARLOS H. ; MEYER-FERNANDES, JOSÉ ROBERTO ; OLIVEIRA JÚNIOR, REINALDO S. ; Pascutti, Pedro G. ; FOGUEL, DEBORA ; PALHANO, FERNANDO L. . Conformational Changes in Human Hsp70 Induced by High Hydrostatic Pressure Produce Oligomers with ATPase Activity but without Chaperone Activity. BIOCHEMISTRY, v. 53, p. 2884-2889, 2014.

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Dias, G S2013Dias, G S ; Oliveira, F S ; BIANCONI, M. L. ; PASCUTTI, P. G. . Desenvolvimento de ferramentas multimidiáticas para o ensino de bioquímica. Revista Práxis (Volta Redonda.Impresso), v. 5, p. 25-30, 2013.

21.
Hoelz, Lucas V.B.2013Hoelz, Lucas V.B. ; L.FREITAS, G. B. ; Torres, P. H. M. ; Fernandes, T. V. A. ; SILVA, J. F. M. ; Albuquerque, M. G. ; PASCUTTI, P. G. ; Alencastro R B . Receptores Acoplados à Proteína G. Revista Virtual de Química, v. 5, p. 981-1000, 2013.

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RUBACK, EDUARDO2013RUBACK, EDUARDO ; LOBO, LEANDRO ARAUJO ; FRANÇA, TANOS CELMAR COSTA ; Pascutti, Pedro Geraldo . Structural analysis of Pla protein from the biological warfare agent Yersinia pestis : docking and molecular dynamics of interactions with the mammalian plasminogen system. JOURNAL OF BIOMOLECULAR STRUCTURE & DYNAMICS, v. 31, p. 477-484, 2013.

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Hoelz, Lucas V.B.2012Hoelz, Lucas V.B. ; Ribeiro, André A.S.T. ; Bernardi, Rafael C. ; Horta, Bruno A.C. ; Albuquerque, Magaly G. ; da Silva, Joaquim F.M. ; Pascutti, Pedro G. ; de Alencastro, Ricardo B. . The role of helices 5 and 6 on the human β 1 -adrenoceptor activation mechanism. Molecular Simulation (Print), v. 38, p. 236-240, 2012.

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MENDES, Y. S.2012MENDES, Y. S. ; Alves, N. S. ; Souza, Theo L. F. ; SOUZA JR., I. P. ; Bianconi, M. Lucia ; BERNARDI, R. C. ; PASCUTTI, P. G. ; SILVA, J. L. ; Silva, Jerson L. ; GOMES, A. M. O. ; Oliveira, Andrea C. . The Structural Dynamics of the Flavivirus Fusion Peptide?Membrane Interaction. Plos One, v. 7, p. e47596, 2012.

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Hoelz, Lucas V.B.2011Hoelz, Lucas V.B. ; Bernardi, Rafael C. ; Horta, Bruno A.C. ; Araújo, Jocley Q. ; Albuquerque, Magaly G. ; da Silva, Joaquim F.M. ; Pascutti, Pedro G. ; de Alencastro, Ricardo B. . Dynamical behaviour of the human ? -adrenoceptor under agonist binding. Molecular Simulation (Print), v. 37, p. 907-913, 2011.

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Gomes, Diego E. B.2011Gomes, Diego E. B. ; Lins, Roberto D. ; Pascutti, Pedro G. ; Lei, Chenghong ; Soares, Thereza A. . Conformational Variability of Organophosphorus Hydrolase upon Soman and Paraoxon Binding. Journal of Physical Chemistry. B, v. 115, p. 15389-15398, 2011.

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Gonçalves, Arlan da Silva2010Gonçalves, Arlan da Silva ; França, Tanos C. C. ; Figueroa-Villar, José D. ; Pascutti, Pedro G. . Conformational Analysis of Toxogonine, TMB-4 and HI-6 using PM6 and RM1 methods. Journal of the Brazilian Chemical Society (Impresso), v. 21, p. 179-184, 2010.

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da Silva, Manuela Leal2010da Silva, Manuela Leal ; da Silva Goncalves, Arlan ; Ricardo Batista, Paulo ; Figueroa-Villar, Jose Daniel ; Pascutti, Pedro Geraldo ; Franca, Tanos Celmar Costa . Design, docking studies and molecular dynamics of new potential selective inhibitors of Plasmodium falciparum serine hydroxymethyltransferase. Molecular Simulation, v. 36, p. 5-14, 2010.

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Gomes, Diego E. B.2010Gomes, Diego E. B. ; Lins, Roberto D. ; Pascutti, Pedro G. ; Lei, Chenghong ; Soares, Thereza A. . The Role of Nonbonded Interactions in the Conformational Dynamics of Organophosphorous Hydrolase Adsorbed onto Functionalized Mesoporous Silica Surfaces. Journal of Physical Chemistry. B, v. 114, p. 531-540, 2010.

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Batista, Paulo Ricardo2010Batista, Paulo Ricardo ; Robert, Charles Herbert ; Maréchal, Jean-Didier ; Hamida-Rebaï, Meriam Ben ; Pascutti, Pedro Geraldo ; Bisch, Paulo Mascarello ; Perahia, David . Consensus modes, a robust description of protein collective motions from multiple-minima normal mode analysis application to the HIV-1 protease. PCCP. Physical Chemistry Chemical Physics, v. 12, p. 2850-2859, 2010.

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Costa, Mauricio GS2010Costa, Mauricio GS ; Batista, Paulo R ; Shida, Cláudio S ; Robert, Charles H ; Bisch, Paulo M ; PASCUTTI, P. G. . How does heparin prevent the pH inactivation of cathepsin B? Allosteric mechanism elucidated by docking and molecular dynamics. BMC Genomics, v. 11, p. S5, 2010.

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Valiente, Pedro A.2010Valiente, Pedro A.; Gil L., Alejandro ; Batista, Paulo R. ; Caffarena, Ernesto R. ; Pons, Tirso ; Pascutti, Pedro G . New parameterization approaches of the LIE method to improve free energy calculations of PlmII-Inhibitors complexes. Journal of Computational Chemistry, v. 31, p. 2723-2734, 2010.

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Soares, Rosemberg O.2010Soares, Rosemberg O. ; Batista, Paulo R. ; Costa, Mauricio G.S. ; Dardenne, Laurent E. ; Pascutti, Pedro G. ; Soares, Marcelo A. . Understanding the HIV-1 protease nelfinavir resistance mutation D30N in subtypes B and C through molecular dynamics simulations. Journal of Molecular Graphics & Modelling, v. 29, p. 137-147, 2010.

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de Souza, Theo Luiz Ferraz2010de Souza, Theo Luiz Ferraz ; Sanches, Daniel ; Gonçalves, Rafael Braga ; da RochaPita, Samuel Silva ; Pascutti, Pedro Geraldo ; Bianconi, M. Lucia ; de Almeida, Fabio Ceneviva Lacerda ; Silva, Jerson L. ; de Oliveira, Andréa Cheble . Conformational selection, dynamic restriction and the hydrophobic effect coupled to stabilization of the BIR3 domain of the human X-linked inhibitor of apoptosis protein by the tetrapeptide AVPI. Biophysical Chemistry (Print), v. 152, p. 99-108, 2010.

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70.
PASCUTTI, P. G.;Geraldo Pascutti, Pedro;Pascutti, Pedro Geraldo;Valiente, Pedro A.;Pascutti, Pedro G.;PASCUTTI, P.G.1999PASCUTTI, P. G.; EL-JAIK, L. J. ; MUNDIM, K. C. ; ITO, A. S. ; BISCH, P. M. . Molecular dynamics simulation of alfa-melanocyte stimulating hormone in a water-membrane model interfaces. European Biophysics Journal, v. 28, n.6, p. 499-509, 1999.

71.
MORET, M. A.1998MORET, M. A. ; PASCUTTI, P. G. ; Bisch, P. M. ; MUNDIM, K. C. . Stochastic molecular optimization using generalized simulated annealing. Journal of Computational Chemistry, v. 19, n.6, p. 647-657, 1998.

72.
ARÊAS, E. P. G.1995ARÊAS, E. P. G. ; PASCUTTI, P. G. ; SCHREIER, S. ; MUNDIM, K. C. ; BISCH, P. M. . Molecular dynamics simulastions of signal sequences at a Membrane/water interface. Journal of Physical Chemistry, v. 99, n.40, p. 14885-14892, 1995.

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GOLDMAN, C.1995GOLDMAN, C. ; PASCUTTI, P. G. ; PIQUINI, P. ; ITO, A. S. . On the contribution of electon transfer reactions to the quenching of triptophan fluorescence. Journal of Chemical Physics, v. 103, n.24, p. 10614-10620, 1995.

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ARÊAS, E. P. G.1994ARÊAS, E. P. G. ; PASCUTTI, P. G. ; SCHREIER, S. ; MUNDIM, K. C. ; BISCH, P. M. . Molecular dynamics at a cytoplasm/membrane interface of a signal sequence from an e.coli maltoporin. Brazilian Journal of Medical and Biological Research, v. 27, p. 527-533, 1994.

75.
PASCUTTI, P. G.;Geraldo Pascutti, Pedro;Pascutti, Pedro Geraldo;Valiente, Pedro A.;Pascutti, Pedro G.;PASCUTTI, P.G.1992PASCUTTI, P. G.; ITO, A. S. . EPR study of melanin-protein interaction: Photoinduced free radicals and progressive microwave power saturation. Journal of Photochemistry and Photobiology. B, Biology, Lausanne - Switzerland, v. 16, p. 257-266, 1992.

76.
BORISEVITCH, IOURIJ E.1992BORISEVITCH, IOURIJ E. ; Pascutti, Pedro G. ; TABAK, MARCEL . Kinetic studies of the photodecomposition of dipyridamole in solution: Interaction with lysophosphatidylcholine and bovine serum albumin. Spectrochimica Acta. Part A, Molecular Spectroscopy, v. 48, p. 1427-1436, 1992.

Livros publicados/organizados ou edições
1.
Hoelz L V B ; PASCUTTI, P. G. . Compendium of Medicinal Chemistry. 1. ed. Rio de Janeiro: , 2015. v. 1. 388p .

Capítulos de livros publicados
1.
PASCUTTI, P. G.. Introdução à Modelagem e Dinâmica Molecular. In: Pedro G Pascutti. (Org.). Introdução à Modelagem e Dinâmica Molecular. : , 2002, v. 1, p. 1-38.

Resumos expandidos publicados em anais de congressos
1.
SOUSA, G. L. S. C. ; PASCUTTI, P. G. ; Coelho-Sampaio, T . IMPLICATIONS OF OLIGOMERIC ENDOSTATIN FOR CANCER THERAPY. In: EACR-22 - from Basic Research to Personalised Cancer Treatment, 2012, Barcelona. European Journal of Cancer, 2012. v. 1. p. S250.

2.
SOUSA, G. L. S. C. ; Costa, M. G. S. ; Coelho-Sampaio, T ; PASCUTTI, P. G. . ENDOSTATIN DIMER STABILITY AND ITS IMPLICATIONS FOR CANCER THERAPY. In: Miami 2009 Winter Symposium: Interpreting the Human Genome, 2009, Miami - USA. Abstrcts, 2009. v. 1. p. 1-2.

3.
Lage C ; Gonçalves, S R F ; Alves, A M ; Vidal, L S ; Santos, L B ; Alencar, T A M ; Gonçalves, T C W ; Felício, D L F ; Rurr, J S C ; De Paula, M V P ; Padua, M ; Von Krüger, W M A ; Bisch, P. M. ; Batista P. R. ; PASCUTTI, P. G. . Differential survival of E. coli uvrA, uvrB, and uvrC mutants to non-UV damage induced by chemical alkylating agents depicts the possibility of alternative forms of DNA damage recognition. In: 2006 Gordon Research Conference: DNA Damage, Mutation and Cancer, 2006, Ventura, CA. Proceedings of the 2006 GRC, 2006.

4.
SOUSA, G. L. S. C. ; López, L B ; Giordani-Duarte, A C ; Costa, M. G. S. ; Cinelli. L P ; Medeiros L N ; Kurtenbach, E ; Coelho-Sampaio, T ; PASCUTTI, P. G. . Endostatin dimer stability and its implications for cancer therapy. In: Miami Nature Biotechnolgy Winter Symposium, 2006, Miami. Abstracts, 2006. p. 98.

Resumos publicados em anais de congressos
1.
Melo, M C R ; BERNARDI, R. C. ; PASCUTTI, P. G. . Large Scale Structure Sampling for Protein Fold Prediction using the Generalized Simulated Annealing. In: Biophysical Society 2013 Annual Meeting, 2013, Filadelfia. Biophysical Journal, 2013. v. 104. p. 228a-229a.

