Rede de Colaboração
Diretório de grupos de pesquisa|
Marcio Luis Acencio Possui graduação em Ciências Biológicas - Modalidade Médica pela Universidade Federal de São Paulo (1998), mestrado em Biotecnologia pela Universidade de São Paulo (2002) e doutorado em Ciências Biológicas em Genética pelo Instituto de Biociências de Botucatu - UNESP (2011). Atuou como Estudante Pesquisador na Universidade de Tóquio entre 2002 e 2004. Tem experiência na área de Biologia Molecular e Bioinformática com ênfase na aplicação de Biologia Sistêmica, Teoria das Redes Complexas e Aprendizado de Máquina na análise de processos biológicos. Atualmente, é pós-doutorando, com bolsa da FAPESP, no Instituto de Biociências de Botucatu da UNESP com projetos relacionados à utilização de aprendizado de máquina em redes biológicas para previsão e determinação de regras para emergência de fenótipos de interesse.
Última
atualização do currículo em 12/12/2011
Endereço para acessar este CV: http://lattes.cnpq.br/5889527220428734 |
Dados pessoais
| Nome | Marcio Luis Acencio |
| Nome em citações bibliográficas | ACENCIO, M. L. |
| Sexo | Masculino |
| Endereço profissional | Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, Instituto de Biociências, Departamento de Física e Biofísica. Rubião Júnior S/N 18618-000 - Botucatu, SP - Brasil - Caixa-Postal: 510 Telefone: (14) 38116346 Fax: (14) 38116346 |
Formação acadêmica/Titulação
| 2011 | Pós-Doutorado
. Instituto de Biociências de Botucatu - UNESP. Bolsista do(a): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo ,FAPESP ,Brasil . Grande área: Ciências Biológicas / Área: Biologia Geral / Subárea: Bioinformática. Grande área: Ciências Biológicas / Área: Biologia Geral / Subárea: Biologia Sistêmica. |
| 2007 - 2011 | Doutorado em Ciências Biológicas em Genética
.
Instituto de Biociências de Botucatu - UNESP. Título: Construção e análise da rede integrada de interações entre genes humanos envolvida com a regulação da transição G1/S do ciclo celular pela adesão à matriz extracelular, Ano de Obtenção: 2011. Orientador:  Ney Lemke.
Bolsista do(a): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo ,FAPESP ,Brasil . Palavras-chave: Matriz extracelular; Ciclo celular; Vias de sinalização; Redes biológicas. Grande área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Bioinformática. Grande área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Bioinformática / Especialidade: Biologia de Sistemas. Grande área: Ciências Biológicas / Área: Biofísica / Subárea: Biofísica de Processos e Sistemas / Especialidade: Estudo de Redes Biológicas. |
| 1999 - 2002 | Mestrado em Biotecnologia
.
Universidade de São Paulo, USP, Brasil. Título: Análises de perda de heterozigose na região cromossômica 17p13 e de metilação diferencial em carcinomas de próstata, Ano de Obtenção: 2002. Orientador: Maria Aparecida Nagai. Bolsista do(a): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo ,FAPESP ,Brasil . Palavras-chave: câncer de próstata; cromossomo 17; genes supressores de tumor; metilação de DNA; perda de heterozigose. Grande área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Biologia Molecular. Grande área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Genética Humana e Médica. Setores de atividade: Outros. |
| 1995 - 1998 | Graduação em Ciências Biológicas - Modalidade Médica
.
Universidade Federal de São Paulo, UNIFESP, Brasil. Título: Identificação e quantificação de queratam sulfato em urina humana. Orientador: Yara Maria Côrrea da Silva Michelacci. |
Formação complementar
| 2009 - 2009 | From Biological Networks to Cellular Function.
(Carga horária: 32h). International Centre for Theoretical Physics. |
| 2008 - 2008 | Python for Bioinformatics.
(Carga horária: 6h). 4th International Conference of the AB3C. |
| 2007 - 2007 | Linux.
(Carga horária: 6h). Instituto de Biociências de Botucatu - UNESP. |
| 2002 - 2002 | Radioisotope Course. University of Tokyo, UT, Japão. |
| 2001 - 2001 | Métodos Estatísticos Aplicados ás Ciências Biol.. Universidade de São Paulo, USP, Brasil. |
| 2000 - 2000 | II Curso de Introdução à Liga de Oncologia. Universidade de São Paulo, USP, Brasil. |
| 2000 - 2000 | Treinamento Básico de GeneScan no ABI 377.
