Osmar Norberto de Souza

Bolsista de Produtividade em Pesquisa do CNPq - Nível 2

  • Endereço para acessar este CV: http://lattes.cnpq.br/0608337674042057
  • Última atualização do currículo em 06/07/2018


Olá, sejam bem vindos ao meu CV Lattes! Sou de Montes Claros, no norte de Minas Gerais. Minhas qualificações acadêmicas e profissionais são: (a) Graduação em Física - UFMG (1987); (b) Especialização em Biotecnologia Moderna - Centro de Biotecnologia da UFRGS (1988); (c) M.Sc. em Modelagem e Simulação Computacionais de Processos Biológicos e Moleculares - University of London (1990); (d) Ph.D. em Biofísica Molecular Computacional - University of London (1994). De 1995 a 1998 trabalhei no Environmental Molecular Sciences Laboratory do PNNL, Departamento de Energia dos EUA e, de 1999 a 2001, no Laboratório Nacional de Luz Síncrotron, Campinas, SP. Neste período fui Jovem Pesquisador FAPESP. Em março de 2001 ingressei na Faculdade de Informática (FACIN) da Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul (PUCRS) como Pesquisador Visitante FAPERGS. Desde junho de 2002 sou professor adjunto em regime DE da PUCRS, para onde trouxe o Laboratório de Bioinformática, Modelagem e Simulação de Biossistemas (LABIO), uma referência regional, nacional e internacional nas áreas de bioinformática estrutural e biofísica molecular computacional. No CNPq lidero o Grupo de Biofísica Molecular Computacional (GBMC). O foco das pesquisas no LABIO e do GBMC é a relação entre sequência, estrutura, dinâmica e função de macromoléculas biológicas, como proteínas, ácidos nucleicos e seus complexos. Neste sentido, desenvolvemos e aplicamos metodologias computacionais para investigar essas relações. Atuamos, mas não de forma limitada, nos seguintes temas: estrutura e dinâmica de ácidos nucleicos, estrutura e dinâmica de proteínas, predição da estrutura tridimensional (3D) de proteínas, interações proteínas (receptores)-ligantes, simulação por docagem molecular, simulação pela dinâmica molecular, modelagem comparativa por homologia, planejamento de candidatos a fármacos assistido por computador e docagem molecular de receptores totalmente flexíveis (FFR Model)-ligantes. Fui membro e apoiei as atividades dos PPG em Gerontologia Biomédica do IGG da PUCRS e do PPG em Educação em Ciências e Matemática (EDUCEM). Sou membro do núcleo permanente dos PPGs em Ciência da Computação (PPGCC), Biologia Celular e Molecular (PPGBCM) e Mestrado Profissional em Biotecnologia Farmacêutica (PPGMPBF) da FACIN, FaBio e FFARM, respectivamente. Fui membro eleito da diretoria da Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional AB3C (2007-2008) e da Comissão Especial de Biologia Computacional (CEBioComp) da Sociedade Brasileira de Computação (SBC). Fui eleito, em 12 de agosto de 2011, coordenador da CEBioComp da SBC para o período 2011-2012. Sou consultor ad hoc do CNPq, CAPES, FAPERGS, FAPESP, FACEPE, FUNDECT, FIOCRUZ, LNCC, FUNDAÇÃO ARAUCÁRIA, Review Editor (Structural Biology) do Fronties in Molecular Biosciences e ex-editor associado do ISRN Bioinformatics and BMC Genomics, além de revisor para muitos periódicos e conferências, nacionais e internacionais. Coordenei e participei da tradução do principal livro acadêmico de bioinformática disponível em língua portuguesa. Formei e contribuí para a formação de mais de 20 mestres, dezenas de doutores e de alunos de iniciação científica, graduação e especialização, originários de áreas diversas, como ciência e engenharia da computação, sistemas de informação, física, química, biologia, medicina, odontologia, biomedicina, farmácia e educação. Publiquei mais de 50 artigos científicos nos principais periódicos e conferências das minhas áreas de atuação, editei um livro em inglês e organizei conferências. Possuo várias produções tecnológicas e duas patentes. Para contato, escreva-me um e-mail: osmar.norberto@pucrs.br. Obrigado pelo interesse. (Texto informado pelo autor)


Identificação


Nome
Osmar Norberto de Souza
Nome em citações bibliográficas
Norberto de Souza O.;Souza ON;Norberto de Souza, Osmar;De Souza, O.N.;DeSouza, O. N.;DE SOUZA, OSMAR N.;De Souza ON;DE SOUZA, O.S.;DE SOUZA, OSMAR NORBERTO;DE SOUZA, OSMAR;SOUZA, OSMAR NORBERTO DE;Souza, Osmar Norberto;Norberto de Souza, O

Endereço


Endereço Profissional
Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul, Faculdade de Informática - PUCRS, Lab. de Bioinformática, Modelagem e Simulação de Biossistemas - LABIO.
Av. Ipiranga, 6681 - Prédio 32 - Sala 608
Partenon
90619-900 - Porto Alegre, RS - Brasil
Telefone: (51) 33203611
Ramal: 8608
Fax: (51) 33203621
URL da Homepage: http://www.inf.pucrs.br/~osmarns


Formação acadêmica/titulação


1990 - 1994
Doutorado em Biofísica Molecular Computacional.
University of London, UL, Inglaterra.
Título: Intrinsic Curvature of DNA: A Molecular Dynamics Study, Ano de obtenção: 1994.
Orientador: Julia Mary Goodfellow.
Bolsista do(a): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, CNPq, Brasil.
Palavras-chave: Modelagem Computacional; Simulação Computacional; Dinâmica molecular; Estrutura de ácidos nucleicos; Dinâmica de ácidos nucleicos.
Grande área: Ciências Biológicas
Grande Área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Física / Subárea: Física da Matéria Condensada / Especialidade: Estrutura de Líquidos e Sólidos; Cristalografia.
Setores de atividade: Produtos e Processos Biotecnológicos; Outros Setores.
1989 - 1990
Mestrado em Computer Modelling of Molecular & Biol. Processes.
University of London, UL, Inglaterra.
Título: Computer Modelling and Simulation of Nucleic Acids,Ano de Obtenção: 1990.
Orientador: Julia Mary Goodfellow.
Bolsista do(a): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, CNPq, Brasil.
Palavras-chave: Modelagem Computacional; Simulação Computacional; Estrutura e dinâmica de ácidos nucleicos.
Grande área: Ciências Biológicas
Grande Área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Química / Subárea: Físico-Química / Especialidade: Química Computacional.
Grande Área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Física / Subárea: Física da Matéria Condensada / Especialidade: Estrutura de Líquidos e Sólidos; Cristalografia.
Setores de atividade: Produtos e Processos Biotecnológicos; Outros Setores.
1988 - 1988
Especialização em Principios de Biotecnologia Moderna. (Carga Horária: 800h).
Universidade Federal do Rio Grande do Sul, UFRGS, Brasil.
Bolsista do(a): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, CNPq, Brasil.
1983 - 1987
Graduação em Física.
Universidade Federal de Minas Gerais, UFMG, Brasil.


Pós-doutorado


1995 - 1998
Pós-Doutorado.
Pacific Northwest National Laboratory, PNNL, Estados Unidos.
Bolsista do(a): Department Of Energy, DOE, Estados Unidos.
Grande área: Ciências Biológicas
Grande Área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Química / Subárea: Físico-Química / Especialidade: Química Computacional.


Formação Complementar


2017 - 2017
Extensão universitária em Seminário de Desenvolvimento Acadêmico. (Carga horária: 12h).
Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul, PUCRS, Brasil.
2011 - 2011
Extensão universitária em CURSO DE EXTENSÃO ANÁLISE DE ALGORITMOS. (Carga horária: 12h).
Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul, PUCRS, Brasil.
2011 - 2011
Bioinformática Integrativa - PPGMC. (Carga horária: 36h).
Laboratório Nacional de Computação Científica, LNCC, Brasil.
2010 - 2010
Desafios Emergentes da Educação Superior. (Carga horária: 10h).
Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul, PUCRS, Brasil.
2010 - 2010
A (IN) DISCIPLINA, O ESTUDO E SUAS .... (Carga horária: 10h).
Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul, PUCRS, Brasil.
2010 - 2010
UM DIÁLOGO ENTRE A CULTURA DOS JOVENS E A .... (Carga horária: 10h).
Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul, PUCRS, Brasil.
2010 - 2010
Do Currículo Formal ao Currículo em Ação. (Carga horária: 3h).
Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul, PUCRS, Brasil.
2007 - 2007
Comparative Microbial Genomics and Taxonomy. (Carga horária: 60h).
Laboratório Nacional de Computação Científica, LNCC, Brasil.
2007 - 2007
Ensino a Distância EAD. (Carga horária: 20h).
Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul, PUCRS, Brasil.
2007 - 2007
Capcitação Docente - Avaliação Emancipatória .... (Carga horária: 15h).
Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul, PUCRS, Brasil.
2005 - 2005
Capacitação Docente - Vivências e Visão de Futuro. (Carga horária: 9h).
Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul, PUCRS, Brasil.
2005 - 2005
Recursos da EAD no Ensino Presencial. (Carga horária: 9h).
Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul, PUCRS, Brasil.
2002 - 2002
I L. A. Course on Bioinf. for Tropical Diseases. (Carga horária: 120h).
Universidade de São Paulo, USP, Brasil.


Atuação Profissional



Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul, PUCRS, Brasil.
Vínculo institucional

2002 - Atual
Vínculo: Celetista, Enquadramento Funcional: Professor Adjunto, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.
Outras informações
Professor do Programa de Pós-Graduação em Ciência da Computação da Faculdade de Informática e do Instituto de Pesquisas Biomédicas do Hospital São Lucas, ambos da PUCRS. A linhas de pesquisa e ensino são Bioinformática, Modelagem Molecular, Simulação Computacional de Processos Biológicos e Moleculares.

Vínculo institucional

2001 - 2002
Vínculo: Pesquisador Visitante, Enquadramento Funcional: Outro (Pesquisador Visitante), Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.
Outras informações
Pesquisador Visitante no Programa de Pós-Graduação em Ciência da Computação da Faculdade de Informática da PUCRS

Atividades

08/2015 - Atual
Direção e administração, Faculdade de Informática, .

Cargo ou função
Membro do Colegiado do Curso de Ciência da Computação.
10/2014 - Atual
Conselhos, Comissões e Consultoria, Faculdade de Biocências - FaBio, .

Cargo ou função
Membro do do Núcleo Docente Estruturante (NDE) do Curso de Ciências Biológicas da FaBio.
3/2011 - Atual
Ensino, Biologia, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
4611B04 - Bioinformática (6 créditos)
3/2011 - Atual
Ensino, Biologia Celular e Molecular, Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
7312504 - Bioinformática (2 créditos)
3/2011 - Atual
Conselhos, Comissões e Consultoria, Faculdade de Informática - PUCRS, Programa de Pós- Graduação em Ciência da Computação - PPGCC.

Cargo ou função
Membro da Comissão Coordenadora do PPGCC da FACIN/PUCRS.
10/2009 - Atual
Conselhos, Comissões e Consultoria, Faculdade de Biocências - FaBio, .

Cargo ou função
Membro do Núcleo Docente Estruturante do Curso de Ciências Biológicas da Faculdade de Biociências.
6/2002 - Atual
Pesquisa e desenvolvimento , Faculdade de Informática, Departamento de Computação Aplicada.

2/2001 - Atual
Pesquisa e desenvolvimento , Faculdade de Informática, Departamento de Computação Aplicada.

8/2010 - 3/2011
Ensino, Biologia, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
4611B04 - Bioinformática (6 créditos)
8/2010 - 2/2011
Ensino, Ciência da Computação, Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
3466902 - Bioinformática Estrutural
3/2010 - 2/2011
Conselhos, Comissões e Consultoria, Faculdade de Biocências - FaBio, Programa de Pós- Graduação em Biologia Celular e Molecular - PPGBCM.

Cargo ou função
Membro da Comissão Coordenadora do PPBCM/FaBio.
3/2010 - 08/2010
Ensino, Biologia Celular e Molecular, Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
7312504 - Bioinformática (2 créditos)
3/2010 - 7/2010
Ensino, Biologia, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
4611B04 - Bioinformática (6 créditos)
8/2009 - 3/2010
Ensino, Biologia, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
4611B04 - Bioinformática (6 créditos)
8/2009 - 2/2010
Ensino, Ciência da Computação, Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
3466902 - Bioinformática Estrutural
3/2009 - 7/2009
Ensino, Biologia, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
4611B04 - Bioinformática (6 créditos)
8/2008 - 3/2009
Ensino, Biologia, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
4611B04 - Bioinformática (6 créditos)
8/2008 - 2/2009
Ensino, Ciência da Computação, Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
3466902 - Bioinformática Estrutural
8/2008 - 9/2008
Ensino, Farmácia, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
3522402 - Desenho de Fármacos
3/2008 - 8/2008
Ensino, Biociências (Zoologia), Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
7310604 - Bioinformática
3/2008 - 7/2008
Ensino, Biologia, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
4611B04 - Bioinformática (6 créditos)
8/2007 - 3/2008
Ensino, Biologia, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
4611B04 - Bioinformática (6 créditos)
8/2007 - 2/2008
Ensino, Ciência da Computação, Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
3466902 - Bioinformática Estrutural
3/2007 - 7/2007
Ensino, Biologia, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
4611B04 - Bioinformática (6 créditos)
8/2006 - 3/2007
Ensino, Biologia, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
4611B04 - Bioinformática (6 créditos)
8/2006 - 2/2007
Ensino, Ciência da Computação, Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
3466902 - Bioinformática Estrutural
3/2006 - 8/2006
Ensino, Enfermagem, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
3134809 - Fundamentos do Ser Humano III
3/2006 - 7/2006
Ensino, Biologia, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
4611A02 -Tecnologia da Informação Aplicada às Ciências Biológicas
4611B04 - Bioinformática (6 créditos)
4622S06 - Trabalho de Conclusão I
8/2005 - 3/2006
Ensino, Ciência da Computação, Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
4461002 - Trabalho Individual II
3464301 - Tópicos Avançados em Ciência da Computação V - Introdução à Bioinformática
8/2005 - 3/2006
Ensino, Biologia, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
4611A02 -Tecnologia da Informação Aplicada às Ciências Biológicas
8/2005 - 3/2006
Ensino, Ciência da Computação, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
4610W02 - Metodologia Científica
4627406 - Trabalho de Conclusão I
8/2005 - 2/2006
Ensino, Biociências (Zoologia), Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
7310604 - Bioinformática
3/2005 - 8/2005
Ensino, Educação em Ciências e Matemática, Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
0841101 - Orientação Individual em Eduacação em Ciências e Matemática
3/2005 - 7/2005
Ensino, Ciência da Computação, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
4610W02 - Metodologia Científica
4629706 - Estágio Profissional (300 Horas)
3/2005 - 7/2005
Ensino, Farmácia, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
4615204 - Introdução a Microinformática
4616202 - Informática para Farmácia
3/2005 - 7/2005
Ensino, Ciência da Computação, Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
4460602 - Trabalho Individual I
8/2004 - 3/2005
Ensino, Farmácia, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
4616202 - Informática para Farmácia
8/2004 - 3/2005
Ensino, Ciência da Computação, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
4610W02 - Metodologia Científica
8/2004 - 2/2005
Ensino, Ciência da Computação, Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
34645202 - Tópicos Especiais em Computação Científica II
4461002 - Trabalho Individual II
8/2004 - 2/2005
Ensino, Educação em Ciências e Matemática, Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
0841101 - Orientação Individual em Eduacação em Ciências e Matemática
3/2004 - 2/2005
Conselhos, Comissões e Consultoria, Faculdade de Informática, Departamento de Computação Aplicada.

Cargo ou função
Comissão Coordenadora do PPGCC.
3/2004 - 8/2004
Ensino, Educação em Ciências e Matemática, Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
0840301 - Orientação Individual e Estágio Supervisionado
3/2004 - 7/2004
Ensino, Ciência da Computação, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
4610W02 - Metodologia Científica
4629004 - Avaliação de Desempenho de Sistemas (SI)
8/2003 - 3/2004
Ensino, Ciência da Computação, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
4610W02 - Metodologia Científica
4629004 - Avaliação de Desempenho de Sistemas (SI)
8/2003 - 3/2004
Ensino, Biociências (Zoologia), Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
6312605 - Genética, Genômioca e Bioinformática
3/2003 - 2/2004
Conselhos, Comissões e Consultoria, Faculdade de Biociências, Curso de Pós Graduação Em Biologia Celular e Molecular.

Cargo ou função
Comissão Coordenadora do PPGBCM.
11/2003 - 1/2004
Ensino, Prog. de Pós-grad. em Biol. Celular e Molecular, Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
Genética, Genômica e Bioinformática
3/2003 - 8/2003
Ensino, Ciência da Computação, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
4610W02 - Metodologia Científica
4627004 - Tópicos Especiais em Computação Aplicada II (Bioinformática)
3/2003 - 8/2003
Ensino, Ciência da Computação, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
4627004 - Tópicos Especiais em Computação Aplicada II
8/2002 - 12/2002
Ensino, Ciência da Computação, Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
Tópicos Especiais em Computação Científica II (Bioinformática)
3/2001 - 5/2001
Ensino, Ciência da Computação, Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
Tópicos Especiais em Computação Científica II (Bioinformática)

Laboratório Nacional de Luz Síncrotron, (LNLS - ABTLUS), Brasil.
Vínculo institucional

1999 - 2001
Vínculo: , Enquadramento Funcional: Pesquisador Adjunto, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

Atividades

9/1999 - 2/2001
Pesquisa e desenvolvimento , Centro de Biologia Molecular Estrutural, Grupo de Modelagem Molecular e Simulação.

3/1999 - 2/2001
Pesquisa e desenvolvimento , Centro de Biologia Molecular Estrutural, Grupo de Modelagem Molecular e Simulação.

3/1999 - 2/2001
Ensino, Biologia Estrutural, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Iniciação Científica
3/1999 - 2/2001
Serviços técnicos especializados , Centro de Biologia Molecular Estrutural, Grupo de Modelagem Molecular e Simulação.

Serviço realizado
Pesquisador/Orientador.
7/1999 - 7/1999
Treinamentos ministrados , Centro de Biologia Molecular Estrutural, Grupo de Modelagem Molecular e Simulação.

Treinamentos ministrados
Curso de bioinformática e biologia estrutural

Pacific Northwest National Laboratory Department Of Energy, PNNL-DOE, Estados Unidos.
Vínculo institucional

1995 - 1998
Vínculo: Colaborador, Enquadramento Funcional: Pós-doutorando, Carga horária: 0, Regime: Dedicação exclusiva.

Atividades

3/1995 - 9/1998
Pesquisa e desenvolvimento , Environmental Molecular Sciences Laboratory, Biomolecular Modeling And Simulation.

University of London, UL, Inglaterra.
Vínculo institucional

1990 - 1991
Vínculo: Bolsista de Doutorado, Enquadramento Funcional: Teaching Assistant, Carga horária: 8

Atividades

10/1990 - 6/1991
Ensino, Computer Modelling of Molecular & Biol. Processes, Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
Statistical Techniques in Molecular & Biological Structures

Universidade Federal de Minas Gerais, UFMG, Brasil.
Vínculo institucional

1985 - 1987
Vínculo: Outro, Enquadramento Funcional: Monitoria, Carga horária: 6

Vínculo institucional

1985 - 1987
Vínculo: Colaborador, Enquadramento Funcional: Iniciação Científica, Carga horária: 20

Atividades

1985 - 1987
Pesquisa e desenvolvimento , Instituto de Ciências Exatas, Departamento de Física.
1986 - 1986
Ensino, Engenharia Elétrica, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Física III


Linhas de pesquisa


1.
Biofísica Molecular Computacional: Simulação de Macromoléculas Biológicas e seus Complexos por Dinâmica Molecular
2.
Bioinformática Estrutural: Descoberta e Modelagem de Proteínas-Alvo para Planejamento de Fármacos
3.
Bioinformática Estrutural e Biofísica Molecular Computacional: Predição Ab Initio ou De Novo da Estrutura 3D de Proteínas
4.
Bioinformática Estrutural e Biofísica Molecular Computacional: Docagem Molecular de Receptores Rígidos
5.
Bioinformática Estrutural e Biofísica Molecular Computacional: Docagem Molecular de Receptores Totalmente Flexíveis
6.
Jovem Pesquisador FAPESP: TBP-TATA Box Recognition by Molecular Dynamics Simulations
7.
Predição da Estrutura 3D de Proteínas por Homologia e por Métodos Ab Initio


Projetos de pesquisa


2017 - Atual
Calmodulina como modelo de estudo para o processo de reconhecimento molecular.
Descrição: O reconhecimento biomolecular está diretamente relacionado à capacidade de uma proteína a suportar mudanças conformacionais, ou seja, sua plasticidade. Compreender como ocorre a associação entre as proteínas e seus ligantes é de extrema importância não apenas para a área de desenvolvimento de fármacos, como também para área de biofísica de processos biológicos. Um dos modelos de estudos sobre reconhecimento biomolecular é a Calmodulina, a qual tem a capacidade de interagir com mais de 300 tipos de parceiros, entretanto, ainda não está claro como esta proteína apresenta esta capacidade de interação. O objetivo deste projeto é estudar, por meio de metodologias de Biofísica Molecular Computacional, as características que fazem a Calmodulina reconhecer as diferentes sequências peptídicas.
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (1) .

