Fernando Martins Antoneli Junior

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  • Última atualização do currículo em 15/12/2018


É bacharel em Matemática Pura pela Universidade de São Paulo (1995), mestre em Matemática Aplicada pela Universidade de São Paulo (1998), doutor em Matemática Aplicada pela Universidade de São Paulo (2002) e Livre Docente em Matemática Aplicada pela Universidade de São Paulo (2010). Tem experiência na área de Matemática e Matemática Aplicada, com ênfase em Grupos de Lie e Álgebras de Lie, Sistemas Dinâmicos Equivariantes, Sistemas Dinâmicos Acoplados e Teoria de Bifurcações, atuando principalmente nos seguintes temas: biomatemática, quebra de simetria e quebra de sincronia em sistemas dinâmicos, formação de padrões e suas aplicações às neurociências. (Texto informado pelo autor)


Identificação


Nome
Fernando Martins Antoneli Junior
Nome em citações bibliográficas
ANTONELI, F.;ANTONELI, FERNANDO

Endereço


Endereço Profissional
Universidade Federal de São Paulo.
Rua Botucatu - de 581/582 ao fim
Vila Clementino
04023062 - São Paulo, SP - Brasil
Telefone: (11) 55764347
Ramal: 1230
URL da Homepage: http://www.unifesp.br/dis/docentes/fernando-martins-antoneli-junior


Formação acadêmica/titulação


1998 - 2002
Doutorado em Matemática Aplicada.
Universidade de São Paulo, USP, Brasil.
Título: Grupos Finitos e Quebra de Simetria no Código Genético, Ano de obtenção: 2003.
Orientador: Frank Michael Forger.
Bolsista do(a): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo, FAPESP, Brasil.
Palavras-chave: Código Genético; Biologia Molecular; Grupos Finitos Simples; Evolução; Quebra de Simetria.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra
Grande Área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Matemática / Subárea: Matemática Aplicada / Especialidade: Biomatemática.
Setores de atividade: Pesquisa e desenvolvimento científico.
1996 - 1998
Mestrado em Matemática Aplicada.
Universidade de São Paulo, USP, Brasil.
Título: Subalgebras Maximais das Álgebra de Lie Semisimples, Quebra de Simetria e o Código Genético,Ano de Obtenção: 1998.
Orientador: Frank Michael Forger.
Bolsista do(a): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior, CAPES, Brasil.
Palavras-chave: Código Genético; Grupos e Álgebras de Lie; Quebra de Simetria.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra
Grande Área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Matemática / Subárea: Matemática Aplicada / Especialidade: Biomatemática.
Setores de atividade: Pesquisa e desenvolvimento científico.
1991 - 1995
Graduação em Matemática.
Universidade de São Paulo, USP, Brasil.


Pós-doutorado e Livre-docência


2010
Livre-docência.
Universidade de São Paulo, USP, Brasil.
Título: Simetria, Dinâmica e Aplicações, Ano de obtenção: 2010.
Palavras-chave: Quebra de Simetria; Sistemas Dinâmicos; Teoria de Bifurcações Equivariantes; Formação de Padrões.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra
Grande Área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Matemática / Subárea: Geometria e Topologia / Especialidade: Sistemas Dinâmicos.
Grande Área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Matemática / Subárea: Análise / Especialidade: Equações Diferenciais Ordinárias.
Setores de atividade: Pesquisa e desenvolvimento científico.
2007 - 2008
Pós-Doutorado.
Universidade de São Paulo, USP, Brasil.
Bolsista do(a): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo, FAPESP, Brasil.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra
2006 - 2007
Pós-Doutorado.
Universidade do Porto, U.PORTO, Portugal.
Bolsista do(a): Fundação para a Ciência e a Tecnologia, FCT, Portugal.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra
2004 - 2006
Pós-Doutorado.
Universidade de São Paulo, USP, Brasil.
Bolsista do(a): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo, FAPESP, Brasil.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra
2003 - 2004
Pós-Doutorado.
University of Houston, UH, Estados Unidos.
Bolsista do(a): Texas Advanced Research Program, TARP, Estados Unidos.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra


Atuação Profissional



Universidade Federal de São Paulo, UNIFESP, Brasil.
Vínculo institucional

2009 - Atual
Vínculo: , Enquadramento Funcional: Professor Associado 1, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

Atividades

01/2017 - Atual
Pesquisa e desenvolvimento , Diretoria, Departamento de Informática em Saúde.

Linhas de pesquisa
Bioinformática e Genômica
01/2016 - Atual
Pesquisa e desenvolvimento , Campus São José dos Campos, .

01/2016 - Atual
Pesquisa e desenvolvimento , Diretoria, Departamento de Informática em Saúde.

Linhas de pesquisa
Sistemas Dinâmicos em Rede
06/2015 - Atual
Direção e administração, Diretoria, .

Cargo ou função
Coordenador Administrativo Edificio de Pesquisas 2 da UNIFESP.
01/2015 - Atual
Conselhos, Comissões e Consultoria, Campus São José dos Campos, .

Cargo ou função
Vice-coordenador do Programa de Pós-graduação em Matemática Aplicada.
01/2010 - Atual
Pesquisa e desenvolvimento , Diretoria, Departamento de Informática em Saúde.

Linhas de pesquisa
Evolução Viral
01/2017 - 06/2017
Ensino, Tecnologias em Saúde, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Cálculo Básico à Distância
01/2017 - 02/2017
Ensino, Matemática Aplicada, Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
Álgebra Linear
04/2009 - 12/2016
Ensino, Tecnologias em Saúde, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Cálculo Diferencial e Integral I
04/2009 - 12/2016
Ensino, Tecnologias em Saúde, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Cálculo Diferencial e Integral II
04/2009 - 12/2016
Ensino, Tecnologias em Saúde, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Fundamentos de Matemática e Estatísitca
10/2016 - 11/2016
Ensino, medicina, Nível: Aperfeiçoamento

Disciplinas ministradas
Genômica Médica
08/2013 - 08/2015
Conselhos, Comissões e Consultoria, Diretoria, .

