José Márcio Machado

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  • Última atualização do currículo em 29/07/2014


Possui graduação em Matemática pela Universidade Federal do Rio de Janeiro(1979), mestrado em Física pelo Centro Brasileiro de Pesquisas Físicas(1985) e doutorado em Engenharia Elétrica pela Universidade de São Paulo(1993). Atualmente é Professor Titular da Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, Revisor de periódico da IEEE Transactions on Magnetics, Revisor de periódico da Computers & Security, Revisor de periódico da Journal of Lightwave Technology (Print), Revisor de periódico da Numerical Algorithms, Revisor de periódico da Mathematical and Computer Modelling, Membro de corpo editorial da JATM-Journal of Aerospace Technology and Management, Membro de corpo editorial da American Journal of Bioinformatics, Revisor de periódico da Journal of Computer Sciences e Revisor de periódico da American Journal of Applied Sciences. Tem experiência na área de Ciência da Computação, com ênfase em Matemática da Computação. Atuando principalmente nos seguintes temas: Simulação computacional de fenômenos e dispositiv. (Texto gerado automaticamente pela aplicação CVLattes)


Identificação


Nome
José Márcio Machado
Nome em citações bibliográficas
MACHADO, J. M.;MACHADO, J M;MACHADO, JOSÉ M.

Endereço


Endereço Profissional
Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, Instituto de Biociências Letras e Ciências Exatas de São José do Rio Preto, Departamento de Ciência da Computação e Estatística.
Rua Cristóvão Colombo, 2265
Jardim Nazareth
15054000 - São José do Rio Preto, SP - Brasil
Telefone: (17) 32212219
Fax: (17) 32212203
URL da Homepage: http://www.dcce.ibilce.unesp.br/~jmarcio/


Formação acadêmica/titulação


1991 - 1993
Doutorado em Engenharia Elétrica.
Universidade de São Paulo, USP, Brasil.
Título: LMAG3D: Um software CAD/CAE para Eletromagnetismo baseado no Método dos Elementos Finitos em três dimensões, Ano de obtenção: 1993.
Orientador: José Roberto Cardoso.
Palavras-chave: Simulação computacional de fenômenos e dispositiv.
Grande área: Engenharias / Área: Engenharia Elétrica / Subárea: Medidas Elétricas, Magnéticas e Eletrônicas; Instrumentação / Especialidade: Medidas Magnéticas.
Grande Área: Engenharias / Área: Engenharia Elétrica / Subárea: Medidas Elétricas, Magnéticas e Eletrônicas; Instrumentação / Especialidade: Instrumentação Eletrônica.
Grande Área: Engenharias / Área: Engenharia Elétrica / Subárea: Circuitos Elétricos, Magnéticos e Eletrônicos / Especialidade: Circuitos Magnéticos , Magnetismos e Eletromagnetismos.
Setores de atividade: Industria Eletro-Eletrônica; Informática; Desenvolvimento de Novos Materiais.
1983 - 1985
Mestrado em Física.
Centro Brasileiro de Pesquisas Físicas, CBPF, Brasil.
Título: Aplicações de uma Teoria Matricial de Primeira Ordem ao Cálculo de um Anel de Estocagem destinado a produção de Radiação Sincrotron,Ano de Obtenção: 1985.
Orientador: Jader Benouzi Martins e Augusto Brandão d'Oliveira.
Bolsista do(a): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, CNPq, Brasil.
Palavras-chave: Aceleradores de partículas; Ótica de partículas carregadas; Simulação computacional.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Física / Subárea: Física Nuclear / Especialidade: Métodos Experimentais e Instrumentação para Partículas Elementares e Física Nuclear.
Grande Área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Física / Subárea: Física dos Fluídos, Física de Plasmas e Descargas Elétricas / Especialidade: Física de Plasmas e Descargas Elétricas.
Setores de atividade: Industria Eletro-Eletrônica; Aeronáutica e Espaço.
1977 - 1979
Graduação em Matemática.
Universidade Federal do Rio de Janeiro, UFRJ, Brasil.
Bolsista do(a): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, CNPq, Brasil.


Livre-docência


2002
Livre-docência.
Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, UNESP, Brasil.
Título: Computação Científica, Ano de obtenção: 2002.
Palavras-chave: Simulação computacional de fenômenos e dispositiv.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Matemática da Computação / Especialidade: Modelos Analíticos e de Simulação.
Setores de atividade: Desenvolvimento de Programas (Software).


Atuação Profissional



Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo, FAPESP, Brasil.
Vínculo institucional

2007 - 2009
Vínculo: auxílio à pesquisa, Enquadramento Funcional: outorgado
Outras informações
Título do projeto: Desenvolvimento de um dispositivo anagliptográfico para inclusão digital de deficientes visuais Proc.: 2007/55845-4 Valor do auxílio: R$ 69920,00

Vínculo institucional

2004 - 2006
Vínculo: auxílio à pesquisa, Enquadramento Funcional: outorgado
Outras informações
Titulo do projeto: Implementação otimizada de algoritmos estocásticos para alinhamento múltiplo de sequências em clusters de arquitetura Beowulf Valor do auxílio: R$ 84687,50 Proc: 2003/12892-1


Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, UNESP, Brasil.
Vínculo institucional

2012 - Atual
Vínculo: Servidor Público, Enquadramento Funcional: Professor Titular, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

Vínculo institucional

2002 - 2012
Vínculo: , Enquadramento Funcional: Professor Adjunto, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

Vínculo institucional

1993 - 2000
Vínculo: Celetista, Enquadramento Funcional: Professor Assistente Doutor MS-3, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

Vínculo institucional

1992 - 1993
Vínculo: Celetista, Enquadramento Funcional: Professor Assistente MS-2, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

Atividades

06/2013 - Atual
Conselhos, Comissões e Consultoria, Instituto de Biociências Letras e Ciências Exatas de São José do Rio Preto, Departamento de Ciência da Computação e Estatística.

Cargo ou função
Membro Titular do Conselho de Curso do Bacharelado em Ciência da Computação.
06/2013 - Atual
Conselhos, Comissões e Consultoria, Instituto de Biociências Letras e Ciências Exatas de São José do Rio Preto, Departamento de Ciência da Computação e Estatística.

Cargo ou função
Membro suplente do Conselho de Curso do Programa de Pós-Graduação em Ciência da Computação.
07/2012 - Atual
Direção e administração, Instituto de Biociências Letras e Ciências Exatas de São José do Rio Preto, Departamento de Ciência da Computação e Estatística.

Cargo ou função
Vice-Chefe de Departamento.
08/2006 - Atual
Ensino, Ciência da Computação, Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
Métodos Matemáticos em Computação Científica
08/2004 - Atual
Ensino, Ciência da Computação, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Tópicos de Bioinformática
08/2003 - Atual
Ensino, Ciência da Computação, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Bioinformática
7/2000 - Atual
Pesquisa e desenvolvimento , Instituto de Biociências Letras e Ciências Exatas de São José do Rio Preto, Departamento de Ciência da Computação e Estatística.

7/2000 - Atual
Ensino, Ciência da Computação, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Software Numérico
Física Computacional
Computação Algébrica
1994 - Atual
Ensino, Matemática, Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
Metodo dos Elementos Finitos: uma Abordagem Matemática e Computacional
06/2011 - 06/2013
Direção e administração, Instituto de Biociências Letras e Ciências Exatas de São José do Rio Preto, Departamento de Ciência da Computação e Estatística.

Cargo ou função
Sub-coordenador de curso de graduação - Bacharelado em Ciência da Computação.
02/2006 - 03/2010
Conselhos, Comissões e Consultoria, Instituto de Biociências Letras e Ciências Exatas de São José do Rio Preto, Departamento de Ciência da Computação e Estatística.

Cargo ou função
Membro Titular do Conselho de Curso do Programa de Pós-graduação em Ciência da Computação.
1994 - 7/2000
Ensino, Ciência da Computação, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Análise de Sistemas
Engenharia de Programas
Linguagens de Programação I
Linguagens de Programação II
Software Numérico
Método dos Elementos Finitos
Tópicos de Computação Científica
Introdução a Ciência da Computação
1993 - 2000
Pesquisa e desenvolvimento , Instituto de Biociências Letras e Ciências Exatas de São José do Rio Preto, Departamento de Ciência da Computação e Estatística.

1992 - 1993
Ensino, Ciência da Computação, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Linguagens de Programaçâo I

Universidade de São Paulo, USP, Brasil.
Vínculo institucional

1994 - 1996
Vínculo: Colaborador, Enquadramento Funcional: Professor convidado, Carga horária: 3, Regime: Dedicação exclusiva.

