Alessandro de Mello Varani

Bolsista de Produtividade em Pesquisa do CNPq - Nível 2

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  • Última atualização do currículo em 16/10/2018


Pesquisador (nível III) da Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, Câmpus de Jaboticabal - UNESP - FCAV. Desenvolvo linha de pesquisa na área de (meta)-genômica e bioinformática de micro-organismos e plantas. Estudo plantas carnívoras da familia Lentibulariaceae, fitopatógenos do gênero Xanthomonas, Cianobactérias e bactérias ambientais de interesse biotecnológico. Tenho o interesse particular em estudar o papel que elementos transponíveis desempenham na evolução e estrutura genômica pelo o uso e desenvolvimento de ferramentas de bioinformática. Endereços: Orcid: http://orcid.org/0000-0002-8876-3269 Loop: http://loop.frontiersin.org/people/359804/overview?referrer=orcid_profile ResearchID: http://www.researcherid.com/rid/F-6887-2011 Scopus: http://www.scopus.com/inward/authorDetails.url?authorID=8518669900&partnerID=MN8TOARS Google Scholar: http://scholar.google.com.br/citations?user=cFWBDcQAAAAJ&hl=pt-BR ResearchGate: https://www.researchgate.net/profile/Alessandro_Varani FAPESP: http://www.bv.fapesp.br/en/pesquisador/32925/alessandro-de-mello-varani/ (Texto informado pelo autor)


Identificação


Nome
Alessandro de Mello Varani
Nome em citações bibliográficas
VARANI, A. M.;Varani, A.;de Mello Varani A.;Varani, Alessandro M;Varani, Alessandro M.;de Mello Varani, Alessandro;Varani, A.M.;Varani, Alessandro de Mello;the Working Group Supporting the INCT;Alessandro de Melo Varani;VARANI, ALESSANDRO DE MELO;MELLOVARANI, ALESSANDRO DE

Endereço


Endereço Profissional
Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias de Jaboticabal, Departamento de Tecnologia.
Via de Acesso Prof.Paulo Donato Castellane s/n
Vila Industrial
14884000 - Jaboticabal, SP - Brasil
Telefone: (16) 32097407
URL da Homepage: http://www.fcav.unesp.br/genomics


Formação acadêmica/titulação


2004 - 2008
Doutorado em Biotecnologia.
Universidade de São Paulo, USP, Brasil.
Título: Análise in-silico de integrase no fitopatógeno Xylella fastidiosa: diversidade, sítios de integração e associação com bacteriófagos, Ano de obtenção: 2008.
Orientador: Marie-Anne Van Sluys.
Bolsista do(a): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior, CAPES, Brasil.
Palavras-chave: Xylella fastidiosa; Genômica; Integrases; Fagos; Bioinformática.
Grande área: Ciências Biológicas
Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Biologia Molecular Computacional.
2002 - 2002
Especialização em Bioinformatica (Pos-graduacao Lato Senso). (Carga Horária: 420h).
Laboratório Nacional de Computação Científica, LNCC, Brasil.
Título: Re-anotação Genomica da Archea-bactéria Pyrococcus horikohii OT3.
Orientador: Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos.
Bolsista do(a): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, CNPq, Brasil.
2002 - 2003
Aperfeiçoamento em Genomas de interesse agronômico e ambientais (AEG).
Universidade de São Paulo, USP, Brasil.
Título: Genomas Ambientais e Agronômicos - AEG. Ano de finalização: 2003.
Orientador: Marie Anne Van Sluys.
Bolsista do(a): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo, FAPESP, Brasil.
1997 - 2000
Graduação em Ciencias Biologicas Modalidade Médica.
Centro Universitário "Barão de Mauá", UNI-MAUÁ, Brasil.


Pós-doutorado


2011 - 2013
Pós-Doutorado.
Universidade de São Paulo, USP, Brasil.
Bolsista do(a): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior, CAPES, Brasil.
Grande área: Ciências Biológicas
Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Genética Molecular e de Microorganismos.
Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Biologia Geral / Subárea: Bioinformática.
2008 - 2011
Pós-Doutorado.
Centre National de la Recherche Scientifique, CNRS, França.
Bolsista do(a): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior, CAPES, Brasil.
Grande área: Ciências Biológicas
Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Biologia Geral / Subárea: Bioinformática.
Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Genética Molecular e de Microorganismos.


Formação Complementar


2013 - 2013
Workshop on Bioinformatic tools for soil microbiol. (Carga horária: 8h).
Thünen Institute, TI, Alemanha.
2008 - 2008
The Third Workshop Comparative Microbial Genomics. (Carga horária: 45h).
Laboratório Nacional de Computação Científica, LNCC, Brasil.
2007 - 2007
PAE - PROGRAMA DE APERFEIÇOAMENTO DE ENSINO. (Carga horária: 360h).
Universidade de São Paulo, USP, Brasil.
2005 - 2005
Evolução de Proteínas por DNA Shuffling. (Carga horária: 4h).
Sociedade Brasileira de Genética, SBG, Brasil.
2004 - 2004
Curso de Programação Em Perl Com Módulo Dbi. (Carga horária: 10h).
Laboratório Nacional de Computação Científica, LNCC, Brasil.
2004 - 2004
Curso de Oratória. (Carga horária: 20h).
Lammas Consultoria, LAMMAS, Brasil.
2003 - 2003
Introdução a Biologia Computacional. (Carga horária: 56h).
Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto Usp, FMRP, Brasil.
2003 - 2003
Métodos de Análises Filogenéticas. (Carga horária: 3h).
Sociedade Brasileira de Genética, SBG, Brasil.
2000 - 2000
Extensão universitária em Citologia Esfoliativa Cérvico Vaginal. (Carga horária: 600h).
Centro Universitário "Barão de Mauá", UNI-MAUÁ, Brasil.
1999 - 1999
Extensão universitária em Análises Ambientais. (Carga horária: 1270h).
Centro Universitário "Barão de Mauá", UNI-MAUÁ, Brasil.


Atuação Profissional



Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, UNESP, Brasil.
Vínculo institucional

2013 - Atual
Vínculo: Servidor Público, Enquadramento Funcional: Pesquisador III, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

Atividades

04/2017 - Atual
Direção e administração, Universidade Estadual Paulista, .

Cargo ou função
Representante dos pesquisadores na Câmara Central de Pesquisa (CCPe) - suplente.
04/2017 - Atual
Conselhos, Comissões e Consultoria, Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias de Jaboticabal, .

Cargo ou função
Membro do conselho do programa de Pós-graduação em Genética e Melhoramento de Plantas.
04/2013 - Atual
Ensino, Pós Graduação em Microbiologia Agropecuária, Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
Bioinformática Aplicada I: Montagem e Anotação de Genomas
Bioinformática: Ferramentas Computacionais e Bancos de Dados Aplicadas a Estudos Genômicos
Tópicos Especiais: Mecanismos da transposição em Procariotos: Aspectos Moleculares, Bioquímicos e Aplicações em Biologia Computacional
Tópicos Especiais: Análise do perfil de 16S rDNA a partir de dados de plataformas NGS
02/2013 - Atual
Pesquisa e desenvolvimento , Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias de Jaboticabal, Departamento de Tecnologia.

02/2013 - Atual
Ensino, Pós Graduação Agronomia (Genética e Melhoramento), Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
Bioinformática Aplicada I: Montagem e Anotação de Genomas
Bioinformática: Ferramentas Computacionais e Bancos de Dados Aplicadas a Estudos Genômicos
Tópicos Especiais: Mecanismos da transposição em Procariotos: Aspectos Moleculares, Bioquímicos e Aplicações em Biologia Computacional
Tópicos Especiais: Bioinformática aplicada ao estudo de genomas de plantas

Centre National de la Recherche Scientifique, CNRS, França.
Vínculo institucional

2009 - 2011
Vínculo: , Enquadramento Funcional: Pesquisador / Chercheur, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.
Outras informações
Pesquisador contratado do C.N.R.S (Contrato por tempo determinado - CDD)

Vínculo institucional

2008 - 2009
Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Pós-doutorado - CAPES, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.


Universidade de São Paulo, USP, Brasil.
Vínculo institucional

2011 - 2013
Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Bolsista do programa PRODOC CAPES, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.
Outras informações
Disciplinas Ministrada
Graduação
LGN 0232 - Genética Molecular
LGN 0114 - Biologia Celular
Pós-graduação (Programa de Genética e Melhoramento de Plantas)
LGN 5833 - Banco de Dados e Ferramentas Computacionais Aplicadas a Genômica

Vínculo institucional

2008 - 2010
Vínculo: Colaborador, Enquadramento Funcional: Pesquisador/Colaborador

Vínculo institucional

2002 - 2008
Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Doutorando em Biotecnologa (ICB/IB/IPT - USP), Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

Atividades

10/2002 - 08/2008
Pesquisa e desenvolvimento , Instituto de Biociências, Departamento de Botânica.

Linhas de pesquisa
Genômica
Bioinformática
10/2002 - 3/2004
Serviços técnicos especializados , Instituto de Biociências, Departamento de Botânica.

Serviço realizado
Bioinformática do Projetos Genomas FAPESP/AEG.

Laboratório Nacional de Computação Científica, LNCC, Brasil.
Vínculo institucional

2002 - 2002
Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Aluno de Pós-Graduação - Bioinformática, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

Atividades

3/2002 - 7/2002
Outras atividades técnico-científicas , Laboratório de Bioinfromática, Laboratório de Bioinfromática.

Atividade realizada
Aluno de Pós-graduação.


Linhas de pesquisa


1.
Genômica
2.
Bioinformática
3.
Genômica e Bioinformática
4.
Biologia Computacional


Projetos de pesquisa


2015 - Atual
Produção e análise in planta de uma biblioteca de mutantes de Xanthomonas fuscans subsp. aurantifolii tipo C (XauC)
Descrição: O citros é uma cultura de reconhecida importância sendo inexistentes variedades melhoradas resistentes às suas pragas, a qual se destaca o cancro cítrico. Uma das bactérias causadoras desta doença é a X. f. subsp. aurantifolii tipo C (XauC). Esta bactéria restringe a sua patogenicidade à Citrus aurantifolia, e apresenta uma reação de hipersensibilidade (HR) nos demais citros. Esta resposta é responsável pela contenção do patógeno no sítio inicial de infecção, conferindo, dessa maneira, resistência ao patógeno. Este tipo de resposta é determinado por pares de genes complementares denominados de gene de resistência (R), presente no hospedeiro, e de gene de avirulência (avr), presente no patógeno. Se o gene avr de XauC for identificado, seria possível descobrir, nos citros que resistem à doença, a proteína produto do gene R (gene de resistência). Esse conhecimento poderá levar ao desenvolvimento de um método efetivo de controle do cancro cítrico causado pela XauC..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
2014 - Atual
Biodiversity of cyanobacteria and their bioactive compounds from under-explored Brazilian habitats
Descrição: Cyanobacteria are interesting ancient diverse organisms with a great future in biotechnology. They produce a large number of biomedically interesting bioactive compounds as well as have good prospects in bioenergy field. In this project, we will investigate molecular and cultivable cyanobacterial biodiversity from diverse habitats in Brazil. We will isolate strains to form a biobank and utilize cyanobacterial strains to screen and identify new bioactive compounds, their biosynthetic genes and enzymes. The Brazilian and Finnish teams have complementary expertise and will join forces to reveal cyanobacterial, bioactive compound and biosynthetic gene diversity in the state of São Paulo. The outcomes of the project will be taxonomically new cyanobacteria, information on the biodiversity of cyanobacteria from diverse environments, novel bioactive compounds for drug leads and cell reagents, new biosynthetic pathways and novel enzymes, database products of LC-MS fragmentation patters of the compounds, which can be used to exclude the known compounds and focus novelty in the future research. The biobank of cyanobacteria is a natural resource which could be utilized for the benefit of the country for years to come. One of the major ecosystem services provided by the cyanobacteria is the production of new bioactive compounds, drug leads for combatting serious human diseases. We will map the environments likely to yield to highest diversity of cyanobacteria and their metabolites for benefit of future targeted searches for novel natural products..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
2014 - Atual
Genômica e transcriptoma de Utricularia reniformis (Lentibulariaceae): uma abordagem funcional e evolutiva
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Mestrado acadêmico: (1) / Doutorado: (1) .
Integrantes: Alessandro de Mello Varani - Coordenador / Vitor Fernandes Oliveira de Miranda - Integrante / Michelle Mendonça Pena - Integrante / Saura Rodrigues da Silva - Integrante.Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
2014 - Atual
Estudos de patogenicidade e diversidade genômica e funcional de Xanthomonas citri

Projeto certificado pelo(a) coordenador(a) Joao Carlos Setubal em 10/02/2014.
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Mestrado acadêmico: (2) / Doutorado: (2) .
Integrantes: Alessandro de Mello Varani - Integrante / Setubal, João C. - Coordenador / Jesus Aparecido Ferro - Integrante / Luciano Antonio Digiampietri - Integrante / José Belasque Junior - Integrante / Fabricio Jaciani - Integrante / Leandro Moreira - Integrante / Nalvo Almeida Jr - Integrante / Marcelo Laia - Integrante.Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Auxílio financeiro.
2013 - Atual
Metagenômica e Bioinformática Aplicada à Bioernegia: Explorando um Consórcio Bacteriano Degradador da Biomassa
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) Doutorado: (2) .
Integrantes: Alessandro de Mello Varani - Coordenador / Lucia Maria Carareto Alves - Integrante / Milena Tavares de Lima - Integrante / Aylan Kener Meneghine - Integrante.Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.
2013 - Atual
ADUBO ORGÂNICO: INFLUÊNCIA AMBIENTAL E USO BIOTECNOLÓGICO
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado profissional: (2) / Doutorado: (2) .
Integrantes: Alessandro de Mello Varani - Integrante / Lucia Maria Carareto Alves - Coordenador / Luciana Maria Saran - Integrante / Eliana G. M. Lemos - Integrante.Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
2012 - 2014
Genômica de cana de açúcar: elemetos de transposição contribuintes para diversidade gênica, genética e genômica
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
2011 - 2013
Desvendando o papel de bacteriófagos em genomas de interesse agronomico
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
2008 - Atual
ISfinder
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
2008 - Atual
ISsaga (Insertion Sequence semi-automatic genomic annotation)
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (1) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) .
Integrantes: Alessandro de Mello Varani - Coordenador / Michael Chandler - Integrante / Patricia Siguier - Integrante / Edith Gourbeyre - Integrante / Vincent Chaneau - Integrante.
2004 - 2008
Elementos de transposição e seu impacto no genoma (GaTE)
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.


