Milton Yutaka Nishiyama Junior

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  • Última atualização do currículo em 04/12/2018


Doutor em Bioinformática pela Universidade de São Paulo. Pesquisador Associado e responsável pelo parque computacional do Grupo de Bioinformática e Biologia Computacional dos projetos CeTICS, BIOTA e CENTD no Laboratório Especial de Toxinologia Aplicada (LETA). Tem experiência em áreas multidisciplinares, com ênfase em animais venenosos, doenças epidêmicas e descoberta do conhecimento, atuando no desenvolvimento e aplicação de métodos computacionais e estatísticos para integração de dados a partir de dados ômicos de larga escala, peptídeos bioativos e prospecção de dados. (Texto informado pelo autor)


Identificação


Nome
Milton Yutaka Nishiyama Junior
Nome em citações bibliográficas
Nishiyama-Junior, M. Y.;Nishiyama, Milton Y;NISHIYAMA JR., MILTON YUTAKA;Nishiyama-Junior, Milton Yutaka;Nishiyama, Milton Y.;Nishiyama, Milton Yutaka;Milton Yutaka Nishiyama-Jr;Milton Y. Nishiyama Jr.;NISHYIAMA, M. Y.;Nishiyama, Milton;Nishy;Milton Y Nishyiama;NISHIYAMA JR, MILTON Y.;NISHIYAMA, M. Y.;NISHIYAMA-JR, M. Y.;NISHIYAMA-JR, M.Y.;NISHIYAMA-JR, MILTON Y;NISHIYAMA-JR, MILTON Y.;NISHIYAMA-JÚNIOR, MILTON YUTAKA;NISHIYAMA JÚNIOR, MILTON Y.

Endereço


Endereço Profissional
Instituto Butantan, Laboratório Especial de Toxinologia Aplicada (LETA).
Av. Vital Brasil, 1500
Butantan
05508900 - São Paulo, SP - Brasil
Telefone: (5511) 26279731
Ramal: 215
URL da Homepage: http://cetics.butantan.gov.br


Formação acadêmica/titulação


2009 - 2015
Doutorado em Bioinformática.
Universidade de São Paulo, USP, Brasil.
Título: Desenvolvimento da Plataforma CaneRegNet para Anotação Funcional e Análises do Transcriptoma da Cana-de-açúcar, Ano de obtenção: 2015.
Orientador: Glaucia Mendes Souza.
Coorientador: João Eduardo Ferreira.
Bolsista do(a): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior, CAPES, Brasil.
Palavras-chave: Bioinformática; Bancos de dados; Analises de Expressao Genica; Transcriptoma; cana-de-açúcar; Reconhecimento de Padroes.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra
Grande Área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Metodologia e Técnicas da Computação / Especialidade: Banco de Dados.
Grande Área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: biologia computacional.
1996 - 1999
Graduação em Licenciatura Plena Em Matematica.
Universidade Federal de São Carlos, UFSCAR, Brasil.




Atuação Profissional



The Ohio State University, OSU, Estados Unidos.
Vínculo institucional

2008 - 2008
Vínculo: bolsista, Enquadramento Funcional: pesquisador, Carga horária: 48, Regime: Dedicação exclusiva.
Outras informações
Catalogacao e Curagem de Fatores de Transcricao para Gramineas (Milho, Arroz, Sorgo e Cana) Desenvolvimento de Banco de dados e Ferramentas paras analises de Fatores de Transcricao, Promotores e elementos regulatorios Desenvolvimento de pipeline para analise de ChIP-Seq


Instituto Uniemp, UNIEMP, Brasil.
Vínculo institucional

2005 - 2008
Vínculo: Tecnico de Bioinformatica, Enquadramento Funcional: Tecnico, Carga horária: 40
Outras informações
Desenvolvimento de ferramentas e Bancos de Dados, Pesquisas e Análises em Bioinformática com Chips de Micro-Array e RT-PCR.


Universidade de São Paulo, USP, Brasil.
Vínculo institucional

2016 - Atual
Vínculo: Colaborador, Enquadramento Funcional: Pesquisador Associado, Carga horária: 4
Outras informações
Colaborador como Pesquisador Associado no Projeto Temático: "Redes regulatórias e sinalização associadas à cana energia", Processo FAPESP: 14/50921-8

Vínculo institucional

2000 - 2003
Vínculo: Técnico em Bioinformática, Enquadramento Funcional: Técnico de Nível Superior, Carga horária: 40
Outras informações
Administração de Computadores, Desenlvimento de ferramentas e análises do Projeto Genoma Humano do Câncer, Administração e análises do Projeto Genoma de Schistosoma mansoni


Instituto Ludwig de Pesquisa sobre o Câncer, ILPC, Brasil.
Vínculo institucional

2004 - 2005
Vínculo: Analista de Sistemas, Enquadramento Funcional: Analista e Programador, Carga horária: 40
Outras informações
Atuando na área de desenvolvimento de softwares, clusters de Linux e principalmente na Pesquisa em Bioinformática para o estudo e análises de alternative splicing e de Câncer do Genoma Humano, no laboratório de Biologia Computacional


Cooperativa de trabalho dos pesquisadores, docentes, tecnologos e pessoal, COOPQ, Brasil.
Vínculo institucional

2003 - 2005
Vínculo: Técnico em Bioinformática, Enquadramento Funcional: Técnico de Nível Superior, Carga horária: 40
Outras informações
Administração de Sistemas, Desenvolvimento de softwares para análises em Bioinformática em Projeto Genoma de Bactérias, estudos de Genômica de Fitopatógenos


Instituto Butantan, IBU, Brasil.
Vínculo institucional

2015 - Atual
Vínculo: Colaborador, Enquadramento Funcional: Pesquisador Associado, Carga horária: 6
Outras informações
Colaborador como Pesquisador Associado do Projeto: "Rational approach for searching molecular targets involved in inflammatory events and cell survival", processo FAPESP: 15/50040-4

Vínculo institucional

2013 - Atual
Vínculo: Celetista, Enquadramento Funcional: Pesquisador Associado, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

Vínculo institucional

2003 - 2003
Vínculo: Free Lancer, Enquadramento Funcional: Free Lancer, Carga horária: 40
Outras informações
Administração de Sistemas, Desenvolvimento e Instalação de softwares para análises em Bioinformática

Atividades

09/2013 - Atual
Pesquisa e desenvolvimento , Laboratório Especial de Toxinologia Aplicada (LETA), .



Linhas de pesquisa


1.
Desenvolvimento de métodos e análises de dados de transcriptomica
2.
Bancos de dados e ambientes para integração e análise de dados de ômicas
3.
Análises funcional e estrutural de organismos não-modelo


Revisor de periódico


2016 - Atual
Periódico: PeerJ
2017 - Atual
Periódico: PLoS One


Áreas de atuação


1.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Matemática da Computação/Especialidade: Bioinformatica.
2.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Probabilidade e Estatística / Subárea: Probabilidade e Estatística Aplicadas/Especialidade: Microarray.
3.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Metodologia e Técnicas da Computação.
4.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Probabilidade e Estatística / Subárea: Probabilidade e Estatística Aplicadas.


Idiomas


Inglês
Compreende Bem, Fala Razoavelmente, Lê Bem, Escreve Bem.
Espanhol
Compreende Razoavelmente, Fala Razoavelmente, Lê Razoavelmente, Escreve Pouco.


Prêmios e títulos


2018
Melhor Trabalho na VI Interonco, Congresso das Ligas de Oncologia - Centro Universitário São Camilo.
2013
Award for Best paper, International Society of Sugar cane Technologists.


Produções



Produção bibliográfica
Citações

Web of Science
Total de trabalhos:29
Total de citações:968
Fator H:14
Nishiyama Junior, Milton Y  Data: 15/05/2018

SCOPUS
Total de trabalhos:24
Total de citações:1062
Nishiyama, Miltonyutaka; Nishiyama-Jr, Milton Y.; Nishiyama, M. Y.  Data: 25/11/2013

Artigos completos publicados em periódicos

1.
AMAZONAS, DIANA R.2018AMAZONAS, DIANA R. ; PORTES-JUNIOR, JOSÉ A. ; NISHIYAMA-JR, MILTON Y. ; NICOLAU, CAROLINA A. ; CHALKIDIS, HIPÓCRATES M. ; MOURÃO, ROSA H.V. ; GRAZZIOTIN, FELIPE G. ; ROKYTA, DARIN R. ; LISLE GIBBS, H. ; VALENTE, RICHARD H. ; JUNQUEIRA-DE-AZEVEDO, INÁCIO L.M. ; MOURA-DA-SILVA, ANA M. . Molecular mechanisms underlying intraspecific variation in snake venom. Journal of Proteomics, v. 178, p. 20-40, 2018.

