Karina dos Santos Machado

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  • Última atualização do currículo em 16/11/2018


possui graduação em Engenharia de Computação pela Universidade Federal do Rio Grande (2004) e Mestrado (2007) e Doutorado (2011) em Ciências da Computação pela PUCRS. Atualmente é professora Adjunta na Universidade Federal do Rio Grande. Tem experiência na área de Ciência da Computação, atuando principalmente nos seguintes temas: Bioinformática, Mineração de Dados, Worflows Científicos, Bancos de Dados, Desenho Racional de Fármacos e Docagem Molecular. (Texto informado pelo autor)


Identificação


Nome
Karina dos Santos Machado
Nome em citações bibliográficas
MACHADO, K. S.;MACHADO, KARINA S.;MACHADO, KARINA S;Machado, Karina Santos;MACHADO, KARINA;MACHADO, K.S.;DOS SANTOS MACHADO, KARINA

Endereço


Endereço Profissional
Universidade Federal do Rio Grande, C3 - Centro de Ciências Computacionais.
Avenida Itália, km 8, s/n
Carreiros
96203900 - Rio Grande, RS - Brasil
Telefone: (53) 32336623
URL da Homepage: http://www.c3.furg.br/


Formação acadêmica/titulação


2007 - 2011
Doutorado em Ciência da Computação.
Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul, PUCRS, Brasil.
Título: Seleção Eficiente de Conformações de Receptor Flexível em Simulações de Docagem Molecular, Ano de obtenção: 2011.
Orientador: Osmar Norberto de Souza.
Bolsista do(a): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior, CAPES, Brasil.
Palavras-chave: Bioinformática; Mineração de Dados; Docagem Molecular; Receptor Flexível; Desenho Racional de Fármacos.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra
2005 - 2006
Mestrado em Ciência da Computação.
Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul, PUCRS, Brasil.
Título: Um Workflow Científico para a Modelagem do Processo de Desenvolvimento de Fármacos Assistido por Computador Utilizando Receptor Flexível,Ano de Obtenção: 2007.
Orientador: Osmar Norberto de Souza.
Bolsista do(a): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior, CAPES, Brasil.
Palavras-chave: Bioinformática; workflows; Drug Design; Docking Molecular; Mineração de Dados.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra
2000 - 2004
Graduação em Engenharia de Computação.
Universidade Federal do Rio Grande, FURG, Brasil.
Título: AMADEUS - Automação da Distribuição da Energia Elétrica.
Orientador: Síliva Silva da Costa Botelho.
1995 - 1997
Curso técnico/profissionalizante em Técnico em Processamento de Dados.
Universidade da Região da Campanha, URCAMP, Brasil.
1995 - 1997
Ensino Médio (2º grau).
Universidade da Região da Campanha, URCAMP, Brasil.
1992 - 1994
Ensino Fundamental (1º grau).
Escola Estadual de 1º Grau Gaspar Silveira Martins, EEGSM, Brasil.
1986 - 1991
Ensino Fundamental (1º grau).
Escola Saleciana de 1º e 2º Graus Nossa Senhora Auxiliadora, ESNSA, Brasil.


Pós-doutorado


2018
Pós-Doutorado.
Centre de Recherche INRIA Grenoble - Rhône-Alpes, INRIA-GRENOBLE, França.
Bolsista do(a): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior, CAPES, Brasil.


Formação Complementar


2014 - 2014
Curso de Verão em Bioinformática. (Carga horária: 40h).
Universidade de São Paulo, USP, Brasil.
2010 - 2010
1º Escola de Bioinformática Estrutural da ULBRA. (Carga horária: 70h).
Universidade Luterana do Brasil, ULBRA, Brasil.
2009 - 2009
Gerência de Workflows Científicos: teoria e pratic. (Carga horária: 4h).
Universidade Federal do Ceará, UFC, Brasil.
2008 - 2008
Molecular Modelling and Dynamics. (Carga horária: 8h).
Universidade Federal do ABC, UFABC, Brasil.
2008 - 2008
Mineração de dados em Bioinformática. (Carga horária: 8h).
Universidade Federal do ABC, UFABC, Brasil.
2001 - 2001
Extensão universitária em Inglês Elementar para Universitários. (Carga horária: 40h).
Universidade Federal do Rio Grande, FURG, Brasil.


Atuação Profissional



Universidade Federal do Rio Grande do Sul, UFRGS, Brasil.
Vínculo institucional

2017 - Atual
Vínculo: Colaborador, Enquadramento Funcional: Colaborador em projeto de pesquisa


Universidade Federal do Rio Grande, FURG, Brasil.
Vínculo institucional

2017 - Atual
Vínculo: , Enquadramento Funcional: Professor Adjunto Nível IV

Vínculo institucional

2015 - 2017
Vínculo: , Enquadramento Funcional: Professor Adjunto Nível III, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

Vínculo institucional

2013 - 2015
Vínculo: Servidor Público, Enquadramento Funcional: Professor Adjunto Nível II, Regime: Dedicação exclusiva.

Vínculo institucional

2011 - 2013
Vínculo: Servidor Público, Enquadramento Funcional: Professor Adjunto Nível I, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

Vínculo institucional

2010 - 2011
Vínculo: Servidor Público, Enquadramento Funcional: Professor Assistente Nível I, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

Vínculo institucional

2001 - 2005
Vínculo: Livre, Enquadramento Funcional: Graduanda, Regime: Dedicação exclusiva.

Atividades

03/2016 - Atual
Ensino, Sistemas de Informação, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Descoberta de Conhecimento em Banco de Dados
03/2016 - Atual
Ensino, Engenharia de Computação, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Sistemas Operacionais
03/2016 - Atual
Extensão universitária , C3 - Centro de Ciências Computacionais, .

Atividade de extensão realizada
Coordenaçao do Projeto Gurias Digitais.
04/2013 - Atual
Ensino, Engenharia de Computação, Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
23042P Princípios e Aplicações de Mineração de Dados
Introdução e Algoritmos para Biologia Computacional
08/2012 - Atual
Ensino, Engenharia de Computação, Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
Introdução e Algoritmos para Biologia Computacional
10/2010 - Atual
Pesquisa e desenvolvimento , C3 - Centro de Ciências Computacionais, .

10/2010 - Atual
Ensino, Toxicologia Ambiental, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
15155 Introdução a Bionformática
01/2015 - 01/2017
Direção e administração, C3 - Centro de Ciências Computacionais, .

Cargo ou função
Coordenador Adjunta do Curso de Sistemas de Informação.
03/2012 - 12/2016
Ensino, Sistemas de Informação, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
23002 Sistemas para Internet I
23048 Sistemas de Informação Avançados
23050 Projeto de Graduação em Sistemas de Informação
03/2015 - 08/2015
Ensino, Aplicações para a Web, Nível: Especialização

Disciplinas ministradas
23022 Programação e Gerência de Dados na Web
01/2013 - 01/2015
Direção e administração, C3 - Centro de Ciências Computacionais, .

Cargo ou função
Coordenadora Adjunta do Programa de Pós-graduação em Computação.
03/2012 - 02/2014
Ensino, Engenharia de Automação, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
23010 Sistemas de Computação para Automação II
08/2012 - 12/2013
Ensino, Modelagem Computacional, Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
Introdução a Bioinformática
03/2012 - 08/2012
Ensino, Aplicações para a Web, Nível: Especialização

Disciplinas ministradas
01084P Trabalho de Conclusão de Curso Esp Aplicações p Web - à Distância
03/2012 - 07/2012
Ensino, Engenharia de Computação, Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
23042P Princípios e Aplicações de Mineração de Dados
08/2011 - 12/2011
Ensino, Tecnologia em Toxicologia Ambiental, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
15155 Bioinformática Aplicada à Toxicologia
08/2011 - 12/2011
Ensino, Modelagem Computacional, Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
Introdução à Bioinformática
08/2011 - 12/2011
Ensino, Aplicações para a Web, Nível: Especialização

Disciplinas ministradas
23022 Programação e Gerência de Dados na Web
03/2011 - 12/2011
Ensino, Engenharia de Computação, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
23040 Sistemas de Computação II
03/2011 - 12/2011
Ensino, Sistemas de Informação, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
23040 - Sistemas de Computação II
5/2002 - 3/2003
Estágios , Departamento de Educação e Ciências do Comportamento, Ceamecim.

Estágio realizado
Bolsista. Apoio ao Projeto "A Educação Ambiental na Rede Telemática" e manutenção do laboratório de Informática do Ceamecim. Carga horária de 20 horas semanais..
4/2001 - 12/2001
Estágios , Departamento de Educação e Ciências do Comportamento, Ceamecim.

Estágio realizado
Bolsista. Manutenção do Laboratório do Ceamecim (Centro de Apoio e Melhoria ao Ensino de Ciências e Matemáitca). Carga horária de 12 hs semanais..

Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul, PUCRS, Brasil.
Vínculo institucional

2005 - 2010
Vínculo: Livre, Enquadramento Funcional: Bolsista - Mestrado/Doutorado, Regime: Dedicação exclusiva.

Vínculo institucional

2008 - 2008
Vínculo: Estágio, Enquadramento Funcional: Estagiário em Docência, Carga horária: 4

Vínculo institucional

2008 - 2008
Vínculo: Estágio, Enquadramento Funcional: Estagiário em Docência, Carga horária: 6

Atividades

01/2005 - 03/2010
Pesquisa e desenvolvimento , Pós-Graduação em Ciência da Computação, LABIO- Laboratório de Bioinformátic, .


Rede Nacional de Ensino e Pesquisa, RNP, Brasil.
Vínculo institucional

2004 - 2005
Vínculo: bolsista, Enquadramento Funcional: Bolsista no Grupo de Trabalho GTQoS2 da RNP, Carga horária: 20

Atividades

3/2004 - 2/2005
Estágios , Rede Nacional de Ensino e Pesquisa, .

Estágio realizado
Instalação, configuração e manutenção de Software e Hardware e participação no grupo de trabalho GTQoS2(instalação e configuração de medidores ativos do fluxo de informações na rede de computadores da FURG e demais HOSTS da RNP) e GigaIqom (desenvolviment.

Fundação de Apoio à Universidade do Rio Grande, FAURG, Brasil.
Vínculo institucional

2002 - 2004
Vínculo: bolsista, Enquadramento Funcional: bolsista, Carga horária: 20

Atividades

1/2002 - 6/2002
Estágios , Fundação de Apoio à Universidade do Rio Grande, .

Estágio realizado
Apoio ao Projeto "TV na Escola e os Desafios de Hoje".

Escola Monteiro Lobato, EML, Brasil.
Vínculo institucional

2005 - 2006
Vínculo: Professor, Enquadramento Funcional: Professor, Carga horária: 8

Atividades

08/2005 - 07/2006
Ensino,

Disciplinas ministradas
Linguagens de Programação

Micropoint Informática, MICROPOINT, Brasil.
Vínculo institucional

1998 - 1998
Vínculo: Outro, Enquadramento Funcional: Estagiário, Carga horária: 40

Atividades

3/1998 - 7/1998
Estágios , Micropoint Informática, .

Estágio realizado
Desenvolvimento de um Software para a Assistância Técnica em Computadores da empresa.


Linhas de pesquisa


1.
Bioinformática
2.
Triagem Virtual
3.
Docking Molecular
4.
Mineração de Dados
5.
Dinâmica Molecular
6.
Workflows Científicos
7.
Docking Molecular com Receptor Flexível
8.
Mineração de Dados aplicado a seleção de conformações de receptor flexível


Projetos de pesquisa


2017 - Atual
Bioinformática aplicada à medicina personalizada: do diagnóstico ao tratamento de doenças

