Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos

Bolsista de Produtividade em Pesquisa do CNPq - Nível 1B

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  • Última atualização do currículo em 29/10/2018


Possui graduação em Ciencias Biologicas pela Universidade do Estado do Rio de Janeiro (1983), mestrado em Ciências Biológicas (Biofísica) pela Universidade Federal do Rio de Janeiro (1995) e doutorado em Ciências Biológicas (Genética) pela Universidade Federal do Rio de Janeiro (2000). Atualmente é bolsista - Université Claude Bernarde Lyon 1, colaborador da Universidade Federal de Santa Catarina, consultor ad hoc da Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado da Bahia, consultor ad hoc da Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo, consultor ad hoc da Fundação Carlos Chagas Filho de Amparo à Pesquisa do Estado do RJ, outro - Escuela de Graduados de la Universidad de Concepción, outro (especifique) da Universidade Federal do Rio de Janeiro e tecnologista - Laboratório Nacional de Computação Científica. Tem experiência na área de Genética, com ênfase em Bioinformática, atuando principalmente nos seguintes temas: genoma, bioinformática, bioinformatica, bacterias e anotacao de genomas. (Texto informado pelo autor)


Identificação


Nome
Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos
Nome em citações bibliográficas
VASCONCELOS, A. T. R.;Vasconcelos, Ana Tereza R;Vasconcelos, Ana Tereza Ribeiro;Vasconcelos, Ana Tereza R.;Vasconcelos, Ana T;Vasconcelos, Ana TR;Vasconcelos, Ana Tereza;DE VASCONCELOS, ANA TEREZA R.;ANA TEREZA RIBEIRO DE VASCONCELOS;de Vasconcelos A T;de Vasconcelos AT;DE VASCONCELOS, A. T. R.;DE VASCONCELOS, ANA TEREZA R;DE VASCONCELOS, ANA TEREZA RIBEIRO;DE VASCONCELOS AT;DE VASCONCELOS, ANA T. R.;DE VASCONCELOS, ANATEREZA RIBEIRO;VASCONCELOS, ANA T. R.;VASCONCELOS, ANA TEREZA RIBEIRO DE;De Vasconcelos, Ana Tereza;RIBEIRO VASCONCELOS,A.T.;RIBEIRO VASCONCELOS, A. T.;VASCONCELOS, ATR.;DE VASCONCELOS, A.T.R.;RIBEIRO DE VASCONCELOS, ANA TEREZA;R Vasconcelos AT;R. VASCONCELOS, ANA T.;Ana T. R. de Vasconcelos;de Vasconcelos Ana T R;VASCONCELOS, ANA T. R. DE;VASCONCELLOS, ANA TEREZA RIBEIRO DE;RIBEIRO VASCONCELOS, ANA TEREZA;VASCONCELOS, A.T.R.;RIBEIRO DE VASCONCELOS, ANA T.

Endereço


Endereço Profissional
Laboratório Nacional de Computação Científica, Departamento de Matemática Aplicada e Computacional, Laboratório de Bioinformática.
Av. Getulio Vargas 333
Quitandinha
25651070 - Petrópolis, RJ - Brasil
Telefone: (24) 22336065
Fax: (24) 22315595
URL da Homepage: http://www.lncc.br/~atrv


Formação acadêmica/titulação


1998 - 2000
Doutorado em Ciências Biológicas (Genética).
Universidade Federal do Rio de Janeiro, UFRJ, Brasil.
Título: Pequenos palíndromos interrompidos extragênicos no genoma de bactérias, Ano de obtenção: 2000.
Orientador: Darcy Fontoura de Almeida.
Palavras-chave: Genoma; análise de seqüências; bancos de dados.
Grande área: Ciências Biológicas
Setores de atividade: Produtos e Processos Biotecnológicos.
1993 - 1995
Mestrado em Ciências Biológicas (Biofísica).
Universidade Federal do Rio de Janeiro, UFRJ, Brasil.
Título: Análise de seqüências de nucleotídeos no ADN extragênico de procariotos: estudo de palíndromos interrompidos, com aplicação ao sistema SOS,Ano de Obtenção: 1995.
Orientador: Darcy Fontoura de Almeida.
Palavras-chave: palímdromos; sistema SOS; bactérias.
Grande área: Ciências Biológicas
Setores de atividade: Produtos e Processos Biotecnológicos.
1987 - 1987
Especialização em Nce. (Carga Horária: 360h).
Universidade Federal do Rio de Janeiro, UFRJ, Brasil.
1980 - 1983
Graduação em Ciencias Biologicas.
Universidade do Estado do Rio de Janeiro, UERJ, Brasil.


Pós-doutorado


2008
Pós-Doutorado.
Universidade do Texas - MDAndersron Cancer Center, MD, Estados Unidos.
Grande área: Ciências Biológicas
Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Biologia Computacional e Bioinformatica.


Atuação Profissional



Institut Pasteur, PASTEUR, França.
Vínculo institucional

2016 - Atual
Vínculo: Colaborador, Enquadramento Funcional: Colaborador sem vinculo empregatício


Instituto de Biologia da Universidade Federal do Rio de Janeiro, IB IFRJ, Brasil.
Vínculo institucional

2014 - Atual
Vínculo: Colaborador, Enquadramento Funcional: Colaborador sem vinculo empregatício


Universidade Federal do Rio Grande do Sul, UFRGS, Brasil.
Vínculo institucional

2014 - Atual
Vínculo: Colaborador, Enquadramento Funcional: Colaborador sem vinculo empregatício


Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique - Siège, INRIA, França.
Vínculo institucional

2013 - Atual
Vínculo: Colaborador, Enquadramento Funcional: Colaborador sem vinculo empregatício


Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores: ID em Lisboa, INESC-ID, Portugal.
Vínculo institucional

2011 - 2013
Vínculo: Colaborador, Enquadramento Funcional: Colaborador sem vinculo empregatício


Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado da Bahia, FAPESB, Brasil.
Vínculo institucional

2011 - Atual
Vínculo: Colaborador, Enquadramento Funcional: Consultor Ad Hoc - sem vinculo empregatício


Universidade Federal de Santa Catarina, UFSC, Brasil.
Vínculo institucional

2011 - Atual
Vínculo: Colaborador, Enquadramento Funcional: Colaborador sem vinculo empregatício


Universidade de Brasília, UnB, Brasil.
Vínculo institucional

2010 - 2013
Vínculo: Colaborador, Enquadramento Funcional: Colaborador sem vinculo empregatício


Universidade Federal do Rio Grande do Norte, UFRN, Brasil.
Vínculo institucional

2010 - 2012
Vínculo: Colaborador, Enquadramento Funcional: Colaborador sem vinculo empregatício


Université Claude Bernarde Lyon 1, LYON I, França.
Vínculo institucional

2010 - 2011
Vínculo: Professor vistante, Enquadramento Funcional: Professor
Outras informações
Bolsa Capes - BEX - Estágio Senior no Exterior


Fundação Oswaldo Cruz, FIOCRUZ, Brasil.
Vínculo institucional

2009 - 2013
Vínculo: Colaborador, Enquadramento Funcional: Colaborador sem vinculo empregatício


Universidade Federal de Goiás, UFG, Brasil.
Vínculo institucional

2009 - 2011
Vínculo: Colaborador, Enquadramento Funcional: Colaborador sem vinculo empregatício


Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária, EMBRAPA SOJA, Brasil.
Vínculo institucional

2008 - 2011
Vínculo: Colaborador, Enquadramento Funcional: Colaborador sem vinculo empregatício


Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária - Centro Nac Pesq Agrobiologia, EMBRAPA CNPSOJA, Brasil.
Vínculo institucional

2008 - 2011
Vínculo: Colaborador, Enquadramento Funcional: Colaborador sem vinculo empregatício


Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária, EMBRAPA, Brasil.
Vínculo institucional

2006 - 2006
Vínculo: Colaborador, Enquadramento Funcional: Consultor Ad Hoc - sem vinculo empregatício
Outras informações
Análise e elaboração de parecer técnico de proposta de projeto submetida ao Edital 01/2005 do Macroprograma 3 - Desenvolvimento Tecnológico Incremental. Proposta avaliada: 736-05 - Classificação de proteínas através de parâmetros estruturais do STING_DB

Atividades

02/2006 - 02/2006
Conselhos, Comissões e Consultoria, Superintendência de Pesquisa e Desenvolvimento - SPD, .

Cargo ou função
Consultor Ad Hoc.

Laboratório Nacional de Computação Científica, LNCC, Brasil.
Vínculo institucional

1984 - Atual
Vínculo: Servidor Público, Enquadramento Funcional: Tecnologista, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

Atividades

4/1984 - Atual
Pesquisa e desenvolvimento , Departamento de Matemática Aplicada e Computacional, Laboratório de Bioinformática.

06/2007 - 09/2007
Ensino, Modelagem Computacional, Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
Tópicos Especiais em Genética II -Genômica Comparativa
06/2007 - 09/2007
Ensino, Modelagem Computacional, Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
Bioinformática I - Banco de dados do ponto de vista biológico
09/2006 - 12/2006
Ensino, Modelagem Computacional, Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
Análise e Comparação de Genomas - Procariotos
06/2006 - 07/2006
Ensino, Modelagem Computacional, Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
Bioinformática I - Banco de dados do ponto de vista biológico
04/2005 - 12/2005
Ensino, Modelagem Computacional, Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
BIOINFORMÁTICA
Análise e Comparação de Genomas ? Procariotos
9/2003 - 12/2003
Ensino, Especializacao Em Bioinformatica, Nível: Especialização

Disciplinas ministradas
Montagem e Análise de Genomas
Banco de dados do ponto de vista biológico
Introducao a bioinformatica
8/2002 - 12/2002
Ensino, Especializacao Em Bioinformatica, Nível: Especialização

Disciplinas ministradas
Montagem e Análise de Genomas
Banco de dados do ponto de vista biologico
3/2002 - 7/2002
Ensino, Especializacao Em Bioinformatica, Nível: Especialização

Disciplinas ministradas
Banco de dados do ponto de vista biológico
Montagem e Análise de Genomas

Universidade Federal do Rio de Janeiro, UFRJ, Brasil.
Vínculo institucional

2003 - Atual
Vínculo: Colaborador, Enquadramento Funcional: Orientador em Pós Graduação - sem vinculo emp, Carga horária: 0

Atividades

8/2003 - Atual
Ensino, Ciências Biológicas (Genética), Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
Bioinformática para projetos Genomas de Procariotos

Escuela de Graduados de la Universidad de Concepción, UDEC, Chile.
Vínculo institucional

2007 - Atual
Vínculo: Colaborador, Enquadramento Funcional: Colaborador sem vinculo empregatício

Atividades

10/2007 - Atual
Ensino, Programa de Pós-Graduação em Bioquímica e Bioinfor, Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
Bioinformática

Fundação Carlos Chagas Filho de Amparo à Pesquisa do Estado do RJ, FAPERJ, Brasil.
Vínculo institucional

2004 - Atual
Vínculo: Colaborador, Enquadramento Funcional: Consultor Ad Hoc - sem vinculo empregatício

Atividades

01/2004 - Atual
Conselhos, Comissões e Consultoria, FAPERJ, .

Cargo ou função
Consultor Ad Hoc.

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo, FAPESP, Brasil.
Vínculo institucional

2004 - Atual
Vínculo: Colaborador, Enquadramento Funcional: Consultor Ad Hoc - sem vinculo empregatício

Atividades

01/2004 - Atual
Conselhos, Comissões e Consultoria, FAPESP, .

Cargo ou função
Consultor Ad Hoc.

Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional, AB3C, Brasil.
Vínculo institucional

2004 - 2006
Vínculo: Colaborador, Enquadramento Funcional: Presidente - sem vinculo empregaticio

Atividades

08/2004 - 12/2006
Direção e administração, Presidência, .

Cargo ou função
Cargo administrativo.

Embrapa Informática Agropecuária, EMBRAPA, Brasil.
Vínculo institucional

2004 - 2007
Vínculo: Colaborador, Enquadramento Funcional: Membro Comite/Ass. Externo -sem vinculo empre

Atividades

10/2004 - 12/2007
Conselhos, Comissões e Consultoria, EMBRAPA Informática, .

Cargo ou função
Membro do Comite Assessor Externo (CAE).

Centro Nacional de Pesquisa de Agrobiologia da EMBRAPA, EMBRAPA AGROBIOL, Brasil.
Vínculo institucional

2007 - 2007
Vínculo: Colaborador, Enquadramento Funcional: Membro de Comite(CAPT)-sem vinculo empregatic

Atividades

10/2007 - 10/2007
Conselhos, Comissões e Consultoria, EMBRAPA Agrobiologia, .

Cargo ou função
Membro do Comitê de Avaliação da Proposta de Trabalho (CAPT).


Linhas de pesquisa


1.
Bioinformática
2.
Biologia Molecular Computacional


Projetos de pesquisa


2017 - Atual
Diagnóstico e prognóstico de mulheres com Neoplasia Intraepitelial Grau 2: identificação e validação clínica de biomarcadores.
Descrição: Avaliar a introdução de novas tecnologias (biomarcadores, imuno-histoquímica, expressão gênica, genotipagem HPV, quantificação digital) no diagnóstico e prognóstico de pacientes com NICII..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
2016 - 2018
Estudo Molecular das Doenças Genéticas Crônicas: Defeitos Congênitos, Doença do Desenvolvimento e Câncer Infantil, a partir da Via das RASopatias - Apoio as Instituições de Ensino Sediadas no RJ
Descrição: Com o advento das técnicas moleculares de Sequenciamento de Nova Geração do genoma, diferentes níveis de conhecimento das doenças genéticas estão sendo ampliados, abrindo portas para a otimização de técnicas de diagnóstico, melhorando a compreensão das doenças em nível celular e fisiopatologia molecular, além de auxiliar na condução clínica dos pacientes. As RASopatias são entendidas como um conjunto de síndromes caracterizadas por uma heterogeneidade de sinais e sintomas clínicos que limita o prognóstico, ainda na vida infantil, de predisposições a determinados tumores ou atrasos neurocognitivos. Tal heterogeneidade genética se deve a diversos tipos de mutações nos genes da via de sinalização RAS/MAPK, tornando a investigação molecular pelo sequenciamento tradicional sequencial laborioso e de difícil consolidação/otimização. Desta forma, a partir de tecnologias de sequenciamento de nova geração, a investigação e o conhecimento atual dos aspectos genéticos podem agregar novos processos de gestão entre a Clínica ? SUS ? Pesquisa ? Ensino, oferecendo um amplo entendimento das doenças e de sua aplicação aos pacientes e famílias, além de abrir novos horizontes e estudos em nível da genômica, biologia celular e oncogênese. O presente projeto propõe a construção de um Consórcio Molecular a partir de uma estreita colaboração entre o Laboratório de Bioinformática do Laboratório Nacional de Computação Científica (LNCC), referência em análises genômicas, e o Centro de Genética Médica do IFF/Fiocruz, unidade materno-infantil do Estado do Rio de Janeiro, que recebe grande número de pacientes com doenças do desenvolvimento, destacando-se as síndromes associadas à via das RASopatias, visando desenvolver soluções inovadoras em saúde pública e ampliação de conhecimento utilizando técnicas genômicas de última geração aplicadas as doenças genéticas..
Situação: Desativado; Natureza: Pesquisa.
2016 - Atual
Medicina de precisão aplicada à imunodeficiência primária (PIDD): Uma abordagem progressiva e custo-efetiva utilizando o sequenciamento de nova geração.
Descrição: As imunodeficiências primárias são doenças genéticas raras que têm como principal característica alterações das funções do sistema imune, levando à maior suscetibilidade às infecções de repetição, autoimunidade e neoplasias. A criança com imunodeficiência primária, embora relativamente rara, é um paciente de alto custo para o SUS, devido a dificuldades diagnósticas, requer o uso de antibióticoterapia e internações prolongadas que em muitos casos evoluem a óbito. Alternativas terapêuticas para alguns casos são de alto custo como transplantes de Células Tronco Hematopoiéticas ou infusão de imunoglobulina intravenosa. No entanto, a indicação terapêutica adequada está diretamente relacionada ao diagnóstico diferencial, precoce e preciso, possibilitando alcançar a eficiência da intervenção clínica, com redução significativa do número de infecções e internações. Até o momento existem mais de 300 mutações causadoras de PIDD. Os testes de diagnóstico molecular existentes podem ser inconclusivos devido a sobreposição com fenótipos clínicos. Dentre os testes genéticos para variantes genéticas associados à PIDD, o sequenciamento de genes individuais usando a metodologia de Sanger é demorado e caro. Embora existam painéis de genes PIDD conhecidos, este método possui limitações, tais como a incapacidade de detectar novos genes relacionados à PIDD. Nesse trabalho propomos o estudo de diferentes grupos de imunodeficiências através de estratégias de sequenciamento de exomas, com o objetivo de alcançar o diagnóstico no maior nível de complexidade e definir de forma precisa a deficiência no sistema imune. O conhecimento dessas alterações moleculares permitirá o tratamento mais efetivo do paciente e possibilitarão benefícios a curto e longo prazo, com adoção de protocolos de cuidados adequados e minimizando internações graves e morte associada a essas patologias. Adicionalmente, o conhecimento dos genes envolvidos nessas patologias no contexto de doenças do nosso meio, permitirão dissecar as vias moleculares essenciais para o combate às doenças negligenciadas..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
2016 - Atual
Genomica Aplicada a aquicultura da ostra nativa de importancia economica (Crassostrea gasar) no Estado do Rio de Janeiro
Descrição: O presente projeto tem como foco a caracterização dos perfis genômicos da espécies nativa da ostra brasileira (C. gasar) incluindo análises comparativas com a ostra japonesa mais cultivada no mundo (C. gigas) e aproveitar-se dessa ampla área de conhecimento ainda pouco explorada para a formação de recursos humanos para ensino e pesquisa. Esses conhecimentos são necessários para estabelecer as condições necessárias para aplicação de políticas que evitem a degradação dos estoques pesqueiros no Estado do Rio de Janeiro. A rede GARPA-RIO busca estabelecer as condições necessárias para aplicação de políticas que evitem a degradação dos estoques ostreícolas no Estado do Rio de Janeiro, através da caracterização do perfil genômico da espécie mais consumida de ostras nativas, C. gasar. Para identificar as melhores condições de crescimento da C. gasar no Estado do Rio de Janeiro, com o objetivo de uma posterior implantação de cultivo no litoral fluminense, serão realizadas diversas análises de seu perfil genético sob determinadas condições limitantes em comparação com a população da mesma espécie em Santa Catarina. Busca-se compreender se as condições já estabelecidas para cultivo de C. gasar em Santa Catarina podem ser aplicadas à população do Rio de Janeiro e, no caso provável de diferenças adaptativas importantes, empregar uma abordagem genômica para guiar o processo de melhoramento genético das mesmas..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
2016 - Atual
Genômica Computacional do Vírus da Zika (ZIKV)
Descrição: Este projeto pretende investigar a interação do microorganismo-hospedeiro (SAIZIKA) através do sequenciamento de cultivos (primários ou linhagens estabelecidas) de células humanas de diferentes tecidos considerados como alvos potenciais de infecção, incluindo neurônios/neuroblastos, células de Schwann, trofoblasto, queratinócitos, fibroblastos, epiteliais tímicas e células- tronco de sangue de cordão, seguidas por análises de bioinformática. Para isso, realizaremos uma análise comparativa do transcritoma humano em cultivos celulares de amostras sadias e infectadas pelo ZIKV. Nessa etapa, pretende-se identificar e caracterizar as funções biológicas e vias metabólicas dos genes humanos diferencialmente expressos e que estejam envolvidos na padronização do neuro-eixo e malformações encefálicas..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
2016 - Atual
Apoio à manutenção da infraestrutura do centro multiusuário Unidade de Genômica Computacional Darcy Fontoura de Almeida (UGCDFA)
Descrição: A Unidade de Genômica Computacional ?Darcy Fontoura de Almeida? (UGCDFA), inaugurada no final de 2008, é uma Unidade Multiusuário destinada a atender aos projetos genomas do Estado do Rio de Janeiro bem como do país e do exterior e está associada ao Laboratório Nacional de Bioinformática (LABINFO) do LNCC. A UGCDFA atua em sincronia com o LABINFO sendo este um centro de excelência em Bioinformática no Brasil e no exterior. Esta associação tem como finalidade integrar as atividades de sequenciamento em larga-escala de DNA e de bioinformática, utilizando a infraestrutura de Computação de Alto Desempenho do LNCC, permitindo maior agilidade no processamento e análise dos dados gerados pelos sequenciadores de DNA de nova geração instalados na UGCDFA. Recentemente, com a instalação do supercomputador Santos Dumont, com um total de 18.144 núcleos de CPU, as sequências geradas na UGCDFA poderão ser processadas com maior velocidade atendendo de forma mais eficiente as várias redes genômicas, grupos parceiros e colaboradores. Até o momento, foram sequenciados cerca de 450 genomas, metagenomas, transcritomas totalizando, aproximadamente, 60Tb de dados gerados pela UGCDFA e processados pelo LABINFO. É importante destacar que para todos os projetos desenvolvidos em colaboração, fazemos parte do alicerce central, visto que somos responsáveis pela geração e processamento das informações genômicas. Esta proposta tem por objetivo a manutenção da infraestrutura da UGCDFA visando continuar gerando grandes quantidades de dados para diversos modelos biológicos e disponibilizando serviços para instituições de pesquisa e acadêmicas, nacionais e internacionais. Ressaltamos que devido ao número de sequenciamentos realizados, processados e analisados na UGCDFA/LABINFO, atualmente, o Estado do Rio de Janeiro tem um papel de destaque nacional na área de genômica computacional/bioinformática, pois foi o que mais gerou, depositou e analisou dados de genomas, transcritomas e metagenomas..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
2016 - Atual
Rede 4 - Microcefalia associada à infecção pelo vírus Zika: uma abordagem transdisciplinar

Projeto certificado pelo(a) coordenador(a) Wilson Savino em 31/01/2017.
Descrição: A infecção pelo vírus Zika (ZIKV) e, principalmente, as manifestações neurológicas a ele relacionadas, é recente, necessita de entendimento e, se constitui num quadro complexo, que levou o País a decretar situação de emergência em saúde pública de importância nacional. Nos estudos em humanos serão criadas quatro coortes de mulheres grávidas e respectivos bebês, e um biorrepositório de amostras de fluidos, tecidos e órgãos, para uso em pesquisa, particularmente relacionada ao sistema nervoso, sistema imune, placenta, membranas epiteliais, além de interação vírus-célula. Estes mesmos tecidos serão analisados em modelos animais a serem desenvolvidos, e que nos permitirão desenvolver estudos iniciais visando a determinação de candidatos vacinais. Por fim, o aspecto educacional incluído no projeto, compreenderá formação de recursos humanos especializados (níveis técnico e pós-graduação), assim como divulgação científica e interface direta com a sociedade. Os resultados que serão gerados nesta rede serão essenciais na compreensão da microcefalia associada à infecção por ZIKV, abrindo ainda portas , seja através de análise de material humano, seja através dos modelos experimentais, para perspectivas terapêuticas. A compreensão de como o vírus altera o neurodesenvolvimento será fundamental para desenvolver inibidores que previnam tais anomalias. Este conhecimento, integrado ao sequenciamento de diferentes amostras do vírus, e ao estudos de polimorfismo gênico poderão prover o conhecimento sobre resistência versus susceptibilidade à doença, e de novo, oferecer condições para melhor delineamento de alternativas de prevenção, inclusive vacinal..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
2016 - Atual
A Global Alliance For Zika Virus Control And Prevention - ZIKAlliance
Descrição: The overall objectives of ZIKAlliance are to assess the impact of Zika virus infection on pregnant women and fetuses as well as to decipher the natural history of Zika virus infection in humans and their environment in the context of other circulating arboviruses. The multidisciplinary ZIKAlliance project will link large observational multicentre cohort studies with basic scientific research to address the above questions, (i) with longstanding shared work experience on arboviral diseases in basic, clinical and applied sciences; (ii) with an established network of clinical cohorts currently studying Dengue Fever in Latin America & the Caribbean; (iii) guided by the principles of One Health approach to respond to the challenges of vector‐borne epidemics..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
2015 - Atual
Integração de grande quantidade de dados de redes biológicas: um portal de biologia de sistemas com ferramentas e bases de dados relacionadas às diversas ômicas para pré-processamento, mineração e divulgação de informações e conhecimento
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
2015 - Atual
Metagenômica aplicada à avaliação dos efeitos da injeção de CO2 na microbiota de reservatórios
Descrição: Esta proposta envolve diferentes domínios de investigação para chegar a uma abordagem multidisciplinar coordenada visando o desenvolvimento de ferramentas e procedimentos para identificar (a) padrões de diversidade taxonômica e funcional de comunidades microbianas e (b) novos genes envolvidos com redução de sulfato, metanogênese, degradação de hidrocarbonetos, produção de surfactantes, entre outros, os quais possuem potencial para o desenvolvimento de estratégias biotecnológicas aplicadas a produção de petróleo. A partir disso, pretende-se monitorar a dinâmica das comunidades microbianas presentes em reservatórios submetidos à injeção de CO2 e estimar os impactos dessas microbiotas sobre a produção de petróleo. A partir do conhecimento adquirido será possível entender melhor os mecanismos bioquímicos envolvidos e propor estratégias que visem redução de perdas e otimização de processos...
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) Doutorado: (3) .
Integrantes: Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos - Integrante / Lucymara Fassarela Agnez-Lima - Coordenador / Ana Teresa Freitas - Integrante.Financiador(es): PETROGAL BRASIL - Auxílio financeiro.
2015 - Atual
Processos adaptativos em Staphylococcus aureus em dois diferentes niveis: Evolução populacional do clone USA400 e mudança para o estado de persistência durante infecção osteo-articular
Descrição: Este projeto tem como um dos principais objetivos reunir especialistas que trabalham em diferentes áreas da ciência, que se propõem a utilizar múltiplas e distintas abordagens relacionadas à microbiologia, biologia molecular, genômica e bioinformática, de forma a se obter uma melhor compreensão do patógeno S. aureus, com foco em sua evolução e adaptação em diferentes níveis. Para tanto, pretendemos realizar uma combinação de abordagens fenotípicas, genômicas e transcriptômicas, visando estabelecer uma colaboração sólida entre os parceiros franceses e brasileiros, implicando na união de expertises distintas..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
2015 - Atual
Plasticidade Genômica, Mobiloma e Evolução do Patógeno Humano Vibrio Cholerae e Vibrios Ambientais
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
2015 - Atual
Laminin and Cell Therapy for Muscular Dystrophies

Projeto certificado pelo(a) coordenador(a) Wilson Savino em 31/01/2017.
Descrição: We propose to decipher the organisation of the laminin matrix, its relationship with myogenic precursors proliferation and differentiation, and its role in normal and dystrophic muscle, including on gene expression in vivo in xenografts. We will investigate the presence of laminin isoforms and receptors in normal and dystrophic cultured human muscle cells, as well as in muscle biopsies. We will define the dynamic evolution of laminin isoforms and their possible deregulation in dystrophic conditions by transcriptomic analyses. We will then alter the expression of laminin isoforms and laminin receptors in vitro using siRNAs, in order to improve engraftment of muscle cells for cell therapy and identify new targets for other therapeutic approaches..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
2015 - Atual
Sistema de Microscopia de Óptica Não-Linear Multifotônica: Introdução de um Novo Recurso na Plataforma de Bioimagem da Fundação Oswaldo Cruz.

