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SciELO - artigos em texto completo

Renato Vicentini dos Santos

Renato Vicentini possui doutorado em Genética e Biologia Molecular pela Universidade Estadual de Campinas, e graduacao em Engenharia de Computação. Publicou 23 artigos em periódicos especializados, 2 capitulos em livros e mais de 60 trabalhos em anais de eventos. É pesquisador da Universidade Estadual de Campinas, onde coordena o Laboratório de Bionformática e Biologia de Sistemas. Participa de diversos projetos de pesquisa e orienta alunos de pós-graduação, assim como é revisor de revistas cientificas internacionais. Atua na área de genética e biologia molecular, com ênfase em bioinformática e biologia de sistemas. Em suas atividades profissionais interagiu com diversos colaboradores em autoria e co-autorias de trabalhos científicos.
(Texto informado pelo autor)

Última atualização do currículo em 12/12/2011
Endereço para acessar este CV:
http://lattes.cnpq.br/6613941431352859
Dados pessoais
NomeRenato Vicentini dos Santos
Nome em citações bibliográficasVICENTINI, R.;VICENTINI, R;Vicentini dos Santos, Renato;DOS SANTOS, RENATO VICENTINI;Vicentini, Renato
SexoMasculino
Endereço profissionalUniversidade Estadual de Campinas, Centro de Biologia Molecular e Engenharia Genética - CBMEG.
Av Candido Rondon, 400
Cidade Universitária
13083-875 - Campinas, SP - Brasil - Caixa-Postal: 6010
Telefone: (19) 35211101
URL da Homepage: http://sysbiol.cbmeg.unicamp.br

Formação acadêmica/Titulação
2005 - 2008Doutorado em Genética e Biologia Molecular .
Universidade Estadual de Campinas, UNICAMP, Brasil.
Título: Localização subcelular de proteínas de cana-de-açúcar (Saccharum spp.): caracterização in silico, avaliação funcional e possíveis aplicações biotecnológicas, Ano de Obtenção: 2008.
Orientador: Marcelo Menossi Teixeira.
Bolsista do(a): Instituto Uniemp .
Palavras-chave: localização subcelular; bioinformática; orfeoma; cana-de-açúcar.
1998 - 2004Graduação em Engenharia de Computação .
Universidade São Francisco.

Atuação profissional
Instituto Nacional de Pesquisas da Amazônia, INPA, Brasil.
Vínculo institucional
2010 - 2010 Vínculo: Professor vistante, Enquadramento Funcional: Pesquisador
Atividades
10/2010 - 11/2010Ensino, Genética, Conservação e Biologia Evolutiva, Nível: Pós-Graduação.
Disciplinas ministradas
Bioinformática
Universidade Estadual de Campinas, UNICAMP, Brasil.
Vínculo institucional
2010 - Atual Vínculo: Pesquisador, Enquadramento Funcional: Pesquisador, Regime: Dedicação exclusiva.
Vínculo institucional
2010 - Atual Vínculo: Professor vistante, Enquadramento Funcional: Pesquisador
Atividades
06/2009 - AtualEnsino, Genética e Biologia Molecular, Nível: Pós-Graduação.
Disciplinas ministradas
Princípios da Biologia de Sistemas
2009 - 2014Atividades de Participação em Projeto, Instituto de Biologia, .
Projetos de pesquisa
Control of lignin biosynthesis in sugar cane: many gaps still to be filled
2009 - 2013Atividades de Participação em Projeto, Centro de Biologia Molecular e Engenharia Genética - CBMEG, .
Projetos de pesquisa
Sugarcane Energetic Balance: A Systems Approach Towards Understanding Regulation Of Sucrose Metabolism and Sugar Signaling
2010 - 2012Atividades de Participação em Projeto, Centro de Biologia Molecular e Engenharia Genética - CBMEG, .
Projetos de pesquisa
Desenvolvimento radicular vegetal: controles genéticos, epigenéticos e respostas ambientais
08/2011 - 12/2011Ensino, Ciências Biológicas, Nível: Graduação.
Disciplinas ministradas
Fundamentos em Bioinformática
2011 - 2011Atividades de Participação em Projeto, Centro de Biologia Molecular e Engenharia Genética - CBMEG, .
Projetos de pesquisa
iGEM - Stress Wars
3/2010 - 7/2010Ensino, Programa de Pós Graduação em Genética e Biologia Molecular, Nível: Pós-Graduação.
Disciplinas ministradas
Princípios da Biologia de Sistemas
Centro de Biologia Molecular e Engenharia Genética Unicamp, CBMEG, Brasil.
Vínculo institucional
2002 - 2008 Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Bolsista, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.
Vínculo institucional
2000 - 2002 Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Bolsista, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.
Atividades
3/2006 - 8/2008Atividades de Participação em Projeto, Laboratório de Genoma Funcional, .
Projetos de pesquisa
Localização subcelular de proteínas de cana-de-açúcar (Saccharum spp.): caracterização in silico e avaliação funcional em larga escala
7/2004 - 06/2007Atividades de Participação em Projeto, Laboratório de Genoma Funcional, Bioinformática.
Projetos de pesquisa
Genoma funcional da cana-de-açúcar - SUCEST-fun
12/2003 - 06/2007Atividades de Participação em Projeto, Laboratório de Genoma Funcional, Bioinformática.
Projetos de pesquisa
Genoma funcional do eucalipto - Forests
12/2002 - 06/2007Pesquisa e desenvolvimento , Laboratório de Genoma Funcional, Bioinformática.
Linhas de pesquisa
Desenvolvimento de métodos de Bioinformática para análises de dados de expressão diferencial
Análise de expressão gênica in silico
Montagem de banco de dados de expressão in silico de genes de eucalipo
8/2000 - 4/2002Pesquisa e desenvolvimento , Laboratório de Genoma, Bioinformática.
Linhas de pesquisa
Bioinformática e Biologia de Sistemas aplicada a projetos genomas
Modelagem de dados relacionais em projetos transcriptomas e microtranscriptomas
8/2000 - 4/2002Atividades de Participação em Projeto, Laboratório de Genoma, Bioinformática.
Projetos de pesquisa
Projeto genoma da cana-de-açúcar - SUCEST
Projeto genoma do eucalipto - Forests
Projeto genoma de endosperma de milho - MAIZEST
CTC - Centro de Tecnologia Canavieira, CTC, Brasil.
Vínculo institucional
2007 - 2009 Vínculo: Celetista, Enquadramento Funcional: CLT, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.
Atividades
2008 - 2010Atividades de Participação em Projeto, Copersucar - Filial.
Projetos de pesquisa
Identification of differentially expressed transcripts from sugarcane in response to drought stress
Alellyx Applied Genomics, ALELLYX, Brasil.
Vínculo institucional
2002 - 2002 Vínculo: Celetista, Enquadramento Funcional: , Carga horária: 0, Regime: Dedicação exclusiva.
Atividades
5/2002 - 11/2002Pesquisa e desenvolvimento , Bioinfomática, .
Linhas de pesquisa
Pesquisa e desenvolvimento em bioinformática
5/2002 - 11/2002Atividades de Participação em Projeto, .
Projetos de pesquisa
Bioinformática aplicada a genômica de produtos agro-industriais

Linhas de Pesquisa
1. Pesquisa e desenvolvimento em bioinformática
2. Desenvolvimento de métodos de Bioinformática para análises de dados de expressão diferencial
3. Análise de expressão gênica in silico
4. Montagem de banco de dados de expressão in silico de genes de eucalipo
5. Bioinformática e Biologia de Sistemas aplicada a projetos genomas
6. Modelagem de dados relacionais em projetos transcriptomas e microtranscriptomas