Vínculo institucional

1989 - 1992
Vínculo: Servidor público ou celetista, Enquadramento Funcional: Técnico Especializado Superior D-39, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.
Outras informações
Simulação computacional em ótica de partículas carregadas e campos eletromagnéticos, trabalhando no projeto do canhão de elétrons e estruturas aceleradoras para o Projeto Microtron do Instituto de Física da USP

Atividades

1994 - 1996
Ensino, Engenharia Elétrica, Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
Aplicações do MEF a domínios tridimensionais em Eletromagnetismo PEA-723
1989 - 1992
Serviços técnicos especializados , Instituto de Física, Departamento de Física Experimental.

Serviço realizado
Simulação computacional de partículas carregadas e campos para o projeto de canhões de elétrons e estruturas aceleradoras - Projeto Microtron no Laboratório do Acelerador Linear do IFUSP.


Linhas de pesquisa


1.
Simulação computacional de fenômenos e dispositivos em Eletromagnetismo
2.
Física Matemática
3.
Solução numérica de equações diferenciais parciais
4.
Simulação computacional de fenômenos e dispositivos em eletromagnetismo
5.
Física Matemática
6.
Solução numérica de equações diferenciais parciais


Projetos de pesquisa


2007 - 2009
Desenvolvimento de um dispositivo anagliptográfico para inclusão digital de deficientes visuais
Descrição: O projeto financiado, no valor de R$69920,00, permitiu concluir um dispositivo formado por um array de atuadores eleromecânicos, circuitos de aquisição e conversão de dados e os programas agregados, dispositivo este capaz de ler um texto exibido na tela de um computador pessoal e convertê-lo, em tempo real e sequencialmente, em seu equivalente dado por sinais do alfabeto Braille, que são exibidos ao leitor no referido array..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
2004 - 2006
Implementação otimizada de algoritmos estocásticos para alinhamento múltiplo de sequências em clusters de arquitetura Beowulf
Descrição: O projeto, financiado pela FAPESP no valor de R$ 84887,00, permitiu a conclusão de um cluster de arquitetura Beowulf composto por 10 nós, que vem sendo utilizado desde então para estudos de Bioinformática, notadamente aplicações que envolvem o alinhamento múltiplo de sequências de aminoácidos..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
1996 - 2000
IMAG-Software integrado para o cálculo de campos eletromagnéticos por métodos numéricos
Descrição: Projeto temático, financiado pela FAPESP e envolvendo duas instituições, a Escola Politécnica da USP e o IBILCE/UNESP. A coordenação geral coube ao Prof. Dr. José Roberto Cardoso, da USP, e a coordenação das atividades desenvolvidas no IBILCE ao Prof. Dr. José Márcio Machado. A parte executada no IBILCE visou o desenvolvimento de vários aspectos para o software no tocante à modelagem de sólidos e a geração automática de malhas de elementos finitos. Para a realização do projeto, o IBILCE recebeu uma estação de trabalho SUN Ultra 1 modelo 140 e programas agregados, no valor total de US$9500,00..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.


Membro de corpo editorial


2012 - Atual
Periódico: American Journal of Bioinformatics
2010 - Atual
Periódico: JATM-Journal of Aerospace Technology and Management


Revisor de periódico


2003 - Atual
Periódico: IEEE Transactions on Magnetics
2008 - Atual
Periódico: Computers & Security
2007 - Atual
Periódico: Journal of Lightwave Technology (Print)
2009 - Atual
Periódico: Numerical Algorithms
2009 - Atual
Periódico: Mathematical and Computer Modelling
2012 - Atual
Periódico: Journal of Computer Sciences
2012 - Atual
Periódico: American Journal of Applied Sciences


Áreas de atuação


1.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Matemática da Computação/Especialidade: Modelos Analíticos e de Simulação.
2.
Grande área: Engenharias / Área: Engenharia Elétrica / Subárea: Circuitos Elétricos, Magnéticos e Eletrônicos/Especialidade: Circuitos Magnéticos , Magnetismos e Eletromagnetismos.
3.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Matemática / Subárea: Matemática Aplicada/Especialidade: Física Matemática.


Idiomas


Alemão
Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Razoavelmente.
Inglês
Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Razoavelmente.


Prêmios e títulos


2008
Finalista regional do Prêmio Santander de Ciência e Inovação, Banco Santander.


Produções



Produção bibliográfica
Citações

Web of Science
Total de trabalhos:20
Total de citações:116
machado,jm*  Data: 01/02/2011

SCOPUS
Total de trabalhos:27
Total de citações:152
machado,j.m.  Data: 01/02/2011

Artigos completos publicados em periódicos

1.
CAZOTTO, J A2013CAZOTTO, J A ; NEVES, L A ; MACHADO, J M ; MOMENTE, J C ; SHIYOU, Y ; GODOY, M F ; ZAFALON, G F D ; PINTO, A R ; VALÊNCIO, C R . Three-dimensional modeling and highly refined mesh generation of the aorta artery and its tunics. Journal of Physics. Conference Series (Online), v. 410, p. 012169, 2013.

2.
PAVARINO, E.2013PAVARINO, E. ; NEVES, L. A. ; MACHADO, J. M. ; DE GODOY, M. F. ; SHIYOU, Y. ; MOMENTE, J. C. ; ZAFALON, G. F. D. ; PINTO, A. R. ; VALÊNCIO, C. R. . Free Tools and Strategies for the Generation of 3D Finite Element Meshes: Modeling of the Cardiac Structures. International Journal of Biomedical Imaging, v. 2013, p. 1-11, 2013.

3.
ZAFALON, GERALDO F. D.2013ZAFALON, GERALDO F. D. ; MARUCCI, EVANDRO A. ; MOMENTE, JULIO C. ; AMAZONAS, JOSÉ R. A. ; SATO, LIRIA M. ; MACHADO, JOSÉ M. . Improvements in the score matrix calculation method using parallel score estimating algorithm. Journal of Biophysical Chemistry, v. 04, p. 47-51, 2013.

4.
VALÊNCIO, C. R.2013VALÊNCIO, C. R. ; Kawabata, T. ; MEDEIROS, C. A. ; SOUZA, R. C. G. ; MACHADO, J. M. . 3D Geovisualisation Techniques Applied in Spatial Data Mining. Lecture Notes in Computer Science, v. 7988, p. 57-68, 2013.

5.
MARUCCI, E. A.2012MARUCCI, E. A. ; ZAFALON, G. F. D. ; MOMENTE, J. C. ; Pinto,A.R. ; Amazonas, J.R.A. ; SHIYOU, Yang ; SATO, Líria Matsumoto ; MACHADO, J. M. . Using Threads to Overcome Synchronization Delays in Parallel Multiple Progressive Alignment Algorithms. American Journal of Bioinformatics, v. 1, p. 50-63, 2012.

6.
WU, L.2012WU, L. ; SHIYOU, Yang ; YANAN, Bai ; MACHADO, J. M. . Efficient robust optimization based on polynomial chaos and tabu search algorithm. International Journal of Applied Electromagnetics and Mechanics, v. 39, p. 145-150, 2012.

7.
Arcuri, H. A.2010Arcuri, H. A. ; ZAFALON, G. F. D. ; MARUCCI, E. A. ; Bonalumi, C. E. ; Da Silveira, N. J. F. ; MACHADO, J. M. ; De Azevedo Jr., W. F. ; Palma, M. S. . SKPDB: a structural database of shikimate pathway enzymes. BMC Bioinformatics, v. 11, p. xx-xx, 2010.

8.
MACHADO, J. M.2010MACHADO, J. M.; SHIYOU, Yang . Electrofluid dynamic (EFD) energy conversion in gas flows with suspended nanoparticles. International Journal of Applied Electromagnetics and Mechanics, v. 33, p. 119-125, 2010.

9.
MACHADO, J. M.2010MACHADO, J. M.; SHIYOU, Yang ; ABE, Nancy M ; PASSARO, Angelo . Simultaneous recording of shadowgrams and schlieren images for the study of plasma assisted aerodynamics. International Journal of Applied Electromagnetics and Mechanics, v. 33, p. 153-158, 2010.

10.
Mario Luiz Tronco2010Mario Luiz Tronco ; MACHADO, J. M. . Conversion of web texts into Braille characters for real time reading through arrays of electromechanical actuators. International Journal of Applied Electromagnetics and Mechanics, v. 33, p. 559-564, 2010.

11.
ZHANG, W.2010ZHANG, W. ; SHIYOU, Yang ; YANAN, Bai ; MACHADO, J. M. . The cross-entropy method and its application to minimize the ripple of magnetic levitation forces of a maglev system. International Journal of Applied Electromagnetics and Mechanics, v. 33, p. 1063-1068, 2010.

