Benilton de Sa Carvalho

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  • Última atualização do currículo em 25/01/2018


Possui graduação e mestrado em Estatística pela UNICAMP e doutorado em Bioestatística pela Universidade Johns Hopkins. Foi Pesquisador Associado no Departamento de Oncologia da Universidade de Cambridge, Professor Afiliado do Instituto de Biologia Computacional de Cambridge, Pesquisador Associado Honorário no Grupo de Biologia Computacional do Cancer Research UK e pesquisador associado ao Departamento de Genética Médica da Faculdade de Ciências Médicas da Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP) e Desenvolvedor no Projeto Bioconductor desde 2004. Atualmente, é Professor Doutor no Departamento de Estatística da UNICAMP. Benilton possui experiência no gerenciamento e análise de grandes bases de dados, tendo como foco de pesquisa o desenvolvimento de metodologias analíticas e ferramentas computacionais em Biologia Computacional e Bioinformática voltadas para dados originados por experimentos de microarranjo e sequenciamento, com aplicações em -ômicas. (Texto informado pelo autor)


Identificação


Nome
Benilton de Sa Carvalho
Nome em citações bibliográficas
CARVALHO, B. S.;CARVALHO, B;CARVALHO, BS;CARVALHO, B.;CARVALHO BS;CARVALHO B;CARVALHO, BENILTON;CARVALHO, BENILTON S;CARVALHO, BENILTON S.;CARVALHO, BENILTON DE SÁ

Endereço


Endereço Profissional
Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Matemática Estatística e Ciência da Computação, Departamento de Estatística.
Rua Sérgio Buarque de Holanda, 651
Cidade Universitária
13083859 - Campinas, SP - Brasil
Telefone: (19) 35216079


Formação acadêmica/titulação


2003 - 2008
Doutorado em Bioestatística.
Johns Hopkins University, JHU, Estados Unidos.
Título: Statistical Methods and Software for High Density Oligonucleotide Arrays, Ano de obtenção: 2009.
Orientador: Rafael A Irizarry.
Bolsista do(a): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior, CAPES, Brasil.
Palavras-chave: Microarrays; Genotipagem; DNA.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra
Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Bioinformática.
Setores de atividade: Pesquisa e desenvolvimento científico.
2001 - 2003
Mestrado em Estatística.
Universidade Estadual de Campinas, UNICAMP, Brasil.
Título: Modelos de Fragilidade em Regressão de Risco Logística: Aplicações em Estudos de Dados Genéticos,Ano de Obtenção: 2003.
Orientador: Hildete Prisco Pinheiro.
Bolsista do(a): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo, FAPESP, Brasil.
Palavras-chave: Análise de Sobrevivência; Análise de Ligação; Modelos de Fragilidade; Fragilidade Gama; Estatística Genética.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra
Grande Área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Probabilidade e Estatística / Subárea: Probabilidade e Estatística Aplicadas / Especialidade: Estatística Genética.
Setores de atividade: Cuidado À Saúde das Pessoas; Cuidado À Saúde das Populações Humanas; Políticas, Planejamento e Gestão em Saúde.
1997 - 2000
Graduação em Estatística.
Universidade Estadual de Campinas, UNICAMP, Brasil.
1994 - 1996
Curso técnico/profissionalizante.
Centro Educacional 01 do Gama, CED.01 GAMA, Brasil.
1986 - 1993
Ensino Fundamental (1º grau).
Centro Educacional 01 do Gama, CED.01 GAMA, Brasil.


Pós-doutorado


2013 - 2015
Pós-Doutorado.
Universidade Estadual de Campinas, UNICAMP, Brasil.
Bolsista do(a): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo, FAPESP, Brasil.
Grande área: Ciências Biológicas
Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Bioinformática.
Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Bioestatística.
2010 - 2012
Pós-Doutorado.
University of Cambridge, CAM, Inglaterra.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra
Grande Área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Probabilidade e Estatística / Subárea: Bioinformática.
Grande Área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Probabilidade e Estatística / Subárea: Bioestatística.


Formação Complementar


2001 - 2001
Extensão universitária em Atualização Em Tópicos Em Análise de Sobrevivência. (Carga horária: 32h).
Fundação Oswaldo Cruz, FIOCRUZ, Brasil.


Atuação Profissional



European Bioinformatics Institute, EMBL, Inglaterra.
Vínculo institucional

2017 - Atual
Vínculo: , Enquadramento Funcional:


Universidade Estadual de Campinas, UNICAMP, Brasil.
Vínculo institucional

2015 - Atual
Vínculo: Servidor Público, Enquadramento Funcional: Professor Doutor MS-3.1, Regime: Dedicação exclusiva.

Vínculo institucional

2013 - 2015
Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Pesquisador Associado, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.


University of Cambridge, CAM, Inglaterra.
Vínculo institucional

2010 - 2012
Vínculo: Temporary Staff, Enquadramento Funcional: Pesquisador Associado

Vínculo institucional

2010 - 2012
Vínculo: Temporary Staff, Enquadramento Funcional: Professor Afiliado do CCBI

Atividades

2010 - Atual
Ensino, MPhil in Computational Biology, Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
Genômica Funcional

Cancer Research UK, CRUK, Grã-Bretanha.
Vínculo institucional

2010 - 2012
Vínculo: Honorary Research Staff, Enquadramento Funcional: Pesquisador Associado Honorário, Regime: Dedicação exclusiva.


Universidade do Algarve, UALG, Portugal.
Vínculo institucional

2012 - Atual
Vínculo: , Enquadramento Funcional:


Johns Hopkins University, JHU, Estados Unidos.
Vínculo institucional

2003 - 2008
Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Assistente de Pesquisa, Regime: Dedicação exclusiva.


BioConductor Foundation, BIOC, Estados Unidos.
Vínculo institucional

2004 - Atual
Vínculo: Contributor, Enquadramento Funcional: Desenvolvedor


Affymetrix, Inc., AFFY, Estados Unidos.
Vínculo institucional

2005 - 2005
Vínculo: Intern, Enquadramento Funcional: Estagiário em Desenvolvimento de Algoritmos, Carga horária: 40


Fundação de Desenvolvimento da UNICAMP, FUNCAMP/SP, Brasil.
Vínculo institucional