Projetos de Pesquisa
2011 - 2011iGEM - Stress Wars
Descrição: The human immune system comprises a wide range of cells and mechanisms finely regulated to maintain body's homeostasis against eventual threats. However, pathological conditions, such as stress and autoimmune diseases, can cause imbalances in its action rendering higher susceptibility to potential pathogens. This imbalance is ultimately observed in the biased differentiation of naive T-CD4+ Lymphocytes towards T-lymphocyte "helper" class 1 (Th1), in autoimmune diseases, or 2 (Th2), in stressful condition, favoring cellular or humoral adaptive responses, respectively. This pathological imbalance renders the organism more susceptible to the onset of diseases caused by microorganisms. Thus, a mechanism that counteracts this imbalance is highly desirable. The aim of our project is to use the ability of some microorganisms to sense changes in the host´s body homeostasis, used by them as a signal to trigger expression of virulence factors, to counteract this pathological imbalance. In this sense, the ability of some gut-inhabiting bacteria to sense cathecolamines, which can reach high levels on the gastro-intestinal tract during stress, will be used to trigger the production of IL-12, a potent activator of Th1, to counteract the preferential differentiation towards Th2. On the other hand, the ability to sense Nitric-Oxide (NO), a compound released at higher levels in inflammatory conditions, will be used to trigger the production of IL-10, a cytokine with a potent anti-inflammatory action. To switch between both responses, a mechanism that can break down the opposite signaling molecule on the recognition of the first signal will be developed. The microorganism bearing these devices will thus be able to restore the appropriate balance between Th1 and Th2 cells in the host's organism, thus counteracting harmful outcomes of this condition and, hence, improving human life quality..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação ( 5) / Mestrado acadêmico ( 3) / Doutorado ( 3) .
Integrantes: Renato Vicentini dos Santos - Coordenador.
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2010 - 2012Desenvolvimento radicular vegetal: controles genéticos, epigenéticos e respostas ambientais
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Integrantes: Adriana Silva Hemerly - Coordenador / Renato Vicentini dos Santos - Integrante.
Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro..
2009 - 2014Control of lignin biosynthesis in sugar cane: many gaps still to be filled
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Integrantes: Paulo Mazzafera - Coordenador / Renato Vicentini dos Santos - Integrante.
Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro..
2009 - 2013Sugarcane Energetic Balance: A Systems Approach Towards Understanding Regulation Of Sucrose Metabolism and Sugar Signaling
Descrição: Sugarcane research has identified and characterized a suite of proteins involved in carbon biosynthesis and sugar sensing. However, current results towards understanding sucrose biosynthesis and accumulation have fallen short of expectations. The molecular mechanisms responsible for the cross talk between these different regulatory and signaling pathways and their diversification in plants still need to be further elucidated to better understand plant growth patterns and biomass production. We are only beginning to produce the detailed gene expression data needed for understanding the network of interactions at a molecular level. To address the rate of gene discovery, high-throughput approaches have being developed for biological experimentation and relevant biological questions regarding gene, protein interactions or networks of biological process can now be addressed. Here, we propose to develop a research approach which integrates molecular and systems biology to improve the knowledge about carbohydrates biosynthesis and sugar regulatory signaling in sugarcane. In this research project we will elaborate ways to apply analyses of regulatory network and dynamic metabolic models in molecular and genetic data of sugarcane related with sucrose biosynthesis, and define the diversification of glucose and sucrose-induced gene expression programs among angiosperms. We expected that the models captures the regulation of many sugarcane genetic components and anticipate that the data will improve our view of sugar signaling in plants. Simulations of our models will provide an efficient tool for the identification of candidate to genetic manipulations that have the best chance to promote increase in sucrose content and for the prioritization of future analyzes. The results will be integrated into databases that could feed projects related to biomass and bioenergy research..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Integrantes: Vincentz, Michel - Integrante / Renato Vicentini dos Santos - Coordenador.
Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro..
2008 - 2010Identification of differentially expressed transcripts from sugarcane in response to drought stress
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Integrantes: Juliana de Maria Felix - Integrante / Chabregas S - Integrante / Renato Vicentini dos Santos - Coordenador.
Financiador(es): Financiadora de Estudos e Projetos - Auxílio financeiro..
2006 - 2008Localização subcelular de proteínas de cana-de-açúcar (Saccharum spp.): caracterização in silico e avaliação funcional em larga escala
Descrição: A caracterização funcional dos genes descobertos no projeto EST da cana-de-açúcar é um grande desafio. A identificação da localização subcelular das proteínas contribuiria nesse sentido, pois a localização determina potenciais padrões de interação metabólica. Nosso grupo, em colaboração com outras equipes, identificou genes com expressão associada à síntese e à acumulação de açúcar em folhas e entrenós, e genes que apresentam expressão constitutiva ou tecido preferencial. O principal objetivo deste projeto é ampliar o estudo funcional de genes de cana-de-açúcar através do estabelecimento de uma rotina para a determinação da localização subcelular de suas proteínas. Para tal serão utilizados métodos de bioinformática para predição in silico e experimentos de expressão transiente de proteínas fusionadas com a proteína GFP (green fluorescent protein) em células de cana-de-açúcar ou de cebola. Na visualização da fluorescência da GFP o uso de microscópio confocal será de grande valia. A localização subcelular será correlacionada com diversos dados funcionais, ampliando o conhecimento sobre importantes processos da cana-de-açúcar..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Doutorado ( 1) .
Integrantes: Renato Vicentini dos Santos - Coordenador.
Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
Número de produções C, T & A: 3.
2004 - 2008Genoma funcional da cana-de-açúcar - SUCEST-fun
Descrição: Este projeto tem como objetivo a análise transcriptômica de variedades elite de cana-de-açúcar, plantadas e processadas pela COPERSUCAR em colaboração com a Destilaria Central de Álcool Lucélia LTDA utilizando-se a tecnologia de microarrays e macroarrays de cDNAs. Dada a possibilidade já existente na COPERSUCAR de manipulação de genes por engenharia genética de modo a produzir novas variedades de cana transgênica nas quais uma característica desejada seja introduzida, ou uma característica indesejada seja anulada, o trabalho de pesquisa proposto neste projeto deverá abrir novas fronteiras para o melhoramento da cana na era da genômica. Pretende-se unir esforços entre grupos de pesquisa do sistema universitário público paulista (pesquisadores da USP, UNICAMP e UNESP), fomentados pela FAPESP, e pela iniciativa privada na figura da Central de Alcool Lucélia e COPERSUCAR, para analisar o transcriptoma da cana-de-açúcar como descrito a seguir. O presente estudo pretende revelar um conjunto de genes e dados de suas funções que possa ser usado para a manipulação genética via melhoramento convencional ou engenharia genética permitindo o patenteamento de genes para este fim, a proteção de novas variedades e o aporte de recursos pela venda de licenças..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação ( 0) / Especialização ( 0) / Mestrado acadêmico ( 0) / Mestrado profissionalizante ( 0) / Doutorado ( 0) .
Integrantes: Glaucia Mendes Souza - Coordenador / Eugênio César Ulian - Integrante / Carlos Nomura - Integrante / Renato Vicentini dos Santos - Integrante.
Financiador(es): Cooperativa de Álcool Lucélia - Auxílio financeiro / Cooperativa de Produtores de Cana-de-Açúcar, Açúcar e Álcool de São Paulo - Auxílio financeiro / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro..
2003 - 2007Genoma funcional do eucalipto - Forests
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação ( 0) / Especialização ( 0) / Mestrado acadêmico ( 0) / Mestrado profissionalizante ( 0) / Doutorado ( 0) .
Integrantes: Luis Eduardo Aranha - Coordenador / Renato Vicentini dos Santos - Integrante.
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2002 - 2002Bioinformática aplicada a genômica de produtos agro-industriais
Descrição: .
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação ( 0) / Especialização ( 0) / Mestrado acadêmico ( 0) / Mestrado profissionalizante ( 0) / Doutorado ( 0) .
Integrantes: Paulo Arruda - Coordenador / Renato Vicentini dos Santos - Integrante.
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2000 - 2002Projeto genoma da cana-de-açúcar - SUCEST
Descrição: The main goal of SUCEST is to undertake a large scale EST program by sequencing random clones from cDNA libraries prepared from several sugarcane tissues (calli, root, stalk, etiolated leaves, flowers, developing seed, etc). The aim of the project is to identify around 50,000 sugarcane genes. The project will be considered finished when this goal is reached or when 300,000 reads are deposited. Computational analysis and similarity searches against known sequences deposited in the databases will be performed in order to putatively identify the ESTs. The information provided by SUCEST can be exploited by the research community in studies aimed to use the sugarcane genes as source of markers for agriculturally significant characteristics and also to provide molecular basis for studies of plant growth and development that could be further used to solve questions in plant physiology, biochemistry, cell biology, pathology and ultimately plant breeding. The cDNA clones whose nucleotide sequence has been determined will be used to complement the sugarcane molecular map and fabricate microarrays of immobilized DNAs which will be used to survey expression of each gene in different sugarcane tissues under different environmental conditions..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação ( 0) / Especialização ( 0) / Mestrado acadêmico ( 0) / Mestrado profissionalizante ( 0) / Doutorado ( 0) .
Integrantes: Paulo Arruda - Coordenador / Renato Vicentini dos Santos - Integrante.
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2000 - 2002Projeto genoma do eucalipto - Forests
Descrição: O Projeto Genoma Eucalipto tem por objetivo identificar 15.000 genes através do seqüenciamento de aproximadamente 100.000 ESTs preparadas a partir de bibliotecas de diferentes tecidos, incluindo plântulas, folhas, raízes, caule e madeira. As seqüências de ESTs serão anotadas automaticamente e "clusterizadas" para a identificação dos genes. Utilizando tecnologias de bioinformática o projeto envolve a análise destas seqüências observando a redundância durante o sequenciamento, comparação (BLAST) das seqüências com bancos de dados disponíveis mundialmente e dentro do Programa Genoma/FAPESP e também a "clusterização" das seqüências obtidas por programas especiais de análise de dados como CAP3 e outros..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação ( 0) / Especialização ( 0) / Mestrado acadêmico ( 0) / Mestrado profissionalizante ( 0) / Doutorado ( 0) .
Integrantes: Helaine Carrer - Coordenador / Renato Vicentini dos Santos - Integrante.
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2000 - 2002Projeto genoma de endosperma de milho - MAIZEST
Descrição: The main goals of this project are to discovery and to characterize maize endosperm gene expression..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação ( 0) / Especialização ( 0) / Mestrado acadêmico ( 0) / Mestrado profissionalizante ( 0) / Doutorado ( 0) .
Integrantes: Paulo Arruda - Coordenador / Renato Vicentini dos Santos - Integrante.
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Revisor de periódico
2007 - Atual Periódico: Computer Methods and Programs in Biomedicine
2009 - Atual Periódico: Plant Molecular Biology Reporter
2009 - Atual Periódico: BMC Bioinformatics
2010 - Atual Periódico: Journal of Plant Physiology (Print)
2010 - Atual Periódico: International Journal of Biomedical Science
2011 - Atual Periódico: Acta Amazonica (Impresso)