Membro de corpo editorial


2017 - Atual
Periódico: Frontiers in Genetics
2017 - Atual
Periódico: Frontiers in Plant Science
2017 - Atual
Periódico: FRONTIERS IN BIOENGINEERING AND BIOTECHNOLOGY


Revisor de periódico


2012 - 2013
Periódico: Plos One
2011 - 2011
Periódico: Nucleic Acids Research
2012 - 2012
Periódico: Comparative and Functional Genomics
2014 - 2014
Periódico: BMC Genomics
2014 - Atual
Periódico: Journal of Biomolecular Structure & Dynamics
2015 - Atual
Periódico: Revista Brasileira de Fruticultura (Impresso)
2015 - Atual
Periódico: BMC Microbiology (Online)
2015 - Atual
Periódico: Bioinformatics (Oxford. Online)
2015 - Atual
Periódico: Plant Pathology (Online)
2015 - Atual
Periódico: BMC Bioinformatics
2016 - Atual
Periódico: Critical Reviews in Microbiology
2016 - Atual
Periódico: Molecular Ecology
2017 - Atual
Periódico: Molecular Plant Pathology
2017 - Atual
Periódico: Scientific Reports
2018 - Atual
Periódico: BRAZILIAN JOURNAL OF MICROBIOLOGY
2018 - Atual
Periódico: PeerJ


Revisor de projeto de fomento


2017 - Atual
Agência de fomento: Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico
2016 - Atual
Agência de fomento: Pró-Reitoria de Pesquisa (PROPe) - UNESP
2013 - Atual
Agência de fomento: Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo


Áreas de atuação


1.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Biologia Geral / Subárea: Genômica.
2.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Biologia Geral / Subárea: Bioinformática.
3.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Genoma/Especialidade: Genômica Comparativa.
4.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Genética Molecular e de Microorganismos.
5.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Biologia Molecular Computacional.
6.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Biologia Molecular.


Idiomas


Inglês
Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.
Português
Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.
Espanhol
Compreende Razoavelmente, Fala Razoavelmente, Lê Razoavelmente, Escreve Razoavelmente.
Francês
Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Razoavelmente.


Produções



Produção bibliográfica
Citações

Web of Science
Total de trabalhos:41
Total de citações:357
Fator H:11
de Mello Varani, Alessandro AMV  Data: 08/09/2018

SCOPUS
Total de trabalhos:35
Total de citações:454
Varani, Alessandro M. De Mello Varani, Alessandro Varani, Alessandro Varani, A. M. Varani, Alessandro de Mello Varani, A. de Mello Varani, Alessandro  Data: 03/01/2018

Outras
Total de trabalhos:44
Total de citações:769
Alessandro de Mello Varani  Data: 12/07/2018

Artigos completos publicados em periódicos

1.
HECK, KARINA2018HECK, KARINA ; ALVARENGA, DANILLO O. ; SHISHIDO, TANIA K. ; Varani, Alessandro M. ; DÖRR, FELIPE A. ; PINTO, ERNANI ; ROUHIAINEN, LEO ; JOKELA, JOUNI ; SIVONEN, KAARINA ; FIORE, MARLI F. . Biosynthesis of microcystin hepatotoxins in the cyanobacterial genus Fischerella. TOXICON, v. 141, p. 43-50, 2018.

2.
SILVA, SAURA R.2018SILVA, SAURA R. ; MICHAEL, TODD P. ; MEER, ELLIOTT J. ; PINHEIRO, DANIEL G. ; Varani, Alessandro M. ; MIRANDA, VITOR F. O. . Comparative genomic analysis of Genlisea (corkscrew plants-Lentibulariaceae) chloroplast genomes reveals an increasing loss of the ndh genes. PLoS One, v. 13, p. e0190321, 2018.

3.
PYLRO, VICTOR SATLER2018PYLRO, VICTOR SATLER ; DIAS, ARMANDO CAVALCANTE FRANCO ; ANDREOTE, FERNANDO DINI ; MORAIS, DANIEL KUMAZAWA ; Varani, Alessandro de Mello ; ANDREOTE, CRISTIANE CIPOLLA FASANELLA ; BERNARDO, EDUARDO ROBERTO DE ALMEIDA ; ZUCCHI, TIAGO . Closed Genome Sequence of Phytopathogen Biocontrol Agent Strain AGVL-005, Isolated from Soybean. GENOME ANNOUNCEMENTS, v. 6, p. e00057-18, 2018.

4.
ABREU, VINICIUS A. C.2018ABREU, VINICIUS A. C. ; POPIN, RAFAEL V. ; ALVARENGA, DANILLO O. ; SCHAKER, PATRICIA D. C. ; HOFF-RISSETI, CAROLINE ; Varani, Alessandro M. ; FIORE, MARLI F. . Genomic and Genotypic Characterization of Cylindrospermopsis raciborskii: Toward an Intraspecific Phylogenetic Evaluation by Comparative Genomics. Frontiers in Microbiology, v. 9, p. 1, 2018.

5.
DESIDERATO, JOANA G.2018DESIDERATO, JOANA G. ; ALVARENGA, DANILLO O. ; CONSTANCIO, MILENA T.L. ; ALVES, LUCIA M.C. ; Varani, Alessandro M. . The genome sequence of Dyella jiangningensis FCAV SCS01 from a lignocellulose-decomposing microbial consortium metagenome reveals potential for biotechnological applications. GENETICS AND MOLECULAR BIOLOGY (ONLINE VERSION), v. 3, p. 1, 2018.

6.
ABREU, VINICIUS A. C.2018ABREU, VINICIUS A. C. ; POPIN, RAFAEL V. ; ALVARENGA, DANILLO O. ; SCHAKER, PATRICIA D. C. ; HOFF-RISSETI, CAROLINE ; Varani, Alessandro M. ; FIORE, MARLI F. . Corrigendum: Genomic and Genotypic Characterization of Cylindrospermopsis raciborskii: Toward an Intraspecific Phylogenetic Evaluation by Comparative Genomics. Frontiers in Microbiology, v. 9, p. 1, 2018.

7.
ALMEIDA, FERNANDA2018ALMEIDA, FERNANDA ; SERIBELLI, AMANDA APARECIDA ; MEDEIROS, MARTA INÊS CAZENTINI ; RODRIGUES, DÁLIA DOS PRAZERES ; MELLOVARANI, ALESSANDRO DE ; LUO, YAN ; ALLARD, MARC W. ; FALCÃO, JULIANA PFRIMER . Phylogenetic and antimicrobial resistance gene analysis of Salmonella Typhimurium strains isolated in Brazil by whole genome sequencing. PLoS One, v. 13, p. e0201882, 2018.

8.
MUNHOZ, CARLA FREITAS2018MUNHOZ, CARLA FREITAS ; COSTA, ZIRLANE PORTUGAL ; CAUZ-SANTOS, LUIZ AUGUSTO ; REÁTEGUI, ALINA CARMEN EGOÁVIL ; RODDE, NATHALIE ; CAUET, STÉPHANE ; DORNELAS, MARCELO CARNIER ; LEROY, PHILIPPE ; Varani, Alessandro de Mello ; BERGÈS, HÉLÈNE ; Vieira, Maria Lucia Carneiro . A gene-rich fraction analysis of the Passiflora edulis genome reveals highly conserved microsyntenic regions with two related Malpighiales species. Scientific Reports, v. 8, p. 1, 2018.

9.
LIMA, STELLA T.2017LIMA, STELLA T. ; ALVARENGA, DANILLO O. ; ETCHEGARAY, AUGUSTO ; FEWER, DAVID P ; JOKELA, JOUNI ; Varani, Alessandro M ; SANZ, MIRIAM ; DÖRR, FELIPE A. ; PINTO, ERNANI ; SIVONEN, KAARINA ; FIORE, MARLI F. . Genetic organization of anabaenopeptin and spumigin biosynthetic gene clusters in the cyanobacterium ITEP-024. ACS Chemical Biology, v. x, p. acschembio.6b00948, 2017.

10.
CAUZ-SANTOS, LUIZ A.2017CAUZ-SANTOS, LUIZ A. ; MUNHOZ, CARLA F. ; RODDE, NATHALIE ; CAUET, STEPHANE ; SANTOS, ANSELMO A. ; PENHA, HELEN A. ; DORNELAS, MARCELO C. ; Varani, Alessandro M. ; OLIVEIRA, GIANCARLO C. X. ; BERGÈS, HÉLÈNE ; VIEIRA, MARIA LUCIA C. . The Chloroplast Genome of Passiflora edulis (Passifloraceae) Assembled from Long Sequence Reads: Structural Organization and Phylogenomic Studies in Malpighiales. Frontiers in Plant Science, v. 8, p. 1, 2017.

11.
ALVARENGA, DANILLO O.2017ALVARENGA, DANILLO O. ; FIORE, MARLI F. ; Varani, Alessandro M. . A Metagenomic Approach to Cyanobacterial Genomics. Frontiers in Microbiology, v. 8, p. 1, 2017.

12.
SILVA, SAURA R.2017SILVA, SAURA R. ; ALVARENGA, DANILLO O. ; ARANGUREN, YANI ; PENHA, HELEN A. ; FERNANDES, CAMILA C. ; PINHEIRO, DANIEL G. ; OLIVEIRA, MARCOS T. ; MICHAEL, TODD P. ; MIRANDA, VITOR F. O. ; Varani, Alessandro M. . The mitochondrial genome of the terrestrial carnivorous plant Utricularia reniformis (Lentibulariaceae): Structure, comparative analysis and evolutionary landmarks. PLoS One, v. 12, p. e0180484, 2017.

13.
BOUER, ANDRÉA2017BOUER, ANDRÉA ; ANDRÉ, MARCOS ROGÉRIO ; GONÇALVES, LUIZ RICARDO ; LUZZI, MAYARA DE CÁSSIA ; OLIVEIRA, JULIANA PAULA DE ; RODRIGUES, ADRIANA CARLOS ; VARANI, ALESSANDRO DE MELO ; MIRANDA, VITOR FERNANDES OLIVEIRA DE ; PERLES, LÍVIA ; WERTHER, KARIN ; MACHADO, ROSANGELA ZACARIAS . Hepatozoon caimani in Caiman crocodilus yacare (Crocodylia, Alligatoridae) from North Pantanal, Brazil. REVISTA BRASILEIRA DE PARASITOLOGIA VETERINARIA, v. 3, p. 1, 2017.

14.
MENEGHINE, AYLAN K.2017MENEGHINE, AYLAN K. ; NIELSEN, SHAUN ; Varani, Alessandro M. ; THOMAS, TORSTEN ; CARARETO ALVES, LUCIA MARIA . Metagenomic analysis of soil and freshwater from zoo agricultural area with organic fertilization. PLoS One, v. 12, p. e0190178, 2017.

15.
ARANGUREN-DÍAZ, YANI C.2017ARANGUREN-DÍAZ, YANI C. ; Varani, Alessandro M. ; MICHAEL, TODD P. ; MIRANDA, VITOR F. O. . Development of microsatellite markers for the carnivorous plant Genlisea aurea (Lentibulariaceae) using genomics data of NGS. MOLECULAR BIOLOGY REPORTS, v. 1, p. 1, 2017.

16.
FERREIRA, RAFAEL M.2016FERREIRA, RAFAEL M. ; MOREIRA, LEANDRO M. ; FERRO, JESUS A. ; SOARES, MARCIA R.R. ; LAIA, MARCELO L. ; Varani, Alessandro M. ; DE OLIVEIRA, JULIO C.F. ; FERRO, MARIA INES T. . Unravelling potential virulence factor candidates in . subsp. by secretome analysis. PEERJ, v. 4, p. e1734, 2016.