(Carga horária: 20h). Universidade de São Paulo, USP, Brasil. |
| 2000 - 2000 | Metabolismo Microbiano. Universidade de São Paulo, USP, Brasil. |
| 2000 - 2000 | Engenharia Bioquímica. Universidade de São Paulo, USP, Brasil. |
| 2000 - 2000 | Biocomputação. Universidade de São Paulo, USP, Brasil. |
| 2000 - 2000 | Imunobiologia dos Tumores. Universidade de São Paulo, USP, Brasil. |
| 1999 - 1999 | Economia de Projetos Biotecnológicos. Universidade de São Paulo, USP, Brasil. |
| 1998 - 1998 | Identificação de proteínas e análise de proteomas.. XXVII Reunião Anual da SBBq. |
| 1995 - 1995 | Antibioticoterapia. Universidade Federal de São Paulo, UNIFESP, Brasil. |
Atuação profissional
| Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, UNESP, Brasil. |
| Atividades |
| 04/2011 - Atual | Atividades de Participação em Projeto, Instituto de Biociências, Departamento de Física e Biofísica. |
|
Projetos de pesquisa Utilização de aprendizado de máquina em redes biológicas para previsão e determinação de regras para emergência de fenótipos de interesse |
| 03/2010 - Atual | Atividades de Participação em Projeto, Instituto de Biociências, Departamento de Física e Biofísica. |
|
Projetos de pesquisa DESENVOLVIMENTO DE UMA BASE DE DADOS PARA FATORES DE TRANSCRIÇÃO DE SERES HUMANOS E SUAS REDES DE INTERAÇÃO: HUMAN TRANSCRIPTIONAL REGULATION INTERACTION DATABASE HTRIDB 2.0 |
| 03/2007 - 03/2011 | Atividades de Participação em Projeto, Instituto de Biociências, Departamento de Física e Biofísica. |
|
Projetos de pesquisa Construção in silico da rede integrada de interações moleculares envolvida com a regulação do ciclo celular pela adesão à matriz extracelular em Homo sapiens |
| 02/2008 - 07/2009 | Ensino, Física Médica, Nível: Graduação. |
| Disciplinas ministradas Radiobiologia, Dosimetria e Radioproteção |
| University of Tokyo, UT, Japão. |
| Vínculo institucional |
| 2002 - 2004 | Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Estudante Pesquisador, Regime: Dedicação exclusiva. |
| Atividades |
| 04/2002 - 03/2004 | Serviços técnicos especializados , Department of Biochemistry and Molecular Biology, . |
|
Serviço realizado Desenho de primers para produção de "deletion mutants" do gene CDC6. |
| 04/2002 - 03/2004 | Serviços técnicos especializados , Department of Biochemistry and Molecular Biology, . |
|
Serviço realizado Clonagem gênica. |
| 04/2002 - 03/2004 | Serviços técnicos especializados , Department of Biochemistry and Molecular Biology, . |
|
Serviço realizado Manuseio de enzimas de restrição. |
| 04/2002 - 03/2004 | Serviços técnicos especializados , Department of Biochemistry and Molecular Biology, . |
|
Serviço realizado Preparação em pequena, média e larga escala de plasmídeos. |
| 04/2002 - 03/2004 | Serviços técnicos especializados , Department of Biochemistry and Molecular Biology, . |
|
Serviço realizado Cultura de E. coli em meio sólido e líquido. |
| 04/2002 - 03/2004 | Serviços técnicos especializados , Department of Biochemistry and Molecular Biology, . |
|
Serviço realizado Expressão de proteínas in vitro. |
| 04/2002 - 03/2004 | Serviços técnicos especializados , Department of Biochemistry and Molecular Biology, . |
|
Serviço realizado Western blotting. |
| 04/2002 - 03/2004 | Serviços técnicos especializados , Department of Biochemistry and Molecular Biology, . |
|
Serviço realizado Cultura e preparação de lisados de fibroblastos. |
| 04/2002 - 03/2004 | Serviços técnicos especializados , Department of Biochemistry and Molecular Biology, . |
|
Serviço realizado Sequenciamento de DNA utilizando sequenciador Beckman CEQ 2000. |
| 04/2002 - 03/2004 | Serviços técnicos especializados , Department of Biochemistry and Molecular Biology, . |
|
Serviço realizado Análise de sequências de DNA utilizando o programa Sequencher para Macintosh. |
| 04/2002 - 03/2004 | Atividades de Participação em Projeto, Department of Biochemistry and Molecular Biology, . |
|
Projetos de pesquisa Identification of sequence determinant for CDC6 degradation in anchorage deprivation |
| Universidade de São Paulo, USP, Brasil. |
| Vínculo institucional |
| 2002 - 2003 | Vínculo: Colaborador, Enquadramento Funcional: Colaborador |
| Outras informações | Colaboração realizada à distância, via Internet |
| Vínculo institucional |
| 1999 - 2002 | Vínculo: Bolsista da FAPESP, Enquadramento Funcional: Pós-graduando, Regime: Dedicação exclusiva. |
| Vínculo institucional |
| 1999 - 1999 | Vínculo: Colaborador, Enquadramento Funcional: Estagiário, Regime: Dedicação exclusiva. |
| Atividades |
| 08/2002 - 03/2003 | Serviços técnicos especializados , Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo, Departamento de Radiologia. |
|
Serviço realizado Anotação manual de ESTs do projeto do Genoma do Câncer Humano mapeados na região cromossômica 17p13. |
| 08/2002 - 03/2003 | Atividades de Participação em Projeto, Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo, Departamento de Radiologia. |
|
Projetos de pesquisa Annotation of the human chromosome region 17p13 using expressed sequence tags (ESTs) |
| 08/1999 - 03/2002 | Serviços técnicos especializados , Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo, Departamento de Radiologia. |
|
Serviço realizado Implantação e padronização da análise de marcadores do tipo microssatélite no seqüenciador de DNA ABI 377. |
| 08/1999 - 03/2002 | Serviços técnicos especializados , Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo, Departamento de Radiologia. |
|
Serviço realizado Análise de marcadores do tipo microssatélite usando isótopo radioativo fósforo-32. |
| 08/1999 - 03/2002 | Serviços técnicos especializados , Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo, Departamento de Radiologia. |
|
Serviço realizado Manuseio de enzimas de restrição. |
| 08/1999 - 03/2002 | Serviços técnicos especializados , Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo, Departamento de Radiologia. |
|
Serviço realizado Uso da técnica "PCR com primers arbitrários sensível à metilação" para identificação de sequências de DNA diferencialmente metiladas entre tecidos normal e tumoral. |
| 08/1999 - 03/2002 | Atividades de Participação em Projeto, Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo, Departamento de Radiologia. |
|
Projetos de pesquisa Análises de perda de heterozigose na região cromossômica 17p13 e de metilação diferencial em carcinomas de próstata |
| 08/1999 - 08/2001 | Serviços técnicos especializados , Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo, Departamento de Radiologia. |
|
Serviço realizado Manuseio do seqüenciador automático de DNA MegaBace 1000. |
| 08/1999 - 08/2001 | Serviços técnicos especializados , Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo, Departamento de Radiologia. |
|
Serviço realizado Análise e submissão das ESTs sequenciadas no MegaBace 1000 para o Insituto Ludwig. |
| 08/1999 - 08/2001 | Atividades de Participação em Projeto, Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo, Departamento de Radiologia. |
|
Projetos de pesquisa Genoma do Câncer Humano da FAPESP e Instituto Ludwig |
| 01/1999 - 08/1999 | Serviços técnicos especializados , Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo, Departamento de Radiologia. |
|
Serviço realizado Manuseio do seqüenciador de DNA ABI 377. |
| 01/1999 - 08/1999 | Serviços técnicos especializados , Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo, Departamento de Radiologia. |
