Francisco Prosdocimi

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  • Última atualização do currículo em 12/11/2018


Francisco é o presidente regional da Sociedade Brasileira de Genética para os estados de RJ, MG e ES (Regional Leste da SBG, mandato 2016-2018). É professor adjunto (nível 4) e pesquisador do Instituto de Bioquímica Médica Leopoldo de Meis (IBqM), da Universidade Federal do Rio de Janeiro (UFRJ). Ministra disciplinas regulares na pós-graduação em Química Biológica (CAPES nível 7) nas áreas de (i) Bionformática, (ii) Big Data, (iii) Genômica comparativa e evolutiva, (iv) Epistemologia e filosofia da ciência e (v) Oficina de ciência, arte e educação. Como pesquisador, trabalha principalmente com bioinformática para a análise de genomas e transcriptomas. Seus projetos atuais visam documentar a biodiversidade brasileira em nível molecular ao estudar genomas de aves, peixes, macacos, orquídeas e outros organismos. Realiza estudos multidisciplinares que tentam unir a genômica, o estudo do metabolismo animal, o estudo da biodiversidade brasileira e a biomedicina. Francisco participa de grupos nacionais e internacionais de excelência em pesquisa científica, tendo publicado em periódicos importantes como: Science, PNAS, Nucleic Acids Research, Genome Research e outros. Doutor em bioinformática e mestre em genética pela UFMG, Francisco tem importantes e consistentes experiências internacionais de pesquisa, tendo trabalhado no Sanger Center (Cambridge, UK), Institut de Genetique et Biologie Moleculaire (Strasbourg, França), Cold Spring Harbor Laboratory (New York, US), Duke University (Durham, US), Université de Bourdeaux (Bordeaux, França), Universitat Wurzburg (Wurzburg, Alemanha) e Botanischer Garten (Berlim, Alemanha). Francisco mantém colaborações estáveis com diversos grupos nacionais e internacionais para a análise comparativa, descritiva e evolutiva de genomas. (Texto informado pelo autor)


Identificação


Nome
Francisco Prosdocimi
Nome em citações bibliográficas
Prosdocimi, F.;PROSDOCIMI, F;Francisco Prosdocimi,;PROSDOCIMI, FRANCISCO

Endereço


Endereço Profissional
Universidade Federal do Rio de Janeiro, Instituto de Bioquímica Médica Leopoldo de Meis.
Avenida Carlos Chagas Filho 373, Bloco E, sala 022
Cidade Universitária
21941-902 - Rio de Janeiro, RJ - Brasil
Telefone: (21) 25626759
URL da Homepage: http://biotec.icb.ufmg.br/chicopros


Formação acadêmica/titulação


2003 - 2006
Doutorado em Bioinformática.
Universidade Federal de Minas Gerais, UFMG, Brasil.
Título: Racionalizando a utilização do algoritmo PHRED para análise de seqüências de DNA, Ano de obtenção: 2006.
Orientador: José Miguel Ortega.
Bolsista do(a): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior, CAPES, Brasil.
Palavras-chave: PHRED; Base-calling; Filosofia da ciência; Crítica à ciência acadêmica; Dogmatismo na ciência; Análise de genomas e transcriptomas.
Grande área: Ciências Biológicas
Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Biologia Molecular.
Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Genômica.
2002 - 2003
Mestrado em Genética.
Universidade Federal de Minas Gerais, UFMG, Brasil.
Título: Análise dos genes mais expressos e do status atual do transcriptoma de 'Schistosoma mansoni' utilizando ferramentas de bioinformática,Ano de Obtenção: 2003.
Orientador: Glória Regina Franco.
Palavras-chave: Schistosoma mansoni; bioinformática; análise de transcritos; anotação manual.
Grande área: Ciências Biológicas
2002 - 2002
Especialização em Especialização Em Bioinformática. (Carga Horária: 360h).
Laboratório Nacional de Computação Científica, LNCC, Brasil.
Título: Identificação e análise de novos transcritos relacionados à doença de Alzheimer no cromossomo 10 humano.
Orientador: Ana Tereza Vasconcelos, Anamaria Camargo, Helena Brentani.
2005 - 2006
Aperfeiçoamento em Doutorado Sanduíche.
Wellcome Trust Sanger Institute, SANGER, Inglaterra.
Título: Análise do genoma (DNA) do verme Schistosoma mansoni. Ano de finalização: 2006.
Orientador: Matthew Berriman.
Bolsista do(a): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior, CAPES, Brasil.
1998 - 2001
Graduação em Bacharelado Em Genética.
Universidade Federal de Minas Gerais, UFMG, Brasil.
Título: Análises Bioinformáticas de transcritos de Schistosoma mansoni.
Orientador: Glória Regina Franco.
Bolsista do(a): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, CNPq, Brasil.
1994 - 1996
Curso técnico/profissionalizante.
Centro Federal de Educação Tecnológica de Minas Gerais, CEFET/MG, Brasil.


Pós-doutorado


2008 - 2009
Pós-Doutorado.
Institut de Génétique et de Biologie Moléculaire et Cellulaire, IGBMC, França.
Bolsista do(a): Agence Nationale Recherche, ANR, França.
Grande área: Ciências Biológicas
Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Biologia Molecular / Especialidade: Bioinformática.
2006 - 2007
Pós-Doutorado.
Universidade Federal de Minas Gerais, UFMG, Brasil.
Bolsista do(a): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Minas Gerais, FAPEMIG, Brasil.
Grande área: Ciências Biológicas
Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica.
Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Genética.


Atuação Profissional



Universidade Federal do Rio de Janeiro, UFRJ, Brasil.
Vínculo institucional

2011 - Atual
Vínculo: Servidor Público, Enquadramento Funcional: Professor Adjunto, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

Atividades

03/2013 - Atual
Ensino, Química Biológica, Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
Fundamentos em Bioquímica
09/2012 - Atual
Outras atividades técnico-científicas , Instituto de Bioquímica Médica Leopoldo de Meis, Instituto de Bioquímica Médica Leopoldo de Meis.

Atividade realizada
Desenvolvimento do site do IBqM.
06/2012 - Atual
Serviços técnicos especializados , Instituto de Bioquímica Médica Leopoldo de Meis, .

Serviço realizado
Gerenciamento e manutenção do super-computador UV-100 (Silicon Graphics).
10/2011 - Atual
Ensino, Química Biológica, Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
Seminários do Programa de Biologia Molecular e Biotecnologia (PBMB)
04/2011 - Atual
Pesquisa e desenvolvimento , Instituto de Bioquímica Médica Leopoldo de Meis, .

04/2011 - Atual
Ensino, Farmácia, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Bioquímica Básica
06/2011 - 12/2011
Ensino, Química Biológica, Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
Novas Técnicas de Sequenciamento (e análises bioinformáticas)

Universidade Católica de Brasília, UCB/DF, Brasil.
Vínculo institucional

2009 - 2011
Vínculo: Celetista formal, Enquadramento Funcional: Professor Doutor, Carga horária: 40



Linhas de pesquisa


1.
Bioinformática e biologia computacional

Objetivo: Desenvolvimento de algoritmos e programas de computador para a análise de genomas e transcriptomas.
Grande área: Ciências Biológicas
Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Genética Animal.
Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Genética Vegetal.
Setores de atividade: Pesquisa e desenvolvimento científico.
Palavras-chave: bioinformatics; genomics.
2.
Sequenciamento, montagem e anotação de genomas

Objetivo: Descoberta e análise de genomas de animais da Mata Atlântica, da flora fluminense, e de organismos de interesse biomédico.
Grande área: Ciências Biológicas
Setores de atividade: Pesquisa e desenvolvimento científico.
Palavras-chave: genomics; genome assembly; biodiversidade; biomedicina.
3.
Genômica comparativa

Objetivo: Comparar genomas de animais e vegetais com o objetivo de descobrir genes relacionados ao metabolismo celular que expliquem fenótipos animais e vegetais ou sejam de interesse biotecnológico.
Grande área: Ciências Biológicas
Setores de atividade: Publicidade e pesquisa de mercado.
Palavras-chave: Comparative genomics; genomics; transcriptomics.


Projetos de pesquisa


2013 - Atual
Genômica e Biodiversidade
Descrição: Nesse projeto sequenciamos e anotamos genomas de animais e plantas da fauna e flora fluminense e brasileira, incluindo plantas com potencial terapêutico (fitoterápicos)..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (2) / Doutorado: (2) .
Integrantes: Francisco Prosdocimi - Coordenador / Daniel Cardoso Carvalho - Integrante / Danilo Ribeiro de Oliveira - Integrante.Número de orientações: 6
2010 - Atual
Mitocondriômica animal
Descrição: Sequenciamento de mitocôndrias completas de espécimes brasileiros e análise comparativa e evolutiva de mitogenomas.
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (2) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (1) .
Integrantes: Francisco Prosdocimi - Coordenador / Daniel Cardoso Carvalho - Integrante / Luciano Beheregaray - Integrante.
Número de produções C, T & A: 3 / Número de orientações: 1
2009 - Atual
Desenvolvimento de softwares para análises evolutivas
Descrição: Produção de ontologias para análises evolutivas em biologia e biomedicina.
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Doutorado: (1) .
Integrantes: Francisco Prosdocimi - Coordenador / Brandon Chisham - Integrante / Enrico Pontelli - Integrante / Julie Thompson - Integrante / Arlin Stoltzfus - Integrante / Pierre Pontarotti - Integrante.
Número de produções C, T & A: 13
2005 - Atual
Evolução das vias bioquímicas
Descrição: Estudos sobre a evolução de genes envolvidos nas vias de biossíntese de aminoácidos..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (1) .
Integrantes: Francisco Prosdocimi - Coordenador / José Miguel Ortega - Integrante / Rafael Guedes - Integrante / Lucas Kovalski Moura - Integrante.
Número de produções C, T & A: 4 / Número de orientações: 2
2002 - Atual
Genômica e Transcriptômica animal e vegetal
Descrição: Estudos sobre a qualidade de sequências genômicas; análise de genomas e transcriptomas animais.
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Doutorado: (1) .
Integrantes: Francisco Prosdocimi - Coordenador / José Miguel Ortega - Integrante / Daniel Cardoso Carvalho - Integrante / Felipe Rodrigues da Silva - Integrante / ana tereza ribeiro vasconcelos - Integrante / W Bryan Jennings - Integrante.
Número de produções C, T & A: 20 / Número de orientações: 1


Projetos de extensão


2013 - Atual
Divulgação científica através de histórias em quadrinhos
Descrição: Pretendemos criar histórias para a divulgação de ciências.
Situação: Em andamento; Natureza: Extensão.


Revisor de periódico


2011 - Atual
Periódico: BMC Genomics
2011 - 2015
Periódico: BMC Bioinformatics
2016 - Atual
Periódico: Genetics and Molecular Biology (online version)
2017 - Atual
Periódico: Marine Genomics (Print)


Revisor de projeto de fomento


2011 - Atual
Agência de fomento: Fundação Carlos Chagas Filho de Amparo à Pesquisa do Estado do RJ


Áreas de atuação


1.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Biologia Molecular/Especialidade: Bioinformática.
2.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Genômica.
3.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Genética Humana e Médica.
4.
Grande área: Ciências Humanas / Área: Educação.
5.
Grande área: Ciências Humanas / Área: Filosofia / Subárea: Epistemologia.
6.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Biologia Molecular.


Idiomas


Inglês
Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.
Espanhol
Compreende Bem, Fala Razoavelmente, Lê Bem, Escreve Pouco.
Português
Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.
Alemão
Compreende PoucoLê Pouco.
Francês
Compreende Bem, Fala Razoavelmente, Lê Bem, Escreve Razoavelmente.


