Rede de Colaboração

Rodrigo Drummond Couto Duarte

Possui graduação em Matemática Aplicada e Computacional pela Universidade Estadual de Campinas (1995) e doutorado em Genética e Biologia Molecular na área de Bioinformática pela Universidade Estadual de Campinas (2006). Atualmente é colaborador na Scylla Informática S.A. Tem experiência na área de bioinformática, com ênfase em análise de dados, atuando principalmente nos seguintes temas: expressão gênica, arranjos de DNA e genética vegetal.
(Texto informado pelo autor)

Última atualização do currículo em 04/02/2009
Endereço para acessar este CV:
http://lattes.cnpq.br/9569124863379521
Dados pessoais
NomeRodrigo Drummond Couto Duarte
Nome em citações bibliográficasDrummond, R.D.;Duarte, Rodrigo DC;Drummond, Rodrigo
SexoMasculino
Endereço profissionalScylla Informática S.A, Scylla Informática S.A.
R Francisco Otaviano 60/54
Castelo
13070-056 - Campinas, SP - Brasil
Telefone: (19) 35796193
URL da Homepage: http://www.scylla.com.br/

Formação acadêmica/Titulação
2002 - 2006Doutorado em Genética e Biologia Molecular .
Universidade Estadual de Campinas, UNICAMP, Brasil.
com período co-tutela em Universidade Estadual de Campinas(Orientador:Aluísio Pinheiro ).
Título: MÉTODOS ESTATÍSTICOS PARA SELEÇÃO DE GENES DIFERENCIALMENTE EXPRESSOS A PARTIR DE DADOS DE ARRANJOS DE DNA: APLICAÇÃO À ANÁLISE DA EXPRESSÃO GÊNICA INDUZIDA EM CANA-DE-AÇÚCAR POR DEFICIÊNCIA DE FOSFATO, Ano de Obtenção: 2007.
Orientador: Marcelo Menossi.
Bolsista do(a): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior ,CAPES ,Brasil .
Palavras-chave: bioinformatica; bioestatística; genoma funcional; expressão gênica; arranjos de DNA.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Genética Vegetal.
Setores de atividade: Produção Vegetal.
1995            Mestrado em andamento em Matemática .
Universidade Estadual de Campinas, UNICAMP, Brasil. Orientador: Dicesar Lass Fernandez.
Bolsista do(a): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico .
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Matemática / Subárea: Análise.
1998            Graduação em andamento em Licenciatura Em Ciências Biológicas .
Universidade Estadual de Campinas, UNICAMP, Brasil.
Orientador: Marcelo Menossi.
Bolsista do(a): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo ,FAPESP ,Brasil .
1991 - 1995Graduação em Matemática Aplicada e Computacional .
Universidade Estadual de Campinas, UNICAMP, Brasil.
Bolsista do(a): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico .

Atuação profissional
Scylla Informática S.A, SCYLLA, Brasil.
Vínculo institucional
2007 - Atual Vínculo: Colaborador, Enquadramento Funcional: Colaborador, Regime: Dedicação exclusiva.
Universidade Estadual de Campinas, UNICAMP, Brasil.
Vínculo institucional
2000 - 2006 Vínculo: Colaborador, Enquadramento Funcional: Pesquisa, Regime: Dedicação exclusiva.
Vínculo institucional
1998 - 1999 Vínculo: Estágio, Enquadramento Funcional: Tutor em disciplinas de Calculo I e II, Carga horária: 12
Atividades
6/2004 - 02/2007Atividades de Participação em Projeto, Centro de Biologia Molecular e Engenharia Genética, Laboratório Genoma Funcional.
Projetos de pesquisa
Transcriptoma da cana-de-açúcar
3/2001 - 02/2007Atividades de Participação em Projeto, Centro de Biologia Molecular e Engenharia Genética, Laboratório Genoma Funcional.
Projetos de pesquisa
Análise da expressão gênica induzida em cana-de-açúcar por deficiência de fosfato
8/2005 - 12/2005Ensino, Licenciatura Em Ciências Biológicas, Nível: Graduação.
Disciplinas ministradas
Programa de Estágio Docente (PED/CAPES) - Genética Básica - BG280
3/2000 - 3/2001Atividades de Participação em Projeto, Centro de Biologia Molecular e Engenharia Genética, Laboratório Genoma Funcional.
Projetos de pesquisa
Prospecting sugarcane genes involved in aluminum tolerance
7/1999 - 12/1999Estágios , Instituto de Matemática Estatística e Ciência da Computação, Departamento de Matemática.
Estágio realizado
Estágio docente como tutor da disciplina Calculo II.
3/1999 - 7/1999Estágios , Instituto de Matemática Estatística e Ciência da Computação, Departamento de Matemática.
Estágio realizado
Estágio docente como tutor da disciplina Calculo I.
7/1998 - 12/1998Estágios , Instituto de Matemática Estatística e Ciência da Computação, Departamento de Matemática.
Estágio realizado
Estágio docente como tutor na disciplina Calculo I.

