Jose Roberto Ruggiero

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  • Última atualização do currículo em 18/09/2014


Licenciado em Física pela Universidade Federal de São Carlos (1974), obteve os títulos de mestre e de doutor em Física pelo Instituto de Física Teórica da Unversidade Estadual Paulista em (1977) e (1985), respectivamente. Atualmente é professor adjunto da Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho. A área de formação (mestrado e doutorado) foi a física básica com a quantização do campo eletromagnetico em cavidades, o problema de Casimir e os procedimentos de regularização analítica. Desde o início dos anos 90, contudo tem se dedicado à modelização de moléculas de interesse biológico, usando técnicas estatísticas para analisar cadeias de polissacarídeos, a dinâmica molecular de sacarídeos e peptídeos antimicrobianos pertencentes à família dos mastoparanos, nome genérico de peptideos extraídos do veneno de vespas e modelos mecânicos simples para estudar a dinâmica e a desnaturação térmica do ADN. (Texto informado pelo autor)


Identificação


Nome
Jose Roberto Ruggiero
Nome em citações bibliográficas
RUGGIERO, J. R.;Ruggiero, José Roberto;Ruggiero, J.R.;Ruggiero, J. R.;Jose Roberto Ruggiero

Endereço


Endereço Profissional
Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, Instituto de Biociências Letras e Ciências Exatas de São José do Rio Preto, Departamento de Física.
Rua Cristovão Colombo, 2265
Jardim Nazareth
15054000 - Sao Jose do Rio Preto, SP - Brasil
Telefone: (17) 3221224
Ramal: 2239
Fax: (17) 17
URL da Homepage: http://www.ibilce.unesp.br


Formação acadêmica/titulação


1978 - 1985
Doutorado em Física.
Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, UNESP, Brasil.
Título: Efeito de Casimir em Cavidades Esféricas, Ano de obtenção: 1985.
Orientador: Abraham Hirsz Zimerman.
Bolsista do(a): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo, FAPESP, Brasil.
Palavras-chave: Efeito Casimir; Quantização do Campo Eletromagnético; Cavidades Esféricas.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Física / Subárea: Física Geral / Especialidade: Física Clássica e Física Quântica; Mecânica e Campos.
Setores de atividade: Educação.
1976 - 1977
Mestrado em Física.
Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, UNESP, Brasil.
Título: Aplicação da Regularização Analítica para as Forças de Casimir,Ano de Obtenção: 1977.
Orientador: Abraham Hirsz Zimerman.
Bolsista do(a): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo, FAPESP, Brasil.
Palavras-chave: Quantização do Campo Eletromagnético; Efeito Casimir; Regularização Analítica.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Física / Subárea: Física Geral.
Setores de atividade: Educação.
1971 - 1974
Graduação em Licenciatura Em Física.
Universidade Federal de São Carlos, UFSCAR, Brasil.


Pós-doutorado e Livre-docência


2007
Livre-docência.
Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, UNESP, Brasil.
Título: Contribuições para a Modelagem de Moléculas Biológicas, Ano de obtenção: 2007.
Palavras-chave: Simulação por Dinâmica Molecular; peptídeos antimicrobianos; mastoparanos; mistura TFE-água; localização de energia; breather.
1992 - 1994
Pós-Doutorado.
Universitá Degli Studi Di Trieste.
Bolsista do(a): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, CNPq, Brasil.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Biofísica / Subárea: Biofísica Molecular / Especialidade: Simulação Computacional de Macromoléculas.


Atuação Profissional



Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, UNESP, Brasil.
Vínculo institucional

1978 - Atual
Vínculo: Servidor Público, Enquadramento Funcional: Professor Adjunto, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

Atividades

06/2013 - Atual
Conselhos, Comissões e Consultoria, Universidade Estadual Paulista, .

Cargo ou função
Membro da Comissão Gestora da Escola UNESP de Liderença e Gestão da UNESP.
06/2011 - Atual
Direção e administração, Instituto de Biociências Letras e Ciências Exatas de São José do Rio Preto, .

Cargo ou função
Diretor de Unidade.
06/2010 - Atual
Conselhos, Comissões e Consultoria, Instituto de Biociências Letras e Ciências Exatas de São José do Rio Preto, .

Cargo ou função
Representante docente junto ao Conselho do Programa de Pós-Graduação Biofísica Molecular.
02/2010 - Atual
Conselhos, Comissões e Consultoria, Instituto de Biociências Letras e Ciências Exatas de São José do Rio Preto, .

Cargo ou função
Representante docente junto ao Conselho Universitário - CO.
02/2010 - Atual
Conselhos, Comissões e Consultoria, Instituto de Biociências Letras e Ciências Exatas de São José do Rio Preto, .

Cargo ou função
Represente docente junto ao CADE.
01/2010 - Atual
Extensão universitária , Instituto de Biociências Letras e Ciências Exatas de São José do Rio Preto, .

Atividade de extensão realizada
Coordenação do Projeto de Extensão Universitária "A Música e a Comunidade".
1/1994 - Atual
Pesquisa e desenvolvimento , Instituto de Biociências Letras e Ciências Exatas de São José do Rio Preto, Departamento de Física.

01/2012 - 12/2012
Extensão universitária , Instituto de Biociências Letras e Ciências Exatas de São José do Rio Preto, .

Atividade de extensão realizada
Projeto de Extensão Universitária "A Música e a Comunidade".
07/2011 - 07/2011
Outras atividades técnico-científicas , Instituto de Biociências Letras e Ciências Exatas de São José do Rio Preto, .

Atividade realizada
Reunião Técnica - Universidade de Lyon, Lyon - França.
03/2011 - 07/2011
Ensino, Biofísica Molecular, Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
Forças Intermoleculares - 180 horas
02/2011 - 07/2011
Ensino, Bacharelado Em Física Biológica, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Eletromagnetismo - 90 horas
10/2009 - 05/2011
Conselhos, Comissões e Consultoria, Instituto de Biociências Letras e Ciências Exatas de São José do Rio Preto, .

Cargo ou função
Membro titular do Conselho do Departamento de Física.
01/2011 - 02/2011
Extensão universitária , Instituto de Biociências Letras e Ciências Exatas de São José do Rio Preto, .

Atividade de extensão realizada
Curs ministrado "Física Moderna" - 6 horas dentro do Curso de Extensão Universitária "Curso de Verão em Biofísica Molecular".
08/2010 - 12/2010
Ensino, Bacharelado Em Física Biológica, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Métodos Computacionais I - 90 horas
02/2010 - 07/2010
Ensino, Bacharelado Em Física Biológica, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Trabalho de Conclusão de Curso - 60 horas
Eletromagnetismo - 90 horas
08/2009 - 12/2009
Ensino, Bacharelado Em Física Biológica, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Eletromagnetismo - 90 horas
Métodos Computacionais I - 60 horas
Trabalho de Conclusão de Curso - 20 horas
01/2009 - 12/2009
Extensão universitária , Instituto de Biociências Letras e Ciências Exatas de São José do Rio Preto, .

Atividade de extensão realizada
Coordenação do Projeto de Extensão Universitária "A Música e a Comunidade".
06/2008 - 10/2009
Conselhos, Comissões e Consultoria, Instituto de Biociências Letras e Ciências Exatas de São José do Rio Preto, .

Cargo ou função
Membro do Conselho do Departamento de Física.
03/2009 - 07/2009
Ensino, Bacharelado Em Física Biológica, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Trabalho de Conclusão de Curso - 20 horas
Eletromagnetismo - 90 horas
08/2008 - 12/2008
Ensino, Bacharelado Em Física Biológica, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Complementos de Eletromagnetismo (Optativa ) - 60 horas
Métodos Computacionais I - 60 horas
01/2008 - 12/2008
Extensão universitária , Instituto de Biociências Letras e Ciências Exatas de São José do Rio Preto, .

Atividade de extensão realizada
Coordenação do Projeto de Extensão Universitária "A Música e a Comunidade".
03/2008 - 07/2008
Ensino, Bacharelado Em Física Biológica, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Eletromagnetismo - 90 horas
03/2007 - 01/2008
Ensino, Bacharelado Em Física Biológica, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Eletromagnetismo - 90 horas - 1o. semestre
Métodos Computacionais I - 60 horas - 2o. semestre
Trabalho de Conclusão de Curso (Supervisor) - 1o. e 2o. semestre
08/2007 - 12/2007
Ensino, Biofísica Molecular, Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
Forças Intermoleculares
10/2005 - 10/2007
Conselhos, Comissões e Consultoria, Instituto de Biociências Letras e Ciências Exatas de São José do Rio Preto, Departamento de Física.

Cargo ou função
Membro de conselho de unidade - Conselho Departamental.
03/2007 - 08/2007
Ensino, Matemática, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Física Geral e Experimental II - 60 horas - 1o. semestre
8/2003 - 8/2007
Direção e administração, Instituto de Biociências Letras e Ciências Exatas de São José do Rio Preto, Departamento de Física.

Cargo ou função
Coordenador do Curso de Graduação Bacharelado em Física Biológica.
7/2006 - 12/2006
Ensino, Bacharelado Em Física Biológica, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Física III - 60 horas - 2o. semetre - 11 alunos
Métodos Computacionais I - 60 horas- 2o. semestre - 40 alunos
07/2006 - 12/2006
Ensino, Bacharelado Em Química Ambiental, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Física II - 2o. semestre - 60 horas - 14 alunos
3/2006 - 12/2006
Ensino, Matemática, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Física Geral e Experimental II - 120 horas - Anual - 54 alunos
3/2006 - 12/2006
Extensão universitária , Instituto de Biociências Letras e Ciências Exatas de São José do Rio Preto, Departamento de Física.

Atividade de extensão realizada
A Música e a Comunidade (Projeto em colaboração com a regente do coral do IBILCE/UNESP).
3/2006 - 7/2006
Ensino, Bacharelado Em Física Biológica, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Física III - 60 horas
3/2006 - 7/2006
Ensino, Bacharelado Em Química Ambiental, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Física II - 1o. semestre - 60 horas - 51 alunos
3/2005 - 12/2005
Ensino, Bacharelado Em Ciëncias da Computação, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Física I - 60 horas
3/2005 - 12/2005
Ensino, Bacharelado Em Física Biológica, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Métodos Computacionais I - 60 horas - 1o. semestre
3/2005 - 12/2005
Ensino, Bacharelado Em Física Biológica, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Métodos Computacionais I - 60 horas - 2o. semestre
2/2005 - 12/2005
Extensão universitária , Instituto de Biociências Letras e Ciências Exatas de São José do Rio Preto, Departamento de Física.

Atividade de extensão realizada
A Música e a Comunidade (Projeto em colaboração com a regente do coral do IBILCE/UNESP).
8/2003 - 12/2005
Conselhos, Comissões e Consultoria, Instituto de Biociências Letras e Ciências Exatas de São José do Rio Preto, Departamento de Física.

Cargo ou função
Membro de colegiado superior - Congregação.
8/2005 - 11/2005
Ensino, Biofísica Molecular, Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
Forças Intermoleculares - 2o. semestre - 180 h-a
2005 - 2005
Conselhos, Comissões e Consultoria, Instituto de Biociências Letras e Ciências Exatas de São José do Rio Preto, Departamento de Física.

Cargo ou função
Consultor Ad-hoc - CNPq.
8/2004 - 12/2004
Ensino, Bacharelado Em Física Biológica, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Física III - 60 horas - 2o. semestre
4/2004 - 12/2004
Extensão universitária , Instituto de Biociências Letras e Ciências Exatas de São José do Rio Preto, Departamento de Física.

Atividade de extensão realizada
Desenvolvimento de um protótipo do banco de dados para o arquivo virtual do arquivo histórico da FAFI/São José do Rio Preto.
2/2004 - 12/2004
Ensino, Bacharelado Em Matemática, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Física Geral e Experimental II - 120 horas - Anual
2/2004 - 12/2004
Ensino, Bacharelado Em Química Ambiental, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Física I - 60 horas - 1o. semestre
2/2004 - 12/2004
Extensão universitária , Instituto de Biociências Letras e Ciências Exatas de São José do Rio Preto, Departamento de Física.

Atividade de extensão realizada
A Música e a Comunidade (Projeto em colaboração com a regente do coral do IBILCE/UNESP).
2004 - 2004
Conselhos, Comissões e Consultoria, Instituto de Biociências Letras e Ciências Exatas de São José do Rio Preto, Departamento de Física.

Cargo ou função
Consultor Ad-hoc - CNPq.
6/2003 - 12/2003
Extensão universitária , Instituto de Biociências Letras e Ciências Exatas de São José do Rio Preto, Departamento de Física.

Atividade de extensão realizada
Levantamento, localização e classificação da documentação existente no IBILCE/UNESP sobre a Faculdade de Filosofia de São José do Rio Preto, FAFI.
2/2003 - 12/2003
Ensino, Bacharelado Em Química Ambiental, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Física I - 60 horas - 2o. semestre
2/2003 - 12/2003
Ensino, Bacharelado Em Matemática, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Física Geral e Experimental II - 120 horas - anual
3/2002 - 12/2002
Ensino, Licenciatura Em Matemática, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Física Geral e Experimental I
3/2002 - 12/2002
Ensino, Biofísica Molecular, Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
Forças Intermoleculares - 180 h-a - 1o. semestre
2/2002 - 12/2002
Ensino, Licenciatura Em Matemática, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Física Geral e Experimental I
8/1978 - 12/2001
Ensino, Licenciatura Em Matemática, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Física Geral e Experimental I
Física Geral e Experimental II
Física Geral II
Física Geral III
Física Geral I
Biofísica
3/2001 - 7/2001
Ensino, Biofísica Molecular, Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
Forças Intermoleculares - 180 h-a - 1o. semestre
3/1995 - 12/2000
Ensino, Biofísica Molecular, Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
Tópicos Especiais: Forças Intermoleculares
Biofísico-Química de Macromoléculas
Tópicos Especiais: Métodos Teóricos e Computacionais
3/1999 - 11/2000
Extensão universitária , Instituto de Biociências Letras e Ciências Exatas de São José do Rio Preto, Departamento de Física.

