Fabrício Martins Lopes

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  • Última atualização do currículo em 25/09/2018


Possui graduação em Tecnologia em Processamento de Dados (1998) e Especialização em Análise de Sistemas (2000) pelo Centro de Estudos Superiores de Londrina, Mestrado em Informática (2003) pela Universidade Federal do Paraná e Doutorado em Bioinformática (2011) pela Universidade de São Paulo. Atualmente é Professor Titular da Universidade Tecnológica Federal do Paraná. Tem experiência na área de Ciência da Computação, com ênfase em Metodologia e Técnicas da Computação. Atua principalmente nos seguintes temas: reconhecimento de padrões, bioinformática e processamento de imagens. Orientador permanente do Programa de Pós-Graduação Bioinformática (PPGBIOINFO) e do Programa de Pós-Graduação em Informática (PPGI) - Mestrado Profissional, ambos da UTFPR. Membro eleito da diretoria executiva da Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional - AB3C (2017-2018). Membro do Comitê Assessor da área de Ciências Exatas e da Terra da Fundação Araucária (2017-2019). (Texto informado pelo autor)


Identificação


Nome
Fabrício Martins Lopes
Nome em citações bibliográficas
LOPES, Fabrício M.;LOPES, FABRICIO M.;LOPES, FABRÍCIO M;LOPES, FABRÍCIO MARTINS;FABRÍCIO MARTINS LOPES;Lopes, Fabricio Martins

Endereço


Endereço Profissional
Universidade Tecnológica Federal do Paraná, Campus Cornélio Procópio.
Avenida Alberto Carazzai, 1640
Centro
86300000 - Cornélio Procópio, PR - Brasil
Telefone: (43) 35204055
Fax: (43) 35204010
URL da Homepage: http://pessoal.utfpr.edu.br/fabricio/


Formação acadêmica/titulação


2006 - 2011
Doutorado em Bioinformática.
Universidade de São Paulo, USP, Brasil.
Título: Redes complexas de expressão gênica: síntese, identificação, análise e aplicações, Ano de obtenção: 2011.
Orientador: Roberto Marcondes Cesar Junior.
Coorientador: Marie-Anne Van Sluys.
Bolsista do(a): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior, CAPES, Brasil.
Palavras-chave: pattern recognition; complex networks; feature selection; artificial gene networks; gene regulatory networks.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra
Grande Área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Bioinformática.
Setores de atividade: Pesquisa e desenvolvimento científico; Agricultura, Pecuária e Serviços Relacionados; Educação.
2001 - 2003
Mestrado em Informática.
Universidade Federal do Paraná, UFPR, Brasil.
Título: Um Modelo Perceptivo de Limiarização de Imagens Digitais,Ano de Obtenção: 2003.
Orientador: Luís Augusto Consularo.
Palavras-chave: image features; threshold; radial basis function; thin-plate spline; segmentation; psychophysical.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra
Grande Área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Reconhecimento de Padrões.
1999 - 2000
Especialização em Análise de Sistemas. (Carga Horária: 390h).
Centro de Estudos Superiores de Londrina, CESULON, Brasil.
1996 - 1998
Graduação em Tecnólogo em Processamento de Dados.
Centro de Estudos Superiores de Londrina, CESULON, Brasil.




Formação Complementar


2018 - 2018
Gestão Pública. (Carga horária: 30h).
ESCOLA DE ADMINISTRAÇÃO FAZENDÁRIA - ESAF, EAFE_FORN, Brasil.
2014 - 2014
3 Curso On-Line de Capacitação em openEHR. (Carga horária: 30h).
Instituto HL7 Brasil Educacional, HL7, Brasil.
2012 - 2012
Java SE 7 Programming Ed 2. (Carga horária: 40h).
Oracle University, ORACLE, Estados Unidos.
2012 - 2012
SPAS e-SciBioenergy. (Carga horária: 40h).
Centro Nacional de Pesquisa em Energia e Materiais, CNPEM, Brasil.
2010 - 2010
Complex Networks in Ecology and Epidemiology. (Carga horária: 10h).
Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, UNESP, Brasil.
2010 - 2010
Reconhecimento de Cursos Tecnológicos. (Carga horária: 8h).
Instituto Nacional de Estudos e Pesquisas Educacionais Anísio Teixeira, INEP/MEC, Brasil.
2008 - 2008
Genômica Comparativa. (Carga horária: 8h).
Sociedade Brasileira de Computação, SBC, Brasil.
2008 - 2008
Mineração de Dados em Bioinformática. (Carga horária: 8h).
Sociedade Brasileira de Computação, SBC, Brasil.
2007 - 2007
Genomic Signal Processing. (Carga horária: 8h).
Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional, AB3C, Brasil.
2006 - 2006
Seminário de Capacitação de Avaliadores. (Carga horária: 24h).
Instituto Nacional de Estudos e Pesquisas Educacionais Anísio Teixeira, INEP/MEC, Brasil.
2005 - 2005
Laboratório Didático Interdisciplinar - VITAE. (Carga horária: 64h).
Universidade Tecnológica Federal do Paraná, UTFPR, Brasil.
2004 - 2004
Oficina Pedagógica. (Carga horária: 20h).
Universidade Tecnológica Federal do Paraná, UTFPR, Brasil.
2003 - 2004
Formação de Avaliadores da Educação Tecnológica. (Carga horária: 100h).
Secretaria de Educação Profissional e Tecnológica, SETEC*, Brasil.
2001 - 2001
IX Escola de Informática da SBC-Sul. (Carga horária: 40h).
Sociedade Brasileira de Computação, SBC, Brasil.
1999 - 1999
Geração de Empreendimentos em Informática. (Carga horária: 80h).
Universidade Estadual de Londrina, UEL, Brasil.
1999 - 1999
Treinamento Empresarial Geração Empresa. (Carga horária: 53h).
Serviço Brasileiro de Apoio Às Micro e Pequenas Empresas, SEBRAE, Brasil.
1997 - 1997
Linguagem C++. (Carga horária: 60h).
Serviço Nacional de Aprendizagem Comercial, SENAC, Brasil.
1996 - 1996
Introdução à Programação Orientada em Turbo Pascal. (Carga horária: 35h).
Centro de Estudos Superiores de Londrina, CESULON, Brasil.


Atuação Profissional



Universidade Tecnológica Federal do Paraná, UTFPR, Brasil.
Vínculo institucional

2003 - Atual
Vínculo: Servidor Público, Enquadramento Funcional: Professor titular, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

Vínculo institucional

2001 - 2002
Vínculo: Celetista, Enquadramento Funcional: Professor substituto, Carga horária: 40

Atividades

02/2018 - Atual
Ensino, Engenharia da Computação, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
EC36G - Oficina de Integração
01/2018 - Atual
Conselhos, Comissões e Consultoria, Campus Cornélio Procópio, .

Cargo ou função
Colegiado do Programa de Pós-Graduação em Informática.
08/2015 - Atual
Ensino, Engenharia de Software, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
IF53A/SO35A - Programação Desktop
08/2015 - Atual
Ensino, Bioinformática (40006018037P6), Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
Seminários em Bioinformática
02/2015 - Atual
Ensino, Bioinformática (40006018037P6), Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
Reconhecimento de Padrões
02/2015 - Atual
Conselhos, Comissões e Consultoria, Campus Cornélio Procópio, .

Cargo ou função
Colegiado do Programa de Pós-Graduação em Bioinformática.
05/2013 - Atual
Ensino, Informática, Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
CA012IC - Reconhecimento de Padrões
03/2011 - Atual
Ensino, Tecnologia Java, Nível: Especialização

Disciplinas ministradas
CETEJ32 - Linguagem de Programação Java II
3/2003 - Atual
Pesquisa e desenvolvimento , Campus Cornélio Procópio, .

05/2015 - 03/2018
Conselhos, Comissões e Consultoria, Universidade Tecnológica Federal do Paraná, .

Cargo ou função
Conselheiro do Conselho de Pesquisa e Pós-Graduação da UTFPR.
03/2015 - 03/2018
Conselhos, Comissões e Consultoria, Campus Cornélio Procópio, .

Cargo ou função
Conselheiro do Conselho do Departamento de Computação..
02/2015 - 03/2018
Direção e administração, Campus Cornélio Procópio, .

Cargo ou função
Coordenador do Curso de Mestrado em Bioinformática (stricto-sensu).
05/2013 - 08/2015
Conselhos, Comissões e Consultoria, Campus Cornélio Procópio, .

Cargo ou função
Membro do Colegiado do Curso de Análise e Desenvolvimento de Sistemas.
03/2013 - 08/2015
Ensino, Bioinformática, Nível: Especialização

Disciplinas ministradas
BIOINF10 - Reconhecimento de Padrões
03/2011 - 07/2015
Ensino, Análise e Desenvolvimento de Sistemas, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
IF34D - Linguagem de Programação Orientada a Objetos
02/2013 - 03/2015
Conselhos, Comissões e Consultoria, Campus Cornélio Procópio, .

Cargo ou função
Membro do Colegiado do Programa de Pós-Graduação em Informática - PPGI (Mestrado Profissional).
09/2013 - 12/2014
Ensino, Análise e Desenvolvimento de Sistemas, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
IF35I - Programação SQL Para Banco de Dados
03/2011 - 04/2013
Direção e administração, Campus Cornélio Procópio, .

Cargo ou função
Coordenador de Curso de Especialização em Tecnologia Java (lato-sensu).
08/2010 - 12/2010
Ensino, Análise e Desenvolvimento de Sistemas, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
IF33L - Programação para a Web
IF35J - Sistemas de Bancos de Dados
3/2006 - 7/2006
Ensino, Tecnologia em Desenvolvimento de SI, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Linguagem de Programação 4
Projeto Integrador Web
4/2004 - 4/2006
Direção e administração, Coinf, Cornélio Procópio.

Cargo ou função
Coordenador do Curso de Graduação em Análise e Desenvolvimento de Sistemas.
5/2004 - 2/2006
Ensino, Tecnologia em Informática, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Linguagem de Programação 4
4/2003 - 4/2004
Ensino, Tecnologia em Informática, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Estrutura de Dados, Pesquisa e Ordenação
Linguagem de Programação 4
10/2002 - 3/2003
Ensino, Tecnologia em Informática, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Estrutura de Dados, Pesquisa e Ordenação
Tópicos Avançados em Informática
5/2002 - 9/2002
Ensino, Tecnologia em Informática, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Estruturas de Dados, Pesquisa e Ordenação
8/2001 - 4/2002
Ensino, Tecnologia em Informática, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Tópicos Avançados em Informática
Linguagem de Programação 3
Linguagem de Programação 4
2/2001 - 7/2001
Ensino, Tecnologia em Informática, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Tópicos Avançados em Informática
Linguagem de Programação 3

Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária, EMBRAPA, Brasil.
Vínculo institucional

2014 - Atual
Vínculo: Colaborador, Enquadramento Funcional: Pesquisador

Atividades

2014 - Atual
Pesquisa e desenvolvimento , Centro Nacional de Pesquisa de Soja, .


Universidade Federal do Paraná, UFPR, Brasil.
Vínculo institucional

2016 - Atual
Vínculo: Colaborador, Enquadramento Funcional: Pesquisador

Atividades

03/2016 - Atual
Pesquisa e desenvolvimento , Reitoria, .


Instituto Agronômico do Paraná, IAPAR, Brasil.
Vínculo institucional

2012 - 2015
Vínculo: Colaborador, Enquadramento Funcional: Pesquisador

Atividades

2012 - 12/2015
Pesquisa e desenvolvimento , Coordenação de Pesquisa, Área de Melhoramento e Genética Vegetal.


Belagricola Com. e Rep. de Produtos Agricolas LTDA, Belagricola, Brasil.
Vínculo institucional

2015 - 2017
Vínculo: Colaborador, Enquadramento Funcional: Pesquisador
Outras informações
Pesquisador associado ao projeto RHAE - Belagrícola.

Atividades

01/2015 - 01/2017
Pesquisa e desenvolvimento , Departamento de Engenharia, .


Universidade de São Paulo, USP, Brasil.
Vínculo institucional

2011 - 2017
Vínculo: Colaborador, Enquadramento Funcional: Pesquisador
Outras informações
Pesquisador vinculado aos projetos a) Pronex: Modelos e métodos de e-Science para ciências da vida e agrárias; b) NAP-USP eScience.

Vínculo institucional

2006 - 2011
Vínculo: Colaborador, Enquadramento Funcional: Doutorando, Carga horária: 40

Atividades

03/2011 - 12/2017
Pesquisa e desenvolvimento , Instituto de Matemática e Estatística, Departamento de Ciência da Computação.

08/2006 - 02/2011
Pesquisa e desenvolvimento , Instituto de Matemática e Estatística, Departamento de Ciência da Computação.


Universidade Estadual de Maringá, UEM, Brasil.
Vínculo institucional

2001 - 2003
Vínculo: Colaborador, Enquadramento Funcional: , Carga horária: 0

Vínculo institucional

2001 - 2002
Vínculo: Colaborador, Enquadramento Funcional: , Carga horária: 0


Faculdade Metropolitana Londrinense, UMP, Brasil.
Vínculo institucional

2002 - 2003
Vínculo: horista, Enquadramento Funcional: Professor de Ensino Superior, Carga horária: 4

Atividades

7/2002 - 1/2003
Ensino, Engenharia Elétrica Telecomunicações, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Linguagens e Técnicas de Programação de Computador

Mega Soft Serviços de Informática Ltda, MEGASOFT, Brasil.
Vínculo institucional

2000 - 2001
Vínculo: Outro, Enquadramento Funcional: Analista de Sistemas, Carga horária: 40

Atividades

1/2000 - 7/2001
Serviços técnicos especializados , Mega Soft Serviços de Informática Ltda, .

Serviço realizado
Análise e Desenvolvimento de Sistemas.

Teledata Tecnologia Em Conectividade Ltda, TELEDATA, Brasil.
Vínculo institucional

2000 - 2000
Vínculo: Outro, Enquadramento Funcional: Técnico Teleprocessamento, Carga horária: 30

Atividades

03/2000 - 08/2000
Serviços técnicos especializados .

Serviço realizado
Teleprocessamento.

Centro de Integração Empresa Escola, CIEE, Brasil.
Vínculo institucional

1996 - 1997
Vínculo: Extensão Universitária, Enquadramento Funcional: Estagiário, Carga horária: 25
Outras informações
Estágio realizado no Banco do Brasil - CESEC Londrina PR

Atividades

7/1996 - 12/1997
Estágios , Banco do Brasil Cesec Londrina, Redoc.

Estágio realizado
Microfilmagem de documentos.


Linhas de pesquisa


1.
Reconhecimento de Padrões
2.
Bioinformática
3.
Processamento de Imagens
4.
Bioinformática
5.
Reconhecimento de Padrões
6.
Processamento de Imagens
7.
Bioinformática
8.
Reconhecimento de Padrões
9.
Processamento de Imagens
10.
Bioinformática
11.
Reconhecimento de Padrões
12.
Bioinformática
13.
Reconhecimento de Padrões
14.
Processamento de Imagens
15.
Reconhecimento de Padrões
16.
Processamento de Imagens
17.
Bioinformática
18.
Bioinformática
19.
Reconhecimento de Padrões


Projetos de pesquisa


2017 - Atual
Reconhecimento de Padrões em Sequências Biológicas
Descrição: Um dos problemas mais desafiadores na pesquisa em bioinformática é a descoberta de padrões a partir da avalanche de dados biológicos produzidos diariamente. Nesse contexto, este projeto propõe o estudo de sequências biológicas (genoma, transcriptoma, proteoma, etc.) e o desenvolvimento de métodos de reconhecimento de padrões para a identificação e posterior caracterização de fenômenos biológicos de interesse. A primeira etapa concentra-se na representação das sequências biológicas de forma numérica, i.e. extrair características das sequências com objetivo de gerar representações das sequências que poderão ser usadas para identificar essas sequências. Em seguida, é importante selecionar as características extraídas e então utilizá-las para compor um vetor de características representativo de cada sequência biológica de entrada. Esses vetores de características, um para cada sequência, representam a sumarização dos dados contidos em casa uma das sequências. Em seguida, com base nas características extraídas, é proposto o desenvolvimento de modelos computacionais para reconhecer padrões e classificá-las de acordo com os objetivos de interesse. O escopo deste projeto está diretamente relacionado com um dos cinco grandes desafios identificados pela Sociedade Brasileira de Computação: modelagem computacional de sistemas complexos..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Mestrado acadêmico: (2) / Doutorado: (1) .
Integrantes: Fabrício Martins Lopes - Coordenador / Fábio Fernandes da Rocha Vicente - Integrante / Luiz Filipe Protasio Pereira - Integrante / Alexandre Rossi Paschoal - Integrante / Andre Yoshiaki Kashiwabara - Integrante / Eric Augusto Ito - Integrante / Geraldo Cesar Cantelli - Integrante.Financiador(es): Fundação Araucária de Apoio ao Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.
Número de produções C, T & A: 16 / Número de orientações: 8
2017 - Atual
Inferência de redes gênicas a partir da integração de informações estruturais e funcionais
Descrição: Um dos problemas mais desafiadores na pesquisa em bioinformática é a inferência de redes de regulação gênica (GRNs) a partir de seus respectivos perfis de expressão. Em geral, as principais limitações encontradas estão relacionadas ao pequeno número de amostras disponíveis com alta dimensionalidade e ao ruído intrínseco das medidas de expressão gênica. Em face a essas limitações, se torna evidente a necessidade do desenvolvimento de métodos alternativos para recuperar as redes gênicas de forma mais adequada, com maior precisão e biologicamente mais representativas. Este projeto de pesquisa aborda essa questão propondo a integração de dados biológicos públicos, provenientes de diversas naturezas para a inferência de GRNs, considerando como escopo deste projeto o estudo de caso da bactéria Escherichia coli, a qual se trata de um organismo modelo, tendo seu seu genoma completamente sequenciado e existirem muitas informações conhecidas a seu respeito, as quais serão utilizadas neste projeto. O conhecimento gerado a partir dos resultados na aplicação neste organismo poderá servir como base para o entendimento dos relacionamentos entre os genes de outras bactérias, o que abre um potencial considerável para novas aplicações e pesquisas em genética, saúde pública e na agricultura em geral, como no caso das bactérias simbióticas fixadoras de nitrogênio. A primeira etapa do desenvolvimento deste projeto concentra-se na integração de informações de anotação gênica, proteoma, metaboloma, transcriptoma e estrutura topológica das redes, dentre outras informações biológicas conhecidas. Em seguida, com base nas informações biológicas, desenvolver um modelo computacional para a geração de vetores de características que representem a sumarização desses dados. Outra fonte de informação a ser considerada é a estrutura topológica das redes biológicas conhecidas, as quais a princípio serão caracterizadas utilizando-se as medidas vindas da teoria de redes complexas. O escopo deste projeto está diretamente relacionado com um dos cinco grandes desafios identificados pela Sociedade Brasileira de Computação: modelagem computacional de sistemas complexos..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Especialização: (1) / Mestrado acadêmico: (1) / Doutorado: (1) .
Integrantes: Fabrício Martins Lopes - Coordenador / David Corrêa Martins Jr - Integrante / Ronaldo Fumio Hashimoto - Integrante / Fábio Fernandes da Rocha Vicente - Integrante / Marcos Silveira Buckeridge - Integrante / Andre Yoshiaki Kashiwabara - Integrante / Mariangela Hungria da Cunha - Integrante / Laurival Antonio Vilas-Boas - Integrante / Lucas Tarumoto - Integrante / Isabelle Ichikawa Yagi - Integrante / Douglas Ribeiro Violante - Integrante / Cassio Henrique Dos Santos Amador - Integrante.Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa.
Número de produções C, T & A: 17 / Número de orientações: 12
2016 - Atual
Desvendando redes de regulação de sRNAs regulatórios em genomas bactérianos
Descrição: Projeto em cooperação com Instituto de Tecnologia Química e Biológica - Universidade Nova de Nova Lisboa, Oeiras - Portugal. Edital Capes/FCT 2014. Prevê a integração de dados biológicos públicos, oriundos de diversas naturezas para a modelagem de redes de regulação para sRNA-mRNA e/ou sRNA-proteína considerando o estudo de caso em genomas e transcriptomas bacterianos..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) Doutorado: (2) .
Integrantes: Fabrício Martins Lopes - Integrante / Alexandre Rossi Paschoal - Integrante / Laurival Antonio Vilas-Boas - Integrante / Maria Berenice Reynaud Steffens - Coordenador / Cecília Maria Pais de Faria de Andrade Arraiano - Integrante / Vânia Sofia Fidalgo Pobre - Integrante / Rogerio Fernandes de Souza - Integrante / Tatiane Dobrzanski - Integrante.Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Auxílio financeiro.
2015 - 2017
Melhoria da produtividade na produção agrícola por meio de métodos, técnicas e análise de bioimagens (RHAE)

