Tie Koide

  • Endereço para acessar este CV: http://lattes.cnpq.br/1918823456442623
  • Última atualização do currículo em 21/10/2014


Bacharel em Ciências Moleculares pela Universidade de São Paulo (2001), Doutora em Bioquímica pela Universidade de São Paulo (2006) com Pós-doutorado no Institute for Systems Biology, Seattle-EUA (2008). É docente do Departamento de Bioquímica e Imunologia - FMRP- USP. Atua na área de Microbiologia, Bioquímica e Biologia Molecular, com ênfase em Biologia Sistêmica, analisando dados de expressão gênica em larga escala e auxiliando no desenvolvimento de ferramentas de bioinformática. Áreas de interesse: regulação da expressão gênica, microbiologia, resposta a estresses ambientais, integração de dados em larga-escala para formulação de modelos preditivos da célula, RNAs não codificantes, organismos procarióticos. (Texto informado pelo autor)


Identificação


Nome
Tie Koide
Nome em citações bibliográficas
KOIDE, T.;Koide, Tie

Endereço


Endereço Profissional
Universidade de São Paulo, Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto.
Avenida dos Bandeirantes, 3900
Monte Alegre
14049900 - Ribeirão Preto, SP - Brasil
Telefone: (16) 36023107
Fax: (16) 36336840


Formação acadêmica/titulação


2002 - 2006
Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica).
Universidade de São Paulo, USP, Brasil.
Título: Análise global da expressão gênica de Xylella fastidiosa submetida a estresses ambientais, Ano de obtenção: 2006.
Orientador: Suely Lopes Gomes.
Bolsista do(a): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo, FAPESP, Brasil.
Palavras-chave: Xylella fastidiosa; microarranjos de DNA; bioinformática; estresse.
1998 - 2001
Graduação em Curso de Ciências Moleculares.
Pró-reitoria de graduação.
Bolsista do(a): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo, FAPESP, Brasil.


Pós-doutorado


2006 - 2008
Pós-Doutorado.
Institute for Systems Biology.
Bolsista do(a): Institute for Systems Biology.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Microbiologia.
Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica.
Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Biologia Sistêmica.


Formação Complementar


2010 - 2010
Advanced School on Biochemistry of Biofuels. (Carga horária: 60h).
SBBq & ASBMB & IUBMB.
2009 - 2009
Microfluidics course. (Carga horária: 24h).
Institute for Systems Biology.
2004 - 2004
The Molecular Basis of Bacterial Stress Responses. (Carga horária: 90h).
Insituto de Biologia Molecular y Celular de Rosario (IBR-CONICET) e HHMI.
2002 - 2002
Molecular Biological Approaches to Bacterial Cell. (Carga horária: 70h).
Instituto de Ciências Biomédicas - USP.
2001 - 2001
Bioquímica do Envelhecimento. (Carga horária: 56h).
Universidade de São Paulo, USP, Brasil.


Atuação Profissional



Universidade de São Paulo, USP, Brasil.
Vínculo institucional

2009 - Atual
Vínculo: Servidor Público, Enquadramento Funcional: Professor Doutor, Regime: Dedicação exclusiva.

Atividades

03/2010 - Atual
Ensino, Ciências Biológicas (Bioquímica), Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
RBQ5781-1 Bases Moleculares da Regulação Gênica
RBQ-5734 Seminários de Bioquímica I
RBQ-5741 Tópicos em Bioquímica Contemporânea I
RBQ-5744 Seminários de Bioquímica II
02/2010 - 04/2010
Ensino, Bioquimica, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
RFM0004- Bioquimica Geral - propedêutico: cursos de graduação em Nutrição e Metabolismo, Informática Biomédica e Fonoaudiologia
RCG0115 - Bioquimica - Medicina


Projetos de pesquisa


2013 - Atual
New genetic tools for Archaea: functional characterization and modeling of the non-coding RNA regulatory network of Halobacterium salinarum

Descrição: Organisms from the Archaea domain are excellent models to investigate the different strategies used by living cells to thrive in extreme niches. The current proposal has as the main goal the investigation of the gene regulatory network of the model organism Halobacterium salinarum NRC-1. First, a new set of modular genetic tools will be developed to improve the capability to genetically manipulate this organism. Second, the regulatory role and the molecular mechanism of action of new non-coding RNAs (ncRNAs) will be investigated in H. salinarum. Finally, the newly in vivo generated information will be integrated with pre-existing knowledge in order to implement a computational model of the regulatory network in H. salinarum taking into account the interplay of both general transcriptional factors (GTFs) and ncRNAs. This integrative approach attempts to get insight into the molecular mechanisms used by this organism to adapt to environmental signals. The model predictions will be validated in vivo using pre-existing and newly implemented genetic tools. The expected results from this project would allow enhancing our knowledge about the adaptation mechanism used by this organism to thrive under hash environments, with high relevance for new biotechnological applications..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) Doutorado: (1) .

Integrantes: Tie Koide - Coordenador / Rafael Silva-Rocha - Integrante.
Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.
2013 - Atual
Estruturoma de RNAs em Halobacterium salinarum: abordagens computacionais aliadas a validação experimental através de metodologias de footprinting

Descrição: Estrutura implica função. No universo das biomoléculas, esse é um paradigma amplamente aceito. Porém, quando o foco é o transcritoma, a configuração estrutural é uma camada de informação que ainda é pouco considerada. A partir do reconhecimento das diferentes funções desempenhadas pelos RNAs, é fundamental que sua estrutura seja desvendada para que seja possível a compreensão de como essas biomoléculas atuam em diversos processos cruciais para a existência e manutenção dos sistemas biológicos, como armazenamento, transporte, além de atividades de catálise e regulação. No presente Projeto de Pesquisa, propõe-se realizar a modelagem in silico em larga escala da estrutura de todos os RNAs (RNA Estruturoma), utilizando como organismo de estudo o extremófilo Halobacterium salinarum. A partir da modelagem, será possível classificar essas moléculas em grupos estruturais, além de investigar a correlação entre esses agrupamentos e informações sobre função e regulação do transcritoma. Para a validação das predições in silico, propõe-se a utilização de metodologias de footprinting para o mapeamento estrutural in vitro e in vivo de alguns RNAs candidatos..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) .

Integrantes: Tie Koide - Integrante / Vencio, R. Z. N. - Coordenador / Eliane Traldi - Integrante / Marcos Vicente de Albuquerque Salles Navarro - Integrante / Fernando Barroso - Integrante.
Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.
2009 - Atual
Biologia sistêmica do extremófilo Halobacterium salinarum: papel dos RNAs não codificantes ao modelo global de regulação gênica

Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.

Integrantes: Tie Koide - Coordenador / Ricardo Vêncio - Integrante / Nitin Baliga - Integrante.
Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro / Fundação de Apoio ao Ensino, Pesquisa e Assistência do HCFMRP - Auxílio financeiro.


