Currículo do Sistema de Currículos Lattes (Aline Maria da Silva)

Aline Maria da Silva
Bolsista de Produtividade em Pesquisa do CNPq - Nível 1B

possui graduação em Farmácia pela Universidade de São Paulo (1983), Doutorado em Bioquímica pela Universidade de São Paulo (1987) e Pós-Doutorado na Saint Louis University, EUA (1989). Desde 1991 é docente no Departamento de Bioquímica do Instituto de Química da Universidade de São Paulo. Em 1999, obteve o título de Livre-Docente em Bioquímica e desde 2008 é Professora Titular. Tem experiência em Bioquímica, Biologia Molecular e Genômica de Microorganismos. A principal linha de pesquisa que desenvolve tem como objetivo realizar um estudo abrangente dos mecanismos utilizados por fitopatógenos, em particular a bactéria Xylella fastidiosa, para colonização de seus hospedeiros..
(Texto informado pelo autor)

Última atualização do currículo em 04/09/2011
Endereço para acessar este CV:
http://lattes.cnpq.br/2653769170795641

Dados pessoais

Nome	Aline Maria da Silva
Nome em citações bibliográficas	DA SILVA, A. M.; DASILVA, A.M.; SILVA, A.M.;da Silva, Aline M.;da Silva, Aline M
Sexo	Feminino

Endereço profissional

Universidade de São Paulo, Instituto de Química, Departamento de Bioquímica.
Av. Prof.Lineu Prestes 748
Butantan
05508-000 - Sao Paulo, SP - Brasil
Telefone: (11) 30912182 Fax: (11) 30912186
URL da Homepage: http://www2.iq.usp.br/docente/?id=almsilva

Formação acadêmica/Titulação

1999

Livre-docência.
Universidade de São Paulo, USP, Brasil.
Título: Aspectos regulatórios e funcionais da fosforilação reversível de proteínas em microorganismos, Ano de obtenção: 1999.
Palavras-chave: Fosforilação de Proteínas; Inibidor de fosfatases; Proteina Fosfatase; Expressão Gênica; Proteina recombinante.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Bioquímica dos Microorganismos.

1987 - 1989

Pós-Doutorado .
Saint Louis University School Of Medicine.
Bolsista do(a): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico ,CNPq ,Brasil .
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Bioquímica dos Microorganismos.

1983 - 1987

Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica) .
Universidade de São Paulo, USP, Brasil.
Título: Expressão gênica diferencial durante o desenvolvimento e na resposta ao choque térmico em Blastocladiella emersonii, Ano de Obtenção: 1987.
Orientador: Maria Helena Juliani.
Bolsista do(a): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo ,FAPESP ,Brasil .
Palavras-chave: Blastocladiella emersonii; Choque térmico; Expressão gênica diferencial; fungo aquático; Regulação pós-transcricional.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Bioquímica dos Microorganismos.

1978 - 1983

Graduação em Farmácia .
Universidade de São Paulo, USP, Brasil.

Atuação profissional

University of California at Berkeley, Berkeley, Estados Unidos.

Vínculo institucional

2011 - Atual

Vínculo: Pesquisador visitante, Enquadramento Funcional: Bolsista pesquisador senior/ FAPESP, Carga horária: 40

Outras informações

Pesquisador visitante no laboratório do Prof. Steve E. Lindow com bolsa da FAPESP.

Universidade de São Paulo, USP, Brasil.

Vínculo institucional

2008 - Atual

Vínculo: Servidor Público, Enquadramento Funcional: PROFESSOR TITULAR MS-6, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

Vínculo institucional

2000 - 2008

Vínculo: Servidor Público, Enquadramento Funcional: PROFESSOR ASSOCIADO MS-5, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

Vínculo institucional

1991 - 2000

Vínculo: Servidor Público, Enquadramento Funcional: PROFESSOR DOUTOR MS-3, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

Atividades

01/2010 - Atual	Atividades de Participação em Projeto, Instituto de Química, .
	Projetos de pesquisa Estudos de metagenômica da comunidade microbiana da compostagem do Zoológico de São Paulo através de pirossequenciamento

05/2009 - Atual	Conselhos, Comissões e Consultoria, Instituto de Química, .
	Cargo ou função Membro (Suplente) da Comissão Coordenadora do Programa deCiências Biológicas (Bioquímica).

01/2008 - Atual	Atividades de Participação em Projeto, Instituto de Química, .
	Projetos de pesquisa Identificação e análise funcional de genes associados à adaptação, evolução e virulência de Xylella fastidiosa

8/2004 - Atual	Atividades de Participação em Projeto, Instituto de Química, Departamento de Bioquímica.
	Projetos de pesquisa Análise do transcritoma e caracterização molecular dos componentes responsáveis pela patogenicidade de Xylella fastidiosa

3/2003 - Atual	Ensino, Bioinformatica, Nível: Pós-Graduação.
	Disciplinas ministradas Fundamentos Básicos em Bioquímica e Biologia Molecular

01/2003 - Atual	Atividades de Participação em Projeto, Instituto de Química, .
	Projetos de pesquisa Estrutura e função de serina/treonina fosfatases na ameba social Dictyostelium discoideum

3/2000 - Atual	Conselhos, Comissões e Consultoria, Instituto de Química, .
	Cargo ou função Membro titular do Conselho do Departamento de Bioquimica.

1997 - Atual	Pesquisa e desenvolvimento , Instituto de Química, Departamento de Bioquímica.
	Linhas de pesquisa Mecanismos de virulência, evolução e adaptação de Xylella fastidiosa

01/1991 - Atual	Pesquisa e desenvolvimento , Instituto de Química, Departamento de Bioquímica.
	Linhas de pesquisa Regulação e Função de serina/treonina proteínas fosfatases em microorganismos

1/1991 - Atual	Ensino, Farmacia e Bioquimica, Nível: Graduação.
	Disciplinas ministradas Bioquímica e Biologia Molecular do Gene

1/1991 - Atual	Ensino, Bioquímica, Nível: Pós-Graduação.
	Disciplinas ministradas Biologia Molecular do Gene A gênese da Descoberta Significado Biológico das Modificações Co-Tradução e Pós-Tradução de Proteínas

10/2010 - 04/2011	Conselhos, Comissões e Consultoria, Instituto de Química, .
	Cargo ou função Membro titular da Comissão de Pesquisa do IQUSP.

05/2007 - 04/2010	Direção e administração, Pró-Reitoria de Pós-Graduação - USP, .
	Cargo ou função Assessora da Pró-Reitoria de Pós-Graduação.

04/2006 - 04/2010	Conselhos, Comissões e Consultoria, Pró-Reitoria de Pós-Graduação - USP, .
	Cargo ou função Membro da Comissão de Avaliação da Pós-Graduação da USP.

