Guilherme Menegon Arantes

Bolsista de Produtividade em Pesquisa do CNPq - Nível 2

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  • Última atualização do currículo em 15/11/2018


Possui bacharelado em Química (1998), doutorado em Bioquímica (2004) e livre-docência em Bioquímica (2016), obtidos no Instituto de Química da Universidade de São Paulo (IQ-USP). Fez pós-doutorado no Department of Chemistry na University of Warwick, Reino Unido (2005) e no Departamento de Química Fundamental do IQ-USP (2006-2007). Atualmente é Professor Associado no Departamento de Bioquímica da USP. Tem experiência nas áreas de Físico-Química, Biofísica e Bioquímica, com ênfase em cálculo e desenvolvimento de métodos em estrutura eletrônica, enzimologia computacional e simulação com potenciais híbridos (QM/MM), dinâmica molecular de proteínas e cálculo de energia livre. (Texto informado pelo autor)


Identificação


Nome
Guilherme Menegon Arantes
Nome em citações bibliográficas
ARANTES, G. M.;MENEGON, G.;ARANTES, GUILHERME M.;ARANTES, GUILHERME MENEGON

Endereço


Endereço Profissional
Universidade de São Paulo, Instituto de Química, Departamento de Bioquímica.
Av. Prof. Lineu Prestes 748
05508-000 - Sao Paulo, SP - Brasil
Telefone: (11) 30913848
URL da Homepage: http://gaznevada.iq.usp.br


Formação acadêmica/titulação


1999 - 2004
Doutorado em Bioquímica.
Instituto de Química da Universidade de São Paulo, IQUSP, Brasil.
Título: Sobre as proteínas tirosina-fosfatase: Reatividade intrínseca de ésteres de fosfato e simulação computacional dos mecanismos de reação enzimática, Ano de obtenção: 2004.
Orientador: Hernan Chaimovich Guralnik.
Bolsista do(a): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo, FAPESP, Brasil.
Palavras-chave: catálise; enzima; estrutura eletrônica; estrutura molecular; fosforilação; simulação de computador.
Grande área: Ciências Biológicas
Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Enzimologia.
Grande Área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Química / Subárea: Físico-Química / Especialidade: Química Teórica.
1995 - 1998
Graduação em Química.
Instituto de Química da Universidade de São Paulo, IQUSP, Brasil.
Bolsista do(a): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, CNPq, Brasil.


Pós-doutorado e Livre-docência


2016
Livre-docência.
Instituto de Química da Universidade de São Paulo, IQUSP, Brasil.
Título: Bioquímica e biofísica computacionais: Simulações da reatividade e da estrutura de biomoléculas, Ano de obtenção: 2016.
Palavras-chave: simulação de computador; Química computacional.
Grande área: Ciências Biológicas
Grande Área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Química / Subárea: Físico-Química / Especialidade: Química Teórica.
Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Biofísica / Subárea: Biofísica Molecular.
2006 - 2007
Pós-Doutorado.
Instituto de Química da Universidade de São Paulo, IQUSP, Brasil.
Bolsista do(a): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo, FAPESP, Brasil.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra
2005 - 2005
Pós-Doutorado.
University of Warwick, WARWICK, Inglaterra.
Bolsista do(a): Department of Energy, DOE, Estados Unidos.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra


Atuação Profissional



Instituto de Química da Universidade de São Paulo, IQUSP, Brasil.
Vínculo institucional

2016 - Atual
Vínculo: Servidor Público, Enquadramento Funcional: Professor Associado, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

Vínculo institucional

2010 - 2016
Vínculo: , Enquadramento Funcional: Professor Doutor, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

Vínculo institucional

2008 - 2010
Vínculo: Bolsista recém-doutor, Enquadramento Funcional: Jovem Pesquisador, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

Vínculo institucional

2006 - 2007
Vínculo: Bolsista recém-doutor, Enquadramento Funcional: Pós-doutor, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.


University of Warwick, WARWICK, Inglaterra.
Vínculo institucional

2005 - 2005
Vínculo: Contrato temporário, Enquadramento Funcional: Post-doctoral research associate, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.



Projetos de pesquisa


2016 - Atual
Simulação computacional de metaloenzimas e de proteínas flexíveis
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (3) / Mestrado acadêmico: (1) / Doutorado: (3) .
Integrantes: Guilherme Menegon Arantes - Coordenador.
2012 - 2015
Simulação computacional e análise espectroscópica de proteínas envolvidas em bioenergética e em reconhecimento molecular
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Mestrado acadêmico: (1) / Doutorado: (2) .
Integrantes: Guilherme Menegon Arantes - Coordenador.Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
2008 - 2011
Simulação computacional em Bioquímica: Estrutura eletrônica de agregados polinucleares em metaloenzimas e ligação de inibidores a Proteínas Tirosina-Fosfatases
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
2006 - 2007
Simulação de reações químicas em líquidos iônicos
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
2005 - 2006
Accurate properties for open-shell states of large molecules
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.


Projetos de extensão


2017 - Atual
Química É Vida
Descrição: Série de palestras de divulgação científica ministrada por docentes do IQ-USP, atualmente na Biblioteca Mário de Andrade, SP.
Situação: Em andamento; Natureza: Extensão.