Projeto certificado pelo(a) coordenador(a) Márcio Dorn em 05/10/2017.
Descrição: Neste projeto de pesquisa estamos interessados em desenvolver e aplicar estratégias para integrar, explorar e analisar dados genômicos com o objetivo de identificar novos biomarcadores com valor diagnóstico ou prognóstico, e potenciais alvos terapêuticos. Através de abordagens de Bioinformática e da união de esforços de pesquisadores com formação e experiência em Ciências da Computação, Biológicas e da Saúde, pretendemos abordar questões de pesquisa nesta linha relacionadas a doenças cardiovasculares e câncer, com foco no potencial translacional dos achados in silico. Isto é, pretende-se através da realização deste projeto gerar conhecimento científico com potencial uso clínico, que possam trazer importantes benefícios às ações assistenciais e atividades preventivas no Sistema Único de Saúde (SUS) ao aprimorar o processo de diagnóstico, elaboração do prognóstico e planejamento terapêutico dos pacientes acometidos com estas patologias. Dentro desta temática, este projeto irá abordar, especificamente, as seguintes questões de pesquisa: i) detecção de diferenças moleculares entre hipertrofia cardíaca fisiológica e patológica com potencial aplicação terapêutica no tratamento da insuficiência cardíaca, ii) identificação de biomarcadores de doença aterosclerótica instável, iii) caracterização de alterações moleculares em tumores sólidos de mama, ovário e cólon em pacientes portadores de mutações germinativas em genes de predisposição ao câncer para investigação de biomarcadores de câncer hereditário, iv) avaliação da patogenicidade de variantes de significado incerto em genes de predisposição ao câncer..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (3) / Mestrado acadêmico: (3) / Doutorado: (2) .
Integrantes: Karina dos Santos Machado - Integrante / Adriano Velasque Werhli - Integrante / Márcio Dorn - Coordenador / Mário INOSTROZA-PONTA - Integrante / Hugo Verli - Integrante / Bruno Borguesan - Integrante / Bruno Iochins Grisci - Integrante / Rodrigo Ligabue Braun - Integrante / Mariana Recamomde Mendoza - Integrante / Andreia Biolo - Integrante / Patricia Ashton Prolla - Integrante / Nadine Clausell - Integrante / Luis Eduardo Paim Rohde - Integrante / Thais Christina Webber dos Santos - Integrante.Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Rio Grande do Sul - Auxílio financeiro.
2015 - Atual
PEIXES TRANSGÊNICOS FLUORESCENTES: UM NOVO CAMPO PARA A PISCICULTURA ORNAMENTAL NO BRASIL - Edital Universal 2014
Descrição: A piscicultura ornamental é uma área promissora da aquacultura no Brasil, considerando a alta demanda do mercado internacional e a capacidade brasileira de produção e exportação de organismos aquáticos ornamentais. Desta forma, a presente proposta objetiva utilizar tecnologias inovadoras, já estabelecidas pelo grupo de pesquisa proponente, para produção de peixes ornamentais fluorescentes. Esses organismos podem apresentar atrativos diferenciados, os quais poderão amenizar os problemas atualmente enfrentados por este mercado, como extrativismo, introdução de espécies exóticas e baixa novidade de mercado. Na presente proposta, serão produzidas novas variantes de proteínas fluorescentes através de mutagênese, a fim de gerar proteínas que apresentem características importantes para a produção de linhagens de peixes ornamentais fluorescentes como: estabilidade, espectro de emissão de luz mais próximo ao visível e diferentes cores. Para isto serão colaboradores o grupo de pesquisa coordenado pelo Prof. Dr. Luis Fernando Marins (ICB/FURG), o qual foi pioneiro na produção de linhagens transgênicas do peixe Danio rerio no Brasil. Essas linhagens foram produzidas com o objetivo principal de conhecer os mecanismos relacionados ao processo de crescimento em peixes. Paralelamente, essas linhagens carregam proteínas fluorescentes marcadoras de transgenia, as quais emitem fluorescência somente sob radiação ultravioleta. As análises de bioinformática serão desenvolvidas em colaboração com os grupos de pesquisas coordenados pelos professores Dr. Adriano Velasque Werhli e Dra. Karina dos Santos Machado, ambos do Centro de Ciências Computacionais (C3/FURG). Essas análises permitirão identificar as estruturas moleculares capazes de tornar as proteínas fluorescentes mais adequadas a produção de peixes ornamentais fluorescentes..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (2) .
Integrantes: Karina dos Santos Machado - Integrante / Adriano Velasque Werhli - Integrante / Daniela Volcan Almeida - Coordenador / Luis Fernando Marins - Integrante.Financiador(es): CNPq - Auxílio financeiro.
2014 - 2016
Despertando o interesse por computação em adolescentes do ensino médio por meio do uso da ferramenta Scratch
Descrição: A integração da lógica de programação no ensino básico e profissional auxilia na resolução de problemas de forma estruturada e racional. A inserção desse novo conhecimento pode tornar mais visível aos alunos o papel das ciências exatas no desenvolvimento do país. O principal objetivo é o de promover o interesse em lógica de programação, e indiretamente em ciência da computação, para que os alunos possam resolver problemas da vida prática de forma mais estruturada e racional.
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Doutorado: (1) .
Integrantes: Karina dos Santos Machado - Integrante / Leonardo Emmendorfer - Integrante / Diana F. Adamatti - Integrante / Fernanda Mota - Integrante / Paulo F. Butzen - Coordenador / Narusci Bastos - Integrante / Matheus Couto Mendes - Integrante.Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Rio Grande do Sul - Auxílio financeiro.
Número de produções C, T & A: 1
2014 - Atual
Bioinformática Estrutural de Proteínas: modelos, algoritmos e aplicações biotecnológicas
Descrição: Este projeto propõe-se enfrentar dois desafios biotecnológicos de grande relevância nacional. O primeiro envolve a ricina, uma potente fitotoxina encontrada na mamoneira. Co-produtos da produção do óleo de mamona podem conter quantidades letais de ricina. Além do risco de intoxicação animal e humana do bagaço, isso tem dificultado sua reutilização e reciclagem, em especial no semiárido nordestino. A ricina preocupa também pelo seu potencial uso como arma química. Portanto, há forte apelo para se encontrar meios efetivos de neutralizar, inibir e/ou detectar a ricina. O segundo envolve a modelagem de celulases multifuncionais, capazes de degradar eficientemente a lignocelulose, composto base para a produção de biocombustíveis de segunda geração, os quais têm por princípio a utilização de subprodutos de plantas que não podem ser usados na alimentação humana. Ambos desafios exigem uma abordagem multidisciplinar sinérgica entre a modelarem teórica in silico e experimental in vitro. Objetivos: 1) Prever in silico e validar in vitro ligantes de ricina 2) Simular in silico e caracterizar in vitro efeitos causados por intervenções estratégicas em beta-glicosidases modificadas. 3) Projetar, implementar e validar modelos, algoritmos e ferramentas de Quimioinformática e Bioinformática Estrutural de Proteínas que permitam dar suporte aos objetivos biotecnológicos previamente descritos. Espera-se que este projeto possa revelar novas plataformas químicas para o desenvolvimento de inibidores, kits de detecção, biossensores, neutralizadores (substratos suicidas) e outros produtos de inovação biotecnológica baseados na ricina, com potencial para alavancar o agronegócio da mamona e a indústria nacional de fármacos. Espera-se também a modelagem de celulases multifuncionais, capazes especialmente de orientar a manipulação genética de algas produtoras de $\beta$-glicosidases, com características catalíticas eficientes e de tolerância à inibição por glicose e celobiose, permitindo seu uso industrial na produção de etanol de segunda geração. Espera-se, em fim, que esses desafios possam inspirar novas metodologias matemáticas, computacionais, químicas e bioquímicas integradas, de modo a gerar artefatos biotecnológicos inovadores, bem como contribuir para a formação de profissionais com perfil multidisciplinar altamente qualificados... Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (4) / Mestrado acadêmico: (6) / Doutorado: (6) .
Integrantes: Karina dos Santos Machado - Integrante / Leonardo Emmendorfer - Integrante / Adriano Velasque Werhli - Coordenador / Raquel Cardoso de Melo Minard - Integrante / Carlos Henrique da Silveira - Integrante / Wagner Meira Jr - Integrante / Douglas Eduardo Valente Pires - Integrante / François Artiguenave - Integrante / Marcos Augusto dos Santos - Integrante / Karine Bastard - Integrante / Marcel Salanoubat - Integrante / Gisele Lobo Pappa - Integrante / Aldete Maria Gonçalves Almeida - Integrante / Sabrina Azevedo Silveira - Integrante / DAVID VALLENET - Integrante / Thiago Ferreira Noronha - Integrante / Demetrius Antonio Machado de Araújo - Integrante / Gerd Bruno da Rocha - Integrante / Luis Fernando Fernandes Marins - Integrante / David Ascher - Integrante / Tom Blundell - Integrante / Liv Soares Severino - Integrante / Luis Cesar Rodrigues - Integrante / Paulo Lilles Jorge Drews Jr - Integrante / Bráulio Roberto Gonçalves Marinho Couto - Integrante.
2013 - 2016
Critérios de validação de algoritmos de agrupamento
Descrição: Nas últimas décadas foram propostos diversos algoritmos de agrupamento. O principal problema da maioria das abordagens de agrupamento é que essas podem, a partir de um mesmo conjunto de entrada, gerar diferentes agrupamentos, sendo muito complexo definir qual é o melhor resultado. Dentre as principais formas de avaliar a qualidade de um agrupamento estão a inspeção visual, a avaliação externa e a avaliação relativa. Devido a alta dimensionalidade e cardinalidade dos conjuntos a inspeção visual é inviável. Na avaliação externa os grupos gerados são comparados a classes de dados já conhecidas. Esta opção de avaliação é confiável porém a maioria dos dados não são rotulados. Dessa forma critérios relativos tornam-se a melhor opção de avaliação de agrupamentos pois consideram as características dos dados. Além do mais, há diferentes índices de validação externos (Jaccard, Rand, etc) e relativos (DBI, DUNN, Silhouette, etc.). Desta forma este projeto tem por objetivo propor uma metodologia para investigar a relação entre os critérios de validação de agrupamentos externos e relativos..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (2) .
Integrantes: Karina dos Santos Machado - Coordenador / Leonardo Emmendorfer - Integrante / Eduardo Nunes Borges - Integrante.Número de orientações: 1
2013 - 2016
UM FRAMEWORK PARA TRIAGEM VIRTUAL
Descrição: Entre as muitas áreas de pesquisa de Bioinformática, uma das mais importantes é o Desenho Racional de Fármacos (Rational Drug Design - RDD). Os grandes desafios dessa área abrangem o entendimento sobre o comportamento das macromoléculas biológicas receptoras como proteínas e como as mesmas interagem com diferentes pequenas moléculas ou ligantes, uma estratégia bastante difundida chamada de Triagem Virtual (Virtual Screening, VS). VS emprega métodos de docagem molecular para a análise dessa interação receptor-ligante testando in-silico diferentes possíveis inibidores para uma proteína-alvo. Atualmente, cada vez mais, há a necessidade de aproximar os experimentos in-silico dos experimentos in-vitro, tornando as ferramentas computacionais empregadas cada vez mais próximas do que acontece na realidade. Nesse sentido, no processo de RDD é preciso considerar que em condições fisiológicas, as biomoléculas experimentam vários tipos de movimentos e de mudanças conformacionais muitas vezes cruciais para suas funções. Para a execução de um experimento de VS é necessário, além do receptor-alvo (rígido ou flexível), um conjunto de compostos que pode ser obtido de diferentes bases de dados públicas. Entretanto, também é necessária a seleção desses compostos, de forma que nem todos sejam utilizados na triagem virtual para determinado alvo. Além do problema de consideração da flexibilidade dos receptores e da seleção de compostos, em alguns estudos pode acontecer de não se conhecer exatamente o sítio de ligação do alvo, ou seja, não se sabe a melhor região de ligação para realizar o teste com os compostos candidatos a inibidores. Neste caso, é necessário também investigar todo o espaço conformacional do alvo, aumentando a complexidade desse tipo de experimento. Há atualmente diferentes ferramentas de VS, entretanto essas ferramentas executam localmente e os pesquisadores não conseguem facilmente modificar os parâmetros de execução de um experimento de VS nem selecionar um conjunto de conformações do receptor ou um conjunto de ligantes. Propõem-se neste projeto o desenvolvimento de um framework Web para a configuração de experimentos de triagem virtual que sejam apropriados para diferentes objetivos e que permitam que novas funcionalidades sejam adicionadas conforme a necessidade dos pesquisadores..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (3) / Mestrado acadêmico: (1) / Doutorado: (1) .
Integrantes: Karina dos Santos Machado - Coordenador / Ana T. Winck - Integrante / Vinicius Rosa Seus - Integrante / Jorge Gomes - Integrante / WERHLI, ADRIANO V. - Integrante / Lande Vieira da Silva Jr. - Integrante / Pedro Eduardo Almeida da Silva - Integrante.
Número de produções C, T & A: 2 / Número de orientações: 2
2013 - 2015
Desenvolvimento e Uso de Objetos Virtuais de Aprendizagem no Ensino de Biologia. - Cooperação Universidade-Escola - Chamada Pública MCTI/CNPq/SPM-PR/Petrobras nº 18/2013
Descrição: Objetos de aprendizagem integrados a ambientes virtuais de ensino para simulação da dinâmica dos organismos no seu ambiente físico-químico possuem potencial aplicação para auxiliar na fixação e compreensão de conteúdos. Assim, o projeto pretende integrar alunos de graduação em Engenharia de Computação com alunos do Ensino Médio a fim de construir e validar coletivamente um objeto virtual de aprendizagem para o ensino de conteúdos da Biologia e Química. A utilização de objetos de aprendizagem no contexto da Biologia pretende motivar os alunos fornecendo recursos gráficos que diminuam a complexidade de conceitos abstratos tornando o aprendizado concreto e intuitivo.
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (1) .
Integrantes: Karina dos Santos Machado - Integrante / Ivete Pinto Martins - Integrante / Silvia Silva da Costa Botelho - Integrante / Zélia Couto - Integrante / Danúbia Bueno Espíndola - Coordenador / Lúcia Patrícia Pereira Dorneles - Integrante.
2012 - 2015
Propostas de algoritmos para o Modelo AB e Modelo HP de dobramento de proteínas
Descrição: O problema de dobramento de proteínas continua presente como um desafio na área de Bioinformática. Com o objetivo de entender alguns aspectos desse problema, a comunidade científica tem proposto uma série de modelos altamente simplificados, porém não triviais. Exemplos desses modelos simplificados que incorporam características estruturais essenciais e consideram as interações entre os aminoácidos são o Modelo HP e o Modelo AB. Atualmente existem diferentes implementações para a solução do dobramento de proteínas com o uso dos Modelos HP e AB que despendem um longo tempo de execução em máquinas com alto desempenho. Este projeto tem por obtivo propor algoritmos para o dobramento de proteínas com modelos simplificados HP e AB. Esses algoritmos são soluções inspiradas nos algoritmos de estimação de distribuição e em estratégias de aprendizagem de máquina para a busca da solução ótima. Também são propostas alternativas com a utilização de processamento paralelo e métodos formais..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (4) / Mestrado acadêmico: (1) .
Integrantes: Karina dos Santos Machado - Coordenador / Leonardo Emmendorfer - Integrante / WERHLI, ADRIANO V. - Integrante.
Número de produções C, T & A: 2 / Número de orientações: 1
2012 - 2013
APLICAÇÃO DE MINERAÇÃO DE DADOS EM TRIAGEM VIRTUAL COM RECEPTOR FLEXÍVEL
Descrição: Entre as muitas áreas de pesquisa de Bioinformática, uma das mais importantes é o Desenho Racional de Fármacos (Rational Drug Design - RDD), um processo onde os custos e o tempo envolvidos são altos. Os grandes desafios dessa área abrangem o entendimento sobre o comportamento das macromoléculas biológicas receptoras como proteínas e como as mesmas interagem com diferentes pequenas moléculas ou ligantes, uma estratégia bastante difundida chamada de Triagem Virtual (Virtual Screening, VS). VS emprega métodos de docagem molecular para a análise dessa interação receptor-ligante testando in-silico diferentes possíveis inibidores para uma proteína-alvo. Há atualmente inúmeros bancos de dados de possíveis candidatos a inibidores da proteína-alvo de estudo. Um dos Bancos de Dados mais populares é o ZINC, que disponibiliza atualmente mais de 20 milhões de moléculas em um formato apropriado para VS. Entretanto, o grande desafio desse tipo de abordagem é o tempo necessário para executá-lo, uma vez que analisar a interação in-silico de 20 milhões de compostos com cada proteína-alvo tem um alto custo computacional. Sendo assim, neste projeto são estudados métodos de seleção de compostos químicos mais promissores utilizando para isso diferentes técnicas de mineração de dados..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (2) .
Integrantes: Karina dos Santos Machado - Coordenador / Giovanni X. Perazzo - Integrante / Vinicius Rosa Seus - Integrante.
Número de produções C, T & A: 1 / Número de orientações: 2
2011 - 2015
Agrupamento de Estruturas de Proteínas
Descrição: Uma forma de tratar os dados biológicos que estão sendo produzidos de forma a gerar informação útil é a aplicação de mineração de dados. Uma das técnicas de mineração de dados mais empregadas é a de Agrupamento, que consiste no processo de agrupar objetos físicos ou abstratos em classes de objetos similares. As trajetórias de simulação por dinâmica molecular (DM) geram uma grande quantidade de estrutura de proteínas, muitas vezes similares, que precisam ser tratadas de forma a reduzir esse espaço conformacional. Sendo assim, este projeto tem por objetivo o estudo e implementação de diferentes algoritmos de agrupamento aplicados aos dados resultantes de uma trajetória de simulação por DM..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) .
Integrantes: Karina dos Santos Machado - Coordenador / Leonardo Emmendorfer - Integrante / Núbia Souza Prates - Integrante.Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa.Número de orientações: 1
2011 - 2014
Workflow Científico para a Execução de Dinâmica Molecular
Descrição: O comportamento das macromoléculas biológicas pode ser modelado por programas de simulação por dinâmica molecular (DM) como o pacote GROMACS. Esse pacote de código e acesso livre, é utilizado para a execução de DM, gerando um conjunto de diferentes estruturas ao longo do tempo, chamada de trajetória dinâmica. Este projeto tem por objetivo a instalação e utilização do pacote GROMACS para a execução de simulações por DM em ambiente Linux e o desenvolvimento de um workflow científico para automatização desse processo, incluindo a etapa de aplicação de mineração de dados nessa grande quantidade de dados gerada. Esse estudo será realizado tendo como alvo uma importante proteína do Mycobacterium Tuberculosis..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (2) .
Integrantes: Karina dos Santos Machado - Coordenador / Luisa Rodrigues Cornetet - Integrante / Douglas Gomes - Integrante.Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa / Universidade Federal do Rio Grande - Bolsa.
Número de produções C, T & A: 2 / Número de orientações: 2
2008 - 2010
Um estudo do efeito da flexibilidade explícita dos mutantes I21V e I16T da enzima InhA de M. tuberculosis na docagem molecular
Descrição: O objetivo geral deste projeto é contribuir para o entendimento detalhado do papel da flexibilidade explícita dos receptores, obtidas por meio de trajetórias de simulações pela dinâmica molecular, na interação com pequenas moléculas do tipo fármaco..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) Doutorado: (1) .
Integrantes: Karina dos Santos Machado - Integrante / Osmar Norberto de Souza - Coordenador / Elisângela Machado Leal Cohen - Integrante.Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa.
2008 - 2010
Um ambiente de descoberta de conhecimento em banco de dados para docagem molecular utilizando receptor flexível
Descrição: A abordagem proposta para endereçar esses problemas é a de construção de um ambiente de KDD para tratar o grande volume de dados envolvidos. Pretende-se explorar técnicas de mineração de dados e, em especial, pretende-se concentrar esforços sobre técnicas de preparação de dados, de modo a aumentar a qualidade dos dados a serem utilizados pelos algoritmos de mineração e, por conseqüência, tentar acelerar a identificação de ligantes promissores para o tratamento da tuberculose (contribuição de indiscutível aplicação social). Ao buscar desenvolver maneiras de otimizar os experimentos in-silico e tentar diminuir o número de docagens moleculares, objetiva-se contribuir para a redução do tempo de desenvolvimento de novos fármacos como, por exemplo, para o tratamento da tuberculose..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Doutorado: (2) .
Integrantes: Karina dos Santos Machado - Integrante / Osmar Norberto de Souza - Integrante / Duncan Dubugras Alcoba Ruiz - Coordenador / Ana Trindade Winck - Integrante.Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.
Número de produções C, T & A: 7
2004 - 2005
AMADEUS - Arquitetura Modular para a Automação da Distribuição de Energia Elétrica
Descrição: Estudo e desenvolvimento de uma arquitetura modular visando a automação da distribuição de energia elétrica. O projeto passa pelo estudo de sistemas EMS e SCADA visando o desenvolvimento de um sistema completo interligando a gerência das informações..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (3) .
Integrantes: Karina dos Santos Machado - Integrante / Giseli Rabello Lopes - Integrante / SIDNEI ROBERTO SELZLER FRANCO - Integrante / Sílvia Silva da Costa Botelho - Coordenador.Financiador(es): Agência Nacional de Energia Elétrica - Auxílio financeiro.
Número de produções C, T & A: 1
2004 - 2005
Grupo de Trabalho Qualidade de Serviço 2 (GT-QoS2)
Descrição: A proposta desta nova etapa do GT é desenvolver pilotos de medições passivas com placas de captura, de medições ativas com a plataforma AMP / OWAMP, além de análise dos dados coletados pelo Netflow. O objetivo principal é a implementação de QoS fim-a-fim utilizando a arquitetura de serviços diferenciados, o que implica na configuração de todas as redes envolvidas nos experimentos. Outro objetivo é a implantação de um sistema de SLA (service level agreements) entre todas as redes participantes do piloto de serviços, bem como um sistema de monitoração destes serviços e dos SLAs. O SLA é um acordo feito entre o cliente e o provedor de serviço sobre os níveis de qualidade do serviço que o cliente está contratando. O sistema é capaz de monitorar a rede e acompanhar se o provedor está seguindo o acordo. O GT propõe ainda a realização de testes com o serviço scavenger, dessa vez colocando o serviço em operação, em caráter experimental, para avaliação de qual a banda mínima para que o serviço seja funcional e não prejudique os demais..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (2) .
Integrantes: Karina dos Santos Machado - Integrante / Gerson Leiria Nunes - Integrante / Nelson Lopes Duarte Filho - Coordenador.Financiador(es): Rede Nacional de Ensino e Pesquisa - Auxílio financeiro.
Número de produções C, T & A: 4
2003 - 2003
Estudo sobre Lógica Fuzzy - Aplicação da Lógica Fuzzy no Controle de Robôs Móveis
Descrição: O objetivo deste trabalho é utilizar a lógica Fuzzy no projeto de controladores para robôs móveis, de modo específico, para robôs omnidirecionais (robôs que apresentam mobilidade completa no plano sem a necessidade de reorientação das rodas) do time de futebol de robôs da FURG (FURGBOL)..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (2) .
Integrantes: Karina dos Santos Machado - Integrante / Giseli Rabello Lopes - Integrante / Vinicius Menezes Oliveira - Coordenador.
Número de produções C, T & A: 2