Projeto certificado pela empresa Belagricola Com. e Rep. de Produtos Agricolas LTDA em 27/03/2015.
Descrição: O agronegócio compõe uma considerável fatia do PIB nacional, fato que demonstra sua extrema relevância, caracterizando-se como grande impulsionador da economia brasileira. A cada nova colheita, torna-se cada vez mais vital o emprego de tecnologias que permitam a otimização de produtos e processos pertinentes ao agronegócio, com o intuito de garantir quantidade e qualidade da safra, provendo maior rentabilidade para os produtores e, consequentemente melhores produtos com diminuição do custo aos consumidores finais. Dessa forma, gerando um ganho em toda a cadeia de produtividade. Visando esse objetivo, o presente projeto propõe o desenvolvimento de métodos e técnicas de análise de bioimagens aplicadas no campo, envolvendo especificamente processos intrínsecos ao aumento da produtividade, os quais tratam da análise de sementes para definição dos parâmetros de qualidade das mesmas, bem como do arranjo espacial de cultivares. A determinação dos parâmetros de qualidade de uma semente é uma das etapas primordiais para a tomada de decisão no processo de multiplicação e classificação de sementes. Já a análise de arranjo espacial de cultivares torna possível melhorias nos fatores de crescimento da planta, como a otimização no processo de absorção de nutrientes. Ambos os processos impactam diretamente na qualidade e custo da produtividade em diferentes estágios e granularidades. Como produto final, espera-se a criação de ferramentas que possibilitem a automatização de tais processos, contribuindo para a solução de problemas reais de análise de imagens, gerando impacto direto em diversas esferas. Além disso, o presente projeto promove a integração entre empresa e academia, possibilitando a transferência de tecnologia, fator primordial para o desenvolvimento do país..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado profissional: (2) .
Integrantes: Fabrício Martins Lopes - Integrante / Pedro Henrique Bugatti - Integrante / Anderson Brilhador - Integrante / Priscila Tiemi Maeda Saito - Integrante / Andre Luis Siqueira Marques de Souza - Coordenador / Daniel Aloysio Serrarens - Integrante / Tiago Aparecido Conrado Rodrigues - Integrante / Geovana Veloso Loureiro de Lima - Integrante / Thullyo Radeli Castilho - Integrante.Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa.
2014 - 2017
Redes Gênicas Modeladas como Redes Booleanas Sensíveis a Contexto

Projeto certificado pelo(a) coordenador(a) Ronaldo Fumio Hashimoto em 27/11/2014.
Descrição: As reações químicas que resultam na expressão de genes no nível molecular são complexas e ainda não são totalmente compreendidas. Um aspecto importante deste fenômeno é a interação entre os genes. Sabe-se que os genes enviam, recebem e processam informações formando uma complexa rede de comunicação, mas a arquitetura e dinâmica destas redes não são completamente conhecidas, mesmo para os organismos mais simples. Em particular, em redes de regulação gênica, é muito plausível assumir a existência de genes mestres que tenham um amplo poder de regulação sobre outros genes escravos. Neste sentido, uma pequena mudança na expressão destes genes pode levar a uma mudança significativa no comportamento da célula. Dessa forma, os genes mestres podem servir como potenciais alvos terapêuticos. Um outro conceito similar, mas ao mesmo tempo diferente, é o de genes canalizadores. Estes genes têm o poder de restringir, ou canalizar, um sistema a certos estados biológicos. Em especial, estamos interessados em genes canalizadores que em condições normais do sistema não controlam seus escravos, mas que em determinadas situações cruciais do sistema, têm um amplo poder de regulação sobre outros genes de forma que sua ação varre uma larga faixa de processos biológicos. Este tipo de canalização é necessário em muitos sistemas biológicos complexos como uma proteção de efeitos de alterações aleatórias. Feitas estas considerações, este projeto de pesquisa visa estudar os seguintes problemas: (i) inferência de redes Booleanas sensíveis a contexto que seja estáveis a partir de dados biológicos; (ii) busca de genes que sejam impactantes na estabilidade de redes; (iii) modelagem do ciclo celular da levedura usando redes Booleanas sensíveis a contexto; (iv) modelagem de genes mestres em redes Booleanas sensíveis a contexto; (v) modelagem de genes canalizadores em redes Booleanas sensíveis a contexto. A identificação e modelagem de genes mestres e canalizadores, bem como a forma eles atuam e quais genes são por eles controlados, além de inferir redes estáveis, podem ter como consequência um grande impacto na área de saúde pública, tanto no diagnóstico como no tratamento de doenças (como o câncer, por exemplo) que afetam milhares de pessoas. Acreditamos que esta pesquisa é um passo para esta direção..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
2014 - Atual
Filogenia, taxonomia, genômica, proteômica e transcriptômica de bactérias simbióticas fixadoras de nitrogênio

Projeto certificado pelo(a) coordenador(a) Mariangela Hungria da Cunha em 27/11/2014.
Descrição: Projeto desenvolvido com 13 instituições de pesquisa: Embrapa Soja, Embrapa Agropecuária Oeste, Embrapa Cerrados, Embrapa Roraima, Embrapa Agrobiologia, Embrapa Meio Ambiente, Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, LNCC, UEL, UEPG, UTFPR, UFRJ e IAPAR..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
2013 - 2017
Grafos de De Bruijn e o problema de reconhecer variações de sequências

Projeto certificado pelo(a) coordenador(a) Andre Yoshiaki Kashiwabara em 13/09/2014.
Descrição: Este projeto visa desenvolver novos algoritmos para o problema de encontrar variações de sequências utilizando dados obtidos pelos sequenciadores de nova geração. Em particular, um estudo sistemático dos Grafos de De Bruijn e suas adaptações será realizado. Esta estrutura de dados é amplamente utilizada em ciência genômica para resolver o problema da montagem em projetos de sequenciamento. Embora a topologia de um grafo de De Bruijn tenha informações com respeito as possíveis variações presentes nas sequências, poucos pro- gramas que exploram estas informações foram implementados. O diferencial deste projeto consiste em desenvolver e implementar um conjunto de algoritmos para diferentes problemas de interesse biológico, por exemplo, identificação de polimorfismos de nucleotídeos, reconhecimento de variações de splicing (sem a utilização de uma sequência de referência), e reconhecimento de variações que não necessariamente estão na sequência de referência e por isso podem não ser identificados por técnicas de mapeamento..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
2013 - Atual
Reconhecimento de padrões em sequências genômicas: um estudo de caso utilizando redes complexas
Descrição: Um dos problemas mais desafiadores na pesquisa em bioinformática é a descoberta de padrões (conhecimento) a partir da avalanche de dados biológicos produzidos diariamente. Nesse contexto, este projeto de pesquisa aborda essa questão propondo o estudo de sequências genômicas e o desenvolvimento de métodos de reconhecimento de padrões para identificação e posterior caracterização de fenômenos biológicos de interesse. A primeira etapa concentra-se na representação das sequências genômicas como redes complexas. Em seguida, as redes serão utilizadas na extração de características, as quais serão obtidas por meio de medidas das redes. Essas características em conjunto formam um vetor de características, um para cada sequência, que representam a sumarização dos dados da sequência. Em seguida, com base nas características extraídas, é proposto o desenvolvimento de um modelo computacional para reconhecer padrões e classificá-las de acordo com os objetivos de interesse. Outras fontes de informação que podem ser exploradas nas sequências genômicas são características baseadas na teoria da informação, como entropia e informação mútua. O escopo deste projeto está diretamente relacionado com um dos cinco grandes desafios identificados pela Sociedade Brasileira de Computação: modelagem computacional de sistemas complexos..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Especialização: (1) / Mestrado profissional: (1) / Doutorado: (1) .
Integrantes: Fabrício Martins Lopes - Coordenador / Douglas Silva Domingues - Integrante / Luiz Filipe Protasio Pereira - Integrante / Alexandre Rossi Paschoal - Integrante / Andre Yoshiaki Kashiwabara - Integrante / Gesiele Almeida Barros de Carvalho - Integrante / Mariangela Hungria da Cunha - Integrante / Laurival Antonio Vilas-Boas - Integrante / Bruno Mendes Moro Conque - Integrante / Helton de Azevedo - Integrante / Eric Augusto Ito - Integrante.Financiador(es): Fundação Araucária - Auxílio financeiro.
Número de produções C, T & A: 3 / Número de orientações: 6
2012 - 2017
NAP-USP eScience
Descrição: Modern science is interdisciplinary and data-intensive. For instance, in the 1000 Genomes Project (www.1000genomes.org), the comparative study of 629 individuals has already generated 7.3 TB of data. Analogous situations exist in fields such as astronomy, agriculture, social sciences, etc. Ten years ago, the problem was how to obtain data. Today, the bottleneck is the need for new computational strategies and tools so that scientists can manage these massive volumes of heterogeneous, distributed, data, so that they can generate new knowledge from the processing, analysis and visualization of the data. This launched the basis of the so-called eScience: the combination of advanced research in computer science and mathematical modeling to allow and accelerate research in other knowledge domains. National programs in eScience have been created in the US, GB, Australia and other countries, that recognized the importance of this theme for the advancement of science. The main goal of this project is the design and construction of a collaborative network for research in eScience, in a partnership that involves computer science, mathematical modeling and specific domains in the exact, life, agricultural sciences and social sciences..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
2012 - 2015
Integração de dados na biologia sistêmica: um estudo de caso em Arabidopsis Thaliana
Descrição: Um dos problemas mais desafiadores na pesquisa em bioinformática é a inferência de redes de regulação gênica (GRNs) a partir de seus perfis de expressão. Em geral, as principais limitações encontradas estão relacionadas ao pequeno número de amostras disponíveis com alta dimensionalidade e ao ruído intrínseco das medidas de expressão. Em face a essas limitações, se torna evidente a necessidade do desenvolvimento de métodos alternativos para recuperar as redes gênicas de forma mais adequada e com mais precisão. Nesse contexto, este projeto de pesquisa aborda essa questão propondo a integração de dados biológicos públicos, provenientes de diversas naturezas para a inferência de GRNs, considerando como escopo deste projeto o estudo de caso na Arabidopsis Thaliana. A primeira etapa concentra-se na integração de informações de anotação gênica, proteoma, metaboloma, transcriptoma e estrutura topológica das redes, dentre outras informações biológicas conhecidas. Em seguida, com base nas informações biológicas, desenvolver um modelo matemático para a geração de vetores de características que representem a sumarização desses dados. Outra fonte de informação a ser considerada é a estrutura topológica das redes biológicas conhecidas, as quais a princípio serão caracterizadas utilizando-se as medidas vindas da teoria de redes complexas. O escopo deste projeto está diretamente relacionado com um dos cinco grandes desafios identificados pela Sociedade Brasileira de Computação: modelagem computacional de sistemas complexos..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Especialização: (2) / Mestrado acadêmico: (1) / Mestrado profissional: (1) / Doutorado: (2) .
Integrantes: Fabrício Martins Lopes - Coordenador / Fábio Fernandes da Rocha Vicente - Integrante / Gabriel Rubino - Integrante / Douglas Silva Domingues - Integrante / Alexandre Rossi Paschoal - Integrante / Andre Yoshiaki Kashiwabara - Integrante / Leandro Takeshi Hattori - Integrante / Euler Angelo de Menezes Junior - Integrante / Juliana de Oliveira - Integrante / André Rocha Barbosa - Integrante / Luiz Filipe Protasio Pereira - Integrante.Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.
Número de produções C, T & A: 23 / Número de orientações: 9
2012 - 2014
Topologias de redes de regulação de miRNA

Projeto certificado pelo(a) coordenador(a) Alexandre Rossi Paschoal em 13/09/2014.
Descrição: Protocolo nº 23.466 - Aprovado via Chamada de Projetos 05/2011 - Programa Universal Pesquisa Básica e Aplicada - Fundação Araucária. A proposta é aplicar as metodologias de redes complexa para reconhecimento de padrões, focado em topologia, em redes de regulação de miRNA-mRNA (gene).
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
2012 - 2014
Sequenciamento de alto rendimento de RNA (RNA Seq) em Coffea arabica para formação de rede gênicas e identificação de polimorfismos
Descrição: Visando tanto propiciar ferramentas que realizem a integração da biologia molecular com aplicações no melhoramento vegetal por meio de marcadores moleculares como buscar um entendimento maior da interação de genes durante a maturação de frutos, este trabalho busca a identificação SNPs em genótipos de população de C. arabica proveniente do centro de origem da espécie e a caracterização de redes gênicas durante o processo de desenvolvimento e maturação de frutos de café. Será feito o sequenciamento de bibliotecas de cDNA de frutos de quatro genótipos do centro de origem de C. arabica através da tecnologia Illumina HiSeq. Em um dos genótipos também será realizada a analise transcriptômica temporal a cada 60dias do desenvolvimento do fruto. As sequências serão comparadas com banco de dados de transcriptoma pré-existentes de Coffea spp. para busca de SNPs e para os trabalhos de Inferência de Redes Gênicas. Os resultados deste trabalho, além de representar um avanço significativo no conhecimento genético e molecular do desenvolvimento de frutos de C. arabica, e propiciar um grande número de SNPs para genotipagem, irá integrar os grupos de pesquisa, do Laboratório de Biotecnologia Vegetal do IAPAR e da Engenharia de Computação da UTFPR, visando a formação de recursos humanos em bioinformática, aumentando a competência do estado nessa área estratégica.
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Especialização: (1) / Mestrado acadêmico: (1) / Doutorado: (2) .
Integrantes: Fabrício Martins Lopes - Integrante / Fábio Fernandes da Rocha Vicente - Integrante / Bruno Hideki Arabori - Integrante / Douglas Silva Domingues - Integrante / Luiz Filipe Protasio Pereira - Coordenador / Alexandre Rossi Paschoal - Integrante / Andre Yoshiaki Kashiwabara - Integrante / Gabriel Marcos Domingues de Souza - Integrante.Financiador(es): Fundação Araucária de Apoio ao Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.
Número de produções C, T & A: 1
2011 - 2016
Temático-Pronex: Modelos e métodos de e-Science para ciências da vida e agrárias
Descrição: A ciência moderna é crescentemente interdisciplinar e intensiva em dados. Na área de ciências da vida, por exemplo, com o surgimento de plataformas de alto desempenho para análise de imagens e estudos genômicos, o gargalo não está mais na aquisição de dados, mas sim no seu armazenamento, processamento, análise e visualização. Este cenário levou ao surgimento de um novo campo de pesquisa - eScience - que combina pesquisa avançada em computação e em modelagem matemática para permitir e acelerar pesquisa em outros domínios do conhecimento, desde as ciências exatas até as humanidades e artes. A eScience envolve a chamada "computação centrada em dados" (data-intensive computing), com a busca de soluções para gerenciamento de grandes volumes de dados produzidos por (e para) experimentos científicos, para que a descoberta científica não venha a ser detida pelo "dilúvio de dados". Este projeto visa a criação de uma rede colaborativa de eScience para acelerar pesquisa avançada em ciências da vida (biologia, medicina, oceanografia) e ciências agrárias. Está estruturado em tomo de cinco linhas de pesquisa - biologia de sistemas, planejamento de safras, computação visual, modelagem matemática e bancos de dados. Dentro dessas linhas, serão tratadas questões em aberto associadas às principais componentes de um ambiente de pesquisa em eScience: armazenamento, processamento, análise e visualização de grandes volumes de dados científicos. Os pesquisadores principais têm histórico de cooperação e coordenação de projetos nessas linhas. Questões de interoperabilidade permeiam todo o projeto..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (1) .
Integrantes: Fabrício Martins Lopes - Integrante / Roberto Marcondes Cesar Jr - Coordenador / Matheus Montanini Breve - Integrante.Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
2011 - 2014
Integração de dados biológicos na inferência de GRNs
Descrição: Um problema importante na pesquisa em bioinformática é a inferência de redes de regulação gênica (GRNs) a partir de seus perfis de expressão. Em geral, as principais limitações encontradas estão relacionadas ao pequeno número de amostras disponíveis com alta dimensionalidade e ao ruído intrínseco das medidas de expressão. Em face a essas limitações, se torna evidente a necessidade do desenvolvimento de métodos alternativos para recuperar as redes gênicas de forma mais adequada e com mais precisão. Nesse contexto, este projeto de pesquisa aborda essa questão propondo a integração de dados biológicos provenientes de diversas naturezas. Mais especificamente, é proposto neste projeto a formalização e desenvolvimento de metodologias para integração dessa variedade de dados biológicos disponíveis e a utilização desses dados integrados para a inferência de GRNs. A primeira etapa concentra-se na integração de informações de anotação gênica, proteoma, metaboloma, transcriptoma, estrutura e dinâmica das redes, dentre outras informações biológicas conhecidas. Em seguida, com base nas informações biológicas, desenvolver um modelo matemático para geração de um vetor de características que represente a sumarização desses dados. Outra fonte de informação a ser considerada é a estrurura topológica das redes biológicas conhecidas, as quais a princípio serão caracterizadas utilizando-se as medidas vindas da teoria de redes complexas..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
2011 - 2014
Métodos e técnicas para exploração e análise de bioimagens
Descrição: A demanda pela análise de imagens oriundas das mais variadas subáreas biomédicas e biológicas tem nitidamente crescido nos últimos anos. Além dos desafios computacionais diretamente relacionados à natureza da análise em questão, tais como a complexidade das imagens e o grande volume e tipos de problemas, verificam-se desafios relacionados à multidisciplinaridade e à necessidade de melhor integração de resultados gerados no tratamento de diferentes problemas. Este projeto de pesquisa propõe a investigação, desenvolvimento e validação de métodos e técnicas inovadoras para exploração e análise de bioimagens. Para viabilizar essa investigação, diversos subprojetos, todos relacionados a algum problema de análise de bioimagens e que envolvem colaborações com pesquisadores das áreas biológicas e biomédicas, são contemplados nesta proposta. Adicionalmente, está previsto o desenvolvimento de um ambiente unificado para exploração e análise de imagens, que terá papel importante para (i) operacionalizar e viabilizar o desenvolvimento dos métodos e técnicas, (ii) melhorar as interações em colaborações multidisciplinares/multi-institucionais e (iii) permitir o reaproveitamento de resultados. Com isso, esta proposta visa contribuir para a formação de competência nacional em análise de bioimagens..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado profissional: (1) .
Integrantes: Fabrício Martins Lopes - Integrante / Roberto Marcondes Cesar Jr - Integrante / Ronaldo Fumio Hashimoto - Integrante / Nina S. T. Hirata - Coordenador / Roberto Hirata Jr - Integrante / Marcel P. Jackowski - Integrante / Anderson Brilhador - Integrante.Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.
Número de produções C, T & A: 8 / Número de orientações: 4
2006 - 2011
Redes gênicas artificiais
Descrição: No contexto biológico, as células podem ser vistas como redes de moléculas conectadas por reações químicas. O desenvolvimento de técnicas massivas para coleta de dados, como microarrays de cDNA e SAGE, permitem a verificação simultânea dos estados dos genes em múltiplos instantes de tempo. Uma questão importante na biologia computacional é como os genes são regulados e como eles interagem por meio de redes gênicas. Alguns métodos computacionais já foram desenvolvidos para identificar essas redes a partir de dados de expressão gênica. No entanto, existe uma questão importante continua em aberto: como validar tais redes recuperadas? Este trabalho apresenta uma nova abordagem para validar redes identificadas por métodos computacionais, considerando três aspectos principais: geração de redes gênicas artificiais (AGNs); métodos computacionais para identificação de redes gênicas; validação das redes identificadas..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Doutorado: (1) .
Integrantes: Fabrício Martins Lopes - Coordenador / David Corrêa Martins Jr - Integrante / Roberto Marcondes Cesar Jr - Integrante / Evaldo Araújo de Oliveira Filho - Integrante.Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Bolsa.
Número de produções C, T & A: 25
2003 - 2005
Segmentação de Imagens Digitais
Descrição: O objetivo é utilizar técnicas simples de segmentação de imagens, as quais são indicadas a sistemas de tempo real. Integrar um banco de imagens com suas respectivas características "features" e percepções humanas, sendo estas informações utilizadas como entrada de um modelo baseado em funções de base radial (RBFN), no qual pretende-se modelar os limiares de imagens em função de seus atributos..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (2) .
Integrantes: Fabrício Martins Lopes - Coordenador / Luís Augusto Consularo - Integrante / Graziela Cristina do Vale Pascoal Rodrigues - Integrante / Alberto Luiz da Silva - Integrante.
Número de produções C, T & A: 8 / Número de orientações: 1
2001 - 2002
Análise de Imagens Baseada em Conhecimento
Descrição: Projeto de Pesquisa Recém-Doutor - Kit-Enxoval Modalidade Fixação..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (1) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) .
Integrantes: Fabrício Martins Lopes - Integrante / Luís Augusto Consularo - Coordenador.
Número de produções C, T & A: 6


Projetos de desenvolvimento


2001 - 2003
Marcação Automática de Cefalogramas
Descrição: Projeto aprovado por Mérito pela Fundação Araucária. Tornou-se, pela falta de verbas, projeto de pesquisa que justifica a dedicação exclusiva do pesquisador..
Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento.
Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (1) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) .
Integrantes: Fabrício Martins Lopes - Integrante / Luís Augusto Consularo - Coordenador / Alberto Luiz da Silva - Integrante.
Número de produções C, T & A: 4


Membro de comitê de assessoramento


2017 - Atual
Agência de fomento: Fundação Araucária


Revisor de periódico


2012 - Atual
Periódico: Bioinformatics (Oxford. Print)
2011 - Atual
Periódico: International Journal of Data Mining and Bioinformatics
2014 - Atual
Periódico: Signal, Image and Video Processing (Internet)
2015 - Atual
Periódico: Computers in Biology and Medicine
2015 - Atual
Periódico: EURASIP Journal on Bioinformatics and Systems Biology (Online)
2016 - Atual
Periódico: Mathematical Biosciences and Engineering
2016 - Atual
Periódico: Gene (Amsterdam)
2016 - Atual
Periódico: Expert Systems with Applications
2017 - Atual
Periódico: SIGNAL PROCESSING-IMAGE COMMUNICATION
2017 - Atual
Periódico: Journal of Computational Science
2017 - Atual
Periódico: Journal of the Franklin Institute
2017 - Atual
Periódico: REVISTA DE INFORMÁTICA TEÓRICA E APLICADA: RITA
2017 - Atual
Periódico: COMPUTERS AND ELECTRONICS IN AGRICULTURE
2017 - Atual
Periódico: IEEE-ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics
2017 - Atual
Periódico: Genes
2017 - Atual
Periódico: PLoS One
2018 - Atual
Periódico: METHODS
2018 - Atual
Periódico: BMC BIOINFORMATICS


Revisor de projeto de fomento


2017 - Atual
Agência de fomento: Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior
2016 - Atual
Agência de fomento: Fundação de Amparo à Ciência e Tecnologia do Estado de Pernambuco
2015 - Atual
Agência de fomento: Universidade Tecnológica Federal do Paraná
2015 - Atual
Agência de fomento: Chilean National Science and Technology Commission
2013 - Atual
Agência de fomento: Fundação Araucária


Áreas de atuação


1.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Metodologia e Técnicas da Computação.
2.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Metodologia e Técnicas da Computação/Especialidade: Processamento Gráfico (Graphics).
3.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Reconhecimento de Padrões.
4.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Bioinformática.


