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Francisco Prosdocimi

Francisco é atualmente professor e pesquisador do Instituto de Bioquímica Médica (IBqM) da Universidade Federal do Rio de Janeiro (UFRJ). Tendo trabalhado um ano e meio na Universidade Católica de Brasília, Francisco ministrou disciplinas de Biologia Molecular, Bionformática, Filogenia molecular e Genômica comparativa. Doutor em bioinformática e mestre em genética pela UFMG, Francisco realizou ainda 2,5 anos de pós-doutorado, sendo um ano e meio deste tempo realizado em institutos de pesquisas franceses (IGBMC, Strasbourg; Université de Provence, Marseilles). Bioinformata trabalhando principalmente com genômica comparativa e evolutiva, Francisco foi orientado pela desenvolvedora do software ClustalW para alinhamentos múltiplos de genomas durante seu pós-doc e por um dos desenvolvedores do software Artemis para anotação de genomas quando realizou o doutorado sanduíche no Sanger Center (Cambridge, UK). Francisco tem também um interesse cada vez maior por divulgação científica, história e filosofia da ciência.
(Texto informado pelo autor)

Última atualização do currículo em 16/01/2012
Endereço para acessar este CV:
http://lattes.cnpq.br/0314977130631834
Dados pessoais
NomeFrancisco Prosdocimi
Nome em citações bibliográficasProsdocimi, F.;PROSDOCIMI, F;Francisco Prosdocimi,
SexoMasculino
Endereço profissionalUniversidade Federal do Rio de Janeiro, Instituto de Bioquímica Médica.
Avenida Carlos Chagas Filho 373, Bloco E, sala 022
Cidade Universitária
21941-902 - Rio de Janeiro, RJ - Brasil
Telefone: (21) 25626759
URL da Homepage: http://biotec.icb.ufmg.br/chicopros

Formação acadêmica/Titulação
2008 - 2009Pós-Doutorado .
Institut de Génétique et de Biologie Moléculaire et Cellulaire.
Bolsista do(a): Agence Nationale Recherche .
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Biologia Molecular.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Biologia Molecular / Especialidade: Bioinformática.
2006 - 2007Pós-Doutorado .
Universidade Federal de Minas Gerais, UFMG, Brasil.
Bolsista do(a): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Minas Gerais .
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Biologia Molecular.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Genética.
2003 - 2006Doutorado em Bioinformática .
Universidade Federal de Minas Gerais.
Título: Racionalizando a utilização do algoritmo PHRED para análise de seqüências de DNA, Ano de Obtenção: 2006.
Orientador: José Miguel Ortega.
Bolsista do(a): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior .
Palavras-chave: PHRED; Base-calling; Filosofia da ciência; Crítica à ciência acadêmica; Dogmatismo na ciência; Análise de genomas e transcriptomas.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Biologia Molecular / Especialidade: Bioinformática.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Biologia Molecular.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Genômica.
2002 - 2003Mestrado em Genética .
Universidade Federal de Minas Gerais, UFMG, Brasil.
Título: Análise dos genes mais expressos e do status atual do transcriptoma de 'Schistosoma mansoni' utilizando ferramentas de bioinformática, Ano de Obtenção: 2003.
Orientador: Glória Regina Franco.
Palavras-chave: Schistosoma mansoni; bioinformática; análise de transcritos; anotação manual.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Genômica.
2002 - 2002Especialização em Especialização Em Bioinformática . (Carga Horária: 360h).
Laboratório Nacional de Computação Científica, LNCC, Brasil.
Título: Identificação e análise de novos transcritos relacionados à doença de Alzheimer no cromossomo 10 humano.
Orientador: Ana Tereza Vasconcelos, Anamaria Camargo, Helena Brentani.
2005 - 2006Aperfeiçoamento em Doutorado Sanduíche .
Wellcome Trust Sanger Institute.
Título: Análise do genoma (DNA) do verme Schistosoma mansoni. Ano de finalização: 2006.
Orientador: Matthew Berriman.
Bolsista do(a): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior .
1998 - 2001Graduação em Bacharelado Em Genética .
Universidade Federal de Minas Gerais, UFMG, Brasil.
Título: Análises Bioinformáticas de transcritos de Schistosoma mansoni.
Orientador: Glória Regina Franco.
Bolsista do(a): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico .
1994 - 1996Curso técnico/profissionalizante .
Centro Federal de Educação Tecnológica de Minas Gerais.

Atuação profissional
Universidade Federal do Rio de Janeiro, UFRJ, Brasil.
Vínculo institucional
2011 - Atual Vínculo: Servidor Público, Enquadramento Funcional: Professor Adjunto, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.
Atividades
2010 - AtualAtividades de Participação em Projeto, Instituto de Bioquímica Médica, .
Projetos de pesquisa
Mitocondrioma de peixes brasileiros
2009 - AtualAtividades de Participação em Projeto, Instituto de Bioquímica Médica, .
Projetos de pesquisa
Desenvolvimento de softwares para análises evolutivas
2005 - AtualAtividades de Participação em Projeto, .
Projetos de pesquisa
Evolução das vias bioquímicas
2002 - AtualAtividades de Participação em Projeto, Instituto de Bioquímica Médica, .
Projetos de pesquisa
Genômica e Transcriptômica animal
Universidade Católica de Brasília, UCB-DF, Brasil.
Vínculo institucional
2009 - 2011 Vínculo: Celetista formal, Enquadramento Funcional: Professor Doutor, Carga horária: 40

Projetos de Pesquisa
2010 - AtualMitocondrioma de peixes brasileiros
Descrição: Sequenciamento de mitocôndrias completas de espécimes brasileiros.
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação ( 1) / Especialização ( 0) / Mestrado acadêmico ( 0) / Mestrado profissionalizante ( 0) / Doutorado ( 0) .
Integrantes: Daniel Cardoso Carvalho - Integrante / Luciano Beheregaray - Integrante / Francisco Prosdocimi - Coordenador.