Áreas de atuação
1. Grande área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Genética Vegetal / Especialidade: Biologia Molecular Vegetal.
2. Grande área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Biologia de Sistemas.
3. Grande área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Genômica / Especialidade: Bioinformática.
4. Grande área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Genômica / Especialidade: Expressão Gênica.
5. Grande área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Genômica / Especialidade: Genômica Funcional.

Idiomas
Inglês Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.
Espanhol Compreende Razoavelmente, Fala Razoavelmente, Lê Razoavelmente, Escreve Razoavelmente.

Prêmios e títulos
2008Young Investigator Award in R&D and innovation for biomass, Biotechnology Symposium on Ethanol and Biodiesel (SIMBIO).


Produção em C,T & A
Produção bibliográfica
Citações
Web of Science
Total de trabalhos16Total de citações75Fator H5
Vicentini R*  Data: 12/12/2011
Artigos completos publicados em periódicos
1. Ferraz, Lúcio F. C. ; Verde, Leandro C. L. ; Vicentini, Renato ; Felício, Ana P. ; Ribeiro, Marcelo L. ; Alexandrino, Fabiana ; Novo, Maria T. M. ; GARCIA, Oswaldo ; Rigden, Daniel J. ; Ottoboni, Laura M. M. . Ferric iron uptake genes are differentially expressed in the presence of copper sulfides in Acidithiobacillus ferrooxidans strain LR. Antonie van Leeuwenhoek (Gedrukt), v. 99, p. 609-617, 2011.
2. Ossa, D.M.H. ; Oliveira, R.R. ; Murakami, M.T. ; VICENTINI, R. ; Costa-Filho, A.J. ; Alexandrino, F. ; Ottoboni, L.M.M. ; Garcia, O. . Expression, purification and spectroscopic analysis of an HdrC: An iron sulfur cluster-containing protein from Acidithiobacillus ferrooxidans. Process Biochemistry (1991), v. 46, p. 1335-1341, 2011.
3. Ribeiro, Daniela A ; Del Bem, Luiz EV ; Vicentini, Renato ; Ferraz, Lúcio FC ; Murakami, Mario T ; Ottoboni, Laura MM . The small heat shock proteins from Acidithiobacillus ferrooxidans: gene expression, phylogenetic analysis and structural modeling. BMC Microbiology (Online), v. 11, p. 259, 2011.
4. Ribeiro, Daniela A. ; Ferraz, Lúcio F. C. ; Vicentini, Renato ; Ottoboni, Laura M. M. . Gene expression modulation by heat stress in Acidithiobacillus ferrooxidans LR. Antonie van Leeuwenhoek (Gedrukt), v. 1, p. 1, 2011.
5. Costa, Gustavo GL ; Cardoso, Kiara C ; Del Bem, Luís EV ; Lima, Aline C ; Cunha, Muciana AS ; de Campos-Leite, Luciana ; Vicentini, Renato ; Papes, Fábio ; Moreira, Raquel C ; Yunes, José A ; Campos, Francisco AP ; Da Silva, Márcio J . Transcriptome analysis of the oil-rich seed of the bioenergy crop Jatropha curcas L. BMC Genomics, v. 11, p. 462, 2010.
6. Reis, Fernanda C. ; Madureira, Danielle J. ; Vicentini, Renato ; Carlos, Camila ; Ferraz, Lúcio F. C. ; GARCIA, Oswaldo ; Ottoboni, Laura M. M. . Transporter protein genes are differentially expressed in Acidithiobacillus ferrooxidans LR maintained in contact with covellite. World Journal of Microbiology & Biotechnology, v. 26, p. 2061-2068, 2010.
7. Zanca, Almir S ; Vicentini, Renato ; Ortiz-Morea, Fausto A ; Del Bem, Luiz EV ; da Silva, Marcio J ; Vincentz, Michel ; Nogueira, Fabio TS . Identification and expression analysis of microRNAs and targets in the biofuel crop sugarcane. BMC Plant Biology (Online), v. 10, p. 260, 2010.
8.   Vicentini, Renato ; MENOSSI, Marcelo . The predicted subcellular localisation of the sugarcane proteome. Functional Plant Biology, v. 36, p. 242, 2009.
9.   Vicentini, Renato ; Maria Felix, Juliana ; Dornelas, Marcelo Carnier ; MENOSSI, Marcelo . Characterization of a sugarcane (Saccharum spp.) gene homolog to the brassinosteroid insensitive1-associated receptor kinase 1 that is associated to sugar content. Plant Cell Reports, v. 28, p. 481-491, 2009.
10. Papini-Terzi, Flavia S ; Rocha, Flavia R ; Vencio, Ricardo ZN ; Felix, Juliana M ; Branco, Diana S ; Waclawovsky, Alessandro J ; Del Bem, Luiz EV ; Lembke, Carolina G ; Costa, Maximiller DL ; Nishiyama, Milton Y ; Vicentini, Renato ; Vincentz, Michel GA ; Ulian, Eugenio C ; MENOSSI, Marcelo ; Souza, Glaucia M . Sugarcane genes associated with sucrose content. BMC Genomics, v. 10, p. 120, 2009.
11. Felix, Juliana ; Papini-Terzi, Flávia Stal ; ROCHA, Flávia Riso ; Vêncio, Ricardo Zorzetto Nicoliello ; Vicentini, Renato ; Nishiyama, Milton Yutaka ; César Ulian, Eugênio ; Souza, Gláucia Mendes ; MENOSSI, Marcelo . Expression Profile of Signal Transduction Components in a Sugarcane Population Segregating for Sugar Content, v. 2, p. 98-109, 2009.
12. KNEGT, F ; MELLO, L ; REIS, F ; SANTOS, M ; VICENTINI, R. ; FERRAZ, L ; OTTOBONI, L . ribB and ribBA genes from Acidithiobacillus ferrooxidans: expression levels under different growth conditions and phylogenetic analysis. Research in Microbiology (Paris), v. 159, p. 423-431, 2008.
13. Corrêa, Luiz Gustavo Guedes ; Riaño-Pachón, Diego Mauricio ; Schrago, Carlos Guerra ; Vicentini dos Santos, Renato ; Mueller-Roeber, Bernd ; Vincentz, Michel ; Shiu, Shin-Han . The Role of bZIP Transcription Factors in Green Plant Evolution: Adaptive Features Emerging from Four Founder Genes, v. 3, p. e2944, 2008.
14.   DE SOUZA, AMANDA PEREIRA ; GASPAR, MARILIA ; DA SILVA, EMERSON ALVES ; ULIAN, EUGNIO CSAR ; WACLAWOVSKY, ALESSANDRO JAQUIEL ; NISHIYAMA JR., MILTON YUTAKA ; DOS SANTOS, RENATO VICENTINI ; TEIXEIRA, MARCELO MENOSSI ; SOUZA, Glaucia Mendes ; BUCKERIDGE, MARCOS SILVEIRA . Elevated CO increases photosynthesis, biomass and productivity, and modifies gene expression in sugarcane. Plant, Cell and Environment, v. 31, p. 1116-1127, 2008.
15. Carlos, Camila ; Reis, Fernanda C. ; Vicentini, Renato ; Madureira, Danielle J. ; Ottoboni, Laura M. M. . The rus Operon Genes Are Differentially Regulated When Acidithiobacillus ferrooxidans LR is Kept in Contact with Metal Sulfides. Current Microbiology, v. 57, p. 375-380, 2008.
16. Schlögl, Paulo Sérgio ; Nogueira, Fábio Tebaldi S. ; Drummond, Rodrigo ; Felix, Juliana M. ; Rosa, Vicente E. ; Vicentini, Renato ; LEITE, Adilson ; Ulian, Eugênio C. ; MENOSSI, Marcelo . Identification of new ABA- and MEJA-activated sugarcane bZIP genes by data mining in the SUCEST database. Plant Cell Reports, v. 27, p. 335-345, 2008.
17.   VICENTINI, R. ; MENOSSI, Marcelo . TISs-ST: a web server to evaluate polymorphic translation initiation sites and their reflections on the secretory targets. BMC Bioinformatics, v. 8, p. 160, 2007.
18. VICENTINI, R. ; MENOSSI, Marcelo . Pipeline for macro- and microarray analyses. Brazilian Journal of Medical and Biological Research, v. 40, p. 615-619, 2007.
19. ROCHA, Flávia Riso ; TERZI, Flávia S Papini ; NISHIYAMA JUNIOR, Milton Yutaka ; VENCIO, Ricardo Z N ; VICENTINI, R. ; DUARTE, M. P. ; VINAGRE, F. ; ULIAN, E. C. ; ZINGARETTI, Sônia M ; Almeida, R.S. ; Figueira, A.V.O. ; HEMERLY, A. S. ; Silva-Filho, M.C. ; MENOSSI, Marcelo ; SOUZA, G. M. . Signal transduction-related responses to phytohormones and environmental challenges in sugarcane. BMC Genomics, v. 8, p. 71, 2007.
20. TERZI, Flávia S Papini ; ROCHA, Flávia Riso ; VENCIO, Ricardo Z N ; OLIVEIRA, Kátia C P ; FELIX, Juliana de Maria ; VICENTINI, R. ; ROCHA, Cristiane de Souza ; SIMÕES, Ana Carolina Q ; ULIAN, Eugênio César ; ZINGARETTI, Sônia M ; SILVA, Aline M da ; PEREIRA, Carlos A B ; MENOSSI, Marcelo ; SOUZA, Glaucia Mendes . Transcription Profiling of Signal Transduction-Related Genes in Sugarcane Tissues. DNA Research, Oxford Journals, v. 12, n. 1, p. 27-38, 2005.
21.   VICENTINI, R. ; SASSAKI, Flávio T. ; GIMENES, Marcos A. ; MAIA, Ivan G. ; MENOSSI, Marcelo . In silico evaluation of the Eucalyptus transcriptome. Genetics and Molecular Biology, v. 28, n. 3, p. 487-495, 2005.
22. NOGUEIRA, E. M. ; VINAGRE, F. ; MASUDA, H. P. ; VARGAS, C. ; de PADUA, V. L. M. ; da SILVA, F. R. ; VICENTINI, R. ; BALDANI, J. I. ; FERREIRA, P. C. G. ; HEMERLY, A. S. . Expression of sugarcane genes induced by inoculation with Gluconacetobacter diazotrophicus and Herbaspirillum rubrisubalbicans. Genetics and Molecular Biology, v. 24, n. 1-4, p. 199-206, 2001.
23. FIGUEIREDO, R. C. ; BRITO, M. S. ; FIGUEIREDO, L. H. M. ; QUIAPIN, A. C. ; VITORELLI, P. M. ; SILVA, L. R. ; VICENTINI, R. ; MOLFETTA, J. B. ; GOLDMAN, G. H. ; GOLDMAN, M. H. S. . Dissecting the sugarcane expressed sequence tag (SUCEST) database: unraveling flower-specific genes. Genetics and Molecular Biology, v. 24, n. 1-4, p. 77-84, 2001.
Capítulos de livros publicados
1. VICENTINI, R ; MENOSSI, Marcelo . Data Mining in the Molecular Biology Era - A Study Directed to Carbohydrates Biosynthesis and Accumulation in Plants. In: Julio Ponce; Adem Karahoca. (Org.). Data Mining and Knowledge Discovery in Real Life Applications. Vienna: IN-TECH, 2009, v. , p. -.