2.
BERNARDI, R. C. ; SHULTEN, K. ; PASCUTTI, P. G. . Molecular Dynamics Studies of Buckminsterfullerene Derivatives as Drug Carriers. In: Biophysical Society 2013 Annual Meeting, 2013, Filadelfia. Biophysical Journal, 2013. v. 104. p. 335a.

3.
CONCEICAO, W. J. A. ; Linden, R ; CORDEIRO, Y. ; PASCUTTI, P. G. . CONFORMATIONAL ENSEMBLES OF GLYCOSYLATED PRION PROTEIN: A STRATEGY FOR MAPPING INTERACTIONS WITH PHYSIOLOGICAL AND THERAPEUTIC LIGANDS. In: XLII Reunião Anual da SBBq ? 2013, 2013, Foz do Iguaçú. Anais da XLII Reunião Anual da SBBq ? 2013, 2013. v. 1. p. c18.

4.
Batista, M M ; Santoro, M M ; Fernandes, T. V. A. ; PASCUTTI, P. G. . STUDIES OF MOLECULAR DYNAMICS AND GENERALIZED SIMULATED ANNEALING OF ANTIMICROBIAL PEPTIDE DERMADISTINCTINA. In: XLII Reunião Anual da SBBq ? 2013, 2013, Foz do Iguaçu. Anais da XLII Reunião Anual da SBBq ? 2013, 2013. v. 1. p. C28.

5.
BERNARDI, R. C. ; Melo, M C R ; PASCUTTI, P. G. . QM/MM Molecular Dynamics Methods Applied to Investigate Cellulose Fibers Hydration. In: Biophysical Society 56th Annual Meeting, 2012, San Diego. Biophysical Journal, 2012. v. 102. p. 735a.

6.
Melo, M C R ; Fernandes, T. V. A. ; BERNARDI, R. C. ; PASCUTTI, P. G. . New Developments on Generalized Simulated Annealing Applied to ab-initio Protein Structure Prediction. In: Biophysical Society 56th Annual Meeting, 2012, San Diego. Biophysical Journal, 2012. v. 102. p. 620a.

7.
Celestino, P. D. S. F. ; PASCUTTI, P. G. ; TCHERTANOV, L. . Impact of the D802V Mutation on the Structure and Dynamics of the CSF-1R Tyrosine Kinase Receptor. In: JOBIM 2012 - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, 2012, Rennes. JOBIM 2012, 2012. v. 1. p. 496.

8.
SOUZA, T. L. F. ; PITA, S. S. R. ; PASCUTTI, P. G. ; BIANCONI, M. L. ; ALMEIDA, F. C. L. ; Silva, Jerson L. ; de Oliveira, Andréa Cheble . The Role of the Ion Zinc on the XIAP-BIR3 Structure, Thermodynamic Stability and Function. In: XL Reunião Anual da SBBq, 2011, Foz do Iguaçu. Anaisa da XL Reunião Anual da SBBq, 2011. v. 1. p. p20.

9.
Bernardi, Rafael C. ; SOUSA, G. L. S. C. ; Melo, M C R ; PASCUTTI, P. G. . Application of in silico methods to break H-bonds in cellulose fibers: developing a new method to the production of a second generation biofuel. In: 2011 World Congress of WATOC, 2011, San Tiago de Compostela. Anais, 2011. v. 1. p. 1.

10.
BERNARDI, R. C. ; Pascutti, Pedro G. . Understanding the local anesthetic behavior in a water/membrane interface: a study from classical to QM/MM molecular dynamics. In: EMBO Conference Series, Chemical Biology, 2010, Heidelberg. Abstracts, 2010. v. 1. p. 1.

11.
PITA, S. S. R. ; PASCUTTI, P. G. . Conformational Analysis of an Antiangiogenic and Antitumos Endostatin Derived Peptide. In: 3rd Latin American Protein Society Meeting, 2010, Salta. Abstracts, 2010. v. 1. p. 256.

12.
Hoelz L V B ; BERNARDI, R. C. ; da Silva F M J ; Pascutti, Pedro G. ; Albuquerque, M. G. ; Alencastro R B . The Dynamical Behavior of Human Beta1-Adrenoreceptor unde Agonist and Antagonist binding. In: 3rd Latin American Protein Society Meeting, 2010, Salta. Abstracts. v. 1. p. 277.

13.
PITA, S. S. R. ; Pascutti, Pedro G. . Molecular Dynamics Simulation of T cruzi Trypanothione Reductase in Complex with Peptide Inhibitos. In: 3rd Latin American Protein Society Meeting, 2010, Salta. Abstracts. v. 1. p. 320.

14.
Gonçalves, A. S. ; França, T. C. C. ; Figueroa-Villar, J. D. ; PASCUTTI, P. G. . Conformational Analysis of Toxogonine, TMB-4 and HI-6 by PM6 and RM1 Methods. In: XXXVIII Annual Meeting of SBBq, 2009, Águas de Lindóia. abstracts, 2009. v. 1. p. 1.

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Celestino, P. D. S. F. ; GOMES, D. E. B. ; PASCUTTI, P. G. . Molecular Docking and Molecular Dynamics Simulations of Falcipain-2 and Falcipain-3 complexed with a vinyl sulfone-containing peptide-based inhibitor. In: Brazilian Symposium on Bioinformatics 2009, 2009, Porto Alegre. abstracts, 2009. v. 1. p. 1.

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Gonçalves, A. S. ; CAFFARENA, E. R. ; PASCUTTI, P. G. . Hydrophobic effect and dissociation of benzene aggregates in water under high hydrostatic pressure. In: 6th EBSA & British Biophysical Society Congress, 2007, Londres. European Biophysics Journal. Berlin: Springer, 2007. v. 36. p. S106-P-210.

19.
BATISTA, P. R. ; PASCUTTI, P. G. ; Bisch, P. M. . Molecular dynamics of protease of different HIV subtypes complexed with commercial inhibitors. In: 6th EBSA & British Biophysical Society Congress, 2007, Londres. European Biophysics Journal. Berlin: Springer, 2007. v. 36. p. S153-P-391.

20.
GOMES, D. E. B. ; Celestino, P. D. S. F. ; PASCUTTI, P. G. . Learning from peptides: Molecular Dynamics of Falcipain-2 complexed with natural peptide substrates. In: 6th EBSA & British Biophysical Society Congress, 2007, Londres. European Biophysics Journal. Berlin: Springer, 2007. v. 36. p. S158-P-410.

21.
BERNARDI, R. C. ; GOMES, D. E. B. ; OTA, A. T. ; Taft, C. A. ; PASCUTTI, P. G. . Interaction of Local Anesthetic Tetracaine and DPPC Bilayer by Molecular Dynamics Simulation. In: VI International Conference on Biological Physics, 2007, Montevidéo. abstracts, 2007. v. 1.

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PITA, S. S. R. ; Amaral, M. S. ; PASCUTTI, P. G. . Molecular Dynamics and Quantum Mechanics Methods Applied to the Interaction Between Benzylamine and Active Sites of Bovine Trypsin and Salmon Cationic Trypsin. In: VI International Conference on Biological Physics, 2007, Montevidéo. abstracts, 2007. v. 1.

23.
Fernandes, T. V. A. ; Agostini, F. P. ; PASCUTTI, P. G. . Comparative studies of the folding of peptides by Stochastic Simulations and Molecular Dynamics Methods. In: VI International Conference on Biological Physics, 2007, Montevidéo. abstracts, 2007. v. 1.

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BATISTA, P. R. ; LOUREIRO, P. A. L. ; Sanches, M ; Polikarpov, I ; PASCUTTI, P. G. . Comparing Molecular Modeling and Dynamics with Crystallography: Brazilian HIV-1 Protease mutants. In: XXXV Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular, 2006, Águas de Liondóia. Livro de Resumos da XXXV Reunião Anual da SBBq.

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Costa, M. G. S. ; SOUSA, G. L. S. C. ; PASCUTTI, P. G. . Study of Endostatin-Heparin Interaction at Structural Level by Molecular Docking and Dynamics Simulations. In: XXXV Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular, 2006, Águas de Lindóia. Livro e CD de Resumos da XXXV Reunião Anual da SBBq.

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Gonçalves, A. S. ; PASCUTTI, P. G. . Dissociation of Molecular Aggregates Under High Hydrostatic Pressure: The Influence of Water Structure on Benzene Cluster Solubility. In: XXXV Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular, 2006, Águas de Lindóia. Livro e CD de Resumos da XXXV Reunião Anual da SBBq.

27.
HOZUMI, C. G. ; PASCUTTI, P. G. . Molecular Dynamics of MDM2 Complexed with Native p53 and Synthetic Peptides: A Comparative Study. In: XXXV Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular, 2006, Águas de Lindóia. Livro e CD de Resumos da XXXV Reunião Anual da SBBq.

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Fernandes, T. V. A. ; Agostini, F. P. ; PASCUTTI, P. G. . Protein Folding Studies Using Generalized Simulated Annealing. In: XXXV Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular, 2006, Águas de Lindóia. Livro e CD de Resumos da XXXV Reunião Anual da SBBq.

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Gonçalves, A. S. ; PASCUTTI, P. G. . Revisiting the hydrophobic effect: the benzene solubility in water under high hydrostatic pressure. In: Workshop on Biocalorimetry and Biological Thermodynamics, 2006, Rio de Janeiro. Abstracts, 2006. p. 28.

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Gonçalves, A. S. ; PASCUTTI, P. G. ; Figueroa-Villar, J. D. . Molecular Dynamics and Semi-Empirical Methods Applied to the Simulation of the Reaction Between Pralidoxime and Serine from the active site of Acetylcholinesterase Inhibited by the Neurotoxic Agent Tabun. In: 3rd Brazilian Symposium on Medicinal Chemistry, 2006, Águas de São Pedro. Abstracts, 2006. p. 188.

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35.
Shida C. S. ; BISCH, P. M. ; PASCUTTI, P. G. . - Interaction Between Lisossomal Protease Cathepsin B and Glycosaminoglycan Using Computer Simulation Methods. In: 2° Simpósio Brasileiro em Química Medicinal, 2004, Rio de Janeiro. anais do 2nd SBQM, 2004. v. 1.

36.
RUBACK, E. ; PASCUTTI, P. G. . - Structural Analysis of Pla Protein from Y. Pestis: Docking and Molecular Dynamics of Interactions with Mammalian Plasminogen. In: 2° Simpósio Brasileiro em Química Medicinal, 2004, Rio de Janeiro. anais do II SBQM, 2004. v. 1.

37.
OLIVEIRA JUNIOR, R. ; PASCUTTI, P. G. . - Study of Protein Dimmer Dissociation by Molecular Dynamics Simulation Using Hydrostatic Pressure. In: 2° Simpósio Brasileiro em Química Medicinal, 2004, Rio de Janeiro. anais do II SBQM, 2004. v. 1.

38.
GOMES, D. H. B. ; PASCUTTI, P. G. . - Molecular Modeling and Dynamics of Falcipain-2 Protease Complexes, a Contribution for Drug Development against Malaria. In: 5th International Conference on Biological Physics,, 2004, Gotemburgo. 5th ICBP Abstracts, 2004. v. 1.

39.
DASILVA, A. W. S. ; CAMPOS, M. R. ; PASCUTTI, P. G. ; ROSA, R. R. . - Gradient Pattern Analysis: Applications to Molecular Dynamics Simulations. In: 5th International Conference on Biological Physics, 2004, Gotemburgo. 5th ICBP Abstracts, 2004.

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LOUREIRO, P. A. ; Shida C. S. ; PASCUTTI, P. G. ; BISCH, P. M. . - Interaction of the Coronary Vasodilator Dipyridamol with Langmuir Monolayers: Atomistic Level Molecular Dynamics Simulations.. In: 5th International Conference on Biological Physics, 2004, Gotemburgo. 5th ICBP Abstracts, 2004. v. 1.

41.
SOUSA, G. L. S. ; Coelho-Sampaio, T ; PASCUTTI, P. G. . - Antitumoral Activity of Endostatin: Is the Specificity for Heparan Sulfate Enhanced by Zinc Ion?. In: International Symposium om Extracellular Matrix, 2004, Angra dos Reis. ISEM Abstracts, 2004. v. 1.

42.
Batista P. R. ; PASCUTTI, P. G. . Structural Studies of HIV-1 Protease, B and F Subtypes, by Molecular Modeling and Dynamics: Evaluating Methods for Long Range Interactions. In: V Congresso Ibero-Americano de Biofísica, 2003, Rio de Janeiro. abstracts, 2003. v. 1.

43.
Oliveira, A. C. ; PASCUTTI, P. G. . Drug Resistance Studies of C Subtype HIV-1 Protease by Molecular Modeling. In: V Congresso Ibero-Americano de Biofísica, 2003, Rio de Janeiro. Abstracts, 2003. v. 1.

44.
Soares-Pinto, D. O. ; PASCUTTI, P. G. . Protein Folding Study by Generalized Simulated Annealing. In: V Congresso Ibero-Americano de Biofísica, 2003, Rio de Janeiro. Abstracts, 2003. v. 1.