01/2003 - 12/2008	Atividades de Participação em Projeto, Instituto de Química, Departamento de Bioquímica.
	Projetos de pesquisa Identificação de marcadores moleculares para diagnóstico e prognóstico em câncer utilizando microarrays de DNA

05/2006 - 07/2007	Direção e administração, Instituto de Química, .
	Cargo ou função Vice-Coordenador do Programa de Pós-Graduação em Bioquímica.

5/2005 - 5/2007	Direção e administração, Instituto de Química, .
	Cargo ou função Presidente da Comissão de Pós-Graduação do IQUSP.

05/2005 - 05/2007	Direção e administração, Instituto de Química, .
	Cargo ou função Coordenadora da Comissão do Programa de Aperfeiçoamento de Ensino (PAE).

9/2003 - 5/2007	Conselhos, Comissões e Consultoria, .
	Cargo ou função Membro titular da Congregação do IQUSP.

3/2002 - 05/2007	Conselhos, Comissões e Consultoria, Instituto de Química, .
	Cargo ou função Membro titular da Comissão de Pós-Graduação.

3/2002 - 5/2006	Direção e administração, Instituto de Química, .
	Cargo ou função Coordenador do Programa de Pós-Graduação em Bioquimica.

2/2001 - 2/2005	Atividades de Participação em Projeto, Instituto de Química, Departamento de Bioquímica.
	Projetos de pesquisa Cooperação para análise de expressão gênica (CAGE)

2002 - 2004	Atividades de Participação em Projeto, Instituto de Química, Departamento de Bioquímica.
	Projetos de pesquisa Data mining no Projeto Genoma Cana-de-açúcar

2000 - 2002	Atividades de Participação em Projeto, Instituto de Química, Departamento de Bioquímica.
	Projetos de pesquisa Laboratório Associado de Bioinformática - Projeto Genoma Humano do Câncer

1999 - 2002	Atividades de Participação em Projeto, Instituto de Química, Departamento de Bioquímica.
	Projetos de pesquisa Laboratórios de Sequenciamento - Projeto Genoma cana-de-açúcar

1997 - 2001	Atividades de Participação em Projeto, Instituto de Química, Departamento de Bioquímica.
	Projetos de pesquisa Laboratórios de Sequenciamento - Projeto Genoma Xylella fastidiosa

Instituto Butantan, IBU, Brasil.

Vínculo institucional

1987 - 1990

Vínculo: Servidor Público, Enquadramento Funcional: Pesquisador Científico, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

Linhas de Pesquisa

Regulação e Função de serina/treonina proteínas fosfatases em microorganismos

Objetivos: Investigamos a regulação da expressão e aspectos funcionais de serina/treonina fosfatases de Dictyostelium discoideum, em particular a fosfatase do tipo 1..
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Fosforilação Reversível de Proteínas.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Biologia Molecular / Especialidade: Regulação e Função de Proteínas Fosfatases.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Bioquímica dos Microorganismos / Especialidade: Transdução de Sinal.
Setores de atividade: Pesquisa e desenvolvimento científico.
Palavras-chave: Fosforilação de Proteínas; Transdução de sinal; Interação Proteína-Proteína; Inibidor de fosfatases.

Mecanismos de virulência, evolução e adaptação de Xylella fastidiosa

Objetivos: A principal linha de pesquisa desenvolvida em nosso grupo tem como objetivo realizar um estudo abrangente dos mecanismos utilizados por fitopatógenos, em particular a bactéria Xylella fastidiosa, para colonização de seus hospedeiros. A função de genes potencialmente associados aos processos de adaptação, virulência e patogenicidade é investigada através de abordagens bioquímicas e de biologia molecular. Também utilizamos estratégias da genômica tais como análise global da expressão gênica e pirossequenciamento de genomas completos para identificação de fatores adicionais relevantes na interação planta-patógeno..
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Bioquímica dos Microorganismos / Especialidade: Bactérias Fitopatogênicas.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Bioquímica dos Microorganismos.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Biologia Molecular / Especialidade: Analise de Genomas.
Setores de atividade: Pesquisa e desenvolvimento científico.
Palavras-chave: Fitopatógeno; Transcritoma; Pirossequenciamento; Genômica comparativa.

Projetos de Pesquisa

2010 - Atual

Estudos de metagenômica da comunidade microbiana da compostagem do Zoológico de São Paulo através de pirossequenciamento

Descrição: A Fundação Parque Zoológico de São Paulo (FPZSP) possui uma unidade de compostagem (UPCO) que processa todo o seu lixo orgânico (excremento e restos da alimentação de milhares animais, resíduos da poda dos jardins e da vegetação nativa do Parque, sedimentos do lago) produzindo biofertilizante para seu consumo e evitando deposição desse lixo em aterros sanitários. A dinâmica inerente do processo de compostagem, no qual são encontradas condições extremas como temperaturas de até 80ºC e altas concentrações de substâncias tóxicas sugere a existência de uma microbiota residente com elevado potencial biotecnológico. Em 2010 foi iniciado um projeto financiado pela FAPESP para prospectar a diversidade microbiana da UPCO e aplicá-la em processos biotecnológicos ( Identificação e isolamento de microrganismos que produzam enzimas e seus inibidores de aplicação nas áreas médica, veterinária e industrial , Processo 2009/52030-5R). O projeto envolve pesquisadores da UNIFESP, da FPZSP e da USP, sob a coordenação do Prof. Luiz Juliano Neto (UNIFESP), e tem como objetivo principal conhecer, isolar, preservar e caracterizar os microorganismos da compostagem da FPZSP. Estima-se, entretanto, que a maior parte dos microrganismos que habitam este material não seja passível de cultivo e, portanto, foi também proposta uma avaliação da diversidade da microbiota nos vários estágios de maturação da compostagem através de uma abordagem de metagenômica baseada no pirossequenciamento do DNA total isolado da compostagem. Este projeto insere-se no contexto desta ampla investigação e tem como objetivos específicos realizar o pirosequenciamento do DNA extraído de uma mesma composteira após tempos distintos de maturação, analisar a comunidade microbiana residente e realizar a triagem por genes de diferentes enzimas, particularmente enzimas lipolíticas..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico ( 1) .
Integrantes: Sergio Verjovski-Almeida - Integrante / Layla Farage Martins - Integrante / Julio C. F. de Oliveira - Integrante / João C. Setubal - Integrante / Renata Castiglioni Pascon - Integrante / Luiz Juliano Neto - Coordenador / João Batista da Cruz - Integrante / Marcelo Vallim - Integrante / Aline Maria da Silva - Integrante.
Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.Número de orientações: 1.

