Thiago Yukio Kikuchi Oliveira

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  • Última atualização do currículo em 10/02/2017


possui graduação em Ciências Biológicas pela Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho (2006). Mestre (2009) e Doutor (2013) em Ciências com ênfase em Genética pelo Departamento de Genética da Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto (FMRP-USP). Atualmente é Research Associate em Bioinformática no Laboratory of Molecular Immunology na Rockefeller University em Nova Iorque. Tem experiência na área de Genética, com ênfase em Bioinformática, atuando principalmente nos seguintes temas: Biologia Computacional, Genética Molecular e Evolução Molecular. (Texto informado pelo autor)


Identificação


Nome
Thiago Yukio Kikuchi Oliveira
Nome em citações bibliográficas
OLIVEIRA, T. Y. K.;Oliveira, Thiago YK;Olivera, T. Y. K.;Oliveira, Thiago Y. K.;Oliveira, Thiago;Oliveira, Thiago Y.;Oliveira, Thiago Yukio Kikuchi;OLIVEIRA, THIAGO Y.;Oliveira, T. Y.;OLIVEIRA, T.;OLIVEIRA, THIAGO Y

Endereço


Endereço Profissional
Rockefeller University.
1230 York Avenue
Upper East Side
10065 - New York, - Estados Unidos
Telefone: (212) 3277444
URL da Homepage: http://www.rockefeller.edu


Formação acadêmica/titulação


2009 - 2013
Doutorado em Genética USP-RP.
Universidade de São Paulo, USP, Brasil.
com período sanduíche em Rockefeller University (Orientador: Prof. Dr. Michel C. Nussenzweing).
Título: Análise In-Silico de Rearranjos Cromossômicos em Células B Selvagens e 53BP1-/- Comparadas com Linfomas de Células B 53BP1-/- e P53-/- Utilizando Sequenciamento em Larga Escala, Ano de obtenção: 2013.
Orientador: Prof. Dr. Wilson Araújo da Silva Junior.
Bolsista do(a): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior, CAPES, Brasil.
Grande área: Ciências Biológicas
Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Biologia Molecular.
2006 - 2008
Mestrado em Genética USP-RP.
Universidade de São Paulo, USP, Brasil.
Título: Aspectos moleculares da evolução do gene DARC em primatas,Ano de Obtenção: 2008.
Orientador: Prof. Dr. Wilson Araújo da Silva Junior.
Bolsista do(a): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior, CAPES, Brasil.
Palavras-chave: Bioinformática; Evolução Molecular; DARC; Duffy.
Grande área: Ciências Biológicas
2002 - 2006
Graduação em Ciências Biológicas.
Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, UNESP, Brasil.
2001 - 2002
Curso técnico/profissionalizante em Técnico em Informática.
SENAC de São José do Rio Preto, SENAC, Brasil.
1998 - 2000
Ensino Médio (2º grau).
Colégio Agostiniano São José, CSJ, Brasil.


Pós-doutorado


2013 - 2015
Pós-Doutorado.
Rockefeller University, ROCKEFELLER, Estados Unidos.
Grande área: Ciências Biológicas
Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Imunogenética.


Formação Complementar


2008 - 2008
Molecular Phylogenetics and Evolution. (Carga horária: 15h).
Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto - FMRP- USP, FMRP-USP, Brasil.
2006 - 2006
Extensão universitária em Verão em Bioinformática. (Carga horária: 80h).
Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto - FMRP- USP, FMRP-USP, Brasil.
2006 - 2006
Meta-análise. (Carga horária: 4h).
UNIVERSIDADE ESTADUAL PAULISTA, UNESP - FRANCA, Brasil.
2005 - 2005
Curso de Verão em Bioinformática. (Carga horária: 40h).
Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto - FMRP- USP, FMRP-USP, Brasil.
2005 - 2005
O trabalho experimental no Ensino de Biologia. (Carga horária: 8h).
UNIVERSIDADE ESTADUAL PAULISTA, UNESP - FRANCA, Brasil.
2004 - 2004
Estratégias de Prevenção em DST/HIV/Hepatites B.... (Carga horária: 30h).
Prefeitura Municipal de São José do Rio Preto, SMSH, Brasil.
2004 - 2004
Genoma, Proteoma e o Universo Celular. (Carga horária: 80h).
Fundação Hemocentro de Ribeirão Preto, FUNDHERP, Brasil.
2003 - 2003
Desenho de primers e mapas de restrição. (Carga horária: 4h).
UNIVERSIDADE ESTADUAL PAULISTA, UNESP - FRANCA, Brasil.
2003 - 2003
Reprodução Assistida. (Carga horária: 8h).
UNIVERSIDADE ESTADUAL PAULISTA, UNESP - FRANCA, Brasil.
2002 - 2002
Microscopia Eletrônica e de Transmissão. (Carga horária: 8h).
UNIVERSIDADE ESTADUAL PAULISTA, UNESP - FRANCA, Brasil.
2002 - 2002
Resistência de Plantas à Insetos. (Carga horária: 8h).
UNIVERSIDADE ESTADUAL PAULISTA, UNESP - FRANCA, Brasil.
2002 - 2002
Biomineralização em Bactérias. (Carga horária: 8h).
UNIVERSIDADE ESTADUAL PAULISTA, UNESP - FRANCA, Brasil.
2002 - 2002
Tratamento de Resíduos Agro-industriais. (Carga horária: 8h).
UNIVERSIDADE ESTADUAL PAULISTA, UNESP - FRANCA, Brasil.
1999 - 1999
Iniciação à Biologia Marinha. (Carga horária: 30h).
Núcleo de Estudos em Biologia, Ecologia e Cultivo de Crustáceos, NEBECC, Brasil.