Atividade de extensão realizada
Física no ensino médio: conceitos, para professores do ensino médio da rede pública.
1/1997 - 7/2000
Direção e administração, Instituto de Biociências Letras e Ciências Exatas de São José do Rio Preto, Departamento de Física.

Cargo ou função
Coordenador de curso de Pós-Graduação.
3/1986 - 4/1990
Direção e administração, Instituto de Biociências Letras e Ciências Exatas de São José do Rio Preto, Departamento de Física.

Cargo ou função
Chefe de Departamento.
7/1985 - 7/1985
Extensão universitária , Instituto de Biociências Letras e Ciências Exatas de São José do Rio Preto, Departamento de Física.

Atividade de extensão realizada
Curso sobre revisão e atualização dos professores de física, para professores III da rede oficial de ensino de 2o. grau.
1/1982 - 1/1982
Extensão universitária , Instituto de Biociências Letras e Ciências Exatas de São José do Rio Preto, Departamento de Física.

Atividade de extensão realizada
Curso de Difusão Cultural e Científica para alunos do 1o. grau.


Linhas de pesquisa


1.
Análise Conformacional de Macromoléculas
2.
Modelos Mecânicos para o Estudo da Desnaturação Térmica do DNA


Projetos de pesquisa


2006 - Atual
Título: Análise da dinâmica de estruturas secundárias de peptídeos em ambientes diversos e os mecanismos de interação com bicamadas lípidicas

Descrição: Mastoparano é a denominação genérica para a família de tetra-decapeptídeos extraídos do veneno de vespas. Eles cumprem várias funções biológicas como atividade antimicrobiana, atividade hemolítica, degranulação de mastócitos, alguns são citotóxicos e/ ou neurotóxicos, entre outros efeitos. Fatores como a sequência primária, a distribuição de grupos carregados, a hidrofobicidade, a amidação do N-terminal e a estrutura secundária determinam a eficiência dos peptídeos em suas funções biológicas. Por outro lado estes peptídeos não têm preferencia por uma estrutura secundária em solução aquosa. O objetrivo deste projeto é compreender a interação destes peptídeos e os condicionantes para sua estruturação em sistemas que mimetizem o ambiente da membrana celular, tais como: misturas TFE-água, micelas de SDS e bicamadas lípidicas. Espera-se, com as informações obtidas, propor o redesenho de peptídeos tornando-os mais específicos e eficientes..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (2) / Mestrado profissionalizante: (0) / Doutorado: (1) .

Integrantes: Jose Roberto Ruggiero - Coordenador / Jorge Chahine - Integrante / F A M Cezar - Integrante / Sabrina Thais Broggio Costa - Integrante / Támara R. Valder - Integrante / Gisele Baldissera - Integrante.
Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Bolsa / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Bolsa / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Bolsa / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
Número de produções C, T & A: 1 / Número de orientações: 2
2005 - 2008
Título:Estudo conformacional de carboidratos: dinâmica molecular de um sacarídeo da parede celular da bactéria "Burkolderia Cepacia"

Descrição: Burkolderia Cepacia é uma bactéria comum encontrada no solo e que não causa maiores problemas para a maioria dos humanos. Porém, desde a década de 80, ela vem sendo largamente estudada como um fator muito importante na mortalidade de pacientes com fibrose cística. A análise do muco desses pacientes têm revelado a presença de um polissacarídeo da parede extra-celular dessa bactéria e conjectura-se sobre o seu papel no funcionamento do sistema. Os estudos conformacionais sobre esses sacarídeos somente agora começam a aparecer. Nosso objetivo nesse projeto é estudar por dinâmica molecular as conformações e propriedades dinâmicas do sacarídeo e oligômeros. Os dados da análise química revelam o monômero como sendo constituído de 3 resíduo de glicopiranose com ligação glicosídica tipo (1-3)-(1-4) e (1-3), porém devido a ramificações o monômero tem sete unidades piranosídicas. .
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissionalizante: (0) / Doutorado: (1) .

Integrantes: Jose Roberto Ruggiero - Coordenador / R Urbani - Integrante / Carlos Emídio Sampaio Nogueira - Integrante.
Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Bolsa.
Número de produções C, T & A: 2 / Número de orientações: 1
2005 - Atual
Título: Estudo de modelos mecânicos para a dinâmica e a desnaturação térmica do ADN

Descrição: Modelos simples para descrever a desnaturação térmica do DNA têm sido alvo de estudos de minha colaboração com o Prof. Drigo Filho desde a sua tese de doutoramento em 1992. Os resultados usando técnicas da mecânica estatística integradas ao formalismo do operador integral de transferência a modelos vibracionais e um modelo vibro-rotacional foram temas de publicações no contexto da desnaturação térmica do ADN. Do ponto de vista dinâmico nosso interesse se concentra nos processos de localização de energia na cadeia e seus possíveis efeitos na replicação e transcrição gênica. .
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (2) / Mestrado profissionalizante: (0) / Doutorado: (2) .

Integrantes: Jose Roberto Ruggiero - Integrante / Elso Drigo Filho - Coordenador / Ricardo Alexandre dos Santos Silva - Integrante / Joaquim Manoel da Silva - Integrante / Antonio Ponno - Integrante / Jayme Vicente de Luca Filho - Integrante / Gabriel Gouvêa Slade - Integrante / Hernán Cortez Gutierrez - Integrante.
Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Bolsa / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Bolsa.
Número de produções C, T & A: 4 / Número de orientações: 4


Áreas de atuação


1.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Física / Subárea: Física Geral/Especialidade: Física Clássica e Física Quântica; Mecânica e Campos.
2.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Biofísica / Subárea: Biofísica Molecular.


Idiomas


Inglês
Compreende Razoavelmente, Fala Pouco, Lê Razoavelmente, Escreve Razoavelmente.
Italiano
Compreende Bem, Fala Razoavelmente, Lê Bem, Escreve Razoavelmente.


Produções



Produção bibliográfica
Citações

SCOPUS

Artigos completos publicados em periódicos

1.
SLADE, Gabriel Gouvêa2012SLADE, Gabriel Gouvêa ; RIBEIRO, N. F. ; DRIGO FILHO, Elso ; Jose Roberto Ruggiero . Analysis of Lattice Size, Energy Density and Denaturation for a One-Dimensional DNA Model. World Journal of Mechanics, v. 2, p. 84-89, 2012.

2.
SLADE, Gabriel Gouvêa2010SLADE, Gabriel Gouvêa ; Ruggiero, José Roberto ; DRIGO FILHO, Elso . Stability of breathers in simple mechanical models for DNA. Journal of Physics. Conference Series (Online), v. 246, p. 012039-012039, 2010.

3.
Silva, J. M.2009Silva, J. M. ; Drigo Filho, E. ; RUGGIERO, J. R. . Localization and delocalization of energy in a Peyrard-Bishop chain. The European Physical Journal. E, Soft Matter, v. 29, p. 245-251, 2009.

4.
RUGGIERO, J. R.;Ruggiero, José Roberto;Ruggiero, J.R.;Ruggiero, J. R.;Jose Roberto Ruggiero2008RUGGIERO, J. R. ; SCOTT, Luiz Paulo Barbour ; CHAHINE, Jorge . Use of Genetic Algorithms and Solvation Potential to Study Peptides Structure. Applied Mathematics and Computation, v. 195, p. 515-522, 2008.

5.
Herasimenka, Y2008Herasimenka, Y ; CESCUTTI, P ; NOGUEIRA, Carlos Emídio Sampaio ; RUGGIERO, J. R. ; URBANI, R ; IMPALLOMENI, G. ; ZANETTI, F. ; CAMPIDELLI, S. ; PRATO, M. ; RIZZO, R . Macromolecular properties of cepacian in water and in dimethylsulphoxide. Carbohydrate Research, v. 343, p. 81-89, 2008.

6.
RUGGIERO, J. R.;Ruggiero, José Roberto;Ruggiero, J.R.;Ruggiero, J. R.;Jose Roberto Ruggiero2008RUGGIERO, J. R. ; SCOTT, Luiz Paulo Barbour ; CHAHINE, Jorge . Predicting peptides Structure with Solvation Potential and Rotamer Library Dependent of the Backbone.. Applied Mathematics and Computation, v. 199, p. 155-161, 2008.

7.
RUGGIERO, J. R.;Ruggiero, José Roberto;Ruggiero, J.R.;Ruggiero, J. R.;Jose Roberto Ruggiero2008RUGGIERO, J. R. ; SCOTT, Luiz Paulo Barbour ; CHAHINE, Jorge . Using Genetic Algorithm to Design Protein Sequence. Applied Mathematics and Computation, v. 200, p. 1-9, 2008.

8.
dos Santos Cabrera, Marcia Perez2008dos Santos Cabrera, Marcia Perez ; Costa, Sabrina Thais Broggio ; Souza, Bibiana Monson ; Palma, Mario Sérgio ; Ruggiero, José Roberto ; RUGGIERO NETO, João . Selectivity in the mechanism of action of antimicrobial mastoparan peptide Polybia-MP1. European Biophysics Journal, v. 37, p. 879-891, 2008.

9.
Cabrera, M P S2008Cabrera, M P S ; ARCISIO-MIRANDA, M. ; Broggio Costa, Sabrina Thais ; Konno, Katsuhiro ; RUGGIERO, J. R. ; Procopio, Joaquim ; RUGGIERO NETO, João . Study of the mechanism of action of anoplin, a helical antimicrobial decapeptide with ion channel-like activity, and the role of the amidatedC-terminus. Journal of Peptide Science, v. 14, p. 661-669, 2008.

10.
Silva, R. A. S.2008Silva, R. A. S. ; Filho, E. Drigo ; RUGGIERO, J. R. . A Model Coupling Vibrational and Rotational Motion for the DNA Molecule. Journal of Biological Physics, p. 1, 2008.

11.
SILVA, Ricardo Alexandre dos Santos2008SILVA, Ricardo Alexandre dos Santos ; DRIGO FILHO, Elso ; Ruggiero, José Roberto . Thermodynamic Analysis of a Non Linear Lattice. Brazilian Journal of Physics, v. 38, p. 362-366, 2008.

12.
GUTIERREZ, H. C.2008GUTIERREZ, H. C. ; DRIGO FILHO, Elso ; RUGGIERO, J. R. . Breather Stability in One Dimensional Lattices with Breather Stability in One Dimensional Lattices with Breather Stability in One Dimensional Lattices with a Symmetric Morse Potential. TEMA. Tendências em Matemática Aplicada e Computacional, v. 9, p. 205-212, 2008.

13.
SCOTT, Luiz Paulo Barbour2007SCOTT, Luiz Paulo Barbour ; CHAHINE, Jorge ; RUGGIERO, J. R. . Aplicação de Redes MLP na Predição de Estrutura Secundária de Proteínas-PREDCASA. Biomatemática (UNICAMP), v. 17, p. 87-100, 2007.

14.
PONNO, Antonio2006PONNO, Antonio ; RUGGIERO, J. R. ; DRIGO FILHO, Elso ; LUCA FILHO, Jayme Vicente de . Energy localization in the Fi4 oscillator chain. Physical Review E - Statistical Physics, Plasmas, Fluids and Related Interdisciplinary Topics, v. 73, n.5, p. 56609-56612, 2006.

15.
NOGUEIRA, Carlos Emídio Sampaio2005NOGUEIRA, Carlos Emídio Sampaio ; RUGGIERO, J. R. ; SIST, P ; CESCUTTI, P ; URBANI, R ; RIZZO, R . Conformational features of cepacian: the exopolysaccharide produced by clinical strains of Burkholderia cepacia. Carbohydrate Research, v. 340, n.5, p. 1025-1037, 2005.

16.
LUCA, J de2004LUCA, J de ; PONNO, Antonio ; DRIGO FILHO, Elso ; RUGGIERO, J. R. . Energy localization in the Peyrard-Bishop DNA model. Physical Review E - Statistical Physics, Plasmas, Fluids and Related Interdisciplinary Topics, v. 70, n.2, 2004.

17.
BORGES, Glaucia Rosangela Peglow2003BORGES, Glaucia Rosangela Peglow ; DRIGO FILHO, Elso ; RUGGIERO, J. R. . Variational Metohd for Excited States from Supersymmetric Techniques. Canadian Journal of Physics, v. 81, n.11, p. 1283-1291, 2003.

18.
RUGGIERO, J. R.;Ruggiero, José Roberto;Ruggiero, J.R.;Ruggiero, J. R.;Jose Roberto Ruggiero2001RUGGIERO, J. R. ; AUGUSTO, P S P ; DRIGO FILHO, Elso . Statistical Model to DNA Melting. Eclética Química (Araraquara), 2001.