12.
Krein, G.2009Krein, G. ; Machado, J.M. ; Pereira, A.O. ; MACHADO, J. M. . Dynamics of the deconfinement transition of quarks and gluons in a finite volume. Computer Physics Communications, v. 180, p. 564-573, 2009.

13.
c. a . pendeza2008c. a . pendeza ; BORGES, Manuel F ; MACHADO, J. M. ; a. c. oliveira . De Moivre Extended Equation for Octonions and Power Series. International Journal of Pure and Applied Mathematics, v. 45, p. 165-170, 2008.

14.
BORGES, Manuel F2008BORGES, Manuel F ; Marão,J.A. ; MACHADO, J. M. . Geometrical octonions I: on trigonometric and logarithmic functions of octonionic type. International Journal of Applied Mathematics, v. 21, p. 461-471, 2008.

15.
BORGES, Manuel F2008BORGES, Manuel F ; Marão,J.A. ; MACHADO, J. M. . Geometrical octonions II: hyper egularity and hyper periodicity of the exponential function. International Journal of Pure and Applied Mathematics, v. 48, p. 495-500, 2008.

16.
MARUCCI, E. A.2008MARUCCI, E. A. ; ZAFALON, G. F. D. ; JARDIM, A. C. G. ; YAMASAKI, L. H. T. ; Bittar, C ; RAHAL, P. ; MACHADO, J. M. . Routine libraries for pattern recognition in quasispecies. Genetics and Molecular Research (Online), v. 7, p. 970-981, 2008.

17.
SAKAMOTO, Mauro Massayoshi2008SAKAMOTO, Mauro Massayoshi ; CARDOSO, J. R. ; MACHADO, J. M. ; SALLES, M. . A 2D Delaunay Refinement Algorithm using an Initial Prerefinement from the Boundary Mesh. IEEE Transactions on Magnetics, v. 44, p. 1418-1421, 2008.

18.
SHIYOU, Yang2007SHIYOU, Yang ; HO, S L ; GUANGZHENG, Ni ; MACHADO, J. M. ; WONG, K F . A New Implementation of Population Based Incremental Learning Method for Optimizations in Electromagnetics. IEEE Transactions on Magnetics, v. 43, n.04, p. 1601-1604, 2007.

19.
MARICATO, José Benedito Jorge2007MARICATO, José Benedito Jorge ; MACHADO, J. M. ; BORGES, Manuel F . Quasiconformal transformations and hypercomplex functions. International Journal of Applied Mathematics, v. 20, p. 691-702, 2007.

20.
c. a . pendeza2007c. a . pendeza ; BORGES, Manuel F ; MACHADO, J. M. ; a. c. oliveira . Quantum operators of Fueter's type and transcendental hypercomplex. International Journal of Applied Mathematics, v. 20, p. 679-690, 2007.

21.
MARQUES, Gleber Nelson2007MARQUES, Gleber Nelson ; MACHADO, J. M. ; VERARDI, Sergio Luis Lopes ; STEPHANY, S. ; PRETO, A. J. . Interpolating EFGM for computing continuous and discontinuous electromagnetic fields. COMPEL (Bradford), v. 26, p. 1411-1438, 2007.

22.
SHIYOU, Yang2007SHIYOU, Yang ; MACHADO, J. M. ; ABE, Nancy M ; PASSARO, Angelo . Simulation of Needle-Type Corona Electrodes by the Finite Element Method. Plasma Science & Technology, v. 9, p. 698-701, 2007.

23.
MACHADO, J. M.2007MACHADO, J. M.; BORGES, Manuel F . Quaternion transcendent functions and differential operators. International Journal of Pure and Applied Mathematics, v. 35, p. 559-566, 2007.

24.
c. a . pendeza2007c. a . pendeza ; BORGES, Manuel F ; MACHADO, J. M. ; a. c. oliveira . Quaternionic and Octonionic Representations of the Klein-Gordon and Dirac Equations. International Journal of Applied Mathematics, v. 20, p. 1165-1174, 2007.

25.
L, Ho S2006L, Ho S ; SHIYOU, Yang ; GUANGZHENG, Ni ; MACHADO, J. M. . A modified ant colony optimization algorithm modeled on tabu search methods. IEEE Transactions on Magnetics, v. 42, n.4, p. 1195-1198, 2006.

26.
MACHADO, J. M.2005MACHADO, J. M.; BORGES, Manuel F . Quaternion functions and four dimensional Riemannian metrics. Communications in Applied Analysis, v. 9, n.1, p. 15-31, 2005.

27.
MACHADO, J. M.2005MACHADO, J. M.; BORGES, Manuel F . Complexified Fueter operators in classical and quantum electrodynamics. Communications in Applied Analysis, v. 9, n.2, p. 213-226, 2005.

28.
MACHADO, J. M.2005 MACHADO, J. M.; VERARDI, Sergio Luis Lopes ; SHIYOU, Yang . An application of the Adomian's decomposition method to the analysis of MHD duct flows. IEEE Transactions on Magnetics, v. 41, n.5, p. 1588-1591, 2005.

29.
COPETTI, M I M2005COPETTI, M I M ; KREIN, Gastão ; MACHADO, J. M. ; CARVALHO, R S Marques de . Studying nonlinear effects on the early stage of phase ordering using a decomposition method. Physics Letters. A (Print), v. 338, n.3-5, p. 232-238, 2005.

30.
SHIYOU, Yang2004SHIYOU, Yang ; CARDOSO, José R ; HO, S L ; PEIHONG, Ni ; MACHADO, J. M. ; LO, Ewc . An improved tabu-based vector optimal algorithm for design optimization of electromagnetic devices. IEEE Transactions on Magnetics, v. 40, n.2, p. 1140-1143, 2004.

31.
GODOY, A2004GODOY, A ; BORGES, Manuel F ; MACHADO, J. M. . Tetrad quaternionic factors and Riemannian metrics. International Journal of Applied Mathematics, Sofia, v. 14, n.2, p. 97-107, 2004.

32.
CARVALHO, T M M2004CARVALHO, T M M ; BORGES, Manuel F ; MACHADO, J. M. . On extending biquaternions. International Journal of Pure and Applied Mathematics, Sofia, v. 15, n.03, p. 319-332, 2004.

33.
VERARDI, Sergio Luis Lopes2003 VERARDI, Sergio Luis Lopes ; MACHADO, J. M. ; SHIYOU, Yang . The application of interpolating MLS approximations to the analysis of MHD flows. Finite Elements in Analysis and Design, v. 39, p. 1173-1187, 2003.

34.
SHIYOU, Yang2003SHIYOU, Yang ; GUANGZHENG, Ni ; CARDOSO, José R ; HO, S L ; MACHADO, J. M. . A Combined Wavelet-Element Free Galerkin Method for Numerical Calculations of Electromagnetic Fields. IEEE Transactions on Magnetics, v. 39, n.03, p. 1413-1416, 2003.

35.
BORGES, Manuel F2003BORGES, Manuel F ; MACHADO, J. M. ; CARVALHO, T M M . Quaternionic factorization in Minkowski space. International Journal of Pure and Applied Mathematics, Sofia, v. 8, n.2, p. 225-235, 2003.

36.
BORGES, Manuel F2003BORGES, Manuel F ; GODOY, A ; MACHADO, J. M. . Quaternionic factors and Robertson-Walker metrics. International Journal of Applied Mathematics, Sofia, v. 12, n.03, p. 279-288, 2003.

37.
CARVALHO, T M M2003CARVALHO, T M M ; BORGES, Manuel F ; MACHADO, J. M. . Regular-like functions derived from the 4-dimensional Euclidean metric. International Journal of Pure and Applied Mathematics, Sofia, v. 8, n.02, p. 237-242, 2003.

38.
VERARDI, Sergio Luis Lopes2002 VERARDI, Sergio Luis Lopes ; MACHADO, J. M. ; CARDOSO, José R . The Element Free Galerkin Method applied to the Study of Fully Developed Magnetohydrodynamic Duct Flows. IEEE Transactions on Magnetics, v. 38, n.02, p. 941-944, 2002.

39.
MACHADO, J. M.2002MACHADO, J. M.; BORGES, Manuel F . New Remarks on the Differentiability of Hypercomplex Functions. International Journal of Applied Mathematics, Sofia, v. 8, n.1, p. 85-101, 2002.

40.
BORGES, Manuel F2002BORGES, Manuel F ; VERARDI, Sergio Luis Lopes ; MACHADO, J. M. . Electroosmotic pumping in rectangular microchannels: a numerical treatment by the finite element method. Applied Mathematics E-Notes, v. 2, p. 10-15, 2002.