2003 - 2003
Vínculo: , Enquadramento Funcional: Estatístico



Projetos de pesquisa


2017 - Atual
Ambiente de Alta-Performance para Processamento de Dados de Microarranjos
Descrição: Tecnologias de análise de dados genômicos e transcriptômicos, como microarranjos e tecnologias de seqüenciamento de alto-rendimento, tornaram-se ferramentas-padrão em pesquisas biomédicas. Entre várias outras aplicações, elas permitem a associação de dados genéticos a fenótipos de interesse, como a ocorrência de uma doença ou a resposta a um dado tratamento, caracterizando-se como chaves essenciais para o melhor entendimento de patologias complexas e para a fundamentação da medicina personalizada. Tais tecnologias, apesar de geralmente vistas como concorrentes, devem ser tomadas como complementares: ao passo que técnicas de seqüenciamento de alto-rendimento permitem a descoberta de novos genes e variantes, microarranjos podem utilizar tais descobertas para a criação de painéis custo- efetivos para estudos de escalas populacionais, além de aplicações clínicas de baixo custo. Com a disseminação de ambas as tecnologias, estudos de proporções maiores têm se tornado mais comum. O sítio eletrônico Gene Expression Omnibus (GEO/NCBI) possui aproximadamente 70 estudos (em sua maioria, de expressão gênica) realizados com microarranjos com pelo menos 100 amostras cada; já o Database of Genotypes and Phenotypes (dbGaP/NCBI) possui dezenas de estudos, com microarranjos e seqüenciamento, com mais de 1500 indivíduos [o estudo Resource for Genetic Epidemiology Research on Adult Health and Aging (GERA), por exemplo, inclui 78.486 indivíduos utilizando microarranjos Affymetrix Axiom]. Esta tendência demonstra a necessidade da existência de ferramentas computacionais e estratégias analíticas para o processamento adequado destas informações. O pacote oligo é uma ferramenta computacional, gratuita e de código aberto, que utiliza o ambiente estatístico R para o pré-processamento de dados de microarranjos, como os disponibilizados pelo GEO e dbGaP. Este software é utilizado em todo o mundo e registra cerca de 20 mil downloads no período de fevereiro/2015 a janeiro/2016. O objetivo desta proposta é reestruturar o pacote oligo para que adeque-se apropriadamente a atual conjuntura de pesquisas biomédicas, oferecendo um suporte superior a bases de dados de grande volume, permitindo o uso de estratégias de paralelismo consolidadas no projeto Bioconductor e oferecendo conectividade direta com experimentos realizados por meio de sequenciamento de nova geração (NGS) de DNA/RNA. Para o uso de bases de dados de grande volume, pretende-se fazer uso do formato científico de arquivo HDF5. A implementação de algoritmos que façam uso de paralelismo será realizada com o uso do protocolo MPI. A conectividade deste software com experimentos que envolvam dados de NGS será realizada por meio do uso eficiente das interfaces Biobase e GenomicRanges disponibilizadas por meio do projeto Bioconductor. Com tais atualizações, no âmbito de análise de dados de microarranjos, será possível: A) disponibilizar novas metodologias para a análise de dados; B) oferecer uma melhor integração com resultados obtidos por meio de sequenciamento; C) prover uma ferramenta que utilize recursos de computação de alto-desempenho de modo eficiente; D) estimular a produção de análises reprodutíveis; E) implementar métodos estatísticos de genotipagem para microarranjos da família Axiom; F) implementar métodos de pré-processamento para análise de número de cópias; e G) promover a realização de estudos que integrem resultados de diferentes tecnologias (microarranjos e sequenciamento de alto rendimento)..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (2) .
Integrantes: Benilton de Sa Carvalho - Integrante / Benilton de Sá Carvalho - Coordenador / Rafael A. Irizarry - Integrante.
2017 - Atual
Capacity building for bioinformatics in Latin America (CABANA)
Descrição: The programme will address the slow implementation of data-driven biology in Latin-American countries, which have invested in genomics and bioinformatics but have an urgent lack of skills to make full use of the technology. We will implement a sustainable capacity-building programme focusing on three challenges of relevance in Latin America: communicable disease, sustainable food production and protection of biodiversity. This will accelerate use of bioinformatics in lead institutions in the region, which will become hubs in a pan-Latin-American bioinformatics network. Our consortium of ten partners in six Latin American countries will be nucleate and nurture expertise within and beyond their national boundaries, and forge collaborations with UK-based scientists that outlive the the project. Working with researchers from these institutions, we will deliver: Research secondments: Scientists from Latin America, regardless of career stage, will join an EMBL-EBI group for 6 months to develop their bioinformatics skills. EMBL-EBI group leaders have identified suitable projects that span curiosity-driven research, software development, data curation and creation of bioinformatics training materials. The projects? outcomes will be placed in the public domain: Research papers will be published in open-access journals Software will be licensed under open source licenses Datasets will be made openly available (unless there are ethical reasons for controlling access) through EMBL-EBI?s data resources and tools Training materials be given a CC-BY-SA license and made freely available through EMBL-EBI?s elearning resource, Train online ?Train the trainer? workshops: small groups of scientists from the network will visit EMBL-EBI for two weeks to receive tailor-made training on how to develop and deliver successful bioinformatics training. Part of this time will be spent developing training activities, which our visitors will then immediately use by participating as trainers in an EMBL-EBI course on one of our challenge topics. This will enable them to expand their network in the UK because we will involve bioinformatics experts from other UK-based organisations. This will lay the foundation for our partner institutions to develop a network of bioinformatics training centres throughout the continent. Short courses in Latin America: Our consortium will deliver 28 short courses - one in each participating country per year. Initially these will take place in our partner institutions; we will then engage with new hosts in our partner countries and in other countries on the DAC list in Latin America. These courses will be a joint effort between EMBL-EBI scientists and local scientists, with EMBL-EBI?s direct involvement reducing as local experience is gained. Some courses will focus on research management and management of research infrastructure; others will focus on development of bioinformatics competencies relevant to our three grand challenges. Elearning resources: a key factor in ensuring the scalability and sustainability of our programme is the creation of elearning courses addressing our three challenges. These will provide a shared resource for use by all of our Latin American training centres; they will catalyse the roll-out of bioinformatics education and training to universities, thus inspiring the next generation of bioinformatics-aware researchers in Latin America, and they will become an instrument for ongoing collaboration among EMBL-EBI, our Latin American network, and our collaborators in the UK. We will build on infrastructure developed through a recent BBSRC-funded project - Bioinformatics for Discovery - to develop workflow-based courses around each of our three use cases. In all cases we will incentivise participants from minority groups, including women and individuals from minority ethnic groups. We will include a diversity.
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
2013 - 2016
Data acquisition and training for -omics in food, fuels and fisheries research
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
2013 - 2015
Investigação multimodal da epileptogênese com ênfase na incorporação de novos modelos e novas ferramentas
Descrição: As epilepsias afetam aproximadamente 1 % a 2% da população mundial, sendo a epilepsia de lobo temporal mesial (ELTM) a mais frequente, representando 40% dos pacientes; esses são frequentemente refratários ao tratamento clínico. Uma das ferramentas mais utilizadas para tentar compreender a fisiopatologia da ELTM são modelos animais induzidos. Apesar dos vários modelos animais disponíveis e amplamente estudados atualmente, a maioria desses apresentam lesões no sistema nervoso central e eventos fenotípicos que não são comumente identificados nos pacientes com ELTM, sendo principalmente a perda neuronal em regiões para-hipocampais e insultos iniciais graves tais como: isquemia, traumas e status epilepticus (SE). Isso posto, propomos a trabalhar com modelos animais recentemente descritos (Norwood et aI., 2010 e Navarro-Mora G., 2009) que tem como principal vantagem gerar uma lesão discreta, mais próxima daquela efetivamente encontrada em pacientes com ELTM e sem a necessidade do insulto inicial precipitante do tipo SE. Com esses modelos propomos utilizar uma série de ferramentas para investigar vários fenômenos e vias biológicas que se entrecruzam na determinação da epileptogênese na EL TM. Essa estratégia permitirá uma abordagem interdisciplinar que vai da neuroimagem estrutural à biologia molecular, passando pela neurofisiologia, neuroquímica e bioinformática. Além disso, como todos os grupos participantes da proposta têm ampla experiência na área de investigação em epilepsia, os resultados aqui obtidos poderão ser comparados com os previamente produzidos em outros modelos animais e em aqueles observados em séries de pacientes. Acreditamos que a nossa estratégia de integração do conhecimento aqui proposta gerará conhecimento novo, abrangente e integrado sobre a epileptogênese nas estruturas mesiais do lobo temporal e tem chances de provocar um grande impacto na área da neurociência aplicada..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
2013 - Atual
Instituto Brasileiro de Neurociência e Neurotecnologia - BRAINN
Descrição: The central biological questions of our RIDC is the investigation of basic mechanisms that lead to epilepsy and stroke and the injury mechanisms that follow the disease onset and progression, and are related to prevention, treatment and rehabilitation. Our goals are to develop new methods and techniques to improve the understanding of mechanisms of damage, plasticity and repair in epilepsy and stroke, and to apply these results to improve diagnosis, prevention and treatment. The main motivation of this project carne from the necessity of approaching these relevant and complex biological problems by combining the expertise of research groups with distinct and complementary backgrounds. One of the multiple aspects revealing the characteristic complexity associated with research on epilepsy and stroke is the fact that such conditions are not uniquely defined, i.e.it cannot be related to a single disease or a unique syndrome. Such a multiplicity of biological factors related to the etiology, symptomatology, prevention and treatment of epilepsy and stroke indicate the need of collaborative research in different areas of expertise. These are the main motivations for the organization of the present RIDC. Moreover, this initiative foresees the creation of a new environment for scientific and technological development, new clinical applications, education and interaction with the business sector. Our proposal will be driven by strong and relevant hypotheses, not only by advances in technology (i.e., it will not be only a method in search of a problem). The research for the development of new technology and improvement of current technology will be driven by solid scientific grounds and social needs in order to provide relevant application in the real world. This research proposal is outstanding as it is clinically important, realistic and scientifically highly original, combining genetics, neurobiology, pharmacology, neuroimaging, computer sciences, robotics, physics and engineering. Results will benefit patients with epilepsy, stroke and other prevalent diseases, and contribute substantially to ongoing scientific discussions within neurology, psychiatry, and cognitive neuroscience. The proposed collaborations between our RIDC and other major neuroscience centers outlined in the list of external collaborators will further advance knowledge directly relevant to all people suffering from devastating neurological conditions..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
2012 - 2017
Identification of inherited susceptibility genes for cutaneous melanoma by large scale genotyping
Descrição: Cutaneous melanoma (CM) is the more important among cancers due to its high metastatic potential and absence of drug treatment response. The main risk factor for the development of MC is exposure to ultraviolet rays from sunlight. Individual differences generated by genetic polymorphisms related to processes of carcinogenesis, have important roles in the origin and clinical manifestations of disease. The genome wide association studies (GWAS) identifies several single nucleotide polymorphisms (SNPs) and copy number variations (CNVs) of DNA. The aim of this study is identify the roles of large numbers of SNPs and CNVs in MC patients and healthy individuals of our population. Genomic DNA of the 100 CM patients and 100 controls will be evaluated in our service. The Affymetrix® Genome-Wide Human SNP Array 6.0 contains 1.8 million genetic markers, including more than 906.600 SNPs and more than 946.000 probes for the detection of CNV. The genotypes determinate by SNPs will be estimated using Genotyping Console (birdseed) and BioConductor project (crlmm). The analysis of CNVs will be evaluated using Canary (Genotyping Console) and CRLMM combined HMM with the CBS and (BioConductor). The comparison between groups will be conducted by Fisher test or chi-square and logistic regression with the programs PLINK and snpStats (BioConductor). The risks of occurrence for MC will be obtained through the odds ratios (ORs) with confidence interval of 95%. We believe that the results of this study will contribute to better understanding the pathophysiology of MC and to identify healthy individuals at high risk of tumor occurrence and special care for the prevention and early diagnosis of the same..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
2012 - Atual
Cis-regulation of Somatic Mutation in Breast and Ovarian Cancers
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
2007 - 2010
Software for the Statistical Analysis of Microarray Probe Level Data
Descrição: Continue the support of our software and further develop our tools to increase their usefulness to the research community.
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.