Projetos de extensão


2016 - Atual
Gurias Digitais
Descrição: Programar é um dos mais novos pré requisitos essenciais para formação profissional. Conhecer os segredos da programação, os desafios da lógica e saber aplica-los aos problemas reais é um desafio para as novas gerações. E neste universo, existe diferença entre o código feminino e o masculino? Nosso objetivo é divulgar a área de Computação e despertar o interesse de estudantes para que conheçam melhor a área e, desta forma, motivá-las a utilizar a programação de computadores nas diferentes atividades de suas carreiras profissionais. A capacitação e o ensino igualitário, independente do gênero, poderá contribuir para uma sociedade menos preconceituosa, onde a questão da diferença entre código feminino ou masculino seja inexistente e somente seja relevante a qualidade das soluções apresentadas..
Situação: Em andamento; Natureza: Extensão.
Alunos envolvidos: Graduação: (5) .
Integrantes: Karina dos Santos Machado - Coordenador / Diana F. Adamatti - Integrante / Cristina Meinhardt - Integrante.
2010 - 2013
REVISTA JUNIOR DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA EM CIÊNCIAS EXATAS E ENGENHARIA - ICCEEg
Descrição: A inclusão de alunos de graduação em atividades de Iniciação Científica (IC), a partir de projetos de pesquisa, é uma forma de desenvolver nesses alunos algumas características fundamentais para sua vida profissional, seja ela voltada para a indústria, ou para a academia. Pode-se citar, por exemplo, o trabalho autônomo, a capacidade de fazer revisão bibliográfica e a busca por soluções inovadoras para problemas existentes. Contudo, toda a pesquisa, para ser conhecida pela comunidade científica, deve ser publicada. Publicar um artigo não é algo trivial, pois exige o conhecimento de uma linguagem científica adequada, uma metodologia a ser aplicada e os requisitos de publicação de cada veículo de divulgação. E os veículos existentes para que os alunos de iniciação científica posam publicar normalmente aceitam apenas resumos de trabalhos. Desta maneira, existe uma lacuna para alunos em início e meio de curso, com atividades inicias de pesquisa ou que não ainda não foram iniciados. Outro ponto importante durante o processo de publicação de um artigo é o processo de revisão dos mesmos. Esse é um processo complexo e com um nível de aprendizado bastante alto, pois envolve estudo de trabalhos relacionados clássicos e no estado da arte, a compreensão do assunto descrito no artigo (a inovação envolvida na proposta) e um posicionamento com base teórica sobre o trabalho descrito no artigo. Além disso, a avaliação envolve entender e questionar sobre a forma e a metodologia adotadas pelo artigo..
Situação: Concluído; Natureza: Extensão.
Alunos envolvidos: Graduação: (15) / Mestrado acadêmico: (20) .
Integrantes: Karina dos Santos Machado - Integrante / Diana F. Adamatti - Coordenador / Graçaliz Pereira Dimuro - Integrante.


Outros Projetos


2003 - 2004
ESCUNA - Escola Comunidade Universidade
Descrição: O Projeto ESCUNA visa informatizar todas as escolas municipais da cidade de Rio Grande, com a devida preparação dos professores com o curso de especialização..
Situação: Concluído; Natureza: Outra.
Alunos envolvidos: Graduação: (15) / Especialização: (15) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) .
Integrantes: Karina dos Santos Machado - Integrante / Ivete Pinto Martins - Integrante / Silvia Silva da Costa Botelho - Integrante / Débora Laurino - Coordenador / Carlos Adail Sherer Jr - Integrante.Financiador(es): Prefeitura Municipal de Rio Grande - Cooperação / Banco Nacional de Desenvolvimento Econômico e Social - Auxílio financeiro.
Número de produções C, T & A: 1


Membro de corpo editorial


2012 - 2015
Periódico: Revista Jr de Iniciação Científica em Ciências Exatas e Engenharia


Revisor de periódico


2015 - 2018
Periódico: BMC BIOINFORMATICS
2016 - 2017
Periódico: JOURNAL OF MOLECULAR GRAPHICS & MODELLING
2014 - Atual
Periódico: REVISTA DE INFORMÁTICA TEÓRICA E APLICADA: RITA
2018 - Atual
Periódico: PeerJ
2018 - Atual
Periódico: Journal of Bioinformatics and Computational Biology
2018 - Atual
Periódico: Rodriguesia


Áreas de atuação


1.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação.
2.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Bioinformática.
3.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Mineração de Dados.


Idiomas


Inglês
Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.
Português
Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.
Francês
Compreende Razoavelmente, Fala Razoavelmente, Lê Razoavelmente, Escreve Razoavelmente.


Prêmios e títulos


2014
Professora homenageada da Segunda Turma de Sistemas de Informação, Universidade Federal do Rio Grande.
2013
Professora homenageada da Primeira Turma de Sistemas de Informação, Universidade Federal do Rio Grande.
2011
Aprovação com Louvor em Doutorado em Ciência da Computação, PPGCC - Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul.
2010
Aprovação em 1° lugar em Concurso Público para cargo de docente em magistério superior - Sistemas Distribuídos, Universidade Federal do Rio Grande - FURG..
2007
Best Poster Award - X meeting 2007, 3º International Conference of the Brazilian Association of Bioinformatics and Computational Biology.
1998
Honra ao Mérito, Universidade da Região da Campanha.


Produções



Produção bibliográfica
Artigos completos publicados em periódicos

1.
1FERNANDES E SILVA, E.2018FERNANDES E SILVA, E. ; FIGUEIRA, F.S. ; CAÑEDO, A.D. ; MACHADO, K.S. ; SALGADO, M.T.S.F. ; SILVA, T.K. ; WAGNER, E.F. ; MATTOZO, F.H. ; LIMA, É.A. ; SALES-NETO, J.M. ; FERREIRA, V.U. ; COMITRE, A.A. ; MASCARENHAS, S.R. ; KALIL, S.J. ; VOTTO, A.P.S. . C-phycocyanin to overcome the multidrug resistance phenotype in human erythroleukemias with or without interaction with ABC transporters. BIOMEDICINE & PHARMACOTHERAPY, v. 106, p. 532-542, 2018.

2.
4SILVA, LANDE2017SILVA, LANDE ; CARRION, LILLIAN LUCAS ; VON GROLL, ANDREA ; COSTA, SOFIA SANTOS ; JUNQUEIRA, ELISABETE ; RAMOS, DANIELA FERNANDES ; CANTOS, JÉSSICA ; SEUS, VINICIUS ROSA ; COUTO, ISABEL ; FERNANDES, LIANA DA SILVA ; BONACORSO, HÉLIO GAUZE ; MARTINS, MARCOS ANTÔNIO PINTO ; ZANATTA, NILO ; VIVEIROS, MIGUEL ; MACHADO, KARINA S. ; ALMEIDA DA SILVA, PEDRO EDUARDO . In vitro and in silico analysis of the efficiency of tetrahydropyridines as drug efflux inhibitors in Escherichia coli. INTERNATIONAL JOURNAL OF ANTIMICROBIAL AGENTS, v. 49, p. 308-314, 2017.

3.
5MARIANO, D.C.B.2017MARIANO, D.C.B. ; LEITE, C. ; SANTOS, L.H.S. ; MARINS, L.F. ; MACHADO, K.S. ; WERHLI, A.V. ; LIMA, L.H.F. ; DE MELO-MINARDI, R.C. . Characterization of glucose-tolerant β-glucosidases used in biofuel production under the bioinformatics perspective: a systematic review. GENETICS AND MOLECULAR RESEARCH, v. 16, p. 1, 2017.

