Fabio Ribeiro Cerqueira

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  • Última atualização do currículo em 03/12/2018


Possui graduação em ciência da computação pela Universidade Federal de Viçosa, 1996. Obteve seu mestrado também em ciência da computação pela UNICAMP, 1999, completando a primeira dissertação no Brasil em montagem de fragmentos de DNA. Em 2006, completou um curso de especialização em bioinformática na Universidade de Lisboa, ingressando a seguir no doutoramento. Obteve o grau de doutor (modalidade European Doctorate) em Informática Biomédica pela University for Health Sciences, Medical Informatics and Technology, Hall in Tyrol, Austria, 2010. De julho a agosto de 2008, integrou o grupo de biologia sistêmica do Instituto Pasteur, Paris, como pesquisador visitante para desenvolver estudos em proteômica. De agosto de 2012 a julho de 2013 realizou um pós-doutorado no LNCC em mineração de dados aplicada a ORFs curtas em bactérias. Está envolvido em projetos da área de bioinformática desde 1997, trabalhando, inicialmente, com algoritmos avançados para montagem de sequências de DNA e mapeamento físico de DNA, bem como técnicas de agrupamento (clustering) para análise de dados de micro-arranjos (microarrays). Desde 2006, devota sua pesquisa a métodos de mineração de dados e estatística aplicados a proteômica e genômica, além de projetos iniciados em 2009 envolvendo montagem de fragmentos de DNA, simulação do sistema imune e bioinformática clínica. Adicionalmente, está envolvido com projetos de mineração de dados na área de RNAs curtos em procariotos e eucariotos, bem como ORFs curtas em procariotos. (Texto informado pelo autor)


Identificação


Nome
Fabio Ribeiro Cerqueira
Nome em citações bibliográficas
CERQUEIRA, F. R.;Cerqueira, Fabio R.;Cerqueira, F.;Cerqueira, Fabio R;RIBEIRO CERQUEIRA, FÁBIO;CERQUEIRA, FÁBIO RIBEIRO;CERQUEIRA, FABIO RIBEIRO;Fábio Ribeiro Cerqueira;RIBEIRO CERQUEIRA, FABIO;RIBEIRO-CERQUEIRA, FÁBIO;RIBEIRO-CERQUEIRA, FABIO

Endereço


Endereço Profissional
Universidade Federal Fluminense, Centro Tecnológico, Escola de Engenharia de Petrópolis.
Rua Domingos Silvério s/n
Quitandinha
25650050 - Petrópolis, RJ - Brasil
Telefone: (24) 30641499


Formação acadêmica/titulação


2006 - 2010
Doutorado em Informática Biomédica.
University for Health Sciences, Medical Informatics and Technology, UMIT, Austria.
Título: New Computational Strategies for Tandem Mass Spectrometry Data Analysis in Phosphoproteomics, Ano de obtenção: 2010.
Orientador: Christian Baumgartner.
Bolsista do(a): Genomforschung in Österreich, GEN-AU, Austria.
Palavras-chave: Bioinformática; Biologia Computacional; Mineração de dados.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra
Grande Área: Engenharias / Área: Engenharia Biomédica.
Setores de atividade: Pesquisa e desenvolvimento científico.
1997 - 1999
Mestrado em Ciência da Computação.
Universidade Estadual de Campinas, UNICAMP, Brasil.
Título: Montagem de Fragmentos de DNA,Ano de Obtenção: 2000.
Orientador: João Meidanis.
Bolsista do(a): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, CNPq, Brasil.
Palavras-chave: Bioinformática; Montagem de Fragmentos de DNA; Montagem de Sequências de DNA; Biologia Computacional; Grafos; Caminhos em Grafos.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra
Setores de atividade: Informática.
2005 - 2006
Especialização em Bioinformática.
Universidade de Lisboa, UL, Portugal.
Título: Nao houve monografia.
1993 - 1996
Graduação em Informática.
Universidade Federal de Viçosa, UFV, Brasil.
Título: Problemas de Localização MinMax.
Orientador: Heleno do Nascimento Santos.
Bolsista do(a): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Minas Gerais, FAPEMIG, Brasil.
1988 - 1991
Curso técnico/profissionalizante.
Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia do Espírito Santo, IFES, Brasil.


Pós-doutorado


2012 - 2013
Pós-Doutorado.
Laboratório Nacional de Computação Científica, LNCC, Brasil.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra
Grande Área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Mineração de Dados / Especialidade: Aprendizagem automática.
Grande Área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Mineração de Dados.


Atuação Profissional



Universidade Federal Fluminense, UFF, Brasil.
Vínculo institucional

2017 - Atual
Vínculo: Servidor Público, Enquadramento Funcional: Professor adjunto, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

Atividades

03/2017 - Atual
Ensino, Engenharia de Produção, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Programação de Computadores
Modelos Probabilísticos Aplicados à Engenharia
02/2017 - Atual
Direção e administração, Centro Tecnológico, Escola de Engenharia de Petrópolis.

Cargo ou função
Coordenação dos monitores e das atividades de monitoria.
02/2017 - Atual
Conselhos, Comissões e Consultoria, Centro Tecnológico, Escola de Engenharia de Petrópolis.

Cargo ou função
Membro do colegiado do curso de Engenharia de Produção.

Programa de Pós-graduação em Ciência da Computação da UFV, PPGCC, Brasil.
Vínculo institucional

2017 - Atual
Vínculo: Pesquisador Colaborador, Enquadramento Funcional: Pesquisador Colaborador do PPGCC da UFV, Carga horária: 4


Laboratório Nacional de Computação Científica, LNCC, Brasil.
Vínculo institucional

2013 - Atual
Vínculo: Professor Visitante, Enquadramento Funcional: Pesquisador visitante, Carga horária: 16

Atividades

01/2016 - 01/2016
Ensino, Modelagem Computacional, Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
GB-500: Alinhamento de Sequências
01/2015 - 02/2015
Ensino, Modelagem Computacional, Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
Alinhamento de sequências na disciplina: GA-047 - Bioinformática I - Banco de dados do ponto de vista biológico
GB-500-178 - TEMC: Aprendizagem de Máquina e Reconhecimento de Padrões

Universidade Federal de Viçosa, UFV, Brasil.
Vínculo institucional

2009 - 2017
Vínculo: Servidor Público, Enquadramento Funcional: Professor Adjunto, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

Atividades

2/2010 - 2/2017
Ensino, Ciência da Computação, Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
Algoritmos de aprendizado de máquina
Algoritmos de aprendizado de máquina e suas aplicações em problemas de bioinformática
Estrutura de dados e algoritmos
Técnicas de pesquisa em ciência da computação
09/2009 - 2/2017
Conselhos, Comissões e Consultoria, Departamento de Informática, .

Cargo ou função
Membro da Comissão de Pesquisa do Departamento de Informática.
8/2009 - 2/2017
Pesquisa e desenvolvimento , Departamento de Informática, .

8/2009 - 2/2017
Ensino, Ciência da Computação, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Algoritmos de aprendizado de máquina
Introdução à programação
Programação I
Programação II
08/2011 - 08/2015
Conselhos, Comissões e Consultoria, Departamento de Informática, .

Cargo ou função
Membro do Núcleo Docente Estruturante - NDE - do Curso de Ciência da Computação.
04/2011 - 04/2015
Direção e administração, Departamento de Informática, .

Cargo ou função
Representante do Departamento de Informática, junto à Comissão Corordenadora do Curso de Ciência da Computação.
04/2011 - 04/2013
Conselhos, Comissões e Consultoria, Departamento de Informática, .

Cargo ou função
Membro do Comitê Interno de Seleção, Acompanhamento e Avaliação dos Programas de Iniciação Científica da UFV.
08/2009 - 08/2010
Conselhos, Comissões e Consultoria, Departamento de Informática, .

Cargo ou função
Membro do NUBIO - Núcleo de Bioinformática da UFV.

Institut Pasteur, PASTEUR, França.
Vínculo institucional

2008 - 2008
Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Pesquisador visitante, Carga horária: 40
Outras informações
Três meses trabalhando junto ao grupo de biologia sistêmica do Instituto Pasteur Paris na área de proteômica


University for Health Sciences, Medical Informatics and Technology, UMIT, Austria.
Vínculo institucional

2006 - 2008
Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Assistente de professor, Carga horária: 2
Outras informações
Assessoria ao professor em disciplinas de programação, aplicando e corrigindo tarefas práticas em laboratório.


Fundação São João Batista - mantenedora da FAACZ, FSJB, Brasil.
Vínculo institucional

2001 - 2005
Vínculo: Celetista formal, Enquadramento Funcional: Professor Assistente, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

Atividades

02/2001 - 08/2005
Pesquisa e desenvolvimento , Centro de Ciências Exatas, Departamento de Ciência da Computação e Informática.

02/2001 - 08/2005
Ensino,

Disciplinas ministradas
Construção de Compiladores
Estrutura de Dados I
Estrutura de Dados II
Inteligência Artificial
Introdução à Ciência da Computação I
Introdução à Ciência da Computação II
Linguagens Formais e Autômatos
Teoria da Computação e dos Grafos
07/2004 - 11/2004
Conselhos, Comissões e Consultoria, Centro de Ciências Exatas, .

Cargo ou função
Membro do comitê de organização da IV Escola Regional de Informática RJ/ES da Sociedade Brasileira de Computação.
08/2002 - 07/2004
Direção e administração, Centro de Ciências Exatas, Departamento de Ciência da Computação e Informática.

Cargo ou função
Coordenador do Curso de Ciência da Computação e Informática.
08/2002 - 07/2004
Extensão universitária , Centro de Ciências Exatas, .

Atividade de extensão realizada
Atividades sociais - Aulas de informática para idosos e crianças.
08/2002 - 07/2004
Extensão universitária , Centro de Ciências Exatas, .

Atividade de extensão realizada
Promoção de diversos cursos de extensão tais como programação em Java e sistema operacional Linux.
08/2002 - 07/2004
Extensão universitária , Centro de Ciências Exatas, Departamento de Ciência da Computação e Informática.

Atividade de extensão realizada
Implementação e coordenação do Gênesis, um programa para preparação de empreendedores, realizado em parceria com a TecVitoria.
08/2002 - 07/2003
Extensão universitária , Centro de Ciências Exatas, .

Atividade de extensão realizada
Criação e preparação de equipes para maratonas de programação regionais e nacionais.

Ibm, IBM, Brasil.
Vínculo institucional

2000 - 2001
Vínculo: Prestador de Serviços, Enquadramento Funcional: Analista de Sistemas O.O. Sênior, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

Atividades

9/2000 - 1/2001
Serviços técnicos especializados , Centro de Desenvolvimento de Sistemas, Centro de Competência.

Serviço realizado
Desenvolvimento de Sistemas Web O.O..

Internet Health Company do Brasil, IHC, Brasil.
Vínculo institucional

2000 - 2000
Vínculo: Servidor público ou celetista, Enquadramento Funcional: Coordenador e Analista de Sistemas Web, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

Atividades

3/2000 - 8/2000
Direção e administração, Sistemas Web Para Medicina, Desenvolvimento de Sistemas.

Cargo ou função
Coordenador e Analista de Sistemas Web.
3/2000 - 8/2000
Serviços técnicos especializados , Sistemas Web Para Medicina, Desenvolvimento de Sistemas.

Serviço realizado
Coordenação e Desenvolvimento de Sistemas Web.