|
Serviço realizado Montagem de seqüência consenso de DNA usando o pacote de programas Phred-Phrap-Consed para UNIX. |
| 01/1999 - 08/1999 | Serviços técnicos especializados , Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo, Departamento de Radiologia. |
|
Serviço realizado Montagem de seqüência consenso de DNA usando o programa Sequencher para Macintosh. |
| 01/1999 - 08/1999 | Serviços técnicos especializados , Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo, Departamento de Radiologia. |
|
Serviço realizado Anotação de cosmídeos usando o programa BLAST. |
| 01/1999 - 08/1999 | Serviços técnicos especializados , Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo, Departamento de Radiologia. |
|
Serviço realizado Utilização do programa Sequin para submissão de sequências de DNA anotadas. |
| 01/1999 - 08/1999 | Atividades de Participação em Projeto, Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo, Departamento de Radiologia. |
|
Projetos de pesquisa Seqüenciamento do genoma da Xyllela fastidiosa |
| Universidade Federal de São Paulo, UNIFESP, Brasil. |
| Vínculo institucional |
| 1995 - 1998 | Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Bolsista de Iniciação Científica |
| Atividades |
| 08/1995 - 12/1999 | Serviços técnicos especializados , Departamento de Bioquímica, Disciplina de Biologia Molecular. |
|
Serviço realizado Extração, identificação e quantificação de glicosaminoglicanos urinários. |
| 08/1995 - 12/1999 | Serviços técnicos especializados , Departamento de Bioquímica, Disciplina de Biologia Molecular. |
|
Serviço realizado Dosagem de creatinina urinária. |
| 08/1995 - 12/1999 | Serviços técnicos especializados , Departamento de Bioquímica, Disciplina de Biologia Molecular. |
|
Serviço realizado Extração de glicosaminoglcanos de córnea. |
| 08/1995 - 12/1999 | Serviços técnicos especializados , Departamento de Bioquímica, Disciplina de Biologia Molecular. |
|
Serviço realizado Detecção de queratam sulfato urinário por immunoblotting usando anticorpo monoclonal MST1. |
| 08/1995 - 12/1999 | Atividades de Participação em Projeto, Departamento de Bioquímica, Disciplina de Biologia Molecular. |
|
Projetos de pesquisa Identificação e quantificação de queratam sulfato em urina humana |
| Laboratório de Pesquisa e Análise do Gene, DNANÁLISE, Brasil. |
| Vínculo institucional |
| 2004 - 2005 | Vínculo: Celetista, Enquadramento Funcional: Analista Clínico, Carga horária: 44, Regime: Dedicação exclusiva. |
| Atividades |
| 09/2004 - 04/2005 | Direção e administração, . |
| Cargo ou função Responsável pelo setor de Diagnóstico Genético na ausência do chefe do setor. |
| 09/2004 - 04/2005 | Serviços técnicos especializados . |
|
Serviço realizado Manuseio de sequenciador automático ABI 377. |
| 09/2004 - 04/2005 | Serviços técnicos especializados . |
|
Serviço realizado Extração de DNA de papel FTA. |
| 09/2004 - 04/2005 | Serviços técnicos especializados . |
|
Serviço realizado PCR utlizando Kit PowerPlex 16. |
| 09/2004 - 04/2005 | Serviços técnicos especializados . |
|
Serviço realizado Padronização do PCR do kit GenePrint FFFL para investigação de vínculo genético. |
| 09/2004 - 04/2005 | Serviços técnicos especializados . |
|
Serviço realizado Criação de novo modelo de laudo técnico de investigação de paternidade. |
| 09/2004 - 04/2005 | Serviços técnicos especializados . |
|
Serviço realizado Cálculos estatísticos de investigação de paternidade. |
| 09/2004 - 04/2005 | Serviços técnicos especializados . |
|
Serviço realizado Correção de laudo técnico de investigação de paternidade. |
| 09/2004 - 04/2005 | Serviços técnicos especializados . |
|
Serviço realizado Análise e Interpretação dos resultados obtidos dos kits PowerPlex 16 e FFFL para investigação de paternidade. |
| Lersch Traduções, -, Brasil. |
| Vínculo institucional |
| 2005 - 2007 | Vínculo: Autônomo, Enquadramento Funcional: Tradutor Freelance, Carga horária: 0 |
| Atividades |
| 10/2005 - 02/2007 | Serviços técnicos especializados , -, . |
|
Serviço realizado Tradução e Versão Técnica. |
| Master Traduções, -, Brasil. |
| Vínculo institucional |
| 2005 - 2007 | Vínculo: Autônomo, Enquadramento Funcional: Tradutor Freelance |
| Atividades |
| 08/2005 - 02/2007 | Serviços técnicos especializados , -, . |
|
Serviço realizado Tradução e Versão Técnica. |
| Rositec - Centro Pedagógico, -, Brasil. |
| Vínculo institucional |
| 2005 - 2006 | Vínculo: Autônomo, Enquadramento Funcional: Professor, Carga horária: 18 |
| Atividades |
| 08/2005 - 07/2006 | Ensino, Nível: Outro. |
| Disciplinas ministradas Biologia Ciências Química |
| Universidade Camilo Castelo Branco, UNICASTELO, Brasil. |
| Vínculo institucional |
| 2001 - 2002 | Vínculo: Celetista, Enquadramento Funcional: Professor Nível I |
| Atividades |
| 08/2001 - 04/2002 | Ensino, Fisioterapia, Nível: Graduação. |
| Disciplinas ministradas Histologia e Biologia |
Projetos de Pesquisa
| 2011 - Atual | Utilização de aprendizado de máquina em redes biológicas para previsão e determinação de regras para emergência de fenótipos de interesse |
| Descrição: O método reducionista tem ajudado no esclarecimento do funcionamento de muitos processos biológicos. Porém, tais processos são extremamente complexos e possuem propriedades emergentes que não podem ser explicadas ou mesmo previstas através do reducionismo. Para suplantar esses limites, pesquisadores têm usado um conjunto de métodos conhecido como biologia sistêmica, nova área da biologia cujo objetivo é a compreensão das interações não-lineares entre os múltiplos componentes dos processos biológicos. Essas interações podem ser representadas por um objeto matemático chamado grafo ou rede, onde os elementos interagentes são representados por nodos e as interações por arcos que conectam pares de nodos. Com base nos princípios da biologia sistêmica, propomos, neste projeto, (1) a construção da rede integrada de interações gênicas da levedura Saccharomyces cerevisiae contendo, simultaneamente, interações físicas entre proteínas, interações metabólicas e interações de regulação transcricional, (2) a determinação das medidas de centralidade dessa rede e (3) a utilização dessas medidas de centralidade para a predição e descrição, através da utilização de técnicas de aprendizado de máquina, da essencialidade de cada gene ou de cada interação gênica do organismo em diferentes condições de crescimento e da associação de cada interação gênica com certos fenótipos ou processos biológicos de interesse. Ainda, propomos também o desenvolvimento de um método baseado em aprendizado de máquina e medidas de centralidade da rede para a construção da rede de vias de sinalização envolvida em algum processo biológico de interesse em S. cerevisiae. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Ney Lemke - Coordenador / Marcio Luis Acencio - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.. |
| 2010 - Atual | DESENVOLVIMENTO DE UMA BASE DE DADOS PARA FATORES DE TRANSCRIÇÃO DE SERES HUMANOS E SUAS REDES DE INTERAÇÃO: HUMAN TRANSCRIPTIONAL REGULATION INTERACTION DATABASE HTRIDB 2.0 |
| Descrição: Introdução e objetivos: Fatores de transcrição são proteínas que se ligam a sequências
nucleotídicas específicas situadas à montante das regiões promotoras de genes e,
através dessa ligação, regulam positivamente ou negativamente a transcrição dos genes.
