Ronnie Cley de Oliveira Alves

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  • Última atualização do currículo em 25/11/2018


Ronnie Alves concluiu Doutorado em Informática (Inteligência Artificial) pela Universidade do Minho sob a supervisão do Prof. Dr. Orlando Belo. Foi pesquisador visitante no grupo de Data Mining liderado pelo Prof. Dr. Jiawei Han na University of Illinois at Urbana Champaign e no grupo de Bioinformática (BIGS) da Universidade Pablo de Olavide liderado pelo Prof. Dr. Jesus Aguilar-Ruiz. Publicou diversos artigos em periódicos especializados e trabalhos em anais de eventos. Sua pesquisa tem ênfase na área de aprendizado de máquinas, mineração de dados e bioinformática. Realizou pós-doutoramento no Institut de Biologie Valrose (iBV) - CNRS/UMR6543, e no Instituto de Informática da UFRGS. Foi pesquisador convidado (Jeune Chercheur) no Institute de Biologie Computationnelle (IBC), do Lab. of Computer Science, Robotics and Microelectronics of Montpellier (LIRMM), Université Montpellier (UM); Membro do Comitê Gestor da Comissão Especial de Biologia Computacional (CE-BioComp) da Sociedade Brasileira de Computação (SBC). Atua como docente permanente no Programa de Pós-Graduação em Ciência da Computação da UFPA, e no Programa de Mestrado Profissional do Instituto Tecnológico Vale(ITV). Atua como Pesquisador Associado no grupo de Genômica Ambiental do ITV. (Texto informado pelo autor)


Identificação


Nome
Ronnie Cley de Oliveira Alves
Nome em citações bibliográficas
ALVES, R.;Alves, R.;Alves, Ronnie C O;Ronnie Alves;R. Alves;ALVES, RONNIE;Alves, Ronnie;ALVES, RONNIE CLEY DE OLIVEIRA

Endereço


Endereço Profissional
Instituto Tecnológico Vale Desenvolvimento Sustentável.
Rua Boaventura da Silva - 955
Nazaré
66055090 - Belém, PA - Brasil
Telefone: (91) 32135400
URL da Homepage: http://www.itv.org/pt/


Formação acadêmica/titulação


2004 - 2008
Doutorado em Informatica.
Universidade do Minho, UMINHO, Portugal.
Título: Aggregation-based Mining Methods: From Single to N-dimensional Data Analysis, Ano de obtenção: 2008.
Orientador: Orlando Manuel de Oliveira Belo.
Bolsista do(a): Fundacao Para Ciencia e Tecnologia, FCT, Portugal.
Palavras-chave: Data Mining Methods for Large Databases; On-Line Analytical Mining; Multi-dimensional Data Mining; Stream Data Mining.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra
Grande Área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Sistemas de Computação / Especialidade: Base de Dados.
Setores de atividade: Consultoria em Sistemas de Informática.
1999 - 2002
Mestrado em Computação.
Universidade Federal do Rio Grande do Sul, UFRGS, Brasil.
Título: Uma Proposta de Apoio para Decisões de Grupo no ambiente PROSOFT,Ano de Obtenção: 2002.
Orientador: Daltro José Nunes.
Bolsista do(a): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, CNPq, Brasil.
Palavras-chave: Ambiente de Desenvolvimento de Software; Sistemas de Apoio à Tomada de Decisão; Modelo de Processo de Software; Modelo de Argumentação; Registro de Justificatias de Projeto; Especificação Formal.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra
Grande Área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Metodologia e Técnicas da Computação / Especialidade: Engenharia de Software.
Grande Área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Teoria da Computação / Especialidade: Linguagem Formais e Autômatos.
Setores de atividade: Desenvolvimento de Programas (Software); Consultoria em Sistemas de Informática; Outras Atividades de Prestação de Serviços em Informática.
1997 - 1998
Especialização em Análise de Sistemas. (Carga Horária: 375h).
Universidade Federal do Pará, UFPA, Brasil.
Título: Elementos de Computação Cliente/Servidor com Objetos Distribuídos.
Orientador: Francisco Edson Lopes da Rocha.
1994 - 1997
Graduação em Tecnologo Em Processamento de Dados.
Universidade da Amazônia, UNAMA, Brasil.
Título: Uma Metodologia para o Desenvolvimento de Sistemas de Informação.
Orientador: Paulo Roberto Bastos de Almeida.


Pós-doutorado


2010 - 2012
Pós-Doutorado.
Universidade Federal do Rio Grande do Sul, UFRGS, Brasil.
Bolsista do(a): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior, CAPES, Brasil.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra
Grande Área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Sistemas de Computação / Especialidade: Data Mining.
2008 - 2010
Pós-Doutorado.
Institute of Developmental Biology and Cancer, IBDC, França.
Bolsista do(a): Centre National de la Recherche Scientifique, CNRS, França.
Grande área: Ciências Biológicas
Grande Área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Sistemas de Computação / Especialidade: BIOINFORMATICS.
Grande Área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Sistemas de Computação / Especialidade: Data Mining.


Formação Complementar


2011 - 2011
Advanced Topics in Human Molecular Genetics. (Carga horária: 60h).
Centro de Biologia Molecular e Engenharia Genética, CBMEG - UNICAMP, Brasil.
2001 - 2001
Etl Management Pure Integrate Fundamentals. (Carga horária: 40h).
Oracle University, ORACLE, Estados Unidos.
2001 - 2001
Oracle 8i Administração do Banco de Dados. (Carga horária: 30h).
On Targget Treinamento e Consultoria, ON TARGGET, Brasil.
2000 - 2000
Curso de Curta Duração.
RBS DIRECT, RBS, Brasil.
2000 - 2000
Eficácia no Trabalho Grupal. (Carga horária: 20h).
RBS DIRECT, RBS, Brasil.
2000 - 2000
Liderança nas Negociações. (Carga horária: 20h).
RBS DIRECT, RBS, Brasil.
2000 - 2000
Fundamentos do Marketing. (Carga horária: 35h).
Escola Superior de Propaganda e Marketing, ESPM, Brasil.
2000 - 2000
Marketing de Serviços. (Carga horária: 35h).
Escola Superior de Propaganda e Marketing, ESPM, Brasil.
2000 - 2000
Marketing de Relacionamento. (Carga horária: 35h).
Escola Superior de Propaganda e Marketing, ESPM, Brasil.
2000 - 2000
Marketing Digital. (Carga horária: 35h).
Escola Superior de Propaganda e Marketing, ESPM, Brasil.
2000 - 2000
Estratégias Competitivas de Marketing. (Carga horária: 35h).
Escola Superior de Propaganda e Marketing, ESPM, Brasil.
2000 - 2000
Grupo de Competências Emocionais. (Carga horária: 20h).
RBS DIRECT, RBS, Brasil.
2000 - 2000
Desenvolvimento de Habilidades de Vendas. (Carga horária: 20h).
RBS DIRECT, RBS, Brasil.
2000 - 2000
Processo de Satisfação de Clientes na RBS. (Carga horária: 20h).
RBS DIRECT, RBS, Brasil.
2000 - 2000
Estratégias e Mudanças. (Carga horária: 20h).
RBS DIRECT, RBS, Brasil.
2000 - 2000
Dicção, Oratória e Técnicas de Apresentação. (Carga horária: 20h).
RBS DIRECT, RBS, Brasil.
2000 - 2000
Qualidade no Atendimento à Clientes. (Carga horária: 35h).
Escola Superior de Propaganda e Marketing, ESPM, Brasil.
2000 - 2000
O Futuro Começa Agora. (Carga horária: 20h).
RBS DIRECT, RBS, Brasil.
2000 - 2000
Introdução Ao Oracle 8i Sql Sql Plus Pl Sql. (Carga horária: 30h).
On Targget Treinamento e Consultoria, ON TARGGET, Brasil.
1997 - 1997
Análise e Projeto Orientado a Objetos. (Carga horária: 30h).
Universidade Federal do Pará, UFPA, Brasil.
1996 - 1996
Programação na Internet Com Java. (Carga horária: 30h).
Universidade Federal do Pará, UFPA, Brasil.


Atuação Profissional



Laboratoire d'Informatique, Robotique et Microélectronique de Montpellier, LIRMM, França.
Vínculo institucional

2014 - 2016
Vínculo: , Enquadramento Funcional: Pesquisador, Carga horária: 35

Atividades

9/2014 - 2/2016
Pesquisa e desenvolvimento , Institut de Biologie Computationnelle (IBC), .


Universidade Federal do Pará, UFPA, Brasil.
Vínculo institucional

2013 - Atual
Vínculo: Professor colaborador, Enquadramento Funcional: Docente permanente, Carga horária: 4
Outras informações
Linhas de pesquisa: Aprendizado de Máquinas e Bioinformática

Atividades

1/2014 - Atual
Pesquisa e desenvolvimento , Programa de Pós-Graduação em Ciência da Computação (PPGCC), .

1/2014 - Atual
Conselhos, Comissões e Consultoria, Programa de Pós-Graduação em Ciência da Computação (PPGCC), .

Cargo ou função
Docente permanente.
8/2013 - Atual
Ensino, Ciência da Computação, Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
Aprendizado de Máquinas

Instituto Tecnológico Vale, ITV, Brasil.
Vínculo institucional

2017 - Atual
Vínculo: Celetista, Enquadramento Funcional: Pesquisador Associado, Carga horária: 44

Vínculo institucional

2016 - Atual
Vínculo: , Enquadramento Funcional: Docente permanente, Carga horária: 10

Vínculo institucional

2016 - 2017
Vínculo: Celetista, Enquadramento Funcional: Pesquisador Adjunto, Carga horária: 44, Regime: Dedicação exclusiva.

Vínculo institucional

2012 - 2014
Vínculo: Celetista, Enquadramento Funcional: Pesquisador Adjunto, Carga horária: 44, Regime: Dedicação exclusiva.
Outras informações
Linhas de Pesquisa: Aprendizado de Máquinas e Bioinformática.

Vínculo institucional

2012 - 2014
Vínculo: Colaborador, Enquadramento Funcional: Docente, Carga horária: 5
Outras informações
Linhas de Pesquisa: Aprendizado de Máquinas e Bioinformática.

Atividades

3/2014 - Atual
Ensino, Uso Sustentável de Recursos Naturais, Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
Biodiversidade em Florestas tropicais
Genômica e Bioinformática
Estatística Aplicada
4/2012 - Atual
Pesquisa e desenvolvimento , Instituto Tecnológico Vale - Belém II, .