Projeto certificado pelo(a) coordenador(a) Wilson Savino em 15/02/2016.
Descrição: A microscopia de luz tem evoluído muito, tanto pelo constante desenvolvimento tecnológico dos constituintes dos microscópios, quanto pela retroalimentação oriunda das questões científicas por eles estudadas. Nesse cenário, destaca-se a microscopia de óptica não-linear multifotônica, cuja disseminação entre os pesquisadores é crescente. O aperfeiçoamento tecnológico de seus componentes, incluindo lasers sintonizáveis de centralização automática, lentes objetivas especiais e detectores de alta sensibilidade, vem aumentando o escopo de aplicações dessa técnica, as quais passaram a incluir, por exemplo, estudo de processos bioquímicos dinâmicos em células vivas e mesmo em pequenos animais de experimentação. Por conta disso, a presente proposta solicita a aquisição de um sistema de microscopia multifotônica, a ser integrado à Plataforma de Bioimagem da Fundação Oswaldo Cruz, e disponibilizado para a comunidade científica do nosso estado enquanto uma importante ferramenta para estudos de biologia celular e estrutural. Esta Plataforma está inserida na Rede de Plataformas Tecnológicas da Fiocruz e dispõe de equipamentos de microscopia fotônica e eletrônica, distribuídos entre suas diferentes subunidades e colocados à disposição da comunidade interna e externa. Considerando as expertises temáticas dos diferentes pesquisadores que aderiram a este projeto, a aquisição do microscópio multifotônico permitirá um salto de qualidade nas análises realizadas em experimentos de migração e diferenciação celular, interações celulares e moleculares, reconstruções tridimensionais em alta resolução, de tecidos e de órgãos. Tais estudos certamente revelarão aspectos ainda não desvendados sobre a fisiologia celular e tecidual, além de permitir análises complexas relativas às modificações encontradas em diversas doenças agudas e crônicas. Além disso, permitirá que os alunos de graduação e pós-graduação possam realizar análises cujo detalhamento não poderia ser realizado sem este equipamento..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
2014 - 2017
Rede Brasileira de Bioinformática
Descrição: A Estruturação e Implantação de uma Rede Nacional de Bioinformática: que deverá ser estabelecida e, a médio e longo prazo, integrar e disponibilizar, no país, estruturas de bioinformática abertas e multiusuárias, capazes de oferecer serviços ao desenvolvimento de pesquisas em diferentes áreas do conhecimento biológico e também produtos biotecnológicos voltados para a melhoria das condições de vida da população no país; Além disso deverá formar recursos humanos capacitados, seja por meio de cursos de curta-duração ou através de associações com cursos pós-graduação..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
2014 - 2017
Marcadores genéticos e moleculares de virulência em tripanosomatídeos patogênicos e não patogênicos
Descrição: Os objetivos do presente projeto financiado pelo PROGRAMA CAPES/STINT (EDITAL Nº. 075/2013-2014) são: 1. Gerar sequencias de cepas polares de T. rangeli selecionadas com base em características fenotípicas e genotípicas diferenciais e realizar estudos de genômica comparativa; 2. Realizar a montagem do genoma de referência do T. rangeli utilizando os bancos de dados previamente gerados (EST, e dados de genoma gerados na plataforma 454) em associação com os novos dados a serem gerados utilizando aa plataforma Illumina; 3. Realizar a análise e a anotação do genoma referência do T. rangeli utilizando pipelines para busca de genes, de sequencias repetitivas e de polimorfismos únicos de sequencia (SNP), combinados com anotação automática e manual; 4. Gerar sequencias de cepas de T. cruzi selecionadas com base em características fenotípicas diferenciais; 5. Utilizar técnicas de sequenciamento de leituras longas (SMRT sequencing) para obter dados que possam resolver a montagem de regiões complexas do genoma como as regiões teloméricas e as famílias multigênicas, tanto em T. cruzi como no T. rangeli; 6. Realizar análises genômicas comparativas entre cepas de T. cruzi selecionadas com base em características fenotípicas; 7. Comparar os genomas referências do T. cruzi e do T. rangeli na busca de marcadores diferenciais de diagnóstico e/ou de marcadores de virulência e patogenicidade; 8. Realizar cursos de pós-graduação e palestras no Brasil e na Suécia ao nível de pós-graduação visando a formação de recursos humanos e o aperfeiçoamento de Docentes; 9. Possibilitar o intercâmbio de pesquisadores e estudantes de pós-graduação entre os laboratórios participantes através de reuniões conjuntas, intercâmbio de pesquisadores e estudantes visitantes e a realização de cursos e workshops; 10. Estimular a participação em eventos científicos dos pesquisadores Brasileiros e Suecos tanto no Brasil quanto na Suécia..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Mestrado acadêmico: (3) / Doutorado: (4) .
Integrantes: Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos - Integrante / Edmundo Carlos Grisard - Coordenador / Daniella Castanheira Bartholomeu - Integrante / Santuza Maria Ribeiro Teixeira - Integrante / TALAVERA-LOPEZ, C. - Integrante / STOCO, PATRÍCIA HERMES - Integrante / ANDERSSON, BJÖRN - Integrante.Financiador(es): CAPES - Centro Anhanguera de Promoção e Educação Social - Auxílio financeiro.
2014 - 2017
Análise de produtos de excreção-secreção e potenciais mecanismos de interação das formas larvais patogênicas de cestódeos do gênero Echinococcus com células do tecido hospedeiro - CNPq/MS/SCTIE/DECIT Nº37/2014 ? Pesquisas sobre Helmintíases

Projeto certificado pelo(a) coordenador(a) Arnaldo Zaha em 22/02/2018.
Descrição: -.
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
2014 - 2016
Obtenção de consórcios microbianos e caracterização de genes com aplicação biotecnológica em bioremediação e costeira marinha
Descrição: A presente proposta, tem por objetivo a identificação de espécies bacterianas, genes e rotas metabólicas relacionadas à degradação de hidrocarbonetos e produção de surfactantes, contribuindo para um melhor conhecimento quanto à constituição genética de comunidades microbianas e a identificação de genes de interesse biotecnológico. Neste sentido, nossa rede padronizou metodologias que permitiram o acesso ao patrimônio genético de microorganismos não cultiváveis, levando a identificação de genes ou a obtenção de seqüências que possivelmente correspondem a genes novos, visto resultados preliminares acima descritos. Nesse sentido, através da presente proposta, pretendemos caracterizar bioquimicamente estes genes (desconhecidos e os que apresentam similaridade com bancos de dados), para identificar possíveis aplicações em estratégias de biorremediação..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
2014 - Atual
Ampliação e Modernização dos Laboratórios de Bioinformática e Medicina Assistida
Descrição: Atualização da plataforma de sequenciamento e computacional de alto desempenho para sequenciamento genomas e transcriptomas humanos aplicados a pesquisas biomédicas com aplicações diretas em genomas humanos. Expansão da capacidade computacional de larga escala existente no Laboratório Nacional de Computação Científica visando a, de forma geral, solução de problemas de grande porte na área de hemodinâmica computacional orientada à modelagem do sistema cardiovascular humano..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
2014 - Atual
Rede Avançada em Biologia Computacional (RABICÓ)
Descrição: A Rede Avançada em Biologia Computacional (RABICÓ) terá sua sede no LNCC e pretende oferecer um conjunto de softwares com tecnologia moderna e atualizada para o desenvolvimento de aplicações que requerem alto poder computacional e recursos avançados de visualização científica, possibilitar a geração e estimular o desenvolvimento da pesquisa de forma integrada com equipes multidisciplinares, para o estudo de problemas relacionados à saúde humana, animal, vegetal e ambiental, e principalmente, formar recursos humanos qualificados na Graduação e na Pós-Graduação..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
2014 - Atual
Genômica Aplicada a Recursos Pesqueiros e de Aquicultura do Estado do Rio de Janeiro GARPA-RIO
Descrição: O Brasil possui uma extensa costa cuja pesca artesanal serve de sustento para as populações costeiras, e cuja exploração comercial é atividade altamente lucrativa. No entanto, a exploração desregulada dos recursos pesqueiros pode levar ao seu esgotamento em poucos anos. O projeto GARPA-RIO é constituído por uma rede de laboratórios e instituições de pesquisa dos Estados do RJ, SC e RN que visa abordar duas questões de importância fundamental para a preservação desses recursos, através de abordagens de genômica molecular e análises de bioinformática. A primeira questão busca estratégias de melhoramento para cultivo de ostras na costa fluminense. Para isso, utilizaremos os métodos mais recentes de sequenciamento no NextSeq 500 Illumina, através de experimentos de genômica, transcritômica e metagenômica, onde buscaremos caracterizar o perfil genético das ostras nativas do gênero Crassostrea sob determinadas condições ambientais e seus possíveis patógenos, bem como detectar os limites dos estoques genéticos na costa. Os experimentos serão realizados comparando as populações de SC, onde o cultivo de C. gasar está bem estabelecido, com aquelas do RJ, a fim de detectarmos as diferenças no perfil de expressão e estabelecermos as condições adequadas para o futuro estabelecimento de um cultivo ostreícola no RJ. A aplicação deste cultivo será conduzida pela FIPERJ, parceira neste projeto. A segunda questão visa o monitoramento da qualidade e comercialização do pescado através da identificação molecular e criação de um banco de dados com sequências de marcadores moleculares das espécies, nativas ou não, pescadas ou comercializadas no RJ. Ambas as estratégias implicarão na geração de empregos e desenvolvimento social local, ao mesmo tempo em que proporciona benefícios tangíveis ao ambiente marinho e ganho econômico ao Estado..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
2014 - Atual
Rede Avançada de Pesquisa em Biotecnologia Marinha
Descrição: A Rede Avançada de Pesquisa em Biotecnologia Marinha compreende dois projetos nas linhas temáticas estratégicas e de fronteira para a pesquisa no nosso pais, a genômica e a bioinformática, além de também conter um projeto direcionado ao setor produtivo e um projeto direcionado a valoração da biodiversidade endêmica brasileira.
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
2013 - 2016
Abordagem multidisciplinar no estudo da biodiversidade, interação e metabolismo bacteriano em suínos (CAPES/COFECUB)
Descrição: Esse projeto propõe explorar experimentalmente e matematicamente a biodiversidade de bactérias que vivem no trato respiratório de suínos, muitas delas patogênicas. Entre essas, Mycoplasma hyopneumoniae, Actinobacillus pleuropneumoniae, Actinobacillus suis, Streptococcus suis, Bordetella bronchiseptica, Pasteurella multocida e Mycoplasma hyorhinis são as mais estudadas. Entretanto, o microbioma da via respiratória de suínos é quase que completamente desconhecida e possivelmente muitas outras espécies não identificadas vivem nesse compartimento do organismo podendo influenciar decisivamente o processo infeccioso das bactérias patogênicas..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (4) Doutorado: (1) .
Integrantes: Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos - Coordenador / Arnaldo Zaha - Integrante / Marie-France Sagot - Integrante.Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Cooperação.
2013 - 2015
Rede Brasileira de Microbiologia: A Identificação e Caracterização de Patógenos Bacterianos Infecção Hospitalar.
Descrição: O Brasil é o quinto maior país do mundo, tanto pela área geográfica e população, com mais de 192 milhões de pessoas que vivem principalmente na costa atlântica. O Brasil está passando por mudanças econômicas, sociais e ambientais rápidas. Apesar das reduções acentuadas no número de óbitos por doenças infecciosas, principalmente devido a infecções e doenças tropicais nos últimos seis décadas, a resistência bacteriana tem emergido como um importante problema de saúde em hospitais brasileiros. Embora a maioria da população dependa do sistema público de saúde, uma fração cada vez maior está sendo gerenciado pelo sistema de saúde privado refletindo em práticas de saúde distintas ao nível da gestão da infecção hospitalar. Como resultado, os padrões distintos de resistência antimicrobiana podem surgir dentro do país. O objetivo desta proposta é a criação de uma Rede Brasileira de Microbiologia, para identificação e caracterização de bactérias patogênicas que irão unir as ações de médicos, microbiologistas e cientistas, em uma perspectiva interdisciplinar..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
2013 - 2015
Identification and characterization of bacterial pathogens in nosocomial infection management
Descrição: The aim of this propose is to create a Brazilian Network for Microbiology Identification and Characterization of bacterial Pathogens that will merge the actions of clinicians, microbiologists and scientists, in an interdisciplinary perspective..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
2013 - 2013
Aplicações biomédicas em plataformas computacionais de alto desempenho em placas GPUs
Descrição: O presente projeto tem como objetivo capacitar recursos humanos para usar múltiplos processadores gráficos (GPUs) para acelerar algoritmos na área de pesquisa biomédica, aproveitando duas qualidades fundamentais do ambiente tecnológico atual: (1) a excelente relação custo/desempenho que representa ter uma GPU, o que requer investimento cerca de um décimo em comparação ao seu homólogo em alcançar o mesmo poder de computação em processadores convencionais (CPUs), e (2) a sua escalabilidade extraordinária, precisamente quando as CPUs mostram claros sinais de esgotamento em sua taxa de aceleração, acentuada cada vez mais pela difícil redução do tamanho dos processadores..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
2012 - 2020
LIA - Laboratório Internacional Associado -Título do projeto: Laboratório InteRnacional de pesquisa em bIOinformática - LIRIO
Descrição: The current project for a LIA builds upon a strong collaboration between the team of a French-Brazilian researcher with a background in discrete mathematics and algorithmics for the life sciences who has made her scientific career in France, since 2001 in the Laboratoire de Biométrie et Biologie Évolutive UMR 5558, and the team of a Brazilian researcher with a background in genetics and bioinformatics, and extensive national and international links in the area of bioinformatics. The research that will be conducted in the LIA will concern putting together all the activities currently conducted by each team separately or that each team has already planned to do, but also new research that the synergy between the two teams will enable to address in future. This synergy represented by the LIA should also allow us to apply for other sources of funding to support the research we wish to develop. Initially, this research will be concentrated on two main axes, one strongly concerned with the host-parasite relationship and the second with micro-environmental genomics and systems biology. Both address complex systems by a broad variety of experimental, bioinformatic and algorithmic approaches that reflect the complementarity of the two teams involved (biology including experimental part for the Brazilian team, algorithmics for the French one) while bioinformatics is a common language between the two. Besides fundamental issues, the two axes may have also important health-related implications. The topics in these two axes belong to one of the five ?thématiques au c?ur de l?INEE?, namely ?Biodiversité et écologie fonctionnelle?, and cover three ?thèmes d?interface?, namely ?Biodiversité, structure, dynamique et fonctionnalité?, ?Mécanismes d?adaptation et d?évolution? and ?Environment et santé?. Training will represent another key aspect of the LIA, and will aim at extending the already intensive exchanges of researchers, Master and PhD students between the two French and Braz.
Situação: Desativado; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (2) Doutorado: (2) .
Integrantes: Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos - Coordenador / Arnaldo Zaha - Integrante / Nicolás, Marisa F - Integrante / Luciane Prioli Ciapina - Integrante / Luiz Gonzaga Paula de Almeida - Integrante / Marie-France Sagot - Integrante / Maria Cristina Machado Motta - Integrante.Financiador(es): Centre National de la Recherche Scientifique - Cooperação.
2012 - 2015
Análise da biodiversidade viral e bacteriana na co-circulação com o vírus da gripe - Edital FAPERJ Prioridade Rio
Descrição: O Laboratório Nacional de Bioinformática - LABINFO, em função de seu extraordinário desenvolvimento técnico-científico, vem processando e analisando sequências genômicas de amostras respiratórias provenientes de pacientes com síndromes respiratórias severas, tais como a síndrome gripal, bronquiolites e pneumonias. A identificação do genoma viral e/ou bacteriano associado às manifestações clínicas dos pacientes com síndromes respiratórias severas permitirá traçar o perfil epidemiológico de cada patógeno em uma determinada região geográfica. Devido à infraestrutura do LABINFO e ao conhecimento das técnicas de sequenciamento e análise bioinformática, uma colaboração foi estabelecida entre o LABINFO e o Laboratoire des Pathogènes Émergents (LPE) da Fundação Mérieux localizado em Lyon, França, para a análise metagenômica de patógenos diretamente de amostras respiratórias onde os casos de Influenza mono ou co-detectados em crianças com pneumonia severa serão analisados. O LPE tem um programa de pesquisa sobre as pneumonias severas em crianças com menos de 5 anos. Esse programa, que inclui casos/controles, foi implantado em 10 países diferentes: Mongólia, China, Camboja, Haiti, Paraguai, Brasil, Mali, Madagascar, Líbano e Índia. Criada em 2008 pela Fundação Mérieux, a Rede GABRIEL (Global Approach for Biological Research on Infectious Epidemics in Low income countries) é uma rede de laboratórios de pesquisa internacional que inclui laboratórios de países desenvolvidos e em desenvolvimento. Estes laboratórios trabalham conjuntamente no desenvolvimento de projetos de pesquisa sobre doenças infecciosas que tem impacto significativo na saúde pública, bem como, conduzem estudos epidemiológicos visando o melhoramento do controle destes patógenos. A missão da rede GABRIEL é de apoiar os países em desenvolvimento a desenvolver sua capacidade de pesquisa para a detecção, a identificação e o controle dos patógenos, e de conduzir estudos epidemiológicos nas áreas de infecções d.
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
2012 - 2015
Genômica Computacional: Computação de alto desempenho associada ao sequenciamento de nova geração. Edital FAPERJ (Bolsa-Cientista do Nosso Estado).
Descrição: O Laboratório Nacional de Bioinformática - LABINFO, em função de seu extraordinário desenvolvimento técnico-científico, vem sendo responsável pelo recebimento, processamento, armazenamento e pela análise das sequências de muitos dos genomas gerados no Brasil. Os softwares e banco de dados desenvolvidos pela equipe, utilizando métodos computacionais e matemáticos avançados, têm sido utilizados por vários grupos no exterior e no Brasil. Um exemplo é a ferramenta SABIA, totalmente desenvolvida no LABINFO. Desde 2008, foi criada a Unidade de Genômica Computacional Darcy Fontoura de Almeida (UGCDFA), sendo esta uma Unidade Multiusuário destinada a atender aos projetos genomas de todo o país. Assim, um ambiente de desenvolvimento de pesquisa em Genômica Computacional, associado ao LABINFO, utilizando a infraestrutura de Computação de Alto desempenho do LNCC/MCTI, foi instalado. Em um primeiro momento foi possível adquirir um sequenciador de segunda geração, o 454 da Roche Applied Science.Recentemente adquirimos um outro equipamento, o Ion Torrent Personal Genoma Machine (PGMTM), e que é um sequenciador de última geração de alta acurácia, com a vantagem desta nova tecnologia de sequenciamento usar técnica de semicondutores e estar em pleno desenvolvimento, com um campo de aplicações mais amplo. Por se tratar de uma tecnologia diferente e complementar à já existente na UGCDFA, este equipamento poderá atender projetos de pesquisa antes inviabilizados, seja pelo alto custo e/ou limitação da tecnologia, dando um salto tecnológico importante. A presente proposta tem por objetivo desenvolver novas ferramentas de Bioinformática (montagem, anotação e comparação de genomas, transcriptomas e metagenomas) usando computação de alto desempenho, assim como realizar sequenciamentos de organismos utilizando as duas plataformas disponíveis na UGCDFA..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
2012 - 2015
Research, Infrastructure and Training in High Performance and Cloud Computing applied to Next Generation Sequencing and Metagenomics data analysis [ R I T A ] (Ciência sem Fronteira)
Descrição: This proposal, with the working name RITA (Research, Infrastructure and Training in High Performance and Cloud Computing applied to Next Generation Sequencing and Metagenomics), pursues the linking of different research domains to come up with a coordinated approach in development of tools for large-scale data and computationally intensive scientific applications in the life sciences, including associated training of human resources..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Doutorado: (1) .
Integrantes: Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos - Coordenador / OSWALDO TRELLES SALAZAR - Integrante.Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Cooperação.
2012 - 2014
Bases genômicas, imunológicas e ultraestruturais das diferenças patogênicas de distintas linhagens evolutivas do parasito Trypanosoma cruzi - Edital Faperj 03/2012 Doenças Negligenciadas
Descrição: A doença de Chagas, causada pelo protozoário Trypanosoma cruzi, continua sendo um grave problema de saúde pública. Atualmente, não há vacinas nem drogas efetivas para o tratamento da doença de Chagas crônica. Além disso, a ausência de métodos de diagnóstico eficientes dificulta a identificação de indivíduos infectados e, portanto, o tratamento. Mesmo na possibilidade de tratamento, sua eficácia raramente pode ser devidamente avaliada. A identificação de novos alvos de tratamento, diagnóstico, profilaxia e marcadores de cura pós-tratamento ainda são necessários para o controle da doença de Chagas. Um dos fatores que dificulta a identificação destes alvos é a grande variabilidade genética do parasito. Atualmente, seis linhagens evolutivas são reconhecidas, as quais apresentam características moleculares, imunológicas, epidemiológicas bastante distintas. Até o momento, entretanto, poucos são os estudos multidisciplinares e em larga escala visando a caracterização sistemática de distintas linhagens do parasito. Apenas os genomas das cepas CL Brener e Sylvio foram publicados e, além disto, os dados de expressão gênica são limitados e não há relatos na literatura sobre estudos ultraestruturas comparativos entre cepas do parasito. Pouco se sabe, portanto, sobre as importantes diferenças que devem existir no genoma, transcriptoma e na organização ultraestrutural das diferentes cepas de T. cruzi e que poderiam contribuir para as diferenças no comportamento biológico e nos dados de epidemiologia da doença de Chagas. Neste projeto propomos o uso de abordagens multidisciplinares envolvendo componentes de genômica, biologia molecular e celular e imunologia, visando contribuir para um melhor entendimento da patogênese diferencial causada por distintas linhagens evolutivas e cepas do T. cruzi. Este projeto objetiva ainda a identificação de novos alvos de diagnóstico que considerem a grande diversidade genética do parasito.
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
2012 - 2014
Bioinformática aplicada ao sequenciamento usando tecnologia de pirosequenciamento e de semicondutores: desenvolvimento de novas ferramentas utilizando computação paralela e distribuída (Edital CNPq Universal 14/2011)
Descrição: O Laboratório Nacional de Bioinformática - LABINFO, em função de seu extraordinário desenvolvimento técnico-científico, vem sendo responsável pelo recebimento, processamento, armazenamento e pela análise das seqüências de muitos dos genomas gerados no Brasil. Os softwares e banco de dados desenvolvidos pela equipe, utilizando métodos computacionais e matemáticos avançados, têm sido utilizados por vários grupos no exterior e no Brasil. Um exemplo é a ferramenta SABIA, totalmente desenvolvida no LABINFO. Desde 2008, foi criada a Unidade de Genômica Computacional Darcy Fontoura de Almeida (UGCDFA), sendo esta uma Unidade Multiusuário destinada a atender aos projetos genomas de todo o país. Assim, um ambiente de desenvolvimento de pesquisa em Genômica Computacional, associado ao LABINFO, utilizando a infra-estrutura de Computação de Alto desempenho do LNCC/MCT, foi instalado. Em um primeiro momento com financiamento do Ministério da Ciência e Tecnologia e do Ministério da Saúde foi possível adquirir um seqüenciador de segunda geração, o 454 da Roche Applied Science. No presente momento estamos adquirindo outro equipamento, o Ion Torrent Personal Genoma Machine (PGMTM), adquirido com verba do MCT, e que é um seqüenciador de última geração de alta acurácia, com a vantagem desta nova tecnologia de sequenciamento usar técnica de semicondutores e estar em pleno desenvolvimento, com um campo de aplicações mais amplo. Por se tratar de uma tecnologia diferente e complementar à já existente na UGCDFA, este equipamento poderá atender projetos de pesquisa antes inviabilizados, seja pelo alto custo e/ou limitação da tecnologia, dando um salto tecnológico importante. A presente proposta tem por objetivo desenvolver novas ferramentas de Bioinformática (montagem, anotação e comparação de genomas) usando computação de alto desempenho, assim como realizar sequenciamentos utilizando as duas plataformas disponíveis na UGCDFA..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
2011 - 2013
Bioinformática aplicada a reconstruções e análises metabólicas de parasitas - Edital Faperj 24/2010 - Cooperação Bilateral FAPERJ/INRIA
Descrição: O estilo de vida pode ser considerado como a soma dos efeitos do ambiente em um dado organismo, assim como as associações que este estabelece com outras espécies (Cases et al., 2003). No caso das bactérias intracelulares obrigatórias, o ambiente é restrito à célula hospedeira. A vida intracelular apresenta pressões seletivas específicas, como a redução do genoma, com a consequente perda de vias metabólicas. Alguns desses traços evolutivos são comuns a todas as bactérias intracelulares e outros são específicos ao tipo de associação estabelecida com o hospedeiro. A inativação de vias cujos produtos finais estão disponíveis no meio pode ser favorecida pela seleção natural (Moran, 2007). Em parasitas obrigatórios, parece ser favorecida a perda de genes de modo a utilizar substratos não encontrados no seu ambiente restrito, havendo assim a síntese de produtos metabólicos fornecidos pelo hospedeiro (Moran, 2007). No mutualismo há intensas trocas nutricionais entre os seres associados, ocorrendo a conservação de vias metabólicas essenciais para a manutenção desta relação (Baumann et al., 1995; Shigenobu et al., 2000; Pérez-Brocal et al., 2006; McCutcheon e Moran, 2007; López-Sánchez et al., 2009). O número crescente de genomas sequenciados possibilita a realização de análises comparativas em organismos que apresentam estilos de vida diferentes. A partir desses dados, as reconstruções metabólicas obtidas fornecem informações sobre as vias biossintéticas preditas. A maneira clássica de identificar e comparar a capacidade metabólica de um grupo de organismos é verificar sucessivamente a presença de vias de síntese que são referências para cada uma das redes metabólicas reconstruídas. Além de ser um processo demorado e restrito quanto ao número de organismos analisados, ele é igualmente limitante em relação à exploração da rede metabólica, pois considera apenas as vias de síntese selecionadas a priori. A análise global destas redes faz-se então necessária, pois permite explo.
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
2011 - 2013
Genômica Computacional - Edital Faperj 08/2009 - Jovem Cientista do Nosso Estado
Descrição: O objetivo deste projeto é o de seqüenciar o metagenoma do suco digestivo de três órgãos distintos do trato digestivo do caramujo Achatina fulica pelo método de pirosequenciamento e com base nas seqüencias geradas identificar a biodiversidade microbiana existente e a presença de genes codificadores de enzimas (principalmente celulases) com potencial aplicação na degradação de fibras vegetais..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
2011 - 2013
TAGS: The power of the short - Tools and Algorithms for next Generation Sequencing applications
Descrição: TAGS project aims at developing new algorithms an tools for next generation DNA sequencing applications. Such challenges will be addressed by developing accurate error models, approximate indexing methods, distributed data structures and exploiting multi-core system architectures. The adoption of precise error models will allow to accurately model the types of errors that are inherent to HTSR technologies. Then, approximate indexing methods will be used to pre-process the reference genome and filter out large fractions of the genome where the reads cannot possibly match. Parallel processing platforms will be extensively exploited to accelerate the alignment. The development of an integrated parallel programming framework will allow the simultaneous exploitation of three levels of parallelism: 1) Coarse-grained, by dividing the sequence database in subsets that will be assigned to each processing node of a cluster/grid; 2) Intermediate-grained, by tiling the sequence pair alignment procedure in several chunks that are individually processed by the cores available in each multi-core processing node; 3) Fine-grained, by following the Single Instruction Multiple Data (SIMD) paradigm to simultaneously evaluate several neighboring partial scores of the alignment procedure between the query sequence and the reference genome. When combined together, its is expected that the indexing methods and the parallel architectures will make it possible to obtain a re-sequencing platform that is competitive in international terms..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
2011 - 2013
Interações do Trypanossoma rangeli com seus vetores e hospedeiros: aspectos biológicos e moleculares
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
2011 - Atual
Genômica Computacional: Computação de alto desempenho aplicada ao sequenciamento de nova geração.
Descrição: Bolsa de Produtividade em Pesquisa..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
2010 - 2014
Estratégias inovadoras visando o incremento na eficiência do processo de fixação biológica do nitrogênio com leguminosas de grãos e oleaginosas: da genômica estrutural e funcional ao desenvolvimento de novos inoculantes
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
2010 - 2013
Pós-Genoma de Fungos Patogênicos Humanos visando o desenvolvimento de novas drogas antifúngicas
Descrição: Propõe-se a utilizar informações pós-genoma de patógenos humanos visando o desenvolvimento de novas drogas antifúngicas que possam ser utilizadas no tratamento de micoses de alta relevância mundial. A idéia é, por meio da análise de genômica comparativa, identificar possíveis genes-alvos candidatos (que codificam para proteínas essenciais) e que estejam presentes em determinados fungos patogênicos humanos. Este projeto utilizará conhecimento multidisciplinar, como requer esta área de fronteira da biotecnologia, agregando especialistas em bioinformática, bioquímica, biofísica estrutural, biologia molecular em associação com grupos de competência na área de modelagem de proteínas in silico e identificação de novas drogas contra alvos-moleculares préidentificados, por varredura virtual de quimiotecas, visando o desenvolvimento de novas drogas antifúngicas. Edital FAP-DF 03/2009 Programa de Apoio a Núcleos de Excelência PRONEX/FAP-DF/CNPq.
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
2010 - 2013
Análise taxonômica, filogenética e genômica comparativa de grupos de rizóbios representativos da biodiversidade centro- e sulamericana e com grau elevado de diversidade genética em relação às espécies já descritas
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
2010 - 2012
Prospecção de enzimas com potencial aplicação na produção de etanol de segunda geração: o caramujo africano e microorganismos associados a manguezais do Estado do Rio de Janeiro - Edital PENSARIO 2009
Descrição: Este projeto pretende investigar duas fontes de enzimas celulolíticas: (1) no caramujo Achatina fulica e (2) a identificação do grupo taxonômico, o isolamento e a caracterização de microrganismos de diferentes manguezais do estado do Rio de Janeiro. Acreditamos que com esses conhecimentos possa ser esclarecido o processo de degradação da celulose e hemicelulose e o potencial uso dos agentes envolvidos na biotecnologia para produção de etanol a partir da biomassa vegetal (como o bagaço da cana-de-açúcar). Pensa Rio - Apoio ao Estudo de Temas Relevantes e Estratégicos para o Estado do RJ - 2009 Edital FAPERJ N.º 16/2009.
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
2010 - 2012
Genômica Comparativa entre Variantes de Staphylococcus aureus Resistentes à Meticilina, Pertencentes à Linhagem ST239, Importante Patógeno de Pneumonias Hospitalares.
Descrição: Infecções nosocomiais associadas a dispositivos médicos invasivos, incluindo, as pneumonias associadas à ventilação (PAV), estão entre as principais causas de morbidade e mortalidade em pacientes hospitalizados, em todo o mundo. S. aureus, principalmente S. aureus resistentes à meticilina (MRSA), são líderes absolutos em infecções nosocomiais. O objetivo principal deste estudo é a geração e a análise comparativa de sequências genômicas de variantes ST239 de MRSA (isoladas no Rio de Janeiro), diferindo quanto à expressão de biofilme e do quorum-sensing agr, visando apontar potenciais proteínas moduladoras do filme biológico. Edital - Apoio ao Estudo de Temas Prioritários para o governo do Estado do Rio de Janeiro ? 2010.
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
2010 - 2012
Genômica Funcional e Proteômica da Chromobacterium violaceum: Caracterização de novos genes de interesse biotecnológico
Descrição: Rede Nacional de Genoma Brasileiro, é conhecida por seu extraordinário potencial biológico. A análise de seu genoma mostrou a presença de aproximadamente 40% de ORFs hipotéticas conservadas ou hipotéticas, indicando que grande parte do patrimônio genético desta espécie ainda é desconhecido, sugerindo a existência de uma série de novos genes com potencial biotecnológico ainda não identificado. Assim, o objetivo da presente proposta é identificar e caracterizar novos produtos de interesse biotecnológico especificamente com atividades de reparo de DNA, resistência a metais e bioinseticidas, usando como procedimento a proteômica diferencial associada à genômica da Chromobacterium violaceum. Para tanto, cepas da linhagem ATCC e mutante em violaceína serão crescidas na presença e/ou ausência de diferentes agentes estressores. Após a Identificação por espectrometria e massa, as ORFS candidatas serão clonadas em vetores de expressão e testes funcionais serão realizados. Por outro lado, purificação dos extratos e/ou da proteína recombinante também será efetuada tanto para a carcterização estrutural quanto funcional do novo polipeptídeo. A biologia de sistema será uma ferramenta imprescindível para a análise de interações entre macromoléculas já existentes no genoma da C. violaceum, como a violaceína, bem como para os novos produtos encontrados. Esta análise trará novas informações sobre como os diferentes processos biológicos podem ser regulados em diferentes contextos fisiológicos. A execução da presente proposta virá a contribuir para o esclarecimento da genética desta bactéria com a obtenção de um banco de proteínas diferencialmente expressas que estará disponível à comunidade científica e poderá ser usada para a caracterização funcional de diversos genes de interesse biotecnológico. Podemos enfatizar também a aplicabilidade em diferentes áreas como a de saúde humana (reparo de DNA), agricultura (bioinseticidas) e meio ambiente (resposta a metais). A presente proposta,.
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
2010 - 2011
Analise dos polimorfismos genéticos nos vírus Influenza A de origem suína circulantes nas regiões sul, sudeste e nordeste do Brasil
Descrição: Os vírus influenza apresentam uma grande variabilidade genômica que se reflete na composição antigênica anual da vacina. Além disso, o surgimento de novas linhagens de vírus influenza, devido ao rearranjo dos seus segmentos genômicos em diferentes hospedeiros, pode aumentar a sua variabilidade genética. Assim, estudos filogenéticos são importantes para monitorar as cepas circulantes, possibilitando uma melhor análise para a indicação de cepas vacinais anuais representativas do Hemisfério Sul e para analise do impacto de novos vírus sobre os sistemas de saúde. Este impacto ainda pode ser mais significativo se levamos em consideração a possibilidade de emergência de variantes de Influenza A/H1N1v resistentes ao Oseltamivir, como já foram descrito no Canadá, Dinamarca, Japão e Hong Kong. Sendo assim, neste projeto, propomos uma continua analise filogenética dos vírus influenza detectada em amostras brasileiras no ano de 2009 e por quanto perdurar a pandemia de Influenza A/H1N1v e a detecção de cepas circulantes resistentes aos antivirais..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
2009 - 2013
Taxonomia Genômica de Bactéria
Descrição: A taxonomia microbiana tem um papel fundamental no desenvolvimento científico e tecnológico de um país. A taxonomia microbiana estabelece sistemas de classificação e identificação que servem para fins variados, incluindo o estudo da biodiversidade microbiana ambiental, detecção e a caracterização molecular de patógenos humanos, de animais e de plantas, contribuindo para o desenvolvimento de estratégias mais precisas de diagnóstico, epidemiologia, prevenção e controle de doenças infecciosas. A partir de uma abordagem inovadora e inédita no âmbito nacional, desenvolveremos a taxonomia genômica (baseada na análise de dados de Multilocus Sequence Analysis (MLSA) e comparação de sequências de genomas completos) de bactéria a fim de permitir a (i) a identificação, (ii) a classificação e (iii) o diagnóstico microbiano por meio da internet. Especificamente, serão realizadas análises de (i) Multilocus Sequence Analysis (MLSA), (ii) super-árvore, (iii) uso preferencial de códons (iv) média da identidade de aminoácidos (AAI), (v) assinatura genômica e (vi) análise do genoma core, pangenoma e genes únicos. A fim de determinar a abrangência da nova abordagem taxonômica, serão analisados grupos microbianos variados, incluindo bactérias Gram positivas e Gram negativas, representando diferentes ramos da árvore da vida, diferentes ecologias e interfaces biológicas..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
2009 - 2011
Genômica Computacional: geração, processamento e interpretação de dados genômicos - Edital Universal 14/2009
Descrição: Seqüenciar o metagenoma do suco digestivo de três órgãos distintos do trato digestivo do caramujo Achatina fulica pelo método de pirosequenciamento e com base nas seqüencias geradas identificar a biodiversidade microbiana existente e a presença de genes codificadores de enzimas (principalmente celulases) com potencial aplicação na degradação de fibras vegetais. Aprimorar a anotação do organismo M. hyopneumoniae 7448 utilizando a metodologia de threading, modelagem molecular e ensaios experimentais. Determinar quais microRNAs estão diferencialmente expressos em linfomas de células T, quando comparados a células T normais, bem como, determinar os possíveis microRNAs que tenham como RNA mensageiros alvos moléculas relacionadas à migração celular. Com isso, será possível conhecer a relevância desse controle pós-transcricional no aparecimento, desenvolvimento e progressão dos linfomas de células T..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
2009 - 2011
Tanscriptoma e proteoma do processo infeccioso por Paracoccidioides brasiliensis e Cryptococcus gattii: Modelos in vitro, in vivo e ex vivo, um estudo comparativo
Descrição: A análise global das respostas moleculares de um patógeno ao seu hospedeiro mamífero representa um grande desafio. O ponto central deste projeto é ampliar estudos existentes nos grupos consorciados sobre vias metabólicas centrais e moléculas de Paracoccidioides brasiliensis e Cryptococcus gattii prováveis alvos da resposta do fungo ao hospedeiro..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
2008 - 2013
Rede Brasileira de Pesquisas sobre o Câncer - RBPC
Descrição: A criação da Rede Brasileira de Pesquisas sobre o Câncer é um esforço conjunto do Governo Federal, envolvendo o Ministério da Ciência e Tecnologia e o Ministério da Saúde. Os resultados esperados com a criação da Rede são a implementação de uma estratégia de unificação de pesquisa básica, translacional e clínica sobre o câncer, de forma a permitir avanços no conhecimento, e fornecer subsídios para a tomada de decisões para as políticas de saúde, propiciando melhorias na qualidade de vida da população. A Unidade de Genômica Computacional Darcy Fontoura de Almeida e do Laboratório de Bioinformática ? LABINFO/LNCC, foi selecionada para coordenar os projetos da linha A1 do Edital.: Projeto para o sequenciamento do genoma completo de uma linhagem normal linfóide e outra de tumor de mama derivadas de uma mesma paciente (HCC1954)..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Doutorado: (1) .
Integrantes: Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos - Coordenador / Luiz Gonzaga Paula Almeida - Integrante / Marisa Fabiana Nicolás - Integrante / Alex Sandro Mundstein - Integrante / Adalgisa Ribeiro Torres - Integrante / Alexandra Lehmkuhl Gerber - Integrante / Luciane Prioli Ciapina - Integrante.Financiador(es): Ministério da Saúde - Auxílio financeiro.
2008 - 2013
Inovação na pesquisa em fixação biológica do nitrogênio com as culturas da soja e do feijoeiro: da genômica estrutural à genômica funcional de rizóbios
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
2008 - 2012
Rede Sul Americana e Iberoamericana de Bioinformática (Red SurAmericana e Iberoamericana de Bioinformatica)
Descrição: A Rede Sul Americana e Iberoamericana de Bioinformática Red-Rib (Red SurAmericana e Iberoamericana de Bioinformatica) é uma* *Rede de cooperação entre grupos da América do Sul mas conta também com participação de grupos europeus. O projeto propõe potenciar e expandir as atividades já desenvolvidas, para consolidar as ações que levam à formação de recursos humanos na área, assim como para aumentar a transferência de tecnologias modernas e de ponta, no campo da Bioinformática. A união de esforços entre grupos consolidados e em formação nos diferentes países da região deverá permitir o estabelecimento de ações concretas para o estímulo à pesquisa e formação de recursos humanos. Esses esforços colaborativos têm promovido fortes ligações entre os cientistas destes paises. A estratégia utilizada para atingir essa meta é a melhoria do treinamento em pesquisa de jovens cientistas da América do Sul, usando a capacidade de pesquisa já estabelecida nos laboratórios membros da Rede. O apoio ao treinamento em pesquisa (cursos e estágios) na região, compatível com os padrões internacionais, tem sido muito eficiente. Finalmente, as ações propostas deverão possibilitar o início de programas de Mestrado ou Doutorado naqueles países da região onde isso ainda não foi possível, e estimular aqueles atualmente em funcionamento..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
2008 - 2011
Inovação na pesquisa em fixação biológica do nitrogênio com a cultura da soja: da genômica estrutural e funcional de Bradyrhizobium à tecnologia de inoculação
Descrição: O Projeto Biological Nitrogen Fixation (BNF) tem por objetivo conduzir pesquisa básica em fixação biológica do nitrogênio, com ênfase na simbiose em leguminosas. Dentre as linhas de pesquisa do projeto, estão o seqüênciamento dos genomas das estirpes de Rhizobium tropici PRF 81 (=SEMIA 4080), utilizada em inoculantes comerciais para a cultura do feijoeiro, de Bradyrhizobium japonicum CPAC 15 (= SEMIA 5079), recomendada comercialmente para a cultura da soja, além do plasmídeo simbiótico da estirpe CFN 299 de R. tropici. Outra linha são os estudos de taxonomia e filogenia de rizóbios microssimbiontes de leguminosas. O conhecimento obtido com este projeto poderá contribuir no aumento da fixação biológica do nitrogênio em cultivos de soja, de feijão e de outras leguminosas de importância econômica e social para o Brasil..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) Doutorado: (1) .
Integrantes: Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos - Integrante / Mariangela Hungria - Coordenador.
2008 - 2011
Implementação de sistemas de qualidade em coleções de culturas depositárias de estirpes inoculantes autorizadas para a produção de inoculantes comerciais e nas análises de qualidade de inoculantes
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
2008 - 2010
Rede Nacional de Sequenciamento de DNA - Projeto Genoma Brasileiro: Determinação de Genomas Relevantes para a Saúde Humana
Descrição: O Brasil vem contribuindo significativamente na área da genômica, com destaque no cenário internacional, graças à implantação de redes de seqüenciamento regionais e nacional. Face ao fato de estarmos em uma posição de destaque na área, principalmente para um país em desenvolvimento e possuirmos recursos humanos altamente qualificados é crucial que acompanhemos o desenvolvimento da tecnologia. A aquisição de um seqüenciador de nova geração será fundamental para a continuidade e atualização da Rede Nacional de Sequenciamento e permitirá a realização de estudos que irão contribuir de forma significativa para o avanço do conhecimento na área da genética da saúde humana. Os dois primeiros projetos serão na área de câncer e que poderão levar a identificação de novos marcadores tumorais e alvos terapêuticos para o câncer colorretal e a melhor caracterização e acompanhamento dos casos de câncer hereditário no Brasil. Devido ao grande potencial do equipamento e do conhecimento adquirido pela rede BRGENE outros projetos em áreas relevantes da saúde humana poderão ser realizados..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
2008 - 2010
Genômica Computacional e o Seqüenciamento Parcial do Genoma de Trypanosoma Cruzi
Descrição: O protozoário flagelado Trypanosoma cruzi é o agente etiológico da doença de Chagas ou tripanossomíase americana, que afeta de 16 a 18 milhões de indivíduos na América Latina (WHO, 2002). O parasita pode ser transmitido ao homem por fezes contaminadas do inseto vetor (triatomíneo), transfusão sangüínea, transmissão congênita, transmissão oral por ingestão de alimentos contaminados e transplante de órgãos. A transmissão vetorial é muito importante em termos epidemiológicos, ocorrendo ativamente em vários países (WHO, 2002; Schmunis & Pinheiro, 1998; Ponce, 1999). O presente projeto visa colaborar na formação de estudantes universitários (graduação e pós-graduação) assim como na capacitação de profissionais. A formação de pessoal especializado em entomologia molecular é de grande importância visto que um profissional com esta formação é extremamente escasso no Brasil e cada vez mais necessário visto a urgência no aprofundamento dos estudos bioquímicos e moleculares das espécies de insetos vetores de doenças para o homem, animais e para as plantas de interesse econômico. Existem poucos medicamentos disponíveis para o tratamento da doença de Chagas, todos com eficácia limitada e apresentando sérios efeitos colaterais (WHO, 2002). O seqüenciamento do genoma de T. cruzi I poderá ser de crucial importância no desenvolvimento de novas metodologias para um melhor entendimento da Doença de Chagas. Tais estudos poderão gerar impactos importante no controle da doença..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
2007 - 2009
Prospecção de novos genes com potencial biotecnológico
Descrição: Este projeto tem como principais objetivos a identificação de novos genes com potencial biotecnológico, a partir de estratégias de metagenoma e seleção funcional. As etapas são: - Extração de DNA de amostras ambientais de diferentes estados do Nordeste brasileiro; - Amplificação e sequenciamento do rDNA 16S para identificação de gêneros bacterianos presentes nas amostras de DNA obtidas, através de análise filogenética; - Obtenção de bibliotecas de DNA de amostras ambientais; - Seleção de clones das bibliotecas genômicas que manifestem funções de interesse como: reparo de DNA, degradação de hidrocarbonetos, degradação de corantes, síntese de antibióticos e fucanidases; - Sequenciamento dos clones selecionados para a identificação de genes e predição de funções; - Caracterização dos genes identificados através de ferramentas de bioinformática; - Expressão e purificação de proteínas codificadas por genes de interesse e/ou seus metabólitos para caracterização funcional. Desenvolvimento de sistemas carreadores para proteínas e metabólitos de interesse, visando ensaios farmacológicos..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
2007 - 2009
Biotecnologia - Insumos para Genômica e Proteômica
Descrição: Ampliar a infra-estrutura do acervo do Centro Brasileiro de Estocagem de Genes para acomodar novas coleções, incorporando procedimentos de rastreabilidade e certificação, bem como sua integração à Rede Brasileira de Centros de Recursos Biológicos (CRB) e ao Sistema de Informação de Coleções de Interesse Biotecnológico (SiCol). Este apoio deverá possibilitar ao Centro alcançar os seguintes objetivos específicos: -ampliar a capacidade de estocagem de material biológico de interesse para o País (clones, plasmídeos, etiquetas de seqüências expressas (ESTs), cosmídeos e Bacterial Artificial Chromosome - BAC); -implantar procedimentos de avaliação de conformidade (acreditação, ensaios e análise, certificação e outros procedimentos) de modo a assegurara a conformidade do material biológico de acordo com procedimentos específicos; -contribuir para a elaboração de normas técnicas nessa área, entre elas as que possam servir de base para regulamentos técnicos aplicáveis de interesse das autoridades regulamentadoras; -integrar as informações tecnológicas relativas a clones e bibliotecas genômicas ao SICol..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
2006 - 2014
CTpedia database
Descrição: O projeto bioinformática aplicada ao estudo do câncer foi iniciado em 02/05/06, a partir de um convênio firmado entre Laboratório Nacional de Computação Científica e o Instituto Ludwig de Pesquisas em Câncer de NY. Este projeto é coordenado no Brasil por Ana Tereza de Vasconcelos LNCC/MCT e nos EUA pelo Dr. Andrew Simpson LICR/NY. O objetivo principal deste projeto é criar uma base de dados pública que disponibilizará informações sobre Antígenos CTs. Este projeto é um dos objetivos estratégicos do planejamento estratégico: M2-AT mais especificamente Desenvolver, até 2008, base de dados para o estudo de antígenos tumorais associados ao câncer, com possibilidade de renovação de financiamento do projeto para o período 2009-2010. Antígenos CT são hoje, um dos principais alvos terapêuticos no tratamento de diferentes tumores. O estudo da biologia desses antígenos, com relação a sua expressão, freqüência e tipos de tumores em que são encontrados e atividade imunogênica, é importantíssimo para a compreensão da complexa imunologia de tumores. Considerando, esses fatores, decidimos fazer uma análise global, elaboração e implementação de um banco de dados, contento as principais características biológicas dos antígenos CT, necessários a compreensão dessas moléculas. Os objetivos específicos do projeto são: 1) Pesquisa bibliográfica de todas as famílias gênicas relacionadas aos antígenos tumorais 2) Levantamento de dados em bancos de dados relevantes 3) Redação em inglês dos principais tópicos da biologia de antígenos CT 4) Criação de um banco de dados de antígenos CT (CT-DATABASE) que ficará hospedado no endereço eletrônico www.cta.lncc.br 5) Inserção das informações dentro de diferentes entradas no banco de dados 6) Inserção de dados obtidos em bancos de imagens, como microarray, genoma entre outros 7) Teste e validação do banco de dados 8) Implementação dos dados.
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
2006 - 2009
Estudo multicêntrico para caracterização molecular das hemofilias A e B e determinação do estado de portador de hemofilia no Brasil
Descrição: A caracterização molecular de pacientes com hemofilia e o diagnóstico da condição de portador de hemofilia não é realizado no Brasil, com exceção de raros centros brasileiros que o realizam em pequenos grupos de pacientes, em geral associados a projetos de pesquisa regionais. Uma vez que cerca de 30% das mães de pacientes com hemofilia (segundo estatísticas internacionais - estimativas no Brasil inexistentes) podem não ser portadoras torna-se imperativo o diagnóstico de certeza desta condição para um correto aconselhamento genético/orientação familiar. O conhecimento preciso da condição genética das mães de hemofílicos e, quando aplicável, de outras mulheres da família (irmãs, tias, primas, etc) permite a estas mulheres tomar decisões a respeito de seu futuro e sobre futuras gestações. A caracterização molecular da hemofilia nos pacientes estudados permite uma maior compreensão da genética molecular da doença e das relações estrutural-funcionais das mutações. O conhecimento do defeito genético poderá subsidiar, no futuro próximo, terapias diferenciadas para o tratamento da doença, uma vez que é fato comprovado que tipos específicos de defeitos associam-se a maior chance de desenvolvimento de anticorpos (inibidores), assim como pior resposta à terapia gênica..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
2006 - 2009
Brazilian Microbiological Resource Center (BMRC)
Descrição: O Brazilian Microbiological Resource Center (BMRC) é um sistema de informação e de referência sobre o acervo, manutenção, caracterização (morfológica, fisiológica e genética) e disponibilização de microrganismos (incluindo células, DNA, genes, plasmídeos e vetores) pertencentes à coleções, além de prestar serviços de autenticação para diversas instituições. Inicialmente, o projeto visava incluir informações sobre bactérias diazotróficas e promotoras do crescimento de plantas de coleções de culturas das Regiões Sul e Centro-Oeste. Com a grande demanda por parte de outras coleções nacionais, houve um redimensionamento do projeto. Atualmente, o BMRC engloba uma rede ainda mais abrangente sobre informações de microrganismos de coleções brasileiras..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
2006 - 2008
Genômica Funcional, Estrutural e Comparativa do feijão Caupi (Vig-EST)
Descrição: Bioprospecção de plantas do semi-árido nordestino com propriedades medicinais ou de interesse para o controle biológico de pragas e doenças da Região, bem como de potencial utilização na alimentação humana e animal ou que sejam potencialmente fonte de moléculas de interesse farmacológico ou de genes para a engenharia de genomas superiores; Otimização de processos biotecnológicos para a obtenção de produtos a serem aplicados em saúde humana, como vacinas recombinantes, drogas terapêuticas sintéticas ou derivadas de produtos naturais da região, kits diagnósticos e processos terapêuticos, visando controlar a transmissão ou reduzir a morbidade de doenças endêmicas, emergentes ou re-emergentes na região Nordeste. Consideram-se prioritárias as doenças infecciosas agudas da infância (principalmente pneumonias, diarréias), a emergência e re-emergência de doenças infecciosas em termos de resistência aumentada por drogas e com tendência para rápidas mudanças demográficas ambientais e comportamentais (como dengue hemorrágica, cólera), bem como infecções e infestações de transmissão hídrica, por alimentos e por via aérea; Estudo do genoma funcional para identificação de genes para expressão em plantas para resolver problemas regionais visando à resistência a estresse abióticos e bióticos como resistência a pragas e doenças; Aprimoramento e obtenção de técnicas que possam ser aplicadas na reprodução animal, com vistas a expressão gênica de substâncias de interesse farmacológico que possibilitem a redução de doenças da região..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
2005 - 2008
Projeto OMM
Descrição: O projeto tem como objetivo geral o seqüenciamento do genoma de uma bactéria (organismo multicelular magnetotáctico - OMM) encontrada na Lagoa de Araruama, RJ. Esta bactéria ocorre em condições de hipersalinidade e apresenta uma característica única que é a manutenção de multicelularidade durante todo o ciclo celular..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
2004 - 2014
Fixadores de Nitrogenio
Descrição: Será caracterizada a diversidade genética de 200 estirpes de rizóbios por BOX-PCR e por RFLP-PCR e seqüenciamento de genes de regiões conservadas e não-simbióticas (16S rRNA, 23S rRNA, 16S-23S intergênico) e simbióticas (genes nod e nif). Os resultados obtidos permitirão, ainda, a identificação de marcadores moleculares para o uso em estudos de biodiversidade e ecologia de rizóbio, monitoramento ambiental e para a utilização em programas de seleção de estirpes. Ainda em relação ao conhecimento básico, visa-se iniciar atividades de genômica em Bradyrhizobium, pela confecção, validação e seqüenciamento parcial do genoma da estirpe de B. japonicum CPAC 15 (=SEMIA 5079), utilizada em inoculantes comerciais, muito competitiva e com alta capacidade saprofítica..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Doutorado: (1) .
Integrantes: Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos - Coordenador / Rangel Celso Souza - Integrante / Roger Ferreira Cury Paixão - Integrante / Marisa Fabiana Nicolás - Integrante / Pablo Nehab Hess - Integrante.Financiador(es): Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária-Centro Nac. de Pesq. de Soja - Não informado / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Não informado.
2004 - 2010
HAMAP BRAZIL - PAthogenic Proteins Annotation Project
Descrição: O Objetivo deste projeto é estabelecer no Brasil um a grupo de pesquisadores bem treinados cuja missão será analisar e curar através de ferramentas de bioinformática e da literatura as informações de proteínas de organismos patogenicos. Os resultados destas análises serão integradas no banco de dados de proteínas no contexto do "International UniProt project"..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) .
Integrantes: Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos - Coordenador / Marisa Fabiana Nicolás - Integrante / Claudia Barros Monteiro Vitorello - Integrante / Amos Bairoch - Integrante / Cristiano Gallina Moreira - Integrante.Financiador(es): Université de Genève - Auxílio financeiro / Ministério da Ciência, Tecnologia, Inovações e Comunicações - Auxílio financeiro.
Número de produções C, T & A: 1
2004 - 2008
Projeto Genomica comparativa de Xylella fastidiosa
Descrição: Projeto em colaboração com várias universidades e institutos de pesquisa do Estado de São Paulo, da Universidade da Califórnia e do Serviço de Pesquisa Agrícola (ARS) do Depto. de Agricultura dos EUA com o objetivo de : Reanotar o genoma da X. fastidiosa CVC 9a5c Reanotar o genoma X. fastidiosa PD Temecula1 Montar e anotar o genoma da X. fastidiosa oleander Ann1 Montar e anotar o genoma da X. fastidiosa almond Dixon A comparação destes genomas será realizado utilizando ferramentas de computação desenvolvidas pelo LABINFO..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) .
Integrantes: Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos - Coordenador / Luiz Gonzaga Paula Almeida - Integrante / Rangel Celso Souza - Integrante / Roger Ferreira Cury Paixão - Integrante / Marie Anne Van Sluys - Integrante / Oberdan de Lima Cunha - Integrante / Renato Camara da Silva - Integrante.Financiador(es): Ministério da Ciência, Tecnologia, Inovações e Comunicações - Cooperação / Universidade de São Paulo - Cooperação.
2003 - 2006
Cooperação Brasil-Cuba em Bioinformática
Descrição: O principal objetivo deste projeto é o de predizer o maior número possível de sítios de ligação para Fatores de transcrição (FT) nos genomas de proteobactérias, a partir do estudo dos sítios já conhecidos no genoma da E. coli. O trabalho combina a informação estatística das matrizes de ponderação construídas por meio de seqüências conhecidas à informação de ortologia obtida a partir da comparação entre genoma de bactérias filogeneticamente próximas. Pretende-se desta forma aumentar a confiabilidade da predição dos sítios de ligação, uma vez que sistemas de regulação tendem a se conservar em organismos próximos. Toda esta informação está sendo disponibilizada em um banco de dados público. Outra abordagem é a aplicação de técnicas de programação lógica indutiva para tentar descrever e entender os sistemas de regulação. Esta etapa do projeto esta associado ao projeto "Bio-IA" que teve início em 2004 com pesquisadores da UFRJ. Neste projeto, pretendemos estudar aspectos teóricos e práticos da aplicação de algumas técnicas utilizadas em Inteligência Artificial, tais como representação do conhecimento, linguagem natural, algoritmos genéticos e aprendizagem de máquina, ao problema de extração de informação relevante sobre a funcionalidade e a estrutura das redes de regulação gênica..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Especialização: (1) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) .
Integrantes: Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos - Coordenador / Luiz Gonzaga Paula Almeida - Integrante / Jõao Carlos Pereira da Silva - Integrante / Elias Bareinboim - Integrante / Abel Gonzalez - Integrante / Vladimir Espinosa - Integrante / Julio Collado-Vides - Integrante / Carlos Wagner da Silva - Integrante / Fellipe Ribeiro Duarte - Integrante / Glauber Marcius Cardoso Menezes - Integrante.Financiador(es): Centro Nacional de Bioinformática Ministerio de Ciencia Tecnología y Medio - Auxílio financeiro / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.
Número de produções C, T & A: 3
2001 - Atual
Projeto Genoma Sul - GENESUL
Descrição: A Rede Sul de Análise de Genomas e Aplicações temo como objetivo de implantar a infraestrutura e treinar recursos humanos na área de Genômica nos Estados do Sul do país. A área inicialmente escolhida para estudo é Saúde Animal, mais especificamente agentes infecciosos de suínos. Esta é uma atividade econômica importante no Sul do país e propicia a aplicação rápida dos avanços obtidos com a caracterização de genomas de microrganismos importantes. Na primeira fase genomas serão completamente seqüenciados e anotados. Em uma segunda fase, proteínas selecionadas serão expressadas com vistas a sua utilização para o desenvolvimento de testes de diagnóstico e para a proposição de vacinas. Os genomas de Mycoplasma hyopneumoniae cepa J e 7448 foram sequenciados e publicados. Em 2004 foi inciado o sequenciamneto da cepa 7422.
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) .
Integrantes: Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos - Coordenador / Luiz Gonzaga Paula Almeida - Integrante / Frank J. A. Barrientos - Integrante / Rangel Celso Souza - Integrante / Roger Ferreira Cury Paixão - Integrante / Rede genona do Sul - Integrante / Oberdan de Lima Cunha - Integrante / Renato Camara da Silva - Integrante.Financiador(es): Ministério da Ciência, Tecnologia, Inovações e Comunicações - Auxílio financeiro / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Rio Grande do Sul - Auxílio financeiro / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.
Número de produções C, T & A: 3 / Número de orientações: 1
2001 - Atual
Laboratório de Bioinformática
Descrição: O Laboratório de Bioinformática - LABINFO é um grupo de pesquisa interdisciplinar, envolvendo biólogos, cientistas da computação e matemáticos, e tem por objetivo desenvolver metodologias computacionais e estatísticas aplicadas ao estudo de genomas. Atualmente, o LABINFO atua nas seguintes áreas: i) Pesquisa: Desenvolvimento de metodologias matemáticas e computacionais para a área genômica e pós-genômica, como por exemplo, ferramentas para anotações funcionais e estruturais, ou para o estudo pós-genoma de regiões codificantes e não-codificantes. ·ii) Projetos Genomas: Desenvolvimento de ambiente computacional para coleta armazenamento e análise dos dados obtidos através dos projetos seqüenciamento realizados pelos demais grupos participantes dos projetos Genoma. (BRGENE, PIGS, Xylellas e R. tropici) iii) Formação de recursos humanos : Formação de pessoal especializado na área de Bioinformática..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (1) .
Integrantes: Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos - Coordenador / Luiz Gonzaga Paula Almeida - Integrante / Frank J. A. Barrientos - Integrante / Rangel Celso Souza - Integrante / Roger Ferreira Cury Paixão - Integrante / Marisa Fabiana Nicolás - Integrante / Claudia Barros Monteiro Vitorello - Integrante / Alexandre Rossi Paschoal - Integrante / Fernanda do Nascimento Almeida - Integrante / Marco Antonio Vilela - Integrante / Cristiano Gallina Moreira - Integrante / Pablo Riera Freire - Integrante / Renato Camara da Silva - Integrante / Pablo Nehab Hess - Integrante / Jorge Hernandez Fernandez - Integrante / Alencar Cabral - Integrante / Alex Sandro Mundstein - Integrante / Aline Rossi da Silveira - Integrante / Vicente de Araujo Calfo - Integrante.Financiador(es): Ministério da Ciência, Tecnologia, Inovações e Comunicações - Auxílio financeiro / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.
Número de produções C, T & A: 9 / Número de orientações: 3
2000 - 2010
Projeto Genoma Brasileiro - BRGENE
Descrição: Rede Genoma Brasileiro tem como objetivo de ampliar a competência, em nível nacional, as atividades de pesquisa sobre genômica, oferecendo a formação de recursos humanos especializados e desenvolvimento de trabalhos multi-institucionais. O LABINFO é o laboratório de Bioinformática deste projeto sendo o responsável por receber e processar todas as informações enviadas pelos laboratórios participantes deste projeto. Desde 2002 a coordenação geral do projeto ficou sob minha responsabilidade. O primeiro organismo sequenciado foi a bactéria Chromobacterium violaceum, freqüentemente encontrada no solo e na água em regiões tropicais e sub-tropicais. O segundo organismo sequenciado foi a bactéria Mycoplasma synoviae que causa doenças endêmicas e são transmitidos verticalmente através de ovos contaminados de aves infectadas. O Em 2006 estara iniciando o terceiro projeto da rede genoma que será o sequenciamento do Genoma de Anopheles darlingi o mosquito transmissor da malaria naz américas. Desde 2004 esta rede esta trabalhando no projeto de genomica funcional que tem por objetivo validar os pediods de patentes..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Especialização: (4) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) .
Integrantes: Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos - Coordenador / Luiz Gonzaga Paula Almeida - Integrante / Rede Nacional de sequenciamento genomico - Integrante / Rangel Celso Souza - Integrante / Roger Ferreira Cury Paixão - Integrante / Rede Genoma Brasileiro - Integrante / Oberdan de Lima Cunha - Integrante / Renato Camara da Silva - Integrante.Financiador(es): Ministério da Ciência, Tecnologia, Inovações e Comunicações - Auxílio financeiro / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.
Número de produções C, T & A: 9