2. NOGUEIRA, E. M. ; SILVA, F. V. ; MASUDA, H. P. ; VILAR, C. V. ; PÁDUA, V. L. M. ; SILVA, F. R. ; VICENTINI, R. ; FERREIRA, P. C. G. ; HEMERLY, A. S. ; BALDANI, J. I. . Biological Nitrogen Fixation in Sugar Cane: a Genome Perspective. In: T Finan; D Layzell; K Vessey; W Newton. (Org.). Nitrogen Fixation: Global Perspectives. Wallingford, Oxon: CAB International, 2002, v. , p. 470-470.
Trabalhos completos publicados em anais de congressos
1. TERZI, Flávia S Papini ; FELIX, Juliana de Maria ; ROCHA, Flávia Riso ; Waclawovsky AJ ; ULIAN, E. C. ; Chabregas S ; Falco M ; VENCIO, Ricardo Z N ; VICENTINI, R. ; MENOSSI, Marcelo ; SOUZA, G. M. . The SUCEST-FUN Project: identifying genes that regulate sucrose content in sugarcane plants. In: XXVI International Society of Sugarcane Technologists Congress, 2007, Durban. Proc. International Society of Sugar Cane Technologists, 2007. v. 26.
2. FELIX, Juliana de Maria ; VICENTINI, R. ; ULIAN, Eugênio César ; MENOSSI, Marcelo . A role for sucrose transporters in sucrose accumulation: datamining, characterization and expression analysis of putative sugar transporters in sugarcane. In: Plant & Animal Genomes XIII Conference, 2005, San Diego, 2005.
Resumos publicados em anais de congressos
1. Ortiz-Morea, Fausto A ; VICENTINI, R ; SILVA, G. F. F. E. ; Carrer, H. ; NOGUEIRA, F. T. S. . Genome-Wide Analysis Reveals A Selected Group Of MicroRNAs Expressed During Sugarcane Lateral Bud Outgrowth. In: Plant & Animal Genomes XIX Conference, 2011, San Diego. Plant & Animal Genomes XIX Conference, 2011.
2. Grativol, C ; VICENTINI, R. ; Rojas, CA ; HEMERLY, A. S. ; FERREIRA, P. C. G. . Repeat content analysis in a complex sugarcane genome using a high-throughput Illumina sequence survey. In: III Simpósio Brasileiro de Genética Molecular de Plantas, 2011, Ilheus. III Simpósio Brasileiro de Genética Molecular de Plantas, 2011.
3. Del Bem, Luiz EV ; VICENTINI, R. ; Vincentz, Michel . Phylexpress: a phylogenetic method for high-throughput ortholog establishment and evaluation of genes expression evolutionary dynamics. In: III Simpósio Brasileiro de Genética Molecular de Plantas, 2011, Ilheus. III Simpósio Brasileiro de Genética Molecular de Plantas, 2011.
4. BRITO, M. S. ; Creste, S. ; Nobile, PM ; VINCENTZ, M. ; VICENTINI, R. ; Bottcher, A. ; Anjos, IA ; Santos, AB ; Landell, MA ; Mazzafera, P. . Transcriptional regulation of lignin biosynthesis in sugarcane: The beginning. In: III Simpósio Brasileiro de Genética Molecular de Plantas, 2011, Ilheus. III Simpósio Brasileiro de Genética Molecular de Plantas, 2011.
5. Bottcher, A. ; Santos, AB ; VICENTINI, R. ; Nobile, PM ; BRITO, M. S. ; Landell, MA ; Mazzafera, P. . Relationship between lignin content and pal expression in sugarcane. In: III Simpósio Brasileiro de Genética Molecular de Plantas, 2011, Ilheus. III Simpósio Brasileiro de Genética Molecular de Plantas, 2011.
6. Nobile, PM ; Creste, S. ; BRITO, M. S. ; Anjos, IA ; Landell, MA ; Bottcher, A. ; Santos, AB ; VICENTINI, R. ; Mazzafera, P. . Characterization of dirigents proteins in sugarcane. In: III Simpósio Brasileiro de Genética Molecular de Plantas, 2011, Ilheus. III Simpósio Brasileiro de Genética Molecular de Plantas, 2011.
7. Thiebaut, F ; Grativol, C ; VICENTINI, R. ; HEMERLY, A. S. ; FERREIRA, P. C. G. . Analysis of sugarcane small RNAs submitted to drought stress using deep sequencing. In: III Simpósio Brasileiro de Genética Molecular de Plantas, 2011, Ilheus. III Simpósio Brasileiro de Genética Molecular de Plantas, 2011.
8. Bomfim, ACJS ; Carvalho, TLG ; Junqueira, RM ; VICENTINI, R. ; HEMERLY, A. S. . Regulation of members of nitrate transporter family by endophytic diazotrophic bacteria in sugarcane. In: III Simpósio Brasileiro de Genética Molecular de Plantas, 2011, Ilheus. III Simpósio Brasileiro de Genética Molecular de Plantas, 2011.
9. FERRAZ, L ; VICENTINI, R ; Garcia, O. ; OTTOBONI, L . Fur-regulated siderophore receptor genes are differentially expressid in Acidithiobacillus ferrooxidans cells maintained in contact with chalcopyrite. In: 26o. Congresso Brasileiro de Microbiologia, 2011, Foz do Iguaçu. 26o. Congresso Brasileiro de Microbiologia, 2011.
10. VICENTINI, R . Sugarcane Coexpression Meta-network and a Comparative Analysis of Carbohydrate-related Gene Network Across Plant Species. In: Brazilian BioEnergy Science and Technology Conference, 2011, Campos do Jordão. 1st Brazilian BioEnergy Science and Technology Conference, 2011.
11. CESARINO, I. ; Araujo, P ; VICENTINI, R ; Leme, AFP ; Anjos, IA ; Souza, SACD ; Landell, MA ; Mazzafera, P. . Analysis of enzymatic activity and proteomic profile of class III peroxidases during sugarcane stem development. In: Brazilian BioEnergy Science and Technology Conference, 2011, Campos do Jordão. 1st Brazilian BioEnergy Science and Technology Conference, 2011.
12. Marconi, TG ; Rodrigues, R. ; Mollinari M ; Margarido GRA ; VICENTINI, R ; SOUZA, G. M. ; Henry RJ ; Pinto LR ; Garcia, A.A.F. ; Souza, A.P. . Genetic Linkage Map in Sugarcane Using SNPs. In: Brazilian BioEnergy Science and Technology Conference, 2011, Campos do Jordão. 1st Brazilian BioEnergy Science and Technology Conference, 2011.
13. Mazzafera, P. ; CESARINO, I. ; VICENTINI, R . Peroxidases in the lignin biosynthesis in sugarcane. In: Plant Biology 2010, 2010, Montreal. American Society of Plant Biology, 2010.
14. Cardoso, Kiara C ; Costa, Gustavo GL ; Lima, Aline C ; Papes, Fábio ; VICENTINI, R ; Domont, G.B. ; Cunha, Muciana AS ; Campos, Francisco AP ; YUNES, J. A. ; da Silva, Marcio J . Analysis of expressed sequence tags of endosperm from developing and germinating seeds in Jatropha curcas. In: XXXIX Annual Meeting of Brazilian Society for Biochemistry and Molecular Biology, 2010, Foz do Iguaçu. XXXIX Annual Meeting of Brazilian Society for Biochemistry and Molecular Biology, 2010.
15. Ferraz, Lúcio F. C. ; Leite, R.O. ; Mota, L.P. ; Stuchi, L.P. ; Gomes, A.E.I. ; Ribeiro, M.L. ; Pedrazzoli Jr, J. ; VICENTINI, R . Estudo da expressão de genes de virulência regulados pelo repressor fur em Klebsiella pneumoniae. In: 56º CONGRESSO BRASILEIRO DE GENÉTICA, 2010, Guarujá. 56º CONGRESSO BRASILEIRO DE GENÉTICA, 2010.
16. Leite, R.O. ; Mota, L.P. ; Stuchi, L.P. ; Ribeiro, M.L. ; Pedrazzoli Jr, J. ; VICENTINI, R ; Ferraz, Lúcio F. C. . Papel do repressor fur na regulação da expressão de genes de virulência em Klebsiella pneumoniae. In: 27ª REUNIÃO DE GENÉTICA DE MICRORGANISMOS, 2010, Guarujá. 27ª REUNIÃO DE GENÉTICA DE MICRORGANISMOS, 2010.
17. Mota, L.P. ; Leite, R.O. ; Stuchi, L.P. ; Ribeiro, M.L. ; Pedrazzoli Jr, J. ; VICENTINI, R ; Ferraz, Lúcio F. C. . Análise funcional do repressor fur na regulação da expressão de genes que codificam fímbrias em Klebsiella pneumoniae. In: 27ª REUNIÃO DE GENÉTICA DE MICRORGANISMOS, 2010, Guarujá. 27ª REUNIÃO DE GENÉTICA DE MICRORGANISMOS, 2010.
18. Zanca, A. ; VICENTINI, R ; Ortiz-Morea, Fausto A ; Del Bem, Luís EV ; da Silva, Marcio J ; VINCENTZ, M. ; NOGUEIRA, F. T. S. . Towards the identification of microRNAs and their targets in the biofuel crop sugarcane. In: Plant Biology, 2010, Montreal. Plant Biology, 2010.
19. Carvalho, TLG ; Bonfim, ACJS ; Pragana, MLF ; VICENTINI, R. ; BALDANI, J. I. ; HEMERLY, A. S. . Papel da auxina na promoção de crescimento radicular de cana-de-açúcar durante a associação com bactérias diazotróficas endofíticas. In: 56 Congresso Brasileiro de Genética, 2010, Guaruja. 56 Congresso Brasileiro de Genética, 2010.
20. VICENTINI, R. ; Del Bem, Luiz EV ; VINCENTZ, M. . Orthologous relationships among grasses a metabolic and other biological processes catalogue. In: 56 Congresso Brasileiro de Genética, 2010, Guaruja. 56 Congresso Brasileiro de Genética, 2010.
21. Vessali, NCR ; VICENTINI, R. . Comparative analysis of expression profiles changes in response to sugars in angiosperms. In: 56 Congresso Brasileiro de Genética, 2010, Guaruja. 56 Congresso Brasileiro de Genética, 2010.
22. Higa, E. ; VICENTINI, R. . Composition and distribution of putative Quadruplex forming G-Rich sequences in human genome. In: 56 Congresso Brasileiro de Genética, 2010, Guaruja. 56 Congresso Brasileiro de Genética, 2010.
23. Azevedo, GMA ; VICENTINI, R. ; Nunes-Silva, CG ; Guimarães, GM ; Bridi, LC ; Tadei, WP ; Rafael, MS . Ver o PDF Expressão diferencial in silico de Seqüências Curtas Expressas (Expressed Sequence Tags - ESTs) de larvas e adultos de Anopheles darlingi. In: 56 Congresso Brasileiro de Genética, 2010, Guaruja. 56 Congresso Brasileiro de Genética, 2010.
24. Zanca, A. ; VICENTINI, R. ; Silva, M. ; Del Bem, Luiz EV ; Vincentz, Michel ; NOGUEIRA, F. T. S. . TOWARDS THE IDENTIFICATION OF THE SUGARCANE microRNAs. In: II Simpósio Brasileiro de Genética Molecular de Plantas, 2009, Buzios. II Simpósio Brasileiro de Genética Molecular de Plantas, 2009.