41.
MACHADO, J. M.2002MACHADO, J. M.; BORGES, Manuel F . Hypercomplex functions and conformal mappings. International Journal of Applied Mathematics, Sofia, v. 9, n.1, p. 27-38, 2002.

42.
MACHADO, J. M.2002MACHADO, J. M.; TSUCHIDA, M. . Solutions for a Cllass of Integro-differential Equations with Time Periodic Coefficients. Applied Mathematics E-Notes, v. 02, p. 66-71, 2002.

43.
MACHADO, J. M.2002MACHADO, J. M.; BORGES, Manuel F . Quaternionic differential operators and Fueter analyticity. International Journal of Pure and Applied Mathematics, Sofia, v. 03, n.01, p. 63-70, 2002.

44.
MACHADO, J. M.2001 MACHADO, J. M.; SHIYOU, Yang ; HO, S L ; PEIHONG, Ni . A common Tabu search algorithm for the global optimization of engineering problems. Computer Methods in Applied Mechanics and Engineering, v. 190, n.26-27, p. 3501-3510, 2001.

45.
BORGES, Manuel F2001BORGES, Manuel F ; MACHADO, J. M. . Universal Matrices in Helmholtz and Einstein equations. Far East Journal of Mathematical Sciences (Allahabad), Allahabad,India, v. 3, n.3, p. 467-492, 2001.

46.
HO, S L2001HO, S L ; SHIYOU, Yang ; MACHADO, J. M. ; WONG, H. C. . Application of a Meshless Method in Electromagnetics. IEEE Transactions on Magnetics, v. 37, n.5, p. 3198-3202, 2001.

47.
BORGES, Manuel F2001BORGES, Manuel F ; JAVAREZ, M. ; MACHADO, J. M. . Local Contribution Matrices in Schwarzschild space-time: a sketch for a complete Mathematica notebook. Far East Journal of Mathematical Sciences (Allahabad), Allahabad,India, v. 3, n.6, p. 913-923, 2001.

48.
SHIYOU, Yang2000SHIYOU, Yang ; GUANGZHENG, Ni ; HO, S L ; MACHADO, J. M. ; RAHMAN, M. ; WONG, H. C. . Wavelet Galerkin Method for Computation of Electromagnetic Fields-Computation of Connection Coefficients. IEEE Transactions on Magnetics, USA, v. 36, n.4, p. 644-647, 2000.

49.
SHIYOU, Yang2000SHIYOU, Yang ; MACHADO, J. M. ; GUANGZHENG, Ni ; HO, S L ; PING, Z. . A Self Learning Simulated Annealing Algorithm for the Global Optimization of Electromagnetic Devices. IEEE Transactions on Magnetics, USA, v. 36, n.4, p. 1004-1007, 2000.

50.
FRANCO, M. A. R.1999FRANCO, M. A. R. ; PASSARO, Angelo ; CARDOSO, J. R. ; MACHADO, J. M. . Finite Element Analysis of Anisotropic Channel Waveguide with Arbitrary Index Profile. IEEE Transactions on Magnetics, USA, v. 35, n.3, p. 1546-1549, 1999.

51.
FRANCO, M. A. R.1998FRANCO, M. A. R. ; PASSARO, Angelo ; SIRCILLI NETO, F. ; CARDOSO, José R ; MACHADO, J. M. . Modal Analysis of Diffused Anisotropic Channel Waveguide by a Scalar Finite Element Method. IEEE Transactions on Magnetics, USA, v. 34, n.5, p. 2783-2786, 1998.

52.
FRANCO, M. A. R.1998FRANCO, M. A. R. ; PASSARO, Angelo ; MACHADO, J. M. . MATHEMATICA Notebook for Computing Tetrahedral Finite Element Shape Functions and Matrices for the Helmholtz Equation. IEEE Transactions on Magnetics, USA, v. 34, n.5, p. 3387-3390, 1998.

53.
MACHADO, J. M.1994MACHADO, J. M.; CARDOSO, José R . Software de cálculo de campos magnéticos de três dimensões em micros PC. Eletricidade Moderna, São Paulo-Brasil, n.242, p. 92-95, 1994.

54.
MACHADO, J. M.1988MACHADO, J. M.; OLIVEIRA, A. D. . Cálculo de um Anel de Estocagem destinado a Produção de Radiação Sincrotron. Revista de Física Aplicada e Instrumentação, Brasil, v. 3, n.1, p. 1-16, 1988.

Capítulos de livros publicados
1.
MACHADO, J. M.; VERARDI, Sergio Luis Lopes . Anais do I Congresso de Dinamica, Controle e Aplicações. In: J.M.Balthazar; M Boaventura; G.N.Silva; M.Tsuchida. (Org.). Anais do I Congresso de Dinamica, Controle e Aplicacoes. : Sociedade Brasileira de Matematica Aplicada e Computacional, 2002, v. 1, p. 85-107.

Trabalhos completos publicados em anais de congressos
1.
VALÊNCIO, C. R. ; Kawabata, T. ; MEDEIROS, C. A. ; SOUZA, R. C. G. ; MACHADO, J. M. . 3D Geovisualisation Techniques Applied in Spatial Data Mining. In: 9th International Conference on Machine Learning and Data Mining - MLDM, 2013, New York. Proceedings of the 9th International Conference on Machine Learning and Data Mining - MLDM. Berlim: Springer-Verlag, 2013. v. 7988. p. 57-68.

2.
ZAFALON, G. F. D. ; MARUCCI, E. A. ; MOMENTE, J. C. ; AMAZONAS, J. R. A. ; SATO, Líria Matsumoto ; MACHADO, J. M. . Improvements in the score matrix calculation method using parallel score estimating algorithm. In: 6th International Conference on Bioinformatics and Biomedical Engineering, 2012, Shanghai. Proceedings of the 6th International Conference on Bioinformatics and Biomedical Engineering, 2012.

3.
Pinto,A.R. ; Cansian, A. ; MACHADO, J. M. ; Montez,C. . Self-Optimization of Dense Wireless Sensor Networks based on Simulated Annealing. In: 13th IEEE Latin American Test Workshop, 2012, Quito. Proceedings of the 13th IEEE Latin American Test Workshop, 2012. p. 45-50.

4.
CAZOTTO, J A ; Neves, L.A. ; MACHADO, J. M. ; MOMENTE, J. C. ; SHIYOU, Y ; GODOY, M F ; ZAFALON, G F D ; PINTO, A. R. ; VALÊNCIO, C. R. . Three-dimensional modeling and highly refined mesh generation of the aorta artery and its tunics. In: International Conference on Mathematical Modeling in Physical Sciences, 2012, Budapeste. Proceedings of the International Conference on Mathematical Modeling in Physical Sciences, 2012.

5.
Neves, L.A. ; MACHADO, J. M. ; SHIYOU, Yang . Integrating open source codes for solid modeling and automatic mesh generation in FEM applications. In: 2011 Cross-Strait Quad Regional Radio Science and Wireless Technology Conference, 2011, Harbin. Proceedings of the 2011 Cross-Strait Quad Regional Radio Science and Wireless Technology Conference, 2011.

6.
MACHADO, J. M.; SHIYOU, Yang ; ABE, Nancy M ; PASSARO, Angelo . Rainbow schlieren techniques for the study of corona induced flows in gases and liquid gas interfaces. In: International Symposium on Electrohydrodynamics-ISEHD2009, 2009, Kuching. International Symposium on Electrohydrodynamics (isehd2009)-Proceedings, 2009. v. 01.

7.
MACHADO, J. M.; SHIYOU, Yang . Computer Simulation of the Electrofluid Dynamic (EFD) power generation in two phase flows. In: International Symposium on Electrohydrodynamics (isehd2009), 2009, Kuching. International Symposium on Electrohydrodynamics(isehd2009)-Proceedings, 2009. v. 01.

8.
MACHADO, J. M.; TSUCHIDA, M. . Charged particle dynamics in time dependent magnetic fields. In: 10th International Workshop on Separation Phenomena in Liquids and Gases, 2009, Angra dos Reis. Proceedings of the 10th International Workshop on Separation Phenomena in Liquids and Gases, 2008. v. 01. p. 52-56.

9.
SHIYOU, Yang ; MACHADO, J. M. ; ABE, Nancy M ; PASSARO, Angelo . Simulation of needle-type corona electrodes by the Finite Element Method. In: XVI International Conference on Gas Discharges and their Applications, 2006, Xian. Proceedings of the XVI International Conference on Gas Discharges and their Applications, 2006. v. 1. p. 345-348.