4.
2GONZÁLEZ-DURRUTHY, MICHAEL2017 GONZÁLEZ-DURRUTHY, MICHAEL ; WERHLI, ADRIANO V. ; SEUS, VINICIUS ; MACHADO, KARINA S. ; PAZOS, ALEJANDRO ; MUNTEANU, CRISTIAN R. ; GONZÁLEZ-DÍAZ, HUMBERTO ; MONSERRAT, JOSÉ M. . Decrypting Strong and Weak Single-Walled Carbon Nanotubes Interactions with Mitochondrial Voltage-Dependent Anion Channels Using Molecular Docking and Perturbation Theory. Scientific Reports, v. 7, p. 1, 2017.

5.
6RICO, TIMÓTEO MATTHIES2017RICO, TIMÓTEO MATTHIES ; DOS SANTOS MACHADO, KARINA ; FERNANDES, VANESSA PELLEGRINI ; MADRUGA, SAMANTA WINCK ; NOGUEZ, PATRÍCIA TUERLINCKX ; BARCELOS, CAMILA ROSE GUADALUPE ; SANTIN, MATEUS MADAIL ; PETRARCA, CRISTIANE RIOS ; DUMITH, SAMUEL CARVALHO . Text Messaging (SMS) Helping Cancer Care in Patients Undergoing Chemotherapy Treatment: a Pilot Study. JOURNAL OF MEDICAL SYSTEMS, v. 41, p. 1-8, 2017.

6.
3RAMOS, PATRÍCIA2017RAMOS, PATRÍCIA ; SCHMITZ, MARCOS ; GAMA, SIBELE ; PORTANTIOLO, ALINE ; DURRUTHY, MICHAEL GONZALEZ ; DE SOUZA VOTTO, ANA PAULA ; CORNETET, LUISA RODRIGUES ; DOS SANTOS MACHADO, KARINA ; WEHRLI, ADRIANO ; TONEL, MARIANA ZANCAN ; FAGAN, SOLANGE BINOTTO ; YUNES, JOÃO SARKIS ; MONSERRAT, JOSÉ MARIA . Cytoprotection of lipoic acid against toxicity induced by saxitoxin in hippocampal cell line HT-22 through in silico modeling and in vitro assays. TOXICOLOGY, v. 393, p. 171-184, 2017.

7.
8CAMARGO, A. D.2016CAMARGO, A. D. ; WERHLI, ADRIANO V. ; MACHADO, KARINA S. . A comparison of molecular dynamics simulations using GROMACS with GPU and CPU.. REVISTA DE INFORMÁTICA TEÓRICA E APLICADA: RITA, v. 23, p. 325-328, 2016.

8.
9Cornetet, L. R.2016Cornetet, L. R. ; GONZÁLEZ-DURRUTHY, MICHAEL ; MONSERRAT, JOSE M. ; WERHLI, ADRIANO V. ; MACHADO, KARINA S. . Data Mining Applied to Molecular Docking Experiments. REVISTA DE INFORMÁTICA TEÓRICA E APLICADA: RITA, v. 23, p. 379-381, 2016.

9.
7GONZALEZ-DURRUTHY, MICHEL2016GONZALEZ-DURRUTHY, MICHEL ; WERHLI, ADRIANO WERHLI ; CORNETET, LUISA ; MACHADO, KARINA S ; GONZALEZ-DIAZ, HUMBERTO ; WASILIESKY JR, WILSON ; RUAS, CAROLINE P. ; GELESKY, MARCOS A. ; MONSERRAT, JOSE M. . Predicting the Binding Properties of Single Walled Carbon Nanotubes (SWCNT) with ADP/ATP Mitochondrial Carrier using Molecular Docking, Chemoinformatics, and Nano-QSBR Perturbation Theory. RSC Advances: an international journal to further the chemical sciences, v. 6, p. 58680-58693, 2016.

10.
12Vinicius Rosa Seus2015Vinicius Rosa Seus ; MACHADO, K. S. ; Borges, Eduardo N. ; Maciel, Thales V. . Mineração de dados em triagem de risco de saúde. Revista Brasileira de Computação Aplicada, v. 7, p. 26/2-40, 2015.

11.
11CAMARGO, A. D.2015CAMARGO, A. D. ; MACHADO, KARINA S. . A review about Petri Nets and Bioinformatics: representations of systems biology. Revista Junior de Iniciação Científica em Ciências Exatas e Engenharia, v. 1, p. 8-11, 2015.

12.
10AGOSTINHO, NILZAIR B.2015AGOSTINHO, NILZAIR B. ; MACHADO, KARINA S. ; WERHLI, ADRIANO V. . Inference of regulatory networks with a convergence improved MCMC sampler. BMC Bioinformatics, v. 16, p. 1-10, 2015.

13.
13BARBAT, M. M.2015BARBAT, M. M. ; COLETO, J. L. ; GOULART, M. G. ; TEIXEIRA, E. P. ; MACHADO, KARINA ; Borges, E.N. . Extração de conhecimento a partir de bancos de dados oceanográficos mistos. SCIENTIA PLENA, v. 11, p. 1-9, 2015.

14.
14SEUS, VINICIUS ROSA2014SEUS, VINICIUS ROSA ; PERAZZO, GIOVANNI XAVIER ; WINCK, ANA T. ; WERHLI, ADRIANO V. ; MACHADO, KARINA S. . An Infrastructure to Mine Molecular Descriptors for Ligand Selection on Virtual Screening. Journal of Biomedicine and Biotechnology (Print), v. 2014, p. 1-9, 2014.

15.
15WINCK, ANA T2013WINCK, ANA T ; MACHADO, KARINA S ; DE SOUZA, OSMAR ; Ruiz, Duncan D . Context-based preprocessing of molecular docking data. BMC Genomics, v. 14, p. S6, 2013.

16.
16Barros, R. C.2012Barros, R. C. ; Winck, A. T. ; MACHADO, K. S. ; Basgalupp, M.P. ; Carvalho, A. C. P. L. F. ; Ruiz, D. D. ; Norberto de Souza, O . Automatic design of decision-tree induction algorithms tailored to flexible-receptor docking data. BMC Bioinformatics, v. 13, p. 310-325, 2012.

17.
19MACHADO, K. S.;MACHADO, KARINA S.;MACHADO, KARINA S;Machado, Karina Santos;MACHADO, KARINA;MACHADO, K.S.;DOS SANTOS MACHADO, KARINA2011 MACHADO, K. S.; WINCK, A. T. ; RUIZ, D. D. A. ; NORBERTO DE SOUZA, O . Mining flexible-receptor molecular docking data. Wiley Interdisciplinary Reviews: Data Mining and Knowledge Discovery, p. n/a-n/a, 2011.

18.
18MACHADO, K. S.;MACHADO, KARINA S.;MACHADO, KARINA S;Machado, Karina Santos;MACHADO, KARINA;MACHADO, K.S.;DOS SANTOS MACHADO, KARINA2011 MACHADO, K. S.; Schroeder, Evelyn K ; Ruiz, Duncan D ; Cohen, Elisângela ML ; Norberto de Souza, Osmar . FReDoWS: a method to automate molecular docking simulations with explicit receptor flexibility and snapshots selection. BMC Genomics, v. 12, p. S6-1-10, 2011.

19.
17Cohen, Elisangela ML2011MACHADO, K. S.; Cohen, Elisangela ML ; Cohen, Marcelo ; Norberto de Souza, Osmar . Effect of the explicit flexibility of the InhA enzyme from Mycobacterium tuberculosis in molecular docking simulations. BMC Genomics, v. 12, p. S7-1-10, 2011.

20.
20MACHADO, K. S.;MACHADO, KARINA S.;MACHADO, KARINA S;Machado, Karina Santos;MACHADO, KARINA;MACHADO, K.S.;DOS SANTOS MACHADO, KARINA2010MACHADO, K. S.; WINCK, A. T. ; RUIZ, D. D. A. ; NORBERTO DE SOUZA, O . Mining flexible-receptor docking experiments to select promising protein receptor snapshots. BMC Genomics, v. 11, p. S6-1-10, 2010.

Capítulos de livros publicados
1.
PALOMINO, J. C. ; MACHADO, KARINA S. ; GROLL, A. V. ; SILVA, P. E. A. ; MARTIN, A. . Drug repurposing for tuberculosis. In: Michio Kuroso; William Denny. (Org.). Advances in Tuberculosis Medicinal Chemistry. 1eded.London, UK: Future Science, 2016, v. , p. 21-32.

2.
WINCK, A. T. ; MACHADO, K. S. ; RUIZ, D. D. A. ; NORBERTO DE SOUZA, O . Processo de KDD aplicado à bioinformática.. In: Adriano C. Machado Pereira; Gisele Lobo Pappa. Marco Winckler; Roberta Lima Gomes.. (Org.). Tópicos em sistemas colaborativos, multimídia, web e banco de dados.. Porto Alegre: Sociedade Brasileira de Computação, 2010, v. 1, p. 159-180.

Trabalhos completos publicados em anais de congressos
1.
POPIOLEK, P. ; MACHADO, K. S. ; Mendizabal, O. M. . Reducing Monitoring Overhead in Virtualized Environments Through Feature Selection. In: SBRC - Simpósio Brasileiro de Redes de Computadores e Sistemas Distribuídos, 2018, Campos do Jordão. SBRC - Simpósio Brasileiro de Redes de Computadores e Sistemas Distribuídos, 2018. v. 1. p. 1-14.

2.
BARRETO, N. A. ; MACHADO, KARINA S. ; WERHLI, ADRIANO V. . Inference of Regulatory Networks with MCMC sampler guided by Mutual Information. In: ACM SAC 2017, 2017, Marrakech, Morocco. Proceedings of ACM SAC 2017, 2017. v. 1. p. 18-22.

3.
TOMASINI, C. ; Borges, E.N. ; Emmendorfer, L. ; MACHADO, KARINA S. . A Study on the Relationship between Internal and External Validity Indices Applied to Partitioning and Density-based Clustering Algorithms. In: International Conference on Enterprise Information Systems, 2017, Porto, Portugal. Proceedings of the International Conference on Enterprise Information Systems. Setúbal, Portugal: SCITEPRESS, 2017. v. 1. p. 89-98.

4.
POPIOLEK, P. ; MACHADO, KARINA S. ; Mendizabal, O. M. . Identificação de custos computacionais causados por contadores de desempenho. In: Iberchip, 2017, Bariloche. Iberchip - Iberchip Workshop, 2017. v. 1. p. 1-4.

5.
SEUS, V. R. ; SILVA JR., L. V. ; GOMES, JORGE ; SILVA, P. E. A. ; Prates, N. S. ; ZANATTA, N. ; WERHLI, A. V. ; MACHADO, K. S. . A Framework for Virtual Screening. In: ACM SAC 2016, 2016, Pisa, Italy. Proceedings of the 31st Annual ACM Symposium on Applied Computing. New York: Association for computer machinery, 2016. v. 1. p. 31-36.

6.
CANOFRE, R. ; Borges, Eduardo N. ; MACHADO, KARINA S . Uma Avaliação de Algoritmos para Mineração de Dados Disponíveis na Web. In: XII Escola Regional de Banco de Dados, 2016, Londrina - PR. Anais da XII Escola Regional de Banco de Dados. Porto Alegre - RS: Sociedade Brasileira de Computação ? SBC, 2016. v. 1. p. 20-29.

7.
MACHADO, R. F. ; PINHEIRO, R. F. ; MACHADO, KARINA S. ; Borges, Eduardo N. . Deduplicação de Contatos em Dispositivos Móveis Utilizando Similaridade Textual e Aprendizado de Máquina. In: XII Brazilian Symposium on Information Systems, 2016, Florianópolis - SC. Anais do XII Brazilian Symposium on Information Systems. Porto Alegre - RS: Sociedade Brasileira de Computação ? SBC, 2016. v. 1. p. 160-167.

8.
BRENNER, F. ; MARTINS, Ivete Pinto ; ESPINDOLA, D. B. ; MACHADO, KARINA S. . Mineração de dados aplicada ao estudo de perfis de alunos na plataforma Moodle. In: III Congresso Brasileiro de Ensino Superior a Distância (ESUD 2016), 2016, São João del Rei - MG. Anais do XIII Congresso Brasileiro de Ensino Superior a Distância (ESUD 2016), 2016. v. 1. p. 1-15.

9.
KRONBAUER, A. ; SCHMIDT, L. A. ; MACHADO, KARINA S. ; Winck, A. T. . Identificação de Regiões Densas de Trajetórias Atômicas em Simulações de Dinâmica Molecular

. In: Symposium on Knowledge Discovery, Mining and Learning (KDMiLe), 2016, Recife - PE. Symposium on Knowledge Discovery, Mining and Learning (KDMiLe), 2016. v. 1. p. 1-8.

10.
CAMARGO, A. D. ; WERHLI, A. V. ; MACHADO, KARINA S. . Um estudo sobre ferramentas computacionais para a predição do impacto de mutações pontuais em proteínas. In: 7a. Conferência Sul em Modelagem Computacional MCSUL, 2016, Rio Grande - RS. Anais do 7 MCSUL, 2016. v. 1. p. 783-792.

11.
DREWS-JR, P. ; TURRA, T. ; MACHADO, KARINA S. ; DUMONT, L. F. C. . Temporal Series Prediction using Decision Trees: A Case Study on the Pink Shrimp Harvest. In: 12th National Meeting on Artificial and Computational Intelligence (ENIAC), 2015, Natal-RN. Proceedings of the 12th National Meeting on Artificial and Computational Intelligence (ENIAC), 2015. p. 89-94.

12.
MENDES, M. C. ; MARTINS, G. A. ; MOTA, F. ; MACHADO, K. S. ; ADAMATTI, D. F. . DESENVOLVENDO O PENSAMENTO COMPUTACIONAL: UMA ABORDAGEM BASEADA EM LÓGICA DE PROGRAMAÇÃO. In: IX Congresso Latino-Americano Interdisciplinar do Adolescente - CLIOA 2015 -, 2015, Porto Alegre - RS. Anais do CLIOA 2015, 2015. v. 1. p. 271-281.

13.
CAMARGO, ALEX ; MACHADO, KARINA ; WERHLI, ADRIANO . Evaluation of computational tools for thermodynamics and structural analysis of protein stability upon point mutation prediction. In: MOL2NET, International Conference on Multidisciplinary Sciences, 2015, Sciforum.net. Proceedings of MOL2NET, International Conference on Multidisciplinary Sciences. Basel: MDPI. p. F001.

