Rede de Colaboração

Francisco Aparecido Rodrigues
Bolsista de Produtividade em Pesquisa do CNPq - Nível 2

Possui graduação em Física pela Universidade de São Paulo - IFSC (2001), mestrado em Física pela Universidade de São Paulo (março de 2004) e doutorado em Física Computacional (agosto de 2007). Foi pós-doutor no Instituto de Física de São Carlos com bolsa da Fapesp. Atualmente é docente do Instituto de Ciências Matemáticas e Computação, atuando na área de sistemas complexos. Sua pesquisa se concentra na caracterização, classificação, e modelagem de redes complexas. Também está interessado no estudo de processos de propagação de epidemias e sincronização de osciladores acoplados (principalmente no modelo de Kuramoto). As aplicações mais importantes de sua pesquisa são em biologia de sistemas, neurociência, mercado financeiro e Internet. Publicou mais de 30 artigos em revistas internacionais que já foram citados mais de 400 vezes.
(Texto informado pelo autor)

Última atualização do currículo em 07/02/2012
Endereço para acessar este CV:
http://lattes.cnpq.br/2153014839354888
Dados pessoais
NomeFrancisco Aparecido Rodrigues
Nome em citações bibliográficasRODRIGUES, Francisco Aparecido;Rodrigues, Francisco A;Rodrigues, Francisco A.;Rodrigues, F. A.;Rodrigues, F A
SexoMasculino
Endereço profissionalUniversidade de São Paulo, Instituto de Ciências Matemáticas e de Computação.
Avenida Trabalhador Sancarlense, 400
Centro
13560-970 - Sao Carlos, SP - Brasil - Caixa-Postal: 668
Telefone: (16) 33738226
URL da Homepage: http://www.icmc.sc.usp.br/~francisco

Formação acadêmica/Titulação
2007 - 2010Pós-Doutorado .
Universidade de São Paulo, USP, Brasil.
Bolsista do(a): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo ,FAPESP ,Brasil .
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Física / Subárea: Sistemas complexos.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Física / Subárea: Sistemas complexos / Especialidade: Redes complexas.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Física / Subárea: Sistemas complexos / Especialidade: Redes biológicas.
2004 - 2007Doutorado em Física .
Universidade de São Paulo, USP, Brasil.
Título: Caracterização, classificação e análise de redes complexas, Ano de Obtenção: 2007.
Orientador: Luciano da Fontoura Costa.
Bolsista do(a): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo ,FAPESP ,Brasil .
Palavras-chave: Complex networks; sistemas complexos; Communities in networks; domínios protéicos; Física Computacional; Simulação de sistemas complexos.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Física / Subárea: Física Geral.
2002 - 2004Mestrado em Física .
Universidade de São Paulo, USP, Brasil.
Título: Técnicas de Programação Paralela para Computação Científica, Ano de Obtenção: 2004.
Orientador: Gonzalo Travieso.
Bolsista do(a): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior ,CAPES ,Brasil .
Palavras-chave: Computação; Computação Científica; Programação Paralela.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Sistemas de Computação.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Sistemas de Computação / Especialidade: Software Básico.
Setores de atividade: Desenvolvimento de Programas (Software); Informática.
1998 - 2001Graduação em Física .
Universidade de São Paulo, USP, Brasil.
Título: Avaliação do desempenho de rotinas de diagonalização do pacote ScaLAPACK em um cluster.
Orientador: Gonzalo Travieso.
Bolsista do(a): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo ,FAPESP ,Brasil .

Atuação profissional
Universidade de São Paulo, USP, Brasil.
Vínculo institucional
2010 - Atual Vínculo: Servidor Público, Enquadramento Funcional: Professor Doutor, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.
Vínculo institucional
2007 - 2010 Vínculo: Bolsista recém-doutor, Enquadramento Funcional: Pós-doutor, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.
Atividades
02/2012 - AtualEnsino, Engenhria Aeronautica, Nível: Graduação.
Disciplinas ministradas
Equações Diferenciais Ordinárias
02/2012 - AtualEnsino, Bacharelado em Ciência da Computação, Nível: Graduação.
Disciplinas ministradas
Processos Estocásticos
04/2011 - AtualConselhos, Comissões e Consultoria, Instituto de Ciências Matemáticas e de Computação, .
Cargo ou função
Membro da Comissão de Plano de Gestão de Conhecimen to e Acervos - ICMC 2021.
12/2010 - AtualConselhos, Comissões e Consultoria, Instituto de Ciências Matemáticas e de Computação, .