Banco Bozano Simonsen, BBS, Brasil.
Vínculo institucional

1998 - 1999
Vínculo: Prestador de Serviços, Enquadramento Funcional: Coordenador e Analista de Sistemas, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.
Outras informações
Desenvolvimento de sistemas orientados a objetos em três camadas

Atividades

6/1998 - 6/1999
Direção e administração, Grupo de Crédito, Desenvolvimento de Sistemas.

Cargo ou função
Outro.
6/1998 - 6/1999
Serviços técnicos especializados , Grupo de Crédito, Desenvolvimento de Sistemas.

Serviço realizado
Coordenação e Desenvolvimento de Sistemas.


Linhas de pesquisa


1.
Algoritmos em grafos
2.
Mineração de dados
3.
Bioinformática
4.
Bioinformática
5.
Mineração de dados
6.
Aprendizado de máquina
7.
Algoritmos em grafos
8.
Informática biomédica


Projetos de pesquisa


2018 - Atual
Can deep learning algorithms revolutionize DNA sequence analysis?
Descrição: Este projeto tem como objetivo aplicar técnicas de aprendizado profundo para aprimorar a classificação de sequências de DNA, com o intuito de encontrar elementos funcionais com a abordagem AB initio, ou seja, sem consultar qualquer informação externa, de modo a possibilidade a identificação de tais elementos que sejam específicos daquela espécie estudada. Portanto, criar ferramentas computacionais que sejam complementares a análises por genômica comparativa ou por análise de transcriptoma..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (1) .
Integrantes: Fabio Ribeiro Cerqueira - Coordenador / Rafael Fernandes de Farias - Integrante.Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa.
2017 - Atual
Ecoepidemiologia da febre amarela silvestre em morcegos da Zona da Mata de Minas Gerais: investigação utilizando métodos de biologia molecular e técnicas de inteligência artificial

Projeto certificado pelo(a) coordenador(a) Rodrigo Siqueira-Batista em 03/12/2018.
Descrição: O escopo do presente projeto - desenvolvido como parceria dos seguintes laboratórios da UFV: Laboratório de Métodos Epidemiológicos e Computacionais em Saúde (LMECS), Laboratório de Imunovirologia e Laboratório de Ecofisiologia de Quirópteros (LEQ) - é investigar a ecoepidemiologia da febre amarela silvestre em morcegos da Zona da Mata Mineira, utilizando métodos de biologia molecular e técnicas de inteligência artificial..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
2016 - 2018
Data curation on sRNA prediction by means of machine learning techniques and a target-decoy search strategy
Descrição: The main objective of this work is to develop a new method for data curation on sRNA prediction by implementing a novel target-decoy search strategy for sRNA - target mRNA interactions in combination with machine learning algorithms to reach results with higher precision, sensitivity and accuracy..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) .
Integrantes: Fabio Ribeiro Cerqueira - Coordenador / Fabio Reinoso Vilca - Integrante.Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Minas Gerais - Bolsa.
2016 - 2017
Framework de mineração de dados para análise de séries temporais de eye tracking: Uma aplicação em bioética
Descrição: O objetivo principal deste projeto de pesquisa é estruturar e desenvolver um framework por meio da combinação de metodologias, possibilitando uma investigação mais eficaz dos conjuntos de dados fornecidos, inclusive pelo eye tracking, a fim de realizar uma análise comparativa e retornar as diferenças entre categorias decisórias. O método pode ser utilizado como um arcabouço matemático computacional para a criação de soluções computacionais semelhantes para qualquer cenário de interesse, desde que os dados adequados sejam fornecidos.
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) .
Integrantes: Fabio Ribeiro Cerqueira - Coordenador / Daniel Louzada Fernandes - Integrante.Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Bolsa.
2016 - 2017
Graph Representation of the Brain Biosignal Microstate Interaction
Descrição: The main objective of this study is to identify and to represent the interactionamong special signal portions of brainwaves named EEG microstates using for this purpose the graph theory. This effort has an emphasis on mental disorder classification..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) .
Integrantes: Fabio Ribeiro Cerqueira - Coordenador / Marco Antonio Pinto Orellana - Integrante.Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Minas Gerais - Bolsa.
2016 - Atual
GENÔMICA COMPARATIVA DE ISOLADOS CLÍNICOS DE ACTINOBACILLUS PLEUROPNEUMONIAE: INVESTIGANDO A PLASTICIDADE GENÔMICA E A VIRULÊNCIA DA ESPÉCIE
Descrição: OBJETIVOS GERAL Identificar diferenças genômicas entre isolados clínicos de Actinobacillus pleuropneumoniae sorotipo 8 (genômica comparativa) com específicos perfis fenotípicos, provenientes de granjas do Estado de Minas Gerais. ESPECÍFICOS 1. Identificar genes diferenciais em isolados clínicos de A. pleuropneumoniae com distintos níveis de virulência através de genômica comparativa; 2. Analisar a distribuição dos genes diferenciais em sorotipos de A. pleuropneumoniae. 3. Identificar elementos genéticos móveis, ilhas genômicas e sítios polimórficos nos genomas dos isolados clínicos de A. pleuropneumoniae e correlacioná-los com mecanismos de transferência horizontal de genes (THG); 4. Avaliar a sintenia entre os clusters gênicos envolvidos com a virulência de A. pleuropneumoniae. 5. Identificar e caracterizar o sistema CRISPR-Cas nos genomas dos isolados clínicos de A. pleuropneumoniae..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
2015 - 2016
Identificação de alvos de fatores de transcrição em estresse abiótico de plantas utilizando aprendizagem de máquina
Descrição: O objetivo do projeto é definir métodos de aprendizagem de máquina capazes de identificar alvos de fatores de transcrição em estresse biótico e abiótico de plantas.
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) .
Integrantes: Fabio Ribeiro Cerqueira - Coordenador / Alcione de Paiva Oliveira - Integrante / Elizabeth Pacheco Batista Fontes - Integrante / José Cleydson Ferreira da Silva - Integrante.Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa.
2015 - 2016
Predição de novos microRNAs utilizando a abordagem banco de dados alvo-isca associada a algoritmos de aprendizagem de máquina
Descrição: O objetivo geral do projeto é desenvolver um novo método computacional para predizer possíveis miRNAs a partir da sequência informada de um genoma. Além disso, predizer miRNAs com sensibilidade, especificidade e precisão superiores aos obtidos com métodos atuais. Por fim, disponibilizar uma ferramenta computacional onde o usuário informe uma sequência do genoma e receba como resposta os possíveis miRNAs dessa sequência..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) .
Integrantes: Fabio Ribeiro Cerqueira - Coordenador / Alcione de Paiva Oliveira - Integrante / Elizabeth Pacheco Batista Fontes - Integrante / Thales Francisco Mota Carvalho - Integrante.Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Bolsa.
2015 - Atual
Mineração de Dados Distribuídos para Plataformas Escaláveis
Descrição: Empresas e órgãos governamentais geram e armazenam cada vez mais grandes volumes de dados, o que fomenta a importância crescente da economia baseada na descoberta do conhecimento a partir dos dados obtidos. Por esse motivo, as áreas de mineração e análise de dados estão em crescente expansão e aplicação por essas instituições. Entretanto, a quantidade de dados gerada é tamanha que sua distribuição se torna imperativa. Em alguns casos, é necessário adaptar modelos obtidos de acordo com o fluxo em que os dados são gerados. Esse projeto objetiva o estudo de técnicas de mineração de dados, em especial técnicas de agrupamento, voltados para grandes quantidades de dados estáticos e de fluxo contínuo. Para isso, ele propõem a utilização de modelos de programação distribuída para generalização de técnicas bem sucedidas para conjuntos centralizados e estudo de técnicas novas..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (3) .
Integrantes: Fabio Ribeiro Cerqueira - Integrante / Murilo Coelho Naldi - Coordenador / Gilberto Viana de Oliveira - Integrante.
2014 - 2016
Virulência, identificação de diferenças genômicas e pequenos RNAs regulatórios em sorotipos de Actinobacillus pleuropneumoniae isolados no estado de Minas Gerais
Descrição: Este projeto visa o estudo e o estabelecimento de um sistema modelo de infecção Galleria mellonella e A. pleuropneumoniae, além de identificar e caracterizar genes que codificam antígenos patógeno-específicos a partir do sequenciamento e comparação de genomas de isolados clínicos provenientes do Estado de Minas Gerais. A identificação e a caracterização de genes que codificam antígenos patógeno-específico é necessária para compreender a relação destes com a virulência do patógeno e auxiliar no estabelecimento de métodos de diagnóstico e na busca por determinantes imunoprotetores eficazes que possam ser implementados em campo no futuro..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (1) / Doutorado: (2) .
Integrantes: Fabio Ribeiro Cerqueira - Integrante / Denise Mara Soares Bazzolli - Coordenador / Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos - Integrante / Cláudia de Melo Dolinski - Integrante / Elza Fernandes de Araújo - Integrante / Maria Catarina Megumi Kasuya - Integrante / Marisa Vieira de Queiroz - Integrante.Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Minas Gerais - Bolsa.
2014 - 2016
Análise de dados em proteômica shotgun usando técnicas de aprendizado de máquina
Descrição: O objetivo principal deste trabalho é aumentar a sensibilidade na identificação de proteínas em misturas complexas a partir de dados obtidos pelo processo de espectrometria de massa. Para isto, pretende-se utilizar técnicas supervisionadas e não-supervisionadas de aprendizado de máquina para mineração de dados..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) .
Integrantes: Fabio Ribeiro Cerqueira - Coordenador / Adilson Mendes Ricardo - Integrante.Número de orientações: 1
2014 - 2016
Melhoria da seletividade na predição ab-initio de pré-miRNAS através de aprendizado de máquina
Descrição: O objetivo geral do projeto é desenvolver um novo método computacional para predizer novos pré-miRNAs a partir de uma determinada sequência de DNA informada. Além disso, predizer pre-miRNAs com sensitividade e seletividade superior aos métodos existentes..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) .
Integrantes: Fabio Ribeiro Cerqueira - Coordenador / Yuri Bento Marques - Integrante.Número de orientações: 1
2014 - 2015
Estudo e desenvolvimento de uma metaheurística para o aprimoramento de agrupamento de dados aplicado a Big Data
Descrição: O objetivo geral deste trabalho é investigar e apresentar a adaptação de algoritmos de agrupamento aplicados ao modelo map reduce, a fim de possibilitar suas aplicações em conjuntos de dados distribuídos e volumosos..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) .
Integrantes: Fabio Ribeiro Cerqueira - Integrante / Murilo Coelho Naldi - Coordenador / Gilberto Viana de Oliveira - Integrante.
2014 - 2015
Simulação do sistema imunológico por meio de modelagem multiagente parelela

Projeto certificado pelo(a) coordenador(a) Alcione de Paiva Oliveira em 05/09/2014.
Descrição: O objetivo principal deste trabalho e propor um modelo de simulação do SI que utilize agentes inteligentes e funcione em uma arquitetura paralela HPC/GPU..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) .
Integrantes: Fabio Ribeiro Cerqueira - Integrante / Alcione de Paiva Oliveira - Coordenador / Ricardo dos Santos Ferreira - Integrante / Flávio Oliveira de Sousa - Integrante.
2013 - 2014
Simulação do sistema imunológico através de sistemas multiagentes: estudo da doença de Chagas

