Daniela Mayumi Ushizima

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  • Última atualização do currículo em 07/11/2018


Cientista-pesquisadora no Laboratório Nacional Lawrence Berkeley (LBNL), na cidade de Berkeley, Califórnia, Estados Unidos, onde também realizou pós-doutorado (2007-2010). A partir de 2013, é vice-líder do grupo de Visualização da Divisão em Pesquisa Computacional do LBNL. Possui graduação em Ciência da Computação pela Universidade Federal de São Carlos (1998), mestrado em Física pela Universidade de São Paulo (2000) e doutorado em Física pela Universidade de São Paulo (2004). Atuou como professora da Universidade Católica de Santos (2005-2007), foi membro do Grupo de Sistema Inteligentes e pesquisadora-colaboradora dos grupos brasileiros: Grupo de Processamento de Imagens e do Laboratório de Visão, Imagens e Sinais (GPI/LABVIS), UFC (2005-presente), e Grupo de Informática e Multimedia, UFSM (2005-2008). Tem experiência na área de Ciência da Computação, com ênfase em Visão Computacional, atuando principalmente nos seguintes temas: processamento e análise de sinais e imagens digitais, reconhecimento de padrões, imagens médicas, microscopia quantitativa, segmentação, medidas a partir de tomografia computadorizada, SAR, e computação de alto desempenho. (Texto informado pelo autor)


Identificação


Nome
Daniela Mayumi Ushizima
Nome em citações bibliográficas
SABINO, D. M. U. ou Ushizima, D. M.;USHIZIMA, DANIELA M.;USHIZIMA, DANIELA;USHIZIMA, DANIELA M;USHIZIMA, D.M.;USHIZIMA, D. M.;USHIZIMA, D.;USHIZIMA, DANI;USHIZIMA, DANIELA MAYUMI

Endereço


Endereço Profissional
Lawrence Berkeley National Laboratory, Visualization Group.
1 Cyclotron Road
LNBL
94720 - Berkeley, - Estados Unidos
Telefone: (510) 4864061
URL da Homepage: http://vis.lbl.gov/~daniela/


Formação acadêmica/titulação


2001 - 2004
Doutorado em Física.
Universidade de São Paulo, USP, Brasil.
Título: DIAGNOSTICO DE LEUCEMIA LINFOIDE AUXILIADO POR COMPUTADOR, Ano de obtenção: 2004.
Orientador: Luciano da fontoura Costa.
Bolsista do(a): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo, FAPESP, Brasil.
Palavras-chave: leucemia linfocítica; software médico; processamento de imagem médica; análise de esfregaços de sangue; reconhecimento de células; segmentação por cor.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra
Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Imunologia / Subárea: Imunologia Aplicada / Especialidade: Leucócitos e Leucemia Linfocítica Crônica.
Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Morfologia / Subárea: Citologia e Biologia Celular / Especialidade: Diagnóstico de Malignidade de Célula.
Setores de atividade: Desenvolvimento de Produtos Tecnológicos Voltados Para A Saúde Humana; Formação Permanente e Outras Atividades de Ensino, Inclusive Educação À Distância e Educação Especial; Desenvolvimento de Programas (Software).
1999 - 2000
Mestrado em Física.
Universidade de São Paulo, USP, Brasil.
Título: Investigacao do comportamento visual de algumas aranhas saltadoras ( Salticidae ) em termos de micromovimentos,Ano de Obtenção: 2000.
Orientador: Luciano da Fontoura Costa.
Bolsista do(a): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo, FAPESP, Brasil.
Palavras-chave: sinais biológicos; processamento de sinais; batimento cardíaco; aranhas Salticidae; modelagem; micromovimentos.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra
Grande Área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Probabilidade e Estatística / Subárea: Probabilidade e Estatística Aplicadas / Especialidade: Modelagem.
Setores de atividade: Produtos e Processos Biotecnológicos Vinculados À Saúde Humana Ou dos Animais.
1994 - 1998
Graduação em Ciência da Computacao.
Universidade Federal de São Carlos, UFSCAR, Brasil.
Título: Estágio em empresa Dixtal no projeto de software médico para controle de dados vitais de pacientes em UTI.
Orientador: Marina Teresa Pires Vieira.


Pós-doutorado


2007 - 2010
Pós-Doutorado.
Lawrence Berkeley National Laboratory, LBL, Estados Unidos.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra


Atuação Profissional



Universidade Federal do Piauí, UFPI, Brasil.
Vínculo institucional

2017 - 2017
Vínculo: , Enquadramento Funcional:


Universidade Federal do Ceará, UFC, Brasil.
Vínculo institucional

2014 - Atual
Vínculo: , Enquadramento Funcional:


University of California, Berkeley, UCB, Estados Unidos.
Vínculo institucional

2014 - Atual
Vínculo: Servidor Público, Enquadramento Funcional: data scientist, Carga horária: 15
Outras informações
Image analysis expert

Atividades

07/2014 - Atual
Pesquisa e desenvolvimento , Berkeley Institute for Data Sciences, .


Lawrence Berkeley National Laboratory, LBNL, Estados Unidos.
Vínculo institucional

2013 - Atual
Vínculo: Servidor Público, Enquadramento Funcional: Deputy Head of Analytics/Visualization group, Carga horária: 40


Lawrence Berkeley National Laboratory, LBL, Estados Unidos.
Vínculo institucional

2014 - Atual
Vínculo: Servidor Público, Enquadramento Funcional: Cientista Pesquisadora de Carreira, Carga horária: 25

Vínculo institucional

2013 - Atual
Vínculo: Servidor Público, Enquadramento Funcional: Vice-líder do grupo de Visualização, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

Vínculo institucional

2011 - 2014
Vínculo: , Enquadramento Funcional: Cientista Pesquisadora, Regime: Dedicação exclusiva.

Vínculo institucional

2007 - 2010
Vínculo: Pós doutora, Enquadramento Funcional: cientista pesquisadora, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

Atividades

03/2013 - Atual
Direção e administração, Visualization Group, .

Cargo ou função
Vice líder do grupo de Visualização no LBNL.
08/2011 - Atual
Pesquisa e desenvolvimento , Visualization Group, .

07/2008 - Atual
Outras atividades técnico-científicas , National Energy Research Scientific Computing center, National Energy Research Scientific Computing center.

Atividade realizada
Consultora em análise de imagens e manutenção de software em super computador para mesmos fins.
06/2011 - 12/2012
Pesquisa e desenvolvimento , Visualization Group, .


Black Girls Code, BGC, Estados Unidos.
Vínculo institucional

2014 - Atual
Vínculo: Voluntário, Enquadramento Funcional: Voluntário / filantropia, Carga horária: 2
Outras informações
Instrutora em computação e robótica

Atividades

10/2014 - Atual
Treinamentos ministrados , Bay Area Team, .

Treinamentos ministrados
Programação de Software e Engenharia Robótica

Lawrence Berkeley National Laboratory, LBL, Estados Unidos.
Vínculo institucional

2007 - 2011
Vínculo: Servidor Público, Enquadramento Funcional: Pos-doutorado, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

Atividades

06/2008 - Atual
Pesquisa e desenvolvimento , Computational Research Division, .

06/2008 - Atual
Outras atividades técnico-científicas , National Energy Research Scientific Computing center, National Energy Research Scientific Computing center.

Atividade realizada
Consultora em análise de imagens e manutenção de software em super computador para mesmos fins.
07/2007 - 12/2010
Pesquisa e desenvolvimento , Computational Research Division, .


Universidade Católica de Santos, UNISANTOS, Brasil.
Vínculo institucional

2005 - 2007
Vínculo: Celetista, Enquadramento Funcional: professor assistente, Carga horária: 40
Outras informações
Professora do programa de Mestrado, integrante do grupo de sistemas inteligentes. Docência em fundamentos teóricos da ciência da computação e visão computacional. Atividade de pesquisa em sistemas computacionais para diagnóstico de leucemia em imagens microscópicas.

Atividades

2007 - Atual
Ensino, Sistemas de Informação, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Inteligência Artificial
08/2005 - Atual
Ensino, Informática, Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
Visão computacional
Fundamentos teóricos da computação
03/2005 - Atual
Pesquisa e desenvolvimento , Mestrado em Informática - Grupo de Sistemas Inteligentes, .

03/2005 - Atual
Conselhos, Comissões e Consultoria, Mestrado em Informática - Grupo de Sistemas Inteligentes, .

Cargo ou função
membro do Colegiado.

Instituto Fleury, FLEURY, Brasil.
Vínculo institucional

2006 - 2007
Vínculo: Colaborador, Enquadramento Funcional: pesquisadora, Carga horária: 5

Atividades

05/2006 - 12/2007
Pesquisa e desenvolvimento , Hematologia, .


Ablevision Sistemas Computacionais Ltda, ABLEVISION, Brasil.
Vínculo institucional

2004 - 2004
Vínculo: autônoma, Enquadramento Funcional: analista de sistema / pesquisadora, Carga horária: 40
Outras informações
Desenvolvimento de projetos em sistemas de visão computacional para inspeção visual de cerâmicos visando controle de qualidade de produção industrial. Auxílio na manutenção do programa e-Sprinkle, software para agricultura. Pesquisa em visão colorida aplicada a imagens em ambiente industrial.

Atividades

11/2004 - 12/2004
Outras atividades técnico-científicas , Ablevision Sistemas Computacionais Ltda, Ablevision Sistemas Computacionais Ltda.

Atividade realizada
Engenharia de software e pesquisa em inspeção visual pra controle de qualidade.
10/2004 - 12/2004
Pesquisa e desenvolvimento .


Dixtal Tecnologia Indústria e Comércio Ltda, DIXTAL, Brasil.
Vínculo institucional

1997 - 1997
Vínculo: estagiário, Enquadramento Funcional: programador/analista de sistema/treinamento, Carga horária: 30
Outras informações
Estágio pra conclusão de curso realizado junto a médicos do Hospital das Clinicas e Instituto Albert Einstein

Atividades

1/1997 - 7/1997
Estágios , Dixtal Biomédica, Projeto de Software Médico.

Estágio realizado
Projeto de software médico para controle de dados vitais de pacientes em UTI.

Instituto Butantan, IBU, Brasil.
Vínculo institucional

2000 - 2000
Vínculo: Colaborador, Enquadramento Funcional: engenharia de software, Carga horária: 8
Outras informações
Projeto com Prof. Dr. Hilton Japyassu, onde fui responsável por modelagem e gerenciamento de projeto de software para árvore filogenética no intuito de traçar e correlacionar o comportamento de aranhas com seu papel no controle de pragas.

Atividades

1/2000 - 10/2000
Pesquisa e desenvolvimento , Divisão de Biologia, Serviço de Animais Peconhentos.


Parque Tecnológico de São Carlos, PARKTEC, Brasil.
Vínculo institucional

1996 - 1997
Vínculo: trabalho voluntário, Enquadramento Funcional: Acompanhamento em engenharia de software, Carga horária: 8
Outras informações
Acompanhamento em engenharia de software para crianças especiais (Mestre). Trabalho em conjunto com o Departamento de Psicologia da UFSCar.

Atividades

10/1996 - 1/1997
Outras atividades técnico-científicas , Parque Tecnológico de São Carlos, Parque Tecnológico de São Carlos.

Atividade realizada
Acompanhamento/auxílio engenharia software.

Cursinho Palmares, CURSPALMARES, Brasil.
Vínculo institucional

1999 - 2000
Vínculo: Professor voluntário, Enquadramento Funcional: Professor titular, Carga horária: 8
Outras informações
Além de uma das idealizadoras e fundadoras do Cursinho Popular Palmares, curso pré-vestibular voltado a pessoas carentes da cidade de São Carlos, fui professora voluntária de inglês durante um ano. Para consolidação desse projeto foi necessária muito empenho, inclusive no sentido de orientação social aos alunos, apoio financeiro através patrocínios, dentre outros.