25. FERRAZ, L ; VICENTINI, R. ; GARCIA, Oswaldo ; OTTOBONI, L . Fur-regulator and expression pattern of genes encoding for TonB-dependent siderophores receptors in Acidithiobacillus ferrooxidans cells maintained in contact with chalcopyrite. In: 26 Reunião de Genética de Microrganismos, 2008, Salvador. Caderno de Resumos da 26 Reunião de Genética de Microrganismos, 2008.
26. VICENTINI, R. ; MENOSSI, Marcelo . Prediction of protein subcellular localization based on the information content of multiple predicting programs. In: Annual Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology, 2007, São Paulo. Third Annual Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology, 2007.
27. CORRÊA, L. G. G. ; VICENTINI, R. ; Riano-Pachon D ; Mueller-Roeber B ; VINCENTZ, M. . From Chlamydomonas to Arabidopsis: a bZip history. In: 18th International Conference on Arabidopsis Research, 2007, Beijing. 18th International Conference on Arabidopsis Research, 2007.
28. Tavares, RG ; VICENTINI, R. ; FELIX, Juliana de Maria ; CAMARGO, Sandra R ; MENOSSI, Marcelo . In silico characterization of the biosynthetic pathway and cellular signalling of ethylene in sugarcane. In: 53o. Congresso Brasileiro de Genética, 2007, Aguás de Lindóia. Resumos do 53o. Congresso Brasileiro de Genética, 2007.
29. Cutri L ; Fonseca TC ; VICENTINI, R. ; Tsai SM ; Rodrigues APM . Projeto Passioma: uma análise do transcriptoma floral em Passifloraceae. In: 53o. Congresso Brasiliero de Genética, 2007, Aguás de Lindóia. Resumos do 53o. Congresso Brasiliero de Genética, 2007.
30. SOARDI, FC ; MATURANA, VG ; VICENTINI, R. ; QUARESMA, AJC ; KOBARG, J ; De Mello, M.P. . CYP21 modelling for structural analyses of normal and disease-related protein variants. In: XXXVI Annual Meeting of the Brazilian Society for Biochemistry and Molecular Biology (SBBq) 10th IUBMB Conference, 2007, Salvador. XXXVI Annual Meeting of the Brazilian Society for Biochemistry and Molecular Biology (SBBq), 2007.
31. MATURANA, VG ; SOARDI, FC ; VICENTINI, R. ; QUARESMA, AJC ; KOBARG, J ; De Mello, M.P. . Structural analysis of R426C and R426H mutations in 21-hydroxylase enzyme for testing a new human P450c21 model. In: XXXVI Annual Meeting of the Brazilian Society for Biochemistry and Molecular Biology (SBBq) 10th IUBMB Conference, 2007, Salvador. XXXVI Annual Meeting of the Brazilian Society for Biochemistry and Molecular Biology (SBBq), 2007.
32. VICENTINI, R. ; MENOSSI, Marcelo . A high-throughput study of the subcellular localization of sugarcane proteins. In: V Workshop Internacional Brasil - Japão. Biocombustíveis, meio ambiente e novos produtos da biomassa, 2007, Campinas. V Workshop Internacional Brasil - Japão. Biocombustíveis, meio ambiente e novos produtos da biomassa, 2007.
33. FELIX, Juliana de Maria ; TERZI, Flávia S Papini ; ROCHA, Flávia Riso ; VENCIO, Ricardo Z N ; VICENTINI, R. ; NISHIYAMA JUNIOR, Milton Yutaka ; Chabregas S ; ULIAN, Eugênio César ; SOUZA, Glaucia Mendes ; MENOSSI, Marcelo . Expression profile of signal transduction components in a sugarcane population segregated for sugar content. In: V Workshop Internacional Brasil - Japão. Biocombustíveis, meio ambiente e novos produtos da biomassa, 2007, Campinas. V Workshop Internacional Brasil - Japão. Biocombustíveis, meio ambiente e novos produtos da biomassa, 2007.
34. TERZI, Flávia S Papini ; FELIX, Juliana de Maria ; ROCHA, Flávia Riso ; Waclawovsky AJ ; ULIAN, Eugênio César ; Chabregas S ; Falco M ; NISHIYAMA JUNIOR, Milton Yutaka ; VENCIO, Ricardo Z N ; VICENTINI, R. ; MENOSSI, Marcelo ; SOUZA, Glaucia Mendes . Expression analysis of genes involved in sucrose accumulation in sugarcane. In: V Workshop Internacional Brasil - Japão. Biocombustíveis, meio ambiente e novos produtos da biomassa, 2007, Campinas. V Workshop Internacional Brasil - Japão. Biocombustíveis, meio ambiente e novos produtos da biomassa, 2007.
35. EIRAS, A.L. ; FELIX, Juliana de Maria ; VICENTINI, R. ; Dornelas MC ; ULIAN, Eugênio César ; MENOSSI, Marcelo . Identification and functional characterization of sugarcane hexose transporters. In: V Workshop Internacional Brasil - Japão. Biocombustíveis, meio ambiente e novos produtos da biomassa, 2007, Campinas. V Workshop Internacional Brasil - Japão. Biocombustíveis, meio ambiente e novos produtos da biomassa, 2007.
36. CORRÊA, L. G. G. ; Riaño-Pachón, Diego Mauricio ; Schrago, Carlos Guerra ; VICENTINI, R. ; Mueller-Roeber B ; VINCENTZ, M. . From Chlamydomonas to Arabidopsis: a bZIP history. In: German Conference on Bioinformatics, 2007, Potsdam. German Conference on Bioinformatics, 2007.
37. ROCHA, Flávia Riso ; TERZI, Flávia S Papini ; NISHIYAMA JUNIOR, Milton Yutaka ; VENCIO, Ricardo Z N ; VICENTINI, R. ; ROSA JUNIOR, Vicente Eugenio de ; ULIAN, Eugênio César ; Barsalobres, C. ; Vinagre, F. ; Almeida, R.S. ; Figueira, A.V.O. ; HEMERLY, A. S. ; Silva-Filho, M.C. ; MENOSSI, Marcelo ; SOUZA, Glaucia Mendes . Expression Profile Of Signal Transduction-Related Genes In Sugarcane Plants Submitted To Phytohormones And Biotic And Abiotic Stresses. In: Plant & Animal Genomes XIV Conference, 2006, San Diego. Proceedings of Plant & Animal Genomes Conference, 2006.
38. SOUSA, Sylvia M ; PANIAGO, Mario D G ; VICENTINI, R. ; Koch, K. ; ARRUDA, Paulo ; YUNES, Jose Andres . The role of sorbitol in maize kernel. In: Plant Biology 2006, 2006, Boston. Proceedings of The American Society of Plant Biologists, 2006.
39. Consonni SR ; MATTIOLI, M A P ; VICENTINI, R. ; MENOSSI, Marcelo . Caracterização de transcritos "no hits" da cana-de-açúcar. In: 52o. Congresso Brasileiro de Genética, 2006, Foz do Iguaçu. Resumos do 52o. Congresso Brasileiro de Genética, 2006.
40. SOUSA, Sylvia M ; PANIAGO, Mario D G ; VICENTINI, R. ; ARRUDA, Paulo ; LEITE, Adilson ; YUNES, J. A. . The role of sorbitol and sorbitol dehydrogenase in maize kernel. In: 48th Maize Genetics Conference, 2006, Asilomar. 48th Maize Genetics Conference, 2006.
41. VICENTINI, R. ; MENOSSI, Marcelo . Subcellular localization of sugarcane proteins: analysis of predicting coding sequences. In: Plant & Animal Genomes XIII Conference, 2005, San Diego. Proceedings of Plant & Animal Genomes Conference, 2005.
42. VICENTINI, R. ; MATTIOLI, M A P ; MENOSSI, Marcelo . Delimitation of translational start sites and multi-targeting proteins in monocotyledons: sugarcane as an example. In: 51o. Congresso Brasileiro de Genética, 2005, Águas de Lindóia. Anais da SBG, 2005.
43. SOUSA, Sylvia M ; VICENTINI, R. ; PANIAGO, Mario D G ; ARRUDA, Paulo ; LEITE, Adilson ; YUNES, Jose Andres . Sorbitol dehydrogenase activity in maize kernel is modulated by sucrose. In: Plant Biology, 2005, Seatle, 2005.
44. AZEVEDO, Gabriela B ; CASTRO, Fernanda ; CHABES, Marcos L ; CORTE, Guilherme N ; CURY, Thiago L ; HOMEM, Karen S de Carvalho ; JORGE, Leonardo R ; JOTTA, Patrícia Y ; KOMODA, Henrique ; KROL, Mariana M ; MARINHO, Marco Antonio R ; MARQUITTI, Flavia Maria D ; CAMARGO, Sandra R ; VICENTINI, R. ; FELIX, Juliana de Maria ; MENOSSI, Marcelo . In silico expression analysis of sugarcane translation elongation factors. In: Plant & Animal Genomes XIII Conference, 2005, San Diego, 2005.
45. ROCHA, Flávia Riso ; TERZI, Flávia S Papini ; NISHIYAMA JUNIOR, Milton Yutaka ; VENCIO, Ricardo Z N ; ROCHA, Cristiane de Souza ; VICENTINI, R. ; ROSA JUNIOR, Vicente Eugenio de ; ULIAN, Eugênio César ; MENOSSI, Marcelo ; SOUZA, Glaucia Mendes . Expression profile of signal transduction-related genes in phytohormone treated sugarcane plants. In: 45th Annual Meeting of The American Society for Cell Biology, 2005, San Francisco, 2005.
46. VICENTINI, R. ; ROCHA, Cristiane de Souza ; DRUMMOND, R. D. ; MENOSSI, Marcelo . Use of Pipeline for Macro and microarray Analyses (PMmA) for analyse expression profile of sugarcane genes in macroarrays. In: XXXIII Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular - SBBq, 2004, Caxambu. XXXIII Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular - SBBq, 2004.
47. CANÇADO, G. M. A. ; NOGUEIRA, F. T. S. ; FELIX, Juliana de Maria ; DRUMMOND, R. D. ; VICENTINI, R. ; ROCHA, Cristiane de Souza ; JORGE, R. A. ; MENOSSI, Marcelo . Identification and expression analysis of aluminum-responsive genes in maize. In: XXXIII Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular - SBBq, 2004, Caxambu, 2004.
48. SOUSA, Sylvia M ; TAVARES, A. G. ; VICENTINI, R. ; PANIAGO, Mario D G ; ARRUDA, Paulo ; LEITE, Adilson ; YUNES, J. A. . Sorbitol dehydrogenase activity during maize kernel development. In: XXXIII Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular - SBBq, 2004, Caxambu, 2004.
49. TERZI, Flávia S Papini ; ROCHA, Flávia Riso ; VENCIO, Ricardo Z N ; OLIVEIRA, Kátia C P ; FELIX, Juliana de Maria ; RODRIGUES-FILHO, P. C. ; CAMARGO, S. R. ; ROCHA, Cristiane de Souza ; VICENTINI, R. ; ZINGARETTI, Sônia M ; PEREIRA, Carlos A B ; MENOSSI, Marcelo ; SOUZA, Glaucia Mendes . Transcription profiles of sugarcane signaling components in different tissues and stress conditions. In: Plant & Animal Genomes XII Conference, 2004, San Diego, 2004.