Projeto certificado pelo(a) coordenador(a) Alcione de Paiva Oliveira em 06/01/2014.
Descrição: O objetivo geral do projeto é ter um modelo de interação entre o agente causador da doença de Chagas (Trypanosoma Cruzi) e o sistema imunológico definido e implementado, na base do AutoSimune, para validar ou refutar as hipóteses..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) .
Integrantes: Fabio Ribeiro Cerqueira - Integrante / Alcione de Paiva Oliveira - Coordenador / Rodrigo Siqueira-Batista - Integrante / Luiz Alberto Santana - Integrante / Andreia Patricia Gomes - Integrante / Willian Cordeiro Farago - Integrante.Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Bolsa.
2013 - 2014
Um modelo in-silico do sistema imunológico humano para investigar doenças autoimunes e sepse

Projeto certificado pelo(a) coordenador(a) Alcione de Paiva Oliveira em 04/09/2013.
Descrição: A importância do sistema imunológico para os seres humanos, assim como a importância de buscar por seu entendimento, é claramente ilustrada pela observação clínica de indivíduos que, por terem alguma deficiência em sua resposta imunológica, tornam-se suscetíveis a infecções graves, possivelmente fatais. Apesar da sua importância, o sistema imune ainda é o tópico mais desafiador da biologia. Apesar de muito já ter sido descoberto, através de estudos in-vivo e in-vitro, muitos dos seus mecanismos e das interações de suas células continuam incógnitos para os cientistas, não podendo ser utilizados nem pela biologia e nem pela computação. Uma maneira de tentar solucionar este problema é mudar de abordagem de estudo, utilizando o que as novas tecnologias têm a oferecer, como por exemplo, utilizar modelos computacionais do sistema imune para simulá-lo, e tentar assim entender melhor o seu funcionamento. O objetivo desta proposta é o desenvolvimento um modelo computacional baseado em agentes de um sistema imunológico artificial, inspirado no sistema imunológico humano, para o estudo dos fenômenos relacionados à autoimunidade e à sepse..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (1) .
Integrantes: Fabio Ribeiro Cerqueira - Integrante / Alcione de Paiva Oliveira - Coordenador / Rodrigo Siqueira-Batista - Integrante / Flávio Oliveira de Sousa - Integrante / Andreia Patricia Gomes - Integrante.Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Bolsa.
2013 - Atual
BRAZIL- IMPERIAL COLLEGE COLLABORATION: SMALL RNAs IN Actinobacillus pleuropneumoniae - FROM IDENTIFICATION TO APPLICATION
Descrição: In swine global production, the bacterial pathogen Actinobacillus pleuropneumoniae (APP) causes significant morbidity and mortality and is a substantial burden economically. Understanding the population biology and gene regulation of APP is a prerequisite for urgently needed novel vaccine approaches. In particular, identification and understanding of the mechanisms by which bacterial non-coding small RNAs (sRNAs) control virulence gene expression is a hugely promising area that has great potential for the effective control of not only APP but also other bacterial pathogens of pigs. The aim of the strategic partnership between the UK (Imperial College London and the Royal Veterinary College - University of London) and Brazil (Universidade Federal de Viçosa and EMBRAPA Suínos e Aves) is to investigate the role of sRNAs in the virulence of and to formulate vaccines for APP and, in the long term, other bacterial pig pathogens..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Doutorado: (1) .
Integrantes: Fabio Ribeiro Cerqueira - Integrante / Denise Mara Soares Bazzolli - Coordenador / Marisa Vieira de Queiroz - Integrante / Hilário Cuquetto Mantovani - Integrante / Paul Richard Langford - Integrante / Catia Silene Klein - Integrante.
2013 - Atual
Mineração de ORFs curtas em procariotos através de uma abordagem por banco de dados alvo-isca associada a algoritmos de aprendizado de máquina
Descrição: Este projeto visa a criação de uma nova metodologia, e sua implementação como ferramenta computacional, para a mineração de dados em genomas de procariotos, apoiada por algoritmos de aprendizado de máquina, que facilite a detecção de ORFs curtas (sORFs), ou seja, ORFs que dão origem a proteı́nas com menos que 100 aminoácidos. Tais ORFs veem sendo sistematicamente negligenciadas no processo de anotação de genomas, devido à grande dificuldade de se detectá-las, não só por causa do tamanho reduzido, mas também por terem composição anômala quando comparadas com ORFs maiores. No entanto, já se tem a comprovação de que essas proteı́nas têm papel fundamental em importantes atividades celulares, a saber: sinais celulares, toxinas intracelulares, inibidores de quinase, atuação como antibiótico, papel estrutural, alteração de fluidez da membrana, dentre outros. Há ainda o registro relativamente recente de pequenas proteı́nas codificadas pelos chamados RNAs curtos (sRNAs) bifuncionais em bactérias. Hipotetiza-se que tais proteı́nas tenham importantes funções nas vias de regulação onde atuam os respectivos sRNAs. Portanto, é fundamental que as sORFs tenham sua detecção facilitada para possibilitar um conhecimento mais abrangente de organismos de interesse..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
2012 - 2014
Modelagem computacional do sistema imunológico: experimentação in silico na sepse

Projeto certificado pelo(a) coordenador(a) Rodrigo Siqueira-Batista em 07/11/2014.
Descrição: O objetivo do presente projeto é a investigação e o desenvolvimento um modelo computacional baseado em agentes, inspirado no sistema imunológico humano, para o estudo da fisiopatologia da sepse de etiologia bacteriana. O modelo será estabelecido a partir dos trabalhos já desenvolvidos pela equipe de pesquisa proponente, inicialmente dirigidos à investigação de fenômenos autoimunes. Espera-se que a modelagem computacional proposta possa colaborar para o entendimento acerca da sepse em diferentes contextos especialmente o perfil de citocinas no bojo da resposta inflamatória auxiliando a produção de conhecimento sobre esta entidade mórbida..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Mestrado acadêmico: (1) .
Integrantes: Fabio Ribeiro Cerqueira - Integrante / Alcione de Paiva Oliveira - Integrante / Maurílio de Araújo Possi - Integrante / Ricardo dos Santos Ferreira - Integrante / Rodrigo Siqueira-Batista - Coordenador / Luiz Alberto Santana - Integrante / Andreia Patricia Gomes - Integrante / Maria Goreti de Almeida Oliveira - Integrante / Felipe José Dutra Dias - Integrante.
2012 - 2013
Utilizando a mineração de dados para aprimorar a predição de genes em dados genômicos
Descrição: Explorar o uso de algoritmos de aprendizagem de máquina para a predição de genes. Fazer uso das novas informações trazidas pelas tecnologias de sequenciamento de nova geração. Desenvolver um preditor de genes mais acurado que os atuais..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) .
Integrantes: Fabio Ribeiro Cerqueira - Coordenador / Alcione de Paiva Oliveira - Integrante / Tiago Geraldo Ferreira - Integrante.Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Minas Gerais - Bolsa.
2012 - 2013
Melhoria do processo de montagem de novo de sequências de DNA obtidas de sequenciadores de nova geração
Descrição: Criar um montador de fragmentos de DNA que evite ao máximo o pré e o pós-processamento dos reads e do grafo para diminuir o tempo de processamento e que retorne melhores resultados..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (1) .
Integrantes: Fabio Ribeiro Cerqueira - Coordenador / Alcione de Paiva Oliveira - Integrante / Adriano Donato Couto - Integrante.Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Bolsa.
2012 - 2012
Novas estratégias baseadas em técnicas de mineração de dados para avaliar identificações de proteínas pelo método shotgun
Descrição: Este projeto propõe o uso de técnicas avançadas de mineração de dados, nomeadamente de algoritmos para aprendizado de máquina, no intuito de realizar uma melhor classificação de resultados de interpretação de espectros gerados por espectrometria de massa aplicada a identificação de proteínas em misturas complexas. Com tais técnicas, uma melhor linha de decisão para separar os resultados errados dos corretos será produzida, de modo a maximizar a sensibilidade sem prejudicar a precisão..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (1) .
Integrantes: Fabio Ribeiro Cerqueira - Coordenador / Lucas Lopes da Silva - Integrante.Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa.
2011 - 2013
Ferramentas para simulação do sistema imunológico utilizando sistemas multiagentes para apoio à pesquisa de doenças auto-imunes: uma extensão para reconhecimento de bactérias
Descrição: Propor um modelo extensivo para reconhecimento de bactérias, como complemento do trabalho em andamento de simulação de uma parte do sistema imunológico humano, utilizando um sistema multiagente, evidenciando sua viabilidade através de um estudo de caso de uma doença auto-imune especificada..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) .
Integrantes: Fabio Ribeiro Cerqueira - Integrante / Alcione de Paiva Oliveira - Coordenador / Carlos Antonio Bastos - Integrante.
2009 - 2013
Identificação de genes e proteínas de interesse biotecnológico em Leishmania através de análise transcriptômica e genômica comparativa
Descrição: Pretende-se analisar o genoma das espécies de Leishmania disponíveis em bancos de dados públicos (L. major, L. braziliensis e L. infantum) para identificar e classificar proteínas comuns destas espécies que não estão presentes nos hospedeiros vertebrados, bem como estabelecer vias metabólicas dependentes entre parasito e hospedeiro.
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Doutorado: (1) .
Integrantes: Fabio Ribeiro Cerqueira - Integrante / Juliana Lopes Rangel Fietto - Coordenador / Talles Eduardo Ferreira Maciel - Integrante / Márcia Rogéria de Almeida Lamêgo - Integrante / Luis Carlos Crocco Afonso - Integrante.Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Bolsa.


Revisor de periódico


2008 - Atual
Periódico: Bioinformatics (Oxford)
2011 - Atual
Periódico: Journal of Clinical Bioinformatics


Áreas de atuação


1.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Teoria da Computação/Especialidade: Bioinformática.
2.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Mineração de Dados.
3.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Mineração de Dados/Especialidade: Aprendizagem automática.
4.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Teoria da Computação/Especialidade: Teoria dos Grafos.
5.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Teoria da Computação/Especialidade: Otimização Combinatória.


Idiomas


Inglês
Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.
Espanhol
Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Razoavelmente.
Alemão
Compreende Pouco, Fala Pouco, Lê Razoavelmente.
Francês
Compreende Pouco, Fala Pouco, Lê Razoavelmente.


Prêmios e títulos


2016
Certificate of Merit for the paper: GReMLIN: a graph mining strategy to infer protein-ligand interaction patterns, International IEEE Conference on Bioinformatics and Bioengineering.
2013
Menção honrosa ao trabalho Ferramenta para simulação do sistema imunológico biológico utilizando sistemas multiagentes: Modelo do linfócito T-Regulador, Simpósio de Integração Acadêmica da UFV - SIA.


Produções



Produção bibliográfica
Artigos completos publicados em periódicos

1.
3SILVA, JOSE CLEYDSON F.2017SILVA, JOSE CLEYDSON F. ; CARVALHO, THALES F. M. ; BASSO, MARCOS F. ; DEGUCHI, MICHIHITO ; PEREIRA, WELISON A. ; SOBRINHO, ROBERTO R. ; VIDIGAL, PEDRO M. P. ; BRUSTOLINI, OTÁVIO J. B. ; SILVA, FABYANO F. ; DAL-BIANCO, MAXIMILLER ; FONTES, RENILDES L. F. ; SANTOS, ANÉSIA A. ; ZERBINI, FRANCISCO MURILO ; Cerqueira, Fabio R. ; FONTES, ELIZABETH P. B. . Geminivirus data warehouse: a database enriched with machine learning approaches. BMC BIOINFORMATICS, v. 18, p. 1-11, 2017.