Cargo ou função
Membro suplente da Coordenação do Curso Bacharelado em Matemática Aplicada.
08/2010 - AtualEnsino, Bacharelado em Ciência da Computação, Nível: Graduação.
Disciplinas ministradas
SME0120 - Introdução à Teoria das Probabilidades
08/2010 - AtualEnsino, Ciencia da Computacao, Nível: Pós-Graduação.
Disciplinas ministradas
SCC5830 - Processamento de Imagens
04/2010 - AtualConselhos, Comissões e Consultoria, Instituto de Ciências Matemáticas e de Computação, .
Cargo ou função
Membro titular do conselho da biblioteca.
04/2010 - AtualConselhos, Comissões e Consultoria, Instituto de Ciências Matemáticas e de Computação, .
Cargo ou função
Membro da Comissão que estudará o Plano Político Pedagógico do curso de Bacharelado em Ciências de Computação..
02/2010 - AtualEnsino, Bacharelado em Ciência da Computação, Nível: Graduação.
Disciplinas ministradas
SME0121 Processos Estocásticos
02/2010 - AtualEnsino, Bacharelado em Matemática, Nível: Graduação.
Disciplinas ministradas
SME0201 Cálculo Numérico 2
2011 - 2016Atividades de Participação em Projeto, Instituto de Ciências Matemáticas e de Computação, Departamento de Matemática Aplicada e Estatística.
Projetos de pesquisa
Fenômenos Dinâmicos em Redes Complexas: Fundamentos e Aplicações
2011 - 2013Atividades de Participação em Projeto, Instituto de Ciências Matemáticas e de Computação, .
Projetos de pesquisa
Caracterização, análise, simulação e classificação de redes complexas
07/2011 - 12/2011Ensino, Bacharelado em Ciência da Computação, Nível: Graduação.
Disciplinas ministradas
Introdução à Teoria das Probabilidades
02/2011 - 07/2011Ensino, Engenharia de Produção, Nível: Graduação.
Disciplinas ministradas
SME0320 Estatística I
02/2011 - 07/2011Ensino, Bacharelado em Ciência da Computação, Nível: Graduação.
Disciplinas ministradas
Processos Estocásticos
09/2007 - 01/2010Pesquisa e desenvolvimento , Instituto de Física de São Carlos, .
Linhas de pesquisa
Sistemas Complexos
2007 - 2010Atividades de Participação em Projeto, Instituto de Física de São Carlos, .
Projetos de pesquisa
Redes complexas: uma abordagem por mineração de dados
08/2008 - 12/2008Ensino, Bacharelado em Física, Nível: Graduação.
Disciplinas ministradas
FFI 321 - Modelagem Matematico-Computacional

Linhas de Pesquisa
1. Sistemas Complexos
Objetivos: A sociedade, as interações celulares, a Internet, o cérebro e as cadeias alimentares, embora sejam sistemas completamente distintos, apresentam características comuns: esses sistemas são formados por partes discretas que se conectam de acordo com algum tipo de interação. Essas interações podem representar sinapses em redes neurais, laços de amizade em redes sociais ou conexões de fibra-óptica na Internet, por exemplo. A organização das conexões nesses sistemas não ocorre de forma completamente aleatória, mas possuem uma estrutura de organização. Por exemplo, a Internet e as interações celulares apresentam distribuições de conexões do tipo lei de potência, que indica que alguns poucos vértices possuem muitas conexões e a maioria deles possui poucas conexões. Devido ao fato desses sistemas apresentarem diversas características comuns, a teoria dos sistemas complexos constitui uma área altamente multidisciplinar, com aplicações que vão desde a neurociência até o planejamento urbano. Estamos interessados na determinação das leis fundamentais que regem esses sistemas, bem como na sua modelagem, caracterização e classificação. Além disso, objetivamos analisar como a organização desses sistemas complexos influência em diferentes tipos de dinâmicas, como sincronização, robustez e propagação de epidemias..
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Física / Subárea: Sistemas complexos.
Palavras-chave: sistemas complexos; Redes complexas; Simulação de sistemas complexos; Sincronização; Propagação de epidemias.