Prêmios e títulos


2011
Aprovado no concurso para Pesquisador Classe A, EMBRAPA.
2011
Aprovado no concurso para Professor Adjunto, Instituto de Bioquímica Médica - IBqM, UFRJ.
2009
Aprovado no concurso para Professor Adjunto, Universidade Católica de Brasília.
2008
Post-doctorat, Institute de Genètique et Biologie Moleculaire et Celulaire (IGBMC, Strasbourg).
2006
Melhor tese defendida em bioinformática, UFMG -- Reitoria de pós-graduação.
2006
Melhores contos literários, Prefeitura de Roque Gonzales-RS.
2005
Melhor trabalho apresentado no BSB, BSB -- Brazilian Symposium on Bioinformatics.
2001
Melhores trabalhos de iniciação científica, UFMG.


Produções



Produção bibliográfica
Citações

Web of Science
Total de trabalhos:55
Total de citações:753
Fator H:11
Prosdocimi, Francisco  Data: 05/03/2018

SciELO
Total de trabalhos:46
Total de citações:568
Francisco Prosdocimi  Data: 11/03/2017

Outras
Total de trabalhos:89
Total de citações:1256
Francisco Prosdocimi  Data: 05/03/2018

Artigos completos publicados em periódicos

1.
PÉREZ-VALENCIA, JUAN ALBERTO2018PÉREZ-VALENCIA, JUAN ALBERTO ; PROSDOCIMI, FRANCISCO ; CESARI, ITALO M. ; DA COSTA, IGOR RODRIGUES ; FURTADO, CAROLINA ; AGOSTINI, MICHELLE ; RUMJANEK, FRANKLIN DAVID . Angiogenesis and evading immune destruction are the main related transcriptomic characteristics to the invasive process of oral tongue cancer. Scientific Reports, v. 8, p. On Line, 2018.

2.
Prosdocimi, F.2018Prosdocimi, F.; JOSE, M. V. ; FARIAS, S. T. . Be Introduced to the First Universal Common Ancestor (FUCA): The Great-Grandmother of LUCA (Last Universal Common Ancestor). Preprints (MDPI), v. On Line, p. 1, 2018.

3.
BARROSO LIMA, NICHOLAS COSTA2018BARROSO LIMA, NICHOLAS COSTA ; ALMEIDA, LUIZ GONZAGA ; COSTA, I. R. ; SANTOS, Fabricio Rodrigues dos ; VASCONCELOS, A. T. R. ; Prosdocimi, F. . Comparative mitogenomic analyses of Amazona parrots and Psittaciformes. GENETICS AND MOLECULAR BIOLOGY (ONLINE VERSION), v. 41, p. 593-604, 2018.

4.
PROSDOCIMI, FRANCISCO2018PROSDOCIMI, FRANCISCO; JHEETA, SOHAN ; TORRES DE FARIAS, SÁVIO . Conceptual challenges for the emergence of the biological system: cell theory and self-replication. MEDICAL HYPOTHESES, v. OnLine, p. 1, 2018.

5.
Francisco Prosdocimi,2018Francisco Prosdocimi,; FARIAS, Sávio T . Deep Ancestry of Orthologs and a Theoretical, Gradualist Perspective for the Formation of the LUCA?s (Last Universal Common Ancestor) Genome. Preprints, v. 2018, p. 330, 2018.

6.
SCHOMAKER-BASTOS, ALEX2018SCHOMAKER-BASTOS, ALEX ; Prosdocimi, F. . mitoMaker: A Pipeline for Automatic Assembly and Annotation of Animal Mitochondria Using Raw NGS Data. Preprints (MDPI), v. 2018, p. 1, 2018.

7.
DANILEVICZ, MONICA2018DANILEVICZ, MONICA ; MOHARANA, KANHU ; VENANCIO, THIAGO ; FRANCO, LUCIANA ; CARDOSO, SÉRGIO ; CARDOSO, MÔNICA ; THIEBAUT, FLÁVIA ; HEMERLY, ADRIANA ; PROSDOCIMI, FRANCISCO ; FERREIRA, PAULO . Copaifera langsdorffii Novel Putative Long Non-Coding RNAs: Interspecies Conservation Analysis in Adaptive Response to Different Biomes. Non-Coding RNA, v. 4, p. 27, 2018.

8.
VIEIRA, G. A.2018VIEIRA, G. A. ; Prosdocimi, F. . No budget mitogenomics: Assembling 14 new mitogenomes for the ant subfamily Pseudomyrmecinae from public data. PEERJ PREPRINTS, v. 2018, p. 12, 2018.

9.
BARROSO LIMA, NICHOLAS COSTA2017BARROSO LIMA, NICHOLAS COSTA ; PROSDOCIMI, FRANCISCO . The heavy strand dilemma of vertebrate mitochondria on genome sequencing age: number of encoded genes or G-+-T content?. Mitochondrial DNA Part A, v. Epub, p. 1-6, 2017.

10.
ALBINO, RAYANE C.2017ALBINO, RAYANE C. ; OLIVEIRA, PRISSILA C. ; PROSDOCIMI, FRANCISCO ; DA SILVA, OSMAN F. ; BIZZO, HUMBERTO R. ; GAMA, PAOLA E. ; SAKURAGUI, CÁSSIA M. ; FURTADO, CAROLINA ; DE OLIVEIRA, DANILO R. . Oxidation of monoterpenes in Protium heptaphyllum oleoresins. Phytochemistry, v. OnLine, p. 1-20, 2017.

11.
DUMANS, ANA TERESA NOGUEIRA2017DUMANS, ANA TERESA NOGUEIRA ; GRIMALDI, DANIELLE BERTINO ; FURTADO, CAROLINA ; MACHADO, EDNILDO DE ALCANTARA ; PROSDOCIMI, FRANCISCO . The complete mitochondrial genome of the subsocial cockroach and phylogenomic analyses of Blattodea mitogenomes suggest reclassification of superfamilies. Mitochondrial DNA Part B, v. 2, p. 76-78, 2017.

12.
PROSDOCIMI, FRANCISCO2017PROSDOCIMI, FRANCISCO; PERINI, VIOLETA ; DUMANS, ANA TERESA NOGUEIRA ; FURTADO, CAROLINA ; DE CARVALHO, DANIEL CARDOSO . The complete mitochondrial genome of the surubim Pseudoplatystoma corruscans (Siluriformes: Pimelodidae) and mitochondrial phylogenomics of catfishes confirm monophyly of Siluriformes families. Conservation Genetics Resources (Print), v. 1, p. 1-1, 2017.

13.
ULIANO-SILVA, MARCELA2017ULIANO-SILVA, MARCELA ; DONDERO, FRANCESCO ; DAN OTTO, THOMAS ; COSTA, IGOR ; LIMA, NICHOLAS COSTA BARROSO ; AMERICO, JULIANA ALVES ; MAZZONI, CAMILA JUNQUEIRA ; PROSDOCIMI, FRANCISCO ; REBELO, MAURO DE FREITAS . A hybrid-hierarchical genome assembly strategy to sequence the invasive golden mussel Limnoperna fortunei. GigaScience, v. gix128, p. gix128, 2017.

14.
LOIOLA DOS SANTOS, LIVIA2017LOIOLA DOS SANTOS, LIVIA ; PROSDOCIMI, FRANCISCO ; COSTA BARROSO LIMA, NICHOLAS ; RODRIGUES DA COSTA, IGOR ; CUNHA CARDOSO, DANIELLE ; GONÇALVES DRUMMOND, MARCELA ; DOS SANTOS ALVES FIGUEIREDO BRASIL, BRUNO ; BASTIANETTO, EDUARDO ; APARECIDA ANDRADE DE OLIVEIRA, DENISE . Comparative genomics and phylogenomics of Trichostrongyloidea mitochondria reveal insights for molecular diagnosis and evolutionary biology of nematode worms. Gene Reports, v. 9, p. 65-73, 2017.

15.
PROSDOCIMI, FRANCISCO2016PROSDOCIMI, FRANCISCO; COSTA, I. R. ; JENNINGS, W. BRYAN . In silico phylogenomics using complete genomes: a case study on the evolution of hominoids. Genome Research, v. 1, p. gr.203950.115, 2016.

16.
FARIAS, Sávio T2016FARIAS, Sávio T ; PROSDOCIMI, FRANCISCO . Buds of the tree: the highway to the last universal common ancestor. International Journal of Astrobiology (Print), v. 1, p. 1-9, 2016.

