Currículo do Sistema de Currículos Lattes (Alan Mitchell Durham)

Dados pessoais

Nome	Alan Mitchell Durham
Nome em citações bibliográficas	DURHAM, A. M.
Sexo	Masculino

Endereço profissional

Universidade de São Paulo, Instituto de Matemática e Estatística, Departamento de Ciência da Computação.
Rua do Matão, 1010
Cidade Universitária
05508900 - Sao Paulo, SP - Brasil
Telefone: (11) 38186299 Fax: (11) 38186134
URL da Homepage: http://www.ime.usp.br/~durham

Formação acadêmica/Titulação

1987 - 1997

Doutorado em Doctor In Computer Science .
University Of Illinois At Urbana Champaign.
Título: Implementing Run-time Systems in a Compiler, Ano de Obtenção: 1997.
Orientador: Ralph Johnson.
Bolsista do(a): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo ,FAPESP ,Brasil .
Palavras-chave: Compiladores; Linguagens de Programaçao; Coleta de Lixo; Linguagens Visuais; Máquinas Virtuais.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Metodologia e Técnicas da Computação / Especialidade: Linguagens de Programação.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Sistemas de Computação / Especialidade: Software Básico.
Setores de atividade: Informática.

1984 - 1987

Mestrado em Matemática Aplicada .
Universidade de São Paulo, USP, Brasil.
Título: Anlálise Sintática e Recuperação de Erros em Linguagens Determinísticas, Ano de Obtenção: 1987.
Orientador:

Valdemar W Setzer.
Bolsista do(a): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico ,CNPq ,Brasil .
Palavras-chave: Compiladores; Análise Sintática; Recuperação de Erros; Linguagens Formais.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Metodologia e Técnicas da Computação / Especialidade: Linguagens de Programação.
Setores de atividade: Informática.

1979 - 1983

Graduação em Bacharelado Em Ciência da Computação .
Universidade de São Paulo, USP, Brasil.

Formação complementar

2001 - 2001

Extensão universitária em International Training Course on Bioinformati. (Carga horária: 160h).
Fundação Oswaldo Cruz.

Atuação profissional

Universidade de São Paulo, USP, Brasil.

Vínculo institucional

1997 - Atual

Vínculo: Servidor público ou celetista, Enquadramento Funcional: Professor Doutor, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

Vínculo institucional

1987 - 1997

Vínculo: Servidor público ou celetista, Enquadramento Funcional: Professor Assisstente (Mestre), Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

Vínculo institucional

1985 - 1987

Vínculo: Servidor público ou celetista, Enquadramento Funcional: Professor Auxilliar de Ensino (bacharel), Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

Atividades

03/2010 - Atual	Conselhos, Comissões e Consultoria, Reitoria, Pró-Reitoria de Pós-Graduação.
	Cargo ou função Representante dos Programas de Pós Graduação Interunidades no Conselho de Pos Graduação (COPGR).

03/2010 - Atual	Conselhos, Comissões e Consultoria, Reitoria, Pró-Reitoria de Pós-Graduação.
	Cargo ou função Membro da Comissão De Normas e Recursos (CNR).

09/2009 - Atual	Direção e administração, Comissão de Pós graduação Do Programa de Pós graduação em Bioiformatica-USP, .
	Cargo ou função Coordenador de Programa.

03/2009 - Atual	Conselhos, Comissões e Consultoria, Instituto de Matemática e Estatística, .
	Cargo ou função Representante dos Professores Doutores na Congregação.

03/2008 - Atual	Conselhos, Comissões e Consultoria, Instituto de Matemática e Estatística, .
	Cargo ou função Membro da comissão de cultura e extensão.

2007 - Atual	Atividades de Participação em Projeto, Instituto de Matemática e Estatística, Departamento de Ciência da Computação.
	Projetos de pesquisa Sistemas de predição de genes

05/2005 - Atual	Conselhos, Comissões e Consultoria, Instituto de Matemática e Estatística, Departamento de Ciência da Computação.
	Cargo ou função Representante Doutor no Conselho de Departamento de Ciência da Computação (suplente).

04/2005 - Atual	Extensão universitária , Instituto de Matemática e Estatística, Centro de Ensino de Computação.
	Atividade de extensão realizada Vice-diretor.

03/2004 - Atual	Conselhos, Comissões e Consultoria, Instituto de Matemática e Estatística, Departamento de Ciência da Computação.
	Cargo ou função Membro da Comissão Organizadora de Cursos de Graduação.

03/2002 - Atual	Atividades de Participação em Projeto, Instituto de Ciências Biomédicas, .
	Projetos de pesquisa Maldb, Genomic And Post Genomic Approaches To Study Human Malaria in the Brazilian Amazon: Projeto Temático Fapesp No. 01/09401-0

2/1997 - Atual	Ensino, Ciências da Computação, Nível: Pós-Graduação.
	Disciplinas ministradas Introdução à Progração Para Bioinformática Sistemas Operacionais Bioinformática Instrumental Princípios Fundamentais de Linguagens de Programação Programação Orientada a Objetos Teoria e Contrução de Compiladores Tópicos Avançados de Linguagens de Programção

4/1985 - Atual	Pesquisa e desenvolvimento , Instituto de Matemática e Estatística, Departamento de Ciência da Computação.
	Linhas de pesquisa Bioinformática Implementação de Linguagens de Programação Coleta de Lixo Engenharia de Software Computação Móvel

4/1985 - Atual	Ensino, Bacharelado Em Ciência da Computação, Nível: Graduação.
	Disciplinas ministradas Computação Instrumental Introdução à Ciência da Computação Paradigmas de Linguagens de Programação Programação Orientada a Objetos Sistemas Operacionais Teoria e Construção de Compiladores

12/2006 - 12/2009	Direção e administração, Comissão de Pós graduação Do Programa de Pós graduação em Bioiformatica-USP, .
	Cargo ou função Vice coordenador.