Revisor de periódico


2006 - Atual
Periódico: The Journal of Physical Chemistry B (1520-6106)
2008 - Atual
Periódico: Journal of Chemical Theory and Computation
2008 - Atual
Periódico: Current Medicinal Chemistry (Hilversum)
2010 - Atual
Periódico: Molecular Simulation (Print)
2011 - Atual
Periódico: The Journal of Physical Chemistry. A
2010 - Atual
Periódico: Química Nova (Impresso)
2011 - Atual
Periódico: RSC ADV
2013 - Atual
Periódico: COMPUT THEOR CHEM
2015 - Atual
Periódico: Archives of Biochemistry and Biophysics (Print)
2017 - Atual
Periódico: Phosphorus, Sulfur, and Silicon and the Related Elements
2016 - Atual
Periódico: PROTEINS-STRUCTURE FUNCTION AND BIOINFORMATICS
2016 - Atual
Periódico: Journal of Chemical Information and Modeling


Revisor de projeto de fomento


2018 - Atual
Agência de fomento: Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico
2015 - Atual
Agência de fomento: Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior
2011 - Atual
Agência de fomento: Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo


Áreas de atuação


1.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Química / Subárea: Físico-Química.
2.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Biofísica / Subárea: Biofísica Molecular.
3.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Enzimologia.
4.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Química / Subárea: Físico-Química/Especialidade: Química Teórica.
5.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Física / Subárea: Física Atômica e Molecular/Especialidade: Estrutura Eletrônica de Átomos e Moléculas; Teoria.


Idiomas


Inglês
Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.
Português
Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.
Espanhol
Compreende Razoavelmente, Fala Pouco, Lê Razoavelmente.
Italiano
Compreende Razoavelmente, Fala Pouco, Lê Razoavelmente.


Prêmios e títulos


2018
Prêmio de melhor pôster, Sociedade Brasileira de Biofísica (SBBf).
2013
Prêmio de melhor pôster (Subárea C), Sociedade Brasileira de Bioquímica (SBBq).
2009
Indicado ao prêmio Jovem Cientista, TWAS - ROLAC.
2006
Convidado ao 56th Meeting of Nobel Prize Winners in Lindau, Foundation Lindau.
2004
Vencedor do Prêmio Jovem Cientista, Depto. de Bioquímica - IQUSP.
2002
Visiting Fellow, Department of Chemistry - University of Warwick, UK.


Produções



Produção bibliográfica
Citações

Web of Science
Total de trabalhos:29
Total de citações:327
Fator H:11
Arantes, Guilherme M  Data: 15/11/2018

Artigos completos publicados em periódicos

1.
NUNES-ALVES, ARIANE2018NUNES-ALVES, ARIANE ; ZUCKERMAN, DANIEL M. ; ARANTES, GUILHERME MENEGON . Escape of a Small Molecule from Inside T4 Lysozyme by Multiple Pathways. BIOPHYSICAL JOURNAL, v. 114, p. 1058-1066, 2018.

2.
SOUZA, VALQUIRIA P.2018SOUZA, VALQUIRIA P. ; IKEGAMI, CECÍLIA M. ; ARANTES, GUILHERME M. ; MARANA, SANDRO R. . Mutations close to a hub residue affect the distant active site of a GH1 β-glucosidase. PLoS One, v. 13, p. e0198696, 2018.

3.
NUNES-ALVES, ARIANE2017NUNES-ALVES, ARIANE ; ARANTES, GUILHERME MENEGON . Mechanical unfolding of macromolecules coupled to bond dissociation. Journal of Chemical Theory and Computation, v. 14, p. 282-290, 2017.

4.
SOUZA, VALQUIRIA P.2016SOUZA, VALQUIRIA P. ; IKEGAMI, CECÍLIA M. ; ARANTES, GUILHERME M. ; MARANA, SANDRO R. . Protein thermal denaturation is modulated by central residues in the protein structure network. The FEBS Journal (Print), v. 283, p. 1124-1138, 2016.

5.
SAYEGH, RAPHAEL S. R.2016SAYEGH, RAPHAEL S. R. ; TAMAKI, FABIO K. ; MARANA, SANDRO R. ; SALINAS, ROBERTO K. ; ARANTES, GUILHERME M. . Conformational flexibility of the complete catalytic domain of Cdc25B phosphatases. Proteins (Print), v. 84, p. 21500, 2016.

6.
ZHENG, PENG2015 ZHENG, PENG ; ARANTES, GUILHERME M. ; FIELD, MARTIN J. ; LI, HONGBIN . Force-induced chemical reactions on the metal centre in a single metalloprotein molecule. Nature Communications, v. 6, p. 7569, 2015.

7.
GALASSI, VANESA VIVIANA2015GALASSI, VANESA VIVIANA ; ARANTES, GUILHERME MENEGON . Partition, orientation and mobility of ubiquinones in a lipid bilayer. Biochimica et Biophysica Acta. Bioenergetics, v. 1847, p. 1345, 2015.

8.
ARANTES, GUILHERME MENEGON2015ARANTES, GUILHERME MENEGON; FIELD, MARTIN . Ferric-Thiolate Bond Dissociation Studied with Electronic Structure Calculations. The Journal of Physical Chemistry. A, v. 119, p. 150909142319007-10084-10090, 2015.

9.
BHATTACHARJEE, ANIRBAN2014BHATTACHARJEE, ANIRBAN ; CHAVAROT-KERLIDOU, M. ; DEMPSEY, J. L. ; GRAY, H. B. ; FUJITA, E. ; MUCKERMAN, J. T. ; FONTECAVE, M. ; ARTERO, V. ; ARANTES, G. M. ; FIELD, M. J. . Theoretical Modeling of Low-Energy Electronic Absorption Bands in Reduced Cobaloximes. ChemPhysChem, v. 15, p. 2397, 2014.

10.
ALVES, A. N.2014ALVES, A. N. ; ARANTES, G. M. . Ligand?Receptor Affinities Computed by an Adapted Linear Interaction Model for Continuum Electrostatics and by Protein Conformational Averaging. Journal of Chemical Information and Modeling (Online), v. 54, p. 2309-2319, 2014.