Atuação Profissional



Rockefeller University, ROCKEFELLER, Estados Unidos.
Vínculo institucional

2015 - Atual
Vínculo: Colaborador, Enquadramento Funcional: Research Associate, Carga horária: 40

Vínculo institucional

2013 - 2015
Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Posdoctoral Associate, Carga horária: 40


Fundação Hemocentro de Ribeirão Preto, FUNDHERP, Brasil.
Vínculo institucional

2005 - 2013
Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Bolsista, Carga horária: 20


Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, UNESP, Brasil.
Vínculo institucional

2003 - 2005
Vínculo: Outro, Enquadramento Funcional: Outro, Carga horária: 8
Outras informações
Aluno de Graduação do Curso de Ciências Biológicas, estagiário do Departamento de Biologia

Atividades

9/2003 - 2/2005
Estágios , Instituto de Biociências Letras e Ciências Exatas de São José do Rio Preto, Departamento de Biologia.

Estágio realizado
Iniciação Científica.


Áreas de atuação


1.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Genética.
2.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Genética Humana e Médica.
3.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Sistemas de Computação/Especialidade: Software Básico.
4.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Metodologia e Técnicas da Computação/Especialidade: Sistemas de Informação.
5.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Metodologia e Técnicas da Computação/Especialidade: Banco de Dados.
6.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Metodologia e Técnicas da Computação/Especialidade: Linguagens de Programação.


Idiomas


Inglês
Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.
Espanhol
Compreende Razoavelmente, Fala Pouco, Lê Razoavelmente, Escreve Pouco.


Produções



Produção bibliográfica
Citações

Web of Science
Total de trabalhos:19
Total de citações:1288
Fator H:12
Oliveira, Thiago YK  Data: 29/08/2016

SCOPUS
Total de trabalhos:29
Total de citações:1557
Oliveira, Thiago Y K Oliveira, Thiago Oliveira, Thiago Y. K. Oliveira, Thiago Y.K.  Data: 29/08/2016

Artigos completos publicados em periódicos

1.
WANG, QIAO2017WANG, QIAO ; Kieffer-Kwon, Kyong-Rim ; Oliveira, Thiago Y. ; MAYER, CHRISTIAN T. ; YAO, KAIHUI ; PAI, JOY ; CAO, ZHEN ; DOSE, MAREI ; Casellas, Rafael ; Jankovic, Mila ; Nussenzweig, Michel C. ; Robbiani, Davide F. . The cell cycle restricts activation-induced cytidine deaminase activity to early G1. The Journal of Experimental Medicine, v. 214, p. 49-58, 2017.

2.
CASKEY, MARINA2017CASKEY, MARINA SCHOOFS, TILL GRUELL, HENNING SETTLER, ALLISON KARAGOUNIS, THEODORA KREIDER, EDWARD F MURRELL, BEN PFEIFER, NICO NOGUEIRA, LILIAN OLIVEIRA, THIAGO Y LEARN, GERALD H COHEN, YEHUDA Z LEHMANN, CLARA GILLOR, DANIEL SHIMELIOVICH, IRINA UNSON-O'BRIEN, CECILIA WEILAND, DANIELA ROBLES, ALEXANDER KÜMMERLE, TIM WYEN, CHRISTOPH LEVIN, REBEKA WITMER-PACK, MAGGI EREN, KEMAL IGNACIO, CAROLINE KISS, SZILARD , et al.WEST, ANTHONY P Mouquet, Hugo ZINGMAN, BARRY S GULICK, ROY M KELER, TIBOR BJORKMAN, PAMELA J SEAMAN, MICHAEL S HAHN, BEATRICE H FÄTKENHEUER, GERD SCHLESINGER, SARAH J NUSSENZWEIG, MICHEL C Klein, Florian ; Antibody 10-1074 suppresses viremia in HIV-1-infected individuals. Nature Medicine (Print), v. 23, p. 185-191, 2017.

3.
GABANYI, ILANA2016GABANYI, ILANA ; MULLER, PAUL A. ; FEIGHERY, LINDA ; OLIVEIRA, THIAGO Y. ; COSTA-PINTO, FREDERICO A. ; MUCIDA, DANIEL . Neuro-immune Interactions Drive Tissue Programming in Intestinal Macrophages. Cell (Cambridge), v. 164, p. 378, 2016.

4.
GITLIN, ALEXANDER D.2016GITLIN, ALEXANDER D. ; VON BOEHMER, LOTTA ; GAZUMYAN, ANNA ; SHULMAN, ZIV ; OLIVEIRA, THIAGO Y. ; NUSSENZWEIG, MICHEL C. . Independent Roles of Switching and Hypermutation in the Development and Persistence of B Lymphocyte Memory. Immunity (Cambridge, Mass.), v. 44, p. 769-781, 2016.

