André Fujita

Bolsista de Produtividade em Pesquisa do CNPq - Nível 2

  • Endereço para acessar este CV: http://lattes.cnpq.br/0247990329725342
  • Última atualização do currículo em 09/11/2018


possui graduação em Ciência da Computação (2003), doutorado em Bioinformática (2007) e livre-docência (2016), todos pela Universidade de São Paulo. Realizou pós-doutorado no Instituto de Ciências Médicas da Universidade de Tóquio (2007-2009) e no Computational Science Research Program do RIKEN (2009-2011) (Japão). Foi Pesquisador Visitante do Cancer Research Institute da Universidade de Kanazawa (Japão) em 2014 e 2015. Atualmente é pesquisador convidado na Universidade de Leipzig (Alemanha). Recebeu prêmios de melhor tese em ciência da computação pela Sociedade Brasileira de Computação (SBC), Menção Honrosa no prêmio CAPES de teses na área de Ciências Biológicas I, Jovem Pesquisador Destaque pela Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional (AB3C) e Fellowships do Alexander von Humboldt Foundation (Alemanha), Academy of Medical Sciences - Newton Advanced Fund (the Royal Society, Reino Unido), Special Postdoctoral Researcher Program (RIKEN - Japão). Trabalha com temas relacionados à conectividade e métodos estatísticos em grafos, ambos com aplicações na análise de dados biológicos em larga escala ("omics", EEG, fMRI). Atualmente é Professor Associado do Instituto de Matemática e Estatística da Universidade de São Paulo (USP) e vice-coordenador do programa de pós-graduação interunidades em bioinformática. A página pessoal encontra-se em: http://www.ime.usp.br/~fujita (Texto informado pelo autor)


Identificação


Nome
André Fujita
Nome em citações bibliográficas
FUJITA, A.;Fujita, André;FUJITA, A;Fujita, Andre

Endereço


Endereço Profissional
Universidade de São Paulo, Instituto de Matemática e Estatística.
Rua do Matão, 1010
Cidade Universitária
05508-090 - Sao Paulo, SP - Brasil
Telefone: () 30915177
URL da Homepage: http://www.ime.usp.br/~fujita/


Formação acadêmica/titulação


2003 - 2007
Doutorado em Bioinformática.
Universidade de São Paulo, USP, Brasil.
com período sanduíche em Universidade de Tóquio (Orientador: Satoru Miyano).
Título: Análise de dados de expressão gênica: normalização de microarrays e modelagem de redes regulatórias, Ano de obtenção: 2007.
Orientador: Carlos Eduardo Ferreira.
Bolsista do(a): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior, CAPES, Brasil.
Palavras-chave: Modelagem de redes regultórias; normalização; microarray.
Grande área: Outros
2000 - 2003
Graduação em Ciência da Computação.
Universidade de São Paulo, USP, Brasil.
Título: Anotação de genes associados com o controle da proliferação celular e origem de tumores.
Orientador: Mari Cleide Sogayar.
Bolsista do(a): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, CNPq, Brasil.


Pós-doutorado e Livre-docência


2016
Livre-docência.
Universidade de São Paulo, USP, Brasil.
Título: Medidas de conectividade e métodos estatístico-computacionais para grafos com aplicações em Biologia Molecular e Neurociência, Ano de obtenção: 2016.
2009 - 2011
Pós-Doutorado.
RIKEN, RIKEN, Japão.
2007 - 2009
Pós-Doutorado.
University of Tokyo, UT, Japão.


Formação Complementar


2003 - 2003
Programação CGI Usando a Linguagem Perl. (Carga horária: 20h).
Universidade de São Paulo, USP, Brasil.
2002 - 2002
Introdução a Lógica Fuzzy. (Carga horária: 60h).
Universidade de São Paulo, USP, Brasil.
2002 - 2002
Dna Técnicas e Aplicações. (Carga horária: 6h).
Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular, SBBQ, Brasil.
2001 - 2001
Extensão universitária em Operador de Mercado Financeiro. (Carga horária: 220h).
Universidade de São Paulo, USP, Brasil.
2000 - 2000
Programação Distribuída Com Java. (Carga horária: 20h).
Universidade de São Paulo, USP, Brasil.
2000 - 2000
Programação Gráfica com Java. (Carga horária: 20h).
Universidade de São Paulo, USP, Brasil.
2000 - 2000
Introdução a Linguagem Java. (Carga horária: 20h).
Universidade de São Paulo, USP, Brasil.


Atuação Profissional



Universidade de São Paulo, USP, Brasil.
Vínculo institucional

2016 - Atual
Vínculo: Servidor Público, Enquadramento Funcional: Professor Associado, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

Vínculo institucional

2011 - Atual
Vínculo: Servidor Público, Enquadramento Funcional: Professor Doutor (MS-3), Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

Vínculo institucional

2002 - 2003
Vínculo: Outro, Enquadramento Funcional: Outro, Carga horária: 20

Atividades

1/2002 - 6/2003
Estágios , Instituto de Química, Departamento de Bioquímica.

Estágio realizado
Iniciação Científica.

RIKEN, RIKEN, Japão.
Vínculo institucional

2009 - 2011
Vínculo: Celetista formal, Enquadramento Funcional: Foreign Postdoctoral Researcher, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.


University of Tokyo, UT, Japão.
Vínculo institucional

2007 - 2009
Vínculo: Celetista formal, Enquadramento Funcional: pesquisador doutor, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.



Projetos de pesquisa


2018 - Atual
Stratification of psychiatric disorders by using network discriminant and clustering analyses
Descrição: There are at least three main reasons to the lack of reduction of the number of people with alcohol abuse, major depression, and attention deficit hyperactivity disorders (ADHD), namely: (i) the late diagnosis at a time when psychopathology is already well advanced, (ii) a classification based on patient self-report and behavioral observation, which do not reflect the underlying biological mechanisms of these disorders, and (iii) comorbidity (comorbidity between depression and ADHD in adolescents and adults is over 50%; comorbidities between alcohol abuse and ADHD in adolescents and adults are 12.9% and 61-64%, respectively). Thus, to reduce the frequencies of these disorders, we propose to identify biomarkers for early diagnosis, and also to obtain an objective stratification by taking into account the comorbidity. To this end, we will analyze the IMAGEN longitudinal data set (coordinated by Prof. Schumann) composed of over 2,000 individuals. First we will use CEM-Co to cluster the individuals by minimizing the comorbidity effect. Then, to identify discriminative markers and predictors of future psychopathology, we will apply, for each cluster identified by CEM-Co, methods designed specifically for brain networks analyses, namely network discriminant analysis and graph clustering expectation maximization algorithm. Finally, we will assess if brain network structures characterize subtypes within and if they correspond to comorbidity across these disorders. We hope our findings aid in the better comprehension, and early/objective diagnosis of alcohol abuse, depression, and ADHD..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Doutorado: (2) .
Integrantes: André Fujita - Coordenador / Gunter Schumann - Integrante.Financiador(es): (FAPESP) Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa.
2016 - Atual
Métodos estatísticos para grafos com aplicações em ciências da vida.
Descrição: Recentemente tem sido demonstrado que as estruturas da rede funcional do cérebro e das redes regulatórias de genes são mais adequadas para caracterizar os estados do organismo biológico do que a análise individual de suas partes. Além disso, é sabido que tais redes não são exatamente iguais mesmo entre indivíduos do mesmo grupo devido a variabilidade intrínseca. Assim, métodos tradicionais de Ciência da Computação que comumente buscam por padrões bem estabelecidos ou isomorfismo se tornam infrutíferos na análise dessas redes. Para contornar esse problema, se torna crucial o desenvolvimento de métodos estatísticos para grafos. A fim de construir uma ponte entre teoria dos grafos e estatística, nós investigamos as propriedades espectrais dos grafos aleatórios. É sabido que diversas propriedades estruturais de um grafo aleatório, como número de caminhos, diâmetro e cliques podem ser descritos pelo seu espectro. Em Takahashi et al (2012), nós analisamos o espectro dos grafos e introduzimos métodos estatísticos em grafos para (i) seleção de modelos, (ii) estimador de parâmetros e (iii) um teste de hipótese para discriminar duas amostras de grafos. Aqui, propomos desenvolver métodos para generalizar o teste de hipótese de Takahashi et al. para mais de dois conjuntos, identificar correlação e fluxo de informação entre grafos e aplicá-los tanto em dados genéticos como de neuroimagem..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
2014 - Atual
Desenvolvimento de técnicas estatístico-computationais para construir, modelar e analisar redes biológicas envolvidas em doenças humanas
Descrição: O entendimento dos mecanismos geradores das diversas doenças que acometem a humanidade é um dos grandes objetivos das ciências biológicas. Apesar de todos os esforços, o enorme número de fatores heterogêneos que influenciam na gênese de uma doença torna essa tarefa muito árdua. Um dos desafios para o entendimento das doenças está no desenvolvimento de metodologias computacionais para a análise estatística e manipulação de dados gerados em larga escala. Isso se deve principalmente a grande quantidade, heterogeneidade, multidimensionalidade e presença de ruído intrínseco nos dados biológicos. Neste contexto, este projeto de pesquisa tem como objetivo principal o desenvolvimento de técnicas estatístico-computacionais para inferência dos fenômenos que emergem das interações entre os diferentes componentes biológicos envolvidos numa doença. Em outras palavras, desenvolveremos métodos estatísticos formais para grafos (teste de hipóteses, seleção de modelos, estimador de parâmetros) a fim de comparar redes neurais obtidas da modelagem de dados de ressonância magnética funcional, e estrutural e integrar dados de genômica, transcriptoma e fenótipo em câncer. Isso permitirá modelar, integrar e analisar dados biológicos obtidos em diversas colaborações entre nosso grupo e laboratórios de biologia/medicina (Lab. de Regulação de RNAs e micro RNAs em Doenças (Profa. Massirer) e Lab. de Biologia Molecular (Prof. Bengtson), ambos da UNICAMP; dados de ressonância magnética dos grupos do Prof. Sato da UFABC e Dr. Takahashi da Universidade de Princeton) além também de implantar uma linha de pesquisa inédita (análise estatística formal em grafos) tanto no mundo como também no Dept. de Ciência da Computação do IME-USP. Com isso, esperamos auxiliar biomédicos a elucidar os mecanismos biológicos envolvidos em diversas doenças estudadas neste projeto (câncer, doenças cardiovasculares, diabetes e distúrbios do cérebro)..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
2014 - Atual
Rede de cooperação acadêmica para o estudo e desenvolvimento de ferramentas para a genômica estrutural e funcional
Descrição: Fortalecer e ampliar o intercâmbio acadêmico entre os programas inter-unidades de Pós-Graduação em Bioinformática da UFMG (CAPES 6) e da USP (5), o de Biotecnologia da UFPA (CAPES 5) e o de Bioinformática da UFPR (CAPES 3) com a criação de uma rede voltada a aumentar a formação de recursos humanos em Biologia Computacional, em resposta à presente chamada..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
2014 - Atual
Desenvolvimento e aplicações de ferramentas computacionais para biologia: de modelagem molecular a pesquisa translacional
Descrição: Neste projeto estamos propondo a criação de uma rede de colaborações científicas entre a USP(Capital) e UFPE que promova a interação multidisciplinar entre físicos, químicos, biólogos, farmacêuticos e cientista da computação dentro do um projeto científico que visa o desenvolvimento e aplicação de ferramentas computacionais voltadas para problemas biológicos e induzirá a formação de recursos humanos. As ferramentas computacionais que serão desenvolvidas são bastante diversificadas, cobrindo uma ampla variedade de problemas na área biológica, e atualmente fazem parte dos temas de pesquisa dos docentes envolvidos neste projeto..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
2013 - Atual
Estruturas Combinatórias, Otimização e Algoritmos em Teoria da Computação