45.
GOMES, D. H. B. ; Bisch, P. M. ; PASCUTTI, P. G. . Molecular Modeling and Dynamics of Falcipain-2, a new Target for Malaria Chemotherapy. In: V Congresso Ibero-Americano de Biofísica, 2003, Rio de Janeiro. Abstracts, 2003. v. 1.

46.
SOUSA, G. L. S. ; Coelho-Sampaio, T ; PASCUTTI, P. G. . Contribution of the Zn2+ Ion to Dimerization of the Angiogenic Protein Endostatin. In: V Congresso Ibero-Americano de Biofísica, 2003, Rio de Janeiro. Abstracts, 2003. v. 1.

47.
DASILVA, A. W. S. ; BARBOSA, E. H. A. ; Oliveira, A. C. ; Batista P. R. ; PASCUTTI, P. G. . Study of HIV-1 Protease Inhibition in Subtypes Occurring in Latin America and Africa by Molecular Dynamics Simulation. In: V Congresso Ibero-Americano de Biofísica, 2003, Rio de Janeiro. Abstracts, 2003. v. 1.

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Broggio, S. T. ; Ruggiero, J. R. ; PASCUTTI, P. G. ; Ruggiero Neto, J. . Generalized Simulated Annealing (GSA) Applied to a Comparative Study of Secundary Structures of Mastoparan-X and Eumenine Mastoparan-AF. In: XXXII Reunião Anual da SBBq, 2003, Caxambú - MG. Resumos, 2003. v. 1.

49.
CARVALHO, M. L. ; GOMES, D. H. B. ; VIEIRA, F. M. C. ; PASCUTTI, P. G. ; Bisch, P. M. . Thermodynamic and Structural Analysis of Inhibitor Binding to Cysteine Proteases of T. cruzi. In: XXXII Reunião Anual da SBBq, 2003, Caxambú - MG. resumos, 2003. v. 1.

50.
DASILVA, A. W. S. ; BARBOSA, E. H. A. ; Bisch, P. M. ; PASCUTTI, P. G. . Molecular Dynamics of Hiv-1 Proteases Subtype F Complexed with Several Inhibitors. In: XXXII Reunião Anual da SBBq, 2003, Caxambú - MG. resumos, 2003. v. 1.

51.
GOMES, D. H. B. ; ROSLE, S. C. S. ; Bisch, P. M. ; PASCUTTI, P. G. . Comparative Modeling and Molecular Dynamics of Falcipain-2. In: XXXII Reunião Anual da SBBq, 2003, Caxambú - MG. resumos, 2003. v. 1.

52.
França, T. C. C. ; PASCUTTI, P. G. ; Figueroa-Villar, J. D. . Structure of Serine Hydroxymethyltransferase (SHMT) of Plasmodium falciparum in Complex with PLP 5-formyl-H4 PTEGLU and Glycin Substrate Built by Multiple Alignment Homology Modeli. In: XXXII Reunião Anual da SBBq, 2003, Caxambú - MG. resumos, 2003. v. 1.

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BARBOSA, E. H. A. ; DASILVA, A. W. S. ; PASCUTTI, P. G. . Structural study of of HIV-1 proteases of brazilian and african subtypes by Molecular Modeling and Dynamics. In: International Conference on Bioinformatics and Computational Biology, 2003, Ribeirão Preto - SP. abstracts, 2003. v. 1.

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Agostini, F. P. ; Soares-Pinto, D. O. ; CIRNE, W. ; Osthoff, C. ; PASCUTTI, P. G. . Protein Folding studies using a Grid Computing Platform. In: International Conference on Bioinformatics and Computational Biology, 2003, Ribeirão Preto - SP. abstracts, 2003. v. 1.

55.
Veronez, C. A. ; DASILVA, A. W. S. ; CIRNE, W. ; Osthoff, C. ; PASCUTTI, P. G. . Study of HIV-1 Protease Mutants Using Molecular Dynamics in a Grid Based Computational Plataform. In: International Conference on Bioinformatics and Computational Biology, 2003, Ribeirão Preto - SP. abstracts, 2003. v. 1.

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Soares-Pinto, D. O. ; PASCUTTI, P. G. . Otimização global de cadeias peptídicas empregando a estatística generalizada de Tsallis. In: XXVI Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada, 2003, Caxambú - MG. resumos, 2003. v. 1.

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Robbs, B.K. ; Moreau, V.H. ; PASCUTTI, P. G. ; VALENTE, A. P. ; Silva, J.L. ; Foguel, D. E. ; Gonzalez, A. D. F. . Solving the Soluble Structure of Beta-Amyloid 13-23 Peptide by NMR and Molecular Modeling. In: XXXI Reunião Anual da SBBq, 2003, Caxambú - MG. resumos, 2003. v. 1.

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CARVALHO, M. L. ; PASCUTTI, P. G. ; VIEIRA, F. M. C. ; Bisch, P. M. . A new approach to structural and thermodynamic analysis of inhibitor binding to enzyme. In: XIV International Biophysics Congress, 2002, Bunos Aires. abstracts, 2002.

59.
GOMES, D. H. B. ; ROSLE, S. C. S. ; Bisch, P. M. ; PASCUTTI, P. G. . Molecular modeling and dynamics of falcipain-2, the principal protease of Malaria. In: XIV International Biophysics Congress, 2002, Buenos Aires. abstracts, 2002.

60.
DASILVA, A. W. S. ; BARBOSA, E. H. A. ; CAFFARENA, E. ; Bisch, P. M. ; PASCUTTI, P. G. . Searching for evidences of drug resistance in brazilian variant HIV-1 proteases by computational simulations. In: XIV International Biophysics Congress, 2002, Buenos Aires. abstracts, 2002.

61.
LOUREIRO, P. A. ; Bisch, P. M. ; PASCUTTI, P. G. . Molecular dynamics simulation of a melanocyte stimulating hormone (a-MSH) in a DPPC bilayer. In: XIV International Biophysics Congress, 2002, Buenos Aires. abstracts, 2002.

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SOARES, M. R. ; BARBOSA, E. H. A. ; PASCUTTI, P. G. ; VALENTE, A. P. ; ALMEIDA, F. C. L. ; Bisch, P. M. . Dinâmica molecular e dicroísmo circular dos peptídeos r13, h13 and a13 da região c-terminal de proteínas p ribossomais relacionados à doença de chagas. In: XVI Reunião Anual da Federação de Sociedades de Biologia Experimental, 2002, Salvador. abstracts, 2002.

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PASCUTTI, P. G.; BARBOSA, E. H. A. ; DASILVA, A. W. S. ; Bisch, P. M. . Molecular Dynamics of A, B, C and F HIV-1 protease subtypes complexed with classical inhibitors. In: Workshop on Molecular Modeling in Biophysics ? Satellite Meeting of the XIV International Biophysics Congress, 2002, Rio de Janeiro. abstracts, 2002.

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OTA, A. T. ; PASCUTTI, P. G. ; ITO, A. S. . Cálculos Clássico-Quânticos de Estados Conformacionais do Triptofano. In: XXIV Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada, 2001, São Lorenço - MG. Livro de Resumos do XXIV ENFMC, 2001.

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66.
CARVALHO, M. L. ; PASCUTTI, P. G. ; BISCH, P. M. . Relative Binding Affinities of Enzyme Inhibitors - II: Molecular Modeling of T. cruzi Cysteine Protease Inhibition. In: XXX Reunião da Sociedade Brasileira de Bioqüímica e Biologia Molecular, 2001, Caxambu - MG. Anais da XXX SBBq, 2001.

67.
BARBOSA, E. H. A. ; DASILVA, A. W. S. ; DARDENNE, L. E. ; Bisch, P. M. ; PASCUTTI, P. G. . Electrostatic potential surface and molecular dynamics of HIV-1 protease brazilian mutants. In: 9th International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology, 2001, Copenhagen. Prosceedinf of ISMB 2001, 2001. v. 1.

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DASILVA, A. W. S. ; CAFFARENA, E. R. ; Bisch, P. M. ; PASCUTTI, P. G. . Simulation of HIV type 1 protease complexed with DMP323 using stochastic molecular dynamics. In: 4th International Conference on Biological Physics, 2001, Kyoto. ABSTRACTS ICBP 2001, 2001. v. 1.

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LOUREIRO, P. A. ; CAFFARENA, E. R. ; PASCUTTI, P. G. . Molecular dynamics simulation of a dipalmitoylphosphatidylcholine (dppc) bilayer. In: XI Simpósio Brasileiro de Química Teórica, 2001, Caxambú. Livro de Resumos do XI SBQT, 2001. v. 1. p. 276-276.

73.
BRAGA, S. F. ; PASCUTTI, P. G. ; GALVAO, D. S. . Molecular dynamics studies of the interaction of ellipticines with artificial membranes. In: XI Simpósio Brasileiro de Química Teórica, 2001, Caxambú. Livro de Resumos do XI SBQT, 2001. v. 1. p. 306-306.

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CAFFARENA, E. R. ; DASILVA, A. W. S. ; PASCUTTI, P. G. ; BISCH, P. M. . Simulations of large biological systems using stochastich boundary conditions and mean reaction field. In: XI Simpósio Brasileiro de Química Teórica, 2001, Caxambú. Livro de Resumos do XI SBQT, 2001. v. 1. p. 102-10-2.

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OTA, A. T. ; PASCUTTI, P. G. ; ITO, A. S. . Structural Study of Tryptophan by Quantum and Classical Molecular Mechanics. In: XI Simpósio Brasileiro de Química Teórica, 2001, Caxambú. Livro de Resumos do XI SBQT, 2001. v. 1. p. 39-39.

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LEITE, F. S. ; PASCUTTI, P. G. ; ANTENEODO, C. B. . Molecular Modeling of the Sodium Channel Inactivation Gate (LIII-IV) in a Model Membrane. In: XXIII Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada, 2000, São Lourenço. Livro de Resumos do XXIII ENFMC, 2000.

77.
DASILVA, A. W. S. ; BISCH, P. M. ; PASCUTTI, P. G. . Analysis of HIV-1 Protease/Inhibitor Complex by Molecular Modeling and Dynamics Simulations. In: XXIII Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada, 2000, São Lourenço. Livro de Resumos do XXIII ENFMC, 2000.

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MORET, M. A. ; PASCUTTI, P. G. ; MUNDIM, K. C. ; BISCH, P. M. ; Nogueira E. . Multifractalidade na Hiper-superfície de Potencial de Proteínas. In: XXIII Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada, 2000, São Lourenço. Livro de resumos do XXIII ENFMC, 2000.

79.
MORET, M. A. ; PASCUTTI, P. G. ; MUNDIM, K. C. ; BISCH, P. M. . Distribuição Populacional dos Rotâmeros do Triptofano por Annealing e pelo Algoritmo Genético Generalizado. In: XXIII Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada, 2000, São Lourenço. Livro de resumos do XXIII ENFMC, 2000.

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DASILVA, A. W. S. ; BISCH, P. M. ; PASCUTTI, P. G. . Molecular Modeling and Dynamics of Drug Resistant Proteases From Mutants HIV-1. In: XXIX Reunião da Sociedade Brasileira de Bioqüímica e Biologia Molecular, 2000, Caxambú-MG. Anais da XXIX SBBq, 2000.

81.
CARVALHO, M. L. ; PASCUTTI, P. G. ; BISCH, P. M. . Relative Binding Affinities of Enzyme Inhibitors: Molecular Modeling of T. cruzi Cysteine Protease Inhibition. In: XXIX Reunião da Sociedade Brasileira de Bioqüímica e Biologia Molecular, 2000, Caxambu-MG. Anais da XXIX SBBq, 2000.

82.
CARVALHO, M. L. ; PASCUTTI, P. G. ; BISCH, P. M. . Molecular dynamics simulation of cruzain and cruzipain2 s2 specificity pockets. In: IV Congresso de Biofísica do Cone-Sul, 2000, Campinas. Livro de resumos do IV Congresso de Biofísica do Cone-Sul, 2000.

83.
DASILVA, A. W. S. ; PASCUTTI, P. G. ; BISCH, P. M. . Conformational Changes Induced by Mutations in HIV-1 Proteases Observed by Molecular Dynamics. In: IV Congresso de Biofísica do Cone-Sul, 2000, Campinas - SP. Livro de resumos do IV Congresso de Biofísica do Cone-Sul, 2000.

84.
PASCUTTI, P. G.; OTA, A. T. ; ITO, A. S. . Triptophan Internal Energy Surface Map. In: IV Congresso de Biofísica do Cone-Sul, 2000, Campinas - SP. livro de resumos do IV Congresso de Biofísica do Cone-Sul, 2000.

