Orzenil Bonfim da Silva Junior

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  • Última atualização do currículo em 28/09/2018


Possui graduação em Física e mestrado em Química pela Universidade de Brasília e doutorado em Ciências Genômicas pela Universidade Católica de Brasília. Na administração pública, atuou como consultor para a implantação de projetos de gestão do conhecimento, com foco em comunidades de prática, e também para ações de desenvolvimento de políticas e de programas na educação a distância e nas tecnologias educacionais junto a Secretaria de Estado de Educação do DF e a Secretaria de Educação a Distância/MEC. Atualmente é pesquisador da Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária onde realiza atividades de pesquisa na área de bioinformática aplicada a genoma com ênfase na integração de informações genéticas e genômicas em programa de melhoramento de espécies perenes. Atua principalmente no desenvolvimento de metodologias para a genotipagem em larga escala. Recentes projetos de pesquisa visam ao desenvolvimento de estratégias que tornem mais eficientes os processos de uso de recursos genéticos via aplicação de Seleção Genômica Ampla (SGA). (Texto informado pelo autor)


Identificação


Nome
Orzenil Bonfim da Silva Junior
Nome em citações bibliográficas
SILVA JUNIOR, O. B.;Silva-Junior, Orzenil B;Da Silva, Orzenil;Bonfim da Silva, Orzenil;Silva-Junior, Orzenil;Silva, Orzenil Bonfim;DA SILVA, ORZENIL BONFIM;SILVA-JUNIOR, ORZENIL BONFIM;SILVA-JUNIOR, ORZENIL B.;BONFIM, ORZENIL;SILVA, ORZENIL B.;SILVA JR., O.

Endereço


Endereço Profissional
Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária, Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia.
Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia - Parque Estação Biológica - PqEB s/n° - Av. W5 Norte (final)
ASA NORTE
70770-900 - Brasilia, DF - Brasil - Caixa-postal: 02372
Telefone: (61) 34484741


Formação acadêmica/titulação


2013 - 2017
Doutorado em Ciências Genômicas e Biotecnologia.
Universidade Católica de Brasília, UCB/DF, Brasil.
com período sanduíche em Lawrence Berkeley National Laboratory (Orientador: David M. Goodstein).
Título: Development and Application of High-throughput SNP Genotyping Technologies in Non-model Plant Genomes, Ano de obtenção: 2017.
Orientador: Dario Grattapaglia.
Palavras-chave: next-generation sequencing; single nucleotide polymorphism; Eucalyptus; molecular breeding; genetic diversity; Handroanthus impetiginosus.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra
Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Genética Quantitativa.
Grande Área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Probabilidade e Estatística / Subárea: Probabilidade e Estatística Aplicadas.
Setores de atividade: Pesquisa e desenvolvimento científico; Agricultura, Pecuária e Serviços Relacionados; Produção Florestal.
1995 - 1998
Mestrado em Química.
Universidade de Brasília, UnB, Brasil.
Título: Sobre a possibilidade do atomo fisico como referencia da teoria quantica - Perspectivas para pesquisa teorica em quimica,Ano de Obtenção: 1999.
Orientador: Edgardo Garcia.
Bolsista do(a): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, CNPq, Brasil.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra
Grande Área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Química / Subárea: Físico-Química.
Grande Área: Ciências Humanas / Área: Filosofia / Subárea: Epistemologia.
1988 - 1997
Graduação em Licenciatura em Física.
Universidade de Brasília, UnB, Brasil.
1988 - 1994
Graduação em Bacharelado em Física.
Universidade de Brasília, UnB, Brasil.
1992 - 1993
Curso técnico/profissionalizante.
Centro Nacional de Tecnologia em Saneamento, CETSAM, Brasil.




Formação Complementar


2014 - 2014
Summer Institute in Statistical Genetics. (Carga horária: 60h).
Luiz de Queiroz College of Agriculture, University of São Paulo, ESALQ, Brasil.
2010 - 2010
Identificação de Mutações Genômicas em Larga Escal. (Carga horária: 70h).
Universidade de São Paulo Campus Ribeirão Preto, USPRIBEIRÃOPRETO, Brasil.
2008 - 2008
Gestão do Conhecimento (em web). (Carga horária: 80h).
Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária, EMBRAPA, Brasil.
2008 - 2008
Noções e Aplicações em Bioinformática. (Carga horária: 40h).
Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária, EMBRAPA, Brasil.


Atuação Profissional



Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária, EMBRAPA, Brasil.
Vínculo institucional

2005 - Atual
Vínculo: Celetista, Enquadramento Funcional: Pesquisador A, Carga horária: 40

Atividades

11/2005 - Atual
Serviços técnicos especializados , Departamento de Pesquisa e Desenvolvimento, .

Serviço realizado
Desenvolvimento de sistema informatizado de informações de P&D; projeto de banco de dados; programação OpenACS/dotLRN.
07/2005 - Atual
Pesquisa e desenvolvimento , Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, .

03/2006 - 12/2006
Conselhos, Comissões e Consultoria, Departamento de Pesquisa e Desenvolvimento, .

Cargo ou função
Comissão para apresentar uma proposta de criação do "Sistema de Segurança de Informações da Embrapa, portaria Nº 1376, de 29.11.2005.

Universidade de Brasília, UnB, Brasil.
Vínculo institucional

1999 - 2000
Vínculo: Servidor Público, Enquadramento Funcional: Professor 3 Grau - Substituto, Carga horária: 40

Atividades

1999 - 2000
Ensino, Física, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Física 2 para Química
Física 1 Experimental
Física 1

Universidade Aberta do Distrito Federal, UNAB-DF, Brasil.
Vínculo institucional

1998 - 2001
Vínculo: Servidor Público, Enquadramento Funcional: Professor Nível 3, Carga horária: 40

Atividades

12/1997 - 04/1999
Extensão universitária , Universidade Aberta do Distrito Federal - DF, .

Atividade de extensão realizada
Coordenação da área de Física do segundo PróCiências.

Escola de Aperfeiçoamento dos Profissionais da Educação do DF, EAPE-DF, Brasil.
Vínculo institucional

2001 - 2002
Vínculo: Servidor Público, Enquadramento Funcional: Professor Nível 3, Carga horária: 40

Atividades

11/2001 - 05/2002
Outras atividades técnico-científicas , Escola de Aperfeiçoamento dos Profissionais da Educação do DF, Escola de Aperfeiçoamento dos Profissionais da Educação do DF.

Atividade realizada
Coordenação de cursos de atualização e capacitação de professores da rede pública de ensino do Distrito Federal.

Companhia de Águas e Esgotos de Brasília, CAESB, Brasil.
Vínculo institucional

1991 - 1995
Vínculo: Celetista formal, Enquadramento Funcional: Técnico em Saneamento, Carga horária: 40


Intertexto Gestão da Informação Estudos e Projeto, INTERTEXTO, Brasil.
Vínculo institucional

2002 - 2005
Vínculo: Celetista, Enquadramento Funcional: coordenador de tecnologia educacional, Carga horária: 40

Atividades

05/2002 - 01/2005
Serviços técnicos especializados , Intertexto Gestão da Informação Estudos e Projeto, .

Serviço realizado
Adequação de soluções em software livre para ambientes virtuais de aprendizagem para incorporação de padrões abertos da educação a distância e elearning baseado em plataforma dotLRN.
05/2002 - 01/2005
Outras atividades técnico-científicas , Intertexto Gestão da Informação Estudos e Projeto, Intertexto Gestão da Informação Estudos e Projeto.

Atividade realizada
Coordenação de equipe de desenvolvimento de software livre e open source com ênfase em ambientes virtuais de aprendizagem.


