Luiz Gonzaga Paula de Almeida

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  • Última atualização do currículo em 07/12/2018


Primeiramente #ForaTemer. Possui graduação em Tecnologia em Processamento de Dados pela Universidade Castelo Branco (1996) e mestrado em Modelagem Computacional - Laboratório Nacional de Computação Científica (2007). Atualmente é tecnologista - Laboratório Nacional de Computação Científica. Tem experiência na área de Ciência da Computação, com ênfase em Banco de Dados, atuando principalmente nos seguintes temas: bioinformática, genomas, montagem de genomas, anotação de genomas e mineração de textos. (Texto informado pelo autor)


Identificação


Nome
Luiz Gonzaga Paula de Almeida
Nome em citações bibliográficas
ALMEIDA, L. G.;Almeida, L. G.;Almeida, Luiz GP;Almeida, L. G. P.;Almeida, Luiz G.P. de;de Almeida, Luiz Gonzaga Paula;PAULA DE ALMEIDA, L. G.;ALMEIDA, LUIZ GONZAGA;Luiz Gonzaga Almeida;ALMEIDA, LUIZ G. P.;DE ALMEIDA, L. G. P.;DE ALMEIDA, LUIZ G. P.;Luiz Gonzaga de Almeida;de Almeida, Luiz Gonzaga;GONZAGA, L.;Luis Gonzaga Paula de Almeida;de Almeida, Luis Gonzaga Paula;ALMEIDA, LUIZ GONZAGA PAULA DE;DE ALMEIDA, LUIZ GP;GONZAGA, LUIZ;ALMEIDA, LUIZ GONZAGA PAULA;DE ALMEIDA, LUIZ G.;Almeida, Luiz Gonzaga de;ALMEIDA, LUIZ GONZAGA DE PAULA;ALMEIDA, LUIZ GONZAGA P.

Endereço


Endereço Profissional
Laboratório Nacional de Computação Científica, Cma Laboratório de Bioinformática.
Rua Getulio Vargas 333 s/1A28
Quitandinha
25651-070 - Petropolis, RJ - Brasil
Telefone: (24) 22336090
Ramal: 6090
URL da Homepage: http://www.lncc.br/~lgonzaga


Formação acadêmica/titulação


2005 - 2007
Mestrado em Modelagem Computacional.
Laboratório Nacional de Computação Científica, LNCC, Brasil.
Título: Análise Algoritmos de Agrupamento de Base de Dados Textuais,Ano de Obtenção: 2007.
Orientador: Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos.
2002 - 2002
Especialização em Curso de Especialização em Bioinformática. (Carga Horária: 360h).
Laboratório Nacional de Computação Científica, LNCC, Brasil.
1997 - 1998
Especialização em Análise, Projeto e Gerência de Sistemas. (Carga Horária: 540h).
Pontifícia Universidade Católica do Rio de Janeiro, PUC-Rio, Brasil.
Título: Sistema de Controle de Cobrança.
Orientador: José Roberto Blascheck.
1994 - 1996
Graduação em Tecnologia Em Processamento de Dados.
Universidade Castelo Branco, UCB/RJ, Brasil.
Título: Sistema de Processamento de Tramitação de Proposições Legislativas.
Orientador: Carlos Carestiato.




Formação Complementar


2010 - 2010
GS FLX Software Summer School 2010. (Carga horária: 24h).
Laboratorio Nacional de Genómica para la Biodiversidade, LANGEBIO, México.


Atuação Profissional



Secretaria de Estado de Planejamento, SECPLAN, Brasil.
Vínculo institucional

1999 - 2000
Vínculo: Cargo em comissão, Enquadramento Funcional: Assessor Chefe - Assessoria de Informática, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

Atividades

01/1999 - 04/2000
Direção e administração, Assessoria de Informática, .

Cargo ou função
Assessor Chefe.
01/1999 - 04/2000
Serviços técnicos especializados , Assessoria de Informática, .

Serviço realizado
Desenvolvimento de sistemas.

Laboratório Nacional de Computação Científica, LNCC, Brasil.
Vínculo institucional

2002 - Atual
Vínculo: Servidor Público, Enquadramento Funcional: Tecnologista, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

Vínculo institucional

2000 - 2002
Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Bolsista DTI, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

Vínculo institucional

1998 - 1998
Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Bolsista DTI, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

Atividades

1/2002 - Atual
Treinamentos ministrados , Laboratório de Bioinformática, .

Treinamentos ministrados
Curso de Montagem de Genomas
8/2000 - Atual
Pesquisa e desenvolvimento , Laboratório de Bioinformática, .

Linhas de pesquisa
Bioinformática
4/1998 - 12/1998
Pesquisa e desenvolvimento , Cma, .


Faculdade de Tecnologia SENAC-RJ, FATEC-RIO, Brasil.
Vínculo institucional

2009 - 2009
Vínculo: Colaborador, Enquadramento Funcional: Professor, Carga horária: 4



Linhas de pesquisa


1.
Bioinformática
2.
Desenvolvimento de sistema de informação para o planejamento e gestão pública


Projetos de pesquisa


2016 - Atual
Genômica Computacional do Vírus da Zika (ZIKV)

Projeto certificado pelo(a) coordenador(a) Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos em 26/09/2016.
Descrição: Este projeto pretende investigar a interação do microorganismo-hospedeiro (SAIZIKA) através do sequenciamento de cultivos (primários ou linhagens estabelecidas) de células humanas de diferentes tecidos considerados como alvos potenciais de infecção, incluindo neurônios/neuroblastos, células de Schwann, trofoblasto, queratinócitos, fibroblastos, epiteliais tímicas e células- tronco de sangue de cordão, seguidas por análises de bioinformática. Para isso, realizaremos uma análise comparativa do transcritoma humano em cultivos celulares de amostras sadias e infectadas pelo ZIKV. Nessa etapa, pretende-se identificar e caracterizar as funções biológicas e vias metabólicas dos genes humanos diferencialmente expressos e que estejam envolvidos na padronização do neuro-eixo e malformações encefálicas.
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
2016 - Atual
Estudo Molecular das Doenças Genéticas Crônicas: Defeitos Congênitos, Doença do Desenvolvimento e Câncer Infantil, a partir da Via das RASopatias - Apoio as Instituições de Ensino Sediadas no RJ

Projeto certificado pelo(a) coordenador(a) Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos em 26/09/2016.
Descrição: Com o advento das técnicas moleculares de Sequenciamento de Nova Geração do genoma, diferentes níveis de conhecimento das doenças genéticas estão sendo ampliados, abrindo portas para a otimização de técnicas de diagnóstico, melhorando a compreensão das doenças em nível celular e fisiopatologia molecular, além de auxiliar na condução clínica dos pacientes. As RASopatias são entendidas como um conjunto de síndromes caracterizadas por uma heterogeneidade de sinais e sintomas clínicos que limita o prognóstico, ainda na vida infantil, de predisposições a determinados tumores ou atrasos neurocognitivos. Tal heterogeneidade genética se deve a diversos tipos de mutações nos genes da via de sinalização RAS/MAPK, tornando a investigação molecular pelo sequenciamento tradicional sequencial laborioso e de difícil consolidação/otimização. Desta forma, a partir de tecnologias de sequenciamento de nova geração, a investigação e o conhecimento atual dos aspectos genéticos podem agregar novos processos de gestão entre a Clínica ? SUS ? Pesquisa ? Ensino, oferecendo um amplo entendimento das doenças e de sua aplicação aos pacientes e famílias, além de abrir novos horizontes e estudos em nível da genômica, biologia celular e oncogênese. O presente projeto propõe a construção de um Consórcio Molecular a partir de uma estreita colaboração entre o Laboratório de Bioinformática do Laboratório Nacional de Computação Científica (LNCC), referência em análises genômicas, e o Centro de Genética Médica do IFF/Fiocruz, unidade materno-infantil do Estado do Rio de Janeiro, que recebe grande número de pacientes com doenças do desenvolvimento, destacando-se as síndromes associadas à via das RASopatias, visando desenvolver soluções inovadoras em saúde pública e ampliação de conhecimento utilizando técnicas genômicas de última geração aplicadas as doenças genéticas.
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
2016 - Atual
Apoio à manutenção da infraestrutura do centro multiusuário Unidade de Genômica Computacional Darcy Fontoura de Almeida (UGCDFA)
Descrição: A Unidade de Genômica Computacional ?Darcy Fontoura de Almeida? (UGCDFA), inaugurada no final de 2008, é uma Unidade Multiusuário destinada a atender aos projetos genomas do Estado do Rio de Janeiro bem como do país e do exterior e está associada ao Laboratório Nacional de Bioinformática (LABINFO) do LNCC. A UGCDFA atua em sincronia com o LABINFO sendo este um centro de excelência em Bioinformática no Brasil e no exterior. Esta associação tem como finalidade integrar as atividades de sequenciamento em larga-escala de DNA e de bioinformática, utilizando a infraestrutura de Computação de Alto Desempenho do LNCC, permitindo maior agilidade no processamento e análise dos dados gerados pelos sequenciadores de DNA de nova geração instalados na UGCDFA. Recentemente, com a instalação do supercomputador Santos Dumont, com um total de 18.144 núcleos de CPU, as sequências geradas na UGCDFA poderão ser processadas com maior velocidade atendendo de forma mais eficiente as várias redes genômicas, grupos parceiros e colaboradores. Até o momento, foram sequenciados cerca de 450 genomas, metagenomas, transcritomas totalizando, aproximadamente, 60Tb de dados gerados pela UGCDFA e processados pelo LABINFO. É importante destacar que para todos os projetos desenvolvidos em colaboração, fazemos parte do alicerce central, visto que somos responsáveis pela geração e processamento das informações genômicas. Esta proposta tem por objetivo a manutenção da infraestrutura da UGCDFA visando continuar gerando grandes quantidades de dados para diversos modelos biológicos e disponibilizando serviços para instituições de pesquisa e acadêmicas, nacionais e internacionais. Ressaltamos que devido ao número de sequenciamentos realizados, processados e analisados na UGCDFA/LABINFO, atualmente, o Estado do Rio de Janeiro tem um papel de destaque nacional na área de genômica computacional/bioinformática, pois foi o que mais gerou, depositou e analisou dados de genomas, transcritomas e metagenomas..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
2014 - Atual
Caracterização de pequenos RNAs (< 50 nucleotídeos) em Infecção Óssea Conjunta induzidas por Staphylococcus aureus
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
2014 - Atual
Estruturação da Rede Nacional de Bioinformática

Projeto certificado pelo(a) coordenador(a) Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos em 26/09/2016.
Descrição: A Estruturação e Implantação de uma Rede Nacional de Bioinformática: que deverá ser estabelecida e, a médio e longo prazo, integrar e disponibilizar, no país, estruturas de bioinformática abertas e multiusuárias, capazes de oferecer serviços ao desenvolvimento de pesquisas em diferentes áreas do conhecimento biológico e também produtos biotecnológicos voltados para a melhoria das condições de vida da população no país; Além disso deverá formar recursos humanos capacitados, seja por meio de cursos de curta-duração ou através de associações com cursos pós-graduação.
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
2014 - Atual
Ampliação e Modernização dos Laboratórios de Bioinformática e Medicina Assistida

Projeto certificado pelo(a) coordenador(a) Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos em 26/09/2016.
Descrição: Atualização da plataforma de sequenciamento e computacional de alto desempenho para sequenciamento genomas e transcriptomas humanos aplicados a pesquisas biomédicas com aplicações diretas em genomas humanos. Expansão da capacidade computacional de larga escala existente no Laboratório Nacional de Computação Científica visando a, de forma geral, solução de problemas de grande porte na área de hemodinâmica computacional orientada à modelagem do sistema cardiovascular humano.
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
2014 - Atual
Genômica Aplicada a Recursos Pesqueiros e de Aquicultura do Estado do Rio de Janeiro GARPA-RIO

Projeto certificado pelo(a) coordenador(a) Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos em 26/09/2016.
Descrição: O Brasil possui uma extensa costa cuja pesca artesanal serve de sustento para as populações costeiras, e cuja exploração comercial é atividade altamente lucrativa. No entanto, a exploração desregulada dos recursos pesqueiros pode levar ao seu esgotamento em poucos anos. O projeto GARPA-RIO é constituído por uma rede de laboratórios e instituições de pesquisa dos Estados do RJ, SC e RN que visa abordar duas questões de importância fundamental para a preservação desses recursos, através de abordagens de genômica molecular e análises de bioinformática. A primeira questão busca estratégias de melhoramento para cultivo de ostras na costa fluminense. Para isso, utilizaremos os métodos mais recentes de sequenciamento no NextSeq 500 Illumina, através de experimentos de genômica, transcritômica e metagenômica, onde buscaremos caracterizar o perfil genético das ostras nativas do gênero Crassostrea sob determinadas condições ambientais e seus possíveis patógenos, bem como detectar os limites dos estoques genéticos na costa. Os experimentos serão realizados comparando as populações de SC, onde o cultivo de C. gasar está bem estabelecido, com aquelas do RJ, a fim de detectarmos as diferenças no perfil de expressão e estabelecermos as condições adequadas para o futuro estabelecimento de um cultivo ostreícola no RJ. A aplicação deste cultivo será conduzida pela FIPERJ, parceira neste projeto. A segunda questão visa o monitoramento da qualidade e comercialização do pescado através da identificação molecular e criação de um banco de dados com sequências de marcadores moleculares das espécies, nativas ou não, pescadas ou comercializadas no RJ. Ambas as estratégias implicarão na geração de empregos e desenvolvimento social local, ao mesmo tempo em que proporciona benefícios tangíveis ao ambiente marinho e ganho econômico ao Estado.
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
2012 - 2020
LIA - Laboratório Internacional Associado -Título do projeto: Laboratório InteRnacional de pesquisa em bIOinformática - LIRIO