2.
DE OLIVEIRA, URSULA CASTRO2018DE OLIVEIRA, URSULA CASTRO ; Nishiyama, Milton Yutaka ; DOS SANTOS, MARIA BEATRIZ VIANA ; SANTOS-DA-SILVA, ANDRIA DE PAULA ; CHALKIDIS, HIPÓCRATES DE MENEZES ; SOUZA-IMBERG, ANDREIA ; CANDIDO, DENISE MARIA ; YAMANOUYE, NORMA ; DORCE, VALQUÍRIA ABRÃO CORONADO ; JUNQUEIRA-DE-AZEVEDO, INÁCIO DE LOIOLA MEIRELLES . Proteomic endorsed transcriptomic profiles of venom glands from Tityus obscurus and T. serrulatus scorpions. PLoS One, v. 13, p. e0193739, 2018.

3.
BENSAOUD, CHAIMA2018BENSAOUD, CHAIMA ; Nishiyama, Milton Yutaka ; BEN HAMDA, CHERIF ; LICHTENSTEIN, FLAVIO ; CASTRO DE OLIVEIRA, URSULA ; Faria, Fernanda ; LOIOLA MEIRELLES JUNQUEIRA-DE-AZEVE, INÁCIO ; GHEDIRA, KAIS ; BOUATTOUR, ALI ; M?GHIRBI, YOUMNA ; CHUDZINSKI-TAVASSI, ANA MARISA . De novo assembly and annotation of Hyalomma dromedarii tick (Acari: Ixodidae) sialotranscriptome with regard to gender differences in gene expression. Parasites & Vectors, v. 11, p. 314, 2018.

4.
CIA, MARIANA CICARELLI2018CIA, MARIANA CICARELLI ; CARVALHO, GISELLE ; AZEVEDO, RICARDO ANTUNES ; MONTEIRO-VITORELLO, CLAUDIA BARROS ; SOUZA, GLAUCIA MENDES ; NISHIYAMA-JÚNIOR, MILTON YUTAKA ; Lembke, Carolina Gimiliani ; FARIA, RAPHAEL S.C.A. ; MARQUES, JOÃO PAULO RODRIGUES ; MELOTTO, MAELI ; CAMARGO, LUIS EDUARDO ARANHA . Novel insights into the early stages of ratoon stunting disease of sugarcane inferred from transcript and protein analysis. PHYTOPATHOLOGY, v. 108, p. 8, 2018.

5.
DINIZ, MARCELO R. V.2018DINIZ, MARCELO R. V. ; PAIVA, ANA L. B. ; GUERRA-DUARTE, CLARA ; Nishiyama, Milton Y. ; MUDADU, MAURICIO A. ; OLIVEIRA, URSULA DE ; BORGES, MÁRCIA H. ; YATES, JOHN R. ; JUNQUEIRA-DE-AZEVEDO, INÁCIO DE L. . An overview of Phoneutria nigriventer spider venom using combined transcriptomic and proteomic approaches. PLoS One, v. 13, p. e0200628, 2018.

6.
DOS SANTOS, TIAGO BENEDITO2018DOS SANTOS, TIAGO BENEDITO ; SOARES, JOÃO D. M. ; LIMA, JONI E. ; SILVA, JULIANA C. ; IVAMOTO, SUZANA T. ; BABA, VIVIANE Y. ; SOUZA, SILVIA G. H. ; LORENZETTI, ALAN P. R. ; PASCHOAL, ALEXANDRE R. ; MEDA, ANDERSON R. ; NISHIYAMA JÚNIOR, MILTON Y. ; DE OLIVEIRA, ÚRSULA C. ; MOKOCHINSKI, JOÃO B. ; GUYOT, ROMAIN ; JUNQUEIRA-DE-AZEVEDO, INÁCIO L. M. ; FIGUEIRA, ANTÔNIO V. O. ; MAZZAFERA, PAULO ; JÚNIOR, OSVALDO R. ; VIEIRA, LUIZ G. E. ; PEREIRA, LUIZ F. P. ; DOMINGUES, DOUGLAS S. . An integrated analysis of mRNA and sRNA transcriptional profiles in Coffea arabica L. roots: insights on nitrogen starvation responses. Functional & Integrative Genomics, v. 1, p. 1, 2018.

7.
VALENTE, RICHARD HEMMI2018VALENTE, RICHARD HEMMI ; LUNA, MILENE SCHMIDT ; DE OLIVEIRA, URSULA CASTRO ; Nishiyama-Junior, Milton Yutaka ; DE LOIOLA JUNQUEIRA-DE-AZEVEDO, INÁCIO ; PORTES-JUNIOR, JOSÉ ANTONIO ; CLISSA, PATRICIA BIANCA ; VIANA, LUCIANA GODOY ; SANCHES, LEONARDO ; MOURA-DA-SILVA, ANA MARIA ; PERALES, JONAS ; YAMANOUYE, NORMA . Bothrops jararaca accessory venom gland is an ancillary source of toxins to the snake. Journal of Proteomics, v. 1, p. 1, 2018.

8.
SOUSA, LEIJIANE F2017SOUSA, LEIJIANE F ; PORTES-JUNIOR, JOSÉ A ; NICOLAU, CAROLINA A ; BERNARDONI, JULIANA L ; NISHIYAMA-JR, MILTON Y ; AMAZONAS, DIANA R ; FREITAS-DE-SOUSA, LUCIANA A ; MOURÃO, ROSA HV ; CHALKIDIS, HIPÓCRATES M ; VALENTE, RICHARD H ; MOURA-DA-SILVA, ANA M . Functional proteomic analyses of Bothrops atrox venom reveals phenotypes associated with habitat variation in the Amazon. Journal of Proteomics (Print), v. 1, p. 1, 2017.

9.
ABREU, THIAGO F.2016ABREU, THIAGO F. ; SUMITOMO, BIANCA N. ; Nishiyama, Milton Y. ; DE OLIVEIRA, URSULA C. ; SOUZA, GUSTAVO H.M.F. ; KITANO, EDUARDO S. ; ZELANIS, ANDRÉ ; SERRANO, SOLANGE M.T. ; DE AZEVEDO, INÁCIO JUNQUEIRA ; DA SILVA, PEDRO I. ; TASHIMA, ALEXANDRE K. . Peptidomics of Acanthoscurria gomesiana spider venom reveals new toxins with potential antimicrobial activity. Journal of Proteomics (Print), v. 1, p. 1, 2016.

10.
ALMEIDA, DIEGO DANTAS2016ALMEIDA, DIEGO DANTAS ; KITAJIMA, JOÃO PAULO ; Nishiyama, Milton Yutaka ; CONDOMITTI, GEORGE WILLIAN ; OLIVEIRA, URSULA CASTRO DE ; SETÚBAL, JOÃO CARLOS ; JUNQUEIRA-DE-AZEVEDO, INÁCIO L. M. . The complete mitochondrial genome of Bothrops jararaca (Reptilia, Serpentes, Viperidae). Mitochondrial DNA Part B, v. 1, p. 907-908, 2016.

11.
AKAMATSU, M. A.2015AKAMATSU, M. A. ; NISHIYAMA, M. Y. ; MORONE, M. ; OLIVEIRA, U. C. ; BEZERRA, M. F. B. ; SAKAUCHI, M. A. ; RAW, I. ; JUNQUEIRA DE AZEVEDO, I. L. M. ; KITAJIMA, J. P. ; CARVALHO, E. ; Ho, P. L. . Whole-Genome Sequence of a Bordetella pertussis Brazilian Vaccine Strain. Genome Announcements, v. 3, p. e01570-14, 2015.

