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Joao Meidanis

João Meidanis possui graduação em Bacharelado em Matemática pela Universidade de São Paulo (1980), mestrado em Ciência da Computação - University of Wisconsin - Madison (1989), mestrado em Matemática pela Universidade de São Paulo (1985) e doutorado em Ciência da Computação - University of Wisconsin - Madison (1992). Atualmente é diretor da Scylla Informática e professor titular da Universidade Estadual de Campinas. Suas áreas de atuação incluem análise de algoritmos, teoria dos grafos, e biologia computacional.
(Texto informado pelo autor)

Última atualização do currículo em 09/12/2011
Endereço para acessar este CV:
http://lattes.cnpq.br/1313385414995585
Dados pessoais
NomeJoao Meidanis
Nome em citações bibliográficasMEIDANIS, J.;Meidanis, Joao
SexoMasculino
Endereço profissionalScylla Informática S/A.
Rua Francisco Otaviano, 60 - sala 52
Jardim Chapadão
13070-056 - Campinas, SP - Brasil
Telefone: (19) 35796193
URL da Homepage: http://www.scylla.com.br

Formação acadêmica/Titulação
1996Livre-docência.
Universidade Estadual de Campinas, UNICAMP, Brasil.
Título: , Ano de obtenção: 1996.
1995 - 1995Pós-Doutorado .
Universitat Munster (Westfalische-Wilhelms).
Bolsista do(a): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico ,CNPq ,Brasil .
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Metodologia e Técnicas da Computação / Especialidade: Banco de Dados.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Metodologia e Técnicas da Computação / Especialidade: Sistemas de Informação.
1987 - 1992Doutorado em Ciência da Computação .
University of Wisconsin-Madison, UWMadison, Estados Unidos.
Título: Algorithms for Problems in Computational Genetics, Ano de Obtenção: 1992.
Orientador: Eric Bach Deborah Joseph.
Bolsista do(a): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo ,FAPESP ,Brasil .
1987 - 1989Mestrado em Master of Sciences .
University of Wisconsin-Madison, UWMadison, Estados Unidos.
Título: Não houve dissertação, Ano de Obtenção: 1989.
Orientador: Não houve orientador.
Bolsista do(a): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo ,FAPESP ,Brasil .
1981 - 1985Mestrado em Matemática .
Universidade de São Paulo, USP, Brasil.
Título: Não houve dissertação, Ano de Obtenção: 1985.
Orientador: Não houve orientador.
Bolsista do(a): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo ,FAPESP ,Brasil .
Palavras-chave: Complexidade Computacional.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Teoria da Computação / Especialidade: Análise de Algoritmos e Complexidade de Computação.
Setores de atividade: Desenvolvimento de Programas (Software).
1978 - 1980Graduação em Bacharelado em Matemática .
Universidade de São Paulo, USP, Brasil.

Atuação profissional
Scylla Informática S/A, SCYLLA, Brasil.
Vínculo institucional
2002 - Atual Vínculo: Diretor, Enquadramento Funcional: Presidente, Carga horária: 40
Atividades
02/2006 - AtualAtividades de Participação em Projeto, Pesquisa e Desenvolvimento, .
Projetos de pesquisa
Ferramentas de Software para Melhoramento Genético Bovino
05/2002 - AtualDireção e administração, .
Cargo ou função
Presidente.
05/2002 - AtualPesquisa e desenvolvimento .
Linhas de pesquisa
Biologia Computacional
07/2004 - 06/2005Atividades de Participação em Projeto, Pesquisa e Desenvolvimento, .
Projetos de pesquisa
SIP - Sistema de Identificação de Polimorfismos
Universidade Estadual de Campinas, UNICAMP, Brasil.
Vínculo institucional
2006 - Atual Vínculo: Servidor Público, Enquadramento Funcional: Professor titular, Carga horária: 24
Vínculo institucional
2002 - 2006 Vínculo: Servidor Público, Enquadramento Funcional: Professor Associado, Carga horária: 24
Vínculo institucional
1996 - 2002 Vínculo: Servidor Público, Enquadramento Funcional: Professor Livre Docente, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.