Projetos de Pesquisa
2004 - 2007Transcriptoma da cana-de-açúcar
Descrição: Este projeto tem como objetivo a análise transcriptômica de variedades elite de cana-de-açúcar, plantadas e processadas pela COPERSUCAR em colaboração com a Destilaria Central de Álcool Lucélia LTDA utilizando-se a tecnologia de microarrays e macroarrays de cDNAs. Dada a possibilidade já existente na COPERSUCAR de manipulação de genes por engenharia genética de modo a produzir novas variedades de cana transgênica nas quais uma característica desejada seja introduzida, ou uma característica indesejada seja anulada, o trabalho de pesquisa proposto neste projeto deverá abrir novas fronteiras para o melhoramento da cana na era da genômica. Pretende-se unir esforços entre grupos de pesquisa do sistema universitário público paulista (pesquisadores da USP, UNICAMP e UNESP), fomentados pela FAPESP, e pela iniciativa privada na figura da Central de Alcool Lucélia e COPERSUCAR, para analisar o transcriptoma da cana-de-açúcar como descrito a seguir. O presente estudo pretende revelar um conjunto de genes e dados de suas funções que possa ser usado para a manipulação genética via melhoramento convencional ou engenharia genética permitindo o patenteamento de genes para este fim, a proteção de novas variedades e o aporte de recursos pela venda de licenças..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação ( 0) / Especialização ( 0) / Mestrado acadêmico ( 0) / Mestrado profissionalizante ( 0) / Doutorado ( 0) .
Integrantes: Marcelo Menossi - Integrante / Juliana de Maria Felix - Integrante / Glaucia Mendes Souza - Coordenador / Eugênio César Ulian - Integrante / Carlos Nomura - Integrante / Rodrigo Drummond Couto Duarte - Integrante.
Financiador(es): Cooperativa de Álcool Lucélia - Auxílio financeiro / Cooperativa de Produtores de Cana-de-Açúcar, Açúcar e Álcool de São Paulo - Auxílio financeiro / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro..
2001 - 2007Análise da expressão gênica induzida em cana-de-açúcar por deficiência de fosfato
Descrição: Este trabalho visa identificar genes de cana-de-açúcar envolvidos na resposta desta planta à privação de fosfato. Para isso cultivamos plântulas em hidroponia em diferentes regimes de fosfato, extraindo amostras de tecido das raízes em vários momentos do tratamento. Utilizamos microarranjos de DNA em lâmina de vidro ("chips" de DNA) para quantificar a expressão de cerca de 1600 ESTs de cana-de-açúcar selecionados por corresponderem a genes envolvidos na transdução de sinais..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação ( 0) / Especialização ( 0) / Mestrado acadêmico ( 0) / Mestrado profissionalizante ( 0) / Doutorado ( 0) .
Integrantes: Marcelo Menossi - Coordenador / Aluísio Pinheiro - Integrante / Rodrigo Drummond Couto Duarte - Integrante.
Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Bolsa..
2000 - 2001Prospecting sugarcane genes involved in aluminum tolerance
Descrição: Aluminum (Al) is one of the major factors that affect plant development in acid soils, causing substantial yield reduction in many crops. In South America, around 66% of the land surface comprise acid soils, where the high aluminum saturation is one of the main limitation for the widely use for agriculture. Despite the growing number of studies, a complete knowledge on the biochemical and molecular basis of Al tolerance in plants is far from being achieved. In the case of sugarcane, there are virtually no reports on the gene regulation upon Al stress. The objective of this work was to prospect, in the SUCEST Data Bank, sugarcane genes related to several pathways that are known to be involved in the responses to the Al toxicity in other plant species and yeast. We identified sugarcane genes similar to most of these genes, as those coding for enzymes that alleviates the oxidative stress or combat pathogen infection, and proteins responsible for exudation of organic acids and signal transduction. The role of these genes on the Al tolerance mechanisms is reviewed. Due to the high level of genomic conservation among related grasses as maize, barley, sorghum and sugarcane, these genes may be valuable tools to better understand and to manipulate the Al tolerance in these species..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação ( 1) / Especialização ( 0) / Mestrado acadêmico ( 1) / Mestrado profissionalizante ( 0) / Doutorado ( 0) .
Integrantes: Marcelo Menossi - Coordenador / Juliana de Maria Felix - Integrante / Rodrigo Drummond Couto Duarte - Integrante.
Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa..