Membro de comitê de assessoramento


2016 - Atual
Agência de fomento: Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo


Revisor de periódico


2007 - Atual
Periódico: Biostatistics (Oxford. Print)
2008 - Atual
Periódico: Bioinformatics (Oxford. Print)
2008 - Atual
Periódico: BMC Bioinformatics
2010 - Atual
Periódico: Biometrical Journal (1977)
2011 - Atual
Periódico: Briefings in Bioinformatics
2012 - Atual
Periódico: BMC Cancer (Online)
2010 - Atual
Periódico: Journal of Statistical Software
2011 - Atual
Periódico: Plos One
2010 - Atual
Periódico: Statistical Applications in Genetics and Molecular Biology
2012 - Atual
Periódico: Brazilian Journal of Probability and Statistics
2012 - Atual
Periódico: Brazilian Journal of Medical and Biological Research
2012 - Atual
Periódico: Brazilian Journal of Medical and Biological Research
2016 - Atual
Periódico: Genetics and Molecular Biology (Impresso)


Revisor de projeto de fomento


2017 - Atual
Agência de fomento: Fundo de Apoio ao Ensino, à Pesquisa e Extensão - PRP - UNICAMP
2013 - Atual
Agência de fomento: Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo


Áreas de atuação


1.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Bioinformática.
2.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Probabilidade e Estatística / Subárea: Probabilidade e Estatística Aplicadas/Especialidade: Estatística Genética.
3.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Probabilidade e Estatística / Subárea: Probabilidade e Estatística Aplicadas/Especialidade: Bioestatística.
4.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Genética Humana e Médica.
5.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Probabilidade e Estatística / Subárea: Biologia Computacional.
6.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Probabilidade e Estatística / Subárea: Probabilidade e Estatística Aplicadas/Especialidade: Estatística Computacional.


Idiomas


Inglês
Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.
Espanhol
Compreende Pouco, Fala Pouco, Lê Pouco, Escreve Pouco.


Prêmios e títulos


2010
Travel Award, IBS British & Irish Region and Fisher Memorial Trust.
2000
3o. Lugar - Concurso de Iniciação Científica - 14o. SINAPE, Associação Brasileira de Estatística.


Produções



Produção bibliográfica
Citações

Web of Science
Total de trabalhos:22
Total de citações:472
Fator H:7
Carvalho, Benilton S  Data: 16/03/2016

Outras
Total de trabalhos:29
Total de citações:490
Benilton S Carvalho  Data: 09/08/2012

Artigos completos publicados em periódicos

1.
18AVANSINI, SIMONI H.2017AVANSINI, SIMONI H. ; DE SOUSA LIMA, BEATRIZ PEREIRA ; SECOLIN, RODRIGO ; SANTOS, MARILZA L. ; COAN, ANA CAROLINA ; VIEIRA, ANDRÉ S. ; TORRES, FÁBIO R. ; CARVALHO, BENILTON S. ; ALVIM, MARINA K. M. ; MORITA, MÁRCIA E. ; YASUDA, CLARISSA L. ; PIMENTEL-SILVA, LUCIANA R. ; DOGINI, DANYELLA B. ; ROGERIO, FABIO ; CENDES, FERNANDO ; LOPES-CENDES, ISCIA . MicroRNA hsa-miR-134 is a circulating biomarker for mesial temporal lobe epilepsy. PLoS One, v. 12, p. e0173060, 2017.

2.
17SILVA-ALVES, MARIANA S.2017SILVA-ALVES, MARIANA S. ; SECOLIN, RODRIGO ; CARVALHO, BENILTON S. ; YASUDA, CLARISSA L. ; BILEVICIUS, ELIZABETH ; ALVIM, MARINA K. M. ; SANTOS, RENATO O. ; MAURER-MORELLI, CLAUDIA V. ; CENDES, FERNANDO ; LOPES-CENDES, ISCIA . A Prediction Algorithm for Drug Response in Patients with Mesial Temporal Lobe Epilepsy Based on Clinical and Genetic Information. PLoS One, v. 12, p. e0169214, 2017.