Integrantes: Osmar Norberto de Souza - Integrante / Luiz Augusto Basso - Integrante / Luís Fernando Saraiva Macedo Timmers - Coordenador / Paula Bacaicoa Caruso - Integrante.
2016 - Atual
Métodos Biofísicos Moleculares Computacionais e Bioinformática Estrutural no Estudo de Doenças Negligenciadas: A Via de Síntese de Ácidos Graxos do "Mycobacterium tuberculosis", Parte IV.
Descrição: Dentro do contexto do Instituto Nacional de Ciências e Tecnologia em Tuberculose (INCT-TB), Área de Drogas, o objetivo geral deste projeto é descobrir novos compostos químicos líderes, pequenas moléculas do tipo fármaco, para desenvolver novos medicamentos para o combate à tuberculose, utilizando a enzima 2-trans-enoil-ACP (CoA) redutase (EC 1.3.1.9) de Mycobacterium tuberculosis como alvo terapêutico..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.

Integrantes: Osmar Norberto de Souza - Coordenador / Luís Fernando Saraiva Macedo Timmers - Integrante.
2016 - Atual
Abordagem Racional para o Desenvolvimento de Drogas para Tratar, Vacinas para Prevenir, e Métodos Diagnósticos para Detectar o "Mycobacterium tuberculosis", Agente Causador da Tuberculose (TB)
Descrição: Descrição: Este projeto está relacionado com a renovação do INCT-TB aprovada entre os Institutos Nacionais de Ciência e Tecnologia anunciados pelo CNPq no final de 2016. O Instituto tem por finalidade o desenvolvimento de drogas para tratar, vacinas para prevenir e métodos diagnósticos para identificar o agente causal da tuberculose, o "Mycobacterium tuberculosis", responsável por cerca de 2 milhões de óbitos anuais em escala global..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.

Integrantes: Osmar Norberto de Souza - Integrante / Arthur Germano Fett Neto - Integrante / Eduardo H.S. de Sousa - Integrante / Afrânio Lineu Kritski - Integrante / Cristiano Valim Bizarro - Integrante / Valnês da Silva Rodrigues Junior - Integrante / Luís Fernando Saraiva Macedo Timmers - Integrante / Anne Drumond Villela - Integrante / Luiz Augusto Basso - Coordenador / Pablo Machado - Integrante / Luiz Gonzaga de França Lopes - Integrante.
2013 - 2016
Métodos Biofísicos Moleculares Computacionais e Bioinformática Estrutural no Estudo de Doenças Negligenciadas: A Via de Síntese de Ácidos Graxos do Mycobacterium tuberculosis, Parte III
Descrição: Dentro do contexto do Instituto Nacional de Ciências e Tecnologia em Tuberculose (INCT-TB), Área de Drogas, o objetivo geral deste projeto é descobrir novos compostos químicos líderes, pequenas moléculas do tipo fármaco, para desenvolver novos medicamentos para o combate à tuberculose, utilizando a enzima 2-trans-enoil-ACP (CoA) redutase (EC 1.3.1.9) de Mycobacterium tuberculosis como alvo terapêutico..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.

Integrantes: Osmar Norberto de Souza - Coordenador.
2013 - Atual
Métodos computacionais para a predição da estrutura tridimensional de proteínas: aprimoramento do método CReF (Central-Residue-Fragment-based method for predicting approximate 3-D structures of proteins)
Descrição: A predição computacional da estrutura tridimensional (3D ) de proteínas [The Protein Structure Prediction (PSP) Problem, em inglês] é um dos maiores problemas da Bioinformática Estrutural e se enquadra nos Grandes Desafios da Pesquisa em Computação no Brasil - 2006 a 2016. O desafio é compreender como a informação codificada na sequência de aminoácidos (estrutura primária) traduz-se na estrutura 3D (estrutura terciária). Muitas metodologias e algoritmos foram propostos nos últimos 60 anos para resolver este problema. A busca de soluções para o problema PSP necessita uma abordagem interdisciplinar; dependente da ciência da computação, desde software até hardware, e sua interação com a biologia, física, química, engenharias, matemática e estatística. Apesar do relativo sucesso obtido por alguns métodos de predição ab initio e de novo, para proteínas pequenas, ainda é necessário o desenvolvimento de estratégias mais eficazes. Nós trabalhamos no problema PSP desde 2003. CReF: ?A Central-Residue-Fragment-based method for predicting approximate 3-D structures of proteins? é o principal resultado deste trabalho. CReF é uma nova proposta para o problema PSP apresentada por Norberto de Souza e colaboradores (PUCRS). CReF utiliza técnicas de mineração de dados, representação de intervalos e de manipulação das informações estruturais de proteínas para reduzir o espaço conformacional. CReF, todavia, não foi bem sucedido na predição de estruturas secundárias específicas. Este projeto busca recursos para o aprimoramento do método CReF..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (3) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (2) .

Integrantes: Osmar Norberto de Souza - Coordenador / Thiago Lipinski-Paes - Integrante / José Fernando Ruggiero Bachega - Integrante / Michele dos Santos Silva - Integrante.
2011 - 2014
Uma proposta para o desenvolvimento e aplicação de métodos computacionais para a predição da estrutura tridimensional de polipeptídeos e proteínas
Descrição: A predição da topologia ou enovelamento de uma proteína é atualmente um dos maiores problemas da Bioinformática Estrutural e da Biologia Molecular. O principal desafio é compreender como a informação codificada na seqüência linear de aminoácidos traduz-se na estrutura tridimensional (3D) de uma proteína, e a partir deste conhecimento, desenvolver metodologias computacionais ou in silico que possam predizer, de forma correta, a estrutura 3D aproximada e funcional da proteína. O objetivo central deste projeto é desenvolver métodos e metodologias para a prediçõa da estrutura 3D aproximada de polipeptídeos e proteínas com base no método CReF..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (4) / Doutorado: (1) .

Integrantes: Osmar Norberto de Souza - Coordenador / Karina Cristina Da Motta Dall'Agno - Integrante / Mirocem Fernandes de Oliveira - Integrante / Thiago Lipinski-Paes - Integrante / Luís Fernando Saraiva Macedo Timmers - Integrante / Renata De Paris - Integrante.
Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.
2011 - 2011
Simulações de redocagem e docagem molecular cruzada de ligantes da enzima InhA de Mycobacterium tuberculosis
Descrição: Investigar detalhamente, do ponto de vista estrutural, as informações existentes sobre a enzima InhA de Mycobacterium tuberculosis..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (1) / Doutorado: (1) .

Integrantes: Osmar Norberto de Souza - Coordenador / Ivani Pauli - Integrante / Bruno Couto Giacobbo - Integrante / Luís Fernando Saraiva Macedo Timmers - Integrante.
Financiador(es): Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul - Bolsa.
2010 - 2014
Triagem in silico e caracterização experimental in vitro de moléculas do tipo-fármaco para identificação de novos inibidores da enzima InhA de M. tuberculosis: planejamento racional de quimioterápicos para o tratamento da tuberculose
Descrição: Devido à natureza interdisciplinar das pesquisas para o descobrimento de novos fármacos, este projeto empregará uma combinação de métodos e metodologias de experimentação in sílico (dry-lab) e in vitro (wet-lab). Os experimentos in silico serão realizados no LABIO e os experimentos in vitro, no Centro de Pesquisa em Biologia Molecular e Funcional (CPBMF), ambos da PUCRS. Estes experimentos estarão sob as coordenações dos professores pesquisadores Osmar Norberto de Souza, Luiz Augusto Basso e Diógenes Santiago Santos. O processo de planejamento racional de fármacos consiste basicamente em quatro etapas: (1) a primeira etapa consiste em isolar um alvo específico ou receptor. A partir da análise computacional da estrutura tridimensional (3D) dessa proteína, determinada por cristalografia por difração de raios X ou ressonância magnética nuclear, é possível apontar prováveis regiões de ligação de uma pequena molécula do tipo-fármaco (ligante); (2) baseado nas prováveis regiões de ligação identificadas na etapa anterior é selecionado um conjunto de prováveis candidatos a ligantes que podem se ligar à região identificada no receptor. As diferentes conformações que determinado ligante pode assumir dentro do sítio de ligação de uma determinado receptor podem ser simuladas por ?software? de docagem molecular, como o Autodock3.05; (3) os ligantes que teoricamente obtiveram melhores resultados nas simulações são experimentalmente sintetizados (ou comprados) e testados; (4) baseado nos resultados experimentais, o medicamento é gerado ou o processo retorna à etapa 1, de maneira iterativa, com pequenas modificações no ligante. De acordo com este processo, a interação entre moléculas é o princípio fundamental do planejamento racional de fármacos. É na docagem (docking) molecular que se investiga e avalia o melhor encaixe do ligante na estrutura-alvo ou receptor. As ligações ocorrem em locais específicos, como o sítio ativo de uma enzima..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (1) / Doutorado: (2) .

Integrantes: Osmar Norberto de Souza - Coordenador / Elisângela Machado Leal Cohen - Integrante / Ivani Pauli - Integrante / Bruno Couto Giacobbo - Integrante / Luís Fernando Saraiva Macedo Timmers - Integrante.
Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa.
2010 - 2014
Desenvolvimento de drogas e uso de produtos naturais como fonte de novos compostos químicos ativos contra albos moleculares definidos para tratar a tuberculose (TB), e abordagem racional para a obtenção de amostras atenuadas para prevenir a infecção ...
Descrição: Este projeto visa essencialmente identificar compostos químicos oriundos de plantas que possuam atividade inibitória frente a alvos moleculares definidos do Mycobacterium tuberculosis, principal agente causador da tuberculose em humanos..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (4) / Doutorado: (2) .

Integrantes: Osmar Norberto de Souza - Integrante / Luiz Augusto Basso - Coordenador / Diógenes Santiago Santos - Integrante.
Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Rio Grande do Sul - Auxílio financeiro.
2010 - 2013
Métodos Biofísicos Moleculares Computacionais e Bioinformática Estrutural no Estudo de Doenças Negligenciadas: A Via de Síntese de Ácidos Graxos Mycobacterium tuberculosis, Parte II.
Descrição: Os trabalhos desenvolvidos no LABIO da PUCRS abordam problemas científicos pertinentes à relação seqüência-estrutura-dinâmica-função de macromoléculas biológicas e suas interações. Neste sentido, a produção científica do LABIO envolve trabalhos de desenvolvimento de métodos e protocolos para a predição da estrutura tridimensional de proteínas e polipeptídios e de metodologias para a realização de docagem molecular, onde o receptor é considerado totalmente flexível (no Programa de Pós-Graduação em Ciência da Computação, PPGCC) da PUCRS. Estudos de aplicação dos métodos que desenvolvemos e de métodos e software disponíveis gratuitamente, ou a custos baixos para uso acadêmico, na comunidade científica, utilizam a enzima InhA de M. tuberculosis como alvo e são desenvolvidos no Programa de Pós-Graduação em Biologia Celular e Molecular (PPGBCM) da PUCRS. Dissertações de mestrado e teses de doutorados foram e continuam sendo desenvolvidas nestas áreas. Este projeto é uma continuação do projeto apresentado em 2006 quando da solicitação da atual Bolsa PQ-2. O subtítulo para este projeto que é apresentado a seguir é ?Seleção e testes in silico de pequenas moléculas do tipo-fármaco para identificação e caracterização experimental in vitro de novos inibidores da enzima InhA de M. tuberculosis: planejamento racional de quimioterápicos para o tratamento da tuberculose?..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (3) / Mestrado acadêmico: (7) / Doutorado: (2) .

Integrantes: Osmar Norberto de Souza - Coordenador / Furia Gargano - Integrante / André Luciano Pasinato da Costa - Integrante / Elisângela Machado Leal Cohen - Integrante / André Luís da Silva - Integrante / Ivani Pauli - Integrante / Mirocem Fernandes de Oliveira - Integrante / Karina dos Santos Machado - Integrante / Thiago Lipinski-Paes - Integrante / Márcio Dorn - Integrante / Luís Fernando Saraiva Macedo Timmers - Integrante.
Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa.
2008 - 2010
Um estudo do efeito da flexibilidade explícita dos mutantes I21V e I16T da enzima InhA de M. tuberculosis na docagem molecular
Descrição: O objetivo geral deste projeto é contribuir para o entendimento detalhado do papel da flexibilidade explícita dos receptores, obtidas por meio de trajetórias de simulações pela dinâmica molecular, na interação com pequenas moléculas do tipo fármaco..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) Doutorado: (1) .

Integrantes: Osmar Norberto de Souza - Coordenador / Elisângela Machado Leal Cohen - Integrante / Karina dos Santos Machado - Integrante.
Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa.Número de orientações: 4
2008 - 2010
Modelagem Comparativa por Homologia da Estrutura Tridimensional da Sétima Enzima da Via do Ácido Chiquímico em Plasmodium falciparum: A Corismato Sintase
Descrição: O objetivo específico deste projeto de IC é modelar e estrutura 3D da enzima Corismato Sintase (CS, EC 4.2.3.5) de Plasmodium falciparum (Pf), utilizando o método da modelagem comparativa por homologia..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (1) .

Integrantes: Osmar Norberto de Souza - Coordenador.
Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Rio Grande do Sul - Bolsa.
2008 - 2010
Um ambiente de descoberta de conhecimento em banco de dados para docagem molecular utilizando receptor flexível
Descrição: A abordagem proposta para endereçar esses problemas é a de construção de um ambiente de KDD para tratar o grande volume de dados envolvidos. Pretende-se explorar técnicas de mineração de dados e, em especial, pretende-se concentrar esforços sobre técnicas de preparação de dados, de modo a aumentar a qualidade dos dados a serem utilizados pelos algoritmos de mineração e, por conseqüência, tentar acelerar a identificação de ligantes promissores para o tratamento da tuberculose (contribuição de indiscutível aplicação social). Ao buscar desenvolver maneiras de otimizar os experimentos in-silico e tentar diminuir o número de docagens moleculares, objetiva-se contribuir para a redução do tempo de desenvolvimento de novos fármacos como, por exemplo, para o tratamento da tuberculose. Universal pequeno porte (R$19.985,00)..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) Doutorado: (2) .

Integrantes: Osmar Norberto de Souza - Integrante / Ana Trindade Winck - Integrante / Duncan Dubugras Ruiz - Coordenador / Karina dos Santos Machado - Integrante.
Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.
2008 - 2010
Identificação e caracterização estrutural via Bioinformática da via do ácido chiquímico em Plasmodium falciparum
Descrição: Análise e modelagem molecular de enzimas da via do ácido chiquímico em Plamodium falciparum,.
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (1) .

Integrantes: Osmar Norberto de Souza - Coordenador / Danieli Forgiarini Figueiredo - Integrante.
Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa.
2008 - 2010
Modelagem Molecular de Enzimas da VAC de Plasmodium falciparum
Descrição: Identificar enzimas da VAC de Plasmodium falciparum..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (1) .

Integrantes: Osmar Norberto de Souza - Coordenador / Carla Carvalho de Aguiar - Integrante.
Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Rio Grande do Sul - Bolsa.
2007 - 2010
Métodos Biofísicos Moleculares Computacionais e Bioinformática Estrutural no Estudo de Doenças Negligenciadas: A Via de Síntese de Ácidos Graxos em Mycobacterium tuberculosis
Descrição: Este projeto visa dar continuidade aos projetos iniciados com recursos da FAPERGS e Instituto do Milênio (MCT-CNPq), no qual participo como pesquisador associado ao Centro de Pesquisa em Biologia Molecular e Funcional, TECNOPUC-PUCRS, coordenado pelo Prof. Dr. Diógenes Santiago Santos. Os projetos FAPERGS (Construção e Aplicação de Máquinas Paralelas em Bioinformática: Engenharia Computacional da Proteína InhA de Mycobacterium tuberculosis) e Instituto do Milênio (Estratégias Integradas para Controle da Tuberculose no Brasil) resultaram, como objetivo geral no estabelecimento do Laboratório de Bioinformática, Modelagem e Simulação de Biossistemas (LABIO) da PUCRS. Seu objetivo específico é a resolução da estrutura tridimensional (3D) dos mutantes da enzima InhA [alvo da droga izoniazida em Mycobacterium tuberculosis (MTB)] utilizando-se técnicas de bioinformática estrutural, modelagem e simulação computacional por dinâmica molecular. Este projeto já resultou em três importantes publicações em 2002 e 2005, uma tese de doutorado defendida em novembro de 2004 e em outros artigos que deverão ser submetidos para publicação. Levando-se em consideração um modelo atomístico da InhA, seus mutantes, e o ambiente aquoso em sua volta, dados estáticos e dinâmicos de alta qualidade foram produzidos e continuam sendo analisados para se entender o mecanismo de resistência a drogas em MTB. A partir deste estudo obtivemos não somente as estruturas das enzimas alteradas pelas mutações como, também, informações detalhadas e importantes sobre as relações seqüência-estrutura-dinâmica-função, essenciais para o funcionamento da InhA. Uma novidade do nosso trabalho, em nível de pesquisa fundamental e aplicada, é a inclusão explícita da flexibilidade da enzima InhA quando utilizada em experimentos de docking. Nós acreditamos que a inclusão desta importante característica das enzimas aumentará sobremaneira as chances de se obter ligantes alternativos que, por sua vez, fornecerão a base para.
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Mestrado acadêmico: (3) / Doutorado: (2) .

Integrantes: Osmar Norberto de Souza - Coordenador / Furia Gargano - Integrante / André Luciano Pasinato da Costa - Integrante / Elisângela Machado Leal Cohen - Integrante / Karina dos Santos Machado - Integrante / Márcio Dorn - Integrante.
Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa.
2006 - 2008
Identificação e caracterização estrutural via bioinformática de possíveis alvos protéicos para o desenvolvimento de novos fármacos antimaláricos
Descrição: Esta proposta tem como principal objetivo a identificação bioinformática das enzimas da via do ácido chiquímico, tanto em P. falciparum como em P. vivax..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (2) .

Integrantes: Osmar Norberto de Souza - Coordenador / Danieli Forgiarini Figueiredo - Integrante / Giselle Afonso Funchal - Integrante.
Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.
2002 - 2005
Estratégias integradas para estudo e controle da tuberculose no Brasil
Descrição: Este projeto, um dos aprovados do Instituto do Milênio, visa integrar diferentes grupos de pesquisa no Brasil para propor soluções para o problema da tuberculose. O nosso grupo, o de medicamentos, coordenado pelo professor Díogenes Santiago Santos, propõe descobrir e desenhar novas drogas ou fármacos para o combate à tuberculose. Utilizaremos além de técnicas experimentais, modelagem e simulação para auxiliar no desenho racional de drogas assistido por computador..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (2) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (2) .

Integrantes: Osmar Norberto de Souza - Integrante / Evelyn Koeche Schroeder - Integrante / Ardala Breda - Integrante / Cláudia Lemelle Fernandes - Integrante / Luiz Augusto Basso - Integrante / Diógenes Santiago Santos - Coordenador.
Financiador(es): Ministério da Ciência, Tecnologia, Inovações e Comunicações - Auxílio financeiro / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.
Número de produções C, T & A: 6
2002 - 2002
Bioinformática Estrutural: Da Seqüência de Aminoácidos à Estrutura Tridimensional de Proteínas e sua Utilização no Planejamento Racional de Fármacos Assistido por Computador
Descrição: Muitas das proteínas (de 30% a 40%, em alguns casos até 50%) obtidas a partir do novos programas de seqüenciamento de genomas não possuem similares com estrutura 3D conhecida. Nesses casos, os métodos de Fold Recognition e Modelagem Comparativa não poderiam ser empregados. Portanto, é imperativo o desenvolvimento de novas técnicas de predição de estrutura 3D. Uma técnica que está começando a despontar como promissora é a da predição da estrutura de proteínas por ?primeiros princípios? ou ab initio. Há duas variações básicas desta metodologia. A primeira, desenvolve scoring functions capazes de distinguir as estruturas corretas (estado nativo, funcional) das incorretas (estado não-nativo) das proteínas. A segunda, explora o espaço conformacional das proteínas. Nessa segunda categoria se enquadram as simulações Monte Carlo e da Dinâmica Molecular de proteínas. A predição ab initio baseia-se na hipótese termodinâmica do dobramento ou enovelamento da proteína (protein folding). Essa hipótese sugere que a estrutura nativa de uma seqüência de proteína corresponde ao estado de energia mínima global da sua energia livre. Como resultado, uma simulação da DM produz uma seqüência de fotos da proteína em função do tempo. Esta seqüência de fotos constitui o que é chamado de ensemble na Mecânica Estatística. Quando o ensemble está em equilíbrio, o valor médio de parâmetros termodinâmicos como a pressão, temperatura, volume, calor específico, etc. pode ser calculado, assim como a estrutura média da proteína. Aqui, o nosso objetivo específico é desenvolver métodos e protocolos que permitam a obtenção da estrutura 3D de uma proteína a partir somente da sua seqüência linear de aminoácidos..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (2) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) .