12.
SOUSA, L.A.F.2015SOUSA, L.A.F. ; AMAZONAS, D.R. ; SOUSA, L.F. ; SANT?ANNA, S.S. ; NISHIYAMA-JR, M.Y. ; SERRANO, S.M.T. ; JUNQUEIRA-DE-AZEVEDO, I.L.M. ; CHALKIDIS, H.M. ; MOURA-DA-SILVA, A.M. ; MOURÃO, R.H.V. . Comparison of venoms from wild and long-term captive Bothrops atrox snakes and characterization of Batroxrhagin, the predominant class PIII metalloproteinase from the venom of this species. Biochimie (Paris. Print), v. 4795, p. S0300, 2015.

13.
DE SETTA, NATHALIA2014DE SETTA, NATHALIA MONTEIRO-VITORELLO, CLÁUDIA BARROS METCALFE, CUSHLA JANE CRUZ, GUILHERME MARCELO DEL BEM, LUIZ EDUARDO Vicentini, Renato NOGUEIRA, FÁBIO TEBALDI CAMPOS, ROBERTA ALVARES NUNES, SIDENY LIMA TURRINI, PAULA CRISTINA VIEIRA, ANDREIA PRATA OCHOA CRUZ, EDGAR ANDRÉS CORRÊA, TATIANA CAROLINE HOTTA, CARLOS TAKESHI DE MELLO VARANI, ALESSANDRO VAUTRIN, SONIA DA TRINDADE, ADILSON SILVA DE MENDONÇA VILELA, MARIANE Lembke, Carolina Gimiliani Sato, Paloma Mieko DE ANDRADE, RODRIGO FANDINO Nishiyama, Milton Yutaka CARDOSO-SILVA, CLAUDIO BENICIO SCORTECCI, KATIA CASTANHO GARCIA, ANTÔNIO AUGUSTO , et al.CARNEIRO, MONALISA SAMPAIO KIM, CHANGSOO PATERSON, ANDREW H BERGÈS, HÉLÈNE D'HONT, ANGÉLIQUE DE SOUZA, ANETE PEREIRA SOUZA, GLAUCIA MENDES VINCENTZ, MICHEL KITAJIMA, JOÃO PAULO VAN SLUYS, MARIE-ANNE ; Building the sugarcane genome for biotechnology and identifying evolutionary trends. BMC Genomics, v. 15, p. 540, 2014.

14.
Nishiyama, Milton Yutaka2014 Nishiyama, Milton Yutaka; Ferreira, Savio Siqueira ; TANG, PEI-ZHONG ; BECKER, SCOTT ; PÖRTNER-TALIANA, ANTJE ; SOUZA, GLAUCIA MENDES . Full-Length Enriched cDNA Libraries and ORFeome Analysis of Sugarcane Hybrid and Ancestor Genotypes. Plos One, v. 9, p. e107351, 2014.

15.
FERREIRA, S. S.2013FERREIRA, S. S. ; Nishiyama, Milton Y. ; peterson, AH ; SOUZA, G. M. . Biofuel and energy crops: high-yield Saccharinae take center stage in the post-genomics era. GenomeBiology.com (London. Print), v. 14, p. 210, 2013.

16.
HOTTA, CARLOS TAKESHI2013HOTTA, CARLOS TAKESHI ; Nishiyama, Milton Yutaka ; SOUZA, GLAUCIA MENDES . Circadian Rhythms of Sense and Antisense Transcription in Sugarcane, a Highly Polyploid Crop. Plos One, v. 8, p. e71847, 2013.

17.
GALLETTI, MARIA FERNANDA B. M.2013GALLETTI, MARIA FERNANDA B. M. ; FUJITA, ANDRÉ ; NISHIYAMA JR, MILTON Y. ; MALOSSI, CAMILA D. ; PINTER, ADRIANO ; SOARES, JOÃO F. ; DAFFRE, SIRLEI ; LABRUNA, MARCELO B. ; FOGAÇA, ANDRÉA C. . Natural Blood Feeding and Temperature Shift Modulate the Global Transcriptional Profile of Rickettsia rickettsii Infecting Its Tick Vector. Plos One, v. 8, p. e77388, 2013.

18.
Lembke, Carolina Gimiliani2013Lembke, Carolina Gimiliani ; NISHIYAMA-JR, M. Y. ; FERREIRA, S. S. ; Sato, P. M. ; Dal-Bianco, M. L. ; Hotta, C. T. ; Carneiro, M ; LOUREIRO, M. E. ; Carrer, H ; ENDRES, L. ; HOFFMANN, H. P. ; Sanches, M ; Marcelo Menossi ; SOUZA, G. M. . Sugarcane Genome Sequencing and Gene Discovery: Getting Closer to Sugar Content, Fibre and Drought Traits. International Sugar Journal, v. 115, p. 710-715, 2013.

19.
Lembke, Carolina G.2013Lembke, Carolina G. ; FERREIRA, SAVIO SIQUEIRA ; Dal-Bianco, Maximiller ; Sato, Paloma M. ; Hotta, Carlos T. ; CARNEIRO, M. S. ; LOUREIRO, M. E. ; CARRER, H. ; ENDRES, L. ; Hoffmann, Hermann Paulo ; SANCHES, M. ; Menossi, Marcelo ; SOUZA, G. M. . Sugarcane genome sequencing and gene discovery: getting closer to sugar content, fibre and drought traits.. International Sugar Journal, v. 115 (1378), p. 708-713, 2013.

20.
2013VICENTE, F. F. R. ; Lembke, Carolina G. ; Sato, Paloma M. ; Dal-Bianco, Maximiller ; Hotta, Carlos Takeshi ; SOUZA, G. M. . The SUCEST-FUN regulatory network database: Designing an energy grass. International Sugar Journal, v. 114, p. 821, 2013.

21.
Lembke, Carolina Gimiliani2012Lembke, Carolina Gimiliani ; Nishiyama, Milton Yutaka ; Sato, Paloma Mieko ; Andrade, Rodrigo Fandiño ; SOUZA, GLAUCIA MENDES . Identification of sense and antisense transcripts regulated by drought in sugarcane. Plant Molecular Biology, v. 79, p. 461-477, 2012.

22.
NISHIYAMA-JR, M. Y.2012NISHIYAMA-JR, M. Y. ; Vicente, F. F. R. ; Lembke, Carolina Gimiliani ; Sato, Paloma Mieko ; Dal-Bianco, M. L. ; Fandino, R. A. ; Hotta, C. T. ; SOUZA, G. M. . The SUCEST-FUN Regulatory Network Database: Designing an Energy Grass. International Sugar Journal, v. 114, p. 821-826, 2012.

23.
Moreira, Leandro M2010Moreira, Leandro M Almeida, Nalvo F Potnis, Neha Digiampietri, Luciano A Adi, Said S Bortolossi, Julio C da Silva, Ana C da Silva, Aline M de Moraes, Fabricio E de Oliveira, Julio C de Souza, Robson F Fancincani, Agda P Ferraz, Andre L Ferro, Maria I Furlan, Luiz R Gimenez, Daniele F Jones, Jeffrey B Kitajima, Elliot W Laia, Marcelo L Leite, Rui P Nishiyama-Junior, M. Y. Rodrigues Neto, Julio Nociti, Leticia A Norman, David J Ostroski, Eric H , et al.Pereira, Haroldo A Staskawicz, Brian J Tezza, Renata I Ferro, Jesus A Vinatzer, Boris A Setubal, Joao C ; Novel insights into the genomic basis of citrus canker based on the genome sequences of two strains of Xanthomonas fuscans subsp. aurantifolii. BMC Genomics, v. 11, p. 238, 2010.

24.
Farias, Leonardo P.2010Farias, Leonardo P. ; Tararam, Cibele A. ; Miyasato, Patricia A. ; Nishiyama, Milton Y. ; Oliveira, Katia C. ; Kawano, Toshie ; Verjovski-Almeida, Sergio ; Leite, Luciana Cezar de Cerqueira . Screening the Schistosoma mansoni transcriptome for genes differentially expressed in the schistosomulum stage in search for vaccine candidates. Parasitology Research (1987. Print), p. 1, 2010.

25.
Yilmaz, A.2009Yilmaz, A. ; Nishiyama-Junior, M. Y. ; Fuentes, B. G. ; SOUZA, G. M. ; Janies, D. ; Gray, J. ; Grotewold, E. . GRASSIUS: A Platform for Comparative Regulatory Genomics across the Grasses. Plant Physiology (Bethesda), v. 149, p. 171-180, 2009.