Linhas de pesquisa


1.
Genômica Computacional
2.
Bioinformática
3.
Genética e Melhoramento
4.
Métodos Quantitativos


Projetos de pesquisa


2015 - Atual
Melhoramento Genético do Cajueiro - Fase IV
Descrição: Os clones de cajueiro já gerados consolidou o mercado de amêndoa e alavancou a comercialização do pedúnculo. Também difundindo a cajucultura para além da zona de adaptação natural da planta no Brasil. O acirramento da competição de mercado, novas pragas e doenças as mudanças climáticas causam distúrbios que comprometem a sustentabilidade, gerando novas demandas para o melhoramento genético. O objetivo do projeto é gerar novos clones para diferentes ambientes de cultivo na região nordeste, com amêndoas e pedúnculos com a qualidade requerida pela indústria. Para isto, será Desenvolvida uma plataforma de genotipagem de SNPs , construídos validados modelos preditivos de Seleção Genômica Ampla e operacionalizada a técnica. Será sSequenciado o genoma completo do cajueiro e construído um mapa genético de alta densidade para o clone BRS 226; identificada fontes de resistência à traça-das-castanhas, lagarta saia-justa, pulgão da inflorescência e-ao complexo de percevejos, bem como fontes de resistência às principais doenças e implementar uma metodologia de screening para a-antracnose; e, obtidos novos híbridos e clones para diferentes ambientes.
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
2014 - Atual
Inovando o Melhoramento Genético do Café Robusta (Coffea canephora), por meio de Seleção Genômica Ampla: Prova de Conceito
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
2012 - 2015
Genômica aplicada ao melhoramento genético de Brachiaria ruziziensis visando o aumento da diversidade genética dos pastos brasileiros
Descrição: Desenvolver ferramentas genômicas para aplicação de seleção assistida por marcadores moleculares no programa de melhoramento genético de B. ruziziensis, criando uma dinâmica de enriquecimento da diversidade genética em nível diplóide, potencialmente útil para o melhoramento de espécies tetraplóides de Brachiaria..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
2012 - Atual
Internalização de novas tecnologias de genotipagem por sequenciamento (Genotyping-by-Sequencing) e aplicações no melhoramento e conservação genética de espécies florestais

Projeto certificado pelo(a) coordenador(a) Dario Grattapaglia em 27/07/2017.
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
2011 - 2014
Transcriptoma da interação Arachis silvestre-Meloidogyne
Descrição: O objetivo geral deste projeto é identificar e validar genes envolvidos com a resistência a M. arenaria em espécie de amendoim resistente (A. stenosperma) por varredura massal do transcriptoma da interação..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
2011 - Atual
Seleção Genômica Ampla (SGA) em Eucalyptus: desenvolvimento de modelos de SGA ultra-precoce de E. benthamii tolerante a geada

Projeto certificado pelo(a) coordenador(a) Dario Grattapaglia em 31/08/2012.
Descrição: O objetivo deste projeto é reunir as competências, tecnologias e recursos genéticos desenvolvidos por dois centros da Embrapa, Recursos Genéticos e Biotecnologia e Florestas, para desenvolver e validar modelos preditivos de seleção genômica ampla (SGA) para crescimento volumétrico, características fisicas e químicas da madeira e tolerância a geada em Eucalyptus benthamii..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
2009 - 2011
Desenvolvimento de ferramentas de bioinformática para detecção de SNPs e variantes estruturais a partir do re-seqüenciamento genômico de variedades de arroz tolerantes à seca
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
2008 - 2011
Genômica quantitativa da formação da madeira em Eucalyptus
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.


Áreas de atuação


1.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Bioinformática.
2.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Bioinformática/Especialidade: Genômica Computacional.
3.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Genética Quantitativa.


Idiomas


Português
Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.
Inglês
Compreende Razoavelmente, Fala Pouco, Lê Bem, Escreve Razoavelmente.


Prêmios e títulos


2008
Prêmio Ação Coletiva, Associação Software Livre.Org / Ministério do Planejamento.


Produções



Produção bibliográfica
Citações

Web of Science
Total de trabalhos:29
Total de citações:574
Fator H:11
Silva-Junior, Orzenil B  Data: 24/09/2018

SCOPUS
Total de trabalhos:20
Total de citações:590
Silva-Junior, Orzenil B.  Data: 28/09/2018

Outras
Total de trabalhos:54
Total de citações:871

Artigos completos publicados em periódicos

1.
11BUTLER, J.2018BUTLER, J. ; FREEMAN, J. ; POTTS, B. ; VAILLANCOURT, R. ; GRATTAPAGLIA, Dario ; SILVA JUNIOR, O. B. ; SIMMONS, B. ; HEALEY, A. ; SCHMUTZ, J. ; BARRY, K. ; LEE, D. ; HENRY, R. ; KING, G. ; BATEN, A. ; SHEPHERD, M. . Annotation of the Corymbia terpene synthase gene family shows broad conservation but dynamic evolution of physical clusters relative to Eucalyptus. Heredity, v. 1, p. 1, 2018.

2.
8SILVA-JUNIOR, ORZENIL B.2018SILVA-JUNIOR, ORZENIL B.; GRATTAPAGLIA, Dario ; NOVAES, Evandro ; COLLEVATTI, R. G. . Design and evaluation of a sequence capture system for genome-wide SNP genotyping in highly heterozygous plant genomes: a case study with a keystone Neotropical hardwood tree genome. DNA RESEARCH, v. 1, p. 1, 2018.

3.
6MULLER, B. S. F.2018MULLER, B. S. F. ; ALMEIDA FILHO, J. ; LIMA, B. M. ; MISSIAGGIA, A. ; AGUIAR, A. M. ; GARCIA, C. C. ; TAKAHASHI, E. ; KIRST, Matias ; GEZAN, S. ; SILVA-JUNIOR, ORZENIL B. ; NEVES, L. G. ; GRATTAPAGLIA, Dario . Independent and Joint-GWAS for growth traits in Eucalyptus by assembling genome-wide data for 3373 individuals across four breeding populations. NEW PHYTOLOGIST, v. 1, p. 1, 2018.

4.
27MIDORIKAWA, G. E.2018MIDORIKAWA, G. E. ; CORREA, C. L. ; NORONHA, E. F. ; FILHO, E. X. ; TOGAWA, ROBERTO C. ; Marcos M. do Carmo Costa ; SILVA-JUNIOR, ORZENIL B. ; GRYNBERG, P. ; MILLER, ROBERT NG . Analysis of the Transcriptome in Aspergillus tamarii During Enzymatic Degradation of Sugarcane Bagasse. FRONTIERS IN BIOENGINEERING AND BIOTECHNOLOGY, v. 6, p. 1, 2018.

5.
4RESENDE, RAFAEL TASSINARI2017RESENDE, RAFAEL TASSINARI ; RESENDE, MARCOS DEON VILELA ; SILVA, FABYANO FONSECA ; AZEVEDO, CAMILA FERREIRA ; TAKAHASHI, ELIZABETE KEIKO ; SILVA JUNIOR, O. B. ; GRATTAPAGLIA, Dario . Assessing the expected response to genomic selection of individuals and families in Eucalyptus breeding with an additive-dominant model. HEREDITY, v. 37, p. 2017.37, 2017.

6.
9SILVA-JUNIOR, ORZENIL B.2017SILVA-JUNIOR, ORZENIL B.; GRATTAPAGLIA, Dario ; NOVAES, Evandro ; COLLEVATTI, R. G. . Genome assembly of the Pink Ipê (Handroanthus impetiginosus, Bignoniaceae), a highly-valued ecologically keystone Neotropical timber forest tree. GigaScience, v. 1, p. gix125, 2017.

7.
5RESENDE, RAFAEL TASSINARI2016RESENDE, RAFAEL TASSINARI ; RESENDE, MARCOS DEON VILELA ; SILVA, FABYANO FONSECA ; AZEVEDO, CAMILA FERREIRA ; TAKAHASHI, ELIZABETE KEIKO ; SILVA-JUNIOR, ORZENIL BONFIM ; GRATTAPAGLIA, Dario . Regional heritability mapping and genome-wide association identify loci for complex growth, wood and disease resistance traits in Eucalyptus. New Phytologist (Print), v. 213, p. 1287-1300, 2016.

