Alan Mitchell Durham

Bolsista de Produtividade em Pesquisa do CNPq - Nível 2

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  • Última atualização do currículo em 14/01/2019


Possui graduação em Bacharelado Em Ciência da Computação pela Universidade de São Paulo (1983), mestrado em Matemática Aplicada pela Universidade de São Paulo (1987) e doutorado em Doctor In Computer Science - University Of Illinois At Urbana Champaign (1997). Atualmente é professor Associado da Universidade de São Paulo. Tem experiência na área de Ciência da Computação, com ênfase em Arquitetura de Sistemas de Computação, atuando principalmente nos seguintes temas: bioinformatica, biologia molecular, análise automática de sequências, arccabouços e predição de genes. (Texto informado pelo autor)


Identificação


Nome
Alan Mitchell Durham
Nome em citações bibliográficas
DURHAM, A. M.;Durham, Alan M.;Durham, Alan Mitchell;DURHAM, ALAN;Durham, Alan;Alan Durham;A. Durham;Alan Mitchell Durham;Alan M. Durham;A. M. Durham;Durham, A

Endereço


Endereço Profissional
Universidade de São Paulo, Instituto de Matemática e Estatística, Departamento de Ciência da Computação.
Rua do Matão, 1010
Cidade Universitária
05508900 - Sao Paulo, SP - Brasil
Telefone: (11) 38186299
Fax: (11) 38186134
URL da Homepage: http://www.ime.usp.br/~durham


Formação acadêmica/titulação


1987 - 1997
Doutorado em Doctor In Computer Science.
University Of Illinois At Urbana Champaign, UIUC, Estados Unidos.
Título: Implementing Run-time Systems in a Compiler, Ano de obtenção: 1997.
Orientador: Ralph Johnson.
Bolsista do(a): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo, FAPESP, Brasil.
Palavras-chave: Compiladores; Linguagens de Programaçao; Coleta de Lixo; Linguagens Visuais; Máquinas Virtuais.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra
Grande Área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Sistemas de Computação / Especialidade: Software Básico.
Setores de atividade: Informática.
1984 - 1987
Mestrado em Matemática Aplicada.
Universidade de São Paulo, USP, Brasil.
Título: Anlálise Sintática e Recuperação de Erros em Linguagens Determinísticas,Ano de Obtenção: 1987.
Orientador: Valdemar W Setzer.
Bolsista do(a): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, CNPq, Brasil.
Palavras-chave: Compiladores; Análise Sintática; Recuperação de Erros; Linguagens Formais.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra
Setores de atividade: Informática.
1979 - 1983
Graduação em Bacharelado Em Ciência da Computação.
Universidade de São Paulo, USP, Brasil.




Formação Complementar


2001 - 2001
Extensão universitária em International Training Course on Bioinformati. (Carga horária: 160h).
Fundação Oswaldo Cruz, FIOCRUZ, Brasil.


Atuação Profissional



Universidade de São Paulo, USP, Brasil.
Vínculo institucional

2014 - Atual
Vínculo: Servidor Público, Enquadramento Funcional: Professor Associado, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

Vínculo institucional

1997 - 2014
Vínculo: Servidor Público, Enquadramento Funcional: Professor Doutor, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

Vínculo institucional

1987 - 1997
Vínculo: Servidor público ou celetista, Enquadramento Funcional: Professor Assisstente (Mestre), Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

Vínculo institucional

1985 - 1987
Vínculo: Servidor público ou celetista, Enquadramento Funcional: Professor Auxilliar de Ensino (bacharel), Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

Atividades

03/2010 - Atual
Conselhos, Comissões e Consultoria, Reitoria, Pró-Reitoria de Pós-Graduação.

Cargo ou função
Representante dos Programas de Pós Graduação Interunidades no Conselho de Pos Graduação (COPGR).
03/2010 - Atual
Conselhos, Comissões e Consultoria, Reitoria, Pró-Reitoria de Pós-Graduação.

Cargo ou função
Membro da Comissão De Normas e Recursos (CNR).
09/2009 - Atual
Direção e administração, Comissão de Pós graduação Do Programa de Pós graduação em Bioiformatica-USP, .

Cargo ou função
Coordenador de Programa.
03/2009 - Atual
Conselhos, Comissões e Consultoria, Instituto de Matemática e Estatística, .

Cargo ou função
Representante dos Professores Doutores na Congregação.
03/2008 - Atual
Conselhos, Comissões e Consultoria, Instituto de Matemática e Estatística, .

Cargo ou função
Membro da comissão de cultura e extensão.
05/2005 - Atual
Conselhos, Comissões e Consultoria, Instituto de Matemática e Estatística, Departamento de Ciência da Computação.

Cargo ou função
Representante Doutor no Conselho de Departamento de Ciência da Computação (suplente).
04/2005 - Atual
Extensão universitária , Instituto de Matemática e Estatística, Centro de Ensino de Computação.

Atividade de extensão realizada
Vice-diretor.
03/2004 - Atual
Conselhos, Comissões e Consultoria, Instituto de Matemática e Estatística, Departamento de Ciência da Computação.

Cargo ou função
Membro da Comissão Organizadora de Cursos de Graduação.
2/1997 - Atual
Ensino, Ciências da Computação, Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
Introdução à Progração Para Bioinformática
Sistemas Operacionais
Bioinformática Instrumental
Princípios Fundamentais de Linguagens de Programação
Programação Orientada a Objetos
Teoria e Contrução de Compiladores
Tópicos Avançados de Linguagens de Programção
4/1985 - Atual
Pesquisa e desenvolvimento , Instituto de Matemática e Estatística, Departamento de Ciência da Computação.

4/1985 - Atual
Ensino, Bacharelado Em Ciência da Computação, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Computação Instrumental
Introdução à Ciência da Computação
Paradigmas de Linguagens de Programação
Programação Orientada a Objetos
Sistemas Operacionais
Teoria e Construção de Compiladores
12/2006 - 12/2009
Direção e administração, Comissão de Pós graduação Do Programa de Pós graduação em Bioiformatica-USP, .

Cargo ou função
Vice coordenador.
03/2004 - 12/2005
Conselhos, Comissões e Consultoria, Reitoria, Pró Reitoria de Cultura e Extensão.

Cargo ou função
Membro do Conselho do Projeto Avizinhar.
3/2001 - 03/2005
Direção e administração, Instituto de Matemática e Estatística, Centro de Ensino de Computação.

Cargo ou função
Vice-diretor.
03/2001 - 03/2004
Conselhos, Comissões e Consultoria, Coordenadoria Executiva de Coop. Univ. de Atividades Esp - USP, .

Cargo ou função
Mebro do Conselho do Projeto Avizinhar.
01/2003 - 02/2004
Conselhos, Comissões e Consultoria, Instituto de Matemática e Estatística, Departamento de Ciência da Computação.

Cargo ou função
Membro Suplente da Comissão Organizadora de Cursos.
2/1997 - 3/2001
Direção e administração, Instituto de Matemática e Estatística, Centro de Ensino de Computação.

Cargo ou função
Diretor.
7/2000 - 12/2000
Extensão universitária , Instituto de Matemática e Estatística, Centro de Ensino de Computação.

Atividade de extensão realizada
Coordenação de Projeto do PAE (Plano de Eduação Continuada) do Estado de São Paulo.
8/1999 - 12/2000
Extensão universitária , Instituto de Matemática e Estatística, Centro de Ensino de Computação.

Atividade de extensão realizada
Coordenação de Projeto de Ensino de Computação Intrumental.
04/1999 - 03/2000
Direção e administração, .

Cargo ou função
Membro do Conselho de Departamento.
03/1999 - 03/2000
Direção e administração, Instituto de Matemática e Estatística, .

Cargo ou função
Presidente da Comissão Interna de Prevenção de Acidentes.
08/1999 - 12/1999
Conselhos, Comissões e Consultoria, Reitoria, .

Cargo ou função
Membro da Comissao de Integração e Evolução dos Sitemas Corporativos da USP.
7/1999 - 12/1999
Extensão universitária , Instituto de Matemática e Estatística, Centro de Ensino de Computação.

Atividade de extensão realizada
Coordenação de Projeto do Programa de Capacitação Solidária.
02/1999 - 12/1999
Conselhos, Comissões e Consultoria, Reitoria, Pró-reitoria de Cultura e Extensão Universitária.

Cargo ou função
Comissão de Avaliação do Impacto da Separação Constitrucional do Corpo de Bombeiros da Polícia Militar -coordenador de sub-grupo.
03/1996 - 12/1999
Conselhos, Comissões e Consultoria, Instituto de Matemática e Estatística, Departamento de Ciência da Computação.

Cargo ou função
Membro da Comissão Organizadora de Cursos.
06/1998 - 04/1999
Direção e administração, Instituto de Matemática e Estatística, .

Cargo ou função
Membro da Congregação do Instituto.
03/1998 - 02/1999
Direção e administração, Instituto de Matemática e Estatística, .