17.
O?BRIEN, SUSAN PATRICIA2016O?BRIEN, SUSAN PATRICIA CHAN, DANNY LEUNG, FREDERICK KO, EUN JUNG KWAK, JIN SUN GWON, TAEHWAN LEE, JI MIN LEE, MIN-HO NOLTE, HELGA GOMMEL, MICHAEL SPONHOLZ, GERLINDE KRASTEV, YORDANKA SANDIRAN, YAMINI CONNELL, JULIA SOLOMON, NICKY KRASOVEC, URSA OPARA SRIBAR, RENATA MARTINSON, BRIAN C. THRUSH, CAROL R. GUNSALUS, C. K. ORANSKY, IVAN MARCUS, ADAM GRAF, CHRIS WARNE, VERITY WATES, EDWARD , et al.JOSHUA, SUE ROIG, MIGUEL MUMFORD, MICHAEL DESCHÊNES, MYLÈNE OLIVIER, CATHERINE DUPRAS-LEDUC, RAPHAËLLE HAMMATT, ZOË TAMOT, RAJU PARKER, ROBIN RICARD, CYNTHIA NGUYEN-KHOA, LOC TITUS, SANDRA JENSEN, KARSTEN KLINT GODECHARLE, SIMON NEMERY, BEN DIERICKX, KRIS GJERRIS, MICKEY ERIKSEN, MAUD MARION LAIRD HOEJ, JEPPE BERGGREN STENECK, NICHOLAS H. NEBEKER, CAMILLE KALICHMAN, MICHAEL BOOEN, ELIZABETH MEJIA PACHECO, BLANCA AZUCENA GIACINTO, REBECA ESPINOSA CASTANEDA, SHEILA LI, DING CHEN, QIONG ZHU, GUOLI SUN, ZHONGHE ABBASI, BADARUUDIN GANGULY, PARTHASARATHI GANGULY, BARNA BONN, NOÉMIE AUBERT DIERICKX, KRIS GODECHARLE, SIMON BOURCIER, DANIELE BORDÉ, JACQUES LEDUC, MICHÈLE CHOU, CHIEN PAN, SOPHIA JUI-AN TIEFENAUER, LOUIS XAVER BARR, DANIEL TAYLOR, PAUL HORN, LYN MARGARET POFF, DEBORAH MAVRINAC, MARTINA BRUMINI, GORDANA PETROVEč SANTOS, CHRISTIANE COELHO VASCONCELOS, SONIA LAMMEY, RACHAEL HARTGERINK, CHRIS VAN ASSEN, MARCEL WICHERTS, JELTE HAUGE, HANNE SILJE MANKA, AARON ITURRIZAGA, RAFFAEL FOEGER, NICOLE LESCANO, A. ROXANA LANATA, CLAUDIO VASQUEZ, GISSELLA MARIANA, LEGUIA SILVA, MARITA KASPER, MATHEW MONTERO, CLAUDIA BAUSCH, DANIEL LESCANO, ANDRES G. BLOM, FENNEKE BOUTER, LEX LATEGAN, LAETUS O. K. MANAIA, GUSTAVO FITAS MCCORMACK, WAYNE T. ALLEN, WILLIAM L. CONNELLY, SHANE CRITES, JOSHUA ENGLER, JEFFREY FREEDMAN, VICTORIA GARVAN, CYNTHIA W. HAIDET, PAUL HOCKENSMITH, JOEL MCELROY, WILLIAM SANDER, ERIK VOLPE, REBECCA VERDERAME, MICHAEL F. KRSTIC, SNEZANA HANDY, LOUISE SCHALLER-DEMERS, DEBRA TAYLOR, PAUL BARR, DANIEL LEROUGE, INGE CIELEN, GERARD SCHOOFS, LILIANE MARUSIC, ANA SQUAZZONI, FLAMINIO VAUX, DAVID AL-WAZZAN, KHALID ALORAINY, IBRAHIM GRAF, CHRIS WARNE, VERITY O?BRIEN, NOLAN GUERIN, SUZANNE DODD, PHILIP WELLS, FRANK BLEWETT, CATHERINE LITTO, FREDRIC M. DE LECUONA, ITZIAR LÖFSTROM, ERIKA MAES, KATRIEN DIERICKX, KRIS BONN, NOÉMIE GODECHARLE, SIMON PEATFIELD, TONY BOEHME, OLIVIER CAPORALE, CINZIA FANELLI, DANIELE CARFORA, JOHN STRAUSS, ERIC LYNN, WILLIAM DE BRUYN, DIETER NELE, BRACKE DE GELDER, KATRIEN VAN DER BURGHT, STEFANIE E SILVA, JOSÉ ROBERTO LAPA VASCONCELOS, SONIA M. R. INGIERD, HELENE FRANKEL, MARK VASGIRD, DANIEL BIRD, STEPHANIE YARBOROUGH, MARK ALORAINY, IBRAHIM AL-WAZZAN, KHALID GARNER, HAROLD CAMPO-ENGELSTEIN, LISA MASTER, ZUBIN SMITH, ELISE RESNIK, DAVID WILLIAMS-JONES, BRYN MALICKI, MARIO UTROBICIC, ANA MARUSIC, ANA FANELLI, DANIELE IOANNIDIS, JOHN P. A. TER RIET, GERBEN WALLEY, TOM BOUTER, LEX MARIUS VAN DER STEEN, JENNY BOUTER, LEX VASCONCELOS, SONIA SORENSON, MARTHA PROSDOCIMI, FRANCISCO MASUDA, HATISABURO WATANABE, EDSON PINTO, JOSÉ CARLOS PALÁCIOS, MARISA E SILVA, JOSÉ LAPA LETA, JACQUELINE VIEYRA, ADALBERTO PINTO, ANDRÉ SANT?ANA, MAURICIO SHINKAI, ROSEMARY YUDIN, BORIS VERGÈS, ETIENNE BRUN-WAUTHIER, ANNE-SOPHIE VIAL, GÉRALDINE VINTHER, TORKILD BÄHR, VOLKER KALICHMAN, MICHAEL PLEMMONS, DENA DAVIES, REBECCA LYNN LAUBE, KATRINA SCHEOPNER, CYNTHIA GALLAND, JOHN MAISONNEUVE, HERVÉ DECULLIER, EVELYNE NOBLE, BRIAN GILIS, ANJA GALLACHER, DAVID J. LAVRIJSSEN, TOM DAVID, MALWITZ DASGUPTA, MALINI MOLS, HANS SAVARD, TONY MAH, ERIC WAGER, ELIZABETH KLEINERT, SABINE KIERMER, VERONIQUE HUFTON, ANDREW CLYNE, MELANIE VASCONCELOS, SONIA ALMEIDA, RENAN MORITZ FONTES-PEREIRA, ALDO CATELANI, FERNANDA ROCHA, KARINA IORNS, ELIZABETH GUNN, WILLIAM LEDUC, MICHÈLE LETELLIER, LUCIENNE MALHERBE, CORNELIA KAMATA, TAKEHITO ENEBAKK, VIDAR PENROD, LYNN NØRGAARD, THOMAS ELVERDAM, CHARLOTTE FASSIN, YVES FEKKEN, CYNTHIA ADAM, JAMAL ANDERSON, MELISSA S. WICHERTS, JELTE BUTTLIERE, BRETT GROVES, TRISH SHANAHAN, DANIEL SIMERA, IVETA KIRTLEY, SHONA VILLANUEVA, ELEANA STRUTHERS, CAROLINE MACCARTHY, ANGELA ALTMAN, DOUGLAS GREBENSHCHIKOVA, ELENA GREENE, BRONWYN ROHR, TED SIMERA, IVETA SHANAHAN, DANIEL HARRIMAN, STEPHANIE GROVES, TRISH STRUTHERS, CAROLINE VARANTOLA, KRISTA NOLTE, HELGA OPARA, URSA VINTHER, TORKILD WAGER, ELIZABETH NØRGAARD, THOMAS ROKNE, JON SETTI, GIANLUCA MACPHERSON, GORDON HAZELKORN, ELLEN SMITH, CARTHAGE MCLAUGHLIN, ROBERT H. MARTINS, TATIANA DUQUE TANIMOTO, TETSUYA STENECK, NICHOLAS FANELLI, DANIELE KALLEBERG, RAGNVALD HUSSEIN, TAJAMMUL SUN, PING TZENG, OVID VARANTOLA, KRISTA ZIMMERMAN, SUSAN SHINKAI, ROSEMARY LESCANO, ROXANA HEITMAN, ELIZABETH NIETO, MARIA ANDREA ROCIO DEL PILAR CONTRE ALORAINY, IBRAHIM AL-WAZZAN, KHALID CHOU, CHIEN PAN, SOPHIA JUI-AN FONG, ERIC WILHITE, AL GROVES, TRISH MOTTA-ROTH, DÉSIRÉE TIJDINK, JOERI SMULDERS, YVO LATEGAN, LAETUS O. K. MUMFORD, MICHAEL STEELE, LOGAN WATTS, LOGAN JOHNSON, JAMES CONNELLY, SHANE WILLIAMS, LEE TER RIET, GERBEN AMINI, SUFIA HOOFT, LOTTY KILICOGLU, HALIL VAN SETERS, JANNEKE EIJSACKERS, HERMAN VORAGEN, FONS VAN DER ZIJPP, AKKE BROM, FRANS ABBASI, BADARUDDIN ALMASOUD, NAIF NASSER LABUSCHAGNE, ADRI SEVERINSEN, JOHANNE ENGH, ESPEN ALANI, DAHAM ISMAIL JUSOFF, H. J. KAMARUZAMAN GORDON, ANITA HARTON, HELEN C. DE BRUYN, DIETER VAN DER BURGHT, STEFANIE ROCHA, KARINA DE ALBUQUERQUE DE VASCONCELOS, SONIA MARIA RAMOS MATANDIKA, LIMBANAZO PRATA, ALINE CAROLINA DE OLIVEIRA MACHADO NEFF, MARK WILLIAM FANELLI, DANIELE COSTAS, RODRIGO LARIVIÈRE, VINCENT FILHO, DOUGLAS LEONARDO GOMES GUEDES, DIEGO OLIVEIRA BÄHR, VOLKER KELLER, NIKLAS FEUFEL, MARKUS OFFENHAUSER, NIKOLAS KOWALCZUK, MARIA K. MOYLAN, ELIZABETH C. SPEANBURG, KATIE DASGUPTA, MALINI LUBOMIRSKI, MARIUSZ LAVRIJSSEN, TOM MALWITZ, DAVID GALLACHER, DAVID GILLIS, ANJA MARQUES, MARIA BETÂNIA DE FREITAS AMÂNCIO, LARESSA LIMA FERNANDES, RAPHAELA DIAS PATROCÍNIO, OLIVEIRA RECH, CLÁUDIA MARIA CORREIA BORGES MARQUES, MARIA BETÂNIA DE FREITAS RECH, CLÁUDIA MARIA CORREIA BORGES SOUSA, ADRIANA NASCIMENTO GARCIA, LEILA POSENATO HARRIMAN, STEPHANIE PATEL, JIGISHA LADA, FARIDA DI CAPUA, GIUSEPPE PEPPOLONI, SILVIA DUBOIS, JAMES M. CHIBNALL, JOHN VAN DER WALL, JILLON DUBOIS, JAMES M. CHIBNALL, JOHN VAN DER WALL, JILLON TAIT, RAYMOND HOLEN, JACOB JOHANNESSEN, ADELE FLAKKE ELLEFSEN, TORUNN RECH, CLAUDIA SOUSA, ADRIANA MARQUES, MARIA BETÂNIA DE FREITAS PEPPOLONI, SILVIA DI CAPUA, GIUSEPPE BERANZOLI, LAURA BEIRÃO, PAULO S. L. ZIMMERMAN, SUSAN KLEINERT, SABINE MARUSIC, ANA ANDERSON, MELISSA S. BOUTER, LEX ; Proceedings of the 4th World Conference on Research Integrity. Research Integrity and Peer Review, v. 1, p. 9, 2016.

18.
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PENHA, L. L.2016PENHA, L. L. ; HOFFMANN, L. ; SOUZA, S. S. ; MARTINS, A. C. A. ; BOTTARO, T. ; PROSDOCIMI, Francisco ; FAFFE, D. S. ; MOTTA, M. C. M. ; URMENYI, T. P. ; SILVA, R. . Symbiont modulates expression of specific gene categories in Angomonas deanei. Memórias do Instituto Oswaldo Cruz (Impresso), v. 2016, p. 3, 2016.

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MESQUITA, R. D.2015MESQUITA, R. D. VIONETTE-AMARAL, R. J. LOWENBERGER, C. RIVERA-POMAR, R. MONTEIRO, F. A. MINX, P. SPIETH, J. CARVALHO, A. B. PANZERA, F. LAWSON, D. TORRES, A. Q. RIBEIRO, J. M. C. SORGINE, M. H. F. WATERHOUSE, R. M. MONTAGUE, M. J. ABAD-FRANCH, F. ALVES-BEZERRA, M. AMARAL, L. R. ARAUJO, H. M. ARAUJO, R. N. ARAVIND, L. ATELLA, G. C. AZAMBUJA, P. BERNI, M. BITTENCOURT-CUNHA, P. R. , et al.BRAZ, G. R. C. CALDERON-FERNANDEZ, G. CARARETO, C. M. A. CHRISTENSEN, M. B. COSTA, I. R. COSTA, S. G. DANSA, M. DAUMAS-FILHO, C. R. O. DE-PAULA, I. F. DIAS, F. A. DIMOPOULOS, G. EMRICH, S. J. ESPONDA-BEHRENS, N. FAMPA, P. FERNANDEZ-MEDINA, R. D. DA FONSECA, R. N. FONTENELE, M. FRONICK, C. FULTON, L. A. GANDARA, A. C. GARCIA, E. S. GENTA, F. A. GIRALDO-CALDERON, G. I. GOMES, B. GONDIM, K. C. GRANZOTTO, A. GUARNERI, A. A. GUIGO, R. HARRY, M. HUGHES, D. S. T. JABLONKA, W. JACQUIN-JOLY, E. JUAREZ, M. P. KOERICH, L. B. LATORRE-ESTIVALIS, J. M. LAVORE, A. LAWRENCE, G. G. LAZOSKI, C. LAZZARI, C. R. LOPES, R. R. LORENZO, M. G. LUGON, M. D. MAJEROWICZ, D. MARCET, P. L. MARIOTTI, M. MASUDA, H. MEGY, K. MELO, A. C. A. MISSIRLIS, F. MOTA, T. NORIEGA, F. G. NOUZOVA, M. NUNES, R. D. OLIVEIRA, R. L. L. OLIVEIRA-SILVEIRA, G. ONS, S. PAGOLA, L. PAIVA-SILVA, G. O. PASCUAL, A. PAVAN, M. G. PEDRINI, N. PEIXOTO, A. A. PEREIRA, M. H. PIKE, A. POLYCARPO, C. Prosdocimi, F. RIBEIRO-RODRIGUES, R. ROBERTSON, H. M. SALERNO, A. P. SALMON, D. SANTESMASSES, D. SCHAMA, R. SEABRA-JUNIOR, E. S. SILVA-CARDOSO, L. SILVA-NETO, M. A. C. SOUZA-GOMES, M. STERKEL, M. TARACENA, M. L. TOJO, M. TU, Z. J. TUBIO, J. M. C. URSIC-BEDOYA, R. VENANCIO, T. M. WALTER-NUNO, A. B. WILSON, D. WARREN, W. C. WILSON, R. K. HUEBNER, E. DOTSON, E. M. OLIVEIRA, P. L. ; Genome of Rhodnius prolixus, an insect vector of Chagas disease, reveals unique adaptations to hematophagy and parasite infection. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, v. 2015, p. 1506226112, 2015.