Projeto certificado pelo(a) coordenador(a) Carlos Eduardo Ferreira em 02/08/2013.
Descrição: A área de Ciência da Computação experimenta hoje um crescimento vertiginoso. Novidades tecnológicas surgem e tornam-se obsoletas em um ou dois anos de existência. Novas abordagens surgem com enorme rapidez. Tal desenvolvimento se dá por necessidades criadas em outras áreas do conhecimento de novas técnicas para resolver problemas cada vez mais complexos. Hoje em dia é impossível imaginar um pesquisador de qualquer área do conhecimento que possa desenvolver suas atividades sem o apoio de métodos, técnicas ou tecnologia desenvolvida por pesquisadores de Ciência da Computação. É evidente que os mais bem sucedidos avanços tecnológicos em Ciência da Computação estão fundamentados em resultados teóricos. Áreas como mineração de dados e reconhecimento de padrões, para citar apenas duas, têm seus métodos fortemente baseados em técnicas desenvolvidas em Teoria da Computação. Nosso obje- tivo neste projeto é o estudo de estruturas combinatórias e diversas formas de abordar problemas relacionados com tais estruturas: métodos algébricos, geométricos, probabilísticos, combinatórios, etc. Uma melhor compreensão destes objetos pode resultar em novas estratégias e algoritmos mais eficientes para resolver problemas a eles relacionados. A equipe proponente tem pesquisadores com grande experiência que cobrem uma ampla gama de subáreas de Teoria da Computação, permitindo uma maior sinergia para a solução dos problemas abordados. As principais contribuições esperadas neste projeto são a publicação de artigos científicos em conferências e periódicos bem estabelecidos, com alta circulação e de seletiva política editorial. Desejamos também intensificar o intercâmbio internacional do grupo e a formação de alunos nos vários níveis (de iniciação científica a pós-doutorandos). Pretendemos ainda, durante a execução do projeto, realizar uma Escola Avançada de Ciências na área de Teoria da Computação..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
2013 - Atual
Técnicas de aprendizagem de máquina para o estudo high-throughput das interações sociais em primatas
Descrição: Interações sociais são centrais nas vidas de humanos e de outros primatas. Muitas das interações ocorrem em, e são influenciados por, um contexto muito maior: a rede social. A estrutura da rede social é baseada nas interações passadas entre os indivíduos do grupo social e também das interações em tempo real que estão constantemente modificando a estrutura da rede. Assim, para entender como os indivíduos se comportam e interagem, é necessário investigar seus comportamentos in situ, ou seja, como uma função da rede social. Contudo, a influência da rede social nas interações é impossível de ser medida pois o rastreamento simultâneo e análise do comportamento de mais de dois indivíduos é muito difícil. Além disso, mesmo uma vez obtido os dados das interações de diversos indivíduos, devido a seu imenso volume, multidimensionalidade e heterogeneidade, a análise se torna extraordinariamente complexa. Devido a esses fatores, o objetivo do presente projeto de pesquisa que será realizado em conjunto com o grupo do Prof. Asif Ghazanfar da Universidade de Princeton consiste em desenvolver metodologias para a coleta e monitoramento do comportamento de dez ou mais indivíduos simultaneamente ao longo do tempo e também de métodos computacionais para sua análise, a fim de entender melhor as interações sociais entre indivíduos dentro do seu contexto de um grupo maior. Para este projeto, usaremos macacos saguis como nosso modelo de estudo, o que nos permitirá realizar experimentos de intervenção no sistema para responder perguntas específicas. Com o desenvolvimento deste projeto, construiremos o maior e mais completo conjunto de dados longitudinal de saguis interagindo entre eles até o momento além também de um pipeline computacional para analisar os dados massivos de áudio e vídeo gerados pelo registro contínuo dos saguis, o que permitirão que outros grupos de pesquisa iniciem estudos de interações high-throughput entre primatas não-humanos..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
2012 - Atual
Modelos e métodos de e-Science para ciências da vida e agrárias
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
2012 - Atual
USP e-Science Research Network
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
2011 - 2013
Causalidade de Granger entre grupos de séries temporais: desenvolvimento de metodologias para seleção de modelos e extensões no domínio da frequência com aplicações em Biologia Molecular e Neurociência.
Descrição: Wiener (1956) e Granger (1969) introduziram um conceito intuitivo de causalidade (causalidade de Granger) entre duas variáveis que é baseada na ideia de que um efeito nunca ocorre antes de sua causa. Apesar da causalidade de Granger não ser uma "causalidade efetiva" no sentido Aristotélico, este conceito é muito útil para identificar direcionalidade e fluxo de informação em dados observados (biológicos, econômicos, financeiros, etc). Geweke (1984) generalizou esse conceito de causalidade para o caso multivariado, ou seja, quando m séries temporais Granger-causam uma série temporal, enquanto Fujita et al. (2010) generalizaram para o caso entre grupos de variáveis, isto é, quando m séries temporais Granger-causam n outras séries temporais. Apesar da técnica para a identificação da causalidade de Granger entre grupos ser útil para explicar certos eventos naturais, ainda existem algumas limitações a serem superadas. Por exemplo, para sua identificação em dados reais, é necessário definir de forma objetiva quais variáveis pertencem a quais grupos quando nenhuma informação a priori sobre a estrutura dos grupos é fornecida. Além disso, pouco (ou nada) se é conhecido sobre a causalidade de Granger entre grupos de séries temporais no domínio da frequência. Assim, neste projeto, propõe-se desenvolver um critério para seleção de modelos, isto é, uma maneira de definir de forma objetiva quais variáveis pertencem a quais grupos; e também um conceito e metodologia para a identificação de causalidade de Granger entre grupos de séries temporais no domínio da frequência. Propõe-se, ainda, aplicar as técnicas desenvolvidas aqui em dados de expressão gênica relacionados com o câncer e também em dados de ressonância magnética funcional, afim de obter uma melhor compreensão da intrincada rede de interações gênicas no câncer e também da conectividade do cérebro sob diferentes estímulos..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
2009 - 2011
Development of Computational Methods for Large Scale Gene Regulatory Networks: Construction and Structural Analysis.
Descrição: The main goal pursued by this project is to develop innovative computational methods using supercomputer to construct large scale gene regulatory networks and to design algorithms to mine properties related to diseases in network´s structure..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
2007 - 2009
Genome Network Project
Descrição: Construção de uma plataforma computacional para análise de dados biológicos em larga escala..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.


Membro de corpo editorial


2012 - 2015
Periódico: Computational Biology Journal
2012 - Atual
Periódico: Frontiers in Bioscience (Print)


Revisor de periódico


2007 - Atual
Periódico: Cancer Informatics
2008 - Atual
Periódico: Genetics and Molecular Research
2008 - Atual
Periódico: In Silico Biology. An International Journal on Computational Molecular Biol
2007 - Atual
Periódico: BMC Bioinformatics
2008 - Atual
Periódico: BioEssays (Cambridge)
2008 - Atual
Periódico: Bioinformatics (Oxford)
2008 - Atual
Periódico: Journal of Bioinformatics and Computational Biology
2008 - Atual
Periódico: BMC Systems Biology
2008 - Atual
Periódico: Nucleic Acids Research
2010 - Atual
Periódico: IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics (Print)
2010 - Atual
Periódico: Plos One


Revisor de projeto de fomento


2018 - Atual
Agência de fomento: Italian Ministry for Education, University and Research
2017 - Atual
Agência de fomento: Medical Research Council
2014 - Atual
Agência de fomento: Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico
2014 - 2015
Agência de fomento: Comisión Nacional de Investigación Científica y Tecnológica
2012 - Atual
Agência de fomento: Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo
2011 - 2013
Agência de fomento: Romanian National Council for Scientific Research


Áreas de atuação


1.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Biologia Molecular/Especialidade: Bioinformática.
2.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Matemática da Computação.


Idiomas


Português
Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.
Espanhol
Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.
Inglês
Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.
Japonês
Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.
Francês
Compreende Razoavelmente, Fala Razoavelmente, Lê Razoavelmente, Escreve Razoavelmente.


Prêmios e títulos


2018
Newton Advanced Fellowship, Academy of Medical Sciences - Royal Society (Reino Unido).
2018
Melhor poster na categoria "Systems Biology and Networks", X-meeting 2018 - 14th International Conference of the AB3C.
2017
Jovem Pesquisador Destaque, Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional.
2017
Alexander von Humboldt Fellowship, Alexander von Humboldt Foundation (Alemanha).
2016
Terceiro lugar no XXIII Latin American Contest of Master Thesis - CLTM/CLEI (orientador da aluna Suzana de Siqueira Santos), Conferencia Latino Americana de Informática.
2015
Destaques das Atividades de Cultura e Extensão em 2013 (Curso de Verão em Bioinformática 2013), Pró-Reitoria de Cultura e Extensão Universitária.
2015
JICA Nikkei Fellowship, Japan International Cooperation Agency.
2015
Melhor poster na categoria "Desenvolvimento de software", X-meeting 2015 - 11th International Conference of the AB3C + Brazilian Symposium of Bioinformatics.
2009
Menção Honrosa (Ciências Biológicas I), Prêmio CAPES de Teses 2008.
2009
Special Postdoctoral Research Fellowship, RIKEN (Japão).
2008
Primeiro lugar na categoria doutorado, Concurso de Teses e Dissertações - Sociedade Brasileira de Computação.
2006
DELF (nivel B2) - Diplôme d'études en langue française, Ministère français de l'éducation nationale.
2006
JICA Nikkei Fellowship, Japan International Cooperation Agency.
2003
D.E.L.E (nivel Superior) - Diploma de Español como Lengua Extranjera, La Universidad de Salamanca - Instituto Cervantes.
2001
Japanese Language Proficiency Test levels 1,2,3,4, Japan Foundation - Association of International Education.