Número de produções C, T & A: 1 / Número de orientações: 1.
2009 - AtualDesenvolvimento de softwares para análises evolutivas
Descrição: Produção de ontologias para análises evolutivas em biologia e biomedicina.
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Integrantes: Brandon Chisham - Integrante / Enrico Pontelli - Integrante / Julie Thompson - Integrante / Arlin Stoltzfus - Integrante / Pierre Pontarotti - Integrante / Francisco Prosdocimi - Coordenador.

Número de produções C, T & A: 13.
2005 - AtualEvolução das vias bioquímicas
Descrição: Estudos sobre a evolução de genes envolvidos nas vias de biossíntese de aminoácidos..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação ( 2) / Especialização ( 0) / Mestrado acadêmico ( 0) / Mestrado profissionalizante ( 0) / Doutorado ( 1) .
Integrantes: José Miguel Ortega - Integrante / Rafael Guedes - Integrante / Lucas Kovalski Moura - Integrante / Francisco Prosdocimi - Coordenador.

Número de produções C, T & A: 5 / Número de orientações: 2.
2002 - AtualGenômica e Transcriptômica animal
Descrição: Estudos sobre a qualidade de sequências genômicas; análise de genomas e transcriptomas animais.
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Integrantes: José Miguel Ortega - Integrante / Felipe Rodrigues da Silva - Integrante / Francisco Prosdocimi - Coordenador.

Número de produções C, T & A: 17.

Membro de corpo editorial
2011 - Atual Periódico: Frontiers in Evolutionary and Population Genetics

Revisor de periódico
2011 - Atual Periódico: BMC Genomics
2011 - Atual Periódico: BMC Bioinformatics
2011 - Atual Periódico: Biological Journal of the Linnean Society
2011 - Atual Periódico: Molecular Biology Reports

Áreas de atuação
1. Grande área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Biologia Molecular / Especialidade: Bioinformática.
2. Grande área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Genômica.
3. Grande área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Genética Humana e Médica.
4. Grande área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Biologia Molecular.
5. Grande área: Ciências Humanas / Área: Filosofia / Subárea: Epistemologia.

Idiomas
Inglês Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.
Espanhol Compreende Razoavelmente, Fala Razoavelmente, Lê Razoavelmente, Escreve Razoavelmente.
Português Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.
Alemão Compreende Pouco Lê Pouco.
Francês Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Razoavelmente.
Italiano Compreende Pouco Lê Pouco.

Prêmios e títulos
2011Aprovado no concurso para Pesquisador Classe A, EMBRAPA.
2011Aprovado no concurso para Professor Adjunto, Instituto de Bioquímica Médica - IBqM, UFRJ.
2009Aprovado no concurso para Professor Adjunto, Universidade Católica de Brasília.
2008Post-doctorat, Institute de Genètique et Biologie Moleculaire et Celulaire (IGBMC, Strasbourg).
2006Melhor tese defendida em bioinformática, UFMG -- Reitoria de pós-graduação.
2006Melhores contos literários, Prefeitura de Roque Gonzales-RS.
2005Melhor trabalho apresentado no BSB, BSB -- Brazilian Symposium on Bioinformatics.
2001Melhores trabalhos de iniciação científica, UFMG.


