Otávio José Bernardes Brustolini

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  • Última atualização do currículo em 17/11/2018


Possui graduação em Bacharelado Em Ciências Biológicas pela Universidade Federal de Viçosa (2003) e mestrado em Microbiologia Agrícola pela Universidade Federal de Viçosa (2008). Tem experiência na área de bioinformática da expressão gênica, por meio da análise de dados provenientes de sequenciadores de nova geração (RNA-seq). Também tenho experiencia na implementação e utilização de sistemas de código aberto (open source) tais como o R-cran / Bioconductor e parses implementados nas linguagens Perl, C/C++ e PHP. (Texto informado pelo autor)


Identificação


Nome
Otávio José Bernardes Brustolini
Nome em citações bibliográficas
BRUSTOLINI, Otávio J. B.;BRUSTOLINI, OTáVIO JB;BRUSTOLINI, OTAVIO J. B.;BRUSTOLINI, OTÁVIO JB;BRUSTOLINI, OTÁVIO J.B.;BRUSTOLINI, O. J. B.;BRUSTOLINI, OTAVIO JB;BRUSTOLINI, OTÁVIO JOSÉ BERNARDES;BRUSTOLINI, OTAVIO JOSÉ BERNARDES

Endereço


Endereço Profissional
Universidade Federal de Viçosa, Centro de Ciências Biológicas e da Saúde, Departamento de Biologia Geral.
Avenida PHRolfs
Campus Universitário
36570000 - Viçosa, MG - Brasil
URL da Homepage: http://www.ufv.br


Formação acadêmica/titulação


2009 - 2014
Doutorado em Bioquimica Agricola.
Universidade Federal de Viçosa, UFV, Brasil.
Título: Differential Gene Expression (DGE) by RNA sequencing analysis and development of software for integrating different DGE methods, Ano de obtenção: 2014.
Orientador: Elizabeth Pacheco Batista Fontes.
Coorientador: Luciano Gome Fietto.
Bolsista do(a): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior, CAPES, Brasil.
Palavras-chave: mRNA-Seq; Tomate.
Grande área: Ciências Biológicas
Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Expressão Gênica.
Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Biologia Computacional.
2013 - 2013
Doutorado em Bioquimica Agricola.
Universidade Federal de Viçosa, UFV, Brasil.
com período sanduíche em University of Cambridge (Orientador: Karen Lipkow).
Título: Differential Gene Expression (DGE) by RNA sequencing analysis and development of software for integrating different DGE methods, Ano de obtenção: 2013.
Orientador: Elizabeth Pacheco Batista Fontes.
Bolsista do(a): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, CNPq, Brasil.
Grande área: Ciências Biológicas
2005 - 2008
Mestrado em Microbiologia Agrícola.
Universidade Federal de Viçosa, UFV, Brasil.
Título: PREDIÇÃO IN SILICO DE PROTEÍNAS EXTRACELULARES DE Kluyveromyces lactis E SUAS RELAÇÕES COM FATORES TRANSCRICIONAIS,Ano de Obtenção: 2008.
Orientador: Flávia Maria Lopes Passos.
Bolsista do(a): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior, CAPES, Brasil.
Palavras-chave: prediçao; Algoritmos; Kluyveromyces lactis; Proteínas extracelulares; Fatores transcricionais.
Grande área: Ciências Biológicas
2000 - 2003
Graduação em Bacharelado Em Ciências Biológicas.
Universidade Federal de Viçosa, UFV, Brasil.
Título: Simulador computacional de genomas e de populações derivadas de cruzamentos controlados.
Orientador: Cosme Damião Cruz.


Pós-doutorado


2015
Pós-Doutorado.
Universidade Federal de Viçosa, UFV, Brasil.
Bolsista do(a): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior, CAPES, Brasil.
Grande área: Ciências Biológicas
Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Genética Vegetal.
Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Biologia de Sistemas.
2014 - 2015
Pós-Doutorado.
Universidade Federal de Viçosa, UFV, Brasil.
Bolsista do(a): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, CNPq, Brasil.
Grande área: Ciências Biológicas
Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Biologia Molecular.


Formação Complementar


2008 - 2008
Interaction, Pathways and Protein prediction tools. (Carga horária: 48h).
European Bioinformatics Institute, EBI, Grã-Bretanha.
2007 - 2007
Estrutura e função de proteínas. (Carga horária: 40h).
Fundação Oswaldo Cruz, FIOCRUZ, Brasil.