8.
25MILLER, R.N.G.2016MILLER, R.N.G. ; PASSOS, M.A.N. ; EMEDIATO, F.L. ; CRUZ, V.O. ; SILVA JR., O. ; FRANCO, O.L. ; OLIVEIRA-JUNIOR, N.G. . Gene expression and proteome analysis during the interaction. Acta Horticulturae, v. 1, p. 149-152, 2016.

9.
24MILLER, R.N.G.2016MILLER, R.N.G. ; EMEDIATO, F.L. ; SILVA JR., O. ; TOGAWA, R. . Development of microsatellite markers for genes related to defense responses in. Acta Horticulturae, v. 1, p. 91-94, 2016.

10.
2Silva-Junior, Orzenil B2015 Silva-Junior, Orzenil B; de FARIA, Danielle A. ; GRATTAPAGLIA, Dario . A flexible multi-species genome-wide 60K SNP chip developed from pooled resequencing of 240 tree genomes across 12 species. New Phytologist (Print), v. 1, p. n/a-n/a, 2015.

11.
22FONSECA, FERNANDO CAMPOS DE ASSIS2015FONSECA, FERNANDO CAMPOS DE ASSIS ; FIRMINO, ALEXANDRE AUGUSTO PEREIRA ; DE MACEDO, LEONARDO LIMA PEPINO ; COELHO, ROBERTA RAMOS ; ANTONINO DE SOUZA JR, JOSÉ DIJAIR ; Silva-Junior, Orzenil B ; TOGAWA, ROBERTO C. ; PAPPAS-JR, GEORGIOS JOANNIS ; GOIS, L. A. B. ; SILVA, MARIA CRISTINA MATTAR DA ; Maria de Fátima Grossi-de-Sá . Sugarcane Giant Borer Transcriptome Analysis and Identification of Genes Related to Digestion. Plos One, v. 10, p. e0118231, 2015.

12.
23BRASILEIRO, ANA C. M.2015BRASILEIRO, ANA C. M. ; MORGANTE, CAROLINA V. ; ARAUJO, ANA C. G. ; LEAL-BERTIOLI, SORAYA C. M. ; SILVA, AMANDA K. ; MARTINS, ANDRESSA C. Q. ; VINSON, CHRISTINA C. ; SANTOS, CANDICE M. R. ; BONFIM, ORZENIL ; TOGAWA, ROBERTO C. ; SARAIVA, MARIO A. P. ; BERTIOLI, DAVID J. ; GUIMARAES, PATRICIA M. . Transcriptome Profiling of Wild Arachis from Water-Limited Environments Uncovers Drought Tolerance Candidate Genes. Plant Molecular Biology Reporter, v. 1, p. 1, 2015.

13.
3SILVA-JUNIOR, ORZENIL BONFIM2015 SILVA-JUNIOR, ORZENIL BONFIM; GRATTAPAGLIA, Dario . Genome-wide patterns of recombination, linkage disequilibrium and nucleotide diversity from pooled resequencing and single nucleotide polymorphism genotyping unlock the evolutionary history of Eucalyptus grandis. New Phytologist (Print), p. n/a-n/a, 2015.

14.
12TELFER, E. J.2015TELFER, E. J. ; STOVOLD, G. ; LI, Y. ; Silva-Junior, Orzenil B ; GRATTAPAGLIA, Dario ; DUNGEY, H. . Parentage Reconstruction in Eucalyptus nitens Using SNPs and Microsatellite Markers: A Comparative Analysis of Marker Data Power and Robustness. Plos One, v. 10, p. e0130601, 2015.

15.
26GUIMARAES, PATRICIA M.2015GUIMARAES, PATRICIA M. ; GUIMARAES, LARISSA A. ; MORGANTE, CAROLINA V. ; SILVA, ORZENIL B. ; ARAUJO, ANA CLAUDIA G. ; MARTINS, ANDRESSA C. Q. ; SARAIVA, MARIO A. P. ; OLIVEIRA, THAIS N. ; TOGAWA, ROBERTO C. ; LEAL-BERTIOLI, SORAYA C. M. ; BERTIOLI, DAVID J. ; BRASILEIRO, ANA CRISTINA M. . Root Transcriptome Analysis of Wild Peanut Reveals Candidate Genes for Nematode Resistance. Plos One, v. 10, p. e0140937, 2015.

16.
1MYBURG, ALEXANDER A.2014 MYBURG, ALEXANDER A. GRATTAPAGLIA, Dario TUSKAN, GERALD A. HELLSTEN, UFFE HAYES, RICHARD D. GRIMWOOD, JANE JENKINS, JERRY LINDQUIST, ERIKA TICE, HOPE BAUER, DIANE GOODSTEIN, DAVID M. DUBCHAK, INNA POLIAKOV, ALEXANDRE MIZRACHI, ESHCHAR KULLAN, ANAND R. K. HUSSEY, STEVEN G. PINARD, DESRE VAN DER MERWE, KAREN SINGH, POOJA VAN JAARSVELD, IDA SILVA-JUNIOR, ORZENIL B. TOGAWA, ROBERTO C. PAPPAS, MARILIA R. FARIA, DANIELLE A. SANSALONI, CAROLINA P. , et al.PETROLI, CESAR D. YANG, XIAOHAN RANJAN, PRIYA TSCHAPLINSKI, TIMOTHY J. YE, CHU-YU LI, TING STERCK, LIEVEN VANNESTE, KEVIN MURAT, FLORENT SOLER, MARÇAL CLEMENTE, HÉLÈNE SAN SAIDI, NAIJIB CASSAN-WANG, HUA DUNAND, CHRISTOPHE HEFER, CHARLES A. BORNBERG-BAUER, ERICH KERSTING, ANNA R. VINING, KELLY AMARASINGHE, VINDHYA RANIK, MARTIN NAITHANI, SUSHMA ELSER, JUSTIN BOYD, ALEXANDER E. LISTON, AARON SPATAFORA, JOSEPH W. DHARMWARDHANA, PALITHA RAJA, RAJANI SULLIVAN, CHRISTOPHER ROMANEL, ELISSON ALVES-FERREIRA, MARCIO KÜLHEIM, CARSTEN FOLEY, WILLIAM CAROCHA, VICTOR PAIVA, JORGE KUDRNA, DAVID BROMMONSCHENKEL, SERGIO H. PASQUALI, GIANCARLO BYRNE, MARGARET RIGAULT, PHILIPPE TIBBITS, JOSQUIN SPOKEVICIUS, ANTANAS JONES, REBECCA C. STEANE, DOROTHY A. VAILLANCOURT, RENÉ E. POTTS, BRAD M. JOUBERT, FOURIE BARRY, KERRIE PAPPAS, Georgios J. STRAUSS, STEVEN H. JAISWAL, PANKAJ GRIMA-PETTENATI, JACQUELINE SALSE, JÉRÔME VAN DE PEER, YVES ROKHSAR, DANIEL S. SCHMUTZ, Jeremy ; The genome of Eucalyptus grandis. Nature (London), v. 510, p. 356-362, 2014.

17.
13GRATTAPAGLIA, Dario2014GRATTAPAGLIA, Dario ; MAMANI, EVA M.C. ; SILVA-JUNIOR, ORZENIL B. ; Faria, Danielle A . A novel genome-wide microsatellite resource for species of with linkage-to-physical correspondence on the reference genome sequence. Molecular Ecology Resources (Print), v. 1, p. n/a-n/a, 2014.

18.
17PASSOS, MARCO A2013PASSOS, MARCO A ; DE CRUZ, VIVIANE OLIVEIRA ; EMEDIATO, FLAVIA L ; DE TEIXEIRA, CRISTIANE CAMARGO ; AZEVEDO, VÂNIA C ; BRASILEIRO, ANA C ; AMORIM, EDSON P ; FERREIRA, CLAUDIA F ; MARTINS, NATALIA F ; Togawa, Roberto C ; Pappas, Georgios J ; DA SILVA, ORZENIL BONFIM ; MILLER, ROBERT NG . Analysis of the leaf transcriptome of Musa acuminata during interaction with Mycosphaerella musicola: gene assembly, annotation and marker development. BMC Genomics, v. 14, p. 78, 2013.