50. ROCHA, Flávia Riso ; TERZI, Flávia S Papini ; VENCIO, Ricardo Z N ; OLIVEIRA, Kátia C P ; FELIX, Juliana de Maria ; RODRIGUES-FILHO, P. C. ; CAMARGO, S. R. ; ROCHA, Cristiane de Souza ; VICENTINI, R. ; MENOSSI, Marcelo ; di MAURO, S. ; SIMÕES, Ana Carolina Q ; SILVA, Aline M da ; PEREIRA, Carlos A B ; SOUZA, Glaucia Mendes . The sugarcane kinome. In: Plant & Animal Genomes XII Conference, 2004, San Diego, 2004.
51. AZEVEDO, G. B. ; CASTRO, F. ; CHABES, M. L. ; CORTE, G. N. ; CURY, T. L. ; HOMEM, K. S. C. ; JORGE, L. R. ; JOTTA, P. Y. ; KOMODA, H. ; KROLL, M. M. ; MARINHO, M. A. T. ; MARQUITTI, F. M. D. ; CAMARGO, S. R. ; VICENTINI, R. ; FELIX, Juliana de Maria ; MENOSSI, Marcelo . Análise in silico da expressão de fatores de elongação da tradução em cana-de-açúcar (Saccharum sp). In: 50o. Congresso Brasileiro de Genética, 2004, Florianópolis, 2004.
52. TAVARES, A. G. ; SOUSA, Sylvia M ; VICENTINI, R. ; PANIAGO, Mario D G ; VERZA, N. C. ; ARRUDA, Paulo ; LEITE, Adilson ; YUNES, J. A. . Global gene expression profile in maize endosperm. In: 50o. Congresso Brasileiro de Genética, 2004, Florianópolis, 2004.
53. CORRÊA, L. G. G. ; SCHLOGL, P. ; PIAZZA, J. P. ; VICENTINI, R. ; VINCENTZ, M. . Phylogenetic analysis of bZIP transcription factors in angiosperms. In: 50o. Congresso Brasileiro de Genética, 2004, Floarianópolis, 2004.
54. SOUSA, Sylvia M ; TAVARES, A. G. ; VICENTINI, R. ; PANIAGO, Mario D G ; ARRUDA, Paulo ; LEITE, Adilson ; YUNES, J. A. . Sorbitol dehydrogenase activity in maize kernel is modulated by sucrose. In: 50o. Congresso Brasileiro de Genética, 2004, Floarianópolis, 2004.
55. ROCHA, Flávia Riso ; TERZI, Flávia S Papini ; VENCIO, Ricardo Z N ; OLIVEIRA, Kátia C P ; FELIX, Juliana de Maria ; RODRIGUES-FILHO, P. C. ; CAMARGO, S. R. ; ROCHA, Cristiane de Souza ; VICENTINI, R. ; di MAURO, S. ; MENOSSI, Marcelo ; SOUZA, G. M. . Expression profile analysis of sugarcane receptors, proteins kinases and R-genes. In: 50o. Congresso Brasileiro de Genética, 2004, Floarianópolis, 2004.
56. NEIVA, L. S. ; VICENTINI, R. ; FEIJÃO, P. C. ; AZEREDO-ESPIN, A. M. ; LESSINGER, A. C. . Arthropodan Mitochondrial Genomes Accessible database - AMiGA. In: 50o. Congresso Brasileiro de Genética, 2004, Florianópolis. 50o. Congresso Brasileiro de Genética, 2004.
57. VICENTINI, R. ; MENOSSI, Marcelo . Subcellular localization of sugarcane proteins: Analysis of predicting coding sequences. In: International Conference on Bioinformatics and Computational Biology, 2004, Angra dos Reis. International Conference on Bioinformatics and Computational Biology, 2004.
58. NEIVA, L. S. ; FEIJÃO, P. C. ; VICENTINI, R. ; AZEREDO-ESPIN, A. M. ; LESSINGER, A. C. . Arthropodan Mitochondrial Genomes Accessible database - AMiGA. In: The 52nd Annual Meeting of the Entomological Society of America, 2004, Salt Lake City. 52 ESA Meeting, 2004.
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60. MONDEGO, J. M. C. ; DRUMMOND, R. D. ; FELIX, Juliana de Maria ; BENGTSON, M. H. ; COLIN, C. ; RAMIRO, D. ; DUARTE, M. P. ; VICENTINI, R. ; ROCHA, Cristiane de Souza ; MALUF, M. ; SOGAYAR, M. C. ; GUERREIRO, O. ; MENOSSI, Marcelo . Characterization of Coffea genes expressed during resistance to the coffee leaf miner (Leucoptera coffeella). In: 49o. Congresso Brasileiro de Genética, 2003, Águas de Lindóia, 2003.
61. MENOSSI, Marcelo ; FELIX, Juliana de Maria ; DRUMMOND, R. D. ; CAMARGO, S. R. ; REIS, C. P. ; VICENTINI, R. ; ROCHA, Cristiane de Souza . Cross-species hybridization of nylon arrays containing sugarcane ESTs to identify root specific genes from maize. In: 49o. Congresso Brasileiro de Genética, 2003, Águas de Lindóia, 2003.
62. FELIX, Juliana de Maria ; DRUMMOND, R. D. ; MONDEGO, J. M. C. ; VICENTINI, R. ; ROCHA, Cristiane de Souza ; ULIAN, E. C. ; MENOSSI, Marcelo . Expression analysis of genes involved in sucrose accumulation in sugarcane. In: 49o. Congresso Brasileiro de Genética, 2003, Águas de Lindóia, 2003.
63. ROCHA, Cristiane de Souza ; VICENTINI, R. ; DRUMMOND, R. D. ; MENOSSI, Marcelo . Ferramentas e sistemas para análise de arranjos de DNA. In: 49o. Congresso Brasileiro de Genética, 2003, Águas de Lindóia, 2003.
64. TERZI, Flávia S Papini ; ROCHA, Flávia Riso ; VENCIO, Ricardo Z N ; OLIVEIRA, Kátia C P ; FELIX, Juliana de Maria ; RODRIGUES-FILHO, P. C. ; CAMARGO, S. R. ; ROCHA, Cristiane de Souza ; VICENTINI, R. ; PAQUOLA, A. C. M. ; SIMÕES, Ana Carolina Q ; ZINGARETTI, Sônia M ; HIRATA, R. ; NEVES, E. J. ; PEREIRA, Carlos A B ; VERJOVSKI, S. ; SILVA, Aline M da ; MENOSSI, Marcelo ; SOUZA, G. M. . Expression patterns of sugarcane signal transduction components revealed by microarrays and in silico analysis. In: 49o. Congresso Brasileiro de Genética, 2003, Águas de Lindóia, 2003.
65. ROCHA, Flávia Riso ; TERZI, Flávia S Papini ; OLIVEIRA, Kátia C P ; FELIX, Juliana de Maria ; RODRIGUES-FILHO, P. C. ; CAMARGO, S. R. ; ROCHA, Cristiane de Souza ; VICENTINI, R. ; MENOSSI, Marcelo ; di MAURO, S. ; SIMÕES, Ana Carolina Q ; SILVA, Aline M da ; SOUZA, Glaucia Mendes . The sugarcane kinome. In: 49o. Congresso Brasileiro de Genética, 2003, Águas de Lindóia, 2003.
66. ZORZETO, T. Q. ; MATTIELLO, L. ; GIUSEPPE, P. O. ; CASTRO, E. ; LOPES, S. C. P. ; OLIVEIRA, M. N. L. ; RIBEIRO, T. B. ; CAETANO, H. T. ; VICENTINI, R. ; DUARTE, M. P. ; MONDEGO, J. M. C. ; MENOSSI, Marcelo . Análise de transportadores de potássio em cana-de-açúcar. In: 49o. Congresso Brasileiro de Genética, 2003, Águas de Lindóia, 2003.
67. CAMARGO, S. R. ; SILVA, T. G. M. ; FELIX, Juliana de Maria ; RODRIGUES, F. A. ; ROSSI, J. ; DRUMMOND, R. D. ; VICENTINI, R. ; di MAURO, S. ; MENOSSI, Marcelo . Estratégias para aumento do sinal nos macroarranjos de DNA. In: 49o. Congresso Brasileiro de Genética, 2003, Águas de Lindóia, 2003.
68. MONDEGO, J. M. C. ; FELIX, Juliana de Maria ; BENGTSON, M. H. ; COLIN, C. ; DRUMMOND, R. D. ; RAMIRO, D. ; DUARTE, M. P. ; VICENTINI, R. ; ROCHA, Cristiane de Souza ; MALUF, M. ; SOGAYAR, M. C. ; GUERREIRO, O. ; MENOSSI, Marcelo . Isolamento de genes de café induzidos em resposta ao ataque do minador de folhas de café (Leucoptera coffeella). In: IX Congresso Brasileiro de Fisiologia, 2003, Atibaia, 2003.
69. MONDEGO, J. M. C. ; DRUMMOND, R. D. ; FELIX, Juliana de Maria ; BENGTSON, M. H. ; COLIN, C. ; RAMIRO, D. ; VICENTINI, R. ; ROCHA, Cristiane de Souza ; RODRIGUES-FILHO, P. C. ; MALUF, M. ; GUERREIRO, O. ; SOGAYAR, M. C. ; MENOSSI, Marcelo . Cloning and characterization of Coffea genes associated with resitance to the coffee leaf miner (Leucoptera coffeella) using subtracted cDNA libraries. In: 7th International Congress on Plant Molecular Biology, 2003, Barcelona, 2003.
70. SOUSA, Sylvia M ; VICENTINI, R. ; De LUCCA, P. C. ; GERHARDT, I. R. ; PANIAGO, Mario D G ; Grossí-de-SÁ, M. F. ; VINCENTZ, M. ; ARRUDA, Paulo ; LEITE, Adilson . Gene expression in maize endosperm during development. In: XXXII Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular - SBBq, 2003, Caxambu, 2003.
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73. MOLFETTA, J. B. ; FIGUEIREDO, R. C. ; BRITO, M. S. ; VICENTINI, R. ; GOLDMAN, G. H. ; GOLDMAN, M. H. S. . Sugarcane flower-specific genes: The analysis of the SUCEST database. In: XXXI Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular - SBBq, 2002, Caxambu, 2002.
74. LORENZINI, D. M. ; VICENTINI, R. ; SOARES, M. B. ; ARRUDA, Paulo ; DAFFRE, S. . ESTs from hemocytes of the spider Acanthoscurria gomesiana: Preliminary analysis. In: 48o. Congresso Brasileiro de Genética, 2002, Águas de Lindóia, 2002.
75. NOGUEIRA, E. M. ; VINAGRE, F. ; MASUDA, H. P. ; VARGAS, C. ; de PADUA, V. L. M. ; da SILVA, F. R. ; VICENTINI, R. ; BALDANI, J. I. ; FERREIRA, P. C. G. ; HEMERLY, A. S. . Biological nitrogen fixation in sugarcane. In: 13th International Conference on Nitrogen Fixation, 2001, Hamilton, 2001.
Apresentações de Trabalho
1. VICENTINI, R. . Sugarcane energetic balance: a systes approach towards understanding the regulation of sucrose metabolism and sugar signaling. 2011. (Apresentação de Trabalho/Congresso).
Produção técnica
Softwares com registro de patente
1. MENOSSI, Marcelo ; MATTIOLI, M A P ; VICENTINI, R. ; ROCHA, Cristiane de Souza . LGF-EGO 05. 2005.
Softwares sem registro de patente
1. VICENTINI, R. ; MENOSSI, Marcelo . TISs-ST (Translation Initiation Sites and Secretory Targets). 2007.
2. VICENTINI, R. ; ROCHA, Cristiane de Souza ; MENOSSI, Marcelo . PMmA - Pipeline for Macro and microarray Analyses. 2004.
3. NEIVA, L. S. ; VICENTINI, R. ; FEIJÃO, P. C. . Arthropodan Mitochondrial Genomes Accessible Database - AMiGA. 2004.
Demais tipos de produção técnica
1.
VICENTINI, R. . Dos gene para células, das células para o organismo como um todo - A Bioinformática pensando sob sistemas. 2007. (Curso de curta duração ministrado/Especialização).