Cargo ou função
Representante na Congregação da Escola Paulista de Medicina.
03/2011 - 03/2013
Conselhos, Comissões e Consultoria, Diretoria, Departamento de Informática em Saúde.

Cargo ou função
Representante no Conselho do Departamento.
01/2010 - 12/2012
Pesquisa e desenvolvimento , Diretoria, Departamento de Informática em Saúde.

10/2012 - 11/2012
Ensino, Microbiologia e Imunologia, Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
Bases Teóricas da Evolução
09/2010 - 10/2010
Ensino, Microbiologia e Imunologia, Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
Tópicos em Microbiologia

Universidade do Porto, U.PORTO, Portugal.
Vínculo institucional

2006 - 2007
Vínculo: Professor vistante, Enquadramento Funcional: Pós-doutorando, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

Atividades

08/2006 - 12/2007
Pesquisa e desenvolvimento , Faculdade de Ciências, .


University of Houston, UH, Estados Unidos.
Vínculo institucional

2003 - 2004
Vínculo: Professor Visitante, Enquadramento Funcional: Post-doctoral Associate, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

Atividades

07/2003 - 07/2004
Pesquisa e desenvolvimento , Departamento de Matematica, .

01/2004 - 05/2004
Ensino, Graduacao em Matematica, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Vector Analysis

Universidade de São Paulo, USP, Brasil.
Vínculo institucional

2007 - 2008
Vínculo: Bolsista recém-doutor, Enquadramento Funcional: Pós-Doutorando, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

Vínculo institucional

2004 - 2006
Vínculo: Bolsista recém-doutor, Enquadramento Funcional: Pós-Doutorando, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

Vínculo institucional

1998 - 2002
Vínculo: Estudante de Doutorado, Enquadramento Funcional: Aluno, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

Vínculo institucional

1995 - 1998
Vínculo: Estudante de Mestrado, Enquadramento Funcional: Aluno, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

Atividades

08/2004 - 12/2007
Pesquisa e desenvolvimento , Instituto de Matemática e Estatística, .


Universidade Paulista, UNIP, Brasil.
Vínculo institucional

1996 - 1997
Vínculo: Colaborador, Enquadramento Funcional: Professor Auxiliar, Carga horária: 4

Atividades

08/1997 - 11/1997
Ensino, Ciencia da Computacao, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Calculo Diferencial e Integral II
03/1997 - 06/1997
Ensino, Ciencia da Computacao, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Calculo Diferencial e Integral I
08/1996 - 11/1996
Ensino, Ciencia da Computacao, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Calculo Diferencial e Integral I
03/1996 - 06/1996
Ensino, Ciencia da Computacao, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Calculo Diferencial e Integral I


Linhas de pesquisa


1.
Synchrony and Structure in Coupled Cell Systems
2.
Evolução Viral
3.
Mecanismos de Bifurcação e Propriedades Computacionais dos Neurônios
4.
Invariantes e Equivariantes Relativos para Grupos de Lie Compactos
5.
Sistemas Dinâmicos em Rede
6.
Bioinformática e Genômica
7.
Quebra de Simetria na Evolução do Código Genético
8.
Dinâmica em Baixas Dimensões
9.
Bifurcações em Sistemas de Rede Acopladas