Cargo ou função
Vice Presidente da Comissão Interna de Prevenção de Acidentes.
4/1996 - 2/1997
Direção e administração, Instituto de Matemática e Estatística, Departamento de Ciência da Computação.

Cargo ou função
Diretor Acadênico.
03/1995 - 02/1997
Direção e administração, Instituto de Matemática e Estatística, .

Cargo ou função
Membro do Conselho de Departamento de Computação.
02/1988 - 12/1988
Conselhos, Comissões e Consultoria, Reitoria, Pró-reitoria de Cultura e Extensão Universitária.

Cargo ou função
Membro da Comissão de Elaboração do Currículo para o Curso de Formação de Oficiais Bombeiros do Estado de São Paulo.
03/1986 - 08/1987
Direção e administração, Instituto de Matemática e Estatística, .

Cargo ou função
Membro da Congregação do Instituto.

University Of Illinois At Urbana Champaign, UIUC, Estados Unidos.
Vínculo institucional

1992 - 1992
Vínculo: Outro, Enquadramento Funcional: Teaching Assistant, Carga horária: 12

Vínculo institucional

1991 - 1992
Vínculo: Outro, Enquadramento Funcional: Research Assistant, Carga horária: 0


Intertec Serviços Ltda, INTERTEC, Brasil.
Vínculo institucional

1984 - 1985
Vínculo: Servidor público ou celetista, Enquadramento Funcional: Analista de Sistemas, Carga horária: 20

Atividades

1/1984 - 4/1985
Pesquisa e desenvolvimento , Departamendo de Desenvolvimento, .



Linhas de pesquisa


1.
Desenvolvimento de Compiladores
2.
Bioinformática
3.
Implementação de Linguagens de Programação
4.
Coleta de Lixo
5.
Engenharia de Software
6.
Computação Móvel


Projetos de pesquisa


2014 - Atual
Biologia Computacional-REDE DE COOPERAÇÃO ACADÊMICA PARA O ESTUDO E DESENVOLVIMENTO DE FERRAMENTAS PARA A GENÔMICA ESTRUTURAL E FUNCIONAL
Descrição: Descrição: Fortalecer e ampliar o intercâmbio acadêmico entre os programas inter-unidades de Pós-Graduação em Bioinformática da UFMG (CAPES 6) e da USP (5), o de Biotecnologia da UFPA (CAPES 5) e o de Bioinformática da UFPR (CAPES 3) com a criação de uma rede voltada a aumentar a formação de recursos humanos em Biologia Computacional, em resposta à presente chamada...
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (3) Doutorado: (2) .

Integrantes: Alan Mitchell Durham - Coordenador / Arthur Gruber - Integrante / André Fujita - Integrante / Robson Francisco de Souza - Integrante.
Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Auxílio financeiro.
2010 - Atual
Sistemas de Caracterização Probabilística de Sequências
Descrição: As moléculas de RNA podem ser divididas em duas grandes categorias: codificantes e não codificante. Nosso projeto visa o estudo de predição de genes, tanto de proteínas, quanto de RNAs não codificantes. Os RNAs codificantes, também conhecidos como RNAs mensageiros (mRNAs), são aqueles cuja função é servir de molde para síntese de proteínas. Os RNAs não codificantes (ncRNAs) não são traduzidos em proteína, sendo funcionais como RNAs. Devido as suas características, temos duas áreas distintas em predição de genes: predição de genes que codificam proteínas (RNAs codificantes) e predição de genes de RNA (RNAs não codificantes). Pretendemos abordar problemas das duas áreas. O objetivo deste projeto é o desenvolvimento de uma plataforma para implementação de caracterizadores probabilísticos de sequências e seu uso em predição de genes e caracterização de famílias de ncRNAs..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (5) / Doutorado: (2) .

Integrantes: Alan Mitchell Durham - Coordenador / André Yoshiaki Kashiwabara - Integrante / Paschoal, Alexandre Rossi - Integrante / Igor Bonadio - Integrante / Vitor Onuchic - Integrante / Rafael Mathias Ferreira - Integrante / Laecio Freitas Chaves - Integrante.
2010 - Atual
PATO
Descrição: Este projeto visa o desenvolvmento de um sistema interativo e modular para anotação e curagem in silico de sequências. O sistema estará acoplado ao EGene e a um sistema de banco de dados. A integração com o banco de dados possibilitará modos interativos de seleção de conjuntos de sequêcias baseada no processamento anterior, visando processos incrementais de anotação..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) .

Integrantes: Alan Mitchell Durham - Coordenador / Arthur Gruber - Integrante / Liliane Santana - Integrante.
2007 - 2009
Sistemas de predição de genes
Descrição: Este projeto visa o estudo de predição de genes, tanto de proteínas, como de RNAs não codificantes. O estudo concomitante destas duas áreas, em geral abordadas separadamente, visa tirar proveito de técnicas comuns na produção de melhores preditores de genes. Ambas as abordagens utilizarão o sistema MYOP, um arcabouço para construção de preditores de genes desenvolvido por nosso grupo. Predição de genes ainda é um problema em aberto, em particular a predição de genes de RNAs não codificantes. Porém, mesmo a predição de genes de RNAs codificantes ainda não é um problema resolvido, em particular se considerarmos a baixa taxa de sucesso na predição ab-initio dos genes completos..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) Doutorado: (2) .

Integrantes: Alan Mitchell Durham - Coordenador / Arthur Gruber - Integrante / Zilá Paulino Simões - Integrante.
Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.
Número de produções C, T & A: 2 / Número de orientações: 3
2003 - 2005
Maldb, Genomic And Post Genomic Approaches To Study Human Malaria in the Brazilian Amazon: Projeto Temático Fapesp No. 01/09401-0
Descrição: Investigação da diversidade genética de plasmodium na amazônia brasileira.
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.

Integrantes: Alan Mitchell Durham - Integrante / Hernando A del Portillo - Coordenador / Junior Barrera - Integrante / Joao Eduardo Ferreira - Integrante / Gerhard Wunderlich - Integrante / Marcelo Urbano - Integrante.
Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Não informado.
2003 - Atual
EGene2

Projeto certificado pelo(a) coordenador(a) Arthur Gruber em 01/08/2013.
Descrição: : A plataforma EGene (Durham et al., 2005) foi desenvolvida pelo nosso grupo e se caracteriza por ser um sistema integrado e customizável para a construção de pipelines. O sistema EGene permite encadear uma série de componentes diferentes de processamento, em uma ordem e composição totalmente definidas pelo usuário. Pretendemos oferecer na versão 2 do sistema EGene uma ampla gama de componentes de anotação que inclui um programa para a determinação de ORFs com tradutor das sequências protéicas, módulos para sete preditores de genes (Genscan, GlimmerM, GlimmerHMM, Twinscan, Phat, ESTscan e SNAP) , três programas de busca de repetições seriadas (TRF, String e MREPs), tRNAscan-SE, mapeamento de cDNAs (Sim4 e Exonerate), busca de similaridade (Blast), busca de motivos protéicos (HMMER/Pfam, RPS-Blast, InterProScan), busca de domínios transmembranares (TMHMM) e de peptídeo sinal (SignalP) ou ambos (Phobius), busca de sítios de ancoragem GPI (DGPI), mapeamento de termos GO, e geradores de anotação no padrão feature table (FT) e GFF3. Além disso, serão desenvolvidos componentes para a análise global de ortologia com as bases COG/KOG e eggNOG, mapeamento de vias metabólicas com a base KEGG e integração com o visualizador Genome Browser...
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Mestrado acadêmico: (2) .

Integrantes: Alan Mitchell Durham - Integrante / Arthur Gruber - Coordenador / Rangel, Luiz Thibério L.D. - Integrante / Ferro, Milene - Integrante / Deyvid Emanuel Amgarten - Integrante / Rafael Moreira Neves - Integrante.
2000 - 2002
Projeto CAGE: Cooperative Analisys of Gene Expression
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.

Integrantes: Alan Mitchell Durham - Integrante / Junior Barrera - Integrante / Joao Eduardo Ferreira - Integrante / Sérgio Verjovski-Almeida - Integrante / Aline Maria da Silva - Integrante / Hugo Armelin - Coordenador / Eduardo Jordao Neves - Integrante / Carlos Humes Junior - Integrante.
Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
1998 - 2000
Projeto Sidam - Projeto Temático Fapesp num 98/06138-2
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.

Integrantes: Alan Mitchell Durham - Integrante / Marco Dimas Gubitoso - Integrante / Siang Wun Song - Coordenador.
Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.


