Rede de Colaboração
Diretório de grupos de pesquisa

Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio

Graduado em Física pelo IF-USP, mestre em Estatística pelo IME-USP e doutor em Bioinformática pela USP - Universidade de São Paulo; venho trabalhando na criação de métodos matemáticos e computacionais para solução de problemas em Biologia e em Medicina. Em meados de 2008 integrei-me ao corpo docente da Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto - Universidade de São Paulo (FMRP-USP) como Professor Doutor MS-3 para atuar na área de Bioinformática do Departamento de Genética. Neste momento, fundei então o LabPIB - Laboratório de Processamento de Informação Biológica (http://labpib.openwetware.org). Desde o fim de 2010, me tranferi, junto com o LabPIB, para o recém criado Departamento de Computação e Matemática (DCM) dentro da Faculdade de Filosofia Ciências e Letras de Ribeirão Preto (FFCLRP-USP). Questões, pedido de cópias dos trabalhos publicados (http://scholar.google.com/citations?user=4N0TeRkAAAAJ) e comentários diversos são sempre bem-vindos: rvencio@usp.br ****************** BSc. in Physics, MSc. in Statistics and PhD. in Bioinformatics by the University of São Paulo (USP), I have been working on the creation of mathematical and computational methods for the solution of problems in Biology and Medicine. In late 2008 I joined the University of São Paulo's Medical School at Ribeirão Preto (FMRP-USP) as Assistant Professor to conduct research and teaching activities on bioinformatics at the Genetics Department. At that moment I founded the LabPIB (acronym that stands for Biological Information Processing Lab, in Portuguese http://labpib.openwetware.org). In late 2010 I moved from the Medical School, along with LabPIB, to the newly created Department of Computation and Mathematics (DCM) at University of Sao Paulo's Ribeirao Preto campus. Questions or reprint requisitions of my published works (http://scholar.google.com/citations?user=4N0TeRkAAAAJ) or even random comments are always welcome: rvencio@usp.br
(Texto informado pelo autor)

Última atualização do currículo em 11/01/2012
Endereço para acessar este CV:
http://lattes.cnpq.br/3278315914566734
Dados pessoais
NomeRicardo Zorzetto Nicoliello Vêncio
Nome em citações bibliográficasVENCIO, R; VENCIO, R. Z. N.;Vêncio, Ricardo Z
SexoMasculino
Endereço profissionalUniversidade de São Paulo, Faculdade de Filosofia Ciências e Letras de Ribeirão Preto, Departamento de Computação e Matemática.
Av. Bandeirantes, 3900
Monte Alegre
14040-901 - Ribeirao Preto, SP - Brasil
Telefone: (16) 36023718 Fax: (16) 36024887
URL da Homepage: http://labpib.openwetware.org/ http://dcm.ffclrp.usp.br/

Formação acadêmica/Titulação
2006 - 2008Pós-Doutorado .
Institute for Systems Biology.
Bolsista do(a): Institute for Systems Biology + National Institutes of Health .
2005 - 2006Doutorado em Bioinformática .
Universidade de São Paulo, USP, Brasil.
Título: ANÁLISE ESTATÍSTICA NA INTERPRETAÇÃO DE IMAGENS: MICROARRANJOS DE DNA E RESSONÂNCIA MAGNÉTICA FUNCIONAL, Ano de Obtenção: 2006.
Orientador: Carlos Alberto de Bragança Pereira.
Bolsista do(a): Instituto de Ensino e Pesquisa Albert Einstein + CAPES .
Palavras-chave: bioinformática; microarray; fMRI; ressonância magnética funcional.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Matemática da Computação / Especialidade: Bioinformática.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Matemática da Computação / Especialidade: Modelos Analíticos e de Simulação.
2002 - 2004Mestrado em Estatística .
Universidade de São Paulo, USP, Brasil.
Título: ANÁLISE ESTATÍSTICA DE EXPRESSÃO GÊNICA POR SAGE (SERIAL ANALYSIS OF GENE EXPRESSION), Ano de Obtenção: 2004.
Orientador: Carlos Alberto de Bragança Pereira.
Bolsista do(a): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo ,FAPESP ,Brasil .
Palavras-chave: bioinformática; SAGE; estatística bayesiana; Serial Analysis of Gene Expression.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Matemática da Computação / Especialidade: Bioinformática.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Matemática da Computação / Especialidade: Modelos Analíticos e de Simulação.
1998 - 2001Graduação em Física .
Universidade de São Paulo, USP, Brasil.
Bolsista do(a): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo ,FAPESP ,Brasil .

Formação complementar
2011 - 2011Tópicos de Álgebra Aplicada. (Carga horária: 90h).
Universidade de São Paulo, USP, Brasil.
2010 - 2010Captação de Recursos Internacionais Proj. Sociais. (Carga horária: 16h).
Universidade de São Paulo, USP, Brasil.
2007 - 2007Proteomics Informatics Course. (Carga horária: 50h).
Institute for Systems Biology.
2006 - 2006Accessing the Human Genome Sequence. (Carga horária: 50h).
The Wellcome Trust Sanger Institute.
2002 - 2002Latin Am. Course Bioinformatics Trop. Disease Res.. (Carga horária: 100h).
World Health Organization.

Atuação profissional
Universidade de São Paulo, USP, Brasil.
Vínculo institucional
2011 - Atual Vínculo: Servidor Público, Enquadramento Funcional: Professor Doutor (MS-3), Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.
Outras informações Departamento de Computação e Matemática (DCM) - Faculdade de Filosofia Ciências e Letras (FFCLRP)
Vínculo institucional
2008 - 2010 Vínculo: Funcionário Público, Enquadramento Funcional: Professor Doutor (MS-3), Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.
Outras informações Departamento de Genética, Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto (FMRP-USP)
Atividades
08/2011 - AtualEnsino, Matemática Aplicada a Negócios, Nível: Graduação.
Disciplinas ministradas
5912010 Programação de Computadores (I/2012)
5912011 Algoritmos e Estrutura de Dados (II/2011, II/2012)
2011 - AtualAtividades de Participação em Projeto, Faculdade de Filosofia Ciências e Letras de Ribeirão Preto, Departamento de Computação e Matemática.
Projetos de pesquisa
Metabolômica da cana-de-açúcar e descoberta de novas enzimas hidrolíticas para produção de biocombustíveis
01/2010 - AtualConselhos, Comissões e Consultoria, Comissão de Pós-Graduação - Programa Interunidades em Bioinformática, .
Cargo ou função
Representante Docente.
07/2009 - AtualEnsino, Bioinformática, Nível: Pós-Graduação.
Disciplinas ministradas
IBI5014 Estatística Básica em Bioinformática (II/2009, I/2010, II/2011)
IBI5016 Métodos Estatísticos em Bioinformática (II/2010)
IBI5020 Estruturas de Dados para Bioinformática (I/2011, II/2011)
IBI5070 Seminários em Tópicos Avançados de Bioinformática (II/2009)
RGM5898 Introdução à Bioinformática em Biologia Sistêmica (I/2010)
03/2009 - AtualEnsino, Informática Biomédica, Nível: Graduação.
Disciplinas ministradas
IBM1014 Algoritmos e Estruturas de Dados I (I/2011)
IBM1082 Álgebra Booleana e Aplicações (I/2011)
IBM1027 Genética Molecular e de Populações (II/2010)
IBM1029 Introdução à Bioinformática (I/2009)
IBM1036 Introdução à Física Estatística (II/2009)
IBM1045 Laboratório de Bioinformática I (I/2010)
IBM1054 Recuperação de Imagens a Partir de Seu Conteúdo (II/2010)
IBM1072 Projeto de Graduação (II/2009, I/2010, II/2010)
2009 - AtualAtividades de Participação em Projeto, Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto, .
Projetos de pesquisa
Tecnologia da Informação aplicada a genômica para bioenergia: anotação probabilística usando Inteligência Artificial
Biologia Sistêmica do extremófilo Halobacterium salinarum: contribuição dos RNAs não-codificantes ao modelo global de regulação gênica
2008 - AtualAtividades de Participação em Projeto, Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto, .
Projetos de pesquisa
Anotação Genômica Probabilística: Inteligência Artificial aplicada a genomas de interesse estratégico nacional