03/2004 - 12/2005	Conselhos, Comissões e Consultoria, Reitoria, Pró Reitoria de Cultura e Extensão.
	Cargo ou função Membro do Conselho do Projeto Avizinhar.

3/2001 - 03/2005	Direção e administração, Instituto de Matemática e Estatística, Centro de Ensino de Computação.
	Cargo ou função Vice-diretor.

03/2001 - 03/2004	Conselhos, Comissões e Consultoria, Coordenadoria Executiva de Coop. Univ. de Atividades Esp - USP, .
	Cargo ou função Mebro do Conselho do Projeto Avizinhar.

01/2003 - 02/2004	Conselhos, Comissões e Consultoria, Instituto de Matemática e Estatística, Departamento de Ciência da Computação.
	Cargo ou função Membro Suplente da Comissão Organizadora de Cursos.

01/2000 - 12/2002	Atividades de Participação em Projeto, Instituto de Matemática e Estatística, .
	Projetos de pesquisa Projeto CAGE: Cooperative Analisys of Gene Expression

2/1997 - 3/2001	Direção e administração, Instituto de Matemática e Estatística, Centro de Ensino de Computação.
	Cargo ou função Diretor.

7/2000 - 12/2000	Extensão universitária , Instituto de Matemática e Estatística, Centro de Ensino de Computação.
	Atividade de extensão realizada Coordenação de Projeto do PAE (Plano de Eduação Continuada) do Estado de São Paulo.

8/1999 - 12/2000	Extensão universitária , Instituto de Matemática e Estatística, Centro de Ensino de Computação.
	Atividade de extensão realizada Coordenação de Projeto de Ensino de Computação Intrumental.

01/1999 - 12/2000	Atividades de Participação em Projeto, Instituto de Matemática e Estatística, .
	Projetos de pesquisa Projeto Sidam - Projeto Temático Fapesp num 98/06138-2

04/1999 - 03/2000	Direção e administração, .
	Cargo ou função Membro do Conselho de Departamento.

03/1999 - 03/2000	Direção e administração, Instituto de Matemática e Estatística, .
	Cargo ou função Presidente da Comissão Interna de Prevenção de Acidentes.

08/1999 - 12/1999	Conselhos, Comissões e Consultoria, Reitoria, .
	Cargo ou função Membro da Comissao de Integração e Evolução dos Sitemas Corporativos da USP.

7/1999 - 12/1999	Extensão universitária , Instituto de Matemática e Estatística, Centro de Ensino de Computação.
	Atividade de extensão realizada Coordenação de Projeto do Programa de Capacitação Solidária.

02/1999 - 12/1999	Conselhos, Comissões e Consultoria, Reitoria, Pró-reitoria de Cultura e Extensão Universitária.
	Cargo ou função Comissão de Avaliação do Impacto da Separação Constitrucional do Corpo de Bombeiros da Polícia Militar -coordenador de sub-grupo.

03/1996 - 12/1999	Conselhos, Comissões e Consultoria, Instituto de Matemática e Estatística, Departamento de Ciência da Computação.
	Cargo ou função Membro da Comissão Organizadora de Cursos.

06/1998 - 04/1999	Direção e administração, Instituto de Matemática e Estatística, .
	Cargo ou função Membro da Congregação do Instituto.

03/1998 - 02/1999	Direção e administração, Instituto de Matemática e Estatística, .
	Cargo ou função Vice Presidente da Comissão Interna de Prevenção de Acidentes.

4/1996 - 2/1997	Direção e administração, Instituto de Matemática e Estatística, Departamento de Ciência da Computação.
	Cargo ou função Diretor Acadênico.

03/1995 - 02/1997	Direção e administração, Instituto de Matemática e Estatística, .
	Cargo ou função Membro do Conselho de Departamento de Computação.

02/1988 - 12/1988	Conselhos, Comissões e Consultoria, Reitoria, Pró-reitoria de Cultura e Extensão Universitária.
	Cargo ou função Membro da Comissão de Elaboração do Currículo para o Curso de Formação de Oficiais Bombeiros do Estado de São Paulo.

03/1986 - 08/1987	Direção e administração, Instituto de Matemática e Estatística, .
	Cargo ou função Membro da Congregação do Instituto.

University Of Illinois At Urbana Champaign, UIUC, Estados Unidos.

Vínculo institucional

1992 - 1992

Vínculo: Outro, Enquadramento Funcional: Teaching Assistant, Carga horária: 12

Vínculo institucional

1991 - 1992

Vínculo: Outro, Enquadramento Funcional: Research Assistant, Carga horária: 0

Intertec Serviços Ltda, INTERTEC, Brasil.