Projetos de Pesquisa
2011 - 2016Fenômenos Dinâmicos em Redes Complexas: Fundamentos e Aplicações
Descrição: Ao longo da última década, o enfoque de rede entre agentes dinâmicos com topologias complexas tem se tornado uma poderosa e eficaz metodologia a ser usada para entender sistemas elaborados, envolvendo um número muito elevado de agentes que interagem entre si. Esse enfoque vem sendo utilizado em várias áreas, desde Neurociência e Engenharia, até Sociologia e Economia. Contudo, até agora, a maior parte dos estudos tem se concentrado em situações onde a topologia é fixa, o que restringe sobremaneira sua utilização em cenários mais elaborados e próprios dos sistemas reais. Este projeto tem por objetivo estudar os princípios e fundamentos da auto-organização em redes complexas mais gerais, onde a topologia não é simples e a complexidade é muito elaborada. Visando aplicações em situações atuais de interesse, pretende-se, por conseguinte, compreender o papel que a heterogeneidade da estrutura, os atrasos em múltiplas escalas de tempo e espaço e a estocasticidade têm na dinâmica da rede. Esses estudos teóricos estarão interconectados a investigações experimentais da dinâmica de redes naturais com complexidade crescente, partindo de sistemas que envolvem alguns lasers, passando pela interação entre neurônios híbridos e chegando-se no sistema Terra. Esse último representa um formidável desafio para a teoria das redes complexas e será um dos tópicos centrais no âmbito desta iniciativa. Assim, via utilização do enfoque de redes complexas, tenciona-se entender a dinâmica de interação entre os vários subsistemas da Terra diante de condições variantes, em especial no que se refere ao aquecimento global e ao desmatamento da Amazônia. Este projeto é uma iniciativa internacional de colaboração envolvendo pesquisadores brasileiros e alemães do Instituto Nacional de Pesquisas Espaciais (INPE), da Humboldt University at Berlin, do Potsdam Institute for Climate Impact Research (PIK) and da Universidade de São Paulo (USP). .
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Integrantes: Luciano da F. Costa - Integrante / Elbert Einstein Nehrer Macau - Integrante / Zhao Liang - Integrante / Tiago Pereira da Silva - Integrante / Manoel Ferreira Cardoso - Integrante / Paulo Regis Caron Ruffino - Integrante / Henrique de Melo Jorge Barbosa - Integrante / Pedro Jose Catuogno - Integrante / Iberê Luiz Caldas - Integrante / Domingos Humberto Urbano Marchetti - Integrante / Carla Goldman - Integrante / Roland Koberle - Integrante / Gilvan Sampaio de Oliveira - Integrante / Reynaldo Daniel Pinto - Integrante / Alexandre Hiroaki Kihara - Integrante / Jose Antonio Marengo Orsini - Integrante / Antonio Carlos Roque da Silva Filho - Integrante / Francisco Aparecido Rodrigues - Coordenador.
Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro..
2011 - 2013Caracterização, análise, simulação e classificação de redes complexas
Descrição: A teoria das redes complexas é uma área relativamente nova da Ciência, inspirada por dados empíricos tais como os obtidos de interações sociais e biológicas. Esta área apresenta uma natureza altamente interdisciplinar, de modo que tem unido cientistas de diferentes áreas, tais como matemática, física, biologia, ciência computação, sociologia, epidemiologia e muita outras. De fato, muitos problemas da natureza podem ser modelados como redes, tais como o cérebro, interações proteicas, organizações sociais, o mercado financeiro, a Internet e a World Wide Web. Todos esses sistemas podem ser representados por grafos, isto é, vértices conectados por arestas. A organização desses sistemas tem uma influencia fundamental sobre muitos processos dinâmicos. Por exemplo, roteadores altamente conectados são fundamentais para manter o tráfego na Internet, enquanto que pessoas que possuem um grande número de amigos apresentam uma alta taxa de transmissão de doenças. Ao mesmo tempo, estudos têm mostrado que a estrutura do cérebro esta relacionada com doenças neurológicas, como a epilepsia, que está ligada à fenômenos de sincronização. Nesse projeto, apresentamos uma metodologia para estudar a relação entre topologias de redes complexas e processos dinâmicos. Tal estudo será realizado com a simulação de fenômenos de sincronização, falhas em cascata, propagação de epidemias e transporte de dados em redes. A estrutura de redes será caracterizada através de métodos de mineração de dados, que permitirão classificar redes de acordo com um conjunto de modelos e determinar padrões de conexões presentes na organização de diferentes tipos de sistemas complexos. As análises serão realizadas com aplicações em neurociências, biologia de sistemas, economia, meteorologia e cadeias alimentares..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação ( 4) / Mestrado acadêmico ( 2) / Doutorado ( 1) .
Integrantes: Francisco Aparecido Rodrigues - Coordenador.
Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro..