3.
4ROBERTSON, A. GORDON2017ROBERTSON, A. GORDON KIM, JAEGIL AL-AHMADIE, HIKMAT BELLMUNT, JOAQUIM GUO, GUANGWU CHERNIACK, ANDREW D. HINOUE, TOSHINORI LAIRD, PETER W. HOADLEY, KATHERINE A. AKBANI, REHAN CASTRO, MAURO A.A. GIBB, EWAN A. KANCHI, RUPA S. GORDENIN, DMITRY A. SHUKLA, SACHET A. SANCHEZ-VEGA, FRANCISCO HANSEL, DONNA E. CZERNIAK, BOGDAN A. REUTER, VICTOR E. SU, XIAOPING DE SA CARVALHO, BENILTON CHAGAS, VINICIUS S. MUNGALL, KAREN L. SADEGHI, SARA PEDAMALLU, CHANDRA SEKHAR , et al.LU, YILING KLIMCZAK, LESZEK J. ZHANG, JIEXIN CHOO, CALEB OJESINA, AKINYEMI I. BULLMAN, SUSAN LERAAS, KRISTEN M. LICHTENBERG, TARA M. WU, CATHERINE J. SCHULTZ, NICHOLAUS GETZ, GAD MEYERSON, MATTHEW MILLS, GORDON B. MCCONKEY, DAVID J. WEINSTEIN, JOHN N. KWIATKOWSKI, DAVID J. LERNER, SETH P. AKBANI, REHAN AL-AHMADIE, HIKMAT ALBERT, MONIQUE ALEXOPOULOU, IAKOVINA ALLY, ADRIAN ANTIC, TATJANA ARON, MANJU BALASUNDARAM, MIRUNA BARTLETT, JOHN BAYLIN, STEPHEN B. BEAVER, ALLISON BELLMUNT, JOAQUIM BIROL, INANC BOICE, LORI BOOTWALLA, MOIZ S. BOWEN, JAY BOWLBY, REANNE BROOKS, DENISE BROOM, BRADLEY M. BSHARA, WIAM BULLMAN, SUSAN BURKS, ERIC CÁRCANO, FLAVIO M. CARLSEN, REBECCA CARVALHO, BENILTON S. CARVALHO, ANDRE L. CASTLE, ERIC P. CASTRO, MAURO A.A. CASTRO, PATRICIA CATTO, JAMES W. CHAGAS, VINICIUS S. CHERNIACK, ANDREW D. CHESLA, DAVID W. CHOO, CALEB CHUAH, ERIC CHUDAMANI, SUDHA CORTESSIS, VICTORIA K. COTTINGHAM, SANDRA L. CRAIN, DANIEL CURLEY, ERIN CZERNIAK, BOGDAN A. DANESHMAND, SIAMAK DEMCHOK, JOHN A. DHALLA, NOREEN DJALADAT, HOOMAN ECKMAN, JOHN EGEA, SOPHIE C. ENGEL, JAY FELAU, INA FERGUSON, MARTIN L. GARDNER, JOHANNA GASTIER-FOSTER, JULIE M. GERKEN, MARK GETZ, GAD GIBB, EWAN A. GOMEZ-FERNANDEZ, CARMEN R. GORDENIN, DMITRY A. GUO, GUANGWU HANSEL, DONNA E. HARR, JODI HARTMANN, ARNDT HERBERT, LYNN M. HINOUE, TOSHINORI HO, THAI H. HOADLEY, KATHERINE A. HOLT, ROBERT A. HUTTER, CAROLYN M. JONES, STEVEN J.M. JORDA, MERCE KAHNOSKI, RICHARD J. KANCHI, RUPA S. KASAIAN, KATAYOON KIM, JAEGIL KLIMCZAK, LESZEK J. KWIATKOWSKI, DAVID J. LAI, PHILLIP H. LAIRD, PETER W. LANE, BRIAN R. LERAAS, KRISTEN M. LERNER, SETH P. LICHTENBERG, TARA M. LIU, JIA LOLLA, LAXMI LOTAN, YAIR LU, YILING LUCCHESI, FABIANO R. MA, YUSSANNE MACHADO, ROBERTO D. MAGLINTE, DENNIS T. MALLERY, DAVID MARRA, MARCO A. MARTIN, SUE E. MAYO, MICHAEL MCCONKEY, DAVID J. MERANEY, ANOOP MEYERSON, MATTHEW MILLS, GORDON B. MOINZADEH, ALIREZA MOORE, RICHARD A. MORA PINERO, EDNA M. MORRIS, SCOTT MORRISON, CARL MUNGALL, KAREN L. MUNGALL, ANDREW J. MYERS, JEROME B. NARESH, RASHI O'DONNELL, PETER H. OJESINA, AKINYEMI I. PAREKH, DIPEN J. PARFITT, JEREMY PAULAUSKIS, JOSEPH D. SEKHAR PEDAMALLU, CHANDRA PENNY, ROBERT J. PIHL, TODD PORTEN, SIMA QUINTERO-AGUILO, MARIO E. RAMIREZ, NILSA C. RATHMELL, W. KIMRYN REUTER, VICTOR E. RIEGER-CHRIST, KIMBERLY ROBERTSON, A. GORDON SADEGHI, SARA SALLER, CHARLES SALNER, ANDREW SANCHEZ-VEGA, FRANCISCO SANDUSKY, GEORGE SCAPULATEMPO-NETO, CRISTOVAM SCHEIN, JACQUELINE E. SCHUCKMAN, ANNE K. SCHULTZ, NIKOLAUS SHELTON, CANDACE SHELTON, TROY SHUKLA, SACHET A. SIMKO, JEFF SINGH, PARMINDER SIPAHIMALANI, PAYAL SMITH, NORM D. SOFIA, HEIDI J. SORCINI, ANDREA STANTON, MELISSA L. STEINBERG, GARY D. STOEHR, ROBERT SU, XIAOPING SULLIVAN, TRAVIS SUN, QIANG TAM, ANGELA TARNUZZER, ROY TARVIN, KATHERINE TAUBERT, HELGE THIESSEN, NINA THORNE, LEIGH TSE, KANE TUCKER, KELINDA VAN DEN BERG, DAVID J. VAN KESSEL, KIM E. WACH, SVEN WAN, YUNHU WANG, ZHINING WEINSTEIN, JOHN N. WEISENBERGER, DANIEL J. WISE, LISA WONG, TINA WU, YE WU, CATHERINE J. YANG, LIMING ZACH, LEIGH ANNE ZENKLUSEN, JEAN C. ZHANG, JIASHAN (JULIA) ZHANG, JIEXIN ZMUDA, ERIK ZWARTHOFF, ELLEN C. ; Comprehensive Molecular Characterization of Muscle-Invasive Bladder Cancer. CELL, v. 171, p. 540-556.e25, 2017.

4.
21VIEIRA, A. S.2016VIEIRA, A. S. ; DE MATOS, A. H. ; DO CANTO, A. M. ; ROCHA, C. S. ; CARVALHO, B. S. ; PASCOAL, V. D. B. ; NORWOOD, B. ; BAUER, S. ; ROSENOW, F. ; GILIOLI, R. ; CENDES, F. ; LOPES-CENDES, I. . RNA sequencing reveals region-specific molecular mechanisms associated with epileptogenesis in a model of classical hippocampal sclerosis. Scientific Reports, v. 6, p. 22416, 2016.

5.
19BARBALHO, PATRÍCIA GONÇALVES2016BARBALHO, PATRÍCIA GONÇALVES ; CARVALHO, BENILTON DE SÁ ; LOPES-CENDES, ISCIA ; MAURER-MORELLI, CLAUDIA VIANNA . Cyclooxygenase-1 as a Potential Therapeutic Target for Seizure Suppression: Evidences from Zebrafish Pentylenetetrazole-Seizure Model. Frontiers in Neurology, v. 7, p. 200, 2016.

6.
20DE ANDRADE, HELEN M.T.2016DE ANDRADE, HELEN M.T. ; DE ALBUQUERQUE, MILENA ; AVANSINI, SIMONI H. ; DE S. ROCHA, CRISTIANE ; DOGINI, DANYELLA B. ; NUCCI, ANAMARLI ; CARVALHO, BENILTON ; LOPES-CENDES, ISCIA ; FRANÇA, MARCONDES C. . MicroRNAs-424 and 206 are potential prognostic markers in spinal onset amyotrophic lateral sclerosis. JOURNAL OF THE NEUROLOGICAL SCIENCES, v. 368, p. 19-24, 2016.