Vínculo institucional

1984 - 1985

Vínculo: Servidor público ou celetista, Enquadramento Funcional: Analista de Sistemas, Carga horária: 20

Atividades

1/1984 - 4/1985	Pesquisa e desenvolvimento , Departamendo de Desenvolvimento, .
	Linhas de pesquisa Desenvolvimento de Compiladores

Linhas de Pesquisa

1.	Desenvolvimento de Compiladores

2.	Bioinformática

3.	Implementação de Linguagens de Programação

4.	Coleta de Lixo

5.	Engenharia de Software

6.	Computação Móvel

Projetos de Pesquisa

2007 - 2009

Sistemas de predição de genes

Descrição: Este projeto visa o estudo de predição de genes, tanto de proteínas, como de RNAs não codificantes. O estudo concomitante destas duas áreas, em geral abordadas separadamente, visa tirar proveito de técnicas comuns na produção de melhores preditores de genes. Ambas as abordagens utilizarão o sistema MYOP, um arcabouço para construção de preditores de genes desenvolvido por nosso grupo. Predição de genes ainda é um problema em aberto, em particular a predição de genes de RNAs não codificantes. Porém, mesmo a predição de genes de RNAs codificantes ainda não é um problema resolvido, em particular se considerarmos a baixa taxa de sucesso na predição ab-initio dos genes completos..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico ( 1) Doutorado ( 2) .
Integrantes: Arthur Gruber - Integrante / Zilá Paulino Simões - Integrante / Alan Mitchell Durham - Coordenador.
Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.
Número de produções C, T & A: 2 / Número de orientações: 3.

2003 - 2005

Maldb, Genomic And Post Genomic Approaches To Study Human Malaria in the Brazilian Amazon: Projeto Temático Fapesp No. 01/09401-0

Descrição: Investigação da diversidade genética de plasmodium na amazônia brasileira.
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Integrantes: Hernando A del Portillo - Coordenador / Junior Barrera - Integrante / Joao Eduardo Ferreira - Integrante / Gerhard Wunderlich - Integrante / Marcelo Urbano - Integrante / Alan Mitchell Durham - Integrante.
Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Não informado..

2000 - 2002

Projeto CAGE: Cooperative Analisys of Gene Expression

Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Integrantes: Junior Barrera - Integrante / Joao Eduardo Ferreira - Integrante / Sérgio Verjovski-Almeida - Integrante / Aline Maria da Silva - Integrante / Hugo Armelin - Coordenador / Eduardo Jordao Neves - Integrante / Carlos Humes Junior - Integrante / Alan Mitchell Durham - Integrante.
Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro..

1998 - 2000	Projeto Sidam - Projeto Temático Fapesp num 98/06138-2
	Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Marco Dimas Gubitoso - Integrante / Siang Wun Song - Coordenador / Alan Mitchell Durham - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro..

Áreas de atuação

1.	Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Sistemas de Computação / Especialidade: Arquitetura de Sistemas de Computação.
2.	Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Metodologia e Técnicas da Computação / Especialidade: Linguagens de Programação.
3.	Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Metodologia e Técnicas da Computação / Especialidade: Engenharia de Software.
4.	Grande área: Ciências Biológicas / Área: Biofísica / Subárea: Bioinformatica.

Idiomas

Inglês	Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.
Francês	Compreende Pouco, Fala Razoavelmente, Lê Pouco, Escreve Pouco.
Espanhol	Compreende Razoavelmente, Fala Pouco, Lê Razoavelmente, Escreve Pouco.
Italiano	Compreende Pouco, Fala Pouco, Lê Pouco, Escreve Pouco.

Produção em C,T & A

Produção bibliográfica

Artigos completos publicados em periódicos

1.	MACHADO-LIMA, A. ; KASHIWABARA, A. Y. ; DURHAM, A. M. . Decreasing the number of false positives in sequence classification. BMC Genomics, v. 11, p. S7, 2010.

2.	ARAUJO, F.M. ; MACHADO-LIMA, A. ; DURHAM, A. M. ; TEIXEIRA, R. ; OLIVEIRA, G. . Sequence and structural analysis of the 5' noncoding region of hepatitis C virus in patients with chronic infection.. Journal of Medical Virology, v. 81, p. 1212-1219, 2009.

3.	MACHADO-LIMA, A. ; Hernando A. del Portillo ; DURHAM, A. M. . Computational methods in noncoding RNA research.. Journal of Mathematical Biology, v. 56, p. 15-49, 2008.

4.

LIMA, K. ; VIANA-NIERO, C. ; da Silva RABELLO, M. C. ; L.R.MARSOLA, ; DURHAM, A. M. ; LEAO, S. C. . Molecular characterization of Mycobacterium massiliense and Mycobacterium bolletii in outbreaks of infections after laparoscopic surgeries and cosmetic procedures.. Journal of Clinical Microbiology, v. Epub, p. 18174307, 2008.

5.

Chimara, E. ; FERRAZOLI, L. ; UEKY, S. Y. M. ; MARTINS, M. C. ; DURHAM, A. M. ; ARBEIT, R. D. ; LEAO, S. C. . Reliable identification of mycobacterial species by PCR-restriction enzyme analysis (PRA)-hsp65 in a reference laboratory and elaboration of a sequence-based extended algorithm of PRA-hsp65 patterns.. BMC Microbiology (Online), v. 48, p. 8:48, 2008.

6.	KASHIWABARA, A. Y. ; VIEIRA, D. ; LIMA, A. M. ; DURHAM, A. M. . Splice site prediction using stochastic regular grammars . Genetics and Molecular Research, v. 6, p. 105-115, 2007.

7.