2008 - Atual

Identificação e análise funcional de genes associados à adaptação, evolução e virulência de Xylella fastidiosa

Descrição: Xylella fastidiosa é uma bactéria que coloniza o xilema de uma diversidade de plantas cultivadas e silvestres em várias partes do mundo, sendo o agente causador de uma série de doenças em plantas economicamente importantes como citros, videiras, café e ameixeiras. Diferentes isolados/cepas de X. fastidiosa foram identificados, sendo que alguns já tiveram seus genomas completa ou parcialmente elucidados, incluindo X. fastidiosa cepa 9a5c, isolada de citros e agente etiológico da Clorose Variegada dos Citros. Desde o sequenciamento completo destes genomas, muito se avançou na compreensão de processos envolvidos na colonização dos hospedeiros de X. fastidiosa, seja ele planta ou inseto. Propomos neste projeto um estudo abrangente dos mecanismos utilizados por X. fastidiosa para colonização de seus hospedeiros. A função de genes potencialmente associados aos processos de adaptação, virulência e patogenicidade está sendo investigada através de abordagens bioquímicas e de biologia molecular. Também utilizamos estratégias da genômica tais como análise global da expressão gênica e pirossequenciamento de genomas completos para identificação de fatores adicionais relevantes na interação planta-patógeno..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação ( 1) / Mestrado acadêmico ( 2) / Doutorado ( 2) .
Integrantes: Sergio Verjovski-Almeida - Integrante / Alessandra Alves de Souza - Integrante / Helvécio Della Coletta Filho - Integrante / Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos - Integrante / Marcos Antonio Machado - Integrante / João Paulo Kitajima - Integrante / Luiz Gonzaga Almeida - Integrante / Aline Maria da Silva - Coordenador.
Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Bolsa / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
Número de produções C, T & A: 4 / Número de orientações: 6.

2004 - Atual

Análise do transcritoma e caracterização molecular dos componentes responsáveis pela patogenicidade de Xylella fastidiosa

Descrição: Identificação e caracterização funcional de genes de Xylella fastidiosa com expressão regulada por ferro ou por concentrações subinibitórias de agentes antimicrobianos..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação ( 3) / Especialização ( 0) / Mestrado acadêmico ( 2) / Mestrado profissionalizante ( 0) / Doutorado ( 2) .
Integrantes: Paulo Adriano Zaini - Integrante / Andrea Cristina Fogaça - Integrante / Steve E. Lindow - Integrante / Aline Maria da Silva - Coordenador.
Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Bolsa / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
Número de produções C, T & A: 6 / Número de orientações: 8.

2003 - 2008

Identificação de marcadores moleculares para diagnóstico e prognóstico em câncer utilizando microarrays de DNA

Descrição: Projeto Temático - FAPESP- (02/13283-6). 06/2004-06/2008. Sergio Verjovski-Almeida (Coordenador), Aline M. da Silva, Eduardo Moraes Reis, L.H. Câmara Lopes, Fernando Ferreira Costa. Projeto: Identificação de marcadores moleculares para diagnóstico e prognóstico em câncer utilizando microarrays de DNA. .
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação ( 0) / Especialização ( 0) / Mestrado acadêmico ( 1) / Mestrado profissionalizante ( 0) / Doutorado ( 3) .
Integrantes: Sergio Verjovski-Almeida - Coordenador / Katia R Leite - Integrante / Luiz H Camara Lopes - Integrante / Eduardo Moraes Reis - Integrante / Fernando Costa - Integrante / Aline Maria da Silva - Integrante.
Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
Número de produções C, T & A: 4 / Número de orientações: 1.

2003 - Atual

Estrutura e função de serina/treonina fosfatases na ameba social Dictyostelium discoideum

Descrição: As serina/treonina fosfatases (PPs) são enzimas que catalisam a desfosforilação específica de resíduos de fosfoserina e fosfotreonina. Considerando-se especialmente a identidade entre as sequências de aminoácidos de suas subunidades ou domínios catalíticos, as PPs foram agrupadas em duas famílias: PPP (PhosPhoprotein Phosphatase) e PPM (Phosphoprotein Phosphatase Magnesium-dependent). A família PPP compreende enzimas classificadas em cinco subfamílias denominadas PP1, PP2A, PP2B, PP5 e PP7 enquanto a família PPM engloba enzimas denominadas PP2C. Algumas subfamílias das PPPs compreendem holoenzimas onde uma subunidade catalítica interage com uma ou mais subunidades reguladoras variáveis, o que confere uma extraordinária diversidade funcional às serina/treonina fosfatases. Nos últimos anos nosso grupo tem investigado os papéis desempenhados pelas serina/treonina fosfatases nas vias de sinalização envolvidas no crescimento e desenvolvimento de D. discoideum, um microorganismo eucariótico que tem sido utilizado há mais de 50 anos como sistema experimental em estudos de diversos processos celulares. Estudos recentes que realizamos resultaram na identificação de algumas proteínas que interagem e possivelmente modulam a atividade da PP1 de D. discoideum (DdPP1c). Para estes estudos foram utilizadas tanto buscas por similaridades na sequência genômica deste microorganismo como ensaios utilizando o sistema de duplo-híbrido em leveduras, utilizando-se a DdPP1c como isca. Com essa abordagem, foram selecionados clones de cDNA que codificam proteínas (presas) que interagiram com a DdPP1c. Dando continuidade a estes estudos, propomos, nesse projeto, aprofundar a caracterização funcional de duas novas proteínas que potencialmente interagem com a DdPP1c as quais foram selecionadas após os ensaios confirmatórios de sua interação com a DdPP1c..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação ( 2) / Mestrado acadêmico ( 2) / Doutorado ( 3) .
Integrantes: Aline Maria da Silva - Coordenador.
Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa.
Número de produções C, T & A: 4 / Número de orientações: 6.

2001 - 2005

Cooperação para análise de expressão gênica (CAGE)

Descrição: Projeto Temático - FAPESP (99/07390-0) - 2001-2005. Hugo A. Armelin (Coordenador), Suely L. Gomes, Sergio Verjovski-Almeida, Aline M. da Silva, Glaucia M. Souza, Mari C. Sogayar, Hamza El-Dorry, Ana Claudia R. da Silva, Bianca Zingales, Eduardo J. Neves e Junior Barreira. Projeto: Cooperação para análise de expressão gênica (CAGE)/Implantação da tecnologia de microarrays de DN no IQ-USP..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação ( 3) / Especialização ( 0) / Mestrado acadêmico ( 0) / Mestrado profissionalizante ( 0) / Doutorado ( 5) .
Integrantes: Suely Lopes Gomes - Integrante / Sergio Verjovski-Almeida - Integrante / Glaucia Mendes Souza - Integrante / Ana Claudia Rasera da Silva - Integrante / Hamza F. El-Dorry - Integrante / Mari C Sogayar - Integrante / Hugo Aguirre Armelin - Coordenador / Bianca Zingales - Integrante / Eduardo Jordão Neves - Integrante / Junior Barreira - Integrante / Aline Maria da Silva - Integrante.
Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
Número de produções C, T & A: 4.