19.
14Magda A. Beneventi2013Magda A. Beneventi ; SILVA JUNIOR, O. B. ; Maria Eugénia L. de Sá ; Alexandre A. P. Firmino ; Regina M. S. Amorim ; ALBUQUERQUE, E. V. S. ; SILVA, M. C. M. ; SILVA, J. P. ; CAMPOS, M. A. ; LOPES, M. J. C. ; TOGAWA, R. C. ; PAPPAS, Georgios J. ; Maria de Fátima Grossi-de-Sá . Transcription profile of soybean-root-knot nematode interaction reveals a key role of phythormones in the resistance reaction. BMC Genomics, v. 14, p. 322, 2013.

20.
16PASSOS, MARCO A2013PASSOS, MARCO A ; EMEDIATO, FLAVIA L ; CRUZ, V. ; DE TEIXEIRA, CRISTIANE CAMARGO ; Lucio F. de Alencar Figueiredo ; MARTINS, NATALIA F ; TOGAWA, R. C. ; Marcos M. do Carmo Costa ; SILVA JUNIOR, O. B. ; PAPPAS, Georgios J. ; MILLER, ROBERT NG . UNDERSTANDING PLANT IMMUNITY: TRANSCRIPTOME PROFILING IN MUSA-PATHOGEN INTERACTIONS USING NEXT GENERATION SEQUENCING. Acta Horticulturae, p. 227-240, 2013.

21.
18DE CRUZ, VIVIANE OLIVEIRA2013DE CRUZ, VIVIANE OLIVEIRA ; AZEVEDO, VÂNIA C ; PAPPAS, Georgios J. ; Silva-Junior, Orzenil B ; MILLER, ROBERT NG . SSR MINING IN 454 TRANSCRIPTOME SEQUENCING-DERIVED MUSA ACUMINATE UNIGENES. Acta Horticulturae, p. 247-250, 2013.

22.
20FIRMINO, ALEXANDRE AUGUSTO PEREIRA2013FIRMINO, ALEXANDRE AUGUSTO PEREIRA ; FONSECA, FERNANDO CAMPOS DE ASSIS ; DE MACEDO, LEONARDO LIMA PEPINO ; COELHO, ROBERTA RAMOS ; ANTONINO DE SOUZA JR, JOSÉ DIJAIR ; TOGAWA, ROBERTO COITI ; SILVA-JUNIOR, ORZENIL BONFIM ; PAPPAS-JR, GEORGIOS JOANNIS ; SILVA, MARIA CRISTINA MATTAR DA ; ENGLER, GILBERT ; GROSSI-DE-SA, MARIA FATIMA . Transcriptome Analysis in Cotton Boll Weevil (Anthonomus grandis) and RNA Interference in Insect Pests. Plos One, v. 8, p. e85079, 2013.

23.
15PM Guimaraes2012PM Guimaraes ; ACM Brasileiro ; CV Morgante ; Andressa CQ Martins ; Pappas, Georgios J ; Bonfim da Silva, Orzenil ; TOGAWA, Roberto ; SCM Leal-Bertioli ; Araujo, Ana CG ; Marcio CM Moretzsohn ; DJ Bertioli . Global transcriptome analysis of two wild relatives of peanut under drought and fungi infection. BMC Genomics, v. 13, p. 387, 2012.

24.
19Marco A.N. Passos2012Marco A.N. Passos ; CRUZ, V. ; EMEDIATO, F. ; TEIXEIRA, C. ; SOUZA JUNIOR, M. ; MATSUMOTO, T. ; AZEVEDO, V. ; FERREIRA, C. ; AMORIM, E. ; Lucio F. de Alencar Figueiredo ; NF Martins ; CAVALCANTE, M. ; BAURENS, F. ; Silva-Junior, Orzenil ; PAPPAS, Georgios J. ; PIGNOLET, L. ; ABADIE, C. ; CIAMPI, A. ; PIFFANELLI, P. ; RNG Miller . Development of expressed sequence tag and EST-SSR marker resources for Musa acuminata. AOB Plants, v. 1, p. pls030v1-pls030, 2012.

25.
10Petroli, César2012Petroli, César ; Sansaloni, Carolina ; Carling, Jason ; Steane, Dorothy A ; Vaillancourt, René E ; Myburg, Alexander A ; Silva-Junior, Orzenil B ; PAPPAS, Georgios J. ; Kilian, Andrzej ; GRATTAPAGLIA, Dario . Genomic characterization of DArT markers based on high-density linkage analysis and physical mapping to the Eucalyptus genome. Plos One, v. 7, p. e44684, 2012.

26.
7GRATTAPAGLIA, Dario2011 GRATTAPAGLIA, Dario ; SILVA JUNIOR, O. B. ; KIRST, Matias ; de Lima, Bruno ; Faria, Danielle A ; Pappas, Georgios J . High-throughput SNP genotyping in the highly heterozygous genome of Eucalyptus: assay success, polymorphism and transferability across species. BMC Plant Biology (Online), v. 11, p. 65, 2011.

27.
21FERREIRA, M. E.2011FERREIRA, M. E. ; PAPPAS-JR, GEORGIOS JOANNIS ; Martins, Alexandre M. ; Pedro Ítalo Tanno ; Marco Pessoa-Filho ; Togawa, Roberto C ; SILVA JUNIOR, O. B. ; Paulo H. N. Rangel . Genomic analysis in the study of drought tolerance using recombinant inbred lines and recurrent selection. Documentos - Embrapa Arroz e Feijão, v. 265, p. 76-82, 2011.

Capítulos de livros publicados
1.
SILVA JUNIOR, O. B.; SANTORI, R. T. ; MATTOS, M. . Vida e natureza. A percepção do ambiente.. In: Mindé Badaui Menezes; Wilsa Maria Ramos. (Org.). Coleção Magistério. 1ed.Brasilia: MEC. FUNDESCOLA, 2000, v. 3, p. 63-76.

2.
SILVA JUNIOR, O. B.; SANTORI, R. T. ; MATTOS, M. . Vida e Natureza. Transformações da matéria e da energia no ambiente.. In: Mindé Badauy Menezes; Wilsa Maria Ramos.. (Org.). Coleção Magistério. 1ed.Brasilia: MEC. Fundescola, 2000, v. 1, p. 71-85.

3.
SILVA JUNIOR, O. B.; SANTORI, R. T. ; MATTOS, M. . Vida e Natureza. Saúde como indicador da qualidade ambiental.. In: Mindé Badauy Menezes; Wilsa Maria Ramos.. (Org.). Coleção Magistério. 1ed.Brasilia: MEC. FUNDESCOLA, 2000, v. 8, p. 61-77.

Resumos expandidos publicados em anais de congressos
1.
CARNEIRO, F. A. ; REGO, E. C. S. ; AQUINO, S. O. ; COSTA, T. S. ; LIMA, E. A. ; ROCHA, O. C. ; RODRIGUES, G. C. ; CARVALHO, M. A. F. ; MARRACCINI, P. ; BARTHOLO, G. F. ; GUERRA, A. F. ; SILVA-JUNIOR, ORZENIL B. ; GRATTAPAGLIA, Dario ; ANDRADE, A. C. . Estrutura e diversidade genética de uma população de Coffea canephora conilon utilizando marcadores SNPs identificados por nextRAD. In: IX Simpósio de Pesquisa dos Cafés do Brasil, 2015, Curitiba. SPCB (9. : 2015 : Curitiba, PR) ? Resumos Expandidos, 2015.

2.
RNG Miller ; Marco A.N. Passos ; EMEDIATO, F. ; Cristiane de Camargo Teixeira ; SILVA JUNIOR, O. B. ; PAPPAS, Georgios J. . Gene expression analysis in Musa acuminata-Mycosphaerella interactions. In: 45o Congresso Brasileiro de Fitopatologia, 2012, Manaus. Tropical Plant Pathology (Impresso). Brasilia: Sociedade Brasileira de Fitopatologia, 2012. v. 4.