Produção em C,T & A
Produção bibliográfica
Artigos completos publicados em periódicos
1.   PROSDOCIMI, Francisco ; Linard, Benjamin ; Pontarotti, Pierre ; Poch, Olivier ; Thompson, Julie D . Controversies in modern evolutionary biology: the imperative for error detection and quality control. BMC Genomics, v. 13, p. 5, 2012.
2. Gondim, Marcos Vinícius Pereira ; Silva, Joaquim Xavier ; PROSDOCIMI, Francisco ; Leonardecz-Neto, Eduardo ; Franco, Octávio Luiz ; Argañaraz, Enrique Roberto . Evidences for Viral Strain Selection in Late Stages of HIV Infection: An Analysis of Vpu Alleles. The Protein Journal, v. 2012, p. On Line, 2012.
3. PROSDOCIMI, Francisco ; Carvalho, Daniel Cardoso ; Almeida, Renan Nascimento ; Beheregaray, Luciano B. . The complete mitochondrial genome of two recently derived species of the fish genus Nannoperca (Perciformes, Percichthyidae). Molecular Biology Reports, p. veja doi, 2011.
4.   PROSDOCIMI, Francisco ; Bittencourt, Daniela ; da Silva, Felipe Rodrigues ; Kirst, Matias ; Motta, Paulo C. ; Rech, Elibio L. . Spinning Gland Transcriptomics from Two Main Clades of Spiders (Order: Araneae) - Insights on Their Molecular, Anatomical and Behavioral Evolution. Plos One, v. 6, p. e21634, 2011.
5. Silva, Joaquim Xavier da ; Franco, Octávio Luiz ; Lemos, Mikael Araújo Guimarães ; Gondim, Marcos Vinícius Pereira ; PROSDOCIMI, Francisco ; Argañaraz, Enrique Roberto . Sequence variations of Env signal peptide alleles in different clinical stages of HIV infection. Peptides (New York, N.Y. 1980), v. OnLine, p. 2011.07.14, 2011.
6.   Guedes, RLM ; PROSDOCIMI, F ; Fernandes, GR ; Moura, LK ; Ribeiro, HAL ; Ortega, JM . Amino acids biosynthesis and nitrogen assimilation pathways: a great genomic deletion during eukaryotes evolution. BMC Genomics, v. 12, p. S2, 2011.
7.   Benjamin Linard, ; Ngoc Hoan Nguyen, ; Francisco Prosdocimi, ; Olivier Poch, ; Thompson, . EvoluCode: Evolutionary Barcodes as a Unifying Framework for Multilevel Evolutionary Data. EVOL BIOINFORM, v. 8, p. 61-77, 2011.
8. D'AFONSECA, V. ; Prosdocimi, F. ; PENA, I. ; DORELLA, F. A. ; Pacheco, LG ; Moraes, P. M. ; TEIXEIRA, Santuza ; OLIVEIRA, S. C. ; COSER, E. M. ; Oliveirva, L. M. ; OLIVEIRA, Guilherme Correia ; MEYER, R. ; MIYOSHI, A. ; ORTEGA, J. M. ; AZEVEDO, V. . Survey of genome organization and gene content of Corynebacterium pseudotuberculosis. Microbiological Research, v. 165, p. 312-320, 2010.
9.   Prosdocimi, F. ; Chisham, B ; Pontelli, E ; Thompson, J ; Stoltzfus, A . Initial Implementation of a comparative Data Analysis Ontology. Evolutionary bioinformatics, v. 2009, p. 47-66, 2009.
10. Santana-Santos, L. ; Prosdocimi, F. ; Ortega, J.M. . Essential amino acid usage and evolutionary nutrigenomics of eukaryotes - insights into the differential usage of amino acids in protein domains and extra-domains. Genetics and Molecular Research, v. 7, p. 839-852, 2008.
11. Fernandes, G.R. ; Barbosa, D.V.C. ; Prosdocimi, F. ; Pena, I.A. ; Santana-Santos, L. ; COELHO JUNIOR, O. ; BARBOSA-SILVA, A. ; Velloso, H.M. ; Mudado, M.A. ; Natale, D.A. ; Faria-Campos, A.C. ; Aguiar, S.C.V. ; Ortega, J.M. . A procedure to recruit members to enlarge protein family databases - the building of UECOG (UniRef-Enriched COG Database) as a model. Genetics and Molecular Research, v. 7, p. 910-924, 2008.
12. Prosdocimi, F. ; MUDADO, M ; ORTEGA, J . A set of amino acids found to occur more frequently in human and fly than in plant and yeast proteomes consists of non-essential amino acids. Computers in Biology and Medicine, v. 37, p. 159-165, 2007.
13. Gonçalves, VF ; Prosdocimi, F. ; Santos, LS ; ORTEGA, J. M. ; PENA, S. D. . Sex-biased gene flow in African Americans but not in American Caucasians. Genetics and Molecular Research, v. 6, p. 156-161, 2007.
14. Prosdocimi, F. ; LOPES, Denize Altiva Oliveira ; PEIXOTO, F. C. ; Mourão, M. M. ; PACIFICO, LG ; RIBEIRO, R. A. ; ORTEGA, J. M. . Effects of sample re-sequencing and trimming on the quality and size of assembled consensus sequences. Genetics and Molecular Research, v. 6, p. 756-765, 2007.
15. FARIACAMPOS, A. C. ; CAMPOS, S. V. A. ; Prosdocimi, F. ; FRANCO, Glaura ; FRANCO, G. R. ; ORTEGA, J. M. . Efficient secondary database driven annotation using model organism sequences. In Silico Biology. An International Journal on Computational Molecular Biology, v. 6, p. 34, 2006.
16. GOERTZEL, B ; COELHO, L. S. ; PENNACHIN, Cassio ; GOERTZEL, I. ; QUEIROZ, M. ; PROSDOCIMI, F. ; Lobo, F. P. . Learning comprehensible classification rules from gene expression data using genetic programming and biological ontologies. Applied Artificial Intelligence, v. FLINS, p. 573-578, 2006.
17. SMIGRODZKI, R ; GOERTZEL, B ; PENNACHIN, C ; COELHO, L ; PROSDOCIMI, F ; PARKERJR, W . Genetic algorithm for analysis of mutations in Parkinson's disease. Artificial Intelligence in Medicine, v. 35, p. 227-241, 2005.
18. Prosdocimi, F. ; ORTEGA, J. M. . Diet as a pressure on the aminoacid content of proteomes.. Lecture Notes in Computer Science, Germany, v. 3594, p. 153-159, 2005.
19. Prosdocimi, F. ; ORTEGA, J. M. . Accessing optimal primer distance from insert. In Silico Biology (Online), v. 5, n. 43, 2005.
20. CALZAVARASILVA, C ; PROSDOCIMI, F ; ABATH, F ; PENA, S ; FRANCO, G . Nucleic acid binding properties of SmZF1, a zinc finger protein of. International Journal for Parasitology, v. 34, n. 11, p. 1211-1219, 2004.
21. FRANCO, G. R. ; Prosdocimi, F. ; FARIACAMPOS, A. C. ; ORTEGA, J. M. . Rede Mineira de Sequenciamento: O estudo do transcriptoma do parasita "Schistosoma mansoni".. Bioscience Journal (UFU), v. 2004, p. 93-100, 2004.
22. FARIACAMPOS, A. C. ; MUDADO, Maurício ; PEIXOTO, F. C. ; BRAVO-NETO, Estevam ; ORTEGA, J. M. . Ferramentas Bioinformáticas Aplicadas a Caracterização da Expressão Gênica.. Bioscience Journal (UFU), Uberlândia, v. Espec, p. 109-117, 2004.
23. Prosdocimi, F. ; SANTOS, Fabrício Rodrigues dos . Sobre bioinformática, genoma e ciência. Ciência Hoje, v. 209, p. 54-57, 2004.
24. Prosdocimi, F. ; PEIXOTO, F. C. ; ORTEGA, J. M. . Evaluation of window cohabitation of DNA sequencing errors and lowest PHRED quality values. Genetics and Molecular Research, Ribeirão Preto, v. 3, n. 4, p. 483-492, 2004.