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BARBOSA, E. H. A. ; PASCUTTI, P. G. ; BISCH, P. M. . Peptides involved in Chagas Disease: a structural study by Molecular Dynamics. In: IV Congresso de Biofísica do Cone-Sul, 2000, Campinas - SP. anais do IV Congresso de Biofísica do Cone-Sul, 2000.

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CAFFARENA, E. R. ; DARDENNE, L. E. ; PASCUTTI, P. G. ; BISCH, P. M. . Interpolation Methods adapted to Stochastic Molecular Dynamics for Simulating Complex Biological Systems. In: IV Congresso de Biofísica do Cone-Sul, 2000, Campinas. Anais do IV Congresso de Biofísica do Cone-Sul, 2000.

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LEITE, F. S. ; PASCUTTI, P. G. ; ANTENEODO, C. B. . Molecular Modeling and Dynamics Simulations of the Sodium Channel Inactivation Gate Peptide in a Model Membrane. In: IV Congresso de Biofísica do Cone-Sul, 2000, Campinas-SP. Anais do IV Congresso de Biofísica do Cone-Sul, 2000.

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LOUREIRO, P. A. ; BISCH, P. M. ; PASCUTTI, P. G. . Molecular Dynamics Simulation of Halothane in a DPPC Bilayer. In: IV Congresso de Biofísica do Cone-Sul, 2000, Campinas - SP. Anais do IV Congresso de Biofísica do Cone-Sul, 2000.

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LORENZO, A. ; PASCUTTI, P. G. ; BISCH, P. M. . Nonspecific Interaction Forces at Water-Membrane Interfaces by Forced Dynamics Method. In: IV Congresso de Biofísica do Cone-Sul, 2000, Campinas - SP. Anais do IV Congresso de Biofísica do Cone-Sul, 2000.

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LEITE, F. S. ; PASCUTTI, P. G. ; ANTENEODO, C. B. . Modelagem e Dinâmica Molecular da Porção LIII-IV do Canal de Sódio. In: XV Reunião Anual da Federação de Sociedades de Biologia Experimental, 2000, Caxambu - MG. Anais da XV FeSBE, 2000.

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MORET, M. A. ; MUNDIM, K. C. ; Bisch, P. M. ; PASCUTTI, P. G. . Estudo do Enovelamento de Hélices Usando GSA. In: XXII Enc. Nacional de Física da Matéria condensada, 1999, São Lourenço - MG. Resumos do XXII ENFMC, 1999. p. 15.

92.
PASCUTTI, P. G.; CASSIANO, M. M. ; LOOS, M. ; GOLDMAN, C. ; ITO, A. S. . Processos de Transferência de Cargas na desexcitação de peptídeos contendo triptofano. In: XXII Enc. Nacional de Física da Matéria Condensada, 1999, São Lourenço - MG. Resumos do XXII ENFMC, 1999. p. 31.

93.
LEITE, F. S. ; PASCUTTI, P. G. ; LOURO, S. R. W. ; ANTENEODO, C. . Molecular Modeling of local anesthesics in biomembranes. In: XXII Enc. Nacional de Física da Matéria Condensada, 1999, São Lourenço - MG. Resumos do XXII ENFMC, 1999. p. 11.

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SOUSA, K. M. O. ; PASCUTTI, P. G. ; ORTMANS, I. ; Bisch, P. M. . Simulações de Dinâmica Molecular do Peptídeo alfa-MSH em Meio Aquoso Explícito. In: XXII Enc. Nacional de Física da Matéria Condensada, 1999, São Lourenço - MG. Resumos do XXII ENFMC, 1999. p. 13.

95.
Bisch, P. M. ; CASSIANO, M. M. ; ORTMANS, I. ; CAFFARENA, E. ; PASCUTTI, P. G. . Explicit Solvent Molecular Dynamics Simulations of biomolecules: Folding intermediates and Molecular Recognition. In: XXVII Reunião Anual da SBBq, 1999, Caxambu - MG. Anais da XXVII SBBq, 1999. p. xxx.

96.
LORENZO, A. ; PASCUTTI, P. G. ; Bisch, P. M. . Dinâmica Molecular e Modelo Teórico para a Microscopia de Força Atômica. In: XIV Reunião Anual da FESBE, 1999, Caxambu - MG. Anais da XIV FESBE, 1999. p. 128.

97.
BARBOSA, E. H. ; PASCUTTI, P. G. ; Bisch, P. M. . Estudo de Peptídeos Envolvidos com a Autoimunidade Chagástica por Dinâmica Molecular. In: XIV Reunião Anual da FESBE, 1999, Caxambu - MG. Anais da XIV FESBE, 1999. p. 120.

98.
LORENZO, A. ; PASCUTTI, P. G. ; Bisch, P. M. . Estudo da Estabilização de Pontes Salinas e de Hidrogênio em Peptídeos em Biomembranas por Modelagem e Dinâmica Molecular. In: XXII Enc. Nacional de Física da Matéria Condensada, 1999, São Lourenço - MG. Resumos do XXII ENFMC, 1999. p. 10.

99.
MORET, M. A. ; PASCUTTI, P. G. ; MUNDIM, K. C. ; Bisch, P. M. . Analysis of Peptides Helix Folding Using Generalized Simulated Annealing (GSA) with Ramachandran Restrictions. In: XXVII Reunião Anual da - SBBq, 1998, Caxambu - MG. Anauis do XXVII SBBq, 1998. p. 130.

100.
ORTMANS, I. ; PASCUTTI, P. G. ; BISCH, P. M. . Estudo por Dinâmica Molecular dos Fatores Entrópicos que Contribuem para a Dimerização do Repressor Arc. In: XXI Enc. Nac. de Física da Matéria Condensada, 1998, Caxambu - MG. Resumos so XXI ENFMC, 1998. p. 43.

101.
MORET, M. A. ; PASCUTTI, P. G. ; MUNDIM, K. C. ; Bisch, P. M. . Análise Estrutural Estocástica Usando o Acoplamento GSA-Ramachandran. In: XXI Enc. Nac. de Física da Matéria Condensada, 1998, Caxambu - MG. Resumos do XXI ENFMC, 1998. p. 40.

102.
BARBOSA, E. H. ; PASCUTTI, P. G. ; Bisch, P. M. . Modelagem Molecular de Peptídeos Envolvidos na Autoimunidade da Doença de Chagas. In: XII Reunião Anual da Federação das Sociedades de Biologia Experimental, 1998, Caxambu - MG. Anaisa da XII FESBE, 1998. p. 315.

103.
CHEM, W. ; PASCUTTI, P. G. ; Bisch, P. M. . Dinâmica Molecular da Inserção do Peptídeo N-Terminal da Perforina em Membrana. In: XII Reunião Anual da Federação das Sociedades de Biologia Experimental, 1998, Caxambu - MG. Anais da XII FESBE, 1998. p. 135.

104.
MORET, M. A. ; PASCUTTI, P. G. ; MUNDIM, K. C. ; BISCH, P. M. . Determinação de Estrutura de Peptídeos por Otimização Estocástica (GSA). In: XX Enc. Nac. de Física da Matéria Condensada, 1997, Caxambu - MG. Resumos do XX ENFMC, 1997.

105.
PASCUTTI, P. G.; MORET, M. A. ; MUNDIM, K. C. ; Bisch, P. M. . Análise Conformacional Estocástica de Inibidores Usando GSA. In: XX Enc. Nac. de Física da Matéria Condensada, 1997, Caxambu - MG. Resumos do XX ENFMC, 1997.

106.
PASCUTTI, P. G.; ITO, A. S. ; MUNDIM, K. C. ; Bisch, P. M. . Dinâmica Molecular de Peptídeos com Atividade Biológica. In: XX Enc. Nac. de Física da Matéria Condensada, 1997, Caxambu - MG. Resumos do XX ENFMC, 1997.

107.
CHEM, W. ; PASCUTTI, P. G. ; Bisch, P. M. . Modeagem Molecular do Peptídeo N-terminal da Perforina. In: XII Reunião Anual da Federação das Sociedades de Biologia Experimental, 1997, Caxambu - MG. Anais da XII FESBE, 1997.

108.
MORET, M. A. ; PASCUTTI, P. G. ; MUNDIM, K. C. ; Bisch, P. M. . Prediction of Peptide Structures by Generalized Simulated Annealing - IIIrd Iberoamerican Congress of Biophysics. In: IIIrd Iberoamerican Congress of Biophysics, 1997, Buenos Aires. Anais, 1997.

109.
PASCUTTI, P. G.; CASSIANO, M. M. ; MUNDIM, K. C. ; Bisch, P. M. . Representação Explícita do Solvente em Simulações de Dinâmica Molecular de Peptídeos. In: IX Simpósio Brasileiro de Química Teórica, 1997, Caxambu - MG. Anais do IX SBQT, 1997.

110.
CARVALHO, M. L. ; DARDENNE, L. ; PASCUTTI, P. G. ; Bisch, P. M. . Modelagem Molecular de Enzimas Proteolíticas e seus Inibidores. In: XI Reunião Anual da Federação das Sociedades de Biologia Experimental, 1996, Caxambu - MG. Anais da XI FESBE, 1996.

111.
CHEM, W. ; PASCUTTI, P. G. ; Bisch, P. M. . Modelagem Molecular de Proteínas Formadoras de Poros em Biomembranas. In: XI Reunião Anual da Federação das Sociedades de Biologia Experimental, 1996, Caxambu - MG. Anais da XI FESBE, 1996.

112.
MORET, M. A. ; PASCUTTI, P. G. ; BISCH, P. M. ; MUNDIM, K. C. . Modelagem Molecular Clássica Usando o Método Estocástico: Generalized Simulated Annealing. In: XIX Enc. Nac. Fís. Matéria Condensada, 1996, Águas de Lindóia - SP. Resumos do XIX ENFMC, 1996.

113.
ARÊAS, E. P. G. ; PASCUTTI, P. G. ; SCHREIER, S. ; MUNDIM, K. C. ; Bisch, P. M. . Molecular Dynamics of Polypeptides at the Membrane/Water Interface. In: XXIV Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular - SBBq, 1995, Caxambu - MG. Resumos do XXIV SBBq, 1995.

114.
PASCUTTI, P. G.; ITO, A. S. ; MUNDIM, K. C. ; Bisch, P. M. . Molecular Dynamics Simulation at Water/Membrane Interface. In: III Congress of Biophysics of Southern Cone and XX Annual Congress of Brazilian Biophysical Society, 1995, Belo Horizonte, MG. Anais, 1995.

115.
AÊAS, E. P. G. ; PASCUTTI, P. G. ; SCHREIER, S. ; MUNDIM, K. C. ; BISCH, P. M. . Molecular Dynamics at a Water/Membrane Interface of Wild Type and Mutant Signal Sequences From e.coli lambda Receptor. In: XXIII Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioqímica e Biologia Molecular - SBBq, 1994, Caxambu - MG. Resumos do III SBBq, 1994.

116.
PASCUTTI, P. G.; ARÊAS, E. P. G. ; ITO, A. S. ; MUNDIM, K. C. ; Bisch, P. M. . Simulações de Dinâmica Molecular do Peptídeo alfa-MSH na Interface Membrana/Água. In: XVII Enc. Nac. de Física da Matéria Condensada, 1994, Caxambu - MG. Resumos do XVIi ENFMC, 1994.

117.
PASCUTTI, P. G.; GOLDMAN, C. ; PIQUINI, P. ; ITO, A. S. . Transferência de Cargas em Macromoléculas Biológicas: Estudo da Fluorescência do Triptofano. In: XVII Enc. Nac. de Física da Matéria Condensada, 1994, Caxambu - MG. Resumos do XVII ENFMC, 1994.

118.
PASCUTTI, P. G.; ARÊAS, E. P. G. ; ITO, A. S. ; MUNDIM, K. C. ; Bisch, P. M. . Simulações de Dinâmica Molecular na Interface Membrana/Água: Desenvolvimento de um Software. In: II Workshop on Chemical Structure and Biological Activity, 1994, São Paulo. Proceedings, 1994.

119.
PASCUTTI, P. G.; ARÊAS, E. P. G. ; ITO, A. S. ; MUNDIM, K. C. ; Bisch, P. M. . Modelagem Molecular de Melanotropinas na Interface Membrana-água. In: XVI Enc. Nac. de Física da Matéria Condensada, 1993, Caxambu - MG. Resumos do XVI ENFMC, 1993.

120.
PASCUTTI, P. G.; ARÊAS, E. P. G. ; ITO, A. S. ; MUNDIM, K. C. ; Bisch, P. M. . Desenvolvimento de um Software para Simulações de Mecânica e Dinâmica Molecular em Interfaces Biológicas. In: XVI Enc. Nac. de Física da Matéria Condensada, 1993, Caxambu - MG. resumos do XVI ENFMC, 1993.