Atividades

3/2000 - 12/2000
Ensino,

Disciplinas ministradas
inglês

Universidade de São Paulo, USP, Brasil.
Vínculo institucional

1997 - 2004
Vínculo: pesquisador, Enquadramento Funcional: mestranda e, posteriormente, doutoranda, Carga horária: 50, Regime: Dedicação exclusiva.
Outras informações
A partir de dezembro de 1997, iniciei estudos junto ao prof. Luciano da F. Costa no grupo de visão cibernética do IFSC - USP para análise de sinais biológicos. Com a idéia de investigar a visão de aranhas Salticidae, iniciei-me ao estudo de processos estocásticos, transformada de Fourier e visão computacional. No doutorado, trabalhei com imagens médicas, precisamente micrografias do sangue periférico para auxílio no diagnóstico de leucemia a baixo custo.

Atividades

10/2001 - 10/2004
Pesquisa e desenvolvimento , Instituto de Física de São Carlos, Departamento de Física e Ciência Interdisciplinar.

12/1997 - 6/2000
Pesquisa e desenvolvimento , Instituto de Física de São Carlos, Departamento de Física e Ciência Interdisciplinar.



Linhas de pesquisa


1.
Auxílio no diagnóstico de leucemia por imagem

Objetivo: Projetar um software amigável para usuários como biomédicos, bioquímicos e médicos para análise de imagens de esfregaços de sangue periférico..
Palavras-chave: leucemia; software médico; esfregaços de sangue.
2.
Investigação do comportamento visual de aranhas saltadoras (Salticidae) em termos de micromovimentos
3.
Desenvolvimento de software para construção de árvores filogenéticas e estudo probabilístico de série de comportamentos
4.
Elaboração de planilhas/relatórios para organização de dados/cliente
5.
Elaboração de projetos científicos
6.
Levantamento de requisitos para elaboração de software em análise de materiais cerâmicos
7.
Desenvolvimento de software para processamento de imagem
8.
Diagnóstico de leucemia por visão computacional

Objetivo: O projeto de pesquisa visa estudar o diagnóstico de leucemias por meio de processamento e análise de imagens de microscópio óptico de transmissão, em colaboração com médicos hematologistas. A análise citológica é feita por especialistas humanos, cotidianamente em casos de contagem do número de leucócitos e se limitam à avaliação de um número reduzido de amostras pois é uma tarefa repetitiva, minuciosa e especializada. Com a automação desse processo, há possibilidade de maior número de análises de imagens, com geração de informações estatísticas a respeito das células presentes em amostras de sangue. O reconhecimento automático da célula envolve três etapas básicas: a segmentação da imagem, a extração de características e a classificação..
Grande área: Ciências Exatas e da Terra
Grande Área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação.
Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Imunologia / Subárea: Imunologia Aplicada / Especialidade: Leucócitos e Leucemia Linfocítica Crônica.
Setores de atividade: Informática.
Palavras-chave: diagnóstico de leucemia; leucócitos; leucemia linfocítica; processamento de imagens.
9.
Aplicação de e-learning no ensino de patologia clínica
10.
Aplicação de processamento paralelo em problemas de análise de imagem
11.
Visão computacional

Objetivo: Desenvolvimento de métodos e aplicações, voltados ao processamento e análise de imagens, com reconhecimento de padrões para tomada de decisão utilizando inteligência artificial. O grupo possui interesse particular em sistemas de suporte a decisão clínica, utilizando imagens médicas..
Grande área: Ciências Exatas e da Terra
Grande Área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Sistemas de Computação / Especialidade: Inteligência Artificial.
Grande Área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Sistemas de Computação / Especialidade: Reconhecimento de Padrões.
Setores de atividade: Desenvolvimento de Programas (Software) e Prestação de Serviços em Informática; Desenvolvimento de Produtos Tecnológicos Voltados Para A Saúde Humana; Informática.
Palavras-chave: visão computacional; software médico; reconhecimento de padrões; processamento de imagem médica; diagnóstico de leucemia; microscopia quantitativa.
12.
Microscopia quantitativa
13.
Automação de processos
14.
Visao computacional
15.
co-investigador principal de projeto "Visualization and Analysis for Nanoscale Control of Geologic CO2"
16.
Jovem pesquisador - Dept. de Energia Americano - projeto de pesquisa: IDEAL

Objetivo: IDEAL eh a sigla do meu projeto de 5 anos, fomentado pelo Dept. de Energia Americano (IDEAL = image across domains, algorithms and learning), com total de 2.5 milhoes em fomento para pesquisa e desenvolvimento de algoritmos e software utilizando visao computacional e matematica avancada. O foco e' em otimizacao de tarefas, automatizacao de processos e medicao de parametros obtidos via imagens digitais, tanto 2D, quanto 3D, 3D mais tempo, multidimensional, multispectral. Imagens tem sido provenientes de diversos dominios, variando de biomedicina a materiais, utilizando variados instrumentos baseados em eletrons, raio X e luz visivel. Parte do trabalho consiste em ajudar usuarios dos varios instrumentos presentes no Laboratorio Nacional Lawrence Berkeley a processor imagens nunca vistas antes. Clientes incluem G.E., NASA, dentre outros..
Grande área: Ciências Exatas e da Terra
Setores de atividade: Atividades ligadas ao patrimônio cultural e ambiental; Coleta, tratamento e disposição de resíduos; recuperação de materiais; Transporte aéreo.
Palavras-chave: jovem pesquisador americano; departamento de energia; materiais.
17.
Análise de simulação de partículas a partir de código PIC
18.
Análise de imagens de fundo de olho (fundus) em colaboração com Optometria, UC Berkeley
19.
Visao computacional, reconhecimento de padroes, aprendizado de maquina

Objetivo: Otimizacao de tarefas, automatizacao de processos e medicao de parametros obtidos via imagens digitais, tanto 2D, quanto 3D, 3D mais tempo, multidimensional, multispectral. Imagens tem sido provenientes de diversos dominios, variando de biomedicina a materiais, utilizando variados instrumentos baseados em eletrons, raio X e luz visivel..
Palavras-chave: visão computacional; reconhecimento de padrões; aprendizado de máquina; reconhecimento de células; análise de microestruturas.


Projetos de pesquisa


2015 - Atual
Jovem pesquisador (governo americado) IDEAL: image across domains, experiments, algorithms and learning
Descrição: The DOE Early Career Research Project (Jovem pesquisador do governo americado) entitled Image across Domains, Experiments, Algorithms and Learning (IDEAL 2016-2020) aims to aggregate value to scientific data obtained at high cost at national labs by constructing models, algorithms and software that leverage unlabeled massive datasets curated by scientists, including their prior knowledge of the science area. Knowledge has been prospected in two ways: (a) collaboration with domain experts; (b) mining of massive datasets, including image and text..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (3) / Especialização: (2) / Mestrado acadêmico: (1) / Doutorado: (4) .

Integrantes: Daniela Mayumi Ushizima - Coordenador.
2014 - Atual
Berkeley Institute for Data Sciences, University of California, Berkeley
Descrição: BIDS http://bids.berkeley.edu/about.
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.

Integrantes: Daniela Mayumi Ushizima - Integrante / Saul Permutter - Coordenador / Beth Reid - Integrante / Daniel Turek - Integrante / Dav Clark - Integrante / Falk Schuetzenmeister - Integrante / Fatma Imamoglu - Integrante / Jey Kottolam - Integrante / Justin Kitzes - Integrante / Karthik Ram - Integrante / Kathryn Huff - Integrante / Kyle Barbary - Integrante / Nick Adams - Integrante / Yu Feng - Integrante / Zhao Zhang - Integrante.
2014 - Atual
Modelagem Estatística e Processamento de Imagens SAR em Aplicações de Monitoramento Ambiental

Projeto certificado pelo(a) coordenador(a) Fátima Nelsizeuma Sombra de Medeiros em 12/12/2014.
Descrição: Este projeto propõe o desenvolvimento de novos algoritmos de processamento digital de imagens (PDI) que têm por base os modelos estatísticos de dados de radar de abertura sintética (SAR) [Frery et al., 1997; Gao, 2010] e PolSAR (SAR polarimétrico) [Torres et al., 2012; Torres et al., 2014; Li et al. 2014]. Estes algoritmos serão empregados em monitoramento de desastres ambientais em áreas de reservas biológicas (REBIOs) e de proteção ambiental (APAs), regiões oceânicas e zonas costeiras brasileiras que estão submetidas ao avanço da ocupação urbana e zonas estão sob a ação da indústria de petróleo. Ademais, abordaremos o problema do derramamento de óleo em áreas costeiras e oceânicas, utilizando modelagem estatística, processamento e análise de imagens SAR e PolSAR sintéticas e reais. Regiões que estão sob a influência da indústria petrolífera como áreas do entorno de refinarias de petróleo, rotas marítimas nacionais e internacionais de transporte de petróleo, regiões de extração de petróleo onshore e offshore, etc., estão sob risco potencial de derrames acidentais (ex. vazamentos) e criminosos (ex. lavagem de tanques de petroleiros). Imagens periódicas destas regiões constituem fontes relevantes no monitoramento de desastres ambientais (ex. derrames de óleo, etc.) e da exploração predatória de recursos naturais (ex. desmatamento em APAs, etc). A partir das imagens disponíveis, pretende-se nesta proposta incorporar modelos estatísticos que permitam extrair de forma eficiente informações relevantes das regiões de interesse, sejam estas oriundas de dados SAR ou PolSAR (polarimétricos). Estas informações poderão ser utilizadas na detecção de manchas de óleo, mudanças, localização, análise e dimensionamento das mesmas como também para localização e dimensionamento de áreas de degradação ambiental de regiões sob risco ambiental (ex. APAs e REBIOs). No desenvolvimento destes novos algoritmos de PDI, serão ainda consideradas a extensão e validação de técnicas já existentes de realce e segmentação de imagens..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.