25. Prosdocimi, F. ; FOLGUERAS-FLATSCHART, A. V. ; CERQUEIRA, G. C. ; BINNECK, E. . Bioinformática: manual do usuário. Biotecnologia Ciência & Desenvolvimento (Impresso), v. 29, p. 18-31, 2003.
26. Prosdocimi, F. ; PEIXOTO, F. C. ; ORTEGA, J. M. . DNA Sequences Base Calling by PHRED: Error Pattern Analysis. Revista Tecnologia da Informação, Brasília, v. 3, n. 2, p. 107-110, 2003.
27. PROSDOCIMI, Francisco ; Faria-Campos, Alessandra C ; Peixoto, Fabiano C ; Pena, Sérgio DJ ; Ortega, José M ; Franco, Glória R . Clustering of Schistosoma mansoni mRNA sequences and analysis of the most transcribed genes: implications in metabolism and biology of different developmental stages. Memórias do Instituto Oswaldo Cruz (Impresso), v. 97, p. 61-69, 2002.
Capítulos de livros publicados
1. PROSDOCIMI, F ; Chisham, B ; Pontelli, E ; Stoltzfus, A ; Thompson, J . Knowledge standardization in evolutionary biology: the Comparative Data Analysis Ontology (CDAO). In: Pierre Pontarotti; doi:10.1007/978-3-642-00952-5_12. (Org.). Evolutionary Biology: concept, modeling and application. Berlin: Springer, 2009, v. , p. 195-214.
2. Prosdocimi, F. ; PONTAROTTI, P. . Meeting Report: 12th Evolutionary Biology in Marseilles. In: Pierre Pontarotti; doi:10.1007/978-3-642-00952-5_12. (Org.). Evolutionary Biology: concept, modeling and application. : Springer, 2009, v. 1, p. 4-10.
Textos em jornais de notícias/revistas
1. Prosdocimi, F. . A teoria do gene egoísta. Clickciência, p. r1 - r5, 18 maio 2009.
2. Prosdocimi, F. . TODOS SOMOS TRANSGÉNICOS!. Pensar, Revista iberoamericana para la ciencia y la razón, USA, p. 3 - 10, 01 jul. 2006.
3. Prosdocimi, F. . Um guia para o cético boêmio. Revista da Terra Redonda, p. 6 - 11, 28 dez. 2002.
Trabalhos completos publicados em anais de congressos
1. Prosdocimi, F. ; ORTEGA, J. M. . About a preference for stop-resistant codons in eukaryotic genomes. In: Brazilian Symposium on Bioinformatics, 2007, Angra dos Reis. BSB2007 Poster Proceedings, 2007.
2. Prosdocimi, F. ; ORTEGA, J. M. . The codon usage of Leucine, Serine and Arginine reveals evolutionary stability of proteomes and protein-coding genes. In: Brazilian Symposium on Bioinformatics, 2007, Angra dos Reis. BSB2007 Poster Proceedings, 2007.
3. Prosdocimi, F. ; MUDADO, Maurício ; ORTEGA, J. M. . Successful clustering of ortholog groups by Bidirectional Best Hit (BBH) using organisms modeled from a single ancestral via stepwise mutation. In: ISMB 2006, 2006, Fortaleza. Proceedings of ISMB from the international society for computational biology. v. 14. p. 1.
4. Prosdocimi, F. ; Melo, H. ; Capanema, E. R. ; ORTEGA, J. M. . How protein evolution measured by similarity change and stop codon incidence depends on the genetic code. In: ISMB (Intelligent Systems for Molecular Biology) 2006, 2006, Fortaleza. Proceedings of ISMB (Intelligent Systems for Molecular Biology) 2006. v. 14. p. 1.
5. Mourão, M. M. ; Lobo, F. P. ; Prosdocimi, F. ; FRANCO, G. R. . Bioinformatics analyses of Schistosoma mansoni ESTs generated from trans-spliced enriched cDNA libraries. In: ISMB (Intelligent Systems for Molecular Biology) 2006, 2006, Fortaleza. Proceedings of ISMB 2006. v. 14. p. 1.
6. QUEIROZ, M. ; Prosdocimi, F. ; GOERTZEL, I. ; Lobo, F. P. . Inferring Gene Ontology category membership via gene expression and sequence similarity data analysis. In: KR-MED 2006, 2006, Baltimore, Maryland, USA. KR-MED 2006, 2006. v. 1. p. 98-98.
7. FREITAS, L. ; Prosdocimi, F. ; SANTOS, Fabricio Rodrigues dos . The simulation of microsatellite haplotype evolution: comparison between genealogy made without and with bottleneck. In: X-meeting -- 1st international conference of the AB3C, 2005, Caxambu. X-meeting 2005. v. 1. p. 139.
8. PEIXOTO, F. C. ; OLIVEIRA, Adriana ; CARVALHO, Osvaldo ; ORTEGA, J. M. . modEST: a simulator of cDNA library construction and EST sequencing. In: International Congress on Bioinformatics and Computational Biology, 2004, Angra dos Reis. Anais do II ICoBiCoBi, 2004.
9. Prosdocimi, F. ; LOPES, Denize Altiva Oliveira ; PEIXOTO, F. C. ; ORTEGA, J. M. . Effects of the number of reads and trimming on quality and size of assembled consensi. In: II International Congress on Bioinformatics and Computational Biology, 2004, Angra dos Reis. Anais do II ICoBiCoBi, 2004.
10. Prosdocimi, F. ; PEIXOTO, F. C. ; ORTEGA, J. M. . Evaluation of window cohabitation of DNA sequencing errors and lowest PHRED quality values. In: II International Congress on Bioinformatics and Computational Biology, 2004, Angra dos Reis. Anais do II ICoBiCoBi, 2004.
11. Prosdocimi, F. ; SILVA, Carlos Eduardo Calzavara ; SANTOS, Fabricio Rodrigues dos ; FRANCO, G. R. . TGFinder: automated identification of genes controlled by transcription factors using 'Drosophila melanogaster' as a model . In: II International Congress on Bioinformatics and Computational Biology, 2004, Angra dos Reis. Anais do II ICoBiCoBi, 2004.
12. Prosdocimi, F. ; PEIXOTO, F. C. ; ORTEGA, J. M. . DNA Sequences Base Calling by PHRED: Error Pattern Analysis. In: WOB - Work on Bioinformatics, 2003, Macaé. Anais do II WOB, 2003. v. 2.
Resumos expandidos publicados em anais de congressos
1. FERNANDES, G. ; BARBOSA, D. ; Prosdocimi, F. ; PENA, I. ; Santos, LS ; COELHO JUNIOR, O. ; BARBOSA-SILVA, A. ; Melo, H. ; MUDADO, Maurício ; NATALE, D. ; CAMPOS, S. V. A. ; ORTEGA, J. M. . Enrichment of COG Database with 905355 sequences from 3414 genomes. In: 16th Annual International Conference Intelligent Systems for Molecular Biology, 2008, Toronto. ISMB2008, 2008. v. 1. p. E21-E21.
2. GOERTZEL, I. ; QUEIROZ, M. ; Prosdocimi, F. ; Lobo, F. P. . Learning Comprehensible Classification Rules from Gene Expression Data. In: THIRD INTERNATIONAL MEETING ON COMPUTATIONAL INTELLIGENCE METHODS FOR BIOINFORMATICS AND BIOSTATISTICS, 2006, Genova, ITALY. CIBB 2006, 2006.
3. Prosdocimi, F. ; COELHO, L. S. ; PENNACHIN, C. ; GOERTZEL, I. ; QUEIROZ, M. ; PROSDOCIMI, F. ; Lobo, F. P. . Learning Comprehensible Classification Rules from Gene Expression Data Using Genetic Programming and Biological Ontologies. In: The 7th International FLINS Conference on Applied Artificial Intelligence Systems for Applied Research, 2006, Gênova. FLINS 2006. Gênova, 2006. v. 1. p. 10-10.