Projetos de extensão


2002 - 2003
Curso de ESPECIALIZAÇÃO (Pós-Graduação lato sensu) em Bioinf
Descrição: A meta do curso consiste no treinamento de indivíduos para se tornarem bioinformatas e deverá permitir aos estudantes o domínio das mais recentes ferramentas e técnicas de bioinformática assim como adquirir um conhecimento multidisciplinar em Biologia Molecular Computacional. O Curso tem por objetivo fornecer a oportunidade de uma sólida base conceitual e prática a profissionais das de Biologia, Matemática, Ciência da Computação e Física, além de outros que desejam adquirir um conhecimento técnico mínimo nas atividades relacionadas com Bioinformática..
Situação: Concluído; Natureza: Extensão.
Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (85) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) .
Integrantes: Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos - Coordenador / Darcy Fontoura de Almeida - Integrante / Luiz Gonzaga Paula Almeida - Integrante / Anamaria Camargo - Integrante / Dirce Maria Carraro - Integrante / Frank J. A. Barrientos - Integrante / Professores Convidados - Integrante.Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.
Número de produções C, T & A: 1 / Número de orientações: 3


Projetos de desenvolvimento


2011 - 2013
Apoio à Rede de Bioinformática e de Genômica: geração, processamento e interpretação de dados genômicos e proteômicos - Edital DCTR 2010
Descrição: Adequar a Unidade de Genômica Computacional Darcy Fontoura de Almeida (UGCDFA) e o Laboratório de Bioinformática (LABINFO) do LNCC ao sequenciamento de alto desempenho, bem como melhorar os softwares desenvolvidos pelo LABINFO, para poder tratar a enorme quantidade de dados que estão sendo gerados..
Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento.
2011 - 2013
Plataforma de sequenciamento usando tecnologia de semicondutores: atualização da unidade multiusuário UGCDFA com aplicação direta em pesquisas nas áreas de saúde animal, vegetal e humana - Edital Faperj 09/2011 (Sediadas no RJ)
Descrição: Modernização da Unidade de Geôomica Computacional Darcy Fontoura de Almeida (UGCDFA) com a instalação de um seqüenciador de última geração de alta acurácia, que permitirá desenvolver projetos cujos objetivos sejam a geração de sequências de miRNAs, amplicons, RNAseq, barcoding, além de melhorar a qualidade dos genomas já seqüenciados em outras plataformas, principalmente para solução de problemas, tais como, geração de homopolímeros e de regiões com alto conteúdo de GC..
Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento.
2008 - 2009
Apoio para manutenção e instalação da unidade multiusuário de genômica computacional
Descrição: O Brasil vem contribuindo significativamente na área da genômica, com destaque no cenário internacional, graças à implantação de redes de seqüenciamento regionais e à Rede Nacional. Face ao fato de estarmos em uma posição de destaque na área, principalmente para um país em desenvolvimento e de possuirmos recursos humanos altamente qualificados é crucial que acompanhemos o desenvolvimento tecnológico. A aquisição de um seqüenciador de nova geração tornou-se fundamental para a continuidade e atualização das Redes Genômicas do país. Ciente desse fato o Ministério da Saúde, por meio do Departamento de Ciência e Tecnologia - DECIT, adquiriu e doou para Rede Nacional de Sequenciamento (BRGENE) o Genome Sequencer FLX Instrument. Esse sequenciador, de última geração, vai ser instalado no Laboratório de Bioinformática (LABINFO) do Laboratório Nacional de Computação Científica (LNCC/MCT) e será o primeiro equipamento deste tipo na América do Sul. Desta forma o ESTADO DO RIO DE JANEIRO será o primeiro estado nacional a possuir um equipamento de alta tecnologia e poderá impulsionar a área de genômica no estado do Rio e no Brasil. Além da Rede Nacional de Sequenciamento (BRGENE), outras Redes, como a Rede Genoma do Estado do Rio de Janeiro (Riogene), Rede Sul de Análise de Genomas (Genesul) serão beneficiadas pela criação dessa unidade multiusuário. Essa unidade permitirá a realização de estudos que irão contribuir de forma significativa para o avanço do conhecimento na área da genética animal, vegetal, e da saúde humana, entre outros. Os primeiros projetos estão dirigidos para a área de câncer, e poderão levar à identificação de novos marcadores tumorais e alvos terapêuticos para o câncer colorretal e a melhor caracterização e acompanhamento dos casos de câncer hereditário no Brasil. Devido ao grande potencial do equipamento e do conhecimento adquirido pelas Redes Genômicas, outros projetos em áreas relevantes serão apoiados..
Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento.