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GOMES DE SÁ, PABLO2015GOMES DE SÁ, PABLO ; VERAS, ADONNEY ; FONTANA, CARLA SUERTEGARAY ; ALEIXO, ALEXANDRE ; BURLAMAQUI, TIBÉRIO ; MELLO, CLAUDIO VIANNA ; DE VASCONCELOS, ANA TEREZA RIBEIRO ; PROSDOCIMI, FRANCISCO ; RAMOS, ROMMEL ; SCHNEIDER, MARIA ; SILVA, ARTUR . The assembly and annotation of the complete Rufous-bellied thrush mitochondrial genome. Mitochondrial DNA, v. OnLine, p. 1-2, 2015.

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ULIANO-SILVA, MARCELA2014ULIANO-SILVA, MARCELA ; AMERICO, JULIANA ALVES ; BRINDEIRO, RODRIGO ; DONDERO, FRANCESCO ; PROSDOCIMI, FRANCISCO ; DE FREITAS REBELO, MAURO . Gene Discovery through Transcriptome Sequencing for the Invasive Mussel Limnoperna fortunei. Plos One, v. 9, p. e102973, 2014.

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JARVIS, E. D.2014 JARVIS, E. D. MIRARAB, S. ABERER, A. J. LI, B. HOUDE, P. LI, C. HO, S. Y. W. FAIRCLOTH, B. C. NABHOLZ, B. HOWARD, J. T. SUH, A. WEBER, C. C. DA FONSECA, R. R. LI, J. ZHANG, F. LI, H. ZHOU, L. NARULA, N. LIU, L. GANAPATHY, G. BOUSSAU, B. BAYZID, M. S. ZAVIDOVYCH, V. SUBRAMANIAN, S. GABALDON, T. , et al.CAPELLA-GUTIERREZ, S. HUERTA-CEPAS, J. REKEPALLI, B. MUNCH, K. SCHIERUP, M. LINDOW, B. WARREN, W. C. RAY, D. GREEN, R. E. BRUFORD, M. W. ZHAN, X. DIXON, A. LI, S. LI, N. HUANG, Y. DERRYBERRY, E. P. BERTELSEN, M. F. SHELDON, F. H. BRUMFIELD, R. T. MELLO, C. V. LOVELL, P. V. WIRTHLIN, M. SCHNEIDER, M. P. C. Prosdocimi, F. SAMANIEGO, J. A. VELAZQUEZ, A. M. V. ALFARO-NUNEZ, A. CAMPOS, P. F. PETERSEN, B. SICHERITZ-PONTEN, T. PAS, A. BAILEY, T. SCOFIELD, P. BUNCE, M. LAMBERT, D. M. ZHOU, Q. PERELMAN, P. DRISKELL, A. C. SHAPIRO, B. XIONG, Z. ZENG, Y. LIU, S. LI, Z. LIU, B. WU, K. XIAO, J. YINQI, X. ZHENG, Q. ZHANG, Y. YANG, H. WANG, J. SMEDS, L. RHEINDT, F. E. BRAUN, M. FJELDSA, J. ORLANDO, L. BARKER, F. K. JONSSON, K. A. JOHNSON, W. KOEPFLI, K.-P. O'BRIEN, S. HAUSSLER, D. RYDER, O. A. RAHBEK, C. WILLERSLEV, E. GRAVES, G. R. GLENN, T. C. MCCORMACK, J. BURT, D. ELLEGREN, H. ALSTROM, P. EDWARDS, S. V. STAMATAKIS, A. MINDELL, D. P. CRACRAFT, J. BRAUN, E. L. WARNOW, T. JUN, W. GILBERT, M. T. P. ZHANG, G. ; Whole-genome analyses resolve early branches in the tree of life of modern birds. Science (New York, N.Y.), v. 346, p. 1320-1331, 2014.

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MARINOTTI, O.2013MARINOTTI, O. CERQUEIRA, G. C. DE ALMEIDA, L. G. P. FERRO, M. I. T. LORETO, E. L. D. S. ZAHA, A. TEIXEIRA, S. M. R. WESPISER, A. R. ALMEIDA E SILVA, A. SCHLINDWEIN, A. D. PACHECO, A. C. L. DA SILVA, A. L. D. C. GRAVELEY, B. R. WALENZ, B. P. DE ARAUJO LIMA, B. RIBEIRO, C. A. G. NUNES-SILVA, C. G. DE CARVALHO, C. R. DE ALMEIDA SOARES, C. M. DE MENEZES, C. B. A. MATIOLLI, C. CAFFREY, D. ARAUJO, D. A. M. DE OLIVEIRA, D. M. GOLENBOCK, D. , et al.GRISARD, E. C. FANTINATTI-GARBOGGINI, F. DE CARVALHO, F. M. BARCELLOS, F. G. Prosdocimi, F. MAY, G. DE AZEVEDO, G. M. GUIMARAES, G. M. GOLDMAN, G. H. PADILHA, I. Q. M. BATISTA, J. D. S. FERRO, J. A. RIBEIRO, J. M. C. FIETTO, J. L. R. DABBAS, K. M. CERDEIRA, L. AGNEZ-LIMA, L. F. BROCCHI, M. DE CARVALHO, M. O. TEIXEIRA, M. D. M. DE MASCENA DINIZ MAIA, M. GOLDMAN, M. H. S. CRUZ SCHNEIDER, M. P. FELIPE, M. S. S. HUNGRIA, M. NICOLAS, M. F. PEREIRA, M. MONTES, M. A. CANTAO, M. E. VINCENTZ, M. RAFAEL, M. S. SILVERMAN, N. STOCO, P. H. SOUZA, R. C. VICENTINI, R. GAZZINELLI, R. T. NEVES, R. D. O. SILVA, R. ASTOLFI-FILHO, S. MACIEL, T. E. F. URMENYI, T. P. TADEI, W. P. CAMARGO, E. P. DE VASCONCELOS, A. T. R. ; The Genome of Anopheles darlingi, the main neotropical malaria vector. Nucleic Acids Research, v. online, p. 10.1093/nar/gkt, 2013.

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Fernandes, G.R.2008Fernandes, G.R. ; Barbosa, D.V.C. ; Prosdocimi, F. ; Pena, I.A. ; Santana-Santos, L. ; COELHO JUNIOR, O. ; BARBOSA-SILVA, A. ; Velloso, H.M. ; Mudado, M.A. ; Natale, D.A. ; Faria-Campos, A.C. ; Aguiar, S.C.V. ; Ortega, J.M. . A procedure to recruit members to enlarge protein family databases - the building of UECOG (UniRef-Enriched COG Database) as a model. Genetics and Molecular Research, v. 7, p. 910-924, 2008.

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Prosdocimi, F.;PROSDOCIMI, F;Francisco Prosdocimi,;PROSDOCIMI, FRANCISCO2007Prosdocimi, F.; LOPES, Denize Altiva Oliveira ; PEIXOTO, F. C. ; Mourão, M. M. ; PACIFICO, LG ; RIBEIRO, R. A. ; ORTEGA, J. M. . Effects of sample re-sequencing and trimming on the quality and size of assembled consensus sequences. Genetics and Molecular Research, v. 6, p. 756-765, 2007.

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FRANCO, G. R.2004FRANCO, G. R. ; Prosdocimi, F. ; FARIACAMPOS, A. C. ; ORTEGA, J. M. . Rede Mineira de Sequenciamento: O estudo do transcriptoma do parasita "Schistosoma mansoni".. Bioscience Journal (UFU), v. 2004, p. 93-100, 2004.

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Prosdocimi, F.;PROSDOCIMI, F;Francisco Prosdocimi,;PROSDOCIMI, FRANCISCO2003Prosdocimi, F.; FOLGUERAS-FLATSCHART, A. V. ; CERQUEIRA, G. C. ; BINNECK, E. . Bioinformática: manual do usuário. Biotecnologia Ciência & Desenvolvimento (Impresso), v. 29, p. 18-31, 2003.

61.
Prosdocimi, F.;PROSDOCIMI, F;Francisco Prosdocimi,;PROSDOCIMI, FRANCISCO2003Prosdocimi, F.; PEIXOTO, F. C. ; ORTEGA, J. M. . DNA Sequences Base Calling by PHRED: Error Pattern Analysis. Revista Tecnologia da Informação, Brasília, v. 3, n.2, p. 107-110, 2003.

62.
PROSDOCIMI, Francisco2002PROSDOCIMI, Francisco; Faria-Campos, Alessandra C ; Peixoto, Fabiano C ; Pena, Sérgio DJ ; Ortega, José M ; Franco, Glória R . Clustering of Schistosoma mansoni mRNA sequences and analysis of the most transcribed genes: implications in metabolism and biology of different developmental stages. Memórias do Instituto Oswaldo Cruz (Impresso), v. 97, p. 61-69, 2002.

Livros publicados/organizados ou edições
1.
RUMJANEK, F. ; PROSDOCIMI, Francisco . Pequeno Manual de Bons Costumes no Laboratório. 1. ed. Rio de Janeiro: ArtecomCiencia, 2017. v. 1. 112p .

Capítulos de livros publicados
1.
ULIANO-SILVA, MARCELA ; AMERICO, JULIANA ALVES ; BRINDERO, R. ; DONDERO, F. ; Prosdocimi, F. ; REBELO, M. F. . The Genetics of the Golden Mussel ( Limnoperna fortunei ): Are Genes Related to Invasiveness?. In: Demetrio Boltovskoy. (Org.). Limnoperna Fortunei: The Ecology, Distribution and Control of a Swiftly Spreading Invasive Fouling Mussel. 1ed.: Springer, 2015, v. 10, p. 67-76.

2.
PROSDOCIMI, Francisco. A Theory on the Molecular Nature of Post-Zygotic Reproductive Isolation. In: Thangadurai D; Sangeetha J. (Org.). Genomics and Proteomics. 1ed.Tamil Nadu, India: Bioscience Publications, 2014, v. 1, p. 147-160.

3.
PROSDOCIMI, F; Chisham, B ; Pontelli, E ; Stoltzfus, A ; Thompson, J . Knowledge standardization in evolutionary biology: the Comparative Data Analysis Ontology (CDAO). In: Pierre Pontarotti; doi:10.1007/978-3-642-00952-5_12. (Org.). Evolutionary Biology: concept, modeling and application. Berlin: Springer, 2009, v. , p. 195-214.

4.
Prosdocimi, F.; PONTAROTTI, P. . Meeting Report: 12th Evolutionary Biology in Marseilles. In: Pierre Pontarotti; doi:10.1007/978-3-642-00952-5_12. (Org.). Evolutionary Biology: concept, modeling and application. : Springer, 2009, v. 1, p. 4-10.

Textos em jornais de notícias/revistas
1.
PROSDOCIMI, F; BASTOS, D. . O pavão e o condor: resenha da obra "O punho e a renda" do escritor Edgard Telles Ribeiro. Fórum de Literatura Brasileira Contemporânea, Rio de Janeiro, p. 1 - 5, 01 mar. 2012.

2.
Prosdocimi, F.. A teoria do gene egoísta. Clickciência, p. r1 - r5, 18 maio 2009.

3.
Prosdocimi, F.. ¡TODOS SOMOS TRANSGÉNICOS!. Pensar, Revista iberoamericana para la ciencia y la razón, USA, p. 3 - 10, 01 jul. 2006.

4.
Prosdocimi, F.. Um guia para o cético boêmio. Revista da Terra Redonda, p. 6 - 11, 28 dez. 2002.

Trabalhos completos publicados em anais de congressos
1.
Prosdocimi, F.; ORTEGA, J. M. . About a preference for stop-resistant codons in eukaryotic genomes. In: Brazilian Symposium on Bioinformatics, 2007, Angra dos Reis. BSB2007 Poster Proceedings, 2007.