Projetos de pesquisa


2016 - Atual
Sistemas Dinâmicos em Rede - Geometry and dynamics between Ohio and São Paulo
Descrição: The project consists of three main research lines, each of which subdivided into several topics. ? Network Dynamics: ? Homeostasis as a Network Phenomenon; ? Stochastic Effects on Networks. ? Ergodic Questions Involving Exact Endomorphisms: ? Multiplicative Semigroup Actions on Measurable Spaces; ? Multiple Recurrence for Cusp Frequencies; ? Mixing for Sequences of Maps. ? Multiplicity and Classification of Solutions of Riemannian Geometric Problems: ? Bifurcation in the Singular Yamabe Problem; ? CMC Hypersurfaces in Cohomogeneity one Riemannian Manifolds; ? Intrinsically Harmonic 2-forms on 4-manifolds; ? Four Manifolds with Harmonic Curvature; ? Kaehler Manifolds with Geodesic Holomorphic Gradients..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
2015 - Atual
Invariantes e Equivariantes Relativos para Grupos de Lie Compactos
Descrição: Desenvolver uma teoria geral e unificada sobre polinômios invariantes relativos e aplicações polinomiais equivariantes relativas, e seus aspectos computacionais, sob a ação linear de um grupo de Lie compacto (não necessariamente conexo), com ênfase no caso particular dos polinômios anti-invariantes e das correspondentes aplicações polinomiais equivariantes relativas, que têm relevância para a teoria de bifurcações em sistemas dinâmicos reversíveis-equivariantes..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) .
Integrantes: Fernando Martins Antoneli Junior - Coordenador / Cassia Ferreira Sampaio - Integrante.Número de orientações: 1
2013 - Atual
Evolução Viral
Descrição: Aspectos gerais de evolução viral, com ênfase em vírus RNA e retrovirus. Modelagem matemática e computacional de mecanismos fundamentais para evolução viral. Teoria de q Quasespécies, suas extensões e generalizações..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (2) Doutorado: (1) .
Integrantes: Fernando Martins Antoneli Junior - Coordenador / Luiz Mario Ramos Janini - Integrante / Diogo Castro dos Santos - Integrante / Luiza Guimaraes Fabreti - Integrante / Bruno Zanardo Gorzoni - Integrante.
Número de produções C, T & A: 4 / Número de orientações: 3
2011 - 2012
Mecanismos de Bifurcação e Propriedades Computacionais dos Neurônios
Descrição: A neurociência é a área que tem por objetivo propor modelos matemáticos computacionais para simular e entender a função dos mecanismos do sistema nervoso. Por sua própria natureza ela é uma ciência interdisciplinar que combina diferentes campos do saber, como a neurobiologia, a física, a ciência da computação, a engenharia elétrica, a matemática aplicada e a psicobiologia. Este projeto se insere na área de pesquisa em neurociência computacional ou matemática e tem por objetivo compilar, organizar e ilustrar através de simulação os principais resultados sobre a classificação das propriedades computacionais dos neurônios em termos de mecanismos de bifurcações. Projeto de Iniciação Científica PIBIC (2011-2012)..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (1) .
Integrantes: Fernando Martins Antoneli Junior - Coordenador / Sabrine Fumie Serikawa - Integrante.Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa.
2006 - 2010
Dinâmica em Baixas Dimensões
Descrição: A teoria moderna de sistemas dinâmicos começou com o trabalho de Poincaré e, desde então, cresceu e amadureceu, tornando-se uma área importante da matemática. O objetivo principal deste projeto é aprofundar o conhecimento das seguintes áreas de sistemas dinâmicos: - Sistemas hamiltonianos com dois graus de liberdade, seus aspectos dinâmicos e topológicos. - Equações diferenciais polinomiais no plano e o 16o. problema de Hilbert. - Homeomorfismos e difeomorfismos em dimensão 2 como, por exemplo, transformações de Hénon e twist maps do anel. - Teoria de renormalização em dimensões 1 e 2. - Endomorfismos do intervalo (por exemplo, questões analíticas delicadas como decaimento de geometria e existência de medidas invariantes); transformações críticas do círculo; renormalização e o espaço de parâmetros. - Teoria de Teichmüller e suas conexões com dinâmica em dimensões baixas. - Teoria ergódica diferenciável. Ao mesmo tempo que a teoria de sistemas dinâmicos se desenvolveu, ela se afastou de outras, também nascidas do trabalho de Poincaré: a geometria e a topologia simpléticas. Outro objetivo deste projeto é o de buscar conexões pouco exploradas entre estas áreas e tentar reestabelecer um contato entre elas próximo o bastante para que se possa usar técnicas de cada uma para atacar problemas da outra..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
2006 - 2007
Bifurcações em Sistemas de Redes Acopladas
Descrição: O objetivo principal deste projeto é estudar bifurcações em sistemas dinâmicos (EDO's) com estrutura de rede, isto é, o sistema pode ser decomposto em uma coleção de subsystemas que se acoplam de forma descrita por uma rede. Redes são ubiquas na biologia: exemplos incluem expressão genica circuitos neurais, cadeias alimentares e transmissão de doenças. Redes são também comuns em outros ramos da ciência e há uma recente explosão de interesse nestes tópicos. Matematicamente, uma rede pode ser descrita por um grafo direcionado cujos vértices (células) representam variáveis de estado e cujas arestas direcionadas (flechas) representam interações entre estas variáveis. Os vértices e arestas são equipados com algum tipo de dinâmica, que pode ser a escolha de uma jogada (teoria dos jogos), probabilidade de transição (cadeias de Markov), estados discretos no tempo e no espaço (autômatos celulares), ou estados contínuos no tempo (EDO's acopladas, que é o caso que nos interessa). O tema principal de nossa investigação gira em torno da seguinte questão: como a estrutura especial de rede influe na dinâmica e as bifurcações destes sistemas, de forma robusta. Em outras palavras, como as bifurcações locais -- estacionárias e de Hopf -- são afetadas pela estrutura adicional. Mais especificamente, tentamos responder às seguintes questões: (i) existe uma noção de forma normal de Poincaré-Birkhoff para simetria interior, isto é, uma caracterização análoga ao caso equivariante? (ii) É possível usar a teoria de representações do grupo de simetrias interiores para calcular estabilidade e crescimento de ramos de bifurcação, tanto no caso estático quanto no caso Hopf?.
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Doutorado: (1) .
Integrantes: Fernando Martins Antoneli Junior - Coordenador / Ana Paula Silva Dias - Integrante / Rui Castanheira Paiva - Integrante.Financiador(es): Fundação para a Ciência e a Tecnologia - Bolsa.
Número de produções C, T & A: 2 / Número de orientações: 1
2003 - 2006
Synchrony and Structure in Coupled Cell Systems
Descrição: A coupled cell system can be described by a collection of individual interacting differential equations. Cell systems are used as models in a variety of applications such as neuronal networks, speciation, arrays of Josephson junctions, and gene dynamics. In this Focused Research Group (FRG) project, the investigators develop a mathematical theory for coupled cell systems and with colleagues explore implications of that theory in applications. The network architecture is a graph that shows the couplings between cells and which cells and couplings are identical. Symmetries in the network architecture have been used previously to explore certain properties of solutions to cell systems, such as synchrony or traveling waves. Symmetry, however, applies directly only to the most regular of networks. For a larger class of coupled cell networks, local symmetries defined on part of the network can replace symmetries as a predictor of interesting and important dynamics. These local symmetries form a groupoid and it is this groupoid structure that is used to analyze properties of solutions and transitions between solutions in coupled cell systems. The investigators and students develop a theory of robust synchrony and investigate synchrony-breaking bifurcations in coupled cell systems. They also investigate the consequences for coupled cell systems of particular features of the internal equations of single cells, such as symmetries and fast/slow variables. The crucial feature of this approach is that it is model-independent in the sense that in appropriate situations symmetry permits the development of a menu of possible outcomes and the physics or chemistry or biology chooses from this menu. Indeed, the theory of coupled cell systems with symmetry has been applied succesfully to the analysis of different gaits in animals, pattern formation in the visual cortex, and speciation..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Doutorado: (3) .
Integrantes: Fernando Martins Antoneli Junior - Coordenador / Michael Field - Integrante / Andrei Torok - Integrante / Kresimir Josic - Integrante / Toby Elmhirst - Integrante / Ian Stewart - Integrante / Martin Golubitsky - Integrante.Financiador(es): National Science Foundation - Cooperação.
Número de produções C, T & A: 3
1997 - 2001
Quebra de Simetria e Evolução do Código Genético
Descrição: Esse projeto visa o desenvolvimento de modelos matemáticos para a evolução do cádigo genático. O etiquetamento dos codons pelas representações irredutíveis do grupo simplético, a construção concreta dessas mesmas representações, uma revisão da procura por simetrias, o estudo de códigos não-universais e o desenvolvimento de um modelo dinâmico são os eixos centrais da investigação..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (3) Doutorado: (3) .
Integrantes: Fernando Martins Antoneli Junior - Integrante / Frank Michael Forger - Integrante / José Eduardo Martinho Hornos - Coordenador / Lígia Braggion - Integrante / Márcio Magini - Integrante.Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Cooperação.
Número de produções C, T & A: 7