Projetos de desenvolvimento


2008 - Atual
Redes Regulatórias e de Sinalizaçã de Cana de Açúcar
Descrição: Este projeto foca estudos de regulação gênica e visa a geração de ferramentas que permitam abordagens da Biologia Sistêmica em cana-de-açúcar e a identificação de redes regulatórias. Como ponto de partida escolhemos caracterizar dois tratos agronômicos de interesse desta cultura: o teor de sacarose e a resposta à seca. Pretendemos estudar categorias gênicas com conhecido papel regulatório (Fatores de Transcrição, Proteínas Quinases e Fosfatases), aprofundar estudos do Transcriptoma, produzir plantas transgênicas para genes de interesse e desenvolver ferramentas de bioinformática e bancos de dados integrando os vários níveis de informação. Identificaremos os alvos de TFs utilizando a técnica de ChIP-HTS e clonando promotores. Os resultados terão consequëncias diretas múltiplas nos programas de melhoramento que frequentemente selecionam mudanças nos CREs e TFs na busca de genótipos mais adaptados ao ambiente e com maior performance agronômica. As Proteínas Quinases atuam em cascatas de sinalização de respostas a estímulos ambientais e nossos dados apontam para um papel predominante das PKs na regulação do teor de sacarose e resposta à seca. Para identificar novos genes associados a brix e seca caracterizaremos o transcriptoma de genótipos e cultivares contrastantes para estes tratos utilizando chips de oligonucleotídeos. Genes de interesse serão então avaliados quanto à sua função pela geração e análise de plantas transgênicas. Para integrar o grande conjunto de dados públicos e gerados pelo projeto uma infra-estrutura computacional robusta será desenvolvida. O banco de dados SUCEST-FUN integrará dados do SUCEST, promotores, CREs, dados de expressão e a caracterização agronômica, fisiológica e bioquímica de cultivares da cana. Em paralelo também desenvolveremos o banco de dado GRASSIUS para o estabelecimento das redes regulatórias de cana, arroz, milho e sorgo.
Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento.

Integrantes: Alan Mitchell Durham - Integrante / Glaucia Mendes Souza - Coordenador.


Áreas de atuação


1.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Sistemas de Computação/Especialidade: Arquitetura de Sistemas de Computação.
2.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Metodologia e Técnicas da Computação/Especialidade: Linguagens de Programação.
3.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Metodologia e Técnicas da Computação/Especialidade: Engenharia de Software.
4.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Biofísica / Subárea: Bioinformatica.


Idiomas


Inglês
Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.
Francês
Compreende Pouco, Fala Razoavelmente, Lê Pouco, Escreve Pouco.
Espanhol
Compreende Razoavelmente, Fala Pouco, Lê Razoavelmente, Escreve Pouco.
Italiano
Compreende Pouco, Fala Pouco, Lê Pouco, Escreve Pouco.


Produções



Produção bibliográfica
Citações

SCOPUS

Artigos completos publicados em periódicos

1.
REYES, ALEJANDRO2017REYES, ALEJANDRO ; P. ALVES, JOÃO MARCELO ; Durham, Alan Mitchell ; Gruber, Arthur . Use of profile hidden Markov models in viral discovery: current insights. Advances in Genomics and Genetics, v. Volume 7, p. 29-45, 2017.

2.
ALVES, JOÃO M. P.2016ALVES, JOÃO M. P. ; DE OLIVEIRA, ANDRÉ L. ; SANDBERG, TATIANA O. M. ; MORENO-GALLEGO, JAIME L. ; DE TOLEDO, MARCELO A. F. ; DE MOURA, ELISABETH M. M. ; OLIVEIRA, LILIANE S. ; Durham, Alan M. ; MEHNERT, DOLORES U. ; ZANOTTO, PAOLO M. DE A. ; REYES, ALEJANDRO ; Gruber, Arthur . GenSeed-HMM: A Tool for Progressive Assembly Using Profile HMMs as Seeds and its Application in Alpavirinae Viral Discovery from Metagenomic Data. Frontiers in Microbiology (Online), v. 7, p. 00269, 2016.

3.
SEVERINO, PATRICIA2015SEVERINO, PATRICIA ; OLIVEIRA, LILIANE SANTANA ; ANDREGHETTO, FLÁVIA MAZIERO ; TORRES, NATALIA ; CURIONI, OTÁVIO ; CURY, PATRICIA MALUF ; TOPORCOV, TATIANA NATASHA ; Paschoal, Alexandre Rossi ; Durham, Alan Mitchell . Small RNAs in metastatic and non-metastatic oral squamous cell carcinoma. BMC Medical Genomics, v. 8, p. 1-15, 2015.

4.
SEVERINO, PATRICIA2015SEVERINO, PATRICIA ; OLIVEIRA, LILIANE SANTANA ; ANDREGHETTO, FLAVIA MAZIERO ; TORRES, NATALIA ; CURIONI, OTAVIO ; CURY, P. M. ; TOPORCOV, TATIANA NATASHA ; PASCHOAL, ALEXANDRE ROSSI ; DURHAM, A. M. . Abstract 3983: MicroRNAs and other small RNA molecules expressed in metastatic and non-metastatic oral squamous cell carcinoma. CANCER RESEARCH, v. 75, p. 3983-3983, 2015.

5.
RANGEL, L. T.2013RANGEL, L. T. ; Novaes, J. ; DURHAM, A. M. ; MADEIRA, A. M. B. N. ; GRUBER, A. . The Eimeria Transcript DB: an integrated resource for annotated transcripts of protozoan parasites of the genus Eimeria. DATABASE-OXFORD, v. 2013, p. bat006-bat006, 2013.

6.
SEVERINO, PATRICIA2013SEVERINO, PATRICIA ; OLIVEIRA, LILIANE ; TORRES, NATALIA ; ANDREGHETTO, FLAVIA ; DE FATIMA GUARIZO KLINGBEIL, MARIA ; MOYSES, RAQUEL ; WÜNSCH-FILHO, VICTOR ; NUNES, FABIO ; MATHOR, MONICA ; PASCHOAL, ALEXANDRE ; DURHAM, ALAN . High-throughput sequencing of small RNA transcriptomes reveals critical biological features targeted by microRNAs in cell models used for squamous cell cancer research. BMC Genomics, v. 14, p. 735, 2013.

7.
KASHIWABARA, ANDRÉ YOSHIAKI2013KASHIWABARA, ANDRÉ YOSHIAKI ; BONADIO, ÍGOR ; ONUCHIC, VITOR ; AMADO, FELIPE ; MATHIAS, RAFAEL ; Durham, Alan Mitchell . ToPS: A Framework to Manipulate Probabilistic Models of Sequence Data. PLOS Computational Biology (Online), v. 9, p. e1003234, 2013.

8.
Paschoal, Alexandre Rossi2012 Paschoal, Alexandre Rossi ; Maracaja-Coutinho, Vinicius ; Setubal, João Carlos ; Simões, Zilá Luz Paulino ; Verjovski-Almeida, Sergio ; Durham, Alan Mitchell . Non-coding transcription characterization and annotation: A guide and web resource for non-coding RNA databases. RNA BIOL, v. 9, p. 274-282, 2012.

9.
Novaes, Jeniffer2012Novaes, Jeniffer ; RANGEL, L. T. L. D. ; FERRO, M. ; Abe, Ricardo Y. ; Manha, Alessandra P.S. ; de Mello, Joana C.M. ; Varuzza, Leonardo ; DURHAM, A. M. ; Madeira, Alda Maria B.N. ; Gruber, Arthur . A comparative transcriptome analysis reveals expression profiles conserved across three Eimeria spp. of domestic fowl and associated with multiple developmental stages. International Journal for Parasitology, v. 42, p. 39-48, 2012.

10.
MACHADO-LIMA, A.2010 MACHADO-LIMA, A. ; KASHIWABARA, A. Y. ; DURHAM, A. M. . Decreasing the number of false positives in sequence classification. BMC Genomics, v. 11, p. S7, 2010.

11.
ARAUJO, F.M.2009DURHAM, A. M.; ARAUJO, F.M. ; MACHADO-LIMA, A. ; TEIXEIRA, R. ; OLIVEIRA, G. . Sequence and structural analysis of the 5- noncoding region of hepatitis C virus in patients with chronic infection. Journal of Medical Virology, v. 81, p. 1212-1219, 2009.

12.
LIMA, K.2008DURHAM, A. M.; LIMA, K. ; VIANA-NIERO, C. ; da Silva RABELLO, M. C. ; L.R.MARSOLA, ; LEAO, S. C. . Molecular Characterization of Mycobacterium massiliense and Mycobacterium bolletii in Isolates Collected from Outbreaks of Infections after Laparoscopic Surgeries and Cosmetic Procedures. Journal of Clinical Microbiology (Print), v. 46, p. 850-855, 2008.

13.
Chimara, E.2008DURHAM, A. M.; Chimara, E. ; FERRAZOLI, L. ; UEKY, S. Y. M. ; MARTINS, M. C. ; ARBEIT, R. D. ; LEAO, S. C. . Reliable identification of mycobacterial species by PCR-restriction enzyme analysis (PRA)-hsp65 in a reference laboratory and elaboration of a sequence-based extended algorithm of PRA-hsp65 patterns. BMC Microbiology (Online), v. 8, p. 48, 2008.