2.
Prosdocimi, F.; ORTEGA, J. M. . The codon usage of Leucine, Serine and Arginine reveals evolutionary stability of proteomes and protein-coding genes. In: Brazilian Symposium on Bioinformatics, 2007, Angra dos Reis. BSB2007 Poster Proceedings, 2007.

3.
Prosdocimi, F.; MUDADO, Maurício ; ORTEGA, J. M. . Successful clustering of ortholog groups by Bidirectional Best Hit (BBH) using organisms modeled from a single ancestral via stepwise mutation. In: ISMB 2006, 2006, Fortaleza. Proceedings of ISMB from the international society for computational biology. v. 14. p. 1.

4.
Prosdocimi, F.; Melo, H. ; Capanema, E. R. ; ORTEGA, J. M. . How protein evolution measured by similarity change and stop codon incidence depends on the genetic code. In: ISMB (Intelligent Systems for Molecular Biology) 2006, 2006, Fortaleza. Proceedings of ISMB (Intelligent Systems for Molecular Biology) 2006. v. 14. p. 1.

5.
Mourão, M. M. ; Lobo, F. P. ; Prosdocimi, F. ; FRANCO, G. R. . Bioinformatics analyses of Schistosoma mansoni ESTs generated from trans-spliced enriched cDNA libraries. In: ISMB (Intelligent Systems for Molecular Biology) 2006, 2006, Fortaleza. Proceedings of ISMB 2006. v. 14. p. 1.

6.
QUEIROZ, M. ; Prosdocimi, F. ; GOERTZEL, I. ; Lobo, F. P. . Inferring Gene Ontology category membership via gene expression and sequence similarity data analysis. In: KR-MED 2006, 2006, Baltimore, Maryland, USA. KR-MED 2006, 2006. v. 1. p. 98-98.

7.
FREITAS, L. ; Prosdocimi, F. ; SANTOS, Fabricio Rodrigues dos . The simulation of microsatellite haplotype evolution: comparison between genealogy made without and with bottleneck. In: X-meeting -- 1st international conference of the AB3C, 2005, Caxambu. X-meeting 2005. v. 1. p. 139.

8.
PEIXOTO, F. C. ; OLIVEIRA, Adriana ; CARVALHO, Osvaldo ; ORTEGA, J. M. . modEST: a simulator of cDNA library construction and EST sequencing. In: International Congress on Bioinformatics and Computational Biology, 2004, Angra dos Reis. Anais do II ICoBiCoBi, 2004.

9.
Prosdocimi, F.; LOPES, Denize Altiva Oliveira ; PEIXOTO, F. C. ; ORTEGA, J. M. . Effects of the number of reads and trimming on quality and size of assembled consensi. In: II International Congress on Bioinformatics and Computational Biology, 2004, Angra dos Reis. Anais do II ICoBiCoBi, 2004.

10.
Prosdocimi, F.; PEIXOTO, F. C. ; ORTEGA, J. M. . Evaluation of window cohabitation of DNA sequencing errors and lowest PHRED quality values. In: II International Congress on Bioinformatics and Computational Biology, 2004, Angra dos Reis. Anais do II ICoBiCoBi, 2004.

11.
Prosdocimi, F.; SILVA, Carlos Eduardo Calzavara ; SANTOS, Fabricio Rodrigues dos ; FRANCO, G. R. . TGFinder: automated identification of genes controlled by transcription factors using 'Drosophila melanogaster' as a model. In: II International Congress on Bioinformatics and Computational Biology, 2004, Angra dos Reis. Anais do II ICoBiCoBi, 2004.

12.
Prosdocimi, F.; PEIXOTO, F. C. ; ORTEGA, J. M. . DNA Sequences Base Calling by PHRED: Error Pattern Analysis. In: WOB - Work on Bioinformatics, 2003, Macaé. Anais do II WOB, 2003. v. 2.

Resumos expandidos publicados em anais de congressos
1.
FERNANDES, G. ; BARBOSA, D. ; Prosdocimi, F. ; PENA, I. ; Santos, LS ; COELHO JUNIOR, O. ; BARBOSA-SILVA, A. ; Melo, H. ; MUDADO, Maurício ; NATALE, D. ; CAMPOS, S. V. A. ; ORTEGA, J. M. . Enrichment of COG Database with 905355 sequences from 3414 genomes. In: 16th Annual International Conference Intelligent Systems for Molecular Biology, 2008, Toronto. ISMB2008, 2008. v. 1. p. E21-E21.

2.
GOERTZEL, I. ; QUEIROZ, M. ; Prosdocimi, F. ; Lobo, F. P. . Learning Comprehensible Classification Rules from Gene Expression Data. In: THIRD INTERNATIONAL MEETING ON COMPUTATIONAL INTELLIGENCE METHODS FOR BIOINFORMATICS AND BIOSTATISTICS, 2006, Genova, ITALY. CIBB 2006, 2006.

3.
Prosdocimi, F.; COELHO, L. S. ; PENNACHIN, C. ; GOERTZEL, I. ; QUEIROZ, M. ; PROSDOCIMI, F. ; Lobo, F. P. . Learning Comprehensible Classification Rules from Gene Expression Data Using Genetic Programming and Biological Ontologies. In: The 7th International FLINS Conference on Applied Artificial Intelligence Systems for Applied Research, 2006, Gênova. FLINS 2006. Gênova, 2006. v. 1. p. 10-10.

4.
Prosdocimi, F.; CERQUEIRA, G. C. ; CAMARGO, L. P. ; CAMARGO FILHO, F. ; FERREIRA, R. G. M. ; JUNQUEIRA, A. C. M. ; FOLGUERAS-FLATSCHART, A. V. . Candidate genes for the Late Onset Alzheimer disease in human chromosome 10. In: International Conference on Bioinformatics and Computational Biology, 2003, Ribeirão Preto. Anais do I ICoBiCoBi, 2003. v. 1.

5.
Prosdocimi, F.; PEIXOTO, F. C. ; FRANCO, G. R. . Bioinformatical analysis of 'Schistosoma mansoni' transcripts. In: XXXI Reunião anual da SBBq, 2002, Caxambu. Anais da XXXI Reunião anual da SBBq, 2002.

Resumos publicados em anais de congressos
1.
PROSDOCIMI, Francisco; BITTENCOURT, D. ; DA SILVA, F. R. ; KIRST, M. ; MOTTA, P. C. ; RECH, E. L. . Systems biology of spider webs. In: XIX Plant and Animal Genome Conference, 2011, San Diego. Plant and Animal Genome Conference Abstracts, 2011. v. 1. p. 72-72.

2.
PROSDOCIMI, F; LINARD, B. ; PONTAROTTI, P. ; POCH, O. ; Thompson, J . The influence of bad gene predictions to evolutionary analysis: a case study on the evolutionary fate of paralogs. In: X-meeting 2011 -- Brazilian International Conference in Bioinformatics, 2011, Florianópolis. Anais do VII X-meeting, 2011.

3.
COSTA, I. R. ; ORTEGA, J. M. ; PROSDOCIMI, F . Evidences of positive selection in metazoan genes for essential amino acid pathways. In: X-meeting 2011 -- Brazilian International Conference in Bioinformatics, 2011, Florianópolis. Anais do VII X-meeting, 2011.

4.
PROSDOCIMI, Francisco; BITTENCOURT, D. ; DA SILVA, F. R. ; MOTTA, P. C. ; RECH, E. L. . MOLECULAR, BEHAVIORAL AND ANATOMICAL SOPHISTICATION IN SPIDER WEBS: INSIGHTS FROM SPINNING GLAND RNA-SEQ EXPERIMENTS IN PRIMITIVE AND MODERN SPIDERS. In: Anais do VI X-meeting, 2010, Ouro Preto. Anais do VI X-meeting, 2010. v. 1. p. TP03-TP03.

5.
PROSDOCIMI, Francisco; BITTENCOURT, D. ; DA SILVA, F. R. ; KIRST, M. ; MOTTA, P. C. ; RECH, E. L. . Next-generation sequencing analysis of two spider transcriptomes. In: XXXIX Reunião Anual da SBBq, 2010, Foz do Iguaçu. Anais da XXXIX Reunião Anual da SBBq, 2010. v. 1. p. 1-1.

6.
PROSDOCIMI, Francisco; Chisham, B ; Pontelli, E ; Thompson, J ; Stoltzfus, A . CDAO: a semantic web-ontology language to represent evolutionary biology data and analysis.. In: V X-meeting 2009, 2009, Angra dos Reis. Anais do V x-meeting, 2009. v. 1. p. 206-206.

7.
PROSDOCIMI, Francisco; Chisham, B ; Pontelli, E ; Thompson, J ; Stoltzfus, A . CDAO: an evolutionary framework for comparative data analysis. In: Data Integration in Life Sciences (DILS) 2008, 2008, Paris. Anais do DILS, 2008. v. 1. p. 14-14.

8.
Santos, LS ; Prosdocimi, F. ; BARBOSA-SILVA, A. ; ORTEGA, J. M. . Clustering of Synthetic Homologs using Seed Linkage. In: XXXVII Reunião Anual da SBBq, 2008, Águas de Lindóia, São Paulo. Anais da XXXVII Reunião Anual da SBBq, 2008. v. 1.

9.
Prosdocimi, F.; ORTEGA, J. M. . Human and fly protein-coding genes contain more stop resistant codons than random nucleotide sequences. In: SBBq, 2007, Salvador. Anais da SBBq, 2007.

10.
Santos, LS ; Prosdocimi, F. ; ORTEGA, J. M. . Essential amino acid usage and evolutionary nutrigenomics of eukaryotes. In: 3rd X-meeting -- International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computacional Biology, 2007, São Paulo. Anais do terceiro X-meeting, 2007.

11.
Prosdocimi, F.; PENA, I. ; ORTEGA, J. M. . Ortholog-specific PSSM matrices improves the annotation of Corynebacterium genomes. In: 3rd X-meeting -- International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computacional Biology, 2007, São Paulo. Anais do terceiro X-meeting, 2007.

12.
COELHO JUNIOR, O. ; Prosdocimi, F. ; ORTEGA, J. M. . Favorable occurrence of beta string but not alpha helix in evolving proteins. In: 3rd X-meeting -- International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computacional Biology, 2007, São Paulo. Anais do terceiro X-meeting, 2007.

13.
BARBOSA, D. ; FERNANDES, G. ; Prosdocimi, F. ; PENA, I. ; Santos, LS ; COELHO JUNIOR, O. ; BARBOSA-SILVA, A. ; NATALE, D. ; ORTEGA, J. M. . UECOG - Uniprot Enriched COG database. In: 3rd X-meeting -- International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computacional Biology, 2007, São Paulo. Anais do terceiro X-meeting, 2007.

14.
Prosdocimi, F.; ORTEGA, J. M. . Most effective positioning of the sequencing primer. In: XXXIV Reunião anual da SBBq, 2005, Águas de Lindóia. Anais do XXXIV Congresso da SBBq, 2005.

15.
Prosdocimi, F.; ORTEGA, J. M. . Tentative to produce high quality DNA molecules using the softwares PHRED, PHRAP and CAP3. In: XXXIII Reunião anual da SBBq, 2004, Caxambu. Anais da SBBq, 2004.

16.
Prosdocimi, F.; ORTEGA, J. M. . Does diet influence genome? -- a bioinformatics approach on the use of essential amino acids in proteins. In: XXXIII Reunião anual da SBBq, 2004, Caxambu. Anais da XXXIII SBBq, 2004.

17.
Prosdocimi, F.; SANTOS, Fabrício Rodrigues dos . MGSim: um simulador de genealogias a partir de locos de microsatélites. In: 50 Congresso Nacional de Genetica, 2004, Florianópolis. Anais do 50 CNG, 2004.