Ling KH ; MA, R. ; RIVAILLER, P. ; IVENS, A. ; MADEIRA, A. M. ; Mungall K. ; DURHAM, A. M. ; Novaes, J. ; Sobreira, T.J. ; GRUBER, A. ; BERRIMAN, M. ; Tomley, F. ; DEAR, P. H. ; WAN, K. L. . Sequencing and analysis of chromosome 1 of Eimeria tenella reveals a unique segmental organization.. Genome Research, v. 17, p. 311-319, 2007.

8.

HOFFMANN, E. H. ; MALAFRONTE, R. S. ; MORAES-AVILA, S. L. ; OSAKABE, A. L. ; WUNDERLICH, G. ; DURHAM, A. M. ; RIBOLLA, P. E. ; Hernando A. del Portillo ; URBANO, M. . Origins of sequence diversity in the malaria vaccine candidate merozoite surface protein-2 (MSP-2) in Amazonian isolates of Plasmodium falciparum. Gene, v. Apr 5, 2006.

9.

Emilio F. Merino ; FERNANDEZ-BECERRA, C. ; DURHAM, A. M. ; FERREIRA, J. E. ; TUMILASCI, V. F. ; DARC-NEVES, J. ; SILVA-NUNES, M. ; URBANO, M. ; WICKRAMARACHI, T. ; Hernando A. del Portillo . Multi-character population study of the vir subtelomeric multigene superfamily of Plasmodium vivax, a major human malaria parasite. Mol Biochem Parasitol, v. May 11, 2006.

10.

ALBRECHT, L. ; Emilio F. Merino ; HOFFMANN, E. H. ; URBANO, M. ; de Mattos Ferreira, R.G. ; OSAKABE, A. L. ; Dalla Martha, R.C. ; Ramharter, M. ; DURHAM, A. M. ; FERREIRA, J. E. ; Hernando A. del Portillo ; WUNDERLICH, G. . Extense variant gene family repertoire overlap in Western Amazon Plasmodium falciparum isolates.. Molecular and Biochemical Parasitology, v. 155, p. PMID: 16938359, 2006.

11.	DURHAM, A. M. ; KASHIWABARA, A. Y. ; MATSUNAGA, F. ; AHAGON, P. ; RAINONE, F. ; VARUZZA, L. ; GRUBER, A. . EGene:: a configurable pipeline generation system for automated sequence analysis. Bioinformatics (Oxford), Bioinformatics Advance Access, 2005.

12.	FUJITA, A. ; MASSIRER, K. B. ; DURHAM, A. M. ; FERREIRA, C. E. ; SOGAYAR, M. C. . The GATO gene annotation tool for research laboratories. Brazilian Journal of Medical and Biological Research, v. 11, n. 38, p. 1571-1574, 2005.

13.	Sobreira, T.J. ; DURHAM, A. M. ; GRUBER, A. . TRAP: automated classification, quantification, and annotation of tandemly repeated sequences.. Bioinformatics (Oxford), Oxford, Inglaterra, v. 22, n. 3, p. 361-362, 2005.

14.

FERNANDEZ, S. ; KATSUYAMA, A. M. ; KASHIWABARA, A. Y. ; MADEIRA, A. M. B. N. ; DURHAM, A. M. ; GRUBER, A. . Characterization of SCAR markers of Eimeria spp. of domestic fowl and construction of a public relational database (The Eimeria SCARdb).. FEMS Microbiology Letters, Estados Unidos, v. 238, n. 1, p. 183-188, 2004.

15.

KOIDE, T. ; VENCIO, R. Z. ; MATSUIKUMA, A. Y. ; MATSUKUMA, A. Y. ; DURHAM, A. M. ; TEIXEIRA, D. C. ; EL-DORRY, H. ; MONTEIRO, P. B. ; VERJOVSKI-ALMEIDA, S. ; da SILVA, A. M. . DNA microarray-based genome comparison of a pathogenic and a nonpathogenic strain of Xylella fastidiosa delineates genes important for bacterial virulence.. Journal of Bacteriology, Estados Unidos, v. 186, n. 16, p. 5442-5449, 2004.

16.	Emilio F. Merino ; FERNANDEZ-BECERRA, C. ; MADEIA, A. M. B. N. ; LIMA, A. M. ; DURHAM, A. M. ; GRUBER, A. ; Hernando A. del Portillo . Pilot survey of expressed sequence tags (ESTs) from the asexual blood stages of Plasmodium vivaxin human patients. Malaria Journal, Internet, v. 2, n. 21, 2003.

17.	DURHAM, A. M. ; JOHNSON, R. E. . A System to Implement Primitive Data Types. Journal of the Brazilian Computer Society, v. 6, n. 1, p. 5-12, 1999.

18.	DURHAM, A. M. ; JOHNSON, R. E. . A Framework for Run-time Systems and its Visual Programming Languages. ACM/SIGPLAN Notices, New York, NY, v. 31, n. 10, p. 406-420, 1996.

Livros publicados/organizados ou edições

1.	GRUBER, A. (Org.) ; DURHAM, A. M. (Org.) ; HUYNH, C. (Org.) ; Hernando A. del Portillo (Org.) . Bioinformatics in Tropical Disease Research: A Practical and Case-Study Approach. Bethesda, Estados Unidos: National Center for Biotechnology Information, 2007. v. 1. 340 p.

Capítulos de livros publicados

1.	DURHAM, A. M. ; GUBITOSO, M. D. . Using Linux. In: Gruber, A.;Durham A.M;Huynh, C.; del Portillo, H.. (Org.). Bioinformatics in Tropical Disease Research: A Practical and Case-Study Approach. Bethesda, Estados Unidos: National Center for Biotechnology Information, 2007, v. , p. -.