Revisor de periódico


2009 - Atual
Periódico: Proceedings. Section A. Mathematics
2008 - Atual
Periódico: Discrete and Continuous Dynamical Systems
2009 - Atual
Periódico: Mathematical Reviews
2013 - Atual
Periódico: Transactions of the American Mathematical Society
2013 - Atual
Periódico: Journal of Mathematical Analysis and Applications (Online)
2014 - Atual
Periódico: Plos One
2016 - Atual
Periódico: Nonlinearity
2017 - Atual
Periódico: Bioinformatics


Revisor de projeto de fomento


2010 - 2015
Agência de fomento: (CNPq) Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico


Áreas de atuação


1.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Matemática / Subárea: Matemática Aplicada/Especialidade: Biomatemática.
2.
Grande área: Engenharias / Área: Engenharia Biomédica / Subárea: Bioengenharia/Especialidade: Modelagem de Sistemas Biológicos.
3.
Grande área: Engenharias / Área: Engenharia Biomédica / Subárea: Bioengenharia/Especialidade: Modelagem de Fenômenos Biológicos.
4.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Matemática / Subárea: Geometria e Topologia/Especialidade: Sistemas Dinâmicos.
5.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Matemática / Subárea: Geometria e Topologia/Especialidade: Grupos de Lie e Álgebras de Lie.


Idiomas


Inglês
Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.
Português
Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.


Produções



Produção bibliográfica
Citações

Web of Science
Total de trabalhos:23
Total de citações:114
Fator H:7
Antoneli, Fernando M  Data: 03/02/2018

SCOPUS
Total de trabalhos:23
Total de citações:136
fernando antoneli  Data: 03/02/2018

Outras
Total de trabalhos:35
Total de citações:266
fernando antoneli  Data: 15/12/2018

Artigos completos publicados em periódicos

1.
3ANTONELI, FERNANDO2018ANTONELI, FERNANDO; PASSOS, FERNANDO M. ; LOPES, LUCIANO R. ; BRIONES, MARCELO R. S. . A Kolmogorov-Smirnov test for the molecular clock based on Bayesian ensembles of phylogenies. PLoS One, v. 13, p. e0190826, 2018.

2.
2ANTONELI, FERNANDO2018 ANTONELI, FERNANDO; GOLUBITSKY, MARTIN ; STEWART, IAN . Homeostasis in a feed forward loop gene regulatory motif. JOURNAL OF THEORETICAL BIOLOGY, v. 445, p. 103-109, 2018.

3.
1FABRETI, LUIZA GUIMARÃES2018FABRETI, LUIZA GUIMARÃES ; CASTRO, DIOGO ; GORZONI, BRUNO ; JANINI, LUIZ MARIO RAMOS ; ANTONELI, FERNANDO . Stochastic Modeling and Simulation of Viral Evolution. BULLETIN OF MATHEMATICAL BIOLOGY, v. 81, p. 1-39, 2018.

4.
5ZUKUROV, JEAN P.2016ZUKUROV, JEAN P. ; DO NASCIMENTO-BRITO, SIEBERTH ; VOLPINI, ANGELA C. ; OLIVEIRA, GUILHERME C. ; JANINI, LUIZ MARIO R. ; ANTONELI, FERNANDO . Estimation of genetic diversity in viral populations from next generation sequencing data with extremely deep coverage. Algorithms for Molecular Biology, v. 11, p. 2, 2016.

5.
4ANTONELI, FERNANDO2016ANTONELI, FERNANDO; FERREIRA, RENATA C. ; BRIONES, MARCELO R.S. . A model of gene expression based on random dynamical systems reveals modularity properties of gene regulatory networks. Mathematical Biosciences, v. 276, p. 82-100, 2016.

6.
6NASCIMENTO-BRITO, SIEBERTH2015NASCIMENTO-BRITO, SIEBERTH ; PAULO ZUKUROV, JEAN ; MARICATO, JULIANA T. ; VOLPINI, ANGELA C. ; SALIM, ANNA CHRISTINA M. ; ARAÚJO, FLÁVIO M. G. ; COIMBRA, RONEY S. ; OLIVEIRA, GUILHERME C. ; ANTONELI, FERNANDO ; JANINI, LUIZ MÁRIO R. . HIV-1 Tropism Determines Different Mutation Profiles in Proviral DNA. Plos One, v. 10, p. e0139037, 2015.