19.
DRIGO FILHO, Elso1997DRIGO FILHO, Elso ; RUGGIERO, J. R. . H-Bond simulation in DNA using a harmonic oscillator isospectral potential. Physical Review E - Statistical Physics, Plasmas, Fluids and Related Interdisciplinary Topics, Estado Unidos, v. 56, n.3, p. 4486-4490, 1997.

20.
RUGGIERO, J. R.;Ruggiero, José Roberto;Ruggiero, J.R.;Ruggiero, J. R.;Jose Roberto Ruggiero1995 RUGGIERO, J. R. ; URBANI, R ; CESARO, A. . Conformational features of galacturonans I. Structure and energy minimization of charged and uncharged galacturonan dimeric units. International Journal of Biological Macromolecules, Holanda, v. 17, p. 205-212, 1995.

21.
RUGGIERO, J. R.;Ruggiero, José Roberto;Ruggiero, J.R.;Ruggiero, J. R.;Jose Roberto Ruggiero1995 RUGGIERO, J. R. ; CESARO, A. ; URBANI, R . Conformational features of galacturonan II. configurational statistics of pecticpolymers. International Journal of Biological Macromolecules, Holanda, v. 17, p. 213-218, 1995.

22.
DRIGO FILHO, Elso1994DRIGO FILHO, Elso ; RUGGIERO, J. R. . A supersymmetric family of harmonic oscillator simulating DNA. Nasa Conference Proceedings Series, Estados Unidos, v. 3286, p. 45-49, 1994.

23.
RUGGIERO, J. R.;Ruggiero, José Roberto;Ruggiero, J.R.;Ruggiero, J. R.;Jose Roberto Ruggiero1994RUGGIERO, J. R. ; RUGGIERO NETO, João . Aplicação da equação de Poisson-Boltzmann a dissociação de poliácidos fracos. Química Nova, Brasil, v. 17, n.6, p. 520-526, 1994.

24.
DRIGO FILHO, Elso1993DRIGO FILHO, Elso ; RUGGIERO, J. R. . Quasi-continuo um models of Low-frequency oscillators in DNA using the Morse potential. Brazilian Journal of Physics, Brasil, v. 23, n.2, p. 185-188, 1993.

25.
RUGGIERO, J. R.;Ruggiero, José Roberto;Ruggiero, J.R.;Ruggiero, J. R.;Jose Roberto Ruggiero1991 RUGGIERO, J. R. ; DRIGO FILHO, Elso . Parameters to describes the H-bond in DNA. Physical Review. A, Estado Unidos, v. 44, p. 8435-8436, 1991.

26.
RUGGIERO, J. R.;Ruggiero, José Roberto;Ruggiero, J.R.;Ruggiero, J. R.;Jose Roberto Ruggiero1980RUGGIERO, J. R. ; ZIMERMAN, A. H. ; VILLANI, A. . Some comments on the application of analytie regularization to the Casimir forces. Journal of Physics. A, Mathematical and General, Holanda, v. 13, p. 761-764, 1980.

27.
RUGGIERO, J. R.;Ruggiero, José Roberto;Ruggiero, J.R.;Ruggiero, J. R.;Jose Roberto Ruggiero1977 RUGGIERO, J. R. ; ZIMERMAN, A. H. ; VILLANI, A. . Application of analytie regularization to the Casimir Forces. Revista Brasileira de Ensino de Física, Brasil, v. 7, p. 663-669, 1977.

Capítulos de livros publicados
1.
CESARO, A. ; ANGIOLETTI, C ; RUGGIERO, J. R. . Amylosics chain conformationa and dynamics. In: V.P. Yuryev; A. Cesàro; W. J. Bergthaller. (Org.). Starch and Starch Containing Origins: Structure Properties and New Technologies. New York: Nova Science Publishers Inc., 2002, v. , p. 3-22.

2.
RUGGIERO, J. R. . Topological and long range interactions in statistical analysis of charged polymers. In: Henrik Aratyn; Luiz Agostinho Ferreira; José Francisco Gomes. (Org.). Theoretical Physics II. São Paulo: , 1998, v. II, p. 308-316.

Trabalhos completos publicados em anais de congressos
1.
FERREIRA, Sergio e ; DRIGO FILHO, Elso ; RUGGIERO, J. R. . Modelo Dinâmico para a Molécula do DNA. In: 2o. Congresso Temático de Aplicações de Dinâmica e Controle, (SBMAC), 2003, São José dos Campos - SP. CTADC, 2003. v. 2o.. p. 2922-2931.

2.
SCOTT, Luiz Paulo Barbour ; RUGGIERO, J. R. ; CHAHINE, Jorge . Predição de estruturas de proteínas utilizando redes de Hopfield. In: VI th Brazilian Symposium on Neural Network, 2000, Rio de Janeiro-RJ. International Proceedings, 2000. v. VI.

3.
DRIGO FILHO, Elso ; RUGGIERO, J. R. . Thermic Denaturation of DNA - A Possible Application of Supersymmetric Potential. In: XI Encontro Nacional de Física de Partículas e Campos, 1990, Caxambu-MG. ENFPC, 1990. v. XI. p. 355-358.

Resumos expandidos publicados em anais de congressos
1.
Slade, G G ; Filho, E Drigo ; Ruggiero, José Roberto . The influence of energy changes in breathers. In: Encontro de Física 2011, 2011, Foz do Iguaçu. Journal of Physics. Conference Series (Online), 2011. v. 285. p. 012030-012030.

2.
SLADE, Gabriel Gouvêa ; Ruggiero, José Roberto ; DRIGO FILHO, Elso . Influence of energy changes in breathers. In: Dynamics Days South America, 2010, São José dos Campos. DDSA, 2010. v. 2010. p. ---.

3.
SCOTT, Luiz Paulo Barbour ; CHAHINE, Jorge ; RUGGIERO, J. R. . Prediction of Pepetides Structure Using Genetic Algorithms and Rotamer Library. In: Annual Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB), 2007, Viena. ISMB, 2007.

Resumos publicados em anais de congressos
1.
SLADE, Gabriel Gouvêa ; RUGGIERO, J. R. ; HARRIS, S. A. . Estudo por dinâmica molecular da desestabilização da dupla fita do DNA por estresse torcional induzido. In: II Escola Brasileira de Modelagem Molecular, 2013, Santo André. Caderno de Resumos EBMM, 2013. v. II. p. 26-26.

2.
ANJOS, F. A. C. ; Ruggiero, J.R. ; BARRIONUEVO, M. V. F. . Mapping of Protein Surfaces for Identification of Functional Similarity Between Treble Clef Finger Motifs. In: Workshop on Drug Design and Neglected Tropical Diseases, 2013, São Carlos. WDDNTD, 2013. v. 21. p. ---.

3.
GUERRA, M. E. R. ; Ruggiero, José Roberto ; BALDISSERA, G. ; Cabrera, M P S . Study ofstructural features of peptides with leishmanicidal action. In: VIIth Brazilian Meeting on Simulational Physics, 2013, João Pessoa. BMSP, 2013. v. VII. p. ---.

4.
GUERRA, M. E. R. ; Jose Roberto Ruggiero ; BALDISSERA, G. ; Cabrera, M P S . Prospecting new peptides with leishmanicidal activity by molecular dynamics. In: Workshop on Drug Design and Neglected Tropical Diseases, 2013, São Carlos. WDDNTD, 2013. v. -. p. ---.

5.
SLADE, Gabriel Gouvêa ; DRIGO FILHO, Elso ; Jose Roberto Ruggiero . Modelos mecânicos para o estudo da dinâmica do DNA. In: Workshop on Second Generation Bioethanol 2013: Enzymatic Hydrolysis, 2013, Campinas. WSB, 2013. v. 2. p. ---.

6.
dos Santos Cabrera, Marcia Perez ; MARTINS, D. B. ; Ruggiero, José Roberto ; GUERRA, M. E. R. . Decoralins, Short-Chain Antimicrobial Peptides with Leishmanicidal Activity: Structure- Function Relationship Compared to More Efficient Peptides.. In: Workshop on Drug Design and Neglected Tropical Diseases, 2013, São Carlos. WDDNTD, 2013. v. -. p. ---.

7.
dos Santos Cabrera, Marcia Perez ; BALDISSERA, G. ; SILVA, L. C. ; SOUZA, B. M. ; Palma, Mario Sérgio ; RISQUE, K. A. ; Ruggiero, José Roberto ; Arcisio-Miranda, Manoel . Royal Jelly, an amenable source of short chain antimicrobial peptides: a combined experimental and theoretical study of the mechanism of action. In: EuroPeptides 2013., 2013, Praga. Euro Peptides, 2013. v. -. p. ---.

8.
BALDISSERA, G. ; RUGGIERO, J. R. ; SOUZA, B. M. ; PALMA, M. S. ; Cabrera, M P S . Use of Molecular Dynamics simulations to compare short-chain antimicrobial peptides: structural reasons for antimicrobial activity differences and search for synergistic effects of mixtures. In: XXXV Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada, 2012, Águas de Lindóia. ENFMC, 2012. v. XXXV. p. ---.

9.
SLADE, Gabriel Gouvêa ; RIBEIRO, N. F. ; DRIGO FILHO, Elso ; Ruggiero, José Roberto . Dynamical Aspects of the DNA Denaturation in the Peyrard-Bishop Model. In: Encontro de Física 2011, 2011, Foz do Iguaçú. Integração da Física na América Latina. São Paulo: Sociedade Brasileira de Física, 2011. v. -. p. 84-84.

10.
RIBEIRO, N. F. ; SLADE, Gabriel Gouvêa ; DRIGO FILHO, Elso ; Ruggiero, José Roberto . Thermodynamics Aspects of the DNA Denaturation in the Peyrard-Bishop Model. In: Encontro de Física 2011, 2011, Foz do Iguaçú. Integração da Física na América Latina. São Paulo: Sociedade Brasileira de Física, 2011. v. -. p. 84-84.

11.
BALDISSERA, G. ; Ruggiero, José Roberto ; CHAHINE, Jorge ; Cabrera, M P S . A Conformational Study of Protonectin Peptides using Molecular Dynamics. In: Encontro de Física 2011, 2011, Foz do Iguaçú. Integração da Física na América Latina. São Paulo: Sociedade Brasileira de Física, 2011. v. -. p. 84-84.

12.
Cabrera, M P S ; Souza, Bibiana Monson ; GOMES, P. C. ; BALDISSERA, G. ; Ruggiero, José Roberto ; Palma, Mario Sérgio . Short-chain Peptide Interactions with Mimetic Systems: a Case Study with jelleine, an Antomicrobial and Antifungal peptide from the Royal Jelly. In: 17th Congress of the European Section of the International Society on Toxinology, 2011, Valencia. Congress of the European Section of the International Society on Toxinology, 2011. v. 17. p. ---.

13.
BALDISSERA, G. ; RUGGIERO, J. R. ; CHAHINE, Jorge ; Cabrera, M P S . A Conformational Study of Protonectin Peptides using Molecular Dynamics. In: Simpósio Interdisciplinar Física + Bioinformática 2011, 2011, São José do Rio Preto. SIFBio, 2011. v. 2011. p. 27-28.

14.
SLADE, Gabriel Gouvêa ; DRIGO FILHO, Elso ; RUGGIERO, J. R. . A Longitudinal Model for DNA. In: Simpósio Interdisciplinar Física + Bioinformática 2011, 2011, São José do Rio Preto. SIFBio, 2011. v. 2011. p. 29-29.

15.
SOUZA, C. P. ; ARAUJO, A. S. ; RUGGIERO, J. R. . Estudo por Dinâmica Molecular do Pepídeo Anoplin Completamente inserido numa Micela de SDS. In: Simpósio Interdisciplinar Física + Bioinformática 2011, 2011, São José do Rio Preto. SIFBio, 2011. v. 2011. p. 51-51.

16.
BALDISSERA, G. ; RUGGIERO, J. R. ; Cabrera, M P S . Investigating Structural Reasons for Antimicrobial Profile Differences Amon Short-Chain Peptides with Molecular Dynamics Tools.. In: Simpósio Interdisciplinar Física + Bioinformática 2011, 2011, São José do Rio Preto. SIFBio, 2011. v. 2011. p. 57-57.

17.
RIBEIRO, N. F. ; SLADE, Gabriel Gouvêa ; DRIGO FILHO, Elso ; RUGGIERO, J. R. . Thermodynamical and Dynamical Aspects of the DNA Denaturation in the Peyrard-Bishop Model.. In: Simpósio Interdisciplinar Física + Bioinformática 2011, 2011, São José do Rio Preto. SIFBio, 2011. v. 2011. p. 86-86.

18.
SOUZA, C. P. ; Ruggiero, José Roberto . Estudo Conformacional por Dinâmica Molecular do Anoplin em Solução Aquosa contendo Micelas de SDS. In: Simpósio Interdisciplinar Física + Bioinformática 2011, 2011, São José do Rio Preto. SIFBio, 2011. v. 2011. p. ---.

19.
BALDISSERA, G. ; COSTA, S. T. B. ; CHAHINE, Jorge ; RUGGIERO, J. R. . Conformational analysis of isolated and in association protonectin and protonectin (1-6) peptides in water/TFE mixtures. In: XXXIII Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada, 2010, Águas de Lindóia-SP. ENFMC, 2010. v. XXXIII. p. ---.

20.
LOPES FILHO, F. C. ; RUGGIERO, J. R. . Analysis of peptide/lipids complexes by molecular dynamics simulations. In: XXXIII Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada, 2010, Águas de Lindóia-SP. ENFMC, 2010. v. XXXIII. p. ---.