Devido a essa função reguladora, a identificação e a caracterização dos fatores de
transcrição são importantes para a compreensão de processos biológicos, como
proliferação e diferenciação celulares. As informações sobre os fatores de transcrição em
humanos, particularmente quais os genes que tais fatores regulam, são encontrados de
forma dispersa na literatura ou com disponibilidade limitada em banco de dados pagos.
Com objetivo de centralizar essas informações, desenvolvemos anteriormente um banco
de dados relacional para armazenar dados sobre as interações regulatórias entre os
fatores de transcrição e seus genes alvos (HTRIdb). Propomos neste projeto o
aperfeiçoamento desse banco de dados, incluindo novas funcionalidades, como interface
de manutenção do banco, ferramenta de visualização, mecanismo de exportação dos
dados em outros formatos, análise do grau de confiabilidade dos dados, a ampliação da
estrutura do banco de dados para inserção de novos dados e um questionário online para
a avaliação do banco de dados pelos usuários. Metodologia: O desenvolvimento da nova
versão 2.0 do HTRIdb com suas novas funcionalidades ocorrerá através de uma
plataforma de desenvolvimento Web baseada em Java. O Java será a linguagem de
programação padrão para o desenvolvimento, com objetivo de possibilitar a
compatibilidade com a interface do banco de dados já desenvolvido em Java..
Resultados esperados: Disponibilizar à comunidade científica uma ferramenta Web de
acesso gratuito e com uma interface amigável para possibilitar a manipulação de
informações sobre os fatores de transcrição humanos e possibilitar à pesquisadores gerar
hipóteses através dessas. Como resultados parciais já foram obtidos a impleme. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico ( 1) . Integrantes: Ney Lemke - Coordenador / Luiz Augusto Bovolenta - Integrante / Marcio Luis Acencio - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa.. |
| 2007 - 2011 | Construção in silico da rede integrada de interações moleculares envolvida com a regulação do ciclo celular pela adesão à matriz extracelular em Homo sapiens |
| Descrição: O método reducionista tem ajudado no esclarecimento do funcionamento de muitos processos biológicos. Porém, tais processos são extremamente complexos e possuem propriedades emergentes que não podem ser explicadas ou mesmo previstas através do reducionismo. Para suplantar esses limites, pesquisadores têm usado um conjunto de métodos conhecido como biologia sistêmica, nova área da biologia cujo objetivo é a compreensão das interações não-lineares entre os múltiplos componentes dos processos biológicos. Essas interações podem ser representadas por um objeto matemático chamado grafo ou rede, onde os elementos interagentes são representados por nodos e as interações por arcos que conectam pares de nodos. Neste projeto, nós propomos a construção in silico da rede integrada de interações moleculares entre genes envolvida com a regulação do ciclo celular pela adesão à matriz extracelular em Homo sapiens. Na maioria das células, a progressão do ciclo celular é dependente da adesão à matriz extracelular. Porém, após transformação oncogênica, as células adquirem a capacidade de proliferação na ausência de adesão à matriz extracelular. Tal habilidade é uma das propriedades fundamentais das células tumorais e também requisito para a aquisição da capacidade metastática. Como as metástases são responsáveis pela grande maioria das mortes por câncer, a análise não-linear e sistêmica da regulação do ciclo celular pela adesão à matriz extracelular pode levar a uma melhor compreensão de tal processo e também à descoberta de drogas que perturbem o sistema de forma a causar efeitos colaterais mínimos.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado ( 1) . Integrantes: Ney Lemke - Coordenador / Marcio Luis Acencio - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.. |
| 2003 - 2003 | Annotation of the human chromosome region 17p13 using expressed sequence tags (ESTs) |
| Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Cláudia Malheiros Coutinho-Camillo - Integrante / Simone Aparecida Bessa - Integrante / Marcilei Elisa Buim - Integrante / Elisabete Cristina Miracca - Integrante / Nancy da Rós - Integrante / Mariana Lopes dos Santos - Integrante / Paulo Cesar Costa dos Santos - Integrante / João Paulo Kitajima - Integrante / João Paulo Piazza - Integrante / Maria Aparecida Nagai - Coordenador / Marcio Luis Acencio - Integrante. . |
| 2002 - 2004 | Identification of sequence determinant for CDC6 degradation in anchorage deprivation |
| Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Shigeki Jinno - Integrante / Hiroto Okayama - Coordenador / Marcio Luis Acencio - Integrante. . |
| 2000 - 2003 | Genoma do Câncer Humano da FAPESP e Instituto Ludwig |
| Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Andrew J. Simpson - Coordenador / Human Cancer Genome Project Sequencing Consortium - Integrante / Marcio Luis Acencio - Integrante. . |
| 2000 - 2002 | Análises de perda de heterozigose na região cromossômica 17p13 e de metilação diferencial em carcinomas de próstata |
| Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Maria Aparecida Nagai - Coordenador / Marcio Luis Acencio - Integrante. . |
| 1998 - 2000 | Seqüenciamento do genoma da Xyllela fastidiosa |
| Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Anrew J. Simpson - Coordenador / The Xylella fastidiosa Consortium of the ONSA - Integrante / Marcio Luis Acencio - Integrante. . |