Atuação Profissional



Universidade Federal de Viçosa, UFV, Brasil.
Vínculo institucional

2014 - Atual
Vínculo: , Enquadramento Funcional:


Serviço Autônomo de Água e Esgoto, SAAE, Brasil.
Vínculo institucional

2001 - 2002
Vínculo: Outro, Enquadramento Funcional: Estagiário, Carga horária: 20

Atividades

8/2001 - 3/2002
Estágios , Laboratório de Qualidade da Água, Microbiologia.

Estágio realizado
Seção Tratamento de Água.


Projetos de pesquisa


2014 - Atual
Análise e mineração de dados de transcriptoma de tomateiro provenientes de técnicas de mRNAseq com abordagens algorítmicas e estatísticas
Descrição: Sequências de RNA mensageiros de nova geração provenientes do transcriptoma de tomateiros em genotipos tolerantes a infecção por begomovirus são comparados com plantas sensíveis e o padrão de expressão será explorado por meio de algoritmos, banco de dados relacionais e métodos estatísticos..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Doutorado: (1) .
Integrantes: Otávio José Bernardes Brustolini - Coordenador / Elizabeth Pacheco Batista Fontes - Integrante.Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa.


Revisor de periódico


2007 - 2007
Periódico: Bioinformatics (Oxford)


Áreas de atuação


1.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Fisiologia / Subárea: Biologia Computacional.
2.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Probabilidade e Estatística / Subárea: Metodos Computacionais aplicados a estatística.
3.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Expressão Gênica.
4.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Programação C/C++, Perl e R.


Idiomas


Inglês
Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.
Espanhol
Compreende Razoavelmente, Fala Pouco, Lê Razoavelmente, Escreve Razoavelmente.


Produções



Produção bibliográfica
Artigos completos publicados em periódicos

1.
CALIL, IARA P.2018CALIL, IARA P. ; QUADROS, IANA P.S. ; ARAÚJO, THAIS C. ; DUARTE, CHRISTIANE E.M. ; GOUVEIA-MAGESTE, BIANCA C. ; SILVA, JOSÉ CLEYDSON F. ; BRUSTOLINI, OTÁVIO J.B. ; TEIXEIRA, RUAN M. ; OLIVEIRA, CAUÊ N. ; MILAGRES, RAFAEL W.M.M. ; MARTINS, GILBERTO S. ; CHORY, JOANNE ; REIS, PEDRO A.B. ; MACHADO, JOAO PAULO B. ; FONTES, ELIZABETH P.B. . A WW domain-containing protein forms immune nuclear bodies against begomoviruses. Molecular Plant, v. 18, p. S1674-2052(18)3, 2018.

2.
VILLADA, JUAN C.2017VILLADA, JUAN C. ; BRUSTOLINI, OTÁVIO JOSÉ BERNARDES ; BATISTA DA SILVEIRA, WENDEL . Integrated analysis of individual codon contribution to protein biosynthesis reveals a new approach to improving the basis of rational gene design. DNA RESEARCH, v. 24, p. 419-434, 2017.

3.
SILVA, JOSE CLEYDSON F.2017SILVA, JOSE CLEYDSON F. ; CARVALHO, THALES F. M. ; BASSO, MARCOS F. ; DEGUCHI, MICHIHITO ; PEREIRA, WELISON A. ; SOBRINHO, ROBERTO R. ; VIDIGAL, PEDRO M. P. ; BRUSTOLINI, Otávio J. B. ; SILVA, FABYANO F. ; DAL-BIANCO, MAXIMILLER ; FONTES, RENILDES L. F. ; SANTOS, ANÉSIA A. ; ZERBINI, FRANCISCO MURILO ; CERQUEIRA, FABIO R. ; FONTES, ELIZABETH P. B. . Geminivirus data warehouse: a database enriched with machine learning approaches. BMC BIOINFORMATICS, v. 18, p. 18:240, 2017.