Projeto certificado pelo(a) coordenador(a) Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos em 26/09/2016.
Descrição: The current project for a LIA builds upon a strong collaboration between the team of a French-Brazilian researcher with a background in discrete mathematics and algorithmics for the life sciences who has made her scientific career in France, since 2001 in the Laboratoire de Biométrie et Biologie Évolutive UMR 5558, and the team of a Brazilian researcher with a background in genetics and bioinformatics, and extensive national and international links in the area of bioinformatics. The research that will be conducted in the LIA will concern putting together all the activities currently conducted by each team separately or that each team has already planned to do, but also new research that the synergy between the two teams will enable to address in future. This synergy represented by the LIA should also allow us to apply for other sources of funding to support the research we wish to develop. Initially, this research will be concentrated on two main axes, one strongly concerned with the host-parasite relationship and the second with micro-environmental genomics and systems biology. Both address complex systems by a broad variety of experimental, bioinformatic and algorithmic approaches that reflect the complementarity of the two teams involved (biology including experimental part for the Brazilian team, algorithmics for the French one) while bioinformatics is a common language between the two. Besides fundamental issues, the two axes may have also important health-related implications. The topics in these two axes belong to one of the five ?thématiques au c?ur de l?INEE?, namely ?Biodiversité et écologie fonctionnelle?, and cover three ?thèmes d?interface?, namely ?Biodiversité, structure, dynamique et fonctionnalité?, ?Mécanismes d?adaptation et d?évolution? and ?Environment et santé?. Training will represent another key aspect of the LIA, and will aim at extending the already intensive exchanges of researchers, Master and PhD students between the two French and Braz.
Situação: Desativado; Natureza: Pesquisa.
2012 - 2014
Bases genômicas, imunológicas e ultraestruturais das diferenças patogênicas de distintas linhagens evolutivas do parasito Trypanosoma cruzi - Edital Faperj 03/2012 Doenças Negligenciadas

Projeto certificado pelo(a) coordenador(a) Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos em 26/09/2016.
Descrição: A doença de Chagas, causada pelo protozoário Trypanosoma cruzi, continua sendo um grave problema de saúde pública. Atualmente, não há vacinas nem drogas efetivas para o tratamento da doença de Chagas crônica. Além disso, a ausência de métodos de diagnóstico eficientes dificulta a identificação de indivíduos infectados e, portanto, o tratamento. Mesmo na possibilidade de tratamento, sua eficácia raramente pode ser devidamente avaliada. A identificação de novos alvos de tratamento, diagnóstico, profilaxia e marcadores de cura pós-tratamento ainda são necessários para o controle da doença de Chagas. Um dos fatores que dificulta a identificação destes alvos é a grande variabilidade genética do parasito. Atualmente, seis linhagens evolutivas são reconhecidas, as quais apresentam características moleculares, imunológicas, epidemiológicas bastante distintas. Até o momento, entretanto, poucos são os estudos multidisciplinares e em larga escala visando a caracterização sistemática de distintas linhagens do parasito. Apenas os genomas das cepas CL Brener e Sylvio foram publicados e, além disto, os dados de expressão gênica são limitados e não há relatos na literatura sobre estudos ultraestruturas comparativos entre cepas do parasito. Pouco se sabe, portanto, sobre as importantes diferenças que devem existir no genoma, transcriptoma e na organização ultraestrutural das diferentes cepas de T. cruzi e que poderiam contribuir para as diferenças no comportamento biológico e nos dados de epidemiologia da doença de Chagas. Neste projeto propomos o uso de abordagens multidisciplinares envolvendo componentes de genômica, biologia molecular e celular e imunologia, visando contribuir para um melhor entendimento da patogênese diferencial causada por distintas linhagens evolutivas e cepas do T. cruzi. Este projeto objetiva ainda a identificação de novos alvos de diagnóstico que considerem a grande diversidade genética do parasito.
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
2012 - 2014
Bioinformática aplicada ao sequenciamento usando tecnologia de pirosequenciamento e de semicondutores: desenvolvimento de novas ferramentas utilizando computação paralela e distribuída (Edital CNPq Universal 14/2011)

Projeto certificado pelo(a) coordenador(a) Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos em 26/09/2016.
Descrição: O Laboratório Nacional de Bioinformática - LABINFO, em função de seu extraordinário desenvolvimento técnico-científico, vem sendo responsável pelo recebimento, processamento, armazenamento e pela análise das seqüências de muitos dos genomas gerados no Brasil. Os softwares e banco de dados desenvolvidos pela equipe, utilizando métodos computacionais e matemáticos avançados, têm sido utilizados por vários grupos no exterior e no Brasil. Um exemplo é a ferramenta SABIA, totalmente desenvolvida no LABINFO. Desde 2008, foi criada a Unidade de Genômica Computacional Darcy Fontoura de Almeida (UGCDFA), sendo esta uma Unidade Multiusuário destinada a atender aos projetos genomas de todo o país. Assim, um ambiente de desenvolvimento de pesquisa em Genômica Computacional, associado ao LABINFO, utilizando a infra-estrutura de Computação de Alto desempenho do LNCC/MCT, foi instalado. Em um primeiro momento com financiamento do Ministério da Ciência e Tecnologia e do Ministério da Saúde foi possível adquirir um seqüenciador de segunda geração, o 454 da Roche Applied Science. No presente momento estamos adquirindo outro equipamento, o Ion Torrent Personal Genoma Machine (PGMTM), adquirido com verba do MCT, e que é um seqüenciador de última geração de alta acurácia, com a vantagem desta nova tecnologia de sequenciamento usar técnica de semicondutores e estar em pleno desenvolvimento, com um campo de aplicações mais amplo. Por se tratar de uma tecnologia diferente e complementar à já existente na UGCDFA, este equipamento poderá atender projetos de pesquisa antes inviabilizados, seja pelo alto custo e/ou limitação da tecnologia, dando um salto tecnológico importante. A presente proposta tem por objetivo desenvolver novas ferramentas de Bioinformática (montagem, anotação e comparação de genomas) usando computação de alto desempenho, assim como realizar sequenciamentos utilizando as duas plataformas disponíveis na UGCDFA.
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
2011 - 2013
TAGS: The power of the short - Tools and Algorithms for next Generation Sequencing applications
Descrição: TAGS project aims at developing new algorithms an tools for next generation DNA sequencing applications. Such challenges will be addressed by developing accurate error models, approximate indexing methods, distributed data structures and exploiting multi-core system architectures. The adoption of precise error models will allow to accurately model the types of errors that are inherent to HTSR technologies. Then, approximate indexing methods will be used to pre-process the reference genome and filter out large fractions of the genome where the reads cannot possibly match. Parallel processing platforms will be extensively exploited to accelerate the alignment. The development of an integrated parallel programming framework will allow the simultaneous exploitation of three levels of parallelism: 1) Coarse-grained, by dividing the sequence database in subsets that will be assigned to each processing node of a cluster/grid; 2) Intermediate-grained, by tiling the sequence pair alignment procedure in several chunks that are individually processed by the cores available in each multi-core processing node; 3) Fine-grained, by following the Single Instruction Multiple Data (SIMD) paradigm to simultaneously evaluate several neighboring partial scores of the alignment procedure between the query sequence and the reference genome. When combined together, its is expected that the indexing methods and the parallel architectures will make it possible to obtain a re-sequencing platform that is competitive in international terms..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
2011 - 2013
Bioinformática aplicada a reconstruções e análises metabólicas de parasitas - Edital Faperj 24/2010 - Cooperação Bilateral FAPERJ/INRIA

Projeto certificado pelo(a) coordenador(a) Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos em 26/09/2016.
Descrição: O estilo de vida pode ser considerado como a soma dos efeitos do ambiente em um dado organismo, assim como as associações que este estabelece com outras espécies (Cases et al., 2003). No caso das bactérias intracelulares obrigatórias, o ambiente é restrito à célula hospedeira. A vida intracelular apresenta pressões seletivas específicas, como a redução do genoma, com a consequente perda de vias metabólicas. Alguns desses traços evolutivos são comuns a todas as bactérias intracelulares e outros são específicos ao tipo de associação estabelecida com o hospedeiro. A inativação de vias cujos produtos finais estão disponíveis no meio pode ser favorecida pela seleção natural (Moran, 2007). Em parasitas obrigatórios, parece ser favorecida a perda de genes de modo a utilizar substratos não encontrados no seu ambiente restrito, havendo assim a síntese de produtos metabólicos fornecidos pelo hospedeiro (Moran, 2007). No mutualismo há intensas trocas nutricionais entre os seres associados, ocorrendo a conservação de vias metabólicas essenciais para a manutenção desta relação (Baumann et al., 1995; Shigenobu et al., 2000; Pérez-Brocal et al., 2006; McCutcheon e Moran, 2007; López-Sánchez et al., 2009). O número crescente de genomas sequenciados possibilita a realização de análises comparativas em organismos que apresentam estilos de vida diferentes. A partir desses dados, as reconstruções metabólicas obtidas fornecem informações sobre as vias biossintéticas preditas. A maneira clássica de identificar e comparar a capacidade metabólica de um grupo de organismos é verificar sucessivamente a presença de vias de síntese que são referências para cada uma das redes metabólicas reconstruídas. Além de ser um processo demorado e restrito quanto ao número de organismos analisados, ele é igualmente limitante em relação à exploração da rede metabólica, pois considera apenas as vias de síntese selecionadas a priori. A análise global destas redes faz-se então necessária, pois permite explo.
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
2008 - 2013
Rede Brasileira de Pesquisas sobre o Câncer - RBPC

Projeto certificado pelo(a) coordenador(a) Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos em 26/09/2016.
Descrição: A criação da Rede Brasileira de Pesquisas sobre o Câncer é um esforço conjunto do Governo Federal, envolvendo o Ministério da Ciência e Tecnologia e o Ministério da Saúde. Os resultados esperados com a criação da Rede são a implementação de uma estratégia de unificação de pesquisa básica, translacional e clínica sobre o câncer, de forma a permitir avanços no conhecimento, e fornecer subsídios para a tomada de decisões para as políticas de saúde, propiciando melhorias na qualidade de vida da população. A Unidade de Genômica Computacional Darcy Fontoura de Almeida e do Laboratório de Bioinformática ? LABINFO/LNCC, foi selecionada para coordenar os projetos da linha A1 do Edital.: Projeto para o sequenciamento do genoma completo de uma linhagem normal linfóide e outra de tumor de mama derivadas de uma mesma paciente (HCC1954).
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
2008 - 2012
Rede Sul Americana e Iberoamericana de Bioinformática (Red SurAmericana e Iberoamericana de Bioinformatica)

Projeto certificado pelo(a) coordenador(a) Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos em 26/09/2016.
Descrição: A Rede Sul Americana e Iberoamericana de Bioinformática Red-Rib (Red SurAmericana e Iberoamericana de Bioinformatica) é uma* *Rede de cooperação entre grupos da América do Sul mas conta também com participação de grupos europeus. O projeto propõe potenciar e expandir as atividades já desenvolvidas, para consolidar as ações que levam à formação de recursos humanos na área, assim como para aumentar a transferência de tecnologias modernas e de ponta, no campo da Bioinformática. A união de esforços entre grupos consolidados e em formação nos diferentes países da região deverá permitir o estabelecimento de ações concretas para o estímulo à pesquisa e formação de recursos humanos. Esses esforços colaborativos têm promovido fortes ligações entre os cientistas destes paises. A estratégia utilizada para atingir essa meta é a melhoria do treinamento em pesquisa de jovens cientistas da América do Sul, usando a capacidade de pesquisa já estabelecida nos laboratórios membros da Rede. O apoio ao treinamento em pesquisa (cursos e estágios) na região, compatível com os padrões internacionais, tem sido muito eficiente. Finalmente, as ações propostas deverão possibilitar o início de programas de Mestrado ou Doutorado naqueles países da região onde isso ainda não foi possível, e estimular aqueles atualmente em funcionamento.
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
2008 - 2010
Rede Nacional de Sequenciamento de DNA - Projeto Genoma Brasileiro: Determinação de Genomas Relevantes para a Saúde Humana