10.
MACHADO, J. M.; SHIYOU, Yang . Schlieren Techniques with Tracers for the Study of EHD Flows. In: 2006 International Symnposium on Electrohydrodynamics, 2006, Buenos Aires. Proceedings of the 2006 International Symposium on Electrohydrodynamics (2006 ISEHD), 2006. p. 327-330.

11.
ABE, Nancy M ; SHIYOU, Yang ; PASSARO, Angelo ; MACHADO, J. M. . Computer Simulation of Corona Electrode Devices by the Finite Element Method. In: 2006 International Symposium on Electrohydrodynamics, 2006, Buenos Aires. Proceedings of the 2006 International Symposium on Electrohydrodynamics (2006 ISEHD), 2006. p. 103-106.

12.
VERARDI, Sergio Luis Lopes ; MACHADO, J. M. ; PASSARO, Angelo ; SHIYOU, Yang . A FEM approach to the equations of Magneto-aerodynamics. In: 6th International Conference on Advances in Power System Control, Operation and Management, 2003, Hong Kong. Proceedings of the 6th International Conference on Advances in Power System Control, Operation and Management, 2003. p. 57-63.

13.
QINYUAN, Ren ; HONGYAN, Zhang ; YANAN, Bai ; PEIHONG, Ni ; MACHADO, J. M. ; GUANGZHENG, Ni . A tabu based vector optimal algorithm applied to the multiobjective designs of electromagnetic devices. In: Sixth International Conference on Electrical Machines and Systems-ICEMS, 2003, 2003. v. 2. p. 630-633.

14.
MORAES JUNIOR, H. P. ; MACHADO, J. M. ; VERARDI, Sergio Luis Lopes ; CARDOSO, José R . An Interactive Environment for Solid Modeling based on Free Software. In: Fourth International Conference on Electromagnetic Field Problems and Applications, 2000, Tianjin. Proceedings of the Fourth International Conference on Electromagnetic Field Problems and Applications. Beijing: International Academic Publishers-World Publishing Corporation, 2000. p. 147-150.

15.
MACHADO, J. M.; SHIYOU, Yang ; PASSARO, Angelo ; ABE, Nancy M . An Application of the Element Free Galerkin Method to the Analysis of Quantum Well Structures. In: Fourth International Conference on Electromagnetic Field Problems and Applications, 2000, Tianjin,China. Proceedings of the Fourth International Conference on Electromagnetic Field Problems and Applications.. Beijing: International Academic Publishers-World Publishing Corporation, 2000. p. 207-210.

16.
SHIYOU, Yang ; MACHADO, J. M. ; HO, S L ; GUANGZHENG, Ni . Modeling and Numerical Simulation of High-Frequency Leakage Currents in PWM Inverted Fed Motor Drive System. In: Third Chinese International Conference on Electrical Machines, 1999, Xian. Proceedings of the Third Chinese International Conference on Electrical Machines. Beijing: International Academic Publishers, 1999. v. 2. p. 625-627.

17.
MACHADO, J. M.; SHIYOU, Yang ; GUANGZHENG, Ni ; HO, S L . Domain Elimination Method and its Application to Inverse Problems of Power Transformers. In: Third Chinese International Conference on Electrical Machines, 1999, Xian. Proceedings of the Third Chinese International Conference on Electrical Machines. Beijing: International Academic Publishers, 1999. v. 1. p. 422-424.

18.
PASSARO, Angelo ; FRANCO, M. A. R. ; MACHADO, J. M. ; CARDOSO, J. R. . Modal Analysis of Quasi-Guided Waveguides by the Finite Element Method with Spatial Transformations. In: International Microwave and Optoelectronics Conference IMOC99, 1999, Rio de Janeiro. Proceedings of the International Microwave and Optoelectronics Conference. Rio de Janeiro, 1999. p. 136-140.

19.
FRANCO, M. A. R. ; PASSARO, Angelo ; ABE, Nancy M ; MACHADO, J. M. ; CARDOSO, José R . A Design Study of a Ti:LiNbO3 Traveling-Wave Electrooptic Modulator by the Finite Element Method. In: International Microwave and Optoelectronics Conference IMOC-99, 1999, Rio de Janeiro. Proceedings of the International Microwave and Optoelectronics Conference. Rio de Janeiro, 1999. p. 68-72.

20.
MARRETO, C. A. R. ; MACHADO, J. M. . A compact library for automatic generation of tetrahedra meshes using the MATHEMATICA system. In: 8th International IGTE Symposium on Numerical Field Calculation in Electrical Engineering, 1998, Graz. Proceedings of the 8th International IGTE Symposium on Numerical Field Calculation in Electrical Engineering, 1998. v. 1. p. 116-120.

21.
MACHADO, J. M.; VIEIRA, C. . An Automatic Mesh Generator for Windows. In: 7th International IGTE Symposium on Numerical Field Calculation in Electrical Engineering, 1996, Graz. Proceedings of the 7th International IGTE Symposium on Numerical Field Calculation in Electrical Engineering, 1996. v. 2. p. 424-427.

22.
BARBOSA, A. F. ; MACHADO, J. M. . Computer Simulation of the Electric Field and Potential of Multiwire Electrodes by the Method of Moments. In: 1995 SBMO-IEEE-MTT-S International Microwave and Optoelectronics Conference, 1995, Rio de Janeiro. 1995 SBMO/IEEE - MTT-S International Microwave and Optoelectronics Conference Proceedings. Rio de Janeiro, 1995. v. 2. p. 702-704.

23.
TAKAHASHI, J. ; MIYAO, Y. ; MARTINS, M. N. ; MACHADO, J. M. ; MALAFRONTE, A. A. ; ALCON, J. C. A. ; M JUNIOR, J. ; BONINI, A. . The IFUSP Racetrack Microtron. In: Third European Particle Accelerator Conference, 1992, Berlim. Proceedings of the Third European Particle Accelerator Conference. Gif sur Yvette: Editions Frontières, 1992. v. 1. p. 429-431.

Resumos expandidos publicados em anais de congressos
1.
PASSARO, Angelo ; TANAKA, R. Y. ; ABE, Nancy M ; VIEIRA, G. S. ; MACHADO, J. M. . Algorithm Improvements for a Self-Consistent Computation of Multi Quantum Well Structures. In: ISEM 2011-15th International Symposium on Applied Electromagnetics and Mechanics, 2011, Nápoles. Proceedings of the 15th International Symposium on Applied Electromagnetics and Mechanics, 2011.

2.
WU, L. ; SHIYOU, Yang ; YANAN, Bai ; MACHADO, J. M. . Efficient robust optimization based on polynomial chaos and tabu search algorithm. In: 15th International Symposium on Applied Electromagnetics and Mechanics-ISEM, 2011, Napoles. Proceedings of the 15th International Symposium on Applied Electromagnetics and Mechanics-ISEM, 2011.

3.
MACHADO, J. M.; SHIYOU, Yang ; ABE, Nancy M ; PASSARO, Angelo . Simultaneous Recording of Shadowgrams and Schlieren Images for the Study of Plasma Assisted Aerodynamics. In: 14th International Symposium on Applied Electromagnetics and Mechanics, 2009, Xian. JSAEM Studies in Applied Electromagnetics and Mechanics, 2009. v. 13. p. 73-74.

4.
MACHADO, J. M.; SHIYOU, Yang . Electrofluid Dynamic (EFD) Energy Conversion in Gas Flows with suspended Nanoparticles. In: 14th International Symposium on Applied Electromagnetics and Mechanics, 2009, Xian. JSAEM Studies in Applied Electromagnetics and Mechanics, 2009. v. 13. p. 71-72.

5.
Mario Luiz Tronco ; MACHADO, J. M. . Conversion of web texts into Braille characters for real time reading through arrays of electromechanical actuators. In: 14th International Symposium on Applied Electromagnetics and Mechanics, 2009, Xian. JSAEM Studies in Applied Electromagnetics and Mechanics, 2009. v. 13. p. 211-212.

6.
SHIYOU, Yang ; YANAN, Bai ; MACHADO, J. M. . The Cross Entropy Method and its Application to Minimize the Ripple of the Magnetic levitating Forces of a Maglev System. In: 14th International Symposium on Applied Electromagnetics and Mechanics, 2009, Xian. JSAEM Studies in Applied Electromagnetics and Mechanics, 2009. v. 13. p. 387-388.

7.
Gulo, Carlos A. S. J. ; MACHADO, J. M. ; MARQUES, Gleber Nelson . Auto adaptive interface treatment for the EFGM in electromagnetic problems. In: 17th International Conference on the Computation of Electromagnetic Fields, 2009, Florianópolis. Proceedings of the 17th International Conference on the Computation of Electromagnetic Fields, 2009. p. 691-692.

