Tie Koide

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  • Última atualização do currículo em 09/10/2018


Bacharel em Ciências Moleculares pela Universidade de São Paulo (2001), Doutora em Bioquímica pela Universidade de São Paulo (2006) com Pós-doutorado no Institute for Systems Biology, Seattle-EUA (2008). É docente do Departamento de Bioquímica e Imunologia - FMRP- USP. Atua na área de Microbiologia, Bioquímica e Biologia Molecular, com ênfase em Biologia Sistêmica, analisando dados de expressão gênica em larga escala e auxiliando no desenvolvimento de ferramentas de bioinformática. Áreas de interesse: regulação da expressão gênica, microbiologia, resposta a estresses ambientais, integração de dados em larga-escala para formulação de modelos preditivos da célula, RNAs não codificantes, organismos procarióticos, archaea, bioinformática. (Texto informado pelo autor)


Identificação


Nome
Tie Koide
Nome em citações bibliográficas
KOIDE, T.;Koide, Tie

Endereço


Endereço Profissional
Universidade de São Paulo, Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto.
Avenida dos Bandeirantes, 3900
Monte Alegre
14049900 - Ribeirão Preto, SP - Brasil
Telefone: (16) 32153107
Fax: (16) 36336840


Formação acadêmica/titulação


2002 - 2006
Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica).
Universidade de São Paulo, USP, Brasil.
Título: Análise global da expressão gênica de Xylella fastidiosa submetida a estresses ambientais, Ano de obtenção: 2006.
Orientador: Suely Lopes Gomes.
Bolsista do(a): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo, FAPESP, Brasil.
Palavras-chave: Xylella fastidiosa; microarranjos de DNA; bioinformática; estresse.
1998 - 2001
Graduação em Curso de Ciências Moleculares.
Pró-reitoria de graduação, PRG, Brasil.
Bolsista do(a): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo, FAPESP, Brasil.


Pós-doutorado


2006 - 2008
Pós-Doutorado.
Institute for Systems Biology, ISB, Estados Unidos.
Bolsista do(a): Institute for Systems Biology, ISB, Estados Unidos.
Grande área: Ciências Biológicas
Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica.
Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Biologia Sistêmica.


Formação Complementar


2017 - 2017
Módulo Básico de Desenvolvimento Docente em Ensino. (Carga horária: 40h).
Universidade de São Paulo, USP, Brasil.
2010 - 2010
Advanced School on Biochemistry of Biofuels. (Carga horária: 60h).
SBBq & ASBMB & IUBMB, SBBQ, Brasil.
2009 - 2009
Microfluidics course. (Carga horária: 24h).
Institute for Systems Biology, ISB, Estados Unidos.
2004 - 2004
The Molecular Basis of Bacterial Stress Responses. (Carga horária: 90h).
Insituto de Biologia Molecular y Celular de Rosario (IBR-CONICET) e HHMI, CONICET/HHMI, Argentina.
2002 - 2002
Molecular Biological Approaches to Bacterial Cell. (Carga horária: 70h).
Instituto de Ciências Biomédicas - USP, ICB - USP, Brasil.
2001 - 2001
Bioquímica do Envelhecimento. (Carga horária: 56h).
Universidade de São Paulo, USP, Brasil.


Atuação Profissional



Universidade de São Paulo, USP, Brasil.
Vínculo institucional

2009 - Atual
Vínculo: Servidor Público, Enquadramento Funcional: Professor Doutor, Regime: Dedicação exclusiva.

Atividades

03/2010 - Atual
Ensino, Ciências Biológicas (Bioquímica), Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
RBQ-5734 Seminários de Bioquímica I
RBQ-5741 Tópicos em Bioquímica Contemporânea I
RBQ-5744 Seminários de Bioquímica II
RBQ5781-1 Bases Moleculares da Regulação Gênica
02/2010 - Atual
Ensino, Bioquimica, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
RCB0101- Desenvolvimento científico e tecnológico I
RCB0105 - Biomoléculas, Biologia celular e bioestruturas - aulas de Biologia Sistêmica e Biologia Sintética
RCG0115 - Bioquimica - Medicina
RFM0004- Bioquimica Geral - propedêutico: cursos de graduação em Nutrição e Metabolismo, Informática Biomédica e Fonoaudiologia


Projetos de pesquisa


2016 - Atual
O transcritoma antisense da Archaea halofílica Halobacterium salinarum

Projeto certificado pelo(a) coordenador(a) Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio em 19/02/2016.
Descrição: A hipótese da transcrição pervasiva, onde todo o DNA de um organismo está associado a pelo menos um transcrito, tem se fortalecido com a aquisição massiva de dados de transcritoma. Uma questão importante que surge neste contexto é a funcionalidade e regulação desses transcritos na rede de regulação gênica de um dado organismo, principalmente de transcritos antisense a genes anotados. Neste projeto de pesquisa, utilizaremos a archaea halofílica Halobacterium salinarum NRC-1 como um modelo para estudo do transcritoma antisense de archaeas e da sua influência na regulação pós-transcricional. Membro do terceiro domínio da vida, este microorganismo com características bioquímicas únicas tem sido utilizado como modelo em Biologia Sistêmica, com redes de regulação gênica construídas focados em genes que codificam proteínas. Neste projeto, utilizaremos abordagens experimentais associadas a utilização de ferramentas de bioinformática para identificar com precisão o transcritoma antisense de H. salinarum, estudar a sua regulação mediante estresses ambientais e a influência de RNAses. A integração de dados em larga escala utilizando abordagens de Biologia Sistêmica deverão permitir a formulação de hipóteses a respeito de RNAs antisense específicos que serão validadas experimentalmente através da superexpressão desses RNAs e avaliação fenotípica. Assim, este projeto deverá contribuir para a compreensão da rede de regulação gênica pós-transcricional em archaeas, consolidando a utilização de abordagens sistêmicas para elucidar a ainda incipiente biologia do terceiro domínio da vida..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (3) / Mestrado acadêmico: (1) / Doutorado: (3) .
Integrantes: Tie Koide - Integrante / Vencio, R. Z. N. - Coordenador.Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
2015 - Atual
O Sistema de Secreção do tipo VI de Xanthomonas citri pv citri: função, regulação e substratos secretados
Descrição: Os sistemas de secreção do tipo VI (SSVI) de bactérias são complexos proteicos que atravessam o envelope bacteriano, promovendo a translocação de proteínas para o interior de células-alvo. Os SSVI foram descobertos recentemente e diversos estudos sobre a estrutura do complexo de proteínas e seu mecanismo de ação demonstram semelhanças com a maquinaria de injeção de DNA nas células bacterianas por bacteriófagos, especialmente o fago T4. Os SSVI exercem papel essencial na virulência em espécies de bactéria e podem atuar também na competição entre micro-organismos, secretando toxinas para bactérias vizinhas e aumentando o fitness da espécie que os possui. A infecção de citros por Xanthomonas citri pv citri (Xac) causa o cancro cítrico, doença responsável por grandes prejuízos à agricultura no Brasil. O genoma de Xac codifica um SSVI completo, dividido em dois grupamentos gênicos, separados por 10 genes. Este projeto visa a realizar um estudo funcional do SSVI de Xac, utilizando técnicas de genética bacteriana e biologia molecular. Para isso, cepas mutantes em genes essenciais do SSVI serão caracterizadas fenotipicamente e a expressão de genes que codificam seus componentes será analisada em diferentes condições. A identificação de substratos do SSVI será realizada pela análise do secretoma de cepas que apresentam atividade alterada de seus componentes. Dois fatores sigma alternativos codificados por genes localizados entre os dois grupamentos gênicos do SSVI também serão caracterizados, através de análise por transcriptoma de cepas que expressam altos níveis destas proteínas regulatórias e estudos fenotípicos de cepas mutantes. Os resultados obtidos contribuirão para a compreensão dos mecanismos de atuação dos SSVI e da fisiologia e patogenicidade de Xac..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
2014 - Atual
SISTEMAS REGULATÓRIOS DA RESPOSTA BACTERIANA A ESTRESSES
Descrição: A percepção de sinais ambientais é crucial para a célula modificar seu padrão de expressão gênica para enfrentar mudanças no ambiente. À medida que a população aumenta, as células enfrentam uma redução progressiva da disponibilidade de nutrientes que traz a necessidade de responder adequando os sistemas metabólicos para permanecer em situação de carência prolongada. O principal objetivo deste projeto é identificar os sinais ambientais, os sistemas de transdução de sinais e os mecanismos regulatórios importantes para a resposta a estresses na bactéria oligotrófica Caulobacter crescentus. Esta bactéria Gram-negativa aquática está adaptada a viver em ambientes com baixíssimo teor nutricional, e possui um ciclo de desenvolvimento com um passo de diferenciação celular, não usual em bactérias. A manutenção da funcionalidade dos RNAs celulares sob situações de estresse é garantida pela indução de proteínas que modulam a transcrição, tradução e turnover dos RNAs. As proteínas de choque frio (CSP) são induzidas em baixa temperatura e/ou em fase estacionária, e atuam como chaperones de RNA, permitindo a tradução nestas condições, e também agindo como reguladoras da expressão gênica. Outro sistema importante para esta resposta é constituído pelas RNA helicases da família DEAD, que são responsáveis por desfazer as estruturas secundárias nos RNAs, auxiliando a tradução. Estas enzimas também atuam junto ao sistema de degradação dos RNAs (degradossomo), e na montagem de estruturas riboproteicas, como os ribossomos. Este projeto pretende avaliar os sistemas regulatórios que controlam a expressão gênica das CSPs, e o papel de cada RNA helicase DEAD na resposta a estresses. As bactérias aeróbias também têm que responder a um aumento na concentração de espécies reativas de oxigênio, que ocorre especialmente quando a população entra em fase estacionária. A homeostase de ferro e de outros metais redox-ativos é um ponto importante no controle do estresse oxidativo, e deve ser estritamente regulada por diversos mecanismos. Além dos reguladores Fur e OxyR, pequenos RNAs regulatórios exercem controle sobre a expressão dos genes do metabolismo de ferro, e serão estudados neste projeto..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
2013 - Atual
New genetic tools for Archaea: functional characterization and modeling of the non-coding RNA regulatory network of Halobacterium salinarum
Descrição: Organisms from the Archaea domain are excellent models to investigate the different strategies used by living cells to thrive in extreme niches. The current proposal has as the main goal the investigation of the gene regulatory network of the model organism Halobacterium salinarum NRC-1. First, a new set of modular genetic tools will be developed to improve the capability to genetically manipulate this organism. Second, the regulatory role and the molecular mechanism of action of new non-coding RNAs (ncRNAs) will be investigated in H. salinarum. Finally, the newly in vivo generated information will be integrated with pre-existing knowledge in order to implement a computational model of the regulatory network in H. salinarum taking into account the interplay of both general transcriptional factors (GTFs) and ncRNAs. This integrative approach attempts to get insight into the molecular mechanisms used by this organism to adapt to environmental signals. The model predictions will be validated in vivo using pre-existing and newly implemented genetic tools. The expected results from this project would allow enhancing our knowledge about the adaptation mechanism used by this organism to thrive under hash environments, with high relevance for new biotechnological applications..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) Doutorado: (1) .
Integrantes: Tie Koide - Coordenador / Rafael Silva-Rocha - Integrante.Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.
2013 - Atual
Estruturoma de RNAs em Halobacterium salinarum: abordagens computacionais aliadas a validação experimental através de metodologias de footprinting