3.
Pappas, Georgios ; de Alencar, Sergio ; Silva-Junior, Orzenil B ; Togawa, Roberto C ; Pappas, Marilia CR ; GRATTAPAGLIA, Dario . Eucalyptus research in the post-genome era. In: IUFRO Tree Biotechnology Conference 2011: From Genomes to Integration and Delivery, 2011, Arraial d'Ajuda. IUFRO Tree Biotechnology Conference 2011: From Genomes to Integration and Delivery.

4.
Silva-Junior, Orzenil B; Rosado, Tatiana B ; Laviola, Bruno G ; Pappas, Marilia R ; Pappas, Georgios J ; GRATTAPAGLIA, Dario . Genome-wide SNP discovery from a pooled sample of accessions of the biofuel plant Jatropha curcas based on whole-transcriptome Illumina resequencing. In: IUFRO Tree Biotechnology Conference 2011: From Genomes to Integration and Delivery, 2011, Arraial d'Ajuda. IUFRO Tree Biotechnology Conference 2011: From Genomes to Integration and Delivery.

5.
Sansaloni, Carolina ; Petroli, César ; Pappas, Georgios ; Da Silva, Orzenil ; GRATTAPAGLIA, Dario . How many genes might underlie QTLs for growth and wood quality traits in Eucalyptus?. In: IUFRO Tree Biotechnology Conference 2011: From Genomes to Integration and Delivery, 2011, Arraial d'Ajuda. IUFRO Tree Biotechnology Conference 2011: From Genomes to Integration and Delivery.

6.
Petroli, César ; Sansaloni, Carolina ; Carling, Jason ; Mamani, Eva M C ; Steane, Dorothy A ; Myburg, Alexander A ; Vaillancourt, René E ; Kilian, Andrzej ; Pappas, Georgios J ; Bonfim da Silva, Orzenil ; GRATTAPAGLIA, Dario . Genomic characterization, high-density mapping and anchoring of DArT markers to the reference genome of Eucalyptus. In: IUFRO Tree Biotechnology Conference 2011: From Genomes to Integration and Delivery, 2011, Arraial d'Ajuda. IUFRO Tree Biotechnology Conference 2011: From Genomes to Integration and Delivery.

7.
Lima, Bruno ; Silva-Junior, Orzenil B ; Faria, Danielle A ; Mamani, Eva MC ; Pappas, Georgios J ; GRATTAPAGLIA, Dario . Assessment of SNPs for linkage mapping in Eucalyptus: construction of a consensus SNP/microsatellite map from two unrelated pedigrees. In: IUFRO Tree Biotechnology Conference 2011: From Genomes to Integration and Delivery, 2011, Arraial d'Ajuda. IUFRO Tree Biotechnology Conference 2011: From Genomes to Integration and Delivery, 2011.

8.
Alencar, Sérgio ; Silva-Junior, Orzenil ; TOGAWA, Roberto ; Costa, Marcos ; Revers, Luís ; Pappas, Georgios . SNP discovery in apple cultivars using next generation sequencing. In: IUFRO Tree Biotechnology Conference 2011: From Genomes to Integration and Delivery, 2011, Arraial d'Ajuda. IUFRO Tree Biotechnology Conference 2011: From Genomes to Integration and Delivery.

Resumos publicados em anais de congressos
1.
GRATTAPAGLIA, Dario ; SILVA JUNIOR, O. B. ; RESENDE, L. V. ; SILVA, P. I. T. . A Five-Species 50K Axiom SNP Microarray Allows High Quality Genotyping of Coffee, Cashew, Cassava, Brazilian Pine and Eucalyptus. In: Plant & Animal Genome XXV, 2017, San Diego, CA, USA. Plant & Animal Genome XXV, 2017.

2.
BUTLER, J. B. ; FREEMAN, J. S. ; POTTS, BRAD M. ; VAILLANCOURT, RENÉ E. ; GRATTAPAGLIA, Dario ; SILVA JUNIOR, O. B. ; SIMMONS, B. ; SCHMUTZ, Jeremy ; BARRY, K. W. ; LEE, D. J. ; HEALEY, A. ; FURTADO, A. ; HENRY, R. J. ; BATEN, A. ; KING, G. J. ; SHEPHERD, M. . Comparative Analysis of the Terpene Synthase Gene Family Between Eucalyptus and Corymbia. In: Plant & Animal Genome XXV, 2017, San Diego, CA, USA. Plant & Animal Genome XXV, 2017.

3.
ANDRADE, A. C. ; SILVA JUNIOR, O. B. ; CARNEIRO, F. A. ; MARRACCINI, P. ; GRATTAPAGLIA, Dario . Towards GWAS and Genomic Prediction in Coffee: Development and Validation of a 26K SNP Chip for Coffea canephora. In: Plant & Animal Genome XXV, 2017, San Diego, CA, USA. Plant & Animal Genome XXV, 2017.

4.
MULLER, B. S. F. ; NEVES, L. G. ; LIMA, B. M. ; GARCIA, C. C. ; MISSIAGGIA, A. ; AGUIAR, A. M. ; TAKAHASHI, E. K. ; SILVA JUNIOR, O. B. ; KIRST, Matias ; GRATTAPAGLIA, Dario . Joint GWAS Analysis for Growth Traits Across Four Eucalyptus Breeding Populations. In: Plant & Animal Genome XXV, 2017, San Diego, CA, USA. Plant & Animal Genome XXV, 2017.

5.
SILVA JUNIOR, O. B.; RESENDE, L. V. ; VIDAL, R. F. ; BORDALLO, P. N. ; SILVA, P. I. T. ; MELO, D. S. ; TOGAWA, ROBERTO C. ; GRATTAPAGLIA, Dario . A Chromosome-Scale Assembly of the Cashew Tree Genome: Leveraging the Combined Power of PacBio, DNA-Chromatin Proximity Ligation and SNP Linkage Maps. In: Plant & Animal Genome XXV, 2017, San Diego, CA, USA. Plant & Animal Genome XXV, 2017.

6.
SHEPHERD, M. ; BARRY, K. W. ; BATEN, A. ; BUTLER, J. ; FREEMAN, J. S. ; FURTADO, A. ; GRATTAPAGLIA, Dario ; HEALEY, A. ; HENRY, R. J. ; KING, G. J. ; LEE, D. ; POTTS, B. M. ; SCHMUTZ, J. ; SILVA JUNIOR, O. B. ; SIMMONS, B. ; VAILLANCOURT, R. . Spotting the Difference: Comparing the Genome of Corymbia with its Larger Cousin Eucalyptus grandis. In: Plant & Animal Genome XXIV, 2016, San Diego, CA, USA. Plant & Animal Genome XXIV, 2016.

7.
SILVA JUNIOR, O. B.; BORDALLO, P. N. ; VIDAL, R. F. ; MELO, D. S. ; GRATTAPAGLIA, Dario . A Draft Genome Sequence for the Cashew Tree (Anacardium occidentale) Based on High Coverage Pacbio Sequencing. In: Plant & Animal Genome XXIV, 2016, San Diego, CA, USA. Plant & Animal Genome XXIV, 2016.

8.
SILVA JUNIOR, O. B.; GRATTAPAGLIA, Dario . A New Look at Population Recombination and Linkage Disequilibrium in Forest Trees from Genome-Wide SNP Data in Eucalyptus and its Relevance to Molecular Breeding. In: Plant & Animal Genome XXIV, 2016, San Diego, CA, USA. Plant & Animal Genome XXIV, 2016.

9.
LIMA, B. M. ; GARCIA, C. ; ALMEIDA, A. ; SILVA-JUNIOR, ORZENIL B. ; VENCOVSKY, R. ; MANSFIELD, S. D. ; GRATTAPAGLIA, Dario . Genome-Wide Prediction of Individual Tree Ranking for Growth, Chemical and Physical Wood Properties in Eucalyptus based on High-Density SNP Data from the EUChip60K. In: Plant & Animal Genome XXIII, 2015, San Diego, CA. Plant & Animal Genome XXIII Conference Program, 2015.