Produções



Produção bibliográfica
Artigos completos publicados em periódicos

1.
GUZMAN, G. E. C.2018GUZMAN, G. E. C. ; VIDAL, M. C. ; SATO, J. R. ; FUJITA, A . Identification of alterations associated with age in the clustering structure of functional brain networks. PLoS One, v. 13, p. e0195906, 2018.

2.
Sato, Joao Ricardo2018Sato, Joao Ricardo ; VIDAL, MACIEL ; DE SIQUEIRA SANTOS, SUZANA ; MASSIRER, Katlin Brauer ; Fujita, Andre . Complex network measures in Autism Spectrum Disorders. IEEE-ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, v. 15, p. 1-1, 2018.

3.
NARDELLI, TARLLIZA ROMANNA2018NARDELLI, TARLLIZA ROMANNA ; VANZELA, EMERIELLE CRISTINA ; BENEDICTO, KELI CRISTINA ; BROZZI, FLORA ; Fujita, André ; CARDOZO, ALESSANDRA K. ; EIZIRIK, DÉCIO ; BOSCHERO, ANTONIO CARLOS ; ORTIS, FERNANDA . Prolactin protects against cytokine-induced beta cell death by NFkB and JNK inhibition. JOURNAL OF MOLECULAR ENDOCRINOLOGY, v. 61, p. JME-16-0257-36, 2018.

4.
LOBBA, A. R. M.2018LOBBA, A. R. M. ; CARREIRA, A. C. O. ; CERQUEIRA, O. L. D. ; FUJITA, A ; DEOCESANO-PEREIRA, C. ; OSORIO, C. A. B. ; SOARES, F. A. ; RAMESHWAR, P. ; SOGAYAR, M. C. . High CD90 (THY-1) expression positively correlates with cell transformation and worse prognosis in basal-like breast cancer tumors. PLoS One, v. 13, p. e0199254, 2018.

5.
VIDAL, MACIEL C.2017VIDAL, MACIEL C. ; Sato, João R. ; BALARDIN, JOANA B. ; TAKAHASHI, DANIEL Y. ; Fujita, André . ANOCVA in R: A Software to Compare Clusters between Groups and Its Application to the Study of Autism Spectrum Disorder. Frontiers in Neuroscience, v. 11, p. 1, 2017.

6.
Fujita, André2017Fujita, André; VIDAL, MACIEL C. ; TAKAHASHI, DANIEL Y. . A Statistical Method to Distinguish Functional Brain Networks. Frontiers in Neuroscience, v. 11, p. 1, 2017.

7.
RIBEIRO, A. H.2017RIBEIRO, A. H. ; LOTUFO, P. ; FUJITA, A ; GOULART, A. ; CHOR, D. ; MILL, J. G. ; BENSENOR, I. ; SANTOS, I. S. . Association Between Short-Term Systolic Blood Pressure Variability and Carotid Intima-Media Thickness in ELSA-Brasil Baseline. AMERICAN JOURNAL OF HYPERTENSION, v. 1, p. 1, 2017.

8.
MARTINS, L. A.2017MARTINS, L. A. ; GALLETII, M. F. B. M. ; RIBEIRO, J. M. ; FUJITA, A ; COSTA, F. B. ; BRUNA, M. B. ; DAFFRE, S. ; FOGACA, A. C. . The Distinct Transcriptional Response of the Midgut of Amblyomma sculptum and Amblyomma aureolatum Ticks to Rickettsia rickettsii Correlates to Their Differences in Susceptibility to Infection. Frontiers in Cellular and Infection Microbiology, v. 7, p. 129, 2017.

9.
ESTEVES, E.2017ESTEVES, E. ; MARUYAMA, S. R. ; SAKUMA, R. ; FUJITA, A ; MARTINS, L. A. ; RIGHI, A. A. ; COSTA, F. B. ; PALMISANO, G. ; LABRUNA, M. B. ; SA-NUNES, A. ; RIBEIRO, J. M. ; FOGACA, A. C. . Analysis of the Salivary Gland Transcriptome of Unfed and Partially Fed Amblyomma sculptum Ticks and Descriptive Proteome of the Saliva. Frontiers in Cellular and Infection Microbiology, v. 7, p. 476, 2017.

10.
BANDO, S. Y.2017BANDO, S. Y. ; IAMASHITA, P. ; GUTH, B. E. ; SANTOS, L. F. ; FUJITA, A ; ABE, C. M. ; FERREIRA, L. R. ; MOREIRA-FILHO, C. A. . A hemolytic-uremic syndrome-associated strain O113:H21 Shiga toxin-producing Escherichia coli specifically expresses a transcriptional module containing dicA and is related to gene network dysregulation in Caco-2 cells. PLoS One, v. 12, p. e0189613, 2017.

11.
SATO, J. R.2016SATO, J. R. ; BALARDIN, J. ; VIDAL, M. C. ; FUJITA, A . Identification of segregated regions in the functional brain connectome of autistic patients by a combination of fuzzy spectral clustering and entropy analysis. Journal of Psychiatry & Neuroscience, v. 41, p. 124-132, 2016.

12.
FONSECA, M.2016FONSECA, M. ; RODRIGUES, A. C. ; CEZAR, L. ; FUJITA, A ; SORIANO, F. ; STEINER, A. . Spontaneous hypothermia in human sepsis is a transient, self-limiting and non-terminal response. Journal of Applied Physiology, v. 1, p. 1, 2016.

13.
KINKER, GABRIELA SARTI2016KINKER, GABRIELA SARTI ; THOMAS, ANDREW MALTEZ ; CARVALHO, VINICIUS JARDIM ; LIMA, FELIPE PRATA ; Fujita, André . Deletion and low expression of NFKBIA are associated with poor prognosis in lower-grade glioma patients. Scientific Reports, v. 6, p. 24160, 2016.

14.
GALLETTI, MARIA FERNANDA B. M.2016GALLETTI, MARIA FERNANDA B. M. ; Fujita, André ; ROSA, RAFAEL D. ; MARTINS, LARISSA A. ; SOARES, HERBERT S. ; LABRUNA, MARCELO B. ; DAFFRE, SIRLEI ; FOGAÇA, ANDRÉA C. . Virulence genes of Rickettsia rickettsii are differentially modulated by either temperature upshift or blood-feeding in tick midgut and salivary glands. Parasites & Vectors, v. 9, p. 331, 2016.

15.
Fujita, André2016Fujita, André; TAKAHASHI, DANIEL YASUMASA ; BALARDIN, JOANA BISOL ; VIDAL, MACIEL CALEBE ; SATO, João Ricardo . Correlation between graphs with an application to brain network analysis. Computational Statistics & Data Analysis (Print), p. 76-92, 2016.

16.
ALEXANDRINO, P.2015ALEXANDRINO, P. ; MENDONCA, T. ; BAUTISTA, L. ; CHERIX, J. ; LOZANO-SAKALAUSKAS, G. ; FUJITA, A. ; RAMOS FILHO, E. ; LONG, P. ; PADILLA, G. ; TACIRO, M. ; GOMEZ, J. G. ; SILVA, L. . Draft Genome Sequence of the Polyhydroxyalkanoate-producing Bacterium Burkholderia sacchari LMG 19450 Isolated from Brazilian Sugarcane Plantation Soil. Genome Announcements, v. 3, p. e00313-15, 2015.

17.
NAKATA, A.2015NAKATA, A. ; YOSHIDA, R. ; YAMAGUCHI, R. ; YAMAUCHI, M. ; Tamada, Y. ; Fujita, André ; Imoto, S. ; Shimamura, T. ; HIGUCHI, T. ; NOMURA, M. ; KIMURA, T. ; NOKIHARA, H. ; HIGASHIYAMA, M. ; KONDOH, K. ; NISHIHARA, H. ; TOJO, A. ; YANO, S. ; MIYANO, S. ; GOTOH, N. . Elevated beta-catenin pathway as a novel target for patients with resistance to EGF receptor targeting drugs. Scientific Reports, v. 5, p. 13076, 2015.

18.
SANTOS, S. S.2015SANTOS, S. S. ; GALATRO, T. F. A. ; WATANABE, R. A. ; SHINJO, Sueli Mieko Oba ; MARIE, Suely Kazue Nagahashi ; FUJITA, A. . CoGA: an R package to identify differentially co-expressed gene sets by analyzing the graph spectra. Plos One, v. 10, p. 1-17, 2015.

19.
GOMES, LUCIANA R.2015GOMES, LUCIANA R. ; Fujita, André ; MOTT, JONI D. ; SOARES, FERNANDO A. ; LABRIOLA, LETICIA ; SOGAYAR, MARI C. . RECK is not an independent prognostic marker for breast cancer. BMC Cancer (Online), v. 15, p. 1, 2015.

20.
MOLINA, E.2014MOLINA, E. ; Fujita, André ; SOGAYAR, Mari Cleide ; DEMASI, Marcos Angelo A. . A quantitative and humane tail bleeding assay for efficacy evaluation of antihaemophilic factors in haemophilia A mice. Haemophilia (Oxford. Print), v. 20, p. 392-398, 2014.

21.
RODRIGUES, A. C.2014RODRIGUES, A. C. ; MACHADO, B. S. ; FLORENCE, G. ; HAMAD, A. P. ; SAKAMOTO, A. C. ; Fujita, Andre ; BACCALA, L. A. ; AMARO JR, E. ; SAMESHIMA, K. . Brain network dynamics characterization in epiletic seizures. The European Physical Journal. Special Topics, v. 223, p. 2933-2941, 2014.

22.
MACIEL, C.2014MACIEL, C. ; Fujita, Andre ; GUERONI, D. I. ; RAMOS, A. D. ; CAPURRO, M. L. ; SA-NUNES, A. . Evans blue as a simple method to discriminate mosquitoes feeding choice on small laboratory animals. Plos One, v. 9, p. e110551, 2014.