26.
Papini-Terzi, Flavia S2009Papini-Terzi, Flavia S ; Rocha, Flavia R ; Vencio, Ricardo ZN ; Felix, Juliana M ; Branco, Diana S ; Waclawovsky, Alessandro J ; Del Bem, Luiz EV ; Lembke, Carolina G ; Costa, Maximiller DL ; Nishiyama, Milton Y ; Vicentini, Renato ; Vincentz, Michel GA ; Ulian, Eugenio C ; Menossi, Marcelo ; Souza, Glaucia M . Sugarcane genes associated with sucrose content. BMC Genomics, v. 10, p. 120, 2009.

27.
Felix, Juliana2009Felix, Juliana ; Papini-Terzi, Flávia Stal ; Rocha, Flávia Riso ; Vêncio, Ricardo Zorzetto Nicoliello ; Vicentini, Renato ; Nishiyama-Junior, M. Y. ; César Ulian, Eugênio ; Souza, Gláucia Mendes ; Menossi, Marcelo . Expression Profile of Signal Transduction Components in a Sugarcane Population Segregating for Sugar Content. Tropical Plant Biology (Print), v. 2, p. 98-109, 2009.

28.
DE SOUZA, AMANDA PEREIRA2008DE SOUZA, AMANDA PEREIRA ; GASPAR, MARILIA ; DA SILVA, EMERSON ALVES ; ULIAN, EUGNIO CSAR ; WACLAWOVSKY, ALESSANDRO JAQUIEL ; NISHIYAMA JR., MILTON YUTAKA ; DOS SANTOS, RENATO VICENTINI ; TEIXEIRA, MARCELO MENOSSI ; SOUZA, GLAUCIA MENDES ; BUCKERIDGE, MARCOS SILVEIRA . Elevated CO 2 increases photosynthesis, biomass and productivity, and modifies gene expression in sugarcane. Plant, Cell and Environment (Print), v. 31, p. 1116-1127, 2008.

29.
Rocha, Flávia R2007Rocha, Flávia R ; Papini-Terzi, Flávia S ; Nishiyama, Milton Y ; Vêncio, Ricardo ZN ; Vicentini, Renato ; Duarte, Rodrigo DC ; de Rosa, Vicente E ; Vinagre, Fabiano ; Barsalobres, Carla ; Medeiros, Ane H ; Rodrigues, Fabiana A ; Ulian, Eugênio C ; Zingaretti, Sônia M ; Galbiatti, João A ; Almeida, Raul S ; Figueira, Antonio VO ; Hemerly, Adriana S ; Silva-Filho, Marcio C ; Menossi, Marcelo ; Souza, Gláucia M . Signal transduction-related responses to phytohormones and environmental challenges in sugarcane. BMC Genomics, v. 8, p. 71, 2007.

30.
Flavia S Papini-Terzi2007Flavia S Papini-Terzi ; Felix, J.M. ; Flavia R Rocha ; WACLAWOVSKY, A.J. ; Eugenio C Ulian ; Chabregas, S ; Falco, MC ; Nishiyama-Junior, M. Y. ; Ricardo ZN Vêncio ; Renato Vicentini ; Marcelo Menossi ; Glaucia Mendes Souza . The SUCEST-FUN Project: identifying genes that regulate sucrose content in sugarcane. International Sugar Journal, v. 26, p. 1, 2007.

31.
Junqueira-de-azevedo, I. L. M.2006Junqueira-de-azevedo, I. L. M. ; CHING, Ana. Tung. Ching. ; Carvalho, Eneas de ; Faria, Fernanda ; Nishiyama-Junior, M. Y. ; Paulo L. Ho ; Marcelo R. V. Diniz . Lachesis muta (Viperidae) cDNAs reveal diverging pitviper molecules and scaffolds typical of cobra (Elapidae) venoms: implications in snake toxin repertoire evolution.. Genetics (Austin, Tex.), v. 173, p. 877-889, 2006.

32.
Verjovski-Almeida, Sergio2003Verjovski-Almeida, Sergio DeMarco, Ricardo Martins, Elizabeth A L Guimarães, Pedro E M Ojopi, Elida P B Paquola, Apuã C M Piazza, João P Nishiyama, Milton Y Kitajima, João P Adamson, Rachel E Ashton, Peter D Bonaldo, Maria F Coulson, Patricia S Dillon, Gary P Farias, Leonardo P Gregorio, Sheila P Ho, Paulo L Leite, Ricardo A Malaquias, L Cosme C Marques, Regina C P Miyasato, Patricia A Nascimento, Ana L T O Ohlweiler, Fernanda P Reis, Eduardo M Ribeiro, Marcela A , et al.Sá, Renata G Stukart, Gaëlle C Soares, M Bento Gargioni, Cybele Kawano, Toshie Rodrigues, Vanderlei Madeira, Alda M B N Wilson, R Alan Menck, Carlos F M Setubal, João C Leite, Luciana C C Dias-Neto, Emmanuel ; Transcriptome analysis of the acoelomate human parasite Schistosoma mansoni. Nature Genetics, United States of America, v. 35, n.2, p. 148-157, 2003.

33.
Apuã C. M. Paquola2003 Nishiyama-Junior, M. Y.; Apuã C. M. Paquola ; Eduardo M. Reis ; Ane H Medeiros ; da Silva ; Sergio Verjovski-Almeida . ESTWeb: bioinformatics services for EST sequencing projects. Bioinformatics (Oxford. Print), Oxford, v. 19, p. 1587-1588, 2003.

34.
SOUZA, GLAUCIA MENDES2001SOUZA, GLAUCIA MENDES ; Simoes, Ana Carolina Quirino ; Oliveira, Katia Cristina ; Garay, Humberto Miguel ; Fiorini, Leonardo Costa ; Gomes, Felipe dos Santos ; Nishiyama-Junior, Milton Yutaka ; Silva, Aline Maria da . The sugarcane signal transduction (SUCAST) catalogue: prospecting signal transduction in sugarcane. Genetics and Molecular Biology (Impresso), Ribeirao Preto, v. 24, p. 1-4, 2001.

Capítulos de livros publicados
1.
Nishiyama, Milton Yutaka; Vicente, Fabio ; Sato, Paloma Mieko ; Ferreira, Savio Siqueira ; Feltus, Frank Alex ; SOUZA, GLAUCIA MENDES . Transcriptome Analysis in the Saccharinae. In: Andrew H. Paterson. (Org.). Genomics of the Saccharinae. 1ed.: , 2012, v. 11, p. 1-567.

2.
Cantarella, Heitor ; Buckeridge, Marcos ; Sluys, Marie-Anne ; de Souza, Anete ; Garcia, Antonio ; Nishiyama, Milton ; Filho, Rubens ; de Brito Cruz, Carlos ; Souza, Glaucia . Sugarcane: the most efficient crop for biofuel production. In: Chittaranjan Kole; Chandrashekhar P. Joshi; David R. Shonnard. (Org.). Sugarcane: the most efficient crop for biofuel production. 1ed.Boca Rotan, Florida, USA: Taylor & Francis Group, 2011, v. , p. 523-561.

Trabalhos completos publicados em anais de congressos
1.
NISHIYAMA-JR, MILTON Y. Transcriptomics of Sugarcane Plants Colonized by the Bacterial Pathogen Leifsonia xyli subsp. xyli Indicates Major Interference in the Expression of Cell Cycle and Hormone Signaling Genes. In: XXI International Plant & Animal Genome Conference, 2013, San Diego. XXI International Plant & Animal Genome Conference, 2013.

2.
Flavia S Papini-Terzi ; Felix, J.M. ; Flavia R Rocha ; Alessandro Jaquiel Waclavovsky ; Eugenio C Ulian ; Chabregas, S ; Falco, MC ; Nishiyama-Junior, M. Y. ; Ricardo ZN Vêncio ; Renato Vicentini ; Marcelo Menossi ; Glaucia Mendes Souza . The SUCEST-FUN Project: identifying genes that regulate sucrose content in sugarcane plants. In: XXVI International Society of Sugarcane Technologists Congress. In: XXVI International Society of Sugarcane Technologists Congress, 2007, Durban. Proc. Int. Soc. Sugar Cane Technol, 2007. v. 26.

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Resumos publicados em anais de congressos
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BATISTA, M. L. S. ; LOBBA, A. R. M. ; CARREIRA, A. C. O. ; SOGAYAR, M. C. ; NISHIYAMA-JR, M. Y. . Investigating the role played by CD90/Thy-1 and EGFR in Breast Cancer by pathways and System Biology Approaches. In: VI InterOnco, 2018, Sao Paulo. VI InterOnco, 2018.