Integrantes: Daniela Mayumi Ushizima - Integrante / Fatima Nelsizeuma Sombra de Medeiros - Coordenador / Regis Marques - Integrante / Leite, Gladeston C. - Integrante / PAULA, IALIS C. - Integrante / BEZERRA, FRANCISCO N. - Integrante / GERALDO LUÍS BEZERRA RAMALHO - Integrante / ALEJANDRO C. FRERY - Integrante / LUKIN, VOLODOMIR - Integrante / HAROLD ÂNGULO BUSTOS - Integrante.
2014 - Atual
Visualização Científica e Visão Computacional para Aplicações não Tradicionais em Análise de Formas

Projeto certificado pelo(a) coordenador(a) Fátima Nelsizeuma Sombra de Medeiros em 12/12/2014.
Descrição: A aquisição de imagens digitais como parte do registro experimental em laboratórios de pesquisa é uma das tarefas mais difundidas na atualidade. Essa realidade requer o desenvolvimento de software para viabilizar a aquisição, gerenciamento, análise e visualização de dados imageados. Este projeto de pesquisa e desenvolvimento tem por finalidade propor modelos matemático-computacionais, algoritmos de visualização científica e visão computacional para processamento e análise quantitativa de formas em dados 2D e 3D oriundos de sistemas de imageamento dentro do espectro visível e não visível, com vistas a aplicações em reconhecimento de padrões. Com isso pretende-se habilitar os laboratórios integrados aos grupos de pesquisa da instituição proponente (UFC) e instituições parceiras (IFCe, UECE, UFOP) a lidarem com dados não estruturados provenientes de destes sistemas de imageamento. Particularmente, os grupos integrantes da proposta trabalham com aquisição de imagens dentro e fora do espectro de luz visível, como a microscopia eletrônica de força atômica, tomografia de alta energia. e o imageamento por radar de abertura sintética (SAR). A utilização destes dados oriundos de sistemas que operam na faixa de microondas, em particular dos dados SAR, requer uma modelagem estatística prévia dos mesmos para posterior processamento como filtragem, segmentação, classificação, visualização e interpretação. Quanto à avaliação quantitativa dos resultados e do desempenho das técnicas utilizadas para processamento e classificação utilizaremos distâncias estocásticas, medidas de Precision e Recall, Silhouette, SNR dentre outras. Com relação aos dados ópticos, os mesmos serão analisados quanto à morfometria das formas presentes, isto é, análise e descrição de formas e a correlação de descritores utilizados. Estes descritores podem ainda ser utilizados com indicadores de complexidade de formas ou em associações com patologias em aplicações na Medicina e Biologia. O objetivo com isso é implementar e validar algoritmos que integrem o processo de automatização de tarefas que envolvam grandes quantidades de imagens, como é o caso de imagens de monitoramento ambiental obtidas de sistemas de sensoriamento remoto, imagens de esfregaços de células provenientes do Sistema Único de Saúde - SUS, obtidos via microscopia óptica, dentre outras. Atualmente existem diversas ferramentas genéricas para análise de imagens, contudo a utilidade dos métodos veiculados fica geralmente restrita a uma das etapas de processamento dos dados e/ou aos desenvolvedores da ferramenta. A meta desta proposta é viabilizar o desenvolvimento e customização de ferramentas computacionais adaptadas às aplicações de interesse, abordando as necessidades de ponta-a-ponta, ou seja, da aquisição dos dados, ao armazenamento, realce, minimização de ruídos, segmentação de regiões de interesse, extração e seleção de características à classificação de objetos..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (4) / Doutorado: (4) .

Integrantes: Daniela Mayumi Ushizima - Integrante / Fatima Nelsizeuma Sombra de Medeiros - Coordenador / Leite, Gladeston C. - Integrante / Andrea Bianchi - Integrante / BEZERRA, FRANCISCO N. - Integrante / SETHIAN, JAMES A. - Integrante / CLÁUDIA MARTINS CARNEIRO - Integrante / GERALDO LUÍS BEZERRA RAMALHO - Integrante / IÁLIS CAVALCANTE DE PAULA JÚNIOR - Integrante / REGIS CRISTIANO PINHEIRO MARQUES - Integrante / RODRIGO F. BIANCHI - Integrante / PRISCILA BRAGA CALÍOPE - Integrante / Fernando Gabriel Silva Araújo - Integrante.
Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa.
Número de produções C, T & A: 4 / Número de orientações: 2
2013 - Atual
CAMERA
Descrição: Center for Applied Mathematics for Energy Research Applications. Ha' cooperacao com empresas, nenhuma deles com CNPJ..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.

Integrantes: Daniela Mayumi Ushizima - Integrante / Dula Parkinson - Integrante / Harinarayan Krishnan - Integrante / SETHIAN, JAMES A. - Coordenador / Maciej Haranczyk - Integrante / Alexander Hexemer - Integrante / Stefano Marchesini - Integrante / David Shapiro - Integrante / Jeffrey Donatelli - Integrante / Xiaoye Lee - Integrante / Chao Yang - Integrante.
2013 - Atual
Graph-based analysis and visualization of multimodal multi-resolution large-scale neuroimaging data
Descrição: Analise de imagens de CT e MRI para avaliacao neurologica.
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.

Integrantes: Daniela Mayumi Ushizima - Coordenador / Aydin Buluc - Integrante.
2013 - Atual
CRIC - Cell Recognition for Inspection of Cervix

Projeto certificado pelo(a) coordenador(a) Fátima Nelsizeuma Sombra de Medeiros em 03/08/2018.
Descrição: Our team aims to develop organized image catalogues and software dedicated to cell morphology and recognition, and we are currently targeting cervical cells. We have built analytical and data-driven models using information from datasets provided by the Federal University of Ouro Preto. The cell database contains digital pictures from conventional Pap smears, which are part of the visual search paper we submitted and is under review..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.

Integrantes: Daniela Mayumi Ushizima - Integrante / Fatima Nelsizeuma Sombra de Medeiros - Coordenador / Andrea Bianchi - Integrante / Flávio Henrique Duarte de Araújo - Integrante / Romuere Rodrigues Veloso Silva - Integrante / Paulo Oliveira - Integrante / Claudia Carneiro - Integrante / Mariana T. Rezende - Integrante / Allan C. Carneiro - Integrante / Daniel Silva Ferreira - Integrante / Alan Magalhaes - Integrante / Alessandra Gomes - Integrante.
2011 - 2012
Visualization and Analysis for Nanoscale Control of Geologic CO2
Descrição: This project is a collaboration with the Energy Frontier Research Center (EFRC) for Nanoscale Control of Geologic CO2 (NCGC), whose goal is to improve the understanding of the processes in fluid-rock systems related to geologic sequestration of CO2. Research is required to develop the technology needed for the safe storage of CO2 in deep subsurface rock formations. Geologic sequestration of CO2 is being pursued as a means to reduce the amount of CO2, one of the principal greenhouse gases, being released into the atmosphere by processes that burn fossil fuels. The NCGC investigates processes in fluid-rock systems from the molecular scale to the pore scale. Large amounts of experimental data are generated concerning such phenomena as brine mixtures at high temperatures and pressures in porous media, immiscible fluid structures, dissolution, and precipitation. Numerical computer models are used to compute such fluid-rock mechanics at pore scales, infiltration stability and instabilities, and emergent structures. Understanding these processes is key to developing models that describe flow and reactive transport of CO2-rich fluids in geologic reservoirs and to develop approaches for controlling the flow of CO2 in reservoirs that effectively and efficiently fill pore space with injected CO2. Our proposed work acts as a bridge in both directions between experimental data and numerical simulations in some key target areas. We plan to: (1) build image processing capabilities that can extract fluid and material quantities from experimental data to measure key phenomena, as well as initialize, calibrate, and check numerical simulations and (2) build geometric analysis techniques to extract large-scale patterns and emergent patterns from numerical simulation results to predict macro-effects in experimental setups..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (1) .

Integrantes: Daniela Mayumi Ushizima - Coordenador / Janet Jacobsen - Integrante / Edward Wes Bethel - Integrante / Gunther Weber - Integrante / Dmitriy Morozov - Integrante.
2011 - Atual
Towards Exascale: High Performance Visualization and Analytics
Descrição: Analise e visualizacao de alto desempenho para o Departamento de Energia.
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.

Integrantes: Daniela Mayumi Ushizima - Integrante / Oliver Ruebel - Integrante / Harinarayan Krishnan - Integrante / Gunther Weber - Integrante / Dmitriy Morozov - Integrante / BETHEL, E. WES - Coordenador / Talita Perciano - Integrante / david camp - Integrante / Burlen Loring - Integrante.
2011 - Atual
Quantitative Image Analysis for Computational Modeling
Descrição: Processamento de imagem, análise e tomada de decisão baseada em imagens experimentais de alta resolução obtidas no Laboratório Nacional Lawrence Berkeley.
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Especialização: (0) .

Integrantes: Daniela Mayumi Ushizima - Coordenador / Harinarayan Krishnan - Integrante.
Financiador(es): Lawrence Berkeley National Laboratory - Auxílio financeiro.
2009 - Atual
Frontiers in computation: new methods for complex mechanics, advanced materials, interfaces and stochastics
Descrição: Modelagem de células epiteliais relacionadas a pesquisa em câncer de mama.
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Doutorado: (1) .

Integrantes: Daniela Mayumi Ushizima - Integrante / James Sethian - Coordenador / Alexander Chorin - Integrante.
Financiador(es): Department of Energy - Outra.
2008 - Atual
NERSC Program - Science-Driven Analytics
Descrição: Analise de dados cientificos usando super computadores no NERSC, particularmente atraves de ferramentas estatisticas, aprendizado de maquina e imagens.
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.

Integrantes: Daniela Mayumi Ushizima - Coordenador.
2005 - 2009
Visão computacional no diagnóstico de leucemia
Descrição: Desenvolvimento de software para processamento, análise e reconhecimento de leucócitos normais e anormais para auxílio no diagnóstico de leucemia. Projeto Jovem Pesquisador aprovado, aguardando liberação de recursos..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (3) .

Integrantes: Daniela Mayumi Ushizima - Coordenador.
Financiador(es): Universidade Católica de Santos - Remuneração / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
Número de produções C, T & A: 26 / Número de orientações: 2
2005 - 2006
Quantiscope
Descrição: Ferramentas de Processamento e Análise de Imagens para Microscopia Quantitativa Aplicada à Anatomopatologia e Caracterização Microestrutural de Materiais.
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.

Integrantes: Daniela Mayumi Ushizima - Integrante / Marcos Cordeiro d'Ornellas - Coordenador / Cristiane Cademartori Danesi - Integrante.
Financiador(es): Universidade Federal de Santa Maria - Cooperação.
2001 - 2004
Diagnóstico de leucemia linfóide auxiliado por computador
Descrição: Projeto de pesquisa e desenvolvimento de um software amigável para usuários como biomédicos, bioquímicos e médicos para análise de imagens de esfregaços de sangue periférico para auxílio no diagnóstico de leucemias linfóides. Modelagem e programação de sistemas de: reconhecimento de padrões para classificação de leucócitos, incluindo casos de leucemia linfóide e software para seleção de características usando técnicas filter e wrapper e estratégias de busca heurísticas (mineração de dados)..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (2) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (2) .

Integrantes: Daniela Mayumi Ushizima - Coordenador / Luciano da Fontoura Costa - Integrante / Marco Antonio Zago - Integrante / Sergio Luiz R Martins - Integrante / Rodrigo Tocantins Calado - Integrante / Edgar Gil Rizzatti - Integrante.
Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa.
Número de produções C, T & A: 27
2000 - 2000
Software para construção e análise de árvores filogenéticas
Descrição: Responsável por modelagem e gerenciamento de projeto de software para árvore filogenética no intuito de traçar e correlacionar o comportamento de aranhas com seu papel no controle de pragas..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (2) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) .

Integrantes: Daniela Mayumi Ushizima - Coordenador / Leandro Farias Estrozi - Integrante / Luiz Rios Filho - Integrante / Hilton Japyassú - Integrante.
Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
1997 - 2000
Investigação do comportamento visual de aranhas saltadoras (Salticidae) em termos de micromovimentos
Descrição: Desenvolvimento de software para aquisição e processamento de sinais a partir de dados biológicos provenientes de experimentos psicofísicos. Utilização de aranhas saltadoras (Salticidae) como cobaias para estudo de sua visão em termos de micromovimentos capturados com hardware feito no próprio laboratório, o qual usa efeito Hall para detecção de micromovimentos gerados a partir de magneto colado no abdômen da cobaia. A aranha saltadora é um dos invertebrado com visão mais precisa e resolução que mais se assemelha a dos primatas..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) .

Integrantes: Daniela Mayumi Ushizima - Coordenador / Luciano da Fontoura Costa - Integrante.
Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa.
Número de produções C, T & A: 4


Projetos de extensão


2018 - 2018
Automating Women at the lab
Descrição: Automatizacao de diversas tarefas ligadas ao evento Women at the Lab no Berkeley Lab. Todos os codigos para coordenadar nomeacao de pessoas e processamento de Google forms foi disponibilizada gratuitamente https://github.com/dani-lbnl/xls2word.
Situação: Concluído; Natureza: Extensão.