21.
SLADE, Gabriel Gouvêa ; DRIGO FILHO, Elso ; RUGGIERO, J. R. . Studies of energy localization in the Peyrard-Bishop model for DNA. In: XXXIII Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada, 2010, Águas de Lindóia-SP. ENFMC, 2010. v. XXXIII. p. ---.

22.
VALDER, T. R. ; RUGGIERO, J. R. . Interaction of the antimicrobial peptide Polybia Paulista MP-I with a sodium dodecyl sulphate micelle in aqueous solution using molecular dynamics simulation. In: XXXIII Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada, 2010, Águas de Lindóia-SP. ENFMC, 2010. v. XXXIII. p. ---.

23.
BALDISSERA, G. ; VALDER, T. R. ; Cabrera, M P S ; Ruggiero, José Roberto . Peptide-Membrane Interaction: A Conformational Study Using Molecular Dynamics in Membrane Mimetic Environments.. In: 3rd International Workshop on Spectroscopy for Biology, 2010, Maresias. IWSB, 2010. v. 3. p. 104-104.

24.
LOPES FILHO, F. C. ; Ruggiero, José Roberto . Self-Assembling of Anionic Lipids and a Cationic Peptide by Atomistic Molecular Dynamics Simulations. In: XXXII Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada, 2009, Águas de Lindóia. ENFMC, 2009. v. XXXII. p. 5-5.

25.
SLADE, Gabriel Gouvêa ; Ruggiero, José Roberto . Formation and Stability of Breathers in the Peyrard-Bishop Model for DNA. In: XXXII Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada, 2009, Águas de Lindóia. ENFMC, 2009. v. XXXII. p. 7-7.

26.
BALDISSERA, G. ; Ruggiero, José Roberto . Application of the Replica Exchange Method in Conformational Analysis of the Peptide Protonectin in Mixture TFE-Water. In: XXXII Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada, 2009, Águas de Lindóia. ENFMC, 2009. v. XXXII. p. 8-8.

27.
VALDER, T. R. ; Ruggiero, José Roberto . Stability of Sodium Dodecyl Sulfate (SDS) Micelles in Aqueous Solution as Function of the Temperature: A Molecular Dynamics Study.. In: XXXII Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada, 2009, Águas de Lindóia. ENFMC, 2009. v. XXXII. p. 3-3.

28.
SLADE, Gabriel Gouvêa ; RUGGIERO, J. R. . Stability of breathers in simple mechanical models for DNA. In: XI Latin American Workshop on Nonlinear Phenomena, 2009, Búzios. LAWNP, 2009. v. XI. p. ---.

29.
SLADE, Gabriel Gouvêa ; RUGGIERO, J. R. . Energy localization in non homogeneous chains in the peyrard-bishop model for DNA. In: XXXI Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada, 2008, Águas de Lindóia-SP. ENFMC, 2008. v. XXXI.

30.
COSTA, S. T. B. ; RUGGIERO, J. R. . A comparative molecular dynamics study of the polybia-mp1 and mp-x peptides in mixtures of water-tfe: a possible explanation for the selectivity. In: XXXI Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada, 2008, Águas de Lindóia-SP. ENFMC, 2008. v. XXXI.

31.
VALDER, T. R. ; COSTA, S. T. B. ; RUGGIERO, J. R. . Conformational Effects Of Local Mutations In The Antimicrobial Eumenine Mastoparan-Af Peptide In Mixtures Tfe-Water: A Molecular Dynamic Study. In: XXXI Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada, 2008, Águas de Lindóia-SP. ENFMC, 2008. v. XXXI.

32.
BALDISSERA, G. ; COSTA, S. T. B. ; RUGGIERO, J. R. . Molecular dynamics conformational analysis of emp-af: effects on the amphipathic helicoidal structure due to localized mutation at the glycine 9 residue. In: XXXI Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada, 2008, Águas de Lindóia-SP. ENFMC, 2008. v. XXXI.

33.
GUTIERREZ, H. C. ; DRIGO FILHO, Elso ; Ruggiero, José Roberto . Phonobreather Stability in One-Dimensional Models. In: Brazilian Conference on Dynamics, Control and Applications, 2008, Presidente Prudente-SP. DINCON, 2008. v. 7.

34.
SILVA, Ricardo Alexandre dos Santos ; DRIGO FILHO, Elso ; RUGGIERO, J. R. . A Model Coupling Vibrational and Rotational Motion for the DNA Molecule.. In: Workshop Zeros of Graph Polynomials, 2008, Cambridge. WZGP, 2008. v. -. p. ---.

35.
GUTIERREZ, H. C. ; DRIGO FILHO, Elso ; Ruggiero, José Roberto . Phonobreather Stability in One-Dimensional Models. In: 7th Brazilian Conference on Dynamics, Control and Aplications, 2008, Presidente Prudente-SP. DINCON, 2008. v. -. p. ---.

36.
GUTIERREZ, H. C. ; DRIGO FILHO, Elso ; Ruggiero, José Roberto . Energy Localiza Breather Trapping for Phase. In: Conference on Computational Physics, 2008, Ouro Preto-MG. CCP, 2008. v. -. p. ---.

37.
GUTIERREZ, H. C. ; DRIGO FILHO, Elso ; Ruggiero, José Roberto . Breather Stability and Phase Transition in Klein-Gordon Systems. In: XXVI Encontro de Físicos do Norte e Nordeste, 2008, Recife-PE. EFNNE, 2008. v. XXVI. p. ---.

38.
CHAHINE, Jorge ; RUGGIERO, J. R. ; SCOTT, Luiz Paulo Barbour . Application of Genetic Algorithms in Prediction of Hydrophobic Core. In: Workshop on Collaborative Bioinformatics, 2007, Malaga. Workshop Bioinformatics, 2007.

39.
LOPES FILHO, F. C. ; COSTA, S. T. B. ; RUGGIERO, J. R. . Molecular Dynamics Study of the Conformational Stability of Eumenine Mastoparan, EMP-AF, Peptide Dimers in Water and TFE-Water Mixtures. In: XXX Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada, 2007, São Lourenço-MG. ENFMC, 2007. v. XXX.

40.
NOGUEIRA, Carlos Emídio Sampaio ; RUGGIERO, J. R. ; URBANI, R. ; RIZZO, R . Conformational Features of Cepacian: The Exopolysaccharide Produced by Clinical Strains of Textit (Burkholderia Cepacia). In: XXX Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada, 2007, São Lourenço-MG. ENFMC, 2007. v. XXX.

41.
GUTIERREZ, H. C. ; DRIGO FILHO, Elso ; RUGGIERO, J. R. ; MARAVER, J. C. . Estabilidade de Modelos Dinâmicos com Potenciais de Morse Simétrico e Assimétrico. In: XXX Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada, 2007, São Lourenço-MG. ENFMC, 2007. v. XXX.

42.
SLADE, Gabriel Gouvêa ; RUGGIERO, J. R. . Stability and Nonlinear Control of an Horizontal Double Pendulum. In: XXX Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada, 2007, São Lourenço-MG. ENFMC, 2007. v. XXX.

43.
Cabrera, M P S ; COSTA, S. T. B. ; KONNO, K. ; RUGGIERO, J. R. ; RUGGIERO NETO, João ; PROCOPIO, J. ; ARCISIO-MIRANDA, M. . The Role of the amidated C-terminus in Anopolin, a helical antimicrobial decapeptide with íon channel-like activity. In: 6th International Conference of Biological Physics ICBP 2007, 2007, Montevídeo. ICBP-2007. Montevídeo: UNESCO, 2007. v. 6. p. 109-109.

44.
Cabrera, M P S ; BROGGIO, Sabrina Thais ; SOUZA, B. M. ; PALMA, M. S. ; RUGGIERO, J. R. ; RUGGIERO NETO, João . Selectivity of antimicrobial peptide Polybia-MP1: lytic activity and conformational investigation correlated with Molecular Dynamics. In: 6th International Conference of Biological Physics ICBP 2007, 2007, Montevídeo. ICBP 2007. Montevídeo: UNESCO, 2007. v. 6. p. 111-111.

45.
SLADE, Gabriel Gouvêa ; RUGGIERO, J. R. . Estabilidade e Controle não lineares de Sistemas Mecânicos Simples: o duplo pêndulo horizontal e um par de pêndulos ligados a uma barra oscilante. In: XVIII Congresso de Iniciação Científica, 2006, Bauru-SP. CIC, 2006. v. XVIII.

46.
RUGGIERO, J. R. ; BROGGIO, Sabrina Thais ; CHAHINE, Jorge ; MELO, Denise . Preliminary analysis of an eumenine mastoparan-AF in TFE aqueous solution by Molecular Dynamics Simulations. In: XXXVII Latin-American School of Physics, 2006, São José do Rio Preto-SP. ELAF-2006, 2006. v. XXXVII. p. 11-11.

47.
SCOTT, Luiz Paulo Barbour ; CHAHINE, Jorge ; RUGGIERO, J. R. . Predicting of Protein Strucuture Using Genetic Algosithms and Rotamer Library. In: XXXVII Latin-American School of Physics, 2006, São José do Rio Preto-SP. ELAF-2006, 2006. v. XXXVII. p. 19-19.

48.
SILVA, Ricardo Alexandre dos Santos ; DRIGO FILHO, Elso ; RUGGIERO, J. R. . A Model Coupling Vibrational and Rotational Motion for the DNA Molecule. In: XXXVII Latin-American School of Physics, 2006, São José do Rio Preto-SP. ELAF_2006, 2006. v. XXXVII. p. 20-20.

49.
RUGGIERO, J. R. ; DRIGO FILHO, Elso ; PILZ, Paulo Sérgio Augusto . Estudo do Comportamento Térmico em um Modelo Rotacional para o DNA. In: XXIX Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada, 2006, São Lourenço-MG. ENFMC, 2006. v. XXIX.

50.
DRIGO FILHO, Elso ; RUGGIERO, J. R. ; SILVA, Joaquim Manoel da . Dinâmica do Modelo de Peyrard-Bishop para o DNA: Cadeias não Homogêneas. In: XXIX Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada, 2006, São Lourenço-MG. ENFMC, 2006. v. XXIX.

51.
SILVA, Joaquim Manoel da ; RUGGIERO, J. R. ; DRIGO FILHO, Elso . Energy localization in Peyrard-Bishop model for DNA: the case of non homogeneous chain. In: IV Brazilian Meeting on Simulational Physics, 2005, Ouro Preto-MG. Brazilian Meeting, 2005. v. IV.

52.
RUGGIERO, J. R. ; DRIGO FILHO, Elso ; SILVA, Ricardo Alexandre dos Santos . Um Modelo Vibro-rotacional para a Molécula de DNA. In: XXIIX Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada, 2005, Santos-SP. ENFMC, 2005. v. XXIIX.

53.
RUGGIERO, J. R. ; PELLINZZON, Marinês . Estudo da Dinâmica de Sistemas Não Lineares: O Comportamento Caótico do Pêndulo Físico Forçado. In: XVII Congresso de Iniciação Científica da UNESP, 2005, São José do Rio Preto-SP. CIC, 2005. v. XVII.

54.
BROGGIO, Sabrina R ; NOGUEIRA, Carlos Emídio Sampaio ; RUGGIERO, J. R. . Structural Analysis of Antimicrobial Peptides Through Studies of Computer Simulations. In: 2nd International Workshop on Spectroscopy for Biology, 2004, Rio de Janeiro-RJ. IWSB, 2004. v. 2. p. 170-170.

55.
BROGGIO, Sabrina R ; NOGUEIRA, Carlos Emídio Sampaio ; RUGGIERO, J. R. . Stability of Helical Mastoparan Peptides in Aqueous and in TFE Aqueous Solution by Molecular Dynamics Simulations. In: 1st Latin American Protein Society Meeting, 2004, Angra dos Reis-RJ. LAPSM, 2004. v. 1. p. 270-270.

56.
FERREIRA, Fausto Eduardo ; CHAHINE, Jorge ; RUGGIERO, J. R. ; SCOTT, Luiz Paulo Barbour . Improved Prediction of Protein Secondary Structure Using Neural Networks with Jury Decision. In: 15th Surfactants in Solution Symposium, 2004, Fortaleza-CE. SIS2004, 2004. v. 15.

57.
BROGGIO, Sabrina R ; RUGGIERO, J. R. ; PASCUTI, Pedro G ; RUGGIERO NETO, João . Generalized Simulated Annealing (GSA) Applied to a Comparative Study of Secondary Structure of Mastoparan-X and Eumenine Mastoparan-AF. In: XXXII Reunião Annual da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular, 2003, Caxambu-MG. Reunião Annual da SBBq. São Paulo: XXXII Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular, 2003. v. XXXII. p. 232-232.

58.
FERREIRA, Fausto Eduardo ; CHAHINE, Jorge ; RUGGIERO, J. R. ; SCOTT, Luiz Paulo Barbour . Use of Neural Network Multi Layer Perceptron with Backpropagations Algorithms (RPROP) in the Prediction of Secondary Structure of Proteins. In: V Congresso Ibero-Americano de Biofísica e XXVII Congresso da Sociedade Brasileira de Biofísica, 2003, Rio de Janeiro - RJ. Congresso Ibero-Americano de Biofísica, 2003. v. V. p. 69-69.