11.
ARANTES, GUILHERME M.2013 ARANTES, GUILHERME M.; BHATTACHARJEE, ANIRBAN ; FIELD, MARTIN J. . Homolytic Cleavage of Fe-S Bonds in Rubredoxin under Mechanical Stress. Angewandte Chemie (International ed. Print), v. 52, p. 8144-8146, 2013.

12.
SOUZA, DIORGE P.2011SOUZA, DIORGE P. ; ANDRADE, MAXUEL O. ; ALVAREZ-MARTINEZ, CRISTINA E. ; ARANTES, GUILHERME M. ; FARAH, CHUCK S. ; SALINAS, ROBERTO K. . A Component of the Xanthomonadaceae Type IV Secretion System Combines a VirB7 Motif with a N0 Domain Found in Outer Membrane Transport Proteins. PLoS Pathogens (Online), v. 7, p. e1002031, 2011.

13.
ARANTES, G. M.2010ARANTES, G. M.; Taylor, Peter R. . Approximate Multiconfigurational Treatment of Spin-Coupled Metal Complexes. Journal of Chemical Theory and Computation, v. 6, p. 1981-1989, 2010.

14.
ARANTES, G. M.2010ARANTES, G. M.. Flexibility and inhibitor binding in Cdc25 phosphatases. Proteins (Print), v. 78, p. 3017-3032, 2010.

15.
ARANTES, G. M.;MENEGON, G.;ARANTES, GUILHERME M.;ARANTES, GUILHERME MENEGON2008ARANTES, G. M.; Ribeiro, Mauro C. C. . A microscopic view of substitution reactions solvated by ionic liquids. Journal of Chemical Physics, v. 128, p. 114503, 2008.

16.
CHIEN, T2008CHIEN, T ; DIAS, L ; ARANTES, G ; SANTOS, L ; TRIBONI, E ; BASTOS, E ; POLITI, M . 1-(2-Quinolyl)-2-naphthol: A new intra-intermolecular photoacid photobase molecule. Journal of Photochemistry and Photobiology. A, Chemistry, v. 194, p. 37-48, 2008.

17.
Arantes, Guilherme M.2008Arantes, Guilherme M.. A computational perspective on enzymatic catalysis.. Química Nova (Impresso), v. 31, p. 377-383, 2008.

18.
ARANTES, G. M.2008ARANTES, G. M.. The Catalytic Acid in the Dephosphorylation of the Cdk2-pTpY/CycA Protein Complex by Cdc25B Phosphatase. Journal of Physical Chemistry. B, v. 112, p. 15244-15247, 2008.

19.
ARANTES, G. M.;MENEGON, G.;ARANTES, GUILHERME M.;ARANTES, GUILHERME MENEGON2006ARANTES, G. M.; LOOS, M. . Specific parametrisation of a hybrid potential to simulate reactions in phosphatases. PHYSICAL CHEMISTRY CHEMICAL PHYSICS, Reino Unido, v. 8, p. 347, 2006.

20.
ARANTES, G. M.;MENEGON, G.;ARANTES, GUILHERME M.;ARANTES, GUILHERME MENEGON2006 ARANTES, G. M.. Free-energy profiles for catalysis by dual-specificity phosphatases. Biochemical Journal (London. 1984), v. 399, p. 343, 2006.

21.
ARANTES, G. M.;MENEGON, G.;ARANTES, GUILHERME M.;ARANTES, GUILHERME MENEGON2006ARANTES, G. M.; POLITI, M. J. ; BERCI, P. ; ALVAREZ, E. B. ; TRIBONI, E. R. ; DEMETS, G. J. F. . Solvent influence on the photophysical properties of 4-methoxy-N-methyl-1,8-naphthalimide. SPECTROCHIMICA ACTA PART A-MOLECULAR AND BIOMOLECULAR SPECTROSCOPY, v. 63, n.1, p. 220-226, 2006.

22.
ARANTES, G. M.;MENEGON, G.;ARANTES, GUILHERME M.;ARANTES, GUILHERME MENEGON2005 ARANTES, G. M.; CHAIMOVICH, H. . Thiolysis and Alcoholysis of Phosphate Tri- and Monoesters with Alkyl and Aryl Leaving Groups. An ab Initio Study in the Gas Phase. JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY A, v. 109, p. 5625-5635, 2005.

23.
ARANTES, G. M.;MENEGON, G.;ARANTES, GUILHERME M.;ARANTES, GUILHERME MENEGON2002ARANTES, G. M.; CHAIMOVICH, H. ; LOOS, M. . Ab Initio Study of the Thiolysis of Trimethyl Phosphate Ester in the Gas Phase. JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY A, v. 106, n.39, p. 9078-9084, 2002.

24.
MENEGON, G.2002MENEGON, G.; SHIMIZU, K. ; FARAH, J. P. S. ; DIAS, L. G. ; CHAIMOVICH, H. . Parameterization of the electronegativity equalization method based on the charge model 1. PHYSICAL CHEMISTRY CHEMICAL PHYSICS, v. 4, p. 5933-5936, 2002.

25.
BARROS, T. C.2001BARROS, T. C. ; YUNES, S. ; MENEGON, G. ; NOME, F. ; CHAIMOVICH, H. ; POLITI, M. J. ; DIAS, L. G. ; CUCCOVIA, I. M. . Hydrolysis of 1,8-and 2,3-naphthalic anhydrides and the mechanism of cyclization of 1,8-naphthalic acid in aqueous solutions. J. Chem. Soc. Perkin Trans. 2, v. 12, p. 2342-2350, 2001.

26.
REGIANI, A. M.1999REGIANI, A. M. ; FROLLINI, E. ; MARSON, G. A. ; ARANTES, G. M. ; SEOUD, O. A. E. . Some aspects of acylation of cellulose under homogeneous solution conditions. J. Polym. Sci. A, v. 37, n.9, p. 1357-1363, 1999.