Integrantes: Daniela Mayumi Ushizima - Coordenador / Esther Singer - Integrante.
2017 - 2017
CRIC Hackathon
Descrição: Objetivo foi criar massa crítica na UFC e UFOP para que pesquisadores brasileiros desenvolvam software livre e de qualidade independentemente. As imagens utilizadas foram provenientes de material publicamente disponivel, incluindo imagens originais de rotina laboratorial para Papanicolau convencional. Os algoritmos e códigos desenvolvidos serão publicados pelos autores dos mesmos, com modificacoes ou nao, para a mesma aplicacao em analise de celulas cervicais ou outras que lhes forem de interesse..
Situação: Concluído; Natureza: Extensão.

Integrantes: Daniela Mayumi Ushizima - Coordenador / Fatima Nelsizeuma Sombra de Medeiros - Integrante.
2017 - 2017
Hackeando uma placa mae
Descrição: https://github.com/dani-lbnl/cric2017/blob/master/ERIPI/HackAMotherboard.pdf.
Situação: Concluído; Natureza: Extensão.

Integrantes: Daniela Mayumi Ushizima - Coordenador / Flávio Henrique Duarte de Araújo - Integrante / Romuere Rodrigues Veloso Silva - Integrante.
2015 - 2015
CRIC Hackathon
Descrição: Atividades desenvolvidas durante os dois dias de hackathon, como parte das atividades de pesquisa, desenvolvimento e extensão referentes ao projeto Ciências sem Fronteiras com a UFC através de Prof. Dra. Fatima Medeiros (pesquisadora coordenadora) e Dra. Daniela Ushizima (PVE). Objetivo foi criar massa crítica na UFC e UFOP para que pesquisadores brasileiros desenvolvam software livre e de qualidade independentemente. As imagens utilizadas foram provenientes de material disponivel em outros desafios, incluindo imagens originais de rotina laboratorial para Papanicolau convencional. Os algoritmos e códigos desenvolvidos serão publicados pelos autores dos mesmos, com modificacoes ou nao, para a mesma aplicacao em analise de celulas cervicais ou outras que lhes forem de interesse. https://github.com/dani-lbnl/cancerCervicalHack/tree/master/hackathon.
Situação: Concluído; Natureza: Extensão.

Integrantes: Daniela Mayumi Ushizima - Coordenador / Fatima Nelsizeuma Sombra de Medeiros - Integrante / Andrea Gomes Campos Bianchi - Integrante / Claudia Carneiro - Integrante.


Projetos de desenvolvimento


2016 - Atual
pyCBIR - busca de imagens por conteudo em python
Descrição: pyCBIR is a new python tool for content-based image retrieval (CBIR) capable of searching for relevant items in large databases given unseen samples. While much work in CBIR has targeted ads and recommendation systems, our pyCBIR allows general purpose investigation across image domains and experiments. Also, pyCBIR contains different distance metrics and several feature extraction techniques, including a convolutional neural network (CNN)..
Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento.

Integrantes: Daniela Mayumi Ushizima - Coordenador / Flávio Henrique Duarte de Araújo - Integrante / Romuere Rodrigues Veloso Silva - Integrante.
2013 - 2015
F3D
Descrição: Non linear filters for 3D image processing using multi-GPU; Open-source for the community; full source code at: https://github.com/CameraIA/F3D.
Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento.
Alunos envolvidos: Doutorado: (2) .

Integrantes: Daniela Mayumi Ushizima - Coordenador.
2010 - 2014
Visualization and Analysis for Nanoscale Control of Geologic Carbon Dioxide
Descrição: The objective of the Energy Frontier Research Center (EFRC) for Nanoscale Control of Geologic CO$_2$ (NCGC) is to develop an understanding of the processes in fluid-rock systems related to geologic sequestration of CO$_2$. This understanding is required to develop the technology needed for the safe storage of CO$_2$ in deep subsurface rock formations. Geologic sequestration of CO$_2$ is being pursued as a means to reduce the amount of CO$_2$, one of the principal greenhouse gases, being released into the atmosphere by processes that burn fossil fuels. The NCGC investigates processes in fluid-rock systems from the molecular scale to the pore scale. Large amounts of experimental data are generated concerning such phenomena as brine mixtures at high temperatures and pressures in porous media, immiscible fluid structures, dissolution, and precipitation. Numerical computer models are used to compute such fluid-rock mechanics at pore scales, infiltration stability and instabilities, and emergent structures. Understanding these processes is key to developing models that describe flow and reactive transport of CO$_2$-rich fluids in geologic reservoirs and to develop approaches for controlling the flow of CO$_2$ in reservoirs that effectively and efficiently fill pore space with injected CO$_2$. The proposed work will act as a bridge in both directions between experimental data and numerical simulations in some key target areas. We plan to: (1) build image processing capabilities that can extract fluid and material quantities from experimental data to measure key phenomena, as well as initialize, calibrate, and check numerical simulations and (2) build geometric analysis techniques to extract large-scale patterns and emergent patterns from numerical simulation results to predict macro-effects in experimental setups..
Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento.

Integrantes: Daniela Mayumi Ushizima - Integrante / Gunther Weber - Integrante / Wes Bethel - Coordenador.
Financiador(es): Department of Energy - Remuneração.
2002 - 2004
Hotreference.com
Descrição: Em colaboração, sem fins lucrativos, com o pesquisador Dr. Leandro Farias Estrozi, atualmente no Laboratório de Virologia Molecular e Estrutural, Gif-sur-Yvette, França, idealizamos, disponibilizamos e mantemos na internet o primeiro gerenciador bibliográfico gratuito desde janeiro de 2003: HotReference.com em http://www.hotreference.com. Nele se pode armazenar remotamente diversas referências bibliográficas, que se tornam automaticamente públicas e pode incluir arquivos .pdf, os quais são opcionalmente privados. O HotReference.com é tanto um gerenciador bibliográfico pessoal com acesso a um banco de dados público de referências quanto um fórum voltado a comunidade acadêmica com o intuito de criticar trabalhos científicos publicados. Diversasinstituições adotaram e recomendam esse site, como o Instituto de Física de São Carlos, USP, UNESP, UNICAMP,Universidade Federal da Bahia, Universidade do Texas dentre inúmeras outras instituições nos Estados Unidos, Universidade de Würzburg na Alemanhadentre outras instituições na Alemanha,França, etc., rendendo inclusive reportagens na Uol Inovação de 12/08/2003 e no jornal da Unicamp, seção Sala de Imprensa.
Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento.
Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (1) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (1) .

Integrantes: Daniela Mayumi Ushizima - Integrante / Leandro Farias Estrozi - Coordenador.

Número de produções C, T & A: 2
1997 - 1997
Auxílio na programação de software médico para controle de dados vitais de pacientes em UTI
Descrição: Trabalho em equipe junto ao departamento de engenharia de software da empresa Dixtal Biomédica. Durante estágio, houve oportunidade de trabalhar no levantamento de requisitos e auxílio a usuários de software junto aos médicos do Hospital das Clínicas, além de programação do software, acompanhamento do projeto de banco de dados, acesso multi-usuário e documentação..
Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento.
Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) .

Integrantes: Daniela Mayumi Ushizima - Integrante / Wilson Lee - Coordenador / Marcia Kawakami - Integrante.


Membro de corpo editorial


2006 - Atual
Periódico: CLEI Electronic Journal (0717-5000)
2005 - 2005
Periódico: Proceedings of the IEEE


Membro de comitê de assessoramento


2013 - Atual
Agência de fomento: Department of Energy
2012 - 2013
Agência de fomento: Statistical and Applied Mathematical Sciences Institute
2011 - Atual
Agência de fomento: Departamento de Energia
2006 - Atual
Agência de fomento: Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo


Revisor de periódico


2005 - 2005
Periódico: Revista de Ciência & Tecnologia
2014 - Atual
Periódico: IEEE Transactions on Medical Imaging (Print)
2013 - Atual
Periódico: Signal, Image and Video Processing (Print)
2011 - Atual
Periódico: Imaging Science Journal
2011 - Atual
Periódico: International Journal of High Performance Computing and Networking (Print)
2008 - Atual
Periódico: IEEE Transactions on Systems, Man, and Cybernetics, Part C (Applications an
2011 - Atual
Periódico: IEEE Transactions on Biomedical Engineering


Revisor de projeto de fomento


2011 - Atual
Agência de fomento: Department of Energy
2006 - 2007
Agência de fomento: Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo


Áreas de atuação


1.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Visão Computacional.
2.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Sistemas de Informação.
3.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Modelagem.
4.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Ciência da Computação.
5.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Processamento Gráfico (Graphics).


Idiomas


Inglês
Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.
Português
Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.


Prêmios e títulos


2014
1st Place at Overlapping Cervical Cytology Image Segmentation, IEEE International Symposium on Biomedical Imaging.
2005
Auxílio de custos por análise curricular - MSRI Workshop for women in Mathematics, Mathematical Sciences Research Institute.
2004
Prêmio através de competição de artigo completo e análise curricular, IEEE International Symposium on Biomedical Imaging 2004, Washington DC, EUA.
2002
Diploma de Honra ao Mérito, Câmara de Vereadores de Dracena - SP.
1992
Prêmio Revelação: competição em conhecimentos gerais, artes e liderança, Colégio Anglo CID.


Produções



Produção bibliográfica
Artigos completos publicados em periódicos

1.
ARAUJO, F.2018ARAUJO, F. ; SILVA, R. R. V. ; MEDEIROS, F. N. S. ; PARKINSON, DILWORTH ; HEXEMER, ALEXANDER ; CARNEIRO, CLAUDIA ; USHIZIMA, D.M. . Reverse Image Search for Scientific Data within and beyond the Visible Spectrum. EXPERT SYSTEMS WITH APPLICATIONS, v. 109, p. 35, 2018.

2.
ARAUJO, F. H. D.2018ARAUJO, F. H. D. ; SILVA, R. R. V. ; REZENDE, M. T. ; CALAES, P. H. ; MEDEIROS, FATIMA N. S. ; VERAS, R. ; USHIZIMA, D.M. . Searching for Cell Signatures in Multidimensional Feature Spaces. International Journal of Biomedical Engineering and Technology, v. 27, p. 1-10, 2018.

3.
ARAUJO, F. H. D.2018ARAUJO, F. H. D. ; SILVA, R. R. V. ; CALAES, P. H. ; BIANCHI, ANDREA G. C. ; USHIZIMA, D.M. . Active Contours for Overlapping Cervical Cell Segmentation.. International Journal of Biomedical Engineering and Technology, v. 27, p. 1-21, 2018.

4.
KE, TSUNG-WEI2018KE, TSUNG-WEI ; BREWSTER, AARON S. ; YU, STELLA X. ; USHIZIMA, DANIELA ; YANG, CHAO ; SAUTER, NICHOLAS K. . A convolutional neural network-based screening tool for X-ray serial crystallography. JOURNAL OF SYNCHROTRON RADIATION, v. 25, p. 655-670, 2018.