121.
PASCUTTI, P. G.; BORISEVITCH, I. E. ; TABAK, M. . Fotomodificação do Dipiridamol: intermediação de O2. In: XV Enc. Nac. de Física da Matéria Condensada, 1992, Caxambu - MG. Resumos do XV ENFMC, 1992.

122.
PASCUTTI, P. G.; BORISEVITCH, I. E. ; TABAK, M. . Fotodecomposição do Dipiridamol. In: XIV Enc. Nac. de Física da Matéria Condensada, 1991, Caxambú - MG. Resumos do XIV ENFMC, 1991.

123.
PASCUTTI, P. G.; BORISEVITCH, I. E. ; TABAK, M. . Dipiridamol Light-decomposition: Solvent Effect. In: Workshop on Chemical Structure and Biological Activity, 1991, São Paulo - SP. Proceedings, 1991.

124.
PASCUTTI, P. G.; ITO, A. S. . Light-Induced Free Radicals in Melanin-Protein Complexes: A Visible Light Effect. In: First University of São Paulo Biophysics-Medical Physics Workshop, 1990, Ribeirão Preto - SP. Livro de Resumos, 1990.

125.
PASCUTTI, P. G.; ITO, A. S. . ESR Studies of Intrinsic and Photoinduced Free Radicals on Melanoproteins. In: VI Congress of the Pan-American Association of Biochemical Societies, 1990, São Paulo - SP. Proceedings of VI PAABS, 1990.

126.
PASCUTTI, P. G.; ITO, A. S. . Efeitos da Radiação U.V. em Complexos Melano-Proteicos. In: XI Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada, 1988, Caxambu. Livro de Resumos do XI ENFMC, 1988.

127.
COSTA, C. ; PASCUTTI, P. G. ; ITO, A. S. . Estudos de E.P.R. de Propriedades de Membrana de Melanossomos. In: XI Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada, 1988, Caxambu. Resumos do XI ENFMC, 1988.

Resumos publicados em anais de congressos (artigos)
1.
SANTOS, E. R. DOS2005SANTOS, E. R. DOS ; PASCUTTI, P. G. . Structural analysis of Pla protein from Y. pestis: Docking and molecular dynamics of interactions with mammalian plasminogen system. FEBS Journal, Inglaterra, v. 272, n.B1-028P, p. 146, 2005.

2.
SANTOS, E. R. DOS2005SANTOS, E. R. DOS ; PASCUTTI, P. G. . Mapping of important residues in interface area of Pla protein from Yersinia pestis with mammalian Plasmin(ogen) by Molecular Dynamics simulations. European Biophysics Journal With Biophysics Letters, Alemanha, v. 34, n.6, p. 727, 2005.

3.
GOMES, D. E. B.2005GOMES, D. E. B. ; PASCUTTI, P. G. . Binding mode of e-64 to Malaria and Chagas disease cysteine proteases. European Biophysics Journal With Biophysics Letters, Alemanha, v. 34, n.6, p. 737, 2005.

4.
PASCUTTI, P. G.;Geraldo Pascutti, Pedro;Pascutti, Pedro Geraldo;Valiente, Pedro A.;Pascutti, Pedro G.;PASCUTTI, P.G.2005PASCUTTI, P. G.; AGOSTINI, F. P. ; Osthoff, C. ; MUNDIM, K. C. ; MORET, M. A. . Peptide conformational search using Generalized Simulated Annealing method. European Biophysics Journal With Biophysics Letters, Alemanha, v. 34, n.6, p. 793, 2005.

5.
LOUREIRO, P. A.2003LOUREIRO, P. A. ; Bisch, P. M. ; PASCUTTI, P. G. . Molecular dynamics simulations of a DPPC bilayer with a GROMOS parameter set optimized for long alkanes. European Biophysics Journal, v. 32, n.3, p. 217-217, 2003.

6.
LEITE, F. S.2001LEITE, F. S. ; PASCUTTI, P. G. ; ANTENEODO, C. . Molecular dynamics of the sodium channel inactivation gate in a dielectric discontinuity medium. Biophysical Journal, v. 80, n.1, p. 904-904, 2001.

7.
PASCUTTI, P. G.;Geraldo Pascutti, Pedro;Pascutti, Pedro Geraldo;Valiente, Pedro A.;Pascutti, Pedro G.;PASCUTTI, P.G.1997PASCUTTI, P. G.; CASSIANO, M. M. ; ITO, A. S. ; Bisch, P. M. . Molecular Dynamics Simulations of Peptide-Membrane Interactions. Biophysical Journal, v. 72, n.2, p. A196, 1997.

8.
PASCUTTI, P. G.;Geraldo Pascutti, Pedro;Pascutti, Pedro Geraldo;Valiente, Pedro A.;Pascutti, Pedro G.;PASCUTTI, P.G.1996PASCUTTI, P. G.; AÊAS, E. P. G. ; ITO, A. S. ; MUNDIM, K. C. ; BISCH, P. M. . Molecular dynamics of peptides at membrane-water interfaces. Progress in Biophysics and Molecular Biology, v. 65, n.1, p. PA340, 1996.


Produção técnica
Assessoria e consultoria
1.
PASCUTTI, P. G.. Consultoria à Financiadora de Estudos e Projetos - FINEP. 2002.

Programas de computador sem registro
1.
PASCUTTI, P. G.; MUNDIM, K. C. ; Fernandes, T. V. A. ; Moret, M.A. ; Agostini, Flavia P. ; Melo, M C R ; Bernardi, Rafael C. ; Bisch, Paulo M . Predição Estrutural de Proteínas. 2013.

2.
DASILVA, A. W. S. ; GOMES, D. E. B. ; BARROS, P. M. ; HILL, E. ; Osthoff, C. ; PASCUTTI, P. G. . Portal BioPAUÁ para Simulações em Dinâmica Molecular. 2006.

3.
MUNDIM, K. ; PASCUTTI, P. G. ; Bisch, P. M. . THOR FORCE FIELD - MOLECULAR OPTIMIZATION AND DYNAMICS SIMULATIONS. 1992.

Processos ou técnicas
1.
SOUSA, G. L. S. C. ; PASCUTTI, P. G. ; Coelho-Sampaio, T . Processo de produção de endostatina dimerizada ou oligomerizada e composição farmacêutica PI 0605212-6. 2007.

Trabalhos técnicos
1.
PASCUTTI, P. G.. Relatórios de Acompanhamento de Cursos de Pós-Graduação da Área Multidisciplinar da CAPES. 2005. 2006.

2.
PASCUTTI, P. G.. Relatórios de Avaliação de Cursos de Pós-Graduação da Área Multidisciplinar da CAPES. 2005.

3.
PASCUTTI, P. G.. Relatórios de Avaliação de Cursos de Pós-Graduação da Área Multidisciplinar da CAPES. 2004.

4.
PASCUTTI, P. G.. Relatórios de Avaliação de Cursos de Pós-Graduação da Área Multidisciplinar da CAPES. 2003.

5.
PASCUTTI, P. G.. Relatórios de Avaliação de Cursos de Pós-Graduação da Área Multidisciplinar da CAPES. 2002.

6.
PASCUTTI, P. G.. Relatórios de Avaliação de Cursos de Pós-Graduação da Área Multidisciplinar da CAPES. 2001.


Demais tipos de produção técnica
1.
PASCUTTI, P. G.; Dias, G S ; Bernardi, Rafael C. ; Bianconi, M. Lucia ; GOMES, D. E. B. ; SOUSA, G. L. S. C. ; Hoelz, Lucas V.B. ; Monteiro Torres, Pedro Henrique ; LOUREIRO, P. A. L. ; Celestino, P. D. S. F. ; OLIVEIRA JUNIOR, R. ; Soares, O. S. ; Fernandes, T. V. A. ; Melo, M C R . Animação de Movimentos Moleculares. 2012. (Desenvolvimento de material didático ou instrucional - vídeo).



Bancas



Participação em bancas de trabalhos de conclusão
Mestrado
1.
PASCUTTI, P. G.; Albuquerque, M. G.; Cunha-Pinto, A.; ESTEVES, P. M.. Participação em banca de Sanuel silva da Rocha Pita. Modelos de QSAR-4D dependente do receptor de inibidores peptídicos da tripanotiona redutase. 2006. Dissertação (Mestrado em Química) - Universidade Federal do Rio de Janeiro.

2.
PASCUTTI, P. G.; Ribeiro, F. J.; MORET, M. A.. Participação em banca de Gustavo Henrique dos Santos. Animações interativas do software MODELLUS: um estudo sobre atitude e perspectiva de alunos de Física do Ensino Médio. 2006. Dissertação (Mestrado em Interdisciplinar em Modelagem Computacional) - Fundação Visconde de Cairu.

3.
PASCUTTI, P. G.; Vianna, J D M; Ramos-de-Souza, E. Participação em banca de Dermeval Heitor Souza Gritta. Estudo da Estrutura e de Propriedades Físico-Químicas da Sulfurilase da ATP da Thermus Thermophilus em Complexo com a APS via Dinâmica Molecular. 2006. Dissertação (Mestrado em Física) - Universidade Federal da Bahia.

4.
PASCUTTI, P. G.; ALMEIDA, F. C. L.; MURARI, J. R. P.. Participação em banca de Humberto Antunes de Almeida Filho. Desenvolvimento e aplicação Sondas Intrínsecas na Caracterização Físico-Química de Proteínas: 77Se e cofatores NADPH e FAD no modelo Tioredoxina 1 - Tioredoxina Redutse 1 de Saccharomicea cerevisae. 2005. Dissertação (Mestrado em Química Biológica) - Universidade Federal do Rio de Janeiro.

5.
PASCUTTI, P. G.; CERNICCHIARO, G.; BARROS, H. L.; ESQUIVEL, D. M.; WAJNBERG, E.. Participação em banca de Marcelo Perantoni. Sistema de Aquisição de dados para o estudo de organismos magnetotácticos. 2005. Dissertação (Mestrado em Física) - Centro Brasileiro de Pesquisas Físicas.

6.
PASCUTTI, P. G.; DASILVA, A. W. S.; ROSA, R. R.. Participação em banca de Márcia Rodrigues Campos. Caracterização de Processos Moleculares Usando a Análise de Padrões Gradientes. 2005. Dissertação (Mestrado em Computação Aplicada) - Instituto Nacional de Pesquisas Espaciais.

7.
PASCUTTI, P. G.. Participação em banca de Francisco José Rocha de Sousa. Estudos Físico-químicos do Enovelamento/Desenovelamento Protéico e da Interação Proteína-ADN em Condições Ácidas de pH: O Caso da LexA de E.Coli. 2005. Dissertação (Mestrado em Química Biológica) - Universidade Federal do Rio de Janeiro.

8.
PASCUTTI, P. G.. Participação em banca de Karla Souza Troche. Estudo da Atividade Carcinogênica dos Hidrocarbonetos Policíclicos Aromáticos Através de Descritores Quânticos. 2003. Dissertação (Mestrado em Física) - Universidade Estadual de Campinas.

9.
PASCUTTI, P. G.; ZINGALI, R. B.; ROSADO, A. S.; RUMJANEK, F. D.; MAGDESIAN, M. H.. Participação em banca de Alexander M. Cardoso. Formação de Asn-tRNA na Arquea Halobacterium salinarum. 2003. Dissertação (Mestrado em Química Biológica) - Universidade Federal do Rio de Janeiro.

10.
PASCUTTI, P. G.. Participação em banca de Ricardo H. Theodoro da Silva. Comportamento Termodinâmico e a Cinética de Mutações de Proteínas Otimamente Desenhadas em Modelos de Rede. 2002. Dissertação (Mestrado em Biofísica Molecular) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

11.
PASCUTTI, P. G.; COUTINHO, K.. Participação em banca de Elaine Fontes Ferreira da Cunha. Interações entre Derivados Deazapteridinas e as Enzimas Di-Hidrofolatorredutase Humana e do Mycobacterium Turberculosis: Planajamento de Novas Drogas. 2002. Dissertação (Mestrado em Química) - Universidade Federal do Rio de Janeiro.

12.
PASCUTTI, P. G.. Participação em banca de Alexandre Taschetto de Castro. Modelagem de Reativação da Acetilcolinesterase Inibida por Agentes Químicos Neurotóxicos. 2002. Dissertação (Mestrado em Química) - Instituto Militar de Engenharia.

13.
PASCUTTI, P. G.. Participação em banca de Juliana Reis Cortines. Caracterização da Estabilidade da Proteína Capsídica do HIV-1 e de Seus Domínios N e C Isolados. 2002. Dissertação (Mestrado em Bioquímica) - Universidade Federal do Rio de Janeiro.

14.
PASCUTTI, P. G.. Participação em banca de Louraine Cláudia de Melo. Estrutura Eletrônica de Furanocumarinas. 2001. Dissertação (Mestrado em Física) - Universidade Federal de Juiz de Fora.