14.
MACHADO, KARINA; SEUS, VINICIUS ; GOMES, JORGE . Appying a novel web-tool for performing virtual screening experiments. In: MOL2NET, International Conference on Multidisciplinary Sciences, 2015, Sciforum.net. Proceedings of MOL2NET, International Conference on Multidisciplinary Sciences. Basel: MDPI. p. b011.

15.
SEUS, VINICIUS ; MACHADO, KARINA ; WERHLI, ADRIANO . A Proposal Tool for Manipulation of a Set of Protein Structures from PDB. In: MOL2NET, International Conference on Multidisciplinary Sciences, 2015, Sciforum.net. Proceedings of MOL2NET, International Conference on Multidisciplinary Sciences. Basel: MDPI. p. b013.

16.
WERLANG, P. ; FAGUNDES, M. Q. ; ADAMATTI, D. F. ; MACHADO, KARINA S. ; GROLL, A. V. ; SILVA, P. E. A. ; WERHLI, A. V. . Estimation of Parameters of Mycobacterium tuberculosis Growth: A Multi-Agent-Based Simulation Approach. In: 14th Ibero-American Conference on Artificial Intelligence - IBERAMIA, 2014, Santiago - Chile. Proceedings of the 14th Ibero-American Conference on Artificial Intelligence, 2014. v. 1. p. 599-610.

17.
MOTA, F. ; RIBEIRO, N. F. A. ; Emmendorfer, L. ; BUTZEN, P. F. ; MACHADO, KARINA S. ; ADAMATTI, D. F. . Desenvolvendo o Raciocínio Lógico no Ensino Médio: uma proposta utilizando a ferramenta Scratch. In: XXV Simpósio Brasileiro de Informática na Educação (SBIE 2014), 2014, Dourados - MS. Anais do SBIE 2014, 2014. v. 1. p. 377-381.

18.
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33.
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34.
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Resumos expandidos publicados em anais de congressos
1.
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2.
TOMASINI, C. ; Emmendorfer, L. ; Borges, Eduardo N. ; MACHADO, KARINA S. . A methodology for selecting the most suitable cluster validation internal indices. In: ACM SAC 2016, 2016, Pisa, Italy. Proceedings of the 31st Annual ACM Symposium on Applied Computing. New York: Association for Computing Machinery, 2016. v. 1. p. 901-903.

3.
MENDES, M. C. ; SILVA, J. A. ; CALERO, F. ; MOTA, F. ; MACHADO, KARINA S. ; ADAMATTI, D. F. . DESENVOLVENDO O PENSAMENTO COMPUTACIONAL NO ENSINO FUNDAMENTAL POR MEIO DA FERRAMENTA CODE.ORG. In: XVIII Seminário de Extensão na 14a, Mostra de Produção Universitária - MPU, 2015, Rio Grande - RS. XVIII Seminário de Extensão na 14a, Mostra de Produção Universitária - MPU, 2015. p. 1-2.

4.
CAMARGO, A. D. ; WERHLI, A. V. ; MACHADO, KARINA S. . A comparison of molecular dynamics simulations using GROMACS with GPU and CPU. In: Escola Gaúcha de Bioinformática - EGB 2015, 2015, Porto Alegre - RS. Escola Gaúcha de Bioinformática - EGB 2015, 2015. p. 1-4.

5.
CAMARGO, A. D. ; WERHLI, A. V. ; MACHADO, KARINA S. . Predição de estabilidade em pontos de mutação em proteína através de ferramentas computacionais. In: Encontro de Pós-Graduação na 13a. Mostra da Produção Universitária - MPU 2015, 2015, Rio Grande - RS. 13a. Mostra da Produção Universitária - MPU 2015, 2015. p. 1-2.

6.
AFONSO, F. ; CAMARGO, A. D. ; WERHLI, A. V. ; MACHADO, KARINA S. . Um estudo sobre o impacto em pontos de mutação utilizando o software mCSM. In: XXIV Congresso de Iniciação Cientifica na 14a. Mostra da Produção Universitária - MPU 2015, 2015, Rio Grande - RS. 14a. Mostra da Produção Universitária - MPU 2015, 2015. p. 1-2.

7.
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8.
GELATTI, G. J. ; CASSALES, V. ; Vargas, A.P. ; FELIPPE, C. ; MACHADO, KARINA S. . SIGNUM: Portuguese-LIBRAS Translator based on Text Mining as Web Browser Extension. In: IHC'14 - XIII Brazilian Symposium on Human Factors and Demonstrations, 2014, Foz do Iguaçu - PR. Proceedings of the XIII Brazilian Symposium on Human Factors and Demonstrations, 2014. v. 1.

9.
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11.
BERNARDI, C. A. C. ; MADALOSSO, O. M. ; CHARAO, A. S. ; WINCK, A. T. ; MACHADO, K. S. . Análise de Profilers para Programas em Java: Estudo de Caso Aplicado ao Algoritmo M5P do Software Weka. In: XIII Simpósio em Sistemas Computacionais (WSCAD-SSC), 2012, Petrópolis, RJ. Anais do XIII Simpósio em Sistemas Computacionais, 2012.

12.
MACHADO, K. S.; WINCK, A. T. ; RUIZ, D. D. A. ; NORBERTO DE SOUZA, O . Discretization of Flexible-Receptor Docking Data. In: Brazilian Symposium on Bioinformatics, 2010, Búzios. LNBI-LNCS. Advances in Bioinformatics and Computational Biology.. Berlin: Springer-Verlag, 2010. v. 6268. p. 75-79.

13.
Winck, A. ; MACHADO, K. S. ; NORBERTO DE SOUZA, O ; RUIZ, D. D. A. . FReDD: supporting mining strategies though a flexible-receptor docking database.. In: IV Brasilian Symposium on Bioinformatics, 2009, Porto Alegre. LNBI-LNCS. Advances in Bioinformatics and Computational Biology.. Berlin: Springer-Verlag, 2009. v. 5676. p. 143-146.

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Resumos publicados em anais de congressos
1.
RICO, T. M. ; MACHADO, KARINA S. ; SANTIN, M. M. ; NOGUEZ, P. T. ; BARCELOS, C. R. G. ; MADRUGA, S. W. ; PETRARCA, C. R. ; DUMITH, S. C. . Mensagens de texto (SMS) auxiliando no tratamento do cancer. In: IV Escola Regional de Computação Aplicada à Saúde, 2016, Novo Hamburgo - RS. ANAIS DE RESUMOS da IV Escola Regional de Computação Aplicada à Saúde. Porto Alegre - RS: Sociedade Brasileira de Computação ? SBC, 2016. v. 1. p. 51-51.

2.
Cornetet, L. R. ; DURRUTHY, M. ; WERHLI, A. V. ; MONSERRAT, JOSE M. ; MACHADO, KARINA S. . Data Mining for characterization of nanotoxicity in mitochondrial ion channels induced by carbon nanotubes. In: Xmeeting 2016, 2016, Belo Horizonte - MG. Abstracts Book Xmeeting 2016, 2016. v. 1. p. 1-1.

3.
Prates, N. S. ; WERHLI, ADRIANO V. ; MACHADO, KARINA S. . CLUSTER ANALYSIS OF ACRB PROTEIN MOLECULAR DYNAMICS CONFORMATIONS. In: X- Meeting 2016 - 12th International Conference of the AB3C, 2016, Belo Horizonte - MG. X- Meeting 2016 - 12th International Conference of the AB3C, 2016. v. 1. p. 1-1.

4.
CORNETET, LUISA ; GONZALEZ-DURRUTHY, MICHEL ; MONSERRAT, J. ; WERHLI, A. V. ; MACHADO, KARINA S. . DATA MINING FOR CHARACTERIZATION OF NANOTOXICITY IN MITOCHONDRIAL ION CHANNELS INDUCED BY CARBON NANOTUBES. In: X-Meeting 2016, 2016, Belo Horizonte - MG. X-Meeting 2016 - 12th International Conference of the AB3C, 2016. v. 1. p. 1-1.

5.
CAMARGO, A. D. ; WERHLI, A. V. ; MACHADO, KARINA S. . PREDICTION OF PROTEIN STABILITY CHANGES UPON SINGLE POINT MUTATION USING ENSEMBLE LEARNING. In: X-Meeting 2016, 2016, Belo Horizonte - MG. X-Meeting 2016 - 12th International Conference of the AB3C, 2016. v. 1. p. 1-1.

6.
SEUS, V. R. ; MACHADO, KARINA S. ; WERHLI, ADRIANO . A proposal to the manipulatioon of a set of protein structures from PDB. In: Escola Gaúcha de Bioinformática ? EGB 2015, 2016, Porto Alegre. Escola Gaúcha de Bioinformática ? EGB 2015, 2015. v. 23. p. 330-330.

7.
RICO, T. M. ; GROLL, A. V. ; SILVA, P. E. A. ; MACHADO, KARINA S. . Relational Database for Genetic Analysis. In: Escola Gaúcha de Bioinformática ? EGB 2015, 2015, Porto Alegre. Relational Database for Genetic Analysis, 2015. v. 23. p. 366.

8.
KRONBAUER, A. ; BALBINOT, B. L. ; SCHMIDT, L. A. ; MACHADO, L. N. ; SILVA, R. G. N. E. ; MACHADO, KARINA S. ; Winck, A. T. . A Python-Based API of the 3D-Tree Algorithm. In: Escola Gaúcha de Bioinformática ? EGB 2015, 2015, Porto Alegre. Escola Gaúcha de Bioinformática ? EGB 2015, 2015. v. 23. p. 378.

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10.
BARRETO, N. A. ; MACHADO, KARINA S. ; WERHLI, A. V. . Inference Of Regulatory Networks With A Convergence Improved Markov Chain Monte Carlo Sampler. In: ISCB-Latin America X-Meeting in Bioinformatics with BSB and SoiBio, 2014, Belo Horizonte. ISCB-Latin America X-Meeting in Bioinformatics with BSB and SoiBio Abstract Book, 2014. v. 1. p. Q23-Q23.

11.
RICO, T. M. ; ESLABAO, M. ; KREMER, F. ; SILVA, P. E. A. ; Borges, E.N. ; PINTO, L. ; DELLAGOSTIN, O. ; MACHADO, KARINA S. . Leptospira's Species Classi cation based on Data Mining. In: ISCB-Latin America X-Meeting in Bioinformatics with BSB and SoiBio, 2014, Belo Horizonte. ISCB-Latin America X-Meeting in Bioinformatics with BSB and SoiBio Abstract Book, 2014. v. 1. p. L09-L09.

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Prates, N. S. ; SILVA JR., L. V. ; SILVA, P. E. A. ; MACHADO, K. S. . Molecular Dynamics Simulation of the AcrB Efflux Pump Protein. In: BSB & Xmeeting 2013, 2013, Receife-PE. Xmeeting Abstracts Book 2013, 2013. v. 1. p. 173-173.

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SEUS, V. R. ; MACHADO, K. S. . A Framework for Virtual Screening. In: BSB & Xmeeting 2013, 2013, Receife-PE. Xmeeting & BSB Abstracts Book 2013, 2013. v. 1. p. 199-199.

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Cornetet, L. R. ; WERHLI, A. V. ; MACHADO, K. S. . A Scientific Workflow for Performing Molecular Dynamics Simulation. In: Xmeeting, 2011, Florianópolis. 2011 Abstract book, 2011. p. 152-152.

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QUEVEDO, C. V. ; WINCK, A. T. ; MACHADO, K. S. ; NORBERTO DE SOUZA, O ; RUIZ, D. D. A. . A Study of Molecular Descriptor to Rank Candidate Ligands to Inhibit the InhA Receptor. In: ISCB Latin America 2010, 2010, Montevideo. International Society for Computational Biology Latin America Conference, 2010. p. 79-79.

20.
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21.
COHEN, E. M. L. ; MACHADO, K. S. ; NORBERTO DE SOUZA, O . The effect of InhA flexibility in docking simulations with ethionamide and triclosan. In: ISCB Latin America, 2010, Montevideo. International Society for Computational Biology Latin America Conference, 2010. p. 73-73.

22.
MACHADO, K. S.; SCHROEDER, E. K. ; RUIZ, D. D. A. ; COHEN, E. M. L. ; NORBERTO DE SOUZA, O . FREDOWS: A METHOD TO AUTOMATE MOLECULAR DOCKING SIMULATIONS WITH EXPLICIT RECEPTOR FLEXIBILITY AND SNAPSHOTS SELECTION. In: 6th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology, 2010, Ouro Preto, MG. Abstracts Book, 2010. p. 90-90.

23.
COHEN, E. M. L. ; MACHADO, K. S. ; COHEN, M. ; NORBERTO DE SOUZA, O . EFFECT OF THE EXPLICIT FLEXIBILITY OF THE INHA ENZYME FROM MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS IN MOLECULAR DOCKING SIMULATIONS. In: 6th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology, 2010, Ouro Preto. Abstracts Book, 2010. p. 44-44.

24.
MACHADO, K. S.; MALHEIROS, Alvaro Fernando Cassol ; NUNES, Gerson Leiria ; KORTING, Thales ; DUARTE FILHO, Nelson Lopes ; PIAS, Marcelo . FERRAMENTA PARA A VISUALIZAÇÃO DE TOPOLOGIAS DE REDES. In: III Mostra da Produção Universitária FURG, 2004, Rio Grande, 2004.

25.
MACHADO, K. S.; LOPES, Giseli Rabelo ; ALMEIDA, Ígor Lorenzato ; MATA, Maurício M . SAAV - INOVANDO O PROCESSO DE AVALIAÇÃO. In: III Mostra da Produção Universitária FURG, 2004, Rio Grande, 2004.

26.
MACHADO, K. S.; NUNES, Gerson Leiria ; MALHEIROS, Álvaro Fernando Cassol ; KORTING, Thales ; DUARTE FILHO, Nelson Lopes ; PIAS, Marcelo . SISTEMA DE MEDIÇÕES ATIVAS PARA REDES DE COMPUTADORES. In: III Mostra da Produção Universitária FURG, 2004, Rio Grande, 2004.

27.
MACHADO, K. S.; FRANCO, Sidnei Roberto Selzler ; LOPES, Giseli Rabelo ; BOTELHO, Sílvia Silva da Costa . AMADEUS: um Sistema para Automação da Distribuição de Energia Elétrica. In: III Mostra da Produção Universitária FURG, 2004, Rio Grande. III Mostra da Produção Universitária FURG, 2004.