5.
PANDOLFI, RONALD J.2018PANDOLFI, RONALD J. ALLAN, DANIEL B. ARENHOLZ, ELKE BARROSO-LUQUE, LUIS CAMPBELL, STUART I. CASWELL, THOMAS A. BLAIR, AUSTIN DE CARLO, FRANCESCO FACKLER, SEAN FOURNIER, AMANDA P. FREYCHET, GUILLAUME FUKUTO, MASAFUMI GÜRSOY, DOG'A JIANG, ZHANG KRISHNAN, HARINARAYAN KUMAR, DINESH KLINE, R. JOSEPH LI, RUIPENG LIMAN, CHRISTOPHER MARCHESINI, STEFANO MEHTA, APURVA N'DIAYE, ALPHA T. PARKINSON, DILWORTH Y. PARKS, HOLDEN PELLOUCHOUD, LENSON A. , et al.PERCIANO, TALITA REN, FANG SAHOO, SHREYA STRZALKA, JOSEPH SUNDAY, DANIEL TASSONE, CHRISTOPHER J. USHIZIMA, DANIELA VENKATAKRISHNAN, SINGANALLUR YAGER, KEVIN G. ZWART, PETER SETHIAN, JAMES A. HEXEMER, ALEXANDER ; : a versatile interface for data visualization and analysis. JOURNAL OF SYNCHROTRON RADIATION, v. 25, p. 1261-1270, 2018.

6.
WILLIAMS, TERESA E.2017WILLIAMS, TERESA E. ; USHIZIMA, DANIELA ; ZHU, CHENHUI ; ANDERS, ANDRÉ ; MILLIRON, DELIA J. ; HELMS, BRETT A. . Nearest-neighbour nanocrystal bonding dictates framework stability or collapse in colloidal nanocrystal frameworks. CHEMICAL COMMUNICATIONS, v. 53, p. 4853-4856, 2017.

7.
ODZIOMEK, KATARZYNA2017ODZIOMEK, KATARZYNA ; USHIZIMA, DANIELA ; OBERBEK, PRZEMYSLAW ; KURZYD'OWSKI, KRZYSZTOF JAN ; PUZYN, TOMASZ ; HARANCZYK, MACIEJ . Scanning electron microscopy image representativeness: morphological data on nanoparticles. JOURNAL OF MICROSCOPY, v. 265, p. 34-50, 2017.

8.
LU, ZHI2017LU, ZHI ; CARNEIRO, GUSTAVO ; BRADLEY, ANDREW P. ; USHIZIMA, DANIELA ; NOSRATI, MASOUD S. ; BIANCHI, ANDREA G. C. ; CARNEIRO, CLAUDIA M. ; HAMARNEH, GHASSAN . Evaluation of Three Algorithms for the Segmentation of Overlapping Cervical Cells. IEEE Journal of Biomedical and Health Informatics, v. 21, p. 441-450, 2017.

9.
PERCIANO, TALITA2017PERCIANO, TALITA ; USHIZIMA, DANIELA ; KRISHNAN, HARINARAYAN ; PARKINSON, DILWORTH ; LARSON, NATALIE ; PELT, DANIËL M. ; BETHEL, WES ; ZOK, FRANK ; SETHIAN, JAMES . Insight into 3D micro-CT data: exploring segmentation algorithms through performance metrics. JOURNAL OF SYNCHROTRON RADIATION, v. 24, p. 1065-1077, 2017.

10.
ALEGRO, MARYANA2017ALEGRO, MARYANA ; THEOFILAS, PANAGIOTIS ; NGUY, AUSTIN ; CASTRUITA, PATRICIA A. ; SEELEY, WILLIAM ; HEINSEN, HELMUT ; USHIZIMA, DANIELA M. ; GRINBERG, LEA T. . Automating cell detection and classification in human brain fluorescent microscopy images using dictionary learning and sparse coding. JOURNAL OF NEUROSCIENCE METHODS, v. 282, p. 20-33, 2017.

11.
VENKATAKRISHNAN, S. V2016VENKATAKRISHNAN, S. V ; MOHAN, K. ADITYA ; BEATTIE, KEITH ; CORREA, JOAQUIN ; DART, ELI ; DESLIPPE, JACK R ; HEXEMER, ALEXANDER ; KRISHNAN, HARINARAYAN ; MACDOWELL, ALASTAIR A ; MARCHESINI, STEFANO ; PATTON, SIMON J ; PERCIANO, TALITA ; SETHIAN, JAMES A ; STROMSNESS, RUNE ; TIERNEY, BRIAN L ; TULL, CRAIG E ; USHIZIMA, DANIELA ; PARKINSON, DILWORTH Y . Making Advanced Scientific Algorithms and Big Scientific Data Management More Accessible. Electronic Imaging, v. 2016, p. 1-7, 2016.

12.
SANTOS, M.C.2016SANTOS, M.C. ; BIANCHI, A.G.C. ; USHIZIMA, D.M. ; PAVINATTO, F.J. ; BIANCHI, R.F. . AMMONIA GAS SENSOR BASED ON THE FREQUENCY-DEPENDENT IMPEDANCE CHARACTERISTICS OF ULTRATHIN POLYANILINE FILMS. SENSORS AND ACTUATORS A-PHYSICAL, v. 253, p. 156-164, 2016.

13.
USHIZIMA, DANIELA M.2016USHIZIMA, DANIELA M.; BALE, HRISHIKESH A. ; BETHEL, E. WES ; ERCIUS, PETER ; HELMS, BRETT A. ; KRISHNAN, HARINARAYAN ; GRINBERG, LEA T. ; HARANCZYK, MACIEJ ; MACDOWELL, ALASTAIR A. ; ODZIOMEK, KATARZYNA ; PARKINSON, DILWORTH Y. ; PERCIANO, TALITA ; RITCHIE, ROBERT O. ; YANG, CHAO . IDEAL: Images Across Domains, Experiments, Algorithms and Learning. JOM, v. 68, p. 2963-2972, 2016.

14.
WILLS, ANDREW W.2015WILLS, ANDREW W. ; MICHALAK, DAVID J. ; ERCIUS, PETER ; ROSENBERG, ETHAN R. ; PERCIANO, TALITA ; USHIZIMA, DANIELA ; RUNSER, RORY ; HELMS, BRETT A. . Block Copolymer Packing Limits and Interfacial Reconfigurability in the Assembly of Periodic Mesoporous Organosilicas. ADVANCED FUNCTIONAL MATERIALS, v. 25, p. 4120-4128, 2015.

15.
DONATELLI, J.2015DONATELLI, J. ; HARANCZYK, M. ; HEXEMER, A. ; KRISHNAN, H. ; LI, X. ; LIN, L. ; MAIA, F. ; MARCHESINI, S. ; Parkinson, D. ; PERCIANO, T. ; SHAPIRO, D. ; USHIZIMA, D. ; YANG, C. ; SETHIAN, J.A. . CAMERA: The Center for Advanced Mathematics for Energy Research Applications. Synchrotron Radiation News, v. 28, p. 4-9, 2015.

16.
Paula, Ialis C.2013Paula, Ialis C. ; MEDEIROS, F. N. S. ; Bezerra, Francisco N. ; SABINO, D. M. U. ou Ushizima, D. M. . Multiscale Corner Detection in Planar Shapes. Journal of Mathematical Imaging and Vision (Dordrecht. Online), v. 45, p. 251-263, 2013.

17.
USHIZIMA, DANIELA2012USHIZIMA, DANIELA; MOROZOV, DMITRIY ; WEBER, GUNTHER H. ; BIANCHI, ANDREA G.C. ; SETHIAN, JAMES A. ; BETHEL, E. WES . Augmented Topological Descriptors of Pore Networks for Material Science. IEEE Transactions on Visualization and Computer Graphics, v. 18, p. 2041-2050, 2012.

18.
SABINO, D. M. U. ou Ushizima, D. M.;USHIZIMA, DANIELA M.;USHIZIMA, DANIELA;USHIZIMA, DANIELA M;USHIZIMA, D.M.;USHIZIMA, D. M.;USHIZIMA, D.;USHIZIMA, DANI;USHIZIMA, DANIELA MAYUMI2011 SABINO, D. M. U. ou Ushizima, D. M.; Gunther Weber ; Ajo-Franklin, J ; Kim, Y ; Macdowel, A ; Morozov, D ; Parkinson, D. ; Trebotich, D ; Wan, J ; Wes Bethel . Analysis and visualization for multiscale control of geologic CO2. Journal of Physics. Conference Series (Print), v. 1, p. 1, 2011.

19.
Carvalho, E.2010Carvalho, E. ; SABINO, D. M. U. ou Ushizima, D. M. ; MEDEIROS, F. N. S. ; Martins, C ; MARQUES, R. ; Oliveira, I . SAR imagery segmentation by statistical region growing and hierarchical merging. Digital Signal Processing (Print), v. 20, p. 1365-1378, 2010.

20.
Leite, Gladeston C.2010Leite, Gladeston C. ; Ushizima, Daniela M. ; Medeiros, Fátima N. S. ; de Lima, Gilson G. ; SABINO, D. M. U. ou Ushizima, D. M. . Wavelet Analysis for Wind Fields Estimation. Sensors (Basel), v. 10, p. 5994-6016, 2010.

21.
MARQUES, R.2009 MARQUES, R. ; MEDEIROS, F. N. S. ; SABINO, D. M. U. ou Ushizima, D. M. . Target dectection on SAR images using level set methods. IEEE Transactions on Systems, Man and Cybernetics. Part C, Applications and Reviews, v. 39, p. 214-222, 2009.

22.
RÜBEL, OLIVER2009RÜBEL, OLIVER ; GEDDES, CAMERON G R ; CORMIER-MICHEL, ESTELLE ; WU, KESHENG ; Prabhat ; WEBER, GUNTHER H ; USHIZIMA, DANIELA M ; MESSMER, PETER ; HAGEN, HANS ; HAMANN, BERND ; BETHEL, WES . Automatic beam path analysis of laser wakefield particle acceleration data. Computational Science & Discovery, v. 2, p. 015005, 2009.

23.
SABINO, D. M. U. ou Ushizima, D. M.;USHIZIMA, DANIELA M.;USHIZIMA, DANIELA;USHIZIMA, DANIELA M;USHIZIMA, D.M.;USHIZIMA, D. M.;USHIZIMA, D.;USHIZIMA, DANI;USHIZIMA, DANIELA MAYUMI2006 SABINO, D. M. U. ou Ushizima, D. M.; CALADO, R. T. ; RIZZATTI, Edgar Gil . Leukocyte detection using nucleus contour propagation. Lecture Notes in Computer Science, v. 4091, p. 389-396, 2006.

24.
SABINO, D. M. U. ou Ushizima, D. M.;USHIZIMA, DANIELA M.;USHIZIMA, DANIELA;USHIZIMA, DANIELA M;USHIZIMA, D.M.;USHIZIMA, D. M.;USHIZIMA, D.;USHIZIMA, DANI;USHIZIMA, DANIELA MAYUMI2004 SABINO, D. M. U. ou Ushizima, D. M.; COSTA, Luciano da Fontoura ; RIZZATTI, Edgar Gil ; ZAGO, Marco Antonio . A texture approach to leukocyte recognition. Real Time Imaging, v. 10, n.4, p. 205-216, 2004.

25.
SABINO, D. M. U. ou Ushizima, D. M.;USHIZIMA, DANIELA M.;USHIZIMA, DANIELA;USHIZIMA, DANIELA M;USHIZIMA, D.M.;USHIZIMA, D. M.;USHIZIMA, D.;USHIZIMA, DANI;USHIZIMA, DANIELA MAYUMI2003SABINO, D. M. U. ou Ushizima, D. M.; COSTA, Luciano da Fontoura ; CALADO, R. T. ; ZAGO, Marco Antonio . Automatic leukemia diagnosis. Acta Microscopica, v. 1, p. 1-6, 2003.

Livros publicados/organizados ou edições
1.
ARAUJO, F. H. D. ; CARNEIRO, A. C. ; SILVA, R. R. V. ; MEDEIROS, FATIMA N. S. ; USHIZIMA, D.M. . Redes Neurais Convolucionais com Tensorflow: Teoria e Prática. 1. ed. SBC, 2017. v. 1. 382p .