Revisor de periódico


2008 - Atual
Periódico: BMC Bioinformatics
2009 - Atual
Periódico: Genomics (San Diego)
2009 - Atual
Periódico: Plos One
2010 - Atual
Periódico: BMC Systems Biology
2010 - Atual
Periódico: Brazilian Journal of Microbiology (Impresso)
2012 - Atual
Periódico: Molecular Biotechnology


Revisor de projeto de fomento


2010 - Atual
Projeto: Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo


Áreas de atuação


1.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica.
2.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Biologia Sistêmica.
3.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Biologia Molecular.
4.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Microbiologia / Subárea: Biologia e Fisiologia dos Microorganismos.
5.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Bioinformática.


Idiomas


Inglês
Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.
Francês
Compreende Razoavelmente, Fala Razoavelmente, Lê Razoavelmente, Escreve Razoavelmente.
Português
Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.
Japonês
Compreende Razoavelmente, Fala Razoavelmente, Lê Pouco, Escreve Pouco.


Produções



Produção bibliográfica
Citações

Web of Science
Total de trabalhos:18
Total de citações:288
Fator H:10
Koide, Tie TK  Data: 19/03/2014

Outras
Total de trabalhos:18
Total de citações:450
Koide, Tie / indice h 13  Data: 20/03/2014

Artigos completos publicados em periódicos

1.
3SILVA-ROCHA, R.2014SILVA-ROCHA, R. ; Koide, Tie . A biologia sintética e a reprogramação de organismos vivos. Ciência Hoje, v. 53, p. 32, 2014.

2.
1ZARAMELA, LIVIA S.2014 ZARAMELA, LIVIA S. ; VÊNCIO, RICARDO Z. N. ; TEN-CATEN, FELIPE ; BALIGA, NITIN S. ; Koide, Tie . Transcription Start Site Associated RNAs (TSSaRNAs) Are Ubiquitous in All Domains of Life. Plos One, v. 9, p. e107680, 2014.

3.
2TEIXEIRA, F. R.2013TEIXEIRA, F. R. ; MANFIOLLI, A. O. ; SOARES, C. S. ; BAQUI, M. M. A. ; KOIDE, T. ; Gomes, M. D. . The F-box Protein FBXO25 Promotes the Proteasome-dependent Degradation of ELK-1 Protein. Journal of Biological Chemistry (Online), v. 288, p. 28152-28162, 2013.

4.
6Facciotti, Marc T2010Facciotti, Marc T ; Pang, Wyming L ; Lo, Fang-yin ; Whitehead, Kenia ; KOIDE, T. ; Masumura, Ken-ichi ; Pan, Min ; Kaur, Amardeep ; Larsen, David J ; Reiss, David J ; Hoang, Linh ; Kalisiak, Ewa ; Northen, Trent ; Trauger, Sunia A ; Siuzdak, Gary ; Baliga, Nitin S . Large scale physiological readjustment during growth enables rapid, comprehensive and inexpensive systems analysis. BMC Systems Biology, v. 4, p. 64, 2010.

5.
5Bare, J.C.2010Bare, J.C. ; KOIDE, T. ; Reiss, D.J. ; Tenembaum, D. ; Baliga, N.S. . Integration and visualization of systems biology data in context of the genome. BMC Bioinformatics, v. 11, p. 382, 2010.

6.
4da Silva Neto, Jose F2010da Silva Neto, Jose F ; Koide, Tie ; Gomes, Suely L ; Marques, Marilis V . Global gene expression under nitrogen starvation in Xylella fastidiosa: contribution of the sigma54 regulon. BMC Microbiology (Online), v. 10, p. 231, 2010.

7.
9KOIDE, T.;Koide, Tie2009 KOIDE, T. ; Pang, W.L. ; Baliga, N.S. . The role of predictive modeling in rationally reengeneering biological systems. Nature Review, Microbiology, v. 7, p. 297-305, 2009.

8.
7Schmid, A.K.2009 Schmid, A.K. ; Reiss, D.J. ; Pan, M. ; KOIDE, T. ; Baliga, N.S. . A single transcription factor regulates evolutionarily diverse but functionally linked metabolic pathways in response to nutrient availability. Molecular Systems Biology, v. 5, p. 282, 2009.

9.
8KOIDE, T.;Koide, Tie2009 KOIDE, T. ; Reiss, D.J. ; Bare, J.C. ; Pang, W.L. ; Facciotti, M.T. ; Schmid, A.K. ; Pan, M. ; Marzolf, B. ; Van, P.T. ; LO, F. ; PRATAP, A. ; DEUTSCH, E. W. ; PETERSON, A. ; MARTIN, D. ; Baliga, N.S. . Prevalence of transcription promoters within archaeal operons and coding sequences. Molecular Systems Biology, v. 5, p. 285, 2009.

10.
11Van, P.T.2008Van, P.T. ; Schmid, A.K. ; King, N.L. ; Kaur, A. ; Pan, M. ; Whitehead, K. ; KOIDE, T. ; Facciotti, M.T. ; Goo, Y.A. ; Deutsch, E.W. ; Reiss, D.J. ; Mallick, P. ; Baliga, N.S. . Halobacterium salinarum NRC-1 PeptideAtlas: toward strategies for targeted proteomics and improved proteome coverage.. Journal of Proteome Research, v. 7, p. 3755-3764, 2008.

11.
10Salem-Izacc, S. M.2008Salem-Izacc, S. M. ; KOIDE, T. ; Vencio, R. Z. N. ; Gomes, S. L. . Global Gene Expression Analysis during Germination in the Chytridiomycete Blastocladiella emersonii. Eukaryotic Cell, v. 8, p. 170-180, 2008.

12.
13da Silva Neto, J. F.2007da Silva Neto, J. F. ; KOIDE, T. ; MARQUES, M. V. ; Gomes, S. L. . The single extracytoplasmic-function sigma factor of Xylella fastidiosa is involved in the heat shock response and presents an unusual regulatory mechanism.. Journal of Bacteriology, v. 189, p. 551-560, 2007.

13.
12da Silva Neto, J. F.2007da Silva Neto, J. F. ; KOIDE, T. ; Abe, C.M. ; Gomes, S. L. ; MARQUES, M. V. . Role of sigma54 in the regulation of genes involved in type I and type IV pili biogenesis in Xylella fastidiosa. Archives of Microbiology, v. 189, p. 249-261, 2007.

14.
16KOIDE, T.;Koide, Tie2006KOIDE, T. ; SALEM-IZACC, S. ; Gomes, S. L. ; Vencio, R.Z.N. . SpotWhatR: a user-friendly microarray data analysis system.. Genetics and Molecular Research, v. 5, p. 93-107, 2006.

15.
14Vencio, R.Z.N.2006Vencio, R.Z.N. ; KOIDE, T. ; Gomes, S. L. ; PEREIRA, CA . BayGO: Bayesian analysis of ontology term enrichment in microarray data.. BMC Bioinformatics, v. 7, p. 86, 2006.

16.
15KOIDE, T.;Koide, Tie2006KOIDE, T. ; VENCIO, R. ; Gomes, S. L. . Global gene expression analysis of the heat shock response in the phytopathogen Xylella fastidiosa.. Journal of Bacteriology (Print), v. 188, p. 5821-5830, 2006.