2007 - 2010Redes complexas: uma abordagem por mineração de dados
Descrição: A partir de resultados empíricos obtidos de redes sociais, sistemas biológicos e redes de informação, surgiu a teoria das redes complexas, que tem sido largamente estendida com o desenvolvimento de um considerável conjunto de medidas e modelos para caracterizar, comparar e representar sistemas complexos. Apesar de tais progressos, a caracterização, análise e classificação de redes complexas têm se restringido a um limitado número de medidas, implicando em resultados muitas vezes incorretos. Por isso, os modelos existentes atualmente não são precisos o suficiente para representar a maioria das redes reais. Para uma análise mais profunda, e portanto um aperfeiçoamento dessa área de pesquisa, nós propomos a utilização de técnicas de mineração de dados na análise de redes a fim de utilizarmos diferentes métodos de classificação para obtermos melhor compreensão a respeito da estrutura e dinâmica das redes, bem como modelos mais precisos. Este estudo permitirá a construção de uma taxonomia para redes complexas e analisar diferentes métodos de classificação. A importância das medidas de redes na discriminação de sua estrutura e dinâmica também será analisada via mineração de dados. Finalmente, pretendemos aplicar os progressos obtidos na análise de redes reais, como a rede de interação de proteínas, considerando aspectos relacionados à letalidade e função da proteínas, redes semânticas, redes de computação distribuída, além da Internet e World Wide Web..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação ( 1) / Mestrado acadêmico ( 1) .
Integrantes: Francisco Aparecido Rodrigues - Coordenador.
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Revisor de periódico
2010 - Atual Periódico: Frontiers in Neuroinformatics
2010 - Atual Periódico: New Journal of Physics
2009 - Atual Periódico: Journal of Real-Time Image Processing
2009 - Atual Periódico: Journal of the Brazilian Computer Society (Impresso)
2010 - Atual Periódico: Genetics and Molecular Biology (Impresso)
2010 - Atual Periódico: Journal of Physics. A, Mathematical and Theoretical (Print)
2011 - Atual Periódico: Human Movement Science (Print)
2012 - Atual Periódico: Physica. A (Print)
2012 - Atual Periódico: Chaos (Woodbury, N.Y. Online)

Áreas de atuação
1. Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Física / Subárea: Sistemas complexos / Especialidade: Redes complexas.
2. Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Física / Subárea: Sistemas complexos.
3. Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Probabilidade e Estatística / Subárea: Estatística / Especialidade: Reconhecimento de padrões.
4. Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Metodologia e Técnicas da Computação / Especialidade: Mineração de Dados.
5. Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Metodologia e Técnicas da Computação / Especialidade: Processamento de imagens.
6. Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Física / Subárea: Sistemas complexos / Especialidade: Modelagem de sistemas complexos.

Idiomas
Inglês Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.

Prêmios e títulos
2006Selecionado para participar do Dynamics on Complex Networks and Applications em Dresden, Alemanha, em 2006, com todas as despesas cobertas pelo DYONET06, Max-Planck-Institut für Physik komplexer Systeme.
1993Prêmio Roberto Mange ao melhor aluno formando, Escola Senai Henrique Lupo - Araraquara.


Produção em C,T & A
Produção bibliográfica
Citações
Web of Science
Total de trabalhos29Total de citações308  
Rodrigues FA  Data: 21/12/2011
SCOPUS
Total de trabalhos31Total de citações405  
Rodrigues, F.A.  Data: 21/12/2011
Artigos completos publicados em periódicos
1. Andre Luiz Barbieri ; Guilherme Arruda ; Rodrigues, F. A. ; Odemir M. Bruno ; COSTA, Luciano da F. . An entropy-based approach to automatic image segmentation of satellite images. Physica. A (Print), v. 309, p. 512-518, 2011.
2. Rodrigues, Francisco A. ; Costa, Luciano da Fontoura ; Barbieri, André Luiz . Resilience of protein protein interaction networks as determined by their large-scale topological features. Molecular Biosystems (Print), p. 1-7, 2011.
3. Echtermeyer, Christoph ; da Fontoura Costa, Luciano ; Rodrigues, Francisco A. ; Kaiser, Marcus . Automatic Network Fingerprinting through Single-Node Motifs. Plos One, v. 6, p. e15765-e15774, 2011.
4. De Vico Fallani, Fabrizio ; RODRIGUES, Francisco Aparecido ; Fontoura Costa, Luciano ; Astolfi, Laura ; Cincotti, Febo ; Mattia, Donatella ; Salinari, Serenella ; Babiloni, Fabio . Multiple Pathways Analysis of Brain Functional Networks from EEG Signals: An Application to Real Data. Brain Topography, v. 23, p. 344-354, 2011.