23.
AZEVEDO, H.2014AZEVEDO, H. ; Fujita, André ; BANDO, S. Y. ; IAMASHITA, P. ; MOREIRA-FILHO, C. A. . Transcriptional network analysis reveals that AT1 and AT2 Angiotensin II receptors are both involved in the regulation of genes essential for glioma progression. Plos One, v. 9, p. e110934, 2014.

24.
Fujita, André2014Fujita, André; TAKAHASHI, DANIEL Y. ; PATRIOTA, ALEXANDRE G. ; Sato, João R. . A non-parametric statistical test to compare clusters with applications in functional magnetic resonance imaging data. Statistics in Medicine (Print), v. 33, p. 4949-4962, 2014.

25.
SATO, João Ricardo2013SATO, João Ricardo ; TAKAHASHI, DANIEL YASUMASA ; Hoexter, Marcelo Queiroz ; MASSIRER, Katlin Brauer ; Fujita, André . Measuring network's entropy in ADHD: A new approach to investigate neuropsychiatric disorders. Neuroimage (Orlando, Fla. Print), v. 77, p. 44-51, 2013.

26.
GALLETII, M. F. B. M.2013GALLETII, M. F. B. M. ; Fujita, Andre ; NISHIYAMA-JR., M. Y. ; MALOSSI, C. D. ; PINTER, A. ; SOARES, J. F. ; DAFFRE, S. ; LABRUNA, M. B. ; FOGACA, A. C. . Natural Blood Feeding and Temperature Shift Modulate the Global Transcriptional Profile of Rickettsia rickettsii Infecting Its Tick Vector. Plos One, v. 8, p. e77388, 2013.

27.
HALCSIK, E.2013HALCSIK, E. ; FORNI, M. F. ; FUJITA, A. ; VERANO-BRAGA, T. ; JENSEN, O. N. ; SOGAYAR, M. C. . New insights in osteogenic differentiation revealed by mass spectrometric assessment of phosphorylated substrates in murine skin mesenchymal cells. BMC Cell Biology (Online), v. 14, p. 47, 2013.

28.
Fujita, André2013Fujita, André; TAKAHASHI, DANIEL Y. ; PATRIOTA, ALEXANDRE G. . A non-parametric method to estimate the number of clusters. Computational Statistics & Data Analysis (Print), v. 73, p. 27-39, 2013.

29.
DE SIQUEIRA SANTOS, S.2013DE SIQUEIRA SANTOS, S. ; TAKAHASHI, D. Y. ; NAKATA, A. ; FUJITA, A. . A comparative study of statistical methods used to identify dependencies between gene expression signals. Briefings in Bioinformatics, v. 15, p. 906-918, 2013.

30.
KOJIMA, KANAME2012KOJIMA, KANAME ; Imoto, Seiya ; Yamaguchi, Rui ; Fujita, André ; Yamauchi, Mai ; Gotoh, Noriko ; Miyano, Satoru . Identifying regulational alterations in gene regulatory networks by state space representation of vector autoregressive models and variational annealing. BMC Genomics, v. 13, p. S6, 2012.

31.
Sato, João Ricardo2012Sato, João Ricardo ; FUJITA, A. ; Hoexter, Marcelo Queiroz ; Rohde, Luis Augusto . Evaluation of Pattern Recognition and Feature Extraction Methods in ADHD Prediction. Frontiers in Systems Neuroscience, v. 6, p. 1, 2012.

32.
FUJITA, A2012FUJITA, A; SEVERINO, P. ; Kojima K ; SATO, João Ricardo ; PATRIOTA, A. G. ; Miyano, Satoru . Functional clustering of time series gene expression data by Granger causality. BMC Systems Biology, v. 6, p. 137, 2012.

33.
TAKAHASHI, D. Y.2012 TAKAHASHI, D. Y. ; SATO, João Ricardo ; FERREIRA, Carlos Eduardo ; FUJITA, A . Discriminating Different Classes of Biological Networks by Analyzing the Graphs Spectra Distribution. Plos One, v. 7, p. e49949, 2012.

34.
Nagasaki, M.2012Nagasaki, M. ; FUJITA, A. ; SEKIYA, Y. ; SAITO, A. ; IKEDA, E. ; LI, C. ; Miyano, S. . XiP: a computational environment to create, extend and share workflows. Bioinformatics (Oxford. Print), v. 29, p. 137-139, 2012.

35.
FUJITA, A2011FUJITA, A; Sato, J. R. ; Demasi, Marcos Almeida ; Yamaguchi, R. ; Shimamura, T. ; FERREIRA, Carlos Eduardo ; Sogayar, Mari C ; Miyano, S. . Inferring contagion in regulatory networks. IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics (Print), v. 8, p. 570-576, 2011.

36.
Kasparek, Tomas2011Kasparek, Tomas ; Thomaz, Carlos Eduardo ; Sato, Joao Ricardo ; Schwarz, Daniel ; Janousova, Eva ; Marecek, Radek ; Prikryl, Radovan ; Vanicek, Jiri ; Fujita, Andre ; Ceskova, Eva . Maximum-uncertainty linear discrimination analysis of first-episode schizophrenia subjects. Psychiatry Research. Neuroimaging (Print), v. 191, p. 174-181, 2011.

37.
Nagasaki, M.2011Nagasaki, M. ; SAITO, A. ; FUJITA, A. ; Tremmel, G. ; Ueno, K. ; IKEDA, E. ; Jeong, E. ; Miyano, S. . Systems biology model repository for macrophage pathway simulation. Bioinformatics (Oxford. Print), v. 27, p. 1591-1593, 2011.

38.
VALENZUELA, Juan Carlos B.2011VALENZUELA, Juan Carlos B. ; FUJITA, A ; HALCSIK, E. ; GRANJEIRO, J. M. ; SOGAYAR, Mari Cleide . Unveiling novel genes upregulated by both rhBMP2 and rhBMP7 during early osteoblastic transdifferentiation of C2C12 cells. BMC Research Notes, v. 4, p. 370, 2011.

39.
Fujita, André2010Fujita, André; SATO, João Ricardo ; KOJIMA, KANAME ; GOMES, LUCIANA RODRIGUES ; NAGASAKI, MASAO ; SOGAYAR, Mari Cleide ; Miyano, Satoru . IDENTIFICATION OF GRANGER CAUSALITY BETWEEN GENE SETS. Journal of Bioinformatics and Computational Biology (Print), v. 08, p. 679, 2010.

40.
Shimamura, T.2010Shimamura, T. ; Imoto, S. ; Nagasaki, M. ; YAMAUCHI, M. ; Yamaguchi, Rui ; FUJITA, A. ; Tamada, Y. ; GOTOH, N. ; Miyano, Satoru . Collocation-based sparse estimation for constructing dynamic gene networks. Genome Informatics, v. 24, p. 164-178, 2010.

41.
FUJITA, A.2010FUJITA, A.; Nagasaki, M. ; Imoto, S. ; SAITO, A. ; IKEDA, E. ; Shimamura, T. ; Yamaguchi, Rui ; HAYASHIZAKI, Y. ; Miyano, Satoru . Comparison of gene expression profiles produced by CAGE, illumina microarray and Real Time RT-PCR.. Genome Informatics, v. 24, p. 56-68, 2010.

42.
Sato, João R.2010Sato, João R. ; Fujita, André ; Cardoso, Elisson F. ; Thomaz, Carlos E. ; Brammer, Michael J. ; Amaro Jr., Edson . Analyzing the connectivity between regions of interest: An approach based on cluster Granger causality for fMRI data analysis. NeuroImage (Orlando), v. 52, p. 1444-1455, 2010.

43.
FUJITA, A2010FUJITA, A; SEVERINO, P. ; Sato, Joao R ; Miyano, Satoru . Granger causality in systems biology: modeling gene networks in time series microarray data using vector autoregressive models. Lecture Notes in Computer Science, v. 6268, p. 13-24, 2010.

44.
FUJITA, A.2010FUJITA, A.; Kojima, K. ; PATRIOTA, A. G. ; Sato, J. R. ; SEVERINO, P. ; Miyano, S. . A fast and robust statistical test based on Likelihood ratio with Bartlett correction to identify Granger causality between gene sets. Bioinformatics (Oxford. Print), v. 26, p. 2349-2351, 2010.

45.
NIIDA, A.2010NIIDA, A. ; Imoto, S. ; Yamaguchi, R. ; Nagasaki, M. ; FUJITA, A. ; Shimamura, T. ; Miyano, S. . Model-free unsupervised gene set screening based on information enrichment in expression profiles. Bioinformatics (Oxford. Print), v. 26, p. 3090-3097, 2010.

46.
Fujita, André2009Fujita, André; SATO, João Ricardo ; DEMASI, MARCOS ANGELO ALMEIDA ; SOGAYAR, Mari Cleide ; FERREIRA, Carlos Eduardo ; Miyano, Satoru . COMPARING PEARSON, SPEARMAN AND HOEFFDING'S D MEASURE FOR GENE EXPRESSION ASSOCIATION ANALYSIS. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, v. 07, p. 663, 2009.

47.
SATO, João Ricardo2009SATO, João Ricardo ; Fujita, André ; Thomaz, Carlos Eduardo ; Martin, Maria da Graça Morais ; Mourão-Miranda, Janaina ; Brammer, Michael John ; Junior, Edson Amaro . Evaluating SVM and MLDA in the extraction of discriminant regions for mental state prediction. NeuroImage (Orlando), v. 46, p. 105-114, 2009.

48.
Shimamura, T.2009Shimamura, T. ; Imoto, S. ; Yamaguchi, Rui ; FUJITA, A ; Nagasaki, M. ; Miyano, Satoru . Recursive regularization for inferring gene networks from time-course gene expression profiles. BMC Systems Biology, v. 3, p. 41, 2009.

49.
FUJITA, A2009FUJITA, A; SATO, João Ricardo ; SILVA, F. H. L. ; GALVAO, M. C. ; SOGAYAR, Mari Cleide ; Miyano, Satoru . Quality control and reproducibility in DNA microarray experiments. Genome Informatics, v. 23, p. 21-31, 2009.

50.
Fujita, Andre2009Fujita, Andre; Patriota, Alexandre G ; Sato, Joao R ; Miyano, Satoru . The impact of measurement errors in the identification of regulatory networks.. BMC Bioinformatics, v. 10, p. 412, 2009.