Resumos publicados em anais de congressos
1.
REIS, A. A. O. ; SAYEGH, RAPHAEL S. R. ; MARANA, S. R. ; ARANTES, G. M. . Combining free-energy calculations and {NMR} experiments to determine transiente interactions in CDC25B phosphatases. In: XLIII Meeting of the Brazilian Biophysics Society, 2018, Santos, SP. XLIII Meeting of the Brazilian Biophysics Society, 2018.

2.
CURTOLO, F. ; ARANTES, G. M. . Hybrid QC/MM simulations of enzymatic electron transfer reactions. In: XLIII Meeting of the Brazilian Biophysics Society, 2018, Santos, SP. XLIII Meeting of the Brazilian Biophysics Society, 2018.

3.
CAMILO, S. R. G. ; ARANTES, G. M. . Estudo teórico de reações de próton e elétron acopladas (PCET) envolvidas em processos bioenergéticos. In: XXVI Simpósio Internacional de Iniciação Científica e Tecnológica da USP, 2018, São Paulo, SP. XXVI Simpósio Internacional de Iniciação Científica e Tecnológica da USP, 2018.

4.
TEIXEIRA, M. H. ; CURTOLO, F. ; ARANTES, G. M. . Molecular simulations of quinone binding into respiratory complex I and of substrate reactivity in complex II. In: XX European Bioenergetics Conference, 2018, Budapeste, Hungria. XX European Bioenergetics Conference, 2018.

5.
ALVES, A. N. ; ARANTES, G. M. . Weighted ensemble of pathways for ligand unbinding from T4 lysozyme. In: 61st Annual Meeting of the Biophysical Society,, 2017, New Orleans, EUA. 61 Annual Meeting of the Biophysical Society,, 2017.

6.
ARANTES, G. M.. Computational Molecular Bioenergetics: Simulations of iron-sulfur proteins and respiratory complexes. In: 46. Reunião da Sociedade Brasileira de Bioquímica, 2017, Águas de Lindóia. 46. Reunião da Sociedade Brasileira de Bioquímica, 2017.

7.
MORAES, L. H. F. ; SILVA, D. O. ; ARANTES, G. M. . Multiconfigurational ab initio and DFT study of metal-metal bonded diruthenium mixed valence complexes,. In: 11th Triennial Congress of the World Association of Theoretical and Computational Chemists (WATOC), 2017, Munique. 11th Triennial Congress of the World Association of Theoretical and Computational Chemists (WATOC), 2017.

8.
TEIXEIRA, M. H. ; CURTOLO, F. ; ARANTES, G. M. . Reaction models for flavo- and metalloproteins. In: Electronic Structure and Spectroscopy of Transition Metal Complexes Summer School, 2017, Gelsenkirchen. Electronic Structure and Spectroscopy of Transition Metal Complexes Summer School, 2017.

9.
CURTOLO, F. ; ARANTES, G. M. . Static correlation effects in flavin mediated hydride transfer. In: XIX Simpósio Brasileiro de Química Teórica, 2017, Águas de Lindóia. XIX Simpósio Brasileiro de Química Teórica, 2017.

10.
ARANTES, G. M.. Computational molecular bioenergetics: Simulations of iron-sulfur proteins and mobile natural quinones. In: Gordon Research Conference (GRC) on Bioenergetics, 2017, Andover. Gordon Research Conference (GRC) on Bioenergetics, 2017.

11.
ARANTES, G. M.. Multi-scale modelling of the mechanical stability of a simple iron-sulfur protein. In: 45a Reunião da Sociedade Brasileira de Bioquímica (SBBq), 2016, Natal. 45a Reunião da Sociedade Brasileira de Bioquímica (SBBq), 2016.

12.
TEIXEIRA, M. H. ; ARANTES, G. M. . On the calculation of redox potentials in iron-sulfur proteins. In: 45a Reunião da Sociedade Brasileira de Bioquímica (SBBq), 2016, Natal. 45a Reunião da Sociedade Brasileira de Bioquímica (SBBq), 2016.

13.
ARANTES, G. M.. Hybrid QC/MM Simulation of Metalloproteins. In: V Latin American Protein Society Meeting, 2016, Rio de Janeiro. V Latin American Protein Society Meeting, 2016.

14.
ALVES, A. N. ; ARANTES, G. M. . Forced unfolding coupled to covalent bond cleavage investigated by steered molecular dynamics. In: Gordon Research Conference (GRC) on Computational Chemistry, 2016, Girona, Espanha. Gordon Research Conference, 2016.

15.
ARANTES, GUILHERME MENEGON. Electronic structure and reactivity of a mechanically unfolded metalloprotein. In: XVIII Simpósio Brasileiro de Química Teórica, 2015, Pirenópolis. XVIII Simpósio Brasileiro de Química Teórica, 2015.

16.
ARANTES, GUILHERME MENEGON; HOIAS, M. T. . Hybrid QC/MM potential simulations of iron-containing proteins. In: XVIII Simpósio Brasileiro de Química Teórica, 2015, Pirenópolis. XVIII Simpósio Brasileiro de Química Teórica, 2015.

17.
SAYEGH, R. S. R. ; MARANA, S. R. ; SALINAS, ROBERTO K. ; ARANTES, GUILHERME MENEGON . Conformational dynamics of Cdc25B Phosphatases. In: 15th Nuclear Magnetic Resonance Users Meeting (AUREMN), 2015, Angra dos Reis. 15th Nuclear Magnetic Resonance Users Meeting (AUREMN), 2015.

18.
ALVES, A. N. ; ARANTES, G. M. . A computational method including protein flexibility to estimate affinities with small ligand. In: 58th Annual Meeting of the Biophysical Society, 2014, San Francisco. 58th Annual Meeting of the Biophysical Society, 2014.