5.   Costa, Luciano da Fontoura ; Oliveira, Osvaldo ; TRAVIESO, Gonzalo ; RODRIGUES, Francisco Aparecido ; Villas Boas, Paulino ; Antiqueira, Lucas ; Viana, Matheus Palhares ; Correa Rocha, Luis . Analyzing and modeling real-world phenomena with complex networks: a survey of applications. Advances in Physics, v. 60, p. 329-412, 2011.
6. Anderson G. Marco ; Adriana B. Bruno ; Rodrigues, F. A. ; COSTA, Luciano da F. ; Bruno, Odemir M. . Segmentação Automática de Áreas Urbanas em Imagens de Sensoriamento Remoto. Learning and Nonlinear Models, v. 9, p. 42-51, 2011.
7.   Dal'Maso Peron, T. K. ; Rodrigues, F. A. . Collective behavior in financial markets. Europhysics Letters (Print), v. 96, p. 48004, 2011.
8. Tsonis, Anastasios A. ; Wang, Geli ; Swanson, Kyle L. ; Rodrigues, Francisco A. ; Costa, Luciano da Fontura . Community structure and dynamics in climate networks. Climate Dynamics, v. 37, p. 933-940, 2011.
9. Costa, L. da F. ; Rodrigues, F. A. ; BOAS, P. R. Villas . MODELING THE EVOLUTION OF COMPLEX NETWORKS THROUGH THE PATH-STAR TRANSFORMATION AND OPTIMAL MULTIVARIATE METHODS. International Journal of Bifurcation and Chaos in Applied Sciences and Engineering, v. 00, p. 01/01-10, 2010.
10. RODRIGUES, Francisco Aparecido ; COSTA, Luciano da F. . Generalized connectivity between any two nodes in a complex network. Physical Review. E, Statistical, Nonlinear, and Soft Matter Physics (Print), v. 81, p. 036113-036123, 2010.
11. Villas Boas, P R ; Rodrigues, F. A. ; Travieso, G ; COSTA, Luciano da F. . Sensitivity of complex networks measurements. Journal of Statistical Mechanics, v. 2010, p. P03009-3029, 2010.
12. de Gouveia, Lilian Tais ; RODRIGUES, Francisco Aparecido ; da Fontoura Costa, Luciano . Multiscale Curvature Analysis of Asphaltic Aggregate Particles. Journal of Computing in Civil Engineering, p. 1-15, 2010.
13. Fallani, Fabrizio ; Costa, Luciano ; RODRIGUES, Francisco Aparecido ; Astolfi, Laura ; Vecchiato, Giovanni ; Toppi, Jlenia ; Borghini, Gianluca ; Cincotti, Febo ; Mattia, Donatella ; Salinari, Serenella ; Isabella, Roberto ; Babiloni, Fabio . A graph-theoretical approach in brain functional networks. Possible implications in EEG studies. Nonlinear Biomedical Physics, v. 4, p. S8-S21, 2010.
14. Costa, L da F ; Villas Boas, P R ; Silva, F N ; Rodrigues, F A . A pattern recognition approach to complex networks. Journal of Statistical Mechanics, v. 2010, p. P11015-P11035, 2010.
15. Antiqueira, Lucas ; Rodrigues, F. A. ; van Wijk, Bernadette C.M. ; da F. Costa, Luciano ; Daffertshofer, Andreas . Estimating complex cortical networks via surface recordings A critical note. NeuroImage (Orlando, Fla. Print), v. 53, p. 439-449, 2010.
16.   RODRIGUES, Francisco Aparecido ; COSTA, Luciano da F. . Protein lethality investigated in terms of long range dynamical interactions. Molecular Biosystems (Print), v. 5, p. 385-390, 2009.
17.   Costa, L. da F. ; Rodrigues, F. A. . Seeking for simplicity in complex networks. Europhysics Letters (Print), v. 85, p. 48001-05, 2009.
18. Antiqueira, L ; Rodrigues, F A ; Costa, L da F . Modeling connectivity in terms of network activity. Journal of Statistical Mechanics, v. 2009, p. L09005-17, 2009.
19. Costa, L. da F. ; Rodrigues, F. A. ; Hilgetag, C. C. ; Kaiser, M. . Beyond the average: Detecting global singular nodes from local features in complex networks. Europhysics Letters (Print), v. 87, p. 18008-18013, 2009.