2001 - 2004

Data mining no Projeto Genoma Cana-de-açúcar

Descrição: Auxílio à Pesquisa - FAPESP (00/07425-7) - 2000-2004. Gláucia M. Souza (Coordenadora) e Aline M. da Silva. Projeto: Data mining no Projeto Genoma Cana-de-açúcar. .
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação ( 2) / Especialização ( 0) / Mestrado acadêmico ( 0) / Mestrado profissionalizante ( 0) / Doutorado ( 2) .
Integrantes: Leonardo Costa Fiorini - Integrante / Glaucia Mendes Souza - Coordenador / Ana Carolina Quirino Simões - Integrante / Milton Yutaka Nishiyama-Junior - Integrante / Flavia Papini-Terzi - Integrante / Flavia R. Rocha - Integrante / Katia Cristina P Oliveira - Integrante / Aline Maria da Silva - Integrante.
Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
Número de produções C, T & A: 4 / Número de orientações: 1.

2000 - 2002

Laboratório Associado de Bioinformática - Projeto Genoma Humano do Câncer

Descrição: Auxílio à Pesquisa FAPESP (99/03653-6). 2000-2002. Laboratório Associado de Bioinformática - Projeto Genoma Humano do Câncer. Responsáveis: Aline M. da Silva e Sergio Verjovski-Almeida. .
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação ( 0) / Especialização ( 0) / Mestrado acadêmico ( 0) / Mestrado profissionalizante ( 0) / Doutorado ( 0) .
Integrantes: Sergio Verjovski-Almeida - Integrante / Eduardo Moraes Reis - Integrante / Aline Maria da Silva - Coordenador.
Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
Número de produções C, T & A: 4.

1999 - 2002

Laboratórios de Sequenciamento - Projeto Genoma cana-de-açúcar

Descrição: Auxílio à Pesquisa FAPESP (99/02878-4). 1999-2002. Laboratórios de Sequenciamento - Projeto Genoma cana-de-açúcar. Responsáveis: Suely L. Gomes e Aline M. da Silva. .
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação ( 0) / Especialização ( 0) / Mestrado acadêmico ( 0) / Mestrado profissionalizante ( 0) / Doutorado ( 0) .
Integrantes: Suely Lopes Gomes - Coordenador / Aline Maria da Silva - Integrante.
Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
Número de produções C, T & A: 3 / Número de orientações: 1.

1997 - 2001

Laboratórios de Sequenciamento - Projeto Genoma Xylella fastidiosa

Descrição: Auxílio à Pesquisa FAPESP (97/13479-8). 1997-2001. Laboratórios de Sequenciamento - Projeto Genoma Xylella fastidiosa. Responsáveis: Suely L. Gomes, Aline M. da Silva e Marilis V. Marques..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação ( 0) / Especialização ( 0) / Mestrado acadêmico ( 0) / Mestrado profissionalizante ( 0) / Doutorado ( 0) .
Integrantes: Suely Lopes Gomes - Coordenador / Marilis do Valle Marques - Integrante / Aline Maria da Silva - Integrante.
Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
Número de produções C, T & A: 2.

Revisor de periódico

2000 - Atual	Periódico: Brazilian Journal of Medical and Biological Research
2000 - Atual	Periódico: Genetics and Molecular Biology
2006 - Atual	Periódico: Microbiology (Reading) (1350-0872)
2008 - Atual	Periódico: Plant Physiology and Biochemistry (Paris)
2007 - Atual	Periódico: Brazilian Journal of Microbiology
2008 - Atual	Periódico: Experimental Cell Research
2010 - Atual	Periódico: Phytopathology

Áreas de atuação

1.	Grande área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Bioquímica dos Microorganismos.
2.	Grande área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Bioquímica dos Microorganismos / Especialidade: Bactérias Fitopatogênicas.
3.	Grande área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Biologia Molecular / Especialidade: Regulação da Expressão Gênica.
4.	Grande área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Genômica.
5.	Grande área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Genômica / Especialidade: Metagenômica.
6.	Grande área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Fosforilação Reversível de Proteínas.

Idiomas

Inglês	Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.
Português	Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.

Prêmios e títulos

2000	Medalha do Mérito Científico, Governo do Estado de São Paulo.
2000	Medalha pela participação no Projeto de Sequenciamento do Genoma da bactéria Xylella fastidiosa., Reitoria da Universidade de São Paulo.

Produção em C,T & A

Produção bibliográfica

Citações

Web of Science
Total de trabalhos48	Total de citações1490	Fator H20
da Silva, A.M.; daSilva, A.M.; Silva, A.M. Data: 03/08/2011

Artigos completos publicados em periódicos

1.	Gazarini, Marcos L. ; Beraldo, Flávio H. ; Almeida, Fabiana M. ; Bootman, Martin ; da Silva, Aline M. ; Garcia, Célia R. S. . Melatonin triggers PKA activation in the rodent malaria parasite Plasmodium chabaudi. Journal of Pineal Research, v. 50, p. 64-70, 2011.

MOREIRA, Leandro M ; Almeida, Nalvo F ; Potnis, Neha ; Digiampietri, Luciano A ; Adi, Said S ; Bortolossi, Julio C ; da Silva, Ana C ; da Silva, Aline M ; de Moraes, Fabricio E ; de Oliveira, Julio C ; de Souza, Robson F ; Fancincani, Agda P ; Ferraz, Andre L ; Ferro, Maria I ; Furlan, Luiz R ; Gimenez, Daniele F ; Jones, Jeffrey B ; Kitajima, Elliot W ; Laia, Marcelo L ; Leite, Rui P ; Nishiyama, Milton Y ; Rodrigues Neto, Julio ; Nociti, Leticia A ; Norman, David J ; Ostroski, Eric H ; Pereira, Haroldo A ; Staskawicz, Brian J ; Tezza, Renata I ; Ferro, Jesus A ; Vinatzer, Boris A ; Setubal, Joao C . Novel insights into the genomic basis of citrus canker based on the genome sequences of two strains of Xanthomonas fuscans subsp. aurantifolii. BMC Genomics, v. 11, p. 238, 2010.

Fogaça, Andréa C. ; ZAINI, Paulo A. ; Wulff, Nelson A. ; da Silva, Patrícia I.P. ; Fázio, Marcos A. ; Miranda, Antônio ; Daffre, Sirlei ; da Silva, Aline M. . Effects of the antimicrobial peptide gomesin on the global gene expression profile, virulence and biofilm formation of. FEMS Microbiology Letters, v. 306, p. 152-159, 2010.

MOREIRA, Leandro M ; de Laia, Marcelo L ; de Souza, Robson F ; Zaini, Paulo A ; da Silva, Ana CR ; da Silva, Aline M ; Ferro, Jesus A . Development and validation of a Xanthomonas axonopodis pv. citri DNA microarray platform (XACarray) generated from the shotgun libraries previously used in the sequencing of this bacterial genome. BMC Research Notes, v. 3, p. 150, 2010.

5.	ALMEIDA, F. M. ; BONINI, B. M. ; BETON, Daniela ; Jorge, J.A. ; TERENZI, H. F. ; DA SILVA, A. M. . Heterologous expression in Escherichia coli of Neurospora crassa neutral trehalase as an active enzyme. Protein Expression and Purification, v. 65, p. 185-189, 2009.