19.
GALASSI, V. V. ; SILVA, J. P. V. C. ; ARANTES, G. M. . Accurate simulation of ubiquinone partition and diffusion in a bacterial-like membrane model: towards reliable estimates of the energetics involved in the Q-cycle mechanism of cytochrome bc1. In: 58th Annual Meeting of the Biophysical Society, 2014, San Francisco. 58th Annual Meeting of the Biophysical Society, 2014.

20.
SAYEGH, R. S. R. ; TAMAKI, F. K. ; MARANA, S. R. ; SALINAS, R. K. ; ARANTES, G. M. . Combining  NMR and Computer Simulations to Evaluate Cdc25B Protein Flexibility. In: 58th Annual Meeting of the Biophysical Society, 2014, San Francisco. 58th Annual Meeting of the Biophysical Society, 2014.

21.
GUEDES, V. F. ; ARANTES, G. M. . Investigating the reaction mechanisms for ligand exchange in diruthenium complexes with biomedical applications. In: 44a. Reunião da Sociedade Brasileira de Bioquímica (SBBq), 2014, Foz do Iguaçu. 44a. Reunião da Sociedade Brasileira de Bioquímica (SBBq), 2014.

22.
ARANTES, G. M.. Anisotropic and chemical agent effects on Fe-S bond stability of mechanically stressed rubredoxin. In: XL Congress of Theoretical Chemists of Latin Expression, 2014, San Cristobal, Ecuador. XL Congress of Theoretical Chemists of Latin Expression, 2014.

23.
GALASSI, V. V. ; ARANTES, G. M. . Parametrization of An Ubiquinone Force Field And Simulation of Membrane Partition, Diffusion And Redox Potentials. In: 10th Congress of the World Association of Theoretical and Computational Chemists -- WATOC, 2014, Santiago, Chile. 10th Congress of the World Association of Theoretical and Computational Chemists -- WATOC, 2014.

24.
ARANTES, G. M.; FIELD, MARTIN J. . Fe-S bond stability in simple models and in mechanically stretched rubredoxin.. In: 10th Congress of the World Association of Theoretical and Computational Chemists -- WATOC, 2014, Santiago, Chile. 10th Congress of the World Association of Theoretical and Computational Chemists -- WATOC, 2014.

25.
GUEDES, V. F. ; SILVA, D. O. ; ARANTES, G. M. . Investigating the reaction mechanisms for ligand exchange in diruthenium complexes with biomedical applications. In: 44a. Reunião da Sociedade Brasileira de Bioquímica, 2014, Foz do Iguaçu. 44a. Reunião da Sociedade Brasileira de Bioquímica, 2014.

26.
SAYEGH, R. S. R. ; TAMAKI, F. K. ; MARANA, S. R. ; SALINAS, ROBERTO K. ; ARANTES, G. M. . Improving the stability of Cdc25B for NMR measurements. In: 18th International Society of Magnetic Resonance Meeting - ISMAR 2013, 2013, Rio de janeiro. 18th International Society of Magnetic Resonance Meeting - ISMAR 2013, 2013.

27.
SOUZA, V. P. ; ARANTES, G. M. ; MARANA, S. R. . Study of the Correlation between Structural Network and Structural and Catalytic Properties of Beta-glucosidases. In: Reunião anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica,, 2013, Foz do Iguaçu. Reunião anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica,, 2013.

28.
ALVES, A. N. ; ARANTES, G. M. . The Role of Protein Flexibility in the Binding of Small Molecules. In: Reunião anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica,, 2013. Reunião anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica,, 2013.

29.
GALASSI, V. V. ; SILVA, J. P. V. C. ; ARANTES, G. M. . Accurate parametrization of ubiquinone to obtain a Charmm36 compatible model. In: XLII Annual Meeting of the Argentinean Biophysical Society, 2013, Córdoba. XLII Annual Meeting of the Argentinean Biophysical Society, 2013.

30.
ALVES, A. N. ; ARANTES, G. M. . Computational method to cluster complexes of small ligands and flexible proteins. In: XLI Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica, 2012, Foz do Iguaçu. XLI Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica, 2012.

31.
SAYEGH, R. S. R. ; TAMAKI, F. K. ; MARANA, S. R. ; SALINAS, R. K. ; ARANTES, G. M. . Purification and buffering conditions of Cdc25B for NMR data acquisition. In: XLI Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica, 2012, Foz do Iguaçu. XLI Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica, 2012.

32.
ARANTES, G. M.; FIELD, M. J. . Hybrid QC/MM simulations of metalloproteins with the pDynamo library. In: XXXVIII Congress of Theoretical Chemists of Latin Expression, 2012, Natal, RN. XXXVIII Congress of Theoretical Chemists of Latin Expression, 2012.

33.
ARANTES, G. M.. Modelling metalloproteins for bioenergetics. In: Modeling natural and artificial photosynthesis, 2011, Leiden. Lorentz Center, 2011.

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35.
ALVES, A. N. ; ARANTES, G. M. . A procedure to cluster complexes of small ligands and flexible proteins. In: XVI Simpósio Brasileiro de Química Teórica, 2011, Ouro Preto. XVI Simpósio Brasileiro de Química Teórica, 2011.

36.
ARANTES, G. M.; FIELD, M. J. . Hybrid QC/MM simulations of metalloenzymes. In: XVI Simpósio Brasileiro de Química Teórica, 2011, Ouro Preto. XVI Simpósio Brasileiro de Química Teórica, 2011.

37.
ARANTES, G. M.. Small molecule complexation to flexible proteins. In: CECAM ? Combining Experimental and Computational Techniques to Study Protein Behavior, 2011, Lugano, Suiça. CECAM ? Combining Experimental and Computational Techniques to Study Protein Behavior, 2011.