20. Rodrigues, Francisco A. ; COSTA, Luciano da F. . Signal propagation in cortical networks: A Digital Signal Processing Approach. Frontiers in Neuroinformatics, v. 3, p. 1-13, 2009.
21. Villas Boas, Paulino R. ; Rodrigues, Francisco A. ; da F. Costa, Luciano . Modeling worldwide highway networks. Physics Letters. A (Print), v. 374, p. 22-27, 2009.
22. Rodrigues, Francisco A. ; da Fontoura Costa, Luciano . A structure dynamic approach to cortical organization: Number of paths and accessibility. Journal of Neuroscience Methods, v. 183, p. 57-62, 2009.
23. Rodrigues, Francisco A. ; da Fontoura Costa, Luciano . Comparison of the interactomic networks of different species in terms of accessibility. Molecular Biosystems (Print), v. 6, p. 234-240, 2009.
24. Boas, Paulino R Villas ; Rodrigues, Francisco A ; TRAVIESO, Gonzalo ; Costa, Luciano da Fontoura . Border trees of complex networks. Journal of Physics. A, Mathematical and Theoretical (Print), v. 41, p. 224005-224018, 2008.
25. COSTA, Luciano da F. ; Rodrigues, Francisco A. ; Cristino, Alexandre S. . Complex networks: the key to systems biology. Genetics and Molecular Biology (Impresso), v. 31, p. 591-601, 2008.
26. Villas Boas, Paulino R. ; Rodrigues, Francisco A. ; TRAVIESO, Gonzalo ; da Fontoura Costa, Luciano . Chain motifs: The tails and handles of complex networks. Physical Review. E, Statistical, Nonlinear, and Soft Matter Physics (Print), v. 77, p. 026106-11 pages, 2008.
27.   Costa, L. da F. ; Rodrigues, F. A. ; Travieso, G. ; BOAS, P. R. Villas . Characterization of complex networks: A survey of measurements. Advances in Physics, v. 56, n. 1, p. 167-242, 2007.
28. da Fontoura Costa, Luciano ; Rodrigues, F. A. ; TRAVIESO, Gonzalo . Analyzing trails in complex networks. Physical Review. E, Statistical, Nonlinear, and Soft Matter Physics (Print), v. 76, p. 046106-046118, 2007.
29. Rodrigues, F. A. ; Travieso, G. ; COSTA, Luciano da F. . FAST COMMUNITY IDENTIFICATION BY HIERARCHICAL GROWTH. International Journal of Modern Physics C, v. 18, p. 937-947, 2007.
30. da F. COSTA, L. ; Rodrigues, F. A. ; Travieso, G. . Protein domain connectivity and essentiality. Applied Physics Letters, v. 89, p. 174101-174104, 2006.
31. Rodrigues, Francisco A. ; COSTA, Luciano da F. . Surviving opinions in Sznajd models on complex networks. International Journal of Modern Physics C, Inglaterra, v. 16, n. 11, p. 1785-1792, 2005.
Capítulos de livros publicados
1. BOAS, P. R. Villas ; Rodrigues, F. A. ; Costa, L. da F. . Modeling Highway Networks with Path-Geographical Transformations. Lecture Notes in Computer Science. Series Studies in Computational Intelligence. : Springer-Verlag, 2009, v. , p. -.
Trabalhos completos publicados em anais de congressos
1. Bilzã ; Rodrigues, F. A. ; Zhao . Identifying Abnormal Nodes in Protein-Protein Interaction Networks. In: Brazilian Symposium on Artificial Neural Network (SBRN), 2010, São Bernardo do Campo. XI Brazilian Symposium on Artificial Neural Network (SBRN), 2010.
2. Rodrigues, F. A. ; COSTA, Luciano da F. . Diffusion of time-varying signals in cortical networks. In: 16th International Conference on Digital Signal Processing, 2009, Santorini, Grécia. 16th International Conference on Digital Signal Processing, 2009.
3. De Vico Fallani, Fabrizio ; Rodrigues, F. A. ; COSTA, Luciano da F. ; Donatella Mattia ; Cincotti, Febo ; Astolfi, Laura ; Vecchiato, Giovanni ; A. Tabarrini ; Salinari, Serenella ; Babiloni, Fabio . Analysis of the connection redundancy in functional networks from high-resolution EEG: A preliminary study. In: Engineering in Medicine and Biology Society, 2009. EMBC 2009., 2009, Minneapolis, MN. Annual International Conference of the IEEE, 2009.