17.
17Vencio, R.Z.N.2005Vencio, R.Z.N. ; KOIDE, T. . HTself: Self-Self Based Statistical Test for Low Replication Microarray Studies.. DNA Research, v. 12, p. 211-214, 2005.

18.
19KOIDE, T.;Koide, Tie2004KOIDE, T. ; da Silva Neto, J. F. ; Gomes, S. L. ; MARQUES, M. V. . Insertional transposon mutagenesis in the Xylella fastidiosa Citrus Variegated Chlorosis strain with transposome.. Current Microbiology, v. 48, p. 247-250, 2004.

19.
18KOIDE, T.;Koide, Tie2004 KOIDE, T. ; Zaini, P. A. ; Moreira, L. M. ; Vencio, R.Z.N. ; Matsukuma, A.Y ; Durham, A.M. ; Teixeira, D.C. ; EL-Dorry, H. ; Monteiro, P.B. ; da Silva, A.C. ; Verjovski-Almeida, S. ; da Silva, A.M. ; Gomes, S. L. . DNA microarray-based genome comparison of a pathogenic and a nonpathogenic strain of Xylella fastidiosa delineates genes important for bacterial virulence.. Journal of Bacteriology, v. 186, p. 5442-5449, 2004.

20.
20da Silva Neto, J2002da Silva Neto, J ; KOIDE, T. . Site-directed gene disruption in Xylella fastidiosa. FEMS Microbiology Letters, v. 210, n.1, p. 105-110, 2002.

Resumos publicados em anais de congressos
1.
KOIDE, T. ; Facciotti, M.T. ; Reiss, D.J. ; Masumura, K. ; Bare, J.C. ; Pan, M. ; Baliga, N.S. . Transcriptome structure of Halobacterium salinarum and its dynamic changes during growth. In: DOE Genomics GTL: Systems Biology for Energy and Environment, 2008, Bethesda. DOE Genomics GTL: Systems Biology for Energy and Environment, 2008.

2.
da Silva Neto, J. F. ; KOIDE, T. ; Gomes, S. L. ; MARQUES, M. V. . Regulation of fimbrial genes by sigma54 factor in Xylella fastidiosa.. In: XXXVI Annual Meeting of the Brazilian Society for Biochemistry and Molecular Biology (SBBq) and 10th International Union of Biochemistry and Molecular Biology (IUBMB) Conference, 2007, Salvador. XXXVI Annual Meeting of the Brazilian Society for Biochemistry and Molecular Biology (SBBq) and 10th International Union of Biochemistry and Molecular Biology (IUBMB) Conference, 2007. p. 70.

3.
da Silva Neto, J. F. ; KOIDE, T. ; Gomes, S. L. ; MARQUES, M. V. . O fator sigma ECF sigmaE de Xylella fastidiosa apresenta um novo sistema de regulação. In: 25ª Reunião de Genética de Microorganismos, 2006, São Pedro. 25ª Reunião de Genética de Microorganismos. Piracicaba, 2006. p. 137-137.

4.
Totola, A.H. ; Costa, D.A. ; KOIDE, T. ; Gomes, S. L. ; Fietto, L.G. ; Fietto, J.L.R. ; Castro, I.M. ; Brandão, R.L. . Analysis of global gene expression pattern of pkc1delta mutant and wild type W-303 Sacharomyces cerevisiae strains by DNA microarray.. In: XXXV Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular, 2006, Águas de Lindóia. XXXV Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular, 2006. p. G-70.

5.
MARQUES, M. V. ; KOIDE, T. ; Gomes, S. L. ; da Silva Neto, J. F. . The single ECF sigma factor of Xylella fastidiosa is involved in the heat shock response and presents an unusual regulatory mechanism.. In: Gordon Conference on Microbial Stress Response, 2006, New Hampshire. Gordon Conference on Microbial Stress Response, 2006.

6.
KOIDE, T. ; VENCIO, R. ; Gomes, S. L. . Heat Shock Transcriptome of the Phytopathogen Xylella fastidiosa. In: Joint Meeting of the 3 Divisions of the International Union of Microbiological Societies, 2005, San Fracisco. Proceedings of the meeting, 2005. p. B1364.

7.
Totola, A.H. ; Costa, D.A. ; KOIDE, T. ; Gomes, S. L. ; Fietto, J.L.R. ; Fietto, L.G. ; Castro, I.M. ; Brandão, R.L. . Comparison of global gene expression pattern of pkc1delta and wild type W-303 Saccharomyces cerevisiae strains by DNA microarray. In: XXXIV Reunião da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular, 2005, Águas de Lindoya. Livro de Resumos, 2005. p. G29.

8.
SALEM-IZACC, S. ; KOIDE, T. ; VENCIO, R. ; Gomes, S. L. . Global analysis of gene expression during germination of the chytridiomycete Blastocladiellla emersonii. In: Joint Meeting of the Three Divisions of the International Union of the Microbiological Societies, 2005, San Francisco. Proceedings of the Meeting, 2005. p. M-650.

9.
da Silva Neto, J. F. ; KOIDE, T. ; Gomes, S. L. ; MARQUES, M. V. . Identificação de genes regulados pelo fator sigma alternativo sigmaE de Xylella fastidiosa. In: 51 Congresso Brasileiro de Genética, 2005, Águas de Lindoya. Anais do Congresso, 2005. p. GM120.

10.
KOIDE, T. ; SALEM-IZACC, S. ; Gomes, S. L. ; Vencio, R.Z.N. . SpotWhatR: a user-friendly microarray data analysis system.. In: X-meeting: I International Conference of the Brazilian Associatiion for Bioinformatics and Computational Biology, 2005, Caxambu. X-meeting: I International Conference of the Brazilian Associatiion for Bioinformatics and Computational Biology, 2005.

11.
KOIDE, T. ; VENCIO, R. ; Gomes, S. L. . Estudo da resposta ao choque térmico em Xylella fastidiosa utilizando microarrays.. In: 50o. Congresso Brasileiro de Genética, 2004, Florianópolis. Resumos do 50o. Congresso Brasileiro de Genética, 2004. p. 860.

12.
da Silva, A.M. ; KOIDE, T. ; ZAINI, P. ; VENCIO, R. ; Moreira, L. M. ; Matsukuma, A. ; Durham, A.M. ; Ferro, J.A. ; Teixeira, D.C. ; Monteiro, P.B. ; EL-Dorry, H. ; da Silva, A.C.R. ; Verjovski-Almeida, S. ; Gomes, S. L. . Delineation of Pathogenesis Mechanisms in Xylella fastidiosa through DNA Microarrays. In: XXXII Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquimica e Biologia Molecular, 2003, Caxambú. Programa e Resumos, 2003. p. SP-22.

13.
KOIDE, T. ; ZAINI, P. ; Moreira, L. M. ; VENCIO, R. ; Matsukuma, A. ; Durham, A.M. ; Ferro, J.A. ; Teixeira, D.C. ; Monteiro, P.B. ; EL-Dorry, H. ; da Silva, A.C.R. ; Verjovski-Almeida, S. ; Gomes, S. L. ; da Silva, A.M. . DNA microarray-based comparison of two Xylella fastidiosa strains. In: XXXII Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquimica e Biologia Molecular, 2003, Caxambú. Programa e Resumos, 2003. p. F-15.