Vínculo institucional
1992 - 1996 Vínculo: Servidor Público, Enquadramento Funcional: Professor Assistente Doutor, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.
Vínculo institucional
1986 - 1992 Vínculo: Servidor Público, Enquadramento Funcional: Professor Assistente, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.
Atividades
09/1992 - AtualPesquisa e desenvolvimento , Instituto de Computacao, .
Linhas de pesquisa
Bioinformática
Biologia Computacional
Teoria dos Grafos
01/2000 - 12/2001Atividades de Participação em Projeto, Instituto de Computacao, .
Projetos de pesquisa
Bioinformática do HCGP - Human Cancer Genome Project
08/1999 - 07/2001Atividades de Participação em Projeto, Instituto de Computacao, .
Projetos de pesquisa
Bioinformática do Projeto SUCEST - Sugarcane EST
07/1999 - 06/2001Atividades de Participação em Projeto, Instituto de Computacao, .
Projetos de pesquisa
Bioinformática do Projeto Genoma - Xanthomonas axonopodis pv. citri
10/1998 - 10/2000Atividades de Participação em Projeto, Instituto de Computacao, .
Projetos de pesquisa
Bioinformática do Projeto Genoma - Xylella fastidiosa
05/1993 - 04/1995Direção e administração, Instituto de Computacao, .
Cargo ou função
Coordenador de Curso.
Universidade de São Paulo, USP, Brasil.
Vínculo institucional
1982 - 1985 Vínculo: Servidor público ou celetista, Enquadramento Funcional: PROFESSOR ASSISTENTE, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.
Atividades
11/1981 - 02/1986Pesquisa e desenvolvimento .
Linhas de pesquisa
GEOMETRIA DIFERENCIAL

Linhas de Pesquisa
1. GEOMETRIA DIFERENCIAL
2. Bioinformática
3. Biologia Computacional
4. Teoria dos Grafos
5. Biologia Computacional

Projetos de Pesquisa
2004 - 2007Ferramentas de Software para Melhoramento Genético Bovino
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Integrantes: Joao Meidanis - Coordenador.
Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro..
2004 - 2006SIP - Sistema de Identificação de Polimorfismos
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Integrantes: Joao Meidanis - Coordenador.
Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro..
2000 - 2002Bioinformática do Projeto Genoma - Xanthomonas axonopodis pv. citri
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Integrantes: J. C. SETUBAL - Integrante / Joao Meidanis - Coordenador.
Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
Número de produções C, T & A: 1.
2000 - 2002Bioinformática do HCGP - Human Cancer Genome Project
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Integrantes: Joao Meidanis - Coordenador.
Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro..
1999 - 2001Bioinformática do Projeto SUCEST - Sugarcane EST
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Integrantes: Joao Meidanis - Coordenador.
Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro..
1998 - 2000Bioinformática do Projeto Genoma - Xylella fastidiosa
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Integrantes: Joao Meidanis - Coordenador.
Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro..

Revisor de periódico
2000 - Atual Periódico: BMC Bioinformatics (1471-2105)
2006 - Atual Periódico: IEEE/ACM Transactions on Compuational Biology and Bioinformatics
2000 - Atual Periódico: Discrete Applied Mathematics
2001 - Atual Periódico: Journal of Computational Biology
2001 - Atual Periódico: Information Processing Letters
2003 - Atual Periódico: Theoretical Computer Science
2003 - Atual Periódico: Bioinformatics (Oxford)
2005 - Atual Periódico: Journal of the Brazilian Computer Society

Áreas de atuação
1. Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Teoria da Computação / Especialidade: Análise de Algoritmos e Complexidade de Computação.
2. Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Teoria da Computação / Especialidade: Computabilidade e Modelos de Computação.
3. Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Matemática da Computação.

Idiomas
Grego Fala Razoavelmente, Lê Bem, Escreve Pouco.
Inglês Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.
Espanhol Fala Bem, Lê Bem, Escreve Razoavelmente.