Projetos de Pesquisa
2011 - 2014Metabolômica da cana-de-açúcar e descoberta de novas enzimas hidrolíticas para produção de biocombustíveis
Descrição: hamada: Convênio FAPESP-MCT/CNPq-Pronex - PROGRAMA BIOEN/FAPESP - 11/2008. Processo: 08/56100-5. Resumo: A crescente necessidade de diminuição do consumo de combustíveis fósseis e redução das emissões de gases do efeito estufa têm aumentado o interesse pela produção de bicombustíveis, em especial, o etanol. Compreender os mecanismos de acúmulo de sacarose na cana-de-açúcar é fundamental para a racionalização de programas de melhoramento, por métodos tradicionais de seleção ou engenharia genética, para que se alcance uma produção sustentável de etanol. Os mecanismos genéticos de acúmulo de sacarose em cana-de-açúcar já foram estudados sob vários ângulos. Este projeto tem por objetivo obter insights sobre os fatores genéticos que controlam o acúmulo de sacarose na cana-de-açúcar (brix), integrando dados de expressão gênica, proteínas e metabólitos numa abordagem de Biologia Sistêmica. A primeira parte do projeto vai ser a caracterização do metaboloma e proteoma de folhas, internós maduros e imaturos de diferentes estágios de desenvolvimento do cultivar SP80-3280, o mesmo sequenciado pelo SUCEST..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Integrantes: Carlos Alberto Labate - Coordenador / Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio - Integrante.
Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro..
2009 - 2012Tecnologia da Informação aplicada a genômica para bioenergia: anotação probabilística usando Inteligência Artificial
Descrição: Chamada: Instituto Virtual Microsoft Research-FAPESP de Pesquisas em TI - 06/2009. Processo: 09/53161-6. Resumo: Não existem dúvidas de que um dos maiores desafios para a humanidade neste século é a produção de energia. Mais ainda, por motivos geopolíticos, econômicos, e ainda mais urgentemente, ambientais, soluções renováveis e amigáveis ao meio ambiente são essenciais. Nosso país se tornou, ao longo dos anos, um importante ator em produção de energia alternativa, em particular os biocombustíveis e o pilar desta conquista é a cana-de-açúcar. São Paulo, o principal produtor de biocombustíveis do Brasil, lançou um programa agressivo de pesquisa chamado BIOEN FAPESP em que vários objetivos tecnológicos nesta área devem ser abordados. Um dos principais objetivos científicos do BIEON é o seqüenciamento do genoma da cana-de-açúcar. A presente proposta tem como objetivo desenvolver novos métodos e ferramentas de IT, no escopo da Inteligência Artificial e Aprendizado de Máquina para atacar algumas das questões de Bioinformática levantadas na pesquisa em Genética Molecular de cana.
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Integrantes: Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio - Coordenador.
Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro / Microsoft Corporation - Auxílio financeiro..
2009 - AtualBiologia Sistêmica do extremófilo Halobacterium salinarum: contribuição dos RNAs não-codificantes ao modelo global de regulação gênica
Descrição: Chamadas: Programa Jovens Pesquisadores em Centros Emergentes. Processo: 2009/09532-0 (FAPESP); Edital MCT/CNPq 14/2009 - Universal Processo: 470120/2009-6 (CNPq); Apoio a Atividades de Pesquisa e Divulgação Científica e Tecnológica. Processo: 1640/2009 (FAEPA). Resumo: Abordagens sistêmicas para a compreensão global da célula vêm sendo amplamente utilizadas na era pós-genômica. A utilização de ferramentas computacionais, matemáticas e estatísticas aliadas a novas tecnologias em Biologia permitem o desenvolvimento de modelos globais com capacidades preditivas. Usualmente, modelos utilizando níveis globais de mRNAs e proteínas têm sido desenvolvidos. Entretanto, uma importante classe de moléculas regulatórias que ainda não são contempladas nesses modelos globais são os RNAs não-codificantes. Para identificar a sua influência nas redes de regulação gênica, propõe-se o estudo dessas moléculas em Halobacterium salinarum, um extremófilo modelo em Biologia Sistêmica. A caracterização de ncRNAs deverá ser realizada utilizando tanto abordagens em larga-escala como abordagens tradicionais mais direcionadas, além do uso de diversas ferramentas de bioinformática. Espera-se que a caracterização das redes de regulação globais deste organismo contribuam para o desenvolvimento de tecnologias para reengenharia e aplicações em biotecnologia.
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Integrantes: Tie Koide - Coordenador / Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio - Integrante.
Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro / Fundação de Apoio ao Ensino, Pesquisa e Assistência do HCFMRP - Auxílio financeiro / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro..
2008 - 2010Anotação Genômica Probabilística: Inteligência Artificial aplicada a genomas de interesse estratégico nacional
Descrição: Chamada: Edital MCT/CNPq 14/2008 - Universal Processo: 470616/2008-3 Resumo: Atualmente, a abordagem filogenômica se apresenta como o paradigma disponível mais adequado para estabelecer anotações de alta qualidade. O presente projeto tem por objetivo o desenvolvimento de um ambiente computacional de Inteligência Artificial, destinado a automatizar a anotação de genomas completos de organismos que apresentam interesse estratégico nacional. O alvo é a construção de um sistema de software que viabilize aos biologistas a tarefa de anotação automatizada, integrando fontes de evidências quantitativas e qualitativas de forma probabilística. A anotação probabilística tem como produto final a estimativa da probabilidade de um dado gene pertencer a uma certa classe funcional, um processo ou um componente celular, ao invés de atribuições fixas simplistas sem estimativa de incerteza e sem considerar os diferentes graus/qualidade de evidência.
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Integrantes: Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio - Coordenador.
Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro / Universidade de São Paulo - Auxílio financeiro..