4/2012 - Atual
Conselhos, Comissões e Consultoria, Instituto Tecnológico Vale - Belém II, .

Cargo ou função
Docente permanente no programa de Mestrado Profissional.

Universidade Federal do Rio Grande do Sul, UFRGS, Brasil.
Vínculo institucional

2010 - 2012
Vínculo: Colaborador, Enquadramento Funcional: Posdoc, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.
Outras informações
Plano de pesquisa e ensino aprovado pela chefia do Dept. de Informática Teórica em 2010 (Prof. Dr. Ana Bazzan). Projeto de pesquisa: MOBIO: Métodos e algoritmos para análise de dados bioquímicos. Disciplinas: Graduação -INF05008-Fundamentos de Algoritmos -INF05515-Complexidade de Algoritmos -INF05512-Teoria de Grafos e Análise Combinatória Pós-Graduação: -INF05004-Inteligência Artificial Avançada -CMP569-Algoritmos em Bioinformática

Vínculo institucional

1998 - 2000
Vínculo: Outro, Enquadramento Funcional: Auxiliar de Pesquisa, Carga horária: 30
Outras informações
Participação como coordenador e desenvolvedor junto a equipe do projeto PROSOFT. Atuação nos projetos de implementação de novas ferramentas para o ambiente CASE PROSOFT(http://www.inf.ufrgs.br/~prosoft/), um ambiente de pesquisa na área de Engenharia de Software no Instituto de Informática da Universidade Federal do Rio Grande do Sul (Brasil), em um programa de cooperação internacional com o Institut für Informatik ? Universität Stuttgart  (Alemanha).

Atividades

08/2011 - Atual
Ensino, PPGC - Programa de Pós Graduação em Computação UFRGS, Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
CMP569 - Algoritmos em Bioinformática
08/2011 - Atual
Ensino, Biotecnologia Molecular, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
BTC99003: ATIVIDADE ORIENTADA II
08/2010 - 12/2010
Ensino, Ciência da Computação, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
INF05008: Fundamentos de Algoritmos

Université de Nice Sophia Antipolis, UNSA, França.
Vínculo institucional

2008 - 2010
Vínculo: CNRS postdoc, Enquadramento Funcional: Pesquisador, Carga horária: 35, Regime: Dedicação exclusiva.
Outras informações
Participação como pesquisador ("cadre de recherche") no grupo de Biologia Virtual do Instituto de Biologia do Desenvolvimento e Cancer (IBDC), atuando no desenvolvimento e aplicação de técnicas de data mining em problemas transcriptômicos, principalmente para a diferenciação de expressão gênica e enriquencimento funcional.


Universidade do Minho, UMINHO, Portugal.
Vínculo institucional

2004 - 2008
Vínculo: Pesquisador, Enquadramento Funcional: Doutorando, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.
Outras informações
Atuou como pesquisador na area de projetos de algoritmos de data mining, desenvolvendo estratégias especializadas para aplicações nas áreas de varejo e telecomunicações.

Vínculo institucional

2004 - 2004
Vínculo: Colaborador, Enquadramento Funcional: Monitor, Carga horária: 6
Outras informações
Atuou no ensino da disciplinas de Sistemas Digitais I.

Atividades

3/2004 - 12/2004
Ensino, Engenharia de Sistemas e Informática, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Sistemas Digitais I

Universidad Pablo de Olavide, UPO, Espanha.
Vínculo institucional

2007 - 2007
Vínculo: Colaborador, Enquadramento Funcional: Pesquisador Visitante, Carga horária: 35
Outras informações
Participação como Pesquisador convidado atuando no estudo e projeto de algoritmos para a descoberta de padrões associativos em DNA Microarrays.


University Of Illinois At Urbana Champaign, U.I.U.C, Estados Unidos.
Vínculo institucional

2006 - 2007
Vínculo: Colaborador, Enquadramento Funcional: Pesquisador, Carga horária: 35
Outras informações
Participação como pesquisador convidado atuando na área de pesquisa em algoritmos para mineração de dados multidimensionais, em colaboração com o grupo de Data Mining da UIUC.

Atividades

8/2006 - 10/2006
Estágios , Dais, Data Mining Research Group.

Estágio realizado
Multi-dimensional Data Mining.
8/2006 - 10/2006
Outras atividades técnico-científicas , Dais, Dais.

Atividade realizada
Advanced Seminar on Data Mining.
8/2006 - 10/2006
Outras atividades técnico-científicas , Dais, Dais.

Atividade realizada
DAIS Seminar.

Go Digital, GO, Brasil.
Vínculo institucional

2002 - 2003
Vínculo: Outro, Enquadramento Funcional: Consultor em Tecnologia de Informação, Carga horária: 40
Outras informações
Responsável pela consultoria e administração de projetos em Data Quality para empresas de telefonia, serviços e varejo. Utilização de Metodologia TDQM, Modelagem UML e utilização de tecnologias de BI para suporte aos projetos. Pesquisas em Inovação Tecnológica para enriquecimento dos softwares de gestão.

Atividades

11/2002 - 6/2003
Conselhos, Comissões e Consultoria, Gestão de Informação, Customer Intellingence.

Cargo ou função
Consultor.

RBS DIRECT, RBS, Brasil.
Vínculo institucional

2000 - 2002
Vínculo: Outro, Enquadramento Funcional: Consultor em Tecnologia de Informação, Carga horária: 40
Outras informações
Responsável pela coordenação na reestruturação tecnológica da área de Database Marketing (DBM) desta empresa. Integração das ferramentas de Business Intelligence (BI) que suportavam os serviços de DBM e Customer Relationship Management (CRM). Administração e criação de Data Marts para ações de Marketing de Precisão. Colaboração em projetos que envolvem uso de técnicas de Data Mining (classificação, clustering, e modelos preditivos) para construção de relatórios inteligentes que serviram de suporte às decisões empresariais para os diversos clientes de varejo, telecomunicações e midia interativa do grupo RBS.

Atividades

1/2000 - 10/2002
Serviços técnicos especializados .

Serviço realizado
Consultor Ad-hoc.
1/2000 - 10/2002
Conselhos, Comissões e Consultoria, .

Cargo ou função
COnsultor.

Organizações Rômulo Maiorana, ORM, Brasil.
Vínculo institucional

1996 - 1998
Vínculo: Outro, Enquadramento Funcional: Analista de Sistemas/Programador, Carga horária: 40
Outras informações
Atuação na equipe que projetou e desenvolveu diversos sistemas de informações gerenciais Coordenação do projeto de Interfaces para os sistemas acima mencionados, bem como sua implementação e a administração de base de dados.

Atividades

6/1996 - 6/1998
Serviços técnicos especializados , Centro de Processamento de Dados, Administrativa.

Serviço realizado
Analise de Sistemas.

Sociedade Brasileira de Computação - Porto Alegre, SBC, Brasil.
Vínculo institucional

2014 - Atual
Vínculo: Integrante, Enquadramento Funcional: Integrante do Comitê Gestor da CE-BioComp
Outras informações
Membro da Comissão Especial de Biologia Computacional da Sociedade Brasileira de Computação.



Linhas de pesquisa


1.
Aprendizado de Máquinas
2.
Bioinformática
3.
Mineração de Dados
4.
Aprendizado de Máquinas
5.
Bioinformática
6.
Mineração de Dados
7.
Machine Learning
8.
Data Mining
9.
Bioinformatics