4.
PIMENTA, MAIANA REIS2016PIMENTA, MAIANA REIS ; SILVA, PRISCILA ALVES ; MENDES, GISELLE CAMARGO ; ALVES, JANAÍNA ROBERTA ; CAETANO, HANNA DURSO NEVES ; MACHADO, JOAO PAULO BATISTA ; BRUSTOLINI, OTAVIO JOSÉ BERNARDES ; CARPINETTI, PAOLA AVELAR ; MELO, BRUNO PAES ; SILVA, JOSÉ CLEYDSON FERREIRA ; ROSADO, GUSTAVO LEÃO ; FERREIRA, MÁRCIA FLORES SILVA ; DAL-BIANCO, MAXIMILLIR ; PICOLI, EDGARD AUGUSTO DE TOLEDO ; ARAGAO, FRANCISCO JOSÉ LIMA ; RAMOS, HUMBERTO JOSUÉ OLIVEIRA ; FONTES, ELIZABETH PACHECO BATISTA . The Stress-Induced Soybean NAC Transcription Factor GmNAC81 Plays a Positive Role in Developmentally Programmed Leaf Senescence. PLANT AND CELL PHYSIOLOGY, v. 57, p. 1098-1114, 2016.

5.
REIS, EVELYZE PINHEIRO DOS2016REIS, EVELYZE PINHEIRO DOS ; PAIXÃO, DÉBORA MARTINS ; BRUSTOLINI, OTÁVIO JOSÉ BERNARDES ; SILVA, FABYANO FONSECA E ; SILVA, WALMIR ; ARAÚJO, FLÁVIO MARCOS GOMES DE ; SALIM, ANNA CHRISTINA DE MATOS ; OLIVEIRA, GUILHERME ; GUIMARÃES, SIMONE ELIZA FACIONI . Expression of myogenes in longissimus dorsi muscle during prenatal development in commercial and local Piau pigs. GENETICS AND MOLECULAR BIOLOGY, v. 39, p. 589-599, 2016.

6.
ZORZATTO, CRISTIANE2015ZORZATTO, CRISTIANE ; MACHADO, JOÃO PAULO B. ; LOPES, KÊNIA V. G. ; NASCIMENTO, KELLY J. T. ; PEREIRA, WELISON A. ; BRUSTOLINI, Otávio J. B. ; REIS, PEDRO A. B. ; CALIL, IARA P. ; DEGUCHI, MICHIHITO ; SACHETTO-MARTINS, GILBERTO ; GOUVEIA, BIANCA C. ; LORIATO, VIRGÍLIO A. P. ; SILVA, MARCOS A. C. ; SILVA, FABYANO F. ; SANTOS, ANÉSIA A. ; CHORY, JOANNE ; FONTES, ELIZABETH P. B. . NIK1-mediated translation suppression functions as a plant antiviral immunity mechanism. Nature (London), v. 520, p. 649, 2015.

7.
SILVA, PRISCILA ALVES2015SILVA, PRISCILA ALVES ; SILVA, JOSÉ CLEYDSON F. ; CAETANO, HANNA DN ; MACHADO, JOAO PAULO B. ; MENDES, GISELLE C. ; REIS, PEDRO AB ; BRUSTOLINI, OTAVIO JB ; DAL-BIANCO, MAXIMILLER ; FONTES, ELIZABETH PB . Comprehensive analysis of the endoplasmic reticulum stress response in the soybean genome: conserved and plant-specific features. BMC Genomics, v. 16, p. 16:783, 2015.

8.
MACHADO, JOAO P. B.2015MACHADO, JOAO P. B. ; BRUSTOLINI, Otávio J. B. ; MENDES, GISELLE C. ; SANTOS, ANÉSIA A. ; FONTES, E.P.B. . NIK1, a host factor specialized in antiviral defense or a novel general regulator of plant immunity?. BioEssays (Cambridge), v. 37, p. 1236-1242, 2015.

9.
BRUSTOLINI, OTÁVIO J.B.2015BRUSTOLINI, OTÁVIO J.B.; MACHADO, JOAO PAULO B. ; CONDORI-APFATA, JORGE A. ; COCO, DANIELA ; DEGUCHI, MICHIHITO ; LORIATO, VIRGÍLIO A.P. ; PEREIRA, WELISON A. ; ALFENAS-ZERBINI, POLIANE ; ZERBINI, FRANCISCO M. ; INOUE-NAGATA, ALICE K. ; SANTOS, ANESIA A. ; CHORY, JOANNE ; SILVA, FABYANO F. ; FONTES, ELIZABETH P.B. . Sustained NIK-mediated antiviral signalling confers broad-spectrum tolerance to begomoviruses in cultivated plants. Plant Biotechnology Journal (Print), v. 1, p. n/a-n/a, 2015.