| 1996 - 1998 | Identificação e quantificação de queratam sulfato em urina humana |
| Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Yara M. Michelacci - Coordenador / Marcio Luis Acencio - Integrante. . |
Revisor de periódico
| 2009 - Atual | Periódico: Bioinformatics (Oxford) |
| 2009 - Atual | Periódico: Expert Review of Proteomics |
Áreas de atuação
| 1. | Grande área: Ciências
Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Bioinformática. |
| 2. | Grande área: Ciências
Biológicas / Área: Biologia Geral / Subárea: Biologia Sistêmica. |
| 3. | Grande área: Ciências
Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Biologia Molecular. |
| 4. | Grande área: Ciências
Biológicas / Área: Bioquímica. |
Idiomas
| Inglês | Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem. |
| Japonês | Compreende Pouco, Fala Pouco, Lê Pouco, Escreve Pouco. |
Prêmios e títulos
| 2000 | Mérito Científico e Tecnológico, Governo do Estado de São Paulo. |
Produção em C,T & A
| Produção bibliográfica |
| Citações | ||||||||||||||||||||||||||||
| ||||||||||||||||||||||||||||
| Artigos completos publicados em periódicos |
| 1. |   COSTA, P. R. ; ACENCIO, M. L. ; LEMKE, N. . A machine learning approach for genome-wide prediction of morbid and druggable human genes based on systems-level data. BMC Genomics , v. 11, p. S9, 2010. |
| 2. | ACENCIO, M. L. ; LEMKE, N. . Towards the prediction of essential genes by integration of network topology, cellular localization and biological process information. BMC Bioinformatics, v. 10, p. 290, 2009. |
| 3. | DE ALMEIDA, O. C. P. ; BOVOLENTA, L. A. ; ACENCIO, M. L. ; LEMKE, N. . Desenvolvimento de um banco de dados de fator de transcrição humano. Tékhne ε Lógos, v. 1, p. 120-138, 2009. |
| 4. | SILVA, J.P.M. ; ACENCIO, M. L. ; MOMBACH, J.C.M. ; VIEIRA, Renata ; SILVA, J.C. ; SINIAGLIA, M. ; LEMKE, N. . In silico network topology-based prediction of gene essentiality. Physica. A (Print), v. 387, p. 1049-1055, 2008. |
| 5. | BRENTANI, H. ; CABALLERO, O. L ; CAMARGO, A. A ; SILVA, A M ; SILVA, W. A ; DIAS NETO, E. ; GRIVET, M. ; GRUBER, A. ; GUIMARAES, P. E. M. ; HIDE, W. ; ISELI, C. ; JONGENEEL, C. V. ; KELSO, J. ; NAGAI, M. A. ; OJOPI, É. P. B. ; OSORIO, E. C. ; REIS, E. M. R ; RIGGINS, G. J. ; SIMPSON, A. J. ; SOUZA S. ; STEVENSON, B. J. ; STRAUSBERG, R. L. ; TAJARA, E. H. ; ALMEIDA, S. V. ; ACENCIO, M. L. ; BENGTSON, M. H. ; BETTONI F. ; BODEMER, W.F. ; BRIONES, M. R. S ; CAMARGO, L.P. ; et al. . The generation and utilization of a cancer-oriented representation of the human transcriptome by using expressed sequence tags. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, v. 100, n. 23, p. 13418-13423, 2003. |
| 6. | SIMPSON, A. ; REINACH, F. C. ; ABREU, P. A. F. A. ; ACENCIO, M. L. ; ALVARENGA, R ; ALVES, L. M. C. ; Araya J.E. ; BAIA G. S. ; BATISTA, C. S ; BARROS, M. H ; BONACCORSI, E. D ; BORDIN, S ; BOVÉ, J ; BRIONES, M. R. S ; BUENO, M. R. P. ; CAMARGO, A. A ; CAMARGO, L.E.A ; CARRARO, D. M. ; CARRER, H. ; COLAUTO, N. B. ; COLOMBO, C. A. ; COSTA, F. F. ; COSTA, M.C.R. ; COSTA NETO, C. M. ; COUTINHO, L. L ; CRISTOFANI, M ; DIAS NETO, E. ; DOCENA, C. ; et al. . The genome sequence of the plant pathogen Xylella fastidiosa. Nature (London), v. 406, p. 151-157, 2000. |
| 7. | SOUZA, S. J. ; CAMARGO, A. A ; BRIONES, M. R. S ; COSTA, F. F. ; NAGAI, M. A. ; ALMEIDA, S. V. ; ZAGO, M. A ; ANDRADE, L. E. C ; CARRER, H. ; ELDORRY, H. F. A ; ESPREAFICO, E. M. ; GAMA, A. H ; GIANNELLA NETO, D. ; GOLDMAN, G. H. ; GRUBER, A. ; HACKEL, C. ; KIMURA, E. T. ; MACIEL, R. M. B. ; MARIE, S. K. N. ; MARTINS, E. A. L. ; NÓBREGA, M. P ; LARSON, M. L. P. ; PARDINI, M. I. M. C ; PEREIRA, G. G. ; PESQUERO, J. B. ; RODRIGUES, V. ; ROGATTO, S. R. ; SILVA, I. D. C. G ; SOGAYAR, M. C. ; SONATI, M. F. ; TAJARA, E. H. ; VALENTINI, S. R. ; ACENCIO, M. L. ; ALBERTO, F. L. ; AMARAL, M. E. J. ; ANEAS, I. ; BENGTSON, M. H. ; CARRARO, D. M. ; CARVALHO, A. F ; et al. . Identification of human chromosome 22 transcribed sequences with ORF expressed sequence tags.. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, v. 97, p. 12690-12693, 2000. |
| Resumos publicados em anais de congressos |
| 1. | ACENCIO, M. L. ; LEMKE, N. . Construction and analysis of an integrated network of human genes involved in G1/S cell cycle transition regulation by anchorage to extracellular matrix. In: XXXIV Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada, 2011, Foz do Iguaçu. Livro de Resumos do XXXIV Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada, 2011. |
| 2. | ACENCIO, M. L. ; LEMKE, N. . A network topology-based machine learning approach to extract relevant cancer-related signaling subnetworks. In: 19th Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology, 2011, Viena. Proceedings of the 19th Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology, 2011. |
| 3. | VALENTE, G. T. ; ACENCIO, M. L. ; MARTINS, C. ; LEMKE, N. . UNISPPI: a universal in-silico predictor of protein-protein interactions based only on protein sequence information. In: 7th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology., 2011, Florianópolis. Proceedings of the 7th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology., 2011. |
| 4. | CAMILO, E. ; ACENCIO, M. L. ; LEMKE, N. . Determination of conditionally essential genes based on Escherichia coli integrated molecular network through machine learning. In: 7th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology., 2011, Florianópolis. Proceedings of the 7th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology., 2011. |