Trabalhos completos publicados em anais de congressos

1.

OIKAWA, M.K. ; SILVA, P. ; MERINO, E. F. ; FERNANDEZ-BECERRA, C. ; WUNDERLICH, G. ; BARRERA, J. ; DURHAM, A. M. ; Hernando A. del Portillo ; del PORTILLO, H. ; FERREIRA, J. E. . . ClinMaldb: a clinical field-research oriented relational database to study human malaria. In: IADIS International Conference e-Health 2009, 2009, Algarve, Portugal. IADIS International Conference e-Health 2009. Algarve, 2009. v. 1. p. 1-9.

2.	DURHAM, A. M. ; JOHNSON, R. E. . A System to Implement Primitive Data Types. In: III Simpósio Brasileiro de Linguagens de Programação, 1999, Porto Alegre. Anais do III Simpósio Brasileiro de Linguagens de Programação, 1999.

3.	DURHAM, A. M. ; JOHNSON, R. E. . An Approach to Designing Menu-based Languages. In: TOOLS´96, 1996, Santa Barbara, California. Proceedis of the TOOLS 1996, 1996.

4.	DURHAM, A. M. ; SETZER, V. W. . Um Sistema Gráfico Para Micros com Particionamento em Janelas Virtuais. In: IV Simpósio Brasileiro de Software, 1984, São Paulo. Anais do IV Simpósio Brasileiro de Software, 1984.

Resumos expandidos publicados em anais de congressos

1.	DURHAM, A. M. ; CONCEICAO, A. F. ; SUSSUMU, E. ; LIMA, A. M. ; TEGLIA, J. ; SANTOS, M. B. . A Framework for Building Language Interpreters. In: Educator's Symposium - OOPSLA' 03, 2003, Anaheim. OOPSLA'03 Companion, 2003. p. 191-196.

Resumos publicados em anais de congressos

1.	VARUZZA, L. ; DURHAM, A. M. ; KASHIWABARA, A. Y. ; MADEIRA, A. M. B. N. ; GRUBER, A. . Development of an Integrated System for transcriptome inference and annotation. In: II ICOBICOBI: International Conference On Bionformatics and Molecular Biology, 2004, Angra dos Reis. II Icobicobi, 2004.

2.	VIEIRA, D. ; KASHIWABARA, A. Y. ; DURHAM, A. M. . Splice Site Prediction using Grammar Inference. In: II ICOBICOBI: International Conference On Bionformatics and Molecular Biology, 2004, Angra dos Reis. II Icobicobi, 2004.

3.	LIMA, A. M. ; Hernando A. del Portillo ; DURHAM, A. M. . RNA Modeling with Stochastic Context Free Grammars. In: II ICOBICOBI: International Conference On Bionformatics and Molecular Biology, 2004, Angra dos Reis. Icobicobi, 2004.

4.

Emilio F. Merino ; DURHAM, A. M. ; TUMILASCI, V. F. ; LIMA, A. M. ; FERNANDEZ-BECERRA, C. ; DARC-NEVES, J. ; OIKAWA, M. ; FERREIRA, J. E. ; Hernando A. del Portillo . Plasmodium vivax: towards a global study of virulence in natural infections. In: II ICOBICOBI: International Conference On Bionformatics and Molecular Biology, 2004, Angra dos Reis. II Icobicobi, 2004.

5.	ALBRECHT, L. ; OSAKABE, A. L. ; DURHAM, A. M. ; Hernando A. del Portillo ; WUNDERLICH, G. . Determining the var gene repertoire size in Amazonian Plasmodium falciparum isolates. In: XXXIII Reunião anual da SBBq, 2004, Caxambu. Anais da XXXIII SBBq. , 2004, 2004.

6.

DURHAM, A. M. ; MATSUNAGA, F. ; AHAGON, P. ; GRUBER, A. . A primer and chimera identification tool for PCR-based cDNA clones. In: International Conference on Bioinformatics and Computational Biology, 2003, Ribeirão Preto. Annals of the I International Conference on Bioinformatics and Computational Bioloogy, 2003.

7.

Emilio F. Merino ; FERNANDEZ-BECERRA, C. ; LIMA, A. M. ; DURHAM, A. M. ; GRUBER, A. ; HALL, N. ; Hernando A. del Portillo . Pilot survey of expressed sequence tags (ESTs)from the asexual blood stages of Plasmodium vivax in human patients. In: I International Conference on Bioinformatics and Computational Biology, 2003, Ribeirão Preto. Proceedings of the I International Conference on Bionformatics and Computational Biology, 2003.

8.

KOIDE, T. ; ZAINI, P. A. ; VENCIO, R. Z. ; MOREIRA, L. M. ; MATSUKUMA, A. Y. ; DURHAM, A. M. ; TEIXEIRA, D. C. ; VERJOVSKI-ALMEIDA, S. ; da SILVA, A. C. ; GOMES, S. L. . DNA MICROARRAY-BASED COMPARISON OF TWO XYLELLA FASTIDIOSA STRAINS. In: XXXII SBBq, 2003, 2003, Caxambu. Anais da XXXII SBBq. , 2004, 2003.

9.