2.
ARAUJO, J. M. ; NISHIYAMA JR., MILTON YUTAKA ; LICHTENSTEIN, F. ; PASQUALOTO, K. F. ; CHUDZINSKI-TAVASSI, A. M. . Revisiting the cDNA library from Lonomia obliqua caterpillar and identification of novel molecular tools on inflammatory processes. In: 19a Reunião Científica Anual, 2017, Sao Paulo. Instituto Butantan Ciência e Saúde, 2017.

3.
CHING, Ana. Tung. Ching. ; PIDDE, G. ; SQUAIELLA-BAPTISTAO, C. C. ; NISHIYAMA JR., MILTON YUTAKA ; MARTINS-JR, J. ; JUNQUEIRA DE AZEVEDO, I. L. M. ; TAMBOURGI, D. V. . Exploring horse antibody repertoire against Loxosceles sphingomyelinase D. In: 19a Reunião Científica Anual, 2017, Sao Paulo. Instituto Butantan Ciência e Saúde, 2017.

4.
Trufen, CEM ; CARDOSO-JR, C. P. ; Simas, RG ; Vieira, LD ; DE OLIVEIRA, URSULA C. ; NISHIYAMA JR., MILTON YUTAKA ; JUNQUEIRA DE AZEVEDO, I. L. M. ; Paulo L. Ho ; TAKAGI, M. ; YAMBARTSEV, A. ; Carvalho, Eneas de . Haemophilus influenzae type b transcriptome analysis during fermentation process in bioreactor. In: 19a Reunião Científica Anual, 2017, Sao Paulo. Instituto Butantan Ciência e Saúde, 2017.

5.
PIDDE, G. ; PEDROSO, A. ; NISHIYAMA JR., MILTON YUTAKA ; CHING, Ana. Tung. Ching. ; OLIVEIRA, URSULA CASTRO DE ; VILLAS-BOAS, I. M. ; JUNQUEIRA DE AZEVEDO, I. L. M. ; TAMBOURGI, D. V. . The unknown composition of Pararama caterpillar venom. In: XIV Congress of the Brazilian Society of Toxinology, 2017, Sao Paulo. Toxinology in a comprehensive approach: from animal biology to toxins, envenomation and treatment, 2017.

6.
NASCIMENTO, S. M. ; DE OLIVEIRA, URSULA C. ; NISHIYAMA JR., MILTON YUTAKA ; SILVA JR, P. I. . Transcriptomic analysis of Avicularia rufa venom gland. In: 19a Reunião Científica Anual, 2017, Sao Paulo. Instituto Butantan Ciência e Saúde, 2017.

7.
CAMPOS, P. F. ; OLIVEIRA, L. ; GRAZZIOTIN, F. G. ; DE OLIVEIRA, URSULA C. ; NISHIYAMA JR., MILTON YUTAKA ; JUNQUEIRA DE AZEVEDO, I. L. M. . Transcriptomic analysis of infralabial glands of snakes highlights some aspects of the evolution of venom system. In: 19a Reunião Científica Anual, 2017, Sao Paulo. Instituto Butantan Ciência e Saúde, 2017.

8.
VIALA, V. L. ; Sanz L ; Durba J ; Perez, A ; ALMEIDA, DIEGO DANTAS ; CAMPOS, P. F. ; DE OLIVEIRA, URSULA C. ; NISHIYAMA JR., MILTON YUTAKA ; calvete, JJ ; DE AZEVEDO, INÁCIO JUNQUEIRA . Reconstructing the complex SVMP gene locus with Nanopore sequencer. In: 19a Reunião Científica Anual, 2017, Sao Paulo. Instituto Butantan Ciência e Saúde, 2017.

9.
VIEIRA, H. C. ; ARMELIN, H. A. ; NISHIYAMA JR., MILTON YUTAKA . Towards Transcriptome and Proteome expression profiles analysis, integrated to Pathways/Categories by Shiny tool. In: 19a Reunião Científica Anual, 2017, Sao Paulo. Instituto Butantan Ciência e Saúde, 2017.

10.
INADA, D. T. ; VIEIRA, H. C. ; DE ARAUJO, C. B. ; ARMELIN, H. A. ; ELIAS, M. C. ; NISHIYAMA JR., MILTON YUTAKA . Integration and Enrichment analysis of genomic region sets by a shiny app. In: 19a Reunião Científica Anual, 2017, Sao Paulo. Instituto Butantan Ciência e Saúde, 2017.

11.
NISHIYAMA JR., MILTON YUTAKA; REIS, M. S. ; SOUZA, B. F. ; VIEIRA, H. C. ; SILVA, D. F. ; Junqueira-de-azevedo, I. L. M. ; CUNHA, J. P. C. ; BARREIRA, J. ; IWAI, L. K. ; SERRANO, SOLANGE M.T. ; ARMELIN, H. A. . CeTICSdb Database resources and functionalities for the integration of ?omics data and mathematical models of signaling networks. In: X-meeting, 2017, Sao Pedro. 13th International Conference of the AB3C, 2017.

12.
VIEIRA, H. C. ; SOUZA, B. F. ; ARMELIN, H. A. ; NISHIYAMA JR., MILTON YUTAKA . Identification and Visualization of Expression Patterns by the Integration of Pathways, Transcrip- tome and Proteome profiles. In: X-meeting, 2017, Sao Pedro. 13th International Conference of the AB3C, 2017.

13.
INADA, D. ; VIEIRA, H. C. ; ARAUJO, C. B. ; ELIAS, M. C. ; SOUZA, B. F. ; ARMELIN, H. A. ; NISHIYAMA JR., MILTON YUTAKA . A shiny app for the integration and enrichment analysis of genomic region sets by NGS data. In: X-meeting, 2017, Sao Pedro. 13th International Conference of the AB3C, 2017.

14.
ARAUJO, J. M. ; NISHIYAMA JR., MILTON YUTAKA ; LICHTENSTEIN, F. ; PASQUALOTO, K. F. ; CHUDZINSKI-TAVASSI, A. M. . Computer-aided protocol to revisit the cDNA library from Lonomia obliqua caterpillar: Identifi- cation of structural motifs related to inflammatory processes. In: X-meeting, 2017, Sao Pedro. 13th International Conference of the AB3C, 2017.

15.
NISHIYAMA JR., MILTON YUTAKA; REIS, M. S. ; VIEIRA, H. C. ; SOUZA, B. F. ; SILVA, D. F. ; Junqueira-de-azevedo, I. L. M. ; CUNHA, J. P. C. ; IWAI, L. K. ; BARREIRA, J. ; SERRANO, SOLANGE M.T. ; ARMELIN, H. A. . ARTISiN: A Repository and Multi-Agent System for omics data Integration and Identification of Signaling Networks. In: 25th Intelligent Systems for Molecular Biology and 16th European Conference on Computational Biology, 2017, Praga. Intelligent Systems for Molecular Biology and European Conference on Computational Biology, 2017.

16.
SOUZA, L.F. ; PORTES-JUNIOR, JOSÉ A ; NICOLAU, CAROLINA A ; BERNARDONI, JULIANA L ; NISHIYAMA JR., MILTON YUTAKA ; AMAZONAS, DIANA R ; FREITAS-DE-SOUZA, L.A. ; MOURÃO, R.H.V. ; CHALKIDIS, HIPÓCRATES M ; VALENTE, RICHARD H ; MOURA-DA-SILVA, ANA M . Functional proteomic analyses of Bothrops atrox venom reveals phenotypes associated with habitat variation in the Amazon. In: XIV Congress of the Brazilian Society of Toxinology, 2017, Sao Paulo. Toxinology in a comprehensive approach: from animal biology to toxins, envenomation and treatment, 2017.

17.
Shimokawa-falcao, L. H. A. L. ; Nishiyama, Milton Y. ; DE OLIVEIRA, URSULA C. ; Junqueira-de-azevedo, I. L. M. ; BARBARO, K. C. ; MAGALHAES, G. S. . VENOM GLAND TRANSCRIPTOME OF THE CENTIPEDE Cryptops iheringi. In: XIV Congress of the Brazilian Society of Toxinology, 2017, Santa Catarina. Toxinology in a comprehensive approach: from animal biology to toxins, envenomation and treatment, 2017.