10.
SILVA-JUNIOR, ORZENIL B.; de FARIA, Danielle A. ; GRATTAPAGLIA, Dario . Genome-Wide Patterns of Recombination, Nucleotide Diversity and Linkage Disequilibrium in Eucalyptus from High Density SNP Genotyping and Pooled Whole-Genome Resequencing. In: Plant & Animal Genome XXIII, 2015, San Diego, CA. Plant & Animal Genome XXIII Conference Program, 2015.

11.
MILLER, R. N. G. ; EMEDIATO, FLAVIA L ; TOGAWA, R. C. ; Silva-Junior, Orzenil B . Microsatellite Marker Development for Genes Related to Defense Responses in Musa acuminata. In: Plant & Animal Genome XXIII, 2015, San Diego, CA. Plant & Animal Genome XXIII Conference Program, 2015.

12.
SILVA-JUNIOR, ORZENIL B.; GRATTAPAGLIA, Dario ; NOVAES, Evandro ; COLLEVATTI, R. G. . The Draft Genome Sequence of Tabebuia impetiginosa, an Ecologically Keystone High Value Timber Species of the American Neotropics. In: Plant & Animal Genome XXII, 2014, San Diego, CA. Plant and Animal Genome, 2014.

13.
ALVES-FREITAS, D. ; SILVA-JUNIOR, ORZENIL B. ; Kilian, Andrzej ; GRATTAPAGLIA, Dario . Anchoring 323 Mbp of the Pinus taeda Genome Assembly v1.01 to a Single-Tree Sub-Centimorgan Genetic Map of 2,469 DArT-Seq Markers and Microsatellites. In: Plant & Animal Genome XXII, 2014, San Diego, CA. Plant and Animal Genome, 2014.

14.
SILVA-JUNIOR, ORZENIL B.; FARIA, DANIELLE A. ; TOGAWA, ROBERTO C. ; GRATTAPAGLIA, Dario . Multi-Species SNP Discovery from 240 Eucalyptus Resequenced Genomes: Development and Validation of a Eucalyptus 60,000 SNP Chip, the 'EucHIP60k.BR'. In: Plant & Animal Genome XXII, 2014, San Diego, CA. Plant and Animal Genome, 2014.

15.
FARIA, DANIELLE A. ; SILVA-JUNIOR, ORZENIL B. ; TOGAWA, ROBERTO C. ; GRATTAPAGLIA, Dario . Performance and Applications of the 'EucHIP60K.BR' for High Throughput Genotyping Across Thirteen Species of Eucalyptus. In: Plant & Animal Genome XXII, 2014, San Diego, CA. Plant and Animal Genome, 2014.

16.
SILVA, MARIA CRISTINA MATTAR DA ; DE MACEDO, LEONARDO LIMA PEPINO ; FIRMINO, ALEXANDRE AUGUSTO PEREIRA ; COELHO, ROBERTA RAMOS ; FONSECA, FERNANDO CAMPOS DE ASSIS ; ANTONINO DE SOUZA JR, JOSÉ DIJAIR ; TOGAWA, Roberto ; SILVA JUNIOR, O. B. ; PAPPAS, Georgios J. ; GROSSI-DE-SA, MARIA FATIMA . Strategy Aiming Insect Pest Control: Anthonomus grandis Transcriptome and Functional Evaluation of Candidate Genes Using RNA Interference. In: Plant & Animal Genome XXII, 2014, San Diego, CA. Plant and Animal Genome, 2014.

17.
EMEDIATO, FLAVIA L ; DE CRUZ, VIVIANE OLIVEIRA ; BRASILEIRO, A. C. M. ; TOGAWA, R. C. ; Silva-Junior, Orzenil B ; MILLER, ROBERT NG . Expression Analysis of R Gene-Mediated Defense Response Genes Identified in Leaf Transcriptome Sequences of Musa acuminata During Interaction with Mycosphaerella musicola. In: International Plant and Animal Genome XXI Conference, 2013, San Diego, CA. International Plant and Animal Genome XXI Conference, 2013.

18.
CARNEIRO, V. T. C. ; Silva-Junior, Orzenil B ; SILVEIRA, E. D. ; ARRAIS, L. ; Marcos M. do Carmo Costa ; TOGAWA, R. C. ; RODRIGUES, J. C. M. ; LACERDA, A. L. M. ; DUSI, D. M. A. ; ALVES-FERREIRA, M. ; IRSIGLER, A. ; PAPPAS, Georgios J. . Deep Sequencing-Based Transcriptome of Brachiaria brizantha Ovaries as a Tool for Development Studies of Sexual and Apomictic Plants. In: International Plant & Animal Genome XXI, 2013, San Diego, CA. International Plant & Animal Genome XXI / January 12-16, 2013, 2013, San Diego, CA, USA, 2013.

19.
Magda A. Beneventi ; SILVA JUNIOR, O. B. ; Maria Eugénia L. de Sá ; Alexandre A. P. Firmino ; Regina M. S. Amorim ; ALBUQUERQUE, E. V. S. ; SILVA, M. C. M. ; Maria de Fátima Grossi-de-Sá . Transcription profile of soybean-root-knot nematode interaction reveals a key role of phythormones in the resistance reaction. In: IV SIMPÓSIO BRASILEIRO DE GENÉTICA MOLECULAR DE PLANTAS, 2013, Bento Gonçalves ? RS. IV SIMPÓSIO BRASILEIRO DE GENÉTICA MOLECULAR DE PLANTAS (SBGMP). Ribeirão Preto - SP: SOCIEDADE BRASILEIRA DE GENÉTICA, 2013.

20.
Silva-Junior, Orzenil B; de FARIA, Danielle A. ; TOGAWA, R. C. ; GRATTAPAGLIA, Dario . The EucHIP60K.br to boost genome-wide prediction of complex phenotypes in Eucalyptus. In: Workshop on Biotic and Abiotic Stress Tolerance in Plants: the Challenge for the 21st Century, 2013, Ilhéus-Bahia, Brazil. Book of Abstracts Workshop on Biotic and Abiotic Stress Tolerance in Plants: the Challenge for the 21st Century, 2013. p. 27-28.

21.
Magda A. Beneventi ; Silva-Junior, Orzenil B ; Maria Eugénia L. de Sá ; Alexandre A. P. Firmino ; Regina M. S. Amorim ; ALBUQUERQUE, E. V. S. ; SILVA, M. C. M. ; SILVA, J. P. ; CAMPOS, M. A. ; LOPES, M. J. C. ; TOGAWA, Roberto ; PAPPAS, Georgios J. ; Maria de Fátima Grossi-de-Sá . Soybean molecular resistance responses to Meloidogyne javanica. In: Workshop on Biotic and Abiotic Stress Tolerance in Plants: the Challenge for the 21st Century, 2013, Ilhéus-Bahia, Brazil. Book of Abstracts Workshop on Biotic and Abiotic Stress Tolerance in Plants: the Challenge for the 21st Century, 2013. v. 16. p. 15.

22.
ACM Brasileiro ; CV Morgante ; SCM Leal-Bertioli ; SANTOS, C. M. ; Araujo, Ana CG ; Pappas, Georgios J ; Bonfim da Silva, Orzenil ; Felipe Rodrigues da Silva ; Amanda K Silva ; Andressa CQ Martins ; DJ Bertioli ; PM Guimaraes . Transcriptome Survey of Wild Peanut Relatives for Discovery of Drought-Responsive Genes. In: Plant & Animal Genome XX, 2012, San Diego, CA. International Plant and Animal Genome XX Conference, 2012.

23.
GUIMARAES, P. M. ; MORGANTE, C. V. ; PA Roberts ; Silva-Junior, Orzenil B ; ARRAIS, L. ; SCM Leal-Bertioli ; Araujo, Ana CG ; Marcio CM Moretzsohn ; BERTIOLI, D. J. ; ACM Brasileiro . Gene expression revealed during the interaction of resistant Arachis stenosperma and Meloidogyne arenaria. In: VI international Congress on Legume Genetics and Genomics (ICLGG), 2012, Hyderabad. VI ICLGG Programme & Abstract Book, 2012. p. S-PAD04.