4. Prosdocimi, F. ; CERQUEIRA, G. C. ; CAMARGO, L. P. ; CAMARGO FILHO, F. ; FERREIRA, R. G. M. ; JUNQUEIRA, A. C. M. ; FOLGUERAS-FLATSCHART, A. V. . Candidate genes for the Late Onset Alzheimer disease in human chromosome 10. In: International Conference on Bioinformatics and Computational Biology, 2003, Ribeirão Preto. Anais do I ICoBiCoBi, 2003. v. 1.
5. Prosdocimi, F. ; PEIXOTO, F. C. ; FRANCO, G. R. . Bioinformatical analysis of 'Schistosoma mansoni' transcripts. In: XXXI Reunião anual da SBBq, 2002, Caxambu. Anais da XXXI Reunião anual da SBBq, 2002.
Resumos publicados em anais de congressos
1. PROSDOCIMI, Francisco ; BITTENCOURT, D. ; DA SILVA, F. R. ; KIRST, M. ; MOTTA, P. C. ; RECH, E. L. . Systems biology of spider webs. In: XIX Plant and Animal Genome Conference, 2011, San Diego. Plant and Animal Genome Conference Abstracts, 2011. v. 1. p. 72-72.
2. PROSDOCIMI, F ; LINARD, B. ; PONTAROTTI, P. ; POCH, O. ; Thompson, J . The influence of bad gene predictions to evolutionary analysis: a case study on the evolutionary fate of paralogs. In: X-meeting 2011 -- Brazilian International Conference in Bioinformatics, 2011, Florianópolis. Anais do VII X-meeting, 2011.
3. COSTA, I. R. ; ORTEGA, J. M. ; PROSDOCIMI, F . Evidences of positive selection in metazoan genes for essential amino acid pathways. In: X-meeting 2011 -- Brazilian International Conference in Bioinformatics, 2011, Florianópolis. Anais do VII X-meeting, 2011.
4. PROSDOCIMI, Francisco ; BITTENCOURT, D. ; DA SILVA, F. R. ; MOTTA, P. C. ; RECH, E. L. . MOLECULAR, BEHAVIORAL AND ANATOMICAL SOPHISTICATION IN SPIDER WEBS: INSIGHTS FROM SPINNING GLAND RNA-SEQ EXPERIMENTS IN PRIMITIVE AND MODERN SPIDERS. In: Anais do VI X-meeting, 2010, Ouro Preto. Anais do VI X-meeting, 2010. v. 1. p. TP03-TP03.
5. PROSDOCIMI, Francisco ; BITTENCOURT, D. ; DA SILVA, F. R. ; KIRST, M. ; MOTTA, P. C. ; RECH, E. L. . Next-generation sequencing analysis of two spider transcriptomes. In: XXXIX Reunião Anual da SBBq, 2010, Foz do Iguaçu. Anais da XXXIX Reunião Anual da SBBq, 2010. v. 1. p. 1-1.
6. PROSDOCIMI, Francisco ; Chisham, B ; Pontelli, E ; Thompson, J ; Stoltzfus, A . CDAO: a semantic web-ontology language to represent evolutionary biology data and analysis.. In: V X-meeting 2009, 2009, Angra dos Reis. Anais do V x-meeting, 2009. v. 1. p. 206-206.
7. PROSDOCIMI, Francisco ; Chisham, B ; Pontelli, E ; Thompson, J ; Stoltzfus, A . CDAO: an evolutionary framework for comparative data analysis. In: Data Integration in Life Sciences (DILS) 2008, 2008, Paris. Anais do DILS, 2008. v. 1. p. 14-14.
8. Santos, LS ; Prosdocimi, F. ; BARBOSA-SILVA, A. ; ORTEGA, J. M. . Clustering of Synthetic Homologs using Seed Linkage. In: XXXVII Reunião Anual da SBBq, 2008, Águas de Lindóia, São Paulo. Anais da XXXVII Reunião Anual da SBBq, 2008. v. 1.
9. Prosdocimi, F. ; ORTEGA, J. M. . Human and fly protein-coding genes contain more stop resistant codons than random nucleotide sequences. In: SBBq, 2007, Salvador. Anais da SBBq, 2007.
10. Santos, LS ; Prosdocimi, F. ; ORTEGA, J. M. . Essential amino acid usage and evolutionary nutrigenomics of eukaryotes. In: 3rd X-meeting -- International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computacional Biology, 2007, São Paulo. Anais do terceiro X-meeting, 2007.
11. Prosdocimi, F. ; PENA, I. ; ORTEGA, J. M. . Ortholog-specific PSSM matrices improves the annotation of Corynebacterium genomes. In: 3rd X-meeting -- International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computacional Biology, 2007, São Paulo. Anais do terceiro X-meeting, 2007.
12. COELHO JUNIOR, O. ; Prosdocimi, F. ; ORTEGA, J. M. . Favorable occurrence of beta string but not alpha helix in evolving proteins. In: 3rd X-meeting -- International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computacional Biology, 2007, São Paulo. Anais do terceiro X-meeting, 2007.
13. BARBOSA, D. ; FERNANDES, G. ; Prosdocimi, F. ; PENA, I. ; Santos, LS ; COELHO JUNIOR, O. ; BARBOSA-SILVA, A. ; NATALE, D. ; ORTEGA, J. M. . UECOG - Uniprot Enriched COG database. In: 3rd X-meeting -- International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computacional Biology, 2007, São Paulo. Anais do terceiro X-meeting, 2007.
14. Prosdocimi, F. ; ORTEGA, J. M. . Most effective positioning of the sequencing primer. In: XXXIV Reunião anual da SBBq, 2005, Águas de Lindóia. Anais do XXXIV Congresso da SBBq, 2005.
15. Prosdocimi, F. ; ORTEGA, J. M. . Tentative to produce high quality DNA molecules using the softwares PHRED, PHRAP and CAP3. In: XXXIII Reunião anual da SBBq, 2004, Caxambu. Anais da SBBq, 2004.
16. Prosdocimi, F. ; ORTEGA, J. M. . Does diet influence genome? -- a bioinformatics approach on the use of essential amino acids in proteins. In: XXXIII Reunião anual da SBBq, 2004, Caxambu. Anais da XXXIII SBBq, 2004.
17. Prosdocimi, F. ; SANTOS, Fabrício Rodrigues dos . MGSim: um simulador de genealogias a partir de locos de microsatélites. In: 50 Congresso Nacional de Genetica, 2004, Florianópolis. Anais do 50 CNG, 2004.
18. DRUMMOND, M. G. ; SILVA, Carlos Eduardo Calzavara ; Prosdocimi, F. ; FRANCO, G. R. . SAABs e TGFinder: novas ferramentas para o estudo da função de SmZF1, um possível fator de transcrição de 'Schistosoma mansoni'. In: 50 Congresso Nacional de Genética, 2004, Florianópolis. Anais do 50 CNG, 2004.
19. Prosdocimi, F. ; SILVA, Carlos Eduardo Calzavara ; SANTOS, Fabricio Rodrigues dos ; FRANCO, G. R. . TGFinder: um algoritmo para encontrar genes alvos de fatores de transcrição e suas aplicações. In: II ENAPEBI, 2004, Belo Horizonte. Anais do II ENAPEBI, 2004.
20. Prosdocimi, F. ; PEIXOTO, F. C. ; ORTEGA, J. M. . Effects of primer positioning and trimming algorithms in EST information retrieval. In: XXXII Reunião anual da SBBq, 2003, Caxambu. Anais da XXXII Reunião anual da SBBq, 2003.
21. Prosdocimi, F. ; FARIACAMPOS, A. C. ; FRANCO, G. R. . Mining GenBank and dbEST Schistosoma mansoni sequences. In: International Conference on Bioinformatics and Computational Biology (ICoBiCoBi), 2003, Ribeirão Preto. Anais do I ICoBiCoBi, 2003. v. 1.
22. PEIXOTO, F. C. ; Prosdocimi, F. ; ORTEGA, J. M. . Verificação dos valores de qualidade na vizinhança de erros de sequenciamento utilizando o algoritmo PHRED. In: 49 Congresso Nacional de Genética, 2003, Águas de Lindóia. Anais do 49 congresso de genética, 2003. v. 49.