17.
GALETTI, RENATA2016GALETTI, RENATA ; NEVES ANDRADE, LEONARDO ; Chandler, Michael ; Varani, Alessandro de Mello ; DA COSTA DARINI, ANA LÚCIA . New small plasmid harboring in a. Antimicrobial Agents and Chemotherapy (Print), v. 60, p. AAC.00247-16, 2016.

18.
HECK, KARINA2016HECK, KARINA ; MACHINESKI, GABRIELA SILVA ; ALVARENGA, DANILLO OLIVEIRA ; VAZ, MARCELO GOMES MARÇAL VIEIRA ; de Mello Varani, Alessandro ; FIORE, MARLI FÁTIMA . Evaluating methods for purifying cyanobacterial cultures by qPCR and high-throughput Illumina sequencing. Journal of Microbiological Methods, v. 1, p. 1, 2016.

19.
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de Mello Varani, Alessandro2008 de Mello Varani, Alessandro ; Souza, Rangel Celso ; Nakaya, Helder I. ; de Lima, Wanessa Cristina ; Paula de Almeida, Luiz Gonzaga ; Kitajima, Elliot Watanabe ; Chen, Jianchi ; Civerolo, Edwin ; Vasconcelos, Ana Tereza Ribeiro ; Van Sluys, Marie-Anne ; de Mello Varani A. . Origins of the Xylella fastidiosa Prophage-Like Regions and Their Impact in Genome Differentiation. Plos One, v. 3, p. e4059, 2008.

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Monteiro-Vitorello, Claudia B.2005Monteiro-Vitorello, Claudia B. ; De Oliveira, Mariana C. ; Zerillo, Marcelo M. ; Varani, Alessandro M. ; Civerolo, Edwin ; Sluys, Marie-Anne Van . and Mobil'omics. Journal of Integrative Biology / Omics (Larchmont), v. 9, p. 146-159, 2005.

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ROSSI, M.2004ROSSI, M. ; Araujo, P.G. ; JESUS, E.M. ; Varani, A.M. ; Sluys, M.-A.Van . Comparative analysis of Mutator -like transposases in sugarcane. Molecular Genetics and Genomics, v. 272, p. ---, 2004.

Capítulos de livros publicados
1.
Oliveira Alvarenga, Danillo ; MOREIRA, LEANDRO M. ; Chandler, Mick ; Varani, Alessandro M. . A Practical Guide for Comparative Genomics of Mobile Genetic Elements in Prokaryotic Genomes. Methods in Molecular Biology. 1ed.: Springer New York, 2018, v. , p. 213-242.

2.
MOREIRA, LEANDRO M. ; Varani, A.M. . Plasticidade e fluxo gênico. In: Leandro Marcio Moreira. (Org.). Ciências Genômicas: Fundamentos e Aplicações. 1ed.Ribeirão Preto: Sociedade Brasileira de Genética, 2016, v. 1, p. 101-116.

3.
Siguier, Patricia ; GOURBEYRE, E. ; Varani, A.M. ; TON-HOANG, B. ; Chandler, Michael . Everyman's Guide to Bacterial Insertion Sequences. In: Nancy L. Craig, Michael Chandler, Martin Gellert, Alan M. Lambowitz, Phoebe A. Rice, Suzanne B. Sandmeyer. (Org.). Mobile DNA III. 1ed.Washington DC: American Society for Microbiology, 2015, v. 3, p. 555-590.

4.
Varani, A.M.; BRANCO, L. C. ; Zerillo, Marcelo M. ; MONTEIRO-VITORELLO, C. B. . Elementos de Transposição: Classificação e Mecanismos de Mobilização. In: Claudia Marcia Aparecida Carareto; Claudia Barros Monteiro-Vitorello; Marie-Anne Van Sluys. (Org.). Elementos de transposição: diversidade, evolução, aplicações e impacto nos genomas dos seres vivos.. 1ed.Fiocruz: Rio de Janeiro, 2015, v. 1, p. 1-31.

5.
Marcondes de Souza, Jackson Antônio ; Carrareto Alves, Lucia Maria ; de Mello Varani, Alessandro ; de Macedo Lemos, Eliana Gertrudes . The Family Bradyrhizobiaceae. The Prokaryotes. 4ed.: Springer Berlin Heidelberg, 2014, v. , p. 135-154.

6.
Carrareto Alves, Lucia Maria ; de Souza, Jackson Antônio Marcondes ; Varani, Alessandro de Mello ; Lemos, Eliana Gertrudes de Macedo . The Family Rhizobiaceae. The Prokaryotes. 4ed.: Springer Berlin Heidelberg, 2014, v. , p. 419-437.

7.
SIGUIER, P. ; Varani, A. ; Perochon, J. ; CHANDLER, M. . Exploring Bacterial Insertion Sequences with ISfinder: Objectives, Uses, and Future Developments. Methods in Molecular Biology. 1ed.: Humana Press, 2012, v. , p. 91-103.

8.
VARANI, A. M.; LIMA, W. C. ; MOREIRA, L. M. ; OLIVEIRA, M. C. ; CELSO, Rangel ; CIVEROLO, E. ; VASCONCELOS, A. T. R. ; VAN SLUYS, M.A. . Common Genes and Genomic Breaks: A Detailed Case Study of the Xylella fastidiosa Genome Backbone and Evolutionary Insights. In: Robert W. Jackson. (Org.). Plant Pathogenic Bacteria: Genomics and Molecular Biology. Norwich, U.K: Horizon Scientific Press, 2008, v. 5, p. -.

Trabalhos completos publicados em anais de congressos
1.
MENEGHINE, A. K. ; Varani, A.M. ; ALVES, L. M. C. . DIVERSIDADE DE CIANOBACTÉRIAS EM AMOSTRAS DE ÁGUA DOCE USADA EM IRRIGAÇÃO. In: 1 Congresso Brasileiro de Microbiologia Agropecuária, Agrícola e Ambiental, 2016, Jaboticabal. 1 Congresso Brasileiro de Microbiologia Agropecuária, Agrícola e Ambiental. Jaboticabal: Revista Ciência & Tecnologia, 2016.

2.
SACCO, L. P. ; LIMA, M. T. ; MENEGHINE, A. K. ; Varani, A.M. ; CARARETO-ALVES, L. . Potencial Biotecnológico de Bactérias na Agroindústria. In: X Curso de Inverno em Genética, 2014, Jaboticabal. Tópicos Especiais em Genética Aplicada. Jaboticabal: FUNEP, 2014. v. 1. p. 43-52.

3.
CANCELADO, S. V. ; CEPEDA, J. C. C. ; FERNANDEZ, C. C. ; VARANI, A. M. ; ALVES, L. M. CARARETO . Microbiological quality assessment of a compost produced from animal waste and vegetables. In: SUSTAINABLE CITY 2014, 2014, Siena. org.crossref.xschema._1.Title@649e10ff, 2014. p. 1469.

4.
VITORELLO, C. B. M. ; Varani, A.M. . Uma visão genômica da diversidade microbiana. In: 28º ENCONTRO SOBRE TEMAS DE GENÉTICA E MELHORAMENTO, 2011, Piracicaba. 28º ENCONTRO SOBRE TEMAS DE GENÉTICA E MELHORAMENTO. Piracicaba: ESALQ/USP, 2011. v. 28. p. 39-45.

Resumos expandidos publicados em anais de congressos
1.
PINTO, A. S. ; PEDRINHO, E. A. N. ; VARANI, A. M. . Diversidade de transposases em amostra de solo com cultivo de cana-de-açucar e solo de floresta. In: XVII Simpósio de Genética, 2014, São José do Rio Preto. XVII Simpósio de Genética. São José do Rio Preto, 2014. v. 1.

Resumos publicados em anais de congressos
1.
ALMEIDA, A. M. F. ; PITANGUI, N. ; SARDI, J. C. O. ; GOMES, P. C. ; Varani, A.M. ; FERNANDES, C. C. ; TAYLOR, M. L. ; GIANNINI, M. J. S. M. . Transcriptional regulatory control of Histoplasma capsulatum for biofilms formation. In: 20th Congress of the International Society for Human and Animal Mycology, 2018, Amsterdam. 20th Congress of the International Society for Human and Animal Mycology, 2018. v. 1. p. 99.

2.
AMORIM, J. A. E. ; CAVALCA, L. B. ; FERRO, J. A. ; FERREIRA, H. ; MENDOZA, E. F. R. ; CARVALHO, F. M. S. ; Varani, A.M. . The ntrB and ntrC genes are implicated in the Citrus Canker development in Xanthomonas citri subsp. citri 306. In: 47 th Annual Meeting of the Brazilian Society for Biochemistry and Molecular Biology, 2018, Joinville. 47 th Annual Meeting of the Brazilian Society for Biochemistry and Molecular Biology. SBBq: SBBq, 2018. v. 1. p. 225-225.

3.
OLIVEIRA, A. C. P. ; MARINI, R. ; FERRO, M. I. T. ; FERRO, J. A. ; Chandler, Michael ; Varani, A.M. . The role of the murein lytic transglycosylases in Xanthomonas citri subsp. citri 306 virulence and fitness. In: 2nd São Paulo XanthoMeeting 2018, 2018, São Paulo. 2nd São Paulo XanthoMeeting 2018, 2018.

4.
PENHA, H. A. ; FERRASA, A. ; MURATA, M. ; COFRE, T. ; CAVALINI, J. ; PERON, G. ; BELASQUE, JOSÉ ; FERREIRA, H. ; LEITE, R. P. ; FERRO, M. I. T. ; Varani, A.M. ; HERAI, R. ; FERRO, J. A. . CitrusKB: A Comprehensive Knowledge Base for Transcriptome and Interactome of in vivo Citrus Cultivars Infected by Xanthomonas citri subsp. citri at Different Time Points. In: 2nd São Paulo XanthoMeeting 2018, 2018, São Paulo. 2nd São Paulo XanthoMeeting 2018, 2018.

5.
JULIAO, M. H. M. ; PENHA, H. A. ; PERON, G. ; HERAI, R. ; FERRO, J. A. ; Varani, A.M. . Transcriptome profiling of genes related to defense mechanisms in Citrus reticulata infected with Xanthomonas citri subsp. citri. In: 2nd São Paulo XanthoMeeting 2018, 2018, São Paulo. 2nd São Paulo XanthoMeeting 2018, 2018.

6.
AMORIM, J. A. E. ; CAVALCA, L. B. ; FERREIRA, H. ; MENDOZA, E. F. R. ; CARVALHO, F. M. S. ; FERRO, J. A. ; VARANI, A. M. . Genes of nitrogen metabolism and its implications in the pathogenicity and virulence of Xanthomonas citri subsp. citri. In: 2nd São Paulo XanthoMeeting 2018, 2018, São Paulo. 2nd São Paulo XanthoMeeting 2018, 2018.

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MELLO, J. A. F. ; MENDOZA, E. F. R. ; CARVALHO, F. M. S. ; FERRO, J. A. ; VARANI, A. M. . Mechanisms of adaptation and virulence of Xanthomonas citri subsp. citri during the development of citrus canker. In: 2nd São Paulo XanthoMeeting 2018, 2018, São Paulo. 2nd São Paulo XanthoMeeting 2018, 2018.

8.
FERREIRA, RAFAEL MARINI ; FERRO, J. A. ; Chandler, Michael ; VARANI, A. M. . TnXax1 transposition element functional study as pathogenicity propagation and diversification agent in Xanthomonas citri subsp. citri.. In: 2nd São Paulo XanthoMeeting 2018, 2018, São Paulo. 2nd São Paulo XanthoMeeting 2018, 2018.

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PASQUINI, I. C. ; MELLO, J. A. F. ; SOUZA, E. H. C. ; SANCHES, A. C. ; CONTILLIANI, D. F. ; MATOS, F. P. ; VARANI, A. M. ; FERRO, J. A. ; PENHA, H. A. . Identification of virulence genes candidates in Xanthomonas fuscans subsp aurantifolii type C by a mutant library approach. In: 2nd São Paulo XanthoMeeting 2018, 2018, São Paulo. 2nd São Paulo XanthoMeeting 2018, 2018.

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CAUZ-SANTOS, LUIZ A. ; MUNHOZ, CARLA F. ; COSTA, Z. P. ; REÁTEGUI, ALINA CARMEN EGOÁVIL ; RODDE, NATHALIE ; CAUET, S. ; DORNELAS, MARCELO C. ; LEROY, PHILIPPE ; VARANI, A. M. ; BERGÈS, HÉLÈNE ; VIEIRA, M. L. C. . A gene-rich fraction analysis of the passion fruit (Passiflora edulis) genome. In: 2018 International Congress of Genetics, 2018, Foz do Iguaçu. 2018 International Congress of Genetics, 2018.