51.
FUJITA, A.;Fujita, André;FUJITA, A;Fujita, Andre2008FUJITA, A.; SATO, João Ricardo ; FESTA, Fernanda ; GOMES, L. R. ; SHINJO, Sueli Mieko Oba ; MARIE, Suely Kazue Nagahashi ; FERREIRA, Carlos Eduardo ; SOGAYAR, Mari Cleide . Identification of Col6a1 as a differentially expressed gene in human astrocytomas. Genetics and Molecular Research, v. 7, p. 371-378, 2008.

52.
SATO, João Ricardo2008SATO, João Ricardo ; da Graça Morais Martin, Maria ; Fujita, André ; Mourão-Miranda, Janaina ; Brammer, Michael John ; Amaro, Edson . An fMRI normative database for connectivity networks using one-class support vector machines. Human Brain Mapping, v. 30, p. 1068-1076, 2008.

53.
Fujita, André2008Fujita, André; SATO, João Ricardo ; GARAY-MALPARTIDA, HUMBERTO MIGUEL ; SOGAYAR, Mari Cleide ; FERREIRA, Carlos Eduardo ; Miyano, Satoru . MODELING NONLINEAR GENE REGULATORY NETWORKS FROM TIME SERIES GENE EXPRESSION DATA. Journal of Bioinformatics and Computational Biology (Print), v. 06, p. 961, 2008.

54.
Hatanaka, Y.2008Hatanaka, Y. ; Nagasaki, M. ; Yamaguchi, Rui ; Obayashi, T. ; Numata, K. ; FUJITA, A. ; Shimamura, T. ; Tamada, Y. ; Imoto, S. ; Kinoshita, K. ; Nakai, K. ; Miyano, Satoru . A novel strategy to search conserved transcriptional factor binding sites among coexpressing genes in human. Genome Informatics, v. 20, p. 212-221, 2008.

55.
SATO, J2008SATO, J ; THOMAZ, C ; CARDOSO, E ; FUJITA, A ; MARTIN, M ; AMAROJR, E . Hyperplane navigation: A method to set individual scores in fMRI group datasets. NeuroImage (Orlando), v. 42, p. 1473-1480, 2008.

56.
Fujita, Andre2008Fujita, Andre; Gomes, Luciana R ; Sato, Joao R ; Yamaguchi, Rui ; Thomaz, Carlos E ; Sogayar, Mari C ; Miyano, Satoru . Multivariate gene expression analysis reveals functional connectivity changes between normal/tumoral prostates. BMC Systems Biology, v. 2, p. 106, 2008.

57.
Kojima K2008Kojima K ; FUJITA, A. ; Shimamura, T. ; Imoto, S. ; Miyano, Satoru . Estimation of nonlinear gene regulatory networks via L1 regularized NVAR from time series gene expression data. Genome Informatics, v. 20, p. 37-51, 2008.

58.
SATO, João Ricardo2007SATO, João Ricardo ; FUJITA, A. ; AMARO JR, Edson ; MIRANDA, Janaína Mourão ; MORETTIN, Pedro Alberto ; BRAMMER, Michael J . DWT-CEM: An algorithm for scale-temporal clustering in fMRI. Biological Cybernetics, v. 97, p. 33-45, 2007.

59.
FUJITA, A.;Fujita, André;FUJITA, A;Fujita, Andre2007FUJITA, A.; SATO, João Ricardo ; MALPARTIDA, Humberto Miguel Garay ; MORETTIN, Pedro Alberto ; SOGAYAR, Mari Cleide ; FERREIRA, Carlos Eduardo . Time-varying modeling of gene expression regulatory networks using the wavelet dynamic vector autoregressive method. Bioinformatics (Oxford. Print), v. 23, p. 1623/13-1630, 2007.

60.
FUJITA, A.;Fujita, André;FUJITA, A;Fujita, Andre2007 FUJITA, A.; SATO, João Ricardo ; MALPARTIDA, Humberto Miguel Garay ; Yamaguchi, Rui ; Miyano, Satoru ; SOGAYAR, Mari Cleide ; FERREIRA, Carlos Eduardo . Modeling gene expression regulatory networks with the sparse vector autoregressive model. BMC Systems Biology, v. 1, p. 39, 2007.

61.
FUJITA, A.;Fujita, André;FUJITA, A;Fujita, Andre2007FUJITA, A.; SATO, João Ricardo ; FERREIRA, Carlos Eduardo ; SOGAYAR, Mari Cleide . GEDI: a user-friendly toolbox for analysis of large-scale gene expression data. BMC Bioinformatics, v. 8, p. 457, 2007.

62.
FUJITA, A.;Fujita, André;FUJITA, A;Fujita, Andre2006FUJITA, A.; SATO, João Ricardo ; RODRIGUES, Leonardo de Oliveira ; FERREIRA, Carlos Eduardo ; SOGAYAR, Mari Cleide . Evaluating different methods of microarray data normalization. BMC Bioinformatics, v. 7, p. 0/469, 2006.

63.
FUJITA, A.;Fujita, André;FUJITA, A;Fujita, Andre2005FUJITA, A.; MASSIRER, Katlin Brauer ; DURHAM, Alan Mitchell ; FERREIRA, Carlos Eduardo ; SOGAYAR, Mari Cleide . The GATO gene annotation tool for research laboratories.. Brazilian Journal of Medical and Biological Research, v. 38, n.11, p. 1571-1574, 2005.

Capítulos de livros publicados
1.
PATRIOTA, A. G. ; VIDAL, M. C. ; JESUS, D. A. C. ; FUJITA, A . ANOCVA: a non-parametric statistical test to compare clustering structures. In: Fabricio Alves Barbosa da Silva; Nicolas Carels; Floriano Paes Silva Junior. (Org.). Theoretical and Applied Aspects of Systems Biology. 1ed.: Springer International Publishing, 2018, v. 27, p. 1-.

2.
SANTOS, S. S. ; TAKAHASHI, D. Y. ; SATO, J. R. ; FERREIRA, Carlos Eduardo ; FUJITA, A. . Statistical methods in graphs: parameter estimation, model selection, and test. In: Matthias Dehmer; Frank Emmert-Streib; Zengqiang Chen; Xueliang Li; and Yongtang Shi. (Org.). Mathematical foundations and applications of graph entropy. 1ed.: Wiley-VCH, 2016, v. 6, p. 183-202.

3.
FUJITA, A.; SEVERINO, P. ; ALEXANDRINO, P. ; OLIVEIRA, F. C. A. ; MIYANO, S. . Granger causality for time series gene expression data. In: Ka-Chun Wong. (Org.). Computational Biology and Bioinformatics: Gene Regulation. 1ed.: CRC Press, 2016, v. 1, p. 48-65.

4.
Ribeiro, Adèle H. ; Soler, Júlia M. P. ; Neto, Elias Chaibub ; Fujita, André . Causal Inference and Structure Learning of Genotype-Phenotype Networks Using Genetic Variation. Big Data Analytics in Genomics. 1ed.: Springer International Publishing, 2016, v. , p. 89-143.

5.
Fujita, André; Miyano, Satoru . A Tutorial to Identify Nonlinear Associations in Gene Expression Time Series Data. In: Etsuko Miyamono-Sato; Hiroyuki Ohashi; Hirotaka Sasaki; Jun-Ichi Nishikawa; Hiroshi Yanagawa. (Org.). Methods in Molecular Biology. 1ed.: Springer New York, 2014, v. , p. 87-95.

6.
DEMASI, Marcos Angelo A. ; Carreira ACO ; GOMES, L. R. ; Lima MT ; Lobba ARM ; LOJUDICE, Fernando Henrique ; DEGAKI, Theri Leica ; MONTOR, Wagner Ricardo ; FUJITA, A ; SOGAYAR, Mari Cleide . Genômica Funcional em Oncologia. In: Paulo Hoff; Artur Katz; Roger Chammas; Vincente Odoni; Yana Novis. (Org.). Tratado de Oncologia. 1ed.Rio de Janeiro: Atheneu, 2013, v. 1, p. 505-.

7.
FUJITA, A.; SATO, João Ricardo ; DEMASI, Marcos Angelo A. ; Miyano, Satoru ; SOGAYAR, Mari Cleide ; FERREIRA, Carlos Eduardo . An introduction to time-varying connectivity estimation for gene regulatory networks. In: Frank Emmert-Streib; Matthias Dehmer. (Org.). Medical Biostatistics for complex diseases. Weinheim: Wiley VCH Verlag, 2010, v. , p. 205-230.

Textos em jornais de notícias/revistas
1.
FUJITA, A.. Todos pela inovação. Computação Brasil, p. 17 - 17.

Trabalhos completos publicados em anais de congressos
1.
FUJITA, A.; SOGAYAR, Mari Cleide ; FERREIRA, Carlos Eduardo . Análise de dados de expressão gênica: normalização de microarrays e modelagem de redes regulatórias. In: Congresso da Sociedade Brasileira de Computação, 2008, Belém. Anais da Sociedade Brasileira de Computação, 2008.

Resumos publicados em anais de congressos
1.
FUJITA, A.; SATO, João Ricardo ; MALPARTIDA, Humberto Miguel Garay ; Yamaguchi, Rui ; SOGAYAR, Mari Cleide ; FERREIRA, Carlos Eduardo ; Miyano, Satoru . Modeling gene expression regulatory networks with the sparse vector autoregressive model. In: The Sixth Asia Pacific Bioinformatics Conference, 2008, Kyoto. Proceedings of The Sixth Asia Pacific Bioinformatics Conference, 2008.

2.
FUJITA, A.; SATO, João Ricardo ; SOGAYAR, Mari Cleide ; FERREIRA, Carlos Eduardo . GEDI: a user-friendly gene expression analysis toolbox. In: German Conference on Bioinformatics, 2007, Potsdam. German Conference on Bioinformatics, 2007.

3.
FUJITA, A.; SATO, João Ricardo ; FESTA, Fernanda ; WINNISCHOFER, Sheila Maria Brochado ; SHINJO, Sueli Mieko Oba ; MARIE, Suely Kazue Nagahashi ; FERREIRA, Carlos Eduardo ; SOGAYAR, Mari Cleide . A preliminary transcriptome map of astrocytomas. In: XXXIV Reunião da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular - SBBq, 2005, Lindóia, 2005.

4.
FUJITA, A.; SATO, João Ricardo ; FERREIRA, Carlos Eduardo ; SOGAYAR, Mari Cleide . Evaluating different methods of microarray data normalization. In: X-meeting, 2005, Caxambú. X-meeting, 2005.