Português Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.

Prêmios e títulos
2000Medalha do Merito Cientifico e Tecnologico, Governo do Estado de Sao Paulo.
2000Prêmio de Reconhecimento Acadêmico Zeferino Vaz, Unicamp.
1998Prêmio de Reconhecimento Acadêmico Zeferino Vaz, Unicamp.


Produção em C,T & A
Produção bibliográfica
Citações
Web of Science
Total de trabalhos21Total de citações22Fator H7
meidanis j  Data: 24/12/2009
SciELO
Total de trabalhos2Total de citações2  
meidanis  Data: 24/12/2009
SCOPUS
Total de trabalhos21Total de citações21  
meidanis j  Data: 24/12/2009
Artigos completos publicados em periódicos
1. Feijao, Pedro ; MEIDANIS, J. . <![CDATA[SCJ: A Breakpoint-Like Distance that Simplifies Several Rearrangement Problems]]>. IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics (Print), v. 8, p. 1318-1329, 2011.
2. ALCON, L. ; CERIOLI, M. R. ; FIGUEIREDO, C. M. H. ; GUTIERREZ, M. ; MEIDANIS, J. . Tree loop graphs. Discrete Applied Mathematics, v. 155, p. 686-694, 2007.
3. QUITZAU, J. A. A. ; MEIDANIS, J. . A fully resolved consensus between fully resolved phylogenetic trees. Genetics and Molecular Research, Brasil, v. 5, n. 1, p. 269-283, 2006.
4. GUTIERREZ, M. ; MEIDANIS, J. . Recognizing Clique Graphs of Directed Edge Path Graphs. Discrete Applied Mathematics, Holanda, v. 126, n. 2-3, p. 297-304, 2003.
5. FIGUEIREDO, C. M. H. ; MEIDANIS, J. ; MELLO, C. P. ; ORTIZ, C. . Decompositions for the edge colouring of reduced indifference graphs. Theoretical Computer Science, Holanda, v. 297, n. 1-3, p. 145-155, 2003.
6. MEIDANIS, J. ; ANALYSIS, Organization For Nucleotide Sequencing A . Analysis and Functional Annotation of an Expressed Sequence Tag Collection for Tropical Crop Sugarcane. Genome Research, Estados Unidos, v. 13, p. 2725-2735, 2003.
7.   MEIDANIS, J. ; BRAGA, M. D. V. ; VERJOVSKI-ALMEIDA, S. . Whole-genome analysis of transporters in the plant pathogen Xylella fastidiosa. Microbiology and Molecular Biology Reviews, Estados Unidos, v. 66, n. 2, p. 272-299, 2002.
8. GUTIERREZ, M. ; MEIDANIS, J. . On Clique Graph Recognition. Ars Combinatoria, Canadá, v. 63, p. 207-210, 2002.
9. MEIDANIS, J. ; WALTER, M. E. M. T. ; DIAS, Z. . A Lower Bound on the Reversal and Transposition Diameter. Journal of Computational Biology, Estados Unidos, v. 9, n. 5, p. 743-745, 2002.
10. MEIDANIS, J. ; ANALYSIS, Organization For Nucleotide Sequencing A . Comparison of the genomes of two Xanthomonas pathogens with differing host specificities. Nature (London), Inglaterra, v. 417, p. 459-463, 2002.
11.   BRAGA, M. D. V. ; DIAS, Z. ; LIN, T. L. ; MEIDANIS, J. ; QUITZAU, J. A. A. ; SILVA, F. R. ; TELLES, G. P. . Bioinformatics of the Sugarcane EST Project. Genetics and Molecular Biology, Brasil, v. 24, p. 9-15, 2001.
12. GUTIERREZ, M. ; MEIDANIS, J. . Algebraic Theory for the Clique Operator. Journal of the Brazilian Computer Society, Brasil, v. 7, n. 3, 2001.
13.   MEIDANIS, J. ; ANALYSIS, Organization For Nucleotide Sequencing A . The genome sequence of the plant pathogen Xylella fastidiosa. Nature (London), Inglaterra, v. 406, n. 6792, p. 151-157, 2000.