5.
ESTERHÁZY, DARIA2016ESTERHÁZY, DARIA ; LOSCHKO, JAKOB ; LONDON, MARIYA ; JOVE, VERONICA ; OLIVEIRA, THIAGO Y ; MUCIDA, DANIEL . Classical dendritic cells are required for dietary antigen-mediated induction of peripheral Treg cells and tolerance. NATURE IMMUNOLOGY, v. 17, p. 545-555, 2016.

6.
SCHOOFS, T.2016SCHOOFS, T. ; Klein, F. ; BRAUNSCHWEIG, M. ; KREIDER, E. F. ; FELDMANN, A. ; NOGUEIRA, L. ; OLIVEIRA, T. ; LORENZI, J. C. C. ; PARRISH, E. H. ; LEARN, G. H. ; WEST, A. P. ; Bjorkman, P. J. ; SCHLESINGER, S. J. ; Seaman, M. S. ; CZARTOSKI, J. ; MCELRATH, M. J. ; PFEIFER, N. ; HAHN, B. H. ; CASKEY, M. ; Nussenzweig, M. C. . HIV-1 therapy with monoclonal antibody 3BNC117 elicits host immune responses against HIV-1. Science (New York, N.Y.), v. 352, p. 997-1001, 2016.

7.
Scheid, Johannes F.2016Scheid, Johannes F. HORWITZ, JOSHUA A. BAR-ON, YOTAM KREIDER, EDWARD F. LU, CHING-LAN LORENZI, JULIO C. C. FELDMANN, ANNA BRAUNSCHWEIG, MALTE NOGUEIRA, LILIAN Oliveira, Thiago SHIMELIOVICH, IRINA PATEL, ROSHNI BURKE, LEAH COHEN, YEHUDA Z. HADRIGAN, SONYA SETTLER, ALLISON WITMER-PACK, MAGGI WEST, JR., ANTHONY P. JUELG, BORIS KELER, TIBOR HAWTHORNE, THOMAS ZINGMAN, BARRY GULICK, ROY M. PFEIFER, NICO LEARN, GERALD H. , et al.Seaman, Michael S. BJORKMAN, PAMELA J. Klein, Florian SCHLESINGER, SARAH J. WALKER, BRUCE D. HAHN, BEATRICE H. Nussenzweig, Michel C. CASKEY, MARINA ; HIV-1 antibody 3BNC117 suppresses viral rebound in humans during treatment interruption. Nature (London), v. 535, p. 556-560, 2016.

8.
ESCOLANO, AMELIA2016ESCOLANO, AMELIA ; STEICHEN, JON M. ; DOSENOVIC, PIA ; KULP, DANIEL W. ; GOLIJANIN, JOVANA ; SOK, DEVIN ; FREUND, NATALIA T. ; GITLIN, ALEXANDER D. ; Oliveira, Thiago ; ARAKI, TATSUYA ; LOWE, SARINA ; CHEN, SPENCER T. ; HEINEMANN, JENNIFER ; YAO, KAI-HUI ; GEORGESON, ERIK ; SAYE-FRANCISCO, KAREN L. ; GAZUMYAN, ANNA ; ADACHI, YUMIKO ; KUBITZ, MICHAEL ; BURTON, DENNIS R. ; SCHIEF, WILLIAM R. ; NUSSENZWEIG, MICHEL C. . Sequential Immunization Elicits Broadly Neutralizing Anti-HIV-1 Antibodies in Ig Knockin Mice. Cell (Cambridge), v. 166, p. 1445-1458.e12, 2016.

9.
LORENZI, JULIO C. C.2016LORENZI, JULIO C. C. ; COHEN, YEHUDA Z. ; COHN, LILLIAN B. ; KREIDER, EDWARD F. ; BARTON, JOHN P. ; LEARN, GERALD H. ; Oliveira, Thiago ; LAVINE, CHRISTY L. ; HORWITZ, JOSHUA A. ; SETTLER, ALLISON ; Jankovic, Mila ; Seaman, Michael S. ; CHAKRABORTY, ARUP K. ; HAHN, BEATRICE H. ; CASKEY, MARINA ; Nussenzweig, Michel C. . Paired quantitative and qualitative assessment of the replication-competent HIV-1 reservoir and comparison with integrated proviral DNA. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, v. 113, p. 201617789, 2016.

10.
KANETO, CARLA M.2016KANETO, CARLA M. ; LIMA, PATRÍCIA S. P. ; ZANETTE, DALILA LUCÍOLA ; Oliveira, Thiago Yukio Kikuchi ; DE ASSIS PEREIRA, FRANCISCO ; LORENZI, JULIO CESAR CETRULO ; DOS SANTOS, JANE LIMA ; PRATA, KAREN L. ; NETO, JOÃO M. PINA ; DE PAULA, FRANCISCO J. A. ; SILVA, WILSON A. . Osteoblastic differentiation of bone marrow mesenchymal stromal cells in Bruck Syndrome. BMC Medical Genetics (Online), v. 17, p. 38, 2016.

11.
LEE, J.2015LEE, J. ; BRETON, G. ; OLIVEIRA, T. Y. K. ; ZHOU, Y. J. ; ALJOUFI, A. ; PUHR, S. ; CAMERON, M. J. ; SEKALY, R.-P. ; Nussenzweig, M. C. ; LIU, K. . Restricted dendritic cell and monocyte progenitors in human cord blood and bone marrow. The Journal of Experimental Medicine, v. 212, p. 385-399, 2015.