38.
IKEGAMI, C. M. ; ARANTES, G. M. ; MARANA, S. R. . Role of highly connected residues (hubs) of enzyme structural networks on the substrate specificity.. In: XL Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica, 2011, Foz do Iguaçu. XL Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica, 2011.

39.
ARANTES, G. M.. Towards spin-resolved simulation of polynuclear transition-metal complexes. In: Faraday Discussion 148: Spectroscopy, Theory and Mechanism in Bioinorganic Chemistry, 2010, Nottingham. Faraday Discussion 148, 2010.

40.
ARANTES, G. M.. Binding and catalysis to protein ensembles. In: XXXVIII Reunião anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica (SBBq), 2009, Águas de Lindóea. XXXVIII Reunião anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica (SBBq), 2009.

41.
ARANTES, G. M.. Inhibitor binding to a Cdc25 Phosphatase conformational ensemble. In: VIII European Symposium of The Protein Society, 2009, Zurich. VIII European Symposium of The Protein Society, 2009.

42.
ARANTES, G. M.. Multiconfigurational approximate treatment of super\-exchange and magnetic interactions in poly-nuclear metal complexes. In: XIII ICQC - International Congress of Quantum Chemistry, 2009, Helsinki. XIII ICQC - International Congress of Quantum Chemistry, 2009.

43.
ARANTES, G. M.. Multiconfigurational approximate treatment of superexchange and magnetic interactions in polynu- clear metal complexes. In: XV Simpósio Brasileiro de Química Teórica, 2009, Poços de Caldas. XV Simpósio Brasileiro de Química Teórica, 2009.

44.
ARANTES, G. M.. The general-acid in CDC25 dephosphorylation of its natural substrate, the protein complex Cdk2-pTpY/CycA. In: BioVision, 2008, Alexandria. BioVision - TWAS 2008, 2008.

45.
ARANTES, G. M.; RIBEIRO, M. C. C. . Computer simulations of nucleophilic reactions solvated by ionic liquids. In: 234 Encontro da American Chemical Society (ACS), 2007, Boston. ABSTRACTS OF PAPERS OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY, 2007. v. 234.

46.
ARANTES, G. M.. Free-energy profiles for catalysis by Dual-specificity Phosphatases. In: XXXV Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica, 2006, Águas de Lindóia. XXXV Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica, 2006.

47.
ARANTES, G. M.. Free-energy profiles for catalysis by dual-specificity Phosphatases. In: Per Siegbahn Conference, 2005, Stockholm. Per Siegbahn Conference, 2005.

48.
GONçALVES, L.M. ; KOBAYAKAWA, T.G. ; ARANTES, G. M. ; ZANETTE, D. ; CUCCOVIA, I. M. ; CHAIMOVICH, H. . Effect of hexadecyltrimethylammonium chloride micelles and dioctadecyldimethylammonium vesicles on the rate of p-Nitrophenyl diphenyl phosphate oximolysis. In: XXXIII Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica, 2004, Caxambu.. XXXV Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica, 2004.

49.
ARANTES, G. M.; CHAIMOVICH, H. ; LOOS, M. . Thiolysis of Phosphate esters and specific parameterization of semiempirical methods. In: Faraday Discussion 124: Quantum Inorganic Chemistry, 2003, York. Faraday Discussion 124, 2003.

50.
ARANTES, G. M.; DIAS, L. G. ; CHAIMOVICH, H. . New parameters for a simple and fast atomic charge model. In: Workshop in Molecular Modelling in Biophysics, a satellite meeting of the 2002 IUPAB International Biophysics Congress, 2002, Rio de Janeiro. Workshop in Molecular Modelling in Biophysics, a satellite meeting of the 2002 Workshop in Molecular Modelling in Biophysics, 2002.

51.
ARANTES, G. M.; CHAIMOVICH, H. ; LOOS, M. . Ab Initio Phosphate Ester Thiolysis in Gas-Phase. In: XI Simpósio Brasileiro de Química Teórica, 2001, Caxambu. XI Simpósio Brasileiro de Química Teórica, 2001.

52.
ARANTES, G. M.; CHAIMOVICH, H. ; CUCCOVIA, I. M. . Phosphate ester thiolysis in solution: A model for Acid Phosphate ester thiolysis in solution: A model for Acid Phosphatases. In: XXIX Reunião anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica, 2000, Caxambú. XXIX Reunião anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica, 2000.

53.
ARANTES, G. M.; CUCCOVIA, I. M. ; CHAIMOVICH, H. . Phosphate ester oximolysis and chemical warfare agents,. In: XXVII Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica, 1998, Caxambú. XXVII Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bio, 1998.

54.
ARANTES, G. M.; MARSON, G. A. ; SEOUD, O. A. E. . Derivatização de Celulose em meio homogêneo. In: IV Simpósio de Iniciação Científica da USP, 1996, Ribeirão Preto. IV Simpósio de Iniciação Científica da USP, 1996.


Produção técnica
Programas de computador sem registro
1.
ARANTES, G. M.. Extensão e adaptação de rotinas da biblioteca DYNAMO. 2007.

2.
ARANTES, G. M.. GA+Simplex , uma interface de otimização global e local. 2004.



Bancas



Participação em bancas de trabalhos de conclusão
Mestrado
1.
REBOREDO, E. H.; COSTA, M. G. S.; ARANTES, GUILHERME MENEGON. Participação em banca de David Leandro Palomino Salcedo. Simulações computacionais na proteína TM1030 da bactéria hipertermófila Thermotoga maritima. 2016. Dissertação (Mestrado em Fisica (Sc)) - Universidade de São Paulo.