4. TRAVIESO, Gonzalo ; RODRIGUES, Francisco Aparecido ; RUGIERO, Carlos Antonio . Complex network modeling and simulation of distributed systems processing. In: III TIDIA Workshop, 2006, São Paulo. PROCEEDINGS III WORKSHOP TIDIA, 2006.
Resumos expandidos publicados em anais de congressos
1. Bilzã ; Rodrigues, F. A. ; F. Berton ; J Huertas ; Zhao . Identifying abnormal nodes in protein-protein interaction networks. In: Dynamics Days South America 2010: International Conference on Chaos and Nonlinear Dynamics, 2010, São José dos Campos. Dynamics Days South America, 2010.
Resumos publicados em anais de congressos
1. Rodrigues, F. A. ; COSTA, Luciano da F. . Tools for networks characterization and optimal classification. In: I International Workshop on Dynamics, Transportation, and Control in Complex Networks, 2009, São José dos Campos. I International Workshop on Dynamics, Transportation, and Control in Complex Networks, 2009.
2. RODRIGUES, Francisco Aparecido . Application of community identification methods for image segmentation. In: Dynamics on Complex Networks and Applications, 2006, Dresden. Dynamics on Complex Networks and Applications, 2006.
3. RODRIGUES, Francisco Aparecido . A complex networks approach to protein domain characterization. In: International Conference on Bioinformatics and Computational Biology, 2004, Angra dos Reis, 2004.
4. Rodrigues, F. A. ; Sérgio Zani . O exemplo de Levy. In: 9º Simpósio Internacional de Iniciação Científica da USP, 2001, São Carlos. 9º Simpósio Internacional de Iniciação Científica da USP, 2001.
5. Rodrigues, F. A. ; Sérgio Zani . Um problema de eletromagnetismo. In: 8º Simpósio Internacional de Iniciação Científica da USP, 2000, São Paulo. 8º Simpósio Internacional de Iniciação Científica da USP, 2000.
Artigos aceitos para publicação
1. Thomas ; Rodrigues, F. A. ; COSTA, Luciano da F. . The structure and resilience of financial market networks. Chaos (Woodbury, N.Y.), 2012.
Apresentações de Trabalho
1. Thomas ; Rodrigues, F. A. ; COSTA, Luciano da F. . Dynamic Analysis in Financial Market Networks. 2010. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
2. Andre Luiz Barbieri ; Rodrigues, F. A. ; Costa, Luciano da Fontoura . Resilience of Protein-protein Interaction Networks as determined by their large-scale lopological features,. 2010. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
3. Villas Boas, Paulino R. ; AMANCIO, D. ; Rodrigues, F. A. ; COSTA, Luciano da F. . Modeling Word Adjacency Networks. 2010. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
4. Rodrigues, F. A. . Tools for networks characterization and optimal classification. 2009. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
5. Rodrigues, F. A. ; COSTA, Luciano da F. . Shape and Function of neurons: an integrative approach. 2009. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
6. RODRIGUES, Francisco Aparecido ; COSTA, Luciano da F. . Application of community identification methods for image segmentation. 2006. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
7. Rodrigues, F. A. ; COSTA, Luciano da F. . A complex networks approach to protein domain characterization. 2004. (Apresentação de Trabalho/Congresso).
8. Rodrigues, F. A. ; Sérgio Zani . O exemplo de Levy. 2001. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).
9. Rodrigues, F. A. ; Sérgio Zani . Um problema de eletromagnetismo. 2000. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

Bancas
Participação em bancas examinadoras
Dissertações
1. Alneu de Andrade Lopes; TRAVIESO, Gonzalo; Rodrigues, F. A.. Participação em banca de GUSTAVO VRECH RIGO. Modelando a atenção seletiva e a saliência visual através de redes complexas. 2010. Dissertação (Mestrado em Física) - Universidade de São Paulo.
2. Rodrigues, F. A.; Zhao. Participação em banca de Bilzã Marques Araújo. Identificação de outliers em redes complexas baseado em caminhada aleatória. 2010. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação e Matemática Computacional) - Universidade de São Paulo.
Teses de doutorado
1. Rodrigues, F. A.; Nelson Delfino D'Ávila Mascarenhas. Participação em banca de ALEXANDRE LUIS MAGALHÃES LEVADA. Combinação de modelos de campos aleatórios markovianos para classificação contextual de imagens multiespectrais. 2010. Tese (Doutorado em Doutorado em Fisica Aplicada) - Universidade de São Paulo.

Eventos
Participação em eventos
1. I International Workshop on Dynamics, Transportation, and Control in Complex Networks.Tools for networks characterization and optimal classification. 2009. (Congresso).