Projeto certificado pelo(a) coordenador(a) Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos em 26/09/2016.
Descrição: O Brasil vem contribuindo significativamente na área da genômica, com destaque no cenário internacional, graças à implantação de redes de seqüenciamento regionais e nacional. Face ao fato de estarmos em uma posição de destaque na área, principalmente para um país em desenvolvimento e possuirmos recursos humanos altamente qualificados é crucial que acompanhemos o desenvolvimento da tecnologia. A aquisição de um seqüenciador de nova geração será fundamental para a continuidade e atualização da Rede Nacional de Sequenciamento e permitirá a realização de estudos que irão contribuir de forma significativa para o avanço do conhecimento na área da genética da saúde humana. Os dois primeiros projetos serão na área de câncer e que poderão levar a identificação de novos marcadores tumorais e alvos terapêuticos para o câncer colorretal e a melhor caracterização e acompanhamento dos casos de câncer hereditário no Brasil. Devido ao grande potencial do equipamento e do conhecimento adquirido pela rede BRGENE outros projetos em áreas relevantes da saúde humana poderão ser realizados.
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
2007 - 2009
Biotecnologia - Insumos para Genômica e Proteômica

Projeto certificado pelo(a) coordenador(a) Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos em 26/09/2016.
Descrição: Ampliar a infra-estrutura do acervo do Centro Brasileiro de Estocagem de Genes para acomodar novas coleções, incorporando procedimentos de rastreabilidade e certificação, bem como sua integração à Rede Brasileira de Centros de Recursos Biológicos (CRB) e ao Sistema de Informação de Coleções de Interesse Biotecnológico (SiCol). Este apoio deverá possibilitar ao Centro alcançar os seguintes objetivos específicos: -ampliar a capacidade de estocagem de material biológico de interesse para o País (clones, plasmídeos, etiquetas de seqüências expressas (ESTs), cosmídeos e Bacterial Artificial Chromosome - BAC); -implantar procedimentos de avaliação de conformidade (acreditação, ensaios e análise, certificação e outros procedimentos) de modo a assegurara a conformidade do material biológico de acordo com procedimentos específicos; -contribuir para a elaboração de normas técnicas nessa área, entre elas as que possam servir de base para regulamentos técnicos aplicáveis de interesse das autoridades regulamentadoras; -integrar as informações tecnológicas relativas a clones e bibliotecas genômicas ao SICol.
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
2006 - 2009
Brazilian Microbiological Resource Center (BMRC)

Projeto certificado pelo(a) coordenador(a) Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos em 26/09/2016.
Descrição: O Brazilian Microbiological Resource Center (BMRC) é um sistema de informação e de referência sobre o acervo, manutenção, caracterização (morfológica, fisiológica e genética) e disponibilização de microrganismos (incluindo células, DNA, genes, plasmídeos e vetores) pertencentes à coleções, além de prestar serviços de autenticação para diversas instituições. Inicialmente, o projeto visava incluir informações sobre bactérias diazotróficas e promotoras do crescimento de plantas de coleções de culturas das Regiões Sul e Centro-Oeste. Com a grande demanda por parte de outras coleções nacionais, houve um redimensionamento do projeto. Atualmente, o BMRC engloba uma rede ainda mais abrangente sobre informações de microrganismos de coleções brasileiras.
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
2006 - Atual
BRAIN
Descrição: BRAIN (Bioinformatics Resource for the Analysis of Information on Neoplasia) constitui um instrumento destinado a facilitar a utilizacao de informacoes para a identificacao de potenciais alvos terapeuticos para o cancer. BRAIN pretende integrar dados existentes em bancos de dados publicos ou privados em relacao a analise genomica, analise da expressao genica, e informacoes da literatura cientifica. Nesse projeto, o desenvolvimento continuo de instrumentos para atender as necessidades crescentes e em evolucao dos pesquisadores vai simplificar o acesso aos dados e facilitar a integracao desses dados no estudo de genes potencialmente importantes como alvos terapeuticos..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) .
Integrantes: Luiz Gonzaga Paula de Almeida - Integrante / Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos - Coordenador / Anamaria Camargo - Integrante / Andrew John George Simpson - Integrante.
2005 - 2008
OMM
Descrição: O projeto tem como objetivo geral o seqüenciamento do genoma de uma bactéria (organismo multicelular magnetotáctico - OMM) encontrada na Lagoa de Araruama, RJ. Esta bactéria ocorre em condições de hipersalinidade e apresenta uma característica única que é a manutenção de multicelularidade durante todo o ciclo celular.
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
2004 - 2008
Projeto Genomica comparativa de Xylella fastidiosa
Descrição: Projeto em colaboração com várias universidades e institutos de pesquisa do Estado de São Paulo, da Universidade da Califórnia e do Serviço de Pesquisa Agrícola (ARS) do Depto. de Agricultura dos EUA com o objetivo de : Reanotar o genoma da X. fastidiosa CVC 9a5c Reanotar o genoma X. fastidiosa PD Temecula1 Montar e anotar o genoma da X. fastidiosa oleander Ann1 Montar e anotar o genoma da X. fastidiosa almond Dixon A comparação destes genomas será realizado utilizando ferramentas de computaçõa desenvolvidas pelo LABINFO..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) .
Integrantes: Luiz Gonzaga Paula de Almeida - Integrante / Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos - Coordenador / Roger Ferreira Cury Paixão - Integrante / Rangel Celso Souza - Integrante / Gisele Cavalcante da Costa - Integrante / Marie Anne Van Sluys - Integrante.Financiador(es): Ministério da Ciência, Tecnologia, Inovações e Comunicações - Cooperação / Universidade de São Paulo - Cooperação.
2004 - Atual
Fixadores de Nitrogenio
Descrição: Será caracterizada a diversidade genética de 200 estirpes de rizóbios por BOX-PCR e por RFLP-PCR e seqüenciamento de genes de regiões conservadas e não-simbióticas (16S rRNA, 23S rRNA, 16S-23S intergênico) e simbióticas (genes nod e nif). Os resultados obtidos permitirão, ainda, a identificação de marcadores moleculares para o uso em estudos de biodiversidade e ecologia de rizóbio, monitoramento ambiental e para a utilização em programas de seleção de estirpes. Ainda em relação ao conhecimento básico, visa-se iniciar atividades de genômica em Bradyrhizobium, pela confecção, validação e seqüenciamento parcial do genoma da estirpe de B. japonicum CPAC 15 (=SEMIA 5079), utilizada em inoculantes comerciais, muito competitiva e com alta capacidade saprofítica.
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) .
Integrantes: Luiz Gonzaga Paula de Almeida - Coordenador.
2002 - Atual
Projeto Genoma Sul - GENESUL
Descrição: A Rede Sul de Análise de Genomas e Aplicações temo como objetivo de implantar a infraestrutura e treinar recursos humanos na área de Genômica nos Estados do Sul do país. A área inicialmente escolhida para estudo é Saúde Animal, mais especificamente agentes infecciosos de suínos. Esta é uma atividade econômica importante no Sul do país e propicia a aplicação rápida dos avanços obtidos com a caracterização de genomas de microrganismos importantes. Na primeira fase genomas serão completamente seqüenciados e anotados. Em uma segunda fase, proteínas selecionadas serão expressadas com vistas a sua utilização para o desenvolvimento de testes de diagnóstico e para a proposição de vacinas..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) .
Integrantes: Luiz Gonzaga Paula de Almeida - Integrante / Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos - Coordenador.Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro / Ministério da Ciência, Tecnologia, Inovações e Comunicações - Auxílio financeiro / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Rio Grande do Sul - Auxílio financeiro.
2000 - Atual
Projeto Genoma Brasileiro - BRGENE
Descrição: Rede Genoma Brasileiro tem como objetivo de ampliar a competência, em nível nacional, as atividades de pesquisa sobre genômica, oferecendo a formação de recursos humanos especializados e desenvolvimento de trabalhos multi-institucionais. O primeiro organismo a ser sequenciado foi a bactéria Chromobacterium violaceum, freqüentemente encontrada no solo e na água em regiões tropicais e sub-tropicais. o segundo organismo a ser sequenciado foi a bactéria Mycoplasma synoviae que causa doenças endêmicas e são transmitidos verticalmente através de ovos contaminados de aves infectadas..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) .
Integrantes: Luiz Gonzaga Paula de Almeida - Integrante / Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos - Coordenador.Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro / Ministério da Ciência, Tecnologia, Inovações e Comunicações - Auxílio financeiro.
2000 - Atual
Projeto Genoma Rio de Janeiro - RIOGENE
Descrição: Este projeto tem por objetivo sequenciar o genoma de uma bactéria fixadora de nitrogênio Gluconacetobacter diazotrophicus. Para a execução deste objetivo propõe estabelecer uma rede de laboratórios no Estado do Rio de Janeiro com competência em Biologia Molecular e Genômica..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) .
Integrantes: Luiz Gonzaga Paula de Almeida - Integrante / Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos - Coordenador.Financiador(es): Fundação Carlos Chagas Filho de Amparo à Pesquisa do Estado do RJ - Auxílio financeiro / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.
2000 - Atual
Laboratório de Bioinformática
Descrição: O Laboratório de Bioinformática é um grupo de pesquisa interdisciplinar, envolvendo biólogos, cientistas da computação e matemáticos, com o intuito de desenvolver metodologias computacionais e estatísticas aplicadas ao estudo de genomas. Atualmente, o LABINFO atua nas seguintes áreas: i) Pesquisa: Desenvolvimento de metodologias matemáticas e computacionais para a área genômica e pós-genômica, como por exemplo, ferramentas para anotações funcionais e estruturais, ou para o estudo pós-genoma de regiões codificantes e não-codificantes. ii) Projetos Genomas: Desenvolvimento de ambiente computacional para coleta armazenamento e análise dos dados obtidos através dos projetos seqüenciamento realizados pelos demais grupos participantes dos projetos Genoma. (BRGENE, PIGS, Xylellas e R. tropici) iii) Formação de recursos humanos : Formação de pessoal especializado na área de Bioinformática. ..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (1) .
Integrantes: Luiz Gonzaga Paula de Almeida - Integrante / Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos - Coordenador.Financiador(es): Ministério da Ciência, Tecnologia, Inovações e Comunicações - Auxílio financeiro / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.


Projetos de desenvolvimento


2011 - 2013
Apoio à Rede de Bioinformática e de Genômica: geração, processamento e interpretação de dados genômicos e proteômicos - Edital DCTR 2010

Projeto certificado pelo(a) coordenador(a) Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos em 26/09/2016.
Descrição: Adequar a Unidade de Genômica Computacional Darcy Fontoura de Almeida (UGCDFA) e o Laboratório de Bioinformática (LABINFO) do LNCC ao sequenciamento de alto desempenho, bem como melhorar os softwares desenvolvidos pelo LABINFO, para poder tratar a enorme quantidade de dados que estão sendo gerados.
Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento.


Áreas de atuação


1.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Metodologia e Técnicas da Computação/Especialidade: Banco de Dados.
2.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Metodologia e Técnicas da Computação/Especialidade: Sistemas de Informação.
3.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Metodologia e Técnicas da Computação/Especialidade: Engenharia de Software.
4.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Genética Molecular e de Microorganismos/Especialidade: Bioinformática.
5.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Bioinformática/Especialidade: Genômica.


Idiomas


Inglês
Lê Bem.


Produções



Produção bibliográfica
Citações

Web of Science
Total de trabalhos:58
Total de citações:538
Fator H:8
Almeida, Luiz GP  Data: 21/07/2017

SCOPUS
Total de trabalhos:56
Total de citações:801
Almeida, L. G.; de Almeida, Luiz Gonzaga Paula; Almeida, L. G. P.; Almeida, Luiz G.; Almeida, Luiz Gonzaga P; De Almeida, L. G. P.; de Almeida, Luiz G. P.;de Almeida, L. G. P.  Data: 28/07/2017

Artigos completos publicados em periódicos

1.
Nicolás, Marisa F.2018Nicolás, Marisa F. ; RAMOS, PABLO IVAN PEREIRA ; MARQUES DE CARVALHO, FABÍOLA ; CAMARGO, DHIAN R. A. ; DE FÁTIMA MORAIS ALVES, CARLENE ; LOSS DE MORAIS, GUILHERME ; ALMEIDA, LUIZ G. P. ; Souza, Rangel C. ; CIAPINA, LUCIANE P. ; VICENTE, ANA C. P. ; COIMBRA, RONEY S. ; RIBEIRO DE VASCONCELOS, ANA T. . Comparative Genomic Analysis of a Clinical Isolate of Klebsiella quasipneumoniae subsp. similipneumoniae, a KPC-2 and OKP-B-6 Beta-Lactamases Producer Harboring Two Drug-Resistance Plasmids from Southeast Brazil. Frontiers in Microbiology, v. 9, p. 220, 2018.