Projeto certificado pelo(a) coordenador(a) Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio em 22/02/2014.
Descrição: Estrutura implica função. No universo das biomoléculas, esse é um paradigma amplamente aceito. Porém, quando o foco é o transcritoma, a configuração estrutural é uma camada de informação que ainda é pouco considerada. A partir do reconhecimento das diferentes funções desempenhadas pelos RNAs, é fundamental que sua estrutura seja desvendada para que seja possível a compreensão de como essas biomoléculas atuam em diversos processos cruciais para a existência e manutenção dos sistemas biológicos, como armazenamento, transporte, além de atividades de catálise e regulação. No presente Projeto de Pesquisa, propõe-se realizar a modelagem in silico em larga escala da estrutura de todos os RNAs (RNA Estruturoma), utilizando como organismo de estudo o extremófilo Halobacterium salinarum. A partir da modelagem, será possível classificar essas moléculas em grupos estruturais, além de investigar a correlação entre esses agrupamentos e informações sobre função e regulação do transcritoma. Para a validação das predições in silico, propõe-se a utilização de metodologias de footprinting para o mapeamento estrutural in vitro e in vivo de alguns RNAs candidatos..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) .
Integrantes: Tie Koide - Integrante / Vencio, R. Z. N. - Coordenador / Eliane Traldi - Integrante / Marcos Vicente de Albuquerque Salles Navarro - Integrante / Fernando Barroso - Integrante.Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.
2009 - Atual
Biologia sistêmica do extremófilo Halobacterium salinarum: papel dos RNAs não codificantes ao modelo global de regulação gênica
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.


Revisor de periódico


2008 - Atual
Periódico: BMC Bioinformatics
2009 - Atual
Periódico: Genomics (San Diego)
2009 - Atual
Periódico: Plos One
2010 - Atual
Periódico: BMC Systems Biology
2010 - Atual
Periódico: Brazilian Journal of Microbiology (Impresso)
2012 - Atual
Periódico: Molecular Biotechnology
2015 - Atual
Periódico: Frontiers in Genetics
2015 - Atual
Periódico: BMC Biotechnology (Online)
2016 - Atual
Periódico: Scientific Reports
2017 - Atual
Periódico: BMC MICROBIOLOGY


Revisor de projeto de fomento


2010 - Atual
Agência de fomento: Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo


Áreas de atuação


1.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica.
2.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Biologia Sistêmica.
3.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Biologia Molecular.
4.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Microbiologia / Subárea: Biologia e Fisiologia dos Microorganismos.
5.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Bioinformática.
6.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Microbiologia / Subárea: Archaea.


Idiomas


Inglês
Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.
Francês
Compreende Razoavelmente, Fala Razoavelmente, Lê Razoavelmente, Escreve Razoavelmente.
Português
Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.
Japonês
Compreende Razoavelmente, Fala Razoavelmente, Lê Pouco, Escreve Pouco.


Produções



Produção bibliográfica
Citações

Web of Science
Total de trabalhos:18
Total de citações:373
Fator H:12
Koide, Tie TK  Data: 16/02/2017

Outras
Total de trabalhos:32
Total de citações:630
Fator H: 14 ; i10-index: 15 (https://scholar.google.com.br/citations?user=iUfmcucAAAAJ)  Data: 16/02/2017

Artigos completos publicados em periódicos

1.
LEADEN, LAURA2018LEADEN, LAURA ; SILVA, LARISSA G. ; RIBEIRO, RODOLFO A. ; DOS SANTOS, NAARA M. ; LORENZETTI, ALAN P. R. ; ALEGRIA, THIAGO G. P. ; SCHULZ, MARIANE L. ; MEDEIROS, MARISA H. G. ; Koide, Tie ; MARQUES, MARILIS V. . Iron Deficiency Generates Oxidative Stress and Activation of the SOS Response in Caulobacter crescentus. Frontiers in Microbiology, v. 9, p. 1, 2018.

2.
1TEN-CATEN, FELIPE2018 TEN-CATEN, FELIPE ; VÊNCIO, RICARDO Z. N. ; LORENZETTI, ALAN PÉRICLES R. ; ZARAMELA, LIVIA SOARES ; SANTANA, ANA CAROLINA ; Koide, Tie . Internal RNAs overlapping coding sequences can drive the production of alternative proteins in archaea. RNA Biology, v. 15, p. 1-14, 2018.

3.
23TEIXEIRA, F. R.2016TEIXEIRA, F. R. ; RANDLE, S. J. ; PATEL, S. P. ; MEVISSEN, T. E. T. ; ZENKEVICIUTE, G. ; KOIDE, T. ; KOMANDER, D. ; LAMAN, H. . Gsk3  and Tomm20 are substrates of the SCFFbxo7/PARK15 ubiquitin ligase associated with Parkinson's disease. Biochemical Journal, v. 473, p. 3563-3580, 2016.

4.
2GOMES-FILHO, J. V.2015 GOMES-FILHO, J. V. ; ZARAMELA, L. S. ; Italiani, VCS ; BALIGA, NITIN S. ; Vencio, R.Z.N. ; KOIDE, T. . Sense overlapping transcripts in IS 1341 -type transposase genes are functional non-coding RNAs in archaea. RNA Biology, v. 12, p. 490-500, 2015.

5.
24SILVA-ROCHA, R.2015SILVA-ROCHA, R. ; Pontelli, MC ; FURTADO, G. P. ; ZARAMELA, LIVIA S. ; Koide, Tie . Development of New Modular Genetic Tools for Engineering the Halophilic Archaeon Halobacterium salinarum. Plos One, v. 10, p. e0129215, 2015.

6.
7SILVA-ROCHA, R.2014SILVA-ROCHA, R. ; Koide, Tie . A biologia sintética e a reprogramação de organismos vivos. Ciência Hoje, v. 53, p. 32, 2014.

7.
5ZARAMELA, LIVIA S.2014 ZARAMELA, LIVIA S. ; VÊNCIO, RICARDO Z. N. ; TEN-CATEN, FELIPE ; BALIGA, NITIN S. ; Koide, Tie . Transcription Start Site Associated RNAs (TSSaRNAs) Are Ubiquitous in All Domains of Life. Plos One, v. 9, p. e107680, 2014.

8.
6TEIXEIRA, F. R.2013TEIXEIRA, F. R. ; MANFIOLLI, A. O. ; SOARES, C. S. ; BAQUI, M. M. A. ; KOIDE, T. ; Gomes, M. D. . The F-box Protein FBXO25 Promotes the Proteasome-dependent Degradation of ELK-1 Protein. Journal of Biological Chemistry (Online), v. 288, p. 28152-28162, 2013.

9.
10Facciotti, Marc T2010Facciotti, Marc T ; Pang, Wyming L ; Lo, Fang-yin ; Whitehead, Kenia ; KOIDE, T. ; Masumura, Ken-ichi ; Pan, Min ; Kaur, Amardeep ; Larsen, David J ; Reiss, David J ; Hoang, Linh ; Kalisiak, Ewa ; Northen, Trent ; Trauger, Sunia A ; Siuzdak, Gary ; Baliga, Nitin S . Large scale physiological readjustment during growth enables rapid, comprehensive and inexpensive systems analysis. BMC Systems Biology, v. 4, p. 64, 2010.

10.
9Bare, J.C.2010Bare, J.C. ; KOIDE, T. ; Reiss, D.J. ; Tenembaum, D. ; Baliga, N.S. . Integration and visualization of systems biology data in context of the genome. BMC Bioinformatics, v. 11, p. 382, 2010.

11.
8da Silva Neto, Jose F2010da Silva Neto, Jose F ; Koide, Tie ; Gomes, Suely L ; Marques, Marilis V . Global gene expression under nitrogen starvation in Xylella fastidiosa: contribution of the sigma54 regulon. BMC Microbiology (Online), v. 10, p. 231, 2010.