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REÁTEGUI, ALINA CARMEN EGOÁVIL ; MUNHOZ, CARLA F. ; COSTA, ZIRLANE PORTUGAL ; CAUZ-SANTOS, LUIZ A. ; VARANI, A. M. ; BERGÈS, HÉLÈNE ; VIEIRA, M. L. C. . Comparative genomic mapping between Passiflora edulis (Passifloraceae) and two species of the Malpighiales order. In: 2018 International Congress of Genetics, 2018, Foz do Iguaçu. 2018 International Congress of Genetics, 2018.

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COSTA, Z. P. ; CAUZ-SANTOS, LUIZ A. ; MUNHOZ, CARLA F. ; VARANI, A. M. ; Sluys, Marie-Anne Van ; RAGAGNIN, G. T. ; BERGÈS, HÉLÈNE ; VIEIRA, M. L. C. . Identification and characterization of LTR retrotransposons at lineage level from a gene-rich fraction of the Passiflora edulis (Passifloraceae) genome. In: 2018 International Congress of Genetics, 2018, Foz do Iguaçu. 2018 International Congress of Genetics, 2018.

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FIORE, M. F. ; ALVARENGA, D. O. ; VARANI, A. M. ; HOFF-RISSETI, C. ; CRESPIM, E. ; RAMOS, R. T. J. ; SILVA, A. ; SCHAKER, P. D. C. ; HECK, K. ; SCHNEIDER, M. P. C. . Draft Genome Sequence of the Brazilian Toxic Bloom-Forming Cyanobacterium Microcystis aeruginosa Strain SPC777. In: The 19 symposium of the international society for Cyanophyte Reseach, 2013, Cleveland, Ohio. The 19 symposium of the international society for Cyanophyte Reseach. Cleveland, Ohio, 2013.

76.
SILVEIRA, P. S. ; SILVA, E. ; VARANI, A. M. ; LEMOS, E. G. M. ; TOORROP, P. ; HILHORST, H. . Análise de Transcriptoma (RNAseq) durante a superação de dormência morfofisiológica de sementes de Annona Crassiflora. In: XVIII Congresso Brasileiro de Sementes, 2013, Florianópolis. XVIII Congresso Brasileiro de Sementes. Florianópolis, 2013.

77.
FERNANDES, C. C. ; VARANI, A. M. ; SILVA, K. R. ; SANTOS, S. S. ; MONTASSIER, M. F. S. . COMPLETE GENOME OF THE PATHOGENIC STRAIN OF THE NEWCASTLE DISEASE VIRUS ISOLATED IN BRAZIL IN THE 1970?S. In: Simpósio Internacional de Medicina Veterinária Preventiva, 2013, Jaboticabal. Ars Veterinaria. Jaboticabal: Ars Veterinaria (Ars Vet), 2013. v. 29.

78.
PIRES, R. H. ; VARANI, A. M. ; ALMEIDA, A. M. F. ; GIANNINI, M. J. S. M. . DIFERENTES NÍVEIS DE EXPRESSÃO E PROTEÍNAS ESPECÍFICAS ASSOCIAM-SE AO METABOLISMO DE CARBOIDRATOS EM BIOFILMES DE CANDIDA ORTHOPSILOSIS. In: 27° Congresso Brasileiro de Microbiologia, 2013, Natal. 27° Congresso Brasileiro de Microbiologia. Natal, 2013.

79.
VARANI, A. M.; PEDRINHO, E. A. N. ; FERNANDES, C. C. ; LEMOS, E. G. M. . Exploring the prokaryotic insertion sequence abundance and diversity of brazilian sugar-cane cultivated soils. In: 2nd Thünen Symposium on Soil Metagenomics, 2013, Braunschweig (Germany). 2nd Thünen Symposium on Soil Metagenomics. Braunschweig (Germany): 2nd Thünen Symposium on Soil Metagenomics, 2013. v. 1. p. 71-71.

80.
VARANI, A. M.; MONTEIRO-VITORELLO, C. B. . Prophages of Xylella fastidiosa: an example of recombination and genome decay. In: 57º Congresso Brasileiro de Genética, 2011, Águas de Lindoia. Anais do Congresso Brasileiro de Genética. Ribeirão Preto: SBG, 2011. v. 57. p. 18-18.

81.
VARANI, A. M.; Siguier P ; Gourbeyre E. ; CHANEAU, V. ; Chandler M . ISsaga: A platform for identification and semi-automatic annotation of prokaryotic insertion sequences. In: JOBIM: Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, 2010, Montpellier. Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, 2010.

82.
VARANI, A. M.; VAN SLUYS, M.A. . The impact of prophage-like elements in X. fastidiosa. In: Xylella fastidiosa International Workshop, 2007, Campinas. Xylella fastidiosa International Workshop, 2007.

83.
VARANI, A. M.; CELSO, Rangel ; SLUYS, Marie Anne Van ; VASCONCELOS, Ana Teresa Ribeiro . Phage integrases repertoire in Xylella fastidiosa : A comparative study using a BBH approach. In: In-Silico Analysis of Proteins, 2006, Fortaleza. In-Silico Analysis of Proteins, 2006. v. 1.

84.
VAN SLUYS, M.A. ; H, Lu. ; Varani, A.M. ; LIMA, W. C. ; MENCK, C. F. M. ; V., Brendel ; AJ, B. ; Leach J . Comparative genomic analyses among xanthomonadales. In: APS Annual Meeting 2006, 2006, Quebec. Abstracts of Special Session Presentations at the 2006 APS Annual Meeting. ST PAUL, MN 55121 USA: The American Phytopathological Society, 2006. v. 96. p. S136-S136.

85.
SLUYS, M. V. ; SOUZA, Rangel de ; VASCONCELOS, Ana Tereza R. de ; MONTEIRO-VITORELLO, C. B. . Genetic Mobile Elements Shaping Xylella and Xanthomonas Differetiation. In: International Conference on Microbial Genomes, 2005, Westin Nova Scotia, 2005.

86.
R, Souza ; VASCONCELOS, Ana Tereza R. de ; MONTEIRO-VITORELLO, C. B. ; SLUYS, M. V. . Integrases de Fagos Associadas a diferenciação Genômica em Xylella fastidiosa. In: 50º Congresso Nacional de Genética, 2005, Águas de Lindoia, 2005.

87.
VARANI, A. M.; SLUYS, M. V. . Xylella Phage-Navigator: a web-based software to study phage-related regions. In: X-meeting, 2005, Caxambu, 2005.

88.
ZERILLO, Marcelo Marque ; ROSA, Daniel Dias ; D, Valle R K ; SLUYS, M. V. ; CAMARGO, L. E. A. ; MONTEIRO-VITORELLO, C. B. . Construção e seqüenciamento de umabiblioteca genômica de Leifsonia xyli subsp. cynodontis em BAC: uma abordagem comparativa com o genoma de Leifsonia xyli subsp. xyli2004. In: 50º Congresso Nacional de Genética, 2004, Florianópolis, 2004. p. 875-875.

89.
VARANI, A. M.; BINNECK, Eliseu ; SAMPAIO, Vanderson de Souza ; MOTA, Fábio Faria da ; PEREIRA, Rodrigo Matheus ; CANTÃO, Maurício Egídeo ; KISHI, Luciano Taksehi ; ASSUNÇÃO, Nilson Antonio ; JARDIM, Sílvia Neto ; LOPES, Tiago Jose da Silva ; SUNAGA, Daniele Yumi ; VALIATI, João Francisco . Brazilian Portal of Bioinformatics. In: 1st International Conference on Bioinformatics and Computational Biology, 2003, Ribeirão Preto. ICOBICOBI, 2003. v. 1. p. 19-19.

90.
VARANI, A. M.; MONTEIRO-VITORELLO, C. B. ; ZERILLO, M.M. ; CAMARGO, L. E. A. ; SLUYS, Marie Anne Van . Elementos de transposição da classe IS e sua distribuição no genoma de Leifsonia xyle subsp. xyli. In: 49º Congresso Nacional de Genética, 2003, Águas de Lindóia. SBG. Ribeirão Preto: SBG, 2003. v. 1. p. 78-78.

91.
JESUS, E.M. ; ARAÚJO, P. ; ROSSI, M. ; VARANI, A. M. ; VAN SLUYS, M.A. . Analysis of the diversity of transposable elements families expressed in sugar cane genome. In: 49º Congresso Nacional de Genética, 2003, Águas de Lindóia. SBG. Ribeirão Preto: SBG, 2003. v. 1. p. 37-37.

92.
SLUYS, Marie Anne Van ; ARAÚJO, P.G. ; ROSSI, M. ; VARANI, A. M. ; JESUS, E.M. ; COSTA, A.P.P. . Lokking at Transposable Elements in Sugar-Cane: Transposition and other genome rearrengements. In: Keystone Symposia, 2003, Santa Fe. Keystone Symposia abstract book, 2003.

Apresentações de Trabalho
1.
Varani, A.M.. Bioinformática Aplicada ao estudo de genomas: Revelando os mistérios do mundo das bactérias e plantas. 2015. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

2.
Varani, A.M.. Genômica de Sequencias de Inserção (ISs). 2015. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

3.
VARANI, A. M.; MARINI, R. . ISXax2: Um transposons do tipo Tn3 relacionados com a patogenicidade e virulência de Xanthomonas citri. 2014. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

4.
VARANI, A. M.. Introdução a bioinformática e Biologia computacional. 2013. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

5.
VARANI, A. M.. Genômica. 2006. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

6.
VARANI, A. M.; MIRANDA, P. ; Filho, B . Mesa Redonda: Bioinformática. 2006. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

7.
VARANI, A. M.. O Biomédico na Bioinformática. 2005. (Apresentação de Trabalho/Congresso).


Produção técnica
Assessoria e consultoria
1.
Varani, A.M.. Parecer para bolsa de doutorado sanduiche no exterior - CNPq. 2018.

2.
Varani, A.M.. Parecer de acompanhamento de projeto de mestrado - FAPESP. 2018.

3.
Varani, A.M.. Parecer de acompanhamento de projeto de doutorado - FAPESP. 2018.

4.
Varani, A.. Parecer para o programa de Inovação Tecnológica / PIPE - Programa FAPESP Pesquisa Inovativa em Pequenas Empresas. 2018.

5.
Varani, A.M.. Parecer para bolsa de pós-doutorado no exterior - CNPq. 2017.

6.
Varani, A.M.. Parecer para bolsa de doutorado sanduiche no exterior - CNPq. 2017.

7.
Varani, A.M.. Parecer para a chamada Chamada CNPq/MCTIC/CBAB Nº 07/2017 Centro Brasileiro-Argentino de Biotecnologia - Cursos de Cooperação Internacional em Biotecnologia. 2017.

8.
Varani, A.M.. Parecer de projeto de iniciação científica - FAPESP. 2017.

9.
Varani, A.M.. Parecer de reconsideração de projeto de iniciação científica - FAPESP. 2017.

10.
Varani, A.M.. Parecer de acompanhamento de projeto de doutorado - FAPESP. 2017.

11.
Varani, A.M.. Parecer de acompanhamento de projeto de doutorado - FAPESP. 2017.

12.
Varani, A.M.. Parecer de acompanhamento de projeto de mestrado - FAPESP. 2017.

13.
Varani, A.M.. Parecer de acompanhamento de projeto de doutorado - FAPESP. 2017.

14.
Varani, A.M.. Parecer de acompanhamento de projeto de doutorado - FAPESP. 2017.

15.
Varani, A.M.. Parecer de reconsideração de projeto de mestrado - FAPESP. 2016.

16.
Varani, A.M.. Parecer de projeto de doutorado - FAPESP. 2016.

17.
Varani, A.M.. Parecer de reconsideração de projeto de doutorado - FAPESP. 2016.

18.
Varani, A.M.. Parecer de acompanhamento de projeto de doutorado - FAPESP. 2016.

19.
Varani, A.M.. Parecer de renovação de bolsa de projeto de doutorado - FAPESP. 2016.

20.
Varani, A.M.. Parecer de acompanhamento de projeto de doutorado - FAPESP. 2016.

21.
Varani, A.M.. Parecer de acompanhamento de projeto de doutorado - FAPESP. 2016.

22.
Varani, A.M.. Parecer de renovação de bolsa de projeto de doutorado - FAPESP. 2016.

23.
Varani, A.M.. Parecer de projeto de doutorado - FAPESP. 2015.

24.
Varani, A.M.. Parecer de projeto de mestrado - FAPESP. 2015.

25.
Varani, A.M.. Parecer de projeto de doutorado - FAPESP. 2015.

26.
Varani, A.M.. Parecer de acompanhamento de projeto de doutorado - FAPESP. 2015.

27.
Varani, A.M.. Parecer de acompanhamento de projeto de doutorado - FAPESP. 2015.

28.
Varani, A.M.. Parecer de projeto de pós-doutorado - FAPESP. 2015.

29.
Varani, A.M.. Parecer de reconsideração de projeto de doutorado - FAPESP. 2014.

30.
Varani, A.M.. Parecer de acompanhamento de projeto de doutorado - FAPESP. 2014.

31.
Varani, A.M.. Parecer de projeto de doutorado - FAPESP. 2013.

32.
Varani, A.M.. Parecer de projeto de doutorado - FAPESP. 2013.

Programas de computador sem registro
1.
VARANI, A. M.; ALVARENGA, D. O. . recogniZing gEnomic seqUences in metagenomic aSSemblies (ZEUSS). 2017.