28.
MACHADO, K. S.; LOPES, Giseli Rabelo ; OLIVEIRA, Vínicius M . APLICAÇÃO DE LÓGICA FUZZY NO CONTROLE DE ROBÔS MÓVEIS. In: XVIII Congresso Regional De Iniciação Científica e Tecnológica, 2003, Itajaí-SC, 2003.

29.
MACHADO, K. S.; LOPES, Giseli Rabelo ; OLIVEIRA, Vinicius Menezes . Aplicação de Lógica Fuzzy no Controle de Robôs Móveis. In: II Mostra de Produção Universitária FURG, 2003, Rio Grande, 2003.

30.
MACHADO, K. S.; LOPES, Giseli Rabelo ; ALMEIDA, Ígor Lorenzato ; MATA, Maurício . Sistema Autônomo de Avaliação. In: II Mostra de Produção Universitária FURG, 2003, Rio Grande, 2003.

Apresentações de Trabalho
1.
MACHADO, KARINA S.. Triagem Virtual e Mineração de Dados. 2015. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

2.
MACHADO, K. S.. Docagem Molecular como ferramenta para busca de novos fármacos. 2012. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

3.
Cornetet, L. R. ; WERHLI, A. V. ; MACHADO, K. S. . A Scientific Workflow for Performing Molecular Dynamics Simulation. 2011. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

4.
MACHADO, K. S.; WINCK, A. T. ; RUIZ, D. D. A. ; NORBERTO DE SOUZA, O . Discretization of Flexible-Receptor Docking Data. 2010. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

5.
MACHADO, K. S.; WINCK, A. T. ; RUIZ, D. D. A. ; NORBERTO DE SOUZA, O . Applying Model Trees on Flexible-Receptor Docking Experiments to select promising protein receptor snapshots.. 2010. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

6.
COHEN, E. M. L. ; MACHADO, K. S. ; NORBERTO DE SOUZA, O . The effect of InhA flexibility in docking simulations with ethionamide and triclosan. 2010. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

7.
MACHADO, K. S.; SCHROEDER, E. K. ; Winck, A. ; RUIZ, D. D. A. ; NORBERTO DE SOUZA, O . Extrating Information from Flexbile Receptor-Flexible Ligand docking experiments. 2008. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

8.
MACHADO, K. S.; SCHROEDER, E. K. ; RUIZ, D. D. A. ; NORBERTO DE SOUZA, O . Automating Molecular Docking with Explicit Receptor Flexibility Using Scientific Workflows. 2007. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

9.
MACHADO, K. S.; SCHROEDER, E. K. ; RUIZ, D. D. A. ; NORBERTO DE SOUZA, O . Extracting information from flexible ligand-receptor docking experiments. 2007. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

10.
MACHADO, K. S.; NUNES, Gerson Leiria ; MALHEIROS, Álvaro Fernando Cassol ; KORTING, Thales ; DUARTE FILHO, Nelson Lopes ; PIAS, Marcelo . SISTEMA DE MEDIÇÕES ATIVAS PARA REDES DE COMPUTADORES. 2004. (Apresentação de Trabalho/Outra).

11.
MACHADO, K. S.; ALMEIDA, Ígor Lorenzato ; LOPES, Giseli Rabelo ; MATA, Mauricio M . Sistema Autônomo de Avaliação. 2003. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

12.
MACHADO, K. S.; LOPES, Giseli Rabelo ; OLIVEIRA, Vinicius Menezes . Aplicação de Lógica Fuzzy no Controle de Robôs Móveis. 2003. (Apresentação de Trabalho/Outra).

Outras produções bibliográficas
1.
NORBERTO DE SOUZA, O ; BREDA, A. ; MACHADO, K. S. ; SCHROEDER, E. K. . Introdução à Bioinformática. Porto Alegre: Artmed, 2007. (Tradução/Livro).


Produção técnica
Programas de computador sem registro
1.
MACHADO, K. S.; LOPES, Giseli Rabelo ; FRANCO, Sidnei Roberto Sezler ; SCHROEDER, Greyce Nogueira . View EC7. 2004.

2.
MACHADO, K. S.; LOPES, Giseli Rabelo . CEEMA - Centro de Estudos em Economia e Meio-Ambiente. 2004.

3.
MACHADO, K. S.; LOPES, Giseli Rabelo ; ALMEIDA, Ígor Lorenzato . SAAV- Sistema Autônomo de Avaliação. 2003.

4.
MACHADO, K. S.; SCHROEDER, Greyce Nogueira . SistESC - Sistema de Controle do Projeto ESCUNA. 2003.

5.
MACHADO, K. S.. TV-Escola. 2002.

6.
MACHADO, K. S.; TEDESCO, Leonel Pablo . AMEII - Ambiente Educacional Interativo Informatizado. 2001.

7.
MACHADO, K. S.. SCE - Sistema de Controle de Equipamentos. 1998.

8.
MACHADO, K. S.; LAMEIRA, Marlon . SCR - Sistema de Controle de Rodoviária. 1997.


Demais tipos de produção técnica
1.
MACHADO, K. S.; WINCK, A. T. . Integração de Bancos de Dados Biológicos. 2013. (Curso de curta duração ministrado/Outra).

2.
MACHADO, K. S.; RUIZ, D. D. A. . Processo de KDD aplicado a Bioinformatica. 2011. (Curso de curta duração ministrado/Outra).

3.
WINCK, A. T. ; MACHADO, K. S. ; RUIZ, D. D. A. ; NORBERTO DE SOUZA, O . Processo de KDD aplicado a Bioinformatica. 2010. (Curso de curta duração ministrado/Outra).

4.
RUIZ, D. D. A. ; WINCK, A. T. ; MACHADO, K. S. . Mineração de Dados em Bioinformática. 2009. (Curso de curta duração ministrado/Outra).



Bancas



Participação em bancas de trabalhos de conclusão
Mestrado
1.
Winck, A. T.; SILVA, L. A. L.; MACHADO, KARINA S.. Participação em banca de Aline Maria Menegol Kronbauer. IDENTIFICAÇÃO DE REGIÕES DENSAS EM TRAJETÓRIAS ATÔMICAS POR MEIO DE AGRUPAMENTO DE DADOS EM SIMULAÇÃO DE DINÂMICA MOLECULAR. 2016. Dissertação (Mestrado em Informática) - Universidade Federal de Santa Maria.

2.
Emmendorfer, L.; CAVALHEIRO, S. A. C.; BILLA, C. Z.; MACHADO, K. S.. Participação em banca de Maria Claudia Negret Lopez. Computação Bayesiana Aproximada Monte Carlo Sequencial como ferramenta para a inferência de parâmetros na rede genética circadiana da Arabidopsis Thaliana. 2015. Dissertação (Mestrado em Modelagem Computacional) - Universidade Federal do Rio Grande.

3.
MACHADO, KARINA S.; DIMURO, G. P.; Emmendorfer, L.; BEDREGAL, B. R. C.. Participação em banca de Giancarlo Lucca. Sistemas de Classificação Baseados em Regras Fuzzy: Generalizações da Integral de Choquet. 2015. Dissertação (Mestrado em Engenharia de Computação) - Universidade Federal do Rio Grande.

4.
SILVEIRA, R. A.; GONCALVES, E. M. N.; MACHADO, K. S.; RODRIGUES, R. N.; ADAMATTI, D. F.. Participação em banca de Felipe Neves da Silva. Modelagem de Emoções Utilizando Redes Bayesianas em Agentes. 2014. Dissertação (Mestrado em Modelagem Computacional) - Universidade Federal do Rio Grande.

5.
WEBBER, C. G.; BARWALDT, R.; MACHADO, K. S.; WERHLI, ADRIANO V.. Participação em banca de Renan Martinez da Luz. Descoberta de Conhecimento com Auxílio da Inteligência Humana: Um estudo de caso para dobramento de proteínas.. 2014. Dissertação (Mestrado em Modelagem Computacional) - Universidade Federal do Rio Grande.

6.
WERHLI, ADRIANO V.; Emmendorfer, L.; SIMAO, E. M.; MACHADO, KARINA S.. Participação em banca de Nilzair Barreto Agostinho. Uma proposta para melhorar a convergência MCMC. 2014. Dissertação (Mestrado em Modelagem Computacional) - Universidade Federal do Rio Grande.

7.
MACHADO, KARINA S.; BICHO, A. L.; AGUIAR, M. S.; ROSA, V. S.. Participação em banca de Fernanda Pinto Mota. Modelagem de Consumidores de Energia Elétrica Utilizando Sistemas Multiagentes. 2014. Dissertação (Mestrado em Engenharia de Computação) - Universidade Federal do Rio Grande.

8.
MACHADO, KARINA S.; Winck, A. T.; Emmendorfer, L.; SILVA, P. E. A.. Participação em banca de NUBIA SOUZA PRATES. Simulações por Dinâmica Molecular e Agrupamento de Estruturas da Proteína da Bomba de Efluxo AcrB. 2014. Dissertação (Mestrado em Modelagem Computacional) - Universidade Federal do Rio Grande.

9.
MACHADO, KARINA S.; DORN, M.; BILLA, C.; WERHLI, A. V.. Participação em banca de Rafael Castro Couto. Uma proposta de algoritmo para o Modelo AB de dobramento de proteínas. 2014. Dissertação (Mestrado em Engenharia de Computação) - Universidade Federal do Rio Grande.

10.
Winck, A. T.; MACHADO, KARINA S.; SILVA, P. E. A.; Emmendorfer, L.. Participação em banca de Núbia Souza Prates. Simulações por Dinâmica Molecular e Agrupamento de Estruturas da Proteína da Bomba de Efluxo AcrB. 2014. Dissertação (Mestrado em Modelagem Computacional) - Universidade Federal do Rio Grande.

11.
WERHLI, A. V.; BOTELHO, Sílvia Silva da Costa; BRANCO, R. M.; MACHADO, K. S.. Participação em banca de Thyago Salvá. Inferência de Redes Regulatórias Utilizando Algoritmos de Estimação de Distribuição. 2014. Dissertação (Mestrado em Engenharia de Computação) - Universidade Federal do Rio Grande.

12.
SINIGAGLIA, M.; MACHADO, K. S.. Participação em banca de DANIELI FORGIARINI FIGUEIREDO. Comparação entre métodos de modelagem molecular aplicados à enzima alpha-L-iduronidase e análise dos mutantes R89W e R89Q. 2013. Dissertação (Mestrado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul.

13.
D?ORNELLAS, M. C.; Winck, A. T.; MACHADO, K. S.. Participação em banca de Leonardo Minelli. REPRESENTAÇÃO DE CONHECIMENTO RELACIONADO AO PROGNÓSTICO DE PACIENTES COM CÂNCER DE PULMÃO. 2013. Dissertação (Mestrado em Informática) - Universidade Federal de Santa Maria.

14.
GROLL, A. V.; MACHADO, K. S.; WERHLI, ADRIANO V.. Participação em banca de Pablo Werlang. Simulação da Curva de Crescimento do Mycobacterium Tuberculosis Utilizando Sistemas Multiagentes. 2013. Dissertação (Mestrado em Modelagem Computacional) - Universidade Federal do Rio Grande.

Teses de doutorado
1.
SIMAO, E. M.; MACHADO, KARINA S.. Participação em banca de Sylvio Andre Garcia Vieira. Identificação de padrões de expressão em doenças genéticas usando uma rede de integração de vias de manutenção do genoma, angiogênese, hipóxia e vigilância imunológica. 2016. Tese (Doutorado em Nanociências) - Universidade Franciscana.

2.
LOPES, H. S.; MACHADO, KARINA S.; TSUNODA, D.; LOPES, F. M.; FRIGORI, R. B.. Participação em banca de Cesar Manuel Vargas Benítez. Contributions to the study of the protein folding problem using bioinspired computation and molecular dynamics. 2015. Tese (Doutorado em Engenharia Elétrica e Informática Industrial) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

3.
BAZZAN, A. L. C.; DORN, M.; LEMKE, N.; MACHADO, K. S.. Participação em banca de Mariana Recamonde Mendoza. Exploring ensemble learning techniques to optimize the reverse engineering of gene regulatory networks. 2014. Tese (Doutorado em Computação) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul.

Qualificações de Doutorado
1.
ZANETTE, J.; ROSA, C. E.; MACHADO, KARINA S.. Participação em banca de Michael González Durruthy. Efeitos de Nanotubos de carbono baseado em mecanismos mitocondriais e correlações estrutura-atividade. 2016. Exame de qualificação (Doutorando em Ciências Fisiológicas - Fisiologia Animal Comparada) - Universidade Federal do Rio Grande.

2.
GIODA, C. R.; BOYLE, R. T.; MACHADO, KARINA S.. Participação em banca de Marcos Bürger. Avaliação da Capacidade antioxidante do Caenorhabditis elegans selvagem e de diferentes cepas; e Interação de enzimas antioxidantes com nanomaterias de carbono usando abordagem in silico (docking molecular) e in vitro. 2016. Exame de qualificação (Doutorando em Ciências Fisiológicas - Fisiologia Animal Comparada) - Universidade Federal do Rio Grande.

Qualificações de Mestrado
1.
WERHLI, A. V.; MACHADO, K. S.; Emmendorfer, L.. Participação em banca de Nilzair Barreto Agostinho. Uma proposta para melhorar a convergên ia de MCMC. 2013. Exame de qualificação (Mestrando em Modelagem Computacional) - Universidade Federal do Rio Grande.

2.
WERHLI, A. V.; BARWALDT, R.; MACHADO, K. S.. Participação em banca de Renan Martinez da Luz. Produzindo técnicas de dobramento de proteína modelo HP com ajuda da inteligência humana. 2013. Exame de qualificação (Mestrando em Modelagem Computacional) - Universidade Federal do Rio Grande.

Monografias de cursos de aperfeiçoamento/especialização
1.
MACHADO, KARINA S.; BILLA, C. Z.; BICHO, A. L.. Participação em banca de Sandra Fátima Hedler de Amorim. Análise de Acessibilidade em Sites Acadêmicos. 2015. Monografia (Aperfeiçoamento/Especialização em Aplicações para a Web) - Universidade Federal do Rio Grande.