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Reis, E. M. ; OJOPI, Elida ; ALBERTO, Fernando L ; RAHAL, Paula ; TSUKUMO, Fernando ; MANCINI, Ulises M ; GUIMARAES, Gustavo S ; THOMPSON, Gloria M A ; CAMACHO, Cleber ; MIRACCA, Elisabete ; CARVALHO, Andre L ; MACHADO, Abimael A ; PAQUOLA, Apua ; CERUTTI, Janette ; DA SILVA, A. M. ; PEREIRA, Gonçalo G ; VALENTINI, Sandro R ; KOWALSKI, Luiz P ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio ; TAJARA, Eloiza H ; DIAS-NETO, Emmanuel ; CONSORTIUM, The Head And Neck Annotation . Large-scale Transcriptome Analyses Reveal New Genetic Marker Candidates of Head, Neck, and Thyroid Cancer. Cancer Research (Chicago, Ill.), v. 65, p. 1693-1699, 2005.

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18.

REIS, Eduardo Moraes R. ; NAKAYA, Helder I ; LOURO, Rodrigo ; CANAVEZ, Flavio C. ; FLATSCHART, Áurea V. F. ; ALMEIDA, Giulliana T. ; EGIDIO, Camila M. ; PAQUOLA, Apua ; MACHADO, Abimael A ; FESTA, Fernanda ; YAMAMOTO, Denise ; ALVARENGA, Renato ; DA SILVA, Camille C ; BRITO, Glauber C ; SIMON, Sergio D ; Moreira Filho, Carlos A ; LEITE, Katia R ; CAMARA LOPES, Luiz H ; CAMPOS, Franz S ; GIMBA, Etel ; VIGNAL, Giselle M ; El DORRY, Hamza ; SOGAYAR, Mari C ; BARCINSKI, Marcello A ; DA SILVA, A. M. ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio . Antisense intronic non-coding RNA levels correlate to the degree of tumor differentiation in prostate cancer. Oncogene (Basingstoke), Inglaterra, v. 23, p. 6684-6692, 2004.

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47.	DA SILVA, A. M. ; JULIANI, M. H. ; MAIA, J. C. C. ; BONATO, M. C. M. . Acquisition of thermotolerance during development of Blastocladiella emersonii.. Biochemical and Biophysical Research Communications, v. 144, n. 1, p. 00491-00498, 1987.

48.	DA SILVA, A. M. ; JULIANI, M. H. ; BONATO, M. C. M. . Effect of heat shock on S6 phosphorylation during development of Blastocladiella emersonii.. Molecular and Cellular Biochemistry, v. 78, n. 1, p. 00027-00035, 1987.

49.	DA SILVA, A. M. ; MAIA, J. C. C. ; JULIAN, M. H. . Developmental changes in translatable RNA species and protein synthesis during sporulation in the aquatic fungus Blastocladiella emersonii.. Cell Differentiation, v. 18, n. 1, p. 00263-00274, 1986.

50.	GOMES, S. L. ; JULIANI, M. H. ; MAIA, J. C. C. ; DA SILVA, A. M. . Heat shock protein synthesis during development in Caulobacter crescentus. . Journal of Bacteriology, v. 168, n. 1, p. 00923-00930, 1986.

51.	BONATO, M. C. M. ; DA SILVA, A. M. ; MAIA, J. C. C. ; JULIANI, M. H. . Phosphorylation of ribosomal protein S6 in the aquatic fungus Blastocladiella emersonii.. European Journal of Biochemistry, v. 144, n. 1, p. 00597-00606, 1984.

Capítulos de livros publicados

1.	Marques MV ; DA SILVA, A. M. . Transcriptoma. In: Luiz Mir. (Org.). Genômica. São Paulo: Atheneu, 2004, v. 01, p. 1-1114.

MONTEIRO, H.P. ; PERANOVICH, T.M.S. ; FRIES, D M ; STERN, A ; DA SILVA, A. M. . Nitric oxide potentiates EGF-stimulated tyrosine kinase activity in 3T3 cells expressing human EGF receptors. In: K. ASADA; T.YOSHIKAWA. (Org.). FRONTIERS OF REACTIVE OXYGEN SPECIES IN BIOLOGY AND MEDICINE. : ELSEVIER SCIENCE, 1994, v. , p. 215-218.

3.	DA SILVA, A. M. ; KLEIN, C. . Biochemical and Functional characterization of a glycolipid anchored cell adhesion molecule in Dictyostelium discoideum. In: M.L.CARDOSO DE ALMEIDA. (Org.). GPI MEMBRANES ANCHORS. GREAT BRITAIN: ACADEMIC PRESS, 1992, v. , p. 211-228.

Resumos expandidos publicados em anais de congressos

VENANCIO, Thiago M ; DEMARCO, Ricardo ; OLIVEIRA, Katia Cristina P ; SIMÕES, Ana Carolina Quirino ; DA SILVA, A. M. ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio . Genomics and gene expression management tools for the Schistosoma mansoni cDNA microarray project . In: Brazilian Symposium on Bioinformatics, 2005, São Leopoldo. Lecture Notes in Computer Science. Berlin : Springer-Verlag, 2005. v. 3594. p. 198-201.

SIMÕES, Ana Carolina Quirino ; DA SILVA, A. M. ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio ; REIS, Eduardo Moraes R. . SAM method as an approach to select candidates for human prostate cancer markers . In: Brazilian Symposium on Bioinformatics, 2005, São Leopoldo. Lecture Notes in Computer Science. Berlin : Springer-Verlag, 2005. v. 3594. p. 202-205.

SILVESTRI, Mara Lucia Zucheran ; PIVI, Adriana Maria ; KLEIN, Claudette ; PAULY, P C ; DA SILVA, A. M. . Constitutive overexpression of a GPI-anchored cell adhesion molecule in Dictyostelium discoideum cells.. In: GPI Membrane Anchors Structure and Function Meeting, 1994, Angra dos Reis. Brazilian Journal of Medical and Biological Research, 1994. v. 27. p. 427-430.

4.	PAULY, P C ; DA SILVA, A. M. ; KLEIN, Claudette . Biogenesis of the gp80, the GPI-anchored protein in Dictyostelium discoideum.. In: GPI Membrane Anchors Structure and Function Meeting, 1994, Angra dos Reis. Brazilian Journal of Medical and Biological Research, 1994. v. 27. p. 421-426.

Apresentações de Trabalho

1.	FOGAÇA, A.C. ; ZAINI, P.A. ; WULFF, N. ; Fazio, M.A. ; Miranda, A. ; Daffre, S. ; DA SILVA, A. M. . Gomesin, a β-hairpin antimicrobial peptide, induces Xylella fastidiosa biofilm formation at a sublethal concentration. 2009. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

Demais tipos de produção bibliográfica

ARRUDA, Paulo ; GOLDMAN, Maria Helena de Souza ; LEITE, Adilson ; MENCK, Carlos F. ; NOBREGA, Francisco G. ; DA SILVA, A. M. . Sugarcane Transcriptome. A landmark in Plant Genomics in the tropics - Editores associados. Ribeirão Preto: Sociedade Brasileira de Genética, 2001 (Genetics and Molecular Biology volume especial 24 (1-4)).