18.
DRUMMOND, M. G. ; SILVA, Carlos Eduardo Calzavara ; Prosdocimi, F. ; FRANCO, G. R. . SAABs e TGFinder: novas ferramentas para o estudo da função de SmZF1, um possível fator de transcrição de 'Schistosoma mansoni'. In: 50 Congresso Nacional de Genética, 2004, Florianópolis. Anais do 50 CNG, 2004.

19.
Prosdocimi, F.; SILVA, Carlos Eduardo Calzavara ; SANTOS, Fabricio Rodrigues dos ; FRANCO, G. R. . TGFinder: um algoritmo para encontrar genes alvos de fatores de transcrição e suas aplicações. In: II ENAPEBI, 2004, Belo Horizonte. Anais do II ENAPEBI, 2004.

20.
Prosdocimi, F.; PEIXOTO, F. C. ; ORTEGA, J. M. . Effects of primer positioning and trimming algorithms in EST information retrieval. In: XXXII Reunião anual da SBBq, 2003, Caxambu. Anais da XXXII Reunião anual da SBBq, 2003.

21.
Prosdocimi, F.; FARIACAMPOS, A. C. ; FRANCO, G. R. . Mining GenBank and dbEST Schistosoma mansoni sequences. In: International Conference on Bioinformatics and Computational Biology (ICoBiCoBi), 2003, Ribeirão Preto. Anais do I ICoBiCoBi, 2003. v. 1.

22.
PEIXOTO, F. C. ; Prosdocimi, F. ; ORTEGA, J. M. . Verificação dos valores de qualidade na vizinhança de erros de sequenciamento utilizando o algoritmo PHRED. In: 49 Congresso Nacional de Genética, 2003, Águas de Lindóia. Anais do 49 congresso de genética, 2003. v. 49.

23.
FARIACAMPOS, A. C. ; Prosdocimi, F. ; FRANCO, G. R. ; ORTEGA, J. M. . Drosophila melanogaster and Caenorhabditis elegans efficiently annotate Schistosoma mansoni sequences. In: International Conference on Bioinformatics and Computational Biology, 2003, Ribeirão Preto. Anais do I ICoBiCoBi, 2003.

24.
Prosdocimi, F.; FARIACAMPOS, A. C. ; ORTEGA, J. M. ; FRANCO, G. R. ; PEIXOTO, F. C. . Comparison of sequence sets of 'Schistosoma mansoni' to 'Drosophila melanogaster' and 'Caenorhabditis elegans' and development of tools for selection of 'S. mansoni' clones for full length sequencing. In: XXXI Reunião anual da SBBq, 2002, Caxambu. Anais da XXXI Reunião anual da SBBq, 2002.

25.
Prosdocimi, F.; PEIXOTO, F. C. ; FARIACAMPOS, A. C. ; ORTEGA, J. M. ; PENA, S. D. ; FRANCO, G. R. . Avaliação comparativa da utilização dos softwares PHRAP e CAP3 no agrupamento de ESTs e CDSs de 'Schistosoma mansoni'. In: X SEMANA DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA UFMG, 2001, Belo Horizonte. Anais da X SEMANA DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA UFMG, 2001.

26.
CARVALHO, D. C. ; Prosdocimi, F. ; ANDRADE, R. ; GODINHO, A. ; KALAPOTHAKIS, E. . Caracterização genética de populações de Curimbatá (Prochilodus lineatus) na bacia do rio Grande (MG), utilizando microsatélites. In: I Congresso Nacional de Biotecnologia, 2001, São Paulo. Anais do I Congresso Nacional de Biotecnologia, 2001.

27.
Prosdocimi, F.; SOUZA, S. J. ; PENA, S. D. J. . Tentativa de descoberta de novos genes no cromossomo Y humano através da bioinformática. In: X SEMANA DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA UFMG, 2001, Belo Horizonte. Anais da X SEMANA DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA UFMG, 2001.

28.
Prosdocimi, F.; FARIACAMPOS, A. C. ; PEIXOTO, F. C. ; ORTEGA, J. M. ; FRANCO, G. R. . Clustering, annotation and classification of Schistosoma mansoni sequences. In: VIII SYMPOSIUM INTERNATIONAL ON SCHISTOSOMIASIS, 2001, Recife. Proceedings of VIII SYMPOSIUM INTERNATIONAL ON SCHISTOSOMIASIS, 2001.

29.
Prosdocimi, F.; ZUCCONI, É. ; ANDRADE, R. ; GODINHO, A. ; GODINHO, H. ; KALAPOTHAKIS, E. . Isolamento e caracterização de marcadores de microsatélites em Prochilodus scrofa. In: IX SEMANA DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA UFMG, 2000, Belo Horizonte. Anais da IX SEMANA DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA UFMG, 2000.

30.
Prosdocimi, F.; NEVES, A. L. G. ; KALAPOTHAKIS, E. . Comparações entre técnicas de purificação de DNA plasmidial. In: VIII SEMANA DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA UFMG, 1999, Belo Horizonte. Anais da VIII SEMANA DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA UFMG, 1999.

31.
Prosdocimi, F.; BOMJARDIM, M. B. . Programa didático sobre síntese de proteínas e genética molecular. In: XXXXV CONGRESSO NACIONAL DE GENÉTICA, 1999, Gramado. Anais do XXXXV CONGRESSO NACIONAL DE GENÉTICA, 1999.

Apresentações de Trabalho
1.
PROSDOCIMI, Francisco. Sequenciamento, montagem, (predição gênica) e genômica comparativa no papagaio Amazona aestiva. 2012. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

2.
Prosdocimi, F.. Impaired fertility in humans: an evolutionary explanation. 2009. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

3.
QUADROS, L. ; Prosdocimi, F. ; FERNANDES, G. ; ORTEGA, J. M. . Human proteins are codified with codons that balance the resistance to non-synonymous mutations with the prevention of STOP codons. 2009. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

4.
Prosdocimi, F.; Chisham, B ; Pontelli, E ; Thompson, J ; Stoltzfus, A . CDAO: the evolutionary ontology. 2008. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

Outras produções bibliográficas
1.
PROSDOCIMI, Francisco; PONTAROTTI, P. . Sobre o décimo segundo encontro de biologia evolutiva em Marseilles. Springer, 2010. (Tradução/Artigo).

2.
PROSDOCIMI, F. Panorama da prosa brasileira contemporânea, vol. 1. Blocos On Line, 2009 (Coletânea de Contos).

3.
Prosdocimi, F.. Desnecessárias verdades pré-nupciais. Roque Gonzales, RS: Igaçaba Produções Culturais, 2006 (Coletânea de Contos).


Produção técnica
Programas de computador sem registro
1.
COSTA, I. R. ; PROSDOCIMI, Francisco . PhyloMito: phylogenomics of mitochondria by supermatrix. 2015.

2.
BASTOS, A. S. ; Prosdocimi, F. . mitoMaker: a pipeline for automatic assembly and annotation of animal mitochondria using raw NGS data. 2014.

3.
PROSDOCIMI, F; Chisham, B ; Pontelli, E ; Thompson, J ; Stoltzfus, A . CDAO: a semantic web-ontology language to represent evolutionary biology data and analysis.. 2009.

4.
FERNANDES, G. ; BARBOSA, D. ; PROSDOCIMI, F ; PENA, I. ; Santos, LS ; COELHO JUNIOR, O. ; BARBOSA-SILVA, A. ; Melo, H. ; NATALE, D. ; Faria-Campos, A.C. ; CAMPOS, S. V. A. ; ORTEGA, J. M. . UE-COG. 2008.

5.
Prosdocimi, F.. TGFinder: Automated software for identification of transcription factor target genes. 2004.

6.
Prosdocimi, F.. Scripts PERL para Bioinformática. 2002.

7.
Prosdocimi, F.; BOMJARDIM, M. B. . Software didático sobre síntese de proteínas e genética molecular. 1999.

Entrevistas, mesas redondas, programas e comentários na mídia
1.
Lopes, RJ ; MELLO, C. V. ; SCHNEIDER, M. P. ; PROSDOCIMI, Francisco . Brasileiros vão decifrar genomas do papagaio e do sabiá-laranjeira. 2012. (Programa de rádio ou TV/Comentário).

2.
Prosdocimi, F.. Como a ciência encara a morte. 2006. (Programa de rádio ou TV/Entrevista).


Demais tipos de produção técnica
1.
COSTA, A. L. R. ; OLIVERIA, D. R. ; PROSDOCIMI, Francisco . A proteção do patrimônio Genético Nacional: estado da arte e divulgação científica. 2014. (Desenvolvimento de material didático ou instrucional - Educação científica via internet).

2.
PROSDOCIMI, Francisco. Introdução à Bioinformática Genômica. 2012. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

3.
PROSDOCIMI, F. Introdução à Bioinformática Genômica. 2011. .

4.
PROSDOCIMI, F. Bioinformática para a análise de genomas. 2010. (Curso de curta duração ministrado/Outra).

5.
Prosdocimi, F.. Bioinformática para a análise de genomas. 2009. (Curso de curta duração ministrado/Outra).

6.
PROSDOCIMI, Francisco. Curso On-Line de Bioinformática. 2007. (Desenvolvimento de material didático ou instrucional - CursoON-LINEdebioinformática).

7.
Prosdocimi, F.. Introdução á bioinformática. 2006. (Curso de curta duração ministrado/Especialização).

8.
Prosdocimi, F.. Introdução à bioinformática. 2006. (Desenvolvimento de material didático ou instrucional - Curso ON-LINE de bioinformática).


Produção artística/cultural
Artes Cênicas
1.
PROSDOCIMI, FRANCISCO; SIMOES, A. C. ; FARIAS, Sávio T ; BASTOS, A. C. ; SILVA, M. ; SARZI, D. ; ALVES, G. ; SILVA, C. ; ROSA, P. A. ; Lobo, F. P. ; DUMANS, ANA TERESA NOGUEIRA ; ESTEVES, C. ; FEITOSA, N. . Contação de histórias: as organelas celulares. 2017. Teatral.

Música
1.
PROSDOCIMI, FRANCISCO; FRAGA, E. ; FERRETI, G. ; DUMARD, C. ; YURI, J. ; BARBOZA, M. ; DIAS, B. ; MARTINEZ, M. ; ALVES, V. ; HAEROLDE, L. . Oficina de Ciência e Arte. 2015. Arranjo.

Outras produções artísticas/culturais
1.
Prosdocimi, F.. Crônicas soluárias. 2009.

Demais trabalhos
1.
CERQUEIRA, G. C. ; HEALY, John ; YOUNG, Nelson D. . Compilação do Programa GapCoder para ambiente Linux. 2004 (Demais trabalhos relevantes) .

2.
Prosdocimi, F.. Chico On Line -- Evolução. 2003 (Demais trabalhos relevantes) .

3.
LACHTERMACHER-TRIUNFOL, Marcia . O DNA vai a escola (colaboração). 2003 (Demais trabalhos relevantes) .

4.
Prosdocimi, F.. O ceticismo e o conhecimento de cada um. 2002 (Demais trabalhos relevantes) .

5.
CASTRO, Cibele Soares de . Síntese e Processamento do RNA. 2001 (Demais trabalhos relevantes) .

6.
RIBEIRO, Beatriz Aquino ; CARVALHAIS, Lília Costa ; GOULART, Maíra de Figueiredo . Conservacao da Biodiversidade. 2000 (Demais trabalhos relevantes) .



Bancas



Participação em bancas de trabalhos de conclusão
Mestrado
1.
PROSDOCIMI, F; JUNQUEIRA, A. C. M.; CARVALHO, A. B.; SCHRAGO, C. G.. Participação em banca de Filipe Romero Rebello Moreira. Quantificação de sinal em conjuntos de dados filogenômicos. 2018. Dissertação (Mestrado em Programa de Pos-Graduação em Genética) - Universidade Federal do Rio de Janeiro.