14. FIGUEIREDO, C. M. H. ; MEIDANIS, J. ; MELLO, C. P. . Local conditions for edge-colouring. JCMCC. Journal of Combinatorial Mathematics and Combinatorial Computing, Inglaterra, v. 32, p. 79-91, 2000.
15. FIGUEIREDO, C. M. H. ; MEIDANIS, J. ; MELLO, C. P. . Total-Chromatic Number And Chromatic Index Of Dually Chordal Graphs. Information Processing Letters, Holanda, v. 70, n. 3, p. 147-152, 1999.
16. FIGUEIREDO, C. M. H. ; MEIDANIS, J. ; MELLO, C. P. . Total-chromatic number and chromatic index of dually chordal graphs. Information Processing Letters, Holanda, v. 70, n. 3, p. 147-152, 1999.
17.   MEIDANIS, J. ; PORTO, O. ; TELLES, G. P. . On The Consecutive Ones Property. Discrete Applied Mathematics, Holanda, v. 88, p. 325-354, 1998.
18. BARBOSA, M. B. ; MELLO, C. P. ; MEIDANIS, J. . Local Conditions For Edge-Colouring Of Cographs. Congressus Numerantium, EUA, v. 133, p. 45-55, 1998.
19. MEIDANIS, J. ; CELINA, M. H. ; MELLO, F. J. M. C. P. . On Edge-Colouring Indifference Graphs. THEORETICAL COMPUTER SCIENCE, AMSTERDAM, HOLANDA, v. 181, p. 91-106, 1997.
20. CELINA, M. H. ; MEIDANIS, J. ; MELLO, F. J. M. C. P. . A Linear-Time Algorithm For Proper Interval Graph Recognition. INFORMATION PROCESSING LETTERS, AMSTERDAM, HOLANDA, v. 56, p. 179-184, 1995.
21. CELINA, M. H. ; MEIDANIS, J. ; FIGUEIREDO, J. ; MELLO, M. C. P. . A Greedy Method For Edge-Coloring Odd Maximum Degree Doubly Chordal Graphs. CONGRESSUS NUMERANTIUM, WINNIPEG, CANADA, v. 111, p. 170-176, 1995.
22. MEIDANIS, J. . Lower Bounds For Arithmetic Problems. INFORMATION PROCESSING LETTERS, v. 38, p. 83-87, 1991.
Livros publicados/organizados ou edições
1.   SETUBAL, J. C. ; MEIDANIS, J. . Introduction To Computational Molecular Biology. BOSTON, EUA: PWS PUBLISHING COMPANY, INC, 1997. 296 p.
2. MEIDANIS, J. ; SETUBAL, J. C. . Uma Introducao A Biologia Computacional. RECIFE, PE, BRASIL: UNIVERSIDADE FEDERAL DE PERNAMBUCO, 1994. 131 p.
Capítulos de livros publicados
1. MEIDANIS, J. . Sequence assembly. In: D. Cooper. (Org.). Encyclopedia of the Human Genome. 1 ed. Nova Iorque: Wiley, 2003, v. 1, p. -.
2. MEIDANIS, J. . Global alignment. In: D. Cooper. (Org.). Encyclopedia of the Human Genome. 1 ed. Nova Iorque: Wiley, 2003, v. 1, p. -.
3. MEIDANIS, J. ; DIAS, Z. . An alternative algebraic formalism for genome rearrangements. In: David Sankoff; Joseph Nadeau. (Org.). Comparative Genomics. 1 ed. Dordrecht: Kluwer Academic Publishers, 2000, v. 1, p. 213-223.
4. MEIDANIS, J. . A Simple Toolkit For Dna Fragment Assembly. In: Martin Farach-Colton; Fred S. Roberts; Martin Vingron; Michael Waterman. (Org.). DIMACS Series in Discrete Mathematics and Theoretical Computer Science, vol. 47. 1 ed. EUA: American Mathematical Society, 1999, v. 47, p. 271-288.