Projetos de pesquisa


2017 - Atual
Desenvolvimento de códigos de barra de DNA para plantas da canga da província mineral de Carajás
Descrição: A Floresta Nacional de Carajás, localizada na região do arco do desmatamento amazônico no Brasil, é considerada um dos ambientes mais megadiversos e ameaçados. Somente um pequeno número plantas foram descritas à nível de espécie até o momento, sendo em sua maioria desconhecida. Além da enorme biodiversidade que abriga, extraordinárias reservas de ferro são encontradas nessa região, especificamente em Carajás, sob áreas ricas no mineral. Conhecer com profundidade a sua diversidade é de suma importância para ambos órgãos ambientais e mineradoras, que buscam obtenção da licenças de operação ou expansão da empresa. Desta forma, é extremamente importante que seja produzido conhecimento científico que gere uma sólida base para a tomada de decisões. Nesta proposta, códigos de barras de DNA serão gerados a partir de diferentes espécimes de plantas coletados na região de Carajás por meio da tecnologia de sequenciamento, com o objetivo geral de realizar um levantamento global das espécies componentes locais para que sejam considerados no processo de conservação do ecossistema. Marcadores específicos serão testados para confirmar a efetividade dos Barcodes. Neste projeto será também implementado um pipeline de análise automatizada de códigos de barra e também uma estrutura de banco de dados relacional para o armazenamento, seguimento dos processos de geração dos marcadores e realização e visualização de análises..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) Doutorado: (1) .
Integrantes: Ronnie Cley de Oliveira Alves - Coordenador / Nelson Monte de Carvalho Filho - Integrante / Leandro Henrique Santos Corrêa - Integrante / Guilherme Correa de Oliveira - Integrante / EDER SOARES PIRES - Integrante / GISELE LOPES NUNES - Integrante / MARIANA COSTA DIAS - Integrante / RAFAEL BORGES DA SILVA VALADARES - Integrante / RENATO RENISON MOREIRA OLIVEIRA - Integrante / SANTELMO SELMO DE VASCONCELOS JUNIOR - Integrante / TALVANE GLAUBER LOPES DE LIMA - Integrante.Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Bolsa.
2014 - 2015
Bioanalysis of cancer genomes and transcriptomes
Descrição: Due to the volume of data produced by HTS, the bottleneck lies in the bioinformatics analyses. Except for locating reads on a reference genome, the algorithmics for analyzing HTS data has been little explored to date. All life sciences communities urgently need new methods for general tasks like indexing, compressing, or comparing read sets, or for more specialized ones like performing transcriptomic or genomic variation (SNP) analyses. The main focus here will be on transcriptome data obtained by RNA sequencing (RNA‐seq). Indeed, unraveling the full complexity of transcriptomes remains a major issue. Single mRNA variants can drastically influence tissue metabolism, and the characterization of alternative splicing events and tissue‐related expression appears to be more complex than expected. Moreover, non‐coding RNAs (ncRNAs) are spread along the entire genome. Ultimately, one also wishes to identify potential fusion RNAs, which are known to drive carcinogenesis and may be highly specific markers, such as in Chronic Myeloid Leukemia (CML), but could also be functional in normal tissues.Current methods can partly capture transcriptome complexity, and the most precise methods require combining multiple approaches and integrating complementary sources of information. Presently, RNA‐seq analysis cumulates mistakes made in multi‐step procedures and suffers from mapping limitations (cross‐mapping, false positive matching). Therefore, tools like TopHat lack precision in exon boundary detection, which paired‐end reads cannot resolve. The entanglement of transcriptomes and the need for scalability drive the need for algorithmic innovations and new analysis approaches that combine flexibility, efficiency and specificity. Related techniques such as indexation and algorithmics, robust and statistically controlled analysis, and data integration (see WP5‐Databases) will help to overcome these limitations..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (2) .
Integrantes: Ronnie Cley de Oliveira Alves - Coordenador / Therese Commes - Integrante / Olivier Gascuel - Integrante.
2013 - 2015
BioFLows: Modelagem computacional para a descoberta de padrões e tendências em dados experimentais gerados em estudos metagenômicos
Descrição: Este projeto está centrado na definição de meta-modelos de processos meta-genômicos e para o desenvolvimento de novas estratégias de mineração de dados que permitam a exploração sistemática dos dados gerados nestes experimentos ômicos..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (3) / Mestrado acadêmico: (2) .
Integrantes: Ronnie Cley de Oliveira Alves - Coordenador / Lucinéia Heloisa Thom - Integrante / Hajo Reijers - Integrante / Nelson Monte de Carvalho Filho - Integrante / Fabiana Rodrigues de Góes - Integrante / Leandro Henrique Santos Corrêa - Integrante / Chaparro, Cristian - Integrante.Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.
Número de produções C, T & A: 7 / Número de orientações: 2
2010 - 2012
MOBIO: Modelagem computacional para exploração analítica de dados bioquímicos
Descrição: MOBIO é um projeto que se insere num contexto de globalização da ciência e pelos recentes avanços em novas tecnologias da informação na área da genômica estrutural, funcional e analítica. Tecnologias estas como os Microarrays, ou os recentes dados oriundos de piro-sequenciamento, conduziram um aumento fantástico, tanto em quantidade como em qualidade, dos dados bioquímicos produzidos por laboratórios experimentais. É praticamente inviável analisar tal manancial de dados, sem a utilização de técnicas avançadas de mineração de dados (MD). Com este projeto pretende-se avançar no estado-da-arte em MD aplicada em dados científicos, propondo novas estratégias para exploração de dados bioquímicos, tendo a área da Farmacogenômica como principal objeto de aplicação..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (2) .
Integrantes: Ronnie Cley de Oliveira Alves - Coordenador.Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Bolsa.
2008 - 2010
Transcriptome mass data use and interpretation using the Massively Parallel Signature Sequencing (MPSS) technologies
Descrição: Analyses of such mass data are presently based on two successive steps: 1) data cleansing, similarity and clustering calculations, 2) integration and interpretation using knowledge linked to genes and gene products. Similarity and clustering rely on well known algorithms which are now largely mastered. Annotation and interpretations are still in infancy. Currently, the laborious process of annotation is carried out jointly by human experts and data-processing programs. In-silico annotations are deduced from overall gene expression measurements in particular experimental contexts. The assumption is that a set of gene products is probably involved in a functional module when their levels of expression vary in a coordinated manner [15]. The goal, from now on, is more to track the activity of whole genomes, temporally and spatially than to thoroughly study biological objects taken separately..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
2007 - 2007
Gene Associatio Data Analysis
Descrição: Establishing an association between variables is always of interest in the life sciences. For example, is increased blood pressure associated with the expression level of the angiotensin gene? Does the PKA gene down-regulated the RAF1 gene? This research is a compilation of several works on Gene Association Data Analysis (GADA). These works were evaluated according to its practical application on microarray data analysis. Determining the interactions that can exist between different genes is not easily achieved by direct clustering results, especially as gene can participate in more than one gene network. Thus, relationships which are identified by GADA, provide associations that do not appear adjacent to each other interaction in a one shot clustering solution. Therefore, GADA seem more useful in helping to uncover gene networks. GADA can describe how the expressions of gene may be related with expression of a set of genes..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Doutorado: (3) .
Integrantes: Ronnie Cley de Oliveira Alves - Coordenador.
2006 - 2007
Efficient Cube-based Mining Methods
Descrição: a) Efficient computation of maximal-correlated cuboids cells We enumerate the following questions as the baseline for guiding this study: a.1) Can we develop an efficient algorithm which captures maximal correlated cuboids cells on dense/sparse databases? a.2) How much such approach can reduce the complete set of cuboids in comparison with the classical approaches (i.e., pure maximal to closed ones)? a.3) What are the data cubing costs involved in such computation? Does such correlated measure holds for complex aggregation measures? a.4) Is that possible to recover the remaining cells the from maximal-correlated ones? a.5) Is there any particular tree structure to explore efficiently maximal-correlated cells? Is that possible to explore heuristics like maximal frequent pattern mining methods to improve pruning of non-correlated cells? b) Mining top-k gradient cells in large databases Inspired on the previous issues studied we raise a few questions to drive this work: b.1) What could be defined as an efficient computational model (multi-dimensional selection and raking functions) for mining top-k gradient cells? b.2) Given the complexity on non-convex functions (like average gradient), how to prune the search space efficiently compensating computational costs on mining top-k results? b.3) How to over-come the curse-of-dimensionality challenge? Is there any hybrid-materialization approach to compute gradient cells? b.4) There are efficient data structures which deal with the complexity of mining complex gradients in presence of (complex) ranking functions?.
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (5) .
Integrantes: Ronnie Cley de Oliveira Alves - Coordenador / Orlando Belo - Integrante / Jiawei Han - Integrante / Hector Gonzalez - Integrante / Xialoei Li - Integrante.Financiador(es): Universidade do Minho - Cooperação / University Of Illinois At Urbana Champaign - Cooperação.
2005 - 2008
Fraud Detection and Prevention on Telecommunications Systems
Descrição: Addressing fraud is a challenge that telecommunications industry faces every day. Fraud detection and prevention can be very difficult and can strain your resources. How do you detect and prevent fraud to ensure you can best serve your legitimate customers and protect your profit margins? We have been developing data mining components to address such problem. Those components will be designed for churning prevention and fraud detection. We called this project Fratello and it is sponsored by Portugal Telecom Inovação, SA (PT Inovação)..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (2) .
Integrantes: Ronnie Cley de Oliveira Alves - Coordenador.Financiador(es): Universidade do Minho - Outra / Pt Inovação Sa - Auxílio financeiro.
2005 - 2008
Mining Under Supervision for Real Data Applications
Descrição: MIning Under Supervision for Real DAta Applications (MIUDA) is a data mining component which brings together concepts of OLAP and Data Mining. The main idea is to provide such mechanisms in order to extract multi-dimensional association rules from data cubes. Real-time surveillance systems, network and telecommunication systems, and other dynamic processes often generate tremendous (potentially infinite) volume of stream data. Effective analysis of such stream data poses great challenges to database and data mining researchers, due to its unique features, such as single-scan algorithm, multi-dimensional online analysis, fast response time, etc.
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (1) .
Integrantes: Ronnie Cley de Oliveira Alves - Coordenador.
2005 - 2008
Multidimensional Aggregation-based Mining
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Mestrado acadêmico: (1) / Doutorado: (1) .
Integrantes: Ronnie Cley de Oliveira Alves - Coordenador.
2005 - 2006
Market Basket Analysis
Descrição: In the retail environment, the shopping cart constitutes the market basket. The point-of-sale scanner produces transaction data, which can be loaded into a data-warehousing environment to determine merchandising, product placement and shelving decisions. The most commonly cited example of market basket analysis is the finding that young fathers buy diapers and six packs of beer Thursday nights, enabling appropriate placement of products. We have been providing consulting services on MBA for Modelo Continente-Hipermercados, SA (Continente on-line) (SONAE).
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (1) .
Integrantes: Ronnie Cley de Oliveira Alves - Coordenador.
2004 - 2005
IKF Project
Descrição: IKF (Information and Knowledge Fusion) is a Eureka Project (E!2235) aimed at developing an ontology-based distributed infrastructure (IKF Framework) with appropriate toolkits and techniques for intelligent Knowledge Management in a multi-source distributed environment in order to support advanced applications in different domains. The IKF Portuguese consortium (hereby called IKF-P, for "IKF Portugal") is an evolution of the Portuguese partnership in the past SOUR (Eureka 379) project. SOUR was devoted to the development of a CASE-system based on fuzzy-object-based knowledge classification and retrieval targeted at software reuse in large repositories of legacy code [SSS94]. Later developments of SOUR led to an integration of the SOUR platform with Netscape, thus extending the scope of the paradigm to the classification and retrieval of arbitrary Internet information sources [NO96]. In some sense, the 'IKF space' can be regarded as an opportunity for the evolution of these ideas towards a much wider class of knowledge elicitation and representation problems..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (18) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (1) .
Integrantes: Ronnie Cley de Oliveira Alves - Integrante / Luis Neves - Integrante / Jose Nuno Oliveira - Coordenador / Jose Carlos Ramalho - Integrante / Pedro Rangel Henriques - Integrante / Luis Soares Barbosa - Integrante / Jose Joao - Integrante / Olga Pacheco - Integrante / Tiago Alves - Integrante / Paulo Silva - Integrante / LGP Group FEUP - Integrante.Financiador(es): Universidade do Minho - Bolsa.
1998 - 2000
PROSOFT
Descrição: O ambiente está sendo desenvolvido no Instituto de Informática da Universidade Federal do Rio Grande do Sul (Brasil), em um programa de cooperação internacional com o Institut für Informatik - Universität Stuttgart (Alemanha). O grupo pesquisa problemas relacionados com processo de construção de software e propõe métodos e ferramentas de apoio. As ferramentas são implementadas em Java com base num mesmo framework e todas juntas formam um laboratório, denominado PROSOFT, para construção e experimentação de novas ferramentas, neste mesmo framework. As ferramentas podem ser construídas pela composição de ferramentas já existentes. O laboratório é distribuído, permitindo que ferramentas possam ser usadas em máquinas remotas. O framework adotado é semelhante à estrutura dos tipos abstratos de dados (ADT). As ferramentas são previamente especificadas algebricamente, facilitando a implementação e permitindo a validação. Para facilitar a especificação algébrica, foi desenvolvida uma notação gráfica para representação de tipos primitivos e compostos. A partir da notação gráfica é possível gerar automaticamente código em Java, que inclui funções básicas para inclusão e remoção de objetos. Tipos definidos pelos usuários são construídos a partir de tipos compostos. Mais recentemente, ferramentas têm sido construídas para automação do processo de software (incluindo ferramentas para apoiar atividades dos desenvolvedores de software, ferramentas para modelar e executar processo de software, e ferramentas para apoiar o trabalho cooperativo de desenvolvedores de projetos complexos)..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (4) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (4) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (2) .
Integrantes: Ronnie Cley de Oliveira Alves - Integrante / Daltro Jose Nunes - Coordenador / Heribert Schelebbe - Integrante / Rodrigo Quites Reis - Integrante / Carla Alessandra Lima Reis - Integrante / Abraham Rabelo - Integrante / Alessandra Dahmer - Integrante / Guilherme Rangel - Integrante.Financiador(es): Universidade Federal do Rio Grande do Sul - Bolsa.