Idiomas


Inglês
Compreende Bem, Fala Razoavelmente, Lê Bem, Escreve Razoavelmente.


Prêmios e títulos


2014
Menção honrosa pelo trabalho Identification and annotation of transposable elements present in Brazilian strains of the genus Bradyrhizobium used in commercial inoculants for soybean, 60 Congresso Brasileiro de Genética.
2014
1° lugar no I Concurso de TCC da UTFPR-CP, Modalidade: Trabalhos em andamento, Área: Computação. (orientador do TCC de Bruno Mendes Moro Conque), Universidade Tecnológica Federal do Paraná - Câmpus Cornélio Procópio.
2011
Menção Honrosa no Prêmio Tese Destaque USP, Universidade de São Paulo - USP.
2010
Segundo Lugar entre as melhores apresentações do I Workshop de Bioinformática da Universidade de São Paulo, Programa Interunidades de Pós-Graduação em Bioinformática - USP.
2009
Best Poster of Systems Biology and Networks area at the 5th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology, AB3C.
2008
Best Short Paper of the III Brazilian Symposium on Bioinformatics (BSB), SBC.


Produções



Produção bibliográfica
Citações

Web of Science
Total de trabalhos:35
Total de citações:194
Fator H:8
Lopes, Fabrício M  Data: 24/09/2018

SCOPUS
Total de trabalhos:34
Total de citações:283
https://www.scopus.com/authid/detail.uri?authorId=24825155400; Fator H:10  Data: 21/09/2018

Outras
Total de trabalhos:35
Total de citações:486
https://scholar.google.com/citations?user=OZ6NFMEAAAAJ; Fator H:13  Data: 21/09/2018

Artigos completos publicados em periódicos

1.
ITO, Eric A.2018 ITO, Eric A. ; KATAHIRA, Isaque ; VICENTE, Fábio F. R. ; PEREIRA, Luiz Filipe P. ; LOPES, Fabrício M. . BASiNET BiologicAl Sequences NETwork: a case study on coding and non-coding RNAs identification. NUCLEIC ACIDS RESEARCH, v. gky462, p. gky462, 2018.

2.
SILVA, Juliana C.2017SILVA, Juliana C. ; DOMINGUES, Douglas S. ; LOPES, Fabrício M. . RNA-Seq differential expression analysis: An extended review and a software tool. PLoS One, v. 12, p. e0190152, 2017.

3.
BARROS-CARVALHO, GESIELE ALMEIDA2017BARROS-CARVALHO, GESIELE ALMEIDA ; VAN SLUYS, Marie-Anne ; Lopes, Fabricio Martins . An Efficient Approach to Explore and Discriminate Anomalous Regions in Bacterial Genomes Based on Maximum Entropy. Journal of Computational Biology, v. 24, p. 1125-1133, 2017.

4.
HATTORI, Leandro T.2016HATTORI, Leandro T. ; LOPES, Heitor S. ; LOPES, Fabrício M. . Evolutionary computation and swarm intelligence for the inference of gene regulatory networks. INTERNATIONAL JOURNAL OF INNOVATIVE COMPUTING AND APPLICATIONS (PRINT), v. 7, p. 225-235, 2016.

5.
AZEVEDO, Helton2015AZEVEDO, Helton ; LOPES, Fabrício M. ; SILLA, Paulo R. ; HUNGRIA, Mariangela . A database for the taxonomic and phylogenetic identification of the genus Bradyrhizobium using multilocus sequence analysis. BMC Genomics, v. 16, p. S10, 2015.

6.
LOPES, Fabrício M.2014 LOPES, Fabrício M.; RAY, SHUBHRA SANKAR ; HASHIMOTO, Ronaldo F. ; CESAR, ROBERTO M. . Entropic Biological Score: a cell cycle investigation for GRNs inference. GENE, v. 541, p. 129-137, 2014.

7.
LOPES, Fabrício M.2014 LOPES, Fabrício M.; MARTINS, DAVID C. ; BARRERA, Junior ; CESAR, ROBERTO M. . A feature selection technique for inference of graphs from their known topological properties: Revealing scale-free gene regulatory networks. Information Sciences, v. 272, p. 1-15, 2014.

8.
PASCHOAL, Alexandre R.2014PASCHOAL, Alexandre R. ; FERNANDES, Elias M. ; SILVA, Juliana C. ; LOPES, Fabrício M. ; PEREIRA, Luiz F. P. ; DOMINGUES, Douglas S. . CoffeebEST: an integrated resource for Coffea spp expressed sequence tags. Genetics and Molecular Research, v. 13, p. 10913-10920, 2014.

9.
MENA-CHALCO, JESÚS PASCUAL2014MENA-CHALCO, JESÚS PASCUAL ; DIGIAMPIETRI, LUCIANO ANTONIO ; LOPES, FABRÍCIO MARTINS ; CESAR, ROBERTO MARCONDES . Brazilian bibliometric coauthorship networks. Journal of the Association for Information Science and Technology, v. 65, p. 1424-1445, 2014.

10.
LATORRE, Andreia O.2013LATORRE, Andreia O. ; CANICEIRO, Beatriz D. ; FUKUMASU, Heidge ; GARDNER, Dale R. ; LOPES, FABRICIO M. ; WYSOCHI, HARRY L. ; DA SILVA, TEREZA C. ; HARAGUCHI, Mitsue ; BRESSAN, Fabiana F. ; GÓRNIAK, Silvana L. . Ptaquiloside reduces NK cell activities by enhancing metallothionein expression, which is prevented by selenium. Toxicology (Amsterdam), v. 304, p. 100-108, 2013.

11.
MENDONCA, Vitor R. R.2013MENDONCA, Vitor R. R. ; QUEIROZ, Artur T. L. ; LOPES, Fabrício M. ; ANDRADE, Bruno B. ; BARRAL-NETTO, Manoel . Networking the host immune response in Plasmodium vivax malaria. Malaria Journal (Online), v. 12, p. 69, 2013.

12.
VICENTE, Fábio F. R.2012VICENTE, Fábio F. R. ; LOPES, Fabrício M. ; HASHIMOTO, Ronaldo F. ; CESAR JR, Roberto M. . Assessing the Gain of Biological Data Integration in Gene Networks Inference. BMC GENOMICS, v. 13, p. S7, 2012.

13.
LOPES, Fabrício M.;LOPES, FABRICIO M.;LOPES, FABRÍCIO M;LOPES, FABRÍCIO MARTINS;FABRÍCIO MARTINS LOPES;Lopes, Fabricio Martins2011 LOPES, Fabrício M.; CESAR JR, Roberto M. ; COSTA, Luciano da F. . Gene Expression Complex Networks: Synthesis, Identification, and Analysis. Journal of Computational Biology, v. 18, p. 1353-1367, 2011.

14.
LOPES, Fabrício M.;LOPES, FABRICIO M.;LOPES, FABRÍCIO M;LOPES, FABRÍCIO MARTINS;FABRÍCIO MARTINS LOPES;Lopes, Fabricio Martins2011LOPES, Fabrício M.; DE OLIVEIRA, Evaldo A. ; CESAR JR, Roberto M. . Inference of gene regulatory networks from time series by Tsallis entropy. BMC Systems Biology, v. 5, p. 61, 2011.

15.
LOPES, Fabrício M.;LOPES, FABRICIO M.;LOPES, FABRÍCIO M;LOPES, FABRÍCIO MARTINS;FABRÍCIO MARTINS LOPES;Lopes, Fabricio Martins2008 LOPES, Fabrício M.; MARTINS JR, David C. ; CESAR JR, Roberto M. . Feature selection environment for genomic applications. BMC Bioinformatics, v. 9, p. 451, 2008.

Capítulos de livros publicados
1.
Martins Jr., David Correa ; Lopes, Fabricio Martins ; RAY, SHUBHRA SANKAR . Inference of Gene Regulatory Networks by Topological Prior Information and Data Integration. In: Ivan V. Ivanov; Xiaoning Qian; Ranadip Pal.. (Org.). Emerging Research in the Analysis and Modeling of Gene Regulatory Networks. 1ed.Hershey: IGI Global, 2016, v. 1, p. 1-51.

Textos em jornais de notícias/revistas
1.
JUSTO, Renato A. ; LOPES, Fabrício M. . Programação Paralela em Java. Revista easy Java Magazine, Rio de Janeiro, , v. 47, p. 1 - 15, 12 jan. 2015.

2.
SHISHIDO, Henrique Y. ; LOPES, Fabrício M. . Sockets em Java. Revista easy Java Magazine, Rio de Janeiro, , v. 34, p. 1 - 10, 01 nov. 2013.

3.
LOPES, Fabrício M.; SHISHIDO, Henrique Y. . Entendendo os modificadores Java. Revista easy Java Magazine, Rio de Janeiro, , v. 26, p. 6 - 13, 01 mar. 2013.

Trabalhos completos publicados em anais de congressos
1.
DA SILVA, Everton ; LIMA, Elenir L. L. ; LOPES, Fabrício M. ; KASHIWABARA, ANDRE YOSHIAKI . Aplicação da Árvore Probabilística de Sufixo na Predição de Resultados do Processo de Extração de Café Solúvel. In: 44º SEMISH Seminário Integrado de Software e Hardware, 2017, São Paulo. Anais do XXXVII Congresso da Sociedade Brasileira de Computação. São Paulo: Sociedade Brasileira de Computação, 2017. v. 1. p. 2554-2565.

2.
CONQUE, Bruno M. M. ; KASHIWABARA, ANDRE YOSHIAKI ; Lopes, Fabricio Martins . A feature extraction approach based on complex networks for genomic sequences recognition. In: 2016 9th International Congress on Image and Signal Processing, BioMedical Engineering and Informatics (CISPBMEI), 2016, Datong. 2016 9th International Congress on Image and Signal Processing, BioMedical Engineering and Informatics (CISP-BMEI). p. 1803-1807.

3.
PIOTTO, JOAO GILBERTO S. ; Lopes, Fabricio Martins . Combining SURF descriptor and complex networks for face recognition. In: 2016 9th International Congress on Image and Signal Processing, BioMedical Engineering and Informatics (CISPBMEI), 2016, Datong. 2016 9th International Congress on Image and Signal Processing, BioMedical Engineering and Informatics (CISP-BMEI). p. 275-279.

4.
BRILHADOR, Anderson ; SERRARENS, Daniel A. ; LOPES, Fabrício M. . A Computer Vision Approach for Automatic Measurement of the Inter-plant Spacing. In: 20th Iberoamerican Congress on Pattern Recognition (CIARP), 2015, Montevideo. Lecture Notes in Computer Science. Switzerland: Springer International Publishing, 2015. v. 9423. p. 219-227.

5.
VICENTE, Fábio F. R. ; MENEZES JUNIOR, Euler A. ; RUBINO, Gabriel ; OLIVEIRA, Juliana ; LOPES, Fabrício M. . A Feature Selection Approach for Evaluate the Inference of GRNs Through Biological Data Integration - A Case Study on A. Thaliana. In: 20th Iberoamerican Congress on Pattern Recognition (CIARP), 2015, Montevideo. Lecture Notes in Computer Science. Switzerland: Springer International Publishing, 2015. v. 9423. p. 667-675.

6.
LIMA, Geovana V. L. ; CASTILHO, Thullyo R. ; BUGATTI, Pedro H. ; SAITO, Priscila T. M. ; LOPES, Fabrício M. . A Complex Network-Based Approach to the Analysis and Classification of Images. In: 20th Iberoamerican Congress on Pattern Recognition (CIARP), 2015, Montevideo. Lecture Notes in Computer Science. Switzerland: Springer International Publishing, 2015. v. 9423. p. 322-330.

7.
HATTORI, Leandro T. ; LOPES, Heitor S. ; LOPES, FABRICIO M. . A discretized differential evolution algorithm for the inference of Gene Regulatory Networks. In: 2015 Latin America Congress on Computational Intelligence (LACCI), 2015, Curitiba. 2015 Latin America Congress on Computational Intelligence (LA-CCI). v. 1. p. 1-6.

8.
BRILHADOR, Anderson ; SERRARENS, Daniel A. ; LOPES, Fabrício M. . CounterPlant: aplicativo para mensuração da variação no arranjo espacial na linha de plantio de milho. In: X Congresso Brasileiro de Agroinformática (SBIAGRO), 2015, Ponta Grossa. Anais eletrônicos do X Congresso Brasileiro de Agroinformática (SBIAGRO). Ponta Grossa: Universidade Estadual de Ponta Grossa, 2015. v. 1. p. 1-10.

9.
VICENTE, Fábio F. R. ; LOPES, Fabrício M. . SFFS-SW: A feature selection algorithm exploring the small-world properties of GNs. In: 9th IAPR Conference on Pattern Recognition in Bioinformatics (PRIB), 2014, Stockholm. Lecture Notes in Bioinformatics. Switzerland: Springer International Publishing, 2014. v. 8626. p. 60-71.

10.
BRILHADOR, Anderson ; COLONHEZI, Thiago P. ; BUGATTI, Pedro H. ; LOPES, Fabrício M. . Combining Texture and Shape Descriptors for Bioimages Classification: A case of study in ImageCLEF dataset. In: 18th Iberoamerican Congress on Pattern Recognition (CIARP), 2013, Havana. Lecture Notes in Computer Science. Berlin Heidelberg: Springer, 2013. v. 8258. p. 431-438.

11.
MENDOZA, Mariana R. ; LOPES, Fabrício M. ; BAZZAN, Ana L. C. . Reverse Engineering of GRNs: an Evolutionary Approach Based on the Tsallis Entropy. In: 14th annual conference companion on Genetic and evolutionary computation (GECCO '12), 2012, Philadelphia. Proceedings of the fourteenth international conference on Genetic and evolutionary computation conference. New York: ACM, 2012. p. 185-192.

12.
LOUZADA, Vitor H. P. ; LOPES, Fabrício M. ; HASHIMOTO, Ronaldo F. . A Monte Carlo approach to measure the robustness of Boolean networks. In: 1st International Workshop on Robustness and Stability of Biological Systems and Computational Solutions (WRSBS), 2012, Orlando. Proceedings of the ACM Conference on Bioinformatics, Computational Biology and Biomedicine (BCB). New York: ACM, 2012. p. 696-699.

13.
PINTO, Silvia C. D. ; MENA-CHALCO, Jesús P. ; LOPES, Fabrício M. ; VELHO, Luiz ; CESAR JR, Roberto M. . 3D Facial expression analysis by using 2D and 3D wavelet transforms. In: 18th IEEE International Conference on Image Processing (ICIP), 2011, Brussels. 18th IEEE International Conference on Image Processing (ICIP), 2011. p. 1281-1284.

14.
VICENTE, Fábio F. R. ; LOPES, Fabrício M. ; HASHIMOTO, Ronaldo F. . Improvement of GNs inference through biological data integration. In: 9th IEEE International Workshop on Genomic Signal Processing and Statistics (GENSIPS), 2011, San Antonio. IEEE International Workshop on Genomic Signal Processing and Statistics (GENSIPS). New York: IEEE, 2011. p. 70-73.

15.
LOUZADA, Vitor H. P. ; LOPES, Fabrício M. ; HASHIMOTO, Ronaldo F. . The effect of certain Boolean functions in stability of networks with varying topology. In: 9th IEEE International Workshop on Genomic Signal Processing and Statistics (GENSIPS), 2011, San Antonio. IEEE International Workshop on Genomic Signal Processing and Statistics (GENSIPS). New York: IEEE, 2011. p. 21-24.

16.
LOPES, Fabrício M.; MARTINS JR, David C. ; BARRERA, Junior ; CESAR JR, Roberto M. . SFFS-MR: a floating search strategy for GRNs inference. In: 5th IAPR International Conference on Pattern Recognition in Bioinformatics (PRIB), 2010, Nijmegen. Lecture Notes in Computer Science. Berlin / Heidelberg: Springer-Verlag, 2010. v. 6282. p. 407-418.

17.
LOPES, Fabrício M.; MARTINS JR, David C. ; CESAR JR, Roberto M. . Comparative study of GRNs inference methods based on feature selection by mutual information. In: 7th IEEE International Workshop on Genomic Signal Processing and Statistics (GENSIPS), 2009, Minneapolis. IEEE International Workshop on Genomic Signal Processing and Statistics (GENSIPS). New York: IEEE, 2009. p. 1-4.

18.
LOPES, Fabrício M.; DE OLIVEIRA, Evaldo A. ; CESAR JR, Roberto M. . Analysis of the GRNs inference by using Tsallis entropy and a feature selection approach. In: 14th Iberoamerican Congress on Pattern Recognition (CIARP), 2009, Guadalajara. Lecture Notes in Computer Science. Berlin: Springer-Verlag, 2009. v. 5856. p. 473-480.

19.
LOPES, Fabrício M.; CONSULARO, Luís Augusto . A RBFN Perceptive Model for Image Thresholding. In: 18th Brazilian Symposium on Computer Graphics and Image Processing (SIBGRAPI), 2005, Natal. 18th Brazilian Symposium on Computer Graphics and Image Processing (SIBGRAPI). Los Alamitos: IEEE Computer Society, 2005. p. 225-233.

Resumos expandidos publicados em anais de congressos
1.
LOPES, Fabrício M.. A Bioinformática Aplicada no Melhoramento de Plantas. In: 2o. Encontro Paranaense de Melhoramento de Plantas (EPMP), 2012, Londrina. 2o. EPMP Encontro Paranaense de Melhoramento de Plantas. Londrina: IAPAR, 2012. p. 1-5.

2.
PINTO, Silvia C. D. ; MENA-CHALCO, Jesús P. ; LOPES, Fabrício M. ; CESAR JR, Roberto M. . Preliminary results on 3D facial expression analysis using 2D and 3D wavelet transforms. In: 23rd Brazilian Symposium on Computer Graphics and Image Processing (SIBGRAPI), 2010, Gramado. Special Session on Works in Progress (WIP), 2010.

3.
LATORRE, Andreia O. ; LOPES, Fabrício M. ; CANICEIRO, Beatriz D. ; GARDNER, Dale R. ; WYSOCHI JR, Harry L. ; HARAGUCHI, Mitsue ; GÓRNIAK, Silvana L. . Possíveis mecanismos de ação e reversão dos efeitos imunotóxicos da Pteridium aquilinum. In: XIX Semana Científica Benjamin Eurico Malucelli, 2010, São Paulo. Anais da Semana Científica Benjamin Eurico Malucelli, 2010. v. 4. p. 65-66.

4.
LOPES, Fabrício M.; CESAR JR, Roberto M. ; COSTA, Luciano da F. . AGN Simulation and Validation Model. In: 3rd Brazilian Symposium on Bioinformatics (BSB), 2008, Santo André. Lecture Notes in Computer Science. Berlin: Springer-Verlag, 2008. v. 5167. p. 169-173.