2.
4FERNANDES, DANIEL L.2017FERNANDES, DANIEL L. ; SIQUEIRA-BATISTA, RODRIGO ; GOMES, ANDRÉIA P. ; SOUZA, CAMILA R. ; DA COSTA, ISRAEL T. ; CARDOSO, FELIPPE DA S.L. ; DE ASSIS, JOÃO V. ; CAETANO, GUSTAVO H.L. ; Cerqueira, Fabio R. . Investigation of the visual attention role in clinical bioethics decision-making using machine learning algorithms. PROCEDIA COMPUTER SCIENCE, v. 108, p. 1165-1174, 2017.

3.
2Silva, J. C. F.2017Silva, J. C. F. ; Carvalho, T. F. M. ; Fontes, E. P. B. ; CERQUEIRA, F. R. . Fangorn Forest (F2): a machine learning approach to classify genes and genera in the family Geminiviridae. BMC BIOINFORMATICS, v. 18, p. 431, 2017.

4.
1Carvalho, T. F. M.2017Carvalho, T. F. M. ; Silva, J. C. F. ; Calil, I. ; Fontes, E. P. B. ; CERQUEIRA, F. R. . Rama: a machine learning approach for ribosomal protein prediction in plants. Scientific Reports, v. 7, p. 1-13, 2017.

5.
6Marques, Y. B.2016Marques, Y. B. ; Vasconcelos, A. T. R. ; Oliveira, A. P. ; CERQUEIRA, F. R. . Mirnacle: machine learning with SMOTE and random forest for improving selectivity in pre-miRNA ab initio prediction. BMC Bioinformatics, v. 17, p. 53-63, 2016.

6.
5CERQUEIRA, F. R.2016CERQUEIRA, F. R.; Ricardo, A. M. ; Oliveira, A. P. ; Graber, A. ; Baumgartner, C. . MUMAL2: Improving sensitivity in shotgun proteomics using cost sensitive artificial neural networks and a threshold selector algorithm. BMC Bioinformatics, v. 17, p. 25-38, 2016.

7.
8Gomes, A. P.2016Gomes, A. P. ; MOREIRA, B. S. V. ; Dias, F. J. D. ; Inoue, V. H. B. ; Franco, G. V. S. ; Gomes, D. S. ; Oliveira, A. P. ; CERQUEIRA, F. R. ; Miguel, P. S. B. ; Santana, L. A. ; GELLER, M. ; Siqueira-Batista, R. . Plasmodium Falciparum Infection: In Silico Preliminary Studies. Abakós, v. 5, p. 63, 2016.

8.
7CABRAL, KERLA FABIANA DIAS2016CABRAL, KERLA FABIANA DIAS ; BATISTA, RODRIGO SIQUEIRA ; FERREIRA, MARCO AURÉLIO MARQUES ; CERQUEIRA, FÁBIO RIBEIRO . Análise da Eficiência na Atenção Primária à Saúde sob a Ótica dos Profissionais da Área. Revista de Gestão em Sistemas de Saúde, v. 5, p. 71-83, 2016.

9.
11SIQUEIRA-BATISTA, R.2015SIQUEIRA-BATISTA, R. ; GOMES, A. P. ; BASTOS, C. A. ; SANTOS, E. P. ; AZEVEDO, S. F. M. ; MENDES, T. A. ; OLIVEIRA, A. P. ; CERQUEIRA, F. R. ; PAULA, S. O. ; GELLER, M. . The complement system: importance in clinical practice. RBM. Revista Brasileira de Medicina (Rio de Janeiro), v. 72, p. 95-100, 2015.

10.
10GOMES, A. P.2015GOMES, A. P. ; SOUSA, F. O. ; OLIVEIRA, A. P. ; MOREIRA, B. S. V. ; FREITAS, R. B. ; CERQUEIRA, F. R. ; POSSI, M. ; BASTOS, C. A. ; SANTANA, L. A. ; SIQUEIRA-BATISTA, R. . Artificial macrophages and the human immune system computational modeling for the investigation of sepsis pathophysiology: Perspectives DOI - 10.5752/P.2316-9451.2015v3n2p54. Abakós, v. 3, p. 54-69, 2015.

11.
9MOREIRA, ALEXANDRA2015MOREIRA, ALEXANDRA ; OLIVEIRA, ALCIONE DE PAIVA ; SALOMAO, MARIA MARGARIDA M. ; CERQUEIRA, FABIO RIBEIRO . Ontological aspects in the formalisation of the FrameNet inheritance relationship. International Journal of Metadata, Semantics and Ontologies (Print), v. 10, p. 92, 2015.

12.
16Siqueira-Batista, R.2014Siqueira-Batista, R. ; CERQUEIRA, F. R. ; Gomes, A. P. ; Oliveira, A. P. ; Vitorino, R. R. ; Ferreira, R. S. ; Esperidião-Antonio, V. ; Santana, L. A. . As redes neurais artificiais e o ensino da medicina. Revista Brasileira de Educação Médica (Impresso), v. 38, p. 548-556, 2014.

13.
14BASTOS, C. A.2014BASTOS, C. A. ; PAULA SANTOS, E. ; OLIVEIRA, A. P. ; GOMES, A. P. ; CERQUEIRA, F. R. ; SANTANA, L. A. ; FERREIRA, R. S. ; SIQUEIRA-BATISTA, R. . Post-streptococcal glomerulonephritis: Immunopathological aspects and perspectives for in silico experiments. African Journal of Internal Medicine, v. 2, p. 98-106, 2014.

14.
15Siqueira-Batista, R.2014Siqueira-Batista, R. ; Gomes, A. P. ; Maia, P. M. ; Costa, I. T. ; Oliveira, A. P. ; CERQUEIRA, F. R. . Modelos de tomada de decisão em bioética clínica: apontamentos para a abordagem computacional. Revista Bioética (Impresso), v. 22, p. 456-461, 2014.

15.
12CERQUEIRA, FABIO RIBEIRO2014CERQUEIRA, FABIO RIBEIRO; FERREIRA, TIAGO GERALDO ; DE PAIVA OLIVEIRA, ALCIONE ; AUGUSTO, DOUGLAS ADRIANO ; KREMPSER, EDUARDO ; CORRÊA BARBOSA, HELIO JOSÉ ; DO CARMO CASTRO FRANCESCHINI, SYLVIA ; DE FREITAS, BRUNNELLA ALCANTARA CHAGAS ; GOMES, ANDREIA PATRICIA ; SIQUEIRA-BATISTA, RODRIGO . NICeSim: An open-source simulator based on machine learning techniques to support medical research on prenatal and perinatal care decision making. Artificial Intelligence in Medicine (Print), v. 62, p. 193-201, 2014.

16.
13SIQUEIRA-BATISTA, R.2014SIQUEIRA-BATISTA, R. ; SOUSA, F. O. ; GOMES, A. P. ; OLIVEIRA, A. P. ; OLIVEIRA, I. S. ; FARAGO, W. C. ; BASTOS, C. A. ; POSSI, M. ; SANTANA, L. A. ; CERQUEIRA, F. R. . The artificial neutrophil and a proposal of an in silico research of the immune response in human bacterial diseases. Abakós, v. 2, p. 79-91, 2014.

17.
18SIQUEIRA-BATISTA, RODRIGO2012SIQUEIRA-BATISTA, RODRIGO ; GOMES, ANDRÉIA PATRÍCIA ; AZEVEDO, SARAH FUMIAN MILWARD ; VITORINO, RODRIGO ROGER ; MENDONÇA, EDUARDO GOMES DE ; SOUSA, FLÁVIO OLIVEIRA DE ; OLIVEIRA, ALCIONE DE PAIVA ; CERQUEIRA, FÁBIO RIBEIRO ; PAULA, SÉRGIO OLIVEIRA DE ; OLIVEIRA, MARIA GORETI DE ALMEIDA . Linfócitos T CD4+CD25+ e a regulação do sistema imunológico: perspectivas para o entendimento fisiopatológico da sepse. Revista Brasileira de Terapia Intensiva (Impresso), v. 24, p. 294-301, 2012.

18.
17CERQUEIRA, F. R.;Cerqueira, Fabio R.;Cerqueira, F.;Cerqueira, Fabio R;RIBEIRO CERQUEIRA, FÁBIO;CERQUEIRA, FÁBIO RIBEIRO;CERQUEIRA, FABIO RIBEIRO;Fábio Ribeiro Cerqueira;RIBEIRO CERQUEIRA, FABIO;RIBEIRO-CERQUEIRA, FÁBIO;RIBEIRO-CERQUEIRA, FABIO2012CERQUEIRA, F. R.; Oliveira, A. P. ; FERREIRA, R. S. ; RAMOS, H. ; GRABER, A. ; BAUMGARTNER, C. . MUMAL: Multivariate analysis in shotgun proteomics using machine learning techniques. BMC Genomics, v. 13, p. S4, 2012.

19.
19Cerqueira, Fabio R.2010Cerqueira, Fabio R.; GRABER, ARMIN ; SCHWIKOWSKI, BENNO ; BAUMGARTNER, CHRISTIAN . MUDE: A New Approach for Optimizing Sensitivity in the Target-Decoy Search Strategy for Large-Scale Peptide/Protein Identification. Journal of Proteome Research (Print), v. 9, p. 2265-2277, 2010.

20.
21Osl, M.2009Osl, M. ; Dreiseitl, S. ; Cerqueira, F. ; Netzer, M. ; Pfeifer, B. ; Baumgartner, C. . Demoting redundant features to improve the discriminatory ability in cancer data. Journal of Biomedical Informatics, v. 42, p. 721-725, 2009.

21.
20Cerqueira, Fabio R.2009Cerqueira, Fabio R.; MORANDELL, SANDRA ; ASCHER, STEFAN ; MECHTLER, KARL ; HUBER, LUKAS A. ; PFEIFER, BERNHARD ; GRABER, ARMIN ; TILG, BERNHARD ; BAUMGARTNER, CHRISTIAN . Improving Phosphopeptide/protein Identification using a New Data Mining Framework for MS/MS Spectra Preprocessing. Journal of Proteomics & Bioinformatics, v. 02, p. 150-164, 2009.

22.
23CERQUEIRA, F. R.2005CERQUEIRA, F. R.; Lirio, E. . Uma proposta de algoritmo para clustering baseado em coloração de vértices e sua implementação para Análise de Dados de Microarray. Revista Educação e Tecnologia (Aracruz. Online), v. 1, p. 1-11, 2005.

23.
22CERQUEIRA, F. R.2005CERQUEIRA, F. R.; Cravo, G. . Meta-heurística Colônia de Formigas Aplicada ao Problema do Caixeiro Viajante. Revista Educação e Tecnologia (Aracruz. Online), v. 2, p. 1-12, 2005.

Capítulos de livros publicados
1.
CERQUEIRA, F. R.; Marques, Y. B. ; Carvalho, T. F. M. ; Silva, J. C. F. ; Basso, M. F. ; Morais, G. L. ; Carvalho, J. B. . Predição computacional de microRNAs em genomas (cap. 16). In: Tiago Campos Pereira. (Org.). Introdução ao mundo dos microRNAs. 1ed.São Carlos: Cubo, 2015, v. , p. 287-320.