Bancas
Participação em bancas examinadoras
Teses de doutorado
1. Carlos Henrique Inácio Ramos; VICENTINI, R; Elizabeth Pacheco Batista Fontes; Carlos Francisco Sampaio Bonafé; Julio Cesar Borges. Participação em banca de Yuri de Abreu Mendonça. Clonagem e caracterização de uma Hsp90 de Citrus sinensis potencialmente envolvida no processo infectivo do fitopatógeno Xanthomonas citri. 2011. Tese (Doutorado em Biologia Funcional e Molecular) - Universidade Estadual de Campinas.
Qualificações de doutorado
1. VICENTINI, R; Archangelo, L. F.; ARRUDA, Paulo; Carvalheira, J.B.C.. Participação em banca de André Bertolini Silveira. Papel da via PI3K/AKT/m TOR na leucemia linfóide aguda (LLA). 2010. Exame de qualificação (Doutorando em Programa de Pós Graduação em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Campinas.
2. VICENTINI, R; YAMAGISHI, M. E. B.; Falcão, P.R.K.; Herai, R.H.. Participação em banca de Lucas Pedersen Parizzi. Bioinformática do genoma de Propionibacterium acidipropionici: estudo e modelagem computacional visando à otimização de vias fermentativas. 2010. Exame de qualificação (Doutorando em Programa de Pós Graduação em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Campinas.
3. VICENTINI, R; Dornelas, Marcelo Carnier; KOBARG, J; Papes, Fábio. Participação em banca de Gustavo Turqueto Duarte. Avaliação da importância do controle da estabilidade de RNAm na sinalização por glicose e na interação dos sinais glicose e ABA em Arabidopsis thaliana. 2010. Exame de qualificação (Doutorando em Programa de Pós Graduação em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Campinas.