2.
LIMA, NICHOLAS COSTA BARROSO2018LIMA, NICHOLAS COSTA BARROSO ; SOARES, ANDRÉ ELIAS RODRIGUES ; ALMEIDA, LUIZ GONZAGA DE PAULA ; COSTA, IGOR RODRIGUES DA ; SATO, FERNANDA MIDORI ; SCHNEIDER, PATRICIA ; ALEIXO, ALEXANDRE ; SCHNEIDER, MARIA PAULA ; SANTOS, Fabrício R. ; MELLO, CLAUDIO V. ; MIYAKI, CRISTINA ; Vasconcelos, Ana Tereza R. ; PROSDOCIMI, FRANCISCO . Comparative mitogenomic analyses of Amazona parrots and Psittaciformes. GENETICS AND MOLECULAR BIOLOGY (ONLINE VERSION), v. 41, p. 593-604, 2018.

3.
FILL, TAÍCIA PACHECO2018FILL, TAÍCIA PACHECO ; BARETTA, JÉSSICA FERNANDA ; de Almeida, Luiz Gonzaga Paula ; MALAVAZI, IRAN ; CERDEIRA, LOUISE TEIXEIRA ; SAMBORSKYY, MARKIYAN ; DE VASCONCELOS, ANA TEREZA RIBEIRO ; LEADLAY, PETER ; RODRIGUES-FILHO, EDSON . Draft Genome Sequence of the Fungus Penicillium brasilianum (Strain LaBioMMi 136), a Plant Endophyte from Melia azedarach. Microbiology Resource Announcements, v. 7, p. 1/e01235-18-2, 2018.

4.
WIRTHLIN, MORGAN2018WIRTHLIN, MORGAN ; LIMA, NICHOLAS C.B. ; GUEDES, RAFAEL LUCAS MUNIZ ; SOARES, ANDRÉ E.R. ; ALMEIDA, LUIZ GONZAGA P. ; CAVALEIRO, NATHALIA P. ; LOSS DE MORAIS, GUILHERME ; CHAVES, ANDERSON V. ; HOWARD, JASON T. ; TEIXEIRA, MARCUS DE MELO ; SCHNEIDER, PATRICIA N. ; SANTOS, Fabrício R. ; SCHATZ, MICHAEL C. ; FELIPE, MARIA SUELI ; MIYAKI, CRISTINA Y. ; ALEIXO, ALEXANDRE ; SCHNEIDER, MARIA P.C. ; JARVIS, ERICH D. ; Vasconcelos, Ana Tereza R. ; PROSDOCIMI, FRANCISCO ; MELLO, CLAUDIO V. . Parrot Genomes and the Evolution of Heightened Longevity and Cognition. CURRENT BIOLOGY, v. 28, p. 1-8, 2018.

5.
TEIXEIRA, M.M.2017TEIXEIRA, M.M. MORENO, L.F. STIELOW, B.J. MUSZEWSKA, A. HAINAUT, M. GONZAGA, L. ABOUELLEIL, A. PATANÉ, J.S.L. PRIEST, M. SOUZA, R. YOUNG, S. FERREIRA, K.S. ZENG, Q. DA CUNHA, M.M.L. GLADKI, A. BARKER, B. VICENTE, V.A. DE SOUZA, E.M. ALMEIDA, S. HENRISSAT, B. VASCONCELOS, A.T.R. DENG, S. VOGLMAYR, H. MOUSSA, T.A.A. GORBUSHINA, A. , et al.FELIPE, M.S.S. CUOMO, C.A. DE HOOG, G. SYBREN ; Exploring the genomic diversity of black yeasts and relatives ( Chaetothyriales , Ascomycota ). STUDIES IN MYCOLOGY, v. 86, p. 1-28, 2017.

6.
DE ANDRADE ROSA, IVONE2017DE ANDRADE ROSA, IVONE ; BRIGIDO, MARJOLLY CARUSO ; DE OLIVEIRA SANTOS, EIDY ; GONZAGA, LUIZ ; ZINGALI, RUSSOLINA BENEDETA ; DE VASCONCELOS, ANA TEREZA R ; DE SOUZA, WANDERLEY ; BENCHIMOL, MARLENE . The costa of trichomonads: A complex macromolecular cytoskeleton structure made of uncommon proteins. Biology of the Cell, v. 1, p. 1, 2017.

7.
NOGUEIRA, CHRISTIANE L.2017NOGUEIRA, CHRISTIANE L. ; DE ALMEIDA, LUIZ G. P. ; MENENDEZ, MARIA C. ; GARCIA, MARIA J. ; DIGIAMPIETRI, LUCIANO A. ; CHIMARA, ERICA ; CNOCKAERT, MARGO ; PALOMINO, JUAN C. ; PORTAELS, FRANÇOISE ; MARTIN, ANANDI ; VANDAMME, PETER ; LEÃO, SYLVIA C. . Characterization of Mycobacterium chelonae-Like Strains by Comparative Genomics. Frontiers in Microbiology, v. 8, p. 789, 2017.

8.
BENCHIMOL, MARLENE2017BENCHIMOL, MARLENE ; DE ALMEIDA, LUIZ G. P. ; VASCONCELOS, ANA TEREZA ; DE ANDRADE ROSA, IVONE ; REIS BOGO, MAURÍCIO ; KIST, LUIZA WILGES ; de Souza, Wanderley . Draft Genome Sequence of Strain K. GENOME ANNOUNCEMENTS, v. 5, p. e00195-17, 2017.

9.
CÔRTES, MARINA FARREL2017CÔRTES, MARINA FARREL ; COSTA, MAIANA OC ; LIMA, NICHOLAS CB ; SOUZA, RANGEL C ; Almeida, Luiz GP ; GUEDES, LUCIANE PRIOLI CIAPINA ; Vasconcelos, Ana TR ; Nicolás, Marisa F ; FIGUEIREDO, AGNES MS . Complete genome sequence of community-associated methicillin-resistant Staphylococcus aureus (strain USA400-0051), a prototype of the USA400 clone. MEMORIAS DO INSTITUTO OSWALDO CRUZ, v. 112, p. 790-792, 2017.

10.
TROUILLET-ASSANT, SOPHIE2016TROUILLET-ASSANT, SOPHIE ; LELIÈVRE, LUCIE ; MARTINS-SIMÕES, PATRÍCIA ; GONZAGA, LUIZ ; TASSE, JASON ; VALOUR, FLORENT ; RASIGADE, JEAN-PHILIPPE ; VANDENESCH, FRANÇOIS ; MUNIZ GUEDES, RAFAEL LUCAS ; RIBEIRO DE VASCONCELOS, ANA TEREZA ; CAILLON, JOCELYNE ; LUSTIG, SEBASTIEN ; FERRY, TRISTAN ; JACQUELINE, CÉDRIC ; LOSS DE MORAIS, GUILHERME ; LAURENT, FRÉDÉRIC . Adaptive processes of isolates during the progression from acute to chronic bone and joint infections in patients. Cellular Microbiology (Print), v. 1, p. n/a-n/a, 2016.

11.
CAVALEIRO, NATHALIA P.2016CAVALEIRO, NATHALIA P. ; SOLÉ-CAVA, ANTONIO M. ; MELO, CLÁUDIO M. R. ; DE ALMEIDA, LUIZ G. ; LAZOSKI, CRISTIANO ; Vasconcelos, Ana Tereza R. . The complete mitochondrial genome of (Bivalvia: Ostreidae). Mitochondrial DNA Part A, v. 1, p. 1-2, 2016.

12.
BOTELHO, ANA M. N.2016BOTELHO, ANA M. N. ; COSTA, MAIANA O. C. ; BELTRAME, CRISTIANA O. ; FERREIRA, FABIENNE A. ; CÔRTES, MARINA F. ; BANDEIRA, PAULA T. ; LIMA, NICHOLAS C. B. ; Souza, Rangel C. ; ALMEIDA, L. G. ; VASCONCELOS, A. T. R. ; Nicolás, Marisa F. ; FIGUEIREDO, AGNES M. S. . Complete genome sequence of an agr-dysfunctional variant of the ST239 lineage of the methicillin-resistant Staphylococcus aureus strain GV69 from Brazil. Standards in Genomic Sciences, v. 11, p. 34, 2016.

13.
Abreu, Fernanda2016Abreu, Fernanda ; ARAUJO, ANA CAROLINA V. ; LEÃO, PEDRO ; SILVA, KAREN TAVARES ; MARQUES DE CARVALHO, FABÍOLA ; DE LIMA CUNHA, OBERDAN ; ALMEIDA, LUIZ GONZAGA ; GEURINK, COREY ; FARINA, MARCOS ; RODELLI, DANIEL ; JOVANE, LUIGI ; PELLIZARI, VIVIAN H. ; DE VASCONCELOS, ANA TEREZA ; BAZYLINSKI, DENNIS A. ; Lins, Ulysses . Culture-independent characterization of novel psychrophilic magnetotactic cocci from Antarctic marine sediments. Environmental Microbiology (Print), v. 1, p. 1, 2016.

14.
BONALDO, MYRNA C.2016BONALDO, MYRNA C. ; RIBEIRO, IEDA P. ; LIMA, NOEMIA S. ; DOS SANTOS, ALEXANDRE A. C. ; MENEZES, LIDIANE S. R. ; DA CRUZ, STEPHANIE O. D. ; DE MELLO, IASMIM S. ; FURTADO, NATHÁLIA D. ; DE MOURA, ELAINE E. ; DAMASCENO, LUANA ; DA SILVA, KELY A. B. ; DE CASTRO, MARCIA G. ; GERBER, ALEXANDRA L. ; DE ALMEIDA, LUIZ G. P. ; LOURENÇO-DE-OLIVEIRA, RICARDO ; Vasconcelos, Ana Tereza R. ; BRASIL, PATRÍCIA . Isolation of Infective Zika Virus from Urine and Saliva of Patients in Brazil. PLoS Neglected Tropical Diseases (Online), v. 10, p. e0004816, 2016.

15.
ORMEÑO-ORRILLO, ERNESTO2016ORMEÑO-ORRILLO, ERNESTO ; GOMES, DOUGLAS FABIANO ; DEL CERRO, PABLO ; Vasconcelos, Ana Tereza Ribeiro ; CANCHAYA, CARLOS ; ALMEIDA, LUIZ GONZAGA PAULA ; MERCANTE, FABIO MARTINS ; OLLERO, FRANCISCO JAVIER ; Megías, Manuel ; HUNGRIA, Mariangela . Genome of Rhizobium leucaenae strains CFN 299T and CPAO 29.8: searching for genes related to a successful symbiotic performance under stressful conditions. BMC Genomics, v. 17, p. 534, 2016.

16.
BOTELHO, ANA M. N.2016BOTELHO, ANA M. N. ; COSTA, MAIANA O. C. ; BELTRAME, CRISTIANA O. ; FERREIRA, FABIENNE A. ; LIMA, NICHOLAS C. B. ; COSTA, BRUNO S. S. ; DE MORAIS, GUILHERME L. ; Souza, Rangel C. ; ALMEIDA, LUIZ G. P. ; VASCONCELOS, ANA T. R. ; Nicolás, Marisa F. ; FIGUEIREDO, AGNES M. S. . Complete genome sequence of the MRSA isolate HC1335 from ST239 lineage displaying a truncated AgrC histidine kinase receptor. Genome Biology and Evolution, v. 1, p. evw225, 2016.

17.
ARAUJO, ANA CAROLINA VIEIRA2016ARAUJO, ANA CAROLINA VIEIRA ; Morillo, Viviana ; CYPRIANO, JEFFERSON ; TEIXEIRA, LIA CARDOSO ROCHA SARAIVA ; LEÃO, PEDRO ; LYRA, SIDCLEY ; Almeida, Luiz Gonzaga de ; BAZYLINSKI, DENNIS A. ; VASCONCELLOS, ANA TEREZA RIBEIRO DE ; Abreu, Fernanda ; Lins, Ulysses . Combined genomic and structural analyses of a cultured magnetotactic bacterium reveals its niche adaptation to a dynamic environment. BMC Genomics, v. 17, p. 726, 2016.

18.
NASCIMENTO, ANA P. B.2016NASCIMENTO, ANA P. B. ; ORTIZ, MAURO F. ; MARTINS, WILLAMES M. B. S. ; MORAIS, GUILHERME L. ; FEHLBERG, LORENA C. C. ; ALMEIDA, LUIZ G. P. ; CIAPINA, LUCIANE P. ; GALES, ANA C. ; VASCONCELOS, ANA T. R. . Intraclonal Genome Stability of the Metallo-β-lactamase SPM-1-producing Pseudomonas aeruginosa ST277, an Endemic Clone Disseminated in Brazilian Hospitals. Frontiers in Microbiology (Online), v. 7, p. 1946, 2016.