7.
7LICHTENSTEIN, FLAVIO2015LICHTENSTEIN, FLAVIO ; ANTONELI, FERNANDO ; BRIONES, MARCELO R. S. . MIA: Mutual Information Analyzer, a graphic user interface program that calculates entropy, vertical and horizontal mutual information of molecular sequence sets. BMC Bioinformatics, v. 16, p. 409, 2015.

8.
8INNOCENTINI, GUILHERME C. P.2015INNOCENTINI, GUILHERME C. P. ; FORGER, MICHAEL ; RADULESCU, OVIDIU ; ANTONELI, FERNANDO . Protein Synthesis Driven by Dynamical Stochastic Transcription. Bulletin of Mathematical Biology (Print), v. 78, p. 110-131, 2015.

9.
10ANTONELI, F.;ANTONELI, FERNANDO2013ANTONELI, F.; Bosco, F. A. R. ; Castro, D. ; Janini, L. M. R. . Virus Replication as a Phenotypic Version of Polynucleotide Evolution. Bulletin of Mathematical Biology (Print), v. 75, p. 602-628, 2013.

10.
9Ferreira, R. C.2013Ferreira, R. C. ; ANTONELI, FERNANDO ; Briones, M.R.S. . The hidden factors in impact factors: a perspective from Brazilian science. Frontiers in Genetics, v. 4, p. 1-2, 2013.

11.
11ANTONELI, F.;ANTONELI, FERNANDO2012 ANTONELI, F.; Forger, M. ; Gaviria, P.A. . Maximal Subgroups of Compact Lie Groups. Journal of Lie Theory, v. 22, p. 949-1024, 2012.

12.
12ANTONELI, F.;ANTONELI, FERNANDO2011ANTONELI, F.; Forger, M. . Symmetry breaking in the genetic code: Finite groups. Mathematical and Computer Modelling, v. 53, p. 1469-1488, 2011.

13.
15ANTONELI, F.;ANTONELI, FERNANDO2010ANTONELI, F.; Dias, A. P. S. ; Pinto, C.M.A. . Quasi-periodic States in Coupled Rings of Cells. Communications in Nonlinear Science & Numerical Simulation, v. 15, p. 1048-1062, 2010.

14.
14ANTONELI, F.;ANTONELI, FERNANDO2010ANTONELI, F.; Gaviria, P.A. ; Forger, M. ; Hornos, J.E.M. . On Amino Acid and Codon Assignment in Algebraic Models for the Genetic Code. International Journal of Modern Physics B, v. 24, p. 435-463, 2010.

15.
13ANTONELI, F.;ANTONELI, FERNANDO2010 ANTONELI, F.. Bifurcations in Dynamical Systems with Interior Symmetry. Dynamical Systems (Print), v. 25, p. 239-251, 2010.

16.
16ANTONELI, F.;ANTONELI, FERNANDO2009ANTONELI, F.; Baptistelli, P.H. ; Dias, A. P. S. ; Manoel, M.G. . Invariant theory and reversible-equivariant vector fields. Journal of Pure and Applied Algebra (Print), v. 213, p. 649-663, 2009.

17.
19ANTONELI, F.;ANTONELI, FERNANDO2008ANTONELI, F.; Stewart, I. N. . Symmetry and synchrony in coupled cell networks 3: exotic patterns. International Journal of Bifurcation and Chaos in Applied Sciences and Engineering, v. 18, n.4, p. 363-373, 2008.

18.
17ANTONELI, F.;ANTONELI, FERNANDO2008 ANTONELI, F.; Dias, A. P. S. ; Paiva, R. C. . Hopf Bifurcation in Coupled Cell Network with Interior Symmetries. SIAM Journal on Applied Dynamical Systems, v. 7, p. 220-248, 2008.

19.
18ANTONELI, F.;ANTONELI, FERNANDO2008ANTONELI, F.; Dias, A. P. S. ; Matthews, P. C. . Invariants, equivariants and characters in symmetric bifurcation theory. Proceedings of the Royal Society of Edinburgh: Section A Mathematics, v. 138, p. 477-512, 2008.

20.
20ANTONELI, F.;ANTONELI, FERNANDO2007ANTONELI, F.; Stewart, I. N. . Symmetry and synchrony in coupled cell networks 2: group networks. International Journal of Bifurcation and Chaos in Applied Sciences and Engineering, v. 17, p. 935-951, 2007.

21.
21ANTONELI, F.;ANTONELI, FERNANDO2006ANTONELI, F.; Stewart, I. N. . Symmetry and synchrony in coupled cell networks 1: fixed point spaces. International Journal of Bifurcation and Chaos in Applied Sciences and Engineering, v. 16, n.3, p. 559-577, 2006.

22.
22ANTONELI, F.;ANTONELI, FERNANDO2005ANTONELI, F.; Dias, A. P. S. ; Golubitsky, M. ; Wang, Y. . Patterns of synchrony in lattice dynamical systems. NONLINEARITY, Portland Place, Londres, v. 18, p. 2193-2209, 2005.

23.
23ANTONELI, F.;ANTONELI, FERNANDO2004ANTONELI, F.; Forger, M. ; Hornos, J.E.M. . The Search for Symmetries in the Genetic Code: Finite Groups. Modern Physics Letters B, v. 18, n.18, p. 971-978, 2004.

24.
24ANTONELI, F.;ANTONELI, FERNANDO2003ANTONELI, F.; Braggion, L. ; Forger, M. ; Hornos, J.E.M. . Extending the Search for Symmetries in the Genetic Code. International Journal of Modern Physics B, v. 17, n.17, p. 3135-3204, 2003.

Trabalhos completos publicados em anais de congressos
1.
ANTONELI, FERNANDO; Bosco, F. A. R. ; Castro, D. ; Janini, L. M. R. . VIRAL EVOLUTION AND ADAPTATION AS A MULTIVARIATE BRANCHING PROCESS. In: International Symposium on Mathematical and Computational Biology, 2013, Tempe. BIOMAT 2012. v. 12. p. 217-243.