12.
4KOIDE, T.;Koide, Tie2009 KOIDE, T.; Pang, W.L. ; Baliga, N.S. . The role of predictive modeling in rationally reengeneering biological systems. Nature Review, Microbiology, v. 7, p. 297-305, 2009.

13.
11Schmid, A.K.2009Schmid, A.K. ; Reiss, D.J. ; Pan, M. ; KOIDE, T. ; Baliga, N.S. . A single transcription factor regulates evolutionarily diverse but functionally linked metabolic pathways in response to nutrient availability. Molecular Systems Biology, v. 5, p. 282, 2009.

14.
3KOIDE, T.;Koide, Tie2009 KOIDE, T.; Reiss, D.J. ; Bare, J.C. ; Pang, W.L. ; Facciotti, M.T. ; Schmid, A.K. ; Pan, M. ; Marzolf, B. ; Van, P.T. ; LO, F. ; PRATAP, A. ; DEUTSCH, E. W. ; PETERSON, A. ; MARTIN, D. ; Baliga, N.S. . Prevalence of transcription promoters within archaeal operons and coding sequences. Molecular Systems Biology, v. 5, p. 285, 2009.

15.
13Van, P.T.2008Van, P.T. ; Schmid, A.K. ; King, N.L. ; Kaur, A. ; Pan, M. ; Whitehead, K. ; KOIDE, T. ; Facciotti, M.T. ; Goo, Y.A. ; Deutsch, E.W. ; Reiss, D.J. ; Mallick, P. ; Baliga, N.S. . Halobacterium salinarum NRC-1 PeptideAtlas: toward strategies for targeted proteomics and improved proteome coverage.. Journal of Proteome Research, v. 7, p. 3755-3764, 2008.

16.
12Salem-Izacc, S. M.2008Salem-Izacc, S. M. ; KOIDE, T. ; Vencio, R. Z. N. ; Gomes, S. L. . Global Gene Expression Analysis during Germination in the Chytridiomycete Blastocladiella emersonii. Eukaryotic Cell, v. 8, p. 170-180, 2008.

17.
15da Silva Neto, J. F.2007da Silva Neto, J. F. ; KOIDE, T. ; MARQUES, M. V. ; Gomes, S. L. . The single extracytoplasmic-function sigma factor of Xylella fastidiosa is involved in the heat shock response and presents an unusual regulatory mechanism.. Journal of Bacteriology, v. 189, p. 551-560, 2007.

18.
14da Silva Neto, J. F.2007da Silva Neto, J. F. ; KOIDE, T. ; Abe, C.M. ; Gomes, S. L. ; MARQUES, M. V. . Role of sigma54 in the regulation of genes involved in type I and type IV pili biogenesis in Xylella fastidiosa. Archives of Microbiology, v. 189, p. 249-261, 2007.

19.
18KOIDE, T.;Koide, Tie2006KOIDE, T.; SALEM-IZACC, S. ; Gomes, S. L. ; Vencio, R.Z.N. . SpotWhatR: a user-friendly microarray data analysis system.. Genetics and Molecular Research, v. 5, p. 93-107, 2006.

20.
16Vencio, R.Z.N.2006Vencio, R.Z.N. ; KOIDE, T. ; Gomes, S. L. ; PEREIRA, CA . BayGO: Bayesian analysis of ontology term enrichment in microarray data.. BMC Bioinformatics, v. 7, p. 86, 2006.

21.
17KOIDE, T.;Koide, Tie2006KOIDE, T.; VENCIO, R. ; Gomes, S. L. . Global gene expression analysis of the heat shock response in the phytopathogen Xylella fastidiosa.. Journal of Bacteriology (Print), v. 188, p. 5821-5830, 2006.

22.
19Vencio, R.Z.N.2005Vencio, R.Z.N. ; KOIDE, T. . HTself: Self-Self Based Statistical Test for Low Replication Microarray Studies.. DNA Research, v. 12, p. 211-214, 2005.

23.
21KOIDE, T.;Koide, Tie2004KOIDE, T.; da Silva Neto, J. F. ; Gomes, S. L. ; MARQUES, M. V. . Insertional transposon mutagenesis in the Xylella fastidiosa Citrus Variegated Chlorosis strain with transposome.. Current Microbiology, v. 48, p. 247-250, 2004.

24.
20KOIDE, T.;Koide, Tie2004KOIDE, T.; Zaini, P. A. ; Moreira, L. M. ; Vencio, R.Z.N. ; Matsukuma, A.Y ; Durham, A.M. ; Teixeira, D.C. ; EL-Dorry, H. ; Monteiro, P.B. ; da Silva, A.C. ; Verjovski-Almeida, S. ; da Silva, A.M. ; Gomes, S. L. . DNA microarray-based genome comparison of a pathogenic and a nonpathogenic strain of Xylella fastidiosa delineates genes important for bacterial virulence.. JOURNAL OF BACTERIOLOGY, v. 186, p. 5442-5449, 2004.

25.
22da Silva Neto, J2002da Silva Neto, J ; KOIDE, T. . Site-directed gene disruption in Xylella fastidiosa. FEMS Microbiology Letters, v. 210, n.1, p. 105-110, 2002.

Resumos publicados em anais de congressos
1.
KOIDE, T.; Facciotti, M.T. ; Reiss, D.J. ; Masumura, K. ; Bare, J.C. ; Pan, M. ; Baliga, N.S. . Transcriptome structure of Halobacterium salinarum and its dynamic changes during growth. In: DOE Genomics GTL: Systems Biology for Energy and Environment, 2008, Bethesda. DOE Genomics GTL: Systems Biology for Energy and Environment, 2008.

2.
da Silva Neto, J. F. ; KOIDE, T. ; Gomes, S. L. ; MARQUES, M. V. . Regulation of fimbrial genes by sigma54 factor in Xylella fastidiosa.. In: XXXVI Annual Meeting of the Brazilian Society for Biochemistry and Molecular Biology (SBBq) and 10th International Union of Biochemistry and Molecular Biology (IUBMB) Conference, 2007, Salvador. XXXVI Annual Meeting of the Brazilian Society for Biochemistry and Molecular Biology (SBBq) and 10th International Union of Biochemistry and Molecular Biology (IUBMB) Conference, 2007. p. 70.

3.
da Silva Neto, J. F. ; KOIDE, T. ; Gomes, S. L. ; MARQUES, M. V. . O fator sigma ECF sigmaE de Xylella fastidiosa apresenta um novo sistema de regulação. In: 25ª Reunião de Genética de Microorganismos, 2006, São Pedro. 25ª Reunião de Genética de Microorganismos. Piracicaba, 2006. p. 137-137.

4.
Totola, A.H. ; Costa, D.A. ; KOIDE, T. ; Gomes, S. L. ; Fietto, L.G. ; Fietto, J.L.R. ; Castro, I.M. ; Brandão, R.L. . Analysis of global gene expression pattern of pkc1delta mutant and wild type W-303 Sacharomyces cerevisiae strains by DNA microarray.. In: XXXV Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular, 2006, Águas de Lindóia. XXXV Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular, 2006. p. G-70.

5.
MARQUES, M. V. ; KOIDE, T. ; Gomes, S. L. ; da Silva Neto, J. F. . The single ECF sigma factor of Xylella fastidiosa is involved in the heat shock response and presents an unusual regulatory mechanism.. In: Gordon Conference on Microbial Stress Response, 2006, New Hampshire. Gordon Conference on Microbial Stress Response, 2006.

6.
KOIDE, T.; VENCIO, R. ; Gomes, S. L. . Heat Shock Transcriptome of the Phytopathogen Xylella fastidiosa. In: Joint Meeting of the 3 Divisions of the International Union of Microbiological Societies, 2005, San Fracisco. Proceedings of the meeting, 2005. p. B1364.

7.
Totola, A.H. ; Costa, D.A. ; KOIDE, T. ; Gomes, S. L. ; Fietto, J.L.R. ; Fietto, L.G. ; Castro, I.M. ; Brandão, R.L. . Comparison of global gene expression pattern of pkc1delta and wild type W-303 Saccharomyces cerevisiae strains by DNA microarray. In: XXXIV Reunião da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular, 2005, Águas de Lindoya. Livro de Resumos, 2005. p. G29.

8.
SALEM-IZACC, S. ; KOIDE, T. ; VENCIO, R. ; Gomes, S. L. . Global analysis of gene expression during germination of the chytridiomycete Blastocladiellla emersonii. In: Joint Meeting of the Three Divisions of the International Union of the Microbiological Societies, 2005, San Francisco. Proceedings of the Meeting, 2005. p. M-650.

9.
da Silva Neto, J. F. ; KOIDE, T. ; Gomes, S. L. ; MARQUES, M. V. . Identificação de genes regulados pelo fator sigma alternativo sigmaE de Xylella fastidiosa. In: 51 Congresso Brasileiro de Genética, 2005, Águas de Lindoya. Anais do Congresso, 2005. p. GM120.

10.
KOIDE, T.; SALEM-IZACC, S. ; Gomes, S. L. ; Vencio, R.Z.N. . SpotWhatR: a user-friendly microarray data analysis system.. In: X-meeting: I International Conference of the Brazilian Associatiion for Bioinformatics and Computational Biology, 2005, Caxambu. X-meeting: I International Conference of the Brazilian Associatiion for Bioinformatics and Computational Biology, 2005.