19.
CIBULSKI, SAMUEL PAULO2016CIBULSKI, SAMUEL PAULO ; SIQUEIRA, FRANCIELE MABONI ; TEIXEIRA, THAIS FUMACO ; MAYER, FABIANA QUOOS ; ALMEIDA, LUIZ GONZAGA ; ROEHE, PAULO MICHEL . Genome Sequence of Mycoplasma hyorhinis Isolated from Cell Cultures. Genome Announcements, v. 4, p. e01119-16, 2016.

20.
PEREIRA, MONALESSA FÁBIA2015PEREIRA, MONALESSA FÁBIA ; ROSSI, CIRO CÉSAR ; DE CARVALHO, FABÍOLA MARQUES ; de Almeida, Luiz Gonzaga Paula ; Souza, Rangel Celso ; DE VASCONCELOS, ANA TEREZA RIBEIRO ; BAZZOLLI, DENISE MARA SOARES . Draft Genome Sequences of Six Actinobacillus pleuropneumoniae Serotype 8 Brazilian Clinical Isolates: Insight into New Applications. Genome Announcements, v. 3, p. e01585-14, 2015.

21.
PEREIRA-NEVES, ANTONIO2015PEREIRA-NEVES, ANTONIO ; GONZAGA, LUIZ ; MENNA-BARRETO, RUBEM F. S. ; BENCHIMOL, MARLENE . Characterisation of 20S Proteasome in Tritrichomonas foetus and Its Role during the Cell Cycle and Transformation into Endoflagellar Form. Plos One, v. 10, p. e0129165, 2015.

22.
NICOLETTI, ADRIANA GIANNINI2015NICOLETTI, ADRIANA GIANNINI ; MARCONDES, MARCELO F. M. ; MARTINS, WILLAMES B. ; ALMEIDA, LUIZ G. P. ; Nicolás, Marisa F. ; VASCONCELOS, ANA T. R. ; OLIVEIRA, VITOR ; GALES, ANA CRISTINA . Characterization of BKC-1 class A carbapenemase from Klebsiella pneumoniae clinical isolates in Brazil. Antimicrobial Agents and Chemotherapy (Online), v. 59, p. AAC.00158-15, 2015.

23.
DELAMUTA, JAKELINE RENATA MARÇON2015DELAMUTA, JAKELINE RENATA MARÇON ; GOMES, DOUGLAS FABIANO ; RIBEIRO, RENAN AUGUSTO ; CHUEIRE, LIGIA MARIA OLIVEIRA ; SOUZA, RENATA CAROLINI ; ALMEIDA, LUIZ GONZAGA PAULA ; Vasconcelos, Ana Tereza Ribeiro ; HUNGRIA, Mariangela . Genome Sequence of Bradyrhizobium tropiciagri Strain CNPSo 1112 T , Isolated from a Root Nodule of Neonotonia wightii. Genome Announcements, v. 3, p. e01482-15, 2015.

24.
HELENE, LUISA CAROLINE FERRAZ2015HELENE, LUISA CAROLINE FERRAZ ; GOMES, DOUGLAS FABIANO ; DELAMUTA, JAKELINE RENATA MARÇON ; RIBEIRO, RENAN AUGUSTO ; SOUZA, RENATA CAROLINI ; ALMEIDA, LUIZ GONZAGA PAULA ; Vasconcelos, Ana Tereza Ribeiro ; HUNGRIA, Mariangela . Genome Sequence of Bradyrhizobium viridifuturi Strain SEMIA 690 T , a Nitrogen-Fixing Symbiont of Centrosema pubescens. Genome Announcements, v. 3, p. e01481-15, 2015.

25.
RAMOS, PABLO IVAN2014RAMOS, PABLO IVAN ; PICÃO, RENATA C ; ALMEIDA, LUIZ GONZAGA ; LIMA, NICHOLAS COSTA ; GIRARDELLO, RAQUEL ; VIVAN, ANA CAROLINA ; XAVIER, DANILO E ; Barcellos, Fernando G ; PELISSON, MARSILENI ; VESPERO, ELIANA C ; MÉDIGUE, CLAUDINE ; VASCONCELOS, ANA TEREZA ; GALES, ANA C ; Nicolás, Marisa F . Comparative analysis of the complete genome of KPC-2-producing Klebsiella pneumoniae Kp13 reveals remarkable genome plasticity and a wide repertoire of virulence and resistance mechanisms. BMC Genomics, v. 15, p. 54, 2014.

26.
GRISARD, E. C.2014GRISARD, E. C. ; TEIXEIRA, S. M. R. ; DE ALMEIDA, L. G. P. ; STOCO, P. H. ; Gerber, A. L. ; TALAVERA-LOPEZ, C. ; LIMA, O. C. ; ANDERSSON, B. ; de Vasconcelos, A. T. R. . Trypanosoma cruzi Clone Dm28c Draft Genome Sequence. Genome Announcements, v. 2, p. e01114-13-e01114-13, 2014.

27.
Morillo, Viviana2014Morillo, Viviana ; Abreu, Fernanda ; ARAUJO, ANA C. ; DE ALMEIDA, LUIZ G. P. ; ENRICH-PRAST, ALEX ; FARINA, MARCOS ; DE VASCONCELOS, ANA T. R. ; BAZYLINSKI, DENNIS A. ; Lins, Ulysses . Isolation, cultivation and genomic analysis of magnetosome biomineralization genes of a new genus of South-seeking magnetotactic cocci within the Alphaproteobacteria. Frontiers in Microbiology (Online), v. 5, p. 1/72-12, 2014.

28.
SALGADO, LEONARDO RIPPEL2014SALGADO, LEONARDO RIPPEL ; KOOP, DANIELA MARTINS ; PINHEIRO, DANIEL GUARIZ ; RIVALLAN, RONAN ; LE GUEN, VINCENT ; NICOLÁS, MARISA FABIANA ; de Almeida, Luiz Gonzaga ; ROCHA, VIVIANI RIBEIRO ; MAGALHÃES, MILENA ; GERBER, ALEXANDRA LEHMKUHL ; FIGUEIRA, ANTONIO ; CASCARDO, JÚLIO CÉZAR ; DE VASCONCELOS, ANATEREZA RIBEIRO ; SILVA, WILSON ARAÚJO ; COUTINHO, LUIZ LEHMANN ; GARCIA, DOMINIQUE . De novo transcriptome analysis of Hevea brasiliensis tissues by RNA-seq and screening for molecular markers. BMC Genomics, v. 15, p. 236, 2014.

29.
BERLAND, J.-L.2014BERLAND, J.-L. ; DE CARVALHO, F. M. ; DE ALMEIDA, L. G. P. ; BABLISHVILI, N. ; GAUTHIER, M. ; PARANHOS-BACCALA, G. ; de Vasconcelos, A. T. R. . Draft Genome Sequence of Mycobacterium tuberculosis Clinical Strain G-12-005. Genome Announcements, v. 2, p. e00385-14-e00385-14, 2014.

30.
SIQUEIRA, ARTHUR FERNANDES2014SIQUEIRA, ARTHUR FERNANDES ; ORMEÑO-ORRILLO, ERNESTO ; Souza, Rangel Celso ; RODRIGUES, ELISETE PAINS ; ALMEIDA, LUIZ GONZAGA ; BARCELLOS, FERNANDO GOMES ; BATISTA, JESIANE STEFÂNIA ; NAKATANI, ANDRE SHIGUEYOSHI ; MARTÍNEZ-ROMERO, ESPERANZA ; VASCONCELOS, ANA TEREZA ; Hungria, Mariangela . Comparative genomics of Bradyrhizobium japonicum CPAC 15 and Bradyrhizobium diazoefficiens CPAC 7: elite model strains for understanding symbiotic performance with soybean. BMC Genomics, v. 15, p. 420, 2014.

31.
AZEVEDO-MARTINS, A. C.2014AZEVEDO-MARTINS, A. C. ; MACHADO, A. C. L. ; KLEIN, C. C. ; CIAPINA, L. ; GONZAGA, L. ; VASCONCELOS, A. T. R. ; SAGOT, M. F. ; DE SOUZA, W. ; EINICKER-LAMAS, M. ; GALINA, A. ; MOTTA, M. C. M. . Mitochondrial respiration and genomic analysis provide insight into the influence of the symbiotic bacterium on host trypanosomatid oxygen consumption. Parasitology (Cambridge. Online), v. 1, p. 1-11, 2014.

32.
JUNGES, ÂNGELA2014JUNGES, ÂNGELA ; BOLDO, JULIANO TOMAZZONI ; SOUZA, BÁRBARA KUNZLER ; GUEDES, RAFAEL LUCAS MUNIZ ; SBARAINI, NICOLAU ; KMETZSCH, LÍVIA ; THOMPSON, CLAUDIA ELIZABETH ; STAATS, CHARLEY CHRISTIAN ; de Almeida, Luis Gonzaga Paula ; DE VASCONCELOS, ANA TEREZA RIBEIRO ; VAINSTEIN, MARILENE HENNING ; SCHRANK, AUGUSTO . Genomic Analyses and Transcriptional Profiles of the Glycoside Hydrolase Family 18 Genes of the Entomopathogenic Fungus Metarhizium anisopliae. Plos One, v. 9, p. e107864, 2014.

33.
STOCO, PATRÍCIA HERMES2014STOCO, PATRÍCIA HERMES WAGNER, GLAUBER TALAVERA-LOPEZ, CARLOS GERBER, ALEXANDRA ZAHA, ARNALDO THOMPSON, CLAUDIA ELIZABETH BARTHOLOMEU, DANIELLA CASTANHEIRA LÜCKEMEYER, DÉBORA DENARDIN BAHIA, DIANA LORETO, ELGION PRESTES, ELISA BEATRIZ LIMA, FÁBIO MITSUO RODRIGUES-LUIZ, GABRIELA VALLEJO, GUSTAVO ADOLFO FILHO, JOSÉ FRANCO DA SILVEIRA SCHENKMAN, SÉRGIO MONTEIRO, KARINA MARIANTE TYLER, KEVIN MORRIS ALMEIDA, LUIZ GONZAGA PAULA DE ORTIZ, MAURO FREITAS CHIURILLO, MIGUEL ANGEL MORAES, MILENE HÖEHR DE CUNHA, OBERDAN DE LIMA MENDONÇA-NETO, RONDON SILVA, Rosane , et al.TEIXEIRA, SANTUZA MARIA RIBEIRO MURTA, SILVANE MARIA FONSECA SINCERO, THAIS CRISTINE MARQUES MENDES, TIAGO ANTONIO DE OLIVEIRA URMENYI, TURÁN PETER SILVA, VIVIANE GRAZIELLE DAROCHA, WANDERSON DUARTE ANDERSSON, BJÖRN ROMANHA, ÁLVARO JOSÉ STEINDEL, MÁRIO VASCONCELOS, Ana Tereza Ribeiro de GRISARD, EDMUNDO CARLOS ; Genome of the Avirulent Human-Infective Trypanosome-Trypanosoma rangeli. PLoS Neglected Tropical Diseases (Online), v. 8, p. e3176, 2014.

34.
STAATS, CHARLEY CHRISTIAN2014STAATS, CHARLEY CHRISTIAN ; JUNGES, ÂNGELA ; GUEDES, RAFAEL LUCAS ; THOMPSON, CLAUDIA ELIZABETH ; DE MORAIS, GUILHERME LOSS ; BOLDO, JULIANO TOMAZZONI ; de Almeida, Luiz Gonzaga ; ANDREIS, FÁBIO CARRER ; GERBER, ALEXANDRA LEHMKUHL ; SBARAINI, NICOLAU ; DA PAIXÃO, RANA LOUISE ; BROETTO, LEONARDO ; LANDELL, MELISSA ; SANTI, LUCÉLIA ; DA SILVA, WALTER ORLANDO ; SILVEIRA, CAROLINA PEREIRA ; SERRANO, THAIANE RISPOLI ; DE OLIVEIRA, EDER SILVA ; KMETZSCH, LÍVIA ; VAINSTEIN, MARILENE HENNING ; DE VASCONCELOS, ANA TEREZA ; SCHRANK, AUGUSTO . Comparative genome analysis of entomopathogenic fungi reveals a complex set of secreted proteins. BMC Genomics, v. 15, p. 822, 2014.

35.
SIQUEIRA, FRANCIELE MABONI2014SIQUEIRA, FRANCIELE MABONI ; GERBER, ALEXANDRA LEHMKUHL ; GUEDES, RAFAEL LUCAS MUNIZ ; ALMEIDA, LUIZ GONZAGA ; SCHRANK, IRENE SILVEIRA ; Vasconcelos, Ana Tereza Ribeiro ; ZAHA, ARNALDO . Unravelling the Transcriptome Profile of the Swine Respiratory Tract Mycoplasmas. Plos One, v. 9, p. e110327, 2014.