2.
ARANTES, G. M.; SALINAS, ROBERTO K.; DIAS, L. Participação em banca de Ariane Nunes Alves. Um método computacional para estimar afinidades entre proteínas flexíveis e pequenos ligantes. 2013. Dissertação (Mestrado em Programa de pós-graduação em Bioquímica) - Instituto de Química da Universidade de São Paulo.

3.
DIAS, L; ALVES, N. A.; ARANTES, G. M.. Participação em banca de Paulo Siani. Estudo via dinâmica molecular dos compostos Azul de Metileno e 1,9-Dimetil Azul de Metileno em membrana modelo de POPC. 2013. Dissertação (Mestrado em Quimica - Universidade de São Paulo/FFCLRP) - Universidade de São Paulo.

Teses de doutorado
1.
Arantes, Guilherme M.; NETZ, P. A.; CAFFARENA, E. R.; MARANA, S. R.. Participação em banca de Ariane Nunes Alves. Simulação Computacional de Fenômenos Bioquímicos Raros por Métodos de Aumento de Amostragem. 2017. Tese (Doutorado em Bioquímica) - Instituto de Química da Universidade de São Paulo.

2.
NASCIMENTO, A. S.; GARRATT, R. G.; LEITAO, A.; MAGRO, A.; Arantes, Guilherme M.. Participação em banca de Amanda Souza Camara. Movimentos coletivos harmônicos, suas frequências e combinações lineares, na regulação de três proteínas: na transição alostérica da DEA, na ativação por redução da MosR e na ligação da ElrR ao DNA.. 2016. Tese (Doutorado em Doutorado em Fisica Aplicada - Instituto de Física de São Carlos/USP/SÃO CA) - Universidade de São Paulo.

3.
Arantes, Guilherme M.; FARAH, CHUCK S.; MARTINEZ, L.; ALMEIDA, F. C. L.. Participação em banca de Raphael Santa Rosa Sayegh. Flexibilidade conformacional do domínio catalítico completo da fosfatase Cdc25B. 2016. Tese (Doutorado em Bioquímica) - Instituto de Química da Universidade de São Paulo.

4.
FARAH, CHUCK S.; GUEIROS, F.; ARANTES, G. M.; Navarro M.V.A.S.; NAGEM, R.A.P.. Participação em banca de Raphael Dia Teixeira. Estudo de proteínas GGDEF-EAL em vias de sinalização de c-di-GMP em Xanthomonas citri subsp. citri. 2015. Tese (Doutorado em Bioquímica) - Universidade de São Paulo.

5.
APARICIO, R.; ARANTES, G. M.; Cordeiro AT; GOZZO, F. C.; Bassi ABMS. Participação em banca de Emanuella Maria Barreto Fonseca. Novos inibidores de LMW-PTP e CDC25B: Planejamento baseado em fragmentos moleculares com uso de métodos in silico, ensaios de inibição e cristalografia de proteínas.. 2015. Tese (Doutorado em Química) - Universidade Estadual de Campinas.

6.
PAPES, F.; MALNIC, B.; ULRICH, A. H.; COSTA-NETO, C. M.; ARANTES, G. M.. Participação em banca de Tiago Jonas de Almeida. Seleção de aptâmeros que se ligam ao receptor humano para o gosto doce. 2014. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo.

7.
MARANA, S. R.; ARANTES, G. M.; SILVA, A. M.; FERRO, E. S.; ENGLER, S. S. M.. Participação em banca de Tompson Eusébio Pavan Torres. Investigação do efeito da inibição da proteína fosfatase dual 3 (DUSP3) na proliferaçãao e reparo de DNA de células tumorais expostas a radiação ionizante. 2014. Tese (Doutorado em Bioquímica) - Universidade de São Paulo.

8.
TREPTOW, W.; ARANTES, G. M.; FRANCO, O. L.; BARBOSA, J.A.R.G.; BEIRAO, P. S. L.. Participação em banca de Cristiano Guimarães do Amaral Pinheiro. Mecanismo de ativação de canais iônicos dependentes de voltagem, Kv e Nav, e a interação com anestésicos gerais.. 2013. Tese (Doutorado em Programa de Pós-Graduação em Biologia Molecular) - Universidade de Brasília.

9.
TERRA, W. R.; ARAUJO, P. S.; ARANTES, G. M.; GUEDES, R. N. C.; SILVA FILHO, M. C.. Participação em banca de Fábio Kendi Tamaki. Serina proteinases digestivas de insetos-modelo. 2011. Tese (Doutorado em Bioquímica) - Instituto de Química da Universidade de São Paulo.

10.
FARAH, CHUCK S.; ARANTES, G. M.; GARRAT, R. C.; ARNI, R. K.; MARANA, S. R.. Participação em banca de Cristiane Rodrigues Guzzo. Estudo Estrutural e Funcional das proteínas PilZ e YaeQ do fitopatógeno Xanthomonas axonopodis pv citri. 2010. Tese (Doutorado em Bioquímica) - Instituto de Química da Universidade de São Paulo.




Eventos



Organização de eventos, congressos, exposições e feiras
1.
ARANTES, G. M.. Symposium: Combining experiments and modelling to understand biomolecules. 2016. (Congresso).

2.
ARANTES, G. M.; FIELD, M. J. ; WYMORE, T. . Workshop da biblioteca pDynamo e simpósio Molecular Simulation. 2013. (Outro).