14.
da Silva, A.M. ; KOIDE, T. ; da Silva, A.C.R. ; ZAINI, P. ; Moreira, L. M. ; Matsukuma, A. ; Nakaya, H.T. ; Mariano, A.G. ; Durham, A.M. ; Tezza, R.D. ; Ferro, J.A. ; Monteiro, P.B. ; Verjovski-Almeida, S. ; Gomes, S. L. . Using DNA microarrays to prospect heat shock response in Xylella fastidiosa and to investigate genomic variations in distinct strains. In: XXXI Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquimica e Biologia Molecular, 2002, Caxambú. Livro de resumos, 2002. p. x.

15.
da Silva Neto, J. F. ; KOIDE, T. ; Gomes, S. L. ; MARQUES, M. V. . Site directed gene disruption in Xylella fastidiosa. In: I Simpósio Genoma Funcional da Xylella fastidiosa. In: I Simpósio Genoma Funcional da Xylella fastidiosa, 2001, Serra Negra. I Simpósio Genoma Funcional da Xylella fastidiosa, 2001.

16.
da Silva Neto, J. F. ; KOIDE, T. ; Gomes, S. L. ; MARQUES, M. V. . Transformação de Xylella fastidiosa por vetor híbrido.. In: 9º SIICUSP- Simpósio Internacional de Iniciação Científica da USP, 2001, Ribeirão Preto. 9º SIICUSP- Simpósio Internacional de Iniciação Científica da USP,, 2001.

17.
KOIDE, T. ; Zaini, P. A. ; Moreira, L. M. ; da Silva, A.M. ; da Silva, A.C.R. ; Gomes, S. L. . Estudo da patogenicidade de Xylella fastidiosa por DNA microarray. In: 9º SIICUSP- Simpósio Internacional de Iniciação Científica da USP, 2001, Ribeirão Preto. 9º SIICUSP- Simpósio Internacional de Iniciação Científica da USP, 2001.

18.
KOIDE, T. ; Neves, E.J. ; Gomes, S. L. . Uso de DNA microarrays para compreensão dos mecanismos moleculares de patogenicidade da bactéria Xylella fastidiosa. In: 8º SIICUSP- Simpósio Internacional de Iniciação Científica da USP, 2000. 8º SIICUSP- Simpósio Internacional de Iniciação Científica da USP.

Apresentações de Trabalho
1.
Pontelli, MC ; KOIDE, T. . Biologia Molecular de extremófilos. 2013. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

2.
GOMES-FILHO, J. V. ; ZARAMELA, L. S. ; Italiani, VCS ; Koide, Tie . Detection of novel non-coding RNAs of the HgcC family in the extremophile Halobacterium salinarum NRC-1 integrating in silico and experimental data. 2013. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

3.
Fonseca, MAS ; ZARAMELA, L. S. ; Koide, Tie ; Vencio, R. Z. N. . Prediction of ncRNAs using Machine Learning Approach. 2013. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

4.
TRALDI, E. ; ten-Caten, F ; ZARAMELA, L. S. ; GOMES-FILHO, J. V. ; Koide, Tie . Bioinformatics applied to Halobacterium salinarum RNA structurome investigation. 2013. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

5.
ZARAMELA, L. S. ; ten-Caten, F ; TRALDI, E. ; Vencio, R. Z. N. ; Koide, Tie . Searching for circular RNAs in the archaeon Halobacterium salinarum.. 2013. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

6.
ten-Caten, F ; Vencio, R. Z. N. ; Koide, Tie . Automated detection of transcript start site (TSS) in dRNA-seq data. 2013. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

7.
Pontelli, MC ; SILVA-ROCHA, R. ; Koide, Tie . Implementing in vitro and in vivo tools for characterization of non-coding RNAs in H. salinarum. 2013. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

8.
ten-Caten, F ; Vencio, R. Z. N. ; Koide, Tie ; Salvanha, DM . RNA-seq signal processing to find new regulatory elements in transcriptomes. 2013. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

9.
FURTADO, G. P. ; ZARAMELA, L. S. ; Koide, Tie . Non-coding RNAs in the extremophile Halobacterium salinarum NRC-1. 2013. (Apresentação de Trabalho/Outra).

10.
ten-Caten, F ; Vencio, R. Z. N. ; Koide, Tie . TSS annotation in archaea Halobacterium salinarum NRC-1 using a dRNA-seq approach. 2013. (Apresentação de Trabalho/Outra).

11.
Fonseca, MAS ; ZARAMELA, L. S. ; Koide, Tie ; Vencio, R. Z. N. . Prediction of RNA-Protein Interactions: Exploring different representation and classifier combination strategies. 2012. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

12.
Koide, Tie ; Vencio, R. Z. N. ; ZARAMELA, L. S. ; ten-Caten, F ; Pontelli, MC ; GOMES-FILHO, J. V. . ntegrating molecular information to understand life in extreme environments. 2012. (Apresentação de Trabalho/Outra).

13.
ZARAMELA, L. S. ; WURTMANN, E. ; ten-Caten, F ; Vencio, R. Z. N. ; Baliga, Nitin S ; Koide, Tie . Searching for functional ncRNAs in the archaeon Halobacterium salinarum by genetic perturbation: Lsm chaperone knockout strain transcriptome.. 2012. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

14.
Italiani, VCS ; KOIDE, T. . Detection of non-coding RNas in the halophilic archaeon Halobacterium salinarum. 2011. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

15.
KOIDE, T. . Desvendando a complexidade do transcritoma: em busca de modelos mecanísticos. 2011. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

16.
KOIDE, T. . Biologia Sistêmica: desvendando a complexidade do transcriptoma. 2011. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

17.
KOIDE, T. . Vivendo no limite: biologia molecular de extremófilos. 2011. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

18.
KOIDE, T. . Biologia Sistêmica: cominando 'omics' para o avanço da microbiologia. 2010. (Apresentação de Trabalho/Outra).

19.
KOIDE, T. . Towards mechanistic gene regulatory models: unraveling the transcriptome complexity. 2010. (Apresentação de Trabalho/Outra).

20.
KOIDE, T. . O papel do transcriptoma em Biologia Sistêmica: microarrays e sequenciamento. 2009. (Apresentação de Trabalho/Outra).

21.
KOIDE, T. . Biologia sistêmica do extremófilo Halobacterium salinarum: estrutura e dinâmica do transcriptoma. 2009. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

22.
KOIDE, T. . Biologia sistêmica do extremófilo Halobacterium salinarum: estrutura e dinâmica do transcriptoma. 2009. (Apresentação de Trabalho/Outra).


Produção técnica
Programas de computador sem registro
1.
KOIDE, T. ; SALEM-IZACC, S. ; Gomes, S. L. ; Vencio, R.Z.N. . SpotWhatR: a user-friendly microarray data analysis system.. 2006.

2.
Vencio, R.Z.N. ; KOIDE, T. ; Gomes, S. L. ; PEREIRA, CA . BayGO: Bayesian analysis of ontology term enrichment in microarray data.. 2006.