8.
SHIYOU, Yang ; HO, S L ; LU, J. ; MACHADO, J. M. . Application of Support Vector Machines to Approximate Objective and Constraint Functions of an Inverse Electromagnetic Problem. In: 16th Conference on the Computation of Electromagnetic Fields, 2007, Aachen. Proceedings of the 16th Conference on the Computation of Electromagnetic Fields, 2007. p. 523-524.

9.
MACHADO, J. M.; SHIYOU, Yang . The Adomian's Decomposition Method in Electrostatics. In: 16th Conference on the Computation of Electromagnetic Fields, 2007, Aachen. Proceedings of the 16th Conference on the Computation of Electromagnetic Fields, 2007. p. 255-256.

10.
SAKAMOTO, Mauro Massayoshi ; CARDOSO, J. R. ; SALLES, M. ; MACHADO, J. M. . A Delaunay Refinement Algorithm Using an Initial Pre-refinement from the Boundary Mesh. In: 16th Conference on the Computation of Electromagnetic Fields, 2007, Aachen. Proceedings of the 16th Conference on the Computation of Electromagnetic Fields, 2007. p. 87-88.

11.
SAKAMOTO, Mauro Massayoshi ; CARDOSO, José R ; MACHADO, J. M. . A Computational Library for Delaunay Refinement Algorithm for Triangular Mesh Generation using the Mathematica System. In: 15th Conference on the Computation of Electromagnetic Fields, COMPUMAG 2005, 2005, Shenyang. Record of the 15th COMPUMAG Conference on the Computation of Electromagnetic Fields, 2005. v. 1. p. 18-19.

12.
MARQUES, Gleber Nelson ; MACHADO, J. M. ; VERARDI, Sergio Luis Lopes ; SHIYOU, Yang . An Application of the Element Free Galerkin Method with Interpolating Shape Functions to the Analysis of Electromagnetic Fields in Inhomogeneous Media. In: COMPUMAG-The 15th Conference on the Computation of Electromagnetic Fields, 2005, Shenyang. Records of the 15th COMPUMAG Conference on the Computation of Electromagnetic Fields, 2005. v. 2. p. 68-69.

13.
VERARDI, Sergio Luis Lopes ; MACHADO, J. M. ; CARDOSO, José R . The Element Free Galerkin Method Applied to the Study of Fully Developed Magnetohydrodynamic Duct Flows. In: COMPUMAG-Conference on the Computation of Electromagnetic Fields, 2001, Evian, França. Record of the 13th COMPUMAG Conference on the Computation of Electromagnetic Fields, 2001. v. III. p. 78-79.

14.
HO, S L ; SHIYOU, Yang ; WONG, H. C. ; MACHADO, J. M. . Application of Meshless Local Petrov-Galerkin Methods in Electromagnetics. In: COMPUMAG-Conference on the Computation of Electromagnetic Fields, 2001, Evian, França. Record of the 13th COMPUMAG Conference on the Computation of Electromagnetic Fields, 2001. v. III. p. 110-111.

15.
HO, S L ; SHIYOU, Yang ; MACHADO, J. M. ; WONG, H. C. . Refinements of Finite Element Solutions using Wavelets. In: COMPUMAG-Conference on the Computation of Electromagnetic Fields, 2001, Evian, França. Record of the 13th COMPUMAG Conference on the Computation of Electromagnetic Fields, 2001. v. III. p. 112-113.

16.
SHIYOU, Yang ; GUANGZHENG, Ni ; HO, S L ; MACHADO, J. M. ; RAHMAN, M. ; WONG, H. C. . Wavelet-Galerkin Method for Computations of Electromagnetic Fields-Computation of Connection Coefficients. In: 12th COMPUMAG-Conference on the Computation of Electromagnetic Fields, 1999, Sapporo. Proceedings of the 12 th COMPUMAG-Conference on the Computation of Electromagnetic Fields, 1999. v. 02. p. 466-467.

17.
SHIYOU, Yang ; MACHADO, J. M. ; GUANGZHENG, Ni ; HO, S L ; PING, Z. . A Self Learning Simulated Annealing Algorithm for the Global Optimization of Electromagnetic Devices. In: 12th COMPUMAG-Conference on the Computation of Electromagnetic Fields, 1999, Sapporo. Proceedings of the 12th COMPUMAG-Conference on the Computation of Electromagnetic Fields, 1999. v. 01. p. 170-171.

18.
MACHADO, J. M.; BARBOSA, A. F. . Computer Simulation of the Electric Field and Potential of Multiwire Electrodes in X Ray Detectors. In: 10th Cionference on the Computation of Electromagnetic Fields, 1995, Berlim. Conference Record-10th Conference on the Computation of Electromagnetic Fields, 1995. v. 01. p. 300-301.

Resumos publicados em anais de congressos
1.
PAVARINO, E. ; NEVES, L. A. ; MACHADO, J. M. ; GODOY, M F ; PINTO, A. R. ; ZAFALON, G F D ; MOMENTE, J C ; SHIYOU, Y ; VALÊNCIO, C. R. . Delaunay tetrahedralization of the heart based on integration of open source codes. In: International Conference on Mathematical Modeling in Physical Sciences, 2013, Praga. Proceedings of the International Conference on Mathematical Modeling in Physical Sciences, 2013.

2.
NOBREGA, J. F. ; DOIMO, D. R. ; ZAFALON, G F D ; BELLINI, M. F. ; MACHADO, J. M. . LOCQSPEC, Multiple Sequence Alignment: Graphic Design, Implementation and Functionality. In: Congresso Brasileiro de Genética, 2013, Águas de Lindóia. 59 Congresso Brasileiro de Genética, 2013.

3.
MOMENTE, J C ; NEVES, L. A. ; ZAFALON, G F D ; MACHADO, J. M. . Three-Dimensional Simulation of a Corona Discharge in a Needle-Plane Configuration. In: International Symposium on Applied Electromagnetics and Mechanics, 2013, Quebec. Proceedings of the International Symposium on Applied Electromagnetics and Mechanics, 2013.

4.
JARDIM, A. C. G. ; YAMASAKI, L. H. T. ; I.M.V.G.C. Mello ; R.M.Fachinni ; Pinho,J.R.R. ; J.A. Cordeiro ; MARUCCI, E. A. ; ZAFALON, G. F. D. ; R.M.S.Mendes ; MACHADO, J. M. ; RAHAL, P. . Analysis of genomic region NS5A of hepatitis C virus genotype 1 in before treatment samples of sustained responders, end of treatment responder and non responders patients. In: 14 th International Symposium on Hepatitis C Virus and Related Viruses, 2007, Glasgow. Proceedings of the 14th International Symposium on Hepatitis C Virus and Related Viruses, 2007. p. 307.

5.
MARUCCI, E. A. ; ZAFALON, G. F. D. ; JARDIM, A. C. G. ; YAMASAKI, L. H. T. ; OLIVA,C.B. ; RAHAL, P. ; MACHADO, J. M. . Library´s Routines for Pattern Recognition in Quasispecies. In: 3rd Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology, 2007, São Paulo. Proceedings of the 3rd Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology, 2007. p. 108.

6.
PROVAZZI, P.J.S. ; Pinho,J.R.R. ; I.M.V.G.C. Mello ; AOKI,S. ; MARUCCI, E. A. ; R.M.S.Mendes ; ZAFALON, G. F. D. ; R.M.Fachinni ; MACHADO, J. M. ; RAHAL, P. . Analysis of serino-protease NS3 from patients infected with HCV genotype 3. In: 14th International Symposium on Hepatitis C Virus and Related Viruses, 2007, Glasgow. Proceedings of the 14th International Symposium on Hepatitis C Virus and Related Viruses, 2007.

7.
MACHADO, J. M.; VERARDI, Sergio Luis Lopes ; SHIYOU, Yang . An application of the Adomian´s decomposition method to the analysis of MHD duct flows. In: 11th Biennial IEEE Conference on Electromagnetic Field Computation, 2004, Seul. Digest Book of the 11th Biennial IEEE Conference on Electromagnetic Field Computation, 2004. p. 328.

8.
MACHADO, J. M.; FRANCO, M. A. R. ; VASCONCELOS NETO, L. C. . Coupling Efficiency Between Circular Core Optical Fiber and Ti:LiNbO3 Channel Waveguide as a Function of Waveguide Fabrication Parameters. In: 9th Biennial IEEE Conference on Electromagnetic Field Computation-CEFC2000, 2000, Milwaukee, WI. Digests of the 9th Biennial IEEE Conference on Electromagnetic Field Computation-CEFC2000, 2000. p. 483.