Membro de corpo editorial
2010 - Atual Periódico: BMC Bioinformatics

Revisor de periódico
2005 - Atual Periódico: Bioinformatics (Oxford)
2006 - Atual Periódico: BMC Bioinformatics (1471-2105)
2005 - Atual Periódico: Nucleic Acids Research (0305-1048)
2007 - Atual Periódico: BMC Genomics
2006 - Atual Periódico: Genetics and Molecular Research
2007 - Atual Periódico: Molecular & Cellular Proteomics (1535-9476)
2007 - Atual Periódico: In Silico Biology. An International Journal on Computational Molecular Biol
2008 - Atual Periódico: BMC Biotechnology (Online)
2008 - Atual Periódico: Genetics and Molecular Biology
2009 - Atual Periódico: Plos ONE
2009 - Atual Periódico: BMC Medical Genomics
2010 - Atual Periódico: EURASIP Journal on Advances in Signal Processing (Print)
2011 - Atual Periódico: Memórias do Instituto Oswaldo Cruz (Impresso)
2011 - Atual Periódico: BMC Research Notes
2011 - Atual Periódico: Genomics (San Diego, Calif.)
2011 - Atual Periódico: Endocrinology (Philadelphia)
2012 - Atual Periódico: Current Biotechnology
2011 - Atual Periódico: ISRN Bioinformatics
2011 - Atual Periódico: Frontiers in Bioinformatics and Computational Biology

Áreas de atuação
1. Grande área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Biotecnologia.
2. Grande área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Biotecnologia / Especialidade: Bioinformática.
3. Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Probabilidade e Estatística / Subárea: Probabilidade e Estatística Aplicadas.
4. Grande área: Ciências Biológicas / Área: Biologia Geral / Subárea: Biologia Computacional.
5. Grande área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Biologia Molecular / Especialidade: Biologia Sistêmica.

Idiomas
Inglês Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.

Prêmios e títulos
2004Critical Assessment of Microarray Data Analysis (CAMDA), Duke University.