36.
TEIXEIRA, MARCUS M2014TEIXEIRA, MARCUS M DE ALMEIDA, LUIZ GP KUBITSCHEK-BARREIRA, PAULA ALVES, FERNANDA L KIOSHIMA, ÉRIKA S ABADIO, ANA KR FERNANDES, LARISSA DERENGOWSKI, LORENA S FERREIRA, KAREN S SOUZA, RANGEL C RUIZ, JERONIMO C DE ANDRADE, NATHALIA C PAES, HUGO C NICOLA, ANDRÉ M ALBUQUERQUE, PATRÍCIA GERBER, ALEXANDRA L MARTINS, VICENTE P PECONICK, LUISA DF NETO, ALAN VIGGIANO CHAUCANEZ, CLAUDIA B SILVA, PATRÍCIA A CUNHA, OBERDAN L DE OLIVEIRA, FABIANA FM DOS SANTOS, TAYNÁ C BARROS, AMANDA LN , et al.SOARES, MARCO A DE OLIVEIRA, LUCIANA M MARINI, MARJORIE M VILLALOBOS-DUNO, HÉCTOR CUNHA, MARCEL ML DE HOOG, SYBREN DA SILVEIRA, JOSÉ F HENRISSAT, BERNARD NIÑO-VEGA, GUSTAVO A CISALPINO, PATRÍCIA S MORA-MONTES, HÉCTOR M ALMEIDA, SANDRO R STAJICH, JASON E LOPES-BEZERRA, LEILA M Vasconcelos, Ana TR FELIPE, MARIA SS ; Comparative genomics of the major fungal agents of human and animal Sporotrichosis: Sporothrix schenckii and Sporothrix brasiliensis. BMC Genomics, v. 15, p. 943, 2014.

37.
TEIXEIRA, M. D. M.2014TEIXEIRA, M. D. M. ; RODRIGUES, A. M. ; TSUI, C. K. M. ; DE ALMEIDA, L. G. P. ; VAN DIEPENINGEN, A. D. ; GERRITS VAN DEN ENDE, B. ; FERNANDES, G. F. ; KANO, R. ; HAMELIN, R. C. ; LOPES-BEZERRA, L. M. ; RIBEIRO VASCONCELOS, A. T. ; DE HOOG, S. ; DE CAMARGO, Z. P. ; FELIPE, M. S. S. . 'Asexual propagation of a virulent clone complex in human and feline outbreak of sporotrichosis'. Eukaryotic Cell (Online), v. 1, p. 1, 2014.

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DA FONSECA, PAULO GS2013DA FONSECA, PAULO GS ; PAIVA, JORGE AP ; ALMEIDA, L. G. ; VASCONCELOS, A. T. R. ; Vasconcelos, Ana TR ; Freitas, Ana T . Empirical assessment of sequencing errors for high throughput pyrosequencing data. BMC Research Notes, v. 6, p. 25, 2013.

39.
SIQUEIRA, FRANCIELE MABONI2013SIQUEIRA, FRANCIELE MABONI ; THOMPSON, CLAUDIA ELIZABETH ; VIRGINIO, VERIDIANA GOMES ; GONCHOROSKI, TAYLOR ; REOLON, LUCIANO ; ALMEIDA, LUIZ GONZAGA ; DA FONSÊCA, MARBELLA MARIA ; DE SOUZA, RANGEL ; PROSDOCIMI, FRANCISCO ; SCHRANK, IRENE SILVEIRA ; FERREIRA, HENRIQUE BUNSELMEYER ; DE VASCONCELOS, ANA TEREZA ; ZAHA, ARNALDO . New insights on the biology of swine respiratory tract mycoplasmas from a comparative genome analysis. BMC Genomics, v. 14, p. 175, 2013.

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LEFÈVRE, CHRISTOPHER T.2013LEFÈVRE, CHRISTOPHER T. ; TRUBITSYN, DENIS ; Abreu, Fernanda ; KOLINKO, SEBASTIAN ; de Almeida, Luiz Gonzaga Paula ; DE VASCONCELOS, ANA TEREZA R. ; Lins, Ulysses ; SCHÜLER, DIRK ; GINET, NICOLAS ; PIGNOL, DAVID ; BAZYLINSKI, DENNIS A. . Monophyletic Origin of Magnetotaxis and the First Magnetosomes. Environmental Microbiology (Print), v. 15, p. 2267-2274, 2013.

41.
MARINOTTI, O.2013MARINOTTI, O. CERQUEIRA, G. C. DE ALMEIDA, L. G. P. FERRO, M. I. T. LORETO, E. L. D. S. ZAHA, A. TEIXEIRA, S. M. R. WESPISER, A. R. ALMEIDA E SILVA, A. SCHLINDWEIN, A. D. PACHECO, A. C. L. DA SILVA, A. L. D. C. GRAVELEY, B. R. WALENZ, B. P. DE ARAUJO LIMA, B. RIBEIRO, C. A. G. NUNES-SILVA, C. G. DE CARVALHO, C. R. DE ALMEIDA SOARES, C. M. DE MENEZES, C. B. A. MATIOLLI, C. CAFFREY, D. ARAUJO, D. A. M. DE OLIVEIRA, D. M. GOLENBOCK, D. , et al.GRISARD, E. C. FANTINATTI-GARBOGGINI, F. DE CARVALHO, F. M. BARCELLOS, F. G. PROSDOCIMI, F. MAY, G. DE AZEVEDO, G. M. GUIMARAES, G. M. GOLDMAN, G. H. PADILHA, I. Q. M. BATISTA, J. D. S. FERRO, J. A. RIBEIRO, J. M. C. FIETTO, J. L. R. DABBAS, K. M. CERDEIRA, L. AGNEZ-LIMA, L. F. BROCCHI, M. DE CARVALHO, M. O. TEIXEIRA, M. D. M. DE MASCENA DINIZ MAIA, M. GOLDMAN, M. H. S. CRUZ SCHNEIDER, M. P. FELIPE, M. S. S. HUNGRIA, M. Nicolas, M. F. PEREIRA, M. MONTES, M. A. CANTAO, M. E. VINCENTZ, M. RAFAEL, M. S. SILVERMAN, N. STOCO, P. H. SOUZA, R. C. VICENTINI, R. GAZZINELLI, R. T. NEVES, R. D. O. SILVA, R. ASTOLFI-FILHO, S. MACIEL, T. E. F. URMENYI, T. P. TADEI, W. P. CAMARGO, E. P. de Vasconcelos, A. T. R. ; The Genome of Anopheles darlingi, the main neotropical malaria vector. Nucleic Acids Research (Online), v. 2013, p. /nar.gkt484.ful, 2013.

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COSTA, M. O. C.2013COSTA, M. O. C. ; BELTRAME, C. O. ; FERREIRA, F. A. ; BOTELHO, A. M. N. ; LIMA, N. C. B. ; SOUZA, R. C. ; DE ALMEIDA, L. G. P. ; VASCONCELOS, A. T. R. ; Nicolas, M. F. ; FIGUEIREDO, A. M. S. . Complete Genome Sequence of a Variant of the Methicillin-Resistant Staphylococcus aureus ST239 Lineage, Strain BMB9393, Displaying Superior Ability To Accumulate ica-Independent Biofilm. Genome Announcements, v. 1, p. e00576-13-e00576-13, 2013.

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LEFÈVRE, CHRISTOPHER T.2013LEFÈVRE, CHRISTOPHER T. ; TRUBITSYN, DENIS ; Abreu, Fernanda ; KOLINKO, SEBASTIAN ; JOGLER, CHRISTIAN ; de Almeida, Luiz Gonzaga Paula ; DE VASCONCELOS, ANA TEREZA R. ; KUBE, MICHAEL ; REINHARDT, RICHARD ; Lins, Ulysses ; PIGNOL, DAVID ; SCHÜLER, DIRK ; BAZYLINSKI, DENNIS A. ; GINET, NICOLAS . Comparative Genomic Analysis of Magnetotactic Bacteria from the Deltaproteobacteria Provides New Insights into Magnetite and Greigite Magnetosome Genes Required for Magnetotaxis. Environmental Microbiology (Print), v. 15, p. 2712-2735, 2013.

44.
ROSA, I.2013ROSA, I. ; CARUSO, M. B. ; RODRIGUES, S. P. ; GERALDO, R. B. ; KIST, L. W. ; BOGO, M. R. ; ALMEIDA, L. G. P. ; VASCONCELOS, A. T. ; MORGADO-DIAZ, J. A. ; ZINGALI, R. B. ; BENCHIMOL, M. . New insights on the Golgi complex of Tritrichomonas foetus. Parasitology (London. Print), v. 1, p. 1-13, 2013.

45.
Abreu, Fernanda2013Abreu, Fernanda ; Morillo, Viviana ; NASCIMENTO, FABRÍCIA F ; WERNECK, CLARISSA ; CANTÃO, MAURICIO EGIDIO ; CIAPINA, LUCIANE PRIOLI ; de Almeida, Luiz Gonzaga Paula ; Lefèvre, Christopher T ; Bazylinski, Dennis A ; DE VASCONCELOS, ANA TEREZA RIBEIRO ; Lins, Ulysses . Deciphering unusual uncultured magnetotactic multicellular prokaryotes through genomics. The ISME Journal (Print), v. 7, p. sn-sn, 2013.

46.
MOTTA, MARIA CRISTINA MACHADO2013MOTTA, MARIA CRISTINA MACHADO SILVA, Rosane MARTINS, ALLAN CEZAR DE AZEVEDO DE SOUZA, SILVANA SANT?ANNA CATTA-PRETA, CAROLINA MOURA COSTA KLEIN, CECILIA COIMBRA ALMEIDA, L. G. DE LIMA CUNHA, OBERDAN CIAPINA, LUCIANE PRIOLI BROCCHI, MARCELO COLABARDINI, ANA CRISTINA DE ARAUJO LIMA, BRUNA MACHADO, CARLOS RENATO DE ALMEIDA SOARES, CÉLIA MARIA PROBST, CHRISTIAN MACAGNAN DE MENEZES, CLAUDIA BEATRIZ AFONSO THOMPSON, CLAUDIA ELIZABETH BARTHOLOMEU, DANIELLA CASTANHEIRA GRADIA, DANIELA FIORI PAVONI, DANIELA PARADA GRISARD, EDMUNDO C. FANTINATTI-GARBOGGINI, FABIANA MARCHINI, FABRICIO KLERYNTON RODRIGUES-LUIZ, GABRIELA FLÁVIA WAGNER, GLAUBER , et al.GOLDMAN, GUSTAVO HENRIQUE FIETTO, JULIANA LOPES RANGEL ELIAS, MARIA CAROLINA GOLDMAN, MARIA HELENA S. SAGOT, MARIE-FRANCE PEREIRA, MARISTELA STOCO, PATRÍCIA H. DE MENDONÇA-NETO, RONDON PESSOA TEIXEIRA, SANTUZA MARIA RIBEIRO MACIEL, TALLES EDUARDO FERREIRA DE OLIVEIRA MENDES, TIAGO ANTÔNIO Ürményi, Turán P. de Souza, Wanderley SCHENKMAN, SERGIO DE VASCONCELOS, ANA TEREZA RIBEIRO ; Predicting the Proteins of Angomonas deanei, Strigomonas culicis and Their Respective Endosymbionts Reveals New Aspects of the Trypanosomatidae Family. Plos One, v. 8, p. e60209-e60229, 2013.

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Varani, Alessandro M.2012Varani, Alessandro M. ; Monteiro-Vitorello, Claudia B. ; Almeida, Luiz G.P. de ; Souza, Rangel C. ; Cunha, Oberdan L. ; Lima, Wanessa C. ; Civerolo, Edwin ; Sluys, Marie-Anne Van ; Vasconcelos, Ana T.R. . Xylella fastidiosa comparative genomic database is an information resource to explore the annotation, genomic features, and biology of different strains. Genetics and Molecular Biology (Impresso), v. 35, p. 149-152, 2012.

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Rabello, Michelle Christiane da Silva2012Rabello, Michelle Christiane da Silva ; Matsumoto, Cristianne Kayoko ; de Almeida, Luiz Gonzaga Paula ; Menendez, Maria Carmen ; de Oliveira, Rosangela Siqueira ; Silva, Rosa Maria ; Garcia, Maria Jesus ; Leão, Sylvia Cardoso . First Description of Natural and Experimental Conjugation between Mycobacteria Mediated by a Linear Plasmid. Plos One, v. 7, p. e29884, 2012.

49.
Pablo I.P Ramos2012Pablo I.P Ramos ; Renata C Picão ; Eliana C Vespero ; Marsileni Pelisson ; ZULETA, L. F. G. ; ALMEIDA, L. G. ; Alexandra L. Gerber ; VASCONCELOS, A. T. R. ; GALES, A. C. ; Nicolás, Marisa F . Pyrosequencing-based analysis reveals a novel capsular gene cluster in a KPC-producing Klebsiella pneumoniae clinical isolate identified in Brazil. BMC Microbiology (Online), v. 12, p. 173, 2012.