7.
1HUBER, WOLFGANG2015 HUBER, WOLFGANG CAREY, VINCENT J GENTLEMAN, ROBERT ANDERS, SIMON CARLSON, MARC CARVALHO, BENILTON S BRAVO, HECTOR CORRADA DAVIS, SEAN GATTO, LAURENT GIRKE, THOMAS GOTTARDO, RAPHAEL HAHNE, FLORIAN HANSEN, KASPER D Irizarry, Rafael A LAWRENCE, MICHAEL LOVE, MICHAEL I MACDONALD, JAMES OBENCHAIN, VALERIE OLE', ANDRZEJ K PAGÈS, HERVÉ REYES, ALEJANDRO SHANNON, PAUL SMYTH, GORDON K TENENBAUM, DAN WALDRON, LEVI , et al.MORGAN, MARTIN ; Orchestrating high-throughput genomic analysis with Bioconductor. Nature Methods, v. 12, p. 115-121, 2015.

8.
28WAJNBERG, GABRIEL2015WAJNBERG, GABRIEL ; CARVALHO, BENILTON S. ; FERREIRA, CARLOS G. ; PASSETTI, FABIO . Combined Analysis of SNP Array Data Identifies Novel CNV Candidates and Pathways in Ependymoma and Mesothelioma. BIOMED RESEARCH INTERNATIONAL, v. 2015, p. 1-10, 2015.

9.
2WEAVER, JAMIE M J2014 WEAVER, JAMIE M J ROSS-INNES, CARYN S SHANNON, NICHOLAS LYNCH, ANDY G FORSHEW, TIM BARBERA, MARIAGNESE MURTAZA, MUHAMMED ONG, CHIN-ANN J LAO-SIRIEIX, PIERRE DUNNING, MARK J SMITH, LAURA SMITH, MIKE L ANDERSON, CHARLOTTE L CARVALHO, BENILTON O'DONOVAN, MARIA UNDERWOOD, TIMOTHY J MAY, ANDREW P GREHAN, NICOLA HARDWICK, RICHARD DAVIES, JIM OLOUMI, ARUSHA APARICIO, SAM CALDAS, CARLOS ELDRIDGE, MATTHEW D EDWARDS, PAUL A W , et al.ROSENFELD, NITZAN TAVARÉ, SIMON FITZGERALD, REBECCA C HAYES, STEPHEN J YENG, ANG LYDON, ANNE-MARIE DHARMAPRASAD, SONEY GREER, SANDRA PRESTON, SHAUN OAKES, SARAH SAVE, VICKI PATERSON-BROWN, SIMON TUCKER, OLGA ALDERSON, DEREK TANIERE, PHILIPPE KELLY, JAMIE BYRNE, JAMES SHARLAND, DONNA HOLLING, NINA BOULTER, LISA NOBLE, FERGUS STACEY, BERNARD CRICHTON, CHARLES BARR, HUGH SHEPHERD, NEIL ALMOND, L MAX OLD, OLIVER LAGERGREN, JESPER GOSSAGE, JAMES DAVIES, ANDREW MASON, ROBERT CHANG, FUJU ZYLSTRA, JANINE SANDERS, GRANT WHEATLEY, TIM BERRISFORD, RICHARD BRACEY, TIM HARDEN, CATHERINE BUNTING, DAVID ROQUES, TOM NOBES, JENNY LOO, SUAT LEWIS, MIKE CHEONG, ED PRIEST, OLIVER PARSONS, SIMON L SOOMRO, IRSHAD KAYE, PHILIP SAUNDERS, JOHN PANG, VINCENT WELCH, NEIL T CATTON, JAMES A DUFFY, JOHN P RAGUNATH, KRISH LOVAT, LAURENCE HAIDRY, REHAN MIAH, HAROON KERR, SARAH ENEH, VICTOR BUTAWAN, ROMMEL IGALI, LASZLO FORD, HUGO GILLIGAN, DAVID SAFRANEK, PETER HINDMARSH, ANDY SUDJENDRAN, VIJAYENDRAN METZ, ANDY CARROLL, NICK SCOTT, MICHAEL CLUROE, ALISON MIREMADI, AHMAD MAHLER-ARAUJO, BETANIA KNIGHT, OLGA NUTZINGER, BARBARA PETERS, CHRIS ABDULLAHI, ZARAH DEBRIRAM-BEECHAM, IRENE MALHOTRA, SHALINI CRAWTE, JASON MACRAE, SHONA NOORANI, AYESHA ELLIOTT, RACHAEL FELS LI, XIAODUN BOWER, LAWRENCE ACHILLEOS, ACHILLEAS BORNSCHEIN, JAN ZEKI, SEBASTIAN CHETTOUH, HAMZA SECRIER, MARIA DE SILVA, NADEERA GREGSON, ELEANOR YANG, TSUN-PO O'NEIL, J ROBERT ; Ordering of mutations in preinvasive disease stages of esophageal carcinogenesis. Nature Genetics (Print), v. 46, p. 837-843, 2014.

10.
26OPDAHL, ANDERS2014OPDAHL, ANDERS ; AMBALE VENKATESH, BHARATH ; FERNANDES, VERONICA R.S. ; WU, COLIN O. ; Nasir, Khurram ; CHOI, EUI-YOUNG ; ALMEIDA, ANDRE L.C. ; Rosen, Boaz ; CARVALHO, BENILTON ; Edvardsen, Thor ; Bluemke, David A. ; Lima, João A.C. . Resting Heart Rate as Predictor for Left Ventricular Dysfunction and Heart Failure. Journal of the American College of Cardiology (Print), v. 63, p. 1182-1189, 2014.

11.
27OPDAHL, ANDERS2014OPDAHL, ANDERS ; AMBALE VENKATESH, BHARATH ; FERNANDES, VERONICA R.S. ; WU, COLIN O. ; Nasir, Khurram ; CHOI, EUI-YOUNG ; ALMEIDA, ANDRE L.C. ; Rosen, Boaz ; CARVALHO, BENILTON ; Edvardsen, Thor ; Bluemke, David A. ; Lima, João A.C. . Reply. Journal of the American College of Cardiology (Print), v. 64, p. 422, 2014.

12.
22CARVALHO, B. S.2013 CARVALHO, B. S. ; RUSTICI, G. . The challenges of delivering bioinformatics training in the analysis of high-throughput data. Briefings in Bioinformatics, v. 14, p. 538-547, 2013.

13.
7SCHARPF, R. B.2011SCHARPF, R. B. ; IRIZARRY, R. A. ; RITCHIE, M. E. ; CARVALHO, BS ; Ingo Ruczinski . Using the R Package crlmm for Genotyping and Copy Number Estimation. Journal of Statistical Software, v. 40, p. 1-32, 2011.

14.
6Halper-Stromberg, E.2011Halper-Stromberg, E. ; Frelin, L. ; Ruczinski, I. ; Scharpf, R. ; Jie, C. ; CARVALHO, B. ; Hao, H. ; Hetrick, K. ; Jedlicka, A. ; Dziedzic, A. ; Doheny, K. ; Scott, A. F. ; Baylin, S. ; Pevsner, J. ; Spencer, F. ; IRIZARRY, R. A. . Performance assessment of copy number microarray platforms using a spike-in experiment. Bioinformatics (Oxford. Print), v. 27, p. 1052-1060, 2011.

15.
5Ritchie, Matthew E2011Ritchie, Matthew E ; Liu, Ruijie ; CARVALHO, BENILTON S ; Irizarry, Rafael A . Comparing genotyping algorithms for Illumina's Infinium whole-genome SNP BeadChips. BMC Bioinformatics, v. 12, p. 68, 2011.

16.
3Yegnasubramanian, Srinivasan2011Yegnasubramanian, Srinivasan ; Wu, Zhijin ; Haffner, Michael C ; Esopi, David ; Aryee, Martin J ; Badrinath, Raghav ; He, Tony L ; Morgan, James D ; CARVALHO, BENILTON ; Zheng, Qizhi ; De Marzo, Angelo M ; Irizarry, Rafael A ; Nelson, William G . Chromosome-wide mapping of DNA methylation patterns in normal and malignant prostate cells reveals pervasive methylation of gene-associated and conserved intergenic sequences. BMC Genomics, v. 12, p. 313, 2011.