Produção em C,T & A
Produção bibliográfica
Citações
Web of Science
Total de trabalhos39Total de citações582Fator H14
Vencio R  Data: 10/01/2012
SCOPUS
Total de trabalhos33Total de citações443  
VENCIO R  Data: 07/01/2011
Outras
Total de trabalhos59Total de citações833  
http://scholar.google.com/citations?user=4N0TeRkAAAAJ  Data: 04/12/2011
Artigos completos publicados em periódicos
1. Pascal, Laura E. ; Ai, Junkui ; VENCIO, R ; Vêncio, Eneida F. ; Zhou, Yong ; Page, Laura S. ; True, Lawrence D. ; Wang, Zhou ; Liu, Alvin Y. . Differential Inductive Signaling of CD90+ Prostate Cancer-Associated Fibroblasts Compared to Normal Tissue Stromal Mesenchyme Cells. Cancer Microenvironment, v. 4, p. 51-59, 2011.
2. Pascal, Laura E ; VENCIO, R ; Vessella, Robert L ; Ware, Carol B ; Vencio, Eneida F ; Denyer, Gareth ; Liu, Alvin Y . Lineage relationship of prostate cancer cell types based on gene expression. BMC Medical Genomics, v. 4, p. 46, 2011.
3. Toledo, Sílvia Regina Caminada ; Zago, Marco Antonio ; Oliveira, Indhira Dias ; Proto-Siqueira, Rodrigo ; Okamoto, Oswaldo K. ; Severino, Patricia ; VENCIO, R ; Gamba, Francine Tesser ; Silva, Wilson A. ; Moreira-Filho, Carlos A. ; Torre, Cristiane A. Dalla ; Alves, Maria Tereza Seixas ; Garcia-Filho, Reynaldo J. ; Simpson, Andrew J. G. ; Petrilli, Antonio Sergio . Insights on PRAME and osteosarcoma by means of gene expression profiling. Journal of Orthopaedic Science (Print), p. 4, 2011.
4. Cortez, D.A. ; Tonon, A.P. ; Colepicolo, P. ; Vêncio, R.Z.N. ; VENCIO, R . Combining P values to improve classification of differential gene expression in the HTself software. Genetics and Molecular Research, v. 10, p. 1, 2011.
5. LIU, A. Y. ; PASCAL, L. E. ; VENCIO, R ; VENCIO, E. F. . Stromal-epithelial interactions in early neoplasia. Cancer Biomarkers, v. 9, p. 141-155, 2011.
6. SILVA, I. T. ; VENCIO, R ; OLIVEIRA, T. Y. ; MOLFETTA, G. A. ; SILVA JUNIOR, W. A. . ProbFAST: Probabilistic Functional Analysis System Tool. BMC Bioinformatics, v. 11, p. 161, 2010.
7. FERNANDEZ-BECERRA, C. ; YAMAMOTO, M. M. ; VENCIO, R ; LACERDA, M. ; ROSANAS-URGELL, A. ; PORTILLO, H. A. . Plasmodium vivax and the importance of the subtelomeric multigene vir superfamily. Trends in Parasitology, v. 25, p. 44-51, 2009.
8. LEE, W. ; CUI, D. ; CZESNIKIEWICZ-GUZIK, M. ; VENCIO, R ; SHMULEVICH, I. ; ADEREM, A. ; WEYAND, C. M. ; GORONZY, J. J. . Age-dependent signature of metallothionein expression in primary CD4 T-cell responses is due to sustained zinc signaling. Rejuvenation Research, v. 11, p. 1001-1011, 2009.
9. IZAAC, S. M. S. ; KOIDE, T. ; VENCIO, R ; GOMES, S. L. . Global gene expression analysis during germination in the Chytridiomycete Blastocladiella emersonii. Eukaryotic Cell (Online), v. 8, p. 170-180, 2009.
10. PAPINI-TERZI, F. S. ; ROCHA, F. R. ; VENCIO, R ; FELIX, J. M. ; BRANCO, D. S. ; WACLAWOVSKY, A. J. ; DEL BEM, L. E. V. ; LEMBKE, C. G. ; COSTA, M. D. ; NISHIYAMA-JR, M. Y. ; VICENTINI, R. ; VINCENTZ, M. G. ; ULIAN, E. C. ; MENOSSI, M. ; SOUZA, G. M. . Sugarcane genes associated with sucrose content. BMC Genomics, v. 10, p. 120, 2009.
11. PASCAL, L. E. ; VENCIO, R ; GOO, Y. A. ; PAGE, L. S. ; SHADLE, C. P. ; LIU, A. Y. . Temporal expression profiling of the effects of secreted factors from prostate stromal cells on embryonal carcinoma stem cells. The Prostate, v. 69, p. 1353-1365, 2009.
12. FELIX, J. M. ; PAPINI-TERZI, F. S. ; ROCHA, F. R. ; VENCIO, R ; VICENTINI, R. ; NISHIYAMA-JR, M. Y. ; ULIAN, E. C. ; SOUZA, G. M. ; MENOSSI, M. . Expression Profile of Signal Transduction Components in a Sugarcane Population Segregating for Sugar Content. Tropical Plant Biology, v. 2, p. 98-109, 2009.
13. PASCAL, L. E. ; GOO, Y. A. ; VENCIO, R ; PAGE, L. S. ; CHAMBERS, A. A. ; LIEBESKIND, E. S. ; TAKAYAMA, T. K. ; TRUE, L. D. ; LIU, A. Y. . Gene expression down-regulation in CD90+ prostate tumor-associated stromal cells involves potential organ-specific genes. BMC Cancer (Online), v. 9, p. 317, 2009.
14. PASCAL, L. E. ; VENCIO, R ; PAGE, L. S. ; LIEBESKIND, E. S. ; SHADLE, C. P. ; TROISCH, P. ; MARZOLF, B. ; TRUE, L. D. ; HOOD, L. E. ; LIU, A. Y. . Gene expression relationship between prostate cancer cells of Gleason 3, 4 and normal epithelial cells as revealed by cell type-specific transcriptomes. BMC Cancer (Online), v. 9, p. 452, 2009.
15. ZAINI, P. A. ; FOGACA, A. C. ; LUPO, F. N. G. ; NAKAYA, H. I. ; VENCIO, R. Z. N. ; SILVA, A. M. . The Iron Stimulon of Xylella fastidiosa Includes Genes for Type IV Pilus and Colicin V-Like Bacteriocins. Journal of Bacteriology, v. 190, p. 2368-2378, 2008.
16. QUEREC, T. ; AKONDY, R. S. ; LEE, E. K. ; CAO, W. ; NAKAYA, H. I. ; TEUWEN, D. ; PIRANI, A. ; GERNERT, K. ; DENG, J. ; MARZOLF, B. ; KENNEDY, K. ; WU, H. ; BENNOUNA, S. ; OLUOCH, H. ; MILLER, J. ; VENCIO, R ; MULLIGAN, M. ; ADEREM, A. ; AHMED, R. ; PULENDRAN, B. . Systems biology approach predicts immunogenicity of the yellow fever vaccine in humans. Nature Immunology, v. 10, p. 116-125, 2008.
17. PAPINI-TERZI, F. S. ; FELIX, J. M. ; ROCHA, F. R. ; WACLAWOVSKY, A. J. ; ULIAN, E. C. ; CHABREGAS, S. M. ; NISHIYAMA-JR, M. Y. ; VENCIO, R ; VICENTINI, R. ; MENOSSI, M. ; SOUZA, G. M. . The SUCEST-FUN Project: identifying genes that regulate sucrose content in sugarcane plants. Sugar Cane International, v. 26, p. 25-29, 2008.
18. ROCHA, F. R. ; PAPINI-TERZI, F. S. ; NISHIYAMA-JR, M. Y. ; VENCIO, R ; VICENTINI, R. ; DUARTE, R. D. C. ; SILVA, F. V. ; MEDEIROS, A. H. ; FIGUEIRA, A. V. O. ; HEMERLY, A. S. ; ULIAN, E. C. ; MAURO, S. M. Z. ; MENOSSI, M. ; SOUZA, G. M. . Signal transduction-related responses to phytohormones and environmental challenges in sugarcane. BMC Genomics, v. 8, p. 71, 2007.
19. OKAMOTO, O. K. ; CARVALHO, A. C. S. R. ; MARTI, L. C. ; VENCIO, R. Z. N. ; MOREIRA-FILHO, C. A. . Common molecular pathways involved in human CD133+/CD34+ progenitor cell expansion and cancer. Cancer Cell International (Online), v. 7, p. 11, 2007.
20. VENCIO, R ; VARUZZA, L. ; BRENTANI, H. ; PEREIRA, C. A. B. ; SHMULEVICH, I. . Simcluster: clustering enumeration gene expression data on the simplex space. BMC Bioinformatics, v. 8, p. 246, 2007.
21. COSTAFREDA, S. G. ; BRAMMER, M. J. ; VENCIO, R ; MOURAO, M. L. ; PORTELA, L. A. P. ; CASTRO, C. C. ; GIAMPIETRO, V. P. ; AMARO JUNIOR, E. . Multisite fMRI reproducibility of a motor task using identical MR systems. Journal of Magnetic Resonance Imaging, v. 26, p. 1122-1126, 2007.
22. SEVERINO, P. ; VENCIO, R ; DUSSURGET, O. ; DUMAS, E. ; GARRIDO, P. ; PADILLA, G. ; PIVETEAU, P. ; LEMAITRE, J. ; KUNST, F. ; GLASER, P. ; BUCHRIESER, C. . Comparative Transcriptome Analysis of Listeria monocytogenes Strains of the Two Major Lineages Reveals Differences in Virulence, Cell Wall, and Stress Response. Applied and Environmental Microbiology, v. 73, p. 6078-6088, 2007.
23. VENCIO, R ; SHMULEVICH, I. . ProbCD: enrichment analysis accounting for categorization uncertainty. BMC Bioinformatics, v. 8, p. 383, 2007.
24. VENCIO, R ; KOIDE, T. ; GOMES, S. L. ; PEREIRA, C. A. B. . BayGO: Bayesian analysis of ontology term enrichment in microarray data. BMC Bioinformatics, v. 7, p. 86, 2006.
25. PEIXOTO, B. R. ; VENCIO, R ; EGIDIO, C. M. ; MOTA-VIEIRA, L. ; VERJOVSKI-ALMEIDA, S. ; REIS, E. M. . Evaluation of reference-based two-color methods for measurement of gene expression ratios using spotted cDNA microarrays. BMC Genomics, v. 7, p. 35, 2006.
26. KOIDE, T. ; IZAAC, S. M. S. ; GOMES, S. L. ; VENCIO, R . SpotWhatR: a user-friendly microarray data analysis system. Genetics and Molecular Research, v. 5, n. 1, p. 93-107, 2006.
27. VENCIO, R ; PATRAO, D. F. C. ; BAPTISTA, C. S. ; PEREIRA, C. A. B. ; ZINGALES, B. . BayBoots: a model-free Bayesian tool to identify class markers from gene expression data. Genetics and Molecular Research, v. 5, n. 1, p. 138-142, 2006.
28. KOIDE, T. ; VENCIO, R ; GOMES, S. L. . Global gene expression analysis of the heat shock response in the phytopathogen Xylella fastidiosa. Journal of Bacteriology, v. 188, p. 5821-5830, 2006.
29. BAPTISTA, C. S. ; VENCIO, R ; ABDALA, S. ; CARRANZA, J. C. ; WESTENBERGER, S. J. ; SILVA, M. N. ; PEREIRA, C. A. B. ; GALVAO, L. M. ; GONTIJO, E. D. ; CHIARI, E. ; STURM, N. R. ; ZINGALES, B. . Differential transcription profiles in Trypanosoma cruzi associated with clinical forms of Chagas disease: Maxicircle NADH dehydrogenase subunit 7 gene truncation in asymptomatic patient isolates. Molecular and Biochemical Parasitology, v. 150, p. 236-248, 2006.