Áreas de atuação
1. Grande área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Genética Vegetal.
2. Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Matemática / Subárea: Matemática Aplicada.
3. Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Probabilidade e Estatística / Subárea: Estatística.

Idiomas
Inglês Compreende Bem, Fala Razoavelmente, Lê Bem, Escreve Bem.
Português Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.


Produção em C,T & A
Produção bibliográfica
Artigos completos publicados em periódicos
1. Schlögl, Paulo Sérgio ; Nogueira, Fábio Tebaldi S. ; Drummond, Rodrigo ; Felix, Juliana M. ; Rosa, Vicente E. ; VICENTINI, Renato ; Leite, Adilson ; Ulian, Eugênio C. ; MENOSSI, Marcelo . Identification of new ABA- and MEJA-activated sugarcane bZIP genes by data mining in the SUCEST database. Plant Cell Reports, v. 27, p. 335-345, 2008.
2.   Rocha, Flávia R ; Papini-Terzi, Flávia S ; Nishiyama, Milton Y ; Vêncio, Ricardo ZN ; VICENTINI, Renato ; Drummond, R.D. ; de Rosa, Vicente E ; Vinagre, Fabiano ; Barsalobres, Carla ; Medeiros, Ane H ; Rodrigues, Fabiana A ; ULIAN, Eugênio C ; Zingaretti, Sônia M ; Galbiatti, João A ; Almeida, Raul S ; Figueira, Antonio VO ; Hemerly, Adriana S ; Silva-Filho, Marcio C ; MENOSSI, Marcelo ; Souza, Gláucia M . Signal transduction-related responses to phytohormones and environmental challenges in sugarcane. BMC Genomics, v. 8, p. 71, 2007.
3. MONDEGO, Jorge Maurício Costa ; GUERREIRO FILHO, Oliveiro ; BENGTSON, Mário Henrique ; Drummond, R.D. ; FELIX, Juliana de Maria ; DUARTE, Melina Pasini ; RAMIRO, Daniel ; MALUF, Mirian Perez ; SOGAYAR, Mari Cleide ; MENOSSI, Marcelo . Isolation and characterization of Coffea genes induced during coffe leaf miner (Leucoptera coffeella) infestation. Plant Science (Limerick), Ireland, v. 169, n. 2, p. 351-360, 2005.
4.   Drummond, R.D. ; PINHEIRO, Aluisio ; ROCHA, Cristiane de Souza ; MENOSSI, Marcelo . ISER: Selection of differentially expressed genes from DNA array data by nonlinear data transformations and local fitting. Bioinformatics (Oxford), England, 2005.
5. ARAÚJO, Paula G de ; ROSSI, Magdalena ; JESUS, Erika M de ; SACCARO JR, Nilo L ; KAJIHARA, Daniela ; MASSA, Rogério ; FELIX, Juliana Maria de ; Drummond, R.D. ; FALCO, Maria C ; CHABREGAS, Sabrina M ; ULIAN, Eugênio C ; MENOSSI, Marcelo ; SLUYS, Marie Anne Van . Transcriptionally active transposable elements in recent hybrid sugarcane. Plant Journal, UK, v. 44, p. 707-717, 2005.
6. MARQUES, Everaldo dos Reis ; FERREIRA, M.e.s ; Drummond, R.D. ; FELIX, Juliana de Maria ; MENOSSI, Marcelo ; SAVOLDI, M ; TRAVASSOS, Luiz Rodolpho Raja Gabaglia ; PUCCIA, Rosana ; BATISTA, W L ; CARVALHO, K C ; GOLDMAN, Maria Helena de Souza ; GOLDMAN, Gustavo Henrique . Identification of genes preferentially expressed in the pathogenic yeast phase of Paracoccidioides brasiliensis using suppression subtraction hybridization and macroarray differential analysis.. Molecular Genetics and Genomics, v. 271, n. 6, p. 667-677, 2004.
7. FELIX, Juliana de Maria ; Drummond, R.D. ; NOGUEIRA, Fabio Tebaldi S ; ROSA JUNIOR, Vicente e de ; ARRUDA, Paulo ; MENOSSI, Marcelo . Genoma Funcional : Uso de arranjos de DNA em nailon para a análise de expressão gênica em larga escala.. Biotecnologia Ciência & Desenvolvimento, Brasil, v. 24, p. 60-67, 2002.