Textos em jornais de notícias/revistas
1. MEIDANIS, J. . Craig Venter, um bem necessário. Revista Pesquisa Fapesp, Brasil, p. 48 - 49, 01 jun. 2010.
Trabalhos completos publicados em anais de congressos
1. FEIJAO, P. ; MEIDANIS, J. . SCJ: A Variant of Breakpoint Distance for Which Sorting, Genome Median and Genome Halving Problems Are Easy. In: WABI 2009 - 9th International Workshop on Algorithms in Bioinformatics, 2009, Philadelphia, PA, USA. Lecture Notes in Computer Science - Algorithms in Bioinformatics. Berlin / Heidelberg : Springer, 2009. v. 5724. p. 85-96.
2. QUITZAU, J. A. A. ; MEIDANIS, J. . A Fully Resolved Consensus Between Fully Resolved Phylogenetic Trees. In: X-meeting, 2005, Caxambu. X-meeting Proceedings, 2005.
3. MEIDANIS, J. . Current Challenges in Bioinformatics. In: SPIRE'2003 - String Processing and Information Retrieval, 2003, Manaus, AM, Brasil. Lecture Notes in Computer Science. Heidelberg : Springer, 2003. v. 2857. p. 16-27.
4. BRAGA, M. D. V. ; MEIDANIS, J. . An algorithm that buils a set of strings given their overlap graph. In: Latin American Theoretical Informatics (LATIN02), 2002, Cancun. Proceedings of the Symposium Latin American Theoretical Informatics, 2002.
5. DIAS, Z. ; MEIDANIS, J. . Sorting by Prefix Transpositions. In: SPIRE'2002 - String Processing and Information Retrieval, 2002, Lisboa. Proceedings of SPIRE'2000 - String Processing and Information Retrieval, 2002.
6. GUTIERREZ, M. ; MEIDANIS, J. . The Clique Operator, Set Families, and Their Properties. In: Brazilian Symposium on Graphs and Combinatorics (GRACO), 2001, Fortaleza. Electronic Notes on Discrete Mathematics. Amsterdam : Elsevier, 2001. v. 7.
7. CERQUEIRA, F. R. ; MEIDANIS, J. . Algorithms for Large-scale DNA Sequencing. In: XXVIII Seminário Integrado de Software e Hardware, 2001, Fortaleza. Anais do XXVIII Seminário Integrado de Software e Hardware, 2001.
8. DIAS, Z. ; MEIDANIS, J. . Genome Rearrangements Distance by Fusion, Fission, and Transposition is Easy. In: SPIRE'2001 - String Processing and Information Retrieval, 2001. Proceedings of SPIRE'2001 - String Processing and Information Retrieval.
9. WALTER, M. E. M. T. ; DIAS, Z. ; MEIDANIS, J. . A New Approach for Approximating The Transposition Distance. In: SPIRE'2000 - String Processing and Information Retrieval, 2000, La Coruna. Proceedings of SPIRE'2000 - String Processing and Information Retrieval, 2000.
10. WALTER, M. ; DIAS, Z. ; MEIDANIS, J. . Reversal And Transposition Distance Of Linear Chromosomes. In: String Processing and Information Retrieval - A South American Symposium - SPIRE'98, 1998. String Processing and Information Retrieval - A South American Symposium. Santa Cruz de la Sierra, Boliv. v. 1. p. 96.
11. GUTIERREZ, M. ; MEIDANIS, J. . On The Clique Operator. In: LATIN'98 - Theoretical Informatics, 1998. Lecture Notes in Computer Science. Campinas, SP, Brasil. v. 1380. p. 261-272.
12. MEIDANIS, J. ; WALTER, M. E. M. T. ; DIAS, Z. . Distancia de Reversao de Cromossomos Circulares. In: SEMINARIO INTEGRADO DE SOFTWARE E HARDWARE - SEMISH97, 1997. ANAIS DO XXIV SEMINARIO INTEGRADO DE SOFTWARE E HARDWARE. BRASILIA, DF, BRASIL. p. 119-131.