11.
KOIDE, T.; VENCIO, R. ; Gomes, S. L. . Estudo da resposta ao choque térmico em Xylella fastidiosa utilizando microarrays.. In: 50o. Congresso Brasileiro de Genética, 2004, Florianópolis. Resumos do 50o. Congresso Brasileiro de Genética, 2004. p. 860.

12.
da Silva, A.M. ; KOIDE, T. ; ZAINI, P. ; VENCIO, R. ; Moreira, L. M. ; Matsukuma, A. ; Durham, A.M. ; Ferro, J.A. ; Teixeira, D.C. ; Monteiro, P.B. ; EL-Dorry, H. ; da Silva, A.C.R. ; Verjovski-Almeida, S. ; Gomes, S. L. . Delineation of Pathogenesis Mechanisms in Xylella fastidiosa through DNA Microarrays. In: XXXII Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquimica e Biologia Molecular, 2003, Caxambú. Programa e Resumos, 2003. p. SP-22.

13.
KOIDE, T.; ZAINI, P. ; Moreira, L. M. ; VENCIO, R. ; Matsukuma, A. ; Durham, A.M. ; Ferro, J.A. ; Teixeira, D.C. ; Monteiro, P.B. ; EL-Dorry, H. ; da Silva, A.C.R. ; Verjovski-Almeida, S. ; Gomes, S. L. ; da Silva, A.M. . DNA microarray-based comparison of two Xylella fastidiosa strains. In: XXXII Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquimica e Biologia Molecular, 2003, Caxambú. Programa e Resumos, 2003. p. F-15.

14.
da Silva, A.M. ; KOIDE, T. ; da Silva, A.C.R. ; ZAINI, P. ; Moreira, L. M. ; Matsukuma, A. ; Nakaya, H.T. ; Mariano, A.G. ; Durham, A.M. ; Tezza, R.D. ; Ferro, J.A. ; Monteiro, P.B. ; Verjovski-Almeida, S. ; Gomes, S. L. . Using DNA microarrays to prospect heat shock response in Xylella fastidiosa and to investigate genomic variations in distinct strains. In: XXXI Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquimica e Biologia Molecular, 2002, Caxambú. Livro de resumos, 2002. p. x.

15.
da Silva Neto, J. F. ; KOIDE, T. ; Gomes, S. L. ; MARQUES, M. V. . Site directed gene disruption in Xylella fastidiosa. In: I Simpósio Genoma Funcional da Xylella fastidiosa. In: I Simpósio Genoma Funcional da Xylella fastidiosa, 2001, Serra Negra. I Simpósio Genoma Funcional da Xylella fastidiosa, 2001.

16.
KOIDE, T.; Zaini, P. A. ; Moreira, L. M. ; da Silva, A.M. ; da Silva, A.C.R. ; Gomes, S. L. . Estudo da patogenicidade de Xylella fastidiosa por DNA microarray. In: 9º SIICUSP- Simpósio Internacional de Iniciação Científica da USP, 2001, Ribeirão Preto. 9º SIICUSP- Simpósio Internacional de Iniciação Científica da USP, 2001.

17.
da Silva Neto, J. F. ; KOIDE, T. ; Gomes, S. L. ; MARQUES, M. V. . Transformação de Xylella fastidiosa por vetor híbrido.. In: 9º SIICUSP- Simpósio Internacional de Iniciação Científica da USP, 2001, Ribeirão Preto. 9º SIICUSP- Simpósio Internacional de Iniciação Científica da USP,, 2001.

18.
KOIDE, T.; Neves, E.J. ; Gomes, S. L. . Uso de DNA microarrays para compreensão dos mecanismos moleculares de patogenicidade da bactéria Xylella fastidiosa. In: 8º SIICUSP- Simpósio Internacional de Iniciação Científica da USP, 2000. 8º SIICUSP- Simpósio Internacional de Iniciação Científica da USP.

Apresentações de Trabalho
1.
Koide, Tie; FURTADO, G. P. . Identification of small proteins and peptides in extremophile Halobacterium salinarum: discriminating non-coding RNAs from small ORFs. 2014. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

2.
GOMES-FILHO, J. V. ; Koide, Tie . Functional non-coding RNAs related to the insertion sequence IS200/605 in the extremophile H.salinarum NRC-1. 2014. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

3.
ten-Caten, F ; Koide, Tie . Transcription Start Site (TSS) annotation in the extremophyle archaeon Halobacterium salinarum NRC-1. 2014. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

4.
Vencio, R. Z. N. ; Koide, Tie . Evolutionary implications of non-coding RNAs inside coding mRNAs: insights from archaea, the third domain of life?. 2014. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

5.
FURTADO, G. P. ; Koide, Tie . ?Non-coding RNAs in the extremophile Halobacterium salinarum NRC-1?. 2014. (Apresentação de Trabalho/Outra).

6.
ten-Caten, F ; KOIDE, T. . TSS annotation in H.salinarum NRC-1 using a dRNA-seq approach. 2014. (Apresentação de Trabalho/Outra).

7.
ZARAMELA, LIVIA S. ; KOIDE, T. . Unraveling non-coding RNAs in the archaeal model organism Halobacterium salinarum. 2014. (Apresentação de Trabalho/Outra).

8.
Pontelli, MC ; KOIDE, T. . Biologia Molecular de extremófilos. 2013. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

9.
GOMES-FILHO, J. V. ; ZARAMELA, L. S. ; Italiani, VCS ; Koide, Tie . Detection of novel non-coding RNAs of the HgcC family in the extremophile Halobacterium salinarum NRC-1 integrating in silico and experimental data. 2013. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

10.
Fonseca, MAS ; ZARAMELA, L. S. ; Koide, Tie ; Vencio, R. Z. N. . Prediction of ncRNAs using Machine Learning Approach. 2013. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

11.
TRALDI, E. ; ten-Caten, F ; ZARAMELA, L. S. ; GOMES-FILHO, J. V. ; Koide, Tie . Bioinformatics applied to Halobacterium salinarum RNA structurome investigation. 2013. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

12.
ZARAMELA, L. S. ; ten-Caten, F ; TRALDI, E. ; Vencio, R. Z. N. ; Koide, Tie . Searching for circular RNAs in the archaeon Halobacterium salinarum.. 2013. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

13.
ten-Caten, F ; Vencio, R. Z. N. ; Koide, Tie . Automated detection of transcript start site (TSS) in dRNA-seq data. 2013. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

14.
Pontelli, MC ; SILVA-ROCHA, R. ; Koide, Tie . Implementing in vitro and in vivo tools for characterization of non-coding RNAs in H. salinarum. 2013. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

15.
ten-Caten, F ; Vencio, R. Z. N. ; Koide, Tie ; Salvanha, DM . RNA-seq signal processing to find new regulatory elements in transcriptomes. 2013. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

16.
FURTADO, G. P. ; ZARAMELA, L. S. ; Koide, Tie . Non-coding RNAs in the extremophile Halobacterium salinarum NRC-1. 2013. (Apresentação de Trabalho/Outra).

17.
ten-Caten, F ; Vencio, R. Z. N. ; Koide, Tie . TSS annotation in archaea Halobacterium salinarum NRC-1 using a dRNA-seq approach. 2013. (Apresentação de Trabalho/Outra).

18.
Fonseca, MAS ; ZARAMELA, L. S. ; Koide, Tie ; Vencio, R. Z. N. . Prediction of RNA-Protein Interactions: Exploring different representation and classifier combination strategies. 2012. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

19.
Koide, Tie; Vencio, R. Z. N. ; ZARAMELA, L. S. ; ten-Caten, F ; Pontelli, MC ; GOMES-FILHO, J. V. . ntegrating molecular information to understand life in extreme environments. 2012. (Apresentação de Trabalho/Outra).

20.
ZARAMELA, L. S. ; WURTMANN, E. ; ten-Caten, F ; Vencio, R. Z. N. ; Baliga, Nitin S ; Koide, Tie . Searching for functional ncRNAs in the archaeon Halobacterium salinarum by genetic perturbation: Lsm chaperone knockout strain transcriptome.. 2012. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

21.
Italiani, VCS ; KOIDE, T. . Detection of non-coding RNas in the halophilic archaeon Halobacterium salinarum. 2011. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

22.
KOIDE, T.. Desvendando a complexidade do transcritoma: em busca de modelos mecanísticos. 2011. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

23.
KOIDE, T.. Biologia Sistêmica: desvendando a complexidade do transcriptoma. 2011. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

24.
KOIDE, T.. Vivendo no limite: biologia molecular de extremófilos. 2011. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

25.
KOIDE, T.. Biologia Sistêmica: cominando 'omics' para o avanço da microbiologia. 2010. (Apresentação de Trabalho/Outra).

26.
KOIDE, T.. Towards mechanistic gene regulatory models: unraveling the transcriptome complexity. 2010. (Apresentação de Trabalho/Outra).

27.
KOIDE, T.. O papel do transcriptoma em Biologia Sistêmica: microarrays e sequenciamento. 2009. (Apresentação de Trabalho/Outra).

28.
KOIDE, T.. Biologia sistêmica do extremófilo Halobacterium salinarum: estrutura e dinâmica do transcriptoma. 2009. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

29.
KOIDE, T.. Biologia sistêmica do extremófilo Halobacterium salinarum: estrutura e dinâmica do transcriptoma. 2009. (Apresentação de Trabalho/Outra).


Produção técnica
Programas de computador sem registro
1.
KOIDE, T.; SALEM-IZACC, S. ; Gomes, S. L. ; Vencio, R.Z.N. . SpotWhatR: a user-friendly microarray data analysis system.. 2006.

2.
Vencio, R.Z.N. ; KOIDE, T. ; Gomes, S. L. ; PEREIRA, CA . BayGO: Bayesian analysis of ontology term enrichment in microarray data.. 2006.