23. FARIACAMPOS, A. C. ; Prosdocimi, F. ; FRANCO, G. R. ; ORTEGA, J. M. . Drosophila melanogaster and Caenorhabditis elegans efficiently annotate Schistosoma mansoni sequences. In: International Conference on Bioinformatics and Computational Biology, 2003, Ribeirão Preto. Anais do I ICoBiCoBi, 2003.
24. Prosdocimi, F. ; FARIACAMPOS, A. C. ; ORTEGA, J. M. ; FRANCO, G. R. ; PEIXOTO, F. C. . Comparison of sequence sets of 'Schistosoma mansoni' to 'Drosophila melanogaster' and 'Caenorhabditis elegans' and development of tools for selection of 'S. mansoni' clones for full length sequencing. In: XXXI Reunião anual da SBBq, 2002, Caxambu. Anais da XXXI Reunião anual da SBBq, 2002.
25. Prosdocimi, F. ; PEIXOTO, F. C. ; FARIACAMPOS, A. C. ; ORTEGA, J. M. ; PENA, S. D. ; FRANCO, G. R. . Avaliação comparativa da utilização dos softwares PHRAP e CAP3 no agrupamento de ESTs e CDSs de 'Schistosoma mansoni'. In: X SEMANA DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA UFMG, 2001, Belo Horizonte. Anais da X SEMANA DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA UFMG, 2001.
26. CARVALHO, D. C. ; Prosdocimi, F. ; ANDRADE, R. ; GODINHO, A. ; KALAPOTHAKIS, E. . Caracterização genética de populações de Curimbatá (Prochilodus lineatus) na bacia do rio Grande (MG), utilizando microsatélites. In: I Congresso Nacional de Biotecnologia, 2001, São Paulo. Anais do I Congresso Nacional de Biotecnologia, 2001.
27. Prosdocimi, F. ; SOUZA, S. J. ; PENA, S. D. J. . Tentativa de descoberta de novos genes no cromossomo Y humano através da bioinformática. In: X SEMANA DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA UFMG, 2001, Belo Horizonte. Anais da X SEMANA DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA UFMG, 2001.
28. Prosdocimi, F. ; FARIACAMPOS, A. C. ; PEIXOTO, F. C. ; ORTEGA, J. M. ; FRANCO, G. R. . Clustering, annotation and classification of Schistosoma mansoni sequences. In: VIII SYMPOSIUM INTERNATIONAL ON SCHISTOSOMIASIS, 2001, Recife. Proceedings of VIII SYMPOSIUM INTERNATIONAL ON SCHISTOSOMIASIS, 2001.
29. Prosdocimi, F. ; ZUCCONI, É. ; ANDRADE, R. ; GODINHO, A. ; GODINHO, H. ; KALAPOTHAKIS, E. . Isolamento e caracterização de marcadores de microsatélites em Prochilodus scrofa. In: IX SEMANA DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA UFMG, 2000, Belo Horizonte. Anais da IX SEMANA DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA UFMG, 2000.
30. Prosdocimi, F. ; NEVES, A. L. G. ; KALAPOTHAKIS, E. . Comparações entre técnicas de purificação de DNA plasmidial. In: VIII SEMANA DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA UFMG, 1999, Belo Horizonte. Anais da VIII SEMANA DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA UFMG, 1999.
31. Prosdocimi, F. ; BOMJARDIM, M. B. . Programa didático sobre síntese de proteínas e genética molecular. In: XXXXV CONGRESSO NACIONAL DE GENÉTICA, 1999, Gramado. Anais do XXXXV CONGRESSO NACIONAL DE GENÉTICA, 1999.
Artigos aceitos para publicação
1. GUEDES, R. ; Prosdocimi, F. ; MOURA, L. K. ; FERNANDES, G. ; Ribeiro, H. ; ORTEGA, J. M. . Amino acids biosynthesis and nitrogen assimilation pathways: a great genomic deletion during eukaryotes evolution. BMC Bioinformatics, 2011.
Apresentações de Trabalho
1. Prosdocimi, F. . Impaired fertility in humans: an evolutionary explanation. 2009. (Apresentação de Trabalho/Congresso).
2. QUADROS, L. ; Prosdocimi, F. ; FERNANDES, G. ; ORTEGA, J. M. . Human proteins are codified with codons that balance the resistance to non-synonymous mutations with the prevention of STOP codons. 2009. (Apresentação de Trabalho/Congresso).
3. Prosdocimi, F. ; Chisham, B ; Pontelli, E ; Thompson, J ; Stoltzfus, A . CDAO: the evolutionary ontology. 2008. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
Demais tipos de produção bibliográfica
1. PROSDOCIMI, Francisco ; PONTAROTTI, P. . Sobre o décimo segundo encontro de biologia evolutiva em Marseilles. Springer, 2010. (Tradução/Artigo).
2. PROSDOCIMI, F . Panorama da prosa brasileira contemporânea, vol. 1. Blocos On Line, 2009 (Coletânea de Contos).
3. Prosdocimi, F. . Desnecessárias verdades pré-nupciais. Roque Gonzales, RS: Igaçaba Produções Culturais, 2006 (Coletânea de Contos).
Produção técnica
Softwares sem registro de patente
1. PROSDOCIMI, F ; Chisham, B ; Pontelli, E ; Thompson, J ; Stoltzfus, A . CDAO: a semantic web-ontology language to represent evolutionary biology data and analysis.. 2009.
2. FERNANDES, G. ; BARBOSA, D. ; PROSDOCIMI, F ; PENA, I. ; Santos, LS ; COELHO JUNIOR, O. ; BARBOSA-SILVA, A. ; Melo, H. ; NATALE, D. ; Faria-Campos, A.C. ; CAMPOS, S. V. A. ; ORTEGA, J. M. . UE-COG. 2008.
3. Prosdocimi, F. . TGFinder: Automated software for identification of transcription factor target genes. 2004.
4. Prosdocimi, F. . Scripts PERL para Bioinformática. 2002.
5. Prosdocimi, F. ; BOMJARDIM, M. B. . Software didático sobre síntese de proteínas e genética molecular. 1999.
Demais tipos de produção técnica
1.
PROSDOCIMI, F . Introdução à Bioinformática Genômica. 2011. .
2.
PROSDOCIMI, F . Bioinformática para a análise de genomas. 2010. (Curso de curta duração ministrado/Outra).
3.
Prosdocimi, F. . Bioinformática para a análise de genomas. 2009. (Curso de curta duração ministrado/Outra).
4.
Prosdocimi, F. . Introdução á bioinformática. 2006. (Curso de curta duração ministrado/Especialização).
5. Prosdocimi, F. . Introdução à bioinformática. 2006. (Desenvolvimento de material didático ou instrucional - Curso ON-LINE de bioinformática).
6. Prosdocimi, F. . Como a ciência encara a morte. 2006. (Programa de rádio ou TV/Entrevista).
Produção artística/cultural
1. Prosdocimi, F. . Crônicas soluárias. 2009. (Apresentação de obra artística/Literária).
Demais trabalhos
1. CERQUEIRA, G. C. ; HEALY, John ; YOUNG, Nelson D. . Compilação do Programa GapCoder para ambiente Linux. 2004 (Demais trabalhos relevantes).
2. Prosdocimi, F. . Chico On Line -- Evolução. 2003 (Demais trabalhos relevantes).
3. LACHTERMACHER-TRIUNFOL, Marcia . O DNA vai a escola (colaboração). 2003 (Demais trabalhos relevantes).
4. Prosdocimi, F. . O ceticismo e o conhecimento de cada um. 2002 (Demais trabalhos relevantes).
5. CASTRO, Cibele Soares de . Síntese e Processamento do RNA. 2001 (Demais trabalhos relevantes).
6. RIBEIRO, Beatriz Aquino ; CARVALHAIS, Lília Costa ; GOULART, Maíra de Figueiredo . Conservacao da Biodiversidade. 2000 (Demais trabalhos relevantes).