14.
KASHIWABARA, A. Y.2007KASHIWABARA, A. Y. ; VIEIRA, D. ; LIMA, A. M. ; DURHAM, A. M. . Splice site prediction using stochastic regular grammars. Genetics and Molecular Research, v. 6, p. 105-115, 2007.

15.
Ling KH2007DURHAM, A. M.; Ling KH ; MA, R. ; RIVAILLER, P. ; IVENS, A. ; MADEIRA, A. M. ; Mungall K. ; Novaes, J. ; Sobreira, T.J. ; GRUBER, A. ; BERRIMAN, M. ; Tomley, F. ; DEAR, P. H. ; WAN, K. L. . Sequencing and analysis of chromosome 1 of Eimeria tenella reveals a unique segmental organization. Genome Research, v. 17, p. 311-319, 2007.

16.
MACHADO-LIMA, A.2007 DURHAM, A. M.; MACHADO-LIMA, A. ; Hernando A. del Portillo . Computational methods in noncoding RNA research. Journal of Mathematical Biology (Print), v. 56, p. 15-49, 2007.

17.
Sobreira, T.J.2006DURHAM, A. M.; Sobreira, T.J. ; GRUBER, A. . TRAP: automated classification, quantification and annotation of tandemly repeated sequences. Bioinformatics (Oxford. Print), Oxford, Inglaterra, v. 22, n.3, p. 361-362, 2006.

18.
HOFFMANN, E. H.2006DURHAM, A. M.; HOFFMANN, E. H. ; MALAFRONTE, R. S. ; MORAES-AVILA, S. L. ; OSAKABE, A. L. ; WUNDERLICH, G. ; RIBOLLA, P. E. ; Hernando A. del Portillo ; URBANO, M. . Origins of sequence diversity in the malaria vaccine candidate merozoite surface protein-2 (MSP-2) in Amazonian isolates of Plasmodium falciparum. Gene (Amsterdam), v. 376, p. 224-230, 2006.

19.
Emilio F. Merino2006DURHAM, A. M.; Emilio F. Merino ; FERNANDEZ-BECERRA, C. ; FERREIRA, J. E. ; TUMILASCI, V. F. ; DARC-NEVES, J. ; SILVA-NUNES, M. ; URBANO, M. ; WICKRAMARACHI, T. ; Hernando A. del Portillo . Multi-character population study of the vir subtelomeric multigene superfamily of Plasmodium vivax, a major human malaria parasite. Molecular and Biochemical Parasitology (Print), v. 149, p. 10-16, 2006.

20.
ALBRECHT, L.2006DURHAM, A. M.; ALBRECHT, L. ; Emilio F. Merino ; HOFFMANN, E. H. ; URBANO, M. ; de Mattos Ferreira, R.G. ; OSAKABE, A. L. ; Dalla Martha, R.C. ; Ramharter, M. ; FERREIRA, J. E. ; Hernando A. del Portillo ; WUNDERLICH, G. . Extense variant gene family repertoire overlap in Western Amazon Plasmodium falciparum isolates. Molecular and Biochemical Parasitology (Print), v. 150, p. 157-165, 2006.

21.
FEITOSA, FABIANA M.2006FEITOSA, FABIANA M. ; CALVO, ERIC ; MERINO, EMILIO F. ; Durham, Alan M. ; JAMES, ANTHONY A. ; DE BIANCHI, ANTONIO G. ; MARINOTTI, OSVALDO ; CAPURRO, MARGARETH L. . A transcriptome analysis of the Aedes aegypti vitellogenic fat body. Journal of Insect Science (Online), v. 6, p. 1-26, 2006.

22.
DURHAM, A. M.;Durham, Alan M.;Durham, Alan Mitchell;DURHAM, ALAN;Durham, Alan;Alan Durham;A. Durham;Alan Mitchell Durham;Alan M. Durham;A. M. Durham;Durham, A2005 DURHAM, A. M.; KASHIWABARA, A. Y. ; MATSUNAGA, F. ; AHAGON, P. ; RAINONE, F. ; VARUZZA, L. ; GRUBER, A. . EGene: a configurable pipeline generation system for automated sequence analysis. Bioinformatics (Oxford. Print), Bioinformatics Advance Access, v. 21, p. 2812-2813, 2005.

23.
FUJITA, A.2005DURHAM, A. M.; FUJITA, A. ; MASSIRER, K. B. ; FERREIRA, C. E. ; SOGAYAR, M. C. . The GATO gene annotation tool for research laboratories. Brazilian Journal of Medical and Biological Research (Impresso), v. 38, n.38, p. 1571-1574, 2005.

24.
KOIDE, T.2004KOIDE, T. ; ZAINI, P. A. ; MOREIRA, L. M. ; VENCIO, R. Z. N. ; MATSUKUMA, A. Y. ; DURHAM, A. M. ; TEIXEIRA, D. C. ; EL-DORRY, H. ; MONTEIRO, P. B. ; DA SILVA, A. C. R. ; Verjovski-Almeida, S. ; da SILVA, A. M. ; GOMES, S. L. . DNA Microarray-Based Genome Comparison of a Pathogenic and a Nonpathogenic Strain of Xylella fastidiosa Delineates Genes Important for Bacterial Virulence. Journal of Bacteriology (Print), v. 186, p. 5442-5449, 2004.

25.
FERNANDEZ, S.2004FERNANDEZ, S. ; KATSUYAMA, A. M. ; KASHIWABARA, A. Y. ; MADEIRA, A. M. B. N. ; DURHAM, A. M. ; GRUBER, A. . Characterization of SCAR markers of Eimeria spp. of domestic fowl and construction of a public relational database (The Eimeria SCARdb).. FEMS Microbiology Letters, Estados Unidos, v. 238, n.1, p. 183-188, 2004.

26.
Emilio F. Merino2003DURHAM, A. M.; Emilio F. Merino ; FERNANDEZ-BECERRA, C. ; MADEIA, A. M. B. N. ; LIMA, A. M. ; GRUBER, A. ; Hernando A. del Portillo . Pilot survey of expressed sequence tags (ESTs) from the asexual blood stages of Plasmodium vivax in human patients. Malaria Journal (Online), Internet, v. 2, n.21, p. 21, 2003.

27.
DURHAM, A. M.;Durham, Alan M.;Durham, Alan Mitchell;DURHAM, ALAN;Durham, Alan;Alan Durham;A. Durham;Alan Mitchell Durham;Alan M. Durham;A. M. Durham;Durham, A1999DURHAM, A. M.; JOHNSON, R. E. . A System to Implement Primitive Data Types. Journal of the Brazilian Computer Society (Impresso), v. 6, n.1, p. 5-12, 1999.

28.
DURHAM, A. M.;Durham, Alan M.;Durham, Alan Mitchell;DURHAM, ALAN;Durham, Alan;Alan Durham;A. Durham;Alan Mitchell Durham;Alan M. Durham;A. M. Durham;Durham, A1996DURHAM, A. M.; JOHNSON, R. E. . A Framework for Run-time Systems and its Visual Programming Languages. SIGPLAN Notices (Cessou em 1991. Cont. ISSN 1523-2867 ACM SIGPLAN Notices), New York, NY, v. 31, n.10, p. 406-420, 1996.

Livros publicados/organizados ou edições
1.
GRUBER, A. (Org.) ; DURHAM, A. M. (Org.) ; HUYNH, C. (Org.) ; Hernando A. del Portillo (Org.) . Bioinformatics in Tropical Disease Research: A Practical and Case-Study Approach. Bethesda, Estados Unidos: National Center for Biotechnology Information, 2007. v. 1. 340p .

Capítulos de livros publicados
1.
Maracaja-Coutinho, Vinicius ; PASCHOAL, ALEXANDRE ROSSI ; Caris-Maldonado, José Carlos ; Borges, Pedro Vinícius ; Ferreira, Almir José ; Durham, Alan Mitchell . Noncoding RNAs Databases: Current Status and Trends. In: Xin Lai; Shailendra K., Gupta,, Julio Vera,. (Org.). Methods in Molecular Biology. 1ed.New York: Springer New York, 2019, v. , p. 251-285.

2.
Durham, Alan M.; Setubal, JC ; BARRERA, J. . Interdisciplinaridade em ação na pesquisa e pós-graduação em Bioinformática. In: Arlindo Phillippi Jr; Valdir Fernandes. (Org.). Práticas da Interdisciplinaridade no Ensino e Pesquisa. 1ed.Editora Manole: Brueri, São Paulo, 2015, v. , p. 619-641.

3.
SEVERINO, PATRICIA ; OLIVEIRA, L. S. ; Durham, Alan M. . Small RNA Sequencing for Squamous Cell Carcinoma Research. In: Wei Wu ;Hani Choudhry. (Org.). Next Generation Sequencing in Cancer Research. 2ed.New York: Springer New York, 2015, v. , p. 267-277.