2.
PROSDOCIMI, Francisco; KURTENBACH, E.; PAVAO, M.; MASUDA, H.. Participação em banca de Jefferson Yuri Lopes Gomes. O USO DE ANIMAÇÕES E RECURSOS AUDIOVISUAIS NA EDUCAÇÃO: ORIGEM E DESENVOLVIMENTO DA VIDA NO PLANETA TERRA. 2017. Dissertação (Mestrado em Química Biológica) - Universidade Federal do Rio de Janeiro.

3.
MAIA, C. O.; PROSDOCIMI, Francisco; PIRES, E. U.; SANTOS, R. E.. Participação em banca de Rosany Teresa de Andrade Fernandes. Observação de concepções prévias utilizando desenhos como identificadores: uma pesquisa de base qualitativa.. 2017. Dissertação (Mestrado em Química Biológica) - Universidade Federal do Rio de Janeiro.

4.
FONSECA, R. N.; PEREIRA, A. F.; Prosdocimi, F.. Participação em banca de Carlos Renato de Oliveria Daumas Filho. Proteínas Tirosina fosfatases (PTPS) no genoma do mosquito Aedes aegypti: identificação, caracterização e análise funcional. 2016. Dissertação (Mestrado em Química Biológica) - Universidade Federal do Rio de Janeiro.

5.
PROSDOCIMI, FRANCISCO; FORTUNATO, R.; ARAUJO, H.; MARTINS, R. A. P.. Participação em banca de Gabriel Eduardo de Matos Rodrigues. Estudo das funções de SMC1a durante o desenvolvimento da retina. 2016. Dissertação (Mestrado em Ciências Morfológicas) - Universidade Federal do Rio de Janeiro.

6.
PROSDOCIMI, Francisco; OLIVARES, F. L.; FERNANDES, L. D. R. S.; HEMERLY, A. S.. Participação em banca de Helkin Giovani Forero Ballesteros. Caracterização de parede celular de cana-de-açucar (Saccharum spp.) em genótipos contrastantes quando à fixação biológica de nitrogênio. 2014. Dissertação (Mestrado em Química Biológica) - Universidade Federal do Rio de Janeiro.

7.
PROSDOCIMI, Francisco; OLIVEIRA, Guilherme Correia; Galdino, CB. Participação em banca de Paloma Freitas Araujo. Identificação de potenciais marcadores microssatélites em "Tropidurus torquatus" (Reptilia: Squamata): uma abordagem para sequenciamento com tecnologia por chips semicondutores. 2013. Dissertação (Mestrado em Zoologia) - Pontifícia Universidade Católica de Minas Gerais.

Teses de doutorado
1.
DE FREITAS REBELO, MAURO; BISCH, P. M.; URMENYI, T. P.; DAVILA, A.; PROSDOCIMI, Francisco. Participação em banca de Marcela Uliano-Silva. Sequenciamento, montagem e anotação dos genomas mitocondrial e nuclear do mexilhão invasor Limnoperna fortunei. 2017. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Biofísica)) - Universidade Federal do Rio de Janeiro.

2.
CARVALHO, A. B.; SOLE-CAVA, A. M.; LOBO-HAJDU, G.; PROSDOCIMI, Francisco; SILVA, E. P.. Participação em banca de Victor Correa Seixas. Evolução do genoma mitocondrial em Annelida. 2017. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Genética)) - Universidade Federal do Rio de Janeiro.

3.
VERJOVSKI-ALMEIDA, S.; Prosdocimi, F.; NAKAYA, H. T. I.; FUJITA, A.; CARDOSO, A. B.. Participação em banca de lucas ferreira da silva. LincRNAs fisicamente associados ao receptor de andrógeno modificam o perfil de marcas da cromatina vizinha e alteram a expressão gênica local. 2017. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

4.
MERMUDES, J. R.; ZILBERBERG, C.; ZANOL, J.; CARVALHO, A. B.; Prosdocimi, F.. Participação em banca de Elisa Maria Costa e Silva de Paiva. Diversidade e Evolução de proteínas transportadoras de oxigênio em Metazoa. 2017. Tese (Doutorado em BIODIVERSIDADE E BIOLOGIA EVOLUTIVA) - Universidade Federal do Rio de Janeiro.

5.
PROSDOCIMI, FRANCISCO; SCHRAGO, C. G.; FAGUNDES, N. J. R.; BAPTISTA, P. C.; EIZIRIK, E.. Participação em banca de Henrique Vieira Figueiró. Análises genomicas da onça-pintada (Panthera onca): caracterização do genoma compelto e investigação de regiões sob seleção através de comparações interespecíficas e populacionais. 2016. Tese (Doutorado em Biociências (Zoologia)) - Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul.

6.
JENNINGS, W. B.; PROSDOCIMI, FRANCISCO; AMARAL, F. S. R.; WEKSLER, M.; PASSOS, P. G. H.. Participação em banca de Piero Angeli Ruschi. Moleculary Phylogeny and Evolution of the Amazilia versicolor species complex (Aves:Apodiformes:Trochilidae). 2016. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Zoologia)) - Universidade Federal do Rio de Janeiro.

7.
ORTEGA, J. M.; PROSDOCIMI, FRANCISCO; CASTRO, M.; BLEICHER, L.; GOES NETO, A.. Participação em banca de Tetsu Sakamoto. Ferramentas para análise filogenética e de distribuição taxonômica de genes ortólogos. 2016. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais.

8.
MATIOLI, S. R.; SETUBAL, J. C.; ALVES, J. M. P.; BRIONES, M. R. S.; PROSDOCIMI, Francisco. Participação em banca de Diego Trindade de Souza. Origem de genes recentes, uma abordagem com PSSMs deterioradas e arquiteturas de domínio proteico. 2016. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

9.
BARROS, F.; PANSARIN, E. R.; CORDEIRO, I.; SMIDT, E. C.; PROSDOCIMI, FRANCISCO. Participação em banca de Climbiê Ferreira Hall. Sistemática filogenética, citogenética e taxonomia de Zygopetalinae (Orchidaceae) com ênfase em Koellensteinia. 2015. Tese (Doutorado em Biodiversidade Vegetal e Meio Ambiente) - Instituto de Botânica.

10.
NOGUEIRA, FTS; SILVA, M. F.; PROSDOCIMI, FRANCISCO; FERREIRA, P. C. G.. Participação em banca de Flávia Thiebaut Andrade Zanon Barroso. Regulação da interação de gramíneas com o meio ambiente: o papel dos pequenos RNAs. 2014. Tese (Doutorado em Química Biológica) - Universidade Federal do Rio de Janeiro.

11.
HEMERLY, A. S.; SILVA, M. F.; OLIVARES, F.; Francisco Prosdocimi,. Participação em banca de Thaís Louise Gurjão de Carvalho. Caracterização dos mecanismos envolvidos na promoção do crescimento radicular de cana-de-acúcar por bactérias diazotróficas. 2012. Tese (Doutorado em Química Biológica) - Universidade Federal do Rio de Janeiro.

12.
Prosdocimi, F.; GRATTAPAGLIA, D.; COELHO, A. S. G.; IANELLA, P.; PAIVA, S. R.; PEREIRA, R. W.. Participação em banca de Carla dos Anjos de Souza. Padrões de diversidade mitocondrial e nuclear em raças de suínos naturalizadas do Brasil.. 2011. Tese (Doutorado em Ciências Genômicas e Biotecnologia) - Universidade Católica de Brasília.

Qualificações de Doutorado
1.
SCHRAGO, C. G.; ZANOL, J.; PROSDOCIMI, FRANCISCO. Participação em banca de Elisa Maria Costa e Silva. Diversity, conservation and gene genealogy of annelid hemerythrins. 2016. Exame de qualificação (Doutorando em BIODIVERSIDADE E BIOLOGIA EVOLUTIVA) - Universidade Federal do Rio de Janeiro.

2.
SILVA NETO, M. A. C.; PINTO, A. L.; PROSDOCIMI, FRANCISCO; VASCONCELOS, S.. Participação em banca de Christiane Coelho Santos. CONSENSOS E CONTROVÉRSIAS SOBRE A APROPRIAÇÃO DA ?GREY LITERATURE? EM DOCUMENTOS CIENTÍFICOS. 2015. Exame de qualificação (Doutorando em Química Biológica) - Universidade Federal do Rio de Janeiro.

3.
PROSDOCIMI, FRANCISCO; SCHRAGO, C. G.; SOARES, C. A. G.; CORREA, R. L.. Participação em banca de Mariana Fonseca Rossi. Diversidade molecular da microbiota ruminal com potencial biotecnológico e classificação evolutiva das hidrolases glicosídicas. 2015. Exame de qualificação (Doutorando em Genetica) - Universidade Federal do Rio de Janeiro.

4.
FERREIRA, M. A.; SIMOES, J.; PROSDOCIMI, FRANCISCO. Participação em banca de Lívia Vargas. Transcriptome profile analysis of sugarcane responses during drought tolerance conferred by diazotrophic bacteria Gluconacetobacter diazotrophicus. 2014. Exame de qualificação (Doutorando em Biotecnologia Vegetal) - Universidade Federal do Rio de Janeiro.

5.
RUSSO, C. A. M.; GIANNINI, A. L. M.; PROSDOCIMI, Francisco. Participação em banca de Lucas Araújo Freitas. Evolução Molecular adaptativa em duas escalas de tempo. 2014. Exame de qualificação (Doutorando em Ciências Biológicas (Genética)) - Universidade Federal do Rio de Janeiro.

6.
SCHRAGO, C. E. G.; RUSSO, C. A. M.; Francisco Prosdocimi,. Participação em banca de Bárbara de Oliveira Aguiar. Avaliação do desempenho de diferentes métodos de sumarização do filoma. 2012. Exame de qualificação (Doutorando em Genetica) - Universidade Federal do Rio de Janeiro.

7.
VALENTE, A. P.; MONTEIRO, R. Q.; PROSDOCIMI, Francisco. Participação em banca de Mariana Carnavale Bottino. Neurobiologia da agressividade. 2012. Exame de qualificação (Doutorando em Química Biológica) - Universidade Federal do Rio de Janeiro.



Participação em bancas de comissões julgadoras
Concurso público
1.
CARVALHO, P. C.; BISCH, P. M.; SCHNEIDER, H.; PASCUTTI, P.; PROSDOCIMI, FRANCISCO. Pesquisador em Bioinformática. 2015. Instituto Nacional de Câncer.

2.
SILVEIRA, C. H.; LIMA, L. H. F.; PROSDOCIMI, FRANCISCO. Professor Adjunto de Bioinformática. 2014. Universidade Federal de Itajubá.

3.
ALMEIDA JUNIOR, N. F.; FERRO, J. A.; PROSDOCIMI, FRANCISCO. Professor Adjunto de Bioinformática. 2013. Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.



Eventos



Participação em eventos, congressos, exposições e feiras
1.
Darwin Day.Teleologia e nomenclatura gênica: uma nova (velha) propost. 2018. (Simpósio).

2.
Congresso Nacional de Genética. Da síntese moderna até a síntese evolutiva estendida e além.... 2016. (Congresso).

3.
Congresso Nacional de Genética. Genomics and phylogenomics of animal and plant models. 2016. (Congresso).

4.
XVI Congreso Latinoamericano de Genética. The concept of the Last Universal Common Ancestor (LUCA) in modern Biology. 2016. (Congresso).

5.
II ISEB.The origin of genes. 2014. (Simpósio).

6.
toxi-latin 2014. Genomics and ecotoxicology. 2014. (Congresso).

7.
58a SBG. O genoma do papagaio "Amazona aestiva". 2012. (Congresso).

8.
VII X-meeting. The influence of bad gene predictions to evolutionary analysis: a case study on the evolutionary fate of paralogs. 2011. (Congresso).