5.
PUGA, Renato David ; FUJITA, A. ; FESTA, Fernanda ; SOGAYAR, Mari Cleide . Identification of genes differentially expressed in tumoral prostates. In: II International Conference on Bioinformatics and Computational Biology, 2004, Angra dos Reis. II International Conference on Bioinformatics and Computational Biology, 2004.

6.
FUJITA, A.; SATO, João Ricardo ; SOGAYAR, Mari Cleide ; FERREIRA, Carlos Eduardo . Kernel non parametric regression and canonical correlation analysis in tumor classification. In: International Conference on Bioinformatics and Computational Biology, 2004, Angra dos Reis, 2004.

7.
FUJITA, A.; MASSIRER, Katlin Brauer ; DURHHAM, A. M. ; SOGAYAR, Mari Cleide . A simple gene annotation system for research laboratories. In: International Conference on Bioinformatics and Computational Biology, 2003, Ribeirão Preto, 2003.

8.
MASSIRER, Katlin Brauer ; FUJITA, A. ; BARRETO, J. F. T. . Search for genes related to cancer using protein domain profiles. In: XXXI Reunião da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular - SBBq, 2002, Caxambú. Search for new genes related to cancer using protein domain profiles, 2002.

Apresentações de Trabalho
1.
Fujita, Andre. Systems biology and systems neuroscience: methods and applications. 2014. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

2.
Fujita, André. Systems Biology: another point of view. 2011. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

3.
Fujita, André. Granger causality and extensions of vector autoregressive models: applications and challenges. 2011. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).


Produção técnica
Programas de computador sem registro
1.
NAGASAKI, MASAO ; FUJITA, A. ; Miyano, Satoru . XiP. 2012.

2.
Nagasaki, M. ; Fujita, André ; Miyano, Satoru . MACPAK. 2010.

3.

Trabalhos técnicos
1.
TAKEHARA, Elaine Cristina ; FUJITA, A. . Estudo Comparativo entre o Método Radiográfico de Mão e Punho e o de Vértebras Cervicais para Avalição da Maturidade Esquelética. 2005.

Entrevistas, mesas redondas, programas e comentários na mídia
1.
FUJITA, A. Workshop de Bioinformática UTFPR 2015. 2015. (Programa de rádio ou TV/Mesa redonda).

2.
FUJITA, A. X-meeting SIG-RSG Brazil Bioinformática: perspectivas e desafios. 2015. (Programa de rádio ou TV/Mesa redonda).

3.
Fujita, André. Método identifica regiões cerebrais relacionadas com o déficit de atenção. 2014. (Programa de rádio ou TV/Entrevista).

4.
Fujita, André. Novel applications for systems biology. 2012. (Programa de rádio ou TV/Entrevista).

5.
Fujita, André. Dia do Biólogo. 2011. (Programa de rádio ou TV/Mesa redonda).


Demais tipos de produção técnica
1.
SOGAYAR, Mari Cleide ; CAMPOS, Ana Carolina Vale ; HASEGAWA, Ana Paula G. ; FUJITA, A. ; MACEDO, Antero F. A. ; VEDOY, Cleber Giovane ; COLIN, Christian ; NUNES, Diana Noronha ; FESTA, Fernanda ; LOJUDICE, Fernando Henrique ; LABRIOLA, Letícia ; RODRIGUES, Leonardo de Oliveira ; VALENZUELA, Juan Carlos B. ; KROGH, Karin ; CRUZ, Luciana Oliveira ; DEMASI, Marcos Angelo A. ; FIGUEIRA, Rita de Cássia Sávio ; WINNISCHOFER, Sheila Maria Brochado ; DEGAKI, Theri Leica ; FORTUNA, Vitor Antonio ; MONTOR, Wagner Ricardo . Biologia molecular da transformação maligna. 2004. (Desenvolvimento de material didático ou instrucional - Apostila).

2.
FUJITA, A.. ACCESS avançado. 2003. (Curso de curta duração ministrado/Outra).

3.
FUJITA, A.. ACCESS básico. 2003. (Curso de curta duração ministrado/Outra).



Bancas



Participação em bancas de trabalhos de conclusão
Mestrado
1.
Fujita, André. Participação em banca de Priscilla Koch Wagner. Uma nova abordagem para identificação da provável origem de genes exclusivos de bactérias. 2018. Dissertação (Mestrado em SISTEMAS DE INFORMAÇÃO) - Universidade de São Paulo.

2.
FUJITA, A. Participação em banca de Juliana Costa Silva. Análise de expressão diferencial para dados de RNA-Seq: uma nova abordagem. 2017. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

3.
FUJITA, A. Participação em banca de Taiane Coelho Ramos. Identificação de alterações em conectividades funcionais córtico-cerebelares no transtorno do espectro autista. 2017. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo.

4.
FUJITA, A. Participação em banca de Henrique Bolfarine. Comparação de métodos de reconstrução de redes em alta dimensão. 2017. Dissertação (Mestrado em Estatística) - Universidade de São Paulo.

5.
Fujita, André. Participação em banca de Stéphanie Karenina Bajay. Análise do transcriptoma de Rhizophora mangle: adaptações de árvores extremófilas em um cenário de mudanças climáticas.. 2017. Dissertação (Mestrado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Campinas.

6.
FUJITA, A. Participação em banca de Gianluca Major Machado da Silva. Caravela: um navegador para metagenomas. 2017. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

7.
FUJITA, A. Participação em banca de Ítalo Sudré Pereira. Análise de dados metagenômicos gerados a partir de fezes de macacos bugios. 2017. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

8.
FUJITA, A. Participação em banca de Amanda Rodrigues da Silva. Identificação e análise de sequências de enzimas termofílicas em dados de sequenciamento de compostagem. 2017. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

9.
FUJITA, A. Participação em banca de Vivian Mayumi Yamassaki Pereira. Reconstrução filogenética de procariotos com base em famílias de genes homólogos. 2017. Dissertação (Mestrado em SISTEMAS DE INFORMAÇÃO) - Universidade de São Paulo.

10.
FUJITA, A.. Participação em banca de Grover Enrique Castro Guzman. Identificação de alterações na estrutura de clusterização das redes funcionais do cérebro associadas com o neurodesenvolvimento. 2016. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo.

11.
FUJITA, A.. Participação em banca de Diogo Vieira da Silva Pellegrina. Anállise global da expressão de RNAs não codificadores no sistema imunológico humano na senescência e sepse. 2016. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

12.
FUJITA, A. Participação em banca de Rafael Mathias Ferreira. Arcabouço probabilístico para análise de sequências de RNA. 2015. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo.

13.
Fujita, Andre. Participação em banca de Ígor Bonadio. Desenvolvimento de um arcabouço probabilístico para implementação de Campos Aleatórios Condicionais. 2013. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo.

14.
DURHHAM, A. M.; FUJITA, A.; AZEVEDO, V. A. C.. Participação em banca de Liliane Santana Oliveira. PATO: um ambiente integrado com interface gráfica para a curadoria de dados de sequências biológicas. 2013. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo.

Teses de doutorado
1.
FUJITA, A. Participação em banca de Hátylas Felype Zaneti de Azevedo. Alterações transcriptômicas no hipocampo de ratos submetidos a um modelo experimental de epilepsia com insulto precipitante febril. 2017. Tese (Doutorado em Medicina (Pediatria)) - Universidade de São Paulo.

2.
FUJITA, A. Participação em banca de Lucas Ferreira da Silva. LincRNAs fisicamente associados ao receptor de andrógeno modificam o perfil de marcas da cromatina vizinha e alteram a expressão gênica local. 2017. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

3.
FUJITA, A. Participação em banca de César Augusto de Oliveira Coelho. XXX. 2017. Tese (Doutorado em Psicobiologia) - Universidade Federal de São Paulo.

4.
Fujita, André. Participação em banca de Daniel Matos Montezano. Contribuições para modelagem e predição do metabolismo de bactérias expostas à ação de antibióticos. 2016. Tese (Doutorado em Engenharia Elétrica) - Universidade Federal de Santa Catarina.

5.
FUJITA, A.. Participação em banca de Gesiele Almeida Barros de Carvalho. Análise computacional dos genomas de duas estirpes brasileiras de Bradyrhizobium de importância econômica. 2016. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

6.
FUJITA, A. Participação em banca de Gilson Vieira. Análise de Componentes Esparsos Locais com Aplicações em Ressonância Magnética Funcional. 2015. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

7.
HASHIMOTO, R. F.; MARTINS JUNIOR, D. C.; FUJITA, A.; MONTE, J. C. M.; LOPES, F. M.. Participação em banca de Carlos Henrique Aguena Higa. Inferência de redes de regulação gênica utilizando o paradigma de crescimento de sementes. 2012. Tese (Doutorado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo.

8.
DURHHAM, A. M.; ALMEIDA, S. V.; SETUBAL, J. C.; FUJITA, A.; LEONARDI, F. G.. Participação em banca de André Yoshiaki Kashiwabara. MYOP/ToPS/SGEEval: Um ambiente computacional para estudo sistemático de predição de genes. 2012. Tese (Doutorado em Ciencia da Computacao) - Universidade de São Paulo.

9.
DURHHAM, A. M.; Fujita, André; VITORELLO, C. B. M.; PEREIRA, T. C.; COSTA FILHO, I. G.. Participação em banca de Alexandre Rossi Paschoal. Bioinformática aplicada em RNomics: estratégias computacionais para caracterizacão de RNAs não codificantes. 2012. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

Qualificações de Doutorado
1.
FUJITA, A. Participação em banca de Carlos Henrique Vaccari da Gama. Desenvolvimento de montador híbrido de sequências de DNA. 2018. Exame de qualificação (Doutorando em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

2.
FUJITA, A. Participação em banca de Nathália Amato Khaled. Estudo do perfil de microRNAs e da coexpressão gênica em um modelo experimental de epilepsia induzida por hipertermia. 2017. Exame de qualificação (Doutorando em Medicina (Pediatria)) - Universidade de São Paulo.

3.
FUJITA, A. Participação em banca de Felipe Prata Lima. Melhoria da classificação taxonômica de reads obtidos com meta-ômicas por meio de integração de dados. 2017. Exame de qualificação (Doutorando em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

4.
FUJITA, A. Participação em banca de Thiago Dominguez Crespo Hirata. Análise dos mecanismos regulatórios transcricionais mediados por microRNAs na síndrome metabólica. 2017. Exame de qualificação (Doutorando em Farmácia (Fisiopatologia e Toxicologia)) - Universidade de São Paulo.