Trabalhos completos publicados em anais de congressos
1.
Fassio, A. V. ; Santana, C. A. ; CERQUEIRA, F. R. ; Silveira, C. H. ; Romanelli, J. P. R. ; Melo-Minardi, R. C. ; Silveira, S. A. . An Interactive Strategy to Visualize Common Subgraphs in Protein-Ligand Interaction. In: 6th International Work-Conference on Bioinformatics and Biomedical Engineering (IWBBIO), 2018, Granada. Lecture Notes in Computer Science (DOI: 10.1007/978-3-319-78723-7_33), 2018. v. 10813. p. 383-394.

2.
FARAGO, WILLIAN CORDEIRO ; OLIVEIRA, ALCIONE DE PAIVA ; SIQUEIRA-BATISTA, RODRIGO ; GOMES, ANDRÉIA PATRÍCIA ; FIETTO, JULIANA LOPES RANGEL ; CERQUEIRA, FÁBIO RIBEIRO ; SANTANA, LUIZ ALBERTO . A Multiagent-based Simulation of the Infection of the Macrophage by Trypanosoma Cruzi in the Acute Phase of Chagas? Disease: Influence of the Initial Inoculum and Protozoan Escape Factor. In: 18th International Conference on Enterprise Information Systems, 2016, Rome. Proceedings of the 18th International Conference on Enterprise Information Systems. v. 2. p. 29-38.

3.
Bastos, C. A. ; Oliveira, A. P. ; CERQUEIRA, F. R. ; Possi, M. A. ; Siqueira-Batista, R. ; Gomes, A. P. ; Santana, L. A. . Multiagent-Based Simulation of the Human Immune System: A study of the immune response and antimicrobial therapy in post-streptococcal glomerulonephritis. In: The 29th International FLAIRS Conference, 2016, Key Largo. Proceedings of the Twenty-Ninth International Florida Artificial Intelligence Research Society Conference, 2016. p. 374-379.

4.
Santana, C. A. ; CERQUEIRA, F. R. ; Silveira, C. H. ; Fassio, A. V. ; Melo-Minardi, R. C. ; Silveira, S. A. . GReMLIN: a graph mining strategy to infer protein-ligand interaction patterns. In: IEEE 16th International Conference on Bioinformatics and Bioengineering (BIBE), 2016, Taichung. IEEE 16th International Conference on Bioinformatics and Bioengineering, 2016.

5.
ORELLANA, M. A. P. ; CERQUEIRA, F. R. . Patient-specific epilepsy seizure detection using random forest classification over one-dimension transformed EEG data. In: 16th International Conference on Intelligent Systems Design and Applications (ISDA), 2016, Porto. Proceedings of the 16th ISDA, 2016.

6.
Couto, A. D. ; CERQUEIRA, F. R. ; Ferreira, R. S. ; Oliveira, A. P. . Proposal of a New Method for de Novo DNA Sequence Assembly Using de Bruijn Graphs. In: 30th International Symposium on Computer and Information Sciences (ISCIS 2015), 2015, Londres. Lecture Notes in Electrical Engineering: Information Sciences and Systems 2015 (DOI: 10.1007/978-3-319-22635-4_28), 2015. v. 363. p. 307-317.

7.
Martins, F. R. ; Oliveira, A. P. ; Ferreira, R. S. ; CERQUEIRA, F. R. . Hardware Architecture Benchmarking for Simulation of Human Immune System by Multi-agents Systems. In: 13th European Conference on Multi-Agent Systems (EUMAS), 2015, Atenas. Proceedings of the 13th European Conference on Multi-Agent Systems. Switzerland: Springer International Publishing, 2015.

8.
Souza, F. O. ; Oliveira, A. P. ; Santana, L. A. ; CERQUEIRA, F. R. ; Siqueira-Batista, R. ; Gomes, A. P. . Predicting the Occurrence of Sepsis by In Silico Simulation. In: 13th Mexican International Conference on Artificial Intelligence, 2014, Tuxtla Gutiérrez. Lecture Notes in Artificial Intelligence: Nature-Inspired Computation and Machine Learning (DOI: 10.1007/978-3-319-13650-9_42), 2014. v. 8857. p. 486-498.

9.
Bastos, C. A. ; Oliveira, A. P. ; Possi, M. A. ; Santana, L. A. ; Gomes, A. P. ; Siqueira-Batista, R. ; CERQUEIRA, F. R. . Simulação do sistema imunológico por meio de sistemas multiagentes: um estudo da resposta imune na glomerulonefrite pós-infecciosa (GnPE) por Streptococcus pyogenes. In: Workshop de Informática Médica (WIM), 2013, Maceió. Anais do XIII WIM, 2013.

10.
Siqueira-Batista, R. ; Oliveira, G. A. F. ; Oliveira, A. P. ; Gomes, A. P. ; Bastos, C. A. ; Souza, F. O. ; Possi, M. A. ; CERQUEIRA, F. R. . Sistema Imune Artificial: a modelagem computacional dos linfócitos T CD4+ CD25+ para a investigação da sepse. In: Workshop de Informática Médica (WIM), 2013, Maceió. Anais do XIII WIM, 2013.

11.
Oliveira, A. P. ; Gomes, A. P. ; Siqueira-Batista, R. ; CERQUEIRA, F. R. . Imunologia da Sepse: Investigação por meio de Simulação Computacional com Sistemas Multiagentes. In: Workshop de Informática Médica (WIM), 2013, Maceió. Anais do XIII WIM, 2013.

12.
DA SILVA, CHARLES CASSIO ; DE PAIVA OLIVEIRA, ALCIONE ; DE ARAUJO POSSI, MAURILIO ; CERQUEIRA, FABIO RIBEIRO ; GOMES, ANDREIA PATRICIA ; SANTANA, LUIZ ALBERTO ; SIQUEIRA-BATISTA, RODRIGO . Immune system simulation: Modeling the mast cell. In: 2012 IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine (BIBM), 2012, Philadelphia. 2012 IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine. p. 1.

13.
COUTO, ADRIANO DONATO ; CERQUEIRA, FABIO RIBEIRO ; GUERRA, RAFAEL LUCIANO ; GONCALVES, LUCIANA BRUGIOLO ; GOULART, CARLOS DE CASTRO ; SIQUEIRA-BATISTA, RODRIGO ; FERREIRA, RICARDO DOS SANTOS ; OLIVEIRA, ALCIONE DE PAIVA . Theoretical Basis of a New Method for DNA Fragment Assembly in k-mer Graphs. In: 2012 31st International Conference of the Chilean Computer Science Society (SCCC), 2012, Valparaíso. 2012 31st International Conference of the Chilean Computer Science Society. p. 69.

14.
Silva, C. C. ; Oliveira, A. P. ; Possi, M. A. ; CERQUEIRA, F. R. ; Gomes, A. P. ; Siqueira-Batista, R. . Simulação in-silico do sistema imunológico: modelando o comportamento do mastócito. In: XXX Congresso da Sociedade Brasileira de Computação, 2012, Curitiba. Anais do XXXII Congresso da Sociedade Brasileira de Computação (CSBC), 2012, 2012.

15.
CERQUEIRA, F. R.; Ferreira, R. S. ; Oliveira, A. P. ; Ramos, H. J. O. ; Baumgartner, C. . Machine learning approach for evaluating identifications of peptides and proteins in complex mixtures. In: X-meeting: 7th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology, 2011, Florianópolis. Abstract Book, 2011.

16.
Possi, M. A. ; Oliveira, A. P. ; Chaves, C. M. G. ; Arroyo, J. E. C. ; CERQUEIRA, F. R. . An in-silico Immune System Model for Investigating Human Autoimmune Diseases. In: XXXVII Conferencia Latinoamericana de Informática (XXXVII CLEI), 2011, Quito. Proceedings Oficiales de CLEI 2011, 2011. p. 1270-1283.

17.
Campos, R. R. ; Ferreira, R. S. ; Vendramini, J. C. G. ; CERQUEIRA, F. R. . Simulation of Scale Free Gene Regulatory Networks based on Threshold Functions on GPU. In: XII Simpósio em Sistemas Computacionais de Alto Desempenho - WSCAD, 2011, Vitória. SBAC-PAD, 2011.

18.
CERQUEIRA, F. R.; Stelzer, R. . Algoritmos Genéticos Aplicados ao Mapeamento Físico de DNA. In: IV Escola Regional de Informática - Secretária Regional RJ/ES da Sociedade Brasileira de Computação, 2004, Vitória. Anais da IV Escola Regional de Informática RJ/ES. Vitória, 2004.

19.
Ribeiro, A. ; Cani, B. ; Silverio, R. R. ; CERQUEIRA, F. R. . Sistema de aquisição e manipulação de dados em LabView para supervisão e análise de protótipo de bomba de calor por absorção H2O-NH3. In: IV Escola Regional de Informática - Secretária Regional RJ/ES da Sociedade Brasileira de Computação, 2004, Vitória. Anais da IV Escola Regional de Informática RJ/ES. Vitória, 2004.

20.
CERQUEIRA, F. R.; Meidanis, J. . Algorithms for Large Scale DNA Sequencing. In: Congresso da Sociedade Brasileira de Computação, 2001, Fortaleza. SBC-SEMISH2001, 2001.

Resumos publicados em anais de congressos
1.
Carvalho, T. F. M. ; Silva, J. C. F. ; Fontes, E. P. B. ; CERQUEIRA, F. R. . Rama: A machine learning approach for ribosomal protein prediction in plants. In: X-Meeting 2015 - 11th International Conference of th AB3C + Brazilian Symposium of Bioinformatics, 2015, São Paulo. Proceedings of X-Meeting 2015, 2015. p. 107.

2.
Marques, Y. B. ; Oliveira, A. P. ; Vasconcelos, A. T. R. ; CERQUEIRA, F. R. . Mirnacle: Machine learning with SMOTE and random forest for improving selectivity in pre-miRNA ab initio prediction. In: X-Meeting 2015 - 11th International Conference of th AB3C + Brazilian Symposium of Bioinformatics, 2015, São Paulo. Proceedings of X-Meeting 2015, 2015. p. 249-249.

3.
CERQUEIRA, F. R.; Ricardo, A. M. ; Oliveira, A. P. ; Graber, A. ; Baumgartner, C. . Improving sensitivity in shotgun proteomics using cost sensitive artificial neural networks and a threshold selector algorithm. In: X-Meeting 2015 - 11th International Conference of th AB3C + Brazilian Symposium of Bioinformatics, 2015, São Paulo. Proceedings of X-Meeting 2015, 2015. p. 252-252.

4.
CERQUEIRA, F. R.; Morais, G. L. ; Vasconcelos, A. T. R. . Data mining framework to predict short ORFs in prokaryotes by means of a target-decoy database approach and machine learning techniques. In: ISCB-Latin America x-Meeting on Bioinformatics with BSB and SoiBio, 2014, Belo Horizonte. X-Meeting, 2014.

5.
Marques, Y. B. ; Oliveira, A. P. ; CERQUEIRA, F. R. . Machine learning techniques to increase selectivity in pre-miRNA prediction. In: ISCB-Latin America x-Meeting on Bioinformatics with BSB and SoiBio, 2014, Belo Horizonte. X-Meeting, 2014.