Revisor de periódico


2010 - Atual
Periódico: International Journal of Data Mining and Bioinformatics (IJDMB)
2010 - Atual
Periódico: BMC Bioinformatics
2008 - Atual
Periódico: Journal of the Brazilian Computer Society (Impresso)
2012 - Atual
Periódico: Nucleic Acids Research (Online)
2017 - Atual
Periódico: Frontiers in Genetics
2017 - Atual
Periódico: FRONTIERS IN BIOENGINEERING AND BIOTECHNOLOGY


Áreas de atuação


1.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Machine Learning.
2.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Data Mining.
3.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Bioinformatics.


Idiomas


Inglês
Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.
Espanhol
Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Pouco.
Português
Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.
Francês
Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Pouco.


Prêmios e títulos


2015
BIOKDD-DEXA'15 Best Paper Award, BIOKDD-DEXA'15.
2011
Bolsa FAPESP (Sao Paulo School of Advanced Science ? Advanced Topics in Human Molecular Genetics), Escola São Paulo de Ciência Avançada (ESPCA), CBMEG - UNICAMP.
2010
Qualification (Maître de Conférences), section 27 Informatique, Ministere de l'Enseigment Superieur et de La Recherche, France, Feb 2010.
2010
Bolsa de Pos-Doutorado, CAPES.
2008
Visiting Research Grant (Brazil), Fundacao para Ciencia e Tecnologia - Portugal.
2008
Visiting Research Grant (Brazil), Fundacao Calouste Gulbenkian - Portugal.
2008
Bolsa de Pos-Doutorado, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Franca.
2007
Visiting Research Grant (Spain), Fundacao para Ciencia e Tecnologia - Portugal.
2007
Visiting Research Grant (Spain), Fundacao Calouste Gulbenkian - Portugal.
2007
DaWaK'07 Best Paper Award, DEXA (www.dexa.org).
2006
Visiting Research Grant (USA), Fundacao para Ciencia e Tecnologia - Portugal.
2006
Visiting Research Grant (USA), Fundacao Calouste Gulbenkian - Portugal.
2005
Bolsa de Doutorado, Fundacao para Ciencia e Tecnologia - Portugal.
1999
Bolsa de Mestrado, CNPq.


Produções



Produção bibliográfica
Artigos completos publicados em periódicos

1.
NASCIMENTO, SIDNEY VASCONCELOS DO2018NASCIMENTO, SIDNEY VASCONCELOS DO ; MAGALHÃES, MARCELO MURAD ; CUNHA, ROBERTO LISBOA ; COSTA, PAULO HENRIQUE DE OLIVEIRA ; ALVES, RONNIE CLEY DE OLIVEIRA ; OLIVEIRA, GUILHERME CORRÊA DE ; VALADARES, RAFAEL BORGES DA SILVA . Differential accumulation of proteins in oil palms affected by fatal yellowing disease. PLoS One, v. 13, p. e0195538, 2018.

2.
LANES, ÉDER C.2018LANES, ÉDER C. ; POPE, NATHANIEL S. ; Alves, Ronnie ; CARVALHO FILHO, NELSON M. ; GIANNINI, TEREZA C. ; GIULIETTI, ANA M. ; IMPERATRIZ-FONSECA, VERA L. ; MONTEIRO, WALÉRIA ; OLIVEIRA, GUILHERME ; SILVA, AMANDA R. ; SIQUEIRA, JOSÉ O. ; SOUZA-FILHO, PEDRO W. ; VASCONCELOS, SANTELMO ; JAFFÉ, RODOLFO . Landscape Genomic Conservation Assessment of a Narrow-Endemic and a Widespread Morning Glory From Amazonian Savannas. Frontiers in Plant Science, v. 9, p. 532, 2018.

3.
OLIVEIRA, RENATO RENISON MOREIRA2018OLIVEIRA, RENATO RENISON MOREIRA ; NUNES, GISELE LOPES ; DE LIMA, TALVÂNE GLAUBER LOPES ; OLIVEIRA, GUILHERME ; Alves, Ronnie . PIPEBAR and OverlapPER: tools for a fast and accurate DNA barcoding analysis and paired-end assembly. BMC BIOINFORMATICS, v. 19, p. 1-10, 2018.

4.
NUNES, GISELE LOPES2018NUNES, GISELE LOPES ; OLIVEIRA, RENATO RENISON MOREIRA ; GUIMARÃES, JOSÉ TASSO FELIX ; GIULIETTI, ANA MARIA ; CALDEIRA, CECÍLIO ; VASCONCELOS, SANTELMO ; PIRES, EDER ; DIAS, MARIANA ; WATANABE, MAURÍCIO ; PEREIRA, JOVANI ; JAFFÉ, RODOLFO ; BANDEIRA, CINTHIA HELENA M. M. ; CARVALHO-FILHO, NELSON ; DA SILVA, EDILSON FREITAS ; RODRIGUES, TARCÍSIO MAGEVSKI ; DOS SANTOS, FERNANDO MARINO GOMES ; FERNANDES, TAÍS ; CASTILHO, ALEXANDRE ; SOUZA-FILHO, PEDRO WALFIR M. ; IMPERATRIZ-FONSECA, VERA ; SIQUEIRA, JOSÉ OSWALDO ; Alves, Ronnie ; OLIVEIRA, GUILHERME . Quillworts from the Amazon: A multidisciplinary populational study on Isoetes serracarajensis and Isoetes cangae. PLoS One, v. 13, p. e0201417, 2018.

5.
ORTIZ-VERA, MABEL PATRICIA2018ORTIZ-VERA, MABEL PATRICIA ; OLCHANHESKI, LUIZ RICARDO ; DA SILVA, ELIANE GONÇALVES ; DE LIMA, FELIPE REZENDE ; MARTINEZ, LINA ROCÍO DEL PILAR RADA ; SATO, MARIA INÊS ZANOLI ; JAFFÉ, RODOLFO ; Alves, Ronnie ; ICHIWAKI, SIMONE ; PADILLA, GABRIEL ; ARAÚJO, WELINGTON LUIZ . Influence of water quality on diversity and composition of fungal communities in a tropical river. Scientific Reports, v. 8, p. 1-10, 2018.

6.
SOUZA, K. P.2018SOUZA, K. P. ; SETUBAL, J. C. ; CARVALHO, A. P. L. ; CHATEAU, A. ; Alves, R. . Machine learning meets genome assembly. Briefings in Bioinformatics, v. 1, p. 1, 2018.

7.
GUIMARAES, J. T. F.2017GUIMARAES, J. T. F. ; REIS, L. ; FIGUEIREDO, M. ; RODRIGUES, T. ; Alves, Ronnie ; SOUZA, P. M. ; SILVA, M. S. ; SAHOO, PRAFULLA KUMAR ; GIANNINI, T. C. ; CARREIRA, L. . Modern pollen rain as a background for palaeoenvironmental studies in the Serra dos Carajás, southeastern Amazonia. HOLOCENE, p. 095968361668326, 2017.

8.
GUIMARÃES, JOSÉ TASSO FELIX2017GUIMARÃES, JOSÉ TASSO FELIX ; CARREIRA, LÉA MARIA MEDEIROS ; Alves, Ronnie ; MARTINS E SOUZA FILHO, PEDRO WALFIR ; GIANNINI, TEREZA CRISTINA ; MACAMBIRA, HIGOR JARDIM ; DA SILVA, EDILSON FREITAS ; DIAS, ANNA CHRISTINA RIO ; DA SILVA, CARLA BASTISTA ; ROMEIRO, LUIZA DE ARAÚJO ; RODRIGUES, TARCÍSIO MAGEVSKI . Pollen morphology of the Poaceae: implications of the palynological and paleoecological records of the southeastern Amazon in Brazil. PALYNOLOGY, v. 1, p. 1-13, 2017.

9.
RUFFLE, FLORENCE2017RUFFLE, FLORENCE ; AUDOUX, JEROME ; BOUREUX, ANTHONY ; BEAUMEUNIER, SACHA ; GAILLARD, JEAN-BAPTISTE ; BOU SAMRA, ELIAS ; MEGARBANE, ANDRE ; CASSINAT, BRUNO ; CHOMIENNE, CHRISTINE ; Alves, Ronnie ; RIQUIER, SEBASTIEN ; GILBERT, NICOLAS ; LEMAITRE, JEAN-MARC ; BACQ-DAIAN, DELPHINE ; BOUGÉ, ANNE LAURE ; PHILIPPE, NICOLAS ; COMMES, THERESE . New chimeric RNAs in acute myeloid leukemia. F1000RESEARCH, v. 6, p. 1302, 2017.

10.
Sacha Beaumeunier2016Sacha Beaumeunier ; Jerome Audoux ; Anthony Boureux ; COMMES, T. ; FRUFFLE, F. ; ALVES, R. . On the evaluation of the fidelity of supervised classifiers in the prediction of chimeric RNAs. BioData Mining, v. 9, p. 34, 2016.

11.
RICHARD, FRANÇOIS D.2016RICHARD, FRANÇOIS D. ; Alves, Ronnie ; KAJAVA, ANDREY V. . , a scoring tool for boundary determination between repetitive and non-repetitive protein sequences. Bioinformatics, v. 1, p. btw118, 2016.

12.
GIANNINI, T. C.2016GIANNINI, T. C. ; GIULIETTI, A. ; HARLEY, R. ; VIANA, P. ; JAFFE, R. ; Alves, R. ; PINTO, C. ; MOTA, N. ; CALDEIRA, C. ; IMPERATRIZ-FONSECA, V. ; FURTINI, A. ; SIQUEIRA, J. . Selecting plant species for practical restoration of degraded lands using a multiple-trait approach. AUSTRAL ECOLOGY, p. 1/1, 2016.