5.
RODRIGUES, Graziela C. V. P. ; LOPES, Fabrício M. . Vídere - Jogos para Estimulação Visual. In: Workshop de Jogos Digitais na Educação (SBIE), 2005, Juiz de Fora. Workshop de Jogos Digitais na Educação. Gravataí: Ludens Artis, 2005. p. 31-33.

Resumos publicados em anais de congressos
1.
KATAHIRA, Isaque ; ITO, Eric A. ; LOPES, Fabrício M. . Bioinformatics: A case study to distinguish between coding and non-coding RNAs through complex networks. In: EGB 2017 ? II Escola Gaúcha de Bioinformática, 2017, Porto Alegre. Anais da II Escola Gaúcha de Bioinformática, 2017.

2.
KATAHIRA, Isaque ; ITO, Eric A. ; VICENTE, Fábio F. R. ; LOPES, Fabrício M. . Extraction of features using topological measures of complex networks. In: X-Meeting 2017 - 13th International Conference of the Brazilian Association of Bioinformatics and Computational Biology (AB3C), 2017, São Pedro. Proceedings X-Meeting 2017. São Paulo: Brazilian Association of Bioinformatics and Computational Biology (AB3C), 2017. v. 1. p. 286.

3.
KATAHIRA, Isaque ; LOPES, Fabrício M. . Pattern Recognition in genomic sequences: A case of study using complex networks. In: X-Meeting, 2016, Belo Horizonte. X-Meeting 2016 - 12th International Conference of the Brazilian Association of Bioinformatics and Computational Biology (AB3C). São Paulo: Brazilian Association of Bioinformatics and Computational Biology (AB3C), 2016. v. 1.

4.
CARVALHO, Gesiele A. B. ; HUNGRIA, Mariangela ; LOPES, FABRICIO M. ; VAN SLUYS, Marie-Anne . Mapping IS elements in Brazilian Bradyrhizobium strains used in inoculants and their putative impacts on the symbiosis. In: XXVII Reunião Latinoamericana de Rizobiologia, 2016, Londrina. XXVII RELAR REUNIÃO LATINOAMERICANA DE RIZOBIOLOGIA. Curitiba: Núcleo Estadual Paraná da Sociedade Brasileira de Ciência do Solo, 2016. v. 1. p. 180-180.

5.
SILVA, Juliana C. ; DOMINGUES, Douglas S. ; PEREIRA, Luiz Filipe P. ; HUNGRIA, Mariangela ; LOPES, Fabrício M. . A Toolbox for RNA-Seq Analysis. In: X-Meeting 2015 - 11th International Conference of th AB3C + Brazilian Symposium of Bioinformatics, 2015, São Paulo. X-Meeting 2015 - 11th International Conference of th AB3C + Brazilian Symposium of Bioinformatics. São Paulo: AB3C, 2015.

6.
PIOVEZANI, Amanda R. ; LOPES, Fabrício M. ; BUCKERIDGE, Marcos S. . Integrating transcriptomics, proteomics and physiology scales in sugarcane roots. In: X-Meeting 2015 - 11th International Conference of th AB3C + Brazilian Symposium of Bioinformatics, 2015, São Paulo. X-Meeting 2015 - 11th International Conference of th AB3C + Brazilian Symposium of Bioinformatics. São Paulo: AB3C, 2015.

7.
CARVALHO, Gesiele A. B. ; VAN SLUYS, Marie-Anne ; LOPES, Fabrício M. . Maximum entropy: an effective strategy to discriminate anomalous regions in bacterial genomes. In: X-Meeting 2015 - 11th International Conference of th AB3C + Brazilian Symposium of Bioinformatics, 2015, São Paulo. X-Meeting 2015 - 11th International Conference of th AB3C + Brazilian Symposium of Bioinformatics. São Paulo: AB3C, 2015.

8.
RESENDE, Walkiria K. ; VIEIRA, Henrique C. ; FEIO, Ana C. ; LOPES, Fabrício M. ; BRENTANI, Helena P. . The use of Machine Learning to prediction of psychiatric disorders in children. In: X-Meeting 2015 - 11th International Conference of th AB3C + Brazilian Symposium of Bioinformatics, 2015, São Paulo. X-Meeting 2015 - 11th International Conference of th AB3C + Brazilian Symposium of Bioinformatics. São Paulo: AB3C, 2015.

9.
EULER ANGELO DE MENEZES JUNIOR ; FABRÍCIO MARTINS LOPES . Integração de Dados da Arabidopsis thaliana. In: XX Seminário de Iniciação Científica e Tecnológica da UTFPR, 2015, Campo Mourão, 2015.

10.
MATHEUS MONTANINI BREVE ; FABRÍCIO MARTINS LOPES . RECONHECIMENTO DE PADRÕES EM REDES DE COAUTORIA UTILIZANDO REDES COMPLEXAS. In: XX Seminário de Iniciação Científica e Tecnológica da UTFPR, 2015, Campo Mourão, 2015.

11.
THULLYO RADELI CASTILHO ; FABRÍCIO MARTINS LOPES . Reconhecimento de cultivares e plantas daninhas por imagem.. In: XX Seminário de Iniciação Científica e Tecnológica da UTFPR, 2015, Campo Mourão, 2015.

12.
CARVALHO, Gesiele A. B. ; LOPES, Fabrício M. ; VAN SLUYS, Marie-Anne . Identification and Annotation of Transposable Elements present in Brazilian Strains of the Genus Bradyrhizobium used in Commercial Inoculants for Soybean. In: 60 Congresso Brasileiro de Genética, 2014, Guarujá. 60 Congresso Brasileiro de Genética. Guarujá: Sociedade Brasileira de Genética, 2014.

13.
OLIVEIRA, Juliana ; RUBINO, Gabriel ; VICENTE, Fábio F. R. ; LOPES, Fabrício M. . Integration of temporal gene expression data of Arabidopsis thaliana from the Gene Expression Omnibus. In: ISCB-LA / X-meeting / BSB / SoIBio, 2014, Belo Horizonte. ISCB-Latin America X-meeting in Bioinformatics with BSB and SoiBio, 2014.

14.
BARBOSA, André R. ; VILAS-BOAS, Laurival A. ; LOPES, Fabrício M. . Inference of Gene Regulatory Networks from Expression Data Integration of Streptococcus agalactiae. In: ISCB-LA / X-meeting / BSB / SoIBio, 2014, Belo Horizonte. ISCB-Latin America X-meeting in Bioinformatics with BSB and SoiBio, 2014.

15.
PIOVEZANI, Amanda R. ; TAVAREZ, Eveline Q. ; SOUZA, Amanda P. ; LOPES, Fabrício M. ; BUCKERIDGE, Marcos S. . Development of a Bioinformatic Tool for Integration of Transcriptomis, Proteomics and Physiology Using Sorghum and Sugarcane as Model Systems. In: Congresso Brasileiro de Genética, 2014, Guarujá. 60 Congresso Brasileiro de Genética, 2014.

16.
CONQUE, Bruno M. M. ; KASHIWABARA, André Y. ; LOPES, Fabrício M. . Feature extraction from complex networks: A case of study in genomic sequences classification. In: ISCB-LA / X-meeting / BSB / SoIBio, 2014, Belo Horizonte. ISCB-Latin America X-meeting in Bioinformatics with BSB and SoiBio, 2014.

17.
QUINTANILHA, Danielle M. ; JESUS, Erika M. ; LOPES, Fabrício M. ; VAN SLUYS, Marie-Anne . Extensive Rewiring of Transcriptional Regulatory Networks and Pleiotropic Phenotypes in Tobacco Expressing a Hairpin of the Tnt1 Retrotransposon. In: International Plant and Animal Genome Conference XXII, 2014, San Diego. International Plant and Animal Genome Conference XXII. San Diego, 2014.

18.
QUINTANILHA, Danielle M. ; JESUS, Erika M. ; LOPES, Fabrício M. ; VAN SLUYS, Marie-Anne . Effects of Agrobacterium tumefaciens-Mediated Transformation with the Hygromycin Resistance Gene Hpt on the Tobacco Transcriptome. In: International Plant and Animal Genome Conference XXII, 2014, San Diego. International Plant and Animal Genome Conference XXII. San Diego, 2014.

19.
CARVALHO, Gesiele A. B. ; LOPES, Fabrício M. ; VAN SLUYS, Marie-Anne . Entropy Maximization Applied to Analysis of Bacterial Genomic Sequences. In: X-meeting BSB 2013, 2013, Recife. 9th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology (AB3C), 2013.

20.
RUBINO, Gabriel ; LOPES, Fabrício M. . Integration of biological data for GNs inference. In: X-Meeting, 2012, Campinas. 8th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology (AB3C), 2012.

21.
SILVA, Aline F. ; COSTA, Ana B. S. B. S. ; LOPES, Fabrício M. ; SABINO, Flávia C. ; VICENTE, Fábio F. R. ; PASCHOAL, Alexandre R. . Applying a probabilistic boolean model to study a gene regulatory network based on clock genes of D. melanogaster. In: X-Meeting, 2012, Campinas. 8th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology (AB3C), 2012.

22.
HATTORI, Leandro T. ; SHISHIDO, Henrique Y. ; LOPES, Fabrício M. . Genetic Algorithms with Island Model for GNs Inference. In: X-Meeting, 2012, Campinas. 8th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology (AB3C), 2012.

23.
SILVA, Jonathan S. S. R. ; VICENTE, Fábio F. R. ; LOPES, Fabrício M. . Gene Networks Characterization by using Complex Networks Measures. In: X-Meeting, 2012, Campinas. 8th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology (AB3C), 2012.

24.
VICENTE, Fábio F. R. ; LOPES, Fabrício M. . Improvement of Precision in Gene Networks Inference by Using Sequence Data as Prior Knowledge. In: X-Meeting, 2012, Campinas. 8th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology (AB3C), 2012.

25.
RUBINO, Gabriel ; SILVA, Jonathan S. S. R. ; VICENTE, Fábio F. R. ; LOPES, Fabrício M. . Integration of biological data for the inference of GRNs. In: X-Meeting, 2011, Florianópolis. 7th Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology, 2011.

26.
COLONHEZI, Thiago P. ; SOARES, William S. ; BUGATTI, Pedro H. ; LOPES, Fabrício M. . Analysis of the relationship between gene expression and phenotypes. In: X-Meeting, 2011, Florianópolis. 7th Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology, 2011.

27.
ARABORI, Bruno H. ; DOMINGUES, Douglas S. ; LOPES, Fabrício M. ; PEREIRA, Luiz F. P. ; PASCHOAL, Alexandre R. . Bioinformatics analysis of Coffea canephora fruit EST data. In: X-Meeting, 2011, Florianópolis. 7th Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology, 2011.

28.
LIMA, Leandro A. ; MARTINS JR, David C. ; LOPES, Fabrício M. . Using small-world network topology to guide GRN inference processes. In: X-Meeting, 2010, Ouro Preto. 6th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology, 2010.

29.
LIMA, Leandro A. ; MARTINS JR, David C. ; LOPES, Fabrício M. . An Iterative Approach to Generate Small-world Networks and its Application on System Biology. In: 2nd International Workshop on Complex Networks (CompleNet), 2010, Rio de Janeiro. 2nd International Workshop on Complex Networks (CompleNet), 2010.

30.
LOPES, Fabrício M.; DE OLIVEIRA, Evaldo A. ; CESAR JR, Roberto M. . Improving GRNs inference methods by using Tsallis entropy. In: X-Meeting, 2009, Angra dos Reis - RJ. 5th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology, 2009.

31.
DA SILVA, Alberto Luiz ; LOPES, Fabrício M. ; CONSULARO, Luís Augusto . A Framework for Automatic Cephalometric Landmarking. In: 17th Brazilian Symposium on Computer Graphics and Image Processing (SIBGRAPI), 2004, Curitiba. 17th Brazilian Symposium on Computer Graphics and Image Processing (SIBGRAPI), 2004.

32.
LOPES, Fabrício M.; CONSULARO, Luís Augusto . Modelo Thin-Plate Spline de Limiarização de Imagens. In: Fórum de Informática e Tecnologia de Maringá, 2002, Maringá. V Forúm de Informática e Tecnologia de Maringá VII Mostra de Trabalhos de Maringá FITEM, 2002.

33.
LOPES, Fabrício M.; CONSULARO, Luís Augusto . Automatic Gray Level Thresholding based on Relevant Features for Subjective Decisions. In: 15th Brazilian Symposium on Computer Graphics and Image Processing (SIBGRAPI), 2002, Fortaleza. 15th Brazilian Symposium on Computer Graphics and Image Processing (SIBGRAPI). Washington: IEEE Computer Society, 2002. p. 411-411.

Apresentações de Trabalho
1.
LOPES, Fabrício M.. Inferência de Redes Gênicas a partir de Integração de Informações Estruturais e Funcionais. 2018. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

2.
LOPES, Fabrício M.. Computação Aplicada a Bioinformática. 2018. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

3.
LOPES, Fabrício M.. Introdução a Bioinformática. 2017. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

4.
LOPES, Fabrício M.. Desvendando as funcionalidades dos genomas através Inferências de Redes Regulatórias. 2016. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

5.
LOPES, Fabrício M.. Inferência de redes regulatórias a partir da análise de padrões contidos na expressão gênica. 2016. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

6.
LOPES, Fabrício M.. Biologia + Ciência da Computação = Bioinformática?. 2016. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

7.
LOPES, Fabrício M.. Pattern Recognition and Inference of Gene Regulatory Networks: a case of study. 2015. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

8.
LOPES, Fabrício M.. Inferência de Redes Gênicas a partir de Integração de Dados. 2015. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

9.
LOPES, Fabrício M.. Bioinformática e Reconhecimento de Padrões: aplicações e desafios. 2015. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

10.
LOPES, Fabrício M.. A computer vision approach for automatic measurement of the inter-plant spacing. 2015. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

11.
LOPES, Fabrício M.. A Complex Network-Based Approach to the Analysis and Classification of Images. 2015. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

12.
LOPES, Fabrício M.. Introdução ao Reconhecimento de Padrões e aplicações em problemas de Bioinformática. 2014. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

13.
LOPES, Fabrício M.. Uso da entropia de Tsallis na inferência de GRNs. 2014. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

14.
LOPES, Fabrício M.. Reconhecimento de Padrões Aplicado à Bioinformática. 2012. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

15.
LOPES, Fabrício M.. Bioinformática na era genômica. 2012. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

16.
LOPES, Fabrício M.. A Bioinformática aplicada no melhoramento de plantas. 2012. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

17.
LOPES, Fabrício M.. Reconhecimento de Padrões e Inferência de Redes Gênicas. 2012. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

18.
LOPES, Fabrício M.. Reconhecimento de Padrões Aplicado na Inferência de Redes Gênicas. 2012. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

19.
LOPES, Fabrício M.. Introdução ao Reconhecimento de Padrões e aplicações em problemas de Bioinformática. 2011. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

20.
LOPES, Fabrício M.. Inferência de GRNs a partir de dados de expressão gênica. 2011. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

21.
LOPES, Fabrício M.. Inference of gene regulatory networks from time series by Tsallis entropy. 2011. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

22.
LOPES, Fabrício M.. Inferência de Redes Gênicas usando a Entropia de Tsallis. 2010. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

23.
LOPES, Fabrício M.. Inference of gene regulatory networks from time series by Tsallis entropies. 2010. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

24.
LOPES, Fabrício M.; CESAR JR, Roberto M. . Reconhecimento de Padrões Aplicado à Bioinformática. 2009. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

25.
LOPES, Fabrício M.; CESAR JR, Roberto M. . Gene expression complex networks: synthesis, identification and analysis. 2009. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

26.
LOPES, Fabrício M.; MARTINS JR, David C. ; CESAR JR, Roberto M. . Comparative study of GRNs inference methods based on feature selection by mutual information. 2009. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

27.
LOPES, Fabrício M.. Análise de dados de mycroarray: aspectos gerais. 2009. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

28.
LOPES, Fabrício M.; DE OLIVEIRA, Evaldo A. ; CESAR JR, Roberto M. . Improving GRNs Inference Methods by Using Tsallis Entropy. 2009. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

29.
LOPES, Fabrício M.; CESAR JR, Roberto M. . Modelo para Simulação e Validação de Redes Gênicas. 2008. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

30.
LOPES, Fabrício M.; CESAR JR, Roberto M. ; COSTA, Luciano da F. . AGN Simulation and Validation Model. 2008. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

31.
LOPES, Fabrício M.; CONSULARO, Luís Augusto . A RBFN Perceptive Model for Image Thresholding. 2005. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

32.
LOPES, Fabrício M.. Framework para o Traçado Cefalométrico Automático. 2005. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

33.
DA SILVA, Alberto Luiz ; LOPES, Fabrício M. ; CONSULARO, Luís Augusto . A Framework for Automatic Cephalometric Landmarking. 2004. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

34.
LOPES, Fabrício M.. Um Modelo Perceptivo de Limiarização de Imagens Digitais. 2003. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

35.
LOPES, Fabrício M.. Processamento de Imagens Digitais. 2002. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

36.
LOPES, Fabrício M.. Modelo Entrópico de Limiarização de Imagens. 2002. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

37.
LOPES, Fabrício M.; CONSULARO, Luís Augusto . Automatic Gray Level Thresholding based on Relevant Features for Subjective Decisions. 2002. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

38.
LOPES, Fabrício M.. Expositor de Projeto - VIGIL. 2000. (Apresentação de Trabalho/Seminário).


Produção técnica
Assessoria e consultoria
1.
KASHIWABARA, André Y. ; LOPES, FABRÍCIO M . Algoritmo de Reconhecimento de Padrões. 2016.

Programas de computador sem registro
1.
ITO, Eric A. ; LOPES, Fabrício M. . BASiNET - Classification of RNA Sequences using Complex Network Theory. 2018.

2.
PIOVEZANI, Amanda R. ; LOPES, Fabrício M. ; BUCKERIDGE, Marcos S. . SIT - Ferramenta de Integração e Visualização de Dados. 2017.

3.
RUBINO, Gabriel ; Lopes, Fabricio Martins . Visual Ontogrator - Integração de dados biológicos. 2016.

4.
BRILHADOR, Anderson ; BUGATTI, Pedro H. ; LOPES, Fabrício M. . Imageleaf - framework para extração de características de forma. 2013.

5.
COLONHEZI, Thiago P. ; BUGATTI, Pedro H. ; LOPES, Fabrício M. . jImageFeature: Software for features extraction and image classification. 2012.

6.
MATSUMOTO, Diogo H. ; RODRIGUES, Graziela C. V. P. ; LOPES, Fabrício M. . Videre2: Jogos para estimuação visual. 2012.

7.
LOPES, Fabrício M.; CESAR JR, Roberto M. ; COSTA, Luciano da F. . jAGN: A Java-Based Model for Artificial Gene Networks Generation. 2010.

8.
LOPES, Fabrício M.; MARTINS JR, David C. ; CESAR JR, Roberto M. . DimReduction - Interactive Graphic Environment for Dimensionality Reduction. 2008.

9.
RODRIGUES, Graziela C. V. P. ; LOPES, Fabrício M. . Vídere - Jogos para Estimulação Visual. 2005.

10.
LOPES, Fabrício M.; DÓI, Gilmar M. . ABCL - Sistema de Genealogia. 2000.

11.
LOPES, Fabrício M.; LOREDO, Luís Augusto . VIGIL - Software para Vigilância Sanitária. 1998.

Trabalhos técnicos
1.
LOPES, Fabrício M.. BSB 2018 Program Committee. 2018.

2.
LOPES, Fabrício M.. Membro da Comissão Científica do III Simpósio Norte e Nordeste de Bioinformática. 2018.

3.
LOPES, Fabrício M.. Revisão de artigo no periódico F1000Research. 2017.

4.
LOPES, Fabrício M.. Consultor 'ad hoc' na análise de propostas PIBIC/PIBITI - 2017/2018. 2017.

5.
LOPES, Fabrício M.. CISP-BMEI 2017 Technical Program Committee. 2017.

6.
LOPES, Fabrício M.. Revisor de trabalhos científicos submetidos à II Escola Gaúcha de Bioinformática - EGB 2017. 2017.

7.
LOPES, Fabrício M.. PSIVT 2017 program committee. 2017.

8.
LOPES, Fabrício M.. Member of the Scientific Committee for the X-Meeting 2017 - 13th International Conference of the Brazilian Association of Bioinformatics and Computational Biology (AB3C). 2017.

9.
LOPES, Fabrício M.. Membro de Comitê de Programa do 9th International Congress on Image and Signal Processing, BioMedical Engineering and Informatics (CISP-BMEI 2016). 2016.