ALMEIDA, Maria Lucia Cardoso de ; PREVIATO, Lucia Mendonça ; PINTO, Francisco Juarez Ramalho ; DA SILVA, A. M. ; TRAVASSOS, Luiz Rodolpho . Proceedings of the GPI Membrane Anchors Structure Function 1994 Meeting- Guest Editorial Board. Ribeirão Preto: Assoc Bras Divulg Cientifica, 1994 (Brazilian Journal of Medical and Biological Research/volume 27 (2):115-562).

Bancas

Participação em bancas de comissões julgadoras

Concurso público

1.	DA SILVA, A. M.. Concurso para Professor Doutor no Departamento de Bioquímica do IQUSP. 2011. Universidade de São Paulo.

2.	DA SILVA, A. M.. Concurso para Professor Doutor no Departamento de Bioquímica e Imunologia da FMUSP-RP. 2010. Universidade de Sao Paulo-RP.

3.	DA SILVA, A. M.. Concurso para Professor Doutor no Departamento de Quimica da FFCLRP. 2010. Universidade de Sao Paulo-RP.

4.	SILVA, A.M.. Concurso para Professor Adjunto no Departamento de Genética e Evolução/UFSCAR. 2008. Universidade Federal de São Carlos.

5.	SILVA, A.M.. Concurso para Professor Doutor no Departamento de Bioquímica do IQUSP. 2008. Instituto de Química/USP.

6.	DA SILVA, A. M.. Processo seletivo para contratação de professor-doutor em regime de tempo parcial no Departamento de Bioquímica do IQUSP. 2002. Universidade de São Paulo.

7.	DA SILVA, A. M.. Processo Seletivo para Contratação de Professor Doutor (MS3) Depto Farmacologia/ICB-USP. 2000. Universidade de São Paulo.

8.	DA SILVA, A. M.. Processo Seletivo para contratação de Professor Doutor (MS3)/Depto Farmacologia ICB-USP. 1995. Universidade de São Paulo.

9.	DA SILVA, A. M.. Provimento de Cargos de Pesquisador Científico I. 1992. Instituto Butantan.

Livre docência

1.	SILVA, A.M.. Concurso para obtenção do Título de Livre-Docente no Departamento de Bioquímica do IQ-USP. 2006. Instituto de Química/USP.

Eventos

Participação em eventos

1.	XVIII Conference of the International Organization of Citrus Virologists.Microfluidic technology to study citrus pathogens. 2010. (Congresso).

2.	XXXIX Reunião Anual da SBBq.Characterization of a Novel Protein that Interacts with Type 1 Serine/Threonine Phosphatase Catalytic Subunit of Dictyostelium discoideum. 2010. (Congresso).

3.	56o. Congresso Brasileiro de Genética.Pirossequenciamento, genômica comparativa e filogenia de cepas de Xylella fastidiosa. 2010. (Congresso).

4.	56o. Congresso Brasileiro de Genética.Sequenciamento e comparação do genoma de uma cepa não-virulenta de Xylella fastidiosa. 2010. (Congresso).

5.	Pierce´s Disease Research Symposium.Comparative Genomics of Xylella fastidiosa south american strains. 2010. (Simpósio).

6.	XIV International Congress on Molecular Plant-Microbe Interactions.Gomesin, a β-hairpin antimicrobial peptide, induces Xylella fastidiosa biofilm formation at a sublethal concentration. 2009. (Congresso).

7.	Annual International Dictyostelium Conference.Serine/threonine phosphatases in Dictyostelium discoideum: expression profile during development and heat, osmotic and oxidative stresses.. 2009. (Congresso).

8.	XXXVIII Reunião Anual da SBBq.Characterization of Proteins that Interact with the Catalytic Subunit of Serine/Threonine Phosphatase of Type 1 (PP1) of Dictyostelium discoideum. 2009. (Congresso).

9.	10th Biennial FASEB Summer Research Conference on Protein Phosphatases.Gene Expression Analyses of Dictyostelium discoideum Serine/Threonine Phosphatases. 2008. (Congresso).

10.	XXXVIII Reunião Anual da SBBq.Serine/Threonine Phosphatases in the social amoebae Dictyostelium discoideum: expression analysis of catalytic and regulatory subunits. 2008. (Congresso).

11.	XIII International Congress on Molecular Plant-Microbe Interactions.The iron regulon of Xylella fastidiosa includes genes for type-IV pilus and colicin V-like bacteriocins. 2007. (Congresso).

12.	XXXVI Reunião Anual da SBBq.Effect of sublethal concentration of streptomycin in Xylella fastidiosa. 2007. (Congresso).

13.	XXXVI Reunião Anual da SBBq.Serine/threonine phosphatases in the social amoebae Dictyostelium discoideum: annotation and expression analysis of catalytic and regulatory subunits.. 2007. (Congresso).

14.	Internacional Workshop on Xylella fastidiosa.The iron stimulon of Xylella fastidiosa. Internacional Workshop on Xylella fastidiosa.. 2007. (Simpósio).

15.	Summer Research Conference on Protein Phosphatases.Identification and characterization of Dictyostelium discoideum serine/threonine phosphatases. 2006. (Congresso).

16.	XII Congreso Venezolano de Bioanálisis.Genomic Techonologies applied to cancer studies. 2006. (Congresso).

17.	XII Congreso Venezolano de Bioanálisis.Intronic noncoding RNA as a molecular makers in prostate tumor. 2006. (Congresso).

18.	XXXV Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquimica.RNA PolI-independent transcription of noncoding RNAs in human cells. 2006. (Congresso).

19.	XXXV Reunião da Sociedade Brasileira de Bioquimica.Prospecting the iron regulon of Xylella fastidiosa. 2006. (Congresso).

20.	Annual International Dictyostelium Conference.The P450 oxidoreductase, RedA, controls development beyond the mound stage in Dictyostelium discoideum. 2006. (Congresso).

21.	XII International Congress on Molecular Plant-Microbe Interactions.Genome-wide analysis of the iron starvation stimulon and the Fur regulon of Xylella fastidiosa. 2005. (Congresso).

22.	XXXIV Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquimica.Molecular characterization of inhibitor-2 like proteins from Dictyostelium discoideum and Neurospora crassa: analysis of interaction domains with protein phosphatase 1 catalytic subunit. 2005. (Congresso).

23.	First Latin American Protein Society Meeting.Molecular characterization of inhibitor-2 like proteins from Dictyostelium discoideum and Neurospora crassa: analysis of interaction domains with protein phosphatase 1 catalytic subunit. 2004. (Congresso).