30. RIBICHICH, K. F. ; IZAAC, S. M. S. ; GEORG, R. C. ; VENCIO, R ; NAVARRO, L. D. ; GOMES, S. L. . Gene discovery and expression profile analysis through EST sequencing from different developmental stages of the chytridiomycete Blastocladiella emersonii. Eukaryotic Cell (Online), Estados Unidos, v. 4, n. 5, p. 455-464, 2005.
31. PAPINI-TERZI, F. S. ; ROCHA, F. R. ; VENCIO, R ; OLIVEIRA, K. C. ; FELIX, J. M. ; VICENTINI, R. ; ROCHA, C. S. ; SIMOES, A. C. Q. ; ULIAN, E. C. ; MAURO, S. M. Z. ; SILVA, A. M. ; PEREIRA, C. A. B. ; MENOSSI, M. ; SOUZA, G. M. . Transcription profiling of signal transduction-related genes in sugarcane tissues. DNA Research, Japão, v. 12, n. 1, p. 27-38, 2005.
32. PASHALIDIS, S. ; MOREIRA, L. M. ; ZAINI, P. A. ; CAMPANHARO, J. C. ; ALVES, L. M. C. ; CIAPINA, L. P. ; VENCIO, R ; LEMOS, E. G. M. ; SILVA, A. M. ; SILVA, A. C. R. . Whole-genome expression profiling of Xylella fastidiosa in response to growth on glucose. Journal of Integrative Biology / Omics (Larchmont), v. 9, n. 1, p. 77-90, 2005.
33. FOLGUEIRA, M. A. A. K. ; CARRARO, D. M. ; BRENTANI, H. ; PATRAO, D. F. C. ; BARBOSA, E. M. ; KATAYAMA, M. L. H. ; SOARES, F. A. ; OLIVEIRA, C. T. ; REIS, L. F. L. ; CAMARGO, L. P. ; VENCIO, R ; SNITCOVSKY, I. M. L. ; MAKDISSI, F. B. A. ; BRENTANI, M. M. . Gene expression profile associated with response to doxorubicin-based therapy in breast cancer. Clinical Cancer Research, v. 11, n. 20, p. 7434-7443, 2005.
34. VENCIO, R ; KOIDE, T. . HTself: Self-Self Based Statistical Test for Low Replication Microarray Studies. DNA Research, v. 12, n. 3, p. 211-214, 2005.
35. KOIDE, T. ; ZAINI, P. A. ; MOREIRA, L. M. ; VENCIO, R ; MATSUKUMA, A. Y. ; DURHAM, A. M. ; TEIXEIRA, D. C. ; EL-DORRY, H. ; MONTEIRO, P. B. ; SILVA, A. C. R. ; VERJOVSKI-ALMEIDA, S. ; SILVA, A. M. ; GOMES, S. L. . DNA Microarray-Based Genome Comparison of a Pathogenic and a Nonpathogenic Strain of Xylella fastidiosa Delineates Genes Important for Bacterial Virulence. Journal of Bacteriology, Estados Unidos, v. 186, n. 16, p. 5442-5449, 2004.
36. VENCIO, R ; BRENTANI, H. ; PATRAO, D. F. C. ; PEREIRA, C. A. B. . Bayesian model accounting for within-class biological variability in Serial Analysis of Gene Expression (SAGE). BMC Bioinformatics, Estados Unidos, v. 5, n. 119, p. 119-0, 2004.
37. BAPTISTA, C. S. ; VENCIO, R ; ABDALA, S. ; VALADARES, M. P. ; MARTINS, C. ; PEREIRA, C. A. B. ; ZINGALES, B. . DNA microarrays for comparative genomics and analysis of gene expression in Trypanosoma cruzi. Molecular and Biochemical Parasitology, Estados Unidos, v. 138, n. 2, p. 183-194, 2004.
38. COUTINHO, M. ; BALBACHEVSKY, E ; HOLZHACKER, D. O. ; PATRAO, D. F. C. ; VENCIO, R ; SILVA, R. L. M. ; LUCATELLI, M. L. G. ; REIS, L. F. ; MARIN, M. A. . Intellectual property and public research in biotechnology: the scientists opinion. Scientometrics, Hungria, v. 58, n. 3, p. 641-656, 2003.
39. VENCIO, R ; BRENTANI, H. ; PEREIRA, C. A. B. . Using credibility intervals instead of hypothesis tests in SAGE analysis. Bioinformatics (Oxford), v. 19, n. 18, p. 2461-2464, 2003.
Capítulos de livros publicados
1. VENCIO, R ; BRENTANI, H. . Statistical Methods in Serial Analysis of Gene Expression (SAGE). In: Zhang Z; Shmulevich I. (Org.). Computational and Statistical Approaches to Genomics - 2nd edition. : Springer, 2006, v. , p. 207-232.
2. BARRERA, J. ; CESAR-JR, R. M. ; MARTINS-JR, D. C. ; VENCIO, R ; MERINO, E. F. ; YAMAMOTO, M. M. ; LEONARDI, F. G. ; PEREIRA, C. A. B. ; PORTILLO, H. A. . Constructing probabilistic genetic networks of Plasmodium falciparum from dynamical expression signals of the intraerythrocytic development cycle. In: McConnell; Lin; Hurban. (Org.). Methods of Microarray Data Analysis V. : Springer, 2006, v. , p. 11-27.
Textos em jornais de notícias/revistas
1. VENCIO, F. C. N. ; VENCIO, R . A Gasolina e o Lençol. Revista Meio Ambiente Industrial, São Paulo, p. 72 - 74, 01 dez. 2000.
Demais tipos de produção bibliográfica
1. VENCIO, R . Introdução às Variáveis Aleatórias. http://www.khanacademy.org/, 2011. (Tradução/Outra).
2. VENCIO, R . Funções de Densidade de Probabilidade. http://www.khanacademy.org/, 2011. (Tradução/Outra).
3. VENCIO, R . Entendendo Afirmações Lógicas 1. http://www.khanacademy.org/, 2011. (Tradução/Outra).
4. VENCIO, R . Algoritmo de ordenação por inserção. http://www.khanacademy.org/, 2011. (Tradução/Outra).
5. VENCIO, R . Uma Nova Fronteira: Biologia Sistêmica. www.youtube.com: YouTube, 2010. (Tradução/Outra).
Produção técnica
Softwares sem registro de patente
1. CORTEZ, D. A. ; VENCIO, R . HTself 2.0. 2011.
2. VARUZZA, L. ; VENCIO, R . Simcluster. 2007.
3. VENCIO, R . ProbCD. 2007.
4. VENCIO, R . BayGO. 2006.
5. VENCIO, R . SpotWhatR. 2006.
6. VENCIO, R . BayBoots. 2006.
7. VENCIO, R . HTself. 2005.
8. VENCIO, R . SAGEbetaBin. 2004.
9. VENCIO, R . SAGEci. 2003.
Produtos tecnológicos
1. SOUZA, G. M. ; ROCHA, F. R. ; PAPINI-TERZI, F. S. ; MENOSSI, M. ; VENCIO, R ; FELIX, J. M. ; ULIAN, E. C. . Genes associated to sucrose content. 2010.
Trabalhos técnicos
1. VENCIO, R . Proposta de Projeto de Doutorado FAPESP - 05/2011. 2011.
2. VENCIO, R . Travel Fellowship - ISMB/ECCB 2011 - 19th Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology . 2011.
3. VENCIO, R . Proposta de Projeto de Doutorado FAPESP - 03/2010. 2010.
4. VENCIO, R . Proposta de Projeto de Pós-Doutorado FAPESP - 04/2010. 2010.
5. VENCIO, R . Proposta de Projeto de Técnico Apoio FACEPE - 04/2010. 2010.
6. VENCIO, R . International Conference on Bioinformatics Models, Methods and Algorithms. 2010.
7. VENCIO, R . Proposta de Projeto de Mestrado FAPESP - 11/2008. 2008.
8. VENCIO, R . Gene Expression and Bioinformatics Analysis - Soybean Microarray Project. 2008.
9. VENCIO, R . 4th International conference of the brazilian association for bioinformatics and computational biology (X-meeting). 2008.
10. VENCIO, R . Pacific Symposium on Biocomputing 2008. 2008.
Demais tipos de produção técnica
1.
SILVA, R. R. ; KOIDE, T. ; VENCIO, R . Bioinformática Aplicada às Ômicas. 2011. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).
2. VENCIO, R . Matrizes esparsas. 2011. (Desenvolvimento de material didático ou instrucional - Ensino).
3. VENCIO, R . Busca Binária. 2011. (Desenvolvimento de material didático ou instrucional - Ensino).
4. VENCIO, R . Autômatos celulares. 2011. (Desenvolvimento de material didático ou instrucional - Ensino).
5.
VENCIO, R . Algoritmo II - Aplicação Bioinformática (Estatística). 2010. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).
6. VENCIO, R . Enumeração. 2010. (Desenvolvimento de material didático ou instrucional - Ensino).
7. VENCIO, R . Classificador de Mínimos Quadrados. 2010. (Desenvolvimento de material didático ou instrucional - Ensino).
8. VENCIO, R . Normal Multidimensional. 2010. (Desenvolvimento de material didático ou instrucional - Ensino).
9. VENCIO, R . Erro de Classificação com Normal Multidimensional. 2010. (Desenvolvimento de material didático ou instrucional - Ensino).
10. VENCIO, R . Mistura de Normais Multidimensionais. 2010. (Desenvolvimento de material didático ou instrucional - Ensino).
11. VENCIO, R . Análise de Componentes Principais (PCA). 2010. (Desenvolvimento de material didático ou instrucional - Ensino).
12.
VENCIO, R . Curso de Verão em Bioinformática - USP 2009. 2009. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).
13.
VENCIO, R . V Curso de Verão em Bioinformática. 2009. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).
14. VENCIO, R . Contribuições à Wikipedia em Português. 2007. (Extensão).
15. VENCIO, R . Contribuições à Wikipedia em Inglês. 2007. (Extensão).
16.
VENCIO, R ; VARUZZA, L. ; VENANCIO, T. . I Curso de Verão em Bioquímica e Biologia Molecular - módulo Bioinformática. 2006. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).
17. VENCIO, R ; OLIVEIRA, G. B. . Integração entre Biologia e Física: construindo redes de regulação gênica usando equações diferenciais.. 2006. (Desenvolvimento de material didático ou instrucional - Ensino).