18.
OLIVEIRA, URSULA CASTRO DE ; Nishiyama, Milton Y. ; OLIVEIRA, T. J. ; SILVA JR, P. I. ; YAMANOUYE, N. ; DORCE, V. A. C. ; DE AZEVEDO, INÁCIO JUNQUEIRA . AN INTEGRATED TRANSCRIPTOME AND PROTEOME DATABASE OF TITYUS SCORPIONS VENOM COMPONENTS. In: XIV Congress of the Brazilian Society of Toxinology, 2017, Santa Catarina. Toxinology in a comprehensive approach: from animal biology to toxins, envenomation and treatment, 2017.

19.
CAMARANO, M. A. E. ; Nishiyama, Milton Y. ; SANTORO, M. L. ; DE AZEVEDO, INÁCIO JUNQUEIRA . Transcriptomic approach to investigate toxicity in Micrurus corallinus envenomation. In: XIV Congress of the Brazilian Society of Toxinology, 2017, Santa Catarina. Toxinology in a comprehensive approach: from animal biology to toxins, envenomation and treatment, 2017.

20.
CHING, Ana. Tung. Ching. ; PIDDE, G. ; SQUAIELLA-BAPTISTAO, C. C. ; Nishiyama, Milton Y ; DE AZEVEDO, INÁCIO JUNQUEIRA ; TAMBOURGI, D. V. . Revealing the Immunoglobulin Repertoire from Horses Immunized with Loxosceles Venom. In: XIV Congress of the Brazilian Society of Toxinology, 2017, Santa Catarina. Toxinology in a comprehensive approach: from animal biology to toxins, envenomation and treatment, 2017.

21.
Marcelo R. V. Diniz ; PAIVA, A. L. B. ; GUERRA-DUARTE, C. ; BORGES, M. H. ; DE OLIVEIRA, URSULA C. ; Nishiyama, Milton Y ; Junqueira-de-azevedo, I. L. M. . Analysis of venom gland - transcriptome and venom proteome of Phoneutria nigrivinter Spider. In: XIV Congress of the Brazilian Society of Toxinology, 2017, Santa Catarina. Toxinology in a comprehensive approach: from animal biology to toxins, envenomation and treatment, 2017.

22.
Nishiyama-Junior, Milton Yutaka; REIS, M. S. ; SOUZA, B. F. ; NOEL, V. ; SILVA, D. F. ; Junqueira-de-azevedo, I. L. M. ; CUNHA, J. P. C. ; BARREIRA, J. ; IWAI, L. K. ; SERRANO, SOLANGE M.T. ; ARMELIN, H. A. . ARTISiN: Amalgam of Repositories and Tools for Identification of Signaling Networks. In: ARTISiN: Amalgam of Repositories and Tools for Identification of Signaling Networks, 2016, Sao Paulo. 18th Scientific Meeting of Instituto Butantan, 2016.

23.
CHAPARRO, E. ; DE OLIVEIRA, URSULA C. ; Nishiyama-Junior, Milton Yutaka ; Junqueira-de-azevedo, I. L. M. ; SILVA JR, P. I. . A new view of the Chilopods Immune System: Transcriptomic analysis of hemocytes from the centipede Scolopendra subspinipes.. In: 45th Annual Meeting Of The Brazilian Society For Biochemistry And Molecular Biology (Sbbq), 2016, Fortaleza. 45th Annual Meeting Of The Brazilian Society For Biochemistry And Molecular Biology (Sbbq), 2016.

24.
ALMEIDA, DIEGO DANTAS ; Epamino, G. W. C. ; Nishiyama-Junior, Milton Yutaka ; Setubal, Joao C ; Junqueira-de-azevedo, I. L. M. . An overview on the development of Bothrops jararaca genome project. In: The 18th World Congress of the International Society on Toxinology, 2015, Oxford. The 18th World Congress of the International Society on Toxinology, 2015.

25.
REIS, M. S. ; Nishiyama-Junior, Milton Yutaka ; SILVA, D. F. ; Junqueira-de-azevedo, I. L. M. ; CUNHA, J. P. C. ; BARREIRA, J. ; IWAI, L. K. ; SERRANO, SOLANGE M.T. ; ARMELIN, H. A. . CeTICSdb: a platform for interdisciplinary research that allows quantitative and qualitative -omics analyses and mathematical modeling of signaling networks. In: 19th Annual International Conference on Research in Computational Molecular Biology (RECOMB) 2015, 2015, Warsaw. 19th Annual International Conference on Research in Computational Molecular Biology (RECOMB) 2015, 2015.

26.
Nishiyama-Junior, Milton Yutaka; REIS, M. S. ; SILVA, D. F. ; Junqueira-de-azevedo, I. L. M. ; CUNHA, J. P. C. ; BARREIRA, J. ; IWAI, L. K. ; SERRANO, SOLANGE M.T. ; ARMELIN, H. A. . Ceticsdb: A Platform For Integration And Analysis Of High-Throughput -Omics Data And Mathematical Modeling Of Biochemical Reactions23rd International Congress Of The Iubmb And 44th Annual Meeting Of The Brazilian Society For Biochemistry And Molecular Biology (Sbbq). In: 23rd International Congress Of The Iubmb And 44th Annual Meeting Of The Brazilian Society For Biochemistry And Molecular Biology (Sbbq), 2015, Foz do Iguaçu. Ceticsdb: A Platform For Integration And Analysis Of High-Throughput -Omics Data And Mathematical Modeling Of Biochemical Reactions, 2015.

27.
ABREU, THIAGO F. ; LOMAZI, R. L. ; Nishiyama-Junior, Milton Yutaka ; DE OLIVEIRA, URSULA C. ; PAGOTTO, J. F. ; KITANO, EDUARDO S. ; ZELANIS, A. ; SERRANO, SOLANGE M.T. ; Junqueira-de-azevedo, I. L. M. ; SILVA JR, P. I. ; TASHIMA, ALEXANDRE K. . Venom Proteomics And Transcriptomics From Brazilian Spiders. In: 23rd International Congress Of The Iubmb And 44th Annual Meeting Of The Brazilian Society For Biochemistry And Molecular Biology (Sbbq), 2015, Foz do Iguaçu. 23rd International Congress Of The Iubmb And 44th Annual Meeting Of The Brazilian Society For Biochemistry And Molecular Biology (Sbbq), 2015.

28.
INADA, D. ; VILLELA, L. ; LEMBKE, C. G. ; Nishiyama-Junior, Milton Yutaka ; André Fujita ; SOUZA, G. M. . Metabolomics of sugarcane leaves along two experimental fields for maturation cycle study. In: 11th International Conference of th AB3C + Brazilian Symposium of Bioinformatics, 2015, Sao Paulo. 11th International Conference of th AB3C + Brazilian Symposium of Bioinformatics, 2015.

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Nishiyama-Junior, Milton Yutaka; HUAYNALAYA, E. D. ; FERREIRA, J. E. ; SOUZA, G. M. . Sugarcane framework based on functional genomics and metabolic pathways for the integration and analysis of expression profiles. In: 2nd BBEST - BRAZILIAN BIOENERGY SCIENCE AND TECHNOLOGY CONFERENCE, 2014, Campos do Jordão. 2nd BBEST - BRAZILIAN BIOENERGY SCIENCE AND TECHNOLOGY CONFERENCE, 2014.

30.
Nishiyama-Junior, Milton Yutaka; HUAYNALAYA, E. D. ; FERREIRA, J. E. ; Glaucia Mendes Souza . Development of a framework based on metabolic pathways for the integration and analysis of expression profiles and functional genomics of Sugarcane. In: 22nd Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology, 2014, Boston. 22nd Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology, 2014.

31.
Nishiyama-Junior, Milton Yutaka; REIS, M. S. ; SILVA, D. F. ; KITANO, EDUARDO S. ; Glaucia Mendes Souza ; Junqueira-de-azevedo, I. L. M. ; CUNHA, J. P. C. ; BARREIRA, J. ; IWAI, L. K. ; SERRANO, SOLANGE M.T. ; ARMELIN, H. A. . CeTICSdb: an integrated platform for analysis of heterogeneous, high-throughput-omics and mathematical modeling of biochemical reactions. In: HiTSeq SIG: High Throughput Sequencing Algorithms & Applications, 2014, Boston. 22nd Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology, 2014.