2.
VARANI, A. M.; ALVARENGA, D. O. . Mobile Genetic Elements Coordinates Extractor (MoGECE). 2016.

3.
VARANI, A. M.. AgroBacsMGEsDB - Studying the impact and other MGEs in Plant-Associated Bacteria. 2012.

4.
VARANI, A. M.; Siguier P ; Gourbeyre E. ; Chandler M . ISsaga (Insertion Sequence Semi-automatic genomic Annotation). 2010.

5.
VARANI, A. M.. Xylella Phage Navigator Comparative. 2007.

6.
VARANI, A. M.. Xylella Phage-Navigator. 2005.

Trabalhos técnicos
1.
Varani, A.M.. Pareceres para 7e Edição do Prêmio Tese Destaque USP. 2018.

2.
Varani, A.M.. Parecer de artigo submetido para a revista Frontiers in Microbiology. 2018.

3.
Varani, A.M.. Parecer de artigo submetido para a revista Frontiers in Genetics. 2018.

4.
Varani, A.M.. Parecer de artigo submetido para a revista Frontiers in Genetics. 2018.

5.
Varani, A.M.. Parecer de artigo submetido para a revista PeerJ. 2018.

6.
Varani, A.M.. Parecer de artigo submetido para a revista Scientific Reports. 2018.

7.
Varani, A.M.. Parecer de artigo submetido para a revista Brazilian Journal of Microbiology. 2018.

8.
VARANI, A. M.. Parecer de artigo submetido para a revista Brazilian Journal of Microbiology. 2018.

9.
Varani, A.M.. Parecer de artigo submetido para a revista Scientific Reports. 2017.

10.
Varani, A.M.. Parecer de artigo submetido para a revista Molecular Plant Pathology. 2017.

11.
Varani, A.M.. Parecer de artigo submetido para a revista Bioinformatics. 2016.

12.
Varani, A.M.. Parecer de artigo submetido para a revista BBMC ioinformatics. 2016.

13.
Varani, A.M.. Parecer de artigo submetido para a revista Critical Reviews in Microbiology. 2016.

14.
Varani, A.M.. Parecer de artigo submetido para a revista BMC Genomics. 2016.

15.
Varani, A.M.. Parecer de artigo submetido para a revista Molecular Ecology. 2016.

16.
Varani, A.M.. Parecer de artigo submetido para a revista Bioinformatics. 2015.

17.
Varani, A.M.. Parecer de artigo submetido para a revista BMC Microbiology. 2015.

18.
Varani, A.M.. Parecer de artigo submetido para a revista Plant Pathology. 2015.

19.
Varani, A.M.. Parecer de artigo submetido para a revista Brasileira de Fruticultura. 2014.

20.
Varani, A.M.. Parecer de artigo submetido para a revista Journal of Biomolecular Structure & Dynamics. 2014.

21.
Varani, A.M.. Parecer de artigo submetido para a revista PLOS ONE. 2012.

22.
Varani, A.M.. Parecer de artigo submetido para a revista Comparative and Functional Genomics. 2012.

23.
Varani, A.M.. Parecer de artigo submetido para a revista Nucleic Acids Research. 2011.

Entrevistas, mesas redondas, programas e comentários na mídia
1.
MIRANDA, VITOR F. O. ; SILVA, S. R. ; VARANI, A. M. . Carnivoria em miniatura. 2018. (Programa de rádio ou TV/Entrevista).

2.
VARANI, A. M.; MIRANDA, VITOR F. O. ; SILVA, S. R. ; TUNES, S. . Colonização pela água. 2018. (Programa de rádio ou TV/Entrevista).

3.
COMUNICACOES, 4. T. ; SILVA, S. R. ; MIRANDA, VITOR F. O. ; VARANI, A. M. . Estudo da origem de plantas carnívoras é destaque pela Fapesp.. 2018. (Programa de rádio ou TV/Comentário).

4.
COMUNICACOES, 4. T. ; SILVA, S. R. ; MIRANDA, VITOR F. O. ; VARANI, A. M. . Aluna do IB apresenta 1º genoma mitocondrial em planta do Brasil. 2017. (Programa de rádio ou TV/Comentário).

5.
MIRANDA, VITOR F. O. ; SILVA, S. R. ; VARANI, A. M. . Publicado primeiro genoma mitocondrial de planta brasileira.. 2017. (Programa de rádio ou TV/Comentário).

6.
MOON, P. ; SILVA, S. R. ; MIRANDA, VITOR F. O. ; VARANI, A. M. . Planta carnívora tem genoma mitocondrial sequenciado.. 2017. (Programa de rádio ou TV/Entrevista).


Demais tipos de produção técnica
1.
VARANI, A. M.; Nakaya I.H. ; DARINI, A. L. C. . Bioinformática para Microbiologistas. 2014. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

2.
VARANI, A. M.; MENEGHINE, A. K. ; LIMA, M. T. ; ALVES, L. M. C. ; SACCO, L. P. . Extração de DNA e testes Bioquímicos de bactérias. 2014. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

3.
VARANI, A. M.. Biologia Computacional Aplicada ao Estudo de Elementos Genéticos Móveis em Genomas de Procariotos. 2013. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

4.
Varani, A.M.; Chandler M ; Siguier P . Manual de Anotação de Elementos do tipo IS em genomas bacterianos. 2010. (Desenvolvimento de material didático ou instrucional - Manual de Anotação Genômica).

5.
VARANI, A. M.; Filho, B . Bioinformática. 2007. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

6.
VARANI, A. M.. Bioinformática Aplicada a Análise de Seqüências Biológicas. 2005. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

7.
VARANI, A. M.. Genomas Ambientais e Agronômicos - AEG. 2003. (Relatório de pesquisa).

8.
VARANI, A. M.. New-insight after Pyrococcus horikoshii OT3 Genome reanotation. 2002. (Relatório de pesquisa).



Bancas



Participação em bancas de trabalhos de conclusão
Mestrado
1.
BALBUENA, T. S.; PINTO, J. R. A. S.; Varani, A.M.. Participação em banca de Amanda Cristina Baldassi. Modulação do estado redox em cloroplastos de Eucalyptus urophylla por estímulo de CO2. 2018. Dissertação (Mestrado em Agronomia (Genética e Melhoramento de Plantas)) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

2.
Varani, A.M.; FERREIRA, H.; PINHEIRO, D. G.. Participação em banca de Amanda Carolina Paulino de Oliveira. Caracterização de transglicosilases líticas de mureína em Xanthomonas citri subsp. citri 306 e estudo funcional das LTs mltB2.1 e mltB2.2 associadas ao elemento TnXax1. 2018. Dissertação (Mestrado em Microbiologia Agropecuária) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

3.
FIORE, M. F.; CAMARGO, L. E. A.; ANDREOTE, F. D.; VARANI, A. M.. Participação em banca de Bruno Weiss. Genômica comparativa de Microcystis aeruginosa (Cyanobacteria: Chroococcales) com ênfase em genes envolvidos com síntese de produtos naturais. 2017. Dissertação (Mestrado em Agronomia (Microbiologia Agrícola)) - Universidade de São Paulo.

4.
Varani, A.M.; PRYLO, V. S.; SOUZA, J. A. M.. Participação em banca de Joana Gabriela Desiderato. Metagenômica e Bioinformática Aplicada à Bioernegia: Explorando um Consórcio Bacteriano Degradador da Biomasse. 2017. Dissertação (Mestrado em Microbiologia Agropecuária) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

5.
SOUZA, J. A. M.; POLIZELI, M. L. T. M.; VARANI, A. M.. Participação em banca de André Ferreira de Camargo. Potencial Biotecnológico de um metagenoma de solo sob cultivo de cana-de-açucar com vistas na degradação da biomassa vegetal. 2016. Dissertação (Mestrado em Microbiologia Agropecuária) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

6.
MIRANDA, V. F. O.; PINHEIRO, F.; Varani, A.M.. Participação em banca de Guilherme Camara Seber. Filogenia Molecular de Utricularia sect. Utricularia (Lentibulariaceae) inferida a partir de dois loci nucleares e um espaçador cloroplastidial. 2016. Dissertação (Mestrado em Agronomia (Genética e Melhoramento de Plantas)) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

7.
Varani, A.M.; OLIVEIRA, M. T.; FRIGIREI, M. C.. Participação em banca de Alessandra dos Santos Pinto. Estudo do "mobile-metagenome" a partir de biblioteca metagenômica proveniente de solo com cultivo de cana-de-açúcar e solo de floresta. 2015. Dissertação (Mestrado em Microbiologia Agropecuária) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

8.
VARANI, A. M.; PEREIRA, Rodrigo Matheus; BALBUENA, T. S.. Participação em banca de Milena Tavares Lima. Análise funcional e evolutiva de um consórcio bacteriano de solo e prospecção de genes envolvidos na descontrução da biomassa. 2014. Dissertação (Mestrado em Microbiologia Agropecuária) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

9.
ALVES, L. M. C.; Varani, A.M.; FURTADO, E. L.. Participação em banca de Roberta Cristina Delphino Carboni. Relações filogenéticas e diversidade de populações de Phyllosticta spp. de goiabeiras e de mangueiras em diferentes ambientes bioecológicos. 2014. Dissertação (Mestrado em Agronomia (Produção Vegetal)) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

10.
MIRANDA, V. F. O.; VARANI, A. M.; BACCI JUNIOR, M.. Participação em banca de Saura Rodrigues da Silva. Sistemática Molecular de Utricularia L. (Lentibulariaceae). 2014. Dissertação (Mestrado em Agronomia (Genética e Melhoramento de Plantas)) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

11.
ALMEIDA, A. M. F.; GATTAS, E. A. L.; Varani, A.M.. Participação em banca de Natália Manuela Strohmayer lourencetti. Estudo genômico e transcritômico de isolados selecionados de alto rendimentoi de dorna de fermentação alcoólica de Saccharomyces cerevisiae. 2014. Dissertação (Mestrado em Biociências e Biotecnologia Aplicadas à Farmácia) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

12.
VARANI, A. M.; KISHI, L. T.; ALVES, L. M. C.. Participação em banca de Natália dos Santos Pìnto. Diversidade de Bacillus thuringiensis e seus genes cry e vip em amostras metagenômicas de DNA extraído de solo com cultivo de cana-de-açucar e solo de floresta nativa em estações climáticas diferentes. 2014. Dissertação (Mestrado em Microbiologia Agropecuária) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

13.
Varani, A.M.; FERRO, J. A.; BELASQUE JR, J.. Participação em banca de Mayara Mari Murata. Cancro Cítrico: Análise da interação Planta-Patógeno revelado pelo transcriptoma do patógeno e hospedeiro. 2013. Dissertação (Mestrado em Agronomia (Genética e Melhoramento de Plantas)) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

14.
Varani, A.M.; ZANELLI, C. F.; NUNES, F. M. F.. Participação em banca de Thaís Barboni Alves. Clonagem de oxidoesqualeno ciclases de Maytenus ilicifolia Mart Ex Reissek (Celastraceae). 2013. Dissertação (Mestrado em Biotecnologia) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

Teses de doutorado
1.
SOUZA, J. A. M.; GUAZZARONI, M. E.; LEAO, A. L.; VARANI, A. M.; LEMOS, M. V. F.. Participação em banca de Wellington Pine Omori. Composição funcional e taxonômica de enzimas carbohidrases que atuam na desconbtrução da lignocelulose de torta de filtro. 2018. Tese (Doutorado em Microbiologia Agropecuária) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

2.
VARANI, A. M.; BELASQUE JR, J.; JACIANI, F.; FERREIRA, RAFAEL MARINI; PINHEIRO, D. G.. Participação em banca de Julie Anne Spindola Amorin. GENES DO METABOLISMO DO NITROGÊNIO E SUAS IMPLICAÇÕES NA PATOGENICIDADE E VIRULÊNCIA DA Xanthomonas citri subsp. citri. 2018. Tese (Doutorado em Agronomia (Genética e Melhoramento de Plantas)) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

3.
KOIDE, T.; SILVA NETO, J. F.; CRUZ, A. K.; VARANI, A. M.; PEREIRA, T. C.. Participação em banca de José Vicente Gomes Filho. RNAs não-codificadores associados a IS200/IS605: Identificação e caracterização funcional na archaea Halobacterium salivaram NRC-1. 2017. Tese (Doutorado em Bioquímica) - Universidade de São Paulo.