2.
USHIZIMA, D.M.. Visão computacional em python utilizando as bibliotecas scikit-image e scikit-learn. 2. ed. , 2017.

3.
USHIZIMA, D.M.. Detection and Classification of Cervical Cells. 1. ed. Berkeley: UC Press, 2016.

4.
SABINO, D. M. U. ou Ushizima, D. M.; GEDDES, C. ; CORMIER-MICHEL, E. ; Wes Bethel ; JACOBSEN, J. ; Prabhat ; RUEBEL, O. ; Gunther Weber ; HAMANN, B. . Machine Learning. In-Tech, 2009. 34p .

Capítulos de livros publicados
1.
USHIZIMA, DANIELA; Carneiro, Allan ; Souza, Marcelo ; Medeiros, Fatima . Investigating Pill Recognition Methods for a New National Library of Medicine Image Dataset. Lecture Notes in Computer Science. 1ed.: Springer International Publishing, 2015, v. , p. 410-419.

Textos em jornais de notícias/revistas
1.
SABINO, D. M. U. ou Ushizima, D. M.; ESTROZI, Leandro Farias . Site organiza centro interativo de referências científicas. UOL Inovação, UOL Inovação, 12 ago. 2003.

2.
SABINO, D. M. U. ou Ushizima, D. M.. Diagnóstico mais fácil. Revista Saúde, Seção Avanços, , v. 219, p. 43 - 43, 01 dez. 2001.

3.
SABINO, D. M. U. ou Ushizima, D. M.. Programa pode ajudar a detectar leucemias. Folha de São Paulo, São Paulo, p. A10 - A10, 09 out. 2001.

4.
SABINO, D. M. U. ou Ushizima, D. M.. Brincadeira de Criança: você conhece este projeto?. Jornal A Notícia Local, São Carlos - SP, 16 ago. 1998.

5.
ESTROZI, Leandro Farias ; SABINO, D. M. U. ou Ushizima, D. M. . Referência bibliográfica. Jornal da Unicamp - Sala de Imprensa, internet.

6.
SABINO, D. M. U. ou Ushizima, D. M.. Software faz diagnóstico de câncer. Fundep Noticias.

7.
SABINO, D. M. U. ou Ushizima, D. M.. Programa de computador identifica células e pode ampliar acesso a exames. Agência Usp Notícias.

8.
SABINO, D. M. U. ou Ushizima, D. M.. Leucemia - identifica células doentes e pode ampliar acesso a exames. Sentidos - O lado virtual de pessoas especiais, http://www.sentidos.com.br.

9.
SABINO, D. M. U. ou Ushizima, D. M.. Software reduz custos no diagnóstico de leucemia. BIO tecnologia, http://www.biotecnologia.com.b.

10.
SABINO, D. M. U. ou Ushizima, D. M.. Software faz diagnóstico de câncer. Jornal da Ciência.

11.
SABINO, D. M. U. ou Ushizima, D. M.. USP: software reduz custos no diagnóstico de leucemia. Site Oficial do Governo do Estado de São Paulo.

12.
SABINO, D. M. U. ou Ushizima, D. M.. Programa de computador auxilia no diagnóstico de leucemia. Sociedade Brasileira de Patologia Clínica.

13.
SABINO, D. M. U. ou Ushizima, D. M.. Software para diagnóstico de leucemia desenvolvido em São Carlos. Jornal Primeira Página.

14.
MINATEL, Edson ; SABINO, D. M. U. ou Ushizima, D. M. . Encontro de cerâmica reune empresas e Centro Cerâmico do Brasil. Jornal Regional de São Carlos.

Trabalhos completos publicados em anais de congressos
1.
DE MELO, VINICIUS VELOSO ; USHIZIMA, DANIELA MAYUMI ; BARACHO, SALETY FERREIRA ; COELHO, REGINA CELIA . Gradient Boosting Decision Trees for Echocardiogram Images. In: 2018 International Joint Conference on Neural Networks (IJCNN), 2018, Rio de Janeiro. 2018 International Joint Conference on Neural Networks (IJCNN), 2018. p. 1-8.

2.
OLIVEIRA, P. ; MOREIRA, G. ; USHIZIMA, D. M. ; CARNEIRO, C. ; MEDEIROS, F. ; ARAUJO, F. ; SILVA, R. ; BIANCHI, A. . A Multi-objective Approach for Calibration and Detection of Cervical Cells Nuclei. In: IEEE Congress on Evolutionary Computation, 2017, Donostia. IEEE Congress on Evolutionary Computation 2017, 2017.

3.
PARKINSON, DILWORTH Y. ; USHIZIMA, DANIELA M. ; PERCIANO, TALITA ; KRISHNAN, HARINARAYAN ; BARNARD, HAROLD S. ; MACDOWELL, ALASTAIR A. ; PELT, DANIEL ; SETHIAN, JAMES A. . Machine learning for micro-tomography. In: Developments in XRay Tomography XI, 2017, San Diego. Developments in X-Ray Tomography XI, 2017. v. 10391. p. 18-25.

4.
HOLDGRAF, CHRIS ; CULICH, AARON ; ROKEM, ARIEL ; DENIZ, FATMA ; ALEGRO, MARYANA ; USHIZIMA, DANI . Portable Learning Environments for Hands-On Computational Instruction. In: the Practice and Experience in Advanced Research Computing 2017, 2017, New Orleans. Proceedings of the Practice and Experience in Advanced Research Computing 2017 on Sustainability, Success and Impact - PEARC17. New York: ACM Press, 2017. p. 1-9.

5.
HEINEMANN, C. ; PERCIANO, T. ; USHIZIMA, D. ; BETHEL, E. W. . Distributed memory parallel Markov random fields using graph partitioning. In: 2017 IEEE International Conference on Big Data (Big Data), 2017, Boston. 2017 IEEE International Conference on Big Data (Big Data), 2017. p. 3332-3341.

6.
PERCIANO, T. ; USHIZIMA, D. M. ; BETHEL, E. W. ; MIZRAHI, Y. D. ; Parkinson, D. ; SETHIAN, J. A. . Reduced-complexity image segmentation under parallel Markov Random Field formulation using graph partitioning. In: 2016 IEEE International Conference on Image Processing (ICIP), 2016, Phoenix. 2016 IEEE International Conference on Image Processing (ICIP), 2016. p. 1259.

7.
USHIZIMA, DANIELA; YANG, CHAO ; VENKATAKRISHNAN, SINGANALLUR ; ARAUJO, FLAVIO ; SILVA, ROMUERE ; TANG, HAORAN ; MASCARENHAS, JOAO VITOR ; HEXEMER, ALEX ; PARKINSON, DILWORTH ; SETHIAN, JAMES . Convolutional neural networks at the interface of physical and digital data. In: 2016 IEEE Applied Imagery Pattern Recognition Workshop (AIPR), 2016, Washington. 2016 IEEE Applied Imagery Pattern Recognition Workshop (AIPR), 2016. p. 1-12.

8.
ALEGRO, MARYANA ; AMARO, EDSON ; LORING, BURLEN ; HEINSEN, HELMUT ; ALHO, EDUARDO ; ZOLLEI, LILLA ; USHIZIMA, DANIELA ; GRINBERG, LEA T. . Multimodal Whole Brain Registration: MRI and High Resolution Histology. In: 2016 IEEE Conference on Computer Vision and Pattern Recognition Workshops (CVPRW), 2016, Las Vegas. 2016 IEEE Conference on Computer Vision and Pattern Recognition Workshops (CVPRW), 2016. p. 634-642.

9.
USHIZIMA, DANIELA; PERCIANO, TALITA ; PARKINSON, DILWORTH . Fast detection of material deformation through structural dissimilarity. In: 2015 IEEE International Conference on Big Data (Big Data), 2015, Santa Clara. 2015 IEEE International Conference on Big Data (Big Data), 2015. p. 2775.

10.
USHIZIMA, DANIELA; PERCIANO, TALITA ; KRISHNAN, HARINARAYAN ; LORING, BURLEN ; BALE, HRISHIKESH ; PARKINSON, DILWORTH ; SETHIAN, JAMES . Structure recognition from high resolution images of ceramic composites. In: 2014 IEEE International Conference on Big Data (Big Data), 2014, Washington. 2014 IEEE International Conference on Big Data (Big Data), 2014. p. 683.

11.
VERAS, R. ; MEDEIROS, F. N. S. ; SILVA, R. ; SABINO, D. M. U. ou Ushizima, D. M. . ASSESSING THE ACCURACY OF MACULA DETECTION METHODS IN RETINAL IMAGES. In: 18th International Conference on Digital Signal Processing, 2013, Santorini. 18th International Conference on Digital Signal Processing, 2013.

12.
USHIZIMA, DANIELA M.; CARNEIRO, C. M. ; BIANCHI, A.G.C. . Augmenting access to the public health through automated Pap smear cell analysis. In: 12th International Conference on Machine Learning and Applications, 2013, Miami. 12th International Conference on Machine Learning and Applications, 2013.

13.
SABINO, D. M. U. ou Ushizima, D. M.; Gunther Weber ; Morozov, D ; BIANCHI, A.G.C. ; James Sethian ; Wes Bethel . Augmented Topological Descriptors of Pore Networks for Material Science. In: IEEE Visualization Conference, 2012, Seattle. IEEE Vis Week, 2012.

14.
SABINO, D. M. U. ou Ushizima, D. M.; BIANCHI, A.G.C. . Material science image analysis using quant-CT in ImageJ. In: ImageJ User and Developer Conference, 2012, Luxembourg. ImageJ User and Developer Conference, 2012.

15.
SABINO, D. M. U. ou Ushizima, D. M.; PARKINSON, D. ; Nico, P ; Ajo-Franklin, J ; Macdowel, A ; KOCAR, B. ; Wes Bethel ; James Sethian . Statistical segmentation and porosity quantification of 3D x-ray microtomography. In: SPIE Optics and Photonics, 2011, San Diego. XXXIV Applications of Digital Image Processing: Proceeding of SPIE 2011, 2011.

16.
Leite, Gladeston C. ; MEDEIROS, F. N. S. ; SABINO, D. M. U. ou Ushizima, D. M. ; FURTADO, D. . Direction Estimation Using Texture Analysis. In: Sibgrapi, 2011. Sibgrapi 2011, 2011.

17.
SABINO, D. M. U. ou Ushizima, D. M.; MEDEIROS, F. N. S. ; CUADROS, J . Vessel Network Detection Using Contour Evolution and Color Components. In: Proceedings of the 32nd Annual International Conference of the IEEE Engineering in Medicine and Biology Society, 2011, Buenos Aires. Proceedings of the 32nd Annual International Conference of the IEEE Engineering in Medicine and Biology Society, 2011.

18.
RUEBEL, O. ; Wes Bethel ; Biggin, M ; AHERN, S. ; CHILDS, H. ; CORMIER-MICHEL, E. ; Depace, A ; Eisen, M ; Fowlkes, C ; GEDDES, C. ; HAMANN, B. ; Huang, M ; Keranen, S ; Knowles, D. ; HENDRIKS, C. L. L. ; Malik, J. ; Messmer, P ; Prabhat ; SABINO, D. M. U. ou Ushizima, D. M. ; Gunther Weber ; Wu, K . Coupling visualization and data analysis for knowledge discovery from multi-dimensional scientific data. In: International Conference on Computational Science, 2010, Amsterdan, Netherlands. Procedia Computer Science, 2010. v. 1. p. 1757-1764.

19.
SABINO, D. M. U. ou Ushizima, D. M.. Lymphocytic leukemia under machine vision. In: XVIII Brazilian Symposium on Computer Graphics and Image Processing, 2005, Natal - RN. XVIII Brazilian Symposium on Computer Graphics and Image Processing, 2005.