| 5. | CAMILO, E. ; ACENCIO, M. L. ; LEMKE, N. . Detecção de sub-redes diferencialmente expressas na rede integrada de interações gênicas de Escherichia coli cultivada em diferentes condições de crescimento.. In: VII Congresso de Física Aplicada à Medicina, 2011, Botucatu. Livro de Resumos do VII Congresso de Física Aplicada à Medicina, 2011. |
| 6. | BOVOLENTA, L. A. ; ACENCIO, M. L. ; LEMKE, N. . Human Transcriptional Regulation Interaction Databade (HTRIdb): 2010 update. In: 6th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology., 2010, Ouro Preto. Proceedings of the 6th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology., 2010. |
| 7. | ACENCIO, M. L. ; LEMKE, N. . Construção e análise da rede integrada de interações gênicas potencialmente envolvida com a regulação do ciclo celular pela adesão a matriz extracelular. In: VIII Workshop da Pós-Graduação, 2009, Botucatu. -, 2009. |
| 8. | GIGLIOLI, M. ; ACENCIO, M. L. ; LEMKE, N. . Análise de comunidades detectadas em redes biológicas integradas. In: VIII Workshop da Pós-Graduação, 2009, Botucatu. -, 2009. |
| 9. | GIGLIOLI, M. ; ACENCIO, M. L. ; LEMKE, N. . Detection of communities and the entropy in integrated biological networks. In: XXXII Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada, 2009, Águas de Lindoia. Livro de Resumos do XXXII Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada, 2009. |
| 10. | ACENCIO, M. L. ; LEMKE, N. . Deciphering the regulation of cell cycle progression by cell adhesion using an integrated network of gene interactions. In: 17th Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology, 2009, Estocolmo. Proceedings of the 17th International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology, 2009. |
| 11. | COSTA, P. R. ; ACENCIO, M. L. ; LEMKE, N. . Discovering gene druggability by topological features in human integrated network of gene interactions. In: XXXII Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada, 2009, Águas de Lindoia. Livro de Resumos da XXXII Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada, 2009. |
| 12. | COSTA, P. R. ; ACENCIO, M. L. ; LEMKE, N. . Network topology-based prediction of morbid and druggable genes. In: International Workshop on Network Science 2009 (NetSci 2009), 2009, Veneza. International Workshop and Conference on Network Science 2009 (NetSci'09) Abstracts Book, 2009. |
| 13. | COSTA, P. R. ; ACENCIO, M. L. ; LEMKE, N. . Topological features predict druggability in human integrated network of gene interactions. In: 5th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology, 2009, Angra dos Reis. X-Meeting Abstracts Book 2009, 2009. |
| 14. | LEMKE, N. ; ACENCIO, M. L. . Characterization of the yeast integrated network: topology and motifs. In: 5th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology, 2009, Angra dos Reis. X-Meeting Abstracts Book 2009, 2009. |
| 15. | ACENCIO, M. L. ; LEMKE, N. . A network topology-based machine learning approach for prediction of signaling pathways. In: 5th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology, 2009, Angra dos Reis. X-Meeting Abstracts Book 2009, 2009. |
| 16. | ANDRADE, T.F. ; GERMEK, G. ; ACENCIO, M. L. ; LEMKE, N. . Estudos comparativos das propriedades das redes integradas da E. coli e da S. cerevisiae. In: VII Workshop de Pós-Graduação de Ciências Biológicas do IBB - UNESP, 2008, Botucatu. -, 2008. |
| 17. | GERMEK, G. ; ANDRADE, T.F. ; ACENCIO, M. L. ; LEMKE, N. . Motivos topológicos na rede integrada da bactéria E. coli e da levedura S. cerevisiae.. In: XXXI Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada, 2008, Águas de Lindóia. Livro de Resumos da XXXI Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada, 2008. |
| 18. | ACENCIO, M. L. ; COSTA, P. R. ; NOLLI, D. ; LEMKE, N. . Network topology information-based prediction of human disease genes. In: International Workshop and Conference on Network Science 2008 (NetSci'08), 2008, Norwich. International Workshop and Conference on Network Science 2008 (NetSci'08) Abstracts Book, 2008. |
| 19. | ACENCIO, M. L. ; BOVOLENTA, L. A. ; LEMKE, N. . HTRIdb: an open-access database for experimentally verified human transcriptional regulation interactions. In: 4th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology, 2008, Salvador. Proceedings of the 4th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology, 2008. |
| 20. | GIGLIOLI, M. ; ACENCIO, M. L. ; LEMKE, N. . DETERMINAÇÃO DE COMUNIDADES EM REDES BIOLÓGICAS INTEGRADAS. In: IV Congresso de Física Aplicada à Medicina, 2008, Botucatu. Livro de Resumos do IV Congresso de Física Aplicada à Medicina, 2008. |
| 21. | BOVOLENTA, L. A. ; ACENCIO, M. L. ; LEMKE, N. . CONSTRUÇÃO DE UM BANCO DE DADOS DE FATORES DE TRANSCRIÇÃO HUMANOS. In: IV Congresso de Física Aplicada à Medicina, 2008, Botucatu. Livro de Resumos do IV Congresso de Física Aplicada à Medicina, 2008. |
| 22. | NOLLI, D.N. ; ACENCIO, M. L. ; LEMKE, N. . UTILIZAÇÃO DE APRENDIZADO DE MÁQUINA PARA A PREDIÇÃO DE GENES ESSENCIAIS EM Saccharomyces cerevisiae COM BASE NA TOPOLOGIA DA REDE INTEGRADA DE INTERAÇÕES GÊNICAS. In: IV Congresso de Física Aplicada à Medicina, 2008, Botucatu. Livro de Resumos do IV Congresso de Física Aplicada à Medicina, 2008. |