Integrantes: Osmar Norberto de Souza - Coordenador / Ardala Breda - Integrante / Diógenes Santiago Santos - Integrante.
Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Auxílio financeiro / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Rio Grande do Sul - Auxílio financeiro.
2001 - 2004
Construção e Aplicação de Máquinas Paralelas em Bioinformática: Engenharia Computacional da Proteína InhA de Mycobacterium tuberculosis
Descrição: O objetivo geral deste trabalho é a capacitação em bioinfomática do Programa de Pós-Graduação em Ciência da Computação (PPGCC) da PUCRS. O seu objetivo específico é a determinação da estrutura tridimensional (3D) dos mutantes da enzima InhA (alvo da droga izoniazida em Mycobacterium tuberculosis) utilizando-se técnicas de bioinformática, modelagem e simulação computacional da dinâmica molecular de proteínas. A partir deste estudo poderemos obter não somente as estruturas das enzimas alteradas pelas mutações mas, também, informações detalhadas e importantes sobre as relações sequência-estrutura-dinâmica-função, essenciais para o funcionamento da enzima InhA. Levando-se em consideração um modelo atomístico da InhA, seus mutantes, e o ambiente aquoso em sua volta, dados estruturais e dinâmicos de alta qualidade serão produzidos para utilização no desenho racional, assistido por computador, de novos fármacos contra a tuberculose.
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (1) .

Integrantes: Osmar Norberto de Souza - Coordenador / Evelyn Koeche Schroeder - Integrante / Luiz Pedro Sório de Carvalho - Integrante / Paulo Henrique Lemelle Fernandes - Integrante / César Augusto Fonticielha De Rose - Integrante / Cláudia Lemelle Fernandes - Integrante / Luiz Augusto Basso - Integrante / Diógenes Santiago Santos - Integrante.
Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Rio Grande do Sul - Auxílio financeiro.
Número de produções C, T & A: 3 / Número de orientações: 1


Projetos de extensão


2009 - 2009
IV Brazilian Symposium on Bioinformatics - BSB 2009
Descrição: O Brazilian Symposium on Bioinformatics, BSB, promovido pela Sociedade Brasileira de Computação (SBC), por meio da Comissão Especial de Biologia Computacional (CEBioComp), terá a sua quarta edição, a ser realizada em Porto Alegre, RS, de 29 a 31 de julho de 2009. O BSB é a nova denominação do Brazilian Workshop on Bioinformatics (WOB). O BSB é um evento multidisciplinar para a troca de idéias e informações, apresentação, discussão e publicação de pesquisas nas áreas de Bioinformática e Biologia Computacional. Ele é também o ponto de encontro de pesquisadores de universidades e indústrias no Brasil e do exterior, abrangendo as áreas de ciências exatas, como computação, matemática, estatística, engenharias, e ciências da vida, como genética, biologia molecular, bioquímica, biofísica, medicina e microbiologia, entre outras. A primeira edição do BSB ocorreu em Gramado (RS), em 2002. As edições do WOB de 2003 e 2004 foram realizadas em Macaé (RJ) e Brasília (DF), respectivamente. A partir de 2005, o WOB assumiu a denominação de simpósio, dando origem ao BSB. Os eventos anteriores do BSB foram: - BSB 2005, 27-29 de julho de 2005, em São Leopoldo, RS; - BSB 2006, o evento não foi organizado em virtude da realização do 14º ISMB (International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology) em Fortaleza, CE; - BSB 2007, 29-31 de agosto de 2007, em Angra dos Reis, RJ; - BSB 2008, 25-28 de agosto de 2008, em Santo André, SP..
Situação: Concluído; Natureza: Extensão.
Alunos envolvidos: Graduação: (3) / Mestrado acadêmico: (3) / Doutorado: (2) .

Integrantes: Osmar Norberto de Souza - Coordenador / Duncan Dubugras Ruiz - Integrante.
Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Auxílio financeiro.


Outros Projetos


2011 - 2011
Rerforma da infraestrutura do LABIO
Descrição: Projeto para reformar a infraestrutura do LABIO/FACIN. Novos móveis, poltronas e gavetas..
Situação: Em andamento; Natureza: Outra.
Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (6) / Doutorado: (2) .

Integrantes: Osmar Norberto de Souza - Coordenador / Elisângela Machado Leal Cohen - Integrante / Ivani Pauli - Integrante / Karina Cristina Da Motta Dall'Agno - Integrante / Bruno Couto Giacobbo - Integrante / Anderson Auler Amaro - Integrante / Mirocem Fernandes de Oliveira - Integrante / Luís Fernando Saraiva Macedo Timmers - Integrante / Renata De Paris - Integrante.
Financiador(es): Fundo de Pesquisa da Faculdade de Informática - FACIN/PUCRS - Auxílio financeiro.


Membro de corpo editorial


2015 - Atual
Periódico: BMC Bioinformatics
2013 - Atual
Periódico: Frontiers in Molecular Biosciences
2011 - 2014
Periódico: ISRN Bioinformatics
2009 - 2011
Periódico: BMC Genomics


Revisor de periódico


1998 - 1998
Periódico: Biophysical Journal
1998 - 1998
Periódico: Journal of Biomolecular Structure and Dynamics
1997 - 1997
Periódico: CABIOS - Atualmente Bioinformatics
2011 - Atual
Periódico: International Journal of Data Mining and Bioinformatics
2011 - Atual
Periódico: Journal of Molecular Modeling (Online)
2010 - Atual
Periódico: BMC Genomics
2012 - Atual
Periódico: International Journal of Computational Biology and Drug Design (Online)
2011 - Atual
Periódico: Bioinformatics (Oxford. Online)
2012 - Atual
Periódico: Journal of The Brazilian Computer Society (Online)
2012 - Atual
Periódico: Proceedings of the Indian Academy of Sciences, Biological Sciences
2012 - Atual
Periódico: In Silico Biology (Online)
2012 - Atual
Periódico: Genetics and Molecular Biology (Impresso)
2013 - Atual
Periódico: Current Pharmaceutical Design (Print)
2012 - Atual
Periódico: Expert Systems with Applications
2012 - Atual
Periódico: Journal of the Brazilian Chemical Society (Impresso)
2014 - Atual
Periódico: Mini-Reviews in Medicinal Chemistry
2014 - Atual
Periódico: Frontiers in Molecular Biosciences


Revisor de projeto de fomento


2013 - Atual
Agência de fomento: Fundação de Apoio à Pesquisa do Estado do Rio Grande do Norte
2010 - Atual
Agência de fomento: Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior
2009 - Atual
Agência de fomento: Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior
2010 - Atual
Agência de fomento: Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Mato Grosso
2011 - Atual
Agência de fomento: Fundação de Amparo à Ciência e Tecnologia do Estado de Pernambuco
2008 - Atual
Agência de fomento: Fundação de Amparo à Ciência e Tecnologia do Estado de Pernambuco
2008 - Atual
Agência de fomento: Pontifícia Universidade Católica do RS - PUCRS
2007 - Atual
Agência de fomento: Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo
2002 - Atual
Agência de fomento: Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico


Áreas de atuação


1.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Biofísica / Subárea: Biofísica Molecular/Especialidade: Biofísica Molecular Computacional.
2.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Biologia Molecular/Especialidade: Bioinformática Aplicada.
3.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Biologia Molecular.
4.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Matemática da Computação/Especialidade: Modelos Analíticos e de Simulação.
5.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Metodologia e Técnicas da Computação/Especialidade: Banco de Dados.


Idiomas


Português
Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.
Espanhol
Compreende Bem, Fala Razoavelmente, Lê Bem.
Inglês
Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.


Prêmios e títulos


2012
Bolsa de Produtividade em Pesquisa, CNPq.
2011
Melhor trabalho de Pós-Graduação na Àrea de Genética, Evolução e Melhoramento Animal: Has the structure of the Sry gene caused XY sexual reversed females in Akodon montensis?, Sociedade Brasileira de Genética.
2009
Bolsa de Produtividade em Pesquisa, CNPq.
2008
Third Best Full Paper of the III Brazilian Symposium on Bioinformatics (BSB 2008), SBC.
2007
ICGEB Grant for Junior Scientists, International Centre for Genetic Engineering & Biotechnology, ICGEB/LNCC.
2007
Best Poster Award, X-Meeting, AB3C 3rd International Conference.
2006
Bolsa de Produtividade em Pesquisa, CNPq.
2003
Menção Honrosa, V IberoAmerican Congress of Biophysics, Sociedade Brasileira de Biofisica.
2002
Destaque XIV Salão de Iniciação Científica UFRGS, UFRGS.
2000
Jovem Pesquisador, FAPESP.
1999
Bolsa de Produtividade em Pesquisa, CNPq.
1991
Presidente Eleito da LPH-SU (Lillian Penson Hall Students Union) 1991-1992, Universidade de Londres, Londres, Inglaterra.
1988
Medalha de Prata Santos Dumont de Ciência e Tecnologia, Governo do Estado de Minas Gerais.


Produções



Produção bibliográfica
Citações

Web of Science
Total de trabalhos:41
Total de citações:535
Fator H:11
Norberto de Souza, Osmar  Data: 08/01/2018

SCOPUS
Total de trabalhos:67
Total de citações:807
Norberto de Souza, O; De Souza, O N  Data: 08/01/2018

Outras
Total de trabalhos:68
Total de citações:1224
Google Acadêmico - Fator H:17  Data: 08/01/2018

Artigos completos publicados em periódicos

1.
Paixão-Cortes, V. M. S.2018Paixão-Cortes, V. M. S. ; Tanus, M. S. S. ; Paixão-Cortes, W. R. ; Norberto de Souza, O ; Campos, M. B. ; Silveira, M. S. . Usability as the Key Factor to the Design of a Web Server for the CReF Protein Structure Predictor: The wCReF. INFORMATION, v. 9, p. 20, 2018.

2.
SUBTIL, FERNANDA TEIXEIRA2018SUBTIL, FERNANDA TEIXEIRA ; VILLELA, ANNE DRUMOND ; ABBADI, BRUNO LOPES ; RODRIGUES-JUNIOR, VALNÊS S. ; BIZARRO, CRISTIANO VALIM ; TIMMERS, LUIS FERNANDO SARAIVA MACEDO ; DE SOUZA, OSMAR NORBERTO ; PISSINATE, KENIA ; MACHADO, PABLO ; LÓPEZ-GAVÍN, ALEXANDRE ; TUDÓ, GRISELDA ; GONZÁLEZ-MARTÍN, JULIAN ; BASSO, LUIZ AUGUSTO ; SANTOS, DIÓGENES SANTIAGO . Activity of 2-(quinolin-4-yloxy)acetamides in Mycobacterium tuberculosis clinical isolates and identification of their molecular target by whole-genome sequencing. INTERNATIONAL JOURNAL OF ANTIMICROBIAL AGENTS, v. 51, p. 378-384, 2018.

3.
DE PARIS, RENATA2018DE PARIS, RENATA ; VAHL QUEVEDO, CHRISTIAN ; RUIZ, DUNCAN D. ; GARGANO, FURIA ; DE SOUZA, OSMAR NORBERTO . A selective method for optimizing ensemble docking-based experiments on an InhA Fully-Flexible receptor model. BMC BIOINFORMATICS, v. 19, p. 1-16, 2018.

4.
Timmers, L. F. S. M.2017Timmers, L. F. S. M. ; Neto, A. M. S. ; Montalvão, R. W. ; Basso, L. A. ; Santos, D. S. ; Norberto de Souza, O . EPSP synthase flexibility is determinant to its function: computational molecular dynamics and metadynamics studies. JOURNAL OF MOLECULAR MODELING, v. 23, p. 1-8, 2017.

5.
DALBERTO, PEDRO FERRARI2017DALBERTO, PEDRO FERRARI ; MARTINELLI, LEONARDO KRAS BORGES ; BACHEGA, JOSE FERNANDO RUGGIERO ; TIMMERS, LUIS FERNANDO SARAIVA MACEDO ; PINTO, ANTONIO FREDERICO MICHEL ; DADDA, ADILIO DA SILVA ; PETERSEN, GUILHERME OLIVEIRA ; SUBTIL, FERNANDA TEIXEIRA ; GALINA, LUIZA ; VILLELA, ANNE DRUMOND ; PISSINATE, KENIA ; MACHADO, PABLO ; BIZARRO, CRISTIANO VALIM ; DE SOUZA, OSMAR NORBERTO ; DE CARVALHO FILHO, EDGAR MARCELINO ; BASSO, LUIZ AUGUSTO ; SANTOS, DIOGENES SANTIAGO . Thermodynamics, functional and structural characterization of inosine-uridine nucleoside hydrolase from Leishmania braziliensis. RSC Advances, v. 7, p. 48861-48875, 2017.

6.
Rotta, M.2017Rotta, M. ; Timmers, L. F. S. M. ; Sequeiros-Borja, C. ; Bizarro, C. V. ; Norberto de Souza, O ; Santos, D. S. ; Basso, L. A. . Observed crowding effects on Mycobacterium tuberculosis 2-trans-enoyl-ACP (CoA) reductase enzyme activity are not due to excluded volume only. Scientific Reports, v. 7, p. 6826-14, 2017.

7.
Martinelli, L. K. B.2017Martinelli, L. K. B. ; Rotta, M. ; Villela, A. D. ; Rodrigues-Junior, V. S. ; Abbadi, B. L. ; Trindade, R. V. ; Petersen, G. O. ; Danesi, G. M. ; Nery, L. R. ; Pauli, I. ; Campos, M. M. ; Bonan, C. D. ; Norberto de Souza O. ; Basso, L. A. ; Santos, D. S. . Functional, thermodynamics, structural and biological studies of in silico-identified inhibitors of Mycobacterium tuberculosis enoyl-ACP(CoA) reductase enzyme. Scientific Reports, v. 7, p. 1/46696-15, 2017.

8.
Galina, L.2017Galina, L. ; Dalberto, P. F. ; Martinelli, L. K. B. ; Roth, C. D. ; Pinto, A. F. M. ; Villela, A. D. ; Bizarro, C. V. ; Machado, P. ; Timmers, L. F. S. M. ; Norberto de Souza, O ; Carvalho-Filho, E. M. ; Basso, L. A. ; Santos, D. S. . Biochemical, thermodynamic and structural studies of recombinant homotetrameric adenylosuccinate lyase from Leishmania braziliensis. RSC Advances, v. 7, p. 54347-54360, 2017.

9.
LUNARDI, JULEANE2016LUNARDI, JULEANE ; BORGES MARTINELLI, LEONARDO KRAS ; RAUPP, ALESSANDRA SILVA ; SACCONI NUNES, JOSÉ EDUARDO ; ROSTIROLLA, DIANA CAROLINA ; SARAIVA MACEDO TIMMERS, LUÍS FERNANDO ; VILLELA, ANNE DRUMOND ; PISSINATE, KENIA ; LIMBERGER, JONES ; Norberto de Souza, Osmar ; BASSO, LUIZ AUGUSTO ; SANTOS, DIÓGENES SANTIAGO ; MACHADO, PABLO . Mycobacterium tuberculosis histidinol dehydrogenase: biochemical characterization and inhibition studies. RSC Advances, v. 6, p. 28406-28418, 2016.

10.
Rotta, M.2015Rotta, M. ; Pissinate, K. ; Villela, A. D. ; Back, D. F. ; Timmers, L. F. S. M. ; DE SOUZA, OSMAR NORBERTO ; Santos, D. S. ; Basso, L. A. ; Machado, P. . Piperazine derivatives: Synthesis, inhibition of the Mycobacterium tuberculosis enoyl-acyl carrier protein reductase and SAR studies. European Journal of Medicinal Chemistry, v. 90, p. 436-447, 2015.

11.
De Paris, R.2015De Paris, R. ; Quevedo, C. V. ; Ruiz, D. D. ; Norberto de Souza, Osmar ; Barros, R. C. . Clustering Molecular Dynamics Trajectories for Optimizing Docking Experiments. Computational Intelligence and Neuroscience, v. 2015, p. 1-9, 2015.

12.
Vargas, J. E.2015Vargas, J. E. ; Puga, R. ; Poloni, J. F. ; Timmers, L. F. S. M. ; Porto, B. N. ; Norberto de Souza, Osmar ; Bonatto, D. ; Condessa Pitrez, P. M. ; Tetelbom Stein, R. . A Network Flow Approach to Predict Protein Targets and Flavonoid Backbones to Treat Respiratory Syncytial Virus Infection. BIOMED RES INT, v. 2015, p. 1-9, 2015.

13.
De Paris, R.2015De Paris, R. ; Quevedo, C. V. ; Ruiz, D. D. A. ; Norberto de Souza, Osmar . An Effective Approach for Clustering InhA Molecular Dynamics Trajectory Using Substrate-Binding Cavity Features. Plos One, v. 10, p. e0133172-14, 2015.

14.
Lobo, M. M.2015Lobo, M. M. ; Oliveira, S. M. ; Brusco, I. ; Machado, P. ; Timmers, L. F. S. M. ; DE SOUZA, OSMAR N. ; Martins, M. A. P. ; Bonacorso, H. G. ; dos Santos, J. M. ; Canova, B. ; da Silva, T. V. F. ; Zanatta, N. . Regioselectively controlled synthesis of 3(5)-(trifluoromethyl)pyrazolylbenzenesulfonamides and their effects on a pathological pain model in mice. European Journal of Medicinal Chemistry, v. 102, p. 143-152, 2015.

15.
Hettich, J.2014Hettich, J. ; Ryan, S. D. ; DE SOUZA, OSMAR NORBERTO ; Timmers, L. F. S. M. ; Tsai, S. ; Atai, N. A. ; Da Hora, C. C. ; Zhang, X. ; Kothary, R. ; Snapp, E. ; Ericsson, M. ; Grundmann, K. ; Breakefield, X. O. ; Nery, F. C. . Biochemical and Cellular Analysis of Human Variants of the DYT1 Dystonia Protein, TorsinA/TOR1A. Human Mutation, v. 35, p. 1101-1113, 2014.

16.
Lipinski-Paes, T.2014Lipinski-Paes, T. ; DE SOUZA, OSMAR NORBERTO . MASTERS: A General Sequence-based MultiAgent System for Protein TERtiary Structure Prediction. ELECTRONIC NOTES IN THEORETICAL COMPUTER SCIENCE, v. 306, p. 45-59, 2014.

17.
Vahl Quevedo, C.2014Vahl Quevedo, C. ; De Paris, R. ; Ruiz, D. D. ; Norberto de Souza, Osmar . A strategic solution to optimize molecular docking simulations using Fully-Flexible Receptor models. Expert Systems with Applications, v. 41, p. 7608-7620, 2014.

18.
De Paris, R.2013De Paris, R. ; Frantz, F. A. ; Norberto de Souza, Osmar ; Ruiz, D. D. . wFReDoW: A Cloud-Based Web Environment to Handle Molecular Docking Simulations of a Fully Flexible Receptor Model. Journal of Biomedicine and Biotechnology (Print), v. 2013, p. 1-12, 2013.

19.
Pauli, Ivani2013Pauli, Ivani ; Dos Santos, R. N. ; Rostirolla, D. C. ; Martinelli, L. K. ; Ducati, R. G. ; Timmers, L. F. S. M. ; Basso, L. A. ; Santos, D. S. ; Guido, R. V. C. ; Andricopulo, A. D. ; Norberto de Souza, Osmar . Discovery of New Inhibitors of Mycobacterium tuberculosis InhA Enzyme Using Virtual Screening and a 3D-Pharmacophore-Based Approach. Journal of Chemical Information and Modeling (Online), v. 53, p. 2390-2401, 2013.

20.
Dall?Agno, K. C. M.2013Dall?Agno, K. C. M. ; Norberto de Souza, Osmar . An expert protein loop refinement protocol by molecular dynamics simulations with restraints. Expert Systems with Applications, v. 40, p. 2568-2574, 2013.

21.
Jaskulski, L.2013Jaskulski, L. ; Rosado, L. A. ; Rostirolla, D. C. ; Timmers, L. F. S. M. ; DE SOUZA, OSMAR N. ; Santos, D. S. ; Basso, L. A. . Kinetic mechanism and energetics of binding of phosphoryl group acceptors to Mycobacterium tuberculosis cytidine monophosphate kinase. Archives of Biochemistry and Biophysics (Print), v. 536, p. 53-63, 2013.