Outros Projetos


2016 - Atual
Acordo de Cooperação entre o LNCC, Institut Pasteur e USP - TVIVAXDIAG
Situação: Em andamento; Natureza: Outra.
2014 - Atual
Acordo de cooperação GABRIEL network
Descrição: Co-operation between Foundation Mérieux and LNCC for research and training in the field of laboratory-based surveillance of infectious diseases..
Situação: Em andamento; Natureza: Outra.
2013 - Atual
Acordo de Cooperação LIA - Laboratório Internacional Associado -Título do projeto: Laboratório InteRnacional de pesquisa em bIOinformática - LIRIO
Descrição: O objetivo da implementação do LIA é promover a realização de um programa científico para a formação de recursos humanos, estendendo o intercambio já intenso de pesquisadores, estudantes de mestrado e doutorado, entre os parceiros franceses e brasileiros do LIA. Sequenciamento e a análise de dados, também serão fortemente beneficiados através da interação entre as plataformas com as quais cada parceiro está envolvido em seu país. Estabelecer uma cooperação cientifica e tecnologica entre as partes e promover atividades conjuntas de pesquisas e desenvolvimento, formação de recursos huimanos e intercâmbio..
Situação: Em andamento; Natureza: Outra.
2010 - 2015
Acordo de Cooperação entre a Universidade de Lyon e LNCC
Descrição: Co-operation between Université de Lyon and LNCC concerning the fields of teaching and research, in the domains of Sciences..
Situação: Em andamento; Natureza: Outra.


Membro de corpo editorial


2005 - Atual
Periódico: Genetics and Molecular Biology
2004 - Atual
Periódico: Genetics and Molecular Research


Revisor de periódico


2006 - Atual
Periódico: Genetics and Molecular Biology
2005 - Atual
Periódico: BMC Bioinformatics
2006 - Atual
Periódico: BMC Microbiology (Online)
2012 - 2015
Periódico: BMC Genomics
2007 - Atual
Periódico: BMC Genomics
2004 - Atual
Periódico: Genetics and Molecular Research
2008 - Atual
Periódico: Nucleic Acids Research
2010 - Atual
Periódico: Plos One
2006 - Atual
Periódico: Bioinformatics (Oxford. Print)


Áreas de atuação


1.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Genética Molecular e de Microorganismos/Especialidade: Bioinformática.
2.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Genética Molecular e de Microorganismos/Especialidade: Biologia Molecular Computacional.
3.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Genética Molecular e de Microorganismos.
4.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: bioinformatica/Especialidade: Genomica.
5.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: bioinformatica/Especialidade: Proteomica.


Idiomas


Inglês
Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.
Francês
Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.
Espanhol
Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Razoavelmente.


Prêmios e títulos


2009
Pesquisador Jovem Cientista do Nosso Estado, FAPERJ - Fundação Carlos Chagas Filho de Amparo à Pesquisa do Estado do Rio de Janeiro.
2007
Pesquisador Jovem Cientista do Estado do Rio de Janeiro, FAPERJ.


Produções



Produção bibliográfica
Citações

Web of Science
Total de trabalhos:140
Total de citações:669
Fator H:14
Vasconcelos, Ana Tereza R  Data: 16/08/2017

SCOPUS
Total de trabalhos:109
Total de citações:2049
Vasconcelos, Ana Tereza  Data: 16/08/2017

Outras
Total de trabalhos:150
Total de citações:3028
Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos h=29; i10=76.  Data: 16/08/2017

Artigos completos publicados em periódicos

1.
GUERRA, ALAINE B.2018GUERRA, ALAINE B. ; OLIVEIRA, JORGE S. ; SILVA-PORTELA, RITA C.B. ; ARAÚJO, WYDEMBERG ; CARLOS, ALINE C. ; Vasconcelos, Ana Tereza R. ; FREITAS, ANA TERESA ; DOMINGOS, YLDENEY SILVA ; DE FARIAS, MIRNA FERREIRA ; FERNANDES, GLAUBER JOSÉ TUROLLA ; AGNEZ-LIMA, LUCYMARA F. . Metagenome enrichment approach used for selection of oil-degrading bacteria consortia for drill cutting residue bioremediation. ENVIRONMENTAL POLLUTION, v. 235, p. 869-880, 2018.

2.
Nicolás, Marisa F.2018Nicolás, Marisa F. ; RAMOS, PABLO IVAN PEREIRA ; MARQUES DE CARVALHO, FABÍOLA ; CAMARGO, DHIAN R. A. ; DE FÁTIMA MORAIS ALVES, CARLENE ; LOSS DE MORAIS, GUILHERME ; Almeida, Luiz G. P. ; Souza, Rangel C. ; CIAPINA, LUCIANE P. ; VICENTE, ANA C. P. ; COIMBRA, RONEY S. ; RIBEIRO DE VASCONCELOS, ANA T. . Comparative Genomic Analysis of a Clinical Isolate of Klebsiella quasipneumoniae subsp. similipneumoniae, a KPC-2 and OKP-B-6 Beta-Lactamases Producer Harboring Two Drug-Resistance Plasmids from Southeast Brazil. Frontiers in Microbiology, v. 9, p. 1-10, 2018.

3.
GUEDES, RAFAEL LUCAS MUNIZ2018GUEDES, RAFAEL LUCAS MUNIZ ; RODRIGUES, CARLA MONADELI FILGUEIRA ; COATNOAN, NICOLAS ; COSSON, ALAIN ; CADIOLI, FABIANO ANTONIO ; GARCIA, HERAKLES ANTONIO ; GERBER, ALEXANDRA LEHMKUHL ; MACHADO, ROSANGELA ZACARIAS ; MINOPRIO, PAOLA MARCELLA CAMARGO ; TEIXEIRA, MARTA MARIA GERALDES ; DE VASCONCELOS, ANA TEREZA RIBEIRO . A comparative in silico linear B-cell epitope prediction and characterization for South American and African Trypanosoma vivax strains. GENOMICS, v. 110, p. 1-12, 2018.

4.
RAMOS, PABLO IVAN PEREIRA2018RAMOS, PABLO IVAN PEREIRA ; FERNÁNDEZ DO PORTO, DARÍO ; LANZAROTTI, ESTEBAN ; SOSA, EZEQUIEL J. ; BURGUENER, GERMÁN ; PARDO, AGUSTÍN M. ; KLEIN, CECILIA C. ; Sagot, Marie-France ; DE VASCONCELOS, ANA TEREZA R. ; GALES, ANA CRISTINA ; MARTI, MARCELO ; TURJANSKI, ADRIÁN G. ; Nicolás, Marisa F. . An integrative, multi-omics approach towards the prioritization of Klebsiella pneumoniae drug targets. Scientific Reports, v. 8, p. 10755, 2018.

5.
TEIXEIRA, M.M.2017TEIXEIRA, M.M. MORENO, L.F. STIELOW, B.J. MUSZEWSKA, A. HAINAUT, M. GONZAGA, L. ABOUELLEIL, A. PATANÉ, J.S.L. PRIEST, M. SOUZA, R. YOUNG, S. FERREIRA, K.S. ZENG, Q. DA CUNHA, M.M.L. GLADKI, A. BARKER, B. VICENTE, V.A. DE SOUZA, E.M. ALMEIDA, S. HENRISSAT, B. VASCONCELOS, A.T.R. DENG, S. VOGLMAYR, H. MOUSSA, T.A.A. GORBUSHINA, A. , et al.FELIPE, M.S.S. CUOMO, C.A. SYBREN DE HOOG, G. ; Exploring the genomic diversity of black yeasts and relatives (Chaetothyriales, Ascomycota). STUDIES IN MYCOLOGY, v. 17, p. 01-23, 2017.

6.
DE ANDRADE ROSA, IVONE2017DE ANDRADE ROSA, IVONE ; BRIGIDO, MARJOLLY CARUSO ; DE OLIVEIRA SANTOS, EIDY ; GONZAGA, LUIZ ; ZINGALI, RUSSOLINA BENEDETA ; DE VASCONCELOS, ANA TEREZA R ; de Souza, Wanderley ; BENCHIMOL, MARLENE . The costa of trichomonads: A complex macromolecular cytoskeleton structure made of uncommon proteins. Biology of the Cell, v. 1, p. 1-15, 2017.

7.
BENCHIMOL, MARLENE2017BENCHIMOL, MARLENE ; DE ALMEIDA, LUIZ G. P. ; Vasconcelos, Ana Tereza ; DE ANDRADE ROSA, IVONE ; REIS BOGO, MAURÍCIO ; KIST, LUIZA WILGES ; de Souza, Wanderley . Draft Genome Sequence of Strain K. GENOME ANNOUNCEMENTS, v. 5, p. e00195-17, 2017.

8.
GOLBERT, DAIANE CRISTINA F.2017GOLBERT, DAIANE CRISTINA F. ; SANTANA-VAN-VLIET, ELIANE ; RIBEIRO-ALVES, MARCELO ; DA FONSÊCA, MARBELLA MARIA B. ; LEPLETIER, AILIN ; MENDES-DA-CRUZ, DANIELLA ARÊAS ; LOSS, GUILHERME ; COTTA-DE-ALMEIDA, VINÍCIUS ; Vasconcelos, Ana Tereza R. ; Savino, Wilson . Small interference ITGA6 gene targeting in the human thymic epithelium differentially regulates the expression of immunological synapse-related genes. Cell Adhesion & Migration, v. 1, p. 1, 2017.

9.
SBARAINI, NICOLAU2017SBARAINI, NICOLAU ; ANDREIS, F?BIO C. ; THOMPSON, CLAUDIA E. ; GUEDES, RAFAEL L. M. ; JUNGES, ?NGELA ; CAMPOS, THAIS ; STAATS, CHARLEY C. ; VAINSTEIN, MARILENE H. ; RIBEIRO DE VASCONCELOS, ANA T. ; SCHRANK, AUGUSTO . Genome-Wide Analysis of Secondary Metabolite Gene Clusters in Ophiostoma ulmi and Ophiostoma novo-ulmi Reveals a Fujikurin-Like Gene Cluster with a Putative Role in Infection. Frontiers in Microbiology, v. 8, p. 1063, 2017.

10.
OLIVEIRA, JORGE S.2017OLIVEIRA, JORGE S. ; ARAÚJO, WYDEMBERG J. ; FIGUEIREDO, RICARDO M. ; SILVA-PORTELA, RITA C. B. ; DE BRITO GUERRA, ALAINE ; DA SILVA ARAÚJO, SINARA CARLA ; MINNICELLI, CAROLINA ; CARLOS, ALINE CARDOSO ; DE VASCONCELOS, ANA TEREZA RIBEIRO ; FREITAS, ANA TERESA ; AGNEZ-LIMA, LUCYMARA F. . Biogeographical distribution analysis of hydrocarbon degrading and biosurfactant producing genes suggests that near-equatorial biomes have higher abundance of genes with potential for bioremediation. BMC MICROBIOLOGY, v. 17, p. 1-10, 2017.

11.
SIQUEIRA, FRANCIELE MABONI2017SIQUEIRA, FRANCIELE MABONI ; PÉREZ-WOHLFEIL, ESTEBAN ; CARVALHO, FABÍOLA MARQUES ; TRELLES, OSWALDO ; SCHRANK, Irene Silveira ; VASCONCELOS, A. T. R. ; ZAHA, Arnaldo . Microbiome overview in swine lungs. PLoS One, v. 12, p. e0181503, 2017.

12.
C. DE OLIVEIRA, THAIS2017C. DE OLIVEIRA, THAIS ; RODRIGUES, PRISCILA T. ; MENEZES, MARIA JOSÉ ; GONÇALVES-LOPES, RAQUEL M. ; BASTOS, MELISSA S. ; LIMA, NATHÁLIA F. ; BARBOSA, SUSANA ; GERBER, ALEXANDRA L. ; LOSS DE MORAIS, GUILHERME ; BERNÁ, LUISA ; PHELAN, JODY ; ROBELLO, CARLOS ; DE VASCONCELOS, ANA TEREZA R. ; ALVES, JOÃO MARCELO P. ; FERREIRA, MARCELO U. . Genome-wide diversity and differentiation in New World populations of the human malaria parasite Plasmodium vivax. PLoS Neglected Tropical Diseases, v. 11, p. e0005824, 2017.

13.
CÔRTES, MARINA FARREL2017CÔRTES, MARINA FARREL ; COSTA, MAIANA OC ; LIMA, NICHOLAS CB ; SOUZA, RANGEL C ; Almeida, Luiz GP ; GUEDES, LUCIANE PRIOLI CIAPINA ; Vasconcelos, Ana TR ; Nicolás, Marisa F ; FIGUEIREDO, AGNES MS . Complete genome sequence of community-associated methicillin-resistant Staphylococcus aureus (strain USA400-0051), a prototype of the USA400 clone. MEMORIAS DO INSTITUTO OSWALDO CRUZ, v. 112, p. 790-792, 2017.

14.
SQUIZANI, EAMIM D.2017SQUIZANI, EAMIM D. ; OLIVEIRA, NATÁLIA K. ; REUWSAAT, JÚLIA C.V. ; MARQUES, BÁRBARA M. ; LOPES, WILLIAM ; GERBER, ALEXANDRA L. ; DE VASCONCELOS, ANA TEREZA R. ; LEV, SOPHIE ; DJORDJEVIC, JULIANNE T. ; SCHRANK, AUGUSTO ; VAINSTEIN, MARILENE H. ; STAATS, CHARLEY C. ; KMETZSCH, LÍVIA . Cryptococcal dissemination to the central nervous system requires the vacuolar calcium transporter Pmc1. CELLULAR MICROBIOLOGY, v. 1, p. e12803, 2017.

15.
CÔRTES, MARINA FARREL2017CÔRTES, MARINA FARREL ; COSTA, MAIANA OC ; LIMA, NICHOLAS CB ; SOUZA, RANGEL C ; ALMEIDA, L. G. ; GUEDES, LUCIANE PRIOLI CIAPINA ; VASCONCELOS, A. T. R. ; Nicolás, Marisa F ; FIGUEIREDO, AGNES MS . Complete genome sequence of community-associated methicillin-resistant Staphylococcus aureus (strain USA400-0051), a prototype of the USA400 clone. MEMORIAS DO INSTITUTO OSWALDO CRUZ, v. 112, p. 790-792, 2017.

16.
BABUJIA, LETÍCIA CARLOS2016BABUJIA, LETÍCIA CARLOS ; SILVA, ADRIANA PEREIRA ; NAKATANI, ANDRÉ SHIGUEYOSHI ; CANTÃO, MAURICIO EGIDIO ; Vasconcelos, Ana Tereza Ribeiro ; VISENTAINER, JESUÍ VERGILIO ; HUNGRIA, Mariangela . Impact of long-term cropping of glyphosate-resistant transgenic soybean [Glycine max (L.) Merr.] on soil microbiome. Transgenic Research, v. 1, p. 1-16, 2016.

17.
SOUZA, RENATA CAROLINI2016SOUZA, RENATA CAROLINI ; MENDES, IÊDA CARVALHO ; REIS-JUNIOR, FÁBIO BUENO ; CARVALHO, FABÍOLA MARQUES ; NOGUEIRA, MARCO ANTONIO ; Vasconcelos, Ana Tereza Ribeiro ; VICENTE, VÂNIA APARECIDA ; HUNGRIA, Mariangela . Shifts in taxonomic and functional microbial diversity with agriculture: How fragile is the Brazilian Cerrado?. BMC Microbiology (Online), v. 16, p. 42, 2016.

18.
TROUILLET-ASSANT, SOPHIE2016TROUILLET-ASSANT, SOPHIE ; LELIÈVRE, LUCIE ; MARTINS-SIMÕES, PATRÍCIA ; GONZAGA, LUIZ ; TASSE, JASON ; VALOUR, FLORENT ; RASIGADE, JEAN-PHILIPPE ; VANDENESCH, FRANÇOIS ; MUNIZ GUEDES, RAFAEL LUCAS ; RIBEIRO DE VASCONCELOS, ANA TEREZA ; CAILLON, JOCELYNE ; LUSTIG, SEBASTIEN ; FERRY, TRISTAN ; JACQUELINE, CÉDRIC ; LOSS DE MORAIS, GUILHERME ; LAURENT, FRÉDÉRIC . Adaptive processes of Staphylococcus aureus isolates during the progression from acute to chronic bone and joint infections in patients. Cellular Microbiology (Print), v. 1, p. n/a-n/a, 2016.

19.
CAVALEIRO, NATHALIA P.2016CAVALEIRO, NATHALIA P. ; SOLÉ-CAVA, ANTONIO M. ; MELO, CLÁUDIO M. R. ; DE ALMEIDA, LUIZ G. ; LAZOSKI, CRISTIANO ; Vasconcelos, Ana Tereza R. . The complete mitochondrial genome of Crassostrea gasar (Bivalvia: Ostreidae). Mitochondrial DNA Part A, v. 1, p. 1-2, 2016.

20.
TAVARES, TALLITA CRUZ LOPES2016TAVARES, TALLITA CRUZ LOPES ; NORMANDO, LEONARDO RIBEIRO OLIVEIRA ; DE VASCONCELOS, ANA TEREZA RIBEIRO ; GERBER, ALEXANDRA LEHMKUHL ; AGNEZ-LIMA, LUCYMARA FASSARELLA ; MELO, VÂNIA MARIA MACIEL . Metagenomic analysis of sediments under seaports influence in the Equatorial Atlantic Ocean. Science of the Total Environment, v. 557-558, p. 888-900, 2016.

21.
BOTELHO, ANA M. N.2016BOTELHO, ANA M. N. ; COSTA, MAIANA O. C. ; BELTRAME, CRISTIANA O. ; FERREIRA, FABIENNE A. ; CÔRTES, MARINA F. ; BANDEIRA, PAULA T. ; LIMA, NICHOLAS C. B. ; Souza, Rangel C. ; Almeida, Luiz G. P. ; VASCONCELOS, ANA T. R. ; Nicolás, Marisa F. ; FIGUEIREDO, AGNES M. S. . Complete genome sequence of an agr-dysfunctional variant of the ST239 lineage of the methicillin-resistant Staphylococcus aureus strain GV69 from Brazil. Standards in Genomic Sciences, v. 11, p. 34, 2016.

22.
ABREU, FERNANDA2016ABREU, FERNANDA ; ARAUJO, ANA CAROLINA V. ; LEÃO, PEDRO ; SILVA, KAREN TAVARES ; MARQUES DE CARVALHO, FABÍOLA ; DE LIMA CUNHA, OBERDAN ; ALMEIDA, LUIZ GONZAGA ; GEURINK, COREY ; FARINA, MARCOS ; RODELLI, DANIEL ; JOVANE, LUIGI ; PELLIZARI, VIVIAN H. ; De Vasconcelos, Ana Tereza ; BAZYLINSKI, DENNIS A. ; LINS, ULYSSES . Culture-independent characterization of novel psychrophilic magnetotactic cocci from Antarctic marine sediments. Environmental Microbiology (Print), v. 18, p. 1-10, 2016.

23.
ORMEÑO-ORRILLO, ERNESTO2016ORMEÑO-ORRILLO, ERNESTO ; GOMES, DOUGLAS FABIANO ; DEL CERRO, PABLO ; Vasconcelos, Ana Tereza Ribeiro ; CANCHAYA, CARLOS ; ALMEIDA, Luiz Gonzaga Paula ; MERCANTE, FABIO MARTINS ; OLLERO, FRANCISCO JAVIER ; Megías, Manuel ; HUNGRIA, Mariangela . Genome of Rhizobium leucaenae strains CFN 299T and CPAO 29.8: searching for genes related to a successful symbiotic performance under stressful conditions. BMC Genomics, v. 17, p. 534, 2016.

24.
FERRARINI, MARIANA G.2016FERRARINI, MARIANA G. ; SIQUEIRA, FRANCIELE M. ; MUCHA, SCHEILA G. ; PALAMA, TONY L. ; JOBARD, ÉLODIE ; ELENA-HERRMANN, BÉNÉDICTE ; R. VASCONCELOS, ANA T. ; TARDY, FLORENCE ; SCHRANK, IRENE S. ; ZAHA, Arnaldo ; Sagot, Marie-France . Insights on the virulence of swine respiratory tract mycoplasmas through genome-scale metabolic modeling. BMC Genomics, v. 17, p. 353, 2016.

25.
MEDEIROS, JULLIANE DUTRA2016MEDEIROS, JULLIANE DUTRA ; CANTÃO, MAURÍCIO EGÍDIO ; CESAR, DIONÉIA EVANGELISTA ; NICOLÁS, Marisa Fabiana ; DINIZ, CLÁUDIO GALUPPO ; SILVA, VÂNIA LÚCIA ; VASCONCELOS, ANA TEREZA RIBEIRO DE ; COELHO, CÍNTIA MARQUES . Comparative metagenome of a stream impacted by the urbanization phenomenon. Brazilian Journal of Microbiology (Impresso), v. 47, p. 1, 2016.

26.
BOTELHO, ANA M. N.2016BOTELHO, ANA M. N. ; COSTA, MAIANA O. C. ; BELTRAME, CRISTIANA O. ; FERREIRA, FABIENNE A. ; LIMA, NICHOLAS C. B. ; COSTA, BRUNO S. S. ; DE MORAIS, GUILHERME L. ; Souza, Rangel C. ; Almeida, Luiz G. P. ; VASCONCELOS, ANA T. R. ; Nicolás, Marisa F. ; FIGUEIREDO, AGNES M. S. . Complete genome sequence of the MRSA isolate HC1335 from ST239 lineage displaying a truncated AgrC histidine kinase receptor. Genome Biology and Evolution, v. 8, p. evw225, 2016.

27.
FREITAS, MICHELE C. R. DE2016FREITAS, MICHELE C. R. DE ; RESENDE, JULIANA A. ; FERREIRA-MACHADO, ALESSANDRA B. ; SAJI, GUADALUPE D. R. Q. ; VASCONCELOS, ANA T. R. DE ; SILVA, VÂNIA L. DA ; Nicolás, Marisa F. ; DINIZ, CLÁUDIO G. . Exploratory Investigation of Bacteroides fragilis Transcriptional Response during In vitro Exposure to Subinhibitory Concentration of Metronidazole. Frontiers in Microbiology (Online), v. 7, p. 1-10, 2016.

28.
SIQUEIRA, FRANCIELE MABONI2016SIQUEIRA, FRANCIELE MABONI ; DE MORAIS, GUILHERME LOSS ; HIGASHI, SUSAN ; BEIER, LAURA SCHERER ; BREYER, GABRIELA MERKER ; DE SÁ GODINHO, CAIO PADOAN ; Sagot, Marie-France ; SCHRANK, IRENE SILVEIRA ; ZAHA, Arnaldo ; DE VASCONCELOS, ANA TEREZA RIBEIRO . Mycoplasma non-coding RNA: identification of small RNAs and targets. BMC Genomics, v. 17, p. 743, 2016.

29.
SBARAINI, NICOLAU2016SBARAINI, NICOLAU ; GUEDES, RAFAEL LUCAS MUNIZ ; ANDREIS, FÁBIO CARRER ; JUNGES, ÂNGELA ; DE MORAIS, GUILHERME LOSS ; VAINSTEIN, MARILENE HENNING ; DE VASCONCELOS, ANA TEREZA RIBEIRO ; SCHRANK, AUGUSTO . Secondary metabolite gene clusters in the entomopathogen fungus Metarhizium anisopliae: genome identification and patterns of expression in a cuticle infection model. BMC Genomics, v. 17, p. 736, 2016.

30.
RAMOS, PABLO IVAN PEREIRA2016RAMOS, PABLO IVAN PEREIRA ; CUSTÓDIO, MÁRLON GRÉGORI FLORES ; QUISPE SAJI, GUADALUPE DEL ROSARIO ; CARDOSO, THIAGO ; DA SILVA, GISELE LUCCHETTI ; BRAUN, GRAZIELA ; MARTINS, WILLAMES M. B. S. ; GIRARDELLO, RAQUEL ; DE VASCONCELOS, ANA TEREZA RIBEIRO ; FERNÁNDEZ, ELMER ; GALES, ANA CRISTINA ; NICOLÁS, Marisa Fabiana . The polymyxin B-induced transcriptomic response of a clinical, multidrug-resistant Klebsiella pneumoniae involves multiple regulatory elements and intracellular targets. BMC Genomics, v. 17, p. 737, 2016.

31.
ARAUJO, ANA CAROLINA VIEIRA2016ARAUJO, ANA CAROLINA VIEIRA ; MORILLO, VIVIANA ; CYPRIANO, JEFFERSON ; TEIXEIRA, LIA CARDOSO ROCHA SARAIVA ; LEÃO, PEDRO ; LYRA, SIDCLEY ; ALMEIDA, LUIZ GONZAGA DE ; BAZYLINSKI, DENNIS A. ; VASCONCELLOS, ANA TEREZA RIBEIRO DE ; ABREU, FERNANDA ; LINS, ULYSSES . Combined genomic and structural analyses of a cultured magnetotactic bacterium reveals its niche adaptation to a dynamic environment. BMC Genomics, v. 17, p. 726, 2016.

32.
NASCIMENTO, ANA P. B.2016NASCIMENTO, ANA P. B. ; ORTIZ, MAURO F. ; MARTINS, WILLAMES M. B. S. ; MORAIS, GUILHERME L. ; FEHLBERG, LORENA C. C. ; Almeida, Luiz G. P. ; CIAPINA, LUCIANE P. ; GALES, ANA C. ; VASCONCELOS, ANA T. R. . Intraclonal Genome Stability of the Metallo-β-lactamase SPM-1-producing Pseudomonas aeruginosa ST277, an Endemic Clone Disseminated in Brazilian Hospitals. Frontiers in Microbiology (Online), v. 7, p. 1, 2016.

33.
MARQUES, YURI BENTO2016MARQUES, YURI BENTO ; DE PAIVA OLIVEIRA, ALCIONE ; RIBEIRO VASCONCELOS, ANA TEREZA ; CERQUEIRA, FABIO RIBEIRO . Mirnacle: machine learning with SMOTE and random forest for improving selectivity in pre-miRNA ab initio prediction. BMC Bioinformatics, v. 17, p. 53-63, 2016.

34.
BONALDO, MYRNA C.2016BONALDO, MYRNA C. ; RIBEIRO, IEDA P. ; LIMA, NOEMIA S. ; DOS SANTOS, ALEXANDRE A. C. ; MENEZES, LIDIANE S. R. ; DA CRUZ, STEPHANIE O. D. ; DE MELLO, IASMIM S. ; FURTADO, NATHÁLIA D. ; DE MOURA, ELAINE E. ; DAMASCENO, LUANA ; DA SILVA, KELY A. B. ; DE CASTRO, MARCIA G. ; GERBER, ALEXANDRA L. ; ALMEIDA, L. G. ; LOURENÇO-DE-OLIVEIRA, RICARDO ; VASCONCELOS, A. T. R. ; BRASIL, PATRÍCIA . Isolation of Infective Zika Virus from Urine and Saliva of Patients in Brazil. PLoS Neglected Tropical Diseases (Online), v. 10, p. e0004816, 2016.

35.
SOUZA, RENATA CAROLINI2015SOUZA, RENATA CAROLINI ; HUNGRIA, Mariangela ; CANTÃO, MAURÍCIO EGÍDIO ; Vasconcelos, Ana Tereza Ribeiro ; NOGUEIRA, MARCO ANTONIO ; VICENTE, VÂNIA APARECIDA . Metagenomic analysis reveals microbial functional redundancies and specificities in a soil under different tillage and crop-management regimes. Applied Soil Ecology (Print), v. 86, p. 106-112, 2015.

36.
ORTEGA, I.2015ORTEGA, I. ; SOARES FELIPE, M. S. ; VASCONCELOS, A. T. R. ; LOPES BEZERRA, L. M. ; DA SILVA DANTAS, A. . Peroxide sensing and signaling in the Sporothrix schenckii complex: an in silico analysis to uncover putative mechanisms regulating the Hog1 and AP-1 like signaling pathways. Medical Mycology (Oxford. Print), v. 53, p. 51-59, 2015.

37.
PEREIRA, MONALESSA FÁBIA2015PEREIRA, MONALESSA FÁBIA ; ROSSI, CIRO CÉSAR ; DE CARVALHO, FABÍOLA MARQUES ; DE ALMEIDA, LUIZ GONZAGA PAULA ; SOUZA, Rangel Celso ; DE VASCONCELOS, ANA TEREZA RIBEIRO ; BAZZOLLI, DENISE MARA SOARES . Draft Genome Sequences of Six Actinobacillus pleuropneumoniae Serotype 8 Brazilian Clinical Isolates: Insight into New Applications. Genome Announcements, v. 3, p. e01585-14, 2015.

38.
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DE AZEVEDO-MARTINS, ALLAN C2015DE AZEVEDO-MARTINS, ALLAN C ; ALVES, JOÃO MP ; GARCIA DE MELLO, FERNANDO ; Vasconcelos, Ana Tereza R ; de Souza, Wanderley ; EINICKER-LAMAS, MARCELO ; MOTTA, MARIA CRISTINA M . Biochemical and phylogenetic analyses of phosphatidylinositol production in Angomonas deanei, an endosymbiont-harboring trypanosomatid. Parasites & Vectors, v. 8, p. 1-10, 2015.

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NICOLETTI, ADRIANA GIANNINI2015NICOLETTI, ADRIANA GIANNINI ; MARCONDES, MARCELO F. M. ; MARTINS, WILLAMES B. ; Almeida, Luiz G. P. ; Nicolás, Marisa F. ; VASCONCELOS, ANA T. R. ; OLIVEIRA, VITOR ; GALES, ANA CRISTINA . Characterization of BKC-1 class A carbapenemase from Klebsiella pneumoniae clinical isolates in Brazil. Antimicrobial Agents and Chemotherapy (Print), v. 59, p. AAC.00158-15, 2015.