4.
Passetti, Fabio ; Jorge, Natasha Andressa Nogueira ; Durham, Alan . Using Bioinformatics Tools to Study the Role of microRNA in Cancer. Methods in Molecular Biology. 1ed.Nova York: Springer New York, 2014, v. , p. 99-116.

5.
DURHAM, A. M.; GUBITOSO, M. D. . Using Linux. In: Gruber, A.;Durham A.M;Huynh, C.; del Portillo, H.. (Org.). Bioinformatics in Tropical Disease Research: A Practical and Case-Study Approach. Bethesda, Estados Unidos: National Center for Biotechnology Information, 2007, v. , p. -.

Trabalhos completos publicados em anais de congressos
1.
FERREIRA, R. C. ; BONADIO, I. ; DURHAM, A. M. . Secretary Pattern: dereasing coupling while keeping reusability. In: SugarLoafPlop '16, 2016, Buenos Aires, Aregentina. Proceedings of the 11th Latin-American Conference on Pattern Languages of Programming. USA: The Hillside Group.

2.
OIKAWA, M.K. ; SILVA, P. ; MERINO, E. F. ; FERNANDEZ-BECERRA, C. ; WUNDERLICH, G. ; BARRERA, J. ; DURHAM, A. M. ; Hernando A. del Portillo ; del PORTILLO, H. ; FERREIRA, J. E. . . ClinMaldb: a clinical field-research oriented relational database to study human malaria. In: IADIS International Conference e-Health 2009, 2009, Algarve, Portugal. IADIS International Conference e-Health 2009. Algarve, 2009. v. 1. p. 1-9.

3.
DURHAM, A. M.; JOHNSON, R. E. . A System to Implement Primitive Data Types. In: III Simpósio Brasileiro de Linguagens de Programação, 1999, Porto Alegre. Anais do III Simpósio Brasileiro de Linguagens de Programação, 1999.

4.
DURHAM, A. M.; JOHNSON, R. E. . An Approach to Designing Menu-based Languages. In: TOOLS´96, 1996, Santa Barbara, California. Proceedis of the TOOLS 1996, 1996.

5.
DURHAM, A. M.; SETZER, V. W. . Um Sistema Gráfico Para Micros com Particionamento em Janelas Virtuais. In: IV Simpósio Brasileiro de Software, 1984, São Paulo. Anais do IV Simpósio Brasileiro de Software, 1984.

Resumos expandidos publicados em anais de congressos
1.
DURHAM, A. M.; CONCEICAO, A. F. ; SUSSUMU, E. ; LIMA, A. M. ; TEGLIA, J. ; SANTOS, M. B. . A Framework for Building Language Interpreters. In: Educator's Symposium - OOPSLA' 03, 2003, Anaheim. OOPSLA'03 Companion, 2003. p. 191-196.

Resumos publicados em anais de congressos
1.
VARUZZA, L. ; DURHAM, A. M. ; KASHIWABARA, A. Y. ; MADEIRA, A. M. B. N. ; GRUBER, A. . Development of an Integrated System for transcriptome inference and annotation. In: II ICOBICOBI: International Conference On Bionformatics and Molecular Biology, 2004, Angra dos Reis. II Icobicobi, 2004.

2.
VIEIRA, D. ; KASHIWABARA, A. Y. ; DURHAM, A. M. . Splice Site Prediction using Grammar Inference. In: II ICOBICOBI: International Conference On Bionformatics and Molecular Biology, 2004, Angra dos Reis. II Icobicobi, 2004.

3.
LIMA, A. M. ; Hernando A. del Portillo ; DURHAM, A. M. . RNA Modeling with Stochastic Context Free Grammars. In: II ICOBICOBI: International Conference On Bionformatics and Molecular Biology, 2004, Angra dos Reis. Icobicobi, 2004.

4.
Emilio F. Merino ; DURHAM, A. M. ; TUMILASCI, V. F. ; LIMA, A. M. ; FERNANDEZ-BECERRA, C. ; DARC-NEVES, J. ; OIKAWA, M. ; FERREIRA, J. E. ; Hernando A. del Portillo . Plasmodium vivax: towards a global study of virulence in natural infections. In: II ICOBICOBI: International Conference On Bionformatics and Molecular Biology, 2004, Angra dos Reis. II Icobicobi, 2004.

5.
ALBRECHT, L. ; OSAKABE, A. L. ; DURHAM, A. M. ; Hernando A. del Portillo ; WUNDERLICH, G. . Determining the var gene repertoire size in Amazonian Plasmodium falciparum isolates. In: XXXIII Reunião anual da SBBq, 2004, Caxambu. Anais da XXXIII SBBq. , 2004, 2004.

6.
Emilio F. Merino ; FERNANDEZ-BECERRA, C. ; LIMA, A. M. ; DURHAM, A. M. ; GRUBER, A. ; HALL, N. ; Hernando A. del Portillo . Pilot survey of expressed sequence tags (ESTs)from the asexual blood stages of Plasmodium vivax in human patients. In: I International Conference on Bioinformatics and Computational Biology, 2003, Ribeirão Preto. Proceedings of the I International Conference on Bionformatics and Computational Biology, 2003.

7.
KOIDE, T. ; ZAINI, P. A. ; VENCIO, R. Z. ; MOREIRA, L. M. ; MATSUKUMA, A. Y. ; DURHAM, A. M. ; TEIXEIRA, D. C. ; VERJOVSKI-ALMEIDA, S. ; da SILVA, A. C. ; GOMES, S. L. . DNA MICROARRAY-BASED COMPARISON OF TWO XYLELLA FASTIDIOSA STRAINS. In: XXXII SBBq, 2003, 2003, Caxambu. Anais da XXXII SBBq. , 2004, 2003.

8.
DURHAM, A. M.; MATSUNAGA, F. ; AHAGON, P. ; GRUBER, A. . A primer and chimera identification tool for PCR-based cDNA clones. In: International Conference on Bioinformatics and Computational Biology, 2003, Ribeirão Preto. Annals of the I International Conference on Bioinformatics and Computational Bioloogy, 2003.

9.
MATSUNAGA, F. ; DURHAM, A. M. ; SAKATA, H. ; AHAGON, P. ; FERNANDEZ, S. ; MADEIA, A. M. B. N. ; GRUBER, A. . Gene survey of Eimeria spp. of domestic fowl using open reading frame ESTs (ORESTES) and development of an automatic pipeline for sequence analysis. In: Biotecnologia Habana 2002 - Agro-Biotech in the New Millenium, 2002, Havana. Biotecnologia Habana 2002 - Agro-Biotech in the New Millenium - Abstracts. Havana: Elfos Scientiae, 2002. p. 225-225.

Apresentações de Trabalho
1.
OLIVEIRA, L. S. ; GRUBER, A. ; DURHAM, A. M. . Development of integrated environment for analysis and annotation of DNA sequences.. 2013. (Apresentação de Trabalho/Outra).

2.
OLIVEIRA, L. S. ; GRUBER, A. ; DURHAM, A. M. . Development of integrated for analysis and annotation of DNA sequences. 2012. (Apresentação de Trabalho/Outra).

3.
ONUCHIC, V. ; Durham, Alan Mitchell . Using gene prediction models in order to improve the quality of multiple sequence alignments of homologous genes. 2011. (Apresentação de Trabalho/Outra).

4.
ONUCHIC, V. ; MACHADO-LIMA, A. ; Durham, Alan Mitchell . Procura de Padrões Estruturais em RNAs Utilizando Grafos. 2010. (Apresentação de Trabalho/Comunicação).

5.
OLIVEIRA, L. S. ; PASCHOAL, A. R. ; Durham, Alan Mitchell . Identification of non-coding RNA from Mycobacterium pathogenic strains. 2010. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

Outras produções bibliográficas
1.
DURHAM, A. M.; LIMA, A. M. . A conecionless protocol for mobile agents 2002 (Relatório Técnico).

2.
DURHAM, A. M.; LIMA, A. M. ; TEGLIA, J. ; SANTOS, M. B. . O Desenvolvimento de um Interpretador Orientado a Objetos para Ensino de Linguagens 2002 (Relatório Técnico).

3.
DURHAM, A. M.. Sistemas Operacionais. São Paulo: Makron Books, 1996. (Tradução/Livro).


Demais tipos de produção técnica
1.
DURHAM, A. M.. ToPS/MYOP: um sistema para caracterização probabilisitca e seu uso na construção rápida de preditores de genes. 2015. (Palestra).