17.
8CARVALHO, B. S.2010 CARVALHO, B. S. ; IRIZARRY, R. A. . A framework for oligonucleotide microarray preprocessing. Bioinformatics (Oxford. Print), v. 26, p. 2363-2367, 2010.

18.
9SCHARPF, R. B.2010SCHARPF, R. B. ; Ruczinski, I. ; CARVALHO, B. ; Doan, B. ; Chakravarti, A. ; IRIZARRY, R. A. . A multilevel model to address batch effects in copy number estimation using SNP arrays. Biostatistics (Oxford. Print), v. 12, p. 33-50, 2010.

19.
10CARVALHO, B. S.2010 CARVALHO, B. S. ; Louis, T. A. ; IRIZARRY, R. A. . Quantifying uncertainty in genotype calls. Bioinformatics (Oxford. Print), v. 26, p. 242-249, 2010.

20.
11RITCHIE, M. E.2009RITCHIE, M. E. ; CARVALHO, B. S. ; Hetrick, K. N. ; Tavare, S. ; IRIZARRY, R. A. . R/Bioconductor software for Illumina's Infinium whole-genome genotyping BeadChips. Bioinformatics (Oxford. Print), v. 25, p. 2621-2623, 2009.

21.
12IRIZARRY, R. A.2008IRIZARRY, R. A. ; Ladd-Acosta, C. ; CARVALHO, B. ; Wu, H. ; Brandenburg, S. A. ; Jeddeloh, J. A. ; Wen, B. ; Feinberg, A. P. . Comprehensive high-throughput arrays for relative methylation (CHARM). Genome Research, v. 18, p. 780-790, 2008.

22.
15Lin, Shin2008Lin, Shin ; CARVALHO, BENILTON ; Cutler, David J ; Arking, Dan E ; Chakravarti, Aravinda ; Irizarry, Rafael A . Validation and extension of an empirical Bayes method for SNP calling on Affymetrix microarrays. GenomeBiology.com (London. Print), v. 9, p. R63, 2008.

23.
14Tuefferd, Marianne2008Tuefferd, Marianne ; De Bondt, An ; Van Den Wyngaert, Ilse ; Talloen, Willem ; Verbeke, Tobias ; CARVALHO, BENILTON ; Clevert, Djork-Arne ; Alifano, Marco ; Raghavan, Nandini ; Amaratunga, Dhammika ; Göhlmann, Hinrich ; Broët, Philippe ; Camilleri-Broët, Sophie . Genome-wide copy number alterations detection in fresh frozen and matched FFPE samples using SNP 6.0 arrays. Genes Chromosomes & Cancer (Print), v. 47, p. 957-964, 2008.

24.
13Wang, Wenyi2008Wang, Wenyi ; CARVALHO, BENILTON ; Miller, Nathaniel D. ; Pevsner, Jonathan ; Chakravarti, Aravinda ; Irizarry, Rafael A. . Estimating Genome-Wide Copy Number Using Allele-Specific Mixture Models. Journal of Computational Biology, v. 15, p. 857-866, 2008.

25.
24Fernandes, Verônica Rolim2007Fernandes, Verônica Rolim ; Edvardsen, Thor ; Rosen, Boaz ; CARVALHO, BENILTON ; Campos, Orlando ; Cordeiro, Marco ; Kronmal, Richard ; Bluemke, David ; Lima, João . The Influence of Left Ventricular Size and Global Function on Regional Myocardial Contraction and Relaxation in an Adult Population Free of Cardiovascular Disease: A Tagged CMR Study of the MESA Cohort. Journal of Cardiovascular Magnetic Resonance, v. 9, p. 921-930, 2007.

26.
23Fernandes, V. R. S.2007Fernandes, V. R. S. ; Polak, J. F. ; Cheng, S. ; Rosen, B. D. ; CARVALHO, B. ; Nasir, K. ; McClelland, R. ; Hundley, G. ; Pearson, G. ; O&apos ; Bluemke, D. A. ; Lima, J. A.C. . Arterial Stiffness Is Associated With Regional Ventricular Systolic and Diastolic Dysfunction: The Multi-Ethnic Study of Atherosclerosis. Arteriosclerosis, Thrombosis, and Vascular Biology, v. 28, p. 194-201, 2007.

27.
29Dachs, J. Norberto W.2007Dachs, J. Norberto W. ; Pedrosa, Renato H. L. ; CARVALHO, BENILTON S. ; Maia, Rafael P. ; Andrade, Cibele Y. . Academic Performance, Students' Background and Affirmative Action at a Brazilian University. Higher Education Management and Policy (Print), v. 19, p. 1-20, 2007.

28.
16CARVALHO, B.2006CARVALHO, B. ; CARVALHO, B ; Bengtsson, H ; Speed, TP ; Irizarry, RA ; Bengtsson, H. ; IRIZARRY, R. A. ; Speed, T. P. . Exploration, normalization, and genotype calls of high-density oligonucleotide SNP array data. Biostatistics (Oxford. Print), v. 8, p. 485-499, 2006.

29.
25Fernandes, Verônica R.S.2006Fernandes, Verônica R.S. ; Polak, Joseph F. ; Edvardsen, Thor ; CARVALHO, BENILTON ; Gomes, Antoinette ; Bluemke, David A. ; Nasir, Khurram ; O Leary, Daniel H. ; Lima, João A.C. . Subclinical Atherosclerosis and Incipient Regional Myocardial Dysfunction in Asymptomatic Individuals. Journal of the American College of Cardiology (Print), v. 47, p. 2420-2428, 2006.

Capítulos de livros publicados
1.
CARVALHO, BS . Working with Oligonucleotide Arrays. In: Ewy Mathé; Sean Davis. (Org.). Working with Oligonucleotide Arrays. 1ed.: Springer, 2016, v. , p. 7-.

2.
CARVALHO, BENILTON S ; ARBEX, Wagner . Desafios e perspectivas em bioinformática. TACG - Talking about computing and genomics: modelos e métodos computacionais em bioinformática.. 1ed.: , 2014, v. 1, p. 19-40.

3.
Wang, W ; CARVALHO, B ; Miller, N ; Chakravarti, A ; Irizarry, RA . Estimating Genome-Wide Copy Number Using Allele Specific Mixture Models. Lecture Notes in Computer Science - Research in Computational Molecular Biology. 1ed.: Springer Berlin / Heidelberg, 2007, v. 4453, p. 137-150.

Trabalhos completos publicados em anais de congressos
1.
CARVALHO, B. S.; PINHEIRO, H. P. . Estudo de Modelos de Regressão para Análise de Dados em Genética. In: Simpósio Nacional de Probabilidade e Estatística, 2000, Caxambu. 14o. SINAPE, 2000. v. 1. p. 153-153.

Resumos publicados em anais de congressos
1.
CARVALHO, B. S.; PINHEIRO, H. P. . Estudo de Modelos de Regressão para Análise de Dados em Genética (Pôster). In: Reunião Regional da ABE, 2002, Curitiba - PR, 2002.

Artigos aceitos para publicação
1.
SOUZA, W. ; CARVALHO, B. S. ; CENDES, I. T. L. . Rqc: a Bioconductor package for quality control of high-throughput sequencing data. Journal of Statistical Software, 2018.