MATSUNAGA, F. ; DURHAM, A. M. ; SAKATA, H. ; AHAGON, P. ; FERNANDEZ, S. ; MADEIA, A. M. B. N. ; GRUBER, A. . Gene survey of Eimeria spp. of domestic fowl using open reading frame ESTs (ORESTES) and development of an automatic pipeline for sequence analysis. In: Biotecnologia Habana 2002 - Agro-Biotech in the New Millenium, 2002, Havana. Biotecnologia Habana 2002 - Agro-Biotech in the New Millenium - Abstracts. Havana : Elfos Scientiae, 2002. p. 225-225.

Demais tipos de produção bibliográfica

1.	DURHAM, A. M. ; LIMA, A. M. ; TEGLIA, J. ; SANTOS, M. B. . O Desenvolvimento de um Interpretador Orientado a Objetos para Ensino de Linguagens 2002 (Relatório Técnico).

2.	DURHAM, A. M. ; LIMA, A. M. . A conecionless protocol for mobile agents 2002 (Relatório Técnico).

3.	DURHAM, A. M. . Sistemas Operacionais. São Paulo: Makron Books, 1996. (Tradução/Livro).

Produção técnica

Demais tipos de produção técnica

1.	DURHAM, A. M. . Programming Perl for Bioinformatics. 2006. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

2.	DURHAM, A. M. . Perl for Bioinformatics. 2005. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

3.	DURHAM, A. M. . Programming Perl for Bioinformatics. 2004. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

4.	DURHAM, A. M. . Unix for Bioinformatics. 2004. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

5.	DURHAM, A. M. . Programming in perl for bioinformatics. 2003. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

6.	DURHAM, A. M. . Programming Perl for Bioinformatics. 2003. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

7.	DURHAM, A. M. . Programming Perl for Bioinformatics. 2003. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

8.	DURHAM, A. M. . Programming Perl for Bioinformatics. 2002. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

9.	DURHAM, A. M. . Programming Perl For Bioinformatics. 2002. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

Demais trabalhos

1.	DURHAM, A. M. . Sistemas Operacionais. 1996 (Revisão Técnica de Livro).

Bancas

Participação em bancas examinadoras

Dissertações

1.

DURHAM, A. M.; REZENDE, M. N.; KON, F.. Participação em banca de Luiz Henrique Rorato Decaro. Foundation: facilitando a implementacao de operacoes do tipo CRUD em aplicacoes JavaEE.. 2008. Dissertação (Mestrado em Pro- grama de Mestrado Proﬁssional em Engen- ha) - Instituto de Pesquisas Tecnológicas do Estado de São Paulo.

2.	DURHAM, A. M.; GRUBER, A.; GUBITOSO, M. D.. Participação em banca de André Yoshiaki Kashiwabara. MYOP: Um ar cabouço para a predição de genes ab-initio. 2007. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo.

3.	ROCHA, R. L. A.; DURHAM, A. M.; NETTO, J. J.. Participação em banca de Ivone Penque Matsuno. Um Estudo dos Processos de Inferência de Gramáticas Regulares e Livres de Contexto Baseados em Modelos Adaptativos. 2006. Dissertação (Mestrado em Engenharia Elétrica) - Universidade de São Paulo.

4.	DURHAM, A. M.; NETTO, J. J.; KON, F.. Participação em banca de Rosianni de Oliveira Cruz. Modularização da Coleta de Lixo na Máquina Virtual de Pesquisa Jikes. 2005. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo.

5.

DURHAM, A. M.; LOUREIRO, A. A. F.; KON, F.; LEJBMAN, A. G. V.; CERQUEIRA, R. F. G.. Participação em banca de Weslley Emanuel Martins Lima. Uma biblioteca para simulação de protocolos de entrega de mensagens em redes móveis. 2003. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo.

6.	ROHAS, H. E. A.; BARRETO, M. R. P.; DURHAM, A. M.. Participação em banca de Paulo Sergio Naddeo Dias Lopes. Uma taxonomia da pesquisa na area de engenharia de requisitos. 2002. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo.

7.	DURHAM, A. M.; NETTO, J. J.. Participação em banca de Ariane Machado de Oliveira. Laboratório de geração de classificadores de sequências. 2002. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo.

8.	DURHAM, A. M.; MELO, A. C. V.; BIGONHA, R. S.. Participação em banca de Lucy Mari Tabuti. Um estudo de um protocolo de comunicação para dispositivos móveis usando Distributed Join-Calculus. 2002. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo.

9.	SILVA, D. M.; DURHAM, A. M.; MACEDO, R. J. A.. Participação em banca de Clovis Seragiotto Junior. Deteccao Dinamica de Condicoes de disputa para programas multithreaded em Java. 2000. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo.

Teses de doutorado

1.

SLUYS, M. V.; MARQUES, M. V.; VASCONCELOS, A. T. R.; NASCIMENTO, A. L. T. O.; DURHAM, A. M.. Participação em banca de ALessandro de Mello Varani. Analise in silico de integrases no fitopatogeno Xylella fastidiosa: diversidade, sitios de integracao e associacao com bacteriofagos. 2008. Tese (Doutorado em Interunidades em Biotecnologia) - Universidade de São Paulo.

2.	DURHAM, A. M.; VERJOVSKI-ALMEIDA, S.; Cruz, A.K.; Orgambide, A.C.F; Vasconcelos, A.T.R.. Participação em banca de Ariane Machado-Lima. Predição de RNAs não codificantes e sua aplicação na busca do componente de RNA da telomerase. 2007. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

3.