24.	XXXII Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquimica.Molecular Classification of Prostate Cancer using cDNA microarrays. 2003. (Congresso).

25.	XXXII Reuniao Anual da SBBq.Proteínas: Expressão, Estrutura, Interações e Função na Escala do Genoma.. 2003. (Congresso).

26.	XXXII Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquimica.Cloning and characterization of an specific inhibitor for type-1 serine/threonine phosphatase of Neurospora crassa. 2003. (Congresso).

27.	XXXII Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquimica.Characterization of redA: a Dictyostelium discoideum developmental mutant.. 2003. (Congresso).

28.	XXXII Reuniao Anual da SBBq.Identification and characterization of a putative inhibitor-2(DdI-2): A protein that interacts with Dictyostelium discoideum type-1 protein phosphatase (PP1). 2003. (Congresso).

29.	XXXI Reunião Anual da SBBq.Using DNA microarrays to prospect heat shock response in Xylella fastidiosa and to investigate genomic variations in distinct strains. 2002. (Congresso).

30.	XXXI Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquimica.Differential Gene Expression In Prostate Cancer Using cDNA Microarrays.. 2002. (Congresso).

31.	XXXI Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquimica.Recombinant expression purification and characterization of Neurospora crassa neutral trehalase. 2002. (Congresso).

32.	XXXI Reunião Anual da SBBq.Identification and characterization of sugarcane transcription factors. 2002. (Congresso).

33.	XLIV Reunion Anual de La Sociedad de Biologia Chile.Gene expression patterns of Xylella fastidiosa: a DNA microarray analysis. 2001. (Congresso).

34.	47o Congresso Nacional de Genética/SBG.Gene expression patterns of Xylella fastidiosa: a DNA microarray analysis. 2001. (Congresso).

35.	XXX Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquimica..Characterization of redA: a Dictyostelium discoideum developmental mutant. 2001. (Congresso).

36.	XXIX Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquimica.Expression and Partial Characterization of recombinant neutral trehalase. 2000. (Congresso).

37.	XXIX Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquimica.Molecular characterization of Dictyostelium discoideum type-1 protein phosphatase (PP1). 2000. (Congresso).

Organização de eventos

1.	ALMEIDA, Maria Lucia Cardoso de ; PREVIATO, Lucia Mendonça ; PINTO, Francisco Juarez Ramalho ; DA SILVA, A. M. ; TRAVASSOS, Luiz Rodolpho . GPI Membrane Anchors Structure and Function 1994 Meeting. 1994. (Congresso).

Orientações

Orientações em andamento

Dissertação de mestrado

Luciana Principal Antunes. Estudos de metagenômica da comunidade microbiana da compostagem do Zoológico de São Paulo através de pirossequenciamento. Início: 2011. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. (Orientador).

2.	Ana Paula Silva de Souza. Estudo dos mecanismos de adesão de Xylella fastidiosa através da tecnologia de microfluídica.. Início: 2011. Dissertação (Mestrado em Ciencias Biológicas (Bioquímica)) - Instituto de Química/USP, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. (Orientador).

Fernando Domingues Kümmel Tria. Análise in silico de regiões regulatórias em promotores de genes com evidência de expressão modulada em Xylella fastidiosa. Início: 2010. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. (Orientador).

4.	Rodrigo Roberto Rafagnin Duarte. Caracterização bioquímica e funcional de bacteriocinas de Xylella fastidiosa. Início: 2010. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. (Orientador).

Gustavo Antonio Teixeira Chaves. Estudo do efeito da concentração de ferro no crescimento e na expressão de fatores de virulência de Xylella fastidiosa. Início: 2010. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. (Orientador).

6.	Paulo Marques Pierry. Sequenciamento e análise comparativa do genoma de uma cepa do fitopatógeno Xylella fastidiosa. Início: 2009. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. (Orientador).

Tese de doutorado

1.	Deibs Barbosa. Desenvolvimento de ferramentas para integração de dados de genômica e transcritômica de X. fastidiosa. Início: 2011. Tese (Doutorado em Bioinformatica) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. (Orientador).

2.	Wesley Oliveira Santana. Sequenciamento e análise comparativa do genoma de cepas do fitopatógeno Xylella fastidiosa. Início: 2009. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. (Orientador).

Supervisão de pós-doutorado

1.	Joaquim Martins Junior. Caracterização da resposta de Citrus sinensis à infecção por Xylella fastidiosa e filogenômica de suas diferentes linhagens. Início: 2011. Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo.

2.	Paulo Adriano Zaini. Tecnologia microfluídica para estudo dos mecanismos de adesão de bactérias fitopatogênicas. Início: 2011. Instituto de Química/USP, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo.

Iniciação científica

1.	Oséias Rodrigues Feitosa Junior. Análise da expressão da poligalacturonase em diferentes cepas de Xylella fastidiosa. Início: 2010. Iniciação científica (Graduando em Farmacia e Bioquimica) - Universidade Católica de Santos, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. (Orientador).

Supervisões e orientações concluídas

Dissertação de mestrado

Renato Astolfi Raposo. Análise de interações da subunidade catalítica da fosfatase do tipo 1 (PP1c) de Dictyostelium discoideum identificadas através do sistema de duplo-híbrido em leveduras. 2010. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Orientador: Aline Maria da Silva.

Paulo de Paiva Rosa Amaral. Estudo da biossíntese e regulação de RNA não-codificadores intrônicos em células humanas. 2006. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Aline Maria da Silva.

Daniela Beton. Caracterização molecular de INc-1, um inibidor da proteína serina/treonina fosfatase do tipo 1 de Neurospora crassa.. 2004. 98 f. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Orientador: Aline Maria da Silva.

4.	Daniela Carvalho Gonzalez. Caracterização do mutante de desenvolvimento redA de Dictyostelium discoideum.. 2002. 110 f. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Orientador: Aline Maria da Silva.

Alcely S Barroso. Purificação e caracterização da subunidade catalítica da proteína fosfatase do tipo 2A de Dictyostelium discoideum.. 1996. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Aline Maria da Silva.

Tese de doutorado

Patrícia Isabela Pessoa da Silva. Identificação de genes com expressão modulada por estreptomicina e de genes associados à virulência e patogenicidade em Xylella fastidiosa. 2010. 0 f. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Orientador: Aline Maria da Silva.

Layla Farage Martins. Análise do perfil de expressão de serina/treonina fosfatases e prospecção da função biológica para algumas dessas enzimas em Dictyostelium discoideum. 2010. 0 f. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Orientador: Aline Maria da Silva.

Ana Carolina Quirino Simões. Planejamento, gerenciamento e análise de dados de microarranjos de DNA para identificação de biomarcadores de diagnóstico e prognóstico de cânceres humanos. 2009. Tese (Doutorado em Bioinformatica) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Orientador: Aline Maria da Silva.

4.	Paulo Adriano Zaini. O stimulon de ferro em Xylella fastidiosa. 2007. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Orientador: Aline Maria da Silva.