10.
CARVALHO, HUMBERTO H.2014CARVALHO, HUMBERTO H. ; BRUSTOLINI, Otávio J. B. ; PIMENTA, MAIANA R. ; MENDES, GISELLE C. ; GOUVEIA, BIANCA C. ; SILVA, PRISCILA A. ; SILVA, JOSÉ CLEYDSON F. ; MOTA, CLENILSO S. ; SOARES-RAMOS, JULIANA R. L. ; FONTES, ELIZABETH P. B. . The Molecular Chaperone Binding Protein BiP Prevents Leaf Dehydration-Induced Cellular Homeostasis Disruption. Plos One, v. 9, p. e86661, 2014.

11.
SILVEIRA, W. B.2014SILVEIRA, W. B. ; DINIZ, R. H. S. ; CERDAN, M. E. ; GONZALEZ-SISO, M. I. ; SOUZA, R. D. A. ; VIDIGAL, P. M. P. ; BRUSTOLINI, O. J. B. ; DE ALMEIDA PRATA, E. R. B. ; MEDEIROS, A. C. ; PAIVA, L. C. ; NASCIMENTO, M. ; FERREIRA, E. G. ; DOS SANTOS, V. C. ; BRAGANCA, C. R. S. ; FERNANDES, T. A. R. ; COLOMBO, L. T. ; PASSOS, F. M. L. . Genomic Sequence of the Yeast Kluyveromyces marxianus CCT 7735 (UFV-3), a Highly Lactose-Fermenting Yeast Isolated from the Brazilian Dairy Industry. Genome Announcements, v. 2, p. e01136-14-e01136-14, 2014.

12.
SILVA, FABYANO FONSECA E2013SILVA, FABYANO FONSECA E ; RESENDE, MARCOS DEON V. DE ; ROCHA, GILSON SILVÉRIO ; DUARTE, DARLENE ANA S. ; LOPES, PAULO SÁVIO ; BRUSTOLINI, OTÁVIO J.B. ; THUS, SANDER ; VIANA, JOSÉ MARCELO S. ; GUIMARÃES, SIMONE E.F. . Genomic growth curves of an outbred pig population. Genetics and Molecular Biology (Impresso), v. 1, p. 1, 2013.

13.
CARVALHO, H. H.2013CARVALHO, H. H. ; SILVA, P. A. ; MENDES, G. C. ; BRUSTOLINI, O. J. B. ; PIMENTA, M. R. ; GOUVEIA, B. C. ; VALENTE, M. A. S. ; RAMOS, H. J. O. ; SOARES-RAMOS, J. R. L. ; FONTES, E. P. B. . The endoplasmic reticulum binding protein BiP displays dual function in modulating cell death events. Plant Physiology (Bethesda), v. 1, p. 1, 2013.

14.
COCO, DANIELA2013COCO, DANIELA ; CALIL, IARA P. ; BRUSTOLINI, Otávio J. B. ; SANTOS, ANESIA A. ; INOUE-NAGATA, ALICE K. ; FONTES, E.P.B. . Soybean chlorotic spot virus, a novel begomovirus infecting soybean in Brazil. Archives of Virology, v. 158, p. 457-462, 2013.

15.
SAKAMOTO, TETSU2012SAKAMOTO, TETSU ; DEGUCHI, MICHIHITO ; BRUSTOLINI, OTÁVIO JB ; SANTOS, ANÉSIA A ; SILVA, FABYANO F ; FONTES, ELIZABETH PB . The tomato RLK superfamily: phylogeny and functional predictions about the role of the LRRII-RLK subfamily in antiviral defense. BMC Plant Biology (Online), v. 12, p. 229, 2012.

16.
BRUSTOLINI, OTáVIO JB2009BRUSTOLINI, OTáVIO JB; CRUZ, COSME D ; FIETTO, LUCIANO G ; PASSOS, FLáVIA ML . Computational analysis of the interaction between transcription factors and the predicted secreted proteome of the yeast Kluyveromyces lactis. BMC Bioinformatics, v. 10, p. 194, 2009.

Capítulos de livros publicados
1.
BRUSTOLINI, Otávio J. B.; SILVA, JOSÉ CLEYDSON F. ; SAKAMOTO, TETSU ; FONTES, ELIZABETH P. B. . Bioinformatics Analysis of the Receptor-Like Kinase (RLK) Superfamily. Methods in Molecular Biology. 1eded.New York: Springer New York, 2017, v. 1578, p. 123-132.