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REIS-CUNHA, JOÃO LUÍS2015REIS-CUNHA, JOÃO LUÍS ; RODRIGUES-LUIZ, GABRIELA F. ; VALDIVIA, HUGO O. ; BAPTISTA, RODRIGO P. ; MENDES, TIAGO A. O. ; DE MORAIS, GUILHERME LOSS ; GUEDES, RAFAEL ; MACEDO, ANDREA M. ; BERN, CARYN ; GILMAN, ROBERT H. ; LOPEZ, CARLOS TALAVERA ; ANDERSSON, BJÖRN ; Vasconcelos, Ana Tereza ; BARTHOLOMEU, DANIELLA C. . Chromosomal copy number variation reveals differential levels of genomic plasticity in distinct Trypanosoma cruzi strains. BMC Genomics, v. 16, p. 499, 2015.

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GABRIEL, JE.2015GABRIEL, JE. ; GUERRA-SLOMPO, EP. ; CARVALHO, FAL. ; MADEIRA, HMF. ; VASCONCELOS, ATR. . Heterologous induction of a predicted promoter sequence for paraquat-inducible genes of Chromobacterium violaceum in response to paraquat compound. Brazilian Journal of Biology (Impresso), v. 75, p. 503-504, 2015.

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GABRIEL, J.E.2015GABRIEL, J.E. ; GUERRA-SLOMPO, E.P. ; DE SOUZA, E.M. ; DE CARVALHO, F.A.L. ; MADEIRA, H.M.F. ; DE VASCONCELOS, A.T.R. . Superoxide radical-generating compounds activate a predicted promoter site for paraquat-inducible genes of the Chromobacterium violaceum bacterium in a dose-dependent manner. Genetics and Molecular Research, v. 14, p. 10139-10144, 2015.

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Vasconcelos, Ana Tereza R.2015Vasconcelos, Ana Tereza R.; Vasconcelos, Ana Tereza R. BARTH, AFONSO L. ZAVASCKI, ALEXANDRE P. GALES, ANA C. LEVIN, ANNA S. LUCAREVSCHI, BIANCA R. CABRAL, BLENDA G. BRASILIENSE, DANIELLE M. ROSSI, FLAVIA FURTADO, GUILHERME H.C. CARNEIRO, IRNA CARLA R.S. DA SILVA, JULIANA O. RIBEIRO, JULIVAL LIMA, KARLA V.B. CORREA, LUCI BRITTO, MARIA H. SILVA, MARIAMA T. DA CONCEIÇÃO, MARÍLIA L. MOREIRA, MARINA MARTINO, MARINÊS D.V. DE FREITAS, MARISE R. OLIVEIRA, MAURA S. DALBEN, MIRIAN F. GUZMAN, RICARDO D. CAYÔ, RODRIGO , et al.MORAIS, ROSÂNGELA SANTOS, SÂNIA A. MARTINS, WILLAMES M.B.S. ; The changing epidemiology of Acinetobacter spp. producing OXA carbapenemases causing bloodstream infections in Brazil: A BrasNet report. Diagnostic Microbiology and Infectious Disease, v. 83, p. 1-5, 2015.

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GOMES DE SÁ, PABLO2015GOMES DE SÁ, PABLO ; VERAS, ADONNEY ; FONTANA, CARLA SUERTEGARAY ; ALEIXO, ALEXANDRE ; BURLAMAQUI, TIBÉRIO ; MELLO, CLAUDIO VIANNA ; DE VASCONCELOS, ANA TEREZA RIBEIRO ; PROSDOCIMI, FRANCISCO ; RAMOS, ROMMEL ; SCHNEIDER, MARIA ; SILVA, ARTUR . The assembly and annotation of the complete Rufous-bellied thrush mitochondrial genome. Mitochondrial DNA, v. 16, p. 1-2, 2015.

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DELAMUTA, JAKELINE RENATA MARÇON2015DELAMUTA, JAKELINE RENATA MARÇON ; GOMES, DOUGLAS FABIANO ; RIBEIRO, RENAN AUGUSTO ; CHUEIRE, LIGIA MARIA OLIVEIRA ; SOUZA, RENATA CAROLINI ; ALMEIDA, L. G. ; VASCONCELOS, A. T. R. ; HUNGRIA, Mariangela . Genome Sequence of Bradyrhizobium tropiciagri Strain CNPSo 1112 T , Isolated from a Root Nodule of Neonotonia wightii. Genome Announcements, v. 3, p. e01482-15, 2015.

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HELENE, LUISA CAROLINE FERRAZ2015HELENE, LUISA CAROLINE FERRAZ ; GOMES, DOUGLAS FABIANO ; DELAMUTA, JAKELINE RENATA MARÇON ; RIBEIRO, RENAN AUGUSTO ; SOUZA, RENATA CAROLINI ; ALMEIDA, L. G. ; VASCONCELOS, A. T. R. ; HUNGRIA, Mariangela . Genome Sequence of Bradyrhizobium viridifuturi Strain SEMIA 690 T , a Nitrogen-Fixing Symbiont of Centrosema pubescens. Genome Announcements, v. 3, p. e01481-15, 2015.

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LOBO, F. P.2014LOBO, F. P. ; GONCALVES, D. L. ; ALVES, S. L. ; Gerber, A. L. ; DE VASCONCELOS, A. T. R. ; BASSO, L. C. ; Franco, G. R. ; SOARES, M. A. ; CADETE, R. M. ; ROSA, C. A. ; STAMBUK, B. U. . Draft Genome Sequence of the D-Xylose-Fermenting Yeast Spathaspora arborariae UFMG-HM19.1AT. Genome Announcements, v. 2, p. e01163-13-e01163-13, 2014.

49.
RAMOS, PABLO IVAN2014RAMOS, PABLO IVAN ; PICÃO, RENATA C ; ALMEIDA, LUIZ GONZAGA ; LIMA, NICHOLAS COSTA ; GIRARDELLO, RAQUEL ; VIVAN, ANA CAROLINA ; XAVIER, DANILO E ; Barcellos, Fernando G ; PELISSON, MARSILENI ; VESPERO, ELIANA C ; MÉDIGUE, CLAUDINE ; Vasconcelos, Ana Tereza ; GALES, ANA C ; Nicolás, Marisa F . Comparative analysis of the complete genome of KPC-2-producing Klebsiella pneumoniae Kp13 reveals remarkable genome plasticity and a wide repertoire of virulence and resistance mechanisms. BMC Genomics, v. 15, p. 54, 2014.

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GRISARD, E. C.2014GRISARD, E. C. ; TEIXEIRA, S. M. R. ; DE ALMEIDA, L. G. P. ; STOCO, P. H. ; Gerber, A. L. ; TALAVERA-LOPEZ, C. ; LIMA, O. C. ; ANDERSSON, B. ; DE VASCONCELOS, A. T. R. . Trypanosoma cruzi Clone Dm28c Draft Genome Sequence. Genome Announcements, v. 2, p. e01114-13-e01114-13, 2014.

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MORILLO, VIVIANA2014MORILLO, VIVIANA ; ABREU, FERNANDA ; ARAUJO, ANA C. ; DE ALMEIDA, LUIZ G. P. ; ENRICH-PRAST, ALEX ; FARINA, MARCOS ; DE VASCONCELOS, ANA T. R. ; BAZYLINSKI, DENNIS A. ; LINS, ULYSSES . Isolation, cultivation and genomic analysis of magnetosome biomineralization genes of a new genus of South-seeking magnetotactic cocci within the Alphaproteobacteria. Frontiers in Microbiology (Online), v. 5, p. 1/12, 2014.

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SALGADO, LEONARDO RIPPEL2014SALGADO, LEONARDO RIPPEL ; KOOP, DANIELA MARTINS ; PINHEIRO, DANIEL GUARIZ ; RIVALLAN, RONAN ; LE GUEN, VINCENT ; NICOLÁS, Marisa Fabiana ; DE ALMEIDA, LUIZ GONZAGA ; ROCHA, VIVIANI RIBEIRO ; MAGALHÃES, MILENA ; GERBER, ALEXANDRA LEHMKUHL ; FIGUEIRA, ANTONIO ; CASCARDO, JÚLIO CÉZAR ; DE VASCONCELOS, ANATEREZA RIBEIRO ; SILVA, WILSON ARAÚJO ; COUTINHO, LUIZ LEHMANN ; GARCIA, DOMINIQUE . De novo transcriptome analysis of Hevea brasiliensis tissues by RNA-seq and screening for molecular markers. BMC Genomics, v. 15, p. 236, 2014.

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PACCHIONI, RALFO G.2014PACCHIONI, RALFO G. ; CARVALHO, FABÍOLA M. ; THOMPSON, CLAUDIA E. ; FAUSTINO, ANDRÉ L. F. ; NICOLINI, FERNANDA ; PEREIRA, TATIANA S. ; SILVA, RITA C. B. ; CANTÃO, MAURICIO E. ; GERBER, ALEXANDRA ; VASCONCELOS, ANA T. R. ; AGNEZ-LIMA, LUCYMARA F. . Taxonomic and functional profiles of soil samples from Atlantic forest and Caatinga biomes in northeastern Brazil. MicrobiologyOpen, v. 1, p. n/a-n/a, 2014.

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LIMA, PATRÍCIA DE SOUSA2014LIMA, PATRÍCIA DE SOUSA ; CASALETTI, LUCIANA ; BAILÃO, ALEXANDRE MELO ; VASCONCELOS, ANA TEREZA RIBEIRO DE ; FERNANDES, GABRIEL DA ROCHA ; SOARES, CÉLIA MARIA DE ALMEIDA . Transcriptional and Proteomic Responses to Carbon Starvation in Paracoccidioides. PLoS Neglected Tropical Diseases (Online), v. 8, p. e2855, 2014.

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BERLAND, J.-L.2014BERLAND, J.-L. ; DE CARVALHO, F. M. ; DE ALMEIDA, L. G. P. ; BABLISHVILI, N. ; GAUTHIER, M. ; PARANHOS-BACCALA, G. ; DE VASCONCELOS, A. T. R. . Draft Genome Sequence of Mycobacterium tuberculosis Clinical Strain G-12-005. Genome Announcements, v. 2, p. e00385-14-e00385-14, 2014.

56.
SIQUEIRA, ARTHUR FERNANDES2014SIQUEIRA, ARTHUR FERNANDES ; ORMEÑO-ORRILLO, ERNESTO ; SOUZA, Rangel Celso ; RODRIGUES, ELISETE PAINS ; ALMEIDA, LUIZ GONZAGA ; BARCELLOS, FERNANDO GOMES ; BATISTA, JESIANE STEFÂNIA ; NAKATANI, ANDRE SHIGUEYOSHI ; MARTÍNEZ-ROMERO, ESPERANZA ; Vasconcelos, Ana Tereza ; HUNGRIA, Mariangela . Comparative genomics of Bradyrhizobium japonicum CPAC 15 and Bradyrhizobium diazoefficiens CPAC 7: elite model strains for understanding symbiotic performance with soybean. BMC Genomics, v. 15, p. 420, 2014.

57.
ZULETA, LUIZ FERNANDO2014ZULETA, LUIZ FERNANDO ; CUNHA, CLAÚDIO DE ; DE CARVALHO, FABÍOLA MARQUES ; CIAPINA, LUCIANE PRIOLI ; SOUZA, Rangel Celso ; MERCANTE, FÁBIO MARTINS ; DE FARIA, SERGIO MIANA ; BALDANI, JOSÉ IVO ; STRALIOTTO, ROSANGELA ; HUNGRIA, Mariangela ; De Vasconcelos, Ana Tereza . The complete genome of Burkholderia phenoliruptrix strain BR3459a, a symbiont of Mimosa flocculosa: highlighting the coexistence of symbiotic and pathogenic genes. BMC Genomics, v. 15, p. 535, 2014.

58.
STOCO, PATRÍCIA HERMES2014STOCO, PATRÍCIA HERMES WAGNER, GLAUBER TALAVERA-LOPEZ, CARLOS GERBER, ALEXANDRA ZAHA, Arnaldo THOMPSON, CLAUDIA ELIZABETH BARTHOLOMEU, DANIELLA CASTANHEIRA LÜCKEMEYER, DÉBORA DENARDIN BAHIA, DIANA LORETO, ELGION PRESTES, ELISA BEATRIZ LIMA, FÁBIO MITSUO RODRIGUES-LUIZ, GABRIELA VALLEJO, GUSTAVO ADOLFO FILHO, JOSÉ FRANCO DA SILVEIRA SCHENKMAN, SÉRGIO MONTEIRO, KARINA MARIANTE TYLER, KEVIN MORRIS ALMEIDA, LUIZ GONZAGA PAULA DE ORTIZ, MAURO FREITAS CHIURILLO, MIGUEL ANGEL MORAES, MILENE HÖEHR DE CUNHA, OBERDAN DE LIMA MENDONÇA-NETO, RONDON SILVA, ROSANE , et al.TEIXEIRA, SANTUZA MARIA RIBEIRO MURTA, SILVANE MARIA FONSECA SINCERO, THAIS CRISTINE MARQUES MENDES, TIAGO ANTONIO DE OLIVEIRA URMENYI, TURÁN PETER SILVA, VIVIANE GRAZIELLE DAROCHA, WANDERSON DUARTE ANDERSSON, BJÖRN ROMANHA, ÁLVARO JOSÉ STEINDEL, MÁRIO VASCONCELOS, ANA TEREZA RIBEIRO DE GRISARD, EDMUNDO CARLOS ; Genome of the Avirulent Human-Infective Trypanosome-Trypanosoma rangeli. PLoS Neglected Tropical Diseases (Online), v. 8, p. e3176, 2014.

59.
JUNGES, ÂNGELA2014JUNGES, ÂNGELA ; BOLDO, JULIANO TOMAZZONI ; SOUZA, BÁRBARA KUNZLER ; GUEDES, RAFAEL LUCAS MUNIZ ; SBARAINI, NICOLAU ; KMETZSCH, LÍVIA ; THOMPSON, CLAUDIA ELIZABETH ; STAATS, CHARLEY CHRISTIAN ; DE ALMEIDA, LUIS GONZAGA PAULA ; DE VASCONCELOS, ANA TEREZA RIBEIRO ; VAINSTEIN, MARILENE HENNING ; SCHRANK, AUGUSTO . Genomic Analyses and Transcriptional Profiles of the Glycoside Hydrolase Family 18 Genes of the Entomopathogenic Fungus Metarhizium anisopliae. Plos One, v. 9, p. e107864, 2014.

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STAATS, CHARLEY CHRISTIAN2014STAATS, CHARLEY CHRISTIAN ; JUNGES, ÂNGELA ; GUEDES, RAFAEL LUCAS ; THOMPSON, CLAUDIA ELIZABETH ; DE MORAIS, GUILHERME LOSS ; BOLDO, JULIANO TOMAZZONI ; DE ALMEIDA, LUIZ GONZAGA ; ANDREIS, FÁBIO CARRER ; GERBER, ALEXANDRA LEHMKUHL ; SBARAINI, NICOLAU ; DA PAIXÃO, RANA LOUISE ; BROETTO, LEONARDO ; LANDELL, MELISSA ; SANTI, LUCÉLIA ; DA SILVA, WALTER ORLANDO ; SILVEIRA, CAROLINA PEREIRA ; SERRANO, THAIANE RISPOLI ; DE OLIVEIRA, EDER SILVA ; KMETZSCH, LÍVIA ; VAINSTEIN, MARILENE HENNING ; De Vasconcelos, Ana Tereza ; SCHRANK, AUGUSTO . Comparative genome analysis of entomopathogenic fungi reveals a complex set of secreted proteins. BMC Genomics, v. 15, p. 822, 2014.

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TEIXEIRA, MARCUS M2014TEIXEIRA, MARCUS M DE ALMEIDA, LUIZ GP KUBITSCHEK-BARREIRA, PAULA ALVES, FERNANDA L KIOSHIMA, ÉRIKA S ABADIO, ANA KR FERNANDES, LARISSA DERENGOWSKI, LORENA S FERREIRA, KAREN S Souza, Rangel C RUIZ, JERONIMO C DE ANDRADE, NATHALIA C PAES, HUGO C NICOLA, ANDRÉ M ALBUQUERQUE, PATRÍCIA GERBER, ALEXANDRA L MARTINS, VICENTE P PECONICK, LUISA DF NETO, ALAN VIGGIANO CHAUCANEZ, CLAUDIA B SILVA, PATRÍCIA A CUNHA, OBERDAN L DE OLIVEIRA, FABIANA FM DOS SANTOS, TAYNÁ C BARROS, AMANDA LN , et al.SOARES, MARCO A DE OLIVEIRA, LUCIANA M MARINI, MARJORIE M VILLALOBOS-DUNO, HÉCTOR CUNHA, MARCEL ML DE HOOG, SYBREN DA SILVEIRA, JOSÉ F HENRISSAT, BERNARD NIÑO-VEGA, GUSTAVO A CISALPINO, PATRÍCIA S MORA-MONTES, HÉCTOR M ALMEIDA, SANDRO R STAJICH, JASON E LOPES-BEZERRA, LEILA M Vasconcelos, Ana TR FELIPE, MARIA SS ; Comparative genomics of the major fungal agents of human and animal Sporotrichosis: Sporothrix schenckii and Sporothrix brasiliensis. BMC Genomics, v. 15, p. 943, 2014.

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TEIXEIRA, M. D. M.2014TEIXEIRA, M. D. M. ; RODRIGUES, A. M. ; TSUI, C. K. M. ; DE ALMEIDA, L. G. P. ; VAN DIEPENINGEN, A. D. ; GERRITS VAN DEN ENDE, B. ; FERNANDES, G. F. ; KANO, R. ; HAMELIN, R. C. ; LOPES-BEZERRA, L. M. ; RIBEIRO VASCONCELOS, A. T. ; DE HOOG, S. ; DE CAMARGO, Z. P. ; FELIPE, M. S. S. . 'Asexual propagation of a virulent clone complex in human and feline outbreak of sporotrichosis'. Eukaryotic Cell, v. 14, p. 158-169, 2014.

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AZEVEDO-MARTINS, A. C.2014AZEVEDO-MARTINS, A. C. ; MACHADO, A. C. L. ; KLEIN, C. C. ; CIAPINA, L. ; ALMEIDA, L. G. ; VASCONCELOS, A. T. R. ; SAGOT, M. F. ; DE SOUZA, W. ; EINICKER-LAMAS, M. ; GALINA, A. ; MOTTA, M. C. M. . Mitochondrial respiration and genomic analysis provide insight into the influence of the symbiotic bacterium on host trypanosomatid oxygen consumption. Parasitology (Cambridge. Online), v. 1, p. 1-11, 2014.

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SIQUEIRA, FRANCIELE MABONI2014SIQUEIRA, FRANCIELE MABONI ; GERBER, ALEXANDRA LEHMKUHL ; GUEDES, RAFAEL LUCAS MUNIZ ; ALMEIDA, L. G. ; SCHRANK, IRENE SILVEIRA ; VASCONCELOS, A. T. R. ; ZAHA, ARNALDO . Unravelling the Transcriptome Profile of the Swine Respiratory Tract Mycoplasmas. Plos One, v. 9, p. e110327, 2014.

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LEFÈVRE, CHRISTOPHER T.2013LEFÈVRE, CHRISTOPHER T. ; TRUBITSYN, DENIS ; ABREU, FERNANDA ; KOLINKO, SEBASTIAN ; DE ALMEIDA, LUIZ GONZAGA PAULA ; DE VASCONCELOS, ANA TEREZA R. ; LINS, ULYSSES ; SCHÜLER, DIRK ; GINET, NICOLAS ; PIGNOL, DAVID ; BAZYLINSKI, DENNIS A. . Monophyletic Origin of Magnetotaxis and the First Magnetosomes. Environmental Microbiology (Print), v. 1, p. n/a-n/a, 2013.

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MOTTA, M. C. M.2013 MOTTA, M. C. M. MARTINS, A. C. A. SOUZA, S. S. CATTA-PRETA, C. M. C. SILVA, R. KLEIN, C. C. ALMEIDA, L. G. P. CUNHA, O. L. Ciapina L P BROCCHI, M. COLABARDINI, A. C. LIMA, B. A. MACHADO, C. R. SOARES, C. M. A. PROBST, C. M. MENEZES, C. B. A. BARTHOLOMEU, D. C. GRADIA, D. F. PAVONI, D. P. GRISARD, E. C. FANTINATTI-GARBOGGINI, F. MARCHINI, F. K. RODRIGUES-LUIZ, G. F. WAGNER, G. GOLDMAN, G. H. , et al.FIETTO, J. L. R. ELIAS, M. C. GOLDMAN, M. H. S. M-F Sagot PEREIRA, M. STOCO, P. H. MENDONCA-NETO, R. P. TEIXEIRA, S. M. R. MACIEL, T. E. F. MENDES, T. A. O. URMENYI, T. P. Wanderley de Souza SCHENKMAN, S. DE VASCONCELOS, ANA TEREZA R. ; Predicting the Proteins of Angomonas deanei, Strigomonas culicis and Their Respective Endosymbionts Reveals New Aspects of the Trypanosomatidae Family. Plos One, v. 8, p. e60209, 2013.

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SIQUEIRA, F. M.2013SIQUEIRA, F. M. ; THOMPSON, C. E. ; VIRGINIO, V. G. ; GONCHOROSKI, T. ; REOLON, L. ; Almeida, Luiz G. P. ; FONSECA, M. M. ; SOUZA, Rangel Celso ; PROSDOCIMI, F. ; SCHRANK, I. S. ; Bunselmeyer-Ferreira, H. ; Vasconcelos, Ana TR ; ZAHA, Arnaldo . New insights on the biology of swine respiratory tract mycoplasmas from a comparative genome analysis. BMC Genomics, v. 14, p. 175, 2013.

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SOUZA, RENATA CAROLINI2013SOUZA, RENATA CAROLINI ; CANTÃO, MAURICIO EGÍDIO ; Vasconcelos, Ana Tereza Ribeiro ; NOGUEIRA, MARCO ANTONIO ; HUNGRIA, Mariangela . Soil metagenomics reveals differences under conventional and no-tillage with crop rotation or succession. Applied Soil Ecology (Print), v. 72, p. 49-61, 2013.

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COSTA, M. O. C.2013COSTA, M. O. C. ; BELTRAME, C. O. ; FERREIRA, F. A. ; BOTELHO, A. M. N. ; LIMA, N. C. B. ; SOUZA, R. C. ; DE ALMEIDA, L. G. P. ; VASCONCELOS, A. T. R. ; Nicolas, M. F. ; FIGUEIREDO, A. M. S. . Complete Genome Sequence of a Variant of the Methicillin-Resistant Staphylococcus aureus ST239 Lineage, Strain BMB9393, Displaying Superior Ability To Accumulate ica-Independent Biofilm. Genome Announcements, v. 1, p. e00576-13-e00576-13, 2013.

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LEFÈVRE, CHRISTOPHER T.2013LEFÈVRE, CHRISTOPHER T. ; TRUBITSYN, DENIS ; ABREU, FERNANDA ; KOLINKO, SEBASTIAN ; JOGLER, CHRISTIAN ; DE ALMEIDA, LUIZ GONZAGA PAULA ; DE VASCONCELOS, ANA TEREZA R. ; KUBE, MICHAEL ; REINHARDT, RICHARD ; LINS, ULYSSES ; PIGNOL, DAVID ; SCHÜLER, DIRK ; BAZYLINSKI, DENNIS A. ; GINET, NICOLAS . Comparative Genomic Analysis of Magnetotactic Bacteria from the Deltaproteobacteria Provides New Insights into Magnetite and Greigite Magnetosome Genes Required for Magnetotaxis. Environmental Microbiology (Print), v. s/n, p. n/a-n/a, 2013.

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ALVES, JOÃO MP2013ALVES, JOÃO MP ; KLEIN, CECILIA C ; DA SILVA, FLÁVIA MAIA ; COSTA-MARTINS, ANDRÉ G ; SERRANO, MYRNA G ; BUCK, GREGORY A ; Vasconcelos, Ana TR ; Sagot, Marie-France ; TEIXEIRA, MARTA MG ; MOTTA, MARIA CRISTINA ; CAMARGO, ERNEY P . Endosymbiosis in trypanosomatids: the genomic cooperation between bacterium and host in the synthesis of essential amino acids is heavily influenced by multiple horizontal gene transfers. BMC Evolutionary Biology (Online), v. 13, p. 190, 2013.

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THOMPSON, CLAUDIA ELIZABETH2013THOMPSON, CLAUDIA ELIZABETH ; BEYS-DA-SILVA, WALTER ORLANDO ; SANTI, LUCÉLIA ; BERGER, MARKUS ; VAINSTEIN, MARILENE HENNING ; GUIMARÃES, JORGE ALMEIDA ; Vasconcelos, Ana Tereza . A potential source for cellulolytic enzyme discovery and environmental aspects revealed through metagenomics of Brazilian mangroves. AMB Express, v. 3, p. 65, 2013.

74.
DE ANDRADE ROSA, IVONE2013DE ANDRADE ROSA, IVONE ; CARUSO, MARJOLLY BRIGIDO ; RODRIGUES, SILAS PESSINI ; GERALDO, REINALDO BARROS ; KIST, LUIZA WILGES ; BOGO, MAURICIO REIS ; GONZAGA, LUIZ ; DE VASCONCELOS, ANA TEREZA R ; MORGADO-DÍAZ, JOSE ANDRES ; ZINGALI, RUSSOLINA BENEDETA ; BENCHIMOL, MARLENE . New insights on the Golgi complex of Tritrichomonas foetus. Parasitology (London. Print), v. sn, p. 1-13, 2013.

75.
FERREIRA GOLBERT, DAIANE CRISTINA2013FERREIRA GOLBERT, DAIANE CRISTINA ; Correa-de-Santana, Eliane ; RIBEIRO-ALVES, MARCELO ; DE VASCONCELOS, ANA TEREZA RIBEIRO ; Savino, Wilson . ITGA6 gene silencing by RNA interference modulates the expression of a large number of cell migration-related genes in human thymic epithelial cells. BMC Genomics, v. 14, p. S3, 2013.

76.
KLEIN, CECILIA C.2013KLEIN, CECILIA C. ; ALVES, JOÃO M. P. ; SERRANO, MYRNA G. ; BUCK, GREGORY A. ; Vasconcelos, Ana Tereza R. ; Sagot, Marie-France ; TEIXEIRA, MARTA M. G. ; CAMARGO, ERNEY P. ; MOTTA, MARIA CRISTINA M. . Biosynthesis of Vitamins and Cofactors in Bacterium-Harbouring Trypanosomatids Depends on the Symbiotic Association as Revealed by Genomic Analyses. Plos One, v. 8, p. e79786, 2013.

77.
Golbert, D. C. F.2013Golbert, D. C. F. ; SANTANA-VAN-VLIET, E. ; MUNDSTEIN, A. S. ; CALFO, V. ; SAVINO, W. ; DE VASCONCELOS, A. T. R. . Laminin-database v.2.0: an update on laminins in health and neuromuscular disorders. Nucleic Acids Research, v. 42, p. D426-9, 2013.

78.
ABREU, FERNANDA2013ABREU, FERNANDA ; MORILLO, VIVIANA ; NASCIMENTO, FABRÍCIA F ; WERNECK, CLARISSA ; CANTÃO, MAURICIO EGIDIO ; CIAPINA, LUCIANE PRIOLI ; DE ALMEIDA, LUIZ GONZAGA PAULA ; LEFÈVRE, CHRISTOPHER T ; BAZYLINSKI, DENNIS A ; DE VASCONCELOS, ANA TEREZA RIBEIRO ; LINS, ULYSSES . Deciphering unusual uncultured magnetotactic multicellular prokaryotes through genomics. The ISME Journal (Print), v. 8, p. 1055-1068, 2013.

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VASCONCELOS, A. T. R.;Vasconcelos, Ana Tereza R;Vasconcelos, Ana Tereza Ribeiro;Vasconcelos, Ana Tereza R.;Vasconcelos, Ana T;Vasconcelos, Ana TR;Vasconcelos, Ana Tereza;DE VASCONCELOS, ANA TEREZA R.;ANA TEREZA RIBEIRO DE VASCONCELOS;de Vasconcelos A T;de Vasconcelos AT;DE VASCONCELOS, A. T. R.;DE VASCONCELOS, ANA TEREZA R;DE VASCONCELOS, ANA TEREZA RIBEIRO;DE VASCONCELOS AT;DE VASCONCELOS, ANA T. R.;DE VASCONCELOS, ANATEREZA RIBEIRO;VASCONCELOS, ANA T. R.;VASCONCELOS, ANA TEREZA RIBEIRO DE;De Vasconcelos, Ana Tereza;RIBEIRO VASCONCELOS,A.T.;RIBEIRO VASCONCELOS, A. T.;VASCONCELOS, ATR.;DE VASCONCELOS, A.T.R.;RIBEIRO DE VASCONCELOS, ANA TEREZA;R Vasconcelos AT;R. VASCONCELOS, ANA T.;Ana T. R. de Vasconcelos;de Vasconcelos Ana T R;VASCONCELOS, ANA T. R. DE;VASCONCELLOS, ANA TEREZA RIBEIRO DE;RIBEIRO VASCONCELOS, ANA TEREZA;VASCONCELOS, A.T.R.;RIBEIRO DE VASCONCELOS, ANA T.2004VASCONCELOS, A. T. R.; GUIA, M. H. ; GONZALEZ, A. ; ESPINOSA, V. ; COLLADO-VIDES, J. . Complementing computationally predicted regulatory sites in Tractor_DB using a pattern matching approach.. In Silico Biology (Online), v. 5, p. 0020, 2004.

144.
CARRARO, Dirce Maria2003CARRARO, Dirce Maria ; CAMARGO, Anamaria ; SALIM, Anna Christina M ; MAIA, M. A. G. M. ; VASCONCELOS, A. T. R. ; SIMPSON, Andrew John George . PCR Assisted Contig Extension - PACE: a Stepwise Strategy for Bacterial Genome Closure. BioTechniques, Estados Unidos, v. 34, n.3, p. 626-632, 2003.

145.
Vasconcelos, Ana T2003 Vasconcelos, Ana T ; BRASILEIRO, Rede Genoma ; Simpson, A. J. G. ; VASCONCELOS, A. T. R. . The complete genome sequence of Chromobacterium violaceum reveals remarkable and exploitable bacterial adaptability. PNAS. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, v. 100, n.20, p. 11660-11665, 2003.

146.
VASCONCELOS, A. T. R.;Vasconcelos, Ana Tereza R;Vasconcelos, Ana Tereza Ribeiro;Vasconcelos, Ana Tereza R.;Vasconcelos, Ana T;Vasconcelos, Ana TR;Vasconcelos, Ana Tereza;DE VASCONCELOS, ANA TEREZA R.;ANA TEREZA RIBEIRO DE VASCONCELOS;de Vasconcelos A T;de Vasconcelos AT;DE VASCONCELOS, A. T. R.;DE VASCONCELOS, ANA TEREZA R;DE VASCONCELOS, ANA TEREZA RIBEIRO;DE VASCONCELOS AT;DE VASCONCELOS, ANA T. R.;DE VASCONCELOS, ANATEREZA RIBEIRO;VASCONCELOS, ANA T. R.;VASCONCELOS, ANA TEREZA RIBEIRO DE;De Vasconcelos, Ana Tereza;RIBEIRO VASCONCELOS,A.T.;RIBEIRO VASCONCELOS, A. T.;VASCONCELOS, ATR.;DE VASCONCELOS, A.T.R.;RIBEIRO DE VASCONCELOS, ANA TEREZA;R Vasconcelos AT;R. VASCONCELOS, ANA T.;Ana T. R. de Vasconcelos;de Vasconcelos Ana T R;VASCONCELOS, ANA T. R. DE;VASCONCELLOS, ANA TEREZA RIBEIRO DE;RIBEIRO VASCONCELOS, ANA TEREZA;VASCONCELOS, A.T.R.;RIBEIRO DE VASCONCELOS, ANA T.2000 VASCONCELOS, A. T. R.; MAIA, M. A. G. M. ; ALMEIDA, Darcy Fontoura de . Short interrupted palindromes on the extragenic DNA of Escherichia coli K-12, Haemophilus influenzae Rd and Neisseria meningitidis Z2491. Bioinformatics, Inglaterra, v. 16, p. 1-10, 2000.