4.
SOUZA, J. A. M.; LEMOS, MANOEL VICTOR FRANCO; POLIZELI, M. L. T. M.; GUAZZARONI, M. E.; Varani, A.M.. Participação em banca de Claudio Damasceno Pavani. Potencial Biotecnológico do metagenoma de rúmen bovino da raça nelore (Bos tauros indicus), visando à desconstrução da biomasa vegetal. 2017. Tese (Doutorado em Microbiologia Agropecuária) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

5.
Setubal, João C.; ZANOTTO, P. M. A.; LAHR, D. J. G.; Varani, A.M.; SOUZA, E. M.. Participação em banca de Luiz Thibério Lira Diniz Rangel. O papel da transferência horizontal de genes na história evolutiva de duas classes de genes em bactérias. 2017. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

6.
PINHEIRO, D. G.; ALVES, L. M. C.; LEMOS, M. V. F.; Varani, A.M.; CASTRO, A. C. M. C. E.. Participação em banca de Welligton Pine Omori. Redudância funcional de mecanismos de despolimerização da biomassa vegetal em compostagem matura de torta de filtro. 2017. Tese (Doutorado em Microbiologia Agropecuária) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

7.
FERRO, J. A.; FERREIRA, H.; BELASQUE JR, J.; OLIVEIRA, M. T.; Varani, A.. Participação em banca de Elkin Fernando Rodas Mendoza. Identificação de genes-alvo envolvidos na virulência e patogênese de Xanthomonas ctri subsp. citri como uma alternativa para o controle do cancro cítrico. 2016. Tese (Doutorado em Microbiologia Agropecuária) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

8.
MIRANDA, VITOR F. O.; PINHEIRO, F.; VARANI, A. M.; BACCI JUNIOR, M.; PAULA, R. C.. Participação em banca de Dasmiliá Cruz Arozarena. Genética Molecular de populações brasileiras e cubanas de Utricularia L. e morfologia política de Lentibulariaceae em Cuba. 2016. Tese (Doutorado em Agronomia (Genética e Melhoramento de Plantas)) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

9.
FRANCA, S. C.; MARTINS, M. A.; PAIVA, P. B.; FARIA JUNIOR, M.; Varani, A.M.. Participação em banca de Sandra Regina Costa Fantinato. Sistema para análise do perfl da expressão de genes de fenilpropanopides em folha de M. urundeuva (Aroeira-do-Sertão). 2015. Tese (Doutorado em Biotecnologia) - Universidade de Ribeirão Preto.

10.
FIORE, MARLI F.; ANDREOTE, F. D.; SANTANNA, C. L.; ETCHEGARAY, A.; Varani, A.M.. Participação em banca de Karina Heck da Silva. Distribuição de agrupamentos gênicos envolvidos na biossíntese de substâncias bioativas no genoma da Fischerella sp. CENA 161. 2015. Tese (Doutorado em Agronomia (Microbiologia Agrícola)) - Universidade de São Paulo.

11.
MACHADO, R. Z.; ANDRÉ, MARCOS ROGÉRIO; VAZ JUNIOR, T. S.; RIBEIRO, L. F. B.; Varani, A.M.. Participação em banca de Jenevaldo Barbosa da Silva. Diversidade genética do Anaplasma marginales em condições de transmissão natural. 2015. Tese (Doutorado em Medicina Veterinária) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

12.
MONTASSIER, H. J.; VARANI, A. M.; SAMARA, S. I.; ARAUJO JUNIOR, J. P.; SOUZA, R. L. M.. Participação em banca de Camila Cesario Fernandes. Análise Filogenética com base no sequenciamento completo do genoma de uma estirpe vacinal lentogênica e de um isolado de campo brasileiro patogênico do vírus da doença de newcastle. 2014. Tese (Doutorado em Microbiologia Agropecuária) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

13.
SILVA, E. A. A.; BRAVO, J. P.; PASSOS, A. R.; NAKAGAWA, J.; Varani, A.M.. Participação em banca de Patricia Souza da Silveira. Estudos Fisiológicos e moleculares durante a superação da dormência morfológica de sementes de Annona crassiflora. 2014. Tese (Doutorado em Agronomia (Agricultura)) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

14.
MARCO, R.; DELBEM, A. C. B.; Setubal, João C.; VAN SLUYS, M.A.; VARANI, A. M.. Participação em banca de Gisele Strieder Philippsen. Estudo da influência de elementos transponíveis nos genomas das algas C. reinhardtii e V. carteri. 2014. Tese (Doutorado em Física Aplicada (Física Computacional)) - Universidade de São Paulo.

15.
PIZAURO JUNIOR, J. M.; VARANI, A. M.; BALBUENA, T. S.; FURRIEL, R. P. M.; GUIMARAES, L. H. S.. Participação em banca de Gisele Regina Rodrigues. Prospecção e Expressão de Genes de Hidrolases em biblioteca Metagenômica de Solo. 2014. Tese (Doutorado em Microbiologia Agropecuária) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

16.
Varani, A.M.; BELASQUE JR, J.; OLIVEIRA, M. T.; MANSUR, M. T. M. N.; BERTOLINI, M. C.. Participação em banca de Rafael Marini Ferreira. Estudo do gene mlt e mltB na patogenicidade de Xanthomonas citri. 2014. Tese (Doutorado em Agronomia (Genética e Melhoramento de Plantas)) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

17.
DARINI, A. L. C.; VARANI, A. M.; LEVY, C. E.; STEHLING, E. G.; BOLLELA, V. R.. Participação em banca de Renata Galetti. Estudo genético e molecular da disseminação da resistência aos B_lactâmicos em Pseudomonas aerugionosa. 2014. Tese (Doutorado em Biociências Aplicadas à Farmácia) - Universidade de São Paulo.

18.
FIORI, M. F.; FIGUEIRA, A. V. O.; SANTANNA, C. L.; SCHNEIDER, M. P. C.; Varani, A.M.. Participação em banca de Elaine Crespin. Identificação e sequenciamento de genes envolvidos na biossíntese de microcistinas e saxiotoxinas na cianobactéria Microcystis aeruginosa SPC777. 2013. Tese (Doutorado em Biologia na Agricultura e no Ambiente) - Centro de Energia Nuclear na Agricultura.

19.
SOUZA, J. A. M.; VARANI, A. M.; DESIDERIO, J. A.; MOREIRA, F. M. S.; GUIMARAES, A. A.. Participação em banca de Karla Cristina Stropa Goulart. Perfil Metagenômico de solo sob cultivo de cana-de-açucar com ênfase nas propriedades funcionais. 2013. Tese (Doutorado em Microbiologia Agropecuária) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

Qualificações de Doutorado
1.
FERRO, JESUS A.; Varani, A.M.; TANAKA, F. A. O.; FERREIRA, RAFAEL MARINI; JACIANI, F.. Participação em banca de Flávia Campos Freitas Vieira. Anatomia e ultraestrutura da interação patógeno-hospedeiro de diferentes estirpes de Xanthomonas causadoras de doenças e suas características relacionadas a virulência. 2017. Exame de qualificação (Doutorando em Microbiologia Agropecuária) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

2.
Alessandro de Melo Varani; FERREIRA, RAFAEL MARINI; PINHEIRO, D. G.. Participação em banca de Julie Anne Espíndola Amorin. Genes reguladores do metabolismo de nitorgênio (ntrB e ntrC) e suas implicações na patogenicidade e virulência de Xanthomonas citri subsp. citri. 2017. Exame de qualificação (Doutorando em Agronomia (Genética e Melhoramento de Plantas)) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

3.
KOIDE, T.; VARANI, A. M.; GALHARDO, R. S.. Participação em banca de Alan Péricles Rodrigues Lorenzetti. RNAs não codificantes derivados de sequências de inserção na arqueia halófila Halobacterium salinarum NRC-1. 2017. Exame de qualificação (Doutorando em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

4.
AVILA, F. A.; MONTASSIER, HELIO J.; CARDOZO, M. V.; BURGER, K. P.; VARANI, A. M.. Participação em banca de Camila Chioda de Almeida. Coagulase negative Staphylococcus spp. characterized using common phenotypic and genotypic tests may be misidentified. 2017. Exame de qualificação (Doutorando em Microbiologia Agropecuária) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

5.
LEMOS, E. G. M.; PIZAURO JUNIOR, J. M.; Varani, A.M.; ALVES, L. M. CARARETO; BALBUENA, T. S.. Participação em banca de Elwi Guillermo Machado Sierra. A Solvent and Halo-Stable Aminopepetidase from Mesorhizobium sp. discovered by genomic data mining with potential biotechnological application. 2016. Exame de qualificação (Doutorando em Microbiologia Agropecuária) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

6.
DE MIRANDA, VITOR FERNANDES O.; DESIDERIO, J. A.; LEMOS, M. V. F.; Varani, A.M.; GALDIANO JUNIOR, R. F.. Participação em banca de Yani Cristina Arangurem Díaz. Development of microsatellite markers for the carnivorous plant Genlisea aurea (Lentibulariaceae) using illumina paired-end genomic sequences. 2016. Exame de qualificação (Doutorando em Agronomia (Genética e Melhoramento de Plantas)) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

7.
Varani, A.M.; PINHEIRO, D. G.; SARAN, L. M.; BALBUENA, T. S.; POLLO, A. S.. Participação em banca de Aylan Kener Meneghine. Unravelling the microbiome from a vegetable garden soil and freshwater used for irrigation garden after ten years fertilization with an unusual organic compound. 2016. Exame de qualificação (Doutorando em Microbiologia Agropecuária) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

8.
MONTASSIER, HELIO J.; PENHA FILHO, R. A. C.; VARANI, A. M.. Participação em banca de Filipe Santos Fernando. Análise da evolução de variantes do cronavírus aviário após infecção e persistência em matrizes de produção. 2016. Exame de qualificação (Doutorando em Medicina Veterinária) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

9.
FERRO, JESUS A.; Varani, A.M.; CARVALHO, F. M. S.; FACINCANI, A. P.; VANTINI, J. S.. Participação em banca de Claudênia Ferreira da Silva. Análise do transcriptoma da interação entre plantas cítricas e Xanthomonas axonopodis pv. aurantifolii. 2015. Exame de qualificação (Doutorando em Microbiologia Agropecuária) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

10.
MONTEIRO-VITORELLO, C. B.; Setubal, João C.; Varani, A.M.. Participação em banca de Gesiele Almeida Barros de Carvalho. Maximização de entropia aplicada à genomas bacterianos e o estudo de duas estirpes brasileiras de importância econômica do gênero Bradyrhizobium: proteínas hipotéticas e elementos transponíveis. 2015. Exame de qualificação (Doutorando em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

11.
ALMEIDA, A. M. F.; OLIVEIRA, R. M. Z.; Varani, A.M.. Participação em banca de Nayla de Souza Pitangui. Análise do transcriptoma, secretoma e metaboloma do biofilme de histoplasma capsulatum em células hospeiras para seleção de alvos terapêuticos. 2015. Exame de qualificação (Doutorando em Biociências e Biotecnologia Aplicadas à Farmácia) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

12.
VARANI, A. M.; OTTOBONI, L. M. M.; MERZEL, V. M.. Participação em banca de Camila Carlos. Caracterização da microbiota associada a corais escleractíneos do litoral do Estado de São Paulo por sequenciamento de segunda geração. 2014. Exame de qualificação (Doutorando em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Campinas.

13.
DUARTE, J. M. B.; MIRANDA, V. F. O.; Varani, A.M.; REY, F. S. B.; LEMOS, M. V. F.. Participação em banca de Marina Gomes Figueirêdo. Filogenia e Taxonomia dos Veados Cinza (Mazama gouazoubira e M. nemorivaga. 2014. Exame de qualificação (Doutorando em Genética e Melhoramento Animal) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

14.
LIRA, S. P.; MARGARIDO, G. R. A.; Varani, A.M.. Participação em banca de Karina Heck da Silva. Distribuição de Agrupamentos Gênicos de sintetases de pepetídeos não ribossomais do genoma de Fischerella sp. CENA 161. 2014. Exame de qualificação (Doutorando em Agronomia (Microbiologia Agrícola)) - Universidade de São Paulo.

15.
PILARSKI, F.; SOUZA, J. A. M.; HASHIMOTO, D. T.; VARANI, A. M.; DESIDERIO, J. A.. Participação em banca de Fernanda de Alexandre Sebastião. Incidência e resistência a antimicrobianos de patógenos bacterianos em peixes no Brasil edentificados por PCR de Colonia e Sequenciamento Genético. 2014. Exame de qualificação (Doutorando em Microbiologia Agropecuária) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

16.
MONTASSIER, H. J.; Varani, A.M.; PINTO, A. A.; PAULILLO, A. C.; LEMOS, M. V. F.. Participação em banca de Camila Cesario Fernandes. Sequenciamento completo do genoma de uma estirpe patogênica do vírus da doença de Newcastle Isolada no Brasil. 2013. Exame de qualificação (Doutorando em Microbiologia Agropecuária) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

17.
VARANI, A. M.; SCHNEIDER, M. P. C.; XAVIER, L. P.; SILVA, A. L. C.. Participação em banca de Regiane Silva Kawasaki Frânces. Reconstrução e Modelagem de Vias Metabólicas em Escala Genômica da Bactéria Psicotrófica Exiguobacterium antarticum Linhagem B7. 2013. Exame de qualificação (Doutorando em Pós-Graduação em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Federal do Pará.