10.
LOPES, Fabrício M.. Workshop em Bioinformática da UTFPR - 2016. 2016.

11.
LOPES, Fabrício M.. Projeto aprovado no Edital CP 19/2015 Programa de Bolsas de Mestrado Acordo Capes/FA. 2016.

12.
LOPES, Fabrício M.. Membro da comissão científica do IV Simpósio Paranaense de Engenharia Mecânica (SIPEM). 2015.

13.
LOPES, Fabrício M.. Revisor do 12th MCBIOS Conference Proceedings. 2015.

14.
LOPES, Fabrício M.. Revisor do 2nd Latin American Congress on Computational Intelligence.. 2015.

15.
LOPES, Fabrício M.. Revisor do 2015 IEEE International Conference on Electronics, Circuits, and Systems. 2015.

16.
LOPES, Fabrício M.. Revisor do 2014 IEEE International Workshop on Genomic Signal Processing and Statistics (GENSIPS 2014). 2014.

17.
CONQUE, Bruno M. M. ; KASHIWABARA, André Y. ; LOPES, Fabrício M. . Feature extraction from complex networks: A case of study in genomic sequences classification. 2014.

18.
LOPES, Fabrício M.. Revisor do X-meeting BMC Genomics paper track. 2013.

19.
LOPES, Fabrício M.. Membro do comitê de programa do 11th Brazilian Congress (CBIC) on Computational Intelligence - Computational Intelligence in Bioinformatics Symposium (CIBS). 2013.

20.
LOPES, Fabrício M.. Revisor do 2013 IEEE International Workshop on Genomic Signal Processing and Statistics (GENSIPS 2013). 2013.

21.
LOPES, Fabrício M.; MARTINS JR, David C. ; BARRERA, Junior ; CESAR JR, Roberto M. . An iterative feature selection method for GRNs inference by exploring topological properties. 2011.

22.
LOPES, Fabrício M.; MARTINS JR, David C. ; CESAR JR, Roberto M. . DimReduction - Interactive Graphic Environment for Dimensionality Reduction. 2008.

Redes sociais, websites e blogs
1.
LOPES, Fabrício M.; BITAR, Mainá . BioInfoNews. 2009; Tema: Canal de comunicação de estudantes e pesquisadores na área de bioinformática.. (Fórum).


Demais tipos de produção técnica
1.
LOPES, Fabrício M.. Bioinformática e Inferência de Redes Gênicas. 2016. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

2.
LOPES, Fabrício M.. Relatório Parcial - Edital 24/2012 - Programa de Pesquisa Básica e Aplicada. 2015. (Relatório de pesquisa).

3.
LOPES, Fabrício M.. Relatório Final - Edital Universal 14/2012 - Faixa A. 2015. (Relatório de pesquisa).

4.
LOPES, Fabrício M.. Relatório Parcial - Edital 21/2012 - Programa de Bolsas de Produtividade em Pesquisa e Desenvolvimento Tecnológico. 2015. (Relatório de pesquisa).

5.
LOPES, Fabrício M.. Relatório Parcial - Edital 24/2012 - Programa de Pesquisa Básica e Aplicada. 2014. (Relatório de pesquisa).

6.
LOPES, Fabrício M.. Linguagem de Programação Java II. 2013. (Curso de curta duração ministrado/Especialização).

7.
LOPES, Fabrício M.. Reconhecimentos de Padrões. 2013. (Curso de curta duração ministrado/Especialização).

8.
LOPES, Fabrício M.. Introdução a bioinformática e aplicações envolvendo reconhecimento de padrões. 2012. (Curso de curta duração ministrado/Outra).

9.
LOPES, Fabrício M.. Linguagem de Programação Java II. 2012. (Curso de curta duração ministrado/Especialização).

10.
LOPES, Fabrício M.. Linguagem de Programação Java II. 2011. (Curso de curta duração ministrado/Especialização).

11.
LOPES, Fabrício M.. 24th Australasian Joint Conference on Artificial Intelligence (AI2011). 2011. (Revisão de artigo).

12.
LOPES, Fabrício M.; CESAR JR, Roberto M. . 23rd IEEE Conference on Computer Vision and Pattern Recognition (CVPR). 2010. (Revisão de artigo).

13.
LOPES, Fabrício M.; MARTINS JR, David C. . 15th Iberoamerican Congress on Pattern Recognition (CIARP). 2010. (Revisão de artigos).

14.
LOPES, Fabrício M.; CESAR JR, Roberto M. . 17th IEEE International Conference on Image Processing (ICIP). 2010. (Revisão de artigo).

15.
LOPES, Fabrício M.; HASHIMOTO, Ronaldo F. . 4th Brazilian Symposium on Bioinformatics (BSB). 2009. (Revisão de artigo).

16.
LOPES, Fabrício M.; CESAR JR, Roberto M. . 15th IEEE International Conference on Image Processing (ICIP). 2008. (Revisão de artigos).

17.
LOPES, Fabrício M.; CESAR JR, Roberto M. . 3rd X-Meeting. 2007. (Revisão de artigo).

18.
LOPES, Fabrício M.. Ferramentas de Programação Java. 2006. (Curso de curta duração ministrado/Especialização).

19.
LOPES, Fabrício M.. Informática Aplicada. 2006. (Curso de curta duração ministrado/Especialização).

20.
LOPES, Fabrício M.. I Jornada Nacional da Produção Científica em Educação Profissional e Tecnológica. 2006. (Revisão de artigo).

21.
LOPES, Fabrício M.. Informática Aplicada. 2005. (Curso de curta duração ministrado/Especialização).

22.
LOPES, Fabrício M.. Linguagem de Programação Delphi. 2004. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).



Patentes e registros



Programa de computador
1.
PANSANATO, Luciano T. E. ; BRILHADOR, Anderson ; LOPES, Fabrício M. . Sistema de Reconhecimento de Gráficos com Auxílio Contínuo de Áudio. 2013.
Patente: Programa de Computador. Número do registro: BR512013000898-0, data de registro: 20/05/2013, título: "Sistema de Reconhecimento de Gráficos com Auxílio Contínuo de Áudio" , Instituição de registro: INPI - Instituto Nacional da Propriedade Industrial.

2.
KASHIWABARA, André Y. ; LIMA, Elenir L. L. ; DA SILVA, Everton ; LOPES, FABRICIO M. . PERSIA - Preditor de Resultados Industriais. 2017.
Patente: Programa de Computador. Número do registro: BR512017000242-8, data de registro: 30/05/2017, título: "PERSIA - Preditor de Resultados Industriais" , Instituição de registro: INPI - Instituto Nacional da Propriedade Industrial.

3.
BRILHADOR, Anderson ; SERRARENS, Daniel A. ; LOPES, Fabrício M. . Counter Plant. 2017.
Patente: Programa de Computador. Número do registro: BR512017000315-7, data de registro: 30/05/2017, título: "Counter Plant" , Instituição de registro: INPI - Instituto Nacional da Propriedade Industrial.



Bancas



Participação em bancas de trabalhos de conclusão
Mestrado
1.
LOPES, Fabrício M.; KASHIWABARA, André Y.; HASHIMOTO, Ronaldo F.. Participação em banca de Isaque Katahira. Reconhecimento de padrões utilizando métricas de redes complexas para a extração de características, representação e classificação de sequências de RNAs. 2018. Dissertação (Mestrado em Bioinformática (40006018037P6)) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

2.
RODRIGUES, Elisete P.; OLIVEIRA, Andre L. M.; LOPES, Fabrício M.. Participação em banca de Catia Lie Yokoyama. Análise proteômica diferencial de Rhizobium tropici CIAT899 em resposta ao aminoácido L-triptofano. 2018. Dissertação (Mestrado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Londrina.

3.
LOPES, Fabrício M.; SAITO, Priscila T. M.; MARCELINO, Francismar C.. Participação em banca de Ricardo Conde Camillo Da Silva. Contador automático de colônias de bactérias do gênero Bradyrhizobium. 2018. Dissertação (Mestrado em Informática) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

4.
SAITO, Priscila T. M.; LOPES, Fabrício M.; HENNING, Fernando A.; BENITEZ, César M. V.. Participação em banca de Douglas Felipe Pereira. Técnicas de Aprendizado Ativo para Avaliação do Vigor de Sementes de Soja. 2018. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

5.
FUJITA, André; KASHIWABARA, André Y.; DOMINGUES, Douglas S.; LOPES, Fabrício M.. Participação em banca de Juliana Costa Silva. Análise de expressão diferencial para dados de RNA-Seq: uma nova abordagem. 2017. Dissertação (Mestrado em Bioinformática (40006018037P6)) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

6.
BUGATTI, Pedro H.; SAITO, Priscila T. M.; LOPES, Fabrício M.; KASTER, Daniel S.. Participação em banca de Geovana Veloso Loureiro de Lima. PROPOSTA DE BAG-OF-VISUAL WORDS POR MEIO DE REDES COMPLEXAS. 2017. Dissertação (Mestrado em Informática) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

7.
MARQUES, Fátima L. S. N.; DIGIAMPIETRI, Luciano A.; FORLENZA, Orestes V.; LOPES, Fabrício M.. Participação em banca de Jéssica dos Santos de Oliveira. Classificador para auxílio ao diagnóstico de TEA baseado em um modelo computacional de atenção visual. 2017. Dissertação (Mestrado em SISTEMAS DE INFORMAÇÃO) - Universidade de São Paulo.

8.
LOPES, Fabrício M.; MARTINS JR, David C.; BENITEZ, César M. V.. Participação em banca de Leandro Takeshi Hattori. Inferência de redes de regulação gênica utilizando métodos de busca e otimização. 2016. Dissertação (Mestrado em Engenharia Elétrica e Informática Industrial) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

9.
LOPES, Fabrício M.; BARBON JUNIOR, Sylvio; SAITO, Priscila T. M.. Participação em banca de João Gilberto de Souza Piotto. Reconhecimento Facial Usando Descritores Locais e Redes Complexas. 2016. Dissertação (Mestrado em Informática) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

10.
LOPES, Fabrício M.; KASHIWABARA, André Y.; VILAS-BOAS, Laurival A.; HUNGRIA, Mariangela. Participação em banca de Helton de Azevedo. Base de dados para identificação taxonômica e filogenética de espécies do gênero Bradyrhizobium usando a metodologia MLSA. 2015. Dissertação (Mestrado em Informática) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

11.
VILAS-BOAS, Laurival A.; DOMINGUES, Douglas S.; LOPES, Fabrício M.. Participação em banca de André Luciano Nadal. Busca e caracterização in silico de RNAs não codificadores em isolados de Bacillus anthracis, Bacillus cereus e Bacillus thuringiensis (Bacillus cereus sensu lato). 2015. Dissertação (Mestrado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Londrina.

12.
LOPES, Fabrício M.; FLORES, Franklin Cesar; BUGATTI, Pedro H.. Participação em banca de Anderson Brilhador. Análise Automática do Arranjo Espacial de Plantas de Milho Utilizando Visão Computacional. 2015. Dissertação (Mestrado em Informática) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

13.
BUGATTI, Pedro H.; LOPES, Fabrício M.; KASTER, Daniel S.. Participação em banca de Marcus Glauco Faria de Sant'Anna. Recuperação e Classificação Automática do Vigor de Sementes de Soja. 2015. Dissertação (Mestrado em Informática) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

14.
FELIPE, Joaquim C.; LOPES, Fabrício M.; SILVA JR, Wilson A.. Participação em banca de Mariana Yuri Sasazaki. Infraestrutura computacional para avaliação da similaridade funcional composta entre microRNAs baseada em ontologias. 2014. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

15.
LUGO, Gustavo A. G.; LOPES, Fabrício M.; LOPES, Heitor S.. Participação em banca de Ademir Cristiano Gabardo. A heuristic to detect community structures in dynamic complex networks. 2014. Dissertação (Mestrado em Computação Aplicada - PPGCA) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

16.
BARANAUSKAS, José A.; LOPES, Fabrício M.; TINOS, R.. Participação em banca de Pedro Santoro Perez. Uma Abordagem para a Indução de Árvores de Decisão voltada para Dados de Expressão Gênica. 2012. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

Teses de doutorado
1.
CESAR JR, Roberto M.; PINHANEZ, Claudio S.; LOPES, Fabrício M.; MENA-CHALCO, Jesús P.; DIGIAMPIETRI, Luciano A.. Participação em banca de Samuel Martins Barbosa Neto. Revealing social networks' missed behavior: detecting reactions and time-aware analyses. 2017. Tese (Doutorado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo.

2.
MARTINS JR, David C.; TORRES, Tatiana T.; LOPES, Fabrício M.; HASHIMOTO, Ronaldo F.; ROZANTE, Luiz Carlos S.. Participação em banca de Ricardo de Souza Jacomini. Inferência de redes gênicas por agrupamento, busca exaustiva e análise de predição intrinsecamente multivariada. 2017. Tese (Doutorado em Engenharia Elétrica) - Universidade de São Paulo.

3.
LOPES, Fabrício M.; CRISTINO, Alexandre S.; ARMELIN, Hugo A.; BARRERA, Junior; MARTINS JR, David C.. Participação em banca de Fabio Fernandes da Rocha Vicente. Integração de dados na inferência de redes de genes: avaliação de informações biológicas e características topológicas. 2016. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

4.
OGATTA, Sueli F. Y.; LOPES, Fabrício M.; ISHIDA, Kelly; KOBAYASHI, Renata K. T.; ROCHA, Sergio P. D.. Participação em banca de Eliandro Reis Tavares. Caracterização fenotípica e molecular do biofilme do Cryptococcus gattii. 2016. Tese (Doutorado em Microbiologia) - Universidade Estadual de Londrina.

5.
LOPES, Heitor S.; MACHADO, Karina S.; TSUNODA, Denise; LOPES, Fabrício M.; FRIGORI, Rafael B.. Participação em banca de César Manuel Vargas Benítez. Contributions to the study of the protein folding problem using bioinspired computation and molecular dynamics. 2015. Tese (Doutorado em Engenharia Elétrica e Informática Industrial) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

6.
ALMEIDA, Sergio V.; VASQUES, Luciana R.; LOPES, Fabrício M.; LIMA, Ariane M.; PASSETTI, Fabio. Participação em banca de Vinicius Ramos Henriques Maracajá Coutinho. Caracterização in silico e análise de espressão de RNAs não codificadores longos no genoma de eucariotos. 2013. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

7.
HASHIMOTO, Ronaldo F.; FUJITA, André; MONTE, Júlio César M.; MARTINS JR, David C.; LOPES, Fabrício M.. Participação em banca de Carlos Henrique Aguena Higa. Inferência de Redes de Regulação Gênica Utilizando o Paradigma de Crescimento de Sementes. 2012. Tese (Doutorado em Ciencia da Computacao) - Universidade de São Paulo.

Qualificações de Doutorado
1.
FUJITA, André; IAMBARTSEV, Anatoli; LOPES, Fabrício M.. Participação em banca de Suzana de Siqueira Santos. Métodos computacionais e estatísticos para analisar grafos aleatórios utilizando o espectro. 2017. Exame de qualificação (Doutorando em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo.

2.
SOUZA, Emanuel M.; CASTRO, Mauro A. A.; LOPES, Fabrício M.; STEFFENS, Maria Berenice R.. Participação em banca de Tatiane Dobrzanski. Redes de interação de ncRNAs/mRNA de bactérias diazotróficas. 2016. Exame de qualificação (Doutorando em Ciências (Bioquímica)) - Universidade Federal do Paraná.

3.
LOPES, Fabrício M.; Masuda, Hana Paula; Freschi, Luciano. Participação em banca de Danielle Maluf Quintanilha. Discriminação de possíveis redes regulatórias Tnt1-U3 específicas em linhagens de nicotiana RNAi. 2012. Exame de qualificação (Doutorando em Biologia Celular e Molecular) - Universidade de São Paulo.

Qualificações de Mestrado
1.
OLIVEIRA, Claiton; LOPES, Fabrício M.; PAPA, João Paulo. Participação em banca de Daniel Henrique Acorsi Alves. Técnicas de aprendizado profundo e ativo para classificação de bioimagens. 2018. Exame de qualificação (Mestrando em Informática) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

2.
KASHIWABARA, André Y.; LOPES, Fabrício M.; SANCHES, Danilo S.. Participação em banca de Luis Gustavo de Carvalho Uzai. Detecção de ponto de mudança utilizando espectro do grafo. 2018. Exame de qualificação (Mestrando em Informática) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

3.
LOPES, Fabrício M.; PEREIRA, Luiz F. P.; KASHIWABARA, André Y.. Participação em banca de Isaque Katahira. Reconhecimento de padrões utilizando métricas de redes complexas para a classificação e caracterização de sequências biológicas. 2017. Exame de qualificação (Mestrando em Bioinformática (40006018037P6)) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

4.
LOPES, Fabrício M.; BUGATTI, Pedro H.; SAITO, Priscila T. M.. Participação em banca de Ricardo Conde Camillo da Silva. Contagem automática de colônias de bactérias do gênero Bradyrizobium - Um estudo de caso na Embrapa soja. 2017. Exame de qualificação (Mestrando em Informática) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

5.
SAITO, Priscila T. M.; LOPES, Fabrício M.; BUGATTI, Pedro H.. Participação em banca de Douglas Felipe Pereira. Técnicas de Aprendizado Ativo para Avaliação do Vigor de Sementes de Soja. 2017. Exame de qualificação (Mestrando em Bioinformática (40006018037P6)) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

6.
LOPES, Fabrício M.; SAITO, Priscila T. M.; BUGATTI, Pedro H.. Participação em banca de João Gilberto de Souza. Reconhecimento Facial Usando os Descritores SIFT e SURF e Redes Complexas. 2016. Exame de qualificação (Mestrando em Informática) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

7.
SAITO, Priscila T. M.; LOPES, Fabrício M.; BUGATTI, Pedro H.. Participação em banca de Geovana Veloso Loureiro de Lima. Uma abordagem para descrição e análise de imagens de semente de soja. 2016. Exame de qualificação (Mestrando em Informática) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

8.
LOPES, Fabrício M.; DOMINGUES, Douglas S.; KASHIWABARA, André Y.. Participação em banca de Juliana Costa Silva. Uma ferramenta versátil para a análise de expressão gênica a partir de dados de RNA-Seq. 2016. Exame de qualificação (Mestrando em Bioinformática (40006018037P6)) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

9.
KASHIWABARA, André Y.; DOMINGUES, Douglas S.; LOPES, Fabrício M.. Participação em banca de Cynara Leão Garcia. Desenvolvimento de uma ferramenta para identificar regiões codificadoras nos transcritos do fungo Phakopsora pachyrhizi. 2016. Exame de qualificação (Mestrando em Bioinformática (40006018037P6)) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

10.
LOPES, Fabrício M.; SILLA JUNIOR, Carlos N.; KASHIWABARA, André Y.. Participação em banca de João Vitor Ferrari da Silva. Sistema de extração de informações de bulas para o auxílio de prescrição médica. 2015. Exame de qualificação (Mestrando em Informática) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

11.
BUGATTI, Pedro H.; SAITO, Priscila T. M.; LOPES, Fabrício M.. Participação em banca de Anderson Brilhador. Análise Automática do Arranjo Espacial de Plantas de Milho utilizando Visão Compuatacional. 2015. Exame de qualificação (Mestrando em Informática) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

12.
KASHIWABARA, André Y.; SANCHES, Danilo S.; LOPES, Fabrício M.. Participação em banca de Everton da Silva. Predição de Resultados do Processo de Extração de Café Solúvel. 2015. Exame de qualificação (Mestrando em Informática) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

13.
LOPES, Fabrício M.; BARCELLOS, Fernando G.; VILAS-BOAS, Laurival A.. Participação em banca de Ivan Rodrigo Wolf. Análise Genômica de RNAs Não Codificantes em Streptococcus Agalactiae. 2015. Exame de qualificação (Mestrando em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Londrina.