Eventos
Participação em eventos
1. The 2nd International Symposium on Bio- and Medical Informatics and Cybernetics.Reviewer. 2008. (Simpósio).
2. IX Semana da Informática de Passos.Agora é a vez dos 'Bioinformatas'. 2006. (Seminário).

Orientações
Orientações em andamento
Dissertação de mestrado
1. Natália Faraj Murad. Redes de regulação gênica do metabolismo e sinalização por scarose em cana-de-açúcar: uma abordagem sistêmica utilizando redes bayesianas aplicada à bioenergia. Início: 2011. Dissertação (Mestrado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Campinas. (Orientador).
Tese de doutorado
1. Raphael de Souza Mattos. O papel dos miRNAs nas redes de regulação gênica em angiospermas. Início: 2011. Tese (Doutorado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Campinas. (Orientador).
2. Luiz Eduardo Vieira Del Bem. Evolução das vias de transdução de sinal dos açúcares glicose e sacarose e do hormônio vegetal ABA em Embryophytas. Início: 2008. Tese (Doutorado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Campinas, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. (Co-orientador).
Supervisões e orientações concluídas
Dissertação de mestrado
1. GILSON MARTINS DE AZEVEDO JUNIOR. Anotação do transcriptoma parcial de Anopheles (Nyssorhynchus) darlingi Root, 1926. 2011. Dissertação (Mestrado em Genética, Conservação e Biologia Evolutiva) - Instituto Nacional de Pesquisas da Amazônia, Fundação de Amparo a Pesquisa do Estado do Amazonas. Co-Orientador: Renato Vicentini dos Santos.

Outras informações relevantes 
Membro do Conselho Científico Superior (CCS), órgão deliberativo do CBMEG/UNICAMP, com vigência de 2011-2013..
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