| 23. | COSTA, P. R. ; ACENCIO, M. L. ; LEMKE, N. . PREDIÇÃO DE GENES ALVO PARA DROGAS A PARTIR DA TOPOLOGIA DA REDE INTEGRADA DO H. SAPIENS. In: IV Congresso de Física Aplicada à Medicina, 2008, Botucatu. Livro de Resumos do IV Congresso de Física Aplicada à Medicina, 2008. |
| 24. | ANDRADE, T.F. ; GERMEK, G. ; ACENCIO, M. L. ; LEMKE, N. . RELAÇÃO ENTRE A PROXIMIDADE, INSERÇÃO E CONECTIVIDADE DE UM NODO PARA AS REDES BIOLÓGICAS INTEGRADAS DA E. coli E DA S. cerevisiae. In: IV Congresso de Física Aplicada à Medicina, 2008, Botucatu. Livro de Resumos do IV Congresso de Física Aplicada à Medicina, 2008. |
| 25. | COSTA, P. R. ; ACENCIO, M. L. ; LEMKE, N. . Discovering gene druggability by topological features in human integrated network of gene interactions. In: 8th International Symposium on Mathematical and Computaional Biology, 2008, Campos do Jordão. -, 2008. |
| 26. | ACENCIO, M. L. ; GERMEK, G. ; ANDRADE, T.F. ; LEMKE, N. . Towards the In Silico Construction of the Anchorage-Independent Cell Cycle Start Network. In: Third International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology, 2007, São Paulo. Proceedings of the Third International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology, 2007. |
| 27. | ACENCIO, M. L. ; GERMEK, G. ; ANDRADE, T.F. ; LEMKE, N. . Network topology-based in silico discovery of gene essentiality in Saccharomyces cerevisiae. In: 7th International Symposium on Mathematical and Computational Biology, 2007, Búzios. -, 2007. |
| 28. | ACENCIO, M. L. ; JINNO, S. ; OKAYAMA, H. . Identification of sequence determinant for CDC6 degradation in anchorage deprivation. In: The 26th Annual Meeting of the Molecular Biology Society of Japan, 2003, Kobe - Japão.
The 26th Annual Meeting of the Molecular Biology Society of Japan - Programs and Abstracts, 2003. |
| 29. | ACENCIO, M. L. ; COUTINHO-CAMILLO, C. M. ; BESSA, S. A. ; BUIM, M. E. ; MIRACCA, E. C. ; ROS, N. ; SANTOS, M. L. ; SANTOS, P. C. C. ; KITAJIMA, J. P. ; Piazza, JP, Nagai MA . Annotation of the human chromosome region 17p13 using expressed sequence tags (ESTs). In: 1º Simpósio Avanços em Pesquisas Médicas dos Laboratórios de Investigação Médica do HC-FMUSP, 2003, São Paulo - SP. 1º Simpósio Avanços em Pesquisas Médicas dos Laboratórios de Investigação Médica do HC-FMUSP - http://www.direxlim.fm.usp.br/r44.php, 2003. |
| 30. | ACENCIO, M. L. ; MICHELACCI, Y. M. . Identification and quantification of keratan sulfate in human urine. In: V Simpósio Brasileiro Sobre Matriz Extracelular, 1998, Angra dos Reis - RJ. V Simpósio Brasileiro Sobre Matriz Extracelular - Programa e Resumos, 1998. |
| 31. | SORIANO, E. S. ; QUIEROZ, M. ; ACENCIO, M. L. ; MICHELACCI, Y. M. . Glycosaminoglycan synthesis by human corneal explants. In: XXVII Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular, 1998, Caxambu - MG. Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular - SBBq - Programas e Resumos da XXVII Reunião Anual, 1998. |
| 32. | ACENCIO, M. L. ; AGUIAR, J. A. K. ; STRAUS, A. H. ; TAKAHASHI, H. K. ; MICHELACCI, Y. M. . Characterization of monoclonal antibodies directed to shark cartilage proteoglycans. In: XXV Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular, 1996, Caxambu - MG. Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular - SBBq - Programas e Resumos da XXV Reunião Anual, 1996. |
| Apresentações de Trabalho |
| 1. | ACENCIO, M. L. ; LEMKE, N. . In silico network-based discovery of candidate RB-E2F axis-independent signaling pathways involved in the cell-matrix adhesion-mediated control of G1/S cell cycle transition. 2010. (Apresentação de Trabalho/Outra). |
| Demais tipos de produção bibliográfica |
| 1. | ACENCIO, M. L. . Capítulo 5 do livro Robbins e Cotran - Patologia: Bases Patológicas das Doenças, 8a. edição. Rio de Janeiro: Elsevier Medicina Brasil, 2010. (Tradução/Livro). |
| Produção técnica |
| Softwares sem registro de patente |
| 1. | BOVOLENTA, L. A. ; ACENCIO, M. L. ; LEMKE, N. . HTRIdb: Human Transcriptional Regulation Interaction Database. 2008. |
| Trabalhos técnicos |
| 1. | ACENCIO, M. L. . Parecerista "ad hoc" do X Workshop da Pós-Graduação (UNESP Botucatu). 2011. |
| 2. | ACENCIO, M. L. . Parecerista "ad hoc" do VIII Congresso de Física Aplicada à Medicina (UNESP - Botucatu). 2011. |
| 3. | ACENCIO, M. L. . Parecerista "ad hoc" do National Science Foundation (EUA). 2010. |
| 4. | ACENCIO, M. L. . Parecerista "ad hoc" do VI Congresso de Física Aplicada à Medicina (UNESP Botucatu). 2010. |
| Demais tipos de produção técnica |
| 1. | ACENCIO, M. L. . Biologia do Câncer. 2011. (Curso de curta duração ministrado/Outra). |
| 2. | ACENCIO, M. L. . Biologia de Sistemas: decifrando a complexidade dos processos biológicos. 2009. (Curso de curta duração ministrado/Outra). |
| 3. | TAKEDA, A. A. S. ; FERNANDES, C. A. H. ; SANTOS, J. I. ; ACENCIO, M. L. . Proteínas: da seqüência genômica ao desenvolvimento de drogas. 2008. (Curso de curta duração ministrado/Outra). |
Bancas
| Participação em bancas examinadoras |
| Trabalhos de Conclusão de Curso de graduação |
| 1. | MAIA, I. G.; ACENCIO, M. L.; LEMKE, N.. Participação em banca de Pedro Rafael Costa. Determinação de genes mórbidos e drogáveis a partir da construção e análise da rede integrada de interações moleculares entre genes humanos. 2010. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Física Médica) - Instituto de Biociências de Botucatu - UNESP. |