14.
SILLA JUNIOR, Carlos N.; LOPES, Fabrício M.; BUGATTI, Pedro H.. Participação em banca de Marcus Glauco Faria de Sant'ana. Recuperação e Classificação Automática do Vigor de Sementes de Soja. 2014. Exame de qualificação (Mestrando em Informática) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

15.
HUNGRIA, Mariangela; KASHIWABARA, André Y.; LOPES, Fabrício M.. Participação em banca de Helton de Azevedo. Sistema para Identificação Taxonômica e Filogênica de Rizóbios por Meio de Multilocus Sequence Analysis. 2014. Exame de qualificação (Mestrando em Informática) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

16.
KASHIWABARA, André Y.; LOPES, Fabrício M.; PASCHOAL, Alexandre R.. Participação em banca de Rosana Ressa Aguiar Ambrosio. Middleware para Identificação e Benchmarking dos preditores de microRNAs. 2014. Exame de qualificação (Mestrando em Informática) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

17.
SILVA JR, Wilson A.; LIMA, Ariane M.; LOPES, Fabrício M.. Participação em banca de Mariana Yuri Sasazaki. Infraestrutura computacional para avaliação da similaridade funcional composta entre microRNAs baseada em ontologias. 2013. Exame de qualificação (Mestrando em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

18.
CARVALHO, André C. P. L. F.; SILVA JR, Wilson A.; LOPES, Fabrício M.. Participação em banca de Oscar Picchi Netto. Um Filtro Iterativo Utilizando Árvores de Decisão. 2012. Exame de qualificação (Mestrando em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

19.
LOPES, Fabrício M.; FUJITA, André; BUCKERIDGE, Marcos S.. Participação em banca de Melline Fontes Noronha. Dinâmica da Fermentação Alcoólica: Aplicação de Redes Booleanas na dinâmica da Expressão Gênica em linhagens de Saccharomyces cerevisiae durante o Processo Fermentativo. 2011. Exame de qualificação (Mestrando em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

20.
KOIDE, Tie; CARVALHO, André C. P. L. F.; LOPES, Fabrício M.. Participação em banca de Pedro Santoro Perez. Uma Abordagem para a Indução de Árvores de Decisão voltada para Dados de Expressão Gênica. 2011. Exame de qualificação (Mestrando em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

Monografias de cursos de aperfeiçoamento/especialização
1.
LOPES, Fabrício M.; KASHIWABARA, André Y.; PASCHOAL, Alexandre R.. Participação em banca de Fabiola Ocampo Quintero. Qualidade do café ao nível molecular: O novo desafio. 2014. Monografia (Aperfeiçoamento/Especialização em Bioinformática) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

2.
PALACIOS, Rodrigo H. C.; VICENTE, Fábio F. R.; LOPES, Fabrício M.. Participação em banca de Felipe José Loçurdo Costa. Uma Visão Geral sobre Web Services com Apache Axis. 2013. Monografia (Aperfeiçoamento/Especialização em Tecnologia Java) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

3.
LERARIO, Alexandre; FABRI, José A.; LOPES, Fabrício M.. Participação em banca de Paulo Henrique Geciani. TV Interativa: Uma Análise Sobre o Middleware Brasileiro Ginga-J. 2013. Monografia (Aperfeiçoamento/Especialização em Tecnologia Java) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

4.
SHISHIDO, Henrique Y.; VICENTE, Fábio F. R.; LOPES, Fabrício M.. Participação em banca de Thiago Muzardo dos Santos. Uma Visão Geral sobre o Desenvolvimento de Aplicativos para Dispositivos Móveis Utilizando a Plataforma Android. 2013. Monografia (Aperfeiçoamento/Especialização em Tecnologia Java) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

5.
LOPES, Fabrício M.; VICENTE, Fábio F. R.; SHISHIDO, Henrique Y.. Participação em banca de Alexandre Rodrigues Emmerick. Java aplicado ao processamento de imagens digitais: Análise de folhas de citrus para o reconhecimento da doença do dragão amarelo. 2013. Monografia (Aperfeiçoamento/Especialização em Tecnologia Java) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

6.
PANSANATO, Luciano T. E.; DOMINGUES, André L. S.; LOPES, Fabrício M.. Participação em banca de Dirceu Rozolem Junior. Um Estudo sobre Realidade Aumentada e Andriod. 2013. Monografia (Aperfeiçoamento/Especialização em Tecnologia Java) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

Trabalhos de conclusão de curso de graduação
1.
KASHIWABARA, André Y.; LOPES, Fabrício M.; BUGATTI, Pedro H.. Participação em banca de Marcelo Henrique Garbelotti da Silva.tCNV: Uma abordagem para o problema de segmentação de CNV utilizando Tensorflow. 2017. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Engenharia da Computação) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

2.
SAITO, Priscila T. M.; OLIVEIRA, Claiton; LOPES, Fabrício M.. Participação em banca de Thullyo Radeli Castilho.Análise e classificação automática de danos em sementes de soja. 2017. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Engenharia da Computação) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

3.
LOPES, Fabrício M.; Pereira-Jr, Francisco; KASHIWABARA, André Y.. Participação em banca de Fabio Marcelo de Souza.Solinea ICMS - Sistema de apuração de créditos para empresas que efetuam revenda de mercadorias com duplo recolhimento de ICMS. 2017. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Análise e Desenvolvimento de Sistemas) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

4.
LOPES, Fabrício M.; KASHIWABARA, André Y.; VICENTE, Fábio F. R.. Participação em banca de Eric Augusto Ito.Análise e Classificação de Sequências Biológicas: um estudo de caso em mRNA e lncRNA. 2017. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Engenharia da Computação) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

5.
SANCHES, Silvio R. R.; OLIVEIRA, Claiton; LOPES, Fabrício M.. Participação em banca de Rafael Hiroshi Falazs Shintani.Análise e Reconhecimento de Cultivares por Processamento de Imagens. 2017. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Análise e Desenvolvimento de Sistemas) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

6.
LOPES, Fabrício M.; YOKOYAMA, Roberto S.; SANCHES, Silvio R. R.. Participação em banca de Mike Patrick Mercante.Estudo do Impacto da Resolução e Custo Computacional na Segmentação de Vídeos. 2017. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Engenharia da Computação) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

7.
LOPES, Fabrício M.; VICENTE, Fábio F. R.; KASHIWABARA, André Y.. Participação em banca de Gabriel Rubino.Visualização de Redes Gênicas a partir da Integração de Dados Biológicos. 2016. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Engenharia da Computação) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

8.
VICENTE, Fábio F. R.; KASHIWABARA, André Y.; LOPES, Fabrício M.. Participação em banca de Felipe Americo Gaiotto.MaxEntropy - Uma abordagem para a identificação de miRNAs. 2016. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Engenharia da Computação) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

9.
SANCHES, Silvio R. R.; VICENTE, Fábio F. R.; LOPES, Fabrício M.. Participação em banca de Lucas Kikichi Ribeiro.Análise e desenvolvimento de sistemas reconhecimento óptico de caracteres em placas veiculares. 2016. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Análise e Desenvolvimento de Sistemas) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

10.
PASCHOAL, Alexandre R.; LOPES, Fabrício M.; SANCHES, Danilo S.. Participação em banca de Marcelo Massashi Kuroda.Uma abordagem baseada em computação evolutiva aplicada na inferência de redes de regulação gênica. 2015. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Análise e Desenvolvimento de Sistemas) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

11.
SAITO, Priscila T. M.; SANCHES, Danilo S.; LOPES, Fabrício M.. Participação em banca de Maikon Aloan Marin.Indução de Árvores de Decisão para a Inferência de Redes Gênicas. 2014. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Análise e Desenvolvimento de Sistemas) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

12.
BUGATTI, Pedro H.; SAITO, Priscila T. M.; LOPES, Fabrício M.. Participação em banca de Geovana Veloso Loureiro de Lima.Uma abordagem baseada em redes complexas para a análise e classificação de imagens. 2014. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Análise e Desenvolvimento de Sistemas) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

13.
DOMINGUES, Douglas S.; PASCHOAL, Alexandre R.; LOPES, Fabrício M.. Participação em banca de Juliana Costa Silva.Tratamento de sequências genômicas de nova geração. 2014. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Análise e Desenvolvimento de Sistemas) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

14.
LOPES, Fabrício M.; PASCHOAL, Alexandre R.; KASHIWABARA, André Y.. Participação em banca de Fabio Hideo Sano.Visualização de modelos de alcance variável de Markov para sequências biológicas. 2014. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Análise e Desenvolvimento de Sistemas) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

15.
LOPES, Fabrício M.; KASHIWABARA, André Y.; PASCHOAL, Alexandre R.. Participação em banca de Bruno Mendes Moro Conque.Extração de características a partir de redes complexas: um estudo de caso na classificação de sequências genômicas. 2014. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Análise e Desenvolvimento de Sistemas) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

16.
LOPES, Fabrício M.; BOVO, Alessandro B.; SANCHES, Danilo S.. Participação em banca de Aiton Luis Demito.Sistema Informatizado Aplicado na Produção e Manutenção de Equipamentos. 2013. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Análise e Desenvolvimento de Sistemas) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

17.
LOPES, Fabrício M.; VICENTE, Fábio F. R.; SILLA JUNIOR, Carlos N.. Participação em banca de Willian Strafacce Soares.Técnica para Segmentação Automática de Imagens Digitais. 2013. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Análise e Desenvolvimento de Sistemas) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

18.
LOPES, Fabrício M.; BUGATTI, Pedro H.; KASHIWABARA, André Y.. Participação em banca de Thiago Pereira Colonhezi.Caracterização de Bioimagens. 2013. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Análise e Desenvolvimento de Sistemas) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

19.
LOPES, Fabrício M.; BUGATTI, Pedro H.; SILVA, Adriano R.. Participação em banca de Anderson Brilhador.Combinando descritores de forma e textura para classificação de bioimagens: Um estudo de caso aplicado na base de imagens ImageCLEF. 2013. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Análise e Desenvolvimento de Sistemas) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

20.
LOPES, Fabrício M.; PANSANATO, Luciano T. E.; SHISHIDO, Henrique Y.. Participação em banca de Diogo Hideki Matsumoto.Vídere 2: Uma Plataforma de Jogos para a Estimulação Visual. 2012. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Análise e Desenvolvimento de Sistemas) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

21.
LOPES, Fabrício M.; Pereira-Jr, Francisco; BUGATTI, Pedro H.. Participação em banca de Izabelle Roberta Sakashita.SCCE - Sistema para Controle de Campanhas Eleitorais. 2012. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Análise e Desenvolvimento de Sistemas) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

22.
SHISHIDO, Henrique Y.; LOPES, Fabrício M.. Participação em banca de Rômulo Mantovani Vassoler.Sistema de Automação de Força de Vendas. 2011. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Análise e Desenvolvimento de Sistemas) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

23.
Pereira-Jr, Francisco; LOPES, Fabrício M.. Participação em banca de Rosangela de Fátima Pereira.Processamento de Alto Desempenho em Sistemas de Bioinformática. 2011. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Análise e Desenvolvimento de Sistemas) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

24.
Guandeline, Eidy L. T.; LOPES, Fabrício M.. Participação em banca de Alfredo Zache Accorsi.Eu que Administrativo: Automação de um Jogo de Simulação Empresarial. 2011. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Análise e Desenvolvimento de Sistemas) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

25.
Guandeline, Eidy L. T.; LOPES, Fabrício M.. Participação em banca de Ricardo Brambila Mussi.Sistema de Cartão On-Line. 2011. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Análise e Desenvolvimento de Sistemas) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

26.
LOPES, Fabrício M.; LEMES NETO, Maurício C.; DA SILVA, Antônio C. F.. Participação em banca de Everton da Silva.Informatização da Documentação do Sistema de Gestão da Qualidade (SGQ). 2006. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Tecnologia Em Desenv de Sistemas de Informação) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

27.
LOPES, Fabrício M.; HERDEN, Adriana; DA SILVA, Adriana C. A.. Participação em banca de Alberto Luiz da Silva.Sistema de vendas de música na internet através de cartão ?MP3 CARD?. 2006. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Tecnologia Em Desenv de Sistemas de Informação) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

28.
LOPES, Fabrício M.. Participação em banca de Ronaldo Wagner Pereira.Sistema Acadêmico. 2006. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Tecnologia em Desenvolvimento de SI) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

29.
LOPES, Fabrício M.. Participação em banca de Antonio Marcos Peres Mercante.Módulo de Software baseado na tecnologia WAP para cadastro e consulta de vendas. 2006. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Tecnologia em Desenvolvimento de SI) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

30.
LOPES, Fabrício M.. Participação em banca de Aroldo Paizani Chociai Jr.Sistema para Administração de Conteúdo On-Line. 2006. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Tecnologia em Desenvolvimento de SI) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

31.
LOPES, Fabrício M.. Participação em banca de Josiane Mariano Diniz.Utilização dos Recursos Gráficos e Aplicações do Algoritmo de Agrupamento de Dados - KNN para Geração de Relatório em Formato Web. 2006. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Tecnologia em Desenvolvimento de SI) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

32.
LOPES, Fabrício M.. Participação em banca de Graziela Cristina do Vale Pascoal Rodrigues.Vídere: Jogos de Estimulação Visual. 2005. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Tecnologia em Informática) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

33.
LOPES, Fabrício M.. Participação em banca de Cláudio Batista dos Santos.Módulo de Integração: CONTROLPEC ?bovinos? com Leitor de Microchips ?KT 35/1?. 2005. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Tecnologia em Informática) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

34.
LOPES, Fabrício M.; GENVIGIR, Gabriel C.; GENVIGIR, Elias C.. Participação em banca de Ricardo de Oliveira Luise.Módulos de software baseados na Web para gerenciamento de serviços de apoio ao ensino. 2004. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Tecnologia em Informática) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

35.
LOPES, Fabrício M.; GENVIGIR, Gabriel C.; GENVIGIR, Elias C.. Participação em banca de Helen Cristina Duarte De Mattos.WebBoard: Um quadro Eletrônico de Avisos Baseado na Web. 2004. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Tecnologia em Desenvolvimento de SI) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.



Participação em bancas de comissões julgadoras
Concurso público
1.
PINHEIRO, Hildete P.; ZANCHIN, Nilson I. T.; LOPES, Fabrício M.. Membro da banca examinadora do projeto de atuação e memorial, para o perfil de pesquisador em Estatística com ênfase em dados biológicos. 2017. ICC-Fiocruz/PR.

2.
LOPES, Fabrício M.; KASHIWABARA, André Y.; SILLA JUNIOR, Carlos N.. Presidente de banca examinadora encarregada da elaboração, aplicação e avaliação da prova do concurso público para professor de magistério superior no câmpus Cornélio Procópio. 2014. Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

3.
BORSATO, Frank H.; KASHIWABARA, André Y.; LOPES, Fabrício M.. Membro de banca examinadora, encarregada da elaboração, aplicação e avaliação da prova. 2013. Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

4.
PANSANATO, Luciano T. E.; LOPES, Fabrício M.; BATISTA, Lígia F. A.. Membro de banca examinadora, encarregada da elaboração, aplicação e avaliação das provas de conhecimentos específicos e didáticos. 2010. Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

5.
LOPES, Fabrício M.; LEMES NETO, Maurício C.; ALMEIDA, Leandro B.. Presidente de banca examinadora, encarregada da elaboração e avaliação das provas de conhecimentos específicos e didáticos. 2005. Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

6.
LOPES, Fabrício M.; ALMEIDA, Leandro B.; PIETRUCHINSKI, Mônica H.. Membro de banca examinadora, encarregada da elaboração, aplicação e avaliação das provas de conhecimentos específicos e didáticos. 2005. Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

7.
LOPES, Fabrício M.; PANSANATO, Luciano T. E.; PRZYBYSZ, André Luiz. Presidente de banca examinadora, encarregada da elaboração, aplicação e avaliação das provas de conhecimentos específicos e didáticos. 2003. Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

Avaliação de cursos
1.
ARAUJO, Everton C.; LOPES, Fabrício M.. Membro de comissão para avaliação de abertura de curso de graduação designado pelo INEP. 2018. Fundação Cesgranrio.

2.
LOPES, Fabrício M.; VIEIRA FILHO, Lauro C.. Coordenador de comissão para reconhecimento de curso de graduação designado pelo INEP. 2018. Faculdade de Imperatriz.

3.
BRANCO, Tadeu M. M.; LOPES, Fabrício M.. Coordenador de comissão para reconhecimento de curso de graduação designado pelo INEP. 2017. Faculdade de Ciências Biológicas e da Saúde.

4.
LOPES, Fabrício M.; DAMASCENO, Eduardo F.. Coordenador de comissão para reconhecimento de curso de graduação designado pelo INEP. 2016. INSTITUTO FEDERAL DE EDUCAÇÃO, CIÊNCIA E TECNOLOGIA CATARINENSE.

5.
VALDIERO, Antônio C.; LOPES, Fabrício M.. Membro de comissão para avaliação de abertura de curso de graduação designado pelo INEP. 2015. FACULDADE DE TECNOLOGIA E DESENVOLVIMENTO DE COMPETÊNCIAS.

6.
LOPES, Fabrício M.; DUARTE, Alexandre N.. Coordenador de comissão para avaliação de abertura de curso de graduação designado pelo INEP. 2015. Faculdade Católica Cavanis do Sudoeste do Pará.

7.
BRANDAO, Silvia F. M.; LOPES, Fabrício M.. Membro de comissão para reconhecimento de curso de graduação designado pelo INEP. 2015. Universidade São Francisco.

8.
LOPES, Fabrício M.; GOI, Viviane M.. Coordenador de comissão para avaliação de abertura de curso de graduação designado pelo INEP. 2015. FACULDADE UNIÃO BANDEIRANTE.

9.
LOPES, Fabrício M.; PRIMO, Marcos Roberto T.. Coordenador de comissão para reconhecimento de curso de graduação designado pelo INEP. 2014. Universidade Federal de Santa Maria.

10.
LOPES, Fabrício M.; SCHUTZ, Sergio M.. Coordenador de comissão para a renovação do reconhecimento de curso de graduação designado pelo INEP. 2014. Faculdade de São Lourenço.

11.
LOPES, Fabrício M.; LUPPI, Lupercio F.. Coordenador de comissão para a renovação do reconhecimento de curso de graduação designado pelo INEP. 2014. Faculdade de Pimenta Bueno.

12.
LOPES, Fabrício M.; LIMA, José L. O.. Coordenador de comissão para reconhecimento de curso de graduação designado pelo INEP. 2013. Instituto de Educação Superior de Brasília.

13.
COELHO, Alex; LOPES, Fabrício M.. Membro de comissão para avaliação de abertura de curso de graduação designado pelo INEP. 2013. Faculdade de Educação de Bom Despacho.

14.
VIEIRA FILHO, Lauro C.; LOPES, Fabrício M.. Membro de comissão para reconhecimento de curso de graduação designado pelo INEP. 2013. Faculdade Estácio Euro-Panamericana de Humanidades e Tecnologias.

15.
GAZZANI, Mauro H.; LOPES, Fabrício M.. Membro de comissão para avaliação de abertura de curso de graduação designado pelo INEP. 2012. Faculdade Tecnológica Latino Americana.

16.
LOPES, Fabrício M.; ALVARENGA, Rogério. Coordenador de comissão para reconhecimento de curso de graduação designado pelo INEP. 2012. GRUPO IBMEC EDUCACIONAL S.A.

17.
LOPES, Fabrício M.; SOARES, Sandro N.. Coordenador de comissão para reconhecimento de curso de graduação designado pelo INEP. 2011. Universidade Cidade de São Paulo.

18.
ALVARENGA, Rogério; LOPES, Fabrício M.. Membro de comissão para reconhecimento de curso de graduação designado pelo INEP. 2011. Universidade Nove de Julho.

19.
LOPES, Fabrício M.; PIVA JUNIOR, Dilermando. Coordenador de comissão para reconhecimento de curso de graduação designado pelo INEP. 2011. Centro Universitário do Estado do Pará.

20.
KUNST, Rafael; LOPES, Fabrício M.. Membro de comissão para reconhecimento de curso de graduação designado pelo INEP. 2011. Instituto Federal de São Paulo.

21.
FONSECA, Claudio F.; LOPES, Fabrício M.. Membro de comissão para reconhecimento de curso de graduação designado pelo INEP. 2011. Universidade Nove de Julho.

22.
MORAES, Sérgio A. S.; LOPES, Fabrício M.. Membro de comissão para reconhecimento de curso de graduação designado pelo INEP. 2010. Instituto Federal de Santa Catarina.

23.
DOS SANTOS, Carlos A.; LOPES, Fabrício M.. Membro de comissão para reconhecimento de curso de graduação designado pelo INEP. 2006. Faculdade de Tecnologia Senai Florianópolis.

24.
CAMARGO, Murilo S.; LOPES, Fabrício M.. Membro de comissão de reconhecimento de curso de graduação designado pelo MEC/SETEC. 2005. Faculdade de Tecnologia Senac Florianópolis.



Eventos



Participação em eventos, congressos, exposições e feiras
1.
IV Workshop de Biotecnologia.Inferência de Redes Gênicas a partir da Integração de Informações Estruturais e Funcionais. 2018. (Oficina).

2.
X-Meeting 2017 - 13th International Conference of the Brazilian Association of Bioinformatics and Computational Biology (AB3C). Poster evaluator at the X-meeting 2017. 2017. (Congresso).

3.
X-Meeting 2016 - 12th International Conference of the Brazilian Association of Bioinformatics and Computational Biology (AB3C)3C). Oral and poster presentations evaluator. 2016. (Congresso).

4.
Seminário de Acompanhamento de Meio Termo SNPG - CAPES.Coordenador do Programa de Mestrado em Bioinformática - UTFPR. 2015. (Seminário).

5.
XX Iberoamerican Congress on Pattern Recognition (CIARP). A computer vision approach for automatic measurement of the inter-plant spacing. 2015. (Congresso).

6.
10th IEEE International Conference on e-Science. 2014. (Congresso).

7.
Latin America eScience Workshop. 2013. (Oficina).

8.
2o. Encontro Paranaense de Melhoramento de Plantas (EPMP).A Bioinformática aplicada no melhoramento de plantas. 2012. (Encontro).

9.
3o. CURSO DE TÓPICOS EM BIOLOGIA COMPUTACIONAL.Reconhecimento de Padrões e Inferência de Redes Gênicas. 2012. (Oficina).

10.
VI Curso de Verão em Bioinformática - Programa Interunidades em Bioinformática - USP.Reconhecimento de Padrões Aplicado à Bioinformática. 2012. (Oficina).