6.
Siqueira-Batista, R. ; Gomes, A. P. ; Inoue, V. H. ; Oliveira, A. P. ; Possi, M. A. ; CERQUEIRA, F. R. ; Moreira, T. R. ; Pineli, P. P. ; Freitas, R. B. ; Santana, L. A. . Artificial immune system: Prospects for research in Plasmodium falciparum malaria. In: IMMUNONATAL 2013 - XXXVIII Congress of the Brazilian Society of Immunology, 2013, Natal. IMMUNONATAL 2013, 2013. v. 1. p. 9-9.

7.
Siqueira-Batista, R. ; CERQUEIRA, F. R. . Computational support for decision making in clinical bioethics. In: X Congresso Brasileiro de Bioética, 2013, 2013, Florianópolis. Revista Brasileira de Bioética, 2013. v. 9. p. 202-203.

8.
Oliveira, A. P. ; Possi, M. A. ; Gomes, A. P. ; Souza, F. O. ; CERQUEIRA, F. R. ; Miyadahira, R. ; Siqueira-Batista, R. . Modelagem computacional do sistema imunológico para investigação da sepse. In: IX Fórum Internacional de Sepse, 2012, São Paulo. Anais do IX Fórum Internacional de Sepse, 2012.

9.
Siqueira-Batista, R. ; Gomes, A. P. ; Possi, M. A. ; Oliveira, A. P. ; Souza, F. O. ; Silva, C. C. ; Santana, L. A. ; CERQUEIRA, F. R. ; Ferreira, R. S. ; Mendonca, E. G. . Computational modeling of sepsis: perspectives for in silico investigation of antimicrobial therapy. In: II International Conference on Antimicrobial Research, 2012, Lisboa. Book of Abstracts ICAR, 2012. v. 1. p. 368-368.

10.
Gomes, A. P. ; Siqueira-Batista, R. ; Bastos, C. A. ; Possi, M. A. ; Oliveira, A. P. ; Souza, F. O. ; Silva, C. C. ; Santana, L. A. ; CERQUEIRA, F. R. ; Ferreira, R. S. ; Mendonca, E. G. . Computational modeling of Streptococcus pyogenes infection: Perspectives for in silico investigation of antimicrobial therapy in poststreptococcal glomerulonephritis. In: II International Conference on Antimicrobial Research, 2012, Lisboa. Book of Abstracts ICAR, 2012. v. 1. p. 501-501.

11.
Couto, A. D. ; CERQUEIRA, F. R. . Resolving Problematic Topologies in K-MER Graphs: A Proposal of a New Method for DNA Fragment Assembly. In: X-meeting: 7th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology, 2011, Florianópolis. Abstract Book, 2011.

12.
Bastos, C. A. ; Possi, M. A. ; Oliveira, A. P. ; CERQUEIRA, F. R. . Tool for simulation of the immune system using multi-agent systems to support the research of human autoimmune diseases - an extension for bacteria recognition. In: X-meeting: 7th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology, 2011, Florianópolis. Abstract Book, 2011.

13.
Ferreira, T. G. ; CERQUEIRA, F. R. . Using RNA-Seq data to improve automatic annotation of genomes. In: X-meeting: 7th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology, 2011, Florianópolis. Abstract Book, 2011.

14.
CERQUEIRA, F. R.. New Computational Strategy Based on Data Mining Techniques for Assessing Peptide and Protein Identifications by Shotgun Proteomics. In: X-meeting: 6th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology, 2010, Ouro Preto. X-Meeting Eletronic Abstracts Book, 2010.

15.
CERQUEIRA, F. R.; Graber, A. ; Baumgartner, C. . Optimizing the target-decoy search strategy in shotgun proteomics: Toward two-fold improvement of sensitivity in phosphopeptide/protein identification. In: X-meeting: 5th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology, 2009, Angra dos Reis. X-Meeting Eletronic Abstracts Book, 2009.

16.
CERQUEIRA, F. R.; Morandell, S. ; Ascher, S. ; Huber, L. A. ; Pfeifer, B. ; Graber, A. ; Tilg, B. ; Baumgartner, C. . Improving phosphopeptide/protein identification using a new data mining framework for MS/MS spectra preprocessing. In: Fifth International Symposium of the Austrian Proteomics Platform, 2008, Seefeld, Áustria. Proceedings of the Fifth International Symposium of the Austrian Proteomics Platform, 2008.

17.
CERQUEIRA, F. R.; Baumgartner, C. ; Tilg, B. . Improving phosphoprotein identification by means of peak classification in tandem mass spectrometry. In: Workshop on Collaborative Bioinformatics (EMBnet and RIB), 2007, Málaga, Espanha. Workshop on Collaborative Bioinformatics Proceedings, 2007.

Artigos aceitos para publicação
1.
Ribeiro, V. S. ; Santana, C. A. ; Fassio, A. V. ; CERQUEIRA, F. R. ; Silveira, C. H. ; Romanelli, J. P. R. ; Patarroyo-Vargas, A. ; Oliveira, M. G. ; Goncalves-Almeida, V. M. ; Izidoro, S. ; Melo-Minardi, R. C. . visGReMLIN: graph mining-based detection and visualization of conserved motifs at 3D protein-ligand interface at the atomic level. BMC BIOINFORMATICS, 2018.

Apresentações de Trabalho
1.
Siqueira-Batista, R. ; Gomes, A. P. ; CERQUEIRA, F. R. . BIO-ORACLE: Apoio Computacional à Tomada de Decisão em Questões Éticas. 2018. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

2.
Fassio, A. V. ; Santana, C. A. ; CERQUEIRA, F. R. ; Silveira, C. H. ; Romanelli, J. P. R. ; Melo-Minardi, R. C. ; Silveira, S. A. . An Interactive Strategy to Visualize Common Subgraphs in Protein-Ligand Interaction. 2018. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

3.
Santana, C. A. ; CERQUEIRA, F. R. ; Silveira, C. H. ; Fassio, A. V. ; Melo-Minardi, R. C. ; Silveira, S. A. . GReMLIN: A graph mining strategy to infer protein-ligand interaction patterns. 2016. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

4.
Vilca, F. R. ; Silveira, S. A. ; CERQUEIRA, F. R. . Proposal of a data mining pipeline to improve bacterial small RNA prediction. 2016. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

5.
Marques, Y. B. ; Oliveira, A. P. ; Vasconcelos, A. T. R. ; CERQUEIRA, F. R. . Mirnacle: Machine learning with SMOTE and random forest for improving selectivity in pre-miRNA ab initio prediction. 2015. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

6.
CERQUEIRA, F. R.; Ricardo, A. M. ; Oliveira, A. P. ; Graber, A. ; Baumgartner, C. . MUMAL2: Improving sensitivity in shotgun proteomics using cost sensitive artificial neural networks and a threshold selector algorithm. 2015. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

7.
Carvalho, T. F. M. ; Silva, J. C. F. ; Fontes, E. P. B. ; CERQUEIRA, F. R. . Rama: A machine learning approach for ribosomal protein prediction in plants. 2015. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

8.
Marques, Y. B. ; Oliveira, A. P. ; CERQUEIRA, F. R. . Machine learning techniques to increase selectivity in pre-miRNA prediction. 2014. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

9.
CERQUEIRA, F. R.; Morais, G. L. ; Vasconcelos, A. T. R. . Data mining framework to predict short ORFs in prokaryotes by means of a target-decoy database approach and machine learning techniques. 2014. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

10.
Siqueira-Batista, R. ; CERQUEIRA, F. R. . Computational support for decision making in clinical bioethics. 2013. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

11.
Oliveira, A. P. ; Possi, M. A. ; Gomes, A. P. ; Souza, F. O. ; CERQUEIRA, F. R. ; Miyadahira, R. ; Siqueira-Batista, R. . Modelagem computacional do sistema imunológico para investigação da sepse. 2012. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

12.
Silva, C. C. ; Oliveira, A. P. ; Possi, M. A. ; CERQUEIRA, F. R. ; Gomes, A. P. ; Siqueira-Batista, R. . Simulação in-silico do Sistema Imunológico: Modelando o comportamento do Mastócito. 2012. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

13.
Silva, C. C. ; Oliveira, A. P. ; Possi, M. A. ; CERQUEIRA, F. R. ; Gomes, A. P. ; Santana, L. A. ; Siqueira-Batista, R. . Immune System Simulation: Modeling the Mast Cell behavior. 2012. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

14.
CERQUEIRA, F. R.; Couto, A. D. ; Guerra, R. L. ; Goncalves, L. B. ; Goulart, C. C. ; Siqueira-Batista, R. ; Ferreira, R. S. ; Oliveira, A. P. . Theoretical basis of a new method for DNA fragment assembly in k-mer graphs. 2012. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

15.
CERQUEIRA, F. R.; Silva, L. L. . Novas estratégias baseadas em técnicas de mineração de dados para avaliar identificações de proteínas pelo método shotgun. 2012. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

16.
Silva, C. C. ; Oliveira, A. P. ; Possi, M. A. ; CERQUEIRA, F. R. ; Gomes, A. P. ; Siqueira-Batista, R. . Ferramenta para simulação do sistema imunológico biológico utilizando sistemas multiagentes: modelo do mastócito. 2012. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

17.
Gomes, A. P. ; Siqueira-Batista, R. ; Bastos, C. A. ; Possi, M. A. ; Oliveira, A. P. ; Souza, F. O. ; Silva, C. C. ; Santana, L. A. ; CERQUEIRA, F. R. ; Ferreira, R. S. ; Mendonca, E. G . Computational modeling of sepsis: Perspectives for in silico investigation of antimicrobial therapy. 2012. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

18.
CERQUEIRA, F. R.; Ferreira, R. S. ; Oliveira, A. P. ; Ramos, H. J. O. ; Baumgartner, C. . Machine learning approach for evaluating identifications of peptides and proteins in complex mixtures. 2011. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

19.
CERQUEIRA, F. R.; Couto, A. D. . Resolvendo topologias problemáticas em grafos k-mer: uma proposta de um novo método para montagem de fragmentos de DNA. 2011. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

20.
Possi, M. A. ; Oliveira, A. P. ; Chaves, C. M. G. ; Arroyo, J. E. C. ; CERQUEIRA, F. R. . An in-silico Immune System Model for Investigating Human Autoimmune Diseases. 2011. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

21.
Campos, R. R. ; Ferreira, R. S. ; Vendramini, J. C. G. ; CERQUEIRA, F. R. . Simulation of Scale Free Gene Regulatory Networks based on Threshold Functions on GPU. 2011. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

22.
Couto, A. D. ; CERQUEIRA, F. R. . Resolving Problematic Topologies in K-MER Graphs: A Proposal of a New Method for DNA Fragment Assembly. 2011. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

23.
Bastos, C. A. ; Possi, M. A. ; Oliveira, A. P. ; CERQUEIRA, F. R. . Tool for simulation of the immune system using multi-agent systems to support the research of human autoimmune diseases - an extension for bacteria recognition. 2011. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

24.
CERQUEIRA, F. R.; Ferreira, T. G. . Using RNA-Seq data to improve automatic annotation of genomes. 2011. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

25.
CERQUEIRA, F. R.. New Computational Strategy Based on Data Mining Techniques for Assessing Peptide and Protein Identifications by Shotgun Proteomics. 2010. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

26.
CERQUEIRA, F. R.; Graber, A. ; Baumgartner, C. . Optimizing the target-decoy search strategy in shotgun proteomics: Toward two-fold improvement of sensitivity in phosphopeptide/protein identification. 2009. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