3.
Vencio, R.Z.N. ; KOIDE, T. . HTself: Self-Self Based Statistical Test for Low Replication Microarray Studies.. 2005.

Entrevistas, mesas redondas, programas e comentários na mídia
1.
Koide, Tie ; Pontelli, MC ; GOMES-FILHO, J. V. . Extremófilos: vivendo no limite!. 2013. (Programa de rádio ou TV/Entrevista).

Redes sociais, websites e blogs
1.
Pontelli, MC ; KOIDE, T. . A vida em ambientes extremos: biologia molecular de extremófilos. 2013. (Site).


Demais tipos de produção técnica
1.
Baliga, N.S. ; Bare, J.C. ; Kaur, A. ; KOIDE, T. ; Marzolf, B. ; Pan, Min ; Pang, W.L. ; Reiss, D.J. ; Schmid, A.K. . Introduction to Systems Biology. 2008. (Curso de curta duração ministrado/Especialização).

2.
Baliga, Nitin S ; Bare, J.C. ; KOIDE, T. ; Kaur, Amardeep ; Pan, M. ; Pang, Wyming L ; Reiss, David J . Introduction to Systems Biology. 2007. (Curso de curta duração ministrado/Especialização).

3.
TORRES, B. B. ; CARVALHO, A. Z. ; Bianco, A.A.G. ; Beton, D. ; da Silva, F. H. L. ; Ribichich, K.F. ; Rodrigues, L.O. ; Miyamoto, S. ; KOIDE, T. . Nutrição e Esporte: Uma abordagem bioquímica. 2006. (Desenvolvimento de material didático ou instrucional - Apostila ou Roteiro de aula, Revista Brasileira de Ensino de Bioquímica e Biologia Molecular).

4.
KOIDE, T. ; Bianco, A.A.G. ; Beton, D. ; Miyamoto, S. ; Ribichich, K.F. ; Tejada, E.C.S ; Silva, F.H.L. ; Torres, B.B. ; Mariano, A.G. . Nutrição e Esporte: Uma abordagem bioquímica. 2004. (Curso de curta duração ministrado/Outra).

5.
Bianco, A.A.G. ; Beton, D. ; CARVALHO, A. Z. ; KOIDE, T. ; Miyamoto, S. ; Ribichich, K.F. ; Rodrigues, L.O. ; Silva, F.H.L. ; Torres, B.B. . Nutrição e Esporte: uma abordagem bioquímica. 2003. (Curso de curta duração ministrado/Outra).



Bancas



Participação em bancas de trabalhos de conclusão
Mestrado
1.
PEREIRA, G. A. G.; KOBARG, J.; KOIDE, T.. Participação em banca de Gustavo Pereira de Almeida. Análise do papel da via de sinalização sensível à rapamicina na expressão gênica e multiplicação celular de Chlamydomonas reinhardtii. 2012. Dissertação (Mestrado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Campinas.

2.
Goldman, GH; KOIDE, T.; Berreta e Silva, AA. Participação em banca de Patricia Alves de Castro. Identificação de mecanismos de letalidade da própolis em Saccharomyces cerevisiae e Candida albicans. 2012. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo.

3.
MARQUES, M. V.; KOIDE, T.. Participação em banca de Mirian Molnar Rodrigues. Exame de qualificação: Estudo do papel de duas ferritinas no metabolismo de ferro de Caulobacter crescentus. 2011. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas (Microbiologia)) - Universidade de São Paulo.

4.
Hashimoto, RF; KOIDE, T.; Lemke, Ney. Participação em banca de Vitor hugo Louzada Patricio. Canalização: fenótipos robustos como conseqüência de características da rede de regulação gênica. 2011. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

5.
KOIDE, T.; MANTOVANI, B.; JORGE, J.A.. Participação em banca de Andreia Gutierrez Maria. Qualificação: Membranas biológicas. 2010. Dissertação (Mestrado em Bioquímica) - Universidade de São Paulo.

6.
KOIDE, T.; MANTOVANI, B.; JORGE, J.A.. Participação em banca de Barbara de Castro P. Figueireido. Qualificação: Integração Metabólica. 2010. Dissertação (Mestrado em Bioquímica) - Universidade de São Paulo.

7.
KOIDE, T.; MANTOVANI, B.; JORGE, J.A.. Participação em banca de Lucas Benicio Campos. Qualificação: Fosforilação oxidativa. 2010. Dissertação (Mestrado em Bioquímica) - Universidade de São Paulo.

8.
KOIDE, T.; MANTOVANI, B.; JORGE, J.A.. Participação em banca de Malson Neilson de Lucena. Qualificação: Metabolismo de carboidratos. 2010. Dissertação (Mestrado em Bioquímica) - Universidade de São Paulo.

9.
KOIDE, T.; Uyemura, S.A.; Rodrigues, V.. Participação em banca de Marina Rodrigues Barbosa. Qualificação: Metabolismo de carboidratos. 2010. Dissertação (Mestrado em Bioquímica) - Universidade de São Paulo.

10.
KOIDE, T.; Uyemura, S.A.; Rodrigues, V.. Participação em banca de Telma Cristina Saito. Qualificação: Fosforilação oxidativa. 2010. Dissertação (Mestrado em Bioquímica) - Universidade de São Paulo.

11.
KOIDE, T.; Uyemura, S.A.; Rodrigues, V.. Participação em banca de Silveli Suzuki. Qualificação: Carboidratos. 2010. Dissertação (Mestrado em Bioquímica) - Universidade de São Paulo.

12.
KOIDE, T.. Participação em banca de Juliana da Silva Santos. Exame de qualificação: Identificação de fatores de transcrição e sinais celulares que regulam a expressão do gene cspC de Caulobacter crescentus. 2010. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas (Microbiologia)) - Universidade de São Paulo.

Teses de doutorado
1.
Cruz, Angela Kaysel; Koide, Tie; Probst, CM; TEIXEIRA, S. M. R.; ELIAS-SABBAGA, M. C. Q. B.. Participação em banca de Monica Cristina Terrão. Investigação de mecanismos e elementos envolvidos no processo de regulação de expressão gênica em Leishmania. 2012. Tese (Doutorado em Biologia Celular e Molecular) - Universidade de São Paulo.

2.
Silva, CL; KOIDE, T.; Santos, IKFM; Vasconcelos, ATR; de Almeida, MGB. Participação em banca de Rodrigo Ferracine Rodrigues. Caracterização da expressão gênica e prospecção de biomarcadores induzidos pela associação entre o biofármaco DNAhsp65 e as drogas convencionais no tratamento da tuberculose experimental. 2012. Tese (Doutorado em Imunologia Básica e Aplicada) - Universidade de São Paulo.