22.
Wink, P. L.2013Wink, P. L. ; Quitian, Z. A. S. ; Rosado, L. A. ; Rodrigues-Junior, V. S. ; Petersen, G. O. ; Lorenzini, D. M. ; Lipinski-Paes, T. ; Timmers, L. F. S. M. ; DE SOUZA, OSMAR NORBERTO ; Basso, L. A. ; Santos, D. S. . Biochemical characterization of recombinant nucleoside hydrolase from Mycobacterium tuberculosis H37Rv. Archives of Biochemistry and Biophysics (Print), v. 538, p. 80-94, 2013.

23.
Renck, D.2013Renck, D. ; Machado, P. ; Souto, A. A. ; Rosado, L. A. ; Erig, T. ; Campos, M. M. ; Farias, C. B. ; Roesler, R. ; Timmers, L. F. S. M. ; Norberto de Souza, Osmar ; Santos, D. S. ; Basso, L. A. . Design of novel potent inhibitors of human uridine phosphorylase-1: synthesis, inhibition studies, thermodynamics and in vitro influence on 5-fluorouracil cytotoxicity. Journal of Medicinal Chemistry, v. 56, p. 8892-8902, 2013.

24.
Winck, A.T.2013Winck, A.T. ; Machado, K. S. ; Norberto de Souza O. ; Ruiz, D. D. . Context-based preprocessing of molecular docking data. BMC Genomics, v. 14, p. S6, 2013.

25.
Dorn, M.2013Dorn, M. ; SOUZA, OSMAR NORBERTO DE . An interval-based algorithm to represent conformational states of experimentally determined polypeptide templates and fast prediction of approximated 3D protein structures. International Journal of Bioinformatics Research and Applications (Online), v. 9, p. 462-486, 2013.

26.
Costa, A. L. P.2012Costa, A. L. P. ; Pauli, Ivani ; Dorn, M. ; Schroeder, Evelyn K. ; Zhan, C.-G. ; Norberto de Souza, Osmar . Conformational changes in 2-trans-enoyl-ACP (CoA) reductase (InhA) from M. tuberculosis induced by an inorganic complex: a molecular dynamics simulation study. Journal of Molecular Modeling (Print), v. 18, p. 1779-1790, 2012.

27.
Barros, R. C.2012Barros, R. C. ; Winck, A.T. ; Machado, K. S. ; Basgalupp, M. P. ; Carvalho, A. C. P. L. F. ; Ruiz, D. D. ; DE SOUZA, OSMAR NORBERTO . Automatic design of decision-tree induction algorithms tailored to flexible-receptor docking data. BMC Bioinformatics, v. 13, p. 310, 2012.

28.
Machado, K. S.2011Machado, K. S. ; Schroeder, E. K. ; Ruiz, D. D ; Cohen, E. M. L. ; Norberto de Souza O. . FReDoWS: a method to automate molecular docking simulations with explicit receptor flexibility and snapshots selection. BMC Genomics, v. 12, p. S6, 2011.

29.
Cohen, E. M. L.2011Cohen, E. M. L. ; Machado, K. S. ; Cohen, M. ; Norberto de Souza O. . Effect of the explicit flexibility of the InhA enzyme from Mycobacterium tuberculosis in molecular docking simulations. BMC Genomics, v. 12, p. S7, 2011.

30.
Machado, K. S.2011Machado, K. S. ; Winck, A.T. ; Ruiz, D. D. ; Norberto de Souza, Osmar . Mining flexible-receptor molecular docking data. Wiley Interdisciplinary Reviews: Data Mining and Knowledge Discovery, v. 1, p. 532-541, 2011.

31.
Dorn, M.2010Dorn, M. ; Norberto de Souza O. . Mining the Protein Data Bank with CReF to predict approximate 3-D structures of polypeptides. International Journal of Data Mining and Bioinformatics, v. 4, p. 281-299, 2010.

32.
Thompson, C. E.2010Thompson, C. E. ; Fernandes, C. L. ; Norberto de Souza O. ; Freitas, L. B. ; Salzano, F. M. . Evaluation of the impact of functional diversification on Poaceae, Brassicaceae, Fabaceae, and Pinaceae alcohol dehydrogenase enzymes. Journal of Molecular Modeling, v. 16, p. 919-928, 2010.

33.
Machado, K. S.2010Machado, K. S. ; Winck, A. T. ; Ruiz, D. D ; Norberto de Souza O. . Discretization of flexible-receptor docking data. Lecture Notes in Computer Science, v. 6268, p. 75-79, 2010.

34.
Dorn, M.2010Dorn, M. ; Norberto de Souza O. . A3N: An artificial neural network n-gram-based method to approximate 3-D polypeptides structure prediction. Expert Systems with Applications, v. 37, p. 7497-7508, 2010.

35.
Machado, K. S.2010Machado, K. S. ; Winck, A. T. ; Ruiz, D. D ; Norberto de Souza O. . Mining flexible-receptor docking experiments to select promising protein receptor snapshots. BMC Genomics, v. 11, p. S6, 2010.

36.
Winck, A. T.2009Winck, A. T. ; Machado, K. S. ; Norberto de Souza O. ; Ruiz, D. D . FReDD: supporting mining strategies though a flexible-receptor docking database. Lecture Notes in Computer Science, v. 5676, p. 143-146, 2009.

37.
Machado, K. S.2008Machado, K. S. ; Schroeder, E. K. ; Ruiz, D. D ; Winck, A. T. ; Norberto de Souza O. . Extracting information from flexible receptor-flexible ligand docking experiments. Lecture Notes in Computer Science, v. 5167, p. 104-114, 2008.

38.
Dorn, M.2008Dorn, M. ; Breda, A. ; Norberto de Souza O. . A hybrid method for the protein structure prediction problem. Lecture Notes in Computer Science, v. 5167, p. 47-56, 2008.

39.
Fernandes, C. L.2007Fernandes, C. L. ; Breda, A. ; Santos, D. S. ; Basso, L. A. ; Norberto de Souza O. . A structural model for chorismate synthase from Mycobacterium tuberculosis in complex with coenzyme and substrate. Computers in Biology and Medicine, Grã-Bretanha, v. 37, n.xx, p. 149-158, 2007.

40.
Fonseca, I. O.2007Fonseca, I. O. ; Silva, R. G. ; Fernandes, C. L. ; Norberto de Souza O. ; Basso, L. A. ; Santos, D. S. . Shikimate dehydrogenase from Mycobacterium tuberculosis H37Rv: Kinetic and chemical mechanisms. Archives of Biochemistry and Biophysics (Print), v. 457, p. 123-133, 2007.

41.
Breda, A.2007Breda, A. ; Santos, D. S. ; Basso, L. A. ; Norberto de Souza O. . Ab initio 3-D structure prediction of an artificially designed three-a-helix bundle via all-atom molecular dynamics simulations. Genetics and Molecular Research, v. 6, p. 901-910, 2007.

42.
Thompson, C. E.2007Thompson, C. E. ; Salzano, F. M. ; Norberto de Souza O. ; Freitas, L. B. . Sequence and structural aspects of the functional diversification of plant alcohol dehydrogenases. Gene (Amsterdam), v. 396, p. 108-115, 2007.

43.
Machado, K. S.2007Machado, K. S. ; Schroeder, E. K. ; Ruiz, D. D ; Norberto de Souza O. . Automating molecular docking with explicit receptor flexibility using scientific workflows. Lecture Notes in Computer Science, v. 4643, p. 1-11, 2007.

44.
Thompson, C. E.2006Thompson, C. E. ; Fernandes, C. L. ; Norberto de Souza O. ; Salzano, F. M. ; Bonatto, S. L. ; Freitas, L. B. . Molecular Modelling of Pathogenesis-related Proteins of Family 5. Cell Biochemistry and Biophysics, Totowa, NJ - USA in press, v. 44, n.3, p. 385-394, 2006.

45.
Oliveira, Jaim S.2006Oliveira, Jaim S. ; de Sousa, E. H.S. ; Norberto de Souza O. ; Moreira, lcaro S. ; Santos, D. S. ; Basso, L. A. . Slow-Onset Inhibition of 2-trans-Enoyl-ACP (CoA) Reductase from Mycobacterium tuberculosis by an Inorganic Complex. Current Pharmaceutical Design (Print), Karachim - Paquistão, v. 12, p. 2409-2424, 2006.

46.
Oliveira, J. S.2006Oliveira, J. S. ; Pereira, J. H. ; Canduri, F. ; Norberto de Souza O. ; Azevedo Junior, W. F. ; Basso, L. A. ; Santos, D. S. . Crystallographic and pre-steady state kinetics studies on binding of NADH to wild-type and isoniazid-resistant enoyl-ACP (CoA) reductase enzymes from Mycobacterium tuberculosis. Journal of Molecular Biology, Grã-Bretanha, v. 359, p. 646-666, 2006.

47.
Czekster, R. M.2006Czekster, R. M. ; Norberto de Souza O. . SimVIZ - A desktop virtual environment for visualization and analysis of protein multiple simulation trajectories. Lecture Notes in Computer Science, Alemanha, v. 3980, p. 202-211, 2006.

48.
Schroeder, E. K.2005Schroeder, E. K. ; Basso, L. A. ; Santos, D. S. ; Norberto de Souza O. . Molecular dynamics simulation studies of the wild-type, I21V and I16T mutants of isoniazid resistant Mycobacterium tuberculosis enoyl reductase (InhA) in complex with NADH: Towards the understanding of NADH-InhA different affinities. Biophysical Journal (Print), Bethesda ,MD - USA, v. 89, n.2, p. 876-884, 2005.

49.
Fernandes, C. L.2005Fernandes, C. L. ; Santos, D. S. ; Basso, L. A. ; Norberto de Souza O. . Structure prediction and docking studies of chorismate synthase from Mycobacterium tuberculosis. Lecture Notes in Computer Science, v. 3594, p. 118-127, 2005.

50.
Czekster, R. M.2005Czekster, R. M. ; Norberto de Souza O. . VIZ - A graphical open-source architecture for use in structural bioinformatics. Lecture Notes in Computer Science, v. 3594, p. 226-229, 2005.

51.
Benedetti, C. E.2003Benedetti, C. E. ; Kobarg, J. ; Pertinhez, T. A. ; Gatti, R. M. ; Norberto de Souza O. ; Spisni, A. ; Meneghini, R. . Plasmodium falciparum histidine-rich protein II binds to actin, phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate and erythrocyte ghosts in a pH-dependent manner and undergoes coil-to-helix transitions in anionic micelles. Molecular and Biochemical Parasitology (Print), USA, v. 128, n.2, p. 157-166, 2003.

52.
Schroeder, E. K.2002Schroeder, E. K. ; Norberto de Souza O. ; Santos, D. S. ; Blanchard, J. S. ; Basso, L. A. . Drugs that inhibit mycolic acid biosynthesis in Mycobacterium tuberculosis. Current Pharmaceutical Biotechnology (Print), Estado Unidos, v. 3, n.3, p. 197-235, 2002.

53.
Norberto de Souza O.;Souza ON;Norberto de Souza, Osmar;De Souza, O.N.;DeSouza, O. N.;DE SOUZA, OSMAR N.;De Souza ON;DE SOUZA, O.S.;DE SOUZA, OSMAR NORBERTO;DE SOUZA, OSMAR;SOUZA, OSMAR NORBERTO DE;Souza, Osmar Norberto;Norberto de Souza, O1999 Norberto de Souza O.; Ornstein, R. L. . Molecular dynamics simulations of a protein-protein dimer: Particle-Mesh Ewald electrostatic model yields far superior results to standard cutoff model. Journal of Biomolecular Structure & Dynamics, v. 16, n.6, p. 1205-1217, 1999.

54.
Zhan, C.-G.1999 Zhan, C.-G. ; Norberto de Souza O. ; Rittenhouse, R. ; Ornstein, R. L. . Determination of two structural forms of catalytic bridging ligand in zinc phosphotriesterase by molecular dynamics simulation and quantum chemical calculation. Journal of the American Chemical Society (Print), v. 121, n.32, p. 7279-7282, 1999.

55.
Norberto de Souza O.;Souza ON;Norberto de Souza, Osmar;De Souza, O.N.;DeSouza, O. N.;DE SOUZA, OSMAR N.;De Souza ON;DE SOUZA, O.S.;DE SOUZA, OSMAR NORBERTO;DE SOUZA, OSMAR;SOUZA, OSMAR NORBERTO DE;Souza, Osmar Norberto;Norberto de Souza, O1998 Norberto de Souza O.; Ornstein, R. L. . Inherent DNA curvature and flexibility correlate with TATA Box functionality. Biopolymers (New York), v. 46, p. 403-415, 1998.

56.
Norberto de Souza O.;Souza ON;Norberto de Souza, Osmar;De Souza, O.N.;DeSouza, O. N.;DE SOUZA, OSMAR N.;De Souza ON;DE SOUZA, O.S.;DE SOUZA, OSMAR NORBERTO;DE SOUZA, OSMAR;SOUZA, OSMAR NORBERTO DE;Souza, Osmar Norberto;Norberto de Souza, O1998 Norberto de Souza O.; Goodfellow, J.M. . The intrinsic curvature of a 51 bp K-DNA fragment of Leishmania tarentolae: A molecular model. Journal of Biomolecular Structure & Dynamics, v. 15, n.5, p. 905-930, 1998.

57.
Norberto de Souza O.;Souza ON;Norberto de Souza, Osmar;De Souza, O.N.;DeSouza, O. N.;DE SOUZA, OSMAR N.;De Souza ON;DE SOUZA, O.S.;DE SOUZA, OSMAR NORBERTO;DE SOUZA, OSMAR;SOUZA, OSMAR NORBERTO DE;Souza, Osmar Norberto;Norberto de Souza, O1997 Norberto de Souza O.; Ornstein, R. L. . Effect of periodic box size on aqueous molecular dynamics simulation of a DNA dodecamer with particle-mesh Ewald method. Biophysical Journal (Print), Bethesda ,MD - USA, v. 72, p. 2395-2397, 1997.

58.
Norberto de Souza O.;Souza ON;Norberto de Souza, Osmar;De Souza, O.N.;DeSouza, O. N.;DE SOUZA, OSMAR N.;De Souza ON;DE SOUZA, O.S.;DE SOUZA, OSMAR NORBERTO;DE SOUZA, OSMAR;SOUZA, OSMAR NORBERTO DE;Souza, Osmar Norberto;Norberto de Souza, O1997Norberto de Souza O.; Ornstein, R. L. . Effect of warm up protocol and sampling time on convergence of molecular dynamics simulations of a DNA dodecamer using AMBER 4.1 and Particle-Mesh Ewald method. Journal of Biomolecular Structure & Dynamics, v. 14, n.5, p. 607-611, 1997.

59.
Goodfellow, J.M.1994Goodfellow, J.M. ; Cruzeiro-Hansson, L. ; Norberto de Souza O. ; Parker, K. ; Sayle, T. ; Umrania, Y. . DNA Structure, Hydration and Dynamics. International Journal of Radiation Biology (Print), v. 66, n.5, p. 471-478, 1994.

60.
Norberto de Souza O.;Souza ON;Norberto de Souza, Osmar;De Souza, O.N.;DeSouza, O. N.;DE SOUZA, OSMAR N.;De Souza ON;DE SOUZA, O.S.;DE SOUZA, OSMAR NORBERTO;DE SOUZA, OSMAR;SOUZA, OSMAR NORBERTO DE;Souza, Osmar Norberto;Norberto de Souza, O1994Norberto de Souza O.; Goodfellow, J.M. . Molecular dynamics simulations of oligonucleotides in solution: Visualization of intrinsic curvature. Journal of Computer-Aided Molecular Design, v. 8, p. 307-322, 1994.

Livros publicados/organizados ou edições
1.
Norberto de Souza O.; Telles, G. P. (Org.) ; Palakal, M. J. (Org.) . Digital Proceedings of the 6th Brazilian Symposium on Bioinformatics. Porto Alegre: Sociedade Brasileira de Computação, 2011.

2.
Norberto de Souza O.; Telles, G. P. (Org.) ; Palakal, M. J. (Org.) . Advances in Bioinformatics and Computational Biology - 6th Brazilian Symposium on Bioinformatics, BSB 2011, Lecture Notes in Computer Science, Vol. 6832. 1. ed. Berlin: Springer, 2011. 83p .

Capítulos de livros publicados
1.
Machado, Vanessa Stangherlin ; da Silva Tanus, Michele dos Santos ; Paixão-Cortes, Walter Ritzel ; DE SOUZA, OSMAR NORBERTO ; de Borba Campos, Márcia ; Silveira, Milene Selbach . wCReF A Web Server for the CReF Protein Structure Predictor. Advances in Intelligent Systems and Computing. 1ed.: Springer International Publishing, 2018, v. 558, p. 831-838.

2.
Stangherlin Machado Paixão-Côrtes, Vanessa ; Ritzel Paixão-Côrtes, Walter ; DE BORBA CAMPOS, MARCIA ; Norberto de Souza, Osmar . A Panorama on Selection and Use of Bioinformatics Tools in the Brazilian University Context. Lecture Notes in Computer Science. 1ed.: Springer International Publishing, 2018, v. , p. 553-573.

3.
Stangherlin Machado, Vanessa ; Paixão-Cortes, Walter Ritzel ; Norberto de Souza, Osmar ; de Borba Campos, Márcia . Decision-Making for Interactive Systems: A Case Study for Teaching and Learning in Bioinformatics. Lecture Notes in Computer Science. 1ed.: Springer International Publishing, 2017, v. 10296, p. 90-109.

4.
Winck, Ana T. ; Quevedo, C. V. ; Machado, Karina S. ; Souza, Osmar Norberto ; Ruiz, D. D. . A Comparative Analysis of Public Ligand Databases Based on Molecular Descriptors. In: Marcílio C.P. de Souto, Maricel G. Kann. (Org.). Lecture Notes in Computer Science. 12ed.Berlin: Springer Berlin Heidelberg, 2012, v. 7409, p. 156-167.

5.
Paris, Renata ; Frantz, F. A. ; Norberto de Souza, Osmar ; Ruiz, D. D. . A Conceptual Many Tasks Computing Architecture to Execute Molecular Docking Simulations of a Fully-Flexible Receptor Model. Lecture Notes in Computer Science. 11ed.Berlin: Springer Berlin Heidelberg, 2011, v. 6832, p. 75-78.

6.
Winck, A. T. ; Machado, K. S. ; Ruiz, D. D ; Norberto de Souza O. . Processo de KDD aplicado a Bioinformatica. In: Adriano C. Machado Pereira; Gisele Lobo Pappa. Marco Winckler; Roberta Lima Gomes. (Org.). Tópicos em sistemas colaborativos, multimídia, web e banco de dados. Porto Alegre: Sociedade Brasileira de Computação, 2010, v. 1, p. 159-180.

7.
Breda, A. ; Valadares, N. F. ; Norberto de Souza O. ; Garratt, R. C. . Protein Structure, Modelling and Applications. In: Arthur Gruber; Alan M. Durham; Chuong Huynh; Hernando A. del Portillo. (Org.). Bioinformatics for Tropical Disease Research: A Practical and Case-Study Approach. Maryland: NIH/NCBI, 2008, v. , p. -.

8.
Goodfellow, J.M. ; Norberto de Souza O. ; Parker, K. ; Cruzeiro-Hansson, L. . Simulations of Biomolecular Systems. In: Wilfred van Gusnteren; Paul K. Weiner; Anthony J. Wilkinson. (Org.). Simulation of Biomolecular Systems: Theoretical and Experimental Applications. Amsterdan: Escom, 1993, v. 2, p. 483-495.

Textos em jornais de notícias/revistas
1.
Norberto de Souza O.. A descoberta do Código da Vida - Parte III. Negócios e Tecnologia, Montes Claros - Minas Gerais, p. 03 - 03, 23 jun. 2008.

2.
Norberto de Souza O.. A descoberta do Código da Vida - Parte II. Negócios e Tecnologia, Montes Claros - Minas Gerais, p. 03 - 03, 16 maio 2008.

3.
Norberto de Souza O.. A descoberta do Código da Vida - Parte I. Negócios e Tecnologia, Montes Claros - Minas Gerais, p. 05 - 05, 09 maio 2008.

Trabalhos completos publicados em anais de congressos
1.
Lipinski-Paes, T. ; Tanus, M. S. S. ; Bachega, J. F. R. ; Norberto de Souza O. . A Multiagent Ab Initio Protein Structure Prediction Tool for Novices and Experts. In: 12th International Symposium on Bioinformatics Research and Applications (ISBRA), Minsk, Belarus, June 5-8, 2016, Minsk, Belarus. Lecture Notes in Bioinformatics (LNBI). v. 9683.

2.
Hübler, P. ; Ruiz, D. D. A. ; Ferreira, J. E. ; DE SOUZA, OSMAR NORBERTO . P-SaMI. In: the 30th Annual ACM Symposium, 2015, Salamanca. Proceedings of the 30th Annual ACM Symposium on Applied Computing - SAC '15. p. 54-57.