8.   Drummond, R.D. ; GUIMARÃES, C. T. ; FELIX, Juliana de Maria ; NINAMANGOCÁRDENAS, Fernando Enrique ; CARNEIRO, Newton Portilho ; PAIVA, e ; MENOSSI, Marcelo . Prospecting sugarcane genes involved in aluminum tolerance. Genetics and Molecular Biology, Ribeirão Preto, v. 24, n. 1-4, p. 221-230, 2001.
Capítulos de livros publicados
1. FELIX, Juliana de Maria ; Drummond, R.D. ; JORGE, Renato A ; ARRUDA, Paulo ; MENOSSI, Marcelo . Using macroarrays containing sugarcane ESTS do identify aluminium-induced genes in maize.. In: W J Horst. (Org.). Plant Nutrition. Food security and sustainability of agro-ecosystems through basic and applied research. : Kluwer Academic Publishers, 2001, v. , p. 40-41.
Resumos publicados em anais de congressos
1. Drummond, R.D. ; PINHEIRO, Aluisio ; ROCHA, Cristiane S ; MENOSSI, Marcelo . Selection of differentially expressed genes from DNA arrays data by nonlinear data transformations and local fitting. In: Reunião Anual da SBBq, 2004, Caxambú. Resumos da 33ª Reunião Anual da SBBq, 2004.
2. CANÇADO, Geraldo M A ; NOGUEIRA, Fabio Tebaldi S ; FELIX, Juliana de Maria ; Drummond, R.D. ; VICENTINI, Renato ; ROCHA, Cristiane S ; JORGE, Renato A ; MENOSSI, Marcelo . Identification and expression analysis of aluminum-responsive genes in maize. In: Reunião Anual da SBBq, 2004, Caxambú. Resumos da 33ª Reunião Anual da SBBq, 2004.
3. MONDEGO, Jorge M C ; GUERREIRO, O ; BENGTSON, M H ; Drummond, R.D. ; FELIX, Juliana de Maria ; DUARTE, Melina P ; COLIN, C ; RAMIRO, D ; MALUF, M ; SOGAYAR, M C ; MENOSSI, Marcelo . Unraveling the defense against leaf miners: Characterization of Coffea genes involved in resistance to coffe leaf miner (Leucoptera coffeella). In: Reunião Anual da SBBq, 2004, Caxambú. Resumos da 33ª Reunião Anual da SBBq, 2004.
4. MARQUES, Everaldo dos Reis ; Drummond, R.D. ; FELIX, Juliana de Maria ; MENOSSI, Marcelo ; SAVOLDI, M ; TRAVASSOS, Luiz Rodolpho Raja Gabaglia ; PUCCIA, Rosana ; BATISTA, W L ; CARVALHO, K C ; GOLDMAN, Maria Helena de Souza ; GOLDMAN, Gustavo Henrique . Identification of genes preferentially expressed in the pathogenic yeast phase of Paracoccidioides brasiliensis using suppression subtraction hybridization and macroarray differential analysis. In: Reunião Anual da SBBq, 2004, Caxambú. Resumos da 33ª Reunião Anual da SBBq, 2004.
5. VICENTINI, Renato ; ROCHA, Cristiane S ; Drummond, R.D. ; MENOSSI, Marcelo . Use of Pipeline for Macro and microarray Analysis (PMma) for analyze expression profile of sugarcane genes in macroarrays. In: Reunião Anual da SBBq, 2004, Caxambú. Resumos da 33ª Reunião Anual da SBBq, 2004.
6. Drummond, R.D. ; ROCHA, Cristiane S ; PINHEIRO, Aluisio ; MENOSSI, Marcelo . Identificação de genes diferencialmente expressos em arranjos de DNA utilizando ttransformações não lineares e ajuste local. In: Congresso Nacional de Genética, 2003, Águas de Lindóia. Resumos do 49º Congresso Brasilerio de Genética, 2003.