3.
KOIDE, T.; Lemke, Ney; Mombach, J.C. M; de Oliveira, Deilson Elgui; Fontes, Marcos Roberto de M. Participação em banca de Marcio Luis Acencio. Construção e análise da rede integrada de interações entre genes humandos envolvida com a regulação da transição G1/S do ciclo celular pela adesão a matriz extracelular. 2011. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Genética)) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

4.
Hartfelder, KH; KOIDE, T.; Larson, Maria Luisa Paço. Participação em banca de Fernanda Carvalho Humann. Expressão gênica diferencial no contexto da morte celular programada no desenvolvimento dos ovários em rainhas e operárias de Apis mellifera. 2011. Tese (Doutorado em Biologia Celular e Molecular) - Universidade de São Paulo.

5.
Tosi, L; KOIDE, T.; Monesi, N; Gruber, A; Bartholomeu, DC. Participação em banca de Elton José Rosa de Vasconcelos. Identificação in silico e caracterização de potenciais sítios regulatórios em regiões não-traduzidas nos genomas de Leishmania spp. 2011. Tese (Doutorado em Biologia Celular e Molecular) - Universidade de São Paulo.

6.
Cruz, Angela Kaysel; KOIDE, T.; Thiemann, Otavio Henrique; Larson, Maria Luisa Paço; Goldman, Maria Helena de Souza. Participação em banca de Karina Nogueira Zeviane. Estudo de RNA regulatório em Leishmania major. 2010. Tese (Doutorado em Doutorado em Ciências) - Universidade de São Paulo.

Qualificações de Doutorado
1.
Gomes, M. D.; Koide, Tie; Kress, M. Participação em banca de Eriston Vieira Gomes. Estresse oxidativo e esclerose lateral amiotrófica. 2014. Exame de qualificação (Doutorando em Bioquímica) - Universidade de São Paulo.

2.
KOIDE, T.; POLIZELI, M. L.; SEBOLELLA, A.. Participação em banca de Silveli Suzuki. Chaperonas e doenças conformacionais. 2014. Exame de qualificação (Doutorando em Bioquímica) - Universidade de São Paulo.

3.
KOIDE, T.; POLIZELI, M. L.; SEBOLELLA, A.. Participação em banca de Patrícia Alves de Castro. Metabolismo secundário em fungos. 2014. Exame de qualificação (Doutorando em Bioquímica) - Universidade de São Paulo.

4.
KOIDE, T.; POLIZELI, M. L.; SEBOLELLA, A.. Participação em banca de Amanda Tomie Ouchida. Riboswitches: estrutura mecanismos e aplicações. 2014. Exame de qualificação (Doutorando em Bioquímica) - Universidade de São Paulo.

5.
KOIDE, T.; POLIZELI, M. L.; SEBOLELLA, A.. Participação em banca de André Lima Queiroz. Engenharia Genética: Sistema CRISPR/Cas9. 2014. Exame de qualificação (Doutorando em Bioquímica) - Universidade de São Paulo.

6.
KOIDE, T.; POLIZELI, M. L.; SEBOLELLA, A.. Participação em banca de Gabriela N. Solano Canchaya. CÉLULAS TRONCO, UMA BREVE HISTORIA DA PLURIPOTENCIA. 2014. Exame de qualificação (Doutorando em Bioquímica) - Universidade de São Paulo.

7.
KOIDE, T.; POLIZELI, M. L.; SEBOLELLA, A.. Participação em banca de José Vicente Gomes-Filho. Mecanismos de Reparo de DNA. 2014. Exame de qualificação (Doutorando em Bioquímica) - Universidade de São Paulo.

8.
KOIDE, T.; POLIZELI, M. L.; SEBOLELLA, A.. Participação em banca de Mariana Lopes Grassi. Autofagia: da homeostase à morte celular, uma estratégia terapêutica para doenças neurodegenerativas doença de Huntington. 2014. Exame de qualificação (Doutorando em Bioquímica) - Universidade de São Paulo.

9.
Tosi, L; KOIDE, T.; da Silva, JAC. Participação em banca de Monica Cristina Terrão. Investigation of cis elements involved in regulation of gene expression in Leishmania. 2012. Exame de qualificação (Doutorando em Biologia Celular e Molecular) - Universidade de São Paulo.

10.
Koide, Tie; TOSI, L. R. O.; BASSO, L. R.. Participação em banca de Tiago Rodrigues Ferreira. Functional analysis of arginine methyltransferase PRMT7 homolog in Leishmania major. 2012. Exame de qualificação (Doutorando em Biologia Celular e Molecular) - Universidade de São Paulo.

11.
KOIDE, T.; de Oliveira, EB; JORGE, J.A.. Participação em banca de Fernanda Gomes Cardoso. Tecnologias de sequenciamento de DNA de nova geração: princípios e aplicações. 2012. Exame de qualificação (Doutorando em Bioquímica) - Universidade de São Paulo.

12.
KOIDE, T.; de Oliveira, EB; JORGE, J.A.. Participação em banca de Leticia Magalhaes Arruda. Canalização metabólica. 2012. Exame de qualificação (Doutorando em Bioquímica) - Universidade de São Paulo.

13.
KOIDE, T.; de Oliveira, EB; JORGE, J.A.. Participação em banca de Malson Neilson de Lucena. Doença de alzheimer e homeostase proteica. 2012. Exame de qualificação (Doutorando em Bioquímica) - Universidade de São Paulo.

14.
KOIDE, T.; de Oliveira, EB; JORGE, J.A.. Participação em banca de Ana Cristina Colabardini. Mecanismos regulatórios desencadeados por glicose em Saccharomyces cerevisiae. 2012. Exame de qualificação (Doutorando em Bioquímica) - Universidade de São Paulo.

15.
KOIDE, T.; Monesi, N; de Toledo. JS. Participação em banca de Nilmar Silvio Moretti. Mecanismos epigenéticos no controle da expressão gênica. 2011. Exame de qualificação (Doutorando em Biologia Celular e Molecular) - Universidade de São Paulo.

16.
Wunderlich, G; KOIDE, T.; Balidini, RL. Participação em banca de Maria Fernanda Bandeira de Melo Galetti. Efeitos da temperatura e da alimentação sanguínea sobre o perfil de expressão gênica de Rickettsia rickettsii durante a infecção do carrapato-vetor Amblyomma aureolatum. 2011. Exame de qualificação (Doutorando em Ciências (Biologia da Relação Patógeno-Hospedeiro)pgbmp@icb.usp.br) - Universidade de São Paulo.

17.
KOIDE, T.. Participação em banca de Ricardo Ruiz Mazzon. Caracterização de genes de Caulobacter crescentus importantes para a sobrevivência em baixas temperaturas. 2010. Exame de qualificação (Doutorando em Ciências Biológicas (Microbiologia)) - Universidade de São Paulo.

18.
Tosi, L; KOIDE, T.; Junior, W.A.S.. Participação em banca de Elton José Rosa de Vasconcelos. Ferramentas computacionas: respondendo e formulando perguntas biológicas. 2010. Exame de qualificação (Doutorando em Biologia Celular e Molecular) - Universidade de São Paulo.

19.
KOIDE, T.; Gomes, M. D.; Silveira, L.R.. Participação em banca de Hugo Juarez Vieira Pereira. proteomica - histórico, conceitos, aplicações e limitações. 2009. Exame de qualificação (Doutorando em Bioquímica) - Universidade de São Paulo.