59.
FERREIRA, Fausto Eduardo ; CHAHINE, Jorge ; RUGGIERO, J. R. ; SCOTT, Luiz Paulo Barbour . Improved Prediction of Protein Secondary Structure Using Neural Networks with Jury Decision. In: V Congresso Ibero-Americano de Biofísica e XXVII Congresso da Sociedade Brasileira de Biofísica, 2003, Rio de Janeiro - RJ. Congresso Ibero-Americano de Biofísica, 2003. v. V. p. 70-70.

60.
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FOSSEY, Marcelo Andrés ; RUGGIERO NETO, João ; COLOMBO, Marcio Francisco ; RUGGIERO, J. R. . Efeito de Cosolventes na Ligação de pequenos Ligantes com DNA. In: XV Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada, 1992, Caxambu-MG. ENFMC. São Paulo: Sociedade Brasileira de Física, 1992. v. XV. p. 42-42.

99.
RUGGIERO, J. R. ; RUGGIERO NETO, João . Caracterização da Mudança Conformacional em Ácido Poligalacturônico. In: XV Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada, 1992, Caxambu-MG. ENFMC. São Paulo: Sociedade Brasileira de Física, 1992. v. XV. p. 41-41.

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RUGGIERO, J. R. . Estudo das Propriedades Conformacionais de Oligo e Polissacarídeos. In: National Workshop on Conformational and Dynamics of Macromolecule, 1992, Genoa-Italia, 1992.

101.
FOSSEY, Marcelo Andrés ; RUGGIERO NETO, João ; RUGGIERO, J. R. . Influência da Hidratação na Ligação de Ca a Ácidos Nucleicos. In: XIV Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada, 1991, Caxambu-MG. ENFMC. São Paulo: Sociedade Brasileira de Física, 1991. v. XIV. p. 38-38.

102.
RUGGIERO NETO, João ; RUGGIERO, J. R. ; CAVARZAN, R. M. . Estudos Potenciométricos em Ácidos Poligalaturônicos sob Diferentes Condições de Solvente. In: XIV Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada, 1991, Caxambu-MG. ENFMC. São Paulo: Sociedade Brasileira de Física, 1991. v. XIV. p. 39-39.

103.
RUGGIERO, J. R. ; FOSSEY, Marcelo Andrés ; CAVARZAN, R. M. . Resolução Numérica da Equação de Poisson-Boltzmann. In: XIV Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada, 1991, Caxambu-MG. ENFMC. São Paulo: Sociedade Brasileira de Física, 1991. v. XIV. p. 39-39.

104.
DRIGO FILHO, Elso ; RUGGIERO, J. R. . Modelo Quase-Contínuo para Cálculo de Modos de Baixa Frequência no DNA Usando o Potencial de Morse Expandido. In: XIV Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada, 1991, Caxambu-MG. ENFMC. São Paulo: Sociedade Brasileira de Física, 1991. v. XIV. p. 48-48.

105.
DRIGO FILHO, Elso ; BARLETTE, Vania e ; RUGGIERO, J. R. ; OLIVIERI, Johnny Rizzieri . Modelo de Cadeia Equivalente para Albumina em pH 7. In: XIV Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada, 1991, Caxambu-MG. ENFMC. São Paulo: Sociedade Brasileira de Física, 1991. v. XIV. p. 172-172.

106.
FOSSEY, Marcelo Andrés ; RUGGIERO NETO, João ; RUGGIERO, J. R. . Seletividade Iônica em A.N.. In: II Simpósio de Pesquisa e Pós-Graduação em Ciências e Engenharias, 1991, Campos do Jordão-SP. SPPG. São Paulo: UNESP, 1991. v. II. p. 47-47.

107.
RUGGIERO, J. R. ; DRIGO FILHO, Elso . Parameters Describing H-Bond in DNA. In: II Simpósio de Pesquisa e Pós-Graduação em Ciências e Engenharias, 1991, Campos do Jordão-SP. SPPG. São Paulo: UNESP, 1991. v. II. p. 45-45.

108.
RUGGIERO NETO, João ; RUGGIERO, J. R. . Estudo do Ácido Poligalacturônico. In: II Simpósio de Pesquisa e Pós-Graduação em Ciências e Engenharias, 1991, Campos do Jordão-SP. SPPG. São Paulo: UNESP, 1991. v. II. p. 56-56.

109.
RUGGIERO NETO, João ; RUGGIERO, J. R. ; AGOSTINHO NETO, Augusto . Estudo da seletividade na interação de íons com ácidos nucleicos.. In: XIII Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada, 1990, Caxambu-MG. ENFMC. São Paulo: Sociedade Brasileira de Física, 1990. v. XIII.

110.
RUGGIERO, J. R. ; DRIGO FILHO, Elso . Uso de Potencial Anarmonico para Simular as Pontes de Hidrogênio no DNA. In: XI Encontro Nacional de Física de Partículas e Campos, 1990, Caxambu-MG. ENFPC, 1990. v. XI.

111.
RUGGIERO, J. R. ; FOSSEY, Marcelo Andrés ; RUGGIERO NETO, João . DNA-Divalente ions interactions in aqueous solution - A polelectrolytic models study.. In: XII Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada, 1989, Caxambu-MG. ENFMC. São Paulo: Sociedade Brasileira de Física, 1989. v. XII. p. 33-33.

112.
RUGGIERO NETO, João ; FOSSEY, Marcelo Andrés ; RUGGIERO, J. R. . Efeitos polieletrolítico na interação de ligantes com DNA. In: XI Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada, 1988, Caxambu-MG. ENFMC. São Paulo: Sociedade Brasileira de Física, 1988. v. XI. p. 254-254.

Apresentações de Trabalho
1.
Ruggiero, José Roberto . Estudo Conformacional por Dinâmica Molecular de Peptídeos Antimicrobianos da Família dos Mastoparanos em Ambientes que mimetizam Membranas Biológicas. 2011. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

2.
BALDISSERA, G. ; COSTA, S. T. B. ; CHAHINE, Jorge ; RUGGIERO, J. R. . Conformational analysis of isolated and in association protonectin and protonectin (1-6) peptides in water/TFE mixtures. 2010. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

3.
Ruggiero, José Roberto . Structural Features of Some Antimicrobial Peptides from Mastoparan Family: A Molecular Dynamics Study in Water-TFE Mixtures. 2008. (Apresentação de Trabalho/Seminário).


Produção técnica
Trabalhos técnicos
1.
Ruggiero, José Roberto . Parecer em Trabalho completo a ser apresentado no XXI CIC/2009. 2009.

2.
RUGGIERO, J. R. . Parecer em projeto de pesquisa - . 2005.

3.
RUGGIERO, J. R. . Parecer em projeto de pesquisa referente à solicitação de bolsa do Programa Institucional de Bolsas de Iniciação Científica - PIBIC/CNPq. 2004.


Demais tipos de produção técnica
1.
RUGGIERO, J. R. . A Física aos Saltos: a Passagem da Física Clássica para a Física Moderna. 2005. (Curso de curta duração ministrado/Outra).

2.
RUGGIERO, J. R. ; OLIVIERI, Johnny Rizzieri . Mente e Matéria: Um Passeio pelo Real. 2005. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).



Bancas



Participação em bancas de trabalhos de conclusão
Mestrado
1.
CARVALHO, S. J.; SOUZA, A. R.; Ruggiero, José Roberto. Participação em banca de Daniel Lucas Zago Caetano. Estudo por simulação computacional da interação entre polianfóteros fracos e macroíons cilíndricos. 2013. Dissertação (Mestrado em Biofísica Molecular) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

2.
Souza, F.P.; Toledo, K.A.; Ruggiero, José Roberto. Participação em banca de Haroldo de Lima Pimentel Cravo. Estudo da interação da proteína de fusão do vírus Sincicial Respír4atório Humano com Heparina Sulfatada e Flavonóides. 2012. Dissertação (Mestrado em Biofísica Molecular) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

3.
SCOTT, Luiz Paulo Barbour; Ruggiero, José Roberto; KAMIENSKI, C.. Participação em banca de Diogo Stelle. Uso de Data Mining na Descoberta ou Identificação de Regras de Enovelamento baseada em Perfis de Hidrofobicidade. 2011. Dissertação (Mestrado em Engenharia da Informação) - Universidade Federal do ABC.

4.
RUGGIERO, J. R.; FREITAS, Luiz Carlos Gomide; PALMA, M. S.. Participação em banca de Tâmara Rodrigues Valder. Interação do Peptídeo MP-I com micela de SDS em Solução Aquosa: Um Estudo por Dinâmica Molecular. 2010. Dissertação (Mestrado em Biofísica Molecular) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

5.
Ruggiero, José Roberto; PASCUTI, Pedro G; Cabrera, M P S. Participação em banca de Gisele Baldissera. Análise Conformacional dos Peptídeos Protonectina (1-6), isolados e em associação, em Mistrura tfe-água. 2010. Dissertação (Mestrado em Biofísica Molecular) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

6.
CORNELIO, M. L.; SCOTT, Luiz Paulo Barbour; Ruggiero, José Roberto. Participação em banca de Daniel Inoue Koga. Análise Vibracional do alfa-tocoferol. 2010. Dissertação (Mestrado em Biofísica Molecular) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

7.
Ruggiero, José Roberto; LEONEL, E. D.; TSUCHIDA, Masayoshi. Participação em banca de Gabriel Gouvea Slade. Formação e Estabilidade de Breathers no Modelo de Peyrar-Bishop para o DNA. 2009. Dissertação (Mestrado em Biofísica Molecular) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

8.
DRIGO FILHO, Elso; GOLDMAN, C.; Ruggiero, José Roberto. Participação em banca de Natália Fávaro Ribeiro. Uso de uma rede unidimensional harmônica com o potencial de Rosen-Morse on site para modelar. 2009. Dissertação (Mestrado em Biofísica Molecular) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

9.
DRIGO FILHO, Elso; ALVES, N. A.; Ruggiero, José Roberto. Participação em banca de Franciele Polotto. Soluções da Equação de Fokker-Planck para um Potencial Isoespectral ao Potencial de Morse. 2009. Dissertação (Mestrado em Biofísica Molecular) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

10.
RUGGIERO, J. R.. Participação em banca de Fernando César Lopes Filho. Estudo por Dinâmica Molecular da Estabilidade de Dímeros do Peptídeo EMP-AF em Água e Mistura TFE-Água. 2007. Dissertação (Mestrado em Biofísica Molecular) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

11.
CHAHINE, Jorge; RUGGIERO, J. R.; ARAUJO, A. S.. Participação em banca de Denise Cavalcante de Melo. Estruturação do Mastoparano por Dinâmica Molecular em Misturas de TFE-Água. 2007. Dissertação (Mestrado em Biofísica Molecular) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

12.
TSUCHIDA, Masayoshi; SOUZA JÚNIOR, Jessé Assunção Rebello de; RUGGIERO, J. R.. Participação em banca de Eduardo Lima de Oliveira. Análise Dinâmica de um Pêndulo Elástico com Excitação Vertical no Suporte. 2006. Dissertação (Mestrado em Matemática) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

13.
RUGGIERO, J. R.; TSUCHIDA, Masayoshi; LUCA FILHO, Jayme Vicente de. Participação em banca de Joaquim Manoel da Silva. Estudo da Dinâmica do Modelo de Bishop Peyrard não homogêneo para o DNA. 2006. Dissertação (Mestrado em Biofísica Molecular) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

14.
RUGGIERO, J. R.; FREITAS, Luiz Carlos Gomide; SILVA, Fernando Luis Barroso da. Participação em banca de Ricardo Alexandre dos Santos Silva. O efeito da solvatação na conformação de cadeias ácidas poligalacturônicas (PGA). 2003. Dissertação (Mestrado em Biofísica Molecular) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

Teses de doutorado
1.
RUGGIERO, J. R.; CALIRI, Antonio; SCOTT, Luiz Paulo Barbour; COSTA, S. T. B.; OLIVEIRA, L. C.. Participação em banca de Gisele Baldissera. Estudo das Interações de Peptídeos Antimicrobianos e Sistemas Miméticos de Membrana por Dinâmica Molecular. 2014. Tese (Doutorado em Biofísica Molecular) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

2.
Ruggiero, J.R.; WEBER, G.; CALIRI, Antonio; LEONEL, E. D.; CHAHINE, Jorge. Participação em banca de Gabriel Gouvea Slade. Modelos Mecânicos para o Estudo da Dinâmica do DNA. 2013. Tese (Doutorado em Biofísica Molecular) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

3.
Ruggiero, José Roberto; ARAUJO, A. S.; PASCUTI, Pedro G; Pires, J.M.; COSTA, S. T. B.. Participação em banca de Fernando César Lopes Filho. Simulações por Dinâmica Molecular fine-ecoarse-grained das interações intermoleculares entre peptídeos antimicrobianos da família Mastoparano e membranas modelo. 2012. Tese (Doutorado em Biofísica Molecular) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

4.
LEITE, Vitor Barbanti Pereira; ARAUJO, A. F. P.; ALVES, N. A.; SCOTT, Luiz Paulo Barbour; Ruggiero, José Roberto. Participação em banca de Ronaldo Junio de Oliveira. Estudo do Coeficiente de Difusão no Enovelamento de Proteína. 2011. Tese (Doutorado em Biofísica Molecular) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

5.
ALVES, N. A.; OLIVEIRA, M. J.; CHAHINE, Jorge; SILVA, Fernando Luis Barroso da; Ruggiero, José Roberto. Participação em banca de Rafael Bertolini Frigori. Simulações Microcanônicas de Proteínas. 2010. Tese (Doutorado em Física Aplicada à Medicina e Biologia) - Faculdade de Filosofia, Ciências e Letras de Ribeirão Preto - USP.