3.
Winck, A. T. ; Machado, K. S. ; Norberto de Souza O. ; Ruiz, D. D . Supporting Intermolecular Interaction Analyses of Flexible-Receptor Docking Simulations. In: IADIS International Conference Applied Computing, 2010, Timisoara. Proceedings of the IADIS International Conference Applied Computing, 2010. p. 183-190.

4.
Dorn, M. ; Norberto de Souza O. . CReF: a central-residue-fragment-based method for predicting approximate 3-D polypeptides structures. In: 23th ACM Symposium on Applied Computing, 2008, Fortaleza/CE. Proceedings of the 23th ACM Symposium on Applied Computing. New York: ACM, Inc., 2008. v. 2. p. 1261-1267.

5.
Silva, A. O. ; Norberto de Souza O. . A Framework for Result Handling in Bioinformatics: an Application to Computer Assisted Drug Design. In: The 20th ACM Symposium on Applied Computing, 2005, Santa Fé - NM - USA.. Proceedings of the 20th Annual ACM Symposium on Applied Computing. New York: Association for Computing Machinery, Inc. (ACM) Press, 2005. v. 0. p. 128-132.

6.
Stelmar Netto, M. A. ; Breda, A. ; DE SOUZA, O.S. . Scheduling complex computer simulations on heterogeneous non-dedicated machines: a case study in structural bioinformatics. In: , 2005, Cardiff. , 2005. v. 2. p. 768-775.

7.
Norberto de Souza O.; Ornstein, R. L. . Baselining the Particle-mesh Ewald Method within AMBER 4.1 for Simulations of DNA Dodecamers and TATA box Sequence-dependent Curvature. In: American Chemical Society Computers in Chemistry Meeting, 1997, San Francisco. Abstracts of Papers of the Amercan Chemical Society. Washington,DC: American Chemical Society, 1997. v. 213. p. 267.

8.
Norberto de Souza O.; Ornstein, R. L. ; Miaskiewicz, K. . Molecular Dynamics Simulations on the 14 Base-pair Oligonucleotide Containing the Adenovirus Major Late Promoter TATA Element and Relatated Sequences: Does TATA box Binding Protein Prefer Curved or Flexible DNA Sequences. In: Thirty-Fourth Hanford Symposium on Health and the Environment, 1995, Pasco. Biomacromolecules: From 3-D Structure to Applications. Columbus-Ohio: Batelle Press, 1995. p. 342-342.

Resumos expandidos publicados em anais de congressos
1.
Lopes, S. R. ; Norberto de Souza O. ; Yonenaga-Yassuda, Y. ; Fagundes, V. . Has the structure os the Sry gene caused XY sexual reversed females in Akodon montensis?. In: 57º Congresso Brasileiro de Genética, 2011, Águas de Lindóia, SP. Anais do Congresso Brasileiro de Genética. v. 2011. p. 195-195.

2.
Machado, K. S. ; Winck, A. T. ; Ruiz, D. D ; Norberto de Souza O. . Comparison of Discretization Methods of Flexible-Receptor Docking Data for Analyses by Decision Trees. In: IADIS International Conference Applied Computing, 2010, Timisoara. Proceedings of the IADIS International Conference on Applied Computing. Timisoara, 2010. p. 225-229.

3.
Machado, K. S. ; Schroeder, E. K. ; Ruiz, D. D ; Norberto de Souza O. . Extracting information from flexible ligand-receptor docking experiments. In: X-meeting 2007 - 3rd International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology, 2007, São Paulo. Annals of the 3rd Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology, 2007.

4.
Dorn, M. ; Norberto de Souza O. . A fragment-based clustering method for predicting approximate 3-D polypeptide structures. In: X-meeting 2007 - 3rd International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology, 2007, São Paulo. Annals of 3rd Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology, 2007.

5.
Costa, A. L. P. ; Zhan, C.-G. ; Norberto de Souza O. . Molecular dynamics simulation studies of the interaction between 2-trans -enoyl-ACP (CoA) Reductase (InhA) from M. tuberculosis and pentacyano(isoniazid)ferrate II. In: X-meeting 2007 - 3rd International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology, 2007, São Paulo. Annals of the 3rd Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology, 2007.

6.
Gargano, F. ; Costa, A. L. P. ; Norberto de Souza O. . Effect of temperature on enzyme structure and function: a molecular dynamics simulation study. In: X-meeting 2007 - 3rd International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology, 2007, São Paulo. Annals of the 3rd Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology, 2007.

7.
Breda, A. ; Norberto de Souza O. . An analysis of the transcription factor PDEF-DNA interactions: In silico evidence of a leading intramolecular readout mechanism. In: X-meeting 2007 - 3rd International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology, 2007, São Paulo. Annals of the 3rd Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology, 2007.

Resumos publicados em anais de congressos
1.
Cunha, H. ; De Paris, R. ; Quevedo, C. V. ; Ruiz, D. D ; Norberto de Souza, Osmar . Recent Advances in Molecular Docking Experiments of Fully-Flexible Receptor Models - Poster A18. In: III International Society for Computational Biology Latin America X-Meeting on Bioinformatics with BSB and SoiBio (ISCB-Latin America), 2014, Belo Horizonte. ISCB Latin America 2014 Poster Proceedings, 2014.

2.
Winck, A. T. ; Machado, K. S. ; Norberto de Souza O. ; Ruiz, D. D . Context-Based Preprocessing on Flexible-Receptor Docking Data. In: International Society for Computational Biology Latin America Conference, 2010, Montevideo. ISCB Latin America 2010, 2010. p. 68-68.

3.
Quevedo, C. V. ; Winck, A. T. ; Machado, K. S. ; Ruiz, D. D ; Norberto de Souza O. . A Study of Molecular Descriptor to Rank Candidate Ligands to Inhibit the InhA Receptor. In: International Society for Computational Biology Latin America Conference, 2010, Montevideo. ISCB Latin America 2010, 2010. p. 79-79.

4.
Machado, K. S. ; Winck, A. T. ; Ruiz, D. D ; Norberto de Souza O. . Applying Model Trees on Flexible-Receptor Docking Experiments to select promising protein receptor snapshots. In: International Society for Computational Biology Latin America Conference, 2010, Montevideo. ISCB Latin America, 2010. p. 66-66.

5.
Cohen, E. M. L. ; Machado, K. S. ; Norberto de Souza O. . The effect of InhA flexibility in docking simulations with ethionamide and triclosan. In: International Society for Computational Biology Latin America Conference, 2010, Montevideo. ISCB Latin America, 2010. p. 73-73.

6.
Pauli, Ivani ; Norberto de Souza O. ; Basso, L. A. ; Santos, D. S. . Studies on the Interactions of the Enzyme InhA from Mycobacterium tuberculosis with Small Drug-like Molecules. In: International Society for Computational Biology Latin America Conference, 2010, Montevideo. ICSB Latin America 2010, 2010.

7.
Quevedo, C. V. ; Pauli, Ivani ; Norberto de Souza O. ; Ruiz, D. D. . Development of a fully-flexible receptor-based ligand filter to accelerate virtual screening. In: V Brazilian Symposium on Bioinformatics - BSB2010, 2010, Buzios. BSB 2010 poster proceedings. Porto Alegre - RS: Sociedade Brasileira de Computação, 2010.

8.
Thompson, C. E. ; Freitas, L. B. ; Bonatto, S. L. ; Salzano, F. M. ; Norberto de Souza O. . Molecular Modeling of Plant Alcohol Dehydrogenase. In: In-silico Analysis of Proteins: Celebrating the 20th Anniversary of Swiss-Prot, 2006, Fortaleza. Program and Abstract book - 20 years Swiss-Prot, 2006.

9.
Thompson, C. E. ; Freitas, L. B. ; Salzano, F. M. ; Norberto de Souza O. . Molecular Evolution and Structural Aspects of Plant Alcohol Dehydrogenase. In: Intelligent Systems for Molecular Biology - ISMB2006, 2006, Fortaleza. Program and Abstract book - ISMB2006, 2006.

10.
Thompson, C. E. ; Fernandes, C. L. ; Norberto de Souza O. ; Salzano, F. M. ; Bonatto, S. L. ; Freitas, L. B. . Métodos de Máxima Verossimilhança e Modelagem Molecular Comparativa por Homologia no estudo da Evolução Molecular das Proteínas de Defesa do Grupo PR5 em Plantas. In: XIV Encontro de Geneticistas do Rio Grande do Sul, 2004, Porto Alegre. XIV Encontro de Geneticistas do Rio Grande do Sul, 2004. v. CD-ROM. p. 1-1.

11.
Thompson, C. E. ; Fernandes, C. L. ; Norberto de Souza O. ; Salzano, F. M. ; Meneghini, R. ; Freitas, L. B. . Comparative Modelling by Homology in the study of the Molecular Evolution of the Pathognesis-Related Protein 5. In: First Latin American Protein Society Meeting, 2004, Angra dos Reis. FIRST LATIN AMERICA PROTEIN SOCIETY MEETING, 2004. v. CD-ROM. p. 1-1.

12.
Schroeder, E. K. ; Basso, L. A. ; Santos, D. S. ; Norberto de Souza O. . Explicit Incorporation of Protein Flexibility in Docking Studies of Wild Type and S94A Mutant Enoyl Reductase From Mycobacterium tuberculosis. In: V Ibero-American Congress of Biophysics e XXVIII Congresso da Sociedade Brasileira de Biofísica, 2003, Rio de Janeiro. Abstracts from the V Ibero-American Congress of Biophysics, 2003. v. 1. p. 75-75.

13.
Fernandes, C. L. ; Schroeder, E. K. ; Norberto de Souza O. ; Santos, D. S. ; Basso, L. A. . Homology Modeling of KasA nad KasB enzymes from Mycobacterium tuberculosis and Inhibitor Docking Studies with Cerulenin and Thiolactomycin. In: V Ibero-American Congress of Biophysics e XXVIII Congresso da Sociedade Brasileira de Biofísica, 2003, Rio de Janeiro. Abstracts from the V Ibero-American Congress of Biophysics, 2003. v. 1. p. 69-69.

14.
Schroeder, E. K. ; Basso, L. A. ; Santos, D. S. ; Norberto de Souza O. . NADH-Dependent Wild Type and Mutants Enoyl Reductase (InhA) from M. Tuberculosis: Molecular Dynamics Simulations and Docking Studies. In: XXX II Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular, 2003, Cambú - Minas Gerais. Livro de Resumos da XXXII Reunião Anual da SBBq, 2003. v. 1. p. 1-1.

15.
Fernandes, C. L. ; Schroeder, E. K. ; Santos, D. S. ; Basso, L. A. ; Norberto de Souza O. . Structure Prediction and Inhibitor Docking Studies of KasA and KasB Enzymes from Mycobacterium tuberculosis. In: XXX II Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular, 2003, Caxambú - Minas Gerais. Livro de Resumos da XXXII Reunião Anual da SBBq, 2003. v. 1. p. 2-2.

16.
Breda, A. ; Stelmar Netto, M. A. ; Santos, D. S. ; Norberto de Souza O. . Predição Ab Initio da Estrutura Tridimensional de um alpha-helical-hairpin. In: 49º Congresso Nacional de Genética, 2003, Águas de Lindóia - São Paulo. 49º Congresso Nacional de Genética - Resumos, 2003. v. 1. p. 2-2.

17.
Breda, A. ; Stelmar Netto, M. A. ; Santos, D. S. ; Norberto de Souza O. . All Atom Ab Initio Prediction of the Supersecondary Structure of a model polypeptide: an Alpha-Helical Hairpin. In: V Ibero-American Congress of Biophysics e XXVIII Congresso da Sociedade Brasileira de Biofísica, 2003, Rio de Janeiro. Abstracts from the V Ibero-American Congress of Biophysics, 2003. v. 1. p. 1-1.

18.
Breda, A. ; Stelmar Netto, M. A. ; Norberto de Souza O. . Genômica Estrutural Computacional:Predição Ab Initio por Simulação da Dinâmica Molecular da Estrutura 3D de Proteínas. In: 48° Congresso Nacional de Genética, 2002, Águas de Lindóia - São Paulo. Resumos do 48° Congresso Nacional de Genética, 2002. v. 1.

19.
Norberto de Souza O.; Ornstein, R. L. . Inherent DNA Duplex Curvature Determined from 1.5 ns Molecular Dynamics Simulations for a Series of TATA-promoter Mutatnts and Comparison with Experimental Physical and Biological Observations. In: Tenth Conversation in Biomolecular Stereodynamics, 1997, Albany. Journal of Biomolecular Structure & Dynamics. New York: Adenine Press, 1997. v. 14. p. 776-776.

20.
Norberto de Souza O.; Ornstein, R. L. ; Miaskiewicz, K. ; Shibata, M. . Structural and Dynamical Variations in a TATA Promoter and its Mutants. In: The Fidelity of DNA Replication Conference, 1995, Wilmington, 1995.

Apresentações de Trabalho
1.
Dall'Agno, K. C. M. ; Oliveira, M. F. ; Silva, A. M. ; Norberto de Souza O. . Refinement of Predicted Approximate 3-D Structure of Proteins. 2012. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

2.
Machado, K. S. ; Winck, A. T. ; Ruiz, D. D ; Norberto de Souza O. . Discretization of Flexible-Receptor Docking Data. 2010. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

3.
Machado, K. S. ; Winck, A. T. ; Ruiz, D. D ; Norberto de Souza O. . Applying Model Trees on Flexible-Receptor Docking Experiments to select promising protein receptor snapshots. 2010. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

4.
Cohen, E. M. L. ; Machado, K. S. ; Norberto de Souza O. . The effect of InhA flexibility in docking simulations with ethionamide and triclosan. 2010. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

5.
Machado, K. S. ; Schroeder, E. K. ; Cohen, E. M. L. ; Ruiz, D. D ; Norberto de Souza O. . FReDoWS: a method to automate molecular docking simulations with explicit receptor flexibility and snapshots selection. 2010. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

6.
Lopes, G. I. S. L. ; Souza, L. O. ; Cavalcanti, J. S. ; Norberto de Souza O. ; Brígido, L. F. M. . Evolution of a 24 nucleotides insertion at the 69 reverse transcriptase (RT) codon of HIV-1 patients on HAART, São Paulo - Brazil. 2010. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

7.
Cohen, E. M. L. ; Machado, K. S. ; Cohen, M. ; Norberto de Souza O. . Effect of the explicit flexibility of the InhA enzyme from Mycobacterium tuberculosis in molecular docking simulations. 2010. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

8.
Figueiredo, D. F. ; Fernandes, C. L. ; Norberto de Souza O. . Caracterização Bioinformática do Produto Gênico aroM hipotético da Via do Ácido Chiquímico em Plasmodium falciparum. 2008. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

9.
Machado, K. S. ; Schroeder, E. K. ; Winck, A. T. ; Ruiz, D. D ; Norberto de Souza O. . Extrating Information from Flexbile Receptor-Flexible Ligand docking experiments. 2008. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

10.
Machado, K. S. ; Schroeder, E. K. ; Ruiz, D. D ; Norberto de Souza O. . Automating Molecular Docking with Explicit Receptor Flexibility Using Scientific Workflows. 2007. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

11.
Machado, K. S. ; Schroeder, E. K. ; Ruiz, D. D ; Norberto de Souza O. . Extracting information from flexible ligand-receptor docking experiments. 2007. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

12.
Schroeder, E. K. ; Basso, L. A. ; Santos, D. S. ; Norberto de Souza O. . MOLECULAR DYNAMICS SIMULATIONS OF NADH-DEPENDENT WILD TYPE AND S94A MUTANT ENOYL REDUCTASE (INHA) FROM MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS. 2002. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

13.
Fernandes, C. L. ; Oliveira, J. S. ; Schroeder, E. K. ; Basso, L. A. ; Santos, D. S. ; Norberto de Souza O. . GENÔMICA E BIOINFORMÁTICA ESTRUTURAL: UTILIZANDO A EPSP SINTASE DE Mycobacterium tuberculosis COMO ALVO PARA O DESENHO DE NOVOS FÁRMACOS ANTITUBERCULOSE. 2002. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

14.
Kolberg, M. L. ; Fernandes, C. L. ; Schroeder, E. K. ; Santos, D. S. ; Basso, L. A. ; Norberto de Souza O. . EXPLORANDO GENÔMICA E BIOINFORMÁTICA PARA DESCOBRIR DOMÍNIOS FUNCIONAIS NA CORISMATO SINTASE DE Mycobacterium tuberculosis. 2002. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

15.
Schroeder, E. K. ; Basso, L. A. ; Norberto de Souza O. ; Santos, D. S. . SIMULAÇÃO DA DINÂMICA MOLECULAR DA ESPÉCIE SELVAGEM E MUTANTE S94A DA ENZIMA NADH-DEPENDENTE ENOIL REDUTASE (INHA) DE MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS. 2002. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

16.
Breda, A. ; Norberto de Souza O. . Predição Ab Initio por Simulação da Dinâmica Molecular da Estrutura Tridimensional de Um Three-alpha-helix Bundle. 2002. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

Outras produções bibliográficas
1.
Norberto de Souza O.. Introdução à Bioinformática. Porto Alegre: ARTMED Editora SA., 2007. (Tradução/Livro).

2.
Breda, A. ; Norberto de Souza O. . Fundamentos da Biologia Celular - Capítulo 11. Porto Alegre: Artmed, 2006. (Tradução/Livro).

3.
Breda, A. ; Norberto de Souza O. . Fundamentos da Biologia Celular - Capítulo 4. Artmed, 2006. (Tradução/Livro).

4.
Norberto de Souza O.. Biologia Celular e Molecular, Capítulo 7. Porto Alegre: ARTMED, 2005. (Tradução/Livro).

5.
Norberto de Souza O.. Biologia Celular e Molecular, Capítulo 8. Porto Alegre: ARTMED, 2005. (Tradução/Livro).

6.
Norberto de Souza O.. Vida: A Ciência da Biologia, Capítulo 17. Porto Alegre: ARTMED Editora SA., 2002. (Tradução/Livro).


Produção técnica
Assessoria e consultoria
1.
Carvalho, L. P. S. ; Norberto de Souza O. ; Santos, D. S. ; Basso, L. A. . Predição da Estrutura Tridiemensional da Enzima 3-Oxoacil-PCA (CoA) Redutase de Mycobacterium tuberculosis H37Rv. 2001.

Programas de computador sem registro
1.
Lipinski-Paes, T. ; Norberto de Souza O. . Pro-Smart: Predição de Estruturas Terciárias de Proteínas Utilizando Sistemas Multiagente. 2013.

2.
De Paris, R. ; Ruiz, D. D ; Norberto de Souza O. . FReMI: A middleware to handle molecular docking simulations of fully-flexible receptor models in HPC environments. 2012.

3.
Dall'Agno, K. C. M. ; Norberto de Souza O. . CReF 1.0: Central-residue Fragment-based Methods for the prediction of approximate 3D structures of proteins and polipeptides. 2012.

4.
De Paris, R. ; Frantz, F. A. ; Ruiz, D. D ; Norberto de Souza O. . wFReDoW: A cloud-based web environment to handle molecular docking simulations of a fully-flexible receptor model. 2011.

5.
Machado, K. S. ; Ruiz, D. D ; Norberto de Souza O. . FReDoWS: Flexible Receptor Docking Workflow System. 2010.

6.
Dorn, M. ; Norberto de Souza O. . CReF: Central-residue Fragment-based Methods for the prediction of approximate 3D structures of proteins and polipeptides. 2008.

7.
Czekster, R. M. ; Norberto de Souza O. . SimVIZ - Simulation VIZualization. 2006.

Produtos tecnológicos
1.
Oliveira, J. S. ; Pereira, J. H. ; Canduri, F. ; Norberto de Souza O. ; Azevedo Junior, W. F. ; Basso, L. A. ; Santos, D. S. . Crystal structure of wild-type of enoyl-ACP(CoA) reductase from Mycobacterium tuberculosis in complex with NADH. Protein Data Bank (PDB: 2AQ8; 1.92 Angstrom). 2006.

2.
Oliveira, J. S. ; Pereira, J. H. ; Canduri, F. ; Norberto de Souza O. ; Azevedo Junior, W. F. ; Basso, L. A. ; Santos, D. S. . Crystal structure of isoniazid-resistant I47T enoyl-ACP(CoA) reductase mutant enzyme from Mycobacterium tuberculosis in complex with NADH. Protein Data Bank (PDB: 2AQI; 2.2 Angstrom),. 2006.

3.
Oliveira, J. S. ; Pereira, J. H. ; Canduri, F. ; Norberto de Souza O. ; Azevedo Junior, W. F. ; Basso, L. A. ; Santos, D. S. . Crystal structure of isoniazid-resistant I21V enoyl-ACP(CoA) reductase mutant enzyme from Mycobacterium tuberculosis in complex with NADH. Protein Data Bank (PDB:2AQH; 2.01 Angstrom). 2006.