20.
KOIDE, T.; Gomes, M. D.; Silveira, L.R.. Participação em banca de Lucas Tabajara Parreiras e Silva. Expressão heteróloga de proteínas: técnicas e aplicações. 2009. Exame de qualificação (Doutorando em Bioquímica) - Universidade de São Paulo.

21.
KOIDE, T.; Giglio, J.G.. Participação em banca de Larissa Favaro Marchi. Role of interferon gamma on immune phagocytosis and production of reactive oxygen species by mouse polymorphonuclear cells. 2009. Exame de qualificação (Doutorando em Bioquímica) - Universidade de São Paulo.

Qualificações de Mestrado
1.
KOIDE, T.; Lopes, FM; de Carvalho, ACPLF. Participação em banca de Pedro Santoro Perez. Uma Abordagem para a Indução de Árvores de Decisão voltada para Dados de Expressão Gênica. 2011. Exame de qualificação (Mestrando em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

2.
KOIDE, T.; MANTOVANI, B.; JORGE, J.A.. Participação em banca de Fernanda Gomes Cardoso. Qualificação: Carboidratos. 2010. Exame de qualificação (Mestrando em Bioquímica) - Universidade de São Paulo.



Participação em bancas de comissões julgadoras
Concurso público
1.
Zamboni, DS; Bonato, VLD; KOIDE, T.. Professor Doutor - processo seletivo simplificado - Departamento de Biologia Celular e Molecular e Bioagentes patogênicos. 2013.

2.
Winter, CE; MARQUES, M. V.; VENCIO, R.; KOIDE, T.. Concurso para Provimento de 1 cargo de Prof. Doutor do Departamento de Microbiologia (Disciplina BMM 3902 - Bioinformática e Biologia de Sistemas aplica a microbiologia). 2011. Instituto de Ciências Biomédicas - USP.

3.
Garrat, RC; KOIDE, T.; Almeida, MS. Comissão julgadora - Professor Adjunto - Ciências Biológicas - Genômica Comparativa. 2011. Universidade Federal do ABC.



Eventos



Participação em eventos, congressos, exposições e feiras
1.
IV Seminários Avançados em Tecnologia de Microarrays e Next generation sequencing.RNAs não-codificantes: identificação e estudos funcionais em organismos procariotos. 2013. (Seminário).

2.
I Simpósio de Genômica Funcional e Biologia Sistêmica de Microorganismos.Bioinformática e Biologia Sistêmica de Microorganismos. 2013. (Simpósio).

3.
III Bragfost - Brazilian-German Frontiers of Science and Technolog Symposiay.Integrating molecular information to understand life in extreme environments. 2012. (Simpósio).

4.
Cell Symposia - Functional RNAs.Searching for functional ncRNAs in the archaeon Halobacterium salinarum by genetic perturbation: Lsm chperone knockout strain transcriptome. 2012. (Simpósio).

5.
iGEM Latin America 2012 ( International Genetically Engineered Machine competitio_.iGEM Latin America 2012 - Judge comitee. 2012. (Outra).

6.
XI Curso de Inverno em Bioquímica e Biologia Molecular.Biologia sistêmica de microorganismos. 2012. (Outra).

7.
Seminário do Programa de Pós-graduação em Ciências Biológicas - UEM.Desvendando a complexidade do transcritoma. 2011. (Seminário).

8.
Seminários Gerais do Departamento de Bioquímica - IQ -USP.Desvendando a complexidade do transcritoma em procariotos. 2011. (Seminário).

9.
Curso de Verão em bioinformática - Programa Interunidades USP.Desvendando a complexidade do transcritoma: em busca de modelos mecanísticos. 2011. (Seminário).

10.
Seminários do Laboratório Nacional de Biociências.Desvendando a complexidade do transcritoma em procariotos. 2011. (Seminário).

11.
Seminários da sociedade de Pesquisas em Biologia Celular.Desvendando a complexidade do transcriptoma: em busca de modelos mecanísticos. 2011. (Seminário).

12.
Seminários do programa de pós graduação em biologia celular e tecidula.Biologia Sistêmica - desvendando a complexidade do transcriptoma. 2011. (Seminário).

13.
III Simpósio Brasileiro de genética molecular de Plantas.Regulatory Networks. 2011. (Simpósio).

14.
XL Reunião anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia molecular.Exploring transcriptomes at high resolution. 2011. (Simpósio).

15.
Bioinformática aplicada as ômicas.Transcriptômica. 2011. (Oficina).

16.
X Curso de Inverno de Bioquímica e Biologia Molecular.Biologia Sistêmica: combinando 'omics"para o avanço da microbiologia. 2011. (Outra).

17.
Sao Paulo Advanced School of Astrobiology.Extremophile systems biology. 2011. (Outra).

18.
27a Reunião de Genética de Microorganismos. Biologia Sistêmica: cominando 'omics' para o avanço da microbiologia. 2010. (Congresso).

19.
56 Congresso Brasileiro de Genética. Desvendando a complexidade do transcriptoma: sequenciamento de nova geração aplicado ao extremófilo Halobacterium salinarum. 2010. (Congresso).

20.
II seminários avançados em Tecnologia de microarrays e next-generation sequencing - Hospital Israelita Albert Einstein.Desvendando a complexidade do transcriptoma: tiling arrays. 2010. (Seminário).

21.
Biologia de sistemas - programa de pós-graduação do Instituto Oswaldo Cruz.Desvendando a complexidade do transcritoma: em busca de modelos mecanísticos. 2010. (Seminário).

22.
IX Curso de Inverno de Bioquímica e Biologia molecular.Biologia Sistêmica: combinando 'omics"para o avanço da microbiologia. 2010. (Seminário).

23.
BIOEN workshop on Synthetic Biology. 2010. (Oficina).

24.
Brasil-Deutschland Systems Biology meeting.Systems Biology Networks. 2010. (Encontro).

25.
5th International conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology - Xmeeting. Towards mechanistic gene regulatory models. 2009. (Congresso).

26.
5th International conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology - Xmeeting. avaliação de posteres - Systems Biology and Networks. 2009. (Congresso).

27.
25o Congresso Brasileiro de Microbiologia. Avanços em microbiologia sistêmica. 2009. (Congresso).

28.
25o Congresso Brasileiro de Microbiologia. avaliação de resumos. 2009. (Congresso).

29.
Seminários em Bioinformática- ICB-UFMG.O papel do transcritoma em Biologia Sistêmica: microarrays e sequenciamento. 2009. (Seminário).

30.
Seminários de Bioquímica I - Programa de pós graduação em Bioquímica.Biologia Sistêmica do extremófilo Halobacterium salinarum: estrutura e dinâmica do transcriptoma. 2009. (Seminário).

31.
Disciplina Genética molecular.Biologia Sistêmica do extremófilo Halobacterium salinarum: estrutura e dinâmica do transcriptoma. 2009. (Seminário).

32.
Systems Biology and Engineering.Transcriptome structure of Halobacterium salinarum. 2008. (Simpósio).

33.
Systems Biology and the Environment.Transcriptome structure of Halobacterium salinarum. 2007. (Simpósio).

34.
Joint Meeting of the Three Divisions of the International Union of the Microbiological Societies. Heat Shock Transcriptome of the Phytopathogen Xylella fastidiosa. 2005. (Congresso).