13.
LIRA, WALLACE P.2014LIRA, WALLACE P. ; Alves, Ronnie ; COSTA, JEAN M.R. ; PESSIN, GUSTAVO ; GALVAO, LILYAN ; CARDOSO, ANA C. ; DE SOUZA, CLEIDSON R.B. . A Visual-Analytics System for Railway Safety Management. IEEE Computer Graphics and Applications, v. 34, p. 52-57, 2014.

14.
GUIMARÃES, JOSÉ TASSO FELIX2014GUIMARÃES, JOSÉ TASSO FELIX ; SOUZA-FILHO, PEDRO WALFIR MARTINS ; Alves, Ronnie ; DE SOUZA, EVERALDO BARREIROS ; DA COSTA, FRANCISCO RIBEIRO ; REIS, LUIZA SANTOS ; SAHOO, PRAFULLA KUMAR ; DE OLIVEIRA MANES, CARMEM-LARA ; SILVA JÚNIOR, RENATO OLIVEIRA ; OTI, DOUGLAS ; DALL'AGNOL, ROBERTO . Source and distribution of pollen and spores in surface sediments of a plateau lake in southeastern Amazonia. Quaternary International, v. 352, p. 181-196, 2014.

15.
GUIMARAES, JOSE2014GUIMARAES, JOSE ; RODRIGUES NOGUEIRA, AFONSO ; BANDEIRA, JOSE ; SOARES, JOELSON ; Alves, Ronnie ; KERN, ANDREA . PALYNOLOGY OF THE MIDDLE MIOCENE-PLIOCENE NOVO REMANSO FORMATION, CENTRAL AMAZONIA, BRAZIL. Ameghiniana, v. 52, p. 107/134, 2014.

16.
ALVES, R.2013ALVES, R.. Biomarkers, Ranking. Encyclopedia of System Biology by Springer, v. 2, p. 760-761, 2013.

17.
ALVES, R.2013ALVES, R.. Gene Expression Biomarkers, Ranking. Encyclopedia of System Biology by Springer, v. 2, p. 791-795, 2013.

18.
GUIMARAES, J. T. F.2013GUIMARAES, J. T. F. ; COHEN, M. C. L. ; FRANCA, M. C. ; PESSENDA, L.C.R ; Souza, E.J. ; Nogueira, A.C.R. ; Alves, R. . Recent effects of tidal and hydro-meteorological changes on coastal plains near the mouth of the Amazon River. Earth Surface Processes and Landforms (Print), v. 1, p. n/a-n/a, 2013.

19.
MENDOZA, MARIANA R.2013MENDOZA, MARIANA R. ; DA FONSECA, GUILHERME C. ; LOSS-MORAIS, GUILHERME ; ALVES, RONNIE ; MARGIS, ROGERIO ; BAZZAN, ANA L. C. . RFMirTarget: Predicting Human MicroRNA Target Genes with a Random Forest Classifier. Plos One, v. 8, p. e70153, 2013.

20.
SIMAO, E. M.2012 SIMAO, E. M. ; Marialva Sinigaglia ; BUGS, C. A. ; CASTRO, M. A. A. ; Librelotto, Giovani R ; Alves, R. ; Mombach, José C. M . Induced genome maintenance pathways in pre-cancer tissues describe an anti-cancer barrier in tumor development. Molecular Biosystems (Print), v. 8, p. 3003-3009, 2012.

21.
Alves, R.2010Alves, R.; Rodriguez-Baena, D. S. ; Aguilar-Ruiz, J. S. . Gene association analysis: a survey of frequent pattern mining from gene expression data. Briefings in Bioinformatics, v. 11, p. 210-224, 2010.

22.
ALVES, R.;Alves, R.;Alves, Ronnie C O;Ronnie Alves;R. Alves;ALVES, RONNIE;Alves, Ronnie;ALVES, RONNIE CLEY DE OLIVEIRA2009 ALVES, R.; BELO, Orlando ; RIBEIRO, Joel . Mining Significant Change Patterns in Multidimensional Spaces. International Journal of Business Intelligence and Data Mining, v. 4, p. 219-241, 2009.

Livros publicados/organizados ou edições
1.
BELO, Orlando (Org.) ; ALVES, R. (Org.) ; LOURENÇO, Anália (Org.) . Data Gadgets 2005, Bringing Up Emerging Solutions for Data Warehousing Systems. , 2005. v. 1. 100p .

2.
BELO, Orlando (Org.) ; ALVES, R. (Org.) ; LOURENÇO, Analia (Org.) ; AZEVEDO, Paulo (Org.) . Data Gadgets 2004, Bringing Up Emerging Solutions for Data Warehousing Systems. , 2004. v. 1. 84p .

Capítulos de livros publicados
1.
ALVES, R.; RIBEIRO, Joel ; BELO, Orlando ; HAN, Jiawei . Ranking Gradients in Multidimensional Spaces. In: Tho Manh Nguyen. (Org.). Complex Data Warehousing and Knowledge Discovery for Advanced Retrieval Development: Innovative Methods and Applications. Hershey, PA, EUA: IGI Global, 2009, v. , p. 251-269.

Trabalhos completos publicados em anais de congressos
1.
SANTOS, V. ; Corrêa, L. H. S. ; MEIGUINS, B. ; OLIVEIRA, G. ; ALVES, RONNIE . Metagenomics-based signature clustering and interactive visualization analysis. In: International Joint Conference on Neural Networks (IJCNN), 2018, Rio de Janeiro. 2018 International Joint Conference on Neural Networks (IJCNN), 2018.

2.
ALVES, A. ; Alves, Ronnie . Um pipeline para predição de genes em dados metatranscriptômicos. In: XIV Encontro Nacional de Inteligência Artificial e Computacional (ENIAC), 2017, Uberlândia. XIV Encontro Nacional de Inteligência Artificial e Computacional (ENIAC), 2017.

3.
LIRA, WALLACE P. ; GAMA, F. ; BARBOSA, H. ; ALVES, RONNIE ; DE SOUZA, C. R. B. . VCloud: Adding Interactiveness to Word Clouds for Knowledge Exploration in Large Unstructured Texts. In: The 31st ACM Symposium on Applied Computing (SAC 2016), 2016, Pisa. Proceedings of the 31st Annual ACM Symposium on Applied Computing (SAC '16), 2016.

4.
FLAVIO JR, J. ; Alves, R. ; COMMES, T. . A module-based approach for evaluating differential genome-wide expression profiles. In: Brazilian Conference on Intelligent System (BRACIS), 2016, Recife. Proceedings of The 5th Brazilian Conference on Intelligent System (BRACIS), 2016.

5.
Sacha Beaumeunier ; Jerome Audoux ; Anthony Boureux ; COMMES, T. ; Nicolas Philippe ; Alves, R. . The Role of Machine Learning in Finding Chimeric RNAs. In: 6th International Workshop on Biological Knowledge Discovery and Data Mining (BIOKDD'15), 2015, Valencia. In Proceeding of 26th International Workshop on Database and Expert Systems Applications DEXA 2015 -BIOKDD 2015., 2015. v. 1. p. 41-45.

6.
Corrêa, L. H. S. ; Alves, R. ; Góes, F. R. ; Chaparro, Cristian ; Thom, L. H. . A Pipeline for Functional and Visual Analytics of Microbial Genetic Networks. In: 2nd International Workshop on Dynamic Networks and Knowledge Discovery, 2014, Nancy. Proceedings of the 2nd International Workshop on Dynamic Networks and Knowledge Discovery, 2014.

7.
Corrêa, L. H. S. ; Alves, R. ; Góes, F. R. ; Chaparro, Cristian ; Thom, L. H. . FUNN-MG: A Metagenomic Systems Biology Computational Framework. In: 9th Brazilian Symposium on Bioinformatics (BSB), 2014, Belo Horizonte. Advances in Bioinformatics and Computational Biology (LNCS), 2014. v. 8826. p. 25-32.

8.
Góes, F. R. ; Alves, R. ; Corrêa, L. H. S. ; Chaparro, Cristian ; Thom, L. H. . Towards an Ensemble Learning Strategy for Metagenomic Gene Prediction. In: 9th Brazilian Symposium on Bioinformatics (BSB), 2014, Belo Horizonte. Advances in Bioinformatics and Computational Biology (LNCS), 2014. v. 8826. p. 17-24.

9.
Daniel Lichtnow ; Alves, R. ; Oscar Pastor ; BURIEL, V. ; OLIVEIRA, J. P. M. . BION2SEL: An Ontology-Based Approach for the Selection of Molecular Biology Databases. In: 9th Brazilian Symposium on Bioinformatics (BSB), 2014, Belo Horizonte. Advances in Bioinformatics and Computational Biology (LNCS), 2014. v. 8826. p. 83-90.

10.
Góes, F. R. ; Alves, R. ; Corrêa, L. H. S. ; Chaparro, Cristian ; Thom, L. H. . A Comparison of Classification Methods for Gene Prediction in Metagenomics. In: 1st Workshop on New Frontiers in Mining Complex Patterns, 2014, Nancy. 1st Workshop on New Frontiers in Mining Complex Patterns, 2014.

11.
ALVES, R.; Mendes, Marcus ; Bonnato, Diego . A Network-Based Meta-analysis Strategy for the Selection of Potential Gene Modules in Type 2 Diabetes. In: 8th Brazilian Symposium on Bioinformatics, 2013, Recife. Advances in Bioinformatics and Computational Biology - Lecture Notes in Computer Science. New York: Springer International Publishing, 2013. v. 8213. p. 160-169.

12.
Mendoza, M ; Fonseca, G ; Morais, G ; Alves, R. ; Bazzan, A ; Margis, R. . RFMirTarget: A Random Forest Classifier for Human miRNA Target Gene Prediction. In: Brazilian Symposium on Bioinformatics, 2012, Campo Grande. LNBI Series Advances in Bioinformatics, 2012. v. 7409. p. 97-108.

13.
ALVES, R.; FERREIRA, Pedro ; RIBEIRO, Joel ; BELO, Orlando . Detecting Abnormal Patterns in Call Graphs Based on the Aggregation of Relevant Vertex Measures. In: 12th Industrial Conference on Data Mining, 2012, Berlin. Advances in Data Mining. Applications and Theoretical Aspects, 2012. v. 7377. p. 92-102.