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DE OLIVEIRA CUNHA, C.2012DE OLIVEIRA CUNHA, C. ; GODA ZULETA, L. F. ; PAULA DE ALMEIDA, L. G. ; PRIOLI CIAPINA, L. ; LUSTRINO BORGES, W. ; PITARD, R. M. ; BALDANI, J. I. ; STRALIOTTO, R. ; DE FARIA, S. M. ; HUNGRIA, M. ; SOUSA CAVADA, B. ; MERCANTE, F. M. ; RIBEIRO DE VASCONCELOS, A. T. . Complete Genome Sequence of Burkholderia phenoliruptrix BR3459a (CLA1), a Heat-Tolerant, Nitrogen-Fixing Symbiont of Mimosa flocculosa. Journal of Bacteriology (Print), v. 194, p. 6675-6676, 2012.

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ORMEÑO-ORRILLO, ERNESTO2012ORMEÑO-ORRILLO, ERNESTO ; Menna, Pâmela ; ALMEIDA, LUIZ GONZAGA ; OLLERO, FRANCISCO JAVIER ; NICOLÁS, MARISA FABIANA ; PAINS RODRIGUES, ELISETE ; SHIGUEYOSHI NAKATANI, ANDRE ; SILVA BATISTA, JESIANE STEFÂNIA ; OLIVEIRA CHUEIRE, LIGIA MARIA ; Souza, Rangel Celso ; RIBEIRO VASCONCELOS, ANA TEREZA ; Megías, Manuel ; Hungria, Mariangela ; MARTÍNEZ-ROMERO, ESPERANZA . Genomic basis of broad host range and environmental adaptability of Rhizobium tropici CIAT 899 and Rhizobium sp. PRF 81 which are used in inoculants for common bean (Phaseolus vulgaris L.). BMC Genomics, v. 13, p. 735, 2012.

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Abreu, Fernanda2011Abreu, Fernanda ; Cantão, Mauricio E ; Nicolás, Marisa F ; Barcellos, Fernando G ; Morillo, Viviana ; Almeida, Luiz GP ; do Nascimento, Fabrícia F ; Lefèvre, Christopher T ; Bazylinski, Dennis A ; R de Vasconcelos, Ana Tereza ; Lins, Ulysses . Common ancestry of iron oxide- and iron-sulfide-based biomineralization in magnetotactic bacteria. The ISME Journal (Print), v. 35, p. 1-10, 2011.

53.
Galante, P. A. F.2011Galante, P. A. F. Parmigiani, R. B. Zhao, Q. Caballero, O. L. de Souza, J. E. Navarro, F. C. P. Gerber, A. L. Nicolas, M. F. SALIM, A. C. M. Silva, A. P. M. Edsall, L. Devalle, S. Almeida, L. G. Ye, Z. Kuan, S. Pinheiro, D. G. Tojal, I. Pedigoni, R. G. de Sousa, R. G. M. A. Oliveira, T. Y. K. de Paula, M. G. Ohno-Machado, L. Kirkness, E. F. Levy, S. da Silva, W. A. , et al.VASCONCELOS, A. T. R. Ren, B. Zago, M. A. Strausberg, R. L. SIMPSON, A. J. G. de Souza, S. J. Camargo, A. A. ; Distinct patterns of somatic alterations in a lymphoblastoid and a tumor genome derived from the same individual. Nucleic Acids Research, v. 35, p. 13, 2011.

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Sant'Anna, Fernando H2011Sant'Anna, Fernando H ; ALMEIDA, L. G. ; Cecagno, Ricardo ; Reolon, Luciano A ; Siqueira, Franciele M ; Machado, Maicon RS ; VASCONCELOS, A. T. R. ; Vasconcelos, Ana TR ; Schrank, Irene S . Genomic insights into the versatility of the plant growth-promoting bacterium Azospirillum amazonense. BMC Genomics, v. 12, p. 409, 2011.

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GOLBERT, D. C. F.2010GOLBERT, D. C. F. ; Linhares-Lacerda, L. ; ALMEIDA, L. G. ; Correa-de-Santana, E. ; de Oliveira, A. R. ; Mundstein, A. S. ; SAVINO, W. ; de Vasconcelos, A. T. R. . Laminin database: a tool to retrieve high-throughput and curated data for studies on laminins. Nucleic Acids Research, p. 1-4, 2010.

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ALMEIDA, L. G.;Almeida, L. G.;Almeida, Luiz GP;Almeida, L. G. P.;Almeida, Luiz G.P. de;de Almeida, Luiz Gonzaga Paula;PAULA DE ALMEIDA, L. G.;ALMEIDA, LUIZ GONZAGA;Luiz Gonzaga Almeida;ALMEIDA, LUIZ G. P.;DE ALMEIDA, L. G. P.;DE ALMEIDA, LUIZ G. P.;Luiz Gonzaga de Almeida;de Almeida, Luiz Gonzaga;GONZAGA, L.;Luis Gonzaga Paula de Almeida;de Almeida, Luis Gonzaga Paula;ALMEIDA, LUIZ GONZAGA PAULA DE;DE ALMEIDA, LUIZ GP;GONZAGA, LUIZ;ALMEIDA, LUIZ GONZAGA PAULA;DE ALMEIDA, LUIZ G.;Almeida, Luiz Gonzaga de;ALMEIDA, LUIZ GONZAGA DE PAULA;ALMEIDA, LUIZ GONZAGA P.2009ALMEIDA, L. G.; SAKABE, N. J. ; deOliveira, A. R. ; SILVA, M. C. C. ; MUNDSTEIN, A. S. ; Cohen, T. ; Chen, Y.-T. ; Chua, R. ; Gurung, S. ; Gnjatic, S. ; Jungbluth, A. A. ; Caballero, O. L. ; Bairoch, A. ; Kiesler, E. ; White, S. L. ; SIMPSON, A. J. G. ; Old, L. J. ; Camargo, A. A. ; VASCONCELOS, A. T. R. . CTdatabase: a knowledge-base of high-throughput and curated data on cancer-testis antigens. Nucleic Acids Research, v. 37, p. D816-D819, 2009.

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Pinto, Fabiana G. S.2009Pinto, Fabiana G. S. ; Chueire, Ligia M. O. ; Vasconcelos, Ana Tereza R. ; Nicolás, Marisa F. ; Almeida, Luiz G. P. ; Souza, Rangel C. ; Menna, Pâmela ; Barcellos, Fernando G. ; Megías, Manuel ; Hungria, Mariangela ; Almeida, L. G. . Novel genes related to nodulation, secretion systems, and surface structures revealed by a genome draft of Rhizobium tropici strain PRF 81. Functional & Integrative Genomics, v. 9, p. 263-270, 2009.

58.
de Mello Varani, Alessandro2008de Mello Varani, Alessandro ; Souza, Rangel Celso ; Nakaya, Helder I. ; de Lima, Wanessa Cristina ; Paula de Almeida, Luiz Gonzaga ; Kitajima, Elliot Watanabe ; Chen, Jianchi ; Civerolo, Edwin ; Vasconcelos, Ana Tereza Ribeiro ; Van Sluys, Marie-Anne ; Almeida, L. G. . Origins of the Xylella fastidiosa Prophage-Like Regions and Their Impact in Genome Differentiation, v. 3, p. e4059, 2008.

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VASCONCELOS, Ana Tereza Ribeiro de2005 ALMEIDA, L. G.; VASCONCELOS, Ana Tereza Ribeiro de ; SOUZA, R. C. ; PAIXÃO, R. F. C. ; BRASILEIRO, Rede Genoma ; SUL, R. G. ; ZAHA, A. . Swine and Poultry Pathogens: the Complete Genome Sequences of Two Strains of Mycoplasma hyopneumoniae and a Strain of Mycoplasma synoviae. Journal of Bacteriology (Print), v. 187, n.16, p. 5568-5577, 2005.

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ALMEIDA, L. G.;Almeida, L. G.;Almeida, Luiz GP;Almeida, L. G. P.;Almeida, Luiz G.P. de;de Almeida, Luiz Gonzaga Paula;PAULA DE ALMEIDA, L. G.;ALMEIDA, LUIZ GONZAGA;Luiz Gonzaga Almeida;ALMEIDA, LUIZ G. P.;DE ALMEIDA, L. G. P.;DE ALMEIDA, LUIZ G. P.;Luiz Gonzaga de Almeida;de Almeida, Luiz Gonzaga;GONZAGA, L.;Luis Gonzaga Paula de Almeida;de Almeida, Luis Gonzaga Paula;ALMEIDA, LUIZ GONZAGA PAULA DE;DE ALMEIDA, LUIZ GP;GONZAGA, LUIZ;ALMEIDA, LUIZ GONZAGA PAULA;DE ALMEIDA, LUIZ G.;Almeida, Luiz Gonzaga de;ALMEIDA, LUIZ GONZAGA DE PAULA;ALMEIDA, LUIZ GONZAGA P.2004ALMEIDA, L. G.; PAIXÃO, R. F. C. ; SOUZA, R. C. ; COSTA, G. C. ; ALMEIDA, D. F. ; VASCONCELOS, Ana Tereza Ribeiro de . A New Set of Bioinformatics Tools for Genome Projects. Genetics and molecular research. Genetics and Molecular Research, Brasil, v. 3, n.1, p. 26-52, 2004.

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CARRARO, D. M.2004CARRARO, D. M. ; CAMARGO, A. ; SALIM, A. C. M. ; ALMEIDA, L. G. ; COSTA, G. C. ; VASCONCELOS, Ana Tereza Ribeiro de ; SIMPSON, A. J. G. . Closure of rRNA related gaps in the Chromobacterium violaceum Genome with the PCR Assisted Contig Extension (PACE) Protocol. Genetics and Molecular Biology, Brazil, v. 3, n.1, p. 53-63, 2004.

62.
ALMEIDA, L. G.;Almeida, L. G.;Almeida, Luiz GP;Almeida, L. G. P.;Almeida, Luiz G.P. de;de Almeida, Luiz Gonzaga Paula;PAULA DE ALMEIDA, L. G.;ALMEIDA, LUIZ GONZAGA;Luiz Gonzaga Almeida;ALMEIDA, LUIZ G. P.;DE ALMEIDA, L. G. P.;DE ALMEIDA, LUIZ G. P.;Luiz Gonzaga de Almeida;de Almeida, Luiz Gonzaga;GONZAGA, L.;Luis Gonzaga Paula de Almeida;de Almeida, Luis Gonzaga Paula;ALMEIDA, LUIZ GONZAGA PAULA DE;DE ALMEIDA, LUIZ GP;GONZAGA, LUIZ;ALMEIDA, LUIZ GONZAGA PAULA;DE ALMEIDA, LUIZ G.;Almeida, Luiz Gonzaga de;ALMEIDA, LUIZ GONZAGA DE PAULA;ALMEIDA, LUIZ GONZAGA P.2004 ALMEIDA, L. G.; PAIXÃO, R. F. C. ; SOUZA, R. C. ; COSTA, G. C. ; BARRIENTOS, F. J. A. ; SANTOS, M. T. ; ALMEIDA, D. F. ; VASCONCELOS, Ana Tereza Ribeiro de . A System for Automated Bacterial (genome) Integrated Annotation--SABIA. Bioinformatics (Oxford. Print), Grã-Bretanha, v. 20, p. 2832-2833, 2004.