147.
LOMBA, M.1997LOMBA, M. ; VASCONCELOS, A. T. R. ; PACHECO, A. B. ; ALMEIDA, Darcy Fontoura de . Identification of yebG as a DNA damage inducible Escherichia coli gene. Feems Microbiology Letters, Inglaterra, v. 156, n.1, p. 119-122, 1997.

148.
VASCONCELOS, A. T. R.;Vasconcelos, Ana Tereza R;Vasconcelos, Ana Tereza Ribeiro;Vasconcelos, Ana Tereza R.;Vasconcelos, Ana T;Vasconcelos, Ana TR;Vasconcelos, Ana Tereza;DE VASCONCELOS, ANA TEREZA R.;ANA TEREZA RIBEIRO DE VASCONCELOS;de Vasconcelos A T;de Vasconcelos AT;DE VASCONCELOS, A. T. R.;DE VASCONCELOS, ANA TEREZA R;DE VASCONCELOS, ANA TEREZA RIBEIRO;DE VASCONCELOS AT;DE VASCONCELOS, ANA T. R.;DE VASCONCELOS, ANATEREZA RIBEIRO;VASCONCELOS, ANA T. R.;VASCONCELOS, ANA TEREZA RIBEIRO DE;De Vasconcelos, Ana Tereza;RIBEIRO VASCONCELOS,A.T.;RIBEIRO VASCONCELOS, A. T.;VASCONCELOS, ATR.;DE VASCONCELOS, A.T.R.;RIBEIRO DE VASCONCELOS, ANA TEREZA;R Vasconcelos AT;R. VASCONCELOS, ANA T.;Ana T. R. de Vasconcelos;de Vasconcelos Ana T R;VASCONCELOS, ANA T. R. DE;VASCONCELLOS, ANA TEREZA RIBEIRO DE;RIBEIRO VASCONCELOS, ANA TEREZA;VASCONCELOS, A.T.R.;RIBEIRO DE VASCONCELOS, ANA T.1996VASCONCELOS, A. T. R.; SILVA, R. ; ALMEIDA, Darcy Fontoura de . Analysis of enteric bacteria SOS operator sequences and description of potencial DNA damage-inducible genes. Brazilian Journal Of Genetics, v. 19, n.2, p. 189-196, 1996.

Livros publicados/organizados ou edições
1.
ZAHA, Arnaldo ; Bunselmeyer-Ferreira, H. ; Luciane M. P. Passaglia ; VASCONCELOS, A. T. R. . Biologia Molecular Básica. 4. ed. Sao Paulo: Artmed, 2012. v. 1. 416p .

Capítulos de livros publicados
1.
VARANI, A. M. ; LIMA, Wanessa Cristima de ; MOREIRA, L. ; OLIVEIRA, M. ; SOUZA, Rangel Celso ; CIVEROLO, E. ; VASCONCELOS, A. T. R. ; SLUYS, Marie Anne Van . Common Genes and Genomic Breaks: A Detailed Case Study of the Xylella fastidiosa Genome Backbone and Evolutionary Insights. In: Robert W. Jackson. (Org.). Plant Pathogenic Bacteria: Genomics and Molecular Biology. Reading: Inglaterra, 2008, v. , p. -.

2.
WANDERLEY, M. F. B. ; SILVA, Jõao Carlos Pereira da ; BORGES, Carlos Cristiano ; de Vasconcelos, A. T. R. . Application of Genetic Algorithms to the Genetic Regulation Problem. Advances in Bioinformatics and Computational Biology. Heidelberg: Springer Berlin /, 2008, v. 5167, p. 140-151.

3.
ALMEIDA, Luiz Gonzaga Paula ; de Vasconcelos, A. T. R. ; MAIA, M. A. G. M. . A Simple and Fast Term Selection Procedure for Text Clustering. Intelligent Text Categorization and Clustering. Heidelberg: Springer Berlin /, 2008, v. 164, p. 47-64.

Textos em jornais de notícias/revistas
1.
VASCONCELOS, A. T. R.; NESHICH, G. ; DEGRAVE, W. ; Triunfol M. . New presence in the EMBnet Brazilian Node. EMBNET NEWS, p. 3 - 4, 01 dez. 2007.

Trabalhos completos publicados em anais de congressos
1.
MONDELLI, M. L. B. ; GALHEIGO, M. M. ; MEDEIROS, V. ; BASTOS, B. F. ; Gomes, A. T. A. ; MATTOSO, M. ; DE VASCONCELOS, A. T. R. . Integrating Scientific Workflows with Scientific Gateways: A Bioinformatics Experiment in the Brazilian National High-Performance Computing Network.. In: BRESCI - X Brazilian e-Science Workshop, 2016, Porto Alegre. Anais do XXXVI Congresso da Sociedade Brasileira de Computação, 2016. p. 277-284.

2.
MONDELLI, M. L. B. ; TONELLI, M. ; GAUTHEROT, K. A. C. O. ; Luiz Manoel Rocha Gadelha Júnior ; DE VASCONCELOS, A. T. R. . HPSW-Prof: A Provenance-Based Framework for Profiling High Performance Scientific Workflows. In: 31st Brazilian Symposium on Databases (SBBD), 2016, Salvador. Proceedings of Satellite Events of the 31st Brazilian Symposium on Databases (SBBD 2016), 2016. p. 117-122.

3.
VILLASBOAS, F. G. ; OSTHOFF, C. ; OSWALDO TRELLES SALAZAR ; GAUTHEROT, K. A. C. O. ; DE VASCONCELOS, A.T.R. . Otimização de um algoritmo paralelo para contabilização da repetição de k-mers. In: 2ª Escola Regional de Alto Desempenho do Rio de Janeiro, 2016, Rio de Janeiro. 2ª Escola Regional de Alto Desempenho do Rio de Janeiro, 2016.

4.
VILLASBOAS, F. G. ; OSTHOFF, C. ; OSWALDO TRELLES SALAZAR ; DE VASCONCELOS, A.T.R. . Desenvolvimento de um algoritmo paralelo paracontabilização da repetição de k-mers.. In: 3ª Conferência Ibero Americana Computação Aplicada, 2015, Florianópolis. 3ª Conferência Ibero Americana Computação Aplicada, 2015.

5.
SOUTO, R. P. ; OSTHOFF, C. ; RIBEIRO VASCONCELOS, A. T. ; AUGUSTO, D. ; Dias, P.L.S. ; RODRIGUEZ, A. ; OSWALDO TRELLES SALAZAR . Applying GPU Dynamic Parallelism to High-Performance Normalization of Gene Expressions. In: 4th Workshop on Applications for Multi-Core Architectures- WAMCA/SBAC-PAD, 2013, Ipojuca. 15th International Simposium on Computer Architecture and High Performance Computing/ 4th Workshop on Applications for Multi-Core Architectures/ WAMCA, 2013, 2013.

6.
ALMEIDA, Luiz Gonzaga Paula ; MAIA, M. A. G. M. ; VASCONCELOS, A. T. R. . A Simple and Fast Term Selection Procedure for Text Clustering. In: International Conference on Intelligent Systems Design and Applications (ISDA), 2007, Rio de Janeiro. Proceedings of ISDA'07, 2007.

7.
VASCONCELOS, A. T. R.; ALMEIDA, Darcy Fontoura de ; COIMBRA, C. A. ; MARTINS, L. C. . Operator sites of stress-inducible SOS systems in prokaryotes are defined by analogous structural arrangements of nucleotides. In: Academia Brasileira de Ciências, 1994, Rio de Janeiro. AN. Acad. Brasil Ci., 1993. v. 66. p. 128.

Resumos expandidos publicados em anais de congressos
1.
BINDE, D. R. ; HUNGRIA, Mariangela ; CHUEIRE, Ligia Maria de Oliveira ; LUCAS, I. H. ; NICOLÁS, Marisa Fabiana ; VASCONCELOS, A. T. R. ; ALMEIDA, Luiz Gonzaga Paula ; MARTINEZ-ROMERO, E. ; SILVA, M. F. . Análise Estrutural do plasmídeo simbiótico de Rhizobium tropici CFN299. In: II Jornada Acadêmica da Embrapa Soja, 2006, Londrina/PR. Documentos 276 - II Jornada Acadêmica da Embrapa Soja - Resumos Expandidos. Londrina/PR: Embrapa Soja, 2006. p. 102-105.

2.
VASCONCELOS, A. T. R.; AZEVEDO, C. V. G. B. DE ; PLASTINO, A. . PROCSIMO: uma ferramenta de procura de similaridade entre operons. In: Workshop Brasileiro de Bioinformatica, 2003, Brasilia. Revista tecnologia da informacao. Brasilia: Universa, 2003. v. 3. p. 81-83.

Resumos publicados em anais de congressos
1.
MONDELLI, M. L. B. ; VILLASBOAS, F. G. ; GAUTHEROT, K. A. C. O. ; MATTOSO, M. L. Q. ; WILDE, M. ; DE VASCONCELOS, A. T. R. ; Luiz Manoel Rocha Gadelha Júnior . Provenance-based Profiling of Swift Parallel and Distributed Scientific Workflows. In: X-Meeting 2015 - 11th International Conference of th AB3C + Brazilian Symposium of Bioinformatics, 2015, São Paulo. X-Meeting 2015 - 11th International Conference of th AB3C + Brazilian Symposium of Bioinformatics, 2015.

2.
MONDELLI, M. L. B. ; TORRENO, O. ; GAUTHEROT, K. A. C. O. ; WILDE, M. ; OSWALDO TRELLES SALAZAR ; DE VASCONCELOS, A.T.R. ; Luiz Manoel Rocha Gadelha Júnior . SwiftGECKO: a provenance-enabled parallel comparative genomics workflow. In: X-Meeting 2015 - 11th International Conference of th AB3C + Brazilian Symposium of Bioinformatics, 2015, 2015, São Paulo. X-Meeting 2015 - 11th International Conference of th AB3C + Brazilian Symposium of Bioinformatics, 2015, 2015.

3.
VILLASBOAS, F. G. ; OSTHOFF, C. ; GAUTHEROT, K. A. C. O. ; OSWALDO TRELLES SALAZAR ; DE VASCONCELOS, A.T.R. . A GPU-based algorithm to calculate k-mers frequencies. In: X-Meeting 2015 - 11th International Conference of th AB3C + Brazilian Symposium of Bioinformatics, 2015, São Paulo. X-Meeting 2015 - 11th International Conference of th AB3C + Brazilian Symposium of Bioinformatics, 2015.

4.
Hallan S. Silva ; SAVINO, W. ; VASCONCELOS, A. T. R. . A mathematical model for thymocyte migration and development. In: X-meeting 2007 AB3C 3rd International Conference, 2007, São Paulo/SP. X-meeting 2007 São Paulo/SP, 2007.

5.
FERNANDEZ, J. H. ; CORONADO, M. A. ; SILVEIRA, A. R. ; SAVINO, W. ; VASCONCELOS, A. T. R. . Modeling the dynamics of Integrin inhibition. In: X-meeting 2007 AB3C 3rd International Conference, 2007, São Paulo/SP. X-meeting 2007 São Paulo/SP, 2007.

6.
CORONADO, M. A. ; SAVINO, W. ; VASCONCELOS, A. T. R. ; FERNANDEZ, J. H. . The disintegrin-like domain mediates adhesion of ADAM2 and ADAM9 with the integrin-type laminin receptor alpha6beta1: a molecular modeling approach. In: X-meeting 2007 AB3C 3rd International Conference, 2007, São Paulo/SP. X-meeting 2007 São Paulo/SP, 2007.

7.
SILVA, M. C. C. ; OLIVEIRA, A. R. ; ALMEIDA, Luiz Gonzaga Paula ; MUNDSTEIN, A. S. ; SIMPSON, Andrew John George ; Lloyd J. Old ; CAMARGO, Anamaria ; VASCONCELOS, A. T. R. . Development of a Cancer Testis (CT) Antigeb Database. In: X-meeting 2007 AB3C 3rd International Conference, 2007, São Paulo/SP. X-meeting 2007 São Paulo/SP, 2007.

8.
Carvalho, F. M. ; VASCONCELOS, A. T. R. ; HUNGRIA, Mariangela . Comparative genomic and phylogenetic studies of symbiotic and symbiotic-related pathogenic bacteria. In: X-meeting 2007 AB3C 3rd International Conference, 2007, São Paulo/SP. X-meeting 2007 São Paulo/SP, 2007.

9.
MENEZES, G. M. C. ; BAREINBOIM, Elias ; SILVA, Jõao Carlos Pereira da ; VASCONCELOS, A. T. R. . Characterizing Regulatory Regions in E.coli using Augmented Regular Expression. In: X-meeting 2007 AB3C 3rd International Conference, 2007, São Paulo/SP. X-meeting 2007 São Paulo/SP, 2007.

10.
FONSECA, M. M. ; VASCONCELOS, A. T. R. ; ZAHA, Arnaldo . Using threading for gene function prediction in Mycoplasma hyopneumoniae 7448 genome. In: X-meeting 2007 AB3C 3rd International Conference, 2007, São Paulo/SP. X-meeting 2007 São Paulo/SP, 2007.

11.
WANDERLEY, M. F. B. ; SILVA, Jõao Carlos Pereira da ; BORGES, Carlos Cristiano ; VASCONCELOS, A. T. R. . Application of Genetic Algorithm to Gene Expression Regulation. In: X-meeting 2007 AB3C 3rd International Conference, 2007, São Paulo/SP. X-meeting 2007 São Paulo/SP, 2007.

12.
NETTO, D. S. ; SOUZA, Rangel Celso ; VASCONCELOS, A. T. R. ; NICOLÁS, Marisa Fabiana . Building a database for analysis of Type IV Secretion System (T4SS). In: X-meeting 2007 AB3C 3rd International Conference, 2007, São Paulo/SP. X-meeting 2007 São Paulo/SP, 2007.

13.
CUNHA, O. L. ; SILVA, Jõao Carlos Pereira da ; VASCONCELOS, A. T. R. . SAMPA: System for comparative Analisys of Metabolic Pathways. In: X-meeting 2007 AB3C 3rd International Conference, 2007, São Paulo/SP. X-meeting 2007 São Paulo/SP, 2007.

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VILELA, M. A. M. ; BORGES, Carlos Cristiano ; VASCONCELOS, A. T. R. ; Santos Helena ; Eberhard O. Voit ; ALMEIDA, J. S. . Automated Smoother for Decoupling of the S-system Models. In: Meeting of Computational Cell Biology, 2007, Cold Spring Harbor/NY/USA. Meeting of Computational Cell Biology, 2007.

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RACCO, A. ; VASCONCELOS, A. T. R. ; SAVINO, W. . Modelagem matemática da diferenciação de timócitos. In: FOZ 2006 - Congresso de Matemática e suas Aplicações, 2006, Foz do Iguaçu. FOZ 2006 - Congresso de Matemática e suas Aplicações, 2006.

16.
ALMEIDA, F. N. ; PASCHOAL, A. R. ; VASCONCELOS, A. T. R. ; MONTEIRO-VITORELLO, C. B. . PROBACTER: proteomes of plants-associated bactéria. In: ISMB 2006 - Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology, 2006, Fortaleza. ISMB 2006 - Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology, 2006.

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CORONADO, M. A. ; SILVEIRA, A. R. ; SAVINO, W. ; VASCONCELOS, A. T. R. ; FERNANDEZ, J. H. . Structural model of ADAMs disintegrin-like domain and dynamics of interaction with alpha6beta1. In: In-Silico Analysis of Proteins Celebrating the 20th anniversary of Swiss-Prot, 2006, Fortaleza. In-Silico Analysis of Proteins Celebrating the 20th anniversary of Swiss-Prot, 2006.

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FERNANDEZ, J. H. ; Serrano, S. M. T. ; SAVINO, W. ; VASCONCELOS, A. T. R. . Bothrostatin, a new RGD-type disintegrin from Bothrops jararaca venom: binding specificity in bothrostatin alphaIIb-beta3/alphaV-beta3 integrin complexes. In: 3Dsig: Structural Bioinformatics and Computational Biophysics Satellite Meeting, 2006, Fortaleza. 3Dsig: Structural Bioinformatics and Computational Biophysics Satellite Meeting, 2006.

19.
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20.
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21.
SILVEIRA, A. R. ; FERNANDEZ, J. H. ; CAFFARENA, E. R. ; SAVINO, W. ; VASCONCELOS, A. T. R. . Structural model for alpha6beta1 integrin and dynamics of interaction with small ECD based ligands. In: In-Silico Analysis of Proteins Celebrating the 20th anniversary of Swiss-Prot, 2006, Fortaleza. In-Silico Analysis of Proteins Celebrating the 20th anniversary of Swiss-Prot, 2006.

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VILELA, M. A. M. ; BORGES, Carlos Cristiano ; VASCONCELOS, A. T. R. ; Santos Helena ; Eberhard O. Voit ; ALMEIDA, J. S. . Automated Smoother for Biological Time Series. In: Cancer Systems Biology Symposium, 2006, Houston/TX/USA. Cancer Systems Biology Symposium, 2006.

25.
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VASCONCELOS, A. T. R.. Comparative Analysis of two genomes using a sequence and structured-based methods. In: Microbial genomes, 2005, Halifax. International Conference on Microbial Genomes, 2005.

27.
VASCONCELOS, A. T. R.. Como e porque processar um genoma. In: Fórum de Tecnologias e Aplicações de Sistemas de Alto Desempenho (FSAD), 2005, Rio de Janeiro. FSAD 2005, 2005.

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BORGES, Carlos Cristiano ; FONSECA NETO, Raul ; VASCONCELOS, A. T. R. . A feature selection approach applied to biological classification problems. In: First International conference of the AB3C, 2005, Aguas de Lindoia. x-meeting 2005, 2005.

29.
ALMEIDA, Luiz Gonzaga Paula ; SOUZA, Rangel Celso ; PAIXÃO, Roger Ferreira Cury ; VASCONCELOS, A. T. R. . A system for integrating bioinformatics tools, text mining and databases for cancer research. In: First International conference of the AB3C, 2005, Aguas de Lindoia. X-meeting 2005.

30.
PASCHOAL, A. R. ; CUNHA, O. L. ; ZERILLO, M. M. ; VASCONCELOS, A. T. R. ; VITORELLO, Claudia Barros Monteiro . Building a system to guide the genome sequencing of Leifsonia xyli subsp. cynodontis. In: First International conference of the AB3C, 2005, Aguas de Lindoia. X-meeting 2005, 2005.

31.
ALMEIDA, F. N. ; SOUZA, Rangel Celso ; VASCONCELOS, A. T. R. ; VITORELLO, Claudia Barros Monteiro . Building PROBACTER: a database of plant-associated bacteria complete proteomes. In: First International Conference of the AB3C, 2005, Aguas de Lindoia. X-meeting 2005, 2005.

32.
VILELA, M. A. ; BORGES, Carlos Cristiano ; ALMEIDA, J. S. ; VASCONCELOS, A. T. R. . Classification and Characterization of Biological Tissur Sections by Imaging Mass Spectrometry (IMS). In: First International Conference of the AB3C, 2005, Aguas de Lindoia. X-meeting 2005, 2005.

33.
MOREIRA, C. G. ; NICOLÁS, Marisa Fabiana ; VASCONCELOS, A. T. R. ; VITORELLO, Claudia Barros Monteiro ; GROUP, H. . HAMAP Brasil: the annotation of proteins from pathogenic bacteria. In: First International Conference of the AB3C, 2005, Aguas de Lindoia. X-meeting 2005, 2005.

34.
MORAES, David Anderson de Lima ; FONSECA NETO, Raul ; SOUZA, Rangel Celso ; LEITE, Saul de Castro ; VASCONCELOS, A. T. R. . Inference of Carcinogenicity of human papilomaviruses based on HMM and SVM. In: First International Conference of the AB3C, 2005, Aguas de Lindoia. X-meeting 2005, 2005.

35.
PAIXÃO, Roger Ferreira Cury ; CUNHA, O. L. ; SILVA, R. C. ; ALMEIDA, Luiz Gonzaga Paula ; SOUZA, Rangel Celso ; VITORELLO, Claudia Barros Monteiro ; VASCONCELOS, A. T. R. . SABIÁ EST - A new tool for assembly and annotation of eukaryotic ESTs. In: First International Conference of the AB3C, 2005, Aguas de Lindoia. X-meeting 2005, 2005.

36.
ZERILLO, M. M. ; ALMEIDA, Luiz Gonzaga Paula ; SOUZA, Rangel Celso ; CAMARGO, L. E. A. ; VASCONCELOS, A. T. R. ; SLUYS, Marie Anne Van ; VITORELLO, Claudia Barros Monteiro . Understanding genome architecture and gene content of Leifsonia xyli subsp cynodontis. In: First International Conference of the AB3C, 2005, Aguas de Lindoia. X-meeting 2005, 2005.

37.
FREIRE, P. R. ; MORAES, David Anderson de Lima ; GONZALEZ, A. ; SLUYS, Marie Anne Van ; VASCONCELOS, A. T. R. . Prediction of transcription factor binding site in Xylella and Xanthomonas using a phylogenetic footprint approach. In: First International Conference of the AB3C, 2005, Aguas de Lindoia. X-meeting 2005, 2005.

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39.
VASCONCELOS, A. T. R.; ALMEIDA, Luiz Gonzaga Paula ; SOUZA, Rangel Celso ; PAIXÃO, Roger Ferreira Cury ; COSTA, Gisele Cavalcante da . Sabiá - System for Automated Bacterial Integrated Annotation. In: ISMB 2003- Inteligent Systems for Molecular Biology, 2003, Melbourne. Inteligent Systems for Molecular Biology, 2003.

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VASCONCELOS, A. T. R.; ALMEIDA, Darcy Fontoura de ; MAIA, M. A. G. M. . Short-sequence interrupted palindrome occurrence in the extragenic dna of escherichia coli k-12. In: 45º Congresso Nacional de Genética, 1999, 1999.

46.
VASCONCELOS, A. T. R.; LOMBA, M. ; PACHECO, A. B. ; MOHANA-BORGES, R. ; ALMEIDA, Darcy Fontoura de . Identificação de novos operadores do regulon SOS de Escherichia coli K-12. In: 45º Congresso Nacional de Genética, 1999, 1999.

47.
VASCONCELOS, A. T. R.; ALMEIDA, Darcy Fontoura de ; MALEBRANCHE, H. . A new algorithm for the identification of similarities among nucleotide sequences and the characterization of operator families. In: XXI Reunião de Genética de Microrganismo, 1997, 1997.

48.
VASCONCELOS, A. T. R.; ALMEIDA, Darcy Fontoura de ; MALEBRANCHE, H. ; LOMBA, M. ; PACHECO, A. B. . Um novo gene do regulon SOS de Escherichia coli. In: 43º Congresso Nacional de Genética, 1997, 1997.

49.
VASCONCELOS, A. T. R.; ALMEIDA, Darcy Fontoura de ; MALEBRANCHE, H. . Algoritmo para a identificação de semelhanças entre sequências de nucleotídeos e caracterização de famílias de operadores no DNA das bactérias. In: XX Congresso Nacional de Matemática Aplicada e Computacional, 1997, 1997.

50.
VASCONCELOS, A. T. R.; ALMEIDA, Darcy Fontoura de ; MAIA, M. A. G. M. . Comprovação da Não aleatoriedade da ocorrência de palíndromos no ADN extragênico de bactérias. In: XVIII Congresso Nacional de Matemática Aplicada e Computacional, 1995, 1995.

51.
VASCONCELOS, A. T. R.; ALMEIDA, Darcy Fontoura de ; MACHADO, R. . Identificação de dois novos genes induzíveis por lesão de DNA em Escherichia coli. In: XVIII Congresso Brasileiro de Microbiologia, 1995, Rio de Janeiro, 1995.

52.
VASCONCELOS, A. T. R.; ALMEIDA, Darcy Fontoura de ; MACHADO, R. . The Identification of New Genes By Computer-Assisted Search of Specific Regulatory. In: 95th General Meeting of the American Society of Microbiology, 1995, 1995.

53.
VASCONCELOS, A. T. R.. Identificação de dois novos genes induzíveis por lesão de DNA em Escherichia coli. In: XVIII Congresso Brasileiro de Microbiologia, 1995, 1995.

54.
VASCONCELOS, A. T. R.; ALMEIDA, Darcy Fontoura de ; COIMBRA, C. A. . Procaryote DNA damage-inducible SOS system genes detected by nucleotide sequence analyses. In: Academia Brasileira de Ciências, 1994, Rio de Janeiro. An. Academia Brasill Ci. v. 66. p. 127.

55.
VASCONCELOS, A. T. R.; ALMEIDA, Darcy Fontoura de . Identificação de possíveis novos genes do sistema SOS. In: 40º Congresso Nacional de Genética, 1994, 1994.

56.
VASCONCELOS, A. T. R.; ALMEIDA, Darcy Fontoura de . Análise de um banco de dados genético. Aplicação ao estudo do sistema SOS de procariotos. In: XVII Congresso Nacional de Matemática Aplicada e Computacional, 1994, 1984.

57.
VASCONCELOS, A. T. R.. Análise de um banco de dados genético. Aplicação ao estudo do sistema SOS de procariotos. In: XVII Congresso Nacional de Matemática Aplicada e Computacional, 1994, 1994.

58.
VASCONCELOS, A. T. R.; ALMEIDA, Darcy Fontoura de ; COIMBRA, C. A. ; MARTINS, L. C. . Probing the extragenic DNA language. In: X Congresso Latino Americano de Genética, 1992, 1992.

59.
VASCONCELOS, A. T. R.. Resultados preliminares sobre a modelagem da ressurgência em Cabo Frio. In: X Congresso Nacional de Matemática Aplicada e Computacional, 1987, 1987.

60.
VASCONCELOS, A. T. R.; COIMBRA, C. A. . Modelo de decomposição Anaeróbico. In: IX Congresso Nacional de Matemática Aplicada e Computacional, 1986, 1986.

61.
VASCONCELOS, A. T. R.; COIMBRA, C. A. . Formulação de modelos de decomposição Aeróbica e anaeróbica na água. In: VIII Congresso de Matemática Aplicada e Computacional, 1985, 1985.

Apresentações de Trabalho
1.
GAUTHEROT, K. A. C. O. ; DE VASCONCELOS, A. T. R. ; TEIXEIRA, S. M. R. ; OLIVEIRA, P. S. ; Luiz Manoel Rocha Gadelha Júnior ; BASTOS, B. F. . Bioinfo-Portal: A Scientific Gateway for Integrating Bioinformatics Tools in the Brazilian National High-Performance Computing Network.. 2016. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

2.
MONDELLI, M. L. B. ; TONELLI, M. ; GAUTHEROT, K. A. C. O. ; DE VASCONCELOS, A. T. R. ; Luiz Manoel Rocha Gadelha Júnior . Demonstração: PSW-Prof: A Provenance-Based Framework for Profiling High Performance Scientific Workflows. 2016. (Apresentação de Trabalho/Comunicação).

3.
de Vasconcelos A T. Genome Analyses LNCC. 2013. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

4.
Vasconcelos, Ana Tereza R.. Sequenciamento e análise de genomas bacterianos de interesse biotecnológico para a saúde pública. 2012. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

5.
Souza, Rangel C. ; CANTAO, M. E. ; de Vasconcelos, A. T. R. ; Nicolás, Marisa F. ; HUNGRIA, Mariangela . Biodiversidade de procariotos em solo sob plantio direto e plantio convencional em rotação ou sucessão de culturas. 2011. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

6.
SILVA, R. N. B. ; de Vasconcelos, A. T. R. ; THOMPSON, C. E. . Phylogenetic analysus of Kleibsiella pneumoniae capsule proteins. 2011. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

7.
Junges, A. ; BOLDO, J. T. ; LEAL, A. L. ; SOUZA, B. K. ; SILVEIRA, C. P. ; STAATS, C. C. ; OLIVEIRA, E. ; BERINGER, J. S. ; BROETTO, L. ; SANTI, L. ; SILVA, L. K. R. ; AZEVEDO, L. G. ; ALMEIDA, L. G. P. ; LANDELL, M. ; FALCAO, V. C. A. ; SILVA, W. O. B. ; VASCONCELOS, A. T. R. ; VAINSTEIN, M. H. ; SCHRANK, A. . Biomineração de quitinases da família 18 das glicosil-hidrolases no genoma de Metarhizium anisopliae. 2009. (Apresentação de Trabalho/Outra).

8.
VASCONCELOS, A. T. R.. Sabia: Uma ferramenta para montagem e anotação de genoma de procariotos. 2006. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

9.
RACCO, A. ; VASCONCELOS, A. T. R. . Modelagem matemática da diferenciação de timócitos. 2006. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

10.
VASCONCELOS, A. T. R.. Os Genomas da Rede Genoma Brasileiro: Chromobacterium violaceum e Mycoplasma synoviae. 2004. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

11.
VASCONCELOS, A. T. R.. Programa SABIÁ: Um Instrumento da Bioinformática para a Identificação de Biocatalizadores. 2004. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

12.
VASCONCELOS, A. T. R.. Bioinformática en Brasil. 2004. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

13.
VASCONCELOS, A. T. R.. Bioinformática Aplicada. 2004. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

14.
FERREIRA, Luciana Itida ; VASCONCELOS, A. T. R. ; OLIVEIRA, Marcio Ferreira da Silva ; SILVA, Jõao Carlos Pereira da . Using Machine Learning Algorithms For E. coli SOS Boxes Detection. 2003. (Apresentação de Trabalho/Comunicação).

15.
OLIVEIRA, Marcio Ferreira da Silva ; MENDES, Daniele Quintella ; VASCONCELOS, A. T. R. . Ribosome Binding Site Recognition Using Neural Networks. 2003. (Apresentação de Trabalho/Comunicação).

16.
VASCONCELOS, A. T. R.. Sabiá - System for Automated Bacterial Integrated Annotation. 2003. (Apresentação de Trabalho/Outra).

17.
VASCONCELOS, A. T. R.. As Atividades de Pesquisa do Laboratório de Bioinformática - LABINFO. 2003. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

18.
VASCONCELOS, A. T. R.. Genomic Research Activities at the Brazilian National Laboratory of Scientific Computation. 2003. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

19.
VASCONCELOS, A. T. R.. Introdução a Biologia Computacional. 2003. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

20.
VASCONCELOS, A. T. R.. Projeto Genoma Brasileiro e Bioinformática. 2003. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

21.
VASCONCELOS, A. T. R.. New insights in the Pyrococcus horikoshii OT3 genome after re-annotation. 2002. (Apresentação de Trabalho/Comunicação).