12.
COHN, LILLIAN B.2015COHN, LILLIAN B. ; SILVA, ISRAEL T. ; OLIVEIRA, THIAGO Y. ; ROSALES, RAFAEL A. ; PARRISH, ERICA H. ; LEARN, GERALD H. ; HAHN, BEATRICE H. ; CZARTOSKI, JULIE L. ; MCELRATH, M. JULIANA ; LEHMANN, CLARA ; Klein, Florian ; CASKEY, MARINA ; WALKER, BRUCE D. ; SILICIANO, JANET D. ; SILICIANO, ROBERT F. ; Jankovic, Mila ; NUSSENZWEIG, MICHEL C. . HIV-1 Integration Landscape during Latent and Active Infection. Cell (Cambridge), v. 160, p. 420-432, 2015.

13.
NOGUEIRA, LÍLIAN2015NOGUEIRA, LÍLIAN ; GARCIA, DANIELLY ; TREVISAN, RAFAEL ; SANCHES, ANA LETÍCIA MADEIRA ; DA SILVA ACOSTA, DAIANE ; DAFRE, ALCIR LUIZ ; Oliveira, Thiago Yukio Kikuchi ; DE ALMEIDA, EDUARDO ALVES . Biochemical responses in mussels Perna perna exposed to diesel B5. Chemosphere (Oxford), v. 134, p. 210-216, 2015.

14.
DOSENOVIC, PIA2015DOSENOVIC, PIA ; VON BOEHMER, LOTTA ; ESCOLANO, AMELIA ; JARDINE, JOSEPH ; FREUND, NATALIA T. ; GITLIN, ALEXANDER D. ; MCGUIRE, ANDREW T. ; KULP, DANIEL W. ; Oliveira, Thiago ; SCHARF, LOUISE ; Pietzsch, John ; GRAY, MATTHEW D. ; CUPO, ALBERT ; VAN GILS, MARIT J. ; YAO, KAI-HUI ; LIU, CASSIE ; GAZUMYAN, ANNA ; SEAMAN, MICHAEL S. ; BJÖRKMAN, PAMELA J. ; SANDERS, ROGIER W. ; MOORE, JOHN P. ; STAMATATOS, LEONIDAS ; SCHIEF, WILLIAM R. ; NUSSENZWEIG, MICHEL C. . Immunization for HIV-1 Broadly Neutralizing Antibodies in Human Ig Knockin Mice. Cell (Cambridge), v. 161, p. 1505-1515, 2015.

15.
ROBBIANI, DAVIDE F.2015ROBBIANI, DAVIDE F. ; DEROUBAIX, STEPHANIE ; FELDHAHN, NIKLAS ; OLIVEIRA, THIAGO Y. ; CALLEN, ELSA ; WANG, QIAO ; Jankovic, Mila ; SILVA, ISRAEL T. ; ROMMEL, PHILIPP C. ; BOSQUE, DAVID ; EISENREICH, TOM ; NUSSENZWEIG, ANDRÉ ; NUSSENZWEIG, MICHEL C. . Plasmodium Infection Promotes Genomic Instability and AID-Dependent B Cell Lymphoma. Cell (Cambridge), v. 162, p. 727-737, 2015.

16.
GITLIN, A. D.2015GITLIN, A. D. ; MAYER, C. T. ; Oliveira, T. Y. ; SHULMAN, Z. ; JONES, M. J. K. ; KOREN, A. ; Nussenzweig, M. C. . T cell help controls the speed of the cell cycle in germinal center B cells. Science (New York, N.Y.: Online), v. 349, p. 643-646, 2015.

17.
QIAN, JASON2014QIAN, JASON WANG, QIAO DOSE, MAREI PRUETT, NATHANAEL Kieffer-Kwon, Kyong-Rim Resch, Wolfgang Liang, Genqing TANG, ZHONGHUI MATHÉ, EWY BENNER, CHRISTOPHER DUBOIS, WENDY NELSON, STEEVENSON VIAN, LAURA OLIVEIRA, THIAGO Y. Jankovic, Mila Hakim, Ofir GAZUMYAN, ANNA PAVRI, RUSHAD AWASTHI, PARIROKH SONG, BIN LIU, GENG CHEN, LONGYUN ZHU, SHIDA FEIGENBAUM, LIONEL STAUDT, LOUIS , et al.MURRE, CORNELIS RUAN, YIJUN ROBBIANI, DAVIDE F. PAN-HAMMARSTRÖM, QIANG NUSSENZWEIG, MICHEL C. Casellas, Rafael ; B Cell Super-Enhancers and Regulatory Clusters Recruit AID Tumorigenic Activity. Cell (Cambridge), v. 159, p. 1524-1537, 2014.

18.
WANG, QIAO2014WANG, QIAO ; Oliveira, Thiago ; Jankovic, Mila ; SILVA, ISRAEL T. ; Hakim, Ofir ; YAO, KAIHUI ; GAZUMYAN, ANNA ; MAYER, CHRISTIAN T. ; PAVRI, RUSHAD ; Casellas, Rafael ; Nussenzweig, Michel C. ; Robbiani, Davide F. . Epigenetic targeting of activation-induced cytidine deaminase. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America (Online), v. 111, p. 18667-18672, 2014.