3.
Vencio, R.Z.N. ; KOIDE, T. . HTself: Self-Self Based Statistical Test for Low Replication Microarray Studies.. 2005.

Entrevistas, mesas redondas, programas e comentários na mídia
1.
Koide, Tie; Pontelli, MC ; GOMES-FILHO, J. V. . Extremófilos: vivendo no limite!. 2013. (Programa de rádio ou TV/Entrevista).

Redes sociais, websites e blogs
1.
Pontelli, MC ; KOIDE, T. . A vida em ambientes extremos: biologia molecular de extremófilos. 2013. (Site).


Demais tipos de produção técnica
1.
Baliga, N.S. ; Bare, J.C. ; Kaur, A. ; KOIDE, T. ; Marzolf, B. ; Pan, Min ; Pang, W.L. ; Reiss, D.J. ; Schmid, A.K. . Introduction to Systems Biology. 2008. (Curso de curta duração ministrado/Especialização).

2.
Baliga, Nitin S ; Bare, J.C. ; KOIDE, T. ; Kaur, Amardeep ; Pan, M. ; Pang, Wyming L ; Reiss, David J . Introduction to Systems Biology. 2007. (Curso de curta duração ministrado/Especialização).

3.
TORRES, B. B. ; CARVALHO, A. Z. ; Bianco, A.A.G. ; Beton, D. ; da Silva, F. H. L. ; Ribichich, K.F. ; Rodrigues, L.O. ; Miyamoto, S. ; KOIDE, T. . Nutrição e Esporte: Uma abordagem bioquímica. 2006. (Desenvolvimento de material didático ou instrucional - Apostila ou Roteiro de aula, Revista Brasileira de Ensino de Bioquímica e Biologia Molecular).

4.
KOIDE, T.; Bianco, A.A.G. ; Beton, D. ; Miyamoto, S. ; Ribichich, K.F. ; Tejada, E.C.S ; Silva, F.H.L. ; Torres, B.B. ; Mariano, A.G. . Nutrição e Esporte: Uma abordagem bioquímica. 2004. (Curso de curta duração ministrado/Outra).

5.
Bianco, A.A.G. ; Beton, D. ; CARVALHO, A. Z. ; KOIDE, T. ; Miyamoto, S. ; Ribichich, K.F. ; Rodrigues, L.O. ; Silva, F.H.L. ; Torres, B.B. . Nutrição e Esporte: uma abordagem bioquímica. 2003. (Curso de curta duração ministrado/Outra).



Bancas



Participação em bancas de trabalhos de conclusão
Mestrado
1.
da Silva Neto, Jose F; KOIDE, T.; SILVA, L. L. P.; BERTOLINI, M. C.. Participação em banca de Greicy Kelly Bonifacio Pereira. O papel de uma serina/treonina fosfatase do tipo eucariótico na virulência de Chromobacterium violaceum. 2018. Dissertação (Mestrado em Biologia Celular e Molecular) - Universidade de São Paulo.

2.
PEREIRA, G. A. G.; KOBARG, J.; KOIDE, T.. Participação em banca de Gustavo Pereira de Almeida. Análise do papel da via de sinalização sensível à rapamicina na expressão gênica e multiplicação celular de Chlamydomonas reinhardtii. 2012. Dissertação (Mestrado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Campinas.

3.
Goldman, GH; KOIDE, T.; Berreta e Silva, AA. Participação em banca de Patricia Alves de Castro. Identificação de mecanismos de letalidade da própolis em Saccharomyces cerevisiae e Candida albicans. 2012. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo.

4.
MARQUES, M. V.; KOIDE, T.. Participação em banca de Mirian Molnar Rodrigues. Exame de qualificação: Estudo do papel de duas ferritinas no metabolismo de ferro de Caulobacter crescentus. 2011. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas (Microbiologia)) - Universidade de São Paulo.

5.
Hashimoto, RF; KOIDE, T.; Lemke, Ney. Participação em banca de Vitor hugo Louzada Patricio. Canalização: fenótipos robustos como conseqüência de características da rede de regulação gênica. 2011. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

6.
KOIDE, T.; MANTOVANI, B.; JORGE, J.A.. Participação em banca de Andreia Gutierrez Maria. Qualificação: Membranas biológicas. 2010. Dissertação (Mestrado em Bioquímica) - Universidade de São Paulo.

7.
KOIDE, T.; MANTOVANI, B.; JORGE, J.A.. Participação em banca de Lucas Benicio Campos. Qualificação: Fosforilação oxidativa. 2010. Dissertação (Mestrado em Bioquímica) - Universidade de São Paulo.

8.
KOIDE, T.; MANTOVANI, B.; JORGE, J.A.. Participação em banca de Malson Neilson de Lucena. Qualificação: Metabolismo de carboidratos. 2010. Dissertação (Mestrado em Bioquímica) - Universidade de São Paulo.

9.
KOIDE, T.; Uyemura, S.A.; Rodrigues, V.. Participação em banca de Marina Rodrigues Barbosa. Qualificação: Metabolismo de carboidratos. 2010. Dissertação (Mestrado em Bioquímica) - Universidade de São Paulo.

10.
KOIDE, T.; Uyemura, S.A.; Rodrigues, V.. Participação em banca de Telma Cristina Saito. Qualificação: Fosforilação oxidativa. 2010. Dissertação (Mestrado em Bioquímica) - Universidade de São Paulo.

11.
KOIDE, T.; Uyemura, S.A.; Rodrigues, V.. Participação em banca de Silveli Suzuki. Qualificação: Carboidratos. 2010. Dissertação (Mestrado em Bioquímica) - Universidade de São Paulo.

12.
KOIDE, T.. Participação em banca de Juliana da Silva Santos. Exame de qualificação: Identificação de fatores de transcrição e sinais celulares que regulam a expressão do gene cspC de Caulobacter crescentus. 2010. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas (Microbiologia)) - Universidade de São Paulo.

13.
KOIDE, T.; MANTOVANI, B.; JORGE, J.A.. Participação em banca de Barbara de Castro P. Figueireido. Qualificação: Integração Metabólica. 2010. Dissertação (Mestrado em Bioquímica) - Universidade de São Paulo.

Teses de doutorado
1.
Hartfelder, KH; Larson, Maria Luisa Paço; NASCIMENTO, F. S.; KOIDE, T.; NUNES, F. M. F.. Participação em banca de Gustavo Jacomini Tiberio. "Análise funcional do RNA não-codificador longo lncov1 e seu parceiro de interação tudor-SN, no contexto do desenvolvimento casta-específico do ovário de Apis mellifera". 2018. Tese (Doutorado em Biologia Celular e Molecular) - Universidade de São Paulo.

2.
SCHECHTMAN, D; KOIDE, T.; Meireles, DA; da Silva, A.M.; FARAH, S. C.. Participação em banca de GILBERTO HIDEO KAIHAMI. Novos reguladores de resposta envolvidos na virulência de Pseudomonas aeruginosa. 2018. Tese (Doutorado em Bioquímica) - Universidade de São Paulo.

3.
CRUZ, A. K.; TOSI, L. R. O.; KOIDE, T.; SCHENKMAN, S.; Thiemann, Otavio Henrique. Participação em banca de Felipe Freitas de Castro. Investigação de RNAs não codificadores envolvidos em controle de expressão gênica em Leishmania. 2017. Tese (Doutorado em Biologia Celular e Molecular) - Universidade de São Paulo.

4.
Cruz, Angela Kaysel; Koide, Tie; Probst, CM; TEIXEIRA, S. M. R.; ELIAS-SABBAGA, M. C. Q. B.. Participação em banca de Monica Cristina Terrão. Investigação de mecanismos e elementos envolvidos no processo de regulação de expressão gênica em Leishmania. 2012. Tese (Doutorado em Biologia Celular e Molecular) - Universidade de São Paulo.

5.
Silva, CL; KOIDE, T.; Santos, IKFM; Vasconcelos, ATR; de Almeida, MGB. Participação em banca de Rodrigo Ferracine Rodrigues. Caracterização da expressão gênica e prospecção de biomarcadores induzidos pela associação entre o biofármaco DNAhsp65 e as drogas convencionais no tratamento da tuberculose experimental. 2012. Tese (Doutorado em Imunologia Básica e Aplicada) - Universidade de São Paulo.

6.
KOIDE, T.; Lemke, Ney; Mombach, J.C. M; de Oliveira, Deilson Elgui; Fontes, Marcos Roberto de M. Participação em banca de Marcio Luis Acencio. Construção e análise da rede integrada de interações entre genes humandos envolvida com a regulação da transição G1/S do ciclo celular pela adesão a matriz extracelular. 2011. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Genética)) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

7.
Hartfelder, KH; KOIDE, T.; Larson, Maria Luisa Paço. Participação em banca de Fernanda Carvalho Humann. Expressão gênica diferencial no contexto da morte celular programada no desenvolvimento dos ovários em rainhas e operárias de Apis mellifera. 2011. Tese (Doutorado em Biologia Celular e Molecular) - Universidade de São Paulo.

8.
Tosi, L; KOIDE, T.; Monesi, N; Gruber, A; Bartholomeu, DC. Participação em banca de Elton José Rosa de Vasconcelos. Identificação in silico e caracterização de potenciais sítios regulatórios em regiões não-traduzidas nos genomas de Leishmania spp. 2011. Tese (Doutorado em Biologia Celular e Molecular) - Universidade de São Paulo.