Daniela Carvalho Gonzalez. Identificação e caracterização de subunidades catalíticas e reguladoras de proteínas fosfatases de Dictyostelium discoideum. 2007. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Aline Maria da Silva.

6.	Leandro Marcio Moreira. Análise estrutural e funcional do genoma de Xanthomonas axonopodis pv. citri. 2006. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Orientador: Aline Maria da Silva.

Juliana Moreira Sousa. Caracterização molecular da proteína DdI-2 e mapeamento de seus domínios de interação com a proteína fosfatase 1 de Dictyostelium discoideum.. 2005. 154 f. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Orientador: Aline Maria da Silva.

Leonardo Costa Fiorini. Identificação de gene codificadores de serina/treonina fosfatases em Dictyostelium discoideum e caracterização funcional da proteína fosfatase do tipo 4 (PP4).. 2003. 112 f. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Orientador: Aline Maria da Silva.

Pio Donizete Alduíno Zapella. Caracterização de alguns componentes envolvidos na desfosforilção de proteínas fosforiladas em resíduos de serina e treonina em Neurospora crassa. 2001. 175 f. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Orientador: Aline Maria da Silva.

10.

Jose Antonio Novaes da Silva. Clonagem e sequenciamento do gene da L-glutamina:D-frutose-6-fosfato amidotransferase de Blastocladiella emersonii.. 1999. 93 f. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Aline Maria da Silva.

11.

Luiz Paulo Moura Andrioli. Clonagem e Caracterização da Serina/treonina Fosfatase Tipo 1 (PP1) de Dictyostelium discoideum. 1999. 124 f. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Aline Maria da Silva.

12.

Mara Lucia Zucheran Silvestri. Mapeamento da sequência sinal responsável pela adição da âncora glicolípidica na molécula de adesão celular gp80 de Dictyostelium discoideum.. 1998. 126 f. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Orientador: Aline Maria da Silva.

13.

Rosangela Ballego Campanhã. Purificação da proteína fosfatase dependente de Mg2+ e estudo de seu envolvimento na regulação da biossíntese da parede de quitina de Blastocladiella emersonii.. 1997. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Orientador: Aline Maria da Silva.

14.

Glaucia Mendes Souza. Estudo dos mecanismos envolvidos no controle por cAMP da expressão do gene para uma molécula de adesão celular em Dictyostelium discoideum.. 1993. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Orientador: Aline Maria da Silva.

Supervisão de pós-doutorado

1.	Andrea Cristina Fogaça. Efeitos de peptídeos antimicrobianos em concentrações subinibitórias sobre o perfil de expressão gênica de Xylella fastidiosa. 2003. Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Aline Maria da Silva.

2.	Rosangela Ballego Campanhã. 1998. Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Aline Maria da Silva.

3.	Glaucia Mendes Souza. 1998. Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Aline Maria da Silva.

4.	Lilian C. Etchebehere. 1997. Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Aline Maria da Silva.

Iniciação Científica

1.	Carolina Dagli Hernandez. Clonagem e expressão recombinante de pilQ de Xylella fastidiosa. 2010. Iniciação Científica. (Graduando em Farmacia e Bioquimica) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Aline Maria da Silva.

2.	Ana Paula Fefin. Análise de proteínas relacionadas a adesão em Xylella fastidiosa. 2010. Iniciação Científica. (Graduando em Farmacia) - Universidade Santa Cecilia, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Aline Maria da Silva.

3.	Mauricio Barlera. Caracterização de componentes responsáveis pela patogenicidade em Xylella fastidiosa. 2007. Iniciação Científica. (Graduando em Quimica) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Aline Maria da Silva.

4.	Fernanda N. G. Lupo. Purificação e caracterização funcional da proteína recombinante Fur de Xylella fastidiosa. 2006. 0 f. Iniciação Científica. (Graduando em Farmacia e Bioquimica) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Orientador: Aline Maria da Silva.

Renato Astolfi Raposo. Caracterização funcional de proteínas que interagem com a subunidade catalítica da serina/treonina fosfatase do tipo 1 (PP1) de Dictyostelium discoideum. 2006. 0 f. Iniciação Científica. (Graduando em Quimica) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Aline Maria da Silva.

Isabel Irino. Caracterização bioquímica de proteínas que interagem com a subunidade catalítica da serina/treonina fosfatase do tipo 1 (PP1) de Dictyostelium discoideum. 2006. Iniciação Científica. (Graduando em Farmacia e Bioquimica) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Orientador: Aline Maria da Silva.

7.	Evelyn Pucci Schevciw. Expressão recombinante e caracterização de uma bacteriocina de Xylella fastidiosa. 2006. Iniciação Científica. (Graduando em Quimica) - Universidade de São Paulo. Orientador: Aline Maria da Silva.

8.	Ana Carolina Quirino Simões. Data mining nos projetos Genoma do Câncer e da Cana de Açúcar. 2002. Iniciação Científica. (Graduando em Farmacia e Bioquimica) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Orientador: Aline Maria da Silva.

9.	Camila M. Egidio. Implantação de microarrays de DNA para análise da expressão gênica no câncer de próstata. 2002. Iniciação Científica. (Graduando em Bioquímica) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Orientador: Aline Maria da Silva.

10.

Paulo Adriano Zaini. Mutagênese sítio-dirigida no sítio catalítico da PP1 de Dictyostelium discoideum. Análise de seus efeitos na atividade da enzima recombinante. 2001. Iniciação Científica - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Orientador: Aline Maria da Silva.

11.	Daniela Beton. Obtenção e purificação da trealase neutra de N.crassa recombinante. 2001. Iniciação Científica. (Graduando em Quimica) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Aline Maria da Silva.

12.	Daniela Carvalho Gonzalez. Clonagem do gene da NADPH citocromo P450 redutase de Dictyostelium discoideum. 2000. Iniciação Científica. (Graduando em Quimica) - Universidade de São Paulo. Orientador: Aline Maria da Silva.

13.	Ayumi Hasemi Carvalho. Purificação da proteína gp80 para análise de seus oligossacarídeos O-ligados. 1998. Iniciação Científica. (Graduando em Bioquímica) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Aline Maria da Silva.

14.	Andrea C Regatão. Clonagem de genes de fosfatases em Blastocladiella emersonii. 1993. Iniciação Científica. (Graduando em Bioquímica) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Aline Maria da Silva.

15.	Adriana Pivi. Obtenção de linhagens de D.discoideum que expressama proteína gp80 constitutivamente. 1993. Iniciação Científica. (Graduando em Farmacia e Bioquimica) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Orientador: Aline Maria da Silva.

Orientações de outra natureza

1.	Fabiana Maria de Almeida. Expressão e caracterização bioquímica da trealase neutra recombinante de Neurospora crassa.. 2003. 110 f. Orientação de outra natureza - Universidade de Sao Paulo-RP, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Orientador: Aline Maria da Silva.

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