19.
Yamane, Arito2013Yamane, Arito ; ROBBIANI, DAVIDE F. ; Resch, Wolfgang ; Bothmer, Anne ; Nakahashi, Hirotaka ; Oliveira, Thiago ; ROMMEL, PHILIPP C. ; BROWN, ERIC J. ; Nussenzweig, Andre ; NUSSENZWEIG, MICHEL C. ; Casellas, Rafael . RPA Accumulation during Class Switch Recombination Represents 5--3- DNA-End Resection during the S-G2/M Phase of the Cell Cycle. Cell Reports, v. 3, p. 138-147, 2013.

20.
Jankovic, Mila2013Jankovic, Mila ; FELDHAHN, NIKLAS ; OLIVEIRA, THIAGO Y. ; SILVA, ISRAEL T. ; Kieffer-Kwon, Kyong-Rim ; Yamane, Arito ; Resch, Wolfgang ; Klein, Isaac ; ROBBIANI, DAVIDE F. ; Casellas, Rafael ; NUSSENZWEIG, MICHEL C. . 53BP1 Alters the Landscape of DNA Rearrangements and Suppresses AID-Induced B Cell Lymphoma. Molecular Cell, v. 3, p. 623-631, 2013.

21.
DI VIRGILIO, M.2013DI VIRGILIO, M. ; CALLEN, E. ; YAMANE, A. ; ZHANG, W. ; JANKOVIC, M. ; GITLIN, A. D. ; FELDHAHN, N. ; RESCH, W. ; Oliveira, T. Y. ; Chait, B. T. ; NUSSENZWEIG, A. ; CASELLAS, R. ; ROBBIANI, D. F. ; Nussenzweig, M. C. . Rif1 Prevents Resection of DNA Breaks and Promotes Immunoglobulin Class Switching. Science (New York, N.Y.), v. 339, p. 711-715, 2013.

22.
Klein, Florian2013Klein, Florian ; DISKIN, RON ; SCHEID, JOHANNES F. ; GAEBLER, CHRISTIAN ; Mouquet, Hugo ; GEORGIEV, IVELIN S. ; PANCERA, MARIE ; ZHOU, TONGQING ; INCESU, REHA-BARIS ; FU, BROOKS ZHONGZHENG ; GNANAPRAGASAM, PRIYANTHI N.P. ; OLIVEIRA, THIAGO Y. ; SEAMAN, MICHAEL S. ; KWONG, PETER D. ; BJORKMAN, PAMELA J. ; NUSSENZWEIG, MICHEL C. . Somatic Mutations of the Immunoglobulin Framework Are Generally Required for Broad and Potent HIV-1 Neutralization. Cell (Cambridge), v. 153, p. 126-138, 2013.

23.
JANOVITZ, T.2013JANOVITZ, T. ; OLIVEIRA, T. ; SADELAIN, M. ; FALCK-PEDERSEN, E. . Highly divergent integration profile of Adeno-Associated Virus Serotype 5 revealed by high-throughput sequencing. Journal of Virology (Print), v. 88, p. 2481/5-2488, 2013.

24.
BAROUCH, DAN H.2013BAROUCH, DAN H. WHITNEY, JAMES B. MOLDT, BRIAN Klein, Florian Oliveira, Thiago Y. LIU, JINYAN STEPHENSON, KATHRYN E. CHANG, HUI-WEN SHEKHAR, KARTHIK GUPTA, SANJANA NKOLOLA, JOSEPH P. Seaman, Michael S. SMITH, KAITLIN M. BORDUCCHI, ERICA N. CABRAL, CRYSTAL SMITH, JEFFREY Y. BLACKMORE, STEPHEN SANISETTY, SRISOWMYA PERRY, JAMES R. BECK, MATTHEW LEWIS, MARK G. RINALDI, WILLIAM CHAKRABORTY, ARUP K. POIGNARD, PASCAL Nussenzweig, Michel C. , et al.BURTON, DENNIS R. ; Therapeutic efficacy of potent neutralizing HIV-1-specific monoclonal antibodies in SHIV-infected rhesus monkeys. Nature (London), v. 503, p. 224-228, 2013.

25.
JANOVITZ, T.2013JANOVITZ, T. ; KLEIN, I. A. ; OLIVEIRA, T. ; MUKHERJEE, P. ; Nussenzweig, M. C. ; SADELAIN, M. ; FALCK-PEDERSEN, E. . High-Throughput Sequencing Reveals Principles of Adeno-Associated Virus Serotype 2 Integration. Journal of Virology (Print), v. 87, p. 8559-8568, 2013.

26.
NOGUEIRA, LÍLIAN2013NOGUEIRA, LÍLIAN ; DA SILVA, DANILO GRÜNIG HUMBERTO ; Oliveira, Thiago Yukio Kikuchi ; DA ROSA, JOEL MAURÍCIO CORREA ; FELÍCIO, ANDRÉIA ARANTES ; DE ALMEIDA, EDUARDO ALVES . Biochemical responses in armored catfish (Pterygoplichthys anisitsi) after short-term exposure to diesel oil, pure biodiesel and biodiesel blends. Chemosphere (Oxford), v. 93, p. 311-319, 2013.