9.
Cruz, Angela Kaysel; KOIDE, T.; Thiemann, Otavio Henrique; Larson, Maria Luisa Paço; Goldman, Maria Helena de Souza. Participação em banca de Karina Nogueira Zeviane. Estudo de RNA regulatório em Leishmania major. 2010. Tese (Doutorado em Doutorado em Ciências) - Universidade de São Paulo.

Qualificações de Doutorado
1.
KOIDE, T.; da Silva Neto, Jose F; TOSI, L. R. O.. Participação em banca de Natalia Melquie Monteiro Teles. A participação de RNAs não codificadores durante o desenvolvimento.. 2017. Exame de qualificação (Doutorando em Biologia Celular e Molecular) - Universidade de São Paulo.

2.
KOIDE, T.; MANTOVANI, B.; LUCAS, R. C.. Participação em banca de Ana Silvia de Almeida Scarcella. HAP2: uma proteína de fusão de gametas. 2017. Exame de qualificação (Doutorando em Bioquímica) - Universidade de São Paulo.

3.
KOIDE, T.; MANTOVANI, B.; LUCAS, R. C.. Participação em banca de Luana de Fatima Alves. Técnicas de análise de interação proteína-proteína: aplicações na reconstrução de interações em redes de sinalização. 2017. Exame de qualificação (Doutorando em Bioquímica) - Universidade de São Paulo.

4.
KOIDE, T.; MANTOVANI, B.; LUCAS, R. C.. Participação em banca de Malena Martinez Pérez. Adoçantes artificiais não calóricos: uma outra visão. 2017. Exame de qualificação (Doutorando em Bioquímica) - Universidade de São Paulo.

5.
KOIDE, T.; MANTOVANI, B.; LUCAS, R. C.. Participação em banca de Thiago Machado Pasin. Influência do microbioma gastrointestinal e ciclo circadiano no desenvolvimento e progressão da doença de Alzheimer. 2017. Exame de qualificação (Doutorando em Bioquímica) - Universidade de São Paulo.

6.
da Silva Neto, Jose F; KOIDE, T.; SILVA-ROCHA, R.. Participação em banca de Lucas Lorenzon. Functional study of the putative arginine methyltransferases of Leishmania braziliensis. 2017. Exame de qualificação (Doutorando em Biologia Celular e Molecular) - Universidade de São Paulo.

7.
KOIDE, T.; NUNES, F. M. F.; HANNA, E.. Participação em banca de Gustavo Jacomini Tiberio. Expression and regulation of lncov1, a long non-coding RNA 2 involved in worker sterility of honeybees. 2016. Exame de qualificação (Doutorando em Biologia Celular e Molecular) - Universidade de São Paulo.

8.
Baqui MA; KOIDE, T.; Gagliardi TB. Participação em banca de Elaine Vieira Santos. Characterization of the protein LmRad1 in the replicative stress response in Leishmania. 2015. Exame de qualificação (Doutorando em Biologia Celular e Molecular) - Universidade de São Paulo.

9.
NASCIMENTO, A. S.; KOIDE, T.; FARAH, S. C.. Participação em banca de Éverton Edésio Dinis Silva. Estudos estruturais, bioquímicos e fenotípicos sobre os receptores CHASE bacterianos associados a domínios GGDEF/EAL. 2015. Exame de qualificação (Doutorando em Física Aplicada à Medicina e Biologia) - Universidade de São Paulo.

10.
Gomes, M. D.; Koide, Tie; Kress, M. Participação em banca de Eriston Vieira Gomes. Estresse oxidativo e esclerose lateral amiotrófica. 2014. Exame de qualificação (Doutorando em Bioquímica) - Universidade de São Paulo.

11.
KOIDE, T.; POLIZELI, M. L.; SEBOLELLA, A.. Participação em banca de Silveli Suzuki. Chaperonas e doenças conformacionais. 2014. Exame de qualificação (Doutorando em Bioquímica) - Universidade de São Paulo.

12.
KOIDE, T.; POLIZELI, M. L.; SEBOLELLA, A.. Participação em banca de Patrícia Alves de Castro. Metabolismo secundário em fungos. 2014. Exame de qualificação (Doutorando em Bioquímica) - Universidade de São Paulo.

13.
KOIDE, T.; POLIZELI, M. L.; SEBOLELLA, A.. Participação em banca de Amanda Tomie Ouchida. Riboswitches: estrutura mecanismos e aplicações. 2014. Exame de qualificação (Doutorando em Bioquímica) - Universidade de São Paulo.

14.
KOIDE, T.; POLIZELI, M. L.; SEBOLELLA, A.. Participação em banca de André Lima Queiroz. Engenharia Genética: Sistema CRISPR/Cas9. 2014. Exame de qualificação (Doutorando em Bioquímica) - Universidade de São Paulo.

15.
KOIDE, T.; POLIZELI, M. L.; SEBOLELLA, A.. Participação em banca de Gabriela N. Solano Canchaya. CÉLULAS TRONCO, UMA BREVE HISTORIA DA PLURIPOTENCIA. 2014. Exame de qualificação (Doutorando em Bioquímica) - Universidade de São Paulo.

16.
KOIDE, T.; POLIZELI, M. L.; SEBOLELLA, A.. Participação em banca de José Vicente Gomes-Filho. Mecanismos de Reparo de DNA. 2014. Exame de qualificação (Doutorando em Bioquímica) - Universidade de São Paulo.

17.
KOIDE, T.; POLIZELI, M. L.; SEBOLELLA, A.. Participação em banca de Mariana Lopes Grassi. Autofagia: da homeostase à morte celular, uma estratégia terapêutica para doenças neurodegenerativas ? doença de Huntington. 2014. Exame de qualificação (Doutorando em Bioquímica) - Universidade de São Paulo.

18.
Tosi, L; KOIDE, T.; da Silva, JAC. Participação em banca de Monica Cristina Terrão. Investigation of cis elements involved in regulation of gene expression in Leishmania. 2012. Exame de qualificação (Doutorando em Biologia Celular e Molecular) - Universidade de São Paulo.

19.
Koide, Tie; TOSI, L. R. O.; BASSO, L. R.. Participação em banca de Tiago Rodrigues Ferreira. Functional analysis of arginine methyltransferase PRMT7 homolog in Leishmania major. 2012. Exame de qualificação (Doutorando em Biologia Celular e Molecular) - Universidade de São Paulo.

20.
KOIDE, T.; de Oliveira, EB; JORGE, J.A.. Participação em banca de Fernanda Gomes Cardoso. Tecnologias de sequenciamento de DNA de nova geração: princípios e aplicações. 2012. Exame de qualificação (Doutorando em Bioquímica) - Universidade de São Paulo.

21.
KOIDE, T.; de Oliveira, EB; JORGE, J.A.. Participação em banca de Leticia Magalhaes Arruda. Canalização metabólica. 2012. Exame de qualificação (Doutorando em Bioquímica) - Universidade de São Paulo.

22.
KOIDE, T.; de Oliveira, EB; JORGE, J.A.. Participação em banca de Malson Neilson de Lucena. Doença de alzheimer e homeostase proteica. 2012. Exame de qualificação (Doutorando em Bioquímica) - Universidade de São Paulo.

23.
KOIDE, T.; de Oliveira, EB; JORGE, J.A.. Participação em banca de Ana Cristina Colabardini. Mecanismos regulatórios desencadeados por glicose em Saccharomyces cerevisiae. 2012. Exame de qualificação (Doutorando em Bioquímica) - Universidade de São Paulo.

24.
KOIDE, T.; Monesi, N; de Toledo. JS. Participação em banca de Nilmar Silvio Moretti. Mecanismos epigenéticos no controle da expressão gênica. 2011. Exame de qualificação (Doutorando em Biologia Celular e Molecular) - Universidade de São Paulo.

25.
Wunderlich, G; KOIDE, T.; Balidini, RL. Participação em banca de Maria Fernanda Bandeira de Melo Galetti. Efeitos da temperatura e da alimentação sanguínea sobre o perfil de expressão gênica de Rickettsia rickettsii durante a infecção do carrapato-vetor Amblyomma aureolatum. 2011. Exame de qualificação (Doutorando em Ciências (Biologia da Relação Patógeno-Hospedeiro)pgbmp@icb.usp.br) - Universidade de São Paulo.

26.
KOIDE, T.. Participação em banca de Ricardo Ruiz Mazzon. Caracterização de genes de Caulobacter crescentus importantes para a sobrevivência em baixas temperaturas. 2010. Exame de qualificação (Doutorando em Ciências Biológicas (Microbiologia)) - Universidade de São Paulo.

27.
Tosi, L; KOIDE, T.; Junior, W.A.S.. Participação em banca de Elton José Rosa de Vasconcelos. Ferramentas computacionas: respondendo e formulando perguntas biológicas. 2010. Exame de qualificação (Doutorando em Biologia Celular e Molecular) - Universidade de São Paulo.

28.
KOIDE, T.; Gomes, M. D.; Silveira, L.R.. Participação em banca de Hugo Juarez Vieira Pereira. proteomica - histórico, conceitos, aplicações e limitações. 2009. Exame de qualificação (Doutorando em Bioquímica) - Universidade de São Paulo.

29.
KOIDE, T.; Gomes, M. D.; Silveira, L.R.. Participação em banca de Lucas Tabajara Parreiras e Silva. Expressão heteróloga de proteínas: técnicas e aplicações. 2009. Exame de qualificação (Doutorando em Bioquímica) - Universidade de São Paulo.

30.
KOIDE, T.; Giglio, J.G.. Participação em banca de Larissa Favaro Marchi. Role of interferon gamma on immune phagocytosis and production of reactive oxygen species by mouse polymorphonuclear cells. 2009. Exame de qualificação (Doutorando em Bioquímica) - Universidade de São Paulo.