32.
ALMEIDA, DIEGO DANTAS ; Epamino, G. W. C. ; Nishiyama-Junior, Milton Yutaka ; Setubal, Joao C ; Junqueira-de-azevedo, I. L. M. . Progress of Bothrops jararaca genome sequencing and mitochondrial DNA identification. In: 16th Scientific Meeting of Instituto Butantan, 2014, Sao Paulo. 16th Scientific Meeting of Instituto Butantan, 2014.

33.
Nishiyama-Junior, M. Y.; HUAYNALAYA, E. D. ; FERREIRA, J. E. ; SOUZA, G. M. . Development of a framework for the integration and analysis of expression profiles and functional genomics of sugarcane. In: IV Simósio Brasileiro de Biologia Molecular de Plantas, 2013, Bento Gonçalves. DEVELOPMENT OF A FRAMEWORK FOR THE INTEGRATION AND ANALYSIS OF EXPRESSION PROFILES AND FUNCTIONAL GENOMICS OF SUGARCANE, 2013.

34.
CIA, M. C. ; Carvalho, G. ; LEMBKE, C. G. ; Nishiyama-Junior, M. Y. ; SOUZA, G. M. ; Claudia Barros Monteiro Vitorello ; camargo, L. E. A. . Transcriptomics of Sugarcane Plants Colonized by the Bacterial Pathogen Leifsonia xyli subsp. xyli Indicates Major Interference in the Expression of Cell Cycle and Hormone Signaling Genes. In: XXI International Plant & Animal Genome Conference, 2013, San Diego. Plant & Animal Genome XXI Final Program, 2013.

35.
Lembke, Carolina G ; Nishiyama-Junior, Milton Yutaka ; Sato, Paloma Mieko ; Rocha, Flavia R ; Fandino, R. A. ; CAMPOS, R. A. ; Vicente, F. F. R. ; Hotta, C. T. ; SOUZA, G. M. . Identification Of Genes And Promoters Related To Drought Stress In Sugarcane And The Generation Of Transgenic Plants. In: IV Simpósio Brasileiro de Genética Molecular de Plantas, 2013, Bento Gonçalves. Resumos do IV SIMPÓSIO BRASILEIRO DE GENÉTICA MOLECULAR DE PLANTAS (SBGMP), 2013.

36.
TAVARES, E. Q. P. ; GRANDIS, A. ; LEITE, D. C. C. ; Lembke, Carolina G ; Nishiyama-Junior, Milton Yutaka ; SOUZA, G. M. ; PURGATTO, E. ; Souza, AP ; BUCKERIDGE, MARCOS SILVEIRA . Aerenchyma Development In Roots Of Sugarcane Due To Ethylene And Auxin Combinatorial Effects.. In: IV SIMPÓSIO BRASILEIRO DE GENÉTICA MOLECULAR DE PLANTAS, 2013, Bento Gonçalves. Resumos do IV SIMPÓSIO BRASILEIRO DE GENÉTICA MOLECULAR DE PLANTAS (SBGMP), 2013.

37.
Lembke, Carolina G ; Nishiyama-Junior, M. Y. ; CAMPOS, R. A. ; Sato, P. M. ; Rocha, Flavia R ; Vicente, F. F. R. ; Hotta, C. T. ; SOUZA, G. M. . Identification of Target Genes and Promoters Related to Drought Stress and Their Analysis Through the Generation of Sugarcane Transgenic Plants. In: PAG XX MEETING 2012, 2012, SAN DIEGO. PAG XX MEETING 2012, 2012, San Diego. Livro de Resumos, 2012.

38.
Carolina Gimiliani Lembke ; Sato, P. M. ; Nishiyama, Milton Yutaka ; CAMPOS, R. A. ; Hotta, C. T. ; Souza, Glaucia M . Identification of target genes and promoters for drought tolerance in sugarcane. In: III Simpósio Brasileiro de Genética Molecular de Plantas, 2011, Ilhéus,Bahia. Livro de Resumos, 2011.

39.
SSA, A. A. ; CAMPOS, R. A. ; kim c ; Hotta, C. T. ; Kitajima, João P ; peterson, AH ; SETTA, N. ; CRUZ, G. M. ; GAIARSA, J. W. ; Sato, P. M. ; NUNES, S. L. ; Nishiyama-Junior, M. Y. ; DURHAM, A. M. ; Souza, Glaucia M . Sugarcane genome annotation based in sorghum genome and ests mapping. In: III Simpósio Brasileiro de Genética Molecular de Plantas, 2011, Ilhéus,Bahia. Sugarcane genome annotation based in sorghum genome and ests mapping, 2011.

40.
CAMPOS, R. A. ; SSA, A. A. ; kim c ; Lembke, Carolina G ; Nishiyama, Milton Y. ; peterson, AH ; Sato, P. M. ; GAIARSA, J. W. ; Hotta, C. T. ; Kitajima, João P ; NUNES, S. L. ; Van Sluys, M. A ; Glaucia Mendes Souza . A strategy to select and sequence sugarcane bacs corresponding to gene-rich regions. In: III Simpósio Brasileiro de Genética Molecular de Plantas, 2011, Ilhéus,Bahia. Livro de Resumos, 2011.

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52.
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Leão, Luciana Iwanaga ; Junqueira-de-azevedo, I. L. M. ; Nishiyama-Junior, M. Y. ; Ho, P. L. . The generation and analysis of a cdna database of Bothrops insularis, focusing on identification of new toxins and the caracterization of the full-lenght sequences of some transcripts.. In: VI Reunião Anual Científica Anual do Instituto Butantan, 2005, São Paulo. Memórias do Instituto Butantan, 2005, São Paulo. VI Reunião Anual Científica Anual do Instituto Butantan, 2005.

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Nishiyama-Junior, M. Y.; MALAGUTTI, P. L. A. . A Linguagem C e os Fundamentos da Computação Científica em Problemas Analítico Numéricos. In: VII Congresso de Iniciação Científica da UFSCar, 1999, São Carlos. VII Congresso de Iniciação Científica da UFSCar, 1999.

Apresentações de Trabalho
1.
Nishiyama-Junior, Milton Yutaka; Carolina Gimiliani Lembke ; Lee H ; Andrade P ; HOTTA, CARLOS TAKESHI ; MARGARIDO, G. R. A. ; Ferreira, Savio Siqueira ; PANDYA, R. ; GAIARSA, J. W. ; SCHATZ, M. ; DAVIDSON, R. ; HECKERMAN, D. ; Marie Anne Van Sluys ; Glaucia Mendes Souza . Insights into Signaling and Regulation of Gene Expression in the Highly Polyploid Sugarcane. 2017. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

2.
NISHIYAMA JR., MILTON YUTAKA. Introduction to Bioinformatics and Analysis using R-statistics and Bioconductor packages. 2017. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

3.
NISHIYAMA JR., MILTON YUTAKA. Big data Integration in the Life Science. 2017. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

4.
NISHIYAMA JR., MILTON YUTAKA. Bioinformatics as a tool for gene and protein analysis. 2017. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

5.
NISHIYAMA JR., MILTON YUTAKA. Banco de Dados e Ambientes de Integração de Ômicas para Insights na Biologia Sistêmica. 2017. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

6.
Nishiyama-Junior, M. Y.. New Challenges in Bioinformatics: Analysis and Integration of Omics Data for non-model organisms. 2016. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

7.
Nishiyama-Junior, M. Y.. Data Integration and Integrative Analysis of Omics Big Data for new insights in Biological Systems. 2016. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

8.
Nishiyama-Junior, Milton Yutaka. Introduction to Bioinformatics, R-statistics and Bioconductor tools. 2016. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

9.
Nishiyama-Junior, M. Y.. Bioinformatics and Biological databases to discover new biological insights. 2016. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

10.
Nishiyama-Junior, M. Y.. Bioinformatics in the Life Science. 2014. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

11.
Nishiyama-Junior, M. Y.. Sequenciamento de Nova Geração - Técnicas e Platformas de Análise. 2014. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

12.
Nishiyama-Junior, M. Y.. Regulatory Network SUCEST-FUN & GRASSIUS. 2008. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

13.
Alper Yilmaz ; Nishiyama-Junior, M. Y. ; Erich Grotewold . Transcription Factor and Regulatory Network Databases of Arabidopsis thaliana and the Grasses. 2008. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).