27.
Oliveira, Thiago Y.2012 Oliveira, Thiago Y.; Resch, Wolfgang ; Jankovic, Mila ; Casellas, Rafael ; Nussenzweig, Michel C. ; Klein, Isaac A. . Translocation capture sequencing: A method for high throughput mapping of chromosomal rearrangements. Journal of Immunological Methods, v. 375, p. 176-181, 2012.

28.
Hakim, Ofir2012Hakim, Ofir ; Resch, Wolfgang ; Yamane, Arito ; Klein, Isaac ; Kieffer-Kwon, Kyong-Rim ; Jankovic, Mila ; Oliveira, Thiago ; Bothmer, Anne ; Voss, Ty C. ; Ansarah-Sobrinho, Camilo ; Mathe, Ewy ; Liang, Genqing ; Cobell, Jesse ; Nakahashi, Hirotaka ; Robbiani, Davide F. ; Nussenzweig, Andre ; Hager, Gordon L. ; Nussenzweig, Michel C. ; Casellas, Rafael . DNA damage defines sites of recurrent chromosomal translocations in B lymphocytes. Nature (London), p. 69, 2012.

29.
Oliveira, Thiago Yukio Kikuchi2012Oliveira, Thiago Yukio Kikuchi; Harris, Eugene E. ; Meyer, Diogo ; Jue, Chong K. ; Silva, Wilson Araújo . Molecular evolution of a malaria resistance gene (DARC) in primates. Immunogenetics (New York), v. online, p. 1, 2012.

30.
MEREDITH, M. M.2012MEREDITH, M. M. ; LIU, K. ; KAMPHORST, A. O. ; IDOYAGA, J. ; YAMANE, A. ; GUERMONPREZ, P. ; RIHN, S. ; YAO, K.-H. ; SILVA, I. T. ; Oliveira, T. Y. ; SKOKOS, D. ; CASELLAS, R. ; Nussenzweig, M. C. . Zinc finger transcription factor zDC is a negative regulator required to prevent activation of classical dendritic cells in the steady state. The Journal of Experimental Medicine, v. 209, p. 1583-1593, 2012.

31.
Galante, P. A. F.2011 Galante, P. A. F. Parmigiani, R. B. Zhao, Q. Caballero, O. L. de Souza, J. E. Navarro, F. C. P. Gerber, A. L. Nicolas, M. F. Salim, A. C. M. Silva, A. P. M. Edsall, L. Devalle, S. Almeida, L. G. Ye, Z. Kuan, S. Pinheiro, D. G. Tojal, I. Pedigoni, R. G. de Sousa, R. G. M. A. OLIVEIRA, T. Y. K. de Paula, M. G. Ohno-Machado, L. Kirkness, E. F. Levy, S. da Silva, W. A. , et al.Vasconcelos, A. T. R. Ren, B. Zago, M. A. Strausberg, R. L. Simpson, A. J. G. de Souza, S. J. Camargo, A. A. ; Distinct patterns of somatic alterations in a lymphoblastoid and a tumor genome derived from the same individual. Nucleic Acids Research, v. X, p. X, 2011.

32.
Scheid, J. F.2011 Scheid, J. F. ; Mouquet, H. ; Ueberheide, B. ; Diskin, R. ; Klein, F. ; Olivera, T. Y. K. ; Pietzsch, J. ; Fenyo, D. ; Abadir, A. ; Velinzon, K. ; Hurley, A. ; Myung, S. ; Boulad, F. ; Poignard, P. ; Burton, D. ; Pereyra, F. ; Ho, D. D. ; Walker, B. D. ; Seaman, M. S. ; Bjorkman, P. J. ; Chait, B. T. ; Nussenzweig, M. C. . Sequence and Structural Convergence of Broad and Potent HIV Antibodies That Mimic CD4 Binding. Science (New York, N.Y.), v. X, p. X, 2011.

33.
Mouquet, Hugo2011Mouquet, Hugo ; Klein, Florian ; Scheid, Johannes F. ; Warncke, Malte ; Pietzsch, John ; Oliveira, Thiago Y. K. ; Velinzon, Klara ; Seaman, Michael S. ; Nussenzweig, Michel C. . Memory B Cell Antibodies to HIV-1 gp140 Cloned from Individuals Infected with Clade A and B Viruses. Plos One, v. 6, p. e24078, 2011.

34.
Klein, Isaac A.2011 Klein, Isaac  ; Resch, Wolfgang ; Jankovic, Mila ; Oliveira, Thiago ; Yamane, Arito ; Nakahashi, Hirotaka ; Di  ; Bothmer, Anne ; Nussenzweig, Andre ; Robbiani, Davide  ; Casellas, Rafael ; Nussenzweig, Michel  . Translocation-Capture Sequencing Reveals the Extent and Nature of Chromosomal Rearrangements in B Lymphocytes. Cell (Cambridge), v. 147, p. 95-106, 2011.

35.
Silva, Israel T2010Silva, Israel T ; Vêncio, Ricardo ZN ; OLIVEIRA, T. Y. K. ; Molfetta, Greice A ; Silva, Wilson A . ProbFAST: Probabilistic Functional Analysis System Tool. BMC Bioinformatics, v. 11, p. 161, 2010.