5.
FUJITA, A. Participação em banca de Livia Maria Silva Moura. Recuperação e certificação de genomas novos de procariotos com base em dados de sequenciamento ambiental. 2017. Exame de qualificação (Doutorando em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

6.
FUJITA, A. Participação em banca de Mindy Stephania de Los Ángeles Muñoz Miranda. Cancer immunology of cutaneous melanoma: a systems biology approach. 2017. Exame de qualificação (Doutorando em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

7.
FUJITA, A. Participação em banca de Amr Galal Abd El-Raheem Ibrahim. Bioinformatics Analysis of​ Transcription Start Sites and 5?UTRs in ​Halobacterium salinarum NRC-1 transcriptome. 2017. Exame de qualificação (Doutorando em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

8.
Fujita, Andre. Participação em banca de Andrew Maltez Thomas. Investigação de perfis microbianos humanos e sua relação com o câncer. 2016. Exame de qualificação (Doutorando em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

9.
FUJITA, A.. Participação em banca de Amanda Rusiska Piovezani. Uma abordagem multinível aplicada ao desenvolvimento do aerênquima em raiz de cana-de-açúcar.. 2016. Exame de qualificação (Doutorando em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

10.
FUJITA, A.. Participação em banca de Danillo Cunha de Almeida e Silva. Estudo e modelagem do fenômeno de pausa da RNA Polimerase na expressão de TSSaRNAs e seus genes cognatos em Archaea.. 2016. Exame de qualificação (Doutorando em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

11.
FUJITA, A.. Participação em banca de Liliane Santana Oliveira. Desenvolvimento de ferramentas bioinformáticas para a descoberta de vírus em dados metagenômicos. 2016. Exame de qualificação (Doutorando em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

12.
FUJITA, A.; NAKAYA, H.; REIS, E. M. R.. Participação em banca de Rodrigo Guarischi Mattos Amaral de Souza. Transcriptômica da formação de vasos sanguíneos. 2015. Exame de qualificação (Doutorando em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

13.
FUJITA, A. Participação em banca de HÁTYLAS FELYPE ZANETI DE AZEVEDO. ALTERAÇÕES TRANSCRIPTÔMICAS NO HIPOCAMPO E CÓRTEX ENTORRINAL DE RATOS SUBMETIDOS A UM MODELO EXPERIMENTAL DE EPILEPSIA COM INSULTO PRECIPITANTE FEBRIL. 2015. Exame de qualificação (Doutorando em Medicina (Pediatria)) - Universidade de São Paulo.

14.
FUJITA, A. Participação em banca de Priscila Iamashita. Estudo da interação de Escherichia coli produtora da toxina Shiga (STEC) do sorotipo 0113:H21 com células Caco-2: uma abordagem de biologia de sistema. 2015. Exame de qualificação (Doutorando em Medicina (Pediatria)) - Universidade de São Paulo.

15.
FUJITA, A. Participação em banca de Leandro de Araujo Lima. UMA ABORDAGEM INTEGRATIVA USANDO DADOS DE INTERAÇÃO PROTEÍNA-PROTEÍNA E ESTUDOS GENÉTICOS PARA PRIORIZAR GENES E FUNÇÕES BIOLÓGICAS EM TRANSTORNO DE DÉFICIT DE ATENÇÃO COM HIPERATIVIDADE. 2014. Exame de qualificação (Doutorando em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

16.
Fujita, André; SAMESHIMA, K.; MORETTIN, P. A.. Participação em banca de Gilson Vieira. Modelagem esparsa de sistemas dinâmicos para estimar redes de conectividade em RMf: aplicação ao estado de repouso. 2014. Exame de qualificação (Doutorando em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

17.
Fujita, Andre. Participação em banca de Antonio Diaz Tula. Melhorando a experiência do usuário em interações utilizando o olhar. 2014. Exame de qualificação (Doutorando em Ciencia da Computacao) - Universidade de São Paulo.

18.
Fujita, André. Participação em banca de Deibs Barbosa. ANÁLISE COMPUTACIONAL DO POTENCIAL METABÓLICO MICROBIANO EM METAGENOMAS. 2013. Exame de qualificação (Doutorando em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

Qualificações de Mestrado
1.
FUJITA, A. Participação em banca de Jaqueline Yu Ting Wang. Determinação pré-natal não invasiva de paternidade utilizando micro-haplótipos. 2017. Exame de qualificação (Mestrando em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

2.
FUJITA, A.. Participação em banca de Matheus Carvalho Burger. Análise Transcricional de RNAs Não Codificadores Longos em Pacientes com Dengue: Insights Sobre Mecanismos de Regulação Gênica. 2016. Exame de qualificação (Mestrando em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

3.
FUJITA, A. Participação em banca de Diogo Vieira da Silva Pellegrina. Análise global da expressão de RNAs não codificadores no sistema imunológico humano na senescência e sepse. 2015. Exame de qualificação (Mestrando em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

4.
FUJITA, A. Participação em banca de Gianluca Major Machado da Silva. Caravela: Uma proposta de navegador para metagenomas. 2015. Exame de qualificação (Mestrando em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

5.
Fujita, Andre. Participação em banca de Laécio Freitas Chaves. Alinhamento múltiplo de genomas e sequências de proteínas com repetições e rearranjos. 2014. Exame de qualificação (Mestrando em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo.

6.
Fujita, André; BARRERA, J.; REIS, M. S.. Participação em banca de Lulu Wu. Um método para modificar vias de sinalização molecular por meio de análise de banco de dados de interatomas. 2014. Exame de qualificação (Mestrando em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo.

7.
Fujita, André. Participação em banca de Rafael Mathias Ferreira. Predição de estrutura secundária de sequências de RNA e caracterização de famílias de RNA utilizando modelo de Markov de estados ocultos sensível ao contexto. 2013. Exame de qualificação (Mestrando em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo.

8.
Fujita, Andre. Participação em banca de Tássio Naia dos Santos. Grafos aleatórios exponenciais. 2013. Exame de qualificação (Mestrando em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo.

9.
FUJITA, A. Participação em banca de Adèle Helena Ribeiro. Análise de medidas de expressões gênicas com imprecisões usando microarranjos e aplicação em classificadores moleculares. 2013. Exame de qualificação (Mestrando em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo.

10.
Fujita, Andre. Participação em banca de Fernando Domingues Kummel Tria. Análise in silico de regiões regulatórias em promotores de genes com evidência de expressão modulada em Xylella fastiidiosa. 2012. Exame de qualificação (Mestrando em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo.

11.
Fujita, Andre. Participação em banca de Vitor Ferreira Onuchic. Transformações de consistência modificadas e sua utilização na integração de modelos de alinhamento e predição de genes. 2012. Exame de qualificação (Mestrando em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo.

12.
Fujita, Andre. Participação em banca de Bruna Renata Silva Corrêa. Análise computacional do genoma e transcriptoma de Plasmodium Vivax: contribuições da Bioinformática para o estudo da malária. 2011. Exame de qualificação (Mestrando em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo.

13.
Fujita, Andre. Participação em banca de Melline Fontes Noronha. Dinâmica da fermentação alcoólica: aplicação de redes booleanas probabilísticas sensíveis a contexto na dinâmica da expressão gênica na linhagem industrial PE-2 da Saccharomyces cerevisiae durante o processo fermentativo. 2011. Exame de qualificação (Mestrando em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo.

14.
Fujita, Andre. Participação em banca de Liliane Santana Oliveira. Ambiente integrado com interface gráfica para a curadoria de dados de sequências biológicas. 2011. Exame de qualificação (Mestrando em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo.



Participação em bancas de comissões julgadoras
Concurso público
1.
Fujita, André; VENCIO, R. Z. N.. Bioinformática/Bioestatística. 2014. Fundação Oswaldo Cruz.

2.
MARQUES, F. L. S. N.; Fujita, André; CHALCO, J. P. M.; CAMARGO, R. Y.; LAURETTO, M. S.. Concurso Público para cargos de professor Doutor no Curso de Sistemas de Informação - área de Ciência da Computação - Escola de Artes, Ciências e Humanidades Universidade de São Paulo. 2014. Universidade de São Paulo.

3.
AGUERO, F.; Fujita, Andre; SETUBAL, J. C.; FOGACA, A. C.; SILBER, A. M.. Professor Doutor. 2014. Universidade de São Paulo.



Eventos



Participação em eventos, congressos, exposições e feiras
1.
Understanding Cancer Cell Aggressiveness with Novel Imaging Technique.Statistics in graphs with applications to cancer data.. 2016. (Encontro).

2.
Japan Cancer Association - Kanazawa University Joint Symposium.XXX. 2015. (Simpósio).

3.
Brazil-UK Frontiers of Engineering.Computational statistics in biological big data: methods and applications. 2014. (Encontro).

4.
International Symposium on Tumor Biology in Kanazawa.Computational methods to identify altered gene regulatory networks. 2014. (Simpósio).

5.
The 10th IEEE International Conference on e-Science. XXX. 2014. (Congresso).

6.
UEA-NRP-FAPESP, UK-BRAZIL WORKSHOP on PLANT SCIENCES.Understanding biological systems using mathematics, computer science and statistics. 2013. (Encontro).

7.
X-meeting. Computational-statistical procedures to analyze control/disease networks. 2013. (Congresso).

8.
AACR Annual meeting.Expression of the RECK tumor and metastasis suppressor gene in human breast cancer: a poor prognosis marker. 2012. (Encontro).

9.
Curso de Verão em Bioinformática.Biologia de Sistemas. 2012. (Seminário).

10.
Curso de Verão em Bioinformática.Biologia de Sistemas. 2012. (Seminário).

11.
SIICUSP.x. 2012. (Simpósio).

12.
Dia do Biologo... 2011. (Simpósio).

13.
ISI 2011 (Dynamics Statistical Models). Granger causality and extensions of vector autoregressive models: applications and challenges. 2011. (Congresso).

14.
SABI 2011 (XVIII Congreso Argentino de Bioingenieria). Systems Biology: another point of view. 2011. (Congresso).

15.
Cold Spring Harbor: SYSTEMS BIOLOGY: GLOBAL REGULATION OF GENE EXPRESSION.The impact of measurement errors in the identification of gene regulatory networks. 2010. (Encontro).

16.
The Sixth Asia Pacific Bioinformatics Conference. Modeling gene expression regulatory networks with the sparse vector autoregressive model. 2008. (Congresso).