Qualificações de Mestrado
1.
KOIDE, T.; Vitor Marcel Faça; OLIVEIRA, A. H. C.. Participação em banca de Sarah Capelupe Simões. Carboidratos. 2014. Exame de qualificação (Mestrando em Biotecnologia) - Universidade de São Paulo.

2.
KOIDE, T.; Vitor Marcel Faça; OLIVEIRA, A. H. C.. Participação em banca de Ana Carla Medeiros. Carboidratos. 2014. Exame de qualificação (Mestrando em Bioquímica) - Universidade de São Paulo.

3.
KOIDE, T.; Vitor Marcel Faça; OLIVEIRA, A. H. C.. Participação em banca de Mariana do Nascimento Costa. Lipídeos. 2014. Exame de qualificação (Mestrando em Bioquímica) - Universidade de São Paulo.

4.
KOIDE, T.; Vitor Marcel Faça; OLIVEIRA, A. H. C.. Participação em banca de Camila Pederiva Rossignoli. Metabolismo de carboidratos. 2014. Exame de qualificação (Mestrando em Bioquímica) - Universidade de São Paulo.

5.
KOIDE, T.; Lopes, FM; de Carvalho, ACPLF. Participação em banca de Pedro Santoro Perez. Uma Abordagem para a Indução de Árvores de Decisão voltada para Dados de Expressão Gênica. 2011. Exame de qualificação (Mestrando em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

6.
KOIDE, T.; MANTOVANI, B.; JORGE, J.A.. Participação em banca de Fernanda Gomes Cardoso. Qualificação: Carboidratos. 2010. Exame de qualificação (Mestrando em Bioquímica) - Universidade de São Paulo.

Trabalhos de conclusão de curso de graduação
1.
Larson, Maria Luisa Paço; KOIDE, T.; Tosi, L. Participação em banca de Ananda Sanches Medeiros.Calibrating transcriptional activity using constitutive synthetic promoters in mutants for global regulators in Escherichia coli.. 2017. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Ciências Biomédicas) - Universidade de São Paulo.

2.
Larson, Maria Luisa Paço; KOIDE, T.; TOSI, L. R. O.. Participação em banca de Julia Aparecida Alves.Estudo da função do fator de transcrição da família MarR CV3905 de Chromobacterium violaceum.. 2017. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Ciências Biomédicas) - Universidade de São Paulo.

3.
Larson, Maria Luisa Paço; KOIDE, T.; TOSI, L. R. O.. Participação em banca de Angela Poletto.Análise da modulação de expressão de uma aminoacil tRNA-proteina transferase putativa de Leishmania major sob diferentes condições de estresse.. 2017. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Ciências Biomédicas) - Universidade de São Paulo.



Participação em bancas de comissões julgadoras
Concurso público
1.
Koide, Tie; Reis EMR; Durham, A.M.; Costa FTM; ALMEIDA, R. M. C.. Concurso para Professor Doutor, área de bioinformática, Depto de genética, evolução e bioagentes - Insituto de Biologia. 2015.

2.
Zamboni, DS; Bonato, VLD; KOIDE, T.. Professor Doutor - processo seletivo simplificado - Departamento de Biologia Celular e Molecular e Bioagentes patogênicos. 2013.

3.
Winter, CE; MARQUES, M. V.; VENCIO, R.; KOIDE, T.. Concurso para Provimento de 1 cargo de Prof. Doutor do Departamento de Microbiologia (Disciplina BMM 3902 - Bioinformática e Biologia de Sistemas aplica a microbiologia). 2011. Instituto de Ciências Biomédicas - USP.

4.
Garrat, RC; KOIDE, T.; Almeida, MS. Comissão julgadora - Professor Adjunto - Ciências Biológicas - Genômica Comparativa. 2011. Universidade Federal do ABC.



Eventos



Participação em eventos, congressos, exposições e feiras
1.
31o Reunião de Genética de Microorganismos.Internal RNAs overlapping coding sequences can drive the production of alternative proteins in archaea. 2018. (Simpósio).

2.
V Simpósio da Comissão de Graduação da Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto. 2018. (Simpósio).

3.
I Workshop in Microbial Molecular Biology.Pervasive transcription in Archaea: new functional RNAs in a salt-loving extremophile.. 2017. (Oficina).

4.
1st Workshop on Systems Microbiology: From genes and cells to whole environments.Overlapping regulatory signals in archaeal transcription. 2015. (Simpósio).

5.
Seminários conjuntos dos programas de pós-graduação em Biologia Comparada e a e entomologia.Searching for biology's dark matter: insights from Archaea, the third domain of life. 2015. (Seminário).

6.
Seminários CREBIO - 4o ciclo.Searching for biology's dark matter: insights from Archaea, the third domain of life. 2015. (Seminário).

7.
I Simpósio de Genômica Funcional e Biologia Sistêmica de Microorganismos.Bioinformática e Biologia Sistêmica de Microorganismos. 2013. (Simpósio).

8.
IV Seminários Avançados em Tecnologia de Microarrays e Next generation sequencing.RNAs não-codificantes: identificação e estudos funcionais em organismos procariotos. 2013. (Seminário).

9.
Cell Symposia - Functional RNAs.Searching for functional ncRNAs in the archaeon Halobacterium salinarum by genetic perturbation: Lsm chperone knockout strain transcriptome. 2012. (Simpósio).

10.
iGEM Latin America 2012 ( International Genetically Engineered Machine competitio_.iGEM Latin America 2012 - Judge comitee. 2012. (Outra).

11.
III Bragfost - Brazilian-German Frontiers of Science and Technolog Symposiay.Integrating molecular information to understand life in extreme environments. 2012. (Simpósio).

12.
XI Curso de Inverno em Bioquímica e Biologia Molecular.Biologia sistêmica de microorganismos. 2012. (Outra).

13.
Bioinformática aplicada as ômicas.Transcriptômica. 2011. (Oficina).

14.
Curso de Verão em bioinformática - Programa Interunidades USP.Desvendando a complexidade do transcritoma: em busca de modelos mecanísticos. 2011. (Seminário).

15.
III Simpósio Brasileiro de genética molecular de Plantas.Regulatory Networks. 2011. (Simpósio).

16.
Sao Paulo Advanced School of Astrobiology.Extremophile systems biology. 2011. (Outra).

17.
Seminário do Programa de Pós-graduação em Ciências Biológicas - UEM.Desvendando a complexidade do transcritoma. 2011. (Seminário).

18.
Seminários da sociedade de Pesquisas em Biologia Celular.Desvendando a complexidade do transcriptoma: em busca de modelos mecanísticos. 2011. (Seminário).

19.
Seminários do Laboratório Nacional de Biociências.Desvendando a complexidade do transcritoma em procariotos. 2011. (Seminário).

20.
Seminários do programa de pós graduação em biologia celular e tecidula.Biologia Sistêmica - desvendando a complexidade do transcriptoma. 2011. (Seminário).

21.
Seminários Gerais do Departamento de Bioquímica - IQ -USP.Desvendando a complexidade do transcritoma em procariotos. 2011. (Seminário).

22.
X Curso de Inverno de Bioquímica e Biologia Molecular.Biologia Sistêmica: combinando 'omics"para o avanço da microbiologia. 2011. (Outra).

23.
XL Reunião anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia molecular.Exploring transcriptomes at high resolution. 2011. (Simpósio).

24.
27a Reunião de Genética de Microorganismos. Biologia Sistêmica: cominando 'omics' para o avanço da microbiologia. 2010. (Congresso).

25.
56 Congresso Brasileiro de Genética. Desvendando a complexidade do transcriptoma: sequenciamento de nova geração aplicado ao extremófilo Halobacterium salinarum. 2010. (Congresso).

26.
BIOEN workshop on Synthetic Biology. 2010. (Oficina).

27.
Biologia de sistemas - programa de pós-graduação do Instituto Oswaldo Cruz.Desvendando a complexidade do transcritoma: em busca de modelos mecanísticos. 2010. (Seminário).

28.
Brasil-Deutschland Systems Biology meeting.Systems Biology Networks. 2010. (Encontro).

29.
II seminários avançados em Tecnologia de microarrays e next-generation sequencing - Hospital Israelita Albert Einstein.Desvendando a complexidade do transcriptoma: tiling arrays. 2010. (Seminário).

30.
IX Curso de Inverno de Bioquímica e Biologia molecular.Biologia Sistêmica: combinando 'omics"para o avanço da microbiologia. 2010. (Seminário).

31.
25o Congresso Brasileiro de Microbiologia. avaliação de resumos. 2009. (Congresso).

32.
25o Congresso Brasileiro de Microbiologia. Avanços em microbiologia sistêmica. 2009. (Congresso).

33.
5th International conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology - Xmeeting. Towards mechanistic gene regulatory models. 2009. (Congresso).

34.
5th International conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology - Xmeeting. avaliação de posteres - Systems Biology and Networks. 2009. (Congresso).

35.
Disciplina Genética molecular.Biologia Sistêmica do extremófilo Halobacterium salinarum: estrutura e dinâmica do transcriptoma. 2009. (Seminário).

36.
Seminários de Bioquímica I - Programa de pós graduação em Bioquímica.Biologia Sistêmica do extremófilo Halobacterium salinarum: estrutura e dinâmica do transcriptoma. 2009. (Seminário).

37.
Seminários em Bioinformática- ICB-UFMG.O papel do transcritoma em Biologia Sistêmica: microarrays e sequenciamento. 2009. (Seminário).