63.
VASCONCELOS, Ana Tereza Ribeiro de2003VASCONCELOS, Ana Tereza Ribeiro de ALMEIDA, Darcy F. de HUNGRIA, Mariangela GUIMARÃES, Claudia Teixeira ANTÔNIO, Regina Vasconcellos ALMEIDA, Francisca Cunha ALMEIDA, L. G. ALMEIDA, Rosana de ALVES-GOMES, José Antonio ANDRADE, Elizabeth Mazoni ARARIPE, Julia ARAÚJO, Magnólia Fernandes Florêncio de ASTOLFI-FILHO, Spartaco AZEVEDO, Vasco BAPTISTA, Alessandra Jorge BATAUS, Luiz Artur Mendes BATISTA, Jacqueline da Silva BELÓ, André BERG, Cássio Van Den BOGO, Maurício BONATTO, Sandro BORDIGNON, Juliano BRIGIDO, Marcelo Macedo BRITO, Cristiana Alves BROCCHI, Marcelo , et al.BURITY, Helio Almeida CAMARGO, Anamaria Aranha CARDOSO, Divina das Dores de Paula CARNEIRO, Newton Portilho CARRARO, Dirce Maria CARVALHO, Cláudia Márcia Benedetto CASCARDO, Júlio Cézar de Mattos CAVADA, Benildo Sousa CHUEIRE, Ligia Maria O. CRECZYNSKI-PASA, Tânia Beatriz CUNHA-JUNIOR, Nivaldo Costa da FAGUNDES, Nelson FALCÃO, Clarissa Lima FANTINATTI, Fabiana FARIAS, Izeni Pires FELIPE, Maria Sueli Soares FERRARI, Lilian Pereira FERRO, Jesus Aparecido FERRO, Maria Inês Tiraboschi FRANCO, Gloria Regina FREITAS, Nara Suzy Aguiar de FURLAN, Luiz Roberto GAZZINELLI, Ricardo Tostes GOMES, Eliane Aparecida GONÇALVES, Pablo Rodrigues GRANGEIRO, Thalles Barbosa GRATTAPAGLIA, Dario GRISARD, Edmundo Carlos HANNA, Ebert Seixas JARDIM, Sílvia Neto LAURINO, Jomar LEOI, Lélia Cristina Tenório LIMA, Lucymara Fassarella Agnez LOUREIRO, Maria de Fatima LYRA, Maria Do Carmo Catanho Pereira de MADEIRA, Humberto Maciel França MANFIO, Gilson Paulo MARANHÃO, Andrea Queiroz MARTINS, Wellington Santos MAURO, Sônia Marli Zingaretti Di MEDEIROS, Silvia Regina Batistuzzo de MEISSNER, Rosely de Vasconcellos MOREIRA, Miguel Angelo Martins NASCIMENTO, Fabrícia Ferreira Do NICOLÁS, Marisa Fabiana OLIVEIRA, Jaquelline Germano OLIVEIRA, Sergio Costa PAIXÃO, Roger Ferreira Cury PARENTE, Juliana Alves PEDROSA, Fabio de Oliveira PENA, Sergio Danilo Junho PEREIRA, José Odair PEREIRA, Maristela PINTO, Luciana Santos Rodrigues Costa PINTO, Luciano da Silva PORTO, Jorge Ivan Rebelo POTRICH, Deise Porto RAMALHO-NETO, Cicero Eduardo REIS,, Alessandra Maria Moreira RIGO, Liu Um RONDINELLI, Edson SANTOS, Elen Bethleen Pedraça Do SANTOS, Fabrício R. SCHNEIDER, Maria Paula Cruz SEUANEZ, Hector N. SILVA, Ana Maria Rodrigues SILVA, Artur Luiz da Costa da SILVA, Denise Wanderlei SILVA, Rosane SIMÕES, Isabella de Carmo SIMON, Daniel SOARES, Célia Maria de Almeida SOARES, Renata de Bastos Ascenço SOUZA, Emanuel Maltempi SOUZA, Kelly Rose Lobo de SOUZA, Rangel Celso STEFFENS, Maria Berenice Reynaud STEINDEL, Mário TEIXEIRA, Santuza Ribeiro URMENYI, Turan VETTORE, André WASSEM, Roseli ZAHA, Arnaldo SIMPSON, Andrew John George ; The complete genome sequence of Chromobacterium violaceum reveals remarkable and exploitable bacterial adaptability. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, USA, v. 100, n.20, p. 11660-11665, 2003.

Capítulos de livros publicados
1.
ALMEIDA, L. G.; VASCONCELOS, Ana Tereza Ribeiro de ; Grivet MA . A Simple and Fast Term Selection Procedure for Text Clustering. In: Nadia Nedjah, Luiza de Macedo Mourelle, Janusz Kacprzyk, Felipe Maia Galvão França, Alberto Ferreira de Souza. (Org.). Intelligent Text Categorization and Clustering. Berlim: Springer, 2009, v. 164, p. 47-64.

Trabalhos completos publicados em anais de congressos
1.
ALMEIDA, L. G.; Grivet MA ; VASCONCELOS, A. T. R. . A Simple and Fast Term Selection Procedure for Text Clustering. In: International Conference on Intelligent Systems Design and Applications (ISDA), 2007, Rio de Janeiro. Proceedings of ISDA'2007, 2007.

Resumos expandidos publicados em anais de congressos
1.
Hungria, Mariangela ; Barcellos, Fernando G. ; Almeida, L. G. P. ; Nicolas, M. F. ; VASCONCELOS, A. T. R. . Seqüenciamento do plasmídeo simbiótico da estirpe CFN 299 de Rhizobium tropici. In: Jornadas Académicas da EMBRAPA Soja, 2006, Londrina. Jornadas Académicas da EMBRAPA Soja, 2006.

2.
Hungria, Mariangela ; Nicolas, M. F. ; Almeida, L. G. P. ; VASCONCELOS, A. T. R. . Panorama genômico de Rhizobium tropici estirpe PRF 81 (SEMIA 4080). In: Jornadas Académicas da EMBRAPA Soja, 2005, Londrina. Jornadas Académicas da EMBRAPA Soja, 2005.

3.
Hungria, Mariangela ; ALMEIDA, L. G. ; Barcellos, Fernando G ; Nicolas, M. F. ; VASCONCELOS, A. T. R. . Panorama genômico da estirpe de Bradyrhizobium japonicum CPAC 15, recomendada para o uso em inoculantes comerciais para a cultura da soja. In: Jornadas Académicas da EMBRAPA Soja, 2005, Londrina. Jornadas Académicas da EMBRAPA Soja, 2005.

Resumos publicados em anais de congressos
1.
MATOS, A. P. ; CAYO, R. ; Almeida, L. G. P. ; MARTINS, W. ; STRELING, A. P. ; GERBER, ALEXANDRA ; VASCONCELOS, A. T. R. ; GALES, A. C. . Novel genetic environment of blaOXA-143 related to a composite transposon carried by GR6 replicon type plasmid in Acinetobacter baumannii (Acb) strain in Brazil. In: European Congress of Clinical Microbiology and Infectious Diseases, 2017, Vienna. ECCMID 2017, 2017.

2.
NOGUEIRA, C. L. ; ALMEIDA, L. G. P. ; SILVA, E. C. ; CNOCKAERT, M. ; PALOMINO, J. C. ; MARTIN, A. ; VANDAMME, P. ; LEAO, S. C. . Genomic variability of Mycobacterium chelonae. In: 37th Annual Congress of the European Society of Mycobacteriology, 2016, Catania. Scientific Program including Abstracts, 2016. v. 1.

3.
MACHADO, G. E. ; ALMEIDA, L. G. P. ; RABELLO, M. C. S. ; LEAO, S. C. . pMA100, a conjugative plasmid of Mycobacterium avium, belongs to a family of plasmids with a novel conjugative mechanism. In: 37th Annual Congress of the European Society of Mycobacteriology, 2016, Catania. Scientific Program including Abstracts, 2016. v. 1.

4.
NICOLETTI, A. ; ALMEIDA, L. G. P. ; Nicolás, Marisa F ; Vasconcelos, Ana Tereza Ribeiro ; GALES, A. C. . Characterization of a New Class A Carbapenemase Isolated from Klebsiella pneumoniae (KPN) Clinical Isolates. In: 53th Interscience Conference on Antimicrobial Agents and Chemotherapy, 2013, Denver. 53th Interscience Conference on Antimicrobial Agents and Chemotherapy, 2013.

5.
Costa, N ; ALMEIDA, L. G. ; Nicolas, M. F. . Bioinformatics Approach for Detection of Single Nucleotide Polymorphisms in Klebsiella pneumoniae KP13 draft genome sequence. In: The 1st International Conference on Bioinformatics SoIBio, 2010, Termas de Chillan. The 1st International Conference on Bioinformatics SoIBio, 2010.

6.
Costa, N ; Almeida, L. G. P. ; VASCONCELOS, A. T. R. ; Nicolas, M. F. . SNPS ANALYSIS AND VIRULENCE CORRELATION IN KLEBSIELLA PNEUMONIAE KP13 DRAFT GENOME SEQUENCE. In: 6th INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 2010, Ouro Preto. 6th INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 2010.

7.
Nicolas, M. F. ; ALMEIDA, L. G. ; VASCONCELOS, A. T. R. ; GARCIA, D. . Pirosequenciamento do transcriptoma da seringueira. In: II Congresso brasileiro sobre heveicultura, 2010. II Congresso brasileiro sobre heveicultura, 2010.

8.
Nicolas, M. F. ; Barcellos, Fernando G ; ALMEIDA, L. G. ; VASCONCELOS, A. T. R. . Progress on the High-Throughput Sequencing Projects at Brazilian Bioinformatics Laboratory. In: Exploring Next-Generation Sequencing, 2009. Exploring Next-Generation Sequencing, 2009.

9.
SILVA, M. C. C. ; OLIVEIRA, A. R. ; ALMEIDA, L. G. ; MUNDSTEIN, A. S. ; SAKABE, N. J. ; SIMPSON, A. J. G. ; Old, L. ; CAMARGO, A. ; VASCONCELOS, A. T. R. . Development of a Cancer Testis (CT) Antigen Database. In: 3rd International Conference of the AB3C, 2007, São Paulo. Proceedings of the 3rd International Conference of the AB3C, 2007.

10.
PASCHOAL, A. R. ; ZERILLO, M. M. ; ALMEIDA, L. G. ; CUNHA, O. L. ; VASCONCELOS, A. T. R. ; VITORELLO, C. B. M. . GINGA - Graphical INterface for comparative Genome Analysis. In: 14th Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology - ISMB, 2006, Fortaleza. Poster Session ISMB2006.

11.
ALMEIDA, L. G.; SOUZA, R. C. ; PAIXÃO, R. F. C. ; VASCONCELOS, Ana Tereza Ribeiro de . A system for integrating bioinformatics tools, text mining and databases for cancer research. In: 1st International Conference of the Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional, 2005, Caxambu. Anais da 1st International Conference of the AB3C, 2005.

12.
PASCHOAL, A. R. ; ALMEIDA, L. G. ; CUNHA, O. L. ; SANTOS, M. T. ; VASCONCELOS, Ana Tereza Ribeiro de ; VITORELLO, C. B. M. . Building a system to guide the genome sequencing of Leifsonia xyli subsp. cynodontis. In: 1st International Conference of the Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional, 2005, Caxambu. Anais da 1st International Conference of the AB3C, 2005.

13.
PAIXÃO, R. F. C. ; CUNHA, O. L. ; SILVA, R. C. ; ALMEIDA, L. G. ; SOUZA, R. C. ; VITORELLO, C. B. M. ; VASCONCELOS, Ana Tereza Ribeiro de . SABIÁ EST ? A new tool for assembly and annotation of eukaryotic ESTs. In: 1st International Conference of the Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional, 2005, Caxambu. Anais da 1st International Conference of the AB3C, 2005.

14.
ZERILLO, M. M. ; PASCHOAL, A. R. ; ALMEIDA, L. G. ; SOUZA, R. C. ; VASCONCELOS, Ana Tereza Ribeiro de ; CAMARGO, L. E. A. ; SLUYS, M. V. ; VITORELLO, C. B. M. . Understanting genome architecture and gene content of Leifsonia xyli subsp. cynodontis. In: 1st International Conference of the Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional, 2005, Caxambu. Anais da 1st International Conference of the AB3C, 2005.

15.
VITORELLO, C. B. M. ; CAMARGO, L. E. A. ; ZERILLO, M. M. ; SLUYS, M. V. ; ALMEIDA, L. G. ; COSTA, G. C. ; VASCONCELOS, Ana Tereza Ribeiro de . An alternative sequencing approach guided by bioinformatics pipelines for microbial comparative genomics. In: International Conference on Bioinformatics and Computational Biology (ICOBICOBI), 2004, Angra dos Reis. Anais do II ICOBICOBI, 2004.

16.
ALMEIDA, L. G.; VASCONCELOS, Ana Tereza Ribeiro de ; SOUZA, R. C. ; PAIXÃO, R. F. C. ; COSTA, G. C. . Sabiá - System for Automated Bacterial Integrated Annotation. In: Intelligent Systems for Molecular Biology, 2003, Brisbane. Conference Program, 2003.


Produção técnica
Programas de computador sem registro
1.
VASCONCELOS, Ana Tereza Ribeiro de ; SOUZA, R. C. ; PAIXÃO, R. F. C. ; ALMEIDA, L. G. ; COSTA, G. C. . SABIA - System for Automated Bacterial Integrated Annotation. 2001.

Produtos tecnológicos
1.
VASCONCELOS, Ana Tereza Ribeiro de ; ALMEIDA, L. G. ; BRASILEIRO, Rede Genoma . Polinucleotídeos codificadores de atividades do cromossomo da bactéria Chromobacterium violaceum. 2002.


Demais tipos de produção técnica
1.
Almeida, L. G. P.. CBAB 2011: FERRAMENTAS DE BIOINFORMÁTICA APLICADAS À ANÁLISE DE SEQUÊNCIAS GENÔMICAS, METAGENÔMICAS E TRANSCRIPTÔMICAS. 2011. .



Eventos



Participação em eventos, congressos, exposições e feiras
1.
Encontro França-Brasil de Bioinformática.Montagem de Sequências de Procariotos e Eucariotos. 2010. (Encontro).

2.
Curso de Montagem e Anotação Automática de Genomas de Bactérias.Montagem de Genomas de Procariotos. 2005. (Outra).

3.
Curso Regional de Bioinformática.Montagem e Anotação de Genomas. 2004. (Outra).




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