20.
SABINO, D. M. U. ou Ushizima, D. M.; LORENA, A. C. ; CARVALHO, A. C. P. F. L. . Support Vector Machines Applied to White Blood Cell Recognition. In: HIS'05 Fifth International Conference on Hybrid Intelligent Systems, 2005, Rio de Janeiro - RJ. HIS'05 Fifth International Conference on Hybrid Intelligent Systems, 2005.

21.
SABINO, D. M. U. ou Ushizima, D. M.; COSTA, Luciano da Fontoura . Lymphocitic Leukemia under Machine Vision. In: Brazilian Symposium on Computer Graphics and Image Processing, SIBGRAPI, 2005, Natal. IEEE Proceedings do SIBGRAPI 2005, 2005.

22.
SABINO, D. M. U. ou Ushizima, D. M.; COSTA, Luciano da Fontoura ; RIZZATTI, Edgar Gil ; ZAGO, Marco Antonio . Toward leukocyte recognition using morphometry, texture and color. In: IEEE International Symposium on Biomedical Imaging: From Nano To Macro, ISBI'04, 2004, Washington D.C., USA. Proc. of IEEE International Symposium on Biomedical Imaging: From Nano To Macro, ISBI'04, 2004.

23.
SABINO, D. M. U. ou Ushizima, D. M.; COSTA, Luciano da Fontoura ; ZAGO, Marco Antonio ; CALADO, R. T. . Chromatin texture characterization using multiscale fractal dimension. In: 14th International Conference on Digital Signal Processing, DSP 2002, 2002, Santorini-Grecia. 14th International Conference on Digital Signal Processing, DSP 2002, 2002.

Resumos expandidos publicados em anais de congressos
1.
USHIZIMA, D.M.; ARAUJO, F. ; SILVA, R. . Searchable datasets in python: images across domains, experiments, algorithms and learning.. In: Proc. of PyData, 2016, San Francisco. Proc. of PyData, 2016. v. 1. p. 1-2.

2.
MARCARENHAS, J. V. ; YANG, C. ; USHIZIMA, D. . Quantization for Energy Efficient Convolutional Neural Networks. In: The International Conference for High Performance Computing, Networking, Storage and Analysis (SC16), 2016, Salt Lake City. The International Conference for High Performance Computing, Networking, Storage and Analysis. Salt Lake City, 2016. p. 1-2.

3.
USHIZIMA, DANIELA M.; BIANCHI, A.G.C. ; CARNEIRO, C. M. . Segmentation of subcellular compartments combining superpixel representation with Voronoi diagrams. In: IEEE International Symposium on Biomedical Imaging, 2014, Beijing. Proceedings of International Symposium on Biomedical Imaging 2014, 2014.

4.
SABINO, D. M. U. ou Ushizima, D. M.; Tanner, K. ; BISSEL, M. ; James Sethian . Tracking cell dynamics from time-lapse LSM imagery. In: Physical Sciences - Oncology Centers Annual Site Visit, 2011, Berkeley. Physical Sciences - Oncology Centers Annual Site Visit, 2011.

5.
Wan, J ; Kim, Y ; SABINO, D. M. U. ou Ushizima, D. M. ; Kneafsey, T ; Tokunaga, T . Developing laboratory capabilities to study co2 capillary trapping and dissolution relations. In: Symposium of Nanoscale Control of Geologic CO2 - Energy Frontier Research Center, 2010, Berkeley, CA. Symposium of Nanoscale Control of Geologic CO2, 2010.

6.
MARQUES, R. ; MEDEIROS, F. N. S. ; SABINO, D. M. U. ou Ushizima, D. M. . Tracking Targets in Simulated Speckled Images. In: XVII Brazilian Symposium on Computer Graphics and Image Processing, 2006, Manaus. IEEE Proceedings, 2006.

7.
SABINO, D. M. U. ou Ushizima, D. M.; MENDES, T. C. ; COSTA, Luciano da Fontoura . Clusterização de dados de leucócitos usando modelo superparamagnético. In: Escola: Computação de Alto Desempenho para Sistemas Complexos, 2003, São Carlos. Anais da Escola: Computação de Alto Desempenho para Sistemas Complexos, 2003. v. 1.

8.
SABINO, D. M. U. ou Ushizima, D. M.; COSTA, Luciano da Fontoura ; RIZZATTI, Edgar Gil ; ZAGO, Marco Antonio . Texture approach to leukocyte recognition. In: I International Conference on Bioinformatitcs and Computational Biology, 2003, Ribeirão Preto. Proc. of I International Conference on Bioinformatitcs and Computational Biology, 2003. v. 1.

9.
SABINO, D. M. U. ou Ushizima, D. M.; COSTA, Luciano da Fontoura ; ZAGO, Marco Antonio ; CALADO, R. T. . Automatic leukemia diagnostic. In: XVIII CSBMM 2001, 2001, Águas de São Pedro - SP. XVIII CSBMM 2001, 2001.

Resumos publicados em anais de congressos
1.
SABINO, D. M. U. ou Ushizima, D. M.; Morozov, D ; Gunther Weber ; James Sethian . Algorithms for Microstructure Description applied to Microtomography. In: Carbon Cycle 2.0 Symposium, 2012, Berkeley. Carbon Cycle 2.0 Symposium, 2012.

2.
USELTON, A. ; SABINO, D. M. U. ou Ushizima, D. M. . I/O Workload Analysis with Server-side Data Collection. In: Super Computing 2011, 2011, Seattle. SC 2011, 2011.

3.
Rycroft, C ; SABINO, D. M. U. ou Ushizima, D. M. ; Saye, R. ; Tanner, K. ; GHAJAR, C. ; James Sethian . Building a physical cell simulation and comparing with confocal microscopy. In: Bay Area Physical Sciences - Oncology Center (NCI), 2010, San Francisco. Bay Area Physical Sciences - Oncology Center (NCI) Meeting, 2010.

4.
Lourega L V ; SABINO, D. M. U. ou Ushizima, D. M. ; FREITAS, G.D. ; DORNELLAS, M. C. . MeSegHi: Método de Segmentação por Processamento Linear e Não-Linear de Imagens. In: II Workshop em Visão Computacional, 2006, São Carlos. Anais do II Workshop em Visão Computacional. São Carlos, 2006.

5.
SABINO, D. M. U. ou Ushizima, D. M.. Ampliando o hemograma com microscopia quantitativa. In: III Workshop Tecnológico da Cientistas Associados (WTCA), 2006, São Carlos. Anais do III Workshop Tecnológico da Cientistas Associados, 2006.

6.
SABINO, D. M. U. ou Ushizima, D. M.; Lourega L V ; FREITAS, G.D. ; DORNELLAS, M. C. . A Hybrid Image Segmentation Approach using Linear and Non-Linear Processing. In: International Symposium on Vision by Brains and Machines, 2006, Montevideo. Proceedings of International Symposium on Vision by Brains and Machines, 2006.

7.
SABINO, D. M. U. ou Ushizima, D. M.; ROSATELLI, M. C. . E-learning in Medical Diagnosis. In: Brazilian Symposium on Computer Graphics and Image Processing, SIBGRAPI, 2005, Natal - RN. XVIII Brazilian Symposium on Computer Graphics and Image Processing, 2005.

8.
SABINO, D. M. U. ou Ushizima, D. M.; SENGER, H. ; DORNELLAS, M. C. ; MEDEIROS, F. N. S. . Quantitative Microscopy Applied to Cytology and Material Microstructure. In: XVIII Brazilian Symposium on Computer Graphics and Image Processing, 2005, Natal - RN. XVIII Brazilian Symposium on Computer Graphics and Image Processing, 2005.

9.
SABINO, D. M. U. ou Ushizima, D. M.; CONSULARO, Luis Augusto ; COSTA, Luciano da Fontoura ; MANJUNATH, B S . Fast image segmentation: quantitative evaluation and image applications. In: SIBGRAPI, 2004, Curitiba - PR, 2004.

10.
SABINO, D. M. U. ou Ushizima, D. M.; COSTA, Luciano da Fontoura . Feature selection methods applied to multiscale texture. In: SIBGRAPI, 2003, São Carlos. Proc. of Brazilian Symposium on Computer Graphics and Image Processing, 2003.

11.
SABINO, D. M. U. ou Ushizima, D. M.; COSTA, Luciano da Fontoura . Leucemia em visão cibernética. In: VII Workshop de Pós Graduação em Física, 2003, São Carlos - SP, 2003.

12.
SABINO, D. M. U. ou Ushizima, D. M.; COSTA, Luciano da Fontoura . Diagnóstico de leucemia por computador. In: I Workshop Regional de Engenharia Biomédica, 2002, São Carlos. Proc. I Workshop Regional de Engenharia Biomédica, 2002.

13.
SABINO, D. M. U. ou Ushizima, D. M.; COSTA, Luciano da Fontoura . Diagnostico de leucemia auxiliado por computador. In: VI Workshop de Pós Graduação em Física, 2002, São Carlos. VI Workshop de Pós Graduação em Física. São Carlos - SP: IFSC, 2002.

14.
SABINO, D. M. U. ou Ushizima, D. M.; COSTA, Luciano da Fontoura ; ZAGO, Marco Antonio ; MARTINS, S. L. R. . Diferenciação de leucócitos por computador. In: Hemato 2001, 2001, Fortaleza - CE. Hemato 2001, 2001.

15.
SABINO, D. M. U. ou Ushizima, D. M.; COSTA, Luciano da Fontoura . Diagnóstico automático de leucemia. In: V Workshop de Pós Graduação em Física, 2001, Sao Carlos. V Workshop de Pós Graduação em Física, 2001.

16.
SABINO, D. M. U. ou Ushizima, D. M.; COSTA, Luciano da Fontoura . Jumping spider (Salticidae) ethology with computer aid. In: II Encontro de Aracnólogos do Cone Sul, 1999, Porto Alegre. II Encontro de Aracnólogos do Cone Sul. Porto Alegre - RS, 1999.

Apresentações de Trabalho
1.
USHIZIMA, D.M.; ARAUJO, F. H. D. ; SILVA, R. R. V. . Searchable datasets in Python: images across domains, experiments, algorithms and learning. 2016. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

2.
SABINO, D. M. U. ou Ushizima, D. M.. Carbon dioxide, traps and x-ray vision. 2012. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

3.
SABINO, D. M. U. ou Ushizima, D. M.. Image Analysis projects at Computational Research Division. 2011. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

4.
SABINO, D. M. U. ou Ushizima, D. M.. Diverse Imaging modalities and challenges on denoising: segmentation and feature selection. 2011. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

5.
SABINO, D. M. U. ou Ushizima, D. M.. Quant-CT: segmenting and quantifying computed tomography. 2011. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

6.
SABINO, D. M. U. ou Ushizima, D. M.. Computed tomography analysis in multiscale control of geologic CO2. 2011. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

7.
SABINO, D. M. U. ou Ushizima, D. M.. From breast cancer to carbon sequestration: image analysis on science applications. 2011. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

8.
SABINO, D. M. U. ou Ushizima, D. M.. Computer Vision in Decision Support Systems: Leukemia Diagnosis. 2007. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

9.
SABINO, D. M. U. ou Ushizima, D. M.. Computer vision for leukemia diagnosis. 2004. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

10.
SABINO, D. M. U. ou Ushizima, D. M.. Computer-aided lymphoproliferative leukemia diagnosis. 2004. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

11.
SABINO, D. M. U. ou Ushizima, D. M.. Visão computacional e leucemia. 2004. (Apresentação de Trabalho/Comunicação).

12.
SABINO, D. M. U. ou Ushizima, D. M.. Diagnóstico de leucemia usando computadores. 2003. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

13.
SABINO, D. M. U. ou Ushizima, D. M.. Auxílio no diagnóstico de leucemia. 2002. (Apresentação de Trabalho/Comunicação).