LOPES, H. S.; DURHAM, A. M.. Participação em banca de Ernesto Luis malta Rodrigues. Inferencia de Gramaticas Livres de Contexto Utilizando Computacao Evolucionaria com Aplicacao em Bioinformatica. 2007. Tese (Doutorado em Engenharia Elétrica e Informática Industrial) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

4.

Carrer, H.; Figueira, A.V.de O.; Etchegaray Junior, A.; Camargo, L.E.A.; DURHAM, A. M.. Participação em banca de Valeska Pandolfi. Análise transcricional do fitopatógeno Fusarium graminearum Schwabe na integração antagonista com a bactéria Pantoea agglomerans Gavini. 2006. Tese (Doutorado em Doutorado em Ciências) - Universidade de São Paulo.

5.	DURHAM, A. M.; NEVES, E. J.; MATIOLI, S. R.. Participação em banca de Florência Leonardi. Classificação e análise filogenética de proteínas através de cadeias de Markov esparsas. 2005. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

6.	DURHAM, A. M.; NETTO, J. J.; SONG, S. W.; ROCHA, R. L. A.; OLIVA, P. S. M.. Participação em banca de Cesar Alberto Bravo Pariente. Gramaticas Livres de Contexto Adaptativas Com Verificacao De Aparencia. 2004. Tese (Doutorado em Engenharia Elétrica) - Universidade de São Paulo.

Qualificações de doutorado

1.	DURHAM, A. M.; VENCIO, R. Z.; PASSETI, F.. Participação em banca de André Yoshiaki Kashiwabara. Estudo Sistemático de preditores ab initio de genes codificadores de Proteinas. 2009. Exame de qualificação (Doutorando em Ciencia da Computacao) - Universidade de São Paulo.

2.

MARQUES, M. V.; OLIVEIRA, M. C.; DURHAM, A. M.. Participação em banca de ALessandro de Mello Varani. Analise in silico de Integrases no fitopatogeno Xylella Fastidiosa: diversidade, sitios de integracao e associacao com bacteriofagos. 2007. Exame de qualificação (Doutorando em Interunidades em Biotecnologia) - Universidade de São Paulo.

3.

LOPES, H. S.; DURHAM, A. M.. Participação em banca de Ernesto Luis Malta Rodrigues. Inferendia de Gramaticas Formais com omutacao Evolucionaria: Aplicacoes em Bioinformatica. 2006. Exame de qualificação (Doutorando em Engenharia Elétrica e Informática Industrial) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

4.

DURHAM, A. M.; MALDONADO, J. C.; FORTES, R. P. M.; PRADO, A. F.; OLIVEIRA, M. C. F. E.. Participação em banca de Valter Vieira de Camargo. Desenvolvimento de frameworks no contexto da separação de interesses. 2003. Exame de qualificação (Doutorando em Ciencia da Computacao) - Universidade de São Paulo.

5.	DURHAM, A. M.. Participação em banca de Arlindo Flávio da Conceição. Algoritmos Adaptativos para Transmissão de Vídeo em Redes Sem Fio. 2003. Exame de qualificação (Doutorando em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo.

Monografias de cursos de aperfeiçoamento/especialização

1.	DURHAM, A. M.; GUBITOSO, M. D.; LEJBMAN, A. G. V.. Participação em banca de Cristiano Garcia Costa. FATORLEX: Compilador para Linguagem FafoRH/W. 2003. Monografia (Aperfeiçoamento/Especialização em Mestrado Profisionalizante) - Instituto de Pesquisas Tecnológicas do Estado de São Paulo.

Trabalhos de Conclusão de Curso de graduação

1.	GRUBER, A.; Acosta, M.B.R.; DURHAM, A. M.. Participação em banca de Milene Ferro. Desenvolvimento de Componentes de Anotação de Sequências par o Sistema EGene de Geração de Pipelines. 2006. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Biologia) - Universidade Presbiteriana Mackenzie.

Participação em bancas de comissões julgadoras

Concurso público

1.	MARIN, H. F.; TRAVIESO, G.; SAITO, J. H.; AZEVEDO, R. J.; DURHAM, A. M.; DOESHER, E.. Preenchimento de Vaga para Professor Adjunto - - Arq. Comp. e Sist. Operacionais - Campus São José dos Campos. 2009. Universidade Federal de São Paulo.

2.	DURHAM, A. M.. Preenchimento de Vaga de Professor Doutor em RDIDP. 2007. Universidade de São Paulo.

3.	DURHAM, A. M.; NETTO, J. J.. Concurso Público para preenchimento de vaga de Professor Doutor. 2003. Universidade de São Paulo.

Eventos

Participação em eventos

1.	Encontro Anual Da Sociedade Brasileira de Bioquimica e Biologia Molelular - SBBq.MYOP - A Gene Predictor Framework. 2008. (Congresso).

2.	X Meeting.I X Meeting. 2005. (Congresso).

3.	XMeeting.II ICOBICOBI - International Conference on Bioinformatics and Computational Biology. 2004. (Congresso).

4.	International Conference on Bionformatics and Computational Biology.I ICOBICOBI. 2003. (Congresso).

5.	III Simpósio Brasileiro de Linguagens de Programção.III Simpósio Brasileiro de Linguagens de Programação. 1999. (Congresso).

Organização de eventos

1.	AGROPIAN, V. ; PHILIPI, A. ; GUERRINI, F. ; DURHAM, A. M. ; SAVASTANO JR, H. ; MACHADO NETO, R. ; FRANCO, B. D. ; Calotti Jr, C.G. . A USP pensa a Avaliação da Pós-Graduação. 2010. (Congresso).