14.
Daniel Lichtnow ; Ana Levin ; Alves, R. ; Ignacio Medina Castello ; Luis Pulido ; Joaquin Dopazo ; Oscar Pastor ; José Palazzo Moreira de Oliveira . Using Metadata amd Web Metrics to Create a Ranking of Genomic Databases. In: IADIS WWW/Internet 2011, 2011, Rio de Janeiro. IADIS WWW/Internet 2011.

15.
Daniel Lichtnow ; ALVES, R. ; José Palazzo Moreira de Oliveira ; Ana Levin ; Oscar Pastor ; Ignacio Medina Castello ; Joaquin Dopazo . Using Papers Citations for Selecting The Best Genomic Databases. In: 30th International Conference of the Chilean Computer Science Society, 2011, Curico. The Jornadas Chilenas de Computación (JCC), 2011.

16.
ALVES, R.; BELO, Orlando . Multidimensional Data Mining. In: IV Simpósio Doutoral do Departamento de Informática, 2007, Braga. SDDI'2007, 2007.

17.
ALVES, R.; BELO, Orlando . Effective OLAP Mining of Evolving Data Marts. In: 11th International Database Engineering and Applications Symposium (IDEAS 2007), 2007, Banff, Canada. International Database Engineering and Applications Symposium, 2007. p. 120-128.

18.
FERREIRA, Pedro ; Libreloto, G. ; ALVES, R. . Discovering Co-Relations on Research Topics and Authors from the PubMed Database. In: 13th Portuguese Conference on Artificial Intelligence - EPIA'07, 2007, Guimaraes. 2nd Workshop on Text Mining and Applications, 2007.

19.
FERREIRA, Pedro ; ALVES, R. ; BELO, Orlando ; RIBEIRO, Joel . Detecting Telecommunications Fraud based on Signature Clustering Analysis. In: 13th Portuguese Conference in Artificial Intelligence - EPIA'07, 2007, Guimaraes. Workshop on Business Intelligence, 2007.

20.
ALVES, R.; BELO, Orlando ; RIBEIRO, Joel . Mining Top-K Multidimensional Gradients. In: 9th International Data Warehousing and Knowledge Discovery Conference (DaWaK), 2007, Regensburg. Lecture Notes in Computer Science - Data Warehousing and Knowledge Discovery. Heidelberg: Springer Berlin, 2007. v. 4654. p. 375-384.

21.
ALVES, R.; BELO, Orlando . Analytical Data Mining for Stream Data Analysis. In: III Simpósio Doutoral do Departamento de Informática, 2006, Braga. SDDI'2006, 2006.

22.
ALVES, R.; FERREIRA, Pedro ; BELO, Orlando ; RIBEIRO, Joel ; LOPES, João ; CORTESÃO, Luis . Discovering Telecom Fraud Situations through Mining Anomalous Behavior Patterns. In: ACM SIGKDD 2006, 2006, Philadelphia. 1st Workshop on Data Mining for Business Applications, 2006.

23.
FERREIRA, Pedro ; ALVES, R. ; BELO, Orlando ; CORTESÃO, Luis . Establishing Fraud Detection Patterns Based on Signatures. In: 6th Industrial Conference on Data Mining (ICDM), 2006, Leipzig. Lecture Notes in Computer Science (Springer)- Advances in Data Mining. Heidelberg: Springer Berlin, 2006. v. 4065. p. 526-538.

24.
ALVES, R.; BELO, Orlando . On the Computation of Maximal-Correlated Cuboids Cells. In: 8th International Data Warehousing and Knowledge Discovery Conference (DaWaK), 2006, Krakow. Lecture Notes in Computer Science - Data Warehousing and Knowledge Discovery. Heidelberg: Springer Berlin, 2006. v. 4081. p. 165-174.

25.
FERREIRA, Pedro ; ALVES, R. ; AZEVEDO, Paulo ; BELO, Orlando . A Hybrid Method to Discover Inter-Transactional Rules. In: Jornadas de Ingeniería del Software y Bases de Datos (JISBD), 2005, Granada. JISBD 2005, 2005. p. 131-138.

26.
ALVES, R.; BELO, Orlando . Programming Relational Databases for Itemset Mining over Large Transactional Tables. In: 12th Portuguese Conference on Artificial Intelligence (EPIA), 2005, Covilha. Lecture Notes in Computer Science (Springer) - Progress in Artificial Intelligence. Heidelberg: Springer Berlin, 2005. v. 3808. p. 314-324.

27.
ALVES, R.; BELO, Orlando . Mining Clickstream-based Data Cubes. In: International Conference On Enterprise Information Systems, 2004, Porto. ICEIS'2004, 2004. p. 583-586.

28.
ALVES, R.; CAVALCANTI, Fabio Torres ; FERREIRA, Pedro ; BELO, Orlando . Clickstreams, the basis to establish user navigation patterns on web sites. In: International Conference On Data Mining 2004, 2004, Malaga. Data Mining'2004, 2004. p. 87-132.

29.
ALVES, R.; LOURENÇO, Anália ; BELO, Orlando . When the Hunter Becomes the Prey - Tracking Down Web Crawlers in Clickstreams. In: Data Gadgets 2005, Bringing Up Emerging Solutions for Data Warehousing Systems, 2004, Malaga. Data Gadgets 2004, 2004.

30.
ALVES, R.; BELO, Orlando . An OLAM Approach to Analize e-commerce Clickstreams. In: 1 Simpósio Doutoral do Departamento de Informática, 2003, Braga. SDDI'2003, 2003.

Resumos publicados em anais de congressos
1.
Sacha Beaumeunier ; Jerome Audoux ; Anthony Boureux ; COMMES, T. ; Nicolas Philippe ; R. Alves . Rôle de l'apprentissage automatique dans le problème de détection d'ARN chimères. In: Journées Ouvertes en Biologie, Informatique & Mathématiques (JOBIM'15), 2015, Clemont-Ferrand. Journées Ouvertes en Biologie, Informatique & Mathématiques (JOBIM'15), 2015.

2.
RICHARD, F. ; KAJAVA, A. ; ALVES, R. . Repeat or not repeat in protein sequence? 3D structure as a decision criterion. In: Biochemical Society. Repetitive, Non-Globular Proteins: Nature to Nanotechnology conference, 2015, York. Biochemical Society. Repetitive, Non-Globular Proteins: Nature to Nanotechnology conference, 2015.

3.
ALVES, R.; FLAVIO JR, J. ; RYBARCZYK FILHO, J. L. ; COMMES, T. . TGRAMs: Tools for Transcriptograms Analysis and Visualization. In: JOURNEE POLE RABELAIS AXE INTERDISCIPLINAIRE, Modélisation et Cancer, 2015, Montpellier. JOURNEE POLE RABELAIS AXE INTERDISCIPLINAIRE, Modélisation et Cancer, 2015.

4.
Corrêa, L. H. S. ; Goés, Fabiana ; ALVES, A. ; ALVES, R. . Functional network-oriented analysis of environmental metagenomics data. In: 3ème Colloque de Génomique Environnementale Montpellier (GE2015), 2015, Montpellier. 3ème Colloque de Génomique Environnementale Montpellier (GE2015), 2015.

5.
BIAZUS, M. ; Thom, L. H. ; Alves, R. . A Systematic Review of Metagenomics Workflow Patterns. In: ISCB Latin America Conference 2014, 2014, Belo Horizonte. ISCB Latin America Conference 2014, 2014.

Apresentações de Trabalho
1.
ALVES, R.; RODRIGUEZ-BAENA, D. ; Aguilar-Ruiz, J . Gene Association Analysis of Gene Expression Data. 2010. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

2.
ALVES, R.. Transcriptomic Data Analysis: Theoretical and Practical Aspects of Gene Expression Analysis. 2010. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

3.
ALVES, R.. Métodos e algoritmos para análise de redes biológicas: "cliques" em transcriptoma e proteoma. 2010. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

4.
ALVES, R.. Uma panorama da área de Bioinformática. 2010. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

5.
ALVES, R.. Data Mining in Bioinformatics. 2010. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

6.
ALVES, R.; BELO, Orlando . Multidimensional Data Mining. 2007. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

7.
ALVES, R.. Mining Superimposed Fraud Situations in Telecommunications. 2006. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

8.
ALVES, R.; FERREIRA, Pedro ; BELO, Orlando ; RIBEIRO, Joel ; CORTESÃO, Luis ; MARTINS, Filipe ; LOPES, João . Discovering Telecom Fraud Situations through Mining Anomalous Behavior Patterns. 2006. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

9.
ALVES, R.; BELO, Orlando . On the Computation of Maximal-Correlated Cuboids Cells. 2006. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

10.
ALVES, R.; BELO, Orlando . Analytical Data Mining for Stream Data Analysis. 2006. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

11.
ALVES, R.. Extracção de padrões em bases de dados de grandes dimensões. 2005. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

12.
ALVES, R.. Frequent Pattern Mining. 2005. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

13.
ALVES, R.; BELO, Orlando . Programming Relational Databases for itemset Mining over Large Transactional Tables. 2005. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

14.
ALVES, R.; FERREIRA, Pedro ; AZEVEDO, Paulo ; BELO, Orlando . A Hybrid Method to Discover Inter-Transactional Rules. 2005. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

15.
ALVES, R.; BELO, Orlando . Mining Clickstream-based Data Cubes. 2004. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

16.
ALVES, R.; BELO, Orlando ; CAVALCANTI, Fabio Torres ; FERREIRA, Pedro . Clickstreams, the basis to establish user navigation patterns on web sites. 2004. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

17.
ALVES, R.; BELO, Orlando . An OLAM Approach to Analize e-commerce Clickstreams. 2003. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

18.
ALVES, R.. Database Marketing: Tecnologias e Aplicações. 2002. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

Outras produções bibliográficas
1.
ALVES, R.; Pasquier, C ; Christen, R . An Unified Mining Strategy for Ranking Differentially Expressed Genes from Gene Expression Data 2010 (Relatório Interno).

2.
ALVES, R.; NUNES, Daltro José . Uma Proposta de Apoio para Decisões de Grupo no Ambiente PROSOFT. Porto Alegre - RS: Editora da UFRGS, 2002 (Dissertação de Mestrado).