2.
DURHAM, A. M.. Programming Perl for Bioinformatics. 2006. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

3.
DURHAM, A. M.. Perl for Bioinformatics. 2005. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

4.
DURHAM, A. M.. Unix for Bioinformatics. 2004. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

5.
DURHAM, A. M.. Programming Perl for Bioinformatics. 2004. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

6.
DURHAM, A. M.. Programming in perl for bioinformatics. 2003. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

7.
DURHAM, A. M.. Programming Perl for Bioinformatics. 2003. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

8.
DURHAM, A. M.. Programming Perl for Bioinformatics. 2003. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

9.
DURHAM, A. M.. Programming Perl for Bioinformatics. 2002. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

10.
DURHAM, A. M.. Programming Perl For Bioinformatics. 2002. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

Demais trabalhos
1.
DURHAM, A. M.. Sistemas Operacionais. 1996 (Revisão Técnica de Livro) .



Bancas



Participação em bancas de trabalhos de conclusão
Mestrado
1.
DURHAM, A. M.; FUJITA, A.; VASCONCELOS, A. T. R.. Participação em banca de Liliane Santana de Oliveira. PATO: um ambiente integrado com interface gráfica para a curadoria de dados de sequências biológicas. 2013. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade de São Paulo.

2.
DURHAM, A. M.; VENCIO, R. Z. N.; FUJITA, A.. Participação em banca de Igor Bonadio. Desenvolvimento de um arcabouço probabilístico para implementação de campos aleatórios condicionais. 2013. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade de São Paulo.

3.
DURHAM, A. M.; MARQUES, F. P. L.; Setubal, JC. Participação em banca de Vitor Ferreira Onuchic. Inovações em técnicas de alinhamentos múltiplos e predições de genes. 2012. Dissertação (Mestrado em Interunidades em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

4.
DURHAM, A. M.; REZENDE, M. N.; KON, F.. Participação em banca de Luiz Henrique Rorato Decaro. Foundation: facilitando a implementacao de operacoes do tipo CRUD em aplicacoes JavaEE.. 2008. Dissertação (Mestrado em Pro- grama de Mestrado Profissional em Engen- ha) - Instituto de Pesquisas Tecnológicas do Estado de São Paulo.

5.
DURHAM, A. M.; GRUBER, A.; GUBITOSO, M. D.. Participação em banca de André Yoshiaki Kashiwabara. MYOP: Um ar cabouço para a predição de genes ab-initio. 2007. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo.

6.
ROCHA, R. L. A.; DURHAM, A. M.; NETTO, J. J.. Participação em banca de Ivone Penque Matsuno. Um Estudo dos Processos de Inferência de Gramáticas Regulares e Livres de Contexto Baseados em Modelos Adaptativos. 2006. Dissertação (Mestrado em Engenharia Elétrica) - Universidade de São Paulo.

7.
DURHAM, A. M.; NETTO, J. J.; KON, F.. Participação em banca de Rosianni de Oliveira Cruz. Modularização da Coleta de Lixo na Máquina Virtual de Pesquisa Jikes. 2005. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo.

8.
DURHAM, A. M.; LOUREIRO, A. A. F.; KON, F.; LEJBMAN, A. G. V.; CERQUEIRA, R. F. G.. Participação em banca de Weslley Emanuel Martins Lima. Uma biblioteca para simulação de protocolos de entrega de mensagens em redes móveis. 2003. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo.

9.
ROHAS, H. E. A.; BARRETO, M. R. P.; DURHAM, A. M.. Participação em banca de Paulo Sergio Naddeo Dias Lopes. Uma taxonomia da pesquisa na area de engenharia de requisitos. 2002. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo.

10.
DURHAM, A. M.; NETTO, J. J.. Participação em banca de Ariane Machado de Oliveira. Laboratório de geração de classificadores de sequências. 2002. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo.

11.
DURHAM, A. M.; MELO, A. C. V.; BIGONHA, R. S.. Participação em banca de Lucy Mari Tabuti. Um estudo de um protocolo de comunicação para dispositivos móveis usando Distributed Join-Calculus. 2002. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo.

12.
SILVA, D. M.; DURHAM, A. M.; MACEDO, R. J. A.. Participação em banca de Clovis Seragiotto Junior. Deteccao Dinamica de Condicoes de disputa para programas multithreaded em Java. 2000. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo.

Teses de doutorado
1.
ANTONELI JUNIOR, F. M.; DURHAM, A. M.; PAIVA, P. B.; RAMOS, A. F.; NAKAYA, H.. Participação em banca de Flávio Lichtenstein. Diferenicação de Espécies Através de Algoritmos de Análise de Inf. Mútua Utilizando Dados de Seuências Nucleotídicas. 2015. Tese (Doutorado em Gestão e Informática em Saúde) - Universidade Federal de São Paulo.

2.
AZEVEDO, V. A. C.; DURHAM, A. M.; Setubal, JC; TAUCH, A. W.; ORTEGA, J. M.. Participação em banca de Siomar Castro Sorares. Pan-genomic analyses of Corynebacterium pseudotuberculosis and characterization of the biovars ovis and equi through comparative genomicss. 2013 - Universidade Federal de Minas Gerais.

3.
Durham, Alan Mitchell; Vitorello, CBM; Pereira, TC; Costa Filho, IG; FUJITA, A.. Participação em banca de Alexandre Rossi Paschoal. BIOINFORMÁTICA APLICADA EM RNomics: ESTRATÉGIAS COMPUTACIONAIS PARA CARACTERIZAÇÃO DE RNAS NÃO-CODIFICADORES. 2012. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

4.
Durham, Alan Mitchell; Setubal, JC; FUJITA, A.; VERJOVSKI-ALMEIDA, S.; Lenoardi, F.. Participação em banca de André Yoshiaki Kashiwabara. MYOP/ToPS/SGEval: um ambiente para estudo sistemático de preditores de genes. 2012. Tese (Doutorado em Ciencia da Computacao) - Universidade de São Paulo.

5.
Azevedo, V.; Durham, Alan Mitchell; ORTEGA, M.; Meyer, R.; Marques, J.. Participação em banca de Anderson Rodrigues dos santos. A GENÔMICA COMO FERRAMENTA PARA SELEÇÃO DE ALVOS CONTRA A LINFADENITE CASEOS. 2012. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais.

6.
SOUZA, S. J.; DURHAM, A. M.; MACHADO-LIMA, A.; OLIVEIRA, C. C.; DIAS NETO, E.. Participação em banca de Suzana Andreoli Marques Ezquina. Estudo da poliadenilação alternativa: efeito dos polimorfismos nos elementos em cis no RNA e de transcritos em antissenso. 2012. Tese (Doutorado em Interunidades em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

7.
SLUYS, M. V.; MARQUES, M. V.; VASCONCELOS, A. T. R.; NASCIMENTO, A. L. T. O.; DURHAM, A. M.. Participação em banca de ALessandro de Mello Varani. Analise in silico de integrases no fitopatogeno Xylella fastidiosa: diversidade, sitios de integracao e associacao com bacteriofagos. 2008. Tese (Doutorado em Interunidades em Biotecnologia) - Universidade de São Paulo.

8.
DURHAM, A. M.; VERJOVSKI-ALMEIDA, S.; Cruz, A.K.; Orgambide, A.C.F; Vasconcelos, A.T.R.. Participação em banca de Ariane Machado-Lima. Predição de RNAs não codificantes e sua aplicação na busca do componente de RNA da telomerase. 2007. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

9.
LOPES, H. S.; DURHAM, A. M.. Participação em banca de Ernesto Luis malta Rodrigues. Inferencia de Gramaticas Livres de Contexto Utilizando Computacao Evolucionaria com Aplicacao em Bioinformatica. 2007. Tese (Doutorado em Engenharia Elétrica e Informática Industrial) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

10.
Carrer, H.; Figueira, A.V.de O.; Etchegaray Junior, A.; Camargo, L.E.A.; DURHAM, A. M.. Participação em banca de Valeska Pandolfi. Análise transcricional do fitopatógeno Fusarium graminearum Schwabe na integração antagonista com a bactéria Pantoea agglomerans Gavini. 2006. Tese (Doutorado em Doutorado em Ciências) - Universidade de São Paulo.

11.
DURHAM, A. M.; NEVES, E. J.; MATIOLI, S. R.. Participação em banca de Florência Leonardi. Classificação e análise filogenética de proteínas através de cadeias de Markov esparsas. 2005. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

12.
DURHAM, A. M.; NETTO, J. J.; SONG, S. W.; ROCHA, R. L. A.; OLIVA, P. S. M.. Participação em banca de Cesar Alberto Bravo Pariente. Gramaticas Livres de Contexto Adaptativas Com Verificacao De Aparencia. 2004. Tese (Doutorado em Engenharia Elétrica) - Universidade de São Paulo.

Qualificações de Doutorado
1.
DURHAM, A. M.; PAPPAS, G.; KASHIWABARA, A. Y.. Participação em banca de Igor Bonadio. Predição de Genes utilizando Campos Aleatórios Condicionais. 2016. Exame de qualificação (Doutorando em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo.

2.
ANTONELI JUNIOR, F. M.; Setubal, João Carlos; A. M. Durham; PAIVA, P. B.. Participação em banca de Flavio Lichtenstein,. Diferenciação de Espécies Através de Algoritmos de Análise de Informação Mútua Utilizando Dados de Sequências Nucleotídicas. 2015. Exame de qualificação (Doutorando em Gestão e Informática em Saúde) - Universidade Federal de São Paulo.