4.
Oliveira, J. S. ; Pereira, J. H. ; Canduri, F. ; Norberto de Souza O. ; Azevedo Junior, W. F. ; Basso, L. A. ; Santos, D. S. . Crystal structure of isoniazid-resistante S94A enoyl-ACP(CoA) reductase mutant enzyme from Mycobacterium tuberculosis in complex with NADH. Protein Data Bank (PDB: 2AQK; 2.30 Angstrom). 2006.

Trabalhos técnicos
1.
Fernandes, C. L. ; Norberto de Souza O. ; Basso, L. A. ; Santos, D. S. . Predição da Estrutura Tridimensional da EPSP Sintase de Mycobacterium tuberculosis Utilizando Modelagem Comparativa por Homologia. 2002.

2.
Norberto de Souza O.. Understanding Intermolecular Recognition in Eukaryotic Transcription: The TBP TATA Box Complexes. 2001.

3.
Inforçati, M. C. ; Norberto de Souza O. . Predição da Estrutura Tridimensional da Proteína TsTX-V a partir da sua Seqüência de Aminoácidos. 2000.

4.
Pignata, G. B. ; Norberto de Souza O. . Definição do Ambiente de Ligação do Grupo Heme em Proteínas. 2000.

5.
Schroeder, E. K. ; Norberto de Souza O. . Proposta de estudo da 2-trans - Enoil-ACP (CoA) Redutase de Mycobacterium tuberculosis, produto do gene inhA,como alvo para o desenvolvimento de drogas anti-tuberculose. 2000.

6.
Norberto de Souza O.; Goodfellow, J.M. . Conformation and Dynamics of DNA Bending. 1994.


Demais tipos de produção técnica
1.
Winck, A. T. ; Machado, K. S. ; Norberto de Souza O. ; Ruiz, D. D . Processo de KDD aplicado a Bioinformatica. 2010. (Curso de curta duração ministrado/Outra).

2.
Norberto de Souza O.; Cohen, E. M. L. . Introdução a Docagem Molecular. 2009. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

3.
Norberto de Souza O.. Workshop em Modelagem Molecular - Princípios de Docagem Molecular Computacional. 2009. (Curso de curta duração ministrado/Outra).

4.
Norberto de Souza O.. Bioinformática Avançada - Disciplina de doutorado. 2006. (Curso de curta duração ministrado/Outra).

5.
Norberto de Souza O.; Fernandes, C. L. . Introdução à Bioinformática. 2005. (Curso de curta duração ministrado/Outra).

6.
Norberto de Souza O.. Seminários de Andamento 2001. 2002. (Editoração/Anais).

7.
Norberto de Souza O.. Minicurso Biologia Molecular Estrutural - Modeling, Simulation & Bioinformatics. 1999. .



Patentes e registros



Patente

A Confirmação do status de um pedido de patentes poderá ser solicitada à Diretoria de Patentes (DIRPA) por meio de uma Certidão de atos relativos aos processos
1.
 Pauli, Ivani ; Norberto de Souza, Osmar . COMPOSTOS, USO, COMPOSIÇÃO FARMACÊUTICA INIBIDORA DE REDUTASE EM MICROORGANISMOS, LIGANTE DE INHA, E, MÉTODO PARA OBTENÇÃO DE LIGANTES DE INHA. 2012, Brasil.
Patente: Privilégio de Inovação. Número do registro: BR1020120338114, título: "COMPOSTOS, USO, COMPOSIÇÃO FARMACÊUTICA INIBIDORA DE REDUTASE EM MICROORGANISMOS, LIGANTE DE INHA, E, MÉTODO PARA OBTENÇÃO DE LIGANTES DE INHA" , Instituição de registro: INPI - Instituto Nacional da Propriedade Industrial. Depósito: 28/12/2012; Concessão: 21/03/2013.

2.
 Pauli, Ivani ; Norberto de Souza, Osmar ; Andricopulo, A. D. ; Guido, R. V. C. . COMPOSTOS, USO, COMPOSIÇÃO FARMACÊUTICA INIBIDORA DE REDUTASE EM MICROORGANISMOS, LIGANTE DE INHA, E, MÉTODO PARA OBTENÇÃO DE LIGANTES DE INHA A PARTIR DE DERIVADOS DE ACETAMIDA, UREIA, FENOL E CARBOXAMIDA. 2013, Brasil.
Patente: Privilégio de Inovação. Número do registro: BR1020130060070, título: "COMPOSTOS, USO, COMPOSIÇÃO FARMACÊUTICA INIBIDORA DE REDUTASE EM MICROORGANISMOS, LIGANTE DE INHA, E, MÉTODO PARA OBTENÇÃO DE LIGANTES DE INHA A PARTIR DE DERIVADOS DE ACETAMIDA, UREIA, FENOL E CARBOXAMIDA" , Instituição de registro: INPI - Instituto Nacional da Propriedade Industrial. Depósito: 13/03/2013; Concessão: 01/04/2013.



Bancas



Participação em bancas de trabalhos de conclusão
Mestrado
1.
Norberto de Souza, O; Souto, A. A.. Participação em banca de Vladimir Simões da Luz. Efeitos clínicos e moleculares do resveratrol sobre cicatrizes hipertróficas tratadas com laser de Co2 fracionado para aumentar a permeabilidade. 2017. Dissertação (Mestrado em Biologia Celular e Molecular) - Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul.

2.
Norberto de Souza O.; Palma, M. S.; Souto, A. A.; Basso, L. A.. Participação em banca de Paulo César Patta. Modo de ação da enzima recombinante hipoxantina-guanina fosforribosiltransferase (EC 2.4.2.8) de Mycobacterium tuberculosis. 2014. Dissertação (Mestrado em Biologia Celular e Molecular) - Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul.

3.
Norberto de Souza, O; Dardenne, L. E.. Participação em banca de Karina Baptista dos Santos. Predição de estruturas de proteínas utilizando restrições de ângulos diedrais. 2014. Dissertação (Mestrado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica.

4.
Norberto de Souza O.; Bordini, R. H.; Caceres, R. A.. Participação em banca de Thiago Lipinski Paes. Pro-Smart: Predição de Estruturas Terciárias de Proteínas Utilizando Sistemas Multiagente. 2013. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul.

5.
Norberto de Souza O.; Basso, L. A.; Amorim, H. L. N.. Participação em banca de Mirocem Fernandes de Oliveira. Refinamento de estruturas 3D preditas de polipeptídeos. 2013. Dissertação (Mestrado em Biologia Celular e Molecular) - Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul.

6.
Norberto de Souza O.; Volpato, G.; Frankenberg, C.. Participação em banca de Gustavo Roth. Produção de L-asparaginase II recombinante de Erwinia carotovora em cultivos de Escherichia coli em batelada alimentada. 2012. Dissertação (Mestrado em Biologia Celular e Molecular) - Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul.

7.
Norberto de Souza O.; Ruiz, D. D; van Moorsel, A.. Participação em banca de Renata De Paris. FReMI: A middleware to handle molecular docking simulations of fully-flexible receptor models in HPC environments. 2012. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul.

8.
Norberto de Souza O.; Ruiz, D. D; van Moorsel, A.. Participação em banca de Fábio André Frantz. Smart execution of molecular docking simulations of a fully-flexible receptor model. 2012. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul.

9.
Norberto de Souza O.; Ruiz, D. D; Basso, L. A.. Participação em banca de Karina Cristina da Motta Dall'Agno. Um estudo sobre a predição da estrutura 3D aproximada de proteínas utilizando o método CReF com refinamento. 2012. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul.

10.
Norberto de Souza O.; Amorim, H. L. N.; Ruiz, D. D. Participação em banca de Christian Vahl Quevedo. Desenvolvimento de um filtro de descritores moleculares geométricos para gerar um ranqueamento em banco de dados de ligantes. 2011. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul.

11.
Norberto de Souza O.; Souto, A. A.; Bianconi, M. L.; Santos, D. S.. Participação em banca de Leonardo Astolfi Rosado. A enzima chiquimato quinase (EC 2.7.1.71) de Mycobacterium tuberculosis como alvo para o desenvolvimento de drogas. 2011. Dissertação (Mestrado em Medicina e Ciências da Saúde.) - Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul.

12.
Norberto de Souza O.; Basso, L. A.; Amorim, H. L. N.; Azevedo Junior, W. F.. Participação em banca de Luís Fernando Saraiva Macedo Timmers. Estudos cristalográficos e aplicação da técnica de triagem virtual de ligantes para a busca de inibidores contra a enzima Citidina Deaminase de Mycobacterium tuberculosis H37Rv. 2011. Dissertação (Mestrado em Biologia Celular e Molecular) - Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul.

13.
Norberto de Souza O.; Basso, L. A.; Ruiz, D. D; Amorim, H. L. N.. Participação em banca de Ivani Pauli. Estudos in silico da interação da enzima InhA de Mycobacterium tuberculosis com pequenas moléculas do tipo fármaco. 2011. Dissertação (Mestrado em Biologia Celular e Molecular) - Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul.

14.
Norberto de Souza O.; Schroeder, N.; Palma, M. S.. Participação em banca de Daiana Renck. Estudos bioquímicos e genéticos da enzima uridina fosforilase-1 humana (EC 2.4.2.3). 2010. Dissertação (Mestrado em Biologia Celular e Molecular) - Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul.

15.
Norberto de Souza O.; Skaf, M. S.; Stassen, H. K.. Participação em banca de Clarisse Gravina Ricci. Investigação computacional dos mecanismos de interação entre bases de Tröger e o DNA. 2010. Dissertação (Mestrado em Programa de Pós-Graduação em Química) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul.

16.
Norberto de Souza O.; Calazans, N.; Moraes, F. G.. Participação em banca de Adilson Arthur Mohr. Simulação por dinâmica molecular usando hardware reconfigurável. 2010. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul.

17.
Norberto de Souza O.; Souto, A. A.; Basso, L. A.; Amorim, H. L. N.. Participação em banca de Elisângela M. Leal Cohen. Um estudo do efeito da flexibilidade explícita dos mutantes I21V e I16T da enzima InhA de M tuberculosis na docagem molecular dos inibidores etionamida, isoniazida-pentacianoferrato e triclosano. 2010. Dissertação (Mestrado em Biologia Celular e Molecular) - Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul.

18.
Norberto de Souza O.; Bogo, M. R.; Roesler, R.; Amorim, H. L. N.. Participação em banca de Fabíola Salene Mattei. Evolução e modelagem molecular do fator neurotrófico derivado do cérebro (BDNF) em mamíferos. 2010. Dissertação (Mestrado em Biologia Celular e Molecular) - Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul.

19.
Norberto de Souza O.; Roesler, R.. Participação em banca de Leandro Rosa Camacho. Estudo computacional da interação do fármaco experimental RC-3095 com o receptor do peptídeo liberador de gastrina (GRPR). 2010. Dissertação (Mestrado em Genética e Toxicologia Aplicada) - Universidade Luterana do Brasil.

20.
Norberto de Souza O.; Amorim, H. L. N.; Ruiz, D. D. Participação em banca de André Luís Silva. Uma aplicação para automação de experimentos de docagem molecular. 2010. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul.

21.
Norberto de Souza O.; Feijó, B.; Musse, S. R.. Participação em banca de Rafael Araújo Rodrigues. Controle de comportamento de grupos de personagens virtuais. 2009. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul.

22.
Norberto de Souza O.; Feijó, B.; Musse, S. R.. Participação em banca de Marcelo Paravisi. Comportamentos auto-organizados de multidões. 2009. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul.

23.
Norberto de Souza O.; Marcon, C. A. M.; Bezerra, E. A.. Participação em banca de Maicon Aparecido Sartin. Uma API de comunicção para aceleração por hardware de simuladores moleculares. 2009. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul.

24.
Norberto de Souza O.; Stassen, H. K.. Participação em banca de Clarisse Gravina Ricci. Exame de Qualificação - Investigação computacional dos mecanismos de interação entre bases de Tröger e o DNA. 2009. Dissertação (Mestrado em Programa de Pós-Graduação em Química) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul.

25.
Norberto de Souza O.; Amorim, H. L. N.; Schmitt, V. M.. Participação em banca de Camila Ilgenfritz. Modelagem por homologia e dinâmica molecular da estrutura selvagem completa de E6 de HPV 16. 2009. Dissertação (Mestrado em Biologia Celular e Molecular) - Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul.

26.
Norberto de Souza O.; Stassen, H. K.; Livotto, P. R.. Participação em banca de Alex Sandro Cardoso de Andadre. Dinâmica molecular do fármaco antitumoral ecteinascidina e sua interação com o DNA. 2008. Dissertação (Mestrado em Química) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul.

27.
Norberto de Souza O.; Souto, A. A.; Schroeder, E. K.; Netz, P. A.. Participação em banca de André Luciano Pasinato da Costa. Estudo da interação da 2-trans-enoil-Acp (CoA) Redutase de Mycobacterium tuberculosis com o complexo inorgânico isoniazida-pentacianoferrato por simulação pela dinâmica molecular. 2008. Dissertação (Mestrado em Biologia Celular e Molecular) - Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul.

28.
Norberto de Souza O.; Cláudio, D. M.; Prolo, C. A.. Participação em banca de Márcio Dorn. Uma proposta para a predição computacional da estrutura 3D aproximada de polipeptídeos e proteínas com redução do espaço conformacional utilizando análise de intervalos. 2008. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul.

29.
Norberto de Souza O.; Cláudio, D. M.. Participação em banca de Marcos Borba Cardoso. Uma proposta para a predição computacional da estrutura terciária de polipeptídeos. 2007. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul.

30.
Norberto de Souza O.; Ferreira, J. E.; Ruiz, D. D. Participação em banca de Karina dos Santos Machado. Um workflow científico para a modelagem do processo de desenvolvimento de fármacos assistido por computador. 2007. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul.

31.
Norberto de Souza O.; Souto, A. A.; Pitrez, P. M. C.; Verli, H.. Participação em banca de Ardala Elisa Breda Andrade. Análise por simulações pela dinâmica molecular do complexo proteína-DNA do domínio ETS da proteína PDEF: fatores intrínsecos ao DNA. 2007. Dissertação (Mestrado em Biologia Celular e Molecular) - Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul.

32.
Norberto de Souza O.; Freitas, C. M. D. S.; Cláudio, D. M.; Pinho, M. S.. Participação em banca de Nathalie Rey da Silva. Visualização 3D de dados oceanográficos simulados. 2006. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul.

33.
Norberto de Souza O.; Galante, R. M.; Ruiz, D. D. Participação em banca de Cristian Tristão. Um ambiente integrador para análise de processos de negócio. 2006. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul.

34.
Norberto de Souza O.; Bowman, D. A.; Manssour, I. H.; Oliveira, J. B.. Participação em banca de Régis Augusto Poli Kopper. Projeto e avaliação de técnicas de navegação para ambientes virtuais multiescalares. 2006. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul.

35.
Norberto de Souza O.; Pinho, M. S.. Participação em banca de Ricardo Melo Czekster. SimViz - Um ambiente virtual de desktop para visualização de análise de múltiplas trajetórias de simulações de proteínas. 2006. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul.

36.
Norberto de Souza O.; Ruiz, D. D. Participação em banca de Leandro Paulo Bogoni. Um método para evolução de repositórios de métricas em processos de desenvolvimento de software. 2006. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul.

37.
Norberto de Souza O.; Lemke, Ney. Participação em banca de Maurício Klaus. Classificação de proteínas com a utilização de máquinas de suporte vetorial. 2005. Dissertação (Mestrado em Computação Aplicada) - Universidade do Vale do Rio dos Sinos.

38.
Norberto de Souza O.; Jeckel Neto, E. A.; Grillo, M. C.. Participação em banca de Jorge Alberto Araújo de Andrade. Bioinformática: Um estudo sobre sua importância e aplicação na aprendizagem em Ciências Biológicas no Ensino Médio. 2005. Dissertação (Mestrado em Educação em Ciências e Matemática) - Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul.

39.
Norberto de Souza O.; Vieira, R.; Ribeiro, M. B.; Lima, V. L. S.. Participação em banca de Marcírio Silveira Chaves. Mapeamento e comparação de similaridade entre estruturas ontológicas. 2004. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul.

40.
Norberto de Souza O.; Lemke, Ney; Cechin, A. L.. Participação em banca de Eduardo Battistella. Extração de regras de redes neurais artificiais aplicadas ao problema da previsão da estrutura secundária de proteínas. 2004. Dissertação (Mestrado em Computação Aplicada) - Universidade do Vale do Rio dos Sinos.

41.
Norberto de Souza O.; Oliveira, J. B.. Participação em banca de Aníbal Lopes Guedes. Representação 3D de àrvores usando escala. 2004. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul.

42.
Norberto de Souza O.; Bezerra, E. A.. Participação em banca de Andei Oliveira da Silva. Um mramework para tratamento de dados em bioinformática: uma aplicação ao desenho racional de drogas assistido por computador. 2004. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul.

43.
Norberto de Souza O.; Goldman, A.; Fernandes, P. H. L.; Zorzo, A. F.. Participação em banca de Marco Aurélio Stelmar Netto. Uma arquitetura para o escalonamento de simulações computacionais complexas em máquinas heterogêneas não-dedicadas. 2004. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul.

44.
Norberto de Souza O.; Basso, L. A.; Frazon, J.. Participação em banca de Jeferson Gross. Análise computacional de genes relacionados à homeostase de ferro em arroz. 2002. Dissertação (Mestrado em Biologia Celular e Molecular) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul.

45.
Norberto de Souza O.; Pasquali, G.; Fett Neto, A. G.. Participação em banca de Luis Pedro Sório de Carvalho. A 3-oxoacilL-PCA (CoA) redutase de Mycobacterium tuberculosis H37Rv: clonagem, mutagênese, expressão heteróloga e estudos estruturais. 2001. Dissertação (Mestrado em Biologia Celular e Molecular) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul.

Teses de doutorado
1.
Norberto de Souza O.; Dardenne, L. E.; Caceres, R. A.; Wehrli, A.; Ruiz, D. D.. Participação em banca de Thiago Lipinski Paes. Cut-REMD: Uma nova abordagem para a predição de estruturas terciárias de proteínas baseada em raio de corte incremental. 2017. Tese (Doutorado em Ciência da Computação) - Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul.

2.
Norberto de Souza, O; Rocha, J. B. T.; Machado, K. S.; Piquini, P. C.; Saraiva, R. A.. Participação em banca de Pablo ANdrei Nogara. Estudos In Silico da Interação Entre Orgaselênicos e Tioproteínas e Entre Selenoproteínas e Espécies de Mercúrio. 2017. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica Toxicológica)) - Universidade Federal de Santa Maria.

3.
Norberto de Souza O.; Caffarena, E. R.; Amorim, H. L. N.; Bizarro, C. V.. Participação em banca de Luís Fernando Saraiva Macedo Tiimers. Estudos in silico e in vitro da enzima EPSP sintase de Mycobacterium tuberculosis. 2015. Tese (Doutorado em Biologia Celular e Molecular) - Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul.

4.
Norberto de Souza O.; Amorim, H. L. N.; Caceres, R. A.; Bizarro, C. V.. Participação em banca de Elisângela Machado Leal Cohen. Estudos da interação da enzima InhA (EC 1.3.1.9) de Mycobacterium tuberculosis H37Rv com análogos do inibidor IQG607. 2013. Tese (Doutorado em Biologia Celular e Molecular) - Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul.

5.
Norberto de Souza O.; Amorim, H. L. N.; Caceres, R. A.; Bizarro, C. V.. Participação em banca de Elisângela Machado Leal Cohen. Estudos da interação da enzima InhA (EC 1.3.1.9) de Mycobcaterium tuberculosis H37Rv com análogos do inibidor IQG607. 2013. Tese (Doutorado em Biologia Celular e Molecular) - Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul.

6.
Norberto de Souza O.; Barreiro, E. J. L.; Morrone, F. B.; Machado, D. C.; Basso, L. A.; Santos, D. S.. Participação em banca de Candida Deves. Caracterização Bioquímica da Enzima Timidina Fosforilase Humana como Alvo para o Desenvolvimento Racional de Novos Candidatos a Fármacos para a Quimioterapia do Câncer. 2013. Tese (Doutorado em Medicina e Ciências da Saúde.) - Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul.

7.
Norberto de Souza O.; Becker, K.; Wehrli, A.. Participação em banca de Ana Trindade Winck. 3D-Tri: Um algoritmo de indução de árvore de regressão para propriedades tridimensionais - um estudo sobre dados de docagem molecular considerando a flexibilidade do receptor. 2012. Tese (Doutorado em Ciência da Computação) - Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul.

8.
Norberto de Souza O.; Basso, L. A.; Souto, A. A.; Amorim, H. L. N.. Participação em banca de Rafael Andrade Cáceres. Estudo estrutural da enzima purina nucleosídeo fosforilase (E.C. 2.4.2.1) de Mycobacterium tuberculosis. 2012. Tese (Doutorado em Medicina e Ciências da Saúde.) - Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul.