6.
SILVA, Fernando Luis Barroso da; Silva, M A; RUGGIERO, J. R.; Tiera, M.J.; Dardenne, L.E.. Participação em banca de Sidney Jurado de Carvalho. Estudo dos Aspectos Eletrostáticos da Interação entre Polieletrólitos e Macroíons.. 2008. Tese (Doutorado em Biofísica Molecular) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

7.
RUGGIERO, J. R.; CAFFARENA, E. R.; FREITAS, Luiz Carlos Gomide; ARAUJO, A. S.; CHAHINE, Jorge. Participação em banca de Carlos Emidio Sampaio Nogueira. Estudo Conformacional do Cepacian - um Exopolissacarídeo da Burkholderia cepacia. 2007. Tese (Doutorado em Biofísica Molecular) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

8.
RUGGIERO, J. R.. Participação em banca de Sabrina Thais Broggio Costa. Estudos Conformacionais por Dinâmica Molecular de Peptídeos Antimicrobianos da Família dos Mastoparnos em Misturas de TFE-Água. 2006. Tese (Doutorado em Biofísica Molecular) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

9.
AZEVEDO JR, Walter Filgueira de; OLIVEIRA, Paulo Sergio Lopes de; FALCÃO, Paula Regina Kuser; CHAHINE, Jorge; RUGGIERO, J. R.. Participação em banca de Nelson José de Freitas. Bioinformática estrutural aplicada ao estudo de proteínas alvo do genoma do Mycobacterium tuberculosis. 2005. Tese (Doutorado em Biofísica Molecular) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

10.
RUGGIERO, J. R.. Participação em banca de André Farias de Moura. Estudo do Sistema Micelar de Octanoato de Sódio por Simulação Computacional. 2004. Tese (Doutorado em Química) - Universidade Federal de São Carlos.

11.
RUGGIERO, J. R.; FREITAS, Luiz Carlos Gomide; SERVÚLO FILHO, Ademar; CHAIMOVICH, Hernan. Participação em banca de Cristina Saldanha Pereira. Estudo de Estruturas, Interações e Reconhecimento Molecular em Carboidratos utilizando Simulação Computacional. 2004. Tese (Doutorado em Química) - Universidade Federal de São Carlos.

12.
CALIRI, Antonio; CHAHINE, Jorge; RUGGIERO, J. R.. Participação em banca de Roosevelt Alves da Silva. Enovalemaneto determinístico de macromoléculas. 2002 - Universidade de São Paulo.

Qualificações de Doutorado
1.
Ruggiero, José Roberto; CHAHINE, Jorge; FOSSEY, Marcelo Andrés. Participação em banca de Gabruel Gouvea Slade. Modelos Mecânicos Simples para o Estudo da Dinâmica do DNA. 2012. Exame de qualificação (Doutorando em Biofísica Molecular) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

2.
CHAHINE, Jorge; RUGGIERO, J. R.; CARVALHO, S. J.. Participação em banca de Diego Oliveira Nolasco da Silva. Estudos Estruturais por Dinâmica Molecular do Peptídeo Polybia-MPI via réplica exchange. 2010. Exame de qualificação (Doutorando em Biofísica Molecular) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

3.
SILVA, M. A. A.; Ruggiero, José Roberto; LEITE, Vitor Barbanti Pereira. Participação em banca de Lessandra Eller. Simulação do Enovelamento de Modelo Proteíco Utilizando o Método de Crescimento de Cadeias. 2010. Exame de qualificação (Doutorando em Biofísica Molecular) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

4.
LEITE, Vitor Barbanti Pereira; DRIGO FILHO, Elso; Ruggiero, José Roberto. Participação em banca de Ronaldo Junio de Oliveira. Estudo do Coeficiente de Difusão no Enovelamento de Proteínas. 2010. Exame de qualificação (Doutorando em Biofísica Molecular) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

5.
FEITOSA, Eloi da Silva; RUGGIERO, J. R.; FOSSEY, Marcelo Andrés. Participação em banca de Renato Tadeu Gaspar. Simulação de Dinâmica Molecular de poly(etileno glicol) em água. 2006. Exame de qualificação (Doutorando em Biofísica Molecular) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

6.
LEITE, Vitor Barbanti Pereira; DRIGO FILHO, Elso; RUGGIERO, J. R.. Participação em banca de Luciana Claudia de Paula. Dinâmica de modelos minimalistas de solvente em reações de transferência de elétrons: aplicação à experimentos de única molécula. 2005. Exame de qualificação (Doutorando em Biofísica Molecular) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

7.
COLOMBO, Marcio Francisco; RUGGIERO, J. R.; CHAHINE, Jorge. Participação em banca de Alexandre César Dourado Neves. Efeito de Volume Excluso no Enovelamento de Proteínas. 2003. Exame de qualificação (Doutorando em Biofísica Molecular) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

Trabalhos de conclusão de curso de graduação
1.
Ruggiero, José Roberto; CHAHINE, Jorge; CARVALHO, S. J.. Participação em banca de Carolina Penhavel de Souza.Estudo Conformacional por Dinãmica Molecular do Peptídeo Anoplin com Micela de SDS em Solução Aquosa. 2011. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Bacharelado Em Física Biológica) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

2.
NERY, J. G.; Ruggiero, José Roberto; OYAMA, R. S. K.. Participação em banca de Vinicius Ladeia Semenzim.Síntese e Caracterização de Partículas Derivadas de Poli(Alcool) Vinilico) (PVA) para Embolização e Quimioembolização. 2010. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Bacharelado Em Física Biológica) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

3.
AGOSTINHO NETO, Augusto; Ruggiero, José Roberto; CARVALHO, S. J.. Participação em banca de Rodrigo Mirarchi Vieira.Introdução ao Estudo Básico de Reações de Transferência de Elétrons e Descrição do Modelo de Marcus. 2010. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Bacharelado Em Física Biológica) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

4.
Ruggiero, José Roberto; CHAHINE, Jorge; ARAUJO, A. S.. Participação em banca de Diogo Lino de Souza.Estudo da Estabilidade do Peptídeo EMP-AF-MH2 sob Troca da Glicina 9 por uma Serina e Influência do Tratamento das Interações de Longo Alcance na Estrutura Secundária do Peptídeo Mutado. 2010. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Bacharelado Em Física Biológica) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

5.
Ruggiero, José Roberto; DRIGO FILHO, Elso; CORNELIO, M. L.. Participação em banca de Adriano César Pires Matrangolo.Estudo da Localização de Anderson em Redes Harmônicas com Defeito. 2010. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Bacharelado Em Física Biológica) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

6.
LEITE, Vitor Barbanti Pereira; CHAHINE, Jorge; Ruggiero, José Roberto. Participação em banca de Antonio Bento de Oliveira Junior.Modelo Computacional Minimalista em Enovelamento de Proteínas: Visualização do Funil de Enovelamento de Proteína. 2010. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Bacharelado Em Física Biológica) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

7.
DRIGO FILHO, Elso; Ruggiero, José Roberto; SALEHYAN, P.. Participação em banca de Vinícius Andrea.Supersimetria Aplicada à Mecânica Quântica: Solucções Exatas para Potenciais Quânticos dos Tipos Polinomiais, Não-Polinomiais e Mistos. 2010. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Bacharelado Em Física Biológica) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

8.
CARVALHO, S. J.; Ruggiero, José Roberto; AGOSTINHO NETO, Augusto. Participação em banca de Daniel Lucas Zago Caetano.Estudo por Simulação Computacional da Dupla Camada Elétrica Cilíndrica: Efeito da Distribuição de Carga da Macromolécula e da Valência dos Íons. 2010. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Bacharelado Em Física Biológica) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

9.
SANTOS, L. F.; RUGGIERO NETO, João; Ruggiero, José Roberto. Participação em banca de Leandro Sunao Miady.Formação de Lipossomas sob Influência de Campo Elétrico Externo Alternado. 2010. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Bacharelado Em Física Biológica) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

10.
LEITE, Vitor Barbanti Pereira; RUGGIERO, J. R.; CHAHINE, Jorge. Participação em banca de Débora Tavares de Lima.Estudo de Proteínas de Rápido Enovelamento com Modelos Baseados em Estrutura. 2009. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Bacharelado Em Física Biológica) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

11.
LEITE, Vitor Barbanti Pereira; CHAHINE, Jorge; Ruggiero, José Roberto. Participação em banca de Vinicius de Godoi Contessoto.Estudos de Proteínas de Rápido Enovelamento com Modelos Baseados em Estruturas. 2009. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Bacharelado Em Física Biológica) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

12.
SANTOS, L. F.; Ruggiero, José Roberto; CARVALHO, S. J.. Participação em banca de Carolina Menezes Silvério.Modelagem Teórica da Injeção e Transporte de Cargas em Semiconditores Optoeletrônicos Poliméricos. 2009. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Bacharelado Em Física Biológica) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

13.
LEITE, Vitor Barbanti Pereira; CHAHINE, Jorge; Ruggiero, José Roberto. Participação em banca de Juliana Sartori Pinto.Estudo de Modos Normais de Proteínas através do Método de Normal Mode Analysis (NMA). 2009. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Bacharelado Em Física Biológica) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

14.
RUGGIERO, J. R.; AGOSTINHO NETO, Augusto; DRIGO FILHO, Elso. Participação em banca de Daniel Inoue Koga.Posibilidade da Existência de Ondas não Lineares na Cadeia de DNA: Caso Estacionário. 2008. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Bacharelado Em Física Biológica) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

15.
RUGGIERO, J. R.; RUGGIERO NETO, João; CHAHINE, Jorge. Participação em banca de Eric Allison Philot.Estudo Conformacional do Cepacian. 2008. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Bacharelado Em Física Biológica) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

16.
DRIGO FILHO, Elso; RUGGIERO, J. R.; COSTA, J. C. F.. Participação em banca de Rafael Musa Lyrio do Valle.Sistemas Massa-Mola Complexos. 2008. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Bacharelado Em Física Biológica) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

17.
RUGGIERO NETO, João; RUGGIERO, J. R.; FOSSEY, Marcelo Andrés. Participação em banca de Thaís Azevedo Enoki.Contribuição Eletrostática na Interação de Peptídeos Líticos com Membranas Modelo. 2008. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Bacharelado Em Física Biológica) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

18.
FOSSEY, Marcelo Andrés; RUGGIERO, J. R.; DRIGO FILHO, Elso. Participação em banca de Jacyana Saraiva Marthes Fonseca.Estudo da Competicação entre Ca+2 e Íons Monovalentes na Interação com Ácidos Nucléicos utilizando a Teoria de Poisson Boltzmann e o Modelo de Condensação de Contraíons. 2008. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Bacharelado Em Física Biológica) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

19.
DRIGO FILHO, Elso; Ruggiero, José Roberto; RANGA, A. S.. Participação em banca de Leonilson Kiyoshi Sato de Herval.Soluções Exatas para Potenciais Quânticos Singulares. 2008. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Bacharelado Em Física Biológica) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

20.
DRIGO FILHO, Elso; Ruggiero, José Roberto; COSTA, J. C. F.. Participação em banca de Rafael Giordano Viegas.Mecânica Quântica Supersimétrica com Condição de Contorno. 2008. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Bacharelado Em Física Biológica) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

21.
RUGGIERO, J. R.; SANTOS, L. F.; PAULA, L. C.. Participação em banca de Karina Heloisa Paulino.Poços Quânticos. 2007. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Bacharelado Em Física Biológica) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

22.
RUGGIERO, J. R.; CHAHINE, Jorge; COSTA, S. T. B.. Participação em banca de Gisele Baldissera.Estudo Conformacional por Dinâmica Molecular do EMP-AF: Efeitos de Troca do Resíduo Gly9 por outro Resíduo Hidrofóbico na Estrutura Helicoidal Anfipática. 2007. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Bacharelado Em Física Biológica) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

23.
RUGGIERO, J. R.; DRIGO FILHO, Elso; CHAHINE, Jorge. Participação em banca de Denise de Arruda.Estudo da Condutividade Térmica em uma Rede Homogênea de Osciladores Harmônicos. 2007. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Bacharelado Em Física Biológica) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

24.
RUGGIERO, J. R.; COSTA, S. T. B.; ABREGO, J. R. B.. Participação em banca de Tamára Rodrigues Valder.Estudos Conformacionais por Dinâmica Molecular do Peptídeo Antimicrobiano Eumenine Mastoparan-AF com Resíduos de Aminoácidos Polares trocados em Mistura de TFE-Água. 2007. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Bacharelado Em Física Biológica) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

Outros tipos
1.
DRIGO FILHO, Elso; RUGGIERO, J. R.; AGOSTINHO NETO, Augusto. Participação em banca de João César Boreggio de Araújo. O Formalismo Supersimétrico e suas Aplicações em Mecânica Quântica. 2006. Outra participação, Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

2.
AGOSTINHO NETO, Augusto; RUGGIERO, J. R.; DRIGO FILHO, Elso. Participação em banca de Diogo Martins Gonçalves de Morais. Interações eletrostáticas de aglomerados moleculares em eletrólitos. 2005. Outra participação, Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

3.
CHAHINE, Jorge; RUGGIERO, J. R.; AGOSTINHO NETO, Augusto. Participação em banca de André Luiz Martins. Uso da rede elástica na predição de estruturas protéicas. 2005. Outra participação, Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