2.
ANTONELI, F.; Dias, A. P. S. ; Paiva, R. C. . Coupled cell networks: Hopf bifurcation and interior symmetry. In: The 8th AIMS Conference on Dynamical Systems, Differential Equations and Applications, 2011, Dresden. Proceedings of the 8th AIMS International Conference (Dresden, Germany), DCDS Supplement. Springfield, MO, USA: American Institute of Mathematical Sciences, 2011. v. 2011. p. 71-78.

3.
ANTONELI, F.; Dias, A. P. S. ; Pinto, C.M.A. . New Phenomena in Coupled Rings of Cells. In: 3rd IFAC Workshop on Fractional Differentiation and its Applications, 2008, Ankara. Proceedings of the 3rd IFAC Workshop on Fractional Differentiation and its Applications. Ankara: Cankaya University, 2008. v. 1. p. 1-6.

4.
ANTONELI, F.; Dias, A. P. S. ; Pinto, C.M.A. . Rich phenomena in a network of two rings coupled through a `buffer' cell. In: 2nd Conference on Nonlinear Science and Complexity, 2008, Porto. Proceedings of the 2nd Conference on Nonlinear Science and Complexity. Porto: Instituto Superior de Engenharia do Porto, 2008. v. 1. p. 1-9.

5.
ANTONELI, F.. Simetria Euclidiana e Formação de Padrões. In: 66º Seminário Brasileiro de Análise, 2007, São Paulo. Atas do 66º Seminário Brasileiro de Análise. São Paulo: IME-USP, 2007. v. 66. p. 1-72.

6.
ANTONELI, F.; Dias, A. P. S. ; Golubitsky, M. ; Wang, Y. . Synchrony in Lattice Differential Equations. In: Shanghai Forum on Industrial and Applied Mathematics, 2006, Shangai. Proceedings of the Shanghai Forum on Industrial and Applied Mathematics, Series in Contemporary Applied Mathematics.. Cingapura: World Scientific, 2006. v. 8. p. 43-56.

7.
ANTONELI, F.; Dias, A. P. S. ; Golubitsky, M. ; Wang, Y. . Flow invariant subspaces for lattice dynamical systems. In: Bifurcation Theory and Spatio-Temporal Pattern Formation, 2004, Toronto. Fields Institute Communications. Providence: American Mathematical Society, 2004. v. 49. p. 1-8.

Apresentações de Trabalho
1.
ANTONELI, F.. Stochastic processes in biology: From gene expression to population genetics. 2015. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

2.
ANTONELI, F.; Zukurov, J. P. ; Brito, S. N. ; Volpini, A. ; Oliveira, G. ; Janini, L. M. R. . Estimation of genetic diversity in viral populations from next generation sequencing data with extremely deep coverage. 2014. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

3.
ANTONELI, F.. Modelos de quase-espécies: das macromoléculas auto-replicantes aos vírus RNA. 2012. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

4.
ANTONELI, F.. Procesos Estocásticos em Biologia. 2012. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

5.
ANTONELI, F.. Processos de Ramificação e Evolução Viral. 2011. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

6.
Castro, D. ; Bosco, F. A. R. ; ANTONELI, F. ; Zukurov, J. P. ; Alkmin, W. ; Rocha, M. B. ; Janini, L. M. R. . Viral Populations Driven By The Interaction Between Mutation And Selection. 2011. (Apresentação de Trabalho/Comunicação).

7.
Brito, S. N. ; Zukurov, J. P. ; ANTONELI, F. ; Bosco, F. A. R. ; Maricato, J. T. ; Oliveira, G. ; Volpini, A. ; Coimbra, R. S. ; Araujo, F. M. G. ; Torrieri, R. ; Leite, L. R. ; Janini, L. M. R. . Genetic Diversity Generation in HIV-1 is Related to Viral Tropism. 2011. (Apresentação de Trabalho/Comunicação).

8.
ANTONELI, F.. Quebra Espontânea de Simetria e Evolução do Código Genético. 2010. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

9.
ANTONELI, F.. Lattice Dynamical Systems. 2008. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

10.
ANTONELI, F.. Lattice Dynamical Systems. 2007. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

11.
ANTONELI, F.. Synchrony and Symmetry in Coupled Cell Systems. 2007. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

12.
ANTONELI, F.. Patterns of Oscillation. 2006. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

13.
ANTONELI, F.. Synchrony and Symmetry in Coupled Cell Systems. 2006. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

14.
ANTONELI, F.. Networks on 1-dimensional and 2-dimensional Lattices. 2005. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

15.
ANTONELI, F.. Sistemas de Células Acopladas. 2004. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

Outras produções bibliográficas
1.
LOPES, LUCIANO R. ; Ferreira, R. C. ; ANTONELI, FERNANDO ; Paiva P. B. ; BRIONES, MARCELO R. S. . Evolution of pathogenic and nonpathogenic yeasts mitochondrial genomes inferred by supertrees and supermatrices with divergence estimates based on relaxed molecular clocks. Nova Yorke: bioRxiv, 2018 (Pre-print).

2.
ANTONELI, F.. Subalgebras Maximais das Álgebras de Lie Semisimples, Quebra de Simetria e o Código Genético. São Paulo - SP: Universidade de São Paulo, 2003 (Tese de Mestrado).

3.
ANTONELI, F.. Grupos Finitos e Quebra de Simetria no Código Genético. São Paulo - SP: Universidade de São Paulo, 2003 (Tese de Doutorado).


Demais tipos de produção técnica
1.
ANTONELI, F.. Introdução as Algebras de Lie e Aplicações. 2013. (Curso de curta duração ministrado/Especialização).