27.
CERQUEIRA, F. R.; Baumgartner, C. . Enhancing correct phosphopeptide sequence assignments: A novel data mining approach to preprocess tandem mass spectrometry data. 2008. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

28.
CERQUEIRA, F. R.; Morandell, S. ; Ascher, S. ; Huber, L. A. ; Pfeifer, B. ; Graber, A. ; Tilg, B. ; Baumgartner, C. . Improving phosphopeptide/protein identification using a new data mining framework for MS/MS spectra preprocessing. 2008. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

29.
CERQUEIRA, F. R.; Baumgartner, C. . Data Mining for Mass Spectrometry Data Analysis in Phosphoproteomics. 2007. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

30.
CERQUEIRA, F. R.; Baumgartner, C. ; Tilg, B. . Improving phosphoprotein identification by means of peak classification in tandem mass spectrometry. 2007. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

31.
Lirio, E. ; CERQUEIRA, F. R. . Uma proposta de algoritmo para clustering baseado em coloração de vértices e sua implementação para Análise de Dados de Microarray. 2005. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

32.
Lecchi, G. ; CERQUEIRA, F. R. . Meta-heurística Colônia de Formigas Aplicada ao Problema do Caixeiro Viajante. 2005. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

33.
Ribeiro, A. ; Cani, B. ; Silverio, R. R. ; CERQUEIRA, F. R. . Sistema de aquisição e manipulação de dados em LabView para supervisão e análise de protótipo de bomba de calor por absorção H2O-NH3. 2004. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

34.
Stelzer, R. ; CERQUEIRA, F. R. . Algoritmos Genéticos Aplicados ao Mapeamento Físico de DNA. 2004. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

35.
CERQUEIRA, F. R.; Meidanis, J. . Algorithms for Large Scale DNA Sequencing. 2001. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

36.
CERQUEIRA, F. R.; Meidanis, J. . Recombination and Iteration: A Recipe for Fragment Assembly. 2001. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

37.
CERQUEIRA, F. R.; Santos, H. N. . Um Sistema Integrado com Modelos e Soluções para os Problemas de Localização e Distribuição em Redes. 1996. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).


Produção técnica
Programas de computador sem registro
1.
CERQUEIRA, F. R.; Equipe . Customização e Extensão das Ferramentas Ariba MarketPlace e Dynamic Trade para o Site Webb (B2B). 2000.

2.
CERQUEIRA, F. R.; Equipe . Conectividade entre médicos, o site Medcenter.com e seguradoras de saúde (B2B). 2000.

3.
CERQUEIRA, F. R.; Meidanis, J. . Concam: Um Sistema Para Montagem de Fragmentos de DNA. 1999.

4.
CERQUEIRA, F. R.; Equipe . Integração Banco Bozano Simonsen, Meridional e Varejo. 1998.

5.
CERQUEIRA, F. R.; Santos, H. N. . Um Sistema Integrado com Modelos e Solução Para Problemas de Localização ou Distribuição em Redes. 1996.

6.
CERQUEIRA, F. R.; Santos, H. N. . Módulo Para Solução de Problemas de Localização do Tipo MiniMax. 1996.



Patentes e registros



Programa de computador
1.
CERQUEIRA, F. R.; Silva, J. C. F. ; Carvalho, T. F. M. ; Fontes, E. P. B. . GeminivirusDW: Geminivirus Data Warehouse. 2016.
Patente: Programa de Computador. Número do registro: BR512018001087-3, data de registro: 10/07/2016, título: "GeminivirusDW: Geminivirus Data Warehouse" , Instituição de registro: INPI - Instituto Nacional da Propriedade Industrial.



Bancas



Participação em bancas de trabalhos de conclusão
Mestrado
1.
CERQUEIRA, F. R.; Ribeiro, M. H. F.; Bazzolli, D. M. S.. Participação em banca de Fabio Ivan Reinoso Vilca. PROPOSAL OF A DATA MINING PIPELINE TO IMPROVE AB INITIO PREDICTION OF BACTERIAL SMALL RNA. 2018. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Federal de Viçosa.

2.
CERQUEIRA, F. R.; Silveira, S. A.; Baracat-Pereira, M. C.. Participação em banca de Charles Abreu Santana. GReMLIN: uma estratégia baseada em mineração de subgrafos para inferir padrões de interação na interface proteína-ligante. 2017. Dissertação (Mestrado em Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Federal de Viçosa.

3.
CERQUEIRA, F. R.; Siqueira-Batista, R.; Oliveira, A. P.. Participação em banca de Daniel Louzada Fernandes. Framework de mineração de dados para análise de experimentos com eye tracking: uma aplicação em bioética. 2017. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Federal de Viçosa.

4.
CERQUEIRA, F. R.; Ribeiro, M. H. F.; Ferreira, R. S.. Participação em banca de Marco Antonio Pinto Orellana. SEIZURE DETECTION IN ELECTROENCEPHALOGRAMS USING DATA MINING AND SIGNAL PROCESSING. 2017. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Federal de Viçosa.

5.
Campello, R. J. G. B.; Naldi, M. C.; CERQUEIRA, F. R.. Participação em banca de Gilberto Viana de Oliveira. Estudo e desenvolvimento de meta-heurísticas evolutivas escaláveis para agrupamento de dados. 2016. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Federal de Viçosa.

6.
CERQUEIRA, F. R.; Fontes, E. P. B.; Silveira, S. A.; Zerbini, M. F.. Participação em banca de Jose Cleydson Ferreira da Silva. DATA WAREHOUSE ENRIQUECIDA COM MÉTODOS DE APRENDIZADO DE MÁQUINA PARA A FAMÍLIA GEMINIVIRIDAE. 2016. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Federal de Viçosa.

7.
CERQUEIRA, F. R.; Fontes, E. P. B.; Silveira, S. A.; Zerbini, M. F.. Participação em banca de Thales Francisco Mota Carvalho. MÉTODOS DE MINERAÇÃO DE DADOS PARA EXTRAÇÃO DE CONHECIMENTO EM BIOINFORMÁTICA: APLICAÇÃO EM DADOS DE GEMINIVIRUS E PREDIÇÃO DE NOVAS PROTEÍNAS RIBOSSOMAIS. 2016. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Federal de Viçosa.

8.
Ferreira, M. A. M.; CERQUEIRA, F. R.; Siqueira-Batista, R.; Ferreira Junior, S.; Silva, E. A.. Participação em banca de Kerla Fabiana Dias Cabral. Desempenho da Atenção Primária à Saúde em Minas Gerais: uma análise à luz de técnicas quantitativas e qualitativas. 2015. Dissertação (Mestrado em Administração) - Universidade Federal de Viçosa.

9.
CERQUEIRA, F. R.; Fontes, E. P. B.; Ferreira, R. S.; Silveira, S. A.. Participação em banca de Yuri Bento Marques. MIRNACLE: APRENDIZAGEM DE MÁQUINA UTILIZANDO SMOTE E RANDOM FOREST PARA PROVER AUMENTO DA SELETIVIDADE NA PREDIÇÃO AB INITIO DE PRE-MIRNAS. 2015. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Federal de Viçosa.

10.
CERQUEIRA, F. R.; Oliveira, A. P.; Ramos, H. J. O.. Participação em banca de Adilson Mendes Ricardo. MELHORIA DA SENSIBILIDADE EM DADOS DE PROTEÔMICA SHOTGUN USANDO REDES NEURAIS ARTIFICIAIS SENSÍVEIS AO CUSTO E O ALGORITMO THRESHOLD SELECTOR. 2015. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Federal de Viçosa.

11.
CERQUEIRA, F. R.; Barreto, A. M. S.; Barbosa, H. J. C.. Participação em banca de Igor Magalhães Ribeiro. Métodos kernel de redução de dimensionalidade aplicados ao problema de classificação metagenômica baseado em composição utilizando máquinas de vetores de suporte. 2014. Dissertação (Mestrado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica.

12.
CERQUEIRA, F. R.; Vasconcelos, A. T. R.; Nicolás, M. F.. Participação em banca de Caio Padoan de Sá Godinho. Predição in silico de RNAs não codificantes na bactéria Mycoplasma hyopneumoniae. 2014. Dissertação (Mestrado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica.

13.
CERQUEIRA, F. R.; Oliveira, A. P.; Siqueira-Batista, R.; Santana, L. A.. Participação em banca de Flávio Oliveira de Sousa. Simulação do sistema imunológico biológico utilizando sistemas multi-agentes para compreensão dos mecanismos da sepse. 2014. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Federal de Viçosa.

14.
CERQUEIRA, F. R.; Fietto, J. L. R.; Ferreira, R. S.. Participação em banca de Adriano Donato Couto. Proposta de uma nova abordagem para o processo de montagem de novo de sequências de DNA obtidas de sequenciadores de nova geração. 2014. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Federal de Viçosa.

15.
CERQUEIRA, F. R.; Siqueira-Batista, R.; Oliveira, A. P.. Participação em banca de Tiago Geraldo Ferreira. NICeSim: um simulador interativo baseado em técnicas de aprendizado de máquina para avaliação de recém-nascidos prematuros em UTI neonatal. 2014. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Federal de Viçosa.

16.
CERQUEIRA, F. R.; Gomes, A. P.; Oliveira, A. P.. Participação em banca de Carlos Antonio Bastos. Simulação computacional do sistema imunológico através de sistemas multiagentes: um estudo da resposta imune e da terapêutica antimicrobiana na glomerulonefrite pós-estreptocócica (GnPE). 2013. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Federal de Viçosa.

17.
CERQUEIRA, F. R.; Filho, J. L.; Bastos, L. N.. Participação em banca de Eduardo Siqueira Martins. Aplicação do processo de descoberta de conhecimento em base de dados a metadados textuais de infraestrutura de dados espaciais. 2012. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Federal de Viçosa.

18.
CERQUEIRA, F. R.; Oliveira, A. P.; Braga, J. L.; Rocha, M. N.; Villela, R. M. M. B.. Participação em banca de Bruna Carolina de Melo Catossi. Procedimento de Validação de Diagrama de Classes de Domínio Baseado em Análise Ontológica para Relacionamento de Agregação. 2010. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Federal de Viçosa.

Teses de doutorado
1.
Bazzolli, D. M. S.; CERQUEIRA, F. R.; MANTOVANI, H. C.; Bosse, J. T.; Langford, P. R.. Participação em banca de Ciro César Rossi. Identificação de pequenos RNAs regulatórios e desenvolvimento de um marcador molecular para a detecção de Actinobacillus pleuropneumoniae. 2015. Tese (Doutorado em Microbiologia Agrícola) - Universidade Federal de Viçosa.

2.
CERQUEIRA, F. R.; Fietto, J. L. R.; Nascimento, M.; Fietto, L. G.; Ruiz, J. C.. Participação em banca de Talles Eduardo Ferreira Maciel. Transcriptoma de Leishmania (v.) braziliensis por RNA-Seq: montagem de transcriptomas, enriquecimento de orfeoma, análise de expressão e anotação dos genes diferencialmente expressos. 2014. Tese (Doutorado em Bioquimica Agricola) - Universidade Federal de Viçosa.

Qualificações de Doutorado
1.
Oliveira, L. C.; Krempser, E.; Chame, M.; CERQUEIRA, F. R.. Participação em banca de Livia dos Santos Abdalla. Modelagem baseada em dados epidemiológicos, ambientais e socioeconômicos para a distribuição de zoonoses: um estudo de caso da febre amarela silvestre no brasil. 2017. Exame de qualificação (Doutorando em Engenharia de Defesa) - Instituto Militar de Engenharia.