24.
ACM Brasileiro ; MORGANTE, C. V. ; SCM Leal-Bertioli ; ARAUJO, A. C. G. ; Pappas, Georgios ; Silva-Junior, Orzenil B ; Amanda K Silva ; BERTIOLI, D. J. ; GUIMARAES, P. M. . Transcriptome analysis in response to gradual water deficit in Arachis wild relatives. In: VI international Congress on Legume Genetics and Genomics (ICLGG, 2012, Hyderabad. VI ICLGG Programme & Abstract Book, 2012. p. P-ABS06.

25.
CARNEIRO, V. T. C. ; Silva-Junior, Orzenil B ; SILVEIRA, E. D. ; ARRAIS, L. ; Marcos M. do Carmo Costa ; Togawa, Roberto C ; RODRIGUES, J. C. M. ; LACERDA, A. L. M. ; DUSI, D. M. A. ; Márcio Elias Ferreira ; PAPPAS, Georgios J. . MOLECULAR ANALYSES OF EMBRYO SAC DEVELOPMENT IN SEXUAL AND APOMICTIC PLANTS OF BRACHIARIA. In: XV Congresso Latinoamericano de Genetica, 2012, Rosario. Journal of Basic & Applied Genetics. Buenos Aires: Sociedad Argentina de Genética, 2012. v. XXIII. p. 62.

26.
Marco A.N. Passos ; Pappas, Georgios J ; SILVA JUNIOR, O. B. ; EMEDIATO, F. ; Cristiane de Camargo Teixeira ; RNG Miller . Identificação e caracterização de components genéticos de resistência a Mycosphaerella musicola em Musa acuminata. In: 45 CONGRESSO BRASILEIRO DE FITOPATOLOGIA, 2012, Manaus. Tropical Plant Pathology (Impresso). Viçosa-MG: Sociedade Brasileira de Fitopatologia, 2012. v. 37.

27.
LIMA, P. S. ; Lucio F. de Alencar Figueiredo ; PAPPAS, Georgios J. ; TOGAWA, R. C. ; FELIX, C. R. ; SOUSA, M. V. ; Marcos M. do Carmo Costa ; Silva-Junior, Orzenil B ; NORONHA, E. F. . Genomic analysis of Clostridium thermocellum from the rumen of goats. In: 4º Congresso Brasileiro de Biotecnologia, 2012, Guarujá-SP. 4º Congresso Brasileiro de Biotecnologia (2012), 2012, Guarujá-SP, 2012.

28.
Silva-Junior, Orzenil B; de FARIA, Danielle A. ; LIMA, B. M. ; Leonardo C Queiroz ; PAPPAS, Georgios J. ; GRATTAPAGLIA, Dario . An Initial Set Of 768 SNPs For The Highly Heterozygous Eucalyptus Genome: Inter-Specific Transferability, Fingerprinting Power And A SNP/SSR Consensus Linkage Map. In: Plant & Animal Genomes XIX Conference, 2011, San Diego. PAG-XIX Abstracts, 2011.

29.
Robert N.G. Miller ; Marco A.N. Passos ; Cristiane de Camargo Teixeira ; Lucio F. de Alencar Figueiredo ; TOGAWA, Roberto ; Silva-Junior, Orzenil B ; Marcos M. do Carmo Costa ; Pappas, Georgios J . Gene Expression Analysis During Host-Pathogen Interactions In Musa acuminata Cultivars Contrasting In Resistance To Mycosphaerella Leaf Spot Diseases. In: Plant & Animal Genomes XIX Conference, 2011, San Diego. PAG-XIX Abstracts, 2011.

30.
PM Guimaraes ; ACM Brasileiro ; CV Morgante ; PA Roberts ; PAPPAS, Georgios J. ; Silva-Junior, Orzenil B ; SCM Leal-Bertioli ; A Martins ; DJ Bertioli . Global transcriptome analysis of peanut wild species under biotic and abiotic stress. In: 5 th International Conference of the Peanut Research Community, 2011, Brasilia. Advances in Arachis through Genomics and Biotechnology (AAGB-2011), 2011. p. 33-33.

31.
ACQ Martins ; CV Morgante ; AK Silva ; IC Galhardo ; PAPPAS, Georgios J. ; Silva-Junior, Orzenil B ; SCM Leal-Bertioli ; DJ Bertioli ; RNG Miller ; ACM Brasileiro ; PM Guimaraes . Large scale transcriptome analysis of wild peanut (Arachis stenosperma) inoculated with Passalora personata, the causal agent of Late Leaf Spot. In: 5 th International Conference of the Peanut Research Community, 2011, Brasilia. Advances in Arachis through Genomics and Biotechnology (AAGB-2011), 2011. p. 76-76.

32.
Maria de Fátima Grossi-de-Sá ; SILVA JUNIOR, O. B. ; Maria Eugénia L. de Sá ; Regina M. S. Amorim ; Alexandre A. P. Firmino ; Magda A. Beneventi ; Pappas, Georgios J ; Togawa, Roberto C . Global transcript profiling and comparative expression analysis of Meloidogyne javanica infecting soybean (Glycine max) using 454 pyrosequencing. In: XLIII Onta Annual Meeting, 2011, Coimbra, Portugal. XLIII Onta Annual Meeting Abstract Book, 2011.

33.
BERGMANN, J. C. ; BOARI, A. J. ; KRUG, R. H. ; TAVARES, P. ; Togawa, Roberto C ; SILVA JUNIOR, O. B. ; PAPPAS, Georgios J. ; QUIRINO, B. F. . New strategies to look at old problems: fatal yellowing in palm oil tree.. In: BRAZILIAN BIOENERGY SCIENCE AND TECHNOLOGY CONFERENCE - BBEST, 2011, Campos do Jordão/SP. BRAZILIAN BIOENERGY SCIENCE AND TECHNOLOGY CONFERENCE, 2011.

34.
SILVA JUNIOR, O. B.; LIMA, B. M. ; PAPPAS, Georgios J. ; KIRST, Matias ; GRATTAPAGLIA, Dario . A set of 768 SNP for the highly heterozygous genome of Eucalyptus: factors affecting SNP polymorphism and reliability with the Golden Gate Genotyping Technology. In: 56º Congresso Brasileiro de Genética, 2010, Guarujá -SP. Resumos do 56º Congresso Brasileiro de Genética, 2010. p. 191-191.

35.
LIMA, B. M. ; SILVA JUNIOR, O. B. ; de FARIA, Danielle A. ; MAMANI, E. M. C. ; PAPPAS, Georgios J. ; KIRST, Matias ; GRATTAPAGLIA, Dario . Performance of SNPs assayed by the Golden Gate technology for linkage mapping in Eucalyptus and construction of integrated SNP/microsatellite maps. In: 56º Congresso Brasileiro de Genética, 2010, Guarujá - SP. Resumos do 56º Congresso Brasileiro de Genética, 2010.

36.
Márcio Elias Ferreira ; Pappas, Georgios J ; Martins, Alexandre M. ; Pedro Ítalo Tanno ; Marco Pessoa-Filho ; Togawa, Roberto C ; Bonfim da Silva, Orzenil ; Paulo H. N. Rangel . GENOMIC ANALYSIS IN THE STUDY OF DROUGHT TOLERANCE USING RECOMBINANT INBRED LINES AND RECURRENT SELECTION. In: Simpósio sobre Tolerância à Deficiência Hídrica em Plantas : Adaptando as Culturas ao Clima do Futuro, 2010, Goiania, GO. Simpósio sobre Tolerância à Deficiência Hídrica em Plantas : Adaptando as Culturas ao Clima do Futuro. Santo Antônio de Goiás, GO: Embrapa Arroz e Feijão, 2010.