13. MEIDANIS, J. ; MUNUERA, E. G. . A Theory For The Consecutive Ones Property. In: THIRD SOUTH AMERICAN WORKSHOP ON STRING PROCESSING, 1996. INTERBATIONAL INFORMATICS SERIES. RECIFE, PE, BRASIL. v. 4. p. 194-202.
14. CELINA, M. H. ; MEIDANIS, J. ; MELLO, F. J. M. C. P. . On The Edge-Coloring Of Split Graphs. In: SEMINARIO INTEGRADO DE SOFTWARE E HARDWARE, 1996. ANAIS DO XXIII SEMINARIO INTEGRADO DE SOFTWARE E HARDWARE. RECIFE, PE, BRASIL. p. 415-420.
15. MEIDANIS, J. ; VOSSEN, G. ; WESKE, M. . Using Workflow Management In Dna Sequencing. In: FIRST INTERNATIONAL CONFERENCE ON COOPERATIVE INFORMATION SYSTEMS, 1996. PROCEEDINGS OF THE FIRST INTERNATIONAL CONFERENCE ON COOPERATIVE INFORMATION SYSTEMS. LOS ALAMITOS, CALIFORNIA, EUA. p. 114-123.
16. CELINA, M. H. ; MEIDANIS, J. ; MELLO, F. J. M. C. P. . Local Conditions For Edge Coloring. In: II OFICINA NACIONAL EM PROBLEMAS COMBINATORIOS, 1995. ANAIS DA II OFICINA NACIONAL EM PROBLEMAS COMBINATORIOS. CAMPINAS, SP, BRASIL. p. 26-38.
17. MEIDANIS, J. ; MUNUERA, E. G. . A Simple Linear Time Algorithm For Binary Phylogeny. In: XV INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE CHILEAN COMPUTING SOCIETY, 1995. PROCEEDINGS OF THE XV INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE CHILEAN COMPUTING SOCIETY. ARICA, CHILE. p. 275-283.
18. CELINA, M. H. ; MEIDANIS, J. ; MELLO, F. J. M. C. P. . On Edge-Colouring Indifference Graphs. In: II LATIN AMERICAN THEORETICAL INFORMATICS - LATIN95, 1995. LECTURE NOTES IN COMPUTER SCIENCE. VALAPRAISO, CHILE. v. 911. p. 286-299.
19. MEIDANIS, J. ; SETUBAL, J. C. . Multiple Alignment Of Biological Sequences With Gap Flexibility. In: II LATIN AMERICAN THEORETICAL INFORMATICS, 1995. LECTURE NOTES IN COMPUTER SCIENCE. VALPARAISO, CHILE. v. 911. p. 411-426.
20. MEIDANIS, J. . Distance And Similarity In The Presence Of Nonincreasing Gap-Weighting Functions. In: II SOUTH AMERICAN WORKSHOP ON STRING PROCESSING, 1995. PROC. OF THE II SOUTH AMERICAN WORKSHOP ON STRING PROCESSING. VALAPRAISO, CHILE. p. 27-37.
21. CELINA, M. H. ; MEIDANIS, J. ; MELLO, F. J. M. C. P. . Edge-Colouring, Indifference Graphs, And Odd Maximum Degree Graphs. In: I OFICINA NACIONAL EM PROBLEMAS COMBINATORIOS, 1995. ANAIS DA I OFICINA NACIONAL EM PROBLEMAS COMBINATORIOS. SAO PAULO, SP, BRASIL. p. 11-14.
22. ALMEIDA, A. A. M. ; MEIDANIS, J. ; MORIYA, A. . Um Sistema Para Auxilio Na Montagem de Fragmentos de Dna. In: XXI SEMINARIO INTEGRADO DE SOFTWARE E HARDWARE, 1994. ANAIS DO XXI SEMINARIO INTEGRADO DE SOFTWARE E HARDWARE. CAXAMBU, MG, BRASIL. p. 533-545.