11.
2o. CURSO DE TÓPICOS EM BIOLOGIA COMPUTACIONAL.Inferência de GRNs a partir de dados de expressão gênica. 2011. (Oficina).

12.
Seminars of the CSCR and MIU.Inference of gene regulatory networks from time series by Tsallis entropy. 2011. (Oficina).

13.
V Curso de Verão em Bioinformática - Programa Interunidades em Bioinformática - USP.Introdução ao Reconhecimento de Padrões e aplicações em problemas de Bioinformática. 2011. (Oficina).

14.
15th Iberoamerican Congress on Pattern Reconition (CIARP). 2010. (Congresso).

15.
II Seminários Avançados em Tecnologia de Microarrays e Next Generation Sequencing - Hospital Israelita Albert Einstein. 2010. (Seminário).

16.
IV Curso de Verão em Bioinformática - Programa Interunidades em Bioinformática - USP.Inferência de Redes Gênicas usando a Entropia de Tsallis. 2010. (Oficina).

17.
I Workshop de Bioinformática da Universidade de São Paulo.Inference of gene regulatory networks from time series by Tsallis entropies. 2010. (Oficina).

18.
Workshop in Bioinformatics and Algorithms (WBA). 2010. (Oficina).

19.
IEEE International Workshop on Genomic Signal Processing and Statistics (GENSIPS).Comparative study of GRNs inference methods based on feature selection by mutual information. 2009. (Simpósio).

20.
III Curso de Verão em Bioinformática - Programa Interunidades em Bioinformática - USP.Reconhecimento de Padrões Aplicado à Bioinformática. 2009. (Oficina).

21.
Seminários Avançados em Tecnologia de Microarrays - Hospital Israelita Albert Einstein. 2009. (Seminário).

22.
Seminars of the GSP Laboratory.Gene expression complex networks: synthesis, identification and analysis. 2009. (Oficina).

23.
X-Meeting. Improving grns inference methods by using Tsallis entropy. 2009. (Congresso).

24.
XVIII Semana Científica Benjamin Eurico Malucelli.Análise de dados de mycroarray: aspectos gerais. 2009. (Oficina).

25.
I Curso de Inverno em Bioinformática - Programa Interunidades em Bioinformática - USP.Modelo para Simulação e Validação de Redes Gênicas. 2008. (Oficina).

26.
I Escola Brasileira de Bioinformática. 2008. (Oficina).

27.
III Brazilian Symposium on Bioinformatics.AGN Simulation and Validation Model. 2008. (Simpósio).

28.
Sun Tech Days. 2008. (Encontro).

29.
X-Meeting. 2007. (Congresso).

30.
SBC 2005. 2005. (Congresso).

31.
Sun Tech Days. 2005. (Encontro).

32.
XVIII Brazilian Symposium on Computer Graphics and Image Processing.A RBFN Perceptive Model for Image Thresholding. 2005. (Simpósio).

33.
XVII Brazilian Symposium on Computer Graphics and Image Processing.A Framework for Automatic Cephalometric Landmarking. 2004. (Simpósio).

34.
Sun Tech Days. 2003. (Encontro).

35.
XV Brazilian Symposium on Computer Graphics and Image Processing.Automatic Gray Level Thresholding based on Relevant Features for Subjective Decisions. 2002. (Simpósio).


Organização de eventos, congressos, exposições e feiras
1.
KASHIWABARA, André Y. ; PASCHOAL, Alexandre R. ; VICENTE, Fábio F. R. ; LOPES, Fabrício M. ; SANCHES, Danilo S. ; SIMAO, José Eduardo L. ; DOMINGUES, Douglas S. . Escola Paranaense de Bioinformática. 2018. (Congresso).

2.
DURHAM, Alan M. ; LEMKE, Ney ; BRANDAO, Marcelo ; LOPES, Fabrício M. ; GRYNBERG, Priscila ; SCHERER, Nicole M. . X-meeting 2018 - 14th International Conference of the AB3C. 2018. (Congresso).

3.
LOPES, Fabrício M.; KASHIWABARA, André Y. ; BUGATTI, Pedro H. ; SAITO, Priscila T. M. ; SIMAO, José Eduardo L. ; DOMINGUES, Douglas S. ; MARCELINO, Francismar C. . Workshop de Bioinformática da UTFPR (WB 2017). 2017. (Congresso).

4.
DURHAM, Alan M. ; LEMKE, Ney ; BRANDAO, Marcelo ; LOPES, Fabrício M. ; GRYNBERG, Priscila ; SCHERER, Nicole M. . X-meeting 2017 - 13th International Conference of the AB3C. 2017. (Congresso).

5.
LOPES, Fabrício M.. Workshop de Bioinformática da UTFPR (WB 2016). 2016. (Congresso).

6.
LOPES, Fabrício M.. Workshop de Bioinformática da UTFPR (WB 2015). 2015. (Congresso).

7.
LOPES, Fabrício M.. 10th IEEE International Conference on e-Science. 2014. (Congresso).

8.
LOPES, Fabrício M.. 3o Curso de Tópicos em Biologia Computacional. 2012. (Outro).

9.
LOPES, Fabrício M.. 2o Curso de Tópicos em Biologia Computacional. 2011. (Outro).

10.
LOPES, Fabrício M.. IV Curso de Verão em Bioinformática - Programa Interunidades em Bioinformática - USP. 2010. (Outro).

11.
LOPES, Fabrício M.. 15th Iberoamerican Congress on Pattern Recognition (CIARP). 2010. (Congresso).

12.
LOPES, Fabrício M.. III Curso de Verão em Bioinformática - Programa Interunidades em Bioinformática - USP. 2009. (Outro).

13.
LOPES, Fabrício M.. I Curso de Inverno em Bioinformática - Programa Interunidades em Bioinformática - USP. 2008. (Outro).

14.
LOPES, Fabrício M.. Workshop PROSUL. 2008. (Congresso).

15.
LOPES, Fabrício M.. II Curso de Verão em Bioinformática - Programa Interunidades em Bioinformática - USP. 2007. (Outro).



Orientações



Orientações e supervisões em andamento
Dissertação de mestrado
1.
Eric Augusto Ito. Classificação de sequências biológicas. Início: 2018. Dissertação (Mestrado em Bioinformática (40006018037P6)) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná. (Orientador).

2.
Cassio Henrique Dos Santos Amador. Estudo da Entropia na Inferência de Redes Gênicas. Início: 2018. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná. (Orientador).

3.
Fabio Heidi Hirashima. Classificação automática da torra de café por meio de análise de imagens. Início: 2018. Dissertação (Mestrado profissional em Informática) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná. (Orientador).

4.
Geraldo Cesar Cantelli. Uma abordagem computacional para a anotação de genes de Coffea arabica. Início: 2018. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná. (Coorientador).

5.
Alex Junior Nunes da Silva. Análise e Avaliação de Redes Sociais Acadêmicas. Início: 2017. Dissertação (Mestrado profissional em Informática) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná. (Orientador).

Tese de doutorado
1.
Tatiane Dobrzanski. Redes de interação de ncRNAs/mRNA de bactérias diazotróficas. Início: 2015. Tese (Doutorado em Ciências (Bioquímica)) - Universidade Federal do Paraná, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. (Coorientador).

Iniciação científica
1.
Douglas Ribeiro Violante. Busca, indexação e definição de base de dados integrada de Escherichia coli. Início: 2018. Iniciação científica (Graduando em Engenharia da Computação) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. (Orientador).

Orientações de outra natureza
1.
Jefferson de França Filho. APLICATIVO DE AUXÍLIO AO TRATAMENTO DE PESSOAS COM GAGUEIRA . Início: 2017. Orientação de outra natureza. Universidade Tecnológica Federal do Paraná. Universidade Tecnológica Federal do Paraná. (Orientador).


Orientações e supervisões concluídas
Dissertação de mestrado
1.
Isaque Katahira. Reconhecimento de padrões utilizando métricas de redes complexas para a extração de características, representação e classificação de sequências de RNAs. 2018. Dissertação (Mestrado em Bioinformática (40006018037P6)) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná, . Orientador: Fabrício Martins Lopes.

2.
Ricardo Conde Camillo Da Silva. Contagem automática de colônias de bactérias do gênero Bradyrhizobium. 2018. Dissertação (Mestrado em Informática) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná, . Orientador: Fabrício Martins Lopes.

3.
Everton da Silva. Predição de Resultados do Processo de Extração de Café Solúvel. 2017. Dissertação (Mestrado em Informática) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná, . Coorientador: Fabrício Martins Lopes.

4.
Walkiria Karla Resende. Uso de técnicas de reconhecimento de padrões e genética para a predição de transtornos psiquiátricos da infância. 2017. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, . Coorientador: Fabrício Martins Lopes.

5.
Juliana Costa Silva. Análise de expressão diferencial para dados de RNA-Seq: uma nova abordagem. 2017. Dissertação (Mestrado em Bioinformática (40006018037P6)) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Fabrício Martins Lopes.

6.
Leandro Takeshi Hattori. Inferência de redes de regulação gênica utilizando métodos de busca e otimização. 2016. Dissertação (Mestrado em Engenharia Elétrica e Informática Industrial) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Coorientador: Fabrício Martins Lopes.

7.
Joao Gilberto de Souza Piotto. Reconhecimento de faces utilizando descritores SIFT e SURF e detecção de movimento com Mean Shift. 2016. Dissertação (Mestrado em Informática) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná, . Orientador: Fabrício Martins Lopes.

8.
Helton de Azevedo. Base de dados para identificação taxonômica e filogenética de espécies do gênero Bradyrhizobium usando a metodologia de Multilocus Sequence Analysis. 2015. Dissertação (Mestrado em Informática) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná, . Orientador: Fabrício Martins Lopes.

9.
Anderson Brilhador. Análise Semi-Automática do Arranjo Espacial de Plantas de Milho Utilizando Visão Computacional. 2015. Dissertação (Mestrado em Informática) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná, Belagrícola. Orientador: Fabrício Martins Lopes.

Tese de doutorado
1.
Amanda Rusiska Piovezani. System Integration Tool: uma ferramenta para integração e visualização de dados em larga escala e sua aplicação em cana-de-açúcar. 2017. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Coorientador: Fabrício Martins Lopes.

2.
Fabio Fernandes da Rocha Vicente. Integração de dados na inferência de redes de genes: avaliação de informações biológicas e características topológicas. 2016. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, . Orientador: Fabrício Martins Lopes.

3.
Gesiele Almeida Barros de Carvalho. Análise comparativa e de reconhecimento de padrões das sequências genômicas de estirpes de Bradyrhizobium sp. presentes nos inoculantes para a soja. 2016. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Coorientador: Fabrício Martins Lopes.

Monografia de conclusão de curso de aperfeiçoamento/especialização
1.
Felipe Silva Pinheiro Sales. Thread de despacho. 2018. Monografia. (Aperfeiçoamento/Especialização em Tecnologia Java) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná. Orientador: Fabrício Martins Lopes.

2.
Thiago Ricardo May Bitencourt. Programação Funcional com JAVA 8. 2016. Monografia. (Aperfeiçoamento/Especialização em Tecnologia Java) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná. Orientador: Fabrício Martins Lopes.

3.
Jose Guilherme Vitoratto. Conectando o Java ao Raspberry PI por meio da Biblioteca PI4J. 2016. Monografia. (Aperfeiçoamento/Especialização em Tecnologia Java) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná. Orientador: Fabrício Martins Lopes.

4.
Alexandre Tadachi Morey. INFERÊNCIA DE REDE DE REGULAÇÃO DA EXPRESSÃO DE GENES RELACIONADOS AO BIOFILME DE CANDIDA ALBICANS INFLUENCIADOS PELO ÁCIDO LÁTICO. 2016. Monografia. (Aperfeiçoamento/Especialização em Bioinformática) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná. Orientador: Fabrício Martins Lopes.

5.
Caio José Carriel. Aplicações Java para Sistemas Embarcados. 2015. Monografia. (Aperfeiçoamento/Especialização em Tecnologia Java) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná. Orientador: Fabrício Martins Lopes.

6.
Eliton Katsuhiro Nouchi. WebService Java para pesquisa em vídeos por meio de Reconhecimento Automático de Voz. 2015. Monografia. (Aperfeiçoamento/Especialização em Tecnologia Java) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná. Orientador: Fabrício Martins Lopes.

7.
Lucas Mendes Baiao. Estudo Comparativo dos Frameworks de Persistência Java: Hibernate e Spring Data. 2015. Monografia. (Aperfeiçoamento/Especialização em Tecnologia Java) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná. Orientador: Fabrício Martins Lopes.

8.
Renato Justo. Programação Paralela em Java. 2014. Monografia. (Aperfeiçoamento/Especialização em Tecnologia Java) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná. Orientador: Fabrício Martins Lopes.

9.
João Rafael Lima da Silva. Java API Jsoup aplicado na Integração de dados Biológicos. 2014. Monografia. (Aperfeiçoamento/Especialização em Tecnologia Java) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná. Orientador: Fabrício Martins Lopes.

10.
Alain Cassiano Rodrigues de Oliveira. Segurança de Aplicações Web com Spring Security 3. 2014. Monografia. (Aperfeiçoamento/Especialização em Tecnologia Java) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná. Orientador: Fabrício Martins Lopes.

11.
Juliana de Oliveira. Integração de dados temporais de expressão gênica de Arabidopsis Thaliana a partir do Gene Expression Omnibus. 2014. Monografia. (Aperfeiçoamento/Especialização em Bioinformática) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná. Orientador: Fabrício Martins Lopes.

12.
Andre Rocha Barbosa. Inference of gene regulatory networks from expression data integration of Streptococcus agalactiae. 2014. Monografia. (Aperfeiçoamento/Especialização em Bioinformática) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná. Orientador: Fabrício Martins Lopes.

13.
Fabiola Ocampo Quintero. Qualidade do café ao nível molecular: O novo desafio. 2014. Monografia. (Aperfeiçoamento/Especialização em Bioinformática) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná. Orientador: Fabrício Martins Lopes.

14.
Alexandre Rodrigues Emmerick. Análise de Folhas de Citrus para Reconhecimento da Doença do Dragão Amarelo. 2012. Monografia. (Aperfeiçoamento/Especialização em Tecnologia Java) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná. Orientador: Fabrício Martins Lopes.

Trabalho de conclusão de curso de graduação
1.
Thullyo Radeli Castilho. Análise e classificação automática de danos em sementes de soja. 2017. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Engenharia da Computação) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná, Belagrícola. Orientador: Fabrício Martins Lopes.

2.
Fabio Marcelo de Souza. Solinea ICMS - Sistema de apuração de créditos para empresas que efetuam revenda de mercadorias com duplo recolhimento de ICMS. 2017. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Análise e Desenvolvimento de Sistemas) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná. Orientador: Fabrício Martins Lopes.

3.
Eric Augusto Ito. Análise e Classificação de Sequências Biológicas: um estudo de caso em mRNA e lncRNA. 2017. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Engenharia da Computação) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná. Orientador: Fabrício Martins Lopes.

4.
Rafael Hiroshi Falasz Shintani. Análise e Reconhecimento de Cultivares por Processamento de Imagens. 2017. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Análise e Desenvolvimento de Sistemas) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná. Orientador: Fabrício Martins Lopes.

5.
Lucas Kikuchi Ribeiro. Reconhecimento Óptico de Caracteres em Placas Veiculares. 2016. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Tecnologia em Desenvolvimento de SI) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná. Orientador: Fabrício Martins Lopes.

6.
Gabriel Rubino. Visualização de Redes Gênicas a partir da Integração de Dados Biológicos. 2016. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Engenharia da Computação) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Fabrício Martins Lopes.

7.
Felipe Americo Gaiotto. MaxEntropy - Uma abordagem para a identificação de miRNAs. 2016. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Engenharia da Computação) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná. Orientador: Fabrício Martins Lopes.

8.
Maikon Aloan Marin. Indução de Árvores de Decisão para a Inferência de Redes Gênicas. 2014. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Análise e Desenvolvimento de Sistemas) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná, Universidade Tecnológica Federal do Paraná. Orientador: Fabrício Martins Lopes.

9.
Jorge Mitsumassa Nakagawa. Desenvolvimento de aplicação web/mobile para agendamentos. 2014. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Análise e Desenvolvimento de Sistemas) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná. Orientador: Fabrício Martins Lopes.

10.
Juliana Costa Silva. Tratamento de Sequências Genômicas de Nova Geração. 2014. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Análise e Desenvolvimento de Sistemas) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná. Orientador: Fabrício Martins Lopes.

11.
Geovana Veloso Loureiro de Lima. Uma abordagem baseada em redes complexas para a análise e classificação de imagens. 2014. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Análise e Desenvolvimento de Sistemas) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná. Orientador: Fabrício Martins Lopes.

12.
Bruno Mendes Moro Conque. Extração de características a partir de redes complexas: um estudo de caso na classificação de sequências genômicas. 2014. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Análise e Desenvolvimento de Sistemas) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná, Fundação Araucária. Orientador: Fabrício Martins Lopes.

13.
Aiton Luis Demito. Sistema Informatizado Aplicado na Produção e Manutenção de Equipamentos. 2013. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Análise e Desenvolvimento de Sistemas) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná. Orientador: Fabrício Martins Lopes.

14.
Thiago Pereira Colonhezi. Caracterização de Bioimagens. 2013. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Análise e Desenvolvimento de Sistemas) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná. Orientador: Fabrício Martins Lopes.

15.
William Strafacce Soares. Técnica para Segmentação Automática de Imagens Digitais. 2013. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Análise e Desenvolvimento de Sistemas) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná. Orientador: Fabrício Martins Lopes.

16.
Anderson Brilhador. Combinando descritores de forma e textura para classificação de bioimagens: Um estudo de caso aplicado na base de imagens ImageCLEF. 2013. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Análise e Desenvolvimento de Sistemas) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná. Orientador: Fabrício Martins Lopes.

17.
Leandro Takeshi Hattori. Inferência de redes gênicas com algoritmo genético e modelo de ilhas. 2013. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Análise e Desenvolvimento de Sistemas) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná. Orientador: Fabrício Martins Lopes.

18.
Diogo Hideki Matsumoto. Desenvolvimento de Jogos para a Estimulação Visual. 2012. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Tecnologia em Desenvolvimento de SI) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná. Orientador: Fabrício Martins Lopes.

19.
Izabelle Roberta Sakashita. SCCE - Sistema para Controle de Campanhas Eleitorais. 2012. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Tecnologia em Desenvolvimento de SI) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná. Orientador: Fabrício Martins Lopes.

20.
Rodrigo Batista de Oliveira. Automação de Forças de Vendas via Pocket PC's. 2008. 0 f. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Tecnologia em Informática) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná. Orientador: Fabrício Martins Lopes.

21.
Sérgio Aparecido Granzzotto. Módulo de Personalização para E-Commerce. 2008. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Tecnologia em Desenvolvimento de SI) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná. Orientador: Fabrício Martins Lopes.

22.
Clodoaldo Ausec Ludwig. SGCPEM/JFL - Sistema para Gerenciamento de Carreteiros, Produção e Estoque de Materiais - Java e Ferramentas de uso Livre. 2007. 0 f. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Tecnologia Em Desenv de Sistemas de Informação) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná. Orientador: Fabrício Martins Lopes.

23.
Flávio de Oliveira Zanin. Sistema Informatizado de Protocolo. 2007. 0 f. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Tecnologia Em Desenv de Sistemas de Informação) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná. Orientador: Fabrício Martins Lopes.

24.
Ricardo Strique. SGH ? Sistema Gerenciador Hospitalar (Recepção). 2007. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Tecnologia Em Desenv de Sistemas de Informação) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná. Orientador: Fabrício Martins Lopes.

25.
Everton da Silva. Informatização da Documentação do Sistema de Gestão da Qualidade (SGQ). 2006. 112 f. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Tecnologia em Desenvolvimento de SI) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná. Orientador: Fabrício Martins Lopes.

26.
Alberto Luís Silva. Sistema de vendas de música na internet através de cartão ?MP3 CARD?. 2006. 191 f. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Tecnologia em Desenvolvimento de SI) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná. Orientador: Fabrício Martins Lopes.

27.
Ronaldo Wagner Pereira. Sistema Acadêmico Financeiro. 2006. 84 f. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Tecnologia em Desenvolvimento de SI) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná. Orientador: Fabrício Martins Lopes.

28.
Josiane Marino Diniz. Utilização de recursos gráficos e algoritmo KNN para geração de relatórios em formato web.. 2006. 119 f. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Tecnologia em Desenvolvimento de SI) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná. Orientador: Fabrício Martins Lopes.

29.
Aroldo Paizany Chociai Júnior. Sistema para Administração de Conteúdo On-Line. 2006. 73 f. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Tecnologia em Desenvolvimento de SI) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná. Orientador: Fabrício Martins Lopes.