36.
DOMINGOS, ANA L. B.2010DOMINGOS, ANA L. B. ; GRANZOTTO, LUCAS A. ; BELINI JUNIOR, EDIS ; Oliveira, Thiago Y. K. ; DOMINGOS, ANA C. B. ; BONINI-DOMINGOS, CLAUDIA R. . Perfil de beta talassemia heterozigota obtido a partir de análise data mining em banco de dados. Revista Brasileira de Hematologia e Hemoterapia (Impresso), v. 32, p. 78-79, 2010.

37.
CHIROMATZO, A. O.2007CHIROMATZO, A. O. ; OLIVEIRA, T. Y. K. ; PEREIRA, G. ; COSTA, A. Y. ; MONTESCO, C. A. E. ; GRAS, D. E. ; YOSETAKE, F. ; VILAR, J. B. ; CERVATO, M. C. ; PRADO, P. R. R. ; CARDENAS, R. G. C. C. L. ; CERRI, R. ; BORGES, R. L. ; SILVA JR, W. A. . miRNApath: a database of miRNAs, target genes and metabolic pathways. Genetics and Molecular Research, v. 6, p. 859-865, 2007.

Resumos publicados em anais de congressos
1.
Olivera, T. Y. K.; Harris, Eugene E. ; SILVA JR, W. A. . Molecular Aspects of DARC gene Evolution in Primates. In: 5th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology, 2009, Angra dos Reis. X-Meeting Abstract Book 2009, 2009.

2.
GRANZOTTO, L. A. ; VALENCIO, C. R. ; OLIVEIRA, T. Y. K. ; DOMINGOS, A. L. B. ; ONDEI, L. S. ; BELINI-Jr, E. ; BONINI-DOMINGOS, C. R. . Prospecção de dados de hemoglobinopatias e talassemias em onze anos de uso de plataforma informatizada. In: 54º Congresso Brasileiro de Genética, 2008, Salvador. Cadernos de Resumos do 54º Congresso Brasileiro de Genética, 2008.

3.
DOMINGOS, A. L. B. ; GRANZOTTO, L. A. ; ONDEI, L. S. ; BELINI-Jr, E. ; OLIVEIRA, T. Y. K. ; VALENCIO, C. R. ; BONINI-DOMINGOS, C. R. . Perfil de hemoglobinas variantes analisadas em base de dados por ferramenta Data mining ? Resultado de 11 anos de estudo. In: 54º Congresso Brasileiro de Genética, 2008, Salvador. Cadernos de Resumos - 54º Congresso Brasileiro de Genética, 2008.

4.
OLIVEIRA, T. Y. K.; BRANDAO, R. M. ; SILVA JR, W. A. . Diversidade genetica do microRNA MIR-223 em primatas.. In: 53º Congresso Brasileiro de Genética, 2007, Águas de Lindóia. Caderno de Resumos- 53º Congresso Nacional de Genética, 2007, 2007.

5.
STORTI-MELO, L. M. ; OLIVEIRA, T. Y. K. ; VALENCIO, C. R. ; BONINI-DOMINGOS, C. R. . O diagnóstico neonatal de hemoglobinas sob o ponte de vista de um banco de dados eletrônico. In: 51 congresso Brasileiro de Genética, 2005, Águas de Lindóia - SP. Livro de Resumos - 51 congresso Brasileiro de Genética, 2005.

6.
OLIVEIRA, T. Y. K.; TORRES, F. R. ; SOUZA, W. C. ; SALVADOR, A. R. ; BONINI-DOMINGOS, C. R. . O polimorfismo de hemoglobinas e perfil rticulocitário em doadores de sangue da região norte do Brasil a partir de informações armazenadas em banco de dados.. In: 50º Congresso Brasileiro de Genética, 2004, Florianópolis. Carderno de resumos do 50º Congresso Brasileiro de Genética, 2004.

7.
OLIVEIRA, T. Y. K.; MENDES-SIQUEIRA, FA ; STORTI-MELO, L. M. ; BONINI-DOMINGOS, C. R. . Influência do ambiente e dos avanços técnicos no diagnóstico de hemoglobinopatias em neonatos.. In: 49º Congresso Nacional de Genética, 2003, Águas de Lindóia. Caderno de Resumos- 49º Congresso Nacional de Genética, 2003.

Apresentações de Trabalho
1.
Olivera, T. Y. K.. Lógica de Programação. 2010. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

2.
Olivera, T. Y. K.. Bioinformática e Banco de Dados Biológicos. 2010. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

3.
Olivera, T. Y. K.. Lógica de Programação. 2009. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

4.
Olivera, T. Y. K.. Lógica de Programação e Linux - I. 2008. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

5.
Olivera, T. Y. K.. Lógica de Programação e Linux - II. 2008. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

6.
Olivera, T. Y. K.. Evolução Molecular de MicroRNAs. 2007. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

7.
Olivera, T. Y. K.. Estratégias de Bioinformática no estudo de trans-splicing. 2007. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

8.
Olivera, T. Y. K.. Introdução à Bioinformática e Biologia Computacional I. 2007. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

9.
Olivera, T. Y. K.. Gerenciamento de Dados. 2004. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

10.
Olivera, T. Y. K.. Variabilidade populacional em genes envolvidos no sistema homeostático. 2004. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

11.
Olivera, T. Y. K.. Por que a hiper-homocisteínemia é um importante fator de risco para as doenças cardiovasculares. 2004. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

12.
Olivera, T. Y. K.. Mutações nos genes da globina - Hb C, Eritrocitose, Cianose Congênita, Anemia Hemollítica. 2004. (Apresentação de Trabalho/Seminário).