22.
VASCONCELOS, A. T. R.. As Atividades de Pesquisa e os Projetos LABINFO. 2002. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

23.
VASCONCELOS, A. T. R.. As Linhas de Pesquisa do LABINFO. 2002. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

24.
VASCONCELOS, A. T. R.. Projetos Genomas. 2002. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

25.
VASCONCELOS, A. T. R.. Bioinformática: Apresentação de um Tutorial. 2001. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

26.
VASCONCELOS, A. T. R.. Metodologias computacionais para montagem e análise de projetos Genomas. 2001. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

27.
VASCONCELOS, A. T. R.. O Estado da Arte dos Projetos Genomas. 2001. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

28.
VASCONCELOS, A. T. R.. Projerto Genoma. 2001. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

29.
VASCONCELOS, A. T. R.. Projeto Genoma no LNCC. 2001. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

30.
VASCONCELOS, A. T. R.. Novos Genes do sistema SOS de reparo de lesão no ADN bacteriano detectados pela análise de seqüências de nucleotídeos. 1993. (Apresentação de Trabalho/Outra).

31.
VASCONCELOS, A. T. R.. Estruturas análogas de seqüências de nucleotídeos caracterizam sítios operadores de sistemas induzíveis por estresse em procarioto. 1993. (Apresentação de Trabalho/Outra).

32.
VASCONCELOS, A. T. R.. Modelos para Biodigestores. 1986. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

33.
VASCONCELOS, A. T. R.; FARIAS, M. V. C. . Efeitos da cortisona em alguns parâmetros associados à adaptabilidade de Peixes à variação salinidade da água. 1984. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

34.
VASCONCELOS, A. T. R.; FARIAS, M. V. C. . Absorção Intestinal de Água e atividade da Na+, K+ ATPase e da fosfatase Alcalina em Intestino isolado de Tilapia rendalli e Hypostomus punctatus. 1983. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).


Produção técnica
Programas de computador sem registro
1.
VASCONCELOS, A. T. R.; MENDES, Daniele Quintella . Tutorial para bioinformática. 2001.

2.
VASCONCELOS, A. T. R.; SOUZA, Rangel Celso ; PAIXÃO, Roger Ferreira Cury ; ALMEIDA, Luiz Gonzaga Paula ; COSTA, Gisele Cavalcante da . SABIA - System for Automated Bacterial Integrated Annotation. 2001.

3.
VASCONCELOS, A. T. R.. Pacote para análise de sequencias extragênicas. 1993.

Produtos tecnológicos
1.
VASCONCELOS, A. T. R.; BRASILEIRO, Rede Genoma . Polinucleotídeos codificadores de atividades do cromossomo da bactéria Mycoplasma synoviae. 2003.

2.
VASCONCELOS, A. T. R.; SUL, Rede Genona Do . Polinucleotídeos codificadores de atividades do cromossomo da bactéria Mycoplasma hyopneumoniae. 2003.

3.
VASCONCELOS, A. T. R.; BRASILEIRO, Rede Genoma . Polinucleotídeos codificadores de atividades do cromossomo da bactéria Chromobacterium violaceum. 2002.

Trabalhos técnicos
1.
VASCONCELOS, A. T. R.. Gerenciador de um banco de dados genético. 1991.


Demais tipos de produção técnica
1.
DE VASCONCELOS, ANA T. R.; RUSSO, A. T. C. ; José Leal . Programa de Pós-Graduação Ciência para o Desenvolvimento-PGCD, título '!Bioinformática'. 2014. (Curso de curta duração ministrado/Outra).

2.
DE VASCONCELOS, ANA T. R.; BORK, P. ; JENSEN, L. J. ; SUNYAEV, S. ; CICCARELLI, F. ; MERING, C. V. . Genome annotations Computational biology: Genomes to system. 2014. (Curso de curta duração ministrado/Outra).

3.
de Vasconcelos, A. T. R.. Genomics. 2012. (Curso de curta duração ministrado/Outra).

4.
Bunselmeyer-Ferreira, H. ; VASCONCELOS, A. T. R. ; Juan José Cazzulo ; Kieger, M. A. . Genômica funcional de microrganismos patogênicos. 2009. (Curso de curta duração ministrado/Outra).

5.
VASCONCELOS, A. T. R.. Genômica e Bioinformática. 2008. (Curso de curta duração ministrado/Outra).

6.
VASCONCELOS, A. T. R.. Bioinformática I - Banco de dados do ponto de vista biológico (curso de Mestrado em Modelagem Computacional). 2007. (Curso de curta duração ministrado/Outra).

7.
VASCONCELOS, A. T. R.. Tópicos Especiais em Genética II -Genômica Comparativa (curso de Mestrado em Modelagem Computacional). 2007. (Curso de curta duração ministrado/Outra).

8.
VASCONCELOS, A. T. R.. Análise e Comparação de Genomas - Procariotos (curso de Mestrado em Modelagem Computacional). 2006. (Curso de curta duração ministrado/Outra).

9.
VASCONCELOS, A. T. R.. Bioinformática I - Banco de Dados do Ponto de Vista Biológico (curso de Mestrado em Modelagem Computacional). 2006. (Curso de curta duração ministrado/Outra).

10.
VASCONCELOS, A. T. R.. Análise e Comparação de Genomas - Procariotos. 2005. (Curso de curta duração ministrado/Outra).

11.
VASCONCELOS, A. T. R.. Bioinformática I - Banco de dados do ponto de vista biológico (curso de Mestrado em Modelagem Computacional). 2005. (Curso de curta duração ministrado/Outra).

12.
VASCONCELOS, A. T. R.. Projeto Genoma Brasileiro - Curso: Introdução à Biologia Computacional". 2003. (Curso de curta duração ministrado/Outra).

13.
VASCONCELOS, A. T. R.. Análise de Banco de Dados e Análise de Genomas. 2002. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

14.
VASCONCELOS, A. T. R.. Análise Computacional em Bancos de Dados Genéticos. 2001. (Curso de curta duração ministrado/Outra).

15.
VASCONCELOS, A. T. R.; ALMEIDA, Luiz Gonzaga Paula ; MARTINS, S. ; MENDES, Daniele Quintella . Montagem e Visualização de Genomas. 2001. (Curso de curta duração ministrado/Outra).

16.
VASCONCELOS, A. T. R.. Anotacao de Genomas. 2001. (Curso de curta duração ministrado/Outra).



Bancas



Participação em bancas de trabalhos de conclusão
Mestrado
1.
VASCONCELOS, A. T. R.. Participação em banca de Caio Padoan de Sá Godinho. Predição in silico de RNAs não codificantes na bactéria Mycolplasma hyopneumoniae. 2014. Dissertação (Mestrado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica.

2.
VASCONCELOS, A. T. R.. Participação em banca de Mariana Esteves Campeão. Diversidade Genômica e Diagnóstico Fenótipo de Vibrios. 2014. Dissertação (Mestrado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica.

3.
VASCONCELOS, A. T. R.; SILVA, R.; BISCH, P. M.. Participação em banca de MARCELA ULIANO DA SILVA. SEQUENCIAMENTO, MONTAGEM E ANOTAÇÃO DO TRANSCRIPTOMA DO MEXILHÃO INVASOR, Limnoperna Fortunei. 2013. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas (Biofísica)) - Universidade Federal do Rio de Janeiro.

4.
Ana Carolina P Vicente; Oliveira, G. C.; VASCONCELOS, A. T. R.. Participação em banca de Natasha Andressa Nogueira Jorge. SncSeq: um pipeline para análise de dados de sequenciamento de segunda geração de pequenos RNAs não-codificantes. 2013.

5.
Ana Carolina P Vicente; Oliveira, G. C.; VASCONCELOS, A. T. R.; MIRANDA, A. B.; DAVILA, A. M. R.. Participação em banca de Natasha Andressa Nogueira Jorge. SncSeq: um pipeline para análise de dados de sequenciamento de segunda geração de pequenos RNAs não - codificantes. 2013. Dissertação (Mestrado em Biologia Computacional e Sistemas) - Fundação Oswaldo Cruz.

6.
Fabiano L. Thompson; VASCONCELOS, A. T. R.; KRUGER, R. H.. Participação em banca de Náyra Menezes Vieira. Desenvolvimento fr Software para análises Computacionais de genomas e Mategenomas Marinhos.. 2013. Dissertação (Mestrado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica.

7.
NICOLÁS, Marisa Fabiana; VASCONCELOS, A. T. R.; GOES NETO, A.; COIMBRA, R. S.. Participação em banca de Pablo Ivan Pereira Ramos. Análise Genômica Comparativa e Reconstrução Metabólica de Klebsiella pneumoniae Kp13. 2012. Dissertação (Mestrado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica.

8.
VASCONCELOS, A. T. R.; MORAES, M. O.; Oliveira, J. C.. Participação em banca de Cíntia Cristina Palu. CNViewer: Aplicativo Baseado em Navegador Web para Análise de Variações de Número de Cópias (CNV) do Genoma Humano. 2010. Dissertação (Mestrado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica.

9.
Oliveira, J. C.; GIRALDI, G. A.; VASCONCELOS, A. T. R.; SANTOS, S. R.. Participação em banca de Pauo Roberto Trenhago. Ambiente de Realidade Virtual Automático para Visualização de Dados Biológicos. 2009. Dissertação (Mestrado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica.

10.
SILVA, Jõao Carlos Pereira da; BORGES, Carlos Cristiano; VASCONCELOS, A. T. R.; CAMPOS, M. L. M.; CRUZ, A. J. O.; LIMA, P. M. V.; LIMA, J. C. M.. Participação em banca de Maria Fernanda Barbosa Wanderley. Uma Abordagem Baseada em Computação Evolucionista para o Problema da Regulação Gênica. 2009. Dissertação (Mestrado em Programa de Pós-Graduação em Informática) - Universidade Federal do Rio de Janeiro.

11.
VASCONCELOS, A. T. R.; CAMARGO, Anamaria; Oliveira, J. C.; RUSSO, C. A. M.; Gomes, A. T. A.. Participação em banca de Pablo Riera Freire. Variação do número de cópias gênicas em glioblastoma multiforma. 2008. Dissertação (Mestrado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica.

12.
VASCONCELOS, A. T. R.; ALMEIDA, J. S.; FRAGOSO, M. D.; CAMPOS, M. L. R.. Participação em banca de Marco Antonio Mattos Vilela. Processamento de Perfis Metabólicos. 2007. Dissertação (Mestrado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica.

13.
VASCONCELOS, A. T. R.; FERNANDEZ, J. H.; FIDALGO, T. C. B.; CAFFARENA, E. R.. Participação em banca de Aline Rossi da Silveira. Análise por modelagem e dinâmica molecular da interação entre a Integrina a6b1 e a Laminina 111. 2007. Dissertação (Mestrado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica.

14.
VITORELLO, Claudia Barros Monteiro; VASCONCELOS, A. T. R.; FERREIRA, M. A.; CAMARGO, L. E. A.. Participação em banca de Alexandre Rossi Paschoal. GINGA ? Graphical Interface for Comparative Genome Analysis: o desenvolvimento de um sistema computacional de visualização gráfica para a análise comparativa de genomas de bactérias. 2007. Dissertação (Mestrado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica.

15.
VITORELLO, Claudia Barros Monteiro; VASCONCELOS, A. T. R.; Fabiano L. Thompson; SLUYS, Marie Anne Van. Participação em banca de Fernanda Nascimento Almeida. Implementação de um banco de dados de proteomas de bactérias associadas a plantas: PROBACTER. 2007. Dissertação (Mestrado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica.

16.
VASCONCELOS, A. T. R.; CRAIZER, M.; VELHO, L. C. P. R.; PESCO, S.. Participação em banca de Cynthia de Oliveira Lage Ferreira. Evolução de União de bolas a partir do Eixo Medial. 2005. Dissertação (Mestrado em Matemática) - Pontifícia Universidade Católica do Rio de Janeiro.

17.
VASCONCELOS, A. T. R.. Participação em banca de Caetano Jimenez Carezzato. Análise de Classificadores de Seqüencias Projetados por Aprendizado Computacional Supervisionado e não Supervisionado. 2004 - Instituto de Matemática e Estatistica Usp.

Teses de doutorado
1.
DE VASCONCELOS, A. T. R.. Participação em banca de Marina Farrel Côrtes. Genômica comparativa da linhagem de Staphylococcus aureus resistente à meticilina ST1-SCCmecIV: importante patógeno emergente associado a infecções na corrente sanguínea em hospitais em diversas regiões.. 2018. Tese (Doutorado em Ciências (Microbiologia)) - Universidade Federal do Rio de Janeiro.

2.
AGNEZ-LIMA, L. F.; UCHOA, A. F.; LAJUS, T. B. P.; DE VASCONCELOS, A. T. R.; VINGA, S.. Participação em banca de Jorge dos Santos Oliveira. Prospecção de genes aplicados à biodegradação de hidrocarbonetos e produção de surfactantes utilizando abordagens computacionais. 2018. Tese (Doutorado em Programa de Pós-Graduação em Biotecnologia) - Universidade Federal do Rio Grande do Norte.

3.
VASCONCELOS, ANA T. R.. Participação em banca de Amanda Pasinato Napp. Associações Microbianas com Aplicações Biotecnológicas para Degradação de Hidrocarbonetos de Petróleo. 2018. Tese (Doutorado em Programa de Pós-Graduação em Biologia Celular e Molecular) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul.

4.
DE VASCONCELOS, A. T. R.. Participação em banca de Átila Duque Rossi. "Investigação de fatores genéticos maternos associados ao desenvolvimento da síndrome congênita do Zika". 2018. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Genética)) - Universidade Federal do Rio de Janeiro.

5.
Rumjanek, F. D.; PROSDOCIMI, F.; de Oliveira, P. L.; DE VASCONCELOS, A. T. R.; Todeschini, A. R. Participação em banca de Juan Alberto Pérez Valencia. Mecanismos moleculares da metástase no câncer oral de língua: contribuições das características do câncer ao processo invasivo. 2017. Tese (Doutorado em Pós-Graduação em Química Biológica) - Universidade Federal do Rio de Janeiro.

6.
VASCONCELOS, A. T. R.; DA SILVA, A.L.C.; SCHNEIDER, M. P. C.; PADOVAN, A.L.; SCHNEIDER, H.. Participação em banca de Pablo Henrique Caracciolo Gomes de Sá. Montagem do Genoma do Sabiá-Larajeira (Turdus rufiventris): A ave símbolo do Brasil". 2016. Tese (Doutorado em Pós-Graduação em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Federal do Pará.

7.
VASCONCELOS, A. T. R.; FILHO, JOSÉ FRANCO DA SILVEIRA; SOUZA, R. F.; ZINGALES, B. S.; TEIXEIRA, MARTA M. G.. Participação em banca de André Guilherme da Cos Martins. Genes codificadores de proteínas implicadas na relação de espécies do gênero Trypanosoma com seus hospedeiros: diversidade, transferência horizontal e relações filogenéticas. 2016. Tese (Doutorado em Programa de Pós-Graduação em Biologia da Relação Patógeno-Hospedeiro) - Universidade de São Paulo.

8.
de Souza, C.M.R; VASCONCELOS, A. T. R.; Souza, C. R. V.M.; MARQUES, E. A.; Pellegrino, F. L.P.. Participação em banca de Thiago Pavoni Comes Chagas. Caracterização de Acinetobacter spp. Multirresistentes Produtores de Carbapenemases, dos tipos OXA e NDM, isolados de diferentes regiões do Brasil. 2015. Tese (Doutorado em Pós-Graduação em Medicina Tropical) - Fundação Oswaldo Cruz.

9.
TERENZI, H. F.; VASCONCELOS, A. T. R.; ALMEIDA, F. C. L.; BORGES, R. M.; OLIVEIRA, A. C.; FOGUEL, D.. Participação em banca de Ricardo Sant´Anna de Oliveira. Determinantes Estruturais Envolvidos na Agregação de Proteínas: Uma Abordagem in vitro e in silico. 2013. Tese (Doutorado em Pós-Graduação em Química Biológica) - Universidade Federal do Rio de Janeiro.

10.
VASCONCELOS, A. T. R.. Participação em banca de Nicolas Maillet. Comparaison de novo de données de sequençage issues de trés grands érchantillons métagénomiques. 2013 - Université de Rennes I.

11.
ZAHA, Arnaldo; VASCONCELOS, A. T. R.; GRISARD, E. C.. Participação em banca de Shana de Souto Weber. Identificação de regiões promotoras de Mycoplasma hyopneumoniae. 2012.

12.
MATTOSO, M. L. Q.; LIMA, A. A. B.; PORTO, F. A. M.; MURTA, L. G. P.; EBECKEN, N. F. F.; VASCONCELOS, A. T. R.. Participação em banca de Luiz Manoel Rocha Gadelha Júnior. Gerência de Proveniência em Workflows Científicos Paralelos e Distribuídos. 2012. Tese (Doutorado em PPE-COPPE/UFRJ) - Universidade Federal do Rio de Janeiro.

13.
SILVA, C. L.; KOIDE, T.; SANTOS, I. K. F. M.; VASCONCELOS, A. T. R.; ALMEIDA, M. G. B.. Participação em banca de Rodrigue Ferracine Rodrigues. Caracterização da expressão gênica e prospecção de biomarcadores induzidos pela associação do biofármaco DNAhsp65 e as drogas convencionaisn no tratamento da tuberculose experimental. 2011 - Faculdade de Medicina de Riberão Preto.

14.
LORETO, E. L. S.; VASCONCELOS, A. T. R.; BISCH, P. M.. Participação em banca de Cláudia Elizabeth Thompson. Evolução Molecular, Divergência Funcional e Aspectos Estruturais da Álcool Desidrogenase. 2009. Tese (Doutorado em Programa de Pós-Graduação em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul.

15.
SCHRAGO, C. G.; VASCONCELOS, A. T. R.; BISCH, P. M.; KRUGER, R. H.; DEGRAVE, W.. Participação em banca de Cristiane Carneiro Thompson. Taxonomia Genômica de Vibrios. 2009. Tese (Doutorado em Pós-Graduação em Genética) - Universidade Federal do Rio de Janeiro.

16.
FERREIRA, J. E.; CARRER, H.; CIFERRI, R. R.; VASCONCELOS, A. T. R.; RUIZ, D. D. A.. Participação em banca de Maurício Egídio Cantão. Abordagem algébrica para seleção de clones ótimos em projetos genoma e metagenomas". 2009. Tese (Doutorado em Pós-Graduação em Bioinformática) - Universidade de São Paulo - Interunidades em Bioinformática.

17.
Ortega, J. M.; VASCONCELOS, A. T. R.; Magalhães, J. V.; Campos, S. V. A.; Franco, G. R.. Participação em banca de Adriano Barbosa da Silva. Mineração de dados, agrupamento de sequências e integração de dados para o desenvolvimentoda "Plant Defense Mechanisms Database". 2008. Tese (Doutorado em Pós-Graduação em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais.

18.
SLUYS, Marie Anne Van; Durnham, A. M.; NASCIMENTO, A. L. T. O.; MARQUES, M. V.; VASCONCELOS, A. T. R.. Participação em banca de Alessandro de Mello Varani. Análise in-silico de integrantes no fitopatógeno Xylella fastidiosa: diversidade, sítios de integração e associação com bacteriófagos. 2008. Tese (Doutorado em Interunidades em Biotecnologia) - USP / Instituto Butantan / IPT.

19.
DORIA NETO, A. D.; CAMINHAS, W. M.; BELCHIOR, J. C.; VASCONCELOS, A. T. R.. Participação em banca de Thiago de Souza Rodrigues. Codificação de seqüências e sua aplicação na classifgicação de Proteínas com redes Neurais Artificiais. 2007. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais.

20.
Abrantes E F; Malnic B; Reis E M R; VASCONCELOS, A. T. R.. Participação em banca de Gabiana Bettoni. Utilização de dados de seqüências expressas na identificação e carcaterização de novos antigenos tumorais Cancer/Testis. 2007. Tese (Doutorado em Oncologia) - Fundação Antônio Prudente.

21.
VASCONCELOS, A. T. R.; Menossi, M.; dos Reis, S. F; de Rosa, V. E.; Pereira, G. A. G.. Participação em banca de Rodrigo Drummond Couto Duarte. Métodos estatísticos para seleção de genes diferencialmente expressos a partir de dados de arranjos de DNA: Aplicação à análise da expressão gênica induzida em cana-de-açúcar por deficiência de fosfato. 2006 - Universidade Estadual de Campinas.

22.
VASCONCELOS, A. T. R.; Durnham, A. M.; de Almeida, S. V.; Cruz, A. K.. Participação em banca de Ariane Machado Lima. Predição de RNAs não codificantes e sua aplicação na busca do componente RNA da telomorase. 2006. Tese (Doutorado em Programa Interunidades em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

23.
VASCONCELOS, A. T. R.; PAPPAS Jr., G. J.; PENA, S. D. J.; dos Santos, M. A.. Participação em banca de Francisco Prosdócime de Castro Santos. Racionalizando a utilização do algorítmo PHRED para análise de sequencias de DNA. 2006 - Universidade Federal de Minas Gerais.

24.
VASCONCELOS, A. T. R.. Participação em banca de Denise Fukumi Tsunoda. Abordagens evolucionárias para descoberta de padrões e classificação de proteínas. 2004. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

Trabalhos de conclusão de curso de graduação
1.
SILVA, Jõao Carlos Pereira da; BORGES, Carlos Cristiano; FONSECA NETO, Raul; VASCONCELOS, A. T. R.. Participação em banca de Fernanda Barbosa Wanderley.Aplicação de algoritmos Genéticos no problema da regulação gênica. 2007. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Nce) - Universidade Federal do Rio de Janeiro.



Participação em bancas de comissões julgadoras
Concurso público
1.
VASCONCELOS, ANA T. R.. Trinta e quatro anos de pesquisa, trinta e um anos de UFRJ, vinte e três anos de docência.. 2018. Universidade Federal do Rio de Janeiro.

2.
FERRO, J. A.; SETUBAL, J. C.; VASCONCELOS, A. T. R.; SILVA, F. R.; ZERLOTINI NETO, A.; VASCONCELOS, A. T. R.. Pesquisador III. 2012. Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

3.
Simões, A. L.; MARTINEZ, E. Z.; VASCONCELOS, A. T. R.; SONG, S. W.. Concurso de Títulos e Provas - Cargo de Professor Doutor - Depto. Genética - Disciplina Introdução à Bioinformática. 2008. Faculdade de Medicina de Riberão Preto.

4.
VASCONCELOS, A. T. R.. Titular da Banca Examinadora do Concurso Público de Títulos e Provas para o Departamento de Genetica- área de bioinformática. 2004. Universidade de São Paulo.

5.
VASCONCELOS, A. T. R.. Titular da Banca Examinadora do Concurso Público de Títulos e Provas para o cargo de Professor Assistente do Depto. de Genética da Universidade Estadual do Rio de Janeiro. 2003. Universidade do Estado do Rio de Janeiro.

6.
VASCONCELOS, A. T. R.. Titular da Banca Examindaora do Concurso Publico de Títulos e Provas para o cargo de Tecnologista Pleno 3 na área de Desenvolvimento e Suporte em Bioinformática do Laboratório Nacional de Computação Científica 3m. 2002. Laboratório Nacional de Computação Científica.

7.
VASCONCELOS, A. T. R.. Titular da Banca Examinadora do Concurso Público de Títulos e Provas para o cargo de Tecnologista na área de Suporte de Infra-Estrutura de Sistemas e redes no CENAPAD-RJ e LABINFO do Laboratório Nacional de Computação Científica 3m. 2002. Laboratório Nacional de Computação Científica.

Outras participações
1.
VASCONCELOS, A. T. R.. Processo de Seleção do Edital 2011-2012 - Programa Estratégico de Apoio a Pesquisa em Saúde - PAPES VI - Fiocruz/CNPq. 2012. Fundação Oswaldo Cruz.

2.
NETTO, L. E. S.; MEYER, D.; KLACZKO, L. B.; VERJOVSKI-ALMEIDA, S.; VASCONCELOS, A. T. R.. Professor Doutor. 2010. Universidade de São Paulo.

3.
VASCONCELOS, A. T. R.; SANTOS, S. R. F.; GUIMARAES, J. A.; VOGT, C.; ROUTLEDGE, E. A. B.; CHAINMOVICH, H.; TUNDISI, J. G.; SIQUEIRA, J. O.; PORTO, M. F. A.; MASCARENHAS, S.. Prêmio FCW de Ciência Aplicada 2007. 2008. Fundação Conrado Wessel.

4.
VASCONCELOS, A. T. R.. Banca Examinadora do Exame de Qualificação de Cristiane Carneiro Thompson, intitulada. 2008. Instituto de Biologia da Universidade Federal do Rio de Janeiro.

5.
CERQUEIRA-SILVA, R.; COSTA, W. J. E. M.; VASCONCELOS, A. T. R.. Banca de Progressão Horizontal Funcional, de Prof.Adjunto I para Prof.Adjunto II, do Prof. Carlos Eduardo Guerra Schrago. 2008. Insituto de Biologia, Departamento de Genética, UFRJ.

6.
VASCONCELOS, A. T. R.. Quarto Premio Destaque do Ano na iniciação cientifica. 2006. Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico.

7.
VASCONCELOS, A. T. R.; TAVARES, C. A. P.; LIMA, G. P. P.. Terceiro Premio Destaque do Ano na iniciação cientifica. 2005. Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico.

8.
VASCONCELOS, A. T. R.. Identificação em larga escala e avaliação do padrão de expressão de transcritos antisenso do genoma humano utilizando um banco de dados MPSS.. 2005. Fundação Antônio Prudente.

9.
VASCONCELOS, A. T. R.. Identificação em larga escala e avaliação do padrão de expressão de transcritos antisenso do genoma humano utilizando um banco de dados MPSS.. 2005.

10.
VASCONCELOS, A. T. R.. Identificação de Marcadores Moleculares em Câncer de Mama através da Técnica de Microarray Utilizando uma plataforma de exons e Tumor associados. 2004. Fundação Antônio Prudente.

11.
VASCONCELOS, A. T. R.. Evolução do genoma mitocondrial. 2004. Universidade Federal do Rio de Janeiro.

12.
VASCONCELOS, A. T. R.; LIMA, G. P. P.; TAVARES, C. A. P.. Segundo Premio Destaque do Ano na Iniciação Científica. 2004. Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico.

13.
VASCONCELOS, A. T. R.. Abordagens evolucionárias para descoberta de padrões e classificação de proteínas. 2003. Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

14.
VASCONCELOS, A. T. R.. Edital de Bioinformatica. 2001. Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico.



Eventos



Participação em eventos, congressos, exposições e feiras
1.
Prêmio ASM - 29º Congresso Brasileiro de Microbiologia. Avaliadora. 2017. (Congresso).

2.
SolBio International Conference 2016. The polymyxin B-induced transcriptomic response of a clinical, multidrug-resistant Klebsiella pneumoniae involves multiple regulatory elements and intracellular targets. 2016. (Congresso).

3.
SolBio International Conference 2016. Combined genomic and structural analyses of a cultured magnetotactic bacterium reveals its niche adaptation to a dynamic environment. 2016. (Congresso).

4.
SolBio International Conference 2016. Secondary metabolite gene clusters in the entomopathogen fungus Metarhizium anisopliae: Genome identification and patterns of expression in a cuticle infection model. 2016. (Congresso).

5.
2nd SymBioMath Summerschool and Project Meeting.Bioinformatics applied to metagenomics. 2014. (Outra).

6.
60º Congresso Brasileiro de Genética. Abordagens em bioinformática para o estudo de bactérias patogênicas empregando sistemas de sequenciamento de nova geração. 2014. (Congresso).

7.
66ª Reunião Anual da Sociedade Brasileira para o Progresso da Ciência (SBPC).Sessão Especial " Homenagem ao prof. Darcy Fontoura de Almeida". 2014. (Outra).

8.
Symposium Computational Biology, From Genomes to Systems.Computational Biology, From Genomes to Systems. 2014. (Simpósio).

9.
Workshop on Genomic Data Analysis and Bioinformatics.Genomic Data Analysis and Bioinformatics. 2014. (Simpósio).

10.
XLDB South America 2014. 2014. (Outra).

11.
X Summer Course for Bioinformatics.Computational genomics at LABINFO: what we did and what we are doing. 2014. (Seminário).

12.
15th International Simposium on Computer Architecture and High Performance Computing/ 4th Workshop on Applications for Multi-Core Architectures/ WAMCA. Applying GPU Dynamic Parallelism to High-Performance Normalization of Gene Expressions. 2013. (Congresso).

13.
4to. Congreso Argentino de Bioinformática y Biología Computacional (4CAB2C) y 4ta. Conferencia Internacional de la Sociedad Iberoamericana de Bioinformática (SolBio) del 29 al 31 de Octubre de 2013 - Rosario, Argentina. Bioinformatics applied to metagenomics. 2013. (Congresso).

14.
59º Congresso Brasileiro de Genética. 60 anos pós - DNA. 2013. (Congresso).

15.
6th Annual GABRIEL Meeting. Study of viral and bacterial Biodiversity:from the next generation sequencing to bioinformatics analyses viral and bacterial Interactions in the Upper respiratory Tract. 2013. (Congresso).

16.
XXIX Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Protozoologia XL Reunião Anual da Pesquisa Básica em Doença de Chagas. O genoma do Anopheles darlingi, o principal major Neotropical Malaria Vecto. 2013. (Congresso).

17.
28ª Reunião de Genética de Microrganismos. Genômica e proteômica no estudo de microrganismos. 2012. (Congresso).

18.
58º Congresso Brasileiro de Genética. Disease or not disease: genomics of tripanosomatid protozoa addresses the question. 2012. (Congresso).

19.
Ciclo Regular de Seminários do Centro de Biotecnologia da Universidade Federal do Rio Grande do Sul.Estratégias de montagem e anotação de genomas a partir de dados gerados por plataformas de alto desempenho. 2012. (Seminário).

20.
ISCB Latin America 2012. SABIA: A new version for next generation sequencing platforms. 2012. (Congresso).

21.
XII Reunião Científica do Departamento de Microbiologia do ICB/USP.O que podemos aprender com as novas tecnologias de sequenciamento. 2012. (Encontro).

22.
Séminaires aux Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires.Bioinformatique appliquée a l'analyse génomique au Brésil. Les avancées de la Métagenomique.. 2011. (Seminário).

23.
XIII Reunião Científica Anual do Instituto Butantan - 2011 - "Instituto Butantan 110 Anos: um Olhar para o Futuro".Atividades em Genômica Computacional desenvolvidas no Labinfo: aplicações na área da saúde". 2011. (Outra).

24.
I Escola Regional de Informática do Rio de Janeiro.Bioinformática. 2010. (Outra).

25.
Keystone Symposia - RNA Silencing: Mechanism, Biology and Application.Computation prediction of small non-coding RNAs in Vibrio genomes. 2010. (Simpósio).