Bancas
Participação em bancas examinadoras
Dissertações
1. MARTINEZ, E. Z.; VIANNA, E. S. O.; VENCIO, R. Participação em banca de Mayara Piani Luna da Silva Sicchieri. Modelagem Bayesiana dos excessos de internações hospitalares na região de Ribeirão Preto: uma aplicação às doenças respiratórias e efeitos das queimadas de cana-de-açúcar. 2011. Dissertação (Mestrado em Saúde na Comunidade) - Universidade de São Paulo.
2. SAMESHIMA, K.; AMARO JUNIOR, E.; VENCIO, R. Participação em banca de Carlos Stein Naves de Brito. Medidas de dependência entre séries temporais: Estudo comparativo, análise estatística e aplicações em neurociências. 2010. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.
3. SILVA, F. L. B.; DELBEM, A. C. B.; VENCIO, R. Participação em banca de Tulio Marcus Ribeiro Calixto. Análises de propriedades eletrostáticas e estruturais de complexos de proteínas para o desenvolvimento de preditores de complexação em larga escala. 2010. Dissertação (Mestrado em Ciências Farmacêuticas) - Universidade de São Paulo.
4. ACHCAR, J. A.; MILAN, L. A.; VENCIO, R. Participação em banca de Wu Zhuofan. Proposta de um modelo de Regressão Binária com resposta contínua aplicada a análise dos dados do SINASC: identificação dos fatores de risco para o baixo peso ao nascer. 2009. Dissertação (Mestrado em Saúde na Comunidade) - Universidade de São Paulo.
5. BARRERA, J.; HASHIMOTO, R. F.; VENCIO, R. Participação em banca de Leandro de Araujo Lima. Um algoritmo eficiente para o crescimento de redes sobre o grafo probabilístico completo do sistema de regulação gênica considerado. 2009. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo.
Teses de doutorado
1. SANTOS, S. E. B.; SILVA, A. L. C.; SANTOS, A. K. C. R.; VENCIO, R. Participação em banca de Elzemar Martins Ribeiro Rodrigues. Investigação de 12-X-STRs na população brasileira: aplicações em genética forense e no estabelecimento de vínculo genético. 2011. Tese (Doutorado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Federal do Pará.
2. LEONARDI, F. G.; IAMBARTSEV, A.; VENCIO, R. Participação em banca de José Osório de Oliveira Azevedo Neto. Busca de epistasia em estudos de associação. 2011. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.
3. HASHIMOTO, R. F.; MARTINS-JR, D. C.; VENCIO, R. Participação em banca de Carlos Henrique Aguena Higa. Inferência de Redes de Regulação Gênica utilizando o paradigma de crescimento de semente. 2010. Tese (Doutorado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo.
4. VENCIO, R; VENDITE, L. L.; ROMANO, C. M.. Participação em banca de Artur Trancoso Lopo de Queiróz. Análise de seleção natural no vírus da hepatite C em pacientes respondedores e não respondedores ao tratamento com Interferon e Ribavirina. 2010. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.
5. MACIEL, C. D.; RIBEIRO, C. H. C.; VENCIO, R. Participação em banca de Edwin Rafael Villanueva Talavera. Redes Bayesianas aplicadas na modelagem de associações entre marcadores genéticos. 2010. Tese (Doutorado em Engenharia Elétrica) - Universidade de São Paulo.
6. SAMESHIMA, K.; MORETTIN, P. A.; AMARO JUNIOR, E.; NAKANO, F.; VENCIO, R. Participação em banca de Daniel Yasumasa Takahashi. Medidas de Fluxo de Informação com Aplicação em Neurociência. 2009. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.
7. ORTEGA, J. M.; PAPPA, G. L.; VENCIO, R. Participação em banca de Deive Ciro de Oliveira. Desenvolvimento de uma metodologia para classificação de dados categóricos incertos: uma aplicação em bancos de dados proteicos de revisão periódica. 2009. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais.
8. CARRER, H.; VITORELLO, C. B. M.; VENCIO, R. Participação em banca de Edenilson Rabello. Modelagem da via de biossíntese da lignina em Eucalyptus grandis. 2009. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.
9. DURHAM, A. M.; PASSETTI, F.; VENCIO, R. Participação em banca de Andre Yoshiaki Kashiwabara. Estudo sistemático de preditores ab initio de genes codificadores de proteínas. 2009. Tese (Doutorado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo.
10. CESAR JUNIOR, R. M.; BARRERA, J.; ARMELIN, H. A.; SOUZA, S. J.; VENCIO, R. Participação em banca de David Correa Martins Junior. Seleção de características e predição intrinsecamente multivariada em identificação de redes de regulação gênica. 2008. Tese (Doutorado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo.
Trabalhos de Conclusão de Curso de graduação
1. PATRAO, D. C.; BRENTANI, H.; MARTINS-JR, D. C.; VENCIO, R. Participação em banca de Fabio Filocomo. Seleção de atributos e desenvolvimento de classificador para determinação de status tumoral em pacientes do Hospital A. C. Camargo.. 2010. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Informática Biomédica) - Universidade de São Paulo.
2. SABBATINI, R. M. E.; FARIAS, C. R. G.; VENCIO, R. Participação em banca de Márcio de Mendonça Mancine Dantas. Desenvolvimento do módulo de gerência de SMS ubíquo para sistema de suporte ao tratamento preventivo de crianças portadoras de diabetes tipo 1. 2010. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Informática Biomédica) - Universidade de São Paulo.
3. FELIPE, J. C.; STURZBECHER, M. J.; VENCIO, R. Participação em banca de Ana Carolina Tortaro de Souza. Investigação de Técnicas para Detecção Automática de Regiões de Ativação Cerebral a partir de Neuroimagens Funcionais. 2009. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Informática Biomédica) - Universidade de São Paulo.
4. ZAMBONI, D. S.; GUTIERREZ, F. R. S.; VENCIO, R. Participação em banca de Tiago Lara Michelin Sanches. Análises de QTL para determinação de genes e loci responsáveis pelo controle da infecção experimental pelo Trypanosoma cruzi. 2009. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Informática Biomédica) - Universidade de São Paulo.
5. VENCIO, R; PERSINOTI, G. F.; SILVA, G. K.. Participação em banca de André Luiz Teixeira Vinci. Análise estatística e computacional do transcritoma de cepas geneticamente idênticas pré e pós tratamento de um paciente chagásico com Benznidazol. 2009. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Informática Biomédica) - Universidade de São Paulo.
Participação em bancas de comissões julgadoras
Concurso público
1. WINTER, C. E.; BRIONES, M. R. S.; MARQUES, M. V.; KOIDE, T.; VENCIO, R. Professor Doutor MS-3, Departamento de Microbiologia ICB-USP, Área: Bioinformática e Biologia de Sistemas Aplicadas a Microorganismos. 2011. Universidade de São Paulo.
2. ROCHA, B. A. M.; CISALPINO, P. S.; VENCIO, R. Professor Adjunto I, Departamento de Bioquímica e Biologia Molecular ICB-UFG, Aéra: Bioquímica e/ou Biologia Molecular: Genômica e/ou Proteômica e/ou Bioinformática. 2009. Universidade Federal de Goiás.