3.
DURHAM, A. M.; FRANCA, F.; LOUREIRO, A. A.; ARANHA, D.; BARBOSA, L.. Participação em banca de Bruno Rodrigues Silva. Análise esparsa de FLuxo de informação e aplicações. 2014. Exame de qualificação (Doutorando em Ciências da Computação) - Universidade Federal de Minas Gerais.

4.
DURHAM, A. M.; VENCIO, R. Z.; PASSETI, F.. Participação em banca de André Yoshiaki Kashiwabara. Estudo Sistemático de preditores ab initio de genes codificadores de Proteinas. 2009. Exame de qualificação (Doutorando em Ciencia da Computacao) - Universidade de São Paulo.

5.
MARQUES, M. V.; OLIVEIRA, M. C.; DURHAM, A. M.. Participação em banca de ALessandro de Mello Varani. Analise in silico de Integrases no fitopatogeno Xylella Fastidiosa: diversidade, sitios de integracao e associacao com bacteriofagos. 2007. Exame de qualificação (Doutorando em Interunidades em Biotecnologia) - Universidade de São Paulo.

6.
LOPES, H. S.; DURHAM, A. M.. Participação em banca de Ernesto Luis Malta Rodrigues. Inferendia de Gramaticas Formais com omutacao Evolucionaria: Aplicacoes em Bioinformatica. 2006. Exame de qualificação (Doutorando em Engenharia Elétrica e Informática Industrial) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

7.
DURHAM, A. M.; MALDONADO, J. C.; FORTES, R. P. M.; PRADO, A. F.; OLIVEIRA, M. C. F. E.. Participação em banca de Valter Vieira de Camargo. Desenvolvimento de frameworks no contexto da separação de interesses. 2003. Exame de qualificação (Doutorando em Ciencia da Computacao) - Universidade de São Paulo.

8.
DURHAM, A. M.. Participação em banca de Arlindo Flávio da Conceição. Algoritmos Adaptativos para Transmissão de Vídeo em Redes Sem Fio. 2003. Exame de qualificação (Doutorando em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo.

Monografias de cursos de aperfeiçoamento/especialização
1.
DURHAM, A. M.; GUBITOSO, M. D.; LEJBMAN, A. G. V.. Participação em banca de Cristiano Garcia Costa. FATORLEX: Compilador para Linguagem FafoRH/W. 2003. Monografia (Aperfeiçoamento/Especialização em Mestrado Profisionalizante) - Instituto de Pesquisas Tecnológicas do Estado de São Paulo.

Trabalhos de conclusão de curso de graduação
1.
GRUBER, A.; Acosta, M.B.R.; DURHAM, A. M.. Participação em banca de Milene Ferro.Desenvolvimento de Componentes de Anotação de Sequências par o Sistema EGene de Geração de Pipelines. 2006. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Biologia) - Universidade Presbiteriana Mackenzie.



Participação em bancas de comissões julgadoras
Concurso público
1.
Durham, Alan Mitchell; DELGADO, C. A. D. M.; GARCIA, R. E.. Concurso para provimento de cargo de professor. 2015. Universidade do Estado do Amazonas.

2.
COSTA, F. T. M.; DURHAM, A. M.; KOIDE, T.; REIS, E. M. R.; DIAS NETO, E.. Concurso de Provimento de Cargo de Profesor Doutor`. 2015. Universidade Estadual de Campinas.

3.
PERFEITO, J. A. J.; DURHAM, A. M.; LOUREIRO, A. A. F.; PORTUGAL, R.; ROSSET, V.. Concurso Público para Provimento do Cargo de Professor Doutor. 2013. Universidade Federal de São Paulo.

4.
PANEPUCCI, R. A.; DURHAM, A. M.; COIMBRA, R. S.; JÚ PEIRÓ. Concurso Público para Provimento de Cargo de Professor Doutor. 2012. Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

5.
Durham, Alan Mitchell. Provimento de Cargo de Professor Doutor na Area de Bionformática Aplicda à Zoologia. 2011. Instituto de Estudos Avançados - USP.

6.
DURHAM, A. M.. Concurso Público para Provimento de Cargo de Profesor Doutor. 2011. Universidade de São Paulo.

7.
Angelis, AF; AZEVEDO, R. J.; Durham, Alan Mitchell; Simões, EV; Souza, PSL. Provimento de Cargo de professor Doutor, MS-3 Na faculdade de Tecnologia. 2010. Universidade Estadual de Campinas.

8.
Durham, Alan Mitchell; Fernandes, MM; LIMA, R. M. F.; FIGUEIREDO, C. C.; Takahashi, AHS. Provimento de Cargo De Professor Doutor. 2010. Universidade Federal de São Paulo.

9.
MARIN, H. F.; TRAVIESO, G.; SAITO, J. H.; AZEVEDO, R. J.; DURHAM, A. M.; DOESHER, E.. Preenchimento de Vaga para Professor Adjunto - - Arq. Comp. e Sist. Operacionais - Campus São José dos Campos. 2009. Universidade Federal de São Paulo.

10.
DURHAM, A. M.. Preenchimento de Vaga de Professor Doutor em RDIDP. 2007. Universidade de São Paulo.

11.
DURHAM, A. M.; NETTO, J. J.. Concurso Público para preenchimento de vaga de Professor Doutor. 2003. Universidade de São Paulo.

Outras participações
1.
DURHAM, A. M.. III Premio USP Destaque de Teses. 2014. Universidade de São Paulo.

2.
Durham, Alan Mitchell; FREITAS, E. D.; OLIVEIRA, P. V.. Programa Santander de Bolsas de Mobilidade Internacional. 2013. Universidade de São Paulo.

3.
DURHAM, A. M.. II Premio USP Destaque de Teses. 2013.

4.
Durham, Alan Mitchell; SAVASTANO JUNIOR, H.; GALLOTTINI, M. H. C.. Programa Santander de Bolsas de Mobilidade Internacional. 2012. Universidade de São Paulo.

5.
Durham, Alan Mitchell; SAVASTANO JUNIOR, H.; GALLOTTINI, M. H. C.. Programa Santander de Bolsas de Mobilidade Internacional. 2011. Universidade de São Paulo.

6.
DURHAM, A. M.. I Premio USP Destaque de Teses. 2011. Universidade de São Paulo.

7.
Durham, Alan Mitchell; Van Sluys, MA; Laurindo, FJB. Premio TOP USA Santander Universidades. 2010. Universidade de São Paulo.



Eventos



Participação em eventos, congressos, exposições e feiras
1.
Encontro Anual Da Sociedade Brasileira de Bioquimica e Biologia Molelular - SBBq. MYOP - A Gene Predictor Framework. 2008. (Congresso).

2.
X Meeting. I X Meeting. 2005. (Congresso).

3.
XMeeting. II ICOBICOBI - International Conference on Bioinformatics and Computational Biology. 2004. (Congresso).

4.
International Conference on Bionformatics and Computational Biology. I ICOBICOBI. 2003. (Congresso).

5.
III Simpósio Brasileiro de Linguagens de Programção. III Simpósio Brasileiro de Linguagens de Programação. 1999. (Congresso).


Organização de eventos, congressos, exposições e feiras
1.
DURHAM, A. M.; LEMKE, N. ; BRANDAO, M. ; LOPES, F. M. ; GRYNBERG, P. ; SCHERER, N. . X-Meeting 2018. 2018. (Congresso).

2.
DURHAM, A. M.; LEMKE, N. ; BRANDAO, M. ; LOPES, F. M. ; GRYNBERG, P. ; SCHERER, N. . X-Meeting 2017. 2017. (Congresso).

3.
FRANCO, G. ; DURHAM, A. M. ; LEMKE, N. ; BRANDAO, M. ; GRYNBERG, P. ; PASSETI, F. . X-Meeting 2016. 2016. (Congresso).

4.
FRANCO, G. R. ; DURHAM, A. M. ; PASSETI, F. ; BRANDAO, M. ; LEMKE, N. ; GRYNBERG, P. ; BITAR, M. ; GRUBER, A. ; FUJITA, A. ; HASHIMOTO, R. F. ; TARLA, M. . XMeeting 2015. 2015. (Congresso).

5.
AGOPYAN, V. ; DURHAM, A. M. ; TAKAYANAGUI, A. M. M. ; PHILIPPI JR, A. ; CARLOTTI JR, C. G. ; FREITAS, E. D. ; GUERRINI, F. M. ; MARQUES, F. L. S. N. ; SARTI, F. M. ; SAVASTANO JUNIOR, H. ; BOUERI FILHO, J. J. ; GALLOTTINI, M. H. C. ; MACHADO NETO, R. ; PACCA, S. . Encontro Academico de Gestão Da Pós Graduação da USP: Avaliação como instrumento. 2012. (Outro).