37.
Martins, Alexandre M. ; SILVA JUNIOR, O. B. ; NOVAES, Evandro ; PAPPAS, Marilia C. ; de FARIA, Danielle A. ; SCHMUTZ, Jeremy ; GRATTAPAGLIA, Dario ; PAPPAS, Georgios J. . Allelic BAC sequencing in the highly heterozygous Eucalyptus genome reveals microcollinearity with variable patterns of haplotype diversity due to the movement of transposons. In: IUFRO Tree Biotechnology Conference, 2009, Whislter, BC, Canada. Abstracts: 2009 IUFRO Tree Biotechnology Conference, Whistler, BC, Canada, 2009.

38.
SILVA JUNIOR, O. B.; TOGAWA, Roberto ; NOVAES, Evandro ; de FARIA, Danielle A. ; PAPPAS, Georgios J. ; KIRST, Matias . Assessment of predicted assay functionality of Eucalyptus SNP derived from large interspecific collections of ESTs. In: IUFRO Tree Biotechnology Conference, 2009, Whislter, BC, Canada. Abstracts: 2009 IUFRO Tree Biotechnology Conference, Whistler, BC, Canada, 2009.

Apresentações de Trabalho
1.
SILVA-JUNIOR, ORZENIL BONFIM; GRATTAPAGLIA, Dario . A New Look at Population Recombination and Linkage Disequilibrium in Forest Trees from Genome-Wide SNP Data in Eucalyptus and its Relevance to Molecular Breeding. 2016. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

2.
SILVA-JUNIOR, ORZENIL BONFIM; BORDALLO, P. N. ; VIDAL, R. F. ; MELO, D. S. ; GRATTAPAGLIA, Dario . A Draft Genome Sequence for the Cashew Tree (Anacardium occidentale) Based on High Coverage Pacbio Sequencing. 2016. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

3.
SILVA-JUNIOR, ORZENIL BONFIM. Towards a Corymbia reference genome: comparative efficiencies of Illumina, PacBio and hybrid de novo assemblies of a complex heterozygous genome. 2015. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

4.
SILVA-JUNIOR, ORZENIL BONFIM. Genome-wide patterns of recombination, nucleotide diversity and linkage disequilibrium in Eucalyptus from high density SNP genotyping and pooled whole-genome resequencing. 2015. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

5.
SILVA JUNIOR, O. B.; LIMA, B. M. ; PAPPAS, Georgios J. ; KIRST, Matias ; GRATTAPAGLIA, Dario . A Set of 768 SNP For The Highly Heterozygous Genome of Eucalyptus: Factors Affecting SNP Polymorphism And Reliability With The GoldenGate Genotyping Technology. 2010. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

6.
LIMA, B. M. ; SILVA JUNIOR, O. B. ; de FARIA, Danielle A. ; MAMANI, E. M. C. ; PAPPAS, Georgios J. ; KIRST, Matias ; GRATTAPAGLIA, Dario . Performance of SNPS Assayed By The GoldenGate Technology For Linkage Mapping In Eucalyptus And Construction Of Integrated SNP/Microsatellite Maps. 2010. (Apresentação de Trabalho/Congresso).


Produção técnica
Assessoria e consultoria
1.
MEFFE, C. ; PROENCA, R. O. O. ; SILVA JUNIOR, O. B. ; SANTOS, E. F. . Assessoria a Implantação de ambiente de software de apoio ao portal do software público brasileiro, SLTI/Ministério do Planejamento. 2006.

2.
SILVA JUNIOR, O. B.; PROENCA, R. O. O. . Projeto Gestão do Conhecimento na DITEC (Correios). Política de Gestão do Conhecimento. 2005.

3.
SILVA JUNIOR, O. B.; PROENCA, R. O. O. . Projeto Gestão do Conhecimento na DITEC (Correios). Metodologia de Implantação e Gestão de Comunidades Virtuais de Prática. 2005.

4.
CARVALHO, M. R. C. ; SILVA JUNIOR, O. B. ; PROENCA, R. O. O. . Assessoria a Implantação de ambiente de software de apoio a processos de gestão de TI nos departamentos de TI da UBEE e UNBEC (rede Marista de Ensino). 2005.

5.
SILVA JUNIOR, O. B.; PROENCA, R. O. O. . Assessoria a Implantação de ambiente de software de apoio a processos de gestão de P&D no departamento de pesquisa e desenvolvimento (Embrapa). 2005.

6.
SILVA JUNIOR, O. B.; SANTORI, R. T. ; MATTOS, M. . Revisão de texto e correção de questões das provas do Programa de Formação de Professores em Exercício - PROFORMAÇÃO, área temática Vida e Natureza. 2000.

7.
SILVA JUNIOR, O. B.; SANTORI, R. T. ; MATTOS, M. . Elaboração de material impresso adequado a metodologia de ensino a distância, área temática Vida e Natureza. 1999.

Programas de computador sem registro
1.
SILVA JUNIOR, O. B.. Sistema Gerenciador de Comunidades de Prática em Software Livre baseado em plataforma OpenACS. 2004.

Trabalhos técnicos
1.
SILVA JUNIOR, O. B.. Consultor Ad Hoc para Avaliação de Mérito Técnico-Científico de Proposta de Projeto de Pesquisa - Sistema Embrapa de Gestão - Macroprograma 2 Competitividade e Sustentabilidade Setorial - Edital 06/2008. 2008.

2.
SILVA JUNIOR, O. B.; MAKIUCHI, M. F. R. . II PRÓ-CIÊNCIAS DF - Área de Física (Curso de Aperfeiçoamento de Professores de Física). 1998.


Demais tipos de produção técnica
1.
SILVA JUNIOR, O. B.; SANTORI, R. T. ; MATTOS, M. . Coleção Magistério. MEC. FUNDESCOLA. 2000. (Desenvolvimento de material didático ou instrucional - Fitas de Vídeo (Material didático do Proformação)).

2.
SILVA JUNIOR, O. B.; SANTORI, R. T. ; MATTOS, M. . Coleção Magistério. MEC. FUNDESCOLA. 2000. (Desenvolvimento de material didático ou instrucional - Cadernos de Verificação da Aprendizagem (Material didático Proformação)).

3.
SILVA JUNIOR, O. B.; SANTORI, R. T. ; MATTOS, M. . Coleção Magistério. MEC. FUNDESCOLA. 2000. (Desenvolvimento de material didático ou instrucional - Guias de Estudo (Curso a Distância)).

4.
SILVA JUNIOR, O. B.; MAKIUCHI, M. F. R. . Curso de Aperfeiçoamento de Professores. II PRÓ-CIÊNCIA. Área Física.. 1998. .

5.
SILVA JUNIOR, O. B.. Caderno de Estudo 1: Física. 1998. (Desenvolvimento de material didático ou instrucional - Guias de Estudo (Curso a Distância)).

6.
SILVA JUNIOR, O. B.. Caderno de Estudo 2: Física. 1998. (Desenvolvimento de material didático ou instrucional - Guias de Estudo (Curso a Distância)).



Eventos



Participação em eventos, congressos, exposições e feiras
1.
IUFRO Tree Biotechnology Conference. Genome-wide SNP discovery from a pooled sample of accessions of the biofuel plant Jatropha curcas based on whole-transcriptome Illumina resequencing. 2011. (Congresso).

2.
56 Congresso Brasileiro de Genética. A Set of 768 SNP For The Highly Heterozygous Genome of Eucalyptus: Factors Affecting SNP Polymorphism And Reliability With The GoldenGate Genotyping Technology. 2010. (Congresso).

3.
17th Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology. 2009. (Congresso).

4.
8th European Conference on Computational Biology. 2009. (Congresso).

5.
VIII Fórum Internacional Software Livre.OpenACS e DotLRN: o caso do Portal do Software Público Brasileiro. 2007. (Encontro).

6.
Primer Taller de Facilitadores Temáticos de la Iniciativa Amazônia.A experiência com tecnologias cooperativas no apoio ao trabalho em rede, o caso CATIR na Embrapa. 2006. (Oficina).


Organização de eventos, congressos, exposições e feiras
1.
MAKIUCHI, M. F. R. ; SILVA JUNIOR, O. B. ; OLIVEIRA, F. A. . XIII Simpósio Nacional de Ensino de Física. Comissão Organizadora Local. 1999. (Congresso).




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