17.
German Conference on Bioinformatics. GEDI: a user-friendly gene expression analysis toolbox. 2007. (Congresso).

18.
Japan Society for Bioinformatics. 2007. (Congresso).

19.
International conference of the brazilian association for bioinformatics and computational biology.Conferencia de bioiformatica. 2005. (Simpósio).

20.
Reuniao anual da sociedade brasileira de bioquimica e bilogia molecular. Reuniao anual da sociedade brasileira de bioquimica e bilogia molecular. 2005. (Congresso).

21.
International conference of bioinformatics and computational biology.Conferencia de bioinformatica. 2004. (Simpósio).

22.
International conference of bioinformatics and computational biology.Conferencia de bioinformatica. 2003. (Simpósio).

23.
Reuniao anual da sociedade brasileira de bioquimica e biologia molecular. Reuniao da sociedade brasileira de bioquimica e bilogia molecular. 2002. (Congresso).

24.
SIICUSP.Simposio de iniciaçao cientifica da Universidade de Sao Paulo. 2002. (Simpósio).


Organização de eventos, congressos, exposições e feiras
1.
FUJITA, A. Workshop in Bioinformatics and Algorithms. 2015. (Congresso).

2.
FUJITA, A. X-meeting. 2015. (Congresso).

3.
Fujita, André. 10th IEEE International Conference on e-Science. 2014. (Congresso).

4.
Fujita, André. Curso de Verão de Bioinformática. 2013. (Congresso).



Orientações



Orientações e supervisões em andamento
Dissertação de mestrado
1.
Juliana Cavalcanti Correa. a ser definido. Início: 2017. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo. (Orientador).

2.
Carlos Enrique Paucar Farfán. A ser definido. Início: 2017. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo. (Orientador).

Tese de doutorado
1.
Caio Matheus Prates Batalha Faria. a ser definido. Início: 2018. Tese (Doutorado em Bioquímica) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. (Coorientador).

2.
Vinicius Jardim Carvalho. a ser definido. Início: 2018. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. (Orientador).

3.
Carlos Eduardo Martins Relvas. a ser definido. Início: 2017. Tese (Doutorado em Ciencia da Computacao) - Universidade de São Paulo. (Orientador).

4.
Taiane Coelho Ramos. a ser definido. Início: 2017. Tese (Doutorado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo. (Orientador).

5.
Eduardo Lira. A ser definido. Início: 2017. Tese (Doutorado em Ciencia da Computacao) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. (Orientador).

6.
Grover Enrique Castro Guzman. a ser definido. Início: 2016. Tese (Doutorado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. (Orientador).

7.
Suzana de Siqueira Santos. a ser definido. Início: 2015. Tese (Doutorado em Ciencia da Computacao) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. (Orientador).

8.
Maciel Calebe Vidal. a ser definido. Início: 2015. Tese (Doutorado em Ciencia da Computacao) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. (Orientador).

9.
Adèle Helena Ribeiro. a ser definido. Início: 2014. Tese (Doutorado em Ciencia da Computacao) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. (Orientador).

Iniciação científica
1.
João Luiz de Oliveira Madeira. a ser definido. Início: 2017. Iniciação científica (Graduando em Matemática Aplicada e Computacional Com Habilitação em Saúde Pública) - Universidade de São Paulo. (Orientador).


Orientações e supervisões concluídas
Dissertação de mestrado
1.
Vinicius Jardim Carvalho. BioNetStat: Uma ferramenta para análise diferencial de redes biológicas. 2018. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Coorientador: André Fujita.

2.
Taiane Coelho Ramos. Identificação de alterações em conectividades funcionais córtico-cerebelares no transtorno do espectro autista. 2017. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: André Fujita.

3.
Jaqueline Yu Ting Wang. Determinação pré-natal não invasiva de paternidade utilizando micro-haplótipos. 2017. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, GENOMIC. Coorientador: André Fujita.

4.
Juan Manuel Vidal. Estudo comparativo de duas estratégias utilizadas na busca de relações funcionais entre genes. 2016. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Orientador: André Fujita.

5.
Paulo Moises Raduan Alexandrino. Reconstrução da rede metabólica em escala genômica da bactéria Burkholderia sacchari. 2016. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: André Fujita.

6.
Grover Enrique Castro Guzman. Identificação de alterações na estrutura de clusterização das redes funcionais do cérebro associadas com o neurodesenvolvimento.. 2016. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: André Fujita.

7.
Davi Toshio Inada. Análise do metaboloma da cana-de-açúcar ao longo do ciclo de maturação da planta.. 2016. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Coorientador: André Fujita.

8.
Eduardo Cocca Padovani. Caracterização da Estrutura e Dinâmica das Redes Funcionais Neurais Durante um Processo de Indução Anestésica. 2015. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: André Fujita.

9.
Suzana de Siqueira Santos. Análise de redes biológicas: estudo comparativo de medidas de dependência e uma ferramenta computacional para discriminar grafos. 2015. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Orientador: André Fujita.

10.
Maciel Calebe Vidal. Análise da estrutura de clusterização das redes de conectividade funcional do cérebro para investigar as bases das desordens do espectro autista. 2014. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: André Fujita.

Tese de doutorado
1.
Gabriela Eleutério Soares. Testes estatísticos semi-paramétricos para discriminação e grafos. 2018. Tese (Doutorado em Ciencia da Computacao) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: André Fujita.

2.
Gustavo Pinto Vilela. Causalidade de Granger entre grafos no domínio da frequência. 2017. Tese (Doutorado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Orientador: André Fujita.

3.
Fernando Cipriano Andrade Oliveira. Genetic Architecture of genes coding for RNA-binding proteins. 2017. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: André Fujita.

4.
Abner Cardoso Rofrigues Neto. Caracterização e análise da atividade eletrofisiológica em pacientes com epilepsia. 2016. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Coorientador: André Fujita.

Supervisão de pós-doutorado
1.
Abner Cardoso Rodrigues Neto. 2018. Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. André Fujita.

Trabalho de conclusão de curso de graduação
1.
Henrique Cabral de Souza Rodrigues. CHD7 expression and glioblastoma multiforme life expectancy. 2014. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Matemática Aplicada Com Habilitação em Ciências Biológicas) - Universidade de São Paulo. Orientador: André Fujita.

2.
Claudivan Ribeiro. bigLib: sistema Web de compartilhamento de livros. 2011. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Ciência da Computação) - Universidade de São Paulo. Orientador: André Fujita.

3.
Tiago Nicolosi Bomventi. bigLib: sistema Web de compartilhamento de livros. 2011. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Ciência da Computação) - Universidade de São Paulo. Orientador: André Fujita.

Iniciação científica
1.
Pedro Ivo Siqueira Nepomuceno. a ser definido. 2015. Iniciação Científica. (Graduando em Ciência da Computação) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: André Fujita.

2.
Yuri Gomes de Abreu. Identificação de variáveis associadas a doenças cardiovasculares utilizando técnicas estatístico-computacionais. 2014. Iniciação Científica - Escola Politécnica, Pró-reitoria de pesquisa da Universidade de São Paulo. Orientador: André Fujita.

3.
Pedro Parik Americano. Estudo comparativo dos algoritmos para desenho de grafos. 2013. Iniciação Científica. (Graduando em Engenharia Mecatrônica) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: André Fujita.

4.
Suzana de Siqueira Santos. Estudo comparativo de medidas de dependência e aplicações em dados de expressão gênica. 2012. Iniciação Científica. (Graduando em Ciência da Computação) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: André Fujita.

5.
Jae Nam Choi. Montagem da via da proteina MT. 2004. 0 f. Iniciação Científica. (Graduando em Ciência da Computação) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: André Fujita.

Orientações de outra natureza
1.
Pedro Lucinio. Introdução a programação. 2014. Orientação de outra natureza. (Ensino Médio) - Colégio Joana D'Arc. Orientador: André Fujita.

2.
Rebeca Cohen. Introdução a programação. 2014. Orientação de outra natureza. (Ensino Médio) - Colégio Joana D'Arc. Orientador: André Fujita.

3.
Débora Atanes Buss. Introdução a programação. 2013. Orientação de outra natureza. (Ensino Médio) - Colégio Joana D´Arc. Orientador: André Fujita.

4.
Lucas Crisafulli. Introdução a programação. 2013. Orientação de outra natureza. (Ensino Médio) - Colégio Joana D´Arc. Orientador: André Fujita.

5.
Carolina Kasuga. Introdução a programação. 2012. Orientação de outra natureza. (Ensino Médio) - Colégio Joana D'Arc. Orientador: André Fujita.

6.
Stéphannye Menato. Introdução a programação. 2012. Orientação de outra natureza. (Ensino Médio) - Colégio Joana D'Arc. Orientador: André Fujita.

7.
Allan Valin. Introdução a programação. 2012. Orientação de outra natureza. (Ensino Médio) - Colégio Joana D'Arc. Orientador: André Fujita.

8.
Renato David Puga. Construção do transcriptoma de prostata. 2004. 0 f. Orientação de outra natureza - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Orientador: André Fujita.



Educação e Popularização de C & T



Apresentações de Trabalho
1.
Fujita, Andre. Systems biology and systems neuroscience: methods and applications. 2014. (Apresentação de Trabalho/Seminário).


Entrevistas, mesas redondas, programas e comentários na mídia
1.
FUJITA, A. Workshop de Bioinformática UTFPR 2015. 2015. (Programa de rádio ou TV/Mesa redonda).

2.
FUJITA, A. X-meeting SIG-RSG Brazil Bioinformática: perspectivas e desafios. 2015. (Programa de rádio ou TV/Mesa redonda).



Outras informações relevantes


- Palestrante convidado dos seguinte eventos internacionais: International Statistical Institute (ISI) 2011 - Dynamic Statistical Model (Copenhagen, Dinamarca); SABI (Sociedad Argentina de Bioingenieria) 2011 - XVIII Congreso Argentino de Bioingenieria (Mar del Plata, Argentina); UEA/NRP-Brazil Workshop on Plant Sciences 2013 (Norwich, Inglaterra); X-meeting/Brazilian Symposium on Bioinformatics 2013 (Recife, Brasil); International Symposium on Tumor Biology in Kanazawa & Symposium on Drug Discovery in Academics 2014 (Kanazawa, Japão); FAPESP-Royal Academy of Engineering Brazil-UK Frontiers of Engineering 2014 (Jarinú, Brasil); Ciclo de seminários do Tohoku Medical Megabank Organization 2015, Tohoku University (Sendai, Japão).



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