15.
PASCUTTI, P. G.. Participação em banca de Luciano Pinho Gomes. Modelagem Molecular para Inibidores dos Complexo Tat/Tar do HIV-I. 2001 - Universidade Federal do Rio de Janeiro.

16.
PASCUTTI, P. G.. Participação em banca de Shaila Cintia Sykora Rössle. Estudo da Interação do Receptor de Célula T Cw3/1.1 com o Superantígeno SEC2 por técnicas de Modelagem Molecular: Construção de Modelos por Homologia. 2000. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas (Biofísica)) - Universidade Federal do Rio de Janeiro.

17.
PASCUTTI, P. G.. Participação em banca de Selma Anita Tamashiro. Enovelamento de Proteínas: A Importância das Interações Eletrostáticas. 2000 - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

18.
PASCUTTI, P. G.. Participação em banca de Sheila Maria Barbosa de Lima. Estudo das Interações Proteína-Proteína e Proteína-ARN Envolvidas na Estabilidade do Bacteriófago MS2. 2000. Dissertação (Mestrado em Bioquímica) - Universidade Federal do Rio de Janeiro.

19.
PASCUTTI, P. G.. Participação em banca de Alan Wilter Souza da Silva. Estudo da Nitrosilação de Hemoglobina e de Porfirinas de Ferro Solúveis por Absorção Eletrônica e Ressonância Paramagnética Eletrônica. 1999. Dissertação (Mestrado em Física) - Pontifícia Universidade Católica do Rio de Janeiro.

20.
PASCUTTI, P. G.. Participação em banca de Carlos José Bezerra Daniel. Estrutura e Função da Perforina: Análise do N-terminal. 1998. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas (Biofísica)) - Universidade Federal do Rio de Janeiro.

21.
PASCUTTI, P. G.. Participação em banca de Murilo Táparo. Estudo por Dinâmica Molecular de: Mono, Di e Trissacarídeo de Ácido a-D-galacturônico. 1998 - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

Teses de doutorado
1.
PASCUTTI, P. G.; Ruggiero, J. R.; Freitas, L. C. G.; Palma, M. S.; Fadel, V.. Participação em banca de Sabrina Thais Broggio Costa. Estudos Conformacionais por Dinâmica Molecular de Peptídeos Antimicrobianos da Família dos Mastoparanos em Mistura de TFE-Água. 2006. Tese (Doutorado em Biofísica Molecular) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

2.
PASCUTTI, P. G.; GOUVEA, V. S.. Participação em banca de Felipe Gomes Naveca. Bases Moleculares da Atenuação Viral: Modelo Reovirus Aviário. 2006. Tese (Doutorado em Ciências (Microbiologia)) - Universidade Federal do Rio de Janeiro.

3.
PASCUTTI, P. G.; ITO, A. S.; Ruggiero Neto, J.; Costa-Filho, A. J.. Participação em banca de Marcelo Takara. Propriedades ópticas de absorção e emissão de fluorescente do ácido orto-aminobenzóico e seus derivados em meio solvente. 2006. Tese (Doutorado em Física Aplicada à Medicina e Biologia) - Universidade de São Paulo.

4.
PASCUTTI, P. G.. Participação em banca de Shaila Cintia Sykora Rossle. Desenvolvimento de um sistema computacional para modelagem comparativa em genômica estrutural: Análise de seqüências do genoma da Gluconacetobacter diazotrophicus. 2004. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Biofísica)) - Universidade Federal do Rio de Janeiro.

5.
PASCUTTI, P. G.; Figueroa-Villar, J. D.. Participação em banca de Tanos Celmar Costa França. Modelagem Molecular da Serina Hidroximetiltransferase de Plasmodium Falciparum: Modelos Tridimensionais e Proposta de Potenciais Inibidores Seletivos. 2004. Tese (Doutorado em Química) - Instituto Militar de Engenharia.

6.
PASCUTTI, P. G.. Participação em banca de Scheila Furtado Braga Llanes. Investigação de Atividades Biológicas de Taxóides e Benzo{c}quinolizin-3-onas Através de Descritores Teóricos. 2003. Tese (Doutorado em Física) - Universidade Estadual de Campinas.

7.
PASCUTTI, P. G.. Participação em banca de Amarílis de Vicente Finageiv Neder. Estudo Teórico da Hidratação dos Nucleotídeos 33 a 38 do Laço do Anticódon do t-RNA(PHE) e t-RNA(MET) e dos Nucleotídeos de seus respectivos Códons, antes e após a interação Códon-Anticódon. 2003. Tese (Doutorado em Química) - Universidade de Brasília.

8.
PASCUTTI, P. G.. Participação em banca de Márcia Regina Soares da Silva. Determinação da Estrutura por Ressonância Magnética Nuclear de Peptídeos Derivados de Proteínas Ribossomais do T. cruzi Humana e L. brasiliensis. 2002. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Biofísica)) - Universidade Federal do Rio de Janeiro.

9.
PASCUTTI, P. G.; Abdelhay, E. S. F.; Pontes, J.; Barrabin, H.. Participação em banca de Francisco F. J. Lopes. Analise da Formação de Padrões no Desenvolvimento da Drosophila Melanogaster Através de Modelos de Redes Complexas. 2002. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Biofísica)) - Universidade Federal do Rio de Janeiro.

10.
PASCUTTI, P. G.; Foguel, D. E.; PREVIATO, J. O.; Figueroa-Villar, J. D.. Participação em banca de Katya M. O. Sousa. Determinação da Estrutura por Ressonância Magnética Nuclear do Peptídeo Melamotrópico alfa-MSH. 2002. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Biofísica)) - Universidade Federal do Rio de Janeiro.

11.
PASCUTTI, P. G.. Participação em banca de Beatriz Alves Ferreira. Estudo Sobre Eletrólitos Poliméricos por Dinâmica Molecular. 2001. Tese (Doutorado em Química) - Universidade Federal de Minas Gerais.

12.
PASCUTTI, P. G.. Participação em banca de Larissa Lima do Espírito Santo. Aplicações de Métodos Semiempíricos no Estudo de Compostos Orgânicos. 2001. Tese (Doutorado em Física) - Universidade Estadual de Campinas.

13.
PASCUTTI, P. G.. Participação em banca de Marcos Serrou de Oliveira. Estudo Teórico dos Espectros de Absorção e Fluorescência do Triptofano e Análogos. 2001. Tese (Doutorado em Física) - Universidade de São Paulo.

14.
PASCUTTI, P. G.. Participação em banca de Marisa Carvalho Suarez. Estudos Conformacionais dos Domínios Isolados da Troponina C: Efeito da Adição de Cátions e Glicerol. 2001. Tese (Doutorado em Bioquímica) - Universidade Federal do Rio de Janeiro.

15.
PASCUTTI, P. G.. Participação em banca de Marco Antonio Flores Rivera. Endor de Prótons e nitrogênios de Nitrosil Hemoproteínas. 2000. Tese (Doutorado em Física) - Centro Brasileiro de Pesquisas Físicas.

16.
PASCUTTI, P. G.. Participação em banca de Pedro Caetano de Sousa Junior. O Bacteriófago P22: I- O Papel das Cavidades e da Expansão na Montagem Viral; II- Enovelamento e Agregação da Proteína da Espícula (Tailspike). 2000. Tese (Doutorado em Bioquímica) - Universidade Federal do Rio de Janeiro.

17.
PASCUTTI, P. G.. Participação em banca de Ricardo S. Braga. Estrutura Eletrônica de Compostos Biológicos e Cristais Moleculares. 2000. Tese (Doutorado em Física) - Universidade Estadual de Campinas.

18.
PASCUTTI, P. G.. Participação em banca de Luz Elena Bolivar Marinez. Um Estudo Teórico das Propriedades Estruturais e Óticas de Derivados de Eumelanina. 1997. Tese (Doutorado em Física) - Universidade Estadual de Campinas.



Participação em bancas de comissões julgadoras
Concurso público
1.
PASCUTTI, P. G.; WARD, R. J.; AZEVEDO, E. R.; Costa-Filho, A. J.; FERREIRA, S. T.. Concurso público de títulos e provas para provimento de cargo de Professor Doutor RDIDP. 2009. Universidade de São Paulo.

2.
PASCUTTI, P. G.; Costa-Filho, A. J.; Canuto, S. R. A.; Coberle, R.. Concurso público para provimento de cargo de Professor Doutor RDIDP - Instituto de Física de São Carlos. 2008. Universidade de São Paulo.

3.
PASCUTTI, P. G.; Ruggiero Neto, J.; Costa-Filho, A. J.. Concurso Público para Professor Assistente para o Departamento de Física da UNESP - Campus São José do Rio Preto. 2006. Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

Avaliação de cursos
1.
PASCUTTI, P. G.. Avaliação de Propostas de Novos Programas de Pós-graduação na Área Interdisciplinar da CAPES. 2009. Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior.

2.
PASCUTTI, P. G.. Avaliação de Propostas de Novos Programas de Pós-graduação na Área Interdisciplinar da CAPES. 2008. Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior.

3.
PASCUTTI, P. G.. Avaliação Trienal de Programas de Pós-graduação da Área Interdisciplinar da CAPES. 2007. Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior.

4.
PASCUTTI, P. G.. Avaliação de Propostas de Novos Programas de Pós-graduação na Área Interdisciplinar da CAPES. 2007. Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior.

5.
PASCUTTI, P. G.. Avaliação continuada (ano base 2005) de programas de pós-graduação da Área Multidisciplinar da CAPES(http://servicos.capes.gov.br/avaliacaocontinuada/jsp/PgFiltraArquivosAvaliacao.jsp?Area=45&IES=Nenhuma&ano=2005). 2006. CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior.

6.
PASCUTTI, P. G.. Avaliação continuada (ano base 2004) de programas de pós-graduação da Área Multidisciplinar da CAPES (http://www1.capes.gov.br/Avaliacao/Avaliacao/Scripts/FiltraArquivosContinuada.idc?Area=45&IES=Nenhuma&ano=2004). 2005. Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior.

7.
PASCUTTI, P. G.. Avaliação Trienal (2001-2003) de Cursos de Pós-graduação da Área Multidisciplinar da CAPES (http://www1.capes.gov.br/Avaliacao/Avaliacao/Scripts/FiltraArquivosTrienio.idc?Area=45&IES=Nenhuma&ano=2003). 2004. Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior.

8.
PASCUTTI, P. G.. Avaliação Continuada (ano base 2002) de Cursos de Pós-graduação da Área Multidisciplinar da CAPES (http://www1.capes.gov.br/Avaliacao/Avaliacao/Scripts/FiltraArquivosContinuada.idc?Area=45&IES=Nenhuma&ano=2002). 2003. Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior.

9.
PASCUTTI, P. G.. Avaliação Continuada (ano base 2001) de Cursos de Pós-graduação da Área Multidisciplinar da CAPES (http://www1.capes.gov.br/Avaliacao/Avaliacao/Scripts/FiltraArquivosContinuada.idc?Area=45&IES=Nenhuma&ano=2001). 2002. Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior.

10.
PASCUTTI, P. G.. Avaliação Trienal (1998-2000) de Cursos de Pós-graduação da Área Multidisciplinar da CAPES (http://www1.capes.gov.br/Avaliacao/Avaliacao/Scripts/FiltraArquivosTrienio.idc?Area=45&IES=Nenhuma&ano=2000). 2001. Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior.

11.
PASCUTTI, P. G.. Análise de Propostas de Novos Programas de Pós-Graduação da Área Multidisciplinar. 2001. CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior.



Eventos



Organização de eventos, congressos, exposições e feiras
1.
PASCUTTI, P. G.; DARDENNE, L. E. ; Caffarena, Ernesto R. . VI Escola de Modelagem Molecular em Sistemas Biológicos. 2012. (Congresso).

2.
PASCUTTI, P. G.; DARDENNE, L. E. ; CAFFARENA, E. R. . V Escola de Modelagem Molecular em Sistemas Biológicos. 2010. (Congresso).

3.
PASCUTTI, P. G.; DARDENNE, L. E. ; CAFFARENA, E. R. . IV Escola de Modelagem Molecular em Sistemas Biológicos. 2008. (Congresso).

4.
PASCUTTI, P. G.; DARDENNE, L. E. ; CAFFARENA, E. R. . III Escola de Modelagem Molecular em Sistemas Biológicos. 2006. (Congresso).

5.
PASCUTTI, P. G.; DARDENNE, L. E. ; CAFFARENA, E. R. . II Escola de Modelagem Molecular em Sistemas Biológicos. 2004. (Congresso).

6.
PASCUTTI, P. G.; DARDENNE, L. E. ; CAFFARENA, E. R. . Escola de Modelagem Molecular em Sistemas Biológicos. 2002. (Congresso).



Orientações



Orientações e supervisões em andamento
Tese de doutorado
1.
Ricado Valle Ladewig Zappala. Predição Funcional de Proteínas Moduladas por Estresse em Deinococcus Radiodurans. Início: 2017. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Biofísica)) - Universidade Federal do Rio de Janeiro, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. (Coorientador).