6.
Carlotti Junior, CA ; Freitas, ED ; Durham, Alan Mitchell . A Pós-graduação Construindo o Futuro. 2011. (Outro).

7.
AGROPIAN, V. ; PHILIPI, A. ; GUERRINI, F. ; DURHAM, A. M. ; SAVASTANO JR, H. ; MACHADO NETO, R. ; FRANCO, B. D. ; Calotti Jr, C.G. . A USP pensa a Avaliação da Pós-Graduação. 2010. (Congresso).

8.
DURHAM, A. M.; VENCIO, R. Z. . I Workshop do Programa de Pos Graduacao em Bioinformatica da USP. 2010. (Outro).

9.
DURHAM, A. M.. IV Latin American Course on Bioinformatics for Tropical Disease Research. 2006. (Outro).

10.
DURHAM, A. M.; Hernando A. del Portillo . III Latin American Course on Bioinformatics for Tropical Diseases. 2005. (Outro).

11.
HIDE, W. ; BRAEUNING, R. ; HUYNH, C. ; ISOKPEHI, R. ; DURHAM, A. M. . II Regional Training Course on Bioinformatics Applied to Tropical Diseases In Africa. 2003. (Outro).

12.
Hernando A. del Portillo ; DURHAM, A. M. . II Latin American Course on Bioinformatics for Tropical Diseases. 2003. (Outro).

13.
Hernando A. del Portillo ; BARRERA, J. ; DURHAM, A. M. ; FERREIRA, J. E. ; GRUBER, A. ; ZINGALES, B. . I Latin Americal Regional Training Course on Bioinformatics for Tropical Diseases. 2002. (Outro).

14.
DURHAM, A. M.. Projeto Avizinhar - Treinamento de Técnicas de Escritório e INformática Instrumental. 1999. (Outro).

15.
DURHAM, A. M.. Projeto Avizinhar - Treinamento de Técnicas de Escritório e INformática Instrumental. 1999. (Outro).



Orientações



Orientações e supervisões em andamento
Dissertação de mestrado
1.
Renato Cordeiro Ferreira. Caracterização probabilística de estururas secundárias em ncRNAs. Início: 2016. Dissertação (Mestrado profissional em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo. (Orientador).

2.
Bruno T. da S. Lopes. Méotodos probabilísticos para análise de sequências de genômica e transcriptômica. Início: 2015. Dissertação (Mestrado profissional em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. (Orientador).

Tese de doutorado
1.
Rodrigo B. T. Moreira. Sistemas integrados de Software para Caracterização Probabilística de Sequências. Início: 2016. Tese (Doutorado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo. (Orientador).

2.
Liliane Santana Oliveira. Caracterização de Sequências Virais em Metagenomas. Início: 2015. Tese (Doutorado em Interunidades em Bioinformática) - Universidade de São Paulo. (Coorientador).

Supervisão de pós-doutorado
1.
Mauro de Medeiros Oliveira. Início: 2018. Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior.

2.
Pedro Nachtigall. Início: 2018. Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior.

Iniciação científica
1.
Lucca Castro Zuttin. Uma interface gráfica para o arcabouço probabilístico TOPS. Início: 2018. Iniciação científica (Graduando em Ciência da Computação) - Centro Universitário das Faculdades Metropolitanas Unidas, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. (Orientador).


Orientações e supervisões concluídas
Dissertação de mestrado
1.
Laécio Freitas Chaves. Alinhamento múltiplo de genomas e sequências de proteínas com repetições e rearranjos. 2016. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, . Orientador: Alan Mitchell Durham.

2.
Rafael Mathias Ferreira. Arcabouço probabilístico para análise de sequências de RNA. 2015. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Alan Mitchell Durham.

3.
Liliane Santana de Oliveira. PATO: um ambiente integrado com interface gráfica para a curadoria de dados de sequências biológicas. 2013. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, . Orientador: Alan Mitchell Durham.

4.
Igor Bonadio. Desenvolvimento de um arcabouço probabilístico para implementação de campos aleatórios condicionais". 2013. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, . Orientador: Alan Mitchell Durham.

5.
Vitor Onuchic. Inovações em técnicas de alinhamentos múltiplos e predições de genes. 2012. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Orientador: Alan Mitchell Durham.

6.
Luiz Henrique Rorato Decaro. Foundation: facilitando a implementacao de operacoes do tipo CRUD em aplicacoes JavaEE.. 2008. Dissertação (Mestrado em Pro- grama de Mestrado Profissional em Engen- ha) - Instituto de Pesquisas Tecnológicas do Estado de São Paulo, . Orientador: Alan Mitchell Durham.

7.
André Yoshiaki Kashiwabara. MYOP: Um ar cabouço para a predição de genes ab-initio. 2007. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Alan Mitchell Durham.

8.
Rosianni de Oliveira Cruz. Modularização da Coleta de Lixo na Máquina Virtual de Pesquisa Jikes. 2005. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, . Orientador: Alan Mitchell Durham.

9.
Daniel Vieira. Geração de Classificadores de Seqüências Genéticas Utilizando Inferência de Linguagens Regulares. 2004. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Alan Mitchell Durham.

10.
Weslley Emmanuel Martins Lima. Uma biblioteca para simulação de protocolos de entrega de mensagens em redes móveis. 2003. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, . Orientador: Alan Mitchell Durham.

11.
Ariane Machado Lima de Oliveira. Laboratorio de geracao de classificadores de sequencias. 2002. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Alan Mitchell Durham.

Tese de doutorado
1.
Igor Bonadio. Predição de Genes Utilizando Modelos de Covariância. 2014. Tese (Doutorado em Ciencia da Computacao) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Alan Mitchell Durham.

2.
André Yoshiaki Kashiwabara. MYOP/ToPS/SGEval: Um ambiente computacional para estudo sistemático de predição de genes. 2012. Tese (Doutorado em Ciencia da Computacao) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Alan Mitchell Durham.

3.
Alexandre Rossi Paschoal. BIOINFORMÁTICA APLICADA EM RNomics: ESTRATÉGIAS COMPUTACIONAIS PARA CARACTERIZAÇÃO DE RNAS NÃO-CODIFICADORES. 2012. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Alan Mitchell Durham.

4.
Ariane Machado-Lima. Predição Computacional de Genes de RNA. 2003. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Alan Mitchell Durham.

Iniciação científica
1.
Renato Cordeiro Ferreira. Anotação de genomas. 2012. Iniciação Científica. (Graduando em Ciências de Computação) - Universidade de São Paulo. Orientador: Alan Mitchell Durham.

2.
Marcela Terakato. Caracterização de Estruturas Secundárias de miRNAs utilizando Grafos. 2012. Iniciação Científica. (Graduando em Ciência da Computação) - Universidade de São Paulo. Orientador: Alan Mitchell Durham.

3.
Pedro Ivo Gomes de Faria. Bioinformatica. 2010. Iniciação Científica. (Graduando em Bacharelado Em Ciência da Computação) - Universidade de São Paulo. Orientador: Alan Mitchell Durham.

4.
Felipe Amado. Predicao de Genes e Bioinfomatica. 2010. Iniciação Científica. (Graduando em Bacharelado Em Ciência da Computação) - Universidade de São Paulo. Orientador: Alan Mitchell Durham.

5.
Vitor Onuchic. Caracterização de Estruturas Secundárias de RNAs utilizando Grafos. 2008. Iniciação Científica. (Graduando em Bacharelado em Ciências Moleculares) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Alan Mitchell Durham.

6.
Ricardo Yamamoto Abe. Editores de Configuração e softwares de implementação de pipelines. 2005. Iniciação Científica. (Graduando em Bacharelado Em Ciência da Computação) - Universidade de São Paulo. Orientador: Alan Mitchell Durham.

7.
André Yoshiaki Kashiwabara. Scarsdb um banco de dados de marcadores genéticos. 2004. Iniciação Científica. (Graduando em Bacharelado Em Ciência da Computação) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Alan Mitchell Durham.

8.
Flávia Rainone. E-gene um editor genérico para configuração. 2002. Iniciação Científica. (Graduando em Bacharelado Em Ciência da Computação) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Alan Mitchell Durham.

9.
Ariane Machado Lima de Oliveira. Um Banco de dados para manutenção de informações acadêmicas. 1999. Iniciação Científica. (Graduando em Bacharelado Em Ciência da Computação) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparao à USP. Orientador: Alan Mitchell Durham.



Inovação



Projetos de pesquisa


Educação e Popularização de C & T



Organização de eventos, congressos, exposições e feiras
1.
FRANCO, G. R. ; DURHAM, A. M. ; PASSETI, F. ; BRANDAO, M. ; LEMKE, N. ; GRYNBERG, P. ; BITAR, M. ; GRUBER, A. ; FUJITA, A. ; HASHIMOTO, R. F. ; TARLA, M. . XMeeting 2015. 2015. (Congresso).




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