9.
SIRCILLI NETO, F. ; ABE, Nancy M ; FRANCO, M. A. R. ; MACHADO, J. M. . Quasistatic Solutions of Elliptical Coplanar Waveguide with Finite Metallization by the Finite Element Method. In: 9th Biennial IEEE Conference on Electromagnetic Field Computation CEFC-2000, 2000, Milwaukee. Digests of the 9th Biennial IEEE Conference on Electromagnetic Field Computation CEFC 2000, 2000. p. 159.

10.
SHIYOU, Yang ; GUANGZHENG, Ni ; MACHADO, J. M. ; WONG, H. C. . A Meshless Method using Wavelets. In: 9th Biennial IEEE Conference on Electromagnetic Field Computation CEFC 2000, 2000, Milwaukee. Digets of the 9th Biennial IEEE Conference on Electromagnetic Field Computation CEFC 2000, 2000. p. 173.

11.
MACHADO, J. M.; SHIYOU, Yang ; PASSARO, Angelo ; ABE, Nancy M ; FRANCO, M. A. R. . The Element Free Galerkin Method applied to the Scalar Helmholtz Equation. In: 9th Biennial IEEE Conference on Electromagnetic Field Computation-CEFC 2000, 2000, Milwaukee. Digests of the 9th Biennial IEEE Conference on Electromagnetic Field Computation -CEFC 2000, 2000. p. 186.

12.
HO, S L ; SHIYOU, Yang ; MACHADO, J. M. ; WONG, H. C. . Application of a Meshless Method in Electromagnetics. In: 9th Biennial IEEE Conference on Electromagnetic Field Computation-CEFC2000, 2000, Milwaukee. Digets of the 9th Bienial IEEE Conference on Electromagnetic Field Computation-CEFC2000, 2000. p. 192.

13.
FRANCO, M. A. R. ; PASSARO, Angelo ; CARDOSO, José R ; MACHADO, J. M. . Finite Element Analysis of Anisotropic Channel Waveguide with Arbitrary Index Profile. In: IEEE-CEFC-1998-The 8th Biennial IEEE Conference on Electromagnetic Filed Computation, 1998, Tucson. Proceedings of the 8th Biennial IEEE Conference on Electromagnetic Field Computation, 1998. p. 362.


Produção técnica
Trabalhos técnicos
1.
MACHADO, J. M.; PASSARO, Angelo ; FRANCO, M. A. R. . MATHEMATICA Notebook for Computing Tetrahedral Finite Element Shape Functions and Matrices for the Helmholtz Equation. 1997.

2.
FRANCO, M. A. R. ; PASSARO, Angelo ; MACHADO, J. M. ; CARDOSO, José R . Cálculo das frequencias de corte de guias de ondas por elementos finitos triangulares de primeira e segunda ordens de aproximação. 1996.

3.
MACHADO, J. M.; PASSARO, Angelo . Elementos finitos tetraédricos para a equação de Helmholtz: um cálculo completo dos coeficientes matriciais na aproximação de segunda ordem. 1994.

4.
MACHADO, J. M.; TAKAHASHI, J. . Projeto Ótico do Microtron IFUSP. 1991.

5.
MACHADO, J. M.; TAKAHASHI, J. . Projeto do Canhão de Elétrons. 1990.

6.
MACHADO, J. M.. GRAFTRACE: uma rotina gráfica para o traçado de órbitas. 1990.

7.
KUSKE, P. ; MACHADO, J. M. ; SCHIELE, A. . Lokale Anderung der Quadrupole und Sextupole Felder . 1987.

8.
MACHADO, J. M.; KUSKE, P. . Horizontales Strahlprofil am Speicherring BESSY. 1986.



Bancas



Participação em bancas de trabalhos de conclusão
Mestrado
1.
Haroldo Fraga de Campos Velho; STEPHANY, S.; PASSARO, Angelo; CASTRO, J. J. B.; MACHADO, J. M.. Participação em banca de Roberto Yuji Tanaka. Metodologia Computacional para o projeto de dispositivos Semicondutores Nanoestruturados. 2008. Dissertação (Mestrado em Engenharia e Tecnologia Espaciais) - Instituto Nacional de Pesquisas Espaciais.

2.
RINCON, Mauro Antonio; COSENZA, Carlos Alberto Nunes; MACHADO, J. M.; XAVIER, Adilson Elias. Participação em banca de Raymundo Theodoro Carvalho de Oliveira. Algoritmo para minimizar erro em integração numérica. 2006. Dissertação (Mestrado em Informática) - Universidade Federal do Rio de Janeiro.

Teses de doutorado
1.
Palma, M.S.; Borges, J.C.; Fontes, M.R.M.; de Souza, F.P.; MACHADO, J. M.. Participação em banca de Helen Andrade Arcuri. Bioinformática Estrutural Aplicada ao Estudo de Enzimas da Via Metabólica do Ácido Chiquímico. 2008. Tese (Doutorado em Biofísica Molecular) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

2.
De Azevedo Jr., W. F.; Canduri,F.; de Oliveira, P.S.L.; Arrego,J.R.B.; MACHADO, J. M.. Participação em banca de Frederico Bruno Mendes Batista Moreno. Estudos Estruturais de uma Lectina presente em sementes de Lotus tetragonolobus. 2008. Tese (Doutorado em Biofísica Molecular) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

3.
CARDOSO, José R; SILVA, Viviane Cristine; LEBENSTAJN, Luis; MACHADO, J. M.; LUZ, Maurício Valencia Ferreira da. Participação em banca de Mauro Massayoshi Sakamoto. Algoritmo de Refinamento de Delaunay a malhas sequenciais adaptativas e com processamento paralelo. 2007. Tese (Doutorado em Engenharia Elétrica) - Universidade de São Paulo.

4.
COSENZA, Carlos Alberto Nunes; MACHADO, J. M.; RINCON, Mauro Antonio; DORIA, F. A. M. A.; VALLE, R. A. B.; MELO, L. M.. Participação em banca de Raymundo Theodoro Carvalho de Oliveira. A influência da Política no Desenvolvimento das Tecnologias. 2007. Tese (Doutorado em Engenharia de Produção) - Universidade Federal do Rio de Janeiro.

5.
SILVA FILHO, Antonio Carlos Roque da; KÖBERLE, Rolando; MACHADO, J. M.; ANDRADE, Eliana Xavier Linhares de; SLAETS, Jan Frans W. Participação em banca de Rodrigo Capobianco Guido. Spikelet: uma nova transformada wavelet aplicada ao reconhecimento digital de padrões, em tempo real, de spikes e overlaps em sinais neurofisiológicos do campo visual da mosca. 2003. Tese (Doutorado em Física) - Universidade de São Paulo.



Participação em bancas de comissões julgadoras
Livre docência
1.
Traina, A. J. M.; Marar, J. F.; Silva, J. R.; Lauris, J. R. P.; MACHADO, J. M.. Concurso Público de Títulos e Provas para obtenção de Título de Livre Docente. 2010. Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

2.
MANACERO JUNIOR, Aleardo; MACHADO, J. M.; SANTANA, Marcos José; GEUS, Paulo Lício de; DAHAB, Ricardo. Concurso Público de Títulos e Provas para a obtenção do título de Livre Docente em Computação. 2006. Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

3.
MACHADO, J. M.; SATO, Líria Matsumoto; MARRANGHELO, Norian; SONG, Siang Wun; SANTANA, Regina Helena Carlucci. Concurso público de títulos e provas para a obtenção do título de Livre Docente em Sistemas de Computação. 2004. Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.



Orientações



Orientações e supervisões em andamento
Dissertação de mestrado
1.
Juliano Farias da Nóbrega. Alinhamento múltiplo de sequência utilizando cadeias de Markov ocultas em ambientes multithreading. Início: 2013. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho. (Orientador).

2.
Chang Hsun Ming. Simulação computacional de dinâmica de vôos em quadrotores. Início: 2013. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho. (Orientador).

3.
Renato Gomes dos Reis. Renato Gomes dos Reis. Início: 2011. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho. (Orientador).

4.
Rafael Henrique Moretti. Rafael Henrique Moretti. Início: 2011. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho. (Orientador).

Tese de doutorado
1.
Geraldo Francisco Donegá Zafalon. Implementação de algoritmos para alinhamento múltiplo de sequências em ambientes Grid. Início: 2010. Tese (Doutorado em Engenharia Elétrica) - Universidade de São Paulo. (Coorientador).


Orientações e supervisões concluídas
Dissertação de mestrado
1.
Julio Cesar Momente. Simulação computacional da parte elétrica do problema de geração de fluxo eletrohidrodinamico. 2013. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Orientador: José Márcio Machado.