2. 16th International Conference on Digital Signal Processing.Diffusion of time-varying signals in cortical networks. 2009. (Congresso).
3. 13a. ESTE 2009 - Escola de Séries Temporais e Econometria..Shape and Function of neuros: an integrative approach. 2009. (Congresso).
4. Dynamics on Complex Networks and Applications.Application of community identification methods for image segmentation. 2006. (Congresso).
5. Dynamics on Complex Networks and Applications.Application of community identification methods for image segmentation. 2006. (Congresso).
6. International Conference on Bioinformatics and Computational Biology.International Conference on Bioinformatics and Computational Biology. 2004. (Congresso).
7. 9º Simpósio Internacional de Iniciação Científica da USP.9º Simpósio Internacional de Iniciação Científica da USP. 2001. (Simpósio).
8. Simpósio de Matemática para Graduação - SIM 2001.Simpósio de Matemática para Graduação - SIM 2001. 2001. (Simpósio).
9. 8º Simpósio Internacional de Iniciação Científica da USP.8º Simpósio Internacional de Iniciação Científica da USP. 2000. (Simpósio).
Organização de eventos
1. COSTA, Luciano da F. ; RODRIGUES, Francisco Aparecido . IEEE: "16th International Conference on Digital Signal Processing". 2009. (Congresso).
2. RODRIGUES, Francisco Aparecido ; TRAVIESO, Gonzalo . I Escola de Física Computacional Moderna. 2006. (Outro).

Orientações
Orientações em andamento
Dissertação de mestrado
1. Thomas Kauê Dal'Maso Peron. Metodologias de otimização em redes complexas. Início: 2011. Dissertação (Mestrado em Mestrado em Física Aplicada) - Instituto de Física de São Carlos. (Orientador).
2. Guilherme de Arruda Ferraz. Mineração de dados em redes complexas: Estrutura e dinâmica. Início: 2011. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo. (Orientador).
Tese de doutorado
1. Andre Luiz Barbieri. Estrutura e dinâmica de redes complexas. Início: 2011. Tese (Doutorado em Ciências da Computação e Matemática Computacional) - Instituto de Ciências Matemáticas e de Computação, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. (Orientador).
Iniciação científica
1. Livia Akemi Hotta. Caracterização, análise e classificação de redes de interação entre palavras. Início: 2011. Iniciação científica (Graduando em Bacharelado em Ciência da Computação) - Instituto de Ciências Matemáticas e de Computação, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. (Orientador).
2. Débora da Silva Gonçalves. Modelagem de cadeias alimentares por redes complexas. Início: 2011. Iniciação científica (Graduando em Bacharelado em Ciência da Computação) - Instituto de Ciências Matemáticas e de Computação, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. (Orientador).
3. Bianca M. S. Oe. Modelos de dinâmica social em redes complexas. Início: 2011. Iniciação científica (Graduando em Bacharelado em Ciência da Computação) - Instituto de Ciências Matemáticas e de Computação. (Orientador).
4. Gabriela Passos. Mineração de dados médicos e biológicos. Início: 2010. Iniciação científica (Graduando em Bacharelado em Estatística) - Instituto de Ciências Matemáticas e de Computação. (Orientador).
Supervisões e orientações concluídas
Dissertação de mestrado
1. Andre Luis Barbieri. Análise de robustez em redes complexas. 2011. Dissertação (Mestrado em Fisica (Sc)) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Francisco Aparecido Rodrigues.
Trabalho de conclusão de curso de graduação
1. Viviane Raniro. Aplicação de técnicas de mineração de dados na análise de redes complexas. 2011. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Matemática Aplicada) - Instituto de Ciências Matemáticas e de Computação. Orientador: Francisco Aparecido Rodrigues.
Iniciação Científica
1. Thomas Kauê Dal'Maso Peron. Caracterização e classificação de redes do mercado financeiro. 2011. Iniciação Científica. (Graduando em Bacharelado em Física) - Instituto de Física de São Carlos, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Orientador: Francisco Aparecido Rodrigues.
2. Viviane Raniro. Redes complexas: uma abordagem por reconhecimento de padrões. 2010. Iniciação Científica. (Graduando em Matemática Aplicada) - Instituto de Ciências Matemáticas e de Computação. Orientador: Francisco Aparecido Rodrigues.
3. Guliherme Arruda. Mineração de sistemas complexos. 2009. Iniciação Científica. (Graduando em Bacharelado em Engenharia Elétrica) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Orientador: Francisco Aparecido Rodrigues.
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