3.
ARANTES, G. M.; SCHECHTMAN, D. ; SILVA, F. B. . Molecular Simulation and Systems Biology Symposium. 2012. (Outro).

4.
ARANTES, G. M.. Molecular Simulation Symposium. 2011. (Outro).

5.
ARANTES, G. M.. Symposium: Computational Biochemistry and Biophysics. 2011. (Congresso).

6.
ARANTES, G. M.. Molecular Simulation Symposium. 2010. (Outro).

7.
ARANTES, G. M.. Symposium: Computational Enzymology and Biochemistry. 2009. (Congresso).

8.
ARANTES, G. M.. Molecular Simulation Symposium. 2009. (Outro).



Orientações



Orientações e supervisões em andamento
Tese de doutorado
1.
Felipe Curtolo. Simulação computacional dos mecanismos de reação em quinol:fumarato redutases. Início: 2016. Tese (Doutorado em Bioquímica) - Instituto de Química da Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. (Orientador).

2.
Juliana Raw. Caracterização estrutural de proteínas modelo em presença de líquidos iônicos catiônicos. Início: 2016. Tese (Doutorado em Física) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. (Coorientador).

3.
Andre Anversa Oliveira Reis. Fosfatase Cdc25B: Simulação computacional de contatos transientes e da complexação com inibidores. Início: 2016. Tese (Doutorado em Bioquímica) - Instituto de Química da Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. (Orientador).

4.
Murilo Hoias Teixeira. Simulação computacional das metaloproteínas mitoNEET e citocromo bc1 e cálculo dos seus potenciais redox. Início: 2015. Tese (Doutorado em Bioquímica) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. (Orientador).

5.
Luís Henrique Ferreira de Moraes. Interações de metalofármacos de rutênio com biomoléculas-alvo de processos associados ao câncer. Início: 2014. Tese (Doutorado em Química) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. (Coorientador).

Iniciação científica
1.
Guilherme Duarte Laurindo de Souza. Simulação computacional de metaloenzimas envolvidas na respiração celular. Início: 2018. Iniciação científica (Graduando em Ciências Moleculares) - Universidade de São Paulo, Reitoria da USP. (Orientador).

2.
Sofia Rodrigues Guedes Camilo. Estudo teórico de reações de transferência de próton e elétron acopladas (PCET) envolvidas em processos bioenergéticos. Início: 2017. Iniciação científica (Graduando em Química) - Instituto de Química da Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. (Orientador).

Orientações de outra natureza
1.
Jessica Pereira Santos Silva. Comunicação e Divulgação Científica em Química e Bioquímica. Início: 2018. Orientação de outra natureza. Instituto de Química da Universidade de São Paulo. Reitoria da USP. (Orientador).


Orientações e supervisões concluídas
Dissertação de mestrado
1.
Bruna Franciele Faria. Estudo da interação entre o TCR e o pMHC através da dinâmica molecular. 2016. Dissertação (Mestrado em BIOQUÍMICA E BIOLOGIA MOLECULAR) - Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Coorientador: Guilherme Menegon Arantes.

2.
Ariane Nunes Alves. Um método computacional para estimar afinidades entre proteínas flexíveis e pequenos ligantes. 2013. Dissertação (Mestrado em Programa de pós-graduação em Bioquímica) - Instituto de Química da Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Orientador: Guilherme Menegon Arantes.

Tese de doutorado
1.
Ariane Nunes Alves. Simulação computacional dos caminhos de associação de pequenos ligantes a macromoléculas. 2017. Tese (Doutorado em Bioquímica) - Instituto de Química da Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Orientador: Guilherme Menegon Arantes.

2.
Raphael Santa Rosa Sayegh. Flexibilidade Conformacional do Domínio Catalítico da Fosfatase Cdc25B. 2016. Tese (Doutorado em Bioquímica) - Instituto de Química da Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Orientador: Guilherme Menegon Arantes.

3.
Luís Fernando Saraiva Macedo Timmers. Estudos in sílico e in vitro da enzima EPSP sintase de Mycobacterium tuberculosis. 2011. Tese (Doutorado em Biologia Celular e Molecular) - Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Coorientador: Guilherme Menegon Arantes.

Supervisão de pós-doutorado
1.
Vanesa V. Galassi. Computer simulations of cytochrome bc1 and of Cdc25B phosphatase with spectroscopical validation. 2016. Instituto de Química da Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Guilherme Menegon Arantes.

Iniciação científica
1.
Rodrigo Queiroz Yamagushi. Estudo teórico da oxidação de ubiquinol em modelos da citocromo bc1. 2017. Iniciação Científica. (Graduando em Química) - Instituto de Química da Universidade de São Paulo. Orientador: Guilherme Menegon Arantes.

2.
Murilo Teixeira Hoias. Estudo das interações de mieloperoxidases por métodos de cálculo de estrutura eletrônica. 2014. Iniciação Científica. (Graduando em Química) - Instituto de Química da Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Guilherme Menegon Arantes.

3.
Gustavo H. de Oliveira. Cálculo da Estrutura Eletrônica para Grupos Prostéticos Embebidos em Proteínas. 2012. Iniciação Científica. (Graduando em Química) - Instituto de Química da Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Guilherme Menegon Arantes.

4.
João Paulo Vasques Camargo da Silva. Estrutura eletrônica e simulação computacional de quinonas envolvidas em processos bioenergéticos. 2012. Iniciação Científica. (Graduando em Ciências Moleculares) - Universidade de São Paulo, Reitoria da USP. Orientador: Guilherme Menegon Arantes.

5.
Bruno Calado Ribeiro. Calibração de métodos semiempíricos para cálculo de estrutura eletrônica de complexos metálicos embebidos em proteínas usando algoritmos genéticos. 2009. Iniciação Científica. (Graduando em Física) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Guilherme Menegon Arantes.

6.
William Mizuta. Simulação computacional e visualisação da mobilidade estrutural do sítio-ativo de Fosfatases PTP1B e CDC25 livres e ligadas a inibidores. 2008. Iniciação Científica. (Graduando em Ciências Moleculares) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Guilherme Menegon Arantes.




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