38.
Systems Biology and Engineering.Transcriptome structure of Halobacterium salinarum. 2008. (Simpósio).

39.
Systems Biology and the Environment.Transcriptome structure of Halobacterium salinarum. 2007. (Simpósio).

40.
50a Congresso Brasileiro de Genética. Estudo da resposta ao choque térmico em Xylella fastidiosa utilizando microarrays.. 2005. (Congresso).

41.
Joint Meeting of the Three Divisions of the International Union of the Microbiological Societies. Heat Shock Transcriptome of the Phytopathogen Xylella fastidiosa. 2005. (Congresso).

42.
The Molecular Basis of Bacterial Stress Responses.Environmental stress response in the phytopathogen Xylella fastidiosa. 2004. (Outra).

43.
VII Congresso do Departamento de Bioquímica da USP. 2004. (Congresso).

44.
XXXIII Reunião da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular. Nutrição e esporte: uma abordagem bioquímica (curso). 2004. (Congresso).

45.
XXXII Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquimica e Biologia Molecular. DNA microarray-based comparison of two Xylella fastidiosa strains. 2003. (Congresso).

46.
9 SIICUSP: Simpósio internacional de Iniciação Científica.Study of Xylella fastidiosa pathogenesis using DNA microarrays. 2001. (Simpósio).

47.
I Simpósio Genoma Funcional da Xylella fastidiosa.Different approaches to obtain mutants of Xylella fastidiosa. 2001. (Simpósio).

48.
V Congresso do Departamento de Bioquímica. 2001. (Congresso).

49.
8 SIICUSP.DNA microarrays as a tool to understand molecular mechanisms of Xylella. 2000. (Simpósio).


Organização de eventos, congressos, exposições e feiras
1.
KOIDE, T.; SEBOLELLA, A. ; COSTA, M. N. ; SANTANA, L. M. . XVI Curso de Inverno de Bioquímica e Biologia Molecular. 2017. (Outro).

2.
KOIDE, T.; SEBOLELLA, A. ; PALACIO, T. Z. ; COSTA, M. N. . XV Curso de Inverno de Bioquímica e Biologia Molecular. 2016. (Outro).

3.
KOIDE, T.; Vitor Marcel Faça ; Faria, A . XIV Curso de Inverno de Bioquímica e Biologia Molecular. 2015. (Outro).

4.
GRACIANO, R. ; Vitor Marcel Faça ; KOIDE, T. . XIII Curso de Inverno de Bioquímica e Biologia Molecular. 2014. (Outro).

5.
KOIDE, T.; Vitor Marcel Faça ; Lucena, M N . XII Curso de Inverno de Bioquímica e Biologia Molecular. 2013. (Outro).

6.
Vencio, R. Z. N. ; KOIDE, T. ; Hashimoto, RF . II Workshop de Bioinformática. 2012. (Outro).

7.
KOIDE, T.; Silva, Roberto ; Lucena, M N . XI Curso de Inverno de Bioquímica e Biologia Molecular. 2012. (Outro).

8.
KOIDE, T.; Silva, Roberto ; Lucena, M N . X Curso de Inverno de Bioquímica e Biologia Molecular. 2011. (Outro).



Orientações



Orientações e supervisões em andamento
Dissertação de mestrado
1.
João Paulo Pereira de Almeida. RNAs antisense em H. salinarum. Início: 2016. Dissertação (Mestrado em Bioquímica) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. (Orientador).

Tese de doutorado
1.
ALAN PÉRICLES RODRIGUES LORENZETTI. Utilização de ferramentas de bioinformática para estudo de RNAs não-codificantes. Início: 2016. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. (Orientador).

2.
Junier Marrero Gutierrez. Estudo de RNAses em H. salinarum: efeitos da deleção no transcritoma. Início: 2015. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. (Orientador).

Iniciação científica
1.
Catarina dos Santos Gomes. Anotação de RNAs não-codificantes associados a elementos de inserção em Halobacterium salinarum. Início: 2017. Iniciação científica (Graduando em Ciências Biomédicas) - Universidade de São Paulo. (Orientador).

2.
Vinicius Henrique Franceschini dos Santos. Estudo da RNaseR em Halobacterium salinarum NRC-1: criação de linhagem knockout, avaliação fenotípica e análise filogenética. Início: 2016 - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. (Orientador).


Orientações e supervisões concluídas
Dissertação de mestrado
1.
Marjorie Cornejo Pontelli. Implementação de ferramentas moleculares para a manipulação genética da haloarchaea Halobacterium salinarum.. 2012. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Tie Koide.

Tese de doutorado
1.
José Vicente Gomes-Filho. RNAs não-codificantes associados a IS200/605: identificação e caracterização funcional na archaea Halobacterium salinarum NRC-1. 2013. Tese (Doutorado em Bioquímica) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Orientador: Tie Koide.

2.
Felipe ten Caten. A transcrição pervasiva na archaea Halobacteriu salinarum NRC-1 e a identificação de novos transcritos. 2011. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Orientador: Tie Koide.

3.
Livia Soares Zaramela. Identificação e caracterização de RNAs não codificantes ligantes a Lsm no extremófilo Halobacterium salinarum. 2011. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Orientador: Tie Koide.

Supervisão de pós-doutorado
1.
Rafael Silva Rocha. Novas ferramentas genéticas para Archaea: validação funcional e modelagem da rede regulatória de RNA não codificantes de Halobacterium salinarum. 2013. Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Tie Koide.

2.
Gilvan Pessoa Furtado. Identificação de pequenas proteínas e peptídeos no extremófilo Halobacterium salinarum: discriminando RNAs não-codificantes de pequenas ORFs. 2013. Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Tie Koide.

3.
Valéria Cristina da Silva Italiani. Caracterização de RNAs não-codificantes no extremófilo Halobacterium salinarum. 2010. Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Tie Koide.

Trabalho de conclusão de curso de graduação
1.
André Bordinassi Medina. Identificação e caracterização in silico de pequenas proteínas na archaea Halobacterium salinarum. 2015. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Abi - Ciências Biológicas) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Orientador: Tie Koide.

Iniciação científica
1.
Stella Kyomen. Caracterização fenotípica de linhagens de H.salinarum NRC-1 superexpressando diferentes RNAs não-codificantes. 2015. Iniciação Científica. (Graduando em Ciências Biológicas) - Universidade de São Paulo. Orientador: Tie Koide.

2.
Victor Ramos. Mapeamento e caracterização in silico de RNAs circulares em Halobacterium salinarum. 2015. Iniciação Científica. (Graduando em Informática Biomédica) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Orientador: Tie Koide.

3.
Polyana Garcia. Análise da atividade de promotores em H. salinarum. 2015. Iniciação Científica. (Graduando em Abi - Ciências Biológicas) - Universidade de São Paulo. Orientador: Tie Koide.

4.
André Medina. Identificação de pequenos peptídeos em H. salinarum utilizando tag cromossomal. 2014. Iniciação Científica. (Graduando em Ciências Biológicas) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Orientador: Tie Koide.

5.
Ryerson Mota. Padronização de microscopia para análise fenotípica do extremófilo Halobacterium salinarum. 2013. Iniciação Científica. (Graduando em Biomedicina) - Centro Universitário Barão de Mauá. Orientador: Tie Koide.

6.
Andrea Oshima de Aguiar. Construção de linhagem knockout para um RNA não-codificante da família HgcC em Halobacterium salinarum e avaliação fenotípica. 2012. Iniciação Científica. (Graduando em Farmácia e Bioquímica) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Orientador: Tie Koide.

7.
Victória Maruyama Spagni. Construção de linhagem knockout para Lsm, uma proteína ligante a RNA de H. salinarum NRC-1. 2012. Iniciação Científica. (Graduando em Farmácia e Bioquímica) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Orientador: Tie Koide.

8.
José Vicente Gomes Filho. Introdução a análise de dados em Biologia Sistêmica utilizando Gaggle. 2011. Iniciação Científica. (Graduando em biomedicina) - Centro Universitário Barão de Mauá, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Orientador: Tie Koide.

9.
Catharina Gomes Bermal. Curva de crescimento de H. salinarum e técnicas de Biologia Molecular. 2011. Iniciação Científica. (Graduando em Informática Biomédica) - Universidade de São Paulo. Orientador: Tie Koide.

10.
Giovanna Petrilli. Utilização do arcabouço de software Gaggle para análise de dados de expressão gênica. 2011. Iniciação Científica. (Graduando em Informática Biomédica) - Universidade de São Paulo. Orientador: Tie Koide.

11.
Natália Yumi Noronha. Análise global da expressão gênica do mutante Lsm de Halobacterium salinarum. 2010. Iniciação Científica. (Graduando em Informática Biomédica) - Universidade de São Paulo. Orientador: Tie Koide.



Educação e Popularização de C & T



Artigos
Artigos completos publicados em periódicos
1.
7SILVA-ROCHA, R.2014SILVA-ROCHA, R. ; Koide, Tie . A biologia sintética e a reprogramação de organismos vivos. Ciência Hoje, v. 53, p. 32, 2014.


Apresentações de Trabalho
1.
KOIDE, T.. Vivendo no limite: biologia molecular de extremófilos. 2011. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

2.
Pontelli, MC ; KOIDE, T. . Biologia Molecular de extremófilos. 2013. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).


Entrevistas, mesas redondas, programas e comentários na mídia
1.
Koide, Tie; Pontelli, MC ; GOMES-FILHO, J. V. . Extremófilos: vivendo no limite!. 2013. (Programa de rádio ou TV/Entrevista).


Redes sociais, websites e blogs
1.
Pontelli, MC ; KOIDE, T. . A vida em ambientes extremos: biologia molecular de extremófilos. 2013. (Site).




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