Produção técnica
Programas de computador sem registro
1.
BRUSTOLINI, Otávio J. B.; PASSOS, F. M. L. ; FIETTO, L. G. ; CRUZ, C. D. . TFSecret database and tools: a local application to combine transcription factor binding sites with putative promoters regions. 2008.



Patentes e registros



Programa de computador
1.
FONTES, E. P. B. ; BRUSTOLINI, OTÁVIO J.B. ; SILVA, F. F. . Reads: Software de análise de dados de RNA-seq. 2016.
Patente: Programa de Computador. Número do registro: BR512016000183-6, data de registro: 25/02/2016, título: "Reads: Software de análise de dados de RNA-seq" , Instituição de registro: INPI - Instituto Nacional da Propriedade Industrial.

2.
FONTES, E. P. B. ; SILVA, JOSÉ CLEYDSON F. ; BRUSTOLINI, OTAVIO JB . Find TFBS. 2018.
Patente: Programa de Computador. Número do registro: BR512018001088-1, data de registro: 05/06/2018, título: "Find TFBS" , Instituição de registro: INPI - Instituto Nacional da Propriedade Industrial.

3.
FONTES, E. P. B. ; SILVA, JOSÉ CLEYDSON F. ; BRUSTOLINI, OTÁVIO JB . BegomoDW: Begomovirus Data Warehouse. 2018.
Patente: Programa de Computador. Número do registro: BR5120181086-5, data de registro: 05/06/2018, título: "BegomoDW: Begomovirus Data Warehouse" , Instituição de registro: INPI - Instituto Nacional da Propriedade Industrial.

4.
FONTES, E. P. B. ; BRUSTOLINI, OTAVIO JB ; SANTOS, D. S. ; RAMOS, H. J. O. . SherlockGenes: Investigação intensa da expressão genicas. 2018.
Patente: Programa de Computador. Número do registro: BR512018051568-1, data de registro: 25/08/2018, título: "SherlockGenes: Investigação intensa da expressão genicas" , Instituição de registro: INPI - Instituto Nacional da Propriedade Industrial.



Eventos



Participação em eventos, congressos, exposições e feiras
1.
The 12th International Congress on Yeasts. Extracellular proteome and its transcription regulators of "Kluyveromyces lactis" predicted by "in silico" analysis. 2008. (Congresso).

2.
20th International Meeting on.Computational Prediction of Extracellular Proteins in Kluyveromyces lactis and their relationship with transcriptional regulators. 2007. (Encontro).

3.
X-meeting. Computational Prediction of Extracellular Proteins in Kluyveromyces lactis Using Algorithms Based in Neural Network and Hidden Markov Model. 2005. (Congresso).

4.
International Conference on Bioinformatics and Computational Biology. 2004. (Congresso).

5.
Simpósio Mineiro de Química Tecnológica. 2001. (Simpósio).



Inovação



Programa de computador registrado
1.
FONTES, E. P. B. ; BRUSTOLINI, OTÁVIO J.B. ; SILVA, F. F. . Reads: Software de análise de dados de RNA-seq. 2016.
Patente: Programa de Computador. Número do registro: BR512016000183-6, data de registro: 25/02/2016, título: "Reads: Software de análise de dados de RNA-seq" , Instituição de registro: INPI - Instituto Nacional da Propriedade Industrial.

2.
FONTES, E. P. B. ; SILVA, JOSÉ CLEYDSON F. ; BRUSTOLINI, OTÁVIO JB . BegomoDW: Begomovirus Data Warehouse. 2018.
Patente: Programa de Computador. Número do registro: BR5120181086-5, data de registro: 05/06/2018, título: "BegomoDW: Begomovirus Data Warehouse" , Instituição de registro: INPI - Instituto Nacional da Propriedade Industrial.

3.
FONTES, E. P. B. ; BRUSTOLINI, OTAVIO JB ; SANTOS, D. S. ; RAMOS, H. J. O. . SherlockGenes: Investigação intensa da expressão genicas. 2018.
Patente: Programa de Computador. Número do registro: BR512018051568-1, data de registro: 25/08/2018, título: "SherlockGenes: Investigação intensa da expressão genicas" , Instituição de registro: INPI - Instituto Nacional da Propriedade Industrial.




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