| 2. | ACENCIO, M. L.; LEMKE, N.. Participação em banca de Ralph Pinotti Leite. Estratégia de Investimento baseada em padrões descobertos por mineração de dados em séries históricas de preços diários do Indice IBOVESPA e das ações da PETROBRAS-PN (PETR4.SA). 2010. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Física Médica) - Instituto de Biociências de Botucatu - UNESP. |
| 3. | LEMKE, N.; HORMAZA, J.M.; ACENCIO, M. L.. Participação em banca de Milena Giglioli. Determinação de comunidades em redes biológicas integradas. 2009. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Física Médica) - Instituto de Biociências de Botucatu - UNESP. |
| 4. | LEMKE, N.; ACENCIO, M. L.; FERNANDEZ, R. M.. Participação em banca de Tiago Felipe Andrade. Análise de propriedades topológicas das redes biológicas integradas da bactéria Escherichia coli e da levedura Saccharomyces cerevisiae. 2008. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Física Médica) - Instituto de Biociências de Botucatu - UNESP. |
| 5. | LEMKE, N.; HORMAZA, J.M.; ACENCIO, M. L.. Participação em banca de Guilherme Ribeiro Germek. Caracterização topológica dos motivos das Redes Biológicas Integradas da Escherichia coli e Saccharomyces cerevisiae. 2008. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Física Médica) - Instituto de Biociências de Botucatu - UNESP. |
Eventos
| Participação em eventos |
| 1. | 1st Sao Paulo School of Translational Science.In silico network-based discovery of candidate RB-E2F axis-independent signaling pathways involved in the cell-matrix adhesion-mediated control of G1/S cell cycle transition. 2010. (Encontro). |
| 2. | 17th Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology.Deciphering the regulation of cell cycle progression by cell adhesion using an integrated network of gene interactions. 2009. (Congresso). |
| 3. | 5th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology.A network topology-based machine learning approach for prediction of signaling pathways. 2009. (Congresso). |
| 4. | VIII Workshop da Pós-Graduação.Construção e análise da rede integrada de interações gênicas potencialmente envolvida com a regulação do ciclo celular pela adesão a matriz extracelular. 2009. (Oficina). |
| 5. | School and Conference: From Biological Networks to Cellular Functions: Evolution, Dynamics and Spatial Organization. 2009. (Outra). |
| 6. | 4th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology.HTRIdb: an open-access database for experimentally verified human transcriptional regulation interactions. 2008. (Congresso). |
| 7. | Third International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology.Towards the In Silico Construction of the Anchorage-Independent Cell Cycle Start Network. 2007. (Congresso). |
| 8. | 7th International Symposium on Mathematical and Computational Biology.Network topology-based in silico discovery of gene essentiality in Saccharomyces cerevisiae. 2007. (Simpósio). |
| 9. | 38o. Congresso Brasileiro de Patologia Clínica/Medicina Laboratorial Exposição Técnico-Científica. 2004. (Congresso). |
| 10. | 21st Century Center of Excellence Program for Biological Signaling Mechanism 2nd Retreat.Identification of sequence determinant for CDC6 degradation in anchorage deprivation. 2004. (Encontro). |
| 11. | The 26th Annual Meeting of the Molecular Biology Society of Japan.Identification of sequence determinant for CDC6 degradation in anchorage deprivation. 2003. (Congresso). |
| 12. | 1º Simpósio Avanços em Pesquisas Médicas dos Laboratórios de Investigação Médica do HC-FMUSP.Annotation of the human chromosome region 17p13 using expressed sequence tags (ESTs).. 2003. (Simpósio). |
| 13. | Proteolysis on Cellular Regulation. 2003. (Oficina). |
| 14. | 21st Century Center of Excellence Program for Biological Signaling Mechanism 1st Retreat. 2003. (Encontro). |
| 15. | The Human Cancer Genome Project/Cancer Genome Anatomy Project Annotation Consortium, Jamborestes. 2001. (Outra). |
| 16. | XXVII Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular.Glycosaminoglycan synthesis by human corneal explants. 1998. (Congresso). |
| 17. | V Simpósio Brasileiro Sobre Matriz Extracelular.Identification and quantification of keratan sulfate in human urine. 1998. (Simpósio). |
| 18. | Comemoração dos 30 Anos do Curso de Ciências Biológicas - Modalidade Médica. 1997. (Outra). |
| 19. | XXV Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular.Characterization of monoclonal antibodies directed to shark cartilage proteoglycans. 1996. (Congresso). |
| 20. | Seminários sobre o Meio Ambiente. 1996. (Seminário). |
| 21. | VII Congresso Acadêmico Paulista de Medicina. 1995. (Congresso). |
Orientações
| Orientações em andamento |
| Dissertação de mestrado |
| 1. | Luiz Augusto Bovolenta. Desenvolvimento de uma base de dados para fatores de transcrição de seres humanos e suas redes de interação: Human Transcriptional Regulation Interaction Database HTRIdb 2.0. Início: 2010. Dissertação (Mestrado em Biologia Geral e Aplicada) - Instituto de Biociências de Botucatu - UNESP, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. (Co-orientador). |
| Tese de doutorado |
| 1. | Esther Camilo dos Reis. Previsão de fenótipos em Escherichia coli através de redes biológicas e aprendizado de máquina. Início: 2011. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas em Genética) - Instituto de Biociências de Botucatu - UNESP, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. (Co-orientador). |
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