Produção técnica
Programas de computador sem registro
1.
OLIVEIRA, T. Y. K.; BONINI-DOMINGOS, C. R. . CliBiA - Clinical Bioinformatic Analysis. 2004.


Demais tipos de produção técnica
1.
Olivera, T. Y. K.. Minicurso: Introdução à Bioinformática. 2009. (Curso de curta duração ministrado/Outra).

2.
Olivera, T. Y. K.. Introdução à Plataforma de Desenvolvimento Linux. 2007. (Curso de curta duração ministrado/Outra).

3.
Olivera, T. Y. K.. A Busca de Genes para a Pesquisa. 2005. (Curso de curta duração ministrado/Outra).

4.
Olivera, T. Y. K.. Minicurso: Recursos de Informática - Um guia prático. 2004. (Curso de curta duração ministrado/Outra).



Eventos



Participação em eventos, congressos, exposições e feiras
1.
5th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology. Molecular Aspects of DARC gene evolution in primates. 2009. (Congresso).

2.
5th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology. 2009. (Congresso).

3.
53º Congresso Brasileiro de Genética. 2007. (Congresso).

4.
53º Congresso Brasileiro de Genética. Diversidade genética do microRNA miR-223 em primatas. 2007. (Congresso).

5.
IV Semana da Informática Biomédica. 2006. (Simpósio).

6.
IX Simpósio de Genética "Genética Genômica e Proteômica no Brasil". 2006. (Simpósio).

7.
MicroRNAs: Estrutura, função e aplicações. 2006. (Outra).

8.
51º Congresso Brasileiro de Genética. O diagnóstico neonatal de hemoglobinopatias sob o ponto de vista de um banco de dados eletrônico. 2005. (Congresso).

9.
VIII SImpósio de Genética: Genética, Evolução e Biotecnologia. 2005. (Simpósio).

10.
50º Congresso Brasileiro de Genética. O polimorfismo de hemoglobinas e perfil reticulocitário em doadores de sangue da região norte do Brasil a partir de informações armazenadas em banco de dados. 2004. (Congresso).

11.
50º Congresso Brasileiro de Genética. 2004. (Congresso).

12.
Simpósio de Atualização na doença tromboembólica venosa e arterial. 2004. (Simpósio).

13.
XVI Congresso de Iniciação Científica. 2004. (Congresso).

14.
XVI Congresso de Iniciação Científica. 2004. (Oficina).

15.
XX Semana da Biologia. 2004. (Outra).

16.
49º Congresso Nacional de Genética. 2003. (Congresso).

17.
Simpósio de Práticas Forenses. 2003. (Simpósio).

18.
XXX Colóquio de Incentivo à Pesquisa. 2003. (Outra).

19.
5º Ciclo de Palestras: Segurança em Comércio Eletrônico. 2002. (Outra).

20.
Avanço da Tecnologia Linux e Oportunidade de Mercado P/O Profis.Certific. 2002. (Outra).

21.
XVIII Semana da Biologia. 2002. (Outra).


Organização de eventos, congressos, exposições e feiras
1.
Olivera, T. Y. K.. VI Curso de Verão em Bioinformática. 2010. (Outro).

2.
Olivera, T. Y. K.. VI Curso de Verão em Bioinformática. 2010. (Outro).

3.
OLIVEIRA, T. Y. K.. 5th Internacional Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computacional Biology. 2009. (Congresso).

4.
Olivera, T. Y. K.. V Curso de Verão em Bioinformática. 2009. (Outro).

5.
Olivera, T. Y. K.. XIV Curso de Verão em Genética. 2009. (Outro).

6.
Olivera, T. Y. K.. IV Curso de Verão em Bioinformática. 2008. (Outro).

7.
Olivera, T. Y. K.. III Curso de Verão em Bioinformática. 2007. (Outro).

8.
Olivera, T. Y. K.. II Curso de Verão em Bioinformática. 2006. (Outro).

9.
Olivera, T. Y. K.. VIII Simpósio de Genética: Genética, Evolução e Biotecnologia. 2005. (Outro).

10.
OLIVEIRA, T. Y. K.. XXI Semana da Biologia. 2005. (Outro).



Educação e Popularização de C & T



Cursos de curta duração ministrados
1.
Olivera, T. Y. K.. Minicurso: Recursos de Informática - Um guia prático. 2004. (Curso de curta duração ministrado/Outra).

2.
Olivera, T. Y. K.. Minicurso: Introdução à Bioinformática. 2009. (Curso de curta duração ministrado/Outra).

3.
Olivera, T. Y. K.. Introdução à Plataforma de Desenvolvimento Linux. 2007. (Curso de curta duração ministrado/Outra).

4.
Olivera, T. Y. K.. A Busca de Genes para a Pesquisa. 2005. (Curso de curta duração ministrado/Outra).




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