26.
SB-Meeting.Bioinformatics Tools for Genomic Analysis. 2010. (Encontro).

27.
X Jornadas de Bioinformática - Workshop on Bioinformatics for Personalized Medicine.Brazilian Genomics activities in a nutshell. 2010. (Oficina).

28.
1st Regional Workshop on small RNA biology.Ferramentas de Bioinformática para identificação de microRNAs e seus marcadores. 2009. (Outra).

29.
25o Congresso Brasileiro de Microbiologia. Ferramentas de Bioinformática para Análise de Dados de Metagenomas. 2009. (Congresso).

30.
61a. Reunião Anual da Sociedade Brasileira para o Progresso da Ciência.Genoma Brasileiro. 2009. (Outra).

31.
Congresso Internacional EMBnet-RIBio 2009 e Reuniões Anuais EMBnet e RIBio. (participar, como membro, das reuniões científicas conjuntas da Rede Européia de Biologia Molecular - EMBnet, e da Rede Iberoamericana de Bioinformática -RIBio). 2009. (Congresso).

32.
International Conference & Meetings EMBnet-RIBio 2009.Progress on the High-Throughput Sequencing Projects at the Brazilian Bioinformatics Laboratory. 2009. (Encontro).

33.
Programa de Pós-Graduação em Biociências da UFRJ.Genômica Computacional: um panorama das pesquisas desenvolvidas no Laboratório de Bioinformática do LNCC. 2009. (Outra).

34.
Workshop Internacional.Red Iberoamericana de Tecnologías Convergentes NBIC en Salud. 2009. (Encontro).

35.
X-meeting 2009 - 5a. Conferencia Internacional da Assoc. Bras. de Bioinformática e Biologia Computacional (AB3C). Bioinformatics tools - Progress and challenges in protein structure prediction. 2009. (Congresso).

36.
60a. Reunião Anual da Sociedade Brasileira para o Progresso da Ciência.Bioinformática e Genômica no Brasil: Para onde estamos indo?. 2008. (Encontro).

37.
Oficina de Trabalho: Visão de Futuro e Agenda INI-Biotecnologia: 2008-2025.Construção conjunta da agenda Iniciativa Nacional de Inovação em Biotecnologia para o período 2008-2025. 2008. (Oficina).

38.
Seminário "Rede Brasileira de Pesquisa sobre o Câncer".Objetivo da participação: coordenar o grupo de Bioinformatica. 2008. (Seminário).

39.
15th Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB) & 6th European Conference on Computational Biology (ECCB). Finding New Transcriptional Regulatory Interactions in Escherichia coli using an Artificial Neural Network Classifier. 2007. (Congresso).

40.
50 anos do IBILCE / UNESP.O Impacto do projeto Genoma e da Bioinformática nas Ciências Biológicas. 2007. (Seminário).

41.
53o Congresso Brasileiro de Genética. Curso "Genômica comparada de bactérias: metodologia básica. Teoria e Prática.". 2007. (Congresso).

42.
Bioinformatics 2007 - Red Iberoamericana de Bioinformatica (RIBIO) y la Red Europea de Biologia Molecular (EMBnet).Finding New Transcriptional Regulatory Interactions in Eascherichia coli using an Artificial Neural Network Classifier. 2007. (Encontro).

43.
Ciclo Debates Especiais: O Futuro das Ciências da Vida e do Meio Ambiente - Mesa Redonda sobre Tecnologias/Metodologias do Futuro - Laboratório de Estudos do Futuro da Universidade de Brasília.Bioinformatica e o Futuro. 2007. (Oficina).

44.
I Encontro do Projeto MACC-Rio.Atividades do Laboratório Nacional de Bioinformática. 2007. (Seminário).

45.
International Workshop on Xylella fastidiosa.The comparative Xylella's website: what can be found there. 2007. (Oficina).

46.
Introdução à Biotecnologia Microbiana.Bioinformática. 2007. (Simpósio).

47.
Joint Planning Reunion for Bioinformatics and e-Science.Bioinformática no Brasil. 2007. (Encontro).

48.
Mini-Symposium "Ludwig Institute for Cancer Research International Ovarian and Melanoma Initiative.?Bioinformática aplicada ao estudo do câncer?. 2007. (Simpósio).

49.
Reunião semanal do Laboratório da Unité Mixte de Recherche-167 do Centre National de la Recherche Scientifique.Bioinformática no Brasil. 2007. (Seminário).

50.
XX Congresso Brasileiro de Parasitologia. Projeto Genoma em Parasitologia. 2007. (Congresso).

51.
25o Reuniao de Genetica de Microrganismos. Ferramentas para anotação de genomas bacterianos. 2006. (Congresso).

52.
52o Congresso Brasileiro de Genética - Simpósio.Bioinformática (1990-2006): desenvolvimento de ferramentas computacionais. 2006. (Simpósio).

53.
Decit +2: atuação do Ministério da Saúde em ciência, tecnologia e inovação. 2006. (Encontro).

54.
FERTBIO 2006 - Seminário.A Genômica e a Ciência do Solo: uma interação de simbiose?. 2006. (Seminário).

55.
Global Dialogues on Emerging Science and Technology (GDEST) Conference on Bioinformatics.Brazilian Bioinformatics activities in a nutshell. 2006. (Encontro).

56.
IBG840 - Seminários Semanais em Genética I e IBG873 - Seminários Semanais em Genética II.Sabia: uma ferramenta para anotação de genomas de procariotos. 2006. (Seminário).

57.
Seminário de Acompanhamento e Avaliação do projeto Genoma da Chromobacterium violaceum, Mycoplasma synoviae e Mycoplasma hyopneumoniae.Projeto Genoma da Chromobacterium violaceum, Mycoplasma synoviae e Mycoplasma hyopneumoniae. 2006. (Seminário).

58.
The First Joint Pasteur Institute / Wellcome Trust Course on Genomics in South America.A Bioinformática no Brasil. 2006. (Seminário).

59.
30 SECITAP.Bioinformática e o estudo de genomas. 2005. (Outra).

60.
51 Congresso Brasileiro de Genética. Sabia: uma ferramenta para análise de genomas de microorganismos. 2005. (Congresso).

61.
Curso de anotação de genoma Embrapa Soja.Curso de anotação de genoma Embrapa Soja. 2005. (Outra).

62.
Institut Pasteur Brain Storming meeting.Bioinformatics and genomics in Brazil. 2005. (Encontro).

63.
I Seminário sobre Biotecnologia e Ciência: Realidade e Ficção.Divulgação Científica, Lei de Patentes e Bioinformática. 2005. (Seminário).

64.
ISMB 2005 - Intelligent Systems for Molecular Biology - 13th Annual Meeting of the International Society for Computational Biology. 2005. (Congresso).

65.
Moscow Conference on Computational Molecular Biology. SABIA: A software for genome annotation and its use on the Brazilian genomes. 2005. (Congresso).

66.
Programa de Pos-graduação..Introdução ao estudo de banco de dados biológicos. 2005. (Outra).

67.
Seminario-Taller sobre Bioinformática.Bioinformatics in Brazil. 2005. (Seminário).

68.
Simpósio Brasileiro de Bioinformática.A especificidade da Computação Biológica como princípio básico de uma nova associação: Associaçao Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional. 2005. (Simpósio).

69.
VIII Encontro de Pesquisa do ICB / III ENAPEBI.Bioinformática para Análise de Genomas de Microorganismos. 2005. (Encontro).

70.
VII Reunião anual do Instituto Butantan.Como anda a bioinformática no Brasil. 2005. (Outra).

71.
XXXIV reunião anual da Sociedade Brasileira de Bioquimica. Genômica Comparativa: do alinhamento de sequências ao enovelamento proteico. 2005. (Congresso).

72.
Bioinformatica.Bioinformática. 2004. (Seminário).

73.
CBComp 2003 - III Congresso Brasileiro de Computação. Palestra de Abertura: Projeto Genoma Brasileiro e Bioinformática. 2003. (Congresso).

74.
First International Conference on Bioinformatics and Computational Biology.Participação da mesa redonda Perspectivas em Bioinformática. 2003. (Seminário).

75.
Workshop de Grade Computacional & Aplicações.Demanda Computacional em Bioinformática no LNCC. 2003. (Encontro).

76.
Workshop on Microbial Protein Annotation.The Brazilian National Genome Project. 2003. (Encontro).

77.
Ciclo Regular de Seminários do Centro de Biotecnologia da Universidade Federal do Rio Grande do Sul.A Bioinformática para projetos genomas. 2002. (Seminário).

78.
Encontro França-Brasil de Bioinformática.Genomic research activities at the Brazilian Laboratory of Scientific Computation. 2002. (Seminário).

79.
Missão Chinesa em Biotecnologia. Genomic research activities at the Brazilian National Laboratory of Scientific Computation. 2002. (Congresso).

80.
Missão Técnica-científica a Índia. Genomic research activities at the Brazilian National Laboratory of Scientific Computation. 2002. (Congresso).

81.
Pós-graduação do Centro de Biociências.Bioinformática em Projetos Genoma. 2002. (Seminário).

82.
Semana Científica da Faculdade de Medicina de Petrópolis.Projetos de Pesquisa desenvolvidos pelo Laboratório Nacional de Computação Científica. 2002. (Outra).

83.
47o Congresso Nacional de Genética. O Sequenciamento de Genomas Bacterianos - O Genoma da Chromobacterium. 2001. (Congresso).

84.
Curso Patentes Biotecnológicas: dos Conceitos Básicos à Elaboração do Pedido de Patente.Mesa Redonda: Os Desafios da Biotecnologia. 2001. (Outra).

85.
Encontros Regionais da rede Genoma Brasileiro.Introdução a Bioinformática para Projetos Genomas. 2001. (Seminário).

86.
Encontros Regionais da Rede Genoma Brasileiro.Introdução a Bioinformática para Projetos Genomas. 2001. (Seminário).

87.
Encontros Regionais da Rede Genoma Brasileiro.Introdução a Bioinformática para Projetos Genomas. 2001. (Seminário).

88.
Encontros Regionais da Rede Genoma Brasileiro.Introdução a Bioinformática para Projetos Genomas. 2001. (Encontro).

89.
Semana Científica da Faculdade de Medicina de Petrópolis.O Projeto Genoma no LNCC. 2001. (Outra).

90.
The Brazilian International Genome Conference. The Brazilian National Genome Project and the Sequencing of Chromobacterium violaceum. 2001. (Congresso).

91.
WORKSHOP BRASIL - ALEMANHA / BIOTECNOLOGIA E BIOINDÚSTRIA.Bioinformatics in the Brazilian Genome Project. 2001. (Simpósio).

92.
WORKSHOP BRASIL - CUBA / BIOTECNOLOGIA.Genomic research activities at the Brazilian Laboratory of Scientific Computation. 2001. (Simpósio).


Organização de eventos, congressos, exposições e feiras
1.
VASCONCELOS, A. T. R.. SolBio International Conference 2016. 2016. (Congresso).

2.
DE VASCONCELOS, A.T.R.; GAUTHEROT, K. A. C. O. ; GALHEIGO, M. M. ; Luiz Manoel Rocha Gadelha Júnior . Treinamento para a Alocação de Aplicações de Bioinformática na Arquitetura do CSGRID/SINAPAD. 2015. (Outro).

3.
VASCONCELOS, A. T. R.; OSWALDO TRELLES SALAZAR . Aplicações Biomédicas em Plataformas Computacionais de Alto Desempenho em Placas GPUs. 2013. (Outro).

4.
VASCONCELOS, A. T. R.; NICOLÁS, Marisa Fabiana ; CANTAO, M. E. . Ferramentas de Bioinformática Aplicadas às Análises de Sequências Transcriptômicas e Metagenômicas.. 2012. (Outro).

5.
Oliveira, G. C. ; COLLADO-VIDES, J. ; RIVAS, J. ; Chehin, R. ; Holmes, D. ; Gonzalez-Nilo, D. ; VASCONCELOS, A. T. R. ; PORTO, L. ; Pedrosa, F. ; Wilson A. da Silva Jr ; PASSETI, F. ; Franco, G. R. ; Galante, P. . X-Meeting (AB3C/SolBio) - 7th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology (AB3C) and 3rd International Conference of the IberoAmerican Society for Bioinformatics (SolBio). 2011. (Congresso).

6.
VASCONCELOS, A. T. R.; NICOLÁS, Marisa Fabiana ; CANTAO, M. E. . Ferramentas de Bioinformática Aplicadas à Análise de Sequências Genômicas, Metagenômicas e Transcriptômicas. 2011. (Outro).

7.
VASCONCELOS, A. T. R.; ZAHA, Arnaldo ; NICOLÁS, Marisa Fabiana ; THOMPSON, F. . Descobertas recentes e perspectivas em Bioinformática e Genômica: uma tripla comemoração. 2010. (Outro).

8.
VASCONCELOS, A. T. R.; NICOLÁS, Marisa Fabiana ; CANTAO, M. E. ; BARCELLOS, F. G. . Análise Metagenômica com o uso das Plataformas de Segunda Geração de Sequenciamento de DNA. 2010. (Outro).

9.
VASCONCELOS, A. T. R.; THOMPSON, F. . The 4Th Workshop Comparative Microbial Genomics and Taxonomy. 2009. (Outro).

10.
VASCONCELOS, A. T. R.. First Workshop Proteomics in the New World. 2008. (Outro).

11.
Fabiano L. Thompson ; VASCONCELOS, A. T. R. . The Third Workshop Comparative Microbial Genomics and Taxonomy. 2008. (Outro).

12.
VASCONCELOS, A. T. R.; THOMPSON, F. ; COELHO, A. ; VICENTE, A. C. . Second Workshop Comparative Microbial Genomics and Taxonomy. 2007. (Outro).

13.
BARBOSA, J. A. R. G. ; VASCONCELOS, A. T. R. . Structural Bioinformatics Workshop. 2007. (Outro).

14.
VASCONCELOS, A. T. R.. Global Dialogues on Emerging Science and Technology (GDEST) Conference on Bioinformatics. 2006. (Outro).

15.
VASCONCELOS, A. T. R.; NESHICH, G. . 14th Annual International Conference On Intelligent Systems for Molecular Biology - ISMB 2006. 2006. (Congresso).

16.
VASCONCELOS, A. T. R.. Theoretical and Practical Course on Bioinformatics Applied to Proteomics and Structural Bioinformatics. 2006. (Outro).

17.
VASCONCELOS, A. T. R.; THOMPSON, F. ; COELHO, A. ; VICENTE, A. C. . First Comparative Microbial Genomics and Taxonomy. 2006. (Outro).

18.
BAIROCH, Amos ; VASCONCELOS, A. T. R. . 20 years of Swiss-Prot. 2006. (Congresso).

19.
VASCONCELOS, A. T. R.. Congresso Internacional ISMB (Intelligent Systems for Molecular Biology). 2005. (Congresso).

20.
VASCONCELOS, A. T. R.. 11o Workshop Internacional em Evolução e Epidemiologia Molecular Viral. 2005. (Congresso).

21.
VASCONCELOS, A. T. R.. Second International Conference on Bioinformatics and Computational Biology. 2004. (Congresso).

22.
VASCONCELOS, A. T. R.. Curso de Genoma. 2004. (Outro).

23.
VASCONCELOS, A. T. R.. Curso de Proteoma. 2004. (Outro).

24.
VASCONCELOS, A. T. R.. II Workshop Brasileiro de Bioinformática. 2003. (Outro).

25.
VASCONCELOS, A. T. R.. 1st International Conference on Bioinformatics and Computational Biology. 2003. (Congresso).

26.
VASCONCELOS, A. T. R.. Segundo Curso de Especilalização em Bioinformática. 2003. (Outro).

27.
VASCONCELOS, A. T. R.. Terceiro Curso de Especialização em Bioinformatica. 2003. (Outro).

28.
VASCONCELOS, A. T. R.. I Workshop Brasileiro de Bioinformática. 2002. (Outro).

29.
VASCONCELOS, A. T. R.. Primeiro Curso de Especialização em Bioinformática. 2002. (Outro).

30.
VASCONCELOS, A. T. R.; BEVILACQUA, L. ; BISCH, P. M. . II Escola de Verão em Métodos Computacionais em Biologia. 2001. (Outro).

31.
VASCONCELOS, A. T. R.; BISCH, P. M. ; BEVILACQUA, L. . I Escola de Verão em Métodos Computacionais em Biologia. 2000. (Outro).



Orientações



Orientações e supervisões em andamento
Dissertação de mestrado
1.
Amanda Araujo Serrão de Andrade. Titulo a definir. Início: 2018. Dissertação (Mestrado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica. (Orientador).

2.
Ronaldo da Silva Francisco Junior. IDENTIFICAÇÃO DE MUTAÇÕES GENÉTICAS RARAS ASSOCIADAS ÀS RASOPATIAS A PARTIR DE DADOS DE SEQUENCIAMENTO DE EXOMA. Início: 2017. Dissertação (Mestrado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. (Orientador).

Tese de doutorado
1.
Yasmmin Côrtes. "Predição de fatores causadores dos tipos de câncer infantil a partir de vias metabólicas". Início: 2016. Tese (Doutorado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica. (Orientador).

2.
Felipe Dalvi Garcia. Computational Model of Interactions among Serotonin, Dopamine and Cortisol Pathways that Contribute to Depression. Início: 2014. Tese (Doutorado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. (Orientador).

Supervisão de pós-doutorado
1.
Luis Willian Pacheco Arge. Início: 2017. Laboratório Nacional de Computação Científica, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior.

2.
Reinaldo Bellini. Início: 2017. Laboratório Nacional de Computação Científica, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior.

3.
André Elias Rodrigues Soares. Início: 2017. Laboratório Nacional de Computação Científica, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior.

4.
Joseane Biso de Carvalho. PathoMIR Plant DB: um banco de dados dos miRNAs envolvidos com interações Planta-Patógeno. Início: 2015. Laboratório Nacional de Computação Científica, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico.

5.
Guilherme Loss de Morais. Caracterização de pequenos RNAs (< 50 nucleotídeos) em Infecção Óssea Conjunta induzidas por Staphylococcus aureus. Início: 2013. Laboratório Nacional de Computação Científica.

6.
Fabíola Marques de Carvalho.. Início: 2013. Laboratório Nacional de Computação Científica, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico.

Orientações de outra natureza
1.
Alexandra Lehmkuhl Gerber. Genômica computacional do câncer. Bolsa PCI/MCTI de 05/2008 a 31/10/2009. A partir de 11/2011 como prestador de serviço terceirizado.. Início: 2008. Orientação de outra natureza. Laboratório Nacional de Computação Científica. (Orientador).


Orientações e supervisões concluídas
Dissertação de mestrado
1.
Maria Luiza Mondeli. Gerenciamento de Proveniência em Workflows Científicos de Alto Desempenho. 2015. Dissertação (Mestrado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Coorientador: Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos.

2.
Fabrício Gomes Vilasbôas. Estudo de uma versão paralela do processo de clusterização aplicado a montagem e comparação de genomas. 2015. Dissertação (Mestrado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Coorientador: Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos.

3.
Igor Magalhaes Ribeiro. Classificação baseada em composição de reads metagenômicos por meio de máquinas de vetores de suporte. 2014. Dissertação (Mestrado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos.

4.
Mariana Campeão. Caracterização metabólica (fenotípica) de bactérias marinhas a partir da análise de genomas completos. 2014. Dissertação (Mestrado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Coorientador: Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos.

5.
Caio Padoan de Sá Godinho. Predição in silico de RNAs não codificantes na bactéria Mycolplasma hyopneumoniae. 2014. Dissertação (Mestrado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos.

6.
Rangel Celso Souza. Sistema de comparação de genomas de procariotos. 2011. Dissertação (Mestrado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica, . Orientador: Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos.

7.
Susan Higashi. Análise da Classifi cação Metagenômica Baseada em Composição. 2011. Dissertação (Mestrado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos.

8.
Miriã da Silveira Coelho. AGUIA: UM GERADOR SEMÂNTICO DE INTERFACE GRÁFICA DO USUÁRIO PARA ENSAIOS CLÍNICOS. 2010. Dissertação (Mestrado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos.

9.
Cintia Cristina Palu. CNViewer: Aplicativo Baseado em Navegador Web para Análise de Variações de Número de Cópias (CNV) do Genoma Humano. 2010. Dissertação (Mestrado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos.

10.
Ana Cristina Gomes Silveira. Identificação de RNAs não-codificantes em vibrios. 2010. Dissertação (Mestrado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos.

11.
Cecília Coimbra Klein. Análise comparativa de redes metabólicas de bactérias no contexto da simbiose. 2010. Dissertação (Mestrado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos.

12.
Pablo Riera Freire. Variação do número de cópias gênicas em glioblastoma multiforme. 2008. Dissertação (Mestrado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos.

13.
Oberdan de Lima Cunha. SAMPA (System for comparative Analysis of Metabolic PAthways): Um sistema para comparação de vias metabólicas.. 2008. Dissertação (Mestrado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos.

14.
Marco Antonio Mattos Vilela. PROCESSAMENTO DE PERFIS METABÓLICOS. 2007. Dissertação (Mestrado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos.

15.
Alexandre Rossi Paschoal. GINGA ? GRAPHICAL INTERFACE FOR COMPARATIVE GENOME ANALYSIS: O DESENVOLVIMENTO DE UM SISTEMA COMPUTACIONAL DE VISUALIZAÇÃO GRÁFICA PARA A ANÁLISE COMPARATIVA DE GENOMAS DE BACTÉRIAS. 2007. Dissertação (Mestrado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Coorientador: Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos.

16.
Aline Rossi da Silveira. Análise por modelagem e dinâmica molecular da interação integrina alpha6Beta1 e laminina. 2007. Dissertação (Mestrado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos.

17.
Fernanda Nascimento Almeida. IMPLEMENTAÇÃO DE UM BANCO DE DADOS DE PROTEOMAS DE BACTÉRIAS ASSOCIADAS À PLANTAS: PROBACTER. 2007. Dissertação (Mestrado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Coorientador: Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos.

18.
Luiz Gonzaga Paula de Almeida. Análise de algoritmos de agrupamento para base de dados textuais. 2007. Dissertação (Mestrado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica, . Orientador: Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos.

19.
Carlos Vitor Graça Bastos de Azevedo. Procura de similaridade entre operons. 2003. Dissertação (Mestrado em Computação) - Universidade Federal Fluminense, . Coorientador: Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos.

20.
Luciana Itida Ferrari. Aplicação de algoritmos de aprendizado de máquina para reconhecimento de caixas SOS no genoma da E. coli.. 2003. Dissertação (Mestrado em Informática) - Universidade Federal do Rio de Janeiro, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Coorientador: Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos.

Tese de doutorado
1.
Daiane Cristina Cabral Ferreira. Interações mediadas por receptores de laminina em células epiteliais tímicas humanas. 2013. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Genética)) - Universidade Federal do Rio de Janeiro, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos.

2.
Cecília Coimbra Klein. Bioinformatic study of the metabolic dialog between a non-pathogenic trypanosomatid and its endosymbiont with evolutionary and functional goals. 2013. Tese (Doutorado em E2M2 - Evolution Ecosystèmes Microbiologie Modélis) - Université Claude Bernarde Lyon 1, . Coorientador: Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos.

3.
Marbella Maria Bernardes da Fonsêca. Caracterização estrutural e funcional de proteínas hipotéticas em Mycoplasma hyopneumoniae. 2011. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Genética)) - Universidade Federal do Rio de Janeiro, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos.

4.
Nicholas Costa Barroso Lima. 2011-2016 - Genomica Comparativa das Aves: os genomas do papagaio de fronte azul e maçarico. 2011. Tese (Doutorado em Bioquímica) - Universidade Federal do Rio de Janeiro, . Coorientador: Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos.

5.
Fabíola Marques de Carvalho. Comparação genômica e evolutiva entre alfa-proteobactérias simbióticas diazotróficas e patogênicas relacionadas filogeneticamente. 2010. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Genética)) - Universidade Federal do Rio de Janeiro, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos.

Supervisão de pós-doutorado
1.
Nicholas Costa Barroso Lima. 2018. Laboratório Nacional de Computação Científica, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos.

2.
Mauro de Freitas Ortiz. 2015. Laboratório Nacional de Computação Científica, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos.

3.
Ana Paula Barbosa do Nascimento. 2014. Laboratório Nacional de Computação Científica, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos.

4.
Allan Cezar de Azevedo Martins. 2013. Laboratório Nacional de Computação Científica, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos.

5.
Nathalia Pereira Cavaleiro. 2013. Laboratório Nacional de Computação Científica, Fundação Carlos Chagas Filho de Amparo à Pesquisa do Estado do RJ. Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos.

6.
Rafael Lucas Muniz Guedes. 2013. Laboratório Nacional de Computação Científica, . Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos.

7.
Marbella Maria Bernardes da Fonsêca. Exploração bioinformática da biodiversidade do ecossistema bacteriano do trato respiratório de suínos. 2012. Laboratório Nacional de Computação Científica, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos.

8.
Fabio Ribeiro Cerqueira. 2012. Laboratório Nacional de Computação Científica, . Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos.

9.
Arnaldo Glogauer. 2012. Laboratório Nacional de Computação Científica, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos.

10.
Claudia Elizabeth Thompson. Análise de genomas a partir da perspectiva da filogenômica e análise filogenética. 2011. Laboratório Nacional de Computação Científica, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos.

11.
Fabíola Marques de Carvalho. 2011. Laboratório Nacional de Computação Científica, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos.

12.
Luiz Fernando Goda Zuleta. 2011. Laboratório Nacional de Computação Científica, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos.

13.
Maurício Egídio Cantão. Construção de bancos de dados e análise bioinformática das seqüências encontradas em rumem. 2009. Laboratório Nacional de Computação Científica, Fundação Carlos Chagas Filho de Amparo à Pesquisa do Estado do RJ. Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos.

14.
Fernando Gomes Barcellos. 2009. Laboratório Nacional de Computação Científica, Fundação Carlos Chagas Filho de Amparo à Pesquisa do Estado do RJ. Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos.

15.
Marisa Fabiana Nicolás. 2009. Laboratório Nacional de Computação Científica, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos.

16.
Jorge Hernandez Fernandez. Modelagem e dinâmica molecular de antagonistas protéicos da família das Integrinas. 2007. Laboratório Nacional de Computação Científica, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos.

17.
Hallan Souza e Silva. Modelagem da Migração e Diferenciação de Timócitos. 2006. Laboratório Nacional de Computação Científica, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos.

18.
Adriana Racco. Modelagem da Migração e Diferenciação de Timócitos. 2006. Laboratório Nacional de Computação Científica, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos.

Monografia de conclusão de curso de aperfeiçoamento/especialização
1.
Terceira Turma do Curso Lato-Sensu em Bioinformática. Complete Mitochondrial Genome Database to Mammalian Phylogenetic Studies. 2003. 0 f. Monografia - Laboratório Nacional de Computação Científica. Orientador: Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos.

2.
Turma do Primeiro Curso Lato-Sensu em Bioinformática. Re-anotação do Genoma da Archaebacteria Pyrococcus horikoshii OT3. 2002. Monografia - Laboratório Nacional de Computação Científica. Orientador: Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos.

3.
Segunda turma do Curso Lato-Sensu em Bioinformática. Candidate genes for the Late-Onset Alzheimer Disease in human chromosome 10. 2002. Monografia - Laboratório Nacional de Computação Científica. Orientador: Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos.

Iniciação científica
1.
Artur Duque Rossi. Aspectos evolutivos e estruturais de proteínas de bactérias patogênicas. 2011. Iniciação Científica. (Graduando em Engenharia da Computação) - Universidade Católica de Petrópolis, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos.

2.
Rafael Nicolay Baptista da Silva. Evolução molecular de proteínas bacterianas. 2011. Iniciação Científica. (Graduando em Biomedicina) - Universidade Católica de Petrópolis. Orientador: Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos.

3.
Alex Sandro Mundstein. Sistema de integração das atividades do LABINFO. 2005. Iniciação Científica. (Graduando em Computação) - Universidade Estácio de Sá, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos.

4.
Luis Felipe Valim da Silveira. Ferramentas computacionais aplicada a Bioinformática. 2003. 0 f. Iniciação Científica. (Graduando em Bioinformática) - Laboratório Nacional de Computação Científica, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos.

5.
Fernanda M. Monteiro dos Santos. Desenvolvimento de interfaces graficas para o LABINFO. 2003. 0 f. Iniciação Científica. (Graduando em Bioinformática) - Laboratório Nacional de Computação Científica, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos.

6.
Elias Bareinboim. Aplicação de Redes Neuronais a Bioinformática. 2003. 0 f. Iniciação Científica. (Graduando em Nce) - Universidade Federal do Rio de Janeiro, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos.

Orientações de outra natureza
1.
Laura Joana Silva Lopes. Construção de uma Pipeline para a identificação de regiões repetitivas de ostras de interesse econômico (Crassostrea gasar e C. gigas). 2013. Orientação de outra natureza. (Bioinformática) - Laboratório Nacional de Computação Científica, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos.

2.
Viviani Ribeiro Rocha. Análise do genoma da bactéria Klebsiella pneumoniae produtora de KPC com alvo em genes relacionados com a biossíntese da cápsula. Bolsa PCI/MCTI de 05/2010 a 06/2011.. 2011. Orientação de outra natureza - Laboratório Nacional de Computação Científica, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos.

3.
Milena Magalhães. Sequenciamento de alta densidade de cobertura para a identificação de polimorfismo genético em isolados de vírus influenza A H1N1 no Brasil. Bolsa PCI/MCTI de 03/2010 a 02/2011. A partir de 03/2011 como prestador de serviço terceirizado.. 2010. Orientação de outra natureza - Laboratório Nacional de Computação Científica, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos.

4.
Marcia Dellamano. Análise da metagenômica do rúmen por meio de pirosequenciamentos. Laboratório Nacional de Computação Científica. Bolsa INMETRO de 05/2009 a 03/2010.. 2010. Orientação de outra natureza - Laboratório Nacional de Computação Científica, Fundação Carlos Chagas Filho de Amparo à Pesquisa do Estado do RJ. Orientador: Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos.

5.
Saul de Castro Leite. Reconstrução de Redes Genéticas a Partir de Dados de Expressão Gênica.. 2004. 0 f. Orientação de outra natureza - Laboratório Nacional de Computação Científica. Orientador: Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos.

6.
Gisele Cavalcante da Costa. Bioiformática para projetos genomas. 2001. 0 f. Orientação de outra natureza - Laboratório Nacional de Computação Científica, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos.

7.
Roger Ferreira Cury Paixão. Bioiformática para projetos genomas. 2001. 0 f. Orientação de outra natureza - Laboratório Nacional de Computação Científica, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos.

8.
Rangel Celso Souza. Bioiformática para projetos genomas. 2000. 0 f. Orientação de outra natureza - Laboratório Nacional de Computação Científica, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos.



Educação e Popularização de C & T



Apresentações de Trabalho
1.
Vasconcelos, Ana Tereza R.. Sequenciamento e análise de genomas bacterianos de interesse biotecnológico para a saúde pública. 2012. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).



Outras informações relevantes


Representante Brasileira da EMBnet (Rede Européia de Biologia Molecular) desde 2004.



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