2.
MACHADO, KARINA S.; Vargas, A.P.; BICHO, A. L.. Participação em banca de Ronaldo Canofre Mariano dos Santos. Revisão de ferramentas Web para Mineração de Dados. 2015. Monografia (Aperfeiçoamento/Especialização em Aplicações para a Web) - Universidade Federal do Rio Grande.

3.
MACHADO, KARINA S.; Vargas, A.P.; RIBEIRO, L. M.. Participação em banca de Yuri Castro. Workflows: Revisão de Conceitos e Ferramentas para Web com foco em Workflows de Negócio em Versões gratuitas. 2015. Monografia (Aperfeiçoamento/Especialização em Aplicações para a Web) - Universidade Federal do Rio Grande.

4.
MACHADO, K. S.; BILLA, C. Z.; RODRIGUES, R. N.. Participação em banca de Cristhian Pegoraro Argenta. Sistema Gerenciador de Planos de Prevenção Contra Incêndio. 2015. Monografia (Aperfeiçoamento/Especialização em Aplicações para a Web) - Universidade Federal do Rio Grande.

5.
MACHADO, KARINA S.; BILLA, C. Z.; BICHO, A. L.. Participação em banca de Lidia Maria Dutra Garcia. Mineração de dados na Web: um estudo sobre tarefas, técnicas, algoritmos e ferramentas utilizadas. 2015. Monografia (Aperfeiçoamento/Especialização em Aplicações para a Web) - Universidade Federal do Rio Grande.

Trabalhos de conclusão de curso de graduação
1.
RIBEIRO, L. M.; BICHO, A. L.; MACHADO, K. S.. Participação em banca de Felipe Rodrigues Perrone.Desenvolvimento do Sistema de Gerenciamento da Incubadora da FURG. 2015. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Sistemas de Informação) - Universidade Federal do Rio Grande.

2.
ADAMATTI, D. F.; MACHADO, K. S.; WERHLI, A. V.. Participação em banca de Tiago Fossati Otero.Simulação da dispersão de ovas e larvas da Garoupa-verdadeira entre o Parcelo do Carpinteiro e os Molhes da Barra. 2015. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Sistemas de Informação) - Universidade Federal do Rio Grande.

3.
ESPINDOLA, D. B.; MARTINS, Ivete Pinto; COUTO, Z.; MACHADO, K. S.. Participação em banca de Alexandre Scotta.Realidade Aumentada na Educação: Uma Aplicação da RA em Experimentos Laboratoriais. 2015. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Sistemas de Informação) - Universidade Federal do Rio Grande.

4.
WERHLI, A. V.; ROSA, V. S.; MACHADO, K. S.. Participação em banca de Eglen da Veiga Protas.Paralelização do Cálculo de Escores Bayesianos para a Inferência de Grafos. 2015. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Engenharia de Computação) - Universidade Federal do Rio Grande.

5.
MACHADO, KARINA S.; Vargas, A.P.; MOTA, F.. Participação em banca de Guilherme Arrieche Martins.Estudo comparativo entre ferramentas de ensino de programação no Ensino Fundamental e Médio. 2015. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Sistemas de Informação) - Universidade Federal do Rio Grande.

6.
MACHADO, KARINA S.; BILLA, C. Z.; SEUS, V. R.. Participação em banca de Jorge Henrique da Cruz Gomes.Mineração de dados de interações receptor-ligante aplicado a resultados de Triagem Virtual. 2015. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Sistemas de Informação) - Universidade Federal do Rio Grande.

7.
RIBEIRO, L. M.; MACHADO, KARINA S.. Participação em banca de Talles Vargas Chaves.Mineração de dados na área da saúde: um estudo de caso numa empresa de planos de saúde. 2015. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Sistemas de Informação) - Universidade Federal do Rio Grande.

8.
Borges, E.N.; MACHADO, KARINA S.; Vargas, A.P.. Participação em banca de Rafael de Freitas Machado.Identificação de contatos duplicados utilizando similaridade textual e aprendizagem de máquina. 2015. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Engenharia de Computação) - Universidade Federal do Rio Grande.

9.
MACHADO, KARINA S.; WERHLI, A. V.; BILLA, C.. Participação em banca de Vinícius Rosa Seus.Um framework para Triagem Virtual. 2014. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Sistemas de Informação) - Universidade Federal do Rio Grande.

10.
RIBEIRO, L. M.; MACHADO, KARINA S.; COIMBRA, G. B.. Participação em banca de Jonas Casarin.Desenvolvimento de Abordagens Sustentáveis em Tecnologia da Informação. 2014. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Sistemas de Informação) - Universidade Federal do Rio Grande.

11.
RIBEIRO, L. M.; MACHADO, KARINA S.. Participação em banca de Gabriel Arrieche Silveira.Gestão Estratégica Acadêmica: Uma ferramenta Web para Acompanhamento das Ações dos Coordenadores de Pós-graduação. 2014. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Sistemas de Informação) - Universidade Federal do Rio Grande.

12.
MACHADO, KARINA S.; Emmendorfer, L.; Borges, E.N.. Participação em banca de Matheus Bauer.PREVELP - Previsão do Comportamento da Safra do Camarão-Rosa no Estuário da Lagoa dos Patos. 2014. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Engenharia de Computação) - Universidade Federal do Rio Grande.

13.
Vargas, A.P.; MACHADO, KARINA S.. Participação em banca de Vinícius Alves Cassales.Extensão do navegador Mozilla Firefox para tradução de textos em português brasileiro para LIBRAS. 2014. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Sistemas de Informação) - Universidade Federal do Rio Grande.

14.
MACHADO, KARINA S.; Vargas, A.P.; BARBOSA, R. M.. Participação em banca de Giovana Jaskulski Gelatti.Text-mining Aplicado a Geração de uma Interlíngua Português-LIBRAS. 2014. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Engenharia de Computação) - Universidade Federal do Rio Grande.

15.
BARWALDT, R.; JUNG, M. O.; ADAMATTI, D. F.; MACHADO, K. S.. Participação em banca de Alex Sandro de Paula Rodrigues.Inserção de Tecnologia no Processo de Monitoramento de Cadeias Produtivas Avícolas. 2014. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Sistemas de Informação) - Universidade Federal do Rio Grande.

16.
ADAMATTI, D. F.; BARWALDT, R.; MACHADO, K. S.. Participação em banca de Narúsci dos Santos Bastos.Desenvolvimento de habilidades de lógica em estudantes de ensino médio: Uma proposta fundamentada na neurociência. 2014. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Sistemas de Informação) - Universidade Federal do Rio Grande.

17.
DREWS JR, P. L. J.; MACHADO, KARINA S.; BILLA, C.; Emmendorfer, L.. Participação em banca de Thiago Alberto Turra.Árvores de Decisão na Previsão do Comportamento da Safra do Camarão-rosa no Estuária da Lagoa dos Patos. 2014. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Engenharia de Computação) - Universidade Federal do Rio Grande.

18.
WERHLI, A. V.; Emmendorfer, L.; MACHADO, K. S.. Participação em banca de Giovanni Xavier Perazzo.Aplicação de Mineração de Dados para a Seleção de Compostos Baseada em Descritores Moleculares. 2013. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Engenharia de Computação) - Universidade Federal do Rio Grande.

19.
MACHADO, K. S.; Borges, E.N.; Vargas, A.P.; Emmendorfer, L.. Participação em banca de Caroline Tomasini.Módulo de Critérios de Relevância para o ARGOsearch. 2013. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Sistemas de Informação) - Universidade Federal do Rio Grande.

20.
PERNAS, A. M.; Vargas, A.P.; Borges, E.N.; MACHADO, K. S.. Participação em banca de Lucas Rodrigues de Farias.Research.Net: um sistema para análise de redes de colaboração baseado na Plataforma Lattes. 2013. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Engenharia de Computação) - Universidade Federal do Rio Grande.

21.
ADAMATTI, D. F.; COSTA, A. C. R.; MACHADO, K. S.. Participação em banca de Laurence Costa.Modelagem, Simulação e Análise da Malária Utilizando Sistemas Multiagentes. 2013. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Engenharia de Computação) - Universidade Federal do Rio Grande.

22.
WERHLI, A. V.; Emmendorfer, L.; MACHADO, K. S.. Participação em banca de Nilzair Mendes Barreto.Inferencia de Redes Booleanas.. 2011. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Engenharia de Computação) - Universidade Federal do Rio Grande.

23.
Borges, E.N.; Vargas, A.P.; MACHADO, K. S.. Participação em banca de Igor Avila Pereira.ARGOfeedback uma Ferramenta de apoio à decisão para o ARGOsearch.. 2011. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Engenharia de Computação) - Universidade Federal do Rio Grande.

24.
Emmendorfer, L.; WERHLI, A. V.; MACHADO, K. S.. Participação em banca de Wagner Gadêa Lorenz.Modelagem estatística e computacional do comportamento de alunos bolsistas de programas de apoio do Núcleo de Assistência Estudantil da Universidade Federal do Rio Grande. 2011.

25.
Moraes, SMW; Hübler, PN; MACHADO, K. S.. Participação em banca de Carlos Eduardo Garcia.Sistema para Recomendação de Produtos em Comércio Eletrônico. 2010. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Bacherelado em Ciência da Computação) - Universidade Luterana do Brasil.



Participação em bancas de comissões julgadoras
Concurso público
1.
Welfer, D.; Agustini, A.; MACHADO, K. S.. Concurso para Professor Assistente. Área do conhecimento: Programação e Estruturas de Dados. 2012. Universidade Federal do Pampa.

2.
DUARTE FILHO, Nelson Lopes; Mendizabal, O. M.; MACHADO, K. S.. Concurso para Professor Substituto. Área de conhecimento: Sistemas Operacionais e Redes de Computadores. 2011. Universidade Federal do Rio Grande.



Eventos



Participação em eventos, congressos, exposições e feiras
1.
12th National Meeting on Artificial and Computational Intelligence (ENIAC). 2015. (Congresso).

2.
Escola Gaúcha de Bioinformática.Triagem Virtual e Mineração de dados. 2015. (Outra).

3.
ISCB-Latin America X-Meeting in Bioinformatics with BSB and SoiBio. 2014. (Simpósio).

4.
BSB & Xmeeting 2013.Molecular Dynamics Simulation of the AcrB Efflux Pump Protein.. 2013. (Simpósio).

5.
IX Escola Regional de Banco de Dados.Integração de Bancos de Dados Biológicos. 2013. (Outra).

6.
the 28th Annual ACM Symposium.A Data Warehouse as an Infrastructure to Mine Molecular Descriptors for Virtual Screening. 2013. (Simpósio).

7.
XIV SIMPÓSIO BRASILEIRO DE MICOBACTÉRIAS.Docagem Molecular como ferramenta para busca de novos fármacos. 2012. (Simpósio).

8.
XXI ALAM Congresso Latinoamericano de Microbiologia. 2012. (Congresso).

9.
IX Mostra da Produção Universitária.Banca avaliadora dos trabalhos de iniciação científica. 2011. (Outra).

10.
Simpósio Internacional de Tuberculose.Docagem Molecular como ferramenta para busca de novos fármacos. 2011. (Simpósio).

11.
VIII Encontro Nacional de Inteligência Artificial - ENIA/CSBC.Comitê de Programa. 2011. (Encontro).

12.
X meeting. A Scientific Workflow for Performing Molecular Dynamics Simulation. 2011. (Congresso).

13.
Brazilian Symposium on Bioinformatics.Discretization of Flexible-Receptor Docking Data.. 2010. (Simpósio).

14.
ISCB Latin America. Applying Model Trees on Flexible-Receptor Docking Experiments to select promising protein receptor snapshots. 2010. (Congresso).

15.
Simpósio Brasileiro de Banco de Dados.Processo de KDD aplicado à bioinformática. 2010. (Simpósio).

16.
II Escola Brasileira de Bioinformática. 2009. (Outra).

17.
IV Brasilian Symposium on Bioinformatics. 2009. (Simpósio).

18.
Simpósio Brasileiro de Banco de Dados. 2009. (Simpósio).

19.
V Workshop em Algoritmos e Aplicações de Mineração de Dados. 2009. (Outra).

20.
Workshop Franco-Brasileiro sobre Mineração de Dados (WFB-2009). 2009. (Outra).

21.
I Escola Brasileira de Bioinformática. 2008. (Outra).

22.
III Braziliam Simposium on Bioinformatics.Extracting Information from Flexible Receptor-Flexible Ligand Docking Experiments. 2008. (Simpósio).

23.
3º International Conference of the Brazilian Association of Bioinformatics and Computational Biology. 2007. (Congresso).

24.
II Brazilian Symposium on Bioinformatics - BSB 2007.Automating Molecular Docking with Explicit Receptor Flexibility Using Scientific Workflows. 2007. (Simpósio).

25.
III Congresso de Computação do Sul de Mato Grosso. COMPSULMT. 2007. (Congresso).

26.
6º Fórum Internacional do Software Livre. 2005. (Outra).

27.
I Brazilian Symposium on Bioinformatics - BSB 2005. 2005. (Simpósio).

28.
I Congresso de Computação do Sul do Mato Grosso do Sul. COMPSULMT. 2005. (Congresso).

29.
XXV Congresso da Sociedade Brasileira de Computação. 2005. (Congresso).

30.
7° Semana Acadêmica da Engenharia da Computação. 2004. (Outra).

31.
Congresso Brasileiro de Computação. 2004. (Congresso).

32.
ERAD. 2004. (Outra).

33.
III Mostra da Produção Universitária.Desenvolvimento d eMedidores de Tráfego em Redes de Computadores. 2004. (Outra).

34.
SBRC - Simpósio Brasileiro de Redes de Computadores. 2004. (Simpósio).

35.
Workshop Rede Nacional de Ensino e Pesquisa. 2004. (Outra).

36.
II Mostra de Produção Universitária.II Mostra de Produção Universitária. 2003. (Outra).

37.
V Escola de Microeletrônica. 2003. (Outra).

38.
XVIII Congresso Regional de Iniciação Científica e Tecnológica em Engenharia. XVIII Congresso Regional de Iniciação Científica e Tecnológica em Engenharia. 2003. (Congresso).

39.
Interdisciplinaridade e Tecnologias na Educação. 2002. (Seminário).

40.
VI Semana Acadêmica de Engenharia de Computação. 2002. (Outra).

41.
XXII Congresso da Sociedade Brasileira de Computação. 2002. (Congresso).

42.
2º Fórum Internaciona de Software Livre. 2001. (Outra).