3.
ALVES, R.. Pertinencia de Objetos (ATOS PROSOFT) com Banco de Dados Orientado a Objetos 1999 (Relatório Interno).

4.
ALVES, R.; NUNES, Isabel Dillmann . Especificação de Alarme Automotivo Usando Lotos 1999 (Seminario Interno - CPGCC/UFRGS).

5.
ALVES, R.; NUNES, Daltro José . Ferramentas de Groupware para o Desenvolvimento de Software 1999 (Trabalho Individual de Mestrado).

6.
ALVES, R.; SILVA, Fabio . Uma Aplicação de loja virtual usando banco de dados OO (Jasmine) 1998 (Seminario Interno - CPGCC/UFRGS).

7.
ALVES, R.. PROSOFT: HowTo para Inclusão de Novos ATOS ao Ambiente PROSOFT 1998 (Relatório Interno).

8.
ALVES, R.. Elementos de Computação Cliente/Servidor com Objetos Distribuidos 1998 (Monografia de Especialização).

9.
ALVES, R.; BENTES, Wiltom Almeida . Uma Metodologia para Desenvolvimento de Software 1997 (Trabalho de Conclusão).


Produção técnica
Assessoria e consultoria
1.
ALVES, R.. Comitê revisor do livro 'Data Mining Applications with R' pela Elsevier.. 2012.

Trabalhos técnicos
1.
ALVES, R.. Revisão de artigos para o Livro Data Mining Applications with R by Elsevier. 2012.

2.
ALVES, R.. Revisão de paper o ENIA VIII - CSBC'2011. 2011.

3.
ALVES, R.. Revisão de paper para a workshop SADM10 (ICDM 10). 2010.

4.
ALVES, R.. Revisão de paper para a workshop DDDM'10 (ICDM'10). 2010.

5.
ALVES, R.. Revisão de paper para a workshop BASNA'10 (IEEE IMSAA'10). 2010.

6.
ALVES, R.. Revisão de paper para a workshop SADM?09(ICDM?09). 2009.

7.
ALVES, R.. Revisão de paper para a workshop DDDM?09(ICDM?09). 2009.

8.
ALVES, R.. Revisão de paper para a workshop MMD'08(PKDD'08). 2008.

9.
ALVES, R.. Revisão de paper para a workshop DDDM?08(ICDM'08). 2008.

10.
ALVES, R.. Revisão de paper para a workshop WAAMD 08 (SDDB-SBES 08). 2008.

11.
ALVES, R.. Revisão de paper para a conferência SDM'07. 2007.

12.
ALVES, R.. Revisão de paper para a conferência SIGMOD'07. 2007.

13.
ALVES, R.. Revisão de paper para a conferência PAKDD'07. 2007.

14.
ALVES, R.. Revisão de paper para a conferência SIRC'07. 2007.

15.
ALVES, R.. Revisão de paper para a conferência SIMS'07. 2007.

16.
ALVES, R.. Revisão de paper para a conferência SIMS'06. 2006.

17.
ALVES, R.. Revisão de paper para a conferência SIRC'06. 2006.

18.
ALVES, R.; BELO, Orlando . Integrating Pattern Growth Mining on SQL Server RDBMS. 2005.

19.
ALVES, R.. Revisão de paper para a conferência SIMS'05. 2005.

20.
ALVES, R.. Revisão de paper para a conferência SIRC'05. 2005.

21.
ALVES, R.. Comitê de programa do Data Gadgets'05. 2005.

22.
ALVES, R.; BELO, Orlando Manuel Oliveira ; LOURENÇO, Analia . A Heuristic-Regression Approach to Crawler Pattern Identification on Clickstream Data. 2004.

23.
ALVES, R.. Revisão de paper para a conferência SIMS'04. 2004.

24.
ALVES, R.. Comitê de programa do Data Gadgets'04. 2004.

25.
ALVES, R.; BELO, Orlando Manuel Oliveira . Especificação e Visualização de Modelos de Mineração de Dados baseados em PMML. 2003.

26.
ALVES, R.; BELO, Orlando Manuel Oliveira . Mineração de Dados em Sistemas Multidimensionais. 2003.


Demais tipos de produção técnica
1.
Alves, R.; Pasquier, C ; PASQUIER, N. . The Pervasiveness of Machine Learning in Omics Science. 2014. (Curso de curta duração ministrado/Outra).

2.
Thom, L. H. ; Alves, R. . Introduçãoo ao Gerenciamento de Processos de Negócio e Inteligência Artificial na Bioinformática. 2012. (Curso de curta duração ministrado/Outra).

3.
ALVES, R.. Introdução e aplicação de técnicas de aprendizado de máquina em Bioinformática. 2011. .

4.
Alves, R.. Mineração de Dados Transcriptômicos. 2011. .

5.
ALVES, R.. Gestão de Base de Dados Oracle 9i. 2004. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

6.
ALVES, R.. Tecnologias de Database Marketing. 2002. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).



Patentes e registros



Patente

A Confirmação do status de um pedido de patentes poderá ser solicitada à Diretoria de Patentes (DIRPA) por meio de uma Certidão de atos relativos aos processos
1.
 NUNES, G. L. ; OLIVEIRA, G. C. ; OLIVEIRA, R. R. M. ; ALVES, RONNIE . Overlapper ? um algoritmo para montagem de pares de sequência de DNA. 2016, Brasil.
Patente: Privilégio de Inovação. Número do registro: BR5120170002223, título: "Overlapper ? um algoritmo para montagem de pares de sequência de DNA" , Instituição de registro: INPI - Instituto Nacional da Propriedade Industrial. Depósito: 13/08/2016; Concessão: 30/05/2017.



Bancas



Participação em bancas de trabalhos de conclusão
Mestrado
1.
RAMOS, R. T. J.; MORAIS, J. M.; ALVES, R.; BARAUNA, R. A.. Participação em banca de Edian Franklin Franco de Los Santos. Abordagem Computacional para a Identificação de Genes Candidatos a Genes Housekeeping por meio de Técnicas de Aprendizado de Máquina em Dados de RNA-seq de Corynebaterium pseudotuberculosis. 2017. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Federal do Pará.

2.
FRANCES, R. S. K.; SALES JUNIOR, C. S.; Alves, R.; ARAUJO, F. P. O.. Participação em banca de Renato Renison Moreira Oliveira. GAVGA: Um Algoritmo Genético para Montagem de Genomas Virais. 2017. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Federal do Pará.

3.
ALVES, RONNIE; SALES JUNIOR, C. S.; FRANCES, R. S. K.; COUTO, D. C. C.. Participação em banca de Paulo Vitor Rodrigues Cardoso. Identificação de Regiões de Ubiquitinação Utilizando NSGA-II. 2016. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Federal do Pará.

4.
GUEDES, L. P. C.; KRITZ, M. V.; COIMBRA, R. S.; BARRETO, A. M. S.; Alves, R.. Participação em banca de Maria Fernanda Ribeiro Dias. Análise Empírica de Técnicas de Aprendizagem de Máquina para a Classificação de Sequências de Proteínas de Metarhizium anisopliae. 2014. Dissertação (Mestrado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica.

Teses de doutorado
1.
OLIVEIRA, G. C.; NICOLI, J. R.; NASCIMENTO, A. M. A.; FRANCO, G. R.; ALVES, R.. Participação em banca de Julliane Dutra Medeiros. Diversidade genética da comunidade microbiana de drenagem ácida de mina em formação. 2016. Tese (Doutorado em Genética) - Universidade Federal de Minas Gerais.

Trabalhos de conclusão de curso de graduação
1.
BAZZAN, A. L. C.; ALVARES, L. O. A.; ALVES, R.. Participação em banca de Daniel Epstein.Heurística para formação de estruturas de coalizão no simulador Robocup Rescue. 2010. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Ciência da Computação) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul.



Participação em bancas de comissões julgadoras
Concurso público
1.
BEZERRA, Fábio de Lima; Mattos, C. A.; ALVES, R.. Professor Adjunto em Sistemas de Informação e Sistemas de Conhecimento. 2014. Universidade Federal Rural da Amazônia.



Eventos



Participação em eventos, congressos, exposições e feiras
1.
III Encontro Cientifico da Rede Centro-Oeste de Biologia Computacionanal(RECOBIO).Bioinformática para análise de sequências ambientais. 2017. (Encontro).

2.
Illumina User Group Meeting - Brazil.Bioinformática para análise de sequências ambientais. 2017. (Outra).

3.
3ème Colloque de Génomique Environnementale Montpellier (GE2015).Functional network-oriented analysis of environmental metagenomics data. 2015. (Seminário).

4.
6th International Workshop on Biological Knowledge Discovery and Data Mining (BIOKDD'15). The Role of Machine Learning in Finding Chimeric RNAs. 2015. (Congresso).

5.
JOURNEE POLE RABELAIS AXE INTERDISCIPLINAIRE, Modélisation et Cancer.TGRAMs: Tools for Transcriptograms Analysis and Visualization. 2015. (Seminário).

6.
ECML-PKDD. The Pervasiveness of Machine Learning in Omics Science. 2014. (Congresso).

7.
SeqBio 2014. 2014. (Encontro).

8.
Brazilian Symposium on Bioinformatics.A Network-based Meta-analysis Strategy for the Selection of Potential Gene Modules in Type 2 Diabetes. 2013. (Simpósio).

9.
The first International Society for Computational Biology Regional Latin American. Gene Association Analysis. 2010. (Congresso).

10.
Institute of Developmental Biology and Cancer - Scientific Retreat.Urank: Unified Mining Strategy for Ranking Differen6ally Expressed Genes. 2009. (Encontro).

11.
Institute of Developmental Biology and Cancer - Scientific Retreat. 2008. (Encontro).

12.
DaWaK 2007. Mining Top-k Gradient Cells. 2007. (Congresso).

13.
DaWaK 2006. 8th International Conference on Data Warehousing and Knowledge Discovery. 2006. (Congresso).

14.
DMBA 2006. 1st Workshop on Data Mining for Business Applications. 2006. (Congresso).

15.
ICDM 2006. 6th Industrial Conference on Data Mining. 2006. (Congresso).

16.
LIACC Seminar.Mining Superiposed Fraud Situations on Telecommunications. 2006. (Seminário).

17.
EPIA 2005. 12th Portuguese Conference on Artificial Intelligence. 2005. (Congresso).

18.
JISBD 2006. X Jornadas sobre Ingeniería del Software y Bases de Datos. 2005. (Congresso).

19.
Data GadGets 2004. 1st Data GadGets Workshop, Bringing up Emerging Solutions for Data Warehousing Systems. 2004. (Congresso).