Produção técnica
Programas de computador sem registro
1.
Nishiyama-Junior, M. Y.. Pipeline de Análise e Clusterização de ESTs otimizado para sequencias de toxinas. 2004.

2.
Nishiyama-Junior, M. Y.; Eduardo M. Reis ; Aline M. da Silva ; Sergio Verjovski-Almeida . ESTWeb: bioinformatics services for EST sequencing projects. 2003.



Bancas



Participação em bancas de trabalhos de conclusão
Teses de doutorado
1.
GUIMARAES, M. L. C.; OLIVEIRA, R. L.; CAMARA, T. N. L.; NISHIYAMA-JR, M.Y.. Participação em banca de Flavia Virginio Fonseca. Morfometria geométrica e banco de dados na investigação de problemas biológicos em Culicidae. 2018. Tese (Doutorado em Biotecnologia) - Universidade de São Paulo.

2.
GRANT, T.; LYRA, M. L.; LAHR, D. J. G.; Setubal, Joao C; NISHIYAMA-JR, M.Y.. Participação em banca de Denis Jacob Machado. Comparative Genomics and The Evolution of Amphibian Chemical Defense. 2018. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

3.
REIS, P. A. B.; BUENO, R. D.; VIDIGAL, P. M. P.; Nishiyama-Junior, M. Y.. Participação em banca de Lucas Araújo Castro e Silva. Análise do perfil de expressão em sementes de genótipos de soja contrastantes para o teor de proteína. 2018. Tese (Doutorado em Bioquimica Agricola) - Universidade Federal de Viçosa.

4.
PEREIRA, C. A. B.; BRENTANI, H. P.; SETUBAL, J. C.; WECHSLER, S.; NISHIYAMA-JR, M. Y.. Participação em banca de Pablo de Morais Andrade. A Meta-Analysis Bayesian model for ChIP-Seq data. 2017. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

5.
LABATE, C. A.; RONSEIN, G. E.; NISHIYAMA-JR, M. Y.; SERRANO, S.M.T.. Participação em banca de Eduardo Shigueo Kitano. Estudo do proteoma de folhas de cultivares e genótipos de cana-de- açúcar. 2017. Tese (Doutorado em Bioquímica) - Universidade de São Paulo.

6.
BUCKERIDGE, MARCOS SILVEIRA; HASHIMOTO, R. F.; NISHIYAMA JR., MILTON YUTAKA; CESARINO, I.; MARGARIDO, G. R. A.. Participação em banca de Amanda Rusiska Piovezani. System Integration Tool: uma ferramenta para integração e visualização de dados em larga escala e sua aplicação em cana-de-açúcar.. 2017. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

7.
Marie Anne Van Sluys; Claudia Barros Monteiro Vitorello; Mariangela Hungria da Cunha; André Fujita; Nishiyama-Junior, Milton Yutaka. Participação em banca de Gesiele Almeida Barros de Carvalho. Análise Computacional dos genomas de duas estirpes brasileiras de Bradyrhizobium de importância econômica. 2016. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

Qualificações de Mestrado
1.
FOGAÇA, ANDRÉA C.; CAMARA, T. N. L.; Nishiyama-Junior, M. Y.. Participação em banca de Laísa Silva de Almeida. Efeito da infecção por vírus Zika na expressão gênica de Aedes aegypti. 2018. Exame de qualificação (Mestrando em Ciências (Biologia da Relação Patógeno-Hospedeiro)pgbmp@icb.usp.br) - Universidade de São Paulo.




Eventos



Participação em eventos, congressos, exposições e feiras
1.
Curso de Verão 2013 - Bioinformática - USP.Desenvolvimento de um ambiente para integração e análise do genoma funcional da cana-de-açucar. 2013. (Outra).

2.
Summer School on Big Data - NCE/UFRJ EMC2. 2013. (Outra).

3.
?São Paulo School of Advanced Science on e-Science for Bioenergy Research. 2012. (Encontro).

4.
II Bioinformatics Grad Program Workshop.Development of an environment based on metabolic pathways for the integration and analysis of functional genomics of Sugarcane. 2012. (Simpósio).

5.
Bioinformatics to understand studies in genomics. 2011. (Simpósio).

6.
II SIMPÓSIO BRASILEIRO DE GENÉTICA MOLECULAR DE PLANTAS.GRASSIUS: A PLATFORM FOR COMPARATIVE REGULATORY GENOMICS ACROSS THE GRASSES. 2009. (Simpósio).

7.
PLANT GENOMES: GENES, NETWORKS & APPLICATIONS.Regulatory networks in plants explored by linking promoter and transcription factor databases. 2009. (Encontro).

8.
Seminarios Avancados em Tecnologia de Microarrays. 2009. (Seminário).

9.
54 Congresso Brasileiro de Genetica. Transcriptome analysis of sugarcane responses to drought stress. 2008. (Congresso).

10.
International Conference On Bionformatics and Molecular Biology. A bioinformatics analysis of alternative splice sites in human genome. 2004. (Congresso).

11.
1st International Conference on Bioinformatics and Computational Biology. ESTWeb: bioinformatics services for EST sequencing projects. 2003. (Congresso).



Orientações



Orientações e supervisões em andamento
Tese de doutorado
1.
Dharshna Priya Kondalu Ramasamy. Análise das vias de sinalização utilizando ferramentas de Bioinformática em linhagens de células de mamas superexpressando (MCF10A/CD90+0 ou silenciadas (Hs578TshCD90) para CD90/Thy-1 em modelo de Câncer de mama triplo negativo. Início: 2018. Tese (Doutorado em Anatomia dos Animais Domésticos e Silvestres) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. (Coorientador).

2.
Lhiri Hanna Alves De Lucca Shimokawa Falcão. TRANSCRIPTOMA, CLONAGEM, EXPRESSÃO E AVALIAÇÃO DAS ATIVIDADES BIOLÓGICAS DAS PRINCIPAIS TOXINAS DO VENENO DA CENTOPEIA Cryptops iheringi. Início: 2017. Tese (Doutorado em TOXINOLOGIA) - Instituto Butantan, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. (Coorientador).

Iniciação científica
1.
Marco Lázaro de Sousa Batista. Abordagens de Biologia de Sistemas para estudo de vias de sinalização por RNAseq em linhagens celulares mamárias. Início: 2017. Iniciação científica (Graduando em Ciências Moleculares) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. (Orientador).


Orientações e supervisões concluídas
Orientações de outra natureza
1.
Davi Toshio Inada. Desenvolvimentos de ferramentas e análises para estudo das bases moleculares para a replicação do DNA e ciclo celular em Trypanosoma cruzi. 2017. Orientação de outra natureza - Instituto Butantan, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Orientador: Milton Yutaka Nishiyama Junior.

2.
Bruno Ferreira de Souza. Desenvolvimento de plataforma para integração de dados de ômicas. 2016. Orientação de outra natureza - Instituto Butantan, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Orientador: Milton Yutaka Nishiyama Junior.

3.
Henrique Cursino Vieira. Desenvolvimento de Infraestrutura e ferramentas de análise e integração de dados de genômica e transcriptômica para Bothrops jararaca no projeto CeTICS. 2016. Orientação de outra natureza - Instituto Butantan, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Orientador: Milton Yutaka Nishiyama Junior.



Educação e Popularização de C & T



Artigos
Artigos completos publicados em periódicos
1.
FERREIRA, S. S.2013FERREIRA, S. S. ; Nishiyama, Milton Y. ; peterson, AH ; SOUZA, G. M. . Biofuel and energy crops: high-yield Saccharinae take center stage in the post-genomics era. GenomeBiology.com (London. Print), v. 14, p. 210, 2013.


Livros e capítulos
1.
Nishiyama, Milton Yutaka; Vicente, Fabio ; Sato, Paloma Mieko ; Ferreira, Savio Siqueira ; Feltus, Frank Alex ; SOUZA, GLAUCIA MENDES . Transcriptome Analysis in the Saccharinae. In: Andrew H. Paterson. (Org.). Genomics of the Saccharinae. 1ed.: , 2012, v. 11, p. 1-567.


Apresentações de Trabalho
1.
Nishiyama-Junior, Milton Yutaka. Introduction to Bioinformatics, R-statistics and Bioconductor tools. 2016. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).




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