Apresentações de Trabalho
1.
CARVALHO, BS . Uma visão da investigação multimodal da epileptogênese na Unicamp. 2014. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

2.
CARVALHO, BS . Statistical Modelling of RNA-Seq Data on the Multimodal Investigation of Epileptogenesis.. 2014. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

3.
CARVALHO, BS . Multimodal Investigation of Epileptogenesis: An ?omics Perspective. 2014. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

4.
CARVALHO, BS . The Laboratory of Computational Biology and Bioinformatics and the Brazilian Institute of Neuroscience and Neutechnology. 2014. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

5.
CARVALHO, BS . A Pesquisa nas Diferentes Áreas da Genética: Desafios da Bioinformática. 2013. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

6.
CARVALHO, BS . Current Statistical Strategies for RNA-Seq Data Modelling. 2013. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

7.
CARVALHO, BS . RNA-Sequencing applied on models of epilepsy and its clinical consequences. 2013. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

8.
CARVALHO, BS . Quebrando paradigmas na era da informação: Multidisciplinaridade e Medicina Personalizada. 2013. (Apresentação de Trabalho/Comunicação).

9.
CARVALHO, BS . -omics: atualidades e multidisciplinaridade. 2013. (Apresentação de Trabalho/Comunicação).


Produção técnica
Assessoria e consultoria
1.
CARVALHO, B. S. ; IRIZARRY, R. A. . Software for probe-level analysis of oligonucleotide microarrays. 2004.

Programas de computador sem registro
1.
CARVALHO, B. S. ; SCHARPF, R. B. ; RITCHIE, M. E. ; IRIZARRY, R. A. . crlmm. 2009.

2.
CARVALHO, B ; Scharpf, R . oligoClasses. 2007.

3.
CARVALHO, B. S. ; IRIZARRY, R. A. . oligo. 2005.

4.
CARVALHO, B. S. . pdInfoBuilder. 2005.

5.
CARVALHO, B ; Irizarry, RA . oligo. 2004.

6.
CARVALHO, B ; Irizarry, RA . makePlatformDesign. 2004.

Trabalhos técnicos
1.
CARVALHO, B. S. ; PINHEIRO, H. P. ; Andrade, Mariza . Frailty models with applications in linkage analysis. 2006.

Entrevistas, mesas redondas, programas e comentários na mídia
1.
CARVALHO, BS . Placebos: Reação Genética. 2015. (Programa de rádio ou TV/Entrevista).

2.
CARVALHO, BS . Os Avanços da Bioinformática e da Genética para o Diagnóstico e Tratamento de Doenças. 2015. (Programa de rádio ou TV/Entrevista).

3.
CENDES, I. T. L. ; SILVA JUNIOR, W. A. ; CARVALHO, BS . Brazilian Initiative on Precision Medicine. 2015. (Programa de rádio ou TV/Entrevista).

Redes sociais, websites e blogs
1.
JUSTINIANO, P. ; ZEVIANI, W. ; CARVALHO, B. S. ; MACHADO, F. . Moderador - R-br: a lista Brasileira oficial de discussão do programa R. 2011; Tema: Linguagem R. (Fórum).


Demais tipos de produção técnica
1.
BARBOSA-MORAIS, N. L. ; SANTIAGO, I. ; CARVALHO B . Bioinformatics. 2016. (Curso de curta duração ministrado/Outra).

2.
CARVALHO B . Análises transcriptômicas e biologia de sistemas - avançado. 2015. .

3.
CARVALHO, BS . Practical Workshop on High-Throughput Sequencing Data Analysis. 2014. .

4.
CARVALHO, BS . Bioinformática: Análise de Dados de RNA-Seq via Bioconductor.. 2014. .

5.
CARVALHO, BS . Introduction to Computational Biology and Bioinformatics: RNA-Seq on Neurogenetics Data. 2014. .

6.
CARVALHO, BS . Analysis of RNA-Seq Data Using BioConductor. 2014. .

7.
CARVALHO, BS . Practical Workshop on High-Throughput Sequencing Data Analysis. 2013. .

8.
CARVALHO, BS . RNA-Seq Analysis Using BioConductor. 2013. .

9.
CARVALHO, BS . RNA-Seq Data Analysis. Advanced School in Functional Genomics. 2013. .

10.
Roslin Russell ; Oscar Rueda ; CARVALHO, B. S. ; Suraj Menon ; Mark Dunning . Microarray Data Analysis Using R and BioConductor. 2012. .

11.
CARVALHO, B. S. ; Bori Gerle ; Angela Gonçalves ; Ernest Turro ; Mar Gonzalez-Porta ; HARDCASTLE, T. J. ; Gabriella Rustici ; Rory Stark ; Kathi Zarnack . Advanced RNA-Seq and ChiP-Seq Data Analysis. 2012. .

12.
CARVALHO, BENILTON . The oligo package and microarray data preprocessing. 2012. .

13.
Roslin Russell ; Oscar Rueda ; CARVALHO, B. S. ; Suraj Menon ; Mark Dunning . Microarray Data Analysis Using R and BioConductor. 2012. .

14.
Nicolas Delhomme ; Martin Morgan ; Bori Gerle ; CARVALHO, B. S. ; Wolfgang Huber ; John Marioni . Analysis of High-Throughput Sequencing Data. 2012. .

15.
Roslin Russell ; Oscar Rueda ; CARVALHO, B. S. ; Suraj Menon ; Mark Dunning . Microarray Data Analysis Using R and BioConductor. 2011. .

16.
CARVALHO, B. S. ; Oscar Rueda . Microarray Data Analysis Using R and BioConductor. 2011. .

17.
Roslin Russell ; Oscar Rueda ; CARVALHO, B. S. ; Suraj Menon ; Mark Dunning . Microarray Data Analysis Using R and BioConductor. 2011. .

18.
Marco Chierici ; Marco Roncador ; Nicolas Delhomme ; Kathi Zarnack ; Borbala Gerle ; CARVALHO, B. S. ; Wolfgang Huber ; John Marioni . Analysis of High-Throughput Sequencing Data. 2011. .

19.
Roslin Russell ; Oscar Rueda ; CARVALHO, B. S. ; Suraj Menon ; Mark Dunning . Microarray Data Analysis Using R and BioConductor. 2010. .

20.
CARVALHO, B. S. ; Oscar Rueda . Microarray Data Analysis Using R and BioConductor. 2010. .

21.
CARVALHO, B. S. ; Angela Gonçalves ; Heidi Peterson ; Jonh Quackenbush ; Oscar Rueda ; Roslin Russell ; Gabriella Rustici . Analysis and Informatics of Transcriptomics Data. 2010. .

22.
CARVALHO, B. S. . Análise de Microarranjos Empregando Ferramentas do Projeto Bioconductor. 2009. .

23.
CARVALHO, B. S. . Análise de Microarranjos Empregando Ferramentas do Projeto Bioconductor. 2008. .

24.
CARVALHO, B. S. . Genotyping and Copy Number Analysis. 2008. .

25.
CARVALHO, BENILTON S . Análise de Microarranjos Empregando Ferramentas do Projeto Bioconductor. 2008. (Desenvolvimento de material didático ou instrucional - Livro para minicurso em conferência: SINAPE 2008).

26.
CARVALHO, B. S. . The oligo BioConductor package. 2007. .

27.
CARVALHO, B. S. . Analysis of Affymetrix and Nimblegen Data Using the oligo Package. 2007. .

28.
CARVALHO, B. S. . Advances in Microarray Probe-Level Software. 2006. .

29.
CARVALHO, B. S. . Introduction to BioConductor. 2006. .

30.
CARVALHO, B. S.; PINHEIRO, H. P. . Estudo de Modelos de Regressão para Análise de Dados em Genética. 1999. (Iniciação Científica).



Bancas



Participação em bancas de trabalhos de conclusão
Mestrado
1.
CARVALHO, BENILTON S. Participação em banca de Luís Augusto Eijy Nagai. Identificação de genes relacionados à qualidade da carne de bovinos das raças Angus e Nelore por análise da expressão diferencial. 2015. Dissertação (Mestrado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Campinas.