7. COSTA-NETTO, Antônio Paulino ; Drummond, R.D. ; FELIX, Juliana de Maria ; MENOSSI, Marcelo . ANÁLISE DA INTERFERÊNCIA DE DIFERENTES TIPOS DE PLÁSTICO NA CAPTAÇÃO DE SINAL EM MACROARRANJOS DE DNA . In: Congresso Nacional de Genética, 2003, Águas de Lindóia. Resumos do 49º Congresso Ncional de Genética, 2003.
8. MONDEGO, Jorge M C ; Drummond, R.D. ; FELIX, Juliana de Maria ; BENGTSON, M H ; COLIN, C ; RAMIRO, D ; DUARTE, Melina P ; VICENTINI, Renato ; ROCHA, Cristiane S ; MALUF, M ; SOGAYAR, M C ; GUERREIRO, O ; MENOSSI, Marcelo . CHARACTERIZATION OF COFFEA GENES EXPRESSED DURING RESISTANCE TO THE COFFEE LEAF MINER (LEUCOPTERA COFFEELLA) . In: Congresso Nacional de Genética, 2003, Águas de lindóia. Resumos do 49º Congresso Nacional de Genética, 2003.
9. MENOSSI, Marcelo ; FELIX, Juliana de Maria ; Drummond, R.D. ; CAMARGO, Sandra C ; REIS, C P ; VICENTINI, Renato ; ROCHA, Cristiane S . CROSS-SPECIES HYBRIDIZATION OF NYLON ARRAYS CONTAINING SUGARCANE ESTs TO IDENTIFY ROOT SPECIFIC GENES FROM MAIZE . In: Congresso Nacional de Genética, 2003, Águas de Lindóia. 49º Congresso Nacional de Genética, 2003.
10. CAMARGO, Sandra C ; SILVA, T G M ; FELIX, Juliana de Maria ; RODRIGUES, F A ; ROSSI, J ; Drummond, R.D. ; VICENTINI, Renato ; MAURO, Sonia M Z Di ; MENOSSI, Marcelo . ESTRATÉGIAS PARA AUMENTO DO SINAL NOS MACROARRANJOS DE DNA. In: Congresso Nacional de Genética, 2003, Aguas de lindóia. Resumos do 49º Congresso Nacional de Genética, 2003.
11. FELIX, Juliana de Maria ; Drummond, R.D. ; MONDEGO, Jorge M C ; VICENTINI, Renato ; ROCHA, Cristiane S ; ULIAN, Eugênio C ; MENOSSI, Marcelo . EXPRESSION ANALYSIS of genes involved in sucrose accumulation IN SUGARCANE. In: Congresso Nacional de Genética, 2003, Aguas de Lindóia. Resumos do 49º Congresso Nacional de Genética, 2003.
12. ROCHA, Cristiane S ; VICENTINI, Renato ; Drummond, R.D. ; MENOSSI, Marcelo . FERRAMENTAS E SISTEMAS PARA ANÁLISE DE ARRANJOS DE DNA. In: Congresso Nacional de Genética, 2003, Aguas de Lindóia. Resumos do 49º Congresso Nacional de Genética, 2003.
13. MARQUES, Everaldo dos Reis ; CAPELLARO, J L ; MALAVAZI, I ; MENOSSI, Marcelo ; Drummond, R.D. ; TRAVASSOS, Luiz Rodolpho Raja Gabaglia ; PUCCIA, Rosana ; BATISTA, W L ; GOLDMAN, Maria Helena de Souza ; GOLDMAN, Gustavo Henrique . IDENTIFICATION OF GENES PREFERENTIALLY EXPRESSED IN THE PATOGENIC YEAST PHASE OF PARACOCCIDIOIDES BRASILIENSIS BY USING MACROARRAY AND SUPPRESSION SUBTRACTIVE HYBRIDIZATION . In: Congresso Nacional de Genética, 2003, Aguas de lindóia. Resumos do 49º Congresso Nacional de Genética, 2003.
Produção técnica
Softwares sem registro de patente
1.   Drummond, R.D. ; PINHEIRO, Aluisio ; MENOSSI, Marcelo . ISER. 2005.

Eventos
Participação em eventos
1. 33ª Reunião Anual da SBBq.33ª Reunião Anual da SBBq. 2004. (Congresso).
2. 49o Congresso Nacional de Genética.49 Congresso Nacional de Genética . 2003. (Congresso).
3. Brazilian International Genome Conference.Brazilian International Genome Conference . 2001. (Congresso).
4. Congresso Latinoamericano de Biomatemática - X ALAB e V ELAEM.Congresso Latinoamericano de Biomatemática. 2001. (Congresso).
5. I Simpósio Brasileiro de Biologia Matemática e Computacional.I Simpósio Brasileiro de Biologia Matemática e Computacional. 2001. (Simpósio).
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