Bancas
Participação em bancas examinadoras
Teses de doutorado
1. Prosdocimi, F.; GRATTAPAGLIA, D.; COELHO, A. S. G.; IANELLA, P.; PAIVA, S. R.; PEREIRA, R. W.. Participação em banca de Carla dos Anjos de Souza. Padrões de diversidade mitocondrial e nuclear em raças de suínos naturalizadas do Brasil.. 2011. Tese (Doutorado em Ciências Genômicas e Biotecnologia) - Universidade Católica de Brasília.

Eventos
Participação em eventos
1. XIX Plant and Animal Genome Conference.Systems biology of spider webs. 2011. (Congresso).
2. VII X-meeting.The influence of bad gene predictions to evolutionary analysis: a case study on the evolutionary fate of paralogs. 2011. (Congresso).
3. XXXIX Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular - SBBq.Next-generation sequencing analysis of two spider transcriptomes. 2010. (Congresso).
4. VI X-meeting.MOLECULAR, BEHAVIORAL AND ANATOMICAL SOPHISTICATION IN SPIDER WEBS: INSIGHTS FROM SPINNING GLAND RNA-SEQ EXPERIMENTS IN PRIMITIVE AND MODERN SPIDERS. 2010. (Congresso).
5. 55 Congresso Nacional de Genética.Impaired fertility in humans: an evolutionary explanation. 2009. (Congresso).
6. Data Integration in Life Sciences.CDAO: an evolutionary framework for comparative data analysis. 2008. (Congresso).
7. 12th Evolutionary Biology Meeting in Marseilles.Framework for a Comparative Data Analysis Ontology (C-DAO). 2008. (Congresso).
8. XXXIV Reunião Anual da SBBq.XXXIV Reunião Anual da SBBq. 2005. (Congresso).
9. Brazilian Symposium on Bioinformatics.Brazilian Symposium on Bioinformatics. 2005. (Congresso).
10. XXXIII Reunião Anual da SBBq.XXXIII Reunião Anual da SBBq. 2004. (Congresso).
11. 50 Congresso Nacional de Genética.50 Congresso Nacional de Genética. 2004. (Congresso).
12. II ENAPEBI.II ENAPEBI. 2004. (Congresso).
13. .II International Congress on Bioinformatics and Computational Biology (ICoBiCoBi). 2004. (Congresso).
14. .49 Congresso Nacional de Genética. 2003. (Congresso).
15. .I International Conference on Bioinformatics and Computational Biology - ICoBiCoBi. 2003. (Congresso).
16. .XXXII Reunião Anual da SBBq. 2003. (Congresso).
17. Work on Bioinformatics.Work on Bioinformatics -- WOB. 2003. (Congresso).
18. .XXXI Reunião Anual da SBBq. 2002. (Congresso).
19. .VIII Symposium International on Schistosomiasis. 2001. (Congresso).
20. .XXX Reunião Anual da SBBq. 2001. (Congresso).
21. .X Semana de Iniciação Científica da UFMG. 2001. (Simpósio).
22. .IX Semana de Iniciação Científica da UFMG. 2000. (Simpósio).
23. .45 Congresso Nacional de Genética. 1999. (Congresso).
24. .VIII Semana de Iniciação Científica da UFMG. 1999. (Simpósio).
25. XI Jornada de Biologia da PUC.XI Jornada de Biologia da PUC-MG. 1997. (Congresso).