2.
CARVALHO, BENILTON S. Participação em banca de GIOVANNI MARQUES DE CASTRO. Identificação das quasispécies de Papaya ringspot virus em uma biblioteca de cDNA de Fevillea cordifolia. 2015. Dissertação (Mestrado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Campinas.

Teses de doutorado
1.
CARVALHO, BENILTON S. Participação em banca de Joaquim Manoel da Silva. DESENVOLVIMENTO DE METODOLOGIAS PARA PROSPECÇÃO E IMPUTAÇÃO DE MARCADORES SNP A PARTIR DE DADOS DE RESEQUENCIAMENTO DE GENOMAS COMPLEXOS. 2015. Tese (Doutorado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Campinas.

2.
CARVALHO, BENILTON S. Participação em banca de Mariana Lima Boroni Martins. O spliced leader transsplicing no parasito Schistosoma mansoni. 2014. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais.

3.
CARVALHO, BENILTON S. Participação em banca de Otávio José Bernardes Brustolini. Differential gene expression by RNA sequencing analysis and development of software for integrating different DGE methods to analyze the pre-activation of the immune receptor NIK in transgenic tomato. 2014. Tese (Doutorado em Bioquimica Agricola) - Universidade Federal de Viçosa.

Qualificações de Doutorado
1.
CARVALHO, BENILTON S. Participação em banca de Guilherme de Toledo e Silva. Estudos genético-moleculares em Panicum maximum: mapeamento genético molecular e análise de transcriptoma via RNA-seq. 2013. Exame de qualificação (Doutorando em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Campinas.

Qualificações de Mestrado
1.
CARVALHO, BENILTON S. Participação em banca de Luís Augusto Eijy Nagai. Identificação de genes relacionados à qualidade da carne de bovinos das raças Angus e Nelore por análise da expressão diferencial. 2014. Exame de qualificação (Mestrando em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Campinas.

2.
CARVALHO, BENILTON S. Participação em banca de GIOVANNI MARQUES DE CASTRO. Identificação das quasispécies de Papaya ringspot virus em uma biblioteca de cDNA de Fevillea cordifolia. 2014. Exame de qualificação (Mestrando em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Campinas.




Eventos



Participação em eventos, congressos, exposições e feiras
1.
1st BRAINN Congress. The Laboratory of Computational Biology and Bioinformatics and the Brazilian Institute of Neuroscience and Neutechnology (BRAINN). 2014. (Congresso).

2.
GenoFuture Brasil.Uma visão da investigação multimodal da epileptogênese na Unicamp. 2014. (Encontro).

3.
International Biometrics Conference. Multimodal Investigation of Epileptogenesis: an -omics perspective. 2014. (Congresso).

4.
Seminários: IB/UFMG.Multimodal Investigation of Epileptogenesis: An ?omics Perspective. 2014. (Seminário).

5.
The American Society of Human Genetics Meeting 2014. Developing a new approach to transcriptomic characterization of mesial temporal lobe epilepsy models through next-generation sequencing. 2014. (Congresso).

6.
Workshop in Cancer Epigenomics.Statistical Modelling of RNA-Seq Data on the Multimodal Investigation of Epileptogenesis. 2014. (Oficina).

7.
59o Congresso Brasileiro de Genética. Current Statistical Strategies for RNA-Seq Data Modelling. 2013. (Congresso).

8.
Advanced School in Functional Genomics.RNA-Sequencing applied on models of epilepsy and its clinical consequences. 2013. (Oficina).

9.
Workshop do Programa de Pós-Graduação em Genética da FMRP-USP.A Pesquisa nas Diferentes Áreas da Genética: Desafios da Bioinformática. 2013. (Seminário).

10.
Medical Research Council Seminars.On the exploration of Affymetrix ligation-based SNP assays. 2012. (Seminário).

11.
Affymetrix European Workshop.Analysis of WT arrays with BioConductor: the past, present and future. 2011. (Encontro).

12.
BioConductor Developer Meeting.Handling Large Datasets in R. 2011. (Encontro).

13.
CSI Special One-Day Meeting.On the exploration of Affymetrix ligation-based SNP assays. 2011. (Encontro).

14.
Statistical Challenges and Biomedical Applications of Deep Sequencing Data. 2011. (Oficina).

15.
International Biometric Conference. Processing and analysis of genomic array data. 2010. (Congresso).

16.
Seminários - Instituto Gulbenkian de Ciência.Improvements on preprocessing of massive microarray datasets. 2010. (Encontro).

17.
BioConductor Developer Workshop.Working with Large Datasets: Affymetrix SNP 6.0 Array. 2008. (Oficina).

18.
Bioinformatics Day - Johnson & Johnson.Preprocessing SNP Chips. 2008. (Encontro).

19.
Bioinformatics Day - Merck Serono.The oligo R/BioConductor package. 2008. (Encontro).

20.
International Biometric Conference. Genotype Calls and Copy Number Analysis with the oligo Package. 2008. (Congresso).

21.
APHA. Preprocessing and Genotype Calling Using SNP Chips. 2007. (Congresso).

22.
BioConductor Meeting.Analysis of Affymetrix and Nimblegen Data Using the oligo Package. 2007. (Encontro).

23.
ENAR. Preprocessing SNP Arrays and Making Genotype Calls via CRLMM. 2007. (Congresso).

24.
Expressionists.Genotuping SNPs, Improving Calls - Thousands at a time. 2007. (Seminário).

25.
Integrative Statistical Analysis of Genome Scale Data.SNP Chips and the oligo package. 2007. (Oficina).

26.
RECOMB. Validation of a Novel Empirical Bayes Method for SNP Calling on Arrays. 2007. (Congresso).

27.
RECOMB. Estimating Genomewide Copy Number using Allele Specific Mixture Models. 2007. (Congresso).

28.
BioConductor Meeting.Advancing in Feature-Level Analyses for Microarray Data. 2006. (Encontro).

29.
Short Course on Complex Trait Analysis - Jackson Labs.Introduction to BioConductor. 2006. (Outra).

30.
BioConductor Meeting. 2005. (Encontro).

31.
Workshop on Statistics on Genomics and Proteomics.New Softwares for Probe-Level Data Analysis. 2005. (Oficina).

32.
Simpósio Nacional de Probabilidade e Estatística.Modelos de Fragilidade Aplicados a Análise de Ligação. 2004. (Simpósio).

33.
Reunião Regional da ABE.Estudo de Modelos de Regressão Aplicados a Dados de Genética. 2002. (Encontro).

34.
Simpósio Nacional de Probabilidade e Estatística.Extensões de Modelos de Regressão Aplicados a Análise de Dados de Genética. 2002. (Simpósio).

35.
Escola de Modelos de Regressão. 2001. (Congresso).

36.
Simpósio Nacional de Probabilidade e Estatística.Estudo de Modelos de Regressão Aplicados a Análise de Dados de Genética. 2000. (Simpósio).

37.
ENESTE. 1999. (Encontro).

38.
Escola de Modelos de Regressão. Modelos de Regressão Aplicados a Dados de Genética. 1999. (Congresso).



Orientações



Orientações e supervisões concluídas
Orientações de outra natureza
1.
Hend Nashaat. Comparison of different technologies for copy number calling. 2012. Orientação de outra natureza - Cancer Research UK. Orientador: Benilton de Sa Carvalho.

2.
Gustavo J Lourenço. Identificação de genes de susceptibilidade herdada para o carcinoma de células escamosas de base de língua por genotipagem em larga escala. 2011. Orientação de outra natureza - University of Cambridge. Orientador: Benilton de Sa Carvalho.



Educação e Popularização de C & T



Desenvolvimento de material didático ou instrucional
1.
CARVALHO, BENILTON S . Análise de Microarranjos Empregando Ferramentas do Projeto Bioconductor. 2008. (Desenvolvimento de material didático ou instrucional - Livro para minicurso em conferência: SINAPE 2008).




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