23. MEIDANIS, J. . Rethinking The Dna Fragment Assembly Problem. In: FIRST SOUTH AMERICAN WORKSHOP ON STRING PROCESSING, 1993. BELO HORIZONTE, BRASIL. p. 0-0.
24. MEIDANIS, J. . Dynamic Methods For Fragment Assembly In Large Scale Genome Sequencing Projects. In: TWENTY-SIXTH ANNUAL HAWAII INTERNATIONAL CONFERENCE ON SYSTEM SCIENCES, 1993. HONOLULU, HAWAII, EUA. p. 0-0.
25. MEIDANIS, J. . Determining Dna Sequence Similarity Using Maximum Independent Set Algorithms For Interval Graphs. In: THIRD SCANDINAVIAN WORKSHOP ON ALGORITHM THEORY, 1992. HELSINKI, FINLANDIA. p. 0-0.
Resumos publicados em anais de congressos
1. COGO, P. P. ; MEIDANIS, J. . Comparison Between Complete Genome Sequences of Vibrionaceae species. In: X-meeting, 2005, Caxambu. X-meeting Poster Abstracts, 2005.
2. MEIDANIS, J. ; MIRA, Cleber Valgas Gomes . Analysis of Sorting by Transpositions based on Algebraic Formalism . In: Research on Computational Biology - RECOMB - poster session, 2004, San Diego, CA, EUA, 2004.
Apresentações de Trabalho
1. MEIDANIS, J. ; FEIJAO, P. . Inversion of Algorithms: applications to Bioinformatics. 2008. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
Produção técnica
Softwares sem registro de patente
1. MEIDANIS, J. ; ALMEIDA, A. A. M. ; MORIYA, A. ; JEROZOLIMSKI, D. ; CRUVINEL, A. . Montador de Fragmentos de Dna. 1996.
Produtos tecnológicos
1. Simpson, A ; Reinach, F ; SETUBAL, J. C. ; MEIDANIS, J. ; Arruda, P . Sequencia de DNA completa de patógeno de planta. 2002.
Trabalhos técnicos
1. MIRA, Cleber Valgas Gomes ; MEIDANIS, J. . Algebraic formalism for genome rearrangements (part 1). 2005.
2. MEIDANIS, J. ; TAKAKI, P. . Interval graphs with repeats and the DNA fragment assembly problem. 2002.
3. MEIDANIS, J. ; LIN, T. L. . Visão geral do sistema de anotação de proteínas de transporte. 2002.
4. DIAS, Z. ; MEIDANIS, J. . The genome rearrangement distance problem using fusion, fission, and transpositions with arbitrary weights. 2002.
Demais tipos de produção técnica
1.
MEIDANIS, J. . Inserção de dados no sistema do projeto BIOprospecTA. 2008. (Curso de curta duração ministrado/Outra).
2. MEIDANIS, J. . Sistema de Informação do BIOprospecTA - manual de usuário. 2008. (Desenvolvimento de material didático ou instrucional - Manual).

Bancas
Participação em bancas examinadoras
Dissertações
1. WAKABAYASHI, Y.; MEIDANIS, J.; LAGO, A. P.. Participação em banca de Andréa Tieme Nakasato. Ordenação por Reversão. 2008. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo.
2. MOURA, A. V.; MEIDANIS, J.. Participação em banca de Rafael Augusto Scaraficci. Estratégias Híbridas para um Problema de Planejamento e Escalonamento de Atividades Florestais de Curto Prazo. 2008. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Estadual de Campinas.
Teses de doutorado
1. S. A. Queiroz; MEIDANIS, J.; R. Carvalheiro; R. Fonseca; A. Sanches. Participação em banca de Eduardo da Cruz Gouveia Pimentel. Uso das rotações de Givens modificadas como um método direto para obtenção e atualização das soluções em sistemas com acumulação seqüencial de dados. 2007. Tese (Doutorado em Genética e Melhoramento Animal) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

Eventos
Participação em eventos
1. Inovação e Desenvolvimento Tecnológico - impacto na relação academia-indústria.Da Academia para a Empresa: Uma Experiência Pessoal. 2007. (Oficina).