35.
50a Congresso Brasileiro de Genética. Estudo da resposta ao choque térmico em Xylella fastidiosa utilizando microarrays.. 2005. (Congresso).

36.
XXXIII Reunião da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular. Nutrição e esporte: uma abordagem bioquímica (curso). 2004. (Congresso).

37.
VII Congresso do Departamento de Bioquímica da USP. 2004. (Congresso).

38.
The Molecular Basis of Bacterial Stress Responses.Environmental stress response in the phytopathogen Xylella fastidiosa. 2004. (Outra).

39.
XXXII Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquimica e Biologia Molecular. DNA microarray-based comparison of two Xylella fastidiosa strains. 2003. (Congresso).

40.
V Congresso do Departamento de Bioquímica. 2001. (Congresso).

41.
I Simpósio Genoma Funcional da Xylella fastidiosa.Different approaches to obtain mutants of Xylella fastidiosa. 2001. (Simpósio).

42.
9 SIICUSP: Simpósio internacional de Iniciação Científica.Study of Xylella fastidiosa pathogenesis using DNA microarrays. 2001. (Simpósio).

43.
8 SIICUSP.DNA microarrays as a tool to understand molecular mechanisms of Xylella. 2000. (Simpósio).


Organização de eventos, congressos, exposições e feiras
1.
GRACIANO, R. ; Vitor Marcel Faça ; KOIDE, T. . XIII Curso de Inverno de Bioquímica e Biologia Molecular. 2014. (Outro).

2.
KOIDE, T. ; Vitor Marcel Faça ; Lucena, M N . XII Curso de Inverno de Bioquímica e Biologia Molecular. 2013. (Outro).

3.
KOIDE, T. ; Silva, Roberto ; Lucena, M N . XI Curso de Inverno de Bioquímica e Biologia Molecular. 2012. (Outro).

4.
Vencio, R. Z. N. ; KOIDE, T. ; Hashimoto, RF . II Workshop de Bioinformática. 2012. (Outro).

5.
KOIDE, T. ; Silva, Roberto ; Lucena, M N . X Curso de Inverno de Bioquímica e Biologia Molecular. 2011. (Outro).



Orientações



Orientações e supervisões em andamento
Dissertação de mestrado
1.
José Vicente Gomes Filho. Determinção de estruturas de ncRNAs através de métodos de footprinting. Início: 2012. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo. (Orientador).

Tese de doutorado
1.
José Vicente Gomes-Filho. Determinção de estruturas de ncRNAs através de métodos de footprinting.. Início: 2013. Tese (Doutorado em Bioquímica) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. (Orientador).

2.
Felipe ten Caten. RNAseq: análise de dados e modelagem do sinal. Início: 2011. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. (Orientador).

3.
Livia Soares Zaramela. Identificação e caracterização de RNAs não codificantes ligantes a Lsm no extremófilo Halobacterium salinarum. Início: 2011. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. (Orientador).

Supervisão de pós-doutorado
1.
Rafael Silva Rocha. Novas ferramentas genéticas para Archaea: validação funcional e modelagem da rede regulatória de RNA não codificantes de Halobacterium salinarum. Início: 2013. Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo.

2.
Gilvan Pessoa Furtado. Identificação de pequenas proteínas e peptídeos no extremófilo Halobacterium salinarum: discriminando RNAs não-codificantes de pequenas ORFs. Início: 2013. Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo.

Iniciação científica
1.
André Medina. Identificação de pequenos peptídeos em H. salinarum utilizando tag cromossomal. Início: 2014. Iniciação científica (Graduando em Ciências Biológicas) - Universidade de São Paulo. (Orientador).

2.
Victória Maruyama Spagni. Construção de linhagem knockout para Lsm, uma proteína ligante a RNA de H. salinarum NRC-1. Início: 2012. Iniciação científica (Graduando em Farmácia e Bioquímica) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. (Orientador).


Orientações e supervisões concluídas
Dissertação de mestrado
1.
Marjorie Cornejo Pontelli. Implementação de ferramentas moleculares para a manipulação genética da haloarchaea Halobacterium salinarum.. 2012. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Tie Koide.

Supervisão de pós-doutorado
1.
Valéria Cristina da Silva Italiani. Caracterização de RNAs não-codificantes no extremófilo Halobacterium salinarum. 2010. Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Tie Koide.

Iniciação científica
1.
Ryerson Mota. Padronização de microscopia para análise fenotípica do extremófilo Halobacterium salinarum. 2013. Iniciação Científica. (Graduando em Biomedicina) - Centro Universitário Barão de Mauá. Orientador: Tie Koide.

2.
Andrea Oshima de Aguiar. Construção de linhagem knockout para um RNA não-codificante da família HgcC em Halobacterium salinarum e avaliação fenotípica. 2012. Iniciação Científica. (Graduando em Farmácia e Bioquímica) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Orientador: Tie Koide.

3.
José Vicente Gomes Filho. Introdução a análise de dados em Biologia Sistêmica utilizando Gaggle. 2011. Iniciação Científica. (Graduando em biomedicina) - Centro Universitário Barão de Mauá, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Orientador: Tie Koide.

4.
Catharina Gomes Bermal. Curva de crescimento de H. salinarum e técnicas de Biologia Molecular. 2011. Iniciação Científica. (Graduando em Informática Biomédica) - Universidade de São Paulo. Orientador: Tie Koide.

5.
Giovanna Petrilli. Utilização do arcabouço de software Gaggle para análise de dados de expressão gênica. 2011. Iniciação Científica. (Graduando em Informática Biomédica) - Universidade de São Paulo. Orientador: Tie Koide.

6.
Natália Yumi Noronha. Análise global da expressão gênica do mutante Lsm de Halobacterium salinarum. 2010. Iniciação Científica. (Graduando em Informática Biomédica) - Universidade de São Paulo. Orientador: Tie Koide.



Educação e Popularização de C & T



Artigos
Artigos completos publicados em periódicos
1.
3SILVA-ROCHA, R.2014SILVA-ROCHA, R. ; Koide, Tie . A biologia sintética e a reprogramação de organismos vivos. Ciência Hoje, v. 53, p. 32, 2014.


Apresentações de Trabalho
1.
KOIDE, T. . Vivendo no limite: biologia molecular de extremófilos. 2011. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

2.
Pontelli, MC ; KOIDE, T. . Biologia Molecular de extremófilos. 2013. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).


Entrevistas, mesas redondas, programas e comentários na mídia
1.
Koide, Tie ; Pontelli, MC ; GOMES-FILHO, J. V. . Extremófilos: vivendo no limite!. 2013. (Programa de rádio ou TV/Entrevista).


Redes sociais, websites e blogs
1.
Pontelli, MC ; KOIDE, T. . A vida em ambientes extremos: biologia molecular de extremófilos. 2013. (Site).




Página gerada pelo Sistema Currículo Lattes em 25/10/2014 às 24:44:30