Organização de eventos, congressos, exposições e feiras
1.
NORBERTO DE SOUZA, O ; RUIZ, D. D. A. ; MACHADO, K. S. ; Winck, A. ; FORGIARINI, D. ; QUEVEDO, C. ; COHEN, E. M. L. ; Aguiar, C ; Amaro, A. ; Silva, A. . II Escola Brasileira de Bioinformática. 2009. 2009. (Outro).

2.
NORBERTO DE SOUZA, O ; RUIZ, D. D. A. ; MACHADO, K. S. ; Winck, A. ; FORGIARINI, D. ; QUEVEDO, C. ; COHEN, E. M. L. ; Aguiar, C ; Amaro, A. ; Silva, A. . IV Brasilian Symposium on Bioinformatics. 2009.. 2009. (Congresso).



Orientações



Orientações e supervisões em andamento
Dissertação de mestrado
1.
Oscar Arruá. A definir. Início: 2018. Dissertação (Mestrado profissional em Engenharia de Computação) - Universidade Federal do Rio Grande, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. (Orientador).

2.
Eduardo Kenji. Ensemble aplicado a ferramentas de predição de mutações pontuais. Início: 2017. Dissertação (Mestrado profissional em Engenharia de Computação) - Universidade Federal do Rio Grande. (Orientador).

3.
João Pedro Hartmann Salomão. Ferramentas de predição de variantes genômicas patogênicas. Início: 2017. Dissertação (Mestrado profissional em Engenharia de Computação) - Universidade Federal do Rio Grande. (Orientador).

4.
Wolmer Quaresma Júnior. Ferramenta para alinhamento de estrutura de proteínas. Início: 2017. Dissertação (Mestrado profissional em Engenharia de Computação) - Universidade Federal do Rio Grande, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. (Coorientador).

Tese de doutorado
1.
João Scaini. Estudos sobre a Bomba de E-fluxo TAP (Provisório). Início: 2016. Tese (Doutorado em Ciências da Saúde) - Universidade Federal do Rio Grande, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. (Orientador).

Iniciação científica
1.
Aline Torrezin. Análise do impacto da escolha de parâmetros em docagem molecular: Definição automática da caixa de simulação. Início: 2016. Iniciação científica (Graduando em Engenharia de Computação) - Universidade Federal do Rio Grande, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Rio Grande do Sul. (Orientador).


Orientações e supervisões concluídas
Dissertação de mestrado
1.
Pedro Popiolek. Redução de sobrecarga de monitoramento em ambientes virtualizados através da seleção de contadores de desempenho. 2018. Dissertação (Mestrado em Engenharia de Computação) - Universidade Federal do Rio Grande, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Coorientador: Karina dos Santos Machado.

2.
Alex Camargo. EN-MUTATE: predição do impacto de mutações pontuais em proteínas utilizando Ensemble Learning. 2017. Dissertação (Mestrado em Engenharia de Computação) - Universidade Federal do Rio Grande, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Karina dos Santos Machado.

3.
Vinícius Rosa Seus. Cat-p-Data - Uma ferramenta para a manipulação de dados proteicos. 2016. Dissertação (Mestrado em Engenharia de Computação) - Universidade Federal do Rio Grande, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Karina dos Santos Machado.

4.
João Luís Rheingantz Scaini. Modelagem Molecular da Bomba de Efluxo Tap. 2016. Dissertação (Mestrado em Ciências da Saúde) - Universidade Federal do Rio Grande, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Coorientador: Karina dos Santos Machado.

5.
Roger Sá da Silva. Uma comparação entre classificadores para predição da classe de cor a partir de dados estruturais em proteínas fluorescentes. 2016. Dissertação (Mestrado em Engenharia de Computação) - Universidade Federal do Rio Grande, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Coorientador: Karina dos Santos Machado.

6.
Caroline Tomasini. Estimando índices externos de validação de agrupamentos por meio de critérios relativos. 2015. Dissertação (Mestrado em Mestrado em Engenharia de Computação) - Universidade Federal do Rio Grande, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Karina dos Santos Machado.

7.
Rafael Castro Couto. Uma proposta de algoritmo para o Modelo AB de dobramento de proteínas. 2014. Dissertação (Mestrado em Mestrado em Engenharia de Computação) - Universidade Federal do Rio Grande, . Orientador: Karina dos Santos Machado.

8.
Núbia Souza Prates. Simulações por Dinâmica Molecular e Agrupamento de Estruturas da Proteína da Bomba de Efluxo AcrB. 2014. Dissertação (Mestrado em Modelagem Computacional) - Universidade Federal do Rio Grande, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Karina dos Santos Machado.

Tese de doutorado
1.
TIMÓTEO MATTHIES RICO. CÂNCER E OS EFEITOS COLATERAIS DA QUIMIOTERAPIA: UMA INTERVENÇÃO BASEADA EM MENSAGENS DE TEXTO SMS (SHORT MESSAGE SERVICE). 2018. Tese (Doutorado em Ciências da Saúde) - Universidade Federal do Rio Grande, . Coorientador: Karina dos Santos Machado.

2.
Lande Vieira da Silva Júnior. Bioinformática como ferramenta para o estudo do mecanismo de efluxo da bomba multidroga AcrB. 2016. Tese (Doutorado em Ciências da Saúde) - Universidade Federal do Rio Grande, . Coorientador: Karina dos Santos Machado.

Monografia de conclusão de curso de aperfeiçoamento/especialização
1.
Ronaldo Canofre Mariano dos Santos. Revisão de ferramentas Web para Mineração de Dados. 2015. Monografia. (Aperfeiçoamento/Especialização em Aplicações para a Web) - Universidade Federal do Rio Grande. Orientador: Karina dos Santos Machado.

2.
Yuri Castro. Workflows: Revisão de Conceitos e Ferramentas para Web com foco em Workflows de Negócio em Versões gratuitas. 2015. Monografia. (Aperfeiçoamento/Especialização em Aplicações para a Web) - Universidade Federal do Rio Grande. Orientador: Karina dos Santos Machado.

3.
Cristhian Pegoraro Argenta. Sistema Gerenciador de Planos de Prevenção Contra Incêndio. 2015. Monografia. (Aperfeiçoamento/Especialização em Aplicações para a Web) - Universidade Federal do Rio Grande. Orientador: Karina dos Santos Machado.

4.
Lidia Maria Dutra Garcia. Mineração de dados na Web: um estudo sobre tarefas, técnicas, algoritmos e ferramentas utilizadas. 2015. Monografia. (Aperfeiçoamento/Especialização em Aplicações para a Web) - Universidade Federal do Rio Grande. Orientador: Karina dos Santos Machado.

5.
Sandra Fátima Hedler de Amorim. Análise de Acessibilidade em Sites Acadêmicos. 2015. Monografia. (Aperfeiçoamento/Especialização em Aplicações para a Web) - Universidade Federal do Rio Grande. Orientador: Karina dos Santos Machado.

6.
Vinícius Alves Hax. Uma interface Web para o software Ptraj. 2012. Monografia. (Aperfeiçoamento/Especialização em Aplicações para a Web) - Universidade Federal do Rio Grande. Orientador: Karina dos Santos Machado.

7.
Jackson Grandi Souza. Sistema de controle de Chamados para a Prefeitura de Santa Vitória do Palmar. 2012. Monografia. (Aperfeiçoamento/Especialização em Aplicações para a Web) - Universidade Federal do Rio Grande. Orientador: Karina dos Santos Machado.

8.
Samuel Troina. Sistema web para criação, manutenção e consulta de diagramas de bancos de dados. 2012. Monografia. (Aperfeiçoamento/Especialização em Aplicações para a Web) - Universidade Federal do Rio Grande. Orientador: Karina dos Santos Machado.

9.
Solismar Pereira da Cunha. Controle automatizado de protocolo para a Prefeitura de Santa Vitória do Palmar. 2012. Monografia. (Aperfeiçoamento/Especialização em Aplicações para a Web) - Universidade Federal do Rio Grande. Orientador: Karina dos Santos Machado.

Trabalho de conclusão de curso de graduação
1.
Letícia Cecotti. Avaliação de parâmetros do AutoDock Vina. 2017. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Engenharia de Computação) - Universidade Federal do Rio Grande. Orientador: Karina dos Santos Machado.

2.
Roger Pianasser. Mineração de Dados no CAT-P-DATA. 2017. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Sistemas de Informação) - Universidade Federal do Rio Grande. Orientador: Karina dos Santos Machado.

3.
José Ivo Amaral Junior. MÓDULO DE MINERAÇÃO DE DADOS PARA FERRAMENTA CAT-P-DATA. 2016. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Sistemas de Informação) - Universidade Federal do Rio Grande. Orientador: Karina dos Santos Machado.

4.
Yves Hayashida. Avaliação da Eficiência dos Algoritmos de Empilhamento Utilizando as Características das Bases de Dados. 2016. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Engenharia de Computação) - Universidade Federal do Rio Grande. Orientador: Karina dos Santos Machado.

5.
Jorge Henrique da Cruz Gomes. Mineração de dados de interações receptor-ligante aplicado a resultados de triagem virtual. 2015. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Sistemas de Informação) - Universidade Federal do Rio Grande. Orientador: Karina dos Santos Machado.

6.
Guilherme Arrieche Martins. Estudo comparativo entre ferramentas de ensino de programação no Ensino Fundamental e Médio. 2015. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Sistemas de Informação) - Universidade Federal do Rio Grande. Orientador: Karina dos Santos Machado.

7.
Giovana Jaskulski Gelatti. Text-mining Aplicado a Geração de uma Interlíngua Português-LIBRAS. 2014. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Engenharia de Computação) - Universidade Federal do Rio Grande. Orientador: Karina dos Santos Machado.

8.
Luisa Cornetet. UM FRAMEWORK PARA TRIAGEM VIRTUAL: UMA APLICAÇÃO PARA NANOTUBOS DE CARBONO. 2014. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Engenharia de Computação) - Universidade Federal do Rio Grande. Orientador: Karina dos Santos Machado.

9.
Vinícius Rosa Seus. Um framework para triagem virtual. 2013. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Sistemas de Informação) - Universidade Federal do Rio Grande. Orientador: Karina dos Santos Machado.

10.
Giovanni Perazzo. Aplicação de Mineração de Dados para a Seleção de Compostos Baseada em Descritores Moleculares. 2012. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Engenharia de Computação) - Universidade Federal do Rio Grande. Orientador: Karina dos Santos Machado.

Iniciação científica
1.
Fernando Brenner. Mineração de dados do Moodle: Estudo de Caso UAB-FURG. 2016. Iniciação Científica. (Graduando em Engenharia de Computação) - Universidade Federal do Rio Grande, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Rio Grande do Sul. Orientador: Karina dos Santos Machado.

2.
Letícia Cecotti. Análise do impacto da escolha de parâmetros em docagem molecular Framework para Triagem Virtual. 2016. Iniciação Científica. (Graduando em Engenharia de Computação) - Universidade Federal do Rio Grande, EPEC-FURG. Orientador: Karina dos Santos Machado.

3.
Neimar Rapkievicz. Módulo de análise de resultados para o framework para triagem virtual. 2014. Iniciação Científica. (Graduando em Engenharia de Computação) - Universidade Federal do Rio Grande, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Karina dos Santos Machado.

4.
Roger Pieanesser. Modelagem de Processo de Negócio (BPM) e sua aplicação na Secretaria de Educação a Distância na FURG. 2014. Iniciação Científica. (Graduando em Sistemas de Informação) - Universidade Federal do Rio Grande, FAURG. Orientador: Karina dos Santos Machado.

5.
Erick Lopes. Docagem Molecular com Nanotubos de Carbono. 2014. Iniciação Científica. (Graduando em Sistemas de Informação) - Universidade Federal do Rio Grande, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Karina dos Santos Machado.

6.
Vinicius Rosa Seus. Aplicação de Mineração de Dados em Triagem Virtual com Receptor Flexível: Seleção de Ligantes. 2013. Iniciação Científica. (Graduando em Sistemas de Informação) - Universidade Federal do Rio Grande, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Karina dos Santos Machado.

7.
Douglas Gomes. AGRUPAMENTO DE ESTRUTURAS DE PROTEÍNAS: UM WORKFLOW CIENTÍFICO PARA EXECUÇÃO DE DINÂMICA MOLECULAR: ANÁLISE DE RESULTADOS. 2013. Iniciação Científica. (Graduando em Sistemas de Informação) - Universidade Federal do Rio Grande, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Karina dos Santos Machado.

8.
Jorge Gomes. UM FRAMEWORK PARA TRIAGEM VIRTUAL: MÓDULO DE ANÁLISE DOS RESULTADOS. 2013. Iniciação Científica. (Graduando em Sistemas de Informação) - Universidade Federal do Rio Grande, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Rio Grande do Sul. Orientador: Karina dos Santos Machado.

9.
Jesuane Franzon. Agrupamento de Estruturas de Proteínas. 2011. Iniciação Científica. (Graduando em Sistemas de Informação) - Universidade Federal do Rio Grande, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Karina dos Santos Machado.

10.
Luisa Rodrigues Cornetet. Aplicação de Mineração de Dados em Resultados de Dinâmica Molecular. 2011. Iniciação Científica. (Graduando em Engenharia de Computação) - Universidade Federal do Rio Grande, FURG. Orientador: Karina dos Santos Machado.

Orientações de outra natureza
1.
Matheus Bauer. PREVELP - Previsão do Comportamento da Safra do Camarão-Rosa no Estuário da Lagoa dos Patos. 2014. Orientação de outra natureza. (Engenharia de Computação) - Universidade Federal do Rio Grande. Orientador: Karina dos Santos Machado.

2.
Israel Vargas Merljak. Monitoria da disciplina de Sistemas para Internet I. 2013. Orientação de outra natureza. (Sistemas de Informação) - Universidade Federal do Rio Grande, FURG. Orientador: Karina dos Santos Machado.

3.
Vanessa Martins Ribeiro. Cursos de Latex e apoio a edição da Revista ICCEEg. 2013. Orientação de outra natureza. (Sistemas de Informação) - Universidade Federal do Rio Grande, FURG. Orientador: Karina dos Santos Machado.




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