30.
Antônio Marcos Peres Mercante. Módulo de Software baseado na Tecnologia WAP para Cadastro e Consulta de Vendas. 2006. 89 f. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Tecnologia em Desenvolvimento de SI) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná. Orientador: Fabrício Martins Lopes.

31.
Graziela Cristina do Vale Pascoal Rodrigues. Vídere - Jogos para Estimulação Visual. 2005. 63 f. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Tecnologia em Desenvolvimento de SI) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná. Orientador: Fabrício Martins Lopes.

Iniciação científica
1.
Matheus Montanini Breve. Análise de comunidades acadêmicas e suas dinâmicas por meio da teoria de redes complexas. 2018. Iniciação Científica. (Graduando em Engenharia Elétrica) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Fabrício Martins Lopes.

2.
Lucas Tarumoto. Avaliação da integração de dados biológicos para a inferência de redes gênicas. 2018. Iniciação Científica. (Graduando em Engenharia de Software) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Fabrício Martins Lopes.

3.
Isabelle Ichikawa Yagi. Inferência de redes gênicas a partir de entropia: um estudo de caso. 2018. Iniciação Científica. (Graduando em Engenharia de Software) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná. Orientador: Fabrício Martins Lopes.

4.
Eric Augusto Ito. Estudo e implementação de abordagens para classificação de sequências biológicas a partir de redes complexas. 2017. Iniciação Científica. (Graduando em Engenharia da Computação) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Fabrício Martins Lopes.

5.
Camila Venancio. Análise de sequências genômicas de Streptococcus Agalactiae. 2017. Iniciação Científica. (Graduando em Análise e Desenvolvimento de Sistemas) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná. Orientador: Fabrício Martins Lopes.

6.
Gabriel Rubino. Visualização de redes gênicas a partir da integração de dados biológicos. 2016. Iniciação Científica. (Graduando em Engenharia da Computação) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Fabrício Martins Lopes.

7.
Murilo Abilio Gonçalves da Silva. Um estudo comparativo entre métodos de extração de características na classificação de sequências genômicas. 2016. Iniciação Científica. (Graduando em Engenharia da Computação) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná, Fundação Araucária. Orientador: Fabrício Martins Lopes.

8.
Thullyo Radeli Castilho. Análise e quantificação de danos em sementes de soja. 2016. Iniciação Científica. (Graduando em Engenharia da Computação) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná, Belagrícola. Orientador: Fabrício Martins Lopes.

9.
Helder Holanda Prezotto. Aquisição e procesamento de imagens de sementes de soja a partir de dispositivo embarcado. 2016. Iniciação Científica. (Graduando em Engenharia da Computação) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Fabrício Martins Lopes.

10.
Euler Angelo de Menezes Junior. Inferência de GRNs a partir da integração dos dados da Arabidopsis thaliana. 2015. Iniciação Científica. (Graduando em Análise e Desenvolvimento de Sistemas) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Fabrício Martins Lopes.

11.
Thullyo Radeli Castilho. Reconhecimento de cultivares e plantas daninhas por imagem. 2015. Iniciação Científica. (Graduando em Análise e Desenvolvimento de Sistemas) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Fabrício Martins Lopes.

12.
Matheus Montanini Breve. Reconhecimento de Padrões em Redes de Coautoria Utilizando Redes Complexas. 2015. Iniciação Científica. (Graduando em Engenharia Elétrica) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná, Universidade Tecnológica Federal do Paraná. Orientador: Fabrício Martins Lopes.

13.
Bruno Mendes Moro Conque. Uma abordagem baseada em redes complexas para análise genômica. 2014. Iniciação Científica. (Graduando em Análise e Desenvolvimento de Sistemas) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Fabrício Martins Lopes.

14.
Geovana Veloso Loureiro de Lima. Classificação de bioimagens a partir da extração de características de forma e suas representações como redes complexas. 2014. Iniciação Científica. (Graduando em Análise e Desenvolvimento de Sistemas) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Fabrício Martins Lopes.

15.
Juliana Costa Silva. ITNGS: Aplicativo para análises iniciais de sequenciamentos de nova geração. 2014. Iniciação Científica. (Graduando em Análise e Desenvolvimento de Sistemas) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná. Orientador: Fabrício Martins Lopes.

16.
Thullyo Radeli Castilho. Reconhecimento de objetos a partir de sequências de vídeos. 2014. Iniciação Científica. (Graduando em Engenharia da Computação) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná. Orientador: Fabrício Martins Lopes.

17.
Anderson Brilhador. Classificação de bioimagens utilizando descritores de forma. 2013. Iniciação Científica. (Graduando em Análise e Desenvolvimento de Sistemas) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná. Orientador: Fabrício Martins Lopes.

18.
Gabriel Rubino. Integração de dados biológicos e redes gênicas: Um estudo de caso em Arabidopsis Thaliana. 2013. Iniciação Científica. (Graduando em Engenharia da Computação) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná, Fundação Araucária. Orientador: Fabrício Martins Lopes.

19.
Leandro Takeshi Hattori. Algoritmo Genético Paralelo para a Inferência de Redes Gênicas. 2013. Iniciação Científica. (Graduando em Análise e Desenvolvimento de Sistemas) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná. Orientador: Fabrício Martins Lopes.

20.
Maikon Aloan Marin. Indução de Árvores de Decisão para a Inferência de Redes Gênicas. 2013. Iniciação Científica. (Graduando em Análise e Desenvolvimento de Sistemas) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná. Orientador: Fabrício Martins Lopes.

21.
Geovana Veloso Loureiro de Lima. Uma abordagem baseada em redes complexas para análise de imagens. 2013. Iniciação Científica. (Graduando em Análise e Desenvolvimento de Sistemas) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná. Orientador: Fabrício Martins Lopes.

22.
Gabriel Rubino. Integração de dados biológicos para identificação de redes gênicas (GRNs). 2012. Iniciação Científica. (Graduando em Engenharia da Computação) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná. Orientador: Fabrício Martins Lopes.

23.
Thiago Pereira Colonhezi. Caracterização de Bioimagens. 2012. Iniciação Científica. (Graduando em Análise e Desenvolvimento de Sistemas) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná. Orientador: Fabrício Martins Lopes.

24.
William Strafacce Soares. Segmentação interativa de imagens sensível ao contexto. 2012. Iniciação Científica. (Graduando em Análise e Desenvolvimento de Sistemas) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná. Orientador: Fabrício Martins Lopes.

25.
Jonathan Sérgio de Siqueira Rodrigues da Silva. Integração de métodos de identificação de redes gênicas (GRNs) a partir de dados de expressão. 2012. Iniciação Científica. (Graduando em Engenharia da Computação) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná, Fundação Araucária. Orientador: Fabrício Martins Lopes.



Inovação



Programa de computador registrado
1.
PANSANATO, Luciano T. E. ; BRILHADOR, Anderson ; LOPES, Fabrício M. . Sistema de Reconhecimento de Gráficos com Auxílio Contínuo de Áudio. 2013.
Patente: Programa de Computador. Número do registro: BR512013000898-0, data de registro: 20/05/2013, título: "Sistema de Reconhecimento de Gráficos com Auxílio Contínuo de Áudio" , Instituição de registro: INPI - Instituto Nacional da Propriedade Industrial.

2.
KASHIWABARA, André Y. ; LIMA, Elenir L. L. ; DA SILVA, Everton ; LOPES, FABRICIO M. . PERSIA - Preditor de Resultados Industriais. 2017.
Patente: Programa de Computador. Número do registro: BR512017000242-8, data de registro: 30/05/2017, título: "PERSIA - Preditor de Resultados Industriais" , Instituição de registro: INPI - Instituto Nacional da Propriedade Industrial.

3.
BRILHADOR, Anderson ; SERRARENS, Daniel A. ; LOPES, Fabrício M. . Counter Plant. 2017.
Patente: Programa de Computador. Número do registro: BR512017000315-7, data de registro: 30/05/2017, título: "Counter Plant" , Instituição de registro: INPI - Instituto Nacional da Propriedade Industrial.


Programa de computador sem registro
1.
BRILHADOR, Anderson ; BUGATTI, Pedro H. ; LOPES, Fabrício M. . Imageleaf - framework para extração de características de forma. 2013.

2.
RUBINO, Gabriel ; Lopes, Fabricio Martins . Visual Ontogrator - Integração de dados biológicos. 2016.

3.
PIOVEZANI, Amanda R. ; LOPES, Fabrício M. ; BUCKERIDGE, Marcos S. . SIT - Ferramenta de Integração e Visualização de Dados. 2017.

4.
ITO, Eric A. ; LOPES, Fabrício M. . BASiNET - Classification of RNA Sequences using Complex Network Theory. 2018.


Projetos de pesquisa


Educação e Popularização de C & T



Livros e capítulos
1.
Martins Jr., David Correa ; Lopes, Fabricio Martins ; RAY, SHUBHRA SANKAR . Inference of Gene Regulatory Networks by Topological Prior Information and Data Integration. In: Ivan V. Ivanov; Xiaoning Qian; Ranadip Pal.. (Org.). Emerging Research in the Analysis and Modeling of Gene Regulatory Networks. 1ed.Hershey: IGI Global, 2016, v. 1, p. 1-51.


Textos em jornais de notícias/revistas
1.
LOPES, Fabrício M.; SHISHIDO, Henrique Y. . Entendendo os modificadores Java. Revista easy Java Magazine, Rio de Janeiro, , v. 26, p. 6 - 13, 01 mar. 2013.

2.
SHISHIDO, Henrique Y. ; LOPES, Fabrício M. . Sockets em Java. Revista easy Java Magazine, Rio de Janeiro, , v. 34, p. 1 - 10, 01 nov. 2013.

3.
JUSTO, Renato A. ; LOPES, Fabrício M. . Programação Paralela em Java. Revista easy Java Magazine, Rio de Janeiro, , v. 47, p. 1 - 15, 12 jan. 2015.


Apresentações de Trabalho
1.
LOPES, Fabrício M.; CESAR JR, Roberto M. . Modelo para Simulação e Validação de Redes Gênicas. 2008. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

2.
LOPES, Fabrício M.; CESAR JR, Roberto M. ; COSTA, Luciano da F. . AGN Simulation and Validation Model. 2008. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

3.
LOPES, Fabrício M.; CESAR JR, Roberto M. . Reconhecimento de Padrões Aplicado à Bioinformática. 2009. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

4.
LOPES, Fabrício M.; CESAR JR, Roberto M. . Gene expression complex networks: synthesis, identification and analysis. 2009. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

5.
LOPES, Fabrício M.; MARTINS JR, David C. ; CESAR JR, Roberto M. . Comparative study of GRNs inference methods based on feature selection by mutual information. 2009. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

6.
LOPES, Fabrício M.. Análise de dados de mycroarray: aspectos gerais. 2009. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

7.
LOPES, Fabrício M.; DE OLIVEIRA, Evaldo A. ; CESAR JR, Roberto M. . Improving GRNs Inference Methods by Using Tsallis Entropy. 2009. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

8.
LOPES, Fabrício M.. Inferência de Redes Gênicas usando a Entropia de Tsallis. 2010. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

9.
LOPES, Fabrício M.. Inference of gene regulatory networks from time series by Tsallis entropies. 2010. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

10.
LOPES, Fabrício M.. Introdução ao Reconhecimento de Padrões e aplicações em problemas de Bioinformática. 2011. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

11.
LOPES, Fabrício M.. Inferência de GRNs a partir de dados de expressão gênica. 2011. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

12.
LOPES, Fabrício M.. Reconhecimento de Padrões Aplicado à Bioinformática. 2012. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

13.
LOPES, Fabrício M.. Bioinformática na era genômica. 2012. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

14.
LOPES, Fabrício M.. A Bioinformática aplicada no melhoramento de plantas. 2012. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

15.
LOPES, Fabrício M.. Reconhecimento de Padrões e Inferência de Redes Gênicas. 2012. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

16.
LOPES, Fabrício M.. Reconhecimento de Padrões Aplicado na Inferência de Redes Gênicas. 2012. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

17.
LOPES, Fabrício M.. Introdução ao Reconhecimento de Padrões e aplicações em problemas de Bioinformática. 2014. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

18.
LOPES, Fabrício M.. Pattern Recognition and Inference of Gene Regulatory Networks: a case of study. 2015. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

19.
LOPES, Fabrício M.. Inferência de Redes Gênicas a partir de Integração de Dados. 2015. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

20.
LOPES, Fabrício M.. Bioinformática e Reconhecimento de Padrões: aplicações e desafios. 2015. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

21.
LOPES, Fabrício M.. A computer vision approach for automatic measurement of the inter-plant spacing. 2015. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

22.
LOPES, Fabrício M.. A Complex Network-Based Approach to the Analysis and Classification of Images. 2015. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

23.
LOPES, Fabrício M.. Desvendando as funcionalidades dos genomas através Inferências de Redes Regulatórias. 2016. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

24.
LOPES, Fabrício M.. Inferência de redes regulatórias a partir da análise de padrões contidos na expressão gênica. 2016. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

25.
LOPES, Fabrício M.. Biologia + Ciência da Computação = Bioinformática?. 2016. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

26.
LOPES, Fabrício M.. Introdução a Bioinformática. 2017. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

27.
LOPES, Fabrício M.. Inferência de Redes Gênicas a partir de Integração de Informações Estruturais e Funcionais. 2018. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

28.
LOPES, Fabrício M.. Computação Aplicada a Bioinformática. 2018. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).


Programa de Computador sem registro de patente
1.
ITO, Eric A. ; LOPES, Fabrício M. . BASiNET - Classification of RNA Sequences using Complex Network Theory. 2018.

2.
PIOVEZANI, Amanda R. ; LOPES, Fabrício M. ; BUCKERIDGE, Marcos S. . SIT - Ferramenta de Integração e Visualização de Dados. 2017.

3.
RUBINO, Gabriel ; Lopes, Fabricio Martins . Visual Ontogrator - Integração de dados biológicos. 2016.

4.
BRILHADOR, Anderson ; BUGATTI, Pedro H. ; LOPES, Fabrício M. . Imageleaf - framework para extração de características de forma. 2013.


Cursos de curta duração ministrados
1.
LOPES, Fabrício M.. Linguagem de Programação Java II. 2011. (Curso de curta duração ministrado/Especialização).

2.
LOPES, Fabrício M.. Introdução a bioinformática e aplicações envolvendo reconhecimento de padrões. 2012. (Curso de curta duração ministrado/Outra).

3.
LOPES, Fabrício M.. Linguagem de Programação Java II. 2012. (Curso de curta duração ministrado/Especialização).

4.
LOPES, Fabrício M.. Linguagem de Programação Java II. 2013. (Curso de curta duração ministrado/Especialização).

5.
LOPES, Fabrício M.. Linguagem de Programação Delphi. 2004. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

6.
LOPES, Fabrício M.. Reconhecimentos de Padrões. 2013. (Curso de curta duração ministrado/Especialização).

7.
LOPES, Fabrício M.. Bioinformática e Inferência de Redes Gênicas. 2016. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

8.
LOPES, Fabrício M.. Ferramentas de Programação Java. 2006. (Curso de curta duração ministrado/Especialização).

9.
LOPES, Fabrício M.. Informática Aplicada. 2006. (Curso de curta duração ministrado/Especialização).

10.
LOPES, Fabrício M.. Informática Aplicada. 2005. (Curso de curta duração ministrado/Especialização).


Programa de Computador registrado
1.
KASHIWABARA, André Y. ; LIMA, Elenir L. L. ; DA SILVA, Everton ; LOPES, FABRICIO M. . PERSIA - Preditor de Resultados Industriais. 2017.
Patente: Programa de Computador. Número do registro: BR512017000242-8, data de registro: 30/05/2017, título: "PERSIA - Preditor de Resultados Industriais" , Instituição de registro: INPI - Instituto Nacional da Propriedade Industrial.

2.
BRILHADOR, Anderson ; SERRARENS, Daniel A. ; LOPES, Fabrício M. . Counter Plant. 2017.
Patente: Programa de Computador. Número do registro: BR512017000315-7, data de registro: 30/05/2017, título: "Counter Plant" , Instituição de registro: INPI - Instituto Nacional da Propriedade Industrial.

3.
PANSANATO, Luciano T. E. ; BRILHADOR, Anderson ; LOPES, Fabrício M. . Sistema de Reconhecimento de Gráficos com Auxílio Contínuo de Áudio. 2013.
Patente: Programa de Computador. Número do registro: BR512013000898-0, data de registro: 20/05/2013, título: "Sistema de Reconhecimento de Gráficos com Auxílio Contínuo de Áudio" , Instituição de registro: INPI - Instituto Nacional da Propriedade Industrial.


Organização de eventos, congressos, exposições e feiras
1.
LOPES, Fabrício M.. I Curso de Inverno em Bioinformática - Programa Interunidades em Bioinformática - USP. 2008. (Outro).

2.
LOPES, Fabrício M.. Workshop PROSUL. 2008. (Congresso).

3.
LOPES, Fabrício M.. III Curso de Verão em Bioinformática - Programa Interunidades em Bioinformática - USP. 2009. (Outro).

4.
LOPES, Fabrício M.. II Curso de Verão em Bioinformática - Programa Interunidades em Bioinformática - USP. 2007. (Outro).

5.
LOPES, Fabrício M.. IV Curso de Verão em Bioinformática - Programa Interunidades em Bioinformática - USP. 2010. (Outro).

6.
LOPES, Fabrício M.. 15th Iberoamerican Congress on Pattern Recognition (CIARP). 2010. (Congresso).

7.
LOPES, Fabrício M.. 2o Curso de Tópicos em Biologia Computacional. 2011. (Outro).

8.
LOPES, Fabrício M.. 3o Curso de Tópicos em Biologia Computacional. 2012. (Outro).

9.
LOPES, Fabrício M.. Workshop de Bioinformática da UTFPR (WB 2015). 2015. (Congresso).

10.
LOPES, Fabrício M.. Workshop de Bioinformática da UTFPR (WB 2016). 2016. (Congresso).

11.
LOPES, Fabrício M.; KASHIWABARA, André Y. ; BUGATTI, Pedro H. ; SAITO, Priscila T. M. ; SIMAO, José Eduardo L. ; DOMINGUES, Douglas S. ; MARCELINO, Francismar C. . Workshop de Bioinformática da UTFPR (WB 2017). 2017. (Congresso).

12.
DURHAM, Alan M. ; LEMKE, Ney ; BRANDAO, Marcelo ; LOPES, Fabrício M. ; GRYNBERG, Priscila ; SCHERER, Nicole M. . X-meeting 2017 - 13th International Conference of the AB3C. 2017. (Congresso).

13.
KASHIWABARA, André Y. ; PASCHOAL, Alexandre R. ; VICENTE, Fábio F. R. ; LOPES, Fabrício M. ; SANCHES, Danilo S. ; SIMAO, José Eduardo L. ; DOMINGUES, Douglas S. . Escola Paranaense de Bioinformática. 2018. (Congresso).

14.
DURHAM, Alan M. ; LEMKE, Ney ; BRANDAO, Marcelo ; LOPES, Fabrício M. ; GRYNBERG, Priscila ; SCHERER, Nicole M. . X-meeting 2018 - 14th International Conference of the AB3C. 2018. (Congresso).


Redes sociais, websites e blogs
1.
LOPES, Fabrício M.; BITAR, Mainá . BioInfoNews. 2009; Tema: Canal de comunicação de estudantes e pesquisadores na área de bioinformática.. (Fórum).



Outras informações relevantes


--> Visita técnica ao Genomic Signal Processing Laboratory (http://gsp.tamu.edu/), Texas A&M University (http://www.tamu.edu/), 2009;

--> Visita técnica ao Center for Soft Computing Research (http://www.isical.ac.in/~scc/) - Indian Statistical Institute (ISI, http://www.isical.ac.in/), 2011;

--> Visita técnica ao Cirad - La recherche agronomique pour le développement (http://www.cirad.fr/), 2015;

--> Docente Permanente do Programa Interunidades de Pós-Graduação em Bioinformática - USP (http://www.ime.usp.br/posbioinfo/), entre 19/11/2012 e 05/08/2016;

--> Pesquisador do Programa de Pós-Graduação em Engenharia Elétrica e Informática Industrial da UTFPR (http://www.utfpr.edu.br/curitiba/estrutura-universitaria/diretorias/dirppg/programas/cpgei/), entre 29/11/2013 a 28/11/2015;

--> Consultor AdHoc da Fundação Araucária;

--> Avaliador de Cursos de Graduação do Sistema Nacional de Avaliação da Educação Superior (SINAES) - BASis;

--> Bolsista de produtividade em pesquisa (PQ) da Fundação Araucária (08/2014 a 09/2017);

--> Visita técnica ao Control of Gene Expression Lab (http://www.itqb.unl.pt/research/biology/coge) - Dra. Cecília Arraiano, Instituto de Tecnologia Química e Biológica - Universidade Nova de Lisboa (ITQB, http://www.itqb.unl.pt), 2018;

--> Coordenador do Curso de Mestrado em Bioinformática (stricto-sensu) da UTFPR, entre 02/2015 a 03/2018.



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