9.
XIX Plant and Animal Genome Conference. Systems biology of spider webs. 2011. (Congresso).

10.
VI X-meeting. MOLECULAR, BEHAVIORAL AND ANATOMICAL SOPHISTICATION IN SPIDER WEBS: INSIGHTS FROM SPINNING GLAND RNA-SEQ EXPERIMENTS IN PRIMITIVE AND MODERN SPIDERS. 2010. (Congresso).

11.
XXXIX Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular - SBBq. Next-generation sequencing analysis of two spider transcriptomes. 2010. (Congresso).

12.
55 Congresso Nacional de Genética. Impaired fertility in humans: an evolutionary explanation. 2009. (Congresso).

13.
12th Evolutionary Biology Meeting in Marseilles. Framework for a Comparative Data Analysis Ontology (C-DAO). 2008. (Congresso).

14.
Data Integration in Life Sciences. CDAO: an evolutionary framework for comparative data analysis. 2008. (Congresso).

15.
Brazilian Symposium on Bioinformatics. Brazilian Symposium on Bioinformatics. 2005. (Congresso).

16.
XXXIV Reunião Anual da SBBq. XXXIV Reunião Anual da SBBq. 2005. (Congresso).

17.
. II International Congress on Bioinformatics and Computational Biology (ICoBiCoBi). 2004. (Congresso).

18.
50 Congresso Nacional de Genética. 50 Congresso Nacional de Genética. 2004. (Congresso).

19.
II ENAPEBI. II ENAPEBI. 2004. (Congresso).

20.
XXXIII Reunião Anual da SBBq. XXXIII Reunião Anual da SBBq. 2004. (Congresso).

21.
. XXXII Reunião Anual da SBBq. 2003. (Congresso).

22.
. I International Conference on Bioinformatics and Computational Biology - ICoBiCoBi. 2003. (Congresso).

23.
. 49 Congresso Nacional de Genética. 2003. (Congresso).

24.
Work on Bioinformatics. Work on Bioinformatics -- WOB. 2003. (Congresso).

25.
. XXXI Reunião Anual da SBBq. 2002. (Congresso).

26.
. XXX Reunião Anual da SBBq. 2001. (Congresso).

27.
. VIII Symposium International on Schistosomiasis. 2001. (Congresso).

28.
.X Semana de Iniciação Científica da UFMG. 2001. (Simpósio).

29.
.IX Semana de Iniciação Científica da UFMG. 2000. (Simpósio).

30.
. 45 Congresso Nacional de Genética. 1999. (Congresso).

31.
.VIII Semana de Iniciação Científica da UFMG. 1999. (Simpósio).

32.
XI Jornada de Biologia da PUC. XI Jornada de Biologia da PUC-MG. 1997. (Congresso).


Organização de eventos, congressos, exposições e feiras
1.
VASCONCELOS, S. ; SORENSON, M. ; MASUDA, H. ; Prosdocimi, F. . 4th World Conference on Research Integrity. 2015. (Congresso).

2.
VASCONCELOS, S. ; SORENSON, M. ; PROSDOCIMI, Francisco . II Brispe -- Second Brazilian meeting on Research Integrity, Science and Publication Ethics. 2012. (Congresso).



Orientações



Orientações e supervisões em andamento
Dissertação de mestrado
1.
Juliana Mayra Nunes Farias. Jogos didáticos para o ensino de Biologia no Ensino Médio. Início: 2018. Dissertação (Mestrado profissional em Química Biológica) - Universidade Federal do Rio de Janeiro. (Orientador).

2.
Thaís Fontenelle Leme. Estudos genômicos de raças caninas brasileiras: a ancestralidade do fila e do fox paulistinha. Início: 2018. Dissertação (Mestrado em Química Biológica) - Universidade Federal do Rio de Janeiro, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. (Orientador).

3.
Marcos Cruz. Sequenciamento, montagem e anotação de genomas mitocondriais da família Cricetidae (Rodentia). Início: 2017. Dissertação (Mestrado em Química Biológica) - Universidade Federal do Rio de Janeiro. (Coorientador).

4.
Gabriel Alves Vieira. Sequenciamento, montagem e anotação de genomas mitocondriais da família Formicidae. Início: 2017. Dissertação (Mestrado em Química Biológica) - Universidade Federal do Rio de Janeiro. (Orientador).

Tese de doutorado
1.
Igor Rodrigues da Costa. História molecular das protéinas ribossomais. Início: 2018. Tese (Doutorado em Química Biológica) - Universidade Federal do Rio de Janeiro. (Orientador).

2.
Erivaldo Fraga da Silva. Música, ciência e educação. Início: 2018. Tese (Doutorado em Química Biológica) - Universidade Federal do Rio de Janeiro. (Orientador).

3.
Deise Sarzi. Sequenciamento, montagem e anotação do genoma plastidial e nuclear da graviola (Annona muricata). Início: 2017. Tese (Doutorado em Química Biológica) - Universidade Federal do Rio de Janeiro, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. (Orientador).

Supervisão de pós-doutorado
1.
Ana Teresa Nogueira Dumans. Início: 2016. Universidade Federal do Rio de Janeiro.

Iniciação científica
1.
Gabriela Warwar Teixeira. Montagem e análise de genomas organelares. Início: 2018. Iniciação científica (Graduando em Farmácia) - Universidade Federal do Rio de Janeiro, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. (Orientador).

2.
Larissa Haerolde. Jornalismo científico. Início: 2016. Iniciação científica (Graduando em Farmácia) - Universidade Federal do Rio de Janeiro. (Orientador).


Orientações e supervisões concluídas
Dissertação de mestrado
1.
Ana Lucia Rodrigues da Costa. Uma cartilha ilustrada para a divulgação científica: a proteção do patrimônio genético nacional. 2014. Dissertação (Mestrado em Química Biológica) - Universidade Federal do Rio de Janeiro, . Orientador: Francisco Prosdocimi.

2.
Marcela Uliano da Silva. Sequenciamento, montagem e anotação do transcriptoma do mexilhão invasor 'Limnoperna fortunei'. 2013. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas (Biofísica)) - Universidade Federal do Rio de Janeiro, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Coorientador: Francisco Prosdocimi.

3.
Igor Rodrigues da Costa. ALFIE: UM PROGRAMA PARA A BUSCA EXAUSTIVA DE LOCOS ANÔNIMOS E SUA VALIDAÇÃO EM GENOMAS DE HOMINÍDEOS. 2012. Dissertação (Mestrado em Química Biológica) - Universidade Federal do Rio de Janeiro, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Francisco Prosdocimi.

Tese de doutorado
1.
Juan Perez Valencia. Caracterização bioquímica de um modelo metastático de câncer de língua. 2017. Tese (Doutorado em Química Biológica) - Universidade Federal do Rio de Janeiro, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Coorientador: Francisco Prosdocimi.

2.
Nicholas Barroso Costa Lima. GENÔMICA COMPARATIVA DE AVES OS GENOMAS DO PAPAGAIO-DE-FRONTE-AZUL E DO FUSELO. 2017. Tese (Doutorado em Química Biológica) - Universidade Federal do Rio de Janeiro, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Francisco Prosdocimi.

3.
Marcela Uliano-Silva. Sequenciamento, montagem e anotação dos genomas mitocondrial e nuclear do mexilhão invasor Limnoperna fortunei. 2017. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Biofísica)) - Universidade Federal do Rio de Janeiro, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Coorientador: Francisco Prosdocimi.

Trabalho de conclusão de curso de graduação
1.
Helena Magarinos Souto. Montagem e anotação do genoma mitocondrial completo de 7 beija-flores usando dados de sequenciamento Illumina HiSeq e análises filogenômicas dos dados obtidos. 2013. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Ciências Biológicas: Modalidade Médica) - Universidade Federal do Rio de Janeiro, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Francisco Prosdocimi.

2.
Igor Rodrigues da Costa. Funcionalização de genes da vias de biossíntese de aminoácidos que permaneceram em metazoários. 2012. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Ciências Biológicas: Modalidade Médica) - Universidade Federal do Rio de Janeiro. Orientador: Francisco Prosdocimi.

3.
Lucas Kovalski Moura. Evolução da heterotrofia: estudo das vias biossintéticas de aminoácidos, lipídeos, vitaminas e nucleotídeos. 2011. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Biomedicina) - Universidade Católica de Brasília. Orientador: Francisco Prosdocimi.

Iniciação científica
1.
Mateus Vidal. Sequenciamento, montagem e anotação de genomas plastidiais. 2016. Iniciação Científica. (Graduando em Farmácia) - Universidade Federal do Rio de Janeiro, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Francisco Prosdocimi.

2.
Alex Shoemaker Bastos. Diferenças genômicas entre peixes Siluriformes epígeos e hipógeos. 2013. Iniciação Científica. (Graduando em Ciências Biológicas - Licenciatura Ou Bacharelado) - Universidade Federal do Rio de Janeiro. Orientador: Francisco Prosdocimi.

3.
Helena Magarinos Souto. Filogenia de mitocondriomas de beijas-flores. 2013. Iniciação Científica. (Graduando em Ciências Biológicas: Modalidade Médica) - Universidade Federal do Rio de Janeiro, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Francisco Prosdocimi.

4.
Krzysztof Siemion. A grande deleção das vias bioquímicas de biosíntese de aminoácidos. 2011. Iniciação Científica. (Graduando em Medicina) - Universidade Federal do Rio de Janeiro, International Federation of Medical Students Association. Orientador: Francisco Prosdocimi.

5.
Diana Claro Pessoa. Divulgação científica: o doping genético. 2011. Iniciação Científica. (Graduando em Medicina) - Universidade Federal do Rio de Janeiro, International Federation of Medical Students Association. Orientador: Francisco Prosdocimi.

6.
Laryssa Santos Queiroz. Nutrigenômica evolutiva em eucariotos. 2010. Iniciação Científica - Universidade Católica de Brasília, Universidade Católica de Brasília. Orientador: Francisco Prosdocimi.

7.
Renan Nascimento de Almeida. Montagem, anotação da mitocôndria completa de peixes do gênero Nannoperca. 2010. Iniciação Científica - Universidade Católica de Brasília, Universidade Católica de Brasília. Orientador: Francisco Prosdocimi.



Inovação



Programa de computador sem registro
1.
BASTOS, A. S. ; Prosdocimi, F. . mitoMaker: a pipeline for automatic assembly and annotation of animal mitochondria using raw NGS data. 2014.


Projetos de pesquisa

Projeto de extensão


Educação e Popularização de C & T



Livros e capítulos
1.
RUMJANEK, F. ; PROSDOCIMI, Francisco . Pequeno Manual de Bons Costumes no Laboratório. 1. ed. Rio de Janeiro: ArtecomCiencia, 2017. v. 1. 112p .


Cursos de curta duração ministrados
1.
PROSDOCIMI, Francisco. Introdução à Bioinformática Genômica. 2012. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).


Desenvolvimento de material didático ou instrucional
1.
COSTA, A. L. R. ; OLIVERIA, D. R. ; PROSDOCIMI, Francisco . A proteção do patrimônio Genético Nacional: estado da arte e divulgação científica. 2014. (Desenvolvimento de material didático ou instrucional - Educação científica via internet).

2.
PROSDOCIMI, Francisco. Curso On-Line de Bioinformática. 2007. (Desenvolvimento de material didático ou instrucional - CursoON-LINEdebioinformática).


Entrevistas, mesas redondas, programas e comentários na mídia
1.
Lopes, RJ ; MELLO, C. V. ; SCHNEIDER, M. P. ; PROSDOCIMI, Francisco . Brasileiros vão decifrar genomas do papagaio e do sabiá-laranjeira. 2012. (Programa de rádio ou TV/Comentário).


Musica
1.
PROSDOCIMI, FRANCISCO; FRAGA, E. ; FERRETI, G. ; DUMARD, C. ; YURI, J. ; BARBOZA, M. ; DIAS, B. ; MARTINEZ, M. ; ALVES, V. ; HAEROLDE, L. . Oficina de Ciência e Arte. 2015. Arranjo.




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