4.
RUGGIERO, J. R.; CHAHINE, Jorge; LEITE, Vitor Barbanti Pereira. Participação em banca de Joaquim Manoel da Silva. Estudo da dinâmica do modelo de Peyrard-Bishop não homogêneo para DNA. 2005. Outra participação, Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

5.
RUGGIERO, J. R.; LEITE, Vitor Barbanti Pereira; AGOSTINHO NETO, Augusto. Participação em banca de Leandro Cristante de Oliveira. Aspectos Topológicos de Proteínas otimamente desenhadas em rede cúbica. 2004. Outra participação, Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

6.
CHAHINE, Jorge; RUGGIERO, J. R.; LEITE, Vitor Barbanti Pereira. Participação em banca de Lessandra Eller. O Uso do Método de crescimento de cadeias no estudo do enovelamento de proteínas. 2003. Outra participação, Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

7.
RUGGIERO, J. R.; CHAHINE, Jorge; LEITE, Vitor Barbanti Pereira. Participação em banca de Carlos Emídio Sampaio Nogueira. Estudo Estrutural por Dinâmica Molecular do Exopolissacarídeo da Burkholderia Cepacia: Cepacian. 2003. Outra participação, Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

8.
RUGGIERO, J. R.; AGOSTINHO NETO, Augusto; CHAHINE, Jorge. Participação em banca de Ricardo Alexandre dos Santos Silva. O efeito da solvatação na conformação de cadeias ácidas poligalacturônicas (PGA). 2003. Outra participação, Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

9.
SILVA, Fernando Luis Barroso da; RUGGIERO, J. R.; AGOSTINHO NETO, Augusto. Participação em banca de Sidney Jurado de Carvalho. Estudo metodológico dos aspectos eletrostáticos da interação ligante-biomolécula. 2003. Outra participação, Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

10.
LEITE, Vitor Barbanti Pereira; RUGGIERO, J. R.; RUGGIERO NETO, João. Participação em banca de Ricardo Hildebrand Theodoro da Silva. Comportamento termodinâmico e a cinética de mutações de proteínas otimamente desenhadas em modelos de rede. 2002. Outra participação, Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

11.
DRIGO FILHO, Elso; RUGGIERO, J. R.; CHAHINE, Jorge. Participação em banca de Angelo Pulici. Tunelamento quântico em potencial bi-estável. 2002. Outra participação, Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

12.
RUGGIERO, J. R.; CHAHINE, Jorge; AZEVEDO JR, Walter Filgueira de. Participação em banca de Sabrina Thais Broggio. Análise Conformacional de Peptídeos usando o Recozimento Simulado Generalizado (GSA). 2002. Outra participação, Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.



Participação em bancas de comissões julgadoras
Concurso público
1.
Ruggiero, José Roberto; ABREGO, J. R. B.; FEITOSA, Eloi da Silva. Comissão Julgadora do Concurso Público para contratação emergencial de Professor Substituto. 2009. Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

2.
RUGGIERO, J. R.; COSTA FILHO, Antonio José da; RAMOS, Carlos Henrique Inácio. Concurso Público de Provas e Títulos para preenchimento de uma função de Professor Assistente. 2004. Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

Livre docência
1.
RUGGIERO, J. R.; CALIRI, Antonio; TABAK, M.; SOUZA, A. R.. Concurso Público de Títulos e Provas para obtenção do Título de Livre-Docente. 2008. Faculdade de Ciências Farmacêuticas de Ribeirão Preto/USP.

2.
Godoy, M.F.; Godoy, J.M.P.; Romano, B.W.; Pinto, F.J.R.; Ruggiero, José Roberto. A Psicossomática Psicanalítica. 2008. Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto.

Outras participações
1.
CORNELIO, M. L.; Ruggiero, José Roberto; CHAHINE, Jorge. Comissão Examinadora de Exame de Qualificação de Mestrado. 2010. Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

2.
BRUNI, A. T.; Ruggiero, José Roberto; DRIGO FILHO, Elso. Comissão Examinadora do Exame de Qualificação de Mestrado. 2009. Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

3.
DRIGO FILHO, Elso; CHAHINE, Jorge; Ruggiero, José Roberto. Comissão Examinadora de Exame de Qualificação de Mestrado. 2009. Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

4.
DRIGO FILHO, Elso; WEBER, G.; Ruggiero, José Roberto. Comissão Examinadora de Exame de Qualificação de Mestrado. 2009. Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

5.
SCOTT, Luiz Paulo Barbour; Ruggiero, José Roberto. Membro da Comissão Examinadora do Exame de Qualificação de Angélica Nakagawa Lima. 2009. Universidade Federal do ABC.



Eventos



Participação em eventos, congressos, exposições e feiras
1.
"Gestão Acadêmica" - Escola UNESP de Liderança e Gestão. 2013. (Oficina).

2.
V Encontro sobre Ciência, Popularização da Ciência - Alfabetização Científica. 2013. (Encontro).

3.
Palestra "Saúde Masculina: Prevenção do Câncer de Prósttata. 2013. (Outra).

4.
Escola UNESP de Liderança e Gestão. 2013. (Outra).

5.
V Fórum de Internacionalização da UNESP. 2013. (Outra).

6.
3o. Ciclo de Debates do Plano de Desenvolvimento Institucional da UNESP. 2012. (Outra).

7.
Curso de Expressão Verbal in Company - Reinaldo Polito - 16 horas. 2012. (Outra).

8.
XI Settimana Della Lingua Italiana nel Mondo: Buon compleanno Italia !. 2011. (Congresso).

9.
Simpósio Interdisciplinar Física + Bioinformática 2011.Mesa Redonda: "Estado da Arte e Rumos da Pesquisa Interdisciplinar". 2011. (Simpósio).

10.
Simpósio Interdisciplinar Física + Bioinformática 2011.Estudo por Dinâmica Molecular do Anoplin em Solução Aquosa Contendo Micelas de SDS. 2011. (Simpósio).

11.
III Encontro Sobre Ciência, Popularização da Ciência e Alfabetização Científica.Mesa de Abertura. 2011. (Encontro).

12.
2o. Ciclo de Debates sobre a Universidade e os Índices Nacionais e Internacionais. 2011. (Outra).

13.
III Forum de Internacionalização da UNESP - Coloquío: Universidade sem Fronteiras. 2011. (Outra).

14.
XXXIII Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada. Conformational analysis of isolated and in association protonectin and protonectin (1-6) peptides in water/TFE mixtures. 2010. (Congresso).

15.
XXXII Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada. Application of the replica exchange method in conformational analysis of the peptide protonectin in mixture TFE-water. 2009. (Congresso).

16.
Mesa Redonda: Filosofísica Consciência Quântica e Vida Após a Morte".Filosofísica Consciência Quântica e Vida Após a Morte . 2009. (Oficina).

17.
VI Semana da Física Biológica.O Físico Biológico e o Mercado de Trabalho. 2009. (Outra).

18.
XXXI Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada. A comparative molecular dynamics study of the polybia-mp1 and mp-x peptides in mixtures of water-tfe: a possible explanation for the selectivity. 2008. (Congresso).

19.
I Escola Brasileira de Bioinformática (EBB 2008). Structutural Features of Some Antimicrobial Peptides from Mastoparan Family: A Molecular Dynamics Study in Water-TFE Mixtures. 2008. (Congresso).

20.
XXX Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada.Conformational Features of Cepacian: The Exopolysaccharide Produced by Clinical Strains of Textit (Burkholderia Cepacia). 2007. (Encontro).

21.
III Semana da Física Biológica.A história do Departamento de Física do IBILCE. 2006. (Seminário).

22.
XVII Semana da Matemática.A Passagem da Física Clássica para a Quântica. 2005. (Seminário).

23.
Curso de Extensão: Curso de Verão em Biofísica Molecular.Mini-Curso: Aspectos Conformacionais de Macromoléculas . 2003. (Outra).


Organização de eventos, congressos, exposições e feiras
1.
Jose Roberto Ruggiero ; OLIVEIRA, M. T. V. A. . Movimento para a Saúde/2013. 2013. (Outro).

2.
OLIVEIRA, M. T. V. A. ; Ruggiero, J.R. . Dia da Consciência Negra na UNESP. 2013. (Outro).

3.
OLIVEIRA, M. T. V. A. ; Ruggiero, J.R. ; ORATI, P. L. ; POIATE, S. M. G. ; MENEZES, P. C. . Campanha "Novembro Azul" - Palestra. 2013. (Outro).

4.
Ruggiero, José Roberto ; OLIVEIRA, M. T. V. A. ; IRIGOYEN, B. B. T. J. ; FINOCCHIO, A. M. N. . Palestra "Importância da Prevenção do Câncer de Mama". 2013. (Outro).

5.
Ruggiero, José Roberto . 55o. Aniversário do IBILCE. 2012. (Outro).

6.
Ruggiero, José Roberto . IV Encontro da Moderna Idade - IBILCE/UNESP. 2012. (Outro).

7.
NEVES, A. C. D. ; da Silva, A.F. ; DRIGO FILHO, Elso ; Ruggiero, José Roberto ; Del Bianchi, V.L. ; Domingos, C.R.B. ; CORNELIO, M. L. ; Dall'aglio-Hattnher, M.M. . IV Encontro sobre Ciência, Popularização da Ciência e Alfabetização Científica. 2012. (Outro).

8.
Jose Roberto Ruggiero ; OLIVEIRA, M. T. V. A. . Movimento Saúde e Dia de Alerta sobre o Uso Excessivo de Álcool/2012. 2012. (Outro).

9.
Jose Roberto Ruggiero ; OLIVEIRA, M. T. V. A. . Dia da Consciência Negra na UNESP. 2012. (Outro).

10.
Jose Roberto Ruggiero ; de Pinho S Z . Fórum de Articulação dos Cursos de Física. 2012. (Outro).

11.
Ruggiero, José Roberto ; OLIVEIRA, M. T. V. A. ; NEVES, A. C. D. . Ciência na Praça. 2011. (Exposição).

12.
OLIVEIRA, M. T. V. A. ; RUGGIERO, J. R. . Dia de Alerta sobre o Uso Excessivo de Álcool e Movimento Saúde. 2011. (Outro).

13.
OLIVEIRA, M. T. V. A. ; Ruggiero, José Roberto . 8a. VestFair - Feira do Vestibular. 2011. (Outro).

14.
RUGGIERO, J. R. ; DRIGO FILHO, Elso ; COLOMBO, Marcio Francisco ; LEITE, Vitor Barbanti Pereira . III Semana de Física Biológica. 2006. (Congresso).

15.
DRIGO FILHO, Elso ; RUGGIERO, J. R. ; RUGGIERO NETO, João ; COLOMBO, Marcio Francisco . XXXVII Latin-American School of Physics. 2006. (Congresso).



Orientações



Orientações e supervisões em andamento
Dissertação de mestrado
1.
Mirian Elisa Rodrigues Guerra. Prospecção de caracteristicas estruturais de peptideos com ação leishmanicida: projeto para sintese. Início: 2012. Dissertação (Mestrado em Biofísica Molecular) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. (Orientador).

Tese de doutorado
1.
Flávio Almeida Curvelo dos Anjos. Mapeamento de Superfícies Proteicas para a Análise da Interação Eletrostática entre Sítios Ativos de Motivos Proteicos no Ancoramento Molecular. Início: 2010. Tese (Doutorado em Biofísica Molecular) - Instituto de Biociências Letras e Ciências Exatas de São José do Rio Preto, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. (Orientador).


Orientações e supervisões concluídas
Dissertação de mestrado
1.
Tamára Rodrigues Valder. Interação do Peptídeo MP-I com micela de SDS em Solução Aquosa: Um Estudo por Dinâmica Molecular. 2010. Dissertação (Mestrado em Biofísica Molecular) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Jose Roberto Ruggiero.

2.
Gisele Baldissera. Aplicação do Métdo de Troca de Replicas na Análise Conformacional dos Peptídeos Protonectina e Protonectina(1-6), Isolados e em Associação, em Misturas TFE-Água.. 2010. Dissertação (Mestrado em Biofísica Molecular) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Jose Roberto Ruggiero.

3.
Gabriel Gouvea Slade. Formação e Estabilidade de Breathers no Modelo de Peyrar-Bishop para o DNA. 2009. Dissertação (Mestrado em Biofísica Molecular) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Jose Roberto Ruggiero.

4.
Fernando César Lopes Filho. Estudo por Dinâmica Molecular da Estabilidade de Dímeros do Peptídeo EMP-AF em Água e Mistura TFE-Água. 2007. Dissertação (Mestrado em Biofísica Molecular) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Jose Roberto Ruggiero.

5.
Joaquim Manoel da Silva. Estudo da Dinâmica do Modelo de Bishop Peyrard não Homogêneo para o DNA. 2006. 0 f. Dissertação (Mestrado em Biofísica Molecular) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Jose Roberto Ruggiero.

6.
Sergio E Ferreira. Modelo Dinâmico para o DNA. 2003. 0 f. Dissertação (Mestrado em Biofísica Molecular) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Co-Orientador: Jose Roberto Ruggiero.

7.
Ricardo Alexandre dos Santos Silva. O efeito da solvatação na conformação de cadeias ácidas poligalacturônicas (PGA). 2003. 0 f. Dissertação (Mestrado em Biofísica Molecular) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Jose Roberto Ruggiero.