Bancas



Participação em bancas de trabalhos de conclusão
Mestrado
1.
ANTONELI, F.; Janini, L. M. R.; Mello, I M.V.G.C.; Sá Filho, D. J.. Participação em banca de André Lanna de Oliveira. Diversidade Genética do gene da protease do HIV-1 após único ciclo de replicação em linfócitos T CD4+ ativados e não ativados. 2013. Dissertação (Mestrado em Infectologia) - Universidade Federal de São Paulo.

2.
ANTONELI, F.; Mello, I M.V.G.C.; Paiva P. B.. Participação em banca de Lucas Nogueira Simão. Estudo do regime mutacional do Vírus da Imunodeficiência Humana tipo 1 (HIV-1) em cultivo celular durante o bottleneck e após estabilização da população viral. 2012. Dissertação (Mestrado em Microbiologia e Imunologia) - Universidade Federal de São Paulo.

3.
Janini, L. M. R.; ANTONELI, F.; Mello, I M.V.G.C.; Ramos, A.F.. Participação em banca de Diogo Castro dos Santos. Simulação computacional e análise de um modelo fenotípico de evolução viral. 2011. Dissertação (Mestrado em Infectologia) - Universidade Federal de São Paulo.

4.
Janini, L. M. R.; ANTONELI, F.; Vasconcelos, S.; Oshiro, T. M.. Participação em banca de Michel Moraes Soane. Comparação de diversidade genética do HIV-1 gerada após cilcos únicos e múltiplos de infecção presente nos compartimentos intracelular e sobrenadante do cultivo celular. 2011. Dissertação (Mestrado em Infectologia) - Universidade Federal de São Paulo.

5.
Castro, H.M.A.; ANTONELI, F.; Forger, M.. Participação em banca de Bruno Tadeu Costa. Uma esfera simétrica rolando sobre uma superfície de revolução. 2010. Dissertação (Mestrado em Matemática Aplicada) - Universidade de São Paulo.

Teses de doutorado
1.
Forger, M.; ANTONELI, F.; Futorny, V.; Hornos, J.E.M.; San Martin, L. A. B.. Participação em banca de Paola Andrea Gaviria Kassama. Subgrupos maximais de grupos de Lie compactos e quebra de simetria no código genético. 2011. Tese (Doutorado em Matemática Aplicada) - Universidade de São Paulo.



Participação em bancas de comissões julgadoras
Concurso público
1.
ANTONELI, F.; Poldi, K. C.; Ribeiro, R. A.; Yamashita, M. T.. Professor Adjunto - nível I (Substituto). 2014. Universidade Federal de São Paulo.

2.
ANTONELI, F.. Professor Adjunto - nível I. 2014. Universidade Federal de São Paulo.

3.
ANTONELI, F.; Godoy, C. M. G.; Lucena, S. E.; Machado, J. C.; Muhlen, S.; Souza, E. A. C.. Professor Adjunto - nível I. 2013. Universidade Federal de São Paulo.

4.
ANTONELI, F.; Bechara, E. J. H.; Haeser, G.; Montenegro, M. S.; Moura, A. A.; Silva, P. R.. Professor Adjunto - nível I. 2013. Universidade Federal de São Paulo.

5.
ANTONELI, F.; Cuminato, J. A.; Federson, M. C. A. B.; Monteiro, H. P.; Moraes, R. V.; Silva, P. J. S. E.. Professor Adjunto - nível I. 2012. Universidade Federal de São Paulo.

6.
ANTONELI, F.; Araujo, S.A.; Ferreira, V.G.; Oishi, C.M.; Oliva, M. L. V.; Yanasse, H.H.. Professor Adjunto - nível I. 2010. Universidade Federal de São Paulo.

Livre docência
1.
ANTONELI, F.; Azevedo, R. S.; Burattini, M. N.; Gutierrez, M. A.; Minghim, R.; Takahashi, H. K.. Ivan Torres Pisa. 2013. Universidade Federal de São Paulo.



Eventos



Participação em eventos, congressos, exposições e feiras
1.
Dynamics in Networks with Special Properties.From motifs of regulatory networks to coupled stochastic systems. 2016. (Simpósio).

2.
Symmetry and Dynamics in Biology.Stochastic processes in biology: From gene expression to population genetics. 2015. (Simpósio).

3.
ISCB-Latin America x-Meeting on Bioinformatics with BSB and SoiBio. Estimation of genetic diversity in viral populations from next generation sequencing data with extremely deep coverage. 2014. (Congresso).

4.
SIAM Conference on Applications of Dynamical Systems. Random Dynamical Systems Approach to the Problem of Gene Expression. 2013. (Congresso).

5.
12th International Workshop on Real and Complex Singularities. Bifurcations in dynamical systems with interior symmetry. 2012. (Congresso).

6.
International Symposium on Mathematical and Computational Biology.Viral evolution and adaptation as a multivariate branching process. 2012. (Simpósio).

7.
Encontro Internacional dos Alunos de Graduaçao do IME-USP IV.Adaptação e Evolução Viral por Processos de Ramificação Multivariados. 2011. (Encontro).

8.
Encontro Internacional dos Alunos de Graduação do IME-USP II.Simetria e Bifurcação: formação de padrões em física e biologia. 2009. (Encontro).

9.
2nd Conference on Nonlinear Science and Complexity. Motifs and Noise in Regulatory Gene Networks. 2008. (Congresso).

10.
Workshop on Gene Regulation and Noise.Bifurcations in Coupled Systems. 2008. (Encontro).

11.
66º Seminário Brasileiro de Análise.Simetria Euclidiana e Formação de Padrões. 2007. (Seminário).