18.
VARANI, A. M.; ANDREOTE, F. D.; SILVA, F. R.. Participação em banca de Danillo Oliveira Alvarenga. Caracterização de agrupamentos gênicos envolvidos no metabolismo secundário da cianobactéria Nostoc sp CENA67. 2013. Exame de qualificação (Doutorando em Ciências (Energia Nuclear na Agricultura)) - Universidade de São Paulo.

19.
MARQUES, M. V.; Varani, A.M.; GALHARDO, R. S.. Participação em banca de Guilherme Marcello Queiroga Cruz. Retrotransposons das famílias Opie, Hopscotch e Maggy: desvendando as interações com o genoma de cana-de-açucar. 2012. Exame de qualificação (Doutorando em Biotecnologia) - Universidade de São Paulo.

Qualificações de Mestrado
1.
ANDRE, M. R.; DUARTE, J. M. B.; Varani, A.M.. Participação em banca de Luiz Ricardo Gonçalves. Occurence and Molecular Characterization of Bartonella sp. In wild rodents in dfferent brazilian biomes. 2016. Exame de qualificação (Mestrando em Microbiologia Agropecuária) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

2.
MIRANDA, V. F. O.; VARANI, A. M.; OLIVEIRA, M. T.. Participação em banca de Guilherme Camara Seber. Filogenia Molecular de Utricularia sect. Utricularia (Lentibulariaceae) inferida a partir de dois loci nucleares e um plastidial, com considerações sobre especiação hibridogênica em plantas. 2016. Exame de qualificação (Mestrando em Agronomia (Genética e Melhoramento de Plantas)) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

3.
Varani, A.; KISHI, L. T.; LEMOS, MANOEL VICTOR FRANCO. Participação em banca de joana Gabriela Desiderato. Análise de um consórcio bacteriano cultivado no bagaço de cana-de-açucar com potencial de degradação de biomassa. 2016. Exame de qualificação (Mestrando em Microbiologia Agropecuária) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

4.
FERRO, J. A.; Varani, A.M.; JACIANI, F.. Participação em banca de Aline Cristina Lopes. Análise transcricional de Xanthomonas citri subsp. citri em condições infectantes em Pêra Rio e Lima Ácida "Galego" revla diferentes padrões de expressão gênica envolvidos na resposta ao estresse oxidativo. 2015. Exame de qualificação (Mestrando em Microbiologia Agropecuária) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

5.
Varani, A.M.; ALVES, L. M. C.; PINHEIRO, D. G.. Participação em banca de Alessandra dos Santos Pinto. Estudo do "mobile-metagenome" A partir de bibbliotecas metagenômicas proveniente de solo com cultivo de cana-de-açucar e solo de floresta. 2015. Exame de qualificação (Mestrando em Microbiologia Agropecuária) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

6.
FERRO, J. A.; CARVALHO, F. M. S.; Varani, A.M.. Participação em banca de Thaísa Zanetoni Martins. Mutagênese Sítio-dirigida da ORF XAC0024 de Xanthomonas citri subsp. citri e suas implicações no desenvolvimento do cancro cítrico. 2015. Exame de qualificação (Mestrando em Microbiologia Agropecuária) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

7.
VARANI, A. M.; DESIDERIO, J. A.; MIRANDA, V. F. O.. Participação em banca de Saura Rodrigues da Sailva. Revelando o DNA Barcoding de Plantas Carnívoras do Gênero Utricularia L. (Lentibulariaceae). 2014. Exame de qualificação (Mestrando em Agronomia (Genética e Melhoramento de Plantas)) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

8.
Varani, A.M.; FERRO, J. A.; ALVES, L. M. C.. Participação em banca de Mayara Mari Murata. Comparação do perfil transcircional por RNA-Seq de Laranja Doce "Hamlin" e Tangerina "Satsuma" em resposta a Xanthomonas citri subsp. citri. 2013. Exame de qualificação (Mestrando em Agronomia (Genética e Melhoramento de Plantas)) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

9.
Varani, A.M.; FERRO, J. A.; CARVALHO, F. M. S.. Participação em banca de Juliana da Silva Cavallini. Expressão gênica diferencial de laranja doce pêra rio (Citrus sinensis L. Osb) e limão galego (Citrus aurantifolium) em resposta à infecção pro Xanthomonas citri subsp. citri por RNA-Seq. 2013. Exame de qualificação (Mestrando em Agronomia (Genética e Melhoramento de Plantas)) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

10.
VARANI, A. M.; PINTO, L. R.; FERRO, M. I. T.. Participação em banca de Cibele Nataliane Facioli Mdeiros. Identificação de genes candidatos para resistência ao mosaico da cana-de-açucar a partir da técnica de cDNA-AFLP. 2013. Exame de qualificação (Mestrando em Agronomia (Genética e Melhoramento de Plantas)) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

11.
Varani, A.M.; ALVES, L. M. C.; SARAN, L. M.. Participação em banca de Danilele Belarmino da Silva. Estudo Comparativo Da População Bacteriana de Água e Sedimento em Viveiro de Psicultura. 2013. Exame de qualificação (Mestrando em Microbiologia Agropecuária) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

Trabalhos de conclusão de curso de graduação
1.
VARANI, A. M.; FERRO, JESUS A.; PINHEIRO, DANIEL G.. Participação em banca de DANYEL FERNANDES CONTILIANI.Estudo da expressão espacial e temporal de genes flagelares de Xanthomonas citri subsp. citri em diferentes genótipos de Citrus sp. através da abordagem de RNA-Seq. 2017. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Abi - Ciências Biológicas) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

2.
VARANI, A. M.; FERRO, J. A.. Participação em banca de Nayara Patrícia Morotti.Análise da expressão gênica de um provável fator de transcrição de Xanthomonas citri subsp. citri relacionado com patogenicidade. 2013. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Ciências Biológicas) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

3.
VARANI, A. M.; LEMOS, MANOEL VICTOR FRANCO. Participação em banca de Guilherme Malheiros Gião Filho.Genômica de Xanthomonadales. 2013. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Abi - Ciências Biológicas) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.



Participação em bancas de comissões julgadoras
Concurso público
1.
FERRO, J. A.; ALMEIDA JR, N. F.; PROSDOCIMI, F.; VARANI, A. M.. Membro Suplente para Concurso Público de provas e títulos para contratação de 1 emprego público de Professor Assistente Doutor, em RDIDP, sob o regime jurídico da CLT. 2013. Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.



Eventos



Participação em eventos, congressos, exposições e feiras
1.
"III Curso de Verão em Bioinformática".Montagem de Sequências Genômicas e Metagenômicas. 2018. (Outra).

2.
2nd São Paulo XanthoMeeting 2018.The role of the murein lytic transglycosylases in Xanthomonas citri subsp. citri 306 virulence and fitness. 2018. (Encontro).

3.
II Seminário sobre Métodos Analíticos Avançados em Microbiologia.Utilizando ferramentas genômicas e de bioinformática para a investigação da emergência da virulência em fitopatógenos. 2018. (Seminário).

4.
III Simpósio de Microbiologia Agrícola.22 anos de sequenciamento genômico. Qual o futuro da genômica ?. 2017. (Simpósio).

5.
1 Congresso Brasileiro de Microbiologia Agropecuária, Agrícola e Ambiental. Relação entre bacteriófagos, transposons e plasmídeos com evolução genômica, emergência de virulência e patogenicidade em fitopatógenos de interesse agronômico?. 2016. (Congresso).

6.
1st International Workshop on Cyanobacterial Natural Products. Assembling and annotating Cyanobacterial genomes: Tips and tricks. 2016. (Congresso).

7.
62 Brazilian-International Congress of Genetics. UNRAVELING THE GENOME SEQUENCE OF THE UTRICULARIA RENIFORMIS A.ST.-HIL. (LENTIBULARIACEAE): INSIGHTS INTO THE EVOLUTION OF A TERRESTRIAL CARNIVOROUS PLANT.. 2016. (Congresso).

8.
VIII Simpósio de Microbiologia.Bioinformática. 2016. (Simpósio).

9.
XII Curso de Inverno de Genética.Montagem e Anotação de Genomas. 2016. (Encontro).

10.
11th International Plant Molecular Biology Congress. The complete chloroplast genome of a brazilian carnivorous plant Utricularia reniformis (Lentibulariaceae). 2015. (Congresso).

11.
Workshop de Bioernergia - UNESP. 2015. (Seminário).

12.
Xanthomeeting.Mobile Genetics elements impact in Xanthomonas genomes. 2015. (Encontro).

13.
X-Meeting 2015 - 11th International Conference of th AB3C + Brazilian Symposium of Bioinformatics. The complete mitochondrial genome of a brazilian carnivorous plant Utricularia reniformis (Lentibulariaceae): Insights into the evolution of an organellar genome of a specialized plant.. 2015. (Congresso).

14.
10 Edição do Fórum de Microbiologia Agropecuária.Genômica aplicada ao estudo de transpsons e vírus de bactérias de interesse agronômico. 2014. (Outra).

15.
60º Congresso Nacional de Genética. Identification and Characterization of ISXax2, a Tn3-like transposable element potentially related with the virulence and pathogenicity of Xanthomonas citri subsp. citri. 2014. (Congresso).

16.
Workshop Meta-Omics and Bioinformatics in Microbial Ecology.Exploring the bacteriual transposases diversity from metagenomic data with ISsaga. 2014. (Simpósio).

17.
XIV Congresso Brasileiro de Biomedicina e II Congresso Internacional de Biomedicina. Bioinformática para Microbiologistas. 2014. (Congresso).

18.
2nd Thünen Symposium on Soil Metagenomics.Exploring the prokaryotic insertion sequence abundance and diversity of brazilian sugar-cane cultivated soils. 2013. (Simpósio).

19.
IX Curso de Inverno de Genética.Aplicações da Bioinformática na microbiologia. 2013. (Encontro).

20.
V Simpósio de Microbiologia IBILCE/UNESP.Aplicações da Bioinformática na microbiologia. 2013. (Simpósio).

21.
XII Congresso Brasileiro e I Internacional de Biomedicina. Bioinformática: atuação do profissional biomédico. 2012. (Congresso).

22.
3 Workshop em Genética e Melhoramento de Plantas.Bioinformática & Genômica. 2011. (Encontro).

23.
58º Congresso Brasileiro de Genética. Prophages of Xylella fastidiosa: an example of recombination and genome decay. 2011. (Congresso).

24.
JOBIM. ISsaga: A platform for identification and semi-automatic annotation of prokaryotic insertion sequences. 2010. (Congresso).

25.
GenoBIOTOUL.ISfinder and IS genomic Annotation. 2009. (Simpósio).

26.
Quarto Congresso Alagoano de Biomedicina. Mini-Curso: Bioinformática. 2007. (Congresso).

27.
Xylella fastidiosa international workshop.Xylella fastidiosa international workshop. 2007. (Simpósio).

28.
In-Silico Analysis of Proteins. In-Silico Analysis of Proteins Celebrating the 20th anniversary of Swiss-Prot. 2006. (Congresso).

29.
Symposium on Bioinformatics. 2006. (Simpósio).

30.
Terceiro Congresso Alagoano de Biomedicina. Genômica / Mesa Redonda: Bioinformática. 2006. (Congresso).

31.
1st Internacional Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology, AB3C.. X-Meeting. 2005. (Congresso).

32.
60º Congresso Nacional de Genética. Identification and Characterization of ISXax2, a Tn3-like transposable element potentially related with the virulence and pathogenicity of Xanthomonas citri subsp. citri. 2005. (Congresso).

33.
Congresso Nacional de Genetica. 51 Congresso Nacional de Genética. 2005. (Congresso).

34.
Segundo Congresso Alagoano de Biomedicina. O papel do biomédico na Bioinformática / Mini curso: Bioinformática. 2005. (Congresso).

35.
49º Congresso Nacional de Genética. 49º Congresso Nacional de Genética. 2003. (Congresso).

36.
ICOBICOBI. 1st International Conference on Bioinformatics and Computational Biology. 2003. (Congresso).

37.
Simpósio de Biomedicina e Fisioterapia. 2001. (Simpósio).

38.
Curso de Especialização em Gasometria. 2000. (Seminário).

39.
I Simpósio de Biologia Molecular. 2000. (Simpósio).

40.
I Simpósio de Saúde Pública. 1999. (Simpósio).

41.
Noções Teorico-Práticas em hematologia. 1998. (Seminário).

42.
Semana da Saúde. 1998. (Encontro).

43.
Simpósio de Biomedicina. 1997. (Simpósio).

44.
VIII Encontro de Biomédicos. 1997. (Encontro).


Organização de eventos, congressos, exposições e feiras
1.
PINHEIRO, D. G. ; MIRANDA, VITOR F. O. ; VARANI, A. M. . "III Curso de Verão em Bioinformática". 2018. (Outro).

2.
PINHEIRO, D. G. ; MIRANDA, V. F. O. ; Varani, A.M. . I Curso de Verão em Bioinformática (Metagenômica: conceitos e aplicações). 2016. (Outro).