Eventos
Participação em eventos
1. Seminários do Departamento de Bioquímica e Imunologia FMRP-USP.O papel da Bioinformática na Biologia Sistêmica. 2011. (Seminário).
2. Conferência de Estatística Indutiva.SimCluster: Reconhecimento de Padrões em Dados Composicionais. 2011. (Encontro).
3. Adote um Cientista - Casa da Ciência do Hemocentro-FMRP-USP.P: O que acontece se juntamos Informática com Biologia? R: Bioinformática. 2011. (Outra).
4. Microsoft Research Faculty Summit 2010.Information Technology Applied to Bioenergy Genomics. 2010. (Congresso).
5. 26th Conference on Uncertainty in Artificial Intelligence. 2010. (Congresso).
6. Seminários Avançados em Tecnologia de Microarrays e Next Generation Sequencing - Hospital Israelita Albert Einstein.Algumas respostas da bioinformática para: O que fazer se a amostra é pequena?. 2010. (Seminário).
7. Adote um Cientista - Casa da Ciência do Hemocentro-FMRP-USP.P: O que acontece se juntamos Informática com Biologia? R: Bioinformática!. 2010. (Outra).
8. 5th Internacional Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology.Pattern recognition in quantitative transcriptome sequencing: clustering and signatures. 2009. (Congresso).
9. Seminários Avançados em Tecnologia de Microarrays - Hospital Israelita Albert Einstein.Aspectos práticos e perspectivas em análise de expressão gênica. 2009. (Seminário).
10. 1st Internacional Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology.Bayboots: a model-free Bayesian tool to identify class markers from gene expression data. 2005. (Congresso).
Organização de eventos
1. SILVA JUNIOR, W. A. ; VENCIO, R . VII Curso de Verão em Bioinformática. 2011. (Outro).
2. MITROWSKY, R. R. ; LOPEZ, A. G. ; BOSCO, G. G. ; EBERT, M. R. ; AZEVEDO, K. A. G. ; VENCIO, R . VI Olimpíada Regional de Matemática de Ribeirão Preto (ORMRP). 2011. (Concurso).
3. SILVA, F. L. B. ; VENCIO, R . I workshop em Biologia Computacional, do DCM/FFCLRP - USP. 2011. (Outro).
4. VENCIO, R ; DURHAM, A. M. . I Workshop do Programa de Pós Graduação em Bioinformática. 2010. (Outro).
5. VENCIO, R ; et.al. . 5th Internacional Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology. 2009. (Congresso).
6. VENCIO, R ; et.al. . VII Semana da Informática Biomédica. 2009. (Outro).