2.	DURHAM, A. M. ; VENCIO, R. Z. . I Workshop do Programa de Pos Graduacao em Bioinformatica da USP. 2010. (Outro).

3.	DURHAM, A. M. . IV Latin American Course on Bioinformatics for Tropical Disease Research. 2006. (Outro).

4.	DURHAM, A. M. ; Hernando A. del Portillo . III Latin American Course on Bioinformatics for Tropical Diseases. 2005. (Outro).

5.	HIDE, W. ; BRAEUNING, R. ; HUYNH, C. ; ISOKPEHI, R. ; DURHAM, A. M. . II Regional Training Course on Bioinformatics Applied to Tropical Diseases In Africa. 2003. (Outro).

6.	Hernando A. del Portillo ; DURHAM, A. M. . II Latin American Course on Bioinformatics for Tropical Diseases. 2003. (Outro).

7.	Hernando A. del Portillo ; BARRERA, J. ; DURHAM, A. M. ; FERREIRA, J. E. ; GRUBER, A. ; ZINGALES, B. . I Latin Americal Regional Training Course on Bioinformatics for Tropical Diseases. 2002. (Outro).

8.	DURHAM, A. M. . Projeto Avizinhar - Treinamento de Técnicas de Escritório e INformática Instrumental. 1999. (Outro).

9.	DURHAM, A. M. . Projeto Avizinhar - Treinamento de Técnicas de Escritório e INformática Instrumental. 1999. (Outro).

Orientações

Orientações em andamento

Dissertação de mestrado

1.	Liliane Santana de Oliveira. Anotacao de Sequencias Biologicas. Início: 2010. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo. (Orientador).

2.	Igor Bonadio. Predicao de Genes utilizando Modelos de Covariancia. Início: 2010. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo. (Orientador).

3.	Vitor Onuchic. Utilizando GHMM em alinhamento multiplo.. Início: 2009. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. (Orientador).

Tese de doutorado

1.	Alexandre Rossi Paschoal. Predição de genes de RNA. Início: 2007. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. (Orientador).

2.	André Yoshiaki Kashiwabara. Estudo sistematiczo de predição de genes. Início: 2006. Tese (Doutorado em Ciencia da Computacao) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. (Orientador).

Iniciação científica

1.	Pedro Ivo Gomes de Faria. Bioinformatica. Início: 2010. Iniciação científica (Graduando em Bacharelado Em Ciência da Computação) - Universidade de São Paulo. (Orientador).

2.	Felipe Amado. Predicao de Genes e Bioinfomatica. Início: 2010. Iniciação científica (Graduando em Bacharelado Em Ciência da Computação) - Universidade de São Paulo. (Orientador).

Supervisões e orientações concluídas

Dissertação de mestrado

1.	Luiz Henrique Rorato Decaro. Foundation: facilitando a implementacao de operacoes do tipo CRUD em aplicacoes JavaEE.. 2008. Dissertação (Mestrado em Pro- grama de Mestrado Proﬁssional em Engen- ha) - Instituto de Pesquisas Tecnológicas do Estado de São Paulo, . Orientador: Alan Mitchell Durham.

2.	André Yoshiaki Kashiwabara. MYOP: Um ar cabouço para a predição de genes ab-initio. 2007. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Alan Mitchell Durham.

3.	Rosianni de Oliveira Cruz. Modularização da Coleta de Lixo na Máquina Virtual de Pesquisa Jikes. 2005. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, . Orientador: Alan Mitchell Durham.

4.	Daniel Vieira. Geração de Classificadores de Seqüências Genéticas Utilizando Inferência de Linguagens Regulares. 2004. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Alan Mitchell Durham.

5.	Weslley Emmanuel Martins Lima. Uma biblioteca para simulação de protocolos de entrega de mensagens em redes móveis. 2003. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, . Orientador: Alan Mitchell Durham.

6.	Ariane Machado Lima de Oliveira. Laboratorio de geracao de classificadores de sequencias. 2002. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Alan Mitchell Durham.

Tese de doutorado

1.	Ariane Machado-Lima. Predição Computacional de Genes de RNA. 2003. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Alan Mitchell Durham.

Iniciação Científica

1.	Vitor Onuchic. Caracterização de Estruturas Secundárias de RNAs utilizando Grafos. 2008. Iniciação Científica. (Graduando em Bacharelado em Ciências Moleculares) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Alan Mitchell Durham.

2.	Ricardo Yamamoto Abe. Editores de Configuração e softwares de implementação de pipelines. 2005. Iniciação Científica. (Graduando em Bacharelado Em Ciência da Computação) - Universidade de São Paulo. Orientador: Alan Mitchell Durham.

3.	André Yoshiaki Kashiwabara. Scarsdb um banco de dados de marcadores genéticos. 2004. Iniciação Científica. (Graduando em Bacharelado Em Ciência da Computação) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Alan Mitchell Durham.

4.	Flávia Rainone. E-gene um editor genérico para configuração. 2002. Iniciação Científica. (Graduando em Bacharelado Em Ciência da Computação) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Alan Mitchell Durham.

5.	Ariane Machado Lima de Oliveira. Um Banco de dados para manutenção de informações acadêmicas. 1999. Iniciação Científica. (Graduando em Bacharelado Em Ciência da Computação) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparao à USP. Orientador: Alan Mitchell Durham.