Organização de eventos
1. Anido, R. O. ; SETUBAL, J. C. ; MEIDANIS, J. . Décima Escola de Computação. 1996. (Congresso).

Orientações
Orientações em andamento
Dissertação de mestrado
1. João Paulo Pereira Zanetti. Propriedade dos Uns Consecutivos. Início: 2010. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Estadual de Campinas, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. (Orientador).
2. Priscila do Nascimento Biller. Experimentos com nova operação de rearranjo de genomas Single-Cut-Or-Join. Início: 2010. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Estadual de Campinas, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. (Orientador).
Tese de doutorado
1. Pedro Feijão. Modelos de evolução e filogenias para genomas completos. Início: 2007. Tese (Doutorado em Ciência da Computação) - Universidade Estadual de Campinas, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. (Orientador).
Supervisões e orientações concluídas
Dissertação de mestrado
1. Karina Zupo de Oliveira. Construção de Filogenias Baseadas em Genomas Completos. 2010. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Estadual de Campinas, . Orientador: Joao Meidanis.
2. Patrícia Pilisson Côgo. Comparação de genomas completos de vibriões. 2008. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Estadual de Campinas, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Orientador: Joao Meidanis.
3. André Atanasio Maranhão Almeida. Comparação algébrica de genomas: o caso da distância de reversão. 2007. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Estadual de Campinas, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Joao Meidanis.
4. José Augusto Amgarten Quitzau. Um consenso completamente resolvido entre árvores filogenéticas completamente resolvidas. 2005. 0 f. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Estadual de Campinas, . Orientador: Joao Meidanis.
5. Vinicius José Fortuna. Distâncias de Transposição entre Genomas. 2005. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Estadual de Campinas, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Orientador: Joao Meidanis.
6. Flavio Stecca. Coloração de Arestas de Grafos Indiferença. 2003. 90 f. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Estadual de Campinas, . Orientador: Joao Meidanis.
7. Marcelo Cezar Pinto. Métodos e Ferramentas para comparação de Genomas. 2002. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Estadual de Campinas, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Orientador: Joao Meidanis.
8. Lin Tzy Li. Montagem de Fragmentos de DNA pelo Método "Ordered Shotgun Sequencing" (OSS). 2001. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Estadual de Campinas, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Orientador: Joao Meidanis.
9. Fabio Ribeiro Cerqueira. Montagem de Fragmentos de DNA. 2000. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Estadual de Campinas, . Orientador: Joao Meidanis.
10. Marília Dias Vieira Braga. Grafos de Seqüências de DNA. 2000. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Estadual de Campinas, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Orientador: Joao Meidanis.
11. Guilherme Pimentel Teles. Propriedade de Uns Consecutivos e Arvores Pqr. 1997. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Estadual de Campinas, . Orientador: Joao Meidanis.
12. Erasmo Gongora Munuera. A Propriedade dos Uns Consecutivos e Reconhecimento de Grafos Intervalo. 1996. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Estadual de Campinas, . Orientador: Joao Meidanis.
Tese de doutorado
1. Cleber Valgas Gomes Mira. Abordagem algébrica para rearranjo de genomas. 2007. Tese (Doutorado em Ciência da Computação) - Universidade Estadual de Campinas, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Orientador: Joao Meidanis.
2. Guilherme Pimentel Telles. Um algoritmo quase-linear para árvores PQR e um esquema para clustering de seqüências expressas de cana-de-açúcar. 2002. Tese (Doutorado em Ciência da Computação) - Universidade Estadual de Campinas, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Orientador: Joao Meidanis.
3. Zanoni Dias. Rearranjo de Genomas: Uma Coletânea de Artigos. 2002. Tese (Doutorado em Ciência da Computação) - Universidade Estadual de Campinas, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Orientador: Joao Meidanis.
4. Maria Emília Machado Telles Walter. Algoritmos para Problemas em Rearranjo de Genomas. 1999. Tese (Doutorado em Ciência da Computação) - Universidade Estadual de Campinas, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Joao Meidanis.
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