8.
Murilo Táparo. Estudo por dinamica molecular de: mono, di e trissacarídeo de ácido alfa-D-galacturönico. 1998. 0 f. Dissertação (Mestrado em Biofísica Molecular) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Orientador: Jose Roberto Ruggiero.

Tese de doutorado
1.
Gisele Baldissera. Estudo das Interações de Peptídeos Antimicrobianos e Sistemas Miméticos de Membrana por Dinâmica Molecular. 2014. Tese (Doutorado em Biofísica Molecular) - Instituto de Biociências Letras e Ciências Exatas de São José do Rio Preto, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Jose Roberto Ruggiero.

2.
Gabriel Gouvea Slade. Modelos Mecânicos para o Estudo da Dinâmica do DNA. 2013. Tese (Doutorado em Biofísica Molecular) - Instituto de Biociências Letras e Ciências Exatas de São José do Rio Preto, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Jose Roberto Ruggiero.

3.
Fernando César Lopes Filho. Simulações por Dinâmica Molecular fine-ecoarse-grained das interações intermoleculares entre peptídeos antimicrobianos da família Mastoparano e membranas modelo. 2012. Tese (Doutorado em Biofísica Molecular) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Jose Roberto Ruggiero.

4.
Hernan Oscar Cortez Gutierrez. Modelo Dinãmico e Estatístico Aplicado a Transição de Fase. 2009. Tese (Doutorado em Biofísica Molecular) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Co-Orientador: Jose Roberto Ruggiero.

5.
Ricardo Alexandre dos Santos Silva. Modelo Vibro-rotacional para a molécula do DNA. 2008. Tese (Doutorado em Biofísica Molecular) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Co-Orientador: Jose Roberto Ruggiero.

6.
Fernando César Lopes Filho. Análise Atomística das Interações entre Peptídeos Antimicrobianos e Membranas Lipídicas. 2008. Tese (Doutorado em Biofísica Molecular) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Jose Roberto Ruggiero.

7.
Carlos Emidio Sampaio Nogueira. Estudo Conformacional do Cepacian - um Exopolissacarídeo da Burkholderia Cepacia. 2007. Tese (Doutorado em Biofísica Molecular) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Jose Roberto Ruggiero.

8.
Sabrina Thais Broggio Costa. Estudos Conformacionais por Dinâmica Molecular de Peptídeos Antimicrobianos da Família dos Mastoparnos em Misturas de TFE-Água. 2006. 0 f. Tese (Doutorado em Biofísica Molecular) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Jose Roberto Ruggiero.

9.
Luiz Paulo Barbour Scott. Investigação da Utilização de Algoritmos Genéticos e Redes Neurais Artificiais na Predição de Estruturas Protéicas. 2003. 0 f. Tese (Doutorado em Biofísica Molecular) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, . Co-Orientador: Jose Roberto Ruggiero.

10.
Paulo Sérgio Augusto Pilz. Modelo estatístico para a molécula do DNA. 2003. 0 f. Tese (Doutorado em Biofísica Molecular) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Co-Orientador: Jose Roberto Ruggiero.

11.
Elso Drigo Filho. Estudo de alguns aspectos do ácido desoxirribonucleico (DNA) e mecanica quantica supersimétrica. 1992. 0 f. Tese (Doutorado em Física) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Orientador: Jose Roberto Ruggiero.

Trabalho de conclusão de curso de graduação
1.
Carolina Penhavel de Souza. Estudo Conformacional por Dinãmica Molecular do Peptídeo Anoplin com Micela de SDS em Solução Aquosa. 2011. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Bacharelado em Física Biológica) - Instituto de Biociências Letras e Ciências Exatas de São José do Rio Preto. Orientador: Jose Roberto Ruggiero.

2.
Diogo Lino de Souza. Estudo da Estabilidade do Peptídeo EMP-AF-NH2 sob troca da Glicina 9 por uma Serina e Influência do Tratamento das Interações de Longo Alcance na Estrutura Secundária do Peptídeo Mutado. 2010. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Bacharelado Em Física Biológica) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho. Orientador: Jose Roberto Ruggiero.

3.
Adriano César Pires Matrangolo. Estudo da Localização de Anderson em Redes Harmônicas com Defeito. 2010. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Bacharelado Em Física Biológica) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho. Orientador: Jose Roberto Ruggiero.

4.
Gisele Baldissera. Estudo Conformacional por Dinâmica Molecular do EMP-AF: Efeitos de Troca do Resíduo Gly9 por outro Resíduo Hidrofóbico na Estrutura Helicoidal Anfipática. 2007. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Bacharelado Em Física Biológica) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho. Orientador: Jose Roberto Ruggiero.

5.
Denise de Arruda. Estudo da Condutividade Térmica em uma Rede Homogênea de Osciladores Harmônicos. 2007. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Bacharelado Em Física Biológica) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho. Orientador: Jose Roberto Ruggiero.

6.
Tamára Rodrigues Valder. Estudos Conformacionais por Dinâmica Molecular do Peptídeo Antimicrobiano Eumenine Mastoparan-AF com Resíduos de Aminoácidos Polares trocados em Mistura de TFE-Água. 2007. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Bacharelado Em Física Biológica) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho. Orientador: Jose Roberto Ruggiero.

7.
Gabriel Gouvea Slade. Análise Numérica das Condições para Localização de Energia no Modelo de Peyrard-Bishop para o DNA com Sequência Aleatória. 2007. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Bacharelado Em Física Biológica) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho. Orientador: Jose Roberto Ruggiero.

8.
Daniel Inoue Koga. Possibilidade da Existência de Ondas não Lineares na Cadeia de DNA: Caso Estacionário. 2007. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Bacharelado Em Física Biológica) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho. Orientador: Jose Roberto Ruggiero.

9.
Eric Allison Philot. Estudo Conformacional do Cepacian. 2007. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Bacharelado Em Física Biológica) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho. Orientador: Jose Roberto Ruggiero.

10.
Etore Marcari Junior. Paralelização de um Código para geração de estatísticas conformacionais de cadeias polissacarídicas - Fase 2. 1999. 0 f. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Bacharelado Em Ciëncias da Computação) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho. Orientador: Jose Roberto Ruggiero.

11.
Fernando Antonio Mac Cracken Cezar. Paralelização de um código para Geração de Estatísticas Conformacionais de Cadeias Polissacarídicas. 1998. 0 f. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Bacharelado Em Ciëncias da Computação) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho. Orientador: Jose Roberto Ruggiero.

12.
Luiz Paulo Barbour Scott. Simulação e animação gráfica de um polímero em uma rede bidimensional e tridimensional usando o método de Monte Carlo. 1991. 0 f. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Bacharelado Em Ciëncias da Computação) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho. Orientador: Jose Roberto Ruggiero.

13.
Oswaldo Lázaro Mendes. Simulação e animação gráfica de um polímero em uma rede bidimensional e tridimensional usando o método de Monte Carlos. 1991. 0 f. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Bacharelado Em Ciëncias da Computação) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho. Orientador: Jose Roberto Ruggiero.

Iniciação científica
1.
Carlos Roberto Camilo. Estudo Conformacional por Dinâmica Molecular de Peptídeos Antimicrobianos da Família dos Mastoparanos em Ambientes Diversos que Mimetizem Membranas Biológicas. 2012. Iniciação Científica. (Graduando em Bacharelado em Física Biológica) - Instituto de Biociências Letras e Ciências Exatas de São José do Rio Preto, Universidade Estadual Paulsita. Orientador: Jose Roberto Ruggiero.

2.
Carolina Penhavel de Souza. Estudo Conformacional por Dinâmica Molecular de Peptídeos Antimicrobianos da Família dos Mastoparanos em AM,bientes Diversos que Mimetizam membranas Biológicas. 2011. Iniciação Científica. (Graduando em Bacharelado Em Física Biológica) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, Universidade Estadual Paulsita. Orientador: Jose Roberto Ruggiero.

3.
Gabriel Gouvêa Slade. Estudo do Movimento de um Par de Pêndulos Acoplados por uma Mola Helicoidal. 2006. 0 f. Iniciação Científica. (Graduando em Bacharelado Em Física Biológica) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, Universidade Estadual Paulsita. Orientador: Jose Roberto Ruggiero.

4.
Marinês Pellinzzon. Estudo do Movimento de um Par de Pêndulos Acoplados por uma Mola Helicoidal. 2006. 0 f. Iniciação Científica. (Graduando em Licenciatura Em Matemática) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, Universidade Estadual Paulsita. Orientador: Jose Roberto Ruggiero.

5.
Marinês Pellinzzon. Estudo da dinâmica de sistemas não lineares: o comportamento caótico do pêndulo físico forçado. 2005. 0 f. Iniciação Científica. (Graduando em Licenciatura Em Matemática) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, Unesp. Orientador: Jose Roberto Ruggiero.

6.
Lucas Gregório Sena Fujykawa. Preservação das fontes da educação brasileira: a estruturação do arquivo histórico da FAFI/São José do Rio Preto. 2004. 0 f. Iniciação Científica. (Graduando em Bacharelado Em Ciëncias da Computação) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, Universidade Estadual Paulista. Orientador: Jose Roberto Ruggiero.

7.
Joaquim Manoel da Silva. Dinâmica da Cadeia de Osciladores Harmônicos. 2003. 0 f. Iniciação Científica. (Graduando em Licenciatura Em Matemática) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, Unesp. Orientador: Jose Roberto Ruggiero.

8.
Julian Gobi. Introdução ao uso de um pacote de simulação computacional por dinamica molecular. 1995. 0 f. Iniciação Científica. (Graduando em Bacharelado Em Ciëncias da Computação) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Jose Roberto Ruggiero.

9.
João Carlos Moreira. Aplicação do método de Runge-Kutta ao movimento de osciladores acoplados sujeitos ao potencial elástico (linear) e de Morse (não linear). 1994. 0 f. Iniciação Científica. (Graduando em Licenciatura Em Matemática) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho. Orientador: Jose Roberto Ruggiero.

10.
Marco Antonio Leonel Caetano. Perturbações em Órbitas de Satélites. 1988. 0 f. Iniciação Científica. (Graduando em Licenciatura Em Matemática) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Jose Roberto Ruggiero.

Orientações de outra natureza
1.
Natália Ferreira Moraes. A Música e a Comunidade. 2012. Orientação de outra natureza. (Letras - Espanhol) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, PROEX/UNESP. Orientador: Jose Roberto Ruggiero.

2.
Débora Heloisa da Silva. A Música e a Comunidade. 2011. Orientação de outra natureza. (Matemática) - Instituto de Biociências Letras e Ciências Exatas de São José do Rio Preto, Pró-Reitoria de Graduação. Orientador: Jose Roberto Ruggiero.

3.
Débora Heloisa da Silva. A Música e a Comunidade. 2010. Orientação de outra natureza. (Licenciatura Em Letras) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, Pró-Reitoria de Graduação. Orientador: Jose Roberto Ruggiero.

4.
Franciele Sampaio dos Santos Safra. Introdução ao Estudo de Sistemas Não Lineares. 2009. Orientação de outra natureza. (Bacharelado Em Física Biológica) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, Pró-Reitoria de Graduação. Orientador: Jose Roberto Ruggiero.

5.
Adauto Donizetti de Paula. Estudo de uma cadeia de osciladores harmônicos com uma impureza na massa. 2009. Orientação de outra natureza. (Bacharelado Em Física Biológica) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, Pró-Reitoria de Graduação. Orientador: Jose Roberto Ruggiero.

6.
Edilson Zibiani. Estudo de Equações Não Lineares em Sistemas Simples. 2009. Orientação de outra natureza. (Matemática) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, Pró-Reitoria de Graduação. Orientador: Jose Roberto Ruggiero.

7.
Erick Zibiani. Estudo de Sistemas Caóticos: O Mapa Logístico e o Mapa de Lorenz. 2009. Orientação de outra natureza. (Matemática) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, Pró-Reitoria de Graduação. Orientador: Jose Roberto Ruggiero.

8.
Ana Paula Soficier. A Música e a Comunidade. 2009. Orientação de outra natureza. (Licenciatura Em Matemática) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, Pró-Reitoria de Graduação. Orientador: Jose Roberto Ruggiero.

9.
Paulo Henrique Graciano. A Música e a Comunidade. 2008. Orientação de outra natureza. (Bacharelado Em Física Biológica) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, PROEX/UNESP. Orientador: Jose Roberto Ruggiero.

10.
Antoniana Gardinalli. A Música e a Comunidade. 2008. Orientação de outra natureza. (Licenciatura Em Matemática) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, PROEX/UNESP. Orientador: Jose Roberto Ruggiero.

11.
Eric Allison Philot. Estudo do Tratamento Estatístico de Cadeias Poliméricas. 2006. Orientação de outra natureza. (Bacharelado Em Física Biológica) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho. Orientador: Jose Roberto Ruggiero.

12.
Vanessa Cristina Pavezi. Preservação de fontes de educação brasileira: a estruturação do arquivo histórico da FAFI/São José do Rio Preto. 2004. 0 f. Orientação de outra natureza - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, Bolsa de Assistência Ao Estudante. Orientador: Jose Roberto Ruggiero.

13.
Vanessa Cristina Pavezi. Preservação de fontes de educação brasileira: a estruturação do arquivo histórico da FAFI/São José do Rio Preto. 2003. 0 f. Orientação de outra natureza - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, Bolsa de Assistência Ao Estudante. Orientador: Jose Roberto Ruggiero.




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