20.
Data Mining 2004. Data Mining 2004 - Fifth Internation Conference on Data Mining, Text Mining and their Business Applications. 2004. (Congresso).

21.
ICEIS 2004. 6th International Conference on Enterprise Information Systems. 2004. (Congresso).

22.
.Data Mining Methods for Large Databases. 2002. (Oficina).

23.
SBBD 2002. 2002. (Simpósio).

24.
.XVI Simpósio Brasileiro de Banco de Dados. 2001. (Simpósio).

25.
5ª CiDBM. 2001. (Congresso).

26.
. Congresso Técnico de soluções corporativas. 1999. (Congresso).

27.
.E-commerce, Estratégias para Negócios Competitivos na Internet. 1999. (Encontro).



Orientações



Orientações e supervisões em andamento
Dissertação de mestrado
1.
Roberto Brito Xavier Junior. Auto-montagem e recuperação de (meta)genomas com aprendizado por reforço.. Início: 2018. Dissertação (Mestrado profissional em Ciência da Computação) - Universidade Federal do Pará, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. (Orientador).

2.
Wendel Renan Macedo dos Santos. Auto-montagem de (meta)genomas com aprendizado profundo de k-mers. Início: 2018. Dissertação (Mestrado profissional em Ciência da Computação) - Universidade Federal do Pará, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. (Orientador).

3.
Raissa Lorena Silva da Silva. Predição de genes em metagenomas com comitês de aprendizado. Início: 2018. Dissertação (Mestrado profissional em Ciência da Computação) - Universidade Federal do Pará. (Orientador).

4.
Pedro Paulo Furtado Oliveira Junior. Técnicas de aprendizado não supervisionado em binning. Início: 2017. Dissertação (Mestrado profissional em Ciência da Computação) - Universidade Federal do Pará. (Orientador).

5.
Thiago Fernandes da Silva Oliveira. Técnicas para detecção de anomalias em transações bancárias.. Início: 2017. Dissertação (Mestrado profissional em Ciência da Computação) - Universidade Federal do Pará. (Orientador).

Tese de doutorado
1.
Jose de Sousa Ribeiro Filho. Modelos Computacionais de Aprendizagem Profunda para Identificação de RNAs Quiméricos.. Início: 2018. Tese (Doutorado em Programa de Pós-graduação em Ciência da Computação) - Universidade Federal do Pará. (Orientador).

2.
Kleber Padovani de Souza. Métodos de aprendizado de máquinas para a montagem de metagenomas.. Início: 2017. Tese (Doutorado em Programa de Pós-graduação em Ciência da Computação) - Universidade Federal do Pará, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. (Orientador).

Supervisão de pós-doutorado
1.
Gisele Lopes Nunes. Início: 2017. Instituto Tecnológico Vale, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior.


Orientações e supervisões concluídas
Dissertação de mestrado
1.
Alessandra Priscila Alves De Oliveira. GENEFINDER-TR: Um pipeline para a predição de genes em dados metatranscriptômicos. 2018. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Federal do Pará, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Ronnie Cley de Oliveira Alves.

2.
Vitor Cirilo Araujo Santos. MGCOMP: Sistema computacional multiplataforma para análise comparativa de metagenomas. 2018. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Federal do Pará, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Ronnie Cley de Oliveira Alves.

3.
Luciano de Almeida Alves. Testes em Resíduo de Estereil e Minério para Prevenção na Geração de Drenagem Ácida na Mina do Sossego, Carajás - Pará. 2018. Dissertação (Mestrado em Uso Sustentável de Recursos Naturais) - Instituto Tecnológico Vale, . Orientador: Ronnie Cley de Oliveira Alves.

4.
Leandro Henrique Santos Correa. FUNN-MG: Um pipeline para análise funcional e visual de metagenomas.. 2016. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Federal do Pará, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Ronnie Cley de Oliveira Alves.

5.
Jose Flavio de Souza Dias Junior. Uma abordagem baseada em módulos para análise de perfis de expressão diferencial de genoma completo. 2016. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Federal do Pará, . Orientador: Ronnie Cley de Oliveira Alves.

6.
Fabiana Rodrigues de Goes. GENEFINDER-MG: Um pipeline para a predição de genes em dados metagenômicos.. 2016. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Federal do Pará, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Ronnie Cley de Oliveira Alves.

7.
Sacha Beaumeunier. Rôle de l'apprentissage automatique dans le problème de détection d'ARN chimères. 2015. Dissertação (Mestrado em Master STIC pour la Santé, Bioinformatique, Connaissances, Donnees) - Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques, . Coorientador: Ronnie Cley de Oliveira Alves.

8.
Joel RIbeiro. Multidimensional Top-k Gradients. 2008. Dissertação (Mestrado em Mestrado em Sist. de Dados e Proc. Analitico) - Universidade do Minho, . Coorientador: Ronnie Cley de Oliveira Alves.

Trabalho de conclusão de curso de graduação
1.
Leandro Henrique Santos Corrêa. Um pipeline para análise funcional de comunidades microbianas em experimentos metagenômicos. 2014. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Ciência da Computação) - Universidade Federal do Pará. Orientador: Ronnie Cley de Oliveira Alves.

2.
Fabiana Rodrigues de Góes. Um pipeline para a predição de genes em experimentos metagenômicos. 2014. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Ciência da Computação) - Universidade Federal do Pará. Orientador: Ronnie Cley de Oliveira Alves.

3.
Fernando Fabio Dias Gama. Uma Estratégia de Prototipação Rápida para Visualização Analítica de Padrões Textuais.. 2014. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Sistema de Informação) - Universidade Federal do Pará. Orientador: Ronnie Cley de Oliveira Alves.

4.
Marcus Fabiano A. Mendes. Cliques consensuais em redes de co-expressão gênica em estudos de transcriptoma relacionados ao diabetes do tipo 2. 2011. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Ciências Biológicas) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul. Orientador: Ronnie Cley de Oliveira Alves.

Iniciação científica
1.
Fernando Fábio Dias Gama. Um pipeline de mineração de dados para o mapeamento dos conceitos fortemente associados aos acidentes ao longo da ferrovia Vitória-Minas.. 2013. Iniciação Científica. (Graduando em Ciência da Computação) - Universidade Federal do Pará, Fundação Amazônia Paraense de Amparo à Pesquisa. Orientador: Ronnie Cley de Oliveira Alves.

2.
Davi Padilha Mesquita. Papel evolutivo da Oxitocina na sobrevivência e reprodução de mamíferos. 2012. Iniciação Científica. (Graduando em Biotecnologia Molecular) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul. Orientador: Ronnie Cley de Oliveira Alves.

3.
Carolina Lumertz Martello. Explorando marcadores gênicos em estudos transcriptômicos relacionados ao Alzheimer. 2011. Iniciação Científica. (Graduando em Biotecnologia Molecular) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul. Orientador: Ronnie Cley de Oliveira Alves.

4.
Marcus Fabiano A. Mendes. Cliques consensuais em redes de co-expressão gênica em estudos de transcriptoma relacionados ao diabetes do tipo 2. 2010. Iniciação Científica - Universidade Federal do Rio Grande do Sul. Orientador: Ronnie Cley de Oliveira Alves.

5.
João Lopes. Mineração de Situações de Fraude em Telecom (Co-orientação). 2006. 0 f. Iniciação Científica. (Graduando em Engenharia de Sistemas e Informática) - Universidade do Minho. Orientador: Ronnie Cley de Oliveira Alves.

6.
Joel Ribeiro. Detecção de Padrões Anômalos em Telecom via Análise de Agrupamentos (Co-orientação). 2006. 0 f. Iniciação Científica. (Graduando em Engenharia de Sistemas e Informática) - Universidade do Minho. Orientador: Ronnie Cley de Oliveira Alves.

7.
Fabio Costa e Marcelo Ribeiro. Mineração de Dados Multidimensionais (Co-orientação). 2005. 0 f. Iniciação Científica. (Graduando em Engenharia de Sistemas e Informática) - Universidade do Minho. Orientador: Ronnie Cley de Oliveira Alves.

8.
Francisco Paz. Modelo de Dados para Suporte a Detecção de Fraudes em Telecom (Co-orientação). 2005. 0 f. Iniciação Científica. (Graduando em Engenharia de Sistemas e Informática) - Universidade do Minho. Orientador: Ronnie Cley de Oliveira Alves.



Inovação



Patente
1.
 NUNES, G. L. ; OLIVEIRA, G. C. ; OLIVEIRA, R. R. M. ; ALVES, RONNIE . Overlapper ? um algoritmo para montagem de pares de sequência de DNA. 2016, Brasil.
Patente: Privilégio de Inovação. Número do registro: BR5120170002223, título: "Overlapper ? um algoritmo para montagem de pares de sequência de DNA" , Instituição de registro: INPI - Instituto Nacional da Propriedade Industrial. Depósito: 13/08/2016; Concessão: 30/05/2017.


Projetos de pesquisa


Educação e Popularização de C & T



Artigos
Artigos completos publicados em periódicos
1.
RICHARD, FRANÇOIS D.2016RICHARD, FRANÇOIS D. ; Alves, Ronnie ; KAJAVA, ANDREY V. . , a scoring tool for boundary determination between repetitive and non-repetitive protein sequences. Bioinformatics, v. 1, p. btw118, 2016.



Outras informações relevantes


-Mais de 20 anos de experiência na área de sistemas de informação, atuando em pesquisa/consultoria, projetos de business intelligence, data warehousing, OLAP, data mining, data analytics nas área de varejo, telecom e omicas.
-Em Fevereiro de 2010 obteve a Qualificacao de acesso a carreira Acadêmica na França:
Qualification (MCF, n.10227205452), section 27, Informatique, Ministere de l'Enseigment Superieur et de La Recherche.
-Aprovado em Concurso (Edital n.24/2010) para Professor Adjunto do Departamento do Informática Teórica do Instituto de Informática da UFRGS com média 8,40.
-Pesquisador visitante/convidado nas seguintes Universidades:
--Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Porto Alegre, Brasil.
--Universidade do Minho, Braga, Portugal.
--University of Illinois at Urbana-Champaign, Urbana-Champaign, USA.
--Universidade Pablo de Olavide, Sevilla, Espana.
--Institut de signalisation, Biologie du Développement et Cancer, Universite de Nice Sophia Antipolis, Nice, France.
--Institut de biologie computationnelle, LIRMM, Universite Montpellier, France.



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