14.
SABINO, D. M. U. ou Ushizima, D. M.. Computer Aided Leukemia Diagnosis. 2002. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

15.
SABINO, D. M. U. ou Ushizima, D. M.. Computer Aided Leukemia Diagnosis. 2002. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

16.
SABINO, D. M. U. ou Ushizima, D. M.. Computer Aided Leukemia Diagnosis. 2002. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

17.
SABINO, D. M. U. ou Ushizima, D. M.. Computer Aided Leukemia Diagnosis. 2002. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

18.
SABINO, D. M. U. ou Ushizima, D. M.. Visão cibernética. 1999. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

19.
SABINO, D. M. U. ou Ushizima, D. M.. Neurociência e Processamento Visual. 1999. (Apresentação de Trabalho/Comunicação).


Produção técnica
Programas de computador sem registro
1.

2.
ESTROZI, Leandro Farias ; SABINO, D. M. U. ou Ushizima, D. M. . Hotreference.com. 2003.

3.
SABINO, D. M. U. ou Ushizima, D. M.; CALADO, R. T. ; RIZZATTI, Edgar Gil ; COSTA, Luciano da Fontoura ; ZAGO, Marco Antonio . Leuko. 2001.

4.
JAPYASSU, Hilton ; ALBERTS, C. ; SABINO, D. M. U. ou Ushizima, D. M. ; ESTROZI, Leandro Farias ; RIOS FILHO, Luiz . EthoSeq. 2001.

Trabalhos técnicos
1.
SABINO, D. M. U. ou Ushizima, D. M.. Eurasip Applied Signal Processing. 2002.


Demais tipos de produção técnica
1.
SABINO, D. M. U. ou Ushizima, D. M.. Using R-statistical environment at NERSC. 2010. (Curso de curta duração ministrado/Especialização).

2.
SABINO, D. M. U. ou Ushizima, D. M.. Processamento de Imagens Digitais e Visão Computacional. 2006. (Curso de curta duração ministrado/Outra).


Produção artística/cultural
Artes Cênicas
1.
SABINO, D. M. U. ou Ushizima, D. M.. Software para auxilio no diagnóstico de leucemia. 2004. Coreográfica.

Música
1.
SABINO, D. M. U. ou Ushizima, D. M.. Apresentação de música popular brasileira e blues. 1999. Interpretação.

Outras produções artísticas/culturais
1.
SABINO, D. M. U. ou Ushizima, D. M.. Software para auxilio no diagnóstico de leucemia: entrevista jornal regional primeira edição - EPTV. 2004.

2.
SABINO, D. M. U. ou Ushizima, D. M.. Homenagem de honra ao mérito como pesquisadora pela Câmara de Vereadores de Dracena, com entrega de certificado de cidadã dracenense. 2002.

3.

4.

5.
SABINO, D. M. U. ou Ushizima, D. M.; MARIANA ; ELIANA ; ORTEGA, Fernando ; BELTRAM . ONG Brincadeira de Criança. 2000 (Educacional).

6.
SABINO, D. M. U. ou Ushizima, D. M.; SABINO, J. R. ; OUTROS . Cursinho Palmares. 2000 (Educacional).

7.
SABINO, D. M. U. ou Ushizima, D. M.. Programa Reportagem. 2000.

8.
SABINO, D. M. U. ou Ushizima, D. M.. Varal de Poesias Semanal. 1999.



Bancas



Participação em bancas de trabalhos de conclusão
Mestrado
1.
SABINO, D. M. U. ou Ushizima, D. M.; Hruschka, E. R.; Castro, L. N.. Participação em banca de Jose Augusto Theodosio Pazetti. Tratamento de valores ausentes usando método do vizinho mais próximo. 2007. Dissertação (Mestrado em Informática) - Universidade Católica de Santos.

2.
SABINO, D. M. U. ou Ushizima, D. M.; MEDEIROS, F. N. S.. Participação em banca de Ialis Cavalcanti. Abordagem Wavelet para Detecção de Cantos em Formas. 2007. Dissertação (Mestrado em Engenharia de Teleinformática) - Universidade Federal do Ceará.

3.
SA, F. P.; SABINO, D. M. U. ou Ushizima, D. M.. Participação em banca de Fábio Pessôa de Sá. Avaliação da Recuperação no Raciocínio Baseado em Casos Estrutural e Textual em um Sistema de Help-Desk. 2006. Dissertação (Mestrado em Informática) - Universidade Católica de Santos.

4.
Ferraz R C; SABINO, D. M. U. ou Ushizima, D. M.. Participação em banca de Rita de Cássia Ferraz. Uma proposta de Modelo de Estudante e de Grupo em um Ambiente de Suporte ao Ensino baseado em Casos. 2006. Dissertação (Mestrado em Informática) - Universidade Católica de Santos.




Eventos



Participação em eventos, congressos, exposições e feiras
1.
III Workshop da Cientistas Associados.Ampliando o hemograma com microscopia quantitativa. 2006. (Oficina).

2.
Brazilian Symposium on Computer Graphics and Image Processing, SIBGRAPI.Lymphocitic Leukemia under Machine Vision. 2005. (Simpósio).

3.
IEEE International Symposium on Biomedical Imaging.IEEE International Symposium on Biomedica Imaging. 2004. (Simpósio).

4.
SIBGRAPI.Fast image segmentation: quantitative evaluation and image applications. 2004. (Simpósio).

5.
Escola de Computação de Alto Desempenho para Sistema Complexo.Escola de Computação de Alto Desempenho para Sistema Complexo. 2003. (Outra).

6.
I International Conference on Bioinformatics and Computational Biology. A texture approach to leukocyte recognition. 2003. (Congresso).

7.
International Symposium on Computer Graphics, Image Processing and Vision.Feature selection methods applied to multiscale curvature. 2003. (Simpósio).

8.
VII Workshop de Pós-Graduação.VII Workshop de Pós-Graduação. 2003. (Outra).

9.
14th International Conference on Digital Signal Processing. Chromatin texture characterization using multiscale fractal dimension. 2002. (Congresso).

10.
I Workshop Regional de Engenharia Biomédica.I Workshop Regional de Engenharia Biomédica. 2002. (Outra).

11.
CSBMM 2001. Automatic leukemia diagnostic. 2001. (Congresso).

12.
Curso de extensão. 2001. (Outra).

13.
Hemato 2001. Diferenciação de leucócitos por computador. 2001. (Congresso).

14.
V Workshop de Pós-Graduação.V Workshop de Pós-Graduação. 2001. (Outra).

15.
XVIII Congresso Nacional do Colégio Brasileiro de Hematologia.XVIII Congresso Nacional do Colégio Brasileiro de Hematologia. 2001. (Outra).

16.
II Encontro de Aracnólogos do Cone Sul.Jumping spider (Salticidae) ethology with computer aid. 1999. (Encontro).

17.
III Workshop de Pós-Graduação.III Workshop de Pós-Graduação. 1999. (Outra).

18.
I International Seminar on Bioeletronic Interfaces and III Workshop on Cybernetic Vision. 1999. (Seminário).

19.
1998 International Symposium on Computer Graphics, Image Processing and Vision. 1998. (Simpósio).

20.
Fórum de Debates do Programa Especial de Treinamento.Os Novos Paradigmas da Ciência. 1997. (Outra).

21.
Ciclo de Palestras de Realidade Virtual.Ciclo de Palestras de Realidade Virtual. 1996. (Outra).

22.
Curso de multimídia para macintosh.Fazendo multimídia. 1996. (Oficina).

23.
IV Congresso de Iniciação Científica.IV Congresso de Iniciação Científica. 1996. (Outra).

24.
Softex 2000.I Seminário sobre o Uso Comercial da Internet. 1996. (Seminário).

25.
Congresso anual da Sociedade Brasileira de Computação. XV Congresso da Sociedade Brasileira de Computação, XXI Conferência Latino-Americana de Informática e II Simpósio Brasileiro de Computação e Música. 1995. (Congresso).


Organização de eventos, congressos, exposições e feiras
1.
SABINO, D. M. U. ou Ushizima, D. M.. VI Simpósio Brasileiro em Segurança da Informação e de Sistemas Computacionais (SBSeg). 2006. (Congresso).

2.
SABINO, D. M. U. ou Ushizima, D. M.; Castro, L. N. . I Jornada do Mestrado em Informática. 2006. (Outro).

3.
SABINO, D. M. U. ou Ushizima, D. M.. III Workshop on Cybernetic Vision. 1999. (Congresso).



Orientações



Orientações e supervisões em andamento
Tese de doutorado
1.
Romuere Rodrigues Veloso e Silva. Descrição e Análise Multiescala de Imagens de Células Cervicais. Início: 2015. Tese (Doutorado em Engenharia de Teleinformática) - Universidade Federal do Ceará. (Coorientador).

2.
Flávio Henrique Duarte de Araújo. Redes Neurais Convolucionais para a Extração de Características de Imagens Científicas e Segmentação de Células. Início: 2015. Tese (Doutorado em Engenharia de Teleinformática) - Universidade Federal do Ceará. (Coorientador).

Trabalho de conclusão de curso de graduação
1.
Clarice Maimone; Vânia Silva. Técnicas de contagem em imagens digitais. Início: 2007. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Ciência da Computação) - Universidade Católica de Santos. (Orientador).

2.
Aline Giunge. Sistema de cadastro de imagens médicas e tratamento digital. Início: 2007. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Ciência da Computação) - Universidade Católica de Santos. (Orientador).

Iniciação científica
1.
Rodrigo Rodrigues Carvalho. Detecção automática de leucócitos em lâminas de esfregaços de sangue. Início: 2005. Iniciação científica (Graduando em Ciência da Computação) - Universidade Católica de Santos. (Orientador).


Orientações e supervisões concluídas
Tese de doutorado
1.
Gladeston da Costa Leite. Analise de CAmpos de ventos oceanicos em imagens SAR. 2011. Tese (Doutorado em Engenharia de Teleinformática) - Universidade Federal do Ceará, . Coorientador: Daniela Mayumi Ushizima.

Supervisão de pós-doutorado
1.
Andrea Bianchi. 2012. Lawrence Berkeley National Laboratory, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Daniela Mayumi Ushizima.

2.
Dmitriy Morozov. 2011. Lawrence Berkeley National Laboratory, Department of Energy. Daniela Mayumi Ushizima.

Trabalho de conclusão de curso de graduação
1.
Daniella de Cristi Pedro. Processamento de imagens digitais com aplicação em medicina. 2006. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Ciência da Computação) - Universidade Católica de Santos. Orientador: Daniela Mayumi Ushizima.

Iniciação científica
1.
Nadia Castro. Quant-CT Evaluation; Using Image Statistics to Improve Segmentation of Micro-CT scans. 2013. Iniciação Científica. (Graduando em Computer Vision) - Lawrence Berkeley National Laboratory, Lawrence Berkeley National Laboratory. Orientador: Daniela Mayumi Ushizima.

Orientações de outra natureza
1.
Christina deBianchi. Software quality assurance to Quant-CT. 2012. Orientação de outra natureza - Lawrence Berkeley National Laboratory, Department of Energy. Orientador: Daniela Mayumi Ushizima.



Inovação



Projetos de pesquisa

Projeto de desenvolvimento tecnológico

Projeto de extensão


Outras informações relevantes


Pesquisadora brasileira residente na Califórnia, Estados Unidos da América, sob fomento do Departamento de Energia Americano.



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