2.
Siqueira-Batista, R.; Silva, E.; CERQUEIRA, F. R.; Bittencourt-Costa, J. R.; Rego, S.. Participação em banca de Luís Cláudio de Souza Motta. Bioética clínica e Atenção Primária à Saúde: apoio computacional à tomada de decisão. 2015. Exame de qualificação (Doutorando em BIOÉTICA, ÉTICA APLICADA E SAÚDE COLETIVA) - Universidade Federal do Rio de Janeiro.

3.
CERQUEIRA, F. R.; Bazzolli, D. M. S.; Queiroz, M. V.; MANTOVANI, H. C.. Participação em banca de Ciro César Rossi. Identificação de pequenos RNAs regulatórios que interagem com a proteína Hfq em Actinobacillus pleuropneumoniae. 2014. Exame de qualificação (Doutorando em Microbiologia Agrícola) - Universidade Federal de Viçosa.

4.
CERQUEIRA, F. R.; Fietto, J. L. R.; Bressan, G. C.; Silva, E. A. M.; Nascimento, M.. Participação em banca de Talles Eduardo Ferreira Maciel. Transcriptoma de Leishmania braziliensis por RNASeq: identificação de genes e proteínas de interesse biológico. 2011. Exame de qualificação (Doutorando em Bioquimica Agricola) - Universidade Federal de Viçosa.

5.
CERQUEIRA, F. R.; Fontes, E. P. B.; Silva, F. F.; Fietto, L. G.; Fietto, J. L. R.. Participação em banca de Otávio José Bernardes Brustolini. Análise e mineração de dados de transcriptoma de tomateiro provenientes de técnicas de mRNASeq com abordagens algorítimicas e estatísticas. 2011. Exame de qualificação (Doutorando em Bioquimica Agricola) - Universidade Federal de Viçosa.



Participação em bancas de comissões julgadoras
Concurso público
1.
CERQUEIRA, F. R.; Filho, J. L.; Fonseca Neto, J. R.. Concurso para Professor Classe A ? com denominação Adjunto A ? I DE / Inteligência Artificial e Mineração de Dados. 2016. Universidade Federal de Viçosa.

2.
CERQUEIRA, F. R.; Carvalho, B. S.; Pinheiro, D. G.. Concurso para Professor Classe A ? com denominação Adjunto A ? I DE / Bioinformática. 2016. Universidade Federal de Viçosa.



Eventos



Organização de eventos, congressos, exposições e feiras
1.
CERQUEIRA, F. R.. XXI Semana de Monitoria. 2018. (Concurso).

2.
CERQUEIRA, F. R.. XX Semana de Monitoria. 2017. (Concurso).



Orientações



Orientações e supervisões em andamento
Iniciação científica
1.
Rafael Fernandes de Farias. Can deep learning algorithms revolutionize DNA sequence analysis?. Início: 2018. Iniciação científica (Graduando em Engenharia de Produção) - Universidade Federal Fluminense, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. (Orientador).


Orientações e supervisões concluídas
Dissertação de mestrado
1.
Fabio Ivan Reinoso Vilca. PROPOSAL OF A DATA MINING PIPELINE TO IMPROVE AB INITIO PREDICTION OF BACTERIAL SMALL RNA. 2018. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Federal de Viçosa, . Orientador: Fabio Ribeiro Cerqueira.

2.
Daniel Louzada Fernandes. Framework de mineração de dados para análise de experimentos com eye tracking: uma aplicação em bioética. 2017. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Federal de Viçosa, . Orientador: Fabio Ribeiro Cerqueira.

3.
Marco Antonio Pinto Orellana. SEIZURE DETECTION IN ELECTROENCEPHALOGRAMS USING DATA MINING AND SIGNAL PROCESSING. 2017. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Federal de Viçosa, . Orientador: Fabio Ribeiro Cerqueira.

4.
Charles Abreu Santana. GREMLIN: UMA ESTRATÉGIA BASEADA EM MINERAÇÃO DE SUBGRAFOS PARA INFERIR PADRÕES DE INTERAÇÃO NA INTERFACE PROTEÍNA-LIGANTE. 2017. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Federal de Viçosa, . Coorientador: Fabio Ribeiro Cerqueira.

5.
José Cleydson Ferreira da Silva. Data warehouse enriquecido com métodos de aprendizado de máquina para a família geminiviridae. 2016. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Federal de Viçosa, . Orientador: Fabio Ribeiro Cerqueira.

6.
Thales Francisco Mota Carvalho. Métodos de mineração de dados para extração de conhecimento em bioinformática: aplicação em dados de geminivirus e predição de novas proteínas ribossomais. 2016. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Federal de Viçosa, . Orientador: Fabio Ribeiro Cerqueira.

7.
Adilson Mendes Ricardo. Melhoria da sensibilidade em dados de proteômica shotgun usando redes neurais artificiais sensíveis ao custo e o algoritmo threshold selector. 2015. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Federal de Viçosa, . Orientador: Fabio Ribeiro Cerqueira.

8.
Yuri Bento Marques. Mirnacle: Aprendizagem de máquina utilizando SMOTE e Random Forest para prover aumento da seletividade na Predição ab initio de pre-miRNAs. 2015. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Federal de Viçosa, . Orientador: Fabio Ribeiro Cerqueira.

9.
Fábio Rodrigues Martins. Simulação do sistema imunológico por meio de modelagem multiagente paralela. 2015. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Federal de Viçosa, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Coorientador: Fabio Ribeiro Cerqueira.

10.
Kerla Fabiana Dias Cabral. Desempenho da Atenção Primária à Saúde em Minas Gerais: uma análise à luz de técnicas quantitativas e qualitativas. 2015. Dissertação (Mestrado em Administração) - Universidade Federal de Viçosa, . Coorientador: Fabio Ribeiro Cerqueira.

11.
Adriano Donato Couto. Proposta de uma nova abordagem para o processo de montagem de novo de sequências de DNA obtidas de sequenciadores de nova geração. 2014. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Federal de Viçosa, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Fabio Ribeiro Cerqueira.

12.
Tiago Geraldo Ferreira. NICeSim: um simulador interativo baseado em técnicas de aprendizado de máquina para avaliação de recém-nascidos prematuros em UTI neonatal. 2014. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Federal de Viçosa, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Minas Gerais. Orientador: Fabio Ribeiro Cerqueira.

13.
Flávio Oliveira de Sousa. Simulação do sistema imunológico biológico utilizando sistemas multi-agentes para compreensão dos mecanismos da sepse. 2014. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Federal de Viçosa, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Coorientador: Fabio Ribeiro Cerqueira.

14.
Willian Cordeiro Farago. Simulação baseada em sistemas multiagentes da infecção de macrófagos pelo trypanosoma cruzi na fase aguda da doença de chagas: influência do inóculo inicial e do fator de escape. 2014. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Federal de Viçosa, . Coorientador: Fabio Ribeiro Cerqueira.

15.
Carlos Antonio Bastos. Ferramenta para simulação do sistema imunológico utilizando sistemas multia-gentes para apoio à pesquisa de doenças auto-imunes: uma extensão para reconhecimento de bactérias. 2013. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Federal de Viçosa, . Coorientador: Fabio Ribeiro Cerqueira.

16.
Maurilio de Araujo Possi. Ferramenta para simulação do sistema imunológico biológico utilizando sistemas multi-agentes: um estudo de caso de doenças auto-imunes. 2012. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Federal de Viçosa, . Coorientador: Fabio Ribeiro Cerqueira.

Trabalho de conclusão de curso de graduação
1.
Gian Piere Vallejos Bardales. Desenvolvimento de um simulador amigável baseado em aprendizagem de máquina para suporte à tomada de decisão médica: um estudo de caso para a sepse. 2015. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Ciência da Computação) - Universidade Federal de Viçosa. Orientador: Fabio Ribeiro Cerqueira.

2.
Edson Fernandes Lirio. Proposta de um Algoritmo de Clustering Baseado em Coloração de Vértices e sua Implementação para Análise de Dados de Microarray. 2005. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Ciência da Computação) - Fundação São João Batista - mantenedora da FAACZ. Orientador: Fabio Ribeiro Cerqueira.

3.
Francisco Cuzzuol Pitol. Um Modelo para Construção de Sistemas de Apoio à Realização de Diagnósticos. 2005. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Ciência da Computação) - Fundação São João Batista - mantenedora da FAACZ. Orientador: Fabio Ribeiro Cerqueira.

4.
Renarde Bergamo Paiva Stelzer. Algoritmos Genéticos Aplicados ao Mapeamento Físico de DNA. 2004. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Ciência da Computação) - Fundação São João Batista - mantenedora da FAACZ. Orientador: Fabio Ribeiro Cerqueira.

5.
Edgard Antonio Caliman Oliveira. Realidade Virtual Aplicada a Treinamento. 2004. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Ciência da Computação) - Fundação São João Batista - mantenedora da FAACZ. Orientador: Fabio Ribeiro Cerqueira.

6.
Bruno Dias Gomes. Estudo da Meta-Heurística Algoritmos Genéticos por Meio do Jogo de Damas. 2004. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Ciência da Computação) - Fundação São João Batista - mantenedora da FAACZ. Orientador: Fabio Ribeiro Cerqueira.

7.
Bruno Carlos Cani. Propriedades Termodinâmicas da Mistura H2O-NH3 em Labview para a Simulação de um Protótipo Experimental de Bomba de Calor por Absorção. 2004. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Ciência da Computação) - Fundação São João Batista - mantenedora da FAACZ. Orientador: Fabio Ribeiro Cerqueira.

8.
Alex Andrade Ribeiro. Sistema de Aquisição, Amostragem e Armazenamento de Dados de um Protótipo Experimental de Bomba de Calor por Absorção. 2004. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Ciência da Computação) - Fundação São João Batista - mantenedora da FAACZ. Orientador: Fabio Ribeiro Cerqueira.

Iniciação científica
1.
Lucas Lopes da Silva. Novas estratégias baseadas em técnicas de mineração de dados para avaliar identificações de proteínas pelo método shotgun. 2012. Iniciação Científica. (Graduando em Ciência da Computação) - Universidade Federal de Viçosa, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Fabio Ribeiro Cerqueira.

2.
Gildásio Lecchi Cravo. Meta-Heurística Colônia de Formigas Aplicada ao Problema do Caixeiro Viajante. 2005. Iniciação Científica. (Graduando em Ciência da Computação) - Fundação São João Batista - mantenedora da FAACZ. Orientador: Fabio Ribeiro Cerqueira.

Orientações de outra natureza
1.
Hugo Leonardo Benitez García. Bioinformática como ferramenta para simulação de população de artrópodes.. 2013. Orientação de outra natureza. (Ciência da Computação) - Universidade Federal de Viçosa, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Fabio Ribeiro Cerqueira.



Inovação



Programa de computador registrado
1.
CERQUEIRA, F. R.; Silva, J. C. F. ; Carvalho, T. F. M. ; Fontes, E. P. B. . GeminivirusDW: Geminivirus Data Warehouse. 2016.
Patente: Programa de Computador. Número do registro: BR512018001087-3, data de registro: 10/07/2016, título: "GeminivirusDW: Geminivirus Data Warehouse" , Instituição de registro: INPI - Instituto Nacional da Propriedade Industrial.


Projetos de pesquisa



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