9.
Norberto de Souza O.; Kritski, A. L.; Gonçalves, J. C. S.; Bogo, M. R.; Morrone, F. B.. Participação em banca de Valnês da Silva Junior. Avaliação pré-clínica dos compostos IQG-607 e IQG-639 em um modelo de tuberculose em camundongos. 2012. Tese (Doutorado em PPG em Medicina e Ciências da Saúde) - Pontifícia Universidade Católica do RS - PUCRS.

10.
Norberto de Souza O.; Dardenne, L. E.; Wehrli, A.; Ruiz, D. D. Participação em banca de Karina dos Santos Machado. Seleção eficiente de conformações de receptor flexível em simulações de docagem molecular. 2011. Tese (Doutorado em Ciência da Computação) - Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul.

11.
Norberto de Souza O.; Caffarena, E. R.; Villar, J. D. F.. Participação em banca de Ana Carolina Rennó Sodero. Modelagem Molecular de aspartil proteases de Schistosoma mansoni (SmAPs) para o desenvolvimento de potenciais moléculas esquistossomicidas. 2011. Tese (Doutorado em Pós-graduação em Biologia Celular e Molecular) - Fundação Oswaldo Cruz.

12.
Norberto de Souza O.; Ruiz, D. D; Edelweiss, N.; Ferreira, J. E.. Participação em banca de Patrícia Nogueira Hübler. P-MIA Padrão múltiplas instâncias autoadaptáveis - um padrão de dados para workflows científicos. 2010. Tese (Doutorado em Ciência da Computação) - Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul.

13.
Norberto de Souza O.; Santos, D. S.; Souto, A. A.; Neto, L. J.. Participação em banca de Rodrigo Gay Ducati. Especificidade de substrato e mecanismo cinético da enzima fosforilase de nucleosídeos purínicos de Mycobacterium tuberculosis. 2009. Tese (Doutorado em Biologia Celular e Molecular) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul.

14.
Norberto de Souza O.; Basso, L. A.; Schmitt, V. M.; Schroeder, E. K.; Amorim, H. L. N.. Participação em banca de Furia Gargano. Efeito da temperatura na enzima 2-trans-enoil-Acp (CoA) redutase (EC 1.3.1.9) de Mycobacterium tuberculosis em complexo com o NADH: um estudo por simulação pela dinâmica molecular. 2008. Tese (Doutorado em Biologia Celular e Molecular) - Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul.

15.
Norberto de Souza O.; Garratt, R. C.; Zebende, G.; Nagem, R.; Santos, M. A.. Participação em banca de Carlos Henrique da Silveira. Protein cutoff scanning: aplicação da varredura exaustiva de distâncias inter-resíduos na análise de contatos intracadeia em proteínas globulares. 2008. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais.

16.
Norberto de Souza O.; Netto, J. R.; Ramos, C. H. I.; Ferreira, H.; Palma, M. S.. Participação em banca de Bibiana Monson de Souza. Estrutura e função de mastoporanos dos venenos de vespas. 2006. Tese (Doutorado em Biologia Celular e Molecular) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

Qualificações de Doutorado
1.
Ruiz, D. D.; Bachega, J. F. R.; Norberto de Souza O.. Participação em banca de Thago Lipinski Paes. CT-REMD: Um Novo Método Para a Predição Computacional da Estrutura 3D de Proteínas. 2015. Exame de qualificação (Doutorando em Ciência da Computação) - Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul.

2.
Norberto de Souza O.; Ferreto, T. C.; Carvalho, A. C. P. L. F.. Participação em banca de Renata De Paris. Um Ambiente em Nuvem para Otimizar os Experimentos da Docagem Molecular de Receptores Totalmente Flexíveis com Múltiplos Ligantes. 2014.

3.
Norberto de Souza O.; Barros, R. C.; Basgalupp, M. P.. Participação em banca de Christian Vahl Quevedo. Triagem Virtual em Banco de Dados de Ligantes Considerando Propriedades Físico-Químicas de um Modelo de Receptor Completamente Flexível. 2014. Exame de qualificação (Doutorando em Ciência da Computação) - Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul.

4.
Norberto de Souza O.; Schroeder, N.; Machado, P.; Santos, D. S.. Participação em banca de Diana Carolina Rostirolla. Caracterização cinética e bioquímica da enzima inosina monofosfato desidrogenase (IMPDH, EC 1.1.1.205) de Mycobacterium tuberculosis como alvo molecular definido para inibidores enzimáticos. 2013. Exame de qualificação (Doutorando em Medicina e Ciências da Saúde.) - Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul.

5.
Norberto de Souza O.; Machado, P.. Participação em banca de Virgínia Carla de Almeida Falcão. Caracterização funcional, estrutural e desenvolvimento de inibidores para enzima di-hidroneopterina aldolase (EC 4.1.2.25) de Mycobacterium tuberculosis. 2013. Exame de qualificação (Doutorando em Prog. de Pós-grad. em Biol. Celular e Molecular) - Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul.

6.
Norberto de Souza O.; Netz, P. A.; Rodembusch, F. S.; Gonçalves, P. F. B.. Participação em banca de Fabio dos Santos Grasel. Estudo da Interação de Sondas Fluorescentes com o DNA por docking e dinâmica molecular. 2012. Exame de qualificação (Doutorando em Programa de Pós-Graduação em Química) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul.

7.
Norberto de Souza, O.; Norberto de Souza O.; Basgalupp, M. P.; Figueiredo, J. A. P.; Ruiz, D. D. Participação em banca de Luciano Costa Blomberg. Um algoritmo genético multiobjetivo para indução de árvores modelo em cenários de baixa qualidade de dados. 2012. Exame de qualificação (Doutorando em Programa de Pós-Graduação em Ciência da Computação) - Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul.

8.
Norberto de Souza O.; Ruiz, D. D. Participação em banca de Ana Trindade Winck. Proposta de Tese - Evolution of a regression decision tree induction algorithm for numerical prediction of three-dimensional properties: a study om flexible-receptor molecular docking data. 2010. Exame de qualificação (Doutorando em Ciência da Computação) - Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul.

9.
Norberto de Souza O.; Amorim, H. L. N.; Ruiz, D. D. Participação em banca de Karina dos Santos Machado. Proposta de Tese - Um estudo sobre técnicas de mineração de dados aplicado à seleção de conformações do receptor em docagem molecular. 2009. Exame de qualificação (Doutorando em Ciência da Computação) - Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul.

10.
Norberto de Souza O.; Edelweiss, N.; Ruiz, D. D. Participação em banca de Patrícia Nogueira Hübler. Proposta de Tese - P-MIA Padrão múltiplas instâncias autoadaptáveis - um padrão de dados para workflows científicos. 2009. Exame de qualificação (Doutorando em Ciência da Computação) - Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul.

Qualificações de Mestrado
1.
Norberto de Souza O.; Caceres, R. A.; Ruiz, D. D. Participação em banca de Rafael Cauduro Oliveira Macedo. On the analysis of REMD protein structure prediction simulations for reducing volume of analytical data. 2016. Exame de qualificação (Mestrando em Ciência da Computação) - Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul.

2.
Norberto de Souza O.; Medina-Silva, R.. Participação em banca de Rogério Valim Trindade. Identificação de alvos moleculares de compostos com ação antimicobacteriana por meio de proteólise pulsada e espectrometria de massa. 2014. Exame de qualificação (Mestrando em Biologia Celular e Molecular) - Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul.

3.
Norberto de Souza O.; Bogo, M. R.; Machado, P.. Participação em banca de Mariane Rota. Di-hidrofolato sintase (EC 6.3.2.12) de Mycobacterium tuberculosis: alvo terapêutico para o planejamento racional e desenvolvimento de candidatos a fármacos antituberculose. 2013. Exame de qualificação (Mestrando em Biologia Celular e Molecular) - Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul.

4.
Norberto de Souza O.; Basso, L. A.; Azevedo Junior, W. F.. Participação em banca de Paulo Cesar Patta. Modo de ação e caracterização estrutural da enzima Hipoxantina-Guanina Fosforibosiltransferase (EC 2.4.2.8) de Mycobacterium tuberculosis. 2013. Exame de qualificação (Mestrando em Biologia Celular e Molecular) - Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul.

5.
Norberto de Souza O.; Machado, P.. Participação em banca de Patrícia Machado Nabinger. Desenvolvimento da formulação e do controle de qualidade de um kit liofilizado de DOTA-TOC para marcação com Gálio-68 para diagnóstico em Tomografia por Emissão de Pósitrons. 2013. Exame de qualificação (Mestrando em Mestrado Prof. em Biotecnologia Farmacêutica) - Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul.

6.
Norberto de Souza O.; Machado, P.. Participação em banca de Bruna Fernandes. Otimização da formulação de um cold kit marcado com 99m Tc para diagnostico de tumores neuroendócrinos. 2013. Exame de qualificação (Mestrando em Mestrado Prof. em Biotecnologia Farmacêutica) - Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul.

Trabalhos de conclusão de curso de graduação
1.
Norberto de Souza O.; Basso, L. A.; Ruiz, D. D. Participação em banca de Gustavo Savi Frainer.DB-X: Sistema modular para centralização de buscas sobre proteínas (TCC II). 2016. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Sistemas de Informação) - Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul.

2.
Norberto de Souza O.; Basso, L. A.; Ruiz, D. D. Participação em banca de Carolina Oltrmari Nery.DB-X: Sistema modular para centralização de buscas sobre proteínas (TCC II). 2016. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Sistemas de Informação) - Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul.

3.
Norberto de Souza O.. Participação em banca de Bruno Rubin dos Santos.OLAP Docking - Uma solução OLAP para análise de experimentos de docagem molecular: aplicação com a enzima InhA. 2014. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Ciência da Computação) - Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul.

4.
Norberto de Souza O.. Participação em banca de Matheus Bonifácio Morais.OLAP Docking - Uma solução OLAP para análise de experimentos de docagem molecular: aplicação com a enzima InhA. 2014. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Ciência da Computação) - Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul.

5.
Norberto de Souza O.; Moraes, S. W.; Prolo, C. A.. Participação em banca de Diego Rahn Medaglia.Anáilse de predição da estrutura secundária de proteínas baseada em máquinas de suporte vetorial. 2010. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Ciência da Computação) - Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul.

6.
Norberto de Souza O.; Ruiz, D. D. Participação em banca de Anderson Auler Amaro.Multiplot - um ambiente para análise da interação entre receptor e ligante. 2010. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Ciência da Computação) - Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul.

7.
Norberto de Souza O.; Bogo, M. R.. Participação em banca de Ivani Pauli.Geração de uma nova classe de inibidores para a enzima Purina Nucleosíseo Fosforilase Humana. 2009. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Ciências Biológicas) - Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul.

8.
Norberto de Souza O.; Bogo, M. R.. Participação em banca de Patrícia Cardozo Peres.Identificação de compostos antimaláricos com especificidade para proteínas quinases de. 2009. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Ciências Biológicas) - Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul.

9.
Norberto de Souza O.; Horn, F.. Participação em banca de Clarice Gravina Ricci.A, B e Z-DNA: caracterização conformacional e importância biológica. 2007. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Farmácia) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul.

10.
Norberto de Souza O.; Moraes, S. W.; Moraes, M. C.. Participação em banca de Thiago Knakiewicz Rosin.Sistemas imunológicos artificiais aplicados à segurança de redes. 2006. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Sistemas de Informação) - Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul.

11.
Norberto de Souza O.; Streck, E. E.; Silva, A. M. M.. Participação em banca de Vagner Ferreira Cassola.Simulação computacional de dosimetria do exame de seios da face - posição lateral, utilizando modelo voxel de cabeça e o programa Monte-Carlo GEANT4. 2005. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Bacharelado em Física) - Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul.

12.
Norberto de Souza O.; Frazon, J.; Basso, L. A.. Participação em banca de Clarissa Melo Czekster.Clonagem e expressão da enzima indol-3-glicerol fosfato sintase de Mycobacterium tuberculosis H37Rv. 2005. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Bacharelado Em Ciências Biológicas) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul.

13.
Norberto de Souza O.; Laurino, J. P.. Participação em banca de Raquel Cristina Schwanke.Amplification and cloning of the yicp adenine deaminase-encoding gene from Escherichia coli. 2005. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Farmácia) - Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul.

14.
Norberto de Souza O.; Fett Neto, A. G.. Participação em banca de Maria de Lourdes Borba Magalhães.Cloning and expression of functional shikimate dehydrogenase (E.C.1.1.1.25) from Mycobacterium tuberculosis H37Rv. 2002. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Farmácia) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul.

15.
Norberto de Souza O.; Machado, D. C.. Participação em banca de Rafael Guimarães da Silva.Clonagem, expressão e purificação da enzima fosforilase de nucleosídoes purínicos. 2002. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Biologia) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul.



Participação em bancas de comissões julgadoras
Concurso público
1.
Norberto de Souza O.; Bevilacqua, L.; Colombo, M. F.; Araujo, A. F. P.; Silva, F. L. B.. Tecnologista Pleno 2 na área de Biofísica Molecular Computacional: Desenvolvimento de Métodos e Programas para a Previsão de Estruturas de Proteínas. 2012. Laboratório Nacional de Computação Científica.

2.
Norberto de Souza O.. Programa Pesquisador Visitante - FIOCRUZ. 2011. Fundação Oswaldo Cruz.

3.
Norberto de Souza O.. Programa Pesquisador Visitante - FIOCRUZ. 2008. Fundação Oswaldo Cruz.

Outras participações
1.
Norberto de Souza, O. Seminário Interno de Avaliação de Iniciação Científica CNPq/FAPERGS. 2017. Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul.

2.
Norberto de Souza O.. Programa Institucional de Bolsas de Iniciação Científica PROBIC/FAPERGS/PUCRS/2013-2014. 2013. Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul.

3.
Norberto de Souza O.. X Salão de Iniciação Científica da PUCRS. 2009. Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul.

4.
Norberto de Souza O.. VII Salão de Iniciação Científica da PUCRS. 2006. Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul.

5.
Norberto de Souza O.. VI Salão de Iniciação Científica da PUCRS. 2005. Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul.

6.
Norberto de Souza O.. V Salão de Iniciação Científica da PUCRS. 2004. Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul.



Eventos



Participação em eventos, congressos, exposições e feiras
1.
Seminário In Interno de Avaliação da Inciação Científica da PUCRS.Desenvolvimento de um modelo farmacofórico 3D a partir das interações da PNP de Mycobacterium tuberculosis com o fármaco aciclovir. 2014. (Seminário).

2.
Terceiro Minicolóquio sobre Produtos Naturais da Biodiversidade Ativos Contra Agentes de Doenças Negligenciadas e Identificação de Alvos Moleculares.Estudos in silico e in vitro da interação da Enzima InhA de Mycobacteruim tuberculosis com pequenas moléculas candidatas a fármacos. 2012. (Simpósio).

3.
VI Escola de Modelagem Molecular em Sistemas Biológicos.PRO-SMART: PROtein Structure by a Multi-Agent Tool. 2012. (Encontro).

4.
XXXII Congresso da Sociedade Brasileira de Computação. 2012. (Congresso).

5.
6th Brazilian Symposium on Bioinformatics.Conformational changes in the enzyme InhA from M. tuberculosis induced by an inorganic complex: a molecular dynamics simulation study. 2011. (Simpósio).

6.
6th Brazilian Symposium on Bioinformatics.A Conceptual Many Tasks Computing Architecture to Execute Molecular Docking Simulations of a Fully-Flexible Receptor Model. 2011. (Simpósio).

7.
Ciclo de Encontros na Arena.Bioinformática: catalisando a interação de conhecimentos entre diferentes áreas. 2011. (Encontro).

8.
X-Meeting 2010 - 6th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computaional Biology - AB3C. FReDoWS: a method to automate molecular docking simulations with explicit receptor flexibility and snapshots selection. 2010. (Congresso).

9.
III Brazilian Symposium on Bioinformatics.A Hybrid Method for the Protein Structure Prediction Problem. 2008. (Simpósio).

10.
Jornada Acdêmica da Faculdade de Informática - FACIN/PUCRS.Catalisando uma interface entre computação e biologia. 2008. (Oficina).

11.
The 23rd Annual ACM Symposium on Applied Computing: Bioinformatics Track.CReF: A Central-Residue-Fragment-Based Method for Predicting Approximate 3-D Polypeptide Structures. 2008. (Simpósio).

12.
Aula Magna - Curso de Biomedicina - Curso de Farmácia - Curso de Nutrição.Bioinformática: Aplicações e Implicações. 2007. (Outra).

13.
X-Meeting 2006 - 2nd International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computaional Biology - AB3C. Ab Initio Structure Prediction of an Artificially Designed Alpha-Helix Bundle. 2006. (Congresso).

14.
Ciclo de Seminários sobre Epistemologia, Ciência e Evolução.Os sistemas complexos e a bioinformática. 2005. (Seminário).

15.
I Semana Acadêmica Interdisciplinar - Biologia - Farmácia - Química.Arquitetura, Visualização e Manipulação de Proteínas. 2005. (Oficina).

16.
XIX Congresso Brasileiro de Parasitologia, 31 de outubro a 4 de novembro de 2005. Bioinfomática e Modelagem Molecular. 2005. (Congresso).

17.
XXXIV Reunião Anual da SBBq. Molecular Dynamic Simulations of Proteins for Drug Design and Discovery. 2005. (Congresso).

18.
III Latin Americam Course on Bioinformatica for Tropical Disease Research.Finding, Visualizing and Manipulating Protein 3D Structures. 2004. (Oficina).

19.
II Latin American Course on Bioinformatics For Tropical Disease Research.Protein Architecture. 2004. (Oficina).

20.
II Latin American Course on Bioinformatics for Tropical Disease Research - A Workshop Sponsored by UNDP/World Bank/ WHO/TDR.Epitope Mapping + 3D Structures. 2003. (Oficina).

21.
48º Congresso Nacional de Genética. Genômica Estrutural Computacional: Predição Ab Initio por Simulação da Dinâmica Molecular da Estrutura 3D de Proteínas. 2002. (Congresso).

22.
Escola de Modelagem Molecular em Sistemas Biológicos.Simulações em Sistemas Contendo DNA- Sobre a Importância de ser Flexível. 2002. (Oficina).

23.
Escola de Modelagem Molecular em Sistemas Biológicos.Sobre o Tratamento das Interações Eletrostáticas em Sistemas Biológicos. 2002. (Oficina).

24.
Workshop on Molecular Modeling in Biophysics: Methods and Applications.Molecular Dynamics Simulations of NADH-Dependent Wild Type and S94A Mutant Enoyl Reductase (INHA) From Mycobacterium Tuberculosis. 2002. (Oficina).

25.
XIV SALÃO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA UFRGS. Predição Ab Initio por Simulação da Dinâmica Molecular da Estrutura Tridimensional de Um Three-alpha-helix Bundle. 2002. (Congresso).

26.
I Congresso Brasileiro de Biotecnologia: Fronteiras da Biologia. Bioinformática Estrutural: Da Seqüência de Aminoácidos à Estrutura 3D de Proteínas e Sua Utilização no Desenho Racional De Drogas Assistido por Computador. 2001. (Congresso).

27.
IV Biophysics Congress of the Southern Cone. Molecular Dynamics Simulations of TATA-Box Promoters in Aqueous Solutions. 2000. (Congresso).

28.
Perspectivas de Um Programa de Screening de Novas Drogas Derivadas da Mata Ombrófila do Estado do RS: Projeto Pró-Mata.Modelagem Molecular e Desenho de Drogas. 2000. (Simpósio).

29.
Workshop on Computer Simulation of Condensed Molecular Systems.Computational Studies of Biomolecules: On the Importance of Being Flexible. 1999. (Seminário).

30.
Biomolecular Simulations. Baselining the Particle-mesh Ewald Method within AMBER 4.1 for Simulations of DNA Dodecamers and TATA box Sequence-dependent Curvature. 1997. (Congresso).

31.
Tenth Conversationin Biomolecular Stereodynamics. Inherent DNA Duplex Curvature Determined from 1.5 ns Molecular Dynamics Simulations for a Series of TATA-promoter Mutatnts and Comparison with Experimental Physical and Biological Observations. 1997. (Congresso).

32.
The Fidelity of DNA Replication Conference. Structural and Dynamical Variations in a TATA Promoter and its Mutants. 1995. (Congresso).

33.
Thirty Fourth Hanford Symposium on Health and the Environment: From 3D Structures to Applications.Molecular Dynamics Simulations on the 14 Base-pair Oligonucleotide Containing the Adenovirus Major Late Promoter TATA Element and Relatated Sequences: Does TATA box Binding Protein Prefer Curved or Flexible DNA Sequences?. 1995. (Simpósio).


Organização de eventos, congressos, exposições e feiras
1.
Norberto de Souza O.. BSB 2014 - Brazilian Symposium on Bioinformatics. 2014. (Congresso).