3.
OLIVEIRA, R. A. ; FERRO, M. I. T. ; PENHA, H. A. ; MONTASSIER, H. J. ; SOUZA, J. A. M. ; VANTINI, J. S. ; CARDOZO, M. V. ; PENA, M. M. ; BORZI, M. M. ; COZENTINO, N. C. B. ; DUDA, R. M. ; CASTELLANE, T. C. L. ; MARIGUELA, V. C. ; CARVALHO, F. M. S. ; MOCHI, D. A. ; PINHEIRO, D. G. ; DAQUILA, E. M. T. ; GIMENEZ, D. J. ; PAVANI, C. D. ; MACHADO, A. C. R. ; BUZINARI, A. C. ; Varani, A.M. . 1 Congresso Brasileiro de Microbiologia Agropecuária, Agrícola e Ambiental. 2016. (Congresso).

4.
FERRO, J. A. ; TEZZA, R. I. D. ; FACINCANI, A. P. ; VARANI, A. M. ; BALBUENA, T. S. ; OLIVEIRA, M. T. . Seminários CREBIO 5° Ciclo. 2016. (Outro).

5.
FERRO, J. A. ; TEZZA, R. D. ; FACINCANI, A. P. ; VARANI, A. M. ; BALBUENA, T. S. ; OLIVEIRA, M. T. . Seminários CREBIO 6° Ciclo. 2016. (Outro).

6.
Varani, A.M.; BALBUENA, T. S. ; OLIVEIRA, M. T. ; TEZZA, R. D. ; FERRO, J. A. . Seminários CREBIO ? 3° Ciclo. 2015. (Outro).

7.
Varani, A.M.; FERRO, J. A. ; BALBUENA, T. S. ; OLIVEIRA, M. T. ; TEZZA, R. I. D. ; FACINCANI, A. P. . Seminários CREBIO ? 4° Ciclo. 2015. (Outro).

8.
VARANI, A. M.; OLIVEIRA, M. T. ; BALBUENA, T. S. ; TEZZA, R. I. D. . Seminários CREBIO ? 1° Ciclo. 2014. (Outro).

9.
BALBUENA, T. S. ; OLIVEIRA, M. T. ; VARANI, A. M. ; TEZZA, R. I. D. . Seminários CREBIO ? 2° Ciclo. 2014. (Outro).

10.
MONTEIRO-VITORELLO, C. B. ; PINHEIRO, J. B. ; VIEIRA, M. L. C. ; Bandel G. ; VARANI, A. M. ; BRANDAO, M. . 28º ENCONTRO SOBRE TEMAS DE GENÉTICA E MELHORAMENTO. 2011. (Outro).



Orientações



Orientações e supervisões em andamento
Dissertação de mestrado
1.
Jéssica Alcimari Ferreira Mello. O papel do sistema de dois componentes na regulação do sistema de secreção tipo III em Xanthomonas citri. Início: 2017. Dissertação (Mestrado em Agronomia (Genética e Melhoramento de Plantas)) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. (Orientador).

Tese de doutorado
1.
Amanda Carolina Paulino de Oliveira. a definir. Início: 2018. Tese (Doutorado em Microbiologia Agropecuária) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. (Orientador).

2.
Bruno Weiss. Metagenômica aplicada ao estudo do potencial metabólico de um consórcio bacteriano degradador de lignocelulose cultivado e enriquecido in vitro. Início: 2017. Tese (Doutorado em Microbiologia Agropecuária) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. (Orientador).

Supervisão de pós-doutorado
1.
Saura Rodrigues Silva. Início: 2018. Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo.

2.
Lucas José Luduverio Pizauro. Início: 2018. Universidade Estadual Paulista Julio De Mesquita F.

3.
Julie Anne Espindola Amorim. Início: 2018. Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior.

4.
Danillo Oliveira de Alvarenga. Início: 2016. Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo.

5.
Rafael Marini Ferreira. Início: 2014. Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior.


Orientações e supervisões concluídas
Dissertação de mestrado
1.
AMANDA CAROLINA PAULINO DE OLIVEIRA. Caracterização de transglicosilases líticas de mureína associadas ao elemento TnXax1 em Xanthomonas citri subsp. citri 306 sugerem relação com o fitness e atraso no desenvolvimento do cancro cítrico.. 2015. Dissertação (Mestrado em Microbiologia Agropecuária) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Alessandro de Mello Varani.

2.
Joana Gabriela Desiderato. Metagenômica e Bioinformática Aplicada à Bioernegia: Explorando um Consórcio Bacteriano Degradador da Biomassa. 2014. Dissertação (Mestrado em Microbiologia Agropecuária) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Alessandro de Mello Varani.

3.
Natália dos Santos Pinto. Prospecção in-silico de genes cry de Bacillus thuringiensis a partir de bibblioteca metagenômica proveniente de solo com cultivo de cana-de-açucar e solo de floresta. 2013. Dissertação (Mestrado em Microbiologia Agropecuária) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, . Coorientador: Alessandro de Mello Varani.

4.
Alessandra dos Santos Pinto. Estudo do Mobile Metagenome de solos cultivados com cana de açúcar. 2013. Dissertação (Mestrado em Microbiologia Agropecuária) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Alessandro de Mello Varani.

5.
Michelle Mendonça Pena. DNA "BARCODING" EM Utricularia (Lentibulariaceae). 2013. Dissertação (Mestrado em Agronomia (Genética e Melhoramento de Plantas)) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Coorientador: Alessandro de Mello Varani.

6.
Milena Tavares Lima. Análise funcional e evolutiva de um consórcio bacteriano de solo e prospecção de genes envolvidos na descontrução da biomassa. 2012. Dissertação (Mestrado em Microbiologia Agropecuária) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Coorientador: Alessandro de Mello Varani.

7.
Vincent Charneau. Développement d'outils pour l'exploitation de la base de données ISfinder sur les séqueces d'insertion bactériennes. 2010. Dissertação (Mestrado em Bioinformatique - Master II Pro) - Université Toulouse III Paul Sabatier, Centre National de la Recherche Scientifique. Orientador: Alessandro de Mello Varani.

Tese de doutorado
1.
Saura Rodrigues da Silva. Sistemática de Utricularia L. (Lentibulariaceae): a abordagem de supermatrizes para resoluções filogenéticas. 2014. Tese (Doutorado em Agronomia (Genética e Melhoramento de Plantas)) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Coorientador: Alessandro de Mello Varani.

2.
Julie Anne Espindola Amorin. GENES DO METABOLISMO DO NITROGÊNIO E SUAS IMPLICAÇÕES NA PATOGENICIDADE E VIRULÊNCIA DA Xanthomonas citri subsp. citri. 2014. Tese (Doutorado em Agronomia (Genética e Melhoramento de Plantas)) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Alessandro de Mello Varani.

3.
Rafael Marini Ferreira. Estudo do gene mlt e mltB na patogenicidade de Xanthomonas citri. 2014. Tese (Doutorado em Agronomia (Genética e Melhoramento de Plantas)) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Coorientador: Alessandro de Mello Varani.

4.
Aylan Kener Meneghine. Diversidade de microrganismos e prospecção gênica em águas residuais de áreas de mineração.. 2013. Tese (Doutorado em Microbiologia Agropecuária) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Coorientador: Alessandro de Mello Varani.

Trabalho de conclusão de curso de graduação
1.
DANYEL FERNANDES CONTILIANI. Estudo da expressão espacial e temporal de genes flagelares de Xanthomonas citri subsp. citri em diferentes genótipos de Citrus sp. através da abordagem de RNA-Seq. 2017. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Abi - Ciências Biológicas) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Alessandro de Mello Varani.

2.
Guilherme Malheiros Gião Filho. Genômica de Xanthomonadales. 2013. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Ciências Biológicas) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho. Orientador: Alessandro de Mello Varani.

Iniciação científica
1.
DANYEL FERNANDES CONTILIANI. Estudo de genes relacionados ao flagelo de Xanthomonas citri através da análise por RNAseq. 2016. Iniciação Científica. (Graduando em Abi - Ciências Biológicas) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Alessandro de Mello Varani.

2.
Iashilei Cassieli Pasquini. Produção e análise in planta de uma biblioteca de mutantes de Xanthomonas fuscans subsp. aurantifolii tipo C (XauC). 2015. Iniciação Científica. (Graduando em Ciências Biológicas) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, Pró-Reitoria de Pesquisa (PROPe) - UNESP. Orientador: Alessandro de Mello Varani.

3.
ARIADNE COSTA SANCHES. Desvendando os mecanismos moleculares do agente etiológico do cancro cítrico: Investigação de genes relacionados a interação planta-patógeno entre Citrus aurantifolia (Lima Ácida Galego) e Xanthomonas fuscans subsp. aurantifolii Tipo C (XauC). 2015. Iniciação Científica. (Graduando em Ciências Biológicas) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho. Orientador: Alessandro de Mello Varani.

4.
DANYEL FERNANDES CONTILIANI. Identificação de genes relacionados a patogenicidade e virulência em Xanthomonas fuscans subsp. aurantifolii Tipo C (XauC) através da análise in-vivo de mutantes em folhas de Citrus limonia Osbeck (Limoeiro-Cravo). 2015. Iniciação Científica. (Graduando em Ciências Biológicas) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho. Orientador: Alessandro de Mello Varani.

5.
Estêvão Henrique Cangussu de Souza. Bioinformatica Aplicada a Montagem do Genoma de Utricularia reniformis. 2014. Iniciação Científica. (Graduando em Ciências Biológicas) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, Pró-Reitoria de Pesquisa (PROPe) - UNESP. Orientador: Alessandro de Mello Varani.

6.
Mariana Marrafon Lopes Silva. Investigação sobre a diversidade e quantidade de transposons do tipo IS em genomas de bactérias e arqueias. 2012. Iniciação Científica. (Graduando em Ciências Biológicas) - Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz. Orientador: Alessandro de Mello Varani.



Inovação



Projetos de pesquisa


Educação e Popularização de C & T



Apresentações de Trabalho
1.
VARANI, A. M.. Introdução a bioinformática e Biologia computacional. 2013. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

2.
VARANI, A. M.; MARINI, R. . ISXax2: Um transposons do tipo Tn3 relacionados com a patogenicidade e virulência de Xanthomonas citri. 2014. (Apresentação de Trabalho/Seminário).


Cursos de curta duração ministrados
1.
VARANI, A. M.. Biologia Computacional Aplicada ao Estudo de Elementos Genéticos Móveis em Genomas de Procariotos. 2013. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

2.
VARANI, A. M.; Nakaya I.H. ; DARINI, A. L. C. . Bioinformática para Microbiologistas. 2014. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

3.
VARANI, A. M.; MENEGHINE, A. K. ; LIMA, M. T. ; ALVES, L. M. C. ; SACCO, L. P. . Extração de DNA e testes Bioquímicos de bactérias. 2014. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).


Entrevistas, mesas redondas, programas e comentários na mídia
1.
MIRANDA, VITOR F. O. ; SILVA, S. R. ; VARANI, A. M. . Carnivoria em miniatura. 2018. (Programa de rádio ou TV/Entrevista).

2.
VARANI, A. M.; MIRANDA, VITOR F. O. ; SILVA, S. R. ; TUNES, S. . Colonização pela água. 2018. (Programa de rádio ou TV/Entrevista).

3.
COMUNICACOES, 4. T. ; SILVA, S. R. ; MIRANDA, VITOR F. O. ; VARANI, A. M. . Estudo da origem de plantas carnívoras é destaque pela Fapesp.. 2018. (Programa de rádio ou TV/Comentário).

4.
COMUNICACOES, 4. T. ; SILVA, S. R. ; MIRANDA, VITOR F. O. ; VARANI, A. M. . Aluna do IB apresenta 1º genoma mitocondrial em planta do Brasil. 2017. (Programa de rádio ou TV/Comentário).

5.
MIRANDA, VITOR F. O. ; SILVA, S. R. ; VARANI, A. M. . Publicado primeiro genoma mitocondrial de planta brasileira.. 2017. (Programa de rádio ou TV/Comentário).

6.
MOON, P. ; SILVA, S. R. ; MIRANDA, VITOR F. O. ; VARANI, A. M. . Planta carnívora tem genoma mitocondrial sequenciado.. 2017. (Programa de rádio ou TV/Entrevista).


Organização de eventos, congressos, exposições e feiras
1.
VARANI, A. M.; OLIVEIRA, M. T. ; BALBUENA, T. S. ; TEZZA, R. I. D. . Seminários CREBIO ? 1° Ciclo. 2014. (Outro).



Outras informações relevantes


Aprovado em concurso público em primeiro lugar para o provimento de cargo de Professor Contratado III (Substituto) junto ao Departamento de Genética - LGN/ESALQ/USP na área "Genética Molecular"

Biomédico com inscrição no CRBM número 7853, possui habilitação em: 
- Análises Clínicas,
- Análises Ambientais (Análises Fisico-químicas e Microbiológicas para o Saneamento do Meio Ambiente),
- Citopatologia (Citologia esfoliatiativa)



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