2.
Lilian Hernandez Alvarez. Computer-aided molecular design of allosteric inhibitors of cysteine proteases from kinetoplastids. Início: 2017. Tese (Doutorado em Biofísica Molecular) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. (Orientador).

3.
Reinaldo Souza de Oliveira Júnior. Estudo Teórico-computacional da Estabilidade Protéica e Dissociação Molecular por Alta Pressão Hidrostática. Início: 2016. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Biofísica)) - Universidade Federal do Rio de Janeiro. (Orientador).

4.
Jorge Enrique Hernandez Gonzalez. Prospecção e Planejamento de Inibidores de Falcipaínas II e III. Início: 2015. Tese (Doutorado em Biofísica Molecular) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. (Orientador).

Supervisão de pós-doutorado
1.
Rosemberg de Oliverira Soares. Aplicação de métodos híbridos de Mecânica Quântica / Mecânica Molecular e Dinâmica Molecular a pH constante na investigaçõ de complexos enzimáticos. Início: 2015. Universidade Federal do Rio de Janeiro, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior.

Iniciação científica
1.
Paula Jofily de Lima Rangel. Análise estrutural e busca por inibidores da proteína NS3 do vírus da Zika. Início: 2017. Iniciação científica (Graduando em Ciências Biológicas: Modalidade Médica) - Universidade Federal do Rio de Janeiro, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. (Orientador).

2.
Leonardo Silva Oliveira. Planejamento de Inibidores da Telomerase Humana - hTERT para Tratamento de Cancer. Início: 2016. Iniciação científica (Graduando em Ciências Biológicas: Biofísica) - Universidade Federal do Rio de Janeiro. (Orientador).

3.
Dennis Gomes Vantapene Andrade. Estudo estrutural e dinâmico de complexos enzimáticos. Início: 2015. Iniciação científica (Graduando em Ciências Biológicas - Biofísica) - Universidade Federal do Rio de Janeiro, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. (Orientador).

4.
Mariana Freire Ribeiro Teixeira. Simulação computacional do enovelameno de proteínas por Generalized Simulated Annealing. Início: 2015. Iniciação científica (Graduando em Ciências Biológicas: Biofísica) - Universidade Federal do Rio de Janeiro, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. (Orientador).

5.
Thamires Rocco Machado. Planejamento computacional de fármacos contra doenças infecciosas. Início: 2015. Iniciação científica (Graduando em Farmácia) - Universidade Federal do Rio de Janeiro, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. (Orientador).


Orientações e supervisões concluídas
Dissertação de mestrado
1.
Thiciana Santos da Fonseca. Análises da Estabilidade Térmica de Celulases em Líquido iônico por Métodos Computacionais. 2018. Dissertação (Mestrado em Biotecnologia) - Instituto Nacional de Metrologia, Qualidade e Tecnologia, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Pedro Geraldo Pascutti.

2.
Lilian Hernandez Alvarez. Identification and Characterization of Cruzain Allosteric Inhibitors: A Computer-Aided Approac. 2017. Dissertação (Mestrado em Biofísica Molecular) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Pedro Geraldo Pascutti.

3.
Raquel Gama Gomes Leite. INVESTIGAÇÃO COMPUTACIONAL DAS INTERAÇÕES ENTRE INIBIDORES E SUBSTRATOS COM CISTEÍNO PROTEASES PLASMODIAIS FALCIPAÍNA-2 E FALCIPAÍNA-3. 2016. Dissertação (Mestrado em Biotecnologia) - Instituto Nacional de Metrologia, Qualidade e Tecnologia, . Orientador: Pedro Geraldo Pascutti.

4.
Rafael Mesquita Stoque. Estudos dos Efeitos das Mutações L81N, I88N, L81N-I88N e L50S na Proteína Capsídica do Vírus da Dengue por Fluorimetria e Dinâmica Molecular. 2014. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas (Biofísica)) - Universidade Federal do Rio de Janeiro, . Orientador: Pedro Geraldo Pascutti.

5.
Giselly Dias. O Ensino de Bioquímica Através do Emprego de Animações: Utilização da Dinâmica Molecular e Programas de Visualização 3D. 2013. Dissertação (Mestrado em Química Biológica) - Universidade Federal do Rio de Janeiro, . Coorientador: Pedro Geraldo Pascutti.

6.
Marcelo Cardoso dos Reis Melo. Aprimoramento de Metodologias para Predição ab-initio de Estruturas de Proteínas Utilizando o Generalized Simulated Annealing. 2013. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas (Biofísica)) - Universidade Federal do Rio de Janeiro, Instituto Nacional de Metrologia, Qualidade e Tecnologia. Orientador: Pedro Geraldo Pascutti.

7.
Priscila da Silva Figueiredo Celestino. Estudo da Interação entre Pequenos Ligantes e as Cisteíno-proteases Plasmodiais Falcipaína-2 e Falcipaína-3. 2011. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas (Biofísica)) - Universidade Federal do Rio de Janeiro, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Pedro Geraldo Pascutti.

8.
Pedro Henrique Monteiro Torres. Estudo do Fragmento N-terminal da Endostatina por Modelagem e Dinâmica Molecular. 2010. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas (Biofísica)) - Universidade Federal do Rio de Janeiro, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Pedro Geraldo Pascutti.

9.
Tácio Vinício Amorim Fernandes. Estudo do Enovelamento de Proteínas por Dinâmica Molecular e Generalized Simulated Annealing. 2009. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas (Biofísica)) - Universidade Federal do Rio de Janeiro, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Pedro Geraldo Pascutti.

10.
Maurício Garcia de Souza Costa. Estudo Computacional de Interações entre a Heparina e Proteínas Envolvidas na Angiogênese Tumoral. 2009. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas (Biofísica)) - Universidade Federal do Rio de Janeiro, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Pedro Geraldo Pascutti.

11.
Reinaldo Souza de Oliveira Júnior. Estudo de Complexos Biomoleculares sob Alta Pressão Hidrostática por Dinâmica Molecular. 2009. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas (Biofísica)) - Universidade Federal do Rio de Janeiro, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Pedro Geraldo Pascutti.

12.
Diego Enry Barreto Gomes. Modelagem e Dinâmica Molecular de Complexos da Protease Falcipaína-II com Inibidores: Uma Contribuição para o Desenvolvimento de Fármacos contra a Malária. 2006. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas (Biofísica)) - Universidade Federal do Rio de Janeiro, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Pedro Geraldo Pascutti.

13.
Gabriel Limaverde Soares Costa Sousa. Importância do Íon Zn2+ para a Estabilidade e Especificidade da Proteína Antiangiogênica Endostatina. 2005. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas (Biofísica)) - Universidade Federal do Rio de Janeiro, Fundação Carlos Chagas Filho de Amparo à Pesquisa do Estado do RJ. Orientador: Pedro Geraldo Pascutti.

14.
Paulo Ricardo Batista. Estudos Computacionais da Protease do HIV-1: Abertura das Alças e Diferenças Entre Subtipos. 2005. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas (Biofísica)) - Universidade Federal do Rio de Janeiro, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Pedro Geraldo Pascutti.

15.
Elza Helena Andrade Barbosa. Estudo de Subtipos da Protease do HIV-1 Presentes no Brasil e África por Simulação Computacional. 2003. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas (Biofísica)) - Universidade Federal do Rio de Janeiro, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Pedro Geraldo Pascutti.

16.
Fernanda S Leite. Modelagem e Dinâmica Molecular da Região LIII-IV do Canal de Sódio. 2001. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas (Biofísica)) - Universidade Federal do Rio de Janeiro, Fundação Carlos Chagas Filho de Amparo à Pesquisa do Estado do RJ. Orientador: Pedro Geraldo Pascutti.

17.
Mônica da Luz Carvalho. Estimativa da Afinidade da Ligação de Inibidores de Enzimas por Técnicas de Modelagem Molecular: Aplicação para Inibidores de Cisteíno-Proteases. 1999. 0 f. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas (Biofísica)) - Universidade Federal do Rio de Janeiro, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Coorientador: Pedro Geraldo Pascutti.

Tese de doutorado
1.
Maria Fernanda Ribeiro Dias. Desenvolvimento de Métodos Para Screening de Compostos de Interesse no Combate a Doenças Virais Utilizando Métodos de Aprendizagem de Máquina e Informações Estruturais de Proteínas. 2018. Tese (Doutorado em Biotecnologia) - Instituto Nacional de Metrologia, Qualidade e Tecnologia, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Coorientador: Pedro Geraldo Pascutti.

2.
Laura Machado de Faria. Evolutionary, Structural and Dynamic Studies of a New H+ P3A-ATPase (PH5). 2016. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Biofísica)) - Universidade Federal do Rio de Janeiro, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Pedro Geraldo Pascutti.

3.
Priscila da Silva Figueiredo Celestino. Oncogenic Mechanisms of Activation and Resistance of the type III Receptor Tyrosine Kinase family. 2015. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Biofísica)) - Universidade Federal do Rio de Janeiro, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Pedro Geraldo Pascutti.

4.
Moema Monteiro. Avaliação  da  Ação  do  Peptídeo  Antimicrobiano   Dermadistinctina  K  em  Membrana  Modelo  por  Dinâmica   Molecular  . 2015. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais, . Orientador: Pedro Geraldo Pascutti.

5.
Rosemberg de Oliveira Soares. APLICAC ̧A ̃O DO ME ́TODO DE DINA?MICA MOLECULAR EM PH CONSTANTE (CpHMD) NO ESTUDO DE COMPLEXOS DA PROTEASE DO HIV-1. 2014. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Biofísica)) - Universidade Federal do Rio de Janeiro, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Pedro Geraldo Pascutti.

6.
Tácio Vinício Amorim Fernandes. Desenvolvimento e Aplicação de Métodos Computacionais para Predição de Estrutura de Proteínas. 2014. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Biofísica)) - Universidade Federal do Rio de Janeiro, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Pedro Geraldo Pascutti.

7.
Pedro Henrique Monteiro Torres. Análise Estrutural do Fragmento N-Terminal da Endostatina e sua Interação Putativa com a Integrina Alfa-V_Beta-III. 2014. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Biofísica)) - Universidade Federal do Rio de Janeiro, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Pedro Geraldo Pascutti.

8.
Pedro Alberto Valiente Flores. In silico analysis of the interactions determining the specificity and selectivity of plasmepsin II towards substrates and inhibitors: Implications for designing more selective inhibitors. 2012. Tese (Doutorado em Bioquímica) - Universidade de Havana, . Coorientador: Pedro Geraldo Pascutti.

9.
Samuel Silva da Rocha Pita. Estudo de Complexos da Tripanotiona Redutase de Trypanosoma cruzi com Inibidores Peptídeomiméticos. 2011. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Biofísica)) - Universidade Federal do Rio de Janeiro, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Pedro Geraldo Pascutti.

10.
Diego Enry Barreto Gomes. Modelos de Confinamento para Organofósforo Hidrolase em Nanoestruturas. 2010. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Biofísica)) - Universidade Federal do Rio de Janeiro, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Pedro Geraldo Pascutti.

11.
Rafael de Cássio Bernardi. Estrutura e Dinâmica de Anestésicos Locais em Biomembranas. 2010. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Biofísica)) - Universidade Federal do Rio de Janeiro, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Pedro Geraldo Pascutti.

12.
Gabriel Limaverde Soares Costa Sousa. Estudo Estrutural das Proteínas Antiangiogênicas Endostatina e Anastelina e Potenciais Implicações na Terapia contra o Câncer.. 2009. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Biofísica)) - Universidade Federal do Rio de Janeiro, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Pedro Geraldo Pascutti.

13.
Paulo Ricardo Batista. Estudo da flexibilidade da Protease do HIV-1 por Modelagem e Dinâmica Molecular, Análise dos modos normais e dos modos consensus.. 2009. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Biofísica)) - Universidade Federal do Rio de Janeiro, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Pedro Geraldo Pascutti.

14.
Arlan da Silva Golçalves. Estudo da Reativação da Acetilcolinesterase Humana Inibida pelo Organofosforado Tabun, Através de Métodos Híbridos Cássico Quanto-Mecânicos. 2009. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Biofísica)) - Universidade Federal do Rio de Janeiro, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Pedro Geraldo Pascutti.

15.
Flávia Paiva Agostini. Mapeamento de Parâmetros do Simulated Annealing Generalizado para o problema do Enovelamento de Proteínas. 2008. Tese (Doutorado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Pedro Geraldo Pascutti.

16.
Pedro Alexandre Lapido Loureiro. Utilização de métodos computacionais no estudo de membranas lipídicas. 2007. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Biofísica)) - Universidade Federal do Rio de Janeiro, . Orientador: Pedro Geraldo Pascutti.