2.
Max Roberto Marinho. Uma contribuição ao estudo do ajuste ótimo de parâmetros para cálculo de campos eletromagnéticos descontínuos com o método EFG. 2012. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, . Orientador: José Márcio Machado.

3.
Evandro Augusto Marucci. Paralelização da ferramenta de alinhamento de sequências MUSCLE para um ambiente distribuído. 2009. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Orientador: José Márcio Machado.

4.
Geraldo Francisco Donegá Zafalon. Algoritmos de alinhamento múltiplo e técnicas de otimização para esses algoritmos utilizando Ant Colony. 2009. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, . Orientador: José Márcio Machado.

5.
José Benedito Jorge Maricato. Uma abordagem para classificação de funções K-quaseconformes. 2005. 82 f. Dissertação (Mestrado em Matemática) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: José Márcio Machado.

6.
Gleber Nelson Marques. O Método Element-Free Galerkin: uma abordagem interpolante aplicada ao estudo de Campos Eletromagnéticos. 2003. 118 f. Dissertação (Mestrado em Matemática) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: José Márcio Machado.

7.
T M M Carvalho. Análise das propriedades de funções que satisfazem as relações generalizadas de Cauchy-Riemann. 2003. 77 f. Dissertação (Mestrado em Matemática) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: José Márcio Machado.

8.
Mauro Massayoshi Sakamoto. Implementação de um Gerador Tridimensional de Malhas de Elementos Finitos, com Aplicações 'a Simulação Computacional em Odontologia. 2001. 99 f. Dissertação (Mestrado em Matemática) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, . Orientador: José Márcio Machado.

9.
Antonio Carlos Henrique Marquez. Uma comparação entre os Métodos EFGM e dos Elementos Finitos na solução da equação de Schrodinger unidimensional. 2001. 127 f. Dissertação (Mestrado em Matemática) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, . Orientador: José Márcio Machado.

10.
Carina Alexandra Rondini Marreto. O algoritmo de Delaunay em 3 dimensões: uma implementação computacional para o ambiente Mathematica for Windows. 1999. 71 f. Dissertação (Mestrado em Matemática) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: José Márcio Machado.

11.
Siovani Cintra Felipussi. Modelamento Geométrico com Operadores Booleanos: uma descrição teórica do esquema de representação BSP. 1998. 84 f. Dissertação (Mestrado em Matemática) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, . Orientador: José Márcio Machado.

Monografia de conclusão de curso de aperfeiçoamento/especialização
1.
Yang Shiyou. Transient Behavior Simulation and EMC Performance Calculation of Inverted-fed Motor Drives and The Application of Advanced Numerical Technology in the Electrical Engineering. 1999. 58 f. Monografia. (Aperfeiçoamento/Especialização em Matemática Aplicada) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Orientador: José Márcio Machado.

Trabalho de conclusão de curso de graduação
1.
Louison Mangondo Mwaonganga. Aplicando o método dos elementos finitos no projeto de separadores magnéticos de minerais granulados. 2013. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Ciência da Computação) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho. Orientador: José Márcio Machado.

2.
Débora Ribero Doimo. Implementação de algoritmo de alinhamento múltiplo e acoplamento de funcionalidades ao Locqspec. 2011. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Ciência da Computação) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho. Orientador: José Márcio Machado.

3.
Julio Cesar Momente. Processamento de imagens em simulação de redução de arrasto aerodinâmico para identificação de vórtices. 2010. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Ciência da Computação) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Orientador: José Márcio Machado.

4.
Rafael Braga Moraes. Conversor de Imagem para uma Matriz de Atuadores Eletromagnéticos. 2010. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Ciência da Computação) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho. Orientador: José Márcio Machado.

5.
Maurício Shihei Touma. Modelador de domínios tridimensionais perfeitamente simétricos baseado na representação CSG para o TetGen. 2010. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Ciência da Computação) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho. Orientador: José Márcio Machado.

6.
Priscila Cristiane Kido Martins. Um software para o ambiente Mathematica destinado à construção de malhas de elementos finitos em perfis alares. 2009. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Ciência da Computação) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho. Orientador: José Márcio Machado.

7.
Carlos Giovany Esposito. Interface gráfica e refinamento no mecanismo de reconhecimento de padrões para o LOCQSPEC. 2009. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Ciência da Computação) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho. Orientador: José Márcio Machado.

8.
Rodolfo Matignon Sevilhano Mendes. Análise e Projeto orientados a objetos no desenvolvimento da ferramenta REFALIGN. 2007. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Ciência da Computação) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho. Orientador: José Márcio Machado.

9.
Tiago do Prado Marques. Aplicação Gráfica para Análise, em Sistemas Linux, de Seqüencias Alinhadas de Aminoácidos e Nucleotídeos. 2006. 44 f. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Ciência da Computação) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho. Orientador: José Márcio Machado.

10.
José Flávio de Souza. Simulação computacional do movimento de cargas elétricas em dielétricos gasoso, implementada para um cluster de arquitetura Beowulf. 2005. 55 f. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Ciência da Computação) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho. Orientador: José Márcio Machado.

11.
Guilherme Meinlschmiedt Abdo. Uma versão estendida do algoritmo de Simulated Annealing para o alinhamento múltiplo de sequëncias de aminoäcidos. 2005. 45 f. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Ciência da Computação) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho. Orientador: José Márcio Machado.

12.
Diogo Pozzobon Arruda. Ferramenta de software para alinhamento múltiplo de sequências de aminoácidos e nucleotídeos. 2004. 50 f. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Ciência da Computação) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho. Orientador: José Márcio Machado.

13.
Sílvio Antonio Donegá. Ferramenta para alinhamento múltiplo de sequências baseado em Cadeias de Markov Ocultas (HMM). 2004. 44 f. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Ciência da Computação) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho. Orientador: José Márcio Machado.

14.
Daniela Gonçalves Strozi. Croptografia de Metalinguagem Portável em Ambientes Paralelos. 2003. 43 f. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Ciência da Computação) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho. Orientador: José Márcio Machado.

15.
Hermes Pimenta Moraes Junior. Um Ambiente Interativo para Modelagem de Sólidos baseado em Software Livre. 2000. 39 f. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Ciência da Computação) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho. Orientador: José Márcio Machado.

16.
Alexandre Ribeiro Guido. Algoritmos de visualização de dados em três dimensões. 2000. 49 f. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Ciência da Computação) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho. Orientador: José Márcio Machado.

17.
Gleber Nelson Marques. Desenvolvimento de um MATHEMATICA Notebook para Aplicações do MEF em Simulação de Dispositivos Eletromagnéticos. 2000. 56 f. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Ciência da Computação) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho. Orientador: José Márcio Machado.

18.
Janaína de Carvalho. Laboratório Virtual Tridimensional para Visualização de Fractais. 2000. 80 f. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Ciência da Computação) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho. Orientador: José Márcio Machado.

19.
Ana Carolina Sabbag Volpi. Desenvolvimento de um modelador gráfico para uma ferramenta CAE voltada ao projeto de componentes de óptica integrada. 1999. 61 f. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Ciência da Computação) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho. Orientador: José Márcio Machado.

20.
Leandro Luis Calvo Romero. Modelador Geométrico Bidimensional com Parametrização por Vínculo. 1998. 63 f. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Ciência da Computação) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho. Orientador: José Márcio Machado.

21.
Liza Cavalcanti Albuquerque. Modelador Geométrico para Aplicações Odontológicas. 1996. 46 f. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Ciência da Computação) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho. Orientador: José Márcio Machado.

22.
Eduardo José Soler Mesquita. Fractais de Lindenmayer. 1995. 42 f. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Ciência da Computação) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho. Orientador: José Márcio Machado.

23.
Simone Kimihi Kawasaki. Visualização de Campos Elétricos. 1995. 64 f. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Ciência da Computação) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho. Orientador: José Márcio Machado.

Iniciação científica
1.
Julio Cezar Momente. Processamento de imagens em simulação de redução de arrasto aerodinâmico para identificação de vórtices. 2010. Iniciação Científica. (Graduando em Ciência da Computação) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Orientador: José Márcio Machado.

2.
Claudinei Vieira. Um Gerador automático de malha para ambiente Windows. 1996. 36 f. Iniciação Científica. (Graduando em Ciência da Computação) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: José Márcio Machado.

Orientações de outra natureza
1.
Louison Mangondo Mwaonganga. Aplicando o método dos elementos finitos no projeto de separadores magnéticos de minerais granulados. 2013. Orientação de outra natureza. (Ciência da Computação) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, Pró-Reitoria de Extensão - Unesp. Orientador: José Márcio Machado.




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