2.
Norberto de Souza O.. BSB 2013 - Brazilian Symposium on Bioinformatics. 2013. (Congresso).

3.
Norberto de Souza O.. BSB 2012 - Brazilian Symposium on Bioinformatics. 2012. (Congresso).

4.
Norberto de Souza O.. BSB 2011 - Brazilian Symposium on Bioinformatics. 2011. (Congresso).

5.
Norberto de Souza O.. BSB 2010 - Brazilian Symposium on Bioinformatics. 2010. (Congresso).

6.
Norberto de Souza O.; Ruiz, D. D . II Brazilian School on Bioinformatics. 2009. (Congresso).

7.
Norberto de Souza O.; Ruiz, D. D . IV Brazilian Symposium on Bioinformatics. 2009. (Congresso).

8.
Oliveira, G. ; Kuser-Falcão, P.R. ; Barrera, J. ; Souza, S. ; Zorzenon dos Santos, R.M. ; Norberto de Souza O. ; Durham, A.M. ; Menossi, M. ; Volpini, A. . 4th International X-meeting of the AB3C. 2008. (Congresso).

9.
Kuser-Falcão, P.R. ; Barrera, J. ; Souza, S. ; Oliveira, G. ; Zorzenon dos Santos, R.M. ; Brandão, M.M. ; Norberto de Souza O. ; Durham, A.M. ; Menossi, M. ; Porto, L. M. . 3rd International X-meeting of the AB3C. 2007. (Congresso).

10.
Norberto de Souza O.. Feira das Profissões. 2007. (Exposição).

11.
Norberto de Souza O.. Feira das Profissões. 2006. (Exposição).



Orientações



Orientações e supervisões em andamento
Dissertação de mestrado
1.
Renata Fioravanti Tarabini. Estudo da flexibilidade da enzima InhA (EC 1.3.1.9) de Mycbacterium tuberculosis por simulações de dinâmica molecular. Início: 2016. Dissertação (Mestrado em Biologia Celular e Molecular) - Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul. (Orientador).

Tese de doutorado
1.
Walter Ritzel Paixão-Côrtes. DB-InhA 2.0: Um Banco de Dados Terciário para a Enzima InhA (EC 1.3.1.9) de Mycobacterium tuberculosis e suas interações. Início: 2015. Tese (Doutorado em Ciência da Computação) - Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul, Pontifícia Universidade Católica do RS - PUCRS. (Orientador).

2.
Vanessa Stangherlin Machado. Interfaces acessíveis para usuários com deficiência visual: uma proposta de representação da informação em Bioinformática e Biologia Molecular. Início: 2015. Tese (Doutorado em Ciência da Computação) - Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. (Orientador).

3.
Michele dos Santos Silva. Massively parallel and distributed fragment based protein structure prediction. Início: 2014. Tese (Doutorado em Ciência da Computação) - Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul, Hewlett Packard e CAPES. (Orientador).

Supervisão de pós-doutorado
1.
Luís Fernando Saraiva Macedo Tiimers. Estudos computacionais e experimentais da flexibilidade de macromoléculas biológicas. Início: 2015. Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior.

Iniciação científica
1.
Guilherme Sergei Schafer. Melhoramento do método CReF para a predição da estrutura 3D aproximada de proteínas. Início: 2017. Iniciação científica (Graduando em Ciência da Computação) - Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul, PET-Informática/PUCRS. (Orientador).


Orientações e supervisões concluídas
Dissertação de mestrado
1.
Carlos Eduardo Sequeiros Borja. Predição da estrutura 3D de proteínas mimetizando o ambiente ribossômico. 2017. Dissertação (Mestrado em Biologia Celular e Molecular) - Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Osmar Norberto de Souza.

2.
Rafael Cauduro Oliveira Macedo. On the analysis of REMD protein structure prediction simulations for reducing volume of analytical data. 2017. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul, Pontifícia Universidade Católica do RS - PUCRS. Orientador: Osmar Norberto de Souza.

3.
Gustavo Bellani Migott. Determinação da Energia Livre de Ligação por Métodos In Silico para Ligantes da InhA de Mycobacterium tuberculosis. 2016. Dissertação (Mestrado em Mestrado Prof. em Biotecnologia Faramacêutica) - Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul, . Orientador: Osmar Norberto de Souza.

4.
Leonardo Veronese Soletti. Um modelo de workflow científico para o refinamento da estrutura 3D aproximada de proteínas. 2016. Dissertação (Mestrado em Programa de Pós Graduação Em Ciência da Computação) - Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul, Pontifícia Universidade Católica do RS - PUCRS. Orientador: Osmar Norberto de Souza.

5.
Walter Ritzel Paixão-Cortes. DB-InhA: Um Banco de Dados Terciário para a Enzima InhA (EC 1.3.1.9). 2015. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul, Pontifícia Universidade Católica do RS - PUCRS. Orientador: Osmar Norberto de Souza.

6.
Vanessa Stangherlin Machado. wCReF: uma interface web para o método CReF de predição da estrutura 3D aproximada de proteínas. 2015. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Osmar Norberto de Souza.

7.
Eduardo Emílio Reder. Métodos inteligentes para a predição da estrutura 3D de proteínas. 2015. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul, Pontifícia Universidade Católica do RS - PUCRS. Orientador: Osmar Norberto de Souza.

8.
Rodrigo Nascentes da Silva. Sobre a complexidade do problema PSP (Protein Structure Prediction). 2015. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul, Pontifícia Universidade Católica do RS - PUCRS. Orientador: Osmar Norberto de Souza.

9.
Isadora Teresa França Pereira. Evolução Molecular do gene Aminopeptidase Q Transmembrana (Taqpep) em mamíferos. 2015. Dissertação (Mestrado em Biociências (Zoologia)) - Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Coorientador: Osmar Norberto de Souza.

10.
Thiago Lipinski Paes. Pro-Smart: Predição de Estruturas Terciárias de Proteínas Utilizando Sistemas Multiagente. 2013. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul, Hewlett Packard e CAPES. Orientador: Osmar Norberto de Souza.

11.
Mirocem Fernandes de Oliveira. Refinamento de estruturas 3D preditas de polipeptídeos. 2013. Dissertação (Mestrado em Biologia Celular e Molecular) - Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul, Pontifícia Universidade Católica do RS - PUCRS. Orientador: Osmar Norberto de Souza.

12.
Karina Cristina da Motta Dall'Agno. Um estudo sobre a predição da estrutura 3D aproximada de proteínas utilizando o método CReF com refinamento. 2012. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Osmar Norberto de Souza.

13.
Renata De Paris. FReMI ? A middleware to Hhandle molecular docking simulations of fully-flexible receptor models in HPC environments. 2012. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Osmar Norberto de Souza.

14.
Ivani Pauli. Estudos "in silico" da interação da enzima InhA de "Mycobacterium tuberculosis" com pequenas moléculas do tipo fármaco. 2011. Dissertação (Mestrado em Biologia Celular e Molecular) - Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Osmar Norberto de Souza.

15.
Christian Vahl Quevedo. Desenvolvimento de um filtro de descritores moleculares geométricos para gerar um ranqueamento em banco de dados de ligantes. 2011. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Osmar Norberto de Souza.

16.
André L. Silva. Uma aplicação para automação de experimentos de docagem molecular. 2010. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul, . Orientador: Osmar Norberto de Souza.

17.
Elisângela Machado Leal Cohen. Um estudo do efeito da fexibilidade explícita da enzima InhA de "M. tuberculosis" na docagem molecular dos inibidores etionamida, triclosano e isoniazida-pentacionoferrato II. 2010. Dissertação (Mestrado em Biologia Celular e Molecular) - Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Osmar Norberto de Souza.

18.
Fabíola S. Mattei. Evolução e modelagem molecular do fator neurotrófico derivado do cérebro (BDNF) em mamíferos. 2010. Dissertação (Mestrado em Biologia Celular e Molecular) - Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul, . Coorientador: Osmar Norberto de Souza.

19.
Camila Ilgenfritz. Modelagem por homologia e dinâmica molecular da estrutura selvagem completa de E6 de HPV 16. 2009. Dissertação (Mestrado em Biologia Celular e Molecular) - Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul, . Coorientador: Osmar Norberto de Souza.

20.
Márcio Dorn. Uma proposta para a predição computacional da estrutura 3D aproximada de polipeptídeos com redução do espaço conformacional utilizando análise de intervalos. 2008. 0 f. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Osmar Norberto de Souza.

21.
André Luciano Pasinato da Costa. Estudo da interação da 2-trans-enoil-ACP (CoA) redutase de "Mycobacterium tuberculosis" com o complexo inorgânico isoniazida(pentaciano)ferrato(II) por simulação pela dinâmica molecular. 2008. 0 f. Dissertação (Mestrado em Biologia Celular e Molecular) - Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Osmar Norberto de Souza.

22.
Karina dos Santos Machado. Um workflow científico para a modelagem do processo de desenvolvimento de fármacos assistido por computador utilizando receptor flexível. 2007. 0 f. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Osmar Norberto de Souza.

23.
Marcos Borba Cardoso. Uma proposta para a predição computacional da estrutura 3D de polipeptídeos. 2007. 0 f. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul, Hewlett Packard. Orientador: Osmar Norberto de Souza.

24.
Ardala Breda. Análise por simulações pela dinâmica molecular do complexo proteína-dNA do domínio ETS da proteína PDEF: fatores Intrínsecos ao DNA. 2007. 0 f. Dissertação (Mestrado em Biologia Celular e Molecular) - Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Osmar Norberto de Souza.

25.
Ricardo Melo Czekster. SimVIZ - Um ambiente virtual de desktop para visualização e análise de múltiplas trajetórias de simulações de proteínas. 2006. 91 f. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Osmar Norberto de Souza.

26.
Cláudia Lemelle Fernandes. Modelagem molecular e estudos de docking da enzima corismato sintase de "Mycobacterium tuberculosis". 2006. 68 f. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Coorientador: Osmar Norberto de Souza.

27.
Jorge Alberto Araújo de Andrade. Bioinformática: Um estudo sobre sua importância e aplicação na aprendizagem em ciências no ensino médio. 2005. 173 f. Dissertação (Mestrado em Educação em Ciências e Matemática) - Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Osmar Norberto de Souza.

28.
Andrei Oliveira da Silva. Utilização de grades computacionais no desenho racional de drogas assistido por computador. 2004. 48 f. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Osmar Norberto de Souza.

29.
Marco Aurélio Stelmar Netto. Uma arquitetura para o escalonamento de simulações computacionais complexas em máquinas heterogêneas não-dedicadas. 2004. 60 f. Dissertação (Mestrado em Programa de Pós Graduação Em Ciência da Computação) - Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Osmar Norberto de Souza.

Tese de doutorado
1.
Thiago Lipinski Paes. Cut-REMD: Uma nova abordagem para a predição de estruturas terciárias de proteínas baseada em raio de corte incremental. 2017. Tese (Doutorado em Ciência da Computação) - Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Osmar Norberto de Souza.

2.
Renata De Paris. An Effective Method to Optimize Docking-Based Virtual Screening in a Clustered Fully-Flexible Receptor Model Deployed on Cloud Platforms. 2016. Tese (Doutorado em Ciência da Computação) - Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul, Hewlett Packard. Coorientador: Osmar Norberto de Souza.

3.
Christian Vahl Quevedo. Triagem Virtual em Banco de Dados de Ligantes Considerando Propriedades Físico-químicas de um Modelo de Receptor Totalmente Flexível. 2016. Tese (Doutorado em Ciência da Computação) - Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul, Petróleo Brasileiro S.A.. Coorientador: Osmar Norberto de Souza.

4.
Luis Fernando Saraiva Macedo Timmers. Estudos in silico e in vitro da enzima EPSP Sintase de Mycobacterium tuberculosis. 2015. Tese (Doutorado em Biologia Celular e Molecular) - Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Osmar Norberto de Souza.

5.
Elisângela Machado Leal Cohen. Estudos da interação da enzima InhA (EC 1.3.1.9) de Mycobacterium tuberculosis H37Rv com análogos do inibidor IQG607. 2013. Tese (Doutorado em Biologia Celular e Molecular) - Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Osmar Norberto de Souza.

6.
Karina dos Santos Machado. Seleção eficiente de conformações de receptor flexível em simulações de docagem molecular. 2011. Tese (Doutorado em Ciência da Computação) - Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Osmar Norberto de Souza.

7.
Furia Gargano. Efeito da temepratura na enzima 2-trans-enoil-ACP (CoA) redutase (EC 1.3.1.9) "Mycobacterium tuberculosis" em complexo com o NADH: um estudo por simulação pela dinâmica molecular. 2009. 0 f. Tese (Doutorado em Biologia Celular e Molecular) - Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul, . Orientador: Osmar Norberto de Souza.

8.
Cláudia Elizabeth Thompson. Evolução molecular, divergência funcional e aspectos estruturais da família gênica da álcool desidrogenase. 2009. 0 f. Tese (Doutorado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Coorientador: Osmar Norberto de Souza.

9.
Evelyn Koeche Schroeder. Efeito das mutações I16T, I21V, I47T e S94A na afinidade da enzima 2-trans-enoil-ACP(CoA) redutase de "Mycobacterium tuberculosis" pelo cofator NADH: estudos por simulação pela dinâmica molecular e docking molecular. 2004. 203 f. Tese (Doutorado em Biologia Celular e Molecular) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Coorientador: Osmar Norberto de Souza.

Supervisão de pós-doutorado
1.
José Fernando Ruggiero Bachega. 2016. Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul, CAPES/FAPERGS DOCFIX. Osmar Norberto de Souza.

2.
Rafael Andrade Caceres. Predição de estruturas 3D de proteínas por simulações pela dinâmica molecular. 2013. Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Rio Grande do Sul. Osmar Norberto de Souza.

3.
Rafael Andrade Caceres. 2012. Pontifícia Universidade Católica do RS - PUCRS, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Osmar Norberto de Souza.

Trabalho de conclusão de curso de graduação
1.
Gustavo Savi Frainer. DB-X (TCC I). 2016. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Sistemas de Informação) - Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul. Orientador: Osmar Norberto de Souza.

2.
Carolina Oltramari Nery. DB-X: Sistema modular para centralização de buscas sobre proteínas (TCC II). 2016. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Sistemas de Informação) - Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul. Orientador: Osmar Norberto de Souza.

3.
Gustavo Savi Frainer. DB-X: Sistema modular para centralização de buscas sobre proteínas (TCC II). 2016. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Sistemas de Informação) - Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul. Orientador: Osmar Norberto de Souza.

4.
Carolina Oltramari Nery. DB-X (TCC I). 2016. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Sistemas de Informação) - Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul. Orientador: Osmar Norberto de Souza.

5.
Lucas Kinzel Moraes. SisPró-Fetal: um sistema para geração automática de relatórios dos exames ecográficos. 2005. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Sistemas de Informação) - Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul. Orientador: Osmar Norberto de Souza.

6.
Meickel Freiberger Schaefer. Análise e aperfeiçomaneto de instrumentos de visualização 3D de proteínas. 2005. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Ciência da Computação) - Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul. Orientador: Osmar Norberto de Souza.

7.
Ardala Breda. Predição Ab Initio da Estrutura Tridimensional de Proteínas. 2004. 41 f. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Biologia) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul. Orientador: Osmar Norberto de Souza.

8.
Cláudia Lemelle Fernandes. Predição da Estrutura 3D da EPSP Sintase de Mycobacterium tuberculosis. 2003. 0 f. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Biologia Celular e Molecular) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul. Orientador: Osmar Norberto de Souza.

Iniciação científica
1.
Denise Capitaneo. Predição de compostos químicos não esteroides para mimetizar o efeito de corticoides no tratamento da asma. 2015. Iniciação Científica. (Graduando em Ciências Biológicas) - Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul. Orientador: Osmar Norberto de Souza.

2.
Bruno Giacobbo Couto. Simulações de redocagem e docagem molecular cruzada de ligantes da enzima InhA de Mycobacterium tuberculosis. 2011. Iniciação Científica. (Graduando em Biologia) - Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul, Pontifícia Universidade Católica do RS - PUCRS. Orientador: Osmar Norberto de Souza.

3.
Anderson Mattjie da Silva. Uma interface web para o método CReF de predição de estrutura 3D aproximada de proteínas. 2011. Iniciação Científica. (Graduando em Ciência da Computação) - Pontifícia Universidade Católica do RS - PUCRS. Orientador: Osmar Norberto de Souza.

4.
Danieli Forgiarini Figueiredo. Identificação e caracterização estrutural via bioinformática da via do ácido chiquímico em "Plasmodium falciparum". 2010. Iniciação Científica. (Graduando em Biologia) - Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Osmar Norberto de Souza.

5.
Carla Carvalho de Aguiar. Modelagem molecular de enzimas da VAC de "Plasmodium falciparum". 2010. Iniciação Científica. (Graduando em Biologia) - Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Rio Grande do Sul. Orientador: Osmar Norberto de Souza.

6.
Núbia Galvez. Simulações de docagem molecular considerando o receptor flexível. 2010. Iniciação Científica - Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul, Programa de Educação Tutorial - Biologia/PUCRS. Orientador: Osmar Norberto de Souza.

7.
Ardala Breda. Predição Ab Initio da Estrutura Supersecundária de um Modelo Polipeptídico: um Alpha-Helical-Hairpin. 2003. 23 f. Iniciação Científica. (Graduando em Biologia) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Osmar Norberto de Souza.

8.
Maurício Caliggiuri Inforçati. Predição da Estrutura Tridimensional da Proteína TsTx-V a partir da sua Sequência de Aminoácidos. 2000. 0 f. Iniciação Científica. (Graduando em Engenharia da Computação) - Universidade Estadual de Campinas, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Osmar Norberto de Souza.

9.
Guilherme Brandão Pignata. Definição do Ambiente de Ligação do Grupo Heme em Proteínas. 2000. 13 f. Iniciação Científica. (Graduando em Física) - Universidade Estadual de Campinas. Orientador: Osmar Norberto de Souza.

Orientações de outra natureza
1.
Evelyn Koeche Schroeder. Estudo computacional da enzima 2-trans-Enoil-ACP (CoA) Redutase de Mycobacterium tuberculosis, produto do gene inhA, como alvo para o desenvolvimento de drogas anti-tuberculose. 2004. 0 f. Orientação de outra natureza - Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Osmar Norberto de Souza.

2.
Ardala Breda. Predição Ab Initio por Simulação da Dinâmica Molecular da Estrutura 3D de Proteínas. 2003. 0 f. Orientação de outra natureza - Universidade Federal do Rio Grande do Sul. Orientador: Osmar Norberto de Souza.

3.
Mariana Luderitz Kolberg. Bioinformática Aplicada à Tuberculose. 2002. 0 f. Orientação de outra natureza - Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Rio Grande do Sul. Orientador: Osmar Norberto de Souza.

4.
Fernando Zanchi. Predição da Estrutura 3D de Proteínas do Plasmodium falciparum. 2002. 0 f. Orientação de outra natureza - Universidade Federal de Rondônia. Orientador: Osmar Norberto de Souza.

5.
Luiz Pedro Sório de Carvalho. Modelagem Molecular da 3-OAR de M. tuberculosis. 2001. 9 f. Orientação de outra natureza - Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Osmar Norberto de Souza.

6.
Evelyn Koeche Schroeder. Proposta de estudo da 2-trans -Enoil-ACP (CoA) Redutase de Mycobacterium tuberculosis, produto do gene inhA,como alvo para o desenvolvimento de drogas anti-tuberculose. 2000. 68 f. Orientação de outra natureza - Centro Nacional de Pesquisa em Energia e Materiais, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Osmar Norberto de Souza.



Inovação



Programa de computador sem registro
1.
Dorn, M. ; Norberto de Souza O. . CReF: Central-residue Fragment-based Methods for the prediction of approximate 3D structures of proteins and polipeptides. 2008.

2.
De Paris, R. ; Frantz, F. A. ; Ruiz, D. D ; Norberto de Souza O. . wFReDoW: A cloud-based web environment to handle molecular docking simulations of a fully-flexible receptor model. 2011.

3.
Lipinski-Paes, T. ; Norberto de Souza O. . Pro-Smart: Predição de Estruturas Terciárias de Proteínas Utilizando Sistemas Multiagente. 2013.

4.
Dall'Agno, K. C. M. ; Norberto de Souza O. . CReF 1.0: Central-residue Fragment-based Methods for the prediction of approximate 3D structures of proteins and polipeptides. 2012.

5.
Machado, K. S. ; Ruiz, D. D ; Norberto de Souza O. . FReDoWS: Flexible Receptor Docking Workflow System. 2010.


Projetos de pesquisa


Outras informações relevantes


Sócio das seguintes organizações:

American Computing Machinery (ACM) - EUA; 
Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional (AB3C); 
International Society for Computational Biology (ISCB); 
Sociedade Brasileira de Biofísica (SBBf); 
Sociedade Brasileira de Computação (SBC) e Membro de sua Comissão Especial de Biologia Computacional (CEBioComp).

Duas solicitações de patentes encontram-se em andamento pelo Escritório de Transferência de Tecnologia (ETT) da PUCRS.



Página gerada pelo Sistema Currículo Lattes em 23/01/2019 às 23:08:40