17.
Eduardo Ruback dos Santos. Estudo Estrutural das Interações da Proteína Pla de Y. Pestis com o Sistema Plasminogênio/Plasmina de Mamíferos por. 2007. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Biofísica)) - Universidade Federal do Rio de Janeiro, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Pedro Geraldo Pascutti.

18.
Mônica da Luz Carvalho. Uma Nova Abordagem para Análises Termodinâmicas da Ligação de Inibidores a Enzimas Através das Técnicas de Dinâmica Molecular. 2004. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Biofísica)) - Universidade Federal do Rio de Janeiro, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Coorientador: Pedro Geraldo Pascutti.

19.
Tanos C. C. França. Modelagem Molecular da Serino-hidroxi-metil-transferase do P. falciparum: Modelos Tridimensionais e Proposta de Potenciais Inibidores Seletivos. 2004. Tese (Doutorado em Química) - Instituto Militar de Engenharia, . Coorientador: Pedro Geraldo Pascutti.

20.
Alan Wilter Sousa da Silva. Estudo por Modelagem e Dinâmica Molecular de Proteases de Vírus da Imunodeficiência Humana Tipo 1 Resistentes a Drogas Antivirais. 2003. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Biofísica)) - Universidade Federal do Rio de Janeiro, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Pedro Geraldo Pascutti.

21.
Alícia Claudia Lorenzo de Rovere. Modelagem e Dinâmica Molecular na interpretação de resultados de Microscopia de Força Atômica. 2001. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Biofísica)) - Universidade Federal do Rio de Janeiro, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Coorientador: Pedro Geraldo Pascutti.

22.
Marcelo Albano Moret Simões Gonçalves. Estudo Conformacional de Proteínas usando Métodos Estocásticos. 2000. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Biofísica)) - Universidade Federal do Rio de Janeiro, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Coorientador: Pedro Geraldo Pascutti.

Supervisão de pós-doutorado
1.
Tacio Vinicio Amorim Fernandes. 2018. Universidade Federal do Rio de Janeiro, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Pedro Geraldo Pascutti.

2.
Priscila da Silva Figueiredo Celestino Gomes. 2018. Universidade Federal do Rio de Janeiro, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Pedro Geraldo Pascutti.

3.
Pedro Henrique Monteiro Torres. 2016. Universidade Federal do Rio de Janeiro, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Pedro Geraldo Pascutti.

4.
Mariangela Dametto. investigação estrutural e dinâmica de complexos protéicos comheparina para uso anticoagulante. 2015. Instituto Nacional de Metrologia, Qualidade e Tecnologia, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Pedro Geraldo Pascutti.

5.
Lucas Villas Bôas Hoelz. 2014. Universidade Federal do Rio de Janeiro, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Pedro Geraldo Pascutti.

6.
Carla Menezes. 2014. Universidade Federal do Rio de Janeiro, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Pedro Geraldo Pascutti.

7.
Diego Henry Barreto Gomes. 2012. Universidade Federal do Rio de Janeiro, Fundação Carlos Chagas Filho de Amparo à Pesquisa do Estado do RJ. Pedro Geraldo Pascutti.

8.
Marcelo Takara. 2007. Universidade Federal do Rio de Janeiro, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Pedro Geraldo Pascutti.

9.
Alan Wilter Sousa da Silva. 2005. Universidade Federal do Rio de Janeiro, Hewllet Packart - Brasil. Pedro Geraldo Pascutti.

10.
Claudio Saburo Shida. Docking e Dinâmica Molecular de complexos da Catepsina B com polissacarídeos. 2004. Universidade Federal do Rio de Janeiro, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Pedro Geraldo Pascutti.

Iniciação científica
1.
Lucas Costa de Sousa. Planejamento de Inibidores de Acetilcolinesterase como Quimioterápicos para a Doença de Alzheimer. 2018. Iniciação Científica. (Graduando em Ciências Biológicas: Modalidade Médica) - Universidade Federal do Rio de Janeiro. Orientador: Pedro Geraldo Pascutti.

2.
Matheus Bernardes Costa do Nascimento. Predição de Drogabilidade em Proteínas de Agentes infecciosos Causadores de Doenças Negligenciadas. 2015. Iniciação Científica. (Graduando em Ciências Biológicas: Biofísica) - Universidade Federal do Rio de Janeiro. Orientador: Pedro Geraldo Pascutti.

3.
Cristóvão Freitas Iglesias Junior. Desenvolvimento de um Programa Computacional para Visualização Gráfica em Estudos de Associação Genômica Ampla. 2013. Iniciação Científica. (Graduando em Ciências Biológicas - Biofísica) - Universidade Federal do Rio de Janeiro, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Pedro Geraldo Pascutti.

4.
Marcelo C. R. Melo. Estudo em Larga Escala de Propriedades Físico-Químicas de Aminoácidos na Estruturação de Proteínas. 2011. Iniciação Científica. (Graduando em Ciências Biológicas - Biofísica) - Universidade Federal do Rio de Janeiro, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Pedro Geraldo Pascutti.

5.
Wesley Souza. Modelagem e Dinâmica de Peptídeos Antiangiogênicos. 2011. Iniciação Científica. (Graduando em Ciências Biológicas - Biofísica) - Universidade Federal do Rio de Janeiro, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Pedro Geraldo Pascutti.

6.
Técio G Benetti Barbosa. Estudo da Inibição de Subtipos não-B da Protease di HIV-1. 2010. Iniciação Científica. (Graduando em Ciências Biológicas Modalidade Médica) - Universidade Federal do Rio de Janeiro, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Pedro Geraldo Pascutti.

7.
Priscila da Silva Figueiredo Celestino. Modelagem Computacional de Complexos de Enzimas do P.Falciparum com ligantes. 2009. Iniciação Científica. (Graduando em Biomedicina) - Universidade Federal do Estado do Rio de Janeiro, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Pedro Geraldo Pascutti.

8.
Pedro Henrique Monteiro Torres. Estudo de Fragmentos Peptídicos da Endostatina por Modelagem e Dinâmica Molecular. 2009. Iniciação Científica. (Graduando em Ciências Biológicas - Microbiologia) - Universidade Federal do Rio de Janeiro, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Pedro Geraldo Pascutti.

9.
Cristovão Freitas Iglesias Junior. Estudo de Complexos da Falcipaína-III com Substratos e Inibidores. 2009. Iniciação Científica. (Graduando em Ciências Biológicas - Biofísica) - Universidade Federal do Rio de Janeiro, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Pedro Geraldo Pascutti.

10.
Pedro B. Melo. Introdução de Novos Métos de Dinâmica Molecular Quântica. 2008. Iniciação Científica. (Graduando em Ciências Biológicas - Biofísica) - Universidade Federal do Rio de Janeiro, Fundação Carlos Chagas Filho de Amparo à Pesquisa do Estado do RJ. Orientador: Pedro Geraldo Pascutti.

11.
Tácio Vinício Amorim Fernandes. Estudo do Enovelamento de Peptídeos por Métodos Estocásticos e Dinâmica Molecular. 2006. Iniciação Científica. (Graduando em Ciências Biológicas Modalidade Médica) - Universidade Federal do Rio de Janeiro, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Pedro Geraldo Pascutti.

12.
Maurício Garcia se Souza Costa. Simulação Computacional de complexos endostatina-heparina. 2006. Iniciação Científica. (Graduando em Ciências Biológicas Modalidade Médica) - Universidade Federal do Rio de Janeiro, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Pedro Geraldo Pascutti.

13.
Ranlig Carvalho de Medeiros. Modelagem e Dinâmica Molecular de complexos de t-RNA com aminoacil-RNA-sintetase. 2006. Iniciação Científica. (Graduando em Ciências Biológicas) - Centro de Educação a Distância do Estado de Rio de Janeiro, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Pedro Geraldo Pascutti.

14.
Liliani Aparecida Sereno Fontes. Modelagem e Dinâmica Molecular de subtipos da protease do HIV. 2006. Iniciação Científica. (Graduando em Ciências Biológicas) - Centro de Educação a Distância do Estado de Rio de Janeiro. Orientador: Pedro Geraldo Pascutti.

15.
Cristiny Gomes Hozumi. Estudos estruturais da associação entre as proteína MDM2 e p53. 2006. Iniciação Científica. (Graduando em Ciências Biológicas) - Universidade Santa Úrsula, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Pedro Geraldo Pascutti.

16.
Angélica Carvalho Oliveira. Estudo de Subtipos Regionais da Protease do HIV-1. 2005. Iniciação Científica - Universidade Federal do Rio de Janeiro, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Pedro Geraldo Pascutti.

17.
Reinaldo S. de Oliveira Júnior. Simulação por Dinâmica Molecular da Dissociação de Complexos Moleculares por Alta Pressão Hidrostática. 2005. Iniciação Científica. (Graduando em Biologia) - Universidade Federal do Rio de Janeiro, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Pedro Geraldo Pascutti.

18.
Diego Enry Barreto Gomes. Estudo da Falcipaína-2 por Modelagem e Dinâmica Molecular. 2004. Iniciação Científica. (Graduando em Ciências Biológicas Modalidade Médica) - Universidade Federal do Rio de Janeiro, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Pedro Geraldo Pascutti.

19.
Katia Souza d'Almeida. Modelagem e Dinâmica de Micelas de DPC. 2003. Iniciação Científica - Universidade Federal do Rio de Janeiro, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Pedro Geraldo Pascutti.

20.
Gabriel Limaverde de Sousa. Estudo Experimental e Teórico do Agente Angiogênico Endostatina. 2003. Iniciação Científica. (Graduando em Ciências Biológicas Modalidade Médica) - Universidade Federal do Rio de Janeiro, Fundação Carlos Chagas Filho de Amparo à Pesquisa do Estado do RJ. Orientador: Pedro Geraldo Pascutti.

21.
Diogo Soares Pinto. Estudo do Enovelamento de Proteínas por Métodos Estocásticos. 2003. Iniciação Científica. (Graduando em Física) - Universidade Federal do Rio de Janeiro, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Pedro Geraldo Pascutti.

22.
Elza Helena Andrade Barbosa. Modelagem Molecular de Peptídeos Envolvidos na Autoimunidade da Doença de Chagas. 2000. Iniciação Científica - Universidade Federal do Rio de Janeiro, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Pedro Geraldo Pascutti.

23.
Willian Chem. Dinâmica Molecular do N-Terminal da Perforina na Interface Membrana-Água. 1999. 0 f. Iniciação Científica. (Graduando em Ciências Biológicas Modalidade Médica) - Universidade Federal do Rio de Janeiro. Orientador: Pedro Geraldo Pascutti.

Orientações de outra natureza
1.
Ana Izabel Bezerra Santos. bolsista DTI - Novas Ferramentas Computacionais para Análise Estrutural em Biomoléculas. 2007. Orientação de outra natureza - Universidade Federal do Rio de Janeiro, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Pedro Geraldo Pascutti.

2.
Samuel Silva da Rocha Pita. Novas Ferramentas Computacionais para Análise Estrutural em Biomoléculas. 2005. Orientação de outra natureza - Universidade Federal do Rio de Janeiro, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Pedro Geraldo Pascutti.



Inovação



Programa de computador sem registro
1.
PASCUTTI, P. G.; MUNDIM, K. C. ; Fernandes, T. V. A. ; Moret, M.A. ; Agostini, Flavia P. ; Melo, M C R ; Bernardi, Rafael C. ; Bisch, Paulo M . Predição Estrutural de Proteínas. 2013.



Educação e Popularização de C & T



Artigos
Artigos completos publicados em periódicos
1.
Dias, G S2013Dias, G S ; Oliveira, F S ; BIANCONI, M. L. ; PASCUTTI, P. G. . Desenvolvimento de ferramentas multimidiáticas para o ensino de bioquímica. Revista Práxis (Volta Redonda.Impresso), v. 5, p. 25-30, 2013.


Desenvolvimento de material didático ou instrucional
1.
PASCUTTI, P. G.; Dias, G S ; Bernardi, Rafael C. ; Bianconi, M. Lucia ; GOMES, D. E. B. ; SOUSA, G. L. S. C. ; Hoelz, Lucas V.B. ; Monteiro Torres, Pedro Henrique ; LOUREIRO, P. A. L. ; Celestino, P. D. S. F. ; OLIVEIRA JUNIOR, R. ; Soares, O. S. ; Fernandes, T. V. A. ; Melo, M C R . Animação de Movimentos Moleculares. 2012. (Desenvolvimento de material didático ou instrucional - vídeo).


Organização de eventos, congressos, exposições e feiras
1.
PASCUTTI, P. G.; DARDENNE, L. E. ; CAFFARENA, E. R. . V Escola de Modelagem Molecular em Sistemas Biológicos. 2010. (Congresso).

2.
PASCUTTI, P. G.; DARDENNE, L. E. ; Caffarena, Ernesto R. . VI Escola de Modelagem Molecular em Sistemas Biológicos. 2012. (Congresso).




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