Orientações
Supervisões e orientações concluídas
Trabalho de conclusão de curso de graduação
1. Lucas Kovalski Moura. Evolução da heterotrofia: estudo das vias biossintéticas de aminoácidos, lipídeos, vitaminas e nucleotídeos. 2011. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Biomedicina) - Universidade Católica de Brasília. Orientador: Francisco Prosdocimi.
Iniciação Científica
1. Krzysztof Siemion. A grande deleção das vias bioquímicas de biosíntese de aminoácidos. 2011. Iniciação Científica. (Graduando em Medicina) - Universidade Federal do Rio de Janeiro, International Federation of Medical Students Association. Orientador: Francisco Prosdocimi.
2. Diana Claro Pessoa. Divulgação científica: o doping genético. 2011. Iniciação Científica. (Graduando em Medicina) - Universidade Federal do Rio de Janeiro, International Federation of Medical Students Association. Orientador: Francisco Prosdocimi.
3. Laryssa Santos Queiroz. Nutrigenômica evolutiva em eucariotos. 2010. Iniciação Científica - Universidade Católica de Brasília, Universidade Católica de Brasília. Orientador: Francisco Prosdocimi.
4. Renan Nascimento de Almeida. Montagem, anotação da mitocôndria completa de peixes do gênero Nannoperca. 2010. Iniciação Científica - Universidade Católica de Brasília, Universidade Católica de Brasília. Orientador: Francisco Prosdocimi.
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