Orientações
Orientações em andamento
Dissertação de mestrado
1. Danillo Cunha de Almeida e Silva. Anotação Genômica Probabilística de organismos de interesse a Bioenergia. Início: 2010. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Microsoft Research/Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paul. (Orientador).
2. Bruna Renata Silva Corrêa. Biologia Sistêmica de Plasmodium vivax: análise computacional do genoma e transcritoma do parasita. Início: 2010. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. (Orientador).
Tese de doutorado
1. Marcos Abraão de Souza Fonseca. Inteligência Artificial e Aprendizado de Máquina para anotação funcional genômica. Início: 2011. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. (Orientador).
2. Ricardo Roberto da Silva. Bioinformática aplicada à Bioenergia: anotação probabilística na metabolômica de cana-de-açúcar. Início: 2010. Tese (Doutorado em Genética USP-RP) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. (Orientador).
3. Diego Martinez Salvanha. Métodos estatísticos e computacionais de análise em larga-escala da variabilidade genética humana. Início: 2010. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. (Orientador).
Iniciação científica
1. Bruno Machado Della Vecchia. Bioinformática na espectrometria de massas aplicada à metabolômica. Início: 2011. Iniciação científica (Graduando em Farmácia - Bioquímica) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. (Orientador).
2. Marcel Alexandre Fenerich. Anotação Genômica Probabilística: estudos do framework em torno do método SIFTER. Início: 2011. Iniciação científica (Graduando em Informática Biomédica) - Universidade de São Paulo, Microsoft Research/Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paul. (Orientador).
Orientações de outra natureza
1. Gabriela Felix Persinoti. Busca e validação de alvos de drogas em Trichophyton rubrum. Início: 2009. Orientação de outra natureza. Universidade de São Paulo. Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. (Orientador).
Supervisões e orientações concluídas
Dissertação de mestrado
1. Flávia Akemi Miyazaki. Desenvolvimento e Aplicação de Ontologias na Integração de Ferramentas de Análise de Expressão Gênica. 2009. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Co-Orientador: Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio.
Trabalho de conclusão de curso de graduação
1. André Luiz Teixeira Vinci. Análise estatística e computacional do transcritoma de cepas geneticamente idênticas pré e pós tratamento de um paciente chagásico com Benznidazol. 2009. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Informática Biomédica) - Universidade de São Paulo. Orientador: Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio.
Iniciação Científica
1. Ariane Morassi Sasso. Anotação Genômica Probabilística: estudos teóricos preliminares e testes em Neurospora crassa. 2011. Iniciação Científica. (Graduando em Informática Biomédica) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio.
2. Paulo Almir Borges de Sousa Filho. Complexação Molecular de Proteínas. 2011. Iniciação Científica. (Graduando em Ensino Médio) - Escola Estadual Prof. Cid de Oliveira Leite, Universidade de São Paulo. Orientador: Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio.
3. Deise Maiara Lemes. Para que serve esse gene? Anotação genômica usando o computador. 2011. Iniciação Científica. (Graduando em Ensino Médio) - Escola Estadual Profa. Eugênia Vilhena de Morais, Pró-Reitoria de Pesquisa da Universidade de São Paulo. Orientador: Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio.
4. Dalila Milena Lemes. Bioinformática: aplicação de computadores à biologia para entender a Malária. 2011. Iniciação Científica. (Graduando em Ensino Médio) - Escola Estadual Profa. Eugênia Vilhena de Morais, Pró-Reitoria de Pesquisa da Universidade de São Paulo. Orientador: Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio.
5. Daniel Antonio Fernandes Bojczuk. Interatômica: estudo em larga-escala de interação/complexação de proteínas. 2009. Iniciação Científica. (Graduando em Informática Biomédica) - Universidade de São Paulo. Orientador: Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio.
6. Fabio Filocomo. Anotação Genômica Probabilística: estudos teóricos preliminares e testes em Arabidopsis thaliana.. 2009. Iniciação Científica. (Graduando em Informática Biomédica) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio.
7. Ricardo Cacheta Waldemarin. Anotação Genômica Probabilística: estudos teóricos preliminares e testes em Escherichia coli. 2009. Iniciação Científica. (Graduando em Informática Biomédica) - Universidade de São Paulo, Microsoft Research/Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paul. Orientador: Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio.
8. Daniel Augusto Cortez. HTself2: combinando p-valores para melhorar a classificação de genes diferencialmente expressos no HTself. 2009. Iniciação Científica. (Graduando em Ciência da Computação) - Universidade de São Paulo. Orientador: Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio.
Orientações de outra natureza
1. Julio Cesar Oliveira Garcia. Reconhecimento Estatístico de Padrões na busca por marcadores em câncer de próstata e bexiga. 2011. Orientação de outra natureza. (Pós-Graduação Interunidades em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio.
2. Leonardo Rippel Salgado. Anotação funcional probabilística do transcritoma da Seringueira (Hevea brasiliensis). 2011. Orientação de outra natureza. (Pós-Graduação em Genética) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio.
3. Márcio de Mendonça Mancine Dantas. Desenvolvimento do módulo de gerência de SMS ubíquo para sistema de suporte ao tratamento preventivo de crianças portadoras de diabetes tipo 1. 2010. Orientação de outra natureza. (Informática Biomédica) - Universidade de São Paulo, Instituto Edumed. Orientador: Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio.
4. Fabio Filocomo. Seleção de atributos e desenvolvimento de classificador para determinação de status tumoral em pacientes do Hospital A. C. Camargo. 2010. Orientação de outra natureza. (Informática Biomédica) - Universidade de São Paulo, Fundação Antônio Prudente. Orientador: Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio.

Outras informações relevantes 
Orientador cadastrado no Programa Interunidades de Pós-graduação em Bioinformática da Universidade de São Paulo (http://www.ime.usp.br/posbioinfo).

Contribuições à Wikipedia em Português desde 2007: http://pt.wikipedia.org/w/index.php?title=Especial:Contribui%C3%A7%C3%B5es&contribs=user&target=Rvencio

Contribuições à Wikipedia em Inglês desde 2007: http://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Special:Contributions&contribs=user&target=Rvencio.
Página gerada pelo Sistema Currículo Lattes em 12/02/2012 às 3:46:19