12.
Lie and Jordan Algebras: their Representations and Applications III. Nonlinear Dynamics of Networks - Algebraic Formalism. 2007. (Congresso).

13.
Coupled 60: Dynamics, Classifications and Applications of Coupled Systems. Symmetry Breaking in the Genetic Code. 2005. (Congresso).

14.
Theory and Applications of Coupled Cell Networks. Patterns of Synchrony in Lattice Dynamical Systems. 2005. (Congresso).

15.
Lie and Jordan Algebras: their Representations and Applications. Finite Groups and the Genetic Code: Codon Representations. 2002. (Congresso).

16.
22° Colóquio Brasileiro de Matemática. Codon Representations of the Simple Finite Groups. 1999. (Congresso).


Organização de eventos, congressos, exposições e feiras
1.
ANTONELI, F.; Briones, M.R.S. ; Innocentini, G. C. P. . Symmetry and Dynamics in Biology. 2015. (Congresso).



Orientações



Orientações e supervisões em andamento
Dissertação de mestrado
1.
Antônio Edimar de Melo Junior. Propriedades Combinatórias em Sistemas Dinâmicos em Rede. Início: 2017. Dissertação (Mestrado em Matemática Aplicada) - Universidade Federal de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. (Orientador).

2.
Cassia Ferreira Sampaio. Invariantes e Equivariantes Relativos para Grupos de Lie Compactos. Início: 2015. Dissertação (Mestrado em Matemática Aplicada) - Universidade Federal de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. (Orientador).


Orientações e supervisões concluídas
Dissertação de mestrado
1.
Bruno Gorzoni. Modelagem matemática e computacional da evolução viral e a entropia evolucionária como medida de robustez demográfica. 2017. Dissertação (Mestrado em Infectologia) - Universidade Federal de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Coorientador: Fernando Martins Antoneli Junior.

2.
Mariana Bernardo da Rocha. Detecção de recombinantes do HIV em sequências da região 'pol' de bancos de dados e determinação de possíveis pontos de quebra. 2015. Dissertação (Mestrado em Infectologia) - Universidade Federal de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Coorientador: Fernando Martins Antoneli Junior.

3.
Renata Watanabe Costa. Secretoma e interactoma comparativo de Trypanosoma cruzi e Trypanosoma rangeli. 2014. Dissertação (Mestrado em Microbiologia e Imunologia) - Universidade Federal de São Paulo, . Coorientador: Fernando Martins Antoneli Junior.

4.
Paola Andrea Gaviria. Subgrupos maximais de grupos de Lie compactos. 2006. Dissertação (Mestrado em Matemática Aplicada) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Coorientador: Fernando Martins Antoneli Junior.

Tese de doutorado
1.
Diogo Santos Castro. Modelagem matemática de evolução viral com recombinação. 2017. Tese (Doutorado em Infectologia) - Universidade Federal de São Paulo, . Coorientador: Fernando Martins Antoneli Junior.

2.
Flavio Lichtenstein. Diferenciação de espécies de um mesmo organismo através de algoritmos de análise da entropia utilizando dados de sequências proteômicas conhecidas. 2015. Tese (Doutorado em Gestão e Informática em Saúde) - Universidade Federal de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Coorientador: Fernando Martins Antoneli Junior.

3.
Jean Paulo Lopes Zukurov. Desenvolvimento de metodologia de analise para estimativa da diversidade genética populacional do HIV-1 através do sequenciamento de nova geração. 2015. Tese (Doutorado em Infectologia) - Universidade Federal de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Coorientador: Fernando Martins Antoneli Junior.

4.
Rui Castanheira de Paiva. Hopf bifurcation in coupled cell networks. 2008. Tese (Doutorado em Matemática) - Universidade do Porto, Fundação para a Ciência e a Tecnologia. Coorientador: Fernando Martins Antoneli Junior.

Trabalho de conclusão de curso de graduação
1.
Luiza Guimarães Fabreti. Modelagem computacional de populações de vírus RNA e da evolução de sua diversidade fenotípica. 2016. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Informática e Saúde (Experimental)) - Universidade Federal de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Orientador: Fernando Martins Antoneli Junior.

2.
Camila Aquemi Silva. Análise da conectividade cerebral durante crises epilépticas. 2016. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Informática e Saúde (Experimental)) - Universidade Federal de São Paulo. Orientador: Fernando Martins Antoneli Junior.

3.
Fernando Marcon Passos. Detecção de estocasticidade em filogenias utilizando a distribuição de Poisson e o teste de Kolmogorov-Smirnov. 2014. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Informática e Saúde (Experimental)) - Universidade Federal de São Paulo. Orientador: Fernando Martins Antoneli Junior.

4.
Misaki Yamada Sittoni. Transformada de Radon: Bases matemáticas de reconstrução de imagens médicas. 2012. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Radiologia) - Universidade Federal de São Paulo. Orientador: Fernando Martins Antoneli Junior.

Iniciação científica
1.
Luiza Guimarães Fabreti. Modelagem computacional de populações de vírus RNA e da evolução de sua diversidade fenotípica. 2016. Iniciação Científica. (Graduando em Informática e Saúde (Experimental)) - Universidade Federal de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Orientador: Fernando Martins Antoneli Junior.

2.
Sabrine Fumie Serikawa. Mecanismos de bifurcação e propriedades computacionais dos neurônios. 2011. Iniciação Científica. (Graduando em Informática e Saúde (Experimental)) - Universidade Federal de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Fernando Martins Antoneli Junior.



Educação e Popularização de C & T



Artigos
Artigos completos publicados em periódicos
1.
9Ferreira, R. C.2013Ferreira, R. C. ; ANTONELI, FERNANDO ; Briones, M.R.S. . The hidden factors in impact factors: a perspective from Brazilian science. Frontiers in Genetics, v. 4, p. 1-2, 2013.




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